JP2002527054A - 基質再構築遺伝子 - Google Patents
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Abstract
(57)【要約】
本発明は、新規な基質再構築遺伝子及びそれらの遺伝子によってコードされるポリペプチドを提供する。また、本発明は、発現ベクター、宿主細胞、抗体、アゴニスト、及びアンタゴニストを提供する。また本発明は、基質再構築に関連する疾病の診断、処置、又は予防のための方法を提供する。
Description
【０００１】 （技術分野） 本発明は、既知の基質再構築遺伝子とそれらの同時発現によって特定された新
規な基質再構築遺伝子に関するものである。また本発明は、疾病、特に、例えば
癌、心筋症、関節炎、血管新生、糖尿病性壊死、アテローム性硬化症、繊維症、
及び潰瘍形成のような基質再構築に関連する疾病の診断、予後、予防、処置、及
び治療の評価における、前記生体分子の使用法に関するものである。
規な基質再構築遺伝子に関するものである。また本発明は、疾病、特に、例えば
癌、心筋症、関節炎、血管新生、糖尿病性壊死、アテローム性硬化症、繊維症、
及び潰瘍形成のような基質再構築に関連する疾病の診断、予後、予防、処置、及
び治療の評価における、前記生体分子の使用法に関するものである。
【０００２】 （発明の背景） 基質再構築は、細胞外基質の要素の構築、破壊、及び再編成に関連し、正常な
細胞の機能の発揮において、及び多くの疾病プロセスにおいても必須のものであ
る。このような疾病プロセスとしては、転移性の癌、心筋症、関節炎、血管新生
、糖尿病性壊死、アテローム性硬化症、繊維症、及び潰瘍形成等がある（Cell B
iology of Extracellular Matrix, Plenum Press, New York NY, pp. 255-302に
記載のAlexander及びWerb (1991); Extracellular Matrix, Marcel Dekker, New
York NY, pp. 201-254に記載のSchuppanら (1993); Extracellular Matrix, Ma
rcel Dekker, New York NY, pp. 559-580に記載のZvibel及びKraft (1993); Sha
nahanら (1994) J Clin Invest 93:2393-402; Kielty及びShuttleworth (1995)
Int J Biochem Cell Biol 27:747-60; Bitar及びLabbad (1996) J Surg Res 61:
113-9; Douradoら (1996) Osteoarthritis Cartilage 4:187-96; Grantら (1996
) Regul. Pept. 67:137-44; Gunja-Smithら (1996) Am J Pathol 148:1639-48;
Alcoladoら (1997) Clin. Sci 92:103-12; CsSzaboら (1997) Arthritis Rheum
40:1037-45; Hayward及びBrock (1997) Hum Mutat 10:415-23; Leddaら (1997)
J Invest Dermatol 108:210-4; Hayashidoら (1998) Int J Cancer 75:654-8; I
toら (1998) Kidney Int 53:853-61; Nelsonら (1998) Cancer Res 58:232-6）
。
細胞の機能の発揮において、及び多くの疾病プロセスにおいても必須のものであ
る。このような疾病プロセスとしては、転移性の癌、心筋症、関節炎、血管新生
、糖尿病性壊死、アテローム性硬化症、繊維症、及び潰瘍形成等がある（Cell B
iology of Extracellular Matrix, Plenum Press, New York NY, pp. 255-302に
記載のAlexander及びWerb (1991); Extracellular Matrix, Marcel Dekker, New
York NY, pp. 201-254に記載のSchuppanら (1993); Extracellular Matrix, Ma
rcel Dekker, New York NY, pp. 559-580に記載のZvibel及びKraft (1993); Sha
nahanら (1994) J Clin Invest 93:2393-402; Kielty及びShuttleworth (1995)
Int J Biochem Cell Biol 27:747-60; Bitar及びLabbad (1996) J Surg Res 61:
113-9; Douradoら (1996) Osteoarthritis Cartilage 4:187-96; Grantら (1996
) Regul. Pept. 67:137-44; Gunja-Smithら (1996) Am J Pathol 148:1639-48;
Alcoladoら (1997) Clin. Sci 92:103-12; CsSzaboら (1997) Arthritis Rheum
40:1037-45; Hayward及びBrock (1997) Hum Mutat 10:415-23; Leddaら (1997)
J Invest Dermatol 108:210-4; Hayashidoら (1998) Int J Cancer 75:654-8; I
toら (1998) Kidney Int 53:853-61; Nelsonら (1998) Cancer Res 58:232-6）
。
【０００３】 基質再構築に関与し、それを調節する多くの遺伝子が知られているが、その多
くは特定されていない。現時点で未知の遺伝子を特定することにより、新たな診
断や治療上の標的が分かる。加えて、これらの遺伝子により、治療のための組織
の操作、即ち病気や外傷のために失われた組織の代わりとなり得る皮膚、膵臓、
又は肝臓のような新しい組織の形成を誘導する薬物や生物製剤の使用のための新
たな機会が得られる。
くは特定されていない。現時点で未知の遺伝子を特定することにより、新たな診
断や治療上の標的が分かる。加えて、これらの遺伝子により、治療のための組織
の操作、即ち病気や外傷のために失われた組織の代わりとなり得る皮膚、膵臓、
又は肝臓のような新しい組織の形成を誘導する薬物や生物製剤の使用のための新
たな機会が得られる。
【０００４】 本発明は、基質再構築に関連する疾病の診断、予後、処置、予防、及び治療の
評価に役立つ新規な組成物を提供する。また、遺伝子発現パターンの解析のため
の方法を実施し、かつ既知の基質再構築遺伝子とそれらの同時発現により２０種
類の新規な基質再構築遺伝子を特定した。
評価に役立つ新規な組成物を提供する。また、遺伝子発現パターンの解析のため
の方法を実施し、かつ既知の基質再構築遺伝子とそれらの同時発現により２０種
類の新規な基質再構築遺伝子を特定した。
【０００５】 （発明の概要） 或る実施態様では、本発明は、複数の生物学的サンプルにおいて１種類又は複
数の種類の既知の基質再構築遺伝子と同時発現される遺伝子を含む、実質的に精
製されたポリヌクレオチドを提供する。好ましくは、既知の基質再構築遺伝子の
それぞれは、オステオネクチン（BM-40）、コンドロイチン／デルマタン硫酸プ
ロテオグリカン（C/DSPG）、I型・II型・III型・IV型コラーゲン、結合組織成長
因子（CTGF）、フィブリリン、フィブロネクチン、フィブロネクチン受容体（fi
br-r）、フィブリン１、ヘパラン硫酸プロテオグリカン（HSPG）、細胞外基質タ
ンパク質（ヘビン（hevin））、インスリン様成長因子１（IGF1）、インスリン
様成長因子結合タンパク質（IGFBP）、ラミニン、ルミカン（lumican）、基質Gl
aタンパク質（MGP）、基質金属プロテアーゼ（MMP）、基質金属プロテアーゼの
組織インヒビター１、２、及び３（TIMP1、2、及び3）からなる群から選択され
る。好ましい実施例は、 （ａ）配列番号：１〜配列番号：２０からなる群から選択されたポリヌクレオチ
ド配列；（ｂ）配列番号：２１、配列番号：２２、及び配列番号：２３のポリペ
プチド配列をコードするポリヌクレオチド配列；（ｃ）（ａ）又は（ｂ）のポリ
ヌクレオチド配列と少なくとも７０％の同一性を有するポリヌクレオチド配列：
（ｄ）（ａ）、（ｂ）、又は（ｃ）のポリヌクレオチド配列の少なくとも１８個
の連続したヌクレオチドを含むポリヌクレオチド配列；（ｅ）（ａ）、（ｂ）、
（ｃ）、又は（ｄ）のポリヌクレオチドとストリンジェントな条件の下でハイブ
リダイズするポリヌクレオチド；又は（ｆ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、
又は（ｅ）のポリヌクレオチド配列に相補的なポリヌクレオチド配列である。更
に本発明は、上述のポリヌクレオチドの何れかを含む発現ベクター、及び前記発
現ベクターを含む宿主細胞を提供する。更に本発明は、サンプル内で１又は複数
の既知の基質再構築遺伝子と同時発現される遺伝子の発現の変化に関連する疾病
又は状態の処置又は予防のための方法であって、それが必要な患者に、上述のポ
リヌクレオチドを前記疾病の処置又は予防のために有効な量投与する過程を含む
、該方法を提供する。
数の種類の既知の基質再構築遺伝子と同時発現される遺伝子を含む、実質的に精
製されたポリヌクレオチドを提供する。好ましくは、既知の基質再構築遺伝子の
それぞれは、オステオネクチン（BM-40）、コンドロイチン／デルマタン硫酸プ
ロテオグリカン（C/DSPG）、I型・II型・III型・IV型コラーゲン、結合組織成長
因子（CTGF）、フィブリリン、フィブロネクチン、フィブロネクチン受容体（fi
br-r）、フィブリン１、ヘパラン硫酸プロテオグリカン（HSPG）、細胞外基質タ
ンパク質（ヘビン（hevin））、インスリン様成長因子１（IGF1）、インスリン
様成長因子結合タンパク質（IGFBP）、ラミニン、ルミカン（lumican）、基質Gl
aタンパク質（MGP）、基質金属プロテアーゼ（MMP）、基質金属プロテアーゼの
組織インヒビター１、２、及び３（TIMP1、2、及び3）からなる群から選択され
る。好ましい実施例は、 （ａ）配列番号：１〜配列番号：２０からなる群から選択されたポリヌクレオチ
ド配列；（ｂ）配列番号：２１、配列番号：２２、及び配列番号：２３のポリペ
プチド配列をコードするポリヌクレオチド配列；（ｃ）（ａ）又は（ｂ）のポリ
ヌクレオチド配列と少なくとも７０％の同一性を有するポリヌクレオチド配列：
（ｄ）（ａ）、（ｂ）、又は（ｃ）のポリヌクレオチド配列の少なくとも１８個
の連続したヌクレオチドを含むポリヌクレオチド配列；（ｅ）（ａ）、（ｂ）、
（ｃ）、又は（ｄ）のポリヌクレオチドとストリンジェントな条件の下でハイブ
リダイズするポリヌクレオチド；又は（ｆ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、
又は（ｅ）のポリヌクレオチド配列に相補的なポリヌクレオチド配列である。更
に本発明は、上述のポリヌクレオチドの何れかを含む発現ベクター、及び前記発
現ベクターを含む宿主細胞を提供する。更に本発明は、サンプル内で１又は複数
の既知の基質再構築遺伝子と同時発現される遺伝子の発現の変化に関連する疾病
又は状態の処置又は予防のための方法であって、それが必要な患者に、上述のポ
リヌクレオチドを前記疾病の処置又は予防のために有効な量投与する過程を含む
、該方法を提供する。
【０００６】 第２の実施態様では、本発明は、複数の生物学的サンプルにおいて１種類又は
複数の種類の既知の基質再構築遺伝子と同時発現される遺伝子の遺伝子産物を含
む、実質的に精製されたポリペプチドを提供する。既知の基質再構築遺伝子は、
オステオネクチン（BM-40）、コンドロイチン／デルマタン硫酸プロテオグリカ
ン（C/DSPG）、I型・II型・III型・IV型コラーゲン、結合組織成長因子（CTGF）
、フィブリリン、フィブロネクチン、フィブロネクチン受容体（fibr-r）、フィ
ブリン１、ヘパラン硫酸プロテオグリカン（HSPG）、細胞外基質タンパク質（ヘ
ビン（hevin））、インスリン様成長因子１（IGF1）、インスリン様成長因子結
合タンパク質（IGFBP）、ラミニン、ルミカン（lumican）、基質Glaタンパク質
（MGP）、基質金属プロテアーゼ（MMP）、基質金属プロテアーゼの組織インヒビ
ター１、２、及び３（TIMP1、2、及び3）からなる群から選択され得る。好まし
い実施例は、（ａ）配列番号：２１、配列番号：２２、又は配列番号：２３のポ
リペプチド配列：（ｂ）（ａ）のポリペプチド配列と少なくとも８５％の同一性
を有するポリペプチド配列；及び（ｃ）（ａ）又は（ｂ）のポリペプチド配列の
少なくとも６個の連続したアミノ酸を含むポリペプチドを含むポリペプチドであ
る。更に本発明は、上述のポリペプチドの何れかに特異的に結合する抗体、及び
サンプル内で１又は複数の既知の基質再構築遺伝子と同時発現される遺伝子の発
現の変化に関連する疾病又は状態の処置又は予防のための方法であって、それが
必要な患者に、抗体を前記疾病の処置又は予防のために有効な量投与する過程を
含む、該方法を提供する。
複数の種類の既知の基質再構築遺伝子と同時発現される遺伝子の遺伝子産物を含
む、実質的に精製されたポリペプチドを提供する。既知の基質再構築遺伝子は、
オステオネクチン（BM-40）、コンドロイチン／デルマタン硫酸プロテオグリカ
ン（C/DSPG）、I型・II型・III型・IV型コラーゲン、結合組織成長因子（CTGF）
、フィブリリン、フィブロネクチン、フィブロネクチン受容体（fibr-r）、フィ
ブリン１、ヘパラン硫酸プロテオグリカン（HSPG）、細胞外基質タンパク質（ヘ
ビン（hevin））、インスリン様成長因子１（IGF1）、インスリン様成長因子結
合タンパク質（IGFBP）、ラミニン、ルミカン（lumican）、基質Glaタンパク質
（MGP）、基質金属プロテアーゼ（MMP）、基質金属プロテアーゼの組織インヒビ
ター１、２、及び３（TIMP1、2、及び3）からなる群から選択され得る。好まし
い実施例は、（ａ）配列番号：２１、配列番号：２２、又は配列番号：２３のポ
リペプチド配列：（ｂ）（ａ）のポリペプチド配列と少なくとも８５％の同一性
を有するポリペプチド配列；及び（ｃ）（ａ）又は（ｂ）のポリペプチド配列の
少なくとも６個の連続したアミノ酸を含むポリペプチドを含むポリペプチドであ
る。更に本発明は、上述のポリペプチドの何れかに特異的に結合する抗体、及び
サンプル内で１又は複数の既知の基質再構築遺伝子と同時発現される遺伝子の発
現の変化に関連する疾病又は状態の処置又は予防のための方法であって、それが
必要な患者に、抗体を前記疾病の処置又は予防のために有効な量投与する過程を
含む、該方法を提供する。
【０００７】 別の実施態様では、本発明は、請求項２に記載のポリヌクレオチド又は請求項
３に記載のポリペプチドを、適切な医薬用担体と共に含む医薬品組成物、及びサ
ンプル内で１又は複数の既知の基質再構築遺伝子と同時発現される遺伝子の発現
の変化に関連する疾病又は状態の処置又は予防のための方法であって、それが必
要な患者に、そのような組成物を前記疾病の処置又は予防のために有効な量投与
