JP2010539490A - 多数の分析物の診断読み出し情報 - Google Patents

Abstract

本発明は、患者の臨床状態を評価するための方法を提供する。特に、本発明は、複数の分析物またはバイオマーカの分析に基づいて、診断読み出し情報を作成するための方法を提供する。本発明の方法は、診断、予後、治療の選択、治療の効力、生理的特徴および／または再発の可能性において予想される関係性またはそれらの潜在的予測値を有する、多数の異なるマーカの測定を利用する。本発明の一局面によれば、患者由来の検体から得られた複数の異なるバイオマーカが、評価される。次いで、その結果は規格化され、そして、その規格化されたバイオマーカデータに基づいて診断スコアが作成される。

Description

多数のバイオマーカに基づく診断アッセイは、限られた場合にだけに使用されてきた。例えば、臨床状態を評価するために、いくつかの遺伝子における遺伝子発現を測定するアッセイが提案されている。また、診断が不明確なときに、多数の疾患のうち何れのものが存在するかを、スクリーニングしようとして、多数のタンパク質分析物が使用されてきた。通常、どんな標準的なアッセイであってもその結果を評価するために、具体的には、追加的な検査が必要である否かを評価するために、アルゴリズムが使用される。しかし、バイオマーカの種類が違えば、異なる情報を与える結果を提供するため、ほとんどのアッセイでは、状態ごとにスクリーニングされるマーカまたは分析物は一つのみに限られてきた。

様々な臨床的な徴候を調べるために、同一検体から多数の分析物をスクリーニングすることは、一般的である。これがとくに当てはまるのは、患者が曖昧な症状を呈している場合である。例えば、単一の血液検体が、ヘマトクリット、肝炎抗原、ＨＩＶおよびＳＡＲＳについてスクリーニングを受け得る。しかしながら、これらのスクリーニングは、それぞれ異なる臨床状態を目的としており、そして、それらのスクリーニングは、そのマーカが測定することを意図された臨床的徴候の各々について別個の結果をもたらす異なるアルゴリズムに結びついている。そのような広範囲にわたるスクリーニングは、診断が曖昧となるかまたは難しい状況において、一つまたは複数の診断経路が除外するかよしとするために使われる。

どんなスクリーニングアッセイであっても、バイオマーカの数を増やせば、その診断精度も上がる。しかしながら、複数のバイオマーカに基づいた１つの状態のスクリーニングおよび／または診断を可能にするアッセイは、存在しない。したがって、当技術分野において、多数のバイオマーカに基づき、状態のスクリーニングおよび診断を行うことを可能にする、アッセイおよび診断アルゴリズムに対する必要性が存在する。

本発明は、患者の臨床状態を評価する方法を提供する。特に、本発明は、多数の分析物またはバイオマーカの分析に基づく診断の読み出し情報（ｒｅａｄｏｕｔ）を作成するための方法を提供する。実際には、本発明の方法は、単一のアッセイフォーマットで、複数のバイオマーカに基づいて患者をスクリーニングする能力を与える。

本発明の方法は、複雑な診断評価に特に有用である。本発明は、診断能力およびその診断結果の精度を向上する、複数のバイオマーカの多重分析を可能にするものである。本発明の一局面によれば、患者由来の検体から得られた複数の異なるバイオマーカが、評価される。次いで、その結果は規格化され、そして、その規格化されたバイオマーカデータに基づいて診断スコアが作成される。好ましい実施形態において、患者由来の検体に含まれる複数のバイオマーカのそれぞれのレベルが、取得される。次に、各々のバイオマーカには、患者由来の検体におけるそのバイオマーカの検出レベルが所定の閾値を上回るか否かに基づき、二者択一の結果（例えば、１または０）が割り当てられる。次に、臨床評価において使用される診断スコアを作成するため、その二者択一の結果を加算して、累積的なスコアを得る。別の好ましい実施形態では、バイオマーカの結果は、既知の診断基準および／または患者の病歴、生活様式、症状等に基づき、重み付けされる。ここから得られる総計加重スコアが臨床評価のために使われる。

本発明の特定の実施形態においては、複数のバイオマーカの読み出し情報は、二者択一したものである必要はない。それどころか、その読み出し情報は、評価される状態に対する各々のバイオマーカの予測値を考慮に入れたものであってもよい。これは、既知の危険因子、診断基準および患者の病歴に基づき重み付けする形式のものであり、そして、それは、そのアッセイから期待する信頼度を反映して調節され得る。本発明の方法は、複数のバイオマーカから得られた結果に基づく識別特性の招来を可能にする。ここで、この識別特性により、疾患の有無、疾患の進行段階または予後因子（例えば、再発の可能性、治療に対する反応の評価および疾患を発症する危険性）が示される。

