JP2009514062A5 - - Google Patents
Download PDFInfo
- Publication number
- JP2009514062A5 JP2009514062A5 JP2008523048A JP2008523048A JP2009514062A5 JP 2009514062 A5 JP2009514062 A5 JP 2009514062A5 JP 2008523048 A JP2008523048 A JP 2008523048A JP 2008523048 A JP2008523048 A JP 2008523048A JP 2009514062 A5 JP2009514062 A5 JP 2009514062A5
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- cells
- reaction
- reactions
- readable medium
- data structures
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 claims 75
- 210000004027 cells Anatomy 0.000 claims 72
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 claims 37
- 239000000758 substrate Substances 0.000 claims 28
- 210000003527 eukaryotic cell Anatomy 0.000 claims 6
- 230000004907 flux Effects 0.000 claims 6
- 230000004977 physiological function Effects 0.000 claims 6
- 230000035790 physiological processes and functions Effects 0.000 claims 6
- 230000004044 response Effects 0.000 claims 6
- 210000002363 skeletal muscle cell Anatomy 0.000 claims 6
- 239000007853 buffer solution Substances 0.000 claims 4
- 210000000056 organs Anatomy 0.000 claims 4
- 210000001519 tissues Anatomy 0.000 claims 4
- ZKHQWZAMYRWXGA-KQYNXXCUSA-N Adenosine triphosphate Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)[C@@H](O)[C@H]1O ZKHQWZAMYRWXGA-KQYNXXCUSA-N 0.000 claims 2
- 210000001593 Adipocytes, Brown Anatomy 0.000 claims 2
- 210000000636 Adipocytes, White Anatomy 0.000 claims 2
- 239000002028 Biomass Substances 0.000 claims 2
- 210000002808 Connective Tissue Anatomy 0.000 claims 2
- 210000003743 Erythrocytes Anatomy 0.000 claims 2
- 210000000777 Hematopoietic System Anatomy 0.000 claims 2
- 210000003494 Hepatocytes Anatomy 0.000 claims 2
- 229940088597 Hormone Drugs 0.000 claims 2
- 210000004185 Liver Anatomy 0.000 claims 2
- 210000004324 Lymphatic System Anatomy 0.000 claims 2
- 210000001616 Monocytes Anatomy 0.000 claims 2
- 210000000329 Myocytes, Smooth Muscle Anatomy 0.000 claims 2
- 210000003324 RBC Anatomy 0.000 claims 2
- 210000002700 Urine Anatomy 0.000 claims 2
- 229940088594 Vitamin Drugs 0.000 claims 2
- 210000001789 adipocyte Anatomy 0.000 claims 2
- QGZKDVFQNNGYKY-UHFFFAOYSA-N ammonia Chemical compound N QGZKDVFQNNGYKY-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 2
- 238000004590 computer program Methods 0.000 claims 2
- 210000002919 epithelial cells Anatomy 0.000 claims 2
- 210000002950 fibroblast Anatomy 0.000 claims 2
- 230000012010 growth Effects 0.000 claims 2
- 239000005556 hormone Substances 0.000 claims 2
- 229910052500 inorganic mineral Inorganic materials 0.000 claims 2
- 230000006651 lactation Effects 0.000 claims 2
- 239000011707 mineral Substances 0.000 claims 2
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims 2
- 230000004118 muscle contraction Effects 0.000 claims 2
- 210000002569 neurons Anatomy 0.000 claims 2
- 238000005457 optimization Methods 0.000 claims 2
