JP2008515461A - Pufaポリケチドシンターゼ系およびその使用法 - Google Patents
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Abstract
Description
本発明は、細菌性微生物由来の多価不飽和脂肪酸(PUFA)ポリケチドシンターゼ(PKS)系に関する。より詳細には、本発明は、PUFA PKS系をコードする核酸に関し、PUFA PKS系を含むそのタンパク質およびドメインに関し、このようなPUFA PKS系を含む遺伝的に改変された生物に関し、ならびに本明細書において開示されるPUFA PKS系を作出するおよび使用する方法に関する。本発明は同様に、PUFAポリケチドシンターゼ(PKS)系の操作によって種々の多価不飽和脂肪酸(PUFA)に富む脂質を効率的に産生するための遺伝的に改変された植物および微生物ならびに方法に関する。
ポリケチドシンターゼ(PKS)系は一般に、脂肪酸シンターゼ(FAS)系に関連する酵素複合体として当技術分野において公知であるが、これは高度に改変されて、通常、脂肪酸にほとんど類似性を示さない特殊な産物を産生することが多い。しかしながら、ポリケチドシンターゼ系は、アセチル-CoAおよびマロニル-CoAから多価不飽和脂肪酸(PUFA)を合成できる海洋細菌およびある種の微細藻類に存在することが明らかにされている。シュワネラ(Shewanella)および別の海洋細菌ビブリオ・マリナス(Vibrio marinus)でのPUFA合成のためのPKS経路が米国特許第6,140,486号(特許文献1)に詳細に記載されている。真核生物のスラウストキトリド(Thraustochytrid)シゾキトリウム(Schizochytrium)でのPUFA合成のためのPKS経路は米国特許第6,566,583号(特許文献2)に詳細に記載されている。シゾキトリウムでのPUFA PKS経路に関する完全な構造的記載およびスラウストキトリウム(Thraustochytrium)でのPUFA PKS経路の同定を含め、スラウストキトリアレス(Thraustochytriales)の一員などの真核生物でのPUFA合成のためのPKS経路が、これらの経路の使用に関する詳細を含めて、2002年12月19日付で公開された米国特許出願公開第20020194641号(特許文献3)(2002年4月16日付で出願された米国特許出願第10/124,800号(特許文献4)に対応する)に詳細に記載されている。2004年3月24日付で出願された米国特許出願第10/810,352号(特許文献5)は、スラウストキトリウムでのPUFA PKS経路に関する完全な構造的記載、ならびにこのような系を用いたエイコサペンタエン酸(C20:5、ω-3) (EPA)およびその他のPUFAの産生に関するさらなる詳細について開示している。
本発明の1つの態様は、全体としてシュワネラ・ジャポニカ(Shewanella japonica)またはシュワネラ・オレヤナ(Shewanella olleyana)由来のPUFA PKSタンパク質およびドメインをコードする単離核酸分子、ならびに生物学的に活性なその相同体および断片に関する。1つの局面では、本発明は以下より選択される核酸配列を含んだ単離核酸分子を含む: (a) SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、およびSEQ ID NO:12からなる群より選択されるアミノ酸配列をコードする核酸配列; (b) エノイル-ACPレダクターゼ(ER)活性; アシルキャリヤータンパク質(ACP)活性; β-ケトアシル-ACPシンターゼ(KS)活性; アシルトランスフェラーゼ(AT)活性; β-ケトアシル-ACPレダクターゼ(KR)活性; FabA様β-ヒドロキシアシル-ACPデヒドラーゼ(DH)活性; 非FabA様デヒドラーゼ活性; 鎖伸長因子(CLF)活性; マロニル-CoA:ACPアシルトランスフェラーゼ(MAT)活性; および4'-ホスホパンテテイニルトランスフェラーゼ(PPTase)活性からなる群より選択される少なくとも1つの生物活性を有する(a)のアミノ酸配列のいずれかの断片をコードする核酸配列; (c) SEQ ID NO:2またはSEQ ID NO:8に少なくとも約65%同一、より好ましくは少なくとも約75%同一、より好ましくは少なくとも約85%同一、より好ましくは少なくとも約95%同一であるならびにKS活性、MAT活性、KR活性、ACP活性、および非FabA様デヒドラーゼ活性からなる群より選択される少なくとも1つの生物活性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列; (d) SEQ ID NO:3またはSEQ ID NO:9に少なくとも約60%同一、より好ましくは少なくとも約70%同一、より好ましくは少なくとも約80%同一、より好ましくは少なくとも約90%同一であるおよびAT生物活性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列; (e) SEQ ID NO:4またはSEQ ID NO:10に少なくとも約70%同一、より好ましくは少なくとも約80%同一、より好ましくは少なくとも約90%同一、より好ましくは少なくとも約95%同一であるならびにKS活性、CLF活性およびDH活性からなる群より選択される少なくとも1つの生物活性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列; (f) SEQ ID NO:6またはSEQ ID NO:12に少なくとも約60%同一、より好ましくは少なくとも約70%同一、より好ましくは少なくとも約80%同一、より好ましくは少なくとも約90%同一であるおよびPPTase生物活性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列; (g) SEQ ID NO:11に少なくとも約85%同一、より好ましくは少なくとも約95%同一、より好ましくは少なくとも約96%同一、より好ましくは少なくとも約97%同一である、またはSEQ ID NO:5に少なくとも約95%同一、より好ましくは少なくとも約96%同一、より好ましくは少なくとも約97%同一、より好ましくは少なくとも約98%同一であるおよびER生物活性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列。
(a) ドメインがKS生物活性を有する、SEQ ID NO:2の約29位から約513位までのSEQ ID NO:2の断片;
(b) ドメインがMAT生物活性を有する、SEQ ID NO:2の約625位から約943位までのSEQ ID NO:2の断片;
(c) ドメインまたはそのサブドメインがACP生物活性を有する、SEQ ID NO:2の約1264位から約1889位までのSEQ ID NO:2の断片、およびそのサブドメイン;
(d) ドメインがKR生物活性を有する、SEQ ID NO:2の約2264位から約2398位までのSEQ ID NO:2の断片;
(e) 非FabA様デヒドラーゼ生物活性を有する、SEQ ID NO:2の約2504位から約2516位までを含むSEQ ID NO:2の断片;
(f) ドメインがAT生物活性を有する、SEQ ID NO:3の約378位から約684位までのSEQ ID NO:3の断片;
(g) ドメインがKS生物活性を有する、SEQ ID NO:4の約5位から約483位までのSEQ ID NO:4の断片;
(h) ドメインがCLF生物活性を有する、SEQ ID NO:4の約489位から約771位までのSEQ ID NO:4の断片;
(i) ドメインがDH生物活性を有する、SEQ ID NO:4の約1428位から約1570位までのSEQ ID NO:4の断片;
(j) ドメインがDH生物活性を有する、SEQ ID NO:4の約1881位から約2019位までのSEQ ID NO:4の断片;
(k) ドメインがER生物活性を有する、SEQ ID NO:5の約84位から約497位までのSEQ ID NO:5の断片;
(l) ドメインがPPTase生物活性を有する、SEQ ID NO:6の約40位から約186位までのSEQ ID NO:6の断片;
(m) ドメインがKS生物活性を有する、SEQ ID NO:8の約29位から約513位までのSEQ ID NO:8の断片;
(n) ドメインがMAT生物活性を有する、SEQ ID NO:8の約625位から約943位までのSEQ ID NO:8の断片;
(o) ドメインまたはそのサブドメインがACP生物活性を有する、SEQ ID NO:8の約1275位から約1872位までのSEQ ID NO:8の断片、およびそのサブドメイン;
(p) ドメインがKR生物活性を有する、SEQ ID NO:8の約2240位から約2374位までのSEQ ID NO:8の断片;
(q) 非FabA様デヒドラーゼ活性を有する、SEQ ID NO:8の約2480〜2492位までを含むSEQ ID NO:8の断片;
(r) ドメインがAT生物活性を有する、SEQ ID NO:9の約366位から約703位までのSEQ ID NO:9の断片;
(s) ドメインがKS生物活性を有する、SEQ ID NO:10の約10位から約488位までのSEQ ID NO:10の断片;
(t) ドメインがCLF生物活性を有する、SEQ ID NO:10の約502位から約750位までのSEQ ID NO:10の断片;
(u) ドメインがDH生物活性を有する、SEQ ID NO:10の約1431位から約1573位までのSEQ ID NO:10の断片;
(v) ドメインがDH生物活性を有する、SEQ ID NO:10の約1882位から約2020位までのSEQ ID NO:10の断片;
(w) ドメインがER生物活性を有する、SEQ ID NO:11の約84位から約497位までのSEQ ID NO:11の断片; ならびに
(x) ドメインがPPTase生物活性を有する、SEQ ID NO:12の約29位から約177位までのSEQ ID NO:12の断片。
本発明は全体として、EPAを天然に産生するならびに約30℃までの温度でおよび場合によりさらに高い(例えば、35℃までのまたはそれを超える)温度で十分に増殖する海洋細菌のサブセット由来の多価不飽和脂肪酸(PUFA)ポリケチドシンターゼ(PKS)系に関し、このようなPUFA PKS系を含む遺伝的に改変された生物に関し、生物活性分子、具体的には、DHA、DPAおよびEPAなどのPUFAを含め、対象とする産物の産生のためにそのような系を作出するおよび使用する方法に関する。
SEQ ID NO:1はシュワネラ・ジャポニカのコスミド3F3に対するヌクレオチド配列であり、表1に詳載されるように15個のORFを含むことが見出されている(実施例2を参照のこと)。この微生物でのPUFA PKS系に関連するORFは以下のように特徴付けられる。
SEQ ID NO:7はシュワネラ・オレヤナのコスミド9A10に対するヌクレオチド配列であり、表2に詳載されるように17個のORFを含むことが見出された(実施例2を参照のこと)。この微生物でのPUFA PKS系に関連するORFは以下のように特徴付けられる。
指すように用いられる。そのような変化は、1個もしくは数個のアミノ酸側鎖の変化; 欠失(例えば、タンパク質もしくはペプチドの切断型)、挿入および/もしくは置換を含め、1個もしくは数個のアミノ酸の変化; 1個もしくは数個の原子の空間的配置の変化; ならびに/またはメチル化、ファルネシル化、ゲラニルゲラニル化、グリコシル化、カルボキシメチル化、リン酸化、アセチル化、ミリストイル化、プレニル化、パルミチン酸化、および/もしくはアミド化を含むがこれらに限定されない、比較的重要でない誘導体化を含むが、これらに限定されることはない。相同体は天然に存在するタンパク質またはペプチドと比べて機能強化した、低下した、または実質的に類似した特性を有することができる。PUFA PKSタンパク質またはドメインの好ましい相同体は、以下に詳細に記載される。相同体は、合成によって産生された相同体、所与のタンパク質もしくはドメインの天然に存在する対立遺伝子変異体、またはその参照配列が由来する生物以外の生物からの相同的配列を含みうることを留意されたい。
一致についての報酬 = 1
不一致についてのペナルティ = -2
オープンギャップ(5)および伸長ギャップ(2)ペナルティ
ギャップx_ドロップオフ(50)期待(10)ワードサイズ(11)フィルタ(オン)
blastpの場合、以下の0 BLOSUM62マトリックスを用いる:
オープンギャップ(11)および伸長ギャップ(1)ペナルティ
ギャップx_ドロップオフ(50)期待(10)ワードサイズ(3)フィルタ(オン)。
