JP2008048671A - 遺伝子検査方法及び遺伝子検査方法に使用されるキット - Google Patents
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Abstract
【解決手段】対象遺伝子UCP1(β2、β3)に対し、「cacttgattaaactg」または「cactcgattaaactg」の塩基配列(15mer乃至19mer)を含むプローブ(緑発光)と「caatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaat」の塩基配列(45mer乃至53mer)を含むプローブ(赤発光)が結合され、このプローブには発色する成分が予め混合・結合・標識されていて発色される。これが加熱されて、上記プローブが上記対象遺伝子から剥がれると、発色が低下し、この低下するときの温度の違いに基づいて、上記対象遺伝子の差異「aa型」「gg型」「ag型」が検出される。
【選択図】図1
Description
図1及び図2は、本発明の遺伝子検査方法の原理を示す。対象遺伝子UCP1(脱共役蛋白質 Uncoupling Protein 1)、β2ADR(β2アドレナリン受容体 β2-adrenergic receptor gene)、β3ADR(β3アドレナリン受容体 β3-adrenergic receptor gene)に対し、緑発光する緑標識プローブと赤発光する赤標識プローブが混合され結合される。これらのプローブに事前に発色(励起光・発光・蛍光も含む。以下以上同じ)する成分が混合されて結合されており、レーザー光が照射されると、蛍光共鳴エネルギー転移によって緑及び赤の発光(蛍光)が発生する。
図5、図6、図7は変異・差異を検出する対象遺伝子を含む塩基配列を示し、これらの塩基配列は米国NCBI(National Center for Biotechnology Information)のAccession No. X72861、No.J02960、No.HSU28479より引用したものである。この図5、図6、図7の対象遺伝子(DNA)は人の遺伝子の一部の配列であって、それぞれのアクセッション(Accession)ナンバー(ヒト遺伝子)の1番目から472番目、1141番目から1560番目、481番目から960番目までの塩基配列(遺伝子配列、DNA配列)である。
(UCP1FITC緑標識プローブNo1)配列番号7〜24、217〜234
上記UCP1遺伝子及びその周辺に結合(ハイブリダイゼーション)させられる一対のプローブの一方、つまりUCP1FITC緑標識プローブNo1の塩基配列は以下の通りである。この緑標識プローブは対象遺伝子の変異箇所及びその周辺に結合するセンサープローブである。FITCはフルオレセインイソシアネートを意味する。このUCP1FITC緑標識プローブNo1は、少なくとも「cacttgattaaactg」または「cactcgattaaactg」の塩基配列(15mer乃至19mer)を含むプローブである。
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上記UCP1遺伝子及びその周辺に結合(ハイブリダイゼーション)させられる一対のプローブの一方、つまり変異UCP1FITC緑標識プローブNo2の塩基配列は以下の通りである。この赤標識プローブは対象遺伝子の変異箇所及びその周辺に結合するセンサープローブである。この変異UCP1FITC緑標識プローブNo2は、少なくとも「cacttgatcaaactg」または「cactcgatcaaactg」の塩基配列(15mer乃至19mer)を含むプローブである。
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上記UCP1遺伝子及びその周辺に結合(ハイブリダイゼーション)させられる一対のプローブの他方、つまりUCP1LC−Red640赤標識プローブの塩基配列は以下の通りである。この赤標識プローブは対象遺伝子の変異箇所及びその周辺には結合しないアンカープローブである。
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(β2ADRFITC緑標識プローブ)配列番号77〜94、287〜304
上記β2遺伝子及びその周辺に結合(ハイブリダイゼーション)させられる一対のプローブの一方、つまりβ2ADRFITC緑標識プローブの塩基配列は以下の通りである。この緑標識プローブは対象遺伝子の変異箇所及びその周辺に結合するセンサープローブである。
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上記β2遺伝子及びその周辺に結合(ハイブリダイゼーション)させられる一対のプローブの他方、つまりβ2ADRLC−Red640赤標識プローブの塩基配列は以下の通りである。この赤標識プローブは対象遺伝子の変異箇所及びその周辺には結合しないアンカープローブである。
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5′− acgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgtcctg−3′(50mer)
5′− gacgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgtcctg−3′(51mer)
5′− ggacgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgtcctg−3′(52mer)
5′−gggacgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgtcctg−3′(53mer)
(β3ADRFITC緑標識プローブ)配列番号120〜144、330〜354
上記β3遺伝子及びその周辺に結合(ハイブリダイゼーション)させられる一対のプローブの一方、つまりβ3ADRFITC緑標識プローブの塩基配列は以下の通りである。この緑標識プローブは対象遺伝子の変異箇所及びその周辺には結合しないアンカープローブである。
5′− gccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgt −3′(32mer)
5′− ggccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgt −3′(33mer)
5′− tggccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgt −3′(34mer)
5′−ctggccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgt −3′(35mer)
5′− gccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtg −3′(33mer)
5′− ggccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtg −3′(34mer)
5′− tggccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtg −3′(35mer)
5′−ctggccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtg −3′(36mer)
5′− gccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtgg −3′(34mer)
5′− ggccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtgg −3′(35mer)
5′− tggccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtgg −3′(36mer)
5′−ctggccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtgg −3′(37mer)
5′− gccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtggc −3′(35mer)
5′− ggccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtggc −3′(36mer)
5′− tggccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtggc −3′(37mer)
5′−ctggccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtggc −3′(38mer)
5′− gccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtggcc−3′(36mer)
5′− ggccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtggcc−3′(37mer)
5′− tggccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtggcc−3′(38mer)
5′−ctggccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtggcc−3′(39mer)
上記β3遺伝子及びその周辺に結合(ハイブリダイゼーション)させられる一対のプローブの他方、つまりβ3ADRLC−Red640赤標識プローブの塩基配列は以下の通りである。この赤標識プローブは対象遺伝子の変異箇所及びその周辺に結合するセンサープローブである。このβ3ADRLC−Red640赤標識プローブは、少なくとも「atcgcctggactccg」または「atcgcccggactccg」の塩基配列(15mer乃至19mer)を含むプローブである。
5′− catcgcctggactccg −3′(16mer)
5′−ccatcgcctggactccg −3′(17mer)
5′− catcgcctggactccga −3′(17mer)
5′−ccatcgcctggactccga −3′(18mer)
5′− catcgcctggactccgag−3′(18mer)
5′−ccatcgcctggactccgag−3′(19mer)
5′− catcgcccggactccg −3′(16mer)
5′−ccatcgcccggactccg −3′(17mer)
5′− catcgcccggactccga −3′(17mer)
5′−ccatcgcccggactccga −3′(18mer)
5′− catcgcccggactccgag−3′(18mer)
5′−ccatcgcccggactccgag−3′(19mer)
(UCP1フォワードプライマー)配列番号163〜171、373〜381
上記対象遺伝子のUCP1遺伝子は、以下の一対のプライマーの一方、つまりUCP1フォワードプライマーによって増幅される。このUCP1フォワードプライマーは、少なくとも「gattcttctgtcatttgca」の塩基配列(19mer乃至23mer)を含むプライマーである。配列番号373〜381は配列番号163〜171の塩基配列を相補的または逆相補的にしたものである。
5′− tgattcttctgtcatttgca −3′(20mer)
5′−ttgattcttctgtcatttgca −3′(21mer)
5′− tgattcttctgtcatttgcac −3′(21mer)
5′−ttgattcttctgtcatttgcac −3′(22mer)
5′− tgattcttctgtcatttgcaca−3′(22mer)
5′−ttgattcttctgtcatttgcaca−3′(23mer)
上記対象遺伝子のUCP1遺伝子は、以下の一対のプライマーの他方、つまりUCP1リバースプライマーによって増幅される。このUCP1リバースプライマーは、少なくとも「ggcaactgaccctttatg」の塩基配列(18mer乃至22mer)を含むプライマーである。配列番号382〜390は配列番号172〜180の塩基配列を相補的または逆相補的にしたものである。
5′− gggcaactgaccctttatg −3′(19mer)
5′−agggcaactgaccctttatg −3′(20mer)
5′− gggcaactgaccctttatga −3′(20mer)
5′−agggcaactgaccctttatga −3′(21mer)
5′− gggcaactgaccctttatgac−3′(21mer)
5′−agggcaactgaccctttatgac−3′(22mer)
