JP2004528810A5

JP2004528810A5 -

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Publication number: JP2004528810A5
Application number: JP2002532655A
Authority: JP
Filing date: 2001-10-02
Publication date: 2007-02-15

Description

さらに別の実施形態では、本発明は、配列番号１〜４４７０、４４７２、４４７４、４４７６、４４７８、４４８０、４４８２、４４８４、４４８６、４４８８、４４９０、４４９２、および４４９４の少なくとも１つの核酸の、正常細胞に対するディファレンシャルな発現を検出することを含み、細胞の表現型の決定方法に関し、ここで上記核酸は、少なくとも２倍、少なくとも５倍、少なくとも２０倍、または少なくとも５０倍ディファレンシャルに発現される。

さらなる別の実施形態では、本発明は、配列番号４４７２、４４７４、４４７６、４４７８、４４８０、４４８２、４４８４、４４８６、４４８８、４４９０、４４９２、および４４９４からなる群から選択される配列に、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸にコードされる少なくとも１つのタンパク質の、正常細胞に対するディファレンシャルな発現を検出することを含む、細胞の表現型の決定方法に関し、ここで上記タンパク質は、少なくとも２倍、少なくとも５倍、少なくとも２０倍、少なくとも５０倍ディファレンシャルに発現される。

本発明はさらに、配列番号４４７１、４４７３、４４７５、４４７７、４４７９、４４８１、４４８３、４４８５、４４８７、４４８９、４４９１、および４４９３のポリペプチドからなる群から選択される少なくとも１つのポリペプチドの、正常細胞に対するディファレンシャルな発現を検出することを含む、細胞の表現型の決定方法を提供し、ここで上記ポリペプチドは、少なくとも２倍、少なくとも５倍、少なくとも２０倍、少なくとも５０倍ディファレンシャルに発現される。

さらに別の実施形態では、本発明は、配列番号１〜４４７０、４４７２、４４７４、４４７６、４４７８、４４８０、４４８２、４４８４、４４８６、４４８８、４４９０、４４９２、および４４９４のうちの１つに、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする少なくとも１つの核酸の、正常細胞に対するディファレンシャルな発現を検出することを含む、細胞の表現型の決定方法に関し、ここで上記核酸は、少なくとも２倍、少なくとも５倍、少なくとも２０倍、少なくとも５０倍ディファレンシャルに発現される。

さらなる別の態様では、本発明は診断方法を提供する。一実施形態では、本発明は、配列番号１〜４４７０、４４７２、４４７４、４４７６、４４７８、４４８０、４４８２、４４８４、４４８６、４４８８、４４９０、４４９２、および４４９４、またはそれらに相補的な配列の１つの完全長以下の、配列番号１〜４４７０、４４７２、４４７４、４４７６、４４７８、４４８０、４４８２、４４８４、４４８６、４４８８、４４９０、４４９２、および４４９４の配列で表される少なくとも約１０個、少なくとも約１５個、少なくとも約２５個、または少なくとも約４０個の連続したヌクレオチドを有するヌクレオチド配列を含む核酸プローブを供給することと、患者からの細胞の試料を獲得することと、任意に、実質的に全てが非癌性である第２の細胞試料を供給することと、上記プローブを、ストリンジェントな条件下で、上記第１および第２の細胞試料それぞれのｍＲＮＡと接触させることと、（ａ）上記第１の細胞試料のｍＲＮＡとの上記プローブのハイブリダイゼーションの量を、（ｂ）上記第２の細胞試料のｍＲＮＡとの上記プローブのハイブリダイゼーションの量と比較することであって、該比較において、上記第２の細胞試料の上記ｍＲＮＡとの上記ハイブリダイゼーションの量と比較した場合の上記第１の細胞試料の上記ｍＲＮＡとの上記ハイブリダイゼーションの量における少なくとも２倍、少なくとも５倍、少なくとも２０倍、または少なくとも５０倍の差異が、上記第１の細胞試料中の細胞の該表現型であることを示していることによって、比較することとによる、患者からの細胞の表現型の決定方法に関する。表現型の決定には、その用語が本明細書中で使用される場合に遺伝子型の決定が包含される。

別の実施形態では、本発明は、配列番号１〜４４７０、４４７２、４４７４、４４７６、４４７８、４４８０、４４８２、４４８４、４４８６、４４８８、４４９０、４４９２、および４４９４、またはそれらに相補的な配列に、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸にコードされる少なくとも１つのタンパク質の、正常または対照細胞に対するディファレンシャルな発現を検出することを含む、細胞の表現型の決定方法を提供し、ここで上記タンパク質は、少なくとも２倍、少なくとも５倍、少なくとも２０倍、少なくとも５０倍ディファレンシャルに発現される。一実施形態では、上記タンパク質レベルは、イムノアッセイで検出される。本発明はまた、配列番号１〜１１０３のうちの１つに、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸（例えばｍＲＮＡ）の細胞中の存在または非存在の決定方法であって、上記細胞を上述のプローブと接触させることを含む方法に関する。本発明はさらに、配列番号１〜１１０３のうちの１つに、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸にコードされる対象ポリペプチドの細胞中の存在または非存在の決定方法であって、上記細胞を上述の抗体と接触させることを含む方法を提供する。

本発明の核酸は、腫瘍細胞、例えば結腸癌由来細胞系、および結腸癌組織でディファレンシャルに発現される（正常細胞または組織、例えば正常結腸組織および／または正常非結腸組織での発現レベルに対して）と同定された。このディファレンシャルに発現される配列は、配列番号１〜４４７０、４４７２、４４７４、４４７６、４４７８、４４８０、４４８２、４４８４、４４８６、４４８８、４４９０、４４９２、および４４９４、好ましくは配列番号１〜１１０３、よりいっそう好ましくは配列番号１〜５０３、またはそれらに相補的な配列を含む。別の実施形態では、本発明は、配列番号１〜４４９４の配列のいずれかと、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列を含む。好ましい態様では、本発明の配列は、約５０％同一性、好ましくは約７０％同一性、より好ましくは約９０％同一性、よりいっそう好ましくは約１００％同一性で、配列番号１〜４４９４にハイブリダイズする。好ましい実施形態では、対象核酸は、少なくとも２倍、好ましくは少なくとも５倍、より好ましくは少なくとも２０倍、よりいっそう好ましくは少なくとも５０倍ディファレンシャルに発現される。好ましい核酸は、結腸癌組織および結腸癌細胞系の両方でディファレンシャルに発現されると同定される配列である。好ましい実施形態では、本発明の核酸は、腫瘍細胞、特に結腸癌組織および／または結腸癌由来細胞系でアップレギュレートされる。別の実施形態では、本発明の核酸は、腫瘍細胞、特に結腸癌組織および／または結腸癌由来細胞系でダウンレギュレートされる。

一態様において、本方法は、核酸が配列番号１〜４４９４により表される所定のマーカー核酸配列またはそれらに相補的な配列に由来するプローブとのｉｎｓｉｔｕハイブリダイゼーションを包含する。本方法は、標識ハイブリダイゼーションプローブと癌細胞または前癌性細胞を含有する可能性のある所定の種類の組織の試料ならびに正常細胞とを接触させることと、プローブが、それが同一組織型の他の細胞を標識する程度と有意に異なる程度に（例えば少なくとも２倍、または少なくとも５倍、または少なくとも２０倍、または少なくとも５０倍）所定組織のいくつかの種類を標識するか否かを決定することとを包含する。