JP2009506782A - 結核の診断のための核酸標的としてのrd9およびis6110の使用、ならびにマルチプレックス−コンプライアントis6110およびrd9標的の提供 - Google Patents
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Abstract
【選択図】なし
Description
−5つのH37Rv関連欠失(RvD1からRvD5と称される)および
−M.ツベルクロシス特異的欠失1(TbD1)として知られる領域
(Gordon et al. 1999, Mol. Microbiol. 32, 643−655; Brosch et al. 1999, Infect. Immun. 67, 5768−5774)。
−顕微鏡観察(直接観察および/または細胞染色)、
−細胞培養、
−Gen−Probe(登録商標)キット。
−ATCC27294、ATCC25177、ATCC51910(M.ツベルクロシス);
−ATCC25420、ATCC35711(M.アフリカナム(サブタイプI));
−ATCC19422、ATCC35782、ATCC11152(M.ミクロチ);
−ATCC19210、ATCC35725、ATCC35726、ATCC35730(M.ボビス);
−ATCC27290、ATCC35736、ATCC35737(M.ボビスBCG);
−M.カプラエのCIP105776株(パスツール研究所コレクション(the Institut Pasteur Collection)から利用可能、またはATCCからATCC番号 BAA 824で利用可能)。
ATCCとは、American Type Culture Collection(10801 University Boulevard Manassas, Virginia 20110−2209)である。パスツール研究所コレクションまたはCIP(“Collection de l’Institut Pasteur”)とは、Collection de l’Institut Pasteur、パスツール研究所(25−28 rue du Docteur Roux, F−75724 Paris Cedex 15, France)である。
−MtbCのマイコバクテリウムの検出、
−一方のM.ツベルクロシスおよびM.カネッティの、他方のMtbCその他の菌株からの識別。
−少なくとも1つのIS6110標的化増幅プライマーペアまたはハイブリダイゼーションプローブ、および
−少なくとも1つのRD9標的化増幅プライマーペアまたはハイブリダイゼーションプローブ。
前記使用は、結核のin vitro診断に適している。好ましくは、前記少なくとも1つのIS6110標的化増幅プライマーペアまたはハイブリダイゼーションプローブは、IS6110特異的増幅プライマーペアまたはハイブリダイゼーションプローブであり、および前記少なくとも1つのRD9標的化増幅プライマーペアまたはハイブリダイゼーションプローブは、RD9特異的増幅プライマーペアまたはハイブリダイゼーションプローブである。特異的プライマーペアまたはプローブとは、ここにおいて、その標的(IS6110またはRD9)以外の何れかのマイコバクテリウム核酸とも交差反応せず、好ましくは何れかのヒト核酸とも交差反応しないプライマーペアまたはプローブを意味する。
−MtbCのマイコバクテリウムの検出、
−一方のM.ツベルクロシスおよびM.カネッティの、他方のMtbCのその他の菌株からの識別、および
−マルチプレックスで使用できるプライマー、すなわち、単一のマルチプレックス増幅行程で使用した場合でも特異的で感度が高いプライマーの設計。
−RD9+IS6110−反応は、生体試料が先祖型M.ツベルクロシス菌株を含むことを意味し、および
−RD9+IS6110+反応は、生体試料が、現代型M.ツベルクロシス菌株、または非常に希少なM.カネッティのどちらかを含むことを意味する。
本発明は、従って、先祖型M.ツベルクロシス菌株を現代型M.ツベルクロシス菌株から識別し、および、先行技術において、IS6110を唯一のマーカーとして使用した場合にしばしば生じた偽陰性の結果の問題を回避する。
i.M.カネッティは、結核菌群のその他の何れのメンバーにも存在しないDR領域における26のユニークなスペーサー配列を保持することが示されている(Van Embden et al. 2000, J. Bacteriol. 182, 2393−2401);
ii.M.カネッティは、Brosch et al. 2002, PNAS USA, 99(6), 3684−3689に記述されるように、特異的なRDcan領域がないことが特徴づけられ、これは部分的にRD12と重複しており、しばしばRD12−can欠失と称される。M.ツベルクロシスH37Rvゲノムと関連して、M.カネッティ分離株14000059のRD12−can欠失配列は、アクセス番号AJ583833でEMBLデータベースに寄託されている;
iii.M.カネッティは、単一コピーのIS1081挿入配列の存在によって特徴づけられる(M.ボビスIS1081は、アクセス番号X61270として利用できる);
iv.M.カネッティ細胞は滑らかなコロニーを形成し、一方M.ツベルクロシス細胞は粗いコロニー形成する。
−IS6110標的の配列番号2の配列、または前記配列番号2の全長に対して完全に相補的である配列、
−RD9標的の配列番号8の配列、または前記配列番号8の全長に対して完全に相補的である配列。
配列番号2のIS6110標的は、位置372から572(開始および終了の位置を含む)の、M.ツベルクロシスH37Rv IS6110(アクセス番号X17348 M29899)の断片である:
ここにおいて、前記2つの参照テンプレートポリヌクレオチドのうちの1つはRD9の断片であり、他方はIS6110の断片であり、
ここにおいて、前記IS6110断片は、配列番号2の配列に、または配列番号2の全長に完全に相補的である配列に存し、
および
ここにおいて、前記RD9断片は、配列番号8の配列に、または配列番号8の全長に完全に相補的である配列に存する。
