JP2011511949A5

JP2011511949A5 -

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Publication number: JP2011511949A5
Application number: JP2010546779A
Authority: JP
Filing date: 2009-02-12
Publication date: 2012-03-29

Claims

染色体調製物内においてＥＭＬ４−ＡＬＫの逆位を同定する蛍光インサイチュハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）アッセイを行うことを含む方法であって、
（ａ）ハイブリダイゼーション条件下で、染色体調製物と第一の核酸プローブおよび第二の核酸プローブを含むプローブセットとを接触させること、
ここで、第一のプローブは第一の標識を有し、ＥＭＬ４を含む非逆位型の染色体にハイブリダイズ可能であり、第二のプローブは第一の標識と異なる第二の標識を有し、ＡＬＫを含む非逆位型の染色体にハイブリダイズ可能であって、（ｉ）ＥＭＬ４およびＡＬＫを含む染色体が逆位および融合を起こした場合、第一および第二のプローブは、第一および第二の両標識が単一のシグナルとして現れるように、逆位および融合を介して形成した派生染色体にハイブリダイズする一方で、（ｉｉ）ＥＭＬ４およびＡＬＫを含む染色体が逆位および融合を起こさなかった場合、第一および第二のプローブは、２つのシグナルが検出されるように、それぞれの非逆位型の染色体にハイブリダイズする、
（ｂ）第一および第二のプローブのハイブリダイゼーションパターンを検出すること、および
（ｃ）第一および第二のプローブが派生染色体上に現れるか、または染色体上に別々に現れるかをパターンから決定し、それによってＥＭＬ４−ＡＬＫの逆位の存在または非存在を決定すること、
を含む、前記方法。
各プローブが、逆位と関連する切断点の５Ｍｂ内、２Ｍｂ内または１Ｍｂ内に位置する領域で、非逆位型の染色体にハイブリダイズ可能である、請求項１に記載の方法。
第一の核酸プローブが、ＲＰ１１−６６７Ｉ６の配列と少なくとも８０％の配列同一性を含み、第一の標識を有し、かつ第二の核酸プローブが、ＲＰ１１−１００Ｃ１の配列と少なくとも８０％の配列同一性を含み、第二の標識を有する、請求項１または２に記載の方法。
第一の核酸プローブが、ＲＰ１１−６６７Ｉ６であって第一の標識を有し、かつ第二の核酸プローブが、ＲＰ１１−１００Ｃ１であって第二の標識を有する、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
非小細胞肺癌の対象を、ＡＬＫキナーゼ活性を阻害する組成物で処置すべきかを決定する方法であって、該方法は、
（ａ）対象から単離した生物学的試料から産出した染色体調製物内におけるＥＭＬ４−ＡＬＫの逆位を、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法で同定すること、および
（ｂ）該染色体調製物がＥＭＬ４−ＡＬＫの逆位を含む場合に、対象をＡＬＫキナーゼ活性を阻害する組成物で処置すべきと決定すること、
を含む、前記方法。
ＡＬＫキナーゼ活性を阻害する組成物が、キナーゼインヒビターを含む、請求項５に記載の方法。
キナーゼインヒビターが、ＮＶＰ−ＴＡＥ６８４および／またはＰＦ−０２３４１０６６である、請求項６に記載の方法。
ＡＬＫキナーゼ活性を阻害する組成物が、ＡＬＫの発現をノックダウンする剤を含み、これが任意に、アンチセンスＲＮＡ、ＲＮＡｉ、リボザイム、またはそれらの任意の組み合せから選択される、請求項５に記載の方法。
ＡＬＫキナーゼ活性を阻害する組成物が、抗体、小分子、ペプチド、アプタマー、またはそれらの任意の組み合せを含む、請求項５に記載の方法。