界: 有色植物界(ストラメノパイル)
門: 不等毛門
目: スラウストキトリアレス(スラウストキトリド)
科: スラウストキトリアシエまたはラビリンチュラシエ
属: スラウストキトリウム、シゾキトリウム、ジャポノキトリウム、アプラノキトリウム、エリナ、ラビリンチュラ、ラビリンチュロイデス、またはラビリンチュロミキサ(Labyrinthulomyxa)。
実施例1
以下の実施例は、ある種のEPA産生細菌がシゾキトリウムの改変に適していると思われるPUFA PKS様遺伝子を含むことを明らかにする。
反応混合物:
0.2 μM dNTPs
0.1 μM各プライマー
8% DMSO
染色体DNA 250 ng
2.5U Herculase(登録商標) DNAポリメラーゼ(Stratagene)
1×Herculase(登録商標)緩衝液
総量50 μL。
(1) 3分で98℃; (2) 40秒間98℃; (3) 30秒間56℃; (4) 90秒間72℃; (5) 工程2〜4を29サイクル繰り返す; (6) 10分間72℃; (7) 6℃で保持。
以下の例は、シュワネラ・ジャポニカおよびシュワネラ・オレヤナ由来の完全なPUFA PKS系をコードするDNAクローンの作出、同定、配列決定および分析を示す。
有力なリボソーム結合部位に下線を引いてある。
pfaC代替物#1はSEQ ID NO:1のヌクレオチド番号21514で始まる。
これは注釈されたpfaCの始まりから387ヌクレオチド下流である。
pfaC代替物#2はSEQ ID NO:1のヌクレオチド番号21460で始まる。
これは注釈されたpfaCの始まりから333ヌクレオチド下流である。
pfaC代替物#1はSEQ ID NO:7のヌクレオチド番号28370で始まる。
これは注釈されたpfaCの始まりから402ヌクレオチド下流である。
pfaC代替物#2はSEQ ID NO:7のヌクレオチド番号28151で始まる。これは注釈されたpfaCの始まりから183ヌクレオチド下流である。
pfaE代替物#1はSEQ ID NO:7のヌクレオチド番号13821で始まる。これは注釈されたpfaEの始まりから78ヌクレオチド上流である。
pfaE代替物#2はSEQ ID NO:7のヌクレオチド番号13743で始まる。これは注釈されたpfaEの始まりから156ヌクレオチド上流である。
以下の例は、大腸菌での機能的発現を介してシゾキトリウムのOrfA、BおよびCが機能的なDHA/DPA合成酵素をコードすることを実証する。
DHAおよびDPAを産生するシゾキトリウムPUFA PKS系をコードする3つの遺伝子(OrfA、BおよびC; それぞれSEQ ID NO:13、SEQ ID NO:15およびSEQ ID NO:17)を単一の大腸菌発現ベクター(pET21c (Novagen)に由来)にクローニングした。これらの遺伝子は単一の伝達暗号として転写され(T7 RNA-ポリメラーゼにより)、遺伝子のそれぞれの直前にクローニングされたリボソーム結合部位が翻訳を開始する。OrfBをコードする遺伝子の改変は、大腸菌において完全長のOrfBタンパク質の産生を得るのに必要とされた(以下参照)。PPTaseをコードするアクセサリー遺伝子(以下参照)を第二のプラスミド(pACYC184に由来、New England Biolabs)にクローニングした。
を用いて、枯草菌ゲノムDNA由来の対象とする領域を増幅した。好都合な制限酵素部位をオリゴヌクレオチドの中に含ませて、中間の、高コピー数のベクターでのクローニングと、最終的にはpACYC184のEcoRV部位へのクローニングを円滑にし、プラスミドpBR301を作出した。このプラスミドを用いて形質転換された大腸菌の抽出物の検査により、sfpの場合に期待される移動度を有する新たなタンパク質の存在が明らかになった。ある種の条件の下、OrfA、B*、Cタンパク質を発現する細胞でのsfp構築体の同時発現により、DHAの産生が起こった。この実験によって、sfpがシゾキトリウムOrfA ACPドメインを活性化できることが実証された。さらに、sfp遺伝子に付随する調節要素を用いて、その他の遺伝子を挿入できるような発現カセットを作出した。具体的には、pBR301中のsfpコード領域(ATGのすぐ上流の3ヌクレオチドとともに)を、構築体がいくつかの(この構築体にとって)ユニークな制限酵素部位を含むようにデザインされた53塩基対のDNA部分と置き換えた。この領域内の最初の制限酵素部位はNdeIである。この部位に組み込まれたATG配列は、導入遺伝子に対する開始メチオニンコドンとして使用される。さらなる制限部位(BglLL、NotI、SmaI、PmelI、HindIII、SpeIおよびXhoI)を含ませて、クローニング過程を円滑にした。この発現ベクターカセットの機能性をPCRの使用により試験して、NdeI部位を5'末端におよびXhoI部位を3'末端に有するsfp型を作出した。この断片を発現カセットにクローニングし、OrfA、B*、C発現ベクターとともに大腸菌に移入した。適切な条件下で、これらの細胞はDHAを蓄積し、機能的なsfpが産生されていることが実証された。
(1) シゾキトリウムPUFA PKS遺伝子(OrfA、B*およびC)ならびに(2) PPTase (sfp由来またはHet I由来)をコードする2つのプラスミドを、誘導性T7 RNAポリメラーゼ遺伝子を含む大腸菌株BL21に形質転換した。シゾキトリウム・タンパク質の合成は培地へのIPTGの添加によって誘導し、その一方でPPTaseの発現は別個の調節要素(上記参照)によって制御した。種々の定義済みの条件下でおよび2つの異種PPTase遺伝子のいずれかを用いて、細胞を増殖させた。細胞を集菌し、脂肪酸をメチルエステル(FAME)に変換し、ガス液体クロマトグラフィーにより分析した。
以下の例は、シゾキトリウムPUFA PKS酵素複合体をコードする遺伝子を選択的に不活性化(ノックアウト)できること、および培地に多価不飽和脂肪酸が補充されていなければそれが致死表現型となることを実証する。
以下の例はPUFA栄養要求株をEPAの補充された培地で維持できることを明らかにし、EPAがシゾキトリウムでのDHAの代わりとなりうることを実証する。
以下の例は、PUFA合成を回復させるため、不活性化PUFA遺伝子をこの遺伝子の活性型と同じ部位で交換できることを明らかにする。
この例は、スラウストキトリウム23B PUFA PKS遺伝子の全部または一部がシゾキトリウムで機能できることを明らかにする。
この例では、シゾキトリウムorfCコード配列全体がスラウストキトリウム23B orfCコード配列に完全かつ正確に置き換えられる結果、PUFAプロファイルがスラウストキトリウムのものに移行される。
Claims (86)
- 以下からなる群より選択される核酸配列を含む、単離核酸分子:
a) SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、およびSEQ ID NO:12からなる群より選択されるアミノ酸配列をコードする核酸配列;
b) エノイル-ACPレダクターゼ(ER)活性; アシルキャリヤータンパク質(ACP)活性; β-ケトアシル-ACPシンターゼ(KS)活性; アシルトランスフェラーゼ(AT)活性; β-ケトアシル-ACPレダクターゼ(KR)活性; FabA様β-ヒドロキシアシル-ACPデヒドラーゼ(DH)活性; 非FabA様デヒドラーゼ活性; 鎖伸長因子(CLF)活性; マロニル-CoA:ACPアシルトランスフェラーゼ(MAT)活性; および4'-ホスホパンテテイニルトランスフェラーゼ(PPTase)活性からなる群より選択される少なくとも1つの生物活性を有する(a)のアミノ酸配列のいずれかの断片をコードする核酸配列;
c) SEQ ID NO:2またはSEQ ID NO:8に少なくとも約65%同一であるならびにKS活性、MAT活性、KR活性、ACP活性、および非FabA様デヒドラーゼ活性からなる群より選択される少なくとも1つの生物活性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列;
d) SEQ ID NO:3またはSEQ ID NO:9に少なくとも約60%同一であるおよびAT生物活性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列;
e) SEQ ID NO:4またはSEQ ID NO:10に少なくとも約70%同一であるならびにKS活性、CLF活性およびDH活性からなる群より選択される少なくとも1つの生物活性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列;
f) SEQ ID NO:6またはSEQ ID NO:12に少なくとも約60%同一であるおよびPPTase生物活性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列;
g) SEQ ID NO:11に少なくとも約85%同一であるまたはSEQ ID NO:5に少なくとも約95%同一であるおよびER生物活性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列。 - 核酸配列が以下からなる群より選択される、請求項1記載の単離核酸分子:
a) SEQ ID NO:2またはSEQ ID NO:8に少なくとも約75%同一であるならびにKS活性、MAT活性、KR活性、ACP活性、および非FabA様デヒドラーゼ活性からなる群より選択される少なくとも1つの生物活性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列;
b) SEQ ID NO:3またはSEQ ID NO:9に少なくとも約70%同一であるおよびAT生物活性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列;
c) SEQ ID NO:4またはSEQ ID NO:10に少なくとも約80%同一であるならびにKS活性、CLF活性およびDH活性からなる群より選択される少なくとも1つの生物活性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列;
d) SEQ ID NO:6またはSEQ ID NO:12に少なくとも約70%同一であるおよびPPTase生物活性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列;
e) SEQ ID NO:11に少なくとも約95%同一であるまたはSEQ ID NO:5に少なくとも約96%同一であるおよびER生物活性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列。 - 核酸配列が以下からなる群より選択される、請求項1記載の単離核酸分子:
a) SEQ ID NO:2またはSEQ ID NO:8に少なくとも約85%同一であるならびにKS活性、MAT活性、KR活性、ACP活性、および非FabA様デヒドラーゼ活性からなる群より選択される少なくとも1つの生物活性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列;
b) SEQ ID NO:3またはSEQ ID NO:9に少なくとも約80%同一であるおよびAT生物活性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列;
c) SEQ ID NO:4またはSEQ ID NO:10に少なくとも約90%同一であるならびにKS活性、CLF活性およびDH活性からなる群より選択される少なくとも1つの生物活性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列;
d) SEQ ID NO:6またはSEQ ID NO:12に少なくとも約80%同一であるおよびPPTase生物活性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列;
e) SEQ ID NO:11に少なくとも約96%同一であるまたはSEQ ID NO:5に少なくとも約97%同一であるおよびER生物活性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列。 - 核酸配列が以下からなる群より選択される、請求項1記載の単離核酸分子:
a) SEQ ID NO:2またはSEQ ID NO:8に少なくとも約95%同一であるならびにKS活性、MAT活性、KR活性、ACP活性、および非FabA様デヒドラーゼ活性からなる群より選択される少なくとも1つの生物活性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列;
