JP5283366B2 - 生体高分子間の相互関係表示方法 - Google Patents
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Description
図1は、本発明による生体高分子のネットワーク表示システムの構成例を示す図である。このシステムは、中央処理装置101に接続されたプログラムメモリ102、画像メモリ103、データメモリ104、対話指示入力デバイス105、表示装置106、ストレージ116、スキャナ118等から構成されており、また、中央処理装置101はネットワーク128を介して種々のデータソース120やデータベース121に接続されている。
図2は、医学・生物学の因子間相互関係を記述したフリーテキストから因子間相互関係に関する情報を抽出し、因子間相互関係データを作成するための手順を示すフローチャートである。この処理は、因子間相互関係データ作成プログラム107によって実行される。以下では英文テキストの例によって説明する。
図3は、フリーテキストからの因子間相互関係データの抽出の例として、公開データベース中の因子間相互関係に関する記述をリソースとした場合を示した図である。複数の因子間相互関係に関する記述301より、1つの文302を取り出し、これに対し、受動態ならば能動態への変換するという中間処理303を行った後、主節よりスタート因子304とその因子の状態305、目的節よりエンド因子307とその因子の状態308、述節よりスタート因子とエンド因子の関係306を抽出し、これに実験の条件309を加えたものを一組として、因子間相互関係データとする。得られたデータはファイルにするか、データベースへ格納する。
図4に、因子間相互関係の記述を含む5つのフリーテキストの例を示す。これらのテキストデータより、図2に示した因子間相互関係データ作成フローの手順をへて図5に示す因子間相互関係データが作成できる。図5には、スタート因子、エンド因子共にシステマティックネーム(Saccharomyces Genome Database(SGD)が規定した酵母遺伝子の世界統一名称)も表示した。ここで、A1(No.3/No.5スタート因子)、HMRA1、HMR、MATA(No.1/No.2エンド因子)、MAT1Aは、すべてYCR097Wのシノニムである。図4のテキストNo.は図5のテキストNo.に対応している。
図6は、ファイルに記述もしくは因子間相互関係データベースに格納された因子間相互関係データをもとに、因子間ネットワークを作成・表示するための手順を示すフローチャートである。この処理は、図1の因子間相互関係データ表示プログラム108によって実行される。
次に、ユーザインタフェースの例を図12に示す。 表示装置106のモニター画面1200上には、ネットワーク表示ウインドウ1210と、表示データ選択ウインドウ1220が表示される。表示データ選択ウインドウ1220には、ファイル選択タグ1230、条件選択タグ1240、及び表示ボタン1250が表示される。ファイル選択タグ1230は、そのテキストエリア1231に表示したい因子間データを含むファイル名を表示する。また、プルダウン表示されるデータ選択メニュー1232より表示したい条件(後述)を選択する。
図14は、ネットワーク表示ツールの使用手順を示すフローチャートである。ユーザは、ネットワーク表示したい因子間データを表示選択ウインドウ1220上において選択する。具体的には、ファイル選択タグをクリックし、テキストエリア1231に表示したい因子間データを含むファイル名を表示する。また、データ選択メニュー1232より表示したい条件を選択する(ステップ1401)。次に、条件選択タグ1240をクリックし、ポイント、ライン、コネクタに関する設定を行う(ステップ1402)。その後、表示ボタン1250をクリックしてネットワーク表示ウインドウ1210にネットワークを表示する(ステップ1403)。
次に、因子間相互関係をネットワーク表示した例について説明する。ここで、要素図形であるポイント、ライン、アロー、コネクタは、それぞれ図8から図11に示すように設定されているとする。
以上、個別のスタート因子とエンド因子の相互関係をネットワーク表示する方法について詳細に述べた。以下、そのネットワーク表示に信頼度を測る指標となりうる表示について説明する。
図23は、複数の因子間相互関係データファイルに文献ごとに重複して存在するデータを重ねて表示させた例である。この表示により、因子情報の信頼性を測ることができるようになる(つまり信頼性把握のための指標)。たとえば、より多くの文献に記載がある因子はより高く積みあがることになり、多くの研究者が情報の信頼性を認めていることが一目で確認できる。また、文献に記載されている因子間相互関係には、文献の執筆者が実際に実験して確認したものか、それとも他の文献から引用したものなのかがあるが、ユーザはどちらも表示できるものとする。また、Nature、Science、Cellなど文献の種類や発刊日、文献のサイテーション情報等をフィルターとし、表示する文献を選択することもできる。
