JP2009516842A5

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Publication number: JP2009516842A5
Application number: JP2008541816A
Authority: JP
Filing date: 2006-11-23
Publication date: 2010-01-14
Anticipated expiration: 2026-11-23

Claims

質量分析の方法であって、
第１の試料からの親または前駆体イオンを電子捕獲解離フラグメンテーションデバイスを含む衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスへ渡すステップと、
前記電子捕獲解離フラグメンテーションデバイスを第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更するステップであって、前記第１のモードにおいては、前記第１の試料からの前記親または前駆体イオンのうちの少なくともいくつかが電子と相互作用する際にフラグメンテーションされてフラグメントまたは娘イオンを生成し、前記第２のモードにおいては、実質的により少ない親または前駆体イオンがフラグメンテーションされる、ステップと、
第２の試料からの親または前駆体イオンを電子捕獲解離フラグメンテーションデバイスを含む衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスへ渡すステップと、
前記電子捕獲解離フラグメンテーションデバイスを第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更するステップであって、前記第１のモードにおいては、前記第２の試料からの前記親または前駆体イオンのうちの少なくともいくつかが電子と相互作用する際にフラグメンテーションされてフラグメントまたは娘イオンを生成し、前記第２のモードにおいては、実質的により少ない親または前駆体イオンがフラグメンテーションされる、ステップと、
前記第１の試料からの対象の第１の親または前駆体イオンを認識するステップと、
前記対象の第１の親または前駆体イオンの強度を自動的に決定するステップであって、前記対象の第１の親または前駆体イオンは第１の質量電荷比を有する、ステップと、
同じ第１の質量電荷比を有する、前記第２の試料からの第２の親または前駆体イオンの強度を自動的に決定するステップと、
前記対象の第１の親または前駆体イオンの強度を前記第２の親または前駆体イオンの強度と比較するステップと
を含む方法。
質量分析の方法であって、
第１の試料からの親または前駆体イオンを電子捕獲解離フラグメンテーションデバイスを含む衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスへ渡すステップと、
前記電子捕獲解離フラグメンテーションデバイスを第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更するステップであって、前記第１のモードにおいては、前記第１の試料からの前記親または前駆体イオンのうちの少なくともいくつかが電子と相互作用する際にフラグメンテーションされてフラグメントまたは娘イオンを生成し、前記第２のモードにおいては、実質的により少ない親または前駆体イオンがフラグメンテーションされる、ステップと、
第２の試料からの親または前駆体イオンを電子捕獲解離フラグメンテーションデバイスを含む衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスへ渡すステップと、
前記電子捕獲解離フラグメンテーションデバイスを第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更するステップであって、前記第１のモードにおいては、前記第２の試料からの前記親または前駆体イオンのうちの少なくともいくつかが電子と相互作用する際にフラグメンテーションされてフラグメントまたは娘イオンを生成し、前記第２のモードにおいては、実質的により少ない親または前駆体イオンがフラグメンテーションされる、ステップと、
前記第１の試料からの対象の第１の親または前駆体イオンを認識するステップと、
前記対象の第１の親または前駆体イオンの強度を自動的に決定するステップであって、前記対象の第１の親または前駆体イオンは第１の質量電荷比を有する、ステップと、
同じ第１の質量電荷比を有する、前記第２の試料からの第２の親または前駆体イオンの強度を自動的に決定するステップと、
前記対象の第１の親または前駆体イオンの強度の、前記第１の試料における他の親または前駆体イオンの強度に対する第１の比を決定するステップと、
前記第２の親または前駆体イオンの強度の、前記第２の試料における他の親または前駆体イオンの強度に対する第２の比を決定するステップと、
前記第１の比を前記第２の比と比較するステップと
を含む方法。
前記第１の動作モードにおいて、
（Ｉ）前記電子は、（ｉ）＜１ｅＶ、（ｉｉ）１〜２ｅＶ、（ｉｉｉ）２〜３ｅＶ、（ｉｖ）３〜４ｅＶ、及び（ｖ）４〜５ｅＶからなる群から選択されるエネルギーを有し、
及び／若しくは
（ＩＩ）前記電子は、磁場によって閉じ込められ；
並びに／又は
前記方法は電子源を準備するステップをさらに含み、前記第１の動作モードにおいて、前記電子源は、前記親または前駆体イオンと相互作用するように構成される複数の電子を生成し；及び／又は前記第２の動作モードにおいて前記電子源はＯＦＦに切り換えられる、請求項１又は２に記載の方法。
質量分析の方法であって、