(β2ADRフォワードプライマー)配列番号181〜189、391〜399
上記対象遺伝子のβ2ADR遺伝子は、以下の一対のプライマーの一方、つまりβ2ADRフォワードプライマーによって増幅される。このβ2ADRフォワードプライマーは、少なくとも「ttcttgctggcacccaa」の塩基配列(17mer乃至21mer)を含むプライマーである。配列番号391〜399は配列番号181〜189の塩基配列を相補的または逆相補的にしたものである。
5′− cttcttgctggcacccaa −3′(18mer)
5′−ccttcttgctggcacccaa −3′(19mer)
5′− cttcttgctggcacccaat −3′(19mer)
5′−ccttcttgctggcacccaat −3′(20mer)
5′− cttcttgctggcacccaatg−3′(20mer)
5′−ccttcttgctggcacccaatg−3′(21mer)
上記対象遺伝子のβ2ADR遺伝子は、以下の一対のプライマーの他方、つまりβ2ADRリバースプライマーによって増幅される。このβ2ADRリバースプライマーは、少なくとも「aggccagtgaagtgatga」の塩基配列(18mer乃至22mer)を含むプライマーである。配列番号400〜408は配列番号190〜198の塩基配列を相補的または逆相補的にしたものである。
5′− caggccagtgaagtgatga −3′(19mer)
5′−acaggccagtgaagtgatga −3′(20mer)
5′− caggccagtgaagtgatgaa −3′(20mer)
5′−acaggccagtgaagtgatgaa −3′(21mer)
5′− caggccagtgaagtgatgaag−3′(21mer)
5′−acaggccagtgaagtgatgaag−3′(22mer)
上記対象遺伝子のβ3ADR遺伝子は、以下の一対のプライマーの一方、つまりβ3ADRフォワードプライマーによって増幅される。このβ3ADRフォワードプライマーは、少なくとも「cttccttctttccctacc」の塩基配列(18mer乃至22mer)を含むプライマーである。配列番号409〜426は配列番号199〜216の塩基配列を相補的または逆相補的にしたものである。
5′− ccttccttctttccctacc −3′(19mer)
5′−tccttccttctttccctacc −3′(20mer)
5′− ccttccttctttccctaccg −3′(20mer)
5′−tccttccttctttccctaccg −3′(21mer)
5′− ccttccttctttccctaccgc−3′(21mer)
5′−tccttccttctttccctaccgc−3′(22mer)
5′− ggtcatggtctggagtctc −3′(19mer)
5′−tggtcatggtctggagtctc −3′(20mer)
5′− ggtcatggtctggagtctcg −3′(20mer)
5′−tggtcatggtctggagtctcg −3′(21mer)
5′− ggtcatggtctggagtctcgg−3′(21mer)
5′−tggtcatggtctggagtctcgg−3′(22mer)
上記対象遺伝子のUCP1遺伝子の変異の検出は、以下の反応液で以下の反応条件で実行される。
(Ua)DNA溶液 20〜50ng
(Ub)調整済みライトサイクラーファストスタート反応ミックス 2.0μL
(Uc)塩化マグネシウム溶液(25mM) 1.6μL
(Ud)UCP1フォワードプライマー(10μM) 1.0μL
(Ue)UCP1リバースプライマー(10μM) 1.0μL
(Uf)UCP1FITC緑標識プローブNo1(10μM) 0.2μL
(Ug)UCP1LC−Red640赤標識プローブ(10μM) 0.2μL
(Uh)蒸留水 約14μL
上記の反応液を、例えばディネイチャーし、PCR(遺伝子増幅反応 Polymerase Chain Reaction)を施し、メルティングアナライシスを行い、冷却する。ディネイチャーでは、対象遺伝子のDNAサンプルがほどかれて分離され、例えば約10分間約95℃に加熱される。
上記対象遺伝子のβ2ADR遺伝子の変異の検出は、以下の反応液で以下の反応条件で実行される。
(β2a)DNA溶液 20〜50ng
(β2b)調整済みライトサイクラーファストスタート反応ミックス 2.0μL
(β2c)塩化マグネシウム溶液(25mM) 1.6μL
(β2d)β2ADRフォワードプライマー(10μM) 1.0μL
(β2e)β2ADRリバースプライマー(10μM) 1.0μL
(β2f)β2ADRFITC緑標識プローブ(10μM) 0.2μL
(β2g)β2ADRLC−Red640赤標識プローブ(10μM) 0.2μL
(β2h)蒸留水 約14μL
上記の反応液を、例えばディネイチャーし、PCR(遺伝子増幅反応 Polymerase Chain Reaction)を施し、メルティングアナライシスを行い、冷却する。ディネイチャーでは、対象遺伝子のDNAサンプルがほどかれて分離され、例えば約10分間約95℃に加熱される。
上記対象遺伝子のβ3ADR遺伝子の変異の検出は、以下の反応液で以下の反応条件で実行される。
(β3a)DNA溶液 20〜50ng
(β3b)調整済みライトサイクラーファストスタート反応ミックス 2.0μL
(β3c)塩化マグネシウム溶液(25mM) 1.6μL
(β3d)β3ADRフォワードプライマー(10μM) 1.0μL
(β3e)β3ADRリバースプライマー(10μM) 1.0μL
(β3f)β3ADRFITC緑標識プローブ(10μM) 0.2μL
(β3g)β3ADRLC−Red640赤標識プローブ(10μM) 0.2μL
(β3h)蒸留水 約14μL
上記の反応液を、例えばディネイチャーし、PCR(遺伝子増幅反応 Polymerase Chain Reaction)を施し、メルティングアナライシスを行い、冷却する。ディネイチャーでは、対象遺伝子のDNAサンプルがほどかれて分離され、例えば約10分間約95℃に加熱される。
図11は、上記UCP1FITC緑標識プローブNo1を用いたUCP1遺伝子についての変異の遺伝子検査結果を示す。この遺伝子検査結果は、上記プローブが加熱によって剥れて発色が低下し、この発色の低下特性が微分されたものである。この発色の低下特性の微分特性がピークとなった温度が、上記プローブが剥れた温度となり、この微分特性に基づいて上記対象遺伝子の差異が検出される。
図12は、上記変異UCP1FITC緑標識プローブNo2を用いたUCP1遺伝子についての変異の遺伝子検査結果を示す。この遺伝子検査結果は、上記プローブが加熱によって剥れて発色が低下し、この発色の低下特性が微分されたものである。この発色の低下特性の微分特性がピークとなった温度が、上記プローブが剥れた温度となり、この微分特性に基づいて上記対象遺伝子の差異が検出される。
図13は、β2ADR遺伝子についての変異の遺伝子検査結果を示す。この遺伝子検査結果は、上記プローブが加熱によって剥れて発色が低下し、この発色の低下特性が微分されたものである。この発色の低下特性の微分特性がピークとなった温度が、上記プローブが剥れた温度となり、この微分特性に基づいて上記対象遺伝子の差異が検出される。
図14は、β3ADR遺伝子についての変異の遺伝子検査結果を示す。この遺伝子検査結果は、上記プローブが加熱によって剥れて発色が低下し、この発色の低下特性が微分されたものである。この発色の低下特性の微分特性がピークとなった温度が、上記プローブが剥れた温度となり、この微分特性に基づいて上記対象遺伝子の差異が検出される。
上記UCP1遺伝子、β2ADR遺伝子、β3ADR遺伝子の遺伝子検査結果によって、以下のことがわかる。
β2ADR遺伝子が「c→g」に変異していると、一日あたりの安静時代謝量が所定量例えば200kcalほど高くなり、痩せ易くなり、筋肉が付きにくく、バナナ型肥満になり易くなる。
β3ADR遺伝子が「t→c」に変異していると、一日あたりの安静時代謝量が所定量例えば200kcalほど低くなり、腹部に脂肪が蓄積され易くなり、リンゴ型肥満になり易くなる。
UCP1遺伝子が変異し、β2ADR遺伝子が変異していなければ、脂肪分より炭水化物・糖分の摂取を減らすのがよいことになる。β3ADR遺伝子が変異し、β2ADR遺伝子が変異していなければ、炭水化物・糖分より脂肪分の摂取を減らすのがよいことになる。UCP1遺伝子及びβ3ADR遺伝子が変異していれば、炭水化物・糖分及び脂肪分の両方の摂取を減らすのがよいことになる。
上述の各プライマーまたは各プローブの塩基数を増減すると、上述の各プライマーのアニーリング温度、各プローブの剥がれる温度は変化する。塩基数が1つ増えると、各プライマーのアニーリング温度または各プローブの剥がれる温度は0.1℃乃至2.0℃ほど上昇し、塩基数が1つ減ると、各プライマーのアニーリング温度または各プローブの剥がれる温度は0.1℃乃至2.0℃ほど下降する。
本発明の遺伝子検査方法及びPCR法では、上述の検査実験より、上述の問題点はなく、かつ、従来の方法と比較・検討し優れた結果が得られた。特に肥満関連遺伝子の変異・差異の検出時間がかなり短くなった。そして、蛍光変化も客観的かつ容易に判断できた。このことより、上記プローブ及びプライマーを設計するにあたり一般的な留意事項において、本発明のプローブ及びプライマーは問題ないといえる。
本発明は、上記実施例に限定されず、種々変更可能である。例えば、上記相補的/逆相補的なプローブ、相補的/逆相補的なプライマーと、相補的/逆相補的でないプローブ、相補的/逆相補的でないプライマーとは、両方が共に加えられ使用されてもよい。これにより、対象遺伝子DNAの変異検出のための検査時間/実験時間/反応時間は短くなる。
[1]増幅した対象遺伝子に対して、 少なくとも「cacttgattaaactg」または「cactcgattaaactg」の塩基配列(15mer乃至19mer)またはこれらの塩基配列のうち1つ、2つまたは3つの塩基が別の異なる塩基に置き換えられた塩基配列を含むプローブ、 及び少なくとも「caatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaat」の塩基配列(45mer乃至53mer)またはこれらの塩基配列のうち1つ、2つまたは3つの塩基が別の異なる塩基に置き換えられた塩基配列を含むプローブ、 またはこれらのプローブの塩基配列と相補的/逆相補的な塩基配列、この塩基配列のうち1つ、2つまたは3つの塩基が別の異なる塩基に置き換えられた塩基配列を含むプローブ、を混合して結合させ、 これらの各プローブに対して、結合することによって発色する成分をそれぞれして結合させて発色させ、 上記混合物を加熱することによって、上記プローブを上記対象遺伝子から剥がし、これにより上記発色する成分による発色を低下させ、この低下するときの温度の違いに基づいて、上記対象遺伝子の差異を検出することを特徴とする遺伝子検査方法。
SEQUENCE LISTING
Iryo-hojin Daiyukai
Genetic checking method and Kit
P9G-109
JP 2006-000000
2006-08-24
426
477
DNA
Human
1
cttgggtagt gacaaagtat taatttatta 30
ggtgaagtat atgctttttt attagtgata 60
ataaatatat cctctctccc attataaaag 90
tttgtatttc ttcttttaga aattgattct 120
tctgtcattt gcacatttat ctgtataatt 150
ataacagggt atttcccagt ggtggctaat 180
gagagaatta tgggaaagta tagaacacta 210
ttcaaatgca aagcactgta tgatttttat 240
ttaataggaa gacattttgt gcagcgattt 270
ctgattgacc acagtttgat caagtgcatt 300
tgttaatgtg ttctacattt tcaaaaagga 330
aaggagaatt tgttacattc agaacttgct 360
gccactcctt tgctacgtca taaagggtca 390
gttgcccttg ctcatactga cctattcttt 420
accctctctg cttcttcttt gtgccagaag 450
agtagaaatc tgaccctttg gg 477
420
DNA
Human
2
acacccacac cacagccgct gaatgaggct 30
tccaggcgtc cgctcgcggc ccgcagagcc 60
ccgccgtggg tccgcctgct gaggcgcccc 90
