JP2011509078A - 乳癌発現プロファイリング - Google Patents

Abstract

【課題】本発明は、癌、例えば、乳癌を解析するための方法に関する。
【解決手段】本発明の方法は、表１に記載されるセリン／スレオニンキナーゼをコードする１６個の遺伝子のうちの少なくとも１個、あるいは前記１６個の遺伝子の異なる発現の検出を含む。また、本発明は、前記１６個の遺伝子のうちの少なくとも１個を含むポリヌクレオチドライブラリーに関する。これにより、新規の用途の開発、特に乳癌の予後または診断の開発における使用、乳癌を有する患者の処置を管理するための使用が見出される。
【選択図】なし

Description

本発明は、表１に記載されるセリン／スレオニンキナーゼをコードする１６個の遺伝子のうちの少なくとも１個、または少なくとも２個、または少なくとも３個、または少なくとも４個、または少なくとも５個、または少なくとも６個、または少なくとも７個、または少なくとも８個、または少なくとも９個、または少なくとも１０個、または少なくとも１１個、または少なくとも１２個、または少なくとも１３個、または少なくとも１４個、または少なくとも１５個、あるいは前記１６個の遺伝子の発現差異の検出を含む、癌を解析するための方法に関する。

本発明により、特に、癌の予後または診断の発展における多くの用途、あるいは癌を罹患している患者の処置を管理するための多くの用途が見出される。

以下の詳細において、括弧［ ］の中の参考文献は添付の参考文献リストを指す。

参考文献リスト中の本明細書に引用される全ての文献は、以下の文書の参照として援用される。

乳癌（ＢＣ）はその臨床転帰を予測することが難しく、処置を適切に合わせられない異種性の疾患である。ＢＣは、臨床時に、組織学的レベル、細胞レベルおよび分子レベルを規定され得る。全てのそれらの規定を一体化しようとする試みにより、疾患およびその管理に対する我々の理解が向上する（非特許文献１[１]）。ＤＮＡマイクロアレイを用いる初期の研究により、５つの主要なＢＣ分子サブタイプ（ｌｕｍｉｎａｌ ＡおよびＢ、ｂａｓａｌ、ＥＲＢＢ２−過剰発現およびｎｏｒｍａｌ−ｌｉｋｅ）が同定されている（非特許文献２[２]；非特許文献３[３]；非特許文献４[４]；非特許文献５[５]）。約５００個の遺伝子の内因性セットの特異的発現によって規定されるこれらのサブタイプは、異なる組織学的タイプおよび異なる予後に可変的に関連する。ホルモン受容体を発現するｌｕｍｉｎａｌ ＡのＢＣは、全体的に良好な予後を有し、ホルモン療法によって処置できる。ＥＲＢＢ２チロシンキナーゼ受容体を過剰発現する、ＥＲＢＢ２過剰発現のＢＣは不良な予後を有し、トラスツズマブまたはラパチニブを用いる標的療法によって処置できる（非特許文献６[６]；非特許文献７[７]）。ｂａｓａｌおよびｌｕｍｉｎａｌ Ｂの腫瘍の予後は不良であるが、他のサブタイプに対する特異的療法が利用できない。臨床転帰が各サブタイプ内で変化する場合があるので、この生物学的に関連する分類は不完全なままであり、認識されていないサブグループの存在が示唆される。

開発がいくつかの方向でなされ得る。まず、ｌｕｍｉｎａｌＡのＢＣなどの良好な予後の腫瘍の中で、再発し、転移するものを同定する必要がある。第２に、不良な予後のＢＣおよび関連する標的遺伝子の十分な定義付けにより、新規の薬物の開発が可能となり、次いで、それらの癌の十分な管理が可能となる。

ヒトキノームは、全てのヒトの遺伝子のうちの約１．７％を構成し（非特許文献８[８]）、遺伝子の重要な部分（その変形が腫瘍形成の原因となる）を示す（非特許文献９[９]）。プロテインキナーゼは、ヒトの細胞における大部分のシグナル伝達経路を媒介し、大部分の主要な細胞プロセスにおいて役割を果たす。一部のキナーゼは、癌において活性化されるか、または過剰発現され、成功治療についての標的となる（非特許文献１０[１０]）。継続中の体系的なシークエンシングプロジェクト（非特許文献１１[１１]）と並行して、癌におけるキナーゼの発現差異の解析により、新規の発癌活性化経路を同定できる。このように、キナーゼは、ＢＣの２つの重要なサブタイプの発現プロファイリングについての魅力的な点を示す。

従って、ｌｕｍｉｎａｌＡのＢＣなどのいくつかのサブタイプ内で進行を予測することが難しいままであり、処置を適切に合わせられない。新規の治療標的の予後の分類および同定の改善が必要とされる。

Ｃｈａｒａｆｅ−Ｊａｕｆｆｒｅｔ Ｅ，Ｇｉｎｅｓｔｉｅｒ Ｃ，Ｍｏｎｖｉｌｌｅ Ｆら，Ｈｏｗ ｔｏ ｂｅｓｔ ｃｌａｓｓｉｆｙ ｂｒｅａｓｔ ｃａｎｃｅｒ：ｃｏｎｖｅｎｔｉｏｎａｌ ａｎｄ ｎｏｖｅｌ ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎｓ（ｒｅｖｉｅｗ）．Ｉｎｔ Ｊ Ｏｎｃｏｌ ２００５，２７，１３０７−１３ Ｐｅｒｏｕ ＣＭ，Ｓｏｒｌｉｅ Ｔ，Ｅｉｓｅｎ ＭＢら，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｐｏｒｔｒａｉｔｓ ｏｆ ｈｕｍａｎ ｂｒｅａｓｔ ｔｕｍｏｕｒｓ．Ｎａｔｕｒｅ ２０００，４０６，７４７−５２ Ｓｏｒｌｉｅ Ｔ，Ｐｅｒｏｕ ＣＭ，Ｔｉｂｓｈｉｒａｎｉ Ｒら，Ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｐａｔｔｅｒｎｓ ｏｆ ｂｒｅａｓｔ ｃａｒｃｉｎｏｍａｓ ｄｉｓｔｉｎｇｕｉｓｈ ｔｕｍｏｒ ｓｕｂｃｌａｓｓｅｓ ｗｉｔｈ ｃｌｉｎｉｃａｌ ｉｍｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ．Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ ２００１，９８，１０８６９−７４ Ｓｏｒｌｉｅ Ｔ，Ｔｉｂｓｈｉｒａｎｉ Ｒ，Ｐａｒｋｅｒ Ｊら，Ｒｅｐｅａｔｅｄ ｏｂｓｅｒｖａｔｉｏｎ ｏｆ ｂｒｅａｓｔ ｔｕｍｏｒ ｓｕｂｔｙｐｅｓ ｉｎ ｉｎｄｅｐｅｎｄｅｎｔ ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｄａｔａ ｓｅｔｓ．Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ ２００３，１００，８４１８−２３ Ｂｅｒｔｕｃｃｉ Ｆ，Ｆｉｎｅｔｔｉ Ｐ，Ｒｏｕｇｅｍｏｎｔ Ｊら，Ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｐｒｏｆｉｌｉｎｇ ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｓ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｓｕｂｔｙｐｅｓ ｏｆ ｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ ｂｒｅａｓｔ ｃａｎｃｅｒ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ２００５，６５，２１７０−８ Ｇｅｙｅｒ ＣＥ，Ｆｏｒｓｔｅｒ Ｊ，Ｌｉｎｄｑｕｉｓｔ Ｄら，Ｌａｐａｔｉｎｉｂ ｐｌｕｓ ｃａｐｅｃｉｔａｂｉｎｅ ｆｏｒ ＨＥＲ２−ｐｏｓｉｔｉｖｅ ａｄｖａｎｃｅｄ ｂｒｅａｓｔ ｃａｎｃｅｒ．Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ２００６，３５５，２７３３−４３ Ｈｕｄｉｓ ＣＡ．Ｔｒａｓｔｕｚｕｍａｂ−ｍｅｃｈａｎｉｓｍ ｏｆ ａｃｔｉｏｎ ａｎｄ ｕｓｅ ｉｎ ｃｌｉｎｉｃａｌ ｐｒａｃｔｉｃｅ．Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ，２００７，３５７，３９−５１ Ｍａｎｎｉｎｇ Ｇ，Ｗｈｙｔｅ ＤＢ，Ｍａｒｔｉｎｅｚ Ｒ，Ｈｕｎｔｅｒ Ｔ，Ｓｕｄａｒｓａｎａｍ Ｓ．Ｔｈｅ ｐｒｏｔｅｉｎ ｋｉｎａｓｅ ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔ ｏｆ ｔｈｅ ｈｕｍａｎ ｇｅｎｏｍｅ．Ｓｃｉｅｎｃｅ ２００２，２９８，１９１２−３４ Ｆｕｔｒｅａｌ ＰＡ，Ｃｏｉｎ Ｌ，Ｍａｒｓｈａｌｌ Ｍら，Ａ ｃｅｎｓｕｓ ｏｆ ｈｕｍａｎ ｃａｎｃｅｒ ｇｅｎｅｓ．Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｃａｎｃｅｒ ２００４，４，１７７−８３ Ｋｒａｕｓｅ ＤＳ，Ｖａｎ Ｅｔｔｅｎ ＲＡ．Ｔｙｒｏｓｉｎｅ ｋｉｎａｓｅｓ ａｓ ｔａｒｇｅｔｓ ｆｏｒ ｃａｎｃｅｒ ｔｈｅｒａｐｙ．Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ２００５，３５３，１７２−８７ Ｓｔｅｐｈｅｎｓ Ｐ，Ｅｄｋｉｎｓ Ｓ，Ｄａｖｉｅｓ Ｈら，Ａ ｓｃｒｅｅｎ ｏｆ ｔｈｅ ｃｏｍｐｌｅｔｅ ｐｒｏｔｅｉｎ ｋｉｎａｓｅ ｇｅｎｅ ｆａｍｉｌｙ ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｓ ｄｉｖｅｒｓｅ ｐａｔｔｅｒｎｓ ｏｆ ｓｏｍａｔｉｃ ｍｕｔａｔｉｏｎｓ ｉｎ ｈｕｍａｎ ｂｒｅａｓｔ ｃａｎｃｅｒ．Ｎａｔ Ｇｅｎｅｔ ２００５，３７，５９０−２

本発明の発明者らは、ここで、予想外にも、癌のサブグループ、例えば乳癌の２つのサブグループ、より具体的には、ｌｕｍｉｎａｌ Ａの乳癌：良好な予後のｌｕｍｉｎａｌ Ａａ、および不良な予後のｌｕｍｉｎａｌ Ａｂを識別することを可能にする、有糸分裂に関与する特定のセリン／スレオニンキナーゼをコードする遺伝子の発現を完全に発見した。

驚くべきことに、本発明者らはまた、この遺伝子セットが、ｌｕｍｉｎａｌ Ａの腫瘍、例えば癌と、ｂａｓａｌを識別するのにも十分であることを見出した。

従って、第１の態様において、本発明は、癌、有利には乳癌を解析する方法に関し、表１に記載されるセリン／スレオニンキナーゼをコードする１６個の遺伝子のうちの少なくとも１個の発現差異を検出することを含む。

言い換えれば、本発明は、癌、有利には乳癌を解析するための方法に関し、表１に記載されるセリン／スレオニンキナーゼをコードする１６個の遺伝子のうちの少なくとも１個、または少なくとも２個、または少なくとも３個、または少なくとも４個、または少なくとも５個、または少なくとも６個、または少なくとも７個、または少なくとも８個、または少なくとも９個、または少なくとも１０個、または少なくとも１１個、または少なくとも１２個、または少なくとも１３個、または少なくとも１４個、または少なくとも１５個、あるいは前記１６個の遺伝子の発現差異の検出を含む。

表１は、その遺伝子シンボルとともに各遺伝子の名前、キナーゼ活性、および各遺伝子について、その遺伝子を規定する関連配列（識別番号：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ（配列番号））を示す。本発明は、異なる遺伝子によるヌクレオチド配列を規定するが、遺伝子またはそのフラグメントの名前によってポリヌクレオチド配列の規定も含み得る。

特定の実施形態において、本発明は乳癌を解析するための方法に関し、表１に記載されるセリン／スレオニンキナーゼをコードする１６個の遺伝子の発現差異の検出を含む。

言い換えれば、本発明の方法は、乳癌の組織試料における遺伝子の過剰発現または過少発現の解析に基づいた乳癌を解析するための方法であり、前記解析は、上記の１６個の遺伝子のうちの少なくとも１つの検出を含む。

本発明の意味において、「遺伝子」とは、例えばデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）、および適切な場合、リボ核酸（ＲＮＡ）などの単離されたポリヌクレオチド配列を意味する。遺伝子の配列は、配列番号１７−３２の配列、または任意の相補的配列であってもよい。この配列は、本発明による解析の方法を実施するのに適切である遺伝子の完全な配列、または遺伝子のサブ配列であってもよい。当業者は、慣例の実験を適用することにより、遺伝子の位置および長さを選択することができる。この用語はまた、等価物として、ヌクレオチド類似体から作製されるＲＮＡまたはＤＮＡの類似体、ならびに記載される実施形態に適用される場合、一本鎖（センスまたはアンチセンス）および二本鎖ポリヌクレオチドも含むと理解されるべきである。ＥＳＴ、染色体、ｃＤＮＡ、ｍＲＮＡ、およびｒＲＮＡが、核酸と称され得る分子の代表的な例である。ＤＮＡは前記核酸試料から得ることができ、ＲＮＡは前記ＤＮＡの転写によって得ることができる。さらに、ｍＲＮＡは前記核酸試料から単離でき、ｃＤＮＡは前記ｍＲＮＡの逆転写によって得ることができる。

本発明の意味において、「発現差異」とは、正常な組織、すなわち癌を含まない乳房組織における遺伝子の発現レベルと、解析される試料における同じ遺伝子の発現レベルとのの差異を意味する。

従って、遺伝子の発現差異の検出は、生物学的試料でのポリヌクレオチド配列の過剰発現または過少発現の解析である。有利には、この解析は、上記の少なくとも１つ以上の遺伝子の過剰発現および過少発現の検出を含む。

本発明の意味において、「過剰発現」とは、基準試料、例えば乳癌を含まない乳房組織の試料のレベルより高い発現レベルを意味する。

本発明の意味において、「過少発現」とは、基準試料、例えば乳癌を含まない乳房組織の試料のレベルより低い発現レベルを意味する。

過剰発現または過少発現は、従来技術の任意の公知の方法によって測定できる。これは、少なくとも１つの基準に関連する、本発明によるポリヌクレオチド配列の発現レベルの差異の検出を含んでもよい。前記基準は、例えば、同じ患者の試料由来またはｌｕｍｉｎａｌの乳癌を罹患している患者のプール由来またはＦｉｎｅｔｔｉら（Ｆｉｎｅｔｔｉ Ｐ．，Ｃｅｒｖｅｒａ Ｎ，Ｃｈａｒａｆｅ−Ｊａｕｆｆｒｅｔ Ｅ．，Ｃｈａｂａｎｎｏｎ Ｃ．，Ｃｈａｒｐｉｎ Ｃ，Ｃｈａｆｆａｎｅｔ Ｍ．，Ｊａｃｑｕｅｍｉｅｒ Ｊ．，Ｖｉｅｎｓ Ｐ．，Ｂｉｒｎｂａｕｍ Ｄ．，Ｂｅｒｔｕｃｃｉ Ｆ．Ｓｉｘｔｅｅｎ ｋｉｎａｓｅ ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｓ ｌｕｍｉｎａｌ ｂｒｅａｓｔ ｃａｎｃｅｒｓ ｗｉｔｈ ｐｏｏｒ ｐｒｏｇｎｏｓｉｓ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．２００８，６８，（３），１−１０［２７］）に記載される試料のプール由来のポリヌクレオチド配列を含むか、あるいは過剰発現または過少発現であることがすでに知られ得る基準配列の中から選択されるポリヌクレオチド配列を含む。前記基準の発現レベルは、基準ポリヌクレオチド配列の平均値であっても、絶対値であってもよい。これらの値は、本発明のポリヌクレオチドの発現に対する差異を強調させるために処理されてもよい。

ポリヌクレオチド配列の過剰発現または過少発現の解析は、細胞株、異種移植片、ヒト組織、好ましくは乳房組織などを含む、任意の哺乳動物細胞由来の生物学的物質などの試料で実施されてもよい。本発明による方法は、患者または動物由来の試料で実施されてもよい。

有利には、少なくとも１つの配列の過剰発現は、他の配列の過少発現と同時に検出される。「同時に」とは、生物学的または機能的に関連した期間で、あるいはその期間内で同時に起こることを意味し、その期間の間、配列の過剰発現に続いて、別の配列の過少発現が起こってもよく、またはその逆でもよい。なぜなら、例えば、両方の発現が直接または間接的に関連しているからである。

