JP2012508582A - β−カテニンの大腸菌(E.coli)介在遺伝子サイレンシング - Google Patents
β−カテニンの大腸菌(E.coli)介在遺伝子サイレンシング Download PDFInfo
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Abstract
細菌またはBTPを用いて、真核細胞に1つ以上の低分子干渉RNA(siRNA)を送達するための方法が記載されている。また、この細菌を使用して、RNA干渉を用いて真核細胞内での遺伝子発現を制御するための方法ならびにウイルス疾患および障害の治療のための方法も記載されている。細菌またはBTPは、1つ以上のsiRNAまたは1つ以上のsiRNAをコードする1つ以上のDNA分子を含む。また、本発明の細菌を用いて真核細胞においてRNA干渉を引き起こすためのベクターも記載されている。
【選択図】図2
【選択図】図2
Description
関連出願の相互参照
本出願は、その内容全体が参照により本明細書に組み込まれる、2008年11月14日に出願された米国特許出願第61/114,610号に対する優先権およびその利益を主張するものである。
本出願は、その内容全体が参照により本明細書に組み込まれる、2008年11月14日に出願された米国特許出願第61/114,610号に対する優先権およびその利益を主張するものである。
短鎖干渉RNA(siRNA)の使用によるRNAi(RNA干渉)を介した遺伝子サイレンシングは、分子生物学の強力なツールとして登場し、治療遺伝子サイレンシングに使用される可能性を秘めている。また標的細胞内の小分子DNAプラスミドから転写される短鎖ヘアピンRNA(shRNA)も、安定した遺伝子サイレンシングを仲介し、化学合成siRNAによるトランスフェクションで得られる遺伝子サイレンシングに匹敵するレベルの遺伝子ノックダウンを達成することが示されている(非特許文献1,非特許文献2)。
治療目的でのRNAi適用の可能性は広く、癌遺伝子またはウイルス遺伝子のような疾患遺伝子のサイレンシングおよびノックダウンを含む。RNAiの治療用途に対する主な障害の1つは標的細胞へのsiRNAの送達である(非特許文献3)。実際、RNAiに対する現在の主な障害として送達が記載されている(非特許文献4により引用)。
したがって、哺乳動物への干渉RNAの安全かつ予測可能な投与のための新規な方法が必要とされている。
T.R.Brummelkamp,R.Bernards,R.Agami,Science 296,550(2002)
P.J.Paddison,A.A.Caudiy,G.J.Hannon,PNAS 99,1443(2002)
Zamore PD,Aronin N.Nature Medicine 9,(3):266−8(2003)
Phillip Sharp,Nature news feature,Vol 425,2003,10−12
本発明は、原核生物ベクターを含む、少なくとも1つの侵襲性細菌または少なくとも1つの侵襲性細菌治療粒子(BTP)を提供し、前記ベクターは、1つ以上のsiRNAをコードする1つ以上のDNA分子、改変PlacUV5プロモーター、少なくとも1つのInv遺伝子座および少なくとも1つのHlyA遺伝子を含み、前記siRNAが対象遺伝子標的のmRNAを阻害し、かつ前記侵襲性細菌のRNアーゼIII活性が野生型細菌に比べて低下している。好ましくは、侵襲性細菌は侵襲性大腸菌(E.coli)細菌である。好ましくは、siRNAはβ−カテニンのmRNAを阻害する。本発明はまた、1つ以上のsiRNAをコードする1つ以上のDNA分子、改変PlacUV5プロモーター、少なくとも1つのInv遺伝子座および少なくとも1つのHlyA遺伝子を含む、少なくとも1つの原核生物ベクターを提供し、前記siRNAは対象遺伝子標的のmRNAを阻害する。好ましくは、siRNAはβ−カテニンのmRNAを阻害する。
本発明はまた、本発明で提供される様々な侵襲性細菌、BTPおよびベクターを用いた方法を提供する。例えば、本発明は1つ以上のsiRNAを哺乳動物細胞に送達する方法を提供する。この方法は、原核生物ベクターを含む少なくとも1つの侵襲性細菌または少なくとも1つの侵襲性細菌治療粒子(BTP)の導入を含み、前記ベクターは、1つ以上のsiRNAをコードする1つ以上のDNA分子、改変PlacUV5プロモーター、少なくとも1つのInv遺伝子座および少なくとも1つのHlyA遺伝子を含み、前記siRNAが対象遺伝子標的のmRNAを阻害し、かつ前記侵襲性細菌のRNアーゼIII活性が野生型細菌に比べて低下している。好ましくは、侵襲性細菌は侵襲性大腸菌(E.coli)細菌である。
本発明はまた、哺乳動物細胞における遺伝子発現の制御方法を提供する。この方法は、原核生物ベクターを含む少なくとも1つの侵襲性細菌または少なくとも1つの侵襲性細菌治療粒子(BTP)の導入を含み、前記ベクターは、1つ以上のsiRNAをコードする1つ以上のDNA分子、改変PlacUV5プロモーター、少なくとも1つのInv遺伝子座および少なくとも1つのHlyA遺伝子を含み、前記siRNAが対象遺伝子標的のmRNAを阻害し、かつ前記侵襲性細菌のRNアーゼIII活性が野生型細菌に比べて低下しており、発現されたsiRNAが対象遺伝子の少なくとも1つのmRNAを阻害することにより遺伝子発現を制御する。好ましくは、侵襲性細菌は侵襲性大腸菌(E.coli)細菌である。好ましくは、siRNAはβ−カテニンのmRNAを阻害する。
本発明はまた、哺乳動物における疾患または障害を治療または予防する方法を提供する。この方法は、原核生物ベクターを含む、少なくとも1つの侵襲性細菌または少なくとも1つの侵襲性細菌治療粒子(BTP)を導入することにより、疾患または障害を引き起こすことが知られている(例えば、増殖、成長または異形成を増進することが知られている)細胞内の少なくとも1つの遺伝子の発現を制御することを含み、前記ベクターは、1つ以上のsiRNAをコードする1つ以上のDNA分子、改変PlacUV5プロモーター、少なくとも1つのInv遺伝子座および少なくとも1つのHlyA遺伝子を含み、前記siRNAが対象遺伝子標的のmRNAを阻害し、かつ前記侵襲性細菌のRNアーゼIII活性が野生型細菌に比べて低下しており、発現されたsiRNAが、疾患または障害を引き起こすことが知られている遺伝子のmRNAを阻害する。好ましくは、侵襲性細菌は侵襲性大腸菌(E.coli)細菌である。好ましくは、siRNAはβ−カテニンのmRNAを阻害する。
発現されたsiRNAは、細胞の多酵素複合体RNA誘導型サイレンシング複合体を、1つ以上の対象遺伝子(例えば、β−カテニン)のmRNAとの相互作用へ導き得る。好ましくは、野生型のβ−カテニン発現に比べて、あるいは1つ以上のsiRNAをコードする1つ以上のDNA分子を含む侵襲性細菌もしくはBTPの投与またはそれによる治療の前のβ−カテニン発現に比べて、β−カテニン発現が減少する。β−カテニン発現減少は、β−カテニンmRNAの発現減少またはβ−カテニンタンパク質の発現減少であり得る。好ましくは、野生型のβ−カテニン発現に比べて(正常な健常細胞と比べて)、あるいは1つ以上のsiRNAをコードする1つ以上のDNA分子を含む侵襲性細菌もしくはBTPの投与またはそれによる治療の前のβ−カテニン発現に比べて、β−カテニン発現が少なくとも50%減少しており;より好ましくは、野生型のβ−カテニン発現に比べて、あるいは1つ以上のsiRNAをコードする1つ以上のDNA分子を含む侵襲性細菌もしくはBTPの投与またはそれによる治療の前のβ−カテニン発現に比べて、β−カテニン発現が少なくとも75%減少しており;最も好ましくは、野生型のβ−カテニン発現に比べて、あるいは1つ以上のsiRNAをコードする1つ以上のDNA分子を含む侵襲性細菌もしくはBTPの投与またはそれによる治療の前のβ−カテニン発現に比べて、β−カテニン発現が少なくとも90%減少している。
好ましくは、疾患または障害はβ−カテニンの過剰発現に関連した疾患または障害であり得るが、これに限定されない。つまり、上記治療を必要とする細胞または哺乳動物におけるbcatの発現(DNA、RNAまたはタンパク質)が、正常な(非疾患)または野生型の細胞または哺乳動物に比べて増加していることを特徴とする、疾患または障害である。好ましくは、治療される疾患または障害は、結腸癌、直腸癌、結腸直腸癌、クローン病、潰瘍性大腸炎、家族性腺腫性ポリポーシス(FAP)、ガードナー症候群、肝細胞癌(HCC)、基底細胞癌、毛母腫、髄芽腫および卵巣癌からなる群より選択される。
本発明はまた、少なくとも1つの侵襲性細菌またはBTPと薬学的に許容される担体とを含む組成物を提供する。
本発明の侵襲性細菌またはBTPは、弱毒化、非病原性または非毒性細菌であり得る。
哺乳動物細胞は、エキソビボ、インビボまたはインビトロであり得る。哺乳動物細胞は、ヒト、ウシ、ヒツジ、ブタ、ネコ、ヤギュウ、イヌ、ヤギ、ウマ、ロバ、シカ、鳥類、トリ、ニワトリおよび霊長類の細胞であり得るが、これらに限定されない。好ましくは、哺乳動物細胞はヒト細胞である。いくつかの好適な実施形態では、哺乳動物細胞は、結腸上皮細胞、直腸上皮細胞、腸上皮細胞、肝細胞、皮膚上皮細胞、有毛細胞、神経細胞および卵巣細胞であり得るが、これらに限定されない。
哺乳動物細胞を約103〜1011個(または前記範囲の任意の整数個)の生存侵襲性細菌またはBTPで感染させ得る。好ましくは、哺乳動物細胞を約105〜109個(または前記範囲内の任意の整数個)の生存侵襲性細菌またはBTPで感染させ得る。哺乳動物細胞を約0.1〜106(または前記範囲内の任意の整数)の範囲の感染多重度で感染させ得る。好ましくは、哺乳動物細胞を約102〜104(または前記範囲内の任意の整数)の範囲の感染多重度で感染させ得る。
哺乳動物は、ヒト、ウシ、ヒツジ、ブタ、ネコ、ヤギュウ、イヌ、ヤギ、ウマ、ロバ、シカ、鳥類、トリ、ニワトリおよび霊長類であり得るが、これらに限定されない。好ましくは、哺乳動物はヒトである。
侵襲性細菌はRNアーゼIIIをコードする遺伝子の欠失を含む。好ましくは、侵襲性細菌はRNアーゼIIIをコードするrnc遺伝子の欠失を含む。好ましくは、侵襲性細菌のRNアーゼIII活性は、野生型細菌に比べて少なくとも90%低下しており;より好ましくは、侵襲性細菌のRNアーゼIII活性は、野生型細菌に比べて少なくとも95%低下しており;最も好ましくは、侵襲性細菌のRNアーゼIII活性は、野生型細菌に比べて少なくとも99%低下している。好ましくは、侵襲性細菌は侵襲性大腸菌(E.coli)細菌である。
侵襲性細菌内で1つ以上のDNA分子が1つ以上のshRNAに転写され得る。好ましくは、1つ以上のshRNAは3’突出または平滑末端を含む。好ましくは、1つ以上のshRNAは5’突出を含ま(comprise or include)ない(平滑末端を有する)。好ましくは、1つ以上のshRNAは2〜5塩基対の3’突出を含み;より好ましくは、1つ以上のshRNAは2塩基対以下の3’突出(1塩基対または2塩基対の突出)を含み;最も好ましくは、1つ以上のshRNAは3’突出を含ま(comprise or include)ない(平滑末端を有する)。1つ以上のshRNAは、プロセシングされて1つ以上のsiRNAになる。好ましくは、1つ以上のshRNAは、哺乳動物細胞内でプロセシングされて1つ以上のsiRNAになる。
1つ以上のsiRNAをコードする1つ以上のDNA分子を含む原核生物ベクターは、1つ以上のプロモーター配列、エンハンサー配列、ターミネーター配列、侵襲因子配列または溶菌制御配列を含み得る。プロモーターは原核生物プロモーターであり得る。好ましくは、原核生物プロモーターは、T7プロモーター、PgapAプロモーター、ParaBADプロモーター、Ptacプロモーター、PlacUV5プロモーターまたはrecAプロモーターである。好ましくは、プロモーターは原核生物プロモーターである。好ましくは、原核生物プロモーターは改変PlacUV5プロモーターである。改変された改変PlacUV5プロモーターは配列番号:573の配列を含み得る。好ましくは、改変PlacUV5プロモーターはUPエレメントを含み得る。UPエレメントは配列番号:573のヌクレオチド7〜26を含み得る。好ましくは、原核生物ベクターは少なくとも1つのターミネーター配列をさらに含む。好ましくは、ターミネーター配列は連続したチミジン塩基対を含む。より好ましくは、ターミネーター配列は少なくとも5つの連続したチミジン塩基対を含み得る。ターミネーター配列は、好ましくは、20個未満の連続したチミジン塩基対を含む。原核生物ベクターは、第二のターミネーター配列をさらに含み得る。好ましくは、第二のターミネーター配列はrrnCターミネーター配列であり得る。好ましくは、rrnCターミネーター配列は、配列番号:30〜31または配列番号:574の配列を含み得る。好ましくは、これら2つのターミネーター配列は、原核生物ベクター内で隣接している(これらは連続した配列である)。より好ましくは、2つのターミネーター配列は離れている。好ましくは、原核生物ベクターは確認されたpMBV43の配列を含む。好ましくは、確認されたpMBV43の配列は配列番号:564である。
別途定義されない限り、本明細書で使用されるすべての技術および科学用語は、本発明が属する分野の当業者により一般に理解されているものと同じ意味を有する。本明細書においては、文脈から明らかにそうでないことが示されない限り、単数形は複数形も包含する。本明細書に記載のものと同様または同等の方法および材料を、本発明の実施または試験に使用することができるが、適切な方法および材料を以下に記載する。本明細書で引用される刊行物、特許出願、特許およびその他の参考文献は、すべて参照により組み込まれる。矛盾が生じる場合には、定義を含めた本明細書が統制する。さらに、材料、方法および実施例は具体例であるに過ぎず、限定することを意図するものではない。
本発明の他の特徴および利点は、以下の詳細な説明および特許請求の範囲から明らかであろう。
本発明は、非病原性または治療用の細菌または細菌治療粒子(BTP)株を用いて、真核細胞に低分子干渉RNA(siRNA)を送達する組成物および方法に関する。細菌またはBTPは、siRNAをコードするDNAまたはsiRNAそれ自体を送達し、真核宿主細胞内に侵襲することによりRNA干渉(RNAi)を引き起こす。一般に、標的細胞内でRNA干渉を誘発するためにはsiRNAを細胞内に導入する必要がある。siRNAは、直接的にまたはトランスフェクションにより標的細胞内に導入されるか、あるいは標的細胞内でヘアピン構造のdsRNA(shRNA)としてRNAポリメラーゼIII適合性プロモーター(例えば、U6、H1)を有する特定のプラスミドから転写され得る(P.J.Paddison,A.A.Caudiy,G.J.Hannon,PNAS 99,1443(2002),T.R.Brummelkamp,R.Bernards,R.Agami,Science 296,550(2002))。
本発明の干渉RNAは真核細胞内での遺伝子発現を制御する。それは標的細胞内の対象遺伝子をサイレンシングまたはノックダウンする(例えば、遺伝子活性を低下させる)。干渉RNAは、細胞所有の多酵素複合体RISC(RNA誘導型サイレンシング複合体)を、サイレンシングするべき遺伝子のmRNAへ導く。RISCとmRNAの相互作用の結果、mRNAの分解または隔離が生じる。これにより対象遺伝子の効果的な転写後サイレンシングが行われる。この方法は細菌介在遺伝子サイレンシング(BMGS)と呼ばれる。
DNAプラスミドを発現させる、siRNAの送達を介したBMGSの場合、真核転写プラスミド遊離後にshRNAまたはsiRNAが標的細胞内で産生されて、高度に特異的なmRNA分解プロセスを誘発し、これにより標的遺伝子のサイレンシングが生じる。さらに、siRNAまたはshRNAの発現を特定の代謝状態にある特異的標的細胞または組織に限定する、1つ以上の細胞特異的真核生物プロモーターが使用され得る。この方法の一実施形態では、細胞特異的プロモーターはアルブミンであり、標的細胞または組織は肝臓である。この方法の別の実施形態では、細胞特異的プロモーターはケラチンであり、特異的標的細胞または組織は皮膚である。
本発明の非毒性細菌およびBTPは、侵襲特性を有し(または侵襲特性を有するように改変されており)、様々な機序を介して哺乳動物宿主細胞に侵入し得る。専門の貪食細胞による細菌またはBTPの取込みでは、通常、特化したリソソーム内で細菌またはBTPの破壊が生じるのに対して、侵襲性細菌またはBTP株は、非食作用性の宿主細胞を侵襲する能力を有する。天然に存在するこのような細菌またはBTPの例は、細胞内病原体、例えばエルシニア(Yersinia)、リケッチア(Rickettsia)、レジオネラ(Legionella)、ブルセラ(Brucella)、マイコバクテリア(Mycobacterium)、ヘリコバクター(Helicobacter)、コクシエラ(Coxiella)、クラミジア(Chlamydia)、ナイセリア(Neisseria)、ブルコルデリア(Burkolderia)、ボルデテラ(Bordetella)、ボレリア(Borrelia)、リステリア(Listeria)、シゲラ(Shigella)、サルモネラ(Salmonella)、スタフィロコッカス(Staphylococcus)、ストレプトコッカス(Streptococcus)、ポルフィロモナス(Porphyromonas)、トレポネーマ(Treponema)およびビブリオ(Vibrio)などであるが、この特性は、大腸菌(E.coli)、ラクトバチルス(Lactobacillus)、ラクトコッカス(Lactococcus)またはビフィドバクテリア(Bifidobacteriae)のような他の細菌に転移させることも可能であり、侵襲関連遺伝子の転移を介したプロバイオティクスも含まれる(P.Courvalin,S.Goussard,C.Grillot−Courvalin,C.R.Acad.Sci.Paris 318,1207(1995))。本発明の他の実施形態では、干渉RNAを宿主細胞に送達するために使用される細菌またはBTPとして、シゲラ・フレックスネリ(Shigella flexneri)(D.R.Sizemore,A.A.Branstrom,J.C.Sadoff,Science 270,299(1995))、侵襲性大腸菌(E.coli)細菌(P.Courvalin,S.Goussard,C.Grillot−Courvalin,C.R.Acad.Sci.Paris 318,1207(1995),C.Grillot−Courvalin,S.Goussard,F.Huetz,D.M.Ojcius,P.Courvalin,Nat Biotechnol 16,862(1998))、エルシニア・エンテロコリティカ(Yersinia enterocolitica)(A.Al−Mariri A,A.Tibor,P.Lestrate,P.Mertens,X.De Bolle,J.J.Letesson Infect Immun 70,1915(2002))およびリステリア・モノサイトゲネス(Listeria monocytogenes)(M.Hense,E.Domann,S.Krusch,P.Wachholz,K.E.Dittmar,M.Rohde,J.Wehland,T.Chakraborty,S.Weiss,Cell Microbiol 3,599(2001),S.Pilgrim,J.Stritzker,C.Schoen,A.Kolb−Ma(ウムラウト)urer,G.Geginat,M.J.Loessner,I.Gentschev,W.Goebel,Gene Therapy 10,2036(2003))が挙げられる。侵襲性細菌またはBTPはいずれも真核細胞内へのDNA転移に有用である(S.Weiss,T.Chakraborty,Curr Opinion Biotechnol 12,467(2001))。
BMGSは、生来的に侵襲性の病原体サルモネラ・チフィムリウム(Salmonella typhimurium)を用いて行われる。この実施形態の一態様では、サルモネラ・チフィムリウム(Salmonella typhimurium)株はSL7207およびVNP20009(S.K.Hoiseth,B.A.D.Stocker,Nature 291,238(1981);Pawelek JM,Low KB,Bermudes D.Cancer Res.57(20):4537−44(Oct.15 1997))を含む。本発明の別の実施形態では、BMGSは、弱毒化大腸菌(E.coli)を用いて行われる。この実施形態の別の態様では、CEQ201株を、細胞侵襲特性を有するように侵襲性プラスミドを介して操作する。本発明の一態様では、このプラスミドはTRIP(生物界間(transkingdom)RNA干渉プラスミド)プラスミドまたはpNJSZである。
また、二重「トロイの木馬」技術も真核転写プラスミドを保持する侵襲性/栄養要求性の細菌またはBTPと共に使用される。そしてこのプラスミドは、標的細胞により転写されて、RNAiの細胞内プロセスを誘発する1つ以上のヘアピンRNA構造を形成する。本発明のこの方法は、様々な遺伝子の有意な遺伝子サイレンシングを誘導する。この実施形態のある態様では、遺伝子は導入遺伝子(GFP)、変異癌遺伝子(k−Ras)および癌関連遺伝子(β−カテニン)をインビトロで含む。
本発明によるBMGSの別の態様は、生物界間(transkingdom)RNAi(tkRNAi)と呼ばれる。本発明のこの態様では、siRNAは、侵襲性細菌により直接産生されるか、または細菌内での産生後に標的細胞ではなくBTP中に蓄積される。原核生物プロモーター(例えば、T7)により制御される転写プラスミドが、標準的な形質転換プロトコールにより担体細菌内に挿入される。siRNAは細菌内で産生され、栄養要求性または抗生物質の経時的な添加により誘発された細菌溶解の後、哺乳動物標的細胞内に遊離する。
大部分の細菌は、RNA分解酵素であるRNアーゼを多数含有し、これらがsiRNAを分解して、tkRNAiの活性低下を引き起こし得る。特定の細菌のRNアーゼがこのようなsiRNA分解を示すような場合、対象とするRNアーゼをコードする遺伝子(例えば、RNアーゼIIIをコードするrnc遺伝子)の標的欠損を行い、tkRNAi細菌当たりのsiRNAレベルを引き上げることで、より多くのsiRNAが標的細胞に送達されるだけでなく、標的細胞内での対象遺伝子のより効果的な遺伝子サイレンシングが生じる。
BMGSおよびtkRNAiを含めた本発明のRNAi法は、遺伝子操作されたノックアウトモデルではなく一過性の「ノックダウン」遺伝子動物モデルを作出して遺伝子機能を発見するために使用される。この方法はまた、研究および薬物開発のためのインビトロでのトランスフェクションツールとしても使用される。
これらの方法は、BMGSおよびtkRNAiを行うのに望ましい特性(侵襲性、弱毒性、操作可能性)を有する細菌を使用する。本明細書でより詳細に記載されているプラスミド(例えば、TRIP)およびベクターを用いて、侵襲性のみならず、1つまたは複数のshRNAの真核または原核転写が細菌またはBTPにもたらされる。
1.細菌および/または細菌治療粒子(BTP)
本発明は、1つ以上のsiRNAまたは1つ以上のsiRNAをコードする1つ以上のDNA分子を含む、少なくとも1つの侵襲性細菌または少なくとも1つの細菌治療粒子(BTP)を提供する。
本発明は、1つ以上のsiRNAまたは1つ以上のsiRNAをコードする1つ以上のDNA分子を含む、少なくとも1つの侵襲性細菌または少なくとも1つの細菌治療粒子(BTP)を提供する。
本発明に従えば、細胞膜の横断および細胞質への侵入などにより、分子、例えばRNA分子またはRNAをコードするDNA分子を標的細胞の細胞質内に送達することが可能な任意の微生物を用いて、こうした細胞へRNAを送達することができる。好適な一実施形態では、微生物は原核生物である。さらにより好適な一実施形態では、原核生物は細菌またはBTPである。細胞へのRNA送達に使用可能な、細菌以外の微生物も本発明の範囲内にある。例えば、微生物は、真菌、例えばクリプトコッカス・ネオフォルマンス(陰窩ococcus neoformans)、原虫、例えばトリパノソーマ・クルージ(Trypanosoma cruzi)、トキソプラズマ・ゴンディ(Toxoplasma gondii)、リーシュマニア・ドノバニ(Leishmania donovani)およびマラリア原虫であってもよい。
好適な一実施形態では、微生物は細菌またはBTPである。好適な侵襲性細菌またはBTPは、真核細胞の細胞質への侵入などにより、少なくとも1つの分子、例えばRNAまたはRNAをコードするDNA分子を標的細胞に送達することが可能である。好ましくは、RNAはsiRNAまたはshRNAであり、RNAをコードするDNA分子はsiRNAまたはshRNAをコードする。
BTPは、治療または予防目的で使用される細菌断片である。BTPは、ミニ細胞として当該技術分野で公知の粒子を含み得る。ミニ細胞は、極付近の不完全な細胞分裂により生じる小型の細胞である。これらは核様体がなく、したがって、増殖してコロニーを形成することができない(Alderら,(1967)Proc.Nat.Acad.Sci.U.S.A.57,321−326;概説はSullivanおよびMaddock,(2000)Curr.Biol.10:R249−R252;Margolin,(2001)Curr.Biol.11,R395−R398;HowardおよびKruse,(2005)J.Cell Biol.168,533−536を参照されたい)。ミニ細胞形成は、細胞分裂の隔壁形成のための部位選択に異常を引き起こす突然変異による結果である。このような突然変異としては、minC、minDのヌル対立遺伝子(Davieら,(1984)J.Bacteriol.158,1202−1203;de Boerら,1988)J.Bacteriol.170,2106−2112)および特定のftsZ対立遺伝子(BiおよびLutkenhaus,(1992)J.Bacteriol.174,5414−5423)が挙げられる。FtsZまたはMinC−MinDタンパク質の過剰発現がミニ細胞の形成を引き起こすことも報告されている(WardおよびLutkenhaus,1985;de Boerら,1988)。ミニ細胞は核様体がないが、転写および翻訳は可能である(Roozenら,(1971)J.Bacteriol.107,21−33;Shepherdら,(2001)J.Bacteriol.183,2527−34)。
BTPは、細菌ゲノムを欠くという点で細菌とは異なるため、患者における細菌増殖のリスクの減少をもたらす。これは免疫低下患者に対して特に有用である。さらに、BTPが増殖不能であることから、敏感な組織、例えば、脳およびこれまでsiRNAでは到達不可能とされていた他の身体領域での使用が可能となる。例えば、細菌の腹腔内送達は癒着および腹膜炎のリスクを伴い得るが、BTPの使用によりこれが除去される。しかし、本発明の細菌のように、BTPは細菌細胞壁、一部の細菌原形質内容および細胞内粒子、1つ以上の治療成分、例えば1つ以上のsiRNA、1つ以上の侵襲因子、1つ以上の食胞分解因子および特定組織標的化のための1つ以上の因子を含有する。BTPは、細菌内にsiRNAを産生および蓄積し、次いで、細胞分裂の間に細菌断片(BTP)を分離する細菌から生じる。本発明の一実施形態では、細菌を発酵させて、その間にBTPを大量に形成させ、次いで、細菌を残してBTPを通過および収集することのできる、サイズ差によるろ過を用いて、生存細菌からBTPを単離することにより、BTPを得る。本発明の別の実施形態では、遠心分離によりBTPを細菌から分離する。本発明の別の実施形態では、生存細菌細胞を死シグナル活性化により溶解させる。BTPは、一度単離すれば、使用のために凍結乾燥し製剤化することができる。
本明細書で使用されるとき、微生物、例えば細菌またはBTPに関する場合、「侵襲性」という用語は、少なくとも1つの分子、例えばRNAまたはRNAをコードするDNA分子を標的細胞に送達することが可能な微生物を指す。侵襲性微生物は、細胞膜を横断することにより前記細胞の細胞質に侵入し、その内容物の少なくとも一部、例えばRNAまたはRNAをコードするDNA分子を標的細胞に送達することが可能な微生物である。少なくとも1つの分子を標的細胞内に送達するプロセスは、好ましくは侵襲装置をあまり変化させない。
侵襲性微生物は、細胞膜、例えば真核細胞膜を横断して細胞質に侵入することにより、少なくとも1つの分子を標的細胞に送達することが生来的に可能な微生物の他、生来的に侵襲性ではなく、侵襲性になるように改変、例えば遺伝子改変された微生物も包含する。別の好適な実施形態では、生来的に侵襲性ではない微生物を改変して、細菌またはBTPを「侵入因子」または「細胞質標的因子」とも呼ばれる「侵襲因子」と連結することにより、侵襲性にすることができる。本明細書で使用される「侵襲因子」は、非侵襲性細菌またはBTPにより発現された際にその細菌またはBTPを侵襲性にする因子、例えばタンパク質またはタンパク質群である。本明細書で使用される「侵襲因子」は、「細胞質標的化遺伝子」によりコードされる。
本発明の一実施形態では、微生物は、エルシニア(Yersinia)、リケッチア(Rickettsia)、レジオネラ(Legionella)、ブルセラ(Brucella)、マイコバクテリア(Mycobacterium)、ヘリコバクター(Helicobacter)、コクシエラ(Coxiella)、クラミジア(Chlamydia)、ナイセリア(Neisseria)、ブルコルデリア(Burkolderia)、ボルデテラ(Bordetella)、ボレリア(Borrelia)、リステリア(Listeria)、シゲラ(Shigella)、サルモネラ(Salmonella)、スタフィロコッカス(Staphylococcus)、ストレプトコッカス(Streptococcus)、ポルフィロモナス(Porphyromonas)、トレポネーマ(Treponema)、ビブリオ(Vibrio)、大腸菌(E.coli)およびビフィドバクテリア(Bifidobacteriae)を非限定的に含む群から選択される、生来的な侵襲性細菌またはBTPである。任意で、生来的な侵襲性細菌またはBTPは、インベイシンおよびYadA(エルシニア・エンテロコリティカ・プラスミド接着因子)を非限定的に含む群から選択される侵襲因子を発現するエルシニア(Yersinia)である。任意で、生来的な侵襲性細菌またはBTPは、侵襲因子RickA(アクチン重合タンパク質)を発現するリケッチア(Rickettsia)である。任意で、生来的な侵襲性細菌またはBTPは、侵襲因子RaIF(グアニン交換因子)を発現するレジオネラ(Legionella)である。任意で、生来的な侵襲性細菌またはBTPは、NadA(ナイセリア接着/侵襲因子)、OpaA、OpaCおよびOpa52(混濁関連接着(opacity−associated adhesions))を非限定的に含む群から選択される侵襲因子を発現するナイセリア(Neisseria)である。任意で、生来的な侵襲性細菌またはBTPは、InlA(インターナリン因子)、InlB(インターナリン因子)、Hpt(ヘキソースリン酸輸送体)およびActA(アクチン重合タンパク質)を非限定的に含む群から選択される侵襲因子を発現するリステリア(Listeria)である。任意で、生来的な侵襲性細菌またはBTPは、シゲラ分泌因子IpaA(侵襲性プラスミド抗原)、IpaB、IpaC、IpgD、IpaB−IpaC複合体、VirAおよびIcsAを非限定的に含む群から選択される侵襲因子を発現するシゲラ(Shigella)である。任意で、生来的な侵襲性細菌またはBTPは、サルモネラ分泌/交換因子SipA、SipC、SpiC、SigD、SopB、SopE、SopE2およびSptPを非限定的に含む群から選択される侵襲因子を発現するサルモネラ(Salmonella)である。任意で、生来的な侵襲性細菌またはBTPは、フィブロネクチン結合タンパク質FnBPAおよびFnBPBを非限定的に含む群から選択される侵襲因子を発現するスタフィロコッカス(Staphylococcus)である。任意で、生来的な侵襲性細菌またはBTPは、フィブロネクチン結合タンパク質ACP、Fba、F2、Sfb1、Sfb2、SOFおよびPFBPを非限定的に含む群から選択される侵襲因子を発現するストレプトコッカス(Streptococcus)である。任意で、生来的な侵襲性細菌またはBTPは、侵襲因子FimB(インテグリン結合タンパク質線毛)を発現するポルフィロモナス・ジンジバリス(Porphyromonas gingivalis)である。
本発明の別の実施形態では、微生物は、生来的に侵襲性ではないが、侵襲性になるように改変、例えば遺伝子改変された細菌またはBTPである。任意で、生来的に侵襲性ではない細菌またはBTPは、インベイシン、YadA、RickA、RaIF、NadA、OpaA、OpaC、Opa52、InlA、InlB、Hpt、ActA、IpaA、IpaB、IpaC、IpgD、IpaB−IpaC複合体、VirA、IcsA、SipA、SipC、SpiC、SigD、SopB、SopE、SopE2、SptP、FnBPA、FnBPB、ACP、Fba、F2、Sfb1、Sfb2、SOF、PFBPおよびFimBを非限定的に含む群から選択される侵襲因子を発現することにより侵襲性になるよう遺伝子改変されている。
本発明の別の実施形態では、微生物は、生来的に侵襲性であり得るが、1つ以上のさらなる侵襲因子を発現するように改変、例えば遺伝子改変された細菌またはBTPである。任意で、侵襲因子は、インベイシン、YadA、RickA、RaIF、NadA、OpaA、OpaC、Opa52、InlA、InlB、Hpt、ActA、IpaA、IpaB、IpaC、IpgD、IpaB−IpaC複合体、VirA、IcsA、SipA、SipC、SpiC、SigD、SopB、SopE、SopE2、SptP、FnBPA、FnBPB、ACP、Fba、F2、Sfb1、Sfb2、SOF、PFBPおよびFimBを非限定的に含む群から選択される。
生来的に侵襲性の微生物、例えば細菌またはBTPは、特定の向性、すなわち好適な標的細胞を有し得る。あるいは、微生物、例えば細菌またはBTPは、第二の微生物の向性を模倣するように、例えば遺伝的に改変され得る。任意で、細菌またはBTPはストレプトコッカス(Streptococcus)であり、好適な標的細胞は、咽頭上皮細胞、舌の頬側上皮細胞および粘膜上皮細胞を非限定的に含む群から選択される。任意で、細菌またはBTPはポルフィロモナス(Porphyromonas)であり、好適な標的細胞は、口腔上皮細胞を非限定的に含む群から選択される。任意で、細菌またはBTPはスタフィロコッカス(Staphylococcus)であり、好適な標的細胞は粘膜上皮細胞である。任意で、細菌またはBTPはナイセリア(Neisseria)であり、好適な標的細胞は、尿道上皮細胞および子宮頸部上皮細胞を非限定的に含む群から選択される。任意で、細菌またはBTPは大腸菌(E.coli)であり、好適な標的細胞は、腸上皮細胞、尿道上皮細胞および上部尿路細胞を非限定的に含む群から選択される。任意で、細菌またはBTPはボルデテラ(Bordetella)であり、好適な標的細胞は呼吸上皮細胞である。任意で、細菌またはBTPはビブリオ(Vibrio)であり、好適な標的細胞は腸上皮細胞である。任意で、細菌またはBTPはトレポネーマ(Treponema)であり、好適な標的細胞は粘膜上皮細胞である。任意で、細菌またはBTPはマイコプラズマ(Mycoplasma)であり、好適な標的細胞は呼吸上皮細胞である。任意で、細菌またはBTPはヘリコバクター(Helicobacter)であり、好適な標的細胞は胃内皮細胞である。任意で、細菌またはBTPはクラミジア(Chlamydia)であり、好適な標的細胞は、結膜細胞および尿道上皮細胞を非限定的に含む群から選択される。
