JP2005040145A - Hcv関連オリゴヌクレオチドおよびhcv単離物の特定領域遺伝子の増幅方法 - Google Patents
Hcv関連オリゴヌクレオチドおよびhcv単離物の特定領域遺伝子の増幅方法 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2005040145A JP2005040145A JP2004328242A JP2004328242A JP2005040145A JP 2005040145 A JP2005040145 A JP 2005040145A JP 2004328242 A JP2004328242 A JP 2004328242A JP 2004328242 A JP2004328242 A JP 2004328242A JP 2005040145 A JP2005040145 A JP 2005040145A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- hcv
- type
- probe
- nucleotide
- seq
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/70—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving virus or bacteriophage
- C12Q1/701—Specific hybridization probes
- C12Q1/706—Specific hybridization probes for hepatitis
- C12Q1/707—Specific hybridization probes for hepatitis non-A, non-B Hepatitis, excluding hepatitis D
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6834—Enzymatic or biochemical coupling of nucleic acids to a solid phase
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Immunology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Communicable Diseases (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Virology (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Hydrogenated Pyridines (AREA)
- Nitrogen And Oxygen Or Sulfur-Condensed Heterocyclic Ring Systems (AREA)
- Degasification And Air Bubble Elimination (AREA)
- Treatment Of Water By Oxidation Or Reduction (AREA)
- Peptides Or Proteins (AREA)
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
- Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)
- Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
- Polymers With Sulfur, Phosphorus Or Metals In The Main Chain (AREA)
- Polyoxymethylene Polymers And Polymers With Carbon-To-Carbon Bonds (AREA)
Abstract
HCVのタイプまたはサブタイプの決定に寄与する手段の提供。
【解決手段】
HCVの5’非翻訳領域に特異的に結合する10〜50個のヌクレオチドからなる特定のオリゴヌクレオチドおよび該ヌクレオチドの使用。
【選択図】なし
Description
完全ゲノム中の核酸水準で74%より高い相同性を表す;
または、ヌクレオチド7935位と8274位との間にあるNS5領域中の核酸水準で74%より高い相同性を表す;
またはその完全なポリタンパク質はアミノ酸水準で78%より高い相同性を表す; またはアミノ酸2646位と2758位の間にあるそのNS5領域は、アミノ酸水準で80%より高い相同性を表す;
ならびにHCV単離物が同じサブタイプに属するという事実によれば、完全ゲノムにおいて核酸水準で90%より高い相同性、かつ完全ポリタンパク質において、アミノ酸水準で90%より高い相同性を表す。
(1)ヌクレオチド7935と8274との間(Chooら、1991)、または8261と8600との間(Katoら、1990)、または8342と8681との間(Okamotoら、1991)にあるNS5b領域中の核酸配列の系統発生的分析に基づき、同じHCVタイプに属する単離物は、0.34より低いヌクレオチドディスタンスを表し、通常は0.33より低く、より通常では0.32より低く、および同じサブタイプに属する単離物は0.135より低く、通常は0.13より低く、より通常では0.125より低いヌクレオチドディスタンスを表し、その結果、同じタイプに属するが、異なるサブタイプの単離物は0.135から0.34の範囲の通常では0.14から0.33の範囲、より通常では0.15から0.32の範囲を表す、ヌクレオチドディスタンスを表し、そして異なるHCVタイプに属する単離物は0.34より高く、通常は0.35より高く、より通常では0.36より高いヌクレオチドディスタンスを表し、
(2)ヌクレオチド378と957との間にあるコア/E1領域中の核酸配列の系統発生的分析に基づき、同じHCVタイプに属する単離物は、0.38より低く、通常は0.37より低く、より通常では0.36より低いヌクレオチドディスタンスを表し、そして同じサブタイプに属する単離物は0.17より低く、通常は0.16より低く、より通常では0.15より低いヌクレオチドディスタンスを表し、その結果同じタイプに属するが、異なるサブタイプの単離物は0.15から0.38の範囲の通常では0.16から0.37の範囲の、より通常では0.17から0.36の範囲のヌクレオチドディスタンスを表し、そして異なるHCVタイプに属する単離物は0.36より高く、通常は0.365より高く、より通常では0.37より高いヌクレオチドディスタンスを表し、
(3)ヌクレオチド4664と5292との間(Chooら、1991)、または4993と5621との間(Katoら、1990)、または5017と5645との間(Okamotoら、1991)にあるNS3/NS4領域中の核酸配列の系統発生的分析に基づき、同じHCVタイプに属する単離物は、0.35より低く、通常は0.34より低く、より通常では0.33より低いヌクレオチドディスタンスを表し、そして同じサブタイプに属する単離物は0.19より低く、通常は0.18より低く、より通常では0.17より低いヌクレオチドディスタンスを表し、その結果同じタイプに属するが、異なるサブタイプの単離物は0.17から0.35の範囲、通常では0.18から0.34の範囲、より通常では0.19から0.33の範囲のヌクレオチドディスタンスを表し、そして異なるHCVタイプに属する単離物は0.33より高く、通常は0.34より高く、より通常では0.35より高いヌクレオチドディスタンスを表す。
試料中のリボヌクレオチド、またはデオキシリボヌクレオチドが接近できるように作られた試料を、必要に応じて適当な変性条件下で少なくともひとつのプローブと接近させ、該プローブは(i)ひとつのHCV単離物の5’非翻訳領域のヌクレオチド−291位から−66位に伸長するドメイン中の領域とハイブリダイズすることができ、または該プローブは(ii)任意の上記に定義したプローブに相補的であり、ならびに
該プローブと同定すべきHCV単離物のヌクレオチド配列との間にあるいは形成された複合体を検出する。
試料中のリボヌクレオチド、またはデオキシリボヌクレオチドが接近できるように作られた試料を、必要に応じて適当な変性条件下で、好ましくは約5から50の、より好ましくは約10から約40ヌクレオチドの、最も好ましくは約15から約30ヌクレオチドの少なくともひとつの該プローブと接触させ、該プローブは(i)例えば図2中のcDNA配列により表されるcDNA配列により表されるひとつのHCV単離物の5’URのヌクレオチド−291位から−66位に伸長するドメイン中の領域とハイブリダイズすることができ、ここでその位置の負の番号はHCVポリタンパク質をコードする塩基読み取り枠の初めのATGコドンより前にあるヌクレオチドから始まっており、あるいは該プローブは上記に定義したプローブに相補的であり、
該プローブと同定すべきHCV単離物のヌクレオチド配列との間にあるいは形成された複合体を検出し、およびハイブリダイゼーションパターンから存在するHCV単離物のタイプ(または複数のタイプ)を判断する。
完全ゲノム中の核酸水準で74%より高い相同性を表す;
または、ヌクレオチド7935位と8274位との間にあるNS5領域中の核酸水準で74%より高い相同性を表す;
またはその完全なポリタンパク質はアミノ酸水準で78%より高い相同性を表す;
またはアミノ酸2646位と2758位の間にあるNS5領域は、アミノ酸水準で80%より高い相同性を表す;
ならびに同じサブタイプに属するHCV単離物は、完全ゲノム中の核酸水準で90%より高い相同性、かつ完全ポリタンパク質中のアミノ酸水準で90%より高い相同性を表す。
(1)ヌクレオチド7935と8274位との間(Chooら、1991)、または8261と8600との間(Katoら、1990)、または8342と8681との間(Okamotoら、1991)にあるNS5b領域中の核酸配列の系統発生的分析に基づき、同じHCVタイプに属する単離物は、0.34より低く、通常は0.33より低く、より通常では0.32より低いヌクレオチドディスタンスを表し、そして同じサブタイプに属する単離物は0.135より低く、通常は0.13より低く、より通常では0.125より低いヌクレオチドディスタンスを表し、その結果同じタイプに属するが、異なるサブタイプの単離物は0.135から0.34の範囲、通常では0.14から0.33の範囲、より通常では0.15から0.32の範囲のヌクレオチドディスタンスを表し、そして異なるHCVタイプに属する単離物は0.34より高く、通常は0.35より高く、より通常では0.36より高いヌクレオチドディスタンスを表し、
(2)ヌクレオチド378と957との間にあるコア/E1領域中の核酸配列の系統発生的分析に基づき、同じHCVタイプに属する単離物は、0.38より低く、通常は0.37より低く、より通常では0.36より低いヌクレオチドディスタンスを表し、そして同じサブタイプに属する単離物は0.17より低く、通常は0.16より低く、より通常では0.15より低いヌクレオチドディスタンスを表し、その結果同じタイプに属するが、異なるサブタイプの単離物は0.15から0.38の範囲、通常では0.16から0.37の範囲、より通常では0.17から0.36の範囲のヌクレオチドディスタンスを表し、そして異なるHCVタイプに属する単離物は0.36より高く、通常は0.365より高く、より通常では0.37より高いヌクレオチドディスタンスを表し、