5’フルオロフォア−(アーム1)−プローブ(アーム2)−消光剤3’
5’消光剤−(アーム1)−プローブ(アーム2)−フルオロフォア3’
ここにおいて、アーム1およびアーム2は、例えば、3−10のヌクレオチド、好ましくは5、6、7のヌクレオチドの範囲の、適切な厳密性条件の下でのヘアピン構造形成を可能にする、あらゆる短いヌクレオチド配列とすることができ、すなわち、アーム1およびアーム2は、望ましい厳密性条件の下でアニールするために、完全に相補的である(標準的PCR厳密性条件は、例えば55から65℃のアニーリング温度および4から8mMのMg濃度を含む)。しかしながら、アーム1およびアーム2は、プローブの標的配列に無関係であり、すなわち、アーム1とアーム2との間のアニーリングによるヘアピン高次構造は、ハイブリダイズしていない状態では、プローブの本質的に唯一の生じうる二次構造である。当業者は、どのように所定のプローブに対するそのようなアームを選択するかを知っているだろう。例えば、考えられるビーコンフォーマットは、以下を含む:
CGTGCG−(プローブ配列)−CGCACG
ATGCGG−(プローブ配列)−CCGCAT。
例として:
−現代型M.ツベルクロシスであるMtbCマイコバクテリウムを含む生体試料で本発明が実行される場合、RD9およびIS6110アンプリコンの両者が得られるだろう、
−先祖型M.ツベルクロシスであるMtbCマイコバクテリウムを含む生体試料で本発明が実行される場合、RD9アンプリコンが得られ、しかしIS6110アンプリコンが得られないだろう、
−M.ツベルクロシスでなく、およびM.カネッティでないMtbCマイコバクテリウムを含む生体試料で本発明が実行される場合、IS6110アンプリコンが得られ、しかしRD9アンプリコンが得られない。
前記生体試料に含まれるMtbCマイコバクテリウムがM.ツベルクロシスH37Rvでないとすぐに、得られたアンプリコンは、配列番号2および配列番号8の前記IS6110およびRD9参照配列に比較して、変種配列を有してもよい。そのような変種配列は、配列番号2または配列番号8の参照配列とほぼ同じサイズをそれぞれ有しているだろう。例えば、本発明の実行によって入手できるIS6110アンプリコンは、190から210ヌクレオチド、好ましくは195から205ヌクレオチド、最も好ましくは199から203ヌクレオチドまでの範囲のサイズを有していると考えられ、ならびに、本発明の実行によって入手できるRD9アンプリコンは、160から185ヌクレオチド、好ましくは165から180ヌクレオチド、最も好ましくは170から174ヌクレオチドまでの範囲のサイズを有している。そのような変種配列は、それぞれ配列番号2または配列番号8の前記参照配列との高度な同一性を示すだろう。例えば、本発明の実行によって入手できるIS6110アンプリコンは、配列番号2の参照配列と少なくとも95%の配列同一性を有し、および本発明の実行によって入手できるRD9アンプリコンは、配列番号8の参照配列と少なくとも95%の配列同一性を有するだろう。好ましくは、前記最小限の配列同一性は、96%、97%、98%または99%であるだろう。前記同一性の%は、それぞれの配列番号2または配列番号8の前記参照配列の全長にわたって算出される。高度な同一性を有すそのような変種配列は、代わりに、非常に厳密な条件の下、それらは、配列番号2の前記IS6110参照配列に、または配列番号8の前記RD9参照配列にハイブリダイズするという事実によって特徴づけてもよい。「非常に厳密な条件」ならびにハイブリダイゼーションの速度に影響を及ぼす因子は、当業者に既知であり、例えば、Maniatis et al. 1982, Molecular Cloning, Cold Spring Harbor Laboratoryに見ることができる。例証となる「非常に厳密な条件」は、例えば水溶液中68℃でのまたは50%ホルムアミド存在下42℃での6xSSCまたは6xSSPEのハイブリダイゼーションを含み、および、室温で2−60分間の0.1xSSCおよび0.2SDSを含む水溶液中での、前記参照配列とハイブリダイズした前記変種配列の洗浄条件、その後の2−60分間の、検出されたハイブリッドの算出Tmより約12−20℃低い温度での0.1xSSCを含む溶液におけるインキュベーションを含む。その他の例証となる非常に厳密な条件は、後述する例に示される。
−190から210ヌクレオチドまで、好ましくは195から205ヌクレオチドまで、最も好ましくは199から203ヌクレオチドまでに及ぶサイズを有する何れかのポリヌクレオチドであって、
○配列番号2の参照配列と、または、配列番号2の全長にわたって配列番号2に完全に相補的な配列と少なくとも95%の配列が同一であり(好ましくは、96%、97%、98%または99%の最小限の配列同一性を有する)、および/または
○非常に厳密な条件の下、配列番号2の参照配列と、または配列番号2の全長にわたって配列番号2と完全に相補的である配列とハイブリダイズするポリヌクレオチド、
ならびに
−160から185ヌクレオチドまで、好ましくは165から180ヌクレオチドまで、最も好ましくは170から174ヌクレオチドまで及ぶサイズを有する何れかのポリヌクレオチドであって、
○配列番号8の参照配列と、または、配列番号8の全長にわたって配列番号8に完全に相補的な配列と少なくとも95%の配列が同一であり(好ましくは、96%、97%、98%または99%の最小限の配列同一性を有する)、および/または
○非常に厳密な条件の下、配列番号8の参照配列と、または配列番号8の全長にわたって配列番号8と完全に相補的である配列とハイブリダイズするポリヌクレオチド。
−配列番号8の配列、もしくは配列番号8の全長にわたって配列番号8と完全に相補的である配列、または前記配列番号8の配列もしくは前記相補的配列の少なくとも15ヌクレオチドの断片、または
−配列番号2の配列、もしくは配列番号2の全長にわたって配列番号2と完全に相補的である配列、または前記配列番号2の配列もしくは前記相補的配列の少なくとも15ヌクレオチドの断片。
