JP2009521223A - 可逆的停止ヌクレオチドを利用する配列決定法および遺伝型解析法 - Google Patents
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Abstract
を決定する方法を提供する。
【選択図】なし
Description
(a)少なくとも1つの鋳型核酸を、少なくとも1つのポリメラーゼ、少なくとも1つの2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチド(例えば、2’−一リン酸−3’−ヒドロキシルヌクレオチドなど)、および、少なくとも鋳型核酸の部分配列に相補的な、少なくとも1つのプライマー核酸とインキュベートし、それによって、ポリメラーゼがプライマー核酸を伸長させて、プライマー伸長産物の3’末端に、2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドを取り込む、少なくとも1つのプライマー伸長産物を生じさせる工程;
(b)プライマー伸長産物の3’末端にある2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドの2’位から保護基(例えば、リン酸など)を除去する工程;および
(c)工程(b)の前および/またはその工程中に、プライマー伸長産物中にある2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドを同定し、それによって、同定された2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドから鋳型核酸の塩基配列の少なくとも一部を決定することが可能になり、少なくとも鋳型核酸のその一部を配列決定する工程。ある実施形態において、工程(b)は、プライマー伸長産物を、2’位にある保護基(例えば、リン酸など)を除去する活性とインキュベートする工程を含む。本方法は、一般的に、工程(a)〜(c)を1回以上繰り返すことを含む。
a)プライマー、ポリメラーゼ、および2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドを含む反応混合液であって、該修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドが、4種類の天然型塩基またはそれらのアナログのうち1つを含み、さらに、前記プライマーが鋳型核酸にアニールし、反応液中に存在するポリメラーゼによって伸長して伸長産物を生成する条件下で合成を停止させる2’位の修飾を含むヌクレオチドである反応混合液の中で、鋳型核酸をインキュベートする工程;
b)2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドが伸長産物に取り込まれたことを示すシグナルが存在するか否かを判定する工程;
c)該シグナルが存在しない場合には、4種類の天然型塩基またはそれらのアナログのうち別の1つを含む、異なった2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドを用いて工程a)およびb)を繰り返す工程;
d)前記伸長産物を、可逆的ターミネーターヌクレオチド上に存在する2’位の修飾を除去する活性とともにインキュベートする工程;
e)工程a)〜d)を所望の回数繰り返して、該鋳型核酸の一部の配列を決定する工程;および
f)鋳型核酸の該一部の配列を、多型性部位の公知の配列と比較する工程。
鋳型核酸を、プライマー、ポリメラーゼ、および2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドを含む反応混合液であって、該修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドが、4種類の天然型塩基またはそれらのアナログのうち1つを含み、合成を停止させる2’位の修飾を含むヌクレオチドである反応混合液に入れてインキュベートする反応用チャンバーを含むサーマルサイクラーであって、プライマーを鋳型核酸にアニールさせ、反応液中に存在するポリメラーゼによって伸長させて伸長産物を生成させる条件を作り出すのに効果的なサーマルサイクラー;
試薬を添加および除去するための入口と出口をもつ該反応用チャンバー;および
2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドが伸長産物に取り込まれたことを示すシグナルが存在することを検出するのに効果的な検出装置。
a)該鋳型核酸を、プライマー、ポリメラーゼ、および2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドを含む反応混合液の中で、プライマーが該鋳型核酸にアニールし、反応液中に存在するポリメラーゼによって伸長して伸長産物を生成する条件下でインキュベートする工程;
b)2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドが伸長産物に取り込まれたことを示すシグナルが存在することを判定する工程;
c)伸長産物を、可逆的ターミネーターヌクレオチド上に存在する2’位の修飾を除去する活性とともにインキュベートする工程;
d)工程a)〜c)を所望の回数繰り返して、該鋳型核酸の少なくとも一部の配列を決定する工程。