- MYMOFIZGZYHOMD-UHFFFAOYSA-N oxygen Chemical compound O=O MYMOFIZGZYHOMD-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 2
- 229910052760 oxygen Inorganic materials 0.000 claims 2
- 239000001301 oxygen Substances 0.000 claims 2
- 210000001236 prokaryotic cell Anatomy 0.000 claims 2
- 230000000268 renotropic Effects 0.000 claims 2
- 210000002345 respiratory system Anatomy 0.000 claims 2
- 210000001995 reticulocyte Anatomy 0.000 claims 2
- 230000028201 sequestering of triglyceride Effects 0.000 claims 2
- 230000011664 signaling Effects 0.000 claims 2
- 230000032258 transport Effects 0.000 claims 2
- 239000011782 vitamin Substances 0.000 claims 2
- 235000013343 vitamin Nutrition 0.000 claims 2
- 150000003722 vitamin derivatives Chemical class 0.000 claims 2
- 229930003231 vitamins Natural products 0.000 claims 2
- 210000000740 Brown adipocyte Anatomy 0.000 claims 1
- 210000002264 Mammary Glands, Animal Anatomy 0.000 claims 1
- 210000004293 Mammary Glands, Human Anatomy 0.000 claims 1
- 210000004383 White adipose cell Anatomy 0.000 claims 1
- 230000002503 metabolic Effects 0.000 claims 1
- 239000002207 metabolite Substances 0.000 claims 1
- 230000000051 modifying Effects 0.000 claims 1
- 230000001105 regulatory Effects 0.000 claims 1
Claims (60)
- (a)複数の作用物質を第一の細胞による複数の反応に関連付ける第一のデータ構造体であって、該反応の各々が、反応の基質として同定される作用物質、反応の産物として同定される作用物質、および該基質および該産物を関連付ける化学量論係数を含む構造体;
(b)複数の作用物質を第二の細胞による複数の反応に関連付ける第二のデータ構造体であって、該反応の各々が、反応の基質として同定される作用物質、反応の産物として同定される作用物質、および該基質および該産物を関連付ける化学量論係数を含む構造体;
(c)複数の系内作用物質を該第一および第二の細胞の間の複数の系内反応に関連付ける第三のデータ構造体であって、該系内反応の各々が反応の基質として同定される作用物質、反応の産物として同定される作用物質、該基質および該産物を関連付ける化学量論係数を含む構造体;
(d)該第一、第二および第三のデータ構造体に対する該複数の反応についての拘束条件のセット、および
(e)該拘束条件のセットを該第一および第二のデータ構造体に適用するとき、目的関数を最小化または最大化する少なくとも1つの流束分布を決定するためのコマンドであって、該少なくとも1つの流束分布が該第一および第二の細胞の生理学的機能を予測するコマンド;
を含むコンピュータ読取可能媒体。 - 前記第一のデータ構造体が第一の反応ネットワークを含む、請求項1に記載のコンピュータ読取可能媒体。
- 前記第二のデータ構造体が第二の反応ネットワークを含む、請求項1に記載のコンピュータ読取可能媒体。
- 前記第一または第二のデータ構造体が複数の反応ネットワークを含む、請求項1に記載のコンピュータ読取可能媒体。
- さらに、1以上の第四のデータ構造体および1以上の第四の拘束条件のセットを含み、各第四のデータ構造体は複数の作用物質を多細胞生物内の1以上の第三の細胞による複数の反応に関連付け、前記反応の各々は反応の基質として同定される作用物質、反応の産物として同定される作用物質、および該基質および該産物を関連付ける化学量論係数を含む、請求項1に記載のコンピュータ読取可能媒体。
- 前記1以上の第四のデータ構造体が複数のデータ構造体を含む、請求項5に記載のコンピュータ読取可能媒体。
- 前記複数のデータ構造体が複数の異なる細胞についてのデータ構造体を含む、請求項6に記載のコンピュータ読取可能媒体。
- 前記複数のデータ構造体が複数の異なる細胞型に対するデータ構造体を含む、請求項6に記載のコンピュータ読取可能媒体。
- 前記1以上の第三の細胞が少なくとも4細胞、5細胞、6細胞、7細胞、8細胞、9細胞、10細胞、100細胞、1000細胞、5000細胞、10,000細胞以上を含む、請求項7または8に記載のコンピュータ読取可能媒体。
- 前記第一および第二の細胞が真核生物細胞を含む、請求項1に記載のコンピュータ読取可能媒体。
- 前記第一および第二の細胞が原核生物細胞を含む、請求項1に記載のコンピュータ読取可能媒体。
- 前記第一および第二の真核生物細胞が同一組織または器官の細胞を含む、請求項10に記載のコンピュータ読取可能媒体。
- 前記第一および第二の真核生物細胞が異なる組織または器官の細胞を含む、請求項10に記載のコンピュータ読取可能媒体。
- 前記反応の少なくとも1つが関連遺伝子を示すように注釈される、請求項1に記載のコンピュータ読取可能媒体。
- さらに、前記関連遺伝子を特徴付ける情報を有する遺伝子データベースを含む、請求項14に記載のコンピュータ読取可能媒体。
- 前記反応の少なくとも1つが調節された反応である、請求項1に記載のコンピュータ読取可能媒体。
- 前記拘束条件のセットが前記調節された反応についての可変拘束条件を含む、請求項16に記載のコンピュータ読取可能媒体。
- 前記少なくとも1つの系内反応が造血系、尿、結合組織、収縮系、リンパ系、呼吸器系または腎臓系で行われる1以上の反応を含む、請求項1に記載のコンピュータ読取可能媒体。
