JP2006506066A - トラコーマクラミジア及び淋菌の増幅及び検出のためのポリヌクレオチド - Google Patents

トラコーマクラミジア及び淋菌の増幅及び検出のためのポリヌクレオチド Download PDF

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Abstract

被験試料中のトラコーマクラミジア（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）及び／又は淋菌（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ）を検出するために有用なポリヌクレオチド、前記ポリヌクレオチドを含むキット、核酸増幅方法及び検出方法。

Description

本発明は、トラコーマクラミジア及び淋菌に関する。特に、本発明は、トラコーマクラミジア及び淋菌を増幅及び検出するためのポリペプチド及び方法に関する。
トラコーマクラミジア（Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ又はＣＴ）及び淋菌（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ又はＮＧ）は、一般的な性感染病の原因菌である。ＣＴは、性病性リンパ肉芽腫、男性及び女性泌尿生殖器系の様々な炎症性疾患、及び５億人が罹患する慢性疾患であるトラコーマを引き起こし、失明を導くことがある。早期に診断され、適切な治療によって処置されないとき、ＣＴが誘発する尿道炎及び子宮頚管炎は、例えば不妊症や子宮外妊娠を生じることがある膣炎、卵管炎及び骨盤炎症などの、様々な慢性炎症を導き得る。さらに、感染した母親からの新生児は、分娩中に肺及び／又は眼感染を生じることがある。
淋病の病原体である淋菌は、男性では尿道の化膿性炎症及び腫脹として発現する。これらの症状は感染症例の９０％において発生する。処置せずに放置した場合、感染は上行して、数週間後に前立腺炎の症状を生じ得る。女性では、感染症例の５０％において症状がないか若しくはごくわずかな症状だけが起こる。感染は主として子宮頚を冒すが、尿道にも罹患する。女性の１０−１５％では、感染がファローピウス管へと拡大し、やはり不妊症に至ることがある。感染の経過はしばしば無症候性であるので、多くの保菌者が、自分では気づかないうちに感染の拡大に寄与している。
これら２生物が及ぼす影響を考慮すると、迅速で特異的な診断試験が極めて重要である。病原細菌の選択増殖に基づく診断が標準となってきたが、細胞培養は時間がかかり、また多くの臨床単離物はインビトロでの増殖が難しい。細菌による感染は、血清群、種、亜種、血清型（ｓｅｒｏｖａｒ、ｓｅｒｏｔｙｐｅ）及び表現型（ａｕｘｏｔｙｐｅ）特異性を有する様々な抗体の形成をもたらす。生殖管感染を有する患者からの血清がＣＴ及びＮＧ感染を診断するために使用されてきたが、血清マーカーに基づくアッセイは本来非定量的であり、解釈が困難になりがちである。例えば抗体力価は、急性感染では検出不能なことがあり（偽陰性）、感染の既往歴を有する非感染個人において残存したり（偽陽性）、交叉反応種の存在のために偽陽性指標を生じたり（例えば異なるクラミジア種による呼吸器感染）、また他の因子に依存して全く発現しない（偽陰性）こともある（Ｎｇｅｏｗ，１９９６、Ａｎｎ Ａｃａｄ Ｍｅｄ Ｓｉｎｇａｐｏｒｅ ２５：３００；Ｂｌａｃ ｋら、１９９１、Ｊ Ｃｌｉｎ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ ２９：１３１２）。これらの理由から、血清学単独ではＣＴ及びＮＧ感染の診断のためには不十分である。
細菌感染はまた、感染性生物に特異な核酸配列の検出によっても診断し得る。検出のために選択される核酸配列に依存して、診断アッセイは、属全体、２つ以上の属、種又は亜種、表現型、血清型、株又は生物の他のサブセットに特異的であり得る。この選択性は、トラコーマクラミジア及び淋菌種の細菌病原体についての簡単で信頼し得る診断試験の開発において利用し得る。
この背景情報は、出願人が本発明に関連する可能性があると信じる情報を公表するために提供するものである。必ずしも是認を意図しておらず、また前記情報が本発明に対する先行技術を構成すると解釈されるべきではない。本明細書全体を通じて参照する公表文献は、これら全体が本明細書中に参照により組込まれる。
本発明は、トラコーマクラミジア及び／又は淋菌の検出のために有用なポリヌクレオチド試薬を提供する。特に、本発明は、トラコーマクラミジア及び／又は淋菌の様々な亜種又は血清型及び表現型を特異的に高い感受性で検出する、核酸増幅及び検出手順のためのプライマー及びプローブを提供する。
配列番号１−１２としてここで提供する２つ以上のポリヌクレオチド試薬を、配列番号１と配列番号４−７のうちの１つ以上のように、また配列番号２と配列番号４−７のうちの１つ以上のように、組成物中で組み合わせることができる。同様に、ここで提供する２つ以上のポリヌクレオチド試薬を、配列番号８の１つ以上と配列番号９−１２のうちの１つ、また配列番号９と配列番号８及び１０−１２のうちの１つのように組み合わせることができる。一部の好ましい実施態様では、上記組成物は、配列番号１−３から選択される配列を有する第一ポリヌクレオチド、配列番号４に示す配列を有する第二ポリヌクレオチド、配列番号８に示す配列を有する第三ポリヌクレオチド及び配列番号９に示す配列を有する第四ポリヌクレオチドを含む。
ここで提供するプライマーセットは２個のプライマーを含み、例えばＰＣＲにおいて、標的配列の増幅のために有用である。配列番号１−３及び配列番号４と称されるプライマーはトラコーマクラミジアを特異的に増幅し、配列番号８及び配列番号９と称されるプライマーは淋菌の血清型及び／又は表現型を増幅する。ここで配列番号５−７として特定される配列は、例えば配列番号１−３及び４によって特定される配列を有するプライマーでトラコーマクラミジアを増幅するとき、増幅されたトラコーマクラミジアを検出するために有用なプローブ配列である。同様に、ここで配列番号１０−１２として特定される配列は、例えば配列番号８及び９によって特定される配列を有するプライマーで淋菌を増幅するとき、増幅された淋菌を検出するために有用である。好ましくは、プライマーとプローブのセットは、２個のプライマー配列と１個のプローブ配列を含む。より好ましくは、プライマーとプローブのセットはＰＣＲのために使用される。トラコーマクラミジアを増幅及び検出するために使用できる特異的プライマー／プローブセットは、以下に示すプライマー／プローブセット１−９を含む。同様に、淋菌を増幅及び検出するために使用できる特異的プライマー／プローブセットは、以下に示すプライマー／プローブセット１０−１２を含む。
トラコーマクラミジア及び／又は淋菌を増幅するための方法は、一般に、（ａ）核酸増幅試薬、少なくとも１つの本発明のポリヌクレオチド又は前述したような組成物又はプライマーセット又はプライマー／プローブセット、及び少なくとも１つの標的配列を潜在的に含む被験試料、を含む反応混合物を形成すること、及び（ｂ）前記混合物を、前記標的配列に相補的な核酸配列の少なくとも１コピーを生成するための増幅条件に供すること、を含む。
トラコーマクラミジア及び／又は淋菌を検出するために方法は、一般に、（ａ）核酸増幅試薬、少なくとも１つの本発明のポリヌクレオチド又は前述したような組成物又はプライマーセット又はプライマー／プローブセット、及び少なくとも１つの標的配列を潜在的に含む被験試料、を含む反応混合物を形成すること、（ｂ）前記混合物を、前記標的配列に相補的な核酸配列の少なくとも１コピーを生成するための増幅条件に供すること、（ｃ）プローブと前記標的配列に相補的な核酸配列を含むハイブリッドを形成するために、プローブを前記標的配列に相補的な核酸配列にハイブリダイズすること、及び（ｄ）前記ハイブリッドを、被験試料におけるトラコーマクラミジア及び／又は淋菌の存在の指標として検出すること、を含む。
さらに、増幅がＰＣＲ又は同様の熱サイクリング増幅方法であるときは、標的配列のコピー数を増加するために工程（ｂ）を多回反復することができる。もう１つの実施態様によれば、特に配列番号５、６又は７を有するプローブが配列番号１０、１１又は１２を有するプローブによって生成されるシグナルとは別のシグナルを生じる標識を担い、及び各々のセットの一方を、配列番号８及び９と組み合わせて、配列番号１−３及び４で増幅した被験試料と接触させるとき、プライマー／プローブセットの組合せを用いて単一反応混合物中でトラコーマクラミジア及び淋菌の両方を検出することができる。
本発明のポリヌクレオチドはまた、トラコーマクラミジア及び／又は淋菌を増幅及び／又は検出するために有用なキットの一部として提供され得る。前記キットは、本発明に従った１つ以上のプライマーセット又はプライマー／プローブセット又はプライマー／プローブの組合せ、ポリメラーゼ活性を有する酵素及びデオキシヌクレオチド三リン酸を含む、１つ以上の適切な容器を含む。好ましくは少なくとも１つの配列が標識を担う。