本発明の方法は、診断、予後、治療法選択、治療の効力、生理的素質および／または再発の可能性において、予測される関係性を有するかまたは潜在的な予測値を有する、多数の異なるマーカの測定を利用する。多重診断評価のもつ予測能力は、アッセイの特異性および感度の双方において顕著な利点を生み出す。アッセイの予測能力は、高感度、高特異性の結果をもたらすために、幾つかの異なるマーカから結果を取り出し、それらを統合して、個別のマーカ各々の予測能力を包含する単一の診断的な識別特性または結果とする能力に存する。

したがって、本発明の一実施形態において、複数のバイオマーカが、患者から得られた検体において測定される。その複数のバイオマーカは、タンパク質（抗体、酵素、その他を含む）、核酸、炭水化物、糖類、バクテリア、ウイルス、ｐＨ、酸、塩基、ビタミン、イオン、ホルモンおよび薬物から選択される。いくつかの場合、例えば、核酸およびタンパク質の場合では、発現レベルが経時的に測定されてもよい。他の場合、バイオマーカのレベルは、そのバイオマーカに適した如何なる単位でも得られる。次いで、レベルは、バイオマーカのパネル全体にわたり必要に応じて規格化されてもよいかまたは閾値を上回るか否かに基づき二者択一の結果を割り当ててもよい。

いくつかの実施形態においては、さまざまなバイオマーカを用いた個別の検査から求められたバイオマーカのパネルの結果は、診断スクリーニングに使われる。他の場合には、診断判定の前に規格化がおこなわれ、さらに他の場合には、バイオマーカの結果には、単純に二者択一の単位値（例えば、１または０）が割り当てられる。次いで、累積結果は、二者択一の入力値の累積（すなわち、全ての１および０の合計）に基づき、または加重平均を基準として、または選択されたマーカのパネルによって生成される識別特性を基準として、評価される。

本発明の多重診断アッセイのために選択されるマーカは、診断される一つまたは複数の状態に対するその予測値またはその疑いがある予測値に基づいて選択される。特定のマーカは、例えば、疾患との関連の疑いなど様々な診断基準に基づいて選択される。選択されるマーカの数は、ユーザが自由に決めることができ、マーカの累積的な予測能力およびそのパネルにおける個別のマーカの特異性／感度に依存する。マーカのパネルは、診断、予後、治療反応および／または再発に対する有効性を増すように選択され得る。特異性および感度に関する一般的な懸案事項に加えて、マーカは、患者の病歴および生活様式を考慮して選択され得る。例えば、患者が罹っているか、罹っているかもしれないか、または罹ったことのある他の疾患は、分析されるバイオマーカのパネルの選択に影響を与え得る。また、患者のシステムにある薬物がパネルの選択に影響を与え得る。

本発明は、症状を示すまたは示さない患者集団のどちらにおいても、いかなる疾患の診断およびモニタリングに適用することができる。例えば、本発明は、感染性疾患、遺伝疾患、およびその他の状態（例えば、薬物またはアルコールの濫用によって生じる疾患または損傷）の診断のために用いることができる。本発明は、治療効力や疾患の再発または拡大（例えば、転移）の可能性の評価に適用することができる。

本発明は、特に、がんのスクリーニングに有用である。がんに関連するバイオマーカの例としては、以下のものが挙げられる：マトリックスメタロプロテアーゼ（ＭＭＰ）、好中球ゼラチナーゼ結合性リポカリン（ｎｅｕｔｒｏｐｈｉｌ ｇｅｌａｔｉｎａｓｅ−ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｌｉｐｏｃａｌｉｎ （ＮＧＡＬ））、ＭＭＰ／ＮＧＡＬ複合体、サイモシン□１５、サイモシン□１６、コラーゲン様遺伝子（ｃｏｌｌａｇｅｎ ｌｉｋｅ ｇｅｎｅ（ＣＬＧ））産物、プロヒビチン、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼ、β−５−チューブリン、ユビキチン、トロポミオシン、Ｃｙｒ６ｌ、シスタチンＢ、シャペロニン１０およびプロフィリン。ＭＭＰの例としては、特に、以下のものが挙げられるが、これらに限定されない：ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−９、ＭＭＰ９／ＮＧＡＬ複合体、ＭＭＰ／ＴＩＭＰ複合体、ＭＭＰ／ＴＩＭＰ１複合体、ＡＤＡＭＴＳ−７、またはＡＤＡＭ−１２。また、バイオマーカが得られる患者由来の検体は、本発明が機能することにとって重要ではない。好ましい検体の供給源としては、血液、血清、痰、糞便、唾液、尿、脳脊髄液、乳頭吸引物、および膿が挙げられる。