(3)ヌクレオチド4664と5292との間(Chooら、1991)、またはヌクレオチド4993と5621との間(Katoら、1990)、またはヌクレオチド5017と5645との間(Okamotoら、1991)にあるNS3/NS4領域中の核酸配列の系統発生的分析に基づき、同じHCVタイプに属する単離物は、0.35より低く、通常は0.34より低く、より通常では0.33より低いヌクレオチドディスタンスを表し、そして同じサブタイプに属する単離物は0.19より低く、通常は0.18より低く、より通常では0.17より低いヌクレオチドディスタンスを表し、その結果同じタイプに属するが、異なるサブタイプの単離物は0.17から0.35の範囲、通常では0.18から0.34の範囲、より通常では0.19から0.33の範囲のヌクレオチドディスタンスを表し、そして異なるHCVタイプに属する単離物は0.33より高く、通常は0.34より高く、より通常では0.35より高いヌクレオチドディスタンスを表す。
a)第2図のヌクレオチド−293位からヌクレオチド−278位に伸長するもの、
b)第2図のヌクレオチド−275位からヌクレオチド−260位に伸長するもの、
c)第2図のヌクレオチド−253位からヌクレオチド−238位に伸長するもの、
d)第2図のヌクレオチド−244位からヌクレオチド−229位に伸長するもの、 e)第2図のヌクレオチド−238位からヌクレオチド−223位に伸長するもの、
f)第2図のヌクレオチド−170位からヌクレオチド−155位に伸長するもの、
g)第2図のヌクレオチド−141位からヌクレオチド−117位に伸長するもの、 h)第2図のヌクレオチド−83位からヌクレオチド−68位に伸長するもの、
i)第2図のヌクレオチド−103位からヌクレオチド−88位に伸長するもの、
j) ヌクレオチド−146位からヌクレオチド−130位に伸長するもの。
KはGまたはTを表し、
ならびにRはGまたはAを表し、
またはTがUに置換された対応する配列、
または上記に定義した配列に相補的な配列。
*第2図のヌクレオチド−170位からヌクレオチド−155位に伸長するもの、および第2図のヌクレオチド−141位からヌクレオチド−117位に伸長するもの、
*第2図のヌクレオチド−170位からヌクレオチド−155位に伸長するもの、および第2図のヌクレオチド−103位からヌクレオチド−88位に伸長するもの、
*第2図のヌクレオチド−141位からヌクレオチド−117位に伸長するもの、および第2図のヌクレオチド−103位からヌクレオチド−88位に伸長するもの、
*第2図のヌクレオチド−170位からヌクレオチド−155位に伸長するもの、および第2図のヌクレオチド−83位からヌクレオチド−68位に伸長するもの、
*第2図のヌクレオチド−141位からヌクレオチド−117位に伸長するもの、および第2図のヌクレオチド−83位からヌクレオチド−68位に伸長するもの、
*第2図のヌクレオチド−170位からヌクレオチド−155位に伸長するもの、および第2図のヌクレオチド−146位からヌクレオチド−130位に伸長するもの、
*第2図のヌクレオチド−132位からヌクレオチド−117位に伸長するもの、および第2図のヌクレオチド−146位からヌクレオチド−130位に伸長するもの、
*第2図のヌクレオチド−146位からヌクレオチド−130位に伸長するもの、および第2図のヌクレオチド−103位からヌクレオチド−88位に伸長するもの。
次の配列:TTC TTG GAA CTA ACC C,
またはTがUに置換された対応する配列
または上記に定義した配列に相補的な配列
を標的とするような配列を有するプローブに関する。
*第2図のヌクレオチド−170位からヌクレオチド−155位に伸長するもの、および第2図のヌクレオチド−141位からヌクレオチド−117位に伸長するもの、
*第2図のヌクレオチド−170位からヌクレオチド−155位に伸長するもの、および第2図のヌクレオチド−103位からヌクレオチド−88位に伸長するもの、
*第2図のヌクレオチド−141位からヌクレオチド−117位に伸長するもの、および第2図のヌクレオチド−103位からヌクレオチド−88位に伸長するもの、
*第2図のヌクレオチド−170位からヌクレオチド−155位に伸長するもの、および第2図のヌクレオチド−83位からヌクレオチド−68位に伸長するもの、
*第2図のヌクレオチド−141位からヌクレオチド−117位に伸長するもの、および第2図のヌクレオチド−83位からヌクレオチド−68位に伸長するもの、
*第2図のヌクレオチド−170位からヌクレオチド−155位に伸長するもの、および第2図のヌクレオチド−146位からヌクレオチド−130位に伸長するもの、
*第2図のヌクレオチド−132位からヌクレオチド−117位に伸長するもの、および第2図のヌクレオチド−146位からヌクレオチド−130位に伸長するもの、
*第2図のヌクレオチド−146位からヌクレオチド−130位に伸長するもの、および第2図のヌクレオチド−103位からヌクレオチド−88位に伸長するもの。
試料中のリボヌクレオチドまたはデオキシリボヌクレオチドがすで に接近できるようにされている上記試料を、必要に応じて適当な変性条件下で、図2および第4図中のcDNA配列により表されるHCV単離物の5’URのヌクレオチド−291位からヌクレオチド−66位に伸長するドメイン中の領域とハイブリダイズすることができる少なくとも一つのプローブと接触させ、ここでヌクレオチド位置の負の番号はHCVポリタンパク質をコードする塩基読み取り枠の初めのコドンよりも前にあるヌクレオチドから始まっており、あるいは該プローブは上記に定義したプローブに相補的であり;
該プローブと標的領域間にあるいは形成された複合体を検出し;
観察されたハイブリダイゼーションパターンから存在するHCVタイプを判断する。
(1)ヌクレオチド7935と8274との間(Chooら、1991)、または8261と8600との間(Katoら、1990)、または8342と8681との間(Okamotoら、1991)にあるNS5b領域中の核酸配列の系統発生的分析に基づき、同じHCVタイプに属する単離物は、0.34より低く、通常は0.33より低く、より通常では0.32より低いヌクレオチドディスタンスを表し、そして同じサブタイプに属する単離物は0.135より低く、通常は0.13より低く、より通常では0.125より低いヌクレオチドディスタンスを表し、その結果同じタイプに属するが、異なるサブタイプの単離物は0.135から0.34の範囲、通常は0.14から0.33の範囲、より通常では0.15から0.32の範囲のヌクレオチドディスタンスを表し、および異なるHCVタイプに属する単離物は0.34より高く、通常は0.35より高く、より通常では0.36より高いヌクレオチドディスタンスを表し、
(2)ヌクレオチド378と957との間にあるコア/E1領域中の核酸配列の系統発生的分析に基づき、同じHCVタイプに属する単離物は、0.38より低く、通常は0.37より低く、より通常では0.36より低いヌクレオチドディスタンスを表し、そして同じサブタイプに属する単離物は0.17より低く、通常は0.16より低く、より通常では0.15より低いヌクレオチドディスタンスを表し、その結果同じタイプに属するが、異なるサブタイプの単離物は0.15から0.38の範囲、通常では0.16から0.37の範囲、より通常では0.17から0.36の範囲のヌクレオチドディスタンスを表し、そして異なるHCVタイプに属する単離物は0.36より高く、通常は0.365より高く、より通常では0.37より高いヌクレオチドディスタンスを表し、
(3)ヌクレオチド4664と5292との間(Chooら、1991)、またはヌクレオチド4993と5621との間(Katoら、1990)、またはヌクレオチド5017と5645との間(Okamotoら、1991)にあるNS3/NS4領域中の核酸配列の系統発生的分析に基づき、同じHCVタイプに属する単離物は、0.35より低く、通常は0.34より低く、より通常では0.33より低いヌクレオチドディスタンスを表し、そして同じサブタイプに属する単離物は0.19より低く、通常は0.18より低く、より通常では0.17より低いヌクレオチドディスタンスを表し、その結果同じタイプに属するが、異なるサブタイプの単離物は0.17から0.35の範囲、通常では0.18から0.34の範囲、より通常では0.19から0.33の範囲のヌクレオチドディスタンスを表し、そして異なるHCVタイプに属する単離物は0.33より高く、通常は0.34より高く、より通常では0.35より高いヌクレオチドディスタンスを表す。
(1)ヌクレオチド7935と8274との間(Chooら、1991)、または8261と8600との間(Katoら、1990)、または8342と8681との間(Okamotoら、1991)にあるNS5b領域中にある核酸配列の系統発生的分析に基づき、同じHCVタイプに属する単離物は、0.34より低く、通常は0.33より低く、より通常では0.32より低いヌクレオチドディスタンスを表し、そして同じサブタイプに属する単離物は0.135より低く、通常は0.13より低く、より通常では0.125より低いヌクレオチドディスタンスを表し、その結果同じタイプに属するが、異なるサブタイプの単離物は0.135から0.34の範囲、通常では0.14から0.33の範囲、より通常では0.15から0.32の範囲のヌクレオチドディスタンスを表し、そして異なるHCVタイプに属する単離物は0.34より高く、通常は0.35より高く、より通常では0.36より高いヌクレオチドディスタンスを表し、
(2)ヌクレオチド378と957との間にあるコア/E1領域中にあるの核酸配列の系統発生的分析に基づき、同じHCVタイプに属する単離物は、0.38より低く、通常は0.37より低く、より通常では0.36より低いヌクレオチドディスタンスを表し、そして同じサブタイプに属する単離物は0.17より低く、通常は0.16より低く、より通常では0.15より低いヌクレオチドディスタンスを表し、その結果同じタイプに属するが、異なるサブタイプの単離物は0.15から0.38の範囲、通常では0.16から0.37の範囲、より通常では0.17から0.36の範囲のヌクレオチドディスタンスを表し、そして異なるHCVタイプに属する単離物は0.36より高く、通常は0.365より高く、より通常では0.37より高いヌクレオチドディスタンスを表し、
(3)ヌクレオチド4664と5292との間(Chooら、1991)、またはヌクレオチド4993と5621との間(Katoら、1990)、またはヌクレオチド5017と5645との間(Okamotoら、1991)にあるNS3/NS4領域中の核酸配列の系統発生的分析に基づき、同じHCVタイプに属する単離物は、0.35より低く、通常は0.34より低く、より通常では0.33より低いヌクレオチドディスタンスを表し、そして同じサブタイプに属する単離物は0.19より低く、通常は0.18より低く、より通常では0.17より低いヌクレオチドディスタンスを表し、その結果同じタイプに属するが、異なるサブタイプの単離物は0.17から0.35の範囲、通常では0.18から0.34の範囲、より通常では0.19から0.33の範囲のヌクレオチドディスタンスを表し、そして異なるHCVタイプに属する単離物は0.33より高く、通常は0.34より高く、より通常では0.35より高いヌクレオチドディスタンスを表す。
TCT GCG GAA CCG GTG A(No.27)
本発明の方法のもうひとつの有利な態様によれば、ハイブリダイゼーションの工程は標的する領域を含有するデオキシリボヌクレオチドまたはリボヌクレオチドの増幅工程によって進められ、有利に以下の工程を含んで成る:
タイプまたはサブタイプを決定すべき単離物を含有すると思われる生物学的試料を、標的する領域を含むプライマーの組と接触させ、ここで該プライマーはHCVゲノムの保存領域と相補的であり、そして好ましくは、プライマーはHCVゲノムの5’非翻訳保存領域に相補的であり、該プライマーは好ましくは少なくとも8個の連続的ヌクレオチド、より好ましくは約15個の、さらにより好ましくは15個より多くの連続的ヌクレオチドを有し、該連続的ヌクレオチドはそれぞれ第2図および第4図のヌクレオチド−341からヌクレオチド−171に伸長する領域、およびヌクレオチド−67からヌクレオチド−1に伸長する領域から選ばれた配列に相補的である。
例えば上述のプライマーの組によるポリメラーゼ連鎖反応を介し標的領域を増幅させ、あるいはジゴキシゲニンまたはビオチンのような標識を増幅標的配列に取り込み、ここで該増幅は20から80回繰り返され、有利には30から50回繰り返される。