本発明のもう１つの側面では、対照標的ポリヌクレオチド及び対照ポリヌクレオチドプローブを、ここで提供する方法又はキットのいずれかに含める。本発明のこの側面では、プライマーセットは、好ましくは標的配列並びに対照標的に相補的であり、標的プローブは、好ましくは標的ポリヌクレオチド配列にのみ実質的に相補的であり、及び対照プローブは、好ましくは対照標的にのみ実質的に相補的である。
本発明のもう１つの側面は、基本的に配列番号２−１２に示すヌクレオチド配列から成る、及び好ましくは配列番号２−１２に示すヌクレオチド配列から成る、ヌクレオチド配列を有する単離ポリヌクレオチドを提供する。
本発明は、トラコーマクラミジア（Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ又はＣＴ）の核酸配列又はその相補物と特異的にハイブリダイズすることができるポリヌクレオチドを提供し、及びさらに、淋菌（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ又はＮＧ）の核酸配列又はその相補物と特異的にハイブリダイズすることができる他のポリヌクレオチドを提供する。これらのポリヌクレオチドは、トラコーマクラミジア及び淋菌を増幅するため、及び他の生物を除外して各々の生物の存在を特異的に検出するために使用できる。現在、トラコーマクラミジアの１６菌株及び淋菌の５７表現型及び血清型が知られており、前記方法は全ての公知の菌株を適切且つ特異的に検出する。
ここで使用する「特異的にハイブリダイズする」という用語は、ある核酸が第二の核酸に検出可能且つ特異的に結合する能力を指す。ポリヌクレオチドは、評価し得る量の非特異的核酸への検出可能結合を最小限に抑えるハイブリダイゼーション及び洗浄条件下で、標的核酸鎖に特異的にハイブリダイズする。特異的ハイブリダイゼーションを達成するために使用できるストリンジェント条件は当技術分野において公知である。
ここで使用する「標的配列」又は「標的核酸配列」は、ここで提供するポリヌクレオチドの１つ以上を使用して増幅される、検出される又は増幅されて且つ検出される、ＣＴ又はＮＧの核酸配列又はその相補物を意味する。加えて、標的配列という用語は時として二本鎖核酸配列を指すが、当業者は、標的配列が一本鎖でもあり得ることを認識する。標的が二本鎖である場合は、本発明のポリヌクレオチドプライマー配列は、好ましくはその標的配列の両方の鎖を増幅する。特定生物に大なり小なり特異的である標的配列を選択し得る。例えば、標的配列は、属全体、２つ以上の属、種又は亜種、血清群、表現型、血清型、株、単離物又は生物の他のサブセットに特異的であり得る。本発明のポリヌクレオチド配列は、ＣＴ及びＮＧの一連の亜種、血清型又は表現型と特異的にハイブリダイズするこれらの能力に関して選択される。
ここで使用する「被験試料」という用語は、ＣＴ又はＮＧの標的配列を含むことが疑われる又は潜在的に含む生物又は生体液から採取される試料を意味する。被験試料は、例えば組織、血液、唾液、痰、粘膜、汗、尿、尿道スワブ、子宮頸部スワブ、泌尿性器又は肛門スワブ、結膜スワブ、水晶体液、脳脊髄液、乳、腹水、滑液、腹腔内貯留液、羊水、発酵肉汁、細胞培養、化学反応混合物等のような生物学的ソースから採取することができる。被験試料は、（ｉ）ソースから入手したままを直接に又は（ｉｉ）試料の特徴を修飾するための前処理後に使用できる。従って、被験試料は、例えば血液から血漿又は血清を調製すること、細胞又はウイルス粒子を破壊すること、固体物質から液体を調製すること、粘性液体を希釈すること、液体をろ過すること、液体を蒸発させること、液体を濃縮すること、干渉成分を不活性化すること、試薬を添加すること、核酸を精製すること等により使用に先立って前処理することができる。
ここで使用する「標識」という用語は、検出することができ、及び場合により定量することができる性質又は特徴を有する分子又は成分を意味する。標識は、例えば（限定を伴わずに）放射性同位元素、発蛍光団、化学発光団、酵素、コロイド粒子、蛍光微粒子等で、直接検出可能であり得るか、また標識は、例えば特異的結合成員で、間接的に検出可能であり得る。直接検出可能な標識は、標識の検出及び／又は定量を可能にする、例えば基質、引き金になる試薬、消光成分、光等のような付加的な成分を必要とし得ることは理解される。間接的に検出可能な標識を使用するときは、典型的にはこれらを「コンジュゲート」と組み合わせて使用する。コンジュゲートは、典型的には直接検出可能な標識に結合又は連結された特異的結合成員である。コンジュゲートを合成するためのカップリング化学は当技術分野において周知であり、例えば特異的結合成員の特異的結合特性又は標識の検出可能な特性を破壊しない何らかの化学的手段及び／又は物理的手段、を包含し得る。ここで使用するとき、「特異的結合成員」は、結合対、すなわち、例えば化学的又は物理的手段を通して、分子の１個が他の分子に特異的に結合する場合の２個の異なる分子の成員を意味する。抗原と抗体の特異的結合対に加えて、他の特異的結合対は、アビジンとビオチン；ハプテンとハプテンに特異的な抗体；相補的ヌクレオチド配列；酵素補因子又は基質と酵素等を含むが、これらに限定されない。
本発明に関して、ポリヌクレオチドは、リボ核酸（ＲＮＡ）、デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）、修飾ＲＮＡ又はＤＮＡもしくはＲＮＡ又はＤＮＡミメティック（限定を伴わずに、ＰＮＡなど）の核酸重合体、及びその誘導体、及びその類似体である。従って、ポリヌクレオチドは、天然に生じる核酸塩基、糖類及びヌクレオシド間（骨格）共有結合から成る重合体並びに同様に機能する非天然に生じる部分を有する重合体を包含する。そのような修飾又は置換核酸重合体は当技術分野において周知であり、本発明のために、「類似体」と称する。製造の容易さと当業者の習熟度の故に、ポリヌクレオチドは、好ましくはデオキシリボ核酸又はリボ核酸の修飾又は非修飾重合体である。
本発明において有用なポリヌクレオチド類似体は、修飾骨格又は非天然ヌクレオシド間結合を有する重合体を包含する。本発明によれば、修飾骨格は、チオリン酸塩、キラルチオリン酸塩、ジチオリン酸塩、ホスホトリエステル、アミノアルキルホスホトリエステル、メチル及び他のアルキルホスホン酸塩などの、骨格内にリン原子を保持しているもの、並びに短鎖アルキル又はシクロアルキルヌクレオシド間結合、混合へテロ原子及びアルキル又はシクロアルキルヌクレオシド間結合もしくは１つ以上の短鎖へテロ原子又はヘテロ環式ヌクレオシド間結合によって形成される骨格などの、もはやリン原子を有していないものを包含する。そのような非リン含有骨格の一例は、モルホリノ結合である（例えば、全て本明細書中に参照により組込まれる、米国特許第５，１８５，４４４号、同第５，０３４，５０６号及び５，１４２，０４７号参照）。当技術分野において公知のように、修飾核酸重合体（類似体）は１つ以上の修飾糖成分を含み得る。例えば、糖成分は、２−メトキシエトキシ（２−ＭＯＥ）基による２’位置での置換によって修飾され得る（例えばＭａｒｔｉｎら、（１９９５）Ｈｅｌｖ．Ｃｈｉｍ．Ａｃｔａ，７８：４８６−５０４参照）。
本発明はまた、ヌクレオチド単位の糖及びヌクレオシド間結合の両方が新しい基で置換されている、ＲＮＡ又はＤＮＡミメティックである類似体を考慮する。これらのミメティックにおいては、塩基単位が標的配列とのハイブリダイゼーションのために維持される。卓越したハイブリダイゼーション特性を有することが示されている、そのようなミメティックの一例は、ペプチド核酸（ＰＮＡ）である（Ｎｉｅｌｓｅｎら、（１９９１）Ｓｃｉｅｎｃｅ，２５４：１４９７−１５００；本明細書中に参照により組込む、国際公開公報第ＷＯ９２／２０７０２号）。ＰＮＡ化合物では、オリゴヌクレオチドの糖骨格がアミド含有骨格、例えばアミノエチルグリシン骨格、で置換されている。核酸塩基は保持されており、骨格のアミド部分のアザ窒素原子に直接又は間接的に結合する。
考慮される本発明のポリヌクレオチドは、核酸分子が、置換、化学的、酵素的又は他の適切な手段によって天然に生じるヌクレオチド以外の成分で、例えばここで述べるような標識として機能する成分で、共有結合修飾されている誘導体をさらに含む。
本発明はさらに、配列番号１−１２に示す核酸配列を有するポリヌクレオチドのホモログ（ｈｏｍｏｌｏｇｕｅ）をさらに包含する。ホモログは、前述したような、標的配列と特異的にハイブリダイズするポリヌクレオチドの能力を破壊しない、配列番号１−１２のいずれかに示す一次配列内に少なくとも１つの変化を有する核酸である。従って、一次配列は、例えば配列番号１−１２の、例えば１つ以上のヌクレオチドの挿入、付加、欠失又は置換によって、変化させ得る。従って、配列番号１−１２に開示する配列のフラグメントであるホモログは、配列番号１−１２の核酸配列の少なくとも約７、１０、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３又はそれ以上のヌクレオチドの連続配列を有することができ、前述したように、標的配列と特異的にハイブリダイズする能力を保持する。通常、ホモログは、配列番号１−１２に示す核酸配列と少なくとも約５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％又は９５％の核酸配列同一性を有する核酸配列を有する。そのような配列に関する同一性は、ここでは、最大パーセント同一性を達成するために必要に応じて配列を整列し、ギャップを導入した後、公知のポリヌクレオチドと同一である、候補配列内のヌクレオチドのパーセンテージと定義される。ヌクレオチド配列への末端（５’又は３’）又は内部欠失、伸長又は挿入は、同一性に影響を及ぼさないと解釈される。
