JP2008522623A - ハリコンドリンbアナログを使用した癌治療でのチューブリンアイソタイプのスクリーニング - Google Patents
ハリコンドリンbアナログを使用した癌治療でのチューブリンアイソタイプのスクリーニング Download PDFInfo
- Publication number
- JP2008522623A JP2008522623A JP2007545622A JP2007545622A JP2008522623A JP 2008522623 A JP2008522623 A JP 2008522623A JP 2007545622 A JP2007545622 A JP 2007545622A JP 2007545622 A JP2007545622 A JP 2007545622A JP 2008522623 A JP2008522623 A JP 2008522623A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- alkyl
- tubulin
- alkoxy
- cancer
- aryl
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 0 CC1[C@](C)C[C@](CCC(C(C2)=C)OC2CC[C@@](C2)(OC3C45)[O+2]C44O[C@]2C4C5O[C@](CC2)C3OC2CC(CC23)=O)O*C1CC2O[C@](*)[C@@]3OC Chemical compound CC1[C@](C)C[C@](CCC(C(C2)=C)OC2CC[C@@](C2)(OC3C45)[O+2]C44O[C@]2C4C5O[C@](CC2)C3OC2CC(CC23)=O)O*C1CC2O[C@](*)[C@@]3OC 0.000 description 3
Images
Classifications
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
- A61K31/33—Heterocyclic compounds
- A61K31/335—Heterocyclic compounds having oxygen as the only ring hetero atom, e.g. fungichromin
- A61K31/35—Heterocyclic compounds having oxygen as the only ring hetero atom, e.g. fungichromin having six-membered rings with one oxygen as the only ring hetero atom
- A61K31/352—Heterocyclic compounds having oxygen as the only ring hetero atom, e.g. fungichromin having six-membered rings with one oxygen as the only ring hetero atom condensed with carbocyclic rings, e.g. methantheline
- A61K31/353—3,4-Dihydrobenzopyrans, e.g. chroman, catechin
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P35/00—Antineoplastic agents
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/5005—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells
- G01N33/5091—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing the pathological state of an organism
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
- G01N33/57407—Specifically defined cancers
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
- G01N33/57484—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer involving compounds serving as markers for tumor, cancer, neoplasia, e.g. cellular determinants, receptors, heat shock/stress proteins, A-protein, oligosaccharides, metabolites
- G01N33/57496—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer involving compounds serving as markers for tumor, cancer, neoplasia, e.g. cellular determinants, receptors, heat shock/stress proteins, A-protein, oligosaccharides, metabolites involving intracellular compounds
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2500/00—Screening for compounds of potential therapeutic value
-
- Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
- Y10—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC
- Y10T—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER US CLASSIFICATION
- Y10T436/00—Chemistry: analytical and immunological testing
- Y10T436/14—Heterocyclic carbon compound [i.e., O, S, N, Se, Te, as only ring hetero atom]
- Y10T436/142222—Hetero-O [e.g., ascorbic acid, etc.]
- Y10T436/143333—Saccharide [e.g., DNA, etc.]
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Immunology (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Hematology (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Pathology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- Oncology (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- Public Health (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- Epidemiology (AREA)
- Physiology (AREA)
- Tropical Medicine & Parasitology (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)
- Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
- Other Investigation Or Analysis Of Materials By Electrical Means (AREA)
Abstract
Description
本出願は、合衆国法典第35巻(米国特許法)119条(e)に基づき、2004年12月9日出願の米国特許仮出願第60/634734号の優先権を主張するものであり、この文献は参照により本願に組み込まれる。
癌治療においては、多くの場合、患者に対し細胞毒性化合物を全身投与する。癌細胞は、患者の体内で正常細胞よりも急速に分裂するので、この細胞毒性化合物は癌細胞に対し、患者の正常細胞に対してよりも大きな作用を及ぼす。しかし、この現象によって、この化合物がもたらす重篤な害のある副作用は回避されない。この副作用は、体重減少、下痢、吐き気および脱毛から、貧血症、二次癌、臓器毒性といった重篤なものおよび死亡までも含む。残念なことに、効き目が現れないもしくは治療から実質的な利益が得られないにも関わらず副作用を発症してしまう患者が非常に多い。したがって、最初の投与を行う前に、どの患者に治療の効き目があるのかを予測することができれば極めて好都合である。しかし、多くの場合、患者に実際に薬剤を投与することなしに所定の癌に治療の効き目があるかどうかを判定するのは難しい。さらに、多くの場合、数週間治療を続けて初めて、癌がその治療に対して耐性である、つまり感受性でないことがはっきりする。腫瘍を分類する(例えば、病理学的分類、腫瘍マーカー)ために様々なシステムが設計され、これにより、薬剤の有効性が予測されるようになった。しかし、所定の癌に特定の化学療法薬が利くかどうかをより良好に予測する必要性が依然として残されている。
本発明は、特定の化学化合物による治療が所定の癌患者に対し効き目があるかどうかを予測するためのシステムを提供し、そのシステムには、例えば方法、装置、材料、ポリヌクレオチド、試薬、ソフトウェア、キット等が含まれる。患者の癌細胞中のチューブリンアイソタイプまたは別の微小管関連の生体分子の発現を判定することによって、その癌に対して特定の化学化合物の効き目があるかどうかを評価することができる。このようにして、本発明を、癌(例えば、乳癌、肺癌、卵巣癌、前立腺癌、膵臓癌等)を持つ患者を選択および/または治療するために利用することができる。本発明による方法は、微小管の会合(重合)もしくは解離を阻害する、微小管を結合させるまたはチューブリンを結合させる有機化合物がその患者に効くかどうかを予測する上で特に有用である。
R1、R2、R4、R5およびR6のそれぞれは、独立して、H、C1〜6アルキル、C1〜6ハロアルキル、C1〜6ヒドロキシアルキル、C1〜6アミノアルキル、C6〜10アリール、C6〜10ハロアリール(例えば、p−フルオロフェニルまたはp−クロロフェニル)、C6〜10ヒドロキシアリール、C1〜4アルコキシ−C6アリール(例えば、p−メトキシフェニル、3,4,5−トリメトキシフェニル、p−エトキシフェニルまたは3,5−ジエトキシフェニル)、C6〜10アリール−C1〜6アルキル(例えば、ベンジルまたはフェネチル)、C1〜6アルキル−C6〜10アリール、C6〜10ハロアリール−C1〜6アルキル、C1〜6アルキル−C6〜10ハロアリール、(C1〜3アルコキシ−C6アリール)−C1〜3アルキル、C2〜9ヘテロ環式ラジカル、C2〜9ヘテロ環式ラジカル−C1〜6アルキル、C2〜9ヘテロアリール、およびC2〜9ヘテロアリール−C1〜6アルキルから選択され、
