JP2007526000A - サイトカイン誘導性シグナル伝達を阻害する細胞透過性ｓｏｃｓポリペプチド - Google Patents

Abstract

サイトカイン誘導性シグナル伝達を阻害する、サイトカインシグナル伝達タンパク質の細胞透過性サプレッサ（ＳＯＣＳ）の組成物および方法が開示される。少なくとも１つのアドレスが本明細書中に開示される核酸配列のいずれかに示される配列またはこの配列の一部であるチップが、開示される。本明細書中で開示される方法の実施において使用され得る試薬を含むキットが、開示される。本明細書中で開示される組成物は、特定の機能（例えば、サイトカイン誘導性シグナル伝達の阻害）を有する。

Description

（関連出願の相互参照）
本出願は、米国仮特許出願第６０／５５００３７号（２００４年３月４日出願、本明細書中でその全体が参考として援用される）の継続出願であり、かつその優先権を主張する。

（連邦政府後援の研究の宣言）
本発明は、部分的にＮＩＨ助成金第ＨＬ６９５４２号および同第ＨＬ６８７４４号の下で政府の援助によって行われた。米国政府は、本発明において一部の権利を有する。

（背景）
サイトカインおよびケモカインは、他の細胞の行動に影響する、細胞によって作られるタンパク質である。白血球およびリンパ球によって作られるサイトカインは、しばしばインターロイキン（ＩＬ）またはリンホカインと呼ばれる。サイトカインは、影響する細胞上の特異的サイトカインレセプターに作用する。同系（ｃｏｇｎａｔｅ）のレセプターへの結合は、細胞における活性（例えば、成長、分化、移動または死）を誘導する。幾種類かのサイトカインおよびケモカインは、急性炎症応答の媒介において主要な役割を果たした。すなわち、ＩＬ−１β、ＴＮＦ−α、ＩＬ−６、ＩＬ−１１、ＩＬ−１２、インターフェロンγ、ＩＬ−８および他のケモカインである。造血成長因子についてのレセプターであるＧＳＣＦおよびＧＭ−ＳＣＦは、サイトカインレセプターと構造的類似性を共有し、そして炎症における白血球の産生および機能に影響する。

先天免疫系の細胞による炎症促進性サイトカインおよびケモカインの産生は、侵入する病原体に対する最初の宿主防御を媒介する上で重要な役割を果たす。さらに、宿主の炎症応答の性質または持続時間を調節し得ないことは、しばしば、急性炎症性疾患および慢性炎症性疾患において観察される、宿主の有害な効果を媒介し得る。例えば、敗血症の初期段階において、宿主の炎症応答は、炎症促進性（ｐｒｏ−ｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ）サイトカインの産生における顕著な増加を伴う過剰活性（ｈｙｐｅｒａｃｔｉｖｅ）状態であり、これが宿主組織の損傷および致命的なショックを媒介すると考えられる。従って、炎症促進性サイトカインおよび抗炎症性サイトカインの産生のレベルを指示する先天免疫応答の能力は、宿主免疫応答の性質を限定するかまたは調節する上で重要である。この能力は、サイトカインシグナル伝達のサプレッサ（ＳＯＳＣ）と呼ばれる、生理学的な細胞内タンパク質のファミリーによって与えられる。

当該分野において、サイトカイン誘導性シグナル伝達を阻害し、それによって炎症および関連する疾患を制御し得る方法および組成物の需要が存在する。

（要旨）
細胞透過性のサイトカインシグナル伝達タンパク質のサプレッサ（ＳＣＯＣ）に関連する方法および組成物を、開示する。

本明細書中に組み込まれ、かつ本明細書の一部を成す添付の図面は、本開示の組成物および方法を説明する本明細書と共に、幾つかの実施形態を図示する。

（詳細な説明）
本発明の化合物、組成物、物品、デバイスおよび／または方法が開示および記載される前に、他に指定されない限り、または特定の試薬に対して他に指定されない限り、これらは特定の合成方法または特定の組換え生物工学方法に限定されないことが理解されるべきである（例えば、無論、変り得る）。また、本明細書中で使用される用語は、特定の実施形態を記載する目的のためのみのものであり、限定を意図されないことが理解されるべきである。

（Ａ．定義）
本明細書および添付の特許請求の範囲において使用されるように、単数形「ａ」、「ａｎ」および「ｔｈｅ」は、文脈が明らかに他を指示しない限り、複数の対象を含む。従って、例えば、「１つの（ａ）薬学的キャリア」は、２以上のこのようなキャリアなどの混合物に対する言及を含む。

範囲は、本明細書中で、「約（ａｂｏｕｔ）」１つの特定の値から、および／または「約」別の特定の値までと表現され得る。このような範囲が表現される場合、別の実施形態は、１つの特定の値からおよび／または他の特定の値までを含む。同様に、値が近似値として表現される場合、先行詞「約」は、特定の値が別の実施形態を形成することが理解される。範囲の終末点の各々は、もう一方の終末点に関連して有意でありかつもう一方の終末点から独立して有意であることが理解される。また、本明細書中に記載される数値が存在し、そしてこれらの各値はまた、その値自体に加えて、本明細書中で開示される「約」特定の値であることも、理解される。例えば、値「１０」が開示される場合、従って、「約１０」もまた、開示される。その値と「同じかそれ未満」、「その値と同じかそれより大きい」値が開示される場合、当業者に適切に理解されるように、値の間の範囲もまた開示されることもまた、理解される。例えば、値「１０」が開示される場合、「１０と同じかそれ未満」および「１０と同じかそれより大きい」もまた開示される。また、本明細書を通して、データは異なった形式の数字で提供され、そしてこのデータは、終末点および開始点を表し、そしてデータ点の任意の組み合わせの範囲に及ぶことも、理解される。例えば、特定のデータ点「１０」および特定のデータ点１５が開示される場合、１０および１５より大きい、１０および１５と同じかそれより大きい、１０および１５未満、１０および１５と同じかそれ未満、ならびに１０および１５と同じが、１０と１５との間と同じく開示されることが理解される。

本明細書および特許請求の範囲において、多くの用語に対して言及がなされ、これらは、以下の意味を有するように定義される：
「必要に応じた（ｏｐｔｉｏｎａｌ）」または「必要に応じて（ｏｐｔｉｏｎａｌｌｙ）」は、その後に記載される事象または状況が起こっても起こらなくてもよいことを意味し、そしてこの記載は、この事象または状況が起こる場合および起こらない場合を含む。

「プライマー」は、幾つかの型の酵素的操作を補助し得、かつ酵素的操作が起こり得るように標的核酸にハイブリダイズし得る、プローブの部分集合である。プライマーは、酵素的操作を妨げない、当該分野で利用可能な核酸または核酸誘導体もしくは核酸アナログの任意の組み合わせから作製され得る。

「プローブ」は、代表的に配列特異的様式で（例えばハイブリダイゼーションを通して）標的核酸と相互作用し得る。核酸のハイブリダイゼーションは、当該分野でよく理解され、本明細書中で議論される。代表的に、プローブは、当該分野で利用可能なヌクレオチドまたはヌクレオチド誘導体もしくはヌクレオチドアナログの任意の組み合わせから作製され得る。

用語「より高度に（ｈｉｇｈｅｒ）」、「増加する（ｉｎｃｒｅａｓｅ）」、「上昇する（ｅｌｅｖａｔｅ）」または「上昇（ｅｌｅｖａｔｉｏｎ）」は、基本レベルより上に増加（ｉｎｃｒｅａｃｅ）すること、または対照と比較して増加することをいう。用語「下げる（ｌｏｗ）」、「低下する（ｌｏｗｅｒ）」、「阻害する（ｉｎｈｉｂｉｔ）」、「阻害（ｉｎｈｉｂｉｔｉｏｎ）」、「減少する（ｒｅｄｕｃｅ）」、または「減少（ｒｅｄｕｃｔｉｏｎ）」は、基本レベルより下に減少（ｄｅｃｒｅａｓｅ）すること、または対照と比較して減少することをいう。例えば、基本レベルは、炎症の前または炎症非存在下であるか、または炎症を引き起こす薬剤を加える前または炎症を引き起こす薬剤の非存在下の、正常なインビボレベルである。

用語「媒介する（ｍｅｄｉａｔｅ）」または「媒介（ｍｅｄｉａｔｉｏｎ）」および「調節（ｍｏｄｕｌａｔｅ）」または「調節する（ｍｏｄｕｌａｔｉｏｎ）」は、調節するかまたは制御することを意味し、特に、増加すること、増強すること、上昇すること、または代替的に低下すること、阻害すること、抑制すること、もしくは減少することをいう。用語「媒介する」および「調節する」は、全体で相互交換可能に使用される。

「炎症」または「炎症性」は、生きている組織の損傷、感染または刺激に対する反応として定義される。炎症性応答を刺激するものは全て、炎症性であるといわれる。

「炎症性疾患」は、炎症に関連する任意の疾患状態として定義される。炎症性疾患としては、肺炎（ｐｎｅｕｍｏｎｉａ）および肺臓炎（ｐｎｅｕｍｏｎｉｔｉｓ）、喘息、アトピー性皮膚炎、接触性皮膚炎、髄膜炎および脳炎、糸球体腎炎、肝炎、全身性エリテマトーデス、慢性関節リウマチ、反応性関節炎、脊椎関節炎（ｓｐｏｎｄｙｌｏａｒｔｈｒｉｔｉｓ）、全身性脈管炎、インスリン依存性糖尿病、多発性硬化症、実験的アレルギー性脳脊髄炎、シェーグレン症候群、対宿主性移植片病、炎症性腸疾患（クローン病、潰瘍性大腸炎を含む）および強皮症が挙げられる。炎症性疾患としてはまた、以下のような自己免疫疾患も挙げられる：重症筋無力症、ギヤン−バレー病、原発性胆汁性肝硬変、肝炎、溶血性貧血、ブドウ膜炎、グレーヴズ病、悪性貧血、血小板減少症、橋本甲状腺炎、卵巣炎、精巣炎、副腎疾患、抗リン脂質症候群、ヴェーゲナー肉芽腫症、ベーチェット病、多発性筋炎、皮膚筋炎、白斑、強直性脊椎炎、尋常性天疱瘡、乾癬、疱疹状皮膚炎、アディソン病、グッドパスチャー症候群、バーゼドー病、特発性血小板減少性紫斑病（ｔｈｒｏｍｂｏｃｙｔｏｐｅｎｉｃ ｐｕｒｐｕｒａ）、アレルギーおよび心筋症。

「感染」または「感染過程」は、ある生体が任意の型の外来物質または別の生体によって侵入されることをいう。感染の結果は、外来性生体の増殖、毒素の産生および宿主生体の損傷を含み得る。感染は、例えば、プリオン感染、ウイルス感染、細菌感染、寄生虫感染および真菌感染が挙げられる。

「肝臓毒性」は、肝臓における毒性物質の異常な蓄積として定義される。毒性データの臨床的有用性を評価するために、多くの診断基準が使用され得る：（ａ）損傷の型／重症度、（ｂ）可逆性、（ｃ）毒性の機構、（ｄ）種間相違、（ｅ）毒性の感受性生物マーカーの利用能、（ｅ）安全域（非毒性用量／薬理学的活性用量）、および（ｆ）治療可能性。

「癌治療」は、癌に関連する症状の予防、処置または改善において有用な、任意の処置または治療として定義される。癌治療としては、アポトーシス誘導、放射線治療および化学療法が挙げられるが、これらに限定されない。

「移植」は、１つの生体から別の生体への器官または身体の部分の移植として定義される。

「移植拒絶」は、被験体の体内における異種の血液または組織の存在によって引き起こされる免疫応答として定義される。１つの移植拒絶の例において、抗体は、移植された物質上の異種の抗原に対して形成される。

本明細書を通して使用されるように、「被験体」は、個体を意味する。従って、「被験体」は、飼いならされた動物（例えば、ネコ、イヌなど）、家畜（例えばウシ、ウマ、ブタ、ヒツジ、ヤギなど）、実験室動物（例えば、マウス、ウサギ、ラット、ハムスターなど）および鳥が含まれ得る。好ましくは、被験体は、霊長類のような哺乳動物であり、より好ましくは、ヒトである。

用語「コントロールレベル」または「コントロール細胞」は、標準として定義され、これによって変化が測定される。例えば、コントロールは、実験に供されない代わりに、規定された一組のパラメータに供されるか、またはコントロールは、処置前または処置後のレベルに基づく。

本出願を通して、種々の刊行物が参照される。これらの刊行物の開示は、その全体において、本出願が属する分野の現行技術をより完全に記載するために、本明細書中で参考として援用される。開示される参考文献はまた、この参考文献に基づく文章において考察される、これらに含まれる資料について、本明細書中で個々にかつ具体的に、参考として援用される。

（Ｂ．概要）
（ＳＯＣＳタンパク質およびサイトカイン誘導性シグナル伝達）
炎症は、生物学的因子、多くの化学的因子および物理的因子によって引き起こされる、疾患の主要な機構である。炎症のメディエイタの産生は、炎症促進性遺伝プログラムのポジティブな活性化因子としてのストレス応答性転写因子によって厳密に調節された細胞内シグナル伝達に依存する（Ｈａｗｉｇｅｒ，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｒｅｓ．（２００１））。同時に、サイトカインシグナル伝達のサプレッサ（ＳＯＣＳ）と名付けられた、炎症促進性シグナル伝達のネガティブな調節因子をコードする遺伝子はまた、天然に起きる感染の間、炎症応答の強度および／または持続時間を限定するように活性化される（Ａｌｅｘａｎｄｅｒ，Ｗ．Ｓ．Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｉｍｍｕｎｏｌ ２：４１０−６（２００２））。分子レベルにおいて密接に関連するＳＯＣＳファミリーのメンバーであるＳＯＣＳ１およびＳＯＣＳ３は、インターフェロンγ（ＩＦＮ−γ）に応答して、ＳＴＡＴ１（転写のシグナル伝達因子および活性化因子１）のリン酸化依存性活性化をブロックし、そしてＩＦＮ−γレセプターシグナル伝達複合体をプロテオソーム分解のために標的化する。（Ｋｒｅｂｓ，Ｄ．Ｌ．＆Ｈｉｌｔｏｎ，Ｄ．Ｊ．Ｊ Ｃｅｌｌ Ｓｃｉ １１３（Ｐｔ１６）：２８１３−９（２０００）、Ｋｒｅｂｓ，Ｄ．Ｌ．＆Ｈｉｌｔｏｎ，Ｄ．Ｊ．Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌｓ １９：３７８−８７（２００１）、Ｙａｓｕｋａｗａら，Ａｎｎｕ Ｒｅｖ Ｉｍｍｕｎｏｌ １８：１４３−６４（２０００）、Ｚｈａｎｇ，Ｊ．Ｇ．ら，Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ Ｕ Ｓ Ａ ９８：１３２６１−５（２００１））。マウスマクロファージにおけるＳＯＣＳ３の条件的欠損は、これらを炎症促進性アゴニストに対し感受性にし、細胞レベルで過剰な炎症性シグナル伝達を抑制する能力を明白に示す（Ｙａｓｕｋａｗａ，Ｈ．ら，Ｎａｔ Ｉｍｍｕｎｏｌ ４：５５１−６（２００３）；Ｌａｎｇ，Ｒ．ら，Ｎａｔ Ｉｍｍｕｎｏｌ ４：５４６−５０（２００３），Ｃｒｏｋｅｒ，Ｂ．Ａ．ら，Ｎａｔ Ｉｍｍｕｎｏｌ ４：５４０−５（２００３））。

ネガティブ調節因子（例えば、ＳＯＣＳ）の存在にもかかわらず、宿主防御系は、急上昇する全身性炎症応答に対して感受性であり続ける。例えば、ブドウ球菌スーパー抗原および連鎖球菌スーパー抗原は、確実にＴ細胞を活性化し、組織の損傷および死をもたらす（Ｂａｌａｂａｎら，Ｉｎｔ Ｊ Ｆｏｏｄ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ ６４，３３−４０（２００１）、Ｄｉｎｇｅｓら，Ｃｌｉｎ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ Ｒｅｖ １３，１６−３４，（２０００））。例えば、ブドウ球菌エンテロトキシンＢ（ＳＥＢ）は、ヒトにおける非月経性トキシックショック症候群（ＮＭＴＳＳ）および非ヒト霊長類における致命的な呼吸窮迫性症候群を誘導する（Ｂａｌａｂａｎら，Ｉｎｔ Ｊ Ｆｏｏｄ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ ６４，３３−４０（２００１）、Ｍａｔｔｉｘら，Ｔｏｘｉｃｏｌ Ｐａｔｈｏｌ ２３，２６２−８（１９９５））。ＳＥＢのこれらの特性は、その生物兵器としての使用可能性（Ｍａｄｓｅｎら，Ｃｌｉｎ Ｌａｂ Ｍｅｄ ２１，５９３−６０５（２００１））のみについてでなく、抗生物質耐性株によって引き起こされる市中（ｃｏｍｍｕｎｉｔｙ−ａｃｑｕｉｒｅｄ）ブドウ球菌感染（現在米国で年間２００万人を超える）におけるビルエンス因子としてもまた、重要である（Ｆｅｙら，Ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂ Ａｇｅｎｔｓ Ｃｈｅｍｏｔｈｅｒ ４７，１９６−２０３（２００３）；Ｃｌａｒｋら，Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｃｒｉｔ Ｃａｒｅ ９，４０３−１２（２００３））。ＮＭＴＳＳは、炎症性のサイトカインおよびケモカイン（広範に広がった、組織損傷、多数の器官不全、脈管系の虚脱および死に寄与する）の制御されない産生によって特徴付けられる。

実施例４は、ＳＥＢおよびＴ細胞を標的化する関連のスーパー抗原によって誘発された、急性全身性炎症における細胞内タンパク質治療を示す。実施例４において使用されるＳＥＢ毒性モデルにおいて、ＣＰ−ＳＯＣＳ３の腹腔内投与は、その血液ならびに脾臓の白血球およびリンパ球における細胞内の残留と、ＩＬ−６およびＭＨＣクラスＩＩ発現の抑制と、アポトーシスおよび出血性壊死によって顕在化する重篤な肝臓損傷の予防とをもたらした。まとめて考えると、ＣＰ−ＳＯＣＳは、ＳＥＢチャレンジ（ＳＥＢ−ｃｈａｌｌｅｎｇｅｄ）マウスの生存率を劇的に改善した。

マウス肝臓におけるアポトーシス損傷および出血性の損傷は、インビボで抑制され（実施例５）そしてＳＥＢチャレンジ後のマウスの生存は、ＣＰ−ＳＯＣＳ３タンパク質によって著しく増加した。これらのインビボの結果は、内因性で発現されるＳＯＣＳタンパク質は、ＳＥＢおよび関連のスーパー抗原によって引き起こされた急性全身性炎症の間のサイトカインおよびケモカインの膨大な群による大量の炎症性侵襲を食い止めるのに不十分であることを示す。しかし、外因性のＣＰ−ＳＯＣＳ３の供給は、インビボでシグナル伝達を抑制するために十分である。ＳＰ−ＳＯＣＳ３のインビボ送達は、迅速であり、腹腔内注射の１時間後に血液白血球およびリンパ球において検出の最高レベルに達し、しばらく（２時間）後に脾臓において検出の最高レベルに達した。重要なことには、ＣＰ−ＳＯＣＳ３は、単回の腹腔内注射の後、血球および脾臓において少なくとも８時間にわたって持続した。これらのデータは、その持続性を、ＩＬ−６誘導およびＭＨＣ−ＩＩ誘導の抑制ならびに印象的な７２時間の生存の獲得と関連付けることにより、ＣＰ−ＳＯＣＳ３のインビボ活性の機構のよりよい理解に貢献する。これらの知見は、内在性の低レベルのＳＯＣＳタンパク質の補充に対する細胞内置換治療の使用を補助する。外因性ＣＰ−ＳＯＣＳ３の十分な供給を提供することにより、過剰なサイトカインシグナル伝達の有害な効果に対する無応答性の状態が維持される。少なくとも８時間にわたって観察された、投与されたＣＰ−ＳＯＣＳ３のインビボ持続性は、この組換えられた細胞透過性タンパク質の、外因性ＳＯＣＳ３で観察される迅速な細胞内分解を回避する能力を反映する（Ｒｕｉら，Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ ２７７：４２３９４−８（２００２））。

細胞内タンパク質治療は、進化を通じて保存されているシグナル配列の疎水性領域に由来する膜トランスロケーションモチーフ（ｍｅｎｂｒａｎｅ−ｔｒａｎｓｌｏｃａｔｉｎｇ ｍｏｔｉｆ）（ＭＴＭ）を含む細胞透過性タンパク質の操作に基づき得る（Ｖｅａｃｈら，Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ ２７９：１１４２５−３１（２００４）、Ｈａｗｉｇｅｒ，Ｊ．Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌ ９：１８９−９４（１９９７））。シグナル配列疎水性領域を用いることにより、組換えＳＯＣＳ３のエンドソーム性隔離（ｅｎｄｏｓｏｍａｌ ｓｅｑｕｅｓｔｒａｔｉｏｎ）は回避され得、それによって、その非制限的な細胞内輸送および細胞間輸送を可能にする。このような輸送は、インビボ送達および炎症に関連する多数の細胞型における細胞内標的化に必要である。ＳＥＢチャレンジマウスにおいて分析されたマクロファージにおいて、ＩＬ−６の産生を減少しそしてＭＨＣクラスＩＩ分子の誘導性細胞表面発現を抑制する、２種のＣＰ−ＳＯＣＳ３タンパク質もまた、確立された。ＭＨＣ−ＩＩの誘導におけるＩＦＮ−γの重要な役割を考慮し、ＣＩＩＴＡプロモーターＩＶの活性化およびその後のＭＨＣクラスＩＩ分子の発現のために必要であるＳＴＡＴ１リン酸化の阻害が達成された。

ＳＥＢに加えて、他の細菌性スーパー抗原、無関連の毒素、ウイルスおよび化学薬剤が、生組織の炎症を誘導することが公知である。これらの炎症に基づく全身性疾患は、ＣＰ−ＳＯＣＳ３による処置を受け入れ可能である。さらに、腸の炎症および関節炎は、遺伝子操作または遺伝子治療に基づくアプローチ（それぞれ、例えば、ＳＯＣＳ３の誘導またはアデノウイルスベクターを用いたＳＯＣＳ３の送達）によって制御され得る（Ｓｈｏｕｄａら，Ｊ Ｃｌｉｎ Ｉｎｖｅｓｔ １０８：１７８１−８（２００１）、ＳｕｚｕｋｉらＪ Ｅｘｐ Ｍｅｄ １９３：４７１−８１（２００１））。

