JP2003530877A - 単離ヒトトランスポータータンパク質、ヒトトランスポータータンパク質をコード化する核酸分子、及びそれらの使用 - Google Patents

Abstract

(57)【要約】 本発明は、ヒトゲノム中の遺伝子によりコード化されている、本発明のトランスポーターペプチドのアミノ酸配列を提供するものである。本発明は特に、単離ペプチド及び核酸分子、トランスポーターペプチドのオルトログ及びパラログの同定方法、及びトランスポーターペプチドのモジュレータの同定方法を提供するものである。

Description

【発明の詳細な説明】

【０００１】 技術分野 本発明は、トランスポータータンパク質の分野に属し、硫酸トランスポーター
サブファミリー、組み換えＤＮＡ分子、及びタンパク質生成に関連するものであ
る。本発明は特に、リガンドの輸送に影響する新規なペプチド及びタンパク質、
新規な硫酸トランスポーターの２つのスプライス型、このようなペプチド及びタ
ンパク質分子をコード化する核酸分子を提供するものであり、これら全てはヒト
の治療及び診断用の化合物、方法の開発において有用である。

【０００２】 背景技術トランスポーター トランスポータータンパク質は、イオンや巨大分子のような分子の細胞内部及
び外部への流動を調節することによって、細胞増殖、細胞分化、信号プロセスと
いった多くの異なる細胞機能を調節している。トランスポーターは、真核生物の
ほぼ全ての細胞中の形質膜において見出される。トランスポーターは、膜電位、
吸収、細胞膜を通過する分子及びイオン分泌の調節といった種々の細胞機能を媒
介している。塩化物イオンチャンネルのようなトランスポーターが、ゴルジ体や
エンドサイトーシス小胞の細胞内膜に存在する場合には、小器官のｐＨも調節さ
れる。Greger, R. (1988) Annu. Rev. Physiol. 50:111-122を参照されたい。

【０００３】 トランスポーターは、一般的に構造及び作用様式のタイプによって分類される
。さらに、トランスポーターは、例えば、糖トランスポーター、塩素チャンネル
、カリウムチャンネル等のように、時には輸送される分子のタイプによって分類
される。単一のタイプの分子を輸送するチャンネルには、多くの種類が存在し得
る(チャンネルタイプの詳細については、Alexander, S.P.H. and J.A. Peters:
Receptor and transporter nomenclature supplement. Trends Pharmacol. Sci.
, Elsevier, pp. 65-68 (1997)、及び http://www.biology.ucsd.edu/~msaier/t
ransport/titlepage2.html に述べられている)。

【０００４】イオンチャンネル トランスポーターにおける重要なタイプの１つとしてイオンチャンネルがある
。イオンチャンネルは、イオンの細胞内部及び外部への流動を調節することによ
って、細胞増殖、細胞分化、信号プロセスといった、多くの異なる細胞機能を調
節している。イオンチャンネルは、真核生物のほぼ全ての細胞中の形質膜におい
て見出される。イオンチャンネルは、膜電位、吸収、上皮膜を通過するイオン分
泌の調節といった種々の細胞機能を媒介する。塩化物イオンチャンネルのような
イオンチャンネルが、ゴルジ体やエンドサイトーシス小胞の細胞内膜に存在する
場合には、小器官のｐＨも調節される。Greger, R. (1988) Annu. Rev. Physiol
. 50:111-122を参照されたい。

【０００５】 イオンチャンネルは、一般的に構造及び作用様式のタイプによって分類される
。例えば、細胞外リガンド依存性チャンネル（ＥＬＧｓ）は、それぞれ４つの膜
貫通ドメインを有する５つのポリペプチドサブユニットから成っており、細胞外
リガンドのチャンネルへの結合によって活性化される。さらに、イオンチャンネ
ルは、例えば、塩素チャンネル、カリウムチャンネル等のように、時には輸送さ
れるイオンのタイプによって分類される。単一のタイプのイオンを輸送するチャ
ンネルには、多くの種類が存在し得る（チャンネルタイプの詳細については、Al
exander, S.P.H. and J.A. Peters (1997). Receptor and ion channel nomencl
ature supplement. Trends Pharmacol. Sci., Elsevier, pp. 65-68 及び http:
//www-biology.ucsd.edu/~msaier/transport/toc.html に述べられている。

【０００６】 構造に基づいたイオンチャンネルのタイプには多くのものがある。例えば、多
くのイオンチャンネルは、後述のグループの１つに分類される：細胞外リガンド
依存性チャンネル（ＥＬＧｓ）、細胞内リガンド依存性チャンネル（ＩＬＧ）、
内向整流チャンネル（ＩＮＲ）、細胞間（ギャップ接合）チャンネル、電位依存
性チャンネル（ＶＩＣ）。さらに、輸送されるイオンのタイプ、細胞位置、薬剤
感応性に基づいた他のチャンネルファミリーも認められている。これらの活性、
リガンドタイプ、イオンタイプ、疾患との関連、薬剤能のそれぞれについての詳
細な情報、及び本発明に関連する他の情報については、当該技術分野において周
知である。

【０００７】アニオン輸送タンパク質 本発明は、特に硫酸トランスポーターに対して高度の類似性を示す新規なヒト
アニオン輸送タンパク質の２つのスプライス型を提供するものである。このスプ
ライス型は、ここではスプライス型１、又は２として呼ばれる。スプライス型１
は、出願人によって２０００年８月２日に出願されたU.S. application 09/630,
719において既に開示されている。

【０００８】 哺乳類細胞中のアニオン輸送タンパク質は、電気的活性、ｐＨ、容積の調節、
及び浸透物質、代謝産物の輸送を含む、広範な種類の細胞及び細胞内小器官の機
能に関連している。これらのタンパク質は、免疫応答、細胞移動、細胞増殖、及
び分化においても不可欠な生理的役割を担っている。アニオントランスポーター
のうちのいくつかの種類は、分子構造の連続的変化、及びアニオン流動媒介機構
によって特徴付けられている。アニオントランスポータースーパーファミリーの
うちの最も著名なものの１つとして、Ｎａ^＋、又はＨ^＋依存性アニオン、コアニ
オントランスポーター（シンポーター）、アニオン／アニオンエクスチェンジャ
ー（アンチポーター）、及びカチオン依存性アニオンユニポーターといったもの
を含むマルチ膜スパン型パーミアーゼがある。このスーパーファミリーは、キャ
リヤータイプアニオントランスポーターとも呼ばれる<http://www-biology.ucsd
.edu/~msaier/transport/titlepage2.html>。このグループに属するタンパク質
は、典型的には、８から１４の疎水性αへリックスペプチドセグメントを含んで
おり、タンパク質が膜二重層中に存在することが可能である。これらの螺旋構造
はまた、イオンの移動経路も確立している。基質広範性、及び基質特異性のアニ
オントランスポーターの両者が知られている：前者は複数のアニオン種（塩化物
、ヨウ化物、硫酸、臭化物イオン等）を膜中に浸透させることができ、一方、後
者のトランスポーターではイオン移動が１つの化学種に制限される。

【０００９】 アニオントランスポーター遺伝子及び遺伝子生成物は、疾患の原因薬剤となる
可能性があり、疾患の表現型は遺伝子転写における変更、及びタンパク質配列の
変異の両者によるものであり得る。例えば、アデノーマの下方調節（ＤＲＡ）遺
伝子は、元来、結腸の腫瘍を下方調節するものとして同定された。これはアニオ
ントランスポーター機能を有するタンパクをコード化しているものであり、腸管
（十二指腸、回腸、盲腸、結腸末端）で発現するが、食道や胃では発現しない(A
ntalis T.M., Reeder J.A., Gotley D.C. et al., Clin Cancer Res (1998) Aug
;4(8):1857-63; Byeon M.K., Westerman M.A., Maroulakou I.G. et al., Oncog
ene (1996) Jan 18;12(2):387-96)。アニオントランスポーターの生物医学的重
要性を示す２つ目の例は、重度の甲状腺機能低下症患者において認められ、これ
はヨウ化物イオン輸送の先天的欠損によって起こる。これらの個人では甲状腺に
ヨウ化物イオンが蓄積されない。甲状腺Ｎａ^＋／Ｉ⁻シンポーターの３５４位置
においてプロリンがスレオニンへ置換されるという単一アミノ酸交換が、この症
状の原因であることが２名の個別の患者において確認された(Levy O., Ginter C
.S., De la Vieja A. et al., FEBS Lett (1998) Jun 5;429(1):36-40)。同様
に、詳細に記述されている２つの常染色体劣性障害、ペンドレッド症候群、及び
捻曲性骨異形成症（ＤＴＤ）がある。ペンドレッド症候群は、症候群性の聴覚障
害の最も一般的なものであり、先天的な感応性聴覚消失及び甲状腺種によって特
徴付けられる。この障害は染色体７上にマップされており、このペンドレッド症
候群（ＰＤＳ）を引き起こす遺伝子生成物は、ヨウ化物及び塩化物イオンのアニ
オントランスポーターであることが確認されている(Scott D.A., Wang R., Krem
an T.M. et al., Nat Genet (1999)Apr;21(4):440-3)。ＤＴＤは、小人症、脊椎
奇形、及び特殊な関節変形を含む臨床的特徴を持つ骨軟骨形成異常として、明確
に特徴付けられている。この障害は多くのヒトに生じる。この遺伝子は、染色体
末端の５ｑにマップされており、硫酸アニオントランスポーターをコード化して
いる(Hastbacka J., de la Chapelle A., Mahtani M.M. et al., Cell 1994 Sep
23;78(6):1073-87)。

【００１０】 このタンパク質／ＤＮＡ分子のグループの有用性を実証している米国特許とし
ては、６，０５４，５５８号（ｒｃｈｄ５３４をターゲットとして用いる心血管
系疾患の治療及び診断のための化合物及び方法）、６，０４８，７０９号（心血
管系疾患の治療及び診断のための化合物及び方法）、６，０４６，０３０号（ヒ
トＬＩＧ−１相同体（ＨＬＧ−１））、６，０２５，１６０号（ラットｍｄｒ１
ｂ２をコード化するポリヌクレオチド及びポリペプチド配列、及びそのスクリー
ニング方法）、６，０１３，６７２号（代謝型グルタミン酸受容体のアゴニスト
及びその使用）、６，００８，０１５号（グリシントランスポーター）、５，９
８９，８２５号（興奮性アミノ酸トランスポーター遺伝子及びその使用）、５，
９２８，９２６号（ヒトＡＲＳＡ−Ｉ遺伝子の単離及びクローン、及びその使用
）が挙げられるが、これらに限れるものではない。

【００１１】 トランスポータータンパク質、特に硫酸トランスポーターサブファミリーのメ
ンバー、特に図１に示される組織タイプ（例えば、腫瘍性細胞）において発現さ
れるメンバーは、薬剤の作用及び開発の重要なターゲットである。したがって、
従来未知の輸送タンパク質を同定し、特徴付けることは、製薬開発の分野におい
て非常に有用である。本発明は、従来未確認のヒト輸送タンパク質を提供するこ
とによって、これらの技術の進展に寄与するものである。

【００１２】 発明の要約 本発明は、ヒトトランスポーターペプチド及びタンパク質のアミノ酸配列の同
定に部分的に基づいているものであり、硫酸トランスポーターサブファミリー、
及びそれらの対立変異体、他の哺乳類のオルトログに関連するものである。具体
的には、本発明は新規なヒト硫酸トランスポータータンパク質の２つのスプライ
ス型を提供するものである。これらの特異なペプチド配列、及びこのペプチドを
コード化している核酸配列は、ヒト治療ターゲットの開発に用いることができ、
治療タンパク質の同定に有用であり、トランスポーターを発現している細胞及び
組織におけるトランスポーターの活性を変調するヒト治療薬剤の開発のターゲッ
トとなり得る。スプライス型１は、脳、腎臓のような胎児の組織；脳、脳下垂体
、心臓、白血球、腎臓、肝臓、甲状腺、胎盤、骨格筋、小腸、前立腺、睾丸、副
腎、骨髄、膵臓のような分化組織；生殖細胞腫瘍、肺カルチノイド組織、脳退形
成乏突起神経膠腫、リンパ性白血病Ｂ細胞、グリア芽細胞腫、及び高分化子宮内
膜腺癌のような腫瘍性組織において発現することが、独立の系で実証された。

【００１３】 発明の詳細な説明概論 本発明は、ヒトゲノムの配列解析に基づいている。ヒトゲノムの配列解析及び
構築に際して、配列情報を解析することによって、当該分野において、トランス
ポータータンパク質又はその一部であると同定及び特徴付けられ、硫酸トランス
ポーターサブファミリーに関連付けられるタンパク質／ペプチド／ドメインに対
して、構造及び／又は配列の相同性を有するペプチドをコード化している、ヒト
ゲノムの従来未確認のフラグメントが明らかとなった。具体的には、本発明は、
新規なヒト硫酸トランスポーターの２つのスプライス型を提供するものである。
これらの配列を用いて、付加的なゲノム配列を構築し、転写及び／又はｃＤＮＡ
配列を単離し、特徴付けた。この解析に基づいて、本発明は、硫酸トランスポー
ターサブファミリーに関連するヒトトランスポーターペプチド及びタンパク質の
アミノ酸配列、これらのトランスポーターペプチド及びタンパク質をコード化す
る転写形態の核酸配列、ｃＤＮＡ配列及び／又はゲノム配列、核酸変異（対立遺
伝子情報）、発現の組織分布、及び本発明のトランスポーターに対して構造又は
配列の相同性を有する、最も関連性の高い既知のタンパク質／ペプチド／ドメイ
ンに関する情報を提供するものである。

【００１４】 本発明において提供されるペプチドは、従来未知であることに加えて、商業的
に重要な製品及びサービスの開発において有用であるという点に基づいて選択さ
れ得るものである。特に、本発明のペプチドは、硫酸トランスポーターサブファ
ミリーにおける既知のトランスポータータンパク質、及びその発現パターンに対
して相同性及び／又は構造上の相関性を有していることに基づいて選択される。
スプライス型１は、脳、腎臓のような胎児の組織；脳、脳下垂体、心臓、白血球
、腎臓、肝臓、甲状腺、胎盤、骨格筋、小腸、前立腺、睾丸、副腎、骨髄、膵臓
のような分化組織；生殖細胞腫瘍、肺カルチノイド組織、脳退形成乏突起神経膠
腫、リンパ性白血病Ｂ細胞、グリア芽細胞腫、及び高分化子宮内膜腺癌のような
腫瘍性組織において発現することが、独立の系で実証された。この技術は、本発
明の遺伝子と類似した発現パターンを有するこのファミリーのタンパク質及びペ
プチドにおける商業的重要性を確立するものである。本発明のペプチドのより具
体的な性質及びその使用に関しては、本明細書、特に背景技術、図面の注釈に記
載され、及び／又は既知の硫酸トランスポーターファミリー又はトランスポータ
ータンパク質サブファミリーのそれぞれにおいて周知である。

【００１５】

【実施例の詳細】ペプチド分子 本発明は、トランスポーターファミリーのタンパク質のメンバーであると同定
されるタンパク質分子をコード化する核酸配列を提供するものであり、これらは
硫酸トランスポーターサブファミリーに関連付けられる（図２にタンパク質配列
、図１にｃＤＮＡ配列、図３にゲノム配列を示す）。具体的には、本発明は、新
規なヒト硫酸トランスポーターの２つのスプライス型を提供するものである。図
２に提供されるペプチド配列、同様に本明細書に記載される対立変異体、特に本
明細書及び図３の情報を用いて同定される対立変異体のような明らかな変異体は
、ここでは本発明のトランスポーターペプチド、トランスポーターペプチド、又
は本発明のペプチド／タンパク質と呼ばれる。

【００１６】 本発明は、図２に示されるトランスポーターペプチドのアミノ酸配列から成る
、あるいは実質的に成る、あるいはこれを含む単離ペプチド及びタンパク質分子
を提供する（図１に示される核酸分子である転写／ｃＤＮＡ、又は図３に示され
るゲノム配列によりコード化される）とともに、本技術により調製、使用される
これらのペプチドの明らかな変異体を提供するものである。これらの変異体につ
いては以下で詳述する。

【００１７】 ここで用いられる場合、ペプチドが細胞物質を実質的に含まない、又は化学前
駆物質あるいは他の化学物質を含まない場合に、ペプチドは「単離」又は「精製
」されたという。本発明のペプチドは、同質又は他の純度になるまで精製するこ
とができる。精製のレベルは使用目的に基づく。重要な性質としては、調製物中
に他の成分が多量に存在していたとしても、要求されるペプチドの機能を発揮で
きるということである（単離核酸分子の性質については後述する）。

【００１８】 いくつかの使用では、「実質的に細胞物質を含まない」とは、他のタンパク質
（すなわち汚染タンパク質）を約３０％（乾燥重量）未満、他のタンパク質を約
２０％未満、他のタンパク質を約１０％未満、又は、他のタンパク質を約５％未
満有するペプチド調製物を含む。ペプチドが組み換えにより製造される場合、培
地がタンパク質調製物の容量に対して２０％未満のときには、実質的に培地は存
在しないとすることもできる。

【００１９】 「実質的に化学前駆物質又は他の化学物質を含まない」という用語は、合成に
関与した化学前駆物質又は他の化学物質から分離されたペプチド調製物をいう。
ある例においては、「実質的に化学前駆物質又は他の化学物質を含まない」とは
、化学前駆物質又は他の化学物質を約３０％（乾燥重量）未満、化学前駆物質又
は他の化学物質を約２０％未満、化学前駆物質又は他の化学物質を約１０％未満
、又は、化学前駆物質又は他の化学物質を約５％未満有するトランスポーターペ
プチド調製物を含む。

【００２０】 単離トランスポーターペプチドは、自然に発現する細胞、発現のために変形さ
れた（組み換え）細胞から精製するか、又は、既知のタンパク質合成方法を用い
て合成することができる。スプライス型１は、脳、腎臓のような胎児の組織；脳
、脳下垂体、心臓、白血球、腎臓、肝臓、甲状腺、胎盤、骨格筋、小腸、前立腺
、睾丸、副腎、骨髄、膵臓のような分化組織；生殖細胞腫瘍、肺カルチノイド組
織、脳退形成乏突起神経膠腫、リンパ性白血病Ｂ細胞、グリア芽細胞腫、及び高
分化子宮内膜腺癌のような腫瘍性組織において発現することが、独立の系で実証
された。例えば、トランスポーターペプチドをコード化している核酸分子は、発
現ベクター中にクローニングされ、さらにこの発現ベクターは宿主細胞に導入さ
れて、タンパク質が宿主細胞内で発現する。そして、タンパク質は標準のタンパ
ク質精製技術を用いた適当な精製スキームによって、細胞から単離することがで
きる。これら多くの技術については、以下で詳述する。

【００２１】 したがって、本発明は、図２に示されるアミノ酸配列（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２
、及び５）から成るタンパク質、例えば、図１に示されるｃＤＮＡ核酸配列（Ｓ
ＥＱ ＩＤ ＮＯ．１、及び４）、及び図３に示されるゲノム配列（ＳＥＱ ＩＤ
ＮＯ．３）によりコード化されるタンパク質を提供するものである。このような
タンパク質のアミノ酸配列を図２に示す。このアミノ酸配列がタンパク質の最終
的なアミノ酸配列であるとき、タンパク質はアミノ酸配列から成る。

【００２２】 本発明はさらに、図２に示されるアミノ酸配列（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２、及び
５）から実質的に成るタンパク質、例えば、図１に示されるｃＤＮＡ核酸配列（
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１、及び４）、及び図３に示されるゲノム配列（ＳＥＱ Ｉ
Ｄ ＮＯ．３）によりコード化されるタンパク質を提供するものである。このよ
うなアミノ酸配列に微量の付加アミノ酸残基、例えば、最終的にタンパク質中に
約１〜１００程度の付加残基、典型的には１〜２０の付加残基が存在する場合、
タンパク質はアミノ酸配列から実質的に成る。