(a)ポリメラーゼ連鎖反応法のために、検出すべき標的配列を含むプライマーの組を提供し;
(b)標的領域を、ポリメラーゼ連鎖反応を介して(a)のプライマーの手段により増幅させ;ならびに同工程中に、適当な標識分子を増幅標的中に取り込むことができ、該標識分子は好ましくはジゴキシゲニンまたはビオチンである。
CCC TGT GAG GAA CTW CTG TCT TCA CGC(No.1)
GGT GCA CGG TCT ACG AGA CCT (No.2)
あるいはこれらの相補鎖が関与し、
配列中、WはAまたはTを表し、ならびに該第二段階はヌクレオチド−326からヌクレオチド−171に伸長する領域、およびヌクレオチド−68からヌクレオチド−1に伸長する領域から選ばれたネストプライマー、ならびに特に以下の組:
TCT AGC CAT GGC GTT AGT RYG AGT GT (No.3)
CAC TCG CAA GCA CCC TAT CAG GCA GT (No.4)
配列中RはAまたはG、およびYはTまたはCを表し、
あるいはこれらの相補鎖が関与するものである。
CCC TGT GAG GAA CTW CTG TCT TCA CGC(No.1)
GGT GCA CGG TCT ACG AGA CCT (No.2)
TCT AGC CAT GGC GTT AGT RYG AGT GT (No.3)
CAC TCG CAA GCA CCC TAT CAG GCA GT (No.4)
配列中、WはAまたはTを表し、RはAまたはGを表し、およびYはTまたはCを表し、
あるいはこれらの相補鎖である。
試料中の遺伝物質がハイブリダイゼーションできるようにされている該生物学的試料、
または該生物学的試料中に含有された精製された遺伝物質、
または精製された遺伝物質に由来する単一のコピー、
または精製された遺伝物質に由来する増幅されたコピー。
試料中の遺伝物質がハイブリダイゼーションできるようにされている該生物学的試料、
または該生物学的試料中に含有された精製された遺伝物質、
または精製された遺伝物質に由来する単一のコピー、
または精製された遺伝物質に由来する増幅されたコピー、ここで該要素は予め支持体上に固定化されている。
生物学的試料中のHCV単離物が既知のどのタイプまたはサブタイプに属するかを上記に定義した方法により決定し、ここで該生物学的試料はあるいはHCV抗原または抗体アッセイ、または上記に定義したようなHCVについての万能プライマーを使用することにより予めHCV含有であると決定されていてもよく、
上記に定義したふたつの任意のドメインから選ばれた領域を標的にすることができる少なくともひとつのプローブと陽性的にハイブリダイズしない試料が観察された場合には、その試料中に存在するHCVタイプの完全なゲノムを配列決定するか、あるいは決定すべき新規タイプおよび/またはサブタイプの相当する5’非翻訳領域の部分(または複数の部分)を配列決定する。
上記に定義した任意のタイプ特異的またはサブタイプ特異的ドメインから選ばれた領域を標的にすることができる少なくともひとつのプローブとハイブリダイズしない試料が観察された場合には、より具体的にはタイプ1について配列番号5、28および6と、タイプ2について配列番号8から12または22から26および32から34と、タイプ3について配列番号13、14、36、21、または54と、ならびにタイプ4について配列番号17、18、19、37から43、49、50および53と;ならびにサブタイプ1bについて配列番号7および30と、サブタイプ1aについて配列番号31と、サブタイプ2aについて配列番号9 10 22または24と、サブタイプ2bについて11、12、23または25と、サブタイプ2cについて配列番号33または34と、あるいはサブタイプ3aについて配列番号13、14または35と、サブタイプ3b、4aまたは4dについて配列番号38、21、および19と、サブタイプ4bについて配列番号38または41と、サブタイプ4cについて配列番号42または43と;サブタイプ4eについて配列番号39、40または41と、サブタイプ4fについて;配列番号51、38、19または7と;推定のサブタイプ4hについては配列番号49または50と;推定のサブタイプ4gについては配列番号50または53とハイブリダイズしない試料が観察された場合には、試料中に存在するHCVタイプの完全なゲノムを配列決定するか、あるいは決定すべき新規タイプおよび/またはサブタイプの相当する5’非翻訳領域の部分(または複数の部分)を配列決定する。
(a)HCV抗体−陽性血清、または臨床的なNANB肝炎試料、または無作為な試料群をcPCR(cDNA PCR)により調査し、
(b)すでにcPCR生成物を得た、これらの試料を使用してHCV LiPAを行い、ならびに
(c)異常な反応性を表すPCR断片をクローニングおよび配列決定する。
以下のプローブを提供し、
*上記に定義した少なくともひとつのプローブ、好ましくは、プローブは上記に定義したものであり、HCVの遺伝子型決定(タイピングおよび/またはサブタイピング)が可能であり、ならびに以下の少なくともひとつのプローブ:
*上記生物学的試料中に存在しうるHIVタイプ1および/またはタイプ2のオリゴヌクレオチドを検出できるプローブ、ならびに/または
*上記生物学的試料中に存在しうるHBVサブタイプ、および/またはsAg突然変異体および/またはcAg突然変異体のオリゴヌクレオチドを検出できるプローブ、ならびに/または
*生物学的試料中に存在すると疑われるHTLV−Iおよび/またはHTLV−IIのオリゴヌクレオチドを検出できるプローブ、
あるいは上記に定義したプライマーの組に加えて、少なくともひとつの次のプライマーを提供してもよく:PCR反応の手段により、ヒト免疫不全症ウイルス(HIV)、および/またはHBV、および/またはヒトT細胞リンフォトロピック(lymphotropic)ウイルス(HTLV)オリゴヌクレオチドのそれぞれを増幅させるためのプライマーの組、ならびに生物学的試料中に存在するかもしれないHCV、およびHBVおよび/またはHIVおよび/またはHTLVのいずれかを増幅させ、
上述した上記定義のプローブと
*試料中の遺伝物質がすでにハイブリダイゼーションできるようにされている生物学的試料、
*または上記生物学的試料中に含有された精製された遺伝物質、
*または精製された遺伝物質由来の単一コピー
*または精製された遺伝物質由来の増幅コピー
とを、プローブとHCVならびに少なくともひとつの次のウイルス、HBV、および/またはHIV、および/またはHTLVの単離物の標的配列とがハイブリダイゼーションできる条件下で接触させ、
使用したプローブと生物学的試料に存在するかもしれない標的領域との間に形成した可能性のある複合体を検出する。
上記HCVの種々のタイプおよび/またはサブタイプ、
ヒト免疫不全症ウイルスHIV−1およびHIV−2、
ヒトT細胞リンフォトロピックウイルスHTLV−1およびHTLV−2、
種々のHB表面抗原(HBsAg)変異体またはHBコア抗原(HBcAg)またはHBプレコアAg変異体、に特異的にハイブリダイズすることを特徴とする。
上記の配列番号5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28から54および93から96、ならびにこれらのプローブと、HCV単離物が、区別されるべき生物学的試料中に含まれると思われるHCVのリボまたはデオキシリボヌクレオチド鎖との間に、ハイブリダイゼーションがあるかどうかを決定するための対照を含む。
上記に定義された任意のプローブから選択された少なくともひとつのプローブ;
これらプローブとHCV単離物のcDNAおよび/またはRNAとの間で行われるべきハイブリダイゼーション反応を可能にする緩衝液を作成するために必要な緩衝液または成分、
適当である時には、ハイブリダイゼーションの進行から生成するハイブリッドを検出するための手段。
場合によって、上記に定義されたひとつの万能プローブ;
本発明の任意のプローブから選択される少なくともひとつのプローブ、
これらのプローブとHCV単離物のcDNAおよび/またはRNAとの間で行われるべきハイブリダイゼーション反応を可能にする緩衝液を作成するために必要な緩衝液または成分、
適当である時には、ハイブリダイゼーションの進行から生成するハイブリッドを検出するための手段。
上記に定義したプローブの組、優先的に固体支持体に固定化されており、より優先的にはひとつの同一の膜に固定化されており、
場合によって上記に定義したプライマーの組、
ハイブリダイゼーション行うために、および形成したハイブリッドを検出するのに必要な緩衝液の組、を含む。
これらプローブと上記HCV単離物のcDNAsおよび/またはRNAsとの間で行われるべきハイブリダイゼーション反応を可能にする緩衝液を作成するために必要な緩衝液または成分;
適当な場合にはハイブリダイゼーションの進行から生成するハイブリッドを検出するための手段、を含む。
少なくともひとつの上記に定義したプローブ、
これらプローブと上記HCV単離物のcDNAsおよび/またはRNAsとの間で行われるべきハイブリダイゼーション反応を可能にする緩衝液を作成するために必要な緩衝液または成分;
適当な場合にはハイブリダイゼーションの進行から生成するハイブリッドを検出するための手段、を含む。
なお、各表について簡単な説明をしておく。
種々の分類系の概観。
第3図に示される結果の解説。
HCV LiPAタイピングおよびHCV抗体アッセイの最終結果。
プライマーおよびプローブのヌクレオチド配列、位置および方向。
HCVの新タイプおよびサブタイプから設計された新プローブの概観。分類が可能な、または向上したタイプおよびサブタイプ、配列、および配列番号を示す。
BE90,BE91,BE92,BE93,BE95,GB358,GB549,およびGB809と、公表されているヌクレオチド7935から8274(本発明中で使用した番号に従う)由来のHCV NS5領域中の配列との間の配列相同性。同一サブタイプ内の相同性得点は際立っている。相同性を計算するために使用した公表配列はEMBLのデーターベースから取り、以下の受け入れ番号を持つ:1M62321、2D10749、3M67463、4D90208、5X61596、6L02836、7M84754、8D10750、9D11168;D01171、10S38204、11M58335、12D10078、13D10079、14D10080、15D10081、16D00944、および17D01221。これらすべてが完全ゲノムを表すが、NS5配列が公表されている12、13、14、15および18は除く。18はChironの特許(国際特許第92/19743)、配列番号18に公開されている。
世界の各地から得たHCV単離物の天然変異体を研究するために、HCV単離物のタイピングおよびサブタイピングに関する迅速な手段をラインプローブアッセイ(LiPA)の様式で開発した。
61のブラジル人試料(BR1からBR61)を、HCV 抗体 ELISAアッセイ(Innotest HCV Ab, イノジェネティックス:Innogenetics)およびInnoLIA HCV Ab 試験(イノジェネティックス)で試験した。初めの23の血清試料は(BR1からBR23)は、ALTレベルが高い、またはInno−LIAの結果が陽性である血液透析者、あるいは受容者がNANB肝炎疾患を発病している供与者の血液、のいずれかから採取した。他の14(BR24からBR37)の血清試料は無作為に選択した;残りの24の血清は(BR38からBR61)は、それらのLIAパターンに基づき選択した。後者のほとんどがLIAのNS4およびNS5合成ペプチドと僅かに陽性、不確定、または陰性の反応性を示した。以下の血清もこのタイピング試験に含まれた:日本人の2種のプール血清(JP62および63)、ベルギー人の6種の血清(BE64からBE69)、オランダからの4種の血清(NE70からNE73)、ブルンディーからの6種の血清(BU74からBU79)およびガボンからの2種の血清(GB80およびGB81)。これらはすべてInno−LIA HCV Abアッセイ系で試験された。血清BU74からBU78は抗−コア抗体について陽性であるだけだったが、一方血清BU79はNS5系にのみ反応した。2種のガホン人から血清はLIA HCV陰性(Inno−LIA HCV)、 HIV陰性(InnotestHIV)であったが、HTLV陽性(InnotestHTLV)であった。ベルギーからの1種の血清(BE69)およびオランダからの1種の血清(NE73)は完全に陰性であった。NE−血清の3種(NE71からNE73)が第二世代の RIBA 試験(オルソ ダイアグノスティックス 社:Orth Diagnostics Inc.)に陰性であったので選択した。
