JP2010015546A - リアルタイムpcr蛍光データ内のステップ型不連続部除去用のシステム及び方法 - Google Patents
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Abstract
【解決手段】成長プロセスを表すデータセットを受信する段階、非線形回帰プロセスを第1非線形関数に適用して前記第1関数のパラメータを決定することにより、前記データセットにフィットする曲線の第1近似を算出する段階、第2回帰プロセスを第2非線形関数に適用して前記第2関数のパラメータを決定することにより、前記データセットにフィットする曲線の第2近似を算出する段階、前記第1及び第2近似のそれぞれのものの情報係数を決定する段階、前記情報係数に基づいて前記近似の中の1つものを選択する段階、前記選択された近似の前記ステップ型不連続部パラメータの信頼区間を決定する段階、前記信頼区間が値ゼロを含まない場合に、ゼロに設定された対応する前記ステップ型不連続部パラメータを有する前記選択された近似によって前記データセットの一部を置換する段階、を含んで成る。
【選択図】図16
Description
(ケース1)
これは、CAP/CTM HIVモニタ検定からのIQS(HEXチャネル)蛍光データである。検定設計は、サイクル15の後にジャンプ不連続部を具備する。図12は、未加工の蛍光データ(点線)と、補正済みのデータ(実線)と、を示す。次の表4は、推定された係数と、対応する信頼区間と、を示す。ケース1のR2は、0.99を上回っている。
これは、実際の標的の増幅を伴わないB19パルボウイルス標的チャネル(FAMチャネル)である。検定設計は、サイクル5の後にジャンプ不連続部を具備する。図13は、未加工の蛍光データ(点線)と、補正済みのデータ(実線)と、を示す。次の表5は、推定されたモデル係数と、それらの対応する信頼区間と、を示す。ケース2のR2は、0.94である。
これは、HBV High Pure(FAMチャネル)の標的である。この検定は、ジャンプ不連続部を具備しない。このケースにおける係数hの信頼区間は、ゼロを含むことになる。従って、不連続部の補正は不要である。図14は、未加工のデータ(点線)と、補正済みのデータ(実線)と、を示す。次の表6は、推定されたモデル係数と、それらの対応する信頼区間と、を示す。ケース3のR2は、0.99を上回っている。
これは、高濃度(2.9×1011IU/ml)のB19パルボウイルスサンプル(FAMチャネル)である。検定設計は、サイクル5の後にジャンプ不連続部を具備するが、大きな複写数に起因し、不連続部は観察されない。前述の方法は、このケースを上手に取り扱うことができる。図15は、未加工のデータ(点線)と、補正済みのデータ(実線)と、を示す。このケースにおける係数hの信頼区間はゼロを含む。次の表7は、推定されたモデル係数と、それらの対応する信頼区間と、を示す。ケース4のR2は、0.99を上回る。
Claims (15)
- 成長プロセスを表すデータ内のステップ型不連続部を自動的に除去する方法であって、
−成長プロセスを表すデータセットを受信する段階、ここで、前記データセットは、複数のデータポイントを含み、それぞれのデータポイントは、座標値のペアを具備する、
−非線形回帰プロセスを第1非線形関数に適用して前記第1関数のパラメータを決定することにより、前記データセットにフィットする曲線の第1近似を算出する段階、ここで、前記パラメータは、ステップ型不連続部パラメータを含む、
−第2回帰プロセスを第2非線形関数に適用して前記第2関数のパラメータを決定することにより、前記データセットにフィットする曲線の第2近似を算出する段階、ここで、前記第2関数の前記パラメータは、ステップ型不連続部パラメータを含む、
−前記第1及び第2近似のそれぞれのものの情報係数を決定する段階、
−前記情報係数に基づいて前記近似の中の1つものを選択する段階、
−前記選択された近似の前記ステップ型不連続部パラメータの信頼区間を決定する段階、
−前記信頼区間が値ゼロを含まない場合に、ゼロに設定された対応する前記ステップ型不連続部パラメータを有する前記選択された近似によって前記データセットの一部を置換する段階、
