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Claims (15)
- 鋳型核酸の少なくとも一部を配列決定する方法であって、
(a)少なくとも1つの鋳型核酸を、少なくとも1つのポリメラーゼ、糖部分の2’位における保護基であって、該2’位の保護基がリン酸である保護基を含む少なくとも1つの2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチド、および少なくとも鋳型核酸の部分配列に相補的な少なくとも1つのプライマー核酸とインキュベートし、それによって、該ポリメラーゼが該プライマー核酸を伸長させて、プライマー伸長産物の3’末端において該2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドを取り込む少なくとも1つのプライマー伸長産物を生じさせる工程と、
(b)プライマー伸長産物の3’末端にある2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドの2’位から保護基を除去する工程と、そして
(c)工程(b)の前および/またはその工程中に、プライマー伸長産物中にある2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドを同定し、それによって、同定された2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドから鋳型核酸の塩基配列の少なくとも一部を決定することが可能になり、したがって鋳型核酸の少なくとも一部を配列決定する工程と、
を含む方法。 - 前記工程(b)が、2’位のリン酸を除去する活性を有するプライマー伸長産物をインキュベートする工程を含む、請求項1記載の方法。
- 前記2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドが、少なくとも1つの標識成分で標識されている、請求項1記載の方法。
- 反応混合物が4種類の異なった2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドを含み、それぞれが異なる塩基を有し、かつ異なる標識成分で標識されている、請求項1記載の方法。
- 前記検出工程が、2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドを取り込む際に生じるピロリン酸を検出することを含む、請求項1記載の方法。
- 工程(a)〜(c)を1回以上繰り返すことを含む、請求項1記載の方法。
- 合成によって配列決定するためのキットであって、
糖部分の2’位における保護基としてリン酸を含む少なくとも1つの2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチド、
ポリメラーゼ、および
2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドの2’位の修飾を除去するための試薬、を含むキット。 - さらに、少なくとも1つの伸張可能なターミネーターヌクレオチドを含む、請求項8に記載のキット。
- 遺伝子型解析法であって、
a)プライマー、ポリメラーゼ、および2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドを含む反応混合液中の鋳型核酸をインキュベートする工程であって、該修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドが、4種類の天然型塩基またはそれらのアナログのうち1つを含み、そしてさらに糖部分の2’位の修飾を含み、ここで該2’位の修飾は、該プライマーが鋳型核酸にアニールし、そして反応液中に存在するポリメラーゼによって伸長して伸長産物を生成する条件下で合成を停止させるリン酸であることを特徴とする、工程と、
b)2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドが伸長産物に取り込まれたことを示すシグナルが存在するか否かを判定する工程と、
c)前記シグナルが存在しない場合には、異なる2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドを用いて工程a)およびb)を繰り返す工程であって、該異なる2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドが4種類の天然型塩基またはそれらのアナログのうち別の1つを含む、工程と、
d)前記可逆的ターミネーターヌクレオチド上に存在する2’位の修飾を除去する活性を有する前記伸長産物をインキュベートする工程と、
e)工程a)〜d)を所望の回数繰り返して、前記鋳型核酸の一部の配列を決定する工程と、そして
f)鋳型核酸の一部の配列を多型性部位の既知の配列と比較する工程と、
を含む遺伝子型解析法。 - 核酸の配列決定を行うためのシステムであって、
反応用チャンバーを含むサーマルサイクラーであって、ここで鋳型核酸がプライマー、ポリメラーゼ、および2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドを含む反応混合液中でインキュベートされ、該修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドが4種類の天然型塩基またはそれらのアナログのうち1つを含み、そしてさらに糖部分の2’位の修飾を含み、ここで該2’位の修飾は合成を終了させるリン酸であることを特徴とし、該プライマーが鋳型核酸にアニールし、反応液中に存在するポリメラーゼによって伸長して伸長産物を生成する条件を作り出すのに効果的なサーマルサイクラーと、
試薬を添加および除去するための入口及び出口を有する前記反応用チャンバー、及び
2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドが伸長産物に取り込まれたことを示すシグナルが存在することを検出するために有効な検出器と、
を含むシステム。 - 鋳型核酸の少なくとも一部を配列決定する方法であって、
a)該鋳型核酸を、プライマー、ポリメラーゼ、および糖部分の2’位において保護基としてリン酸を含む2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドを含む反応混合液の中で、プライマーが該鋳型核酸にアニールし、反応液中に存在するポリメラーゼによって伸長して伸長産物を生成する条件下でインキュベートする工程と、
b)2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドが伸長産物に取り込まれたことを示すシグナルが存在することを判定する工程と、
c)可逆的ターミネーターヌクレオチド上に存在する2’位の修飾を除去する活性を有する該伸長産物をインキュベートする工程と、
d)工程a)〜c)を所望の回数繰り返して、該鋳型核酸の少なくとも一部の配列を決定する工程と、
を含む方法。 - 工程(a)が、単一の反応混合液において複数の異なる2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドを用いて行われ、それぞれ異なる2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドが異なる塩基を含む、請求項13に記載の方法。
- 鋳型核酸の少なくとも一部を配列決定する方法であって、
a)プライマー、ポリメラーゼ、および2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドを含む反応混合液中の鋳型核酸をインキュベートする工程であって、該修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドが、4種類の天然型塩基またはそれらのアナログのうち1つを含み、そしてさらに糖部分の2’位の修飾を含み、ここで該2’位の修飾は合成を停止させるリン酸であることを特徴とし、該インキュベートが、プライマーが鋳型核酸にアニールし、反応液中に存在するポリメラーゼによって伸長して伸長産物を生成する条件下において行われる工程と、
b)2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドが前記伸長産物に取り込まれたことを示すシグナルが存在するか否かを判定する工程と、
c)前記シグナルが存在しない場合には、異なる2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドを用いて工程a)およびb)を繰り返す工程であって、該異なる2’修飾型可逆的ターミネーターヌクレオチドが4種類の天然型塩基またはそれらのアナログのうち別の1つを含む、工程と、
d)前記可逆的ターミネーターヌクレオチド上に存在する2’位の修飾を除去する活性を有する前記伸長産物をインキュベートする工程と、そして
e)工程a)〜d)を所望の回数繰り返して、該鋳型核酸の一部の配列を決定する工程と、
を含む方法。
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