JP2008546687A - 種々の型の癌の診断における腫瘍関連抗原の組合せ - Google Patents

Abstract

癌の状態と適切な免疫療法薬及び／又はレジメンとを適合させる方法が、本明細書中で開示される。本明細書中に開示される本発明の実施形態は、患者の癌の状態及び利用可能な免疫療法間の適合を最適化するためのＴｕＡＡの有効な組合せの使用に関する。

Description

癌の状態と適切な免疫療法薬及び／又はレジメンとを適合させる方法が、本明細書中に開示される。特定の型の癌の診断を確定する方法も開示される。

［関連出願の相互参照］
本出願は、米国特許法第１１９条（ｅ）項に基づき、ともに「種々の型の癌に関する診断における腫瘍関連抗原の組合せ」と題された、２００４年６月１７日に出願された米国特許仮出願第６０／５８０，９６９号に対して優先権を主張する、２００５年６月１７日に出願された米国特許出願第１１／１５５，２８８号の一部継続であり、これらの記載内容は各々、参照により本明細書中で援用される。

米国癌学会は、年間、百万を超える人々が癌にかかり、米国人男性の約２人に１人及び米国人女性の約３人に１人が、人生のある時点で何らかの種類の癌にかかると推測している。

癌は一般に、体の一部の細胞が制御不能に成長し始めると発症する。様々な種類の癌があるが、これらは通常、異常細胞の制御不能な成長のために起こる。

正常な体細胞は、規則的に成長、分裂及び死滅する。癌細胞は、成長及び分裂し続けるとういう点で異なっている。死滅する代わりに、癌細胞は正常細胞よりも長く生存し、且つ新たな異常細胞を形成し続ける。

癌に対する通常の治療の選択肢としては、外科的手術、放射線療法及び化学療法が挙げられる。免疫療法と呼ばれる、第４の治療分野が開発されている。免疫療法は、免疫系が癌細胞を認識することを助け、且つ／又は癌を死滅させるために癌細胞に対する応答を強めることを試みている。免疫療法には、能動免疫療法及び受動免疫療法が含まれる。能動免疫療法は、身体自体の免疫系を刺激して疾患に抵抗するようにする。受動免疫療法は、通常、身体が疾患を攻撃することに頼らず、身体の外で作られた免疫系成分（抗原等）を用いる。

患者の癌の状態又は型により強く適合する治療の選択肢に対する必要性が依然として存在する。更に、癌をより正確に診断するための手段も必要とされている。

［発明の概要］
本明細書中に開示される本発明の実施の形態は、患者の癌の状態又は型を適切な免疫療法物質又は免疫療法レジメンと適合させるための、予め選択された腫瘍関連抗原（ＴｕＡＡ）のパネルの使用に関する。いくつかの実施の形態では、ＴｕＡＡは、癌細胞自体により発現される抗原である。いくつかの実施の形態では、ＴｕＡＡは、腫瘍関連新血管系又はその他の間質のような腫瘍の非癌性構成成分と関連づけられる抗原である。いくつかの実施の形態では、パネルはさらに、腫瘍増殖因子及び／又はシグナル伝達タンパク質を含む。予め選択された抗原のパネルを用いて癌の型の決定、診察、又は診断を確定するための方法も開示される。癌患者における疾患進行を予測する方法も開示される。

本発明のいくつかの実施の形態は、患者の癌の状態又は型を免疫療法物質及び／又は免疫療法レジメンと適合させる方法であって、予め選択されたパネル中の抗原の発現に関して患者の腫瘍組織をアッセイする工程、及び、アッセイ結果に基づいて、患者の腫瘍組織により発現される抗原のうちの１つ又は２つ又は３つ又はそれ以上を標的とする免疫療法薬を選択する工程を含む方法に関する。当該方法はさらに、腫瘍に関する抗原プロファイルを構築する工程、及び当該プロファイルに基づいて免疫療法物質及び／又は免疫療法レジメンを選択する工程を含む。いくつかの実施の形態では、選択される物質は、能動免疫療法薬である。いくつかの実施の形態では、物質は少なくとも１つの発現抗原の少なくとも一部を含むか又はコードする免疫原を含む。いくつかの実施の形態では、選択される物質は、受動免疫療法薬である。いくつかの実施の形態では、物質はモノクローナル抗体を含む。

いくつかの実施の形態は、癌免疫療法物質を調製する方法であって、免疫療法物質が少なくとも１つの発現ＴｕＡＡの、少なくとも１つのセグメントを含むか又はコードするように、予め選択されたパネル中の少なくとも２つの腫瘍関連抗原（ＴｕＡＡ）に関する腫瘍組織の発現プロファイルに基づいて免疫療法物質が選択され、当該免疫療法物質が薬学的に許容可能な賦形剤と任意に組合される方法に関する。

本発明の実施の形態は、患者の癌の状態と免疫療法レジメンとを適合させる方法であって、予め選択された抗原のパネル中の２つ以上の発現腫瘍関連抗原（ＴｕＡＡ）に関して患者の腫瘍組織をアッセイして、腫瘍に関する抗原プロファイルを構築する工程；そして当該抗原プロファイルに基づいて免疫レジメンを選択する工程を含む方法にも関する。いくつかの実施の形態では、上記レジメンは、発現抗原のうちの２つ、３つ、４つ又はそれ以上を標的とする少なくとも１つの免疫療法物質を投与することを含む。免疫療法物質は、例えば核酸又はポリペプチドであり、細胞性又は体液性、あるいは能動性又は受動性等のような形態である。レジメンが２つ以上の免疫療法物質を投与することを含む実施の形態に関して、当該物質は同様の形態であるか又は異なる形態である。したがっていくつかの実施の形態では、当該レジメンは能動免疫療法物質及び受動免疫療法物質の両方を含む。

いくつかの実施の形態では、患者における癌の状態と免疫療法物質とを適合させるための方法が開示される。当該方法は、患者のクラスＩ ＭＨＣ型を決定する工程、予め選択されたパネル中の２つ以上の発現腫瘍関連抗原（ＴｕＡＡ）に関して患者の腫瘍組織をアッセイする工程、ＭＨＣクラスＩ又はβ２−マイクログロブリンの発現に関して患者の腫瘍組織をアッセイする工程、及び当該アッセイに基づいて患者に投与する免疫療法物質を選択する工程を含み、免疫療法物質は、腫瘍により発現される２つ以上の抗原の各々に対して、患者のクラスＩ ＭＨＣ型により拘束されるエピトープを含むか又はコードする。いくつかの実施の形態では、抗原発現は、腫瘍細胞又は腫瘍関連間質細胞又はその両方で検出される。いくつかの実施の形態では、腫瘍により発現される２つ以上の抗原は、腫瘍細胞により発現される抗原、並びに腫瘍関連間質細胞により発現される抗原を含む。

他の実施の形態は、患者の腫瘍組織をアッセイし、２つ、又は３つ、又は４つ以上のＴｕＡＡ並びに少なくとも１つの系統特異的マーカーを含む予め選択されたパネル中の１つ又は複数の発現ポリペプチドを検出する工程、及び、当該アッセイに基づいて癌の診断を確定する工程を含む、癌の型の診断を決定、確証又は確定することに関する。一つの実施形態では、パネルは、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＣＥＡ、ＰＳＡ、ＰＳＣＡ、ＳＣＰ−１、ＰＳＭＡ、ＰＲＡＭＥ、チロシナーゼ、Ｍｅｌａｎ−Ａ／ＭＡＲＴ−１、ＳＳＸ−２又はＳＳＸ−４のようなＳＳＸタンパク質、ＭＡＧＥ−１又はＭＡＧＥ−３のようなＭＡＧＥタンパク質、ＬＡＧＥ、メソテリン、Ｈｅｒ−２／Ｎｅｕ、ＰＬＫ１、ＶＥＧＦ−Ａ、ＶＥＧＦＲ２、Ｔｉｅ−２等、あるいはそのサブセットから成る群から選択される少なくとも２
つ、又は３つ、又は４つ以上のＴｕＡＡを含む。いくつかの実施形態では、系統特異的マーカーはＴｕＡＡであり、いくつかの実施形態では、系統特異的マーカーはＴｕＡＡではない。メラノーマに関しては、系統特異的マーカーは、例えばチロシナーゼ、Ｍｅｌａｎ−Ａ／ＭＡＲＴ−１又はｇｐ１００である。乳癌に関しては、系統特異的マーカーは、例えばマンマグロビン又はプロラクチン誘導性タンパク質（Ｂｒｓｔ２）である。結腸癌に関しては、系統特異的マーカーは、例えばＣＥＡである。肺癌に関しては、系統特異的抗原は、例えば甲状腺転写因子１（ＴＴＦ１）である。前立腺癌に関しては、系統特異的マーカーは、例えばＰＳＡ又はＰＳＭＡである。

いくつかの実施形態は、癌の発生を決定又は確定する方法であって、少なくとも２つのＴｕＡＡ及び少なくとも１つの系統マーカーを含む予め選択されたパネルの一部である、少なくとも１つのポリペプチドに関する腫瘍組織の発現プロファイルを決定する工程を含む方法に関する。

予め選択されたＴｕＡＡのパネルとしては、例えば癌精巣抗原、組織特異的抗原、癌胎児性抗原、分化抗原、増殖因子、増殖因子受容体、接着因子、シグナル伝達タンパク質、転写因子、癌遺伝子産物、腫瘍抑制遺伝子産物、微生物抗原等が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、予め選択されたパネルは、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＣＥＡ、ＰＳＡ、ＰＳＣＡ、ＳＣＰ−１、ＰＳＭＡ、ＰＲＡＭＥ、チロシナーゼ、Ｍｅｌａｎ−Ａ／ＭＡＲＴ−１、ＳＳＸ−２又はＳＳＸ−４のようなＳＳＸタンパク質、ＭＡＧＥ−１又はＭＡＧＥ−３のようなＭＡＧＥタンパク質、ＬＡＧＥ、メソテリン、Ｈｅｒ−２／Ｎｅｕ、ＰＬＫ１、ＶＥＧＦ−Ａ、ＶＥＧＦＲ２、Ｔｉｅ−２等、あるいはそのサブセットから成る群から選択される２つ、又は３つ、又はそれ以上の抗原を含む。いくつかの実施形態では、パネルはＶＥＧＦ−Ａのような増殖因子を含む。いくつかの実施形態では、パネルはＰＬＫ１のような伝達タンパク質を含む。いくつかの実施形態では、癌は癌腫である。癌腫は、例えば乳房、結腸直腸、前立腺、膵臓、肺、卵巣、腎細胞、食道、頭部及び頚部、又はメラノサイトである。

アッセイされる腫瘍組織は、原発性腫瘍組織又は転移性腫瘍組織を含む。抗原発現は、腫瘍細胞又は腫瘍関連間質細胞又はその両方で検出される。いくつかの実施形態では、予め選択されたパネルは、腫瘍細胞により発現される抗原、及び腫瘍関連間質細胞により発現される抗原を含む。間質細胞は、新血管系のものであってもよい。新血管系関連抗原は、ＰＳＭＡであってもよく、腫瘍細胞抗原はＮＹ−ＥＳＯ−１、ＳＳＸ−２、ＬＡＧＥ又はＰＲＡＭＥであってもよい。

抗原発現は、直接又は間接的に検出される。例えばアッセイは、ｍＲＮＡ、ポリペプチド、成熟タンパク質、ペプチド又はＭＨＣ−ペプチド複合体の被存在、存在及び／又はその量を検出することができる。いくつかの実施形態では、アッセイは、プロセシング状態、特異的スプライシング、生殖系列からの突然変異、ヒト集団におけるコンセンサス配列からの変異、細胞局在性、細胞内局在性、他のマーカーとの共発現等のＴｕＡＡの状態を検出する。有用なアッセイの例としては、ＲＴ−ＰＣＲ、転写物決定、タンパク質決定、エピトープ決定又はその任意の組合せが挙げられる。いくつかの実施形態では、アッセイは、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）、リアルタイムＰＣＲ、定量的ＰＣＲ、ノーザンハイブリダイゼーション、オートラジオグラフィー、化学発光検出、オートフルオログラフィー、フローサイトメトリー、遺伝子チップ発現プロファイリング、免疫組織化学、ウエスタンハイブリダイゼーション、ラジオイムノアッセイ、又はｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーションを独立して、あるいは任意の組合せで含む。いくつかの実施形態では、少なくとも２つのアッセイ工程が疾患の経過中の異なる時点で実行され、当該アッセイ工程から比較情報が得られる。得られた情報を用いて、治療を実施、修正又は中止する。

一つの実施形態において、腫瘍はメラノーマであり、予め選択された抗原のパネルは、チロシナーゼ、Ｍｅｌａｎ−Ａ／ＭＡＲＴ−１、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＰＲＡＭＥ、ＳＳＸタンパク質及びＭＡＧＥタンパク質から成る群から選択される少なくとも２つ、又は３つ、又は４つ以上のＴｕＡＡを含む。ＳＳＸタンパク質はＳＳＸ−２又はＳＳＸ−４であってもよい。ＭＡＧＥタンパク質はＭＡＧＥ−１又はＭＡＧＥ−３であってもよい。

別の実施形態では、腫瘍は乳癌であり、予め選択された抗原のパネルは、ＮＹ−ＥＳＯ−１、Ｃ３５、Ｈｅｒ−２／Ｎｅｕ、ＳＳＸタンパク質及びＭＡＧＥタンパク質から成る群から選択される少なくとも２つ、又は３つ、又は４つ以上のＴｕＡＡを含む。ＳＳＸタンパク質はＳＳＸ−２又はＳＳＸ−４であってもよい。ＭＡＧＥタンパク質はＭＡＧＥ−１又はＭＡＧＥ−３であってもよい。

さらに別の実施形態では、腫瘍は結腸直腸癌であり、予め選択された抗原のパネルは、ＣＥＡ、ＳＳＸタンパク質、ＰＲＡＭＥ、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＬＡＧＥ、ＰＳＣＡ、ＳＣＰ−１、ＰＳＭＡ、及びＭＡＧＥタンパク質から成る群から選択される少なくとも２つ、又は３つ、又は４つ以上のＴｕＡＡを含む。ＳＳＸタンパク質はＳＳＸ−２又はＳＳＸ−４であってもよい。ＭＡＧＥタンパク質はＭＡＧＥ−１又はＭＡＧＥ−３であってもよい。

さらに別の実施形態では、腫瘍は卵巣癌であり、予め選択された抗原のパネルは、ＳＳＸタンパク質、ＰＲＡＭＥ、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＰＳＭＡ、Ｈｅｒ−２／Ｎｅｕ、Ｃ３５、ＰＳＣＡ、ＳＣＰ−１、ＣＥＡ、ＬＡＧＥ及びＭＡＧＥタンパク質から成る群から選択される少なくとも２つ、又は３つ、又は４つ以上のＴｕＡＡを含む。ＳＳＸタンパク質はＳＳＸ−２又はＳＳＸ−４であってもよい。ＭＡＧＥタンパク質はＭＡＧＥ−１又はＭＡＧＥ−３であってもよい。卵巣癌は、例えば、漿液性癌腫、非漿液性癌腫、粘液性（細胞）癌腫及び明細胞癌腫等であってもよい。

さらに別の実施形態では、腫瘍は肺癌であり、予め選択された抗原のパネルは、ＰＳＭＡ、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＳＳＸ−２及びＭＡＧＥタンパク質から成る群から選択される少なくとも２つ、又は３つ、又は４つ以上のＴｕＡＡを含む。癌は、例えば、非小細胞肺癌であってもよい。ＭＡＧＥタンパク質はＭＡＧＥ−１又はＭＡＧＥ−３であってもよい。

さらなる実施形態では、腫瘍は前立腺癌であり、予め選択された抗原のパネルは、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＰＳＡ、ＰＳＣＡ、ＰＳＭＡ、ＳＳＸタンパク質及びＭＡＧＥタンパク質から成る群から選択される少なくとも２つ、又は３つ、又は４つ以上のＴｕＡＡを含む。ＳＳＸタンパク質はＳＳＸ−２又はＳＳＸ−４であってもよい。ＭＡＧＥタンパク質はＭＡＧＥ−１又はＭＡＧＥ−３であってもよい。

別の実施形態では、腫瘍は膵臓癌であり、抗原のパネルは、ＰＳＭＡ、ＰＲＡＭＥ、ＮＹ−ＥＳＯ、ＬＡＧＥ、ＰＳＣＡ及びＭＡＧＥタンパク質及びＳＳＸタンパク質から成る群から選択される少なくとも２つ、又は３つ、又は４つ以上のＴｕＡＡを含む。ＳＳＸタンパク質はＳＳＸ−２又はＳＳＸ−４であってもよい。ＭＡＧＥタンパク質はＭＡＧＥ−１又はＭＡＧＥ−３であってもよい。

さらに別の実施形態では、腫瘍は腎細胞癌腫であり、抗原のパネルは、ＰＳＭＡ、ＰＲＡＭＥ、ＮＹ−ＥＳＯ、ＬＡＧＥ、ＰＳＣＡ、ＳＣＰ−１、ＭＡＧＥタンパク質及びＳＳＸタンパク質から成る群から選択される少なくとも２つ、又は３つ、又は４つ以上のＴｕＡＡを含む。ＳＳＸタンパク質はＳＳＸ−２又はＳＳＸ−４であってもよい。ＭＡＧＥタンパク質はＭＡＧＥ−１又はＭＡＧＥ−３であってもよい。

別の実施形態は、マーケティングされる免疫療法薬の免疫原への対応をアッセイするＴｕＡＡの発現を標準的な試験パネル中に含む癌診断の研究との関係を確立し、それぞれの患者の試験結果を伴う報告を送り、患者の腫瘍により発現されるＴｕＡＡに対応する免疫原を含む免疫療法薬を同定することを含む、癌免疫療法薬のマーケティング方法に関する。いくつかの実施形態では、この関係はコントラクトサービスを含む。いくつかの実施形態では、この関係はパートナーシップ、オーナーシップ、ジョイントベンチャー等である。

いくつかの実施形態では、少なくとも３つの疾患特質の存在を示す疾患プロファイルに関連する免疫療法薬を含み、少なくとも２つの発現腫瘍関連抗原（ＴｕＡＡ）、及び増殖因子又はシグナル伝達タンパク質の少なくとも一方を含む薬剤であって、当該免疫療法薬がプロファイル中の１つ又は複数の発現抗原を標的とする薬剤が開示される。いくつかの実施形態では、ＴｕＡＡの少なくとも１つは、癌精巣抗原、組織特異的抗原、癌胎児性抗原、分化抗原、増殖因子、増殖因子受容体、接着因子、シグナル伝達タンパク質、転写因子、癌遺伝子産物、腫瘍抑制遺伝子産物及び微生物抗原から成る群から選択される。いくつかの実施形態では、プロファイルは、ＳＳＸタンパク質、ＳＳＸ−２、ＳＳＸ−４、ＭＡＧＥタンパク質、ＭＡＧＥ−１、ＭＡＧＥ−３、ＰＲＡＭＥ、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＬＡＧＥ、ＰＳＭＡ、ＰＳＣＡ、ＳＣＰ−１、Ｍｅｌａｎ−Ａ／ＭＡＲＴ−１及びチロシナーゼから成る群から選択される２つ以上の抗原の存在を示し、疾患プロファイルの疾患は癌腫である。いくつかの実施形態では、癌腫は、乳房、結腸直腸、前立腺、膵臓、肺、卵巣、腎細胞、食道、頭部及び頚部並びにメラノサイトから成る群から選択される。いくつかの実施形態では、免疫療法物質は能動免疫療法薬であり、いくつかの実施形態では、少なくとも１つの発現ＴｕＡＡの、少なくとも１つのセグメントを含むか又はコードする。いくつかの実施形態では、免疫療法物質は受動免疫療法薬であり、いくつかの実施の形態ではモノクローナル抗体である。

