JP2008048671A - 遺伝子検査方法及び遺伝子検査方法に使用されるキット - Google Patents

遺伝子検査方法及び遺伝子検査方法に使用されるキット Download PDF

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Abstract

【課題】対象遺伝子の差異を、簡易にまたは迅速に検出する。
【解決手段】対象遺伝子UCP1(β2、β3)に対し、「cacttgattaaactg」または「cactcgattaaactg」の塩基配列(15mer乃至19mer)を含むプローブ(緑発光)と「caatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaat」の塩基配列(45mer乃至53mer)を含むプローブ(赤発光)が結合され、このプローブには発色する成分が予め混合・結合・標識されていて発色される。これが加熱されて、上記プローブが上記対象遺伝子から剥がれると、発色が低下し、この低下するときの温度の違いに基づいて、上記対象遺伝子の差異「aa型」「gg型」「ag型」が検出される。
【選択図】図1

Description

本発明は、遺伝子検査方法及び遺伝子検査方法に使用されるキットに関し、特に対象遺伝子の差異を検出する方法に関する。
従来、対象遺伝子(DNA)の差異を検査することが考えられてきている。このような対象遺伝子としては、例えば肥満関連遺伝子などが考えられる。このような肥満関連遺伝子は、人によって差異が認められ、この差異によって、腹の周囲に脂肪が付き易いタイプか、大腿部または尻の周囲に脂肪が付き易いタイプか、安静時代謝量(基礎代謝量)が大きく太りにくいタイプか、などがわかる。
一方、対象遺伝子(DNA)の差異を検査するにあたって、プローブに対して発色する成分を混合・結合して蛍光標識させ、対象遺伝子(目的の変異箇所)及びその周辺にこの蛍光標識したプローブを結合(ハイブリダイゼーション。以下以上同じ)させて発色させ、この発色内容の差異によって、対象遺伝子(DNA)の差異を検査することも考えられている。
特開平10−127282号公報
本件発明は、上述の従来の対象遺伝子の差異の検出をさらに発展させて、対象遺伝子(DNA。以下以上同じ)の差異を、簡易にまたは迅速に検出できるようにすることにある。
上記目的を達成するため、本発明の遺伝子検査方法は、増幅した対象遺伝子に対して、 少なくとも「cacttgattaaactg」または「cactcgattaaactg」の塩基配列(15mer乃至19mer)またはこれらの塩基配列のうち1つ、2つまたは3つの塩基が別の異なる塩基に置き換えられた塩基配列を含むプローブ、 及び少なくとも「caatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaat」の塩基配列(45mer乃至53mer)またはこれらの塩基配列のうち1つ、2つまたは3つの塩基が別の異なる塩基に置き換えられた塩基配列を含むプローブ、 またはこれらのプローブの塩基配列と相補的な塩基配列、この塩基配列のうち1つ、2つまたは3つの塩基が別の異なる塩基に置き換えられた塩基配列を含むプローブ、を混合して結合させ、 これらの各プローブに対して、結合することによって発色する成分をそれぞれ結合させて発色させ、 上記混合物を加熱することによって、上記プローブを上記対象遺伝子から剥がし、これにより上記発色する成分による発色を低下させ、この低下するときの温度の違いに基づいて、上記対象遺伝子の差異を検出するようにした。
このような検査方法によれば、加熱するときの温度の違いに基づいて、上記対象遺伝子の差異を検出するから、一連の一回の温度上昇の中で差異を検出でき、対象遺伝子(DNAを含む。以下以上同じ)の差異を、簡易にまたは迅速に検出できる。
(1)本発明の遺伝子検査方法の原理
図1及び図2は、本発明の遺伝子検査方法の原理を示す。対象遺伝子UCP1(脱共役蛋白質 Uncoupling Protein 1)、β2ADR(β2アドレナリン受容体 β2-adrenergic receptor gene)、β3ADR(β3アドレナリン受容体 β3-adrenergic receptor gene)に対し、緑発光する緑標識プローブと赤発光する赤標識プローブが混合され結合される。これらのプローブに事前に発色(励起光・発光・蛍光も含む。以下以上同じ)する成分が混合されて結合されており、レーザー光が照射されると、蛍光共鳴エネルギー転移によって緑及び赤の発光(蛍光)が発生する。
これが加熱されて、上記プローブが上記対象遺伝子から剥がれると、上記発色が低下し、この低下するときの温度の違いに基づいて、上記対象遺伝子の差異が検出される。変異が無いまたは有る配列と相補的となる塩基配列を有するプローブを用いた場合及びその他の場合、変異があれば、発色低下温度は低く、変異がなければ、発色低下温度は高く、これらの変異がヘテロ型(中間型)であれば、発色低下温度の特性は両者の中間特性となる。
対象遺伝子UCP1であれば、「aa型」「gg型」「ag型」が検出され、対象遺伝子β2ADRであれば、「cc型」「gg型」「cg型」が検出され、対象遺伝子β3ADRであれば、「tt型」「cc型」「tc型」が検出される。
なお、人間の染色体は、23対46本存在するので、上記対象遺伝子UCP1、対象遺伝子β2ADR、対象遺伝子β3ADRは一対ずつ存在する。この一対の対象遺伝子が両方とも変異、片方のみ変異、両方とも変異していない、の3つの状態に応じて上記3つの型が検出される。
遺伝子DNAにおいて、「アッパー」(フォーワード/センス)側とは、図1乃至図4の遺伝子DNAの二本の鎖の上側をいい、「ロワー」(リバース/アンチセンス)側とは、図1乃至図4の遺伝子DNAの二本の鎖の下側をいう。この上側の鎖は、左から右に向かって「5′−…−3′」の配列となっており、下側の鎖は、左から右に向かって「3′−…−5′」の配列となっている。
通常、プライマーは糖3′にリン酸を経由して糖5′が付くというかたちで、糖の5′から糖3′の方向に伸びていく。しかし、糖5′から少し離れた箇所で糖5′から糖3′の方向に伸び、さらにここから少し離れた箇所でまた糖5′から糖3′の方向に伸びていくというかたち、つまり後ずさりするようにして、糖の3′から糖5′の方向に伸びていくことも可能である。このような後ずさりによって後述する相補的/逆相補的なプライマーでも対象遺伝子DNAを複製・増幅することは可能である。
したがって、本件対象遺伝子DNA、プローブ、プライマーのセットは、図3及び図4に示すように、相補的/逆相補的にそっくり置き換えることが可能であり、これらの対象遺伝子DNA、プローブ、プライマーはこの相補的/逆相補的な両方が示されている。
「相補(的)」というのは、遺伝子DNA、プローブ、プライマーなどの各塩基の「a」(アデニン)と「t」(チミン)、「c」(シトシン)と「g」(グアニン)とを入れ換えた状態を指す。「逆」というのは、遺伝子DNA、プローブ、プライマーなどの塩基配列の向きを逆にして、「−3′」側と、「5′−」側と入れ換える、または塩基配列部分の両端の「5′−」と「−3′」と入れ換えて「3′−」と「−5′」との形にすることをいう。「逆相補(的)」は、これらの両方をともに行うことをいう。
(2)対象遺伝子(DNA)配列番号1〜6
図5、図6、図7は変異・差異を検出する対象遺伝子を含む塩基配列を示し、これらの塩基配列は米国NCBI(National Center for Biotechnology Information)のAccession No. X72861、No.J02960、No.HSU28479より引用したものである。この図5、図6、図7の対象遺伝子(DNA)は人の遺伝子の一部の配列であって、それぞれのアクセッション(Accession)ナンバー(ヒト遺伝子)の1番目から472番目、1141番目から1560番目、481番目から960番目までの塩基配列(遺伝子配列、DNA配列)である。
上記のうち、上記対象遺伝子はUCP1遺伝子、β2ADR遺伝子、β3ADR遺伝子と呼ばれ、それぞれ292番目の「a」の塩基、1342番目の「c」の塩基、827番目の「t」の塩基を指す。これらの塩基が「a」から「g」に変異すると肥満になり易く、「c」から「g」に変異すると肥満になり難く、「t」から「c」に変異すると肥満になり易くなる。本件発明の差異の検出では、これらの「a」から「g」、「c」から「g」、「t」から「c」の変異、野生(無変異、非変異)いずれも検出される。
上記図5、図6、図7の対象遺伝子(DNA)につき、この対象遺伝子(DNA)と結合する相補的/逆相補的な遺伝子も本対象遺伝子に含まれる。この相補的/逆相補的な対象遺伝子は、図5、図6、図7のa(アデニン)、t(チミン)、c(シトシン)、g(グアニン)が、a→t、t→a、c→g、g→cに入れ換えられ、図8、図9、図10に示される。
上記対象遺伝子のUCP1遺伝子、β2ADR遺伝子、β3ADR遺伝子の相補的/逆相補的な塩基も、同様に相補的UCP1遺伝子、相補的β2ADR遺伝子、相補的β3ADR遺伝子とされ、それぞれ292番目の「t」の塩基、1342番目の「g」の塩基、827番目の「a」の塩基が該当する。これらの塩基が「t」から「c」、「g」から「c」、「a」から「g」に変異すると、肥満になり易いことになる。本件発明の差異の検出では、これらの「t」から「c」、「g」から「c」、「a」から「g」の変異、野生(無変異、非変異)、いずれも検出される。
上記UCP1遺伝子が「a→g」に変異していると、一日あたりの安静時代謝量が所定量例えば80〜100kcalほど低くなり、臀部や下腹部に脂肪が蓄積され易くなり、洋ナシ型肥満になり易くなる。上記β2ADR遺伝子が「c→g」に変異していると、一日あたりの安静時代謝量が所定量例えば200kcalほど高くなり、痩せ易くなり、筋肉が付きにくく、バナナ型肥満になり易くなる。上記β3ADR遺伝子が「t→c」に変異していると、一日あたりの安静時代謝量が所定量例えば200kcalほど低くなり、腹部に脂肪が蓄積され易くなり、リンゴ型肥満になり易くなる。
(3)プローブ(UCP1)
(UCP1FITC緑標識プローブNo1)配列番号7〜24、217〜234
上記UCP1遺伝子及びその周辺に結合(ハイブリダイゼーション)させられる一対のプローブの一方、つまりUCP1FITC緑標識プローブNo1の塩基配列は以下の通りである。この緑標識プローブは対象遺伝子の変異箇所及びその周辺に結合するセンサープローブである。FITCはフルオレセインイソシアネートを意味する。このUCP1FITC緑標識プローブNo1は、少なくとも「cacttgattaaactg」または「cactcgattaaactg」の塩基配列(15mer乃至19mer)を含むプローブである。
「cacttgattaaactg」の塩基はUCP1遺伝子が変異していない場合におけるもので、「cactcgattaaactg」の塩基はUCP1遺伝子が変異している場合におけるものである。配列番号217〜234は配列番号7〜24の塩基配列を相補的または逆相補的にしたものである。
5′− cacttgattaaactg −3′(15mer)
5′− gcacttgattaaactg −3′(16mer)
5′−tgcacttgattaaactg −3′(17mer)
5′− cacttgattaaactgt −3′(16mer)
5′− gcacttgattaaactgt −3′(17mer)
5′−tgcacttgattaaactgt −3′(18mer)
5′− cacttgattaaactgtg−3′(17mer)
5′− gcacttgattaaactgtg−3′(18mer)
5′−tgcacttgattaaactgtg−3′(19mer)
5′− cactcgattaaactg −3′(15mer)
5′− gcactcgattaaactg −3′(16mer)
5′−tgcactcgattaaactg −3′(17mer)
5′− cactcgattaaactgt −3′(16mer)
5′− gcactcgattaaactgt −3′(17mer)
5′−tgcactcgattaaactgt −3′(18mer)
5′− cactcgattaaactgtg−3′(17mer)
5′− gcactcgattaaactgtg−3′(18mer)
5′−tgcactcgattaaactgtg−3′(19mer)
この5′−tgcacttgattaaactgtg−3′または5′−tgcactcgattaaactgtg−3′のプローブの塩基配列部分の端に塩基がさらに付加されて23merまで長くなってもよい。この場合、図5の塩基配列に沿った塩基または相補的に置き換えられた塩基が付加されていく。
上述のUCP1FITC緑標識プローブNo1の塩基配列のうち、1つ、2つまたは3つの塩基が別の異なる塩基に置き換えられても良い。これを変異UCP1FITC緑標識プローブという。例えば以下のように、上記プローブの1つの「t」を「c」に置き換えてもよい。このように置き換えられた塩基のみは、上記対象遺伝子の対応する塩基に結合していないことになる。このように意図的に塩基を置き換えて一部結合しないようにすると、プローブが剥がれ易くなり、プローブが剥がれる温度が低くなり、対象遺伝子の変異の検出が早くなって容易になるし、後述するプローブが剥がれる温度のピーク特性がより明確になる。
(変異UCP1FITC緑標識プローブNo2)配列番号25〜51、235〜261
上記UCP1遺伝子及びその周辺に結合(ハイブリダイゼーション)させられる一対のプローブの一方、つまり変異UCP1FITC緑標識プローブNo2の塩基配列は以下の通りである。この赤標識プローブは対象遺伝子の変異箇所及びその周辺に結合するセンサープローブである。この変異UCP1FITC緑標識プローブNo2は、少なくとも「cacttgatcaaactg」または「cactcgatcaaactg」の塩基配列(15mer乃至19mer)を含むプローブである。
「cacttgatcaaactg」の塩基はUCP1遺伝子が変異していない場合におけるもので、「cactcgatcaaactg」の塩基はUCP1遺伝子が変異している場合におけるものである。配列番号235〜261は配列番号25〜51の塩基配列を相補的または逆相補的にしたものである。
5′− cacttgatcaaactg −3′(15mer)
5′− gcacttgatcaaactg −3′(16mer)
5′−tgcacttgatcaaactg −3′(17mer)
5′− cacttgatcaaactgt −3′(16mer)
5′− gcacttgatcaaactgt −3′(17mer)
5′−tgcacttgatcaaactgt −3′(18mer)
5′− cacttgatcaaactgtg−3′(17mer)
5′− gcacttgatcaaactgtg−3′(18mer)
5′−tgcacttgatcaaactgtg−3′(19mer)
5′− cactcgatcaaactg −3′(15mer)
5′− gcactcgatcaaactg −3′(16mer)
5′−tgcactcgatcaaactg −3′(17mer)
5′− cactcgatcaaactgt −3′(16mer)
5′− gcactcgatcaaactgt −3′(17mer)
5′−tgcactcgatcaaactgt −3′(18mer)
5′− cactcgatcaaactgtg−3′(17mer)
5′− gcactcgatcaaactgtg−3′(18mer)
5′−tgcactcgatcaaactgtg−3′(19mer)
この5′−tgcacttgatcaaactgtg−3′または5′−tgcactcgatcaaactgtg−3′のプローブの塩基配列部分の端に塩基がさらに付加されて23merまで長くなってもよい。この場合、図5の塩基配列に沿った塩基または相補的に置き換えられた塩基が付加されていく。
上述のUCP1FITC緑標識プローブNo1または変異UCP1FITC緑標識プローブNo2につき、図1に対して図3に示すように、各塩基配列を相補的/逆相補的にしたプローブも含まれる。この相補的/逆相補的な置き換えは、緑標識プローブ及び赤標識プローブの両方のプローブにつき行なわれてもよいし、片方のプローブにつき行なわれてもよい。この場合、発色成分(発光成分を含む。以下以上同じ)は、緑標識プローブ及び赤標識プローブに蛍光共鳴エネルギー転移の相関性のないものが用いられる。
この相補的/逆相補的なプローブは、上記変異UCP1FITC緑標識プローブNo1、変異UCP1FITC緑標識プローブNo2のa(アデニン)、t(チミン)、c(シトシン)、g(グアニン)が、a→t、t→a、c→g、g→cに入れ換えられ、「5′−」と「−3′」との向きが入れ替わり、上記発色成分(蛍光色素)の標識位置が変わり、相補的変異UCP1FITC緑標識プローブNo1、相補的変異UCP1FITC緑標識プローブNo2と呼ばれる。
「mer」は塩基の数を示す単位である。このプローブには、緑色の発色色素が混合・結合・標識されて発色される。このプローブ、発色色素、増幅(増殖も含む。以上以下同じ)した上記対象遺伝子の混合物が加熱されると、このプローブは、対象遺伝子から剥がれ、蛍光共鳴エネルギー転移による緑色の励起光(発色色素の発色)は消える。上記端の糖「5′−」と「−3′」とは入れ替わって逆向きでもよい。
(UCP1LC−Red640赤標識プローブ)配列番号52〜76、262〜286
上記UCP1遺伝子及びその周辺に結合(ハイブリダイゼーション)させられる一対のプローブの他方、つまりUCP1LC−Red640赤標識プローブの塩基配列は以下の通りである。この赤標識プローブは対象遺伝子の変異箇所及びその周辺には結合しないアンカープローブである。
このUCP1LC−Red640赤標識プローブは、少なくとも「caatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaat」の塩基配列(45mer乃至53mer)を含むプローブである。配列番号262〜286は配列番号52〜76の塩基配列を相補的または逆相補的にしたものである。
5′− caatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaat −3′(45mer)
5′− tcaatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaat −3′(46mer)
5′− gtcaatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaat −3′(47mer)
5′− ggtcaatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaat −3′(48mer)
5′−tggtcaatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaat −3′(49mer)
5′− caatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaatc −3′(46mer)
5′− tcaatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaatc −3′(47mer)
5′− gtcaatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaatc −3′(48mer)
5′− ggtcaatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaatc −3′(49mer)
5′−tggtcaatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaatc −3′(50mer)
5′− caatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaatca −3′(47mer)
5′− tcaatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaatca −3′(48mer)
5′− gtcaatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaatca −3′(49mer)
5′− ggtcaatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaatca −3′(50mer)
5′−tggtcaatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaatca −3′(51mer)
5′− caatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaatcat −3′(48mer)
5′− tcaatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaatcat −3′(49mer)
5′− gtcaatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaatcat −3′(50mer)
5′− ggtcaatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaatcat −3′(51mer)
5′−tggtcaatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaatcat −3′(52mer)
5′− caatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaatcata−3′(49mer)
5′− tcaatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaatcata−3′(50mer)
5′− gtcaatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaatcata−3′(51mer)
5′− ggtcaatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaatcata−3′(52mer)
5′−tggtcaatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaatcata−3′(53mer)