ＡＬＫキナーゼ活性を阻害する組成物による処置が、対象にＥＧＦＲインヒビターを投与することをさらに含む、請求項５〜９のいずれか一項に記載の方法。
ＥＭＬ４とＡＬＫとの間の染色体逆位を検出するための核酸プローブであって、該核酸プローブは標識を有し、ＥＭＬ４が逆位を起こさなかった場合、プローブはＥＭＬ４を含む非逆位型の染色体にハイブリダイズし、かつＥＭＬ４が逆位を起こした場合、プローブは逆位を介して形成した派生染色体にハイブリダイズするように、ＥＭＬ４を含む染色体にハイブリダイズする、前記プローブ。
逆位と関連する切断点の５Ｍｂ内、２Ｍｂ内または１Ｍｂ内に位置する領域で、非逆位型の染色体にハイブリダイズ可能である、請求項１１に記載のプローブ。
請求項１１または１２に記載の核酸プローブを含み、さらに、標識を有する第二のプローブを含む組成物であって、ここで第二のプローブは、ＡＬＫが逆位を起こさなかった場合、第二のプローブはＡＬＫを含む非逆位型の染色体にハイブリダイズし、かつＡＬＫが逆位を起こした場合、第二のプローブは逆位を介して形成した派生染色体にハイブリダイズするように、ＡＬＫを含む染色体にハイブリダイズする、前記組成物。
第二のプローブが、逆位と関連する切断点の５Ｍｂ内、２Ｍｂ内または１Ｍｂ内に位置する領域で、非逆位型の染色体にハイブリダイズ可能である、請求項１３に記載の組成物。
染色体調製物内においてＥＭＬ４／ＡＬＫの逆位を同定するためのキットであって、
（ａ）第一の核酸プローブであって、該プローブは標識を有し、ＥＭＬ４が逆位を起こさなかった場合、該プローブはＥＭＬ４を含む非逆位型の染色体にハイブリダイズし、かつＥＭＬ４が逆位を起こした場合、該プローブは逆位を介して形成した派生染色体にハイブリダイズするように、ＥＭＬ４を含む染色体にハイブリダイズする、前記第一の核酸プローブ；
（ｂ）第二の核酸プローブであって、該プローブは標識を有し、ＡＬＫが逆位を起こさなかった場合、該プローブはＡＬＫを含む非逆位型の染色体にハイブリダイズし、かつＡＬＫが逆位を起こした場合、該プローブは逆位を介して形成した派生染色体にハイブリダイズするように、ＡＬＫを含む染色体にハイブリダイズする、前記第二の核酸プローブ；
（ｃ）染色体調製物内においてＥＭＬ４−ＡＬＫの逆位を同定する蛍光インサイチュハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）アッセイを行うための該第一および第二のプローブの使用についての説明書、
を含む、前記キット。
各プローブが、逆位と関連する切断点の５Ｍｂ内、２Ｍｂ内または１Ｍｂ内に位置する領域で、非逆位型の各染色体にハイブリダイズ可能である、請求項１５に記載のキット。
ＥＭＬ４−ＡＬＫの逆位の存在または非存在を決定する方法であって、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法によって、染色体調製物内におけるＥＭＬ４−ＡＬＫの逆位を同定することを含む、前記方法。
対象の非小細胞肺癌を検出する方法であって、
（ａ）対象から単離した生物学的試料から染色体調製物を産出すること、
（ｂ）ＥＭＬ４−ＡＬＫの逆位の存在または非存在を同定するために、該染色体調製物での蛍光インサイチュハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）解析を行うこと、および
（ｃ）該染色体調製物がＥＭＬ４−ＡＬＫの逆位を含む場合に、該対象が非小細胞肺癌を有すると決定すること、
を含む、前記方法。
ＥＭＬ４−ＡＬＫの逆位が検出された対象における、ＥＭＬ４−ＡＬＫの逆位の発現によって特徴づけられる疾患を処置するための、ＡＬＫキナーゼ活性を阻害する組成物。
ＥＭＬ４−ＡＬＫの逆位を発現する細胞においてＡＬＫ活性を阻害するための、ＡＬＫキナーゼ活性を阻害する組成物。
ＥＭＬ４−ＡＬＫの逆位を発現する細胞においてＡＬＫ活性を阻害するインビトロの方法であって、該細胞とＡＬＫキナーゼ活性を阻害する組成物とを接触させることを含む、前記方法。