【００２３】 本発明はさらに、図２に示されるアミノ酸配列（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２、及び
５）を含むタンパク質、例えば図１に示されるｃＤＮＡ核酸配列（ＳＥＱ ＩＤ
ＮＯ．１、及び４）、及び図３に示されるゲノム配列（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．３）
によりコード化されるタンパク質を提供するものである。このアミノ酸配列が、
タンパク質の最終的なアミノ酸配列の少なくとも一部である場合、タンパク質は
アミノ酸配列を含む。このような場合、タンパク質はペプチドのみであるか、又
はタンパク質と自然に結びついているアミノ酸残基、あるいはアミノ酸残基／ペ
プチド配列に非相同のアミノ酸残基のような、付加的なアミノ酸分子（コード化
された配列と隣接する）を有することができる。このようなタンパク質は、少量
の付加的アミノ酸残基を有するか、又は数百あるいはそれ以上の付加的アミノ酸
を含むことができる。本発明のトランスポーターペプチドが含まれるタンパク質
の好適な種として、天然の成熟タンパク質がある。これらの各種タンパク質を調
製／単離する方法については、以下に簡単に述べる。

【００２４】 本発明のトランスポーターペプチドは、キメラ又は融合タンパク質を形成する
ために、非相同性の配列に結合することができる。このようなキメラ及び融合タ
ンパク質は、トランスポーターペプチドに対して実質的に相同性のないアミノ酸
配列を有する非相同タンパク質に、有効に結合されるトランスポーターペプチド
を含む。「有効に結合される」とは、トランスポーターペプチドと非相同タンパ
ク質がフレーム中で融合していることを示す。非相同タンパク質は、トランスポ
ーターペプチドのＮ末端又はＣ末端に融合されることができる。

【００２５】 いくつかの使用では、融合タンパク質は、トランスポーターペプチド自体の活
性に影響を及ぼさない。融合タンパク質には、例えば、βガラクトシダーゼ融合
、イースト２−ハイブリッドＧＡＬ融合、ポリＨｉｓ融合、ＭＹＣ標識、ＨＩ標
識及びＩｇ融合といった酵素融合タンパク質が含まれるが、これに限られるもの
ではない。このような融合タンパク質、特にポリＨｉｓ融合は、組み換えトラン
スポーターペプチドの精製に有用である。ある種の宿主細胞（例えば哺乳類の宿
主細胞）においては、タンパク質の発現及び／又は分泌は、非相同信号配列を用
いることにより増加させることができる。

【００２６】 キメラ又は融合タンパク質は、標準の組み換えＤＮＡ技術により製造すること
ができる。例えば、異なるタンパク質配列をコードしているＤＮＡフラグメント
は、従来技術に従ってフレーム中に共に配置される。他の例では、融合遺伝子は
、自動ＤＮＡ合成機を含む従来技術により合成することが可能である。あるいは
、遺伝子フラグメントのＰＣＲ増幅にアンカープライマーを用い、２つの連続的
な遺伝子フラグメント間に相補的な突出部を形成し、その後、アニールすること
により、キメラ遺伝子配列を再増幅することができる（Ausubel et al., Curren
t Protocols in Molecular Biology, 1992参照）。さらに、発現ベクターとして
は、既に融合部分（例えばＧＳＴタンパク質）をコード化した多くのものを、商
業的に入手することができる。トランスポーターペプチドをコード化した核酸は
、融合部がフレーム中でトランスポーターペプチドに結合するようにして、この
ような発現ベクター中にクローニングされることができる。

【００２７】 以上説明したように、本発明はまた、天然のペプチド成熟形態、ペプチドの対
立遺伝子／配列変異体、非天然の組換え誘導変異体、ペプチドのオルトログ及び
パラログなど、本発明のタンパク質のアミノ酸配列における明らかな変異体を提
供、及び実施可能にするものである。このような変異体は、核酸組み換え技術や
タンパク質生化学の分野で公知の技術を用いることにより、容易に生成すること
ができる。しかしながら、この変異体には、本発明以前に公開されている何れの
アミノ酸配列も含まれないものであると理解される。

【００２８】 このような変異体は、ここに示される分子技術や配列情報を用いることにより
、容易に同定／製造することが可能である。さらに、このような変異体は、本発
明のトランスポーターペプチドに対する配列及び／又は構造上の相同性に基づい
て、他のペプチドと容易に区別することができる。相同性／同一性の程度は、主
に、ペプチドが機能的変異体であるか又は非機能的変異体であるか、パラログフ
ァミリー中に存在する分化量、オルトログ間の進化的相違に基づいている。

【００２９】 ２つのアミノ酸配列、又は２つの核酸配列の同一性パーセントを決定するため
に、最適な比較を行う目的で、配列はアラインされる（例えば、最適なアライン
メントのために、ギャップが第一及び第二アミノ酸又は核酸配列の一方又は両方
に導入されることができ、非相同性配列は比較を行うために無視することができ
る）。好適な例としては、対象配列の長さの少なくとも３０％、４０％、５０％
、６０％、７０％、８０％、９０％又はそれ以上が、比較目的に応じてアライン
される。そして、対応するアミノ酸配置又はヌクレオチド配置上の、アミノ酸残
基又はヌクレオチドが比較される。第一配列での配置が、第二配列において対応
する配置と同じアミノ酸残基又はヌクレオチドによって占められているとき、分
子はその配置上で同一である（ここで用いられているアミノ酸又は核酸の「同一
性」は、アミノ酸又は核酸の「相同性」と同意義である）。２つの配列間の同一
性パーセントは、配列において共有される同一配置数の関数であり、ギャップ数
及び各ギャップ長さを考慮し、２つの配列の最適なアラインメントのために導入
される必要がある。

【００３０】 配列の比較、及び２つの配列間における同一性、類似性パーセントの決定は、
数学的アルゴリズムを用いて行うことができる（Computational Molecular Biol
ogy, Lesk, A.M., ed., Oxford University Press, New York, 1988; Biocomput
ing: Informatics and Genome Projects, Smith, D.W., ed., Academic Press,
New York, 1993; Computer Analysis of Sequence Data, Part 1, Griffin, A.M
., and Griffin, H.G., eds., Humana Press, New Jersey, 1994; Sequence Ana
lysis in Molecular Biology, von Heinje, G., Academic Press, 1987; and Se
quence Analysis Primer, Gribskov, M. and Devereux, J., eds., M Stockton
Press, New York, 1991）。好適な例としては、２つのアミノ酸配列間の同一性
パーセントは、ＧＣＧソフトウェアパッケージ（http://www.gcg.comで入手可能
）のＧＡＰプログラムに組み込まれたＮｅｅｄｌｅｍａｎ・Ｗｕｎｓｃｈアルゴ
リズム（J. Mol. Biol. (48):444-453 (1970)）を用い、Ｂｌｏｓｓｏｍ６２マ
トリックス、又はＰＡＭ２５０マトリックス、及びギャップ重量１６、１４、１
２、１０、８、６、４、長さ重量１、２、３、４、５、６を用いて決定される。
他の好適な例としては、２つのヌクレオチド配列間の同一性パーセントは、ＧＣ
Ｇソフトウェアパッケージ（http://www.gcg.comで入手可能）のＧＡＰプログラ
ム（Devereux, J., et al., Nucleic Acids Res. 12(1)：387（1984））を用い
、ＮＷＳｇａｐｄｎａ.ＣＭＰマトリックス、ギャップ重量４０、５０、６０、
７０、８０、長さ重量１、２、３、４、５、６を用いて決定される。さらに他の
一例としては、２つのアミノ酸又はヌクレオチド配列間の同一性パーセントは、
ＡＬＩＧＮプログラム（バージョン２．０）に組み込まれたＥ．Ｍｙｅｒｓ・Ｗ
. Ｍｉｌｌｅｒのアルゴリズム(CABIOS, 4:11-17 (1989))を用い、ＰＡＭ１２０
重量残基表、ギャップ長ペナルティ１２、ギャップペナルティ４を用いて決定さ
れる。

【００３１】 本発明の核酸及びタンパク質配列は、例えば他のファミリー又は関連した配列
を発見するために、配列データベースに対して検索を行う「クエリー配列」とし
て用いられることができる。このような検索は、ＡｌｔｓｃｈｕｌらのＮＢＬＡ
ＳＴ、及びＸＢＬＡＳＴプログラム（バージョン２．０）(J. Mol. Biol. 215:4
03-１０ (1990)) を用いて行うことができる。ＢＬＡＳＴヌクレオチド検索は、
本発明の核酸分子に相同性のあるヌクレオチド配列を得るために、ＮＢＬＡＳＴ
プログラムを用い、ｓｃｏｒｅ＝１００、ｗｏｒｄｌｅｎｇｔｈ＝１２で行うこ
とができる。ＢＬＡＳＴタンパク質検索は、本発明のタンパク質に相同性のある
アミノ酸配列を得るために、ＸＢＬＡＳＴプログラムを用い、ｓｃｏｒｅ＝５０
、ｗｏｒｄｌｅｎｇｔｈ＝３で行うことができる。比較目的のギャップアライン
メントを得るために、ＡｌｔｓｃｈｕｌらのＧａｐｐｅｄ ＢＬＡＳＴ(Nucleic
Acids Res. 25(17):3389-3402 (1997))を用いることができる。ＢＬＡＳＴ及び
ＧａｐｐｅｄＢＬＡＳＴプログラムを用いる際には、各プログラム（例えば、Ｘ
ＢＬＡＳＴやＮＢＬＡＳＴ）の既定のパラメータを用いることができる。

【００３２】 本発明のペプチドのうちの一つを含むタンパク質において、プロセシングを受
ける前の全長形態と同様に、成熟プロセス形態は、本発明のトランスポーターペ
プチドのうちの１つに対して完全な配列同一性を有していることはもちろん、本
発明のトランスポーターペプチドと同じ遺伝子位置によりコード化されているも
のとして、容易に同定することができる。ＲＨパネルマップでは、本発明のトラ
ンスポータータンパク質をコード化している遺伝子は、染色体１７上のマーカー
ＳＨＧＣ−５６７１９、及びＳＨＧＣ−５８９３２（ＬＯＤ＝１５．９及び１５
．６８）の近接に見出されることが示された。

【００３３】 トランスポーターペプチドの対立遺伝子変異体は、トランスポーターペプチド
の少なくとも一部に対して高度の（著しい）配列相同性／同一性を有するヒトタ
ンパク質であることはもちろん、同様に本発明のトランスポーターペプチドと同
じ遺伝子位置においてコード化されているものとして、容易に同定することがで
きる。遺伝子位置は、対象となるヒトに対してマッピングされたゲノム配列のよ
うな、図３に示されるゲノム情報に基づいて容易に決定することができる。ＲＨ
パネルマップでは、本発明のトランスポータータンパク質をコード化している遺
伝子は、染色体１７上のマーカーＳＨＧＣ−５６７１９、及びＳＨＧＣ−５８９
３２（ＬＯＤ＝１５．９及び１５．６８）の近接に見出されることが示された。
ここで用いられる場合、アミノ酸配列において、典型的には少なくとも約７０〜
８０％、８０〜９０％、さらに典型的には少なくとも約９０〜９５％、又はそれ
以上の相同性を有する場合には、２つのタンパク質（又はタンパク質の一領域）
は著しい相同性を有している。本発明によれば、著しい相同性を有するアミノ酸
配列は、より詳細には以下に述べられるようなストリンジェントな条件の下で、
トランスポーターペプチドをコード化する核酸分子とハイブリダイズする核酸配
列によりコード化される。

【００３４】 図３には、本発明のトランスポータータンパク質をコード化している遺伝子に
おいて発見されたＳＮＰ情報を示す。ここでは、ｇ３０３４４ａ、ａ３１１７０
ｇ、ｃ１６２５６ｔ、ａ１３３７６ｔ、ｔ１２２１０ｃ、ｇ１２０７２ｃ、ｇ１
１９２２ｔ、-１１９０３ａ、ｃ１０００９ｇ、ｃ４５１９ｔ、ａ４１８１ｇ、
ａ２０９５２ｃ、ｔ２０９８７ｃ、ｇ２１６２０ａ、ｔ２１７９５ｃ、ａ２２７
５３ｔ、ｇ２２９４５ａ、ｇ２３０３２ａ、ｇ２３７３８ａ、ｔ２３９５２ｇ、
ａ２４１２３ｇ、ｃ２４５２７-、ｃ２４６９１ｔ、ｇ２５０１５ａ、及びｇ２
５１９１ｔの変異が見られた。

【００３５】 トランスポーターペプチドのパラログは、トランスポーターペプチドの少なく
とも一部に対して、ある程度の著しい配列相同性／同一性を有し、ヒトの遺伝子
によってコード化され、また同様の活性又は機能を有しているものとして、容易
に同定することができる。アミノ酸配列が、与えられた領域又はドメインを通じ
て、典型的には少なくとも約６０％以上、さらに典型的には約７０％以上の相同
性を有する場合、２つのタンパク質は典型的なパラログであると考えられる。こ
のようなパラログは、より詳細には以下に述べられるような、モデレートからス
トリンジェントな条件の下で、トランスポーターペプチドをコード化する核酸分
子とハイブリダイズする核酸配列によりコード化される。

【００３６】 トランスポーターペプチドのオルトログは、トランスポーターペプチドの少な
くとも一部に対してある程度の著しい配列相同性／同一性を有し、他の生体の遺
伝子によってコード化されているものとして、容易に同定することができる。オ
ルトログは、好適には、哺乳類、さらに好適には霊長類から単離され、ヒトの治
療ターゲット及び治療薬剤の開発のために用いられる。このようなオルトログは
、より詳細には以下に述べられるような、モデレートからストリンジェントな条
件の下で、トランスポーターペプチドをコード化する核酸分子とハイブリダイズ
するような核酸配列によりコード化され、これはタンパク質を生成する２つの生
体の関連性に依存している。

【００３７】 本発明のトランスポーターペプチドの非天然の変異体は、組み換え技術を用い
て容易に生成することできる。このような変異体には、トランスポーターペプチ
ドのアミノ酸配列中における欠失、付加、置換によるものが含まれるが、これに
限定されるものではない。例えば、置換の１種として、保存的アミノ酸置換が挙
げられる。この置換は、トランスポーターペプチドにおける特定のアミノ酸が、
同様の特徴をもつ他のアミノ酸によって置換されるものである。保存的置換にお
いては、脂肪族のアミノ酸Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅの中の一つが他の一
つに置換、ヒドロキシル残基ＳｅｒとＴｈｒとの交換、酸性残基ＡｓｐとＧｌｕ
との交換、アミド残基ＡｓｎとＧｌｎ間の置換、塩基性残基ＬｙｓとＡｒｇとの
交換、芳香族残基ＰｈｅとＴｙｌとの置換がある。表現型に現れないアミノ酸置
換に関する指針については、Bowie et al., Science 247:1306-1310 (1990)に述
べられている。

【００３８】 変異トランスポーターペプチドは、完全に機能しているか、又は、例えばリガ
ンド結合能、リガンド輸送能、信号伝達媒介能等のような活性の一つ以上におい
て機能が欠落していることがある。完全機能的な変異体には、典型的には、保存
的な変異、又は致命的でない残基あるいは領域内での変異体のみが含まれる。図
２には、タンパク質解析の結果が示されており、致命的なドメイン／領域を特定
するのに使用することができる。機能性変異体には、機能が変化しない、又は著
しい機能変化の無い類似アミノ酸の置換も含まれる。他方、このような置換は、
機能に対してある程度プラス又はマイナスの影響を及ぼすことがある。

【００３９】 非機能性変異体には、典型的には、一つ以上の非保存的なアミノ酸の置換、欠
失、導入、反転、切断、又は致命的な残基あるいは領域での置換、欠失、導入、
反転が含まれる。

【００４０】 機能において必須のアミノ酸は、例えば、特定部位の突然変異誘発、又はアラ
ニンスキャニング突然変異誘発(Cunningham et al., Science 244:1081-1085 (1
989))等の当該分野において既知の方法により、特に図２に示す結果を用いて確
認することができる。後者の手順では、分子内の全ての残基において、単独のア
ラニン突然変異を導入する。この結果生じた変異体分子は、その後、トランスポ
ーター活性のような生物活性、又はin vitro増殖活性分析のようなアッセイのた
めに試験される。結合対象／基質結合にとって重要な部位は、結晶化、核磁気共
鳴、光学親和性ラベル等の構造解析によって決定される（Smith et al., J. Mol
. Biol. 224:899-904 (1992）; de Vos et al. Science 255:306-312(1992))。

【００４１】 本発明はトランスポーターペプチドのフラグメントを提供し、さらにこれに加
えて、該フラグメント、特に図２に特定された残基を含むフラグメントを含む、
及びから成るタンパク質及びペプチドを提供するものである。しかしながら、本
発明に関連するフラグメントは、本発明より以前に公開されているフラグメント
を含むものとは見なされない。

【００４２】 フラグメントは、ここで用いられる場合、トランスポーターペプチドに隣接す
るアミノ酸残基を、少なくとも８、１０、１２、１４、１６又はそれ以上含んで
いる。このようなフラグメントは、１以上のトランスポーターペプチドの生物活
性を保持する能力によって選択されるか、あるいは例えば、基質との結合又は抗
原としての作用等の機能を果たす能力によって選択され得る。特に重要なフラグ
メントは生物活性フラグメントであり、これは例えば、８又はそれ以上のアミノ
酸のペプチドである。このようなフラグメントは、典型的には、例えば活性部位
、膜貫通ドメイン、又は基質結合ドメインのような、トランスポーターペプチド
のドメイン又はモチーフを含んでいる。さらに、可能なフラグメントとしては、
ドメイン又はモチーフ含有フラグメント、溶解性ペプチドフラグメント、抗原性
構造含有フラグメントを含むが、これに限定されるものではない。予想されるド
メイン及び機能性部位は、当業者にとって容易に入手可能な公知のコンピュータ
プログラム（例えばＰＲＯＳＩＴＥ分析）により、容易に確認することができる
。このような分析結果の１つを図２に示す。

【００４３】 ポリペプチドは、一般に２０天然アミノ酸と呼ばれている２０種のアミノ酸以
外のアミノ酸をしばしば含むことがある。さらに、末端アミノ酸を含む多くのア
ミノ酸は、プロセシング及び翻訳後修飾等の自然の過程、又は当該分野において
公知の化学修飾技術によって修飾され得る。トランスポーターペプチドにおいて
自然に生じる一般的な修飾については、基本的なテキスト、詳細な研究論文及び
文献に記述されており、これは当業者においては周知である（これらの特性のい
くつかは図２において確認される）。

【００４４】 既知の修飾としては、アセチル化、アシル化、ＡＤＰリボシル化、アミド化、
フラビンの共有結合付加、ヘム部分の共有結合付加、ヌクレオチド又はヌクレオ
チド誘導体の共有結合付加、脂質又は脂質誘導体の共有結合付加、ホスファチジ
ルイノシトールの共有結合付加、架橋結合、環化、ジスルフィド結合形成、脱メ
チル化、共有結合架橋の形成、シスチンの形成、ピログルタミン酸塩の形成、ホ
ルミル化、γ−カルボキシル化、グリコシル化、ＧＰＩアンカー形成、ヒドロキ
シル化、ヨウ素化、メチル化、ミリストイル化、酸化、タンパク質分解プロセシ
ング、リン酸化、プレニル化、ラセミ化、セレノイル化、硫酸化、アルギニル化
などのタンパク質へのアミノ酸の転移ＲＮＡ媒介付加、ユビキチン化を含むが、
修飾はこれに限定されるものではない。

【００４５】 このような修飾は当業者には周知であり、科学文献において非常に詳細に記述
されてきた。グリコシル化、脂質付加、硫酸化、グルタミン酸残基のγ−カルボ
キシル化、ヒドロキシル化、ＡＤＰリボシル化など、特に一般的な修飾は、Prot
eins - Structure and Molecular Properties, 2nd Ed., T.E. Creighton, W. H
. Freeman and Company, New York (1993)のような、殆どの基本テキストにおい
て記述されている。この点に関する詳細な文献としては、Wold, F., Posttransl
ational Covalent Modification of Proteins, B.C. Johnson, Ed., Academic P
ress, New York 1-12 (1983); Seifter et al. (Meth. Enzymol. 182: 626-646
(1990)) and Rattan et al. (Ann. N.Y. Acad. Sci. 663:48-62 (1992) のよう
な多くの文献を利用することができる。