いくつかの実施形態では、腫瘍はメラノーマであり、プロファイルはチロシナーゼ、Ｍｅｌａｎ−Ａ／ＭＡＲＴ−１、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＰＲＡＭＥ、ＳＳＸタンパク質及びＭＡＧＥタンパク質から成る群から選択される２つ以上のＴｕＡＡの存在を示す。ＳＳＸタンパク質はＳＳＸ−２又はＳＳＸ−４であり、ＭＡＧＥタンパク質はＭＡＧＥ−１又はＭＡＧＥ−３である。いくつかの実施形態では、腫瘍は乳癌であり、プロファイルはＮＹ−ＥＳＯ−１、Ｈｅｒ−２／Ｎｅｕ、ＳＳＸタンパク質及びＭＡＧＥタンパク質から成る群から選択される２つ以上のＴｕＡＡの存在を示す。いくつかの実施形態では、腫瘍は結腸直腸癌であり、プロファイルはＣＥＡ、ＳＳＸタンパク質、ＰＲＡＭＥ、ＮＹ−ＥＳＯ、ＬＡＧＥ、ＰＳＣＡ、ＳＣＰ−１、ＰＳＭＡ及びＭＡＧＥタンパク質から成る群から選択される２つ以上のＴｕＡＡの存在を示す。いくつかの実施形態では、腫瘍は肺癌であり、プロファイルはＰＳＭＡ、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＳＳＸ−２及びＭＡＧＥタンパク質から成る群から選択される２つ以上のＴｕＡＡの存在を示す。いくつかの実施形態では、腫瘍は前立腺癌であり、プロファイルはＮＹ−ＥＳＯ−１、ＰＳＡ、ＰＳＣＡ、ＰＳＭＡ、ＳＳＸタンパク質及びＭＡＧＥタンパク質から成る群から選択される２つ以上のＴｕＡＡの存在を示す。いくつかの実施形態では、腫瘍は卵巣癌であり、プロファイルはＰＲＡＭＥ、ＰＳＭＡ、ＰＳＣＡ、ＭＡＧＥタンパク質、ＳＣＰ−１、ＳＳＸタンパク質、ＣＥＡ、Ｈｅｒ−２／Ｎｅｕ、ＮＹ−ＥＳＯ−１及びＬＡＧＥから成る群から選択される２つ以上のＴｕＡＡの存在を示す。卵巣癌は漿液性癌腫、非漿液性癌腫、粘液性（細胞）癌腫又は明細胞癌腫である。いくつかの実施形態では、腫瘍は腎臓癌であり、プロファイルは、ＳＳＸタンパク質、ＰＲＡＭＥ、ＮＹ−ＥＳＯ、ＬＡＧＥ、ＰＳＣＡ、ＳＣＰ−１、ＰＳＭＡ及びＭＡＧＥタンパク質から成る群から選択される２つ以上のＴｕＡＡの存在を示す。いくつかの実施形態では、腫瘍は膵臓癌であり、プロファイルはＳＳＸタンパク質、ＰＲＡＭＥ、ＮＹ−ＥＳＯ、ＬＡＧＥ、ＰＳＣＡ、ＰＳＭＡ及びＭＡＧＥタンパク質から成る群
から選択される２つ以上のＴｕＡＡの存在を示す。

種々の型の癌における多数の腫瘍関連抗原（ＴｕＡＡ）の発現頻度が知られている。しかしながら、種々の型の癌におけるいくつかの抗原、特にＴｕＡＡのある種の組合せの出現頻度は報告されていない。腫瘍組織中のＴｕＡＡの存在の正確な測定は、特定の型の癌の治療にどのＴｕＡＡが有用であるかを確定するのに役立つ。

癌のための免疫療法薬を開発するための多数の試みは、単一抗原を標的にしてきた。これは、２つの異なる理由のために問題がある可能性がある。第一に、癌における任意の特定のＴｕＡＡの発現は、一つの腫瘍塊内のある細胞中では高く、別の細胞中では全く存在しないという、抗原発現に幅があるモザイクである。さらにＴｕＡＡは、ある病変においては発現されるが、他の病変では発現されない。単一より多い抗原に対する免疫応答を動かすことにより、適正に選択された場合には認識される腫瘍細胞の数は最大となる。第二に、いくつかの腫瘍は免疫化後にＴｕＡＡの発現を失って、耐性集団を生じる。免疫応答が複数のＴｕＡＡに対して向けられる場合、逸脱するために各々の抗原の発現を同時に失わなければならないため、耐性腫瘍が生じるのがさらに非常に難しくなる。したがって、免疫療法により癌を治療する場合、腫瘍細胞の集団をより完全な網羅するために、そしてＴｕＡＡの発現の欠損による腫瘍逸脱の機会がより低くなるため、ＴｕＡＡの組合せを用いることが有益である。好ましい実施形態では、用いられる組合せの２つ、３つ、４つ以上のＴｕＡＡに対して腫瘍が陽性である場合、この多価攻撃手法が用いられる。

多価攻撃は、攻撃に対する腫瘍の感受性の増大において別の利点を提供する。腫瘍細胞上の単一より多くの抗原が標的とされる場合、抗腫瘍薬の有効濃度が増大する。さらに、血管系のような腫瘍と関連する間質に及ぼす攻撃は、それらを標的とする作用因子の腫瘍細胞への接近可能性を増大する。したがって、多価攻撃において標的とされるべき他の抗原がその組織で発現されない場合、正常組織上で発現される抗原でも標的抗原として大きく考慮さる。

いくつかの実施形態では、前記方法の実行は、少なくとも２つの異なる組成物の使用を含み、特に単一より多い標的抗原が存在する場合、同時に及び／又は異なる時点で投与されるべきいくつかの組成物を含む。したがって本発明の実施形態は、免疫原組成物のセット及び一部、並びにその個々の用量を含む。多価性は、多価免疫原を含む組成物、一価免疫原の組合せ、１つ又は複数の一価免疫原を含む組成物の協調使用、あるいはその種々の組合せを用いて達成される。このような方法に従って特定の治療レジメン又はプロトコールに用いるために製造される多数の組成物は、免疫療法物質を限定する。いくつかの実施形態では、物質の組成物の全て又は一部は、キット中に一緒に包装される。

定義：
本明細書中における用語の使用が文脈から明らかである場合を除いて、以下に列挙された用語は一般に、本明細書の目的のために示される意味を有する。

プロフェッショナル抗原提示細胞（ｐＡＰＣ） − Ｔ細胞共刺激分子を有し、Ｔ細胞応答を誘導することができる細胞。十分に特性化されたｐＡＰＣとしては、樹状細胞、Ｂ細胞及びマクロファージが挙げられる。

末梢細胞 − ｐＡＰＣではない細胞。

ハウスキーピングプロテアソーム − 末梢細胞中で通常は活性であり、一般的にはｐＡＰＣ中に存在しないか又は強い活性を有さないプロテアソーム。

免疫プロテアソーム − ｐＡＰＣにおいて一般に活性であるプロテアソーム。免疫プロテアソームは感染組織中、又はインターフェロンへの曝露後のいくつかの末梢細胞中でも活性である。

エピトープ − 免疫応答を刺激し得る分子又は物質。好ましい実施形態では、この定義によるエピトープとしては、免疫応答を刺激し得るポリペプチド及びポリペプチドをコードする核酸が挙げられるが、必ずしもこれらに限定されない。他の好ましい実施形態では、この定義によるエピトープとしては、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）と相互作用し得るように、クラスＩ ＭＨＣの結合溝に非共有結合的に結合される、細胞の表面上に提示されるペプチドが挙げられるが、必ずしもこれに限定されない。クラスＩ ＭＨＣにより提示されるエピトープは、未熟又は成熟形態である。「成熟」とは、ハウスキーピングエピトープを含むか又は本質的にそれらから成るＭＨＣエピトープを指し、非限定的にプロテアソーム消化、Ｎ末端トリミング又は外因性酵素活性の作用単独又は組合わせを含むプロセシングにより除去される一次翻訳産物中の他の配列も含む任意の前駆体（「未熟」）と区別される。したがって成熟エピトープは、やや長いポリペプチド中に埋め込まれて提供され、その免疫学的潜在能力は、少なくとも一部は、埋込みエピトープによるものである。同様に、成熟エピトープは、ＴＣＲにより認識されるＭＨＣ結合溝中で結合される最終形態で提供される。

ＭＨＣエピトープ − 哺乳類クラスＩ又はクラスＩＩ主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）分子に対して既知又は予測される結合親和性を有するポリペプチド。

ハウスキーピングエピトープ − 好ましい実施形態では、ハウスキーピングエピトープは、ＭＨＣエピトープであり、ハウスキーピングプロテアソームが優勢に活性である細胞上に提示されるポリペプチド断片と定義される。別の好ましい実施形態では、ハウスキーピングエピトープは、１個〜数個のさらなるアミノ酸が隣接する、上記の定義によるハウスキーピングエピトープを含有するポリペプチドと定義される。別の好ましい実施形態では、ハウスキーピングエピトープは、上記の定義によるハウスキーピングエピトープをコードする核酸と定義される。例示的なハウスキーピングエピトープは、２００２年４月４日に出願された米国特許出願第１０／１１７，９３７号（公開番号２００３−０２２０２３９Ａ１）、２００５年２月２５日に出願された同第１１／０６７，１５９号（公開番号２００５−０２２１４４０Ａ１）、２００５年２月２５日に出願された同第１１／０６７，０６４号（公開番号２００５−０１４２１４４Ａ１）、及び２００３年９月５日に出願された同第１０／６５７，０２２号（公開番号２００４−０１８０３５４Ａ１）、並びに２００３年９月５日に出願されたＰＣＴ出願番号ＰＣＴ／ＵＳ２００３／０２７７０６号（公開番号ＷＯ０４／０２２７０９Ａ２）、並びに２００１年４月６日に出願された米国特許仮出願第６０／２８２，２１１号、２００１年１１月７日に出願された同第６０／３３７，０１７号、２００２年３月７日に出願された同第６０／３６３，２１０号及び２００２年９月６日に出願された同第６０／４０９，１２３号に開示されている。列挙された出願はそれぞれ、「エピトープ配列」と表題が付されている。このパラグラフで述べた出願はそれぞれ、参照によりその全体が本明細書に援用される。

免疫エピトープ − 好ましい実施形態では、免疫エピトープは、ＭＨＣエピトープであり、免疫プロテアソームが優勢に活性である細胞上に示されるポリペプチド断片と定義される。別の好ましい実施形態では、免疫エピトープは、１個〜数個のさらなるアミノ酸が隣接する、上記の定義による免疫エピトープを含有するポリペプチドと定義される。別の好ましい実施形態では、免疫エピトープは、クラスＩ ＭＨＣに対して既知又は予測される親和性を有する少なくとも２つのポリペプチド配列を有するエピトープクラスター配列を含むポリペプチドと定義される。さらに別の好ましい実施形態では、免疫エピトープ
は、上記の定義のいずれかによる免疫エピトープをコードする核酸と定義される。

標的細胞 − 好ましい実施形態では、標的細胞とは、例えばウイルスもしくは他の細胞内寄生生物に感染した細胞又は腫瘍細胞のような、免疫系の構成成分により作用される病原状態に関連する細胞である。別の実施形態では、標的細胞は本発明のワクチン及び方法により標的とされる細胞である。この定義による標的細胞の例としては、腫瘍細胞、及びウイルス、細菌又は原生動物等のような細胞内寄生生物が寄生する細胞が挙げられるが、必ずしもこれらに限定されない。標的細胞としては、目的のエピトープに対するＴ細胞特異性又は免疫原性を確定するのに適正なエピトープ遊離並びに免疫プロテアソームを発現する細胞によるプロセシングを決定又は確定するためのアッセイの一部としてＣＴＬにより標的とされる細胞も挙げられる。このような細胞は遊離配列を発現するように形質転換されることができるか、又は細胞は単にペプチド／エピトープでパルス標識される。

標的関連抗原（ＴＡＡ） − 標的細胞中に存在するタンパク質又はポリペプチド。

腫瘍関連抗原（ＴｕＡＡ） − 標的細胞が腫瘍細胞であるＴＡＡ。代替的な実施形態では、ＴｕＡＡは腫瘍新生血管系等の腫瘍の非癌性細胞又は腫瘍微環境内の他の間質細胞に関連する抗原である。

ＨＬＡエピトープ − ヒトクラスＩ又はクラスＩＩ ＨＬＡ複合体分子に対して既知又は予測される結合親和性を有するポリペプチド。

抗体 − 天然免疫グロブリン（Ｉｇ）、ポリ又はモノクローナル、あるいは生化学的又は組換えＤＮＡの使用又は任意の他の手段により得られる、全部又は一部がＩｇ結合ドメインから成る任意の分子。例としては、とりわけ、Ｆ（ａｂ）、一本鎖Ｆｖ、及びＩｇ可変領域−ファージ被覆タンパク質融合物が挙げられる。

実質的類似性 − この用語は、配列の分析により判定した際に、重要ではない様式で参照配列と異なる配列を指すために用いられる。同一アミノ酸配列をコードする核酸配列は、縮重位置の違い又は任意の非コード領域の長さ又は組成の小差にもかかわらず、実質的に類似する。保存的置換又はわずかな長さ変動のみが異なるアミノ酸配列は、実質的に類似している。さらに、Ｎ末端隣接残基の数が異なるハウスキーピングエピトープ、又はいずれかの末端の隣接残基の数が異なる免疫エピトープ及びエピトープクラスターを含むアミノ酸配列は、実質的に類似する。実質的に類似のアミノ酸配列をコードする核酸自体も実質的に類似する。

機能的類似性 − この用語は、生物学的又は生化学的特性試験により判定した場合に、重要ではない様式で参照配列と異なる配列を指すために用いられるが、配列は実質的に類似しない場合がある。例えば２つの核酸は、同一配列のためのハイブリダイゼーションプローブとして有用であるが、異なるアミノ酸配列をコードし得る。交差反応性ＣＴＬ応答を誘導する２つのペプチドは、それらの非保存的アミノ酸置換が異なっていても、機能的に類似する（したがって、実質的類似性の定義には含まれない）。同一エピトープを認識する抗体対又はＴＣＲは、どのような構造的差異があろうと、互いに機能的に類似である。免疫原性の機能的類似性に関する試験は、「変性」抗原で免疫感作し、例えば非限定的に抗体応答、ＣＴＬ応答、サイトカイン産生等を含む標的抗原を認識する応答誘発の能力を試験することにより実行される。したがって２つの配列は、同一機能を保持しながら、ある点で異なるよう設計される。このように設計された開示又は特許請求された配列バリアントは、本発明の実施形態の１つである。

発現カセット − プロモーター並びに他の転写及び翻訳制御因子、例えば非限定的に
エンハンサー、終了コドン、内部リボソーム侵入部位及びポリアデニル化部位に操作可能的に連結された、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列。カセットは、一宿主分子から別の分子への移動を促す配列も含む。

埋込みエピトープ − いくつかの実施形態では、埋込みエピトープは、長いポリペプチド内に全体的に含まれるエピトープであり、他の実施形態では、この用語は、長いポリペプチドの内部位置にエピトープが全体的に存在しないように、Ｎ末端又はＣ末端のみが埋め込まれるエピトープも含む。

成熟エピトープ − エピトープがＭＨＣペプチド結合溝中に結合される場合に存在する以上の付加的配列を有さないペプチド。

エピトープクラスター − 共有ＭＨＣ拘束因子に対する結合親和性を有する２つ以上の既知又は予測されるエピトープを含むタンパク質配列、例えば天然タンパク質配列のセグメントであるポリペプチド又はそれをコードする核酸配列。好ましい実施形態では、クラスター内のエピトープの密度は、全長タンパク質配列内の共有ＭＨＣ拘束因子に対する結合親和性を有する全ての既知又は予測されるエピトープの密度より大きい。エピトープクラスターは、参照によりその全体が本明細書に援用される、２０００年４月２８日に出願された「エピトープクラスター」と題された米国特許出願第０９／５６１，５７１号に開示され、より詳細に定義されている。

遊離配列 − 単独又は任意の組合せで例えば免疫プロテアソーム活性、Ｎ末端トリミング及び／又は他の過程又は活性を含めたプロセシング活性により、ハウスキーピングエピトープを遊離させる状況を提供する大きい配列中に埋め込まれたハウスキーピングエピトープを含むか又はコードする、設計配列又は改変配列。

ＣＴＬｐ − ＣＴＬ前駆体は、細胞溶解活性を示すために誘導されるＴ細胞である。ＣＴＬｐが一般的に観察されるｉｎ ｖｉｔｒｏにおける二次溶解活性は、ナイーブ、エフェクター及びメモリーＣＴＬのｉｎ ｖｉｖｏにおける任意の組合せから生じる。

メモリーＴ細胞 − 身体中の局在とは関係なく、抗原により予め活性化され、エフェクター機能を獲得するために抗原への再曝露を要する休眠中の生理学的状態にあるＴ細胞。表現型的には、それらは一般にＣＤ６２Ｌ^-ＣＤ４４^hiＣＤ１０７α^-ＩＧＮ−γ^-ＬＴβ^-ＴＮＦ−α^-であり、細胞周期のＧ０にある。

エフェクターＴ細胞 − 抗原との遭遇時に、エフェクター機能を容易に示すＴ細胞。エフェクターＴ細胞は一般に、リンパ系を出て、免疫学的末梢に侵入する。表現型的には、それらは一般にＣＤ６２Ｌ^-ＣＤ４４^hiＣＤ１０７α⁺ＩＧＮ−γ⁺ＬＴβ⁺ＴＮＦ−α⁺であり、活発に循環する。

エフェクター機能 − 一般に、細胞溶解活性の獲得及び／又はサイトカイン分泌を含むＴ細胞活性化。

Ｔ細胞応答の誘導 − 多数の実施形態においては、ナイーブ細胞、又はいくつかの状況では休眠細胞からＴ細胞応答を生成して、Ｔ細胞を活性化する過程を含む。

Ｔ細胞応答の増幅 − 多数の実施形態においては、細胞の数、活性化細胞の数、活性のレベル、増殖の速度、又は特定の応答に関与するＴ細胞の類似のパラメーターを増大する過程を含む。

同調 − 多数の実施形態においては、Ｔ細胞の誘導性結合の免疫プロファイルに特定の安定性を付与する誘導を含む。さまざまな実施形態においては、「同調」という用語は「誘発」及び／又は「開始」に相当する。

トール様受容体（ＴＬＲ） − トール様受容体（ＴＬＲ）は、微生物の特定の構成成分及び特定の宿主分子により活性化されるパターン認識受容体の一ファミリーである。先天性の免疫系の一部として、それらは多数の病原体に対する最前線の防御に寄与するだけでなく適応免疫においても役割を果たす。

トール様受容体（ＴＬＲ）リガンド − トール様受容体と結合し、活性化することができる任意の分子。例としては、インターフェロンを誘導することが知られているポリＩＣ Ａ合成二本鎖ＲＮＡが挙げられるが、これに限定されない。ポリマーは、ポリイノシン酸及びポリシチジル酸の各々の一本鎖、二本鎖ＲＮＡ、非メチル化ＣｐＧオリゴデオキシリボヌクレオチド又は他の免疫刺激配列（ＩＳＳ）、リポ多糖（ＬＰＳ）、β−グルカン及びイミダゾキノリン、並びにその誘導体及び類似体から構成される。

免疫増強アジュバント − ＴＬＲリガンド、飲食作用パターン認識受容体（ＰＲＲ）リガンド、キラヤサポニン、ツカレソール、サイトカイン等を含む、ｐＡＰＣ又はＴ細胞を活性化するアジュバント。いくつかの好ましいアジュバントは、参照によりその全体が本明細書に援用されるMarciani, D.J. Drug Discovery Today 8: 934-943, 2003に開示されている。

免疫刺激配列（ＩＳＳ） − 一般に非メチル化ＣｐＧ配列を含有するオリゴデオキシリボヌクレオチド。ＣｐＧは、細菌により産生されたＤＮＡ、特にプラスミド中に埋め込まれる。さらなる実施形態は、種々のアナログを含み、中でも好ましい実施形態は、１つ又は複数のホスホロチオエート結合又は非生理学的塩基を有する分子である。

ワクチン − 好ましい実施形態では、ワクチンは、疾患を予防するか又は予防の手助けする免疫原性組成物である。他の実施形態では、ワクチンは、疾患を治癒するか又は治癒の手助けをする組成物である。他の実施形態では、ワクチン組成物は、疾患を改善するか又は改善を手助けする。ワクチン免疫原性組成物のさらなる実施形態は、治療剤及び／又は予防剤として用いられる。

免疫感作 − 疾患に対する部分的又は完全防御を誘導するための方法。あるいは抗原に対する免疫系応答を誘導又は増幅するための方法。第２の定義では、この方法は、防御的免疫応答、特に炎症誘発性免疫又は能動免疫を意味するが、調節的応答も含む。したがっていくつかの実施形態では、免疫感作は寛容化（免疫系における炎症誘発性免疫又は能動免疫が作動しなくなる方法）とは区別され、一方、他の実施形態では、この用語は寛容化を含む。

コード化する − 特定のアミノ酸配列をコードする核酸がその（ポリ）ペプチドを特定するコドンから成るが、翻訳可能な、又は転写、翻訳若しくは複製の制御のための、又はいくつかの宿主核酸構築物の操作を助けるための付加的配列も含むような制限のない用語。