- 前記系内反応が炭酸水素塩緩衝系、アンモニア緩衝系、ホルモン、シグナリング分子、ビタミン、ミネラル、またはその組合せよりなる群から選択される作用物質または反応を含む、請求項18に記載のコンピュータ読取可能媒体。
- 前記第一または第二の細胞が乳腺細胞、肝細胞、白色脂肪細胞、褐色脂肪細胞、肝臓脂肪細胞、赤色骨格筋細胞、白色骨格筋細胞、中間骨格筋細胞、平滑筋細胞、赤血球細胞、脂肪細胞、単球、網状赤血球、線維芽細胞、ニューロン細胞、上皮細胞、または表5に記載された細胞から選択される、請求項1に記載のコンピュータ読取可能媒体。
- 前記生理学的機能が代謝産物収率、ATP収率、バイオマス要求、成長、トリアシルグリセロール貯蔵、筋肉収縮、乳分泌および酸素輸送能力から選択される、請求項1に記載のコンピュータ読取可能媒体。
- 前記データ構造体が線形代数方程式の組を含む、請求項1に記載のコンピュータ読取可能媒体。
- 前記コマンドが最適化問題を含む、請求項1に記載のコンピュータ読取可能媒体。
- 前記複数の作用物質における少なくとも1つの作用物質、または前記複数の反応における少なくとも1つの反応がサブ系または区画への帰属で注釈される、請求項1に記載のコンピュータ読取可能媒体。
- 前記複数の反応における第一の基質または産物が第一の区画に帰属され、前記複数の反応における第二の基質または産物が第二の区画に帰属される、請求項24に記載のコンピュータ読取可能媒体。
- 複数の反応が、複数の関連遺伝子を示すように注釈され、前記遺伝子データベースが前記複数の関連遺伝子を特徴付ける情報を含む、請求項15に記載のコンピュータ読取可能媒体。
- (a)複数の第一のデータ構造体であって、該第一のデータ構造体の各々が複数の作用物質を多細胞生物内の複数の第一の細胞による複数の反応に関連付け、該反応の各々が反応の基質として同定される作用物質、反応の産物として同定される作用物質、および該基質および該産物を関連付ける化学量論係数を含む構造体;
(b)複数の第二のデータ構造体であって、該複数の第二のデータ構造体の各々が複数の作用物質を該多細胞生物内の複数の第二の細胞による複数の反応に関連付け、該反応の各々が反応の基質として同定される作用物質、反応の産物として同定される作用物質、および該基質および該産物を関連付ける化学量論係数を含む構造体;
(c)複数の第三のデータ構造体であって、該第三のデータ構造体の各々が複数の系内作用物質を該多細胞生物内の複数の系内反応に関連付け、該系内反応の各々は反応の基質として同定される作用物質、反応の産物として同定される作用物質、および該基質および該産物を関連付ける化学量論係数を含む構造体;
(d)該第一、第二および第三のデータ構造体に対する該複数の反応についての拘束条件のセット、および
(e)該拘束条件のセットを該第一および第二のデータ構造体に適用するとき、目的関数を最小化または最大化する少なくとも1つの流束分布を決定するためのコマンドであって、該少なくとも1つの流束分布が該多細胞生物の生理学的機能を予測するコマンド;
を含むコンピュータ読取可能媒体。 - 前記第一のデータ構造体が第一の反応ネットワークを含む、請求項27に記載のコンピュータ読取可能媒体。
- 前記第二のデータ構造体が第二の反応ネットワークを含む、請求項27に記載のコンピュータ読取可能媒体。
- 前記第一または第二のデータ構造体が複数の反応ネットワークを含む、請求項27に記載のコンピュータ読取可能媒体。
- さらに、複数の第四のデータ構造体および1以上の第四の拘束条件のセットを含み、前記複数の第四のデータ構造体の各々が複数の作用物質を多細胞生物内の複数の第三の細胞による複数の反応に関連付け、前記反応の各々は反応の基質として同定された作用物質、反応の産物として同定される作用物質、および該基質および該産物を関連付ける化学量論係数を含む、請求項27に記載のコンピュータ読取可能媒体。
- 前記複数の第一ないし第四のデータ構造体が複数の異なる細胞についてのデータ構造体を含む、請求項31に記載のコンピュータ読取可能媒体。
- 前記複数の第一ないし第四のデータ構造体が複数の異なる細胞型についてのデータ構造体を含む、請求項31に記載のコンピュータ読取可能媒体。
- 前記1以上の第三の細胞が少なくとも4細胞、5細胞、6細胞、7細胞、8細胞、9細胞、10細胞、100細胞、1000細胞、5000細胞、10,000細胞またはそれ以上を含む、請求項32または33に記載のコンピュータ読取可能媒体。
- (a)複数の作用物質を第一の細胞による複数の反応に関連付ける第一のデータ構造体を提供する工程であって、該反応の各々が反応の基質として同定される作用物質、反応の産物として同定される作用物質、および該基質および該産物を関連付ける化学量論係数を含む工程;
(b)複数の作用物質を第二の細胞による複数の反応に関連付ける第二のデータ構造体を提供する工程であって、該反応の各々が反応の基質として同定される作用物質、反応の産物として同定される作用物質、および該基質および該産物を関連付ける化学量論係数を含む工程;
(c)複数の系内作用物質を該第一および第二の細胞の間の複数の系内反応に関連付ける第三のデータ構造体を提供する工程であって、該系内反応の各々が反応の基質として同定される作用物質、反応の産物として同定される作用物質、および該基質および該産物を関連付ける化学量論係数を含む工程;
(d)該第一、第二および第三のデータ構造体に対する該複数の反応についての拘束条件のセットを提供する工程;
(e)目的関数を提供する工程、ならびに、
(f)該拘束条件のセットを該第一および第二のデータ構造体に適用するとき、目的関数を最小化または最大化する少なくとも1つの流束分布を決定し、該少なくとも1つの流束分布が該第一および第二の細胞の生理学的機能を予測する工程;
を含む、多細胞生物の生理学的機能を予測する方法。 - 前記第一のデータ構造体が第一の反応ネットワークを含む、請求項35に記載の方法。
- 前記第二のデータ構造体が第二の反応ネットワークを含む、請求項35に記載の方法。
- 前記第一または第二のデータ構造体が複数の反応ネットワークを含む、請求項35に記載の方法。
- さらに、1以上の第四のデータ構造体および1以上の第四の拘束条件のセットを含み、各第四のデータ構造体は複数の作用物質を多細胞生物内の1以上の第三の細胞による複数の反応に関連付け、前記反応の各々は反応の基質として同定される作用物質、反応の産物として同定される作用物質、および該基質および該産物を関連付ける化学量論係数を含む、請求項35に記載の方法。
- 前記1以上の第四のデータ構造体が複数のデータ構造体を含む、請求項39に記載の方法。
- 前記複数のデータ構造体が複数の異なる細胞についてのデータ構造体を含む、請求項40に記載の方法。
- 前記複数のデータ構造体が複数の異なる細胞型についてのデータ構造体を含む、請求項40に記載の方法。