b) SEQ ID NO:3またはSEQ ID NO:9に少なくとも約90%同一であるおよびAT生物活性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列;
c) SEQ ID NO:4またはSEQ ID NO:10に少なくとも約95%同一であるならびにKS活性、CLF活性およびDH活性からなる群より選択される少なくとも1つの生物活性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列;
d) SEQ ID NO:6またはSEQ ID NO:12に少なくとも約90%同一であるおよびPPTase生物活性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列;
e) SEQ ID NO:11に少なくとも約97%同一であるまたはSEQ ID NO:5に少なくとも約98%同一であるおよびER生物活性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列。 - 核酸配列が以下からなる群より選択されるアミノ酸配列をコードする、請求項1記載の単離核酸分子:
a) SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、およびSEQ ID NO:12からなる群より選択されるアミノ酸配列; ならびに
b) エノイル-ACPレダクターゼ(ER)活性; アシルキャリヤータンパク質(ACP)活性; β-ケトアシル-ACPシンターゼ(KS)活性; アシルトランスフェラーゼ(AT)活性; β-ケトアシル-ACPレダクターゼ(KR)活性; FabA様β-ヒドロキシアシル-ACPデヒドラーゼ(DH)活性; 非FabA様デヒドラーゼ活性; 鎖伸長因子(CLF)活性; マロニル-CoA:ACPアシルトランスフェラーゼ(MAT)活性; および4'-ホスホパンテテイニルトランスフェラーゼ(PPTase)活性からなる群より選択される少なくとも1つの生物活性を有する(a)のアミノ酸配列のいずれかの断片。 - (b)に記載の断片が以下からなる群より選択される、請求項1記載の単離核酸分子:
a) ドメインがKS生物活性を有する、SEQ ID NO:2の約29位から約513位までのSEQ ID NO:2の断片;
b) ドメインがMAT生物活性を有する、SEQ ID NO:2の約625位から約943位までのSEQ ID NO:2の断片;
c) ドメインまたはそのサブドメインがACP生物活性を有する、SEQ ID NO:2の約1264位から約1889位までのSEQ ID NO:2の断片、およびそのサブドメイン;
d) ドメインがKR生物活性を有する、SEQ ID NO:2の約2264位から約2398位までのSEQ ID NO:2の断片;
e) 非FabA様デヒドラーゼ生物活性を有する、SEQ ID NO:2の約2504位から約2516位までを含むSEQ ID NO:2の断片;
f) ドメインがAT生物活性を有する、SEQ ID NO:3の約378位から約684位までのSEQ ID NO:3の断片;
g) ドメインがKS生物活性を有する、SEQ ID NO:4の約5位から約483位までのSEQ ID NO:4の断片;
h) ドメインがCLF生物活性を有する、SEQ ID NO:4の約489位から約771位までのSEQ ID NO:4の断片;
i) ドメインがDH生物活性を有する、SEQ ID NO:4の約1428位から約1570位までのSEQ ID NO:4の断片;
j) ドメインがDH生物活性を有する、SEQ ID NO:4の約1881位から約2019位までのSEQ ID NO:4の断片;
k) ドメインがER生物活性を有する、SEQ ID NO:5の約84位から約497位までのSEQ ID NO:5の断片;
l) ドメインがPPTase生物活性を有する、SEQ ID NO:6の約40位から約186位までのSEQ ID NO:6の断片;
m) ドメインがKS生物活性を有する、SEQ ID NO:8の約29位から約513位までのSEQ ID NO:8の断片;
n) ドメインがMAT生物活性を有する、SEQ ID NO:8の約625位から約943位までのSEQ ID NO:8の断片;
o) ドメインまたはそのサブドメインがACP生物活性を有する、SEQ ID NO:8の約1275位から約1872位までのSEQ ID NO:8の断片、およびそのサブドメイン;
p) ドメインがKR生物活性を有する、SEQ ID NO:8の約2240位から約2374位までのSEQ ID NO:8の断片;
q) 非FabA様デヒドラーゼ活性を有する、SEQ ID NO:8の約2480〜2492位までを含むSEQ ID NO:8の断片;
r) ドメインがAT生物活性を有する、SEQ ID NO:9の約366位から約703位までのSEQ ID NO:9の断片;
s) ドメインがKS生物活性を有する、SEQ ID NO:10の約10位から約488位までのSEQ ID NO:10の断片;
t) ドメインがCLF生物活性を有する、SEQ ID NO:10の約502位から約750位までのSEQ ID NO:10の断片;
u) ドメインがDH生物活性を有する、SEQ ID NO:10の約1431位から約1573位までのSEQ ID NO:10の断片;
v) ドメインがDH生物活性を有する、SEQ ID NO:10の約1882位から約2020位までのSEQ ID NO:10の断片;
w) ドメインがER生物活性を有する、SEQ ID NO:11の約84位から約497位までのSEQ ID NO:11の断片; ならびに
x) ドメインがPPTase生物活性を有する、SEQ ID NO:12の約29位から約177位までのSEQ ID NO:12の断片。 - 核酸配列がSEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、およびSEQ ID NO:12からなる群より選択されるアミノ酸配列をコードする、請求項1記載の単離核酸分子。
- 請求項1記載の核酸分子に完全に相補的である核酸配列から本質的になる単離核酸分子。
- 少なくとも1つの発現制御配列に作動可能に連結された、請求項1記載の核酸分子を含む組換え核酸分子。
- 請求項9記載の組換え核酸分子をトランスフェクトされた組換え細胞。
- 請求項1記載の核酸分子によってコードされる、多価不飽和脂肪酸(PUFA)ポリケチドシンターゼ(PKS)系の少なくとも1つの生物学的に活性なタンパク質またはそのドメインを含むPKS系を組換えによって発現するよう遺伝的に改変されている、遺伝的に改変された植物または植物の一部分。
- 以下からなる群より選択される少なくとも1つのアミノ酸配列をコードする核酸分子を組換えによって発現するよう遺伝的に改変されている、請求項11記載の遺伝的に改変された植物または植物の一部分:
a) SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、およびSEQ ID NO:12からなる群より選択されるアミノ酸配列; ならびに
b) エノイル-ACPレダクターゼ(ER)活性; アシルキャリヤータンパク質(ACP)活性; β-ケトアシル-ACPシンターゼ(KS)活性; アシルトランスフェラーゼ(AT)活性; β-ケトアシル-ACPレダクターゼ(KR)活性; FabA様β-ヒドロキシアシル-ACPデヒドラーゼ(DH)活性; 非FabA様デヒドラーゼ活性; 鎖伸長因子(CLF)活性; マロニル-CoA:ACPアシルトランスフェラーゼ(MAT)活性; および4'-ホスホパンテテイニルトランスフェラーゼ(PPTase)活性からなる群より選択される少なくとも1つの生物活性を有する(a)のアミノ酸配列のいずれかの断片。 - SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、およびSEQ ID NO:6からなる群より選択される少なくとも1つのアミノ酸配列をコードする核酸分子を組換えによって発現するよう遺伝的に改変されている、請求項11記載の遺伝的に改変された植物または植物の一部分。
- SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、およびSEQ ID NO:6をコードする少なくとも1つの核酸分子を組換えによって発現するよう遺伝的に改変されている、請求項11記載の遺伝的に改変された植物または植物の一部分。
- SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、およびSEQ ID NO:12からなる群より選択される少なくとも1つのアミノ酸配列をコードする核酸分子を組換えによって発現するよう遺伝的に改変されている、請求項11記載の遺伝的に改変された植物または植物の一部分。
- SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、およびSEQ ID NO:12をコードする少なくとも1つの核酸分子を組換えによって発現するよう遺伝的に改変されている、請求項11記載の遺伝的に改変された植物または植物の一部分。
- 以下からなる群より選択されるアミノ酸配列をコードする少なくとも1つの核酸分子を組換えによって発現するよう遺伝的に改変されている、請求項11記載の遺伝的に改変された植物または植物の一部分:
a) ドメインがKS生物活性を有する、SEQ ID NO:2の約29位から約513位までのSEQ ID NO:2の断片;
b) ドメインがMAT生物活性を有する、SEQ ID NO:2の約625位から約943位までのSEQ ID NO:2の断片;
c) ドメインまたはそのサブドメインがACP生物活性を有する、SEQ ID NO:2の約1264位から約1889位までのSEQ ID NO:2の断片、およびそのサブドメイン;
d) ドメインがKR生物活性を有する、SEQ ID NO:2の約2264位から約2398位までのSEQ ID NO:2の断片;
e) 非FabA様デヒドラーゼ生物活性を有する、SEQ ID NO:2の約2504位から約2516位までを含むSEQ ID NO:2の断片;
f) ドメインがAT生物活性を有する、SEQ ID NO:3の約378位から約684位までのSEQ ID NO:3の断片;
g) ドメインがKS生物活性を有する、SEQ ID NO:4の約5位から約483位までのSEQ ID NO:4の断片;
h) ドメインがCLF生物活性を有する、SEQ ID NO:4の約489位から約771位までのSEQ ID NO:4の断片;
i) ドメインがDH生物活性を有する、SEQ ID NO:4の約1428位から約1570位までのSEQ ID NO:4の断片;
j) ドメインがDH生物活性を有する、SEQ ID NO:4の約1881位から約2019位までのSEQ ID NO:4の断片;
k) ドメインがER生物活性を有する、SEQ ID NO:5の約84位から約497位までのSEQ ID NO:5の断片;
l) ドメインがPPTase生物活性を有する、SEQ ID NO:6の約40位から約186位までのSEQ ID NO:6の断片;
m) ドメインがKS生物活性を有する、SEQ ID NO:8の約29位から約513位までのSEQ ID NO:8の断片;
n) ドメインがMAT生物活性を有する、SEQ ID NO:8の約625位から約943位までのSEQ ID NO:8の断片;
o) ドメインまたはそのサブドメインがACP生物活性を有する、SEQ ID NO:8の約1275位から約1872位までのSEQ ID NO:8の断片、およびそのサブドメイン;
p) ドメインがKR生物活性を有する、SEQ ID NO:8の約2240位から約2374位までのSEQ ID NO:8の断片;
q) 非FabA様デヒドラーゼ生物活性を有する、SEQ ID NO:8の約2480〜2492位までを含むSEQ ID NO:8の断片;
r) ドメインがAT生物活性を有する、SEQ ID NO:9の約366位から約703位までのSEQ ID NO:9の断片;
s) ドメインがKS生物活性を有する、SEQ ID NO:10の約10位から約488位までのSEQ ID NO:10の断片;
t) ドメインがCLF生物活性を有する、SEQ ID NO:10の約502位から約750位までのSEQ ID NO:10の断片;
u) ドメインがDH生物活性を有する、SEQ ID NO:10の約1431位から約1573位までのSEQ ID NO:10の断片;
v) ドメインがDH生物活性を有する、SEQ ID NO:10の約1882位から約2020位までのSEQ ID NO:10の断片;
