JP2007512021A5 - - Google Patents

Description

一実施形態において、上記方法は、サンプルから、例えば核酸増幅によって、核酸を合成する工程を包含する。好ましい核酸増幅反応は、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）、鎖置換増幅（Ｓｔｒａｎｄ Ｄｉｓｐｌａｃｅｍｅｎｔ Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ）（ＳＤＡ）、転写媒介性増幅（Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ−Ｍｅｄｉａｔｅｄ Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ）（ＴＭＡ）、ローリングサークル増幅（Ｒｏｌｌｉｎｇ Ｃｉｒｃｌｅ Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ）（ＲＣＡ）、およびＱβレプリカーゼ（Ｑ ｂｅｔａ ｒｅｐｌｉｃａｓｅ）からなる群より選択される。

Claims (59)

1. Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ以外の１種以上のＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種の分析のために適切な核酸塩基配列を含む、ＰＮＡプローブ。
2. Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ以外の２種以上のＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種の分析のために適切な核酸塩基配列を含む、ＰＮＡプローブ。
3. 請求項１〜２に記載のＰＮＡプローブであって、前記Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種の標的配列は、ｒＲＮＡ、ｒＤＮＡ、またはｒＲＮＡの相補体もしくはｒＤＮＡの相補体である、ＰＮＡプローブ。
4. 請求項１〜２に記載のＰＮＡプローブであって、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓの分析のために適切な核酸塩基配列を含み、該ＰＮＡプローブは、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ ｒＲＮＡの標的配列もしくはＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ ｒＤＮＡの標的配列または該ｒＲＮＡの標的配列の相補体もしくは該ｒＤＮＡの標的配列の相補体に対して、相補的である、ＰＮＡプローブ。
5. 請求項１〜２に記載のＰＮＡプローブであって、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｈｏｍｉｎｉｓの分析のために適切な核酸塩基配列を含み、該ＰＮＡプローブは、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｈｏｍｉｎｉｓ ｒＲＮＡの標的配列もしくはＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｈｏｍｉｎｉｓ ｒＤＮＡの標的配列または該ｒＲＮＡの標的配列の相補体もしくは該ｒＤＮＡの標的配列の相補体に対して、相補的である、ＰＮＡプローブ。
6. 請求項１〜２に記載のＰＮＡプローブであって、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｓの分析のために適切な核酸塩基配列を含み、該ＰＮＡプローブは、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｓ ｒＲＮＡの標的配列もしくはＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｓ ｒＤＮＡの標的配列または該ｒＲＮＡの標的配列の相補体もしくは該ｒＤＮＡの標的配列の相補体に対して、相補的である、ＰＮＡプローブ。
7. 請求項１〜２に記載のＰＮＡプローブであって、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｌｕｇｄｕｎｅｎｓｉｓの分析のために適切な核酸塩基配列を含み、該ＰＮＡプローブは、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｌｕｇｄｕｎｅｎｓｉｓ ｒＲＮＡの標的配列もしくはＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｌｕｇｄｕｎｅｎｓｉｓ ｒＤＮＡの標的配列または該ｒＲＮＡの標的配列の相補体もしくは該ｒＤＮＡの標的配列の相補体に対して、相補的である、ＰＮＡプローブ。
8. 請求項１〜２に記載のＰＮＡプローブであって、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｓａｐｒｏｐｈｙｔｉｃｕｓの分析のために適切な核酸塩基配列を含み、該ＰＮＡプローブは、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｓａｐｒｏｐｈｙｔｉｃｕｓ ｒＲＮＡの標的配列もしくはＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｓａｐｒｏｐｈｙｔｉｃｕｓ ｒＤＮＡの標的配列または該ｒＲＮＡの標的配列の相補体もしくは該ｒＤＮＡの標的配列の相補体に対して、相補的である、ＰＮＡプローブ。