- 前記1以上の第三の細胞が少なくとも4細胞、5細胞、6細胞、7細胞、8細胞、9細胞、10細胞、100細胞、1000細胞、5000細胞、10,000細胞またはそれ以上を含む、請求項41または42に記載の方法。
- 前記第一および第二の細胞が真核生物細胞を含む、請求項35に記載の方法。
- 前記第一および第二の細胞が原核生物細胞を含む、請求項35に記載の方法。
- 前記第一および第二の真核生物細胞が同一組織または器官の細胞を含む、請求項44に記載の方法。
- 前記第一および第二の真核生物細胞が異なる組織または器官の細胞を含む、請求項44に記載の方法。
- 前記反応の少なくとも1つが関連遺伝子を示すように注釈された、請求項35に記載の方法。
- さらに、前記関連遺伝子を特徴付ける情報を有する遺伝子データベースを含む、請求項48に記載の方法。
- 前記反応の少なくとも1つが調節された反応である、請求項35に記載の方法。
- 前記拘束条件のセットが前記調節された反応についての可変拘束条件を含む、請求項50に記載の方法。
- 前記少なくとも1つの系内反応が、造血系、尿、結合組織、収縮系、リンパ系、呼吸器系または腎臓系で行われる1以上の反応を含む、請求項35に記載の方法。
- 前記系内反応が炭酸水素塩緩衝系、アンモニア緩衝系、ホルモン、シグナリング分子、ビタミン、ミネラルまたはその組合せよりなる群から選択される反応または作用物質を含む、請求項52に記載の方法。
- 前記第一または第二の細胞が乳腺細胞、肝細胞、白色脂肪細胞、褐色脂肪細胞、肝臓脂肪細胞、赤色骨格筋細胞、白色骨格筋細胞、中間骨格筋細胞、平滑筋細胞、赤血球細胞、脂肪細胞、単球、網状赤血球、線維芽細胞、ニューロン細胞、上皮細胞、または表5に記載された細胞から選択される、請求項35に記載の方法。
- 前記生理学的機能は代謝細胞収率、ATP収率、バイオマス要求、成長、トリアシルグリセロール貯蔵、筋肉収縮、乳分泌、および酸素輸送能力から選択される、請求項35に記載の方法。
- 前記データ構造が線形代数方程式の組を含む、請求項35に記載の方法。
- 前記コマンドが最適化問題を含む、請求項35に記載の方法。
- 前記複数の作用物質における少なくとも1つの作用物質、または前記複数の反応における少なくとも1つの反応が、サブ系区画への帰属で注釈される、請求項35に記載の方法。
- 前記複数の反応における基質または産物が第一の区画に帰属され、前記複数の反応における第二の基質または産物が第二の区画に帰属される、請求項58に記載の方法。
- 複数の反応が複数の関連遺伝子を示すように注釈され、前記遺伝子データベースが前記複数の関連遺伝子を特徴付ける情報を含む、請求項49に記載の方法。
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US11/188,136 | 2005-07-21 | ||
US11/188,136 US8949032B2 (en) | 2002-03-29 | 2005-07-21 | Multicellular metabolic models and methods |
PCT/US2006/029001 WO2007014257A2 (en) | 2005-07-21 | 2006-07-21 | Multicellular metabolic models and methods |
Related Child Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2013024285A Division JP2013101691A (ja) | 2005-07-21 | 2013-02-12 | 多細胞系代謝モデルおよびその方法 |
Publications (3)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2009514062A JP2009514062A (ja) | 2009-04-02 |
JP2009514062A5 true JP2009514062A5 (ja) | 2009-07-23 |
JP5346581B2 JP5346581B2 (ja) | 2013-11-20 |
Family
ID=37683940
Family Applications (2)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2008523048A Expired - Fee Related JP5346581B2 (ja) | 2005-07-21 | 2006-07-21 | 多細胞系代謝モデルおよびその方法 |
JP2013024285A Pending JP2013101691A (ja) | 2005-07-21 | 2013-02-12 | 多細胞系代謝モデルおよびその方法 |
Family Applications After (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2013024285A Pending JP2013101691A (ja) | 2005-07-21 | 2013-02-12 | 多細胞系代謝モデルおよびその方法 |
Country Status (6)
Country | Link |
---|---|
US (3) | US8949032B2 (ja) |
EP (1) | EP1910553A4 (ja) |
JP (2) | JP5346581B2 (ja) |
AU (2) | AU2006272616A1 (ja) |
CA (1) | CA2615504A1 (ja) |
WO (1) | WO2007014257A2 (ja) |
Families Citing this family (25)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
EP1147229A2 (en) * | 1999-02-02 | 2001-10-24 | Bernhard O. Palsson | Methods for identifying drug targets based on genomic sequence data |
US7127379B2 (en) * | 2001-01-31 | 2006-10-24 | The Regents Of The University Of California | Method for the evolutionary design of biochemical reaction networks |