w) ドメインがER生物活性を有する、SEQ ID NO:11の約84位から約497位までのSEQ ID NO:11の断片; ならびに
x) ドメインがPPTase生物活性を有する、SEQ ID NO:12の約29位から約177位までのSEQ ID NO:12の断片。 - スラウストキトリド(Thraustochytrid)由来の多価不飽和脂肪酸(PUFA)ポリケチドシンターゼ(PKS)系の少なくとも1つの生物学的に活性なタンパク質またはドメインを発現するようさらに遺伝的に改変されている、請求項11記載の遺伝的に改変された植物または植物の一部分。
- スラウストキトリドがシゾキトリウム(Schizochytrium)およびスラウストキトリウム(Thraustochytrium)からなる群より選択される、請求項18記載の遺伝的に改変された植物または植物の一部分。
- タンパク質またはドメインが以下からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項18記載の遺伝的に改変された植物または植物の一部分:
a) SEQ ID NO:14、SEQ ID NO:16、およびSEQ ID NO:18; ならびに
b) エノイル-ACPレダクターゼ(ER)活性; アシルキャリヤータンパク質(ACP)活性; β-ケトアシル-ACPシンターゼ(KS)活性; アシルトランスフェラーゼ(AT)活性; β-ケトアシル-ACPレダクターゼ(KR)活性; FabA様β-ヒドロキシアシル-ACPデヒドラーゼ(DH)活性; 非FabA様デヒドラーゼ活性; 鎖伸長因子(CLF)活性; マロニル-CoA:ACPアシルトランスフェラーゼ(MAT)活性; および4'-ホスホパンテテイニルトランスフェラーゼ(PPTase)活性からなる群より選択される少なくとも1つの生物活性を有する(a)のアミノ酸配列のいずれかの断片。 - タンパク質またはドメインが以下からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項18記載の遺伝的に改変された植物または植物の一部分:
a) SEQ ID NO:20、SEQ ID NO:22、およびSEQ ID NO:24; ならびに
b) エノイル-ACPレダクターゼ(ER)活性; アシルキャリヤータンパク質(ACP)活性; β-ケトアシル-ACPシンターゼ(KS)活性; アシルトランスフェラーゼ(AT)活性; β-ケトアシル-ACPレダクターゼ(KR)活性; FabA様β-ヒドロキシアシル-ACPデヒドラーゼ(DH)活性; 非FabA様デヒドラーゼ活性; 鎖伸長因子(CLF)活性; マロニル-CoA:ACPアシルトランスフェラーゼ(MAT)活性; および4'-ホスホパンテテイニルトランスフェラーゼ(PPTase)活性からなる群より選択される少なくとも1つの生物活性を有する(a)のアミノ酸配列のいずれかの断片。 - 遺伝的改変の結果として、DHA (ドコサヘキサエン酸(C22:6、ω-3))、ARA (エイコサテトラエン酸もしくはアラキドン酸(C20:4、n-6))、DPA (ドコサペンタエン酸(C22:5、ω-6もしくはω-3))、およびEPA (エイコサペンタエン酸(C20:5、ω-3)からなる群より選択される1つまたは複数の多価不飽和脂肪酸を産生する、請求項11記載の遺伝的に改変された植物または植物の一部分。
- 遺伝的改変の結果として、DHAを産生する、請求項11記載の遺伝的に改変された植物または植物の一部分。
- 遺伝的改変の結果として、EPAを産生する、請求項11記載の遺伝的に改変された植物または植物の一部分。
- 遺伝的改変の結果として、EPAおよびDHAを産生する、請求項11記載の遺伝的に改変された植物または植物の一部分。
- 遺伝的改変の結果として、ARAおよびDHAを産生する、請求項11記載の遺伝的に改変された植物または植物の一部分。
- 遺伝的改変の結果として、ARAおよびEPAを産生する、請求項11記載の遺伝的に改変された植物または植物の一部分。
- 穀物植物である、請求項11記載の遺伝的に改変された植物または植物の一部分。
- 双子葉植物である、請求項11記載の遺伝的に改変された植物または植物の一部分。
- 単子葉植物である、請求項11記載の遺伝的に改変された植物または植物の一部分。
- キャノーラ、大豆、菜種、亜麻仁、トウモロコシ、ベニバナ、ヒマワリおよびタバコからなる群より選択される、請求項11記載の遺伝的に改変された植物または植物の一部分。
- 請求項1記載の単離核酸分子を組換えによって発現するよう遺伝的に改変されている、遺伝的に改変された微生物。
- 以下からなる群より選択される少なくとも1つのアミノ酸配列をコードする核酸分子を組換えによって発現するよう遺伝的に改変されている、請求項32記載の遺伝的に改変された微生物:
a) SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、およびSEQ ID NO:12からなる群より選択されるアミノ酸配列; ならびに
b) エノイル-ACPレダクターゼ(ER)活性; アシルキャリヤータンパク質(ACP)活性; β-ケトアシル-ACPシンターゼ(KS)活性; アシルトランスフェラーゼ(AT)活性; β-ケトアシル-ACPレダクターゼ(KR)活性; FabA様β-ヒドロキシアシル-ACPデヒドラーゼ(DH)活性; 非FabA様デヒドラーゼ活性; 鎖伸長因子(CLF)活性; マロニル-CoA:ACPアシルトランスフェラーゼ(MAT)活性; および4'-ホスホパンテテイニルトランスフェラーゼ(PPTase)活性からなる群より選択される少なくとも1つの生物活性を有する(a)のアミノ酸配列のいずれかの断片。 - SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、およびSEQ ID NO:6からなる群より選択される少なくとも1つのアミノ酸配列をコードする核酸分子を組換えによって発現するよう遺伝的に改変されている、請求項32記載の遺伝的に改変された微生物。
- SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、およびSEQ ID NO:6をコードする少なくとも1つの核酸分子を組換えによって発現するよう遺伝的に改変されている、請求項32記載の遺伝的に改変された微生物。
- SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、およびSEQ ID NO:12からなる群より選択される少なくとも1つのアミノ酸配列をコードする核酸分子を組換えによって発現するよう遺伝的に改変されている、請求項32記載の遺伝的に改変された微生物。
- SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、およびSEQ ID NO:12をコードする少なくとも1つの核酸分子を組換えによって発現するよう遺伝的に改変されている、請求項32記載の遺伝的に改変された微生物。
- 以下からなる群より選択されるアミノ酸配列をコードする少なくとも1つの核酸分子を組換えによって発現するよう遺伝的に改変されている、請求項32記載の遺伝的に改変された微生物:
a) ドメインがKS生物活性を有する、SEQ ID NO:2の約32位から約513位までのSEQ ID NO:2の断片;
b) ドメインがMAT生物活性を有する、SEQ ID NO:2の約625位から約943位までのSEQ ID NO:2の断片;
c) ドメインまたはそのサブドメインがACP生物活性を有する、SEQ ID NO:2の約1264位から約1889位までのSEQ ID NO:2の断片、およびそのサブドメイン;
d) ドメインがKR生物活性を有する、SEQ ID NO:2の約2264位から約2398位までのSEQ ID NO:2の断片;
e) 非FabA様デヒドラーゼ活性を有する、SEQ ID NO:2の約2504位から約2516位までを含むSEQ ID NO:2の断片;
f) ドメインがAT生物活性を有する、SEQ ID NO:3の約378位から約684位までのSEQ ID NO:3の断片;
g) ドメインがKS生物活性を有する、SEQ ID NO:4の約5位から約483位までのSEQ ID NO:4の断片;
h) ドメインがCLF生物活性を有する、SEQ ID NO:4の約489位から約771位までのSEQ ID NO:4の断片;
i) ドメインがDH生物活性を有する、SEQ ID NO:4の約1428位から約1570位までのSEQ ID NO:4の断片;
j) ドメインがDH生物活性を有する、SEQ ID NO:4の約1881位から約2019位までのSEQ ID NO:4の断片;
k) ドメインがER生物活性を有する、SEQ ID NO:5の約84位から約497位までのSEQ ID NO:5の断片;
l) ドメインがPPTase生物活性を有する、SEQ ID NO:6の約40位から約186位までのSEQ ID NO:6の断片;
m) ドメインがKS生物活性を有する、SEQ ID NO:8の約29位から約513位までのSEQ ID NO:8の断片;
n) ドメインがMAT生物活性を有する、SEQ ID NO:8の約625位から約943位までのSEQ ID NO:8の断片;
o) ドメインまたはそのサブドメインがACP生物活性を有する、SEQ ID NO:8の約1275位から約1872位までのSEQ ID NO:8の断片、およびそのサブドメイン;
p) ドメインがKR生物活性を有する、SEQ ID NO:8の約2240位から約2374位までのSEQ ID NO:8の断片;
q) 非FabA様デヒドラーゼ活性を有する、SEQ ID NO:8の約2480〜2492位までを含むSEQ ID NO:8の断片;
r) ドメインがAT生物活性を有する、SEQ ID NO:9の約366位から約703位までのSEQ ID NO:9の断片;
s) ドメインがKS生物活性を有する、SEQ ID NO:10の約10位から約488位までのSEQ ID NO:10の断片;
t) ドメインがCLF生物活性を有する、SEQ ID NO:10の約502位から約750位までのSEQ ID NO:10の断片;
u) ドメインがDH生物活性を有する、SEQ ID NO:10の約1431位から約1573位までのSEQ ID NO:10の断片;
v) ドメインがDH生物活性を有する、SEQ ID NO:10の約1882位から約2020位までのSEQ ID NO:10の断片;
w) ドメインがER生物活性を有する、SEQ ID NO:11の約84位から約497位までのSEQ ID NO:11の断片; ならびに
x) ドメインがPPTase生物活性を有する、SEQ ID NO:12の約29位から約177位までのSEQ ID NO:12の断片。 - スラウストキトリド由来の多価不飽和脂肪酸(PUFA)ポリケチドシンターゼ(PKS)系の少なくとも1つの生物学的に活性なタンパク質またはドメインを発現するようさらに遺伝的に改変されている、請求項32記載の遺伝的に改変された微生物。
- スラウストキトリドがシゾキトリウムおよびスラウストキトリウムからなる群より選択される、請求項39記載の遺伝的に改変された微生物。
- タンパク質またはドメインが以下からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項39記載の遺伝的に改変された微生物:
a) SEQ ID NO:14、SEQ ID NO:16、およびSEQ ID NO:18; ならびに
b) エノイル-ACPレダクターゼ(ER)活性; アシルキャリヤータンパク質(ACP)活性; β-ケトアシル-ACPシンターゼ(KS)活性; アシルトランスフェラーゼ(AT)活性; β-ケトアシル-ACPレダクターゼ(KR)活性; FabA様β-ヒドロキシアシル-ACPデヒドラーゼ(DH)活性; 非FabA様デヒドラーゼ活性; 鎖伸長因子(CLF)活性; マロニル-CoA:ACPアシルトランスフェラーゼ(MAT)活性; および4'-ホスホパンテテイニルトランスフェラーゼ(PPTase)活性からなる群より選択される少なくとも1つの生物活性を有する(a)のアミノ酸配列のいずれかの断片。 - タンパク質またはドメインが以下からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項39記載の遺伝的に改変された微生物:
a) SEQ ID NO:20、SEQ ID NO:22、およびSEQ ID NO:24; ならびに