この5′−tggtcaatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaatcata−3′のプローブの塩基配列部分の端に塩基がさらに付加されて57merまで長くなってもよい。この場合、図5の塩基配列に沿った塩基または相補的に置き換えられた塩基が付加されていく。
上述のUCP1LC−Red640赤標識プローブの塩基配列のうち、1つ、2つまたは3つの塩基が別の異なる塩基に置き換えられても良い。これを変異UCP1LC−Red640赤標識プローブという。このように置き換えられた塩基のみは、上記対象遺伝子の対応する塩基に結合していないことになる。このように意図的に塩基を置き換えて一部結合しないようにすると、プローブが剥がれ易くなって、プローブが剥がれる温度が低くなり、対象遺伝子の変異の検出が早くなって容易になるし、後述するプローブが剥がれる温度のピーク特性がより明確になる。
上述のUCP1LC−Red640赤標識プローブまたは変異UCP1LC−Red640赤標識プローブにつき、図1に対して図3に示すように、各塩基配列を相補的/逆相補的にしたプローブも含まれる。この相補的/逆相補的な置き換えは、緑標識プローブ及び赤標識プローブの両方のプローブにつき行なわれてもよいし、片方のプローブにつき行なわれてもよい。発色成分は、緑標識プローブ及び赤標識プローブに蛍光共鳴エネルギー転移の相関性のないものが用いられる。
この相補的/逆相補的なプローブは、UCP1LC−Red640赤標識プローブのa(アデニン)、t(チミン)、c(シトシン)、g(グアニン)が、a→t、t→a、c→g、g→cに入れ換えられ、「5′−」と「−3′」との向きが入れ替わり、上記発色成分(蛍光色素)の標識位置が変わり、相補的UCP1LC−Red640赤標識プローブと呼ばれる。
(4)プローブ(β2)
(β2ADRFITC緑標識プローブ)配列番号77〜94、287〜304
上記β2遺伝子及びその周辺に結合(ハイブリダイゼーション)させられる一対のプローブの一方、つまりβ2ADRFITC緑標識プローブの塩基配列は以下の通りである。この緑標識プローブは対象遺伝子の変異箇所及びその周辺に結合するセンサープローブである。
このβ2ADRFITC緑標識プローブは、少なくとも「cgtcacgcagcaaa」または「cgtcacgcaggaaa」の塩基配列(14mer乃至18mer)を含むプローブである。「cgtcacgcagcaaa」の塩基はβ2ADR遺伝子が変異していない場合におけるもので、「cgtcacgcaggaaa」の塩基はβ2ADR遺伝子が変異している場合におけるものである。配列番号287〜304は配列番号77〜94の塩基配列を相補的または逆相補的にしたものである。
5′− cgtcacgcagcaaa −3′(14mer)
5′− acgtcacgcagcaaa −3′(15mer)
5′−gacgtcacgcagcaaa −3′(16mer)
5′− cgtcacgcagcaaag −3′(15mer)
5′− acgtcacgcagcaaag −3′(16mer)
5′−gacgtcacgcagcaaag −3′(17mer)
5′− cgtcacgcagcaaagg−3′(16mer)
5′− acgtcacgcagcaaagg−3′(17mer)
5′−gacgtcacgcagcaaagg−3′(18mer)
5′− cgtcacgcaggaaa −3′(14mer)
5′− acgtcacgcaggaaa −3′(15mer)
5′−gacgtcacgcaggaaa −3′(16mer)
5′− cgtcacgcaggaaag −3′(15mer)
5′− acgtcacgcaggaaag −3′(16mer)
5′−gacgtcacgcaggaaag −3′(17mer)
5′− cgtcacgcaggaaagg−3′(16mer)
5′− acgtcacgcaggaaagg−3′(17mer)
5′−gacgtcacgcaggaaagg−3′(18mer)
このプローブには、緑色の発色色素が混合・結合・標識されて発色される。このプローブ、発色色素、増幅した上記対象遺伝子の混合物が加熱されると、このプローブは、対象遺伝子から剥がれ、蛍光共鳴エネルギー転移による緑色の励起光(発色色素の発色)は消える。上記端の糖「5′−」と「−3′」とは入れ替わって逆向きでもよい。
この5′−gacgtcacgcagcaaagg−3′または5′−gacgtcacgcaggaaagg−3′のプローブの塩基配列部分の端に塩基がさらに付加されて22merまで長くなってもよい。この場合、図6の塩基配列に沿った塩基または相補的に置き換えられた塩基が付加されていく。
上述のβ2ADRFITC緑標識プローブの塩基配列のうち、1つ、2つまたは3つの塩基が別の異なる塩基に置き換えられても良い。これを変異β2ADRFITC緑標識プローブという。このように置き換えられた塩基のみは、上記対象遺伝子の対応する塩基に結合していないことになる。このように意図的に塩基を置き換えて一部結合しないようにすると、プローブが剥がれ易くなって、プローブが剥がれる温度が低くなり、対象遺伝子の変異の検出が早くなって容易になるし、後述するプローブが剥がれる温度のピーク特性がより明確になる。
上述のβ2ADRFITC緑標識プローブまたは変異β2ADRFITC緑標識プローブにつき、図1に対して図3に示すように、各塩基配列を相補的/逆相補的にしたプローブも含まれる。この相補的/逆相補的な置き換えは、緑標識プローブ及び赤標識プローブの両方のプローブにつき行なわれてもよいし、片方のプローブにつき行なわれてもよい。この場合、発色成分は、緑標識プローブ及び赤標識プローブに蛍光共鳴エネルギー転移の相関性のないものが用いられる。
この相補的/逆相補的なプローブは、β2ADRFITC緑標識プローブのa(アデニン)、t(チミン)、c(シトシン)、g(グアニン)が、a→t、t→a、c→g、g→cに入れ換えられ、「5′−」と「−3′」との向きが入れ替わり、上記発色成分(蛍光色素)の標識位置が変わり、相補的β2ADRFITC緑標識プローブと呼ばれる。
(β2ADRLC−Red640赤標識プローブ)配列番号95〜119、305〜329
上記β2遺伝子及びその周辺に結合(ハイブリダイゼーション)させられる一対のプローブの他方、つまりβ2ADRLC−Red640赤標識プローブの塩基配列は以下の通りである。この赤標識プローブは対象遺伝子の変異箇所及びその周辺には結合しないアンカープローブである。
このβ2ADRLC−Red640赤標識プローブは、少なくとも「cgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgt」の塩基配列(45mer乃至53mer)を含むプローブである。配列番号305〜329は配列番号95〜119の塩基配列を相補的または逆相補的にしたものである。
5′− cgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgt −3′(45mer)
5′− acgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgt −3′(46mer)
5′− gacgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgt −3′(47mer)
5′− ggacgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgt −3′(48mer)
5′−gggacgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgt −3′(49mer)
5′− cgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgtc −3′(46mer)
5′− acgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgtc −3′(47mer)
5′− gacgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgtc −3′(48mer)
5′− ggacgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgtc −3′(49mer)
5′−gggacgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgtc −3′(50mer)
5′− cgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgtcc −3′(47mer)
5′− acgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgtcc −3′(48mer)
5′− gacgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgtcc −3′(49mer)
5′− ggacgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgtcc −3′(50mer)
5′−gggacgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgtcc −3′(51mer)
5′− cgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgtcct −3′(48mer)
5′− acgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgtcct −3′(49mer)
5′− gacgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgtcct −3′(50mer)
5′− ggacgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgtcct −3′(51mer)
5′−gggacgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgtcct −3′(52mer)
5′− cgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgtcctg−3′(49mer)
5′− acgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgtcctg−3′(50mer)
5′− gacgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgtcctg−3′(51mer)
5′− ggacgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgtcctg−3′(52mer)
5′−gggacgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgtcctg−3′(53mer)
このプローブには、緑色の発色色素が混合・結合・標識されて発色される。このプローブ、発色色素、増幅した上記対象遺伝子の混合物が加熱されると、このプローブは、対象遺伝子から剥がれ、蛍光共鳴エネルギー転移による緑色の励起光(発色色素の発色)は消える。上記端の糖「5′−」と「−3′」とは入れ替わって逆向きでもよい。
この5′−gggacgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgtcctg−3′のプローブの塩基配列部分の端に塩基がさらに付加されて57merまで長くなってもよい。この場合、図6の塩基配列に沿った塩基または相補的に置き換えられた塩基が付加されていく。
上述のβ2ADRLC−Red640赤標識プローブの塩基配列のうち、1つ、2つまたは3つの塩基が別の異なる塩基に置き換えられても良い。これを変異β2ADRLC−Red640赤標識プローブという。このように置き換えられた塩基のみは、上記対象遺伝子の対応する塩基に結合していないことになる。このように意図的に塩基を置き換えて一部結合しないようにすると、プローブが剥がれ易くなって、プローブが剥がれる温度が低くなり、対象遺伝子の変異の検出が早くなって容易になるし、後述するプローブが剥がれる温度のピーク特性がより明確になる。
上述のβ2ADRLC−Red640赤標識プローブまたは変異β2ADRLC−Red640赤標識プローブにつき、図1に対して図3に示すように、各塩基配列を相補的/逆相補的にしたプローブも含まれる。この相補的/逆相補的な置き換えは、両方のプローブにつき行なわれてもよいし、片方のプローブにつき行なわれてもよい。
このプローブは、β2ADRLC−Red640赤標識プローブのa(アデニン)、t(チミン)、c(シトシン)、g(グアニン)が、a→t、t→a、c→g、g→cに入れ換えられ、「5′−」と「−3′」との向きが入れ替わり、上記発色成分(蛍光色素)の標識位置が変わり、相補的β2ADRLC−Red640赤標識プローブと呼ばれる。
(5)プローブ(β3)
(β3ADRFITC緑標識プローブ)配列番号120〜144、330〜354
上記β3遺伝子及びその周辺に結合(ハイブリダイゼーション)させられる一対のプローブの一方、つまりβ3ADRFITC緑標識プローブの塩基配列は以下の通りである。この緑標識プローブは対象遺伝子の変異箇所及びその周辺には結合しないアンカープローブである。
このβ3ADRFITC緑標識プローブは、少なくとも「ccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgt」の塩基配列(31mer乃至39mer)を含むプローブである。配列番号330〜354は配列番号120〜144の塩基配列を相補的または逆相補的にしたものである。
5′− ccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgt −3′(31mer)
5′− gccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgt −3′(32mer)
5′− ggccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgt −3′(33mer)
5′− tggccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgt −3′(34mer)
5′−ctggccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgt −3′(35mer)
5′− ccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtg −3′(32mer)
5′− gccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtg −3′(33mer)
5′− ggccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtg −3′(34mer)
5′− tggccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtg −3′(35mer)
5′−ctggccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtg −3′(36mer)
5′− ccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtgg −3′(33mer)
5′− gccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtgg −3′(34mer)
5′− ggccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtgg −3′(35mer)
5′− tggccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtgg −3′(36mer)
5′−ctggccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtgg −3′(37mer)
5′− ccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtggc −3′(34mer)
5′− gccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtggc −3′(35mer)
5′− ggccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtggc −3′(36mer)
5′− tggccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtggc −3′(37mer)
5′−ctggccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtggc −3′(38mer)
5′− ccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtggcc−3′(35mer)
5′− gccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtggcc−3′(36mer)
5′− ggccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtggcc−3′(37mer)
5′− tggccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtggcc−3′(38mer)
5′−ctggccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtggcc−3′(39mer)
このプローブには、緑色の発色色素が混合・結合・標識されて発色される。このプローブ、発色色素、増幅した上記対象遺伝子の混合物が加熱されると、このプローブは、対象遺伝子から剥がれ、蛍光共鳴エネルギー転移による緑色の励起光(発色色素の発色)は消える。上記端の糖「5′−」と「−3′」とは入れ替わって逆向きでもよい。
この5′−ctggccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtggcc−3′のプローブの塩基配列部分の端に塩基がさらに付加されて43merまで長くなってもよい。この場合、図7の塩基配列に沿った塩基または相補的に置き換えられた塩基が付加されていく。
上述のβ3ADRFITC緑標識プローブの塩基配列のうち、1つ、2つまたは3つの塩基が別の異なる塩基に置き換えられても良い。これを変異β3ADRFITC緑標識プローブという。このように置き換えられた塩基のみは、上記対象遺伝子の対応する塩基に結合していないことになる。このように意図的に塩基を置き換えて一部結合しないようにすると、プローブが剥がれ易くなって、プローブが剥がれる温度が低くなり、対象遺伝子の変異の検出が早くなって容易になるし、後述するプローブが剥がれる温度のピーク特性がより明確になる。
上述のβ3ADRFITC緑標識プローブまたは変異β3ADRFITC緑標識プローブにつき、図1に対して図3に示すように、各塩基配列を相補的/逆相補的にしたプローブも含まれる。この相補的/逆相補的な置き換えは、緑標識プローブ及び赤標識プローブの両方のプローブにつき行なわれてもよいし、片方のプローブにつき行なわれてもよい。この場合、発色成分は、緑標識プローブ及び赤標識プローブに蛍光共鳴エネルギー転移の相関性のないものが用いられる。
この相補的/逆相補的なプローブは、β3ADRFITC緑標識プローブのa(アデニン)、t(チミン)、c(シトシン)、g(グアニン)が、a→t、t→a、c→g、g→cに入れ換えられ、「5′−」と「−3′」との向きが入れ替わり、上記発色成分(蛍光色素)の標識位置が変わり、相補的β3ADRFITC緑標識プローブと呼ばれる。
(β3ADRLC−Red640赤標識プローブ)配列番号145〜162、355〜372
上記β3遺伝子及びその周辺に結合(ハイブリダイゼーション)させられる一対のプローブの他方、つまりβ3ADRLC−Red640赤標識プローブの塩基配列は以下の通りである。この赤標識プローブは対象遺伝子の変異箇所及びその周辺に結合するセンサープローブである。このβ3ADRLC−Red640赤標識プローブは、少なくとも「atcgcctggactccg」または「atcgcccggactccg」の塩基配列(15mer乃至19mer)を含むプローブである。
「atcgcctggactccg」の塩基はβ3ADR遺伝子が変異していない場合におけるもので、「atcgcccggactccg」の塩基はβ3ADR遺伝子が変異している場合におけるものである。配列番号355〜372は配列番号145〜162の塩基配列を相補的または逆相補的にしたものである。
5′− atcgcctggactccg −3′(15mer)
5′− catcgcctggactccg −3′(16mer)
5′−ccatcgcctggactccg −3′(17mer)
5′− atcgcctggactccga −3′(16mer)
5′− catcgcctggactccga −3′(17mer)
5′−ccatcgcctggactccga −3′(18mer)
5′− atcgcctggactccgag−3′(17mer)
5′− catcgcctggactccgag−3′(18mer)
5′−ccatcgcctggactccgag−3′(19mer)
5′− atcgcccggactccg −3′(15mer)
5′− catcgcccggactccg −3′(16mer)
5′−ccatcgcccggactccg −3′(17mer)
5′− atcgcccggactccga −3′(16mer)
5′− catcgcccggactccga −3′(17mer)
5′−ccatcgcccggactccga −3′(18mer)
5′− atcgcccggactccgag−3′(17mer)