本発明の方法は、疾患を有することが分かっている患者に使用され得るかまたは定期的に健常被検者に対してスクリーニングを行うためも使用され得る。本発明の方法を使用して、被検者は、一つまたは複数の疾患について同時にスクリーニングを受け得る。スクリーニングは定期的に（例えば、毎週、毎月、毎年またはその他の時間間隔で）行われてもよいし、または一回のイベントとして行われてもよい。その分析の結果は、スクリーニングの頻度および／または種類、診断および／または治療手順を変えるために使用されてもよい。異なる状態は、異なる時間間隔でスクリーニングされてよいし、かつ異なる危険因子（例えば、年齢、体重、性別、喫煙歴、家族歴、遺伝子的リスク、毒素および／または発がん性物質への曝露等、またはこれらの組合せ）の相関的要素としてスクリーニングされてもよい。本発明と関連して使用される詳細なスクリーニングの計画（ｒｅｇｉｍｅｎ）および使用されるマーカの選択は、医師または技師の裁量で決定される。

特定のバイオマーカおよび関連する疾患の閾値の値はどれも、文献または標準治療（ｓｔａｎｄａｒｄ ｏｆ ｃａｒｅ）を参照することで決定されるか、または経験的に決定されてもよい。本発明の好ましい実施形態において、本発明のバイオマーカパネルと関連して用いられる閾値は、マーカの閾値レベルと関連づけられた陽性（ｐｏｓｉｔｉｖｅ）および陰性（ｎｅｇａｔｉｖｅ）の予測値に基づく。一例として、１００％陰性となる予測値を与えるマーカが、選択される。換言すれば、十分な数のマーカ（一つだけであってもよい）の値が閾値未満に割り当てられている患者は、スクリーニングが実行された疾患を有しないと予想され、その時点では更なる介入を必要としないと明白に決定され得る。逆に、閾値は、ほぼ１００％の陽性の予測値を達成するように設定され得る。その場合、その閾値を超える、バイオマーカのレベルの重要な数値は、更なる介入の必要性と明確に関連付けられる。当業者にとって明らかであるが、特定のバイオマーカについては、陽性および陰性となる予想値は、１００％となる必要はなく、他の要因（例えば、患者の遺伝歴または遺伝的素因、総合的な健康状態、他の疾患マーカの有無など）による値よりは幾分すくなくてよい。

本発明のさらなる局面および特徴は、以下の詳細な説明を精査することで明らかなものとなる。

本発明は、患者由来の組織検体または体液検体から得られた様々なバイオマーカのパネルを分析し総合して臨床的に有益な結果を生み出す、臨床評価の方法を提供する。本発明の方法の使用で達成されることは、診断範囲および診断能力の向上である。

本発明では、多数のバイオマーカは、患者由来の検体（例えば、組織検体または体液検体）から得られる。様々なマーカのレベルは適切に決定され、そして累積的な診断／予後の結果が提示される。スクリーニングする一つまたは複数の状態に基づいて、任意の数の異なるバイオマーカを選択することができる。多くの場合、例えば、がんにおいては、核酸の突然変異、核酸の発現レベル、核酸のメチル化パターンなどが、タンパク質レベルと連動して、スクリーニングされる。代替的な実施例において、ステロイドホルモンまたはタンパク質ホルモンが、他の種類のマーカと併せてスクリーニングされ得、総合診断「スコア」が提示され得る。マーカの他の組合せは、当業者にとって明らかであり、それはスクリーニングされる疾患または状態に依存する。

本発明は、予測能力を向上するために、単一の診断アルゴリズムで様々な分析物またはバイオマーカを用いることを可能にする。本発明によれば、多数の分析物が測定され、そして、その測定されたアウトプットは、臨床的結果を予測する単一の読み出し情報スコアまたは識別特性に変換される。その読み出し情報は、二者択一されたもの（例えば、１／０、ｙｅｓ／ｎｏ）であってもよく、または、疾患のリスクの程度、または重症度の程度、もしくはありそうな（例えば、治療、再発などの）結果のの程度を表す連続体上の一点であってもよい。これらの場合のいずれにおいても、その読み出し情報は、所望される信頼水準で、予測される結果と相関する。例えば、複数の分析物が分析される場合、その選択されたパネルについて求められた結果のパターンに基づいて識別特性が、生成され得る。次いで、その識別特性は、同じパネルを用いたトレーニングセットとの比較に基づいて、または従来の結果に基づいて経験的に、臨床結果との相関が示される。また、個別の分析物の判定結果は、臨床結果と相関するように構築することができるバーコードフォーマットとされ得る。個別のアッセイの結果は、総合的な結果の必要性に応じて、重み付けされてもされなくともよく、また、規格化されてもされななくともよい。