好ましくは、前記配列番号2または配列番号8の少なくとも15ヌクレオチドの前記断片は、30ヌクレオチド未満であり、最も好ましくは15−28ヌクレオチド、例えば、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27または28ヌクレオチドであり、最も好ましくは20−25ヌクレオチド、例えば23ヌクレオチドである。
本発明は、とりわけ、以下のアンプリコンを標的とするプローブに関する:
−配列番号8の配列、もしくは配列番号8の全長にわたって配列番号8と完全に相補的である配列、または前記配列番号8の配列もしくは前記相補的配列の少なくとも15ヌクレオチドかつ29ヌクレオチド未満の断片、または
−配列番号2の配列、もしくは配列番号2の全長にわたって配列番号2と完全に相補的である配列、または前記配列番号2の配列もしくは前記相補的配列の少なくとも15ヌクレオチドかつ29ヌクレオチド未満の断片。
RD9アンプリコンの検出に適した有利なプローブは、配列番号8と相補的である配列の断片であり、ここにおいて、前記断片は、配列番号9(RD441プローブ)の配列を含む。好ましくは、このRD9を標的とするプローブは、30ヌクレオチド未満であり、最も好ましくは15−28ヌクレオチド、例えば、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27または28ヌクレオチドであり、最も好ましくは20−25ヌクレオチド、例えば23ヌクレオチドである。IS6110アンプリコンの検出に適した有利なプローブは、配列番号3の配列(IS503プローブ)を含む配列番号2の断片であることが特徴付けられる。好ましくは、このIS6110を標的とするプローブは、30ヌクレオチド未満であり、最も好ましくは15−28ヌクレオチド、例えば、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27または28ヌクレオチドであり、最も好ましくは20−25ヌクレオチド、例えば23ヌクレオチドである。本発明のプローブは、それらの配列内に1または複数の挿入薬剤、例えば1または複数の挿入色素を含んでよい。本発明のプローブは、少なくとも1つのビーコンアーム、好ましくは2つのビーコンアーム、その末端のそれぞれに1つ(例えば、CGTGCG−(プローブ配列)−CGCACG;またはATGCGG−(プローブ配列)−CCGCAT)を含んでよい。有利なビーコン付加プローブは、特に、配列番号10のプローブ(それは、ビーコンフォーマットにおいて配列番号9のプローブである)、および配列番号4のプローブ(それは、ビーコンフォーマットにおいて配列番号3のプローブである)を含む。本発明のプローブは、その5’末端にフルオロフォアおよび/またはその3’末端に消光剤を含んでよく、例えば、5’末端にTamraまたはFamおよび/または3’末端にDabcylを含んでよい。
a.2つのプライマー結合部位配列、ここにおいて、前記2つのプライマー結合部位配列の他方と関連して5’に位置する前記2つのプライマー結合部位配列の1つは、本発明のプライマーペア(IS6110プライマーペアまたはRD9プライマーペア)の1メンバーと同一であり、および前記2つのプライマー結合部位配列の他方は、本発明の同じプライマーペアのその他のメンバーに完全に相補的である;および
b.マイコバクテリウムに関連がなく、前記2つのプライマー結合部位配列の間に位置する配列。
好ましくは、前記マイコバクテリウムに関連のない配列はまた、何れのヒト核酸にも関連がなく、最も好ましくは何れの哺乳類核酸に関連がない。
例証となるICは、92塩基であってよい:
−5’末端領域に位置する17の塩基および3’末端領域に位置する17の塩基;これらは同一であり、およびそれぞれ、IS6110プライマーに完全に相補的である(それぞれ、配列番号5および6のIS368およびIS569);
−マイコバクテリウムに関連のない残りの58塩基(ランダムな配列)。
例えば、本発明のキットは、IS6110プライマーペアによって増幅されるICオリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチド、例えば配列番号13のICオリゴヌクレオチド:を含んでよい。
−少なくとも1セットの本発明による2対のプライマー、および/または
−少なくとも1つの本発明のプライマーペア、および/または
−少なくとも1つの本発明のプライマー、および/または
−少なくとも1セットの本発明による2つの参照テンプレートオリゴヌクレオチド、および/または
−少なくとも1つの発明による参照テンプレートポリヌクレオチド、および/または
−少なくとも1つの本発明の何れか1つのプローブ。
本発明のキットは、特に、本発明によるPCRセット(すなわち、少なくとも1つの本発明のプライマーペアおよび少なくとも1つの本発明のプローブ)を含んでよい。本発明によるキットにおいて、核酸(プライマー、プローブ)は、個別に維持し、または部分的に混合し、または完全に混合することができる。前記核酸は、当業者が判断するように、乾燥形態、または適した溶媒に溶解した状態で提供することができる。適した溶媒は、TE、PCR等級水などを含む。そのような試薬は、当業者に既知であり、水、例えばヌクレアーゼを含まない水、DNAseを含まない水、PCR等級水;塩、例えばマグネシウム、カリウム;緩衝剤、例えばTris;酵素、例えば、Taq、Vent、Pfu(これらは全て商標)、活性化可能ポリメラーゼ(activable polymerase)、逆転写酵素などのポリメラーゼを含む;ヌクレオチド、例えば、デオキシヌクレオチド、ジデオキシヌクレオチド、dNTPs、dATP、dTTP、dCTP、dGTP、dUTP;その他の薬剤、例えばDTTおよび/またはRNA分解酵素阻害薬;およびポリヌクレオチド、例えば、polyT、polydTおよびその他のオリゴヌクレオチド(例えばプライマー)を含む。本発明によるキットは、PCR対照を含んでもよい。