する過程を含む、該方法を提供する。
３に記載のポリペプチドを、適切な医薬用担体と共に含む医薬品組成物、及びサ
ンプル内で１又は複数の既知の基質再構築遺伝子と同時発現される遺伝子の発現
の変化に関連する疾病又は状態の処置又は予防のための方法であって、それが必
要な患者に、そのような組成物を前記疾病の処置又は予防のために有効な量投与
する過程を含む、該方法を提供する。
【０００８】 更に別の実施態様では、サンプル内で１又は複数の既知の基質再構築遺伝子と
同時発現される遺伝子の発現の変化に関連する疾病又は状態の診断のための方法
であって、既知の基質再構築遺伝子のそれぞれが、オステオネクチン（BM-40）
、コンドロイチン／デルマタン硫酸プロテオグリカン（C/DSPG）、I型・II型・I
II型・IV型コラーゲン、結合組織成長因子（CTGF）、フィブリリン、フィブロネ
クチン、フィブロネクチン受容体（fibr-r）、フィブリン１、ヘパラン硫酸プロ
テオグリカン（HSPG）、細胞外基質タンパク質（ヘビン（hevin））、インスリ
ン様成長因子１（IGF1）、インスリン様成長因子結合タンパク質（IGFBP）、ラ
ミニン、ルミカン（lumican）、基質Glaタンパク質（MGP）、基質金属プロテア
ーゼ（MMP）、基質金属プロテアーゼの組織インヒビター１、２、及び３（TIMP1
、2、及び3）からなる群から選択される、該方法を提供する。この方法は、（ａ
）前記同時発現される遺伝子の１又は複数含むサンプルを準備する過程と、（ｂ
）１又は複数のハイブリダイゼーション複合体の形成に効果的な条件の下で、前
記同時発現される遺伝子のポリヌクレオチド同士をハイブリダイズさせる過程と
、（ｃ）前記ハイブリダイゼーション複合体を検出する過程であって、非疾病サ
ンプル内でのハイブリダイゼーション複合体レベルと比較したときの疾病サンプ
ル内での１又は複数のハイブリダイゼーション複合体のレベルの変化が、前記サ
ンプル内での疾病又は状態の存在と相互関係を有する、該過程とを有する。
同時発現される遺伝子の発現の変化に関連する疾病又は状態の診断のための方法
であって、既知の基質再構築遺伝子のそれぞれが、オステオネクチン（BM-40）
、コンドロイチン／デルマタン硫酸プロテオグリカン（C/DSPG）、I型・II型・I
II型・IV型コラーゲン、結合組織成長因子（CTGF）、フィブリリン、フィブロネ
クチン、フィブロネクチン受容体（fibr-r）、フィブリン１、ヘパラン硫酸プロ
テオグリカン（HSPG）、細胞外基質タンパク質（ヘビン（hevin））、インスリ
ン様成長因子１（IGF1）、インスリン様成長因子結合タンパク質（IGFBP）、ラ
ミニン、ルミカン（lumican）、基質Glaタンパク質（MGP）、基質金属プロテア
ーゼ（MMP）、基質金属プロテアーゼの組織インヒビター１、２、及び３（TIMP1
、2、及び3）からなる群から選択される、該方法を提供する。この方法は、（ａ
）前記同時発現される遺伝子の１又は複数含むサンプルを準備する過程と、（ｂ
）１又は複数のハイブリダイゼーション複合体の形成に効果的な条件の下で、前
記同時発現される遺伝子のポリヌクレオチド同士をハイブリダイズさせる過程と
、（ｃ）前記ハイブリダイゼーション複合体を検出する過程であって、非疾病サ
ンプル内でのハイブリダイゼーション複合体レベルと比較したときの疾病サンプ
ル内での１又は複数のハイブリダイゼーション複合体のレベルの変化が、前記サ
ンプル内での疾病又は状態の存在と相互関係を有する、該過程とを有する。
【０００９】 （発明の実施の形態） 本明細書及び特許請求の範囲において、単数を表す「或る」及び「その（この
）」と形容されたものは、前後関係でそうでないことが明らかである場合以外は
、複数の意味も含んでいることに注意しなければならない。従って、例えば「或
る宿主細胞」なる表記が表すものには、複数のそのような宿主細胞が含まれ、「
或る抗体」なる表記は、１種または複数の種類の抗体及び当業者に周知のその等
価物等も表している。
）」と形容されたものは、前後関係でそうでないことが明らかである場合以外は
、複数の意味も含んでいることに注意しなければならない。従って、例えば「或
る宿主細胞」なる表記が表すものには、複数のそのような宿主細胞が含まれ、「
或る抗体」なる表記は、１種または複数の種類の抗体及び当業者に周知のその等
価物等も表している。
【００１０】 定義 「ＮＳＥＱ」は、通常、配列番号：１〜配列番号：２０の、本発明のポリヌク
レオチド配列である。「ＰＳＥＱ」は、通常、配列番号：２１〜配列番号：２３
の、本発明のポリペプチドである。
レオチド配列である。「ＰＳＥＱ」は、通常、配列番号：２１〜配列番号：２３
の、本発明のポリペプチドである。
【００１１】 「変異体」は、その配列が配列番号：１〜配列番号：２０又は配列番号：２１
〜配列番号：２３とは異なるポリヌクレオチド又はポリペプチドの何れかである
。ポリヌクレオチド配列の変化は、１個又は複数個のヌクレオチドの欠失、付加
、及び置換のような変異によって生じ得る。このような変化は、コドン使用頻度
の相違によっても生じ得る。これらの種類の変化のそれぞれは、所定の配列にお
いて、単独で或いはその幾つかが組み合わさった形で、一回又は複数回生じ得る
。ポリペプチド変異体は、配列番号：２１〜配列番号：２３の構造的又は機能的
特徴の少なくとも１種類を有する配列を含む。
〜配列番号：２３とは異なるポリヌクレオチド又はポリペプチドの何れかである
。ポリヌクレオチド配列の変化は、１個又は複数個のヌクレオチドの欠失、付加
、及び置換のような変異によって生じ得る。このような変化は、コドン使用頻度
の相違によっても生じ得る。これらの種類の変化のそれぞれは、所定の配列にお
いて、単独で或いはその幾つかが組み合わさった形で、一回又は複数回生じ得る
。ポリペプチド変異体は、配列番号：２１〜配列番号：２３の構造的又は機能的
特徴の少なくとも１種類を有する配列を含む。
【００１２】 「断片（フラグメント）」は、好ましくは２０個の核酸からなる長さ、より好
ましくは４０個の核酸からなる長さ、最も好ましくは６０個の核酸からなる長さ
を有する核酸配列であり得、例えば配列番号：１〜配列番号：２０の１番目〜５
０番目又は２００番目〜５００番目の核酸からなる断片を包含する。「断片（フ
ラグメント）」は、好ましくは少なくとも約５個〜約１５個のアミノ酸からなる
長さ、より好ましくは少なくとも１０個のアミノ酸からなる長さを有し、かつ、
例えば配列番号：２１〜配列番号：２３から選択された配列の生物学的活性又は
免疫学的活性の幾つかを保持しているポリペプチド配列であり得る。
ましくは４０個の核酸からなる長さ、最も好ましくは６０個の核酸からなる長さ
を有する核酸配列であり得、例えば配列番号：１〜配列番号：２０の１番目〜５
０番目又は２００番目〜５００番目の核酸からなる断片を包含する。「断片（フ
ラグメント）」は、好ましくは少なくとも約５個〜約１５個のアミノ酸からなる
長さ、より好ましくは少なくとも１０個のアミノ酸からなる長さを有し、かつ、
例えば配列番号：２１〜配列番号：２３から選択された配列の生物学的活性又は
免疫学的活性の幾つかを保持しているポリペプチド配列であり得る。
【００１３】 「遺伝子」又は「遺伝子配列」は、転写物の部分的な又は完全なコーディング
配列である。また、この用語は、５’末端若しくは３’末端非翻訳領域、又は遺
伝子の部分的な又は完全なコーディング配列を含む５’末端若しくは３’末端非
翻訳領域を対応する配列も指す。一般的に、この新規な遺伝子配列は、公的又は
私的なデータベースに見出される注釈付きの配列に対して相同であるか、相同で
はないものであり得る。この遺伝子は、センス方向又はアンチセンス（相補的）
方向であり得る。
配列である。また、この用語は、５’末端若しくは３’末端非翻訳領域、又は遺
伝子の部分的な又は完全なコーディング配列を含む５’末端若しくは３’末端非
翻訳領域を対応する配列も指す。一般的に、この新規な遺伝子配列は、公的又は
私的なデータベースに見出される注釈付きの配列に対して相同であるか、相同で
はないものであり得る。この遺伝子は、センス方向又はアンチセンス（相補的）
方向であり得る。
【００１４】 「既知の基質再構築遺伝子」は、基質再構築に関連する疾病の診断、処置、予
後、又は予防において役立つものとして以前に特定された遺伝子配列である。一
般的に、これは、その既知の基質再構築遺伝子が、既知の基質再構築転写物が他
の組織より豊富に存在する組織において、より高いレベルで発現されることを意
味している。
後、又は予防において役立つものとして以前に特定された遺伝子配列である。一
般的に、これは、その既知の基質再構築遺伝子が、既知の基質再構築転写物が他
の組織より豊富に存在する組織において、より高いレベルで発現されることを意
味している。
【００１５】 「基質再構築遺伝子」」は、その発現パターンが既知の基質再構築遺伝子に類
似しており、基質再構築に関連する疾病の診断、処置、予後、又は予防において
役立つ遺伝子配列である。また、この遺伝子配列は、癌の治療の評価においても
用いることができる。
似しており、基質再構築に関連する疾病の診断、処置、予後、又は予防において
役立つ遺伝子配列である。また、この遺伝子配列は、癌の治療の評価においても
用いることができる。
【００１６】 本明細書において、用語「実質的に精製（された）」とは、天然の環境から取
り除かれ、単離または分離されて、自然にはそれが結合して存在する他の構成要
素が６０％以上、好ましくは７５％以上、最も好ましくは９０％以上除去された
核酸配列又はアミノ酸配列である。
り除かれ、単離または分離されて、自然にはそれが結合して存在する他の構成要
素が６０％以上、好ましくは７５％以上、最も好ましくは９０％以上除去された
核酸配列又はアミノ酸配列である。
【００１７】 （発明） 本発明は、特定の疾病、調節経路、細胞成分区画、細胞の型、組織の型、また
は種に関連する生体分子を特定する方法を包含する。詳述すると、前記方法は、
基質再構築に関連する疾病、具体的には癌、心筋症、関節炎、血管新生、糖尿病
性壊死、アテローム性硬化症、繊維症、及び潰瘍形成の、診断、予後、処置、予
防、治療の評価に役立つ遺伝子配列を特定する。
は種に関連する生体分子を特定する方法を包含する。詳述すると、前記方法は、
基質再構築に関連する疾病、具体的には癌、心筋症、関節炎、血管新生、糖尿病
性壊死、アテローム性硬化症、繊維症、及び潰瘍形成の、診断、予後、処置、予
防、治療の評価に役立つ遺伝子配列を特定する。
【００１８】 本発明の方法は、はじめに、複数のcDNAライブラリーで発現されるポリヌクレ
オチドを特定する。特定されたポリヌクレオチドには、その機能が既知の遺伝子
、特定の疾病プロセスにおいて発現されることが知られている遺伝子、細胞成分
区画、細胞の型、組織の型、または種に特異的に発現されることが知られている
遺伝子を含んでいる。加えて、該ポリヌクレオチドは、機能が未知の遺伝子群を
含んでいる。次に既知の遺伝子群の発現パターンを、未知の機能の遺伝子群の発
現パターンと比較して、特定の同時発現可能性の閾値が満たされたか否かを判定
する。この比較によって、既知の遺伝子との同時発現の可能性が高い機能が未知
の遺伝子のポリヌクレオチドの部分集合を特定することができる。高い同時発現
の可能性は、0.001未満、より好ましくは0.00001未満である特定の同時発現可能
性閾値と相互関係を有する。
オチドを特定する。特定されたポリヌクレオチドには、その機能が既知の遺伝子
、特定の疾病プロセスにおいて発現されることが知られている遺伝子、細胞成分
区画、細胞の型、組織の型、または種に特異的に発現されることが知られている
遺伝子を含んでいる。加えて、該ポリヌクレオチドは、機能が未知の遺伝子群を
含んでいる。次に既知の遺伝子群の発現パターンを、未知の機能の遺伝子群の発
現パターンと比較して、特定の同時発現可能性の閾値が満たされたか否かを判定
する。この比較によって、既知の遺伝子との同時発現の可能性が高い機能が未知
の遺伝子のポリヌクレオチドの部分集合を特定することができる。高い同時発現
の可能性は、0.001未満、より好ましくは0.00001未満である特定の同時発現可能
性閾値と相互関係を有する。
【００１９】 該ポリヌクレオチドは、以下に限定するものではないが、例えばヒト、マウス
、ラット、イヌ、サル、植物、及び酵母菌のような真核生物や、例えば細菌及び
ウイルスのような原核生物等の様々なソースに由来するｃＤＮＡライブラリーを
起源とする。また、これらのポリヌクレオチドは、様々な配列から選択され得、
このような配列としては、以下に限定するものではないが、発現された配列のタ
グ（ＥＳＴｓ）、組み立てられたポリヌクレオチド配列、完全長遺伝子コーディ
ング領域、イントロン、調節配列、5'末端非翻訳領域、及び3'末端非翻訳領域等
が挙げられる。統計学的に有意な解析結果を得るためには、該ポリヌクレオチド
は、少なくとも３種類のｃＤＮＡライブラリーにおいて発現される必要がある。
、ラット、イヌ、サル、植物、及び酵母菌のような真核生物や、例えば細菌及び
ウイルスのような原核生物等の様々なソースに由来するｃＤＮＡライブラリーを
起源とする。また、これらのポリヌクレオチドは、様々な配列から選択され得、
このような配列としては、以下に限定するものではないが、発現された配列のタ
グ（ＥＳＴｓ）、組み立てられたポリヌクレオチド配列、完全長遺伝子コーディ
ング領域、イントロン、調節配列、5'末端非翻訳領域、及び3'末端非翻訳領域等
が挙げられる。統計学的に有意な解析結果を得るためには、該ポリヌクレオチド
は、少なくとも３種類のｃＤＮＡライブラリーにおいて発現される必要がある。
【００２０】 本発明の同時発現解析において用いられるｃＤＮＡは、血管、心臓、血球、培
養された細胞、結合組織、上皮、ランゲルハンス島、神経細胞、貪食細胞、胆管
、食道、胃腸系、肝臓、膵臓、胎仔、胎盤、クロム親和組織、内分泌腺、卵巣、
子宮、陰茎、前立腺、精嚢、精巣、骨髄、免疫系、軟骨、筋肉、骨格、中枢神経
系、神経節、神経膠、神経内分泌系、末梢神経系、気管支、喉頭、肺、鼻、胸膜
、耳、目、口、咽頭、外分泌腺、膀胱、腎臓、尿管等から得ることができる。選
択されるｃＤＮＡライブラリーの数は、２０程度から１００００以上までの範囲
であり得る。好ましくは、ｃＤＮＡライブラリーの数は５００以上である。
養された細胞、結合組織、上皮、ランゲルハンス島、神経細胞、貪食細胞、胆管
、食道、胃腸系、肝臓、膵臓、胎仔、胎盤、クロム親和組織、内分泌腺、卵巣、
子宮、陰茎、前立腺、精嚢、精巣、骨髄、免疫系、軟骨、筋肉、骨格、中枢神経
系、神経節、神経膠、神経内分泌系、末梢神経系、気管支、喉頭、肺、鼻、胸膜
、耳、目、口、咽頭、外分泌腺、膀胱、腎臓、尿管等から得ることができる。選
択されるｃＤＮＡライブラリーの数は、２０程度から１００００以上までの範囲
であり得る。好ましくは、ｃＤＮＡライブラリーの数は５００以上である。
【００２１】 好ましい実施例では、遺伝子配列を、例えば１種類の転写物に由来する組み立
てられた配列断片のような関連する配列を反映するように組み立てる。ポリヌク
レオチド配列の組み立ては、以下に限定するものではないが、ＥＳＴｓ、延長、
又はショットガン配列等の様々な種類の配列を用いて行うことができる。最も好
ましい実施例では、該ポリヌクレオチド配列が、１９９８年３月２６日出願のLi
ncolnらによる米国特許出願No. 60/079,469 "Database and System for Storing