例示として、一つの局面では、本発明は、診断読み出し情報を提供するためにＤＮＡおよびタンパク質の測定が行われる、二者択一のアルゴリズムが提供される。この実施例では、がんとの関連が知られているゲノム領域に突然変異が存在するか否かを決定するためのアッセイが行われる。例えば、まず、疾患の発症を予示していることが知られている一塩基多型が決定される。これを行うための手段は多数あり、一塩基伸長アッセイ（ｓｉｎｇｌｅ ｂａｓｅ ｅｘｔｅｎｓｉｏｎ ａｓｓａｙ）（例えば、米国特許第６，５６６，１０１号であり、これは本明細書中で参考として援用される）などがそうである。突然変異が存在するか否か（１または０）を示している結果が得られる。いくつかの他のＤＮＡ突然変異も同様に測定されてもよく、疾患との関連付けのための二者択一のスコアが同じように割り当てられ得る。突然変異に基づいたアッセイが、所望数だけ行われ得る。がんに関する情報を提供することが知られている一つまたは複数のタンパク質のレベルも測定される。これは、例えば、腫瘍抑制物質ｐ５３であり得る。そのタンパク質のレベルが疾患の存在を示すことが知られている閾値量を上回るかどうかが決定される。また、この分析物にも二者択一の結果（例えば、閾値を上回る場合は１、そうでない場合は０）が、割り当てられる。最後に、検体において発現されている、診断に関連のある一つまたは複数のＲＮＡのレベルを決定するために、ＲＮＡ定量アッセイ（ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ ＲＮＡ ａｓｓａｙ）が行われる。測定した各ＲＮＡ種について得られた発現レベルと、疾患と関連がある既知の閾値との比較とに基づいて、二者択一の結果が得られる。これらの全てのアッセイの結果は、一連の二者択一の結果であり、これによって、マーカパネル全体について関連付けのアプリオリ決定に基づく臨床状態が割り当てられたバーコードタイプの読み出し情報が形成される。

本発明の別の局面では、アッセイされた各々のバイオマーカは、定量的結果をもたらす。この定量的結果はまた、マーカの所定の閾値と相対的に比較してどれだけの分析物が検体中に存在するかに基づき重み付けされた値が割り当てられる。各々のマーカについて、カットオフ値（ｃｕｔｏｆｆ）を上回る結果には、重み付けされた正のスコアが（この場合、カットオフ値を超えて存在する量に基づき）与えられ、そして、閾値を下回るものには、重み付けされた負のスコアが与えられる。次に、それらの重み付けされたスコアは評価され、総合的な診断読み出し情報を提供する。

本発明にて使われる閾値を決定する方法は多数あり、これには文献または関連する標準治療において標準的な値を参照することも含まれる。選択される正確な閾値は、それらが診断におけるアウトプットと所望の関連がある限りにおいて、重要でない。