5′− catcgcccggactccgag−3′(18mer)
5′−ccatcgcccggactccgag−3′(19mer)
このプローブには、赤色の発色色素が混合・結合・標識されて発色される。このプローブ、発色色素、増幅した上記対象遺伝子の混合物が加熱されると、このプローブは、対象遺伝子から剥がれ、蛍光共鳴エネルギー転移による赤色の励起光(発色色素の発色)は消える。上記端の糖「5′−」と「−3′」とは入れ替わって逆向きでもよい。
この5′−ccatcgcctggactccgag−3′または5′−ccatcgcccggactccgag−3′のプローブの塩基配列部分の端に塩基がさらに付加されて23merまで長くなってもよい。この場合、図7の塩基配列に沿った塩基または相補的に置き換えられた塩基が付加されていく。
上述のβ3ADRLC−Red640赤標識プローブの塩基配列のうち、1つ、2つまたは3つの塩基が別の異なる塩基に置き換えられても良い。これを変異β3ADRLC−Red640赤標識プローブという。このように置き換えられた塩基のみは、上記対象遺伝子の対応する塩基に結合していないことになる。このように意図的に塩基を置き換えて一部結合しないようにすると、プローブが剥がれ易くなって、プローブが剥がれる温度が低くなり、対象遺伝子の変異の検出が早くなって容易になるし、後述するプローブが剥がれる温度のピーク特性がより明確になる。
上述のβ3ADRLC−Red640赤標識プローブまたは変異β3ADRLC−Red640赤標識プローブにつき、図1に対して図3に示すように、各塩基配列を相補的/逆相補的にしたプローブも含まれる。この相補的/逆相補的な置き換えは、緑標識プローブ及び赤標識プローブの両方のプローブにつき行なわれてもよいし、片方のプローブにつき行なわれてもよい。この場合、発色成分は、緑標識プローブ及び赤標識プローブに蛍光共鳴エネルギー転移の相関性のないものが用いられる。
この相補的/逆相補的なプローブは、β3ADRFITC緑標識プローブのa(アデニン)、t(チミン)、c(シトシン)、g(グアニン)が、a→t、t→a、c→g、g→cに入れ換えられ、「5′−」と「−3′」との向きが入れ替わり、上記発色成分(蛍光色素)の標識位置が変わり、相補的β3ADRFITC緑標識プローブと呼ばれる。
以上のような緑標識プローブと赤標識プローブとの隙間は、塩基数で「0乃至15」、望ましくは「0乃至10」、より望ましくは「0乃至5」、さらに望ましくは「0乃至4」、よりさらに望ましくは「1乃至3」、さらにより望ましくは「1乃至2」、またさらにより望ましくは「1」であり、あまり離れない方がよい。この理由は、緑標識プローブと赤標識プローブとの間で蛍光共鳴エネルギー転移を起こす必要があるからである。
(6)プライマー(UCP1)
(UCP1フォワードプライマー)配列番号163〜171、373〜381
上記対象遺伝子のUCP1遺伝子は、以下の一対のプライマーの一方、つまりUCP1フォワードプライマーによって増幅される。このUCP1フォワードプライマーは、少なくとも「gattcttctgtcatttgca」の塩基配列(19mer乃至23mer)を含むプライマーである。配列番号373〜381は配列番号163〜171の塩基配列を相補的または逆相補的にしたものである。
5′− gattcttctgtcatttgca −3′(19mer)
5′− tgattcttctgtcatttgca −3′(20mer)
5′−ttgattcttctgtcatttgca −3′(21mer)
5′− gattcttctgtcatttgcac −3′(20mer)
5′− tgattcttctgtcatttgcac −3′(21mer)
5′−ttgattcttctgtcatttgcac −3′(22mer)
5′− gattcttctgtcatttgcaca−3′(21mer)
5′− tgattcttctgtcatttgcaca−3′(22mer)
5′−ttgattcttctgtcatttgcaca−3′(23mer)
この5′−ttgattcttctgtcatttgcaca−3′のプライマーの塩基配列部分の端に塩基がさらに付加されて27merまで長くなってもよい。この場合、図5の塩基配列に沿った塩基または相補的に置き換えられた塩基が付加されていく。
(UCP1リバースプライマー)配列番号172〜180、382〜390
上記対象遺伝子のUCP1遺伝子は、以下の一対のプライマーの他方、つまりUCP1リバースプライマーによって増幅される。このUCP1リバースプライマーは、少なくとも「ggcaactgaccctttatg」の塩基配列(18mer乃至22mer)を含むプライマーである。配列番号382〜390は配列番号172〜180の塩基配列を相補的または逆相補的にしたものである。
5′− ggcaactgaccctttatg −3′(18mer)
5′− gggcaactgaccctttatg −3′(19mer)
5′−agggcaactgaccctttatg −3′(20mer)
5′− ggcaactgaccctttatga −3′(19mer)
5′− gggcaactgaccctttatga −3′(20mer)
5′−agggcaactgaccctttatga −3′(21mer)
5′− ggcaactgaccctttatgac−+3′(20mer)
5′− gggcaactgaccctttatgac−3′(21mer)
5′−agggcaactgaccctttatgac−3′(22mer)
この5′−agggcaactgaccctttatgac−3′のプライマーの塩基配列部分の端に塩基がさらに付加されて26merまで長くなってもよい。この場合、図5の塩基配列に沿った塩基または相補的に置き換えられた塩基が付加されていく。
図1に対して図4に示すように、上述の一対のプライマーにつき、各塩基配列を相補的/逆相補的にした一対のプライマーも含まれる。このプライマーは、上記プライマーのa(アデニン)、t(チミン)、c(シトシン)、g(グアニン)が、a→t、t→a、c→g、g→cに入れ換えられ、相補的プライマーと呼ばれる。
(7)プライマー(β2)
(β2ADRフォワードプライマー)配列番号181〜189、391〜399
上記対象遺伝子のβ2ADR遺伝子は、以下の一対のプライマーの一方、つまりβ2ADRフォワードプライマーによって増幅される。このβ2ADRフォワードプライマーは、少なくとも「ttcttgctggcacccaa」の塩基配列(17mer乃至21mer)を含むプライマーである。配列番号391〜399は配列番号181〜189の塩基配列を相補的または逆相補的にしたものである。
5′− ttcttgctggcacccaa −3′(17mer)
5′− cttcttgctggcacccaa −3′(18mer)
5′−ccttcttgctggcacccaa −3′(19mer)
5′− ttcttgctggcacccaat −3′(18mer)
5′− cttcttgctggcacccaat −3′(19mer)
5′−ccttcttgctggcacccaat −3′(20mer)
5′− ttcttgctggcacccaatg−3′(19mer)
5′− cttcttgctggcacccaatg−3′(20mer)
5′−ccttcttgctggcacccaatg−3′(21mer)
この5′−ccttcttgctggcacccaatg−3′のプライマーの塩基配列部分の端に塩基がさらに付加されて25merまで長くなってもよい。この場合、図6の塩基配列に沿った塩基または相補的に置き換えられた塩基が付加されていく。
(β2ADRリバースプライマー)配列番号190〜198、400〜408
上記対象遺伝子のβ2ADR遺伝子は、以下の一対のプライマーの他方、つまりβ2ADRリバースプライマーによって増幅される。このβ2ADRリバースプライマーは、少なくとも「aggccagtgaagtgatga」の塩基配列(18mer乃至22mer)を含むプライマーである。配列番号400〜408は配列番号190〜198の塩基配列を相補的または逆相補的にしたものである。
5′− aggccagtgaagtgatga −3′(18mer)
5′− caggccagtgaagtgatga −3′(19mer)
5′−acaggccagtgaagtgatga −3′(20mer)
5′− aggccagtgaagtgatgaa −3′(19mer)
5′− caggccagtgaagtgatgaa −3′(20mer)
5′−acaggccagtgaagtgatgaa −3′(21mer)
5′− aggccagtgaagtgatgaag−3′(20mer)
5′− caggccagtgaagtgatgaag−3′(21mer)
5′−acaggccagtgaagtgatgaag−3′(22mer)
この5′−acaggccagtgaagtgatgaag−3′のプライマーの塩基配列部分の端に塩基がさらに付加されて26merまで長くなってもよい。この場合、図6の塩基配列に沿った塩基または相補的に置き換えられた塩基が付加されていく。
図1に対して図4に示すように、上述の一対のプライマーにつき、各塩基配列を相補的/逆相補的にした一対のプライマーも含まれる。このプライマーは、上記プライマーのa(アデニン)、t(チミン)、c(シトシン)、g(グアニン)が、a→t、t→a、c→g、g→cに入れ換えられ、相補的プライマーと呼ばれる。
(8)プライマー(β3)配列番号199〜216、409〜426
上記対象遺伝子のβ3ADR遺伝子は、以下の一対のプライマーの一方、つまりβ3ADRフォワードプライマーによって増幅される。このβ3ADRフォワードプライマーは、少なくとも「cttccttctttccctacc」の塩基配列(18mer乃至22mer)を含むプライマーである。配列番号409〜426は配列番号199〜216の塩基配列を相補的または逆相補的にしたものである。
5′− cttccttctttccctacc −3′(18mer)
5′− ccttccttctttccctacc −3′(19mer)
5′−tccttccttctttccctacc −3′(20mer)
5′− cttccttctttccctaccg −3′(19mer)
5′− ccttccttctttccctaccg −3′(20mer)
5′−tccttccttctttccctaccg −3′(21mer)
5′− cttccttctttccctaccgc−3′(20mer)
5′− ccttccttctttccctaccgc−3′(21mer)
5′−tccttccttctttccctaccgc−3′(22mer)
この5′−tccttccttctttccctaccgc−3′のプライマーの塩基配列部分の端に塩基がさらに付加されて26merまで長くなってもよい。この場合、図7の塩基配列に沿った塩基または相補的に置き換えられた塩基が付加されていく。
上記対象遺伝子のβ3ADR遺伝子は、以下の一対のプライマーの他方、つまりβ3ADRリバースプライマーによって増幅される。このβ3ADRリバースプライマーは、少なくとも「gtcatggtctggagtctc」の塩基配列(18mer乃至22mer)を含むプライマーである。
5′− gtcatggtctggagtctc −3′(18mer)
5′− ggtcatggtctggagtctc −3′(19mer)
5′−tggtcatggtctggagtctc −3′(20mer)
5′− gtcatggtctggagtctcg −3′(19mer)
5′− ggtcatggtctggagtctcg −3′(20mer)
5′−tggtcatggtctggagtctcg −3′(21mer)
5′− gtcatggtctggagtctcgg−3′(20mer)
5′− ggtcatggtctggagtctcgg−3′(21mer)
5′−tggtcatggtctggagtctcgg−3′(22mer)
この5′−tggtcatggtctggagtctcgg−3′のプライマーの塩基配列部分の端に塩基がさらに付加されて26merまで長くなってもよい。この場合、図7の塩基配列に沿った塩基または相補的に置き換えられた塩基が付加されていく。
図1に対して図4に示すように、上述の一対のプライマーにつき、各塩基配列を相補的/逆相補的にした一対のプライマーも含まれる。この相補的/逆相補的なプライマーは、上記プライマーのa(アデニン)、t(チミン)、c(シトシン)、g(グアニン)が、a→t、t→a、c→g、g→cに入れ換えられ、相補的プライマーと呼ばれる。
(9)反応液と反応条件(UCP1)
上記対象遺伝子のUCP1遺伝子の変異の検出は、以下の反応液で以下の反応条件で実行される。
(反応液キット)
(Ua)DNA溶液 20〜50ng
(Ub)調整済みライトサイクラーファストスタート反応ミックス 2.0μL
(Uc)塩化マグネシウム溶液(25mM) 1.6μL
(Ud)UCP1フォワードプライマー(10μM) 1.0μL
(Ue)UCP1リバースプライマー(10μM) 1.0μL
(Uf)UCP1FITC緑標識プローブNo1(10μM) 0.2μL
(Ug)UCP1LC−Red640赤標識プローブ(10μM) 0.2μL
(Uh)蒸留水 約14μL
この反応には、ロシュ・ダイアグノスティックス株式会社のザライトサイクラーシステム(The Light Cycler System)、ライトサイクラーシステム(Light Cycler System)330またはライトサイクラークイックシステム(Light Cycler Quick System)330を用い、プログラムとしてライトサイクラーソフトウエア(Light Cycler Software Ver3.30またはVer1.20)を用い、ライトサイクラーファストスタートDNAマスターハイブリダイゼーションプローブを使って、上記(Ub)の調整済みライトサイクラーファストスタート反応ミックスはこの能書に基づいて作成される。
上記プローブには、蛍光共鳴エネルギー移動などのための蛍光色素・発色酵素などの発色成分(供与体色素/ドナーフルオレッセン)が予めまたは事前に若しくは後でまたは事後に混合され、この発色成分は上記各プローブに結合・標識される。このような発色成分が結合したプローブまたは発色成分は公知であり、特開2004−31320号明細書などにも示される。
このプローブ(センサープローブ)に結合した発色成分にレーザー光線または青色光線が照射されると、対象遺伝子に結合したUCP1FITC緑標識プローブNo1からは緑の蛍光が発光され、対象遺伝子に結合したUCP1LC−Red640赤標識プローブからは蛍光共鳴エネルギー転移によって赤の蛍光が発光される。加熱されてこのプローブが対象遺伝子から順次剥れると、この蛍光共鳴エネルギー転移による励起光(蛍光)は減少または消える。
上記(Ua)のDNA溶液は、検査する対象遺伝子DNAのサンプルである。なお、(Uf)のUCP1FITC緑標識プローブNo1は、上記変異UCP1FITC緑標識プローブNo2に置き換えられても良い。変異UCP1FITC緑標識プローブNo2の容量は同じく0.2μLである。(Ud)(Ue)のプライマー、(Uf)(Ug)のプローブは上述したとおりである。場合によって塩化マグネシウム溶液はなくてもよい。
(反応条件)
上記の反応液を、例えばディネイチャーし、PCR(遺伝子増幅反応 Polymerase Chain Reaction)を施し、メルティングアナライシスを行い、冷却する。ディネイチャーでは、対象遺伝子のDNAサンプルがほどかれて分離され、例えば約10分間約95℃に加熱される。
上記PCRでは、例えばディネイチャー→アニーリング→エクステンションのサーマルサイクルが所定回数例えば40回繰り返され、理論上、対象遺伝子DNAサンプルが2 40 倍に増幅される。PCRのディネイチャーでは、上記対象遺伝子のDNAサンプルがほどかれて分離され、例えば約10秒間約95℃に加熱される。
PCRのアニーリングでは、上記プライマーが上記対象遺伝子に結合され、例えば約10秒間約67℃に冷却される。PCRのエクステンションでは、この結合されたプライマーから上記対象遺伝子DNAが相補的/逆相補的に複製され、例えば約9秒間約72℃に加熱される。上記PCRの増幅のアニーリング温度は64℃乃至70℃、望ましくは65℃乃至69℃、より望ましくは66℃乃至68℃、さらに望ましくは約67℃である。
上記メルティングアナライシス(加熱)では、上記遺伝子の変異箇所に結合している上記(Uf)のUCP1FITC緑標識プローブNo1が、異なる温度で上記対象遺伝子のUCP1遺伝子及びその周辺から剥がれ、上記発色成分の発色(励起光)が低下し、この低下するときの温度の違いに基づいて、上記対象遺伝子のUCP1遺伝子の差異・変異が検出される。
上記メルティングアナライシスでは、例えば約0.0001乃至0.01秒間約95℃に加熱され、約120秒間約40℃に加温され、毎秒約0.2℃の上昇レートで、キャピラリー内の温度が約80℃まで上昇され、これが例えば1サイクル行なわれる。上記メルティングアナライシスにおける、上記プローブを上記対象遺伝子から剥がすときの加熱は、上記約40℃から上記約80℃に向かって、0.01℃/秒乃至0.5℃/秒、例えば約0.1℃/秒の割合で加熱される。
(10)反応液と反応条件(β2)
上記対象遺伝子のβ2ADR遺伝子の変異の検出は、以下の反応液で以下の反応条件で実行される。
(反応液キット)
(β2a)DNA溶液 20〜50ng
(β2b)調整済みライトサイクラーファストスタート反応ミックス 2.0μL
(β2c)塩化マグネシウム溶液(25mM) 1.6μL
(β2d)β2ADRフォワードプライマー(10μM) 1.0μL
(β2e)β2ADRリバースプライマー(10μM) 1.0μL
(β2f)β2ADRFITC緑標識プローブ(10μM) 0.2μL
(β2g)β2ADRLC−Red640赤標識プローブ(10μM) 0.2μL
(β2h)蒸留水 約14μL
この反応には、ロシュ・ダイアグノスティックス株式会社のザライトサイクラーシステム(The Light Cycler System)、ライトサイクラーシステム(Light Cycler System)330またはライトサイクラークイックシステム(Light Cycler Quick System)330を用い、プログラムとしてライトサイクラーソフトウエア(Light Cycler Software Ver3.30またはVer1.20)を用い、ライトサイクラーファストスタートDNAマスターハイブリダイゼーションプローブを使って、上記(β2b)の調整済みライトサイクラーファストスタート反応ミックスはこの能書に基づいて作成される。
上記プローブには、蛍光共鳴エネルギー移動などのための蛍光色素・発色酵素などの発色成分(供与体色素/ドナーフルオレッセン)が予めまたは事前に若しくは後でまたは事後に混合され、この発色成分は上記各プローブに結合・標識される。このような発色成分が結合したプローブまたは発色成分は公知であるし、特開2004−31320号明細書などに示される。
このプローブ(センサープローブ)に結合した発色成分にレーザー光線または青色光線が照射されると、β2ADRFITC緑標識プローブからは緑の蛍光が発光され、β2ADRLC−Red640赤標識プローブからは蛍光共鳴エネルギー転移によって赤の蛍光が発光される。加熱されてこのプローブが対象遺伝子から順次剥れると、この蛍光共鳴エネルギー転移による励起光(蛍光)は減少または消える。
上記(β2a)のDNA溶液は、検査する対象遺伝子DNAのサンプルである。(β2d)のβ2ADRフォワードプライマー、(β2e)のβ2ADRリバースプライマー、(β2f)のβ2ADRFITC緑標識プローブ、(β2g)のβ2ADRLC−Red640赤標識プローブは上述したとおりである。場合によって塩化マグネシウム溶液はなくてもよい。
(反応条件)
上記の反応液を、例えばディネイチャーし、PCR(遺伝子増幅反応 Polymerase Chain Reaction)を施し、メルティングアナライシスを行い、冷却する。ディネイチャーでは、対象遺伝子のDNAサンプルがほどかれて分離され、例えば約10分間約95℃に加熱される。
上記PCRでは、例えばディネイチャー→アニーリング→エクステンションのサーマルサイクルが所定回数例えば40回繰り返され、理論上、対象遺伝子DNAサンプルが2 40 倍に増幅される。PCRのディネイチャーでは、上記対象遺伝子のDNAサンプルがほどかれて分離され、例えば約10秒間約95℃に加熱される。
PCRのアニーリングでは、上記プライマーが上記対象遺伝子に結合され、例えば約5秒間約64℃に冷却される。PCRのエクステンションでは、この結合されたプライマーから上記対象遺伝子DNAが相補的/逆相補的に複製され、例えば約7秒間約72℃に加熱される。上記PCRの増幅のアニーリング温度は61℃乃至67℃、望ましくは62℃乃至66℃、より望ましくは63℃乃至65℃、さらに望ましくは約64℃である。
上記メルティングアナライシス(加熱)では、上記遺伝子の変異箇所に結合している上記(β2f)のβ2ADRFITC緑標識プローブが異なる温度で上記対象遺伝子のβ2ADR遺伝子及びその周辺から剥がれ、上記発色成分の発色(励起光)が低下し、この低下するときの温度の違いに基づいて、上記対象遺伝子の差異・変異が検出される。
上記メルティングアナライシスでは、例えば約0.0001乃至0.01秒間約95℃に加熱され、約120秒間約40℃に加温され、毎秒約0.2℃の上昇レートで、キャピラリー内の温度が約80℃まで上昇され、これが例えば1サイクル行なわれる。上記メルティングアナライシスにおける、上記プローブを上記対象遺伝子から剥がすときの加熱は、上記約40℃から上記約80℃に向かって、0.01℃/秒乃至0.5℃/秒、例えば約0.2℃/秒の割合で加熱される。
(11)反応液と反応条件(β3)
上記対象遺伝子のβ3ADR遺伝子の変異の検出は、以下の反応液で以下の反応条件で実行される。
(反応液キット)
(β3a)DNA溶液 20〜50ng
(β3b)調整済みライトサイクラーファストスタート反応ミックス 2.0μL
(β3c)塩化マグネシウム溶液(25mM) 1.6μL
(β3d)β3ADRフォワードプライマー(10μM) 1.0μL
(β3e)β3ADRリバースプライマー(10μM) 1.0μL
(β3f)β3ADRFITC緑標識プローブ(10μM) 0.2μL
(β3g)β3ADRLC−Red640赤標識プローブ(10μM) 0.2μL
(β3h)蒸留水 約14μL