そのような対照は、当該分野で既知であり、および定性的対照、正の対照、負の対照、内部標準(IC)、定量的対照、内部定量的対照ならびに較正範囲を含む。前記PCR工程のための内部標準は、PCR工程における標的テンプレートに関連しないテンプレートとすることができる。そのような対照はまた、対照プライマーおよび/または対照プローブを含んでもよい。例えば、MtbCマイコバクテリウム検出の場合、内部標準として、その存在が人体由来の試料から除外され(例えば、植物遺伝子由来)、およびそのサイズおよびGC含有量が標的配列のそれらと等しい遺伝子の中から選択されるポリヌクレオチドを使用することが可能である。本発明のキットは、本発明のICオリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチド、および/または本発明のICプローブを含んでよい。本発明によるキットは、生体試料由来、例えば気管支の吸引液、気管支の洗浄液、痰、脳脊髄液、尿、血液、血清、血漿由来の核酸を抽出および/または精製する手段を含んでよい。そのような手段は、当業者に周知である。本発明のキットは、核酸抽出のための溶解緩衝剤、例えば、二価イオンに結合する陰イオン性のレジンを含む溶解緩衝剤を含んでもよい。溶解は、好ましくは、界面活性剤の存在下およびChelex X−100ビーズといった二価イオンに結合する陰イオン性レジンの存在下で行われる。有利な特徴として、前記陰イオン性レジンはまたカオトトロピック剤(chaototropic agent)である。適切な溶解緩衝剤の例は、Tris 10mM(Sigma, ref : T−6791)、EDTA 1mM(Sigma, ref : E−1644)、pH8.3の緩衝液に、8%のChelex X−100レジン(Bio−Rad, ref : 142−1253)、0.5%NP−40(Sigma, ref : Igepal I−3021)、0.5%Tween20(VWR, ref : 28829296)を含む溶解緩衝液を含む。本発明によるキットは、その使用のための説明書を含んでもよい。前記説明書は、好都合に、リーフレット、カードなどでありえる。前記説明書は、また、2つの形態として存在しうる:キットおよびその使用に関する徹底的な情報を集めた、場合によっては文献データをも含む、詳細なもの;その使用に必要な基本的な情報を集めた、例えばカードの形のクイックガイド形態またはメモ。好ましい実施態様において、前記キットは、診断キット、特にin vitro診断キット、すなわち結核診断キットである。
ここにおいて、前記2つの標的配列のうちの1つは、IS6110またはその断片であり、もう一方の標的配列はRD9またはその断片であり、
ここにおいて、前記RD9標的の存在および前記IS6110標的の存在または非存在の検出は、M.ツベルクロシスまたはM.カネッティであるMtbCに属すマイコバクテリウムが前記生体試料中に存在することを表し、
ここにおいて、前記RD9標的の非存在および前記IS6110標的の存在の検出は、M.ツベルクロシスでないMtbCに属すマイコバクテリウムが前記生体試料に存在することを表し、
ここにおいて、前記RD9標的の非存在および前記IS6110標的の非存在の検出は、MtbCに属すマイコバクテリウムが前記生体試料に存在しないことを表す。
生体試料のMtbCのマイコバクテリウムの存在または非存在が、および/または
生体試料のM.ツベルクロシスまたはM.カネッティ株の存在または非存在が、および/または
生体試料のM.ツベルクロシスではないMtbCのマイコバクテリウムの存在または非存在が、
前記生体試料におけるMtbC検出のおよび/またはMtbC種識別の前記方法の実行によって決定されることを特徴とする方法に関する。
1.材料および方法:
1.1.核酸の抽出:
細菌細胞は、100の異なる株のカルチャーから収集した(マイコバクテリウム以外の54細菌株;MtbCに属さない26マイコバクテリウム株;4つのM.ボビスBCGを含む、5株のM.ボビス;23株のM.ツベルクロシス;M.ツベルクロシスまたはM.ボビス以外であるが、MtbCに属す6つの株−M.ピンニペディ、M.カプラエ、3株のM.アフリカナム、M.ミクロチ−;1株のM.カネッティ)。
−200μlの生体試料
−400μlの溶解緩衝液
−10μlの液体内部標準(IC)を添加
−30秒間ボルテックス
−95℃で10分間インキュベーション
−8000rpmで5分間遠心分離
−上清10μlでPCR。
1.2.1.IS6110システム
IS6110のEMBLデータ=
位置 MTIS6110 1360bp DNA linear BCT 07−JUL−2002
定義 マイコバクテリウム・ツベルクロシス IS6110 IS様エレメント
アクセス番号 X17348 M29899
バージョン X17348.1 GI:48695
キーワード 挿入エレメント IS6110; トランスポゾン
ソース マイコバクテリウム・ツベルクロシス H37Rv。
−372から387まで:IS368フォワードプライマー;
−506から528まで:IS503プローブ;
−556から572まで:IS569リバースプライマーの相補的配列。
IS503プローブ=CGACCACATCAACCGGGAGCCCA(配列番号3)
分子ビーコン(登録商標)アーム=ATGCGGおよびCCGCAT
レポーター色素および消光薬剤=Tamra(登録商標)およびDabcyl(登録商標)
ビーコン(登録商標)フォーマットにおけるIS503:IS503MBプローブ=5’−Tamra−ATGCGGCGACCACATCAACCGGGAGCCCACCGCAT−Dabcyl−3’(配列番号4)。
IS368プライマー=5’−CAGCACGCTAATTACCC−3’(配列番号5)。
IS569プライマー=5’−GCTGATGTGCTCCTTGA−3’(配列番号6)。
位置 BX842578 1464 bp DNA linear BCT 10−JUN−2004
定義 マイコバクテリウム・ツベルクロシス H37Rv 完全ゲノム; セグメント 7/13.
