JP2004222727A - フラボバクテリウム・ヘパリナム由来のヘパリナーゼiiiの核酸配列および発現系 - Google Patents
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Abstract
【解決手段】 ヘパリンおよびヘパラン硫酸塩を分解するヘパリナーゼIII(EC 4.2.2.8)をコード化するフラボバクテリウム・ヘパリナム由来の遺伝子を単離し、配列を決定する。さらに、フラボバクテリウム・ヘパリナムのグリコサミノグリカン・リアーゼ遺伝子由来のプロモータから誘導された修飾リボソーム結合領域を用いて、ヘパリナーゼIIIを発現させる。また、細胞を破砕し、陽イオン交換クロマトグラフィ、アフィニティ・クロマトグラフィ、およびヒドロキシル・アパタイト・クロマトグラフィを用いてタンパク質を精製する。さらに、フラボバクテリウム・ヘパリナムタンパク質に共通な翻訳後の修飾部分に対する抗体およびそれらの部分およびヘパリナーゼIIIのアミノ酸配列に特異的な抗体を得る。
【選択図】図2
Description
本発明がなされる以前は、部分精製されたヘパリナーゼIIおよびIIIが入手可能であった。しかし、それらのアミノ酸配列は知られていなかった。これらの酵素は宿主細胞に対して毒性を示すため、クローニングするのが困難であった。本発明者は、ヘパリナーゼIIおよびIIIにかかわる遺伝子のクローニングを可能とし、ここにそれら酵素のヌクレオチド配列およびアミノ酸配列を提示する。
以下のように用語の定義を行うことによって、明細書および請求の範囲を理解するための手助けとする。この際、該用語によって与えられる範囲も含まれる。
作用的に結合とは、調節配列の影響または制御下で配列の発現を行うようにして該調節配列(または複数の調節配列)に配列が結合する連鎖(リンケージ)である。2つのDNA配列(例えば、ヘパリナーゼをコード化する配列と該コード配列の5′末端に結合したプロモータ領域配列)は、プロモータ機能の誘導がヘパリナーゼ・コード配列mRNAの転写となる場合と、2つのDNA配列間の結合が(1)フレームシフト突然変異を誘導としないこと、(2)ヘパリナーゼの発現を指示する発現調節配列の能力を妨害しないこと、あるいは(3)はプロモータ領域によって転写されるヘパリナーゼ・テンプレートの能力を妨害しない場合とにおいて、作用的に結合しているといえる。したがって、プロモータがDNA配列の転写を引き起こすことができた場合、プロモータ領域が該DNA配列に作用的に結合していたといえる。
ヘパリン・リアーゼ酵素をフラボバクテリウム・ヘパリナム(Flavobacterium heparinum)培養物から精製した。フラボバクテリウム・ヘパリナム(F. heparinum)の培養は、ガイエール(Galliher)らの文献:Galliher et al.,Appl Environ. Microbiol. 41(2):360-365 (1981)に記載された規定栄養培地に改良を加えた培地を用い、15リットルのコンピュータ制御発酵槽で行った。発酵は、ヘパリン・リアーゼを産生するように設計されたもので、ヘパリナーゼ合成の誘導物質として上記改良培地に1.0g/lの濃度の半精製ヘパリン(ケルスス・ラボラトリー(Celsus Laboratories))が加えられている。細胞を遠心により回収し、ジムマーマンおよびコニー(Zimmermann and Cooney)の米国特許第5,262,325号(この特許番号を参照することによって該特許の内容を本願に併合するものとする)に記載された浸透圧ショック法に変更を加えて実施することによって、ペリプラズム間隙から所望の酵素を放出させた。
3種類のヘパリナーゼ酵素の分子量および動力学的特性は、ロースおよびリンハード(Lohse and Linhardt)によって正確に報告されている(Lohse and Linhardt, J.Biol. Chem. 267: 24347-24355 (1992))。しかし、タンパク質の翻訳後修飾の正確な特性決定については行われていない。本願で記載したようにして精製されたヘパリナーゼI、II、およびIIIを、炭化水素部分の存在について分析した。2ugのヘパリナーゼI、II、およびIIIと組み換え体ヘパリナーゼIとを含む溶液に0.2M酢酸ナトリウムを添加し、pH5.7にした。これらのタンパク質試料に対してグリコトラック・キット(GlycoTrack kit (Oxford Glycosystems)に記載されているプロトコール2aにもとづいて炭化水素のビオチニレーション(biotinylation)を行った。各ビオチル化タンパク質溶液30μlをSDS-PAGE(10%ゲル)にかけて、170mAの定電流でエレクトロブロッティングすることによってニトロセルロース膜に移した。ビオチニル化炭化水素は、ビオチン基に対してストレプトアバジン−アルカリホスファターゼ接合体(conjugate)を結合させた後、特異的呈色反応を行うことによって検出した。これらの分析によって、ヘパリナーゼIおよびIIがグリコシル化していること、またヘパリナーゼIIIおよび組み換えヘパリナーゼIはグリコシル化していないことが明らかになった。
