JP6596724B1 - 白髪の遺伝的素因の判定方法 - Google Patents
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Abstract
Description
[1] 被験者から採取したDNA含有試料について、以下の(a1)〜(a29)の1種又は2種以上の一塩基多型(SNP)のアレルを検出する工程と、検出されるアレルの塩基の少なくとも一つがリスクアレルである場合に、該被験者が白髪の遺伝的素因を有すると判定する工程を含む、白髪の遺伝的素因を判定する方法。
(a1) 配列番号1に示される塩基配列の36番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs57425938で特定されるSNP)
(a2) 配列番号2に示される塩基配列の36番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs1425349で特定されるSNP)
(a3) 配列番号3に示される塩基配列の36番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs10516555で特定されるSNP)
(a4) 配列番号4に示される塩基配列の36番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs77260241で特定されるSNP)
(a5) 配列番号5に示される塩基配列の36番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs539456で特定されるSNP)
(a6) 配列番号6に示される塩基配列の36番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs10801279で特定されるSNP)
(a7) 配列番号7に示される塩基配列の36番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs6679684で特定されるSNP)
(a8) 配列番号8に示される塩基配列の36番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs12118091で特定されるSNP)
(a9) 配列番号9に示される塩基配列の36番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs80074537で特定されるSNP)
(a10) 配列番号10に示される塩基配列の36番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs17368264で特定されるSNP)
(a11) 配列番号11に示される塩基配列の36番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs117589901で特定されるSNP)
(a12) 配列番号12に示される塩基配列の36番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs11732443で特定されるSNP)
(a13) 配列番号13に示される塩基配列の36番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs1439283で特定されるSNP)
(a14) 配列番号14に示される塩基配列の36番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs6822121で特定されるSNP)
(a15) 配列番号15に示される塩基配列の36番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs6827130で特定されるSNP)
(a16) 配列番号16に示される塩基配列の36番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs1967256で特定されるSNP)
(a17) 配列番号17に示される塩基配列の36番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs6869199で特定されるSNP)
(a18) 配列番号18に示される塩基配列の36番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs4895262で特定されるSNP)
(a19) 配列番号19に示される塩基配列の36番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs13240906で特定されるSNP)
(a20) 配列番号20に示される塩基配列の36番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs10239446で特定されるSNP)
(a21) 配列番号21に示される塩基配列の36番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs17169503で特定されるSNP)
(a22) 配列番号22に示される塩基配列の36番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs3779986で特定されるSNP)
(a23) 配列番号23に示される塩基配列の36番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs536317で特定されるSNP)
(a24) 配列番号24に示される塩基配列の36番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs564058で特定されるSNP)
(a25) 配列番号25に示される塩基配列の36番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs485522で特定されるSNP)
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(a29) 配列番号29に示される塩基配列の36番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs12968743で特定されるSNP)
[2] 被験者から採取したDNA含有試料について、COL25A1、RGS8、PTPRG、SORCS2、HPSE、BANK1、GPR98、FBXL17、PRR16、SEMA3E、CREB3L2、WDYHV1、SCAI、SMAGP、OSTC、AKR1D1、及びGOLGA1からなる群より選択される1種又は2種以上の遺伝子に関連する一塩基多型(SNP)のアレルを検出する工程と、検出されるアレルの塩基の少なくとも一つがリスクアレルである場合に、該被験者が白髪の遺伝的素因を有すると判定する工程を含む、白髪の遺伝的素因を判定する方法。
[3] [1]又は[2]に記載の方法により判定された結果に基づいて、被験者の白髪の遺伝的素因の程度に応じた白髪の予防及び/又は改善作用を有する化粧料及び/又は飲食品を該被験者に提供する、化粧料及び/又は飲食品の提供方法。
