JP2006510870A - 癌腫の分子診断および予後 - Google Patents
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Abstract
【解決手段】ヒトから生理学的試験サンプルを入手すること;その試験サンプル中のRNAが、標識シグナルを有する検出試薬と反応できるように、その試験サンプルを準備すること;ヒトBC200 RNAが存在するかどうか検出可能な反応生成物を生成する条件下で、その試験サンプルとその検出試薬を併せること;検出可能な反応生成物の量を、その標識シグナルにより測定すること;その標識シグナルレベルを、悪性度が高くない癌腫対照またはBC200 RNAを発現しない正常な組織などの他のあらゆる適する対照からの標識シグナルと比較すること;および試験サンプルにおける高い標識シグナルを、その癌腫が侵襲性になる可能性が高いという判定と相関させる。
Description
(1)生理学的サンプルを入手する段階;
(2)そのサンプルを処理して、RNAおよび/またはDNAをハイブリダイザーションに利用できるようにする段階;
(3)その試験サンプルを、ヒトBC200 RNAのドメインIIIに特異的なプローブとハイブリダイズさせる段階;および
(4)ハイブリダイザーションの発生を分析する段階。
Buerger et al.,「侵襲性の乳がんの進化における遺伝経路の違いは、形態学的サブタイプの相違に関係する(Different Genetic Pathway in the Evolution of Invasive Breast Cancer are Associated With Distinct Morphological Subtypes)」,189 J.Pthol.521−526(1999)
(1)スクリーニング手順の間に診断用反応生成物の核酸を付着させる固体支持体;
(2)サンプル中の核酸を増幅させるための増幅プライマーおよび酵素;
(3)その診断用反応生成物と反応させて、それを検出可能にする標識試薬;ならびに
(4)その生理学的サンプルを溶解して、RNAをハイブリダイゼーションに利用できるようにするために有効な溶液。
BC200 RNAの5’および3’領域を別々に増幅した。5’BC200 RNA配列の増幅のために、チオシアン酸グアニジニウム法、続いてフェノール抽出およびCsCl遠心分離を使用して1μgの全RNAを単離し、熱安定性rTth DNAポリメラーゼ(Perkin Elmer Cetus)を製造業者のインストラクションに従って使用してcDNAの第一鎖に変換させた。この段階で使用したプライマーは、
二つのタイプのプローブを通常どおり使用した。所望の配列のオリゴデオキシヌクレオチドを化学合成し、クロマトグラフィーまたはゲル電気泳動により精製した。その後、ヌクレオチドを5’末端のリン酸化により放射標識した。これは、γ32Pで標識されたATPを有する酵素ポリヌクレオチドキナーゼを使用することによって達成した。この放射性標識されたプローブ(比活性:>108cpm/μg)と組み込まれていない標識とをゲル濾過によって分離し、そのプローブを106cpm/mLの濃度で使用した。
Claims (25)
- a)ヒトから生理学的試験サンプルを入手する段階;
b)その試験サンプル中のRNAが、標識シグナルを有する検出試薬と反応できるように、その試験サンプルを準備する段階;
c)ヒトBC200 RNAが存在するかどうか検出可能な反応生成物を生成する条件下で、その試験サンプルとその検出試薬を併せる段階;
d)検出可能な反応生成物の量を、その標識シグナルにより測定する段階;
e)段階d)で測定した標識シグナル量を、その試験サンプルと同じ段階で使用するように準備された悪性度が高くない癌腫対照からの標識シグナルと比較する段階;および
f)試験サンプルにおける高い標識シグナル量を、その癌腫が侵襲性になる可能性が高い悪性度のものであるという判定と相関させる段階
からなるなることを特徴とする、癌腫が侵襲性の癌腫になる可能性が高い悪性度のものである尤度を判定する方法。 - 前記癌腫が乳癌である請求項1記載の方法。
- 前記乳癌が上皮内癌である請求項2記載の方法。
- 前記上皮内癌が腺管上皮内癌である請求項3記載の方法。
- 前記上皮内癌が上皮内小葉癌である請求項3記載の方法。
- 前記乳癌が浸潤癌である請求項3記載の方法。
- 前記癌腫が浸潤性腺管癌である請求項6記載の方法。
- 前記癌腫が浸潤性小葉癌である請求項6記載の方法。
