JP2005532817A5 - - Google Patents

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  1. 機能が既知及び未知の遺伝要素又は化学モジュレーターのライブラリーから細胞集団における遺伝要素又は化学モジュレーターの機能又は効果を決定するための方法であって、
    i)インジケーターの分布に影響する第一の化学モジュレーターの存在下及び非存在下で、細胞で発現したインジケーター核酸配列の分布を決定する工程であって、細胞がエフェクター核酸配列を同時発現するとともに第二の化学モジュレーターの存在下にある工程と、
    ii)エフェクターとモジュレーターとインジケーターの全ての組合せで得られた分布データ分布データを解析して、機能的連関を導出しエフェクター及び第二のモジュレーターに対して機能を割り当てる工程と、
    を含む方法。
  2. 機能が既知及び未知の遺伝要素又は化学モジュレーターのライブラリーから細胞集団における遺伝要素又は化学モジュレーターの機能又は効果を決定するための方法であって、
    i)インジケーターの分布に影響する第一の化学モジュレーターの存在下で細胞で発現したインジケーター核酸配列の分布を決定する工程であって、細胞がエフェクター核酸配列を同時発現するとともに第二の化学モジュレーターの存在下にある工程と、
    ii)第一の化学モジュレーターの非存在下においてインジケーター核酸配列について、上記i)の分布データと、電気的又は光学的なデータベースに記録されている既知の分布データとを比較する工程と、
    iii)エフェクターとモジュレーターとインジケーターの全ての組合せで得られた分布データ分布データを解析して、機能的連関を導出しエフェクター及び第二のモジュレーターに対して機能を割り当てる工程と、
    を含む方法。
  3. 前記エフェクター核酸配列が、タンパク質又はペプチドをコードし、DNA、cDNA、RNA及びタンパク質核酸からなる群から選択される、請求項1又は請求項2記載の方法。
  4. 前記エフェクター核酸がアンチセンスオリゴヌクレオチドである、請求項1乃至請求項3のいずれか1項記載の方法。
  5. 前記エフェクター核酸が、遺伝子サイレンシングを生じる低分子干渉RNA(siRNA)である、請求項1乃至請求項3のいずれか1項記載の方法。
  6. 前記エフェクター核酸が細胞発現ベクター中の核酸配列を含む、請求項1乃至請求項5のいずれか1項記載の方法。
  7. 前記発現ベクターがプラスミド、レトロウイルス及びアデノウイルスからなる群から選択される、請求項6記載の方法。
  8. 前記インジケーター核酸配列が検出可能な標識を含むか、検出可能な標識をコードする、請求項1乃至請求項7のいずれか1項記載の方法。
  9. 前記インジケーター核酸配列が、検出可能な標識をコードする核酸配列に対してエフェクター配列を融合することによって作成される、請求項8記載の方法。
  10. 前記検出可能な標識が蛍光タンパク質、酵素、抗原及び抗体からなる群から選択される、請求項8又は請求項9記載の方法。
  11. 前記蛍光タンパク質が、Y66H、Y66W、Y66F、S65T、S65A、V68L、Q69K、Q69M、S72A、T203I、E222G、V163A、I167T、S175G、F99S、M153T、V163A、F64L、Y145F、N149K、T203Y、T203Y、T203H、S202F及びL236Rからなる群から選択された1以上の変異を有する改変緑色蛍光タンパク質(GFP)である、請求項10記載の方法。
  12. 前記改変GFPがF64L−V163A−E222G、F64L−S175G−E222G、F64L−S65T−S175G及びF64L−S65T−V163からなる群から選択される3つの変異体を有する、請求項11記載の方法。
  13. 前記酵素がβガラクトシダーゼ、ニトロリダクターゼ、アルカリホスファターゼ、及びβラクタマーゼからなる群から選択される、請求項10記載の方法。
  14. 前記モジュレーターが、有機化合物、無機化合物、ペプチド、ポリペプチド、タンパク質、炭水化物、脂質、核酸、ポリヌクレオチド及びタンパク質核酸からなる群から選択される、請求項1乃至請求項13のいずれか1項記載の方法。
  15. 前記モジュレーターが、アナログ又は誘導体のような類似の有機化合物を含むコンビナトリアルライブラリーから選択される、請求項1乃至請求項14のいずれか1項記載の方法。
  16. 前記細胞が真核生物細胞である、請求項1乃至請求項15のいずれか1項記載の方法。
  17. 前記真核生物細胞が哺乳動物、植物、鳥類、真菌、魚類及び線虫類からなる群から選択され、該細胞が遺伝子的に改変されていてもされていなくてもよい、請求項16記載の方法。
  18. 前記哺乳動物細胞がヒト細胞であり、該細胞が遺伝子的に改変されていてもされていなくてもよい、請求項17記載の方法。
  19. 前記インジケーター核酸の前記分布が、画像化システムを用いて決定される、請求項1乃至請求項18のいずれか1項記載の方法。
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