b) エノイル-ACPレダクターゼ(ER)活性; アシルキャリヤータンパク質(ACP)活性; β-ケトアシル-ACPシンターゼ(KS)活性; アシルトランスフェラーゼ(AT)活性; β-ケトアシル-ACPレダクターゼ(KR)活性; FabA様β-ヒドロキシアシル-ACPデヒドラーゼ(DH)活性; 非FabA様デヒドラーゼ活性; 鎖伸長因子(CLF)活性; マロニル-CoA:ACPアシルトランスフェラーゼ(MAT)活性; および4'-ホスホパンテテイニルトランスフェラーゼ(PPTase)活性からなる群より選択される少なくとも1つの生物活性を有する(a)のアミノ酸配列のいずれかの断片。 - 遺伝的改変の結果として、DHA (ドコサヘキサエン酸(C22:6、ω-3))、ARA (エイコサテトラエン酸もしくはアラキドン酸(C20:4、n-6))、DPA (ドコサペンタエン酸(C22:5、ω-6もしくはω-3))、およびEPA (エイコサペンタエン酸(C20:5、ω-3)からなる群より選択される多価不飽和脂肪酸を産生する、請求項32記載の遺伝的に改変された微生物。
- 遺伝的改変の結果として、DHAを産生する、請求項32記載の遺伝的に改変された微生物。
- 遺伝的改変の結果として、EPAを産生する、請求項32記載の遺伝的に改変された微生物。
- 遺伝的改変の結果として、EPAおよびDHAを産生する、請求項32記載の遺伝的に改変された微生物。
- 遺伝的改変の結果として、ARAおよびDHAを産生する、請求項32記載の遺伝的に改変された微生物。
- 遺伝的改変の結果として、ARAおよびEPAを産生する、請求項32記載の遺伝的に改変された微生物。
- 内因性PUFA PKS系を含む、請求項32記載の遺伝的に改変された微生物。
- 内因性PUFA PKS系が、内因性PUFA PKS系の少なくとも1つのドメインをコードする核酸配列に対しての異なるPKS系の少なくとも1つのドメインをコードする別の単離核酸分子の置換により改変されている、請求項49記載の遺伝的に改変された微生物。
- 異なるPKS系が非細菌性PUFA PKS系、細菌性PUFA PKS系、I型モジュールPKS系、I型反復PKS系、II型PKS系、およびIII型PKS系からなる群より選択される、請求項50記載の遺伝的に改変された微生物。
- 内因性PUFA PKS系が、内因性PUFA PKS系の少なくとも1つのドメインをコードする核酸配列に対しての請求項1記載の単離核酸分子の置換により遺伝的に改変されている、請求項49記載の遺伝的に改変された微生物。
- C20単位の合成を指令する、鎖伸長因子、または鎖伸長因子に加えてβ-ケトアシル-ACPシンターゼ(KS)ドメインをコードする核酸分子を組換えによって発現するよう遺伝的に改変されている、請求項49記載の遺伝的に改変された微生物。
- 内因性PUFA PKS系が、FabA様β-ヒドロキシ・アシル-ACPデヒドラーゼ(DH)ドメインをコードするドメインおよびβ-ケトアシル-ACPシンターゼ(KS)をコードするドメインからなる群より選択される1つのドメインまたは複数のドメインで改変されており、改変によって、改変のない場合に比べPUFA PKS系によって産生される長鎖脂肪酸の比率が変えられる、請求項49記載の遺伝的に改変された微生物。
- 改変が、内因性PUFA PKS系のFabA様β-ヒドロキシ・アシル-ACPデヒドラーゼ(DH)に対しての異性化活性を保有しないDHドメインの置換を含む、請求項54記載の遺伝的に改変された微生物。
- 改変がドメインの全部または一部の欠失、ドメインに対しての異なる生物由来の相同ドメインの置換、およびドメインの突然変異からなる群より選択される、請求項54記載の遺伝的に改変された微生物。
- 内因性PUFA PKS系が、エノイル-ACPレダクターゼ(ER)ドメインで改変されており、改変によって、改変のない場合に比べ異なる化合物の産生がもたらされる、請求項49記載の遺伝的に改変された微生物。
- 改変がERドメインの全部または一部の欠失、ERドメインに対しての異なる生物由来のERドメインの置換、およびERドメインの突然変異からなる群より選択される、請求項57記載の遺伝的に改変された微生物。
- 微生物がスラウストキトリドである、請求項32記載の遺伝的に改変された微生物。
- スラウストキトリドがシゾキトリウムおよびスラウストキトリウムからなる群より選択される属由来である、請求項59記載の遺伝的に改変された微生物。
- 微生物が細菌である、請求項32記載の遺伝的に改変された微生物。
- 生物活性分子を産生させるのに効果的な条件の下で、請求項12記載の遺伝的に改変された植物を増殖させる段階を含む、ポリケチドシンターゼ系によって産生される生物活性分子を産生させる方法。
- 生物活性分子を産生させるのに効果的な条件の下で、請求項29記載の遺伝的に改変された微生物を培養する段階を含む、ポリケチドシンターゼ系によって産生される生物活性分子を産生させる方法。
- 遺伝的改変が野生型生物に比べて、内因性PKS系によって産生される少なくとも1つの産物を変化させる、請求項63記載の方法。
- 生物が、遺伝的改変のない天然に存在する生物とは異なる多価不飽和脂肪酸(PUFA)プロファイルをもたらす、請求項63記載の方法。
- 生物活性分子が抗炎症製剤、化学療法剤、活性賦形剤、骨粗鬆症治療薬、抗鬱薬、抗痙攣薬、抗ヘリコバクター・ピロリ(Helicobactor pylori)薬、神経変性疾患の治療用薬物、変性肝疾患の治療用薬物、抗生物質、およびコレステロール低下製剤からなる群より選択される、請求項63記載の方法。
- 生物活性分子が抗生物質である、請求項63記載の方法。
- 生物活性分子が多価不飽和脂肪酸(PUFA)である、請求項63記載の方法。
- 生物活性分子がシス配置に炭素-炭素二重結合を含む分子である、請求項63記載の方法。
- 生物活性分子が3個毎の炭素に二重結合を含む分子である、請求項63記載の方法。
- 請求項9記載の少なくとも1つの組換え核酸分子を含むPKS系を発現するよう植物の細胞を遺伝的に改変する段階を含む、天然に存在する植物とは異なる多価不飽和脂肪酸(PUFA)プロファイルを有する植物を作出する方法。
- 請求項9記載の少なくとも1つの組換え核酸分子を発現するよう微生物細胞を遺伝的に改変する段階を含む、組換え微生物を作出する方法。
- 請求項9記載の少なくとも1つの組換え核酸分子を発現する組換え宿主細胞により産生された油分を最終産物に添加する段階を含む、少なくとも1つの脂肪酸を含むよう最終産物を改変する方法。
- 最終産物が栄養補助食品、食品、薬剤、ヒト化畜乳、および調合乳からなる群より選択される、請求項73記載の方法。
- 請求項9記載の少なくとも1つの組換え核酸分子を用いて泌乳動物の泌乳細胞を遺伝的に改変する段階を含む、ヒト化畜乳を産生する方法。
- PUFA PKSが反復および非反復の両酵素反応を触媒し、PUFA PKS系が
a) 少なくとも1つのエノイルACP-レダクターゼ(ER)ドメイン;
b) 少なくとも6つのアシルキャリヤータンパク質(ACP)ドメイン;
c) 少なくとも2つのβ-ケト・アシル-ACPシンターゼ(KS)ドメイン;
d) 少なくとも1つのアシルトランスフェラーゼ(AT)ドメイン;
e) 少なくとも1つのケトレダクターゼ(KR)ドメイン;
f) 少なくとも2つのFabA様β-ヒドロキシ・アシル-ACPデヒドラーゼ(DH)ドメイン;
g) 少なくとも1つの鎖伸長因子(CLF)ドメイン;
h) 少なくとも1つのマロニル-CoA:ACPアシルトランスフェラーゼ(MAT)ドメイン; および
i) 少なくとも1つの4'-ホスホパンテテイニルトランスフェラーゼ(PPTase)ドメインを含み、ならびに
PUFA PKS系が少なくとも約25℃の温度でPUFAを産生する、
組換え細菌の多価不飽和脂肪酸(PUFA)ポリケチドシンターゼ(PKS)系を発現するよう改変されている組換え宿主細胞。 - PUFA PKS系が以下を含む、請求項76記載の組換え宿主細胞:
a) 1つのエノイルACP-レダクターゼ(ER)ドメイン;
b) 6つのアシルキャリヤータンパク質(ACP)ドメイン;
c) 2つのβ-ケト・アシル-ACPシンターゼ(KS)ドメイン;
d) 1つのアシルトランスフェラーゼ(AT)ドメイン;
e) 1つのケトレダクターゼ(KR)ドメイン;
f) 2つのFabA様β-ヒドロキシ・アシル-ACPデヒドラーゼ(DH)ドメイン;
g) 1つの鎖伸長因子(CLF)ドメイン;
h) 1つのマロニル-CoA:ACPアシルトランスフェラーゼ(MAT)ドメイン; および
i) 1つの4'-ホスホパンテテイニルトランスフェラーゼ(PPTase)ドメイン。 - PUFA PKS系がシュワネラ・ジャポニカ(Shewanella japonica)およびシュワネラ・オレヤナ(Shewanella olleyana)からなる群より選択される海洋細菌由来のPUFA PKS系である、請求項76記載の組換え宿主細胞。
- 細菌性PUFA PKS系が反復および非反復の両酵素反応を触媒し、細菌性PUFA PKS系が少なくとも約25℃の温度でPUFAを産生し、かつ細菌性PUFA PKS系が
a) 少なくとも1つのエノイルACP-レダクターゼ(ER)ドメイン;
b) 少なくとも6つのアシルキャリヤータンパク質(ACP)ドメイン;
c) 少なくとも2つのβ-ケト・アシル-ACPシンターゼ(KS)ドメイン;
d) 少なくとも1つのアシルトランスフェラーゼ(AT)ドメイン;
e) 少なくとも1つのケトレダクターゼ(KR)ドメイン;
f) 少なくとも2つのFabA様β-ヒドロキシ・アシル-ACPデヒドラーゼ(DH)ドメイン;
g) 少なくとも1つの鎖伸長因子(CLF)ドメイン;
h) 少なくとも1つのマロニル-CoA:ACPアシルトランスフェラーゼ(MAT)ドメイン; および
i) 少なくとも1つの4'-ホスホパンテテイニルトランスフェラーゼ(PPTase)ドメインを含み、ならびに
遺伝的改変がPUFA PKS系の活性に影響を及ぼす、
細菌の多価不飽和脂肪酸(PUFA)ポリケチドシンターゼ(PKS)系の少なくとも1つのタンパク質またはドメインを含む遺伝的に改変された生物。 - 細菌性PUFA PKS系の少なくとも1つのタンパク質またはドメインで組換えによって発現するよう改変されている、請求項79記載の遺伝的に改変された生物。
- 細菌性PUFA PKS系を組換えによって発現するよう改変されている、請求項79記載の遺伝的に改変された生物。
- 植物である、請求項79記載の遺伝的に改変された生物。
- 微生物である、請求項79記載の遺伝的に改変された生物。
- 細菌性PUFA PKS系が、シュワネラ・ジャポニカおよびシュワネラ・オレヤナからなる群より選択される海洋細菌由来のPUFA PKS系である、請求項79記載の遺伝的に改変された生物。
- 生物が、第二の異なるPKS系由来の少なくとも1つのさらなるタンパク質またはドメインを発現する、請求項79記載の遺伝的に改変された生物。
- 細菌性PUFA PKS系が反復および非反復の両酵素反応を触媒し、細菌性PUFA PKS系が少なくとも約25℃の温度でPUFAを産生し、かつ細菌性PUFA PKS系が
a) 少なくとも1つのエノイルACP-レダクターゼ(ER)ドメイン;
b) 少なくとも6つのアシルキャリヤータンパク質(ACP)ドメイン;
c) 少なくとも2つのβ-ケト・アシル-ACPシンターゼ(KS)ドメイン;
d) 少なくとも1つのアシルトランスフェラーゼ(AT)ドメイン;
e) 少なくとも1つのケトレダクターゼ(KR)ドメイン;
f) 少なくとも2つのFabA様β-ヒドロキシ・アシル-ACPデヒドラーゼ(DH)ドメイン;
g) 少なくとも1つの鎖伸長因子(CLF)ドメイン;
h) 少なくとも1つのマロニル-CoA:ACPアシルトランスフェラーゼ(MAT)ドメイン; および
i) 少なくとも1つの4'-ホスホパンテテイニルトランスフェラーゼ(PPTase)ドメインを含む、
細菌の(PUFA)ポリケチドシンターゼ(PKS)系の少なくとも1つのタンパク質または機能ドメインをコードする単離組換え核酸分子。
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---|---|---|---|
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---|---|
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---|---|---|---|
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---|---|
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Cited By (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2012520676A (ja) * | 2009-03-16 | 2012-09-10 | マーテック バイオサイエンシーズ コーポレーション | ラビリンチュラ菌門の微生物におけるタンパク質作製 |