PCR反応に使用したプライマーは、種々のHCVタイプの5’URの保存領域に相補的であった。タイプ1およびタイプ2配列(Katoら、1990;Nakanoら、1991;Okamotoら、1991)、ならびに我々のタイプ3クローン(BR56;受け入れ番号D13448、CCJJB/EMBL/Genbank DNA データベース、1992年10月21日寄託)をアニーリングさせるために、縮退が含まれた。外側PCRプライマー配列(HcPr98、配列番号1およびHcPr29、配列番号2)、ならびにネストPCRプライマー(HcPr95、配列番号3およびHcPr96、配列番号4)を表4に表す。種々の血清タイプの検出のために使用したプローブも表4に掲示する。すべてのオリゴヌクレオチドは392DNA/RNA合成機(アプライド バイオシステムズ;Applied Biosystems)で合成した。
16−merのオリゴヌクレオチド(種々のタイプまたはサブタイプのHCVに特異的である;表4、番号5から27)の3’末端にpoly−(dT)尾を以下のように付けた:20pmolのプライマーを25μlの緩衝液中(3.2mMのdTT,25mMのTris.HCl(pH7.5),0.1Mのカコジル酸ナトリウム、1mMのCoCl2、0.1mMのジチオスレイトール、および60Uのターミナルデオキシヌクレオチジルトランスフェラーゼ(ファルマシア)を含有する)にて37℃で1時間インキュベーションした。反応を2.5μlの0.5M EDTA(pH8.0)を加えて止め、ならびに20×SSC(Maniatisら、1982)で最終濃度が6×SSCとなるまで希釈し、2.5pmolのオリゴヌクレオチド/μlを反応させた。
10μlのネストPCR増幅生成物(取り込まれたBio−11dUTP含有)を10μlの400mM NaOH/10mM EDTAと混合し、室温(RT)で10分間インキュベーションする。次に1mlの予め暖めた(37℃)ハイブリダイゼーション緩衝液(3Mの塩化テトラメチルアンモニウム、(TMACl,メルク;Merck)、50mMのリン酸ナトリウム(pH6.8)、1mMのEDTA、5×デンハーツ溶液(Maniatisら、1982)、0.6%(w/v)SDS、および100μg/mlの剪断サケ精子DNAを含む)を加え、ハイブリダイゼーションを水浴中にて振盪しながら42℃で2時間行う(Jacobsら、1988)。ストリップを、RTで5分間、1mlの予め暖めた(37℃)の洗浄緩衝液(3M TMACl、0.2% SDS、50mM Tris.HCl、pH8.0)で2回洗浄し、次に51℃で30分間ストリンジェントな洗浄、ならびに簡単な洗浄工程をRTで行う。この時点で洗浄緩衝液をすすぎ溶液(Rinse Solution:NaCl、Triton、0.5% NaN3を含むリン酸緩衝液;イノ−リパ(Inno−Lipa)、イノジェネティックス(Innogenetics)、アントワープ、ベルギー)に交換し、ストリップをRTで2回、1mlですすぐ。最終的に、片を結合希釈物(Conjugate Diluent:NaCl、Triton、タンパク質安定化剤、0.1% NaN3を含有するリン酸緩衝液:イノ−リア(Inno−Lia)、イノジェネティックス、アントワープ、ベルギー)ですすぎ、4000×に希釈したストレプトアビジンを含有する結合希釈物とインキュベーションし、アルカリフォスファターゼ(ギブコ BRL)でさらにRTで30分間標識する。ストリップを再度すすぎ溶液で3回、基質希釈物(Substrate Diluent:NaClおよびMgCl2を含有するTris緩衝液:イノ−リア、イノジェネティックス、アントワープ、ベルギー)で1回洗浄する。発色はBCIPおよびNBTを基質希釈物に加えて、このストリップをRTで30分間インキュベーションすることにより行う。発色は緩衝液を蒸留水と交換することにより停止する。
タイプ3に対するプローブのための配列を血清BR56(受け入れ番号D13448)由来のcPCRクローンから得た。公表されたタイプ1配列をBR56と比較した時、4から6個の変異を含む16ヌクレオチドのふたつの領域が、いつも観察された。驚くことには、タイプ2配列が入手できるようになった時、これらふたつの領域での変異が再び維持されていたことである。ゆえに、タイピング用プローブの位置はこれらの領域中から選ばれ、その領域はタイプ間で比較的低程度の相同性を有するが、ひとつのタイプの中ではよく保存されていた。第一ストリップは全部で8つの別個に固定化されたオリゴヌクレオチドが適用された。それらのふたつはHCVタイプ1(HcPr124、配列番号5、およびHcPr125、配列番号6)に、4つはHCVタイプ2(HcPr136、(配列番号9)およびHcPr137、(配列番号10)はHCVタイプ2aに、HcPr126(配列番号11)およびHcPr127(配列番号12)はタイプ2bに)に対し、ならびにふたつはHCVタイプ3(HcPr128、配列番号13、およびHcPr129、配列番号14)HCVに対するものであった(表4)。
すべての入手可能なタイプ1コード配列を注意深く比較した後、ふたつのサブタイプ(1aおよび1b)を79%の平均ゲノム相同性で明らかに区別できる。5’UR領域において、HCV−JとHCV−1との間にたったふたつの変異が、ンフェストPCR生成物領域に観察されただけで、98.8%の相同性を示した。HCV−1(1a)とHCV−J(1b)との間にはわずかふたつの変異が存在したが、−99位で観察されるAからGへの転換はこれまでに調査したすべてのタイプ1b単離物で起こることが観察された。それゆえに、プローブHcPr138(配列番号7)へのハイブリダイゼーションは、Gへ置換した領域にも広がるが、タイプ1b単離物であることを示している。
6人のブルンディー人血清(BU74からBU79)から増幅したPCR断片は、ストリップ上のいずれの16−merとも反応できなかった。これらブルンディー人試料(BU74:受け入れ番号D13449(これはBU76と同一)、およびBU79:受け入れ番号D13450;第2図)からの3つのPCR断片をクローン化し、配列決定した。以前記載されたほとんどのタイプとは明らかに異なる配列が得られた。ブルンディー人試料は互いに、およびZ6(Bukhら、1992)と関連しており、タイプ3またはタイプ2よりもタイプ1により高い相同性を表す。しかしタイプ1とのほとんどの相違は、ここでも可変領域に位置していた。最も驚くべき発見は、BU74およびBU76において、−139位と−140位の間にひとつの余分なヌクレオチドが存在することである。この結果は新規HCVタイプ(複数のタイプ)またはサブタイプ(複数のタイプ)が存在することに賛成の議論を支持し、これを暫定的にタイプ4と呼ぶ。これらアフリカ人から増幅できたウイルスの5’UR配列は、以前記載されたタイプとは、互いに大変異なった。それゆえにこれらの単離物は暫定的にタイプ4と命名した。アフリカから得られた同様な配列が、Bukhら(1992)の研究でも見られたが、ひとつはオランダからのものであった。第2図は、ヌクレオチド−291と−55の間の領域において、この群内では最大8種の変異が可能であることを表す。タイプ4はさらにいくつかのサブタイプから構成されるようであり、すなわちこれらのサブタイプはタイプ1のサブタイプとは異なるようである。
ベルギーから得た単離物BE82、BE90、BE91、BE92、BE93、BE94、BE95、BE96、BE97、BE98;ガボンから得たGB48、GB116、GB358、GB569、GB549、GB809、GB487、GB724およびGB438;カメルーンから得たCAM600およびCAM736;をさらに研究するために確保した。なぜなら実施例3および4に従い、プローブ5から27を含むLiPAによる遺伝子型の決定後に、異常な反応性が観察されたからである。5’非翻訳領域の配列を、実施例2に記載されたように配列番号1,2,3および4を使用するネストプライマーによるPCR法、クローニングおよび配列決定後に得た。これらのほとんどの単離物に関するNS5コード領域中の配列情報が得られ、既知の配列との整合配列を第5図に表す。各サブタイプに関する典型的単離物のNS5核酸、およびアミノ酸配列の相同性を、公表された単離物の配列と共に表6に与える。この計算は第4図に与えるように、タイプおよびサブタイプへの分類を可能にする。いくつかの原型配列を持つこれら新規の単離物の5’非翻訳領域のヌクレオチド整合配列も第4に与えられる。HCV−1と比較すると数個の変異が観察できる。5’非翻訳領域中の同一変異は、コード領域中の同様な配列と相関するので、そのような変異は本発明において、新規タイプおよびサブタイプ−特異的プローブを設計するために採用する。
系統発生分析
すでに公表された配列はEMBLデータベース、公開35から得た。他の配列は本発明者により分析され、およびDDBJデータベースに寄託した。配列は系統学推論パッケージ、3.5cバージョン(Phylogeny Inference Package Version 3.5c)フェルセンステイン、1993年3月(Felsenstein,March 1993)に対する連続的様式中に与えられた。同一長の配列のみが同じ計算に含まれた。使用したプログラムはDNADIST,PROTDIST,DNAPARS,PROTPARS,NEIGHBOR,SEQBOOT,CONSENSEおよびDRAWTREEであった。最大DNAディスタンスの見込マトリックスは、Kimura−2パラメーター設定を使用してDNADISTにより作成された。ブートストラップ分析はSEQBOOTを使用して、2000反復で行った。これらすべてのマトリックスをさらにNeighbor−Joining設定を使用しNEIGHBORで分析し、ならびにCONSENSEで分析してコンセンサス樹系を計算した。SEQBOOTデータ設定もDNAPARSプログラムで1130回の反復で分析された。推定のタンパク質配列は、PROTDISTで分析され、続いてNEIGHBORで分析された。最終的にプログラムDRAWTREEは系統発生樹系図の図形的出力を創造するために使用された。すべての分析はSUN SPARC IPXコンピューターステーションで行われた。
Enomotoらにより記載されたプライマーの組(1990)を使用して、13の種々の単離物由来の340bp長のNS5b PCR断片を増幅、クローン化および配列決定した。このヌクレオチド配列を、PHYLIP 3.5c パッケージのDNADISTプログラム(Felesentstein,1993)を使用して系統発生樹系図を作るために使用した。6つの主な群または‘タイプ’の多様性はこの根無し木の証明である。各群はさらにふたつ以上の亜群または‘サブタイプ’に細分することができた。以下の集団(緊密に関連した単離物から成る群)が作られた:1a、1b、2b、3a、3b、4aおよび5a。この集団化は反復2000のSEQBOOT/DNADIST/NEIGHBOR/CONSENSEプログラムを使用する100%のブートストラップ様式の再サンプルデータに現れた。ブートストラップ様式のDNAPARS分析も同様な集団化を生じた。DNADISTマトリックスから、単離物間、タイプ間およびサブタイプ間の分子の進化的ディスタンスを計算できた。上記に示した分割された集団のみをこれらの計算に含めた。ひとつのサブタイプの単離物間でこの範囲は0.0148から0.1064(平均 0.0623;標準偏差 0.0181)であった。サブタイプ間のディスタンスは0.1654から0.2675(平均 0.2312;標準偏差 0.0182)であり、タイプ間では0.3581から0.6549(平均 0.4942;標準偏差0.0485)の範囲であった。しかし例外も現れた。