9. 請求項１に記載のＰＮＡプローブであって、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓと、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ以外の１種以上の他のＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種との分析のために適切な核酸塩基配列を含み、該ＰＮＡプローブは、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ ｒＲＮＡの標的配列もしくはＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ ｒＤＮＡの標的配列または該ｒＲＮＡの標的配列の相補体もしくは該ｒＤＮＡの標的配列の相補体に対して、相補的である、ＰＮＡプローブ。
10. 請求項１に記載のＰＮＡプローブであって、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｈｏｍｉｎｉｓと、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ以外の１種以上の他のＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種との分析のために適切な核酸塩基配列を含み、該ＰＮＡプローブは、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｈｏｍｉｎｉｓ ｒＲＮＡの標的配列もしくはＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｈｏｍｉｎｉｓ ｒＤＮＡの標的配列または該ｒＲＮＡの標的配列の相補体もしくは該ｒＤＮＡの標的配列の相補体に対して、相補的である、ＰＮＡプローブ。
11. 請求項１に記載のＰＮＡプローブであって、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｓと、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ以外の１種以上の他のＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種との分析のために適切な核酸塩基配列を含み、該ＰＮＡプローブは、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｓ ｒＲＮＡの標的配列もしくはＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｓ ｒＤＮＡの標的配列または該ｒＲＮＡの標的配列の相補体もしくは該ｒＤＮＡの標的配列の相補体に対して、相補的である、ＰＮＡプローブ。
12. 請求項１に記載のＰＮＡプローブであって、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｌｕｇｄｕｎｅｎｓｉｓと、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ以外の１種以上の他のＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種との分析のために適切な核酸塩基配列を含み、該ＰＮＡプローブは、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｌｕｇｄｕｎｅｎｓｉｓ ｒＲＮＡの標的配列もしくはＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｌｕｇｄｕｎｅｎｓｉｓ ｒＤＮＡの標的配列または該ｒＲＮＡの標的配列の相補体もしくは該ｒＤＮＡの標的配列の相補体に対して、相補的である、ＰＮＡプローブ。
13. 請求項１に記載のＰＮＡプローブであって、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｓａｐｒｏｐｈｙｔｉｃｕｓと、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ以外の１種以上の他のＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種との分析のために適切な核酸塩基配列を含み、該ＰＮＡプローブは、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｓａｐｒｏｐｈｙｔｉｃｕｓ ｒＲＮＡの標的配列もしくはＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｓａｐｒｏｐｈｙｔｉｃｕｓ ｒＤＮＡの標的配列または該ｒＲＮＡの標的配列の相補体もしくは該ｒＤＮＡの標的配列の相補体に対して、相補的である、ＰＮＡプローブ。
14. 請求項１、２、または９〜１３に記載のＰＮＡプローブであって、該プローブの少なくとも一部は、
    ＴＣＴ−ＡＡＣ−ＡＴＧ−ＴＴＣ−ＴＴＴ（配列番号１）、
    ＴＣＴ−ＡＧＴ−ＣＴＧ−ＴＴＣ−ＴＴＴ（配列番号２）、
    ＴＣＴ−ＡＡＴ−ＡＴＡ−ＴＴＣ−ＣＴＴ（配列番号３）、
    ＴＣＴ−ＡＡＴ−ＡＴＡ−ＴＡＣ−ＴＴＴ（配列番号４）、
    ＧＣＴ−ＣＣＡ−ＡＡＴ−ＧＧＴ−ＴＡＣ（配列番号５）
    ＴＣＣ−ＴＣＧ−ＴＣＴ−ＧＴＴ−ＣＧＣ（配列番号６）、
    ＣＴＣ−ＣＴＴ−ＡＴＣ−ＴＧＴ−ＴＣＧ−Ｃ（配列番号７）、および