従って、本発明のポリヌクレオチドは、本発明の標的配列に特異的にハイブリダイズするプライマー及びプローブ、例えば配列番号１−１２に示す核酸配列のいずれかを有する核酸分子（前記核酸配列の類似体及び／又は誘導体を含む）、及び本発明の標的配列に特異的にハイブリダイズすることができるこれらのホモログを含む。以下に述べるように、本発明のポリヌクレオチドは、トラコーマクラミジア又は淋菌を増幅又は検出するためのプライマー及び／又はプローブとして使用することができる。
そのようなハイブリダイズするポリヌクレオチドは、しかしながら、適切なストリンジェンシー条件下で本発明の従った標的配列にハイブリダイズするものを含む、先行技術のポリヌクレオチドに比べて新規であり、明らかにされていないもの、とさらに定義される。
本発明に従ったポリヌクレオチドは、当業者に周知の慣例的手法によって製造できる。例えば、前記ポリヌクレオチドは、Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ ＵＳＡ Ｉｎｃ．（Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ）、ＤｕＰｏｎｔ（Ｗｉｌｍｉｎｇｔｏｎ，Ｄｅｌ．）又はＭｉｌｌｉｇｅｎ（Ｂｅｄｆｏｒｄ，Ｍａｓｓ．）から入手可能なもののような、市販の装置を用いた慣例的固相合成を使用して製造できる。チオリン酸塩及びアルキル化誘導体などの修飾ポリヌクレオチドも、当技術分野で公知の同様の方法によって容易に製造できる。例えば米国特許第５，４６４，７４６号；同第５，４２４，４１４号；及び同第４，９４８，８８２号参照。
本発明に従ったポリヌクレオチドは、被験試料中のＣＴ及び／又はＮＧ核酸の検出又は定量又はその両方のためのプローブとして直接使用することができる。被験試料を適切なハイブリダイゼーション条件下で本発明のポリヌクレオチドの少なくとも１つと接触させ、次に標的配列とポリヌクレオチドの少なくとも１つとの間のハイブリダイゼーションを当技術分野で周知の方法によって検出する。
本発明のポリヌクレオチドは、１以上の検出可能な標識を組み込み得る。検出可能な標識は、直接又は間接的に検出することができる性質又は特徴を有する分子又は成分であり、ポリペプチドがその標的配列とハイブリダイズする能力に有害な作用を及ぼさないように選択される。核酸配列を標識する方法は当技術分野において周知である（例えばＡｕｓｕｂｅｌら、（１９９７＆最新版）Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ）。
検出標識は、先に定義した「標識」と同じ定義であり、「捕獲標識」は、典型的には伸長産物及びそのような産物に結合したプローブを他の増幅反応物から分離するために使用される。特異的結合成員（先に定義した）はこの目的に良好に適する。また、この方法に従って使用されるプローブは、ハイブリダイゼーション条件下で伸長しないようにこれらの３’末端で遮断し得る。プローブの伸長を防ぐための方法は周知であり、当業者の選択の問題である。典型的には、プローブの３’末端にリン酸基を付加することで、プローブの伸長を遮断する目的には十分である。
プライマー増幅産物を検出するために標識を用いる場合は、場合によりプライマー配列を捕獲標識又は検出標識のいずれかで標識することができる。プローブ配列は、プライマー配列によって生成された配列とハイブリダイズするために使用され、典型的にはプライマー配列を含まない配列とハイブリダイズする。プライマー配列と同様に、プローブ配列も捕獲標識又は検出標識のいずれかで標識することができるが、但し、プライマーを捕獲標識で標識するときはプローブを検出標識で標識し、逆もまた同様である。コピー配列／プローブハイブリッドが形成された後、コピー配列及びプローブ配列上の識別標識（すなわち捕獲及び検出標識）を使用してそのようなハイブリッドを分離し、検出することができる。本発明の１つの実施態様では、市販のＡｂｂｏｔｔ ＬＣｘ（登録商標）装置（Ａｂｂｏｔｔ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ；Ａｂｂｏｔｔ Ｐａｒｋ，ＩＬ）によって使用されるプロトコールに従って検出を実施する。
本発明に従ったポリヌクレオチドはまた、サンドイッチ型アッセイにおける捕獲プローブとしての使用にも適する。捕獲プローブ及びサンドイッチハイブリダイゼーションアッセイは当技術分野において周知である。簡単に述べると、ポリヌクレオチド捕獲プローブを保持体に結合し、捕獲プローブと被験試料中に存在する標的核酸の間でプローブ：標的ハイブリッドが形成されるように、適切なハイブリダイゼーション条件下で被験試料と接触させる。１回以上の適切な洗浄工程後、通常は第二の「顕示（ｄｉｓｃｌｏｓｕｒｅ）」プローブによって又はハイブリッド分子を認識する特異的抗体によって、プローブ：標的ハイブリッドを検出する。従って、そのようなサンドイッチハイブリダイゼーションアッセイにおける捕獲又は顕示プローブ又はその両方としての本発明のＣＴ及び／又はＮＧポリヌクレオチドの使用は、本発明の範囲内であるとみなされる。
本発明はまた、改変核酸ハイブリダイゼーションアッセイにおけるポリヌクレオチドの使用も考慮する。例えば米国特許第５，６２７，０３０号は、核酸ハイブリダイゼーションアッセイにおいて検出シグナルを増幅する方法を開示する。開示されているアッセイでは、第一ポリヌクレオチドプローブ配列を適切な条件下で標的配列にハイブリダイズし、その後プローブ：標的ハイブリッドを免疫捕獲して固定化する。次に、多数の反復配列単位を含む第二ポリヌクレオチドプローブをプローブ：標的ハイブリッドのプローブ成分にハイブリダイズする。多数の標識核酸配列プローブを、第二プローブ中に存在する反復配列単位の各々に１つずつハイブリダイズすることによって検出を実施する。従って、第二プローブへの多数の標識プローブの結合は、検出シグナルを増幅し、アッセイの感受性を上昇させる。従って、直接第一プローブとして又は標準手法によって付加的な反復配列単位を組み込むための修飾後の第二プローブとしての、この種の改変ハイブリダイゼーションアッセイにおける本発明のポリヌクレオチドの使用は、本発明の範囲内であるとみなされる。
ｉ）ＣＴ及び／又はＮＧヌクレオチド配列の増幅及び検出
本発明のポリヌクレオチドは、被験試料においてＣＴ又はＮＧを増幅及び／又は検出するためのプライマー又はプローブとして使用することができる。ここで提供するプライマー／プローブセットは、２個のプライマーと少なくとも１個のプローブを含む。これらのプライマー／プローブセットは核酸増幅手法に従って使用できる。従って、特定のプライマー／プローブセットにおけるプライマーは標的配列を増幅するために使用できる。ほとんどの場合、プローブは、プライマーの１つによって生成された標的配列のコピーにハイブリダイズし、一般に増幅反応の進行中に生成された標的配列のコピーの検出を容易にする。全てのプライマー／プローブセットが、適切なプライマーとプローブを組み合わせたとき、ＣＴ又はＮＧのいずれかもしくはＣＴとＮＧの両方を特異的且つ高い感受性で検出するために核酸増幅手法に従って使用できる。ここで提供するプライマー／プローブセットの個々のプライマー及びプローブは、また、ここで提供するプライマー／プローブセットの中で記述されているもの以外のプライマー及び／又はプローブと組み合わせて使用し得ることが考慮される。
増幅手法は当技術分野において周知であり、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、ＴＭＡ、ローリングサークル型複製、核酸配列に基づく増幅（ＮＡＳＢＡ）及び鎖置換型増幅（ＳＤＡ）を含むが、これらに限定されない。当業者は、ある種の増幅手法における使用のためにプライマーを修飾する必要があること、例えばＳＤＡのためにプライマーは、制限エンドヌクレアーゼの認識部位であるその５’末端に付加的なヌクレオチドを含む、ことを理解する。同様に、ＮＡＳＢＡに関してプライマーは、ＲＮＡポリメラーゼプロモーターを構成する５’末端近くに付加的なヌクレオチドを含む。そのように修飾されたポリヌクレオチドは、本発明の範囲内であるとみなされる。
当技術分野において周知のように、増幅反応のためのプライマーを選択するときにはある種の判定基準を考慮に入れる必要がある。例えば、増幅反応のためにプライマー対が必要であるとき、３’二重鎖を形成する可能性を最小限に抑えるように、及び融解温度（ＴＭ）が、標的配列へのアニーリングを最適化して、非特異的アニーリングの量を最小限に抑えるのに十分に近くなるように、プライマーを選択すべきである。これに関して、本発明に従ったポリヌクレオチドは、標的核酸配列を特異的に増幅するための増幅反応においてプライマーとして使用できる組合せとして提供される。