本発明の別の実施形態では、微生物は、特定の向性を有するように改変、例えば遺伝子改変された細菌またはBTPである。任意で、好適な標的細胞は、咽頭上皮細胞、舌の頬側上皮細胞、粘膜上皮細胞、口腔上皮細胞、尿道上皮細胞、子宮頸部上皮細胞、腸上皮細胞、呼吸上皮細胞、上部尿路細胞、胃上皮細胞および結膜細胞を非限定的に含む群から選択される。任意で、好適な標的細胞は、異形成または癌性上皮細胞である。任意で、好適な標的細胞は、活性化または静止免疫細胞である。
標的細胞内への少なくとも1つの分子の送達は、当該技術分野で公知の方法により判定することができる。例えば、分子の存在は、それによりサイレンシングされるRNAまたはタンパク質の発現の減少により、ハイブリダイゼーションまたはPCR法により、あるいは抗体の使用を含み得る免疫学的方法により判定することができる。
微生物が本発明での使用において十分に侵襲性であるか否かの判定は、宿主細胞と接触させた微生物数に対して十分なsiRNAが宿主に送達されたか否かの判定を含み得る。使用された微生物数に対してsiRNAの量が少なければ、微生物をさらに改変してその侵襲ポテンシャルを増加させることが望まれ得る。
細菌またはBTPの細胞内への侵入は、様々な方法により測定することができる。細胞内の細菌またはBTPがアミノグリコシド抗生物質による処置を生き延びるのに対して、細胞外の細菌は速やかに死ぬ。細菌またはBTP取込みの量的推定は、細胞単層を抗生物質ゲンタマイシンで処理して細胞外の細菌またはBTPを不活性化し、次いで前記抗生物質を除去した後、生き残った細胞内微生物を弱い界面活性剤を用いて遊離させ、標準的な細菌培地上の生菌数を判定することにより遂行することができる。さらに、細菌またはBTPの細胞内への侵入は、例えば、細胞層の薄切片透過型電子顕微鏡または免疫蛍光技術により直接観察することができる(Falkowら(1992)Annual Rev.Cell Biol.8:333)。このようにして、様々な技術を用いて、特定の細菌またはBTPが特定タイプの細胞に侵襲可能か否かを判定する、あるいは細菌の向性が第二の細菌の向性を模倣するように細菌またはBTPを改変した後の細菌侵襲を確認することができる。
本発明の方法に従ってRNA送達に使用することができる細菌またはBTPは、好ましくは非病原性である。しかし、病原性の細菌またはBTPも、その病原性を弱毒化して、それを投与される被検体に対してその細菌を非毒性にする限り使用することができる。本明細書で使用される「弱毒化細菌またはBTP」という用語は、被検体に対するその毒性が著しく減少するまたは除去されるように改変された細菌またはBTPを指す。病原性の細菌またはBTPは、以下に述べる様々な方法により弱毒化することができる。
特定の作用機序に限定することを望むわけではないが、真核細胞内にRNAを送達する細菌またはBTPは、細菌またはBTPのタイプによって、様々な細胞区画に侵入し得る。例えば、細菌またはBTPは小胞中、例えば食胞中に存在し得る。一度細胞内に入れば、細菌またはBTPが破壊または溶解されて、その内容物が真核細胞に送達される。細菌またはBTPを、食胞分解タンパク質を発現して食胞からRNAが漏出できるように操作することができる。本発明の一実施形態では、細菌またはBTPは、生来的にまたは改変、例えば遺伝子改変により、食胞のポア形成、破損または分解に寄与するタンパク質を発現する。任意で、タンパク質はコレステロール依存性細胞溶解素である。任意で、タンパク質は、リステリオリシン、イバノリシン、ストレプトリシン、スフィンゴミエリナーゼ、パーフリンゴリジン、ボツリノリシン、ロイコシジン、炭疽毒素、ホスホリパーゼ、IpaB(侵襲性プラスミド抗原)、IpaH、IcsB(細胞間伝播)、DOT/Icm(オルガネラ輸送欠損/細胞内増殖欠損)、DOTU(DOT/Icm複合体の安定化因子)、IcmFおよびPmrA(多剤耐性流出ポンプ)からなる群より選択される。
いくつかの実施形態では、細菌は真核細胞内で様々な時間の間生存し続けることができ、RNAを産生し続け得る。次いで、RNAまたはRNAをコードするDNAが、例えば漏出により、細菌から細胞内に放出される。本発明の特定の実施形態では、細菌は真核細胞内で複製することもできる。好適な一実施形態では、細菌複製は宿主細胞を殺さない。本発明は、RNAまたはRNAをコードするDNAの特定の機序による送達に限定されず、送達機序とは関係なく、RNAまたはRNAをコードするDNAの細菌よる送達を可能にする方法および組成物を包含することが意図される。
一実施形態では、本発明で使用される細菌またはBTPは非病原性または非毒性である。この実施形態の別の態様では、細菌またはBTPは治療用である。この実施形態の別の態様では、細菌またはBTPは、非限定的にはエルシニア(Yersinia)、リケッチア(Rickettsia)、レジオネラ(Legionella)、ブルセラ(Brucella)、マイコバクテリア(Mycobacterium)、ヘリコバクター(Helicobacter)、ヘモフィルス(Haemophilus)、コクシエラ(Coxiella)、クラミジア(Chlamydia)、ナイセリア(Neisseria)、ブルコルデリア(Burkolderia)、ボルデテラ(Bordetella)、ボレリア(Borrelia)、リステリア(Listeria)、シゲラ(Shigella)、サルモネラ(Salmonella)、スタフィロコッカス(Staphylococcus)、ストレプトコッカス(Streptococcus)、ポルフィロモナス(Porphyromonas)、トレポネーマ(Treponema)、ビブリオ(Vibrio)、大腸菌(E.coli)およびビフィドバクテリア(Bifidobacteriae)から選択される弱毒化株またはその類縁体である。任意には、エルシニア(Yersinia)株はエルシニア・シュードツベルクロシス(Yersinia pseudotuberculosis)種の弱毒化株である。任意で、エルシニア(Yersinia)株はエルシニア・エンテロコリティカ(Yersinia enterocolitica)種の弱毒化株である。任意で、リケッチア(Rickettsia)株はリケッチア・コロニイ(Rickettsia coronii)種の弱毒化株である。任意で、レジオネラ(Legionella)株はレジオネラ・ニューモフィラ(Legionella pneumophilia)種の弱毒化株である。任意で、マイコバクテリア(Mycobacterium)株はマイコバクテリウム・ツベルクロシス(Mycobacterium tuberculosis)種の弱毒化株である。任意で、マイコバクテリア(Mycobacterium)株はマイコバクテリウム・ボビス(Mycobacterium bovis)BCG種の弱毒化株である。任意で、ヘリコバクター(Helicobacter)株はヘリコバクター・ピロリ(Helicobacter pylori)種の弱毒化株である。任意で、コクシエラ(Coxiella)株はコクシエラ・ブルネッティ(Coxiella burnetti)の弱毒化株である。任意で、ヘモフィルス(Haemophilus)株はヘモフィルス・インフルエンザエ(Haemophilus influenza)種の弱毒化株である。任意で、クラミジア(Chlamydia)株はクラミジア・トラコマティス(Chlamydia trachomatis)種の弱毒化株である。任意で、クラミジア(Chlamydia)株はクラミジア・ニューモニエ(Chlamydia pneumoniae)種の弱毒化株である。任意で、ナイセリア(Neisseria)株はナイセリア・ゴノレア(Neisseria gonorrheae)種の弱毒化株である。任意で、ナイセリア(Neisseria)株はナイセリア・メニンジティデイス(Neisseria meningitides)種の弱毒化株である。任意で、ブルコルデリア(Burkolderia)株はブルコルデリア・セパシア(Burkolderia cepacia)の弱毒化株である。任意で、ボルデテラ(Bordetella)株はボルデテラ・パータシス(Bordetella pertussis)種の弱毒化株である。任意で、ボレリア(Borrelia)株はボレリア・ハームシイ(Borrelia hermisii)の弱毒化株である。任意で、リステリア(Listeria)株はリステリア・モノサイトゲネス(Listeria monocytogenes)種の弱毒化株である。任意で、リステリア(Listeria)株はリステリア・イバノビイ(Listeria ivanovii)種の弱毒化株である。任意で、サルモネラ(Salmonella)株はサルモネラ・エンテリカ(Salmonella enterica)種の弱毒化株である。任意で、サルモネラ(Salmonella)株はサルモネラ・チフィムリウム(Salmonella typhimurium)種の弱毒化株である。任意で、サルモネラ・チフィムリウム(Salmonella typhimurium)株はSL7207またはVNP20009である。任意で、スタフィロコッカス(Staphylococcus)株はスタフィロコッカス・アウレウス(Staphylococcus aureus)種の弱毒化株である。任意で、ストレプトコッカス(Streptococcus)株はストレプトコッカス・ピオゲネス(Streptococcus pyogenes)種の弱毒化株である。任意で、ストレプトコッカス(Streptococcus)株はストレプトコッカス・ミュータンス(Streptococcus mutans)種の弱毒化株である。任意で、ストレプトコッカス(Streptococcus)株はストレプトコッカス・サリバリウス(Streptococcus salivarius)種の弱毒化株である。任意で、ストレプトコッカス(Streptococcus)株はストレプトコッカス・ニューモニエ(Streptococcus pneumonia)種の弱毒化株である。任意で、ポルフィロモナス(Porphyromonas)株はポルフィロモナス・ジンジバリス(Porphyromonas gingivalis)種の弱毒化株である。任意で、シュードモナス(Pseudomonas)はシュードモナス・エルギノーサ(Pseudomonas aeruginosa)種の弱毒化株である。任意で、トレポネーマ(Treponema)株はトレポネーマ・パリダム(Treponema pallidum)種の弱毒化株である。任意で、ビブリオ(Vibrio)株はビブリオ・コレラエ(Vibrio cholerae)種の弱毒化株である。任意で、大腸菌(E.coli)株はMM294である。
生来的に侵襲性であるとして文献に記載されている細菌(1.1節)、および生来的な非侵襲性細菌であるとして文献に記載されている細菌(1.2節)、および生来的に非病原性であるかまたは弱毒化されている細菌の例を以下に挙げる。一部の細菌は非侵襲性であるとして記載されている(1.2節)が、これらは、本発明に従った使用に関しては依然十分に侵襲性であり得る。生来的に侵襲性または非侵襲性として従来記載されているか否かに関わらず、いずれの細菌も改変してその侵襲特性を調節する、特に増大させることができる(例えば、1.3節に記載されているように)。
1.1 生来的に侵襲性の細菌
本発明で使用される特定の生来的に侵襲性の細菌が本発明にとって重要であるというわけではない。このような天然の侵襲性細菌としては、シゲラ(Shigella)菌種、サルモネラ(Salmonella)菌種、リステリア(Listeria)菌種、リケッチア(Rickettsia)菌種および腸管侵襲性大腸菌(Escherichia coli)が挙げられるが、これらに限定されない。
本発明で使用される特定の生来的に侵襲性の細菌が本発明にとって重要であるというわけではない。このような天然の侵襲性細菌としては、シゲラ(Shigella)菌種、サルモネラ(Salmonella)菌種、リステリア(Listeria)菌種、リケッチア(Rickettsia)菌種および腸管侵襲性大腸菌(Escherichia coli)が挙げられるが、これらに限定されない。
使用される特定のシゲラ(Shigella)株が本発明にとって重要であるというわけではない。本発明で使用され得るシゲラ(Shigella)株の例としては、シゲラ・フレックスネリ(Shigella flexneri)2a(ATCC No.29903)、シゲラ・ソネイ(Shigella sonnei)(ATCC No.29930)およびシゲラ・ディセンテリアエ(Shigella disenteriae)が挙げられる。弱毒化シゲラ(Shigella)株、例えばシゲラ・フレックスネリ(Shigella flexneri)2a 2457T aroA virG変異株CVD1203(Noriegaら,上記)、シゲラ・フレックスネリ(Shigella flexneri)M90T icsA変異株(Goldbergら,Infect.Immun.,62:5664−5668(1994))、シゲラ・フレックスネリ(Shigella flexneri)Y SFL114 aroD変異株(Karnellら,Vacc.,10:167−174(1992))およびシゲラ・フレックスネリ(Shigella flexneri)aroA aroD変異株(Vermaら,Vacc.,9:6−9(1991))などが本発明で好適に使用される。あるいは、弱毒化突然変異を単独でまたは1つ以上のさらなる弱毒化突然変異と共に導入することにより、新規な弱毒化シゲラ(Shigella)菌種を構築することができる。
送達ベクターとしてのシゲラ(Shigella)菌の少なくとも1つの利点は、結腸粘膜表面中のリンパ組織に対するその向性である。さらに、シゲラ(Shigella)複製の原発部位は樹状細胞およびマクロファージ内であると考えられており、これらは粘膜リンパ組織のM細胞基底側面に最もよく見られる(McGhee,J.R.ら(1994)Reproduction,Fertility,& Development 6:369;Pascual,D.W.ら(1994)Immunomethods 5:56で概説されている)。したがって、シゲラ(Shigella)ベクターは、これら専門の抗原提示細胞にRNA干渉を標的化する、または治療分子を送達するための手段を提供し得る。シゲラ(Shigella)ベクターの別の利点は、弱毒化シゲラ(Shigella)株がインビトロおよびインビボで核酸レポーター遺伝子を送達するということである(Sizemore,D.R.ら(1995)Science 270:299;Courvalin,P.ら(1995)Comptes Rendus de 1 Academie des Sciences Serie III−Sciences de la Vie−Life Sciences 318:1207;Powell,R.J.ら(1996)In:Molecular approaches to the control of infectious diseases.F.Brown,E.Norrby,D.BurtonおよびJ.Mekalanos,編,Cold Spring Harbor Laboratory Press,New York.183;Anderson,R.J.ら(1997)Abstracts for the 97th General Meeting of the American Society for Microbiology:E.)。実用的側面では、シゲラ(Shigella)の厳しく限定された宿主特異性により、中間宿主を介した食物連鎖内へのシゲラ(Shigella)ベクター伝播を防止できる。さらに、げっ歯類、霊長類および志願者において高度に弱毒化された弱毒化株が開発されている(Andersonら(1997)上記;Li,A.ら(1992)Vaccine 10:395;Li,A.ら(1993)Vaccine 11:180;Karnell,A.ら(1995)Vaccine 13:88;Sansonetti,P.J.およびJ.Arondel(1989)Vaccine 7:443;Fontaine,A.ら(1990)Research in Microbiology 141:907;Sansonetti,P.J.ら(1991)Vaccine 9:416;Noriega,F.R.ら(1994)Infection & Immunity 62:5168;Noriega,F.R.ら(1996)Infection & Immunity 64:3055;Noriega,F.R.ら(1996)Infection & Immunity 64:23;Noriega,F.R.ら(1996)Infection & Immunity 64:3055;Kotloff,K.L.ら(1996)Infection & Immunity 64:4542)。この後者の知見により、ヒトでの使用に十分耐え得るシゲラ(Shigella)ベクターの開発が可能となるであろう。
N−メチル−N’−ニトロ−N−ニトロソグアニジンのような薬剤を使用した非特異的突然変異誘発を用いて化学的に、あるいは組換えDNA技術;Tn10突然変異誘発、P22仲介形質導入、λファージ仲介乗換えおよび接合伝達のような古典的遺伝子技術;または組換えDNA技術を使用した部位特異的突然変異誘発を用いて、弱毒化突然変異を細菌内に導入することができる。組換えDNA技術は、組換えDNA技術により構築された株の方がはるかによく定義されるため好ましい。このような弱毒化突然変異の例としては、以下のものが非限定的に挙げられる:
(i)栄養要求性突然変異、例えばaro(Hoisethら,Nature,291:238−239(1981))、gua(McFarlandら,Microbiol.Path.,3:129−141(1987))、nad(Parkら,J.Bact.,170:3725−3730(1988)、thy(Nnalueら,Infect.Immun.,55:955−962(1987))およびasd(Curtiss,上記)などの突然変異;
(ii)全体的な制御機能を不活性化する突然変異、例えば、cya(Curtissら,Infect.Immun.,55:3035−3043(1987))、crp(Curtissら(1987),上記)、hoP/phoQ(Groismanら,Proc.Natl.Acad.Sci.,USA,86:7077−7081(1989);およびMillerら,Proc.Natl.Acad.Sci.,USA,86:5054−5058(1989))、phopc(Millerら,J.Bact.,172:2485−2490(1990))またはompR(Dormanら,Infect.Immun.,57:2136−2140(1989))などの突然変異;
(iii)ストレス応答を改変する突然変異、例えばrecA(Buchmeierら,Mol.Micro.,7:933−936(1993))、htrA(Johnsonら,Mol.Micro.,5:401−407(1991))、htpR(Neidhardtら,Biochem.Biophys.Res.Com.,100:894−900(1981))、hsp(Neidhardtら,Ann.Rev.Genet.,18:295−329(1984))およびgroEL(Buchmeierら,Sci.,248:730−732(1990))などの突然変異;
(iv)特定の毒性因子における突然変異、例えば、IsyA(Libbyら,Proc.Natl.Acad.Sci.,USA,91:489−493(1994))、pagまたはprg(Millerら(1990),上記;およびMillerら(1989),上記)、iscAまたはvirG(d’Hautevilleら,Mol.Micro.,6:833−841(1992))、plcA(Mengaudら,Mol.Microbiol.,5:367−72(1991);Camilliら,J.Exp.Med,173:751−754(1991))およびact(Brundageら,Proc.Natl.Acad.Sci.,USA,90:11890−11894(1993))などの突然変異;
(v)topA(Galanら,Infect.Immun.,58:1879−1885(1990))のようなDNAトポロジーに影響を与える突然変異;
(vi)min(de Boerら,Cell,56:641−649(1989))のような細胞周期を乱すまたは改変する突然変異;
(vii)自殺システムをコードする遺伝子、例えばsacB(Recorbetら,App.Environ.Micro.,59:1361−1366(1993);Quandtら,Gene,127:15−21(1993))、nuc(Ahrenholtzら,App.Environ.Micro.,60:3746−3751(1994))、hok、gef、kilまたはphlA(Molinら,Ann.Rev.Microbiol.,47:139−166(1993))などの導入;
(viii)リポ多糖および/または脂質Aの生合成を変化させる突然変異、例えばrFb(Raetz in Esherishia coli and Salmonella typhimurium,Neidhardtら,編,ASM Press,Washington D.C.pp1035−1063(1996))、galE(Honeら,J.Infect.Dis.,156:164−167(1987))およびhtrB(Raetz,上記)、msbB(Reatz,上記)など;
(ix)バクテリオファージ溶解システム、例えばP22にコードされる溶原菌(Rennellら,Virol,143:280−289(1985))、λムレイントランスグリコシラーゼ(Bienkowska−Szewczykら,Mol.Gen.Genet.,184:111−114(1981))またはS−遺伝子(Readerら,Virol,43:623−628(1971))の導入。
(i)栄養要求性突然変異、例えばaro(Hoisethら,Nature,291:238−239(1981))、gua(McFarlandら,Microbiol.Path.,3:129−141(1987))、nad(Parkら,J.Bact.,170:3725−3730(1988)、thy(Nnalueら,Infect.Immun.,55:955−962(1987))およびasd(Curtiss,上記)などの突然変異;
(ii)全体的な制御機能を不活性化する突然変異、例えば、cya(Curtissら,Infect.Immun.,55:3035−3043(1987))、crp(Curtissら(1987),上記)、hoP/phoQ(Groismanら,Proc.Natl.Acad.Sci.,USA,86:7077−7081(1989);およびMillerら,Proc.Natl.Acad.Sci.,USA,86:5054−5058(1989))、phopc(Millerら,J.Bact.,172:2485−2490(1990))またはompR(Dormanら,Infect.Immun.,57:2136−2140(1989))などの突然変異;
(iii)ストレス応答を改変する突然変異、例えばrecA(Buchmeierら,Mol.Micro.,7:933−936(1993))、htrA(Johnsonら,Mol.Micro.,5:401−407(1991))、htpR(Neidhardtら,Biochem.Biophys.Res.Com.,100:894−900(1981))、hsp(Neidhardtら,Ann.Rev.Genet.,18:295−329(1984))およびgroEL(Buchmeierら,Sci.,248:730−732(1990))などの突然変異;
(iv)特定の毒性因子における突然変異、例えば、IsyA(Libbyら,Proc.Natl.Acad.Sci.,USA,91:489−493(1994))、pagまたはprg(Millerら(1990),上記;およびMillerら(1989),上記)、iscAまたはvirG(d’Hautevilleら,Mol.Micro.,6:833−841(1992))、plcA(Mengaudら,Mol.Microbiol.,5:367−72(1991);Camilliら,J.Exp.Med,173:751−754(1991))およびact(Brundageら,Proc.Natl.Acad.Sci.,USA,90:11890−11894(1993))などの突然変異;
(v)topA(Galanら,Infect.Immun.,58:1879−1885(1990))のようなDNAトポロジーに影響を与える突然変異;
(vi)min(de Boerら,Cell,56:641−649(1989))のような細胞周期を乱すまたは改変する突然変異;
(vii)自殺システムをコードする遺伝子、例えばsacB(Recorbetら,App.Environ.Micro.,59:1361−1366(1993);Quandtら,Gene,127:15−21(1993))、nuc(Ahrenholtzら,App.Environ.Micro.,60:3746−3751(1994))、hok、gef、kilまたはphlA(Molinら,Ann.Rev.Microbiol.,47:139−166(1993))などの導入;
(viii)リポ多糖および/または脂質Aの生合成を変化させる突然変異、例えばrFb(Raetz in Esherishia coli and Salmonella typhimurium,Neidhardtら,編,ASM Press,Washington D.C.pp1035−1063(1996))、galE(Honeら,J.Infect.Dis.,156:164−167(1987))およびhtrB(Raetz,上記)、msbB(Reatz,上記)など;
(ix)バクテリオファージ溶解システム、例えばP22にコードされる溶原菌(Rennellら,Virol,143:280−289(1985))、λムレイントランスグリコシラーゼ(Bienkowska−Szewczykら,Mol.Gen.Genet.,184:111−114(1981))またはS−遺伝子(Readerら,Virol,43:623−628(1971))の導入。
弱毒化突然変異は、恒常的に、あるいは温度感受性熱ショックプロモーターファミリー(Neidhardtら,上記)のような誘導性プロモーター、または嫌気的に誘導されるnirBプロモーター(Harborneら,Mol.Micro.,6:2805−2813(1992))、またはuapA(Gorfinkielら,J.Biol.Chem.,268:23376−23381(1993))もしくはgcv(Staufferら,J.Bact.,176:6159−6164(1994))のような抑制性プロモーターの制御下で、発現させることができる。
使用される特定のリステリア(Listeria)株が本発明にとって重要であるというわけではない。本発明で使用され得るリステリア(Listeria)株の例としては、リステリア・モノサイトゲネス(Listeria monocytogenes)(ATCC No.15313)が挙げられる。リステリア・モノサイトゲネス(Listeria monocytogenes)actA変異株(Brundageら,上記)またはL.モノサイトゲネス(L.monocytogenes)plcA(Camilliら,J.Exp.Med.,173:751−754(1991))のような弱毒化リステリア(Listeria)株が本発明で好適に使用される。あるいは、シゲラ(Shigella)菌種に関する上記(i)〜(vii)群の1つ以上の弱毒化突然変異を導入することにより、新規な弱毒化リステリア(Listeria)株を構築することができる。
使用される特定のサルモネラ(Salmonella)株が本発明にとって重要であるというわけではない。本発明で使用され得るサルモネラ(Salmonella)株の例としては、サルモネラ・チフィ(Salmonella typhi)(ATCC No.7251)およびS.チフィムリウム(S.typhimurium)(ATCC No.13311)が挙げられる。弱毒化サルモネラ(Salmonella)株が本発明で好適に使用され、かつS.チフィ−aroC−aroD(Honeら,Vacc.9:810(1991)およびS.チフィムリウム(S.typhimurium)aroA変異株(Mastroeniら,Micro.Pathol.13:477(1992))を含む。あるいは、シゲラ(Shigella)菌種に関する上記1つ以上の弱毒化突然変異を導入することにより、新規な弱毒化サルモネラ(Salmonella)株を構築することができる。
使用される特定のリケッチア(Rickettsia)株が本発明にとって重要であるというわけではない。本発明で使用され得るリケッチア(Rickettsia)株の例としては、リケッチア・リケッチアエ(Rickettsia Rickettsiae)(ATCC No.VR149およびVR891)、リケッチア・プロワセキイ(Ricketsia prowaseckii)(ATCC No.VR233)、リケッチア・ツツガムシ(Rickettsia tsutsugamuchi)(ATCC No.VR312、VR150およびVR609)、リケッチア・モーセリ(Rickettsia mooseri)(ATCC No.VR144)、リケッチア・シビリカ(Rickettsia sibirica)(ATCC No.VR151)およびロシャリメア・クイターナ(Rochalimaea quitana)(ATCC No.VR358)が挙げられる。弱毒化リケッチア(Rickettsia)株が本発明で好適に使用され、かつシゲラ(Shigella)菌種に関する上記(i)〜(vii)群の1つ以上の弱毒化突然変異を導入することにより構築することができる。
使用される特定の腸管侵襲性エシェリキア(Escherichia)株が本発明にとって重要であるというわけではない。本発明で使用され得る腸管侵襲性エシェリキア(Escherichia)株の例としては、大腸菌(Escherichia coli)株4608−58、1184−68、53638−C−17、13−80および6−81(Sansonettiら,Ann.Microbiol.(Inst.Pasteur),132A:351−355(1982))が挙げられる。弱毒化腸管侵襲性エシェリキア(Escherichia)株が本発明で好適に使用され、かつシゲラ(Shigella)菌種に関する上記(i)〜(vii)群の1つ以上の弱毒化突然変異を導入することにより構築することができる。
さらに、細菌以外の特定の微生物も細胞取り込みのためにインテグリン分子(特定の侵襲因子に対する受容体である)と相互作用することができるため、このような微生物も標的細胞内へのRNA導入に使用することができる。例えば、ウイルス、例えば口蹄疫ウイルス、エコーウイルスおよびアデノウイルス、ならびに真核病原体、例えばヒストプラズマ・カプスラーツム(Histoplasma capsulatum)および森林型熱帯リーシュマニア(Leishmania major)はインテグリン分子と相互作用する。
1.2 弱侵襲性細菌
本発明で使用することができ、非侵襲性または少なくとも前節(1.1)に記載の細菌よりも弱い侵襲性であるとして文献に記載されている細菌の例としては、エルシニア(Yersinia)菌種、エシェリキア(Escherichia)菌種、クレブシエラ(Klebsiella)菌種、ボルデテラ(Bordetella)菌種、ナイセリア(Neisseria)菌種、エロモナス(Aeromonas)菌種、フランシエセラ(Franciesella)菌種、コリネバクテリウム(Corynebacterium)菌種、シトロバクター(Citrobacter)菌種、クラミジア(Chlamydia)菌種、ヘモフィルス(Haemophilus)菌種、ブルセラ(Brucella)菌種、マイコバクテリア(Mycobacterium)菌種、レジオネラ(Legionella)菌種、ロドコッカス(Rhodococcus)菌種、シュードモナス(Pseudomonas)菌種、ヘリコバクター(Helicobacter)菌種、ビブリオ(Vibrio)菌種、バチルス(Bacillus)菌種およびエリジペロトリックス(Erysipelothrix)菌種が挙げられるが、これらに限定されない。これらの細菌は、改変してその侵襲ポテンシャルを増加させる必要があり得る。
本発明で使用することができ、非侵襲性または少なくとも前節(1.1)に記載の細菌よりも弱い侵襲性であるとして文献に記載されている細菌の例としては、エルシニア(Yersinia)菌種、エシェリキア(Escherichia)菌種、クレブシエラ(Klebsiella)菌種、ボルデテラ(Bordetella)菌種、ナイセリア(Neisseria)菌種、エロモナス(Aeromonas)菌種、フランシエセラ(Franciesella)菌種、コリネバクテリウム(Corynebacterium)菌種、シトロバクター(Citrobacter)菌種、クラミジア(Chlamydia)菌種、ヘモフィルス(Haemophilus)菌種、ブルセラ(Brucella)菌種、マイコバクテリア(Mycobacterium)菌種、レジオネラ(Legionella)菌種、ロドコッカス(Rhodococcus)菌種、シュードモナス(Pseudomonas)菌種、ヘリコバクター(Helicobacter)菌種、ビブリオ(Vibrio)菌種、バチルス(Bacillus)菌種およびエリジペロトリックス(Erysipelothrix)菌種が挙げられるが、これらに限定されない。これらの細菌は、改変してその侵襲ポテンシャルを増加させる必要があり得る。
使用される特定のエルシニア(Yersinia)株が本発明にとって重要であるというわけではない。本発明で使用され得るエルシニア(Yersinia)株の例としては、Y.エンテロコリティカ(Y.enterocolitica)(ATCC No.9610)またはY.ペスティス(Y.pestis)(ATCC No.19428)が挙げられる。Y.エンテロコリティカ(Y.enterocolitica)Ye03−R2(al−Hendyら,Infect.Immun.,60:870−875(1992))またはY.エンテロコリティカ(Y.enterocolitica)aroA(O’Gaoraら,Micro.Path.,9:105−116(1990))が本発明で好適に使用される。あるいは、シゲラ(Shigella)菌種に関する上記(i)〜(vii)群の1つ以上の弱毒化突然変異を導入することにより、新規な弱毒化エルシニア(Yersinia)株を構築することができる。
使用される特定のエシェリキア(Escherichia)株が本発明にとって重要であるというわけではない。本発明で使用され得るエシェリキア(Escherichia)株の例としては、大腸菌(E.coli)Nissle1917、MM294、H10407(Elinghorstら,Infect.Immun.,60:2409−2417(1992))および大腸菌(E.coli)EFC4、CFT325およびCPZ005(Donnenbergら,J.Infect.Dis.,169:831−838(1994))が挙げられる。弱毒化シチメンチョウ病原菌である大腸菌(E.coli)02carAB変異株(Kwagaら,Infect.Immun.,62:3766−3772(1994))またはCEQ201のような弱毒化エシェリキア(Escherichia)株が本発明で好適に使用される。あるいは、シゲラ(Shigella)菌種に関する上記(i)〜(vii)群の1つ以上の弱毒化突然変異を導入することにより、新規な弱毒化エシェリキア(Escherichia)株を構築することができる。