適用範囲 − 特定のＴｕＡＡ又は選択されたＴｕＡＡのセットからの少なくとも１つのＴｕＡＡを発現する腫瘍細胞の分画又は部分。

冗長度 − 腫瘍細胞の集団又はそれらのいくつかのサブセットがＴｕＡＡの選択されたセットのうちの１つより多くを発現する程度。

同時標的化 − 好ましい実施形態では、同時標的化は、標的細胞に対する免疫応答を誘導及び／又は増幅するが、一方で、腫瘍の近傍及び／又は環境中の少なくとも１つの他の作用因子に対する免疫応答も誘導することを含む。いくつかの実施形態では、腫瘍の近傍及び／又は環境内の作用因子としては、癌細胞、例えば新血管系に関連する間質細胞、内皮細胞、繊維芽細胞、炎症細胞、上皮細胞、自己分泌因子及び傍分泌因子が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、腫瘍細胞及び間質細胞は、特に標的化される。他の実施形態では、免疫応答は、腫瘍微小環境内の新血管系及び他の非形質転換非リンパ様細胞に対して誘導及び／又は増幅される。さらに他の実施形態では、免疫応答は、癌細胞並びに腫瘍微小環境中の細胞により産生される自己分泌因子及び／又は傍分泌因子に対して誘導される。

癌免疫療法及び診断
メラノーマ及び前立腺癌が癌免疫療法の分野において最初期に最も広範に取り組まれた標的の１つであったので、癌免疫療法はメラノーマ及び前立腺癌に関する研究により大いに影響を受けてきた。これらの癌の治療用ワクチンを開発するための種々の試みに用いられた抗原の多くは、細胞型に特異的な抗原である分化マーカーであった。その結果、現存する範例は、特定の型の癌の免疫療法薬を開発することである。特定の型の癌を有すると診断されているため、患者は単純にその型に対する作用因子を用いて治療される。いくつかの場合、患者の腫瘍はまず、特定の標的抗原の発現に関して評価される。しかしながら今日知られているＴｕＡＡの多くは、最初に分化マーカーとして分類されたものでさえ、多数の型の癌中で発現される。したがって、由来組織よりむしろ、又はそれに加えて、それらが発現するＴｕＡＡにより腫瘍を分類することが有用である。したがっていくつかの実施形態では、好ましくは単一の免疫療法薬を用いて、広範な種々の腫瘍型を治療することができる。これは、任意の特定の抗原又は抗原の組合せが全部の又は多くの腫瘍型全てに一様に有用であるということを言うわけではない。そうではなく、発現頻度は型によってかなり変わる。さらに、広範に発現されるＴｕＡＡの間では、それらが任意の特定の腫瘍型の一部のみで発現されることは一般的である。実際には、このことが、これらの抗原を基礎にした種々の腫瘍型に対する免疫療法薬を適用することに弾みをつけた要因の一つである。それにもかかわらず、個々の抗原及びそれらの組合せはともに、特定の腫瘍型と著しい頻度の関連を示す。したがって、観察されたより高い頻度に従って設計される免疫療法薬は、それらの特定の腫瘍型に適用される場合、より有効及び／又は効率的である。

特定の腫瘍型におけるある種のＴｕＡＡ又はそれらの組合せが普及しているものの、特定の型の腫瘍を有する患者を、その腫瘍型により発現される一般的な１つ又は複数の抗原を標的とする免疫療法薬で治療するために常に十分であるというわけではない。好ましくは患者の腫瘍組織は、市販されているか又は臨床試験中の、利用可能な対応する免疫療法薬が存在するＴｕＡＡの発現に関してスクリーニングされる必要がある。癌免疫療法薬の数及び種類が増大すると、癌の状態を利用可能な免疫療法薬と適合するに際して最も広範な選択肢を臨床医に提供するために、その腫瘍型により発現され得る種々のＴｕＡＡの発現に関して任意の特定の患者の腫瘍組織をスクリーニングすることがますます有益になる。

本開示の多くが、クラスＩ ＭＨＣ拘束Ｔ細胞により調節される免疫を能動的に誘導する免疫療法物質及び／又はレジメンに焦点をおいているが、記載される適合方法は、全ての種類の、能動的若しくは受動的な、細胞性若しくは体液性の、又はその任意の組合せの免疫療法に等しく適用可能である。本明細書中で特許請求される方法は、種々の抗原を標的化するかなりの数の免疫療法が存在するこの開発中の状況に適用される。本明細書中で具体化される方法は、特定の患者の癌の型又は状態と利用可能な免疫療法薬の適合を最適化する。これは、１つの特定の作用物質を用いた治療が的確（又は不的確）であると患者
を簡便に定性するよう設計される現行の方法と対照的である。

好ましくは、特定の腫瘍型において比較的高頻度で発現されるＴｕＡＡのパネルが集められ、アッセイが確立される。したがって、本明細書中に記載される本発明の一実施形態は、パネルを集めること及び適切なアッセイを確立することを包含する。パネル中の種々の腫瘍型で広範に発現されるＴｕＡＡを含むことは有益である。

本明細書中に開示される方法は、予め選択されたパネルの抗原の発現に関して、推定される腫瘍組織の型をアッセイすることで開始される。いくつかの実施形態では、一腫瘍型に関して集められるＴｕＡＡの一パネルを用いて、同一抗原のうちの少なくともいくつかを発現する他の腫瘍型をスクリーニングすることができる。いくつかの実施形態では、発現プロファイルはアッセイ結果を用いて示される。適切な免疫療法薬の選択は、免疫原（又は、受動免疫療法の場合はエフェクター薬）のような免疫療法薬の組成物が、パネルの検出抗原にいかに良く対応するかに基づく。パネルは、明確に定義された組成物の免疫療法薬により標的とされるか又はある組織サンプルで検出されると思われるよりも多くの抗原を含む。

このように、免疫療法物質がパネル中の全ての抗原に対応する免疫原を含む必要はない。また、パネル抗原全てが、免疫療法レジメンで合理的に組合される免疫療法物質のセットの標的であるという必要もない。さらにまた、有益ではあるが、免疫療法薬の組成物と腫瘍の発現プロファイルとが完全に適合する必要はない。患者の腫瘍による抗原の発現が均質でないことは一般的なことである。したがって組織サンプル中で検出不可能であるが、別の部位で抗原が発現されている可能性がある。これは、特定の腫瘍型により一般的に発現される抗原に関して特に言えることである。したがって、１つの、いくつかの又は全ての構成免疫原が、患者の腫瘍のアッセイ対象部位において発現されるＴｕＡＡに対応する多価免疫療法薬は、臨床医の判断に従ってその患者を治療するために用いられる。同様に、患者は多価及び一価作用因子を組合せて治療され、発現プロファイルと標的抗原の適合が最適化される。受動免疫療法薬は特に、一価であることが多いが、熟練した臨床医は、それらを受動又は能動免疫療法薬と更に組合わせて有用な免疫療法レジメンとする方法を理解する。当該技術分野で現在知られている受動免疫療法薬としては、ＴｕＡＡ ＨＥＲ−２／Ｎｅｕを標的とするトラスツズマブ（ＨＥＲＣＥＰＴＩＮ（登録商標））；ＶＥＧＦ（血管内皮細胞成長因子）を標的として、腫瘍の血管新生を阻止するベバシズマブ（ＡＶＡＳＴＩＮ（登録商標））；抗原表皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ、ＨＥＲ１、ｃ−ｅｒｂＢ−１）を標的とするセツキシマブ（ＥＲＢＩＴＵＸ（商標））；並びに抗原表皮成長因子受容体を標的とするパニツムマブが挙げられる。さらに、いくつかの一価及び多価能動免疫療法薬が開発中である。これらには、前立腺酸性ホスファターゼを標的とするＡＰＣ８０１５（ＰＲＯＶＥＮＧＥ（登録商標））；ＨＥＲ−２／Ｎｅｕを標的とするＡＰＣ８０２４；ＰＲＡＭＥ、ＰＳＭＡ、ＳＳＸ−２及びＮＹ−ＥＳＯ−１を標的とするＭＫＣ１１０６；Ｍｅｌａｎ−Ａを標的とするｐＳＥＭ（ＳＹＮＣＨＲＯＶＡＸ（商標）ＳＥＭ）；Ｍｅｌａｎ−Ａ及びチロシナーゼを標的とするＭＫＣ１２０７；チロシナーゼを標的とするｐＴＡ２Ｍ（ＳＹＮＣＨＲＯＴＯＰＥ（登録商標）ＴＡ２Ｍ）；ＰＳＭＡを標的とするＤＣＶＡＸ（登録商標）−プロステート；ｇｐ１００を標的とするＡＬＶＡＣ（２）−ｇｐ１００Ｍ；ＭＡＧＥ−１及びＭＡＧＥ−３を標的とするＡＬＶＡＣ ＭＡＧＥ１，３；ＣＥＡを標的とするＡＬＶＡＣ ＣＥＡ；ＮＹ−ＥＳＯ−１を標的とするＮＹ−ＥＳＯ−１／ＩＳＣＯＭＡＴＲＩＸＴＭワクチン；ＣＥＡ及びＭＵＣ−１を標的とするＰＡＮＶＡＣ（商標）−ＶＦ；並びにＰＳＡを標的とするＰＲＯＳＴＶＡＣ（登録商標）−ＶＦが含まれる。

癌の型の診断は困難であり、不確実な結果を招くことがある。同様のスクリーニングアッセイを用いて、パネル中に系統特異的マーカーを含めることにより、腫瘍型の診断を確
立又は確定することができる。例えばメラノーマに対するチロシナーゼ、前立腺に対するＰＳＡのように、マーカーはそれ自体がＴｕＡＡとなることがある。あるいは、マーカーは、問題の細胞型に適度に特異的である任意の抗原であってもよく、その発現は、腫瘍細胞中で保持される。例えば乳房組織中のマンマグロビンが挙げられる。

アッセイ技術
本発明のアッセイ工程を実行するための多数の手法が当該技術分野で知られている。一般的に、特異的タンパク質又はｍＲＮＡを検出する任意の信頼できる方法が適用される。多数のサンプルをアッセイし、且つ／又は迅速に結果を提供する能力のような望ましい特徴に基づいた手法、又はアッセイを安価に実行できる手法、あるいはこれらのパラメーターの最適条件が好ましい。アッセイ対象の腫瘍組織は、外科手術により組織塊として、あるいは血液、骨髄、細胞吸引物、腹膜洗浄液、複数の吸引物、又は気管支洗浄液等からの細胞形態で得ることができる。

アッセイ工程は、パネル中のＴｕＡＡの存在、非存在、存在量又は状態のうちの少なくとも１つを決定することを含む。いくつかの実施形態では、決定は、ｍＲＮＡ、ペプチド、ポリペプチド、成熟タンパク質及びＭＨＣ−ペプチド複合体のうちの少なくとも１つの分析を包含する。いくつかの実施形態では、決定は、ポリペプチドのプロセシング状態、核酸の選択的スプライシング、生殖系列配列と比較した場合の核酸の突然変異、集団中のコンセンサス配列からの核酸又はポリペプチド配列の変異、細胞局在性、細胞内局在性及びマーカーとの共発現のうちの１つの分析を含む。

一般に、特定のタンパク質の検出は、抗体の使用を含む。免疫組織化学（ＩＨＣ）は広範に適用可能であるが、しかしタンパク質決定と総称されるウエスタンハイブリダイゼーション、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）及びフローサイトメトリーも用いられる。特定のペプチド−ＭＨＣ複合体を認識するＴＲＣ−四量体及び抗体も用いられる。腫瘍組織は、広範囲の免疫学的アッセイ（エリスポット、Ｔ細胞ハイブリドーマ反応性、微小細胞毒性等）における標的又は刺激剤として用いられる。このようなアッセイは、親抗原ばかりでなく標的エピトープにも特異的であり、したがってエピトープ決定と称される。特定のｍＲＮＡの検出は、転写物決定と総称される、ＲＴ−ＰＣＲ（逆転写−ポリメラーゼ連鎖反応）のいくつかの様式及び類似の核酸増幅手法（例えば３ＳＲ）、ノーザンハイブリダイゼーション、ｍＲＮＡ又はｃＤＮＡを用いた遺伝子アレイの検索、並びにｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーションのいずれかを用いて成し遂げられる。標的抗原からの特定のＴ細胞エピトープの提示を検出する試薬も用いられる。これらは、例えばＴ細胞株及びハイブリドーマ、さらに好ましくはペプチド−ＭＨＣ複合体及びＴＣＲ四量体に特異的な抗体が挙げられる（例えば、参照によりその全体が本明細書に援用されるLi et al., Nature Biotech., 23:349-354, 2005参照）。

ＰＣＲ手法は感度が高く、一般的に実行が容易であるが、サンプル中のモザイク的な抗原発現を検出することができない。ＩＨＣ（及び他のｉｎ ｓｉｔｕ手法）は、潜在的により労働集約的であるが、対象のサンプル内の発現の空間的変異の観察を可能にする。したがって同一細胞内の抗原の共発現と同一サンプル内の異なる細胞内での共発現との間の区別がなされる。両方の状況が望ましく、前者は標的化のより大きな冗長度並びに抗原損失逸脱突然変異体が生じる見込みを低減し、後者は全腫瘍組織のより大きな割合が直接的に標的化される方法を明示する。このような情報は、より複雑な発現パターンを有する抗原の使用にも関連する。例えば、前立腺細胞及び腫瘍新血管系により発現されるＰＳＭＡは、その発現が、ｉｎ ｓｉｔｕ検出方法又は発現をアッセイする前の顕微解剖により、腫瘍細胞と特異的に結び付く場合、前立腺系統マーカーとして用いられる。

本発明の好ましい実施形態では、免疫療法薬はクラスＩ ＭＨＣ制限Ｔ細胞応答を含む
Ｔ細胞応答を誘導する。したがって、腫瘍組織によるＭＨＣ発現を確定することは有益である。ＰＣＲ及び抗体ベースの方法を含むＭＨＣの検出のための試薬は、当該技術分野で広く知られている。クラス、遺伝子座及び型に特異的な試薬が、一般に利用されている。クラスＩ発現は、β２−マイクログロブリンの検出によっても判断される。クラス及び遺伝子座に特異的な試薬は、広範に適用可能な均一手法の利点を提供する。型特異的試薬は、発現及びＭＨＣ型を同時に確定することを可能にする。抗体ベースの手法は、細胞表面でのタンパク質発現を直接的に検出するという利点を提供するが、これは、表面発現のみが推測されるＲＴ−ＰＣＲ等とは対照的に臨床的関連性を有する。ＴＣＲ四量体ベースのアッセイは、ＭＨＣ及び標的抗原（実際には標的エピトープも）の発現の同時確定を可能にし、これらのアッセイは本質的に型特異的である。

パネル設計
開示された方法のいくつかの様式は、本発明の範囲内に含まれる。第一は、主として、特定の患者の腫瘍組織中で標的化するのに利用可能な抗原の同定に関する。したがって、いくつかの実施形態では、本明細書中に開示される方法を実行するに際してアッセイされる抗原のパネルは、標的化免疫療法薬が利用可能である（市販されているか又は開発中の）一般的に発現されるＴｕＡＡから集められる。抗原は、例えばある腫瘍の一部又は別の一部において共通して又は非常に特異的に発現するという結果、あるいは対応する治療薬が開発される見込みによる予測に基づいてパネル中に含まれる。したがって、抗原が免疫療法の良好な標的であることを示す同様の研究結果（例えば特異性、浸透性、及び発現レベル；Ｔ細胞由来の生成物に対する提示あるいは抗体由来の物質に対する表面発現；並びに多価免疫療法薬の冗長度又は標的化の幅の増大）もまた、抗原が本願発明の診断パネルに含まれることの妥当性を支持する。

メラノーマにおけるチロシナーゼのような、発現が特定の腫瘍型に特異的である抗原は、腫瘍型をスクリーニングするのに用いられるパネルに適している。種々の腫瘍型において発現する抗原は、任意の特定の腫瘍型において高浸透性でない場合でも、腫瘍型のその多様性をスクリーニングするために用いられるパネルに、又は例えば個々の腫瘍型に結び付けられない一般的スクリーンとして用いられるパネルに含まれるのに適する。いくつかの実施形態では、抗原のパネルは、免疫療法の適切な標的でない癌等に関連する複合発現プロファイルからマーカーを特異的に排除する。

腫瘍の組織学的起源は、一般的に、例えば治療戦略を設計する場合に、又は見かけの再発が推定上の原癌に関連することを確定する場合に、臨床的に興味深い。このために、系統マーカーが抗原のパネルに含まれる。

癌免疫療法のマーケティング
本明細書中に開示される本発明の実施形態は、ある特定の癌の免疫療法により恩恵を受けられる患者を同定するための方法に関し、当該免疫療法は、このような免疫療法の臨床試験、及びワクチンのマーケティングに関与する患者の候補の同定にも有用である。癌に関する多くの診断研究は、集中したいくつもの実験室で実行される。補充のためであれ、マーケティングのためであれ、１つ又は複数のこれらの実験室を用いて取り決めがされる。取り決めは、診療ごとの支払い契約又は提携若しくは合弁を伴う。一つの実施形態では、実験室は、提出された腫瘍サンプルで実行される試験の標準パネル中において、本明細書中に記載されるようなＴｕＡＡ発現プロファイリングアッセイを含み、その結果が他の試験の結果と共に報告される。腫瘍サンプルがワクチンの構成免疫原に対応する１つ又は複数の抗原に関して陽性であると同定された場合、試験報告と同一の通知中に通告が含まれて、医者（又は、試験の結果が直接患者に報告される場合には患者）に、患者にとって適当な臨床試験又は患者が恩恵を受ける可能性がある物質の利用可能性に対して注意を喚起する。

腫瘍関連抗原
本明細書中に開示される実施形態において有用なＴｕＡＡの例として、チロシナーゼ（配列番号１）、ｍｅｌａｎ−Ａ（配列番号２）、ＳＳＸ−２（配列番号３）、ＰＳＭＡ（前立腺特異的膜抗原）（配列番号４）、ＭＡＧＥ−１（配列番号５）、ＭＡＧＥ−３（配列番号６）、ＮＹ−ＥＳＯ−１（配列番号７）、ＰＲＡＭＥ（配列番号８）、Ｈｅｒ２／Ｎｅｕ（配列番号９）、ＰＳＡ（配列番号１０）、Ｃ３５（配列番号１１）、ＳＳＸ−４（配列番号１２）、ｇｐ１００（配列番号１３）、甲状腺転写因子１（ＴＴＦ１）（配列番号１４）、マンマグロビン（配列番号１５）、プロラクチン誘導性タンパク質（Ｂｒｓｔ２）（配列番号１６）、メソテリンアイソフォーム１（配列番号１７）、メソテリンアイソフォーム２（配列番号１８）、ＰＳＣＡ（配列番号１９）、ＳＣＰ−１（配列番号２０）、ＶＥＧＦ−Ａ（配列番号２１）、及びＰＬＫ１（配列番号２２）が挙げられる。これらのタンパク質に対する野生型コード配列、又はこれらの中の任意のセグメントは、これらのｃＤＮＡ又は完全コード配列（ｃｄｓ）（それぞれ配列番号２３〜４４）より決定することができる。表１に記載される配列は、本明細書と共に提出される配列リストに提供される。

チロシナーゼは、メラニン細胞分化の最も特異的なマーカの１つであると考えられているメラニン生合成酵素である。チロシナーゼはメラニン細胞を主とするわずかな細胞型で発現し、メラノーマにおいて高レベルであることがしばしば見出される。ＴｕＡＡとしてのチロシナーゼの有用性は、参照によりその全体が本明細書に援用される、「異常細胞の一部がＨＬＡ−Ａ２／チロシナーゼ由来ペプチドの複合体を提示する細胞異常を患う個体を識別する方法、及び当該個体を治療する方法」と題された米国特許第５，７４７，２７１号に教示されている。

ＰＭｅｌ１７としても知られているＧＰ１００は、メラノーマにおいて高レベルで発現する別のメラニン生合成タンパク質である。ＴｕＡＡとしてのＧＰ１００は、参照によりその全体が本明細書に援用される、「メラノーマ抗原並びに診断方法及び治療方法におけるその使用」と題された米国特許第５，８４４，０７５号に開示されている。

ＭＡＲＴ−１（Ｔ細胞に認識されたメラノーマ抗原）としても知られるＭｅｌａｎ−Ａは、メラノーマにおいて高レベルで発現する別のメラニン生合成タンパク質である。ＴｕＡＡとしてのＭｅｌａｎ−Ａ／ＭＡＲＴ−１の有用性は、参照によりその全体が本明細書に援用され、共に「メラノーマ抗原並びに診断方法及び治療方法におけるその使用」と題された米国特許第５，８７４，５６０号及び同第５，９９４，５２３号、並びに「ＨＬＡ−Ａ２により提示される少なくとも１つの腫瘍拒絶抗原にプロセッシングされる腫瘍拒絶抗原先駆体をコードする単離核酸配列」と題された米国特許第５，６２０，８８６号に教示されている。