DおよびD’のそれぞれは、独立して、R3およびOR3から選択され、R3はH、C1〜3アルキルまたはC1〜3ハロアルキルであり、
nに対応する値は、1または好ましくは0であり、これにより、6員環または5員環が形成され、この場合、環は置換されていなくても置換されていてもよく、Eは、−R5または−OR5であり、かつヘテロ環式ラジカルまたはシクロアルキルであり、例えば、Gは、S、SH2、NR6または好ましくはOであり、
JおよびJ’は独立して、H、C1〜6アルコキシまたはC1〜6アルキルであり、あるいはJおよびJ’は、合わせて=CH2または−O−(直鎖または分枝C1〜5アルキレンまたはアルキリデン)−O−、例えば、環外メチリデン、イソプロピリデン、メチレンまたはエチレンであり、
Qは、C1〜3アルキルであり、好ましくはメチルであり、
Tは、メチレン、エチレン、またはエテニレンであって、任意に(CO)OR7で置換されており、R7はHまたはC1〜6アルキルであり、
UおよびU’は独立して、H、C1〜6アルコキシまたはC1〜6アルキルであり、あるいはUおよびU’は、合わせて=CH2または−O−(直鎖もしくは分枝C1〜5アルキレンまたはアルキリデン)−O−であり、
Xは、HまたはC1〜6アルコキシであり、
YおよびY’は独立して、HまたはC1〜6アルコキシであり、あるいはYおよびY’は、合わせて=O、=CH2または−O−(直鎖または分枝C1〜5アルキレンまたはアルキリデン)−O−であり、
ZおよびZ’は独立して、HまたはC1〜6アルコキシであり、あるいはZおよびZ’は、合わせて=O、=CH2または−O−(直鎖または分枝C1〜5アルキレンまたはアルキリデン)−O−である。
(a)患者の癌から試料を得て、
(b)前記試料を、α−チューブリンアイソタイプ、β−チューブリンアイソタイプおよび微小管関連生体分子からなる群から選択される少なくとも1つのマーカーの発現レベルまたはタンパク質レベルに関して分析し、この場合、化学化合物に対する感度とそのマーカーの発現レベルまたはタンパク質レベルとの間に相関が存在し、
(c)前記少なくとも1つのマーカーの発現レベルまたはタンパク質レベルに基づいて患者を特定することを含む。
(a)患者の癌から得られた試料を、α−チューブリンアイソタイプ、β−チューブリンアイソタイプおよび微小管関連生体分子からなる群から選択される少なくとも1つのマーカーの発現レベルまたはタンパク質レベルに関して分析し、この場合、化学化合物に対する感度と前記マーカーの発現レベルまたはタンパク質レベルとの間に相関が存在し、
(b)前記少なくとも1つのマーカーの発現レベルまたはタンパク質レベルに基づいて患者を特定することを含む。
(a)細胞、典型的には癌細胞を準備し、
(b)前記細胞を上記の式(I)の化合物に接触させ、
(c)前記細胞を、成長阻害についてアッセイし、
(d)前記細胞中のチューブリンアイソタイプまたは微小管関連遺伝子の発現を測定し、
(e)前記1つ以上のチューブリンアイソタイプまたは微小管関連生体分子の発現レベルまたはタンパク質レベルと、試験される化合物に対する感受性との相関を決定することを含む。特定の態様では、相関を決定する方法は、インビトロの方法である。特定の態様では、相関は、直線回帰分析を利用して決定する。別の態様では、相関は、段階的重回帰分析(multiple stepwise regression analysis)を利用することにより決定する。
以下に、本願明細書および本願特許請求の範囲で使用される化学用語を説明する。
本発明は、特定の化学療法薬による治療のための対象者となる癌患者、またはその反対に、特定の化学療法薬による治療のための対象者とでない癌患者を特定する方法および材料を提供する。具体的には、患者の持つ癌が所定の化学療法薬に対して感受性である場合には、その患者が治療のために選択され、薬剤が癌に影響を与えないのであれば、その患者は選択されない。本発明はさらに、患者が治療のために選択された場合、その患者を治療するための方法および材料を提供する。最後に、本発明は、チューブリンアイソタイプおよびチューブリン関連タンパク質を発現する癌細胞中の微小管の会合(結合)/解離に影響を与える化学化合物を特定するための方法および材料を提供する。特定の遺伝子の発現と試験化合物との相関は、当分野で公知の統計学的方法を用いて決められる。
化学療法の投薬計画を実施するために患者を選択する場合には、その患者の癌は、供給すべき化学療法薬に対して感受性である。例えば、薬剤は、その患者を治癒し、腫瘍組織量を減少させ、転移を防止し、または癌のさらなる成長を防止し得る。治療のためにその患者を選ぶかどうかを判断する場合、薬剤の副作用、患者の病状、予後診断、癌の病期、他の治療手段を使用して上手くいったかもしくはいかなかったか等も考慮してよい。上記のような考慮のための追加的な因子は、治療を行う医師には明らかである。
本発明の特定の態様では、患者から得られた癌細胞中で発現されるチューブリンの1つ以上のアイソタイプを測定する。特定の態様では、特定の癌細胞は、α−チューブリンおよびβ−チューブリンそれぞれから1つのタイプのみを発現する。より一般的には、細胞は、多数のアイソタイプを、典型的には異なるレベルで発現する。別の態様では、癌細胞群内の異なる細胞は、同じアイソタイプを発現するかまたは異なるアイソタイプを発現する。ヒトにおいては、微小管は、α−チューブリンおよびβ−チューブリンの二量体の連続体からなっている。微小管は、運動、形態形成、細胞間輸送、細胞形状、有糸分裂および減数分裂を含む、細胞の多くの機能に関係する(Desai et al., Annu. Rev. Cell Dev. Biol. 13:83-117, 1997、Oakley、Trends Cell Biol. 10:537-542, 2000、Sharp et al., Nature 407:41-47, 2000、これらの各文献は、参照により本願に組み込まれる)。
b等電点は、NCBIタンパク質データベース(登録番号は1列目に記載)によるチューブリン一次配列に基づき、ExPaSy Compute pl/MWツールにより計算した。
c独特のC末端を有する2つのβIVa−チューブリン配列が、NCBIタンパク質データベースで見出されている。上のC末端配列は、ヒトの脳で見出され、下の配列は、ヒトの希突起グリオーマおよびマウスの脳で見出されるものである。
ある患者が、特定の化学化合物による治療に適した対象者であるかどうかを判定する場合、その判定でチューブリンアイソタイプだけでなく、別の微小管関連生体分子を、チューブリンアイソタイプと組み合わせてまたはそれ単独で評価してもよい。微小管の会合または解離に直接的または間接的に関わることが知られている任意の生体分子が、本発明のシステムにおいて有用となり得る。この生体分子には、ポリヌクレオチド(例えば、mRNA、遺伝子)、タンパク質、ペプチド、細胞小器官、代謝産物(例えば、GTP、GDP)等が含まれていてよい。微小管の会合または解離に関連することが知られている生体分子の特定の例には、中心小体、中心体(微小管形成中心(MTOC)としても知られる)、γ−チューブリン、微小管関連タンパク質(MAP)、キナーゼ、ホスホリラーゼおよび崩壊促進タンパク質が含まれる。本発明は、現時点では特定されていない別の微小管関連生体分子の使用も含む。
特定のチューブリンアイソタイプもしくは微小管関連生体分子、またはこれらの組合せの発現レベルまたはタンパク質レベルに基づき、特定の化学化合物を使用する治療のために患者を選ぶ。特定の態様では、患者を治療するために使用する化学化合物は、微小管の会合/解離を阻害することが知られている化合物である。特定の態様では、この化合物はα−チューブリンに結合する。別の態様では、この化合物はβ−チューブリンに結合する。特定の態様では、化学化合物は有機化合物である。特定の態様では、化学化合物は小分子である。特定の態様では、化合物は、抗腫瘍作用を有する。化合物は、ヒトへの使用に関してFDAによって認可されているものであっても、ヒトへの使用に関してFDAによって審査中のものであってもよい。
R1、R2、R4、R5およびR6のそれぞれは、独立して、H、C1〜6アルキル、C1〜6ハロアルキル、C1〜6ヒドロキシアルキル、C1〜6アミノアルキル、C6〜10アリール、C6〜10ハロアリール(例えば、p−フルオロフェニルまたはp−クロロフェニル)、C6〜10ヒドロキシアリール、C1〜4アルコキシ−C6アリール(例えば、p−メトキシフェニル、3,4,5−トリメトキシフェニル、p−エトキシフェニルまたは3,5−ジエトキシフェニル)、C6〜10アリール−C1〜6アルキル(例えば、ベンジルまたはフェネチル)、C1〜6アルキル−C6〜10アリール、C6〜10ハロアリール−C1〜6アルキル、C1〜6アルキル−C6〜10ハロアリール、(C1〜3アルコキシ−C6アリール)−C1〜3アルキル、C2〜9ヘテロ環式ラジカル、C2〜9ヘテロ環式ラジカル−C1〜6アルキル、C2〜9ヘテロアリール、およびC2〜9ヘテロアリール−C1〜6アルキルから選択され、
DおよびD’のそれぞれは、独立して、R3およびOR3から選択され、R3はH、C1〜3アルキルまたはC1〜3ハロアルキルであり、
nに対応する値は、1または好ましくは0であり、これにより、6員環または5員環が形成され、この場合、環は置換されていなくても置換されていてもよく、Eは、−R5または−OR5であり、かつヘテロ環式ラジカルまたはシクロアルキルであり、例えば、Gは、S、SH2、NR6または好ましくはOであり、
JおよびJ’は独立して、H、C1〜6アルコキシまたはC1〜6アルキルであり、あるいはJおよびJ’は、合わせて=CH2または−O−(直鎖または分枝C1〜5アルキレンまたはアルキリデン)−O−、例えば、環外メチリデン、イソプロピリデン、メチレンまたはエチレンであり、
Qは、C1〜3アルキル、好ましくはメチルであり、
Tは、メチレン、エチレン、またはエテニレンであって、任意に(CO)OR7で置換されており、R7はHまたはC1〜6アルキルであり、
UおよびU’は独立して、H、C1〜6アルコキシまたはC1〜6アルキルであり、あるいはUおよびU’は、合わせて=CH2または−O−(直鎖または分枝C1〜5アルキレンまたはアルキリデン)−O−であり、
Xは、HまたはC1〜6アルコキシであり、
YおよびY’は独立して、HまたはC1〜6アルコキシであり、あるいはYおよびY’は、合わせて=O、=CH2または−O−(直鎖もしくは分枝C1〜5アルキレンもしくはアルキリデン)−O−であり、
ZおよびZ’は独立して、HまたはC1〜6アルコキシであり、あるいはZおよびZ’は、合わせて=O、=CH2または−O−(直鎖または分枝C1〜5アルキレンまたはアルキリデン)−O−である。
本発明の発明者によって構築された、ハリコンドリンBアナログE7389およびヘミアステリンアナログE7974と、チューブリンアイソタイプまたは微小管関連生体分子の発現との相関に鑑みて、他の化合物と他のマーカーとの相関が決定可能あることが当業者によって理解されるであろう。このような相関は、上述の患者を特定する方法および患者を治療する方法で使用されるであろう。また、このような相関によって、より良い、より効果的な治療が癌患者に提供されるであろう。特定の態様では、上記相関を構築するのに使用される化学化合物は、抗微小管剤(つまり、微小管の会合または解離を阻害する薬剤)である。特定の態様では、この化合物は、微小管、またはα−チューブリン、またはβ−チューブリンを結合する。別の特定の態様では、この化合物は、本明細書に記載のハリコンドリンBアナログである。