この反応には、ロシュ・ダイアグノスティックス株式会社のザライトサイクラーシステム(The Light Cycler System)、ライトサイクラーシステム(Light Cycler System)330またはライトサイクラークイックシステム(Light Cycler Quick System)330を用い、プログラムとしてライトサイクラーソフトウエア(Light Cycler Software Ver3.30またはVer1.20)を用い、ライトサイクラーファストスタートDNAマスターハイブリダイゼーションプローブを使って、上記(β3b)の調整済みライトサイクラーファストスタート反応ミックスはこの能書に基づいて作成される。
上記プローブには、蛍光共鳴エネルギー移動などのための蛍光色素・発色酵素などの発色成分(供与体色素/ドナーフルオレッセン)が予めまたは事前に若しくは後でまたは事後に混合され、この発色成分は上記各プローブに結合・標識される。このような発色成分が結合したプローブまたは発色成分は公知であるし、特開2004−31320号明細書などに示される。
このプローブ(センサープローブ)に結合した発色成分にレーザー光線または青色光線が照射されると、β3ADRFITC緑標識プローブからは緑の蛍光が発光され、β3ADRLC−Red640赤標識プローブからは蛍光共鳴エネルギー転移によって赤の蛍光が発光される。加熱されてこのプローブが対象遺伝子から順次剥れると、この蛍光共鳴エネルギー転移による励起光(蛍光)は減少または消える。
上記(β3a)のDNA溶液は、検査する対象遺伝子DNAのサンプルである。(β3d)のβ3ADRフォワードプライマー、(β3e)のβ3ADRリバースプライマー、(β3f)のβ3ADRFITC緑標識プローブ、(β3g)のβ3ADRLC−Red640赤標識プローブは上述したとおりである。場合によって塩化マグネシウム溶液はなくてもよい。
(反応条件)
上記の反応液を、例えばディネイチャーし、PCR(遺伝子増幅反応 Polymerase Chain Reaction)を施し、メルティングアナライシスを行い、冷却する。ディネイチャーでは、対象遺伝子のDNAサンプルがほどかれて分離され、例えば約10分間約95℃に加熱される。
上記PCRでは、例えばディネイチャー→アニーリング→エクステンションのサーマルサイクルが所定回数例えば40回繰り返され、理論上、対象遺伝子DNAサンプルが2 40 倍に増幅される。PCRのディネイチャーでは、上記対象遺伝子のDNAサンプルがほどかれて分離され、例えば約10秒間約95℃に加熱される。
PCRのアニーリングでは、上記プライマーが上記対象遺伝子に結合され、例えば約10秒間約68℃に冷却される。PCRのエクステンションでは、この結合されたプライマーから上記対象遺伝子DNAが相補的/逆相補的に複製され、例えば約7秒間約72℃に加熱される。上記PCRの増幅のアニーリング温度は65℃乃至71℃、望ましくは66℃乃至70℃、より望ましくは67℃乃至69℃、さらに望ましくは約68℃である。
上記メルティングアナライシス(加熱)では、上記遺伝子の変異箇所に結合している上記(β3g)のβ3ADRLC−Red640赤標識プローブが、異なる温度で上記対象遺伝子のβ3ADR遺伝子及びその周辺から剥がれ、上記発色成分の発色(励起光)が低下し、この低下するときの温度の違いに基づいて、上記対象遺伝子のβ3ADR遺伝子の差異・変異が検出される。
このメルティングアナライシスでは、例えば約0.0001乃至0.01秒間約95℃に加熱され、約120秒間約40℃に加温され、毎秒約0.2℃の上昇レートで、キャピラリー内の温度が約80℃まで上昇され、これが例えば1サイクル行なわれる。上記メルティングアナライシスにおける、上記プローブを上記対象遺伝子から剥がすときの加熱は、上記約40℃から上記約80℃に向かって、0.01℃/秒乃至0.5℃/秒、例えば約0.2℃/秒の割合で加熱される。
(12)遺伝子検査結果(UCP1No.1)
図11は、上記UCP1FITC緑標識プローブNo1を用いたUCP1遺伝子についての変異の遺伝子検査結果を示す。この遺伝子検査結果は、上記プローブが加熱によって剥れて発色が低下し、この発色の低下特性が微分されたものである。この発色の低下特性の微分特性がピークとなった温度が、上記プローブが剥れた温度となり、この微分特性に基づいて上記対象遺伝子の差異が検出される。
UCP1遺伝子がともに「a」「a」であってともに変異していなければ、UCP1FITC緑標識プローブNo1及びUCP1LC−Red640赤標識プローブは加熱しても剥れにくく、UCP1FITC緑標識プローブNo1が剥れる温度は49.0℃付近となる。
一方、UCP1遺伝子がともに「g」「g」であってともに変異していれば、UCP1FITC緑標識プローブNo1及びUCP1LC−Red640赤標識プローブが加熱で剥れ易く、UCP1FITC緑標識プローブNo1が剥れる温度は45.0℃付近となる。
他方、UCP1遺伝子の一方が「a」で、他方が「g」であって、片方のみが変異していれば、UCP1FITC緑標識プローブNo1及びUCP1LC−Red640赤標識プローブが剥れる発色の低下特性は、上記両特性のヘテロ特性(中間特性)となって、49.0℃付近と45.0℃付近とに二つのピークが表れる。
検査を受けるサンプルの対象遺伝子につき、図11のどの特性となるかまたは近似するかによって、検査サンプルのUCP1遺伝子が、野生型(無変異型)「aa型」、変異型「gg型」、ヘテロ型(中間型)「ag型」のいずれであるかがわかる。
(13)遺伝子検査結果(UCP1No.2)
図12は、上記変異UCP1FITC緑標識プローブNo2を用いたUCP1遺伝子についての変異の遺伝子検査結果を示す。この遺伝子検査結果は、上記プローブが加熱によって剥れて発色が低下し、この発色の低下特性が微分されたものである。この発色の低下特性の微分特性がピークとなった温度が、上記プローブが剥れた温度となり、この微分特性に基づいて上記対象遺伝子の差異が検出される。
UCP1遺伝子がともに「a」「a」であってともに変異していなければ、変異UCP1FITC緑標識プローブNo2は加熱しても剥れにくく、変異UCP1FITC緑標識プローブNo2が剥れる温度は56.0℃乃至57.0℃付近となる。
一方、UCP1遺伝子がともに「g」「g」であってともに変異していれば、変異UCP1FITC緑標識プローブNo2は加熱で剥れ易く、変異UCP1FITC緑標識プローブNo2が剥れる温度は52.0℃乃至53.0℃付近となる。
他方、UCP1遺伝子の一方が「a」で、他方が「g」であって、片方のみが変異していれば、変異UCP1FITC緑標識プローブNo2が剥れる発色の低下特性は、上記両特性のヘテロ特性(中間特性)となって、56.0℃乃至57.0℃付近と52.0℃乃至53.0℃付近とに二つのピークが表れる。なお、UCP1LC−Red640赤標識プローブの剥がれる温度は変異の有無にかかわらずほぼ一定である。
検査を受けるサンプルの対象遺伝子につき、図12のどの特性となるかまたは近似するかによって、検査サンプルのUCP1遺伝子が、野生型(無変異型)「aa型」、変異型「gg型」、ヘテロ型(中間型)「ag型」のいずれであるかがわかる。
このようにUCP1FITC緑標識プローブNo2の代わりに、塩基1つを対象遺伝子UCP1に結合しない塩基に意図的に置き換えた変異UCP1FITC緑標識プローブNo1を使っても、検出温度は上昇するものの、同様にUCP1遺伝子について、変異を検出することができる。
(14)遺伝子検査結果(β2ADR)
図13は、β2ADR遺伝子についての変異の遺伝子検査結果を示す。この遺伝子検査結果は、上記プローブが加熱によって剥れて発色が低下し、この発色の低下特性が微分されたものである。この発色の低下特性の微分特性がピークとなった温度が、上記プローブが剥れた温度となり、この微分特性に基づいて上記対象遺伝子の差異が検出される。
β2ADR遺伝子がともに「c」「c」であってともに変異していなければ、β2ADRFITC緑標識プローブは加熱しても剥れにくく、β2ADRFITC緑標識プローブが剥れる温度は59.0℃付近となる。
一方、β2ADR遺伝子がともに「g」「g」であってともに変異していれば、β2ADRFITC緑標識プローブは加熱で剥れ易く、β2ADRFITC緑標識プローブが剥れる温度は49.0℃付近となる。
他方、β2ADR遺伝子の一方が「c」で、他方が「g」であって、片方のみが変異していれば、β2ADRFITC緑標識プローブが剥れる発色の低下特性は、上記両特性のヘテロ特性(中間特性)となって、59.0℃付近乃至49.0℃付近とに二つのピークが表れる。なお、β2ADRLC−Red640赤標識プローブの剥がれる温度は変異の有無にかかわらずほぼ一定である。
検査を受けるサンプルの対象遺伝子につき、図13のどの特性となるかまたは近似するかによって、検査サンプルのβ2ADR遺伝子が、野生型(無変異型)「cc型」、変異型「gg型」、ヘテロ型(中間型)「cg型」のいずれであるかがわかる。なお、図13では、β2ADR遺伝子に続く「aa」を含めてグルタミン「Gln(caa)型」かグルタミン酸「Glu(gaa)型」かで示してある。
(15)遺伝子検査結果(β3ADR)
図14は、β3ADR遺伝子についての変異の遺伝子検査結果を示す。この遺伝子検査結果は、上記プローブが加熱によって剥れて発色が低下し、この発色の低下特性が微分されたものである。この発色の低下特性の微分特性がピークとなった温度が、上記プローブが剥れた温度となり、この微分特性に基づいて上記対象遺伝子の差異が検出される。
β3ADR遺伝子がともに「t」「t」であってともに変異していなければ、β3ADRFITC緑標識プローブは加熱しても剥れにくく、β3ADRFITC緑標識プローブが剥れる温度は59.0℃付近となる。
一方、β3ADR遺伝子がともに「c」「c」であってともに変異していれば、β3ADRFITC緑標識プローブは加熱で剥れ易く、β3ADRFITC緑標識プローブが剥れる温度は49.0℃付近となる。
他方、β3ADR遺伝子の一方が「t」で、他方が「c」であって、片方のみが変異していれば、β3ADRFITC緑標識プローブが剥れる発色の低下特性は、上記両特性のヘテロ特性(中間特性)となる。なお、β3ADRLC−Red640赤標識プローブの剥がれる温度は変異の有無にかかわらずほぼ一定である。
検査を受けるサンプルの対象遺伝子につき、図14のどの特性となるかまたは近似するかによって、検査サンプルのβ3ADR遺伝子が、野生型(無変異型)「tt型」、変異型「cc型」、ヘテロ型(中間型)「tc型」のいずれであるかがわかる。なお、図14では、β3ADR遺伝子に続く「gg」を含めてトリプトファン「Trp(tgg)型」かアルギニン「Arg(cgg)型」かで示してある。
(16)遺伝子検査結果(3つの対象遺伝子の同時多重)
上記UCP1遺伝子、β2ADR遺伝子、β3ADR遺伝子の遺伝子検査結果によって、以下のことがわかる。
UCP1遺伝子が「a→g」に変異していると、一日あたりの安静時代謝量が所定量例えば80〜100kcalほど低くなり、臀部や下腹部に脂肪が蓄積され易くなり、洋ナシ型肥満になり易くなる。
β2ADR遺伝子が「c→g」に変異していると、一日あたりの安静時代謝量が所定量例えば200kcalほど高くなり、痩せ易くなり、筋肉が付きにくく、バナナ型肥満になり易くなる。
β3ADR遺伝子が「t→c」に変異していると、一日あたりの安静時代謝量が所定量例えば200kcalほど低くなり、腹部に脂肪が蓄積され易くなり、リンゴ型肥満になり易くなる。
以上の3つの対象遺伝子の差異を同時に多重的に検出すると、肥満対策を総合的に行なうことができる。
UCP1遺伝子が変異し、β2ADR遺伝子が変異していなければ、脂肪分より炭水化物・糖分の摂取を減らすのがよいことになる。β3ADR遺伝子が変異し、β2ADR遺伝子が変異していなければ、炭水化物・糖分より脂肪分の摂取を減らすのがよいことになる。UCP1遺伝子及びβ3ADR遺伝子が変異していれば、炭水化物・糖分及び脂肪分の両方の摂取を減らすのがよいことになる。
UCP1遺伝子及びβ2ADR遺伝子が変異していれば、運動を増やし、脂肪分より炭水化物・糖分の摂取を減らすのがよいことになる。β3ADR遺伝子及びβ2ADR遺伝子が変異していなければ、運動を増やし、炭水化物・糖分より脂肪分の摂取を減らすのがよいことになる。UCP1遺伝子、β3ADR遺伝子及びβ2ADR遺伝子が変異していれば、運動を増やし、炭水化物・糖分及び脂肪分の両方の摂取を減らすのがよいことになる。
(17)プライマーまたはプローブの塩基数の増減
上述の各プライマーまたは各プローブの塩基数を増減すると、上述の各プライマーのアニーリング温度、各プローブの剥がれる温度は変化する。塩基数が1つ増えると、各プライマーのアニーリング温度または各プローブの剥がれる温度は0.1℃乃至2.0℃ほど上昇し、塩基数が1つ減ると、各プライマーのアニーリング温度または各プローブの剥がれる温度は0.1℃乃至2.0℃ほど下降する。
また、上記各プローブの塩基配列のうち、1つ、2つまたは3つの塩基が別の異なる塩基に結合しないように置き換えられると、この塩基のみは上記対象遺伝子DNAに結合しないので、上述の塩基数が減ったときと同様の温度変化が起きる。塩基数が1つ結合しないように置き換えられると、各プライマーのアニーリング温度または各プローブの剥がれる温度は0.1℃乃至2.0℃ほど下降する。
(18)遺伝子検査の技術的効果及び留意事項
本発明の遺伝子検査方法及びPCR法では、上述の検査実験より、上述の問題点はなく、かつ、従来の方法と比較・検討し優れた結果が得られた。特に肥満関連遺伝子の変異・差異の検出時間がかなり短くなった。そして、蛍光変化も客観的かつ容易に判断できた。このことより、上記プローブ及びプライマーを設計するにあたり一般的な留意事項において、本発明のプローブ及びプライマーは問題ないといえる。
本件発明のプローブ及びプライマーおよび反応条件は多くの実験を経た上で最適化されている。上述の実験で検証していない別発明の配列のプローブまたはプライマーを用いて、本件発明の遺伝子検査方法及びPCR法と同等あるいはそれ以上の結果が得られるという可能性を完全に否定できるものではないが、対象とする試料、反応液キット、前提となる遺伝子変異箇所周辺の配列状況という測定条件からすると、本件発明の遺伝子検査方法及びプローブ並びにPCR法及びプライマーは極めて完成度が高いといえる。
なお、上記対象遺伝子に結合したときの緑標識プローブと同じく対象遺伝子に結合したときの赤標識プローブとの間隔塩基数は「1」が最も望ましい。これは、蛍光共鳴エネルギー転移が最も有効に発揮できるのは、間隔塩基数「1」だからである。しかし、緑と赤の発色が弱く薄くても増幅処理/増感処理または照射光を強くするなどによって、発色の変化を検出できれば、間隔塩基数が「2」「3」「4」「5」「0」でもよいし、両プローブの端が重なっていてもよい。よって、両プローブの間隔塩基数は「0乃至15」、望ましくは「0乃至10」、より望ましくは「0乃至5」、さらに望ましくは「0乃至4」、よりさらに望ましくは「1乃至3」、さらにより望ましくは「1乃至2」、またさらにより望ましくは「1」となる。
上記一対の赤標識プローブと緑標識プローブのうち、上記対象遺伝子から剥がれる温度が変化するのは、遺伝子の変異箇所に結合するプローブのほうで、遺伝子の変異箇所以外に結合するプローブの剥がれる温度は変化しない。したがって、この剥がれる温度の変化しないプローブが剥がれる温度を基準として、剥がれる温度の変化するプローブが剥がれる温度の変化を正確に判別できる。なお、場合によって、この遺伝子の変異箇所以外に結合するプローブを省略することもできる。
また、上記プローブまたはプライマーを設計するにあたり一般的な留意事項として、その配列は対象となるDNAの塩基配列から特異性の高い箇所を選択する必要がある。プローブまたはプライマーの配列と相補的/逆相補的/同じかまたはこれと類似の箇所が遺伝子DNAの別の箇所にあると、遺伝子検査の結果、誤った検査結果が得られてしまい、PCRの結果、目的の反応産物以外に複数の産物が形成されてしまい、十分なメルティングカーブ(特性)が得られず、誤った検査結果となってしまうからである。
したがって、上記プローブまたはプライマーを短くしての塩基数を少なくすると、遺伝子DNAの他の塩基配列箇所に同じ塩基配列箇所が現れる可能性は高くなり、遺伝子DNAの変異の検出に誤差/不正確さが生じる可能性がある。
上記プローブまたはプライマーの塩基配列、各対象遺伝子DNAの部分配列は、正確な変異検出に必要な最低限の配列長であり、これらの各対象遺伝子DNAの両側の塩基または相補的塩基をさらに含む事は可能である。この場合、対象遺伝子DNAの変異検出のための検査時間/実験時間/反応時間は長くなる可能性があるが、遺伝子DNAの他の塩基配列箇所に同じ塩基配列箇所が現れる可能性は低くなり、変異の検出の誤差/不正確さが少なくなり、変異検出/変異検査がより正確になる。ただし、あまり長くなると、プローブまたはプライマーが自分自身に結合してしまう恐れがでてくるので、あまり長くしない方がよい。
また、プローブまたはプライマーの設計においてG(グアニン)とC(シトシン)の含有割合が高すぎる場合、プローブまたはプライマー同士が結合してしまうか、またはプローブまたはプライマー自体が立体構造を作ってしまうと、十分な反応が得られないため、GとCの含有割合の低いプローブまたはプライマー、望ましくはGとCの含有率が40乃至60%のプローブまたはプライマーが選ばれる。
以上のような遺伝子検査によって、個々人の遺伝子の差異に応じた、診断及び治療を行なうことができ、画一的な診断/治療ではなく、個人差に応じたオーダーメイドな診断/治療が可能となる。これは肥満関連遺伝子検査でも同様で、個々人の肥満関連遺伝子の差異に応じたオーダーメイドな肥満診断/肥満治療が可能となる。特に最近注目を集めるメタボリックシンドロームに対する、個々人の遺伝子の差異に応じたオーダーメイドな診断/治療が可能となる。
(19)他の実施の形態
本発明は、上記実施例に限定されず、種々変更可能である。例えば、上記相補的/逆相補的なプローブ、相補的/逆相補的なプライマーと、相補的/逆相補的でないプローブ、相補的/逆相補的でないプライマーとは、両方が共に加えられ使用されてもよい。これにより、対象遺伝子DNAの変異検出のための検査時間/実験時間/反応時間は短くなる。
また、上記のプライマーのセット、及び/または上記プローブのセットは、これらのプライマーまたはプローブの塩基配列と相補的または逆相補的なものとしてもよい。これでも同様に、対象遺伝子DNAの事前複製・事前増幅・変異検出・差異検出を行うことができる。
上記緑と赤の発色成分は、上記結合するプローブがそれぞれ入れ換えられて、緑と赤の標識が逆にされ、上記各一対のプローブの他方のプローブに付け替えられてもよい。これでも、緑の発光特性と赤の発光特性が入れ替わるが、同様の検出が可能となる。またこのような発色成分として、FITCによる緑やLCRed640による赤以外に、LCRed705による赤、その他、青、黄、橙、紫などの発色成分が使用されてもよい。この場合、センサープローブとアンカープローブとは入れ替わらない。
本発明のPCR法によって検出される対象遺伝子DNAの変異は、塩基の欠損、挿入、置換、SNP(一塩基多型)など、遺伝子DNAの異常と正常との違いまたは正常であっても個人差による違いであってもよい。
また、本発明のPCR法によって検出される遺伝子DNAはヒトのものであるが、家畜その他の動物・植物・菌・微生物におけるものであってもよい。さらに、本発明の遺伝子検査方法またはPCR法によって検出される対象遺伝子DNAは、対象遺伝子DNAの情報が写し取られたmRNAでもよいし、RNAであってもよい。
(20)他の発明の効果
[1]増幅した対象遺伝子に対して、 少なくとも「cacttgattaaactg」または「cactcgattaaactg」の塩基配列(15mer乃至19mer)またはこれらの塩基配列のうち1つ、2つまたは3つの塩基が別の異なる塩基に置き換えられた塩基配列を含むプローブ、 及び少なくとも「caatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaat」の塩基配列(45mer乃至53mer)またはこれらの塩基配列のうち1つ、2つまたは3つの塩基が別の異なる塩基に置き換えられた塩基配列を含むプローブ、 またはこれらのプローブの塩基配列と相補的/逆相補的な塩基配列、この塩基配列のうち1つ、2つまたは3つの塩基が別の異なる塩基に置き換えられた塩基配列を含むプローブ、を混合して結合させ、 これらの各プローブに対して、結合することによって発色する成分をそれぞれして結合させて発色させ、 上記混合物を加熱することによって、上記プローブを上記対象遺伝子から剥がし、これにより上記発色する成分による発色を低下させ、この低下するときの温度の違いに基づいて、上記対象遺伝子の差異を検出することを特徴とする遺伝子検査方法。
[2]上記対象遺伝子は、 少なくとも「gattcttctgtcatttgca」の塩基配列(19mer乃至23mer)を含むプライマー、 及び少なくとも「ggcaactgaccctttatg」の塩基配列(18mer乃至22mer)を含むプライマーによって増幅されることを特徴とする請求項1記載の遺伝子検査方法。これにより、対象遺伝子DNAの周辺だけを他の遺伝子DNA部分に比べてプライマーで十分に複製・増幅しておき、遺伝子DNAの野生/変異/正常/異常を正確に識別することができる。
[3]上記増幅のアニーリング温度は64℃乃至70℃、望ましくは65℃乃至69℃、より望ましくは66℃乃至68℃、さらに望ましくは約67℃であることを特徴とする請求項2記載の遺伝子検査方法。これにより、加熱速度が速くなれば対象遺伝子の増幅速度が速くなって遺伝子検査時間が短くなり、加熱速度が遅くなれば対象遺伝子の差異がより明確になり遺伝子検査がより正確になる。
[4]増幅した対象遺伝子に対して、 少なくとも「cgtcacgcagcaaa」または「cgtcacgcaggaaa」の塩基配列(14mer乃至18mer)またはこれらの塩基配列のうち1つ、2つまたは3つの塩基が別の異なる塩基に置き換えられた塩基配列を含むプローブ、 及び少なくとも「cgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgt」の塩基配列(45mer乃至53mer)またはこれらの塩基配列のうち1つ、2つまたは3つの塩基が別の異なる塩基に置き換えられた塩基配列を含むプローブ、 またはこれらのプローブの塩基配列と相補的/逆相補的な塩基配列、この塩基配列のうち1つ、2つまたは3つの塩基が別の異なる塩基に置き換えられた塩基配列を含むプローブ、を混合して結合させ、 これらの各プローブに対して、結合することによって発色する成分をそれぞれして結合させて発色させ、 上記混合物を加熱することによって、上記プローブを上記対象遺伝子から剥がし、これにより上記発色する成分による発色を低下させ、この低下するときの温度の違いに基づいて、上記対象遺伝子の差異を検出することを特徴とする遺伝子検査方法。