従って、本発明の１つの実施態様では、配列番号１、２又は３に示す核酸配列を有するポリヌクレオチドを、配列番号８及び９に示す核酸配列を有するポリヌクレオチドと共に提供される、配列番号４に示す核酸配列と組み合わせて使用する。関連実施態様では、これらのプライマーの組合せを、ＣＴ及び／又はＮＧ核酸配列を、これらが被験試料中に存在する場合は、特異的に増幅するために使用する。プライマー／プローブセット１−９（以下でさらに定義する）に含まれるプライマーは、配列番号１、２又は３及び４の場合はＣＴ標的配列のコピー、及びプライマー／プローブセット１０−１２及び配列番号８及び９の場合はＮＧ標的配列のコピーの合成及び増幅を開始させるために使用される。残りの配列番号（配列番号５−７及び１０−１２）は、同じプライマー／プローブセット内に認められるプライマー配列の増幅産物と特異的にハイブリダイズすることができる。例えばプライマー／プローブセット１０は、配列番号８及び９がＮＧ標的配列の合成を開始させ、及び配列番号１０が配列番号８及び９によって生成される増幅産物とハイブリダイズする限り、ＮＧに特異的である。
本発明の増幅方法は、一般に（ａ）核酸増幅試薬、本発明の少なくとも１つのプライマー／プローブセット及び少なくとも１つの標的配列を含むことが疑われる被験試料を含有する反応混合物を形成すること、及び（ｂ）前記混合物を、標的配列に相補的な核酸配列の少なくとも１コピーを生成するための増幅条件に供すること、を含む。
前記方法の工程（ｂ）は、例えば反応混合物を１０−１００回、典型的には約２０−約６０回、より典型的には約２５−約４５回熱サイクリングすることにより、適切な回数反復することができる（前記検出方法における工程（ｃ）の前に）。
核酸配列増幅試薬は、周知の試薬を包含し、少なくともポリメラーゼ活性を有する酵素、マグネシウム又はマンガンなどの酵素補因子、塩、ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド（ＮＡＤ）、及び例えばデオキシアデニン三リン酸、デオキシグアニン三リン酸、デオキシシトシン三リン酸及びデオキシチミン三リン酸、などのデオキシヌクレオチド三リン酸（ｄＮＴＰ）を含み得るが、これらに限定されない。
増幅条件は、一般に１以上の核酸配列のアニーリング及び伸長を促進する条件である。そのようなアニーリングが、かなり予測可能に、温度、イオン強度、配列の長さ、相補性及び配列のＧ：Ｃ含量を含む幾つかのパラメータに依存することは周知である。例えば、相補的核酸配列の環境温度を低下させることはアニーリングを促進する。所与の配列のセットに関して、融解温度又はＴｍは、幾つかの公知の方法のいずれかによって推定できる。典型的には、診断適用は、融解温度より低い約１０℃（例えば２℃から１８℃）のハイブリダイゼーション温度を使用する。小さなカチオンはホスホジエステル骨格上の負電荷を打ち消すことによって二本鎖の形成を安定化する傾向があるので、イオン強度又は「塩」濃度も融解温度に影響を及ぼす。典型的な塩濃度はカチオンの性質と原子価に依存するが、当業者には容易に理解される。同様に、Ｇ：Ｃ対合はＡ：Ｔ対が２つしか持たない水素結合を３つ含むため、またより長い配列はその配列と共により多くの水素結合を保持するので、高いＧ：Ｃ含量及び長い配列長も二本鎖の形成を安定化することが知られている。従って、高いＧ：Ｃ含量及びより長い配列長は、融解温度を上昇させることによってハイブリダイゼーション条件に影響を及ぼす。
ひとたび所与の診断適用のために配列が選択されれば、Ｇ：Ｃ含量と長さが既知となり、どのようなハイブリダイゼーション条件を含むかを正確に決定する際に考慮することができる。イオン強度は、典型的には酵素活性に合わせて至適化されるので、変化させ得る唯一のパラメータは温度である。一般に、ハイブリダイゼーション温度は、プライマー又はプローブのＴｍ又はこれに近いように選択される。従って、特定プライマー／プローブセットに関する適切なハイブリダイゼーション条件を得ることは、十分に当業者の通常技術範囲内である。
前述したように、いずれかのの特定プライマー／プローブセットのプライマー配列（配列番号１−４、８及び９）は、それ自体で又は付加的なポリヌクレオチドと共に、当技術分野において周知の核酸増幅手順に従って増幅プライマーとして使用することができる。そのような反応は、米国特許第４，６８３，１９５号及び同第４，６８３，２０２号に述べられているポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、欧州特許出願第ＥＰ−Ａ−３２０ ３０８号に述べられているリガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）、及び米国特許第５，４２７，９３０号に述べられているギャップＬＣＲ（ＧＬＣＲ）を含むが、これらに限定されない。これらの例示的増幅反応の各々は、ＤＮＡ標的配列の多数のコピーを生成する。
本発明の１つの実施態様では、検出方法は、一般に（ａ）核酸増幅試薬、本発明の少なくとも１つのプライマー／プローブセット及び少なくとも１つの標的配列を含むことが疑われる被験試料を含有する反応混合物を形成すること、（ｂ）前記混合物を、標的配列に相補的な核酸配列の少なくとも１コピーを生成するための増幅条件に供すること、（ｃ）プローブと標的配列に相補的な核酸配列を含むハイブリッドを形成するために、プローブを標的配列に相補的な核酸配列にハイブリダイズすること、及び（ｄ）前記ハイブリッドを、試料中の標的配列（ＣＴ及び／又はＮＧ及び／又は対照配列）の存在の指標として検出すること、を含む。
前述したように、本発明のポリヌクレオチドを用いた標的核酸配列の増幅によって生成される特異的アンプリコンは、当技術分野において公知の様々な方法によって検出することができる。例えば、アンプリコンが増幅反応のあとに慣例的手法によって直接検出できるように、増幅反応において使用するプライマーの１つ以上を標識し得る。また、増幅反応において使用するプライマーの１つの標識型から成るプローブ、又は標識されており、増幅される配列の領域に相補的な、プライマー配列とは異なる第三のポリヌクレオチドを、増幅反応が完了した後に付加することができる。次のその混合物を適切なハイブリダイゼーション及び洗浄条件に供して、慣例的方法によって標識を検出する。
前述したように生成される増幅産物は、標的配列の増幅の間又は増幅のあとに検出することができる。増幅中に標的配列の増幅を検出するための方法は前記に概説しており、また、例えば米国特許第５，２１０，０１５号に記述されている。増幅反応の完了後に増幅反応の産物を検出するにはゲル電気泳動が使用できる。また、増幅産物をプローブにハイブリダイズし、その後他の反応成分から分離して、微粒子と標識プローブを用いて検出する。
単一の非開放反応容器内で標的核酸配列の増幅と検出の両方が同時に起こることを可能にする手順が有益であることは容易に認識される。そのような手順は、増幅後プロセシングの工程において「キャリー・オーバー」汚染の危険性を回避し、同時にハイスループットスクリーニング又はアッセイ及び手順の自動化への適応を容易にする。
さらに、この種の手順は、より慣例的な「エンドポイント」モニタリングに加えて、増幅反応の「リアルタイム」モニタリングを可能にする。
従って、本発明は、単一管方式で被験試料中の標的核酸配列を特異的に増幅及び検出するための方法におけるポリヌクレオチドの使用を含む。これは、例えばＳＹＢＲ Ｇｒｅｅｎなどのインターカレート剤又は増幅された核酸配列を特異的に検出する抗体を反応容器内に含めることによって、達成し得る。また、本発明のプライマー／プローブセットを使用するときのように、増幅配列の領域に相補的な、プライマー配列とは異なる第三のポリヌクレオチドを反応に含めてもよい。
ポリヌクレオチドプライマーによる増幅とポリヌクレオチドプローブを使用した標的配列の検出の両方が単一の非開放反応容器内で同時に起こる、前述したようなアッセイにおける使用のために、ポリヌクレオチドプローブはある種の性質を有する必要がある。例えば、プローブは、増幅反応の間存在するので、この反応の進行に干渉してはならず、及びまた、反応条件下で安定でなければならない。加えて、反応のリアルタイムモニタリングのために、プローブは、増幅反応の条件下でその標的配列に結合し、この標的配列に結合したときのみシグナルを発することができなければならない。この種の手順に特に適するプローブ分子の例は、分子ビーコンプローブ及びＴａｑＭａｎ（登録商標）プローブを含む。
