JP2010520745A5

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Publication number: JP2010520745A5
Application number: JP2009548801A
Authority: JP
Filing date: 2008-02-07
Publication date: 2011-03-31

Claims

ヒト個体において前立腺癌に対する罹患性を決定するための方法であって、該個体から得られた核酸サンプル中又は該個体に由来する遺伝子型データセット中の少なくとも一つの多型マーカーの少なくとも一つのアレルの存在又は不存在を決定することを含み、該少なくとも一つの多型マーカーがｒｓ１８５９９６２及びそれと連鎖不均衡にあるマーカーからなる群から選択され、及び該少なくとも一つのアレルの存在が前立腺癌に対する罹患性を示す、前記方法。
前立腺癌に対する罹患性を評価することにおいて使用するためのマーカーの同定法であって、
ａ．ｒｓ１８５９９６２と連鎖不均衡にある、少なくとも一つの多型マーカーを同定すること；
ｂ．前立腺癌と診断された個体のサンプル又は前立腺癌に対する罹患性を有している個体のサンプルの遺伝子型状態を決定すること；及び
ｃ．対照個体のサンプルの遺伝子型状態を決定すること；
を含み、前立腺癌と診断された個体又は前立腺癌に対する罹患性を有している個体における、少なくとも一つの多型中の少なくとも一つのアレルの頻度が対照サンプルにおける該少なくとも一つのアレルの頻度と比較して有意に相違していることが、該少なくとも一つの多型が前立腺癌に対する罹患性を評価するために有用であることを示す、前記方法。
前立腺癌と診断された個体又は前立腺癌に対する罹患性を有している個体における、少なくとも一つの多型中の少なくとも一つのアレルの頻度の対照サンプルにおける該少なくとも一つのアレルの頻度と比較しての増加が、該少なくとも一つの多型が前立腺癌に対する増加した罹患性を評価するために有用であることを示し、そして、前立腺癌と診断された個体又は前立腺癌に対する罹患性を有している個体における、少なくとも一つの多型中の少なくとも一つのアレルの頻度の対照サンプルにおける該少なくとも一つのアレルの頻度と比較しての減少が、該少なくとも一つの多型が前立腺癌に対する減少した罹患性を評価するために有用であることを示す、請求項２に記載の方法。
前立腺癌のリスクがあるヒト個体、又は前立腺癌と診断されたヒト個体から得られた核酸サンプルの遺伝子型同定の方法であって、該サンプル中の少なくとも一つの多型マーカーの少なくとも一つのアレルの存在又は不存在を決定することを含み、該少なくとも一つのマーカーは、ｒｓ１８５９９６２及びそれと連鎖不均衡にあるマーカーから成る群より選択され、及び該少なくとも一つの多型マーカーの少なくとも一つのアレルの存在又は不存在は、前立腺癌に対する罹患性を示す、前記方法。
遺伝子型同定が、アレル特異的プローブハイブリダイゼーション、アレル特異的プライマー伸張、アレル特異的増幅、核酸シークエンシング、５’−エキソヌクレアーゼ消化、分子ビーコンアッセイ、オリゴヌクレオチドライゲーションアッセイ、サイズ分析、及び一本鎖配座解析から選択されるプロセスを使用して実施される、請求項４に記載の方法。
さらに、該個体からのサンプル中の少なくとも一つのバイオマーカーを評価することを含む、請求項１〜５のいずれか１項に記載方法。
少なくとも一つのバイオマーカーがＰＳＡである、請求項６に記載の方法。
ヒト個体における前立腺癌に対する罹患性を評価するためのキットであって、該個体のゲノム中の少なくとも一つの多型マーカーの少なくとも一つのアレルを選択的に検出するために必要な試薬を含み、該多型マーカーは、ｒｓ１８５９９６２及びそれと連鎖不均衡にあるマーカーから選択され、該少なくとも一つのアレルの存在は、前立腺癌に対する罹患性を示す、前記キット。
該試薬が、該少なくとも一つの多型マーカーを含む該個体のゲノムの断片へハイブリダイズする少なくとも一つの隣接するオリゴヌクレオチド、緩衝液及び検出可能な標識を含む、請求項８に記載のキット。
該オリゴヌクレオチドが、約１８〜約５０ヌクレオチド長である、請求項８又は９に記載のキット。
ヒト個体において前立腺癌を診断するための試薬及び／又は前立腺癌に対する罹患性を評価するための試薬の製造におけるオリゴヌクレオチドプローブの使用であって、該プローブは、そのヌクレオチド配列が配列番号４、５−１７２及び３４９−３５８のいずれか一つにより与えられる核酸のセグメントにハイブリダイズし、該プローブは１５〜５００ヌクレオチド長である、前記使用。
ヒト個体において前立腺癌のための遺伝的指標を決定するための装置であって、
コンピューター可読可能メモリー；及び
コンピューター可読可能メモリー上に保存されたルーチン；を含み；
該ルーチンは、ｒｓ１８５９９６２及びそれと連鎖不均衡にあるマーカーから選択される少なくとも一つの多型マーカーに関する少なくとも一つのヒト個体についてのマーカー及び／又はハプロタイプ情報を分析するためのプロセッサーで実行されるように、及び該マーカー又はハプロタイプ情報に基づいた出力を発生するように適応しており、該出力が該ヒト個体についての前立腺癌の遺伝的指標としての、少なくとも一つのマーカー又はハプロタイプのリスク尺度を含む、前記装置。
連鎖不均衡が、少なくとも０．２のｒ ^２の数値により特徴付けられる、請求項１〜７の何れか１項に記載の方法。
連鎖不均衡が、少なくとも０．２のｒ ^２の数値により特徴付けられる、請求項８〜１０の何れか１項に記載のキット。
連鎖不均衡が、少なくとも０．２のｒ ^２の数値により特徴付けられる、請求項１２に記載の装置。
ｒｓ１８５９９６２と連鎖不均衡にあるマーカーが表９に記載されたマーカーからなる群より選択される、請求項１〜７及び１３の何れか１項に記載の方法。
ｒｓ１８５９９６２と連鎖不均衡にあるマーカーが表９に記載されたマーカーからなる群より選択される、請求項８〜１０及び１４の何れか１項に記載のキット。
ｒｓ１８５９９６２と連鎖不均衡にあるマーカーが表９に記載されたマーカーからなる群より選択される、請求項１２又は１５に記載の装置。
罹患性が、増加した罹患性である、請求項１〜７、１３及び１６の何れか１項に記載の方法。
ｒｓ１８５９９６２中のアレルＧの存在が前立腺癌に対する増加した罹患性の指標である、請求項１〜７、１３、１６及び１９の何れか１項に記載の方法。