JPWO2012043826A1 (ja) * | 2010-10-01 | 2014-02-24 | 国立大学法人九州大学 | ストラメノパイルの形質転換方法 |
Families Citing this family (62)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US6566583B1 (en) * | 1997-06-04 | 2003-05-20 | Daniel Facciotti | Schizochytrium PKS genes |
US7247461B2 (en) * | 1999-01-14 | 2007-07-24 | Martek Biosciences Corporation | Nucleic acid molecule encoding ORFA of a PUFA polyketide synthase system and uses thereof |
US20070244192A1 (en) * | 1999-01-14 | 2007-10-18 | Martek Biosciences Corporation | Plant seed oils containing polyunsaturated fatty acids |
US7271315B2 (en) * | 1999-01-14 | 2007-09-18 | Martek Biosciences Corporation | PUFA polyketide synthase systems and uses thereof |
US7211418B2 (en) * | 1999-01-14 | 2007-05-01 | Martek Biosciences Corporation | PUFA polyketide synthase systems and uses thereof |
US8003772B2 (en) | 1999-01-14 | 2011-08-23 | Martek Biosciences Corporation | Chimeric PUFA polyketide synthase systems and uses thereof |
US7217856B2 (en) * | 1999-01-14 | 2007-05-15 | Martek Biosciences Corporation | PUFA polyketide synthase systems and uses thereof |
US7208590B2 (en) * | 2003-07-15 | 2007-04-24 | Abbott Laboratories | Genes involved in polyketide synthase pathways and uses thereof |
CN102559364B (zh) | 2004-04-22 | 2016-08-17 | 联邦科学技术研究组织 | 用重组细胞合成长链多不饱和脂肪酸 |
CA2563875C (en) | 2004-04-22 | 2015-06-30 | Commonwealth Scientific And Industrial Research Organisation | Synthesis of long-chain polyunsaturated fatty acids by recombinant cells |
EP1903883A4 (en) | 2005-07-01 | 2010-06-23 | Martek Biosciences Corp | OIL PRODUCT CONTAINING MULTIPLE UNSATURATED FATTY ACIDS AND ITS USES AND MANUFACTURING |
CN101473038B (zh) * | 2006-03-15 | 2014-05-28 | Dsmip资产公司 | 含有多不饱和脂肪酸的植物种子油 |
JP2009529891A (ja) * | 2006-03-15 | 2009-08-27 | マーテック バイオサイエンシーズ コーポレーション | 多価不飽和脂肪酸を含む植物種子油 |
TW200806184A (en) * | 2006-04-11 | 2008-02-01 | Martek Biosciences Corp | Food products comprising long chain polyunsaturated fatty acids and methods for preparing the same |
AU2007260873B2 (en) | 2006-06-22 | 2013-05-02 | Dsm Ip Assets B.V. | Encapsulated labile compound compositions and methods of making the same |
EP2430926A3 (en) | 2006-08-29 | 2012-06-13 | Martek Biosciences Corporation | Use of DPA(n-6) oils in infant formula |
RU2009111266A (ru) | 2006-08-29 | 2010-10-10 | Коммонвелт Сайентифик энд Индастриал Рисерч Организейшн (AU) | Синтез жирных кислот |
US20080233628A1 (en) * | 2006-09-14 | 2008-09-25 | The Salk Institute For Biological Studies | Incorporation of type III polyketide synthases into multidomain proteins of the type I and III polyketide synthase and fatty acid synthase families |
MX2010000263A (es) * | 2007-06-29 | 2010-03-11 | Martek Biosciences Corp | Produccion y purificacion de esteres de acidos grasos poliinsaturados. |
JP5110511B2 (ja) * | 2007-09-05 | 2012-12-26 | 独立行政法人産業技術総合研究所 | 微生物を用いた高度不飽和脂肪酸及び高度不飽和脂質の製造方法 |
US20110076379A1 (en) * | 2008-06-13 | 2011-03-31 | Means Michael M | High omega saturated fat free meat products |
EP2358882B1 (en) | 2008-11-18 | 2017-07-26 | Commonwealth Scientific and Industrial Research Organisation | Enzymes and methods for producing omega-3 fatty acids |
WO2010101218A1 (ja) * | 2009-03-04 | 2010-09-10 | 国立大学法人宮崎大学 | 微生物の脂肪酸合成経路の判別方法及びそれに用いるpcrプライマーセット |
EP2408797B1 (en) | 2009-03-19 | 2017-03-15 | DSM IP Assets B.V. | Polyunsaturated fatty acid synthase nucleic acid molecules and polypeptides, compositions, and methods of making and uses thereof |
EP2519642B1 (en) * | 2009-12-28 | 2017-10-25 | DSM IP Assets B.V. | Recombinant thraustochytrids that grow on xylose, and compositions, methods of making, and uses thereof |
TW201144442A (en) | 2010-05-17 | 2011-12-16 | Dow Agrosciences Llc | Production of DHA and other LC-PUFAs in plants |
US20120207912A1 (en) | 2010-08-11 | 2012-08-16 | E.I. Du Pont De Nemours And Company | Aquaculture meat products |
EP2603094A1 (en) | 2010-08-11 | 2013-06-19 | E.I. Du Pont De Nemours And Company | A sustainable aquaculture feeding strategy |
US20120040076A1 (en) | 2010-08-11 | 2012-02-16 | E. I. Du Pont De Nemours And Company | Aquaculture feed compositions |
WO2012135535A1 (en) * | 2011-03-31 | 2012-10-04 | Los Alamos National Security, Llc | Method of identifying soluble proteins and soluble protein complexes |
TW201307553A (zh) | 2011-07-26 | 2013-02-16 | Dow Agrosciences Llc | 在植物中生產二十二碳六烯酸(dha)及其他長鏈多元不飽和脂肪酸(lc-pufa)之技術 |
US10385327B2 (en) * | 2012-01-05 | 2019-08-20 | University Of Puerto Rico | Enhanced E. coli for the production of fatty acids and method of producing the same |
EP2861059B1 (en) | 2012-06-15 | 2017-05-03 | Commonwealth Scientific and Industrial Research Organisation | Production of long chain polyunsaturated fatty acids in plant cells |
SG11201501013PA (en) | 2012-08-10 | 2015-04-29 | Opx Biotechnologies Inc | Microorganisms and methods for the production of fatty acids and fatty acid derived products |
WO2014116754A1 (en) | 2013-01-23 | 2014-07-31 | Iowa State University Research Foundation, Inc. | Materials and methods for characterizing and using kasiii for production of bi-functional fatty acids |
US10184140B2 (en) | 2013-01-23 | 2019-01-22 | Iowa State University Research Foundation, Inc. | Materials and methods for production of bi-functional fatty acids in recombinant bacteria |
US20150119601A1 (en) | 2013-03-15 | 2015-04-30 | Opx Biotechnologies, Inc. | Monofunctional mcr + 3-hp dehydrogenase |
BR112016001026A2 (pt) * | 2013-07-19 | 2017-10-24 | Cargill Inc | organismo geneticamente modificado |