第１の試料からの親または前駆体イオンを電子移動解離フラグメンテーションデバイスを含む衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスへ渡すステップと、
前記電子移動解離フラグメンテーションデバイスを第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更するステップであって、前記第１のモードにおいては、前記第１の試料からの前記親または前駆体イオンのうちの少なくともいくつかが試薬イオンと相互作用する際にフラグメンテーションされてフラグメントまたは娘イオンを生成し、前記第２のモードにおいては、実質的により少ない親または前駆体イオンがフラグメンテーションされる、ステップと、
第２の試料からの親または前駆体イオンを電子移動解離フラグメンテーションデバイスを含む衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスへ渡すステップと、
前記電子移動解離フラグメンテーションデバイスを第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更するステップであって、前記第１のモードにおいては、前記第２の試料からの前記親または前駆体イオンのうちの少なくともいくつかが試薬イオンと相互作用する際にフラグメンテーションされてフラグメントまたは娘イオンを生成し、前記第２のモードにおいては、実質的により少ない親または前駆体イオンがフラグメンテーションされる、ステップと、
前記第１の試料からの対象の第１の親または前駆体イオンを認識するステップと、
前記対象の第１の親または前駆体イオンの強度を自動的に決定するステップであって、前記対象の第１の親または前駆体イオンは第１の質量電荷比を有する、ステップと、
同じ第１の質量電荷比を有する、前記第２の試料からの第２の親または前駆体イオンの強度を自動的に決定するステップと、
前記対象の第１の親または前駆体イオンの強度を前記第２の親または前駆体イオンの強度と比較するステップと
を含む方法。
質量分析の方法であって、
第１の試料からの親または前駆体イオンを電子移動解離フラグメンテーションデバイスを含む衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスへ渡すステップと、
前記電子移動解離フラグメンテーションデバイスを第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更するステップであって、前記第１のモードにおいては、前記第１の試料からの前記親または前駆体イオンのうちの少なくともいくつかが試薬イオンと相互作用する際にフラグメンテーションされてフラグメントまたは娘イオンを生成し、前記第２のモードにおいては、実質的により少ない親または前駆体イオンがフラグメンテーションされる、ステップと、
第２の試料からの親または前駆体イオンを電子移動解離フラグメンテーションデバイスを含む衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスへ渡すステップと、
前記電子移動解離フラグメンテーションデバイスを第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更するステップであって、前記第１のモードにおいては、前記第２の試料からの前記親または前駆体イオンのうちの少なくともいくつかが試薬イオンと相互作用する際にフラグメンテーションされてフラグメントまたは娘イオンを生成し、前記第２のモードにおいては、実質的により少ない親または前駆体イオンがフラグメンテーションされる、ステップと、
前記第１の試料からの対象の第１の親または前駆体イオンを認識するステップと、
前記対象の第１の親または前駆体イオンの強度を自動的に決定するステップであって、前記対象の第１の親または前駆体イオンは第１の質量電荷比を有する、ステップと、
同じ第１の質量電荷比を有する、前記第２の試料からの第２の親または前駆体イオンの強度を自動的に決定するステップと、
前記対象の第１の親または前駆体イオンの強度の、前記第１の試料における他の親または前駆体イオンの強度に対する第１の比を決定するステップと、
前記第２の親または前駆体イオンの強度の、前記第２の試料における他の親または前駆体イオンの強度に対する第２の比を決定するステップと、
前記第１の比を前記第２の比と比較するステップと
を含む方法。
前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスを少なくとも前記第１のモードおよび前記第２のモードの間で、少なくとも０．１、０．２、０．３、０．４、０．５、０．６、０．７、０．８、０．９、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０秒毎に１回、自動的に切り換え、改変、または変更するステップを含む、請求項１から５のいずれかに記載の方法。
使用時に第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更されるように構成および適合されている電子捕獲解離フラグメンテーションデバイスあって、前記第１のモードにおいては、少なくともいくつかの親または前駆体イオンが電子と相互作用する際にフラグメンテーションされてフラグメントまたは娘イオンを生成し、前記第２のモードにおいては、実質的により少ない親または前駆体イオンがフラグメンテーションされる、電子捕獲解離フラグメンテーションデバイスと、
質量分析器と、
制御システムであって、使用時に