a)プライマー、ポリメラーゼ、および2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドを含む反応混合液であって、該修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドが、4種類の天然型塩基またはそれらのアナログのうち1つを含み、さらに、前記プライマーが鋳型核酸にアニールし、反応液中に存在するポリメラーゼによって伸長して伸長産物を生成する条件下で合成を停止させる2’位の修飾を含むヌクレオチドである反応混合液の中で、鋳型核酸をインキュベートする工程;
b)2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドが伸長産物に取り込まれたことを示すシグナルが存在するか否かを判定する工程;
c)該シグナルが存在しない場合には、4種類の天然型塩基またはそれらのアナログのうち別の1つを含む、異なった2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドを用いて工程a)およびb)を繰り返す工程;
d)前記伸長産物を、可逆的ターミネーターヌクレオチド上に存在する2’位の修飾を除去する活性とともにインキュベートする工程;および
e)工程a)〜d)を所望の回数繰り返して、該鋳型核酸の少なくとも一部の配列を決定する工程。
「2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチド」(2’−修飾型可逆的ターミネーターとも呼ばれることがある)という用語は、ヌクレオチドの糖成分の2’位に除去可能な保護基を含むヌクレオチドアナログを意味する。「除去可能な保護基」とは、2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドが取り込まれた後に核酸の伸長を少なくとも部分的に停止させる化学物質の基または部分であるが、それを除去すると、核酸分子の伸長が回復できるものを意味する。保護基が存在することによって伸長が停止するが、保護基を切除した後に伸長が回復される限り、保護基の性質は本発明にとって重大な意味を持たない。除去可能な保護基の例はリン酸基である。その他の代表的な保護基も本明細書に記載されている。2’−ターミネーターヌクレオチドの例には、2’−一リン酸−3’−ヒドロキシル−5’−三リン酸ヌクレオシドおよび2’−一リン酸−3’−ヒドロキシル−5’−二リン酸ヌクレオシドが含まれる。本発明において用いられる2’−ターミネーターヌクレオチドは、例えば、米国特許出願公開第20050037991号および第20050037398号に記載されている。
本発明は、例えば、可逆的ターミネーターとして役立つ2’修飾ヌクレオチドを用いて核酸配列を決定する方法を提供する。ある実施形態において、伸長中の核酸鎖に2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドを取り込むと、検出可能なシグナルが生じる。いくつかの例示的実施形態では、2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドが取り込まれた後、例えば、2’位から修飾が除去されると、検出可能なシグナルが生成される。さらに、取り込まれたヌクレオチドを、修飾を除去する活性で処理すると、核酸鎖がさらに伸長する可能性がもたらされる。
一定の2’修飾型ターミネーターヌクレオチドが当分野において公知である。このヌクレオチドは、例えば、米国特許出願公開第20050037991号および第20050037398号に記載されている。ターミネーターヌクレオチドは、天然型塩基、またはそのような塩基のアナログをもつことができる。さらに、この用語は、5’−三リン酸アナログ、5’−四リン酸アナログおよび5’−五リン酸アナログも包含する。
標識成分
いくつかの実施形態において、本発明の2’修飾型ターミネーターヌクレオチドは、核酸分子の中にヌクレオチドが取り込まれたことの検出を可能にするための標識系の標識または成分を含む。このシグナルは、鎖にヌクレオチドが取り込まれるとシグナルが検出される標識ストラテジーに基づいて発生させるか、または核酸鎖に付加されている2’修飾型ヌクレオチドから保護基を除去するときに発生させることができる。このような標識は、ヌクレオチドが核酸鎖に取り込まれているか否かを示すシグナルの発生をもたらす。ヌクレオチドが取り込まれているか否かの指標であるシグナル発生という概念には、直接または間接のシグナル発生、およびヌクレオチドが取り込まれると起きるシグナル発生を含み、例えば、γリン酸が除去されるとシグナルをもたらし、取り込まれたヌクレオチドを検出するための、取り込み後の更なる工程、例えば、2’OH基にある保護基を除去する工程を含む状況、または塩基上に位置しているリンカーを光切断または化学切断することを用いる実施形態が含まれる。
標識(標識成分)は、核酸鎖に取り込まれる2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドの検出をもたらす適当な部位に付着させることができる。ヌクレオチドに標識を付着させると、シグナルの除去ももたらされるため、核酸鎖に取り込まれた標識からのシグナルを除去することができる。例えば、2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドに単一の標識が付着している場合には、その標識は、切断可能なリンカーを介して塩基または糖に付着させることができる。伸長した核酸鎖に取り込まれた標識からのシグナルが検出されたところで、リンカーを切断して標識を除去することができる。別の実施形態においては、2’修飾位置に存在するリン酸に標識成分を付着させる。そうすれば、2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドから2’修飾を除去する場合、例えば、ホスホジエステラーゼおよび/またはホスファターゼによって標識成分を除去することができる。