本願の記載にもとづいて精製したヘパリナーゼI、II、およびIIIと組み換えヘパリナーゼIを用いてウサギのポリクローン抗体の産生を行った。ヘパリナーゼI、II、およびIIIの各々を以下の標準的な免疫化手順に供した。1mlの滅菌リン酸緩衝生理食塩水に溶解した0.5〜1.0mgの精製タンパク質からなるプライマリ・インジェクションを、1mlのフロイント・アジュバント(Cedarlane Laboratories, Ltd.)とともにホモゲナイズした。このタンパク質−アジュバント乳化剤を用いてニュージーランド・ホワイト系雌ウサギに対して注射を行った。すなわち、ウサギあたり1ml、股関節部近傍の菲薄化した筋肉内、後ろ足一本あたり0.5m筋内注射(i.m.)した。2ないし3週間後、このウサギに対して、不完全フロイント・アジュバント(Cedarlane Laboratories, Ltd.) 1mlとともにホモゲナイズしたリン酸緩衝生理食塩水に溶解した精製タンパク質0.5〜1.0mlからなる注射追加免疫を行った。再び2ないし3週間後に、ウサギに対して2回目の注射による追加免疫を行った。
フラボバクテリウム・ヘパリナム(F. heparinum)の染色体DNAライブラリをλファージDASHIIに構築した。マニアチスらの文献;Maniatis, et al. Molecular Cloning Manual, Cold Spring Harbor (1982)の記載に従って、0.4ugのフラボバクテリウム・ヘパリナム(F. heparinum)染色体DNAを制限酵素Sau3A 部分消化し、サイズが20kb周辺の大部分のフラグメントを作った。このDNAをフェノール/クロロホルム抽出し、エタノール沈殿させ、λDASHIIのアームに連結させ、さらにλDASHII/BamHIクローニング・キット(Stratagene, La Jolla, CA)のパッキング・エクストラクトによってパッキングした。パッキング後、このライブラリの力価は約10−5pfu/mlであった。シルヘビイらの文献:Silhavy, T.J., et al. Experiments in Molecular Genetics, Cold Spring Harbor Laboratory (1992)の記載されているようにして平板溶解法によって10−8pfu/mlに増幅し、−70℃で保存した。
完全ヘパリナーゼIタンパク質の遺伝子をベクターpB9のEcoRI部位にクローン化した。この部位ではtac プロモータ(発現ベクターpKK223-3由来、Brosius, and Holy, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 81:6929-6933 (1984))の2つの繰り返し配列によってその発現が駆動される。このベクターpBhep では、ヘパリナーゼIに対する最初のコドンATGは最小シャイン‐ダルガルノ配列AGGA(Shine and Dalgarno, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 71: 1342-1346 (1974))からの10ヌクレオチドによって分離した(図1)。この構成を大腸菌(E.coli)株JM109に形質転換し、37℃で増殖し、回収2時間前に1mM IPTGで誘導した。細胞を音波破砕し、細胞膜分画をペレット化し、さらに上清を回収した。膜分画を6MグアニジンHClに再懸濁し、組換えヘパリナーゼI酵素を含む封入体の溶解を行った。この溶解ヘパリナーゼIを20mMリン酸緩衝液で希釈して再生させた。酵素活性は再生ペレット分画および上清分画で測定した。低い値の活性が上清およびペレット分画で検出された。SDS-PAGEによる分画の分析では、両方の分画に組換えヘパリナーゼIに対応するマイナー・バンドが含まれている可能性が示された。
2種類のペプチド配列2Aおよび2Bの情報を利用し、かつ表3に示したフラボバクテリウム(Flavobacterium)のコンセンサス・コドンを用いて、4通りの“ゲッスマー(guessmer)”を合成した。これらは、
5'-GAATTCCCTGAGATGTACAATCTGGCCGC-3' ( 配列識別番号11) 、