（Ｃ．組成物）
本開示の組成物を調製するために使用される成分、ならびに本明細書中で開示される方法において使用される組成物自体が、開示される。これらの物質および他の物質が、本明細書中で開示され、そして、これらの物質の組み合わせ、部分集合、相互作用、群などが開示される。これらの種々の個体の特定の言及ならびにこれらの化合物の集合的な組み合わせおよび順列は、明確に開示されない場合があるが、各々は具体的に企図され、そして本明細書中に開示される。例えば、特定のＳＯＣＳ配列が開示されかつ議論され、そして多くの分子に対して行われ得る多くの修飾が議論される場合、特にそうでないことが示されない限り、可能である修飾の組み合わせおよび順列の各々および全てが、具体的に企図される。従って、分子のクラスＡ、ＢおよびＣ、ならびに分子のクラスＤ、ＥおよびＦが開示され、そして分子の組み合わせの一例であるＡ−Ｄが開示される場合、各々が個々に挙げられないとしても、各々が個々にかつ集合的に以下の組み合わせを意味するように企図され、Ａ−Ｅ、Ａ−Ｆ、Ｂ−Ｄ、Ｂ−Ｆ、Ｃ−Ｄ、Ｃ−ＥおよびＣ−Ｆが開示されるとみなされる。同様に、これらの任意の部分集合または組み合わせもまた、開示される。従って、例えば、Ａ−Ｅ、Ｂ−ＦおよびＣ−Ｅの下位集団が、開示されるとみなされる。この概念は、本出願の全ての局面に適用される。これらの局面には、開示される組成物を作成する方法および用いる方法における工程が含まれるが、これらに限定されない。従って、実施され得る種々のさらなる工程が存在する場合、これらのさらなる工程のそれぞれは、本開示の方法の任意の実施形態または実施形態の組み合わせで実施され得ることが理解される。

サイトカインシグナル伝達のサプレッサ（ＳＯＣＳ）配列および膜トランスロケーションモチーフ（ＭＴＭ）配列を含む単離されたポリペプチドが、本明細書中で開示される。このようなポリペプチドは、「細胞透過性ＳＯＣＳポリペプチド」または「細胞透過性ＳＯＣＳ配列」と呼ばれ得る。任意の種由来の任意のＳＯＣＳタンパク質（例えば、ＳＯＣＳ−１、ＳＯＣＳ−２、ＳＯＣＳ−３、ＳＯＣＳ−４、ＳＯＣＳ−５、ＳＯＣＳ−６もしくはＳＯＣＳ−７、またはそのフラグメント）は、任意の組み合わせで、ＳＯＣＳ配列の供給源として使用され得る。使用されるＳＯＣＳタンパク質は、選択された細胞内へこの分子を輸送することによって達成される目的に基づいて選択され得る。また、ＳＯＣＳ配列および膜トランスロケーション配列を含むポリペプチドをコードする単離された核酸もまた、企図される。このような核酸配列は、「細胞透過性ＳＯＣＳ核酸」と呼ばれ得る。細胞透過性ＳＯＣＳ核酸を含むベクターおよび細胞もまた、開示される。このＳＯＣＳ配列は、ＳＯＣＳタンパク質を含み得る。

ＳＯＣＳタンパク質は、中央のＳＨ２ドメインおよび比較的よく保存されたアミノ酸配列（ＳＯＣＳボックスまたはＣＩＳ相同性（ＣＨ）ドメインを形成する）を有する。ＳＯＣＳ１およびＳＯＣＳ３はまた、ＳＨ２ドメインのＮ末端側に独特の３０アミノ酸残基を有し、これはキナーゼ阻害性領域（ＫＩＲ）と名づけられる。本明細書中で開示されるＳＯＣＳ配列は、ＳＯＣＳタンパク質のＳＨ２ドメイン、キナーゼ阻害ドメインおよびＳＯＣＳボックスドメインの全体または機能的部分を、個々にまたは任意の組み合わせで含み得る。従って、ＳＯＣＳタンパク質のＳＨ２ドメイン、ＫＩＲドメインまたはＳＯＣＳボックスドメインの全体または機能的部分を含むＳＯＣＳ配列が、本明細書中で企図される。また、ＳＨ２ドメインおよびＫＩＲドメイン、ＳＨ２ドメインおよびＳＯＣＳボックスドメイン、またはＫＩＲドメインおよびＳＯＣＳボックスドメインを含むＳＯＣＳ配列もまた、企図される。３つ全てのドメイン一緒（ＳＨ２ドメイン、ＫＩＲドメインおよびＳＯＣＳボックスドメインの全てまたは機能的部分）もまた、企図される。「機能的部分」により、単独でまたは他のＳＯＣＳタンパク質ドメインもしくはドメインの部分と組み合わせてサイトカインシグナル伝達機能の抑制を維持する、このドメインの一部、部分またはセグメントが意味される。

「ＳＯＣＳ配列」はまた、機能的に定義され得る。サイトカインシグナル伝達は、ＪＡＫ−ＳＴＡＴシグナル伝達経路を介してＳＯＣＳタンパク質の発現を誘導する。誘導されたタンパク質は、立体障害もしくはＪＡＫおよびサイトカインレセプターへのＳＨ２ドメイン媒介性結合を介して、ＳＴＡＴのレセプターとの相互作用をブロックするか、または、ＫＩＲ領域もしくはＧＨ２領域を介した結合を通して、ＪＡＫの触媒活性を阻害する。従って、「ＳＯＣＳ配列」は、本明細書中で使用される場合、サイトカインシグナル伝達のサプレッサとして機能し得る任意のアミノ酸配列として定義され得る。このような抑制は、サイトカインシグナル伝達の１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の抑制として定義される。この抑制は、リンパ球前駆体の増大、ＳＴＡＴ５リン酸化、またはＴＮＦ−α、ＩＬ−６および他のサイトカインを測定することによって測定され得る。抑制の測定の例は、例えば、Ａｌｅｘａｎｄｅｒら（Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．（２００４）２２：５０３−２９）およびＡｌｅｘａｎｄｅｒら（Ｎａｔ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎ．（２００２）２：１−７）において見出され、これらは両方とも、サイトカインおよび増殖因子によって誘導される細胞内シグナル伝達の抑制を測定することに関するその教示に関して、本明細書中でその全体が参考として援用される。あるいは、全長ＳＯＣＳタンパク質またはそのフラグメントは、これらを内因性ＳＯＣＳタンパク質のドミナントネガティブインヒビターにする、１以上の変異残基を含み得る。このようなインヒビターは、ＳＯＣＳタンパク質が、増殖因子およびホルモンによって惹起された生理的シグナル伝達を消失させること（例としては、慢性的感染の間の貧血の逆転、またはＩＩ型糖尿病を特徴付ける代謝症候群におけるインスリン抵抗性およびレプチン抵抗性の逆転が挙げられる）を防止し得る。全長ＳＯＣＳ−１アミノ酸配列の例は、本明細書中で配列番号３として提供される。このアミノ酸配列をコードする核酸配列もまた、本明細書中で提供される。ヒトＳＯＣＳ−１のアミノ酸配列およびヒトＳＯＣＳ−１をコードする核酸（配列番号１８）は、寄託番号ＮＭ＿００３７４５の下でＧｅｎＢａｎｋを介して利用可能である。寄託番号ＮＭ＿００３７４５の下で開示される配列および全ての情報は、本明細書中でその全体が参考として援用される。マウスＳＯＣＳ−１のアミノ酸配列（配列番号２５）およびマウスＳＯＣＳ−１をコードする核酸（配列番号２６）は、寄託番号ＮＭ＿００９８９６の下でＧｅｎＢａｎｋを介して利用可能である。寄託番号ＮＭ＿００９８９６の下で開示される配列および全ての情報は、本明細書中でその全体が参考として援用される。

変異ＳＯＣＳタンパク質および変異ＳＯＣＳ配列もまた、開示される。これは、本開示の組成物および方法において、ＳＯＣＳ配列のかわりに使用され得るか、またはＳＯＣＳ配列に加えて使用され得る。しかし、本明細書中で使用されるように、用語ＳＯＣＳタンパク質およびＳＯＣＳ配列は、そうでないと示されない限り、変異ＳＯＣＳタンパク質または変異ＳＯＣＳ配列を含まない。有用な変異ＳＯＣＳタンパク質および変異ＳＯＣＳ配列は、サイトカインシグナル伝達のサプレッサ機能を欠損するか、または低下したサプレッサ機能を有する。この機能の欠損または低下は、本明細書中のどこかで記載される、サイトカインシグナル伝達のサプレッサ機能を決定する技術を用いて決定され得る。

全長ＳＯＣＳ−２アミノ酸の例は、本明細書中で配列番号２０として提供される。ヒトＳＯＣＳ−２のアミノ酸配列およびヒトＳＯＣＳ−２をコードする核酸（配列番号２３）は、寄託番号ＮＭ＿００３８７７の下でＧｅｎＢａｎｋを介して利用可能である。寄託番号ＮＭ＿００３８７７の下で開示される配列および全ての情報は、本明細書中でその全体が参考として援用される。マウスＳＯＣＳ−２のアミノ酸配列（配列番号１２）およびマウスＳＯＣＳ−２をコードする核酸（配列番号１０）は、寄託番号ＮＭ＿００７７０６の下でＧｅｎＢａｎｋを介して利用可能である。寄託番号ＮＭ＿００７７０６の下で開示される配列および全ての情報は、本明細書中でその全体が参考として援用される。

全長ＳＯＣＳ−３アミノ酸配列の例は、本明細書中で配列番号４として提供される。このアミノ酸配列をコードする核酸配列もまた、本明細書中で提供される。ヒトＳＯＣＳ−３のアミノ酸配列およびヒトＳＯＣＳ−３をコードする核酸（配列番号１１）は、寄託番号ＮＭ＿００３９５５の下でＧｅｎＢａｎｋを介して利用可能である。寄託番号ＮＭ＿００３９５５の下で開示される配列および全ての情報は、本明細書中でその全体が参考として援用される。マウスＳＯＣＳ−３のアミノ酸配列（配列番号２４）およびマウスＳＯＣＳ−３をコードする核酸（配列番号１３）は、寄託番号ＮＭ＿００７７０７の下でＧｅｎＢａｎｋを介して利用可能である。寄託番号ＮＭ＿００７７０７の下で開示される配列および全ての情報は、本明細書中でその全体が参考として援用される。本明細書中で開示される配列のフラグメントは、適切な膜トランスロケーション配列またはシグナルペプチドに結合されて、本開示の細胞透過性ＳＯＣＳポリペプチドを作製する。

上で記載したように、ＳＯＣＳ配列を含む単離されたポリペプチドはまた、「膜トランスロケーションモチーフ」をも含み得、これは、「移入適格（ｉｍｐｏｒｔａｔｉｏｎ ｃｏｍｐｅｔｅｎｔ）シグナルペプチド」または「シグナルペプチドの細胞膜透過性疎水性領域」と本明細書中で呼ばれ、公知である。本明細書中で使用されるように、膜トランスロケーションモチーフは、疎水性脂溶性部分を有する、アミノ酸の配列である。膜トランスロケーションモチーフは、一般に、約１０〜約２５以上の長さのアミノ酸残基を有し、その多く（代表的に約５５〜６０％）の残基は、疎水性である。疎水性部分は、通常、シグナルペプチドの主要なモチーフであり、そしてしばしば、細胞から分泌されるタンパク質のシグナルペプチドの中央部分である。従って、シグナルペプチドは、本開示の膜透過性モチーフの有用な形態であるか、または本開示の膜トランスロケーション配列における使用のための配列の有用な供給源である（例えば、シグナル配列の疎水性部分を含む配列）。シグナルペプチドは、小胞体膜を通して透過し得、細胞タンパク質の輸出を可能にするペプチドである。本開示の組成物および方法における使用ならびに本開示の組成物および方法と共に使用するためのシグナルペプチドはまた、「移入適格」であるかまたは「細胞透過性」である（すなわち、細胞の外側から細胞の内部へ細胞膜を通って透過可能である）。膜トランスロケーションモチーフおよびシグナルペプチドのアミノ酸残基は、改変が膜トランスロケーションモチーフおよびシグナルペプチドのトランスロケーション媒介機能に影響しない限り、変異され得るか、および／または改変され得る（すなわち、模倣物を形成し得る）。従って、用語「モチーフ」および「ペプチド」は、模倣物を含み、そして用語「アミノ酸」は、改変アミノ酸、（本明細書中で使用されるように、）異常なアミノ酸、およびＤ形態アミノ酸を含む。本開示の組成物および方法における使用ならびに本開示の組成物および方法と共に使用するための移入適格シグナルペプチドは、細胞の外側から細胞の内部へ細胞膜を横切る移動、およびその逆の細胞膜を横切る移動を媒介する機能を有する。このような移入適格シグナルペプチドは、これらがタンパク質を輸出する能力を欠失するが、分子を細胞内に移入する能力を維持するように、改変され得る。

膜トランスロケーション配列として使用するためのシグナルペプチド、または膜トランスロケーション配列中の配列についての供給源としてのシグナルペプチドは、例えば、やはりシグナルペプチドの起源を列挙するＳＩＧＰＥＰデータベース（ｈｔｔｐ：／／ｐｒｏｌｉｎｅ．ｂｉｃ．ｎｕｓ．ｅｄｕ．ｓｇ／ｓｉｇｐｅｐ）から選択され得る。特定の細胞型が標的化される場合、この細胞型によって使用されるシグナルペプチドが選択されてもよい（されなくてもよい）。例えば、特定のオンコジーンによってコードされるシグナルペプチドが、このオンコジーンが発現される標的化細胞における使用のために選択され得る。さらに、この細胞型に対して内因性のシグナルペプチドが、生物学的に活性な分子をこの細胞型に移入するために選択され得る。そして再び、任意の選択された膜トランスロケーションモチーフ、シグナルペプチドまたはその誘導体が、本明細書中の教示に従う任意の所定の細胞型の細胞膜を横切ってトランスロケーションする能力について、慣用的に試験され得る。具体的には、例えば、選択されたシグナルペプチドは、ＳＯＣＳ配列、ＳＯＣＳタンパク質またはマーカータンパク質と結合体化されて、細胞内に投与され得、そしてこの細胞は、その後、活性分子またはマーカータンパク質の存在についてスクリーニングされ得る。膜トランスロケーション配列の疎水性領域の１つの有用な形態は、ＦＧＦ−４の膜トランスロケーションモチーフ（ＭＴＭ）であり得る。例えば、疎水性領域は、本明細書中で配列番号２として提供されるアミノ酸配列（ＡＡＶＬＬＰＶＬＬＡＡＰ）であり得る。配列番号２は、実施例においてＳＯＣＳ−１融合タンパク質およびＳＯＣＳ−３融合タンパク質を作製するために使用される、膜トランスロケーション配列の疎水性領域である。

本開示のＳＯＣＳ配列はまた、膜トランスロケーションモチーフとの複合体として投与され得る。このような複合体は、リポソームをさらに含み得る。カチオン性リポソームおよびアニオン性リポソームが企図され、そして中性脂肪を有するリポソームが企図される。カチオン性リポソームは、膜トランスロケーションモチーフおよび負に帯電したＳＯＣＳ配列と、これらの成分を混合し、そしてこれらを帯電させることによって、複合体化され得る。カチオン性リポソームの例としては、リポフェクチン、リポフェクタミン（ｌｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ）、リポフェクテース（ｌｉｐｏｆｅｃｔａｃｅ）およびＤＯＴＡＰが挙げられる。アニオン性リポソームは、一般に、リポソーム内に物質を内包し、細胞に送達するために利用される。物質を内包したカチオン性リポソームを形成するための手順は、当該分野で標準的であり、そして、本開示の細胞透過性ＳＯＣＳポリペプチド、ＳＯＣＳ配列およびＳＯＣＳ複合体を内包するために、当業者によって本明細書中で容易に利用可能である。

任意の選択された細胞その細胞への生物学的に活性な分子の移入が有用であるような、任意の選択された細胞は、本開示の細胞透過性ＳＯＣＳポリペプチド、ＳＯＣＳ配列およびＳＯＣＳ複合体を選択された細胞に接触させる手段が存在する限り、本発明の方法によって標的化され得る。細胞は、組織または器官の中であり得る。例えば、血管によって、ＳＯＣＳポリペプチド、ＳＯＣＳ配列またはＳＯＣＳ複合体が供給される、組織または器官の中であり得る。さらに、細胞は、例えば、肺上皮を標的化するペプチドに結合された膜トランスロケーションモチーフを含むＳＯＣＳポリペプチド、ＳＯＣＳ配列またはＳＯＣＳ複合体の吸入によって標的化され得る。この方法によって標的化され得る細胞の幾つかの例としては、とりわけ、線維芽細胞、上皮細胞、内皮細胞、血球および腫瘍細胞が挙げられる。さらに、ＳＯＣＳポリペプチド、配列または複合体は、体内における組織部位に対し直接投与され得る。上で議論したように、膜トランスロケーションモチーフは、例えば、選択された標的細胞によって利用されることが公知であるシグナルペプチドから選択され得るか、または所望のシグナルペプチドが、本明細書中の教示に従い、移入能力について試験され得る。膜トランスロケーションモチーフの移入能力を試験する例は、実施例２および実施例３において開示され、ここでは、フルオレセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ）が使用される。しかし、一般に、すべてのシグナルペプチドは、細胞膜を横切る共通の能力を有し、これは、少なくとも部分的に、その疎水性特性に起因する。従って、一般に、膜トランスロケーションモチーフは、任意の細胞型について設計されそして使用され得る。なぜなら、真核生物細胞膜は、共通の脂質二重層を含むからである。

ＳＯＣＳ配列を含む単離されたポリペプチドはまた、親和性精製のための配列を含み得る。このような配列は、「精製配列」と呼ばれ得る。このような配列の例としては、ポリヒスチジンタグ、プロテインＡ（Ｐｈａｒｍａｃｉａ Ｂｉｏｔｅｃｈ）、プロテインＺ（Ｐｈａｒｍａｃｉａ Ｂｉｏｔｅｃｈ）、ＡＢＰ、ＧＳＴ（Ｐｈａｒｍａｃｉａ Ｂｉｏｔｅｃｈ）、ＭＢＰ（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ）、ＦＬＡＧペプチド（Ｋｏｄａｋ）およびＰｉｎＰｏｉｎｔｅ（Ｐｒｏｍｅｇａ）ならびにＴＡＰタグ（Ｄｒａｋａｓ Ｒら，Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ ５：１３２（２００５））が挙げられるが、これらに限定されない。

ＣＰ−ＳＯＣＳ融合タンパク質Ｈｉｓ−ＳＯＣＳ−３（配列番号１８）、ＨＳ３Ｍ（配列番号１９）、Ｈｉｓ−ＳＯＣＳ３−ＭＴＭ（配列番号２０）およびＨＭＳ３（配列番号２１）もまた、本明細書中で開示される。

（１．相同性／同一性）
本開示の遺伝子および本明細書中のタンパク質の、任意の公知の改変体および誘導体または生じ得る改変体および誘導体を規定するための１つの方法は、特定の公知の配列に対する相同性に関して改変体および誘導体を規定する工程を介する。例えば、配列番号２３は、核酸の特定の配列を示し、そして配列番号２０は、配列番号２３によってコードされるタンパク質（ＳＯＣＳタンパク質）の特定の配列を示す。これらならびに本明細書中で開示される他の遺伝子およびタンパク質改変体であって、上記配列に対し少なくとも７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％相同である改変体が、具体的に開示される。当業者は、２つのタンパク質または核酸（例えば、遺伝子）の相同性を決定する方法を、容易に理解する。例えば、相同性は、２つの配列を並列した後に相同性がその最高のレベルになるように計算され得る。

相同性を計算する別の方法は、公表されているアルゴリズムによって実施され得る。配列の比較のための最適アラインメントは、ＳｍｉｔｈおよびＷａｔｅｒｍａｎ Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．Ｍａｔｈ．２：４８２（１９８１）の局在相同性アルゴリズム、ＮｅｅｄｌｅｍａｎおよびＷｕｎｓｃｈ，Ｊ．ＭｏＬ Ｂｉｏｌ．４８：４４３（１９７０）の相同性アラインメントアルゴリズム、ＰｅａｒｓｏｎおよびＬｉｐｍａｎ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．８５：２４４４（１９８８）の類似性の検索方法、これらのアルゴリズムのコンピューターによる実行（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｓｏｆｔｗａｒｅ ＰａｃｋａｇｅにおけるＧＡＰ、ＢＥＳＴＦＩＴ、ＦＡＳＴＡおよびＴＦＡＳＴＡ（Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ，５７５ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｄｒ．，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ）または検査によって行われ得る。

同じ型の相同性が、例えば、Ｚｕｋｅｒ，Ｍ．Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４４：４８−５２，１９８９、Ｊａｅｇｅｒら，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８６：７７０６−７７１０，１９８９、Ｊａｅｇｅｒら，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｅｎｚｙｍｏｌ．１８３：２８１−３０６，１９８９（少なくとも核酸アラインメントに関連する資料について、本明細書中で参考として援用される）において開示されるアルゴリズムによって、核酸についても得られ得る。

（２．配列類似性）
本明細書中で議論されるように、用語「相同性」および用語「同一性」の使用は、類似性という同じものを意味することが理解される。従って、例えば、用語「相同性」が２つの非天然配列間で使用される場合、これらの２つの配列間に進化的関係を示す必要はなく、むしろこれらの核酸の間の類似性または関連性を探していることが理解される。２つの進化的に関連する分子間の相同性を決定する多くの方法は、任意の２以上の核酸またはタンパク質に対し、これらが進化的に関連しているか否かに関係なく配列類似性を測定する目的で慣用的に適用される。

一般に、本明細書中で開示される遺伝子およびタンパク質の任意の公知の改変体および誘導体または生じ得る改変体および誘導体を規定する１つの方法は、特定の公知の配列に対する相同性に関してこの改変体および誘導体を規定する工程を介する。本明細書中で開示される特定の配列のこの同一性はまた、本明細書中のどこかで議論される。一般に、本明細書中で開示される遺伝子およびタンパク質の改変体は、上記の配列または天然の配列に対し、代表的に少なくとも約７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の相同性を有する。当業者は、２つのタンパク質または核酸（例えば、遺伝子）の相同性を決定する方法を、容易に理解する。例えば、相同性は、２つの配列を並列した後に相同性がその最高のレベルになるように計算され得る。

相同性を計算する別の方法は、公表されているアルゴリズムによって実施され得る。配列の比較のための最適アラインメントは、ＳｍｉｔｈおよびＷａｔｅｒｍａｎ Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．Ｍａｔｈ．２：４８２（１９８１）の局在相同性アルゴリズム、ＮｅｅｄｌｅｍａｎおよびＷｕｎｓｃｈ，Ｊ．ＭｏＬ Ｂｉｏｌ．４８：４４３（１９７０）の相同性アラインメントアルゴリズム、ＰｅａｒｓｏｎおよびＬｉｐｍａｎ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．８５：２４４４（１９８８）の類似性の検索方法、これらのアルゴリズムのコンピューターによる実行（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｓｏｆｔｗａｒｅ ＰａｃｋａｇｅにおけるＧＡＰ、ＢＥＳＴＦＩＴ、ＦＡＳＴＡおよびＴＦＡＳＴＡ（Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ，５７５ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｄｒ．，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ）または検査によって行われ得る。