アクセス番号 BX842578 REGION: 相補 (252713..254176)
位置250,271から位置254,176:RD9の配列
BX842578の位置252,713から位置254,176:Rv2075cの配列(RD9のサブ配列)。
−390から406:RD389フォワードプライマー;
−441から464:RD441プローブの相補的配列;
−545から561:RD561リバースプライマーの相補的配列。
RD441プローブ=GCTATTACGAGGACTCCACGCTGG(配列番号9)
分子ビーコン(登録商標)アーム=CGTGCGおよびCGCACG
レポーター色素および消光薬剤=FamおよびDabcyl(登録商標)
ビーコン(登録商標)フォーマット下のRD441:RD441MBプローブ=5’−Fam−CGTGCGGCTATTACGAGGACTCCACGCTGGCGCACG−Dabcyl−3’(配列番号10)。
RD389=5’−TAAGCGCCTGCGGATTG−3’(配列番号11)。
RD 561=5’−GGCGTTGAGCTGGAAAG−3’(配列番号12)。
内部標準(IC)は、一本鎖配列で存在する。ICは、増幅標的配列に関連のない配列を含むよう選択され、前記関連のない配列は、PCR反応で使用されるプライマーペア(IS6110プライマーペア、またはRD9プライマーペア)のうちの1つに適した標的配列である配列の5’および3’に隣接する。
−5’末端領域に位置する17塩基および3’末端領域に位置する17塩基;これらは同一であり、それぞれ、S6110プライマーと完全に相補的である(それぞれ、配列番号5および6のIS368およびIS569)、
−マイコバクテリウムに関連のない残りの58塩基(ランダムな配列)。
本例のICは、以下の配列を有する。
−IS386(配列番号5のIS6110フォワードプライマー)
−ICプローブ
−IS569の標的配列(すなわち、配列番号6のIS6110リバースプライマーの相補的配列)。
試薬:
Hot Start Taq Polymease Qiagen(5U/μl,ref203205)(PCR緩衝液を含む)
dNTP :Promega ref U151x(4X25mM)
MgCl2: Sigma, ref M−2670
PVP10 : Sigma, ref : PVP−10
グリセロール: VWR, ref : 24388295。
iQ1(Bio−Rad)。
1xPCRミックス(ビーコンフォーマット中の0.2μMのRD9プローブ(配列番号10)、ビーコンフォーマット中の0.2μMのICプローブ(配列番号14)、ビーコンフォーマット中の0.4μMのIS6110プローブ(配列番号4)、0.5μMのそれぞれの前記4つのプライマー、5%グリセロール、0.3%PVP10、2UのTaqポリメラーゼ、1mM dNTPおよび終濃度5mMのMgCl2を添加)。10μlのDNAをこのミックスに添加する。
−第1サイクル:95℃で15分、
−50回繰り返し:
第2サイクル:95℃で30秒
第3サイクル:59℃で30秒
第4サイクル:72℃で30秒
−装置を開けるまで20℃に維持。
2.1.マルチプレックスで使用した場合のプライマーおよびプローブの特異性:
選択されたIS6110およびRD9プライマーおよびプローブは、MtbC特異的である:それらは、MtbCマイコバクテリウム以外の核酸との有意な相同性を示さない。好都合に、選択されたIS6110およびRD9プライマーおよびプローブは、トリプレックスで使用したときでさえ特異的である。
トリプレックスPCRを、予め計測したM.ツベルクロシスH37Rvのライセートにて、二重で行った。結果は以下の通りである(表6)。
−IS6110では、12CFU/ml(PCR当り0.12コピーに相当)
−RD9では、120CFU/ml(PCR当り1.2コピーに相当)。
マルチプレックスPCRは、上記の例1に記載されるように行ったが、ヒト患者から採取した試料で行った(パーシー病院(フランス)):
−脳脊髄液(CDF)の試料、
−気管支の洗浄液の試料、
−気管支の吸引液の試料、
−唾液の試料。
−細菌培養および顕微鏡観察によって、または、
−Gen−Probe MTD試験によって行う。
*は、M.ツベルクロシスまたは非常に稀なM.カネッティ、
ND=検出されず、
np=試験を行わず、
MtまたはMc以外のMtbC=MtbCに属すが、M.ツベルクロシス(Mt)またはM.カネッティ(Mc)の何れでもないマイコバクテリウム株、
ba=気管支の吸引液、
bw=気管支の洗浄液、
急上昇(spiked)=人工的に感染させた試料、
CSF=脳脊髄液、
を、それぞれ意味する。
Claims (43)
- 結核菌群(MtbC)のマイコバクテリウムの特異的で高感度な検出のための、および/または一方のマイコバクテリウム・ツベルクロシスおよびマイコバクテリウム・カネッティの他方の前記MtbCのその他の株からの特異的で高感度な識別のための、以下の使用:
−少なくとも1つのIS6110標的化増幅プライマーペアまたはハイブリダイゼーションプローブ、および
−少なくとも1つのRD9標的化増幅プライマーペアまたはハイブリダイゼーションプローブ。 - 結核のin vitro診断のための、以下の使用:
−少なくとも1つのIS6110標的化増幅プライマーペアまたはハイブリダイゼーションプローブ、および
−少なくとも1つのRD9標的化増幅プライマーペアまたはハイブリダイゼーションプローブ。 - 前記IS6110およびRD9がマルチプレックスPCRにおいて標的とされる、請求項1または2に記載の使用。
- 結核菌群(MtbC)のマイコバクテリウムの特異的なおよび高感度な検出に、および/または一方のマイコバクテリウム・ツベルクロシスおよびマイコバクテリウム・カネッティを他方の前記MtbCのその他の菌株からの特異的で感度が高い識別に適した2対のプライマーのセットであって、
ここにおいて、前記2対のプライマーは、マルチプレックスで単一の増幅行程で使用できる一方で、特異的で感度が高い検出および識別をなお提供できる配列を有し、
ここにおいて、前記2対のプライマーは、IS6110フォワードプライマーおよびIS6110リバースプライマーから成るIS6110プライマーペア、ならびにRD9フォワードプライマーおよびRD9リバースプライマーから成るRD9プライマーペアであり、
ここにおいて、前記RD9フォワードプライマーは、配列番号8の配列の10から18ヌクレオチドの5’末端断片であり、前記5’末端断片は、前記配列番号8のまさに最初の5’ヌクレオチドから開始し、
ここにおいて、前記RD9リバースプライマーは、前記配列番号8の全長にわたって前記配列番号8に完全に相補的である配列の10から18ヌクレオチドの5’末端断片であり、前記5’末端断片は、前記相補的配列のまさに最初の5’ヌクレオチドから開始し、
ここにおいて、前記IS6110フォワードプライマーは、配列番号2の配列の10から18ヌクレオチドの5’末端断片であり、前記5’末端断片は、前記配列番号2のまさに最初の5’ヌクレオチドから開始し、
ここにおいて、前記IS6110リバースプライマーは、前記配列番号2の全長にわたって前記配列番号2に完全に相補的である配列の10から18ヌクレオチドの5’末端断片であり、前記5’末端断片は、前記相補的配列のまさに最初の5’ヌクレオチドから開始する、
2対のプライマーのセット。 - 前記RD9フォワードプライマーが配列番号11の配列を含むことを特徴とする、請求項4に記載の2対のプライマーのセット。
- 前記RD9リバースプライマーが配列番号12の配列を含むことを特徴とする、請求項4に記載の2対のプライマーのセット。