- 前記癌腫が管状小葉癌である請求項8記載の方法。
- 前記癌腫が粘液性癌腫である請求項2記載の方法。
- 前記癌腫が髄様癌である請求項2記載の方法。
- 前記癌腫が皮膚癌、腎臓癌、耳下腺癌、肺癌、膀胱癌および前立腺癌から成る群より選択される請求項1記載の方法。
- 前記検出試薬がヒトBC200 RNAとハイブリダイズ可能なオリゴヌクレオチドプローブである請求項1記載の方法。
- RT−PCRを利用して、ヒトBC200 RNAが存在するかどうか検出可能な反応生成物を生成する請求項1記載の方法。
- エマルジョン・オートラジオグラフィー、リン光イメージング、光学顕微鏡検査法、共焦点顕微鏡検査法、多陽子顕微鏡検査法および蛍光顕微鏡検査法から成る群より選択された技術によって、前記標識シグナル量を測定する請求項1記載の方法。
- オートラジオグラフィーによって前記標識シグナル量を測定し、その試験サンプルと同じ段階で使用するように準備された悪性度が高くない癌腫対照と比較して高い試験サンプルシグナル強度を利用して、侵襲性の癌腫に進行する確率が高い高悪性度の癌腫を診断する請求項15記載の方法。
- a)ヒトから生理学的試験サンプルを入手する段階;
b)その試験サンプル中のRNAが、標識シグナルを有する検出試薬と反応できるように、その試験サンプルを準備する段階;
c)ヒトBC200 RNAが存在するかどうか検出可能な反応生成物を生成する条件下で、その試験サンプルとその検出試薬を併せる段階;
d)検出可能な反応生成物の量を、その標識シグナルにより測定する段階;および
e)段階d)で測定した標識シグナル量を、その試験サンプルと同じ段階で使用するように準備された悪性度が高くない癌腫対照からの標識シグナルと比較する段階からなり、
試験サンプルにおける標識シグナルと、その試験サンプルと同じ段階で使用するように準備された低悪性度の癌腫対照における標識シグナルの相対レベルが同じことが、侵襲性の癌腫に進行する尤度が低いその試験サンプルにおける低悪性度の癌腫を示し;
その試験サンプルと同じ段階で使用するように準備された低悪性度の癌腫からの標識シグナル量と比較して高い試験サンプルにおける標識シグナル量が、侵襲性の癌腫に進行する尤度が中等度である試験化合物における少なくとも中等度の悪性度の癌腫を示し;そして
その試験サンプルと同じ段階で使用するように準備された中等度の悪性度の癌腫対照と比較して高い試験化合物における標識シグナル量が、侵襲性の癌腫に進行する可能性が高い試験サンプルにおける高悪性度の癌腫を示すことを特徴とする、腫瘍の悪性度を判定するための方法。 - 前記検出試薬がヒトBC200 RNAとハイブリダイズ可能なオリゴヌクレオチドプローブである請求項17記載の方法。
- RT−PCRを利用して、ヒトBC200 RNAが存在するかどうか検出可能な反応生成物を生成する請求項17記載の方法。
- a)ヒトから生理学的試験サンプルを入手する段階;
b)その試験サンプル中のRNAが、標識シグナルを有する検出試薬と反応できるように、その試験サンプルを準備する段階;
c)ヒトBC200 RNAが存在するかどうか検出可能な反応生成物を生成する条件下で、その試験サンプルとその検出試薬を併せる段階;
d)検出可能な反応生成物の量を、その標識シグナルにより測定する段階;および
e)段階d)で測定した標識シグナル量を、その試験サンプルと同じ段階で使用するように準備された悪性度が高くない癌腫対照からの標識シグナルと比較する段階からなり、
その試験サンプルと同じ段階で使用するように準備された非侵襲性対照における標識シグナル量と比較して高い試験サンプルにおける標識シグナル量が、侵襲性の癌腫を示すことを特徴とする、侵襲性の癌腫を診断するための方法。 - 前記癌腫が乳癌である請求項20記載の方法。
- 前記癌腫が皮膚癌、腎臓癌、耳下腺癌、肺癌、膀胱癌および前立腺癌から成る群より選択される請求項20記載の方法。
- 前記検出試薬がヒトBC200 RNAとハイブリダイズ可能なオリゴヌクレオチドプローブである請求項20記載の方法。
- RT−PCRを利用して、ヒトBC200 RNAが存在するかどうか検出可能な反応生成物を生成する請求項20記載の方法。
- エマルジョン・オートラジオグラフィー、リン光イメージング、光学顕微鏡検査法、共焦点顕微鏡検査法、多陽子顕微鏡検査法および蛍光顕微鏡検査法から成る群より選択された技術によって、前記標識シグナル量を測定する請求項20記載の方法。
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