同様に、マーカがスクリーニングされる疾患と関連がある限り、選択されるバイオマーカは本発明の実施において、重要でない。疾患との関連付けされているいくつのバイオマーカとしては、以下のものが挙げられる：核酸マーカ（次のものが挙げられるが、これらに限定されない：Ｋ−ｒａｓ、Ｋ−ｒａｓ２、ＡＰＣ、ＤＣＣ、ＴＰ５３、ＰＲＣ１、ＮＵＳＡＰ１、ＣＡＰＺ、ＰＦＫＰ、ＥＶＥＲ１、ＦＬＴ１、ＥＳＰＬ１、ＡＫＡＰ２、ＣＤＣ４５Ｌ、ＲＡＭＰ、ＳＹＮＧＲ２、ＮＤＲＧ１、ＺＮＦ５３３、および高度メチル化核酸（ｈｙｐｅｒｍｅｔｈｙｌａｔｅｄ ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄ））、タンパク質およびペプチド、炭水化物、糖類、グリカン、脂質、ホルモン（例えば、抗利尿ホルモン（ＡＤＨ）、副腎皮質刺激ホルモン（ＡＣＴＨ）、成長ホルモン（ＧＨ）、卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）、黄体形成ホルモン（ＬＨ）、エストロゲン（エストラジオール、エストロン、エストリオール）、プロゲステロン、テストステロン、ジヒドロテストステロン（ＤＨＴ）、インヒビン、ソマトトロピン、デヒドロエピアンドロステネジオン（ＤＨＥＡ）、ソマトスタチン、グルカゴン、インスリン、サイロトロピン、甲状腺刺激ホルモン（ＴＳＨ）、サイロキシン（ｔｈｙｒｏｘｉｎ）、副甲状腺ホルモン、コルチコトロピン、コルチゾール、コルチコステロン、アルドステロン、エピネフリン、ノルエピネフリン、プロラクチン、バソプレッシン、オキシトシン、メラニン細胞刺激ホルモン（ＭＳＨ））、成長因子（例えば、顆粒球コロニー刺激因子（Ｇ−ＣＳＦ）、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ）、神経成長因子（ＮＧＦ）、ニューロトロフィン、血小板由来成長因子（ＰＤＧＦ）、エリスロポエチン（ＥＰＯ）、トロンボポエチン（ＴＰＯ）、ミオスタチン（ＧＤＦ−８）、増殖分化因子（ＧＤＦ−９）、塩基性線維芽細胞成長因子（ｂＦＧＦまたはＦＧＦ２）、酸性線維芽細胞成長因子、上皮成長因子（ＥＧＦ）、肝細胞成長因子（ＨＧＦ）、ヒト幹細胞因子（ＳＣＦ）、腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）、腫瘍壊死因子β（ＴＮＦ−β）、腫瘍壊死因子α（ＴＮＦ−α）、血管内皮成長因子（ＶＥＧＦ）、トランスフォーミング増殖因子β（ＴＧＦ−β）、トランスフォーミング増殖因子α（ＴＧＦ−α）、インスリン様成長因子Ｉ（ＩＧＦＩＩ）、インスリン様成長因子ＩＩ（１ＧＦ−ＩＩ）およびコロニー刺激因子（ＣＳＦ））、サイトカイン（例えば、ＩＬ−ｌα、ＩＬ−１β、ＩＬ−２、ＩＬ−３、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−７、ＩＬ−８、ＩＬ−９、ＩＬ−１０、ＩＬ−１１、ＩＬ−１２、ＩＬ−１３、ＩＦＮ−α、ＩＦＮ−βおよびＩＦＮ−ｙ）、タンパク質（例えば、ＭＭＰ２のようなマトリックスメタロプロテアーゼ（ＭＭＰ）、ＭＭＰ９、好中球ゼラチナーゼ結合性リポカリン（ＮＧＡＬ）、ＭＭＰ／ＮＧＡＬ複合体、サイモシンβ１５、サイモシンβ１６、コラーゲン様遺伝子（ｃｏｌｌａｇｅｎ ｌｉｋｅ ｇｅｎｅ）（ＣＬＧ）産物、プロヒビチン、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼ、β−５−チューブリン、ユビキチン、トロポミオシン、Ｃｙｒ６１、シスタチンＢ、シャペロニン１０、プロフィリン、アルファフェトプロテイン、がん胎児性抗原、上皮成長因子受容体、カリクレイン３（前立腺特異的抗原）、血管内皮成長因子Ａ、ＶＥＧＦ、アルブミン、ＣＡ １２５、カルシトニン、クロモグラニンＡ（副甲状腺分泌タンパク質１））、ＡＣＴＨを含有するコルチコトロピン−リポトロピン、エストロゲン受容体１、ガストリン、プロゲステロン受容体、プロラクチン、５１００α鎖（５１００ ａｌｐｈａ ｃｈａｉｎ）、ソマトスタチン、サイログロブリン、Ｖ−ｅｒｂ−ｂ２、Ｈｅｒ２／ｎｅｕ、モノクローナル抗体Ｋｉ−６７によって特定される抗原、Ｂ細胞ＣＬＵリンパ腫２ （Ｂ−ｃｅｌｌ ＣＬＵｌｙｍｐｈｏｍａ ２）、Ｂｃｌ−２結合Ｘタンパク質、β−２−ミクログロブリン、乳がん１早期発症型、ＢＲＣＡ１、ＣＡ １５．