5'-CCGGCAGCCAGATTGTACATTTCAGG-3' (配列識別番号12),
5'-AAACCCGCCGACATTCCCGAAGTAAAAGA-3' ( 配列識別番号13) 、および
5"-CGAAAGTCTTTTACTTCGGGAATGTCGGC-3' ( 配列識別番号14) であり、それぞれ2-1 ,2-2 ,2-3 ,および2-4と命名されている。オリゴヌクレオチドをBio/CAN Mississauga, Ontario)ペプチド・シンセサイザを用いて合成した。これらのオリゴヌクレオチドの対をPCR反応のプライマーとして用いた。フラボバクテリウム・ヘパリナム(F. heparinum)染色体DNAを制限エンドヌクレアーゼSalI、XbaI、またはNotIで消化し、さらにフラグメント化したDNAを結合してテンプレートDNAとして使用した。ポリメラーゼ鎖反応混合物を、DNA増幅試薬キット(Perkin Elmer Cetus, Norwalk, CT)を用いて調製した。PCR増幅は、50mM KCl,10mMトリスHCl, pH9、0.1%トリトン X−100,1.5mM MgCl2 ,4種類のデオキシリボース・ヌクレオチド・トリホスフェート(dNTP)の各々を0.2mM、100pmolの各プライマー、10ngのフラグメント化フラボバクテリウム・ヘパリナム(F. heparinum)ゲノムDNA、さらに2.5単位のTaqポリメラーゼ(Bio/CAN Scientific Inc., Mississauga, Ontario) 含む100μl反応量でもって行った。試料を自動加熱ブロック(DNAサーマル・サイクラー、Barnstead/Thermolyne Corporation, Dubuque, IA)に静置した。この自動加熱ブロックは、変性温度92℃(1分)、アニーリング温度37℃、42℃、または45℃(1分)、および伸展温度72℃(2分)の段階周期にプログラムした。この周期を35回繰り返した。得られたPCR生成物をマニアチスら(上掲)の記載に従って、0.6ug/mlのエチジウムブロマイドを含む1.0%アガロースゲル上で分析した。DNAフラグメントはオリゴヌクレオチド2-2 および2-3 から得られた。サイズが250bpおよび350bpのフラグメントをまずはじめに1%アガロースゲル電気泳動によって分離し、ゲンクリーンI キット(GENECLEAN I kit)(Bio/CAN Scientific Inc., Mississauga, Ontario)を用いてDNAを抽出した。精製フラグメントを事前にNotIによって消化したpTZ/PC(Tessier and Thomas、未発表)に結合(リゲーション)させ(図2) 、さらにマニアチスら(上掲)の記載に従ってリゲーション混合物を用いて大腸菌(E.coli)FTB1の形質転換を行った。制限酵素およびT4 DNAリガーゼはすべてニュー・イングランド・バイオラボ(New England Biolabs)(Mississauga, Ontario)から購入した。
(F. heparinum)染色体DNAライブラリからクローン化した(図2)。10個のプラークを含むフィルターをDNAプローブと雑種形成(ハイブリダイゼーション)させた。このDNAプローブはpCE14 のゲル精製挿入配列から作られたもので、ランダム・ラベリング・キット(Random Labeling Kit)(Boehringer Mannheim Canada, Laval, Quebec) を用いて標識した。プラーク・ハイブリダイゼーションは、マニアチスら(上掲)の記載にもとづいて、65℃、16時間、テック・スター・ハイブリダイゼーション・オーブン(Tek Star hybridization oven)(Bio/CAN Scientific Inc., Mississauga, Ontario)で行った。続いて、65℃で洗浄を行った。すなわち、2倍SSCで15分、2回、2倍SSX/0.1%SDSで30分、1回、さらに0.5倍SSC/0.1%SDSで15分、1回の洗浄を行った。陽性のプラークをプラスチック製のマイクロピペット・チップを用いて回収し、マニアチスら(上掲)の記載にもとづいて、ドット・ブロッティング分析によって確認した。ファージのうちの6つが強い雑種形成シグナルを示し、それらをサザンハイブリダイゼイション分析に用いた(Southern, E.M., J. Mol. Biol. 98: 503-517 (1975))。この分析によれば、一種類のファージHIISに上記プローブと雑種形成する5.5kbのXbaIDNAフラグメントが含まれることが明らかとなった。