を含んで成る方法。 - 前記第1非線形回帰プロセスは、Levenberg−Marquardt(LM)回帰プロセスであり、且つ、前記第1非線形関数は、ダブルシグモイド関数である請求項1記載の方法。
- 置換された前記データセットの前記部分は、第1データポイントから始まって前記ステップ型不連続部が発生したデータポイントを含むものまでの前記データセットの部分を含む請求項1記載の方法。
- 前記選択段階の後に、
−前記選択された近似のフィットの適合度値を算出し、且つ、前記フィットの適合度値が閾値を上回る場合にのみ、継続する段階、
を更に含む請求項1記載の方法。 - プロセッサを制御し、成長曲線を表すデータセット内のステップ型不連続部を自動的に除去するコードを含むコンピュータ可読媒体であって、
前記コードは、
−成長プロセスを表すデータセットを受信する段階、ここで、前記データセットは、複数のデータポイントを含み、それぞれのデータポイントは、座標値のペアを具備する、
−非線形回帰プロセスを第1非線形関数に適用して前記第1関数のパラメータを決定することにより、前記データセットにフィットする曲線の第1近似を算出する段階、ここで、前記パラメータは、ステップ型不連続部パラメータを含む、
−第2回帰プロセスを第2非線形関数に適用して前記第2関数のパラメータを決定することにより、前記データセットにフィットする曲線の第2近似を算出する段階、ここで、前記第2関数の前記パラメータは、ステップ型不連続部パラメータを含む、
−前記第1及び第2近似のそれぞれのものの情報係数を決定する段階、
−前記情報係数に基づいて前記近似の中の1つものを選択する段階、
−前記選択された近似の前記ステップ型不連続部パラメータの信頼区間を決定する段階、
−前記信頼区間が値ゼロを含まない場合に、ゼロに設定された対応する前記ステップ型不連続部パラメータを有する前記選択された近似によって前記データセットの一部を置換する段階、
を実行するための命令を含む、コンピュータ可読媒体。 - 前記第1非線形回帰プロセスは、Levenberg−Marquardt(LM)回帰プロセスであり、且つ、前記第1非線形関数は、ダブルシグモイド関数である請求項7記載のコンピュータ可読媒体。
- 置換された前記データセットの前記部分は、第1データポイントから始まって前記ステップ型不連続部が発生したデータポイントを含むものまでの前記データセットの部分を含む請求項7記載のコンピュータ可読媒体。
- −キネティックPCR増幅曲線を表すPCRデータセットを生成するキネティックPCR分析モジュールであって、前記データセットは、複数のデータポイントを含み、それぞれのデータポイントは、座標値のペアを具備する、キネティックPCR分析モジュールと、
−インテリジェンスモジュールと、
を有し、
前記インテリジェンスモジュールは、
−非線形回帰プロセスを第1非線形関数に適用して前記第1関数のパラメータを決定することにより、前記データセットにフィットする曲線の第1近似を算出する段階、ここで、前記パラメータは、ステップ型不連続部パラメータを含む、
−第2回帰プロセスを第2非線形関数に適用して前記第2関数のパラメータを決定することにより、前記データセットにフィットする曲線の第2近似を算出する段階、ここで、前記第2関数の前記パラメータは、ステップ型不連続部パラメータを含む、
−前記第1及び第2近似のそれぞれのものの情報係数を決定する段階、
−前記情報係数に基づいて前記近似の中の1つものを選択する段階、
−前記選択された近似の前記ステップ型不連続部パラメータの信頼区間を決定する段階、
−前記信頼区間が値ゼロを含まない場合に、ゼロに設定された対応する前記ステップ型不連続部パラメータを有する前記選択された近似によって前記データセットの一部を置換する段階、
により、前記PCRデータセットを処理し、前記データセット内のステップ型不連続部を自動的に除去するべく適合されている、キネティックポリメラーゼ連鎖反応(PCR)システム。 - 前記第1非線形回帰プロセスは、Levenberg−Marquardt(LM)回帰プロセスであり、且つ、前記第1非線形関数は、ダブルシグモイド関数である請求項12記載のシステム。
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