cagccagtgc gcttacctgc cagactgcgc 120
gccatggggc aacccgggaa cggcagcgcc 150
ttcttgctgg cacccaatgg aagccatgcg 180
ccggaccacg acgtcacgca gcaaagggac 210
gaggtgtggg tggtgggcat gggcatcgtc 240
atgtctctca tcgtcctggc catcgtgttt 270
ggcaatgtgc tggtcatcac agccattgcc 300
aagttcgagc gtctgcagac ggtcaccaac 330
tacttcatca cttcactggc ctgtgctgat 360
ctggtcatgg gcctagcagt ggtgcccttt 390
ggggccgccc atattcttat gaaaatgtgg 420
480
DNA
Human
3
ggtgggggga ggctgagcgc tctggctggg 30
acagctagag aagatggccc aggctgggga 60
agtcgctctc atgccttgct gtcccctccc 90
ctgagccagg tgatttggga gaccccctcc 120
ttccttcttt ccctaccgcc ccacgcgcga 150
cccggggatg gctccgtggc ctcacgagaa 180
cagctctctt gccccatggc cggacctccc 210
caccctggcg cccaataccg ccaacaccag 240
tgggctgcca ggggttccgt gggaggcggc 270
cctagccggg gccctgctgg cgctggcggt 300
gctggccacc gtgggaggca acctgctggt 330
catcgtggcc atcgcctgga ctccgagact 360
ccagaccatg accaacgtgt tcgtgacttc 390
gctggccgca gccgacctgg tgatgggact 420
cctggtggtg ccgccggcgg ccaccttggc 450
gctgactggc cactggccgt tgggcgccac 480
477
DNA
Human
4
gaacccatca ctgtttcata attaaataat 30
ccacttcata tacgaaaaaa taatcactat 60
tatttatata ggagagaggg taatattttc 90
aaacataaag aagaaaatct ttaactaaga 120
agacagtaaa cgtgtaaata gacatattaa 150
tattgtccca taaagggtca ccaccgatta 180
ctctcttaat accctttcat atcttgtgat 210
aagtttacgt ttcgtgacat actaaaaata 240
aattatcctt ctgtaaaaca cgtcgctaaa 270
gactaactgg tgtcaaacta gttcacgtaa 300
acaattacac aagatgtaaa agtttttcct 330
ttcctcttaa acaatgtaag tcttgaacga 360
cggtgaggaa acgatgcagt atttcccagt 390
caacgggaac gagtatgact ggataagaaa 420
tgggagagac gaagaagaaa cacggtcttc 450
tcatctttag actgggaaac cc 477
420
DNA
Human
5
tgtgggtgtg gtgtcggcga cttactccga 30
aggtccgcag gcgagcgccg ggcgtctcgg 60
ggcggcaccc aggcggacga ctccgcgggg 90
gtcggtcacg cgaatggacg gtctgacgcg 120
cggtaccccg ttgggccctt gccgtcgcgg 150
aagaacgacc gtgggttacc ttcggtacgc 180
ggcctggtgc tgcagtgcgt cgtttccctg 210
ctccacaccc accacccgta cccgtagcag 240
tacagagagt agcaggaccg gtagcacaaa 270
ccgttacacg accagtagtg tcggtaacgg 300
ttcaagctcg cagacgtctg ccagtggttg 330
atgaagtagt gaagtgaccg gacacgacta 360
gaccagtacc cggatcgtca ccacgggaaa 390
ccccggcggg tataagaata cttttacacc 420
450
DNA
Human
6
ccacccccct ccgactcgcg agaccgaccc 30
tgtcgatctc ttctaccggg tccgacccct 60
tcagcgagag tacggaacga caggggaggg 90
gactcggtcc actaaaccct ctgggggagg 120
aaggaagaaa gggatggcgg ggtgcgcgct 150
gggcccctac cgaggcaccg gagtgctctt 180
gtcgagagaa cggggtaccg gcctggaggg 210
gtgggaccgc gggttatggc ggttgtggtc 240
acccgacggt ccccaaggca ccctccgccg 270
ggatcggccc cgggacgacc gcgaccgcca 300
cgaccggtgg caccctccgt tggacgacca 330
gtagcaccgg tagcggacct gaggctctga 360
ggtctggtac tggttgcaca agcactgaag 390
cgaccggcgt cggctggacc actaccctga 420
ggaccaccac ggcggccgcc ggtggaaccg 450
15
Probe
Artificial sequence
7
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16
Probe
Artificial sequence
8
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17
Probe
Artificial sequence
9
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16
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Artificial sequence
10
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17
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Artificial sequence
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Artificial sequence
12
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Probe
Artificial sequence
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Probe
Artificial sequence
14
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Probe
Artificial sequence
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15
Probe
Artificial sequence
16
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16
Probe
Artificial sequence
17
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17
Probe
Artificial sequence
18
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16
Probe
Artificial sequence
19
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17
Probe
Artificial sequence
20
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18
Probe
Artificial sequence
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Probe
Artificial sequence
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cactcgattaaactgtg 17
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Artificial sequence
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Artificial sequence
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Artificial sequence
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Artificial sequence
53
tcaatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaat 46
47
Probe
Artificial sequence
54
gtcaatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaat 47
48
Probe
Artificial sequence
55
ggtcaatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaat 48
49
Probe
Artificial sequence
56
tggtcaatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaat 49
46
Probe
Artificial sequence
57
caatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaatc 46
47
Probe
Artificial sequence
58
tcaatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaatc 47
48
Probe
Artificial sequence
59
gtcaatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaatc 48
49
Probe
Artificial sequence
60
ggtcaatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaatc 49
50
Probe
Artificial sequence
61
tggtcaatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaatc 50
47
Probe
Artificial sequence
62
caatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaatca 47
48
Probe
Artificial sequence
63
tcaatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaatca 48
49
Probe
Artificial sequence
64
gtcaatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaatca 49
50
Probe
Artificial sequence
65
ggtcaatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaatca 50