[4] 配列番号1〜29のいずれかに示される塩基配列において、36番目の塩基を含む10塩基以上の配列、又はその相補配列を有するプローブ、及び/又は、配列番号1〜29のいずれかに示される塩基配列において、36番目の塩基を含む領域を増幅することのできるプライマーを含む、白髪の遺伝的素因を判定するためのキット。
[5] COL25A1、RGS8、PTPRG、SORCS2、HPSE、BANK1、GPR98、FBXL17、PRR16、SEMA3E、CREB3L2、WDYHV1、SCAI、SMAGP、OSTC、AKR1D1、及びGOLGA1からなる群より選択される1種又は2種以上の遺伝子の発現変化を指標とする、白髪の予防及び/又は改善剤のスクリーニング方法。
[6] COL25A1、RGS8、PTPRG、SORCS2、HPSE、BANK1、GPR98、FBXL17、PRR16、SEMA3E、CREB3L2、WDYHV1、SCAI、SMAGP、OSTC、AKR1D1、及びGOLGA1からなる群より選択される1種又は2種以上の遺伝子の発現を制御する素材を含有する、白髪の予防及び/又は改善用組成物。
本発明の白髪の遺伝的素因の判定方法は、被験者から採取したDNA含有試料について、以下の(a1)〜(a29)の1種又は2種以上の一塩基多型(SNP)のアレルを検出する工程と、検出されるアレルの塩基の少なくとも一つがリスクアレルである場合に、該被験者が白髪の遺伝的素因を有すると判定する工程を含む。
(a1) 配列番号1に示される塩基配列の36番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs57425938で特定されるSNP)
(a2) 配列番号2に示される塩基配列の36番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs1425349で特定されるSNP)
(a3) 配列番号3に示される塩基配列の36番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs10516555で特定されるSNP)
(a4) 配列番号4に示される塩基配列の36番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs77260241で特定されるSNP)
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(a10) 配列番号10に示される塩基配列の36番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs17368264で特定されるSNP)
(a11) 配列番号11に示される塩基配列の36番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs117589901で特定されるSNP)
(a12) 配列番号12に示される塩基配列の36番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs11732443で特定されるSNP)
(a13) 配列番号13に示される塩基配列の36番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs1439283で特定されるSNP)
(a14) 配列番号14に示される塩基配列の36番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs6822121で特定されるSNP)
(a15) 配列番号15に示される塩基配列の36番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs6827130で特定されるSNP)
(a16) 配列番号16に示される塩基配列の36番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs1967256で特定されるSNP)
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(a29) 配列番号29に示される塩基配列の36番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs12968743で特定されるSNP)
上記のSNPの検出及びタイピング方法では、各方法に応じたプローブやプライマーが使用される。このようなプローブやプライマーもまた本発明の範囲に包含され、キットとして提供できる。
上述のとおり、COL25A1、RGS8、PTPRG、SORCS2、HPSE、BANK1、GPR98、FBXL17、PRR16、SEMA3E、CREB3L2、WDYHV1、SCAI、SMAGP、OSTC、AKR1D1、GOLGA1は、上記の(a1)〜(a29)のSNPが、その近傍(100kb以内)に存在するか、SNPにより発現が変動することが文献的に知られている遺伝子である。
本試験を実施するにあたり、同意書、白髪に関するアンケート、及び遺伝型判定について、自社における倫理審査委員会によって承認を受けた。同意書のサインにて同意を受けたサンプル提供者よりサンプル採取を行い、遺伝型判定、アンケート解析、及びゲノムワイド関連解析(GWAS)を行った。
自社社員をDNAサンプル提供の対象者とした。このうち募集に応じた643人(男性259人、女性384人)の唾液を採取した。採取した唾液からMaxwell RSC Stabilized Saliva DNA Kit(プロメガ社製)を使用してゲノムDNAを抽出し、DNAサンプルを得た。
得られたDNAサンプルについて、アジア人のゲノムに見られる頻度の高いSNP解析用プローブが搭載された遺伝型解析用チップAxiom(登録商標) Genome-Wide CHB 1 & CHB 2 Array(Thermo Fisher Scientific)を用いて遺伝型の決定を行った。遺伝型データはAxiom Analysis Suite 4.0(Thermo Fisher Scientific)を用いて得た。
PLINK 1.9(www.cog-genomics.org/plink/1.9/)を利用して、遺伝型データから未確認血縁性を除去するために、PI_HAT=0.25以上の個体ペアを検出し、それぞれのペアについて、個体Call Rate値の悪い個体を解析対象から除外した。
白髪に関するアンケート項目は、「白髪の多少」についての質問に対して、「1.ない」、「2.数本ある」、「3.目立ってきた」、「4.ほぼ全体的にある」の4つの選択肢から1つを回答するものであり、間隔尺度として扱った。
遺伝型データと表現型データとの関連性について、PLINK 1.9(www.cog-genomics.org/plink/1.9/)を利用して、表現型データを目的変数、遺伝型データのマイナーアレルの本数、及び年齢、性別を説明変数とした線形回帰分析を行い、前記マイナーアレルの本数の回帰係数のp値を評価した。前記線形回帰分析により算出したp値が1×10-5未満となるSNP29個を表現型との関連性があるものとして抽出した。