（ｉ）第１の試料からの対象の第１の親または前駆体イオンを認識し、前記対象の第１の親または前駆体イオンは、第１の質量電荷比を有し、
（ｉｉ）前記対象の第１の親または前駆体イオンの強度を決定し、
（ｉｉｉ）同じ第１の質量電荷比を有する、第２の試料からの第２の親または前駆体イオンの強度を決定し、
（ｉｖ）前記対象の第１の親または前駆体イオンの強度を前記第２の親または前駆体イオンの強度と比較する
制御システムと
を含む質量分析計。
使用時に第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更されるように構成および適合されている電子移動解離フラグメンテーションデバイスあって、前記第１のモードにおいては、少なくともいくつかの親または前駆体イオンが試薬イオンと相互作用する際にフラグメンテーションされてフラグメントまたは娘イオンを生成し、前記第２のモードにおいては、実質的により少ない親または前駆体イオンがフラグメンテーションされる、電子移動解離フラグメンテーションデバイスと、
質量分析器と、
制御システムであって、使用時に
（ｉ）第１の試料からの対象の第１の親または前駆体イオンを認識し、前記対象の第１の親または前駆体イオンは、第１の質量電荷比を有し、
（ｉｉ）前記対象の第１の親または前駆体イオンの強度を決定し、
（ｉｉｉ）同じ第１の質量電荷比を有する、第２の試料からの第２の親または前駆体イオンの強度を決定し、
（ｉｖ）前記対象の第１の親または前駆体イオンの強度を前記第２の親または前駆体イオンの強度と比較する
制御システムと
を含む質量分析計。
使用時に第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更されるように構成および適合されている電子捕獲解離フラグメンテーションデバイスあって、前記第１のモードにおいては、少なくともいくつかの親または前駆体イオンが電子と相互作用する際にフラグメンテーションされてフラグメントまたは娘イオンを生成し、前記第２のモードにおいては、実質的により少ない親または前駆体イオンがフラグメンテーションされる、電子捕獲解離フラグメンテーションデバイスと、
質量分析器と、
制御システムであって、使用時に
（ｉ）第１の試料からの対象の第１の親または前駆体イオンを認識し、前記対象の第１の親または前駆体イオンは、第１の質量電荷比を有し、
（ｉｉ）前記対象の第１の親または前駆体イオンの強度を決定し、
（ｉｉｉ）同じ第１の質量電荷比を有する、第２の試料からの第２の親または前駆体イオンの強度を決定し、
（ｉｖ）前記対象の第１の親または前駆体イオンの強度の、前記第１の試料における他の親または前駆体イオンの強度に対する第１の比を決定し、
（ｖ）前記第２の親または前駆体イオンの強度の、前記第２の試料における他の親または前駆体イオンの強度に対する第２の比を決定し、
（ｖｉ）前記第１の比を前記第２の比と比較する
制御システムと
を含む質量分析計。
使用時に第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更されるように構成および適合されている電子移動解離フラグメンテーションデバイスあって、前記第１のモードにおいては、少なくともいくつかの親または前駆体イオンが試薬イオンと相互作用する際にフラグメンテーションされてフラグメントまたは娘イオンを生成し、前記第２のモードにおいては、実質的により少ない親または前駆体イオンがフラグメンテーションされる、電子移動解離フラグメンテーションデバイスと、
質量分析器と、
制御システムであって、使用時に
（ｉ）第１の試料からの対象の第１の親または前駆体イオンを認識し、前記対象の第１の親または前駆体イオンは、第１の質量電荷比を有し、
（ｉｉ）前記対象の第１の親または前駆体イオンの強度を決定し、
（ｉｉｉ）同じ第１の質量電荷比を有する、第２の試料からの第２の親または前駆体イオンの強度を決定し、
（ｉｖ）前記対象の第１の親または前駆体イオンの強度の、前記第１の試料における他の親または前駆体イオンの強度に対する第１の比を決定し、
（ｖ）前記第２の親または前駆体イオンの強度の、前記第２の試料における他の親または前駆体イオンの強度に対する第２の比を決定し、
（ｖｉ）前記第１の比を前記第２の比と比較する
制御システムと
を含む質量分析計。
（Ａ）イオン源をさらに含み、前記イオン源は、（ｉ）エレクトロスプレーイオン化（「ＥＳＩ」）イオン源、（ｉｉ）大気圧光イオン化（「ＡＰＰＩ」）イオン源、（ｉｉｉ）大気圧化学イオン化（「ＡＰＣＩ」）イオン源、（ｉｖ）マトリックス支援レーザ脱離イオン化（「ＭＡＬＤＩ」）イオン源、（ｖ）レーザ脱離イオン化（「ＬＤＩ」）イオン源、（ｖｉ）大気圧イオン化（「ＡＰＩ」）イオン源、（ｖｉｉ）シリコンを用いた脱離イオン化（「ＤＩＯＳ」）イオン源、（ｖｉｉｉ）電子衝突（「ＥＩ」）イオン源、（ｉｘ）化学イオン化（「ＣＩ」）イオン源、（ｘ）電界イオン化（「ＦＩ」）イオン源、（ｘｉ）電界脱離（「ＦＤ」）イオン源、（ｘｉｉ）誘導結合プラズマ（「ＩＣＰ」）イオン源、（ｘｉｉｉ）高速原子衝撃（「ＦＡＢ」）イオン源、（ｘｉｖ）液体二次イオン質量分析（「ＬＳＩＭＳ」）イオン源、（ｘｖ）脱離エレクトロスプレーイオン化（「ＤＥＳＩ」）イオン源、（ｘｖｉ）ニッケル−６３放射性イオン源、（ｘｖｉｉ）大気圧マトリックス支援レーザ脱離イオン化イオン源、および(ｘｖｉｉｉ）熱スプレーイオン源からなる群から選択され；及び／又は、
（Ｂ）前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスの上流および／または下流に配置されるイオントラップまたはイオンガイドをさらに含み、前記イオントラップまたはイオンガイドは、