図23のような表示を行うには、対象となっている因子情報を記載した文献がどのくらいあるかを検索できるようにデータベースを構築しなければならない。図24は、そのようなデータベースを生成するための処理を説明するためのフローチャートである。なお、図24の処理は、図2の処理に類似するものである。また、特に断らない限り、各ステップの動作主体は中央処理装置101である。
図26は、ユーザの入力した検索上に従って検索を実行して検索結果を画面に表示する処理を説明するためのフローチャートである。ここでも特に断らない限り、各ステップの動作主体は中央処理装置101である。
本発明は、実施形態の機能を実現するソフトウェアのプログラムコードによっても実現できる。この場合、プログラムコードを記録した記憶媒体をシステム或は装置に提供し、そのシステム或は装置のコンピュータ(又はCPUやMPU)が記憶媒体に格納されたプログラムコードを読み出す。この場合、記憶媒体から読み出されたプログラムコード自体が前述した実施形態の機能を実現することになり、そのプログラムコード自体、及びそれを記憶した記憶媒体は本発明を構成することになる。このようなプログラムコードを供給するための記憶媒体としては、例えば、フロッピィ(登録商標)ディスク、CD−ROM、DVD−ROM、ハードディスク、光ディスク、光磁気ディスク、CD−R、磁気テープ、不揮発性のメモリカード、ROMなどが用いられる。
Claims (7)
- 中央処理装置が生体高分子間の相互関係を表示部に表示する方法であって、
生体高分子の種類、生体高分子の状態、生体高分子間の相互関係に対してそれぞれ要素図形が割り当てられてメモリに格納され、さらに、それらの情報と関連付けて生体高分子が記述された文献の情報がメモリに格納されており、
前記中央処理装置は、入力された検索条件に基づいて前記メモリから前記検索条件に合致する生体高分子と、当該生体高分子と関連する他の生体高分子とを特定し、当該特定した検索条件に合致する生体高分子及び前記関連する他の生体高分子を表す要素図形、各生体高分子の状態を表す要素図形、前記各高分子間の相互関係を表す要素図形、及び前記各生体高分子の記述が含まれる文献の情報を前記メモリから取得し、それぞれの要素図形の間に、各生体高分子の状態を表す要素図形及び前記各生体高分子間の相互関係を表す要素図形を配置して前記表示部に表示するとともに、前記検索条件に合致する生体高分子を中心として、前記各生体高分子の記述を含む文献の数に応じて文献単位に割り当てられた所定の図形を積み重ねて前記表示部に表示することを特徴とする生体高分子間の相互関係表示方法。 - 請求項1記載の生体高分子間の相互関係表示方法であって、
前記メモリは、さらに前記2つの生体高分子間の相互関係が見出された条件を表す要素図形を格納し、
前記中央処理装置は、前記2つの生体高分子間の相互関係が見出された条件を表す要素図形を前記2つの生体高分子を表す一対の要素図形の間に配置して前記表示部に表示することを特徴とする生体高分子間の相互関係表示方法。 - 請求項2記載の生体高分子間の相互関係表示方法であって、
前記中央処理装置は、前記条件を前記2つの生体高分子を表す一対の要素図形を結ぶラインによって前記表示部に表示し、前記2つの生体高分子間の相互関係を矢印ヘッドによって前記表示部に表示し、前記生体高分子の状態を、前記生体高分子を表す要素図形とラインの間に配置するマーク及び前記矢印ヘッドと前記生体高分子を表す要素図形との間に配置するマークによって前記表示部に表示することを特徴とする生体高分子間の相互関係表示方法。 - 請求項1乃至3のいずれか1項記載の生体高分子間の相互関係表示方法であって、
前記中央処理装置は、3つ以上の生体高分子間の関係を連鎖させて前記表示部に表示することを特徴とする生体高分子間の相互関係表示方法。 - 請求項4記載の生体高分子間の相互関係表示方法であって、
前記中央処理装置は、複数の異なる条件において見出された生体高分子間の相互関係を同時に前記表示部に表示することを特徴とする生体高分子間の相互関係表示方法。 - 請求項4記載の生体高分子間の相互関係表示方法であって、
前記中央処理装置は、複数の異なる条件において見出された生体高分子間の相互関係のうち複数の条件下に重複して存在する相互関係のみを、又は、複数の異なる条件において見出された生体高分子間の相互関係のうち複数の条件下に重複して存在しない相互関係のみを選択的に前記表示部に表示することを特徴とする生体高分子間の相互関係表示方法。 - 中央処理装置が生体高分子間の相互関係を表示部に表示する方法であって、
生体高分子の情報とこの生体高分子が記述された文献の情報がメモリに格納されており、
前記中央処理装置は、所定の生体高分子とそれと関連する文献の情報を前記メモリから取得し、前記所定の生体高分子とそれに関連する他の生体高分子との相互関係を前記表示部に表示するとともに、前記生体高分子を中心として、前記所定の生体高分子の記述を含む文献の数に応じて文献単位に割り当てられた所定の図形を積み重ねて前記表示部に表示することを特徴とする生体高分子間の相互関係表示方法。
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