JP2006506054A - 遺伝情報の増幅のための方法 - Google Patents
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Abstract
Description
−究極的に検出することが重要である標的配列が、多数の完全に非特異的配列との混合物中において希釈される、
−多数の同時増幅された非特異的配列は、捕捉分子がハイブリッドを形成するほど標的配列に類似する配列を含み得ることであって、該ハイブリッドは検出においてそれぞれの捕捉分子に割り当てられた標的配列が存在するという意味に解釈され、次いで、このことは現実に対応しないか、または極限られた範囲にしか対応しない、
−直接的に増幅方法の非特異的性質により、多数の非特異的配列内の標的配列が希釈されるため、検出可能な最小量の捕捉−標的配列ハイブリッドを生じることができる最小量の標的配列を生成するためにのより大きなサイクル数が必要とされるが;しかし、各サイクルは欠損を伴う増幅産物の危険性を増加し、次に、所望される「正確な」捕捉−標的配列ハイブリッドの作製、および所望されない欠陥のあるハイブリッドとの区別が困難となる、
−高サイクル数により、標的配列に基づくPCR産物の作製は、もはや指数的に増加せず、その代わりに所定のサイクルより先は停滞する。これが生じるサイクルは、特に、この標的配列の初期濃度に依存する。従って、PCRおよび異なる初期濃度の標的配列によって、遺伝物質の異なる増幅された標的配列の濃度の増加は、増幅の異なる段階で停滞し始める。次いで、これらの標的配列の相対量について供述することはもはや不可能である。
−区別可能な部分量に割り当てられ得る標的配列を含有する配列を有し、ハイブリダイゼーションによる検出に適切である増幅産物が得られるように、相互に区別可能な遺伝物質のいくつかの部分量を含有する遺伝物質由来の遺伝情報の増幅のための方法を行うこと、
−捕捉分子と部分量の増幅産物とのハイブリッドが形成されるように、増幅産物とDNAチップ上の捕捉分子とを混和することであって、ここで、DNAチップは少なくとも2つの群のスポットを含有し、ここで、群内のスポットは異なる捕捉分子を有し、スポットの各群は1つの区別可能な部分量の遺伝物質に割り当てられ得ること、
−各スポットについて検出値が得られるように、DNAチップの異なる捕捉分子を伴うスポットに各場合において形成されるハイブリッドを定量的に検出すること、
−DNAチップ上に存在するスポットの群の検出値を平均化すること、
−平均値の比較によって、遺伝物質内の部分量の遺伝物質の相対頻度を決定すること。
−捕捉分子と標的配列とのハイブリッドが形成されるように、増幅産物と捕捉分子とを混和すること、および
−ハイブリッドを検出すること、
も採用する本発明に従う方法では、検出されるハイブリッドの性質およびそれらが存在する量を使用して、遺伝物質におけるそれぞれの区別可能な部分量の量および存在に関する供述を行うことができる。
−捕捉分子と標的配列とのハイブリッドが形成されるように、増幅産物と捕捉分子とを混和すること、および
−ハイブリッドを検出すること、
も採用し、捕捉分子がDNAチップ上に配列される本発明に従う方法では、形成されるすべてのハイブリッドを同時に検出し、極めて小さな空間内で相互に比較することができる。
−捕捉分子と標的配列とのハイブリッドが形成されるように、増幅産物と捕捉分子とを混和すること、および
−ハイブリッドを検出すること、
も採用し、捕捉分子がオリゴヌクレオチドによって形成される本発明に従う方法では、ハイブリダイゼーションの高い程度の確度が確実にされ得る。
−遺伝物質にけるこの区別可能な部分量の存在に関して行おうとする供述に対し、そして
−他のスポットの強度と比較して、遺伝物質における区別可能な部分量の相対量に関して行おうとする信頼できる供述に対し、
十分である。
a)遺伝物質内において、第1の工程において決定される標的配列の3'末端の近傍に位置するプライマー結合部位が決定される(S7)。増幅反応において、これらのプライマー結合部位でハイブリダイズしたプライマーは、標的配列を超えて伸張され、標的配列に対する相補体が産生される。
b)a)において決定されたプライマー結合部位から、どれが相互に実質的に相同であるかが選択される(S8)。ここで、a)の下で決定された他のプライマー結合部位に対する相同性が低いそれらのプライマー結合部位が拒絶される。本質的に相同であるとは、プライマー結合部位が、相互に少なくとも80%の相同性を有することを意味する。
c)a)において決定されたプライマー結合部位から、どれが標的配列またはその相補体の3'末端の実質的に近傍にあるかが選択される(S9)。ここでは、近接とは、本質的に、プライマー結合部位の少なくとも50%が標的配列またはその相補体の3'末端の近傍にあることのみを意味する。これらのプライマー結合部位を組み合わせて、プライマー結合部位の群を形成する。この群のプライマー結合部位のそれぞれについて、該群のすべてのプライマー結合部位に実質的に相補的であるプライマーが決定される(S10)。ここで、相補性とは、適切な反応条件下で、プライマーが、該群のすべてのプライマー結合部位とのハイブリダイズを形成することを本質的に意味する。
