JP2011015695A - Nav1.8の短い干渉核酸阻害のための組成物および方法 - Google Patents
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Abstract
【解決手段】本発明は、Nav1.8ナトリウムチャネル遺伝子からmRNAのRNAi誘導性の分解を引き起こす、一本鎖、または二本鎖のいずれかの短い干渉核酸;このような短い干渉核酸を含む薬学的組成物;このような短い干渉核酸を含む組み換えベクター;mRNAの翻訳を阻害するための方法;ポリペプチドの発現を阻害するための方法;細胞における膜電位をブロックするための方法;細胞におけるナトリウム電流をブロックするための方法;および、慢性疼痛を阻害するための方法を提供する。
【選択図】なし
Description
本出願は、2004年10月27日に出願された米国仮特許出願番号第60/622,484号の米国特許法119(e)の下の優先権の利益を主張し、この出願の開示は、その全体が本明細書により参考として援用される。
(本発明の分野)
本発明は、Nav1.8ナトリウムチャネル遺伝子からmRNAのRNAi誘導性の分解を引き起こす、一本鎖、または二本鎖の短い干渉核酸;このような短い干渉核酸などを含む薬学的組成物;このような短い干渉核酸などを含む組み換えベクター;mRNAの翻訳を阻害するための方法;ポリペプチドの発現を阻害するための方法;細胞における膜電位をブロックするための方法;細胞におけるナトリウム電流をブロックするための方法;および慢性疼痛を阻害するための方法を提供する。
慢性疼痛は、AIDS、癌化学療法、糖尿病によって誘発されるものであれ、末梢神経に対する直接の物理的外傷によるものであれ、末梢神経障害の主要な症状である。このような神経障害性疼痛は、しばしば高度な衰弱をもたらし、かつ治療的なインターベンションに対する耐性がある。
しかしながら、治療としてのアンチセンスオリゴデオキシヌクレオチドの使用は、インビボにおけるアンチセンスオリゴデオキシヌクレオチドの不安定さ、アンチセンスオリゴデオキシヌクレオチドの限られた効用、および「標的を外れた」効果を生じるアンチセンスオリゴデオキシヌクレオチドの傾向により制限される。Nav1.8を特異的にブロックし得る低分子は識別されなかったので、疼痛の処置においてNav1.8を調節する別の方法に対する必要が引き続きある。
本発明は、短い干渉核酸、特に上記Nav1.8ナトリウムチャネル遺伝子からmRNAのRNA誘導性の分解を標的とし、そして、この分解を引き起こす短い干渉核酸、および、このような短い干渉核酸を使用する方法に関する。
本発明の好ましい実施形態では、例えば以下の短い干渉核酸などが提供される:
(項目1)
配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10および配列番号11の配列番号からなる群より選択されるヌクレオチド配列、またはそれらのアナログを含む、単離されたか、または組み換えの短い干渉核酸。
(項目2)
配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号5、配列番号9および配列番号10からなる群より選択されるヌクレオチド配列を含む、項目1に記載の単離されたか、または組み換えの短い干渉核酸。
(項目3)
さらに3’オーバーハングを含む、項目1に記載の単離されたか、または組み換えの短い干渉核酸。
(項目4)
項目1または項目3のいずれかに記載の短い干渉核酸、および薬学的に受容可能なキャリアを含む、薬学的組成物。
(項目5)
項目1または項目3のいずれかに記載の単離されたか、または組み換えの短い干渉核酸であって、さらに、該短い干渉核酸に相補的なヌクレオチド配列を含む、短い干渉核酸。
(項目6)
さらに3’オーバーハングを含む、項目5に記載の相補的なヌクレオチド配列。
(項目7)
項目5または項目6のいずれかに記載の短い干渉核酸および相補的なヌクレオチド配列、ならびに、薬学的に受容可能なキャリアを含む、薬学的組成物。
(項目8)
前記ヌクレオチド配列と前記相補的なヌクレオチド配列とがハイブリダイズして二重鎖を形成する、項目5に記載の単離されたか、または組み換えの短い干渉核酸。
(項目9)
前記ヌクレオチド配列が、さらに3’オーバーハングを含み、かつ前記相補的なヌクレオチド配列が、さらに3’オーバーハングを含む、項目8に記載の二重鎖。
(項目10)
項目8または項目9のいずれかに記載の二重鎖、および薬学的に受容可能なキャリアを含む、薬学的組成物。
(項目11)
センス鎖およびアンチセンス鎖を含む単離されたか、または組み換えの短い干渉核酸であって、該センス鎖と該アンチセンス鎖とがハイブリダイズして二重鎖を形成し、該センス鎖が、実質的に標的配列と同一であるヌクレオチド配列を含み、そして、該標的配列が、配列番号12〜配列番号577からなる群より選択される、短い干渉核酸。
(項目12)