（ｉ）四重極ロッドセット、六重極ロッドセット、八重極ロッドセットまたは８個より多くのロッドを含むロッドセットを含む多重極ロッドセットまたはセグメント化多重極ロッドセットイオントラップまたはイオンガイド、
（ｉｉ）開口を有する複数の電極または少なくとも２、５、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０もしくは１００個の電極を含むイオントンネルまたはイオンファネルイオントラップまたはイオンガイドであって、使用時にイオンは、前記開口を通って移送され、前記電極のうちの少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％または１００％は、実質的に同じサイズまたは面積の開口を有するか、またはサイズまたは面積が順次より大きくおよび／またはより小さくなる開口を有する、イオントンネルまたはイオンファネルイオントラップまたはイオンガイド、
（ｉｉｉ）１スタックまたはアレイの平面、プレートまたはメッシュ電極であって、前記１スタックまたはアレイの平面、プレートまたはメッシュ電極は、複数のまたは少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９もしくは２０個の平面、プレートまたはメッシュ電極を含み、前記平面、プレートまたはメッシュ電極のうちの少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％または１００％は、使用時に概してイオンが走行する平面内に配置される、１スタックまたはアレイの平面、プレートまたはメッシュ電極、および
（ｉｖ）イオントラップまたはイオンガイドの長さに沿って軸方向に配置される複数のグループの電極を含むイオントラップまたはイオンガイドであって、各グループの電極は、（ａ）第１および第２の電極ならびにイオンを前記イオンガイド内に第１の半径方向に閉じ込めるためにＤＣ電圧またはポテンシャルを前記第１および第２の電極に印加するための手段、および（ｂ）第３および第４の電極ならびにイオンを前記イオンガイド内に第２の半径方向に閉じ込めるためにＡＣまたはＲＦ電圧を前記第３および第４の電極に印加するための手段を含む、イオントラップまたはイオンガイド、
からなる群から選択され；及び／又は、
（Ｃ）前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスの上流および／または下流に配置される質量フィルタをさらに含む、
請求項７から１０のいずれかに記載の質量分析計。
前記質量分析器は、（ｉ）四重極質量分析器、（ｉｉ）２Ｄまたは直線四重極質量分析器、（ｉｉｉ）ポールまたは３Ｄ四重極質量分析器、（ｉｖ）ペニングトラップ質量分析器、（ｖ）イオントラップ質量分析器、（ｖｉ）扇形磁場質量分析器、（ｖｉｉ）イオンサイクロトロン共鳴（「ＩＣＲ」）質量分析器、（ｖｉｉｉ）フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴（「ＦＴＩＣＲ」）質量分析器、（ｉｘ）静電またはオービトラップ質量分析器、（ｘ）フーリエ変換静電またはオービトラップ質量分析器、（ｘｉ）フーリエ変換質量分析器、（ｘｉｉ）飛行時間質量分析器、（ｘｉｉｉ）直交加速飛行時間質量分析器、（ｘｉｖ）軸方向加速飛行時間質量分析器、および（ｘｖ）四重極ロッドセット質量フィルタまたは分析器からなる群から選択される、請求項７から１１のいずれかに記載の質量分析計。
前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスは、（ｉ）四重極ロッドセット、（ｉｉ）六重極ロッドセット、（ｉｉｉ）八重極ロッドセットまたはより高次のロッドセット、（ｉｖ）開口を有する複数の電極を含むイオントンネルであって、イオンが前記開口を通って移送される、イオントンネル、または（ｖ）イオンを前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイス内に半径方向に閉じ込めるためのＡＣまたはＲＦ電圧源に接続される複数の電極を含む、請求項７から１２のいずれかに記載の質量分析計。
質量分析の方法であって、
第１の試料からの親または前駆体イオンを衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスへ渡すステップと、
前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスを第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更するステップであって、前記第１のモードにおいては、前記第１の試料からの前記親または前駆体イオンのうちの少なくともいくつかがフラグメンテーションまたは反応されてフラグメント、娘、生成物または付加物イオンを生成し、前記第２のモードにおいては、実質的により少ない親または前駆体イオンがフラグメンテーションまたは反応される、ステップと、
第２の試料からの親または前駆体イオンを衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスへ渡すステップと、
前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスを第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更するステップであって、前記第１のモードにおいては、前記第２の試料からの前記親または前駆体イオンのうちの少なくともいくつかがフラグメンテーションまたは反応されてフラグメント、娘、生成物または付加物イオンを生成し、前記第２のモードにおいては、実質的により少ない親または前駆体イオンがフラグメンテーションまたは反応される、ステップと、