US11408013B2 (en) | 2013-07-19 | 2022-08-09 | Cargill, Incorporated | Microorganisms and methods for the production of fatty acids and fatty acid derived products |
EP2843043A1 (en) * | 2013-08-27 | 2015-03-04 | Evonik Industries AG | A method for producing acyl amino acids |
US9580758B2 (en) | 2013-11-12 | 2017-02-28 | Luc Montagnier | System and method for the detection and treatment of infection by a microbial agent associated with HIV infection |
BR102014029437A2 (pt) | 2013-11-26 | 2015-07-07 | Dow Agrosciences Llc | Produção de ácidos graxos ômega-3 polinsaturados de cadeia longa em culturas oleaginosas por uma pufa sintase de traustoquitrídio |
NZ721036A (en) | 2013-12-18 | 2023-07-28 | Grains Res & Dev Corp | Lipid comprising long chain polyunsaturated fatty acids |
US10087430B2 (en) | 2014-01-28 | 2018-10-02 | Dsm Ip Assets B.V. | Factors for the production and accumulation of polyunsaturated fatty acids (PUFAS) derived from PUFA synthases |
US10131897B2 (en) | 2014-03-03 | 2018-11-20 | Synthetics Genomics, Inc. | Molecules associated with fatty acid biosynthetic pathways and uses thereof |
US20150322467A1 (en) * | 2014-05-08 | 2015-11-12 | Scfm Ventures, Llc | Method for optimizing production of eicosapentaenoic acid (epa) in a recombinant host |
CN105219789B (zh) | 2014-06-27 | 2023-04-07 | 联邦科学技术研究组织 | 包含二十二碳五烯酸的提取的植物脂质 |
EP2993228B1 (en) | 2014-09-02 | 2019-10-09 | Cargill, Incorporated | Production of fatty acid esters |
CN105567715B (zh) * | 2014-10-17 | 2021-06-29 | 丰益(上海)生物技术研发中心有限公司 | 裂殖壶菌α-微管蛋白相关序列及其应用 |
US9932599B2 (en) | 2015-03-02 | 2018-04-03 | Synthetic Genomics, Inc. | Regulatory elements from labyrinthulomycetes microorganisms |
CN105176942A (zh) * | 2015-08-04 | 2015-12-23 | 北京农学院 | 来源于树莓的聚酮合酶RinPKS1及其相关生物材料与应用 |
WO2017055169A1 (en) | 2015-10-01 | 2017-04-06 | Dsm Ip Assets B.V. | Supplement material for use in pet food |
EP3430035A4 (en) | 2016-03-16 | 2020-02-19 | Conagen Inc. | PRODUCTION OF PROTEINS IN LABYRINE THULOMYCETES |
US11987819B2 (en) | 2016-05-12 | 2024-05-21 | Dsm Ip Assets B.V. | Method of increasing omega-3 polyunsaturated fatty acids production in microalgae |
CN106591388A (zh) * | 2016-10-13 | 2017-04-26 | 中国农业科学院生物技术研究所 | 具有聚酮类化合物合成功能的基因Dr2091 |
AU2017350898A1 (en) * | 2016-10-28 | 2019-06-13 | Ginkgo Bioworks, Inc. | Compositions and methods for the production of compounds |
US10633454B2 (en) | 2016-11-01 | 2020-04-28 | Conagen Inc. | Expression of modified glycoproteins and glycopeptides |
CN110494566A (zh) | 2017-02-02 | 2019-11-22 | 嘉吉公司 | 产生c6-c10脂肪酸衍生物的经遗传修饰的细胞 |
CN108753810B (zh) * | 2018-05-22 | 2021-06-18 | 昆明理工大学 | 一种转录调节蛋白基因orf2的用途 |
JPWO2020032258A1 (ja) * | 2018-08-10 | 2021-08-12 | 協和発酵バイオ株式会社 | 多価不飽和脂肪酸を生産する微生物及び多価不飽和脂肪酸の製造法 |
JPWO2020032261A1 (ja) * | 2018-08-10 | 2021-08-10 | 協和発酵バイオ株式会社 | エイコサペンタエン酸を生産する微生物及びエイコサペンタエン酸の製造法 |
WO2023070027A2 (en) * | 2021-10-20 | 2023-04-27 | University Of Puerto Rico | Fatty acid production in escherichia coli |
Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2002510205A (ja) * | 1997-06-04 | 2002-04-02 | カルジーン エルエルシー | ポリケチド様合成遺伝子を植物内で発現させることによる多不飽和脂肪酸の製造 |
Family Cites Families (51)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US674574A (en) * | 1900-08-01 | 1901-05-21 | Charles Decrette | Metal-bending machine. |
US781861A (en) * | 1903-11-07 | 1905-02-07 | Alonzo W Allen | Thread or yarn tension device. |
US778594A (en) * | 1904-06-29 | 1904-12-27 | Pancrazio M Megaro | Shaving composition. |
US777277A (en) * | 1904-09-07 | 1904-12-13 | American Clay Working Machinery Company | Tile-press. |
US781882A (en) * | 1904-11-22 | 1905-02-07 | William Hinckle Smith | Compressed product from bone. |
US5246841A (en) * | 1986-12-26 | 1993-09-21 | Sagami Chemical Research Center | Microbial process for production of eicosapentaenoic acid |
US5130242A (en) | 1988-09-07 | 1992-07-14 | Phycotech, Inc. | Process for the heterotrophic production of microbial products with high concentrations of omega-3 highly unsaturated fatty acids |
US5340742A (en) | 1988-09-07 | 1994-08-23 | Omegatech Inc. | Process for growing thraustochytrium and schizochytrium using non-chloride salts to produce a microfloral biomass having omega-3-highly unsaturated fatty acids |
US5639790A (en) * | 1991-05-21 | 1997-06-17 | Calgene, Inc. | Plant medium-chain thioesterases |
EP0594868A4 (en) | 1992-05-15 | 1997-01-02 | Sagami Chem Res | Gene which codes for eicosapentaenoic acid synthetase group and process for producing eicosapentaenoic acid |
US5683898A (en) * | 1992-05-15 | 1997-11-04 | Sagami Chemical Research Center | Gene coding for eicosapentaenoic acid synthesizing enzymes and process for production of eicosapentaenoic acid |
US5798259A (en) * | 1992-05-15 | 1998-08-25 | Sagami Chemical Research Center | Gene coding for eicosapentaenoic acid synthesizing enzymes and process for production of eicosapentaenoic acid |
US5310242A (en) | 1992-09-28 | 1994-05-10 | Golder Kimberly A | Portable infant seat |
DE4323727A1 (de) * | 1993-07-15 | 1995-03-09 | Boehringer Mannheim Gmbh | Verfahren zur Identifizierung von menschlichen und tierischen Zellen mit der Fähigkeit zu unbegrenzter Proliferation oder zur Tumorbildung |
US5672491A (en) * | 1993-09-20 | 1997-09-30 | The Leland Stanford Junior University | Recombinant production of novel polyketides |
WO1996021735A1 (fr) | 1995-01-13 | 1996-07-18 | Sagami Chemical Research Center | Genes codant un groupe d'enzymes de biosynthese pour l'acide icosapentaenoique (epa) et procede d'obtention dudit acide |
DE69637953D1 (de) | 1995-04-17 | 2009-07-30 | Nat Inst Of Advanced Ind Scien | Hoch ungesättigte fettsäurenproduzierende mikroorganismen und verfahren zur herstellung von hoch ungesättigten fettsäuren durch verwendung dieser mikroorganismen |