[5]上記対象遺伝子は、 少なくとも「ttcttgctggcacccaa」の塩基配列(17mer乃至21mer)を含むプライマー、 及び少なくとも「aggccagtgaagtgatga」の塩基配列(18mer乃至22mer)を含むプライマーによって増幅されることを特徴とする請求項4記載の遺伝子検査方法。これにより、対象遺伝子DNAの周辺だけを他の遺伝子DNA部分に比べてプライマーで十分に複製・増幅しておき、遺伝子DNAの野生/変異/正常/異常を正確に識別することができる。
[6]上記増幅のアニーリング温度は61℃乃至67℃、望ましくは62℃乃至66℃、より望ましくは63℃乃至65℃、さらに望ましくは約64℃であることを特徴とする請求項5記載の遺伝子検査方法。これにより、加熱速度が速くなれば対象遺伝子の増幅速度が速くなって遺伝子検査時間が短くなり、加熱速度が遅くなれば対象遺伝子の差異がより明確になり遺伝子検査がより正確になる。
[7]増幅した対象遺伝子に対して、 少なくとも「ccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgt」の塩基配列(31mer乃至39mer)またはこれらの塩基配列のうち1つ、2つまたは3つの塩基が別の異なる塩基に置き換えられた塩基配列を含むプローブ、 及び少なくとも「atcgcctggactccg」または「atcgcccggactccg」の塩基配列(15mer乃至19mer)またはこれらの塩基配列のうち1つ、2つまたは3つの塩基が別の異なる塩基に置き換えられた塩基配列を含むプローブ、 またはこれらのプローブの塩基配列と相補的/逆相補的な塩基配列、この塩基配列のうち1つ、2つまたは3つの塩基が別の異なる塩基に置き換えられた塩基配列を含むプローブ、を混合して結合させ、 これらの各プローブに対して、結合することによって発色する成分をそれぞれして結合させて発色させ、 上記混合物を加熱することによって、上記プローブを上記対象遺伝子から剥がし、これにより上記発色する成分による発色を低下させ、この低下するときの温度の違いに基づいて、上記対象遺伝子の差異を検出することを特徴とする遺伝子検査方法。
[8]上記対象遺伝子は、 少なくとも「cttccttctttccctacc」の塩基配列(18mer乃至22mer)を含むプライマー、 及び少なくとも「gtcatggtctggagtctc」の塩基配列(18mer乃至22mer)を含むプライマーによって増幅されることを特徴とする請求項7記載の遺伝子検査方法。これにより、対象遺伝子DNAの周辺だけを他の遺伝子DNA部分に比べてプライマーで十分に複製・増幅しておき、遺伝子DNAの野生/変異/正常/異常を正確に識別することができる。
[9]上記増幅のアニーリング温度は65℃乃至71℃、望ましくは66℃乃至70℃、より望ましくは67℃乃至69℃、さらに望ましくは約68℃であることを特徴とする請求項8記載の遺伝子検査方法。これにより、加熱速度が速くなれば対象遺伝子の増幅速度が速くなって遺伝子検査時間が短くなり、加熱速度が遅くなれば対象遺伝子の差異がより明確になり遺伝子検査がより正確になる。
[10]上記プローブを上記対象遺伝子から剥がすときの加熱は、約40℃から約80℃に向かって、約0.01℃/秒乃至0.5℃/秒の割合で加熱であることを特徴とする請求項1、2、3、4、5、6、7、8または9記載の遺伝子検査方法。これにより、加熱速度が速くなれば遺伝子検査時間が短くなり、加熱速度が遅くなれば対象遺伝子の差異がより明確になり遺伝子検査がより正確になる。
[11]上記発色する成分の発色の低下特性を微分し、この微分特性に基づいて上記対象遺伝子の差異を検出することを特徴とする請求項1、2、3、4、5、6、7、8、9または10記載の遺伝子検査方法。これにより、発色する成分の発色の低下部分でピーク特性、凸特性または凹特性を得ることができ、遺伝子検査がし易くなる。
[12]請求項1、2または3の遺伝子検査方法と、請求項4、5または6の遺伝子検査方法と、請求項7、8または9の遺伝子検査方法とを、共に行なって、複数の対象遺伝子の差異を同時に多重的に検出することを特徴とする遺伝子検査方法。複数の対象遺伝子の差異を同時に多重的に検出すると、治療対策・健康対策を抜けなく総合的に行なうことができる。
[13]上記増幅した対象遺伝子に結合した各プローブの間隔塩基数は0乃至15であることを特徴とする請求項1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11または12記載の遺伝子検査方法。これにより、緑標識プローブ及び赤標識プローブの間に蛍光共鳴エネルギー転移が円滑に行なわれる。
[14] 上記請求項1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12または13記載の遺伝子検査方法に使用される上記プローブ及び上記発色する成分または上記プライマーのキット。これにより、遺伝子検査の準備でキットを用意すればよく、遺伝子検査の準備が容易になる。
対象遺伝子の差異を、簡易にまたは迅速に検出する。対象遺伝子UCP1(β2、β3)に対し、「cacttgattaaactg」または「cactcgattaaactg」の塩基配列(15mer乃至19mer)を含むプローブ(緑発光)と「caatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaat」の塩基配列(45mer乃至53mer)を含むプローブ(赤発光)が結合され、このプローブには発色する成分が予め混合・結合・標識されていて発色される。
これが加熱されて、上記プローブが上記対象遺伝子から剥がれると、発色が低下し、この低下するときの温度の違いに基づいて、上記対象遺伝子の差異「aa型」「gg型」「ag型」が検出される。
(21)配列表
SEQUENCE LISTING
Iryo-hojin Daiyukai
Genetic checking method and Kit
P9G-109
JP 2006-000000
2006-08-24
426
1
477
DNA
Human
1
cttgggtagt gacaaagtat taatttatta 30
ggtgaagtat atgctttttt attagtgata 60
ataaatatat cctctctccc attataaaag 90
tttgtatttc ttcttttaga aattgattct 120
tctgtcattt gcacatttat ctgtataatt 150
ataacagggt atttcccagt ggtggctaat 180
gagagaatta tgggaaagta tagaacacta 210
ttcaaatgca aagcactgta tgatttttat 240
ttaataggaa gacattttgt gcagcgattt 270
ctgattgacc acagtttgat caagtgcatt 300
tgttaatgtg ttctacattt tcaaaaagga 330
aaggagaatt tgttacattc agaacttgct 360
gccactcctt tgctacgtca taaagggtca 390
gttgcccttg ctcatactga cctattcttt 420
accctctctg cttcttcttt gtgccagaag 450
agtagaaatc tgaccctttg gg 477
2
420
DNA
Human
2
acacccacac cacagccgct gaatgaggct 30
tccaggcgtc cgctcgcggc ccgcagagcc 60
ccgccgtggg tccgcctgct gaggcgcccc 90
cagccagtgc gcttacctgc cagactgcgc 120
gccatggggc aacccgggaa cggcagcgcc 150
ttcttgctgg cacccaatgg aagccatgcg 180
ccggaccacg acgtcacgca gcaaagggac 210
gaggtgtggg tggtgggcat gggcatcgtc 240
atgtctctca tcgtcctggc catcgtgttt 270
ggcaatgtgc tggtcatcac agccattgcc 300
aagttcgagc gtctgcagac ggtcaccaac 330
tacttcatca cttcactggc ctgtgctgat 360
ctggtcatgg gcctagcagt ggtgcccttt 390
ggggccgccc atattcttat gaaaatgtgg 420
3
480
DNA
Human
3
ggtgggggga ggctgagcgc tctggctggg 30
acagctagag aagatggccc aggctgggga 60
agtcgctctc atgccttgct gtcccctccc 90
ctgagccagg tgatttggga gaccccctcc 120
ttccttcttt ccctaccgcc ccacgcgcga 150
cccggggatg gctccgtggc ctcacgagaa 180
cagctctctt gccccatggc cggacctccc 210
caccctggcg cccaataccg ccaacaccag 240
tgggctgcca ggggttccgt gggaggcggc 270
cctagccggg gccctgctgg cgctggcggt 300
gctggccacc gtgggaggca acctgctggt 330
catcgtggcc atcgcctgga ctccgagact 360
ccagaccatg accaacgtgt tcgtgacttc 390
gctggccgca gccgacctgg tgatgggact 420
cctggtggtg ccgccggcgg ccaccttggc 450
gctgactggc cactggccgt tgggcgccac 480
4
477
DNA
Human
4
gaacccatca ctgtttcata attaaataat 30
ccacttcata tacgaaaaaa taatcactat 60
tatttatata ggagagaggg taatattttc 90
aaacataaag aagaaaatct ttaactaaga 120
agacagtaaa cgtgtaaata gacatattaa 150
tattgtccca taaagggtca ccaccgatta 180
ctctcttaat accctttcat atcttgtgat 210
aagtttacgt ttcgtgacat actaaaaata 240
aattatcctt ctgtaaaaca cgtcgctaaa 270
gactaactgg tgtcaaacta gttcacgtaa 300
acaattacac aagatgtaaa agtttttcct 330
ttcctcttaa acaatgtaag tcttgaacga 360
cggtgaggaa acgatgcagt atttcccagt 390
caacgggaac gagtatgact ggataagaaa 420
tgggagagac gaagaagaaa cacggtcttc 450
tcatctttag actgggaaac cc 477
5
420
DNA
Human
5
tgtgggtgtg gtgtcggcga cttactccga 30
aggtccgcag gcgagcgccg ggcgtctcgg 60
ggcggcaccc aggcggacga ctccgcgggg 90
gtcggtcacg cgaatggacg gtctgacgcg 120
cggtaccccg ttgggccctt gccgtcgcgg 150
aagaacgacc gtgggttacc ttcggtacgc 180
ggcctggtgc tgcagtgcgt cgtttccctg 210
ctccacaccc accacccgta cccgtagcag 240
tacagagagt agcaggaccg gtagcacaaa 270
ccgttacacg accagtagtg tcggtaacgg 300
ttcaagctcg cagacgtctg ccagtggttg 330
atgaagtagt gaagtgaccg gacacgacta 360
gaccagtacc cggatcgtca ccacgggaaa 390
ccccggcggg tataagaata cttttacacc 420
6
450
DNA
Human
6
ccacccccct ccgactcgcg agaccgaccc 30
tgtcgatctc ttctaccggg tccgacccct 60
tcagcgagag tacggaacga caggggaggg 90
gactcggtcc actaaaccct ctgggggagg 120
aaggaagaaa gggatggcgg ggtgcgcgct 150
gggcccctac cgaggcaccg gagtgctctt 180
gtcgagagaa cggggtaccg gcctggaggg 210
gtgggaccgc gggttatggc ggttgtggtc 240
acccgacggt ccccaaggca ccctccgccg 270
ggatcggccc cgggacgacc gcgaccgcca 300
cgaccggtgg caccctccgt tggacgacca 330
gtagcaccgg tagcggacct gaggctctga 360
ggtctggtac tggttgcaca agcactgaag 390
cgaccggcgt cggctggacc actaccctga 420
ggaccaccac ggcggccgcc ggtggaaccg 450
7
15
Probe
Artificial sequence
7
cacttgattaaactg 15
8
16
Probe
Artificial sequence
8
gcacttgattaaactg 16
9
17
Probe
Artificial sequence
9
tgcacttgattaaactg 17
10
16
Probe
Artificial sequence
10
cacttgattaaactgt 16
11
17
Probe
Artificial sequence
11
gcacttgattaaactgt 17
12
18
Probe
Artificial sequence
12
tgcacttgattaaactgt 18
13
17
Probe
Artificial sequence
13
cacttgattaaactgtg 17
14
18
Probe
Artificial sequence
14
gcacttgattaaactgtg 18
15
19
Probe
Artificial sequence
15
tgcacttgattaaactgtg 19
16
15
Probe
Artificial sequence
16
cactcgattaaactg 15
17
16
Probe
Artificial sequence
17
gcactcgattaaactg 16
18
17
Probe
Artificial sequence
18
tgcactcgattaaactg 17
19
16
Probe
Artificial sequence
19
cactcgattaaactgt 16
20
17
Probe
Artificial sequence
20
gcactcgattaaactgt 17
21
18
Probe
Artificial sequence
21
tgcactcgattaaactgt 18
22
17
Probe
Artificial sequence
22
cactcgattaaactgtg 17
23
18
Probe
Artificial sequence
23
gcactcgattaaactgtg 18
24
19
Probe
Artificial sequence
24
tgcactcgattaaactgtg 19
25
15
Probe
Artificial sequence
25
cacttgatcaaactg 15
26
16
Probe
Artificial sequence
26
gcacttgatcaaactg 16
27
17
Probe
Artificial sequence
27
tgcacttgatcaaactg 17
28
16
Probe
Artificial sequence
28
cacttgatcaaactgt 16
29
17
Probe
Artificial sequence
29
gcacttgatcaaactgt 17
30
18
Probe
Artificial sequence
30
tgcacttgatcaaactgt 18
31
17
Probe
Artificial sequence
31
cacttgatcaaactgtg 17
32
18
Probe
Artificial sequence
32
gcacttgatcaaactgtg 18
33
19
Probe
Artificial sequence
33
tgcacttgatcaaactgtg 19
34
15
Probe
Artificial sequence
34
cactcgatcaaactg 15
35
16
Probe
Artificial sequence
35
gcactcgatcaaactg 16
36
17
Probe
Artificial sequence
36
tgcactcgatcaaactg 17
37
16
Probe
Artificial sequence
37
cactcgatcaaactgt 16
38
17
Probe
Artificial sequence
38
gcactcgatcaaactgt 17
39
18
Probe
Artificial sequence
39
tgcactcgatcaaactgt 18
40
17
Probe
Artificial sequence
40
cacttgatcaaactgtg 17
41
18
Probe
Artificial sequence
41
gcacttgatcaaactgtg 18
42
19
Probe
Artificial sequence
42
tgcacttgatcaaactgtg 19
43
15
Probe
Artificial sequence
43
cactcgatcaaactg 15
44
16
Probe
Artificial sequence
44
gcactcgatcaaactg 16
45
17
Probe
Artificial sequence
45
tgcactcgatcaaactg 17
46
16
Probe
Artificial sequence
46
cactcgatcaaactgt 16
47
17
Probe
Artificial sequence
47
gcactcgatcaaactgt 17
48
18
Probe
Artificial sequence
48
tgcactcgatcaaactgt 18
49
17
Probe
Artificial sequence
49
cactcgatcaaactgtg 17
50
18
Probe
Artificial sequence
50
gcactcgatcaaactgtg 18
51
19
Probe
Artificial sequence
51
tgcactcgatcaaactgtg 19
52
45
Probe
Artificial sequence
52
caatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaat 45
53
46
Probe
Artificial sequence
53
tcaatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaat 46
54
47
Probe
Artificial sequence
54
gtcaatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaat 47
55
48
Probe
Artificial sequence
55
ggtcaatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaat 48
56
49
Probe
Artificial sequence
56
tggtcaatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaat 49
57
46
Probe
Artificial sequence
57
caatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaatc 46
58
47
Probe
Artificial sequence
58
tcaatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaatc 47
59
48
Probe
Artificial sequence
59
gtcaatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaatc 48
60
49
Probe
Artificial sequence
60
ggtcaatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaatc 49
61
50
Probe
Artificial sequence
61
tggtcaatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaatc 50
62
47
Probe
Artificial sequence
62
caatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaatca 47
63
48
Probe
Artificial sequence
63
tcaatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaatca 48
64
49
Probe
Artificial sequence
64
gtcaatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaatca 49
65
50
Probe
Artificial sequence
65
ggtcaatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaatca 50
66
51
Probe
Artificial sequence
66
tggtcaatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaatca 51
67
48
Probe
Artificial sequence
67
caatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaatcat 48
68
49
Probe
Artificial sequence
68
tcaatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaatcat 49
69
50
Probe
Artificial sequence
69
gtcaatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaatcat 50
70
51
Probe
Artificial sequence
70
ggtcaatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaatcat 51
71
52
Probe
Artificial sequence
71
tggtcaatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaatcat 52
72
49
Probe
Artificial sequence
72
caatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaatcata 49
73
50
Probe
Artificial sequence
73
tcaatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaatcata 50
74
51
Probe
Artificial sequence
74
gtcaatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaatcata 51
75
52
Probe
Artificial sequence
75
ggtcaatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaatcata 52
76
53
Probe
Artificial sequence
76
tggtcaatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaatcata 53
77
14
Probe
Artificial sequence
77
cgtcacgcagcaaa 14
78
15
Probe
Artificial sequence
78
acgtcacgcagcaaa 15
79
16
Probe
Artificial sequence
79
gacgtcacgcagcaaa 16
80
15
Probe
Artificial sequence
80
cgtcacgcagcaaag 15
81
16
Probe
Artificial sequence
81
acgtcacgcagcaaag 16
82
17
Probe
Artificial sequence
82
gacgtcacgcagcaaag 17
83
16
Probe
Artificial sequence
83
cgtcacgcagcaaagg 16
84
17
Probe
Artificial sequence
84
acgtcacgcagcaaagg 17
85
18
Probe
Artificial sequence
85
gacgtcacgcagcaaagg 18
86
14
Probe
Artificial sequence
86
cgtcacgcaggaaa 14
87
15
Probe
Artificial sequence
87
acgtcacgcaggaaa 15
88
16
Probe
Artificial sequence
88
gacgtcacgcaggaaa 16
89
15
Probe
Artificial sequence
89
cgtcacgcaggaaag 15
90
16
Probe
Artificial sequence
90
acgtcacgcaggaaag 16
91
17
Probe
Artificial sequence
91
gacgtcacgcaggaaag 17
92
16
Probe
Artificial sequence
92
cgtcacgcaggaaagg 16
93
17
Probe
Artificial sequence
93
acgtcacgcaggaaagg 17
94
18
Probe
Artificial sequence
94
gacgtcacgcaggaaagg 18
95
45
Probe
Artificial sequence
95
cgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgt 45
96
46
Probe
Artificial sequence
96
acgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgt 46
97
47
Probe
Artificial sequence
97
gacgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgt 47
98
48
Probe
Artificial sequence
98
ggacgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgt 48
99
49
Probe
Artificial sequence
99
gggacgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgt 49
100
46
Probe
Artificial sequence
100
cgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgtc 46
101
47
Probe
Artificial sequence
101
acgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgtc 47
102
48
Probe
Artificial sequence
102
gacgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgtc 48
103
49
Probe
Artificial sequence
103
ggacgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgtc 49
104
50
Probe
Artificial sequence
104
gggacgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgtc 50
105
47
Probe
Artificial sequence
105
cgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgtcc 47
106
48
Probe
Artificial sequence
106
acgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgtcc 48
107
49
Probe
Artificial sequence
107
gacgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgtcc 49
108
50
Probe
Artificial sequence
108
ggacgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgtcc 50
109
51
Probe
Artificial sequence
109
gggacgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgtcc 51
110
48
Probe
Artificial sequence
110
cgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgtcct 48
111
49
Probe
Artificial sequence
111
acgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgtcct 49
112
50
Probe
Artificial sequence
112
gacgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgtcct 50
113
51
Probe
Artificial sequence
113
ggacgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgtcct 51
114
52
Probe
Artificial sequence
114
gggacgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgtcct 52
115
49
Probe
Artificial sequence
115
cgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgtcctg 49
116
50
Probe
Artificial sequence
116
acgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgtcctg 50
117
51
Probe
Artificial sequence
117
gacgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgtcctg 51
118
52
Probe
Artificial sequence
118
ggacgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgtcctg 52
119
53
Probe
Artificial sequence
119
gggacgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgtcctg 53
120
31
Probe
Artificial sequence
120
ccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgt 31
121
32
Probe
Artificial sequence
121
gccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgt 32
122
33
Probe
Artificial sequence
122
ggccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgt 33
123
34
Probe
Artificial sequence
123
tggccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgt 34
124
35
Probe
Artificial sequence
124
ctggccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgt 35
125
32
Probe
Artificial sequence
125
ccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtg 32
126
33
Probe
Artificial sequence
126
gccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtg 33
127
34
Probe
Artificial sequence
127
ggccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtg 34
128
35
Probe
Artificial sequence
128
tggccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtg 35
129
36
Probe
Artificial sequence
129
ctggccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtg 36
130
33
Probe
Artificial sequence
130
ccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtgg 33
131
34
Probe
Artificial sequence
131
gccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtgg 34
132
35
Probe
Artificial sequence
132
ggccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtgg 35
133
36
Probe
Artificial sequence
133
tggccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtgg 36
134
37
Probe
Artificial sequence
134
ctggccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtgg 37
135
34
Probe
Artificial sequence
135
ccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtggc 34
136
35
Probe
Artificial sequence
136
gccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtggc 35
137
36
Probe
Artificial sequence
137
ggccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtggc 36
138
37
Probe
Artificial sequence
138
tggccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtggc 37
139
38
Probe
Artificial sequence
139
ctggccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtggc 38
140
35
Probe
Artificial sequence
140
ccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtggcc 35
141
36
Probe
Artificial sequence
141
gccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtggcc 36
142
37
Probe
Artificial sequence
142
ggccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtggcc 37
143
38
Probe
Artificial sequence
143
tggccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtggcc 38
144
39
Probe
Artificial sequence
144
ctggccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgtggcc 39
145
15
Probe
Artificial sequence
145
atcgcctggactccg 15
146
16
Probe
Artificial sequence
146
catcgcctggactccg 16
147
17
Probe
Artificial sequence
147
ccatcgcctggactccg 17
148
16
Probe
Artificial sequence
148
atcgcctggactccga 16
149
17
Probe
Artificial sequence
149
catcgcctggactccga 17
150
18
Probe
Artificial sequence
150
ccatcgcctggactccga 18
151
17
Probe
Artificial sequence
151
atcgcctggactccgag 17
152
18
Probe
Artificial sequence
152
catcgcctggactccgag 18
153
19
Probe
Artificial sequence
153
ccatcgcctggactccgag 19
154
15
Probe
Artificial sequence
154
atcgcccggactccg 15
155
16
Probe
Artificial sequence
155
catcgcccggactccg 16
156
17
Probe
Artificial sequence
156
ccatcgcccggactccg 17
157
16
Probe
Artificial sequence
157
atcgcccggactccga 16
158
17
Probe
Artificial sequence
158
catcgcccggactccga 17
159
18
Probe
Artificial sequence
159
ccatcgcccggactccga 18
160
17
Probe
Artificial sequence
160
atcgcccggactccgag 17
161
18
Probe
Artificial sequence
161
catcgcccggactccgag 18
162
19
Probe
Artificial sequence
162
ccatcgcccggactccgag 19
163
19
Primer
Artificial sequence
163
gattcttctgtcatttgca 19
164
20
Primer
Artificial sequence
164
tgattcttctgtcatttgca 20
165
21
Primer
Artificial sequence
165
ttgattcttctgtcatttgca 21
166
20
Primer
Artificial sequence
166
gattcttctgtcatttgcac 20
167
21
Primer
Artificial sequence
167
tgattcttctgtcatttgcac 21
168
22
Primer
Artificial sequence
168
ttgattcttctgtcatttgcac 22
169
21
Primer
Artificial sequence
169
gattcttctgtcatttgcaca 21
170
22
Primer
Artificial sequence
170
tgattcttctgtcatttgcaca 22
171
23
Primer
Artificial sequence
171
ttgattcttctgtcatttgcaca 23
172
18
Primer
Artificial sequence
172
ggcaactgaccctttatg 18
173
19
Primer
Artificial sequence
173
gggcaactgaccctttatg 19
174
20
Primer
Artificial sequence
174
agggcaactgaccctttatg 20
175
19
Primer
Artificial sequence
175
ggcaactgaccctttatga 19
176
20
Primer
Artificial sequence
176
gggcaactgaccctttatga 20
177
21
Primer
Artificial sequence
177
agggcaactgaccctttatga 21
178
20
Primer
Artificial sequence
178
ggcaactgaccctttatgac 20
179
21
Primer
Artificial sequence
179
gggcaactgaccctttatgac 21
180
22
Primer
Artificial sequence
180
agggcaactgaccctttatgac 22
181
17
Primer
Artificial sequence
181
ttcttgctggcacccaa 17
182
18
Primer
Artificial sequence
182
cttcttgctggcacccaa 18
183
19
Primer
Artificial sequence
183
ccttcttgctggcacccaa 19
184
18
Primer
Artificial sequence
184
ttcttgctggcacccaat 18
185
19
Primer
Artificial sequence
185
cttcttgctggcacccaat 19
186
20
Primer