【００４６】 したがって、本発明のトランスポーターペプチドは、置換されたアミノ酸残基
が遺伝子コードによってコード化されていない、置換基が含まれている、成熟ト
ランスポーターペプチドが、例えばトランスポーターペプチドの半減期を長くす
る化合物のような他の化合物（例えば、ポリエチレングリコール）と融合してい
るか、又は付加アミノ酸が、例えば成熟トランスポーターペプチドの主、副配列
、又は精製配列、あるいは前タンパク質配列のような、成熟トランスポーターペ
プチドと融合しているといった、誘導体又は類似体をも包含するものである。

【００４７】タンパク質／ペプチドの使用 本発明のタンパク質は、図面及び背景技術に示される機能情報に関連した、実
質的及び特異的なアッセイにおいて、例えば、抗体を高める、又は他の免疫反応
を誘発させるため、生物液中でのタンパク質（又はその結合対象、又はリガンド
）レベルの定量のためのアッセイに用いる試薬（ラベル化試薬を含む）として、
あるいは、対応するタンパク質を選択的に発現する組織のマーカー（組織の分化
又は発達のある特定段階、あるいは疾患の状態）として使用することができる。
タンパク質が、他のタンパク質と結合しているか又は結合し得る場合（例えば、
トランスポーター−効果器タンパク質相互作用、トランスポーター−リガンド間
相互作用）、このタンパク質を用いて結合相手を同定し、結合相互作用の阻害剤
を同定するシステムを開発することができる。これらの一部又は全てを使用する
ことにより、試薬グレード、又は商業製品としてのキットフォーマットへの開発
が可能となる。

【００４８】 上に列記した使用を実際に行う方法は、当業者にとって周知のことである。こ
のような方法を開示している参考文献としては、“Molecular Cloning: A Labor
atory Manual”2d ed、Cold Spring Harbor Laboratory Press, Sambrook, J.,
E. F. Fritsch and T. Maniatis eds., (1989) “Methods in Enzymology: Guid
e to Molecular Cloning Techniques”、Academic Press, Berger, S. L. and A
. R. Kimmel eds., (1987)がある。

【００４９】 本発明のペプチドの潜在的な用途は、主にタンパク質の起源に基づいており、
同様にタンパク質の分類／作用に基づいている。例えば、ヒトから単離したトラ
ンスポーター、及びそれらのヒト／哺乳類オルトログは、哺乳類の治療用医薬、
例えば、ヒト用の医薬、特に、トランスポーターを発現する細胞又は組織中での
生物反応又は病理学的反応の変調に用いられる医薬を発見するためのターゲット
として有用である。ｃＤＮＡ検索のための組織特異ｃＤＮＡライブラリのスクリ
ーニングでは、スプライス型１は、胎児の脳、脳、脳下垂体、心臓、白血球、腎
臓、肝臓、甲状腺、肺、胎盤、骨格筋、胎児の腎臓、小腸、前立腺、睾丸、副腎
、骨髄、及び膵臓で発現することを示した。さらに、組織特異ライブラリ由来の
ＥＳＴのＢＬＡＳＴヒットでは、スプライス型１は、生殖細胞腫瘍、肺カルチノ
イド組織、脳退形成乏突起神経膠腫、リンパ性白血病Ｂ細胞、幼児の脳（生後７
３日）、胎盤、グリア芽細胞腫、高分化子宮内膜腺癌、胎児の肝臓、脾臓で発現
することを示した。医薬製剤のうちの多くの割合のものが、トランスポータータ
ンパク質、特に硫酸トランスポーターサブファミリーメンバーの活性を変調する
ものとして開発されている（背景技術参照）。背景技術及び図面に記載されてい
る構造情報及び機能情報、特に図１の発現情報と組み合わせることによって、本
発明の分子の特異的及び本質的な使用が提供される。スプライス型１は、脳、腎
臓のような胎児の組織；脳、脳下垂体、心臓、白血球、腎臓、肝臓、甲状腺、胎
盤、骨格筋、小腸、前立腺、睾丸、副腎、骨髄、膵臓のような分化組織；生殖細
胞腫瘍、肺カルチノイド組織、脳退形成乏突起神経膠腫、リンパ性白血病Ｂ細胞
、グリア芽細胞腫、及び高分化子宮内膜腺癌のような腫瘍性組織において発現す
ることが、独立の系で実証された。このような使用は、ここに示されている情報
と、当業者において既知の情報、及びルーチン実験を用いて、容易に決定するこ
とができる。

【００５０】 本発明のタンパク質（本発明以前に開示されている変異体及びフラグメントを
含む）は、硫酸トランスポーターサブファミリーに関連付けられるトランスポー
ターに関連する生物学的アッセイに有用である。このようなアッセイは、特にこ
のトランスポーターを発現する細胞及び組織において、本発明の一つが属するト
ランスポーターサブファミリーに特異的なトランスポーター関連症状の診断及び
治療に有用な、公知のトランスポーターの機能、活性、あるいは性質の何れかに
関係している。ｃＤＮＡ検索のための組織特異ｃＤＮＡライブラリのスクリーニ
ングでは、スプライス型１は、胎児の脳、脳、脳下垂体、心臓、白血球、腎臓、
肝臓、甲状腺、肺、胎盤、骨格筋、胎児の腎臓、小腸、前立腺、睾丸、副腎、骨
髄、及び膵臓で発現することを示した。さらに、組織特異ライブラリに由来する
ＥＳＴのＢＬＡＳＴヒットでは、スプライス型１は、生殖細胞腫瘍、肺カルチノ
イド組織、脳退形成乏突起神経膠腫、リンパ性白血病Ｂ細胞、幼児の脳（生後７
３日）、胎盤、グリア芽細胞腫、高分化子宮内膜腺癌、胎児の肝臓、脾臓で発現
することを示した。本発明のタンパク質は、細胞系、又は無細胞系における薬剤
スクリーニングアッセイにおいても有用である(Hodgson, Bio/technology, 1992
, Sept 10(9);973-80)。細胞系では、天然型、すなわちトランスポーターを正常
に発現する細胞であり、生体組織検査、又は細胞培地中で増殖することができる
。スプライス型１は、脳、腎臓のような胎児の組織；脳、脳下垂体、心臓、白血
球、腎臓、肝臓、甲状腺、胎盤、骨格筋、小腸、前立腺、睾丸、副腎、骨髄、膵
臓のような分化組織；生殖細胞腫瘍、肺カルチノイド組織、脳退形成乏突起神経
膠腫、リンパ性白血病Ｂ細胞、グリア芽細胞腫、及び高分化子宮内膜腺癌のよう
な腫瘍性組織において発現することが、独立の系で実証された。他の例では、細
胞系アッセイは、トランスポータータンパク質を発現する組み換え宿主細胞に関
係している。

【００５１】 ポリペプチドは、自然状態又は変異型でトランスポーターに関連する特定の疾
患又は症状を引き起こすタンパク質のトランスポーター活性を変調する化合物を
同定するために用いることができる。本発明のトランスポーターと、適切な変異
体及びフラグメントの両者は、トランスポーターへの結合能力を持つ候補化合物
をアッセイするための高効率スクリーンにおいて使用することができる。これら
の化合物は、さらにこれらのトランスポーター活性に対する影響を判定するため
に、機能性トランスポーターに対してスクリーニングを行うことができる。さら
にこれらの化合物は、動物又は無脊椎動物系における、活性／効果を判定するた
めに試験することができる。化合物は、トランスポーターを望ましい程度までに
活性化（アゴニスト）又は不活性化（アンタゴニスト）するかどうか判定される
。

【００５２】 さらに、本発明のタンパク質は、トランスポータータンパク質と、トランスポ
ータータンパク質と通常相互作用する分子、例えば、トランスポータータンパク
質が通常相互作用する信号経路の基質又は構成成分との間での相互作用を促進又
は阻害する能力を持つ化合物（例えば、他のトランスポーター）をスクリーニン
グするのに用いることができる。このようなアッセイでは、一般的には、トラン
スポータータンパク質又はフラグメントが、ターゲット分子と相互作用し、タン
パク質とターゲットとの複合物を検出するか、又は膜電位の変化、タンパク質の
リン酸化、ｃＡＭＰ代謝回転、アデニル酸シクラーゼ活性化などの信号伝達に関
連した効果のような、トランスポータータンパク質とターゲットとの間の相互作
用の生化学的結果を検出することのできる条件で、トランスポータータンパク質
と候補化合物とが結合される工程が含まれる。

【００５３】 候補化合物としては、例えば、１）最後部がＩｇの融合ペプチド、及びランダ
ムペプチドライブラリを含む可溶性ペプチド（例えば、Lam et al., Nature 354
:82-84 (1991); Houghten et al., Nature 354:84-86 (1991)参照）、及びＤ−
及び／又はＬ−型アミノ酸からできている組み合わせ化学誘導分子ライブラリを
含むペプチド、２）ホスホペプチド（例えば、ランダム、又は部分的に変質した
ホスホペプチドライブラリ。例えば、Songyang et al., Cell 72:767-778 (1993
)参照）、３）抗体（例えば、ポリクローン抗体、モノクローン抗体、ヒト化抗
体、抗イディオタイプ抗体、キメラ抗体、Ｆａｂ、Ｆ(ａｂ’)_２、Ｆａｂ発現ラ
イブラリフラグメントを含む単鎖抗体、及び抗体のエピトープ結合フラグメント
）、４）小さな有機及び無機分子（例えば、組み合わせ及び天然生成物ライブラ
リから得られる分子）が含まれる。

【００５４】 ある候補化合物は、リガンド結合と競合する受容体の可溶性フラグメントであ
る。他の候補化合物には、変異トランスポーター、又はトランスポーター機能に
影響を及ぼす変異体を含む適切なフラグメントがあり、このためにリガンドとの
競合が起こる。したがって、例えば、高い親和性を有するか、又はフラグメント
がリガンドと結合し解離しないような、リガンドと競合するフラグメントが本発
明に含まれる。

【００５５】 本発明はさらに、トランスポーター活性を変調（促進又は阻害）する化合物を
同定するための、他のエンドポイントアッセイを含む。このアッセイは、一般的
に、トランスポーター活性を示す信号伝達経路における挙動のアッセイに関連し
ている。このため、リガンドの輸送、細胞膜電位の変化、タンパク質の活性化、
トランスポータータンパク質に依存して信号カスケードに対する応答が上方又は
下方調節される遺伝子発現の変化についてのアッセイを行うことができる。

【００５６】 トランスポーターにより媒介される、生物学的又は生化学的な機能は、何れも
エンドポイントアッセイとして用いることができる。これらは、ここに記載され
ている全ての生化学的又は生化学的／生物学的挙動を含み、ここに引用される文
献にはこれらのエンドポイントアッセイのターゲットが折り込まれており、また
、他の機能については、当業者において公知であるか、又は図面、特に図２の情
報を用いて、容易に確認することができる。特に、トランスポーターを発現する
細胞又は組織の生物学的機能についてのアッセイを行うことができる。ｃＤＮＡ
検索のための組織特異ｃＤＮＡライブラリのスクリーニングでは、スプライス型
１は、胎児の脳、脳、脳下垂体、心臓、白血球、腎臓、肝臓、甲状腺、肺、胎盤
、骨格筋、胎児の腎臓、小腸、前立腺、睾丸、副腎、骨髄、及び膵臓で発現する
ことを示した。さらに、組織特異ライブラリに由来するＥＳＴのＢＬＡＳＴヒッ
トでは、スプライス型１は、生殖細胞腫瘍、肺カルチノイド組織、脳退形成乏突
起神経膠腫、リンパ性白血病Ｂ細胞、幼児の脳（生後７３日）、胎盤、グリア芽
細胞腫、高分化子宮内膜腺癌、胎児の肝臓、脾臓で発現することを示した。

【００５７】 結合及び／又は活性化化合物は、キメラトランスポータータンパク質を用いる
ことによりスクリーニングを行うこともでき、アミノ末端細胞外ドメイン又はそ
の一部、あるいは、７つの膜貫通セグメントの何れか又は細胞内又は細胞外ルー
プの何れか、及びカルボキシ末端細胞内ドメインのような膜貫通ドメイン全体あ
るいはサブリジョン又はその一部は、異種ドメイン又はサブリジョンにより置換
され得る。例えば、リガンド結合領域は、異なるリガンドと相互作用するものと
して用いられることができ、この場合、天然のトランスポーターによって認識さ
れる。したがって、異なる一組の信号伝達成分を、活性化のエンドポイントアッ
セイとして利用することができる。これにより、トランスポーターの由来する特
定の宿主細胞以外のものにおいてアッセイを行うことが可能となる。

【００５８】 本発明のタンパク質はまた、トランスポーターと相互作用する化合物（例えば
、結合相手及び／又はリガンド）を発見するため設計される方法である競争結合
アッセイにも有用である。このために、化合物がポリペプチドと結合又は相互作
用できる条件下で、化合物をトランスポーターポリペプチドと接触させる。可溶
性トランスポーターポリペプチドもまた混合物中に加えられる。テスト化合物が
可溶性トランスポーターポリペプチドと相互作用する場合、トランスポータータ
ーゲットから形成される複合体の量、又は活性は減少する。このタイプのアッセ
イは、特にトランスポーターの特定領域と相互作用する化合物を模索する場合に
有用である。このため、ターゲットとなるトランスポーター領域と競合する可溶
性ポリペプチドは、対象となる領域に対応したペプチド配列を含むように設計さ
れている。

【００５９】 無細胞系薬剤のスクリーニングアッセイを行うためには、タンパク質の一方又
は両方の非複合化形態からの複合化形態の分離を効率化し、アッセイを自動化す
るために、トランスポータータンパク質又はフラグメント、そのターゲット分子
の何れかを固定化するのが望ましい場合がある。

【００６０】 薬剤スクリーニングアッセイにおいては、マトリックスにタンパク質を固定化
する技術を使用することができる。ある例では、タンパク質にマトリックスに結
合することのできるドメインを付加した融合タンパク質を得ることができる。例
えば、グルタチオンＳ−トランスフェラーゼ融合タンパク質は、グルタチオンセ
ファローズビーズ（Sigma Chemical, St． Louis， MO）又はグルタチオン誘導
マイクロタイタープレート上に吸着され、細胞溶解物（例えば、^３５Ｓ−ｌａｂ
ｅｌｅｄ）と候補化合物とが結合され、複合体形成条件（例えば、塩及びｐＨの
生理学的条件）の下で混合物がインキュベートされる。インキュベートの後、非
結合ラベルの除去のためにビーズは洗浄され、マトリックスを固定化して、放射
性ラベルを直接、又は複合体を分離した後の上澄みを測定することにより定量さ
れる。あるいは、複合体はＳＤＳ−ＰＡＧＥによりマトリックスから分離するこ
とができ、標準の電気泳動技術を用いることによって、ゲルからビーズフラクシ
ョン中のトランスポーター結合タンパク質のレベルを定量することができる。例
えば、ポリペプチド又はそのターゲット分子のどちらかが、当業者に周知の技術
を利用して、ビオチン及びストレプトアビジンの結合を用いて固定化される。あ
るいは、タンパク質と反応し、タンパク質とターゲット分子との結合を妨げない
抗体は、プレートのウェルに誘導化され、このタンパク質は抗体との結合により
そのウェルの中に捕らえられる。トランスポーター結合タンパク質の組成物と候
補化合物は、トランスポータータンパク質存在ウェル中でインキュベートされ、
ウェルに捕らえられた複合体の量を測定する。このような複合体を検出する方法
としては、ＧＳＴ固定複合体による前述の方法に加えて、トランスポータータン
パク質ターゲット分子に反応性のある抗体、又は、トランスポータータンパク質
に反応性がありターゲット分子と競合する抗体を用いた複合体の免疫検出法、及
びターゲット分子と関連する酵素活性の検出に基づく酵素結合アッセイが含まれ
る。

【００６１】 本発明のトランスポーターのうちの１つを変調する薬剤は、上述の分析方法を
単独あるいは組み合わせて用いることにより同定することができる。一般的には
、最初と最後に細胞系又は無細胞系のシステムを用いて、動物又は他のモデルシ
ステムにおける活性を確認することが好ましい。このようなモデルシステムは、
当業者に周知であり、本記載において容易に用いることができる。

【００６２】 これらの薬剤スクリーニングアッセイによって同定されるトランスポータータ
ンパク質活性のモジュレータは、トランスポーターを発現する細胞又は組織に処
置することにより、トランスポーター経路により媒介される疾患を患う患者の治
療に用いることができる。スプライス型１の発現は、脳、腎臓のような胎児の組
織；脳、脳下垂体、心臓、白血球、腎臓、肝臓、甲状腺、胎盤、骨格筋、小腸、
前立腺、睾丸、副腎、骨髄、膵臓のような分化組織；生殖細胞腫瘍、肺カルチノ
イド組織、脳退形成乏突起神経膠腫、リンパ性白血病Ｂ細胞、グリア芽細胞腫、
及び高分化子宮内膜腺癌のような腫瘍性組織において、それぞれの独立の系で実
証された。これらの治療方法には、薬剤組成物中のトランスポーター活性のモジ
ュレータを患者の治療に必要な量投与する工程が含まれており、このモジュレー
タはここに記載されるようにして同定される。

【００６３】 本発明の他の観点では、トランスポーターと結合又は相互作用する、又はトラ
ンスポーター活性に関連している他のタンパク質を同定するために、２−ハイブ
リッドアッセイ又は３−ハイブリッドアッセイ（U.S. Patent No. 5,283,317; Z
ervos et al. (1993) Cell 72:223-232; Madura et al. (1993) J. Biol. Chem.
268:12046-12054; Bartel et al. (1993) Biotechniques 14:920-924; Iwabuc
hi et al. (1993) Oncogene 8:1693-1696; and Brent WO94/10300参照）におい
て、トランスポータータンパク質を「ｂａｉｔタンパク質」として使用すること
ができる。このようなトランスポーター結合タンパク質は、例えば、下流因子と
してのトランスポータータンパク質、又はトランスポーターターゲットによる信
号伝達に関与している。あるいは、このようなトランスポーター結合タンパク質
は、トランスポーター阻害剤であることがある。

【００６４】 ２−ハイブリッドシステムは、分離可能なＤＮＡ結合ドメイン及び活性化ドメ
インから成る、大部分の転写調節因子のモジュラー性に基づいている。簡単に言
うと、このアッセイでは２つの異なるＤＮＡ構造を利用する。一方の構造におい
ては、トランスポータータンパク質をコードしている遺伝子は、既知の転写調節
因子（例えばＧＡＬ−４）のＤＮＡ結合ドメインをコード化している遺伝子に融
合される。他方の構造においては、ＤＮＡ配列ライブラリから得られ、未確認の
タンパク質（「ｐｒｅｙ」又は「ｓａｍｐｌｅ」）をコード化しているＤＮＡ配
列が、既知の転写調節因子の活性化ドメインをコード化している遺伝子に融合さ
れる。「ｂａｉｔタンパク質」及び「ｐｒｅｙタンパク質」が生体内で相互作用
することができ、トランスポーター依存複合体を形成する場合、転写調節因子の
ＤＮＡ結合ドメイン及び活性化ドメインは近接する。この近接により、転写調節
因子に反応する転写調節部位に結合可能なリポーター遺伝子（例えばＬａｃＺ）
の転写を行うことができる。リポーター遺伝子の発現は検出することが可能であ
り、機能的転写調節因子を含んでいる細胞コロニーを単離及び使用して、トラン
スポータータンパク質と相互作用するタンパク質をコード化するクローン遺伝子
を得ることができる。

【００６５】 本発明はさらに、前述のスクリーニングアッセイによって同定される新規な薬
剤に関する。したがって、ここに記載されるようにして同定された薬剤を適当な
動物のモデルに使用することも本発明の範囲内である。例えば、本発明で同定さ
れた薬剤（例えばトランスポーター変調薬剤、アンチセンストランスポーター核
酸分子、トランスポーター特異抗体、又はトランスポーター結合対象）は、これ
らの薬剤の処方における有効性、毒性、副作用を判定するために、動物、又は他
のモデルで用いることができる。あるいは、本発明で同定された薬剤は、このよ
うな薬剤の作用のメカニズムを決定するために、動物又は昆虫のモデルで使われ
ることができる。さらに、本発明は、ここに記載される治療のためのスクリーニ
ングアッセイにより同定された新規な薬剤の使用に関する。