使用される特定のクレブシエラ(Klebsiella)株が本発明にとって重要であるというわけではない。本発明で使用され得るクレブシエラ(Klebsiella)株の例としては、K.ニューモニエ(K.pneumoniae)(ATCC No.13884)が挙げられる。弱毒化クレブシエラ(Klebsiella)株が本発明で好適に使用され、かつシゲラ(Shigella)菌種に関する上記(i)〜(vii)群の1つ以上の弱毒化突然変異を導入することにより構築することができる。
使用される特定のボルデテラ(Bordetella)株が本発明にとって重要であるというわけではない。本発明で使用され得るボルデテラ(Bordetella)株の例としては、B.ブロンキセプチカ(B.bronchiseptica)(ATCC No.19395)が挙げられる。弱毒化ボルデテラ(Bordetella)株が本発明で好適に使用され、かつシゲラ(Shigella)菌種に関する上記(i)〜(vii)群の1つ以上の弱毒化突然変異を導入することにより構築することができる。
使用される特定のナイセリア(Neisseria)株が本発明にとって重要であるというわけではない。本発明で使用され得るナイセリア(Neisseria)株の例としては、N.メニンギティディス(N.meningitidis)(ATCC No.13077)およびN.ゴノレー(N.gonorrhoeae)(ATCC No.19424)が挙げられる。N.ゴノレー(N.gonorrhoeae)MS11aro変異株(Chamberlainら,Micro.Path.,15:51−63(1993))のような弱毒化ナイセリア(Neisseria)株が本発明で好適に使用される。あるいは、シゲラ(Shigella)菌種に関する上記(i)〜(vii)群の1つ以上の弱毒化突然変異を導入することにより、新規な弱毒化ナイセリア(Neisseria)株を構築することができる。
使用される特定のエロモナス(Aeromonas)株が本発明にとって重要であるというわけではない。本発明で使用され得るエロモナス(Aeromonas)株の例としては、A.ユークレノフィラ(A.eucrenophila)(ATCC No.23309)が挙げられる。あるいは、シゲラ(Shigella)菌種に関する上記(i)〜(vii)群の1つ以上の弱毒化突然変異を導入することにより、新規な弱毒化エロモナス(Aeromonas)株を構築することができる。
使用される特定のフランシエセラ(Franciesella)株が本発明にとって重要であるというわけではない。本発明で使用され得るフランシエセラ(Franciesella)株の例としては、F.ツラレンシス(F.tularensis)(ATCC No.15482)が挙げられる。弱毒化フランシエセラ(Franciesella)株が本発明で好適に使用され、かつシゲラ(Shigella)菌種に関する上記(i)〜(vii)群の1つ以上の弱毒化突然変異を導入することにより構築することができる。
使用される特定のコリネバクテリウム(Corynebacterium)株が本発明にとって重要であるというわけではない。本発明で使用され得るコリネバクテリウム(Corynebacterium)株の例としては、C.シュードツベルクロシス(C.pseudotuberculosis)(ATCC No.19410)が挙げられる。弱毒化コリネバクテリウム(Corynebacterium)株が本発明で好適に使用され、かつシゲラ(Shigella)菌種に関する上記(i)〜(vii)群の1つ以上の弱毒化突然変異を導入することにより構築することができる。
使用される特定のシトロバクター(Citrobacter)株が本発明にとって重要であるというわけではない。本発明で使用され得るシトロバクター(Citrobacter)株の例としては、C.フロインデイ(C.freundII)(ATCC No.8090)が挙げられる。弱毒化シトロバクター(Citrobacter)株が本発明で好適に使用され、かつシゲラ(Shigella)菌種に関する上記(i)〜(vii)群の1つ以上の弱毒化突然変異を導入することにより構築することができる。
使用される特定のクラミジア(Chlamydia)株が本発明にとって重要であるというわけではない。本発明で使用され得るクラミジア(Chlamydia)株の例としては、C.ニューモニエ(C.pneumoniae)(ATCC No.VR1310)が挙げられる。弱毒化クラミジア(Chlamydia)株が本発明で好適に使用され、かつシゲラ(Shigella)菌種に関する上記(i)〜(vii)群の1つ以上の弱毒化突然変異を導入することにより構築することができる。
使用される特定のヘモフィルス(Hemophilus)株が本発明にとって重要であるというわけではない。本発明で使用され得るヘモフィルス(Hemophilus)株の例としては、H.ソルヌス(H.sornnus)(ATCC No.43625)が挙げられる。弱毒化ヘモフィルス(Hemophilus)株が本発明で好適に使用され、かつシゲラ(Shigella)菌種に関する上記(i)〜(vii)群の1つ以上の弱毒化突然変異を導入することにより構築することができる。
使用される特定のブルセラ(Brucella)株が本発明にとって重要であるというわけではない。本発明で使用され得るブルセラ(Brucella)株の例としては、B.アボルタス(B.abortus)(ATCC No.23448)が挙げられる。弱毒化ブルセラ(Brucella)株が本発明で好適に使用され、かつシゲラ(Shigella)菌種に関する上記(i)〜(vii)群の1つ以上の弱毒化突然変異を導入することにより構築することができる。
使用される特定のマイコバクテリア(Mycobacterium)株が本発明にとって重要であるというわけではない。本発明で使用され得るマイコバクテリア(Mycobacterium)株の例としては、M.イントラセルラーレ(M.intracellulare)(ATCC No.13950)およびM.ツベルクローシス(M.tuberculosis)(ATCC No.27294)が挙げられる。弱毒化マイコバクテリア(Mycobacterium)株が本発明で好適に使用され、かつシゲラ(Shigella)菌種に関する上記(i)〜(vii)群の1つ以上の弱毒化突然変異を導入することにより構築することができる。
使用される特定のレジオネラ(Legionella)株が本発明にとって重要であるというわけではない。本発明で使用され得るレジオネラ(Legionella)株の例としては、L.ニューモフィラ(L.pneumophila)(ATCC No.33156)が挙げられる。L.ニューモフィラ(L.pneumophila)mip変異株(Ott,FEMS Micro.Rev.,14:161−176(1994))のような弱毒化レジオネラ(Legionella)株が本発明で好適に使用される。あるいは、シゲラ(Shigella)菌種に関する上記(i)〜(vii)群の1つ以上の弱毒化突然変異を導入することにより、新規な弱毒化レジオネラ(Legionella)株を構築することができる。
使用される特定のロドコッカス(Rhodococcus)株が本発明にとって重要であるというわけではない。本発明で使用され得るロドコッカス(Rhodococcus)株の例としては、R.エクイ(R.equi)(ATCC No.6939)が挙げられる。弱毒化ロドコッカス(Rhodococcus)株が本発明で好適に使用され、かつシゲラ(Shigella)菌種に関する上記(i)〜(vii)群の1つ以上の弱毒化突然変異を導入することにより構築することができる。
使用される特定のシュードモナス(Pseudomonas)株が本発明にとって重要であるというわけではない。本発明で使用され得るシュードモナス(Pseudomonas)株の例としては、P.エルジノーサ(P.aeruginosa)(ATCC No.23267)が挙げられる。弱毒化シュードモナス(Pseudomonas)株が本発明で好適に使用され、かつシゲラ(Shigella)菌種に関する上記(i)〜(vii)群の1つ以上の弱毒化突然変異を導入することにより構築することができる。
使用される特定のヘリコバクター(Helicobacter)株が本発明にとって重要であるというわけではない。本発明で使用され得るヘリコバクター(Helicobacter)株の例としては、H.ムステラエ(H.mustelae)(ATCC No.43772)が挙げられる。弱毒化ヘリコバクター(Helicobacter)株が本発明で好適に使用され、かつシゲラ(Shigella)菌種に関する上記(i)〜(vii)群の1つ以上の弱毒化突然変異を導入することにより構築することができる。
使用される特定のサルモネラ(Salmonella)株が本発明にとって重要であるというわけではない。本発明で使用され得るサルモネラ(Salmonella)株の例としては、サルモネラ・チフィ(Salmonella typhi)(ATCC No.7251)およびS.チフィムリウム(S.typhimurium)(ATCC No.13311)が挙げられる。弱毒化サルモネラ(Salmonella)株が本発明で好適に使用され、かつS.チフィ(S.typhi)aroC aroD(Honeら,Vacc.,9:810−816(1991))およびS.チフィムリウム(S.typhimurium)aroA変異株(Mastroeniら,Micro.Pathol,13:477−491(1992)))を含む。あるいは、シゲラ(Shigella)菌種に関する上記(i)〜(vii)群の1つ以上の弱毒化突然変異を導入することにより、新規な弱毒化サルモネラ(Salmonella)株を構築することができる。
使用される特定のビブリオ(Vibrio)株が本発明にとって重要であるというわけではない。本発明で使用され得るビブリオ(Vibrio)株の例としては、ビブリオ・コレラエ(Vibrio cholerae)(ATCC No.14035)およびビブリオ・シンシンナティエンシス(Vibrio cincinnatiensis)(ATCC No.35912)が挙げられる。弱毒化ビブリオ(Vibrio)株が本発明で好適に使用され、かつV.コレラエ(V.cholerae)RSI毒性変異株(Taylorら,J.Infect.Dis.,170:1518−1523(1994))およびV.コレラエ(V.cholerae)ctxA、ace、zot、cep変異株(Waldorら,J.Infect.Dis.,170:278−283(1994))を含む。あるいは、シゲラ(Shigella)菌種に関する上記(i)〜(vii)群の1つ以上の弱毒化突然変異を導入することにより、新規な弱毒化ビブリオ(Vibrio)株を構築することができる。
使用される特定のバチルス(Bacillus)株が本発明にとって重要であるというわけではない。本発明で使用され得るバチルス(Bacillus)株の例としては、バチルス・スブチリス(Bacillus subtilis)(ATCC No.6051)が挙げられる。弱毒化バチルス(Bacillus)株が本発明で好適に使用され、かつB.アントラシス(B.anthracis)変異株pX01(Welkosら,Micro.Pathol,14:381−388(1993))および弱毒化BCG株(Stoverら,Nat.,351:456−460(1991))を含む。あるいは、シゲラ(Shigella)菌種に関する上記(i)〜(vii)群の1つ以上の弱毒化突然変異を導入することにより、新規な弱毒化バチルス(Bacillus)株を構築することができる。
使用される特定のエリジペロトリックス(Erysipelothrix)株が本発明にとって重要であるというわけではない。本発明で使用され得るエリジペロトリックス(Erysipelothrix)株の例としては、エリジペロトリックス・ルジオパシエ(Erysipelothrix rhusiopathiae)(ATCC No.19414)およびエリジペロトリックス・トンシラルム(Erysipelothrix tonsillarum)(ATCC No.43339)が挙げられる。弱毒化エリジペロトリックス(Erysipelothrix)株が本発明で好適に使用され、かつE.ルジオパシエ(E.rhusiopathiae)Kg−1aおよびKg−2(Wataraiら,J.Vet.Med.Sci.,55:595−600(1993))ならびにE.ルジオパシエ(E.rhusiopathiae)ORVAC変異株(Markowska−Danielら,Int.J.Med.Microb.Virol.Parisit.Infect.Dis.,277:547−553(1992))を含む。あるいは、シゲラ(Shigella)菌種に関する上記(i)〜(vii)群の1つ以上の弱毒化突然変異を導入することにより、新規な弱毒化エリジペロトリックス(Erysipelothrix)株を構築することができる。
1.3 細菌株の侵襲特性増大のための方法
微生物が侵襲性または非侵襲性として従来記載されている否かに関わらず、これらの微生物を操作して、例えばシゲラ(Shigella)菌種、リステリア(Listeria)菌種、リケッチア(Rickettsia)菌種または腸管侵襲性大腸菌(E.coli)菌種を模倣することにより、その侵襲特性を増大させることができる。例えば、微生物が細胞、例えば前記非侵襲性細菌の天然の宿主内の細胞の細胞質に接近することを可能にする1つ以上の遺伝子を、その微生物内に導入することができる。
微生物が侵襲性または非侵襲性として従来記載されている否かに関わらず、これらの微生物を操作して、例えばシゲラ(Shigella)菌種、リステリア(Listeria)菌種、リケッチア(Rickettsia)菌種または腸管侵襲性大腸菌(E.coli)菌種を模倣することにより、その侵襲特性を増大させることができる。例えば、微生物が細胞、例えば前記非侵襲性細菌の天然の宿主内の細胞の細胞質に接近することを可能にする1つ以上の遺伝子を、その微生物内に導入することができる。
本明細書で「細胞質標的化遺伝子」と呼ばれるこのような遺伝子の例としては、シゲラ(Shigella)による侵襲を可能にするタンパク質をコードする遺伝子、または腸管侵襲性エシェリキア(Escherichia)またはリステリア(Listeria)のリステリオリシンOの類似した侵襲遺伝子が挙げられ、上述の技術は多様な侵襲性細菌の動物細胞細胞質への侵襲および侵入を可能にすることが知られている。(Formalら,Infect.Immun.,46:465(1984);Bieleckeら,Nature,345:175−176(1990);Smallら,In:Microbiology−1986,p.121−124,Levineら,編,American Society for Microbiology,Washington,D.C.(1986);Zychlinskyら,Molec.Micro.,11:619−627(1994);Gentschevら(1995)Infection & Immunity 63:4202;Isberg,R.R.およびS.Falkow(1985)Nature 317:262;ならびにIsberg,R.R.ら(1987)Cell 50:769)。上記細胞質標的化遺伝子を細菌株内に転移するための方法は、当該技術分野で公知である。細菌の侵襲特性を増大させるために細菌内に導入し得る別の好適な遺伝子は、エルシニア・シュードツベルクロシス(Yersinia pseudotuberculosis)由来のインベイシンタンパク質をコードする(Leongら,EMBO J.,9:1979(1990))。また、インベイシンをリステリオリシンと組み合わせて導入することにより、細菌の侵襲特性を、これら遺伝子の一方の導入に比べてさらに増大させることができる。上記遺伝子は例示を目的として記載されている;しかし、分子、特にRNAまたはRNAをコードするDNA分子の微生物から細胞、例えば動物細胞の細胞質内への送達に関与する、1つ以上の源由来の任意の遺伝子または遺伝子の組合せで十分であることは、当業者に明らかであろう。したがって、このような遺伝子は細菌遺伝子に限定されず、エンドソーム溶解(endosmolysis)を促進するインフルエンザウイルス赤血球凝集素HA−2(Plankら,J.Biol.Chem.,269:12918−12924(1994))のようなウイルス遺伝子を包含する。
上記細胞質標的化遺伝子は、例えば、所望の細胞質標的化遺伝子を保有する侵襲性細菌から単離されたDNAからPCR増幅により得ることができる。PCR用のプライマーは、例えば、上記参考文献および/またはGenBank(インターネット上で公表されている(www.ncbi.nlm.nih.gov/))にある、当該技術分野において入手可能なヌクレオチド配列から設計することができる。PCRプライマーを細胞質標的化遺伝子、細胞質標的化オペロン、細胞質標的化遺伝子クラスターまたは細胞質標的化遺伝子レギュロンを増幅するように設計することができる。使用されるPCRストラテジーは、細胞質標的化遺伝子または標的侵襲性細菌の遺伝子の遺伝子構成によって決まる。PCRプライマーを、標的DNA配列の始めと終わりのDNA配列と相同な配列を含むように設計する。次いで、細胞質標的化遺伝子を標的細菌株内に、例えばHfr転移またはプラスミド可動化(Miller,A Short Course in Bacterial Genetics,Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,N.Y.(1992);Bothwellら,上記;およびAusubelら,上記)、バクテリオファージ仲介形質導入(de Boer,上記;Miller,上記;およびAusubelら,上記)、化学的形質転換(Bothwellら,上記;Ausubelら,上記)、エレクトロポレーション(Bothwelら,上記;Ausubelら,上記;およびSambrook,Molecular Cloning:A Laboratory Manual,Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,N.Y.)および物理的形質転換技術(Johnstonら,上記;およびBothwell,上記)を用いて導入することができる。細胞質標的化遺伝子は、溶原性バクテリオファージ(de Boerら,Cell,56:641−649(1989))、プラスミドベクター(Curtissら,上記)内に組み込む、または標的株の染色体内にスプライスする(Honeら,上記)ことができる。
上記のように細菌およびBTPを遺伝子操作してその侵襲特性を増大させることに加え、侵襲因子を細菌と連結することにより細菌およびBTPを改変することもできる。したがって、一実施形態では、細菌を侵襲因子、例えばタンパク質インベイシン、インベイシン誘導体または侵襲性に十分なそれらのフラグメントで共有結合的または非共有結合的にコーティングすることにより侵襲性を増大させる。実際、エルシニア・シュードツベルクロシス(Yersinia pseudotuberculosis)由来の精製インベイシンまたはインベイシンのカルボキシル末端192アミノ酸でコーティングした非侵襲性細菌細胞は哺乳動物細胞への侵入が可能であることが示されている(Leongら(1990)EMBO J.9:1979)。さらに、インベイシンのカルボキシル末端領域でコーティングされたラテックスビーズが哺乳動物細胞により効率的に内部移行され、抗体固定化インベイシンでコーティングされたスタフィロコッカス・アウレウス(Staphylococcus aureus)も同様である(IsbergおよびTran van Nhieu(1994)Ann.Rev.Genet.27:395で概説されている)。あるいは、細菌を、細菌侵入因子により認識される表面分子と特異的に結合する抗体、そのバリアントまたはそのフラグメントでコーティングすることもできる。例えば、細菌をインテグリン分子、例えば、細菌インベイシンタンパク質と相互作用する表面分子であることが知られているα5β1に対するモノクローナル抗体でコーティングすると、その細菌は内部移行されることが示されている(IsbergおよびTran van Nhieu,上記)。このような抗体は当該技術分野で公知の方法に従って調製することができる。抗体の効力は、例えば上記の方法に従って、細菌をその抗体でコーティングし、細菌をその抗体により認識される表面受容体を有する真核細胞と接触させて、細胞内細菌の有無を観察することにより試験することができる。侵襲因子を細菌表面と連結させるための方法は当該技術分野で公知であり、架橋を含む。
3.プラスミドおよびベクター
本発明はまた、1つ以上のsiRNAをコードする少なくとも1つのDNA分子および少なくとも1つのプロモーターを含む、少なくとも1つのベクターを提供し、ここでは、発現されたsiRNAが対象遺伝子の少なくとも1つのmRNAを阻害する。好適な一実施形態では、本発明は、1つ以上のsiRNAをコードする少なくとも1つのDNA分子および少なくとも1つのRNAポリメラーゼIII適合性プロモーターもしくは少なくとも1つの原核生物プロモーターを含む、少なくとも1つの原核生物ベクターを提供し、ここでは、発現されたsiRNAが対象遺伝子の少なくとも1つのmRNAを阻害する。
本発明はまた、1つ以上のsiRNAをコードする少なくとも1つのDNA分子および少なくとも1つのプロモーターを含む、少なくとも1つのベクターを提供し、ここでは、発現されたsiRNAが対象遺伝子の少なくとも1つのmRNAを阻害する。好適な一実施形態では、本発明は、1つ以上のsiRNAをコードする少なくとも1つのDNA分子および少なくとも1つのRNAポリメラーゼIII適合性プロモーターもしくは少なくとも1つの原核生物プロモーターを含む、少なくとも1つの原核生物ベクターを提供し、ここでは、発現されたsiRNAが対象遺伝子の少なくとも1つのmRNAを阻害する。
本発明のTRIP(生物界間(transkingdom)RNA干渉プラスミド)ベクターおよびプラスミドは、多重クローニング部位、プロモーター配列およびターミネーター配列を含む。TRIPベクターおよびプラスミドはまた、非侵襲性細菌またはBTPの哺乳動物細胞への侵入を可能にする侵襲因子をコードする1つ以上の配列(例えば、細菌またはBTPのβ1−インテグリン陽性哺乳動物細胞への侵入を可能にする侵襲をコードするInv遺伝子座)(Youngら,J.Cell Biol.116,197−207(1992))および遺伝物質の侵入小胞回避を可能にする1つ以上の配列(例えば、リステリオリシンOをコードするHlyA遺伝子)(Mathewら,Gene Ther.10,1105−1115(2003)およびGrillot−Courvalinら,Nat.Biotechnol.16,862−866(1998))も含む。TRIPは国際公開第06/066048号にも記載されている(ベクター/プラスミドの模式図も含む)。好適な実施形態では、TRIPベクターおよびプラスミドは、適当なプロモーター配列およびターミネーター配列の制御下で短鎖ヘアピンRNAをコードするヘアピンRNA発現カセットを組み込む。
これらの構築物の設計に際しては、アルゴリズムを用いて、siRNA開発に関する既知のいくつかの問題点、すなわち:(1)不適格な特性(SNP、インターフェロンモチーフ)の排除;(2)ref seq中に相同性があった場合(19/21、他の任意の遺伝子と隣接する>17)の配列の排除;(3)著しいmiRNAのシードタイプ一致が存在した場合の配列の排除を考慮に入れた。
本明細書に記載されるように、1つ以上のsiRNAをコードする1つ以上のDNA分子が真核標的細胞内で転写されるか、あるいは細菌またはBTP内で転写される。
DNAが真核細胞内で転写される実施形態では、1つ以上のsiRNAがshRNAとして真核細胞内で転写される。真核細胞はインビボ、インビトロまたはエキソビボであってよい。この実施形態の一態様では、1つ以上のsiRNAをコードする1つ以上のDNA分子は真核生物プロモーターを含む。任意で、真核生物プロモーターはRNAポリメラーゼIIIプロモーターである。任意で、RNAポリメラーゼIIIプロモーターはU6プロモーターまたはH1プロモーターである。
DNAが細菌またはBTP内で転写される実施形態では、1つ以上のDNA分子は原核生物プロモーターを含む。任意で、原核生物プロモーターは大腸菌(E.coli)プロモーターである。好ましくは、大腸菌(E.coli)プロモーターはT7プロモーター、lacUV5プロモーター、改変lacUV5プロモーター、RNAポリメラーゼプロモーター、gapAプロモーター、pA1プロモーター、lac制御性プロモーター、araC+ParaBADプロモーター、T5プロモーター、Ptacプロモーター(Estremら,1998,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 95,9761−9766;Mengら,2001,Nucleic Acids Res.29,4166−417;De Boerら,1983,Proc.NatL Acad.Sci.USA 80,21−25)またはrecAプロモーターであり得る。
好適なプロモーター配列を表1に挙げる。
DNAが細菌またはBTP内で転写される実施形態では、大腸菌(E.coli)プロモーターはターミネーターを伴う。好ましくは、大腸菌(E.coli)ターミネーターはT7ターミネーター、lacUV5ターミネーター、Rho非依存性ターミネーター、Rho依存性ターミネーターまたはRNAポリメラーゼターミネーターであり得る。
好適なターミネーター配列を表2に挙げる。
さらなる実施形態では、本発明のベクターおよびプラスミドは、1つ以上のエンハンサー配列、選択マーカーまたは溶菌制御システム配列をさらに含む。
本発明の一態様では、1つ以上のDNA分子は原核生物エンハンサーを含む。任意で、原核生物エンハンサーはT7エンハンサーである。任意で、T7エンハンサーは配列GAGACAGG(配列番号:22)を有する。この実施形態の別の態様では、1つ以上のDNA分子は原核生物ターミネーターを含む。
本発明の別の態様では、1つ以上のDNA分子は1つ以上の選択マーカーを伴う。この実施形態の一態様では、選択マーカーは、1つ以上の突然変異を含むアンバーサプレッサーまたは1つ以上の突然変異を含むジアミノピメリン酸(DAP)である。任意で、dap遺伝子は、非限定的にdapAおよびdapEから選択される。
好適な選択マーカー配列を表3に挙げる。
任意で、アンバーサプレッサーはプロモーターまたはターミネーターを伴う。任意で、プロモーターはリポタンパク質プロモーターである。好適なプロモーター配列を表4に挙げる。
任意で、ターミネーターはrrnCターミネーターである。好適なターミネーター配列を表5に挙げる。
細菌およびBTP送達は、それらが遺伝子操作の影響を受けやすく、特定の適用に特異的に適合させたベクター株の生産が可能であるという理由から、ウイルス送達よりも魅力的である。本発明の一実施形態では、本発明の方法を用いて組織特異的な方法でRNAiを引き起こす細菌またはBTPを作出する。
siRNAをコードするプラスミドまたは1つ以上のsiRNAの細胞内細菌またはBTPからの遊離は、能動的な機序を介して起こる。1つの機序としては、S.チフィムリウム(S.typhimuriumm)におけるIII型排出システムが挙げられ、これは細菌またはBTPの細胞膜にわたり存在する特化した多タンパク質複合体であり、その機能には、標的細胞に向けたシグナル伝達を可能にする、毒性因子の細胞外への分泌が含まれるが、これは標的細胞内に抗原を送達するためにも使用することができ(Russmann H.Int J Med Microbiol,293:107−12(2003))、あるいは溶菌および細菌またはBTP内容物の細胞質内への遊離を介するものが挙げられる。細胞内の細菌またはBTPの溶解は、細胞内で活性な抗生物質(テトラサイクリン)の添加を含めた様々な機序を介して、細菌代謝の減弱化(栄養要求性)を介して、あるいは環境、例えばpH、マグネシウム濃度、リン酸塩濃度、第二鉄イオン濃度、モル浸透圧濃度、嫌気条件、栄養不足および標的細胞もしくは宿主食胞全般のストレスに感受性のある細菌レギュレーター、プロモーターおよびセンサーを含む溶菌制御システムまたは細菌自殺システムを介して自然に誘発される。細菌またはBTPの溶菌制御システムが1つ以上の上記環境条件を感知した場合、生来的にまたは改変により細菌またはBTPが発現する抗菌性タンパク質、バクテリオファージ溶菌酵素および自己溶菌酵素、あるいは生来的にまたは改変、例えば遺伝子改変により細菌またはBTPが発現するポア形成タンパク質(細菌またはBTPを含有する食胞を破壊して、siRNAをコードするプラスミドまたは1つ以上のsiRNAを遊離する)を非限定的に含む1つ以上の機序により、細菌またはBTP溶解が誘発される。
溶菌制御システムのレギュレーターは、OmpR、ArcA、PhoP、PhoB、Fur、RstA、EvgAおよびRpoSを非限定的に含む群から選択され得る。好適な溶解レギュレーター配列を表6に挙げる。
溶菌制御システムのプロモーターは、ompF、ompC、fadB、phoPQ、mgtA、mgrB、psiB、phnD、Ptrp、sodA、sodB、sltA、sltB、asr、csgD、emrKY、yhiUV、acrAB、mdfAおよびtolCを非限定的に含む群から選択され得る。好適な溶菌制御システムプロモーター配列を表7に挙げる。
溶菌制御システムのセンサーは、EnvZ、ArcB、PhoQ、PhoR、RstBおよびEvgSを非限定的に含む群から選択され得る。好適な溶菌制御システムセンサー配列を表8に挙げる。
溶菌制御システムは、1つ以上の上記レギュレーター、プロモーターおよびセンサーの任意の組合せを含み得る。
この実施形態の一例では、溶菌制御システムは、レギュレーターとしてOmpR、プロモーターとしてompFおよびセンサーとしてEnvZを含み、刺激はモル浸透圧濃度の減少である。この実施形態の別の例では、溶菌制御システムは、レギュレーターとしてOmpR、プロモーターとしてompCおよびセンサーとしてEnvZを含み、刺激はモル浸透圧濃度の減少である。
この実施形態の別の例では、溶菌制御システムは、レギュレーターとしてArcA、プロモーターとしてfadおよびセンサーとしてArcBを含み、刺激は嫌気条件である。
この実施形態の別の例では、溶菌制御システムは、レギュレーターとしてPhoP、プロモーターとしてphoPQおよびセンサーとしてPhoQを含み、刺激はマグネシウム濃度の減少である。この実施形態の別の例では、溶菌制御システムは、レギュレーターとしてPhoP、プロモーターとしてmgtAおよびセンサーとしてPhoQを含み、刺激はマグネシウム濃度の減少である。この実施形態の別の例では、溶菌制御システムは、レギュレーターとしてPhoP、プロモーターとしてmgrBおよびセンサーとしてPhoQを含み、刺激はマグネシウム濃度の減少である。
この実施形態の別の例では、溶菌制御システムは、レギュレーターとしてPhoB、プロモーターとしてpsiBおよびセンサーとしてPhoRを含み、刺激はリン酸塩濃度の減少である。この実施形態の別の例では、溶菌制御システムは、レギュレーターとしてPhoB、プロモーターとしてphnDおよびセンサーとしてPhoRを含み、刺激はリン酸塩濃度の減少である。この実施形態の別の例では、溶菌制御システムは、レギュレーターとしてRstA、プロモーターとしてasrおよびセンサーとしてRstBを含む。この実施形態の別の例では、溶菌制御システムは、レギュレーターとしてRstA、プロモーターとしてcsgDおよびセンサーとしてRstBを含む。
この実施形態の別の例では、溶菌制御システムは、レギュレーターとしてEvgA、プロモーターとしてemrKYおよびセンサーとしてEvgSを含む。この実施形態の別の例では、溶菌制御システムは、レギュレーターとしてEvgA、プロモーターとしてyhiUVおよびセンサーとしてEvgSを含む。この実施形態の別の例では、溶菌制御システムは、レギュレーターとしてEvgA、プロモーターとしてacrABおよびセンサーとしてEvgSを含む。この実施形態の別の例では、溶菌制御システムは、レギュレーターとしてEvgA、プロモーターとしてmdfAおよびセンサーとしてEvgSを含む。この実施形態の別の例では、溶菌制御システムは、レギュレーターとしてEvgA、プロモーターとしてtolCおよびセンサーとしてEvgSを含む。
この実施形態の別の例では、溶菌制御システムは、レギュレーターとしてFurを、sodA、sodB、sltAまたはsltBを含む群から選択されるプロモーターと組み合わせて含む。
抗菌性タンパク質は、α−およびβ−デフェンシン、プロテグリン、カテリシジン(例えば、インドリシジンおよびバクテネシン)、グラニュリシン、リゾチーム、ラクトフェリン、アズロシジン、エラスターゼ、殺菌性透過性誘導ペプチド(BPI)、アドレノメデュリン、ブレビニン、ヒスタチンならびにヘプシジンを非限定的に含む群から選択され得る。さらなる抗菌性タンパク質が、それぞれその内容全体が参照により本明細書に組み込まれる以下のものに開示されている:Devine,D.A.ら,Current Pharmaceutical Design,8,703−714(2002);Jack R.W.ら,Microbiological Reviews,59(2),171−200(June 1995)。
任意で、抗菌性タンパク質はα−デフェンシン、β−デフェンシンまたはプロテグリンである。好適な抗菌性タンパク質配列を表9に挙げる。
バクテリオファージ溶菌酵素は、ホリン、エンドリシンまたはリシン(例えば、リゾチーム、アミダーゼおよびトランスグリコシラーゼ)を非限定的に含む群から選択され得る。さらなるリシンが、それぞれその内容全体が参照により本明細書に組み込まれる以下のものに開示されている:Kloos D.−U.ら,Journal of Bacteriology,176(23),7352−7361(December 1994);Jain V.ら,Infection and Immunity,68(2),986−989(February 2000);Srividhya K.V.ら,J.Biosci.,32,979−990(2007);Young R.V.,Microbiological Reviews,56(3),430−481(September 1992)。
自己溶菌酵素は、ペプチドグリカンヒドロラーゼ、アミダーゼ(例えば、N−アセチルムラミル−L−アラニンアミダーゼ)、トランスグリコシラーゼ、エンドペプチダーゼおよびグルコサミニダーゼを非限定的に含む群から選択され得る。さらなる自己溶菌酵素が、それぞれその内容全体が参照により本明細書に組み込まれる以下のものに開示されている:Heidrich C.ら,Molecular Microbiology,41(1),167−178(2001);Kitano K.ら,Journal of Bacteriology,167(3),759−765(September 1986);Lommatzsch J.ら,Journal of Bacteriology,179(17),5465−5470(September 1997);Oshida T.ら,PNAS,92,285−289(January 1995);Lenz L.L.ら,PNAS,100(21),12432−12437(October 14,2003);Ramadurai L.ら,Journal of Bacteriology,179(11),3625−3631(June 1997);Kraft A.R.ら,Journal of Bacteriology,180(12),3441−3447(July 1998);Dijkstra A.J.ら,FEBS Letters,366,115−118(1995);Huard C.ら,Microbiology,149,695−705(2003).