Ｈｏｍ−Ｍｅｌ−４０としても知られているＳＳＸ−２は、高度に保存された癌・精巣（ＣＴ）抗原のファミリーのメンバーである（Gure, A. O. et al., Int. J. Cancer 72:
965-971, 1997、参照によりその全体が本明細書に援用される）。ＳＳＸ−２のＴｕＡＡとしての識別は、参照によりその全体が本明細書に援用される、「メラノーマ特異的抗原をコードする単離核酸分子及びその使用」と題された米国特許第６，０２５，１９１号に教示されている。癌・精巣抗原は、様々な腫瘍において見出されるが、通常は、精巣以外の正常な成人組織には存在しない。ＳＳＸファミリーの種々のメンバーの発現は、様々な腫瘍細胞系において見られる。ＳＳＸファミリーメンバー間の配列同一性の程度が高いので、ファミリーの２つ以上のメンバー由来の類似したエピトープが生じ、該エピトープはＭＨＣ分子に結合することができ、それによりこのファミリーのメンバーに対するいくつかのワクチンは、交差反応することができ、このファミリーの他のメンバーに対して効果
的である。

ＭＡＧＥ−１（メラノーマ関連抗原−１）、ＭＡＧＥ−２（メラノーマ関連抗原−２）及びＭＡＧＥ−３（メラノーマ関連抗原−３）は、もともとはメラノーマ中で発見されたが、様々な腫瘍中に見られる癌・精巣抗原の別のファミリーのメンバーである。ＴｕＡＡとしてのＭＡＧＥタンパク質の識別は、参照によりその全体が本明細書に援用される、「腫瘍拒絶抗原前駆体（ＭＡＧＥ−１）をコードする核酸配列」と題された米国特許第５，３４２，７７４号及び多数のそれに続く特許に教示されている。現在、ＳＷＩＳＳタンパク質データベースには、（ヒト）ＭＡＧＥに関して１７個の登録がある。これらのタンパク質間には広範な類似性があり、したがって多くの場合、あるものに由来するエピトープは、ファミリーの他のメンバーに対する交差反応応答を誘導することができる。少数のＭＡＧＥファミリーのメンバー、とりわけ、それぞれ精巣及び脳、並びに骨髄間質細胞において発現するＭＡＧＥ−Ｈ１及びＭＡＧＥ−Ｄ１は腫瘍中では観察されていない。これらが、他のＭＡＧＥタンパク質と少なくとも類似はしていることから、正常組織における交差反応の可能性は改善される。

ＧＡＧＥ−１は、癌・精巣抗原のＧＡＧＥファミリーの一員である（それぞれ参照によりその全体が本明細書に援用される、Van den Eynde, B., et al., J. Exp. Med. 182: 689-698, 1995；米国特許第５，６１０，０１３号；同第５６４８２２６号；同第５，８５８，６８９号；同第６，０１３，４８１号；及び同第６，０６９，００１号）。ＰｕｂＧｅｎｅデータベースは現在、１２個の別個のアクセス可能なメンバーを列挙しており、そのうちのいくつかはＰＡＧＥ又はＸＡＧＥと同義語として知られている。ＧＡＧＥ−１〜ＧＡＧＥ−８は、配列の同一性の程度が非常に高く、それゆえほとんどのエピトープがファミリーの複数のメンバー間で共有される。

ＢＡＧＥは、一般に、メラノーマ、特に転移性メラノーマ、並びに肺、乳房、膀胱及び頭頸部の扁平上皮細胞の癌腫において発現する癌・精巣抗原である。そのＴｕＡＡとしての有用性は、それぞれ参照によりその全体が本明細書に援用される、「腫瘍拒絶抗原前駆体ＢＡＧＥのアミノ酸配列に対応する腫瘍拒絶抗原、及びその使用」と題された米国特許第５，６８３，８８号、及び「ＢＡＧＥ腫瘍拒絶抗原前駆体をコードする単離核酸分子」と題された同第５，５７１，７１１号にそれぞれ教示されている。

ＣＴＡＧ−１（癌・精巣抗原−１）及びＣＡＧ−３（癌抗原−３）としても知られているＮＹ−ＥＳＯ−１は、多種多様な腫瘍において見出される癌・精巣抗原である。ＴｕＡＡとしてのＮＹ−ＥＳＯ−１は、参照によりその全体が本明細書に援用される、「食道癌関連抗原をコードする単離核酸分子、抗原自体、及びそれらの使用」と題された米国特許第５，８０４，３８１号に開示されている。広範な配列同一性を有する抗原をコードするパラロガスな遺伝子座であるＬＡＧＥ−１ａ／ｓ及びＬＡＧＥ−１ｂ／Ｌは、公的に入手可能なヒトゲノムのアセンブリ中に開示されており、選択的スプライシングを介して生じると結論付けられている。さらに、ＣＴ−２（又はＣＴＡＧ−２、癌・精巣抗原−２）は、ＬＡＧＥ−１ｂ／Ｌの対立遺伝子、突然変異体又は配列不一致のいずれかであるように思われる。広範な配列同一性により、ＮＹ−ＥＳＯ−１由来の多くのエピトープはまた、これら他の抗原を発現する腫瘍に対する免疫を誘導することができる。ＮＹ−ＥＳＯ−１及びＬＡＧＥは、アミノ酸７０までは事実上同一である。アミノ酸７１〜アミノ酸１３４では、２つのタンパク質間の同一性の最大長は６残基であるが、潜在的な交差反応性配列が存在する。アミノ酸１３５〜アミノ酸１８０では、ＮＹ−ＥＳＯ及びＬＡＧＥ−１ａ／ｓは単一残基以外は同一であるが、ＬＡＧＥ−１ｂ／Ｌは選択的スプライシングにより関連性がない。ＣＡＭＥＬ及びＬＡＧＥ−２抗原は、ＬＡＧＥ−１のｍＲＮＡに由来するように思われるが、選択的リーディングフレームに由来し、そのため関連性のないタンパク質配列が生じてしまう。つい最近、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＦ２７７３１５
．５、すなわちヒトＸ染色体のクローンであるＲＰ５−８６５Ｅ１８及びＲＰ５−１０８７Ｌ１９の完全配列に関して、この領域内の３つの独立遺伝子座を報告しており、これらはＬＡＧＥ１（ゲノムアセンブリ中のＣＴＡＧ−２に対応）、ＬＡＧＥ２−Ａ及びＬＡＧＥ２−Ｂ（両者ともゲノムアセンブリ中のＣＴＡＧ−１に対応）に分類されている。

ＭＡＰＥ、ＤＡＧＥ及びＯＩＰ４としても知られているＰＲＡＭＥは、もともとはメラノーマ抗原として観察された。その後、ＰＲＡＭＥは癌・精巣（ＣＴ）抗原として認識されるようになったが、ＭＡＧＥ、ＧＡＧＥ及びＢＡＧＥ等の多くのＣＴ抗原とは異なり急性骨髄性白血病において発現する。ＰＲＡＭＥはＭＡＰＥファミリーの一員であり、大部分は限定された配列類似性を共有する仮想タンパク質から成る。ＴｕＡＡとしてのＰＲＡＭＥの有用性は、参照によりその全体が本明細書に援用される、「腫瘍拒絶抗原前駆体ＤＡＧＥをコードする単離核酸分子、及びその使用」と題された米国特許第５，８３０，７５３号に教示されている。

参照によりその全体が本明細書に援用される、「前立腺特異的膜抗原」と題された米国特許第５，５３８，８６６号に記載されるＴｕＡＡであるＰＳＭＡ（前立腺特異的膜抗原）は、正常な前立腺上皮で、また前立腺癌中において高レベルで発現する。さらなる発現が卵巣癌腫で観察される。これは、非前立腺腫瘍の新生血管系においても見出されている。したがって、ＰＳＭＡは前立腺癌及び卵巣癌並びに他の腫瘍の新生血管系に対するワクチンの基礎を形成することができる。この後者の概念は、それぞれが参照によりその全体が本明細書に援用される、「癌に対する抗新生血管系製剤」と題された、２００１年３月７日付けで出願された米国特許仮出願第６０／２７４，０６３号、及び２００２年３月７日付けで出願された米国特許出願第１０／０９４，６９９号（公開番号２００３−００４６７１４Ａ１）、及び２００５年６月３０日付けで出願された同第１１／０７３，３４７号（公開番号 ）により完全に記載されている。つまり、腫瘍が成長するに従い、新たな血管の内部成長を補充する。血管を発達させていない腫瘍の中心は通常壊死するため成長を維持する必要があることが理解され、血管形成阻害剤が、腫瘍退縮を起こすと報告されてきた。このような新たな血管又は新生血管系は確立した血管では見られない抗原を発現するので、特異的に標的化することができる。新生血管系抗原に対するＣＴＬを誘導することにより、血管を破損させる可能性があり、腫瘍への栄養分の流れ及び腫瘍からの老廃物の除去を妨げ、退縮させる。

ＰＳＭＡ ｍＲＮＡの選択的スプライシングは、Ｍｅｔ₅₈で明らかに始まるタンパク質へと導き、参照によりその全体が本明細書に援用される、「選択的スプライシングされた前立腺特異的膜抗原をコードする単離核酸分子、及びその使用」と題された米国特許第５，９３５，８１８号に記載されるように、ＰＳＭＡの推定膜アンカー領域を欠失する。ＰＳＭＡ様タンパク質と称されるタンパク質、例えばＧｅｎｂａｎｋアクセッション番号ＡＦ２６１７１５は、ＰＳＭＡのアミノ酸３０９〜７５０とほぼ同一であるが、異なる発現プロファイルを有する。したがって、最も好ましいエピトープは、アミノ酸５８〜３０８に位置するＮ末端を有するものである。

ＰＳＡ（前立腺特異的抗原）は、カリクレインファミリーのペプチダーゼであり、前立腺の分化抗原である。乳房組織における発現も報告されている。別称としては、γ−セミノプロテイン、カリクレイン３、セミノゲラーゼ、セミニン及びＰ−３０抗原が挙げられる。ＰＳＡは、前立腺／腺カリクレイン−１及び−２、並びにカリクレイン−４といった様々な選択的スプライシング産物と高い配列同一性を有し、前立腺及び乳房組織においても発現する。他のカリクレインは、通常、配列同一性が低く、異なる発現プロファイルを有する。それにもかかわらず、任意の特定のエピトープにより引き起こされる交差反応性は、該エピトープが非標的組織中におけるプロセシング（最も一般的には、ハウスキーピングプロテアソームによる）により遊離される見込みに加え、ワクチンの設計において考
慮されるべきである。

ＳＣＡＨ−２としても知られているＰＳＣＡ（前立腺幹細胞抗原）は、前立腺上皮細胞において選択的に発現し、前立腺癌において過剰発現する分化抗原である。低レベルの発現は、消化管及び腎臓の集合管の神経内分泌細胞を含むいくつかの正常細胞において見られる。ＰＳＣＡは、参照によりその全体が本明細書に援用される、「ヒト幹細胞抗原」と題された米国特許第５，８５６，１３６号に記載されている。

ＨＯＭ−ＴＥＳ−１４としても知られているシナプトネマ複合体タンパク質１（ＳＣＰ−１）は、減数分裂関連タンパク質であり、癌・精巣抗原でもある（Tureci, O., et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95: 5211-5216, 1998、参照によりその全体が本明細書に援用される）。癌抗原として、その発現は細胞周期により制御されてはおらず、しばしばグリオーマ、乳房、腎細胞及び卵巣癌腫において見られる。これは、ミオシンといくつかの類似性を有するが、交差反応性エピトープが直ちに期待できないほど同一性は低い。

フィブロネクチンのＥＤ−Ｂドメインもまた、潜在的標的である。フィブロネクチンは、主として腫瘍胎児組織中で使用される単一エクソンによりコードされるＥＤ−Ｂドメインとともに、発生学的に制御される選択的スプライシングを受けやすい（Matsuura, H.及びS. Hakomori、Proc. Natl. Acad. Sci. USA 82:6517-6521, 1985; Carnemolla, B. et al., J. Cell Biol. 108:1139-1148, 1989; Loridon-Rosa, B. et al., Cancer Res. 50:1608-1612, 1990; Nicolo, G. et al., Cell Differ. Dev. 32:401-408, 1990; Borsi, L. et al., Exp. Cell Res. 199:98-105, 1992; Oyama, F. et al., Cancer Res. 53:2005-2011, 1993; Mandel, U. et al., APMIS 102:695-702, 1994; Farnoud, M. R. et al., Int. J. Cancer 61:27-34, 1995; Pujuguet, P. et al., Am. J. Pathol. 148:579-592, 1996; Gabler, U. et al., Heart 75:358-362, 1996; Chevalier, X., Br. J. Rheumatol. 35:407-415, 1996;及びMidulla, M. Cancer Res. 60:164-169, 2000、それぞれ参照によりその全体が本明細書に援用される）。

ＥＤ−Ｂドメインは、新生血管系のフィブロネクチンにおいても発現する（Kaczmarek,
J. et al., Int. J. Cancer 59:11-16, 1994; Castellani, P. et al., Int. J. Cancer
59: 612-618, 1994; Neri, D. et al., Nat. Biotech. 15:1271-1275, 1997; Karelina,
T. V.及びA. Z. Eisen, Cancer Detect. Prev. 22:438-444, 1998; Tarli, L. et al., Blood 94:192-198, 1999;及びCastellani, P. et al., Acta Neurochir. (Wien) 142:277-282, 2000、それぞれ参照によりその全体が本明細書に援用される）。腫瘍胎児性ドメインとして、ＥＤ−Ｂドメインは一般に、新生血管系により発現されるのに加えて、腫瘍細胞により発現されるフィブロネクチンにおいて見られる。したがって、ＥＤ−Ｂドメインを標的とするＣＴＬ誘導ワクチンは、２つの作用機構、すなわち、腫瘍細胞の直接的溶解、及び腫瘍関連新生血管系の崩壊による腫瘍の血液供給の阻害を示す。ＣＴＬ活性はワクチンの使用中止後迅速に減衰するため、正常な血管形成への干渉は最小限となる。新生血管系を標的とするワクチンの設計及び試験は、全て「癌に対する抗新生血管系製剤」と題された、２００１年３月７日付けで出願された米国特許仮出願第６０／２７４，０６３号、２００２年３月７日付けで出願された米国特許出願第１０／０９４，６９９号（公開番号２００３−００４６７１４号Ａ１）、及び２００５年６月３０日付けで出願された同第１１／０７３，３４７号（公開番号 ）に記載されている。腫瘍細胞系は、参照によりその全内容が本明細書に援用される、「ＨＬＡトランスジェニックマウス腫瘍細胞系(HLA-TRANSGENIC MURINE TUMOR CELL LINE)」と題された、２００２年３月７日付けで出願された米国特許仮出願第６０／３６３，１３１号に記載されている。

癌胎児性抗原（ＣＥＡ）は、１９６５年に初めて記載された範例的な腫瘍胎児タンパク質である（Gold及びFreedman, J. Exp. Med. 121: 439-462, 1965、参照によりその全体
が本明細書に援用される）。より十分な参考文献は、オンライン版人類のメンデル遺伝；登録番号１１４８９０に見出すことができる。これは、癌胎児性抗原関連細胞接着分子５（ＣＥＡＣＡＭ５）と公式に改名された。その発現は、消化管及び胎児の結腸の上皮層の腺癌と最も強く関連する。ＣＥＡは免疫グロブリンスーパー遺伝子ファミリーの一員であると共に、ＣＥＡサブファミリーを定義付ける一員である。

バキュロウイルスＩＡＰ反復含有タンパク質５（ＢＩＲＣ５）としても知られているスルビビンは、腫瘍胎児発現パターンを有する別のタンパク質である。これはアポトーシスタンパク質（ＩＡＰ）遺伝子ファミリーの阻害剤の一員である。これは癌において広範に過剰発現し（Ambrosini, G. et al., Nat. Med. 3: 917-921, 1997;及びVelculiscu V. E. et al., Nat. Genet. 23: 387-388, 1999、参照によりその全体が本明細書に援用される）、アポトーシス阻害剤としてのその機能は、悪性の表現型に寄与すると信じられている。

ＨＥＲ２／ＮＥＵは上皮成長因子受容体に関係する癌遺伝子であり（van de Vijver, et al., New Eng. J. Med. 319: 1239-1245, 1988、参照によりその全体が本明細書に援用される）、ｃ−ＥＲＢＢ２癌遺伝子と明らかに同一である（Di Fiore, et al., Science 237: 178-182, 1987、参照によりその全体が本明細書に援用される）。ＥＲＢＢ２の過剰発現は、前立腺癌の悪性形質転換に関係があるとされてきた。ＨＥＲ２に関しては、発現レベルが腫瘍の悪性度と相関する他の腫瘍の中で、乳癌の２５〜３０％において増幅し、過剰発現する（Slamon, et al., New Eng. J. Med. 344: 783-792, 2001、参照によりその全体が本明細書に援用される）。より詳細な記載は、オンライン版人類のメンデル遺伝；登録番号１６４８７０において入手可能である。

メソテリンは、もともと中皮腫において発見された抗原であるが、多くの膵臓癌及び卵巣癌において上方制御されることも知られている。ワクチン標的、並びに有用なエピトープとしてのその使用は、Thomas, A. M. et al., J. Exp． Med. 200:297-306, 2004に記載され、参照によりその全体が本明細書に援用される。

血管内皮成長因子（ＶＥＧＦ−Ａ又はＶＥＧＦ）は、血小板由来の成長因子と構造的に関連するが、血管内皮細胞に集中しているマイトジェン活性がより低いマイトジェンタンパク質である。癌治療の標的が知られているので、このタンパク質及びその受容体が、腫瘍成長及びその潜在性に重要である(Folkman, J. Nature Med. 1:27-31, 1995、参照によりその全体が本明細書に援用される)。より詳細な記載は、オンライン版人類のメンデル遺伝；登録番号１９２２４０において入手可能である。

ＰＬＫ１は、細胞周期の調節及びＤＮＡ損傷応答に重要な役割を果たす細胞内セリン／スレオニンキナーゼである。ＰＬＫ１の変異又はノックダウンは、異常な有糸分裂、細胞周期の停止及びアポトーシスをもたらす(Reagan-Shaw S.及びAhmad N., FASEB J. 19:611, 2005)。ＰＬＫ１は、構造的に保存されるキナーゼのＰｏｌｏ様キナーゼファミリーに属している。このＰＬＫ１ファミリーは、細胞内局在性に関与する２つの保存領域、Ｎ末端キナーゼドメイン及びＣ末端非触媒Ｐｏｌｏボックス領域を含む(Lowery DM et al., Oncogene 24:248. 2005)。ＰＬＫ１は、間期の細胞質で見出され、有糸分裂中の細胞核に位置する(Takai N et al., Oncogene 24:2872005)。ＰＬＫ１の核位置は、その生物学的機能に非常に重要である(Lee KS et al., Proc Natl Acad Sci USA 95:9301, 1998)。最も古典的な腫瘍関連抗原は、腫瘍発生又は病気の進行に関与することが知られていないが、ＰＬＫ１は腫瘍成長を促進することが示されている。したがって、いくつかの実施形態では、ＰＬＫ１は、癌の免疫療法のための標的として使用することができる腫瘍関連抗原であると見なすことができる。この発現プロファイルに基づき、ほとんどの固形癌で見出される発現の増加を伴い、ＰＬＫ１は増殖細胞で発現される。この発現パターンにより、
ＰＬＫ１が能動免疫療法及び受動免疫療法の有効な標的になる。