本発明の種々の実施形態による配列の数は、１個から本明細書に記載される配列の総数の範囲で変化してもよく、例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６個の配列である。

本発明の特定の実施形態において、遺伝子の発現差異は、ｂａｓａｌとｌｕｍｉｎａｌ Ａの乳癌とを識別する。

本発明の意味において、「ｂａｓａｌの乳癌」とは、Ｂａｓａｌ表現型またはｂａｓａｌ様乳癌を意味し、参照として本明細書に援用されるＳｏｒｌｉｅら、［３］に規定される遺伝子リストに基づいた特異的分子プロファイルによって特徴付けられる。この特異的分子プロファイルは、ケラチン５および１７、ならびに脂肪酸結合タンパク質７の高発現であってもよい。

本発明の意味において、「ｌｕｍｉｎａｌ Ａの乳癌」とは、参照として本明細書に援用されるＳｏｒｌｉｅら、［３］に規定される特定の遺伝子リスト上の分子プロファイルによって特徴付けられる乳癌を意味する。この特異的分子プロファイルは、ＥＲα遺伝子ＧＡＴＡ結合タンパク質３、Ｘ−ｂｏｘ結合タンパク質１、トレフォイル因子３、肝細胞核因子３およびエストロゲン調節ＬＩＶ−１の高発現であってもよい。

有利には、遺伝子の発現差異は、良好または不良な予後のｌｕｍｉｎａｌ Ａ腫瘍のサブグループを識別する。

本発明の意味において、「サブグループ」とは、良好な予後のｌｕｍｉｎａｌ Ａの乳癌を罹患している患者のグループおよび不良な予後のｌｕｍｉｎａｌ Ａの乳癌を罹患している患者のグループを意味する。

本発明の意味において、「良好な予後」とは、他のｌｕｍｉｎａｌ Ａの腫瘍（Ａｂの症例）と比較して、低い有糸分裂活性によって特徴付けられるｌｕｍｉｎａｌ Ａの腫瘍（Ａａの症例）を意味する。良好な予後はまた、以下に定義され、Ｆｉｎｅｔｔｉら（［２７］）に従うスコア付け、すなわち、ネガティブキナーゼスコアを指す場合もある。良好な予後はまた、ｌｕｍｉｎａｌ Ａの乳癌を罹患している患者が、癌の初期診断の５年以内に遠位の転移を有さない（すなわち、無再発生存率（ＲＦＳ）が５年よりも優れている）と予想されることを示す場合もある。

本発明の意味において、「低い有糸分裂活性」とは、０以下のキナーゼスコア値（［２７］）、すなわちネガティブキナーゼスコアを意味する。

本発明の意味において、「不良な予後」とは、他のｌｕｍｉｎａｌ Ａの腫瘍（Ａａの症例）と比較して、高い有糸分裂活性によって特徴付けられるｌｕｍｉｎａｌ Ａの腫瘍（Ａｂの症例）を意味する。不良な予後はまた、以下に定義され、Ｆｉｎｅｔｔｉら（［２７］）に従うスコア付け、すなわちポジティブキナーゼスコアを指す場合もある。不良な予後はまた、ｌｕｍｉｎａｌ Ａの乳癌を罹患している患者が、癌の初期診断の５年以内にいくらかの遠位の転移を有する（すなわち、無再発生存率（ＲＦＳ）が５年よりも劣っている）と予想されることを示す場合もある。

本発明の意味において、「高い有糸分裂活性」とは、０より高いキナーゼスコア値（［２７］）、すなわちポジティブキナーゼスコアを意味する。

本発明のこの実施形態において、不良な予後のｌｕｍｉｎａｌ Ａの腫瘍のサブグループは、他のｌｕｍｉｎａｌ Ａの腫瘍と比較して、より高い有糸分裂活性を示す。

有利には、この方法は、ＡＵＲＫＡおよび／またはＡＵＲＫＢおよび／またはＰＬＫ遺伝子の発現レベルまたは過剰発現レベルの測定を含んでもよい。これらの遺伝子の過剰発現は、不良な臨床転帰と関連する場合がある。

この方法は、ＡＵＲＫＡ遺伝子またはＡＵＲＫＢ遺伝子あるいはＰＬＫ遺伝子の発現レベルの測定を含んでもよい。

本発明の方法は、ＡＵＲＫＡおよびＰＬＫ遺伝子の測定、あるいはＡＵＲＫＢおよびＰＬＫ遺伝子の発現レベルの測定、あるいはＡＵＲＫＡおよびＡＵＲＫＢ遺伝子の発現レベルの測定、あるいはＡＵＲＫＡおよびＡＵＲＫＢおよびＰＬＫ遺伝子の発現レベルの測定を含んでもよい。

本発明の特定の実施形態において、検出は、組織試料由来の核酸で実施される。

本発明の意味において、「組織試料」とは、組織の試料、好ましくは乳房組織または細胞を意味する。その組織試料が乳房組織である場合、それは侵襲性腺癌由来であってもよい。

本発明の別の実施形態において、検出は腫瘍細胞株由来の核酸で実施される。

本発明の意味において、「腫瘍細胞株」とは、患者から得られた癌細胞由来の細胞株を意味する。

本発明の特定の実施形態において、本明細書に開示される遺伝子の発現レベルの測定は、当業者に周知の種々の方法、例えば、５’ヌクレアーゼＴａｑＭａｎ（登録商標）（Ｒｏｃｈｅ）、Ｓｃｏｒｐｉｏｎｓ（登録商標）（ＤｘＳ Ｇｅｎｏｔｙｐｉｎｇ）（Ｗｈｉｔｃｏｍｂｅ，Ｄ．，Ｔｈｅａｋｅｒ Ｊ．，Ｇｕｙ，Ｓ．Ｐ．，Ｂｒｏｗｎ，Ｔ．，Ｌｉｔｔｌｅ，Ｓ．（１９９９）−Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｏｆ ＰＣＲ ｐｒｏｄｕｃｔｓ ｕｓｉｎｇ ｓｅｌｆ−ｐｒｏｂｉｎｇ ａｍｐｌｉｃｏｎｓ ａｎｄ ｆｌｏｕｒｅｓｃｅｎｃｅ．Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈ １７，８０４−８０７［３５］）またはＭｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｅａｃｏｎｓ（商標）（Ａｂｒａｖａｙａ Ｋ，Ｈｕｆｆ Ｊ，Ｍａｒｓｈａｌｌ Ｒ，Ｍｅｒｃｈａｎｔ Ｂ，Ｍｕｌｌｅｎ Ｃ，Ｓｃｈｎｅｉｄｅｒ ＧおよびＲｏｂｉｎｓｏｎ Ｊ（２００３）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｂｅａｃｏｎｓ ａｓ ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ ｔｏｏｌｓ：ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ａｎｄ ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ．Ｃｌｉｎ Ｃｈｅｍ Ｌａｂ Ｍｅｄ ４１，４６８−４７４［３６］）を含む、リアルタイムＰＣＲ（ポリメラーゼ連鎖反応）により実施されてもよい。

本発明の別の実施形態において、検出はＤＮＡマイクロアレイで実施される。

本発明の意味において、「ＤＮＡマイクロアレイ」とは、ＤＮＡオリゴヌクレオチドの配列された連続した数千の微細なスポットを意味し、各々は本発明の遺伝子の中から選択されるピコモルの特定のＤＮＡ配列を含む。このＤＮＡオリゴヌクレオチドは、高ストリンジェンシー条件下でｃＤＮＡまたはｃＲＮＡ試料（標的と呼ばれる）をハイブリダイズするためのプローブとして使用される。プローブ−標的ハイブリダイゼーションは通常、フルオロフォア標識された標的の蛍光ベースの検出により、検出および定量されて、標的における核酸配列の相対存在度を測定する。

標準的なマイクロアレイにおいて、プローブは、共有結合によって固体表面、（エポキシシラン、アミノシラン、リジン、ポリアクリルアミドまたはその他を介して）化学マトリクスに結合される。

上記のセリン／スレオニンキナーゼをコードする１６個の遺伝子のうちの１つ以上に対応するＤＮＡまたはＲＮＡ試料をハイブリダイズするために使用され得るｃＤＮＡオリゴヌクレオチドプローブ（「プローブセット」とも呼ばれる）は、表２に記載される。

セリン／スレオニンキナーゼをコードする１６個の遺伝子のうちの１つ以上に対応するＤＮＡまたはＲＮＡ試料をハイブリダイズするために使用され得るｃＤＮＡオリゴヌクレオチドプローブセットは、関係する遺伝子の完全な検出を可能にする、表２に規定される対応するセットのポリヌクレオチド配列の３’末端と５’末端との間の任意の配列であってもよい。

上記の決定した遺伝子の発現を検出するために、対応するセットの少なくとも１つのプローブセットの配列が使用されてもよい。

本発明の意味において、「遺伝子のｃＤＮＡサブ配列」とは、ストリンジェントな条件下で特定のハイブリダイゼーションを可能にする遺伝子のｃＤＮＡ全配列の核酸の配列を意味し、例としては、１０個より多いヌクレオチド、好ましくは１５個より多いヌクレオチド、最も好ましくは２５個より多いヌクレオチド、例としては、５０個より多いヌクレオチドまたは１００個より多いヌクレオチドである。

言い換えれば、本発明の方法は、表２に規定されるセットにおいて選択される少なくとも１つ、または少なくとも２つもしくは３つのポリヌクレオチド配列あるいはそれらの相補体の検出を含んでもよい。

本発明の別の態様は、表１に記載されるセリン／スレオニンキナーゼをコードする１６個の遺伝子のうちの少なくとも１つを含むか、またはそれらに対応する癌を分子的に特徴付けるポリヌクレオチドライブラリーを提供することである。

本発明のポリヌクレオチドライブラリーは、表１に記載されるセリン／スレオニンキナーゼをコードする１６個の遺伝子の対応する少なくとも１個の遺伝子の検出を可能にする少なくとも１個のポリヌクレオチド配列を含んでもよいか、またはそれらからなってもよい。

言い換えれば、本発明の態様は、表１に記載されるセリン／スレオニンキナーゼをコードする１６個の遺伝子のうちの少なくとも１個、または少なくとも２個、または少なくとも３個、または少なくとも４個、または少なくとも５個、または少なくとも６個、または少なくとも７個、または少なくとも８個、または少なくとも９個、または少なくとも１０個、または少なくとも１１個、または少なくとも１２個、または少なくとも１３個、または少なくとも１４個、または少なくとも１５個、あるいは前記１６個の遺伝子の検出を可能にするポリヌクレオチド配列を含むか、またはそれらに対応する癌を分子的に特徴付けるポリヌクレオチドライブラリーに関する。

本発明のポリヌクレオチドライブラリーは、表１に記載されるセリン／スレオニンキナーゼをコードする１６個の遺伝子のうちの対応する少なくとも１個の遺伝子の検出を可能にする表２の少なくとも１つのセットにおいて選択される少なくとも１つ、または少なくとも２つもしくは３つのポリヌクレオチド配列あるいはそれらの相補体を含んでもよいか、またはそれらからなってもよい。本発明の特定の態様において、本発明は、表１に記載されるセリン／スレオニンキナーゼをコードする１６個の遺伝子を含むか、またはそれらに対応する癌を分子的に特徴付けるポリヌクレオチドライブラリーに関する。この実施形態において、本発明のポリヌクレオチドライブラリーは、表１に記載されるセリン／スレオニンキナーゼをコードする１６個の遺伝子の検出を可能にするポリヌクレオチド配列を含んでもよいか、またはそれらからなってもよい。

例えば、この場合において、本発明のポリヌクレオチドライブラリーは、表２の各々のセットにおいて選択される少なくとも１つ、または少なくとも２つもしくは３つのポリヌクレオチド配列、あるいはそれらの相補体を含んでもよいか、またはそれらからなってもよい。

本発明の意味において、「対応する」とは、表１に記載されるセリン／スレオニンキナーゼをコードする１６個の遺伝子のうちの少なくとも１個、または少なくとも２個、または少なくとも３個、または少なくとも４個、または少なくとも５個、または少なくとも６個、または少なくとも７個、または少なくとも８個、または少なくとも９個、または少なくとも１０個、または少なくとも１１個、または少なくとも１２個、または少なくとも１３個、または少なくとも１４個、または少なくとも１５個、あるいは前記１６個の遺伝子からなるポリヌクレオチドライブラリーを意味する。

本発明の特定の実施形態において、ライブラリーは固体支持体上に固定される。

そのような固体支持体は、ナイロン膜、ニトロセルロース膜、スライドガラス、ガラスビーズ、ガラス支持体またはシリコンチップ上の膜、プラスチック支持体のうちの少なくとも１つからなる群より選択されてもよい。

本発明の別の態様は、乳癌の予後または診断の方法あるいは乳癌を有する患者の処置を管理するための方法を提供することであり、その方法は、患者由来の核酸で上記の乳癌を解析する方法を実施することを含む。

このような方法は、乳癌を予後または診断するために、あるいは乳癌を有する患者の処置を管理するために、上記の乳癌を解析するための方法を使用することであり、患者由来の核酸で上記の乳癌を解析する方法を実施することを含む。

本発明の別の態様は、乳癌の疾患に関連する遺伝子の発現差異を解析するための方法を提供することであり、
ａ）患者からポリヌクレオチド試料を得る工程と、
ｂ）工程（ａ）において得た前記ポリヌクレオチド試料と、上記のポリヌクレオチドライブラリーとを反応させる工程と、
ｃ）工程（ｂ）の反応産物を検出する工程と、を含む。

言い換えれば、本発明は、乳癌の疾患に関連する遺伝子の発現差異を解析するための方法を提供し、
ａ）患者由来のポリヌクレオチド試料と、上記のポリヌクレオチドライブラリーとを反応させる工程と、
ｂ）工程（ｂ）の反応産物を検出する工程と、を含む。

乳癌と「関連する」遺伝子の発現差異とは、乳癌によって引き起こされるか、または乳癌の一因となるか、または乳癌の原因となる核酸の過少発現または過剰発現を指す。

本発明の意味において、「ポリヌクレオチド試料とポリヌクレオチドライブラリーとを反応させる」とは、遺伝子のｃＤＮＡまたはｍＲＮＡの全配列、あるいはｃＤＮＡまたはｍＲＮＡのサブ配列、あるいはライブラリーのポリヌクレオチド配列を含む遺伝子のプライマーのハイブリダイゼーションを可能にする条件において試料の核酸とポリヌクレオチド配列とを接触させることを意味する。

本発明の意味において、「反応産物」とは、患者由来のポリヌクレオチド試料と上記のポリヌクレオチドライブラリーとのハイブリダイゼーションの結果として生じる産物を意味する。

工程（ｂ）の反応産物の検出は定量的であってもよく、転写発現レベルに関する。

本発明の特定の実施形態において、乳癌の疾患に関連する遺伝子の発現差異を解析するための方法はさらに、
ａ）基準ポリヌクレオチド試料を得る工程と、
ｂ）例えば、ポリヌクレオチド試料と、上記のポリヌクレオチドライブラリーとをハイブリダイズすることによって、前記基準試料と、前記ポリヌクレオチドライブラリーとを反応させる工程と、
ｃ）コントロール試料の反応産物を検出する工程と、
ｄ）前記ポリヌクレオチド試料の反応産物の量と、前記コントロール試料の反応産物の量とを比較する工程を含む。

本発明の意味において、「基準ポリヌクレオチド試料」とは、乳房由来の細胞、組織試料または生検由来の１つ以上の生物学的試料を意味する。前記基準は、試験されるもの以外の同じ雌の哺乳動物から得てもよいか、または好ましくは同じ種由来の別の雌の哺乳動物から、または好ましくは同じ種由来の雌の哺乳動物の集団から得てもよく、それらは試験する雌の哺乳動物もしくは被検体と同じであっても、異なってもよい。前記コントロールは、乳房由来の細胞、細胞株、組織試料または生検由来の生物学的試料に対応してもよい。

前記ポリヌクレオチド試料の反応産物の量と、前記基準試料の反応産物の量とを比較する工程ｄ）は、当該分野において周知の任意の方法によって実施されてもよい。

例えば、その方法は、以下の工程
ａ）例えばＭａｎｎｉｎｇら［８］による全てのキナーゼファミリーを含むと規定される遺伝子リストに従うキノームに関連するポリヌクレオチドライブラリーに基づいた乳癌試料（例えば、５０個、１００個またはそれ以上、例えば１３８個の乳癌試料）から分子プロファイルを比較する工程と、
ｂ）遺伝子発現が、ｌｕｍｉｎａｌ Ａの乳癌の間で異なって観測された場合、Ｆｉｎｅｔｔｉら［２７］に記載される教師なしＱｕａｌｉｔｙ Ｔｈｒｅｓｈｏｌｄクラスター解析によって特定のポリヌクレオチドクラスター（例えば、５、１０または１６個のキナーゼ遺伝子を含む）を同定する工程と、
ｃ）ｌｕｍｉｎａｌ Ａの乳癌の分類を評価するために、正規化パラメータと組み合わせてキナーゼ遺伝子の平均を用いてスコアを計算する工程と、を含んでもよい。