- 前記IS6110フォワードプライマーが配列番号5の配列を含むことを特徴とする、請求項4に記載の2対のプライマーのセット。
- 前記IS6110リバースプライマーが配列番号5の配列を含むことを特徴とする、請求項4に記載の2対のプライマーのセット。
- 請求項4から8の何れか1項に記載の2対のプライマーペアのセットから選択されるプライマーペア。
- 請求項9に記載のプライマーペアから選択されるプライマー。
- RD9プライマーであることを特徴とする請求項10に記載のプライマー。
- IS6110プライマーであることを特徴とする請求項10に記載のプライマー。
- IS6110リバースプライマーであることを特徴とする請求項12に記載のプライマー。
- 結核菌群(MtbC)のマイコバクテリウムを検出するための、および/または一方のマイコバクテリウム・ツベルクロシスおよびマイコバクテリウム・カネッティを他方の前記MtbCのその他の株から識別するための単一の増幅行程のマルチプレックスで使用できるプライマーの設計において、参照テンプレート配列として使用するのに適した2つのポリヌクレオチドのセットであって、
ここにおいて、前記2つの参照テンプレートポリヌクレオチドのうちの1つはRD9の断片であり、他方はIS6110の断片であり、
ここにおいて、前記RD9断片は、配列番号8の配列に、または配列番号8の全長に完全に相補的である配列に存し、
および
ここにおいて、前記IS6110断片は、配列番号2の配列に、または配列番号2の全長に完全に相補的である配列に存する、
2つのポリヌクレオチドのセット。 - 結核菌群(MtbC)のマイコバクテリウムを検出するための、および/または一方のマイコバクテリウム・ツベルクロシスおよびマイコバクテリウム・カネッティを他方の前記MtbCのその他の株から識別するための単一の増幅行程のマルチプレックスで使用できるプライマーの設計において、参照テンプレート配列として使用するのに適したポリヌクレオチドであって、
ここにおいて、前記参照テンプレートポリヌクレオチドが、請求項14のセットから選択される、
ポリヌクレオチド。 - 請求項4から8の何れか1項に記載の2つのプライマーペアのセットを、生体試料の増幅プライマーとして用いて得られるIS6110アンプリコンであって、
a.199から203のヌクレオチドのサイズを有し、
b.配列番号2の参照配列と、または配列番号2の全長にわたって配列番号2と完全に相補的な配列と、最小で98%の配列同一性を有する、
ことを特徴とする、アンプリコン。 - 請求項4から8の何れか1項に記載の2つのプライマーペアのセットを、生体試料の増幅プライマーとして用いて得られるRD9アンプリコンであって、
a.170から174のヌクレオチドのサイズを有し、
b.配列番号8の参照配列と、または配列番号8の全長にわたって配列番号8と完全に相補的な配列と、最小で98%の配列同一性を有する、
ことを特徴とする、アンプリコン。 - 請求項4から8の何れか1項に記載の2つのプライマーペアのセットを、生体試料にて行う増幅反応においてプライマーとして用いて得られるアンプリコンの検出に適したプローブであって、ここにおいて、前記プローブは:
−配列番号8の配列、もしくは配列番号8の全長にわたって配列番号8と完全に相補的である配列、または前記配列番号8の配列もしくは前記相補的配列の少なくとも15ヌクレオチドかつ29ヌクレオチド未満の断片、
または
−配列番号2の配列、もしくは配列番号2の全長にわたって配列番号2と完全に相補的である配列、または前記配列番号2の配列もしくは前記相補的配列の少なくとも15ヌクレオチドかつ29ヌクレオチド未満の断片
であることを特徴とするプローブ。 - 更に、少なくとも1つのビーコンアームを含む請求項18に記載のプローブ。
- RD9アンプリコンの検出に適した請求項18に記載のプローブであって、それが、配列番号8に相補的な配列の断片であり、ここにおいて前記断片が配列番号9の配列を含むことを特徴とするアンプリコン。
- IS6110アンプリコンの検出に適した請求項18に記載のプローブであって、それが、配列番号3の配列を含む配列番号2の断片であることを特徴とするアンプリコン。
- 請求項19または20に記載のプローブであって、それが配列番号10の配列を有することを特徴とするプローブ。
- 請求項19または21に記載のプローブであって、それが配列番号4の配列を有することを特徴とするプローブ。
- 5’末端にフルオロフォアをおよび/または3’末端に消光剤を更に含む、請求項18から23の何れか1項に記載のプローブ。
- 少なくとも1つの請求項18から24の何れか1項に記載のプローブ、および少なくとも1つの請求項9に記載のプライマーペアから成るPCRセット。
- 結核菌群(MtbC)のマイコバクテリウムの特異的で高感度な検出における内部標準(IC)としての使用に適した、および/または一方のマイコバクテリウム・ツベルクロシスおよびマイコバクテリウム・カネッティの、他方前記MtbCのその他の菌株からの特異的で高感度な識別に適したオリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドであって、前記ICオリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドが、以下のものを含むことを特徴とするオリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチド:
a.2つのプライマー結合部位配列;ここにおいて、前記2つのプライマー結合部位配列の他方と関連して5’に位置する前記2つのプライマー結合部位配列の1つが、請求項9に記載のプライマーペアの1メンバーと同一であり、および前記2つのプライマー結合部位配列の他方は、請求項9に記載の同じプライマーペアのその他のメンバーに完全に相補的である;および
b.マイコバクテリウムに関連がなく、前記2つのプライマー結合部位配列の間に位置する配列。 - 請求項26に記載のICとしての使用に適したオリゴヌクレオチドであって、配列番号13の配列を有することを特徴とするオリゴヌクレオチド。
- 請求項27に記載のICオリゴヌクレオチドの検出に特に適合したプローブであって、配列番号14の配列を有することを特徴とするオリゴヌクレオチド。
- 結核菌群(MtbC)のマイコバクテリウムの特異的で高感度な検出のための、および/または一方のマイコバクテリウム・ツベルクロシスおよびマイコバクテリウム・カネッティの、他方の前記MtbCのその他の株からの特異的で高感度な識別のためのキットであって、以下のものを含むことを特徴とするキット:
−少なくとも1つの、請求項4から8の何れか1項に記載の2対のプライマーのセット、
−少なくとも1つの、請求項9に記載のプライマーペア、
−少なくとも1つの、請求項10から13の何れか1項に記載のプライマー、
−少なくとも1つの、請求項14に記載の2つの参照テンプレートポリヌクレオチドのセット、
−少なくとも1つの、請求項15に記載の参照テンプレートポリヌクレオチド、
−少なくとも1つの、請求項18から24の何れか1項に記載のプローブ。 - 結核のin vitro診断のためのキットであって、以下の要素の内少なくとも1つを含むことを特徴とするキット:
−少なくとも1つの、請求項4から8の何れか1項に記載の2対のプライマーのセット、
−少なくとも1つの、請求項9に記載のプライマーペア、
−少なくとも1つの、請求項10から13の何れか1項に記載のプライマー、
−少なくとも1つの、請求項14に記載の2つの参照テンプレートポリヌクレオチドのセット、