腫瘍関連抗原のさらなる例として、Ｍｅｌａｎ−Ａ（ＭＡＲＴ−１）、ｇｐ１００（Ｐｍｅｌ １７）、チロシナーゼ、ＴＲＰ−１、ＴＲＰ−２、ＭＡＧＥ−１、ＭＡＧＥ−３、ＢＡＧＥ、ＧＡＧＥ−１、ＧＡＧＥ−２、ｐ１５（５８）、ＣＥＡ、ＲＡＧＥ、ＮＹ−ＥＳＯ（ＬＡＧＥ）、ＳＣＰ−１、Ｈｏｍ／Ｍｅｌ−４０、ＰＲＡＭＥ、ｐ５３、Ｈ−Ｒａｓ、ＨＥＲ−２／ｎｅｕ、ＢＣＲ−ＡＢＬ、Ｅ２Ａ−ＰＲＬ、Ｈ４−ＲＥＴ、ＩＧＨ−ＩＧＫ、ＭＹＬ−ＲＡＲ、エプステインバルウイルス抗原、ＥＢＮＡ、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）抗原Ｅ６及びＥ７、ＴＳＰ−１８０、ＭＡＧＥ−４、ＭＡＧＥ−５、ＭＡＧＥ−６、ｐ１８５ｅｒｂＢ２、ｐ１８０ｅｒｂＢ−３、ｃ−ｍｅｔ、ｎｍ−２３Ｈ１、ＰＳＡ、ＴＡＧ−７２−４、ＣＡ １９−９、ＣＡ ７２−４、ＣＡＭ １７．１、ＮｕＭａ、Ｋ−ｒａｓ、β−カテニン、ＣＤＫ４、Ｍｕｍ−１、ｐ１６、ＴＡＧＥ、ＰＳＭＡ、ＰＳＣＡ、ＣＴ７、テロメラーゼ、４３−９Ｆ、５Ｔ４、７９１Ｔｇｐ７２、α−フェトプロテイン、β−ＨＣＧ、ＢＣＡ２２５、ＢＴＡＡ、ＣＡ １２５、ＣＡ １５−３（ＣＡ ２７．２９／ＢＣＡＡ）、ＣＡ １９５、ＣＡ ２４２、ＣＡ−５０、ＣＡＭ４３、ＣＤ６８／ＫＰ１、ＣＯ−０２９、ＦＧＦ−５、Ｇ２５０、Ｇａ７３３（ＥｐＣＡＭ）、ＨＴｇｐ−１７５、Ｍ３４４、ＭＡ−５０、ＭＧ７−Ａｇ、ＭＯＶ１８、ＮＢ／７０Ｋ、ＮＹ−ＣＯ−１、ＲＣＡＳ１、ＳＤＣＣＡＧ１６、ＴＡ−９０（Ｍａｃ−２結合タンパク質／シクロフィリンＣ関連タンパク質）、ＴＡＡＬ６、ＴＡＧ７２、ＴＬＰ並びにＴＰＳ等が挙げられる。

さらなる腫瘍関連抗原は、それぞれ、参照によりその全体が本明細書に援用される、www.cancerimmunotherapy.org/SEREX/における「血清学的発現クローニングによるヒト腫瘍抗原の同定：ＳＥＲＥＸのオンラインレビュー」、Chen, YT、Cancer Immun. 2004（２００４年３月１０日更新；２００４年４月１日公開）；及び「Ｔ細胞によって認識される腫瘍抗原の列挙」、Renkvist, N.et al., Cancer Immunology Immunotherapy, 50: 3-15 (2001)に記載されている。

参照によりその全体が本明細書に援用される、Scanlan他著「癌／精巣遺伝子：レビュー、標準化及び論評」、Cancer Immunity 4: 1（２００４年１月２３日）から出典された表２は、ＣＴ抗原のリストを提供する。表３は、表２のＣＴ抗原に対する、様々な腫瘍型におけるｍＲＮＡの発現頻度を提供する。参照によりその全体が本明細書に援用される、Scanlan他著「癌／精巣遺伝子：レビュー、標準化及び論評」、Cancer Immunity 4: 1（２００４年１月２３日）。

上記の表に示される多くの抗原は、細胞の形質転換表現型の維持における役割は実証さ
れておらず、したがって、形質転換細胞は細胞の生存率又は病気の悪性度に影響を与えることなく、このような抗原の発現を失う可能性がある。ＳＳＸタンパク質等のいくつかのＣＴ抗原が転写調節因子であることが知られているが、たとえあったとしても、腫瘍原性におけるこれらの役割は不明瞭なままである。ＰＲＡＭＥがレチノイン酸受容体を介してシグナル伝達を抑制し、レチノイン酸誘導性の分化、成長停止及びアポトーシスが阻害されることも近年明らかになり、それによりＰＲＡＭＥの過剰発現が、腫瘍細胞に成長又は延命効果を与えることができることが示唆されている。抗原を標的化することが有利であり、この抗原の喪失は必ず細胞の生存率又は病気の悪性度に影響を与えると考えられる。このような抗原は、本明細書中に開示される腫瘍及び／又は腫瘍抗原及び間質抗原の組合せの好ましい実施形態に含まれる。しかし、増殖の調節に関与する多くの遺伝子は、突然変異型における最初の腫瘍形成に重要であるが、それは突然変異型に対する特異的な免疫攻撃が、エピトープ内に適切にもたらされた突然変異によるためである。さらに、形質転換細胞と正常細胞又は少なくとも生命維持に必要な器官の正常細胞との間の発現レベルに実質的な違いが存在する場合は、（標的化分子が野生型又は突然変異型であるかどうかに関わらず）一般的に野生型分子に存在するエピトープのみが考慮される。したがって、適切な抗原を認識するのが困難となる。

ＰＬＫ１の発現は、細胞周期の進行中、並びに疾患の様々な段階を通して調整される。ＰＬＫ１ １の発現は、細胞分裂の最初期で最小になり、Ｇ２期の間に上昇が始まり、Ｍ期でピークに達する。細胞が有糸分裂を終了させた後、ＰＬＫ１は標的化され、プロテアソーム過程により分解する。正常な組織において、ＰＬＫ１は、脾臓、胎盤、卵巣及び精巣等の高い増殖性のある細胞を含む成人の器官で発現する。この発現は、心臓、肺、肝臓、脳、腸、平滑筋及び皮膚等の生命維持に必要な器官では検出されない。野生型のＰＬＫ１は、乳癌腫、前立腺癌腫、卵巣癌腫、非小細胞肺癌腫、頭頸癌腫、結腸癌腫、膵臓癌腫、子宮内膜癌腫及び食道癌腫を含む腫瘍組織において過剰発現する（表４）。重要なことに、ＰＬＫ１の発現レベルがより段階が進行した腫瘍の進行及び不良な予後と関連することがよくある(Wolf G et al., Oncogene 14:543, 1997、Takai N et al., Cancer Lett. 164:41, 2001)。これは、ＮＳＣＬＣ、食道癌腫及び頭頸癌腫の場合に特に示される。したがって、ＰＬＫ１はＰＬＫ１が過剰発現したこれらの腫瘍に対する癌の免疫療法の実行可能な標的である。

腫瘍新生血管系と関連するさらなる抗原は、参照によりその全体が本明細書に援用される米国特許第６，３４２，２２１号に記載されているＶＥＧＦＲ２（血管内皮成長因子受容体２）及び国際公開特許第ＷＯ９９／４３８０１号に記載される内皮細胞に特異的な受容体チロシンキナーゼであるＴｉｅ−２である。

上記で列挙したような抗新生血管系剤を使用して達成することができる、腫瘍への血流の遮断に加えて、癌細胞で発現した分子と、内在する非形質転換間質細胞で発現した分子（例えば新生血管系並びに間質組織を含む）とを同時に標的化することにより、限られた腫瘍成長における免疫治療薬の有効性及び他のメカニズムによる癌の収縮の促進を改善することもできる。間質は、新生血管系並びに線維芽細胞、及び一般には腫瘍微小環境内の形質転換していない非リンパ系細胞全てを含む。例えば、（細胞傷害性のＴリンパ球（ＣＴＬｓ）又は抗体依存性の細胞傷害性細胞（ＡＤＣＣ）を介する）内皮細胞の免疫介在性の攻撃が、原発腫瘍及び転移病巣内の腫瘍細胞を標的化して、ＣＴＬｓのような免疫エフェクターの補充及び転位をもたらす新生血管系の透過化及び炎症の開始をもたらす。さらに、例えば内皮細胞のＭＨＣ−ペプチド複合体のＴ細胞認識に基づく攻撃が内腔環境で起
こるので、腫瘍環境の任意の免疫抑制作用は最小化される。癌細胞だけを標的化する戦略に比べて、関連する間質組織を同時に標的化する方法は、前者の有効性を改善する。いくつかの実施形態では、この有効性は相乗的に高められる。同様に、新生血管系のみを標的化する戦略に比べて、癌細胞を同時に標的化する方法は、限られた大きさの病巣及び血管新生における病巣といった、特に生命維持に必要な器官内で悪影響を及ぼすように位置する病巣を攻撃することによる治療効果を全体的に改善する。新生血管系に関しては、ＶＥＧＦＲ（例えばＶＥＧＦＲ ＩＩ等）、ＣＤ５５及びＰＳＭＡ並びに新生血管系において発現した他の分子を同時に標的化することが、ＣＴＬ、又はＡＤＣＣを誘導する抗体、若しくは活性化細胞の損傷を補完する能力を有する抗体を産生させることにより達成することができる。あるいは、最初の内皮損傷が、利用可能な抗血管新生抗体を使用する受動免疫療法を介して徐々に引き起こされる。

更に又はあるいは、（細胞外マトリクスを拡散するか、又は細胞外マトリクスと関連がある）細胞外区画で見出される癌細胞又は非形質転換細胞により産生される成長、転移又は生存促進因子と共に標的関連抗原を同時に標的化することは、より実質的な治療効果ももたらし得る。癌細胞内又は癌細胞上で発現する抗原と自己分泌効果又は傍分泌効果（成長、生存及び／又は侵襲性）を与える因子とを同時に標的化することにより、発症過程を遅らせることができるか、又はかなりの程度まで中断させることができる。自己分泌因子又は傍分泌因子（非限定的に、ＮＦ−кＢ活性化分子、いわゆるＣＸＣＬ１、ＣＸＣＬ８、ＣＣＬ２；又は非限定的に、絨毛膜性腺刺激ホルモンであるガストリン及びＶＥＧＦ−Ａといった成長因子）を同時に標的化することが、抗体又は二次的にこのような因子を産生する細胞を認識するＣＴＬの中和を同時誘導することによって行われる。

形質転換細胞と間質細胞の相互作用は、ＶＥＧＦ−Ａによって仲介される。ＶＥＧＦ−Ａは、腫瘍新生血管系の確立及び機能性において鍵となる役割を果たすことが示されており、（ベバシツマブ（ＡＶＡＳＴＩＮ（登録商標））といった抗ＶＥＧＦ−Ａ抗体を介して）特定の受動免疫療法を使用することによるＶＥＧＦ−Ａの欠損は、結腸直腸癌腫、肺癌腫、乳癌腫、卵巣癌腫及び他の癌に関する腫瘍の進行及び転移性疾患の制御をもたらした。この作用メカニズムは、直接的なＶＥＧＦ−Ａの中和反応を伴うことがあり、それにより新生血管系の確立及び進行の速度を遅らせる。受動免疫療法によるＶＥＧＦ−Ａの中和反応は、本明細書中に記載される能動免疫療法と組合わせることができる。ＶＥＧＦ−Ａは、能動免疫療法、又は過剰なＶＥＧＦ−Ａ産生する細胞（最も可能性があるのは腫瘍細胞の亜集団であり、最も多くの場合は腫瘍環境内の形質転換した癌細胞である）に対するＴ細胞に基づく免疫療法の標的抗原として使用することもできる。このような戦略は、ＶＥＧＦ−Ａを発現する癌細胞の免疫損傷を仲介し、必須の成長因子の腫瘍新生血管系を除去することの両方により、腫瘍性過程を制御するのにより効果的である。

したがって、腫瘍成長及び転移に関して生物学的に重要な複数の要素を同時に標的化することは、クローン選択の過程、免疫回避及び逃避に影響を与えることにより悪化過程の進行を制限することができる。したがって、間質関連抗原を同時に標的化することにより、このような活性が阻害且つ／又は中断されるような、さらなる攻撃様式が提供される。

当業者は、現在知られているもの及び未だ同定されていないものも含む、血管細胞又は他の腫瘍関連間質細胞に関連する任意の他の抗原又はタンパク質が免疫性組成物の標的になり得ることを理解するであろう。

組成物
例えばワクチンを含む免疫性組成物は、完全な抗原又はエピトープペプチドを用いて調製することができる。ペプチド免疫原は、例えば、当業者に既知である標準的ペプチド合成手法を用いて容易に調製することができる。免疫原は、化学合成を行う多数の企業の１
つにより商業的に調製され得る。このような企業の例として、卸売業者がCLINALFA AG（Laufelfingen、スイス）であるAmerican Peptides, Inc.がある。抗原又は免疫原はＧＭＰスタンダードに基づいて調製することができ、ＨＰＬＣ解析により純度を評価することができる。産物はアミノ酸解析により特性化され、滅菌性及び発熱原が存在しないことを試験することができる。

免疫性組成物は、アジュバント又は他の生物学的応答調節物質（ＢＲＭｓ）を含むこともできる。アジュバント及びＢＲＭｓを使用する特に有利な方法は、それぞれが参照によりその全体が本明細書に援用される、共に「リンパ系器官への生物学的応答調節物質の標的投与により、免疫応答を誘発、維持及び操作する方法」と題された、２００４年１２月２９日付けで出願された米国特許仮出願第６０／６４０，７２７号、及び本出願と同日付けで出願された米国特許出願第 ／ 号（公開番号 ）（代理人整理番号ＭＡＮＮＫ．０４６Ａ）に開示されている。

抗原は、直接的又は間接的に動物の系に送達されてもよい。例えば、ポリペプチドは、ポリペプチドとして直接的に送達されてもよく、又は、例えばＤＮＡコンストラクト若しくはベクター、又は目的の抗原をコードする組み換えウイルスを用いて、間接的に送達されてもよい。プロフェッショナル抗原提示細胞中におけるいずれの発現促進ベクターもこの目的に適している。間接的送達において、抗原は細胞中で発現され、次いで細胞表面上のＭＨＣクラスＩにより提示され、ＣＴＬ応答を刺激する。この抗原の分泌型の発現は、膜タンパク質である抗原を認識する抗体応答を誘導するのに有用である。

好ましい実施形態において、コードされた抗原が、ネイキッドプラスミド発現ベクターの形態で送達される。特に有用なコンストラクトが、「標的関連抗原のエピトープをコードする発現ベクター」と題された、２０００年４月２８日付けで出願された米国特許出願第０９／５６１，５７２号、２００２年８月２０日付けで出願された同第１０／２２５，５６８号（公開番号２００３−０１３８８０８）及び国際出願番号ＰＣＴ／ＵＳ２００３／０２６２３１号（公開番号ＷＯ２００４／０１８６６６）；「標的関連抗原のエピトープをコードする発現ベクター及びこれらの設計方法」と題された、２００２年１１月１７日付けで出願された米国特許出願第１０／２９２，４１３号（公開番号２００３−０２２８６３４Ａ１）、２００４年２月１０日付けで出願された同第１０／７７７，０５３号（公開番号２００４−０１３２０８８Ａ１）及び２００４年４月３０日付けで出願された同第１０／８３７，２１７号（公開番号 ）；共に「プラスミド増殖における望ましくない複製中間体の回避」と題された、２００３年５月１３日付けで出願された米国特許第６，７０９，８４４号及び米国特許出願第１０／４３７，８３０号（公開番号２００３−０１８０９４９Ａ１）、並びにそれぞれが参照によりその全体が本明細書に援用される、「抗原提示細胞におけるエピトープの同期化」と題された、２００１年１２月７日付けで出願された米国特許出願第１０／０２６，０６６号（公開番号２００３−０２１５４２５Ａ１）、２００４年７月２０日付けで出願された同第１０／８９５，５２３号（公開番号２００５−０１３０９２０Ａ１）、２００４年７月２０日付けで出願された同第１０／８９６，３２５号（公開番号 ）に開示されている。さらなる方法、組成物、ペプチド及びペプチドアナログは、共に「ＳＳＸ−２ペプチドアナログ」と題された、２００４年６月１７日付けで出願された米国特許仮出願第６０／５８１，００１号及び２００５年６月１７日付けで出願された米国特許出願第１１／１５６，２５３号（公開番号 ）；共に「ＮＹ−ＥＳＯペプチドアナログ」と題された、２００４年６月１７日付けで出願された米国特許仮出願第６０／５８０，９６２号及び２００５年６月１７日付けで出願された米国特許出願第１１／１５５，９２９号（公開番号 ）；「抗原を商品化する方法」と題された、２００１年１１月７日付けで出願された米国特許出願第０９／９９９，１８６号；共に「予防又は治療のために、ＭＨＣクラスＩ拘束エピトープに対する免疫応答を誘発、増強及び維持する方法」と題された、２００４年１２月２９日付けで出願された
米国特許仮出願第６０／６４０，４０２号、及び本出願と同日付けで出願された米国特許出願第 ／ 号（公開番号 ）（代理人整理番号ＭＡＮＮＫ．０４７Ａ）；共に「免疫応答の誘導におけるＣＤ４＋細胞を回避する方法」と題された、２００４年１２月２９日付けで出願された米国特許仮出願第６０／６４０，８２１号、及び本出願と同日付けで出願された米国特許出願第 ／ 号（公開番号 ）（代理人整理番号ＭＡＮＮＫ．０４８Ａ）；「癌細胞及び腫瘍間質で発現したドミナントエピトープ及びサブドミナントエピトープに対する多価免疫応答を誘導する方法及び組成物」と題された、２００５年６月１７日付けで出願された米国特許仮出願第６０／６９１，５７９号；並びに「癌腫のための多価増幅同調免疫療法」と題された、２００５年６月１７日付けで出願された同第６０／６９１，５８１号に開示されており、これらは参照によりその全体が本明細書に援用される。免疫化のためのネイキッドＤＮＡの使用に関する一般的手順の実行可能性は、それぞれが参照によりその全体が本明細書に援用される、「ＤＮＡを注入することによる哺乳類の防御免疫応答の誘導」と題された、米国特許第５，５８９，４６６号、及び「腫瘍関連抗原ペプチドをコードするネイキッドポリヌクレオチドの投与により、宿主を腫瘍関連抗原に対して免疫化する方法及び装置」と題された、米国特許第５，６７９，６４７号に開示されている。前者が筋肉内注射又は皮内注射のみを教示しているのに対し、後者は皮膚又は粘膜への投与のみを教示している。

好ましい実施形態において、抗原は、直接的にリンパ系に投与することができる。ＣＴＬの誘導のための節内投与が、それぞれが参照によりその全体が本明細書に援用される、「ＣＴＬ応答を誘導する方法」と題された、１９９９年９月１日付けで出願された米国特許出願第０９／３８０，５３４号及び米国特許第６，９７７，０７４号、並びに１９９８年７月１０日付けで出願された国際出願番号ＰＣＴＵＳ９８／１４２８９号（公開番号ＷＯ９９／０２１８３Ａ２）に教示されている。リンパ節内（ｉ．ｌｎ．）への単回ボーラス注射は、筋肉内（ｉ．ｍ．）注射によるＣＴＬ応答と同様のレベルを得るために必要な用量の０．１％しか必要としなかった。したがって、ｉ．ｌｎ．で送達される単回ボーラスを用いて全身ウイルス感染に対する防御応答を確立することができるが、ｉ．ｍ．で送達される実用上の限界量付近では確立できない。ｉ．ｍ．ボーラス注射を繰り返すと、末梢ウイルス感染又は移植腫瘍に対する防御応答を確立することができないのに対して、低用量をｉ．ｌｎ．で投与すると、十分に効果的であった。特に有用な節内免疫化プロトコルは、「ＭＨＣクラスＩ拘束免疫応答を制御する方法」と題された、２００３年６月１７日付けで出願された米国特許仮出願第６０／４７９，３９３号、及びそれぞれが参照によりその全体が本明細書に援用される、共に「予防又は治療のために、ＭＨＣクラスＩ拘束エピトープに対する免疫応答を誘発、増強及び維持する方法」と題された、２００４年６月１７日付けで出願された米国特許出願第１０／８７１，７０７号（公開番号２００５−００７９１５２Ａ１）及び２００４年１２月２９日付けで出願された米国特許仮出願第６０／６４０，４０２号に教示されている。

抗癌免疫性組成物において効果的であるエピトープクラスは、ハウスキーピングエピトープである。これらはハウスキーピング（又は標準的）プロテアソームの作用により生成される。ハウスキーピングエピトープは、プロフェッショナル抗原提示細胞（ｐＡＰＣ）の免疫プロテアソームによるタンパク質分解プロセッシングを介して、発現ベクターの翻訳産物から遊離される。本発明の一つの実施形態において、ハウスキーピングエピトープに隣接している配列は、目的の位置における免疫プロテアソームによる切断を促進するように改変することができる。ハウスキーピングエピトープ、その使用及び同定は、それぞれが参照によりその全体が本明細書に援用される、「抗原提示細胞におけるエピトープ同調」と題された、２０００年４月２８日付けで出願された米国特許出願第０９／５６０，４６５号、２００１年１２月７日付けで出願された米国特許出願第１０／０２６，０６６号（公開番号２００３−０２１５４２５Ａ１）、２００４年７月２０日付けで出願された同第１０／８９５，５２３号（公開番号２００５−０１３０９２０Ａ１）、及び２００４
年７月２０日付けで出願された同第１０／８９６，３２５号（公開番号 ）、並びに「エピトープの発見方法」と題された、米国特許第６，８６１，２３４号及び２００４年１０月１日付けで出願された米国特許出願第１０／９５６，４０１号（公開番号２００５−００６９９８２Ａ１）に記載されている。