前記センス鎖が、さらに3’オーバーハングを含み、かつ前記アンチセンス鎖が、さらに3’オーバーハングを含む、項目11に記載の二重鎖。
(項目13)
項目11または項目12のいずれかに記載の二重鎖、および薬学的に受容可能なキャリアを含む、薬学的組成物。
(項目14)
項目1または項目3に記載のヌクレオチド配列を含む、組み換えベクター。
(項目15)
mRNAのポリペプチドへの翻訳を阻害するための方法であって、項目1または項目3に記載の短い干渉核酸と、Na v 1.8 mRNAを発現し得る細胞とを接触させる工程を包含する、方法。
(項目16)
ポリペプチドの発現を阻害するための方法であって、項目1または項目3に記載の短い干渉核酸と、Na v 1.8ポリペプチドを発現し得る細胞とを接触させる工程を包含する、方法。
(項目17)
細胞における膜電位をブロックするための方法であって、項目1または項目3に記載の短い干渉核酸と、Na v 1.8ポリペプチドを発現し得る細胞とを接触させる工程を包含する、方法。
(項目18)
細胞におけるナトリウム電流をブロックするための方法であって、項目1または項目3に記載の短い干渉核酸と、Na v 1.8ポリペプチドを発現し得る細胞とを接触させる工程を包含する、方法。
(項目19)
慢性疼痛を阻害するための方法であって、項目4、項目7、項目10または項目13のいずれかに記載の薬学的組成物の有効量を、この組成物を必要とする被験体に投与する工程を包含する、方法。
(項目20)
慢性疼痛を阻害するための医薬の製造における、項目1または項目3に記載の1つ以上の短い干渉核酸の使用。
本明細書中に引用されるすべての文献は、その全体が参考として援用される。
本願において使用される場合、「アンチセンス鎖」という用語は、センス鎖と相補的である核酸配列を意味する。
Nav1.8ナトリウムチャネルは、1つのαサブユニットおよび少なくとも1つのβサブユニットを含む。Nav1.8の完全なオープンリーディングフレームのヌクレオチド配列および対応するアミノ酸配列は、当該分野において公知である。例えば、ラットNav1.8に対する核酸配列およびアミノ酸配列は両方とも、それぞれ、米国特許番号第6,451,554号の配列番号1および配列番号2において見られ得る。Nav1.8およびそのサブユニットに対する核酸配列およびアミノ酸配列はまた、以下の表1に示されるように、GenBank(登録商標)データベースにおいても見られ得る。
Nav1.8 mRNAを標的とする短い干渉リボ核酸を含む組成物および方法は、慢性疼痛の処置のためにNav1.8ナトリウムチャネルの発現をノックダウンまたはノックアウトするために有利に使用される。特に、本発明の短い干渉リボ核酸は、Nav1.8 mRNAのRNAi媒介性の破壊を引き起こす。
はこれらのいずれかの組み合わせを含むように、変更、置換または修飾され得る。
標的mRNAのRNAi媒介性の分解を引き起こす短い干渉核酸の能力は、細胞におけるRNA、またはタンパク質のレベルを測定するための標準的な技術を使用して評価され得る。例えば、短い干渉核酸は、培養細胞に送達され得、そして、標的mRNAのレベルは、ノーザンブロット法、すなわち、ドットブロッティング技術により、または定量RT−PCRにより、測定され得る。あるいは、培養細胞におけるNav1.8タンパク質のレベルは、ELISA、またはウェスタンブロット法により測定され得る。標的mRNAレベル、またはタンパク質レベルに対する、本発明の短い干渉核酸の効果を測定するための適切な細胞培養系は、以下の実施例2に記載される。
本発明の短い干渉核酸およびsiRNAは、慢性疼痛を処置するために治療的に使用され得る。本発明の種々の化合物は、薬学的組成物内に組み込まれ得る。例えば、薬学的組成物は、一本鎖の短い干渉核酸、3’ハングオーバーを有する一本鎖の短い干渉核酸、二本鎖の短い干渉核酸、または各鎖が3’ハングオーバーを有する二本鎖の短い干渉核酸を含み得る。好ましくは、薬学的組成物は、配列番号1〜配列番号11の短い干渉核酸を含む。配列番号2および配列番号5の短い干渉核酸は、より好ましいが、配列番号1および配列番号3の短い干渉核酸が、最も好ましい。配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10および配列番号11の1つ以上の短い干渉核酸もまた、本発明の薬学的組成物において利用され得る。制限ではなく一例として、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号5、配列番号10および配列番号11の1つ以上の短い干渉核酸は、本発明の薬学的組成物において使用され得る。