臨床医師または研究者が本発明の方法を実施するためのキットは、使用のために都合良く包装された、材料、試薬、装置および指示書を含んでいてよい。このキットは、ポリヌクレオチド(例えば、プライマー、PCRプライマー、プローブ、DNA、RNA、DNAアナログ等)、バッファ、酵素(例えば、リガーゼ、エンドヌクレアーゼ、ホスファターゼ、キナーゼ、プロテアーゼ、ポリメラーゼ、熱安定性ポリメラーゼ等)、エッペンドルフ管、取扱解説書、ヌクレオチド、クロマトグラフィ材料もしくは装置(例えば、ゲルろ過、イオン交換、サイズ排除)、スピンカラム、試験化合物(例えば、ハリコンドリンBアナログ、パクリタキセル(Taxol(登録商標))、タキソテール、コルヒチン、ビンブラスチン、ノコダゾール、他の抗微小管剤)、細胞株(癌細胞株、乳癌細胞株、肺癌細胞株、卵巣癌細胞株)、成長媒体、溶剤(例えば、DMSO、DMF)を含んでいてよい。
材料および方法
細胞株
以下のヒトの乳癌細胞株は、ATCCより得た。この細胞は、ATCC推奨の培養条件に従って保存した。AU565(ATCCカタログ番号CRL−2351)、BT−20(ATCCカタログ番号HTB−19)、MCF7(ATCCカタログ番号HTB22)、MDA−MB−231(ATCCカタログ番号HTB−26)、MDA−MB−435(ATCCカタログ番号HTB−129)、MDA−MB−468(ATCCカタログ番号HTB−132)、HCC38(ATCCカタログ番号CRL−2314)、HCC70(ATCCカタログ番号CRL−2315)、HCCl143(ATCCカタログ番号CRL−2321)、HCC1428(ATCCカタログ番号CRL−2327)、HCC1500(ATCCカタログ番号CRL−2329)、HCC1806(ATCCカタログ番号CRL−2335)、HCC1954(ATCCカタログ番号CRL−2338)、HCC2218(ATCCカタログ番号CRL−2343)、UACC−812(ATCCカタログ番号CRL−1897)、UACC−893(ATCCカタログ番号CRL−1902)、ZR−75−1(ATCCカタログ番号CRL−1500)、ZR−75−30(ATCCカタログ番号CRL−1504)。
培養したヒト乳癌細胞を、96ウェルプレートに入れ、試験化合物を連続的に存在させながら4〜7日間、成長させた。細胞を試験化合物に7日間曝すためには、4日間の曝露後、媒体を、化合物を含む新鮮な媒体と入れ替え、細胞をさらに3日間インキュベートする。細胞の成長は、メチレンブルーをベースとしたマイクロ培養アッセイの変形(Amin et al., Cancer Res., 47:6040-6045, 1987、参照により本願に組み込まれる)を利用して評価した(Finlay et al, Anal. Biochem., 139:272-277, 1984、参照により本願に組み込まれる)。
トータル細胞RNA分離のために、細胞をトリプシン処理によって採取した。細胞は、リン酸塩緩衝生理的食塩水(PBS)で2回洗浄した。RNAlater RNA安定化試薬(Quiagen)を細胞ペレットに添加し、RNAが分離するまで試料を80℃で保存した。RNeasy Protect Mini Kit(Qiagen、カタログ番号74124)を使用して、細胞からトータルRNA分離を実施した。このプロセスでは、製造者の標準的なプロトコルを使用した。QIAshredderスピンカラム(Qiagen、カタログ番号79654)を使用して試料を均一化し、いかなるDNA汚染をも除去するために、オンカラムのデオキシリボヌクレアーゼ(DNase)消化ステップ(RNase-Free DNaseセット、Qiagen、カタログ番号79254)も使用した。
β−チューブリン遺伝子
7つのβ−チューブリン遺伝子(I型アイソタイプ、遺伝子HM40/TUBB;II型アイソタイプ、遺伝子Hb9/TUBB2;III型アイソタイプ、遺伝子Hb4/TUBB4;IVa型アイソタイプ、遺伝子Hb5/TUBB5;IVb型アイソタイプ、遺伝子Hb2;V型アイソタイプ、5−beta/Beta V;およびVI型アイソタイプ、遺伝子Hbl/TUBBl)は、5’末端領域において互いに高度にホモログである(高度の同相性を示す)。そのため、ホモロジーが低い遺伝子の各3’末端からアンプリコン(amplicion)を選択した。遺伝子特異的なプライマーおよびプローブの配列を表1に示す。プローブは、FAMレポーターおよびTAMRAクエンチャーによって標識した。合成されたcDNAの1μLの全量を、対象とする各遺伝子のPCR増幅のための基材(substrate)として用いた。96ウェルプレートにおいて、遺伝子特異的なプライマーおよびプローブを使用して、ABI PRISM 7700配列検出システム(Applied Biosystems, Foster City, CA)により定量リアルタイムPCRを実施した。各試料を、TaqMan Universal PCR Master Mix(Applied Biosystems、カタログ番号4304437)を使用してトリプリケート(triplicate)で評価した。製造者が提案する熱サイクル条件を、59℃のアニール温度で使用した。
遺伝子の3’末端から設計されたスタトミンおよびMAP4のフォワードプライマーおよびリバースプライマーを、表1に示す。Tauおよび6つのα−チューブリン遺伝子の特異的なプローブおよびプライマーは、Applied Biosystems より得た(表2)。スタトミンおよびMAP4mRNAの定量分析は、Taqman One-Step RT-PCR Master Mix Reagentsキットを使用して実施した(Applied Biosystems、カタログ番号4309169)。標準的な熱サイクルパラメータを使用して、48℃での30分インキュベーションおよび95℃での10分インキュベーション後に、95℃で15秒インキュベーションおよび60℃での1分インキュベーションのサイクルを40回行った。α−チューブリンアイソタイプの発現を、上述のβ−チューブリンアイソタイプの時と同じように分析した。
遺伝子発現の相対的な量に対する標準的な比較CT法を使用した(ABI tutorial)。遺伝子発現レベルは、対照とするGAPDHの発現レベルで標準化した。比較のために、AU565細胞群中の対象の遺伝子の発現レベルを参照(ベースライン)対照として選択した。
4つのチューブリン結合抗癌剤の抗増殖効果を、メチレンブルーを用いた細胞成長阻害アッセイによって、ヒト乳癌細胞の19株のパネルで評価した。この研究では、次の薬剤、ハリコンドリンアナログE7389、ヘミアステリンアナログE7974、ビンブラスチンおよびパクリタキセルを使用した。それぞれのIC50の測定は、少なくとも3つの別々の実験で行った。多剤耐性排出ポンプ(P−グリコタンパク質、つまりPgP)の存在は、試験薬剤に対する細胞株の感受性に著しく影響を及ぼし得るので、β−チューブリンの発現と試験薬剤に対する細胞株の感受性との相関が明らかにならない可能性もある。したがって、PgPの発現を検証するために、細胞株を、PgPブロッカーのベラパミルの影響を監視することにより試験した。試験された細胞群のいずれにも、PgP発現の証拠は見られなかった。細胞成長阻害に対するIC50の平均値を表3に示す。E7389は、4つの化合物のうちで最も活性が大きく、乳癌細胞株の成長を、0.29〜1.8nMのIC50値で阻害した。最も感度の大きい細胞株と最も感度の低い細胞株とでのIC50の値の比(fold-difference)は、4つの全化合物に関してほぼ同じであった(E7389、E7974、パクリタキセルおよびビンブラスチンについて、それぞれ6.2、6.8、5.8および5.6)。薬剤間での相関は、3つの微小管重合阻害剤、E7974、E7389およびビンブラスチンの間ではそれらに対する感度で観察されが、微小管重合安定剤であるパクリタキセルとの間では観察されなかった。
この実施例では、特定の抗微小管剤を使用する治療のための患者を選ぶ際の、遺伝子チップマイクロアレイの使用を記載する。
以上、特定の非限定的な本発明の好ましい態様を説明した。しかし、特許請求の範囲に記載の本発明の思想または範囲から逸脱しなければ、上記説明に対して変形および変更が可能であることは、当業者によって理解されるであろう。
Claims (107)
- 化学化合物による治療のために、癌を持つ患者を特定する方法であって、
(a)前記患者の癌から試料を得て、
(b)前記試料を、α−チューブリンアイソタイプ、β−チューブリンアイソタイプおよび微小管関連生体分子を含む群から選択される少なくとも1つのマーカーの発現レベルまたはタンパク質レベルに関して分析し、この場合、前記化学化合物に対する感度と前記マーカーの発現レベルまたはタンパク質レベルとの間に相関が存在し、
前記化学化合物が、式(I)
[式中、Aは、C1〜6の飽和またはC2〜6の不飽和の炭化水素骨格であり、この骨格は、置換されていないか、またはシアノ、ハロ、アジド、Q1およびオキソを含む群から選択される1〜13個の置換基を有しており、ここで、各Q1は独立して、OR1、SR1、SO2R1、OSO2R1、NR2R1、NR2(CO)R1、NR2(CO)(CO)R1、NR4(CO)NR2R1、NR2(CO)OR1、(CO)OR1、O(CO)R1、(CO)NR2R1およびO(CO)NR2R1から選択され、
R1、R2、R4、R5およびR6のそれぞれは、独立して、H、C1〜6アルキル、C1〜6ハロアルキル、C1〜6ヒドロキシアルキル、C1〜6アミノアルキル、C6〜10アリール、C6〜10ハロアリール、C6〜10ヒドロキシアリール、C1〜4アルコキシ−C6アリール、C6〜10アリール−C1〜6アルキル、C1〜6アルキル−C6〜10アリール、C6〜10ハロアリール−C1〜6アルキル、C1〜6アルキル−C6〜10ハロアリール、(C1〜3アルコキシ−C6アリール)−C1〜3アルキル、C2〜9ヘテロ環式ラジカル、C2〜9ヘテロ環式ラジカル−C1〜6アルキル、C2〜9ヘテロアリールおよびC2〜9ヘテロアリール−C1〜6アルキルから選択され、
DおよびD’のそれぞれは、独立して、R3およびOR3から選択され、R3はH、C1〜3アルキルまたはC1〜3ハロアルキルであり、
nに対応する値は、1または0であり、これにより、6員環または5員環が形成され、この場合、環は置換されていなくても置換されていてもよく、Eは、−R5または−OR5であり、かつヘテロ環式ラジカルまたはシクロアルキルであってよく、Gは、S、SH2、NR6または好ましくはOであり、
JおよびJ’は独立して、H、C1〜6アルコキシまたはC1〜6アルキルであり、あるいはJおよびJ’は、合わせて=CH2または−O−(直鎖または分枝C1〜5アルキレンまたはアルキリデン)−O−であり、
Qは、C1〜3アルキルであり、
Tは、メチレン、エチレンまたはエテニレンであって、任意に(CO)OR7で置換されており、R7は、HまたはC1〜6アルキルであり、
UおよびU’は独立して、H、C1〜6アルコキシまたはC1〜6アルキルであり、あるいはUおよびU’は、合わせて=CH2または−O−(直鎖または分枝C1〜5アルキレンまたはアルキリデン)−O−であり、
Xは、HまたはC1〜6アルコキシであり、
YおよびY’は独立して、HまたはC1〜6アルコキシであり、あるいはYおよびY’は、合わせて=O、=CH2または−O−(直鎖もしくは分枝C1〜5アルキレンもしくはアルキリデン)−O−であり、
ZおよびZ’は独立して、HまたはC1〜6アルコキシであり、あるいはZおよびZ’は、合わせて=O、=CH2または−O−(直鎖または分枝C1〜5アルキレンまたはアルキリデン)−O−である]を有するか、あるいは薬学的に許容されるその塩であり、
(c)前記少なくとも1つのマーカーの発現レベルまたはタンパク質レベルに基づいて患者を特定する、ステップを含む方法。 - 前記化学化合物が、式(IV)