「キノーム」とは、特定の細胞または組織において発現されるか、あるいは生物のゲノムに存在するキナーゼタンパク質の集合体を意味する。

本発明の別の態様は、乳癌を罹患している患者、例えば雌の患者を、無再発生存率（ＲＦＳ）が５年より優れているｌｕｍｉｎａｌ Ａの乳癌（ｌｕｍｉｎａｌ Ａａの乳癌）を有するか、または無再発生存率が５年より劣っているｌｕｍｉｎａｌ Ａの乳癌（ｌｕｍｉｎａｌ Ａｂの乳癌）を有すると分類するための方法であって、以下の工程
ａ）前記患者の試料の、表１に記載される１６個のキナーゼのうちの少なくとも１個、または少なくとも２個、または少なくとも３個、または少なくとも４個、または少なくとも５個、または少なくとも６個、または少なくとも７個、または少なくとも８個、または少なくとも９個、または少なくとも１０個、または少なくとも１１個、または少なくとも１２個、または少なくとも１３個、または少なくとも１４個、または少なくとも１５個、あるいは前記１６個のキナーゼあるいはそれらの発現産物の発現に基づいてキナーゼスコア（ＫＳ）を計算して、サブグループのｌｕｍｉｎａｌ Ａａとｌｕｍｉｎａｌ Ａｂとを識別する工程と、
ｂ）キナーゼスコアがネガティブな場合、前記患者がｌｕｍｉｎａｌ Ａａの乳癌を有すると分類するか、あるいはキナーゼスコアがポジティブな場合、前記患者がｌｕｍｉｎａｌ Ａｂを有すると分類する工程と、を含む。

本発明の意味において、「キナーゼスコア（ＫＳ）」とは、１６個のキナーゼ遺伝子の発現レベルに基づくスコアを意味する。それは、以下

のように定義した。式中、ＡおよびＢは正規化パラメータを表し、これはＫＳを異なるデータセット間で比較できるようにし、ｎは利用可能なキナーゼ遺伝子（７個〜１６個）の数であり、ｘｉは腫瘍ｉの対数遺伝子発現レベルである。カットオフ値０を用いて、各腫瘍を、低スコア（ＫＳ＜０、すなわち、１６個のキナーゼ遺伝子の全体の低い発現）または高スコア（ＫＳ＞０、すなわち、１６個のキナーゼ遺伝子の全体の強い発現）に割り当てた。本発明において、利用可能なキナーゼ遺伝子の数、すなわちｎは１個〜１６個である。

本発明の方法は、ｌｕｍｉｎａｌ Ａを罹患している患者の臨床転帰の予測を、それらの患者をｌｕｍｉｎａｌ Ａａまたはｌｕｍｉｎａｌ Ａｂの患者に分類することによって可能にする。

本発明の別の態様は、不良な予後のｌｕｍｉｎａｌ Ａの症例を処置するための分子をスクリーニングするための方法を提供することであり、表１に記載される１６個のキナーゼまたはそれらの発現物のうちの少なくとも１つに対する前記分子の作用の解析を含む。

言い換えれば、本発明は、不良な予後のｌｕｍｉｎａｌ Ａの症例を処置するための分子をスクリーニングするための方法に関し、表１に記載される１６個のキナーゼのうちの少なくとも１個、または少なくとも２個、または少なくとも３個、または少なくとも４個、または少なくとも５個、または少なくとも６個、または少なくとも７個、または少なくとも８個、または少なくとも９個、または少なくとも１０個、または少なくとも１１個、または少なくとも１２個、または少なくとも１３個、または少なくとも１４個、または少なくとも１５個、あるいは前記１６個のキナーゼあるいはそれらの発現産物に対する前記分子の作用の解析を含む。

本発明の特定の態様において、本発明は、不良な予後のｌｕｍｉｎａｌ Ａの症例を処置するための分子をスクリーニングするための方法に関し、表１に記載される１６個のキナーゼまたはそれらの発現産物のうちの少なくとも１個、または少なくとも２個、または少なくとも３個、またはそれ以上、例えば１６個全てに対する前記分子の作用の解析を含む。

本発明の意味において、「前記分子の作用」とは、患者の生存、または患者のＲＦＳ、腫瘍のサイズの減少、またはキナーゼの発現の減少に対する分子の陽性の効果を意味する。

本発明の別の態様は、本発明の方法、すなわち乳癌を解析するための方法、乳癌に関連する遺伝子の発現差異を解析するための方法、または不良な予後のｌｕｍｉｎａｌ Ａの症例を処置するための分子をスクリーニングするための方法を実施するための上記のポリヌクレオチドライブラリーを含むキットを提供することである。

本発明のキットは、ポリヌクレオチド配列のライブラリーおよびコントロール試料のセットを含んでもよい。そのキットはまた、プレハイブリダイゼーション、ハイブリダイゼーション、洗浄工程およびハイブリダイゼーション検出を実施するのに必要な試験試薬を含んでもよい。

本発明の別の態様は、乳癌を有する患者を処置するための方法である。この方法は、ｉ）前記患者由来の試料で本発明による遺伝子の発現差異プロファイルを解析する方法を実施する工程と、ｉｉ）前記方法で得た遺伝子の発現差異プロファイルの解析に基づいてこの患者のための処置を決定する工程とを含む。「処置すること」とは、状態または疾患の少なくとも１つの症状を処置すること、および改善することを含む。

本発明の別の態様は、癌と診断された患者についての臨床転帰を予測するための方法であり、患者から得た癌組織において、表１に記載される１６個の遺伝子のうちの少なくとも１個、または少なくとも２個、または少なくとも３個、または少なくとも４個、または少なくとも５個、または少なくとも６個、または少なくとも７個、または少なくとも８個、または少なくとも９個、または少なくとも１０個、または少なくとも１１個、または少なくとも１２個、または少なくとも１３個、または少なくとも１４個、または少なくとも１５個、あるいは表１の１６個の遺伝子の全て、あるいはそれらの発現産物の発現レベルを測定して、基準遺伝子に対して正規化し、基準の癌組織セットに見出される量と比較することを含み、ここで、遺伝子群の過剰発現が不良な臨床転帰を予測する。

本発明の意味において、「臨床転帰」とは、生存、部分的な寛解、完全寛解、疾患の進行する時間、または疾患の再発を意味する。「臨床転帰」とはまた、ｌｕｍｉｎａｌ Ａの乳癌のｌｕｍｉｎａｌ Ａａまたはｌｕｍｉｎａｌ Ａｂの乳癌への進行を意味する場合もある。

不良な臨床転帰は、無再発生存率（ＲＦＳ）の観点から測定されてもよい。不良な臨床転帰は、ｌｕｍｉｎａｌ Ａの乳癌に罹患している患者が、癌の初期診断の５年以内に一部の遠位の転移を有すると予想されることを示してもよい。

この方法は、乳癌、または結腸癌、または肺癌、または前立腺癌、または肝細胞癌、または胃癌、または膵癌、または子宮頸癌、または卵巣癌、または肝臓癌、または膀胱癌、または尿路の癌、または甲状腺癌、または腎臓癌、または癌腫、または黒色腫、または脳腫瘍と診断された患者の臨床転帰を予想するのに使用されてもよい。

好ましくは、本発明の全ての方法は、上記の癌に適用されてもよい。

特定の実施形態において、その方法は、乳癌と診断された患者の臨床転帰を予測するのに使用されてもよい。

有利には、その方法は、ＡＵＲＫＡおよび／またはＡＵＲＫＢおよび／またはＰＬＫ遺伝子の発現レベルまたは過剰発現レベルの測定を含んでもよい。これらの遺伝子の過剰発現は、不良な臨床転帰と関連してもよい。

その方法は、ＡＵＲＫＡ遺伝子、またはＡＵＲＫＢ遺伝子、またはＰＬＫ遺伝子の発現レベルの測定を含んでもよい。

本発明の方法は、ＡＵＲＫＡおよびＰＬＫ遺伝子の測定、またはＡＵＲＫＢおよびＰＬＫ遺伝子の発現レベルの測定、またはＡＵＲＫＡおよびＡＵＲＫＢ遺伝子の発現レベルの測定、またはＡＵＲＫＡおよびＡＵＲＫＢおよびＰＬＫ遺伝子の発現レベルの測定を含んでもよい。

有利には、遺伝子の発現レベルは、凍結または新鮮な組織試料から得たＲＮＡを用いて測定されてもよい。

発現レベルは、逆相ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）により測定されてもよい。

本発明の別の目的は、癌患者における処置後の癌の再発の可能性を予測する方法であり、患者から得た癌組織において、表１に記載される１６個の遺伝子のうちの少なくとも１個、または少なくとも２個、または少なくとも３個、または少なくとも４個、または少なくとも５個、または少なくとも６個、または少なくとも７個、または少なくとも８個、または少なくとも９個、または少なくとも１０個、または少なくとも１１個、または少なくとも１２個、または少なくとも１３個、または少なくとも１４個、または少なくとも１５個、あるいは表１の１６個の遺伝子の全て、あるいはそれらの発現産物の発現レベルを測定し、コントロール遺伝子に対して正規化し、基準の癌組織セットに見出される量と比較することを含み、ここで、遺伝子群の過剰発現は処置後の再発の危険性の増加を示す。

本発明の方法によって解析される癌は、乳癌、または結腸癌、または肺癌、または前立腺癌、または肝細胞癌、または胃癌、または膵癌、または子宮頸癌、または卵巣癌、または肝臓癌、または膀胱癌、または尿路の癌、または甲状腺癌、または腎臓癌、または癌腫、または黒色腫、または脳腫瘍であってもよい。

有利には、癌は乳癌であり得る。

発現レベルは、腫瘍の任意の外科的切除前に測定されてもよいか、または腫瘍の外科的切除後、すなわち癌の除去後に測定されてもよい。

発現レベルは、新鮮な試料または凍結試料から得たＲＮＡを用いて測定されてもよい。

発現レベルは、逆相ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）によって測定されてもよい。

癌の再発の可能性を予測する方法は、１つ以上のキナーゼ阻害薬物、例えばセリンおよび／またはスレオニンキナーゼ阻害薬物、例えば、Ｃａｒｖａｊａｌ Ｄ．，Ｔｓｅ Ａｒｃｈｉｅ，Ｓｃｈｗａｒｔｚ Ｇ．Ａｕｅｏｒａ ｋｉｎａｓｅ：ｎｅｗ ｔａｒｇｅｔｓ ｆｏｒ ｃａｎｃｅｒ ｔｈｅｒａｐｙ．Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ２００６；１２（２３）（［３３］）およびＳｔｒｅｂｈａｒｄｔ Ｋ．，Ｕｌｌｒｉｃｈ Ａ．Ｔａｒｇｅｔｉｎｇ ｐｏｌｏ−ｌｉｋｅ ｋｉｎａｓｅ １ ｆｏｒ ｃａｎｃｅｒ ｔｈｅｒａｐｙ．Ｎａｔｕｒｅ ２００６，Ｖｏｌ．６，３２１−３３０（［３４］）（この内容は本明細書に参照として援用される）に記載される以下の薬物：ＭＫ０４５７、ＰＨＡ−７３９３５８、ＭＬＮ８０５４、ＡＺＤ１１５２、ＯＮ０１９１０、ＢＩ２５３６、フラボピリドール、ＵＳＮ−０１、ＺＭ４４７４３９（ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）、ＭＫ０４５７（Ｍｅｒｃｋ）、ＡＺＤ１１５２（ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）、ＰＨＡ−６８０６３２、ＭＬＮ８０５４（Ｍｉｌｌｅｎｉｕｍ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ）、ＰＨＡ７３９３５８（Ｎｅｒｖｉａｎｏ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）、スキトネミン、ＢＩ２５３６、ＯＮ０１９１０での癌の処置後であってもよい。

本発明の別の目的は、本発明の方法を実施するのに適切な（１）抽出緩衝液／試薬およびプロトコル、（２）逆転写緩衝液／試薬およびプロトコル、ならびに（３）定量的ＰＣＲ緩衝液／試薬およびプロトコルのうちの１つ以上を含むキットである。

有利には、そのキットはデータ検索および解析ソフトウェアを含んでもよい。

有利には、そのキットは予め設計されたプライマーを含んでもよい。

有利には、そのキットは予め設計されたＰＣＲプローブおよびプライマーを含んでもよい。

本発明の別の目的は、例えば、インビトロにおいて、癌を有する被験体における所定の処置様式の治療的成功を予測するための方法であり、
（ｉ）表１に記載されるセリン／スレオニンキナーゼをコードする１６個の遺伝子のうちの少なくとも１個、または少なくとも２個、または少なくとも３個、または少なくとも４個、または少なくとも５個、または少なくとも６個、または少なくとも７個、または少なくとも８個、または少なくとも９個、または少なくとも１０個、または少なくとも１１個、または少なくとも１２個、または少なくとも１３個、または少なくとも１４個、または少なくとも１５個、あるいは前記１６個の遺伝子の発現レベルのパターンを測定する工程と、
（ｉｉ）（ｉ）において測定される発現レベルのパターンと、１つまたはいくつかの発現レベルの基準パターンとを比較する工程と、
（ｉｉｉ）工程（ｉｉ）の比較の結果から、前記被検体における前記所定の処置様式の治療的成功を予測する工程と、を含む。

有利には、癌は、乳癌、結腸癌、肺癌、前立腺癌、肝細胞癌、胃癌、膵癌、子宮頸癌、卵巣癌、肝臓癌、膀胱癌、尿路の癌、甲状腺癌、腎臓癌、癌腫、黒色腫、および脳腫瘍からなる群より選択され得る。

有利には、癌は乳癌であり得る。

所定の処置様式は、（ｉ）細胞増殖に作用することができ、および／または（ｉｉ）細胞生存に作用することができ、および／または（ｉｉｉ）細胞運動性に作用することができ、および／または（ｉｖ）化学療法剤の投与を含んでもよい。