DNASDISTプログラムを使用するヌクレオチド378と957との間にあるコア/E1領域に関する系統発生樹系図は6つの主要支脈を生じ、6つの異なる遺伝子型を表す。2000回の反復でブートストラップ様式のリサンプリング分析から、100%の確実性で、以下の集団を明らかにできた;サブタイプ1a、1b、2a、2b、3aおよび4a。サブタイプ4c、4e、4fおよび5aはひとつの単離物により表されるだけなので、この集団化はこれらには不適当である。DNADISTマトリックスに基づき、同一サブタイプに属する単離物に関する分子の進化的ディスタンスは、0.0402から0.111(平均0.0772、標準偏差0.0197)、サブタイプ間は0.1864から0.3535(平均0.2833、標準偏差0.0350)、およびタイプ間は0.3824から0.6230(平均0.4894、標準偏差0.0554)の範囲にあった。
すでに記載したタイプ3aエピトープ領域(Stuyverら1993a)およびEMBLデータバンクの他の配列を含むDNA配列は、DNADISTおよびNEIGHBORを使用してヌクレオチドディスタンスを計算するために使用された。DNADISTマトリックスから単離物間の分子的進化のディスタンスは0.0407から0.1181(平均 0.0855、標準偏差 0.0190)、サブタイプ間は0.2281から0.2603(平均 0.2416、標準偏差0.0098)およびタイプ間は0.4052から0.6247(平均 0.4889、標準偏差0.0531)の範囲であった。
実施例の導入部、および前述の実施例中に記載したように、5’URの可変領域は遺伝子型に特異的な配列を、実施例8に記載したように新たに発見された遺伝子型中にも含むと期待され、従ってそのような新たな遺伝子型−特異的モティーフは、実施例8に記載したような遺伝子型−特異的プローブの手段によって再度検出されるべきである。それゆえに、プローブ32および実施例8に記載したプローブ31、33、34、37、38、44、45および46を合成し、ニトロセルロース膜に適用し、実施例3および4に記載したようなビオチン−標識PCR断片を用いたラインプローブアッセイを行った。ただしPCR断片の合成中に、bio−11−dUTPから取り込まれたものではなく、配列番号3および4を用いた5’−ビオチン化プライマー、または配列番号1および2を用いた5’−ビオチン化プライマーから取り込まれたビオチンを用いたPCR生成物の標識は除外した。
実施例3および4で概説したような他のハイブリダイゼーション条件(温度および緩衝液)を使用することが好ましいかもしれない。それゆえに、配列番号93、94、95および96のプローブをニトロセルロース膜に適用した。第10図は実施例4に記載されたようなタイプ4血清GB116およびタイプ5a血清BE95を用いたラインプローブアッセイを表すが、以下が異なる:PCR断片をNaOH/SDS中で変性させた後、3×SSC(Maniatisら、(1982))および1%ドデシル硫酸ナトリウム(SDS)から成る1.0mlのハイブリダイゼーション溶液(50℃に予め暖めた)を変性PCR生成物に加え、ハイブリダイゼーションを振盪湯浴中で50℃、2時間行った。片を同じハイブリダイゼーション緩衝液で50℃で30分間洗浄し、その後実施例4に記載されたように洗浄および発色を行った。第10図では、明らかなタイプ−特異的反応を観察できる。それゆえに、タイプ−特異的ハイブリダイゼーションは、ハイブリダイゼーションプローブにわずかに変更を加えた後に実施例4および10中に記載されたような他のハイブリダイゼーション条件でも得られた。例えば特定のハイブリダイゼーション条件で、より特異的なハイブリダイゼーションを行うために、プローブの位置を変更することができ、例えばタイプ−特異的ヌクレオチドがプローブの中央部に位置するようにプローブを配置することができる。特定のプローブについて、他のハイブリダイゼーション条件中でも特異性を保持するために、連続的HCV配列を長くし、または短くし、かつ/またはプローブのセンスを逆にして、特定の好ましい温度または塩濃度条件で遺伝子型−特異的ハイブリダイゼーションを可能にすることも好ましいかもしれない。しかし場合によっては、イノシン類または誤対合ヌクレオチドを含めて、遺伝子型−特異的ハイブリダイゼーションが特定の温度または塩濃度条件で起こるようにすることが好ましいかもしれない。例えば配列番号37のプローブは、タイプ4と5単離物間を実施例10に記載したようなテトラメチルアンモニウムクロライド緩衝液中で識別できたが、いまでは連続的HCV配列の3’末端を2ヌクレオチド延長することにより配列番号93(5’−GAGTGTTGTACAGCCTCC−3’)に変更され、プローブ93はSSC/SDSハイブリダイゼーション緩衝液中で特異活性を表した(第10図)。配列番号44のプローブはタイプ4と5単離物間を実施例10に記載したようなテトラメチルアンモニウムクロライド緩衝液中で識別できたが、いまでは連続的HCV配列の3’末端を1ヌクレオチド延長することにより配列番号96(5’−GAGTGTCGAACAGCCTC−3’)に変更され、プローブ96はSSC/SDSハイブリダイゼーション緩衝液中で特異活性を表した(第10図)。配列番号46のアンチセンスプローブは、−132から−117の位置を標的とし、タイプ4と5の単離物間を実施例10に記載したようなテトラメチルアンモニウムクロライド緩衝液中で識別できたが、今では配列IS番号95(5’−TGCCCGGAGATTTGGG−3’)に変更され、これは−126から−111の位置を標的とするセンスプローブであり、プローブ95はSSC/SDSハイブリダイゼーション緩衝液中で特異活性を表した(第10図)。
Barany F(1991),クローン化耐熱性リガーゼを使用する遺伝子疾患の検出およびDNA増幅(Genetic disease detection and DNA amplification using cloned thermostable ligase.) Proc Natl Acad Sci USA 88:189−193.
Bej A, Mahbubani M, Miller R, Di Cesare J, Haff L, Atlas R(1990)水中の病原細菌および指標を検出するための多重PCR増幅および固定化捕獲プローブ(Multiplex PCR amplification and immobilized capture probes for detection of bacterial pathogens and indicators in water.) Mol Cell Probes 4:353−365.
Bukh J, Purcell R, Miller R(1992) C型肝炎ウイルスの5’非コード領域の配列分析(Sequence analysis of the 5’noncoding region of hepatitis C virus.) Proc Natl Acad Sci USA 89:4942−4946.
Bukh J, Purcell R, Miller R(1993) 世界中から集められた単離物の推定上のE1遺伝子の配列分析により予想されたC型肝炎ウイルスの少なくとも12遺伝子型 (At least 12 genotypes of hepatitis C virus predicted by sequence analysis of the putative E1 gene of isolates collected worldwide.) Proc Natl Acad Sci USA 90:8234−8238
Cha T, Beal E, Irvine B, Kolberg J, Chien D, Kugo G, Urdea M(1992),少なくとも5つの関連した、しかし別個のC型肝炎ウイルス遺伝子型が存在する(At least five related, but distinct, hepatitis C viral genotypes exist.) Proc Natl Acad Sci USA 89:7144−7148
Chan S, Simmonds P, McOmish F, Yap P, Mitchell R, Dow B, Follett E,(1991) 異なる3種のC型肝炎ウイルスによる感染に対する血清学的応答(Serological responses to infection with three different types of hepatitis C virus.)Lancet 338:1991.
Chan S, McOmish F, Holmes E, Dow B, Peutherer J, Follett E, Yap P,Simmonds P(1992a)新規C型肝炎ウイルスタイプの分析、およびその現存する変異体に対する系統発生的関係(Analysis of a new hepatitis C virus type and its phylogenetic relationship to existing variants.) J Gen Virol 73:1131−1141.
Chan S, Holmes E, McOmish F, Follett E, Yap P, Simmonds P(1992b)新規で高度に異なるHCVタイプ(タイプ3)の系統発生的分析:感染に関する配列変異性の血清学的応答に対する効果。C型肝炎ウイルスおよび関連ウイルスを対象としたウイルス分子学および病原論(Phylogenetic analysis of a new highly divergent HCV type(type3):effect of sequence variability on serological responces to infection.In:Hepatitis C virus and related viruses,Molecular Virology and pathogenesis.) イタリア ベニスでの第一回定例総会、抄録D5,73.
Chomczynski P, Sacchi N (1987) グアニジニウム酸 チオシアネート−フェノール−クロロホルム抽出による単回RNA単離法(Single step method of RNA isolation by acid guanidinium thiocyanate−phenol−chloroform extraction.)Anal Biochem 162:156−159.
Choo Q, Richman K, Han J, Berger K, Lee C, Dong C, Gallegos C, Coit D, Medina−Selby A, Barr P, Weiner A, Bradley D, Kuo G, Houghton M (1991)C型肝炎ウイルスの遺伝的組織および多様性(Genetic organization and diversity of the hepatitis C virus.) Proc Natl Acad Sci USA 88:2451−2455.
Compton J(1991).核酸配列を基本とした増幅(Nucleic acid sequence−based amplification.) Nature、350:91−92.
Duck P(1990)キメラ環化オリゴヌクレオチドに基づくプローブ増幅系(Probe amplifier system based on chimeric cycling oligonucleotides.)Biotechniques 9,142−147.
Enomoto N, Takada A, Nakao T, Date T(1990)日本にはふたつのタイプのC型肝炎ウイルスが存在する(There are two types of hepatitis C virus in Japan.)Biochem Biophys Res Comm 170:1021−1025.