ハウスキーピングエピトープの例は、２００１年４月６日付けで出願された米国特許仮出願第６０／２８２，２１１号；２００１年１１月７日付けで出願された同第６０／３３７，０１７号；２００２年３月７日付けで出願された同第６０／３６３，２１０号；及び２００２年９月６日付けで出願された同第６０／４０９，１２３号；２００２年４月４日付けで出願された米国特許出願第１０／１１７，９３７号（公開番号２００３−０２２０２３９Ａ１）；並びにそれぞれが参照によりその全体が本明細書に援用される、「エピトープ配列」と題された、２００３年９月５日付けで出願された同第１０／６５７，０２２号（公開番号２００４−０１８０３５４Ａ１）及び２００３年９月５日付けで出願された国際出願番号ＰＣＴ／ＵＳ２００３／０２７７０６号（公開番号ＷＯ０４／０２２７０９Ａ２）に開示されている。

本発明の他の実施形態において、ハウスキーピングエピトープには、任意配列が、又は免疫プロテアソーム切断部位において好まれることが知られている残基を含む配列が隣接することができる。本明細書中で使用する場合、「任意配列」という用語は、エピトープの天然配列状況、プロセッシングを促進する能力、又は免疫学的機能とは関係なく選択される配列を意味する。本発明のさらなる実施形態において、複数のエピトープを、先端と末端に配列させることができる。これらの配列は、全てハウスキーピングエピトープからなる。同様に、配列は代替的なハウスキーピング及び免疫エピトープを含んでもよい。あるいは、配列は、完全であるか又は遠位でトランケートされているかによらず、免疫エピトープが隣接するハウスキーピングエピトープを含んでもよい。さらに、配列は、任意の他の類似した並びであってもよい。配列の末端位置にハウスキーピングエピトープを置くことになんら制限はない。ベクターは、免疫エピトープ源としてエピトープクラスタを含有する、完全長のタンパク質コード配列又はそのセグメントを更に含んでもよい。「完全長の」という用語は、天然タンパク質配列を示す。

エピトープクラスタ及びその使用は、「エピトープクラスタ」と題された、２０００年４月２８日付けで出願された米国特許出願第０９／５６１，５７１号；２０００年４月２８日付けで出願された同第０９／５６０,４６５号、２００１年１１月７日付けで出願された同第１０／００５，９０５号及び２００１年１２月７日付けで出願された同第１０／０２６，０６６号（公開番号２００３−０２１５４２５Ａ１）；並びに「抗原提示細胞におけるエピトープ同調」と題された、２００４年７月２０日付けで出願された同第１０／８９５，５２３号（公開番号２００５−０１３０９２０Ａ１）及び２００４年７月２０日付けで出願された同第１０／８９６，３２５号（公開番号 ）、並びに「癌に対する抗血管新生調製物」と題された、２００２年３月７日付けで出願された同第１０／０９４,６９９号、及び２００５年６月３０日付けで出願された同第１１／０７３,３４７号（公開番号 ）に記載されており、これらのそれぞれが参照によりその全体が本明細書に援用される。

本発明の別の実施形態において、コードされた抗原をウイルスベクターの型で送達することができる。修飾ゲノムを有する多彩なウイルスは、割り込みリーディングフレームを発現するようになっているが、多くの場合、非限定的にレンチウイルスを含むレトロウイルス、アデノウイルス、アデノ関連ウイルスを含むパルボウイルス、ヘルペスウイルス、及びワクシニアウイルスを含むポックスウイルスといったウイルスタンパク質は、全く又はほとんど当業者に知られていない。このようなウイルスベクターは、発現を可能にする細胞内への核酸成分の送達を容易にする。レトロウイルスとパルボウイルスといった、こ
れらベクターのサブセットは、これらの核酸成分の宿主ゲノム内への取り込みを促進するが、他は促進しない。

また、細菌もベクターとして働くことができ、抗原の発現を引き起こすことができる核酸分子を送達するのに用いることができる。例えば、リステリア・モノサイトゲネス株は、マクロファージ（正常標的）の細胞質に進入する際、自らの溶解に影響を及ぼし、それにより抗原を発現するプラスミドを放出するように作成された（Dietrich, G.et al., Biotechnology 16:181-185, 1998、参照によりその全体が本明細書に援用される）。シゲラ・フレキシネリ及びエシェリヒア・コリも同様に使用されてきた（それぞれ、Sizemore, D. R.et al., Science 270:299-302, 1995、及びCourvalin, P.et al., Life Sci. 318:1207-1212, 1995、それぞれ参照によりその全体が本明細書に援用される）。

核酸送達に関する微生物ベクターの使用は、ベクター自体が引き起こす免疫反応によって複雑化される。長期又は繰り返しの投与が必要な場合、初期の処置によって誘発された抗体は、有用な量のベクターが目的の宿主に送達されるのを防止する。しかし、リンパ節への直接投与により、例えば、宿主細胞への接近及び非常に低減された有効量の組合せは、現存の抗体力価を避けるか又は圧倒することができる用量を投与することを可能にする。

ベクターという単語は、本明細書中及び他において、いくつかの様相で、様々に変更されて使用されてきた（例えば、発現ベクター、ウイルスベクター、送達ベクター等）。根底にある原則は、抗原自体よりも、抗原の発現を生じることが可能な核酸が最終的にＡＰＣに到達するということである。修正されない限り、好ましい実施形態において、本明細書中で使用されるベクターという用語は、明白に又は文脈によりこのような可能性全てを含むことが意図される。

上記で論じられた技術は、抗原が微生物の成分として生成され、それ自体が免疫原として投与されるような、余剰染色体ＤＮＡを含む微生物ゲノムを改変する手法とは明確に区別される。ゲノム改変手法において使用される微生物の例として、ウイルス、細菌、菌類及び原生生物が挙げられる。本明細書中で記載される本発明の実施形態において、ワクチンを含む組成物は、合成済み抗原、又はＡＰＣがｉｎ ｖｉｖｏで抗原を発現させることができる核酸を含むことがある。代替的な実施形態において、これら２つの技術が組み合わされて使用される。例えば、一つの実施形態では、上記で論じられたようなウイルスベクターを使用することが意図され、標的エピトープがカプシド又はエンベロープタンパク質中に組み込まれる。

抗原は、単独で使用してもよく、他の抗原又はサイトカインのような他の化合物と組み合わせて送達してもよい。ＣＴＬ応答の免疫刺激を増強することが知られているサイトカインは、例えばＧＭ−ＣＳＦ、ＩＬ−１２、ＩＬ−２、ＴＮＦ、ＩＦＮ、ＩＬ−１８、ＩＬ−３、ＩＬ−４、ＩＬ−８、ＩＬ−９、ＩＬ−１３、ＩＬ−１０、ＩＬ−１４、ＩＬ−１５、Ｇ−ＳＣＦ、ＩＦＮα、ＩＦＮβ、ＩＦＮγ、ＴＧＦα及びＴＧＦβ等を含む。サイトカインは当該技術分野において既知であり、文献上又は商業的に容易に利用可能である。多くの動物及びヒトの腫瘍は、免疫応答の潜在的調節因子であり、免疫介在性破壊から腫瘍を守るＩＬ−４、ＩＬ−１０、ＴＧＦ−Ｂといったサイトカインを産生することが示されている。腫瘍によるＩＬ−４、ＩＬ−１０又はＴＧＦ−Ｂの産生は、ＣＴＬ応答の確立を含む細胞性免疫の誘導を抑制することにより、この防御効果を達成する。代替的には、ＣＴＬ応答を助けるサイトカインは、抗腫瘍細胞介在性応答と非腫瘍破壊性体液性応答の誘導のバランスを保つのに、外因的に添加することができる。ＧＭ−ＣＳＦ、ＩＦＮ及びＩＬ−２を含む、いくつかのこのような外因性サイトカインは、ＣＴＬ応答を増強することで知られている実験的マウスワクチン化モデルにおいて有益性を示す。使用される
効果的な外因性サイトカインの例は、ＧＭ−ＣＳＦである。ＧＭ−ＣＳＦは、抗原提示細胞（ＡＰＣ）上のＢ７−１又はＢ７−２のようないわゆる「共刺激」分子の発現を増強することが報告されている。これらの共刺激分子は、ＡＰＣによるＣＴＬの刺激中に起こる様々な相互作用において、重要な役割を担う。また、ＧＭ−ＣＳＦはＡＰＣの活性化を誘導すると共に、ＡＰＣの成長及び分化を促進することが知られており、これらのＡＰＣを、多量に、有効な形で得られる重要なＣＴＬ刺激細胞としている。

免疫性組成物は、標的抗原への応答を改善するために、非標的抗原をさらに含んでもよい。したがって、例えば、腫瘍過程又は体内で発現されない非自己又は外因性抗原に対するＴｈ及び／又はＢ細胞免疫性といったヘルパー応答の共誘導は、腫瘍又はその下の間質内で発現する「自己」又は「自己修飾」標的抗原に対する免疫応答の程度及び質を実質的に改善することができる。例えば、破傷風トキソイドといった非標的抗原に対するＴｈ免疫応答の共誘導は、標的腫瘍又は自己抗原に対するＣＴＬ又はＢ細胞応答の発生に関連して、バイスタンダー効果を有するヘルパー細胞の発生をもたらすことができる。レシピエントにより発現される少なくとも１つのクラスＩＩＭＨＣタンパク質と結合するペプチドモチーフを発現又は包含する任意の明確な配列を使用することができ、このような配列は、自己抗原に対して非相同性であるか、又は非相同性セグメントを含む。このような配列は微生物由来であることが好ましく、ＨＬＡにより定義されるか又は更に広い集団において免疫原性であると示されることが好ましい。破傷風トキソイド（全体又は一部であり、一部としては、完全トキソイドの９０％、８０％、７５％、７０％、６０％、５０％、４０％、３０％、２５％、２０％、１５％、１０％又は５％であるが、これらに限定されない）に加えて、さらなる例として、ＨＢＶコア、インフルエンザ赤血球凝集素、マラリア原虫スポロゾイト辺縁抗原及びＨＴＬＶ−１エンベロープタンパク質に由来する配列、並びにこれらの各完全長配列の９０％、８０％、７５％、７０％、６０％、５０％、４０％、３０％、２５％、２０％、１５％、１０％又は５％の断片があるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態において、部分破傷風トキソイドは、完全トキソイドの５％〜９０％であり、他の実施形態においては、上記部分は完全トキソイドの１５％〜８０％であり、さらに他の実施形態においては、上記部分トキソイドは完全トキソイドの２５％〜７０％であり、さらに他の実施形態においては、上記部分トキソイドは完全トキソイドの３５％〜６０％であり、さらに他の実施形態においては、上記部分トキソイドは完全トキソイドの４５％〜５５％である。同様に、標的エピトープ（自己、腫瘍性）とＴｈエピトープ（非自己抗原）を用いるか又は用いない、強力な免疫原性Ｂ細胞エピトープ（非自己抗原）との類似した様式（すなわち、同一分子内で）による同時投与は、免疫抗体−抗原複合体及びバイスタンダーＴ細胞補助を介して、免疫応答の改善、さらには療法標的に対する寛容（Ｔ細胞）の破壊をもたらすことができる。

抗原の送達
いかなる特定の理論にもとらわれることなく、Ｔ細胞は長期維持される機能的メモリを有さないと考えられている。一方、抗体介在性Ｂ細胞メモリは、長期維持されるエフェクタメモリを有するよう思われる。したがって、標的細胞を攻撃するように患者の免疫系が適切に刺激され続けるためには、長期にわたって、ＣＴＬ応答を誘導する抗原を送達することが最も好ましい。一つの手法において、参照により本明細書中に明確に援用される、「ＣＴＬ応答を誘導する方法」と題された米国特許第６，９７７，０７４号に開示されているように、エフェクタＣＴＬ機能を維持するために、抗原の存在は実質的に、リンパ系中に継続して維持される。別の手法において、それぞれが参照により本明細書中に明確に援用される、２００３年６月１７日付けで出願された、「ＭＨＣクラスＩ拘束免疫応答を制御する方法」と題された、米国特許仮出願第６０／４７９，３９３号、及び２００４年６月１７日付けで出願された、「予防又は治療のために、ＭＨＣクラスＩ拘束エピトープに対する免疫応答を誘発、増強及び維持する方法」と題された米国特許出願第１０／８７１,７０７号（公開番号２００５−００７９１５２Ａ１）に記載されているように、Ｔ細
胞メモリは繰り返し誘導され、再増幅及び再活性化される。抗原及びアジュバントは、生分解性ミクロスフェア又はリポソームとして調製されることが示唆されているが、これまでは、これらの製剤のいずれもが長期間にわたって癌細胞又は病原体を攻撃するのに有用なＣＴＬ応答を提供しなかった。好ましくは、抗原の送達は、目的の期間、目的の応答を得るための抗原レベルを維持するのに十分なレベルに維持される。一つの実施形態において、液体抗原組成物を有する貯蔵器は、抗原が動物のリンパ系に到達するように送達するのに用いることができる。以下の考察のほとんどは、抗原を送達するための輸液の使用に焦点を当てているが、リンパ系へ直接的にボーラス注射を用いることも可能であり、その数及び頻度は、使用する抗原の特定の型、及び配合により与えられる抗原の持続性による。

最終的に、抗原は、ＣＴＬを最も効果的に刺激するために、リンパ系にたどり着く。抗原の送達は、身体の様々な部位への注入を含み、これには皮下、静脈内、腹腔内及びリンパ管内へが含まれ、リンパ管内が好ましいが、これらに限定されない。これら注入はそれぞれ、リンパ系への抗原取り込みを生じるが、有益なＣＴＬ応答を誘導するのに必要な抗原の相対量は注入部位に応じて変化する。一般的に、リンパ系への抗原の直接的注入は、ＣＴＬ応答を誘導する最も効果的な手段であると見なされるが、いかなる送達経路を使用してもよい。ポンプシステムは、身体の全部位への送達を介して、有効量の抗原をＣＴＬ応答を誘導するのに好適な範囲で送達することが可能である。様々な経路を介する抗原の送達に続くＣＴＬ刺激は、体液中での抗原安定性、体液中での抗原の溶解性、ＨＬＡへの結合親和力及びＣＴＬ刺激物質としての能力等の体内での抗原の挙動及びリンパ系への平衡速度（又はそこでの寿命）に影響する因子を含む種々の抗原の特性に応じて変化するであろう。

好ましい実施形態において、抗原の導入は、体内における代謝による抗原の破壊を回避するため、可能な限りリンパ系へ直接的に行われる。皮下的に液体抗原組成物の導入が為される場合、十分な抗原がリンパ系へ到達するのを確かなものとするのに、より大量の抗原が必要である。このような皮下注入は、コスト、抗原の安定性、どれくらいの速さで抗原がリンパ系へ届くか、抗原がどの程度リンパ系により平衡化されるか等の要因、及び担当医師又は専門家が認識するであろう他の要因等に応じて、本明細書中に開示される発明により検討される。皮下送達は、通常、リンパ系への直接送達よりも１００〜１０００倍多い抗原を必要とする。したがって、抗原組成物は、リンパ系、例えば脾臓、リンパ節又はリンパ管への局所投与装置により導入されることが好ましい。局所投与装置は、患者の体外に配置されるか、又は患者の体内に埋め込まれる。どちらの場合でも、この装置は、液体抗原含有組成物を含有する容器、上記組成物を輸送するポンプ、及び患者の身体の好ましい投与領域に直接的に向けられる、上記容器から通じている送達流路を有する。どちらの場合でも、携帯可能であることが好ましい。

患者の身体の外に配置される装置（外部装置）の場合、本明細書中に記載の実施形態による抗原送達に有用である、糖尿病患者にインスリンを送達するのに用いられる数々の装置が存在する。一般的に、これらの装置は、抗原組成物（インスリンの代わり）を保持する容器、当該容器から上記組成物を送り出すプログラム制御可能なポンプ、上記組成物を送達する送達流路又はライン、及び上記組成物を動物の体内に導入し、最終的にリンパ系に到達させる装置を有する。

好ましくは、抗原組成物のための容器は、長期にわたって目的量の抗原を送達するのに十分な大きさであるべきで、リンパ系へ抗原組成物を導入する装置を使用者が再挿入する必要なく、容易に詰め替え可能又は交換可能であるべきである。

本明細書中に開示される発明の実施形態の抗原組成物の調製において、組成物（好まし
くは水性）は、リンパ系と適合し、処置される動物に対して生理学的に許容可能であるように調製される。関連性のある検討事項は、例えば、等電点、分子量、グリコシル化又は他の翻訳後修飾及び全アミノ酸組成等の、抗原の物理化学的特性を含む。これらの特性は、種々の溶液（例えば、種々の緩衝液、コファクター等）中にある薬剤の任意の既知の挙動、並びにそのｉｎ ｖｉｖｏにおける挙動に加えて、配合成分の選択を導くのを助けることができる。全ての主要分解経路に影響を与える一つのパラメータは、溶液のｐＨである。したがって、初期配合は、各溶液中におけるタンパク質の安定性を決定するためにｐＨ依存性からしばしば判断される、分解反応及び分解メカニズムのｐＨ依存性を評価する。迅速なスクリーニング方法は、通常、当該技術分野において既知である技術を用いた、高温（例えば４０℃）における安定化の促進を含む。

一般に、本明細書中に記載される実施形態において有用である抗原組成物は、非常に少量で、非経口注射に適している。よって組成物は、汚染物を含まず、リンパ系に適合性があるｐＨであるべきである。しかし、非常に少量の抗原組成物が送達されるため、血液又はリンパ液と同じｐＨでなくてもよく、水性でなくてもよい。適合性であるための好ましいｐＨ範囲は、約６．７〜７．３であり、ＵＳＰ規格を満たすため、注射用水を用いて調製することができる（参照によりその全体が本明細書に援用される、Remington著 The Science and Practice of Pharmacy, １９版；８６〜８８章参照）。溶解しにくい抗原に対しては、ジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）又はＰＬＵＲＯＮＩＣブランド界面活性剤等の、好適な共溶媒又は界面活性剤を使用してもよい。一般的に、生理学的に許容可能な弱酸及びその塩基複合物で緩衝された標準生理食塩溶液、例えば、リン酸塩又はクエン酸緩衝系が、抗原組成物の基礎となるであろう。いくつかの場合において、少量の抗酸化剤が、組成物を安定化し、酸化を防止するのに有用である。抗原組成物の調製において考慮すべきことは、参照によりその全体が本明細書に援用される、Jeffery L. Cleland及びRovert Langer編、Formulation and Delivery of Proteins and Peptides、（Acs Symposium Series, No. 567）と題された米国化学会の本（1994）に見出される。

ポリペプチドにおいて直面する様々な物理化学的特性はないが、核酸にコードされた抗原に関しても同様に考慮することができ、そのため許容可能な配合物はほぼ普遍的な利用可能性を有する。実施例６〜１０において見られるように、標準リン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）中のプラスミドＤＮＡは、許容可能かつ効果的な配合物である。本発明のいくつかの実施形態において、ＤＮＡは、患者の身体に装着又は埋め込まれた容器から、連続的に又は短い間隔で断続的に投与される。ＤＮＡは、溶解した安定的な形態で、体温又は体温近くで、最低数日間にわたって維持されることが好ましい。配合された核酸が数日間又はそれ以上にわたって容器から送達されるような用途において、その期間中の室温又は体温での核酸の安定性は、継続的な滅菌性と共に重要性が増す。静菌剤（例えばベンジル又はエチルアルコール）及びキレート剤（例えばＥＤＴＡ）の添加は、これらの目的に対して有用である。約０．５〜２％のエチルアルコール、０．２５〜０．５ｍＭのＥＤＴＡを含有する配合物は、通常十分に機能する。このような配合物はボーラス注射にも適切である。

一般的に、抗原組成物中の抗原の量は患者ごと及び抗原ごとに異なり、応答を誘導する際の抗原の活性及び患者の系をリンパ液が流れる速度等の因子による。一般に、抗原組成物は、約１〜５００μｌ／時、又は約２４〜１２０００μｌ／日の速度で送達される。抗原の濃度は、約０．１μｇ〜１００００μｇの抗原が２４時間で送達される濃度である。流速は、１分間に約１００〜１０００μｌのリンパ液が成人の鼠経リンパ節を流れるという知見に基づいている。目的は、リンパ系におけるワクチン配合物の局所濃度を最大化することである。患者に関する一定の経験的調査が、所定のワクチン製剤にのヒトにおける最も効果的な注入レベルを決定するのに必要である。