本発明の一態様では、溶菌制御システムがもたらす制御は、細菌またはBTP株特異的制御によりさらに増強され得る。この実施形態の一態様では、株特異的制御は、栄養遺伝子の欠失により引き起こされる減弱化である。栄養遺伝子は、dapA、aroAおよびguaBAを非限定的に含む群から選択され得る。この実施形態の一例では、dapA減弱化によりリジンおよびペプチドグリカンの生合成の欠乏が生じる。この特定の実施形態では、lysCを非限定的に含めた遺伝子の転写が、転写誘導、抗転写終結およびリボスイッチのような機序により活性化される。この実施形態の別の例では、aroA減弱化により、芳香族アミノ酸の欠乏、ならびにTrpRおよびTyrRのようなレギュレーターによる、aroF、aroGおよびaroHを非限定的に含めた1つ以上の遺伝子の抑制解除が生じる。この実施形態の別の例では、guaBA減弱化により、PurRにより抑制される1つ以上の遺伝子の抑制解除が生じる。
溶菌制御システムおよび株特異的制御に加え、細菌またはBTPは、臨床医が所望する時間に細菌またはBTP溶解を促進するTet−on発現システムを非限定的に含めた誘導性システムをさらに含み得る。Tet−onプロモーターを活性化するテトラサイクリン投与の際に、細菌またはBTPは、細菌またはBTPの溶解を誘発するタンパク質を発現する。この実施形態の一例では、Tet−on発現システムの下で発現されるタンパク質は、デフェンシンおよびプロテグリンを非限定的に含む群から選択される。
本発明はまた、株特異的弱毒化(例えば、栄養的減弱化)と組み合わせた溶菌制御システムも提供する。国際公開第2008/156702号の図30に示されるように、包括的レギュレーターは細胞外条件を感知し、転写、過剰な栄養素の存在下での実験的増殖とは対照的なアミノ酸などの特定の栄養素に対するインビボでの飢餓、および飢餓に応答したポジティブまたはネガティブレギュレーターを制御することができる。国際公開第2008/156702号の図31に示される模式図では、3つのカセットが存在し得、そのいずれもが細菌染色体上またはプラスミド上に位置し得る。
記載されるように、本発明は、レギュレーターとしてOmpR、プロモーターとしてompFまたはmpCおよび抗菌性タンパク質としてプロテグリンまたはβ−デフェンシンを、2つのレベルの溶菌制御をもたらすTet−on発現システムと共に含む、溶菌制御システムを含むプラスミドを提供する。この実施形態は、国際公開第2008/156702号の図32において図示されている。
本発明の別の態様では、DNA挿入物は、それぞれがHPV標的配列、ヘアピン配列ならびにTRIPプラスミドのヘアピンRNA発現カセット内への組込みを促進するBamH1およびSal1制限部位を含む、表10に示される以下の構築物を1つ以上含む。
4.細胞および遺伝子標的
本発明はまた、本発明で提供される様々な細菌、BTPおよびベクターの使用法も提供する。例えば、本発明は、1つ以上のsiRNAを哺乳動物細胞に送達する方法を提供する。この方法は、1つ以上のsiRNAまたは1つ以上のsiRNAをコードする1つ以上のDNA分子を含有する、少なくとも1つの侵襲性細菌または少なくとも1つの細菌治療粒子(BTP)を哺乳動物細胞に導入することを含む。
本発明はまた、本発明で提供される様々な細菌、BTPおよびベクターの使用法も提供する。例えば、本発明は、1つ以上のsiRNAを哺乳動物細胞に送達する方法を提供する。この方法は、1つ以上のsiRNAまたは1つ以上のsiRNAをコードする1つ以上のDNA分子を含有する、少なくとも1つの侵襲性細菌または少なくとも1つの細菌治療粒子(BTP)を哺乳動物細胞に導入することを含む。
本発明はまた、哺乳動物細胞内での遺伝子発現を制御する方法も提供する。この方法は、1つ以上のsiRNAまたは1つ以上のsiRNAをコードする1つ以上のDNA分子を含有する、少なくとも1つの侵襲性細菌または少なくとも1つの細菌治療粒子(BTP)を哺乳動物細胞に導入することを含み、ここでは、発現されたsiRNAが対象遺伝子の少なくとも1つのmRNAを阻害することにより遺伝子発現を制御する。
本発明は、任意のタイプの標的細胞にRNAを送達するための方法を提供する。本明細書で使用される「標的細胞」という用語は、細菌に侵襲され得る細胞、すなわち、細菌による認識に必要な表面受容体を有する細胞を指す。
好適な標的細胞は真核細胞である。さらにより好適な標的細胞は動物細胞である。「動物細胞」は、分類学的位置が動物界内にある多細胞生物に由来または存在する、有核の、葉緑体を含まない細胞と定義される。細胞は、無傷動物、初代細胞培養、移植片培養および形質転換細胞系内に存在し得る。特定組織の細胞源が本発明に重要であるというわけではない。
本発明で使用されるレシピエント動物細胞が本発明にとって重要であるというわけではなく、動物界内のすべての生物、例えば哺乳類科、魚類科、鳥類科、爬虫類科の生物などに存在または由来する細胞を包含する。
好適な動物細胞は哺乳動物細胞、例えばヒト、ウシ、ヒツジ、ブタ、ネコ、イヌ、ヤギ、ウマおよび霊長類の細胞である。最も好適な哺乳動物細胞はヒト細胞である。細胞はインビボ、インビトロまたはエキソビボであり得る。
本発明のいくつかの実施形態では、細胞は、子宮頸部上皮細胞、直腸上皮細胞または咽頭上皮細胞、マクロファージ、胃腸上皮細胞、皮膚細胞、メラノサイト、ケラチノサイト、毛包、結腸癌細胞、卵巣癌細胞、膀胱癌細胞、咽頭癌細胞、直腸癌細胞、前立腺癌細胞、乳癌細胞、肺癌細胞、腎臓癌細胞、膵臓癌細胞、肝細胞、肝細胞癌(HCC)細胞、神経細胞、リンパ腫または白血病細胞のような血液癌細胞である。この実施形態の一態様では、結腸癌細胞はSW480細胞である。この実施形態の別の態様では、膵臓癌細胞はCAPAN−1細胞である。
好適な一実施形態では、標的細胞は粘膜表面内にある。特定の腸管病原体、例えば大腸菌(E.coli)、シゲラ(Shigella)、リステリア(Listeria)およびサルモネラ(Salmonella)は、宿主粘膜表面に付着し侵襲する能力を有する(Kreigら,上記)ため、生来的に本願に適合する。したがって、本発明では、このような細菌は宿主粘膜区画内の細胞へRNA分子またはRNAをコードするDNAを送達することができる。
特定のタイプの細菌は、特定の向性、すなわち好適な標的細胞を有し得るが、特定のタイプの細胞へのRNAまたはRNAをコードするDNAの送達は、所望の細胞タイプに対する向性を有するか、または所望の細胞タイプを侵襲できるように改変された細菌を選択することにより達成される。したがって、例えば、上述のように細菌を遺伝子操作して粘膜組織への向性および侵襲特性を模倣させることにより、前記細菌に粘膜組織を侵襲させて、これらの部位の細胞にRNAまたはRNAをコードするDNAを送達させ得る。
また細菌を他のタイプの細胞に標的化することもできる。例えば、細菌を改変し、その表面上に、ヒトおよび霊長類の赤血球と特異的に結合するプラスモディウム・ビバックス(Plasmodium vivax)網状赤血球結合タンパク質−1および−2のいずれかまたは両方を発現させることにより、細菌をヒトおよび霊長類の赤血球に標的化することができる(Galinskiら,Cell,69:1213−1226(1992))。別の実施形態では、表面上に、肝細胞上のアシアロ糖タンパク質受容体に対するリガンドであるアシアロオロソムコイドを有するように細菌を改変する(Wuら,J.Biol.Chem.,263:14621−14624(1988))。さらに別の実施形態では、インスリン受容体を有する細胞へプラスミド取込みを標的化することが示されているインスリン−ポリ−L−リジンで、細菌をコーティングする(Rosenkranzら,Expt.Cell Res.,199:323−329(1992))。肝細胞に対する向性を可能にするリステリア・モノサイトゲネス(Listeria monocytogenes)のp60(Hessら,Infect.Immun.,63:2047−2053(1995))あるいはヘパリン、ヘパリン硫酸およびコラーゲンと結合することにより哺乳動物の細胞外マトリックスとの特異的結合を引き起こすトリパノソーマ・クルージ(Trypanosoma cruzi)由来の60kD表面タンパク質(Ortega−Barriaら,Cell,67:411−421(1991))を表面上に有するように改変された細菌も本発明の範囲内である。
さらに別の実施形態では、細胞を改変してRNA送達のための細菌の標的細胞にすることができる。したがって、細胞を改変して、細菌の細胞内侵入のために細菌により認識される表面抗原、すなわち侵襲因子の受容体を発現させることができる。表面抗原が所望の条件で発現されるように、侵襲因子の受容体をコードする核酸を細胞内に導入することによって細胞を改変することもできる。あるいは、細胞を侵襲因子の受容体でコーティングすることができる。侵襲因子の受容体としては、インテグリン受容体スーパーファミリーに属するタンパク質が挙げられる。様々な細菌およびその他の微生物により認識されるインテグリン受容体のタイプのリストを、例えば、IsbergおよびTran Van Nhieu(1994)Ann.Rev.Genet.27:395に見出すことができる。インテグリンサブユニットのヌクレオチド配列を、例えば、インターネット上で公表されているGenBankに見出すことができる。
上記のように、さらに別の標的細胞としては、魚類、鳥類および爬虫類の細胞が挙げられる。魚類、鳥類および爬虫類の細胞に対して生来的に侵襲性である細菌の例を以下に挙げる。
魚類細胞の細胞質に生来的に接近可能な細菌の例としては、エロモナス・サルミノシダ(Aeromonas salminocida)(ATCC No.33658)およびエロモナス・シュベリイ(Aeromonas schuberii)(ATCC No.43700)が非限定的に挙げられる。弱毒化細菌が本発明で好ましく使用され、かつA.サルモニシディア(A.salmonicidia)vapA(Gustafsonら,J.Mol.Biol.,237:452−463(1994))またはA.サルモニシディア(A.salmonicidia)芳香族依存性変異株(Vaughanら,Infect.Immun.,61:2172−2181(1993))を含む。
鳥類細胞の細胞質に生来的に接近可能な細菌の例としては、サルモネラ・ガリナルム(Salmonella galinarum)(ATCC No.9184)、サルモネラ・エンテリディティス(Salmonella enteriditis)(ATCC No.4931)およびサルモネラ・チフィムリウム(Salmonella typhimurium)(ATCC No.6994)が非限定的に挙げられる。弱毒化細菌が本発明には好ましく、かつS.ガリナルム(S.galinarum)cya crp変異株(Curtissら(1987)上記)またはS.エンテリティディス(S.enteritidis)aroA芳香族依存性変異株CVL30(Cooperら,Infect.Immun.,62:4739−4746(1994))のような弱毒化サルモネラ(Salmonella)株を含む。
爬虫類細胞の細胞質に生来的に接近可能な細菌の例としては、サルモネラ・チフィムリウム(Salmonella typhimurium)(ATCC No.6994)が非限定的に挙げられる。弱毒化細菌が本発明には好ましく、かつS.チフィムリウム(S.typhimuirum)芳香族依存性変異株(Hormaecheら,上記)のような弱毒化株を含む。
本発明はまた、他の真核細胞、例えば植物細胞へのRNA送達を、生来的にまたは侵襲性になるよう改変された後にそのような細胞を侵襲可能な微生物が存在する限り提供する。植物細胞を侵襲可能な微生物の例としては、アグロバクテリウム・ツメルファシウム(Agrobacterium tumerfacium)が挙げられ、この微生物は、特異的受容体を介して植物細胞と結合する線毛様構造を用い、次いで、細菌接合に似たプロセスを介してその内容物の少なくとも一部を植物細胞に送達する。
本発明の方法に従ってRNAが送達され得る細胞系の例を以下に挙げる。
ヒト細胞系の例としては、ATCC番号CCL62、CCL159、HTB151、HTB22、CCL2、CRL1634、CRL8155、HTB61およびHTB104が挙げられる。
ウシ細胞系の例としては、ATCC番号CRL6021、CRL1733、CRL6033、CRL6023、CCL44およびCRL1390が挙げられる。
ヒツジ細胞系の例としては、ATCC番号CRL6540、CRL6538、CRL6548およびCRL6546が挙げられる。
ブタ細胞系の例としては、ATCC番号CL184、CRL6492およびCRL1746が挙げられる。
ネコ細胞系の例としては、CRL6077、CRL6113、CRL6140、CRL6164、CCL94、CCL150、CRL6075およびCRL6123が挙げられる。
ヤギュウ細胞系の例としては、CCL40およびCRL6072が挙げられる。
イヌ細胞の例としては、ATCC番号CRL6213、CCL34、CRL6202、CRL6225、CRL6215、CRL6203およびCRL6575が挙げられる。
ヤギ由来細胞系の例としては、ATCC番号CCL73およびATCC番号CRL6270が挙げられる。
ウマ由来細胞系の例としては、ATCC番号CCL57およびCRL6583が挙げられる。
シカ細胞系の例としては、ATCC番号CRL6193〜6196が挙げられる。
霊長類由来細胞系の例としては、ATCC番号CRL6312、CRL6304およびCRL1868のようなチンパンジー由来の細胞系;ATCC番号CRL1576,CCL26およびCCL161のようなサル細胞系;オランウータン細胞系ATCC番号CRL1850;ならびにゴリラ細胞系ATCC番号CRL1854が挙げられる。
本発明はまた、1つ以上の遺伝子の発現を制御する方法も提供する。好ましくは、1つ以上の遺伝子の発現制御は、その遺伝子の発現の減少または低下ならびに/あるいはその遺伝子の活性およびその対応する遺伝子産物の減少または低下を意味する。
一実施形態では、発現されたsiRNAは、細胞の多酵素複合体RISC(RNA誘導型サイレンシング複合体)を、制御するべきRNAと相互作用するように導く。この複合体はmRNAを分解または隔離する。これにより遺伝子の発現が減少するか、または阻害される。
いくつかの実施形態では、遺伝子は動物遺伝子である。好適な動物遺伝子は、哺乳動物遺伝子、例えば、ヒト、ウシ、ヒツジ、ブタ、ネコ、イヌ、ヤギ、ウマおよび霊長類の遺伝子などである。最も好適な哺乳動物遺伝子はヒト細胞である。
制御される遺伝子は、ウイルス遺伝子、抗炎症遺伝子、肥満遺伝子または自己免疫疾患もしくは障害遺伝子であり得る。いくつかの実施形態では、2つ以上の遺伝子が単一のプラスミドまたはベクターから制御される。
好適な実施形態では、遺伝子は、ras、β−カテニン、1つ以上のHPV癌遺伝子、APC、エオタキシン−1(CCL11)、HER−2、MCP−1(CCL2)、MDR−1、MRP−2、FATP4、SGLUT−1、GLUT−2、GLUT−5、apobec−1、MTP、IL−6、IL−6R、IL−7、IL−12、IL−13、IL−13Ra−1、IL−18、IL−21R、IL−32α、IL−23のp19サブユニット、LY6C、p38/JNK MAPキナーゼ、p65/NF−κB、CCL20(MIP−3α)、クローディン−2、キチナーゼ3様−1、apoA−IV、MHCクラスIおよびMHCクラスIIであり得るが、これらに限定されない。この実施形態の一態様では、rasはk−Rasである。この実施形態の別の態様では、HPV癌遺伝子はE6またはE7である。
好適なβ−カテニン標的遺伝子配列を表11に挙げる。表11の配列は、ヒト、マウス、ラット、イヌおよびサルにおけるβ−カテニン遺伝子(CTNNB1)のサイレンシングが可能であるため異種間標的配列である。
好適なHPV標的遺伝子配列を表12に挙げる。表12の配列は、HPVE6癌遺伝子のサイレンシングが可能な標的配列である。
さらなる好適なHPV標的遺伝子配列を表13に挙げる。表13の配列は、HPVE7癌遺伝子のサイレンシングが可能であるため標的配列である。
さらなる好適なHPV標的遺伝子配列を表14に挙げる。表14の配列は、HPVのE6およびE6両方に共通する標的配列である。
好適なMDR−1標的遺伝子配列を表15に挙げる。表15の配列は、ヒトにおけるMDR−1遺伝子のサイレンシングが可能である。
好適なk−Ras標的遺伝子配列を表16に挙げる。表16の配列は、ヒトにおけるk−Ras遺伝子のサイレンシングが可能である。
好適なIL−6R標的遺伝子配列を表17に挙げる。表17の配列は、ヒトにおけるIL−6Rのサイレンシングが可能である。
参照可能なIL−6R標的遺伝子配列をさらに表18に挙げる。表18の配列は、マウスにおけるIL−6R遺伝子のサイレンシングが可能である。
好適なIL−7標的遺伝子配列を表19に挙げる。表19の配列は、ヒトにおけるIL−7遺伝子のサイレンシングが可能である。
さらなる好適なIL−7標的遺伝子配列を表20に挙げる。表20の配列は、マウスにおけるIL−7遺伝子のサイレンシングが可能である。
さらなる好適なIL−7標的遺伝子配列を表21に挙げる。表21の配列は、ヒトおよびマウスにおけるIL−7遺伝子のサイレンシングが可能であるため異種間配列である。
好適なIL−13Ra−1標的遺伝子配列を表22に挙げる。表22の配列は、ヒトにおけるIL−13Ra−1遺伝子のサイレンシングが可能である。
さらなる好適なIL−13Ra−1標的遺伝子配列を表23に挙げる。表23の配列は、マウスにおけるIL−13Ra−1遺伝子のサイレンシングが可能である。
好適なIL−18標的遺伝子配列を表24に挙げる。表24の配列は、ヒトにおけるIL−18遺伝子のサイレンシングが可能である。
さらなる好適なIL−18標的遺伝子配列を表25に挙げる。表25の配列は、マウスにおけるIL−18遺伝子のサイレンシングが可能である。
好適なCCL20標的遺伝子配列を表26に挙げる。表26の配列は、ヒトにおけるCCL20遺伝子のサイレンシングが可能である。
さらなる好適なCCL20標的遺伝子配列を表27に挙げる。表27の配列は、マウスにおけるCCL20遺伝子のサイレンシングが可能である。
さらなる好適なCCL20標的遺伝子配列を表28に挙げる。表28の配列は、ヒトおよびマウスにおけるCCL20遺伝子のサイレンシングが可能であるため異種間配列である。
好適なCCL20標的遺伝子配列を表29に挙げる。表29の配列は、ヒトにおけるCCL20遺伝子のサイレンシングが可能である。
さらなる好適なCCL20標的遺伝子配列を表30に挙げる。表30の配列は、マウスにおけるCCL20遺伝子のサイレンシングが可能である。
好適なキチナーゼ−3標的遺伝子配列を表31に挙げる。表31の配列は、ヒトにおけるキチナーゼ−3遺伝子のサイレンシングが可能である。
さらなる好適なキチナーゼ−3標的遺伝子配列を表32に挙げる。表32の配列は、マウスにおけるキチナーゼ−3遺伝子のサイレンシングが可能である。
5.疾患および障害の治療
本発明はまた、哺乳動物における疾患または障害を治療または予防する方法を提供する。この方法は、哺乳動物細胞に、1つ以上のsiRNAまたは1つ以上のsiRNAをコードする1つ以上のDNA分子を含有する、少なくとも1つの侵襲性細菌または少なくとも1つの細菌治療粒子(BTP)を導入することにより、疾患または障害を引き起こすことが知られている細胞内の少なくとも1つの遺伝子の発現を制御することを含み、ここでは、発現されたsiRNAが、対象とする疾患または障害を引き起こすことが知られている遺伝子のmRNAを阻害する。
本発明はまた、哺乳動物における疾患または障害を治療または予防する方法を提供する。この方法は、哺乳動物細胞に、1つ以上のsiRNAまたは1つ以上のsiRNAをコードする1つ以上のDNA分子を含有する、少なくとも1つの侵襲性細菌または少なくとも1つの細菌治療粒子(BTP)を導入することにより、疾患または障害を引き起こすことが知られている細胞内の少なくとも1つの遺伝子の発現を制御することを含み、ここでは、発現されたsiRNAが、対象とする疾患または障害を引き起こすことが知られている遺伝子のmRNAを阻害する。
BMGSおよびtkRNAiを含めた本発明のRNAi法は、遺伝子発現制御が有効であり得る任意の疾患または障害を治療するために使用される。この方法は、1つ以上の疾患および障害に関与する遺伝子のサイレンシングまたはノックダウン(減少)により遂行される。
対象とする疾患または障害を治療または予防するために制御される遺伝子は、ras、β−カテニン、1つ以上のHPV癌遺伝子、APC、エオタキシン−1(CCL11)、HER−2、MCP−1(CCL2)、MDR−1、MRP−2、FATP4、SGLUT−1、GLUT−2、GLUT−5、apobec−1、MTP、IL−6、IL−6R、IL−7、IL−12、IL−13、IL−13 Ra−1、IL−18、IL−21R、IL−32α、IL−23のp19サブユニット、LY6C、p38/JNK MAPキナーゼ、p65/NF−κB、CCL20(MIP−3α)、クローディン−2、キチナーゼ3様−1、apoA−IV、MHCクラスIおよびMHCクラスIIであり得るが、これらに限定されない。この実施形態の一態様では、rasはk−Rasである。この実施形態の別の態様では、HPV癌遺伝子はE6またはE7である。
本発明は、ras、β−カテニン、1つ以上のHPV癌遺伝子、APC、エオタキシン−1(CCL11)、HER−2、MCP−1(CCL2)、MDR−1、MRP−2、FATP4、SGLUT−1、GLUT−2、GLUT−5、apobec−1、MTP、IL−6、IL−6R、IL−7、IL−12、IL−13、IL−13Ra−1、IL−18、IL−21R、IL−32α、IL−23のp19サブユニット、LY6C、p38/JNK MAPキナーゼ、p65/NF−κB、CCL20(MIP−3α)、クローディン−2、キチナーゼ3様−1、apoA−IV、MHCクラスIおよびMHCクラスIIを非限定的に含めた遺伝子の過剰発現に関連する疾患または障害の治療または予防の方法を提供する。好ましくは、遺伝子はβ−カテニンであり、治療される疾患障害はβ−カテニンの過剰発現に関連するものである。本明細書で使用される「過剰発現」という用語は、正常なまたは野生型の発現と比べて増加している発現(DNA、RNAまたはタンパク質)を指す。好ましくは、治療される疾患または障害は、結腸癌、直腸癌、結腸直腸癌、クローン病、潰瘍性大腸炎、家族性腺腫性ポリポーシス(FAP)、ガードナー症候群、肝細胞癌(HCC)、基底細胞癌、毛母腫、髄芽腫および卵巣癌からなる群より選択される。
好ましくは、本発明は、細菌またはBTPを細胞に導入することにより、疾患または障害の発症、伝播または延長と関連することが知られている1つまたは複数の遺伝子の発現を制御することによる、哺乳動物における癌もしくは細胞増殖障害、ウイルス疾患、炎症性疾患もしくは障害、代謝性疾患もしくは障害、自己免疫性疾患もしくは障害、または皮膚もしくは毛髪における疾患、障害もしくは美容的問題の治療または予防の方法を提供する。細菌またはBTPは、1つ以上のsiRNAまたは1つ以上のsiRNAをコードする1つ以上のDNA分子を含有し、ここでは、発現されたsiRNAが、対象とする疾患または障害の発症、伝播または延長を引き起こすことが知られている遺伝子のmRNAを阻害する。
いくつかの好適な実施形態では、ウイルス疾患は、B型肝炎、C型肝炎、ヒトパピローマウイルス(HPV)感染、またはHPV感染もしくはHPV誘導性形質転換により引き起こされる、子宮頸癌、直腸癌および咽頭癌を含めた上皮異形成もしくは癌であり得るが、これらに限定されない。
いくつかの好適な実施形態では、炎症性疾患または障害は、炎症性腸疾患、クローン病、潰瘍性大腸炎、アレルギー、関節リウマチまたは気道疾患であり得るが、これらに限定されない。
いくつかの好適な実施形態では、自己免疫性疾患または障害は、セリアック病、関節リウマチ、全身性エリテマトーデスまたは脳脊髄炎であり得るが、これらに限定されない。
いくつかの好適な実施形態では、疾患、障害または美容的問題は、乾癬、湿疹、白皮症、脱毛または白髪であり得るが、これらに限定されない。
哺乳動物は、ヒト、ウシ、ヒツジ、ブタ、ネコ、イヌ、ヤギ、ウマまたは霊長類を含めた任意の哺乳動物であり得るが、これらに限定されない。好ましくは、哺乳動物はヒトである。
本明細書で使用される「治療すること」および「治療」という用語は、不都合な状態、疾患または障害に罹患している、臨床症状を示す個人に、症状の重症度および/もしくは頻度を低減させる、症状および/もしくはその根本原因を除去する、および/または損傷の改善もしくは修正を促進するように、薬剤または製剤(例えば、siRNAまたはsiRNAをコードするDNAを含有する細菌および/またはBTP)を投与することを指す。
「予防すること」および「予防」という用語は、特定の不都合な状態、疾患または障害に感受性のある、臨床的に無症状の個人に薬剤または組成物を投与することを指し、症状の発生および/またはその根本原因の予防に関連する。
6.医薬組成物および投与方法
本発明の好適な一実施形態では、RNA分子および/またはそれをコードするDNAを含有する侵襲性細菌またはBTPは、静脈内、筋肉内、真皮内、腹腔内、経口、鼻腔内、眼内、直腸内、腟内、骨内、経口、浸漬および尿道内の接種経路により動物内に導入される。
本発明の好適な一実施形態では、RNA分子および/またはそれをコードするDNAを含有する侵襲性細菌またはBTPは、静脈内、筋肉内、真皮内、腹腔内、経口、鼻腔内、眼内、直腸内、腟内、骨内、経口、浸漬および尿道内の接種経路により動物内に導入される。
被検体に投与される本発明の侵襲性細菌またはBTPの量は、被検体の種類および治療される疾患または状態により異なる。一般に、使用される投与量は、被検体当たり約103〜1011個の生存微生物、好ましくは、約105〜109個の生存微生物である。
本発明の侵襲性細菌またはBTPは一般に、薬学的に許容される担体および/または希釈剤と共に投与される。使用される特定の薬学的に許容される担体および/または希釈剤が本発明にとって重要であるというわけではない。希釈剤の例としては、リン酸緩衝生理食塩水、胃内の胃酸緩衝のための緩衝液、例えばスクロースを含有するクエン酸塩緩衝液(pH7.0)、炭酸水素塩緩衝液(pH7.0)単独など(Levineら,J.Clin.Invest.,79:888−902(1987);およびBlackら,J.Infect.Dis.,155:1260−1265(1987))、またはアスコルビン酸、ラクトースおよび任意でアスパルテームを含有する炭酸水素塩緩衝液(pH7.0)(Levineら,Lancet,II:467−470(1988))が挙げられる。担体の例としては、タンパク質(例えば、脱脂乳中に見られるもの)、糖(例えば、スクロース)またはポリビニルピロリドンが挙げられる。通常、これらの担体は約0.1〜30%(w/v)の濃度で、好ましくは1〜10%(w/v)の範囲で使用されるであろう。
送達特異的経路に使用され得るその他の薬学的に許容される担体または希釈剤を以下に記載する。このような担体または希釈剤はいずれも、細菌またはBTPが標的細胞を侵襲することが依然可能である限り、本発明の細菌の投与に使用することができる。侵襲性に関するインビトロまたはインビボ試験を行って、適当な希釈剤および担体を決定することができる。本発明の組成物は、全身および局所もしくは局部投与を含めた様々なタイプの投与用に製剤化することができる。標的細胞との接触または被検体への投与の際に細菌が侵襲性である限り、凍結乾燥形態も含まれる。技術および製剤は一般に、Remmington’s Pharmaceutical Sciences,Meade Publishing Co.,Easton,Paに見出し得る。全身投与には、筋肉内、静脈内、腹腔内および皮下を含めた注射が好ましい。注射用に、組成物、例えば本発明の細菌またはBTPを溶液、好ましくは、Hank’s溶液またはリンガー溶液のような生理的に適合する緩衝液中で製剤化することができる。
経口投与には、医薬組成物は、例えば、薬学的に許容される添加剤、例えば、結合剤(例えば、アルファ化トウモロコシデンプン、ポリビニルピロリドンまたはヒドロキシプロピルメチルセルロース);増量剤(例えば、ラクトース、微結晶性セルロースまたはリン酸水素カルシウム);潤滑剤(例えば、ステアリン酸マグネシウム、タルクまたはシリカ);崩壊剤(例えば、バレイショデンプンまたはグリコール酸デンプンナトリウム);または湿潤剤(例えば、ラウリル硫酸ナトリウム)などと共に従来の手段により調製される、錠剤またはカプセル剤の形態をとり得る。錠剤は当該技術分野で公知の方法によりコーティングされ得る。経口投与用の液体調製物は、例えば、液剤、シロップ剤または懸濁剤の形態をとり得るか、または使用前に水もしくは他の適切な媒体との構築のための乾燥製品として提供され得る。このような液体調製物は、薬学的に許容される添加剤、例えば、懸濁化剤(例えば、ソルビトールシロップ、セルロース誘導体または水素化食用脂);乳化剤(例えば、レシチンまたはアカシアゴム);非水性媒体(例えば、アーモンド油、油性エステル、エチルアルコールまたは分画植物油);および保存剤(例えば、メチルまたはプロピル−p−ヒドロキシ安息香酸)などと共に従来の手段により調製され得る。調製物はまた、適当な緩衝塩、香味剤、着色剤および甘味剤も含有し得る。
経口投与用の調製物は、活性化合物の放出制御をもたらすように適切に製剤化され得る。バッカル投与には、組成物は従来の方法で製剤化される錠剤またはトローチ剤の形態をとり得る。
吸入による投与には、本発明による使用のための医薬組成物は、エアロゾルスプレー調製物の形態で、適切な噴霧剤、例えば、ジクロロジフルオロメタン、トリクロロフルオロメタン、ジクロロテトラフルオロエタン、二酸化炭素または他の適切なガスを使用して、加圧パックまたは噴霧器から適宜送達される。加圧エアロゾルの場合、定量送達するためのバルブを装備することにより投与単位を定め得る。吸入器または吹入器で使用するための、例えばゼラチンのカプセルおよびカートリッジを、組成物の粉末混合物、例えば細菌とラクトースまたはデンプンのような適切な粉末基剤とを含有させて製剤化し得る。
医薬組成物は、注射による、例えば、ボーラス注入または持続注入よる非経口投与用に製剤化され得る。注射用製剤は、単位投与剤形、例えば、保存剤を添加したアンプルまたは複数回投与容器で提供され得る。組成物は、油性または水性媒体中の懸濁剤、液剤または乳剤のような形態をとり得、懸濁化、安定化および/または分散剤のような製剤用剤を含有し得る。あるいは、有効成分は、使用前に適切な媒体、例えば滅菌無発熱物質水との構築用の粉末形態であり得る。
医薬組成物はまた、例えば、カカオバターまたは他のグリセリドのような従来の坐剤基剤を含有する、坐剤または停留浣腸のような直腸内、腟内または尿道内組成物にも製剤化され得る。
全身投与はまた、経粘膜的または経皮的手段によるものであり得る。経粘膜または経皮投与には、浸透するバリアに適した浸透剤を製剤に使用する。このような浸透剤は一般に当該技術分野で公知であり、例えば、経粘膜投与用の胆汁酸塩およびフシジン酸誘導体を含む。さらに、浸透を促進するために界面活性剤を使用し得る。経粘膜投与は、経鼻スプレー剤による、または坐剤を用いるものであり得る。局所投与には、細菌が標的細胞との接触の際に依然侵襲性である限り、本発明の細菌を一般に当該技術分野で公知の軟膏剤、塗布剤、ゲル剤またはクリーム剤に製剤化する。
組成物は、必要であれば、パックもしくはディスペンサ装置および/または有効成分を含有する1つ以上の単位投与剤形を含み得る、キットで提供され得る。パックは、例えば、ブリスターパックのように金属またはプラスティックのホイルを含み得る。パックもしくはディスペンサ装置には、投与説明書が付属し得る。
導入されるRNAまたはRNAをコードするDNAを含有する侵襲性細菌またはBTPは、被検体から得られる細胞のような、インビトロで培養される動物細胞に感染させるために使用することができる。次いで、これらのインビトロ感染した細胞を、動物、例えば最初に細胞を得た被検体に、静脈内、筋肉内、皮内または腹腔内であるいは細胞が宿主組織に侵入できる任意の接種経路で導入することができる。個々の細胞にRNAを送達する場合、生存微生物の投与量は、細胞当たり約0.1〜106個、好ましくは約102〜104個の細菌の範囲の感染多重度である。
本発明のさらに別の実施形態では、細菌は、タンパク質をコードするRNA分子を細胞、例えば動物細胞に送達することも可能であり、後にそこからタンパク質を回収および精製することができる。例えば、タンパク質は組織培養細胞中で産生され得る。
本発明はその詳細な説明と共に記載されているが、上記説明は説明を意図するものであり、添付の特許請求の範囲の範囲により規定される本発明の範囲の限定を意図するものではない。その他の態様、利点および改変は以下の特許請求の範囲内にある。