51
Probe
Artificial sequence
66
tggtcaatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaatca 51
48
Probe
Artificial sequence
67
caatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaatcat 48
49
Probe
Artificial sequence
68
tcaatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaatcat 49
50
Probe
Artificial sequence
69
gtcaatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaatcat 50
51
Probe
Artificial sequence
70
ggtcaatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaatcat 51
52
Probe
Artificial sequence
71
tggtcaatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaatcat 52
49
Probe
Artificial sequence
72
caatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaatcata 49
50
Probe
Artificial sequence
73
tcaatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaatcata 50
51
Probe
Artificial sequence
74
gtcaatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaatcata 51
52
Probe
Artificial sequence
75
ggtcaatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaatcata 52
53
Probe
Artificial sequence
76
tggtcaatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaatcata 53
14
Probe
Artificial sequence
77
cgtcacgcagcaaa 14
15
Probe
Artificial sequence
78
acgtcacgcagcaaa 15
16
Probe
Artificial sequence
79
gacgtcacgcagcaaa 16
15
Probe
Artificial sequence
80
cgtcacgcagcaaag 15
16
Probe
Artificial sequence
81
acgtcacgcagcaaag 16
17
Probe
Artificial sequence
82
gacgtcacgcagcaaag 17
16
Probe
Artificial sequence
83
cgtcacgcagcaaagg 16
17
Probe
Artificial sequence
84
acgtcacgcagcaaagg 17
18
Probe
Artificial sequence
85
gacgtcacgcagcaaagg 18
14
Probe
Artificial sequence
86
cgtcacgcaggaaa 14
15
Probe
Artificial sequence
87
acgtcacgcaggaaa 15
16
Probe
Artificial sequence
88
gacgtcacgcaggaaa 16
15
Probe
Artificial sequence
89
cgtcacgcaggaaag 15
16
Probe
Artificial sequence
90
acgtcacgcaggaaag 16
17
Probe
Artificial sequence
91
gacgtcacgcaggaaag 17
16
Probe
Artificial sequence
92
cgtcacgcaggaaagg 16
17
Probe
Artificial sequence
93
acgtcacgcaggaaagg 17
18
Probe
Artificial sequence
94
gacgtcacgcaggaaagg 18
45
Probe
Artificial sequence
95
cgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgt 45
46
Probe
Artificial sequence
96
acgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgt 46
47
Probe
Artificial sequence
97
gacgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgt 47
48
Probe
Artificial sequence
98
ggacgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgt 48
49
Probe
Artificial sequence
99
gggacgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgt 49
46
Probe
Artificial sequence
100
cgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgtc 46
47
Probe
Artificial sequence
101
acgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgtc 47
48
Probe
Artificial sequence
102
gacgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgtc 48
49
Probe
Artificial sequence
103
ggacgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgtc 49
50
Probe
Artificial sequence
104
gggacgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgtc 50
47
Probe
Artificial sequence
105
cgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgtcc 47
48
Probe
Artificial sequence
106
acgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgtcc 48
49
Probe
Artificial sequence
107
gacgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgtcc 49
50
Probe
Artificial sequence
108
ggacgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgtcc 50
51
Probe
Artificial sequence
109
gggacgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgtcc 51
48
Probe
Artificial sequence
110
cgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgtcct 48
49
Probe
Artificial sequence
111
acgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgtcct 49
50
Probe
Artificial sequence
112
gacgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgtcct 50
51
Probe
Artificial sequence
113
ggacgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgtcct 51
52
Probe
Artificial sequence
114
gggacgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgtcct 52
49
Probe
Artificial sequence
115
cgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgtcctg 49
50
Probe
Artificial sequence
116
acgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgtcctg 50
51
Probe
Artificial sequence
117
gacgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgtcctg 51
52
Probe
Artificial sequence
118
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53
Probe
Artificial sequence
119
gggacgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgtcctg 53
31
Probe
Artificial sequence
120
ccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgt 31
32
Probe
Artificial sequence
121
gccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgt 32
33
Probe
Artificial sequence
122
ggccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgt 33
34
Probe
Artificial sequence
123
tggccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgt 34
35
Probe
Artificial sequence
124
ctggccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgt 35
32
Probe
Artificial sequence
125
ccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtg 32
33
Probe
Artificial sequence
126
gccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtg 33
34
Probe
Artificial sequence
127
ggccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtg 34
35
Probe
Artificial sequence
128
tggccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtg 35
36
Probe
Artificial sequence
129
ctggccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtg 36
33
Probe
Artificial sequence
130
ccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtgg 33
34
Probe
Artificial sequence
131
gccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtgg 34
35
Probe