所定の処置様式は、Ｅ７０７０、ＰＨＡ−５３３５３３、ヒメニアルジシン、ＮＵ２０５８ ＆ ＮＵ６０２７、ＡＺ７０３、ＢＭＳ−３８７０３２、ＣＹＣ２０２（Ｒ−ロスコビチン）、ＣＤＫｉ２７７、ＮＵ６１４０、ＰＮＵ−２５２８０８、ＲＯ−３３０６、ＣＶＴ−３１３、ＳＵ９５１６、オロモウシン、ＺＫ−ＣＤＫ（ＺＫ３０４７０９）、ＪＮＪ−７７０６６２１、ＰＤ０３３２９９１、ＰＤ０１８３８１２、ファスカプリシン、ＣＡ２２４、ＣＩＮＫ４、カフェイン、ペントキシフィリン、ワートマニン、ＬＹ２９４００２、ＵＣＮ−０１、デブロモヒメニアルジシン、Ｇｏ６９７６、ＳＢ−２１８０７８、ＩＣＰ−１、ＣＥＰ−３８９１、ＴＡＴ−Ｓ２１６Ａ、ＣＥＰ−６３６７、ＸＬ８４４、ＰＤ０１６６２８５、ＢＩ２５３６、ＯＮ０１９１０、スキトネミン、ワートマニン、ＨＭＮ−２１４、シクラポリン−１、ヘスペラジン、ＪＮＪ−７７０６６２１、ＰＨＡ−６８０６３２、ＶＸ−６８０（ＭＫ−０４５７）、ＺＭ４４７４３９、ＭＬＮ８０５４、Ｒ７６３、ＡＺＤ１１５２、ＣＹＣ１１６、ＳＮＳ−３１４、ＭＫＣ−１６９３、ＡＴ９２８３、キナゾリン誘導体、ＭＰ２３５、ＭＰ５２９、シンクレアジン（ｃｉｎｃｒｅａｓｉｎ）、ＳＰ６００１２５（ｄｅ Ｃａｒｃｅｒら，Ｔａｒｇｅｔｉｎｇ ｃｅｌｌ ｃｙｃｌｅ ｋｉｎａｓｅｓ ｆｏｒ ｃａｎｃｅｒ ｔｈｅｒａｐｙ，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｍｅｄｉｃｉｎａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，２００７，Ｖｏｌ．１４，Ｎｏ．１；１−１７［２９］，Ｍａｌｕｍｂｒｅｓら，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｏｐｉｎｉｏｎ ｉｎ ｇｅｎｅｔｉｃｓ ＆ Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ２００７，１７：６０−６５［３０］，Ｍａｌｕｍｂｒｅｓら，Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ ｏｐｐｏｒｔｕｎｉｔｉｅｓ ｔｏ ｃｏｎｔｒｏｌ ｔｕｍｏｒ ｃｅｌｌ ｃｙｃｌｅｓ，Ｃｌｉｎ．Ｔｒａｎｓｌ．Ｏｎｃｏｌ．２００６；８（６）：１−０００［３１］）、イレッサ（ゲフィチニブ、ＺＤ１８３９、抗ＥＧＦＲ、ＰＤＧＦＲ、ｃ−キット、Ａｓｔｒａ−Ｚａｎｅｃａ）；ＡＢＸ−ＥＧＦＲ（抗ＥＧＦＲ、Ａｂｇｅｎｉｘ／Ａｍｇｅｎ）；ザメスツラ（ＦＴＩ、Ｊ＆Ｊ／Ｏｒｔｈｏ−Ｂｉｏｔｅｃｈ）；ハーセプチン（抗ＨＥＲ２／ｎｅｕ、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）；アバスチン（ベバシズマブ（ｂｅｖａｎｃｉｚｕｍａｂ）、抗ＶＥＧＦ抗体、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）；タルセバ（エルロチニブ、ＯＳＩ−７７４、ＲＴＫ阻害剤、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ−Ｒｏｃｈｅ）、ＺＤ６６４７４（抗ＶＥＧＦＲ、Ａｓｔｒａ−Ｚｅｎｅｃａ）；アービタックス（ＩＭＣ−２２５、セツキシマブ、抗ＥＧＦＲ、Ｉｍｃｌｏｎｅ／ＢＭＳ）；オンコラー（Ｏｎｃｏｌａｒ）（抗ＧＲＨ、Ｎｏｖａｒｔｉｓ）；ＰＤ−１８３８０５（ＲＴＫ阻害剤、Ｐｆｉｚｅｒ）；ＥＭＤ７２０００（抗ＥＧＦＲ／ＶＥＧＦ ａｂ、ＭｅｒｃｋＫｇａＡ）；ＣＩ−１０３３（ＨＥＲ２／ｎｅｕ ＆ ＥＧＦ−Ｒ二重阻害剤、Ｐｆｉｚｅｒ）；ＥＧＦ１０００４；ハーザイム（抗ＨＥＲ２ ａｂ、Ｍｅｄｉｚｙｍｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）；コリクサ（ＨＥＲ２／ｎｅｕワクチンのミクロスフェア送達、Ｍｅｄａｒｅｘ）、およびＡｗａｄａら，Ｔｈｅ Ｐｉｐｅｌｉｎｅ ｏｆ ｎｅｗ ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ ａｇｅｎｔｓ ｆｏｒ ｂｒｅａｓｔ ｃａｎｃｅｒ ｔｒｅａｔｍｅｎｔ ｉｎ ２００３，Ｃｒｉｔｉｃａｌ Ｒｅｖｉｅｗｓ ｉｎ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ／Ｈｅｍａｔｏｌｏｇｙ ４８（２００３），４５−６３（［３２］）に記載される薬物、ＺＭ４４７４３９（ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）、ＭＫ０４５７（Ｍｅｒｃｋ）、ＡＺＤ１１５２（ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）、ＰＨＡ−６８０６３２、ＭＬＮ８０５４（Ｍｉｌｌｅｎｉｕｍ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ）、ＰＨＡ７３９３５８（Ｎｅｒｖｉａｎｏ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）、スキトネミン、ＢＩ２５３６、ＯＮ０１９１０（［３３］および［３４］）であってもよい。

本発明の方法は予測アルゴリズムを使用してもよい。

本発明の別の目的は、被検体における腫瘍性疾患を処置する方法であって、以下の工程：
ａ）本発明のいずれかの方法によって、癌、例えば乳癌を有する被検体において、所定の処置様式についての治療的成功を予測する工程と、
ｂ）前記処置様式が成功すると予測される場合、前記処置様式によって前記患者における前記腫瘍性疾患を処置する工程と、を含む。

本発明の別の目的は、腫瘍性疾患を罹患している被検体のための治療法を選択する方法であって、
（ｉ）前記被検体から生物学的試料を得る工程と、
（ｉｉ）複数の個別の処置様式について、癌、例えば乳癌を有する被検体における治療的成功を、本発明のいずれかの方法によって前記試料から予測する工程と、
（ｉｉｉ）工程（ｉｉ）において成功すると予測される処置様式を選択する工程と、を含む。

有利には、発現レベルは、以下
ハイブリダイゼーションに基づいた方法を用いて、または
アレイプローブを利用するハイブリダイゼーションに基づいた方法を用いて、または
個々に標識したプローブを利用するハイブリダイゼーションに基づいた方法を用いて測定されてもよいか、あるいは、
（ｉｖ）リアルタイムＰＣＲによって、または
（ｖ）ポリペプチド、タンパク質もしくはそれらの誘導体の発現を評価することによって、または
（ｖｉ）ポリペプチド、タンパク質もしくはそれらの誘導体の量を評価することによって、測定されてもよい。

他の利点もまた、以下に示し、そして添付の図面によっても示す非限定的な実施例から当業者には明らかであり得る。

図１は、ｌｕｍｉｎａｌ Ａおよびｂａｓａｌの乳癌におけるキナーゼ遺伝子発現プロファイリングを示す。Ａ／１３８個のＢＣ試料（８０個のｌｕｍｉｎａｌ Ａおよび５８個のｂａｓａｌ；左のパネル）、８個の細胞株（３個のｌｕｍｉｎａｌ上皮乳腺細胞株、３個のｂａｓａｌ上皮乳腺細胞株および２個のリンパ球細胞株；右のパネル）ならびに４３５個の固有のキナーゼプローブセットの階層的クラスタリング。各行は遺伝子を表し、各列は試料を表す。単一の試料における各遺伝子の発現レベルを、１３８個のＢＣ試料にわたる、その中央値の量と比較し、下部に示すカラースケールに従って描写している。右のパネルにおいて、遺伝子は左のパネルと同じ順序である。黄色および青色は、それぞれ、中央値より上および下の発現レベルを示す。中央値からの偏差の大きさは、彩度によって表す。右のパネルにおいて、遺伝子は左のパネルと同じ順序である。試料の系統樹（上部のマトリクス）は、遺伝子発現プロファイルの全体的な類似性を表し、Ｂに拡大する。右側の色のついたバーは、Ｃで拡大する目的の４個の遺伝子クラスターの位置を示す。Ｂ／試料の系統樹。上部、ＢＣ試料（左）および細胞株（右）の系統樹：ＢＣ試料の２つの大きなグループを、クラスタリングにより証明し、破線の橙色の垂線によって区切る。下部、試料の分子サブタイプ（赤、ｂａｓａｌ；青、ｌｕｍｉｎａｌ Ａ；緑、リンパ球細胞株）。ｂａｓａｌおよびｌｕｍｉｎａｌ ＡのＢＣのほぼ完全な分離を参照のこと（ｐ＝１．１３ １０−３６；フィッシャーの正確確率検定）。Ｃ／４個の選択した遺伝子クラスターの拡大図。第１のクラスターは、ＱＴ−クラスタリングによって同定された１６個のキナーゼ遺伝子クラスターである。ｂａｓａｌの試料においてその発現は均一であるが、むしろｌｕｍｉｎａｌ Ａの試料において不均一であることを参照のこと。 図２は、１６個のキナーゼ遺伝子セットに基づくｌｕｍｉｎａｌ ＡのＢＣ試料の２つの予後サブグループの識別および検証を示す。Ａ／１６個のキナーゼ遺伝子を用いた本発明者らの８０個のｌｕｍｉｎａｌ ＡのＢＣの分類。遺伝子は図１Ｃのクラスターと同じ順序である。腫瘍試料は、キナーゼスコア（ＫＳ）の減少に従って左から右に順序付けされている。橙色の破線は、試料の２つの分類、ポジティブＫＳを有するｌｕｍｉｎａｌ Ａｂ（線の左、黒の水平なクラス）とネガティブＫＳを有するｌｕｍｉｎａｌ Ａａ（線の右、青の水平なクラス）とを識別する閾値０を示す。凡例は図１のものと同じである。Ｂ／本発明者らのｌｕｍｉｎａｌ Ａａ（Ｌ．Ａａ）、ｌｕｍｉｎａｌ Ａｂ（Ｌ．Ａｂ）およびｂａｓａｌ（Ｂ．）の乳癌の系列におけるＫａｐｌａｎ−Ｍｅｉｅｒ無再発生存率。ｂａｓａｌ ｍｅｄｕｌｌａｒｙ乳癌は生存解析から除いた。ｐ値をｌｏｇ−ｒａｎｋ検定を用いて計算する。Ｃ／１６個のキナーゼ遺伝子を用いた３つの公開データセット：Ｗａｎｇら［１５］、Ｌｏｉら［１６］、ｖａｎ ｄｅ Ｖｉｊｖｅｒら［１４］からのｌｕｍｉｎａｌ ＡのＢＣの分類。凡例は図２Ａと同じである。Ｄ／３つのプールしたｌｕｍｉｎａｌ Ａａ（Ｌ．Ａａ）、ｌｕｍｉｎａｌ Ａｂ（Ｌ．Ａｂ）およびｂａｓａｌ（Ｂ．）の乳癌の系列におけるＫａｐｌａｎ−Ｍｅｉｅｒ無再発生存率。凡例は図２Ｂと同じである。 図３は、乳癌のキナーゼスコアを示す。Ａ／１２２２個の腫瘍全てにわたる各分子サブタイプ（左）および各ｌｕｍｉｎａｌ Ａサブグループ（右）におけるキナーゼスコア（ＫＳ）のボックスプロット。中央値および範囲を示す。ＮＡは指定されたサブタイプを１つも有さない試料を意味する。ボックスプロットの下は、各サブタイプについての５年ＲＦＳおよび各サブタイプにおける各ＫＳに基づいたサブタイプについての５年ＲＦＳである。髄様乳癌（ｍｅｄｕａｌｌａｒｙ ｂｒｅａｓｔ ｃａｎｃｅｒ）−全てのｂａｓａｌおよび１つのｎｏｒｍａｌ−ｌｉｋｅは生存解析から除いた。ｐ値はｌｏｇ−ｒａｎｋ検定を用いて計算する。Ｂ／キナーゼスコア（ＫＳ）に基づいた１２２２個の腫瘍の分類。試料の分子サブタイプは、以下：ｌｕｍｉｎａｌ Ａａについてダークブルー、ｌｕｍｉｎａｌ Ａｂについて黒、ｌｕｍｉｎａｌ Ｂについてライトブルー、ＥＲＢＢ２過剰発現についてピンク、ｂａｓａｌについて赤、ｎｏｒｍａｌ−ｌｉｋｅについて緑、および指定されていないものについて白として示す。試料は、それらのＫＳの増加に従って左から右に順序付けられる。 図４は、乳癌の系列の遺伝子発現プロファイリングおよびそれらの分子サブタイプの分類を示す。Ａ／２２７個のＢＣ試料（９１個のｌｕｍｉｎａｌ Ａ、および６７個のｂａｓａｌ、ならびに他のサブタイプ；左のパネル）、および４３５個の固有のキナーゼプローブセットの階層的クラスタリング。各行は遺伝子を表し、各列は試料を表す。単一の試料における各遺伝子の発現レベルを、２２７個のＢＣ試料にわたる、その中央値の量と比較し、下部に示すカラースケールに従って描写する。右のパネルにおいて、遺伝子は左のパネルと同じ順序である。赤および緑は、それぞれ、平均より上および下の発現レベルを示す。中央値からの偏差の大きさは彩度によって表す。右のパネルにおいて、遺伝子は左のパネルと同じ順序である。試料の系統樹（上のマトリクス）は、遺伝子発現プロファイルにおける全体の類似性を表し、Ｂで拡大する。右側の色付けしたバーは、Ｃで拡大した目的の１１個の遺伝子クラスターの位置を示す。Ｂ／試料の系統樹。上部、ＢＣ試料の系統樹（左）および細胞株（右）：ＢＣ試料の２つの大きなグループを、クラスタリングにより証明し、破線の橙色の垂線によって区切る。下部、試料の分子サブタイプ（赤、ｂａｓａｌ；青、ｌｕｍｉｎａｌ Ａ；緑、リンパ球細胞株）。 図５は、平衡化した増殖および分化の連続性におけるｂａｓａｌおよびｌｕｍｉｎａｌサブタイプの概略図である。大部分の増殖性乳癌はｂａｓａｌのものであるが、ほとんどの分化はｌｕｍｉｎａｌ Ａａの腫瘍である。上部は、ｌｕｍｉｎａｌの分化および生物学に重要な記載した転写因子である。水平線は適切な処置を提案している。

乳癌（ＢＣ）は、異なる予後を有する様々な分子サブタイプからなる異種性疾患である。しかしながら、ｌｕｍｉｎａｌ Ａなどの一部のサブタイプ内で進行を予測することが困難なままであり、処置が適切になされていない。予後の分類および新規治療標的の同定の改善が必要とされる。オリゴヌクレオチドマイクロアレイを用いて、本発明者らは２２７個のＢＣをプロファイルした。本発明者らは、反対の予後を有する２つの主要なＢＣサブタイプ、ｌｕｍｉｎａｌ Ａ（ｎ＝８０）およびｂａｓａｌ（ｎ＝５８）、ならびにプロテインキナーゼをコードする遺伝子に対する本発明者らの解析に焦点を当てている。完全なキノーム発現はｌｕｍｉｎａ Ａとｂａｓａｌの腫瘍とを識別した。セリン／スレオニンキナーゼをコードする１６個の遺伝子の発現（キナーゼスコアＫＳによって測定した）は、ｌｕｍｉｎａｌ Ａの腫瘍：良好な予後のＡａ、および不良な予後のＡｂの２つのサブグループを識別する有糸分裂に関与した。この分類およびその予後の効果を、異なるマイクロアレイプラットフォームにわたってプロファイルした３つの独立した系列からの２７６個のｌｕｍｉｎａｌ Ａの症例において検証した。分類は、試行セットおよび検証セットの両方で、単変量および多変量解析において現在の予後要因より優れていた。ｌｕｍｉｎａｌ Ａａの腫瘍と比較して高い有糸分裂活性によって特徴付けられるｌｕｍｉｎａｌ Ａｂのサブグループは、ｌｕｍｉｎａｌ Ａａのサブグループとｌｕｍｉｎａｌ Ｂのサブグループとの間の臨床的特徴およびＫＳの中間値を示し、これは、ｌｕｍｉｎａｌの腫瘍における連続性を示唆する。一部の有糸分裂キナーゼの特徴は、研究下での治療標的を示す。不良な予後のｌｕｍｉｎａｌ Ａの症例の同定は、適切な処置を選択するのに役立たなければならず、関連するキナーゼセットの同定は潜在的な標的を提供する。

本発明者らの研究は、ｌｕｍｉｎａｌ Ａおよびｂｃの癌のキノームに焦点を当てており、その癌の生物学と治療に対する関連性は十分に確立されている（Ｍａｎｎｉｎｇ Ｇ，Ｗｈｙｔｅ ＤＢ，Ｍａｒｔｉｎｅｚ Ｒ，Ｈｕｎｔｅｒ Ｔ，Ｓｕｄａｒｓａｎａｍ Ｓ．Ｔｈｅ ｐｒｏｔｅｉｎ ｋｉｎａｓｅ ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔ ｏｆ ｔｈｅ ｈｕｍａｎ ｇｅｎｏｍｅ．Ｓｃｉｅｎｃｅ ２００２；２９８；１９１２−３４［８］）。本発明者らの見解によれば、これは、プロファイリングの最初の研究であり、ｂｃにおけるキナーゼ遺伝子の独占的かつ包括的な解析である。

（乳癌のキノームはｌｕｍｉｎａｌ Ａとｂａｓａｌのサブタイプとの間で相違する）
予備的な段階として、本発明者らは、４３５個のキナーゼ遺伝子に対して階層的クラスタリングを適用した。本発明者らは、ｌｕｍｉｎａｌ Ａとｂａｓａｌの腫瘍が、異なる全体的なキノーム発現パターンを有し、ｌｕｍｉｎａｌ Ａの腫瘍内である程度の転写が不均一となることを見出した。この観測は、多くのキナーゼの異なる発現を示唆し、その結果として、２つのサブタイプ間の異なるリン酸化反応プログラムを示唆している。全体的なクラスタリングにより、ｂａｓａｌの試料における増殖クラスターおよびｌｕｍｉｎａｌ Ａの試料における分化クラスターの過剰発現をする、細胞プロセス（増殖、分化）または細胞タイプ（免疫反応）に対応する広範な一貫したキナーゼクラスターが明らかにされた。

（有糸分裂キナーゼはｌｕｍｉｎａｌ Ａの乳癌の２つのサブグループを同定する）
興味深いことに、それらの発現に基づいたキナーゼスコア（ＫＳ）は、異なる生存率を有するｌｕｍｉｎａｌＡの腫瘍（ＡａおよびＡｂ）の２つのサブグループを識別した。本発明者らの腫瘍系列において同定されたので、この分類およびその予後の効果を、異なるマイクロアレイプラットフォームにわたってプロファイルされた３つの独立した系列からの２７６個のｌｕｍｉｎａｌ Ａの症例において検証した。重要なことに、ＫＳは、試行および検証セットの両方で、単変量および多変量において現在の予後要因より優れていた。