【００６６】 本発明のトランスポータータンパク質は、ペプチドにより媒介される疾患又は
疾患素質の診断のためのターゲットを提供するのに有用である。したがって、本
発明は、細胞、組織、又は生体中におけるタンパク質（又はコード化したｍＲＮ
Ａ）の存在、あるいはそのレベルを検出する方法を提供するものである。スプラ
イス型１の発現は、脳、腎臓のような胎児の組織；脳、脳下垂体、心臓、白血球
、腎臓、肝臓、甲状腺、胎盤、骨格筋、小腸、前立腺、睾丸、副腎、骨髄、膵臓
のような分化組織；生殖細胞腫瘍、肺カルチノイド組織、脳退形成乏突起神経膠
腫、リンパ性白血病Ｂ細胞、グリア芽細胞腫、及び高分化子宮内膜腺癌のような
腫瘍性組織において、それぞれの独立の系で実証された。この方法は、生物サン
プルと、トランスポータータンパク質との相互作用能力を有する化合物との接触
に関係しており、ここでは相互作用について検出することができる。このような
アッセイは、単検出形態、又は抗体チップアレイのような多検出形態で与えられ
る。

【００６７】 サンプル中のタンパク質を検出する１つの薬剤は、タンパク質に選択的に結合
することのできる抗体である。生物サンプルには、被験者から単離されるか、又
は被験者の内部に存在する組織、細胞、生物液体が含まれる。

【００６８】 本発明のペプチドは、ペプチド変異体を持つ患者のタンパク質の活性、疾患又
は疾患素質の診断に用いるためのターゲット、特に現存するタンパク質ファミリ
ー以外のものとして知られる活性、及び症状のターゲットを提供するものである
。したがって、ペプチドは生物学的サンプルから単離されることができ、また、
異常ペプチドを生じる遺伝子突然変異の存在についてアッセイを行うことができ
る。これは、アミノ酸置換、欠失、挿入、再配置（異常なスプライシング挙動の
結果生じる）、及び不適当な翻訳後の修飾を含む。分析方法としては、変容電気
泳動移動度、変容トリプシンペプチド消化、細胞系又は無細胞系アッセイによる
変容トランスポーター活性、リガンド又は抗体の変容結合パターン、変容等電点
、直接アミノ酸配列、及びタンパク質の変異の検出に有用な他の公知のアッセイ
技術を含む。このようなアッセイは、単検出形態、又は抗体チップアレイのよう
な多検出形態で与えられる。

【００６９】 ペプチドのIn vitro検出技術としては、酵素結合免疫吸着剤アッセイ（ＥＬＩ
ＳＡｓ）、ウェスタンブロット、抗体、又はタンパク質結合剤のような検出試薬
を用いた免疫沈降、免疫蛍光検査法を含む。あるいは、ラベルされた抗ペプチド
抗体、又は他のタイプの検出試薬を被験者に導入することにより、被験者のin v
ivo検出を行うことができる。例えば、被験者中のこのマーカーの存在及び位置
を標準のイメージング技術によって検出することができる放射性マーカーを、抗
体にラベルすることができる。被験者において発現されたペプチドの対立変異体
を検出する方法、及びサンプル中のペプチドのフラグメントを検出する方法は、
特に有用である。

【００７０】 ペプチドはまた、ゲノム薬理学分析においても有用である。ゲノム薬理学では
、薬剤の変化の傾向と、影響を受けたヒトの異常挙動に従って、薬剤に対しての
応答における著しい遺伝的変異について臨床的に取り扱う。例えば、Eichelbaum
, M. (Clin. Exp. Pharmacol. Physiol. 23(10-11): 983-985 (1996))、及びLin
der, M.W. (Clin. Chem. 43(2):254-266 (1997))を参照されたい。これらの変異
の臨床的な結果、個人の代謝変異の結果として、ある個人に対しては治療薬剤が
重い毒性となり、又はある個人に対しては治療の失敗に終わる。このように、個
人の遺伝子型は、体内で治療化合物を作用させる方法、又は体が化合物を代謝す
る方法を決定することができる。さらに、酵素を代謝させる薬剤の活性は、薬剤
の作用の強度と期間に影響する。このように、個人のゲノム薬理学は、個人の遺
伝子型に基づいた予防、又は治療的な処置において、効果的な化合物、又はこの
ような化合物の効果的な投与量の選択を可能とする。遺伝子多形性の発見により
、酵素代謝性の薬剤において、患者が期待される薬効を得られない、不自然な薬
効を示す、又は標準の投薬量から重大な毒性を被るといったことの理由を説明す
ることができる。多形性は、強い代謝系の表現型と弱い代謝系の表現型で表され
ることができる。したがって、遺伝子の多形性は、ある集団のトランスポーター
機能の１つ以上が他の集団のそれと異なるような、トランスポータータンパク質
の対立タンパク質変異に至るかもしれない。このように、ペプチドは治療法に影
響する遺伝子の素因を確認するためのターゲットとなり得る。このため、リガン
ドベースの治療において、多形性は、末端アミノ基の細胞外ドメイン及び／又は
他のリガンド結合領域におけるリガンド結合活性及びトランスポーター活性が、
より高い、又はより低いことを引き起こし得る。したがって、多形性を含む集団
においては、治療効果を最大にするように、リガンド投薬量は必然的に修正され
る。遺伝子型に代わるものとしては、特定の多形性のペプチドを同定することが
できる。

【００７１】 ペプチドはまた、タンパク質の発現がない、発現が不適当、又は発現が不必要
であることによって特徴づけられる障害の治療に有用である。スプライス型１の
発現は、脳、腎臓のような胎児の組織；脳、脳下垂体、心臓、白血球、腎臓、肝
臓、甲状腺、胎盤、骨格筋、小腸、前立腺、睾丸、副腎、骨髄、膵臓のような分
化組織；生殖細胞腫瘍、肺カルチノイド組織、脳退形成乏突起神経膠腫、リンパ
性白血病Ｂ細胞、グリア芽細胞腫、及び高分化子宮内膜腺癌のような腫瘍性組織
において、それぞれの独立の系で実証された。したがって、治療方法としては、
トランスポータータンパク質又はフラグメントの使用が含まれる。

【００７２】抗体 本発明は、本発明のペプチド、このようなペプチドを含むタンパク質、それら
の変異体及びフラグメントの１つに選択的に結合する抗体を提供するものである
。ここで用いられている場合、抗体がターゲットペプチドと結合し、無関係なタ
ンパク質と強く結合しないような場合、抗体は選択的にターゲットペプチドと結
合している。抗体がターゲットペプチドと実質的に相同性の無い他のタンパク質
と結合していても、そのペプチドが抗体のターゲットとなるペプチドに対してフ
ラグメント又はドメインにおける相同性を有している限り、抗体は選択的にペプ
チドを結びつけると考えられる。この場合、ペプチドに結合している抗体は、あ
る程度の交差反応性を持つにも関わらず、選択的であると理解される。

【００７３】 ここで用いられる場合、抗体は当該分野で認められているものと同じ用語で定
義され、これらは、哺乳類生体により生成され、抗原の攻撃に対して応答するマ
ルチサブユニットタンパク質である。本発明の抗体には、ポリクローナル抗体、
モノクローナル抗体、及びＦａｂ又はＦ（ａｂ’）２、及びＦｖのような抗体の
フラグメントが含まれるが、これに限定されるものではない。

【００７４】 ターゲットペプチドを得るための、抗体の生成及び／又は同定について、多く
の方法が知られている。このような方法のいくつかは、Harlow, Antibodies, Co
ld Spring Harbor Press,(1989)に記載されている。

【００７５】 一般に、抗体を生成するためには、単離ペプチドを免疫原として用い、例えば
ラット、ウサギ又はマウスのような哺乳類生体に投与される。全長タンパク質、
抗原性ペプチドフラグメント又は融合タンパク質が用いられる。特に重要なフラ
グメントは、図２に特定されているような機能性ドメインをカバーするものであ
り、また、タンパク質アラインメント法を使用し、図面に示されているようにし
て、容易に確認することができるファミリーと配列相同性又は相違性を持つドメ
インである。

【００７６】 抗体は、トランスポータータンパク質の領域、又は単離されたフラグメントか
ら好適に調製される。抗体は、ここに記載されるペプチドの何れの領域からも調
製することができる。しかしながら、好適な領域としては、機能／活性及び／又
はトランスポーター結合対象相互作用に関係している領域が含まれる。図２は特
に重要な領域を特定するのに用いることができ、配列アラインメントは保持され
た特異な配列フラグメントを特定するのに用いることができる

【００７７】 抗原性フラグメントは、一般的に、少なくとも８つの隣接するアミノ酸残基を
含んでいる。しかしながら、抗原性ペプチドは、少なくとも１０、１２、１４、
１６以上のアミノ酸残基を含むことができる。このようなフラグメントは、例え
ば、タンパク質の表面上に位置する領域、例えば、親水性領域に対応するフラグ
メントのような物理的な性質、あるいは配列の特異性（図２参照）に基づいて選
択することができる。

【００７８】 本発明の抗体の検出は、検出可能物質と抗体とのカップリング（すなわち、物
理的な結合）によって容易にすることができる。検出可能物質の例としては、例
えば、種々の酵素、補欠分子族、蛍光性物質、発光性物質、生物発光性物質、及
び放射性物質が含まれる。好適な酵素の例としては、セイヨウワサビペルオキシ
ダーゼ、アルカリホスファターゼ、β-ガラクトシダーゼ、又はアセチルコリン
エステラーゼが含まれ、好適な補欠分子族の例としては、ストレプトアビジン／
ビオチン、アビジン／ビオチンが含まれ、好適な蛍光性物質の例としては、ウン
ベリフェロン、フルオレセイン、フルオレセイン・イソチオシアン酸塩、ローダ
ミン、ジクロロトリアジニルアミンフルオレセイン、ダンシルクロライド、又は
フィコエリトリンが含まれ、発光性物質の例としては、ルミノールが含まれ、生
物発光性物質の例としては、ルシフェラーゼ、ルシフェリン及びエクオリンが含
まれ、そして、適切な放射性物質の例としては、^１２５Ｉ、^１３１Ｉ、^３５Ｓ、
又は^３Ｈが含まれる。

【００７９】抗体の使用 抗体は、アフィニティクロマトグラフィ、又は免疫沈降のような標準の技術に
よって、本発明のタンパク質の１つを単離するために用いることができる。抗体
は、細胞からの天然タンパク質、及び宿主細胞に表現される組換えによって生成
されたタンパク質の精製を容易にすることができる。さらに、このような抗体は
、組織や生体内のタンパク質の発現パターンを決定するため、細胞や組織内にお
ける本発明のタンパク質の存在の検出に、通常の開発段階を経ずに用いることが
できる。ｃＤＮＡ検索のための組織特異ｃＤＮＡライブラリのスクリーニングで
は、スプライス型１は、胎児の脳、脳、脳下垂体、心臓、白血球、腎臓、肝臓、
甲状腺、肺、胎盤、骨格筋、胎児の腎臓、小腸、前立腺、睾丸、副腎、骨髄、及
び膵臓で発現することが示された。さらに、組織特異ライブラリに由来するＥＳ
ＴのＢＬＡＳＴヒットでは、スプライス型１は、生殖細胞腫瘍、肺カルチノイド
組織、脳退形成乏突起神経膠腫、リンパ性白血病Ｂ細胞、幼児の脳（生後７３日
）、胎盤、グリア芽細胞腫、高分化子宮内膜腺癌、胎児の肝臓、脾臓で発現する
ことを示した。さらに、このような抗体は、発現の量及びパターンを評価するこ
とによって、in situ、in vitro、細胞溶解物中、及び上澄み中でのタンパク質
の検出に用いることができる。また、このような抗体は、生物学的症状の発展又
は進行間における、異常な組織分布、又は異常な発現を評価するのに用いること
ができる。全長タンパク質の循環フラグメントにおける抗体検出は、代謝回転を
確認するのに用いることができる。

【００８０】 さらに、抗体は、タンパク質機能に関連した疾患の活発な段階、又は該疾患素
因を持つ個人といった、疾患の症状発現を評価するのに用いることができる。障
害が不適当な組織分布、発展性の発現、タンパク質の発現レベル、又は発現／進
行状態に起因する場合、抗体を通常のタンパク質に対して調製することができる
。スプライス型１の発現は、脳、腎臓のような胎児の組織；脳、脳下垂体、心臓
、白血球、腎臓、肝臓、甲状腺、胎盤、骨格筋、小腸、前立腺、睾丸、副腎、骨
髄、膵臓のような分化組織；生殖細胞腫瘍、肺カルチノイド組織、脳退形成乏突
起神経膠腫、リンパ性白血病Ｂ細胞、グリア芽細胞腫、及び高分化子宮内膜腺癌
のような腫瘍性組織において、それぞれの独立の系で実証された。障害がタンパ
ク質の特定の変異により特徴づけられる場合、この変異タンパク質に特異的な抗
体を、特定の変異タンパク質の存在のアッセイを行うために用いることができる
。

【００８１】 抗体はまた、生体内の各種組織における、細胞の正常又は異常な細胞小器官の
位置を評価するのに用いることができる。スプライス型１の発現は、脳、腎臓の
ような胎児の組織；脳、脳下垂体、心臓、白血球、腎臓、肝臓、甲状腺、胎盤、
骨格筋、小腸、前立腺、睾丸、副腎、骨髄、膵臓のような分化組織；生殖細胞腫
瘍、肺カルチノイド組織、脳退形成乏突起神経膠腫、リンパ性白血病Ｂ細胞、グ
リア芽細胞腫、及び高分化子宮内膜腺癌のような腫瘍性組織において、それぞれ
の独立の系で実証された。診断としての使用は、遺伝子のテストだけでなく、治
療法をモニターすることにも適用することができる。したがって、治療が最終的
に、発現レベル、又は異常配列及び異常組織配布の存在、又は発展性の発現を修
正することを目指すものである場合、タンパク質又は関連するフラグメントに直
接的に対する抗体を、治療の有効性をモニターするために用いることができる。

【００８２】 さらに、抗体はゲノム薬理学分析において有用である。したがって、多形タン
パク質に対して調製される抗体は、治療法の修正を必要とする個人を特定するた
めに用いることができる。抗体はまた、電気泳動、等電点、トリプシンペプチド
消化、当該分野において周知な他の物理的なアッセイによって分析される、異常
タンパク質の免疫学的マーカーのような診断上のツールとしても有用である。

【００８３】 抗体はまた、組織型の分類にも有用である。スプライス型１の発現は、脳、腎
臓のような胎児の組織；脳、脳下垂体、心臓、白血球、腎臓、肝臓、甲状腺、胎
盤、骨格筋、小腸、前立腺、睾丸、副腎、骨髄、膵臓のような分化組織；生殖細
胞腫瘍、肺カルチノイド組織、脳退形成乏突起神経膠腫、リンパ性白血病Ｂ細胞
、グリア芽細胞腫、及び高分化子宮内膜腺癌のような腫瘍性組織において、それ
ぞれの独立の系で実証された。このように、特定のタンパク質が特定の組織中の
発現と相関していた場合、このタンパク質に特異な抗体を、組織型を同定するた
めに用いることができる。

【００８４】 抗体はまた、タンパク質機能を阻害するのに有用であり、例えば、リガンドや
タンパク質結合相手のような結合対象へのトランスポーターペプチドの結合をブ
ロックする。これらの使用は、タンパク質の機能阻害に関連する治療法における
、治療環境において適用されることができる。抗体は、例えば、結合をブロック
することにより、ペプチド活性の変調（アゴナイズ又はアンタゴナイズ）を阻害
することに用いることができる。抗体は、機能のために必要な部位を含む特定の
フラグメントに対して、又は細胞又は細胞膜と関係している完全タンパク質に対
して調製される。図２に、本発明のタンパク質に関する構造情報を示す。

【００８５】 本発明は、生物学的サンプル中のタンパク質の存在を検出するために抗体を用
いたキットを包含する。キットには、ラベル化された、又はラベル化可能な抗体
と、生物学的サンプル中でタンパク質を検出するための化合物又は試薬を含み、
；サンプル中のタンパク質量を決定する手段；標準サンプルのタンパク質量と比
較する手段；及び使用の説明、とを含む。このようなキットは、単一のタンパク
質、又はエピトープを検出するために提供されるか、又は抗体検出アレイのよう
に、多数のエピトープのうちの１つを検出するように設定されることができる。
アレイとしては、核酸アレイが後述され、また抗体アレイのための同様の方法も
開発されている。

【００８６】核酸分子 本発明は、さらに本発明のトランスポーターペプチド又はタンパク質をコード
化する単離核酸分子（ｃＤＮＡ、転写及びゲノム配列）を提供するものである。
このような核酸分子は、本発明のトランスポーターペプチドの１つ、又はこれら
の対立変異体、又はこれらのオルトログ又はパラログをコード化する核酸分子か
ら成る、実質的に成る、又は含んでいる。

【００８７】 ここで用いられる場合、「単離」核酸分子とは、核酸の天然起源における他の
核酸の存在から分離されたものである。好ましくは、「単離」核酸は、その核酸
の由来となる生物のゲノムＤＮＡにおいて、核酸のフランキング配列（すなわち
、５’、及び３’末端に位置する配列）は含まない。しかしながら、例えば、約
５ＫＢ、４ＫＢ、３ＫＢ、２ＫＢ又は特に１ＫＢ以上又はこれ以下、特に配列に
よりコード化された隣接ペプチドのように、いくつかのフランキングヌクレオチ
ド配列があるが、同一の遺伝子の配列によりコード化されたペプチドは、ゲノム
配列中のイントロンにより分離されている。重要な点は、核酸が、ここに記載さ
れているような特定の操作、例えば、組み換え発現、プローブやプライマーの調
製、核酸配列のための他の使用等に取り扱うことができるように、遠くの重要で
ないフランキング配列から分離されているということである。

【００８８】 さらに、例えば、転写／ｃＤＮＡ分子のような「単離」核酸分子は、組み換え
技術により製造される場合には、他の細胞物質、又は培地、また化学的に合成さ
れる場合には前駆体又は他の化学物質を実質的に含まない。しかしながら、この
核酸分子は、他のコード化又は調整配列に融合されることができるが、これは単
離されたものとして考えられる。

【００８９】 例えば、ベクターに含まれる組み換えＤＮＡ分子は、単離されたものとして考
えられる。さらに、単離したＤＮＡ分子の例としては、非相同的な宿主細胞に保
持された組み換えＤＮＡ分子、又は溶液中で精製（部分的又は実質的に）された
ＤＮＡ分子が含まれる。単離されたＲＮＡ分子としては、本発明の単離したＤＮ
Ａ分子の、in vivo又はin vitroＲＮＡ転写物が含まれる。本発明により単離さ
れた核酸分子としてはさらに、合成的に製造された分子が含まれる。

【００９０】 したがって、本発明は、図１又は３ [ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１及び４（ｃＤＮＡ
／転写配列）、及びＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．３（ゲノム配列）]において示されるヌ
クレオチド配列から成る核酸分子、又は図２（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２及び５）に
示されるタンパク質をコード化する核酸分子を提供するものである。ヌクレオチ
ド配列がこの核酸分子の完全なヌクレオチド配列であるとき、核酸分子はヌクレ
オチド配列から成る。

【００９１】 本発明はさらに、図１又は３[ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１及び４（ｃＤＮＡ／転写
配列）、及びＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．３（ゲノム配列）]において示されるヌクレオ
チド配列から実質的に成る核酸分子、又は図２（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２及び５）
に示されるタンパク質をコード化する核酸分子を提供するものである。核酸分子
において、最終的にこのようなヌクレオチド配列がごくわずかの付加核酸残基と
ともに存在するとき、核酸分子はヌクレオチド配列から実質的に成る。