本発明の2’−修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドを用いるシーケンシング反応は、2’修飾基を除去して鎖伸長の終止を逆転させる工程を含む。したがって、本発明は、伸長反応で伸長しているヌクレオチド鎖をリアルタイムでモニターすることを提供する。このようなシーケンシング反応は、さまざまな方式で行うことができる。
また、本発明は、核酸の配列を決定するためのシステムも提供する。このようなシステムは、2’可逆的ターミネーターヌクレオチドを含む、少なくとも1個の容器を含む。一般的には、このシステムは、例えば、並行して配列決定反応を行うために、複数の容器を含んでいる。また、このシステムは、容器内の温度を調節するために、容器に操作可能に接続されている、少なくとも1個の熱調節装置(例えば、熱サイクル装置)、および/または(c)液体を容器へ、および/または容器から移動させる、少なくとも1個の液体移動用コンポーネント(例えば、自動式ピペッターなど)も含む。そのいくつかがマイクロ流体装置として具体化されている熱サイクル装置、および本発明のシステム内で使用するのに適しているか適合可能な、さまざまな液体移動用装置が、当分野において公知である。このシステムは、任意で、容器内で発生する検出可能なシグナルを検出するために、容器に操作可能に接続されている、少なくとも1個の検出装置をさらに含む。このシステムは、一般的には、容器内の温度を調節するために熱調節装置、および/または容器へ、および/または容器から液体を移動させるための液体移動用コンポーネントに操作可能に接続されている、少なくとも1個の制御装置をさらに含む。
また、本発明は、配列決定のためのキットも提供する。そのようなキットは、少なくとも1つの2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドを含むことができる。2’修飾型ターミネーターヌクレオチドは、任意で、少なくとも1つの標識(例えば、ラジオアイソトープ、蛍光色素、質量改変基など)を含む。いくつかの実施形態において、本キットは、ターミネーターヌクレオチド上に存在するブロッキング修飾を除去するための試薬をさらに含む。また、本発明のキットは、以下のものの1つ以上など、追加的な成分も含むことができる:伸長可能なヌクレオチド、反応を行うためのポリメラーゼ、バッファー、またはシグナルを検出するのに必要な酵素成分もしくは試薬。
2’−リン酸標識(TAMRA)−ウリジン、四リン酸を合成する方法の机上実施例を以下に示す。示されているように、この方法は、固相合成技術および簡単に入手できる出発物質を利用するものであるが、このスキームは、僅かな変更を加えて液相合成にも簡単に合わせることができる。同様に、このスキームは、僅かな変更を加えて、他の色素標識ヌクレオチドを合成するために簡単に適合させることができる。例えば、このスキームの最初の工程におけるTAMRA−cpgを、適当に保護および修飾された反応性水酸基含有色素成分に選択的に代えることができる。ウリジン3’−tBDシリルCEDホスホロアミダイト(ANP−5684、Chemgenes,Wilmington,MA)を3’−TamraCPG(Glen Research,Sterling,VA)に結合させる。5’−DMT保護基を除去した後、5’−OH基を、サリチルホスホロクロリダイトおよびピロリン酸と反応させ、その後、酸化し(LudwigとEckstein,J.Org.Chem.1989,54,631−635)、支持体から切り離して所望の化合物を得る。
2’−リン酸標識され、2’−リン酸標識−末端リン酸標識されたヌクレオシドポリリン酸を合成するためのより一般的な方法の机上実施例を以下に示す。示されているように、この方法は、固相合成技術および簡単に入手できる出発物質を利用するものであるが、このスキームは、僅かな変更を加えて液相合成にも簡単に合わせることができる。例えば、このスキームの最初の工程における3’−アミノ修飾剤C7 CPGを、反応性水酸基をもつ、適当に保護されたアミノ−アルキル−リンカーに選択的に代えることができる。ヌクレオシド3’−tBDシリルCEDホスホロアミダイト(例えば、ANP−5684、Chemgenes,Wilmington,MA)を3’−アミノ修飾剤C7 CPG(Glen Research,Sterling,VA)に結合させる。この結合工程の後、必要に応じて、当分野において公知である適当な試薬を選択することにより、2’−リンをP=O、P=S、P=Se、またはP:BH3に修飾してもよい。次の3つの工程で、5’−DMT保護基を除去し、得られた5’−OH基を、サリチルホスホロクロリダイトと反応させ、このサリチル基をピロリン酸によって置換する(LudwigとEckstein,J.Org.Chem.1989,54,631−635)。あるいは、例えば、トリポリリン酸などのポリリン酸を別の修飾に用いることができる。ここでも、また、αリン酸を、必要に応じて、当分野において公知である適当な試薬を選択することによって、2’−リンをP=O、P=S、P=Se、またはP:BH3に修飾することができる。次の工程では、末端リン鎖標識を行うために、環状ポリリン酸を、加水分解するか、または求核基をもつ色素もしくは他の標識と反応させることができる。最後に、この分子を支持体から切り離し、脱保護し、NHSエステルなどの反応性色素誘導体と反応させる。