−染色体が染色体相補体にまったく存在しない場合、蛍光を伴わないかまたは不純物による極微量を伴うもの
−染色体が染色体相補体において1つもしくはそれ以上存在した場合、平均蛍光強度IChr1を伴うもの
である。
を示す。
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Claims (21)
- 所定の長さの標的配列を含有し、かつ関連する遺伝情報に特異的な増幅された配列のみを実質的に有し、ハイブリダイゼーションによる検出に適切である増幅産物が得られるように、いくつかの点で遺伝物質に存在し、そして、所定の長さの標的配列に隣接し、かつそれぞれの場合において1部分量に特異的であるプライマー結合部位に相補的であるプライマーが使用されるポリメラーゼ連鎖反応によって、相互に区別可能ないくつかの部分量を含有する遺伝物質由来の遺伝情報の増幅のための方法。
- プライマーとそれぞれのプライマー結合部位との間の相同性は80〜100%の範囲、好ましくは90〜100%の範囲にあることを特徴とする、請求項1に記載の方法。
- プライマー結合部位と隣接する特異的標的配列との間の距離は1000以下、好ましくは300以下、特に100以下の塩基であることを特徴とする、請求項1または2に記載の方法。
- 特異的標的配列の所定の長さは15〜80塩基の間、好ましくは20〜50塩基の間であることを特徴とする、請求項1〜3のいずれか1項に記載の方法。
- すべての特異的標的配列は実質的に同じ長さであることを特徴とする、請求項1〜4のいずれか1項に記載の方法。
- ポリメラーゼ連鎖反応の過程において、標識されたヌクレオチド成分が使用されることを特徴とする、請求項1〜5のいずれか1項に記載の方法。
- −捕捉分子と標的配列とのハイブリッドが形成されるように、増幅産物と捕捉分子とを混和すること、および
−ハイブリッドを検出すること、
を特徴とする、請求項1〜6のいずれか1項に記載の方法。 - 捕捉分子がDNAチップ上に配列されることを特徴とする、請求項7に記載の方法。
- 捕捉分子がオリゴヌクレオチドによって形成されることを特徴とする、請求項7に記載の方法。
- 各場合において個々のスポットに同一の捕捉分子が提供されるDNAチップの使用を含むことを特徴とする、請求項1〜9のいずれか1項に記載の方法。
- 個々のスポットにおいて、異なる標的配列に対し異なる捕捉分子が提供され、すべてのスポットが1つの区別可能な部分量遺伝物質に割り当てられるDNAチップの使用を含むことを特徴とする、請求項1〜10のいずれか1項に記載の方法。
- 以下の工程:
−区別可能な部分量に割り当てられ得る標的配列を含有する配列を有し、ハイブリダイゼーションによる検出に適切である増幅産物が得られるように、相互に区別可能な遺伝物質のいくつかの部分量を含有する遺伝物質由来の遺伝情報の増幅のための方法を行うこと、
−捕捉分子と部分量の増幅産物とのハイブリッドが形成されるように、増幅産物とDNAチップ上の捕捉分子とを混和することであって、ここで、DNAチップは少なくとも2つの群のスポットを含有し、ここで、群内のスポットは異なる捕捉分子を有し、スポットの各群は1つの区別可能な部分量の遺伝物質に割り当てられ得ること、
−各スポットについて検出値が得られるように、DNAチップの異なる捕捉分子を伴うスポットに各場合において形成されるハイブリッドを定量的に検出すること、
−DNAチップ上に存在するスポットの群の検出値を平均化すること、
−平均値の比較によって、遺伝物質内の部分量の遺伝物質の相対頻度を決定すること、
を含む、特に請求項1〜11のいずれか1項に記載の増幅のための方法。 - 遺伝物質は単一の細胞に由来するか、または単一の細胞を起源とすることを特徴とする、請求項1〜12のいずれか1項に記載の方法。
- 遺伝物質は卵細胞の極体からの染色体組であることを特徴とする、請求項1〜12のいずれか1項に記載の方法。
- 区別可能な部分量は1つもしくはそれ以上の染色体よりなることを特徴とする、請求項1〜12のいずれか1項に記載の方法。
- 区別可能な部分量は1つもしくはそれ以上の遺伝子よりなることを特徴とする、請求項1〜12のいずれか1項に記載の方法。
- 所定の長さの標的配列を含有し、かつ関連する遺伝情報に特異的な増幅された配列のみを実質的に有し、ハイブリダイゼーションによる検出に適切である増幅産物が得られるように、平行であること以外は同一の反応条件下で遺伝子参照物質の遺伝情報が増幅されることを特徴とする、請求項1〜12のいずれか1項に記載の方法。
- プライマー結合部位の少なくとも80%、好ましくは90%または95%が特異的標的配列に隣接して位置していることを特徴とする、請求項1〜17のいずれか1項に記載の方法。
- 少なくとも10、20、30、50または100個の特異的標的配列が区別可能な部分量あたりで増幅されるように、使用されるプライマーのプライマー結合部位が少なくとも10、20、30、50または100個の特異的標的配列の区別可能な部分量に隣接して配列されることを特徴とする、請求項1〜18のいずれか1項に記載の方法。
- 請求項18に記載のプライマーは増幅のために使用される、請求項1〜17のいずれか1項に記載の方法。
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