[式中、Aは、C1〜6の飽和またはC2〜6の不飽和の炭化水素骨格であって、この骨格は、置換されていないか、またはアジド、ヒドロキシ、OR1、NH2、NR1R2、NR2(CO)R1、NR2(CO)(CO)R1、NR4(CO)NR2R1およびNR2(CO)OR1を含む群から選択される1〜4個の置換基を有し、
R1、R2およびR4のそれぞれは、独立して、H、C1〜6アルキル、C1〜6ハロアルキル、C1〜6ヒドロキシアルキル、C1〜6アミノアルキル、C6〜10アリール、C6〜10ハロアリール、C6〜10ヒドロキシアリール、C1〜4アルコキシ−C6アリール、C6〜10アリール−C1〜6アルキル、C1〜6アルキル−C6〜10アリール、C6〜10ハロアリール−C1〜6アルキル、C1〜6アルキル−C6〜10ハロアリール、(C1〜3アルコキシ−C6アリール)−C1〜3アルキル、C2〜9ヘテロ環式ラジカル、C2〜9ヘテロ環式ラジカル−C1〜6アルキル、C2〜9ヘテロアリールおよびC2〜9ヘテロアリール−C1〜6アルキルから選択される]を有する、請求項1に記載の方法。 - 前記マーカーが、α−チューブリンアイソタイプを含む群から選択される、請求項1に記載の方法。
- 前記マーカーが、β−チューブリンアイソタイプを含む群から選択される、請求項1に記載の方法。
- 前記マーカーが、1型α−チューブリンアイソタイプ(TUBA3/b−α1)、6型α−チューブリンアイソタイプ(TUBA6)、III型β−チューブリンアイソタイプ(Hβ4/TUBB4)、IVa型β−チューブリンアイソタイプ(Hβ5/TUBB5)、IVb型β−チューブリンアイソタイプ(Hβ2)、V型β−チューブリンアイソタイプ(5−beta/Beta V)およびVI型β−チューブリンアイソタイプ(Hβ1/TUBBl)を含む群から選択される、請求項1に記載の方法。
- 前記マーカーが、III型β−チューブリンアイソタイプ(Hβ4/TUBB4)、IVb型β−チューブリンアイソタイプ(Hβ2)、V型β−チューブリンアイソタイプ(5−beta/Beta V)およびVI型β−チューブリンアイソタイプ(Hβ1/TUBBl)を含む群から選択される、請求項1に記載の方法。
- 前記マーカーが、III型β−チューブリンアイソタイプ(Hb4/TUBB4)である、請求項1に記載の方法。
- 前記マーカーが、スタトミンである、請求項1に記載の方法。
- 前記マーカーが、MAP4である、請求項1に記載の方法。
- 少なくとも2つのマーカーの発現レベルまたはタンパク質レベルを分析する、請求項1に記載の方法。
- 少なくとも2つのマーカーの発現レベルまたはタンパク質レベルを分析し、該少なくとも2つのマーカーが、1型α−チューブリンアイソタイプ(TUBA3/b−α1)、6型α−チューブリンアイソタイプ(TUBA6)、III型β−チューブリンアイソタイプ(Hβ4/TUBB4)、IVa型β−チューブリンアイソタイプ(Hβ5/TUBB5)、IVb型β−チューブリンアイソタイプ(Hβ2)、V型β−チューブリンアイソタイプ(5−beta/Beta V)、VI型β−チューブリンアイソタイプ(Hβ1/TUBBl)、スタトミンおよびMAP4を含む群から選択される、請求項1に記載の方法。
- 少なくとも3つのマーカーの発現レベルまたはタンパク質レベルを分析する、請求項1に記載の方法。
- 少なくとも3つのマーカーの発現レベルまたはタンパク質レベルを分析し、該少なくとも3つのマーカーが、1型α−チューブリンアイソタイプ(TUBA3/b−α1)、6型α−チューブリンアイソタイプ(TUBA6)、III型β−チューブリンアイソタイプ(Hβ4/TUBB4)、IVa型β−チューブリンアイソタイプ(Hβ5/TUBB5)、IVb型β−チューブリンアイソタイプ(Hβ2)、V型β−チューブリンアイソタイプ(5−beta/Beta V)、VI型β−チューブリンアイソタイプ(Hβ1/TUBBl)、スタトミンおよびMAP4を含む群から選択される、請求項1に記載の方法。
- 前記癌が、乳癌、卵巣癌および肺癌を含む群から選択される、請求項1に記載の方法。
- 前記癌が、乳癌である、請求項1に記載の方法。
- 前記癌が、多剤耐性の癌である、請求項1に記載の方法。
- 前記癌の細胞が、P−グリコタンパク質(PgP)を発現する、請求項1に記載の方法。
- 前記癌が、パクリタキセル耐性の癌である、請求項1に記載の方法。
- 前記癌から試料を得るステップが、前記癌の生体検査の試料を得ることを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記癌から試料を得るステップが、前記癌からRNAの試料を得ることを含む、請求項1に記載の方法。
- RNAの試料を得た後に、該RNAをcDNAに逆転写することをさらに含む、請求項25に記載の方法。
- 前記マーカーに対して特異的なプライマーを使用してcDNAにおいてPCRを実施し、
前記マーカーの発現を測定するステップをさらに含む、請求項26に記載の方法。 - cDNAを、α−チューブリンアイソタイプ、β−チューブリンアイソタイプおよび微小管関連タンパク質を含む群から選択される前記マーカーに対して特異的なプローブのアレイに接触させ、
前記マーカーの発現レベルを定量するステップをさらに含む、請求項25に記載の方法。 - 前記癌から試料を得るステップが、前記癌からタンパク質の試料を得ることを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記試料に、前記マーカーに対して特異的な抗体に接触させるステップをさらに含む、請求項29に記載の方法。
- 前記試料を、前記マーカーに関して、質量分析を用いて分析するステップをさらに含む、請求項29に記載の方法。
- 前記癌から試料を得るステップが、前記癌から細胞の試料を得ることを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記少なくとも1つのマーカーの発現レベルまたはタンパク質レベルに基づいて患者を特定するステップが、前記少なくとも1つのマーカーの増加したレベルに基づいて患者を特定することを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記少なくとも1つのマーカーの増加したレベルが、対照細胞中のレベルの少なくとも2倍である、請求項33に記載の方法。
- 前記少なくとも1つのマーカーの増加したレベルが、対照細胞中のレベルの少なくとも3倍である、請求項33に記載の方法。
- 前記少なくとも1つのマーカーの増加したレベルが、対照細胞中のレベルの少なくとも5倍である、請求項33に記載の方法。
- α−チューブリンアイソタイプ、β−チューブリンアイソタイプおよび微小管関連生体分子からなる群から選択される少なくとも1つのマーカーの発現レベルまたはタンパク質レベルに基づいて、癌を持つ患者を治療するための化合物を選択する方法であって、
α−チューブリンアイソタイプ、β−チューブリンアイソタイプおよび微小管関連生体分子からなる群から選択された少なくとも1つのマーカーの発現レベルまたはタンパク質レベルに基づいて、式(I)
[式中、Aは、C1〜6の飽和またはC2〜6の不飽和の炭化水素骨格であり、この骨格は、置換されていないか、またはシアノ、ハロ、アジド、Q1およびオキソを含む群から選択される1〜13個の置換基を有しており、ここで、各Q1は独立して、OR1、SR1、SO2R1、OSO2R1、NR2R1、NR2(CO)R1、NR2(CO)(CO)R1、NR4(CO)NR2R1、NR2(CO)OR1、(CO)OR1、O(CO)R1、(CO)NR2R1およびO(CO)NR2R1から選択され、
R1、R2、R4、R5およびR6のそれぞれは、独立して、H、C1〜6アルキル、C1〜6ハロアルキル、C1〜6ヒドロキシアルキル、C1〜6アミノアルキル、C6〜10アリール、C6〜10ハロアリール、C6〜10ヒドロキシアリール、C1〜4アルコキシ−C6アリール、C6〜10アリール−C1〜6アルキル、C1〜6アルキル−C6〜10アリール、C6〜10ハロアリール−C1〜6アルキル、C1〜6アルキル−C6〜10ハロアリール、(C1〜3アルコキシ−C6アリール)−C1〜3アルキル、C2〜9ヘテロ環式ラジカル、C2〜9ヘテロ環式ラジカル−C1〜6アルキル、C2〜9ヘテロアリールおよびC2〜9ヘテロアリール−C1〜6アルキルから選択され、
DおよびD’のそれぞれは、独立して、R3およびOR3から選択され、R3はH、C1〜3アルキルまたはC1〜3ハロアルキルであり、
nに対応する値は、1または0であり、これにより、6員環または5員環が形成され、この場合、環は置換されていなくても置換されていてもよく、Eは、−R5または−OR5であり、かつヘテロ環式ラジカルまたはシクロアルキルであってよく、Gは、S、SH2、NR6または好ましくはOであり、
JおよびJ’は独立して、H、C1〜6アルコキシまたはC1〜6アルキルであり、あるいはJおよびJ’は、合わせて=CH2または−O−(直鎖または分枝C1〜5アルキレンまたはアルキリデン)−O−であり、
Qは、C1〜3アルキルであり、
Tは、メチレン、エチレンまたはエテニレンであって、任意に(CO)OR7で置換されており、R7は、HまたはC1〜6アルキルであり、
UおよびU’は独立して、H、C1〜6アルコキシまたはC1〜6アルキルであり、あるいはUおよびU’は、合わせて=CH2または−O−(直鎖または分枝C1〜5アルキレンまたはアルキリデン)−O−であり、
Xは、HまたはC1〜6アルコキシであり、
YおよびY’は独立して、HまたはC1〜6アルコキシであり、あるいはYおよびY’は、合わせて=O、=CH2または−O−(直鎖もしくは分枝C1〜5アルキレンもしくはアルキリデン)−O−であり、
ZおよびZ’は独立して、HまたはC1〜6アルコキシであり、あるいはZおよびZ’は、合わせて=O、=CH2または−O−(直鎖または分枝C1〜5アルキレンまたはアルキリデン)−O−である、あるいは薬学的に許容されるその塩である]の化合物を患者に投与するステップを含む、方法。 - 前記化学化合物が、式(IV)
[式中、Aは、C1〜6の飽和またはC2〜6の不飽和の炭化水素骨格であって、この骨格は、置換されていないか、またはアジド、ヒドロキシ、OR1、NH2、NR1R2、NR2(CO)R1、NR2(CO)(CO)R1、NR4(CO)NR2R1およびNR2(CO)OR1を含む群から選択される1〜4個の置換基を有し、
R1、R2およびR4のそれぞれは、独立して、H、C1〜6アルキル、C1〜6ハロアルキル、C1〜6ヒドロキシアルキル、C1〜6アミノアルキル、C6〜10アリール、C6〜10ハロアリール、C6〜10ヒドロキシアリール、C1〜4アルコキシ−C6アリール、C6〜10アリール−C1〜6アルキル、C1〜6アルキル−C6〜10アリール、C6〜10ハロアリール−C1〜6アルキル、C1〜6アルキル−C6〜10ハロアリール、(C1〜3アルコキシ−C6アリール)−C1〜3アルキル、C2〜9ヘテロ環式ラジカル、C2〜9ヘテロ環式ラジカル−C1〜6アルキル、C2〜9ヘテロアリールおよびC2〜9ヘテロアリール−C1〜6アルキルから選択される]を有する、請求項37に記載の方法。 - 前記マーカーが、α−チューブリンアイソタイプを含む群から選択される、請求項37に記載の方法。
- 前記マーカーが、β−チューブリンアイソタイプを含む群から選択される、請求項37に記載の方法。