【００９２】 本発明はさらに、図１又は３ [ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１及び４（ｃＤＮＡ／転写
配列）及びＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．３（ゲノム配列）]において示されるヌクレオチ
ド配列を含む核酸分子、又は図２（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２及び５）に示されるタ
ンパク質をコード化する核酸分子を提供するものである。核酸分子の最終的な核
酸配列の少なくとも一部がこの核酸配列である場合、核酸分子はヌクレオチド配
列を含む。これによると、核酸分子は、そのヌクレオチド配列だけであるか、又
は付加的な核酸残基、例えば、自然に関する核酸配列、又は非相同的な核酸配列
を有することもできる。このような核酸分子は、ごくわずかの付加的なヌクレオ
チドを有するか、又は数百又はそれ以上の付加的なヌクレオチドを含むこともで
きる。これらの種々のタイプの核酸分子を容易に生成／単離する方法については
、以下に簡単に述べる。

【００９３】 図１及び３には、コード及び非コードの配列の両者が提供される。本発明のヒ
トゲノム配列（図３）、及びｃＤＮＡ／転写配列（図１）より、図中の核酸分子
は、ゲノムイントロン配列、５’と３’の非コード配列、遺伝子調節領域、及び
非コード遺伝子間配列を含んでいる。一般に、図１と図３の両者に記載されてい
るこのような配列の特徴は、当該分野において公知の計算ツールを用いて容易に
特定することができる。以下で議論されるように、いくつかの非コーディング部
位、特にプロモーターのような遺伝子の調節因子は、例えば、非相同的な遺伝子
発現の制御、遺伝子活性を変調する化合物同定のターゲット等の種々の目的にと
って有用であり、ここに提供されるゲノム配列のフラグメントとして特別にクレ
ームされている。

【００９４】 単離した核酸分子は、成熟したタンパク質に加えて付加的アミノ末端あるいは
カルボキシ末端アミノ酸、又は成熟ペプチド内のアミノ酸（例えば、成熟形態が
１以上のペプチド鎖を有する場合）をコード化することができる。このような配
列は、前駆体から成熟した形態へのタンパク質のプロセシングにおいて、タンパ
ク質搬送の促進、タンパク質半減期の延長あるいは短縮、又はタンパク質のアッ
セイ又は製造の際の操作の効率化、又は他の事象における役割を果たし得る。一
般に、in situの場合、付加アミノ酸は細胞酵素によって成熟したタンパク質へ
とプロセシングされる。

【００９５】 上述したように、単離した核酸分子は、単独でトランスポーターペプチドをコ
ード化している配列、成熟したペプチドをコード化している配列、そして、主、
又は副配列（例えば、pre-pro、pro-protein配列）のような付加的なコード配列
を含むが、これに限定されるものではなく、付加的なコード配列に加えて、付加
的な非コード配列、例えば、イントロンと非コード５´及び３´配列のような、
転写されるものの翻訳はされずに、転写、ｍＲＮＡプロセシング（スプライシン
グ及びポリアデニル化を含む）、リボソームの結合、及びｍＲＮＡの安定性の役
割を果たすものを、含んでも含まなくても良い。加えて、核酸分子は、例えば、
精製を容易にするようなペプチドをコード化した配列のマーカーと融合されるこ
ともできる。

【００９６】 単離した核酸分子は、ｍＲＮＡのようなＲＮＡの形態、あるいはクローニング
、化学合成技術又はその組み合わせによって生成するｃＤＮＡ及びゲノムＤＮＡ
を含むＤＮＡの形態をとり得る。核酸、特にＤＮＡは、二重鎖、又は単鎖であり
得る。単鎖の核酸は、コード鎖（センス鎖）、又は非コード鎖（アンチセンス鎖
）であり得る。

【００９７】 本発明はさらに、本発明のペプチドのフラグメントをコード化する核酸分子と
同様に、上記したような本発明のトランスポータータンパク質の明らかな変異体
をコード化する核酸分子を提供するものである。このような核酸分子は、対立変
異体（同一位置）、パラログ（異なる位置）とオルトログ（異なる生体）のよう
に自然に発生するか、あるいは組み換えＤＮＡ法又は化学合成によって生成され
得る。このような非自然に発生する変異体は、核酸分子、細胞又は生体に適用さ
れるものを含む突然変異生成技術によって生成され得る。したがって、上述した
ように、変異体にはヌクレオチドの置換、欠失、倒置、挿入が含まれる。変異は
、コード、非コード領域のどちらか、又は両方で起こることができる。変異は、
保持及び非保持アミノ酸置換の両方で生じることができる。

【００９８】 本発明はさらに、図１及び３に示される核酸分子の非コードのフラグメントを
提供するものである。好適な非コードのフラグメントとしては、プロモーター配
列、エンハンサ配列、遺伝子変調配列、遺伝子終止配列が含まれるが、これに限
定されるものではない。このようなフラグメントは、非相同的な遺伝子発現の制
御、及び遺伝子変調薬剤の同定を行うためのスクリーニングの開発において有用
である。プロモーターは、図３のゲノム配列における５’からＡＴＧ開始部位に
おいて容易に確認される。

【００９９】 フラグメントは、１２又はそれ以上の隣接するヌクレオチド配列を含む。さら
に、フラグメントは少なくとも３０、４０、５０、１００、２５０、又は５００
のヌクレオチド長であり得る。フラグメントの長さは使用目的に基づく。例えば
、フラグメントは、ペプチドのエピトープ結果領域をコード化することができる
か、又はＤＮＡプローブ及びＤＮＡプライマーとして有用である。このようなフ
ラグメントは、オリゴヌクレオチドプローブを合成するための既知のヌクレオチ
ド配列を用いて単離することができる。ラベル化されたプローブは、コード化領
域と対応する核酸を単離するため、ｃＤＮＡライブラリ、ゲノムＤＮＡライブラ
リ、又はｍＲＮＡのスクリーニングに用いることができる。さらに、プライマー
は、遺伝子の特定領域をクローンするためのＰＣＲ反応に用いることができる。

【０１００】 プローブ／プライマーは、典型的には、実質的に精製されたオリゴヌクレオチ
ド又はオリゴヌクレオチドペアを含む。オリゴヌクレオチドは、典型的には、少
なくとも１２、２０、２５、４０、５０又はそれ以上の連続的ヌクレオチドに、
ストリンジェントな条件下でハイブリダイズされたヌクレオチド配列領域を含む
。

【０１０１】 オルトログ、ホモログ、及び対立変異体は、当該技術分野において周知の方法
を用いて同定することができる。ペプチドの項で述べたように、これらの変異体
は、ペプチドをコード化するヌクレオチド配列を含み、図面に示されるヌクレオ
チド配列、又はこの配列のフラグメントに対して、典型的には、６０−７０％、
７０−８０％、８０−９０％、より典型的には、少なくとも９０−９５％以上の
相同性を有するものである。このような核酸分子は、図面に示されるヌクレオチ
ド配列、又はこの配列のフラグメントに対して、モデレートな条件からストリン
ジェントな条件の下でハイブリダイズが可能なものとして、容易に同定すること
ができる。対立変異体は、コード化している遺伝子の遺伝子位置により、容易に
決定されることができる。ＲＨパネルマップでは、本発明のトランスポータータ
ンパク質をコード化している遺伝子は、染色体１７上のマーカーＳＨＧＣ−５６
７１９、及びＳＨＧＣ−５８９３２（ＬＯＤ＝１５．９及び１５．６８）の近接
に示された。

【０１０２】 図３には、本発明のトランスポータータンパク質をコード化している遺伝子に
おいて発見されたＳＮＰ情報を示す。ここでは、ｇ３０３４４ａ、ａ３１１７０
ｇ、ｃ１６２５６ｔ、ａ１３３７６ｔ、ｔ１２２１０ｃ、ｇ１２０７２ｃ、ｇ１
１９２２ｔ、-１１９０３ａ、ｃ１０００９ｇ、ｃ４５１９ｔ、ａ４１８１ｇ、
ａ２０９５２ｃ、ｔ２０９８７ｃ、ｇ２１６２０ａ、ｔ２１７９５ｃ、ａ２２７
５３ｔ、ｇ２２９４５ａ、ｇ２３０３２ａ、ｇ２３７３８ａ、ｔ２３９５２ｇ、
ａ２４１２３ｇ、ｃ２４５２７-、ｃ２４６９１ｔ、ｇ２５０１５ａ、及びｇ２
５１９１ｔの変異が見られた。

【０１０３】 「ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする」という用語は、ここで用
いられる場合、互いにハイブリダイズして残存する、ペプチドをコード化してい
るヌクレオチド配列が、互いに少なくとも６０−７０％の相同性を有する程度に
ハイブリダイズ、及び洗浄が行われる条件を意味している。この条件では、ハイ
ブリダイズして残る配列が、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なく
とも約８０％、又はそれ以上となる。このようなストリンジェントな条件は、当
業者においては周知であり、Current Protocols in Molecular Biology, John W
iley & Sons, N.Y. (1989), 6.3.1-6.3.6に記載されている。ストリンジェント
なハイブリダイズ条件の１つの例では、６Ｘ塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウ
ム（ＳＳＣ）中、約４５℃でハイブリダイズし、その後、０．２ＸＳＳＣ０．１
％ＳＤＳ中、５０〜６５℃で洗浄する。低ストリンジェンシーのモデレートなハ
イブリダイズ条件の例は、当業者において周知である。

【０１０４】核酸分子の使用 本発明の核酸分子は、プローブ、プライマー、化学合成中間体、及び生物学ア
ッセイにおいて有用である。核酸分子は、図２に示されているペプチドをコード
化する全長ｃＤＮＡ及びゲノムクローンを単離するため、及び図２に示すペプチ
ドと同一又は関連したペプチドを生成する変異体（対立遺伝子、オルトログ等）
に対応するゲノムクローンを単離するための、メッセンジャーＲＮＡ、転写／ｃ
ＤＮＡ、及びゲノムＤＮＡのハイブリダイゼーションプローブとして有用である
。図３に示されるように、確認されたＳＮＰ変異としては、ｇ３０３４４ａ、ａ
３１１７０ｇ、ｃ１６２５６ｔ、ａ１３３７６ｔ、ｔ１２２１０ｃ、ｇ１２０７
２ｃ、ｇ１１９２２ｔ、-１１９０３ａ、ｃ１０００９ｇ、ｃ４５１９ｔ、ａ４
１８１ｇ、ａ２０９５２ｃ、ｔ２０９８７ｃ、ｇ２１６２０ａ、ｔ２１７９５ｃ
、ａ２２７５３ｔ、ｇ２２９４５ａ、ｇ２３０３２ａ、ｇ２３７３８ａ、ｔ２３
９５２ｇ、ａ２４１２３ｇ、ｃ２４５２７-、ｃ２４６９１ｔ、ｇ２５０１５ａ
、及びｇ２５１９１ｔが含まれる。

【０１０５】 プローブは、図に示されている核酸分子の全長における、何れの配列とも対応
することができる。したがって、それは５’非コード領域、コード領域、及び３
’非コード領域から誘導することができる。しかしながら、すでに述べたたよう
に、フラグメントは本発明以前に公開されたフラグメントを含まないものと見な
される。

【０１０６】 核酸分子はまた、核酸分子の何れかの領域を増幅するＰＣＲのプライマーとし
ても有用であり、必要な長さ及び配列のアンチセンス分子の合成においても有用
である。

【０１０７】 核酸分子はまた、組み換えベクターの製造にも有用である。このようなベクタ
ーとしては、ペプチド配列の一部、又は全部を発現する発現ベクターが含まれる
。ベクターはまた、挿入ベクターも含み、これは他の核酸分子中に統合され、例
えば、細胞ゲノム中で遺伝子及び／又は遺伝子生成物のin situ発現を変化させ
るために用いられる。例えば、内生コード配列では、１つ以上の特異的に導入さ
れた変異を含むコード領域の一部、又は全部との相同的な組み換えを経て置換さ
れ得る。

【０１０８】 核酸分子はまた、タンパク質の抗原部分を発現することにも有用である。

【０１０９】 核酸分子はまた、in situハイブリダイゼーション法により、核酸分子の染色
体の位置を決定するためのプローブとしても有用である。ＲＨパネルマップでは
、本発明のトランスポータータンパク質をコード化している遺伝子は、染色体１
７上のマーカーＳＨＧＣ−５６７１９、及びＳＨＧＣ−５８９３２（ＬＯＤ＝１
５．９及び１５．６８）の近接に示された。

【０１１０】 核酸分子はまた、本発明の核酸分子の遺伝子調節領域を含むベクターの製造に
も有用である。

【０１１１】 核酸分子はまた、ここに記載される核酸分子から生成されるｍＲＮＡの一部又
は全部と対応しているリボザイムの設計にも有用である。

【０１１２】 核酸分子はまた、ペプチドの一部又は全部を発現しているベクターの製造にも
有用である。

【０１１３】 核酸分子はまた、核酸分子及びペプチドの一部又は全部を発現している宿主細
胞の製造にも有用である。

【０１１４】 核酸分子はまた、核酸分子及びペプチドの一部又は全部を発現している遺伝子
組み換え動物の製造にも有用である。

【０１１５】 核酸分子はまた、核酸発現の存在、レベル、形態、分布を決定するためのハイ
ブリダイゼーションプローブとしても有用である。ｃＤＮＡ検索のための組織特
異ｃＤＮＡライブラリのスクリーニングでは、スプライス型１は、胎児の脳、脳
、脳下垂体、心臓、白血球、腎臓、肝臓、甲状腺、肺、胎盤、骨格筋、胎児の腎
臓、小腸、前立腺、睾丸、副腎、骨髄、及び膵臓で発現することが示された。さ
らに、組織特異ライブラリに由来するＥＳＴのＢＬＡＳＴヒットでは、スプライ
ス型１は、生殖細胞腫瘍、肺カルチノイド組織、脳退形成乏突起神経膠腫、リン
パ性白血病Ｂ細胞、幼児の脳（生後７３日）、胎盤、グリア芽細胞腫、高分化子
宮内膜腺癌、胎児の肝臓、脾臓で発現することを示した。

【０１１６】 したがって、プローブは、細胞、組織、生体中での核酸分子の存在の検出、又
はレベルの決定に用いることができる。レベルを決定される核酸はＤＮＡ又はＲ
ＮＡであり得る。したがって、ここに記載されるペプチドに対応するプローブは
、与えられた細胞、組織、生体中での発現及び／又は遺伝子コピー数の評価に用
いることができる。これらの使用は、正常の場合と比較して、トランスポーター
タンパク質が増加又は減少していることに関係する障害の診断に適している。

【０１１７】 ｍＲＮＡのin vitro検出技術には、ノーザンハイブリダイゼーション、及びin
situハイブリダイゼーションが含まれる。ＤＮＡのin vitro検出技術には、サ
ザンハイブリダイゼーション、及びin situハイブリダイゼーションが含まれる
。

【０１１８】 プローブは、トランスポータータンパク質を発現する細胞又は組織の判定を行
う診断テストキットの一部として用いることができる。これは、例えば、被験者
の細胞サンプル中の、トランスポーターをコード化した核酸分子、例えば、ｍＲ
ＮＡ、又はゲノムＤＮＡのレベルを測定するか、又はトランスポーター遺伝子が
変異していないか判定するものである。ｃＤＮＡ検索のための、組織特異ｃＤＮ
Ａライブラリのスクリーニングでは、スプライス型１は、胎児の脳、脳、脳下垂
体、心臓、白血球、腎臓、肝臓、甲状腺、肺、胎盤、骨格筋、胎児の腎臓、小腸
、前立腺、睾丸、副腎、骨髄、及び膵臓で発現することが示された。さらに、組
織特異ライブラリに由来するＥＳＴのＢＬＡＳＴヒットでは、スプライス型１は
、生殖細胞腫瘍、肺カルチノイド組織、脳退形成乏突起神経膠腫、リンパ性白血
病Ｂ細胞、幼児の脳（生後７３日）、胎盤、グリア芽細胞腫、高分化子宮内膜腺
癌、胎児の肝臓、脾臓で発現することを示した。

【０１１９】 核酸発現アッセイは、トランスポーター核酸発現を変調する化合物を同定する
ための薬剤スクリーニングにおいて有用である。

【０１２０】 したがって、本発明は、トランスポーター遺伝子の核酸発現、特に、細胞及び
組織においてトランスポーターを媒介する生物学的、病理学的プロセスに関連し
た障害の治療に用いる化合物を同定する方法を提供するものである。スプライス
型１の発現は、脳、腎臓のような胎児の組織；脳、脳下垂体、心臓、白血球、腎
臓、肝臓、甲状腺、胎盤、骨格筋、小腸、前立腺、睾丸、副腎、骨髄、膵臓のよ
うな分化組織；生殖細胞腫瘍、肺カルチノイド組織、脳退形成乏突起神経膠腫、
リンパ性白血病Ｂ細胞、グリア芽細胞腫、及び高分化子宮内膜腺癌のような腫瘍
性組織において、それぞれの独立の系で実証された。この方法には、典型的には
、トランスポーター核酸の発現を変調する化合物の能力についてアッセイを行う
こと、及びその後、不必要なトランスポーター核酸発現により特徴づけられる障
害を治療するのに用いることができる化合物を同定することが含まれる。このア
ッセイは、細胞系及び無細胞系において行われることができる。細胞系のアッセ
イには、天然にトランスポーター核酸を発現している細胞、又は特定の核酸配列
を表現するために設計された組み換え細胞が含まれる。

【０１２１】 トランスポーター核酸発現のアッセイは、例えばｍＲＮＡレベルのような核酸
レベル、又は信号経路に関連する副次化合物の直接的なアッセイと関連している
。さらに、トランスポータータンパク質信号経路における応答性を向上、又は低
下させる遺伝子の発現についてもアッセイすることができる。この例として、こ
れらの遺伝子の調節領域は、ルシフェラーゼのようなリポーター遺伝子に有効に
結合されることができる。

【０１２２】 したがって、トランスポーター遺伝子発現のモジュレータは、細胞と候補化合
物とを接触させ、ｍＲＮＡの発現を判定する方法により同定することができる。
候補化合物の存在下でのトランスポーターｍＲＮＡの発現レベルは、候補化合物
非存在下でのトランスポーターｍＲＮＡの発現レベルと比較される。この比較に
基づいて、候補化合物は核酸発現のモジュレータとして同定され、例えば、異常
核酸発現により特徴付けられる障害の治療に用いることができる。候補化合物存
在下でのｍＲＮＡの発現が、非存在下のものと比較して統計的に著しく大きい場
合、候補化合物は核酸発現の促進剤として同定される。候補化合物存在下でのｍ
ＲＮＡの発現が、非存在下のものと比較して統計的に著しく小さい場合、候補化
合物は核酸発現の阻害剤として同定される。

【０１２３】 本発明はさらに、トランスポーターを発現する細胞及び組織におけるトランス
ポーター核酸発現を変調する遺伝子モジュレータとしての薬剤スクリーニングを
経て同定された化合物をターゲットとして用いる治療方法を提供するものである
。ｃＤＮＡ検索のための組織特異ｃＤＮＡライブラリのスクリーニングでは、ス
プライス型１は、胎児の脳、脳、脳下垂体、心臓、白血球、腎臓、肝臓、甲状腺
、肺、胎盤、骨格筋、胎児の腎臓、小腸、前立腺、睾丸、副腎、骨髄、及び膵臓
で発現することが示された。さらに、組織特異ライブラリに由来するＥＳＴのＢ
ＬＡＳＴヒットでは、スプライス型１は、生殖細胞腫瘍、肺カルチノイド組織、
脳退形成乏突起神経膠腫、リンパ性白血病Ｂ細胞、幼児の脳（生後７３日）、胎
盤、グリア芽細胞腫、高分化子宮内膜腺癌、胎児の肝臓、脾臓で発現することを
示した。変調には、上方調整（例えば、活性化又はアゴニゼーション）、下方調
整（抑制又はアンタゴニゼーション）の両者、又は核酸発現が含まれる。

【０１２４】 あるいは、薬剤又は小分子がタンパク質を発現している細胞又は組織中でトラ
ンスポーター発現を阻害するものである限りは、トランスポーター核酸発現のモ
ジュレータは、ここに記載されるスクリーニングアッセイを用いて同定される薬
剤又は小分子であり得る。スプライス型１の発現は、脳、腎臓のような胎児の組
織；脳、脳下垂体、心臓、白血球、腎臓、肝臓、甲状腺、胎盤、骨格筋、小腸、
前立腺、睾丸、副腎、骨髄、膵臓のような分化組織；生殖細胞腫瘍、肺カルチノ
イド組織、脳退形成乏突起神経膠腫、リンパ性白血病Ｂ細胞、グリア芽細胞腫、
及び高分化子宮内膜腺癌のような腫瘍性組織において、それぞれの独立の系で実
証された。