同じ型の相同性が、例えば、Ｚｕｋｅｒ，Ｍ．Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４４：４８−５２，１９８９、Ｊａｅｇｅｒら，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８６：７７０６−７７１０，１９８９、Ｊａｅｇｅｒら，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｅｎｚｙｍｏｌ．１８３：２８１−３０６，１９８９（少なくとも核酸アラインメントに関連する資料について、本明細書中で参考として援用される）において開示されるアルゴリズムによって、核酸についても得られ得る。代表的に、任意の方法が使用され得ることが理解され、そして特定の場合においてこれらの種々の方法の結果は異なり得るが、これらの方法のうちの少なくとも１つにおいて同一性が見出される場合、配列はこの明示された同一性を有するといわれ、本明細書中に開示されることを当業者は理解する。

例えば、本明細書中で使用される場合、別の配列に対し特定の相同性百分率を有すると記載される配列は、上述の計算方法のうち任意の１以上によって計算された、記載される相同性を有する配列であることをいう。例えば、第１の配列が第２の配列に対し８０％の相同性を有することがＺｕｋｅｒ計算法を用いて計算される場合、任意の他の計算法によって計算したときに第１の配列が第２の配列に対し８０％の相同性を有さないとしても、第１の配列は第２の配列に対し８０％の相同性を有すると本明細書中で規定される。別の例としては、第１の配列が第２の配列に対し８０％の相同性を有することがＺｕｋｅｒ計算法ならびにＰｅａｒｓｏｎおよびＬｉｐｍａｎ計算法の両方を用いて計算される場合、ＳｍｉｔｈおよびＷａｔｅｒｍａｎ計算法、ＮｅｅｄｌｅｍａｎおよびＷｕｎｓｃｈ計算法、Ｊａｅｇｅｒ計算法または任意の他の計算法によって計算したときに第１の配列が第２の配列に対し８０％の相同性を有さないとしても、第１の配列は第２の配列に対し８０％の相同性を有すると本明細書中で規定される。なお別の例としては、第１の配列が第２の配列に対し８０％の相同性を有することがそれぞれの計算法を用いて計算される場合、第１の配列は第２の配列に対し８０％の相同性を有すると本明細書中で規定される（しかし実際には、異なった計算法は、多くの場合異なった相同性百分率計算値をもたらす）。

（３．ハイブリダイゼーション／選択的ハイブリダイゼーション）
用語「ハイブリダイゼーション」は、代表的に、少なくとも２つの核酸分子（例えば、プライマーまたはプローブと遺伝子と）の間の、配列駆動性相互作用（ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｄｒｉｖｅｎ ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎ）である。配列駆動性相互作用とは、２つのヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログもしくはヌクレオチド誘導体の間に、ヌクレオチド特異的な様式で起こる相互作用を意味する。例えば、Ｃと相互作用するＧまたはＴと相互作用するＡは、配列駆動性相互作用である。代表的な配列駆動性相互作用は、ヌクレオチドのＷａｔｓｏｎ−Ｃｒｉｃｋ面またはＨｏｏｇｓｔｅｅｎ面において起こる。２つの核酸のハイブリダイゼーションは、当業者に公知の多くの条件およびパラメータによって影響される。例えば、塩濃度、ｐＨおよび反応温度は、２つの核酸分子がハイブリダイズするか否かに影響を及ぼす。

２つの核酸分子間の選択的ハイブリダイゼーションのためのパラメータは、当業者に公知である。例えば、幾つかの実施形態において、選択的ハイブリダイゼーション条件は、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件として規定される。例えば、ハイブリダイゼーションのストリンジェンシーは、ハイブリダイゼーション工程および洗浄工程のどちらかまたは両方の温度および塩濃度の両方によって制御される。例えば、選択的ハイブリダイゼーションを達成するためのハイブリダイゼーションの条件は、Ｔｍ（分子の半分がそのハイブリダイゼーションパートナーと解離する溶解温度）より約１２〜２５℃低い温度における高イオン強度溶液（６×ＳＳＣまたは６×ＳＳＰＥ）中のハイブリダイゼーション、およびその後の（洗浄温度がＴｍより約５℃〜２０℃低くなるように選択された温度および塩濃度の組み合わせでの）洗浄を含み得る。温度および塩の条件は、予備実験において容易に実験的に決定される。この予備実験において、フィルター上に固定された基準ＤＮＡのサンプルが目的の標的核酸にハイブリダイズされ、次いで、異なったストリンジェンシーの条件の下で洗浄される。ハイブリダイゼーション温度は、代表的に、ＤＮＡ−ＲＮＡおよびＲＮＡ−ＲＮＡについてが、より高い。ストリンジェンシーを達成するように上述のように使用され得る条件は、当該分野で公知である（Ｓａｍｂｒｏｏｋら，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，第２版，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９８９；Ｋｕｎｋｅｌら，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｅｎｚｙｍｏｌ．１９８７：１５４：３６７，１９８７、少なくとも核酸のハイブリダイゼーションに関連する資料について、本明細書中で参考として援用される）。ＤＮＡについての好ましいストリンジェントなハイブリダイゼーション条件：ＤＮＡハイブリダイゼーションは、（水溶液中）６×ＳＳＣまたは６×ＳＳＰＥ中で約６８℃の後、６８℃で洗浄。ハイブリダイゼーションおよび洗浄のストリンジェンシーは、所望される場合、所望される相補性の程度が低くなるに従って低下され得、そしてさらに、可変性が検索される任意の領域のＧ−Ｃ豊富度またはＡ−Ｔ豊富度に依存する。同様に、ハイブリダイゼーションおよび洗浄のストリンジェンシーは、所望される場合、所望される相同性が高くなるに従って上昇され得、そしてさらに、高い相同性が所望される任意の領域のＧ−Ｃ豊富度またはＡ−Ｔ豊富度に依存する。これらは全て、当該分野で公知である。

選択的ハイブリダイゼーションを規定するための別の方法は、核酸の１つが他の核酸に結合する量（百分率）を探す工程による。例えば、幾つかの実施形態において、選択的ハイブリダイゼーション条件は、少なくとも約６０％、６５％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、１００％の制限核酸が非制限核酸に結合する場合である。代表的に、非制限プライマーは、例えば、１０倍または１００倍または１０００倍過剰である。この型のアッセイは、制限プライマーおよび非制限プライマーがそのｋ_ｄより例えば１０倍もしくは１００倍もしくは１０００倍低い条件、あるいは核酸分子のうちの１つのみがそのｋ_ｄの１０倍もしくは１００倍もしくは１０００倍である条件、または１つの核酸分子もしくは両方の核酸分子のｋ_ｄより高い条件の下で実施され得る。

選択的ハイブリダイゼーションを規定するための別の方法は、所望の酵素的操作を促進するためにハイブリダイゼーションが必要とする条件下で酵素的に操作されるプライマーの百分率を探す工程による。例えば、幾つかの実施形態において、選択的ハイブリダイゼーション条件は、少なくとも約６０％、６５％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、１００％のプライマーが、酵素的操作を促進する条件下で酵素的に操作される場合である。例えば、この酵素的操作がＤＮＡ伸長である場合、従って、選択的ハイブリダイゼーション条件は、少なくとも約６０％、６５％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、１００％のプライマー分子が伸長する場合である。好ましい条件はまた、製造業者によって示唆される条件、または当該分野で操作を行う酵素について適切であると示される条件も含む。

相同性と同時に、２つの核酸分子間のハイブリダイゼーションのレベルを決定するために本明細書中で開示される種々の方法が存在することが、理解される。これらの方法および条件は、２つの核酸分子の間の異なったハイブリダイゼーションの百分率を提供し得るが、他に示されない限り、いずれかの方法のパラメータを合わせることは、十分である。例えば、８０％のハイブリダイゼーションが必要とされる場合、これらの方法のいずれか１つにおける所要のパラメータ内でハイブリダイゼーションが起こる限り、本明細書中で開示されるとみなされる。

組成物または方法が、集合的または個々のどちらかでハイブリダイゼーションを決定するためのこれらの判断基準のいずれか１つに適合する場合、本明細書中に開示される組成物または方法であることを、当業者が理解することが理解される。

（４．核酸）
本明細書中で開示される核酸ベースの種々の分子が存在する。これらとしては、例えば、例えばＳＯＣＳ配列をコードする核酸および本明細書中で開示される任意の他のタンパク質をコードする核酸、ならびに種々の機能的核酸が挙げられる。本開示の核酸は、例えば、ヌクレオチド、ヌクレオチドアナログ、またはヌクレオチド代用物で構成される。これらおよび他の分子の非限定の例は、本明細書中で開示される。例えば、ベクターが細胞内で発現される場合、発現されるｍＲＮＡは、代表的にＡ、Ｃ、ＧおよびＵで構成されることが、理解される。同様に、例えば、アンチセンス分子が、例えば外来性送達を通して細胞または細胞環境内に導入される場合、このアンチセンス分子が、細胞内環境におけるアンチセンス分子の分解を減少するヌクレオチドアナログで構成されることが有利であることが理解される。

（ａ．ヌクレオチドおよび関連分子）
ヌクレオチドは、塩基部分、糖部分およびリン酸部分を含む分子である。ヌクレオチドは、そのリン酸部分および糖部分を介して互いに結合し、ヌクレオシド間結合を形成する。ヌクレオチドの塩基部分は、アデニン−９−イル（Ａ）、シトシン−１−イル（Ｃ）、グアニン−９−イル（Ｇ）、ウラシル−１−イル（Ｕ）およびチミン−１−イル（Ｔ）であり得る。ヌクレオチドの糖部分は、リボースまたはデオキシリボースである。ヌクレオチドのリン酸部分は、５価のリン酸である。ヌクレオチドの非限定の例は、３’−ＡＭＰ（３’−アデノシン一リン酸）または５’−ＧＭＰ（５’−グアノシン一リン酸）である。

ヌクレオチドアナログは、塩基部分、糖部分またはリン酸部分のいずれかに対するいくつかの型の修飾を含むヌクレオチドである。ヌクレオチドに対する修飾は、当該分野で周知であり、例えば、５−メチルシトシン（５−ｍｅ−Ｃ）、５−ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチンおよび２−アミノアデニン、ならびに糖部分またはリン酸部分での修飾が挙げられる。

ヌクレオチド代用物は、ヌクレオチドと類似の機能特性を有するが、リン酸部分を含まない分子（例えば、ペプチド核酸（ＰＮＡ））である。ヌクレオチド代用物は、Ｗａｔｓｏｎ−Ｃｒｉｃｋ様式またはＨｏｏｇｓｔｅｅｎ様式で核酸を認識するが、リン酸部分以外の部分で互いに結合する分子である。ヌクレオチド代用物は、適切な標的核酸と相互作用する場合、二重らせん型の構造を構成可能である。

他の型の分子（結合体）は、ヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログに結合されて、例えば、細胞の取り込みを増強し得る。結合体は、ヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログに化学的に結合され得る。このような結合体としては、リン酸部分（例えば、コレステロール部分）が挙げられるが、これらに限定されない（Ｌｅｔｓｉｎｇｅｒら，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，１９８９，８６，６５５３−６５５６）。

Ｗａｔｓｏｎ−Ｃｒｉｃｋ相互作用は、ヌクレオチド、ヌクレオチドアナログまたはヌクレオチド代用物のＷａｔｓｏｎ−Ｃｒｉｃｋ面での少なくとも１つの相互作用である。ヌクレオチド、ヌクレオチドアナログまたはヌクレオチド代用物のＷａｔｓｏｎ−Ｃｒｉｃｋ面としては、プリンベースのヌクレオチド、ヌクレオチドアナログもしくはヌクレオチド代用物の位置Ｃ２、位置Ｎ１および位置Ｃ６、またはピリミジンベースのヌクレオチド、ヌクレオチドアナログまたはヌクレオチド代用物の位置Ｃ２、位置Ｎ２、位置Ｃ４が挙げられる。

Ｈｏｏｇｓｔｅｅｎ相互作用は、ヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログのＨｏｏｇｓｔｅｅｎ面上で起こる相互作用であり、これは、二本鎖ＤＮＡの主要な溝に曝される。Ｈｏｏｇｓｔｅｅｎ面としては、プリンヌクレオチドの位置Ｎ７および位置Ｃ６の反応基（ＮＨ_２またはＯ）が挙げられる。

（ｂ．配列）
例えばＳＯＣＳおよび本明細書中で開示される任意の他のタンパク質に関連する種々の配列が存在し、これらは、Ｇｅｎｂａｎｋで開示され、そしてこれらおよび他の配列は、その全体またはこれらに含まれる個々の配列において、本明細書中で参考として援用される。

本明細書中で提供される種々の配列ならびに他の配列は、Ｇｅｎｂａｎｋ（ｗｗｗ．ｐｕｂｍｅｄ．ｇｏｖ）において見出され得る。当業者は、配列の不一致および相違を解析し、そして特定の配列を他の配列に関連付ける、組成物および方法を調整する方法を理解する。プライマーおよび／またはプローブは、本明細書中で開示される情報および当該分野で公知の情報に与えられる任意の配列について設計され得る。

（ｃ．プライマーおよびプローブ）
本明細書中で開示される遺伝子と相互作用可能なプライマーおよびプローブが、開示される。特定の実施形態において、プライマーは、ＤＮＡ増幅反応を支持するために使用される。代表的に、プライマーは、配列特異的様式で伸長することが可能である。プライマーの配列特異的様式での伸長としては、プライマーがハイブリダイズするかまたは他の方法で結合する核酸分子の配列および／もしくは組成物が、プライマーの伸長によって生成される生成物の組成物もしくは配列を指向するかまたはこれに影響する、任意の方法が挙げられる。プライマーの配列特異的様式での伸長としては、従って、以下が挙げられるが、これらに限定されない：ＰＣＲ、ＤＮＡ配列決定、ＤＮＡ伸長、ＤＮＡ重合体化、ＲＮＡ転写または逆転写。プライマーを配列特異的様式で増幅する技術および条件が、好ましい。特定の実施形態において、プライマーは、ＤＮＡ増幅反応（例えば、ＰＣＲまたは直接的配列決定）のために使用される。特定の実施形態において、プライマーはまた、非酵素的技術を用いても伸長され得ることが理解される。非酵素的技術においては、例えば、伸長に使用されるヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドが、配列特異的様式でプライマーを伸長するように化学的に反応するように改変される。本開示のプライマーは、代表的に、核酸もしくは核酸の領域にハイブリダイズするか、または、核酸の相補体もしくは核酸の領域の相補体にハイブリダイズする。

（ｄ．インビボ／エキソビボ）
上述のように、組成物は、薬学的に受容可能なキャリア中で投与され得、そして当該分野で公知の種々の機構によって、インビボおよび／またはエキソビボで被験体の細胞に送達され得る。エキソビボ方法が使用される場合、細胞または組織は、取り出され、当該分野で周知の標準的方法に従って体外で維持される。この組成物は、任意の遺伝子輸送機構（例えば、リン酸カルシウム媒介性遺伝子送達、エレクトロポレーション、マイクロインジェクションまたはタンパクリポソーム）を介して細胞に導入され得る。形質転換された細胞は、次いで、（例えば、薬学的に受容可能なキャリア中で）注入され得るか、またはこの細胞または組織の型についての標準的方法を介して、被験体に同位置で移植して戻され得る。種々の細胞の被験体への移植または注入についての標準的方法は、公知である。

（５．ペプチド）
（ａ．タンパク質改変体）
本明細書中で議論されるように、配列番号３、配列番号４、配列番号１２、配列番号２０および配列番号２４において見出されるようなＳＯＣＳタンパク質の多くの改変体、ならびに配列番号７〜配列番号９、配列番号１９、および配列番号２２において見出されるようなＳＯＣＳ配列の多くの改変体が存在し、これらは公知であり、本明細書中で企図される。公知の機能的ＳＯＣＳ改変体に加え、ＳＯＣＳタンパク質の誘導体もまた、本開示の方法および組成物において機能し得る。タンパク質改変体およびタンパク質誘導体は、当業者によく理解されており、アミノ酸配列改変を含み得る。例えば、アミノ酸配列改変は、代表的に、３つのクラス（置換改変体、挿入改変体または欠失改変体）の１以上に分類される。挿入は、１または多数のアミノ酸残基のアミノ末端融合および／またはカルボキシ末端融合ならびに配列内挿入を含む。挿入は、通常、アミノ末端融合またはカルボキシ末端融合よりも小さな挿入（例えば、１〜４残基程度）である。例えば、実施例において記載されるような免疫原性融合タンパク質誘導体は、標的配列に対する免疫原性を与えるために十分に大きなポリペプチドの融合によって作製され、この融合は、インビトロにおける架橋または融合物をコードするＤＮＡによって形質転換された組換え細胞培養による。欠失は、タンパク質配列からの１以上のアミノ酸残基の除去によって特徴付けられる。代表的に、約２〜６残基以下が、タンパク質分子内の任意の１部位において欠失される。これらの改変体は、通常、このタンパク質をコードするＤＮＡのヌクレオチドの部位特異的変異誘発によって改変体をコードするＤＮＡを生成し、そしてその後、ＤＮＡを組換え細胞培養物において発現することによって調製される。既知の配列を有するＤＮＡの所定の部位における置換変異体を作製する技術（例えば、Ｍ１３プライマー変異誘発およびＰＣＲ変異誘発）は、周知である。アミノ酸置換は、代表的に、１残基置換であるが、多くの異なる位置で一度に起こり得る。挿入は、通常、約１〜１０アミノ酸残基の桁である。そして欠失は、約１残基から３０残基までの範囲である。欠失または挿入は、好ましくは、隣接する対において作製される（すなわち、２残基の欠失または２残基の挿入）。置換、欠失、挿入またはこれらの任意の組み合わせは、最終構築物に到達するように結合され得る。変異は、リーディングフレームの外の配列に配置されてはならず、好ましくは、二次ＲＮＡ構造を産生し得る相補的領域を作製しない。置換改変体は、少なくとも１つの残基が除去され、そして異なる残基がその場所に挿入される改変体である。このような置換は、一般に、以下の表１および表２に従って作製され、保存的置換と呼ばれる。

（表１：アミノ酸の略称）

機能または免疫学的実体における置換的変化は、表２の置換よりも保存的でない置換、すなわち、以下を維持する残基の効果においてより有意に異なる残基を選択することによってもたらされる：（ａ）置換の領域におけるペプチド骨格の構造（例えば、シート構造またはらせん構造）、（ｂ）標的部位における電荷または疎水性、または（ｃ）側鎖の大きさ。一般にタンパク質の性質においてより大きな変化を生むことが予測される置換は、以下のような置換である：（ａ）親水性残基（例えば、セリル残基またはトレオニル残基）が疎水性残基（例えば、ロイシル残基、イソロイシル残基、フェニルアラニル残基、バリル残基またはアラニル残基）と置換される置換；（ｂ）システインまたはプロリンが任意の他の残基と置換される置換；（ｃ）正に帯電した側鎖を有する残基（例えば、リジル残基、アルギニル残基またはヒスチジル残基）が負に帯電した残基（例えば、グルタミル残基またはアスパルチル残基）と置換される置換；または（ｄ）大きな側鎖を有する残基（例えば、フェニルアラニン）が側鎖を有さない残基（例えば、グリシン）と置換される置換、この場合（ｅ）硫酸化および／または糖化のための部位の数の増加による置換。

例えば、１つのアミノ酸残基の生物学的および／または化学的に類似する別の残基との置換は、保存的置換として、当業者に公知である。例えば、保存的置換は、１つの疎水性残基を別の疎水性残基と置換すること、または１つの極性残基を別の極性残基と置換することである。この置換としては、例えば、以下の組み合わせが挙げられる：Ｇｌｙ，Ａｌａ；Ｖａｌ，Ｉｌｅ，Ｌｅｕ；Ａｓｐ，Ｇｌｕ；Ａｓｎ，Ｇｌｎ；Ｓｅｒ，Ｔｈｒ；Ｌｙｓ，Ａｒｇ；およびＰｈｅ，Ｔｙｒ。明示的に開示された配列各々のこのような保存的に置換された改変体は、本明細書中で提供されるモザイクポリペプチド内に含まれる。

置換変異誘発または欠失変異誘発は、Ｎ糖化（Ａｓｎ−Ｘ−Ｔｈｒ／Ｓｅｒ）またはＯ糖化（ＳｅｒまたはＴｈｒ）についての挿入部位に対して作製され得る。システインまたは他の不安定性残基の欠失がまた、所望され得る。潜在的なタンパク質分解部位（例えば、Ａｒｇ）の欠失または置換は、例えば、１つのこの塩基性残基の欠失またはグルタミン残基もしくはヒスチジン残基によってこの塩基性残基を置換することによって達成され得る。

特定の転写後誘導体化は、組換え宿主細胞の発現されたポリペプチド上の作用の結果である。グルタミニル酸残基およびアスパラギニル酸残基は、多くの場合、転写後に、対応するグルタミル残基およびアスパリル（ａｓｐａｒｙｌ）残基に脱アミドされる。あるいは、これらの残基は、穏やかな酸性条件下で、脱アミドされる。他の転写後修飾としては、プロリンおよびリジンのヒドロキシル化、セリル残基またはトレオニル残基の水酸基のリン酸化、リジン側鎖、アルギニン側鎖およびヒスチジン側鎖のｏ−アミノ基のメチル化（Ｔ．Ｅ．Ｃｒｅｉｇｈｔｏｎ，Ｐｒｏｔｅｉｎｓ：Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ，Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ＆Ｃｏ．，Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ ｐｐ７９−８６［１９８３］）、アミンのＮ末端のアセチル化、ならびに幾つかの場合、Ｃ末端のカルボキシルのアミド化が挙げられる。

本明細書中で開示されるタンパク質の改変体および誘導体を規定する１つの方法は、特異的な公知の配列に対する相同性／同一性に関する改変体および誘導体を規定する工程を介することが理解される。上記の配列に対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％相同である、本明細書中で開示されるこれらおよび他のタンパク質の改変体が、具体的に開示される。当業者は、２つのタンパク質の相同性を決定する方法を容易に理解する。例えば、この相同性は、２つの配列を並列した後に、相同性が最高のレベルになるように計算され得る。

相同性を計算する別の方法は、公表されているアルゴリズムによって実施され得る。配列の比較のための最適アラインメントは、ＳｍｉｔｈおよびＷａｔｅｒｍａｎ Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．Ｍａｔｈ．２：４８２（１９８１）の局在相同性アルゴリズム、ＮｅｅｄｌｅｍａｎおよびＷｕｎｓｃｈ，Ｊ．ＭｏＬ Ｂｉｏｌ．４８：４４３（１９７０）の相同性アラインメントアルゴリズム、ＰｅａｒｓｏｎおよびＬｉｐｍａｎ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．８５：２４４４（１９８８）の類似性の検索方法、これらのアルゴリズムのコンピューターによる実行（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｓｏｆｔｗａｒｅ ＰａｃｋａｇｅにおけるＧＡＰ、ＢＥＳＴＦＩＴ、ＦＡＳＴＡおよびＴＦＡＳＴＡ（Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ，５７５ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｄｒ．，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ）または検査によって行われ得る。