- 前記マーカーが、1型α−チューブリンアイソタイプ(TUBA3/b−α1)、6型α−チューブリンアイソタイプ(TUBA6)、III型β−チューブリンアイソタイプ(Hβ4/TUBB4)、IVa型β−チューブリンアイソタイプ(Hβ5/TUBB5)、IVb型β−チューブリンアイソタイプ(Hβ2)、V型β−チューブリンアイソタイプ(5−beta/Beta V)およびVI型β−チューブリンアイソタイプ(Hβ1/TUBBl)を含む群から選択される、請求項37に記載の方法。
- 前記マーカーが、III型β−チューブリンアイソタイプ(Hβ4/TUBB4)、IVb型β−チューブリンアイソタイプ(Hβ2)、V型β−チューブリンアイソタイプ(5−beta/Beta V)およびVI型β−チューブリンアイソタイプ(Hβ1/TUBBl)を含む群から選択される、請求項37に記載の方法。
- 前記マーカーが、III型β−チューブリンアイソタイプ(Hb4/TUBB4)である、請求項37に記載の方法。
- 前記マーカーが、スタトミンである、請求項37に記載の方法。
- 前記マーカーが、MAP4である、請求項37に記載の方法。
- ACCTCAGGCTTCTCAGTTCCC(配列番号15(SEQ ID NO: 15))、
TAGCCGTCTTACTCAACTGCCCCTTTCC(配列番号16)、
CAGCAAACACAAATTCTGAGGG(配列番号17)、
GTGGAAGGAAAGAAGCATGGTC(配列番号18)、
ACTTTAGGTGTGCGCTGGGTCTCTGG(配列番号19)、
GTGACAGGCAACAGTGAAGAGC(配列番号20)、
CCTCGTCCTCCCCACCTAG(配列番号21)、
CCACGTGTGAGCTGCTCCTGTCTCTG(配列番号22)、
AGGCCTGGAGCTGCAATAAG(配列番号23)、
TCTGACCTTTGATCCGCTAGG(配列番号24)、
CCCCCATCTCTGAACCCTAGAGCCC(配列番号25)、
TCAGCCTTGGAGGGAAAGC(配列番号26)、
GGAAGCAGTGTGAACTCTTTATTCAC(配列番号27)、
CCCAGCCTGTCCTGTGGCCTG(配列番号28)、
CAGCAAGTGCACACAGTGGG(配列番号29)、
CCCTGGTGCCTCCTACCCT(配列番号30)、
TGGCCCTGAATGGTGCACTGGTTT(配列番号31)、
GGGCCGACACCAACACAA(配列番号32)、
TGCACTCACCATTAGCTTCGA(配列番号33)、
ACAGGGACTGAGGGAGACAGGTGGG(配列番号34)、および
CCCTAATGCCTGTCAGCTGC(配列番号35)の配列を含む群から選択されるポリヌクレオチド。 - マーカー遺伝子の発現と、化学化合物に対する感受性との相関を構築する方法であって、
細胞を準備し、
前記細胞を、式(I)
[式中、Aは、C1〜6の飽和またはC2〜6の不飽和の炭化水素骨格であり、この骨格は、置換されていないか、またはシアノ、ハロ、アジド、Q1およびオキソを含む群から選択される1〜13個の置換基を有しており、ここで、各Q1は独立して、OR1、SR1、SO2R1、OSO2R1、NR2R1、NR2(CO)R1、NR2(CO)(CO)R1、NR4(CO)NR2R1、NR2(CO)OR1、(CO)OR1、O(CO)R1、(CO)NR2R1およびO(CO)NR2R1から選択され、
R1、R2、R4、R5およびR6のそれぞれは、独立して、H、C1〜6アルキル、C1〜6ハロアルキル、C1〜6ヒドロキシアルキル、C1〜6アミノアルキル、C6〜10アリール、C6〜10ハロアリール、C6〜10ヒドロキシアリール、C1〜4アルコキシ−C6アリール、C6〜10アリール−C1〜6アルキル、C1〜6アルキル−C6〜10アリール、C6〜10ハロアリール−C1〜6アルキル、C1〜6アルキル−C6〜10ハロアリール、(C1〜3アルコキシ−C6アリール)−C1〜3アルキル、C2〜9ヘテロ環式ラジカル、C2〜9ヘテロ環式ラジカル−C1〜6アルキル、C2〜9ヘテロアリールおよびC2〜9ヘテロアリール−C1〜6アルキルから選択され、
DおよびD’のそれぞれは、独立して、R3およびOR3から選択され、R3はH、C1〜3アルキルまたはC1〜3ハロアルキルであり、
nに対応する値は、1または0であり、これにより、6員環または5員環が形成され、この場合、環は置換されていなくても置換されていてもよく、Eは、−R5または−OR5であり、かつヘテロ環式ラジカルまたはシクロアルキルであってよく、Gは、S、SH2、NR6または好ましくはOであり、
JおよびJ’は独立して、H、C1〜6アルコキシまたはC1〜6アルキルであり、あるいはJおよびJ’は、合わせて=CH2または−O−(直鎖または分枝C1〜5アルキレンまたはアルキリデン)−O−であり、
Qは、C1〜3アルキルであり、
Tは、メチレン、エチレン、またはエテニレンであって、任意に(CO)OR7で置換されており、R7はHまたはC1〜6アルキルであり、
UおよびU’は独立して、H、C1〜6アルコキシまたはC1〜6アルキルであり、あるいはUおよびU’は、合わせて=CH2または−O−(直鎖または分枝C1〜5アルキレンまたはアルキリデン)−O−であり、Xは、HまたはC1〜6アルコキシであり、
YおよびY’は独立して、HまたはC1〜6アルコキシであり、あるいはYおよびY’は、合わせて=O、=CH2または−O−(直鎖もしくは分枝C1〜5アルキレンもしくはアルキリデン)−O−であり、
ZおよびZ’は独立して、HまたはC1〜6アルコキシであり、あるいはZおよびZ’は、合わせて=O、=CH2または−O−(直鎖または分枝C1〜5アルキレンまたはアルキリデン)−O−であるか、あるいは薬学的に許容されるその塩である]の化合物と接触させ、
成長の阻害について前記細胞をアッセイし、
前記細胞中のチューブリンアイソタイプまたは微小管関連遺伝子の発現を測定し、
1つ以上のチューブリンアイソタイプまたは微小管関連生体分子の発現レベルまたはタンパク質レベルと、試験される化合物に対する感受性との相関を測定するステップを含む、方法。 - 前記細胞が癌細胞株である、請求項52に記載の方法。
- 前記細胞が、乳癌細胞株、卵巣癌細胞株または肺癌細胞株である、請求項53に記載の方法。
- β−チューブリンアイソタイプの発現を測定する、請求項52に記載の方法。
- 全てのα−およびβ−チューブリンアイソタイプの発現を測定する、請求項52に記載の方法。
- 全てのα−およびβ−チューブリンアイソタイプの発現、ならびにスタトミン、MAP4、Tau、CLIP−170、EBlおよびp150を含む群から選択される他の微小管関連生体分子の発現を測定する、請求項52に記載の方法。
- p値が0.05以下の場合に前記相関が存在する、請求項52に記載の方法。
- p値が0.06以下の場合に前記相関が存在する、請求項52に記載の方法。
- p値が0.10以下の場合に前記相関が存在する、請求項52に記載の方法。
- 化合物による治療のための、癌を持つ患者を特定する方法であって、
(a)患者の癌から得た試料を、α−チューブリンアイソタイプ、β−チューブリンアイソタイプおよび微小管関連生体分子を含む群から選択される少なくとも1つのマーカーの発現レベルまたはタンパク質レベルについて分析し、この場合、化学化合物に対する感度と前記マーカーの発現レベルまたはタンパク質レベルとの間に相関が存在し、
前記化学化合物が、式(I)
[式中、Aは、C1〜6の飽和またはC2〜6の不飽和の炭化水素骨格であり、この骨格は、置換されていないか、またはシアノ、ハロ、アジド、Q1およびオキソを含む群から選択される1〜13個の置換基を有しており、ここで、各Q1は独立して、OR1、SR1、SO2R1、OSO2R1、NR2R1、NR2(CO)R1、NR2(CO)(CO)R1、NR4(CO)NR2R1、NR2(CO)OR1、(CO)OR1、O(CO)R1、(CO)NR2R1およびO(CO)NR2R1から選択され、
R1、R2、R4、R5およびR6のそれぞれは、独立して、H、C1〜6アルキル、C1〜6ハロアルキル、C1〜6ヒドロキシアルキル、C1〜6アミノアルキル、C6〜10アリール、C6〜10ハロアリール、C6〜10ヒドロキシアリール、C1〜4アルコキシ−C6アリール、C6〜10アリール−C1〜6アルキル、C1〜6アルキル−C6〜10アリール、C6〜10ハロアリール−C1〜6アルキル、C1〜6アルキル−C6〜10ハロアリール、(C1〜3アルコキシ−C6アリール)−C1〜3アルキル、C2〜9ヘテロ環式ラジカル、C2〜9ヘテロ環式ラジカル−C1〜6アルキル、C2〜9ヘテロアリールおよびC2〜9ヘテロアリール−C1〜6アルキルから選択され、
DおよびD’のそれぞれは、独立して、R3およびOR3から選択され、R3はH、C1〜3アルキルまたはC1〜3ハロアルキルであり、
nに対応する値は、1または0であり、これにより、6員環または5員環が形成され、この場合、環は置換されていなくても置換されていてもよく、Eは、−R5または−OR5であり、かつヘテロ環式ラジカルまたはシクロアルキルであってよく、Gは、S、SH2、NR6または好ましくはOであり、
JおよびJ’は独立して、H、C1〜6アルコキシまたはC1〜6アルキルであり、あるいはJおよびJ’は、合わせて=CH2または−O−(直鎖または分枝C1〜5アルキレンまたはアルキリデン)−O−であり、
Qは、C1〜3アルキルであり、
Tは、メチレン、エチレン、またはエテニレンであって、任意に(CO)OR7で置換されており、R7はHまたはC1〜6アルキルであり、
UおよびU’は独立して、H、C1〜6アルコキシまたはC1〜6アルキルであり、あるいはUおよびU’は、合わせて=CH2または−O−(直鎖または分枝C1〜5アルキレンまたはアルキリデン)−O−であり、
Xは、HまたはC1〜6アルコキシであり、
YおよびY’は独立して、HもしくはC1〜6アルコキシであり、またはYおよびY’は、合わせて=O、=CH2もしくは−O−(直鎖もしくは分枝C1〜5アルキレンもしくはアルキリデン)−O−であり、
ZおよびZ’は独立して、HまたはC1〜6アルコキシであり、あるいはZおよびZ’は、合わせて=O、=CH2または−O−(直鎖または分枝C1〜5アルキレンまたはアルキリデン)−O−である、あるいは薬学的に許容されるその塩である]を有しており、
(b)前記少なくとも1つのマーカーの発現レベルまたはタンパク質レベルに基づいて患者を特定するステップを含む、方法。 - 前記化学化合物が、式(IV)
[式中、Aは、C1〜6の飽和またはC2〜6の不飽和の炭化水素骨格であって、この骨格は、置換されていないか、またはアジド、ヒドロキシ、OR1、NH2、NR1R2、NR2(CO)R1、NR2(CO)(CO)R1、NR4(CO)NR2R1およびNR2(CO)OR1を含む群から選択される1〜4個の置換基を有し、
R1、R2およびR4のそれぞれは、独立して、H、C1〜6アルキル、C1〜6ハロアルキル、C1〜6ヒドロキシアルキル、C1〜6アミノアルキル、C6〜10アリール、C6〜10ハロアリール、C6〜10ヒドロキシアリール、C1〜4アルコキシ−C6アリール、C6〜10アリール−C1〜6アルキル、C1〜6アルキル−C6〜10アリール、C6〜10ハロアリール−C1〜6アルキル、C1〜6アルキル−C6〜10ハロアリール、(C1〜3アルコキシ−C6アリール)−C1〜3アルキル、C2〜9ヘテロ環式ラジカル、C2〜9ヘテロ環式ラジカル−C1〜6アルキル、C2〜9ヘテロアリールおよびC2〜9ヘテロアリール−C1〜6アルキルから選択される]を有する、請求項61に記載の方法。 - 前記マーカーが、α−チューブリンアイソタイプを含む群から選択される、請求項61に記載の方法。
- 前記マーカーが、β−チューブリンアイソタイプを含む群から選択される、請求項61に記載の方法。