３、ＣＡ １９．９、カドヘリン１のタイプ１ Ｅ−カドヘリン（上皮性）、カスパーゼ ３、ＣＤ４４抗原、細胞腫瘍抗原ｐ５３、血液凝固第ＩＩ因子、プロトロンビン、コロニー刺激因子２（顆粒球−マクロファージ）、コロニー刺激因子３（顆粒球）、Ｃ反応性タンパク質、サイクリンＤ１、サイクリン依存性キナーゼ抑制因子１、ｐ２１、エリスロポエチン、フィブリノゲンα／α−Ｅ鎖、卵胞刺激ホルモン、ガンマエノラーゼ、インスリン、インターフェロンｇａｒｒｕｎａ、インターロイキン２、インターロイキン６、ｋ−ｒａｓ、ネプリライシン（Ｎｅｐｒｉｌｙｓｉｎ）、ＣＤ１０、トランスフェリン、トリプシン。腫瘍壊死因子（ＴＮＦ−α）、腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー６、ｆａｓ、フォン・ヴィレブランド因子、ケモカイン、キチナーゼ−３様タンパク質１（Ｃｈｉｔｉｎａｓｅ−３ ｌｉｋｅ ｐｒｏｔｅｉｎ １）、ＹＫＬ−４０、胎盤性性腺刺激ホルモンβ鎖、コロニー刺激因子１（マクロファージ）、ハプトグロビン−１、肝細胞成長因子、インヒビン、インターフェロン−α／β受容体アルファ鎖、インターフェロン−α／β受容体β鎖、カリクレイン１０、カリクレイン１１、カリクレイン６、マトリクス・メタロプロテアーゼ３、ＡＤＡＭ−１２、低分子誘発型サイトカインＡ２１（ＣＣＬ２１）可溶性ＩＬ−２Ｒα、ソマトトロピン成長因子、成長ホルモン、乳ガン２早期発症型、ＢＲＣＡ２、カテニンβ１、カテプシンＤ、ＣＤ１５、デスミン、ＤＮＡ−（脱プリンまたは脱ピリミジン部位）リアーゼ、ＡＰＥＸ、ルトロピンβ鎖、黄体形成ホルモン、副甲状腺ホルモン、増殖性細胞核抗原、腫瘍壊死因子リガンドスーパーファミリーメンバー８（ＣＤ３０リガンド）、Ｖ−ｍｙｃ骨髄球腫症ウイルス癌遺伝子ホモログ（トリ）、腫瘍壊死因子リガンドスーパーファミリーメンバー８（ＣＤ３０）、１７β−ヒドロキシステロイド脱水素酵素１型（１７ＨＳＤ１）、前立腺酸性ホスファターゼ、アドレノメジュリン、アルドラーゼＡ、骨特異的アルカリホスファターゼ、胎盤型アルカリフォスファターゼ、α−１−酸性糖蛋白質１、オロソムコイド、α−１−アンチトリプシン、α−２−Ｈ Ｓ−糖タンパク質、α２マクログロブリン、α−ラクトアルブミン、アンギオジェニン（Ａｎｇｉｏｇｅｎｉｎ）リボヌクレアーゼＲＮアーゼＡファミリー５、アンジオポイエチン１、アンジオポイエチン２、アンチロイコプロテアーゼ１、ＳＬＰＩ、アポリポタンパク質Ａｌ、アポリポタンパク質Ａ−ＩＩ、アポリポタンパク質Ｃ−１、アポリポタンパク質Ｃ−ＩＩＩ、骨シアロタンパク質ＩＩ、脳由来神経栄養因子、乳ガン転移抑制因子１、ＣＡ ２７．２９、ＣＡ ７２−４、カテプシンＢ、ＣＣケモカイン４、ＨＣＣ−４、可溶性ＣＤ４４変異体Ｖ５（ＣＤ４４ ｖａｒｉａｎｔ Ｖ５ ｓｏｌｕｂｌｅ）、セルロプラスミン、子宮頸ガン１ガン原遺伝子タンパク質ｐ４０、ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド４低分子誘発型ｃｙｔｏｋｉｎｅ Ａ４ （ＣＣＬ４）、ＭＩＰ−１−β、クローディン３（Ｃｌａｕｄｉｎ−３）、クローディン４（Ｃｌａｕｄｉｎ−４）、クラスタリン（Ｃｌｕｓｔｅｒｉｎ）、血液凝固第ＩＩＩ因子，血液凝固第ＸＩＩＩ因子Ａ鎖，血液凝固第ＸＩＩＩ因子Ｂ鎖、コラーゲンＩｃ−末端テロペプチド、補体成分３、補体成分４、補体成分７、補体因子Ｈ関連タンパク質、サイクリン依存性キナーゼ６、シクロオキシゲナーゼ２、シスタチンＡ、シスタチンＢ、シスタチンＣ、サイトケラチン８、ジアゼパム結合阻害剤（Ｄｉａｚｅｐａｍ ｂｉｎｄｉｎｇ ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ）、エンドグリン、エンドセリン１、上皮成長因子、Ｅ−セレクチン、フェリチンＨ、線維芽細胞成長因子２（塩基性）、フィブロネクチン１、Ｆｌｔ−３リガンド、Ｆｍｓ関連チロシンキナーゼ１、ＶＥＧＦＲ１、フォリスタチン、フルクトース二リン酸アルドラーゼＢ、フルクトース二リン酸アルドラーゼＣ、ジェミニン（Ｇｅｍｉｎｉｎ）、グルコース−６−リン酸イソメラーゼ、グリピカン−３、ｎ−末端、増殖停止およびＤＮＡ損傷誘発α、免疫抑制酸性タンパク質、インスリン様成長因子１（ソマトメジンＣ）、インスリン様成長因子２（ソマトメジンＡ）、インスリン様成長因子結合タンパク質１、インスリン様成長因子結合タンパク質２、インスリン様成長因子結合タンパク質３、細胞接着分子−１、インターフェロンα１、インターロイキン１α、インターロイキン１β、インターロイキン１０、インターロイキン１２Ａ、インターロイキン１６、インターロイキン５、インターロイキン６受容体、インターロイキン６シグナル伝達物質、インターロイキン７、インターロイキン８、インターロイキン９、インターロイキン１受容体アンタゴニストタンパク質、ＩＲＡＰ、カリクレイン１４（ｈｋ１４）、前立腺カリクレイン２（Ｋａｌｌｉｋｒｅｉｎ ２ ｐｒｏｓｔａｔｉｃ）、カリクレイン５、カリクレイン７、カリクレイン８、カリクレイン１８、カリクレイン８、ケラチン１８、ケラチン、Ｉ型 細胞骨格１９、サイトケラチン１９（Ｋｅｒａｔｉｎ， ｔｙｐｅ Ｉ ｃｙｔｏｓｋｅｌｅｔａｌ １９， ｃｙｔｏｋｅｒａｔｉｎ １９）、Ｋｉｔリガンド、ラクトトランスフェリン、レプチン、Ｌ−セレクチン、黄体形成ホルモン放出ホルモン受容体、Ｍａｃ−２ 結合タンパク質９０Ｋ、マンマグロビンＢ（Ｍａｍｍａｇｌｏｂｉｎ Ｂ）、マンマリーセラム（Ｍａｍｍａｒｙ Ｓｅｒｕｍ）、抗原（Ａｎｔｉｇｅｎ）、肥満細胞／幹細胞成長因子受容体、メラノーマ阻害活性、メンブレンコファクタープロテイン（Ｍｅｍｂｒａｎｅ ｃｏｆａｃｔｏｒ ｐｒｏｔｅｉｎ）、ＣＤ４６抗原、メソセリン（Ｍｅｓｏｔｈｅｌｉｎ）、ミッドカイン、ＭＫ−１タンパク質、Ｅｐ−ＣＡＭ、筋芽細胞決定タンパク質１、神経成長因子β、ネトリン１（Ｎｅｔｒｉｎ−１）、神経内分泌タンパク質５５、好中球ディフェンシン１（Ｎｅｕｔｒｏｐｈｉｌ ｄｅｆｅｎｓｉｎ １）、好中球ディフェンシン３、Ｎｍ２３−Ｈ １、ＯＶＸ１、ＯＸ４０、Ｐ６５ガン胎児性タンパク質、膵分泌性トリプシンインヒビター、ＴＡＴＩ、副甲状腺ホルモン関連タンパク質、Ｐｃａｆ、Ｐ３００／ＣＢＰ結合因子、ペプシノゲン−１、胎盤特異的組織タンパク質１２、血漿レチノール結合タンパク質、プラスミノゲン（アンギオスタチンを含む）、血小板内皮細胞接着分子、ＰＥＣＡＭ−１、血小板因子４、血小板由来成長因子βポリペプチド、血小板由来成長因子受容体αポリペプチド、プレグナンシーゾーンプロテイン、妊娠関連血漿タンパク質Ａ、前立腺分泌タンパク質ＰＳＰ９４、Ｐ−セレクチン、ＰＳＰ９４結合タンパク質、ピルビン酸キナーゼのＭ１／Ｍ２アイソザイム、リボフラビン担体タンパク質、１００β鎖、分泌性リンタンパク質１、オステオポンチン（ｏｓｔｅｏｐｏｎｔｉｎ）、セリン（またはシステイン）プロテアーゼンヒビター・クレードＢ、マスピン 、セリン（またはシステイン）プロテアーゼンヒビター・クレード（ｃｌａｄｅ）Ｅ、ＰＡＩ−１、血清アミロイドα−１、血清パラオキソナーゼ／アリールエステラーゼ１、低分子誘発性サイトカインＡｌ４ ＣＣＬ１４、低分子誘発性サイトカインＡｌ８（ＣＣＬ１８）、ＭＩＰ−４、低分子誘発性サイトカインＡ２（ＣＣＬ２）、低分子誘発性サイトカインＡ３（ＣＣＬ３）、マクロファージ炎症性タンパク質１−α、低分子誘発性サイトカインＢ５（ＣＸＣＬ５）、扁平上皮ガン抗原１、扁平上皮ガン抗原２、サバイビン、シンデカン−１、シンヌクレインγ、内皮ＴＥＫチロシンキナーゼ、Ｔｉｅ−２、テネイシン、テトラネクチン（Ｔｅｔｒａｎｅｃｔｉｎ）、ＩＩＩ型ＴＧＦβ受容体、チオレドキシン還元酵素１、トロンボポエチン、トロンボポエチン１、チミジンキナーゼ、メタロプロテアーゼ１の組織阻害因子、メタロプロテアーゼ２の組織阻害因子、組織型プラスミノーゲンアクチベーター、ｔＰＡ、トランスフェリン受容体（ｐ９０ ＣＤ７１）、トランスフォーミング成長因子α、トランスフォーミング成長因子β１、トランスサイレチン、トロポミオシン１α鎖（α−トロポミオシン）、腫瘍壊死因子（リガンド）スーパ