同じ型の相同性が、例えば、Ｚｕｋｅｒ，Ｍ．Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４４：４８−５２，１９８９、Ｊａｅｇｅｒら，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８６：７７０６−７７１０，１９８９、Ｊａｅｇｅｒら，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｅｎｚｙｍｏｌ．１８３：２８１−３０６，１９８９（少なくとも核酸アラインメントに関連する資料について、本明細書中で参考として援用される）において開示されるアルゴリズムによって、核酸についても得られ得る。

保存的変異および相同性の記載は任意の組み合わせで合わせられ得ることが理解される。例えば、特定の配列に対して少なくとも７０％の相同性を有する実施形態であって、ここで、この改変体は、保存的変異体である。

本明細書が種々のタンパク質およびタンパク質配列を議論する場合、これらのタンパク質配列をコードし得る核酸もまた、開示される。この核酸は、特定のタンパク質配列に関連する全ての変性（ｄｅｇｅｎｅｒａｔｅ）配列を含む（すなわち、１つの特定のタンパク質配列をコードする配列を有する全ての核酸、ならびにこのタンパク質配列の開示された改変体および誘導体をコードする、変性核酸を含む全ての核酸を含む）。従って、各特定の核酸配列は、本明細書中に記載されていない場合があるが、各々および全ての配列が、開示されたタンパク質配列を通して、本明細書中で実際に開示されそして記載されることが理解される。例えば、配列番号４に記載される配列のタンパク質をコードし得る多くの核酸配列の１つは、配列番号１１に記載される。生体内でこのタンパク質をコードする特定のＤＮＡ配列を示すアミノ酸はないが、開示されるタンパク質の特定の改変体が本明細書中で開示される場合、このタンパク質が生じる特定の配列においてこのタンパク質をコードする既知の核酸配列もまた、本明細書中で開示されそして記載されることが理解される。

本開示の組成物中に組み込まれ得る多くのアミノ酸アナログおよびペプチドアナログが存在することが、理解される。例えば、多くのＤアミノ酸または異なった機能的置換基を有するアミノ酸が存在し、このアミノ酸は表１および表２に示される。天然に存在するペプチドの逆の立体異性体、およびペプチドアナログの立体異性体が開示される。これらのアミノ酸は、選択したアミノ酸をｔＲＮＡに担わせ、アナログアミノ酸を部位特異的な方法でペプチド鎖に挿入するために、例えばアンバーコドンを利用して遺伝子構築物を操作することにより、ポリペプチド鎖に容易に組み込まれ得る。（Ｔｈｏｒｓｏｎら，Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃ． Ｂｉｏｌ．７７：４３−７３（１９９１），Ｚｏｌｌｅｒ，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｏｐｉｎｉｏｎ ｉｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，３：３４８−３５４（１９９２）；Ｉｂｂａ，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ＆Ｇｅｎｅｔｉｃ Ｅｎｇｉｎｅｒｒｉｎｇ Ｒｅｖｉｅｗｓ １３：１９７−２１６（１９９５）、Ｃａｈｉｌｌら，ＴＩＢＳ，１４（１０）：４００−４０３（１９８９）；Ｂｅｎｎｅｒ，ＴＩＢ Ｔｅｃｈ，１２：１５８−１６３（１９９４）；ＩｂｂａおよびＨｅｎｎｅｃｋｅ，Ｂｉｏ／ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，１２：６７８−６８２（１９９４）、これらの全ては、少なくともアミノ酸アナログに関連する資料について、本明細書中で参考として援用される）。

類似するペプチドであるが、天然のペプチド結合を解して連結していない分子が、生成され得る。例えば、アミノ酸またはアミノ酸アナログの結合は、以下を含み得る：ＣＨ_２ＮＨ−、−ＣＨ_２Ｓ−、−ＣＨ_２−ＣＨ_２−、−ＣＨ＝ＣＨ−（シスおよびトランス）、−ＣＯＣＨ_２−、−ＣＨ（ＯＨ）ＣＨ_２−、および−ＣＨＨ_２ＳＯ−（これらおよび他は、以下で見出される：Ｓｐａｔｏｌａ，Ａ．Ｆ．Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ａｎｄ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ｏｆ Ａｍｉｎｏ Ａｃｉｄｓ，Ｐｅｐｔｉｄｅｓ，ａｎｄ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ，Ｂ．Ｗｅｉｎｓｔｅｉｎ編，Ｍａｒｃｅｌ Ｄｅｋｋｅｒ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，ｐ．２６７（１９８３）；Ｓｐａｔｏｌａ，Ａ．Ｆ．，Ｖｅｇａ Ｄａｔａ（１９８３，３月），Ｖｏｌ．１，Ｉｓｓｕｅ ３，Ｐｅｐｔｉｄｅ Ｂａｃｋｂｏｎｅ Ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎｓ（総説）；Ｍｏｒｌｅｙ，Ｔｒｅｎｄｓ Ｐｈａｒｍ Ｓｃｉ（１９８０）ｐｐ．４６３−４６８；Ｈｕｄｓｏｎ，Ｄ．ら，Ｉｎｔ Ｊ Ｐｅｐｔ Ｐｒｏｔ Ｒｅｓ １４：１７７−１８５（１９７９）（−ＣＨ_２ＮＨ−、ＣＨ_２ＣＨ_２−）；Ｓｐａｔｏｌａら，Ｌｉｆｅ Ｓｃｉ ３８：１２４３−１２４９（１９８６）（−ＣＨ Ｈ_２−Ｓ）；Ｈａｎｎ Ｊ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ Ｐｅｒｋｉｎ Ｔｒａｎｓ．Ｉ ３０７−３１４（１９８２）（−ＣＨ−ＣＨ−、シスおよびトランス）；ａｌｍｑｕｉｓｔら，Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．２３：１３９２−１３９８（１９８０）（−ＣＯＣＨ_２−）；Ｊｅｎｎｉｎｇｓ−Ｗｈｉｔｅら，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ Ｌｅｔｔ ２３：２５３３（１９８２）（−ＣＯＣＨ_２−）；Ｓｚｅｌｋｅら，Ｅｕｒｏｐｅａｎ Ａｐｐｌｎ，ＥＰ ４５６６５ ＣＡ（１９８２）：９７：３９４０５（１９８２）（−ＣＨ（ＯＨ）ＣＨ_２−）；Ｈｏｌｌａｄａｙら，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ．Ｌｅｔｔ ２４： ４４０１−４４０４（１９８３）（−Ｃ（ＯＨ）ＣＨ_２−）；ならびにＨｒｕｂｙ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉ ３１：１８９−１９９（１９８２）（−ＣＨ_２−Ｓ−）；これらの各々は、本明細書中で参考として援用される）。特に好ましい非ペプチド結合は、−ＣＨ_２ＮＨ−である。ペプチドアナログは、結合原子間に１より多い原子（例えば、ｂ−アラニン、ｇ−アミノ酪酸など）を有し得ることが、理解される。

アミノ酸アナログおよびアナログおよびペプチドアナログは、多くの場合、増強した特性または望ましい特性（例えば、より経済的な生産、より高い化学的安定性、増強された薬理学的特性（半減期、吸収、力価、効力、など）、変更された特異性（例えば、広い範囲の生物学的活性）、低減された抗原性など）を有する。

Ｄ−アミノ酸は、より安定的なペプチドを生成するために使用され得る。なぜなら、Ｄアミノ酸は、ペプチダーゼなどに認識されないからである。共通配列の１以上のアミノ酸の同型のＤ−アミノ酸による構造的置換（例えば、Ｌ−リジンの代わりにＤ−リジン）は、より安定的なペプチドを生じるために使用され得る。システイン残基は、環化するかまたは２以上のペプチドを互いに結合するために使用され得る。これは、ペプチドを特定の立体配座に制約するために有益であり得る。（ＲｉｚｏおよびＧｉｅｒａｓｃｈ，Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．６１：３８７（１９９２），本明細書中で参考として援用される）。

（６．薬学的キャリア／薬学的生成物の送達）
適切な移入条件が、本明細書中で例示され、細胞およびＳＯＣＳポリペプチド、配列または約１８０℃と約４２℃の間の複合温度（ｃｏｍｐｌｅｘ ｔｅｍｐｅｒａｔｕｒｅ）（好ましい温度は約２２℃と約３７℃との間）が挙げられる。被験体における細胞への投与について、ＳＯＣＳポリペプチド、配列または複合体は、一旦被験体の中に入ると、無論、被験体の体温に調整される。エキソビボ投与について、ＳＯＣＳポリペプチド、配列または複合体は、任意の標準的方法によって投与され得、これらの方法は、例えば、ＳＯＣＳポリペプチド、配列または複合体を標的細胞に適した培養培地に加え、そしてこの培地を直接細胞に加えることによって、細胞の生存度を維持する。当該分野で公知であるように、この方法において使用される任意の培地は、細胞を生存不可能にしないために、水性かつ非毒性であり得る。さらに、これは、所望される場合、細胞の生存度を維持するために標準的栄養を含有し得る。インビボ投与のために、ＳＯＣＳポリペプチド、配列または複合体は、例えば、患者由来の血液サンプルまたは組織サンプルに加えられ得るか、または薬学的に受容可能なキャリア（例えば、生理食塩水および緩衝化生理食塩水）に加えられ得、そして当該分野で公知の幾つかの手段のいずれかによって投与される。投与の例としては、非経口投与（例えば、標的細胞を有する（１つまたは複数の）組織または器官に供給する血管を通した局所潅流を含む静脈内注射による投与）、エアロゾルの吸入による投与、皮下注射もしくは筋肉内注射、例えば皮膚損傷および皮膚病変に対する局所投与、例えば移植のために調製されその後被験体に移植される骨髄細胞への直接的なトランスフェクション、および後に被験体に移植される器官への直接的なトランスフェクションが挙げられる。さらなる投与方法としては、経口投与（特に、ＳＯＣＳポリペプチド、配列または複合体がカプセル化される場合）または直腸投与（特に、ＳＯＣＳポリペプチド、配列または複合体が坐剤形態である場合）が挙げられる。薬学的に受容可能なキャリアとしては、生物学的に所望されないかもしくは他の理由で所望されないことのない、任意の物質を含み得る。すなわち、この物質は、所望されない生物学的効果を生じることなく、または投与される薬学的組成物のいかなる他の成分とも有害な様式で相互作用することなく、選択されたＳＯＣＳポリペプチド、配列または複合体と共に個体に投与され得る。投与は、約１分間〜約７２時間の長さの時間で実施され得る。好ましい時間の長さは、約５分間〜約４８時間であり、より好ましくは、約５分間〜約２０時間であり、なおより好ましくは、約５分間〜約２時間である。

任意の特異的ＳＯＣＳポリペプチド、配列または複合体および任意の特異的な標的細胞についての最適な時間の長さおよび条件は、本明細書中の教示および当該分野の知見に従って、容易に決定され得る。具体的には、例えば器官または腫瘍の局所灌流によってインビボの特定の細胞型が標的される場合、標的組織由来の細胞が生検にされ得、そしてＳＯＣＳポリペプチド、配列または複合体のこの組織内への移入のための最適投薬量が、本明細書中に記載されるように、そして当該分野で公知のように、インビボ投薬量（濃度および時間の長さを含む）を最適化するようにインビトロで決定され得る。あるいは、同じ細胞型の培養細胞もまた、インビボの標的細胞についての投薬量を最適化するために使用され得る。

上述のように、組成物は、インビボで、薬学的に受容可能なキャリア中で投与され得る。「薬学的に受容可能」により、生物学的に所望されないかまたは他の理由で所望されないことのない物質が意味される（すなわち、この物質は、いかなる所望されない生物学的効果をも生じることなく、またはこの物質が含まれる薬学的組成物のいかなる他の成分とも有害な様式で相互作用することなく、被験体に投与され得る）。このキャリアは、当業者に周知であるように、活性成分の任意の分解を最小化し、そして被験体における任意の副作用を最小化するように、自然に選択される。

この組成物は、経口的に投与され得るか、非経口的に（例えば静脈内で）投与され得るか、筋肉内注射により投与され得るか、動脈内注射により投与され得るか、腹腔内注射により投与され得るか、経皮的に投与され得るか、体外で投与され得るか、局所的投与（局所的鼻内投与または吸入による投与を含む）などで投与され得る。本明細書中で使用される場合、「局所的鼻内投与」は、組成物の鼻および１つまたは両方の鼻孔への鼻道（ｎａｓａｌ ｐａｓｓａｇｅ）への送達を意味し、核酸またはベクターの、噴霧機構または液滴機構による送達、またはエアロゾル噴霧を介した送達を含み得る。組成物の吸入による投与は、噴霧機構または液滴機構による送達を介して、鼻または口を通し得る。送達は、呼吸器系（たとえば、肺）の任意の領域に対して、挿管を介して直接的であり得る。必要とされる組成物の正確な量は、被験体から被験体までで変化し、種、年齢、体重および被験体の一般的状態、処置されるアレルギー性障害の重症度、使用される特定の核酸またはベクター、その投与様式などに依存する。従って、全ての組成物についての正確な量を特定することは不可能である。しかし、適切な量は、本明細書中の教示に従う単なる慣用的な実験を用いて、当業者によって決定され得る。

この組成物の非経口投与は、使用される場合、一般的に、注射によって特徴付けられる。注射可能物質は、液体溶液剤または液体懸濁剤、注射前の液体中の懸濁の溶液のために適した固体形態、または乳濁剤形態のいずれかとして、従来的形態に調製され得る。より近年に改訂された非経口投与のためのアプローチは、一定の投薬量が維持される、ゆっくりした放出または徐放性の系の使用を含む。例えば、米国特許第３，６１０，７９５号（本明細書中で参考として援用される）を参照のこと。

この物質は、溶液中、懸濁剤中であり得る（例えば、微小粒子、リポソームまたは細胞内に組み込まれる）。これらは、抗体、レセプターまたはレセプターリガンドを介して、特定の細胞型を標的化し得る。以下の参考文献は、特定のタンパク質を主要組織に対して標的化するためのこの技術の使用の例である（Ｓｅｎｔｅｒら，Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ Ｃｈｅｍ．，２：４４７−４５１，（１９９１）；Ｂａｇｓｈａｗｅ，Ｋ．Ｄ．，Ｂｒ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ，６０：２７５−２８１，（１９８９）；Ｂａｇｓｈａｗｅら，Ｂｒ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ，５８：７００−７０３，（１９８８）； Ｓｅｎｔｅｒら，Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ Ｃｈｅｍ．，４：３−９，（１９９３）；Ｂａｔｔｅｌｌｉら，Ｃａｎｃｅｒｉｍｍｕｎｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．，３５：４２１−４２５，（１９９２）；ＰｉｅｔｅｒｓｚおよびＭｃＫｅｎｚｉｅ，Ｉｍｍｕｎｏｌｏｓ．概説，１２９：５７−８０，（１９９２）；ならびにＲｏｆｆｌｅｒら，Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ，４２：２０６２−２０６５，（１９９１））。「ステルス」のようなビヒクルおよび他の抗体は、リポソーム（結腸癌腫を標的化する脂質媒介性薬物を含む）、ＤＮＡの細胞特異的リガンドを通した標的化を媒介するレセプター、腫瘍標的化を指向するリンパ球、およびマウス神経膠腫細胞をインビボで標的化する高度に特異的な治療用レトロウイルスを、結合体化した。以下の参考文献は、腫瘍組織に対して特定のタンパク質を標的化するためのこの技術の使用の例である（Ｈｕｇｈｅｓら，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，４９：６２１４−６２２０，（１９８９）；ならびにＬｉｔｚｉｎｇｅｒおよびＨｕａｎｇ，Ｂｉｏｃｈｉｍｉｃａ ｅｔ Ｂｉｏｐｈｙｓｉｃａ Ａｃｔａ，１１０４：１７９−１８７，（１９９２））。一般に、レセプターは、構成的またはリガンド誘導性のどちらかのエンドサイトーシスの経路に含まれる。
これらのレセプターは、クラスリンでコートされた孔の中に集められ、クラスリンでコートされたビヒクルを通して細胞に侵入し、レセプターが選別される酸性化エンドソームを通過し、次いで、細胞表面へ再生するか、細胞内に貯蔵されるか、またはリソソームにおいて分解される。内在化経路は、栄養取り込み、活性化タンパク質の除去、高分子のクリアランス、ウイルスおよび毒素の日和見侵入、リガンドの解離および分解、ならびにレセプターレベルの調節のような、種々の機能を与える。多くのレセプターは、細胞型、レセプター濃度、リガンドの型、リガンドのイオン価およびリガンド濃度に依存して、１より多い細胞内経路に進む。レセプター媒介性エンドサイトーシスの分子機構および細胞機構は、概説されている（ＢｒｏｗｎおよびＧｒｅｅｎｅ，ＤＮＡ ａｎｄ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ １０：６，３９９−４０９（１９９１））。

（ａ．薬学的に受容可能なキャリア）
この組成物は、薬学的に受容可能なキャリアと組み合わせて、治療的に使用され得る。

適切なキャリアおよびその処方物は、以下に記載される：Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ（第１９版）Ａ．Ｒ．Ｇｅｎｎａｒｏ編，Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏｍｐａｎｙ，Ｅａｓｔｏｎ，ＰＡ １９９５。代表的に、適切な量の薬学的に受容可能な塩は、処方物においてこの処方物を等張にするために使用される。薬学的に受容可能なキャリアの例としては、生理食塩水、リンガー溶液およびデキストロース溶液が挙げられるが、これらに限定されない。溶液のｐＨは、好ましくは、約５から約８までであり、より好ましくは、約７から約７．５までである。さらなるキャリアは、抗体を含む固体の疎水性ポリマーの半透性マトリックスのような、徐放性調製物を含む。このマトリックスは、造形品（例えば、フィルム、リポソームまたは微小粒子）の形態である。例えば、投与経路および投与される組成物の濃度に依存して、特定のキャリアがより好ましいことが、当業者に明らかである。

薬学的キャリアは、当業者に公知である。これらは、最も代表的に、薬物をヒトに投与するための標準的キャリアであり、滅菌水、生理食塩水および生理学的ｐＨの緩衝化溶液のような溶液が挙げられる。組成物は、筋肉内投与され得るか、または皮下投与され得る。他の化合物は、当業者によって使用される標準的手段に従って投与される。

薬学的組成物としては、選択された分子に加え、キャリア、増粘剤、希釈剤、緩衝化剤、保存剤、界面活性剤などが挙げられ得る。薬学的組成物はまた、抗微生物剤、抗炎症剤、麻酔剤などの、１以上の活性成分を含有する。

この薬学的組成物は、局所的処置または全身的処置のどちらが所望されるか、および処置されるべき領域に依存して、多くの方法で投与され得る。投与は、局所的投与（眼（ｏｐｈｔｈａｌｍｉｃａｌｌｙ）投与、膣（ｖａｇｉｎａｌｌｙ）投与、直腸（ｒｅｃｔａｌｌｙ）投与、鼻内投与が挙げられる）、経口投与、吸入による投与、または非経口投与（例えば、静脈内点滴、皮下注射、腹腔内注射または筋肉内注射による）であり得る。本開示の組成物は、静脈内投与され得るか、腹腔内投与され得るか、筋肉内投与され得るか、皮下投与され得るか、腔内投与され得るか、または経皮投与され得る。

非経口投与のための調製物としては、無菌の水溶液または非水性溶液、懸濁液および乳濁液が挙げられる。非水性溶液は、プロピレングリコール、ポリエチレングリコール、植物油（例えば、オリーブ油）、および注射可能有機エステル（例えば、エチルオレエート）である。水性キャリアとしては、水、アルコール溶液／水溶液、乳濁液または懸濁液（生理食塩水および緩衝化媒体を含む）が挙げられる。非経口ビヒクルとしては、塩化ナトリウム溶液、リンガーデキストロース、デキストロースおよび塩化ナトリウム、乳酸加リンガー液または不揮発性油が挙げられる。静脈内ビヒクルとしては、液体および栄養補充剤、電界質補充剤（例えば、リンガーデキストロースベースの電界質補充剤）などが挙げられる。保存剤および他の添加剤もまた存在し、例えば、抗微生物剤、抗酸化剤、キレート剤および不活性気体などが存在し得る。

局所投与のための処方物としては、軟膏、ローション剤、クリーム剤、ゲル剤、ドロップ剤、坐剤、スプレー剤、液剤および散剤が挙げられ得る。従来的薬学的キャリア、水性ベース、散剤ベースまたは油性ベース、増粘剤などが、必要であり得るか、または所望され得る。

経口投与のための組成物としては、散剤もしくは顆粒剤、水または非水性媒体中の懸濁剤もしくは液剤、カプセル剤、カシェ剤または錠剤が挙げられる。増粘剤、香料添加剤、希釈剤、乳化剤、分散補助剤または結合剤が、所望され得る。

組成物の幾つかは、無機酸（例えば、塩酸、臭化水素酸、過塩素酸、硝酸、チオシアン酸、硫酸およびリン酸）ならびに有機酸（例えば、ギ酸、酢酸、プロピオン酸、グリコール酸、乳酸、ピルビン酸、シュウ酸、マロン酸、コハク酸、マレイン酸およびフマル酸）との反応によって形成されるか、または無機塩基（例えば、水酸化ナトリウム、水酸化アンモニウム、水酸化カリウム）ならびに有機塩基（例えば、モノアルキルアミン、ジアルキルアミン、トリアルキルアミン、およびアリールアミンならびに置換エタノールアミン）との反応によって形成される、薬学的に受容可能な酸付加塩または塩基付加塩として投与され得る。

（ｂ．治療的使用）
この組成物を投与するための有効用量およびスケジュールは、実験的に決定され得、そしてこのような決定を行うことは、当該分野の技術範囲内である。この組成物の投与のための投薬量の範囲は、障害の症状が生じるところにおいて所望の効果を生じるために十分に大きい。この投薬量は、副作用（例えば、望まない交差反応、アナフィラキシー反応など）を引き起こすほど多くない。一般に、この投薬量は、年齢、状態、性別、患者における疾患の程度、投与の経路、または他の薬物がレジメンに含まれるか否かに伴って変化し、当業者によって決定され得る。この投薬量は、何らかの反対徴候（ｃｏｕｎｔｅｒｉｎｄｉｃａｔｉｏｎ）の事象において、個々の医師によって調整され得る。投薬量は変化し得、そして１日に１回以上の投薬量投与で、１日または幾日か投与され得る。手引きは、所定のクラスの医薬品のための適切な投薬量についての文献において見出され得る。ＳＯＣＳ配列または細胞透過性ＳＯＣＳ配列の代表的な日用量は、上記の要因に依存して、１日に約１μｇ／ｋｇ体重から１００ｍｇ／ｋｇ体重以上にまで及び得る。

炎症を処置し、阻害し、または予防するための本開示の組成物（例えば、ＳＯＣＳ配列または細胞透過性ＳＯＣＳ配列）の投与の後、例えば、治療用抗体の効力が、熟練した医師に周知の種々の方法において評価され得る。例えば、当業者は、本明細書中で開示される組成物（例えばポリペプチド）は、被験体における炎症を処置するかまたは阻害することにおいて有効であることを、この組成物が炎症を軽減するかまたは炎症のさらなる増大を予防することを観察することによって理解する。