−少なくとも1つの、請求項15に記載の参照テンプレートポリヌクレオチド、
−少なくとも1つの、請求項18から24の何れか1項に記載のプローブ。 - 請求項25または26に記載のICオリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチド、および/または請求項27に記載のICプローブを更に含む、請求項29または30に記載のキット。
- 核酸抽出のための溶解緩衝液を更に含むことを特徴とする、請求項29から31の何れか1項に記載のキット。
- 前記溶解緩衝液が二価イオンに結合する陰イオン性レジンを含むことを特徴とする、請求項32に記載のキット。
- 生体試料中の結核菌群(MtbC)のマイコバクテリウムを検出するための、および/または一方のマイコバクテリウム・ツベルクロシスおよびマイコバクテリウム・カネッティの、他方の前記MtbCのその他の菌株からの識別のための方法であって、2つの標的核酸配列の検出を含むことを特徴とする方法:
ここにおいて、前記2つの標的配列のうちの1つは、IS6110またはその断片であり、もう一方の標的配列はRD9またはその断片であり、
ここにおいて、前記RD9標的の存在および前記IS6110標的の存在または非存在の検出は、M.ツベルクロシスまたはM.カネッティの何れかであるMtbCに属すマイコバクテリウムが前記生体試料中に存在することを表し、
ここにおいて、前記RD9標的の非存在および前記IS6110標的の存在の検出は、M.ツベルクロシスでないMtbCに属すマイコバクテリウムが前記生体試料に存在することを表し、
ここにおいて、前記RD9標的の非存在および前記IS6110標的の非存在の検出は、MtbCに属すマイコバクテリウムが前記生体試料に存在しないことを表す。 - 請求項34に記載の方法であって、
前記RD9標的配列は、配列番号8の配列、または配列番号8の全長にわたって配列番号8と完全に相補的である配列に存在し、および
前記IS6110標的配列は、配列番号2の配列、または配列番号2の全長にわたって配列番号2と完全に相補的である配列に存在する。 - 請求項34または35に記載の方法であって、前記RD9標的の存在および前記IS6110標的の非存在の検出は、M.カネッティまたは先祖型M.ツベルクロシス株の何れかであるMtbCに属すマイコバクテリウムが前記生体試料に存在することを表すことを特徴とする方法。
- 請求項34または35に記載の方法であって、前記RD9標的の存在および前記IS6110標的の存在の検出は、M.カネッティまたは現代型M.ツベルクロシス株の何れかであるMtbCに属すマイコバクテリウムが前記生体試料に存在することを表すことを特徴とする方法。
- 請求項34または35に記載の方法であって、前記RD9標的の非存在および前記IS6110標的の存在の検出は、M.ボビス、M.アフリカナム、M.カプラエ、M.ミクロチ、またはM.ピンニペディであるMtbCに属すマイコバクテリウムが前記生体試料に存在することを表すことを特徴とする方法。
- PCRにより実行されることを特徴とする、請求項34から38の何れか1項に記載の方法。
- 前記PCRがマルチプレックスで実行されることを特徴とする請求項39に記載の方法。
- 請求項39または40に記載の方法であって、前記PCRが請求項4から8の何れか1項に記載の2対のプライマーを増幅プライマーとして用いて実行されることを特徴とする方法。
- 請求項39または41に記載の方法であって、前記PCRが請求項18から24の何れか1項に記載の少なくとも1つのプローブを検出プローブとして用いて実行されることを特徴とする方法。
- 結核の診断のin vitroの方法であって、
生体試料のMtbCのマイコバクテリウムの存在または非存在が、および/または
生体試料のM.ツベルクロシスまたはM.カネッティ株の存在または非存在が、および/または
生体試料のM.ツベルクロシスではないMtbCのマイコバクテリウムの存在または非存在が、
前記生体試料における、請求項34から42の何れか1項に記載の方法の実行によって決定されることを特徴とする方法。
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Cited By (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2011155855A (ja) * | 2010-01-29 | 2011-08-18 | Toyobo Co Ltd | 内部コントロール組成物 |
JP2012531908A (ja) * | 2009-07-03 | 2012-12-13 | エイジェンシー フォー サイエンス,テクノロジー アンド リサーチ | 結核菌を検出するための方法および/またはプライマー |
Families Citing this family (7)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
EP2657351B1 (en) * | 2007-12-21 | 2018-06-20 | Biomerieux Sa | Detection of methicillin-resistant Staphylococcus aureus |
KR101458781B1 (ko) * | 2009-08-26 | 2014-11-07 | 주식회사 엘지생명과학 | 결핵균군 및 마이코박테리아 속 구분 검출용 조성물 및 이를 이용한 실시간 다중 중합효소 연쇄반응에 의한 결핵균 및 마이코박테리아 속의 동시 분석 방법 |
KR101498705B1 (ko) * | 2010-07-02 | 2015-03-06 | (주)바이오니아 | 결핵 진단용 프라이머, 프로브, 이를 포함하는 키트 및 상기 키트를 이용한 결핵 진단 방법 |
US20120052495A1 (en) * | 2010-08-30 | 2012-03-01 | Samsung Techwin Co., Ltd. | Oligonucleotides for detecting listeria monocytogenes and use thereof |
CN110195117A (zh) * | 2018-02-27 | 2019-09-03 | 台达电子工业股份有限公司 | 检测分枝杆菌的方法及其试剂盒 |
RU2689801C1 (ru) * | 2018-06-04 | 2019-05-29 | федеральное государственное бюджетное учреждение "Санкт-Петербургский научно-исследовательский институт фтизиопульмонологии" Министерства здравоохранения Российской Федерации | Способ детекции штаммов Mycobacterium bovis BCG в формате реального времени |
KR102388060B1 (ko) * | 2021-07-09 | 2022-04-19 | 주식회사 코젠바이오텍 | 결핵균 및 베이징 계통 결핵균의 감별을 위한 조성물 및 이를 이용한 결핵균 검출 방법 |
Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2005518203A (ja) * | 2002-02-25 | 2005-06-23 | アンスティテュ・パストゥール | M.tuberculosisの欠失配列、これらの配列を用いるマイコバクテリアの検出方法、およびワクチン |