従って、本発明は、ＴａｑＭａｎ（登録商標）プローブとしてのポリヌクレオチドの使用を考慮する。当技術分野で公知のように、ＴａｑＭａｎ（登録商標）プローブは、５’末端において発蛍光団で、及び３’末端において消光剤で標識される、標的配列に相補的なポリヌクレオチドから成る二元標識蛍光核酸プローブである。ＴａｑＭａｎ（登録商標）プローブは、典型的には増幅反応におけるリアルタイムプローブとして使用される。非結合プローブでは、発蛍光団と消光剤の近接性が、発蛍光団が内部で消光されることを確実にする。増幅反応の伸長フェーズの間に、プローブはポリメラーゼの５’ヌクレアーゼ活性によって開裂され、発蛍光団が放出される。放出された発蛍光団は、蛍光を発して、検出可能なシグナルを生成する。
本発明は、「分子ビーコン」プローブとしてのポリヌクレオチドの使用を考慮する。分子ビーコンプローブは当技術分野において周知であり、例えば米国特許第６，１５０，０９７号、同第５，９２５，５１７号及び同第６，１０３，４７６号参照。基本的に、分子ビーコンは、ステム−ループ（ヘアピン）構造を形成することができるポリヌクレオチドプローブである。ループは標的配列に相補的な配列を含む一本鎖構造であり、ステムは、典型的には標的配列に無関係であり、自己ハイブリダイズして二本鎖領域を形成する。標的配列に相補的であり且つ自己ハイブリダイズすることができるヌクレオチドもステム領域の一部を形成し得る。ステムの１本の腕に発蛍光団成分が結合し、他の腕に小鋼材成分が結合する。ポリヌクレオチドがヘアピン型をとるとき、発蛍光団と消光剤は近接し、発蛍光団によって発せられるエネルギーは消光剤によって吸収されて熱として発散され、発蛍光団の内部消光をもたらす。ポリヌクレオチドがその標的配列に結合したとき、発蛍光団と消光剤は空間的に分離し、発蛍光団は蛍光を発して、検出可能なシグナルを生じる。好ましくは、本発明のプライマー及びプローブは、反応が変性温度、例えば９０℃から９６℃、から、プローブとアンプリコンの結合のためにＴｍより低い温度まで冷却したとき、プローブが安定に（例えばプローブのアンプリコンへのハイブリダイゼーション条件下で２４時間の間にアンプリコンに結合したプローブの５％未満が置換される）アンプリコンに結合するように選択される。
本発明はさらに、発蛍光団及びＢｌａｃｋ Ｈｏｌｅ Ｑｕｅｎｃｈｅｒｓ（ＢＨＱ（商標）；Ｂｉｏｓｅａｒｃｈ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｉｎｃ．，Ｎｏｖａｔｏ，ＣＡ）などの高効率消光剤と組み合わせた線状プローブとしての本発明のポリヌクレオチドの使用を考慮する。当技術分野において公知であるように、ＢＨＱ（商標）染料の高い消光効率と天然蛍光の欠如は、一方の末端を発蛍光団で標識し、他方をＢＨＱ（商標）染料で標識した線状プローブにおいて「ランダムコイル」消光が起こることを可能にし、従ってプローブが溶液中にあるとき発蛍光団が蛍光を生じないことを確実にする。その標的配列に結合したとき、プローブは伸長して、発蛍光団と消光剤が空間的に分離し、発蛍光団が蛍光を発する。当業者は、ＢＨＱ（商標）染料が分子ビーコン又はＴａｑＭａｎ（登録商標）プローブにおける消光剤成分としても使用できることを認識する。
本発明のポリヌクレオチドと共に使用するための適切な発蛍光団及び消光剤は、当業者によって容易に決定され得る（Ｔｙａｇｉら、Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．，１６：４９−５３（１９９８）；Ｍａｒｒａｓら、Ｇｅｎｅｔ．Ａｎａｌ．：Ｂｉｏｍｏｌｅｃ．Ｅｎｇ．，１４：１５１−１５６（１９９９）も参照のこと）。多くの発蛍光団及び消光剤が、例えばＭｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐｒｏｂｅｓ（Ｅｕｇｅｎｅ，ＯＲ）又はＢｉｏｓｅａｒｃｈ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｉｎｃ．（Ｎｏｖａｔｏ，ＣＡ）から、市販されている。本発明において使用できる発蛍光団の例は、フルオレセイン及びジハロ−（Ｃ１−Ｃ８）ジアルコキシカルボキシフルオレセインなどのフルオレセイン誘導体、５−（２’−アミノエチル）アミノナフタレン−１−スルホン酸（ＥＤＡＮＳ）、クマリン及びクマリン誘導体、ルシファー（Ｌｕｃｉｆｅｒ）・イエロー、テキサス（Ｔｅｘａｓ）・レッド、テトラメチルローダミン、テトラクロロ−６−カルボキシフルオロセイン、５−カルボキシローダミン、シアニン染料等を含むが、これらに限定されない。消光剤は、ＤＡＢＣＹＬ、４’−（４−ジメチルアミノフェニルアゾ）安息香酸（ＤＡＢＳＹＬ）、４−ジメチルアミノフェニルアゾフェニル−４’−マレイミド（ＤＡＢＭＩ）、テトラメチルローダミン、カルボキシテトラメチルローダミン（ＴＡＭＲＡ）、ＢＨＱ（商標）染料等を含むが、これらに限定されない。発蛍光団と消光剤を核酸に連結する方法は当技術分野において周知である。
本発明の１つの実施態様では、プローブは分子ビーコンプローブである。当技術分野で公知のように、分子ビーコンプローブが増幅反応を監視又は検出する上で成功するためには、ある種の判定基準に合致する必要がある。従って、本発明は、本発明のポリヌクレオチドを隣接する自己相補的領域と共に含む分子ビーコンプローブを提供する。本発明のポリヌクレオチドは、分子ビーコンのループ領域を構成し得るか、又はループ領域とステム領域の一部を構成し得る。従って、自己相補的ステム配列は標的配列に無関係であり得るか又は標的配列に相補的な１つ以上のヌクレオチドを含み得る。
本発明の１つの実施態様では、配列番号７又は１２のいずれかに示す核酸配列を有するポリヌクレオチド又はこれらのポリヌクレオチドのホモログを、適切な自己相補的隣接配列と共に、分子ビーコンプローブとして提供する。関連実施態様では、分子ビーコンプローブは、配列番号７又は１２のいずれかに示す核酸配列を有する。
当業者は、分子ビーコンプローブと共に使用するプライマーの選択も、やはりある種の判定基準に合致する必要があることを理解する。例えば、高いバックグラウンドシグナルを生じさせる、分子ビーコンのプライマーへの結合を引き起こし得る相補性領域が存在しないことが重要である。
従って、本発明に従ったポリヌクレオチドは、被験試料中の標的核酸配列を特異的に増幅及び検出するために使用できる、２個のプライマーと少なくとも１個のプローブを含む組合せとしてさらに提供される。関連実施態様では、分子ビーコンＰＣＲによる標的核酸配列の増幅及び検出のためのプライマー／プローブセットが提供される。
当技術分野で公知のように、分子ビーコンプローブは増幅反応の進行をリアルタイムで監視するために使用できる。ＰＣＲなどの増幅反応の経過中、分子ビーコンは、プローブのアニーリング温度でその標的配列と相互作用して、蛍光シグナルを生成する。増幅反応において生産される標的鎖の数が増加すると共に、蛍光シグナルの強さと同様に、標的に結合する分子ビーコンの数も付随して増加する。
従って、本発明によれば、前述したような２個のプライマーと少なくとも１個のプローブの組合せは、検出可能シグナルの強さを増幅反応の終了時に測定するエンドポイント増幅及び検出アッセイ、又は増幅反応の経過中を通して検出可能シグナルの強さを監視するリアルタイム増幅及び検出アッセイにおいて使用することができる。
潜在的に淋菌に感染した患者は、しばしばトラコーマクラミジアによる感染の危険性も高い。単一増幅反応においてどちらか又は両方の生物からの標的配列を増幅するために、ＣＴプライマーをＮＧの増幅のためのプライマーと共に使用し得る。共増幅反応とこれに続く種特異的ハイブリダイゼーション反応により、ＣＴ又はＮＧ又は両方の生物による感染についての被験試料の同時評価が可能となる。本発明のもう１つの実施態様によれば、２つのプライマー／プローブセットの組合せ（すなわち１つはＣＴ特異的プライマー／プローブセットから選択され、他方はＮＧ特異的プライマー／プローブセットから選択される）を使用した単一反応混合物において、ＣＴとＮＧの両方を同時に増幅及び／又は検出することができる。例えば、被験試料を、被験試料中のＣＴ及びＮＧの存在を増幅及び検出するための増幅試薬と共に、プライマー／プローブセット７及び１２と、又はプライマー／プローブセット２及び１０と接触させることができる。同じ反応混合物中で２つ以上の異なる標的配列を検出しようとするとき、各々のプローブが他のプローブの各々と検出可能に区別できなければならないことは当業者に理解される。例えば２つ以上の分子ビーコンプローブが同じ反応混合物中に存在する場合、各々のビーコンプローブの発蛍光団成分は異なる波長で蛍光を発しなければならない。
本発明に従ったポリヌクレオチドはまた、試料中に存在するＣＴ及び／又はＮＧ核酸の量を測定するためのアッセイにおいても使用できる。従って、本発明に従ったポリヌクレオチドは、一般に、
（ａ）核酸増幅試薬、プローブがその標的配列にハイブリダイズしたとき検出可能なシグナルを生成する標識を組み込んだ少なくとも１つのポリヌクレオチドプローブ配列、少なくとも１つのポリヌクレオチドプライマー及び１つ以上の標的核酸配列を含む被験試料、を含有する反応混合物を形成すること；
（ｂ）前記混合物を、標的核酸配列の少なくとも１コピー又は標的配列に相補的な核酸配列を生成するための増幅条件に供すること；
（ｃ）プローブ：標的ハイブリッドを形成するために、プローブを標的核酸配列又は標的配列に相補的な核酸配列にハイブリダイズさせること；