本発明は、以下の実施例によりさらに説明されるが、これら実施例は限定するものとして決して解釈されるべきではない。本願全体にわたり引用されている参考文献、発行済み特許、公表された特許出願を含めたすべての引用参考文献の内容は、明示的に参照により本明細書に組み込まれる。本発明の実施は、特に明示されない限り、細胞生物学、細胞培養、分子生物学、トランスジェニック生物学、微生物学、組換えDNAおよび免疫学の従来の技術を使用し、これらは当該技術分野の技術の範囲内である。このような技術は、文献中で十分に説明されている。例えば、Molecular Cloning A Laboratory Manual,2nd Ed.,Sambrook,FritschおよびManiatis編(Cold Spring Harbor Laboratory Press:1989);DNA Cloning,Volumes IおよびII(D.N.Glover編,1985);Oligonucleotide Synthesis(M.J.Gait編,1984);Mullisら,米国特許第4,683,195号;Nucleic Acid Hybridization(B.D.Hames & S.J.Higgins編,1984);Transcription And Translation(B.D.Hames & S.J.Higgins編,1984);Culture Of Animal Cells(R.I.Freshney,Alan R.Liss,Inc.,1987);Immobilized Cells And Enzymes(IRL Press,1986);B.Perbal,A Practical Guide To Molecular Cloning(1984);the treatise,Methods In Enzymology(Academic Press,Inc.,N.Y.);Gene Transfer Vectors For Mammalian Cells(J.H.MillerおよびM.P.Calos編,1987,Cold Spring Harbor Laboratory);Methods In Enzymology,Vols.154 and 155(Wuら,編),Immunochemical Methods In Cell And Molecular Biology(MayerおよびWalker編,Academic Press,London,1987);Handbook Of Experimental Immunology,Volumes I〜IV(D.M.WeirおよびC.C.Blackwell編,1986);Manipulating the Mouse Embryo,(Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,N.Y.,1986)を参照されたい。
以下の非限定的な実施例は、本発明の好適な実施形態を説明するためのものに過ぎず、本発明を限定するものとして解釈してはならない。
実施例1:β−カテニンおよびk−Rasのノックダウン
本明細書に開示されるsiRNAノックダウン技術の強力な特性がこれまでの研究で示されている。例えば、細菌送達を用いたβ−カテニンおよびk−rasのインビトロおよびインビボノックダウンが、その内容全体が参照により本明細書に組み込まれる、国際公開第06/066048号に記載されている。
本明細書に開示されるsiRNAノックダウン技術の強力な特性がこれまでの研究で示されている。例えば、細菌送達を用いたβ−カテニンおよびk−rasのインビトロおよびインビボノックダウンが、その内容全体が参照により本明細書に組み込まれる、国際公開第06/066048号に記載されている。
実施例2:多重shRNA発現カセットを有するTRIP
本明細書に記載され、かつ国際公開第06/066048号にさらに詳細に記載されているTRIPを改変して、複数遺伝子の同時標的化または一遺伝子内の複数配列の同時標的化を可能にするプラスミドを産生することができる。例えば、shRNAを産生する複数のヘアピン発現カセットを有するTRIPは、同時の細菌処置により、所与の一遺伝子内の異なる配列を標的化するか、または複数の遺伝子を標的化することができる。
本明細書に記載され、かつ国際公開第06/066048号にさらに詳細に記載されているTRIPを改変して、複数遺伝子の同時標的化または一遺伝子内の複数配列の同時標的化を可能にするプラスミドを産生することができる。例えば、shRNAを産生する複数のヘアピン発現カセットを有するTRIPは、同時の細菌処置により、所与の一遺伝子内の異なる配列を標的化するか、または複数の遺伝子を標的化することができる。
TRIPプラスミドは、複数(10個以下)のクローニング部位を組み込んで、異なるshRNA構築物を発現することができる(国際公開第2008/156702号の図1に示されている)。このようなプラスミドの目的は、単一の治療用細菌により様々な遺伝子のサイレンシングを可能にすることであり、この治療用細菌は、多重発現カセット−TRIP(mec−TRIP)により、同時に様々な標的に対して短鎖ヘアピンRNAを合成することができる。
これらの異なるヘアピンは、同じ高レベルのプロモーター(T7プロモーターまたは異なる高レベルの細菌プロモーター)の使用により競合的に高レベルで発現され得るか、または異なる活性レベルのプロモーターの使用により異なるレベルで発現され得るが、これは、意図されるプラスミドの使用および標的遺伝子の所望の相対的サイレンシングレベルに依存する。
このmec−TRIPは、本明細書に記載の複数の標的(例えば、結腸癌の場合におけるk−rasとβ−カテニンまたは乳癌におけるHER−2とMDR−1のような複数の癌遺伝子、あるいはその他の組合せ)の同時サイレンシング(標的化)により、本発明に記載の複合疾患(例えば、炎症性疾患または癌)の治療に有用であり得る。
実施例3:オペレーターリプレッサータイトレーションシステム
TRIPシステム(細菌およびプラスミド)がCobra Biomanufacturing(Keele,UK)のORT(オペレーターリプレッサータイトレーション)Systemを含むように改変されている。これを適用することにより、選択的抗生物質の非存在下で適切な株内にプラスミドを維持するのに役立つ。したがって、細菌担体株は、ORTシステムが機能できるように改変されている(DAP遺伝子の欠失およびORT制御DAP遺伝子発現システムとの置換)。プラスミドは、ORTシステムを補助するために、抗生物質選択配列が除去されるように改変されている。さらなる変更が細菌ゲノムに導入されており、例えば、(a)特に、栄養不足により細菌が死滅する細胞区画内における栄養貯蔵に対して、細菌をより感受性にするためのaroA遺伝子(一部のCEQ株における)欠失;(b)T7RNAポリメラーゼ遺伝子の染色体内への挿入および/または(c)染色体内へのT7プロモーター下でのshRNA発現カセット組込みを含む。
TRIPシステム(細菌およびプラスミド)がCobra Biomanufacturing(Keele,UK)のORT(オペレーターリプレッサータイトレーション)Systemを含むように改変されている。これを適用することにより、選択的抗生物質の非存在下で適切な株内にプラスミドを維持するのに役立つ。したがって、細菌担体株は、ORTシステムが機能できるように改変されている(DAP遺伝子の欠失およびORT制御DAP遺伝子発現システムとの置換)。プラスミドは、ORTシステムを補助するために、抗生物質選択配列が除去されるように改変されている。さらなる変更が細菌ゲノムに導入されており、例えば、(a)特に、栄養不足により細菌が死滅する細胞区画内における栄養貯蔵に対して、細菌をより感受性にするためのaroA遺伝子(一部のCEQ株における)欠失;(b)T7RNAポリメラーゼ遺伝子の染色体内への挿入および/または(c)染色体内へのT7プロモーター下でのshRNA発現カセット組込みを含む。
国際公開第2008/156702号の図2は、細菌株開発の例を示している。さらなる開発された株として、CEQ922(aroA欠失のないCEQ919)、CEQ923(aroA欠失のないCEQ920)、CEQ924(aroA欠失のないCEQ921)が挙げられるが、これらに限定されない。
実施例4:腸管遺伝子送達
S.チフィムリウム(S.typhimurium)を、それが腸管を裏打ちする上皮細胞内へのRNAi送達用のベクターとして使用可能か否かを判定するために調べた。マウスを108個の単回用量SL7207で経口的に処置し、投与後の様々な時点で屠殺した。次いで、サルモネラ特異的抗体を用いてSL7207を染色した。処置の2時間後、多数のSL7207が腸上皮層を侵襲しているのが見られ(赤染されたサルモネラ)、SL7207の経口投与が、腸および結腸粘膜にペイロードを送達するための有用なツールであり得ることを示していた。フォローアップ実験では、マウスをGFP発現プラスミド(pEGFPC1,Invitrogen)を保持するSL7207で処置した。単回処置の24時間後に、ごく一部(約1%)の細胞がGFPを発現しているのが明確に見出された。
S.チフィムリウム(S.typhimurium)を、それが腸管を裏打ちする上皮細胞内へのRNAi送達用のベクターとして使用可能か否かを判定するために調べた。マウスを108個の単回用量SL7207で経口的に処置し、投与後の様々な時点で屠殺した。次いで、サルモネラ特異的抗体を用いてSL7207を染色した。処置の2時間後、多数のSL7207が腸上皮層を侵襲しているのが見られ(赤染されたサルモネラ)、SL7207の経口投与が、腸および結腸粘膜にペイロードを送達するための有用なツールであり得ることを示していた。フォローアップ実験では、マウスをGFP発現プラスミド(pEGFPC1,Invitrogen)を保持するSL7207で処置した。単回処置の24時間後に、ごく一部(約1%)の細胞がGFPを発現しているのが明確に見出された。
国際公開第2008/156702号の図3は、S.チフィムリウム(S.typhimurium)による腸粘膜内への効率的な侵襲およびプラスミド送達を示している。経口投与6時間後にSL7207を赤色の蛍光抗体を用いて染色した。インタクトのSL7207およびSL7207のフラグメントが上皮細胞のみならず、固有層の裏打ち細胞にも見られた(上部左/右)。SL7207は発現DNAを腸粘膜内へ良好に送達する:腸粘膜細胞が、GFPの真核発現プラスミド(pEGFP−C1)を保有するSL7207での処置後にGFPを発現している(左下方)。蛍光顕微鏡用に、SL7207を赤色の蛍光抗体で染色し、核をヘキスト37111で対比染色した。
SL7207が腸管内の標的遺伝子へのRNAi送達に使用され得るか否かを試験するために、GFPトランスジェニックマウス(一群当たり4匹)を、GFP(SL−siGFP)に対するshRNA発現プラスミドまたはk−RAS(SL−siRAS)に対するshRNA発現プラスミドを保持するS.チフィムリウム(S.typhimurium)で処置した。108c.f.uを週3回で2週間、強制経口投与により投与した。次いで、結腸組織を蛍光顕微鏡法(データ不掲載)で概観し、特異的抗体(Living Colors(登録商標),Invitrogen)を用いてGFP発現に関して免疫組織化学染色した後、染色解析を行った。SL−siGFP処置動物において、SL−siRAS処置動物と比べて、全体的なGFP発現レベルの有意な減少およびGFP発現陰窩の数の有意な減少が見られ(33.9%対50%、p<0.05)、この方法が結腸上皮内に治療用RNAiを送達するのに有用であり得ることを示していた。
国際公開第2008/156702号の図4は、細菌介在RNA干渉が胃腸管上皮における標的遺伝子発現を減少させることを示している。GFP標的化発現プラスミドを保有するSL7207(SL−siGFP、右下パネル)での処置後に、結腸組織は低レベルのGFP発現を示し、SL−siRASで処置した動物(左下パネル)と比べて、GFPに関して陽性染色された結腸陰窩は少なかった。スライドはGFP−特異的抗体で染色した。
実施例5:CEQ503細菌株の構築
CEQ503(CEQ201(pNJSZ)株)の誘導および記載
CEQ503は、弱毒化大腸菌(E.coli)株(CEQ201)と特別に操作されたTRIPプラスミド(pNJSZ)との組合せからなる。プラスミドは、tkRNAiを誘導するのに必要な能力(この場合:侵襲性、侵入小胞の回避、短鎖ヘアピンRNAの発現)を付与する。CEQ503(pNJSZ)株の記載:
1.遺伝子型:Escherichia coli CEQ201[glnV44(AS)、LAM−、rfbC1、endA1、spoT1、thi−1、hsdR17、(rk −mk +)、creC510ΔdapA、ΔrecA]
2.CEQ201の誘導
3.プラスミド:国際公開第2008/156702号の図5に模式的に示されるpNJSZは、本発明者らの細菌株(CEQ503)にカナマイシン耐性を付与する10.4kbプラスミドである。このプラスミドは、2つの遺伝子hlyおよびinvならびにH3ヘアピン配列:ggatccAGGAGTAACAATACAAATGGATTCAAGAGATCCATTTGTATTGTTACTCCTTTgtcgac(配列番号:383)を含み、BamHIおよびSalI制限部位を含む。このプラスミドの存在を確認するために、PCRを行ってdapAの染色体欠失を確認し、ミニプレップおよび/またはPCRを行ってプラスミド上のinv、hlyおよび341−H3を確認した。
4.栄養要求量:Althea Media BrothまたはLB,Miller(Luria−Bertani)broth(Amresco;カタログ番号:J106−2KG)および50μg/mlのDL−Δ;ε−ジアミノペミリン酸(Diaminopemilic acid)(DAP)(SIGMA;カタログ番号D1377−10G)。
5.増殖条件:37℃
CEQ503(CEQ201(pNJSZ)株)の誘導および記載
CEQ503は、弱毒化大腸菌(E.coli)株(CEQ201)と特別に操作されたTRIPプラスミド(pNJSZ)との組合せからなる。プラスミドは、tkRNAiを誘導するのに必要な能力(この場合:侵襲性、侵入小胞の回避、短鎖ヘアピンRNAの発現)を付与する。CEQ503(pNJSZ)株の記載:
1.遺伝子型:Escherichia coli CEQ201[glnV44(AS)、LAM−、rfbC1、endA1、spoT1、thi−1、hsdR17、(rk −mk +)、creC510ΔdapA、ΔrecA]
2.CEQ201の誘導
4.栄養要求量:Althea Media BrothまたはLB,Miller(Luria−Bertani)broth(Amresco;カタログ番号:J106−2KG)および50μg/mlのDL−Δ;ε−ジアミノペミリン酸(Diaminopemilic acid)(DAP)(SIGMA;カタログ番号D1377−10G)。
5.増殖条件:37℃
実施例6:BTP産生
TRIPのような適当なプラスミドを含有するBTPまたはミニ細胞がtkRNAi送達のために設計されている。これらの細胞は哺乳動物細胞内への侵入を可能にするインベイシンまたはOpaを発現し、リステリオリシンがミニ細胞の分解/溶解に続いて食胞を溶解させる。さらに、ミニ細胞を製造する方法が開発されており、この方法では、ミニ細胞の精製を助けるために無傷細胞を殺すための自殺構築物を用いる。このような自殺プラスミドは文献に記載されている(Kloosら,(1994)J.Bacteriol.176,7352−61;JainおよびMekalanos,(2000)Infect.Immun.68,986−989)。簡潔には、穿孔およびリゾチームをコードするラムダSおよびR遺伝子を細菌染色体上の誘導性プロモーターの制御下に置く。誘導の際に、それらは無傷細胞を溶解するが、ミニ細胞は染色体を欠くため溶解しない。多くの異なるタイプのレギュレーター、例えばlacI、araC、ラムダcI857およびrhaS−rhaRなどを誘導性自殺遺伝子構築物の開発に使用することができる。同様に、大腸菌(E.coli)自己溶菌遺伝子および抗菌低小分子ペプチドを含めた数多くの異なるタイプの自殺遺伝子を同様のスキームに使用することができる。線維化を誘導する処置または突然変異により精製が増進される(例えば、WardおよびLutkenhaus,(1985)Cell 42,941−949;BiおよびLutkenhaus,1992を参照されたい)。最初の精製は、無傷細胞を分離して上清中にミニ細胞を残す低速遠心分離を含む。この後に、密度勾配精製またはろ過を行うことができる(例えば、Shullら,(1971)J.Bacteriol.106,626−633)。
TRIPのような適当なプラスミドを含有するBTPまたはミニ細胞がtkRNAi送達のために設計されている。これらの細胞は哺乳動物細胞内への侵入を可能にするインベイシンまたはOpaを発現し、リステリオリシンがミニ細胞の分解/溶解に続いて食胞を溶解させる。さらに、ミニ細胞を製造する方法が開発されており、この方法では、ミニ細胞の精製を助けるために無傷細胞を殺すための自殺構築物を用いる。このような自殺プラスミドは文献に記載されている(Kloosら,(1994)J.Bacteriol.176,7352−61;JainおよびMekalanos,(2000)Infect.Immun.68,986−989)。簡潔には、穿孔およびリゾチームをコードするラムダSおよびR遺伝子を細菌染色体上の誘導性プロモーターの制御下に置く。誘導の際に、それらは無傷細胞を溶解するが、ミニ細胞は染色体を欠くため溶解しない。多くの異なるタイプのレギュレーター、例えばlacI、araC、ラムダcI857およびrhaS−rhaRなどを誘導性自殺遺伝子構築物の開発に使用することができる。同様に、大腸菌(E.coli)自己溶菌遺伝子および抗菌低小分子ペプチドを含めた数多くの異なるタイプの自殺遺伝子を同様のスキームに使用することができる。線維化を誘導する処置または突然変異により精製が増進される(例えば、WardおよびLutkenhaus,(1985)Cell 42,941−949;BiおよびLutkenhaus,1992を参照されたい)。最初の精製は、無傷細胞を分離して上清中にミニ細胞を残す低速遠心分離を含む。この後に、密度勾配精製またはろ過を行うことができる(例えば、Shullら,(1971)J.Bacteriol.106,626−633)。
BTPおよび細菌を含有する混合物からBTPを得るために、抗菌性タンパク質、バクテリオファージ溶菌酵素または自己溶菌酵素をコードする遺伝子を非限定的に含めた自殺遺伝子としても知られる任意の細胞死誘発遺伝子を、この方法に使用することができる。自殺遺伝子は、細胞溶解を非限定的に含めた機序により、あるいは染色体DNAのような細胞成分または線維成分の破壊、分解または毒害により、生存細菌を殺すことができる。任意の誘導性プロモーターをこのシステムと共に使用し得る。本発明の一実施形態では、自殺遺伝子が染色体内に組み込まれるが、BTPまたはミニ細胞は、染色体DNAを保有しないためこれらの遺伝子を組み込まないことから、自殺遺伝子の存在は無傷細菌細胞内に限定される。
国際公開第2008/156702号の図6に示されるように、自殺遺伝子の誘導は無傷細菌細胞を溶解する。ラムダSおよびR遺伝子(自殺遺伝子)はPlacUV5(誘導性プロモーター)の制御下に置かれている。リーキーな定常活性は、PgapA(強力なプロモーター)上のlacIq遺伝子によりコードされる「スーパーリプレッサー」により抑制されている。このカセットはminCD遺伝子座に置かれている。
実施例7:ヒトパピローマウイルス(HPV)癌遺伝子のsiRNA阻害
細胞培養:Hela細胞を、抗生物質:100U/mLのペニシリンG、10μg/mLのストレプトマイシン(Sigma)を添加した、10%FBSを含む最小必須培地(MEM,ATCCNo.30−2003)中で培養した。
細胞培養:Hela細胞を、抗生物質:100U/mLのペニシリンG、10μg/mLのストレプトマイシン(Sigma)を添加した、10%FBSを含む最小必須培地(MEM,ATCCNo.30−2003)中で培養した。
細菌培養:プラスミドをBL21(DE3)株(Invitrogen)内に形質転換した。細菌を100μg/mLアンピシリンを含有するLB Broth中37℃で増殖させた。細菌細胞密度(CFU/mL)をOD600測定を用いて計算した。細胞感染では、一晩培養物を新たな培地内に接種し、600nmにおける吸光度[OD600]が0.6に達するまで2〜3時間さらに増殖させた。
侵襲試験:細菌侵襲では、Hela細胞を6ウェルディッシュ内で200,000細胞/ウェルで播き、2mLの完全増殖培地中で一晩インキュベートさせた。細菌細胞を、アンピシリンを含むLB Broth中で、600nmにおける吸光度[OD600]0.6の中間対数期まで増殖させ、次いで、4℃で10分間、3,400rpmで遠心分離した。細菌ペレットを、血清または抗生物質を含まないMEM中に再懸濁し、細菌を1:1000、1:500、1:250、1:125または1:62.5のMOIで細胞に添加し、5%CO2中、37℃で2時間、Hela細胞を侵襲させた。細胞を10%FBSおよびペニシリン−ストレプトマイシン(1mL当たり、100IUのペニシリンおよび100μgのストレプトマイシン)を含有するMEMで4回洗浄した。細胞を新たな完全培地中で、5%CO2中、37℃でさらに48時間インキュベートし、次いで、オンカラムDNアーゼ消化を用いたQiagen RNeasyシステムにより、またはTRIZOL抽出法により全RNAを単離した。
siRNAトランスフェクション:トランスフェクション1日前に、細胞がトランスフェクション時に30〜50%コンフルエントになるように、細胞を抗生物質を含まない完全増殖培地中に播いた。20μMのストックから様々な濃度のsiRNAを175μLのOpti−MEM中に希釈した。4mLのオリゴフェクタミンを別に15μLのOpti−MEM中に混合した。穏やかに混合し、室温で5〜10分間インキュベートした。希釈siRNAを希釈オリゴフェクタミンと混合し、室温で15〜20分間インキュベートした。複合体が形成される間に、細胞から増殖培地を除去し、細胞を含む各ウェルに、血清を含まない培地800μLを添加した。細胞に200μLのsiRNA/オリゴフェクタミン複合体を添加し、37℃で4時間インキュベートした。トランスフェクション混合物を除去せずに、通常の3倍の濃度の血清を含有する増殖培地を1mL添加した。48時間で遺伝子サイレンシングを試験した。
RT−PCR:HPV18E6E7転写産物検出のために、以下のプライマーおよびプローブセットを用いて、定量的リアルタイム逆転写PCR(RT−PCR)をTaqMan RT−PCR master Mix Reagents Kit(Applied Biosystems)により行った:
順方向プライマー:5’−CTGATCTGTGCACGGAACTGA−3’(148〜168)(配列番号:384)
逆方向プライマー:5’−TGTCTAAGTTTTTCTGCTGGATTCA−3’(439〜463)(配列番号:385)
プローブ:5’−TTGGAACTTACAGAGGTGCCTGCGC−3’(219〜233および416〜425)(配列番号:386)。
順方向プライマー:5’−CTGATCTGTGCACGGAACTGA−3’(148〜168)(配列番号:384)
逆方向プライマー:5’−TGTCTAAGTTTTTCTGCTGGATTCA−3’(439〜463)(配列番号:385)
プローブ:5’−TTGGAACTTACAGAGGTGCCTGCGC−3’(219〜233および416〜425)(配列番号:386)。
プローブの5’末端をレポーター蛍光色素であるFAMで標識し、3’末端を蛍光色素クエンチャーであるTAMRAで標識した。GAPDHを用いて標準化のためのヒトGAPDH転写産物を検出した。
HPVshRNA配列:
H1(有効な配列)
5’−ggATCCTAGGTATTTGAATTTGCATTTCAAGAGAATGCAAATTCAAATACCTTTTgTCgAC(配列番号:387)
5’−GTCGACAAAAGGTATTTGAATTTGCATTCTCTTGAAATGCAAATTCAAATACCTAGGATCC(配列番号:388)
H2(無効な配列)
5’−ggATCCTCAGAAAAACTTAGACACCTTCAAGAGAGGTGTCTAAGTTTTTCTGTTTgTCgAC(配列番号:389)
5’−GTCGACAAACAGAAAAACTTAGACACCTCTCTTGAAGGTGTCTAAGTTTTTCTGAGGATCC(配列番号:390)
HPVshRNA配列:
H1(有効な配列)
5’−ggATCCTAGGTATTTGAATTTGCATTTCAAGAGAATGCAAATTCAAATACCTTTTgTCgAC(配列番号:387)
5’−GTCGACAAAAGGTATTTGAATTTGCATTCTCTTGAAATGCAAATTCAAATACCTAGGATCC(配列番号:388)
H2(無効な配列)
5’−ggATCCTCAGAAAAACTTAGACACCTTCAAGAGAGGTGTCTAAGTTTTTCTGTTTgTCgAC(配列番号:389)
5’−GTCGACAAACAGAAAAACTTAGACACCTCTCTTGAAGGTGTCTAAGTTTTTCTGAGGATCC(配列番号:390)
ウエスタンブロット:Hela細胞を1×Cell lysis Buffer(Cell Signaling Technology,カタログ番号9803)を用いて溶解した。電気泳動では、2×ローディング緩衝液中の総タンパク質50μgを12%SDS−PAGEゲルの各ウェルに負荷した。転写後、ブロットをブロッキングし、2時間で一次抗体でプローブした後、HRP結合二次抗体でインキュベートし、ECLにより検出した。一次抗体は、HPV18E7抗体を1/250希釈で使用した以外は、すべて1/1000希釈で使用した。
抗ヒトpRb抗体:BD Pharmingen(カタログ番号554136),Sec Ab:HRP−抗マウス
HPV18E7:Santa Cruz(カタログ番号sc−1590),Sec Ab:ロバ抗ヤギIgG−HRP カタログ番号sc2020
p53:Santa Cruz(カタログ番号sc−126),Sec Ab:HRP−抗マウス
p21:Santa Cruz(カタログ番号sc−397),Sec Ab:HRP−抗ウサギ
c−Myc:Cell Signaling Technology(カタログ番号9402),Sec Ab:HRP−抗ウサギ
抗ヒトpRb抗体:BD Pharmingen(カタログ番号554136),Sec Ab:HRP−抗マウス
HPV18E7:Santa Cruz(カタログ番号sc−1590),Sec Ab:ロバ抗ヤギIgG−HRP カタログ番号sc2020
p53:Santa Cruz(カタログ番号sc−126),Sec Ab:HRP−抗マウス
p21:Santa Cruz(カタログ番号sc−397),Sec Ab:HRP−抗ウサギ
c−Myc:Cell Signaling Technology(カタログ番号9402),Sec Ab:HRP−抗ウサギ
コロニー形成試験:Hela細胞を2時間の細菌侵襲後に回収した。対照処置またはHPVshRNA処置細胞中の細胞を完全MEMで3回、PBSで1回洗浄した。次いで、細胞をトリプシン処理し、カウントした。各処置からの500個の細胞を、完全増殖培地2mLを含む6ウェルプレートの単一ウェルに添加した。細胞を10日間増殖させた後、コロニーをギムザ(GEIMSA)染色で固定した。
MTT試験:Hela細胞を2時間の細菌侵襲後に回収した。対照処置またはHPVshRNA処置細胞中の細胞を完全MEMで3回、PBSで1回洗浄した。次いで、細胞をトリプシン処理し、カウントした。各処置からの5000個の細胞を、96ウェルプレートの単一ウェルの完全増殖培地100μL中に3つ組みで添加した。細胞を37℃で48〜72時間インキュベートした後、10μLの0.5mg/mLMTTを各ウェルに添加した。プレートをさらに37℃で3時間インキュベートし、ウェルから培地を吸引除去し、インキュベーション後、100μLのMTT可溶化溶液[酸性イソプロポナール(isoproponal)中10%のTritonX−100(0.1N HCl)]を各ウェルに添加して反応を停止させた。プレートリーダー上で570nmにおける吸光度を読み取った。
この実施例では、HPV18E6およびE7癌遺伝子に対する短鎖ヘアピンRNAの抑制効果を調べた。ヒト子宮頸癌細胞(Hela)を、短鎖ヘアピンRNAを産生する細菌株に感染させて短鎖ヘアピンRNAを送達した。shRNA発現カセットは、ループ配列(TTCAAGAGA)が後に続く標的配列の19ヌクレオチド(nt)およびその19ntに対する逆相補配列を含んでいた(配列番号:391)。19ntに関して、siRNA送達および遺伝子サイレンシング効率の測定のために、Cancer Gene Therapy(2006)13,1023−1032で公開されている2つのshRNA配列を用い、6ウェルフォーマットのオリゴフェクタミン試薬を使用した。簡潔には、Hela細胞を無抗生物質培地で、約40%コンフルエンスの細胞密度で播いた。翌日、siRNAを50、100、200nMの様々な濃度で6ウェルプレートに添加した。対照siRNAを100nMの単一濃度で添加した。
国際公開第2008/156702号の図7に示されるように、オリゴフェクタミントランスフェクション法の結果、Hela細胞におけるE6mRNAが対照siRNAに対して減少した。siRNA(H1)は、約40%までのE6mRNAの減少を示した。ノックダウン応答は用量依存的ではなかった。
次に、siRNA(H1)のヘアピンをTRIPベクター内にクローニングした。遺伝子サイレンシングが生物界間(transkingdom)システムにより達成され得るか否かを判定するために、ヒト子宮頸癌細胞(Hela)中のshRNAを侵襲試験で試験した。簡潔には、Hela細胞を、2×105細胞/ウェルで6ウェルプレートに播き、一晩増殖させ、翌日、ヘアピンRNAを産生するように操作された細菌(E.coli)と共に異なるMOIで2時間インキュベートした。10%FBSおよびPen Strepを含有する培養液で細菌を4回洗い流し、哺乳動物細胞を完全倍地中、追加で48時間さらにインキュベートした。RNAまたはタンパク質を細菌から単離した。
国際公開第2008/156702号の図8および9は、siRNAがHela細胞におけるHPVE6発現を下方制御することを示している。細胞を6ウェルプレートに播き、40%のコンフルエンス(約40,000個の細胞)まで増殖させた。オリゴフェクタミン4μLとsiRNAを混合することにより、オリゴフェクタミン/siRNAトランスフェクション複合体をOpti−MEM無血清培地中に調製した(培地185μL中の最終濃度は50、100、200nM)。トランスフェクション後48時間の細胞を回収し、標的およびGAPDH両方のmRNAレベルに関してリアルタイムRT−PCRにより解析した。データをGAPDHシグナルに対して標準化した。2つの異なる陰性対照siRNAを200nMの単一濃度で使用した。
国際公開第2008/156702号の図10、パネルA〜Cは、Hela細胞の侵襲試験後のリアルタイムPCRの結果を示している。Hela細胞をshRNA発現BL21(DE3)と共に様々な感染多重度(MOI)で2時間インキュベートした。感染後48時間で細胞を回収し、標的およびGAPDH両方のmRNAレベルに関してリアルタイムRT−PCRにより解析した。データをGAPDHシグナルに対して標準化した。次いで、これらのデータを未処置対照細胞に対してさらに標準化した。
国際公開第2008/156702号の図11は、腫瘍サプレッサー経路およびその他の下流標的に対するHPVE6およびE7遺伝子の下方制御の影響を示している。Hela細胞をshRNA発現BL21(DE3)と共に様々な感染多重度(MOI)で2時間インキュベートした。感染後48時間の細胞を回収し、ウエスタンブロット法により解析した。各レーンに50μgのタンパク質を負荷して、ゲル電気泳動により分離し、膜に転移して、図に示されるHPV18E7、p53、アクチン、p110Rb、p21およびc−mycに対して特異的な抗体でプローブした。
国際公開第2008/156702号の図12および13は、それぞれコロニー形成およびMTT試験を示している。Hela細胞をshRNA発現BL21(DE3)と共に様々な感染多重度(MOI)で2時間インキュベートした。感染後2時間の細胞を洗浄してトリプシン処理し、カウントし、各MOIに対して同数の細胞を6ウェルプレートの1ウェルに添加した(CFAでは6ウェルプレートの各ウェルに500個の細胞を添加し、MTTでは96ウェルプレートの各ウェルに5000個の細胞を添加した)。コロニー形成では、細胞を10日間増殖させてギムザ(Geimsa)で染色し、播種後72時間でMTT試験を解析した。
国際公開第2008/156702号の図14および15は、Hela細胞の侵襲試験後のリアルタイムPCRの結果を示している。Hela細胞をshRNA発現BL21(DE3)と共に様々な感染多重度(MOI)で2時間インキュベートした。感染後48時間の細胞を回収し、標的およびGAPDH両方のmRNAレベルに関してリアルタイムRT−PCRにより解析した。データをGAPDHシグナルに対して標準化した。次いで、これらのデータを未処置対照細胞に対してさらに標準化した。
国際公開第2008/156702号の図16は、腫瘍サプレッサー経路およびその他の下流標的に対するHPVE6およびE7遺伝子の下方制御の影響を示している。Hela細胞をshRNA発現BL21(DE3)と共に様々な感染多重度(MOI)で2時間インキュベートした。感染後48時間の細胞を回収し、ウエスタンブロット法により解析した。各レーンに50μgのタンパク質を負荷して、ゲル電気泳動により分離し、膜に転移して、図に示されるHPV18E7、p53、アクチン、p110Rbに対して特異的な抗体でプローブした。
国際公開第2008/156702号の図17は、BL21(DE3)中の陰性sHRNA対照およびHPVsHRNAの凍結アリコートによるHela細胞侵襲試験後のリアルタイムPCRの結果を示している。Hela細胞をshRNA発現BL21(DE3)と共に様々な感染多重度(MOI)で2時間インキュベートした。感染後48時間の細胞を回収し、標的およびGAPDH両方のmRNAレベルに関してリアルタイムRT−PCRにより解析した。データをGAPDHシグナルに対して標準化した。次いで、これらのデータを未処置対照細胞に対してさらに標準化した。