Artificial sequence
132
ggccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtgg 35
36
Probe
Artificial sequence
133
tggccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtgg 36
37
Probe
Artificial sequence
134
ctggccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtgg 37
34
Probe
Artificial sequence
135
ccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtggc 34
35
Probe
Artificial sequence
136
gccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtggc 35
36
Probe
Artificial sequence
137
ggccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtggc 36
37
Probe
Artificial sequence
138
tggccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtggc 37
38
Probe
Artificial sequence
139
ctggccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtggc 38
35
Probe
Artificial sequence
140
ccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtggcc 35
36
Probe
Artificial sequence
141
gccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtggcc 36
37
Probe
Artificial sequence
142
ggccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtggcc 37
38
Probe
Artificial sequence
143
tggccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtggcc 38
39
Probe
Artificial sequence
144
ctggccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtggcc 39
15
Probe
Artificial sequence
145
atcgcctggactccg 15
16
Probe
Artificial sequence
146
catcgcctggactccg 16
17
Probe
Artificial sequence
147
ccatcgcctggactccg 17
16
Probe
Artificial sequence
148
atcgcctggactccga 16
17
Probe
Artificial sequence
149
catcgcctggactccga 17
18
Probe
Artificial sequence
150
ccatcgcctggactccga 18
17
Probe
Artificial sequence
151
atcgcctggactccgag 17
18
Probe
Artificial sequence
152
catcgcctggactccgag 18
19
Probe
Artificial sequence
153
ccatcgcctggactccgag 19
15
Probe
Artificial sequence
154
atcgcccggactccg 15
16
Probe
Artificial sequence
155
catcgcccggactccg 16
17
Probe
Artificial sequence
156
ccatcgcccggactccg 17
16
Probe
Artificial sequence
157
atcgcccggactccga 16
17
Probe
Artificial sequence
158
catcgcccggactccga 17
18
Probe
Artificial sequence
159
ccatcgcccggactccga 18
17
Probe
Artificial sequence
160
atcgcccggactccgag 17
18
Probe
Artificial sequence
161
catcgcccggactccgag 18
19
Probe
Artificial sequence
162
ccatcgcccggactccgag 19
19
Primer
Artificial sequence
163
gattcttctgtcatttgca 19
20
Primer
Artificial sequence
164
tgattcttctgtcatttgca 20
21
Primer
Artificial sequence
165
ttgattcttctgtcatttgca 21
20
Primer
Artificial sequence
166
gattcttctgtcatttgcac 20
21
Primer
Artificial sequence
167
tgattcttctgtcatttgcac 21
22
Primer
Artificial sequence
168
ttgattcttctgtcatttgcac 22
21
Primer
Artificial sequence
169
gattcttctgtcatttgcaca 21
22
Primer
Artificial sequence
170
tgattcttctgtcatttgcaca 22
23
Primer
Artificial sequence
171
ttgattcttctgtcatttgcaca 23
18
Primer
Artificial sequence
172
ggcaactgaccctttatg 18
19
Primer
Artificial sequence
173
gggcaactgaccctttatg 19
20
Primer
Artificial sequence
174
agggcaactgaccctttatg 20
19
Primer
Artificial sequence
175
ggcaactgaccctttatga 19
20
Primer
Artificial sequence
176
gggcaactgaccctttatga 20
21
Primer
Artificial sequence
177
agggcaactgaccctttatga 21
20
Primer
Artificial sequence
178
ggcaactgaccctttatgac 20
21
Primer
Artificial sequence
179
gggcaactgaccctttatgac 21
22
Primer
Artificial sequence
180
agggcaactgaccctttatgac 22
17
Primer
Artificial sequence
181
ttcttgctggcacccaa 17
18
Primer
Artificial sequence
182
cttcttgctggcacccaa 18
19
Primer
Artificial sequence
183
ccttcttgctggcacccaa 19
18
Primer
Artificial sequence
184
ttcttgctggcacccaat 18
19
Primer
Artificial sequence
185
cttcttgctggcacccaat 19
20
Primer
Artificial sequence
186
ccttcttgctggcacccaat 20
19
Primer
Artificial sequence
187
ttcttgctggcacccaatg 19
20
Primer
Artificial sequence
188
cttcttgctggcacccaatg 20
21
Primer
Artificial sequence
189
ccttcttgctggcacccaatg 21
18
Primer
Artificial sequence
190
aggccagtgaagtgatga 18
19
Primer
Artificial sequence
191
caggccagtgaagtgatga 19
20
Primer
Artificial sequence
192
acaggccagtgaagtgatga 20
19
Primer
Artificial sequence
193
aggccagtgaagtgatgaa 19
20
Primer
Artificial sequence
194
caggccagtgaagtgatgaa 20
21
Primer
Artificial sequence
195
acaggccagtgaagtgatgaa 21
20
Primer
Artificial sequence
196
aggccagtgaagtgatgaag 20
21
Primer
Artificial sequence
197
caggccagtgaagtgatgaag 21
22
Primer
Artificial sequence
198
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18
Primer
Artificial sequence
199
cttccttctttccctacc 18
19
Primer
Artificial sequence
200
ccttccttctttccctacc 19
20
Primer
Artificial sequence
201
tccttccttctttccctacc 20
19
Primer
Artificial sequence
202
cttccttctttccctaccg 19
20
Primer
Artificial sequence
203
ccttccttctttccctaccg 20
21
Primer
Artificial sequence
204
tccttccttctttccctaccg 21
20
Primer
Artificial sequence
205
cttccttctttccctaccgc 20
21
Primer
Artificial sequence
206
ccttccttctttccctaccgc 21
22
Primer
Artificial sequence
207
tccttccttctttccctaccgc 22
18
Primer
Artificial sequence
208
gtcatggtctggagtctc 18
19
Primer
Artificial sequence
209
ggtcatggtctggagtctc 19
20
Primer
Artificial sequence
210
tggtcatggtctggagtctc 20
19
Primer
Artificial sequence
211
gtcatggtctggagtctcg 19
20
Primer
Artificial sequence
212
ggtcatggtctggagtctcg 20
21
Primer
Artificial sequence
213
tggtcatggtctggagtctcg 21
20
Primer
Artificial sequence
214
gtcatggtctggagtctcgg 20
21
Primer
Artificial sequence
215
ggtcatggtctggagtctcgg 21
22
Primer
Artificial sequence
216
tggtcatggtctggagtctcgg 22
15
Probe
Artificial sequence
217
gtgaactaatttgac 15
16
Probe
Artificial sequence
218
cgtgaactaatttgac 16
17
Probe
Artificial sequence
219
acgtgaactaatttgac 17
16
Probe
Artificial sequence
220
gtgaactaatttgaca 16
17
Probe
Artificial sequence
221
cgtgaactaatttgaca 17
18
Probe