【０１２５】 核酸分子はまた、臨床試験又は治療方法において、トランスポーター遺伝子の
発現及び活性に対する変調化合物の効果をモニターするのに有用である。したが
って、遺伝子発現パターンは、化合物、特に患者の耐性を向上させる化合物を用
いた治療における、継続的効果のバロメータとなり得る。遺伝子発現パターンは
また、化合物に対する細胞の生理的反応を示すマーカーとなり得る。したがって
、このようなモニタリングにより、化合物の投与量の増加、又は患者が耐性を示
さない代替化合物の投与を行うことができる。同様に、核酸発現のレベルが望ま
しいレベルまで低下したならば、化合物の投与をこれに比例して減少することが
できる。

【０１２６】 核酸分子はまた、トランスポーター核酸発現の質的変化、特に疾患に至る質的
変化の診断アッセイにも有用である。核酸分子は、ｍＲＮＡのようなトランスポ
ーター遺伝子、及び遺伝子発現生成物における突然変異の検出に用いることがで
きる。核酸分子は、トランスポーター遺伝子において自然発生した遺伝子突然変
異を検出し、その変異を持つ被験者が変異により生じる障害の危険性を有してい
るかどうかを判定するためのハイブリダイゼーションプローブとして用いること
ができる。突然変異には、欠失、付加、又は遺伝子中の１以上のヌクレオチドの
置換、倒置又は転移のような染色体の組み換え、異常メチル化パターンのような
ゲノムＤＮＡの修飾、又は増幅のような遺伝子コピー数の変化が含まれる。機能
障害に関連するトランスポーター遺伝子の変異体の検出は、疾患がトランスポー
タータンパク質の過剰発現、過小発現、変異発現の結果生じる場合に、活性又は
感受性の診断ツールを提供するものである。

【０１２７】 トランスポーター遺伝子における突然変異をもたらしている個体は、種々の技
術によって核酸レベルにおいて検出されることができる。図３には、本発明のト
ランスポータータンパク質をコード化している遺伝子において発見されたＳＮＰ
情報を示す。ここでは、ｇ３０３４４ａ、ａ３１１７０ｇ、ｃ１６２５６ｔ、ａ
１３３７６ｔ、ｔ１２２１０ｃ、ｇ１２０７２ｃ、ｇ１１９２２ｔ、-１１９０
３ａ、ｃ１０００９ｇ、ｃ４５１９ｔ、ａ４１８１ｇ、ａ２０９５２ｃ、ｔ２０
９８７ｃ、ｇ２１６２０ａ、ｔ２１７９５ｃ、ａ２２７５３ｔ、ｇ２２９４５ａ
、ｇ２３０３２ａ、ｇ２３７３８ａ、ｔ２３９５２ｇ、ａ２４１２３ｇ、ｃ２４
５２７-、ｃ２４６９１ｔ、ｇ２５０１５ａ、及びｇ２５１９１ｔの変異が見ら
れた。ＲＨパネルマップでは、本発明のトランスポータータンパク質をコード化
している遺伝子は、染色体１７上のマーカーＳＨＧＣ−５６７１９、及びＳＨＧ
Ｃ−５８９３２（ＬＯＤ＝１５．９及び１５．６８）の近接に示された。ゲノム
ＤＮＡは、直接又は予めＰＣＲを用いて増幅した後で分析されることができる。
ＲＮＡ又はｃＤＮＡも、同様にして用いることができる。ある使用においては、
突然変異の検出は、例えば、アンカーＰＣＲ、ＲＡＣＥＰＣＲのような、ポリメ
ラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）(例えば、U.S. Patent No. 4,683,195, 及び 4,683,2
02参照)、又は他のものとして、リゲーション連鎖反応（ＬＣＲ）(例えば、Land
egran et al., Science 241:1077-1080 (1988); 及び Nakazawa et al., PNAS 9
1:360-364 (1994)参照)において、プローブ／プライマーの使用に関連し、特に
後者は遺伝子中の変異位置の同定に有用である（Abravaya et al., Nucleic Aci
ds Res. 23:675-682 (1995)参照）。この方法には、患者から細胞サンプルを収
集する工程と、サンプルの細胞から核酸（例えば、ゲノム、ｍＲＮＡ又はその両
方）を単離する工程と、遺伝子（もし存在すれば）のハイブリダイズ及び増幅が
起こりうる条件下で遺伝子に特異的にハイブリダイズする１以上のプライマーと
核酸とを接触させる工程と、増幅生成物の存在又は非存在を検出するか、又は増
幅生成物のサイズを検出し、コントロールサンプルの長さと比較する工程を含む
。欠失及び挿入は、増幅生成物のサイズの変化を、正常な遺伝子型と比較するこ
とにより検出することができる。点突然変異は、増幅ＤＮＡと正常なＲＮＡ、又
はアンチセンスのＤＮＡ配列とハイブリダイズすることによって確認することが
できる。

【０１２８】 あるいは、トランスポーター遺伝子の突然変異は、例えば、ゲル電気泳動によ
り決定される制限酵素消化パターンの変更により、直接的に確認することができ
る。

【０１２９】 さらに、配列特定リボザイム(U.S. Patent No. 5,498,531)は、リボザイム開
裂部位の成長又は減少により、特定の変異の存在の評点のために用いることがで
きる。完全に一致する配列は、ヌクレアーゼ開裂消化分析評価、又は融点の違い
によって、不一致の配列から分離することができる。

【０１３０】 特定位置での配列変化は、ＲＮａｓｅ及びＳ１保護、又は化学開裂法のような
ヌクレアーゼ保護アッセイによって評価することができる。さらに、変異体トラ
ンスポーター遺伝子と野生型遺伝子との配列の相違は、直接ＤＮＡ配列解析によ
って決定することができる。種々の自動化された配列解析手段は、診断アッセイ
（Naeve, C.W., (1995) Biotechniques 19:448）の実行において有用であり、こ
れらには、マススペクトルによる配列解析（例えば、PCT International Public
ation No. WO 94/16101; Cohen et al., Adv. Chromatogr. 36:127-162 (1996),
and Griffin et al., Appl. Biochem. Biotechnol. 38:147-159 (1993)参照）
も含まれる。

【０１３１】 遺伝子中の突然変異を検出する他の技術の例としては、ＲＮＡ／ＲＮＡ、又は
ＲＮＡ／ＤＮＡ二重鎖から、不一致の塩基を検出するために、開裂試薬から保護
する方法（Myers et al., Science 230:1242 (1985), Cotton et al., PNAS 85:
4397 (1988), Saleeba et al., Meth. Enzymol. 217:286-295 (1992)）、変異体
と野生型の核酸の電気泳動移動度を比較する方法（Orita et al., PNAS 86:2766
(1989); Cotton et al., Mutat. Res. 285:125-144 (1993); and Hayashi et a
l., Genet. Anal. Tech. Appl. 9:73-79 (1992)）、及び変性剤の勾配を含んだ
ポリアクリルアミドゲル中での変異体又は野生型のフラグメントの動きを、勾配
ゲル電気泳動を用いてアッセイする方法（Myers et al., Nature 313:495 (1985
)）が含まれる。点突然変異を検出する他の技術の例としては、選択的オリゴヌ
クレオチドハイブリダイゼーション、選択的増幅、及び選択的プライマー伸長が
含まれる。

【０１３２】 核酸分子は、治療方法としての効果を持つにも関わらず、必ずしも疾患を引き
起こすわけではない遺伝子型のための、個人テストにおいても有用である。この
ため、核酸分子は、個人の遺伝子型と、治療に用いられる化合物に対する個人の
応答との相関（薬理ゲノム相関）についての研究に用いることができる。したが
って、ここに記載されている核酸分子は、治療のための適切な化合物及び投与量
を選択するために、個人のトランスポーター遺伝子の変異についての評価に用い
ることができる。図３には、本発明のトランスポータータンパク質をコード化し
ている遺伝子において発見されたＳＮＰ情報を示す。ここでは、ｇ３０３４４ａ
、ａ３１１７０ｇ、ｃ１６２５６ｔ、ａ１３３７６ｔ、ｔ１２２１０ｃ、ｇ１２
０７２ｃ、ｇ１１９２２ｔ、-１１９０３ａ、ｃ１０００９ｇ、ｃ４５１９ｔ、
ａ４１８１ｇ、ａ２０９５２ｃ、ｔ２０９８７ｃ、ｇ２１６２０ａ、ｔ２１７９
５ｃ、ａ２２７５３ｔ、ｇ２２９４５ａ、ｇ２３０３２ａ、ｇ２３７３８ａ、ｔ
２３９５２ｇ、ａ２４１２３ｇ、ｃ２４５２７-、ｃ２４６９１ｔ、ｇ２５０１
５ａ、及びｇ２５１９１ｔの変異が見られた。

【０１３３】 このように、治療に影響する遺伝子変異を示す核酸分子は、個人におけるテイ
ラー治療に用いることのできる診断ターゲットを提供するものである。したがっ
て、これらの多形性を含んだ組み換え細胞及び組み換え動物の製造は、治療化合
物及び薬剤投与についての効果的な臨床設計を可能とする。

【０１３４】 核酸分子は、細胞、組織、及び生体におけるトランスポーター遺伝子発現を制
御するためのアンチセンス構成物として有用である。ＤＮＡアンチセンスの核酸
分子は、転写に関連する遺伝子の部位に対して相補的になるよう設計され、それ
故に、トランスポータータンパク質の生成と転写が防がれる。アンチセンスのＲ
ＮＡ又はＤＮＡ核酸分子はｍＲＮＡへとハイブリダイズされ、これによりトラン
スポータータンパク質中でのｍＲＮＡの翻訳がブロックされる。

【０１３５】 あるいは、ある種のアンチセンス分子は、トランスポーター核酸の発現を減少
させる不活性化ｍＲＮＡに用いることができる。したがって、これらの分子は、
異常、又は不必要なトランスポーター核酸の発現により特徴づけられる障害の治
療に用いることができる。この技術は、翻訳されるｍＲＮＡの能力が減少したｍ
ＲＮＡの１以上の領域に相補的なヌクレオチド配列を含んだリボザイムによる開
裂に関連している。可能な領域としては、コード領域、特に、リガンド結合のよ
うな、トランスポータータンパク質の触媒活性及び他の機能活性に対応したコー
ド領域が含まれる。

【０１３６】 核酸分子はまた、トランスポーター遺伝子発現において異常な細胞を持つ患者
の遺伝子治療のためのベクターを提供するものである。このため、組み換え細胞
には、ex vivoで調製され患者に戻される細胞が含まれ、個人の体内に導入され
てそこで個人の治療のために必要とされるトランスポータータンパク質を生成す
る。

【０１３７】 本発明は、生物学的サンプル中のトランスポーター核酸の存在を検出するため
に抗体を用いたキットも包含する。ｃＤＮＡ検索のための組織特異ｃＤＮＡライ
ブラリのスクリーニングでは、スプライス型１は、胎児の脳、脳、脳下垂体、心
臓、白血球、腎臓、肝臓、甲状腺、肺、胎盤、骨格筋、胎児の腎臓、小腸、前立
腺、睾丸、副腎、骨髄、及び膵臓で発現することが示された。さらに、組織特異
ライブラリに由来するＥＳＴのＢＬＡＳＴヒットでは、スプライス型１は、生殖
細胞腫瘍、肺カルチノイド組織、脳退形成乏突起神経膠腫、リンパ性白血病Ｂ細
胞、幼児の脳（生後７３日）、胎盤、グリア芽細胞腫、高分化子宮内膜腺癌、胎
児の肝臓、脾臓で発現することを示した。例えば、キットは、ラベル化された、
又はラベル化可能な核酸、又は生物学的サンプル中でトランスポーター核酸を検
出することのできる試薬を含み、；サンプル中のトランスポーター核酸量を決定
する手段；標準サンプルのトランスポーター核酸量と比較する手段、とを含むこ
とができる。この化合物又は試薬は適当な容器に封入することができる。このキ
ットは、さらにトランスポータータンパク質ｍＲＮＡ又はＤＮＡの検出キットと
して使用するための説明を含むことができる。

【０１３８】核酸アレイ 本発明はさらに、核酸検出キットを提供するものであり、これらは、例えば、
図１及び３(ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１，３及び４)に示される配列情報に基づいた核
酸分子のアレイ又はマイクロアレイである。

【０１３９】 ここで用いられている、「アレイ」又は「マイクロアレイ」は、紙、ナイロン
又は他の膜、フィルタ、チップ、ガラススライド、又は他の適当な固形支持体の
ような基盤の上に合成された、別個のポリヌクレオチド、又はオリゴヌクレオチ
ドのアレイのことである。１つの例として、マイクロアレイは、US Patent 5,83
7,832, Chee et al., PCT application W095/11995 (Chee et al.), Lockhart,
D. J. et al. (1996; Nat. Biotech. 14: 1675-1680) 及び Schena, M. et al.
(1996; Proc. Natl. Acad. Sci. 93: 10614-10619)に記載される方法にしたがっ
て調製、使用され、これらの全ては参考としてここに折り込まれる。あるいは、
このようなアレイは、Brown et al., US Patent No. 5,807,522.に記載される方
法により製造される。

【０１４０】 マイクロアレイ又は検出キットは、好適には、多数の特異的な単鎖の核酸配列
を構成し、通常は合成アンチセンスのオリゴヌクレオチドか、又はｃＤＮＡのフ
ラグメントのどちらかが固体支持体上に固定される。オリゴヌクレオチドは、好
適には約６〜６０のヌクレオチド長、より好適には１５〜３０のヌクレオチド長
、最も好適には２０〜２５のヌクレオチド長である。あるタイプのマイクロアレ
イ又は検出キットには、７〜２０のヌクレオチド長のオリゴヌクレオチドのみを
使うことが好適であり得る。マイクロアレイ又は検出キットは、既知の５’又は
３’配列を含んだオリゴヌクレオチド、全長配列を含んだオリゴヌクレオチド、
又は配列長さの特定領域から選択された特異なオリゴヌクレオチドを含むもので
あり得る。マイクロアレイ又は検出キットにおいて用いられるポリヌクレオチド
は、遺伝子又は対象となる遺伝子において特異的なオリゴヌクレオチドであり得
る。

【０１４１】 マイクロアレイ又は検出キットにおいて、既知の配列のオリゴヌクレオチドを
製造するために、対象となる遺伝子（又は、本発明により確認されたＯＲＦ）は
、典型的には、核酸配列の５’から開始、又は３’で終了するコンピュータアル
ゴリズムを用いて試験される。典型的なアルゴリズムでは、遺伝子に特異的な長
さに規定されたオリゴマーが同定され、ハイブリダイゼーションに好適な範囲に
ＧＣ成分を持ち、ハイブリダイゼーションの妨害となると予測される二次構造を
持たない。ある条件では、マイクロアレイ又は検出キットにおいて、オリゴヌク
レオチドのペアを用いることが好適であり得る。オリゴヌクレオチドの「ペア」
は、好適には配列の中央に位置している１つのヌクレオチドを除いては、同一で
ある。ペアの２つ目のオリゴヌクレオチド（一方とは不一致）はコントロールと
して用いられる。オリゴヌクレオチドペアの数は、２から１００万の間である。
オリゴマーは、光誘導化学プロセスを用いて、基盤上の指定領域で合成される。
基盤は、紙、ナイロン又は他の膜、フィルタ、チップ、ガラススライド、又は他
の適当な固形支持体である。

【０１４２】 他方、オリゴヌクレオチドは、PCT application W095/251116 (Baldeschweile
r et al.)に記載されているように、化学カップリング手段、及びインクジェッ
トアプリケーション装置を用いて基盤の表面上で合成され、これらの全ては参考
としてここに折り込まれる。他の観点では、ドット（又はスロット）ブロットに
似た「格子」アレイでは、真空システム、加熱、ＵＶ、機械的又は化学的結合工
程を用いて、ｃＤＮＡ、又はオリゴヌクレオチドを基板の表面上に配置、結合さ
せることができる。上記のようなアレイは、手工、又は利用可能な装置（スロッ
トブロット、又はドットブロット装置）、材料（適当な固形支持体）、及び機械
（ロボット装置を含む）を用いて製造され、また、８、２４、９６、３８４、１
５３６、６１４４又はこれ以上、又は商業的に用いられる装置に効果的に使用さ
れる２から１００万の間の他の数のオリゴヌクレオチドを含んでもいても良い。

【０１４３】 マイクロアレイ又は検出キットを用いてサンプルの分析を行うために、生物サ
ンプルから得られたＲＮＡ又はＤＮＡは、ハイブリダイゼーションプローブ中に
調製される。ｍＲＮＡが単離され、そしてｃＤＮＡが調製され、アンチセンスの
ＲＮＡ(ａＲＮＡ)を調製するためのテンプレートとして用いられる。ａＲＮＡは
蛍光性ヌクレオチドの存在化で増幅し、ラベル化されたプローブがマイクロアレ
イ又は検出キットにおいてインキュベートされ、そして、プローブの配列がマイ
クロアレイ又は検出キット中の相補的なオリゴヌクレオチドとハイブリダイズさ
れる。インキュベート条件は、正確に相補的に一致しているか、又は各種程度の
相補性でハイブリダイゼーションが起こるように調節される。ハイブリダイズし
ていないプローブを除去した後、蛍光のレベルとパターンを判定するためにスキ
ャナが用いられる。スキャンされたイメージは、マイクロアレイ又は検出キット
上の、相補性の程度、及び各々のオリゴヌクレオチド配列の相対的な量を決定す
るために試験される。生物学的サンプルは、体液（例えば血、尿、唾液、痰、胃
液、その他）、培養細胞、生体組織検査、又は他の組織調製品から得られる。検
出システムでは、全ての異なる配列において、ハイブリダイゼーションの存在、
非存在、及び量を、同時に計測するのに用いられる。このデータは、サンプル中
での、配列、発現パターン、変異、変異体、又は多形性といった、大規模な相関
性の研究に用いられる。

【０１４４】 本発明は、このようなアレイを用いて、本発明のトランスポータータンパク質
／ペプチドの発現を同定するための方法を提供するものである。詳細には、この
ような方法は、テストサンプルと一つ以上の核酸分子とのインキュベートと、テ
ストサンプル中の成分と核酸分子との結合についてのアッセイとが含まれる。こ
のようなアッセイは、少なくとも遺伝子の一つが本発明の遺伝子及び／又は本発
明のトランスポーター遺伝子の対立変異体である、多くの遺伝子を含むアレイに
関連している。図３には、本発明のトランスポータータンパク質をコード化して
いる遺伝子において発見されたＳＮＰ情報を示す。ここでは、ｇ３０３４４ａ、
ａ３１１７０ｇ、ｃ１６２５６ｔ、ａ１３３７６ｔ、ｔ１２２１０ｃ、ｇ１２０
７２ｃ、ｇ１１９２２ｔ、-１１９０３ａ、ｃ１０００９ｇ、ｃ４５１９ｔ、ａ
４１８１ｇ、ａ２０９５２ｃ、ｔ２０９８７ｃ、ｇ２１６２０ａ、ｔ２１７９５
ｃ、ａ２２７５３ｔ、ｇ２２９４５ａ、ｇ２３０３２ａ、ｇ２３７３８ａ、ｔ２
３９５２ｇ、ａ２４１２３ｇ、ｃ２４５２７-、ｃ２４６９１ｔ、ｇ２５０１５
ａ、及びｇ２５１９１ｔの変異が見られた。

【０１４５】 テストサンプルと核酸分子のインキュベートの条件は様々である。インキュベ
ーション条件は、使用されるアッセイの形式、使用される検出方法、及びアッセ
イに用いられる核酸分子のタイプ及び性質に依存する。一般的に入手可能なハイ
ブリダイゼーション、増幅、又はアレイアッセイの形式の何れかを認識している
当業者は、ここに記載されるヒトゲノムの新規フラグメントを用いるに当って、
容易に適用を行うことができる。このようなアッセイの例は、Chard, T, An Int
roduction to Radioimmunoassay and Related Techniques, Elsevier Science P
ublishers, Amsterdam, The Netherlands (1986); Bullock, G. R. et al., Tec
hniques in Immunocytochemistry, Academic Press, Orlando, FL Vol. 1 (1 98
2), Vol. 2 (1983), Vol. 3 (1985); Tijssen, P., Practice and Theory of En
zyme Immunoassays: Laboratory Techniques in Biochemistry and Molecular B
iology, Elsevier Science Publishers, Amsterdam, The Netherlands (1985)に
記載されている。

