JP2008178360A - 一本鎖dna増幅方法及び遺伝子解析方法 - Google Patents
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Abstract
【解決手段】リボ核酸鎖中に含まれる所定の塩基配列領域に対して、該塩基配列領域に相補的な塩基配列部分と3′末端側に連結されたプライマー配列部分とを備える一本鎖プローブDNAを相補結合させる第1工程と、前記一本鎖プローブDNAを鋳型として、該一本鎖プローブDNAと相補的な一本鎖DNAを、前記プライマー配列を起点として増幅する過程を繰り返す第2工程と、
を行う一本鎖DNA増幅方法を提供する。
【選択図】 図1
Description
このようにして増幅された各一本鎖DNAは、プライマー配列を含む一本鎖プローブDNAと相補的な塩基配列を有する。したがって、増幅された各一本鎖DNAは、プライマー配列部分と相補的な塩基配列部分(以下、「プライマー相補配列」と称する。)を除けば、前記一本鎖プローブDNAと同数の塩基配列を備えるものとなる。なお、「リボ核酸」は、特に限定されないが、遺伝子解析等の目的とする場合、トータルRNA(totalRNA)やメッセンジャーRNA(mRNA、特に成熟mRNA)が有用である。
本発明では、前記リボ核酸鎖の3′末端又は5′末端のいずれかを固相表面に固定した状態で行うようにするとよい。このように工夫すると、該リボ核酸が反応場に遊離せずに固定されているため、該リボ核酸に対して非特異的にハイブリダイズした一本鎖プローブDNAだけを温度操作によって選択的に解離させ、これを反応場から洗浄除去するという操作を実施することが可能となる。即ち、リボ核酸に対して特異的に相補結合した一本鎖プローブDNAだけを選択的に反応場に残すことができる(即ち、精製できる)。
本発明で用いる一本鎖プローブDNA(リボ核酸に相補結合させる一本鎖DNA)の前記塩基配列部分は、遺伝子特異的塩基配列(例えば、何らかの疾病の発症に特異的に係わる遺伝子塩基配列)であってもよい。例えば、公知の遺伝子特異的なcDNAライブラリーから選択されたプローブDNAや市販のプローブDNAであってよい。
さらに本発明では、上記方法によって増幅された一本鎖DNAを、前記一本鎖プローブDNAが固定されている反応場へ供給し、該一本鎖プローブDNAに係わる遺伝子発現解析を行うことを特徴とする遺伝子解析方法を提供する。
この方法では、反応場に固定された一本鎖プローブDNAと増幅されたターゲット一本鎖DNAの塩基数は、プライマー相補配列部分を除くと完全に一致しているため、両DNAのハイブリダイゼーション効率は良く、また、Tm値の他の操作条件の選定が行い易くなる。
なお、本方法におけるハイブリダイゼーションの検出の具体的方法は、特に限定されない。例えば、相補鎖に結合して蛍光を発する性質のインターカレーターを用いて、該インターカレーターからの蛍光強度を測定する方法や、増幅された一本鎖DNA(ターゲット一本鎖DNA)を蛍光物質で標識して、該蛍光物質からの蛍光強度を測定する方法などを採用することができる。
Claims (4)
- リボ核酸鎖中に含まれる所定の塩基配列領域に対して、該塩基配列領域に相補的な塩基配列部分と3′末端側に連結されたプライマー配列部分とを備える一本鎖プローブDNAを相補結合させる第1工程と、
前記一本鎖プローブDNAを鋳型として、該一本鎖プローブDNAと相補的な一本鎖DNAを、前記プライマー配列を起点として増幅する過程を繰り返す第2工程と、
を行う一本鎖DNA増幅方法。 - リボ核酸鎖の3′末端又は5′末端のいずれかを固相表面に固定した状態で行うことを特徴とする請求項1記載の一本鎖DNA増幅方法。
- 前記一本鎖プローブDNAの前記塩基配列部分は、遺伝子特異的塩基配列であることを特徴とする請求項1記載の一本鎖DNA増幅方法。
- 請求項1記載の方法によって増幅された一本鎖DNAを、前記一本鎖プローブDNAが固定されている反応場へ供給し、該一本鎖プローブDNAが関与する遺伝子発現解析を行うことを特徴とする遺伝子解析方法。
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