Artificial sequence
222
acgtgaactaatttgaca 18
17
Probe
Artificial sequence
223
gtgaactaatttgacac 17
18
Probe
Artificial sequence
224
cgtgaactaatttgacac 18
19
Probe
Artificial sequence
225
acgtgaactaatttgacac 19
15
Probe
Artificial sequence
226
gtgagctaatttgac 15
16
Probe
Artificial sequence
227
cgtgagctaatttgac 16
17
Probe
Artificial sequence
228
acgtgagctaatttgac 17
16
Probe
Artificial sequence
229
gtgagctaatttgaca 16
17
Probe
Artificial sequence
230
cgtgagctaatttgaca 17
18
Probe
Artificial sequence
231
acgtgagctaatttgaca 18
17
Probe
Artificial sequence
232
gtgagctaatttgacac 17
18
Probe
Artificial sequence
233
cgtgagctaatttgacac 18
19
Probe
Artificial sequence
234
acgtgagctaatttgacac 19
15
Probe
Artificial sequence
235
gtgaactagtttgac 15
16
Probe
Artificial sequence
236
cgtgaactagtttgac 16
17
Probe
Artificial sequence
237
acgtgaactagtttgac 17
16
Probe
Artificial sequence
238
gtgaactagtttgaca 16
17
Probe
Artificial sequence
239
cgtgaactagtttgaca 17
18
Probe
Artificial sequence
240
acgtgaactagtttgaca 18
17
Probe
Artificial sequence
241
gtgaactagtttgacac 17
18
Probe
Artificial sequence
242
cgtgaactagtttgacac 18
19
Probe
Artificial sequence
243
acgtgaactagtttgacac 19
15
Probe
Artificial sequence
244
gtgagctagtttgac 15
16
Probe
Artificial sequence
245
cgtgagctagtttgac 16
17
Probe
Artificial sequence
246
acgtgagctagtttgac 17
16
Probe
Artificial sequence
247
gtgagctagtttgaca 16
17
Probe
Artificial sequence
248
cgtgagctagtttgaca 17
18
Probe
Artificial sequence
249
acgtgagctagtttgaca 18
17
Probe
Artificial sequence
250
gtgaactagtttgacac 17
18
Probe
Artificial sequence
251
cgtgaactagtttgacac 18
19
Probe
Artificial sequence
252
acgtgaactagtttgacac 19
15
Probe
Artificial sequence
253
gtgagctagtttgac 15
16
Probe
Artificial sequence
254
cgtgagctagtttgac 16
17
Probe
Artificial sequence
255
acgtgagctagtttgac 17
16
Probe
Artificial sequence
256
gtgagctagtttgaca 16
17
Probe
Artificial sequence
257
cgtgagctagtttgaca 17
18
Probe
Artificial sequence
258
acgtgagctagtttgaca 18
17
Probe
Artificial sequence
259
gtgagctagtttgacac 17
18
Probe
Artificial sequence
260
cgtgagctagtttgacac 18
19
Probe
Artificial sequence
261
acgtgagctagtttgacac 19
45
Probe
Artificial sequence
262
gttagtctttagcgacgtgttttacagaaggataatttattttta 45
46
Probe
Artificial sequence
263
agttagtctttagcgacgtgttttacagaaggataatttattttta 46
47
Probe
Artificial sequence
264
cagttagtctttagcgacgtgttttacagaaggataatttattttta 47
48
Probe
Artificial sequence
265
ccagttagtctttagcgacgtgttttacagaaggataatttattttta 48
49
Probe
Artificial sequence
266
accagttagtctttagcgacgtgttttacagaaggataatttattttta 49
46
Probe
Artificial sequence
267
gttagtctttagcgacgtgttttacagaaggataatttatttttag 46
47
Probe
Artificial sequence
268
agttagtctttagcgacgtgttttacagaaggataatttatttttag 47
48
Probe
Artificial sequence
269
cagttagtctttagcgacgtgttttacagaaggataatttatttttag 48
49
Probe
Artificial sequence
270
ccagttagtctttagcgacgtgttttacagaaggataatttatttttag 49
50
Probe
Artificial sequence
271
accagttagtctttagcgacgtgttttacagaaggataatttatttttag 50
47
Probe
Artificial sequence
272
gttagtctttagcgacgtgttttacagaaggataatttatttttagt 47
48
Probe
Artificial sequence
273
agttagtctttagcgacgtgttttacagaaggataatttatttttagt 48
49
Probe
Artificial sequence
274
cagttagtctttagcgacgtgttttacagaaggataatttatttttagt 49
50
Probe
Artificial sequence
275
ccagttagtctttagcgacgtgttttacagaaggataatttatttttagt 50
51
Probe
Artificial sequence
276
accagttagtctttagcgacgtgttttacagaaggataatttatttttagt 51
48
Probe
Artificial sequence
277
gttagtctttagcgacgtgttttacagaaggataatttatttttagta 48
49
Probe
Artificial sequence
278
agttagtctttagcgacgtgttttacagaaggataatttatttttagta 49
50
Probe
Artificial sequence
279
cagttagtctttagcgacgtgttttacagaaggataatttatttttagta 50
51
Probe
Artificial sequence
280
ccagttagtctttagcgacgtgttttacagaaggataatttatttttagta 51
52
Probe
Artificial sequence
281
accagttagtctttagcgacgtgttttacagaaggataatttatttttagta 52
49
Probe
Artificial sequence
282
gttagtctttagcgacgtgttttacagaaggataatttatttttagtat 49
50
Probe
Artificial sequence
283
agttagtctttagcgacgtgttttacagaaggataatttatttttagtat 50
51
Probe
Artificial sequence
284
cagttagtctttagcgacgtgttttacagaaggataatttatttttagtat 51
52
Probe
Artificial sequence
285
ccagttagtctttagcgacgtgttttacagaaggataatttatttttagtat 52
53
Probe
Artificial sequence
286
accagttagtctttagcgacgtgttttacagaaggataatttatttttagtat 53
14
Probe
Artificial sequence
287
gcagtgcgtcgttt 14
15
Probe
Artificial sequence
288
tgcagtgcgtcgttt 15
16
Probe
Artificial sequence
289
ctgcagtgcgtcgttt 16
15
Probe
Artificial sequence
290
gcagtgcgtcgtttc 15
16
Probe
Artificial sequence
291
tgcagtgcgtcgtttc 16
17
Probe
Artificial sequence
292
ctgcagtgcgtcgtttc 17
16
Probe
Artificial sequence
293
gcagtgcgtcgtttcc 16
17
Probe
Artificial sequence
294
tgcagtgcgtcgtttcc 17
18
Probe
Artificial sequence
295
ctgcagtgcgtcgtttcc 18
14
Probe
Artificial sequence
296
gcagtgcgtccttt 14
15
Probe
Artificial sequence
297
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16
Probe
Artificial sequence
298
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15
Probe
Artificial sequence
299
gcagtgcgtcctttc 15
16
Probe
Artificial sequence
300
tgcagtgcgtcctttc 16
17
Probe
Artificial sequence
301
ctgcagtgcgtcctttc 17
16
Probe
Artificial sequence
302
gcagtgcgtcctttcc 16
17
Probe
Artificial sequence
303
tgcagtgcgtcctttcc 17
18
Probe
Artificial sequence
304
ctgcagtgcgtcctttcc 18
45
Probe
Artificial sequence
305
gctccacacccaccacccgtacccgtagcagtacagagagtagca 45
46
Probe
Artificial sequence
306
tgctccacacccaccacccgtacccgtagcagtacagagagtagca 46
47
Probe
Artificial sequence
307
ctgctccacacccaccacccgtacccgtagcagtacagagagtagca 47
48
Probe
Artificial sequence
308
cctgctccacacccaccacccgtacccgtagcagtacagagagtagca 48
49
Probe