, Comparing and Displaying Related Biomolecular Sequence Information" に
開示されているアルゴリズムを用いて組み立てられたヒト配列から導き出された
ものである。上記特許出願は、ここで引用することにより本明細書の一部とする
。
てられた配列断片のような関連する配列を反映するように組み立てる。ポリヌク
レオチド配列の組み立ては、以下に限定するものではないが、ＥＳＴｓ、延長、
又はショットガン配列等の様々な種類の配列を用いて行うことができる。最も好
ましい実施例では、該ポリヌクレオチド配列が、１９９８年３月２６日出願のLi
ncolnらによる米国特許出願No. 60/079,469 "Database and System for Storing
, Comparing and Displaying Related Biomolecular Sequence Information" に
開示されているアルゴリズムを用いて組み立てられたヒト配列から導き出された
ものである。上記特許出願は、ここで引用することにより本明細書の一部とする
。
【００２２】 実験的には、該ポリヌクレオチドの発現の相違は、以下に限定するものではな
いが、空間的固定化又はゲル電気泳動法による相違の表示、ゲノムのミスマッチ
のスキャニング、表現形の相違の解析、及び転写のイメージングによる方法によ
って評価することができる。加えて、異なる発現は、マイクロアレイ技術によっ
て評価することができる。これらの方法は、単独で又は組み合わせて用いること
ができる。
いが、空間的固定化又はゲル電気泳動法による相違の表示、ゲノムのミスマッチ
のスキャニング、表現形の相違の解析、及び転写のイメージングによる方法によ
って評価することができる。加えて、異なる発現は、マイクロアレイ技術によっ
て評価することができる。これらの方法は、単独で又は組み合わせて用いること
ができる。
【００２３】 既知の基質再構築遺伝子は、診断若しくは予後徴候のマーカーとして、または
例えば癌、心筋症、関節炎、血管新生、糖尿病性壊死、アテローム性硬化症、繊
維症、及び潰瘍形成のような基質再構築に関連する疾病の治療上の標的としての
その使用目的に基づいて選択することができる。好ましくは、既知の基質再構築
遺伝子が、オステオネクチン（BM-40）、コンドロイチン／デルマタン硫酸プロ
テオグリカン（C/DSPG）、I型・II型・III型・IV型コラーゲン、結合組織成長因
子（CTGF）、フィブリリン、フィブロネクチン、フィブロネクチン受容体（fibr
-r）、フィブリン１、ヘパラン硫酸プロテオグリカン（HSPG）、細胞外基質タン
パク質（ヘビン（hevin））、インスリン様成長因子１（IGF1）、インスリン様
成長因子結合タンパク質（IGFBP）、ラミニン、ルミカン（lumican）、基質Gla
タンパク質（MGP）、基質金属プロテアーゼ（MMP）、基質金属プロテアーゼの組
織インヒビター１、２、及び３（TIMP1、2、及び3）等を含む。
例えば癌、心筋症、関節炎、血管新生、糖尿病性壊死、アテローム性硬化症、繊
維症、及び潰瘍形成のような基質再構築に関連する疾病の治療上の標的としての
その使用目的に基づいて選択することができる。好ましくは、既知の基質再構築
遺伝子が、オステオネクチン（BM-40）、コンドロイチン／デルマタン硫酸プロ
テオグリカン（C/DSPG）、I型・II型・III型・IV型コラーゲン、結合組織成長因
子（CTGF）、フィブリリン、フィブロネクチン、フィブロネクチン受容体（fibr
-r）、フィブリン１、ヘパラン硫酸プロテオグリカン（HSPG）、細胞外基質タン
パク質（ヘビン（hevin））、インスリン様成長因子１（IGF1）、インスリン様
成長因子結合タンパク質（IGFBP）、ラミニン、ルミカン（lumican）、基質Gla
タンパク質（MGP）、基質金属プロテアーゼ（MMP）、基質金属プロテアーゼの組
織インヒビター１、２、及び３（TIMP1、2、及び3）等を含む。
【００２４】 統計学的に有意な既知の基質再構築遺伝子との同時発現パターンを示す新規な
遺伝子を特定する方法は、以下の通りである。まず、ｃＤＮＡライブラリーに遺
伝子配列が存在しているか否かを決定する。ライブラリーから採取されたｃＤＮ
Ａのサンプル内において、その遺伝子に対応するｃＤＮＡ断片が少なくとも１つ
検出された場合には、ｃＤＮＡライブラリー内に遺伝子が存在し、検出されなか
った場合には、遺伝子は存在しない。
遺伝子を特定する方法は、以下の通りである。まず、ｃＤＮＡライブラリーに遺
伝子配列が存在しているか否かを決定する。ライブラリーから採取されたｃＤＮ
Ａのサンプル内において、その遺伝子に対応するｃＤＮＡ断片が少なくとも１つ
検出された場合には、ｃＤＮＡライブラリー内に遺伝子が存在し、検出されなか
った場合には、遺伝子は存在しない。
【００２５】 次に、同時発現の有意性を、同時発現の機会に基づく（due-to-chance）確率
を測定する確率検定法を用いて評価する。前記確率検定法は、フィッシャー正確
確率検定、カイ二乗検定、またはカッパ検定であり得る。これらの検定法及びそ
れらの応用例はよく知られており、標準的な統計学のテキストに見ることができ
る（Agresti, A (1990) Categorical Data Analysis, John Wiley & Sons, New
York NY; Rice, JA (1988) Mathematical Statistics and Data Analysis, Duxb
ury Press, Pacific Grove CA）。或る遺伝子対多数の他の遺伝子の統計学的結
果を補正するために、ボンフェローニ（Bonferroni）補正（Rice, 前出, 頁384
）を、前記確率検定法の一つと組み合わせて用いることもできる。好ましい実施
例では、機会に基づく確率をフィッシャー正確確率検定によって測定し、機会に
基づく確率の閾値を0.001未満、好ましくは0.00001未満に設定する。
を測定する確率検定法を用いて評価する。前記確率検定法は、フィッシャー正確
確率検定、カイ二乗検定、またはカッパ検定であり得る。これらの検定法及びそ
れらの応用例はよく知られており、標準的な統計学のテキストに見ることができ
る（Agresti, A (1990) Categorical Data Analysis, John Wiley & Sons, New
York NY; Rice, JA (1988) Mathematical Statistics and Data Analysis, Duxb
ury Press, Pacific Grove CA）。或る遺伝子対多数の他の遺伝子の統計学的結
果を補正するために、ボンフェローニ（Bonferroni）補正（Rice, 前出, 頁384
）を、前記確率検定法の一つと組み合わせて用いることもできる。好ましい実施
例では、機会に基づく確率をフィッシャー正確確率検定によって測定し、機会に
基づく確率の閾値を0.001未満、好ましくは0.00001未満に設定する。
【００２６】 ２種の遺伝子Ａ及びＢが、類似の同時発現パターンを有しているか否かを決定
するために、表１に示すように、遺伝子の存在が１で表され、その不存在が０で
表される発生データベクトルを生成することができる。０は、該ライブラリーに
おいて遺伝子が発生しなかったことを表し、１は少なくとも１回発生したことを
表す。
するために、表１に示すように、遺伝子の存在が１で表され、その不存在が０で
表される発生データベクトルを生成することができる。０は、該ライブラリーに
おいて遺伝子が発生しなかったことを表し、１は少なくとも１回発生したことを
表す。
【００２７】
【表１】
【００２８】 所定の一対の遺伝子に対して、表１における発生データは、２×２の分割表に
要約することができる。
要約することができる。
【００２９】
【表２】
【００３０】 表２は、総計３０のライブラリーにおける遺伝子Ａと遺伝子Ｂの同時発生デー
タを示す。ライブラリー群において遺伝子Ａと遺伝子Ｂとは、共に１０回ずつ発
生している。表２が要約し、示していることは、（１）或るライブラリー内に遺
伝子Ａ及びＢが共に発生する回数、（２）或るライブラリー内において遺伝子Ａ
及びＢが共に不存在である回数、（３）遺伝子Ａが存在するが、遺伝子Ｂは存在
しない場合の回数、及び（４）遺伝子Ｂが存在するが、遺伝子Ａは存在していな
い場合の回数である。左上の項は、或るライブラリーにおいて２種の遺伝子が同
時に発生した回数であり、右の真中の項は、或るライブラリーにおいて何れの遺
伝子も発生しなかった回数である。逆の対角線方向の項は、一方の遺伝子が存在
するが他方は存在したに場合の回数である。ＡとＢの両方が存在したのは８回で
、共に存在しなかったのは１８回、遺伝子Ａが存在するが遺伝子Ｂは存在しなか
ったのは２回、遺伝子Ｂが存在するが遺伝子Ａが存在しなかったのは２回である
。フィッシャー正確検定試験を用いて計算される、機会に基づいて上述の関係が
発生する確率（「ｐ値」）は、0.0003である。関係は、ｐ値は0.01未満である場
合に有意であると考えられる（Agresti, 前出; Rice, 前出）。
タを示す。ライブラリー群において遺伝子Ａと遺伝子Ｂとは、共に１０回ずつ発
生している。表２が要約し、示していることは、（１）或るライブラリー内に遺
伝子Ａ及びＢが共に発生する回数、（２）或るライブラリー内において遺伝子Ａ
及びＢが共に不存在である回数、（３）遺伝子Ａが存在するが、遺伝子Ｂは存在
しない場合の回数、及び（４）遺伝子Ｂが存在するが、遺伝子Ａは存在していな
い場合の回数である。左上の項は、或るライブラリーにおいて２種の遺伝子が同
時に発生した回数であり、右の真中の項は、或るライブラリーにおいて何れの遺
伝子も発生しなかった回数である。逆の対角線方向の項は、一方の遺伝子が存在
するが他方は存在したに場合の回数である。ＡとＢの両方が存在したのは８回で
、共に存在しなかったのは１８回、遺伝子Ａが存在するが遺伝子Ｂは存在しなか
ったのは２回、遺伝子Ｂが存在するが遺伝子Ａが存在しなかったのは２回である
。フィッシャー正確検定試験を用いて計算される、機会に基づいて上述の関係が
発生する確率（「ｐ値」）は、0.0003である。関係は、ｐ値は0.01未満である場
合に有意であると考えられる（Agresti, 前出; Rice, 前出）。
【００３１】 ２つの遺伝子の同時発現の確率を推定する方法では、幾つかのことを仮定して
いる。この方法は、ライブラリーが独立で、同じようにサンプル採取されたもの
であることを仮定している。しかし、実際の状況では、２以上のライブラリーが
１つの被検体又は組織から採取されたものであることもあるので、選択されたｃ
ＤＮＡライブラリーが完全に独立ではなく、かつ異なる数のｃＤＮＡが、各ライ
ブラリーからシークエンシングされ得る（通常は、１つのライブラリー当たり50
00乃至10000の範囲）ので、完全に同じようにサンプル採取されたものではない
。加えて、フィッシャー正確同時発現確率は、各遺伝子対41419の他の遺伝子に
ついて計算されるので、複数の統計学的検定についてボンフェローニ補正が必要
となる。
いる。この方法は、ライブラリーが独立で、同じようにサンプル採取されたもの
であることを仮定している。しかし、実際の状況では、２以上のライブラリーが
１つの被検体又は組織から採取されたものであることもあるので、選択されたｃ
ＤＮＡライブラリーが完全に独立ではなく、かつ異なる数のｃＤＮＡが、各ライ
ブラリーからシークエンシングされ得る（通常は、１つのライブラリー当たり50
00乃至10000の範囲）ので、完全に同じようにサンプル採取されたものではない
。加えて、フィッシャー正確同時発現確率は、各遺伝子対41419の他の遺伝子に
ついて計算されるので、複数の統計学的検定についてボンフェローニ補正が必要
となる。
【００３２】 本発明の方法を用いて、基質再構築特異的な既知の遺伝子との強い関係、即ち
同時発現を示す２０種の新規な遺伝子を特定した。これらの既知の基質再構築遺
伝子としては、オステオネクチン（BM-40）、コンドロイチン／デルマタン硫酸
プロテオグリカン（C/DSPG）、I型・II型・III型・IV型コラーゲン、結合組織成
長因子（CTGF）、フィブリリン、フィブロネクチン、フィブロネクチン受容体（
fibr-r）、フィブリン１、ヘパラン硫酸プロテオグリカン（HSPG）、細胞外基質
タンパク質（ヘビン（hevin））、インスリン様成長因子１（IGF1）、インスリ
ン様成長因子結合タンパク質（IGFBP）、ラミニン、ルミカン（lumican）、基質
Glaタンパク質（MGP）、基質金属プロテアーゼ（MMP）、基質金属プロテアーゼ
の組織インヒビター１、２、及び３（TIMP1、2、及び3）がある。表４及び表５
に示す結果から、前記２０種の新規な遺伝子の発現が、既知の基質再構築遺伝子
の発現と直接又は間接の関連を有することが分かる。従って、前記新規な遺伝子
は、基質再構築に関連する疾病の診断、処置、予後、又は介入において、又は基
質再構築に関連する疾病の治療の評価において役立つ可能性がある。
同時発現を示す２０種の新規な遺伝子を特定した。これらの既知の基質再構築遺
伝子としては、オステオネクチン（BM-40）、コンドロイチン／デルマタン硫酸
プロテオグリカン（C/DSPG）、I型・II型・III型・IV型コラーゲン、結合組織成
長因子（CTGF）、フィブリリン、フィブロネクチン、フィブロネクチン受容体（
fibr-r）、フィブリン１、ヘパラン硫酸プロテオグリカン（HSPG）、細胞外基質
タンパク質（ヘビン（hevin））、インスリン様成長因子１（IGF1）、インスリ
ン様成長因子結合タンパク質（IGFBP）、ラミニン、ルミカン（lumican）、基質
Glaタンパク質（MGP）、基質金属プロテアーゼ（MMP）、基質金属プロテアーゼ
の組織インヒビター１、２、及び３（TIMP1、2、及び3）がある。表４及び表５
に示す結果から、前記２０種の新規な遺伝子の発現が、既知の基質再構築遺伝子
の発現と直接又は間接の関連を有することが分かる。従って、前記新規な遺伝子
は、基質再構築に関連する疾病の診断、処置、予後、又は介入において、又は基
質再構築に関連する疾病の治療の評価において役立つ可能性がある。
【００３３】 従って、或る実施例では、本発明は、配列番号：１〜配列番号：２０の配列を
含むポリヌクレオチド配列を包含する。これらの２０種のポリヌクレオチドは、
本発明の方法により、既知の基質再構築遺伝子との及び相互の強い同時発現の関
係を有することが分かる。また本発明は、該ポリヌクレオチド配列の変異体、そ
の相補配列、または上述の配列における或る配列の１８個の連続したヌクレオチ
ドを包含する。一般的に変異体ポリヌクレオチド配列は、ＮＳＥＱと、約７０％
以上、より好ましくは約８５％以上、最も好ましくは約９５以上のポリヌクレオ
チド配列同一性を有する。
含むポリヌクレオチド配列を包含する。これらの２０種のポリヌクレオチドは、
本発明の方法により、既知の基質再構築遺伝子との及び相互の強い同時発現の関
係を有することが分かる。また本発明は、該ポリヌクレオチド配列の変異体、そ
の相補配列、または上述の配列における或る配列の１８個の連続したヌクレオチ
ドを包含する。一般的に変異体ポリヌクレオチド配列は、ＮＳＥＱと、約７０％
以上、より好ましくは約８５％以上、最も好ましくは約９５以上のポリヌクレオ
チド配列同一性を有する。