患者のリンパ系内に抗原組成物を導入するために、組成物はリンパ管、リンパ節、脾臓又はリンパ系の他の適切な部分に向けられることが好ましい。好ましくは、組成物は、カテーテル又は針を節に挿入し、カテーテル又は針を送達の間固定することにより、鼠経リンパ節又は腋窩リンパ節等のリンパ節に向けられる。好適な針又はカテーテルは、金属又はプラスチック（例えばポリウレタン、ポリ塩化ビニル（ＰＶＣ）、テフロン、ポリエチレン等）から作製することが可能である。カテーテル又は針を例えば鼠経リンパ節に挿入する際に、鼠経リンパ節は、Ｔｅｇａｄｅｒｍ（商標）フィルム型ドレッシング（Ｔｅｇａｄｅｒｍ（商標）１６２４、3M, St. Paul, MN 55144, USA）を用いて固定された、２４Ｇ３／４（Becton Dickinson, USA）のＶｉａｌｏｎ（商標）Ｉｎｓｙｔｅ−Ｗ（商標）カニューレ及びカテーテルを用いた超音波制御下で孔が開けられる。この手順は、通常熟練した放射線医により行われる。鼠経リンパ節内のカテーテル先端の位置は、直ちに、かつ可視的にリンパ節を肥大化させるための最低容量の生理食塩水の注射により確認される。後者の手順は、先端が節内にあることを確認することを可能にする。この手順は、先端がリンパ節から滑り出ないことを確認するのに実行することができ、カテーテルの移植後、様々な日数繰り返すことができる。先端がリンパ節内の位置から滑り出てしまった場合、新たなカテーテルを埋め込むことができる。

配合及び処置プロトコル
ＴｕＡＡとＤＮＡワクチンとの組合せを利用するいくつかのアプローチがある。第１のアプローチは、所定の組合せの全ての抗原又は全ての抗原からのエピトープを単一ＤＮＡ発現ベクター中に含めることである。このアプローチは、製造及び患者への投与に関する簡便性という利点を有する。しかし、場合によっては、エピトープ競合がこのアプローチの有用性を限定する。すなわち、全てのＴｕＡＡを提示しているいくつかのエピトープを組み合わせて有するワクチンが患者に与えられた場合、最も免疫原性が高いエピトープのみが、免疫応答を誘発する可能性がある。また、全てのエピトープが高い有効性で発現するＤＮＡワクチンを設計、構築することはより難しい。それにもかかわらず、各種類の癌において患者を処置する手順が簡便且つ均一であるため、以下に記載される他のアプローチよりもコストが低くなる見込みがある。

代替的なアプローチは、１つの抗原のみ、又は１つの抗原のエピトープのみをＤＮＡ発現ベクター中に含むものである。このアプローチは、ＤＮＡベクターを設計、構築することにおける簡便性、柔軟性、及び患者へのカスタマイズ投与の利点を有する。大量の個別のＴｕＡＡワクチンが利用可能であれば、各患者個人の腫瘍のＴｕＡＡ発現プロファイルに基いて、その患者に対する処置をカスタマイズできる。例えば、ある種の癌を処置する標準的組合せがＴｕＡＡ−Ａ、Ｂ及びＣ（ここでＡ、Ｂ及びＣは異なる腫瘍関連抗原を明示する）であるが、患者の腫瘍はＴｕＡＡ−Ａ、Ｃ及びＺ（Ｂではない）を発現したとすると、Ａ、Ｃ及びＺのそれぞれに対する別個のワクチンで患者を処置することができる。抗原余剰が各患者に対して達成されるため、この柔軟性及びカスタマイズ性は、免疫療法の成功率を改善する。しかし、患者を処置する手順は、より複雑であってもよい。例えば、このアプローチを用いた送達は、順次投与スキーム（１度に１抗原）、又はほぼ同時の、解剖学上別個の患者の複数の部位への注射を含んでもよい。

さらに別のアプローチは、同様の免疫原性を有する複数のＴｕＡＡ由来のエピトープをＤＮＡ発現ベクターに組合わせることである（２つ以上のベクターをいくつかの組合せに使用することができる）。

特定の腫瘍における抗原発現のプロファイルは、抗原又は抗原の組合せが用いられるかを確定するために用いられる。特定の癌に対する免疫応答を誘導するに際して特に有益な方法及び特異的抗原組合せの例は、全ての記載内容が各々参照により本明細書中で援用される、２００３年６月１７日に提出された、「癌の種々の型に関する組成物中の腫瘍関連
抗原の組合せ」と題された米国特許仮出願第６０／４７９，５５４号、２００４年６月１７日に提出された米国特許出願第１０／８７１，７０８号（公開番号２００５−０１１８１８６Ａ１）及び２００４年６月１７日に提出された国際出願番号ＰＣＴ／ＵＳ２００４／０１９５７１号（公開番号ＷＯ２００４／１１２８２５）、２００４年１２月２９日に提出された米国特許仮出願第６０／６４０，５９８号及び本出願と同一日に提出された米国特許出願第 ／ 号（公開番号 ）（代理人整理番号ＭＡＮＮＫ．０４９Ａ）に開示されている。

このような免疫化の方法により利益を受け得る患者は、患者のＭＨＣタンパク質発現プロファイル及び免疫応答性の通常レベルを決定する方法を用いて採用することができる。さらに、患者の免疫性レベルは、標準的技術を末梢血と併用してモニターすることができる。最終的に、処置プロトコルは、誘導又は増幅相への応答性及び抗原発現の変異に基づいて調整することができる。例えば、設定されたいくつかの回数の同調用量を増幅するのではなく、繰り返しの同調用量を、検出可能な応答が得られるまで投与することができ、次いで、増幅ペプチド用量を投与することができる。同様に、計画された増幅又は維持用量のペプチドの有効性が減衰し、抗原特異的制御Ｔ細胞数が増加し、又はいくつかの他の寛容化の証拠が観察されたら、それらを打ち切ることができ、ペプチドの増幅が再開される前にさならる同調を投与することができる。免疫応答性を評価及びモニターする診断技術と免疫化の方法との統合は、参照によりその全体が本明細書に援用される、２００４年６月１７日付けで出願された、「診断と療法方法との統合による、能動免疫療法の改善された効果」と題された米国特許仮出願第６０／５８０，９６４号、及び２００５年６月１７日付けで出願された米国特許出願第１１／１５５，９２８号（公開番号 ）に、より完全に記載されている。

本明細書中に開示されるような、他の治療様式と能動免疫療法との組合せは、惹起された免疫応答に対する腫瘍過程の感受性を高め、療法効果を増加することができる。いくつかの実施形態において、この療法効果は相乗的に高められる。能動免疫療法前又は能動免疫療法中の腫瘍の減衰は、任意の特定のレベルの免疫応答が、病気の進行を遅らせる若しくは停止させる、又は腫瘍退縮若しくは消失をもたらす可能性を増加する。さらに、抗体療法、放射線療法、生物療法、化学療法、受動免疫療法（モノクローナル抗体及び／又はポリクローナル抗体、組み換えＴＣＲ、並びに／又はＣＴＬ若しくは免疫系の他の細胞の導入を含む治療を含む）又は手術と共に起こる組織傷害、壊死又はアポトーシスは、抗原特異的エフェクターを含む免疫エフェクター細胞の採用をもたらす通常の炎症により能動免疫療法的アプローチを容易にすることができる。通常、１つ又は複数の腫瘍／転移性病巣内に、一過性又はより永続的な通常の炎症を誘導するあらゆる方法により、上記能動免疫療法を容易にすることができる。エフェクターの採用を可能にする代わりに、又はこれに加えて、通常の炎症は、免疫介在性攻撃に対する標的細胞の感受性を増加することもできる（例えば、インターフェロンは、癌細胞及びその下の間質における標的分子発現を増加する）。免疫介在性攻撃に対する腫瘍細胞の感受性を増加するさらに他の戦略は、「ストレス応答」を妨害するか、又は癌細胞若しくは間質細胞において標的分子を増加する因子を提供することにより、能動免疫療法と協調することができる。

いくつかの実施形態において、本発明のある特定の実施形態を記載及び主張するために使用される多くの構成要素を示す数、並びに分子量、反応条件等の特性は、「約」という用語により、いくつかの例において修正されることを理解するべきである。したがって、いくつかの実施形態では、明細書及び添付の特許請求の範囲で示される数値パラメーターは、特定の実施形態により得られる目的の特性によって変わり得る近似値である。いくつかの実施形態では、報告される有効数字の数を考慮して、通常の四捨五入を適用することによって、数値パラメーターは解釈されなければならない。本発明のいくつかの実施形態の幅広い範囲に記載される数値域及びパラメーターは近似値であるが、具体的な実施例に
記載されている数値は、実行可能な程度に正確に報告されている。本発明のいくつかの実施形態で与えられる数値は、これらそれぞれの試験測定において見出される標準偏差において必ず生じるある程度の誤差を含む。

いくつかの実施形態において、本発明の特定の実施形態を記載している文脈において（特に特定の添付の特許請求の範囲の文脈において）使用される「ａ」、「ａｎ」、「ｔｈｅ」及び同様の指示詞は、単数形及び複数形の両方をカバーするように解釈される。本明細書中の値の範囲の列挙は、この範囲内に含まれるそれぞれ別個の値を別々に言及する簡単な方法として働くことを単に意図する。本明細書中で特に示されない限り、個々の値が本明細書中で別々に言及されるように、この個々の値それぞれは、本明細書に組み込まれる。本明細書中で特に示されない限り、又は文脈と明らかに矛盾しない限り、本明細書に記載される全ての方法を任意の適切な順番で行うことができる。本明細書の特定の実施形態に対して与えられる任意の例及び全ての例又は例示的な言葉（例えば「等」）の使用は、単に本発明をより良好に示すことを意図し、特に主張されない限り、本発明の範囲を制限するものではない。本明細書中の言葉は、本発明を実施するのに必須の任意の主張されていない要素を示すように解釈されるべきではない。

本明細書に開示される本発明の代替的な要素又は実施形態の群分けは、限定的に解釈されるべきではない。それぞれの群のメンバーは、別々に、又は本明細書で見出される群の他のメンバー若しくは他の要素と任意に組合わせて言及及び主張される。群の１つ又は複数のメンバーは、利便性及び／又は特許性の理由により、群に含まれるか、又は群から削除されてもよい。任意のこのような包含又は削除が行われる場合、本明細書は、添付の特許請求の範囲に使用される全てのマーカッシュ群の記載を満たすように修正される群を含むと見なされる。

本発明の好ましい実施形態は、本発明者が考える本発明を行うための最良の方法を含む形で、本明細書中に記載されている。これらの好ましい実施形態におけるバリエーションは、上述の記載から当業者にとって明らかであろう。当業者は、必要に応じてこのようなバリエーションを用いることができ、本明細書に特に記載されている以外の方法で、本発明を行うことができることが意図される。したがって、本発明の多くの実施形態は、適用法によって容認される本明細書に添付された特許請求の範囲で言及される主題の全てのバリエーション及びその均等物を包含する。また、本明細書に特に示されていない限り、又は文脈と明らかに矛盾しない限り、考えられる全てのバリエーションにおける上記の要素の任意の組合せが、本発明によって包含される。

さらに、本明細書を全体に特許及び刊行物に対する多くの参照が為されている。上記で列挙された参照文献及び刊行物のそれぞれは、その内容全体が参照により本明細書に援用される。

最後に、本明細書に開示される本発明の実施形態は、本発明の原理を示していることを理解されたい。用いることができる他のバリエーションは本発明の範囲内である。このように、例として、限定されないが、本発明の代替形態を本明細書の教示に従って用いてもよい。したがって、本発明は明確に図示及び記載されているものに限らない。

本発明の多数のバリエーション及び代替的要素を開示してきた。さらなるバリエーション及び代替的要素は当業者が明らかである。これらのバリエーションに入るのは、スクリーニングパネル中又は治療結果により標的化される抗原の特定の数、抗原の型、癌の型、並びに特異化される特定の抗原であるが、これらに限定されない。本発明の種々の実施形態は特に、これらのバリエーション又は要素のいずれかを含むか又は排除し得る。

本明細書中に列挙された参照文献のそれぞれは、参照により本明細書に完全に援用される。

以下の実施例は、例示のみを目的とし、いかなる方法によっても実施形態の範囲を限定することを意図しない。

実施例１
ＴｕＡＡ解析及び組合せの選択
ＴｕＡＡの存在を、リアルタイムＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ）により測定した。すなわち、全ＲＮＡを標準的な方法を用いて腫瘍検体から単離し、ｃＤＮＡを標準的な逆転写手順を用いて作製した。相補的ＤＮＡ（ｃＤＮＡ）を、ｃＤＮＡのみとアニーリングするがゲノムＤＮＡとはアニーリングしないように特異的に設計された遺伝子特異的プライマーを用いて増幅した。１２個の卵巣腫瘍検体及び７個の結腸直腸腫瘍検体のＴｕＡＡ発現パターンを、ＲＴ−ＰＣＲにより解析した。以下の表４に結果をまとめた。

実施例２
卵巣癌
卵巣癌の場合、解析した全てのサンプルはＰＲＡＭＥに対して陽性であった。したがって、ＰＲＡＭＥを含む組合せは、卵巣癌の症例における有効範囲を改善する。

抗原余剰を達成するため、及び大多数における有効範囲を改善するため、他の抗原の組合せが、ＰＲＡＭＥに加えて考慮された。ＳＳＸ−２並びにＰＳＭＡは、独立して、１２症例うち６症例に存在したが、ＳＳＸ−２とＰＳＭＡとの組合せは１２のうち９症例の有効範囲を提供した。ＮＹ−ＥＳＯ−１及びＳＳＸ−２はそれぞれ１２のうち５及び６症例にしか存在しないにもかかわらず、ＮＹ−ＥＳＯ−１又はＳＳＸ−２のいずれも１２のうち７の症例で検出された。

したがって、アセンブリパネルに関して、ＰＲＡＭＥ、ＳＳＸ−２及びＰＳＭＡ、又はＰＲＡＭＥ、ＮＹ−ＥＳＯ−１及びＳＳＸ−２の組合せは、ＰＲＡＭＥ及びＰＳＭＡの組合せ又はＰＲＡＭＥ及びＳＳＸ−２の組合せと比較して、好ましい有効範囲及び余剰を提供した。解析した卵巣腫瘍サンプルの大部分は、存在する組合せの４つのＴｕＡＡのうち少なくとも２つを有していたため、ＰＲＡＭＥ、ＳＳＸ−２及びＰＳＭＡの組合せは、優れた有効範囲及び良好な抗原余剰を提供した。ＰＲＡＭＥ、ＳＳＸ−２、ＰＳＭＡ及びＮＹ−ＥＳＯ−１の組合せは、より好ましい抗原余剰を提供したため、腫瘍回避の可能性が低くなった。

実施例３
結腸直腸癌
結腸直腸癌の場合、ＰＲＡＭＥ及びＰＳＭＡはそれぞれ、解析された７サンプルのうち５サンプルで検出された。７サンプルのうち６サンプルで、ＰＲＡＭＥ又はＰＳＭＡのいずれかが検出された。ＳＳＸ−２は７サンプルのうち２サンプルでしか検出されなかったが、ＳＳＸ−２−ＰＲＡＭＥ及びＳＳＸ−２−ＰＳＭＡの組合せの両方が、有効範囲を７サンプルのうち６サンプルに増加した。同様に、ＮＹＥ−ＳＯ−１は７サンプルのうち１サンプルのみで検出されたが、ＮＹ−ＥＳＯ−１−ＰＲＡＭＥの組合せ、及びＮＹ−ＥＳＯ−１−ＰＳＭＡの組合せは、有効範囲を、７サンプルのうち６サンプルに増加した。ＰＲＡＭＥ及びＰＳＭＡの組合せへのＳＳＸ−２又はＮＹ−ＥＳＯ−１の添加は、有効範囲を、７サンプルのうち７サンプルへと改善した。したがって、アセンブリパネルに関してＰＲＡＭＥ、ＰＳＭＡ及びＮＹ−ＥＳＯ−１の組合せ、又はＰＲＡＭＥ、ＰＳＭＡ及びＳＳＸ−２の組合せは、患者の大部分に良好な有効範囲及び抗原の余剰を提供した。ＰＲＡＭＥ、ＰＳＭＡ、ＮＹ−ＥＳＯ−１及びＳＳＸ−２の組合せはさらなる余剰を提供した。

実施例４
膵臓癌
リアルタイムＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ）を使用して、ＰＲＡＭＥ、ＳＳＸ−２、ＮＹ−ＥＳＯ−１及びＰＳＭＡの存在を決定した。すなわち、５つの膵臓腫瘍検体から、全ＲＮＡを標準的な方法により単離し、ｃＤＮＡを標準的な逆転写手順を用いて作製した。相補的ＤＮＡ（ｃＤＮＡ）を、ｃＤＮＡのみとアニーリングするがゲノムＤＮＡとはアニーリングしないように、特別に設計された遺伝子特異的プライマーを用いて増幅した。

上記膵臓癌検体において、ＰＲＡＭＥ、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＳＳＸ−２及びＰＳＭＡの存在はそれぞれ、検体の１００％、４０％、２０％及び１００％で検出された（表５参照）。他では、ＰＳＭＡ及びＨＥＲ２−／ｎｅｕの過剰発現がそれぞれ、膵臓腫瘍の１００％及び２１％において存在することが報告されている（Chang SS et al., Cancer Res 1999, 59:3192; Safran H et al., Am J Clin Oncol. 2001、 24:496、それぞれの内容全体は参照により本明細書に援用される）。ＨＥＲ２／ｎｅｕの過剰発現は、癌組織を好ましい標的とし、免疫療法にいくらかの特異性を与えるが、正常組織におけるＨＥＲ２／ｎｅｕの低レベル発現が問題となったままである。したがって、抗原のアセンブリパネルの場合、ＮＹＥ−ＳＯ−１、ＳＳＸ−２、及びＰＲＡＭＥ又はＰＳＭＡの組合せが、膵臓癌を処置する優れた有効範囲及びいくらかの余剰をもたらす。ＰＲＡＭＥ及びＰＳＭＡの両方を含むことにより余剰が大きく改善される。

腎細胞癌腫
実施例５
腎細胞癌腫に関しては、ＳＳＸ−２、ＰＳＭＡ及びＰＲＡＭＥがそれぞれ、５、１００及び４０％の頻度で検出された（Sahin, U et al., Clin Cancer Res. 2000, 6: 3916; Chang SS et al., Urology 2001, 57: 801; Neumann E et al., Cancer Res. 1998, 58: 4090、それぞれ参照によりその全体が本明細書に援用される）。したがって、ＰＳＭＡ及
びＰＲＡＭＥの組合せは、腎細胞癌腫に対して優れた有効範囲及び余剰を提供する。ＰＳＭＡ及びＰＲＡＭＥの組合せにＳＳＸ−２を添加すると、余剰が改善される。

実施例６
非小細胞肺癌
非小細胞肺癌に関しては、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＳＳＸ−２、ＭＡＧＥ−３、ＢＡＧＥ、Ｈｅｒ２／ｎｅｕの過剰発現及びＰＳＭＡの報告された存在は、それぞれ、２１、１５、６０、６、１６及び１００％であった（Scanlan MJ et al., Cancer lett 2000, 150: 155; Chang SS et al., Cancer Res 1999, 59: 3192; Selvaggi G et al., Cancer 2002, 94: 2669、それぞれ参照によりその全体が本明細書に援用される）。したがって、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＳＳＸ−２、ＭＡＧＥ−３及びＰＳＭＡの組合せは、非小細胞肺癌の免疫療法に対する有効範囲及び抗原余剰を提供する。

実施例７
メラノーマ
メラノーマに関しては、Ｍｅｌａｎ−Ａ、チロシナーゼ、ＮＹ−ＥＳＯ−１及びＳＳＸ−２がそれぞれ、腫瘍検体の９２、９２、４１及び３５％で存在すると報告された（Fetsch PA, et al., Cancer 1999, 87: 37; Fetsch PA, et al., Cancer 2000, 90: 252; Schultz-Thater E et al., Br J Cancer 2000, 83:204; Sahin, U et al., Clin Cancer Res. 2000, 6: 3916）。したがって、Ｍｅｌａｎ−Ａ、チロシナーゼ、ＮＹ−ＥＳＯ−１及びＳＳＸ−２の組合せは、メラノーマの免疫療法に対して優れた有効範囲及び抗原余剰を提供する。かなりの余剰が、チロシナーゼ及びＭｅｌａｎ−Ａを共に使用すること、又はＮＹ−ＥＳＯ−１及びＳＳＸ−２をチロシナーゼ又はＭｅｌａｎ−Ａのいずれかと組み合わせることにより達成される。