Artificial sequence
309
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46
Probe
Artificial sequence
310
gctccacacccaccacccgtacccgtagcagtacagagagtagcag 46
47
Probe
Artificial sequence
311
tgctccacacccaccacccgtacccgtagcagtacagagagtagcag 47
48
Probe
Artificial sequence
312
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49
Probe
Artificial sequence
313
cctgctccacacccaccacccgtacccgtagcagtacagagagtagcag 49
50
Probe
Artificial sequence
314
ccctgctccacacccaccacccgtacccgtagcagtacagagagtagcag 50
47
Probe
Artificial sequence
315
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48
Probe
Artificial sequence
316
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49
Probe
Artificial sequence
317
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50
Probe
Artificial sequence
318
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51
Probe
Artificial sequence
319
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48
Probe
Artificial sequence
320
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49
Probe
Artificial sequence
321
tgctccacacccaccacccgtacccgtagcagtacagagagtagcagga 49
50
Probe
Artificial sequence
322
ctgctccacacccaccacccgtacccgtagcagtacagagagtagcagga 50
51
Probe
Artificial sequence
323
cctgctccacacccaccacccgtacccgtagcagtacagagagtagcagga 51
52
Probe
Artificial sequence
324
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49
Probe
Artificial sequence
325
gctccacacccaccacccgtacccgtagcagtacagagagtagcaggac 49
50
Probe
Artificial sequence
326
tgctccacacccaccacccgtacccgtagcagtacagagagtagcaggac 50
51
Probe
Artificial sequence
327
ctgctccacacccaccacccgtacccgtagcagtacagagagtagcaggac 51
52
Probe
Artificial sequence
328
cctgctccacacccaccacccgtacccgtagcagtacagagagtagcaggac 52
53
Probe
Artificial sequence
329
ccctgctccacacccaccacccgtacccgtagcagtacagagagtagcaggac 53
31
Probe
Artificial sequence
330
ggtggcaccctccgttggacgaccagtagca 31
32
Probe
Artificial sequence
331
cggtggcaccctccgttggacgaccagtagca 32
33
Probe
Artificial sequence
332
ccggtggcaccctccgttggacgaccagtagca 33
34
Probe
Artificial sequence
333
accggtggcaccctccgttggacgaccagtagca 34
35
Probe
Artificial sequence
334
gaccggtggcaccctccgttggacgaccagtagca 35
32
Probe
Artificial sequence
335
ggtggcaccctccgttggacgaccagtagcac 32
33
Probe
Artificial sequence
336
cggtggcaccctccgttggacgaccagtagcac 33
34
Probe
Artificial sequence
337
ccggtggcaccctccgttggacgaccagtagcac 34
35
Probe
Artificial sequence
338
accggtggcaccctccgttggacgaccagtagcac 35
36
Probe
Artificial sequence
339
gaccggtggcaccctccgttggacgaccagtagcac 36
33
Probe
Artificial sequence
340
ggtggcaccctccgttggacgaccagtagcacc 33
34
Probe
Artificial sequence
341
cggtggcaccctccgttggacgaccagtagcacc 34
35
Probe
Artificial sequence
342
ccggtggcaccctccgttggacgaccagtagcacc 35
36
Probe
Artificial sequence
343
accggtggcaccctccgttggacgaccagtagcacc 36
37
Probe
Artificial sequence
344
gaccggtggcaccctccgttggacgaccagtagcacc 37
34
Probe
Artificial sequence
345
ggtggcaccctccgttggacgaccagtagcaccg 34
35
Probe
Artificial sequence
346
cggtggcaccctccgttggacgaccagtagcaccg 35
36
Probe
Artificial sequence
347
ccggtggcaccctccgttggacgaccagtagcaccg 36
37
Probe
Artificial sequence
348
accggtggcaccctccgttggacgaccagtagcaccg 37
38
Probe
Artificial sequence
349
gaccggtggcaccctccgttggacgaccagtagcaccg 38
35
Probe
Artificial sequence
350
ggtggcaccctccgttggacgaccagtagcaccgg 35
36
Probe
Artificial sequence
351
cggtggcaccctccgttggacgaccagtagcaccgg 36
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Probe
Artificial sequence
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ccggtggcaccctccgttggacgaccagtagcaccgg 37
38
Probe
Artificial sequence
353
accggtggcaccctccgttggacgaccagtagcaccgg 38
39
Probe
Artificial sequence
354
gaccggtggcaccctccgttggacgaccagtagcaccgg 39
15
Probe
Artificial sequence
355
tagcggacctgaggc 15
16
Probe
Artificial sequence
356
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17
Probe
Artificial sequence
357
ggtagcggacctgaggc 17
16
Probe
Artificial sequence
358
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17
Probe
Artificial sequence
359
gtagcggacctgaggct 17
18
Probe
Artificial sequence
360
ggtagcggacctgaggct 18
17
Probe
Artificial sequence
361
tagcggacctgaggctc 17
18
Probe
Artificial sequence
362
gtagcggacctgaggctc 18
19
Probe
Artificial sequence
363
ggtagcggacctgaggctc 19
15
Probe
Artificial sequence
364
tagcgggcctgaggc 15
16
Probe
Artificial sequence
365
gtagcgggcctgaggc 16
17
Probe
Artificial sequence
366
ggtagcgggcctgaggc 17
16
Probe
Artificial sequence
367
tagcgggcctgaggct 16
17
Probe
Artificial sequence
368
gtagcgggcctgaggct 17
18
Probe
Artificial sequence
369
ggtagcgggcctgaggct 18
17
Probe
Artificial sequence
370
tagcgggcctgaggctc 17
18
Probe
Artificial sequence
371
gtagcgggcctgaggctc 18
19
Probe
Artificial sequence
372
ggtagcgggcctgaggctc 19
19
Primer
Artificial sequence
373
ctaagaagacagtaaacgt 19
20
Primer
Artificial sequence
374
actaagaagacagtaaacgt 20
21
Primer
Artificial sequence
375
aactaagaagacagtaaacgt 21
20
Primer
Artificial sequence
376
ctaagaagacagtaaacgtg 20
21
Primer
Artificial sequence
377
actaagaagacagtaaacgtg 21
22
Primer
Artificial sequence
378
aactaagaagacagtaaacgtg 22
21
Primer
Artificial sequence
379
ctaagaagacagtaaacgtgt 21
22
Primer
Artificial sequence
380
actaagaagacagtaaacgtgt 22
23
Primer
Artificial sequence
381
aactaagaagacagtaaacgtgt 23
18
Primer
Artificial sequence
382
ccgttgactgggaaatac 18
19
Primer
Artificial sequence
383
cccgttgactgggaaatac 19
20
Primer
Artificial sequence
384
tcccgttgactgggaaatac 20
19
Primer
Artificial sequence
385
ccgttgactgggaaatact 19
20
Primer
Artificial sequence
386
cccgttgactgggaaatact 20
21
Primer
Artificial sequence
387
tcccgttgactgggaaatact 21
20
Primer
Artificial sequence
388
ccgttgactgggaaatactg 20
21
Primer
Artificial sequence
389
cccgttgactgggaaatactg 21
22
Primer
Artificial sequence
390
tcccgttgactgggaaatactg 22
17
Primer
Artificial sequence
391
aagaacgaccgtgggtt 17
18
Primer
Artificial sequence
392
gaagaacgaccgtgggtt 18
19
Primer
Artificial sequence
393
ggaagaacgaccgtgggtt 19
18
Primer
Artificial sequence
394
aagaacgaccgtgggtta 18
19
Primer
Artificial sequence
395
gaagaacgaccgtgggtta 19
20
Primer
Artificial sequence
396
ggaagaacgaccgtgggtta 20
19
Primer
Artificial sequence
397
aagaacgaccgtgggttac 19
20
Primer
Artificial sequence
398
gaagaacgaccgtgggttac 20
21
Primer
Artificial sequence
399
ggaagaacgaccgtgggttac 21
18
Primer
Artificial sequence
400
tccggtcacttcactact 18
19
Primer
Artificial sequence
401
gtccggtcacttcactact 19
20
Primer
Artificial sequence
402
tgtccggtcacttcactact 20
19
Primer
Artificial sequence
403
tccggtcacttcactactt 19
20
Primer
Artificial sequence
404
gtccggtcacttcactactt 20
21
Primer
Artificial sequence
405
tgtccggtcacttcactactt 21
20
Primer
Artificial sequence
406
tccggtcacttcactacttc 20
21
Primer
Artificial sequence
407
gtccggtcacttcactacttc 21
22
Primer
Artificial sequence
408
tgtccggtcacttcactacttc 22
18
Primer
Artificial sequence
409
gaaggaagaaagggatgg 18
19
Primer
Artificial sequence
410
ggaaggaagaaagggatgg 19
20
Primer
Artificial sequence
411
aggaaggaagaaagggatgg 20
19
Primer
Artificial sequence
412
gaaggaagaaagggatggc 19
20
Primer
Artificial sequence
413
ggaaggaagaaagggatggc 20
21
Primer
Artificial sequence
414
aggaaggaagaaagggatggc 21
20
Primer
Artificial sequence
415
gaaggaagaaagggatggcg 20
21
Primer
Artificial sequence
416
ggaaggaagaaagggatggcg 21
22
Primer
Artificial sequence
417
aggaaggaagaaagggatggcg 22
18
Primer
Artificial sequence
418
cagtaccagacctcagag 18
19
Primer
Artificial sequence
419
ccagtaccagacctcagag 19
20
Primer
Artificial sequence
420
accagtaccagacctcagag 20
19
Primer
Artificial sequence
421
cagtaccagacctcagagc 19
20
Primer
Artificial sequence
422
ccagtaccagacctcagagc 20
21
Primer
Artificial sequence
423
accagtaccagacctcagagc 21
20
Primer
Artificial sequence
424
cagtaccagacctcagagcc 20
21
Primer
Artificial sequence
425
ccagtaccagacctcagagcc 21
22
Primer
Artificial sequence
426
accagtaccagacctcagagcc 22
Claims (14)
- 増幅した対象遺伝子に対して、
少なくとも「cacttgattaaactg」または「cactcgattaaactg」の塩基配列(15mer乃至19mer)またはこれらの塩基配列のうち1つ、2つまたは3つの塩基が別の異なる塩基に置き換えられた塩基配列を含むプローブ、
及び少なくとも「caatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaat」の塩基配列(45mer乃至53mer)またはこれらの塩基配列のうち1つ、2つまたは3つの塩基が別の異なる塩基に置き換えられた塩基配列を含むプローブ、
またはこれらのプローブの塩基配列と相補的な塩基配列、この塩基配列のうち1つ、2つまたは3つの塩基が別の異なる塩基に置き換えられた塩基配列を含むプローブ、
を混合して結合させ、
これらの各プローブに対して、結合することによって発色する成分をそれぞれ結合させて発色させ、
上記混合物を加熱することによって、上記プローブを上記対象遺伝子から剥がし、これにより上記発色する成分による発色を低下させ、この低下するときの温度の違いに基づいて、上記対象遺伝子の差異を検出することを特徴とする遺伝子検査方法。 - 上記対象遺伝子は、
少なくとも「gattcttctgtcatttgca」の塩基配列(19mer乃至23mer)を含むプライマー、
及び少なくとも「ggcaactgaccctttatg」の塩基配列(18mer乃至22mer)を含むプライマーによって増幅されることを特徴とする請求項1記載の遺伝子検査方法。 - 上記増幅のアニーリング温度は64℃乃至70℃、望ましくは65℃乃至69℃、より望ましくは66℃乃至68℃、さらに望ましくは約67℃であることを特徴とする請求項2記載の遺伝子検査方法。
- 増幅した対象遺伝子に対して、
少なくとも「cgtcacgcagcaaa」または「cgtcacgcaggaaa」の塩基配列(14mer乃至18mer)またはこれらの塩基配列のうち1つ、2つまたは3つの塩基が別の異なる塩基に置き換えられた塩基配列を含むプローブ、
及び少なくとも「cgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgt」の塩基配列(45mer乃至53mer)またはこれらの塩基配列のうち1つ、2つまたは3つの塩基が別の異なる塩基に置き換えられた塩基配列を含むプローブ、
またはこれらのプローブの塩基配列と相補的な塩基配列、この塩基配列のうち1つ、2つまたは3つの塩基が別の異なる塩基に置き換えられた塩基配列を含むプローブ、
を混合して結合させ、
これらの各プローブに対して、結合することによって発色する成分をそれぞれ結合させて発色させ、
上記混合物を加熱することによって、上記プローブを上記対象遺伝子から剥がし、これにより上記発色する成分による発色を低下させ、この低下するときの温度の違いに基づいて、上記対象遺伝子の差異を検出することを特徴とする遺伝子検査方法。 - 上記対象遺伝子は、
少なくとも「ttcttgctggcacccaa」の塩基配列(17mer乃至21mer)を含むプライマー、
及び少なくとも「aggccagtgaagtgatga」の塩基配列(18mer乃至22mer)を含むプライマーによって増幅されることを特徴とする請求項4記載の遺伝子検査方法。 - 上記増幅のアニーリング温度は61℃乃至67℃、望ましくは62℃乃至66℃、より望ましくは63℃乃至65℃、さらに望ましくは約64℃であることを特徴とする請求項5記載の遺伝子検査方法。
- 増幅した対象遺伝子に対して、
少なくとも「ccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgt」の塩基配列(31mer乃至39mer)またはこれらの塩基配列のうち1つ、2つまたは3つの塩基が別の異なる塩基に置き換えられた塩基配列を含むプローブ、
及び少なくとも「atcgcctggactccg」または「atcgcccggactccg」の塩基配列(15mer乃至19mer)またはこれらの塩基配列のうち1つ、2つまたは3つの塩基が別の異なる塩基に置き換えられた塩基配列を含むプローブ、
またはこれらのプローブの塩基配列と相補的な塩基配列、この塩基配列のうち1つ、2つまたは3つの塩基が別の異なる塩基に置き換えられた塩基配列を含むプローブ、
を混合して結合させ、
これらの各プローブに対して、結合することによって発色する成分をそれぞれ結合させて発色させ、
上記混合物を加熱することによって、上記プローブを上記対象遺伝子から剥がし、これにより上記発色する成分による発色を低下させ、この低下するときの温度の違いに基づいて、上記対象遺伝子の差異を検出することを特徴とする遺伝子検査方法。 - 上記対象遺伝子は、
少なくとも「cttccttctttccctacc」の塩基配列(18mer乃至22mer)を含むプライマー、
及び少なくとも「gtcatggtctggagtctc」の塩基配列(18mer乃至22mer)を含むプライマーによって増幅されることを特徴とする請求項7記載の遺伝子検査方法。 - 上記増幅のアニーリング温度は65℃乃至71℃、望ましくは66℃乃至70℃、より望ましくは67℃乃至69℃、さらに望ましくは約68℃であることを特徴とする請求項8記載の遺伝子検査方法。
- 上記プローブを上記対象遺伝子から剥がすときの加熱は、約40℃から約80℃に向かって、約0.01℃/秒乃至0.5℃/秒の割合で加熱であることを特徴とする請求項1、2、3、4、5、6、7、8または9記載の遺伝子検査方法。
- 上記発色する成分の発色の低下特性を微分し、この微分特性に基づいて上記対象遺伝子の差異を検出することを特徴とする請求項1、2、3、4、5、6、7、8、9または10記載の遺伝子検査方法。
- 請求項1、2または3の遺伝子検査方法と、請求項4、5または6の遺伝子検査方法と、請求項7、8または9の遺伝子検査方法とを、共に行なって、複数の対象遺伝子の差異を同時に多重的に検出することを特徴とする遺伝子検査方法。
- 上記増幅した対象遺伝子に結合した各プローブの間隔塩基数は0乃至15であることを特徴とする請求項1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11または12記載の遺伝子検査方法。
- 上記請求項1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12または13記載の遺伝子検査方法に使用される上記プローブ及び上記発色する成分または上記プライマーのキット。
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Publications (2)
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CN114250224A (zh) * | 2021-12-16 | 2022-03-29 | 福建和瑞基因科技有限公司 | 一种用于提取或检测样本中小分子rna的核酸组合物及其试剂盒和方法 |
-
2006
- 2006-08-24 JP JP2006228498A patent/JP5017552B2/ja active Active
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Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
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CN114250224A (zh) * | 2021-12-16 | 2022-03-29 | 福建和瑞基因科技有限公司 | 一种用于提取或检测样本中小分子rna的核酸组合物及其试剂盒和方法 |
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