以下のベクター:pTZ/PC, pBluescript (Stratagene, La Jolla CA) 、pUC18(Yanisch-Perron et al., Gene 33: 103-119 (1985)に記載)、およびpOK12(Vierra and Messing, Gene 100: 189-194 (1991)に記載) のいずれかのXbaI部位に対して行った5.5kb XbaI DNAフラグメントのクローン化はFTB1のバックグラウドをプラシミド・プロモータ誘導転写の抑制に用いたにもかかわらず、うまくいかなかった。ベクターpOK12は、pACYC184由来の複製回数が少ないプラスミドである(約10回の複製/細胞、Chang, A.C.Y. and Cohen, S.N., J. Bact. 134: 1141-1156 (1978))。このプラスミドを用いて、毒性を有する外来フラグメントの複製回数を最小化することによって、大腸菌(E.coli)における外来DNAフラグメントの毒性効果の回避を試みた。また、プラスミドpOK12 へのHIISファージの全NotI染色体DNA挿入配列の挿入はうまくいかなかった。このことから、フラボバクテリウム・ヘパリナム(F. heparinum)染色体のこの領域は、それを持つ大腸菌(E.coli)のいずれに対しても負の選択効果を与えると結論された。この毒性効果はいままで他のフラボバクテリウム・ヘパリナム(F. heparinum)染色体DNAフラグメントでは観察されていない。
ベクターpGBを大腸菌(E.coli)におけるヘパリナーゼIIの発現に用いた(図3)。pGBは、pGhepの修飾リボソーム結合領域(図1)とユニークなBamHI部位とを有する。したがって、この部位に挿入されたDNAフラグメントの発現は、2重tacプロモータによって駆動される。また、このベクターはカナマイシン耐性遺伝子、およびLacIq遺伝子を持ち、IPTGによる転写の誘導を可能とする。最初に、pBSIB6-21のゲル精製5.5kbBamHIフラグメントをBamHI消化pGBと結合させ、FTB1に形質転換した。これをカナマイシン含有LB寒天培地上で選択した。得られたコロニーのうち6つがオープン・リーディング・フレームを発現する上で正しい位置にある挿入配列を有するプラスミドを含んでいた。pGBIIDを形成するプラスミドの一つのPstI消化および再結合によって、5.5kb BamHIフラグメントの3.5kbが削除され、シャイン−ダルガルノ配列の直後のたった一つのBamHI 部位を残してBamHI 部位が取り除かれた。最後に2種類の合成オリゴヌクレオチド:
5'-TGAGGATTCATGCAAACCAAGGCCGATGTGGTTTGGAA-3'(配列識別番号15) 、および5'-GGAGGATAACCACATTCGAGCATT-3' (配列識別番号16)
を、完全タンパク質コード配列の上流およびBamHI 部位の下流にあるATG開始コドンとBamHI部位とを含むフラグメントを作るPCRで用いるために設計した(図3)。ラムダ・クローンHIISと同時に単離したラムダ・クローンHII-I をテンプレートDNAとして用いた。
本願で記載したようにして精製したヘパリナーゼIII由来ペプチドから得たアミノ酸配列情報(図9)は、高変性オリゴヌクレオチドに逆翻訳(リバース・トランスレート)した。その結果、アミノ酸配列情報にもとづいて合成されたオリゴヌクレオチドを用いて、ヘパリナーゼIII遺伝子の一切片のポリメラーゼ鎖反応増幅を当てにしたクローニング戦略は、いくつかのDNA配列可能性を除外する必要があった。仮定されたコドンの使用は他のフラボバクテリウム種から得られた遺伝子に関する既知のDNA配列に基づいて計算された。17種類の遺伝子に関する配列を分析し、コドンの使用表(表3)をまとめた。
5'-GAATTCCATCAGTTTCAGCCGCATAAA-3' ( 配列識別番号17),
5'-GAATTCTTTATGCGGCTGAAACTGATG-3' ( 配列識別番号18),
5'-GAATTCCCGCCGGGCGAATTTCATGC-3' (配列識別番号19)、および
5'-GAATTCGCATGAAATTCGCCCGGCGG-3' (配列識別番号20)であり、それぞれオリゴヌクレオチド3-1、3-2、3-3、および3-4と命名した。これらのオリゴヌクレオチドはポリメラーゼ鎖反応を用いたヘパリナーゼIII遺伝子の一部分を増幅する試みで、全ての可能な組み合わせで使用された。PCR増幅はすでに記載したようにして実施した。周期は、変性温度92℃(1分)、アニーリング温度範囲37℃〜55℃(1分)、および伸展尾温度72℃(2分)を35回繰り返した。PCR反応の分析は既に説明したようにして行ったところ、これらの実験によってはDNAフラグメントが作られないことが示された。