実施例８
上記腫瘍型に関するさらなる調査は、観察された発現パターン及びＴｕＡＡの好ましいパネルを確立した。様々な供給業者から得た、合計で３４個の卵巣、４４個の大腸、１８個の腎臓及び１３個の膵臓の組織サンプルを、腫瘍関連抗原発現に関して、ｑＲＴＰＣＲを使用して解析した。これらの検査の結果から、ＰＲＡＭＥ及びＰＳＭＡは、調査された４種類全ての腫瘍において頻繁（６８％〜１００％の範囲）に発現したことがわかった。ＮＹ−ＥＳＯ−１及びＳＳＸ−２は、卵巣及び膵臓腫瘍の２０％〜４０％において発現した。

実施例９
２つの抗原からのエピトープ発現プラスミドを用いた免疫化のスケジュール
２つの群のＨＨＤマウス（ｎ＝４）を、図１に示されるように、Ｍｅｌａｎ−Ａ_26-35Ａ２７Ｌ（ＥＬＡ）発現ｐＳＥＭ及びＳＳＸ−２_41-49発現ｐＣＢＰのいずれかを混合物として、又はｐＳＥＭを左の鼠経リンパ節及びｐＣＢＰを右の鼠経リンパ節に２回（０日目及び４日目）、リンパ節内注射より免疫化した。プラスミド量は２５μｇ／プラスミド／用量であった。２週間後、動物を屠殺し、パルス化した又はペプチドを有さないＴ２細胞に対する細胞傷害性を計測した。

実施例１０
異なる抗原を担持する異なるベクターの同時投与
実施例９に記載されたように免疫化した動物を屠殺し、各群からの脾細胞をプールし、２つのペプチド（ＥＬＡ又はＳＳＸ−２_41-19）で並行して刺激した。細胞傷害性を、Ｃｒ⁵¹−タグ付けしたペプチド添加Ｔ２標的細胞でインキュベートすることにより計測した。図２のデータは、様々な標的細胞に対する特異的細胞傷害性の平均（ｎ＝４／群）を示す。

結果から、プラスミド混合物の使用は、ｐＣＢＰプラスミドにより誘発された応答を防ぐことが示されるが、投与部位の関連する２つのプラスミドを分離すると、ｐＣＢＰの活性がレスキューされる。したがって、異なる抗原を担持する異なるベクターの同時投与は、免疫原性に関する階層の確立をもたらす。ベクター分離は、非優性成分の免疫原性をレスキューすることができ、多面的応答を生じる。

実施例１１
ペプチド追加免疫工程の付加による多面的応答のレスキュー
４つの群のＨＨＤマウス（ｎ＝６）を、図３に示されるように、ｐＳＥＭ及びｐＣＢＰを混合物として、又はｐＳＥＭを左の鼠経リンパ節及びｐＣＢＰを右の鼠経リンパ節に２回（０日目及び４日目）、リンパ節内注射より免疫化した。対照として、ｐＳＥＭ又はｐＣＢＰプラスミドのいずれかでマウスを免疫化した。プラスミド量は２５μｇ／プラスミド／用量であった。２週間後、動物をＭｅｌａｎ−Ａ及び／又はＳＳＸ−２ペプチドで追加免疫し、プラスミド免疫化用量及び組合せを反映させた。２週間後、動物をＣＦＳＥで染色し、Ｍｅｌａｎ−Ａ又はＳＳＸ−２ペプチドを添加するか又は有さない脾臓細胞で攻撃誘発し、ｉｎ ｖｉｖｏでの細胞傷害性を評価した。

実施例１２
ペプチド増幅は、非優性エピトープの免疫性をレスキューする
実施例１１に記載されたようにマウスを免疫化し、ＥＬＡ又はＳＳＸ−２ペプチドで被覆したＨＨＤ同腹子脾臓細胞で攻撃誘発した。同時に２つの抗原標的の特異的溶解を評価することが可能な３ピークのＣＦＳＥ ｉｎ ｖｉｖｏ細胞傷害性アッセイを採用した。同数の対照ＣＦＳＥ^lo、ＳＳＸ−２_41-49−ＣＦＳＥ^med、及びＥＬＡ−ＣＦＳＥ^hi細胞を、免疫化マウスに静脈内注入し、１８時間後にマウスを屠殺し、フローサイトメトリを用いて、ＣＦＳＥ蛍光により脾臓における標的細胞消失を計測した（図４）。図４は、個々のマウスからのＳＳＸ−２及びＭｅｌａｎ−Ａ抗原標的の特異的溶解の割合、並びに各群のＳＥＭの平均を示す。

結果から、プラスミドを含む２つのワクチンの混合物で、その後ペプチドで動物を免疫化すると、両方の抗原に対する免疫性を生じ、最も高い免疫応答を起こすことが示され、脾臓における平均ＳＳＸ−２割合特異的溶解は３０＋／−１１、及び平均Ｍｅｌａｎ−Ａ割合特異的溶解は９７＋／−１であることが示された。

実施例１３
同調−増幅免疫化に関する臨床的実践
図２及び図４のデータは、図５に示される、臨床における強い多面的応答を達成する２つのシナリオを示唆する。第１のシナリオ（Ａ）では、追加免疫のためのペプチドの使用は、プラスミド及びペプチドが混合物として使用されたとしても、多面的免疫応答を回復させる。第２のシナリオ（Ｂ）では、プラスミド成分及びペプチド成分の分離はそれぞれ、多面的免疫応答の誘導を可能にする。

実施例１４
ＭＫＣ１２０７：メラノーマに対する同調−増幅療法薬
ＭＫＣ１２０７は、プラスミドｐＳＥＭ（開示の全てが参照により本明細書に完全に援用される、２００２年１１月７日付けで出願された米国特許出願第１０／２９２，４１３号（公開番号２００３−０２２８６３４Ａ１）、２００４年２月１０日付けで出願された同第１０／７７７，０５３号（公開番号２００４−０１３２０８８Ａ１）、２００４年４月３０日付けで出願された同第１０／８３７，２１７号（公開番号 ）において開示され、その中でｐＭＡ２Ｍとして記載される）、並びにＭｅｌａｎ−Ａ２６−３５及びチロシナーゼ３６９−３７７に相当するペプチドを含む。上記プラスミドは、Ｍｅｌａｎ−ＡエピトープのＡ２７Ｌアナログ及び天然チロシナーゼエピトープ配列をコードする。上記プラスミドは、これらエピトープの両方がｐＡＰＣにより発現、提示されるように、これらエピトープ両方をコードする。療法薬の代替的な実施形態においては、上記ペプチドは、参照により本明細書に完全に援用される、「エピトープアナログ」と題された２００５年６月１７日付けで出願された米国特許出願第１１／１５６，３６９号（公開番号
）に開示されるような、天然配列を含むか、又はアナログである。

すなわち、上記プラスミドは、同調免疫原として鼠径リンパ節に節内投与される。続いて、上記ペプチドは、増幅免疫原として、一方は左の節、もう一方は右の節に節内投与される。この同調−増幅プロトコルは、参照により本明細書に完全に援用される、２００４年６月１７日付けで出願された米国特許出願第１０／８７１，７０７号（公開番号２００５−００７９１５２Ａ１）及び２００３年６月１７日付けで出願された同第６０／４７９，３９３号に詳細に記載されている。

本明細書中に開示される方法に従って、メラノーマ患者をスクリーニングすることができ、腫瘍抗原プロファイルにＭｅｌａｎ−Ａ及び／又はチロシナーゼが含まれる患者にＭＫＣ１２０７を投与することができる。好ましい実施形態において、患者の腫瘍組織は、ＨＬＡ−Ａ２、特にＨＬＡ−Ａ^*０２０１も発現する。

実施例１５
ＭＫＣ１１０６：癌種に対する四価同調−増幅療法薬
ＭＫＣ１１０６は、プラスミドｐＣＢＰ（開示の全てが参照により本明細書に完全に援用される、２００２年１１月７日付けで出願された米国特許出願第１０／２９２，４１３号（公開番号２００３−０２２８６３４Ａ１）、２００４年２月１０日付けで出願された同第１０／７７７，０５３号（公開番号２００４−０１３２０８８Ａ１）、２００４年４月３０日付けで出願された同第１０／８３７，２１７号（公開番号 ）に記載される）、及びプラスミドｐＲＰ１２（参照により本明細書に完全に援用される、「癌細胞及び腫瘍間質で発現される、ドミナント及びサブドミナントエピトープに対する多面的免疫応答を惹起する方法及び組成物」と題された２００５年６月１７日付けで出願された米国特許仮出願第６０／６９１，５７９号に記載される）；並びにＮＹ−ＥＳＯ−１ １５７−１６５、ＳＳＸ−２ ４１−４９、ＰＲＡＭＥ４２５−４３３及びＰＳＭＡ２８８−２９７に対応するペプチドを含む。上記プラスミドは、これらエピトープの両方がｐＡＰＣにより発現、提示されるように、これらエピトープをコードする。療法薬の代替的な実施形態においては、上記ペプチドは、開示の全てが参照により明確に完全に援用される、２００５年６月１７日付けで出願された「ＳＳＸ−２ペプチドアナログ」と題された米国特許出願第１１／１５６，２５３号（公開番号 ）、「ＮＹ−ＥＳＯ−１ペプチドアナログ」と題された同第１１／１５５，９２９号（公開番号 ）、「エピトープアナログ」と題された同第１１／１５６，３６９号（公開番号 ）、及び「エピトープアナログ」と題された米国特許仮出願第６０／６９１，８８９号に開示されるような天然配列を含むか、又はアナログである。

すなわち、上記プラスミドは、同調免疫原として一方は左側、もう一方は右側の鼠径リンパ節に節内投与される。続いて、上記ペプチドは増幅免疫原として、一方は左の節に異なる日に２回、及びもう一方は右の節に異なる日に２回、順次節内投与される。上記ペプチドは、対応するエピトープをコードするプラスミドを受容したリンパ節と同じリンパ節に投与されることが好ましい。この同調−増幅プロトコルは、参照により明確に完全に援用される、２００４年６月１７日付けで出願された米国特許出願第１０／８７１，７０７号（公開番号２００５−００７９１５２Ａ１）及び２００３年６月１７日付けで出願された同第６０／４７９，３９３号に、より詳細に記載されている。

本明細書中に開示される方法に従って、癌種患者、特に、卵巣、結腸直腸、膵臓又は腎細胞癌種を有する患者をスクリーニングすることができ、腫瘍プロファイルにＰＲＡＭＥ、ＰＳＭＡ、ＮＹ−ＥＳＯ−１及び／又はＳＳＸ−２を含む患者に、ＭＫＣ１１０６を投与することができる。ＭＫＣ１１０６により標的とされるＮＹ−ＥＳＯ−１エピトープは、ＬＡＧＥ １ａ／ｓ中にも見られ、したがって、プロファイル中に存在するこの抗原もまた適合性であると考えられる。腫瘍抗原発現は異質である傾向があるため、いずれの特
定の組織サンプルも、発現された抗原全ての完全な指示をもたらさない可能性が高い。したがって、ある患者がＭＫＣ１１０６を用いる治療の候補となるために、その患者のプロファイルが、４つの抗原全てを含有する必要はない。しかし、上記プロファイルは２つ、３つ又は４つの抗原を含有することが好ましい。

２つのプラスミド（ＳＳＸ−２ ４１〜４９を発現するｐＣＢＰ及びＭｅｌａｎ−Ａを発現するｐＳＥＭ）による免疫化のスケジュールを示す時系列表である。 図１におけるプロトコールを用いて得られるＣＴＬ活性を示す棒グラフである。 ２つのエピトープを表わすプラスミド及びペプチドを用いた同調−増幅免疫化プロトコルの免疫化スケジュールを示す時系列表である。 図３のプロトコールに従って免疫化されたマウスにおけるエピトープパルス標識細胞のｉｎ ｖｉｖｏクリアランスを示す表である。 強力な多価応答を誘導するための免疫化プロトコールを示す時系列表である。プラスミド及びペプチドが混合物として用いられる場合でも、追加免疫のためのペプチドの使用が多価免疫応答を回復することを示す。 強力な多価応答を誘導するための免疫化プロトコールを示す時系列表である。プラスミド及びペプチド構成成分の分離が多価免疫応答の誘導を可能にすることを示す。

Claims (36)

1. 予め選択された、増殖因子又はシグナル伝達タンパク質を含むパネル中の２つ以上の発現腫瘍関連抗原（ＴｕＡＡ）に関して患者の腫瘍組織をアッセイし、当該腫瘍に関する抗原プロファイルを構築する工程、及び
   前記プロファイルに基づいて、プロファイル中の１つ又は複数の発現腫瘍関連抗原を標的とする、前記患者に対する免疫療法物質を選択する工程
   を包含する、患者における癌の状態と免疫療法物質とを適合させる方法。
2. ＴｕＡＡのうちの少なくとも１つが癌精巣抗原、組織特異的抗原、癌胎児性抗原、分化抗原、増殖因子、増殖因子受容体、接着因子、シグナル伝達タンパク質、転写因子、癌遺伝子産物、腫瘍抑制遺伝子産物及び微生物抗原から成る群から選択される、請求項１記載の方法。
3. 予め選択されたパネルがＳＳＸタンパク質、ＳＳＸ−２、ＳＳＸ−４、ＭＡＧＥタンパク質、ＭＡＧＥ−１、ＭＡＧＥ−３、ＰＲＡＭＥ、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＬＡＧＥ、ＰＳＭＡ、ＰＳＣＡ、ＳＣＰ−１、Ｍｅｌａｎ−Ａ／ＭＡＲＴ−１及びチロシナーゼから成る群から選択される２つ以上の抗原を含み、前記癌の状態が癌腫である、請求項１記載の方法。
4. 癌腫が乳房、結腸直腸、前立腺、膵臓、肺、卵巣、腎細胞、食道、頭部及び頚部並びにメラノサイトから成る群から選択される、請求項３記載の方法。
5. 免疫療法物質が能動免疫療法薬である、請求項１記載の方法。
6. 免疫療法物質が少なくとも１つの発現ＴｕＡＡ中の、少なくとも１つのセグメントを含むか又はコードする、請求項１記載の方法。
7. 免疫療法物質が受動免疫療法薬である、請求項１記載の方法。
8. 前記免疫療法物質がモノクローナル抗体である、請求項７記載の方法。
9. 疾患の経過中の異なる時点で実行され、比較情報が得られる少なくとも２つのアッセイ工程を含む、請求項１記載の方法。
10. 得られた情報が治療を実施、修正、又は中止するために用いられる、請求項９記載の方法。
11. 前記腫瘍がメラノーマであり、ＴｕＡＡのパネルがチロシナーゼ、Ｍｅｌａｎ−Ａ／ＭＡＲＴ−１、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＰＲＡＭＥ、ＳＳＸタンパク質及びＭＡＧＥタンパク質から成る群から選択される少なくとも２つのＴｕＡＡを含む、請求項１記載の方法。
12. ＳＳＸタンパク質がＳＳＸ−２又はＳＳＸ−４である、請求項１１記載の方法。
13. ＭＡＧＥタンパク質がＭＡＧＥ−１又はＭＡＧＥ−３である、請求項１１記載の方法。
14. 前記腫瘍が乳癌であり、ＴｕＡＡのパネルがＮＹ−ＥＳＯ−１、Ｈｅｒ２／ｎｅｕ、ＳＳＸタンパク質及びＭＡＧＥタンパク質から成る群から選択される少なくとも２つのＴｕＡＡを含む、請求項１記載の方法。
15. 前記腫瘍が結腸直腸癌であり、ＴｕＡＡのパネルがＣＥＡ、ＳＳＸタンパク質、ＰＲＡＭＥ、ＮＹ−ＥＳＯ、ＬＡＧＥ、ＰＳＣＡ、ＳＣＰ−１、ＰＳＭＡ及びＭＡＧＥタンパク質から成る群から選択される少なくとも２つのＴｕＡＡを含む、請求項１記載の方法。
16. 前記腫瘍が肺癌であり、ＴｕＡＡのパネルがＰＳＭＡ、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＳＳＸ−２及びＭＡＧＥタンパク質から成る群から選択される少なくとも２つのＴｕＡＡを含む、請求項１記載の方法。
17. 前記腫瘍が前立腺癌であり、ＴｕＡＡのパネルがＮＹ−ＥＳＯ−１、ＰＳＡ、ＰＳＣＡ、ＰＳＭＡ、ＳＳＸタンパク質及びＭＡＧＥタンパク質から成る群から選択される少なくとも２つのＴｕＡＡを含む、請求項１記載の方法。
18. 前記腫瘍が卵巣癌であり、ＴｕＡＡのパネルがＰＲＡＭＥ、ＰＳＭＡ、ＰＳＣＡ及びＭＡＧＥタンパク質、ＳＣＰ−１、ＳＳＸタンパク質、ＣＥＡ、Ｈｅｒ−２／Ｎｅｕ、ＮＹ−ＥＳＯ−１及びＬＡＧＥから成る群から選択される少なくとも２つのＴｕＡＡを含む、請求項１記載の方法。
19. 前記卵巣癌が漿液性癌腫、非漿液性癌腫、粘液性（細胞）癌腫及び明細胞癌腫から成る群から選択される、請求項１８記載の方法。
20. 前記腫瘍が腎臓癌であり、ＴｕＡＡのパネルがＳＳＸタンパク質、ＰＲＡＭＥ、ＮＹ−ＥＳＯ、ＬＡＧＥ、ＰＳＣＡ、ＳＣＰ−１、ＰＳＭＡ及びＭＡＧＥタンパク質から成る群から選択される少なくとも２つのＴｕＡＡを含む、請求項１記載の方法。
21. 前記腫瘍が膵臓癌であり、ＴｕＡＡのパネルがＳＳＸタンパク質、ＰＲＡＭＥ、ＮＹ−ＥＳＯ、ＬＡＧＥ、ＰＳＣＡ、ＰＳＭＡ及びＭＡＧＥタンパク質から成る群から選択される少なくとも２つのＴｕＡＡを含む、請求項１記載の方法。
22. 抗原発現がＲＴ−ＰＣＲ、転写物決定、タンパク質決定、エピトープ決定又はその任意の組合せのうちの少なくとも１つを含む手法により検出される、請求項１記載の方法。
23. 抗原発現が腫瘍細胞又は腫瘍関連間質細胞あるいはその両方で検出される、請求項１記載の方法。
24. 前記腫瘍関連間質細胞が新血管系である、請求項２３記載の方法。
25. 前記新血管系関連抗原がＰＳＭＡであり、腫瘍細胞の抗原がＮＹ−ＥＳＯ−１、ＳＳＸ−２、ＬＡＧＥ及びＰＲＡＭＥから成る群から選択される、請求項２４記載の方法。
26. 前記腫瘍組織が原発性腫瘍組織を含む、請求項１記載の方法。
27. 前記腫瘍組織が転移性腫瘍組織を含む、請求項１記載の方法。
28. 前記増殖因子がＶＥＧＦ−Ａである、請求項１記載の方法。
29. 前記シグナル伝達タンパク質がＰＬＫ１である、請求項１記載の方法。
30. 予め選択された、増殖因子又はシグナル伝達タンパク質を含むパネル中の２つ以上の発現腫瘍関連抗原（ＴｕＡＡ）に関して患者の腫瘍組織をアッセイし、当該腫瘍に関する抗原プロファイルを構築する工程、及び
    前記プロファイルに基づいて、プロファイル中の２つ以上の発現腫瘍関連抗原を標的とする１つ又は複数の免疫療法薬の投与を含む免疫療法レジメンを選択する工程
    を包含する、患者における癌の状態と免疫療法レジメンとを適合させる方法。
31. 前記レジメンが能動免疫療法薬及び受動免疫療法薬をともに投与することを含む、請求項３０記載の方法。
32. 前記増殖因子がＶＥＧＦ−Ａである、請求項３０記載の方法。
33. 前記シグナル伝達タンパク質がＰＬＫ１である、請求項３０記載の方法。
34. 前記診断が結腸癌であり、系統マーカーがＣＥＡである、請求項３０記載の方法。
35. 前記診断が肺癌であり、系統マーカーが甲状腺転写因子１（ＴＴＦ１）である、請求項３０記載の方法。
36. 前記診断が前立腺癌であり、系統マーカーがＰＳＡ及びＰＳＭＡから成る群から選択される、請求項３０記載の方法。

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