- 前記マーカーが、1型α−チューブリンアイソタイプ(TUBA3/b−α1)、6型α−チューブリンアイソタイプ(TUBA6)、III型β−チューブリンアイソタイプ(Hβ4/TUBB4)、IVa型β−チューブリンアイソタイプ(Hβ5/TUBB5)、IVb型β−チューブリンアイソタイプ(Hβ2)、V型β−チューブリンアイソタイプ(5−beta/Beta V)およびVI型β−チューブリンアイソタイプ(Hβ1/TUBBl)を含む群から選択される、請求項61に記載の方法。
- 前記マーカーが、III型β−チューブリンアイソタイプ(Hβ4/TUBB4)、IVb型β−チューブリンアイソタイプ(Hβ2)、V型β−チューブリンアイソタイプ(5−beta/Beta V)およびVI型β−チューブリンアイソタイプ(Hβ1/TUBBl)を含む群から選択される、請求項61に記載の方法。
- 前記マーカーが、III型β−チューブリンアイソタイプ(Hb4/TUBB4)である、請求項61に記載の方法。
- 前記マーカーが、スタトミンである、請求項61に記載の方法。
- 前記マーカーが、MAP4である、請求項61に記載の方法。
- 少なくとも2つのマーカーの発現レベルまたはタンパク質レベルを分析する、請求項61に記載の方法。
- 少なくとも2つの前記マーカーの発現レベルまたはタンパク質レベルを分析し、該少なくとも2つのマーカーが、1型α−チューブリンアイソタイプ(TUBA3/b−α1)、6型α−チューブリンアイソタイプ(TUBA6)、III型β−チューブリンアイソタイプ(Hβ4/TUBB4)、IVa型β−チューブリンアイソタイプ(Hβ5/TUBB5)、IVb型β−チューブリンアイソタイプ(Hβ2)、V型β−チューブリンアイソタイプ(5−beta/Beta V)、VI型β−チューブリンアイソタイプ(Hβ1/TUBBl)、スタトミンおよびMAP4を含む群から選択される、請求項61に記載の方法。
- 少なくとも3つのマーカーの発現レベルまたはタンパク質レベルを分析する、請求項61に記載の方法。
- 少なくとも3つのマーカーの発現レベルまたはタンパク質レベルを分析し、該少なくとも3つのマーカーが、1型α−チューブリンアイソタイプ(TUBA3/b−α1)、6型α−チューブリンアイソタイプ(TUBA6)、III型β−チューブリンアイソタイプ(Hβ4/TUBB4)、IVa型β−チューブリンアイソタイプ(Hβ5/TUBB5)、IVb型β−チューブリンアイソタイプ(Hβ2)、V型β−チューブリンアイソタイプ(5−beta/Beta V)、VI型β−チューブリンアイソタイプ(Hβ1/TUBBl)、スタトミンおよびMAP4を含む群から選択される、請求項61に記載の方法。
- 前記癌が、乳癌、卵巣癌および肺癌を含む群から選択される、請求項61に記載の方法。
- 前記癌が乳癌である、請求項61に記載の方法。
- 前記癌が多剤耐性の癌である、請求項61に記載の方法。
- 前記癌の細胞が、P−グリコタンパク質(PgP)を発現する、請求項61に記載の方法。
- 前記癌が、パクリタキセル耐性の癌である、請求項61に記載の方法。
- 前記少なくとも1つのマーカーの発現レベルまたはタンパク質レベルに基づいて患者を特定するステップが、前記少なくとも1つのマーカーの増加したレベルに基づいて患者を特定することを含む、請求項61に記載の方法。
- 前記少なくとも1つのマーカーの増加したレベルが、対照細胞中のレベルの少なくとも2倍である、請求項84に記載の方法。
- 前記少なくとも1つのマーカーの増加したレベルが、対照細胞中のレベルの少なくとも3倍である、請求項84に記載の方法。
- 前記少なくとも1つのマーカーの増加したレベルが、対照細胞中のレベルの少なくとも5倍である、請求項84に記載の方法。
- 式(I)
[式中、Aは、C1〜6の飽和またはC2〜6の不飽和の炭化水素骨格であり、この骨格は、置換されていないか、またはシアノ、ハロ、アジド、Q1およびオキソを含む群から選択される1〜13個の置換基を有しており、ここで、各Q1は独立して、OR1、SR1、SO2R1、OSO2R1、NR2R1、NR2(CO)R1、NR2(CO)(CO)R1、NR4(CO)NR2R1、NR2(CO)OR1、(CO)OR1、O(CO)R1、(CO)NR2R1およびO(CO)NR2R1から選択され、
R1、R2、R4、R5およびR6のそれぞれは、独立して、H、C1〜6アルキル、C1〜6ハロアルキル、C1〜6ヒドロキシアルキル、C1〜6アミノアルキル、C6〜10アリール、C6〜10ハロアリール、C6〜10ヒドロキシアリール、C1〜4アルコキシ−C6アリール、C6〜10アリール−C1〜6アルキル、C1〜6アルキル−C6〜10アリール、C6〜10ハロアリール−C1〜6アルキル、C1〜6アルキル−C6〜10ハロアリール、(C1〜3アルコキシ−C6アリール)−C1〜3アルキル、C2〜9ヘテロ環式ラジカル、C2〜9ヘテロ環式ラジカル−C1〜6アルキル、C2〜9ヘテロアリールおよびC2〜9ヘテロアリール−C1〜6アルキルから選択され、
DおよびD’のそれぞれは、独立して、R3およびOR3から選択され、R3はH、C1〜3アルキルまたはC1〜3ハロアルキルであり、
nに対応する値は、1または0であり、これにより、6員環または5員環が形成され、この場合、環は置換されていなくても置換されていてもよく、Eは、−R5または−OR5であり、かつヘテロ環式ラジカルまたはシクロアルキルであってよく、Gは、S、SH2、NR6または好ましくはOであり、
JおよびJ’は独立して、H、C1〜6アルコキシまたはC1〜6アルキルであり、あるいはJおよびJ’は、合わせて=CH2または−O−(直鎖または分枝C1〜5アルキレンまたはアルキリデン)−O−であり、
Qは、C1〜3アルキルであり、
Tは、メチレン、エチレンまたはエテニレンであって、任意に(CO)OR7で置換されており、R7は、HまたはC1〜6アルキルであり、
UおよびU’は独立して、H、C1〜6アルコキシまたはC1〜6アルキルであり、あるいはUおよびU’は、合わせて=CH2または−O−(直鎖または分枝C1〜5アルキレンまたはアルキリデン)−O−であり、
Xは、HまたはC1〜6アルコキシであり、
YおよびY’は独立して、HまたはC1〜6アルコキシであり、あるいはYおよびY’は、合わせて=O、=CH2または−O−(直鎖もしくは分枝C1〜5アルキレンもしくはアルキリデン)−O−であり、
ZおよびZ’は独立して、HまたはC1〜6アルコキシであり、あるいはZおよびZ’は、合わせて=O、=CH2または−O−(直鎖または分枝C1〜5アルキレンまたはアルキリデン)−O−であるか、あるいは薬学的に許容されるその塩である]の化合物の、癌の治療のための薬剤の製造における使用であって、患者の癌が、α−チューブリンアイソタイプ、β−チューブリンアイソタイプおよび微小管関連生体分子を含む群から選択された少なくとも1つのマーカーの発現レベルまたはタンパク質レベルを有すると特定されており、化学化合物に対する感度とマーカーの発現レベルまたはタンパク質レベルとの間で相関が存在する、使用。 - 式(I)
[式中、Aは、C1〜6の飽和またはC2〜6の不飽和の炭化水素骨格であり、この骨格は、置換されていないか、またはシアノ、ハロ、アジド、Q1およびオキソを含む群から選択される1〜13個の置換基を有しており、ここで、各Q1は独立して、OR1、SR1、SO2R1、OSO2R1、NR2R1、NR2(CO)R1、NR2(CO)(CO)R1、NR4(CO)NR2R1、NR2(CO)OR1、(CO)OR1、O(CO)R1、(CO)NR2R1およびO(CO)NR2R1から選択され、
R1、R2、R4、R5およびR6のそれぞれは、独立して、H、C1〜6アルキル、C1〜6ハロアルキル、C1〜6ヒドロキシアルキル、C1〜6アミノアルキル、C6〜10アリール、C6〜10ハロアリール、C6〜10ヒドロキシアリール、C1〜4アルコキシ−C6アリール、C6〜10アリール−C1〜6アルキル、C1〜6アルキル−C6〜10アリール、C6〜10ハロアリール−C1〜6アルキル、C1〜6アルキル−C6〜10ハロアリール、(C1〜3アルコキシ−C6アリール)−C1〜3アルキル、C2〜9ヘテロ環式ラジカル、C2〜9ヘテロ環式ラジカル−C1〜6アルキル、C2〜9ヘテロアリールおよびC2〜9ヘテロアリール−C1〜6アルキルから選択され、
DおよびD’のそれぞれは、独立して、R3およびOR3から選択され、R3はH、C1〜3アルキルまたはC1〜3ハロアルキルであり、
nに対応する値は、1または0であり、これにより、6員環または5員環が形成され、この場合、環は置換されていなくても置換されていてもよく、Eは、−R5または−OR5であり、かつヘテロ環式ラジカルまたはシクロアルキルであってよく、Gは、S、SH2、NR6または好ましくはOであり、
JおよびJ’は独立して、H、C1〜6アルコキシまたはC1〜6アルキルであり、あるいはJおよびJ’は、合わせて=CH2または−O−(直鎖または分枝C1〜5アルキレンまたはアルキリデン)−O−であり、
Qは、C1〜3アルキルであり、
Tは、メチレン、エチレン、またはエテニレンであって、任意に(CO)OR7で置換されており、R7はHまたはC1〜6アルキルであり、
UおよびU’は独立して、H、C1〜6アルコキシまたはC1〜6アルキルであり、あるいはUおよびU’は、合わせて=CH2または−O−(直鎖または分枝C1〜5アルキレンまたはアルキリデン)−O−であり、
Xは、HまたはC1〜6アルコキシであり、
YおよびY’は独立して、HもしくはC1〜6アルコキシであり、またはYおよびY’は、合わせて=O、=CH2もしくは−O−(直鎖もしくは分枝C1〜5アルキレンもしくはアルキリデン)−O−であり、
ZおよびZ’は独立して、HまたはC1〜6アルコキシであり、あるいはZおよびZ’は、合わせて=O、=CH2または−O−(直鎖または分枝C1〜5アルキレンまたはアルキリデン)−O−であるか、あるいは薬学的に許容されるその塩である]の化合物の癌を治療するための薬品の製造においての使用であって、癌を持つ患者が、請求項1〜33のいずれか1項に記載の方法により特定されている、使用。 - 前記化学化合物が、式(IV)
[式中、Aは、C1〜6の飽和またはC2〜6の不飽和の炭化水素骨格であって、この骨格は、置換されていないか、またはアジド、ヒドロキシ、OR1、NH2、NR1R2、NR2(CO)R1、NR2(CO)(CO)R1、NR4(CO)NR2R1およびNR2(CO)OR1を含む群から選択される1〜4個の置換基を有し、
R1、R2およびR4のそれぞれは、独立して、H、C1〜6アルキル、C1〜6ハロアルキル、C1〜6ヒドロキシアルキル、C1〜6アミノアルキル、C6〜10アリール、C6〜10ハロアリール、C6〜10ヒドロキシアリール、C1〜4アルコキシ−C6アリール、C6〜10アリール−C1〜6アルキル、C1〜6アルキル−C6〜10アリール、C6〜10ハロアリール−C1〜6アルキル、C1〜6アルキル−C6〜10ハロアリール、(C1〜3アルコキシ−C6アリール)−C1〜3アルキル、C2〜9ヘテロ環式ラジカル、C2〜9ヘテロ環式ラジカル−C1〜6アルキル、C2〜9ヘテロアリールおよびC2〜9ヘテロアリール−C1〜6アルキルから選択される]を有する、請求項88または89に記載の使用。 - 前記少なくとも1つのマーカーが、III型β−チューブリンアイソタイプ(Hb4/TUBB4)である、請求項88または89に記載の使用。
- 前記少なくとも1つのマーカーが、スタトミンである、請求項88または89に記載の使用。
- 前記少なくとも1つのマーカーが、III型β−チューブリンアイソタイプ(Hb4/TUBB4)である、請求項88または89に記載の使用。