Guatelli J, Whitfield K, Kwoh D, Barringer K, Richman D,Gengera T(1990)レトロウイルスによる複製後に模擬実験された多重酵素反応による核酸の等温のインビトロ 増幅(Isothermal,in vitro amplification of nucleic acids by a multienzyme reaction modeled after retroviral replication.) Proc Natl Acad Sci USA 87:1874−1878.
Inchaupse G, Abe K, Zebedee S, Nasoff M, Prince A(1991)ポリメラーゼ連鎖反応による感染血清中のウイルスRNAの検出のためのC型肝炎ウイルス由来保存領域の使用(Use of conserved sequences from hepatitis C virus for detection of viral RNA in infected sera by polymerase chain reaction.) Hepatology,14:595−600.
Jacobs K, Ruderdorf R, Neill S, Dougherty J, Brown E, Fritsch E(1988)テドラアルキルアンモニウム塩溶液中ではオリゴヌクレオチド二重鎖の熱安定性は配列非依存的である:組み替えDNAクローンの同定への応用(The thermal stability of oligonucleotide duplexes is sequence independent in tedraalkylammonium salt solution:application to identifying recombinant DNA clones).Nucl Acid Res 16:4637−4650.
Kanai K, Kako M, Okamoto H(1992)慢性C型肝炎のHCV遺伝子型およびインターフェロンへの応答(HCV genotypes in chronic hepatitis C and response to interferon.) Lancet 339:1543.
Kato K, Hijikata M, Ootsuyama Y, Nakagawa M, Ohkoshi S, Sugimura T, Shimotohno K(1990)非A非B肝炎の日本人患者由来ヒトC型肝炎ウイルスゲノムの分子クローニング(Molecular cloning of the human hepatitis C virus genomefrom Japanese patients with non−A,non−B hepatitis.) Proc Natl Acad Sci USA 87:9524−9528.
Kubo Y, Takeuchi K, Boonmar S, Katayama T, Choo Q, Kuo G, Weiner A,Bradly D, Houghton M, Saito I, Miyamura T(1989)日本にて輸血後の非A非B肝炎に関わる供与者から単離したC型肝炎ウイルスのcDNA断片(A cDNA fragment of hepatitis C virus isolated from an implicated donor of post−transfusion non−A,non−B hepatitis in Japan.) Nucl Acids Res 17:10368−10372.
Kwoh D, Davis G, Whitfield K, Chappelle H, Dimichele L, Gingeras T(1989)転写に基づく増幅系、およびビーズ−を基本としたサンドイッチハイブリダイゼーション様式を用いた増幅ヒト免疫不全ウイルスタイプ1の検出(Transcription−based amplification system and detection of amplified human immunodeficiency virus type1 with a bead−based sandwich hybridization format.) Proc Natl Acad Sci USA 86:1173−1177.
Landegren U, Kaiser R, Sanders J, Hood L(1988)リガーゼを仲介した遺伝子検出法(Ligase−mediated gene detection technique.) Science 241:1077−1080.
Lee C, Cheng C, Wang J, Lumeng L(1992)5’非翻訳領域の非保存配列を用いたC型肝炎ウイルスの同定(Identification of hepatitis C viruses with a nonconserved sequence of the 5’untranslated region.) J Clin Microbiol 30:1602−1604
Lizardi P, Guerra C, Lomeli H, Tussie−Luna I, Kramer F(1988)組み替えRNAハイブリダイゼーションプローブの指数関数的増幅( Exponentialamplification of recombinant RNA hybridization probes.)Bio/Technology 6:1197−1202.
Lomeli H, Tyagi S, Printchard C, Lisardi P, Kramer F(1989)複製しうるハイブリダイゼーションプローブの使用に基づく定量的アッセイ(Quantitative asseys based on the use of replicatable hybridization probes.) Clin Chem 35:1826−1831.
Maniatis T, Fritsch E, Sambrook J(1982)モレキュラークローニング:実験マニュアル。コールドスプリングハーバーラボラトリー出版、コールドスプリングハーバー、NY.(Molecular cloning : a laboratory manual. Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,NY)
Mori S, Kato N, Yagyu A, Tanaka T, Ikeda Y, Petchclai B, Chiewsilp P, Kurimura T, Shimotohno K(1992)タイ国における患者のC型肝炎ウイルスの新タイプ(A new type of hepatitis C virus in patients in Thailand.) Biochem Biophys Res Comm 183:334−342.
Nakao T, Enomoto N, Takada N, Takada A, Date T(1991)制限長多形によるC型肝炎ウイルスゲノムのタイピング( Typing of hepatitis C virus genomes by restriction length polymorphism.)J Gen Virol 72:2105−2112.
Okamoto H, Okada S, Sugiyama Y, Yotsumoto S, Tanaka T,Yoshizawa H,Tuda F, Miyakawa Y, Mayumi M(1990)C型肝炎ウイルスゲノムの5’末端配列(The 5’terminal sequence of the hepatitis C virus genome.) Japan J Exp Med 60:167−177.
Okamoto H, Okada S, Sugiyama Y, Kurai K,Iizuka H, Machida A, Miyakawa Y, Mayumi M(1991)ヒトキャリアーから単離したC型肝炎ウイルスのゲノムRNAのヌクレオチド配列:報告された単離物の保存および異種領域の比較( Nucleotide sequence of the genomic RNA of hepatitis C virus isolated from a human carrier:comparison with reported isolates for conserved and divergent regions.) J Gen Virol 72:2697−2704.
Okamoto H, Sugiuama Y, Okada S, Kurai K, Akahane Y, Sugai Y, Tanaka T, Sato K, Tsuda F, Miyakawa Y, Mayumi M(1992a)タイプ−特異的プライマーを用いたポリメラーゼ連鎖反応によるC型肝炎ウイルスのタイピング:臨床的調査および感染源の追跡(Typing hepatitis C virus by polymerase chain reaction with type−specific primers:application to clinical surveys and tracing infectious sources.) J Gen Virol 73:673−679.
Okamoto H, Kurai K, Okada S, Yamamoto K, Lizuka H, Tanaka T, Fukuda S, Tsuda F, Mishiro S(1992b)報告された単離物に対して相同性が良くないC型肝炎ウイルスゲノムの完全長配列:4種の別個の遺伝子型の比較研究(Full−length sequences of a hepatitis C virus genome having poor homology to reported isolates:comparative study of four distinct genotype.) Virology 188:331−341.
Pozatto G, Moretti M, Franzin F, Croce L, Tiribelli C, Masayu T, Kaneko S, Unoura M, Kobayashi K(1991)種々のC型肝炎ウイルスクローンでの肝臓疾患の重症度(Severity of liver disease with different hepatitis C viral clones.) Lancet 338:509.
Saiki r, Gelfand D, Stoffel S, Scharf S, Higuchi R, Horn G, Mullis K,Erlich H(1988)耐熱性ポリメラーゼを用いたDNAのプライマー指令型酵素的増幅(Primer−directed enzymatic amplification of DNA with a thermostable DNA polymerase.) Science 239:487−491.
Strezoska Z, Pauneska T, Radosavljevic D, Labat I,Drmanac R, Crkvenjakov R(1991)ハイブリダイゼーションによるDNA配列決定:非−ゲル−に基づく方法による100塩基の解読(DNA sequencing by hybridization:100 bases read by a non−gel−based method.) Proc Natl Acad Sci USA 88:10089−10093.
Takamizawa A, Mori C, Fuke I, Manabe S, Murakami S, Fujita J, Onishi E, Andoh T, Yoshida I, Okayama H (1991)ヒトキャリアーから単離したC型肝炎ウイルスの構造および組織(Structure and organization of the hepatitis C virus isolated from human carriers.)J Virol 65:1105−1113.
Walker G, Little M, Nadeau J, Shank D(1992)制限酵素/DNAポリメラーゼ系によるDNAの等温インビトロ 増幅(Isothermal in vitro amplification of DNA by restriction enzyme/DNA polymerase system.) Proc Natl Acad Sci USA 89:392−396.
Wu D, Wallace B,(1989)ライゲーション増幅反応(LAR)−鋳型依存的ライゲーションの連続的循環を使用する特別なDNA配列の増幅(The ligation amplification reaction(LAR)−amplification of specific DNA sequences using sequential rounds of template−dependent ligation.) Genomics 4:560−569.
Yoshioka K, Kakumu S, Wakita T, Ishikawa T, Itoh Y, Takayanagi M, Higuchi Y, Shibata M, Morishima T(1992)ポリメラーゼ連鎖反応によるC型肝炎ウイルスの検出およびインターフェロン治療への対応:C型肝炎ウイルスの遺伝子型に対する関連性(Detection of hepatitis C virus by polymerase chain reaction and response to interferon−therapy:relationship to genotype of hepatitis C virus.) Hepatology 16:293−299.