本明細書中で開示される、サイトカイン誘導性シグナル伝達を阻害する組成物は、炎症の危険があるかまたは炎症誘導性物質（例えば、細菌）に新たに曝されている患者または被験体に予防的に投与され得る。

他の分子は、ＳＯＣＳと相互作用して炎症を阻害する。この分子は、特定の薬学的機能を有さないが、細胞の染色体内の変化を追跡するために使用され得るか、または診断ツール（例えば、医薬品について記載された方法に類似する方法で送達され得る）を送達するために使用され得る。

本開示の組成物および方法はまた、例えば、種々の炎症関連疾患のための新規な薬物候補を単離しそして試験するためのツールとして使用され得る。

（７．チップおよびマイクロアレイ）
少なくとも１つのアドレスが本明細書中に開示される核酸配列のいずれかに示される配列またはこの配列の一部であるチップが、開示される。また、少なくとも１つのアドレスが、本明細書中に開示されるペプチド配列のいずれかに示される配列またはこの配列の一部であるチップが、開示される。

また、少なくとも１つのアドレスが本明細書中に開示される核酸配列のいずれかに示される配列の改変体またはこの配列の一部であるチップが、開示される。また、少なくとも１つのアドレスが、本明細書中に開示されるペプチド配列のいずれかに示される配列の改変体またはこの配列の一部であるチップが、開示される。

（８．コンピューター読み取り可能媒体）
本開示の核酸およびタンパク質は、核酸またはアミノ酸を含む配列として提示されることが理解される。これらの配列を示す種々の方法が存在する。例えば、ヌクレオチドグアノシンは、Ｇまたはｇによって表される。同様に、アミノ酸バリンは、ＶａｌまたはＶによって表される。当業者は、存在する種々の方法のいずれかにおいていかにして任意の核酸配列またはタンパク質配列を示しそして表現するかを理解する。これらの方法の各々は、本明細書中で開示されるとみなされる。これらの配列のコンピューター読み取り可能媒体（例えば、市販のフロッピー（登録商標）ディスク、テープ、チップ、ハードドライブ、コンパクトディスクおよびビデオディスクまたは他のコンピューター読み取り可能媒体）上の表示が、本明細書中で具体的に企図される。本開示の配列のバイナリコード表現もまた、開示される。当業者は、コンピューター読み取り可能媒体を理解する。従って、核酸配列またはタンパク質配列が記録され、蓄積され、または保存されるコンピューター読み取り可能媒体である。

（９．キット）
本明細書中で開示される方法の実施において使用され得る試薬を含むキットが、本明細書中で開示される。このキットは、本明細書中で議論される任意の試薬または組成物、または本開示の方法の実施において必要とされるかもしくは有益であると理解される任意の試薬または組成物を含み得る。例えば、このキットは、本開示の細胞透過性ＳＯＣＳポリペプチドならびにこのポリペプチドを意図するように使用するために必要な緩衝剤および酵素を含み得る。例えば、被験体における炎症を処置するためのキットであって、本明細書中で開示される薬学的組成物を含むキットが開示される。

（１０．類似の機能を有する組成物）
本明細書中で開示される組成物は、特定の機能（例えば、サイトカイン誘導性シグナル伝達の阻害）を有する。本開示の機能を実施するための特定の構造的必要性が、本明細書中で開示される。そして、本開示の構造に関連する機能と同じ機能を実施し得る種々の構造が存在し、そしてこれらの構造は最終的に同じ結果（例えば、サイトカインの阻害）を達成することが理解される。

（Ｄ．組成物を作製する方法）
本明細書中で開示される組成物および本開示の方法を実施するために必要な組成物が、この特定の試薬または化合物について、他に特に記載されない限り、当業者に公知の任意の方法を用いて作製される。

（１．核酸合成）
例えば、プライマーとして使用される核酸（例えば、オリゴヌクレオチド）は、標準的化学的合成方法を用いて作製され得るか、または酵素的方法もしくは任意の他の公知の方法を用いて作製され得る。このような方法は、標準的酵素的分解の後のヌクテオチドフラグメント単離（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，第２版（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．，１９８９）第５章、第６章を参照）から、純粋合成方法（例えば、ＭｉｌｌｉｇｅｎのＤＮＡ合成機またはＢｅｃｋｍａｎ Ｓｙｓｔｅｍ １ Ｐｌｕｓ ＤＮＡ合成機（例えば、 Ｍｉｌｌｉｇｅｎ−ＢｉｏｓｅａｒｃｈのＭｏｄｅｌ ８７００ ａｕｔｏｍａｔｅｄ ｓｙｎｔｈｅｓｉｚｅｒ，Ｂｕｒｌｉｎｇｔｏｎ，ＭＡまたはＡＢＩ Ｍｏｄｅｌ ３８０Ｂ）を用いるシアノエチルホスホラミダイト方法）までの範囲に及び得る。オリゴヌクレオチドを作製するために有用な合成方法はまた、Ｉｋｕｔａら，Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．５３：３２３−３５６（１９８４），（リン酸トリエステル法および亜リン酸トリエステル法）、ならびにＮａｒａｎｇら，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｅｎｚｙｍｏｌ．，６５：６１０−６２０（１９８０），（リン酸トリエステル法）によって記載される。タンパク質核酸分子は、Ｎｉｅｌｓｅｎら，Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇ Ｃｈｅｍ．５：３−７（１９９４）によって記載されるような公知の方法を用いて作製され得る。

（２．ペプチド合成）
本開示のタンパク質（例えば、配列番号２０）を作製する１つの方法は、２以上のペプチドもしくはポリペプチドを、タンパク質化学技術によって互いに結合することである。例えば、ペプチドまたはポリペプチドは、Ｆｍｏｃ（９−フルオレニルメチルオキシカルボニル）化学またはＢｏｃ（ｔｅｒｔ−ブチルオキシカルボニル）化学のどちらかを用いる現在利用可能な研究室装置を用いて化学的に合成され得る（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｉｎｃ．，Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，ＣＡ）。当業者は、本開示のタンパク質に対応するペプチドまたはポリペプチドが、例えば標準的化学反応によって合成され得ることを、容易に理解し得る。例えば、ペプチドまたはポリペプチドは合成されてその合成レジンから分離されず、一方で他のペプチドまたはタンパク質のフラグメントは合成されてその後このレジンから分離され、それによって、他のフラグメントにおいて機能的にブロックされる末端基に曝露され得る。ペプチド縮合反応により、これらの２つのフラグメントはそれぞれそのカルボキシ末端およびアミノ末端でペプチド結合を介して共有結合され、抗体またはそのフラグメントを形成する。（Ｇｒａｎｔ ＧＡ（１９９２）Ｓｙｎｔｈｅｔｉｃ Ｐｅｐｔｉｄｅｓ：Ａ Ｕｓｅｒ Ｇｕｉｄｅ．Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ ａｎｄ Ｃｏ．，Ｎ．Ｙ．（１９９２）；Ｂｏｄａｎｓｌｃｙ ＭおよびＴｒｏｓｔ Ｂ．編（１９９３）Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ｏｆ Ｐｅｐｔｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ．Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇ Ｉｎｃ．，ＮＹ（これらは、少なくともペプチド合成に関する資料について、本明細書中で参考として援用される）。あるいは、ペプチドまたはポリペプチドは、本明細書中で記載されるように、インビボで独立して合成される。一旦単離されると、これらの独立したペプチドまたはポリペプチドは、結合して、類似のペプチド縮合反応を介してペプチドまたはそのフラグメントを形成し得る。

例えば、クローニングされたペプチドセグメントまたは合成ペプチドセグメントの酵素的ライゲーションは、比較的短いペプチドフラグメントが結合してより大きなペプチドフラグメント、ポリペプチドまたはタンパク質ドメイン全体を生成することを可能にする（Ａｂｒａｈｍｓｅｎ Ｌ．ら，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，３０：４１５１（１９９１））。あるいは、合成ペプチドのネイティブな化学的ライゲーションが使用され、より短いペプチドフラグメントからより大きなペプチドまたはポリペプチドを合成的に構築し得る。この方法は、２工程の化学反応からなる（Ｄａｗｓｏｎら，Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｂｙ Ｎａｔｉｖｅ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｌｉｇａｔｉｏｎ．Ｓｃｉｅｎｃｅ，２６６：７７６−７７９（１９９４））。第１工程は、保護されていない合成ペプチドであるチオエステルの、別の保護されていないペプチドセグメントとの化学選択的反応であって、この別のペプチドセグメントはアミノ末端のＣｙｓ残基を含み、これによって最初の共有結合生成物としてチオエステル結合中間体が生じる。反応条件を変えることなく、この中間体は自発的な迅速な分子内反応を受けて、ライゲーション部位においてネイティブのペプチド結合を形成する（Ｂａｇｇｉｏｌｉｎｉ Ｍ．ら（１９９２）ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ．３０７：９７−１０１；Ｃｌａｒｋ−Ｌｅｗｉｓ Ｉ．ら，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２６９：１６０７５（１９９４）；Ｃｌａｒｋ−Ｌｅｗｉｓ Ｉ．ら，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，３０：３１２８（１９９１）；Ｒａｊａｒａｔｈｎａｍ Ｋ．ら，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ３３：６６２３−３０（１９９４））。

あるいは、保護されていないペプチドセグメントは、化学的に結合され、ここで化学的ライゲーションの結果としてペプチドセグメント間に形成される結合は、非天然の結合（非ペプチド結合）である（Ｓｃｈｎｏｌｚｅｒ，Ｍら，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２５６：２２１（１９９２））。この技術は、タンパク質ドメインのアナログおよび完全な生物学的活性を有する大量の比較的純粋なタンパク質を合成するために使用されている（ｄｅＬｉｓｌｅ Ｍｉｌｔｏｎ ＲＣ．ら，Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ｉｎ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ＩＶ．Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，ｐｐ．２５７−２６７（１９９２））。

（３．組成物の作製のためのプロセス）
組成物を作製するプロセスおよびこの組成物をもたらす中間体を作製するプロセスが、開示される。例えば、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１３、配列番号１８および配列番号２３の核酸が開示される。これらの組成物を作製するために使用され得る種々の方法（例えば、合成化学方法および標準的分子生物学方法）が存在する。これらの組成物および他の開示される組成物を作製する方法が、具体的に開示されることが理解される。

本開示の核酸のいずれかで細胞を形質転換するプロセスによって作製される細胞が、開示される。天然に存在しない本開示の核酸のいずれかで細胞を形質転換するプロセスによって作製される細胞が、開示される。

本開示の核酸のいずれかを発現するプロセスによって作製される本開示のペプチドのいずれかが、開示される。天然に存在しない本開示の核酸のいずれかを発現するプロセスによって作製される天然に存在しない本開示のペプチドのいずれかが、開示される。

動物内の細胞を明細書中で開示される核酸のいずれかでトランスフェクトするプロセスによって作製される動物が、開示される。動物内の細胞を明細書中で開示される核酸のいずれかでトランスフェクトするプロセスによって作製される動物であって、哺乳動物である動物が、開示される。また、動物内の細胞を明細書中で開示される核酸のいずれかでトランスフェクトするプロセスによって作製される動物であって、この哺乳動物がマウス、ラット、ウサギ、雌ウシ、ヒツジ、ブタまたは霊長類である動物が、開示される。

また、本明細書中で開示される細胞を動物に加えるプロセスによって作製される動物が、開示される。

（Ｅ．この組成物を使用する方法）
（１．この組成物を研究ツールとして使用する方法）
本開示の組成物は、種々の方法で研究ツールとして使用され得る。例えば、本開示の組成物（例えば、配列番号３、配列番号４、配列番号７、配列番号８、配列番号１２、配列番号１９、配列番号２１、配列番号２２および配列番号２４）は、ＳＯＣＳタンパク質またはＳＯＣＳ配列と炎症性反応との間の、例えば結合のインヒビターとして作用することによる相互作用を研究するために使用され得る。

この組成物は、例えば、コンビナトリアル化学プロトコールまたは他のスクリーニングプロトコールにおいて、ＳＯＣＳタンパク質またはＳＯＣＳ配列に関連する所望の機能特性を有する分子を単離するための標的として使用され得る。

本開示の組成物はまた、例えばトキシックショック症候群などの疾患に関連する診断ツールとして使用され得る。

本開示の組成物は、本明細書中で議論されるように、マイクロアレイにおける試薬または存在するマイクロアレイをプローブ検出するための試薬かまたは分析するための試薬のどちらかとして使用され得る。本開示の組成物は、１ヌクレオチド多型を単離するかまたは同定するための任意の公知の方法において使用され得る。この組成物は、例えば、ＳＯＣＳタンパク質またはＳＯＣＳ配列の対立遺伝子分析を決定するための任意の方法においてもまた、使用され得る。この組成物はまた、チップ／マイクロアレイに関連するスクリーニングアッセイの任意の公知の方法においてもまた、使用され得る。この組成物はまた、本開示の組成物のコンピューター読み取り可能実施形態を使用する任意の公知の方法（例えば、関連性を研究するための方法、または本開示の組成物に関連する分子モデリング分析を実施するための方法）においても使用され得る。

（２．処置の方法）
また、本明細書中で開示されるポリペプチドを被験体に投与する方法も、開示される。このポリペプチドは、サイトカインシグナル伝達の阻害に関連する種々の状態、疾患および障害を処置するために投与され得る。例えば、感染および炎症が、処置され得る。さらに、このポリペプチドは、炎症および感染の危険のある被験体において炎症および感染を予防するために使用され得る。

また、細胞においてサイトカイン誘導性応答を阻害する方法であって、細胞に本明細書中で開示されるポリペプチド（例えば、細胞透過性ＳＯＣポリペプチドおよびＳＯＣＳ配列）を投与する工程を包含する方法も、開示される。また、被験体においてサイトカイン誘導性応答を阻害する方法であって、被験体に本明細書中で開示されるポリペプチド（例えば、細胞透過性ＳＯＣポリペプチドおよびＳＯＣＳ配列）を投与する工程を包含する方法も開示される。

また、細胞においてサイトカイン誘導性応答を阻害する方法であって、細胞に本明細書中で開示されるポリペプチド（例えば、細胞透過性ＳＯＣポリペプチドおよびＳＯＣＳ配列）を含む複合体を投与する工程を包含する方法も、開示される。また、被験体においてサイトカイン誘導性応答を阻害する方法であって、被験体に本明細書中で開示されるポリペプチド（例えば、細胞透過性ＳＯＣポリペプチドおよびＳＯＣＳ配列）を含む複合体を投与する工程を包含する方法も、開示される。

（ａ．炎症）
被験体において炎症の重症度を軽減する方法が、本明細書中で開示される。これらの方法は、本明細書中で開示されるように、炎症を有するかまたは炎症の危険のある被験体を選択する工程、および被験体にＳＯＣＳ配列または細胞透過性ＳＯＣＳ配列の有効量を投与する工程を包含する。

炎症は、多くの異なる疾患および障害に関連し得る。炎症の例としては、肝炎に関連する炎症、肺、肝臓および／もしくは腎臓、心臓、脳ならびに髄膜および／もしくは皮膚に関連する炎症、ならびに感染プロセスに関連する炎症が挙げられるが、これらに限定されない。炎症はまた、肝臓毒性にも関連し得、肝臓毒性はまた、例えば、アポトーシス誘導もしくは化学治療、またはこの２つの組み合わせのような癌治療に関連し得る。肝臓毒性はまた、ダイオキシン、アセトアミノフェンおよびエタノール（アルコール性肝炎）のような物質によって化学的に誘導され得る。

炎症は、上述のように、炎症性疾患に関連し得る。炎症はまた、癌にも関連し得る。癌の型の例としては、リンパ腫（ホジキンリンパ腫および非ホジキンリンパ腫）、Ｂ細胞リンパ腫、Ｔ細胞リンパ腫、白血病（例えば、骨髄性白血病および他の型の白血病）、菌状息肉腫、癌腫、腺癌、肉腫、神経膠種、芽腫、神経芽腫、プラスマ細胞腫、組織球腫、メラノーマ、アデノーマ、低酸素性腫瘍、骨髄腫、ＡＩＤＳ関連リンパ腫またはＡＩＤＳ関連肉腫、転移性癌、膀胱癌、脳癌、神経系癌、頭部および頚部の扁平上皮細胞癌腫、神経芽腫、グリア芽腫、卵巣癌、皮膚癌、肝臓癌、口、咽喉、咽頭および肺の扁平上皮細胞癌腫、結腸癌、子宮頸癌、胸部癌、子宮頚癌腫、上皮癌、腎臓癌、尿生殖器癌、肺癌、食道癌、頭部および頚部の癌腫、造血器癌（ｈｅｍａｔｏｐｏｉｅｔｉｃ ｃａｎｃｅｒ）、精巣癌、結腸直腸癌、前立腺癌および膵臓癌が挙げられるが、これらに限定されない。

活性化細胞はまた、炎症の部位で処置され得る。「活性化細胞」は、炎症性応答において関与する細胞として規定される。このような細胞の例としては、Ｔ細胞およびＢ細胞、マクロファージ、ＮＫ細胞、肥胖細胞、好酸球、好中球、クップファー細胞、抗原提示細胞および血管内皮細胞が挙げられるが、これらに限定されない。

（ｂ．感染）
炎症は、感染（例えば、ウイルス感染または細菌感染）に関連し得る。１つの実施形態において、この細菌感染は、Ｓｔａｐｌａｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓエンテロトキシンＢ産生感染であり得る。被験体における感染の重症度は、処置後に軽減され得、そして感染および炎症の症状の重症度も軽減され得る。ポリペプチドは、外科手術の前または後に被験体に投与され得る。このポリペプチドはまた、感染性生物兵器に接触する前または後に被験体に投与され得る。

炎症が感染プロセスに関連する場合、この感染プロセスは、ウイルス感染に関連し得る。ウイルス感染の例としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない：単純ヘルペスウイルス−１、単純ヘルペスウイルス２型、サイトメガロウイルス、エプスタイン−バーウイルス、水痘−帯状疱疹ウイルス、ヒトヘルペスウイルス６、ヒトヘルペスウイルス７、ヒトヘルペスウイルス８、痘瘡ウイルス、水疱性口内炎ウイルス、Ａ型肝炎ウイルス、Ｂ型肝炎ウイルス、Ｃ型肝炎ウイルス、Ｄ型肝炎ウイルス、Ｅ型肝炎ウイルス、ライノウイルス、ＳＡＲＳウイルスを含むコロナウイルス、Ａ型インフルエンザウイルス、Ｂ型インフルエンザウイルス、麻疹ウイルス、ポリオーマウイルス、ヒトパピローマウイルス、ＲＳウイルス、アデノウイルス、コクサッキーウイルス、デング熱ウイルス、流行性耳下腺炎ウイルス、ポリオウイルス、狂犬病ウイルス、ノーウォークウイルス、ラウス肉腫ウイルス、黄熱病ウイルス、エボラウイルス、マルブルクウイルス、ラッサ熱ウイルス、東部ウマ脳炎ウイルス（Ｅａｓｔｅｒｎ Ｅｑｕｉｎｅ Ｅｎｃｅｐｈａｌｉｔｉｓ ｖｉｒｕｓ）、日本脳炎ウイルス、セントルイス脳炎ウイルス、ミュレーバレー熱ウイルス（Ｍｕｒｒａｙ Ｖａｌｌｅｙ ｆｅｖｅｒ ｖｉｒｕｓ）、西ナイルウイルス、リフトバレー熱ウイルス、Ａ型ロタウイルス、Ｂ型ロタウイルス、Ｃ型ロタウイルス、シンドビスウイルス、サル免疫不全ウイルス（Ｓｉｍｉａｎ Ｉｍｍｕｎｏｄｅｆｉｃｉｅｎｃｙｃｉｒｕｓ）、ヒトＴ細胞白血病ウイルス１型、ハンタウイルス、風疹ウイルス、サル免疫全ウイルス（Ｓｉｍｉａｎ Ｉｍｍｕｎｏｄｅｆｉｃｉｅｎｃｙ ｖｉｒｕｓ）、ヒト免疫不全ウイルス１型、およびヒト免疫不全ウイルス２型。感染性因子はまた、ウシ海綿状脳症に関連するプリオンでもあり得る。

炎症が感染プロセスに関連する場合、この感染プロセスは、細菌感染に関連し得る。細菌感染は、グラム陽性菌またはグラム陰性菌のどちらかによって引き起こされ得る。グラム陽性菌は、以下からなる群より選択される：

グラム陰性菌は、以下からなる群より選択される：

グラム陽性菌およびグラム陰性菌の上記の例は、限定を意図しないが、全てのグラム陽性菌およびグラム陰性菌、ならびに非グラム試験（ｎｏｎ−ｇｒａｍ ｔｅｓｔ）反応性細菌を含む大集団を代表することを意図する。他の種の細菌の例としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない：

炎症が感染プロセスに関連する場合、この感染プロセスは、寄生虫感染に関連し得る。寄生虫感染の例としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない：Ｔｏｘｏｐｌａｓｍａ ｇｏｎｄｉｉ、プラスモディウム種（例えば、Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ ｆａｌｃｉｐａｒｕｍ、Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ ｖｉｖａｘ、Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ ｍａｌａｒｉａｅ、および他のプラスモディウム種）、Ｔｒｙｐａｎｏｓｏｍａ ｂｒｕｃｅｉ、Ｔｒｙｐａｎｏｓｏｍａ ｃｒｕｚｉ、リューシュマニア種（例えば、Ｌｅｉｓｈｍａｎｉａ ｍａｊｏｒ）、住血吸虫（例えばＳｃｈｉｓｔｏｓｏｍａ ｍａｎｓｏｎｉおよび他の住血吸虫（Ｓｈｉｓｔｏｓｏｍａ）種）、ならびにＥｎｔａｍｏｅｂａ ｈｉｓｔｏｌｙｔｉｃａ）。

炎症が感染プロセスに関連する場合、この感染プロセスは、真菌感染に関連し得る。真菌感染の例としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない：Ｃａｎｄｉｄａ ａｌｂｉｃａｎｓ、Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｅｏｆｏｒｍａｎｓ、Ｈｉｓｔｏｐｌａｍａ ｃａｐｓｕｌａｔｕｍ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｆｕｍｉｇａｔｕｓ、Ｃｏｃｃｉｄｉｏｄｅｓ ｉｍｍｉｔｉｓ、Ｐａｒａｃｏｃｃｉｄｉｏｄｅｓ ｂｒａｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｂｌａｓｔｏｍｙｃｅｓ ｄｅｒｍｉｔｉｄｉｓ、Ｐｎｅｏｍｏｃｙｓｔｉｓ ｃａｒｎｉｉ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｍａｒｎｅｆｆｉおよびＡｌｔｅｒｎａｒｉａ ａｌｔｅｒｎａｔａ。

