JP2005323563A - Nat2*7の変異の検出法ならびにそのための核酸プローブおよびキット - Google Patents
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Abstract
【解決手段】 G857A変異を含む領域をPCRで増幅し、末端が蛍光色素で標識され、ハイブリダイゼーションしたときに蛍光色素の蛍光が減少する核酸プローブであって、特定の塩基配列を有する前記核酸プローブを用いて、蛍光色素の蛍光を測定することにより融解曲線分析を行い、融解曲線分析の結果に基づいて変異を検出する。
【選択図】 図4
Description
クリニカルケミストリー(Clinical Chemistry)、2000年、第46巻、第5号、p.631−635 ミューテーション・リサーチ(Mutation Research)、1997年、第376巻、p.61−70
検出する方法およびそのためのキットを提供することを課題とする。
本発明は、以下のものを提供する。
(b)配列番号1に示す塩基配列において塩基番号300から始まる20〜30塩基長の塩基配列に相補的な塩基配列を有し、3’末端が蛍光色素で標識されている。
(c)配列番号1に示す塩基配列において塩基番号299から始まる18〜28塩基長の塩基配列に相補的な塩基配列を有し、3’末端が蛍光色素で標識されている。
(d)配列番号1に示す塩基配列において塩基番号328で終わる20〜30塩基長の塩基配列に相補的な塩基配列を有し、5’末端が蛍光色素で標識されている。
(e)配列番号1に示す塩基配列において塩基番号322で終わる19〜29塩基長の塩基配列に相補的な塩基配列を有し、5’末端が蛍光色素で標識されている。
(a)配列番号1に示す塩基配列において塩基番号301から始まる20〜30塩基長の塩基配列に相補的な塩基配列を有し、3’末端が蛍光色素で標識されている。
(b)配列番号1に示す塩基配列において塩基番号300から始まる20〜30塩基長の塩基配列に
相補的な塩基配列を有し、3’末端が蛍光色素で標識されている。
(c)配列番号1に示す塩基配列において塩基番号299から始まる18〜28塩基長の塩基配列に相補的な塩基配列を有し、3’末端が蛍光色素で標識されている。
(d)配列番号1に示す塩基配列において塩基番号328で終わる20〜30塩基長の塩基配列に相補的な塩基配列を有し、5’末端が蛍光色素で標識されている。
(e)配列番号1に示す塩基配列において塩基番号322で終わる19〜29塩基長の塩基配列に相補的な塩基配列を有し、5’末端が蛍光色素で標識されている。
本発明プローブは、末端が蛍光色素で標識され、ハイブリダイゼーションしたときに蛍光色素の蛍光が減少する核酸プローブであって、下記(a)〜(e)のいずれかを満たすことを特徴とする。
(a)配列番号1に示す塩基配列において塩基番号301から始まる20〜30塩基長の塩基配列に相補的な塩基配列を有し、3’末端が蛍光色素で標識されている。
(b)配列番号1に示す塩基配列において塩基番号300から始まる20〜30塩基長の塩基配列に相補的な塩基配列を有し、3’末端が蛍光色素で標識されている。
(c)配列番号1に示す塩基配列において塩基番号299から始まる18〜28塩基長の塩基配列に相補的な塩基配列を有し、3’末端が蛍光色素で標識されている。
(d)配列番号1に示す塩基配列において塩基番号328で終わる20〜30塩基長の塩基配列に相補的な塩基配列を有し、5’末端が蛍光色素で標識されている。
(e)配列番号1に示す塩基配列において塩基番号322で終わる19〜29塩基長の塩基配列に相補的な塩基配列を有し、5’末端が蛍光色素で標識されている。
のプローブの設定方法に従って、適切な長さのプローブを選択することができる。本発明に使用される消光プローブの塩基配列の例としては、配列番号5〜10のいずれかに示すものが挙げられる。蛍光色素としては、特許文献1に記載されたものが使用できるが、具体例としては、FAM(商標)、TAMRA(商標)、BODIPY(商標) FL等が挙げられる。蛍光色素のオリゴヌクレオチドへの結合方法は、通常の方法、例えば特許文献1に記載の方法に従って行うことができる。
(1) 変性、90〜98℃、1〜60秒
(2) アニーリング、60〜70℃、10〜60秒
(3) 伸長、60〜75℃、10〜180秒
本発明キットは、本発明の検出方法に用いるためのキットである。このキットは、末端が蛍光色素で標識され、ハイブリダイゼーションしたときに蛍光色素の蛍光が減少する核酸プローブ(消光プローブ)であって、上記(a)〜(e)のいずれかを満たす核酸プローブを含むことを特徴とする。