【００３４】 変異体を特定するための或る好ましい方法では、ＮＳＥＱ及び／又はＰＳＥＱ
配列を用いて、GenBank霊長類（pri）、げっ歯類（rod）、及び哺乳動物（mam）
、脊椎動物（vrtp）、及び真核生物（eukp）データベース、SwissProt、BLOCKS
（Bairochら (1997) Nucleic Acids Res 25: 217-221）、PFAM、及び以前に特定
されたモチーフ、配列、及び遺伝子の機能を注釈付きで含む他のデータベースで
検索する。配列の１次構造パターンを２次構造ギャップペナルティと共に検索す
る方法（Smithら (1992) Protein Engineering 5: 35-51）、及びBLAST（Basic
Local Alignment Seach Tool; Altschul (1993) J Mol Evol 36 290-300; 及びA
ltschulら (1990) J Mol Biol 215: 403-410）、BLOCKS（Henikoff及びHenikoff
(1991) Nucleic Acids Res 19: 6565-6572）、隠れマルコフモデル（HMM; Eddy
(1996) Cur Opin Str Biol 6: 361-365; Sonnhammerら (1997) Protein 28: 40
5-420）のようなアルゴリズム等を用いて、ヌクレオチド及びアミノ酸配列を操
作し、解析することができる。これらのデータベース、アルゴリズム、及び他の
方法は公知であり、Ausubelら（1997; Short Protocols in Molecular Biology,
John Wiley & Sons, New York NY）、及びMeyers（1995; Molecular Biology a
nd Biotechnology, Wiley VCH, New York NY, pp. 856-853）に記載されている
。
配列を用いて、GenBank霊長類（pri）、げっ歯類（rod）、及び哺乳動物（mam）
、脊椎動物（vrtp）、及び真核生物（eukp）データベース、SwissProt、BLOCKS
（Bairochら (1997) Nucleic Acids Res 25: 217-221）、PFAM、及び以前に特定
されたモチーフ、配列、及び遺伝子の機能を注釈付きで含む他のデータベースで
検索する。配列の１次構造パターンを２次構造ギャップペナルティと共に検索す
る方法（Smithら (1992) Protein Engineering 5: 35-51）、及びBLAST（Basic
Local Alignment Seach Tool; Altschul (1993) J Mol Evol 36 290-300; 及びA
ltschulら (1990) J Mol Biol 215: 403-410）、BLOCKS（Henikoff及びHenikoff
(1991) Nucleic Acids Res 19: 6565-6572）、隠れマルコフモデル（HMM; Eddy
(1996) Cur Opin Str Biol 6: 361-365; Sonnhammerら (1997) Protein 28: 40
5-420）のようなアルゴリズム等を用いて、ヌクレオチド及びアミノ酸配列を操
作し、解析することができる。これらのデータベース、アルゴリズム、及び他の
方法は公知であり、Ausubelら（1997; Short Protocols in Molecular Biology,
John Wiley & Sons, New York NY）、及びMeyers（1995; Molecular Biology a
nd Biotechnology, Wiley VCH, New York NY, pp. 856-853）に記載されている
。
【００３５】 また、本発明には、ストリンジェントな条件の下で配列番号：１乃至配列番号
：２０とハイブリダイズし得るポリヌクレオチド配列、及びその断片も包含され
る。ストリンジェントな条件は、塩濃度、温度、及び他の周知の化学薬品及び条
件によって定めることができる。詳述すると、塩濃度を低くするか、ハイブリダ
イゼーション温度を高めることによってストリンジェント条件を高めることがで
きる。例えばハイブリダイゼーション時間、界面活性剤又は溶媒の濃度、及びキ
ャリヤＤＮＡの含めるか含めないか等の別のパラメータを変更することも、当業
者にはよく知られている。これらの条件に対する他の変更も当業者には明らかで
あろう（Wahl及びBerger (1987) Methods Enzymol 152: 399-407; Kimmel (1987
) Methods Enzymol 152: 507-511; Ausubel前出; 及びSambrookら (1989) Molec
ular Cloning, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Press, Plainview N
Y）。
：２０とハイブリダイズし得るポリヌクレオチド配列、及びその断片も包含され
る。ストリンジェントな条件は、塩濃度、温度、及び他の周知の化学薬品及び条
件によって定めることができる。詳述すると、塩濃度を低くするか、ハイブリダ
イゼーション温度を高めることによってストリンジェント条件を高めることがで
きる。例えばハイブリダイゼーション時間、界面活性剤又は溶媒の濃度、及びキ
ャリヤＤＮＡの含めるか含めないか等の別のパラメータを変更することも、当業
者にはよく知られている。これらの条件に対する他の変更も当業者には明らかで
あろう（Wahl及びBerger (1987) Methods Enzymol 152: 399-407; Kimmel (1987
) Methods Enzymol 152: 507-511; Ausubel前出; 及びSambrookら (1989) Molec
ular Cloning, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Press, Plainview N
Y）。
【００３６】 ＮＳＥＱ又はＰＳＥＱをコードするポリヌクレオチド配列を、部分的なヌクレ
オチド配列を利用し、周知の様々なＰＣＲをベースにした方法を用いて延長して
、プロモーターや調節エレメントのような上流の配列を検出することができる（
例えば、Dieffenbach及びDveksler (1995) PCR Primer, a Laboratory Manual,
Cold Spring Harbor Press, Plainview NY; Sarkar (1993) PCR Methods Applic
2: 318-322; Trigliaら (1988) Nucleic Acids Res 16: 8186; Lagerstromら (
1991) PCR Methods Applic 1: 111-119; 及びParkerら (1991) Nucleic Acids R
es 19: 3055-306参照）。更に、ＰＣＲ、入れ子プライマー、及びPROMOTERFINDE
Rライブラリー（Clontech, Palo Alto, CA）を用いて、ゲノムＤＮＡ歩行を行っ
てもよい。この方法はライブラリーをスクリーニングする必要がなく、イントロ
ン／エキソン接合部を探し出すのに役立つ。あらゆるＰＣＲをベースにした方法
のため、プライマーを、市販のソフトウェア、例えばOLIGO 4.06 Primer Analys
is software（National Biosciences, Plymouth MN）又は他の適切なプログラム
を用いて、長さが約１８乃至３０ヌクレオチドで、ＧＣ含量が約５０％以上、約
６８℃乃至７２℃の温度で鋳型にアニールするように設計することができる。
オチド配列を利用し、周知の様々なＰＣＲをベースにした方法を用いて延長して
、プロモーターや調節エレメントのような上流の配列を検出することができる（
例えば、Dieffenbach及びDveksler (1995) PCR Primer, a Laboratory Manual,
Cold Spring Harbor Press, Plainview NY; Sarkar (1993) PCR Methods Applic
2: 318-322; Trigliaら (1988) Nucleic Acids Res 16: 8186; Lagerstromら (
1991) PCR Methods Applic 1: 111-119; 及びParkerら (1991) Nucleic Acids R
es 19: 3055-306参照）。更に、ＰＣＲ、入れ子プライマー、及びPROMOTERFINDE
Rライブラリー（Clontech, Palo Alto, CA）を用いて、ゲノムＤＮＡ歩行を行っ
てもよい。この方法はライブラリーをスクリーニングする必要がなく、イントロ
ン／エキソン接合部を探し出すのに役立つ。あらゆるＰＣＲをベースにした方法
のため、プライマーを、市販のソフトウェア、例えばOLIGO 4.06 Primer Analys
is software（National Biosciences, Plymouth MN）又は他の適切なプログラム
を用いて、長さが約１８乃至３０ヌクレオチドで、ＧＣ含量が約５０％以上、約
６８℃乃至７２℃の温度で鋳型にアニールするように設計することができる。
【００３７】 本発明の別の実施態様では、ＮＳＥＱ又はＰＳＥＱをコードするポリヌクレオ
チド配列を、適切な宿主細胞において、ＰＳＥＱ又はＮＳＥＱによってコードさ
れるポリペプチド又はそれらの構造的若しくは機能的断片の発現を誘導する組換
えＤＮＡ分子にクローン化することができる。遺伝暗号の固有の縮重のために、
実質的に同一の又は機能的に等価なアミノ酸配列をコードする他のＤＮＡ配列を
作り、それを用いてＰＳＥＱのポリペプチド又はＮＳＥＱによってコードされる
ポリペプチドを発現させることができる。本発明のヌクレオチド配列は、以下に
限定するものではないが、クローニング、プロセシング、及び／又は遺伝子産物
の発現の改変等の様々な目的でヌクレオチド配列を改変するために、周知の方法
を用いて組換えることができる。該ヌクレオチド配列を組換えるために、無作為
断片化によるＤＮＡ再編成や遺伝子断片と合成オリゴヌクレオチドのＰＣＲによ
る再組み立てを用いることができる。例えば、オリゴヌクレオチド媒介部位特異
的突然変異誘発を用いて、新たな制限部位を形成する突然変異、糖鎖結合パター
ンを改変する突然変異、コドン使用頻度を変化させる突然変異、スプライスバリ
アントを作り出す突然変異等の突然変異を導入することができる。
チド配列を、適切な宿主細胞において、ＰＳＥＱ又はＮＳＥＱによってコードさ
れるポリペプチド又はそれらの構造的若しくは機能的断片の発現を誘導する組換
えＤＮＡ分子にクローン化することができる。遺伝暗号の固有の縮重のために、
実質的に同一の又は機能的に等価なアミノ酸配列をコードする他のＤＮＡ配列を
作り、それを用いてＰＳＥＱのポリペプチド又はＮＳＥＱによってコードされる
ポリペプチドを発現させることができる。本発明のヌクレオチド配列は、以下に
限定するものではないが、クローニング、プロセシング、及び／又は遺伝子産物
の発現の改変等の様々な目的でヌクレオチド配列を改変するために、周知の方法
を用いて組換えることができる。該ヌクレオチド配列を組換えるために、無作為
断片化によるＤＮＡ再編成や遺伝子断片と合成オリゴヌクレオチドのＰＣＲによ
る再組み立てを用いることができる。例えば、オリゴヌクレオチド媒介部位特異
的突然変異誘発を用いて、新たな制限部位を形成する突然変異、糖鎖結合パター
ンを改変する突然変異、コドン使用頻度を変化させる突然変異、スプライスバリ
アントを作り出す突然変異等の突然変異を導入することができる。
【００３８】 ＮＳＥＱによってコードされる生物学的に活性なポリペプチドを発現するため
に、ＮＳＥＱ又はＰＳＥＱをコードするポリヌクレオチド配列、又はそれらの誘
導体を適切な発現ベクターに挿入することができる。適切な発現ベクターとは、
適切な宿主において挿入されたコーディング配列の転写及び翻訳の調節に必要な
要素を有するベクターである。これらの要素としては、ベクター内及びＮＳＥＱ
又はＰＳＥＱをコードするポリヌクレオチド内の、例えばエンハンサー、構成的
及び誘導的プロモーター、及び５’及び３’末端非翻訳領域のような制御配列で
ある。当業者に公知の方法を用いて、ＮＳＥＱ又はＰＳＥＱをコードするポリヌ
クレオチド配列と、適切な転写及び翻訳の調節領域を含む発現ベクターを作製す
ることができる。このような方法としては、in vitro組換えＤＮＡ技術、合成技
術、及びin vino遺伝子組換え等が挙げられる（例えばSambrook (前出)及びAusu
bel (前出) 参照）。
に、ＮＳＥＱ又はＰＳＥＱをコードするポリヌクレオチド配列、又はそれらの誘
導体を適切な発現ベクターに挿入することができる。適切な発現ベクターとは、
適切な宿主において挿入されたコーディング配列の転写及び翻訳の調節に必要な
要素を有するベクターである。これらの要素としては、ベクター内及びＮＳＥＱ
又はＰＳＥＱをコードするポリヌクレオチド内の、例えばエンハンサー、構成的
及び誘導的プロモーター、及び５’及び３’末端非翻訳領域のような制御配列で
ある。当業者に公知の方法を用いて、ＮＳＥＱ又はＰＳＥＱをコードするポリヌ
クレオチド配列と、適切な転写及び翻訳の調節領域を含む発現ベクターを作製す
ることができる。このような方法としては、in vitro組換えＤＮＡ技術、合成技
術、及びin vino遺伝子組換え等が挙げられる（例えばSambrook (前出)及びAusu
bel (前出) 参照）。
【００３９】 ＮＳＥＱ又はＰＳＥＱをコードするポリヌクレオチド配列の保持及び発現のた
めに様々な発現ベクター／宿主系を用いることができる。このようなものとして
は、限定するものではないが、組換えバクテリオファージ、プラスミド或いはコ
スミドＤＮＡ発現ベクターで形質転換した細菌のような微生物；酵母菌発現ベク
ターで形質転換した酵母菌；ウイルス発現ベクター（例えばバキュロウイルス）
を感染させた昆虫細胞系；ウイルス発現ベクター、カリフラワーモザイクウイル
ス（CaMV）又はタバコモザイクウイルス（TMV）、又は細菌の発現ベクター（例
えばTi又はpBR322プラスミド）で形質転換した植物細胞系；又は動物細胞系等が
挙げられる。但し、本発明は使用される宿主細胞によって限定されるものではな
い。哺乳動物系において組換えタンパク質を長期間産生させるためには、細胞系
においてＮＳＥＱによってコードされるポリペプチドの安定的な発現が好ましい
。例えば、ウイルスの複製起点及び／又は内生の発現エレメント及び同一ベクタ
ー又は別のベクター上の選択マーカーを含み得る発現ベクターを用いて、ＮＳＥ
Ｑ又はＰＳＥＱをコードする配列を細胞系に形質転換することができる。
めに様々な発現ベクター／宿主系を用いることができる。このようなものとして
は、限定するものではないが、組換えバクテリオファージ、プラスミド或いはコ
スミドＤＮＡ発現ベクターで形質転換した細菌のような微生物；酵母菌発現ベク
ターで形質転換した酵母菌；ウイルス発現ベクター（例えばバキュロウイルス）
を感染させた昆虫細胞系；ウイルス発現ベクター、カリフラワーモザイクウイル