例えば、Maniatisら、Molecular Cloning:A Laboratory Manual,Cold Spring Harbor Laboratory,Cold Spring Harbor Press,1982;Sambrookら、Molecular Cloning:A Laboratory Manual,第2版,Cold Spring Harbor Press,NY,1989,Vols 1−3;Ausbelら、Biology,Greene Publishing Associates,Brooklyn,NY;またはAusbelら、Current Protocols in Molecular Biology,Greene/Wiley,New York,1987および補遺;ならびにInnisら編、PCR Protocols:A Guide to Methods and Applications,Academic Press,NY,1990に記載されるような標準的な分子生物学的方法を使用する。
この実施例は、Nav1.8に対するsiRNAの設計を示す。ラットNav1.8コーディング配列およびヒトNav1.8コーディング配列の両方に対する推定siRNA配列を、Tuschlの予言則を使用して識別した。Tuschlら、「Targeted mRNA degradation by double−stranded RNA in vitro」,Genes Dev.,vol.13,no.24,pp.3191−3197、Dec.15、1999;およびElbashirら、「Duplexes of 21−nucleotide RNAs mediate RNA interference in cultured mammalian cells」、Nature,vol.411,pp.494−498,2001を参照のこと。表2は、ヒトNav1.8コーディング配列に対する推定siRNA配列を識別する。また、その標的配列、その遺伝子における各標的配列の位置、およびこの標的配列におけるグアニン/シトシンの割合も示す。表3は、ラットNav1.8コーディング配列に対する推定siRNA配列を識別する。また、その標的配列およびその遺伝子における各標的配列の位置も示す。
上記5個の選択されたsiRNA配列(配列番号1〜配列番号5)を、Qiagen Inc.,Valencia,CAにより合成した。次いで、本発明者らは、Nav1.8 cDNAをpcDNA3.1哺乳動物発現プラスミド(Invitrogen,Carlsbad,CA)にクローニングして、pcDNA−Nav1.8コントロール発現プラスミドを生成した。このコントロールプラスミドをHEK293細胞(Microbix Biosystems,Inc.,Ontario,Canada M8Z3A8)にトランスフェクトさせると、これらの細胞は、高いレベルのNav1.8のRNAおよびタンパク質の発現を示した。Nav1.8 RNAの発現を、製造業者の指示に従って、Taqman(登録商標)定量RT−PCRにより検出した。HEK293細胞におけるNav1.8タンパク質の発現を、Nav1.8特異的ペプチド抗体、SOD1(AnaSpec,San Jose,Foster City,CA)を使用して、ウェスタン免疫ブロット分析により検出した。公開されたペプチド配列を、SOD1抗体を作製するために使用した。Novakovicら、「Distribution of the tetrodotoxin−resistant sodium channel PN3 in rat sensory neurons in normal and
neuropathic conditions」、J.Neurosicence,vol.18,no.6,pp.2174−2187,1998を参照のこと。
上記5個の化学的に合成したsiRNA(配列番号1〜配列番号5)を、個別に、上記pcDNA−Nav1.8コントロール発現プラスミドとともに、HEK293細胞へと同時にトランスフェクトした。このトランスフェクトした細胞における最終的なsiRNA濃度を、25nMに維持した。トランスフェクトの24時間後、これらの細胞を溶解し、そして、全RNAを、製造業者の指示に従って、RNAeasyミニカラム(Qiagen,Valencia,CA)を使用して溶解産物から精製した。個々のsiRNAを同時にトランスフェクトした細胞、またはコントロール細胞のいずれかから精製した全RNAを、Nav1.8特異的Taqman(登録商標)プライマーおよびプローブセット(Applied Biosystems,Foster City,CA)を使用する、定量RT−PCR分析に使用した。あらゆるラットNav1.8特異的プライマーは、この点に関して機能するべきである。PCRプライマーの設計は、当該分野で公知である。
上記5個の化学的に合成したsiRNA(配列番号1〜配列番号5)を、個別に、pcDNA−Nav1.8コントロール発現プラスミドとともに、HEK293細胞へと同時にトランスフェクトした。このトランスフェクトした細胞における最終的なsiRNA濃度を、25nMに維持した。トランスフェクトの24時間後、これらの細胞を、変性溶解緩衝剤中で溶解し、そして、この溶解産物を、変性12%TBEゲル(Invitrogen,Carsbad,CA)上で泳動させた。このゲルを、ニトロセルロースシートへブロットさせ、そして、Nav1.8特異的抗体−SOD1(AnaSpec,San Jose,CA)でプローブした。