    ＣＴＣ−ＣＴＴ−ＧＴＣ−ＴＧＴ−ＴＣＧ−Ｃ（配列番号８）、
    ＣＴＴ−ＣＴＣ−ＡＴＣ−ＴＧＴ−ＴＣＧ−Ｃ（配列番号９）、
    ＴＣＣ−ＴＣＧ−ＴＣＣ−ＧＴＴ−ＣＧＣ（配列番号１０）、
    ＴＣＣ−ＴＴＧ−ＴＣＣ−ＧＴＴ−ＣＧＣ（配列番号１１）、
    から選択される核酸塩基配列もしくはその相補体に対して少なくとも約８６％同一である、ＰＮＡプローブ。
15. 請求項１、２、または９〜１３に記載のＰＮＡプローブであって、該プローブの少なくとも一部は、
    ＴＣＴ−ＡＡＣ−ＡＴＧ−ＴＴＣ−ＴＴＴ（配列番号１）、
    ＴＣＴ−ＡＧＴ−ＣＴＧ−ＴＴＣ−ＴＴＴ（配列番号２）、
    ＴＣＴ−ＡＡＴ−ＡＴＡ−ＴＴＣ−ＣＴＴ（配列番号３）、
    ＴＣＴ−ＡＡＴ−ＡＴＡ−ＴＡＣ−ＴＴＴ（配列番号４）、
    ＧＣＴ−ＣＣＡ−ＡＡＴ−ＧＧＴ−ＴＡＣ（配列番号５）
    ＴＣＣ−ＴＣＧ−ＴＣＴ−ＧＴＴ−ＣＧＣ（配列番号６）、
    ＣＴＣ−ＣＴＴ−ＡＴＣ−ＴＧＴ−ＴＣＧ−Ｃ（配列番号７）、および
    ＣＴＣ−ＣＴＴ−ＧＴＣ−ＴＧＴ−ＴＣＧ−Ｃ（配列番号８）、
    ＣＴＴ−ＣＴＣ−ＡＴＣ−ＴＧＴ−ＴＣＧ−Ｃ（配列番号９）、
    ＴＣＣ−ＴＣＧ−ＴＣＣ−ＧＴＴ−ＣＧＣ（配列番号１０）、
    ＴＣＣ−ＴＴＧ−ＴＣＣ−ＧＴＴ−ＣＧＣ（配列番号１１）、
    から選択される、ＰＮＡプローブ。
16. 請求項１、２、または９〜１３に記載のＰＮＡプローブであって、前記プローブ配列は、長さが８サブユニット〜１７サブユニットである、ＰＮＡプローブ。
17. 請求項１、２、または９〜１３に記載のＰＮＡプローブであって、該プローブは、少なくとも１つの検出可能な部分で標識されている、ＰＮＡプローブ。
18. 請求項１７に記載のＰＮＡプローブであって、前記検出可能な部分は、結合体、分枝型検出系、発色団、フルオロフォア、スピン標識、放射性同位体、酵素、ハプテン、アクリジニウムエステル、および発光化合物からなる群より選択される、ＰＮＡプローブ。
19. 請求項１７に記載のＰＮＡプローブであって、該ＰＮＡプローブは、自己報告プローブである、ＰＮＡプローブ。
20. 請求項１９に記載のＰＮＡプローブであって、該プローブは、ＰＮＡ Ｌｉｎｅａｒ Ｂｅａｃｏｎである、ＰＮＡプローブ。
21. 請求項１、２、または９〜１３に記載のＰＮＡプローブであって、該ＰＮＡプローブは、標識されていない、ＰＮＡプローブ。
22. 請求項２１に記載のＰＮＡプローブであって、該プローブは、支持体に結合されている、ＰＮＡプローブ。
23. 請求項１、２、または９〜１３に記載のＰＮＡプローブであって、該プローブは、スペーサーまたはリンカーをさらに含む、ＰＮＡプローブ。
24. 請求項１、２、または９〜１３に記載のＰＮＡプローブであって、インサイチュハイブリダイゼーションが、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ以外の１種以上のＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種の分析のために使用される、ＰＮＡプローブ。
25. 請求項１〜２４に記載の１つ以上のＰＮＡプローブと、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓの分析のための少なくとも１つのＰＮＡプローブと、を含む、ＰＮＡプローブセット。
26. 請求項２５に記載のＰＮＡプローブセットであって、前記プローブは、２種以上のＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種の独立した分析のために別々に標識されている、ＰＮＡプローブセット。
27. 請求項２５に記載のＰＮＡプローブセットであって、前記１つ以上のＰＮＡプローブはＰＮＡプローブを含み、該ＰＮＡプローブにおいて各プローブの少なくとも一部は、
    ＴＣＣ−ＴＣＧ−ＴＣＴ−ＧＴＴ−ＣＧＣ（配列番号６）、
    ＣＴＣ−ＣＴＴ−ＡＴＣ−ＴＧＴ−ＴＣＧ−Ｃ（配列番号７）、
    ＣＴＣ−ＣＴＴ−ＧＴＣ−ＴＧＴ−ＴＣＧ−Ｃ（配列番号８）、
    ＣＴＴ−ＣＴＣ−ＡＴＣ−ＴＧＴ−ＴＣＧ−Ｃ（配列番号９）、
    ＴＣＣ−ＴＣＧ−ＴＣＣ−ＧＴＴ−ＣＧＣ（配列番号１０）、
    ＴＣＣ−ＴＴＧ−ＴＣＣ−ＧＴＴ−ＣＧＣ（配列番号１１）、
    から選択される、ＰＮＡプローブセット。
28. 請求項２５に記載のＰＮＡプローブセットであって、前記Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ
    ａｕｒｅｕｓの分析のための少なくとも１つのＰＮＡプローブは、請求項１〜２４に記載の１つ以上のＰＮＡプローブとは別々に標識されている、ＰＮＡプローブセット。
29. 請求項２８に記載のＰＮＡプローブセットであって、前記Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ
    ａｕｒｅｕｓの分析のための少なくとも１つのＰＮＡのうちの１つの少なくとも一部は、ＧＣＴ−ＴＣＴ−ＣＧＴ−ＣＣＧ−ＴＴＣから選択される、ＰＮＡプローブセット。
30. 請求項１〜２４に記載の１つ以上のＰＮＡプローブと、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ以外の１種以上のＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種の分析のための少なくとも１つのＰＮＡブロッキングプローブと、を含む、ＰＮＡプローブセット。