切断可能な2’−リン酸標識され、2’−リン酸標識−末端リン酸標識されたヌクレオシドポリリン酸を合成するためのより一般的な方法の別の机上実施例を以下に示す。示されているように、この方法は、固相合成技術および簡単に入手できる出発物質を利用するものであるが、このスキームは、僅かな変更を加えて液相合成にも簡単に合わせることができる。例えば、このスキームの最初の工程における3’−チオール−修飾剤C3 S−S CPGを、反応性水酸基をもつ、適当に保護されたアルキル−チオール−リンカーに選択的に代えることができる。ヌクレオシド3’−tBDシリルCEDホスホロアミダイト(例えば、ANP−5684、Chemgenes,Wilmington,MA)を3’−チオール−修飾剤C3 S−S CPG(Glen Research,Sterling,VA)に結合させる。この結合工程の後、必要に応じて、当分野において公知である適当な試薬を選択することにより、2’−リンをP=O、P=S、P=Se、またはP:BH3に修飾してもよい。次の3つの工程で、5’−DMT保護基を除去し、得られた5’−OH基を、サリチルホスホロクロリダイトと反応させ、このサリチル基をピロリン酸によって置換する(LudwigとEckstein,J.Org.Chem.1989,54,631−635)。あるいは、例えば、トリポリリン酸などのポリリン酸を別の修飾に用いることができる。ここでも、また、αリン酸を、必要に応じて、当分野において公知である適当な試薬を選択することによって、2’−リンをP=O、P=S、P=Se、またはP:BH3に修飾することができる。次の工程では、末端リン鎖標識を行うために、環状ポリリン酸を、加水分解するか、または求核基をもつ色素もしくは他の標識と反応させることができる。最後に、この分子を支持体から切り離し、脱保護し、ジスルフィド結合を還元して反応性チオール機能を生じさせる。これを、マレイミド誘導体などのチオール反応性色素誘導体と反応させることができる。
4種類すべての塩基について四色同時配列決定する一般的な方法の机上実施例を説明する。ある実施形態において、本発明は、4種類のヌクレオチドを同時に用いて、一本鎖鋳型に沿ってプライマー伸長を連続して繰り返し行うことによって核酸配列を決定する方法を提供する。ある実施形態では、フローセル中または固体支持体上に固定されたビーズに付着した鋳型上でシーケンシング反応が行われる。この繰り返しサイクルは、伸長、検出、標識除去、および脱保護という連続した工程を含む。ある実施形態において、本方法は、切断可能なリンカーを介して塩基を標識された2’ターミネーターヌクレオチドを利用するが、ここでは、4種類の各塩基について唯一の識別可能な標識(例えば、フルオロフォア)が使用される。以下に示す例示的スキームでは、伸長は、取り込まれる塩基に特異的な、取り込みによって発生する蛍光シグナルを伴う。この標識は、光化学的または化学的な切断によって除去され、また、保護基は、その後ホスファターゼで処理することによって除去される。
4種類すべての塩基について四色同時配列決定する一般的な方法の机上実施例を説明する。ある実施形態において、本発明は、4種類のヌクレオチドを同時に用いて、一本鎖鋳型に沿ってプライマー伸長を連続して繰り返し行うことによって核酸配列を決定する方法を提供する。ある実施形態では、フローセル中または固体支持体上に固定されたビーズに付着した鋳型上でシーケンシング反応が行われる。このサイクルは、伸長、検出、標識除去、および脱保護という連続した工程を含む。ある実施形態において、本方法は、切断可能なリンカーを介して2’リン酸を標識された2’−ターミネーターヌクレオチドを利用するが、ここでは、4種類の各塩基について唯一の識別可能な標識(例えば、フルオロフォア)が使用される。以下に示す例示的スキームでは、伸長は、取り込まれる塩基に特異的な、取り込みによって発生する蛍光シグナルを伴う。この標識および保護基は、その後、ホスホジエステラーゼおよびホスファターゼで処理することによって除去される。必要であれば、リン酸骨格をホスホロチオエート結合で修飾する。
4種類すべての塩基について四色同時配列決定する一般的な方法の机上実施例を説明する。ある実施形態において、本発明は、4種類のヌクレオチドを同時に用いて、一本鎖鋳型に沿ってプライマー伸長を連続して繰り返し行うことによって核酸配列を決定する方法を提供する。ある実施形態では、フローセル中または固体支持体上に固定されたビーズに付着した鋳型上でシーケンシング反応が行われる。このサイクルは、伸長、検出、標識除去、および脱保護という連続した工程を含む。ある実施形態において、本方法は、硫黄を介して2’位に付着している2’リン酸を標識された2’−ターミネーターヌクレオチドを利用するが、ここでは、4種類の各塩基についてユニークで識別可能な標識(例えば、フルオロフォア)が使用される。以下に示す例示的スキームでは、伸長は、取り込まれる塩基に特異的な、取り込みによって発生する蛍光シグナルを伴う。この標識および保護基は、その後、Ag+、Hg++などの金属イオン、ヨウ素等で処理することによって除去される。