（ｄ）ハイブリダイズした標識プローブによって生成されるシグナル検出することによって前記プローブ：標的ハイブリッドを検出すること；及び
（ｅ）被験試料中に存在する標的核酸配列の量の指標として、生成されるシグナルの量を標準と比較すること
の工程を含む、被験試料中の標的核酸配列を特異的に増幅、検出及び定量するための方法において使用することができる。
当業者は、前記で概説したように、前記方法の工程（ｂ）が、当技術分野において公知の標準手法によって反応混合物を熱サイクリングすることにより、工程（ｃ）の前に数回反復できることを理解する。
定量的アッセイのための様々な標準が当技術分野において公知である。例えば、標準は、アッセイ条件下での既知量のＣＴ又はＮＧ核酸の増幅及び検出によって作成される標準曲線から成り得る。また、内標準を反応に含めることができる。そのような内標準は、一般に対照標的核酸配列及び対照ポリヌクレオチドプローブを含む。内標準は、場合により、付加的なプライマー対をさらに含む。これら対照プライマーの一次配列は、本発明のポリヌクレオチドに無関係でもよく、及び対照標的核酸配列に特異的であり得る。また、対照標的配列が、一方の末端で第一標的配列（例えばＣＴ）に対する第一プライマー／プローブセットからのプライマーに結合し、及び他方の末端で第二標的配列（例えばＮＧ）に対する第二プライマー／プローブセットからのプライマーと結合して、増幅条件下でコピーが生成されるように設計される場合は、付加的なプライマーを使用する必要はない。
本発明に関して、対照標的核酸配列は、
（ａ）特定反応において使用されるＣＴ又はＮＧプライマー又はプライマー対によって又は異なる対照プライマーによって増幅され得る；
（ｂ）適切な条件下で対照プローブに特異的にハイブリダイズする；及び
（ｃ）同じ条件下でＣＴ又はＮＧ特異的プローブとハイブリダイズしない
核酸配列である。
本発明に関して、プローブ分子についての標準必要条件を満たすことに加えて、定量反応において使用するための対照ポリヌクレオチドプローブは、
（ａ）適切な条件下で対照配列に特異的にハイブリダイズする；
（ｂ）ＣＴ標的配列を検出するときは、同じ条件下でＣＴ配列、ＣＴ特異的プローブ又はＣＴ特異的プライマーとハイブリダイズしない；
（ｃ）ＮＧ標的配列を検出するときは、同じ条件下でＮＧ配列、ＮＧ特異的プローブ又はＮＧ特異的プライマーとハイブリダイズしない；及び
（ｄ）同じ反応混合物中で使用される他のプローブ（例えばＣＴ及び／又はＮＧプローブ）に組み込まれた標識とは異なる検出可能標識が組み込まれている。従って、これらの様々な標識がそれぞれの標的配列に結合したときこれらによって生成されるシグナルは、識別して、別々に定量することができる。
当業者は、対照標的核酸及び対照プローブの実際の核酸配列は、両方が前記で概説した判定基準を満たすことを条件として、重要ではない。
本発明に関して、「エンドポイント」法又は「リアルタイム」法を使用して被験試料中の標的核酸の量を測定することができる。当業者は、定量アッセイにおいてＣＴ又はＮＧ特異的プローブとして使用するとき、本発明のポリヌクレオチドは、従来のハイブリダイゼーションプローブ、線状ＢＨＱ（商標）プローブ、ＴａｑＭａｎ（登録商標）プローブ、分子ビーコンプローブ、又はこれらの組合せ又は改変型であり得る。本発明の１つの実施態様では、前記ポリヌクレオチドを分子ビーコンプローブとして使用する。
本発明はまた、本発明のいずれか１つ以上のポリヌクレオチド、例えば本発明のプライマーセット又はプライマー／プローブセットのいずれか１つを、規定されたプライマー対によって増幅することができる対照標的核酸配列及び定量反応のための対照ポリヌクレオチドプローブと共に提供することを考慮する。本発明はさらに、対照標的核酸配列を特異的に増幅する対照プライマーを定量反応に含めることを提供する。本発明に従ったポリヌクレオチドが使用できる増幅及び／又は検出方法は、ハイスループットアッセイとして適応させることに適する。ハイスループットアッセイは、多数の試料を同時に処理するという利点を提供し、数多くの試料をスクリーニングするために必要な時間を有意に低減する。従って、本発明は、複数の被験試料中のＣＴ及び／又はＮＧ核酸を検出及び／又は定量するためのハイスループットスクリーニング又はアッセイにおける本発明のポリヌクレオチドの使用を考慮する。
ハイスループットアッセイのために、反応成分は通常、種々の被験試料を含む複数のアッセイ反応物を同じアッセイにおいて監視することを可能にする、マルチウエルマイクロタイタープレートなどの多容器担体又はプラットフォームに収容される。本発明はまた、スクリーニング又はアッセイ工程の効率を高めるための高度に自動化されたハイスループットアッセイを考慮する。はるかに速いスループット時間をもたらす、試料と試薬のピペット分注、液体の分配、時間指定インキュベーション、マイクロアレイへの試料のフォーマット化、マイクロプレートの熱サイクリング及び適切な検出器でのマイクロプレートの読取りなどの、多くの手順のための自動化能力と同様に、多くのハイスループットスクリーニング又はアッセイシステムが現在市販されている。
本発明に従ったポリヌクレオチドは、ＣＴ及び／又はＮＧ核酸の検出及び／又は定量を可能にするキットの一部として提供され得る。そのようなキットは、プライマー及び／又はプローブとして使用するための本発明の１つ以上のポリヌクレオチドを含む。本発明の１つの実施態様では、前記ポリヌクレオチドは、被験試料中のＣＴ及び／又はＮＧ核酸を特異的に増幅するプライマーとしての使用のための組合せとしてキット中で提供される。関連実施態様では、前記ポリヌクレオチドは、配列番号１及び４；及び／又は配列番号８及び９に示す核酸配列を含む組合せとして提供される。
別の実施態様では、前記ポリヌクレオチドは、少なくとも２個のプライマーと少なくとも１個のプローブを含む組合せとしてキット中で提供される。関連実施態様では、前記ポリヌクレオチドは、配列番号１、４及び５；配列番号２、４及び５；配列番号３、４及び５；配列番号１、４及び６；配列番号２、４及び６；配列番号８、９及び１０；配列番号８、９及び１１；又は配列番号８、９及び１２に示す核酸配列を含む組合せとして提供される。２つ以上のプライマー／プローブセット、例えば、限定を伴わずに、配列番号１、４、５、８、９及び１０；及び配列番号２、４、５、８、９及び１０、の組合せを含むキットも考慮される。
ＣＴ及び／又はＮＧ核酸の検出のためのキットは、対照標的核酸及び対照ポリヌクレオチドプローブを付加的に含み得る。従って、本発明の１つの実施態様では、キットは、少なくとも２個のプライマーと少なくとも１個のプローブを含むポリヌクレオチドの前記組合せの１つを、規定されたプライマー対によって増幅され得る対照標的核酸配列及び対照ポリヌクレオチドプローブと共に含む。本発明はさらに、対照標的核酸配列を特異的に増幅する対照プライマーを含むキットを提供する。
前記キットは、場合により、増幅試薬、反応成分及び／又は反応容器を含み得る。典型的には、少なくとも１つの配列は標識を担うが、これなしでも検出は可能である。従って、キット中で提供される１つ以上のポリヌクレオチドに検出可能標識を組み込んでもよく、又はキットがポリヌクレオチドを標識するための試薬を含んでもよい。キットの１つ以上の成分を凍結乾燥してもよく、及びキットは、凍結乾燥成分の再溶解に適する試薬をさらに含み得る。キットは、使用のための指示書を付加的に含み得る。
本発明のポリヌクレオチド、方法及びキットは、ＣＴ及び／又はＮＧ核酸の検出及び／又は定量のための臨床又は研究状況において有用である。従って、これらの状況において前記ポリヌクレオチドは、被験者においてＣＴ及び／又はＮＧ感染を診断するため、又はＣＴ及び／又はＮＧに感染した被験者においてＣＴ及び／又はＮＧ標的核酸配列の量を監視するためのアッセイにおいて使用できる。被験者における細菌の量を監視することは、抗菌薬治療に対する応答を特定又は監視する上で特に重要である。
トラコーマクラミジア（ＣＴ）又は淋菌（ＮＧ）を増幅及び／又は検出するために有用なプライマー及びプローブを以下の表１に示す。
Figure 2006506066
表１において、細菌配列に相補的なポリヌクレオチドプローブ配列を大文字で示している。小文字のヌクレオチドは、適切な条件下でビーコンプローブのステムを形成するように自己相補的である。及び一部の場合は、細菌配列に相補的なヌクレオチドも自己相補的ビーコンプローブステムの一部を形成する。
表１のポリヌクレオチドを有する核酸は、本発明に関して有用なプライマー／プローブセットを形成するための適切な組合せとして組み合わせることができる。適切なプライマー／プローブセットは、
プライマーとプローブのセット１（配列番号１、４及び５）；
プライマーとプローブのセット２（配列番号２、４及び５）；
プライマーとプローブのセット３（配列番号３、４及び５）；
プライマーとプローブのセット４（配列番号１、４及び６）；
プライマーとプローブのセット５（配列番号２、４及び６）；
プライマーとプローブのセット６（配列番号３、４及び６）；
プライマーとプローブのセット７（配列番号１、４及び７）；