ス（CaMV）又はタバコモザイクウイルス（TMV）、又は細菌の発現ベクター（例
えばTi又はpBR322プラスミド）で形質転換した植物細胞系；又は動物細胞系等が
挙げられる。但し、本発明は使用される宿主細胞によって限定されるものではな
い。哺乳動物系において組換えタンパク質を長期間産生させるためには、細胞系
においてＮＳＥＱによってコードされるポリペプチドの安定的な発現が好ましい
。例えば、ウイルスの複製起点及び／又は内生の発現エレメント及び同一ベクタ
ー又は別のベクター上の選択マーカーを含み得る発現ベクターを用いて、ＮＳＥ
Ｑ又はＰＳＥＱをコードする配列を細胞系に形質転換することができる。
【００４０】 一般的に、ＮＳＥＱを含み、ＰＳＥＱを発現する宿主細胞は、当業者に公知の
様々な方法によって特定することができる。このような方法としては、以下に限
定するものではないが、核酸又はタンパク質配列の検出及び／又は定量のための
、ＤＮＡ−ＤＮＡ又はＤＮＡ−ＲＮＡハイブリダイゼーション、ＰＣＲによる増
幅、及び膜、溶液、又はチップをベースにした技術を含むタンパク質バイオアッ
セイ又はイムノアッセイ技術等が挙げられる。また、特異的なポリクローナル抗
体又はモノクローナル抗体の何れかを用いてＰＳＥＱの発現を検出し、測定する
免疫学的方法が公知である。そのような技術の例としては、酵素結合免疫検定法
（ＥＬＩＳＡ）、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）及び蛍光表示式細胞分取器法
（ＦＡＣＳ）が挙げられる。
様々な方法によって特定することができる。このような方法としては、以下に限
定するものではないが、核酸又はタンパク質配列の検出及び／又は定量のための
、ＤＮＡ−ＤＮＡ又はＤＮＡ−ＲＮＡハイブリダイゼーション、ＰＣＲによる増
幅、及び膜、溶液、又はチップをベースにした技術を含むタンパク質バイオアッ
セイ又はイムノアッセイ技術等が挙げられる。また、特異的なポリクローナル抗
体又はモノクローナル抗体の何れかを用いてＰＳＥＱの発現を検出し、測定する
免疫学的方法が公知である。そのような技術の例としては、酵素結合免疫検定法
（ＥＬＩＳＡ）、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）及び蛍光表示式細胞分取器法
（ＦＡＣＳ）が挙げられる。
【００４１】 ＮＳＥＱ又はＰＳＥＱをコードするポリヌクレオチドで形質転換した宿主細胞
を、その発現に適した条件の下で培養し、細胞の培地から該タンパク質を回収す
ることができる。形質転換された細胞によって産生された該タンパク質は、使用
された配列及び／又はベクターに応じて細胞内に保持されるか、または細胞から
分泌される。当業者には理解されるように、ＮＳＥＱ又はＰＳＥＱをコードする
ポリヌクレオチドを含む発現ベクターを、ＰＳＥＱ又はＮＳＥＱによってコード
されたポリペプチドの真核細胞又は原核細胞の細胞膜を通しての分泌を誘導する
シグナル配列を含むように設計することができる。
を、その発現に適した条件の下で培養し、細胞の培地から該タンパク質を回収す
ることができる。形質転換された細胞によって産生された該タンパク質は、使用
された配列及び／又はベクターに応じて細胞内に保持されるか、または細胞から
分泌される。当業者には理解されるように、ＮＳＥＱ又はＰＳＥＱをコードする
ポリヌクレオチドを含む発現ベクターを、ＰＳＥＱ又はＮＳＥＱによってコード
されたポリペプチドの真核細胞又は原核細胞の細胞膜を通しての分泌を誘導する
シグナル配列を含むように設計することができる。
【００４２】 加えて、宿主細胞株は、挿入された配列の発現を調節するその能力、又は発現
したタンパク質を望ましい形にプロセシングするその能力を有するものを選択す
ることができる。このようなポリペプチドの修飾としては、以下のものに限定は
しないが、アセチル化、カルボキシル化、グリコシル化、リン酸化、脂質化（li
pidation）並びにアシル化等が挙げられる。またタンパク質の「プレプロ」部分
を切り離す翻訳後プロセシングも、正しい挿入、折り畳み、及び／又は機能の発
揮のために重要である。そのような翻訳後の処理のための特定の細胞装置及び特
徴的な機構を有している種々の宿主細胞（例えばCHO、HeLa、MDCK、HEK293、及
びWI38）は、American Type Culture Collection（ATCC; Manassas VA）より入
手でき、導入される外来タンパク質の正しい修飾やプロセシングが確実に行われ
るものを選択することができる。
したタンパク質を望ましい形にプロセシングするその能力を有するものを選択す
ることができる。このようなポリペプチドの修飾としては、以下のものに限定は
しないが、アセチル化、カルボキシル化、グリコシル化、リン酸化、脂質化（li
pidation）並びにアシル化等が挙げられる。またタンパク質の「プレプロ」部分
を切り離す翻訳後プロセシングも、正しい挿入、折り畳み、及び／又は機能の発
揮のために重要である。そのような翻訳後の処理のための特定の細胞装置及び特
徴的な機構を有している種々の宿主細胞（例えばCHO、HeLa、MDCK、HEK293、及
びWI38）は、American Type Culture Collection（ATCC; Manassas VA）より入
手でき、導入される外来タンパク質の正しい修飾やプロセシングが確実に行われ
るものを選択することができる。
【００４３】 本発明の別の実施例では、天然の、改変した、又は組換えたＮＳＥＱ又はＰＳ
ＥＱをコードする核酸配列を異種の配列に結合して、上述の宿主系の何れかにお
いて異種のタンパク質部分を有する融合タンパク質を翻訳させる。そのような異
種のタンパク質部分によって、市販のアフィニティ基質を用いた融合タンパク質
の精製が容易になる。そのような部分としては、以下に限定するものではないが
、グルタチオンS−トランスファーゼ（GST）、マルトース結合タンパク質（MBP
）、チオレドキシン（Trx）、カルモジュリン結合ペプチド（CBP）、6-His、FLA
G、c-myc、血球凝集素（HA）、及びモノクローナル抗体のエピトープ等が挙げら
れる。
ＥＱをコードする核酸配列を異種の配列に結合して、上述の宿主系の何れかにお
いて異種のタンパク質部分を有する融合タンパク質を翻訳させる。そのような異
種のタンパク質部分によって、市販のアフィニティ基質を用いた融合タンパク質
の精製が容易になる。そのような部分としては、以下に限定するものではないが
、グルタチオンS−トランスファーゼ（GST）、マルトース結合タンパク質（MBP
）、チオレドキシン（Trx）、カルモジュリン結合ペプチド（CBP）、6-His、FLA
G、c-myc、血球凝集素（HA）、及びモノクローナル抗体のエピトープ等が挙げら
れる。
【００４４】 別の実施例では、公知の化学的方法を用いて、ＮＳＥＱ又はＰＳＥＱをコード
する配列の全体又は一部を合成する（例えば、Caruthersら (1980) Nucleic Aci
ds Symp Ser (7) 215-223; Hornら (1980) Nucleic Acids Symp Ser (7) 225-23
2; 及びAusubel (前出) 参照）。或いは、ＰＳＥＱ又はＮＳＥＱによってコード
されるポリペプチド配列自体又はそれらの断片を、化学的方法を用いて合成する
。例えば、様々な固相技術を用いてペプチド合成を行うことができる（Roberge
ら (1995) Science 269: 202-204）。ABI 431Aペプチド合成機（PE Biosystems,
Foster City CA）を用いて合成を自動化することもできる。更に、ＰＳＥＱ又
はＮＳＥＱによってコードされるアミノ酸配列、又はそれらの一部を、直接の合
成の際に改変し、かつ／又は他のタンパク質の配列またはその一部と結合して、
ポリペプチド変異体を作り出すことができる。
する配列の全体又は一部を合成する（例えば、Caruthersら (1980) Nucleic Aci
ds Symp Ser (7) 215-223; Hornら (1980) Nucleic Acids Symp Ser (7) 225-23
2; 及びAusubel (前出) 参照）。或いは、ＰＳＥＱ又はＮＳＥＱによってコード
されるポリペプチド配列自体又はそれらの断片を、化学的方法を用いて合成する
。例えば、様々な固相技術を用いてペプチド合成を行うことができる（Roberge
ら (1995) Science 269: 202-204）。ABI 431Aペプチド合成機（PE Biosystems,
Foster City CA）を用いて合成を自動化することもできる。更に、ＰＳＥＱ又
はＮＳＥＱによってコードされるアミノ酸配列、又はそれらの一部を、直接の合
成の際に改変し、かつ／又は他のタンパク質の配列またはその一部と結合して、
ポリペプチド変異体を作り出すことができる。
【００４５】 別の実施例では、本発明は、配列番号：２１、配列番号：２２、配列番号：２
３、又はこれらの何れかの断片からなる群から選択されたアミノ酸配列を有する
、実質的に精製されたポリペプチドを提供する。
３、又はこれらの何れかの断片からなる群から選択されたアミノ酸配列を有する
、実質的に精製されたポリペプチドを提供する。
【００４６】 （診断及び治療） これらの遺伝子の配列を、基質再構築に関連する疾病、具体的には癌、心筋症
、関節炎、血管新生、糖尿病性壊死、アテローム性硬化症、繊維症、及び潰瘍形
成の、診断、予後、処置、予防、治療の評価において用いることができる。更に
、前記の新規な遺伝子によってコードされるアミノ酸配列は、治療用となり得る
タンパク質及び抗癌治療の標的であるか又は基質再構築に関連する他の疾病の処
置のためのものとなる。
、関節炎、血管新生、糖尿病性壊死、アテローム性硬化症、繊維症、及び潰瘍形
成の、診断、予後、処置、予防、治療の評価において用いることができる。更に
、前記の新規な遺伝子によってコードされるアミノ酸配列は、治療用となり得る
タンパク質及び抗癌治療の標的であるか又は基質再構築に関連する他の疾病の処
置のためのものとなる。
【００４７】 或る好ましい実施例では、ＮＳＥＱのポリヌクレオチド配列又はＰＳＥＱをコ
ードするポリヌクレオチドを診断の目的で用いて、ＰＳＥＱの発現の変化を調べ
、かつ治療的介入の際にｍＲＮＡ又はＮＳＥＱによってコードされるポリペプチ
ドのレベルの調節をモニタリングする。該ポリヌクレオチドは、少なくとも１８
ヌクレオチドの長さを有するものであり、相補的なＲＮＡ又はＤＮＡ分子、分岐
した核酸、又はペプチド核酸（ＰＮＡ）であり得る。或いは、該ポリヌクレオチ
ドを、ＰＳＥＱ又はＮＳＥＱでコードされるポリペプチドが疾病との相互関係を
有するサンプルにおいて、遺伝子発現を検出及び定量するために用いる。更に、
ＮＳＥＱ又はＰＳＥＱをコードするポリペプチドを、疾病関連の遺伝子の多型を
検出するために用いることができる。これらの多型は、転写ｃＤＮＡ又はゲノム
レベルで検出することができる。
ードするポリヌクレオチドを診断の目的で用いて、ＰＳＥＱの発現の変化を調べ
、かつ治療的介入の際にｍＲＮＡ又はＮＳＥＱによってコードされるポリペプチ
ドのレベルの調節をモニタリングする。該ポリヌクレオチドは、少なくとも１８
ヌクレオチドの長さを有するものであり、相補的なＲＮＡ又はＤＮＡ分子、分岐
した核酸、又はペプチド核酸（ＰＮＡ）であり得る。或いは、該ポリヌクレオチ
ドを、ＰＳＥＱ又はＮＳＥＱでコードされるポリペプチドが疾病との相互関係を
有するサンプルにおいて、遺伝子発現を検出及び定量するために用いる。更に、
ＮＳＥＱ又はＰＳＥＱをコードするポリペプチドを、疾病関連の遺伝子の多型を
検出するために用いることができる。これらの多型は、転写ｃＤＮＡ又はゲノム
レベルで検出することができる。
【００４８】 プローブの特異性、即ちプローブが高度に特異的な領域、例えば５’末端調節
領域のような高度の特異的な領域から作られたものであるか、或いは例えば保存
的モチーフのようなより特異性の低い領域から作られたものであるかということ
、及びハイブリダイゼーション又は増幅のストリンジェンシー（最高、高、中程
度、又は低）によって、該プローブが、ＰＳＥＱをコードする天然の配列のみを
特定するか、対立遺伝子の変異体を特定するか、或いは近縁な配列も特定するか
ということが決まってくる。
領域のような高度の特異的な領域から作られたものであるか、或いは例えば保存
的モチーフのようなより特異性の低い領域から作られたものであるかということ
、及びハイブリダイゼーション又は増幅のストリンジェンシー（最高、高、中程
度、又は低）によって、該プローブが、ＰＳＥＱをコードする天然の配列のみを
特定するか、対立遺伝子の変異体を特定するか、或いは近縁な配列も特定するか
ということが決まってくる。
【００４９】 プローブは、近縁な配列を検出するためにも用いることができ、好ましくはＮ
ＳＥＱ又はＰＳＥＱをコードする配列の何れかと少なくとも７０％の配列同一性
を有するべきである。
ＳＥＱ又はＰＳＥＱをコードする配列の何れかと少なくとも７０％の配列同一性
を有するべきである。
【００５０】 ＰＳＥＱをコードするＤＮＡ群に対する特異的ハイブリダイゼーションプロー
ブを作製するための手段としては、ｍＲＮＡプローブを作り出すためにＮＳＥＱ
又はＰＳＥＱをコードするポリヌクレオチド配列をベクターにクローン化する方
法がある。そのようなベクターは周知で市販されており、それを用いて、適切な
ＲＮＡポリメラーゼや適切な標識ヌクレオチドを付加することによりin vitroで
ＲＮＡプローブを合成することができる。ハイブリダイゼーションプローブは様
々なリポーター分子、例えば、32Ｐや35Ｓのような放射性核種により、又はアビ
ジン／ビオチン結合系を介してプローブに結合するアルカリホスファターゼのよ
うな酵素標識、蛍光標識等により標識することができる。ＰＳＥＱをコードする
ポリヌクレオチド配列を、患者からの体液又は組織とともに、サザンブロット法
或いはノーザンブロット法、ドットブロット法、若しくは他の膜をベースにした
技術；ＰＣＲ技術；及びマイクロアレイにおいて用いることによって、ＮＳＥＱ
の発現の変化を検出することができる。このような定性的或いは定量的試験法は
当分野では周知である。
ブを作製するための手段としては、ｍＲＮＡプローブを作り出すためにＮＳＥＱ
又はＰＳＥＱをコードするポリヌクレオチド配列をベクターにクローン化する方
法がある。そのようなベクターは周知で市販されており、それを用いて、適切な
ＲＮＡポリメラーゼや適切な標識ヌクレオチドを付加することによりin vitroで
ＲＮＡプローブを合成することができる。ハイブリダイゼーションプローブは様
々なリポーター分子、例えば、32Ｐや35Ｓのような放射性核種により、又はアビ
ジン／ビオチン結合系を介してプローブに結合するアルカリホスファターゼのよ
うな酵素標識、蛍光標識等により標識することができる。ＰＳＥＱをコードする
ポリヌクレオチド配列を、患者からの体液又は組織とともに、サザンブロット法
或いはノーザンブロット法、ドットブロット法、若しくは他の膜をベースにした
技術；ＰＣＲ技術；及びマイクロアレイにおいて用いることによって、ＮＳＥＱ
の発現の変化を検出することができる。このような定性的或いは定量的試験法は
当分野では周知である。
【００５１】 ＮＳＥＱ又はＰＳＥＱをコードするヌクレオチド配列を標準的な方法で標識し
、ハイブリダイゼーション複合体の形成に適した条件の下で被検者の体液や組織