以上の解析から、白髪の遺伝的素因(白髪になり易さ)と関連性があり、個人の白髪になり易さを判定できるSNPとして29個のSNPを特定した(表4)。特定した各SNPのSNP ID(NCBI dsSNP)、当該SNPが存在する染色体番号及び物理位置、アレル及びリスクアレルの塩基、遺伝型のp値を示す。p値の欄において、それぞれのp値は10を底とする指数形式で表示され、符号Eの前後に記載された数値はそれぞれp値を指数形式で表示した際の仮数部と指数部を示す。
Claims (3)
- 東アジア人の被験者から採取したDNA含有試料について、以下の(a1)〜(a29)の1種又は2種以上の一塩基多型(SNP)のアレルを検出する工程と、検出されるアレルの塩基の少なくとも一つがリスクアレルである場合に、該被験者が白髪の遺伝的素因を有すると判定する工程を含む、白髪の遺伝的素因を判定する方法。
(a1) 配列番号1に示される塩基配列の36番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs57425938で特定されるSNP)
(a2) 配列番号2に示される塩基配列の36番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs1425349で特定されるSNP)
(a3) 配列番号3に示される塩基配列の36番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs10516555で特定されるSNP)
(a4) 配列番号4に示される塩基配列の36番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs77260241で特定されるSNP)
(a5) 配列番号5に示される塩基配列の36番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs539456で特定されるSNP)
(a6) 配列番号6に示される塩基配列の36番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs10801279で特定されるSNP)
(a7) 配列番号7に示される塩基配列の36番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs6679684で特定されるSNP)
(a8) 配列番号8に示される塩基配列の36番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs12118091で特定されるSNP)
(a9) 配列番号9に示される塩基配列の36番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs80074537で特定されるSNP)
(a10) 配列番号10に示される塩基配列の36番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs17368264で特定されるSNP)
(a11) 配列番号11に示される塩基配列の36番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs117589901で特定されるSNP)
(a12) 配列番号12に示される塩基配列の36番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs11732443で特定されるSNP)
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(a14) 配列番号14に示される塩基配列の36番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs6822121で特定されるSNP)
(a15) 配列番号15に示される塩基配列の36番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs6827130で特定されるSNP)
(a16) 配列番号16に示される塩基配列の36番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs1967256で特定されるSNP)
(a17) 配列番号17に示される塩基配列の36番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs6869199で特定されるSNP)
(a18) 配列番号18に示される塩基配列の36番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs4895262で特定されるSNP)
(a19) 配列番号19に示される塩基配列の36番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs13240906で特定されるSNP)
(a20) 配列番号20に示される塩基配列の36番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs10239446で特定されるSNP)
(a21) 配列番号21に示される塩基配列の36番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs17169503で特定されるSNP)
(a22) 配列番号22に示される塩基配列の36番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs3779986で特定されるSNP)
(a23) 配列番号23に示される塩基配列の36番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs536317で特定されるSNP)
(a24) 配列番号24に示される塩基配列の36番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs564058で特定されるSNP)
(a25) 配列番号25に示される塩基配列の36番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs485522で特定されるSNP)
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(a29) 配列番号29に示される塩基配列の36番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs12968743で特定されるSNP) - 請求項1に記載の方法により判定された結果に基づいて、東アジア人の被験者の白髪の遺伝的素因の程度に応じた白髪の予防及び/又は改善作用を有する化粧料及び/又は飲食品を該被験者に提供する、化粧料及び/又は飲食品の提供方法。
- 配列番号1〜29のいずれかに示される塩基配列において、36番目の塩基を含む10塩基以上の配列、又はその相補配列を有するプローブ、及び/又は、配列番号1〜29のいずれかに示される塩基配列において、36番目の塩基を含む領域を増幅することのできるプライマーを含む、東アジア人の白髪の遺伝的素因を判定するためのキット。
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