分子機能および生物学的プロセスの解析により、このキナーゼの特徴の予後的重要性が主に増殖に関連することが明らかにされた。実際に、１６個の遺伝子は、細胞周期のＧ２期およびＭ期に関連するキナーゼをコードする。オーロラ（Ａｕｒｏｒａ）−Ａおよび−Ｂは、それぞれ有糸分裂および細胞質分裂を調節する２つの主要なキナーゼである。ＢＵＢ１（ベンズイミダゾールによって阻害される出芽）、ＢＵＢ１Ｂ、ＣＨＥＫ１（チェックポイントキナーゼ１）、ＰＬＫ１（ｐｏｌｏ−ｌｉｋｅキナーゼ１）、ＮＥＫ２（ｎｅｖｅｒ ｉｎ ｍｉｔｏｓｉｓ ｋｉｎａｓｅ２）およびＴＴＫ／ＭＰＳ１は、種々の細胞分裂チェックポイントにおいて主要な役割を果たす。ＰＬＫ４（ｐｏｌｏ−ｌｉｋｅキナーゼ４）は中心小体複製に関与する。ＣＤＣ２／ＣＤＫ１は、有糸分裂サイクリンに関連する細胞周期機構の主要な成分である。ＣＤＣ７、ＭＥＬＫ（母系胚性ロイシンジッパーキナーゼ）およびＶＲＫ１（ワクシニア関連キナーゼ１）は、Ｓ／Ｇ２およびＧ２／Ｍ遷移の調節因子である。ＳＲＰＫ１はスプライシングを調節する。ＭＡＳＴＬおよびＰＢＫキナーゼについてはほとんど知られていない。

悪性度（Ｓｏｔｉｒｉｏｕ Ｃ，Ｗｉｒａｐａｔｉ Ｐ，Ｌｏｉ Ｓら，Ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｐｒｏｆｉｌｉｎｇ ｉｎ ｂｒｅａｓｔ ｃａｎｃｅｒ：ｕｎｄｅｒｓｔａｎｄｉｎｇ ｔｈｅ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｂａｓｉｓ ｏｆ ｈｉｓｔｏｌｏｇｉｃ ｇｒａｄｅ ｔｏ ｉｍｐｒｏｖｅ ｐｒｏｇｎｏｓｉｓ．Ｊ Ｎａｔｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔ ２００６；９８：２６２−７２；Ｉｖｓｈｉｎａ ＡＶ，Ｇｅｏｒｇｅ Ｊ，Ｓｅｎｋｏ Ｏら，Ｇｅｎｅｔｉｃ ｒｅｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｈｉｓｔｏｌｏｇｉｃ ｇｒａｄｅ ｄｅｌｉｎｅａｔｅｓ ｎｅｗ ｃｌｉｎｉｃａｌ ｓｕｂｔｙｐｅｓ ｏｆ ｂｒｅａｓｔ ｃａｎｃｅｒ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ２００６；６６：１０２９２−３０１［１８，１９］）または増殖（Ｄａｉ Ｈ，ｖａｎ’ｔ Ｖｅｅｒ Ｌ，Ｌａｍｂ Ｊら，Ａ ｃｅｌｌ ｐｒｏｌｉｆｅｒａｔｉｏｎ ｓｉｇｎａｔｕｒｅ ｉｓ ａ ｍａｒｋｅｒ ｏｆ ｅｘｔｒｅｍｅｌｙ ｐｏｏｒ ｏｕｔｃｏｍｅ ｉｎ ａ ｓｕｂｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ ｏｆ ｂｒｅａｓｔ ｃａｎｃｅｒ ｐａｔｉｅｎｔｓ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ２００５；６５：４０５９−６６［２０］）に関連する予後的遺伝子発現の特徴は、報告されている。本発明者らは、遺伝子リストにおける本発明者らの１６個のキナーゼ遺伝子のうちの８個および１０個が、それぞれ、Ｓｏｔｉｒｉｏｕら（９７個の遺伝子）およびＩｖｓｈｉｎａら（２６４個の遺伝子）によって報告されている悪性度Ｉ対悪性度ＩＩＩのＢＣにおいて異なって発現されることを見出した。これらのキナーゼ遺伝子である、ＡＵＲＫＡ、ＡＵＲＫＢおよびＢＵＢ１は、５０個の細胞周期関連遺伝子［２０］の予後的セットに含まれ、ＡＵＲＫＢは、Ｐａｉｋら（Ｐａｉｋ Ｓ，Ｓｈａｋ Ｓ，Ｔａｎｇ Ｇら，Ａ ｍｕｌｔｉｇｅｎｅ ａｓｓａｙ ｔｏ ｐｒｅｄｉｃｔ ｒｅｃｕｒｒｅｎｃｅ ｏｆ ｔａｍｏｘｉｆｅｎ−ｔｒｅａｔｅｄ，ｎｏｄｅ−ｎｅｇａｔｉｖｅ ｂｒｅａｓｔ ｃａｎｃｅｒ．Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ２００４；３５１：２８１７−２６［２１］）によって規定される再発スコアに含まれる５個の増殖遺伝子のうちの１つである。さらに、増殖は、多くの他の公開された予後的遺伝子発現の特徴の結果の最も顕著な予測因子のようである（Ｄｅｓｍｅｄｔ Ｃ，Ｓｏｔｉｒｉｏｕ Ｃ．Ｐｒｏｌｉｆｅｒａｔｉｏｎ：ｔｈｅ ｍｏｓｔ ｐｒｏｍｉｎｅｎｔ ｐｒｅｄｉｃｔｏｒ ｏｆ ｃｌｉｎｉｃａｌ ｏｕｔｃｏｍｅ ｉｎ ｂｒｅａｓｔ ｃａｎｃｅｒ．Ｃｅｌｌ Ｃｙｃｌｅ ２００６；５：２１９８−２０２［２２］）。増殖と本発明者らの特徴とのこの関連性はまた、有糸分裂の指標に部分的に基づいた組織学的悪性度でサブグループ化する、本発明者らのｌｕｍｉｎａｌ Ａとの関係性を説明する。しかし、興味深いことに、Ｋｉ６７と悪性度との比較により、本発明者らの有糸分裂キナーゼの特徴が、これらの腫瘍を同定し、患者の生存を予測する際によりよく役立つことが示された。

（治療標的としての有糸分裂キナーゼ）
細胞増殖の標的化は、抗癌治療戦略の主な目的である。キナーゼは、治療に成功的な標的であることが証明されている。有糸分裂キナーゼは、新規の抗有糸分裂薬を同定するのに焦点を当てられている強力な作用を誘発している。本発明者らの特徴に含まれるそれらのうちの一部は研究下での標的を示す（Ｍｉｇｌａｒｅｓｅ ＭＲ，Ｃａｒｌｓｏｎ ＲＯ．Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ ｎｅｗ ｃａｎｃｅｒ ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ ａｇｅｎｔｓ ｔａｒｇｅｔｉｎｇ ｍｉｔｏｓｉｓ．Ｅｘｐｅｒｔ Ｏｐｉｎ Ｉｎｖｅｓｔｉｇ Ｄｒｕｇｓ ２００６；１５：１４１１−２５［２３］）。例えば、オーロラキナーゼの標的化は、腫瘍を標的化するのに有望な方法である（Ｃａｒｖａｊａｌ ＲＤ，Ｔｓｅ Ａ，Ｓｃｈｗａｒｔｚ ＧＫ．Ａｕｒｏｒａ ｋｉｎａｓｅ：ｎｅｗ ｔａｒｇｅｔｓ ｆｏｒ ｃａｎｃｅｒ ｔｈｅｒａｐｙ．Ｃｌｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ２００６；１２：６８６９−７５［２４］）。４つのオーロラキナーゼ阻害剤の臨床試験は米国および欧州において継続されており、ＭＫ０４５７およびＰＨＡ−７３９３５８はオーロラ−Ａおよびオーロラ−Ｂを阻害し、ＭＬＮ８０５４はオーロラ−Ａを選択的に阻害し、ＡＺＤ１１５２はオーロラ−Ｂを選択的に阻害する。同様に、ＯＮ０１９１０およびＢＩ２５３６などのＰＬＫ１の低分子阻害剤が試験されている（Ｓｔｒｅｂｈａｒｄｔ Ｋ，Ｕｌｌｒｉｃｈ Ａ．Ｔａｒｇｅｔｉｎｇ ｐｏｌｏ−ｌｉｋｅ ｋｉｎａｓｅ１ ｆｏｒ ｃａｎｃｅｒ ｔｈｅｒａｐｙ．Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｃａｎｃｅｒ ２００６；６：３２１−３０［２５］）、ならびにフラボピリドール（サイクリン依存性キナーゼＣＤＣ２の阻害剤）、およびＵＣＮ−０１（ＣＨＥＫ１の阻害剤）。他はほとんど研究されていないが、潜在的な治療標的には、ＴＴＫ、ＢＵＢおよびＮＥＫタンパク質が含まれる（ｄｅ Ｃａｒｃｅｒ Ｇ，ｄｅ Ｃａｓｔｒｏ ＩＰ，Ｍａｌｕｍｂｒｅｓ Ｍ．Ｔａｒｇｅｔｉｎｇ ｃｅｌｌ ｃｙｃｌｅ ｋｉｎａｓｅｓ ｆｏｒ ｃａｎｃｅｒ ｔｈｅｒａｐｙ．Ｃｕｒｒ Ｍｅｄ Ｃｈｅｍ ２００７；１４：９６９−８５［２６］）。

（ｌｕｍｉｎａｌ Ａの乳癌の新規の関連サブグループ）
ｌｕｍｉｎａｌ Ｂの腫瘍と比較した場合のそれらの相対的に良好な予後にもかかわらず、ｌｕｍｉａｎｌ Ａの腫瘍は、一般にホルモン療法を含む処置後に不均一な臨床転帰を示す。異なる種類のホルモン療法、化学療法、および標的化分子療法が利用可能であるので、不都合に進行し得る症例を定義することはなおさら重要である。ｌｕｍｉｎａｌ Ａの腫瘍の本発明者らの不良な予後のサブグループ（Ａｂの症例）は、他のｌｕｍｉｎａｌ Ａの腫瘍（Ａａの症例）と比較して高い有糸分裂活性によって特徴付けられる。これらのキナーゼによって調節される分裂における主要な段階−中心体の複製、紡錘体チェックポイント、微小管−動原体結合、染色体濃縮および分離、細胞質分裂におけるいずれかの誤りは、異数性および進行的な染色体の不安定性を生じる場合がある。このことは、これらの腫瘍の高い悪性度および不良な予後を部分的に説明し得る。

実際に、ｌｕｍｉｎａｌ Ａｂのサブグループは、ｌｕｍｉｎａｌ Ａａのサブグループとｌｕｍｉｎａｌ Ｂのサブタイプとの間の臨床的特徴およびＫＳの中間値を示した。これらのサブグループは、Ｓｏｒｌｉｅの内因性の遺伝子セットによって以前に認識されていなかった。本発明者らはこの発見を以下のように解釈した。内因性セットの使用は、大部分のｌｕｍｉｎａｌ Ｂの癌を識別するが、全ての増殖性の症例を選択できない。小数の症例は、ｌｕｍｉｎａｌ Ａの症例を有するクラスターに存在しており、従って標識されたｌｕｍｉｎａｌ Ａである。全ての増殖性のｌｕｍｉｎａｌの症例を定義するＳｏｒｌｉｅのセットの不良な効果についての説明は、非常に少数のキナーゼを含む、増殖に関与する少数の遺伝子であり得る。本発明者らの有糸分裂キナーゼの特徴により、全ての増殖性のｌｕｍｉｎａｌの症例を同定することが可能となり、高い増殖性（ｌｕｍｉｎａｌ Ｂ）から低い増殖性（ｌｕｍｉｎａｌ Ａａ）までのｌｕｍｉｎａｌの症例の連続性が明らかとなる。相互に、低い分化から高い分化のｌｕｍｉｎａｌ Ｂ、ＡｂおよびＡａを含む、ｌｕｍｉｎａｌ ＢＣの連続性を生じるｌｕｍｉｎａｌの分化の勾配が存在し得る（図３Ｂ）。ホルモン療法に対する最適な反応はｌｕｍｉｎａｌ ＡａのＢＣで得られ、一方、ｌｕｍｉｎａｌ ＢおよびＡｂは、上記の細胞周期および種々のキナーゼを標的化する化学療法剤および／または新規の薬物からの利点を有する。

（材料および方法）
（患者および試料）
合計で２２７個の予め処置した初期の乳癌の試料を、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘマイクロアレイでのＲＮＡプロファイリングのために入手した。それらは、１９９２年〜２００４年の間にＩｎｓｔｉｔｕｔ Ｐａｏｌｉ−ＣａｌｍｅｔｔｅｓおよびＨｏｐｉｔａｌ Ｎｏｒｄ（Ｍａｒｓｅｉｌｌｅ）において初期に外科手術を受けた侵襲性腺癌を有する２２６人の患者から回収した。試料を病理学者によってマクロ解剖し、液体窒素中に取り除いて３０分以内に凍結させた。全てのプロファイルした生検は、６０％以上の腫瘍細胞を含んだ。試料および処置の特徴を、補足的な表１に記載する。

さらに、本発明者らは、乳房組織に見られた細胞タイプについてのモデルを与える８個の細胞株：３個のｌｕｍｉｎａｌ上皮細胞株（ＨＣＣ１５００、ＭＤＡ−ＭＢ−１３４、ＺＲ−７５−３０）、３個のｂａｓａｌ上皮細胞株（ＨＭＥ−１、ＨＭＥＣ由来１８４Ｂ５、ＭＤＡ−ＭＢ−２３１）、および２個のＢ細胞およびＴ細胞リンパ球（それぞれ、ＤａｕｄｉおよびＪｕｒｋａｔｔ）から抽出したＲＮＡをプロファイルした。全ての細胞株はＡＴＣＣ（Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ，ＭＤ−ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ａｔｃｃ．ｏｒｇ／）から得て、推奨されるように増殖させた。

（ＤＮＡマイクロアレイを用いる遺伝子発現プロファイリング）
遺伝子発現解析を、３８，５００の十分に特徴付けられたヒト遺伝子を含む、４７，０００以上の転写産物および変異体を含む、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ Ｕ１３３ Ｐｌｕｓ ２．０ヒトオリゴヌクレオチドマイクロアレイを用いて実施した。合計３μｇのＲＮＡからのｃＲＮＡの調製、ハイブリダイゼーション、洗浄および検出を、供給者（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ）に推奨されるように実施した。走査を、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ ＧｅｎｅＡｒｒａｙスキャナーで実施し、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ ＧＣＯＳソフトウェアで定量化した。ハイブリダイゼーション画像を、人工産物について検査した。

（遺伝子発現データ解析）
発現データを、Ｂｉｏｃｏｎｄｕｃｔｏｒおよび関連パッケージ（Ｉｒｉｚａｒｒｙ ＲＡ，Ｈｏｂｂｓ Ｂ，Ｃｏｌｌｉｎ Ｆら，Ｅｘｐｌｏｒａｔｉｏｎ，ｎｏｒｍａｌｉｚａｔｉｏｎ，ａｎｄ ｓｕｍｍａｒｉｅｓ ｏｆ ｈｉｇｈ ｄｅｎｓｉｔｙ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ａｒｒａｙ ｐｒｏｂｅ ｌｅｖｅｌ ｄａｔａ．Ｂｉｏｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ ２００３；４：２４９−６４［１２］）を用いて、ＲソフトウェアにおいてＲＭＡ（Ｒｏｂｕｓｔ Ｍｕｌｔｉｃｈｉｐ Ａｖｅｒａｇｅ）法（Ｂｒｉａｎ Ｄ．Ｒｉｐｌｅｙ．Ｔｈｅ Ｒ ｐｒｏｊｅｃｔ ｉｎ ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ ｃｏｍｐｕｔｉｎｇ．ＭＳＯＲ Ｃｏｎｎｅｃｔｉｏｎｓ．Ｔｈｅ ｎｅｗｓｌｅｔｔｅｒ ｏｆ ｔｈｅ ＬＴＳＮ Ｍａｔｈｓ，Ｓｔａｔｓ ＆ ＯＲ Ｎｅｔｗｏｒｋ．，１（１）：２３−２５，２００１年２月［２８］およびｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｒ−ｐｒｏｊｅｃｔ．ｏｒｇ／ｄｏｃ／ｂｉｂ／Ｒ−ｏｔｈｅｒ＿ｂｉｂ．ｈｔｍｌ＃Ｒ：Ｒｉｐｌｅｙ：２００１）によって解析した。解析の前に、フィルター処理により、２２７個の全ての乳癌組織試料において１００ユニットより低い発現値によって規定される低く不十分な測定された発現の遺伝子をデータセットから除き、３１１８９個の遺伝子／ＥＳＴが残った。