EP1381860A4 (en) * | 2001-03-01 | 2008-10-15 | Univ California | MODELS AND METHOD FOR DETERMINING SYSTEMIC PROPERTIES OF REGULATED RESPONSE NETWORKS |
US7751981B2 (en) | 2001-10-26 | 2010-07-06 | The Regents Of The University Of California | Articles of manufacture and methods for modeling Saccharomyces cerevisiae metabolism |
US20030224363A1 (en) * | 2002-03-19 | 2003-12-04 | Park Sung M. | Compositions and methods for modeling bacillus subtilis metabolism |
US8949032B2 (en) | 2002-03-29 | 2015-02-03 | Genomatica, Inc. | Multicellular metabolic models and methods |
EP1552472A4 (en) * | 2002-10-15 | 2008-02-20 | Univ California | METHODS AND SYSTEMS FOR IDENTIFYING FUNCTIONAL REACTION PATHWAYS |
US7869957B2 (en) * | 2002-10-15 | 2011-01-11 | The Regents Of The University Of California | Methods and systems to identify operational reaction pathways |
JP2006119017A (ja) * | 2004-10-22 | 2006-05-11 | Oki Electric Ind Co Ltd | 熱分解ガスクロマトグラフィーを用いた植物の品種判定方法 |
KR100616611B1 (ko) * | 2005-03-31 | 2006-08-25 | 한국과학기술원 | Xml을 이용한 대사흐름분석용 정보 시스템 및 그운용방법 |
US7478352B2 (en) | 2006-06-22 | 2009-01-13 | The Boeing Company | Method for creating box level groupings of components and connections in a dynamic layout system |
WO2008045306A2 (en) * | 2006-10-04 | 2008-04-17 | The Regents Of The University Of California | Compositions and methods for modeling human metabolism |
US20090023182A1 (en) * | 2007-07-18 | 2009-01-22 | Schilling Christophe H | Complementary metabolizing organisms and methods of making same |
JP5283366B2 (ja) * | 2007-10-25 | 2013-09-04 | 株式会社日立ソリューションズ | 生体高分子間の相互関係表示方法 |
EP2401696B1 (en) * | 2009-02-26 | 2017-06-21 | Intrexon CEU, Inc. | Mammalian cell line models and related methods |
UA120493C2 (uk) * | 2010-06-17 | 2019-12-26 | Джамплайон, Інк. | Пристрій, спосіб і машинозчитуваний носій даних для оцінки фізіологічного стану пацієнта |
WO2012027533A1 (en) | 2010-08-25 | 2012-03-01 | Gt Life Sciences, Inc. | Selectable markers and related methods |
US10438700B2 (en) | 2012-08-03 | 2019-10-08 | University Of Virginia Patent Foundation | Computer simulation for testing and monitoring of treatment strategies for stress hyperglycemia |
EP2821790A1 (en) * | 2013-07-04 | 2015-01-07 | Universität Heidelberg | Tumor energy metabolism profiling |
CN105867345B (zh) * | 2016-03-24 | 2018-04-27 | 浙江科技学院 | 一种多变量化工过程的故障源和故障传播路径定位方法 |
WO2018059214A1 (zh) * | 2016-09-29 | 2018-04-05 | 广州君赫生物科技有限公司 | 影响saicar合成的化合物及应用 |
EP3613731A4 (en) | 2017-04-20 | 2021-01-13 | Geneheal Biotechnology Co., Ltd. | APPLICATIONS OF SPERMIDINE AND ITS DERIVATIVE |
CN111242538B (zh) * | 2020-01-07 | 2023-05-23 | 北京唐颐惠康生物医学技术有限公司 | 一种动态的全流程细胞库存转移方法及系统 |
WO2023081000A1 (en) * | 2021-11-03 | 2023-05-11 | Simbiosys, Inc. | Metabolic modeling for disease prognosis and treatment |
CN117133377B (zh) * | 2023-10-27 | 2024-07-16 | 浙江大学 | 一种基于代谢组学的代谢物组合模型的数据迭代处理方法 |
Family Cites Families (39)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US5273038A (en) * | 1990-07-09 | 1993-12-28 | Beavin William C | Computer simulation of live organ |