前記第１の試料からの対象の第１の親または前駆体イオンを認識するステップと、
前記対象の第１の親または前駆体イオンの強度を自動的に決定するステップであって、前記対象の第１の親または前駆体イオンは第１の質量電荷比を有する、ステップと、
同じ第１の質量電荷比を有する、前記第２の試料からの第２の親または前駆体イオンの強度を自動的に決定するステップと、
前記対象の第１の親または前駆体イオンの強度を前記第２の親または前駆体イオンの強度と比較するステップと
を含み、
前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスは、（ｉ）電子衝突または衝撃解離フラグメンテーションデバイス、（ｉｉ）光誘起解離（「ＰＩＤ」）フラグメンテーションデバイス、（ｉｉｉ）レーザ誘起解離フラグメンテーションデバイス、（ｉｖ）赤外放射誘起解離デバイス、（ｖ）紫外放射誘起解離デバイス、（ｖｉ）ノズル−スキマ間インターフェースフラグメンテーションデバイス、（ｖｉｉ）インソースフラグメンテーションデバイス、（ｖｉｉｉ）イオン源衝突誘起解離フラグメンテーションデバイス、（ｉｘ）熱または温度源フラグメンテーションデバイス、（ｘ）電界誘起フラグメンテーションデバイス、（ｘｉ）磁場誘起フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｉ）酵素消化または酵素分解フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｉｉ）イオン−イオン反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｖ）イオン−分子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｖ）イオン−原子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｖｉ）イオン−メタステーブルイオン反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｖｉｉ）イオン−メタステーブル分子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｖｉｉｉ）イオン−メタステーブル原子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｘ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−イオン反応デバイス、（ｘｘ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−分子反応デバイス、（ｘｘｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−原子反応デバイス、（ｘｘｉｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−メタステーブルイオン反応デバイス、（ｘｘｉｉｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−メタステーブル分子反応デバイス、および（ｘｘｉｖ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−メタステーブル原子反応デバイスからなる群から選択される、
方法。
質量分析の方法であって、
第１の試料からの親または前駆体イオンを表面誘起解離フラグメンテーションデバイスを含む衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスへ渡すステップと、
前記表面誘起解離フラグメンテーションデバイスを第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更するステップであって、前記第１のモードにおいては、前記第１の試料からの前記親または前駆体イオンのうちの少なくともいくつかが表面またはターゲットプレートに当たる際にフラグメンテーションされてフラグメントまたは娘イオンを生成し、前記第２のモードにおいては、実質的により少ない親または前駆体イオンがフラグメンテーションされる、ステップと、
第２の試料からの親または前駆体イオンを表面誘起解離フラグメンテーションデバイスを含む衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスへ渡すステップと、
前記表面誘起解離フラグメンテーションデバイスを第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更するステップであって、前記第１のモードにおいては、前記第２の試料からの前記親または前駆体イオンのうちの少なくともいくつかが表面またはターゲットプレートに当たる際にフラグメンテーションされてフラグメントまたは娘イオンを生成し、前記第２のモードにおいては、実質的により少ない親または前駆体イオンがフラグメンテーションされる、ステップと、
前記第１の試料からの対象の第１の親または前駆体イオンを認識するステップと、
前記対象の第１の親または前駆体イオンの強度を自動的に決定するステップであって、前記対象の第１の親または前駆体イオンは第１の質量電荷比を有する、ステップと、
同じ第１の質量電荷比を有する、前記第２の試料からの第２の親または前駆体イオンの強度を自動的に決定するステップと、
前記対象の第１の親または前駆体イオンの強度を前記第２の親または前駆体イオンの強度と比較するステップと
を含む方法。