教師なし階層的クラスタリングの前に、第２のフィルターにより、０．５ ｌｏｇ２ユニット（この低範囲における発現変化の差異は信頼できないため、ＳＤの計算についてのみ、値は１００に落とした（ｆｌｏｏｒｅｄ）より低い標準偏差（ＳＤ）によって規定される２２７個の試料にわたる低発現の変化量を示す遺伝子を除き、１４４８６個の遺伝子／ＥＳＴが残った。次いで、データをｌｏｇ２変換し、遺伝子の中央値中心データ、距離および重心の相関クラスタリングの類似性としてピアソン（Ｐｅａｒｓｏｎ）の相関係数を用いて、クラスタープログラム（Ｅｉｓｅｎ ＭＢ，Ｓｐｅｌｌｍａｎ ＰＴ，Ｂｒｏｗｎ ＰＯ，Ｂｏｔｓｔｅｉｎ Ｄ．Ｃｌｕｓｔｅｒ ａｎａｌｙｓｉｓ ａｎｄ ｄｉｓｐｌａｙ ｏｆ ｇｅｎｏｍｅ−ｗｉｄｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｐａｔｔｅｒｎｓ．Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ １９９８；９５：１４８６３−８［１３］）にかけた。結果を、ＴｒｅｅＶｉｅｗプログラム［１３］を用いて表示した。Ｑｕａｌｉｔｙ Ｔｈｒｅｓｈｏｌｄ（ＱＴ）クラスタリングにより、階層的クラスタリングの中で高い相互関連した発現パターンを有する遺伝子セットを同定する。これを、ＴｒｅｅＶｉｅｗプログラム［１３］を用いてキナーゼプローブセットならびにｂａｓａｌおよびｌｕｍｉｎａｌ Ａの腫瘍に適用した。最小のクラスターサイズおよび最小の相関関係についてのカットオフはそれぞれ、１５および０．７であった。遺伝子クラスターは、生物学的経路および機能の重要な表現を評価するためにＩｎｇｅｎｕｉｔｙソフトウェア（Ｒｅｄｗｏｏｄ Ｃｉｔｙ，ＣＡ，ＵＳＡ）を用いて検索した。

（キナーゼコードプローブセットの定義）
Ｍａｎｎｉｎｇら［８］によって確立されたキノームデータベースを、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ Ｇｅｎｅｃｈｉｐ Ｕ１３３ Ｐｌｕｓ ２．０からキナーゼコード遺伝子を抽出するための基準として使用した。まず、ＨＵＧＯ（Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｏｍｅ Ｏｒｇａｎｉｓａｔｉｏｎ）シンボルの注釈は、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘチップおよびキノームで示された遺伝子間で必ずしも対応しなかったので、本発明者らは、相互参照としてｍＲＮＡ受託番号を使用した。キノームのｃＤＮＡ配列を、ＢＬＡＳＴｎを用いてＵｎｉｇｅｎｅデータベースの代表的なｍＲＮＡ配列と比較し、それらの配列の間のアラインメントを得た。正確に適合した全てのｍＲＮＡを保有し、それらの受託番号を３１のものと比較し、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘによって１８９個の選択されたプローブセットが与えられた。第２に、一部のキナーゼ遺伝子を、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘチップ上でいくつかのプローブセットにより表した。これは、ＱＴ−クラスタリングによって解析するための遺伝子グループの重量のバイアスを導入できる。これらの場合において、拡張＜＜＿ａｔ＞＞、次に＜＜ｓ＿ａｔ＞＞を有するプローブセット、続いて、全ての他の拡張を優先的に維持した。最適な拡張を有するいくつかのプローブセットが利用可能である場合、最も高い中央値を有するものを保有した。５１８個のキナーゼの初期のリストから、本発明者らは、最終的に、４３５個のキナーゼ遺伝子を表す４３５個のプローブセットを保有した。

（公開データセットの収集）
他のＢＣ試料における本発明者らの多重遺伝子の特徴の機能を試験するために、本発明者らは、３つの主要な公的に利用可能なデータセット：ｖａｎ ｄｅ Ｖｉｊｖｅｒら（ｖａｎ ｄｅ Ｖｉｊｖｅｒ ＭＪ，Ｈｅ ＹＤ，ｖａｎ’ｔ Ｖｅｅｒ ＬＪら，Ａ ｇｅｎｅ−ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｓｉｇｎａｔｕｒｅ ａｓ ａ ｐｒｅｄｉｃｔｏｒ ｏｆ ｓｕｒｖｉｖａｌ ｉｎ ｂｒｅａｓｔ ｃａｎｃｅｒ．Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ２００２；３４７：１９９９−２００９［１４］）、ＮＣＢＩ／Ｇｅｎｂａｎｋ ＧＥＯデータベース（ｓｅｒｉｅｓ ｅｎｔｒｙ ＧＳＥ２０３４）から収集したＷａｎｇら、Ｗａｎｇ Ｙ．Ｋｌｉｊｎ ＪＧ，Ｚｈａｎｇ Ｙら，Ｇｅｎｅ−ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｐｒｏｆｉｌｅｓ ｔｏ ｐｒｅｄｉｃｔ ｄｉｓｔａｎｔ ｍｅｔａｓｔａｓｉｓ ｏｆ ｌｙｍｐｈ−ｎｏｄｅ−ｎｅｇａｔｉｖｅ ｐｒｉｍａｒｙ ｂｒｅａｓｔ ｃａｎｃｅｒ．Ｌａｎｃｅｔ ２００５；３６５：６７１−９（Ｗａｎｇ Ｙ，Ｋｌｉｊｎ ＪＧ，Ｚｈａｎｇ Ｙら，Ｇｅｎｅ−ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｐｒｏｆｉｌｅｓ ｔｏ ｐｒｅｄｉｃｔ ｄｉｓｔａｎｔ ｍｅｔａｓｔａｓｉｓ ｏｆ ｌｙｍｐｈ−ｎｏｄｅ−ｎｅｇａｔｉｖｅ ｐｒｉｍａｒｙ ｂｒｅａｓｔ ｃａｎｃｅｒ．Ｌａｎｃｅｔ ２００５；３６５：６７１−９［１５］）、ならびにＮＣＢＩ／Ｇｅｎｂａｎｋ ＧＥＯデータベース（ｓｅｒｉｅｓ ｅｎｔｒｙ ＧＳＥ６５３２）から収集したＬｏｉら（Ｌｏｉ Ｓ，Ｈａｉｂｅ−Ｋａｉｎｓ Ｂ，Ｄｅｓｍｅｄｔ Ｃら，Ｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎ ｏｆ ｃｌｉｎｉｃａｌｌｙ ｄｉｓｔｉｎｃｔ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｓｕｂｔｙｐｅｓ ｉｎ ｅｓｔｒｏｇｅｎ ｒｅｃｅｐｔｏｒ−ｐｏｓｉｔｉｖｅ ｂｒｅａｓｔ ｃａｒｃｉｎｏｍａｓ ｔｈｒｏｕｇｈ ｇｅｎｏｍｉｃ ｇｒａｄｅ．Ｊ Ｃｌｉｎ Ｏｎｃｏｌ ２００７；２５：１２３９−４６［１６］）を解析した。各データセットの解析を、いくつかの連続工程：共有の内因性遺伝子セットに基づいた分子サブタイプの同定、本発明者らと共通のキナーゼ遺伝子セットの同定、続いて、ｌｕｍｉｎａｌ Ａの試料についてのキナーゼスコア（以下参照）の計算において行った。解析のために使用した本発明者らの系列および公開されている系列からのｌｕｍｉｎａｌ Ａの試料の臨床データを、補足的な表３に示す。

補足的な表３において、Ｌｏｉらは、Ｌｏｉ Ｓ，Ｈａｉｂｅ−Ｋａｉｎｓ Ｂ，Ｄｅｓｍｅｄｔ Ｃら，Ｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎ ｏｆ ｃｌｉｎｉｃａｌｌｙ ｄｉｓｔｉｎｃｔ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｓｕｂｔｙｐｅｓ ｉｎ ｅｓｔｒｏｇｅｎ ｒｅｃｅｐｔｏｒ−ｐｏｓｉｔｉｖｅ ｂｒｅａｓｔ ｃａｒｃｉｎｏｍａｓ ｔｈｒｏｕｇｈ ｇｅｎｏｍｉｃ ｇｒａｄｅ．Ｊ Ｃｌｉｎ Ｏｎｃｏｌ ２００７；２５：１２３９−４６［１６］を指し、ｖｄＶらは、Ｖａｎ ｄｅ Ｖｉｊｖｅｒ ＭＪ，Ｈｅ ＹＤ，ｖａｎ’ｔ Ｖｅｅｒ ＬＪら，Ａ ｇｅｎｅ−ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｓｉｇｎａｔｕｒｅ ａｓ ａ ｐｒｅｄｉｃｔｏｒ ｏｆ ｓｕｒｖｉｖａｌ ｉｎ ｂｒｅａｓｔ ｃａｎｃｅｒ．Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ２００２；３４７：１９９９−２００９［１４］を指し、そしてＷａｎｇらは、Ｗａｎｇ Ｙ，Ｋｌｉｊｎ ＪＧ，Ｚｈａｎｇ Ｙら，Ｇｅｎｅ−ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｐｒｏｆｉｌｅｓ ｔｏ ｐｒｅｄｉｃｔ ｄｉｓｔａｎｔ ｍｅｔａｓｔａｓｉｓ ｏｆ ｌｙｍｐｈ−ｎｏｄｅ−ｎｅｇａｔｉｖｅ ｐｒｉｍａｒｙ ｂｒｅａｓｔ ｃａｎｃｅｒ．Ｌａｎｃｅｔ ２００５；３６５：６７１−９［１５］を指す。

（統計的解析）
本発明者らは、１６個のキナーゼ遺伝子の発現レベルに基づいたキナーゼスコア（ＫＳ）と呼ばれるスコアを定義した。それは、以下

のように定義した。式中、ＡおよびＢは正規化パラメータを表し、これは異なるデータセット間で比較できるようにし、ｎは利用可能なキナーゼ遺伝子（７個〜１６個）の数であり、ｘｉは腫瘍ｉにおける対数遺伝子発現レベルである。カットオフ値０を用いて、各腫瘍を、低スコア（ＫＳ＜０、すなわち、１６個のキナーゼ遺伝子の全体の低い発現）または高スコア（ＫＳ＞０、すなわち、１６個のキナーゼ遺伝子の全体の強い発現）に割り当てた。本発明において、利用可能なキナーゼ遺伝子の数、すなわちｎは１個〜１６個である。

統計的解析に含まれる試料（ｌｕｍｉｎａｌ Ａのサブタイプ）は、免疫組織化学（ＩＨＣ）を用いて規定した場合、ＥＲおよび／またはＰＲ陽性であった。本発明者らは、ＥＲおよびＰＲのｍＲＮＡ発現レベルに基づいた２つの質的変数を導入した（ＥＳＲ１エストロゲン受容体１プローブセット２０５２２５＿ａｔおよびＰＧＲプロゲステロン受容体プローブセット２０８３０５＿ａｔ）：ＥＳＲ１またはＰＧＲ−高または低を規定するためのカットオフは、対応するプローブセットの中央値の発現レベルであった。２つのプローブセットを、同じ上記の基準を用いることによって選択した。

試料グループと組織臨床的因子との間の相関関係を、別個のカテゴリーで質的変数についてフィッシャーの正確確率検定、および連続的な可変物についてウィルコクソン検定を用いて計算した。追跡を、再発しない患者についての最後の知らせの日までの診断のデータから測定した。無再発生存率（ＲＦＳ）を、Ｋａｐｌａｎ−Ｍｅｉｅｒ法を用いて、その位置（部位、局部または遠位置）にかかわらず、最初の再発の日まで、診断のデータから計算し、ｌｏｇ−ｒａｎｋ検定を用いてグループ間を比較した。単変量および多変量解析を、Ｃｏｘ回帰分析を用いて実施した。ｐ値はｌｏｇ−ｒａｎｋ検定に基づき、１つ以上の失ったデータを有する患者を除いた。全ての統計的検定を、５％レベルの有意性にて両側で行った。統計的解析を、Ｒソフトウェア（バージョン２．４．１−ｗｗｗ．ｃｒａｎ．ｒ−ｐｒｏｊｅｃｔ．ｏｒｇ）において生存パッケージ（バージョン２．３０）を用いて行った。

（結果）
（乳癌および分子サブタイプの遺伝子発現プロファイリング）
合計で２２７個の試料を、全ゲノムＤＮＡマイクロアレイを用いてプロファイルした。階層的クラスタリングを、全ての試料にわたって発現レベルにおいて有意なバリエーションを有する１４，４８６個の遺伝子／ＥＳＴに適用した（補足的な表１）。試料のクラスターおよび遺伝子のクラスターを同定し、事前に認識されるグループに表した（Ｂｅｒｔｕｃｃｉ Ｆ，Ｆｉｎｅｔｔｉ Ｐ，Ｃｅｒｖｅｒａ Ｎら，Ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｐｒｏｆｉｌｉｎｇ ｓｈｏｗｓ ｍｅｄｕｌｌａｒｙ ｂｒｅａｓｔ ｃａｎｃｅｒ ｉｓ ａ ｓｕｂｇｒｏｕｐ ｏｆ ｂａｓａｌ ｂｒｅａｓｔ ｃａｎｃｅｒｓ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ２００６；６６：４６３６−４４［１７］）。本発明者らは、その他［２−４］で報告されている５つの分子サブタイプもまた、内因性の５００個の遺伝子セットに共通している４７６個の遺伝子を用いることによって、本発明者らの試料の系列に存在しているかどうかを調べた。本発明者らは以前に、同じ５つの分子サブタイプ［１７］を識別するＳｏｒｌｉｅらからの１２２個の試料におけるそれらの４７６個の遺伝子についての利用可能なＲＮＡ発現データのクラスタリングを示し、全ての内因性遺伝子セットに規定されたものを含む９６％の一致を有する本発明者らの遺伝子セット（以下に設計した重心）についての各サブタイプの典型的な発現プロファイルの定義を可能にした。本発明者らは、各重心を有する本発明者らの２２７個の組織試料の各々のピアソンの相関係数を測定した。最も高い係数は、０．１５の最小閾値を有するサブタイプを規定した。サブタイプを補足的な表１においてカラーコードした。それらは９１個のｌｕｍｉｎａｌ Ａの試料、および６７個のｂａｓａｌの試料、ならびに他のサブタイプを含んだ。

（全キノーム発現プロファイリングは、ｂａｓａｌとｌｕｍｉｎａｌ Ａの乳癌とを識別する）
本発明者らは、発現差異が臨床転帰に関連するキナーゼ遺伝子を同定することを望んだ。本発明者らは、反対の予後を有するＢＣの２つの主要なサブタイプ、ｂａｓａｌとｌｕｍｉｎａｌ Ａのサブタイプの解析に焦点を当てた。本発明者らの細分類から、本発明者らは、８０個のｌｕｍｉｎａｌ Ａおよび５８個のｂａｓａｌのＢＣを含む、利用可能な全ての組織臨床的注釈を有する１３８個のＢＣ試料の系列を選択した。本発明者らは、質および信頼性を同時に満たすように、４３５個のキナーゼについて合計で４３５個の固有のＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘプローブセットを同定した（補足的な表４）。