- マーカー遺伝子の発現と、化学化合物に対する感受性との相関を構築するインビトロでの方法であって、
細胞を準備し、
前記細胞を、式(I)
[式中、Aは、C1〜6の飽和またはC2〜6の不飽和の炭化水素骨格であり、この骨格は、置換されていないか、またはシアノ、ハロ、アジド、Q1およびオキソを含む群から選択される1〜13個の置換基を有しており、ここで、各Q1は独立して、OR1、SR1、SO2R1、OSO2R1、NR2R1、NR2(CO)R1、NR2(CO)(CO)R1、NR4(CO)NR2R1、NR2(CO)OR1、(CO)OR1、O(CO)R1、(CO)NR2R1およびO(CO)NR2R1から選択され、
R1、R2、R4、R5およびR6のそれぞれは、独立して、H、C1〜6アルキル、C1〜6ハロアルキル、C1〜6ヒドロキシアルキル、C1〜6アミノアルキル、C6〜10アリール、C6〜10ハロアリール、C6〜10ヒドロキシアリール、C1〜4アルコキシ−C6アリール、C6〜10アリール−C1〜6アルキル、C1〜6アルキル−C6〜10アリール、C6〜10ハロアリール−C1〜6アルキル、C1〜6アルキル−C6〜10ハロアリール、(C1〜3アルコキシ−C6アリール)−C1〜3アルキル、C2〜9ヘテロ環式ラジカル、C2〜9ヘテロ環式ラジカル−C1〜6アルキル、C2〜9ヘテロアリールおよびC2〜9ヘテロアリール−C1〜6アルキルから選択され、
DおよびD’のそれぞれは、独立して、R3およびOR3から選択され、R3はH、C1〜3アルキルまたはC1〜3ハロアルキルであり、
nに対応する値は、1または0であり、これにより、6員環または5員環が形成され、この場合、環は置換されていなくても置換されていてもよく、Eは、−R5または−OR5であり、かつヘテロ環式ラジカルまたはシクロアルキルであってよく、Gは、S、SH2、NR6または好ましくはOであり、
JおよびJ’は独立して、H、C1〜6アルコキシまたはC1〜6アルキルであり、あるいはJおよびJ’は、合わせて=CH2または−O−(直鎖または分枝C1〜5アルキレンまたはアルキリデン)−O−であり、
Qは、C1〜3アルキルであり、
Tは、メチレン、エチレンまたはエテニレンであって、任意に(CO)OR7で置換されており、R7は、HまたはC1〜6アルキルであり、
UおよびU’は独立して、H、C1〜6アルコキシまたはC1〜6アルキルであり、あるいはUおよびU’は、合わせて=CH2または−O−(直鎖または分枝C1〜5アルキレンまたはアルキリデン)−O−であり、Xは、HまたはC1〜6アルコキシであり、
YおよびY’は独立して、HまたはC1〜6アルコキシであり、あるいはYおよびY’は、合わせて=O、=CH2または−O−(直鎖もしくは分枝C1〜5アルキレンもしくはアルキリデン)−O−であり、
ZおよびZ’は独立して、HまたはC1〜6アルコキシであり、あるいはZおよびZ’は、合わせて=O、=CH2または−O−(直鎖または分枝C1〜5アルキレンまたはアルキリデン)−O−であるか、あるいは薬学的に許容されるその塩である]の化合物と接触させ、
成長の阻害について前記細胞をアッセイし、
前記細胞中のチューブリンアイソタイプまたは微小管関連遺伝子の発現を測定し、
1つ以上のチューブリンアイソタイプまたは微小管関連生体分子の発現レベルまたはタンパク質レベルと、試験される化合物に対する感受性との相関を測定するステップを含む、方法。 - 前記細胞が癌細胞株である、請求項99に記載の方法。
- 前記細胞が、乳癌細胞株、卵巣癌細胞株または肺癌細胞株である、請求項100に記載の方法。
- β−チューブリンアイソタイプの発現を測定する、請求項99に記載の方法。
- 全てのα−およびβ−チューブリンアイソタイプの発現を測定する、請求項99に記載の方法。
- 全てのα−およびβ−チューブリンアイソタイプの発現、ならびにスタトミン、MAP4、Tau、CLIP−170、EBlおよびp150を含む群から選択される他の微小管関連生体分子の発現を測定する、請求項99に記載の方法。
- p値が0.05以下の場合に前記相関が存在する、請求項99に記載の方法。
- p値が0.06以下の場合に前記相関が存在する、請求項99に記載の方法。
- p値が0.10以下の場合に前記相関が存在する、請求項99に記載の方法。
Applications Claiming Priority (2)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US63473404P | 2004-12-09 | 2004-12-09 | |
PCT/US2005/044421 WO2006076100A2 (en) | 2004-12-09 | 2005-12-07 | Tubulin isotype screening in cancer therapy using halichondrin b analogs |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2008522623A true JP2008522623A (ja) | 2008-07-03 |
JP2008522623A5 JP2008522623A5 (ja) | 2009-02-12 |
Family
ID=36678067
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2007545622A Pending JP2008522623A (ja) | 2004-12-09 | 2005-12-07 | ハリコンドリンbアナログを使用した癌治療でのチューブリンアイソタイプのスクリーニング |
Country Status (5)
Country | Link |
---|---|
US (2) | US20060154312A1 (ja) |
EP (1) | EP1831697A4 (ja) |
JP (1) | JP2008522623A (ja) |
TW (1) | TW200634309A (ja) |
WO (1) | WO2006076100A2 (ja) |
Cited By (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2014505878A (ja) * | 2011-01-21 | 2014-03-06 | バジリア ファルマスーチカ アーゲー | フラザノベンゾイミダゾールに対する薬物応答のバイオマーカーとしてのスタスミンの使用 |
JP2014509515A (ja) * | 2011-03-18 | 2014-04-21 | エーザイ・アール・アンド・ディー・マネジメント株式会社 | エリブリンに対する応答を予測するための方法及び組成物 |
JP2016538545A (ja) * | 2013-11-13 | 2016-12-08 | エレクトロフォレティクス リミテッド | 肝臓癌の診断及び予後判定のための材料及び方法 |
Families Citing this family (24)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US8097648B2 (en) * | 1998-06-17 | 2012-01-17 | Eisai R&D Management Co., Ltd. | Methods and compositions for use in treating cancer |
CN104876896A (zh) | 2004-06-03 | 2015-09-02 | 卫材R&D管理有限公司 | 用于制备软海绵素b的类似物的中间体 |
JP5735277B2 (ja) | 2007-10-03 | 2015-06-17 | エーザイ・アール・アンド・ディー・マネジメント株式会社 | ハリコンドリンb類似体の合成のための中間体および方法 |
CA2720632C (en) | 2008-04-04 | 2016-12-20 | Eisai R&D Management Co., Ltd. | Halichondrin b analogs |
US20120094306A1 (en) * | 2009-06-16 | 2012-04-19 | Universita Cattolica Del Sacro Cuore | Predictive evaluation of the response to taxane-including chemotherapy |
MX2012008510A (es) | 2010-01-26 | 2012-11-21 | Eisai R&D Man Co Ltd | Derivados de furo [3, 2-b] pirano utiles en la sintesis de analogos de halicondrina b. |
RU2012157597A (ru) | 2010-05-31 | 2014-07-20 | Лондон Хелс Сайенсис Сентр Рисерч Инк. | Rhamm-связывающие пептиды |
US9783549B2 (en) | 2013-11-04 | 2017-10-10 | Eisai R&D Management Co., Ltd. | Macrocyclization reactions and intermediates useful in the synthesis of analogs of halichondrin B |
RU2676486C1 (ru) | 2013-12-06 | 2018-12-29 | Эйсай Ар Энд Ди Менеджмент Ко., Лтд. | Способы, предназначенные для синтеза аналогов галихондрина b |
EP3160970A4 (en) | 2014-06-30 | 2017-12-27 | President and Fellows of Harvard College | Synthesis of halichondrin analogs and uses thereof |
WO2016176560A1 (en) | 2015-04-30 | 2016-11-03 | President And Fellows Of Harvard College | Chromium-mediated coupling and application to the synthesis of halichondrins |
WO2016179607A1 (en) | 2015-05-07 | 2016-11-10 | Eisai R&D Management Co., Ltd. | Macrocyclization reactions and intermediates and other fragments useful in the synthesis of halichondrin macrolides |
WO2017139664A1 (en) | 2016-02-12 | 2017-08-17 | Eisai & R&D Management Co., Ltd. | Intermediates in the synthesis of eribulin and related methods of synthesis |
SG10202007520WA (en) | 2016-03-02 | 2020-09-29 | Eisai R&D Man Co Ltd | Eribulin-based antibody-drug conjugates and methods of use |