本実施例では、熱サイクル式鋳型依存的プライマー伸長およびシーケンシング反応において四リン酸ヌクレオチド(すなわち、2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチド)を利用することについて説明する。これらの反応は、G46E Q601R D640G S671F E678G(または「GQDSE」)CS6 DNAポリメラーゼを用いて行ったが、2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドを容易に取り込むよう修飾された別のDNAポリメラーゼを用いて行うことも可能である。CS6キメラポリメラーゼについては、例えば、米国特許出願第2004/0005599号に記載されている。プライマー伸長反応は、80mMトリシン(pH7.75)、100mM KOAc、および1.0mM Mn(OAc)2を含むバッファー中で行った。各反応液(50μl)は、0.04μMのGQDSE CS6 DNAポリメラーゼ、2ユニット/μlのrTth耐熱性ピロホスファターゼ(Roche Molecular Systems,Inc.,Branchburg NJ)、0.02μMの5’−FAM標識されたオリゴリボヌクレオチドプライマー、0.04μMのオリゴデオキシヌクレオチド鋳型、および0.2μMのDNAポリメラーゼ最適化アプタマーを含んでいた。さらに具体的には、プライマーおよび鋳型の配列は以下の通りであった。
プライマー:5’−FAM−AGCAACAAGUUUAGUUCGUUCGAGCCGUGCGA−3’
鋳型:3’−ACGTTGTTCAAATCAAGCAAGCTCGGCACGCTACGTACGTACGT−5’、ただし、E=3’リン酸。
本実施例では、熱サイクル式鋳型依存的プライマー伸長およびシーケンシング反応において色素標識された2’−PO4−NTPを利用することについて説明する。色素標識された2’−PO4−NTPは、単に、正しい2’−PO4−NTPが配列特異的に取り込まれていることを示すために、最後の伸長工程で使用した。例えば、3サイクルの伸長反応では、非標識2’−PO4−NTPを最初の2回の伸長サイクルで使用し、色素標識された2’−PO4−NTPは、最後の伸長工程で使用した。これらの反応は、GQDSE CS6 DNAポリメラーゼを用いて行ったが、2’修飾型NTPを容易に取り込むよう修飾された別のDNAポリメラーゼを用いて行うことも可能であろう。プライマー伸長反応は、80mMトリシン(pH7.75)、100mM KOAc、および1.0mM Mn(OAc)2を含むバッファー中で行った。各反応液(50μl)は、0.1μMのGQDSE CS6 DNAポリメラーゼ、2ユニット/μlのrTth耐熱性ピロホスファターゼ(Roche Molecular Systems,Inc.,Branchburg NJ)、0.02μMの5’−FAM標識されたオリゴリボヌクレオチドプライマー、0.04μMのオリゴデオキシヌクレオチド鋳型、および0.5μMのDNAポリメラーゼ最適化アプタマーを含んでいた。さらに具体的には、プライマーおよび鋳型の配列は以下の通りであった。
プライマー:5’−FAM−AGCAACAAGUUUAGUUCGUUCGAGCCGUGCGA−3’
鋳型:3’−ECGTTGTTCAAATCAAGCAAGCTCGGCACGCTACGTACGTACGT−5’、ただしE=反転(inverted)dA。
Claims (40)
- 鋳型核酸の少なくとも一部を配列決定する方法であって、
(a)少なくとも1つの鋳型核酸を、少なくとも1つのポリメラーゼ、少なくとも1つの2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチド、および鋳型核酸の配列に相補的な、少なくとも1つのプライマー核酸とインキュベートし、それによって、ポリメラーゼがプライマー核酸を伸長させて、プライマー伸長産物の3’末端に、2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドを取り込む、少なくとも1つのプライマー伸長産物を生じさせる工程と、
(b)プライマー伸長産物の3’末端にある2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドの2’位から保護基を除去する工程と、
(c)工程(b)の前および/またはその工程中に、プライマー伸長産物中にある2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドを同定し、それによって、同定された2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドから鋳型核酸の塩基配列の少なくとも一部を決定することが可能になり、少なくとも鋳型核酸のその一部を配列決定する工程と、
を含む方法。 - 2’位にある保護基がリン酸である、請求項1記載の方法。
- 前記工程(b)が、プライマー伸長産物を、2’位のリン酸を除去する活性とインキュベートする工程を含む、請求項2記載の方法。
- 2’位のリン酸を除去する活性がホスファターゼである、請求項3記載の方法。
- 2’位のリン酸を除去する活性がエキソヌクレアーゼIIIである、請求項3記載の方法。
- 2’位のリン酸を除去する活性がエンドヌクレアーゼIVである、請求項3記載の方法。