US5639949A (en) * | 1990-08-20 | 1997-06-17 | Ciba-Geigy Corporation | Genes for the synthesis of antipathogenic substances |
CA2090860C (en) | 1990-11-21 | 2003-09-16 | Richard A. Houghten | Synthesis of equimolar multiple oligomer mixtures, especially of oligopeptide mixtures |
JPH078289A (ja) * | 1993-06-29 | 1995-01-13 | Osaka Gas Co Ltd | リボソームを用いたペプチドおよびタンパク質の合成法 |
US5553234A (en) * | 1994-09-23 | 1996-09-03 | International Business Machines Corporation | System and method for including stored procedures, user-defined functions, and trigger processing in an existing unit of work |
US5930154A (en) * | 1995-01-17 | 1999-07-27 | Intertech Ventures, Ltd. | Computer-based system and methods for information storage, modeling and simulation of complex systems organized in discrete compartments in time and space |
US5980096A (en) * | 1995-01-17 | 1999-11-09 | Intertech Ventures, Ltd. | Computer-based system, methods and graphical interface for information storage, modeling and stimulation of complex systems |
DE69603020T2 (de) | 1995-01-17 | 2000-02-24 | Intertech Ventures Ltd., Wallesley | Auf simulierten virtuellen modellen basierendes steuerungssystem |
US6983227B1 (en) * | 1995-01-17 | 2006-01-03 | Intertech Ventures, Ltd. | Virtual models of complex systems |
US5914891A (en) * | 1995-01-20 | 1999-06-22 | Board Of Trustees, The Leland Stanford Junior University | System and method for simulating operation of biochemical systems |
US6329139B1 (en) * | 1995-04-25 | 2001-12-11 | Discovery Partners International | Automated sorting system for matrices with memory |
US6326140B1 (en) * | 1995-08-09 | 2001-12-04 | Regents Of The University Of California | Systems for generating and analyzing stimulus-response output signal matrices |
US5947899A (en) * | 1996-08-23 | 1999-09-07 | Physiome Sciences | Computational system and method for modeling the heart |
DK1717322T3 (da) * | 1997-01-17 | 2012-10-22 | Codexis Mayflower Holdings Llc | Udvikling af hele celler og organismer ved rekursiv sekvensrekombination |
US6165709A (en) * | 1997-02-28 | 2000-12-26 | Fred Hutchinson Cancer Research Center | Methods for drug target screening |
US6132969A (en) * | 1998-06-19 | 2000-10-17 | Rosetta Inpharmatics, Inc. | Methods for testing biological network models |
JP2000163398A (ja) | 1998-11-26 | 2000-06-16 | Sony Corp | 情報処理装置および方法、並びに提供媒体 |
US6370478B1 (en) * | 1998-12-28 | 2002-04-09 | Rosetta Inpharmatics, Inc. | Methods for drug interaction prediction using biological response profiles |
US6351712B1 (en) * | 1998-12-28 | 2002-02-26 | Rosetta Inpharmatics, Inc. | Statistical combining of cell expression profiles |
EP1147229A2 (en) * | 1999-02-02 | 2001-10-24 | Bernhard O. Palsson | Methods for identifying drug targets based on genomic sequence data |
FR2789981B1 (fr) * | 1999-02-19 | 2001-05-04 | Oreal | Tete de distribution verrouillable et distributeur ainsi equipe |