【０１４６】 本発明のテストサンプルには、細胞、タンパク質、細胞からの膜抽出物が含ま
れる。上記の方法に用いられるテストサンプルは、アッセイの形式、検出方法の
性質、及びアッセイのサンプルとして用いられる組織、細胞、又はその抽出物に
基づいて変化する。核酸抽出物又は細胞抽出物の調製は、当業者において周知で
あり、用いられるシステムと調和するサンプルを得ることにより、容易に適用す
ることができる。

【０１４７】 本発明の他の例としては、本発明のアッセイを行うために必要な試薬を含むキ
ットが提供される。

【０１４８】 特に本発明は、（ａ）ここに記載されるヒトゲノムのフラグメントと結合する
ことのできる１以上の核酸分子を含む第一の容器、（ｂ）１以上の洗浄試薬、結
合核酸を検出することのできる試薬を含む他の１以上の容器、とを含む１以上の
容器に区分され、封入されたキットを提供するものである。

【０１４９】 詳細には、区分されたキットとしては、試薬が別々の容器に含まれているキッ
トが含まれる。このような容器としては、小さいガラスの容器、プラスチック容
器、帯状のプラスチック、ガラス又は紙、又はシリカのようなアレイ材料が含ま
れる。このような容器は、サンプルと試薬が混合して汚染しないように、１つの
区分から他の区分へと試薬を効率的に移動することができ、またそれぞれの容器
の試薬又は溶液は他の容器へと定量的に添加することができる。このような容器
には、テストサンプルを入れる容器、核酸プローブを含む容器、洗浄試薬（例え
ば、リン酸塩緩衝液、Ｔｒｉｓ−緩衝液等）を含む容器、及び結合プローブを検
出に用いられる試薬を含む容器を含む。当業者は、本発明にかかる従来未知のト
ランスポーター遺伝子を認識し、ここに開示されている配列情報を用いて定型的
に確認することができ、さらにこれを当業者において周知の確立されたキット形
態、特に発現アレイに組み込むことができる。

【０１５０】ベクター／宿主細胞 本発明はまた、ここに記載される核酸分子を含んだベクターを提供するもので
ある。「ベクター」という用語は、ビヒクルのことを指し、好適には核酸分子で
あり、核酸分子の輸送をすることができるもののことである。ベクターが核酸分
子である場合、核酸分子はベクターの核酸と共有結合している。本発明のこの観
点では、ベクターには、プラスミド、単鎖又は二重鎖のファージ、単鎖又は二重
鎖のＲＮＡ又はＤＮＡのウイルス性ベクター、又はＢＡＣ、ＰＡＣ、ＹＡＣ、Ｏ
ＲＭＡＣのような人工染色体が含まれる。

【０１５１】 ベクターは宿主細胞中に染色体外の成分として保持され、そこで核酸分子の付
加的なコピーを複製及び生成する。あるいは、ベクターは宿主細胞のゲノム中に
組み込まれ、宿主細胞の複製の際に核酸分子の付加的なコピーを生成する。

【０１５２】 本発明は、核酸分子の保持のためのベクター（クローニングベクター）、又は
核酸分子の発現のためのベクター（発現ベクター）を提供するものである。この
ベクターは、原核生物細胞又は真核生物細胞、又はその両方で機能することがで
きる（シャトルベクター）。

【０１５３】 発現ベクターは、ベクター中で核酸分子と有効に結合したｃｉｓ作用性調節領
域を含み、これにより宿主細胞中での核酸分子の転写が可能となる。この核酸分
子は、転写に影響を及ぼす核酸分子と分離されて、宿主細胞に導入されることが
できる。したがって、第二の核酸分子は、ベクターからの核酸分子の転写を行う
ｃｉｓ調節制御領域と相互作用するトランス作用性因子を提供し得る。あるいは
、トランス作用性因子は宿主細胞により提供され得る。最終的に、トランス作用
性因子は、ベクター自身から作り出すことができる。しかしながら、いくつかの
例では、核酸分子の転写及び／又は翻訳は無細胞系でも起こり得る。

【０１５４】 ここに記載される核酸分子の調整配列は、目的のｍＲＮＡ転写のためのプロモ
ーターを含んで有効に結合されることができる。これらには、バクテリオファー
ジλからの左部プロモーター、Ｅ．ｃｏｌｉからのｌａｃ、ＴＲＰ及びＴＡＣプ
ロモーター、ＳＶ４０からの初期及び後期のプロモーター、ＣＭＶの極初期のプ
ロモーター、アデノウイルスの初期及び後期のプロモーター、及びレトロウイル
スのＬＴＲが含まれるが、これに限定されるものではない。

【０１５５】 転写を促進する制御領域に加えて、発現ベクターはまた、リプレッサー結合部
位やエンハンサのような転写を調整する領域を含むものであり得る。この例とし
ては、ＳＶ４０エンハンサ、サイトメガロウイルスの極初期のエンハンサ、ポリ
オーマエンハンサ、アデノウイルスエンハンサー、レトロウイルスＬＴＲエンハ
ンサが含まれる。

【０１５６】 転写の開始及び制御領域を含む場合に加えて、発現ベクターはまた、転写のた
めのリボソーム結合部位である転写領域における、転写終了のために必要な配列
を含むことができる。他の発現調整制御成分としては、ポリアデニル化信号と同
様に、開始及び終止コドンが含まれる。当業者は、発現ベクターに有用な多数の
調整配列を知り得る。このような調整配列は、例えば、Sambrook et al., Molec
ular Cloning: A Laboratory Manual. 2nd. ed., Cold Spring Harbor Laborato
ry Press, Cold Spring Harbor, NY, (1989)に記載されている。

【０１５７】 各種の発現ベクターは、核酸分子の発現に用いることができる。このようなベ
クターには、染色体、エピソーム、ウイルス由来のベクター、例えば、バクテリ
アプラスミド、バクテリオファージ、酵母エピソーム、人工酵母染色体のような
酵母染色体成分、バクロウイルス、ＳＶ４０のようなパポバウイルス、バクシニ
アウイルス、アデノウイルス、ポクスウイルス、シュードラビスウイルス、及び
レトロウイルスのようなウイルス由来のベクターが含まれる。ベクターはまた、
これらの起源の組み合わせから誘導することができ、例えば、コスミド及びファ
ージミドのようなプラスミドとバクテリオファージの遺伝子成分から誘導するこ
とができる。原核及び真核生物の宿主細胞のための適切なクローニングベクター
及び発現ベクターは、Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Man
ual. 2nd. ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor,
NY, (1989)に記載されている。

【０１５８】 調整配列では、１以上の宿主細胞の構成的な発現（すなわち組織特異性）、又
は、温度、養分添加、又はホルモンや他のリガンドのような外生の要因による１
以上の細胞タイプでの指示的な発現を提供するものである。原核及び真核生物の
宿主細胞において構成的、及び指示的に発現する種々のベクターは、当業者にお
いて周知である。

【０１５９】 核酸分子は、周知の方法によってベクター核酸内に導入されることができる。
通常、最終的に発現するＤＮＡ配列は、ＤＮＡ配列と発現ベクターが１以上の限
定酵素により開裂し、その後フラグメントが共に結合することによって、発現ベ
クターと結合される。制限酵素の消化及び結合の手順は、当業者において周知で
ある。

【０１６０】 適切な核酸分子を含んでいるベクターは、公知の技術を用いて、増殖又は発現
のために適切な宿主細胞内へ導入することができる。バクテリア細胞には、Ｅ．
ｃｏｌｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ、及び Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉ
ｍｕｒｉｕｍが含まれるがこれに限定されるものではない。真核生物細胞には、
酵母、Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａのような昆虫細胞、ＣＯＳ及びＣＨＯ細胞のような
動物細胞、及び植物細胞が含まれるが、これらに限定されるものではない。

【０１６１】 ここに記載されているように、融合タンパク質としてのペプチドの発現が望ま
しい。したがって、本発明はペプチドの生成が可能な融合ベクターを提供するも
のである。融合ベクターは組み換えタンパク質の発現及び溶解性を向上すること
ができ、また、例えば、アフィニティー精製のためのリガンドの作用によって、
タンパク質精製を向上することができる。タンパク質分解性開裂部位は融合部分
との結合位置に導入され、このために、目的となるペプチドは最終的に融合部分
から分離される。タンパク質分解酵素としては、ファクターＸａ、スロンビン、
エンテロトランスポーターが含まれるが、これに限定されるものではない。典型
的な融合発現ベクターとしては、グルタチオンＳ−転移酵素（ＧＳＴ）、マルト
ースＥ結合タンパク質、又はタンパク質Ａのそれぞれをターゲット組み換えタン
パク質に融合した、ｐＧＥＸ（Smith et al., Gene 67:31-40 (1988)）、ｐＭＡ
Ｌ（New England Biolabs, Beverly, MA）、ｐＲＩＴ５（Pharmacia、Piscatawa
y、NJ）が含まれるが、これに限定されるものではない。好適な指示的非融合Ｅ
．ｃｏｌｉ発現ベクターの例としては、ｐＴｒｃ（Amann et al., Gene 69:301-
315 (1988)、ｐＥＴ１１ｄ（Studier et al., Gene Expression Technology: Me
thods in Enzymology 185:60-89 (1990)）が含まれる。

【０１６２】 組み換えタンパク質の発現は、遺伝子背景を与えることによって、宿主バクテ
リアにおいて最大化することができ、宿主細胞は組み換えタンパク質のタンパク
質分解性の開裂欠損能力を有する（Gottesman, S., Gene Expression Technolog
y: Methods in Enzymology 185, Academic Press, San Diego, California (199
0) 119-128）。あるいは、対象となる核酸分子の配列は、例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ
のような特定の宿主細胞のために優先的に使用されるコドンとなるように変更さ
れることができる（Wada et al., Nucleic Acids Res. 20:2111-2118 (1992)）
。

【０１６３】 核酸分子はまた、酵母において作用する発現ベクターにより発現されることも
できる。Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅのような酵母中で発現するベクターの例とし
ては、ｐＹｅｐＳｅｃ１（Baldari, et al., EMBO J. 6:229-234 (1987)）、ｐ
ＭＦａ（Kurjan et al., Cell 30:933-943(1982)）、ｐＪＲＹ８８（Schultz et
al., Gene 54:113-123 (1987)）、ｐＹＥＳ２（Invitrogen Corporation, San
Diego, CA）が含まれる。

【０１６４】 核酸分子はまた、例えば、バクロウイルス発現ベクターを用いて、昆虫細胞内
で発現されることもできる。培養昆虫細胞（例えば、Ｓｆ９細胞）中のタンパク
質の発現に利用されるベクターには、ｐＡｃシリーズ（Smith et al., Mol. Cel
l Biol. 3:2156-2165 (1983)）、及びｐＶＬシリーズ（Lucklow et al., Virolo
gy 170:31-39 (1989)）が含まれる。

【０１６５】 本発明のある例においては、ここに記載されている核酸分子は、哺乳類発現ベ
クターを用いて哺乳類の細胞内で発現される。哺乳類発現ベクターの例としては
、ｐＣＤＭ８（Seed, B. Nature 329:840(1987)）、及びｐＭＴ２ＰＣ（Kaufman
et al., EMBO J. 6:187-195 (1987)）が含まれる。

【０１６６】 ここに列記されている発現ベクターとしては、核酸分子を発現するために有用
であり、当業者が利用可能なベクターとして周知のもののみが示されている。こ
こに記載されている核酸分子の維持増殖、又は発現に好適な他のベクターは、当
業者において周知である。これらは、例えば、Sambrook, J., Fritsh, E. F., a
nd Maniatis, T. Molecular Cloning: A Laboratory Manual. 2nd, ed., Cold S
pring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Sprin
g Harbor, NY, 1989に記載されている。

【０１６７】 ここに記載されている核酸配列がベクター中に逆方向にクローンされたベクタ
ーは、アンチセンスＲＮＡの転写を許す調整配列に結合可能であるが、本発明は
、また、このようなベクターも包含するものである。このように、アンチセンス
転写は、ここに記載され、コード、非コード領域の両方が含まれている核酸分子
配列の、全部又は一部を生成することができる。そして、このアンチセンスのＲ
ＮＡの発現は、センスＲＮＡの発現（調整配列、構成的、又は指示的発現、組織
特異発現）に関して、前記した各パラメータに対応する。

【０１６８】 本発明はまた、ここに記載されるベクターを含む組み換え宿主細胞に関連する
ものである。したがって、宿主細胞には、原核生物細胞、酵母のような低真核生
物細胞、昆虫細胞のような他の真核生物細胞、及び哺乳類の細胞のような高真核
生物細胞が含まれる。

【０１６９】 組み換え宿主細胞は、当業者が容易に利用可能な技術により、ここに記載され
るように構成されるベクターを細胞中に導入することにより、調製することがで
きる。これらには、リン酸カルシウムトランスフェクション、ＤＥＡＥ−デキス
トラン媒介トランスフェクション、カチオン性脂質媒介トランスフェクション、
エレクトロポレーション、トランスダクション、インフェクション、リポフェク
ション、及びSambrook, et al. (Molecular Cloning: A Laboratory Manual. 2n
d, ed., Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor Laboratory Pre
ss, Cold Spring Harbor, NY, 1989)に記載されているような他の技術が含まれ
るが、これらに限定されるものではない。

【０１７０】 宿主細胞は、１以上のベクターを含むことができる。このため、異なるヌクレ
オチド配列が、同じ細胞の異なるベクター中に導入されることができる。同様に
、核酸分子は、単独で、又は発現ベクターのトランス作用因子を与えているよう
な、関連のない他の核酸分子と共に導入されることができる。１以上のベクター
が細胞内に導入される場合、ベクターは単独で導入されるか、共に導入されるか
、又は核酸分子ベクターに結合されることができる。

【０１７１】 バクテリオファージ及びウィルスベクターの場合、これらは標準的なインフェ
クション及びトランスダクションの操作により、封入又はカプセル化されたウイ
ルスとして細胞内に導入されることができる。ウィルスベクターは、複製可能、
又は複製欠陥であり得る。ウイルスの複製に欠陥がある場合、複製は欠陥を補完
する機能が提供される宿主細胞内で起こり得る。

【０１７２】 ベクターは一般に、組み換えベクターの構成物を含む細胞の部分母集団の選択
を可能とする選択性マーカーを含む。このマーカーは、ここに記載される核酸分
子を含む同一のベクター内か、又は別のベクター中に含まれることができる。マ
ーカーには、原核生物宿主細胞のためのテトラサイクリン又はアンピシリン−抵
抗遺伝子、及び真核生物宿主細胞のためのジヒドロフォレート還元酵素又はネオ
マイシン耐性が含まれる。しかしながら、表現型特性の選択性を提供するマーカ
ーは何れの場合にも有効である。

【０１７３】 成熟タンパク質は、バクテリア、酵母、哺乳類の細胞、及び他の細胞において
、適切な調整配列の制御下で生成されることができるが、無細胞系転写及び翻訳
システムもまた、ここに記載されるＤＮＡ構成物から誘導されるＲＮＡを用い、
これらのタンパク質を生成するために用いることができる。

【０１７４】 ペプチドの分泌が必要とされる場合、これがトランスポーターのようなタンパ
ク質を含むマルチ膜貫通ドメイン内で達成されることは難しく、適切な分泌信号
がベクター中に組み込まれる。信号配列は、これらのペプチドに内生であるか、
又はペプチドに非相同であり得る。

【０１７５】 ペプチドが媒体内で分泌されない場合、典型的にはトランスポーターの場合、
タンパク質は、凍結融解、超音波処理、機械的破壊、分解試薬等の標準的な破壊
操作によって、宿主細胞から単離されることができる。ペプチドは、硫酸アンモ
ニウム沈降、酸抽出、又はアニオン又はカチオン交換クロマトグラフィ、ホスホ
セルロースクロマトグラフィ、疎水性相互作用クロマトグラフィ、アフィニティ
クロマトグラフィ、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィ、レクチンクロマ
トグラフィ、又は高速液体クロマトグラフィを含む、公知の精製方法によって、
回収、精製されることができる。

【０１７６】 また、ここに記載されているペプチドの組み換え製造における宿主細胞に依存
して、ペプチドは種々のグリコシル化パターンを持ち、細胞に依存してバクテリ
ア内で製造される際にグリコシル化されないかもしれないことが理解される。さ
らにペプチドは、ホストを媒介する過程の結果として、いくつかの場合で最初に
修飾されたメチオニンを含むものであり得る。

【０１７７】ベクター及び宿主細胞の使用 ここに記載されているペプチドを発現している組み換え宿主細胞には、種々の
使用用途がある。まず、この細胞はトランスポータータンパク、又はペプチドの
生成に有用であり、トランスポータータンパク質又はフラグメントを必要量生成
するために、さらに精製を行うことができる。このため、発現ベクターを含む宿
主細胞は、ペプチドの生成に有用である。

【０１７８】 宿主細胞は、トランスポータータンパク質、又はトランスポータータンパク質
フラグメントに関連している細胞系のアッセイ、例えば上記したもの、同様に当
業者において周知の他の形態のものの実行において有用である。このため、天然
のトランスポータータンパク質を発現している組み換え宿主細胞は、トランスポ
ータータンパク質機能を促進又は阻害する化合物のアッセイに有用である。

【０１７９】 宿主細胞はまた、機能的な影響を受けるトランスポータータンパク質変異体を
同定するために有用である。変異が自然に生じて病理を引き起こすような場合、
突然変異を含む宿主細胞は、天然のトランスポータータンパク質の効果を示さず
に、トランスポータータンパク質変異体に要求される効果（例えば、機能を促進
、又は阻害）を持つ化合物のアッセイに有用である。

【０１８０】 遺伝子的に工作された宿主細胞は、さらにヒト以外の遺伝子組み換え動物を生
産するために用いることができる。遺伝子組み換え動物は、好適には哺乳類であ
り、例えば、１以上の細胞が組み換え遺伝子を含んだ、ラット又はマウスのよう
な齧歯動物である。組み換え遺伝子は、成長中の遺伝子組み換え動物の細胞のゲ
ノムに組み込まれ、１以上の細胞型又は組織において、成熟した動物のゲノム中
に残存する外生のＤＮＡである。これらの動物は、トランスポータータンパク質
の機能の研究、及びトランスポータータンパク質活性のモジュレータの同定及び
評価に有用である。遺伝子組み換え動物の他の例としては、ヒト以外の霊長類、
羊、犬、牛、ヤギ、鶏、及び両生類が含まれる。

【０１８１】 遺伝子組み換え動物は、例えば、マイクロインジェクション、レトロウイルス
感染によって、受精卵母細胞の雄性前核細胞内に核酸分子を導入し、卵母細胞が
偽妊娠性の雌性育成動物中で育成されることにより作製される。何れのトランス
ポータータンパク質ヌクレオチド配列も、マウスのようなヒト以外の動物のゲノ
ム中に組み換え遺伝子として導入されることができる。

【０１８２】 発現ベクターに有用な調整配列、又は他の配列は、何れも組み換え遺伝子配列
の一部分を形成することができる。イントロン配列及びポリアデニル化信号が、
すでに含まれていない場合には、これも含まれる。組織特異性調整配列は、特定
の細胞に対しトランスポータータンパク質が直接発現するために、組み換え遺伝
子に有効に結合されることができる。