- 2’位のリン酸を除去する活性がポリヌクレオチドキナーゼである、請求項3記載の方法。
- 2’位のリン酸を除去する活性がホスホジエステラーゼ、またはホスホジエステラーゼとホスファターゼを組み合わせたものである、請求項3記載の方法。
- 2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドが、少なくとも1つの標識成分で標識されている、請求項1記載の方法。
- 前記標識成分が、蛍光色素、発光分子、または放射性同位元素を含む、請求項10記載の方法。
- 前記標識成分が蛍光色素である、請求項11記載の方法。
- 前記標識成分が、切断可能なリンカーを介して塩基のところで2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドに付着し、かつ前記リンカーを切断する工程を含む、請求項10記載の方法。
- 前記標識成分が、2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドの糖残基に付着している、請求項10記載の方法。
- 前記標識成分が、2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドの2’位に存在するリン酸に付着している、請求項10記載の方法。
- 2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドが、供与体および受容体を含む2つの標識分子に結合している、請求項10記載の方法。
- 前記供与体および受容体がレポーターおよびクエンチャーの組み合わせである、請求項16記載の方法。
- 2つの標識分子が蛍光共鳴エネルギー転移を起こすことができる、請求項16記載の方法。
- 前記クエンチャー成分が、2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドの塩基に結合していて、レポーター成分がリン酸に結合しているが、ただし、該リン酸は、2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドのαリン酸ではない、請求項17記載の方法。
- 前記リン酸がγリン酸である、請求項19記載の方法。
- 前記リン酸が、2’−可逆的ターミネーターヌクレオチドの2’位に存在するリン酸である、請求項19記載の方法。
- 1つの標識成分が、2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドの2’位に存在するリン酸に結合しており、別の標識成分が別のリン酸に結合している、請求項16記載の方法。
- 前記別のリン酸がγリン酸である、請求項22記載の方法。
- 反応混合物が、それぞれが異なった塩基を有し、異なった標識成分で標識されている、4種類の異なった2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドを含む、請求項1記載の方法。
- 前記検出する工程が、2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドを取り込む際に生じるピロリン酸を検出することを含む、請求項1記載の方法。
- 2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドが2’−一リン酸−3’−ヒドロキシルヌクレオチドを含む、請求項1記載の方法。
- 工程(a)〜(c)を1回以上繰り返すことを含む、請求項1記載の方法。
- 合成によって配列決定するためのキットであって、
少なくとも1つの2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチド、および
2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドの2’位の修飾を除去するための試薬を含むキット。 - 2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドが2’修飾物であるリン酸であり、試薬が、ホスファターゼ、エキソヌクレアーゼIII、エンドヌクレアーゼIV、およびポリヌクレオチドキナーゼからなる群から選択される、請求項28記載のキット。
- さらにポリメラーゼを含む、請求項28記載のキット。
- 2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドが標識に付着している、請求項28記載のキット。
- さらに、少なくとも1つの伸長可能なヌクレオチドを含む、請求項28記載のキット。
- 遺伝子型解析法であって、
a)プライマー、ポリメラーゼ、および2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドを含む反応混合液であって、該修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドが、4種類の天然型塩基またはそれらのアナログのうち1つを含み、さらに、前記プライマーが鋳型核酸にアニールし、反応液中に存在するポリメラーゼによって伸長して伸長産物を生成する条件下で合成を停止させる2’位の修飾を含むヌクレオチドである反応混合液の中で、鋳型核酸をインキュベートする工程と、
b)2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドが伸長産物に取り込まれたことを示すシグナルが存在するか否かを判定する工程と、