5'-GG(ACGT)GAATTTCCATGCCCAGCC(ACGT)GA(CT)AATGG(ACGT)AC-3'(配列識別番号21),
5'-GT(ACGT)CCATT(AG)TC(ACGT)GGCTGGGCATGAAATTC(ACGT)CC-3'(配列識別番号22),
5'-GT(ACGT)CATCAGTT(CT)CAGCC(ACGT)CATAAAGG(ACGT)TATGG-3'(配列識別番号23) 、および
5'-CCCATA(ACGT)CCTTTATG(ACGT)GGCTG(AG)AACTGATG(ACGT)AC-3'(配列識別番号24)であり、それぞれがオリゴヌクレオチド3-5, 3-6, 3-7 ,および3-8 と命名された。ポリメラーゼ鎖反応を用いてヘパリナーゼIII 遺伝子の一部を増幅する試みにこれらのオリゴヌクレオチドを使用した。3-6 および3-7 組み合わせによって、特定の983bpPCR産物が得られた。PCR産物のクローニング用ベクターとしてTAクローニング・キット(TA cloning TM kit)(InVitrogen Corporation, San Diego, CA)から得られ、かつPCR産物のクローニング用に特に設計された2種類のベクター、すなわちpCRIIおよびpTZ/PCと同様に、ブラント末端リゲーションによって、このフラグメントを大腸菌(E.coli)ベクターpBluescriptにクローン化する試みを行った。これらの構成の全てが大腸菌(E.coli)FTB1株に形質転換された。形質転換株について、まずはじめにコロニー・クラッキングを分析し、つづいてDNAのミニ・プレパレーションを酵素制限分析用に作った。このPCRフラグメントを持つクローンは単離できなかった。
タンパク質のカルボキシル末端から欠失された16のアミノ酸を持つ完全な、先端が切り取られたヘパリナーゼIII遺伝子を得るために、PCRを用いた。5'-CGCGGATCCATGCAAAGCTCTTCCATT-3'(配列識別番号25)からなるオリゴヌクレオチドは、完全ヘパリナーゼIIIの第一アミノ酸(Q-25)のコドンの直前のATG開始部位に挿入するように設計された。一方、5'-CGCGGATCCTCAAAGCTTGCCTTTCTC-3'(配列識別番号26)からなるオリゴヌクレオチドは2.7kbのHindIIIフラグメント上のヘパリナーゼIII遺伝子の最終アミノ酸の後に終了コドンを挿入するように設計されている。両方のオリゴヌクレオチドもまたBamHi部位を含む。プラスミドpHindIIIBDをアニーリング温度50℃でPCR反応を行う際のテンプレートとして使った。予想されるサイズの特定のフラグメント、1857塩基対を得た。このフラグメントは、計算上の分子量が71.535ダルトンであり、620個のアミノ酸からなるタンパク質をコード化する。それを単離し、かつ発現ベクターpGBのBamHI部位に挿入する。この構成をpGB-H3△3'と名付けた(図7)。
Claims (10)
- 配列識別番号3の配列を有するフラボバクテリウム・ヘパリナム由来のヘパリナーゼIIIをコード化することを特徴とする組換え核酸配列。
- 前記ヘパリナーゼの発現を指示可能な核酸配列をさらに含むことを特徴とする請求項1の核酸配列。
- 修飾リボソーム結合領域を含むことを特徴とする請求項2の核酸配列。
- 請求項2の核酸配列を持つベクターによって形質転換された宿主細胞であって、ヘパリナーゼIIIを発現する能力を呈することを特徴とする宿主細胞。
- 前記宿主細胞は大腸菌であることを特徴とする請求項4の宿主細胞。
- 配列番号4のアミノ酸配列を有する、単離、精製されたフラボバクテリウム・ヘパリナムのへパリナーゼIIIであって、そのアミノ末端は、修飾されたピログルタミン酸残基でないことを特徴とするヘパリナーゼIII。
- 大腸菌細胞中で発現されたように配列番号4のアミノ酸配列を有する、単離、精製されたヘパリナーゼIII。
- シャイン・ダルガルノ配列と、前記シャイン・ダルガノ配列とATG開始コドンとの間のスペーサ領域と、配列識別番号4のアミノ酸配列を有するヘパリナーゼIIIをコードする組換え核酸配列とを含む修飾リボソーム結合領域をすることを特徴とするヘパリナーゼを発現するための発現ベクター。
- 請求項8の発現ベクターを形成することと、該発現ベクターによって宿主原核細胞を形質転換することを有することを特徴とするフラボバクテリウム種からの遺伝子を発現する方法。
- 前記発現ベクターがヘパリナーゼIIIをコード化することを特徴とする請求項9に記載の方法。
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