Artificial sequence
186
ccttcttgctggcacccaat 20
187
19
Primer
Artificial sequence
187
ttcttgctggcacccaatg 19
188
20
Primer
Artificial sequence
188
cttcttgctggcacccaatg 20
189
21
Primer
Artificial sequence
189
ccttcttgctggcacccaatg 21
190
18
Primer
Artificial sequence
190
aggccagtgaagtgatga 18
191
19
Primer
Artificial sequence
191
caggccagtgaagtgatga 19
192
20
Primer
Artificial sequence
192
acaggccagtgaagtgatga 20
193
19
Primer
Artificial sequence
193
aggccagtgaagtgatgaa 19
194
20
Primer
Artificial sequence
194
caggccagtgaagtgatgaa 20
195
21
Primer
Artificial sequence
195
acaggccagtgaagtgatgaa 21
196
20
Primer
Artificial sequence
196
aggccagtgaagtgatgaag 20
197
21
Primer
Artificial sequence
197
caggccagtgaagtgatgaag 21
198
22
Primer
Artificial sequence
198
acaggccagtgaagtgatgaag 22
199
18
Primer
Artificial sequence
199
cttccttctttccctacc 18
200
19
Primer
Artificial sequence
200
ccttccttctttccctacc 19
201
20
Primer
Artificial sequence
201
tccttccttctttccctacc 20
202
19
Primer
Artificial sequence
202
cttccttctttccctaccg 19
203
20
Primer
Artificial sequence
203
ccttccttctttccctaccg 20
204
21
Primer
Artificial sequence
204
tccttccttctttccctaccg 21
205
20
Primer
Artificial sequence
205
cttccttctttccctaccgc 20
206
21
Primer
Artificial sequence
206
ccttccttctttccctaccgc 21
207
22
Primer
Artificial sequence
207
tccttccttctttccctaccgc 22
208
18
Primer
Artificial sequence
208
gtcatggtctggagtctc 18
209
19
Primer
Artificial sequence
209
ggtcatggtctggagtctc 19
210
20
Primer
Artificial sequence
210
tggtcatggtctggagtctc 20
211
19
Primer
Artificial sequence
211
gtcatggtctggagtctcg 19
212
20
Primer
Artificial sequence
212
ggtcatggtctggagtctcg 20
213
21
Primer
Artificial sequence
213
tggtcatggtctggagtctcg 21
214
20
Primer
Artificial sequence
214
gtcatggtctggagtctcgg 20
215
21
Primer
Artificial sequence
215
ggtcatggtctggagtctcgg 21
216
22
Primer
Artificial sequence
216
tggtcatggtctggagtctcgg 22
217
15
Probe
Artificial sequence
217
gtgaactaatttgac 15
218
16
Probe
Artificial sequence
218
cgtgaactaatttgac 16
219
17
Probe
Artificial sequence
219
acgtgaactaatttgac 17
220
16
Probe
Artificial sequence
220
gtgaactaatttgaca 16
221
17
Probe
Artificial sequence
221
cgtgaactaatttgaca 17
222
18
Probe
Artificial sequence
222
acgtgaactaatttgaca 18
223
17
Probe
Artificial sequence
223
gtgaactaatttgacac 17
224
18
Probe
Artificial sequence
224
cgtgaactaatttgacac 18
225
19
Probe
Artificial sequence
225
acgtgaactaatttgacac 19
226
15
Probe
Artificial sequence
226
gtgagctaatttgac 15
227
16
Probe
Artificial sequence
227
cgtgagctaatttgac 16
228
17
Probe
Artificial sequence
228
acgtgagctaatttgac 17
229
16
Probe
Artificial sequence
229
gtgagctaatttgaca 16
230
17
Probe
Artificial sequence
230
cgtgagctaatttgaca 17
231
18
Probe
Artificial sequence
231
acgtgagctaatttgaca 18
232
17
Probe
Artificial sequence
232
gtgagctaatttgacac 17
233
18
Probe
Artificial sequence
233
cgtgagctaatttgacac 18
234
19
Probe
Artificial sequence
234
acgtgagctaatttgacac 19
235
15
Probe
Artificial sequence
235
gtgaactagtttgac 15
236
16
Probe
Artificial sequence
236
cgtgaactagtttgac 16
237
17
Probe
Artificial sequence
237
acgtgaactagtttgac 17
238
16
Probe
Artificial sequence
238
gtgaactagtttgaca 16
239
17
Probe
Artificial sequence
239
cgtgaactagtttgaca 17
240
18
Probe
Artificial sequence
240
acgtgaactagtttgaca 18
241
17
Probe
Artificial sequence
241
gtgaactagtttgacac 17
242
18
Probe
Artificial sequence
242
cgtgaactagtttgacac 18
243
19
Probe
Artificial sequence
243
acgtgaactagtttgacac 19
244
15
Probe
Artificial sequence
244
gtgagctagtttgac 15
245
16
Probe
Artificial sequence
245
cgtgagctagtttgac 16
246
17
Probe
Artificial sequence
246
acgtgagctagtttgac 17
247
16
Probe
Artificial sequence
247
gtgagctagtttgaca 16
248
17
Probe
Artificial sequence
248
cgtgagctagtttgaca 17
249
18
Probe
Artificial sequence
249
acgtgagctagtttgaca 18
250
17
Probe
Artificial sequence
250
gtgaactagtttgacac 17
251
18
Probe
Artificial sequence
251
cgtgaactagtttgacac 18
252
19
Probe
Artificial sequence
252
acgtgaactagtttgacac 19
253
15
Probe
Artificial sequence
253
gtgagctagtttgac 15
254
16
Probe
Artificial sequence
254
cgtgagctagtttgac 16
255
17
Probe
Artificial sequence
255
acgtgagctagtttgac 17
256
16
Probe
Artificial sequence
256
gtgagctagtttgaca 16
257
17
Probe
Artificial sequence
257
cgtgagctagtttgaca 17
258
18
Probe
Artificial sequence
258
acgtgagctagtttgaca 18
259
17
Probe
Artificial sequence
259
gtgagctagtttgacac 17
260
18
Probe
Artificial sequence
260
cgtgagctagtttgacac 18
261
19
Probe
Artificial sequence
261
acgtgagctagtttgacac 19
262
45
Probe
Artificial sequence
262
gttagtctttagcgacgtgttttacagaaggataatttattttta 45
263
46
Probe
Artificial sequence
263
agttagtctttagcgacgtgttttacagaaggataatttattttta 46
264
47
Probe
Artificial sequence
264
cagttagtctttagcgacgtgttttacagaaggataatttattttta 47
265
48
Probe
Artificial sequence
265
ccagttagtctttagcgacgtgttttacagaaggataatttattttta 48
266
49
Probe
Artificial sequence
266
accagttagtctttagcgacgtgttttacagaaggataatttattttta 49
267
46
Probe
Artificial sequence
267
gttagtctttagcgacgtgttttacagaaggataatttatttttag 46
268
47
Probe
Artificial sequence
268
agttagtctttagcgacgtgttttacagaaggataatttatttttag 47
269
48
Probe
Artificial sequence
269
cagttagtctttagcgacgtgttttacagaaggataatttatttttag 48
270
49
Probe
Artificial sequence
270
ccagttagtctttagcgacgtgttttacagaaggataatttatttttag 49
271
50
Probe
Artificial sequence
271
accagttagtctttagcgacgtgttttacagaaggataatttatttttag 50
272
47
Probe
Artificial sequence
272
gttagtctttagcgacgtgttttacagaaggataatttatttttagt 47
273
48
Probe
Artificial sequence
273
agttagtctttagcgacgtgttttacagaaggataatttatttttagt 48
274
49
Probe
Artificial sequence
274
cagttagtctttagcgacgtgttttacagaaggataatttatttttagt 49
275
50
Probe
Artificial sequence
275
ccagttagtctttagcgacgtgttttacagaaggataatttatttttagt 50
276
51
Probe
Artificial sequence
276
accagttagtctttagcgacgtgttttacagaaggataatttatttttagt 51
277
48
Probe
Artificial sequence
277
gttagtctttagcgacgtgttttacagaaggataatttatttttagta 48
278
49
Probe
Artificial sequence
278
agttagtctttagcgacgtgttttacagaaggataatttatttttagta 49
279
50
Probe
Artificial sequence
279
cagttagtctttagcgacgtgttttacagaaggataatttatttttagta 50
280
51
Probe
Artificial sequence
280
ccagttagtctttagcgacgtgttttacagaaggataatttatttttagta 51
281
52
Probe
Artificial sequence
281
accagttagtctttagcgacgtgttttacagaaggataatttatttttagta 52
282
49
Probe
Artificial sequence
282
gttagtctttagcgacgtgttttacagaaggataatttatttttagtat 49
283
50
Probe
Artificial sequence
283
agttagtctttagcgacgtgttttacagaaggataatttatttttagtat 50
284
51
Probe
Artificial sequence
284
cagttagtctttagcgacgtgttttacagaaggataatttatttttagtat 51
285
52
Probe
Artificial sequence
285
ccagttagtctttagcgacgtgttttacagaaggataatttatttttagtat 52
286
53
Probe
Artificial sequence
286
accagttagtctttagcgacgtgttttacagaaggataatttatttttagtat 53
287
14
Probe
Artificial sequence
287
gcagtgcgtcgttt 14
288
15
Probe
Artificial sequence
288
tgcagtgcgtcgttt 15
289
16
Probe
Artificial sequence
289
ctgcagtgcgtcgttt 16
290
15
Probe
Artificial sequence
290
gcagtgcgtcgtttc 15
291
16
Probe
Artificial sequence
291
tgcagtgcgtcgtttc 16
292
17
Probe
Artificial sequence
292
ctgcagtgcgtcgtttc 17
293
16
Probe
Artificial sequence
293
gcagtgcgtcgtttcc 16
294
17
Probe
Artificial sequence
294
tgcagtgcgtcgtttcc 17
295
18
Probe
Artificial sequence
295
ctgcagtgcgtcgtttcc 18
296
14
Probe
Artificial sequence
296
gcagtgcgtccttt 14
297
15
Probe
Artificial sequence
297
tgcagtgcgtccttt 15
298
16
Probe
Artificial sequence
298
ctgcagtgcgtccttt 16
299
15
Probe
Artificial sequence
299
gcagtgcgtcctttc 15
300
16
Probe
Artificial sequence
300
tgcagtgcgtcctttc 16
301
17
Probe
Artificial sequence
301
ctgcagtgcgtcctttc 17
302
16
Probe
Artificial sequence
302
gcagtgcgtcctttcc 16
303
17
Probe
Artificial sequence
303
tgcagtgcgtcctttcc 17
304
18
Probe
Artificial sequence
304
ctgcagtgcgtcctttcc 18
305
45
Probe
Artificial sequence
305
gctccacacccaccacccgtacccgtagcagtacagagagtagca 45
306
46
Probe
Artificial sequence
306
tgctccacacccaccacccgtacccgtagcagtacagagagtagca 46
307
47
Probe
Artificial sequence
307
ctgctccacacccaccacccgtacccgtagcagtacagagagtagca 47
308
48
Probe
Artificial sequence
308
cctgctccacacccaccacccgtacccgtagcagtacagagagtagca 48
309
49
Probe
Artificial sequence
309
ccctgctccacacccaccacccgtacccgtagcagtacagagagtagca 49
310
46
Probe
Artificial sequence
310
gctccacacccaccacccgtacccgtagcagtacagagagtagcag 46
311
47
Probe
Artificial sequence
311
tgctccacacccaccacccgtacccgtagcagtacagagagtagcag 47
312
48
Probe
Artificial sequence
312
ctgctccacacccaccacccgtacccgtagcagtacagagagtagcag 48
313
49
Probe
Artificial sequence
313
cctgctccacacccaccacccgtacccgtagcagtacagagagtagcag 49
314
50
Probe
Artificial sequence
314
ccctgctccacacccaccacccgtacccgtagcagtacagagagtagcag 50
315
47
Probe
Artificial sequence
315
gctccacacccaccacccgtacccgtagcagtacagagagtagcagg 47
316
48
Probe
Artificial sequence
316
tgctccacacccaccacccgtacccgtagcagtacagagagtagcagg 48
317
49
Probe
Artificial sequence
317
ctgctccacacccaccacccgtacccgtagcagtacagagagtagcagg 49
318
50
Probe
Artificial sequence
318
cctgctccacacccaccacccgtacccgtagcagtacagagagtagcagg 50
319
51
Probe
Artificial sequence
319
ccctgctccacacccaccacccgtacccgtagcagtacagagagtagcagg 51
320
48
Probe
Artificial sequence
320
gctccacacccaccacccgtacccgtagcagtacagagagtagcagga 48
321
49
Probe
Artificial sequence
321
tgctccacacccaccacccgtacccgtagcagtacagagagtagcagga 49
322
50
Probe
Artificial sequence
322
ctgctccacacccaccacccgtacccgtagcagtacagagagtagcagga 50
323
51
Probe
Artificial sequence
323
cctgctccacacccaccacccgtacccgtagcagtacagagagtagcagga 51
324
52
Probe
Artificial sequence
324
ccctgctccacacccaccacccgtacccgtagcagtacagagagtagcagga 52
325
49
Probe
Artificial sequence
325
gctccacacccaccacccgtacccgtagcagtacagagagtagcaggac 49
326
50
Probe
Artificial sequence
326
tgctccacacccaccacccgtacccgtagcagtacagagagtagcaggac 50
327
51
Probe
Artificial sequence
327
ctgctccacacccaccacccgtacccgtagcagtacagagagtagcaggac 51
328
52
Probe
Artificial sequence
328
cctgctccacacccaccacccgtacccgtagcagtacagagagtagcaggac 52