US11136335B2 (en) | 2016-06-30 | 2021-10-05 | Eisai R&D Management Co., Ltd. | Prins reaction and intermediates useful in the synthesis of halichondrin macrolides and analogs thereof |
JP6978758B2 (ja) | 2016-11-11 | 2021-12-08 | プレジデント アンド フェローズ オブ ハーバード カレッジ | パラジウム媒介ケトール化 |
EP4119563A3 (en) | 2017-04-05 | 2023-04-05 | President And Fellows Of Harvard College | Macrocyclic compound and uses thereof |
US9938288B1 (en) | 2017-04-05 | 2018-04-10 | President And Fellows Of Harvard College | Macrocyclic compound and uses thereof |
JP7370313B2 (ja) | 2017-07-06 | 2023-10-27 | プレジデント アンド フェローズ オブ ハーバード カレッジ | ハリコンドリンの合成 |
US11498892B2 (en) | 2017-07-06 | 2022-11-15 | President And Fellows Of Harvard College | Fe/Cu-mediated ketone synthesis |
IT201700117860A1 (it) * | 2017-10-18 | 2019-04-18 | Molipharma Srl | Saggio e kit per la diagnosi del carcinoma ovarico |
CN111328328B (zh) * | 2017-11-09 | 2023-05-23 | 研成精密化学株式会社 | 用于制备甲磺酸艾日布林的中间体及其制备方法 |
JP7353281B2 (ja) | 2017-11-15 | 2023-09-29 | プレジデント アンド フェローズ オブ ハーバード カレッジ | 大環状化合物およびそれらの使用 |
IL275729B2 (en) | 2018-01-03 | 2023-09-01 | Eisai R&D Man Co Ltd | Prins reaction and compounds useful in the synthesis of helicondrin macrolides and their analogs |
Family Cites Families (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
PT1087960E (pt) * | 1998-06-17 | 2011-06-17 | Eisai R&D Man Co Ltd | Análogos macrocíclicos e métodos de sua utilização e preparação |
US6653341B1 (en) * | 1998-06-17 | 2003-11-25 | Eisai Co., Ltd. | Methods and compositions for use in treating cancer |
US20060148014A1 (en) * | 2004-12-09 | 2006-07-06 | Sergei Agoulnik | Tubulin isotype screening in cancer therapy using hemiasterlin analogs |
-
2005
- 2005-12-07 US US11/299,260 patent/US20060154312A1/en not_active Abandoned
- 2005-12-07 WO PCT/US2005/044421 patent/WO2006076100A2/en active Application Filing
- 2005-12-07 EP EP05857058A patent/EP1831697A4/en not_active Withdrawn
- 2005-12-07 JP JP2007545622A patent/JP2008522623A/ja active Pending
- 2005-12-08 TW TW094143549A patent/TW200634309A/zh unknown
-
2009
- 2009-08-03 US US12/534,277 patent/US20100190843A1/en not_active Abandoned
Cited By (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2014505878A (ja) * | 2011-01-21 | 2014-03-06 | バジリア ファルマスーチカ アーゲー | フラザノベンゾイミダゾールに対する薬物応答のバイオマーカーとしてのスタスミンの使用 |
JP2014509515A (ja) * | 2011-03-18 | 2014-04-21 | エーザイ・アール・アンド・ディー・マネジメント株式会社 | エリブリンに対する応答を予測するための方法及び組成物 |
JP2017148049A (ja) * | 2011-03-18 | 2017-08-31 | エーザイ・アール・アンド・ディー・マネジメント株式会社 | エリブリンに対する応答を予測するための方法及び組成物 |
JP2016538545A (ja) * | 2013-11-13 | 2016-12-08 | エレクトロフォレティクス リミテッド | 肝臓癌の診断及び予後判定のための材料及び方法 |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
WO2006076100A2 (en) | 2006-07-20 |
TW200634309A (en) | 2006-10-01 |
US20060154312A1 (en) | 2006-07-13 |
EP1831697A2 (en) | 2007-09-12 |
US20100190843A1 (en) | 2010-07-29 |
WO2006076100A3 (en) | 2009-04-02 |
EP1831697A4 (en) | 2011-01-26 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP2008522623A (ja) | ハリコンドリンbアナログを使用した癌治療でのチューブリンアイソタイプのスクリーニング | |
JP2008522624A (ja) | ヘミアスタリン(hemiasterlin)アナログを使用する癌治療におけるチューブリンのアイソタイプのスクリーニング | |
EP2399129B1 (en) | A method of diagnosis or prognosis of a neoplasm comprising determining the level of expression of a protein in stromal cells adjacent to the neoplasm | |
AU2018203395B2 (en) | Synthetic Lethality And The Treatment Of Cancer | |
US9637795B2 (en) | Methods and compositions for predicting response to eribulin | |
JP6738755B2 (ja) | Akt3関連病態の予知及び治療方法 | |
US20150025017A1 (en) | Compositions and methods for treating cancer | |
AU2007308715B2 (en) | Methods for diagnosing osteoarthritis | |
Zhou et al. | RNA cytosine methyltransferase NSUN5 promotes protein synthesis and tumorigenic phenotypes in glioblastoma | |
WO2007129598A1 (ja) | グルタチオン増加物質のスクリーニング方法 | |
JP2015522259A (ja) | 化学実体とそれらの標的分子の間の相互作用を評価するゲノム全域法 | |
KR101150410B1 (ko) | 간암 진단용 마커로서의 s100p의 용도 | |
US20190264292A1 (en) | Use of h2a.z.1 as a hepatocellular carcinoma biomarker | |
KR20230144401A (ko) | 암 환자에 대한 vrk1 저해제의 감수성 예측용 바이오마커 및 이의 용도 | |
Kim et al. | KDM3B inhibitors disrupt PAX3-FOXO1 oncogenic activity in fusion positive rhabdomyosarcoma. | |
US20110110925A1 (en) | Compositions and Methods for the Treatment and Diagnosis of Cancer | |
Pon | The MEF2B regulatory network | |
Krum et al. | Research Article BRCA1 Forms a Functional Complex with γ-H2AX as a Late Response to Genotoxic Stress | |
Murray et al. | Molecular Oncology: Basic–Translational-Clinical |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20081205 |
|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20081205 |
|
A711 | Notification of change in applicant |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A712 Effective date: 20100129 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A821 Effective date: 20100129 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20110621 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20110817 |
|
A602 | Written permission of extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A602 Effective date: 20110824 |
|
A02 | Decision of refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20111129 |