階層的クラスタリング解析を、これらのプローブセットならびに１３８個のＢＣおよび８個の細胞株に適用した（図１Ａ）。腫瘍は異種発現プロファイルを示した。それらを２つの大きなクラスターに分類し、その２つの大きなクラスターは、左のクラスターにおいてｂａｓａｌのＢＣのものを除いて、および右のクラスターにおいてｌｕｍｉｎａｌ ＡのＢＣのものを除いて、ほぼ完全に分子サブタイプと相関した（図１Ｂ）。視覚的検査により、２つの主なグループ内の試料のほとんどの細分に関与する関連遺伝子の少なくとも４つのクラスターが明らかになった。それらを図１Ｃに拡大する。第１のクラスターは、細胞周期および有糸分裂に関与する遺伝子において高かった。それは、ｌｕｍｉｎａｌ Ａの腫瘍と比較してｂａｓａｌ全体において、および癌組織試料と比較して細胞株において過剰発現した。第２の遺伝子クラスターは、免疫反応に関与する多くの遺伝子を含んだ。それは、ｌｕｍｉｎａｌ Ａおよびｂａｓａｌの腫瘍の両方において不均一のレベルで発現し、上皮細胞株と比較してリンパ球細胞株において過剰発現した。第３および第４のクラスターは、ｂａｓａｌ ＢＣの試料と比較してｌｕｍｉｎａｌ Ａ全体において非常に過剰発現した。第３のクラスターは、ＴＧＦβシグナル伝達および膜貫通チロシンキナーゼ受容体に関与する遺伝子を含んだ。Ｉｎｇｅｎｕｉｔｙソフトウェア（Ｉｎｇｅｎｕｉｔｙ Ｐａｔｈｗａｙ Ａｎａｌｙｓｉｓ ｖ５，ｗｗｗ．ｉｎｇｅｎｕｉｔｙ．ｃｏｍ）を用いる遺伝子オントロジー解析により、第１のクラスターにおいて「細胞周期」（ｐ＝４．６Ｅ−０７）ならびに「ＤＮＡ複製、組み換え、および修復」（ｐ＝６．１Ｅ−０５）、第２のクラスターにおいて「免疫反応」（ｐ＝８．１Ｅ−１０）ならびに「細胞成長および増殖」（ｐ＝８．１Ｅ−１０）、第３のクラスターにおいて「腫瘍形態学」（ｐ＝２．２Ｅ−０４）ならびに「神経系進行および機能」の機能の有意な過剰出現（右側フィッシャーの正確検定）を有するこれらのデータを確認した。標準経路の解析により、第１、第２および第３のクラスターにおいて、それぞれ、「細胞周期のＧ２／Ｍ遷移」（ｐ＝６．８Ｅ−０８）「ＮＦＫＢ（核内因子κ−Ｂ）シグナル伝達経路」（ｐ＝１．３Ｅ−０４）および「ＴＧＦβ（腫瘍増殖因子β）シグナル伝達経路」（ｐ＝４Ｅ−０３）の過剰出現が示された。相関関係は、それらの遺伝子クラスターと、９個のキナーゼファミリー（ＡＧＣ（環状ヌクレオチド調節プロテインキナーゼおよび近い関連ファミリー）、ＣＡＭＫ（Ｃａ^２＋／ＣａＭおよび近い関連ファミリーによって調節されるキナーゼ）、ＣＫ１（サイクリンキナーゼ）、ＣＭＧＣ（サイクリン依存性キナーゼ（ＣＤＫ）および近い関連ファミリー）、ＲＧＣ（受容体グアニル酸シクラーゼ）、ＳＴＥ（ＭＡＰキナーゼカスケードに関与するプロテインキナーゼ）、ＴＫ（チロシンキナーゼおよび近い関連ファミリー）、ＴＫＬ（ｌｃｋ−リンパ球特異的プロテインチロシンキナーゼに関連するチロシンキナーゼ）およびＡｔｙｐｉｃａｌ）または遺伝子の染色体位置との間に見出された。

これらの結果により、キナーゼ遺伝子発現は、ｂａｓａｌとｌｕｍｉｎａｌ ＡのＢＣとの間で非常に異なることが示唆される。

（キナーゼ遺伝子発現はｌｕｍｉｎａｌ Ａの乳癌の２つのサブグループを識別する）
図１に示すように、ｂａｓａｌのＢＣはむしろ均一なクラスターを構成するが、ｌｕｍｉｎａｌ ＡのＢＣはより不均一であった。ｂａｓａｌおよびｌｕｍｉｎａｌのＢＣは、遺伝子のクラスターの発現差異によって識別された。ＱＴクラスタリングを用いることによって、本発明者らは、上記の第１のクラスターに対応する識別（図１Ｂ）に主に関与する有意な単一のクラスターを同定した。それは、１６個のキナーゼ遺伝子（表１）を含み、全てのｂａｓａｌのＢＣおよび一部のｌｕｍｉｎａｌ Ａの試料において過剰発現し、ほとんどのｌｕｍｉｎａｌ Ａの試料において過少発現した（図１Ｂ）。

ｌｕｍｉｎａｌ Ａの腫瘍のこの下位区分は、本発明者らが、それらの各々について、それらの１６個の遺伝子の発現レベルに基づくキナーゼスコア（ＫＳ）を規定することを可能とする。カットオフ０の同定した２つの腫瘍グループ：ネガティブスコアを有するｌｕｍｉｎａｌ ＡのＢＣを含むグループ（以後Ａａと指定した）およびポジティブスコアを有するｌｕｍｉｎａｌ ＡのＢＣを含むグループ（以後Ａｂと指定した；図２Ａ）。ｌｕｍｉｎａｌ Ａａは、ｌｕｍｉｎａｌ Ａの症例の３分の２を構成し、ｌｕｍｉｎａｌ ＡｂのＢＣは残りの３分の１を構成する。

ｌｕｍｉｎａｌ ＡｂのＢＣにおいて過剰発現した１６個の遺伝子によってコードされたタンパク質（表１）は、細胞周期の後期の調節に関与する全てのセリン／スレオニンキナーゼ（セリン／アルギニンキナーゼであるＳＲＰＫ１を除いて）であり、有糸分裂に関連するｌｕｍｉｎａ Ａｂの腫瘍が転写プログラムを示すことが示唆される。

（ｌｕｍｉｎａｌ Ａの乳癌の２つのサブグループの特徴および予後）
２つのｌｕｍｉｎａｌ Ａのサブグループの組織臨床的特徴を表３に示す。顕著に、それらはほとんどの特徴を共有しているが、Ａｂのサブグループにおいて悪性度ＩＩＩおよびＡａのサブグループにおいて悪性度Ｉ−ＩＩを有するＳＢＲ悪性度に従って異なった。Ｋｉ６７発現は、ＡｂとＡａの症例を識別しなかったが、ｌｕｍｉｎａｌ Ａｂの４分の３はＫｉ６７陽性であった。結論として、悪性度以外にＡａとＡｂのＢＣを識別できる因子はない。

本発明者らは、患者、すなわちｂａｓａｌ、ｌｕｍｉｎａｌ Ａａおよびｌｕｍｉｎａｌ ＡｂのＢＣを有する患者の３つのグループの生存を比較した。本発明者らは、良好な予後を与えることが公知であるｂａｓａｌ ｍｅｄｕｌｌａｒｙの乳癌を解析から除外した。診断後の５５ヶ月の追跡の中央値を用いて、５年無再発生存率（ＲＦＳ；図２Ｂ）は、ｌｕｍｉｎａｌ Ａａの腫瘍（５３個の試料、８３％ＲＦＳ）を有する患者で最適であり、ｌｕｍｉｎａｌ Ａｂの腫瘍（２７個の試料、６５％ＲＦＳ）を有する患者およびｂａｓａｌのＢＣ（４３個の試料、６２％ＲＦＳ；ｐ＝０．０３１、ｌｏｇ−ｒａｎｋ検定）を有する患者で悪かった。従って、１６個のキナーゼ遺伝子（ＫＧセット）の発現は、ｂａｓａｌの症例と同様の予後を示した明らかに良好な予後のサブグループのｌｕｍｉｎａｌ Ａの腫瘍内で同定した。

次いで、本発明者らは、本発明者らの８０個のｌｕｍｉｎａｌ Ａの試料において本発明者らのＫＳに基づいた分類の予後の能力と他の組織臨床的要因（年齢、病理学的腫瘍サイズ、ＳＢＲ悪性度、ならびに腋窩リンパ節状態、ＩＨＣ Ｐ５３（１％）およびＫｉ６７（２０％）状態、ＥＳＲ１およびＰＧＲ ｍＲＮＡレベル）とを比較した（表４Ａ）。単変量および多変量Ｃｏｘ解析において、ＲＦＳと関連する唯一の要因がＫＳに基づいた分類であった。再発について危険率（ＨＲ）は、ｌｕｍｉｎａｌ Ａａの腫瘍と比較してｌｕｍｉｎａｌ Ａｂの腫瘍について７．７７であった（［９５％Ｃｌ １．９７−３０．６６］、ｐ＝０．００３）。

（公開された系列におけるｌｕｍｉｎａｌ Ａの乳癌の２つの予後的サブグループの検証）
検証段階として、本発明者らは、ＫＳによって同定されたｌｕｍｉｎａｌ ＡのＢＣの２つのサブグループを同定および比較するために公開された遺伝子発現データの３つの段階を解析した。本発明者らは、まず、腫瘍の分子サブタイプを上記のように定義した。サブタイプを割り当てる前に、各重心を、Ｓｏｒｌｉｅら［４］によって定義されたものとのその一致により評価すると、３つのデータセットにおいて９０％以下のものはなかった。サブタイプの分布を補足的な表５に示す。

合計２７６個の試料をｌｕｍｉｎａｌ Ａと同定した。ＫＧセットの遺伝子の数を７〜１６個の範囲で各データセットにおいて表した（補足的な表５）。本発明者らは、各腫瘍についてのＫＳを計算した。本発明者らの系列と同じカットオフにより、各セットにおいて、本発明者ら独自の系列と同じ割合で、Ａａ（１９０個の試料）およびＡｂ（８６個の試料）のサブグループの識別が導き出された（図２Ｃ）。

予後的解析の前に、３つの研究からの試料をプールした。２つのサブグループの組織臨床的相関関係は、本発明者らの系列に見出されるものと同様であった（補足的な表６）。

本発明者らは、次いで、２７６個の試料において２つのｌｕｍｉｎａｌ ＡのサブグループのＲＦＳを比較した。診断後、１０４ヶ月の追跡の中央値により、ｌｕｍｉｎａｌ Ａｂの腫瘍は、ｌｕｍｉｎａｌ Ａａの腫瘍より悪い予後と関連し、それぞれの５年ＲＦＳは９０％および７３％であった（ｐ＝６．３Ｅ−６，ｌｏｇ−ｒａｎｋ検定；図２Ｄ）。比較のために、５年ＲＦＳは、３つのプールした系列のｂａｓａｌ試料において６４％であった。

本発明者らはまた、単変量および多変量生存解析を実施した（表４Ｂ）。Ｗａｎｇらの系列（７９個のＬｕｍｉｎａｌ Ａの試料）を、利用可能な組織臨床的データの欠如に起因して別々に解析した。単変量解析において、再発についてのＨＲは、ｌｕｍｉｎａｌ Ａａの腫瘍と比較してｌｕｍｉｎａｌ Ａｂの腫瘍に関して４．８４であった（［９５％ Ｃｌ ２．１３−１１．００］，ｐ＝１．７Ｅ−０４）。２つの他の系列を解析のために融合させた（１９７個のＬｕｍｉｎａｌ Ａの試料）。病理学的腫瘍サイズ、ＰＧＲ ｍＲＮＡ発現レベルおよびＫＳに基づいたサブグループ化を含む３つの可変物は、単変量解析においてＲＦＳと有意に関連した。多変量解析において、ＫＳに基づいた分類のみが有意な予後値を保持し、ＳＢＲ悪性度および他の可変物にわたるＫＳの顕著性を確認した。再発についてのＨＲは、ｌｕｍｉｎａｌ Ａａの腫瘍と比較してｌｕｍｉｎａｌ Ａｂの腫瘍に関して２．４８であった（［９５％Ｃｌ １．３７−４．５０］，ｐ＝０．００２）。

表４．ｌｕｍｉｎａｌ Ａの腫瘍のＣｏｘ回帰による単変量および多変量ＲＦＳ解析。Ａ：本発明者らの系列において。Ｂ：公開された系列において。
Ａ．８０個のｌｕｍｉｎａｌ Ａの腫瘍のＣｏｘ回帰による単変量および多変量ＲＦＳ解析

表４Ｂ．公開されたデータセットからのｌｕｍｉｎａｌ Ａの腫瘍のＣｏｘ回帰による単変量および多変量解析

（キナーゼスコアおよび分子サブタイプ）
次に、本発明者らは、ＫＳと内因性分子サブタイプとの関連を調べた。本発明者らは、合計で１２２２個の腫瘍を生じる、本発明者らの２２７個の腫瘍、２９５個のｖａｎ ｄｅ Ｖｉｊｖｅｒらの腫瘍、４１４個のＬｏｉらの腫瘍、および２８６個のＷａｎｇらの腫瘍を含む、全てのデータセットを融合した。ＫＳおよび分子サブタイプを全ての腫瘍について決定した：３６７個の腫瘍がｌｕｍｉｎａｌ Ａであり、９９個がｌｕｍｉｎａｌ Ｂであり、１７２個がＥＲＢＢ２過剰発現であり、２１４個がｂａｓａｌであり、１６１個がｎｏｒｍａｌ−ｌｉｋｅであり、２０９が指定されていない。本発明者らは、各サブタイプにおいてＫＳの分布を計算し、比較した。図３Ａに示すように、ほとんどのｌｕｍｉｎａｌ Ａおよびｎｏｒｍａｌ−ｌｉｋｅの腫瘍はネガティブＫＳであったが、ほとんどのｂａｓａｌおよびｌｕｍｉｎａｌ Ｂの腫瘍はポジティブＫＳであった。５つのサブタイプ間のＫＳの全ての一対比較は有意であった（ｐ＜０．０５；ｔ検定；データは示さず）。ＥＲＢＢ２過剰発現および指定されていない試料は、それらのＫＳに対して等しく分布した。ｌｕｍｉｎａｌ Ａｂの腫瘍は、スコアがより近いｌｕｍｉｎａｌ Ｂの腫瘍のものと、ｌｕｍｉｎａｌ Ａａの腫瘍のものとの間である中央のＫＳを示した。

５つの分子サブタイプは異なるＫＳを示した。しかしながら、ＫＳの範囲は各サブタイプにおいてむしろ大きかったので、本発明者らは、ＫＳネガティブとＫＳポジティブの腫瘍との間の生存（ｌｏｇ−ｒａｎｋ検定）を比較することによって、ＫＳが、ｌｕｍｉｎａｌ Ａより他のサブタイプにおいていずれの予後値を有するか否かを調べた（図３Ａ）。予想したように、差異はｌｕｍｉｎａｌ Ａの症例において大きかった（ｐ＝１．１Ｅ−０７）。ＥＲＢＢ２過剰発現の腫瘍に関して、差異は見られなかった（ｐ＝０．８６）。ＫＳネガティブ対ＫＳポジティブの試料において、より良いＲＦＳに対して、ｌｕｍｉｎａｌ Ｂの腫瘍に有意な傾向はなかった（ｐ＝０．１８）。反対の傾向が、ＫＳポジティブ試料において、より良いＲＦＳを有するｂａｓａｌ（ｐ＝０．２３）において観測された。差異は、ＫＳネガティブ腫瘍において８９％、およびＫＳポジティブ腫瘍において５０％の５年ＲＦＳを有するｎｏｒｍａｌ−ｌｉｋｅの腫瘍において非常に顕著だった（ｐ＝３．１Ｅ−０５）。興味深いことに、ＫＳはまた、内因性遺伝子セットによって、分子サブタイプが割り当てられていない２０９個の試料にも適用できる。ＫＳは、それらを、低いＫＳ（８２％）を有する腫瘍と、高いＫＳ（６０％、ｐ＝０．００１）を有する腫瘍との間の５年ＲＦＳの差異に関して２つの予後のサブグループに分類した。

（ｌｕｍｉｎａｌの乳癌における連続性）
ｌｕｍｉｎａｌ Ａｂの腫瘍は、ｌｕｍｉｎａｌ Ａａの腫瘍と、ｌｕｍｉｎａｌ Ｂの腫瘍との間の中間のＫＳパターンを示した（図３Ｂ）。３つの公開データセットにおけるｌｕｍｉｎａｌ Ａａ、ｌｕｍｉｎａ Ａｂおよびｌｕｍｉｎａｌ Ｂの試料の間の組織臨床的特徴の比較により、病理学的腫瘍のサイズおよび再発率に関して、ｌｕｍｉｎａｌ Ａａ〜ｌｕｍｉｎａｌ Ａｂ〜ｌｕｍｉｎａｌＢまで顕著に増加し、悪性度、ＥＳＲ１およびＰＧＲのｍＲＮＡ発現レベル、および５年ＲＦＳに関して、顕著に減少する、この発見（補足的な表６）が確認された。これらの結果により、ｌｕｍｉｎａｌ ＡａおよびＡｂが、今まで認識されていなかったＢＣの新規の臨床的に関連するサブグループを示すことが確認され、これらの３つのサブグループの間の連続性が示唆される。

（参考文献リスト）
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［３１］ Ｍａｌｕｍｂｒｅｓら，Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ ｏｐｐｏｒｔｕｎｉｔｉｅｓ ｔｏ ｃｏｎｔｒｏｌ ｔｕｍｏｒ ｃｅｌｌ ｃｙｃｌｅｓ， Ｃｌｉｎ．Ｔｒａｎｓｌ．Ｏｎｃｏｌ．２００６；８（６）：１−０００．
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［３３］ Ｃａｒｖａｊａｌ Ｄ．，Ｔｓｅ Ａｒｃｈｉｅ，Ｓｃｈｗａｒｔｚ Ｇ．Ａｕｅｏｒａ ｋｉｎａｓｅｓ：ｎｅｗ ｔａｒｇｅｔｓ ｆｏｒ ｃａｎｃｅｒ ｔｈｅｒａｐｙ．Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ２００６；１２（２３）．
［３４］ Ｓｔｒｅｂｈａｒｄｔ Ｋ．，Ｕｌｌｒｉｃｈ Ａ．Ｔａｒｇｅｔｉｎｇ ｐｏｌｏ−ｌｉｋｅ ｋｉｎａｓｅ １ ｆｏｒ ｃａｎｃｅｒ ｔｈｅｒａｐｙ．Ｎａｔｕｒｅ ２００６，Ｖｏｌ． ６，３２１−３３０．
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Claims (42)