31. 請求項３０に記載のＰＮＡプローブセットであって、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓの分析のためのＰＮＡブロッキングプローブをさらに含む、ＰＮＡプローブセット。
32. 請求項３１に記載のＰＮＡプローブセットであって、前記Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ
    ａｕｒｅｕｓの分析のためのＰＮＡブロッキングプローブのうちの少なくとも一部は、
    ＴＣＣ−ＴＣＧ−ＴＣＴ−ＧＴＴ−ＣＧＣ（配列番号６）、
    ＣＴＣ−ＣＴＴ−ＡＴＣ−ＴＧＴ−ＴＣＧ−Ｃ（配列番号７）、
    ＣＴＣ−ＣＴＴ−ＧＴＣ−ＴＧＴ−ＴＣＧ−Ｃ（配列番号８）、
    ＣＴＴ−ＣＴＣ−ＡＴＣ−ＴＧＴ−ＴＣＧ−Ｃ（配列番号９）、
    ＴＣＣ−ＴＣＧ−ＴＣＣ−ＧＴＴ−ＣＧＣ（配列番号１０）、
    ＴＣＣ−ＴＴＧ−ＴＣＣ−ＧＴＴ−ＣＧＣ（配列番号１１）、
    から選択される、ＰＮＡプローブセット。
33. サンプル中にあるＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ以外のＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種の分析のための方法であって、該方法は、
    ａ）請求項１〜２４に記載のＰＮＡプローブのうちの少なくとも１つを、該サンプルと接触させる工程、
    ｂ）該ＰＮＡプローブを、該サンプル中にあるＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ以外のＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種の標的配列に対してハイブリダイズさせる工程、および
    ｃ）該ハイブリダイゼーションを検出する工程であって、該ハイブリダイゼーションの検出は、該サンプルにおけるＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ以外のＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種の存在、正体、および／または量を示す、工程、
    を包含する、方法。
34. ２種以上のＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種の分析のための方法であって、該方法は、
    ａ）請求項１〜２４に記載のＰＮＡプローブセットを、該サンプルと接触させる工程、
    ｂ）該ＰＮＡプローブを、該サンプルにあるＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種の標的配列に対してハイブリダイズさせる工程、および
    ｃ）該ハイブリダイゼーションを検出する工程であって、該ハイブリダイゼーションの検出は、該サンプルにおけるＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種の存在、正体、および／または量を示す、工程、
    を包含する、方法。
35. 請求項３３〜３４に記載の方法であって、前記２種以上のＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種は、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓと、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ
    ａｕｒｅｕｓ以外の１種以上のＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種とである、方法。
36. Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ以外のＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種のコホートの分析のための、請求項３３〜３５に記載の方法。
37. 請求項３６に記載の方法であって、前記検出されるＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ以外のＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種のコホートは、コアグラーゼ陰性ブドウ球菌、臨床的に重要なコアグラーゼ陰性ブドウ球菌、または臨床的に重要なコアグラーゼ陰性ブドウ球菌の部分集合である、方法。
38. 請求項３３〜３７に記載の方法であって、前記プローブは、独立して検出可能であるか、非独立的に検出可能であるか、または独立して検出可能であるものと非独立的に検出可能であるものとの組み合わせであり、該プローブは、わずか一塩基だけ互いに異なり、該プローブは、系統的に関連する生物の部分的に保存された標的領域に対して相補的であるかまたは実質的に相補的である、方法。
39. 請求項３８に記載の方法であって、プローブまたはプローブセットが、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ特異的プローブと、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｓｃｈｌｅｉｆｅｒｉ標的との間の交差ハイブリダイゼーションを排除または減少するために使用される、方法。