次に、本発明者らは、siRNAが、Nav1.8ナトリウムチャネルを機能的にノックダウンできるかどうかを測定した。この測定は、FlexStation(登録商標)アッセイ(Nolecular Devices,Sunnyvale,CA)および電位固定測定法を使用して行なった。本発明者らは、レトロウイルスの組み込みによって、神経芽細胞種/DRG融合細胞株ND7/23(European Collection of Cell Cultures,Wiltshire,UK)においてNav1.8コーディング配列を安定して発現させた。上記ND7/23細胞株は、European Collection of Cell Cultures番号92090903号により識別される、マウス神経芽細胞種およびラットニューロンのハイブリッドである。このND7/23−Nav1.8細胞株は、FlexStation(登録商標)膜電位分析および全細胞電位固定測定法の両方において、首尾一貫して高いレベルのNav1.8ナトリウム電流を示した。
本発明者らは、上記5個の選択されたsiRNA配列(配列番号1〜配列番号5)を、個別に、ND7/23−Nav1.8細胞株にトランスフェクトした。このsiRNAによるNav1.8の機能的なノックダウンを、製造業者の指示に従って、FlexStation(登録商標)における膜電位分析を使用して確認した。FlexStation(登録商標)における読み取りは、個々のsiRNAによるトランスフェクトの1日後に行なった。
4細胞は、151,000単位の発光レベルを示した。引き続いて配列番号5のsiRNAをトランスフェクトしたsiRNA 5細胞は、80,000単位の発光レベルを示した。
さらにNav1.8ナトリウム電流の機能的なノックダウンを確認するために、本発明者らは、引き続いてsiRNA 1をトランスフェクトしたND7/23−Nav1.8コントロール細胞において全細胞電位固定測定法を実施した。簡単に述べると、ND7/23−Nav1.8細胞を、非サイレンシングsiRNAを擬似的にトランスフェクトした(すなわち、コントロール細胞)か、またはsiRNA 1をトランスフェクトした(すなわち、siRNA 1細胞)。このsiRNA 1の濃度を、25nMに維持した。緑色蛍光タンパク質(GFP)(Clontech,Palo Alto,CA)を同時にトランスフェクトすることにより識別させた、トランスフェクトに成功した細胞を、全細胞電位固定測定法のために使用した。測定は、トランスフェクトの24時間後およびトランスフェクトの48時間後の両方において行なった。
高いレベルのNav1.8ノックダウンを示すバックアップsiRNAを識別するために、本発明者らは、siRNA 1およびsiRNA 3を含むNav1.8コーディング配列の領域において、6個のさらなるsiRNA(配列番号6〜配列番号11)を設計した。これらの6個のさらなるsiRNAは、実施例1において概略されたのと同じ手順を使用して設計し、そして、以下の表5で示されるように、以下:
(Nav1.8 siRNAのアデノウイルス送達)
長期間にわたる細胞へのsiRNA送達およびNav1.8機能のノックダウンのために、本発明者らは、siRNA発現を駆動するアデノウイルスベクターを設計した。簡単に述べると、この構築物は、U6プロモータカセットの制御下で、siRNA 3(配列番号3)を発現するように設計した。次いで、このsiRNA 3発現カセットを、E1欠失pTG4213アデノウイルス骨格(Transgene,SA,France)へとクローニングした。
(慢性的な痛みを有するラットモデルにおけるNav1.8 siRNAの効果)
Nav1.8−siRNAの効果を、siRNA 3を使用して、慢性疼痛を有するラットモデルにおいて調べた。後足触覚を、等級化されたフォン−フライマイクロフィラメント(=ベースライン感度)を使用して、ラットのコホートにおいて測定した。次いで、これらのラットを、標準的な縫合材料を使用して生じさせた緩い結紮傷害の後に、中腿における左坐骨神経の露出を必然的に伴う外科手順に供した。この傷を閉じ、これらの動物を、あらゆるその後の行動評価の前に、少なくとも1週間、上記処置から回復させた。上記処置に起因する神経外傷が、左後足における触覚過敏(触覚異痛と呼ばれる状態)を引き起こした。異痛の程度を、ベースライン測定のために使用するのと同じフォン−フライマイクロフィラメント処置を使用して定量した。これらの測定を、処置日の13日後に行なった。異痛に関するsiRNA 3(配列番号3)の効果を測定するために、このsiRNAを、恒久的なくも膜下留置カテーテルを通して、脊髄の周りのくも膜下腔に二重鎖として送達した。2μgのsiRNA 3の2回の別々の注射を、3日間にわたって毎日行い、コントロールラットには、同じ時間のプロトコルを用いて、ビヒクルのみの同一の注射を与えた。
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