JP2011109963A - ヌードル品種小麦の判定方法 - Google Patents
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Abstract
【解決手段】配列番号2および/または配列番号3における非ヌードル品種小麦に特異的な塩基配列を定量することにより、ASW小麦中のヌードル品種小麦の割合を定量する。
【選択図】なし
Description
(1)オーストラリア・スタンダード・ホワイト(ASW)小麦中に含まれるヌードル品種小麦を判定する方法であって、配列番号2の塩基配列で表される遺伝子および/または配列番号3の塩基配列で表される遺伝子における非ヌードル品種小麦に特異的な塩基配列を定量することによりASW小麦中のヌードル品種小麦の割合を定量することを含む、前記方法。
(2)配列番号2の第496位における多型部位を用いて、非ヌードル品種小麦を定量することを含む、(1)記載の方法。
(3)配列番号3の第2417位以下における少なくとも1つの非ヌードル品種小麦に特異的な多型部位を用いて非ヌードル品種小麦を定量することを含む、(1)記載の方法。
(4)(1)〜(3)のいずれかに記載のオーストラリア・スタンダード・ホワイト(ASW)小麦中に含まれるヌードル品種小麦を判定する方法に用いるためのプライマーまたはプローブであって、配列番号2の第496位における非ヌードル品種小麦に特異的な多型部位を検出しうるプライマーまたはプローブ。
(5)(1)〜(3)のいずれかに記載のオーストラリア・スタンダード・ホワイト(ASW)小麦中に含まれるヌードル品種小麦を判定する方法に用いるためのプライマーまたはプローブであって、配列番号3の第2417位以下における少なくとも1つの非ヌードル品種小麦に特異的な多型部位を検出しうるプライマーまたはプローブ。
(6)(4)または(5)記載のプライマーまたはプローブを含む、オーストラリア・スタンダード・ホワイト(ASW)小麦中に含まれるヌードル品種小麦を定量するためのキット。
配列番号5の塩基配列からなる上流側プライマー(NNVpt2-primer1F)は、配列番号3の塩基配列における特異的多型部位を含んでいないが、配列番号6の塩基配列からなる下流側プライマー(PA-2)を対で用いると配列番号4の塩基配列の所望の領域を特異的に増幅し、配列番号7の塩基配列からなる下流側プライマー(NNVpt2-primer1R)を対で用いると配列番号3の塩基配列の所望の領域を特異的に増幅し、それぞれ446bp、107bpの増幅断片が得られる。
サンプルとして、ASWに含まれている主要なヌードル品種小麦(Eradu、Cadoux、Arrino、Calingiri、Binnu)と非ヌードル品種小麦として任意に選択した32粒のAPWの小麦粒を用いた。
増幅には以下のプライマー対を利用した。
図1:1〜5レーン → ヌードル品種小麦(Eradu、Cadoux、Arrino、Calingiri、Binnu)
図2:上段A〜Wレーン →非ヌードル品種小麦第1〜23サンプル、下段A〜Iレーン→非ヌードル品種小麦第24〜32サンプル
上記より得られた主要ヌードル品種小麦と非ヌードル品種小麦の遺伝子分布を以下の表3にまとめた。
非ヌードル品種1型を定量するためのプライマーおよびプローブを設計し、主要ヌードル品種とAPWを用い、Allelic discrimination法で配列番号2の遺伝子(DNA)を定量することにより、非ヌードル品種1型を特異的に定量できることを確認した。
DNAサンプルには、実施例1で抽出した各品種小麦のDNAを用いた。
非ヌードル品種2型を定量するためのプライマーおよびプローブを設計し、サンプルとしてヌードル品種小麦と非ヌードル品種小麦の小麦粒を用い、定量的PCR法で配列番号3の遺伝子(DNA)を定量することにより、非ヌードル品種2型を特異的に定量できることを確認した。
DNAサンプルには、実施例1で抽出した各品種小麦のDNAを用いた。
プライマーおよびプローブとして、以下の表5に記載のものを使用した。
得られた検量線を用いて定量した結果を表7に示した。
オーストラリアからの輸入日および輸入港が異なるASW原料小麦を製粉して得られた小麦粉(ASW-1〜3)について、実施例1に従ってDNAを抽出した。次いで、実施例2〜3に従い、配列番号2の塩基配列における特異的多型部位および配列番号3の塩基配列における特異的多型部位を定量し、非ヌードル品種1型および非ヌードル品種2型の割合から各ASWに含まれるヌードル品種の割合を推定した。その結果を下記の表8に示す。
Claims (6)
- オーストラリア・スタンダード・ホワイト(ASW)小麦中に含まれるヌードル品種小麦を判定する方法であって、配列番号2の塩基配列で表される遺伝子および/または配列番号3の塩基配列で表される遺伝子における非ヌードル品種小麦に特異的な塩基配列を定量することによりASW小麦中のヌードル品種小麦の割合を定量することを含む、前記方法。
- 配列番号2の第496位における多型部位を用いて、非ヌードル品種小麦を定量することを含む、請求項1記載の方法。
- 配列番号3の第2417位以下における少なくとも1つの非ヌードル品種小麦に特異的な多型部位を用いて非ヌードル品種小麦を定量することを含む、請求項1記載の方法。
- 請求項1〜3のいずれか1項記載のオーストラリア・スタンダード・ホワイト(ASW)小麦中に含まれるヌードル品種小麦を判定する方法に用いるためのプライマーまたはプローブであって、配列番号2の第496位における非ヌードル品種小麦に特異的な多型部位を検出しうるプライマーまたはプローブ。
- 請求項1〜3のいずれか1項記載のオーストラリア・スタンダード・ホワイト(ASW)小麦中に含まれるヌードル品種小麦を判定する方法に用いるためのプライマーまたはプローブであって、配列番号3の第2417位以下における少なくとも1つの非ヌードル品種小麦に特異的な多型部位を検出しうるプライマーまたはプローブ。
- 請求項4または5記載のプライマーまたはプローブを含む、オーストラリア・スタンダード・ホワイト(ASW)小麦中に含まれるヌードル品種小麦を定量するためのキット。
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