40. 請求項３３〜３９に記載の方法であって、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓと、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ以外の１種以上のＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種とが、同時かつ独立的に検出される、方法。
41. 請求項３３〜４０に記載の方法であって、前記分析は、インサイチュで行われる、方法。
42. 請求項４１に記載の方法であって、前記分析は、蛍光インサイチュハイブリダイゼーションにより行われる、方法。
43. 請求項３３〜４０に記載の方法であって、該方法は、標的配列を含む核酸を検出するために使用され、該核酸は、反応において合成または増幅されている、方法。
44. 請求項４３に記載の方法であって、好ましい核酸合成反応または核酸増幅反応は、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）、鎖置換増幅（ＳＤＡ）、転写媒介性増幅（ＴＭＡ）、ローリングサークル増幅（ＲＣＡ）、およびＱβレプリカーゼからなる群より選択される、方法。
45. 請求項３３〜４４に記載の方法であって、該方法は、
    非標的配列に対する前記ＰＮＡプローブのハイブリダイゼーションを減少または排除するために、少なくとも１つのブロッキングプローブを添加する工程、
    をさらに包含する、方法。
46. 請求項３３〜４０に記載の方法であって、前記標的配列は、表面に固定される、方法。
47. 請求項３３〜４０に記載の方法であって、前記ＰＮＡプローブは、表面に固定される、方法。
48. 請求項３３〜４０に記載の方法であって、前記ＰＮＡプローブは、アレイの一構成成分である、方法。
49. 請求項３３〜４８に記載の方法であって、前記サンプルは、生物学的サンプルである、方法。
50. 請求項４９に記載の方法であって、前記生物学的サンプルは、血液、尿、分泌物、汗、痰、糞便、粘液、またはそれらの培養物である、方法。
51. サンプルにおけるＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ以外の１種以上のＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種の分析のためのアッセイを実施するために適切なキットであって、該キットは、
    ａ）請求項１〜２４に記載のＰＮＡプローブ、および
    ｂ）該アッセイを実施するために必要な他の試薬または組成物、
    を備える、キット。
52. 請求項５１に記載のキットであって、必要に応じてサンプル中に存在する、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ以外の１種以上のＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種と、少なくとも１種の他の微生物とが、独立して、検出、同定、および／または定量される、キット。
53. 請求項５２に記載のキットであって、必要に応じてサンプル中に存在する、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ以外の１種以上のＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種と、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓとが、独立して、検出、同定、および／または定量される、キット。
54. 請求項５１〜５３に記載のキットであって、必要に応じてサンプル中に存在する、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ以外の１種以上のＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種が、検出、同定、および／または定量され、抗菌剤に対する該Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種の感受性が、決定される、キット。
55. 請求項５１〜５４に記載のキットであって、検出されるＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ以外の１種以上のＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種は、コアグラーゼ陰性ブドウ球菌、臨床的に重要なコアグラーゼ陰性ブドウ球菌、または臨床的に重要なコアグラーゼ陰性ブドウ球菌の部分集合である、キット。
56. 請求項５１〜５５に記載のキットであって、該キットは、インサイチュハイブリダイゼーションにおいて使用される、キット。
57. 請求項５６に記載のキットであって、該キットは、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ以外の１種以上のＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種とＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓとの、同時の独立的（多重）同定のための蛍光インサイチュハイブリダイゼーションアッセイにおいて使用される、キット。
58. 請求項５１〜５５に記載のキットであって、該キットは、リアルタイムＰＣＲアッセイのために使用される、キット。
59. 請求項５１〜５８に記載のキットであって、該キットは、臨床標本またはその培養物などの、臨床サンプルを検査するために使用される、キット。