国際公開第2008/156702号の図18は、BL21(DE3)中の陰性sHRNA対照およびHPVsHRNAの凍結アリコートの平板効率を示している。凍結細菌を解凍し、3.38×108細胞/mLの最終濃度まで再懸濁した。2mLの3.38×108細胞/mLを1000のMOIとするこの濃度で侵襲試験を行った。対照細菌またはHPV細菌の一部ストックを連続的に希釈し(1:100)てLBプレート上に播き、48時間での細菌処置細胞の数および生存率を評価した。遺伝子サイレンシングを、ΔΔCt相対定量法を用いた定量的リアルタイムPCRにより、またはウエスタンブロット解析により解析した。HPVE6のmRNAレベルを内在性対照であるGAPDHに対して標準化した。最終データを未処置細胞からのRNAに対してさらに標準化した。タンパク質解析では、細胞溶解物をCell Lysis Buffer(Cell Signaling Technology)中に調製し、BioRadのBCAキットを用いてタンパク質濃度を測定した。電気泳動では、タンパク質発現をアクチン負荷対照に対して標準化した。
実施例8:HPV18E7抗体でのウエスタンブロット法により評価したHPVE6遺伝子ノックダウン
Hela細胞をshRNA発現BL21(DE3)(以下、HPVH1構築物)と共に様々な感染多重度(MOI)で2時間インキュベートした。感染後48時間の細胞を回収し、ウエスタンブロット法により解析した。HPVE6特異的ノックダウンを陰性shRNA対照と比較した。簡潔には、各レーンに50μgのタンパク質を負荷して、ゲル電気泳動により分離し、膜に転移して、図に示されるHPV18E7およびアクチンに対して特異的な抗体でプローブした。
HPVH1
5’−GATCC TAGGTATTTGAATTTGCAT TTCAAGAGA ATGCAAATTCAAATACCTTTT G−3’(配列番号:392)
3’−G ATCCATAAACTTAAACGTA AAGTTCTCT TACGTTTAAGTTTATGGAAAA CAGCT−5’(配列番号:393)
Hela細胞をshRNA発現BL21(DE3)(以下、HPVH1構築物)と共に様々な感染多重度(MOI)で2時間インキュベートした。感染後48時間の細胞を回収し、ウエスタンブロット法により解析した。HPVE6特異的ノックダウンを陰性shRNA対照と比較した。簡潔には、各レーンに50μgのタンパク質を負荷して、ゲル電気泳動により分離し、膜に転移して、図に示されるHPV18E7およびアクチンに対して特異的な抗体でプローブした。
HPVH1
5’−GATCC TAGGTATTTGAATTTGCAT TTCAAGAGA ATGCAAATTCAAATACCTTTT G−3’(配列番号:392)
3’−G ATCCATAAACTTAAACGTA AAGTTCTCT TACGTTTAAGTTTATGGAAAA CAGCT−5’(配列番号:393)
国際公開第2008/156702号の図19は、HPV18E7抗体でのウエスタンブロット法により評価したHPVE6遺伝子ノックダウンを示している。Hela細胞をshRNA発現BL21(DE3)と共に様々な感染多重度(MOI)で2時間インキュベートした。感染後48時間の細胞を回収し、ウエスタンブロット法により解析した。HPVE6特異的ノックダウンを陰性sHRNA対照と比較した。簡潔には、各レーンに50μgのタンパク質を負荷して、ゲル電気泳動により分離し、膜に転移して、図に示されるHPV18E7およびアクチンに対して特異的な抗体でプローブした。
実施例9:CMT93細胞におけるCCL20発現の阻害
1つのコンフルエントなT−175フラスコのCMT93細胞を、細胞が剥離するまで10mLでトリプシン処理した。30mLのDMEM(10%FCS,pen/strep)添加によりトリプシンを不活性化し、細胞をピペッティングにより十分に混合した。この溶液から8mLを滅菌50mLチューブ内に移し、32mLの10%DMEMを添加した。細胞をよく掻き混ぜて、250μLを48ウェルプレートの各ウェルに添加し、37℃で一晩インキュベートし、翌朝、約70%コンフルエントの付着細胞を得た。翌日、siRNAトランスフェクション複合体を以下の方法により作成した。
1つのコンフルエントなT−175フラスコのCMT93細胞を、細胞が剥離するまで10mLでトリプシン処理した。30mLのDMEM(10%FCS,pen/strep)添加によりトリプシンを不活性化し、細胞をピペッティングにより十分に混合した。この溶液から8mLを滅菌50mLチューブ内に移し、32mLの10%DMEMを添加した。細胞をよく掻き混ぜて、250μLを48ウェルプレートの各ウェルに添加し、37℃で一晩インキュベートし、翌朝、約70%コンフルエントの付着細胞を得た。翌日、siRNAトランスフェクション複合体を以下の方法により作成した。
プレアニールされたsiRNA二本鎖として配列をQiagenに発注した。各ウェルを250ulのsiRNA緩衝液(Qiagenより)中に再懸濁して20uMのストック濃度を得た。次いで、プレートを95℃で5分間水浴中に置き、次いで、徐冷して二本鎖を再懸濁し、凝集物を分離した。次いで、懸濁された二本鎖を、標準的なプロトコールに記載されているトランスフェクション実験に使用した。定式化は、250uLの培地を含む、48ウェルプレートの1ウェル当たりとし;各スクリーニングを生物学的三重反復で行ったため、溶液を4ウェル分;トランスフェクション用に3ウェルおよび追加で1ウェル作成した。
0.3uLの適当なsiRNA(20uMストック溶液から)を無血清/抗生物質培地で47uLまで希釈し、混合した。この溶液に3uLのHiPerfectトランスフェクション試薬(Qiagen)を添加した後、短時間ボルテックスし、室温で20分間インキュベートした。混合物を含有する複合体50uLを、CMT93細胞を含む48ウェルプレートの3つのウェルそれぞれに添加した。37℃で24時間トランスフェクションを行った時点で、培地を除去して、LPSを100ng/mL含有する400uLのDMEM/10%FCSに入れ替えた。刺激後、細胞を洗浄し、Qiagen Quantitech法(製造者プロトコールを参照)による50サイクルのqRT−PCR用にRNAを単離した。
国際公開第2008/156702号の図20は、CMT93細胞における様々なsiRNA配列によるCCL20発現のノックダウンを示している。試験したsiRNA配列を表33に挙げる。
実施例10:CMT93細胞におけるクローディン−2発現の阻害
1つのコンフルエントなT−175フラスコのCMT93細胞を、細胞が剥離するまで10mLでトリプシン処理した。30mLのDMEM(10%FCS,pen/strep)添加によりトリプシンを不活性化し、細胞をピペッティングにより十分に混合した。この溶液から8mLを滅菌50mLチューブ内に移し、32mLの10%DMEMを添加した。細胞をよく掻き混ぜて、250μLを48ウェルプレートの各ウェルに添加し、37℃で一晩インキュベートし、翌朝、約70%コンフルエントの付着細胞を得た。翌日、siRNAトランスフェクション複合体を以下の方法により作成した。
1つのコンフルエントなT−175フラスコのCMT93細胞を、細胞が剥離するまで10mLでトリプシン処理した。30mLのDMEM(10%FCS,pen/strep)添加によりトリプシンを不活性化し、細胞をピペッティングにより十分に混合した。この溶液から8mLを滅菌50mLチューブ内に移し、32mLの10%DMEMを添加した。細胞をよく掻き混ぜて、250μLを48ウェルプレートの各ウェルに添加し、37℃で一晩インキュベートし、翌朝、約70%コンフルエントの付着細胞を得た。翌日、siRNAトランスフェクション複合体を以下の方法により作成した。
プレアニールされたsiRNA二本鎖として配列をQiagenに発注した。各ウェルを250ulのsiRNA緩衝液(Qiagenより)中に再懸濁して20uMのストック濃度を得た。次いで、プレートを95℃で5分間水浴中に置き、次いで、徐冷して二本鎖を再懸濁し、凝集物を分離した。次いで、懸濁された二本鎖を、標準的なプロトコールに記載されているトランスフェクション実験に使用した。定式化は、250uLの培地を含む、48ウェルプレートの1ウェル当たりとし;各スクリーニングを生物学的三重反復で行ったため、溶液を4ウェル分;トランスフェクション用に3ウェルおよび追加で1ウェル作成した。
0.3uLの適当なsiRNA(20uMストック溶液から)を無血清/抗生物質培地で47uLまで希釈し、混合した。この溶液に3uLのHiPerfectトランスフェクション試薬(Qiagen)を添加した後、短時間ボルテックスし、室温で20分間インキュベートした。混合物を含有する複合体50uLを、CMT93細胞を含む48ウェルプレートの3つのウェルそれぞれに添加した。37℃で24または48時間トランスフェクションを行った時点で、細胞を洗浄し、Qiagen Quantitech法(製造者プロトコールを参照)による50サイクルのqRT−PCR用にRNAを単離した。
国際公開第2008/156702号の図21は、トランスフェクション24時間後のCMT93細胞における、様々なsiRNA配列によるクローディン−2発現のノックダウンを示している。試験したsiRNA配列を表34に挙げる。
実施例11:CMT93細胞におけるIL6−Ra発現の阻害
1つのコンフルエントなT−175フラスコのCMT93細胞を、細胞が剥離するまで10mLでトリプシン処理した。30mLのDMEM(10%FCS,pen/strep)添加によりトリプシンを不活性化し、細胞をピペッティングにより十分に混合した。この溶液から8mLを滅菌50mLチューブ内に移し、32mLの10%DMEMを添加した。細胞をよく掻き混ぜて、250μLを48ウェルプレートの各ウェルに添加し、37℃で一晩インキュベートし、翌朝、約70%コンフルエントの付着細胞を得た。翌日、siRNAトランスフェクション複合体を以下の方法により作成した。
1つのコンフルエントなT−175フラスコのCMT93細胞を、細胞が剥離するまで10mLでトリプシン処理した。30mLのDMEM(10%FCS,pen/strep)添加によりトリプシンを不活性化し、細胞をピペッティングにより十分に混合した。この溶液から8mLを滅菌50mLチューブ内に移し、32mLの10%DMEMを添加した。細胞をよく掻き混ぜて、250μLを48ウェルプレートの各ウェルに添加し、37℃で一晩インキュベートし、翌朝、約70%コンフルエントの付着細胞を得た。翌日、siRNAトランスフェクション複合体を以下の方法により作成した。
プレアニールされたsiRNA二本鎖として配列をQiagenに発注した。各ウェルを250ulのsiRNA緩衝液(Qiagenより)中に再懸濁して20uMのストック濃度を得た。次いで、プレートを95℃で5分間水浴中に置き、次いで、徐冷して二本鎖を再懸濁し、凝集物を分離した。次いで、懸濁された二本鎖を、標準的なプロトコールに記載されているトランスフェクション実験に使用した。定式化は、250uLの培地を含む、48ウェルプレートの1ウェル当たりとし;各スクリーニングを生物学的三重反復で行ったため、溶液を4ウェル分;トランスフェクション用に3ウェルおよび追加で1ウェル作成した。
0.3uLの適当なsiRNA(20uMストック溶液から)を無血清/抗生物質培地で47uLまで希釈し、混合した。この溶液に3uLのHiPerfectトランスフェクション試薬(Qiagen)を添加した後、短時間ボルテックスし、室温で20分間インキュベートした。混合物を含有する複合体50uLを、CMT93細胞を含む48ウェルプレートの3つのウェルそれぞれに添加した。37℃で24、48または72時間トランスフェクションを行った時点で、細胞を洗浄し、Qiagen Quantitech法(製造者プロトコールを参照)による40サイクルのqRT−PCR用にRNAを単離した。
国際公開第2008/156702号の図22は、トランスフェクション24時間後のCMT93細胞における、様々なsiRNA配列によるIL6−RA発現のノックダウンを示している。試験したsiRNA配列を表35に挙げる。
実施例12:CMT93細胞におけるIL13−Ra1発現の阻害
1つのコンフルエントなT−175フラスコのCMT93細胞を、細胞が剥離するまで10mLでトリプシン処理した。30mLのDMEM(10%FCS,pen/strep)添加によりトリプシンを不活性化し、細胞をピペッティングにより十分に混合した。この溶液から8mLを滅菌50mLチューブ内に移し、32mLの10%DMEMを添加した。細胞をよく掻き混ぜて、250μLを48ウェルプレートの各ウェルに添加し、37℃で一晩インキュベートし、翌朝、約70%コンフルエントの付着細胞を得た。翌日、siRNAトランスフェクション複合体を以下の方法により作成した。
1つのコンフルエントなT−175フラスコのCMT93細胞を、細胞が剥離するまで10mLでトリプシン処理した。30mLのDMEM(10%FCS,pen/strep)添加によりトリプシンを不活性化し、細胞をピペッティングにより十分に混合した。この溶液から8mLを滅菌50mLチューブ内に移し、32mLの10%DMEMを添加した。細胞をよく掻き混ぜて、250μLを48ウェルプレートの各ウェルに添加し、37℃で一晩インキュベートし、翌朝、約70%コンフルエントの付着細胞を得た。翌日、siRNAトランスフェクション複合体を以下の方法により作成した。
プレアニールされたsiRNA二本鎖として配列をQiagenに発注した。各ウェルを250ulのsiRNA緩衝液(Qiagenより)中に再懸濁して20uMのストック濃度を得た。次いで、プレートを95℃で5分間水浴中に置き、次いで、徐冷して二本鎖を再懸濁し、凝集物を分離した。次いで、懸濁された二本鎖を、標準的なプロトコールに記載されているトランスフェクション実験に使用した。定式化は、250uLの培地を含む、48ウェルプレートの1ウェル当たりとし;各スクリーニングを生物学的三重反復で行ったため、溶液を4ウェル分;トランスフェクション用に3ウェルおよび追加で1ウェル作成した。
0.3uLの適当なsiRNA(20uMストック溶液から)を無血清/抗生物質培地で47uLまで希釈し、混合した。この溶液に3uLのHiPerfectトランスフェクション試薬(Qiagen)を添加した後、短時間ボルテックスし、室温で20分間インキュベートした。混合物を含有する複合体50uLを、CMT93細胞を含む48ウェルプレートの3つのウェルそれぞれに添加した。37℃で24または72時間トランスフェクションを行った時点で、細胞を洗浄し、Qiagen Quantitech法(製造者プロトコールを参照)による40サイクルのqRT−PCR用にRNAを単離した。
国際公開第2008/156702号の図23は、トランスフェクション24時間後のCMT93細胞における、様々なsiRNA配列によるIL13−RA1発現のノックダウンを示している。試験したsiRNA配列を表36に挙げる。
実施例13:CMT93細胞におけるIL−18発現の阻害
1つのコンフルエントなT−175フラスコのCMT93細胞を、細胞が剥離するまで10mLでトリプシン処理した。30mLのDMEM(10%FCS,pen/strep)添加によりトリプシンを不活性化し、細胞をピペッティングにより十分に混合した。この溶液から8mLを滅菌50mLチューブ内に移し、32mLの10%DMEMを添加した。細胞をよく掻き混ぜて、250μLを48ウェルプレートの各ウェルに添加し、37℃で一晩インキュベートし、翌朝、約70%コンフルエントの付着細胞を得た。翌日、siRNAトランスフェクション複合体を以下の方法により作成した。
1つのコンフルエントなT−175フラスコのCMT93細胞を、細胞が剥離するまで10mLでトリプシン処理した。30mLのDMEM(10%FCS,pen/strep)添加によりトリプシンを不活性化し、細胞をピペッティングにより十分に混合した。この溶液から8mLを滅菌50mLチューブ内に移し、32mLの10%DMEMを添加した。細胞をよく掻き混ぜて、250μLを48ウェルプレートの各ウェルに添加し、37℃で一晩インキュベートし、翌朝、約70%コンフルエントの付着細胞を得た。翌日、siRNAトランスフェクション複合体を以下の方法により作成した。
プレアニールされたsiRNA二本鎖として配列をQiagenに発注した。各ウェルを250ulのsiRNA緩衝液(Qiagenより)中に再懸濁して20uMのストック濃度を得た。次いで、プレートを95℃で5分間水浴中に置き、次いで、徐冷して二本鎖を再懸濁し、凝集物を分離した。次いで、懸濁された二本鎖を、標準的なプロトコールに記載されているトランスフェクション実験に使用した。定式化は、250uLの培地を含む、48ウェルプレートの1ウェル当たりとし;各スクリーニングを生物学的三重反復で行ったため、溶液を4ウェル分;トランスフェクション用に3ウェルおよび追加で1ウェル作成した。
0.3uLの適当なsiRNA(20uMストック溶液から)を無血清/抗生物質培地で47uLまで希釈し、混合した。この溶液に3uLのLipofectamine RNAiMAXトランスフェクション試薬(Invitrogen)を添加した後、短時間ボルテックスし、室温で20分間インキュベートした。混合物を含有する複合体50uLを、CMT93細胞を含む48ウェルプレートの3つのウェルそれぞれに添加した。37℃で24時間トランスフェクションを行った時点で、細胞を洗浄し、Qiagen Quantitech法(製造者プロトコールを参照)による40サイクルのqRT−PCR用にRNAを単離した。
国際公開第2008/156702号の図24は、トランスフェクション24時間後のCMT93細胞における、様々なsiRNA配列によるIL18発現のノックダウンを示している。試験したsiRNA配列を表37に挙げる。
実施例14:CMT93細胞におけるIL−7発現の阻害
1つのコンフルエントなT−175フラスコのCMT93細胞を、細胞が剥離するまで10mLでトリプシン処理した。30mLのDMEM(10%FCS,pen/strep)添加によりトリプシンを不活性化し、細胞をピペッティングにより十分に混合した。この溶液から8mLを滅菌50mLチューブ内に移し、32mLの10%DMEMを添加した。細胞をよく掻き混ぜて、250μLを48ウェルプレートの各ウェルに添加し、37℃で一晩インキュベートし、翌朝、約70%コンフルエントの付着細胞を得た。翌日、siRNAトランスフェクション複合体を以下の方法により作成した。
1つのコンフルエントなT−175フラスコのCMT93細胞を、細胞が剥離するまで10mLでトリプシン処理した。30mLのDMEM(10%FCS,pen/strep)添加によりトリプシンを不活性化し、細胞をピペッティングにより十分に混合した。この溶液から8mLを滅菌50mLチューブ内に移し、32mLの10%DMEMを添加した。細胞をよく掻き混ぜて、250μLを48ウェルプレートの各ウェルに添加し、37℃で一晩インキュベートし、翌朝、約70%コンフルエントの付着細胞を得た。翌日、siRNAトランスフェクション複合体を以下の方法により作成した。
プレアニールされたsiRNA二本鎖として配列をQiagenに発注した。各ウェルを250ulのsiRNA緩衝液(Qiagenより)中に再懸濁して20uMのストック濃度を得た。次いで、プレートを95℃で5分間水浴中に置き、次いで、徐冷して二本鎖を再懸濁し、凝集物を分離した。次いで、懸濁された二本鎖を、標準的なプロトコールに記載されているトランスフェクション実験に使用した。定式化は、250uLの培地を含む、48ウェルプレートの1ウェル当たりとし;各スクリーニングを生物学的三重反復で行ったため、溶液を4ウェル分;トランスフェクション用に3ウェルおよび追加で1ウェル作成した。
0.3uLの適当なsiRNA(20uMストック溶液から)を無血清/抗生物質培地で47uLまで希釈し、混合した。この溶液に3uLのLipofectamine RNAiMAXトランスフェクション試薬(Invitrogen)を添加した後、短時間ボルテックスし、室温で20分間インキュベートした。混合物を含有する複合体50uLを、CMT93細胞を含む48ウェルプレートの3つのウェルそれぞれに添加した。37℃で24時間トランスフェクションを行った時点で、細胞を洗浄し、Qiagen Quantitech法(製造者プロトコールを参照)による40サイクルのqRT−PCR用にRNAを単離した。
国際公開第2008/156702号の図25は、トランスフェクション24時間後のCMT93細胞における、様々なsiRNA配列によるIL−7発現のノックダウンを示している。試験したsiRNA配列を表38に挙げる。
実施例15:CMT93細胞におけるキチナーゼ3様−1(CH13L1)発現の阻害
1.7mL微小遠心管中に、20μMの二本鎖RNA溶液(Qiagenより)2.4μLを、Lipofectamine RNAiMAX(Invitrogen)1μLを含有するOpti−MEM無血清培地(Invitrogen)394μL中に希釈して、掻き混ぜ、室温で10分間インキュベートしてトランスフェクション複合体の形成を可能にした。この混合物100μLを24ウェル組織培養皿の3つのウェルそれぞれに添加し、その上にCMT−93細胞を500μL体積で播き、1ウェル当たりの最終体積600μLおよび最終RNA濃度20nMを得た。24時間のトランスフェクション後、リポ多糖(LPS)(Sigma)0.1μg/mLを各ウェルに添加し、細胞を24時間インキュベートしてCHI3L1産生を刺激した後、細胞をPBSで洗浄し、RNA抽出用に回収した。CMT−93細胞をトランスフェクション用に以下のように調製した。1つのコンフルエントなT−175フラスコのCMT93細胞を、細胞が剥離するまで10mLでトリプシン処理した。30mLのDMEM(10%FCS,pen/strep)添加によりトリプシンを不活性化し、細胞をピペッティングにより十分に混合した。この溶液から10mLを滅菌50mLチューブ内に移し、40mLのDMEM10%FBSを添加した。細胞をよく掻き混ぜて、500μLを24ウェルプレートの各ウェルに添加した。この細胞濃度は、24時間の増殖後に約70%の集密度になった。
1.7mL微小遠心管中に、20μMの二本鎖RNA溶液(Qiagenより)2.4μLを、Lipofectamine RNAiMAX(Invitrogen)1μLを含有するOpti−MEM無血清培地(Invitrogen)394μL中に希釈して、掻き混ぜ、室温で10分間インキュベートしてトランスフェクション複合体の形成を可能にした。この混合物100μLを24ウェル組織培養皿の3つのウェルそれぞれに添加し、その上にCMT−93細胞を500μL体積で播き、1ウェル当たりの最終体積600μLおよび最終RNA濃度20nMを得た。24時間のトランスフェクション後、リポ多糖(LPS)(Sigma)0.1μg/mLを各ウェルに添加し、細胞を24時間インキュベートしてCHI3L1産生を刺激した後、細胞をPBSで洗浄し、RNA抽出用に回収した。CMT−93細胞をトランスフェクション用に以下のように調製した。1つのコンフルエントなT−175フラスコのCMT93細胞を、細胞が剥離するまで10mLでトリプシン処理した。30mLのDMEM(10%FCS,pen/strep)添加によりトリプシンを不活性化し、細胞をピペッティングにより十分に混合した。この溶液から10mLを滅菌50mLチューブ内に移し、40mLのDMEM10%FBSを添加した。細胞をよく掻き混ぜて、500μLを24ウェルプレートの各ウェルに添加した。この細胞濃度は、24時間の増殖後に約70%の集密度になった。
国際公開第2008/156702号の図26は、トランスフェクション24時間後のCMT93細胞における、様々なsiRNA配列によるCH13L1発現のノックダウンを示している。試験したsiRNA配列を表39に挙げる。
実施例16:CEQ200の構築
CEQ200は以下の遺伝子型を有する:glnV44(AS)、LAM−、rfbC1、endA1、spoT1、thi−1、hsdR17、(rk −mk +)、creC510ΔdapA。MM294は以下の遺伝子型を有する:glnV44(AS)、LAM−、rfbC1、endA1、spoT1、thi−1、hsdR17、(rk −mk +)、creC510。本発明者らは、CGSCからプラスミドを購入した(Datsenkoら、(2000)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 97,6640−6645を参照されたい)。
CEQ200は以下の遺伝子型を有する:glnV44(AS)、LAM−、rfbC1、endA1、spoT1、thi−1、hsdR17、(rk −mk +)、creC510ΔdapA。MM294は以下の遺伝子型を有する:glnV44(AS)、LAM−、rfbC1、endA1、spoT1、thi−1、hsdR17、(rk −mk +)、creC510。本発明者らは、CGSCからプラスミドを購入した(Datsenkoら、(2000)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 97,6640−6645を参照されたい)。
CEQ200の誘導
実施例17:CEQ201の構築
CEQ201は以下の遺伝子型を有する:CEQ200[glnV44(AS)、LAM−、rfbC1、endA1、spoT1、thi−1、hsdR17、(rk −mk +)、creC510ΔdapAΔrecA。MM294は以下の遺伝子型を有する:glnV44(AS)、LAM−、rfbC1、endA1、spoT1、thi−1、hsdR17、(rk −mk +)、creC510。本発明者らは、CGSCからプラスミドを購入した(Datsenkoら、(2000)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 97,6640−6645を参照されたい)。
CEQ201は以下の遺伝子型を有する:CEQ200[glnV44(AS)、LAM−、rfbC1、endA1、spoT1、thi−1、hsdR17、(rk −mk +)、creC510ΔdapAΔrecA。MM294は以下の遺伝子型を有する:glnV44(AS)、LAM−、rfbC1、endA1、spoT1、thi−1、hsdR17、(rk −mk +)、creC510。本発明者らは、CGSCからプラスミドを購入した(Datsenkoら、(2000)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 97,6640−6645を参照されたい)。
CEQ200の誘導
実施例18:MM294からのminCおよび/またはminD遺伝子欠失によるBTP(CEQ210)の構築
実施例19:pMBV40、pMBV43およびpMBV44プラスミドの記載
予測されるpKSII−inv−hlyの配列を表40に示す。
国際公開第2008/156702号の図27に示されるpMBV40(amp選択、H3ヘアピンを有する)あるいはpMBV43およびpMBV44(kan選択、H3ヘアピンを有する)プラスミドは、以下のそれぞれの配列である。
表42は、予測されたpMBV43プラスミドの8427塩基対配列を含む。配列は以下の領域を含む:hly orf(682〜2271bp);inv orf(2994〜5954bp)(6212〜6282bp)(6483〜6534bp);shRNAプロモーター(6303〜6361bp);センス鎖(6362〜6383bp);ループ(6384〜6390bp);アンチセンス鎖(6391〜6412bp);ターミネーターI(6413〜6422bp);ターミネーターII(6423〜6460bp);複製起点(6720〜7307bp);およびkan orf(7498〜8292bp)。
表43は、確認されたpMBV43プラスミドの8443塩基対配列を含む。配列は以下の領域を含む:hly orf(682〜2271bp);inv orf(2992〜5952bp);shRNAプロモーター(6317〜6375bp);センス鎖(6376〜6397bp);ループ(6398〜6404bp);アンチセンス鎖(6405〜6426bp);ターミネーターI(6427〜6437bp);ターミネーターII(6438〜6475bp);複製起点(6735〜7322bp);およびkan orf(7513〜8307bp)。
実施例23:pNJSZcプラスミドの構築
pNJSZは、tkRNAiを誘導するために必要とされる能力を付与する10.4kbのプラスミドである。それには、細菌が哺乳動物細胞を侵襲し、侵入空胞を回避することを可能にする2つの遺伝子、invおよびhlyが含まれている。元のTripプラスミドとpNJSZとでは短鎖ヘアピンRNAの発現が異なる。pNJSZでは、shRNAの発現が恒常的細菌プロモーターの制御下にあるため持続的な発現が可能である。これは、shRNAの発現を制御するITPG誘導性プロモーターを有する元のTripプラスミドと異なる。さらに、pNJSZと元のTripプラスミドとでは、異なる抗生物質耐性遺伝子を含んでいる。pNJSZがカナマイシン耐性遺伝子を有するのに対し、元のTripプラスミドはアンピシリン耐性遺伝子を有する。pNJSZcは、その維持またはtkRNAi誘導能に必要とされないpNJSZの任意の領域を除去することによりpNJSZから構築された。
pNJSZは、tkRNAiを誘導するために必要とされる能力を付与する10.4kbのプラスミドである。それには、細菌が哺乳動物細胞を侵襲し、侵入空胞を回避することを可能にする2つの遺伝子、invおよびhlyが含まれている。元のTripプラスミドとpNJSZとでは短鎖ヘアピンRNAの発現が異なる。pNJSZでは、shRNAの発現が恒常的細菌プロモーターの制御下にあるため持続的な発現が可能である。これは、shRNAの発現を制御するITPG誘導性プロモーターを有する元のTripプラスミドと異なる。さらに、pNJSZと元のTripプラスミドとでは、異なる抗生物質耐性遺伝子を含んでいる。pNJSZがカナマイシン耐性遺伝子を有するのに対し、元のTripプラスミドはアンピシリン耐性遺伝子を有する。pNJSZcは、その維持またはtkRNAi誘導能に必要とされないpNJSZの任意の領域を除去することによりpNJSZから構築された。
国際公開第2008/156702号の図28に示される段階1:pNJSZをSpeI(9784)およびXmaI(9772)の両方で消化することにより余分なBamH1部位を除去し、これら2つの部位をT4DNAポリメラーゼにより埋め、次いで、プラスミドを自己連結させて、pNJSZΔBamH1を作出した。
国際公開第2008/156702号の図29に示される段階2:pNJSZΔBamH1をBglI(208)およびPmeI(982)で消化することにより972における余分なSalI部位およびf1複製起点の両方を除去し、これら2つの部位をT4DNAポリメラーゼにより埋め、プラスミドを自己連結させて、pNJSZcを作出した。
pNJSZcのDNA配列を表45に示す。
実施例24:CEQ200(CEQ221Δrnc)におけるRNアーゼIIIをコードするrncの欠失
大部分の細菌は、RNA分解酵素であるRNアーゼを多数含有し、これらがsiRNAを分解し、tkRNAiの活性低下を引き起こし得る。特定の細菌のRNアーゼがこのようなsiRNA分解を示すような場合、対象とするRNアーゼをコードする遺伝子(例えば、RNアーゼIIIをコードするrnc遺伝子)の標的欠損を行い、tkRNAi細菌当たりのsiRNAレベルを高めることで、より多くのsiRNAが標的細胞に送達されるだけでなく、標的細胞内での対象遺伝子のより効率的な遺伝子サイレンシングが生じる。
大部分の細菌は、RNA分解酵素であるRNアーゼを多数含有し、これらがsiRNAを分解し、tkRNAiの活性低下を引き起こし得る。特定の細菌のRNアーゼがこのようなsiRNA分解を示すような場合、対象とするRNアーゼをコードする遺伝子(例えば、RNアーゼIIIをコードするrnc遺伝子)の標的欠損を行い、tkRNAi細菌当たりのsiRNAレベルを高めることで、より多くのsiRNAが標的細胞に送達されるだけでなく、標的細胞内での対象遺伝子のより効率的な遺伝子サイレンシングが生じる。
Δrncの構築
1DatsenkoおよびWanner(2000)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 97,6640−6645より。これらのプラスミドはCGSCから購入した。
示されたゲル解析により、CEQ221の構築およびΔrnc遺伝子型の検証が確認された。ゲル解析により、Δrnc株におけるプロテウス(Proteus)23SrRNAの発現および23SdsDNAのプロセシング不能が確認された。pPM2を有するCEQ200およびCEQ221由来の全細胞RNAを抽出し、1.5%アガロースゲル上で泳動させた。pPM2から転写された23SrRNAは、へリックス25内に介在配列を有し、成熟の間にこれがRNアーゼIIIによりプロセシングされ、23SrRNA断片化:23S’および23S”を生じる。RNアーゼIII欠損株CEQ221は、このようなへリックスをプロセシングすることができないため、プロテウス(Proteus)23SrRNAは無傷であると思われる。これは、Δrnc株CEQ221がRNアーゼIII活性を喪失したことの証拠である。
Δrnc株CEQ221は、shRNA産生の増加およびshRNAの標的細胞内へのより大量の送達増加を示した。同じプラスミドpNJSZc−H3で形質転換した場合、Δrnc細菌(CEQ221)は、同じプラスミドで形質転換されたwt−rnc細菌(CEQ200)に比べて、有意に多くのshRNAを含有する。Δrnc細菌は、インビトロ侵襲試験の実験において、より多量のshRNAを細胞内へ送達する。
CEQ221(H3−Δrnc)で処置した細胞は、同量のCEQ200(H3)で処置した細胞に比べて、より高レベルのshRNAを含有する。SW480細胞を、遺伝子標的(β−カテニンH3)に対するtkRNAiプラスミドを保有する大腸菌(E.coli)−Δrncで、またはβ−カテニンに対する同じtkRNAiプラスミド(H3)を保有する野生型rnc遺伝子を有する大腸菌(E.coli)で処置した。細胞を所定の時点で回収し、細胞抽出物を解析して、担体細菌により細胞内に堆積されたshRNAの量を測定した。Δrnc株(CEQ221−赤のカラム)は、その野生型rnc対応物(青のカラム)に比べて、有意に多量のshRNAを標的細胞内に堆積することが可能であった。