サンプルに加えることができる。適当なインキュベーション時間の経過後にこの
サンプルを洗浄し、シグナルを定量して、一般的には非疾病状態のサンプルから
導出された標準値と比較する。被検者のサンプルにおけるシグナルの量が標準値
と有意に異なっている場合、該サンプル内のＮＳＥＱの配列及びＰＳＥＱをコー
ドする配列のレベルの変化が、関連する疾患の存在を示すことになる。このよう
なアッセイは、動物実験、臨床試験、または個々の患者の治療のモニタリングに
おいて特定の治療上の処置の有効性を評価するためにも用いることができる。
、ハイブリダイゼーション複合体の形成に適した条件の下で被検者の体液や組織
サンプルに加えることができる。適当なインキュベーション時間の経過後にこの
サンプルを洗浄し、シグナルを定量して、一般的には非疾病状態のサンプルから
導出された標準値と比較する。被検者のサンプルにおけるシグナルの量が標準値
と有意に異なっている場合、該サンプル内のＮＳＥＱの配列及びＰＳＥＱをコー
ドする配列のレベルの変化が、関連する疾患の存在を示すことになる。このよう
なアッセイは、動物実験、臨床試験、または個々の患者の治療のモニタリングに
おいて特定の治療上の処置の有効性を評価するためにも用いることができる。
【００５２】 一旦疾患の存在が確立されて、処置のプロトコルが開始されると、ハイブリダ
イゼーションアッセイを定期的に反復して行って、患者における発現のレベルが
正常な患者において観察されるレベルに近づき始めたか否かを評価することがで
きる。継続的なアッセイから得られる結果を用いて、数日間或いは数ヶ月にわた
る期間での処置の有効性を知ることができる。
イゼーションアッセイを定期的に反復して行って、患者における発現のレベルが
正常な患者において観察されるレベルに近づき始めたか否かを評価することがで
きる。継続的なアッセイから得られる結果を用いて、数日間或いは数ヶ月にわた
る期間での処置の有効性を知ることができる。
【００５３】 前記ポリヌクレオチドを、基質再構築に関連する様々な疾病の診断のために用
いることができる。そのような疾病の例としては、腺癌、白血病、リンパ腫、黒
色腫、骨髄腫、肉腫、奇形癌腫等の癌、具体的には副腎、膀胱、骨、骨髄、脳、
乳房、子宮頚、胆嚢、神経節、消化管、心臓、腎臓、肝臓、肺、筋肉、卵巣、膵
臓、副甲状腺、陰茎、前立腺、唾液腺、皮膚、脾臓、精巣、胸腺、甲状腺、及び
子宮の癌や、心筋症、関節炎、血管新生、糖尿病性壊死、アテローム性硬化症、
繊維症、及び潰瘍形成等が挙げられる。
いることができる。そのような疾病の例としては、腺癌、白血病、リンパ腫、黒
色腫、骨髄腫、肉腫、奇形癌腫等の癌、具体的には副腎、膀胱、骨、骨髄、脳、
乳房、子宮頚、胆嚢、神経節、消化管、心臓、腎臓、肝臓、肺、筋肉、卵巣、膵
臓、副甲状腺、陰茎、前立腺、唾液腺、皮膚、脾臓、精巣、胸腺、甲状腺、及び
子宮の癌や、心筋症、関節炎、血管新生、糖尿病性壊死、アテローム性硬化症、
繊維症、及び潰瘍形成等が挙げられる。
【００５４】 或いは、前記ポリヌクレオチドをマイクロアレイにおけるターゲット（標的）
として用いることができる。マイクロアレイを用いることにより、多数の遺伝子
の発現レベルを同時にモニタし、かつスプライスバリアント、変異及び多型を特
定することができる。この情報は、遺伝子の機能の決定や、疾病の遺伝的な基礎
の理解、疾病の診断、及び治療薬の開発やその活性のモニタリングのために利用
することができる。
として用いることができる。マイクロアレイを用いることにより、多数の遺伝子
の発現レベルを同時にモニタし、かつスプライスバリアント、変異及び多型を特
定することができる。この情報は、遺伝子の機能の決定や、疾病の遺伝的な基礎
の理解、疾病の診断、及び治療薬の開発やその活性のモニタリングのために利用
することができる。
【００５５】 或いは、天然のゲノム配列の遺伝子地図作成において役立つハイブリダイゼー
ションプローブを作り出すために、ポリヌクレオチドを用いることができる。蛍
光in situハイブリダイゼーション（FISH）は、他の物理的染色体マッピング技
術及び遺伝子地図データと相互関係があり得る（例えば、Meyers, 前出, pp. 96
5-968のHeinz-Ulrichら (1995)参照）。
ションプローブを作り出すために、ポリヌクレオチドを用いることができる。蛍
光in situハイブリダイゼーション（FISH）は、他の物理的染色体マッピング技
術及び遺伝子地図データと相互関係があり得る（例えば、Meyers, 前出, pp. 96
5-968のHeinz-Ulrichら (1995)参照）。
【００５６】 別の実施例では、ＰＳＥＱ又はＮＳＥＱによってコードされるポリペプチドの
過剰−又は−過小発現を特徴とする疾病の診断のために、ＰＳＥＱに特異的に結
合する抗体を用いることができる。ELISA（酵素結合免疫測定法）、RIA（ラジオ
イムノアッセイ）並びにFACS（蛍光表示式細胞分取器法）等の、ＰＳＥＱ又はＮ
ＳＥＱによってコードされたポリペプチドを測定するための様々なプロトコルが
周知であり、これによってＰＳＥＱ又はＮＳＥＱによってコードされるポリペプ
チド発現の変化や異常を診断するための基礎が得られる。ＰＳＥＱの発現の標準
値は、正常な被検体、好ましくはヒトから得た体液や細胞抽出物とＰＳＥＱ又は
ＮＳＥＱによってコードされるポリペプチドとを、複合体形成に適した条件の下
で結合させることによって確立する。複合体形成量は、様々な方法、好ましくは
測光手段を用いることにより定量することができる。例えば生検組織からの疾病
サンプルにおいて発現されるＰＳＥＱ又はＮＳＥＱによってコードされるポリペ
プチドを定量し、標準値と比較する。標準値と被験体の値との偏差から、疾病の
診断又はモニタリングのためのパラメータを確立する。或いは、ＰＳＥＱ又はＮ
ＳＥＱによってコードされるポリペプチドに結合し得る中和抗体が、ポリペプチ
ドへの結合について試験対象の化合物を競合する競合的薬物スクリーニングアッ
セイを用いることもできる。また抗体を用いて、ＰＳＥＱ又はＮＳＥＱによって
コードされるポリペプチドと１つ又は複数の抗原決定基を共有するあらゆるペプ
チドの存在を検出することができる。
過剰−又は−過小発現を特徴とする疾病の診断のために、ＰＳＥＱに特異的に結
合する抗体を用いることができる。ELISA（酵素結合免疫測定法）、RIA（ラジオ
イムノアッセイ）並びにFACS（蛍光表示式細胞分取器法）等の、ＰＳＥＱ又はＮ
ＳＥＱによってコードされたポリペプチドを測定するための様々なプロトコルが
周知であり、これによってＰＳＥＱ又はＮＳＥＱによってコードされるポリペプ
チド発現の変化や異常を診断するための基礎が得られる。ＰＳＥＱの発現の標準
値は、正常な被検体、好ましくはヒトから得た体液や細胞抽出物とＰＳＥＱ又は
ＮＳＥＱによってコードされるポリペプチドとを、複合体形成に適した条件の下
で結合させることによって確立する。複合体形成量は、様々な方法、好ましくは
測光手段を用いることにより定量することができる。例えば生検組織からの疾病
サンプルにおいて発現されるＰＳＥＱ又はＮＳＥＱによってコードされるポリペ
プチドを定量し、標準値と比較する。標準値と被験体の値との偏差から、疾病の
診断又はモニタリングのためのパラメータを確立する。或いは、ＰＳＥＱ又はＮ
ＳＥＱによってコードされるポリペプチドに結合し得る中和抗体が、ポリペプチ
ドへの結合について試験対象の化合物を競合する競合的薬物スクリーニングアッ
セイを用いることもできる。また抗体を用いて、ＰＳＥＱ又はＮＳＥＱによって
コードされるポリペプチドと１つ又は複数の抗原決定基を共有するあらゆるペプ
チドの存在を検出することができる。
【００５７】 別の実施態様では、本発明のポリヌクレオチド及びポリペプチドを、癌の処置
又は治療的処置のモニタリングのために用いることができる。ＮＳＥＱのポリヌ
クレオチド又はＰＳＥＱをコードするポリヌクレオチド、又はそれらの任意の断
片又は相補的配列を、治療の目的で用いることができる。或る実施態様では、Ｎ
ＳＥＱのポリヌクレオチド又はＰＳＥＱをコードするポリヌクレオチドに相補的
な配列を、ｍＲＮＡの転写又は翻訳を遮断することが望ましいような状況で用い
ることができる。
又は治療的処置のモニタリングのために用いることができる。ＮＳＥＱのポリヌ
クレオチド又はＰＳＥＱをコードするポリヌクレオチド、又はそれらの任意の断
片又は相補的配列を、治療の目的で用いることができる。或る実施態様では、Ｎ
ＳＥＱのポリヌクレオチド又はＰＳＥＱをコードするポリヌクレオチドに相補的
な配列を、ｍＲＮＡの転写又は翻訳を遮断することが望ましいような状況で用い
ることができる。
【００５８】 レトロウイルス、アデノウイルス、ヘルペス若しくはワクシニアウイルス由来
の発現ベクター、或いは様々な細菌性プラスミドに由来する発現ベクターを、ヌ
クレオチド配列を標的の器官、組織、または細胞群へ送達するために用いること
ができる。ＰＳＥＱをコードするポリヌクレオチドに相補的な核酸配列を発現す
るベクターは、当業者に周知の方法を用いて作製することができる（例えば、Sa
mbrook（前出）及びAusubel（前出）を参照）。
の発現ベクター、或いは様々な細菌性プラスミドに由来する発現ベクターを、ヌ
クレオチド配列を標的の器官、組織、または細胞群へ送達するために用いること
ができる。ＰＳＥＱをコードするポリヌクレオチドに相補的な核酸配列を発現す
るベクターは、当業者に周知の方法を用いて作製することができる（例えば、Sa
mbrook（前出）及びAusubel（前出）を参照）。
【００５９】 ＮＳＥＱのポリヌクレオチド配列又はＰＳＥＱをコードするポリヌクレオチド
配列を有する遺伝子は、ＰＳＥＱをコードするポリヌクレオチド又はその断片を
高レベルで発現する発現ベクターで細胞又は組織を形質転換することにより、そ
の機能を遮断することができる。このような作製物を用いて、翻訳不可能なセン
ス配列又はアンチセンス配列を細胞内に導入することができる。転写開始部位に
由来するオリゴヌクレオチド、例えば開始部位から概ね−１０と＋１０の間のも
のが好ましい。同様に、三重らせん塩基対合法（triple helix base-paring met
hodology）を用いて阻害を達成できる。三重らせん対合は有用である。ポリメラ
ーゼ、転写制御因子、又は調節性分子の結合のために二重らせんが十分に開く能
力をそれが阻害するからである。近年の三重ＤＮＡを用いる治療上の進歩が、文
献に記載されている（例えば、Huber及びCarr, Molecular and Immunologic App
roaches, Futura Publishing, Mt. Kisco NY, pp. 163-177に記載のGeeら (1994
) 参照）。酵素性ＲＮＡ分子であるリボザイムも、特異的なＲＮＡの切断を触媒
するために用いることができる。
配列を有する遺伝子は、ＰＳＥＱをコードするポリヌクレオチド又はその断片を
高レベルで発現する発現ベクターで細胞又は組織を形質転換することにより、そ
の機能を遮断することができる。このような作製物を用いて、翻訳不可能なセン
ス配列又はアンチセンス配列を細胞内に導入することができる。転写開始部位に
由来するオリゴヌクレオチド、例えば開始部位から概ね−１０と＋１０の間のも
のが好ましい。同様に、三重らせん塩基対合法（triple helix base-paring met
hodology）を用いて阻害を達成できる。三重らせん対合は有用である。ポリメラ
ーゼ、転写制御因子、又は調節性分子の結合のために二重らせんが十分に開く能
力をそれが阻害するからである。近年の三重ＤＮＡを用いる治療上の進歩が、文
献に記載されている（例えば、Huber及びCarr, Molecular and Immunologic App
roaches, Futura Publishing, Mt. Kisco NY, pp. 163-177に記載のGeeら (1994
) 参照）。酵素性ＲＮＡ分子であるリボザイムも、特異的なＲＮＡの切断を触媒
するために用いることができる。
【００６０】 細胞内での安定性を高めたり、半減期を長くするため、ＲＮＡ分子を修飾する
ことができる。可能な修飾としては、以下に限定するものではないが、分子の５
’末端及び／又は３’末端への隣接配列の付加や、分子のバックボーン部分内に
おけるホスホジエステル結合ではないホスホロチオネート又は２’Ｏメチルの使
用等が挙げられる。或いは、内在性エンドヌクレアーゼにより容易に認識されな
いアデニン、グアニン、シチジン、チミン、及びウリジンの、アセチル−、メチ
ル−、チオ−形態、及び類似の修飾形態や、イノシン、キュエオシン（queosine
）、及びワイブトシン（wybutosine）のような非翻訳性塩基を含めることができ
る。
ことができる。可能な修飾としては、以下に限定するものではないが、分子の５
’末端及び／又は３’末端への隣接配列の付加や、分子のバックボーン部分内に
おけるホスホジエステル結合ではないホスホロチオネート又は２’Ｏメチルの使
用等が挙げられる。或いは、内在性エンドヌクレアーゼにより容易に認識されな
いアデニン、グアニン、シチジン、チミン、及びウリジンの、アセチル−、メチ
ル−、チオ−形態、及び類似の修飾形態や、イノシン、キュエオシン（queosine
）、及びワイブトシン（wybutosine）のような非翻訳性塩基を含めることができ
る。
【００６１】 細胞又は組織内にベクターを導入するための多くの方法が利用可能であり、そ
れらの方法は、in vivo、in vitro、及びex vivoでの使用についても同様に適し
ている。ex vivo治療の場合には、患者から採取された幹細胞にベクターを導入
し、自家移植用にクローンとして増殖して同じ患者に戻す方法がある。またトラ
ンスフェクションによるデリバリー、リポソーム注入またはポリカチオンアミノ
ポリマーによるデリバリーは、当分野で周知の方法を用いて実施することができ
る（例えば、Goldmanら (1997) Nature Biotechnology 15:462-466）。
れらの方法は、in vivo、in vitro、及びex vivoでの使用についても同様に適し
ている。ex vivo治療の場合には、患者から採取された幹細胞にベクターを導入
し、自家移植用にクローンとして増殖して同じ患者に戻す方法がある。またトラ
ンスフェクションによるデリバリー、リポソーム注入またはポリカチオンアミノ
ポリマーによるデリバリーは、当分野で周知の方法を用いて実施することができ
る（例えば、Goldmanら (1997) Nature Biotechnology 15:462-466）。
【００６２】 更に、ＰＳＥＱの発現又は活性の上昇を伴う癌の処置又は予防のために、ＰＳ
ＥＱのポリペプチド又はＮＳＥＱによってコードされたポリペプチドの抗体を患
者に投与し得る。該ポリペプチドに特異的に結合する抗体は、アンタゴニストと
して直接的に用いたり、又は該ポリペプチドを発現する細胞又は組織に薬剤を送
達するためのターゲティング又はデリバリー機構として間接的に用いることがで
きる。
ＥＱのポリペプチド又はＮＳＥＱによってコードされたポリペプチドの抗体を患
者に投与し得る。該ポリペプチドに特異的に結合する抗体は、アンタゴニストと
して直接的に用いたり、又は該ポリペプチドを発現する細胞又は組織に薬剤を送
達するためのターゲティング又はデリバリー機構として間接的に用いることがで
きる。