WO2005064016A1 (ja) * | 2003-12-26 | 2005-07-14 | Prima Meat Packers, Ltd. | 微生物の多重検出方法 |
Family Cites Families (13)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
DE69026716T2 (de) | 1989-09-06 | 1996-11-14 | Pasteur Institut | Nukleinsäurefragmente von einem genom eines geeigneten mykobakteriums, ihre verwendung zur diagnose von mykobakterieninfektionen sowie diese fragmente enthaltende plasmide |
US5776693A (en) | 1990-06-08 | 1998-07-07 | Institut Pasteur | Specific detection of the mycobacterium tuberculosis |
FR2663033B1 (fr) | 1990-06-08 | 1992-09-04 | Pasteur Institut | Detection specifique du mycobacterium tuberculosis. |
US5631130A (en) * | 1994-05-13 | 1997-05-20 | Abbott Laboratories | Materials and methods for the detection of Mycobacterium tuberculosis |
AU690118B2 (en) * | 1994-05-16 | 1998-04-23 | De Staat Der Nederlanden Vertegenwoordigd Door De Minister Van Welzijn, Volksgezonheid En Cultuur | Detection and differentiation of (mycobacterium tuberculosis) complex bacteria by direct variant repeat oligotyping |
FR2733515B1 (fr) * | 1995-04-27 | 1997-09-05 | Cis Bio Int | Tampon, procede et methode d'evaluation des conditions optimales, d'amplification de sequences cibles d'acide nucleique, et leurs applications |
US5811269A (en) * | 1996-04-30 | 1998-09-22 | Becton, Dickinson And Company | Detection of mycobacteria by multiplex nucleic acid amplification |
SE9703532D0 (sv) * | 1997-09-30 | 1997-09-30 | Pharmacia Biotech Ab | A process for the purification of plasmid DNA |
US6294328B1 (en) * | 1998-06-24 | 2001-09-25 | The Institute For Genomic Research | DNA sequences for strain analysis in Mycobacterium tuberculosis |
US6291190B1 (en) * | 1998-08-25 | 2001-09-18 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Molecular differences between species of the M. tuberculosis complex |
FR2791067B1 (fr) | 1999-03-16 | 2003-01-31 | Pasteur Institut | Sequence deletees chez m.bovis bcg/m.ou m.tuberculosis, procede de detection des mycobacteries utilisant ces sequences et vaccins |
IL145345A0 (en) | 1999-03-17 | 2002-06-30 | Womens & Childrens Hospital | Diagnosis of lysosomal storage disorders using saposins and other markers |
AU5485600A (en) * | 1999-06-16 | 2001-01-02 | Johns Hopkins University, The | Characterization of the yeast transcriptome |
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2005
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Patent Citations (2)
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---|---|---|---|---|
JP2005518203A (ja) * | 2002-02-25 | 2005-06-23 | アンスティテュ・パストゥール | M.tuberculosisの欠失配列、これらの配列を用いるマイコバクテリアの検出方法、およびワクチン |
WO2005064016A1 (ja) * | 2003-12-26 | 2005-07-14 | Prima Meat Packers, Ltd. | 微生物の多重検出方法 |
Non-Patent Citations (3)
Title |
---|
JPN5008013268; J. Clin. Pathol. Vol. 57, No. 11, 2004, pp.1185-1192 * |
JPN6011016667; J. Clin. Microbiol. Vol. 40, No. 7, 2002, pp.2339-2345 * |
JPN7011002055; 新村 出(編): 広辞苑第五版 第五版 第一刷発行, 19981111, 1389頁, 株式会社岩波書店 * |
Cited By (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2012531908A (ja) * | 2009-07-03 | 2012-12-13 | エイジェンシー フォー サイエンス,テクノロジー アンド リサーチ | 結核菌を検出するための方法および/またはプライマー |
JP2011155855A (ja) * | 2010-01-29 | 2011-08-18 | Toyobo Co Ltd | 内部コントロール組成物 |
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