US6221597B1 (en) * | 1999-05-21 | 2001-04-24 | Rosetta Inpharmatics, Inc. | Essential genes of yeast as targets for antifungal agents, herbicides, insecticides and anti-proliferative drugs |
US6200803B1 (en) * | 1999-05-21 | 2001-03-13 | Rosetta Inpharmatics, Inc. | Essential genes of yeast as targets for antifungal agents, herbicides, insecticides and anti-proliferative drugs |
EP1158447A1 (en) | 2000-05-26 | 2001-11-28 | GMD- Forschungszentrum Informationstechnik GmbH | Method for evaluating states of biological systems |
CA2399272A1 (en) | 2000-02-07 | 2001-08-09 | Gregory Scott Lett | System and method for modeling genetic, biochemical, biophysical and anatomical information: in silico cell |
JP4776146B2 (ja) | 2001-01-10 | 2011-09-21 | ザ・ペン・ステート・リサーチ・ファンデーション | 細胞代謝をモデル化する方法及びシステム |
US7127379B2 (en) | 2001-01-31 | 2006-10-24 | The Regents Of The University Of California | Method for the evolutionary design of biochemical reaction networks |
EP1381860A4 (en) * | 2001-03-01 | 2008-10-15 | Univ California | MODELS AND METHOD FOR DETERMINING SYSTEMIC PROPERTIES OF REGULATED RESPONSE NETWORKS |
US7353152B2 (en) * | 2001-05-02 | 2008-04-01 | Entelos, Inc. | Method and apparatus for computer modeling diabetes |
AU2002355996A1 (en) * | 2001-08-16 | 2003-03-03 | Biotech Research Venture Pte Limited | Method for modelling biochemical pathways |
CA2462641A1 (en) * | 2001-10-01 | 2003-04-10 | Diversa Corporation | Whole cell engineering using real-time metabolic flux analysis |
US20030224363A1 (en) * | 2002-03-19 | 2003-12-04 | Park Sung M. | Compositions and methods for modeling bacillus subtilis metabolism |
AU2003222128A1 (en) | 2002-03-29 | 2003-10-13 | Genomatica, Inc. | Human metabolic models and methods |
US8949032B2 (en) | 2002-03-29 | 2015-02-03 | Genomatica, Inc. | Multicellular metabolic models and methods |
US7856317B2 (en) * | 2002-06-14 | 2010-12-21 | Genomatica, Inc. | Systems and methods for constructing genomic-based phenotypic models |
US8027821B2 (en) * | 2002-07-10 | 2011-09-27 | The Penn State Research Foundation | Method for determining gene knockouts |
EP1552472A4 (en) * | 2002-10-15 | 2008-02-20 | Univ California | METHODS AND SYSTEMS FOR IDENTIFYING FUNCTIONAL REACTION PATHWAYS |
DE10345837A1 (de) * | 2003-10-02 | 2005-04-21 | Bayer Technology Services Gmbh | Verfahren zur Bestimmung einer Wirkstoffdosierung |
JP2009507493A (ja) * | 2005-09-09 | 2009-02-26 | ジェノマティカ・インコーポレイテッド | 増殖連動型のコハク酸塩生成のための方法と生物 |
-
2005
- 2005-07-21 US US11/188,136 patent/US8949032B2/en active Active
-
2006
- 2006-07-21 CA CA002615504A patent/CA2615504A1/en not_active Abandoned
- 2006-07-21 WO PCT/US2006/029001 patent/WO2007014257A2/en active Application Filing
- 2006-07-21 AU AU2006272616A patent/AU2006272616A1/en not_active Abandoned
- 2006-07-21 EP EP06800352A patent/EP1910553A4/en not_active Withdrawn
- 2006-07-21 JP JP2008523048A patent/JP5346581B2/ja not_active Expired - Fee Related
-
2012