（ｃ．生物兵器）
生物兵器のような感染性因子との接触の前または後の被験体において、炎症または感染の重症度を軽減する方法が、開示される。軍用生物薬剤（ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ ｗａｒｆａｒｅ ａｇｅｎｔ）としては、細菌、真菌、およびウイルスが挙げられるが、これらに限定されない。

軍用生物薬剤において使用され得る細菌の例としては、以下が挙げられる：Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｎｔｈｒａｃｉｓ（炭疽）、Ｃｈｌａｍｙｉｄａ ｐｓｉｔｔａｃｉ（オルニトーシス）、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ ｐｒｏｗａｚｅｋｉ（発疹チフス）、Ｖｉｂｒｉｏ ｃｈｏｌｅｒａ（コレラ）、Ｂａｒｔｏｎｅｌｌａ ｑｕｉｎｔａｎａ（塹壕熱）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｔｕｌｉｎｕｍ（ボツリスム）、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ ｒｉｃｋｅｔｔｓｉｉ（ロッキー山紅斑熱）、Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｐｅｓｔｉｓ（ペスト）、Ｂｒｕｃｅｌｌａ ｍｅｌｉｔｅｎｓｉｓ（ブルセラ症）、Ｃｏｘｉｅｌｌａ ｂｕｒｎｅｔｔｉ（Ｑ熱）、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ ｔｓｕｔｓｕｇａｍｕｓｈｉｉ（ツツガムシ病）、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｍａｌｌｅｉ（鼻疽）、Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ ｔｕｌａｅｎｓｉｓ（ツラレミア）、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉ（腸チフス）、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｐｓｅｕｄｏｍａｌｌｅｉ（類鼻疽（Ｍｅｌｉｏｄｏｓｉｓ））、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ ｍｏｏｎｓｅｒｉ（発疹チフス）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｅｎｔｅｒｏｔｏｘｉｎ Ｂ（ＳＥＢ）およびＳｈｉｇｅｌｌａ ｄｙｓｅｎｔｅｒｉａｅ（赤痢）。

軍用生物薬剤として使用され得る真菌の例としては、Ｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ ｉｍｍｉｔｉｓおよびＨｉｓｔｏｐｌａｓｍａ ｃａｐｓｕｌａｔｕｍが挙げられるが、これらに限定されない。

軍用生物薬剤として使用され得るウイルスの例としては、ウイルス性脳炎因子、ウイルス性出血熱因子、チクングニヤウイルス、ハンタンウイルス、マルブルクウイルス、ダニ媒介脳炎ウイルス、コンゴ−クリミア出血性熱ウイルス、日本脳炎ウイルス、サルポックスウイルス（Ｍｏｎｋｅｙ ｐｏｘ ｖｉｒｕｓ）、痘瘡ウイルス、デング熱ウイルス、アルゼンチン出血熱ウイルス（Ｊｕｎｉｎ ｖｉｒｕｓ）、オムスク出血性熱ウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス（Ｖｅｎｅｚｕｅｌａｎ ｅｑｕｉｎｅ ｅｎｃｅｐｈａｌｉｔｉｓ ｖｉｒｕｓ）、東部ウマ脳炎ウイルス（Ｅａｓｔｅｒｎ Ｅｑｕｉｎｅ Ｅｎｃｅｐｈａｌｉｔｉｓ ｖｉｒｕｓ）、ラッサ熱ウイルス、リフトバレー熱ウイルス、西部ウマ脳炎ウイルス（Ｗｅｓｔｅｒｎ ｅｑｕｉｎｅ ｅｎｃｅｐｈａｌｉｔｉｓ ｖｉｒｕｓ）、エボラウイルス、リンパ球脈絡髄膜炎ウイルス、ロシア春夏脳炎ウイルス、白色ポックス（Ｗｈｉｔｅ ｐｏｘ）、ヘンドラウイルス、ボリビア出血熱ウイルス（Ｍａｃｈｕｐｏ ｖｉｒｕｓ）、痘瘡ウイルス（Ｓｍａｌｌｐｏｘ ｖｉｒｕｓ）および黄熱病ウイルスが挙げられるが、これらに限定されない。

本明細書中で開示されるポリペプチドは、軍用生物薬剤に曝される危険のある被験体に投与され得る。例えば、このポリペプチドは、軍隊または軍用生物薬剤に曝される危険の高い者に投与され得る。従って、このポリペプチドは、被験体における感染または炎症の重症度を予防し得るかまたは軽減し得る。本明細書中で開示されるポリペプチドは、曝露の１時間未満前、２時間未満前、３時間未満前、４時間未満前、５時間未満前、６時間未満前、１２時間未満前、２４時間未満前、３６時間未満前、４８時間未満前またはそれ以上前に投与され得る。このポリペプチドはまた、被験体が生物兵器に曝された後にこの被験体に投与され得る。このポリペプチドはまた、曝露の１時間、２時間後、３時間後、４時間後、５時間後、６時間後、１２時間後、２４時間後、３６時間後、４８時間後またはこれより後に投与され得る。被験体が処置の前に曝露されている場合、この被験体は、曝露後可能な限り迅速に処置されるべきである。本明細書中に開示されるポリペプチドは、開示されるように、種々の方法で投与され得る。

（ｄ．生物系）
また、本明細書中で開示されるポリペプチドが生物系に投与される工程を包含する方法が、開示される。この生物系は、炎症性生物系または炎症の危険のある生物系であり得る。この生物系の炎症の重症度は、軽減され得る。

この生物系は、インビトロまたはエキソビボの培養系を含み得る。この系がインビトロ培養物を含む場合、この培養物は、スクリーニングのため、診断目的のため、または生体物質の保存のために使用され得る。インビトロ培養系が使用される場合、本開示の組成物は、細胞の任意の型に送達され得る。例えば、これらは、哺乳動物細胞の任意の型に送達され得る。細胞の型の例は、神経細胞、グリア細胞、線維芽細胞、軟骨細胞、骨細胞、内皮細胞、および肝細胞である。

器官、組織および細胞の生物的保存は、多くの臨床適用および獣医学適用において使用され、ここで、生きている物質が、回収されそして使用する前に一定期間インビトロで保存される。このような適用の例としては、器官の保存および移植、自家骨髄移植および同種骨髄移植、全血移植、血小板移植、臍帯血および他の幹細胞の移植、胎芽移植、人工授精、インビトロ受精、皮膚移植および診断目的のための組織生検の保存が挙げられる。保存技術はまた、病院、産業界、大学および他の研究室における実験的使用のための細胞株の保存においても重要である。

エキソビボ方法が使用される場合、細胞または組織は取り出され、そして当該分野で周知の技術に従って体外で維持される。生物系は、組織培養系または器官培養系を含み得る。

本明細書中で記載されるポリペプチドは、任意の遺伝子導入機構（例えば、リン酸カルシウム媒介性遺伝子送達、エレクトロポレーション、マイクロインジェクションまたはタンパクリポソーム）を介して細胞内に導入され得る。導入された細胞は、次いで、（例えば、薬学的に受容可能なキャリア中で）被験体に注入され得るか、またはこの細胞または組織の型についての標準的方法を介して、被験体内に同位置に移植して戻され得る。

（ｅ．外科手術および移植）
外科手術の前または後の、被験体における炎症の重症度を軽減する方法が、本明細書中で開示される。外科手術に関連する炎症は、例えば、感染によって引き起こされ得る。外科手術に関連する感染は、一般的であり、侵襲性手順および特に関節置換手術のような移植物を必要とする手順の間の感染である。免疫系が移植物上で生きている細菌を攻撃できないので、感染は深刻な問題である。移植片の感染が未処置である場合、この問題はより悪化し得、そして細菌は、例えば全身性問題になり得る足がかりを得てしまい得る。

本明細書中で開示されるポリペプチドは、外科手術の１時間未満前、２時間未満前、３時間未満前、４時間未満前、５時間未満前、６時間未満前、１２時間未満前、２４時間未満前、３６時間未満前、４８時間未満前またはそれ以上前に被験体に投与され得る。このポリペプチドはまた、外科手術の１時間後、２時間後、３時間後、４時間後、５時間後、６時間後、１２時間後、２４時間後、３６時間後、４８時間後またはこれより後に被験体に投与され得る。このポリペプチドは、本明細書中で開示されるように、種々の方法で開示され得る。

移植（ｉｍｐｌａｎｔａｔｉｏｎ）または移植（ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ）のレシピエントにおける炎症の危険を低減する方法が、開示される。炎症は、移植片（ｔｒａｎｓｐｌａｎｔ）または移植片（ｉｍｐｌａｎｔ）のレシピエントの移植拒絶に関連し得る。上述のように、「移植拒絶」は、被験体の体内における外来性の血液または組織の存在によって引き起こされる免疫応答として規定される。移植拒絶の１つの実施形態において、抗体は、移植された物質上の外来性抗原に対して形成され得る。移植は、例えば、組織移植、細胞移植または器官移植（例えば、肝臓、腎臓、皮膚、角膜、膵臓、膵島細胞、心臓または任意の他の移植可能な身体の器官）であり得る。

移植免疫学とは、同種移植片または異種移植片がドナーから取り出され、次いでレシピエント内に移植された後に起こる事象の広範囲な連続をいう。組織は、移植片および移植部位の両方で損傷される。炎症性応答は、ただちに生化学カスケードの活性化が行われるように進む。例えば、炎症性応答は、本明細書中で教示される方法を使用して低減され得る。炎症応答において、一連の特異的細胞応答および非特異的細胞応答が起こり、抗原が認識される。組織損傷（すなわち、虚血、低体温、再灌流障害）の抗原非依存性の原因は、移植片が回収されたことによる機構的外傷および血液供給の破損の結果である。対照的に、組織損傷の抗原依存性の原因は、免疫媒介性損傷に関連する。

マクロファージ放出サイトカイン（例えば、腫瘍壊死因子、インターロイキン−１）は、
炎症性内皮応答を刺激することによって炎症の強度を増大する。これらの内皮チャレンジは、多数のＴ細胞の移植部位への漸増を補助する。

損傷組織は、凝血原（例えば、組織因子およびハーゲマン因子（因子ＸＩＩ））を放出し、これは、幾つかの生化学カスケードを誘発する。凝血カスケードは、フィブリンおよび幾つかの関連フィブリノペプチドを誘導し、これらは、局所血管浸透性を促進し、そして好中球およびマクロファージを誘引する。キニンカスケードは、主にブラジキニンを産生し、これは、血管拡張、平滑筋収縮、および血管浸透性の増大を促進する。

拒絶は、ドナー組織によって発現される、非自己抗原に対するレシピエントの自己免疫応答である。超急性拒絶において、移植物は、同種抗原に対し血清学的に提示される（すなわち、移植片抗原は、非自己として認識される）。組織学的に、多くの多形核白血球（ＰＭＮ）は移植片の血管系内に存在し、そして広範な微小トロンビン（ｍｉｃｒｏｔｈｒｏｍｂｉｎ）形成および血小板蓄積に関連する。白血球浸潤は、ほとんど起こらないか、全く起こらない。超急性拒絶は、移植片の移植の数分〜数時間以内に発現する。移植片レシピエントの抗ドナー抗体に対する慣用的移植前スクリーニングの導入により、超急性拒絶は、比較的珍しくなりつつある。

急性拒絶において、移植片抗原は、Ｔ細胞によって認識される。サイトカイン放出の結果は、最終的に組織変形、血管不全および細胞破壊をもたらす。組織学的に、白血球は、同数のマクロファージおよび間隙内のＴ細胞によって支配されて、提示される。これらのプロセスは、移植の２４時間以内に起こり得、そして数日または数週間にわたって起こり得る。

慢性拒絶において、移植周辺および移植後の外傷から、病的組織の再構築が生じる。サイトカインおよび組織増殖因子は、平滑筋細胞を誘導して、増殖させ、移動させそして新規のマトリックス物質を産生させる。間隙の線維芽細胞もまた、コラーゲンを産生するように誘導される。組織学的に、進行性の新内膜（ｎｅｏｉｎｔｉｍａｌ）形成は、大動脈および中血管内に起こり、より小さな程度で移植片の血管内で起こる。白血球浸潤は、通常、穏やかであるか、または存在しない。これらは、血流の減少をもたらし、その後の局部的組織虚血、線維症および細胞死をもたらす（Ｐｒｅｓｃｉｌｌａら，ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｍｅｄｉｃｉｎｅ．ｃｏｍ、Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ｏｆ Ｔｒａｎｓｐｌａｎｔ Ｒｅｊｅｃｔｉｏｎ，２００３年１月２０日更新）。

移植拒絶は、移植の１〜１０分以内、または移植の１０分〜１時間以内、または移植の１時間〜１０時間以内、または移植の１０時間〜２４時間以内、または移植の２４時間〜４８時間以内、移植の４８時間〜１ヶ月以内、移植の１ヶ月〜１年以内、移植の１年〜５年以内、あるいはなお移植のより長期間後に起こり得る。

移植片（ｉｍｐｌａｎｔ）または移植片（ｔｒａｎｓｐｌａｎｔ）は、ＳＯＣＳ配列、細胞透過性ＳＯＣＳ配列またはＳＯＣＳタンパク質に接触され得る。この移植片（ｉｍｐｌａｎｔ）または移植片（ｔｒａｎｓｐｌａｎｔ）は、移植（ｉｍｐｌａｎｔａｔｉｏｎ）または移植（ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ）の少なくとも１分間、５分間、１０分間、１５分間、２０分間、３０分間、４５分間または６０分間前に接触され得る。この移植片（ｉｍｐｌａｎｔ）または移植片（ｔｒａｎｓｐｌａｎｔ）はまた、移植（ｉｍｐｌａｎｔａｔｉｏｎ）または移植（ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ）の少なくとも２時間前、３時間前、４時間前、５時間前、１０時間前、１２時間前、２４時間前、３６時間前、または４８時間前に接触され得る。

慢性および亜急性の炎症は、インスリン抵抗性２型糖尿病および代謝症候群を伴う肥満の発達に関連づけられる。例えば、インスリン抵抗性は、炎症性サイトカインの産生の増大に関連付けられている（Ｈｏｔａｍｉｓｌｉｇｉｌ，．Ｇ．Ｓ．Ｉｎｔ．Ｊ．Ｏｂｅｓ ２７，Ｓ５３−５５，（２００３））。主要な炎症促進性サイトカインであるＴＮＦαの過剰産生は、肥満におけるインスリン抵抗性に寄与すると考えられる（Ｕｙｓａｌ，Ｋ．Ｔ．ら，Ｎａｔｕｒｅ ３８９：６１０−６１４（１９９７））。ＴＮＦαおよび他の炎症促進性サイトカインは、ＳＯＣＳ３の発現を誘導する（Ｋｒｅｂｓ，Ｄ．およびＨｉｌｔｏｎ Ｄ．Ｊ．Ｓｔｅｍｓ Ｃｅｌｌｓ １９：３７８−３８７（２００１））。ＳＯＣＳ３は、インスリンおよびレプチンのシグナル伝達を弱める（Ｅｍａｎｕｅｌｌｉ，Ｂ．ら，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７５，１５９８５−１５９９１（２０００）、Ｂｊｏｒｂａｅｋ，Ｃ．ら，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７４，３００５９−３００６５）。

被験体および被験体から得られる細胞は、変異ＳＯＣＳ配列、細胞透過性変異ＳＯＣＳ配列、細胞透過性変異ＳＯＣＳタンパク質、変異ＳＯＣＳ３配列、細胞透過性変異ＳＯＣＳ３配列、細胞透過性変異ＳＯＣＳ３タンパク質、またはこれらのフラグメントに接触され得る。これらの細胞透過性変異ＳＯＣＳ配列、タンパク質またはフラグメントは、慢性または亜急性の炎症促進性サイトカイン刺激に対する応答において、内因性ＳＯＣＳ（例えば、ＳＯＣＳ３）のインヒビターとして作用する。従って、そのインスリンおよびレプチンシグナル伝達における弱毒化効果は、逆転される。変異ＳＯＣＳが由来するＳＯＣＳタンパク質の型（例えば、ＳＯＣＳ１、ＳＯＣＳ２）は、一般に、変異ＳＯＣＳの投与によって影響される内因性ＳＯＣＳの型であるが、いくつかの形態において、変異ＳＯＣＳは、他の形態の内因性ＳＯＣＳに影響し得る。

（Ｆ．実施例）
以下の実施例は、特許請求の範囲で特許請求される化合物、組成物、物品、デバイスおよび／または方法が作製されそして評価される方法の完全な開示および記載を当業者に提供するために示され、純粋に例示のみを意図し、本開示を限定することを意図しない。数値（例えば、量、温度など）に関して、正確を保証するための努力がなされているが、ある程度の誤差および偏差が考えられるべきである。他に示されない限り、部は重量部であり、温度は℃であるか周囲の温度であり、そして圧力は空気圧またはそれに近い圧力である。

（１．実施例１：組換えＰ−ＣＯＣＳ３タンパク質の最適化）
組換えの細胞透過性マウスＳＯＣＳ３タンパク質を設計しそして３つの機能的セグメント（キナーゼ阻害活性を有するＮ末端領域、ＳＨ２ドメイン、およびＳＯＣＳボックス）からなる全長アミノ酸を含むように作製した（図１Ａ）。線維芽細胞増殖因子４のシグナル配列疎水性領域由来の１２アミノ酸からなる膜トランスロケーションモチーフ（ＭＴＭ）（Ｈａｗｉｇｅｒ，Ｊ．Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ ＣｈｅｍＢｉｏｌ ３：８９−９４（１９９９））を、ＳＯＣＳ３のＮ−（ＨＭＳ３）末端またはＣ−（ＨＳ３Ｍ）末端のどちらかに結合し、組換えＳＯＣＳ３が細胞を透過しその細胞内機能を発揮する組換えＳＯＣＳ３の能力における、このような位置決定の影響を比較した。ＭＴＭを欠失するコントロールタンパク質（ＨＳ３）もまた、細胞透過性および細胞内機能のための必要性を評価するために構築した。最終的に、全ての組換えＳＯＣＳ３タンパク質は、その精製を容易にするために、Ｎ末端にポリヒスチジンタグを含んだ（図１Ｂ）。この３つの組換えＳＯＣＳ３タンパク質の純度を、ＳＤＳ−ＰＡＧＥ分析によって確認した（図１Ｃ）。精製した、ＭＴＭを有さない（コントロール）かまたは有する可溶性組換え融合タンパク質の生物学的活性を、培養マクロファージおよびＳＥＢ誘導性炎症および肝臓の致死性アポトーシスのマウスモデルにおいて試験した。

（２．実施例２：細胞内送達およびＳＴＡＴ１リン酸化におけるＣＰ−ＳＯＣＳ３の効果ならびに培養マクロファージにおけるサイトカイン／ケモカイン産生）
組換えＳＯＣＳ３タンパク質の細胞内送達を、共焦点レーザー走査顕微鏡によって、マウスマクロファージＲＡＷ細胞において検出した。フルオレセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ）標識したＭＴＭを欠失するＳＯＣＳ３は、ＲＡＷ細胞において検出不可能であった。対照的に、２つのＭＴＭ保有ＳＯＣＳ３タンパク質であるＨＳ３ＭおよびＨＭＳ３は、ＲＡＷ細胞の細胞質中に豊富に存在した（図２Ａ）。これらの細胞を固定せずに、細胞をＦＩＴＣ標識タンパク質でパルスした後に広範な範囲のプロテアーゼであるプロテイナーゼＫを使用し、細胞表面に吸収されたＳＯＣＳ３タンパク質からの蛍光のバックグラウンドを防いだ。従って、プロテアーゼ抵抗性蛍光は、ＭＴＭ保有ＳＯＣＳ３タンパク質のみがその細胞透過性能力を示したことを示す。

細胞透過性効率の最終試験は、ＭＴＭによって輸送されたＳＯＣＳ３タンパク質の細胞内活性の提示である。誘導性発現性内因性ＳＯＣＳ１アダプタータンパク質および誘導性発現性内因性ＳＯＣＳ３アダプタータンパク質は、Ｊａｎｕｓキナーゼ（ＪＡＫ）１およびＪＡＫ２によってＳＴＡＴ１リン酸化（ＩＦＮ−γによって誘導された細胞内シグナル伝達における主要な工程）をブロックすることが公知である（Ｋｒｅｂｓ（２００１），Ｙａｓｕｋａｗａら，（２００３）、Ｌａｎｇら（２００３））。定量的かつ感受性の細胞計数ビーズアレイ（ＣＢＡ）試験を用いて、コントロールタンパク質ＨＳ３（膜透過性に必要なＭＴＭモチーフを欠失する）を発現する細胞におけるＳＴＡＴ１のＩＦＮ−γ誘導性リン酸化を、容易に検出した（図２Ｂ）。対照的に、ＣＰ−ＳＯＣＳ３の両方の形態（ＨＳ３ＭおよびＨＭＳ３）は、ＳＴＡＴ１リン酸化をＩＣ５０＜３μＭでの用量依存性様式で抑制した（図２Ｃ）。ＣＰ−ＳＯＣＳ３タンパク質のＳＴＡＴ１リン酸化における阻害性効果を、免疫ブロッティング研究によって確認した。この研究は、全細胞溶解産物中のリン酸化ＳＴＡＴ１および選択的スプライシング変異体（９１ｋＤおよび８４ｋＤ）のレベルの低下を明らかにした。ＳＴＡＴ１リン酸化に対するＣＰ−ＳＯＣＳの阻害効果は、選択的であった。何故なら、他のストレス応答性転写因子（例えば、ＮＦ−κＢ、ＡＰ−１およびＮＦＡＴ）は阻害されていなかったからである（炎症促進性アゴニストリポ多糖（ＬＰＳ）で処理したＲＡＷ細胞の核抽出物の電気泳動度ゲルシフトアッセイによって決定した）（データは示さず）。これらの転写因子は、炎症性サイトカインを誘導するためにＩＦＮ−γがＬＰＳと共に使用される場合、ＳＴＡＴ１に結合的に相互作用する（Ｌｅｅ，Ｊ．Ｙ．＆Ｓｕｌｌｉｖａｎ，Ｋ．Ｅ．ＩｎｆｅｃｔＩｍｍｕｎ ６９：２８４７−５２（２００１））。

炎症性サイトカインであるＴＮＦ−αおよびＩＬ−６は、ＬＰＳおよびＩＦＮ−γの組み合わせにより、それぞれのアゴニスト単体と比較して、より強く誘導した（図２Ｅ）。特に、マクロファージの１０Ｍ ＨＳ３Ｍまたは１０Ｍ ＨＭＳ３による１時間の処理は、その後の４時間のインキュベーションの間、ＴＮＦ−α、ＩＬ−６および単球化学誘引タンパク質（ＭＣＰ）−１の発現を５５％〜７５％阻害した。対照的に、コントロール細胞非透過性ＨＳ３タンパク質で処理したマクロファージにおけるサイトカイン／ケモカイン発現は、変化しなかった（図２Ｅ）。従って、２つのＣＰ−ＳＯＣＳ３タンパク質は、２つの強力な炎症促進アゴニストであるＬＰＳおよびＩＦＮ−γの組み合わせにより、生細胞内シグナル伝達を阻害した（炎症のサイトカインメディエイタおよびケモカインメディエイタの抑制によって反映される）。