【００６３】 ＰＳＥＱ又はＮＳＥＱによってコードされるポリペプチドに対する抗体は、周
知の方法を用いて作り出すことができる。このような抗体としては、限定するも
のではないが、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、キメラ抗体、一本鎖
抗体、Ｆａｂフラグメント、及びＦａｂ発現ライブラリーから作られたフラグメ
ント等が挙げられる。中和抗体（即ち二量体形成を阻害するもの）は治療の用途
に特に好適である。ＰＳＥＱに対するモノクローナル抗体は、培地内の無制限増
殖性細胞系（continuous cell line）に抗体分子を産生させる技術を用いて作製
できる。このような技術として、限定するものではないが、ハイブリドーマ技術
、ヒトＢ細胞ハイブリドーマ技術、及びＥＢＶ−ハイブリドーマ技術等が挙げら
れる。加えて、キメラ抗体の産生のために開発された技術を用いることができる
（例えば、Meyers, 前出を参照）。或いは、一本鎖抗体の生成のための周知技術
を用いることができる。ＰＳＥＱ又はＮＳＥＱによってコードされるポリペプチ
ドに対する特異的結合部位を有する抗体の断片を作り出すこともできる。
知の方法を用いて作り出すことができる。このような抗体としては、限定するも
のではないが、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、キメラ抗体、一本鎖
抗体、Ｆａｂフラグメント、及びＦａｂ発現ライブラリーから作られたフラグメ
ント等が挙げられる。中和抗体（即ち二量体形成を阻害するもの）は治療の用途
に特に好適である。ＰＳＥＱに対するモノクローナル抗体は、培地内の無制限増
殖性細胞系（continuous cell line）に抗体分子を産生させる技術を用いて作製
できる。このような技術として、限定するものではないが、ハイブリドーマ技術
、ヒトＢ細胞ハイブリドーマ技術、及びＥＢＶ−ハイブリドーマ技術等が挙げら
れる。加えて、キメラ抗体の産生のために開発された技術を用いることができる
（例えば、Meyers, 前出を参照）。或いは、一本鎖抗体の生成のための周知技術
を用いることができる。ＰＳＥＱ又はＮＳＥＱによってコードされるポリペプチ
ドに対する特異的結合部位を有する抗体の断片を作り出すこともできる。
【００６４】 所望の特異性を有する抗体を特定するべくスクリーニングを行うために、様々
なイムノアッセイを用いることができる。確立された特異性を有するモノクロー
ナル抗体かポリクローナル抗体の何れかを用いる競合的結合アッセイ又は免疫放
射線測定法の様々なプロトコルが周知である。
なイムノアッセイを用いることができる。確立された特異性を有するモノクロー
ナル抗体かポリクローナル抗体の何れかを用いる競合的結合アッセイ又は免疫放
射線測定法の様々なプロトコルが周知である。
【００６５】 更に、ＰＳＥＱのポリペプチド又はＮＳＥＱによってコードされたポリペプチ
ドのアゴニストを、該ポリペプチドの発現又は活性の減少を伴う癌の処置又は予
防のために患者に投与し得る。
ドのアゴニストを、該ポリペプチドの発現又は活性の減少を伴う癌の処置又は予
防のために患者に投与し得る。
【００６６】 本発明の別の実施態様は、上記の何れかの治療上の効果をあげるために、医薬
品の又は滅菌した組成物を、医薬上許容される担体と共に投与することに関連す
る。そのような医薬品組成物は、ＰＳＥＱのポリペプチド又はＮＳＥＱによって
コードされるポリペプチド、該ポリペプチドに対する抗体、及び該ポリペプチド
の模擬体（mimetics）、アゴニスト、アンタゴニスト、又はインヒビターからな
るものであり得る。前記組成物は、単独で、或いは例えば安定化剤のような１種
以上の他の薬剤と組み合わせて、滅菌した生体適合性の医薬用担体を用いて投与
する。このような担体としては、以下に限定するものではないが、生理食塩水、
緩衝食塩水、ブドウ糖或いは水等が挙げられる。該組成物は、単体で、或いは他
の薬剤やホルモンと組み合わせた形で患者に投与することができる。
品の又は滅菌した組成物を、医薬上許容される担体と共に投与することに関連す
る。そのような医薬品組成物は、ＰＳＥＱのポリペプチド又はＮＳＥＱによって
コードされるポリペプチド、該ポリペプチドに対する抗体、及び該ポリペプチド
の模擬体（mimetics）、アゴニスト、アンタゴニスト、又はインヒビターからな
るものであり得る。前記組成物は、単独で、或いは例えば安定化剤のような１種
以上の他の薬剤と組み合わせて、滅菌した生体適合性の医薬用担体を用いて投与
する。このような担体としては、以下に限定するものではないが、生理食塩水、
緩衝食塩水、ブドウ糖或いは水等が挙げられる。該組成物は、単体で、或いは他
の薬剤やホルモンと組み合わせた形で患者に投与することができる。
【００６７】 本発明で用いられる医薬品組成物の投与経路としては、以下に限定するもので
はないが、経口投与、静脈内投与、筋内投与、動脈内投与、髄内投与、くも膜下
腔内投与、心室内投与、経皮投与、皮下投与、腹腔内投与、鼻腔内投与、経腸投
与、局所投与、舌下投与、或いは直腸内投与等が挙げられる。
はないが、経口投与、静脈内投与、筋内投与、動脈内投与、髄内投与、くも膜下
腔内投与、心室内投与、経皮投与、皮下投与、腹腔内投与、鼻腔内投与、経腸投
与、局所投与、舌下投与、或いは直腸内投与等が挙げられる。
【００６８】 これらの医薬品組成物は、主成分に加えて、有効成分を医薬上使用可能な製剤
にするための処理を容易にする、賦形剤及び添加剤等の適切な医薬上許容される
担体を含み得る。製剤或いは投与に関する技術の詳細は、Remington's Pharmace
utical Sciences（Maack Publishing Co, Easton PA）の最新版において見るこ
とができる。
にするための処理を容易にする、賦形剤及び添加剤等の適切な医薬上許容される
担体を含み得る。製剤或いは投与に関する技術の詳細は、Remington's Pharmace
utical Sciences（Maack Publishing Co, Easton PA）の最新版において見るこ
とができる。
【００６９】 あらゆる化合物について、治療上有効な量は、初めに、新生物細胞、或いは通
常マウス、ウサギ、イヌ、ブタのような動物モデルの何れかの細胞培地のアッセ
イから推定することができる。この動物モデルを、適切な濃度範囲や投与経路を
決定するために用いることもできる。次に、このような情報を利用して、ヒトに
おける有効な量や投与経路を決定することができる。
常マウス、ウサギ、イヌ、ブタのような動物モデルの何れかの細胞培地のアッセ
イから推定することができる。この動物モデルを、適切な濃度範囲や投与経路を
決定するために用いることもできる。次に、このような情報を利用して、ヒトに
おける有効な量や投与経路を決定することができる。
【００７０】 治療上有効な量とは、症状や状態を改善するような、有効成分の量、例えばＰ
ＳＥＱのポリペプチド又はＮＳＥＱによってコードされるポリペプチド、または
その断片、前記ポリペプチドの抗体、前記ポリペプチドのアゴニスト、アンタゴ
ニスト、またはインヒビターの量である。そのような化合物の治療上の有効性及
び毒性は、細胞培地における或いは実験動物を用いた標準的な薬学的方法によっ
て、例えばＥＤ50（集団の５０％における治療上の有効量、５０％有効量）又は
ＬＤ50（集団の５０％の致死投与量）なる統計量を計算することによって決定す
ることができる。
ＳＥＱのポリペプチド又はＮＳＥＱによってコードされるポリペプチド、または
その断片、前記ポリペプチドの抗体、前記ポリペプチドのアゴニスト、アンタゴ
ニスト、またはインヒビターの量である。そのような化合物の治療上の有効性及
び毒性は、細胞培地における或いは実験動物を用いた標準的な薬学的方法によっ
て、例えばＥＤ50（集団の５０％における治療上の有効量、５０％有効量）又は
ＬＤ50（集団の５０％の致死投与量）なる統計量を計算することによって決定す
ることができる。
【００７１】 上述の治療方法の何れかを、そのような治療が必要なあらゆる被検体、例えば
、イヌ、ネコ、ウシ、ウマ、ウサギ、サル、及び最も好ましくはヒト等に適用す
ることができる。
、イヌ、ネコ、ウシ、ウマ、ウサギ、サル、及び最も好ましくはヒト等に適用す
ることができる。
【００７２】
本発明が、ここに記載の特定の方法、プロトコル、及び試薬に限定される、そ
れらを変更することができるということを理解されたい。また、本明細書におい
て用いられる用語は、特定の実施例を説明することのみを目的としてしようされ
ており、特許請求の範囲に記載の請求項のみによって限定される本発明の真の範
囲を限定することを意図するものではない、ということも理解されたい。以下の
実施例は、本発明の単なる例示であり、本発明をこの実施例に限定しようとする
ものではない。
れらを変更することができるということを理解されたい。また、本明細書におい
て用いられる用語は、特定の実施例を説明することのみを目的としてしようされ
ており、特許請求の範囲に記載の請求項のみによって限定される本発明の真の範
囲を限定することを意図するものではない、ということも理解されたい。以下の
実施例は、本発明の単なる例示であり、本発明をこの実施例に限定しようとする
ものではない。
【００７３】 １ ｃＤＮＡライブラリーの作製 新規な基質再構築遺伝子が起源とするｃＤＮＡライブラリーの作製を実証する
ためにｃＤＮＡライブラリーのTHYMFET02を選択した。前記THYMFET02 ｃＤＮＡ
ライブラリーは、妊娠１７週目に無脳症によって死亡した白人の女性の胎児から
得た顕微鏡検査で正常な胸腺組織から作製した。血清陰性であり、家族歴には、
タバコ乱用及び胃炎があった。
ためにｃＤＮＡライブラリーのTHYMFET02を選択した。前記THYMFET02 ｃＤＮＡ
ライブラリーは、妊娠１７週目に無脳症によって死亡した白人の女性の胎児から
得た顕微鏡検査で正常な胸腺組織から作製した。血清陰性であり、家族歴には、
タバコ乱用及び胃炎があった。
【００７４】 冷凍組織を、POLYTRONホモジナイザー（PT-3000; Brinkmann Instruments, We
stbury NY）を用いて、TRIZOL試薬（1gmの組織／10mlのTRIZOL; Life Technolog
ies, Rockville MD）、フェノール及びグアニジンイソチオシアネートの単一細
胞溶液内でホモジナイズし、溶解した。短時間氷冷しながらインキュベートした
後、クロロホルム（1:5 v/v）を加え、溶解産物を遠心分離にかけた。上側のク
ロロホルム層を取り除き、ＲＮＡをイソプロパノールで沈殿させ、DEPC処理した
水に再懸濁し、３７℃で２５分間ＤＮアーゼで処理した。このｍＲＮＡを、酸性
フェノールｐＨ４．７で一回再抽出し、0.3Mの酢酸ナトリウム及び2.5倍量のエ
タノールで沈殿させた。ｍＲＮＡをOLIGOTEXキット（Qiagen, Chatworth CA）を
用いて単離し、これを用いてｃＤＮＡライブラリーを作製した。
stbury NY）を用いて、TRIZOL試薬（1gmの組織／10mlのTRIZOL; Life Technolog
ies, Rockville MD）、フェノール及びグアニジンイソチオシアネートの単一細
胞溶液内でホモジナイズし、溶解した。短時間氷冷しながらインキュベートした
後、クロロホルム（1:5 v/v）を加え、溶解産物を遠心分離にかけた。上側のク
ロロホルム層を取り除き、ＲＮＡをイソプロパノールで沈殿させ、DEPC処理した
水に再懸濁し、３７℃で２５分間ＤＮアーゼで処理した。このｍＲＮＡを、酸性
フェノールｐＨ４．７で一回再抽出し、0.3Mの酢酸ナトリウム及び2.5倍量のエ
タノールで沈殿させた。ｍＲＮＡをOLIGOTEXキット（Qiagen, Chatworth CA）を
用いて単離し、これを用いてｃＤＮＡライブラリーを作製した。
【００７５】 このｍＲＮＡは、SUPERSCRIPT Plasmid system（Life Technologies）の推奨
プロトコルに従って取り扱った。ｃＤＮＡを、SEPHAROSE CL4Bカラム（Amersham
Pharmacia Biotech, Pisctaway NJ）上で分画化し、400bpを超えるｃＤＮＡを
、pINCY 1プラスミド（Incyte Pharmaceuticals, Palo Alto CA）に連結した。
次にこのプラスミドを、ＤＨ５αコンピテント細胞（Life Technologies）に形
質転換した。
プロトコルに従って取り扱った。ｃＤＮＡを、SEPHAROSE CL4Bカラム（Amersham
Pharmacia Biotech, Pisctaway NJ）上で分画化し、400bpを超えるｃＤＮＡを
、pINCY 1プラスミド（Incyte Pharmaceuticals, Palo Alto CA）に連結した。
次にこのプラスミドを、ＤＨ５αコンピテント細胞（Life Technologies）に形
質転換した。
【００７６】 ２ ｃＤＮＡクローンの単離及び配列決定 プラスミドＤＮＡはこの細胞から放出され、これをREAL Prep 96 Plasmid Kit
（Qiagen）を用いて精製した。このキットは、マルチチャネル試薬ディスペンサ
を用いて９６穴ブロックにおける９６個のサンプルの同時増幅が可能なものであ
った。推奨プロトコルを用いたが、以下の点を変更した。（１）25mg/Lのカルベ
ニシリン及び0.4％のグリセロールを含む1mlの滅菌Terrific Broth （Life Tech
nologies）において細菌を培養した。（２）接種の後、培溶液を19時間インキュ
ベートし、インキュベーションの終了時に、この細胞を0.3mlの溶解バッファー
に溶解した。（３）イソプロパノール沈殿を行った後、プラスミドＤＮＡのペレ
ットを0.1mlの蒸留水に再懸濁した。プロトコルの最終ステップの後、サンプル
を９６穴ブロックに移し４℃で保管した。
（Qiagen）を用いて精製した。このキットは、マルチチャネル試薬ディスペンサ
を用いて９６穴ブロックにおける９６個のサンプルの同時増幅が可能なものであ
った。推奨プロトコルを用いたが、以下の点を変更した。（１）25mg/Lのカルベ
ニシリン及び0.4％のグリセロールを含む1mlの滅菌Terrific Broth （Life Tech
nologies）において細菌を培養した。（２）接種の後、培溶液を19時間インキュ
ベートし、インキュベーションの終了時に、この細胞を0.3mlの溶解バッファー
に溶解した。（３）イソプロパノール沈殿を行った後、プラスミドＤＮＡのペレ
ットを0.1mlの蒸留水に再懸濁した。プロトコルの最終ステップの後、サンプル
を９６穴ブロックに移し４℃で保管した。
【００７７】 このｃＤＮＡを、MICROLAB 2200（Hamilton, Reno NV）をDNA ENGINE thermal
cyclers（PTC200; MJ Research, Watertown, MA）と組み合わせて用いて調製し
、ABI PRISM 377 DNA Sequencing Systemsを用いて、Sangerらの方法（1975, J.
Mol. Biol.94:441f）により配列決定した。
cyclers（PTC200; MJ Research, Watertown, MA）と組み合わせて用いて調製し
、ABI PRISM 377 DNA Sequencing Systemsを用いて、Sangerらの方法（1975, J.