329
53
Probe
Artificial sequence
329
ccctgctccacacccaccacccgtacccgtagcagtacagagagtagcaggac 53
330
31
Probe
Artificial sequence
330
ggtggcaccctccgttggacgaccagtagca 31
331
32
Probe
Artificial sequence
331
cggtggcaccctccgttggacgaccagtagca 32
332
33
Probe
Artificial sequence
332
ccggtggcaccctccgttggacgaccagtagca 33
333
34
Probe
Artificial sequence
333
accggtggcaccctccgttggacgaccagtagca 34
334
35
Probe
Artificial sequence
334
gaccggtggcaccctccgttggacgaccagtagca 35
335
32
Probe
Artificial sequence
335
ggtggcaccctccgttggacgaccagtagcac 32
336
33
Probe
Artificial sequence
336
cggtggcaccctccgttggacgaccagtagcac 33
337
34
Probe
Artificial sequence
337
ccggtggcaccctccgttggacgaccagtagcac 34
338
35
Probe
Artificial sequence
338
accggtggcaccctccgttggacgaccagtagcac 35
339
36
Probe
Artificial sequence
339
gaccggtggcaccctccgttggacgaccagtagcac 36
340
33
Probe
Artificial sequence
340
ggtggcaccctccgttggacgaccagtagcacc 33
341
34
Probe
Artificial sequence
341
cggtggcaccctccgttggacgaccagtagcacc 34
342
35
Probe
Artificial sequence
342
ccggtggcaccctccgttggacgaccagtagcacc 35
343
36
Probe
Artificial sequence
343
accggtggcaccctccgttggacgaccagtagcacc 36
344
37
Probe
Artificial sequence
344
gaccggtggcaccctccgttggacgaccagtagcacc 37
345
34
Probe
Artificial sequence
345
ggtggcaccctccgttggacgaccagtagcaccg 34
346
35
Probe
Artificial sequence
346
cggtggcaccctccgttggacgaccagtagcaccg 35
347
36
Probe
Artificial sequence
347
ccggtggcaccctccgttggacgaccagtagcaccg 36
348
37
Probe
Artificial sequence
348
accggtggcaccctccgttggacgaccagtagcaccg 37
349
38
Probe
Artificial sequence
349
gaccggtggcaccctccgttggacgaccagtagcaccg 38
350
35
Probe
Artificial sequence
350
ggtggcaccctccgttggacgaccagtagcaccgg 35
351
36
Probe
Artificial sequence
351
cggtggcaccctccgttggacgaccagtagcaccgg 36
352
37
Probe
Artificial sequence
352
ccggtggcaccctccgttggacgaccagtagcaccgg 37
353
38
Probe
Artificial sequence
353
accggtggcaccctccgttggacgaccagtagcaccgg 38
354
39
Probe
Artificial sequence
354
gaccggtggcaccctccgttggacgaccagtagcaccgg 39
355
15
Probe
Artificial sequence
355
tagcggacctgaggc 15
356
16
Probe
Artificial sequence
356
gtagcggacctgaggc 16
357
17
Probe
Artificial sequence
357
ggtagcggacctgaggc 17
358
16
Probe
Artificial sequence
358
tagcggacctgaggct 16
359
17
Probe
Artificial sequence
359
gtagcggacctgaggct 17
360
18
Probe
Artificial sequence
360
ggtagcggacctgaggct 18
361
17
Probe
Artificial sequence
361
tagcggacctgaggctc 17
362
18
Probe
Artificial sequence
362
gtagcggacctgaggctc 18
363
19
Probe
Artificial sequence
363
ggtagcggacctgaggctc 19
364
15
Probe
Artificial sequence
364
tagcgggcctgaggc 15
365
16
Probe
Artificial sequence
365
gtagcgggcctgaggc 16
366
17
Probe
Artificial sequence
366
ggtagcgggcctgaggc 17
367
16
Probe
Artificial sequence
367
tagcgggcctgaggct 16
368
17
Probe
Artificial sequence
368
gtagcgggcctgaggct 17
369
18
Probe
Artificial sequence
369
ggtagcgggcctgaggct 18
370
17
Probe
Artificial sequence
370
tagcgggcctgaggctc 17
371
18
Probe
Artificial sequence
371
gtagcgggcctgaggctc 18
372
19
Probe
Artificial sequence
372
ggtagcgggcctgaggctc 19
373
19
Primer
Artificial sequence
373
ctaagaagacagtaaacgt 19
374
20
Primer
Artificial sequence
374
actaagaagacagtaaacgt 20
375
21
Primer
Artificial sequence
375
aactaagaagacagtaaacgt 21
376
20
Primer
Artificial sequence
376
ctaagaagacagtaaacgtg 20
377
21
Primer
Artificial sequence
377
actaagaagacagtaaacgtg 21
378
22
Primer
Artificial sequence
378
aactaagaagacagtaaacgtg 22
379
21
Primer
Artificial sequence
379
ctaagaagacagtaaacgtgt 21
380
22
Primer
Artificial sequence
380
actaagaagacagtaaacgtgt 22
381
23
Primer
Artificial sequence
381
aactaagaagacagtaaacgtgt 23
382
18
Primer
Artificial sequence
382
ccgttgactgggaaatac 18
383
19
Primer
Artificial sequence
383
cccgttgactgggaaatac 19
384
20
Primer
Artificial sequence
384
tcccgttgactgggaaatac 20
385
19
Primer
Artificial sequence
385
ccgttgactgggaaatact 19
386
20
Primer
Artificial sequence
386
cccgttgactgggaaatact 20
387
21
Primer
Artificial sequence
387
tcccgttgactgggaaatact 21
388
20
Primer
Artificial sequence
388
ccgttgactgggaaatactg 20
389
21
Primer
Artificial sequence
389
cccgttgactgggaaatactg 21
390
22
Primer
Artificial sequence
390
tcccgttgactgggaaatactg 22
391
17
Primer
Artificial sequence
391
aagaacgaccgtgggtt 17
392
18
Primer
Artificial sequence
392
gaagaacgaccgtgggtt 18
393
19
Primer
Artificial sequence
393
ggaagaacgaccgtgggtt 19
394
18
Primer
Artificial sequence
394
aagaacgaccgtgggtta 18
395
19
Primer
Artificial sequence
395
gaagaacgaccgtgggtta 19
396
20
Primer
Artificial sequence
396
ggaagaacgaccgtgggtta 20
397
19
Primer
Artificial sequence
397
aagaacgaccgtgggttac 19
398
20
Primer
Artificial sequence
398
gaagaacgaccgtgggttac 20
399
21
Primer
Artificial sequence
399
ggaagaacgaccgtgggttac 21
400
18
Primer
Artificial sequence
400
tccggtcacttcactact 18
401
19
Primer
Artificial sequence
401
gtccggtcacttcactact 19
402
20
Primer
Artificial sequence
402
tgtccggtcacttcactact 20
403
19
Primer
Artificial sequence
403
tccggtcacttcactactt 19
404
20
Primer
Artificial sequence
404
gtccggtcacttcactactt 20
405
21
Primer
Artificial sequence
405
tgtccggtcacttcactactt 21
406
20
Primer
Artificial sequence
406
tccggtcacttcactacttc 20
407
21
Primer
Artificial sequence
407
gtccggtcacttcactacttc 21
408
22
Primer
Artificial sequence
408
tgtccggtcacttcactacttc 22
409
18
Primer
Artificial sequence
409
gaaggaagaaagggatgg 18
410
19
Primer
Artificial sequence
410
ggaaggaagaaagggatgg 19
411
20
Primer
Artificial sequence
411
aggaaggaagaaagggatgg 20
412
19
Primer
Artificial sequence
412
gaaggaagaaagggatggc 19
413
20
Primer
Artificial sequence
413
ggaaggaagaaagggatggc 20
414
21
Primer
Artificial sequence
414
aggaaggaagaaagggatggc 21
415
20
Primer
Artificial sequence
415
gaaggaagaaagggatggcg 20
416
21
Primer
Artificial sequence
416
ggaaggaagaaagggatggcg 21
417
22
Primer
Artificial sequence
417
aggaaggaagaaagggatggcg 22
418
18
Primer
Artificial sequence
418
cagtaccagacctcagag 18
419
19
Primer
Artificial sequence
419
ccagtaccagacctcagag 19
420
20
Primer
Artificial sequence
420
accagtaccagacctcagag 20
421
19
Primer
Artificial sequence
421
cagtaccagacctcagagc 19
422
20
Primer
Artificial sequence
422
ccagtaccagacctcagagc 20
423
21
Primer
Artificial sequence
423
accagtaccagacctcagagc 21
424
20
Primer
Artificial sequence
424
cagtaccagacctcagagcc 20
425
21
Primer
Artificial sequence
425
ccagtaccagacctcagagcc 21
426
22
Primer
Artificial sequence
426
accagtaccagacctcagagcc 22
本件発明の遺伝子検査の原理を示す。 本件発明の遺伝子検査の原理を示す。 本件発明の遺伝子検査でのプローブの相補例を示す。 本件発明の遺伝子検査でのPCRの相補例を示す。 変異・差異を検出する対象遺伝子UCP1を含む塩基配列を示す。 変異・差異を検出する対象遺伝子β2ADRを含む塩基配列を示す。 変異・差異を検出する対象遺伝子β3ADRを含む塩基配列を示す。 変異・差異を検出する対象遺伝子UCP1を含む塩基配列(相補側)を示す。 変異・差異を検出する対象遺伝子β2ADRを含む塩基配列(相補側)を示す。 変異・差異を検出する対象遺伝子β3ADRを含む塩基配列(相補側)を示す。 UCP1FITC緑標識プローブNo1を用いたUCP1遺伝子についての変異の遺伝子検査結果を示す。 変異UCP1FITC緑標識プローブNo2を用いたUCP1遺伝子についての変異の遺伝子検査結果を示す。 β2ADR遺伝子についての変異の遺伝子検査結果を示す。 β3ADR遺伝子についての変異の遺伝子検査結果を示す。

Claims (14)

  1. 増幅した対象遺伝子に対して、
    少なくとも「cacttgattaaactg」または「cactcgattaaactg」の塩基配列(15mer乃至19mer)またはこれらの塩基配列のうち1つ、2つまたは3つの塩基が別の異なる塩基に置き換えられた塩基配列を含むプローブ、
    及び少なくとも「caatcagaaatcgctgcacaaaatgtcttcctattaaataaaaat」の塩基配列(45mer乃至53mer)またはこれらの塩基配列のうち1つ、2つまたは3つの塩基が別の異なる塩基に置き換えられた塩基配列を含むプローブ、
    またはこれらのプローブの塩基配列と相補的な塩基配列、この塩基配列のうち1つ、2つまたは3つの塩基が別の異なる塩基に置き換えられた塩基配列を含むプローブ、
    を混合して結合させ、
    これらの各プローブに対して、結合することによって発色する成分をそれぞれ結合させて発色させ、
    上記混合物を加熱することによって、上記プローブを上記対象遺伝子から剥がし、これにより上記発色する成分による発色を低下させ、この低下するときの温度の違いに基づいて、上記対象遺伝子の差異を検出することを特徴とする遺伝子検査方法。
  2. 上記対象遺伝子は、
    少なくとも「gattcttctgtcatttgca」の塩基配列(19mer乃至23mer)を含むプライマー、
    及び少なくとも「ggcaactgaccctttatg」の塩基配列(18mer乃至22mer)を含むプライマーによって増幅されることを特徴とする請求項1記載の遺伝子検査方法。
  3. 上記増幅のアニーリング温度は64℃乃至70℃、望ましくは65℃乃至69℃、より望ましくは66℃乃至68℃、さらに望ましくは約67℃であることを特徴とする請求項2記載の遺伝子検査方法。
  4. 増幅した対象遺伝子に対して、
    少なくとも「cgtcacgcagcaaa」または「cgtcacgcaggaaa」の塩基配列(14mer乃至18mer)またはこれらの塩基配列のうち1つ、2つまたは3つの塩基が別の異なる塩基に置き換えられた塩基配列を含むプローブ、
    及び少なくとも「cgaggtgtgggtggtgggcatgggcatcgtcatgtctctcatcgt」の塩基配列(45mer乃至53mer)またはこれらの塩基配列のうち1つ、2つまたは3つの塩基が別の異なる塩基に置き換えられた塩基配列を含むプローブ、
    またはこれらのプローブの塩基配列と相補的な塩基配列、この塩基配列のうち1つ、2つまたは3つの塩基が別の異なる塩基に置き換えられた塩基配列を含むプローブ、
    を混合して結合させ、
    これらの各プローブに対して、結合することによって発色する成分をそれぞれ結合させて発色させ、
    上記混合物を加熱することによって、上記プローブを上記対象遺伝子から剥がし、これにより上記発色する成分による発色を低下させ、この低下するときの温度の違いに基づいて、上記対象遺伝子の差異を検出することを特徴とする遺伝子検査方法。
  5. 上記対象遺伝子は、
    少なくとも「ttcttgctggcacccaa」の塩基配列(17mer乃至21mer)を含むプライマー、
    及び少なくとも「aggccagtgaagtgatga」の塩基配列(18mer乃至22mer)を含むプライマーによって増幅されることを特徴とする請求項4記載の遺伝子検査方法。
  6. 上記増幅のアニーリング温度は61℃乃至67℃、望ましくは62℃乃至66℃、より望ましくは63℃乃至65℃、さらに望ましくは約64℃であることを特徴とする請求項5記載の遺伝子検査方法。
  7. 増幅した対象遺伝子に対して、
    少なくとも「ccaccgtgggaggcaacctgctggtcatcgt」の塩基配列(31mer乃至39mer)またはこれらの塩基配列のうち1つ、2つまたは3つの塩基が別の異なる塩基に置き換えられた塩基配列を含むプローブ、
    及び少なくとも「atcgcctggactccg」または「atcgcccggactccg」の塩基配列(15mer乃至19mer)またはこれらの塩基配列のうち1つ、2つまたは3つの塩基が別の異なる塩基に置き換えられた塩基配列を含むプローブ、
    またはこれらのプローブの塩基配列と相補的な塩基配列、この塩基配列のうち1つ、2つまたは3つの塩基が別の異なる塩基に置き換えられた塩基配列を含むプローブ、
    を混合して結合させ、
    これらの各プローブに対して、結合することによって発色する成分をそれぞれ結合させて発色させ、
    上記混合物を加熱することによって、上記プローブを上記対象遺伝子から剥がし、これにより上記発色する成分による発色を低下させ、この低下するときの温度の違いに基づいて、上記対象遺伝子の差異を検出することを特徴とする遺伝子検査方法。
  8. 上記対象遺伝子は、
    少なくとも「cttccttctttccctacc」の塩基配列(18mer乃至22mer)を含むプライマー、
    及び少なくとも「gtcatggtctggagtctc」の塩基配列(18mer乃至22mer)を含むプライマーによって増幅されることを特徴とする請求項7記載の遺伝子検査方法。
  9. 上記増幅のアニーリング温度は65℃乃至71℃、望ましくは66℃乃至70℃、より望ましくは67℃乃至69℃、さらに望ましくは約68℃であることを特徴とする請求項8記載の遺伝子検査方法。
  10. 上記プローブを上記対象遺伝子から剥がすときの加熱は、約40℃から約80℃に向かって、約0.01℃/秒乃至0.5℃/秒の割合で加熱であることを特徴とする請求項1、2、3、4、5、6、7、8または9記載の遺伝子検査方法。
  11. 上記発色する成分の発色の低下特性を微分し、この微分特性に基づいて上記対象遺伝子の差異を検出することを特徴とする請求項1、2、3、4、5、6、7、8、9または10記載の遺伝子検査方法。
  12. 請求項1、2または3の遺伝子検査方法と、請求項4、5または6の遺伝子検査方法と、請求項7、8または9の遺伝子検査方法とを、共に行なって、複数の対象遺伝子の差異を同時に多重的に検出することを特徴とする遺伝子検査方法。
  13. 上記増幅した対象遺伝子に結合した各プローブの間隔塩基数は0乃至15であることを特徴とする請求項1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11または12記載の遺伝子検査方法。
  14. 上記請求項1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12または13記載の遺伝子検査方法に使用される上記プローブ及び上記発色する成分または上記プライマーのキット。
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* Cited by examiner, † Cited by third party
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