ーファミリーメンバー５、ＣＤ１５４、腫瘍壊死因子（リガンド）スーパーファミリーメンバー６、Ｆａｓリガンド、腫瘍壊死因子リガンドスーパーファミリーメンバー１３Ｂ、ＴＡＬＬ−１、腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー１１Ｂ、オステオプロテジェリン（ｏｓｔｅｏｐｒｏｔｅｇｅｒｉｎ）、腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー１Ａ ｐ６０ ＴＮＦ−ＲＩ ｐ５５ ＣＤ１２０ａ、ＴＮＦＲ１、腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー１Ｂ、ＴＮＦＲ２、ウロキナーゼプラスミノーゲン活性化因子表面受容体、Ｕ−ＰＡＲ、血管細胞接着分子−１、血管内皮成長因子受容体２、血管作動性腸管ペプチド、ＶＥＧＦ（１６５）ｂ、ビタミンＫ依存性タンパク質Ｃ（、ビトロネクチン、およびＸボックス結合タンパク質１、抗体、またはそれらの任意の組合せ。

本発明のさらなる局面および効果は、当業者にとって明らかである。

Claims (12)

1. 診断方法であって、
   患者由来の組織検体または体液検体から得られる複数のバイオマーカの各々のレベルを得る工程であって、該複数のバイオマーカの各メンバーが、該複数のバイオマーカの他のメンバー全てと異なる工程；
   該レベルを互いに対して規格化して、複数の規格化されたレベルを作り出す工程；および
   該規格化されたレベルに基づいて、該患者における臨床状態を同定する工程
   を含む、診断方法。
2. 前記複数のバイオマーカの各メンバーは、固有の臨床的情報を提供する、請求項１に記載の方法。
3. 前記複数のバイオマーカの各メンバーは、疾患診断のための標準治療の閾値を有する、請求項１に記載の方法。
4. 前記規格化されたレベルを単一アウトプットスコアに総合する工程をさらに含む、請求項１に記載の方法。
5. 前記複数のバイオマーカの各メンバーは同じ臨床状態を示すものである、請求項１に記載の方法。
6. 前記複数のバイオマーカの各メンバーは異なる臨床状態を示すものである、請求項１に記載の方法。
7. 前記複数のバイオマーカの内の少なくとも一つのメンバーは核酸であり、前記複数のバイオマーカの内の少なくとも一つの他のメンバーはタンパク質である、請求項１に記載の方法。
8. 診断情報を取得するための方法であって、
   患者由来の検体から得られた複数の別個のバイオマーカを分析する工程；、
   該患者由来の検体から得られた該バイオマーカのレベルがそれぞれの所定の閾値を上回るか否かに基づいて、該バイオマーカの各々について二者択一のアウトプットを割り当てる工程；
   該割り当てる工程で得られた累積的な二者択一のデータに基づいて、該患者の臨床状態を決定する工程
   を含む、方法。
9. 前記決定する工程は、それぞれの閾値を上回るバイオマーカおよびそれぞれの閾値を上回らないバイオマーカの、パターンを確立する工程を含む、請求項８に記載の方法。
10. 前記割り当てる工程は、前記バイオマーカの各々から得られた定量的結果を、該定量的結果が前記バイオマーカの各々について固有な所定閾値を上回るか否かに基づき、二者択一のアウトプットに変換する工程を含む、請求項８に記載の方法。
11. 前記決定する工程は、前記バイオマーカの各々について前記のアウトプットの累積総計を得る工程を含む、請求項８に記載の方法。
12. 疾患状態を同定する方法であって、該方法は、
    患者由来の検体の中の複数の別個のバイオマーカの定量的な量を得る工程；
    該定量的な量が該バイオマーカの各々について確立された所定基準を上回るか否かに基づいて、該バイオマーカの各々に二者択一のアウトプットを割り当てる工程；
    該バイオマーカの大部分がそれぞれの閾値を上回るときに、該患者の該疾患状態を同定する工程
    を含む、方法。