1. 癌、好ましくは、乳癌を解析するための方法であって、表１に記載されるセリン／スレオニンキナーゼをコードする１６個の遺伝子のうちの少なくとも１個、または少なくとも２個、または少なくとも３個、または少なくとも４個、または少なくとも５個、または少なくとも６個、または少なくとも７個、または少なくとも８個、または少なくとも９個、または少なくとも１０個、または少なくとも１１個、または少なくとも１２個、または少なくとも１３個、または少なくとも１４個、または少なくとも１５個、あるいは前記１６個の遺伝子の発現差異の検出を含む、方法。
2. 前記遺伝子の発現差異は、ｂａｓａｌとｌｕｍｉｎａｌ Ａの乳癌とを識別する、請求項１に記載の方法。
3. 前記遺伝子の発現差異は、良好な予後または不良な予後のｌｕｍｉｎａｌ Ａの腫瘍のサブグループを識別する、請求項１に記載の方法。
4. 前記不良な予後のｌｕｍｉｎａｌ Ａの腫瘍のサブグループは、他のｌｕｍｉｎａｌ Ａの腫瘍と比較して高い有糸分裂活性を示す、請求項３に記載の方法。
5. 前記検出は、組織試料由来の核酸で実施される、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
6. 前記検出は、腫瘍細胞株由来の核酸で実施される、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
7. 前記検出は、ＤＮＡマイクロアレイで実施される、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
8. 表１に記載されるセリン／スレオニンキナーゼをコードする１６個の遺伝子のうちの少なくとも１個、または少なくとも２個、または少なくとも３個、または少なくとも４個、または少なくとも５個、または少なくとも６個、または少なくとも７個、または少なくとも８個、または少なくとも９個、または少なくとも１０個、または少なくとも１１個、または少なくとも１２個、または少なくとも１３個、または少なくとも１４個、または少なくとも１５個、あるいは前記１６個の遺伝子を含むか、またはそれらに対応する癌を分子的に特徴付けるポリヌクレオチドライブラリー。
9. 固体支持体に固定化される、請求項８に記載のポリヌクレオチドライブラリー。
10. 前記支持体は、ナイロン膜、ニトロセルロース膜、スライドガラス、ガラスビーズ、ガラス支持体またはシリコンチップ上の膜、プラスチック支持体のうちの少なくとも１つからなる群より選択される、請求項９に記載のポリヌクレオチドライブラリー。
11. 請求項１〜７のうちのいずれか１項に記載の方法の使用であって、前記方法は、乳癌の検出、予後または診断のため、あるいは乳癌を罹患している患者の処置を管理するために使用され、患者由来の核酸で請求項１〜７のうちのいずれか１項に記載の方法を実施することを含む、使用。
12. 癌疾患、好ましくは、乳癌に関連する遺伝子の発現差異を解析するための方法であって、
    ａ）患者由来のポリヌクレオチド試料と、請求項８〜１０のいずれかに記載されるポリヌクレオチドライブラリーとを反応させる工程と、
    ｂ）工程（ｂ）の反応産物を検出する工程と、
    を含む方法。
13. ａ）基準ポリヌクレオチド試料を得る工程と、
    ｂ）例えば、前記ポリヌクレオチド試料と、前記ポリヌクレオチドライブラリーとをハイブリダイズすることによって、前記基準試料と、前記ポリヌクレオチドライブラリーとを反応させる工程と、
    ｃ）基準試料の反応産物を検出する工程と、
    ｄ）前記ポリヌクレオチド試料の反応産物の量と、前記基準試料の反応産物の量とを比較する工程と、
    をさらに含む、請求項１２に記載の方法。
14. 不良な予後のｌｕｍｉｎａｌ Ａの症例を処置するための分子をスクリーニングするための方法であって、表１に記載される１６個のキナーゼのうちの少なくとも１個、または少なくとも２個、または少なくとも３個、または少なくとも４個、または少なくとも５個、または少なくとも６個、または少なくとも７個、または少なくとも８個、または少なくとも９個、または少なくとも１０個、または少なくとも１１個、または少なくとも１２個、または少なくとも１３個、または少なくとも１４個、または少なくとも１５個、あるいはそれらの発現、あるいは前記１６個のキナーゼに対する前記分子の作用の解析を含む、方法。
15. 請求項１〜７および１２〜１４のうちのいずれか１項に記載の方法を実施するための、請求項８〜１０のうちのいずれか１項に記載のポリヌクレオチドライブラリーを含むキット。
16. 癌と診断された患者についての臨床転帰を予測するための方法であって、前記患者から得て、コントロール遺伝子に対して正規化し、基準の癌組織セットに見出される量と比較した癌組織または細胞において、表１に記載される１６個の遺伝子のうちの少なくとも１個、または少なくとも２個、または少なくとも３個、または少なくとも４個、または少なくとも５個、または少なくとも６個、または少なくとも７個、または少なくとも８個、または少なくとも９個、または少なくとも１０個、または少なくとも１１個、または少なくとも１２個、または少なくとも１３個、または少なくとも１４個、または少なくとも１５個、あるいは表１の１６個の遺伝子の全て、あるいはそれらの発現産物の発現レベルを決定することを含み、前記遺伝子のグループの過剰発現が不良な臨床転帰を予測する、方法。
17. 不良な臨床転帰が、無再発生存率（ＲＦＳ）の観点から測定される、請求項１６に記載の方法。
18. 前記癌は、乳癌、結腸癌、肺癌、前立腺癌、肝細胞癌、胃癌、膵癌、子宮頸癌、卵巣癌、肝臓癌、膀胱癌、尿路の癌、甲状腺癌、腎臓癌、癌腫、黒色腫、および脳腫瘍からなる群より選択される、請求項１６または１７に記載の方法。
19. 前記癌は乳癌である、請求項１６〜１８のいずれか１項に記載の方法。
20. ＡＵＲＫＡ（配列番号１７に相当する）および／またはＡＵＲＫＢ（配列番号１８に相当する）および／またはＰＬＫ１（配列番号２６に相当する）の遺伝子の過剰発現レベルが測定される、請求項１６〜１９のいずれか１項に記載の方法。
21. 前記発現レベルが、凍結組織試料または新鮮な組織試料から得たＲＮＡを用いて測定される、請求項１６〜２０のいずれか１項に記載の方法。
22. 前記発現レベルが、逆相ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）によって測定される、請求項１６〜２１のいずれか１項に記載の方法。
23. 癌の患者における処置後の癌の再発の可能性を予測する方法であって、前記患者から得て、コントロール遺伝子に対して正規化し、基準の癌組織セットに見出される量と比較した癌組織において、表１に記載される１６個の遺伝子のうちの少なくとも１個、または少なくとも２個、または少なくとも３個、または少なくとも４個、または少なくとも５個、または少なくとも６個、または少なくとも７個、または少なくとも８個、または少なくとも９個、または少なくとも１０個、または少なくとも１１個、または少なくとも１２個、または少なくとも１３個、または少なくとも１４個、または少なくとも１５個、あるいは表１の１６個の遺伝子の全て、あるいはそれらの発現産物の発現レベルを測定することを含み、前記遺伝子のグループの過剰発現が、処置後の再発の危険性の増加を示す、方法。
24. 前記癌は、乳癌、結腸癌、肺癌、前立腺癌、肝細胞癌、胃癌、膵癌、子宮頸癌、卵巣癌、肝臓癌、膀胱癌、尿路の癌、甲状腺癌、腎臓癌、癌腫、黒色腫、および脳腫瘍からなる群より選択される、請求項２３に記載の方法。
25. 前記癌は乳癌である、請求項２３または２４に記載の方法。
26. 前記発現レベルが、癌の外科的切除後に測定される、請求項２３〜２５のいずれか１項に記載の方法。
27. 前記発現レベルが、新鮮な試料または凍結試料から得たＲＮＡを用いて測定される、請求項２３〜２６のうちのいずれか１項に記載の方法。
28. 前記発現レベルが、逆相ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）によって測定される、請求項２３〜２７のうちのいずれか１項に記載の方法。
29. 前記処置が、ＭＫ０４５７、ＰＨＡ−７３９３５８、ＭＬＮ８０５４、ＡＺＤ１１５２、ＯＮ０１９１０、ＢＩ２５３６、フラボピリドール、ＵＳＮ−０１からなる群より選択される薬物を使用する、請求項２３〜２８のうちのいずれか１項に記載の方法。
30. 請求項１〜７および１１〜１４および１６〜２８のうちのいずれか１項に記載の方法を実施するのに適切な（１）抽出緩衝液／試薬およびプロトコル、（２）逆転写緩衝液／試薬およびプロトコル、ならびに（３）定量的ＰＣＲ緩衝液／試薬およびプロトコルのうちの１つ以上を含むキット。
31. データ検索および解析ソフトウェアをさらに含む、請求項３０に記載のキット。
32. 前記構成要素（２）が、予め設計されたプライマーを含む、請求項３０に記載のキット。
33. 前記構成要素（３）が、予め設計されたＰＣＲプローブおよびプライマーを含む、請求項３０に記載のキット。
34. 癌を有する被検体における所定の処置様式の治療的成功を予測するための方法であって、
    （ｉ）表１に記載されるセリン／スレオニンキナーゼをコードする１６個の遺伝子のうちの少なくとも１個、または少なくとも２個、または少なくとも３個、または少なくとも４個、または少なくとも５個、または少なくとも６個、または少なくとも７個、または少なくとも８個、または少なくとも９個、または少なくとも１０個、または少なくとも１１個、または少なくとも１２個、または少なくとも１３個、または少なくとも１４個、または少なくとも１５個、あるいは前記１６個の遺伝子の発現レベルのパターンを決定する工程と、
    （ｉｉ）（ｉ）で決定された発現レベルのパターンと、発現レベルの１つまたは複数の基準パターンとを比較する工程と、
    （ｉｉｉ）工程（ｉｉ）における比較の結果から前記被検体における前記所定の処置様式についての治療的成功を予測する工程と、
    を含む方法。
35. 前記癌は、乳癌、結腸癌、肺癌、前立腺癌、肝細胞癌、胃癌、膵癌、子宮頸癌、卵巣癌、肝臓癌、膀胱癌、尿路の癌、甲状腺癌、腎臓癌、癌腫、黒色腫、および脳腫瘍からなる群より選択される、請求項３４に記載の方法。
36. 前記癌は乳癌である、請求項３４または３５のいずれか１項に記載の方法。
37. 前記所定の処置様式が、（ｉ）細胞増殖に作用し、および／または（ｉｉ）細胞生存に作用し、および／または（ｉｉｉ）細胞運動性に作用し、および／または（ｉｖ）化学療法剤の投与を含む、請求項３４〜３６のうちのいずれか１項に記載の方法。
38. 前記所定の処置様式が、Ｅ７０７０、ＰＨＡ−５３３５３３、ヒメニアルジシン、ＮＵ２０５８ ＆ ＮＵ６０２７、ＡＺ７０３、ＢＭＳ−３８７０３２、ＣＹＣ２０２（Ｒ−ロスコビチン）、ＣＤＫｉ２７７、ＮＵ６１４０、ＰＮＵ−２５２８０８、ＲＯ−３３０６、ＣＶＴ−３１３、ＳＵ９５１６、オロモウシン、ＺＫ−ＣＤＫ（ＺＫ３０４７０９）、ＪＮＪ−７７０６６２１、ＰＤ０３３２９９１、ＰＤ０１８３８１２、ファスカプリシン、ＣＡ２２４、ＣＩＮＫ４、カフェイン、ペントキシフィリン、ワートマニン、ＬＹ２９４００２、ＵＣＮ−０１、デブロモヒメニアルジシン、Ｇｏ６９７６、ＳＢ−２１８０７８、ＩＣＰ−１、ＣＥＰ−３８９１、ＴＡＴ−Ｓ２１６Ａ、ＣＥＰ−６３６７、ＸＬ８４４、ＰＤ０１６６２８５、ＢＩ２５３６、ＯＮ０１９１０、スキトネミン、ワートマニン、ＨＭＮ−２１４、シクラポリン−１、ヘスペラジン、ＪＮＪ−７７０６６２１、ＰＨＡ−６８０６３２、ＶＸ−６８０（ＭＫ−０４５７）、ＺＭ４４７４３９、ＭＬＮ８０５４、Ｒ７６３、ＡＺＤ１１５２、ＣＹＣ１１６、ＳＮＳ−３１４、ＭＫＣ−１６９３、ＡＴ９２８３、キナゾリン誘導体、ＭＰ２３５、ＭＰ５２９、シンクレアジン（ｃｉｎｃｒｅａｓｉｎ）、ＳＰ６００１２５、イレッサ（ゲフィチニブ、ＺＤ１８３９、抗ＥＧＦＲ、ＰＤＧＦＲ、ｃ−キット、Ａｓｔｒａ−Ｚａｎｅｃａ）；ＡＢＸ−ＥＧＦＲ（抗ＥＧＦＲ、Ａｂｇｅｎｉｘ／Ａｍｇｅｎ）；ザメスツラ（ＦＴＩ、Ｊ＆Ｊ／Ｏｒｔｈｏ−Ｂｉｏｔｅｃｈ）；ハーセプチン（抗ＨＥＲ２／ｎｅｕ、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）；アバスチン（ベバシズマブ（ｂｅｖａｎｃｉｚｕｍａｂ）、抗ＶＥＧＦ抗体、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）；タルセバ（エルロチニブ、ＯＳＩ−７７４、ＲＴＫ阻害剤、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ−Ｒｏｃｈｅ）、ＺＤ６６４７４（抗ＶＥＧＦＲ、Ａｓｔｒａ−Ｚｅｎｅｃａ）；アービタックス（ＩＭＣ−２２５、セツキシマブ、抗ＥＧＦＲ、Ｉｍｃｌｏｎｅ／ＢＭＳ）；オンコラー（Ｏｎｃｏｌａｒ）（抗ＧＲＨ、Ｎｏｖａｒｔｉｓ）；ＰＤ−１８３８０５（ＲＴＫ阻害剤、Ｐｆｉｚｅｒ）；ＥＭＤ７２０００（抗ＥＧＦＲ／ＶＥＧＦ ａｂ、ＭｅｒｃｋＫｇａＡ）；ＣＩ−１０３３（ＨＥＲ２／ｎｅｕ ＆ ＥＧＦ−Ｒ二重阻害剤、Ｐｆｉｚｅｒ）；ＥＧＦ１０００４；ハーザイム（抗ＨＥＲ２ ａｂ、Ｍｅｄｉｚｙｍｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）；コリクサ（ＨＥＲ２／ｎｅｕワクチンのミクロスフェア送達、Ｍｅｄａｒｅｘ）、ＺＭ４４７４３９（ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）、ＭＫ０４５７（Ｍｅｒｃｋ）、ＡＺＤ１１５２（ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）、ＰＨＡ−６８０６３２、ＭＬＮ８０５４（Ｍｉｌｌｅｎｉｕｍ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ）、ＰＨＡ７３９３５８（Ｎｅｒｖｉａｎｏ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）、スキトネミン、ＢＩ２５３６、ＯＮ０１９１０である、請求項３４〜３７のうちのいずれか１項に記載の方法。
39. 予測アルゴリズムが使用される、請求項３４〜３８のうちのいずれか１項に記載の方法。
40. 被検体における腫瘍性疾患の処置方法であって、
    ａ）請求項３４〜３９のうちのいずれかの方法によって、癌、例えば乳癌を有する被検体における所定の処置様式についての治療的成功を予測する工程と、
    ｂ）前記処置様式が成功すると予測される場合、前記処置様式によって、前記患者における前記腫瘍性疾患を処置する工程と、
    を含む方法。
41. 腫瘍性疾患を罹患している被検体のための治療法を選択する方法であって、
    （ｉ）前記被検体から生物学的試料を得る工程と、
    （ｉｉ）複数の個々の処置様式について、癌、例えば乳癌を有する被検体における治療的成功を、請求項１〜７のうちのいずれかの方法によって前記試料から予測する工程と、
    （ｉｉｉ）工程（ｉｉ）において成功すると予測される治療様式を選択する工程と、
    を含む方法。
42. 前記発現レベルが、
    ハイブリダイゼーションに基づいた方法を用いて、または
    アレイプローブを利用するハイブリダイゼーションに基づいた方法を用いて、または
    個々に標識したプローブを利用するハイブリダイゼーションに基づいた方法を用いて測定されるか、あるいは
    リアルタイムＰＣＲによって、または（ｖ）ポリペプチド、タンパク質もしくはそれらの誘導体の発現を評価することによって、または（ｖｉ）ポリペプチド、タンパク質もしくはそれらの誘導体の量を評価することによって測定される、請求項３４〜４１のうちのいずれか１項に記載の方法。

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