Claims (8)
- 配列番号:1、配列番号:2もしくは配列番号:3に示されるヌクレオチド配列かまたはその相補的な配列であって、該配列中、WはAもしくはTを表し、RはGもしくはAを表し、そしてYはTもしくはCを表すか、または該配列中、TがUにより置換わった相当する配列であることを特徴とする配列のオリゴヌクレオチドと特異的にハイブリダイズする10〜50ヌクレオチドからなる万能(universal)HCVオリゴヌクレオチド。
- 10〜50ヌクレオチドの少なくとも2つのオリゴヌクレオチドを含んでなる一組の万能HCVオリゴヌクレオチドにおいて、該オリゴヌクレオチドが配列番号:1、2、3、4、20および27に示されるヌクレオチド配列のいずれかまたはその相補的な配列であって、該配列中、WはAもしくはTを表し、RはGもしくはAを表し、そしてYはTもしくはCを表すか、または該配列中、TがUにより置換わった相当する配列である配列から選ばれる少なくとも10個の連続するヌクレオチドを、それぞれ独立して含むことを特徴とする一組の万能HCVオリゴヌクレオチド。
- 請求項1に記載の万能HCVオリゴヌクレオチドの少なくとも一つを使用するHCV単離物の5’非翻訳領域の一般的増幅方法。
- 増幅するためのさらなるオリゴヌクレオチドがヌクレオチド−68から−1に伸長する領域から選ばれる請求項3に記載の方法。
- 増幅するためのさらなるオリゴヌクレオチドがヌクレオチド−52から−1に伸長する領域から選ばれる請求項3または4に記載の方法。
- さらなるオリゴヌクレオチドが配列番号:4に示される配列またはその相補的な配列からなる請求項5に記載の方法。
- 請求項1に記載の万能HCVオリゴヌクレオチドの少なくとも一つを含んでなる生物学的試料中のHCVを検出するための診断キット。
- 請求項2に記載の一組の万能HCVオリゴヌクレオチドを含んでなる生物学的試料中のHCVを検出するための診断キット。
Applications Claiming Priority (2)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
EP92403222 | 1992-11-27 | ||
EP93402129 | 1993-08-31 |
Related Parent Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP51276794A Division JP4251407B2 (ja) | 1992-11-27 | 1993-11-26 | Hcv単離物のタイピング法 |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2005040145A true JP2005040145A (ja) | 2005-02-17 |
Family
ID=26132445
Family Applications (2)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP51276794A Expired - Lifetime JP4251407B2 (ja) | 1992-11-27 | 1993-11-26 | Hcv単離物のタイピング法 |
JP2004328242A Pending JP2005040145A (ja) | 1992-11-27 | 2004-11-11 | Hcv関連オリゴヌクレオチドおよびhcv単離物の特定領域遺伝子の増幅方法 |
Family Applications Before (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP51276794A Expired - Lifetime JP4251407B2 (ja) | 1992-11-27 | 1993-11-26 | Hcv単離物のタイピング法 |
Country Status (13)
Country | Link |
---|---|
US (8) | US5846704A (ja) |
EP (3) | EP0905258A3 (ja) |
JP (2) | JP4251407B2 (ja) |
AT (2) | ATE179459T1 (ja) |
AU (1) | AU681612B2 (ja) |
CA (1) | CA2128528C (ja) |
DE (2) | DE69334357D1 (ja) |
DK (1) | DK0637342T3 (ja) |
ES (1) | ES2133529T3 (ja) |
GR (1) | GR3030641T3 (ja) |
HK (1) | HK1047961A1 (ja) |
SG (1) | SG46456A1 (ja) |
WO (1) | WO1994012670A2 (ja) |
Families Citing this family (59)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US7258977B1 (en) | 1992-11-27 | 2007-08-21 | Innogenetics N.V. | Process for typing of HCV isolates |
ES2133529T3 (es) | 1992-11-27 | 1999-09-16 | Innogenetics Nv | Procedimiento para tipificar aislamientos de hcv. |
JP4472786B2 (ja) * | 1993-03-05 | 2010-06-02 | ジェムスター ディベロプメント コーポレイション | テレビジョン番組情報を通信する方法及びシステム |
WO1994025601A2 (en) * | 1993-04-27 | 1994-11-10 | N.V. Innogenetics S.A. | New sequences of hepatitis c virus genotypes and their use as therapeutic and diagnostic agents |
US7255997B1 (en) | 1993-04-27 | 2007-08-14 | N.V. Innogenetics S.A. | Sequences of hepatitis C virus genotypes and their use as therapeutic and diagnostic agents |
US5830635A (en) * | 1995-03-31 | 1998-11-03 | Agnello; Vincent | Method of detecting hepatitis C virus in tissues |
US20020081577A1 (en) * | 1995-06-06 | 2002-06-27 | Robert L. Kilkuskie | Oligonucleotides speciific for hepatitis c virus |
JPH11502727A (ja) * | 1996-01-26 | 1999-03-09 | イノジェネティックス・ナムローゼ・フェンノートシャップ | 逆転写酵素遺伝子における薬剤により誘発された変異の検出方法 |
ZA973367B (en) | 1996-04-19 | 1997-11-18 | Innogenetics Nv | Method for typing and detecting HBV. |
FR2750505B1 (fr) * | 1996-06-27 | 1998-10-16 | Appligene Oncor | Procede de preparation de supports d'analyse de substances chimiques ou biologiques presentant un ensemble ordonne de zones de reaction |
EP2295988A2 (en) | 1996-12-31 | 2011-03-16 | High Throughput Genomics, Inc. | Multiplexed molecular analysis apparatus and its fabrication method |
US7101672B2 (en) * | 1998-05-05 | 2006-09-05 | Third Wave Technologies, Inc. | Target-dependent reactions using structure-bridging oligonucleotides |
IL122299A (en) * | 1997-11-25 | 2003-11-23 | Broadcom Corp | Video encoding device |
US20030096232A1 (en) | 1997-12-19 | 2003-05-22 | Kris Richard M. | High throughput assay system |
WO1999060158A1 (fr) * | 1998-05-19 | 1999-11-25 | Laboratory Of Molecular Biophotonics | Phase solide utilisee pour detecter de l'acide nucleique et procede de detection d'acide nucleique |
AR020608A1 (es) | 1998-07-17 | 2002-05-22 | United Video Properties Inc | Un metodo y una disposicion para suministrar a un usuario acceso remoto a una guia de programacion interactiva por un enlace de acceso remoto |
MX340302B (es) | 1998-07-17 | 2016-07-04 | Rovi Guides Inc | Un sistema de guias de programacion televisiva interactivas que tiene multiples dispositivos dentro de una residencia de un grupo familiar. |
US6638714B1 (en) * | 1999-02-03 | 2003-10-28 | Ortho-Clinical Diagnostics, Inc. | Oligonucleotide primers for efficient detection of hepatitis C virus (HCV) and methods of use thereof |
US6623919B1 (en) * | 1999-02-03 | 2003-09-23 | Ortho-Clinical Diagnostics, Inc | Oligonucleotide primers for efficient multiplex detection of hepatitis C virus (HCV) and human immunodeficiency virus (HIV) and methods of use thereof |
AU2006203092B2 (en) * | 1999-02-03 | 2009-11-12 | Ortho-Clinical Diagnostics, Inc. | Oligonucleotide primers for efficient detection of hepatitis C virus (HCV) and methods of use thereof |
GB0016836D0 (en) | 2000-07-07 | 2000-08-30 | Lee Helen | Improved dipstick assays (1) |
US6586584B2 (en) | 2001-01-29 | 2003-07-01 | Becton, Dickinson And Company | Sequences and methods for detection of Hepatitis C virus |
US20040043379A1 (en) * | 2001-03-27 | 2004-03-04 | Koji Hashimoto | Method of detectingnucleic acid relating to disease |
US20030152942A1 (en) * | 2001-05-09 | 2003-08-14 | Lance Fors | Nucleic acid detection in pooled samples |
US7196183B2 (en) * | 2001-08-31 | 2007-03-27 | Innogenetics N.V. | Hepatitis C virus genotype, and its use as prophylactic, therapeutic and diagnostic agent |
US7877273B2 (en) * | 2002-01-08 | 2011-01-25 | Fredric David Abramson | System and method for evaluating and providing nutrigenomic data, information and advice |
GB0200526D0 (en) * | 2002-01-11 | 2002-02-27 | Science And Technology The | Methods |
FR2855832B1 (fr) | 2003-06-03 | 2007-09-14 | Biomerieux Sa | Procede de diagnostic et/ou de pronostic d'un syndrome septique |
FR2857375B1 (fr) | 2003-07-10 | 2007-11-09 | Biomerieux Sa | Procede de detection et/ou d'identification de bacteries de genre staphylococcus |
EP1536024B1 (en) * | 2003-08-29 | 2016-08-17 | Fujirebio Europe N.V. | New hepatitis c virus clade and phototype sequences thereof |
US8124747B2 (en) * | 2003-08-29 | 2012-02-28 | Innogenetics | HCV clade and prototype sequences thereof |
US7473773B2 (en) * | 2004-01-07 | 2009-01-06 | Third Wave Technologies, Inc. | Determination of hepatitis C virus genotype |
WO2005098021A1 (en) * | 2004-04-06 | 2005-10-20 | Flinders Technologies Pty. Ltd. | Detecting targets using nucleic acids having both a variable region and a conserved region |
US8806533B1 (en) | 2004-10-08 | 2014-08-12 | United Video Properties, Inc. | System and method for using television information codes |
FR2881437B1 (fr) | 2005-01-31 | 2010-11-19 | Biomerieux Sa | Procede pour le diagnostic/pronostic d'un syndrome septique |
US8927208B2 (en) | 2005-03-30 | 2015-01-06 | Labo Bio-Medical Investments B.V. | Identification of beta-papillomavirus DNA by type-specific reverse hybridization |
US20070072211A1 (en) * | 2005-06-30 | 2007-03-29 | Roche Molecular Systems, Inc. | Asymmetric PCR coupled with post-PCR characterization for the identification of nucleic acids |
US20070207455A1 (en) * | 2005-11-17 | 2007-09-06 | Third Wave Technologies, Inc. | Compositions and methods for detecting an HCV-1 subtype |
EP1987162A4 (en) * | 2006-01-23 | 2009-11-25 | Population Genetics Technologi | NUCLEIC ACID ANALYSIS ABOUT SEQUENCE TOKENS |
FR2906537A1 (fr) | 2006-09-28 | 2008-04-04 | Biomerieux Sa | Procede de diagnostic in vitro du cancer broncho-pulmonaire par detection des transcrits majoritaires alternatifs du gene klk8 codant la kallicreine 8 et son utilisation pour le pronostic de survie |
US20110136678A1 (en) | 2006-10-20 | 2011-06-09 | Erwin Sablon | Methodology for analysis of sequence variations within the hcv ns3/4a genomic region |
EP2463389A1 (en) | 2006-10-20 | 2012-06-13 | Innogenetics N.V. | Methodology for analysis of sequence variations within the HCV NS5B genomic region |
US8418206B2 (en) | 2007-03-22 | 2013-04-09 | United Video Properties, Inc. | User defined rules for assigning destinations of content |
EP2236624B1 (en) * | 2007-08-09 | 2012-11-07 | Federalnoe Gosudarstvennoe Byudzhetnoe Uchrezhdenie Nauki Institut Molekulyarnoi Biologi Im. V.A. Engelgardta Rossiiskoi Akademii Nauk | Method for identifying the genotype and subtype of hepatitis c virus on a biological microchip |
US8601526B2 (en) | 2008-06-13 | 2013-12-03 | United Video Properties, Inc. | Systems and methods for displaying media content and media guidance information |
US8258283B2 (en) * | 2008-12-29 | 2012-09-04 | Lg Life Sciences Ltd. | Method for detection of HCV at the real time PCR with intercalating dye |
US20100240049A1 (en) | 2009-01-16 | 2010-09-23 | Cepheid | Methods of Detecting Cervical Cancer |
EP2379752B1 (fr) | 2009-01-19 | 2015-09-30 | Biomérieux S.A. | Procedes pour determiner la susceptibilite a contracter une infection nosocomiale chez un patient et pour etablir un pronostic d'evolution d'un syndrome septique |