c)該シグナルが存在しない場合には、4種類の天然型塩基またはそれらのアナログのうち別の1つを含む、異なった2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドを用いて工程a)およびb)を繰り返す工程と、
d)前記伸長産物を、可逆的ターミネーターヌクレオチド上に存在する2’位の修飾を除去する活性とともにインキュベートする工程と、
e)工程a)〜d)を所望の回数繰り返して、該鋳型核酸の一部の配列を決定する工程と、
f)鋳型核酸の該一部の配列を、多型性部位の公知の配列と比較する工程と、
を含む遺伝子型解析法。 - 核酸の配列決定を行うためのシステムであって、
鋳型核酸を、プライマー、ポリメラーゼ、および2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドを含む反応混合液であって、該修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドが、4種類の天然型塩基またはそれらのアナログのうち1つを含み、さらに、合成を停止させる2’位の修飾を含むヌクレオチドである反応混合液に入れてインキュベートする反応用チャンバーを含むサーマルサイクラーであって、プライマーを鋳型核酸にアニールさせ、反応液中に存在するポリメラーゼによって伸長させて前記伸長産物を生成させる条件を作り出すのに効果的なサーマルサイクラーと、
試薬を添加および除去するための入口と出口をもつ該反応用チャンバーと、
2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドが伸長産物に取り込まれたことを示すシグナルが存在することを検出するのに効果的な検出装置と、
を備えるシステム。 - 鋳型核酸の少なくとも一部を配列決定する方法であって、
a)該鋳型核酸を、プライマー、ポリメラーゼ、および2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドを含む反応混合液の中で、プライマーが該鋳型核酸にアニールし、反応液中に存在するポリメラーゼによって伸長して伸長産物を生成する条件下でインキュベートする工程と、
b)2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドが伸長産物に取り込まれたことを示すシグナルが存在することを判定する工程と、
c)伸長産物を、可逆的ターミネーターヌクレオチド上に存在する2’位の修飾を除去する活性とともにインキュベートする工程と、
d)工程a)〜c)を所望の回数繰り返して、該鋳型核酸の少なくとも一部の配列を決定する工程と、
を含む方法。 - それぞれ異なった2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドが異なった塩基を含む、複数の異なった2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドを単一の反応混合液で用いて工程(a)を行う、請求項36記載の方法。
- 2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドが伸長産物に取り込まれたことを示すシグナルが検出されるまで、それぞれ異なった2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドを連続して付加する、請求項37記載の方法。
- それぞれ異なった2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドを同時に付加し、それぞれ異なった2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドを異なった標識成分で標識する、請求項37記載の方法。
- 鋳型核酸の少なくとも一部を配列決定する方法であって、
a)プライマー、ポリメラーゼ、および2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドを含む反応混合液であって、該修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドが、4種類の天然型塩基またはそれらのアナログのうち1つを含み、さらに、前記プライマーが鋳型核酸にアニールし、反応液中に存在するポリメラーゼによって伸長して伸長産物を生成する条件下で合成を停止させる2’位の修飾を含むヌクレオチドである反応混合液の中で、鋳型核酸をインキュベートする工程と、
b)2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドが伸長産物に取り込まれたことを示すシグナルが存在するか否かを判定する工程と、
c)該シグナルが存在しない場合には、4種類の天然型塩基またはそれらのアナログのうち別の1つを含む、異なった2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドを用いて工程a)およびb)を繰り返す工程と、
d)前記伸長産物を、可逆的ターミネーターヌクレオチド上に存在する2’位の修飾を除去する活性とともにインキュベートする工程と、
e)工程a)〜d)を所望の回数繰り返して、該鋳型核酸の一部の配列を決定する工程と、を含む方法。
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