プライマーとプローブのセット８（配列番号２、４及び７）；
プライマーとプローブのセット９（配列番号３、４及び７）；
プライマーとプローブのセット１０（配列番号８、９及び１０）；
プライマーとプローブのセット１１（配列番号８、９及び１１）；及び
プライマーとプローブのセット１２（配列番号８、９及び１２）
を含むが、これらに限定されない。
以下の実施例は例示のみを目的とし、いかなる意味においても本発明の範囲を限定すると解釈されるべきではない。
（実施例）
以下の実施例は、前述したプライマー／プローブセットを使用した様々なサブタイプのＣＴ及びＮＧの検出を明らかにするものである。プライマー／プローブセットを含むこれらのＤＮＡプライマー及びプローブは、配列番号１−７がＣＴに特異的であり、配列番号８−１２がＮＧに特異的であると特定される。
以下の実施例では、配列番号１及び４をＣＴ標的配列に特異的なコンセンサス増幅プライマーとして使用する。配列番号６又は７をＣＴ増幅産物のためのコンセンサス内部ハイブリダイゼーションプローブとして使用する。配列番号８及び９をＮＧ標的配列に特異的なコンセンサス増幅プライマーとして使用し、及び配列番号１０又は１２をＮＧ増幅産物のためのコンセンサス内部ハイブリダイゼーションプローブとして使用する。
プライマー及びプローブの作製
Ａ．ＣＴ及びＮＧコンセンサスプライマー
オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションＰＣＲによって全ての公知のＣＴ又はＮＧサブタイプを検出するためにコンセンサスプライマーを設計した。以下の実施例では、これらのプライマーは、ＣＴについては配列番号１及び配列番号４であり、ＮＧについては配列番号８及び配列番号９であった。配列番号３は、これらのポリヌクレオチドの精製の容易さに関連する、本発明の一部の実施態様に関して、配列番号１に比べて利点を有することが認められた。しかし、これらの実施態様は以下では例示しておらず、発明者は配列番号３ではなく配列番号１の使用を選択する。
Ｂ．ＣＴ及びＮＧコンセンサスプローブ
オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションによって増幅ＣＴ又はＮＧ標的配列とハイブリダイズするためにコンセンサスプローブを設計した。これらのプローブ配列は、自己相補的５’及び３’末端を生成するために末端ヌクレオチドを付加し、及びポリヌクレオチドの反対側の末端に蛍光（ｆｌｕｏ）及び消光成分を付加することにより、分子ビーコンアッセイにおけるプローブとしての使用のために修飾した（表２参照）。従って、配列番号６のＣＴプローブ配列が配列番号７の分子ビーコンプローブの基礎であり、配列番号１０のＮＧプローブ配列が配列番号１２の分子ビーコンプローブの基礎であった。２つ以上のビーコンプローブを同じ分子ビーコンアッセイにおいて同時に使用する場合は、種々のプローブシグナルを区別するために異なる励起−発光プロフィールを有する蛍光成分を使用した。
プローブ配列は標準オリゴヌクレオチド合成法を用いて合成した。
Figure 2006506066
試料ＤＮＡの作製
当技術分野で公知の方法を用いてＣＴ ＤＮＡをＣＴ血清型Ｂａ、Ａｐａｃｈｅ−２系統（ＡＴＣＣ ＶＲ−３４７、Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ，Ｍａｒｙｌａｎｄ）から単離し、ＣＴコンセンサスプライマー／プローブセットの感受性、特異性及び交叉反応性を評価するために使用した。ＮＧ ＤＮＡを同様に作製し、ＣＴコンセンサスプライマー／プローブセットの感受性、特異性及び交叉反応性を評価するために使用した。
陰性対照試料（「Ｎｅｇ」）においては、試料ＤＮＡを等容量の希釈液に置き換えた。既知濃度の試料ＤＮＡの様々な濃度を陽性対照（「．１２ｘ」、「１ｘ」、「１０ｘ」）として含めた。
内部対照（ＩＣ）標的ポリヌクレオチドを、ＣＴ及びＮＧプライマーと共に使用するために、増幅のための陽性対照として設計した。増幅の標的とした配列は、ＣＴ及びＮＧの両方のプライマーの存在下で、対照配列が増幅条件下で増幅されるように、一方の末端でＣＴプライマーに相補的であり、及び他方の末端でＮＧプライマーに相補的であった。対照プローブ、例えば分子ビーコンプローブ、に相補的であるが、ＣＴ又はＮＧのいずれかの検出のために使用されるプローブには相補的でないアンプリコンを作製するためのポリヌクレオチドを設計した。この対照標的ポリヌクレオチドは、当技術分野において周知の方法を用いて作製した。
ＣＴ ＤＮＡを実施例２で述べたように作製した。プライマー／プローブセット７を評価した（すなわち配列番号１及び４をプライマーとして、及び配列番号７をプローブとして使用した）。全ての配列は実施例１で述べたように作製した。
単離ＣＴ ＤＮＡの希釈物を、プライマー／プローブセット７を用いてＰＣＲ増幅し、検出した。ＰＣＲは、１ｘＧｅｎｅＡｍｐ（登録商標）ＰＣＲ Ｇｏｌｄ Ｂｕｆｆｅｒ、０．２５ｍＭ ＥＤＴＡ及び０．１２５ｍＭ ＥＧＴＡにおいて実施した。Ａｍｐｌｉｔａｑ Ｇｏｌｄ（登録商標）ＤＮＡポリメラーゼを１０単位／反応濃度で使用し、ｄＮＴＰ（ｄＡＴＰ、ｄＧＴＰ、ｄＴＴＰ及びｄＣＴＰ）を各々０．２０ｍＭの最終濃度で含めた。８ｍＭ ＭｇＣｌ２の最終濃度を総反応容量０．１ｍｌ中で使用した。試料容量は５０μｌであり、１０１−１０６クラミジア基本小体（ＥＢ）／反応を含むか又は含まなかった。プライマーは各々２００−４００ｎＭの濃度で使用し、ビーコンプローブは各々１００ｎＭの濃度で使用した。内部対照（ＩＣ）標的配列及び対照プローブは、それぞれ５００コピー／反応及び１００ｎＭの最終濃度で存在した。
反応混合物をＰｅｒｋｉｎ−Ｅｌｍｅｒ Ｔｈｅｒｍａｌ Ｃｙｃｌｅｒにおいて増幅した。反応混合物を最初に９５℃で９．５分間インキュベートした。次に、ＰＣＲ増幅を４５サイクルで実施し、各々のサイクルは９５℃、３０秒間、次いで５９℃、６０秒間であった。反応混合物を熱サイクリングした後、混合物を９５℃に３分間保持し、その後プローブハイブリダイゼーションのために２５℃に１０分間低下させた。以下の発光極大値及びバンド幅（ｎｍ）を用いてロボット型マイクロプレート蛍光読取り器で反応産物を検出した：
Figure 2006506066
この実験からのデータを表４に提示しており、プライマー／プローブセット３を用いた１０ＥＢ／反応という低い濃度でのＣＴ血清型Ｂａの検出を示す。
Figure 2006506066
従って、この実施例は、１０−１０６ＥＢ／反応の範囲にわたって良好な標的応答を示す。
ＣＴとＮＧの間の交叉反応性
ＣＴ及びＮＧプライマー／プローブセットの間の交叉反応を調べるため、被験試料中のＣＴ及びＮＧ ＤＮＡを同時に検出するようにＣＴとＮＧの両方についての標的ＤＮＡ及びプライマー／プローブセットを各々の反応混合物中に併合した。ＣＴ及びＮＧ ＤＮＡは実施例２におけるように作製し、試料は以下で概説するように調製した。ＣＴプライマー／プローブセットＮｏ．７（配列番号１及び４をプライマーとし、配列番号７をプローブとする）及びＮＧプライマー／プローブセットＮｏ．１２（配列番号８及び９をプライマーとし、配列番号１２をプローブとする）を実施例１で述べたように作製し、ＣＴ及びＮＧ ＤＮＡの希釈物を増幅及び検出するために一緒に又は別々に使用した。
試料は、２つの交叉反応性パネル（試料１−５８及び試料１Ｂ−２３Ｂ）並びに陰性（Ｎｅｇ）及び陽性対照（．１２ｘ、１ｘ及び１０ｘ）を含んだ。各々の反応混合物は、１ｘＰＣＲ緩衝液ＩＩ中、０．４０μＭ ＣＴ正プライマー（配列番号１）、０．２０μＭ ＣＴ逆プライマー（配列番号４）、０．１０μＭ ＣＴビーコンプローブ（配列番号７）、０．２０μＭ ＮＧ正プライマー（配列番号８）、０．２０μＭ ＮＧ逆プライマー（配列番号９）、０．１０μＭ ＮＧビーコンプローブ（配列番号１２）、５単位のＡｍｐｌｉｔａｑ ＤＮＡポリメラーゼ、１ｍＭ ｄＮＴＰ及び８ｍＭ ＭｇＣｌ２の最終濃度を含んだ。１００μｌの反応物を、ＤＮＡ増幅のために９５℃／３０秒間及び５９℃／１分間の４５サイクル、次いで最終変性とプローブのアニーリングのために９５℃／３分間及び２５℃／１０分間の１サイクルに供した。
重要な点として、ＣＴ反応混合物中にＣＴプライマー／プローブセットと共にＮＧプライマー／プローブセットを含めたことによってＣＴの検出は変化せず、感受性は約１０７生物／反応のままであった。同様に、ＮＧ反応混合物中にＮＧプライマー／プローブセットと共にＣＴプライマー／プローブセットを含めたことによってＮＧの検出は変化せず、感受性は約１０７生物／反応のままであった。
ＮＧアッセイ試薬はＮＧを検出したが、ナイセリア属（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）の他の５０以上の非性感染（ｎｏｎ−ＳＴＤ）菌株、又はクラミジア属（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ）の３つの菌株（トラコーマクラミジア（ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）、ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ及びオウム病クラミジア（ｐａｓｉｔｔａｃｉ））のいずれも検出しなかった。