この分析を、Ｃ２Ｈ／ＨｅＪマウスから単離した原発性腹膜マクロファージに対して拡張した。これらのマウスは、Ｔｏｌｌ様レセプター４遺伝子（ｔｌｒ４）において点変異を有し、この変異は、これらのマウスをＢａｌｂ／ＣまたはＣ５７／ＢＬ６のような他の系統と比較してＬＰＳに対して過敏性にする。親和性精製した組換えＳＯＣＳ３タンパク質は、比較的低い量（８〜１３μｇ／ｍｇの精製タンパク質）のＬＰＳを含むが、ＴＬＲ４経路を通したＬＰＳシグナル伝達（Ｓｔｏｉｂｅｒら，Ｊ ｌｍｍｕｎｏｌ １６３：２６４０−７（１９９９））が、内因性ＳＯＣＳ３の発現を誘導することにより、ＣＰ−ＳＯＣＳ３の阻害効果を増強し得ると考えられる。従って、Ｃ３Ｈ／ＨｅＪマウス由来の原発性マクロファージをこれらの研究に使用し、微量のＬＰＳの紛らわしい効果の可能性を除去し、そして組換えタンパク質の単独の効果を評価した。原発性マクロファージのＩＦＮ−γ（１００Ｕ／ｍｌ）単独による刺激は、低レベルのＴＮＦ−α発現を誘導した（図２Ｆ）。しかし、より強いＴＮＦ−α応答を、ＩＦＮ−γとＬＰＳ（１μｇ／ｍｌ）との組み合わせによって誘導し、ＩＦＮ−γシグナル伝達をＴＬＲ３を通した代替的ＬＰＳ経路に結びつけた（Ｈｏｅｂｅら，Ｎａｔｕｒｅ ４２４：７４３−８（２００３）、Ｆｉｔｚｇｅｒａｌｄら，Ｊ Ｅｘｐ Ｍｅｄ １９８：１０４３−５５（２００３）、Ｏｓｈｉｕｍｉら，Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ ２７８：４９７５１−６２（２００３））。この経路は、ＴＬＲ３のアダプタータンパク質Ｔｒｉｆ（ｌｐｓ２）との相互作用に依存する（Ｈｏｅｂｅら（２００３），Ｆｉｔｚｇｅｒａｌｄら（２００３））。２つのＣＰ−ＳＯＣＳ３タンパク質は、Ｃ３Ｈ／ＨｅＪマクロファージにおいてＬＰＳとＩＦＮ−γとの組み合わせによって誘導されるＴＮＦ−α発現を抑制した。さらに、両ＣＰ−ＳＯＣＳ３タンパク質は、ＩＬ−６の産生を、５０％〜７５％阻害した。対照的に、コントロール非細胞透過性組換えタンパク質（ＨＳ３）は、不活性である（図２Ｅ、図２Ｆ）。従って、組換えＣＰ−ＳＯＣＳ３タンパク質は、原発性マクロファージによって誘導されたＩＦＮ−γ刺激されたＴＬＲ４依存性シグナル伝達経路を、ＬＰＳのＴＬＲ３との相互作用によって抑制する（Ｈｏｅｂｅら（２００３），Ｆｉｔｚｇｅｒａｌｄら（２００３），Ｏｓｈｉｕｍｉら（２００３））。

（３．実施例３：ＣＰ−ＳＯＣＳ３細胞内送達のインビボ追跡）
ＣＰ−ＳＯＣＳ３タンパク質のインビボ送達をモニタリングするために、ＦＩＴＣ標識したＨＳ３ＭおよびＨＭＳ３を、別々の群のＣ３Ｈ／ＨｅＪマウスに腹腔内注射した。末梢血白血球およびリンパ球（やはり脾臓に存在する）を、間隔を置いて単離し、そして細胞膜に吸収されたＦＩＴＣ標識タンパク質を分解するための広範な範囲のプロテイナーゼＫでの処理後に、フローサイトメトリで分析した。血液の白血球／リンパ球画分を、ＦＩＴＣ標識タンパク質の存在についてポジティブに染色された注射の１時間以内に収集した（ＦＩＴＣ標識した細胞非透過性ＨＳ３または未結合体化ＦＩＴＣを受けたコントロールと比較した）（図３Ａ）。２つのＣＰ−ＳＯＣＳ３タンパク質の１つであるＨＭＳ３は、血液白血球／リンパ球中でより強い細胞内シグナル伝達を示し（図３Ａ）、血液および脾臓の白血球／リンパ球における残留の分析をもたらした。腹腔内注射の８時間後および２４時間後でさえも、量の減少にもかかわらず、ＦＩＴＣ標識ＨＭＳ３は非常に強く検出された（図３Ｂ）。対照的に、等モル濃度の遊離の非結合体化ＦＩＴＣ（ＦＩＴＣのみ）は、希釈剤と比較して、蛍光の有意な増幅を少しも生成しなかった（図３Ｂ）。従って、ＭＴＭは、２つのＣＰ−ＳＯＣＳ３タンパク質（ＨＳ３ＭおよびＨＭＳ３）が、血液および脾臓の白血球およびリンパ球への迅速な（１時間）侵入を得ることを可能にし、ここで、これらは少なくとも８時間持続した。

（４．実施例４：ＣＰ−ＳＯＣＳ３タンパク質は全身性炎症を抑制する）
（ＩＬ−６およびＭＨＣクラスＩＩ発現の阻害によって反映される応答）
ＳＥＢは、Ｔ細胞依存性全身性炎症およびサイトカイン媒介性全身性炎症、ならびに劇症肝臓損傷およびその後のＤ−ガラクトサミン感作マウスの迅速な死を誘導する（Ｍｉｅｔｈｋｅら，Ｊ Ｅｘｐ Ｍｅｄ １７５：９１−８（１９９２）、Ｐｆｅｆｆｅｒ，Ｋ．ら，Ｃｅｌｌ ７３：４５７−６７（１９９３）、Ｃａｒ，Ｂ．Ｄ．ら，Ｊ Ｅｘｐ Ｍｅｄ １７９：１４３７−４４（１９９４）、Ｌｉｕ，Ｄ．ら，Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ ２７９，１９２３９−４６（２００４））。ＴＮＦ−αおよびＩＦＮ−γの両方によるシグナル伝達が、必要である。何故なら、ＴＮＦ−αレセプターおよびＩＦＮ−γレセプターについて欠損した動物は、ＳＥＢの致死性効果に抵抗性であり、そして劇症肝臓損傷の特徴的性質を発症しないからである（Ｍｉｅｔｈｋｅら（１９９２）、Ｐｆｅｆｆｅｒら（１９９３）、Ｃａｒら（１９９４））。このモデルは、ＭＨＣクラスＩＩ発現細胞およびＣＤ４ポジティブリンパ球にも依存する。何故なら、その欠損は、マウスをＳＥＢに対して抵抗性にするからである（Ｒａｊａｇｏｐａｌａｎら，Ｊ ｌｍｍｕｎｏｌ １６９：１７７４−８３（２００２）、ＹｅｕｎｇらＥｕｒ Ｊ ｌｍｍｕｎｏｌ ２６：１０７４−８２（１９９６））。これらの必要性と一致して、ＳＥＢのそのＴ細胞上の標的に対する結合による干渉は、Ｄ−ガラクトサミン感作マウスをＳＥＢ致死性から保護する（Ａｒａｄら，Ｎａｔ Ｍｅｄ ６：４１４−２１（２０００））。従って、このインビボモデルは、炎症性サイトカインに関連する大量の肝臓アポトーシス（全身性炎症に基づくヒト疾患状態に関連する）を分析するための、よく規定されかつ追跡可能な系を提供する。

全身性炎症において、規模および期間のいずれかでの内因性ＳＯＣＳ応答は、ＳＥＢによって誘発された炎症性サイトカインおよびケモカインのバーストに対する応答における細胞内シグナル伝達を相殺するために十分でない。従って、ＳＥＢによって放出されたサイトカイン／ケモカインによって惹起された炎症促進性細胞内トランスデューサに傾いたインビボのバランスが、組換えＣＰ−ＳＯＣＳ３の導入によって生理的抗炎症性調節因子に向かってシフトし得るという仮説を、試験した。幾つかの組換えＳＯＣＳ調製物において検出される低レベルのＬＰＳの潜在的効果を最小化するために、Ｃ３Ｈ／ＨｅＪマウスを、これらのインビボ実験において使用した。これらのＤ−ガラクトサミン感作マウスは、ＬＰＳの致死性効果に対して反応性が低いが、ＳＥＢ毒性に対して感受性である（Ｙａｓｕｄａら，Ｊ Ｅｎｄｏｔｏｘｉｎ Ｒｅｓ ８：２５３−６１（２００２））。そのＳＥＢに対する感受性は、広範に使用されるＣ５７／ＢＬ６マウスの感受性に匹敵する（Ｌｉｕら（２００４））。このインビボ設定において、細胞内タンパク質治療を、ＣＰ−ＳＯＣＳ３でＳＯＣＳ３の細胞内貯蔵を富化することについて、炎症抑制測定で試験した。炎症性サイトカイン（ＴＮＦ−αおよびＩＬ−６）の原発性マクロファージにおけるＣＰ−ＳＯＣＳ３阻害のエキソビボの実施（図２Ｆ）と一致して、ＳＥＢおよびＤ−ガラクトサミンでチャレンジされたＣ３Ｈ／ＨｅＪにおけるＣＰ−ＳＯＣＳ３によるＩＬ−６産生の抑制が観察された（図４Ａ）。コントロールＨＳ３タンパク質（ＳＯＣＳ３の細胞非透過性形態）の投与は、インビボでＩＬ−６産生を有意に抑制しない。このことは、エキソビボ培養細胞における阻害効果の欠損と一致する（図２ｆ）。従って、ＣＰ−ＳＯＣＳ３は、ＩＬ−６発現の阻害を反映して、ＳＥＢに対する全身性炎症応答を抑制する。

ＩＦＮ−γ惹起ＳＴＡＴ１リン酸化によって例示される炎症促進性シグナル伝達は、ＳＥＢ結合に必要なＭＨＣクラスＩＩ分子の誘導性発現をもたらす（Ｙｅｕｎｇら（１９９６）、Ａｒａｄら（２０００））。従って、ＳＥＢ誘発炎症性応答およびＴ細胞媒介性炎症性応答の間の組換えＳＯＣＳ３タンパク質のＭＨＣクラスＩＩの誘導性発現における効果を、分析した。図４Ｂに示したように、マウスのＳＥＢおよびＤ−ガラクトサミンによる処置は、ＭＨＣクラスＩＩの発現を増大した（これは、４８時間でピークに達した）。このＭＨＣクラスＩＩの誘導（１００％として計算する）は、腹腔内投与された細胞非透過性ＨＳ３タンパク質によって有意に変化しなかった（８３％）。対照的に、ＭＨＣクラスＩＩの誘導は、ＣＰ−ＳＯＣＳ３タンパク質であるＨＳ３ＭおよびＨＭＳ３のインビボ投与後、劇的に低下した（それぞれ１４％および１０％）。ＳＯＣＳ３の効果がＭＨＣクラスＩＩのインビボの誘導におけるそのネガティブ調節の役割を強調することは、これまで報告されていない。

（５．実施例５：ＳＥＢによって引き起こされるＣＰ−ＳＯＣＳ３タンパク質は、炎症駆動性肝臓アポトーシスおよび死を防止する）
ＳＥＢ様スーパー抗原によって引き起こされる急性全身性炎症応答症候群の現在のパラダイムおよび他の微生物因子は、炎症性サイトカインおよびケモカインの過剰なバーストをもたらし、死をもたらす多数の器官不全の裏にある脈管損傷を誘発する（Ｃａｖａｉｌｌｏｎら，Ｓｃａｎｄ Ｊ Ｉｎｆｅｃｔ Ｄｉｓ ３５：５３５−４４（２００３））。組換えＣＰ−ＳＯＣＳ３の内因性の供給は、この誘導性抗炎症性調節因子の細胞内貯蔵を富化し、そしてＳＥＢに対しより抵抗性のマウスを作製する。ＣＰ−ＳＯＣＳ３形態のインビボ効果を、ＳＥＢおよびＤ−ガラクトサミンでチャレンジしたマウスの生存において非ＣＰ−ＳＯＣＳ３タンパク質および希釈剤コントロールと比較した。図４Ｃにおいて記載されるように、希釈剤またはコントロールタンパク質（ＨＳ３）の腹腔内注射によって処理したＣ３Ｈ／ＨｅＪマウスの７０％〜８０％が、ＳＥＢ／Ｄ−ガラクトサミンチャレンジの４８時間以内に、死をもたらす病気の進行性の兆候を示した。対照的に、ＨＳ３Ｍの投与は、劇的な保護的効果を生じた。全てのマウスは、ＳＥＢ／Ｄ−ガラクトサミンチャレンジから完全に回復し、そして少なくとも７２時間生存した。従って、ＨＳ３Ｍは、生存を２０％から１００％まで上昇させた。対数順位検定（ｌｏｇ ｒａｎｋ ｔｅｓｔ）に基づき、ＣＰ−ＳＯＣＳ３処置マウス（ＨＳ３Ｍ）とコントロールマウスとの間の生存率の相違は、統計的に有意であった（ｐ＜０．００１）。別のＣＰ−ＳＯＣＳ３タンパク質（ＨＭＳ３）を受けたマウスは、より低い程度に保護された（７５％生存）が、死を回避する（ｄｅａｔｈ−ｓｐａｒｉｎｇ）効果は、やはり統計的に有意であった（ｐ＜０．０５）（図４Ｃ）。

ＣＰ−ＳＯＣＳ３処置マウスの生存は、Ｄ−ガラクトサミン感作マウスにおける炎症性損傷の一次標的である肝臓における、細胞保護的効果に起因していた（Ｍｉｅｔｈｋｅら（１９９２），Ｌｉｕら（２００４），Ａｒａｄら（２０００））。このことを、ＳＥＢでチャレンジし、希釈剤またはＨＳ３で処理したコントロールマウスから得られた肝臓切片の組織学的分析を用いて示した。この分析は、過剰なアポトーシスを示す、拡散した肝細胞損傷を示した。アポトーシスは、クロマチン凝縮およびＤＮＡ断片化によって特徴づけられ、Ａｐｏｐタグ試薬を用いるＴＵＮＥＬアッセイによって示される（図５Ｅ、図５Ｆ）。さらに、出血および壊死が顕著であった（図５Ａ、図５Ｂ）。対照的に、ＣＰ−ＳＯＳＣ３（ＨＳ３ＭまたはＨＭＳ３）で処理し、７２時間生き延びたＳＥＢチャレンジマウスに、肝細胞性肝臓損傷の兆候を示したマウスはなかった。これらは、正常な組織構造を有し、コントロール（希釈剤およびＨＳ３）と比較して、アポトーシス性および壊死性の肝臓損傷の兆候を示さなかった（図５Ｃ、および図５Ｇ、図５Ｈ）。これらのマウスの１０日間にわたるさらなる観察は、病気の兆候または組織学的に確認された器官損傷は示さなかった。従って、ＣＰ−ＳＯＣＳ３タンパク質の細胞保護的効果は、ＳＥＢおよびＤ−ガラクトサミンでチャレンジしたマウスの生存に関連することが結論づけられた。まとめると、ＣＰ−ＳＯＣＳ３タンパク質の抗炎症性および抗アポトーシス性の効果は、このＳＥＢ誘導性炎症モデルにおける死を回避する効果と関連する。

（６．実施例６：一般方法）
（ＣＰ−ＳＯＣＳ３タンパク質の設計、発現および精製）
マウスＳＯＣＳ３ ｃＤＮＡ（６７５塩基）を得た（Ｓｔａｒｒら，Ｎａｔｕｒｅ ３８７，９１７−２１（１９９７））。ＦＧＦ−４に由来する１２アミノ酸配列およびポリヒスチジンタグを含むＭＴＭを、以前に記載されたように操作した（Ｊｏら，Ｊ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｃｈｅｍ ８９：６７４−８７（２００３）、Ｊｏら，Ｎａｔ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏ １９：９２９−３３（２００１） ）。Ｈｉｓ−ＳＯＣＳ３（ＨＳ３）、Ｈｉｓ-ＳＯＣＳ３-ＭＴＭ（ＨＳ３Ｍ）およびＨｉｓ−ＭＴＭ−ＳＯＣＳ３（ＨＭＳ３）を、ＳＯＣＳ３ｃＤＮＡの塩基１から６７８までをＳＯＣＳ３についてプライマーＡおよびプライマーＢを用い（２２５アミノ酸）、ＳＯＣＳ３−ＭＴＭについてプライマーＡおよびプライマーＣを用い（ＳＯＣＳ３の２２５アミノ酸に１２残基追加した）、およびＭＴＭ−ＳＯＣＳ３についてプライマーＤおよびプライマーＢを用いて、増幅することによって構築した。ＰＣＲ産物を、ｐＧＥＭ-Ｔベクター（Ｐｒｏｍｅｇａ）内にサブクローニングし、Ｎｄｅ Ｉで切断した。増幅した接着性の末端の産物を、６ｘＨｉｓ発現ベクター（ｐＥＴ−２８ａ（＋）（Ｎｏｖａｇｅｎ））のＮｄｅ Ｉ部位にクローニングした。得られたプラスミドを、ＨＳ３タンパク質、ＨＳ３Ｍタンパク質およびＨＭＳ３タンパク質を、ＢＬ２１株（ＤＥ３）のＥ．ｃｏｌｉであるＣｏｄｏｎＰｌｕｓ（Ｓｔｒａｔａｇｅｎ）におけるｌａｃ Ｉプロモーターの制御下で発現するために使用した。６ｘＨｉｓタグ標識組換えタンパク質をＥ．ｃｏｌｉ ＢＬ２１細胞（０．５〜０．７のＡ６００まで増殖し、０．７ｍＭのイソプロピル−β−Ｄ−チオガラクトシド（ＩＰＴＧ）で２〜３時間誘導した）からニッケル−ニトリロ三酢酸（Ｎｉ−ＮＴＡ）金属親和性クロマトグラフィーによって（製造業者Ｑｉａｇｅｎの指示通りに）、変性条件下で精製した。親和性精製後、ＨＳ３を、再構成（ｒｅｆｏｌｄｉｎｇ）緩衝液Ａ（Ｔｒｉｓ ５０ｍＭ，ＮａＣｌ １５０ｍＭ，Ｌ−アルギニン０．８８Ｍ，還元グルタチオン１ｍＭ，酸化グルタチオン１ｍＭ，ＥＤＴＡ １ｍＭ，ＮＤＳＢ−２０１ １００ｍＭ，ｐＨ８．０）において再構築し、そしてＨＳ３ＭおよびＨＭＳ３を、再構成緩衝液Ｂ（グアニジンＨＣｌ ０．５５ＭおよびＬ−アルギニン０．４４Ｍを添加したことを除いては緩衝液Ａと同じ）中で再構築した。再構築したタンパク質を、１％のペニシリン−シトレプトマイシンを含有する細胞培養培地（ＤＭＥＭ）に対して６時間透析し、限外濾過によって濃縮した。疎水性ＭＴＭを有するか否かに関係なく、この精製プロセスは、可溶性タンパク質を１３ｍｇ／Ｌより高い濃度の細菌培養物で生じ、変性条件において精製タンパク質から３０〜４５％の回収率をもたらした（図１Ｃ）。これらは、Ｌｉｍｕｌｕｓ色素性産生アッセイ（Ａｓｓｏｃｉａｔｅｓ ｏｆ Ｃａｐｅ Ｃｏｄ）によって決定されるように、組換えタンパク質の８〜１３ｐｇ／ｍｇのＬＰＳを含んだ。調製したタンパク質は、使用まで−７０℃で保存した。

（タンパク質標識および細胞内設計）
タンパク質を、製造業者の指示に従い、フルオロセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ、Ｐｉｅｒｃｅ Ｃｈｅｍｉｃａｌ）で標識した。遊離のＦＩＴＣを除去するためのＤＭＥＭに対するさらなる透析（３００倍容量、各周期につき５時間、３回繰り返し）の後、標識したタンパク質を、使用まで−２０℃で保存した。ＦＩＴＣ標識タンパク質を、ＲＡＷ ２６４．７（ＲＡＷ）細胞における細胞内局在について、蛍光を指向する共焦点レーザー走査顕微鏡によって分析した。ＲＡＷ細胞を、室温で１０分間、１μＭのＦＩＴＣ標識ＳＯＣＳ３融合タンパク質と共にインキュベートするか、または遊離の未結合体化ＦＩＴＣと共にインキュベートした。細胞表面に付着したタンパク質を除去するため、このＲＡＷ細胞を、その後、プロテイナーゼＫ（５μｇ／ｍｌ）で１０分間３７℃で処理し、そして氷冷したＤＭＥＭで３回洗浄し、その後０．２ｍｌの氷冷したリン酸緩衝化生理食塩水（ｐＨ７．４）（ＰＢＳ）を最後に加えた。これを、固定せずに蛍光共焦点レーザー走査顕微鏡（Ｚｅｉｓｓ ＬＳＭ５１０）を用いて直ちに観察した。

（細胞計数ビーズアレイおよび免疫ブロッティングによって測定したＳＴＡＴ１のリン酸化）
ＲＡＷ細胞を、１時間、血清非含有培地（ＤＭＥＭ）のみと共にインキュベートしたか、または示した濃度のＳＯＣＳ３タンパク質を含有する血清非含有培地と共にインキュベートした。その後、マウス組換えＩＦＮ−γ（１０Ｕ／ｍｌ，Ｃａｌｂｉｏｃｈｅｍ）で１５分間処理した。リン酸化ＳＴＡＴ１を、細胞計数ビーズアレイにより全細胞溶解物中で測定した（ＣＢＡ，ＢＤ Ｓｃｉｅｎｃｅ，Ｐｈａｒｍｉｎｇｅｎ）。簡潔には、リン酸化（Ｔｙｒ ７０１）−ＳＴＡＴ１に特異的な補足抗体でコートしたビーズを使用した。このｐ−ＳＴＡＴ１補足ビーズを、ＳＴＡＴ１に特異的なフィコエリトリン（ＰＥ）結合体化検出抗体と共に混合し、次いで、組換え標準または試験サンプルと共にインキュベートして、サンドイッチ複合体にした。フローサイトメトリデータの取得後、ＣＢＡ分析ソフトウェア（バージョン１．４，ＢＤ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）を用い、ＦＡＣＳｃａｌｉｂｕｒ結果をグラフおよび表のフォーマットに組み込んだ。別個に、全細胞溶解物および細胞質溶解物もまた、独立して処理した（マウス組換えＩＦＮ−γが３０Ｕ／ｍｌであることを除いては上述の通りに処理した）ＲＡＷ細胞から調製した。ＳＴＡＴ１のリン酸化を、モノクローナル抗ホスホＴｙｒ ７０１ ＳＴＡＴ１抗体によって検出し（リン酸化ＳＴＡＴ１ ＣＢＡキット，ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ Ｐｈａｒｍｉｎｇｅｎ）、そしてＨＲＰ結合体化ヤギ抗マウスＩｇＧおよび化学発光（ＥＣＬ）ウエスタン検出系（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ）によって可視化した。ＧＡＰＤＨもまた、内部ローディングコントロールとして可視化した。