【０１８３】 受胎操作及びマイクロインジェクションを通して、遺伝子組み換え動物を生産
する方法、特にマウスのような動物を用いる方法は、当業界において一般化され
ており、例えば、U.S. Patent Nos. 4,736,866、及び 4,870,009, by Leder et
al., U.S. Patent No. 4,873,191 by Wagner et al. and in Hogan, B., Manipu
lating the Mouse Embryo, (Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spri
ng Harbor, N.Y., 1986) に記載されている。また、同様の方法が、他の遺伝子
組み換え動物の生産のために用いられている。最初の遺伝子組み換え動物は、ゲ
ノム中の組み換え遺伝子の存在及び／又は動物の組織や細胞内での遺伝子組み換
えｍＲＮＡの発現に基づいて確認されることができる。最初の遺伝子組み換え動
物は、その後、さらに組み換え遺伝子を有する動物を繁殖するために用いられる
ことができる。その上、組み換え遺伝子を有している遺伝子組み換え動物は、さ
らに他の組み換え遺伝子を有する他の遺伝子組み換え動物へと生育されることが
できる。遺伝子組み換え動物はまた、ここに記載されている相同的な組み換え宿
主細胞を用いて製造された、全ての動物又は動物の組織が含まれる。

【０１８４】 他の例では、ヒト以外の遺伝子組み換え動物は、組み換え遺伝子の調節された
発現を行う選択システムを含むものとして生産されることができる。このような
システムの１つの例は、バクテリオファージＰ１のｃｒｅ／ｌｏｘＰリコンビナ
ーゼシステムである。ｃｒｅ／ｌｏｘＰリコンビナーゼシステムについての記載
は、例えば、Lakso et al. PNAS 89:6232-6236 (1992)参照。リコンビナーゼシ
ステムのもう一つの例は、Ｓ. ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅのＦＬＰリコンビナーゼシ
ステムである (O'Gorman et al. Science 251:1351-1355 (1991)。ｃｒｅ／ｌｏ
ｘＰリコンビナーゼシステムが組み換え遺伝子の発現の調節に用いられる場合は
、動物において、Ｃｒｅリコンビナーゼ及び選択されたタンパク質の両方をコー
ド化している組み換え遺伝子が含まれていることが必要である。このような動物
は、例えば、一方は選択されたタンパク質をコード化した組み換え遺伝子を持ち
、他方はリコンビナーゼをコード化した組み換え遺伝子を持った２つの組み換え
遺伝子動物を交配させることにより、「二重」遺伝子組み換え動物を構成するこ
とによって提供される。

【０１８５】 ここに記載されるヒト以外の遺伝子組み換え動物のクローンは、また、Wilmut
, I. et al. Nature 385:810-813 (1997)及び、PCT International Publication
Nos. WO 97/07668 and WO 97/07669に記載されている方法に従って生産される
ことができる。簡単に述べると、遺伝子組み換え動物からの細胞、例えば体細胞
は、単離されて、成長サイクルから出てＧ_０相に入れられるように誘導すること
ができる。静止細胞は、例えば、電気パルスの使用によって、単離された静止細
胞と同種の動物の細胞核を取り除かれた卵母細胞に融合されることができる。再
構成された卵母細胞は、桑実胚又は芽細胞に発達するように培養され、その後、
偽妊娠性の雌性育成動物中に移される。この雌性育成動物から誕生する子孫は、
細胞、例えば体細胞を単離した動物のクローンとなる。

【０１８６】 ここに記載されているペプチドを発現する組み換え細胞を含んだ遺伝子組み換
え動物は、in vivoの環境で、ここに記載したようなアッセイを行うために有用
である。したがって、生体内に存在し、リガンド結合、トランスポータータンパ
ク質活性化、信号伝達に影響を与えている各種の生理学的ファクターは、in vit
roの無細胞系又は細胞系のアッセイでは明らかにならないかもしれない。このた
め、これらは、リガンド相互作用、トランスポータータンパク質機能及びリガン
ド相互作用に対する特定の変異体トランスポータータンパク質の影響、及びキメ
ラトランスポータータンパク質の影響を含むトランスポータータンパク質機能を
、in vivoでアッセイするための、ヒト以外の遺伝子組み換え動物を提供するた
めに有用である。また、実質的に又は完全に一つ以上のトランスポータータンパ
ク質機能を除去する突然変異である、ｎｕｌｌ変異の影響を評価することも可能
である。

【０１８７】 本明細書において、上に記載された全ての刊行物及び特許は、ここに参考とし
て折り込まれている。本発明に記載された方法及びシステムの各種修正及び変形
は、本発明の範囲及び精神から外れない限り、当業者において明らかなものであ
る。本発明は、特定の好適な具体例に関連して記述されているが、特許請求の範
囲に記載された発明は、このような特定の実施例に不当に限定されないと理解さ
れるべきである。実際に、本発明を実施するための上記方法の各種変形は、分子
生物学又は関連分野の当業者において明らかであり、このようなものも特許請求
の範囲に含まれるものである。

【図面の簡単な説明】

【図１】 図１は、本発明のトランスポータータンパク質のスプライス型１及び２をコー
ド化するｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列を示す（スプライス型１＝ＳＥＱ Ｉ
Ｄ ＮＯ．１、スプライス型２＝ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．４）。さらに、ここにはＡ
ＴＧ開始、終止、及び組織分布のような構造及び機能情報が示され、この分子配
列に基づいた発明の特定用途を容易に決定することができる。スプライス型１の
発現は、脳、腎臓のような胎児の組織；脳、脳下垂体、心臓、白血球、腎臓、肝
臓、甲状腺、胎盤、骨格筋、小腸、前立腺、睾丸、副腎、骨髄、膵臓のような分
化組織；生殖細胞腫瘍、肺カルチノイド組織、脳退形成乏突起神経膠腫、リンパ
性白血病Ｂ細胞、グリア芽細胞腫、及び高分化子宮内膜腺癌のような腫瘍性組織
において、それぞれの独立の系で実証された。

【図２】 図２は、本発明のトランスポータータンパク質のスプライス型１及び２の予測
アミノ酸配列を示す（スプライス型１＝ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２、スプライス型２
＝ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．５）。さらに、ここにはタンパク質ファミリー、機能、変
更部位のような構造及び機能情報が示され、この分子配列に基づいた発明の特定
用途を容易に決定することができる。

【図３】 図３は、本発明のトランスポータータンパク質のスプライス型１及び２をコー
ド化している遺伝子領域のゲノム配列を示す（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．３）。さらに
、ここにはイントロン／エクソン構造、プロモーター位置のような構造及び機能
情報が示され、この分子配列に基づいた発明の特定用途を容易に決定することが
できる。図３に示されるように、確認されたＳＮＰ変異としては、ｇ３０３４４
ａ、ａ３１１７０ｇ、ｃ１６２５６ｔ、ａ１３３７６ｔ、ｔ１２２１０ｃ、ｇ１
２０７２ｃ、ｇ１１９２２ｔ、-１１９０３ａ、ｃ１０００９ｇ、ｃ４５１９ｔ
、ａ４１８１ｇ、ａ２０９５２ｃ、ｔ２０９８７ｃ、ｇ２１６２０ａ、ｔ２１７
９５ｃ、ａ２２７５３ｔ、ｇ２２９４５ａ、ｇ２３０３２ａ、ｇ２３７３８ａ、
ｔ２３９５２ｇ、ａ２４１２３ｇ、ｃ２４５２７-、ｃ２４６９１ｔ、ｇ２５０
１５ａ、及びｇ２５１９１ｔが含まれる。図３には、さらにＧｅｎｅｗｉｓｅコ
ンピュータプログラムにより得られたスプライス型２の構造情報を示す。

【配列表】

───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.⁷ 識別記号 ＦＩ テーマコート゛(参考） Ｃ０７Ｋ 16/18 Ｃ１２Ｎ 1/15 ４Ｂ０６５ Ｃ１２Ｍ 1/00 1/19 ４Ｃ０８４ Ｃ１２Ｎ 1/15 1/21 ４Ｈ０４５ 1/19 Ｃ１２Ｐ 21/02 Ｃ 1/21 Ｃ１２Ｑ 1/02 5/10 1/68 Ａ Ｃ１２Ｐ 21/02 Ｇ０１Ｎ 33/15 Ｚ Ｃ１２Ｑ 1/02 33/50 Ｚ 1/68 33/53 Ｍ Ｇ０１Ｎ 33/15 37/00 １０２ 33/50 Ｃ１２Ｎ 15/00 ＺＮＡＡ 33/53 5/00 Ａ 37/00 １０２ Ｂ 15/00 Ｆ (31)優先権主張番号 ０９／７６５，３４４ (32)優先日 平成13年１月22日(2001．1．22) (33)優先権主張国 米国（ＵＳ） (81)指定国 ＥＰ(ＡＴ，ＢＥ，ＣＨ，ＣＹ， ＤＥ，ＤＫ，ＥＳ，ＦＩ，ＦＲ，ＧＢ，ＧＲ，ＩＥ，Ｉ Ｔ，ＬＵ，ＭＣ，ＮＬ，ＰＴ，ＳＥ，ＴＲ)，ＯＡ(ＢＦ ，ＢＪ，ＣＦ，ＣＧ，ＣＩ，ＣＭ，ＧＡ，ＧＮ，ＧＷ， ＭＬ，ＭＲ，ＮＥ，ＳＮ，ＴＤ，ＴＧ)，ＡＰ(ＧＨ，Ｇ Ｍ，ＫＥ，ＬＳ，ＭＷ，ＭＺ，ＳＤ，ＳＬ，ＳＺ，ＴＺ ，ＵＧ，ＺＷ)，ＥＡ(ＡＭ，ＡＺ，ＢＹ，ＫＧ，ＫＺ， ＭＤ，ＲＵ，ＴＪ，ＴＭ)，ＡＥ，ＡＧ，ＡＬ，ＡＭ， ＡＴ，ＡＵ，ＡＺ，ＢＡ，ＢＢ，ＢＧ，ＢＲ，ＢＹ，Ｂ Ｚ，ＣＡ，ＣＨ，ＣＮ，ＣＲ，ＣＵ，ＣＺ，ＤＥ，ＤＫ ，ＤＭ，ＤＺ，ＥＥ，ＥＳ，ＦＩ，ＧＢ，ＧＤ，ＧＥ， ＧＨ，ＧＭ，ＨＲ，ＨＵ，ＩＤ，ＩＬ，ＩＮ，ＩＳ，Ｊ Ｐ，ＫＥ，ＫＧ，ＫＰ，ＫＲ，ＫＺ，ＬＣ，ＬＫ，ＬＲ ，ＬＳ，ＬＴ，ＬＵ，ＬＶ，ＭＡ，ＭＤ，ＭＧ，ＭＫ， ＭＮ，ＭＷ，ＭＸ，ＭＺ，ＮＯ，ＮＺ，ＰＬ，ＰＴ，Ｒ Ｏ，ＲＵ，ＳＤ，ＳＥ，ＳＧ，ＳＩ，ＳＫ，ＳＬ，ＴＪ ，ＴＭ，ＴＲ，ＴＴ，ＴＺ，ＵＡ，ＵＧ，ＵＺ，ＶＮ， ＹＵ，ＺＡ，ＺＷ (72)発明者 ケチャム，カレン アメリカ合衆国 メリーランド州 20850 ロックビル，ウェスト グーデ ドライ ブ 45，セレーラ内 (72)発明者 ディーアイ，フランセスコ，バレンティナ アメリカ合衆国 メリーランド州 20850 ロックビル，ウェスト グーデ ドライ ブ 45，セレーラ内 (72)発明者 ビーズリー，エレン，エム アメリカ合衆国 メリーランド州 20850 ロックビル，ウェスト グーデ ドライ ブ 45，セレーラ内 Ｆターム(参考） 2G045 AA25 AA40 BB20 CB01 CB21 DA12 DA13 DA14 DA36 DA77 FB02 FB04 4B024 AA01 AA11 AA19 BA80 CA09 DA02 EA04 GA11 HA12 4B029 AA07 AA23 BB20 CC03 FA15 4B063 QA01 QA05 QA18 QQ05 QQ13 QQ41 QR31 QR55 QR77 QR80 QR82 QS34 4B064 AG01 CA01 CA19 CC24 DA01 DA13 4B065 AA26X AA46X AA50X AA81X AA90X AA91X AA93Y AB01 AC14 BA02 CA24 CA44 CA46 4C084 AA16 NA14 ZC412 ZC422 4H045 AA10 AA11 BA10 CA40 DA75 EA50 EA61 FA72 【要約の続き】

Claims (23)

【特許請求の範囲】
1. 【請求項１】 下記グループから選択されるアミノ酸配列から成る単離ペプ
   チド。 （ａ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２及び５から成るグループから選択されるアミノ酸配
   列; （ｂ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２、及び５から成るグループから選択されるアミノ酸
   配列の対立変異体のアミノ酸配列であって、該対立変異体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ
   ．１、３、及び４から成るグループより選択される核酸分子の対向鎖に、ストリ
   ンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸分子によってコード化されている
   ことを特徴とするアミノ酸配列; （ｃ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２、及び５から成るグループから選択されるアミノ酸
   配列のオルトログのアミノ酸配列であって、該オルトログは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ
   ．１、３、及び４から成るグループから選択される核酸分子の対向鎖に、ストリ
   ンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸分子によってコード化されている
   ことを特徴とするアミノ酸配列;及び （ｄ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２、及び５から成るグループから選択されるアミノ酸
   配列のフラグメントであって、該フラグメントは、少なくとも１０の隣接するア
   ミノ酸を含むことを特徴とするアミノ酸配列。
2. 【請求項２】 下記グループから選択されるアミノ酸配列を含む単離ペプチ
   ド。 （ａ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２、及び５から成るグループより選択されるアミノ酸
   配列; （ｂ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２、及び５から成るグループより選択されるアミノ酸
   配列の対立変異体のアミノ酸配列であって、該対立変異体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ
   ．１、３、及び４から成るグループより選択される核酸分子の対向鎖に、ストリ
   ンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸分子によってコード化されている
   ことを特徴とするアミノ酸配列; （ｃ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２、及び５から成るグループより選択されるアミノ酸
   配列のオルトログのアミノ酸配列であって、該オルトログは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ
   ．１、３、及び４から成るグループより選択される核酸分子の対向鎖に、ストリ
   ンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸分子によってコード化されている
   ことを特徴とするアミノ酸配列;及び （ｄ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２、及び５から成るグループより選択されるアミノ酸
   配列のフラグメントであって、該フラグメントは、少なくとも１０の隣接するア
   ミノ酸を含むことを特徴とするアミノ酸配列。
3. 【請求項３】 請求項２記載のペプチドに選択的に結合する単離抗体。
4. 【請求項４】 下記グループから選択されるヌクレオチド配列から成る単離
   核酸分子。 （ａ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２、及び５から成るグループより選択されるアミノ酸
   配列をコード化するヌクレオチド配列; （ｂ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２、及び５から成るグループより選択されるアミノ酸
   配列の対立変異体をコード化するヌクレオチド配列であって、該ヌクレオチド配
   列は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１、３、及び４から成るグループより選択される核酸
   分子の対向鎖にストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることを特徴とす
   るヌクレオチド配列; （ｃ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２、及び５から成るグループより選択されるアミノ酸
   配列のオルトログをコード化するヌクレオチド配列であって、該ヌクレオチド配
   列は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１、３、及び４から成るグループより選択される核酸
   分子の対向鎖にストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることを特徴とす
   るヌクレオチド配列;及び （ｄ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２、及び５から成るグループより選択されるアミノ酸
   配列のフラグメントをコード化するヌクレオチド配列であって、該フラグメント
   は、少なくとも１０の隣接するアミノ酸を含むことを特徴とするヌクレオチド配
   列。 （ｅ）（ａ）〜（ｄ）のヌクレオチド配列に相補的であるヌクレオチド配列。
5. 【請求項５】 下記グループから選択されるヌクレオチド配列を含む単離核
   酸分子。 （ａ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２、及び５から成るグループより選択されるアミノ酸
   配列をコード化するヌクレオチド配列; （ｂ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２、及び５から成るグループより選択されるアミノ酸
   配列の対立変異体をコード化するヌクレオチド配列であって、該ヌクレオチド配
   列は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１、３、及び４から成るグループより選択される核酸
   分子の対向鎖にストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることを特徴とす
   るヌクレオチド配列; （ｃ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２、及び５から成るグループより選択されるアミノ酸
   配列のオルトログをコード化するヌクレオチド配列であって、該ヌクレオチド配
   列は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１、３、及び４から成るグループより選択される核酸
   分子の対向鎖にストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることを特徴とす
   るヌクレオチド配列;及び （ｄ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２、及び５から成るグループより選択されるアミノ酸
   配列のフラグメントをコード化するヌクレオチド配列であって、該フラグメント
   は、少なくとも１０の隣接するアミノ酸を含むことを特徴とするヌクレオチド配
   列。 （ｅ）（ａ）〜（ｄ）のヌクレオチド配列に相補的であるヌクレオチド配列。
6. 【請求項６】 請求項５記載の核酸分子を含む遺伝子チップ。
7. 【請求項７】 請求項５記載の核酸分子を含むヒト以外の遺伝子組み換え動
   物。
8. 【請求項８】 請求項５記載の核酸分子を含む核酸ベクター。
9. 【請求項９】 請求項８記載のベクターを含む宿主細胞。
10. 【請求項１０】 請求項１記載の何れかのペプチドを製造する方法であって
    、（ａ）〜（ｄ）の何れかのアミノ酸配列をコード化するヌクレオチド配列を宿
    主細胞内に導入し、ペプチドがヌクレオチド配列から発現される条件下で宿主細
    胞を培養する方法。
11. 【請求項１１】 請求項２記載の何れかのペプチドを製造する方法であって
    、（ａ）〜（ｄ）の何れかのアミノ酸配列をコード化するヌクレオチド配列を宿
    主細胞内に導入し、ペプチドがヌクレオチド配列から発現される条件下で宿主細
    胞を培養する方法。
12. 【請求項１２】 サンプル中における請求項２記載の何れかのペプチドの存
    在を検出する方法であって、サンプル中の該ペプチドの存在を特異的に検出する
    試薬とサンプルとを接触させ、該ペプチドの存在を検出する方法。
13. 【請求項１３】 サンプル中における請求項５記載の核酸分子の存在を検出
    する方法であって、ストリンジェントな条件下で該核酸分子にハイブリダイズす
    るオリゴヌクレオチドとサンプルとを接触させ、サンプル中の該核酸分子とオリ
    ゴヌクレオチドが結合するかどうかを判定する方法。
14. 【請求項１４】 請求項２記載のペプチドのモジュレータを同定する方法で
    あって、該ペプチドと試薬とを接触させ、該試薬が該ペプチドの機能又は活性を
    変調したかどうかを判定する方法。
15. 【請求項１５】 請求項１４記載の方法において、前記試薬は前記ペプチド
    を発現する発現ベクターを含む宿主細胞に対して与えられる方法。
16. 【請求項１６】 請求項２に記載の何れかのペプチドに結合する試薬を同定
    する方法であって、ペプチドと試薬とを接触させ、接触混合物中にペプチドと試
    薬とが結合した複合体が形成されるかどうかをアッセイする方法。
17. 【請求項１７】 請求項１６記載の方法により同定された試薬と、薬学的に
    許容可能なそれらの担体とを含む薬剤組成物。
18. 【請求項１８】 ヒトトランスポータータンパク質により媒介される疾患又
    は症状を治療する方法であって、請求項１６記載の方法で同定された試薬を薬学
    的に有効な量、患者に投与する方法。
19. 【請求項１９】 請求項２に記載のペプチドの発現のモジュレータを同定す
    る方法であって、該ペプチドを発現する細胞と試薬とを接触させ、該試薬が該ペ
    プチドの発現を変調したかどうかを測定する方法。
20. 【請求項２０】 ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２、及び５から成るグループより選択
    されるアミノ酸配列と少なくとも７０％の相同性を持つアミノ酸配列を有する単
    離ヒトトランスポーターペプチド。
21. 【請求項２１】 請求項２０のペプチドにおいて、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２、
    及び５から成るグループより選択されるアミノ酸配列と少なくとも９０％の相同
    性を持つアミノ酸配列を有するペプチド。
22. 【請求項２２】 ヒトトランスポーターペプチドをコード化している単離核
    酸分子であって、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１、３、及び４から成るグループより選択
    される核酸分子と少なくとも８０％の相同性を有している核酸分子。
23. 【請求項２３】 請求項２２の核酸分子において、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１、
    ３、及び４から成るグループより選択される核酸分子と少なくとも９０％の相同
    性を有している核酸分子。