US20100323344A1 (en) * | 2009-06-18 | 2010-12-23 | Ferguson Monique R | Detection of hepatitis C virus RNA |
US9204193B2 (en) | 2010-05-14 | 2015-12-01 | Rovi Guides, Inc. | Systems and methods for media detection and filtering using a parental control logging application |
JP5916718B2 (ja) | 2010-06-04 | 2016-05-11 | ビオメリューBiomerieux | 結腸直腸癌の予後判定のための方法及びキット |
US9110079B2 (en) | 2010-09-29 | 2015-08-18 | Biomerieux | Method and kit for establishing an in vitro prognosis on a patient exhibiting SIRS |
FR2970975B1 (fr) | 2011-01-27 | 2016-11-04 | Biomerieux Sa | Procede et kit pour determiner in vitro le statut immunitaire d'un individu |
WO2012129758A1 (en) | 2011-03-25 | 2012-10-04 | Biomerieux | Method and kit for determining in vitro probability for individual to suffer from colorectal cancer |
EP2722398B1 (en) * | 2012-10-18 | 2017-07-12 | F. Hoffmann-La Roche AG | Dual probe assay for the detection of HCV |
FR3000966B1 (fr) | 2013-01-11 | 2016-10-28 | Biomerieux Sa | Procede pour etablir in vitro un pronostic de severite chez un patient en choc septique |
US10072300B2 (en) | 2013-05-21 | 2018-09-11 | Biomerieux | Kit for the prognosis of colorectal cancer |
JP7167013B2 (ja) * | 2016-10-19 | 2022-11-08 | ジェン-プローブ・インコーポレーテッド | C型肝炎ウイルスを検出または定量するための組成物および方法 |
EP3643792B1 (en) | 2018-10-24 | 2021-09-15 | Fujirebio Europe N.V. | Detection and analysis of sequence variations in a target nucleic acid |
Family Cites Families (27)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
GB8810400D0 (en) * | 1988-05-03 | 1988-06-08 | Southern E | Analysing polynucleotide sequences |
JPH02167081A (ja) * | 1988-12-21 | 1990-06-27 | Tetsuo Nakamura | 非A非B型肝炎ウイルスゲノムRNA、cDNAおよびウイルス抗原蛋白質 |
US5176994A (en) * | 1988-12-21 | 1993-01-05 | Immuno Japan Inc. | Non-A, Non-B hepatitis virus genome RNA, cDNA and virus antigen protein |
US5629158A (en) | 1989-03-22 | 1997-05-13 | Cemu Bitecknik Ab | Solid phase diagnosis of medical conditions |
US5043272A (en) * | 1989-04-27 | 1991-08-27 | Life Technologies, Incorporated | Amplification of nucleic acid sequences using oligonucleotides of random sequence as primers |
JP2802125B2 (ja) * | 1989-06-23 | 1998-09-24 | キヤノン株式会社 | 核酸の検出方法 |
US5372928A (en) * | 1989-09-15 | 1994-12-13 | Chiron Corporation | Hepatitis C virus isolates |
GB8924989D0 (en) * | 1989-11-06 | 1989-12-28 | Scotgen Ltd | Method and device for the detection of antibiotic resistance |
US5252743A (en) * | 1989-11-13 | 1993-10-12 | Affymax Technologies N.V. | Spatially-addressable immobilization of anti-ligands on surfaces |
US5629153A (en) * | 1990-01-10 | 1997-05-13 | Chiron Corporation | Use of DNA-dependent RNA polymerase transcripts as reporter molecules for signal amplification in nucleic acid hybridization assays |
EP0461863A1 (en) * | 1990-06-12 | 1991-12-18 | Immuno Japan Inc. | Oligonucleotide primers, and their application for high-fidelity detection of non-A, non-B hepatitis virus |
ATE150086T1 (de) * | 1990-07-11 | 1997-03-15 | Shionogi & Co | Cdns-sequenz und detektion des hepatitis c-virus |
JP2714255B2 (ja) * | 1990-08-10 | 1998-02-16 | カイロン コーポレイション | Nanbv診断法:c型肝炎ウイルスのスクリーニングに有用なポリヌクレオチド |
US5620852A (en) | 1990-11-14 | 1997-04-15 | Hri Research, Inc. | Nucleic acid preparation methods |
DE69132843T2 (de) * | 1990-12-06 | 2002-09-12 | Affymetrix Inc N D Ges D Staat | Identifizierung von Nukleinsäuren in Proben |
EP0511559A1 (en) * | 1991-04-30 | 1992-11-04 | F.Hoffmann-La Roche & Co. Aktiengesellschaft | Oligonucleotide probe reagent |
US6190864B1 (en) * | 1991-05-08 | 2001-02-20 | Chiron Corporation | HCV genomic sequences for diagnostics and therapeutics |
KR100193801B1 (ko) * | 1991-05-08 | 1999-06-15 | 케네스 엠. 골드만 | 진단 및 치료용 c형 간염 바이러스(hcv) 게놈서열 |
US5428145A (en) * | 1991-08-09 | 1995-06-27 | Immuno Japan, Inc. | Non-A, non-B, hepatitis virus genome, polynucleotides, polypeptides, antigen, antibody and detection systems |
ES2198514T3 (es) * | 1991-08-27 | 2004-02-01 | F. Hoffmann-La Roche Ag | Cebadores y sondas para la deteccion de la hepatitis c. |
US5427909A (en) * | 1991-09-09 | 1995-06-27 | Immuno Japan Inc. | Oligonucleotides and determination system of HCV genotypes |
JPH06502770A (ja) | 1991-09-12 | 1994-03-31 | シーダーズ−サイナイ・メディカル・センター | C型肝炎ウイルスrnaの直接検出法 |
US5173994A (en) * | 1992-01-14 | 1992-12-29 | The United States Of America As Represented By The Secretary Of Agriculture | Fiber cleaning apparatus with air flow deflector |
JPH08500481A (ja) * | 1992-05-11 | 1996-01-23 | リボザイム・ファーマシューティカルズ・インコーポレーテッド | ウイルスの複製を阻害するための方法および薬剤 |
JPH06153961A (ja) | 1992-11-27 | 1994-06-03 | Imuno Japan:Kk | C型肝炎ウイルス部分遺伝子、ならびにc型肝炎ウイルス遺 伝子の高感度検出法 |
ES2133529T3 (es) | 1992-11-27 | 1999-09-16 | Innogenetics Nv | Procedimiento para tipificar aislamientos de hcv. |
US5820852A (en) * | 1996-11-26 | 1998-10-13 | The Proctor & Gamble Company | Oral compositions containing fluoride, pyrophosphate, and peroxide |
-
1993
- 1993-11-26 ES ES94901891T patent/ES2133529T3/es not_active Expired - Lifetime
- 1993-11-26 US US08/256,568 patent/US5846704A/en not_active Expired - Lifetime
- 1993-11-26 DE DE69334357T patent/DE69334357D1/de not_active Expired - Lifetime
- 1993-11-26 EP EP98117538A patent/EP0905258A3/en not_active Withdrawn
- 1993-11-26 AT AT94901891T patent/ATE179459T1/de active
- 1993-11-26 JP JP51276794A patent/JP4251407B2/ja not_active Expired - Lifetime
- 1993-11-26 WO PCT/EP1993/003325 patent/WO1994012670A2/en active IP Right Grant
- 1993-11-26 AT AT01121347T patent/ATE507312T1/de not_active IP Right Cessation
- 1993-11-26 EP EP94901891A patent/EP0637342B1/en not_active Expired - Lifetime
- 1993-11-26 EP EP01121347A patent/EP1197568B1/en not_active Expired - Lifetime
- 1993-11-26 CA CA2128528A patent/CA2128528C/en not_active Expired - Lifetime
- 1993-11-26 DK DK94901891T patent/DK0637342T3/da active
- 1993-11-26 DE DE69324678T patent/DE69324678T2/de not_active Expired - Lifetime
- 1993-11-26 AU AU56282/94A patent/AU681612B2/en not_active Expired
- 1993-11-26 SG SG1996004862A patent/SG46456A1/en unknown
-
1998
- 1998-03-10 US US09/038,369 patent/US6171784B1/en not_active Expired - Lifetime
- 1998-03-19 US US09/044,665 patent/US6051696A/en not_active Expired - Lifetime
-
1999
- 1999-06-30 GR GR990401727T patent/GR3030641T3/el unknown
- 1999-08-23 US US09/378,900 patent/US6495670B1/en not_active Expired - Fee Related
-
2001
- 2001-07-06 US US09/899,082 patent/US6891026B2/en not_active Expired - Fee Related
- 2001-07-06 US US09/899,302 patent/US6887985B2/en not_active Expired - Fee Related
- 2001-07-06 US US09/899,044 patent/US6548244B2/en not_active Expired - Fee Related
-
2002
- 2002-10-17 HK HK02107543.5A patent/HK1047961A1/zh unknown
-
2004
- 2004-04-13 US US10/822,711 patent/US7258982B2/en not_active Expired - Fee Related
- 2004-11-11 JP JP2004328242A patent/JP2005040145A/ja active Pending
Also Published As
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP4251407B2 (ja) | Hcv単離物のタイピング法 | |
JP3701754B2 (ja) | Nanbvの診断法:c型肝炎ウイルスのスクリーニングに有用なポリヌクレオチド | |
Viazov et al. | Typing of hepatitis C virus isolates by DNA enzyme immunoassay | |
EP0651807B1 (en) | New sequences of hepatitis c virus genotypes and their use as therapeutic and diagnostic agents | |
US5863719A (en) | Methods for detecting hepatitis C virus using polynucleotides specific for same | |
US5714596A (en) | NANBV diagnostics: polynucleotides useful for screening for hepatitis C virus | |
JP2714255B2 (ja) | Nanbv診断法:c型肝炎ウイルスのスクリーニングに有用なポリヌクレオチド | |
US8101351B2 (en) | Process for typing of HCV isolates | |
KR100491995B1 (ko) | 일본인으로부터의 이-형 간염 바이러스로부터 유래하는폴리누클레오티드 프로브 및 프라이머, 이들을 갖는 칩,이들을 갖는 키트, 및 이들에 의한 이-형 간염 바이러스를검출하는 방법 | |
Stuyver et al. | The use of a Line Probe Assay as a tool to detect new types or subtypes of the hepatitis C virus |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20041111 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20050705 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20050927 |
|
A602 | Written permission of extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A602 Effective date: 20051004 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20060105 |
|
A02 | Decision of refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20060307 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20060705 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20060816 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A821 Effective date: 20060816 |
|
A911 | Transfer to examiner for re-examination before appeal (zenchi) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A911 Effective date: 20060915 |
|
A912 | Re-examination (zenchi) completed and case transferred to appeal board |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A912 Effective date: 20061027 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20071122 |
|
A602 | Written permission of extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A602 Effective date: 20071129 |
|
RD02 | Notification of acceptance of power of attorney |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A7422 Effective date: 20080930 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A821 Effective date: 20080930 |