ＣＴ血清型検出
本発明のいずれのプライマー及びプローブがどの程度の感受性で一連のＣＴ血清型を検出し得るかを調べるために、１５のＣＴ血清型の希釈物パネルを、ＣＴ及びＮＧの両方についてのプライマー／プローブセット、及び適切な陰性（Ｎｅｇ）及び陽性（１ｘ及び．１２ｘ）対照試料を含む反応物において試験した。ＣＴプライマー／プローブセットＮｏ．７及びＮＧプライマー／プローブセットＮｏ．１２を実施例１で述べたように作製し、ＣＴ及びＮＧ対照ＤＮＡを実施例２で述べたように作製した。
ＣＴ血清型試料は、１０−１０００分子／反応の範囲の最終濃度で反応混合物中に存在した。各々の反応混合物は、１ｘＰＣＲ緩衝液ＩＩ中、０．４０μＭ ＣＴ正プライマー（配列番号１）、０．２０μＭ ＣＴ逆プライマー（配列番号４）、０．１０μＭ ＣＴビーコンプローブ（配列番号７）、０．４５μＭ ＮＧ正プライマー（配列番号８）、０．２５μＭ ＮＧ逆プライマー（配列番号９）、０．１０μＭ ＮＧビーコンプローブ（配列番号１２）、３単位のＡｍｐｌｉｔａｑ ＤＮＡポリメラーゼ、１ｍＭ ｄＮＴＰ及び８ｍＭ ＭｇＣｌ２の最終濃度を含んだ。１００μｌの反応物を、ＤＮＡ増幅のために９５℃／３０秒間及び５９℃／１分間の４５サイクル、次いで最終変性とプローブのアニーリングのために９５℃／３分間及び２５℃／１０分間の１サイクルに供した。
トラコーマクラミジアの１６血清型が、１０−１０００コピー／反応の濃度にわたって本発明のプライマー／プローブセットを用いて検出された。
ＮＧ表現型検出
本発明のいずれのプライマー及びプローブがどの程度の感受性で一連のＮＧサブタイプを検出し得るかを調べるために、７つのＮＧ表現型の希釈物パネルを、ＣＴ及びＮＧの両方についてのプライマー／プローブセット、及び適切な陰性（Ｎｅｇ）及び陽性（１ｘ及び．１２ｘ）対照試料を含む反応物において試験した。ＣＴプライマー／プローブセットＮｏ．７及びＮＧプライマー／プローブセットＮｏ．１２を実施例１で述べたように作製し、ＣＴ及びＮＧ対照ＤＮＡを実施例２で述べたように作製した。
ＮＧ表現型試料は、１０−１０００分子／反応の範囲の最終濃度で反応混合物中に存在した。各々の反応混合物は、１ｘＰＣＲ緩衝液ＩＩ中、０．４０μＭ ＣＴ正プライマー（配列番号１）、０．２０μＭ ＣＴ逆プライマー（配列番号４）、０．１０μＭ ＣＴビーコンプローブ（配列番号７）、０．２０μＭ ＮＧ正プライマー（配列番号８）、０．２０μＭ ＮＧ逆プライマー（配列番号９）、０．１０μＭ ＮＧビーコンプローブ（配列番号１２）、３単位のＡｍｐｌｉｔａｑ ＤＮＡポリメラーゼ、１ｍＭ ｄＮＴＰ及び８ｍＭ ＭｇＣｌ２の最終濃度を含んだ。反応物を、ＤＮＡ増幅のために９５℃／３０秒間及び５９℃／１分間の４５サイクル、次いで最終変性とプローブのアニーリングのために９５℃／３分間及び２５℃／１０分間の１サイクルに供した。
ＮＧの１６サブタイプを試験し、試験した表現型全てが、本発明のプライマー／プローブセットを用いて高い感受性（１０コピー／反応）で検出された。加えて、ＮＧが高濃度（１０７ＮＧ分子／反応）で存在したときでも、ＣＴプライマーセットとの交叉反応性を認めなかった。
前記で言及した全ての出版物、参考文献、特許及び特許出願は、各々の参考文献が個別に本明細書中に参考として援用されているのと同じように、本明細書中に参考として援用されている。
特定実施態様を参照して本発明を詳細に説明したが、本発明の精神及び範囲から逸脱することなくそのような実施態様に様々な変更及び修正を施し得ることは当業者には明白である。
【配列表】
Figure 2006506066
Figure 2006506066
Figure 2006506066

Claims (16)

  1. 配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１及び配列番号１２から成る群より選択される核酸配列を有する２つ以上のポリヌクレオチドを含む組成物。
  2. 配列番号１又は配列番号２の核酸配列を有する第一ポリヌクレオチド及び配列番号４の核酸配列を有する第二ポリヌクレオチドを含む、請求項１に記載の組成物。
  3. 配列番号８の核酸配列を有する第一ポリヌクレオチド及び配列番号９の核酸配列を有する第二ポリヌクレオチドを含む、請求項１に記載の組成物。
  4. 配列番号２の核酸配列を有する第一ポリヌクレオチド、配列番号４の核酸配列を有する第二ポリヌクレオチド、配列番号８の核酸配列を有する第三ポリヌクレオチド及び配列番号９の核酸配列を有する第四ポリヌクレオチドを含む、請求項１に記載の組成物。
  5. プライマーとプローブのセット１（配列番号１、４及び５）；
    プライマーとプローブのセット２（配列番号２、４及び５）；
    プライマーとプローブのセット３（配列番号３、４及び５）；
    プライマーとプローブのセット４（配列番号１、４及び６）；
    プライマーとプローブのセット５（配列番号２、４及び６）；
    プライマーとプローブのセット６（配列番号３、４及び６）；
    プライマーとプローブのセット７（配列番号１、４及び７）；
    プライマーとプローブのセット８（配列番号２、４及び７）；
    プライマーとプローブのセット９（配列番号３、４及び７）；
    プライマーとプローブのセット１０（配列番号８、９及び１０）；
    プライマーとプローブのセット１１（配列番号８、９及び１１）；及び
    プライマーとプローブのセット１２（配列番号８、９及び１２）
    から成るプライマー／プローブセットより選択されるプライマー／プローブセット。
  6. 前記プライマー／プローブセットが、
    プライマーとプローブのセット４（配列番号１、４及び６）
    である、請求項５に記載のプライマー／プローブセット。
  7. 前記プライマー／プローブセットが、
    プライマーとプローブのセット１０（配列番号８、９及び１０）
    である、請求項５に記載のプライマー／プローブセット。
  8. 前記プライマー／プローブセットがプライマーとプローブのセット４（配列番号１、４及び６）である、請求項５に記載のプライマー／プローブセットを含み、プライマーとプローブのセット１０（配列番号８、９及び１０）をさらに含む、物質の組成物。
  9. （ａ）核酸増幅試薬、トラコーマクラミジア（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）及び／又は淋菌（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ）の標的配列を潜在的に含む被験試料及び請求項１に記載の組成物を含む反応混合物を形成すること；及び
    （ｂ）前記混合物を、前記標的配列に相補的な核酸配列の少なくとも１コピーを生成するための増幅条件に供すること
    を含む、被験試料中のトラコーマクラミジア及び／又は淋菌を増幅する方法。
  10. 前記増幅条件が前記試料の温度を変化させることを含み、及び前記温度変化を１０−１００回反復する、請求項９に記載の方法。
  11. 配列番号２、４、５、６、７、８、９、１０、１１及び１２から成る群より選択される核酸配列を有する単離ポリヌクレオチド。
  12. 検出可能標識を含む、請求項１１に記載の単離ポリヌクレオチド。
  13. （ａ）核酸増幅試薬、トラコーマクラミジア及び／又は淋菌の標的配列を潜在的に含む被験試料及び
    （ｉ）請求項１１に記載の少なくとも１つのポリヌクレオチド、又は
    （ｉｉ）請求項１に記載の少なくとも１つの組成物、又は
    （ｉｉｉ）請求項５に記載の少なくとも１つのプライマー／プローブセット
    を含む反応混合物を形成すること；
    （ｂ）前記混合物を、前記標的配列に相補的な核酸配列の少なくとも１コピーを生成するための増幅条件に供すること；
    （ｃ）プローブと前記標的配列に相補的な核酸配列を含むハイブリッドを形成するために、プローブを前記標的配列に相補的な核酸配列にハイブリダイズすること；及び
    （ｄ）前記ハイブリッドを、被験試料におけるトラコーマクラミジア及び／又は淋菌の存在の指標として検出すること
    を含む、被験試料においてトラコーマクラミジア及び／又は淋菌を検出する方法。
  14. 前記反応混合物が、対照標的ポリヌクレオチド及び対照ポリヌクレオチドプローブをさらに含む、請求項１３に記載の方法。
  15. （ａ）請求項１１に記載のポリヌクレオチド、及び
    （ｂ）増幅試薬
    を含むキット。
  16. （ａ）配列番号２、４、５、６、７、８、９、１０、１１及び１２から成る群より選択される、異なる核酸配列を各々有する、２つ以上のポリヌクレオチド、及び
    （ｂ）増幅試薬
    を含む、請求項１５に記載のキット。
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