- 2012-06-05 AU AU2012203311A patent/AU2012203311A1/en not_active Abandoned
-
2013
- 2013-02-12 JP JP2013024285A patent/JP2013101691A/ja active Pending
-
2014
- 2014-12-16 US US14/572,615 patent/US20150302141A1/en not_active Abandoned
-
2020
- 2020-09-11 US US17/018,629 patent/US20210241846A1/en not_active Abandoned
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP2009514062A5 (ja) | ||
JP5346581B2 (ja) | 多細胞系代謝モデルおよびその方法 | |
Abaci et al. | Human-on-a-chip design strategies and principles for physiologically based pharmacokinetics/pharmacodynamics modeling | |
Mastrangeli et al. | Organ-on-chip in development: Towards a roadmap for organs-on-chip | |
Thiele et al. | A systems biology approach to studying the role of microbes in human health | |
Johnson et al. | Strategic directions in tissue engineering | |
Archibald et al. | Pig genome sequence-analysis and publication strategy | |
Zhang et al. | Multiscale agent-based cancer modeling | |
Sadiq et al. | A whole-body physiologically based pharmacokinetic (WB-PBPK) model of ciprofloxacin: a step towards predicting bacterial killing at sites of infection | |
JP2005521929A (ja) | ヒト代謝モデルおよび方法 | |
Roeder et al. | Towards a quantitative understanding of stem cell–niche interaction: Experiments, models, and technologies | |
Iannetti et al. | Distributed and lumped parameter models for the characterization of high throughput bioreactors | |
Kang et al. | Colorectal tumour simulation using agent based modelling and high performance computing | |
Bi et al. | Effect of concurrent chemoradiation with celecoxib vs concurrent chemoradiation alone on survival among patients with non–small cell lung cancer with and without cyclooxygenase 2 genetic variants: A phase 2 randomized clinical trial | |
Orsini et al. | Comparative study for surgical management of thymectomy for non-thymomatous myasthenia gravis from the French national database EPITHOR | |
Fusi et al. | Building global genomics initiatives and enabling data sharing: Insights from multiple case studies | |
Nguyen-Ngoc et al. | Effects of fast density dependent dispersal on pre-emptive competition dynamics | |
Wang et al. | A mechanistic model of hydrogen–methanogen dynamics in the rumen | |
Delgadillo et al. | A management model in blood, tissue and cell establishments to ensure rapid and sustainable patient access to advanced therapy medicinal products in Europe | |
Coveney et al. | Integrative approaches to computational biomedicine | |
Dueñas-Jurado et al. | New models for donor-recipient matching in lung transplantations | |
Ribba et al. | Q x db: a generic database to support mathematical modelling in biology | |
Blazewicz et al. | Modeling the process of human body iron homeostasis using a variant of timed Petri nets | |
Nguyen et al. | Translational strategy: humanized mini-organs | |
Feldman et al. | Commentary: advancing the research mission in an academic department: the creation of a center for translational medicine |