Claims (9)
- 末端が蛍光色素で標識され、ハイブリダイゼーションしたときに蛍光色素の蛍光が減少する核酸プローブであって、下記(a)〜(e)のいずれかを満たす前記核酸プローブ。
(a)配列番号1に示す塩基配列において塩基番号301から始まる20〜30塩基長の塩基配列に相補的な塩基配列を有し、3’末端が蛍光色素で標識されている。
(b)配列番号1に示す塩基配列において塩基番号300から始まる20〜30塩基長の塩基配列に相補的な塩基配列を有し、3’末端が蛍光色素で標識されている。
(c)配列番号1に示す塩基配列において塩基番号299から始まる18〜28塩基長の塩基配列に相補的な塩基配列を有し、3’末端が蛍光色素で標識されている。
(d)配列番号1に示す塩基配列において塩基番号328で終わる20〜30塩基長の塩基配列に相補的な塩基配列を有し、5’末端が蛍光色素で標識されている。
(e)配列番号1に示す塩基配列において塩基番号322で終わる19〜29塩基長の塩基配列に相補的な塩基配列を有し、5’末端が蛍光色素で標識されている。 - 核酸プローブが、配列番号5〜10のいずれかに示す塩基配列を有する請求項1記載の核酸プローブ。
- 一塩基多型の部位を有する核酸について、蛍光色素で標識された核酸プローブを用いて、蛍光色素の蛍光を測定することにより融解曲線分析を行い、融解曲線分析の結果に基づいて変異を検出する方法であって、一塩基多型は、NAT2遺伝子のcDNAにおける857位の変異であり、核酸プローブは、請求項1または2に記載の核酸プローブである前記方法。
- 試料に含まれる核酸における一塩基多型の部位を含む領域を増幅して一塩基多型を有する核酸を得ることを含む請求項3記載の方法。
- 増幅をDNAポリメラーゼを用いる方法により行う請求項4記載の方法。
- 増幅を核酸プローブの存在下で行う請求項5記載の方法。
- 末端が蛍光色素で標識され、ハイブリダイゼーションしたときに蛍光色素の蛍光が減少する核酸プローブであって、下記(a)〜(e)のいずれかを満たす前記核酸プローブを含む、請求項3記載の方法のためのキット。
(a)配列番号1に示す塩基配列において塩基番号301から始まる20〜30塩基長の塩基配列に相補的な塩基配列を有し、3’末端が蛍光色素で標識されている。
(b)配列番号1に示す塩基配列において塩基番号300から始まる20〜30塩基長の塩基配列に相補的な塩基配列を有し、3’末端が蛍光色素で標識されている。
(c)配列番号1に示す塩基配列において塩基番号299から始まる18〜28塩基長の塩基配列に相補的な塩基配列を有し、3’末端が蛍光色素で標識されている。
(d)配列番号1に示す塩基配列において塩基番号328で終わる20〜30塩基長の塩基配列に相補的な塩基配列を有し、5’末端が蛍光色素で標識されている。
(e)配列番号1に示す塩基配列において塩基番号322で終わる19〜29塩基長の塩基配列に相補的な塩基配列を有し、5’末端が蛍光色素で標識されている。 - 核酸プローブが、配列番号5〜10のいずれかに示す塩基配列を有する請求項7記載のキット。
- NAT2遺伝子のcDNAにおける857位の変異を含む領域を、DNAポリメラーゼを用いる方法で増幅するためのプライマーをさらに含む請求項7または8記載のキット。
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WO2008066161A1 (fr) * | 2006-11-30 | 2008-06-05 | Arkray, Inc. | Jeu d'amorces pour l'amplification du gène nat2, réactif pour l'amplification du gène nat2 comprenant ledit jeu d'amorces et utilisation du réactif |
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JP2002119291A (ja) * | 2000-08-03 | 2002-04-23 | Japan Bioindustry Association | 核酸の測定方法、それに用いる核酸プローブ及びその方法によって得られるデータを解析する方法 |
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