（サイトカイン／ケモカイン測定）
形質転換（ＡＭＪ２−Ｃ８，ＡＴＣＣ）の培養上清中のＴＮＦ−α、ＩＬ−６およびＭＣＰ−１の濃度を、計数ビーズアレイによって、製造業者の指示に従って測定した（マウス炎症ＣＢＡキット，ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｐｈａｎｎｉｎｇｅｎ）。簡潔には、サイトカインおよびケモカインのアレイに特異的な補足抗体でコートしたビーズを使用した。サイトカイン補足ビーズを、ＰＥ結合体化検出抗体と混合し、組換え標準または試験サンプルと共にインキュベートし、サンドイッチ複合体にした。ＡＭＪ２−Ｃ８細胞を、１０μＭ ＳＯＣＳ３タンパク質と共に１時間前処理し、次いで、ＬＰＳ（１μｇ／ｍｌ）および／またはＩＦＮ−γ（１００Ｕ／ｍｌ）で４時間、ＳＯＣＳ３タンパク質を除去せずに刺激した。細胞上清を、サイトカイン測定のために４時間後に回収した。原発性マクロファージを、０．５ｍｌの３％チオグリコレート（Ｓｉｇｍａ）の腹腔内注射の２４時間後にＣ３Ｈ／ＨｅＪマウス中で産生された腹膜浸出物から得た。このマウスを安楽死させ、そして腹腔をＰＢＳで洗浄した。単離した細胞を、１０μＭ ＳＯＣＳ３タンパク質で１時間前処理し、そして次いで、ＬＰＳ（１μｇ／ｍｌ）および／またはＩＦＮ−γ（１００Ｕ／ｍｌ）で２４時間、ＳＯＣＳ３タンパク質存在下で刺激した。細胞上清を、ＴＮＦ−αおよびＩＬ−６測定のために２４時間後に回収した。フローサイトメトリデータ取得後、ＣＢＡ分析ソフトウェアを用い、ＦＡＣＳｃａｌｉｂｕｒ結果をグラフおよび表のフォーマットに組み込んだ。

（血液細胞および脾臓細胞中のＣＰ−ＳＯＣＳ３タンパク質の検出）
ＦＩＴＣ標識ＳＯＣＳ３タンパク質を、ＦＡＣＳ分析を用いてＣ３Ｈ／ＨｅＪマウスの血液細胞および脾臓細胞において追跡した。簡潔には、ＦＩＴＣ−ＳＯＣＳ３タンパク質（０．７ｍｌ中７０μｇ）または当モル濃度のＦＩＴＣの腹腔内注射から示した時間後に、全血を眼窩周囲叢からヘパリン含有チューブに回収した。白血球に富んだ画分を、差次的遠心分離およびその後の残留した赤血球の溶解によって調製し、ＦＡＣＳによって分析した。マウスを、血液回収後直ちに屠殺し、そしてその脾臓を取り出して、ＰＢＳで洗浄し、２枚の顕微鏡検査スライドガラスの間で穏やかにホモジナイズした。赤血球を、簡単な低張溶解によって除去した。洗浄した脾臓細胞を、ＰＢＳ中に懸濁した。血液白血球およびリンパ球、ならびに全脾臓細胞を、全ての細胞表面結合ＦＩＴＣ−ＳＯＣＳ３タンパク質を分解するためにプロテイナーゼＫ（５μｇ／ｍｌ）と共に１０分間３７℃でインキュベートし、その後、ＦＡＣＳ分析を行った。直進対側面の光分散を用いてＦＡＣＳ分析（ＦＡＣＳｃａｌｉｂｕｒ；Ｂｅｃｔｏｎ ａｎｄ Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ，Ｓａｎ Ｊｏｓｅ，ＣＡ）を行い、そして緑色蛍光を５３０〜３０ナノメートルのバンド通過フィルターで収集した。

（ＳＥＢ誘導性炎症および肝臓アポトーシスのインビボモデル）
Ｊａｃｋｓｏｎ ｌａｂｏｒａｔｏｒｙから購入したＣ３Ｈ／ＨｅＪ雄マウスは、８〜１０週齢であり、平均体重は２０グラムであった。マウスを、ＳＥＢ（２８０μｇ／３００μｌ／マウス，Ｔｏｘｉｎ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）の腹腔内（ｉｐ）注射によるチャレンジの３０分間前に、Ｄ−ガラクトサミン（２０ｍｇ／２００μｌ／マウス，Ｓｉｇｍａ）の腹腔内注射によって感作させた。ＳＯＣＳ３タンパク質（０．３μｇ／μｌ，３００μｌ／注射／マウス）または希釈剤（ＤＭＥＭ）を、ＳＥＢチャレンジの（３０分間）前および（３０分間、１．５時間、２．５時間、４．５時間および６．５時間）後にマウス内の腹腔内に注射した。動物を、全身性毒性の兆候（ｐｉｌｏｒｅｃｔｉｏｎ、運動失調、およびケージの動き（ｃａｇｅ ｍｏｔｉｏｎ）の反応の欠如）について、１時間間隔で観察した。生存マウスを７２時間後に安楽死させた。動物操作および実験手順を、Ａｍｅｒｉｃａｎ Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ ｏｆ Ａｃｃｒｅｄｉｔａｔｉｏｎ ｏｆ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ａｎｉｍａｌ Ｃａｒｅ ｇｕｉｄｅｌｉｎｅｓに従い、Ｉｎｓｔｉｔｕｔｉｏｎａｌ Ａｎｉｍａｌ Ｃａｒｅ ａｎｄ Ｕｓｅ Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅの認可によって実施した。

（血液中のインビボＩＬ−６アッセイ）
Ｃ３Ｈ／ＨｅＪマウスに、ＳＥＢおよびＤ−ガラクトサミンのｉｐ注射を上述のように与えた。ＳＯＣＳ３タンパク質をまた、上述のように腹腔内投与した。伏在静脈から採取した血液サンプル（５０μｌ）を、ＳＥＢチャレンジの（３０分間）前および後に、示した時間間隔（０．５時間、１．５時間、４時間および６時間）でヘパリン化チューブ中に収集した。ＩＬ−６の結晶レベルを、製造業者の指示に従い、細胞計数ビーズアレイによって測定した。

（インビボのＭＨＣクラスＩＩ発現）
ＭＨＣクラスＩＩ分子の単球およびマクロファージにおけるレベルを決定するために、全脾臓細胞を、未処理マウスまたは希釈剤もしくはＳＯＣＳ３タンパク質で処理したマウスから単離し、そしてＳＥＢ／Ｄ−ガラクトサミンチャレンジの４８時間後に屠殺した。細胞を、抗マウスＦｃ抗体（１：４０希釈、Ｐｈａｒｍｉｎｇｅｎ）で３０分間事前インキュベーションし、そしてＰＥ結合体化抗マウスＩ−Ａｋ（Ａａｋ）抗体（１：１００希釈、Ｐｈａｒｍｉｎｇｅｎ）およびＦＩＴＣ結合体化抗マウスＭａｃ−１（ＣＤ１１ｂ）抗体（１：１００希釈、Ｐｈａｒｍｉｎｇｅｎ）で１５分間プローブ検出した。二重ポジティブ（Ｍａｃ−１およびＩ−Ａｋ）細胞を、ＦＡＣＳｃａｌｉｂｕｒで分析した。１００％の値は、未処理マウスとアゴニストのみの処理マウスとの間の二重ポジティブ（ＣＤ１１ｂおよびＩ−Ａｋ）細胞の数の増加を表す。ＳＯＣＳ３タンパク質で処理したＣＤ１１ｂポジティブ細胞におけるＭＨＣ−ＩＩの阻害は、アゴニストのみの処理マウスにおける１００％と比較した二重ポジティブ細胞の％を表す。

（組織学的分析）
組織サンプル（肝臓、脾臓、腎臓、肺および心臓）を、実験の過程の間で全身性毒性の兆候が観察されて安楽死させたマウスから収集した。ホルマリン固定しパラフィン包埋した切片を、ヘマトキシリンおよびエオシンで染色した。肝臓細胞のアポトーシスを、組織学およびＡｐｏｐタグ試薬（Ｃｈｅｍｉｃｏｎ）を用いたＴＵＮＥＬ（ＴｄＴ依存性ｄＵＴＰビオチンニックエンド標識）アッセイ（製造業者の指示に従う）によって評価した。

（統計学的分析）
培養マクロファージから得られた全ての実験データを、平均±標準偏差で表した。スチューデント検定を、相違の有意性を決定するために使用した。分散の２方法反復測定分析（ｔｗｏ ｗａｙ ｒｅｐｅａｔｅｄ ｍｅａｓｕｒｅ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｖａｒｉａｎｃｅ）（ＲＭ ＡＮＯＶＡ）および対数順位検定（ｌｏｇ ｒａｎｋ ｔｅｓｔ）を、インビボサイトカイン産生および生存の有意性を決定するために、それぞれ用いた。

。

図１Ａ〜図１Ｃは、組換え細胞透過性ＳＯＣＳ３タンパク質の構造、設計、発現および精製を示す。図１Ａは、マウスＳＯＣＳ３タンパク質の構造を示す。図１Ｂは、膜トランスロケーションモチーフ（ＡＡＶＬＬＰＶＬＬＡＡＰ、配列番号２）、親和性精製のためのヒスチジンタグ（ＭＧＳＳＨＨＨＨＨＨＳＳＬＶＰＲＧＳＨ、配列番号１）およびカーゴ（ｃａｒｇｏ）（ＳＯＣＳ３）を含む組換えＳＯＣＳ３タンパク質の設計を示す。図１Ｃは、ＩＰＴＧによる誘導の前（＋）および後（−）のＥ．ｃｏｌｉにおけるＳＯＣＳ３融合タンパク質の発現を示す（ＳＤＳ-ＰＡＧＥによってモニタリングし、クーマシーブルーによって染色した）。各タンパク質の名前（Ｈｉｓ−ＳＯＣＳ３（配列番号７）、ＨＳ３（配列番号２２）、Ｈｉｓ−ＳＯＣＳ３−ＭＴＭ、（配列番８）、ＨＳ３Ｍ（配列番１９）、Ｈｉｓ−ＭＴＭ−ＳＯＣＳ３（配列番号９）およびＨＭＳ３（配列番号２１））、大きさ（アミノ酸の数）、Ｅ．ｃｏｌｉ培養物からの可溶性形態の精製の収量（ｍｇ／Ｌ）および変性ホルムアミドからの可溶性形態の回収率（％）を、示す。 図２Ａ〜図２Ｆは、ＣＰ−ＳＯＣＳ３タンパク質の細胞内送達およびＳＴＡＴ１のリン酸化に対する阻害活性、ならびに培養マクロファージ中のサイトカイン／ケモカインの産生を示す。図２Ａは、蛍光共焦点レーザー走査顕微鏡検査を示し、この検査は、組換えＳＯＣＳ３タンパク質の細胞内局在を示す。ＲＡＷ細胞は、１μＭ ＦＩＴＣ標識タンパク質（ＦＩＴＣ−ＨＳ３、ＦＩＴＣ−ＨＳ３ＭおよびＦＩＴＣ−ＨＭＳ３）または等モル濃度の未結合体化ＦＩＴＣ（ＦＩＴＣのみ）と共にインキュベートされた。細胞表面に吸収されたタンパク質は、未固定のＲＡＷのプロテイナーゼＫによる処理によって分解された。０．５μｍ細胞間切片は、ＣＰ−ＳＯＣＳ３の明らかな細胞内局在を示す（図２Ａ、上段）。同じ細胞のノマルスキー画像を示す（図２Ａ、下段）。図２Ｂは、ＩＦＮ−γ未処理ＲＡＷ細胞（灰色）のリン酸化ＳＴＡＴ１のレベルを、ＩＦＮ−γ処理ＲＡＷ細胞（１０μＭのＨＳ３、ＨＳ３ＭまたはＨＭＳ３でパルスされる）のレベルと比較して示す。図２Ｃは、ＳＴＡＴ１リン酸化の濃度依存性阻害を示す。細胞は、異なった濃度（３μＭ、６μＭおよび１２μＭ）のＳＯＣＳ３タンパク質（ＨＳ３、ＨＳ３ＭおよびＨＭＳ３）で１時間透過され、その後アゴニスト（１００ｎｇ／ｍｌ ＬＰＳ＋１０Ｕ／ｍｌ ＩＦＮ−γ）で１５分間処理された。図２Ｄは、ＳＴＡＴ１のＣＰ−ＳＯＣ３によるリン酸化の阻害を確認する免疫ブロッティング分析を示す。細胞は、異なった濃度（３μＭ、６μＭおよび１２μＭ）のＳＯＣＳ３タンパク質（ＨＳ３、ＨＳ３ＭおよびＨＭＳ３）で１時間透過され、その後アゴニスト（１００ｎｇ／ｍｌ ＬＰＳ＋３０Ｕ／ｍｌ ＩＦＮ−γ）に１５分間曝露された。変性全細胞溶解物が調製され、そしてホスホ（ｐＹ７０１）特異性ＳＴＡＴ１に対する抗体を用いるウエスタン法によって分析された。 図２Ａ〜図２Ｆは、ＣＰ−ＳＯＣＳ３タンパク質の細胞内送達およびＳＴＡＴ１のリン酸化に対する阻害活性、ならびに培養マクロファージ中のサイトカイン／ケモカインの産生を示す。図２Ｅは、培養ＡＭＪ２−Ｃ８マクロファージにおけるＣＰ−ＳＯＣＳ３によるＭＣＰ−１（黒）、ＴＮＦ−α（赤）およびＩＬ−６（青）の阻害発現を示す。図２Ｆは、Ｃ３Ｈ／Ｈｅｊマウスの腹膜滲出物から単離された原発性マクロファージにおけるＣＰ−ＳＯＣＳ３によるＴＮＦ−α（赤）およびＩＬ−６（青）阻害発現を示す。ｃおよびｅ〜ｆにおける誤差バーは、３連で行われた各アッセイからの平均値の＋／−標準偏差を示す。 図３Ａおよび図３Ｂは、インビボ送達およびＳＰ−ＳＯＣＳ３タンパク質の細胞内残留を示す。図３Ａは、希釈剤、未結合体化遊離ＦＩＴＣ（１μＭ、ＦＩＴＣのみ）およびＦＩＴＣ結合体化ＳＯＣＳ３タンパク質（１μＭ、ＦＩＴＣ−ＨＳ３、ＦＩＴＣ−ＨＳ３ＭおよびＦＩＴＣ−ＨＭＳ３）の腹腔内注射の１時間後にＣ３Ｈ／ＨｅＪマウスの全血から単離された白血球およびリンパ球（血液白血球／リンパ球）および脾臓細胞（脾臓細胞）のＦＡＣＳ分析を示す。図Ｂは、ＦＩＴＣ結合体化ＳＯＣＳ３タンパク質（１μＭ、ＦＩＴＣ−ＨＳ３、２時間；淡青色、８時間；青および２４時間；緑）および未結合遊離ＦＩＴＣ（ＦＩＴＣのみ、２時間；赤、８時間；暗黄色、８時間；マゼンタ）の腹腔内注射後の異なる時点でＣ３Ｈ／ＨｅＪマウスから調製された細胞内におけるＦＩＴＣ結合体化ＣＰ−ＳＯＣＳ３の残留を示す。ＦＡＣＳ分析は、固定なしで、細胞表面結合ＳＯＣＳ３タンパク質を分解するためのプロテイナーゼＫでの処理後、細胞透過後直ちに実施された。 図４Ａ〜図４Ｃは、ＣＰ−ＳＯＣＳ３タンパク質が、炎症性サイトカインＩＬ−６の産生およびＭＥＣクラスＩＩのインビボ発現を阻害し、そしてＤ−ガラクトサミン感作マウスをＳＥＢ誘導性の死から保護することを示す。図４Ａは、ＳＥＢ／Ｄ−ｇａｒａｋｕｔｏｓａｍｉｎｎ チャレンジ後の示した時間間隔（０．５時間、１．５時間、４時間および６時間）におけるＣ３Ｈ／ＨｅＪマウスの伏在静脈からの血漿中の、細胞計数ビーズアレイ（ＣＢＡ）によって測定されたＩＬ−６を示す。誤差バーは、８匹または９匹のマウスで行われた各アッセイからの＋／−標準偏差を示す。図４Ｂは、ＳＥＢおよびＤ−ガラクトサミンのｉｐ投与後４８時間生存したＣ３Ｈ／ＨｅＪから単離された脾臓から得られた全脾臓細胞を示す。チャレンジされないマウス（未処理）またはアゴニスト（ＳＥＢ／Ｄ−ガラクトサミン）のみでチャレンジされたマウス（アゴニスト）、およびアゴニストに加えてＳＯＣＳ３タンパク質で処理されたマウス（ＨＳ３、ＨＳ３ＭまたはＨＭＳ３）由来の、ＣＳ１１ｂポジティブ細胞上の細胞表面発現ＭＨＣクラスＩＩ分子が、測定された。図４Ｃは、希釈剤、ＨＳ３、ＨＳ３ＭまたはＨＭＳ３で処理されたマウスの生存を示す。Ｐ値は、希釈剤処理マウスとＳＯＣＳ３タンパク質処理マウスとの間の相違の有意性を示す。各群は、１０匹または１２匹のマウスを含む。 図５Ａ〜図５Ｈは、ＣＰ−ＳＯＣＳ３タンパク質で処理したＤ−ガラクトサミン感作マウスにおける出血性壊死を伴うＳＥＢ誘導性肝臓アポトーシスを示す。アゴニスト（ＳＥＢ／Ｄ−ガラクトサミン）でチャレンジされ、希釈剤（図５Ａ、図５Ｅ）、ＨＳ３（図５Ｂ、図５Ｆ）、ＨＳ３Ｍ（図５Ｃ、図５Ｇ）またはＨＭＳ３（図５Ｄ、図５Ｈ）で処理されたマウスの組織学的分析が、実施された。肝臓切片は、ヘマトキシリンおよびエオシン（Ｈ＆Ｅ）で染色された（図５Ａ、図５Ｂ、図５Ｃ、図５Ｄ）か、またはＡｐｏｐタグで染色された（ＴＵＮＥＬアッセイ）（図５Ｅ、図５Ｆ、図５Ｇ、図５Ｈ）。希釈剤およびＨＳ３コントロール処理マウスにおける急性肝臓損傷（アポトーシス、肝臓壊死、および赤血球管外遊出）のホールマーク、ならびにＣＰ−ＳＯＣＳ３（ＨＳ３ＭおよびＨＭＳ３）処理マウスのアポトーシスなしの保存された肝臓構造および出血性壊死を示す。 図６Ａ〜図６Ｃは、ＳＯＣＳ−１およびＳＯＣＳ−３ならびにそのフラグメントの構造および設計を示す。図６Ａは、細胞透過性ＳＯＣＳ−３の構造および設計を示す。図６Ｂは、ＭＴＭを含むＳＯＣＳ−３の構造を示す。図６Ｃは、マウス由来のＳＯＣＳ−１の構造（３つのドメイン、ＳＨ２、ＫＩＲおよびＳＯＣＳ−ボックスを含む）を示す。また、全長形態および短縮形態が示される。

Claims (31)

1. サイトカインシグナル伝達（ＳＣＯＳ）配列および膜トランスロケーション配列のサプレッサを含む、単離されたポリペプチド。
2. 前記単離されたポリペプチドは、配列番号８に記載されるアミノ酸配列を含む、請求項１に記載の単離されたポリペプチド。
3. ＳＣＯＳ配列および膜トランスロケーション配列を含むポリペプチドをコードする、単離された核酸。
4. 前記単離された核酸は、配列番号４に記載のアミノ酸配列をコードする、請求項３に記載の単離された核酸。
5. 前記単離された核酸は、配列番号１１に記載の核酸配列を含む、請求項４に記載の単離された核酸。
6. 請求項３に記載の核酸を含む、ベクター。
7. 請求項６に記載のベクターを含む、細胞。
8. 前記膜トランスロケーション配列は、配列番号２を含む、請求項１に記載のポリペプチド。
9. 前記ポリペプチドは、精製配列をさらに含む、請求項１に記載のポリペプチド。
10. 前記精製配列は、ポリヒスチジンタグである、請求項９に記載のポリペプチド。
11. 請求項１に記載のポリペプチドおよび薬学的に受容可能なキャリア、希釈剤または賦形剤を含有する、薬学的組成物。
12. 請求項１に記載のポリペプチドを被験体に投与する工程を包含する、方法。
13. 前記被験体は、炎症を有する被験体または炎症の危険性を有する被験体である、請求項１２に記載の方法。
14. 前記被験体の炎症の重症度が軽減される、請求項１３に記載の方法。
15. 肥満症、インスリン抵抗性、２型糖尿病および代謝症候群における前記炎症の重症度が軽減される、請求項１４に記載の方法。
16. 前記炎症は、感染に関連する、請求項１３に記載の方法。
17. 前記感染は、ウイルス感染である、請求項１６に記載の方法。
18. 前記感染は、細菌感染である、請求項１６に記載の方法。
19. 前記細菌感染は、ブドウ球菌エンテロトキシンＢ感染である、請求項１８に記載の方法。
20. 前記被験体における炎症の重症度が軽減される、請求項１３に記載の方法。
21. 前記ポリペプチドが、外科手術の前または後に前記被験体に投与される、請求項１２に記載の方法。
22. 前記ポリペプチドが、感染性生物兵器との接触の前または後に前記被験体に投与される、請求項１２に記載の方法。
23. 請求項１に記載のポリペプチドを生物系に投与する工程を包含する、方法。
24. 前記生物系が、炎症性の生物系または炎症の危険性のある生物系である、請求項２３に記載の方法。
25. 前記生物系の炎症の重症度が軽減される、請求項２３に記載の方法。
26. 肥満症、インスリン抵抗性、２型糖尿病および代謝症候群における前記炎症の重症度が軽減される、請求項２５に記載の方法。
27. 細胞におけるサイトカイン誘導性応答を阻害する方法であって、請求項１に記載のポリペプチドを含む複合体を該細胞に投与する工程を包含する、方法。
28. 被験体におけるサイトカイン誘導性応答を阻害する方法であって、請求項１に記載のポリペプチドを含む複合体を該被験体に投与する工程を包含する、方法。
29. 変異ＳＯＣＳ配列を含むポリペプチドを被験体に投与する工程を包含する方法であって、該変異ＳＯＣＳ配列は、サイトカインシグナル伝達機能のサプレッサを欠損しているかまたはサイトカインシグナル伝達機能の減少したサプレッサを有する、方法。
30. 前記ポリペプチドは、膜トランスロケーション配列をさらに含む、請求項２９に記載の方法。
31. 前記ポリペプチドは、精製配列をさらに含む、請求項３０に記載の方法。

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