EP0913473A4 (en) | 1996-07-10 | 2000-12-06 | Sagami Chem Res | PROCESS FOR PRODUCING ICOSAPENTAENOIC ACID BY GENE RECOMBINATION |
US6033883A (en) * | 1996-12-18 | 2000-03-07 | Kosan Biosciences, Inc. | Production of polyketides in bacteria and yeast |
AU748824B2 (en) * | 1997-03-14 | 2002-06-13 | Basf Aktiengesellschaft | Cycloalkylalkanecarboxamides and the production and use thereof |
EP0996732B1 (en) | 1997-04-11 | 2005-06-15 | Calgene LLC | Methods and compositions for synthesis of long chain polyunsaturated fatty acids in plants |
US6566583B1 (en) * | 1997-06-04 | 2003-05-20 | Daniel Facciotti | Schizochytrium PKS genes |
US6626260B2 (en) * | 1998-04-09 | 2003-09-30 | Bombardier Inc. | All terrain vehicle |
US6677145B2 (en) | 1998-09-02 | 2004-01-13 | Abbott Laboratories | Elongase genes and uses thereof |
US7211418B2 (en) | 1999-01-14 | 2007-05-01 | Martek Biosciences Corporation | PUFA polyketide synthase systems and uses thereof |
US20070244192A1 (en) | 1999-01-14 | 2007-10-18 | Martek Biosciences Corporation | Plant seed oils containing polyunsaturated fatty acids |
US7271315B2 (en) * | 1999-01-14 | 2007-09-18 | Martek Biosciences Corporation | PUFA polyketide synthase systems and uses thereof |
US7217856B2 (en) | 1999-01-14 | 2007-05-15 | Martek Biosciences Corporation | PUFA polyketide synthase systems and uses thereof |
US8003772B2 (en) | 1999-01-14 | 2011-08-23 | Martek Biosciences Corporation | Chimeric PUFA polyketide synthase systems and uses thereof |
US7247461B2 (en) | 1999-01-14 | 2007-07-24 | Martek Biosciences Corporation | Nucleic acid molecule encoding ORFA of a PUFA polyketide synthase system and uses thereof |
US6246841B1 (en) * | 2000-05-10 | 2001-06-12 | Lexmark International, Inc. | Removable toner cartridge |
DE60122719T2 (de) * | 2000-06-08 | 2008-04-17 | Miami University, Oxford | Fettsäure-elongase-3-ketoacyl-coa-synthase-polypeptide |
US20040010817A1 (en) * | 2000-07-21 | 2004-01-15 | Washington State University Research Foundation | Plant acyl-CoA synthetases |
AU2002218447C9 (en) | 2000-09-28 | 2008-04-17 | Bioriginal Food & Science Corporation | Fad4, Fad5, Fad5-2, and Fad6, fatty acid desaturase family members and uses thereof |
TWI324181B (en) * | 2001-04-16 | 2010-05-01 | Martek Biosciences Corp | Product and process for transformation of thraustochytriales microorganisms |
TWI426126B (zh) | 2001-04-16 | 2014-02-11 | Dsm Ip Assets Bv | 多不飽和脂肪酸(pufa)聚乙醯合成酶系統及其用途(二) |
US20040005672A1 (en) * | 2002-02-22 | 2004-01-08 | Santi Daniel V. | Heterologous production of polyketides |
GB2385852A (en) | 2002-02-27 | 2003-09-03 | Rothamsted Ex Station | Delta 6-desaturases from Primulaceae |
ES2388490T3 (es) | 2002-03-16 | 2012-10-15 | The University Of York | Desaturasas |
US7089432B2 (en) * | 2002-12-27 | 2006-08-08 | Matsushita Electric Industrial Co., Ltd. | Method for operating a processor at first and second rates depending upon whether the processor is executing code to control predetermined hard drive operations |
US20040172682A1 (en) | 2003-02-12 | 2004-09-02 | Kinney Anthony J. | Production of very long chain polyunsaturated fatty acids in oilseed plants |
EP1623008B1 (en) | 2003-03-26 | 2014-07-30 | DSM IP Assets B.V. | Pufa polyketide synthase systems and uses thereof |
AU2004225838B2 (en) | 2003-03-31 | 2009-11-05 | University Of Bristol | Novel plant acyltransferases specific for long-chained, multiply unsaturated fatty acids |
US7125672B2 (en) | 2003-05-07 | 2006-10-24 | E. I. Du Pont De Nemours And Company | Codon-optimized genes for the production of polyunsaturated fatty acids in oleaginous yeasts |
US7208590B2 (en) * | 2003-07-15 | 2007-04-24 | Abbott Laboratories | Genes involved in polyketide synthase pathways and uses thereof |
EP1734067B1 (en) * | 2004-02-17 | 2011-11-30 | Toray Industries, Inc. | Biaxially oriented polyester film |
DE102004060340A1 (de) | 2004-07-16 | 2006-02-09 | Basf Plant Science Gmbh | Verfahren zur Erhöhung des Gehalts an mehrfach ungesättigten langkettigen Fettsäuren in transgenen Organismen |
AR050881A1 (es) | 2004-09-20 | 2006-11-29 | Basf Plant Science Gmbh | Genes de arabidopsis que codifican proteinas que participan en el metabolismo de azucares y lipidos y metodos de uso |
JP2009529891A (ja) | 2006-03-15 | 2009-08-27 | マーテック バイオサイエンシーズ コーポレーション | 多価不飽和脂肪酸を含む植物種子油 |
US20080044784A1 (en) * | 2006-08-15 | 2008-02-21 | Park Keith K | Multi-component lighter |
US7669708B2 (en) * | 2006-08-31 | 2010-03-02 | Martin Engineering Company | Bulk material handling system and control |
-
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Patent Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2002510205A (ja) * | 1997-06-04 | 2002-04-02 | カルジーン エルエルシー | ポリケチド様合成遺伝子を植物内で発現させることによる多不飽和脂肪酸の製造 |
Cited By (6)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2012520676A (ja) * | 2009-03-16 | 2012-09-10 | マーテック バイオサイエンシーズ コーポレーション | ラビリンチュラ菌門の微生物におけるタンパク質作製 |
JP2015077140A (ja) * | 2009-03-16 | 2015-04-23 | ディーエスエム アイピー アセッツ ビー.ブイ. | ラビリンチュラ菌門の微生物におけるタンパク質作製 |
US9518102B2 (en) | 2009-03-16 | 2016-12-13 | Dsm Ip Assets B.V. | Polypeptide for improving protein production in microorganisms of the phylum Labyrinthulomycota |
JP2016208993A (ja) * | 2009-03-16 | 2016-12-15 | ディーエスエム アイピー アセッツ ビー.ブイ. | ラビリンチュラ菌門の微生物におけるタンパク質作製 |
JPWO2012043826A1 (ja) * | 2010-10-01 | 2014-02-24 | 国立大学法人九州大学 | ストラメノパイルの形質転換方法 |
JP2016189787A (ja) * | 2010-10-01 | 2016-11-10 | 国立大学法人九州大学 | ストラメノパイルの形質転換方法 |
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