図1は、遺伝子サイレンシングの効力(最大効果)および有効性(IC50)の増大を示す。CEQ221(Δrnc)処置により、CEQ200(wt−rnc)処置に比べて有意に高いレベルの遺伝子抑制が達成される。図1に示されるように、Cos−7細胞を、プラスミドpNJSZc−H3(または対照プラスミドpNJSZc−HPVb)を保有する細菌で用量を増加させながら処置し、48時間後に標的遺伝子β−カテニンの発現を解析した。β−カテニン遺伝子発現(mRNA)レベルを、同じ細菌用量で対照細菌(プラスミドpNJSZc−HPVbを含有し、ウイルスHPVに対してshRNAを産生する)により処置した細胞と関連させて示す。結果は、β−カテニン遺伝子発現の用量依存的減少(「ノックダウン」)が見られることを示している。Δrnc株(CEQ221)の効力は、wt−rnc株(CEQ200)の効力よりも有意に高く、遺伝子サイレンシングの最大レベルは57%に対して76%であった。これらの結果は、CEQ221の有効性がCEQ200に比べて約10倍高いことを示している:CEQ200のIC50が107cfu/mLであるのに比べ、CEQ221のIC50は106cfu/mLである。
実施例25:tkRNAで使用する機能性shRNAの前駆体としてのRNアーゼIII基質の設計
上記実施例では、送達細菌内でのRNアーゼ活性を制限することが、shRNAの望ましくないプロセシングおよび分解を防ぐのに有益であることが示された。別の実施形態では、効果的なRNA干渉に不可欠な改善された、より正確かつ効率的なDicerプロセシングを可能とするヘアピンRNA分子を設計することが有益である。DicerはdsRNAに対して特異的活性を有するRNアーゼ酵素であり、それによるRNアーゼIII切断産物は、5’リン酸および3’ヒドロキシル末端ならびに3’末端の2−ntオーバーハンド(overhand)を含む。Dicer産物は、個々の約21ntの大きさによりさらに特徴付けられる。したがって、この実施例では、細菌(tkRNAi)担体内のRNアーゼIIIによるプロセシングのための基質を供給して、宿主標的細胞内でのDicerプロセシングのための基質をもたらす、ヘアピンRNA分子を提供する。
上記実施例では、送達細菌内でのRNアーゼ活性を制限することが、shRNAの望ましくないプロセシングおよび分解を防ぐのに有益であることが示された。別の実施形態では、効果的なRNA干渉に不可欠な改善された、より正確かつ効率的なDicerプロセシングを可能とするヘアピンRNA分子を設計することが有益である。DicerはdsRNAに対して特異的活性を有するRNアーゼ酵素であり、それによるRNアーゼIII切断産物は、5’リン酸および3’ヒドロキシル末端ならびに3’末端の2−ntオーバーハンド(overhand)を含む。Dicer産物は、個々の約21ntの大きさによりさらに特徴付けられる。したがって、この実施例では、細菌(tkRNAi)担体内のRNアーゼIIIによるプロセシングのための基質を供給して、宿主標的細胞内でのDicerプロセシングのための基質をもたらす、ヘアピンRNA分子を提供する。
RNアーゼIII酵素は3つのクラスに分けることができる。クラスI酵素は、細菌、バクテリオファージおよび真菌において見られ、単一のRNアーゼIIIドメインおよびdsRNA結合ドメイン(dsRBD)を含む。クラスIIおよびIII酵素はそれぞれ、DroshaおよびDicerを特徴とする。Dicerは最も複雑なRNアーゼIII酵素であり、通常、DExD/Hボックスヘリカーゼドメイン、機能未知の小ドメイン(DUF283)、PAZ(Piwi Argonaute Zwille)ドメイン、2つのタンデムRNアーゼIIIドメイン(RNアーゼIIIaおよびIIIb)ならびにdsRBDを含む。下等な真核生物由来の一部のDicerまたはDicer様タンパク質は、より単純なドメイン構造を有する;例えば、ランブル鞭毛虫(Giardia intestinalis)由来のDicerタンパク質はPAZおよび2つのRNアーゼIIIドメインのみを含む。大腸菌(Escherichia coli)RNアーゼIIIおよびヒトDicerに関するこれまでの突然変異および酵素の研究により、RNアーゼIII切断の「単一プロセシング中心モデル」が得られた。このモデルは、触媒二量体を形成する2つのRNアーゼIIIドメイン:クラスI酵素に対する分子間ホモ二量体ならびにDicerおよびDroshaに対するRNアーゼIIIaドメインおよびIIIbドメイン間の分子内偽二量体を軸とする。この二量体形成によりdsRNA切断のための単一のプロセシング中心が形成され、RNアーゼIIIドメインがそれぞれdsRNAの鎖を1本切断する。2つの切断部位間の距離が特徴的な2−nt3’突出形成を決定する。Dicerでは、末端結合PAZドメインとRNアーゼIIIドメインの間の距離が切断産物の長さを決定する(Du,Lee,Tjhenら,PNAS 105(7)2008)。
細菌は、dsRNAを切断するクラスIRNアーゼIII酵素を含有する。このクラスIRNアーゼIIIはdsRNAが切断される場所を決定する特定のモチーフを認識するという証拠がある。この酵素は、2nt3’突出を残すように前記切断を行う(PertzevおよびNicholson,Nucleic Acid Research vol.34(13)2006を参照のこと、またNicholsonによりFEMS Micro Reviews 23 1999で概説されている)。さらに、RNアーゼIIIによる結合および切断を排除する配列;いわゆる抗決定因子が記載されている。
以下の実施例では、哺乳動物細胞質内への放出前に、tkRNAi細菌内のヘアピンRNAの細菌クラスIRNアーゼIIIプロセシングを利用する。細菌RNアーゼIIIに必要とされる明確な近位および遠位のボックス配列は、シュードテトラループ構造の「下位」に位置していたが、この設計のバリアントは、シュードテトラループの「上位」のループ、およびヘアピン配列を約21ヌクレオチドだけ伸長するための「スペーサー」配列があってもなくても構築され得るため、この構造は任意である。近位/遠位ボックスモチーフは約10ntしか含まないため、サイレンシング配列に隣接する残りの11ntストレッチは、すべての抗決定因子塩基対から構成されなければならない。細菌RNアーゼIIIは遠位および近位ボックス配列を認識し、近位ボックスの位置またはそれより2nt下位でdsRNAを切断して(図2)、より長い(すなわち、より安定な)ヘアピン構造を残す。さらに、近位/遠位ボックスモチーフの「上位」に抗決定因子塩基対が存在することにより、さらなるプロセシング/分解からヘアピンが保護され、かつDicerが標的細胞内でヘアピンをプロセシングする際に21ntサイレンシングsiRNAが産生されるように、ヘアピンが適当な長さに維持される。
図2は、機能的アノテーションを有するRNアーゼIII基質ヘアピンRNA構造の模式図を示す。
図3は、細菌クラスIRNアーゼIIIのヘアピン前駆体切断作用の模式図を示す。切断は、理想的なDicer基質前駆体を生じるようにシュードテトラループの約10nt遠位で起こるよう明確に方向付けられる。この段階は、標的細胞への送達前に細菌内で生じる。クラスIRNアーゼIIIによる切断で、3’末端に2−ヌクレオチド突出を含む約100ヌクレオチドのヘアピンが生じ、これが次の酵素的プロセシング段階を方向付ける(図4を参照)。
図4は、成熟の第二段階(第一のDicer切断段階)の機能的アノテーションを示す。この段階は、標的細胞の細胞質内へのRNAヘアピン分子の放出後に起こる。クラスIRNアーゼIIIプロセシングにより残されたヘアピンRNA構造の3’末端の2−ヌクレオチド突出は、21ヌクレオチド上流でのDicerによるRNA構造切断の方向付けおよび誘発を促進する(切断部位を「第一Dicer切断部位」という矢印で示す)。
図5は、第二のDicer切断段階および活性siRNAへの成熟を示す。この第二のDicer切断は、宿主細胞の細胞質内で起こり、ヘアピンループを除去して、RISC複合体内に取り込まれる機能的siRNAを残す。この場合も、RNAの3’末端での第一のDicer切断により残された2−nt突出が、Dicerの方向付けを促進する。
150ntRNAから100ntRNAへの減少を生じる、経時的実験細菌クラスIRNアーゼIIIによるヘアピンRNAの切断。ヘアピン配列を含む一本鎖RNAを、MEGAshortscript Kit(Ambion)を用いてプラスミド鋳型から合成した。次いで、RNAを、所定の時間の間、精製細菌RNアーゼIIIに曝露し、10%TBE−尿素ゲル上を泳動させて、臭化エチジウム染色により可視化した。消化の4分後に約100ntのRNA種の出現が見られた。
実施例26:CEQ505の構築
薬剤候補CEQ505は、dapA遺伝子およびrnc遺伝子欠失によりMM294から誘導される大腸菌(E.coli)株からなる。この大腸菌(E.coli)株の内部名は、プラスミドpNJSZc−H3で形質転換されたCEQ221であり、このプラスミドは、inv遺伝子によるインベイシン、hly遺伝子によるリステリオリシンO、およびヘアピン配列H3を含むshRNA発現カセットによるβ−カテニンmRNA標的化のための短鎖ヘアピンRNAの発現をコードする、発現プラスミドである。
薬剤候補CEQ505は、dapA遺伝子およびrnc遺伝子欠失によりMM294から誘導される大腸菌(E.coli)株からなる。この大腸菌(E.coli)株の内部名は、プラスミドpNJSZc−H3で形質転換されたCEQ221であり、このプラスミドは、inv遺伝子によるインベイシン、hly遺伝子によるリステリオリシンO、およびヘアピン配列H3を含むshRNA発現カセットによるβ−カテニンmRNA標的化のための短鎖ヘアピンRNAの発現をコードする、発現プラスミドである。
CEQ200ΔrncpNJSZcH3は、哺乳動物細胞への侵入のためにエルシニア(Yersinia)インベイシンの表面発現を必要とすることが、FACS解析により示された。エルシニア(Yersinia)およびCEQ200ΔrncpNJSZcH3は共にインベイシンの表面発現を有する。
shRNAが哺乳動物細胞エンドソームを回避するために、CEQ200ΔrncpNJSZcH3はLLO活性を必要とする。溶血素試験によりLLO活性が検出され、このことは、CEQ505が溶血素活性有するのに対し、プラスミドを有さないCEQ221は溶血素活性を有さないことを示していた。
哺乳動物細胞においてβ−カテニンをサイレンシングするためには、shRNAH3が必要である。相対的H3ヘアピン発現がPKにより判定され、このことは、CEQ505がH3shRNAを発現するのに対し、非形質転換株CEQ221は発現しないことを示していた。
図6は、CEQ505を用いた遺伝子のサイレンシングを示す。パネルAは、CEQ505がCos−7細胞において、哺乳動物β−カテニンを用量依存的に90%までサイレンシング可能であったことを示している。パネルBは、CEQ221pNJSZcラミン(ラミン遺伝子を標的とする同等の株)がSW480細胞において、哺乳動物ラミンを用量依存的に65%までサイレンシング可能であったことを示している。
実施例26:5’または3’テールのないヘアピンを産生するためのpMBV40、43および44の改変
元のTRIPプラスミドは、T7RNAポリメラーゼプロモーター、エンハンサーおよびターミネーターの制御下でshRNAを発現した。このフォーマットでは、転写がT7RNAポリメラーゼプロモーター配列内で開始される。その結果、T7エンハンサー、BamHI部位、SalI部位および大部分のターミネーターが転写される。shRNAヘアピンが長さ約55ntであるのに対し、得られる転写産物は長さ約115塩基であることが予測される。クローニングに使用されるエンハンサーおよび制限部位BamHIは5’テールを形成し、T7RNAポリメラーゼターミネーターは3’テールを形成する。
元のTRIPプラスミドは、T7RNAポリメラーゼプロモーター、エンハンサーおよびターミネーターの制御下でshRNAを発現した。このフォーマットでは、転写がT7RNAポリメラーゼプロモーター配列内で開始される。その結果、T7エンハンサー、BamHI部位、SalI部位および大部分のターミネーターが転写される。shRNAヘアピンが長さ約55ntであるのに対し、得られる転写産物は長さ約115塩基であることが予測される。クローニングに使用されるエンハンサーおよび制限部位BamHIは5’テールを形成し、T7RNAポリメラーゼターミネーターは3’テールを形成する。
したがって、5’または3’テールのないヘアピンの作成のために、pMBV40、43および44(実施例19を参照)で使用するための新たなプロモーター−ターミネーター構築物を設計した。ヘアピンのクローニングに使用するBamHI部位を、−10コンセンサス配列の直後のプロモーターエレメント内に含めた(LisserおよびMargalit,1993,Nucleic Acids Res.,21,1507−1516)。UPエレメントを含めることにより、プロモーターをより強力にした(Estremら,1998,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 95,9761−9766;Mengら,2001,Nucleic Acids Res.29,4166−4178)。効率的な終止のために、ヘアピンのクローニングに使用するSalI部位の前のヘアピン末端に、連続したTを付加した(ターミネーターI)。Rho依存性ターミネーターは、Aリッチ配列、その後に4〜18bpのステムループ、その後に連続したTを含む(例えば、Lesnikら,2001,Nucleic Acids Res.29,3583−3594)。Aリッチ配列がないため、shRNAステムループは19〜21bpの長さであり、遺伝子は非常に小型であるため、このターミネーターの効率を予測することは困難であった。したがって、フラジェリン由来の別のrho依存性ターミネーターも含めた(ターミネーターII)。2つのターミネーターがあるため、2つの転写産物が予測された。転写産物IおよびIIはそれぞれ、ターミネーターIおよびターミネーターIIにより終止される。
実施例27:tkRNAiで使用するためのアラビノース誘導性インベイシン遺伝子のクローニング
tkRNAiでは、宿主細胞表面受容体との相互作用により細菌が宿主標的細胞に侵入することを可能にする侵襲性タンパク質を担体細菌に備えることで、治療用shRNAの細胞内送達が達成される。エルシニア(Yersinia)のinv遺伝子によりコードされるインベイシンタンパク質は、β−1−インテグリンと呼ばれる宿主細胞表面タンパク質との相互作用後の細菌の宿主細胞内への取り込みを誘発する侵襲性タンパク質の一例である。しかし、高レベルのインベイシンタンパク質発現は、細菌担体株にとって有害であり得る。したがって、tkRNAi介在遺伝子サイレンシングの有効性および効力を増加させる目的で、細菌増殖培地にアラビノースを添加することにより誘導性インベイシン発現が可能な細菌株を構築した。
tkRNAiでは、宿主細胞表面受容体との相互作用により細菌が宿主標的細胞に侵入することを可能にする侵襲性タンパク質を担体細菌に備えることで、治療用shRNAの細胞内送達が達成される。エルシニア(Yersinia)のinv遺伝子によりコードされるインベイシンタンパク質は、β−1−インテグリンと呼ばれる宿主細胞表面タンパク質との相互作用後の細菌の宿主細胞内への取り込みを誘発する侵襲性タンパク質の一例である。しかし、高レベルのインベイシンタンパク質発現は、細菌担体株にとって有害であり得る。したがって、tkRNAi介在遺伝子サイレンシングの有効性および効力を増加させる目的で、細菌増殖培地にアラビノースを添加することにより誘導性インベイシン発現が可能な細菌株を構築した。
アラビノースオペロンリプレッサー−アクチベーターである、AraCタンパク質をコードするaraC遺伝子;カタボライトリプレッサータンパク質(CRP)およびAraCタンパク質の制御下にあるアラビノースプロモーターであるParaBAD;ならびにParaBADプロモーター下でクローニングされるinv遺伝子を含む、アラビノース誘導性インベイシンカセットを有するプラスミドを構築した。
インベイシン発現の異なる状態が存在する:(1)グルコースの存在およびアラビノースの不在下で、カタボライト抑制およびAraC介在抑制の両方によりプロモーターが抑制される;(2)任意の糖の非存在下(無グルコースおよび無アラビノース)で、カタボライト抑制およびAraC介在誘導がなく、非誘導状態が生じる;ならびに(3)グルコースの非存在かつアラビノースの存在下で、AraC介在誘導はあるがカタボライト抑制がなく、誘導状態が生じる。
以下のプロトコールにより、これらの状態をインベイシンに関して試験した。細胞をグルコース存在下で一晩増殖させ、次いで希釈し、グルコース存在下(抑制されている)または任意の糖の非存在下(2つの培養)で4時間増殖させた。アラビノース非存在下で増殖させた培地の1つをアラビノース(10mM)で2時間誘導した。細胞を遠心分離により回収し、FACSによりインベイシン発現を測定した。任意のプラスミドを欠く大腸菌(E.coli)細胞を陰性対照として使用し、26℃で増殖させたエルシニア(Yersinia)を陽性対照として使用した。
アラビノース存在下では、FACSのよる測定で、陽性対照(エルシニア(Yersinia))で観察されたインベイシン発現レベルに匹敵する高レベルのインベイシン発現が見らた。アラビノースによる2時間のインベイシン誘導の間に、ODによる測定では、細菌増殖が停止したようであった。また、本発明者らの初期の仮説と一致する、2時間以内での100倍の生存率低下も見られた。次いで、本発明者らは、良好なインベイシン発現だけでなく、良好な生存率も得られるように試験条件を最適化した。本発明者らは、0.3〜1mMのアラビノースにより、検出可能な生存率低下はなくなるが、増殖率の測定可能な減少が生じることを見出した。また、これらの条件では、FACSによる10mMアラビノースとの区別が不可能なインベイシン誘導が見られた。これらの結果は、細胞増殖(ODによる測定)が侵襲のアラビノース誘導の作用であることを示している。
実施例28:tkRNAiのための別のshRNA構造
生物界間(transkingdom)RNA干渉(tkRNAi)では、ベクター細菌を用いて、標的細胞の細胞質内に堆積される短鎖ヘアピンRNA(shRNA)を合成し送達する。これを達成するために、細菌は、少なくとも3つの新たな特性である表面発現侵襲マーカー(例えば、inv遺伝子によりコードされるエルシニア(Yersinia)インベイシンタンパク質)、エンドソーム放出機能(例えば、hly遺伝子によりコードされるリステリオリシンOタンパク質、すなわちLLO)および治療ペイロード、すなわち宿主細胞細胞質内に送達されるとRNA干渉を誘発するshRNAを発現することが可能となる、発現プラスミドまたは染色体組込みを備えている。多量のヘアピンRNA発現は細菌に負担をかけ、増殖低下および/または細菌によるプラスミドもしくはヘアピンの改変を引き起こすことが実験により示されている。より高い構造エネルギーを有するshRNA設計により細菌の転写機構による2本鎖の分離がより困難になるが、このようなshRNAは、より低い構造エネルギーのshRNAよりもクローニングが難しい。この実施例では、本発明者らは、より低いエネルギー係数を有し、細菌内でプラスミドを発現するshRNAの維持をより容易にする一方で、RNA干渉による遺伝子サイレンシングを誘導する能力を維持する、別のヘアピンRNAの発現方法を開示する。
生物界間(transkingdom)RNA干渉(tkRNAi)では、ベクター細菌を用いて、標的細胞の細胞質内に堆積される短鎖ヘアピンRNA(shRNA)を合成し送達する。これを達成するために、細菌は、少なくとも3つの新たな特性である表面発現侵襲マーカー(例えば、inv遺伝子によりコードされるエルシニア(Yersinia)インベイシンタンパク質)、エンドソーム放出機能(例えば、hly遺伝子によりコードされるリステリオリシンOタンパク質、すなわちLLO)および治療ペイロード、すなわち宿主細胞細胞質内に送達されるとRNA干渉を誘発するshRNAを発現することが可能となる、発現プラスミドまたは染色体組込みを備えている。多量のヘアピンRNA発現は細菌に負担をかけ、増殖低下および/または細菌によるプラスミドもしくはヘアピンの改変を引き起こすことが実験により示されている。より高い構造エネルギーを有するshRNA設計により細菌の転写機構による2本鎖の分離がより困難になるが、このようなshRNAは、より低い構造エネルギーのshRNAよりもクローニングが難しい。この実施例では、本発明者らは、より低いエネルギー係数を有し、細菌内でプラスミドを発現するshRNAの維持をより容易にする一方で、RNA干渉による遺伝子サイレンシングを誘導する能力を維持する、別のヘアピンRNAの発現方法を開示する。
図7に示される設計が既存のshRNAを上回る利点は、主として、構造エネルギーが著しく低く、tkRNAiプラスミドの容易なクローニングが可能であり、細菌内のプラスミド維持がより安定し、かつプラスミドの配列決定が容易であるという点にある。センス鎖の3’末端内にゆらぎ[3’(S)ゆらぎ]の導入が許容され、かつ構築物のサイレンシング能を変化させない一方で、5’(S)ゆらぎの導入はサイレンシング能を低下させ得る。従来の二本鎖構造を有さないshRNAによりRNAiを誘発することができる。さらに、アンチセンス(AS)鎖が完全長(19nt)であり、かつ5’末端がセンス鎖で覆われている限り、半オーバーラップ構造が遺伝子サイレンシングを誘導し得る。
実施例29:TRIPおよびpNJSZcプラスミドにおけるinv発現の抑制解除
エルシニア・シュードツベルクロシス(Yersinia pseudotuberculosis)表面発現インベイシンタンパク質は、β−1インテグリンファミリーメンバーとの結合によりヒト細胞内への侵入を仲介する。このため本発明者らは、大腸菌(E.coli)のヒト腸上皮細胞内への内部移行を仲介するように、生来のプロモーターを有するインベイシン遺伝子(inv)一式をpTRIPおよびpNJSZcプラスミド内にクローニングした。H−NS(ヒストン様タンパク質)が、YmoAと複合したinvプロモーター領域に結合すると、Y.シュードツベルクロシス(Y.pseudotuberculosis)におけるインベイシン発現が抑制される。この2つのタンパク質が一緒になって抑制複合体を形成し、invの発現を基底レベルまで減少させる。温度制御性RovA(毒性A制御因子)が同じinvプロモーター領域内でH−NS/YmoAと置換して結合すると、inv発現の上方制御が起こる。大腸菌(E.coli)内にはH−NSおよびYmoAのホモログが存在する。しかし、RovAは大腸菌(E.coli)内に存在しないため、恒常的な基底レベルのインベイシンの発現が生じる。invのプロモーター内の制御因子結合領域を除去することにより、invの恒常的な上方制御が生じることが報告された。この実施例では、本発明者らは、pTRIPおよびpNJSZc中にクローニングされたinvプロモーターから制御因子結合領域を除去してinvの恒常的な上方制御を可能にする方法を記載する。
エルシニア・シュードツベルクロシス(Yersinia pseudotuberculosis)表面発現インベイシンタンパク質は、β−1インテグリンファミリーメンバーとの結合によりヒト細胞内への侵入を仲介する。このため本発明者らは、大腸菌(E.coli)のヒト腸上皮細胞内への内部移行を仲介するように、生来のプロモーターを有するインベイシン遺伝子(inv)一式をpTRIPおよびpNJSZcプラスミド内にクローニングした。H−NS(ヒストン様タンパク質)が、YmoAと複合したinvプロモーター領域に結合すると、Y.シュードツベルクロシス(Y.pseudotuberculosis)におけるインベイシン発現が抑制される。この2つのタンパク質が一緒になって抑制複合体を形成し、invの発現を基底レベルまで減少させる。温度制御性RovA(毒性A制御因子)が同じinvプロモーター領域内でH−NS/YmoAと置換して結合すると、inv発現の上方制御が起こる。大腸菌(E.coli)内にはH−NSおよびYmoAのホモログが存在する。しかし、RovAは大腸菌(E.coli)内に存在しないため、恒常的な基底レベルのインベイシンの発現が生じる。invのプロモーター内の制御因子結合領域を除去することにより、invの恒常的な上方制御が生じることが報告された。この実施例では、本発明者らは、pTRIPおよびpNJSZc中にクローニングされたinvプロモーターから制御因子結合領域を除去してinvの恒常的な上方制御を可能にする方法を記載する。
表46に示されるプライマーを、大腸菌(E.coli)における抑制と関連すると考えられる、Y.シュードツベルクロシス(Y.pseudotuberculosis)invプロモーター領域内に位置する153ヌクレオチドが欠失するように設計した。プライマーをpTRIP(鋳型)およびQuikChange Lightning Site−Directed Mutagenesis kit(Stratagen)と組み合わせて用い、H3またはラミンヘアピンを含むpTRIP中にクローニングされたinvプロモーター領域内の、表46に示される制御因子結合領域を欠失させた。
得られたinv抑制解除遺伝子を配列決定して確認し、pNJSZc内へNruIおよびScaI部位内にクローニングした。
インベイシン発現をFACSにより試験し、ここでは、CEQ221/pTRIPおよびCEQ221/pNJSZcを37℃で一晩増殖させ、PBSで洗浄し、抗invモノクローナル抗体3A2でプローブした。陽性対照は、インベイシンの最適発現のために26℃で増殖させたY.シュードツベルクロシス(Y.pseudotuberculosis)であった。
inv制御領域を除去することにより、pTRIP(抑制解除変異株をpGB60と呼ぶ)およびpNJSZc(抑制解除変異株をpGB69と呼ぶ)で形質転換された大腸菌(E.coli)両方において侵襲発現の増加を生じることが、FACS解析により示された。元のプラスミドおよび抑制解除プラスミドを、Vero細胞内での大腸菌(E.coli)の内部移行を誘発するその能力に関して、標準的なゲンタマイシン防御試験により試験した。データは、inv抑制解除によりVero細胞内での大腸菌(E.coli)の内部移行が増加することを示していた。
実施例30:大腸菌(E.coli)のT84ヒト腸上皮細胞内へのOpa52仲介による侵襲
tkRNAiを送達するための腸上皮細胞の頂部の広範囲な標的化での使用のためにOpa52を操作した。Opa52は、CEACAM1、3、5および6と結合し、うちCEACAM1、5および6が上皮細胞により発現される。これにより、健常で極性化した上皮細胞内へのtkRNAi送達が可能となる。以下の実施例は、高度に極性化したT84ヒト腸上皮細胞内への大腸菌(E.coli)侵襲のためのOpa52細菌発現ベクターの構築および使用を記載する。
tkRNAiを送達するための腸上皮細胞の頂部の広範囲な標的化での使用のためにOpa52を操作した。Opa52は、CEACAM1、3、5および6と結合し、うちCEACAM1、5および6が上皮細胞により発現される。これにより、健常で極性化した上皮細胞内へのtkRNAi送達が可能となる。以下の実施例は、高度に極性化したT84ヒト腸上皮細胞内への大腸菌(E.coli)侵襲のためのOpa52細菌発現ベクターの構築および使用を記載する。
opa52遺伝子配列をGenBank(アクセッション番号:Z18929)から入手し、開始コドン、シグナル配列および停止コドンを含むように改変した。シグナル配列は、他のいくつかのOpaタンパク質の天然の分泌シグナルと同一であり、大腸菌(E.coli)内での発現に関してコドン最適化されていた。次いでこの遺伝子を、転写抑制増強を可能にするために第二のlacO部位を含む改変lacUV5プロモーターの制御下に置いた。ラムダt0ターミネーター配列はopa52停止コドンの上流に含まれていた。この完全DNAフラグメントをBlue Heron Biotechnology社(Bothell,WA)で合成し、pUC19上にクローニングして確認した。低コピーのColE1適合性プラスミド上でのOpa52発現を促進するために、本発明者らは、Blue Heronからの完全合成カセットを、pJS15と称するpACYC177の改変バージョン内にサブクローニングした。これは、ColE1プラスミドと適合性のある、小型で(2kb)、低コピー(細胞当たり10〜12コピー)のカナマイシン耐性ベクターである。pJS34と命名された得られたopa52構築物は、長さ1040塩基対であり、表47に示される。配列は:KpnI(1〜6)、SpeI(101〜106)、NdeI(922〜927)、NotI(1023〜1030)およびPmeI(1033〜1040)に対する制限部位;lacO部位(LacI結合のため)(7〜25および70〜88);RBS(95〜100);ptac−35(32〜37)および−10(56〜62);リーダー配列(109〜177)およびラムダt0ターミネーター配列(928〜1022)を含む。
表48は、リーダー23アミノ酸ペプチドが付加された、翻訳された270アミノ酸配列を示す。リーダーペプチドはアミノ酸1〜23である。
高度に極性化したT84細胞から放出された細菌の播種および培養により、opa発現大腸菌(E.coli)株の侵襲能がインベイシン発現大腸菌(E.coli)株に比べて有意に高いことが示された。図8は反復実験のデータを示している。
tkRNAiによる健常な(非異形成性の)上皮の標的化を可能にするために、本発明者らは、共に上皮細胞表面受容体を標的とする腸管侵襲性病原体由来の単一のタンパク質に基づく、2つの別の侵襲ストラテジーを開発した。
第一のものは、ナイセリア(Neisseria)種により発現されるOpaファミリータンパク質のメンバーであり、使用するOpaバリアントに応じて、上皮細胞の頂面上で発現される癌胎児抗原細胞接着分子(CEACAM)の異なるメンバーを標的とする。最初の付着は線毛により、次いで、細菌外膜内に存在する混濁(opacity)(Opa)タンパク質を介したより親密な相互作用により仲介される。Opaタンパク質は上皮細胞上に存在する特異的な受容体を認識する。あるOpaタンパク質は、細胞表面ヘパラン硫酸プロテオグリカン(HSPG)シンデカン−1および−4と結合するのに対し、別のOpaタンパク質は、最近CEACAMファミリーと改名された癌胎児抗原(CEA)またはCD66ファミリーのメンバーと結合する。CEACAMは、自然感染の際にナイセリア(Neisseria)株により標的化される2つの細胞タイプである、上皮細胞および好中球上に見ることができる。Opaタンパク質とCEACAMファミリーメンバーの間の相互作用は、高度に特異的である;すなわち、各OpaバリアントはCEACAM受容体ファミリーの特定のメンバーに対してのみ特定の向性を示す。
これらの標的化タンパク質の第二のものは、リステリア・モノサイトゲネス(Listeria monocytogenes)に由来し、インターナリンAまたはInlAと呼ばれ、接着結合のE−カドヘリンタンパク質構成要素を標的とする。InlAはInlBと共に、L.モノサイトゲネス(L.monocytogenes)が感受性宿主の広範な非食細胞を侵襲することを可能にする。InlAは、接着結合複合体中の主要分子であるE−カドヘリンのN末端ドメインを標的とすることにより、L.モノサイトゲネス(L.monocytogenes)の腸上皮細胞内への侵入を促進する。最近の研究では、天然のInlAが、腸上皮成熟および絨毛先端での脱落の間に一時的な窓を利用して宿主内へ侵入することが示されている。つまり、腸上皮細胞は、絨毛陰窩の基底にある自己更新性の幹細胞様細胞により産生され、陰窩から絨毛先端へ移動しながら徐々に成熟する。腸上皮細胞が絨毛先端に到達すると、通常のターンオーバープロセスで、または傷害誘導性アポトーシスにより脱落する。いずれの場合にも、次いで接着結合タンパク質(すなわち、E−カドヘリン)が一時的に露出し、InlA結合およびリステリア(Listeria)の細胞内への侵入が可能となる。さらに、IBDのような病的状態では、上皮バリアの完全性が病変部位のみならず、周囲の無関係な領域においても損なわれる。この場合、損なわれたバリアが接着結合、ひいてはE−カドヘリンを露出し、InlA発現送達株が、炎症性病巣のみならず周囲の上皮内の細胞と接触することが可能となる。このことは、炎症の活発な拡大の間に送達株が好適に侵襲して、炎症/損傷バリア部位において目的とする標的をサイレンシングする一方で、正常な上皮の領域は無傷のままであるという点で有利である。したがって、標的化のためにInlAに依存するいずれのtkRNAi送達プラットフォームも、活発な炎症中の治療のための治療薬剤として有用であろう。
結果は、インベイシン発現プラスミドに比べて、Opa発現プラスミドを保有する大腸菌(E.coli)の侵襲能が有意に増加したことを示した。
実施例31:β−カテニンの上方制御により仲介される障害の治療のためのCEQ508
薬剤候補CEQ508は、pMBV43−H3プラスミドを含有する大腸菌(E.coli)株CEQ221からなる。CEQ221株は、CGSCから購入されるDatsenkoおよびWanner,2000(Proc.Natl.Acad.Sci.USA 97,6640)の5−株遺伝子破壊セットを用いたバクテリオファージラムダRed組換えシステムを使用してdapAおよびrnc遺伝子を順次欠失させることにより、大腸菌(E.coli)株MM294から誘導される。この実施例におけるプラスミドpMBV43は、ヘアピン配列「H3」(既に開示)、エルシニア・シュードツベルクロシス(Yersinia pseudotuberculosis)インベイシン(inv遺伝子によりコードされる)およびリステリア・モノサイトゲネス(Listeria monocytogenes)リステリオリシンO(LLO)(hly遺伝子によりコードされる)を含むshRNA発現カセットによりβ−カテニンmRNAを標的化するためのhRNAヘアピンをコードする。pMBV43プラスミドは、以下の変更によりpUC19から誘導される:
1.ヘアピンカセットは、UPエレメントおよび2つのターミネーターのセットと連結された改変PlacUV5プロモーターを有する。
2.別の既存のプラスミドpKSII−inv−hly由来のinvおよびhly遺伝子を含むフラグメントのクローニング。
3.抗生物質耐性マーカーとしてのampのカナマイシン(kan)との置換。
薬剤候補CEQ508は、pMBV43−H3プラスミドを含有する大腸菌(E.coli)株CEQ221からなる。CEQ221株は、CGSCから購入されるDatsenkoおよびWanner,2000(Proc.Natl.Acad.Sci.USA 97,6640)の5−株遺伝子破壊セットを用いたバクテリオファージラムダRed組換えシステムを使用してdapAおよびrnc遺伝子を順次欠失させることにより、大腸菌(E.coli)株MM294から誘導される。この実施例におけるプラスミドpMBV43は、ヘアピン配列「H3」(既に開示)、エルシニア・シュードツベルクロシス(Yersinia pseudotuberculosis)インベイシン(inv遺伝子によりコードされる)およびリステリア・モノサイトゲネス(Listeria monocytogenes)リステリオリシンO(LLO)(hly遺伝子によりコードされる)を含むshRNA発現カセットによりβ−カテニンmRNAを標的化するためのhRNAヘアピンをコードする。pMBV43プラスミドは、以下の変更によりpUC19から誘導される:
1.ヘアピンカセットは、UPエレメントおよび2つのターミネーターのセットと連結された改変PlacUV5プロモーターを有する。
2.別の既存のプラスミドpKSII−inv−hly由来のinvおよびhly遺伝子を含むフラグメントのクローニング。
3.抗生物質耐性マーカーとしてのampのカナマイシン(kan)との置換。
この実施例おいてpMBV43プラスミドに使用される改変PlacUV5プロモーターは、これまで使用されたpNJSZプラスミドで使用されたPlacUV5プロモーターとの重要な相違点を少なくとも3つ含む:
1.−35コンセンサスエレメント(網掛け部分はTTTACAからTTGACAへの変異;
2.−35エレメント上流にUPエレメントが付加されている;
3.PlacUV5由来のlacO(lacオペロンオペレーター)が欠失し、BamHI部位と置換されている。
1.−35コンセンサスエレメント(網掛け部分はTTTACAからTTGACAへの変異;
2.−35エレメント上流にUPエレメントが付加されている;
3.PlacUV5由来のlacO(lacオペロンオペレーター)が欠失し、BamHI部位と置換されている。
PlacUV5プロモーターは長さ87塩基対であり、表49に示される。PlacUV5プロモーターの−35および−10コンセンサスエレメントはそれぞれ、塩基対7〜12および31〜37である。lacO(lacオペロンオペレーター)は塩基対43〜64で示される。
改変PlacUV5プロモーターは長さ65塩基対であり、表49に示される。PlacUV5プロモーターの−35および−10コンセンサスエレメントはそれぞれ、塩基対30〜35および54〜60である。UPエレメントは塩基対7〜26で示される。
pMBV43プラスミドのさらなる相違点は、それが2つのセットのターミネーターを有するということである:
1.ターミネーター1は、shRNAヘアピンの直後にある場合にターミネーターとして機能する連続したTである。
2.ターミネーター2は、大腸菌(E.coli)rrnCターミネーターと同じであり、以下の配列を有する:GATCCTTAGCGAAAGCTAAGGATTTTTTTT(配列番号:574)。
1.ターミネーター1は、shRNAヘアピンの直後にある場合にターミネーターとして機能する連続したTである。
2.ターミネーター2は、大腸菌(E.coli)rrnCターミネーターと同じであり、以下の配列を有する:GATCCTTAGCGAAAGCTAAGGATTTTTTTT(配列番号:574)。
さらに、pNJSZプラスミドは、約8塩基の5’突出、51塩基対のshRNAおよび約72〜76塩基からなる3’突出からなる全長約131〜135の塩基を含む、shRNAを産生する。これに対し、pMBV43プラスミドは5’突出を産生せず、2〜5塩基からなる著しくより短い3’突出を産生し、かつ51塩基対のshRNAを産生し、shRNAの全長が53〜70塩基の範囲にある。適切に機能するためには、3’突出は少なくとも2塩基を必要とする。したがって、shRNAの全長は、長さ53〜70ヌクレオチド、好ましくは長さ53〜65ヌクレオチド、より好ましくは長さ53〜58ヌクレオチド、および最も好ましくは長さ53〜55ヌクレオチドの範囲である。
CEQ221pMBV43−H3の哺乳動物細胞侵入にはエルシニア(Yersinia)インベイシンの表面発現が必要であることが、FACS解析により示された。エルシニア(Yersinia)およびCEQ221pMBV43−H3は共に侵襲の表面発現を有する。pMBV43プラスミドを有さないCEQ221はインベイシン発現を示さない。陰性対照:抗体なしのエルシニア(Yersinia)。
侵襲後に治療ペイロード(shRNA)が哺乳動物細胞エンドソームを回避できるためには、CEQ508はリステリオリシン(LLO)活性を必要とする。LLO活性は、上述の溶血試験により検出される。CEQ508が明確な溶血活性を示すのに対し、プラスミドを有さないCEQ221またはPBSは溶血活性を示さない。
相対的H3ヘアピンRNA発現の定量的リアルタイムPCRにより、CEQ508がその前駆体であるCEQ505に比べて約20倍多いH3shRNAを含有することが示された。すでに開示したように、CEQ505は、dapA遺伝子およびrnc遺伝子の欠失によりMM294から誘導されてCEQ221と称される大腸菌(E.coli)株を生じ、次いで、inv遺伝子によるインベイシン、hly遺伝子によるリステリオリシンOおよびヘアピン配列H3を含むshRNA発現カセットによりβ−カテニンmRNAを標的化するための短鎖ヘアピンRNAの発現をコードするプラスミドpNJSZc−H3で形質転換された、大腸菌(E.coli)株からなる。これに対し、既に開示したように、CEQ508は、エルシニア・シュードツベルクロシス(Yersinia pseudotuberculosis)インベイシン(inv遺伝子によりコードされる)、リステリア・モノサイトゲネス(Listeria monocytogenes)リステリオリシンO(LLO)(hly遺伝子によりコードされる)およびshRNAヘアピン配列H3をコードするpMBV43−H3プラスミドを含有する、大腸菌(E.coli)株CEQ221からなる。
図9は、ヒト細胞(SW480)におけるCEQ508を用いた遺伝子のサイレンシングを示す。パネルAは、CEQ508が、SW480細胞において用量依存的に90%もの哺乳動物β−カテニンmRNAのサイレンシングが可能であったことを示す。対照はCEQ221−pMBV43−ラミンおよびCEQ221−pMBV43−ルシフェラーゼで処置した。パネルBは、CEQ508が、SW480細胞において用量依存的に72%もの哺乳動物β−カテニンタンパク質mRNAのサイレンシングが可能であったことを示す。対照はCEQ221−pMBV43−ルシフェラーゼで処置した。DLD−1細胞で行った同様の実験では、CEQ508が、50%を上回るβ−カテニンmRNAのサイレンシングが可能であることが示された。さらなる実験では、CEQ508−H3を有するHela細胞におけるβ−カテニンサイレンシングが示された。Hela細胞を標準DMEM(10%FBS、1%Pen−Strep)中、37℃で培養し、細胞が80%コンフルエントになったときにCEQ508−H3を培養物に添加した。対照を、同一の遺伝的背景であるがβ−カテニンではなくヒトラミン(hlam)に対してヘアピンRNAを発現するの大腸菌(E.coli)株で処置した。細胞を1:6.5〜1:51の範囲の様々な感染多重度(MOI)で2時間処置した後、4回洗浄した。次いで、抗生物質テトラサイクリンおよびオフロキサシンを含有する新たな培地を加え、侵襲後48時間で細胞を回収した。TRIZOL(Invitrogen,Carlsbad,CA)を用いてRNAを抽出し、定量的リアルタイムPCRを用いて遺伝子発現解析を行った。CEQ508−H3で処置したHela細胞では、β−カテニンの用量依存的サイレンシングが観察されたが、対照株で処置した細胞では観察されなかった。最高度のMOIでは、β−カテニン発現がベースラインの45%まで減少した。
図10は、CEQ508による単回処置後のタンパク質レベル(ウエスタンブロット法による)で確認される、SW480細胞におけるβ−カテニン遺伝子発現の減少を示すものであり、この減少はいずれの対照株でも観察されない。SW480細胞を標準DMEM(10%FBS、1%Pen−Strep)中、37℃で培養した。細胞が70%コンフルエントになったときにCEQ508を培養物に添加した。対照を、同一の遺伝的背景であるが、次のいずれかを発現する大腸菌(E.coli)株で処置した:(a)ルシフェラーゼ(luc)に対するヘアピンRNA、(b)インベイシンおよびリステリオリシンを発現するがヘアピンRNAは発現しない、侵襲特性を有する細菌あるいは(c)pMBV43プラスミドを保有しない空の大腸菌(E.coli)CEQ221(非侵襲性)。細胞を、1:50〜1:150の範囲の様々な感染多重度(MOI)で2時間処置した後、4回洗浄した。抗生物質テトラサイクリンおよびオフロキサシンを含有する新たな培地を加え、侵襲後48時間で細胞を回収し、次いで、標準的なプロトコールを用いて全タンパク質を抽出した。CEQ508で処置したSW480細胞では、β−カテニンの用量依存的サイレンシングが観察されたが、対照株で処置した細胞では観察されなかった。最高度のMOIでは、β−カテニン発現がほぼ検出不可能なレベルまで減少した。
さらに、経時的実験を行い、CEQ508による単回処置後のSW480細胞におけるβ−カテニン発現の少なくとも50%、好ましくは少なくとも60%、より好ましくは少なくとも70%、および最も好ましくは少なくとも80%の長期のサイレンシングが投与後少なくとも1日、好ましくは少なくとも2日間、より好ましくは少なくとも3日間、および最も好ましくは少なくとも4日間示された。SW480細胞を標準DMEM(10%FBS、1%Pen−Strep)中、37℃で培養した。細胞が70%コンフルエントになったときにCEQ508を培養物に添加した。対照を、pMBV43プラスミドを保有しない同一の遺伝的背景(大腸菌(E.coli)株CEQ221)の細菌株(すなわち、侵襲のための遺伝子を保有しないため非侵襲性である)で処置した。細胞をMOI1:200で2時間処置した後、4回洗浄した。抗生物質テトラサイクリンおよびオフロキサシンを含有する新たな培地を加え、細胞を増殖させて、90%コンフルエンスに達したときに継代した。侵襲後、所定の時点で並行ウェルから細胞を回収した。TRIZOLを用いてRNAを抽出し、定量的リアルタイムPCRを用いて遺伝子発現解析を行った。結果は、CEQ508による単回処置後に強力な(>80%)遺伝子サイレンシングを示し、これが少なくとも4日間持続した後、β−カテニンレベルが徐々に正常に戻った。10日目前後の明白な「オーバーシュート」は、細胞系の継代により生じたアーティファクトであると解釈される。
2つの異なる用量(低−107個/mLおよび高−108個/mL)でのCEQ508(CEQ221/pMBV43H3)処置では、ヒト細胞(SW480)におけるラミンの遺伝子発現の有意な変化(定量的リアルタイムPCRを用いた測定された)は得られず、他の遺伝子に対する悪影響は確認されなかった。対照処置を、プラスミドを有さない108個/mLのCEQ221細菌(無プラスミド高)で、それぞれ107個/mLおよび108個/mL(pMBV43luc高および低)のCEQ221−pMBV43−ルシフェラーゼで、ならびにそれぞれ108個/mLおよび107個/mLの短鎖ヘアピンRNAを発現しないCEQ221−pMBV43(pMBV43無ヘアピン高/低)で行った。これらのデータは、CEQ508処置が他の遺伝子に対して問題を引き起こさないことを示している。
野生型マウスおよびポリープ発生APCminマウスにおいて、CEQ508の単回経口摂取後0時間〜12時間の炎症性サイトカイン存在の有無を評価するために、経時的プロファイルを行った。動物(野生型およびAPCminマウス、一時点当り1群3〜7匹)をCEQ508の単回投与で処置し、所定の時点で血清を採取した。陽性対照に使用した動物には、400μgのLPSを静脈内注射した。炎症性サイトカインであるTNFα、IL6、IL12、IFNγ、MCP−1およびIL−10を、経口投与CEQ508に対する炎症性応答の指標として解析した。全般的に、試験した炎症性サイトカインはいずれもCEQ508経口処置後の増加を示さなかったが、これは、野生型またはポリープ発生APCminマウスにおけるCEQ508処置後の全身性の炎症性サイトカイン応答がないことを示している。
表50は、CEQ508またはCEQ501の経口摂取後の胃腸管粘膜におけるshRNAの薬物動態を示す。
マウスにCEQ508またはCEQ501の1回または反復処置を与え、胃腸管粘膜組織を解析して、処置後の様々な時点においてGI粘膜内に堆積されたshRNA量を定量化した。CEQ501またはCEQ508を投与したマウスの腸粘膜中ではH3shRNAが検出されたのに対し、PBS/グリセロール処置マウスではH3shRNAが見られなかった。さらに、粘膜中に検出されたH3shRNA量は、CEQ501に比べてCEQ508処置後の方が有意に高く、このことは、Δrnc突然変異がH3shRNAのより高い産生量および安定性を付与することと一致する。最終投与(複数1日1回レジメン)後24時間における試験では、CEQ501およびCEQ508は共に同程度の腸粘膜中H3shRNAレベルを示し、このことは、両送達プラットフォームにおいて、同等の安定状態レベルのヘアピン送達が得られること示唆している。
表51は、マウスにおける経口処置後の生存CEQ508細菌の薬物動態評価のための実験群を示す。
マウスにCEQ508を強制経口投与により1、3および7回処置した。各用量には5×109cfuのCEQ508が含まれていた。最終投与24時間後に組織を解析した。組織を無菌的に摘出し、生存治療用CEQ508細菌の存在を調べた。陽性対照はCEQ508の静脈内注射で処置した。
表52は薬物動態を示し、これらの単回または複数回(1日1回7日以下)の経口処置後に、調べたいずれの器官からも生存CEQ508が回収されなかったことを示している。
これらの結果から、CEQ508がマウスの消化管を脱出することが不可能であることが確認される(強制経口投与による傷害後の偽陽性細菌を示す2匹の動物は除く)。これは野生型マウス(無傷の消化管バリアを有する正常な健常マウス)および異形成により上皮バリアの完全性が損なわれたAPCminマウスの両方で観察された。しかし、投与5時間後に採取された便試料からはCEQ508が回収され、生存細菌が腸管の全長にわたって通過することが確認された。予想された通り、便中で回収された生存CEQ508数は、投与後24時間までに急速に減少した。尾静脈から単回静脈内注射を行ったマウスから生存CEQ508が回収された。これらの動物では、注射2時間後に調べた血液および器官においてCEQ508が回収された。生存細菌数はその後減少したが、肝臓では投与(iv)後96時間までの間、回収が可能であった。
CEQ508の単回経口投与(総量0.2mLの強制経口投与による5.0×109cfu)後に動物から便試料を収集した。便試料を、最初の6時間は1時間ごとに、次いで24時間までは2時間ごとに、次いで108時間までは12時間ごとに収集した。計画に従って便試料を総数24個収集できるように、マウスを各12匹のマウスの2つのコホートに細分し、12時間シフトでCEQ508の単回経口投与を行った。便試料を滅菌PBS中に再懸濁して、滅菌PBSで10mLまで希釈し、次いでこの懸濁液50μLを、便試料由来のすべての細菌が増殖すると予想される非選択的LB/DAPプレート上、および便試料由来の治療用CEQ508細菌のみが増殖すると予想される選択的LB/Kan/DAP含有プレート上に播いた。次いで、細菌コロニーをカウントした。便試料中のCEQ508量に従って、マウスを以下の群に細分した:0CFU、<100CFU、<1000CFU、>1000CFU。最終的に、表53に示すように、特定の定義された量の細菌を有するマウスの百分率を計算した。
表53は、CEQ508による単回経口処置の後、マウスが生存細菌を2時間という早さで排出し始めることを示している。便試料中のCEQ508量は、投与後5時間までにピークに達し(すなわち、すべてのマウスが>1000CFUの生存CEQ508を排出する)、投与後8時間まで高値が維持され、その後徐々に減少する。投与後24時間では、処置マウスの大部分が低い数のCEQ508のみを排出する(すなわち、33%の<1000CFUおよび63%の<100CFU)。総処置マウス数の3分の1のみ(33.3%)が、処置後36時間に生存CEQ508(<100CFU)を便試料中に排出し続け、さらに、処置後48、60、72、84、96または108時間で生存CEQ508を排出する動物はいない。まとめると、これらのデータは、CEQ508は消化管を無傷で通過するのみならず、速やかに排出され、消化管内に定住して増殖することができないことを示している。CEQ508は便試料中において投与後5時間までにピークに達し、8時間後まで高値が維持され、その後徐々に減少し、さらに、処置後48、60、72、84、96または108時間で生存CEQ508を排出する動物はいない。
実施例32:β−カテニンの上方制御により仲介される障害治療のためのCEQ509
薬剤候補CEQ509は、pNJSZcプラスミドを含有する大腸菌(E.coli)株CEQ210から誘導されたミニ細胞である細菌治療粒子(BTP)からなる。CEQ210株は、CGSCから購入されるDatsenkoおよびWanner,2000(Proc.Natl.Acad.Sci.USA 97,6640)の5−株遺伝子破壊セットを用いたバクテリオファージラムダRed組換えシステムを使用してminC遺伝子を順次欠失させることにより、大腸菌(E.coli)株MM294から誘導される。pNJSZcプラスミドは、shRNAヘアピン、inv遺伝子によりコードされるエルシニア・シュードツベルクロシス(Yersinia pseudotuberculosis)インベイシンおよびhly遺伝子によりコードされるリステリア・モノサイトゲネス(Listeria monocytogenes)リステリオリシンO(LLO)をコードする。BTPを低速遠心分離により精製し、そのコロニー形成能に基づく>99.9%の純度を得た。
薬剤候補CEQ509は、pNJSZcプラスミドを含有する大腸菌(E.coli)株CEQ210から誘導されたミニ細胞である細菌治療粒子(BTP)からなる。CEQ210株は、CGSCから購入されるDatsenkoおよびWanner,2000(Proc.Natl.Acad.Sci.USA 97,6640)の5−株遺伝子破壊セットを用いたバクテリオファージラムダRed組換えシステムを使用してminC遺伝子を順次欠失させることにより、大腸菌(E.coli)株MM294から誘導される。pNJSZcプラスミドは、shRNAヘアピン、inv遺伝子によりコードされるエルシニア・シュードツベルクロシス(Yersinia pseudotuberculosis)インベイシンおよびhly遺伝子によりコードされるリステリア・モノサイトゲネス(Listeria monocytogenes)リステリオリシンO(LLO)をコードする。BTPを低速遠心分離により精製し、そのコロニー形成能に基づく>99.9%の純度を得た。
CEQ509のtkRNAi活性を評価するために、pNJSZcプラスミドのhly遺伝子によりコードされるLLOタンパク質に関する試験を含めた数多くの試験が行われてきた。CEQ509BTPは、等量のBTP(等しい生物量)を用いた場合、CEQ501と同量のLLO活性を示す。
CEQ509が細胞質内で食胞を回避してヘアピンを放出するためには、リステリア・モノサイトゲネス(Listeria monocytogenes)リステリオリシンO(LLO)活性が必要である。LLO活性はpH5.5における溶血により試験される。溶血を視覚的に観察し、540nmにおける吸光度測定により定量化した。吸光度測定には、PBS処置試料を用いて分光光度計のブランクとした。CEQ509−H3およびCEQ509−HPVは、β−カテニンおよびHPVE6タンパク質(ここでは対照として使用)に対するH3shRNAを含有するBTPである。
FACS解析により、CEQ509BTP表面上にインベイシンの存在が示された。
CEQ509によるエルシニア・シュードツベルクロシス(Yersinia pseudotuberculosis)インベイシンの表面発現は、CEQ509BTPによる哺乳動物細胞への侵入に必要である。
定量的リアルタイムPCR(qPCR)解析により、CEQ509BTPはH3shRNAを全く含有せず、バックグラウンドシグナルのみを生成することが示された。
最後に、図11に示されるように、BTPをtkRNAi試験において試験した。図11は、CEQ509を用いたβ−カテニンのサイレンシングを示している。COS−7細胞を、図示される感染多重度(MOI)でCEQ509−H3またはCEQ509−HPVのBTPに感染させた。48時間後に細胞由来のRNAを回収し、qPCRによるβ−カテニンmRNA定量化に供した。対応するMOIにおいて、CEQ509−HPV感染細胞の相対定量(RQ)に対するCEQ509−H3感染細胞の相対定量(RQ)の比を上にプロットした。このおよび他のデータは、CEQ509による30〜50%のβ−カテニンサイレンシングを示している。これらの実験は、インベイシン発現レベルが遺伝子サイレンシング介在tkRNAiを誘導するのに十分であったことを示している。
Claims (35)
- 原核生物ベクターを含む侵襲性大腸菌(E.coli)細菌であって、前記ベクターが1つ以上のsiRNAをコードする1つ以上のDNA分子と、改変PlacUV5プロモーターと、少なくとも1つのInv遺伝子座と、少なくとも1つのHlyA遺伝子とを含み、前記siRNAがβ−カテニンのmRNAを阻害し、かつ前記侵襲性大腸菌(E.coli)細菌が野生型大腸菌(E.coli)細菌と比べてRNアーゼIII活性が減少している侵襲性大腸菌(E.coli)細菌。
- 1つ以上のsiRNAをコードする1つ以上のDNA分子と、改変PlacUV5プロモーターと、少なくとも1つのInv遺伝子座と、少なくとも1つのHlyA遺伝子とを含み、前記siRNAがβ−カテニンのmRNAを阻害する原核生物ベクター。
- 哺乳動物細胞に1つ以上のsiRNAを送達する方法であって、請求項1に記載の少なくとも1つの侵襲性大腸菌(E.coli)細菌を前記哺乳動物細胞に導入することを含む方法。
- 哺乳動物細胞における遺伝子発現を制御する方法であって、請求項1に記載の少なくとも1つの侵襲性大腸菌(E.coli)細菌を前記哺乳動物細胞に導入することを含む方法。
- β−カテニンの過剰発現に関連した疾患または障害の治療または予防を、それを必要とする哺乳動物において行う方法であって、請求項1に記載の少なくとも1つの侵襲性大腸菌(E.coli)細菌を前記哺乳動物細胞に導入することを含む、前記哺乳動物におけるβ−カテニン発現の制御を含む方法。
- 前記細菌が、RNアーゼIIIをコードするrnc遺伝子の欠失を含む、請求項1に記載の侵襲性大腸菌(E.coli)細菌。
- 前記RNアーゼIII活性が野生型大腸菌(E.coli)細菌に比べて少なくとも90%減少している、請求項1に記載の侵襲性大腸菌(E.coli)細菌。
- 前記RNアーゼIII活性が野生型大腸菌(E.coli)細菌に比べて少なくとも95%減少している、請求項1に記載の侵襲性大腸菌(E.coli)細菌。
- 前記RNアーゼIII活性が野生型大腸菌(E.coli)細菌に比べて少なくとも99%減少している、請求項1に記載の侵襲性大腸菌(E.coli)細菌。
- 前記1つ以上のDNA分子が侵襲性細菌内で1つ以上のshRNAに転写される、請求項1に記載の侵襲性大腸菌(E.coli)細菌。
- 前記1つ以上のshRNAが3’突出または平滑末端を含む、請求項10に記載の侵襲性大腸菌(E.coli)細菌。
- 前記3’突出が2〜5塩基対である、請求項11に記載の侵襲性大腸菌(E.coli)細菌。
- 前記3’突出が2塩基対以下である、請求項11に記載の侵襲性大腸菌(E.coli)細菌。
- 前記1つ以上のshRNAが1つ以上のsiRNAにプロセシングされる、請求項10に記載の侵襲性大腸菌(E.coli)細菌。
- 前記原核生物ベクターが少なくとも1つのターミネーター配列をさらに含む、請求項1に記載の侵襲性大腸菌(E.coli)細菌。
- 前記少なくとも1つのターミネーター配列が、少なくとも5つの連続したチミジン塩基対を含む、請求項15に記載の侵襲性大腸菌(E.coli)細菌。
- 前記細菌が第二のターミネーター配列をさらに含む、請求項15に記載の侵襲性大腸菌(E.coli)細菌。
- 前記第二のターミネーター配列がrrnCターミネーター配列である、請求項17に記載の侵襲性大腸菌(E.coli)細菌。
- 前記原核生物プロモーターが少なくとも1つのUPエレメントをさらに含む、請求項1に記載の侵襲性大腸菌(E.coli)細菌。
- 前記侵襲性細菌が弱毒化、非病原性または非毒性細菌である、請求項1に記載の侵襲性細菌。
- 請求項1に記載の侵襲性細菌と薬学的に許容される担体とを含む、組成物。
- 前記哺乳動物細胞を約103〜1011個の侵襲性細菌に感染させる、請求項5に記載の方法。
- 前記哺乳動物細胞を約105〜109個の侵襲性細菌に感染させる、請求項22に記載の方法。
- 前記哺乳動物細胞を約0.1〜106の範囲の感染多重度で感染させる、請求項5に記載の方法。
- 前記哺乳動物細胞を約102〜104の範囲の感染多重度で感染させる、請求項25に記載の方法。
- 前記β−カテニン発現が、野生型のβ−カテニン発現に比べて、または前記侵襲性細菌の前記細胞への導入前のβ−カテニン発現に比べて減少する、請求項5に記載の方法。
- 前記β−カテニン発現減少がβ−カテニンmRNAの発現減少である、請求項26に記載の方法。
- 前記β−カテニン発現減少がβ−カテニンタンパク質の発現減少である、請求項26に記載の方法。
- 前記β−カテニン発現が、野生型のβ−カテニン発現に比べて、または前記侵襲性細菌の前記細胞への導入前のβ−カテニン発現に比べて少なくとも50%減少する、請求項26に記載の方法。
- 前記β−カテニン発現が、野生型のβ−カテニン発現に比べて、または前記侵襲性細菌の前記細胞への導入前のβ−カテニン発現に比べて少なくとも75%減少する、請求項26に記載の方法。
- 前記β−カテニン発現が、野生型のβ−カテニン発現に比べて、または前記侵襲性細菌の前記細胞への導入前のβ−カテニン発現に比べて少なくとも90%減少する、請求項26に記載の方法。
- 哺乳動物におけるβ−カテニンの過剰発現に関連した前記疾患または障害が、結腸癌、直腸癌、結腸直腸癌、クローン病、潰瘍性大腸炎、家族性腺腫性ポリポーシス(FAP)、ガードナー症候群、肝細胞癌(HCC)、基底細胞癌、毛母腫、髄芽腫および卵巣癌からなる群より選択される、請求項5に記載の方法。
- 前記哺乳動物細胞が、結腸上皮細胞、直腸上皮細胞、腸上皮細胞、肝細胞、皮膚上皮細胞、有毛細胞、神経細胞および卵巣細胞からなる群より選択される、請求項5に記載の方法。
- 前記哺乳動物が、ヒト、ウシ、ヒツジ、ブタ、ネコ、ヤギュウ、イヌ、ヤギ、ウマ、ロバ、シカおよび霊長類からなる群より選択される、請求項5に記載の方法。
- 前記哺乳動物がヒトである、請求項34に記載の方法。
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Cited By (1)
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Families Citing this family (20)
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US9593339B1 (en) | 2013-02-14 | 2017-03-14 | David Gordon Bermudes | Bacteria carrying bacteriophage and protease inhibitors for the treatment of disorders and methods of treatment |
US10987432B2 (en) | 2013-09-05 | 2021-04-27 | The University Of Hong Kong | Therapeutic delivery and expression system, methods and uses thereof |
AU2015209208A1 (en) * | 2014-01-23 | 2016-08-11 | Colorado State University Research Foundation | E. coli mediated siRNA silencing of Avian influenza in chickens |
US9616114B1 (en) | 2014-09-18 | 2017-04-11 | David Gordon Bermudes | Modified bacteria having improved pharmacokinetics and tumor colonization enhancing antitumor activity |
GB201519734D0 (en) * | 2015-11-09 | 2015-12-23 | Univ Swansea | Cancer therapy |
AU2017368050A1 (en) | 2016-11-29 | 2019-06-20 | Puretech Lyt, Inc. | Exosomes for delivery of therapeutic agents |
US11129906B1 (en) | 2016-12-07 | 2021-09-28 | David Gordon Bermudes | Chimeric protein toxins for expression by therapeutic bacteria |
US11180535B1 (en) | 2016-12-07 | 2021-11-23 | David Gordon Bermudes | Saccharide binding, tumor penetration, and cytotoxic antitumor chimeric peptides from therapeutic bacteria |
JP7097438B2 (ja) | 2017-07-11 | 2022-07-07 | アクティム・セラピューティクス・インコーポレイテッド | 遺伝子操作された免疫刺激性細菌菌株およびその使用 |
KR102083478B1 (ko) * | 2017-12-28 | 2020-04-28 | 한양대학교 산학협력단 | Chi3l1 억제제를 유효성분으로 하는 암의 폐 전이 예방 또는 치료용 약학 조성물 |
BR112021000315A2 (pt) | 2018-07-11 | 2021-08-03 | Actym Therapeutics, Inc. | cepas bacterianas imunoestimulantes modificadas geneticamente e seus usos |
EP3844276A2 (en) | 2018-08-28 | 2021-07-07 | Actym Therapeutics, Inc. | Engineered immunostimulatory bacterial strains and uses thereof |
US11471497B1 (en) | 2019-03-13 | 2022-10-18 | David Gordon Bermudes | Copper chelation therapeutics |
US10973908B1 (en) | 2020-05-14 | 2021-04-13 | David Gordon Bermudes | Expression of SARS-CoV-2 spike protein receptor binding domain in attenuated salmonella as a vaccine |
WO2022117658A1 (en) * | 2020-12-01 | 2022-06-09 | Redbiotec Ag | Bacterial delivery of gene silencing tools into eukaryotic cells |
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EP2176412B1 (en) * | 2007-06-15 | 2017-09-13 | Beth Israel Deaconess Medical Center | Bacterial mediated tnf-alpha gene silencing |
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Cited By (1)
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