Mol. Biol.94:441f）により配列決定した。
【００７８】 ３ 配列の選択、組み立て、及び特性化 同時発現の解析のために用いる配列は、ＥＳＴ配列、５’及び３’longread配
列、完全長コーディング配列から組み立てたものである。選択された組み合わせ
配列は、少なくとも３種類のｃＤＮＡライブラリーで発現された。
列、完全長コーディング配列から組み立てたものである。選択された組み合わせ
配列は、少なくとも３種類のｃＤＮＡライブラリーで発現された。
【００７９】 以下、配列の組み立てプロセスを説明する。ＥＳＴ配列クロマトグラフを処理
して、確認した。PHRED（Ewingら (1998) Genome Res 8: 175-185; Ewing及びGr
een (1998) Genome Res 8: 186-194）を用いて質スコア（quality score）を得
た。次に校正した配列を、関係型データベース管理システム（RDBMS）にロード
した。積スコア（product score）５０でBLASTを用いて、ＥＳＴ配列を集めて初
期のビンのセットにした。２以上の配列を有する全ての集合がビンとして形成さ
れた。或るビンの重複する配列は、転写された遺伝子に相当する。
して、確認した。PHRED（Ewingら (1998) Genome Res 8: 175-185; Ewing及びGr
een (1998) Genome Res 8: 186-194）を用いて質スコア（quality score）を得
た。次に校正した配列を、関係型データベース管理システム（RDBMS）にロード
した。積スコア（product score）５０でBLASTを用いて、ＥＳＴ配列を集めて初
期のビンのセットにした。２以上の配列を有する全ての集合がビンとして形成さ
れた。或るビンの重複する配列は、転写された遺伝子に相当する。
【００８０】 各ビン内の要素配列の組み立ては、PHRAP、即ちＤＮＡ断片の組み立てのため
の市販のプログラム（Phil Green, University of Washington, Seattle WA）を
改良したものを用いて行った。任意のコンセンサス配列間の局所的な対をなすア
ライメントから８２％の同一性を示すビンを合成した。
の市販のプログラム（Phil Green, University of Washington, Seattle WA）を
改良したものを用いて行った。任意のコンセンサス配列間の局所的な対をなすア
ライメントから８２％の同一性を示すビンを合成した。
【００８１】 各ビンのコンセンサス配列を、例えばNCBIのGenPept及びGbpriのような公的デ
ータベースに対してスクリーニングすることによって、ビンに注釈を付ける。注
釈付けプロセスでは、GenBankにおけるGbpriデータベースに対してFASTnスクリ
ーニングを行う。７０％以上のパーセント同一性及び１００塩基対以上の長さの
アライメントを有するものとしてヒットしたものは、ホモログヒットとして記録
された。残基の注釈を付けられていない配列を、GenPeptに対してFASTxによって
スクリーニングした。Ｅ値が１０-8以下であるヒットは、ホモログヒットとして
記録された。
ータベースに対してスクリーニングすることによって、ビンに注釈を付ける。注
釈付けプロセスでは、GenBankにおけるGbpriデータベースに対してFASTnスクリ
ーニングを行う。７０％以上のパーセント同一性及び１００塩基対以上の長さの
アライメントを有するものとしてヒットしたものは、ホモログヒットとして記録
された。残基の注釈を付けられていない配列を、GenPeptに対してFASTxによって
スクリーニングした。Ｅ値が１０-8以下であるヒットは、ホモログヒットとして
記録された。
【００８２】 次に、BLASTn及びCross-Match、即ちタンパク質及び核酸配列の比較及びデー
タベース検索を高速で行うためのプログラム（Green, 前出）を用いて、配列を
逐次再集合させた。スコアが１５０を超えるような配列とコンセンサス配列との
あらゆるBLASTアライメントについて、cross-matchを用いて再度アライメントを
取った。そのコンセンサス配列が、局所的アライメントが８２％以上の同一性で
あるものの中でSmith-Watermanスコアが最大となるようなものであるビンに、前
記配列を加えた。非マッチング配列は、新たなビンを形成した。前記新たなビン
に対して上記の組み立て及びコンセンサス生成プロセスを行った。
タベース検索を高速で行うためのプログラム（Green, 前出）を用いて、配列を
逐次再集合させた。スコアが１５０を超えるような配列とコンセンサス配列との
あらゆるBLASTアライメントについて、cross-matchを用いて再度アライメントを
取った。そのコンセンサス配列が、局所的アライメントが８２％以上の同一性で
あるものの中でSmith-Watermanスコアが最大となるようなものであるビンに、前
記配列を加えた。非マッチング配列は、新たなビンを形成した。前記新たなビン
に対して上記の組み立て及びコンセンサス生成プロセスを行った。
【００８３】 ４ 既知の基質再構築遺伝子の同時発現の解析 基質再構築に高い関連性を有する新規な遺伝子を特定ｓるうために、２１種の
既知の基質再構築遺伝子を選択した。前記既知の遺伝子は、オステオネクチン（
BM-40）、コンドロイチン／デルマタン硫酸プロテオグリカン（C/DSPG）、I型・
II型・III型・IV型コラーゲン、結合組織成長因子（CTGF）、フィブリリン、フ
ィブロネクチン、フィブロネクチン受容体（fibr-r）、フィブリン１、ヘパラン
硫酸プロテオグリカン（HSPG）、細胞外基質タンパク質（ヘビン（hevin））、
インスリン様成長因子１（IGF1）、インスリン様成長因子結合タンパク質（IGFB
P）、ラミニン、ルミカン（lumican）、基質Glaタンパク質（MGP）、基質金属プ
ロテアーゼ（MMP）、基質金属プロテアーゼの組織インヒビター１、２、及び３
（TIMP1、2、及び3）であった。既知の基質再構築遺伝子の産物は、以下のよう
に分類することができる。 １．細胞外基質成分タンパク質。これらのタンパク質としては、細胞外基質の主
要な構造を構成する、コラーゲン、プロテオグリカン、フィブリリン、フィブロ
ネクチン、フィブリン、及びラミニンが挙げられる。 ２．基質プロテアーゼ及び基質プロテアーゼインヒビター。これらのタンパク質
としては、例えばコラゲナーゼのような基質金属プロテアーゼ（MMP）、及び例
えば基質金属プロテアーゼの組織インヒビター（TIMP）のようなMMPインヒビタ
ーが挙げられる。 ３．基質再構築遺伝子の発現を調節する調節性タンパク質。これらのタンパク質
としては、結合組織成長因子、インスリン様成長因子、オステオネクチン（BM-4
0）、及びこれらのタンパク質の受容体及びインヒビターが挙げられる。
既知の基質再構築遺伝子を選択した。前記既知の遺伝子は、オステオネクチン（
BM-40）、コンドロイチン／デルマタン硫酸プロテオグリカン（C/DSPG）、I型・
II型・III型・IV型コラーゲン、結合組織成長因子（CTGF）、フィブリリン、フ
ィブロネクチン、フィブロネクチン受容体（fibr-r）、フィブリン１、ヘパラン
硫酸プロテオグリカン（HSPG）、細胞外基質タンパク質（ヘビン（hevin））、
インスリン様成長因子１（IGF1）、インスリン様成長因子結合タンパク質（IGFB
P）、ラミニン、ルミカン（lumican）、基質Glaタンパク質（MGP）、基質金属プ
ロテアーゼ（MMP）、基質金属プロテアーゼの組織インヒビター１、２、及び３
（TIMP1、2、及び3）であった。既知の基質再構築遺伝子の産物は、以下のよう
に分類することができる。 １．細胞外基質成分タンパク質。これらのタンパク質としては、細胞外基質の主
要な構造を構成する、コラーゲン、プロテオグリカン、フィブリリン、フィブロ
ネクチン、フィブリン、及びラミニンが挙げられる。 ２．基質プロテアーゼ及び基質プロテアーゼインヒビター。これらのタンパク質
としては、例えばコラゲナーゼのような基質金属プロテアーゼ（MMP）、及び例
えば基質金属プロテアーゼの組織インヒビター（TIMP）のようなMMPインヒビタ
ーが挙げられる。 ３．基質再構築遺伝子の発現を調節する調節性タンパク質。これらのタンパク質
としては、結合組織成長因子、インスリン様成長因子、オステオネクチン（BM-4
0）、及びこれらのタンパク質の受容体及びインヒビターが挙げられる。
【００８４】 この解析において試験した既知の基質再構築遺伝子、及びそれらの機能の簡単
な説明が、表３に記載されている。基質再構築におけるそれらの役割の詳細な説
明は、引用文献に記載されており、それらを参照されたい。
な説明が、表３に記載されている。基質再構築におけるそれらの役割の詳細な説
明は、引用文献に記載されており、それらを参照されたい。
【００８５】
【表３】 表３ 既知の基質再構築遺伝子 ＜遺伝子名＞ ｛解説及び参照文献｝ ＜BM-40＞ ｛別名：SPARC、オステオネクチン；結合組織の再構築、創傷治癒、
血管形成を調節し、基質金属プロテアーゼ（コラゲナーゼ及びゼラチナーゼ）合
成を誘導し、細胞の移動及び増殖を調節し、新生物性黒色腫、繊維症、血管形成
において発現が増加する。（Kamihagiら(1994) Biochem Biophys Res Commun 20
0: 423-8; Laneら (1994) J Cell Biol 125: 929-43; Inagakiら (1996) Life S
ci 58: 927-34; Leddaら (1997) J Invest Dermatol 108: 210-4; Shankavaram
ら (1997) J Cell Physiol 173: 327-34）｝ ＜C/DSPG＞ ｛コンドロイチン／デルマタン硫酸プロテオグリカン；主要な細胞
外基質プロテオグリカンであり、細胞の増殖、接着、及び遊走を調節する。（Da
rnellら (1990) Molecular Cell Biology, Scientific American Press, New Yo
rk NY; Cell Biology of Extracellular Matrix, Plenum, New York NY, pp. 30
5-341に記載のToole (1991); Beckら (1993) Biochem Biophys Res Commun 190:
616-23）｝ ＜コラーゲン（collagens）＞ ｛繊維性構造タンパク質のファミリー（I型、II
型、III型、IV型コラーゲン等）で、細胞外基質において最も豊富な構造の成分
であり、プロコラーゲンとして分泌され、MMPsによってコラーゲンに変換される
。（Cell Biology of Extracellular Matrix, pp. 255-302に記載のAlexander及
びWerb (1991); Extracellular Matrix, Marcel Dekker, New York, NY pp. 91-
119に記載のAdams (1993) ; Extracellular Matrix, pp. 201-254に記載のSchup
panら (1993)）｝ ＜CTGF＞ ｛結合組織成長因子であり、基質の合成及び繊維形成の誘導を媒介す
る。（Grotendorst (1997) Cytokine Growth Factor Rev 8:171-9; Oemar及びLu
scher (1997) Arterioscler Thromb Vasc Biol 17:1483-9; Itoら(1998) Kidney
Int 53:853-61）｝ ＜フィブリリン（fibrillin）＞ ｛細胞外のミクロフィブリル（基質の弾性の
ネットワーク）の主要成分であり、全身の結合組織に存在する。（Kieity及びSh
uttleworth (1995) Int J Blochem Cell Biol 27:747-60; Haynesら (1997) Br
J Dermatol 137:17-23; Hayward及びBrock (1997) Hum Mutat 10:415-23）｝ ＜フィブロネクチン（fibronectins）＞ ｛細胞外基質の糖タンパク質のファミ
リーで、細胞を基質に固定し、基質タンパク質を細胞表面受容体に結合させる。
｝ ＜fibr-r＞ ｛フィブロネクチン受容体：フィブロネクチン受容体は、細胞の接
着及び遊走を調節する。（Darnellら(1990) Molecular Cell Biology, Scientif
ic American Press, New York NY; Ruoslahti (1991) Cell Biology of Extrace
llular Matrix, pp. 343-363; Yamada ( 1991 ) Cell Biology of Extracellula
r Matrix, pp. 111 - 146 ）｝ ＜フィブリン１（fiblin 1）＞ ｛フィブロネクチン結合細胞外基質タンパク質
で、フィブリノーゲンの架橋を介した血小板の接着を媒介し、基質金属タンパク
質分解酵素によって切断され、乳癌及び卵巣癌の細胞の運動性を阻害する。（Ar
gravesら (1990) J Cell Biol 111:3155-64; Sasakiら (1996) Eur J Blochem 2
40:427-34; Hayashidoら (1998) Int J Cancer 75:654-8）｝ ＜HSPG＞ ｛ヘパラン硫酸プロテオグリカン；多くの種類の細胞の細胞表面上で
見出される細胞外基質プロテオグリカンで、細胞外基質との細胞の相互作用を調
節し、基質内のコラーゲン及びフィブロネクチンに結合し、細胞の増殖、接着、
及び遊走を調節する。（Darnellら (1990); Cell Biology of Extracellular Ma
trix, pp. 305-341に記載のToole (1991 ); Extracellular Matrix, pp. 201-25
4に記載のSchuppanら (1993) ）｝ ＜hevin＞ ｛細胞外基質タンパク質、BM-40に対するホモログで、細胞の接着及
び遊走を調節し、転移性前立腺癌、肺癌においてダウンレギュレートされる。（
Girard及びSpringer (1996) J Biol Chem 271:4511-7; Bendikら Cancer Res 58
:232-6）｝ ＜IGF 1＞ ｛インスリン様成長因子であり、基質のホメオスタシス及び再構築
を調節し、癌細胞の凝集、成長、及び生存を調節する。（Astonら (1995) Am J
Respir Crit Care Med 151:1597-603; Bitar及びLabbad (1996) J Surg Res 61:
113-9; Guvakova及びSurmacz (1997) Exp Cell Res 231:149-62; Sunicら (1998
) Endocrinology 139:2356-62）｝ ＜IGFBP＞ ｛インスリン様成長因子結合タンパク質であり、IGF-1の生物学的利
用能を調節（IGF-1にその受容体より強く結合する）し、基質金属プロテアーゼ
によって分解される。（Kieferら (1991 ) Blochem Biophys Res Commun 176:21
9-25; Fowikesら (1995) Prog Growth Factor Res 6:255-63; Parkerら (1996)
J Biol Chem 271:13523-9）｝ ＜ラミニン（laminin）＞ ｛基底層における主要タンパク質で、コラーゲン、H
SPG、及びエンタクチンと共に、コラーゲン、HSGP、及びへパリンに結合するこ
とによって細胞を基質に固定し、ラミニン及びコラーゲンは、MMPの主要な標的
であり、細胞の接着、遊走、成長、及び分化を調節する。（Extracellular Matr
ix, pp. 49-66に記載のYamadaら (1993) ; Giannelliら (1997) Science 277:22
5-8; Quaranta及びPlopper (1997) Kidney Int 51: 1441-6; Soiniら (1997) Hu
m Pathol 28:220-6）｝ ＜ルミカン（lumican）＞ ｛細胞外プロテオグリカンで、細胞外基質において
膠原細線維を編成する。（Douradoら (1996) Osteoarthritis Cartilage 4:187-
96; Scott (1996) Bio-chemistry 35:8795-9; Cs-Szaboら (1997) Arthritis Rh
eum 40:1037-45）｝ ＜MGP＞ ｛基質Glaタンパク質：軟骨の石灰化を調節し、骨芽細胞活性のマーカ
ーとなる。（Shanabanら (1994) J Clin Invest 93:2393-402; Luoら (1997) Na
ture 386:78-81; Martinettiら (1997) Turnour Biol 18:197-205）｝ ＜MMP＞ ｛基質金属プロテアーゼ（コラゲナーゼを含む）のファミリーであり
、プロコラーゲンを切断してコラーゲンを作り出す。（Cell Biology of Extrac
ellular Matrix, pp. 255-302に記載のAlexander及びWerb (1991 ) ; Extracell
ular Matrix, pp. 91-119に記載のAdams (1993); Extracellular Matrix pp. 20
1-254に記載のSchuppanら(1993)）｝ ＜TIMP 1, 2, 3＞ ｛組織の基質金属タンパク分解酵素のインヒビターで、基質
プロテアーゼに結合し、失活させる。（Extracellular Matrix, pp. 201-254に
記載のSchuppanら (1993) ; Extracellular Matrix, pp. 559-580に記載のZvibe
l及びKraft (1993)）｝
血管形成を調節し、基質金属プロテアーゼ（コラゲナーゼ及びゼラチナーゼ）合
成を誘導し、細胞の移動及び増殖を調節し、新生物性黒色腫、繊維症、血管形成
において発現が増加する。（Kamihagiら(1994) Biochem Biophys Res Commun 20
0: 423-8; Laneら (1994) J Cell Biol 125: 929-43; Inagakiら (1996) Life S
ci 58: 927-34; Leddaら (1997) J Invest Dermatol 108: 210-4; Shankavaram
ら (1997) J Cell Physiol 173: 327-34）｝ ＜C/DSPG＞ ｛コンドロイチン／デルマタン硫酸プロテオグリカン；主要な細胞
外基質プロテオグリカンであり、細胞の増殖、接着、及び遊走を調節する。（Da
rnellら (1990) Molecular Cell Biology, Scientific American Press, New Yo
rk NY; Cell Biology of Extracellular Matrix, Plenum, New York NY, pp. 30
5-341に記載のToole (1991); Beckら (1993) Biochem Biophys Res Commun 190:
616-23）｝ ＜コラーゲン（collagens）＞ ｛繊維性構造タンパク質のファミリー（I型、II
型、III型、IV型コラーゲン等）で、細胞外基質において最も豊富な構造の成分
であり、プロコラーゲンとして分泌され、MMPsによってコラーゲンに変換される
。（Cell Biology of Extracellular Matrix, pp. 255-302に記載のAlexander及
びWerb (1991); Extracellular Matrix, Marcel Dekker, New York, NY pp. 91-
119に記載のAdams (1993) ; Extracellular Matrix, pp. 201-254に記載のSchup
panら (1993)）｝ ＜CTGF＞ ｛結合組織成長因子であり、基質の合成及び繊維形成の誘導を媒介す
る。（Grotendorst (1997) Cytokine Growth Factor Rev 8:171-9; Oemar及びLu
scher (1997) Arterioscler Thromb Vasc Biol 17:1483-9; Itoら(1998) Kidney
Int 53:853-61）｝ ＜フィブリリン（fibrillin）＞ ｛細胞外のミクロフィブリル（基質の弾性の
ネットワーク）の主要成分であり、全身の結合組織に存在する。（Kieity及びSh
uttleworth (1995) Int J Blochem Cell Biol 27:747-60; Haynesら (1997) Br
J Dermatol 137:17-23; Hayward及びBrock (1997) Hum Mutat 10:415-23）｝ ＜フィブロネクチン（fibronectins）＞ ｛細胞外基質の糖タンパク質のファミ
リーで、細胞を基質に固定し、基質タンパク質を細胞表面受容体に結合させる。
｝ ＜fibr-r＞ ｛フィブロネクチン受容体：フィブロネクチン受容体は、細胞の接
着及び遊走を調節する。（Darnellら(1990) Molecular Cell Biology, Scientif
ic American Press, New York NY; Ruoslahti (1991) Cell Biology of Extrace
llular Matrix, pp. 343-363; Yamada ( 1991 ) Cell Biology of Extracellula
r Matrix, pp. 111 - 146 ）｝ ＜フィブリン１（fiblin 1）＞ ｛フィブロネクチン結合細胞外基質タンパク質
で、フィブリノーゲンの架橋を介した血小板の接着を媒介し、基質金属タンパク
質分解酵素によって切断され、乳癌及び卵巣癌の細胞の運動性を阻害する。（Ar
gravesら (1990) J Cell Biol 111:3155-64; Sasakiら (1996) Eur J Blochem 2
40:427-34; Hayashidoら (1998) Int J Cancer 75:654-8）｝ ＜HSPG＞ ｛ヘパラン硫酸プロテオグリカン；多くの種類の細胞の細胞表面上で
見出される細胞外基質プロテオグリカンで、細胞外基質との細胞の相互作用を調
節し、基質内のコラーゲン及びフィブロネクチンに結合し、細胞の増殖、接着、
及び遊走を調節する。（Darnellら (1990); Cell Biology of Extracellular Ma
trix, pp. 305-341に記載のToole (1991 ); Extracellular Matrix, pp. 201-25
4に記載のSchuppanら (1993) ）｝ ＜hevin＞ ｛細胞外基質タンパク質、BM-40に対するホモログで、細胞の接着及
び遊走を調節し、転移性前立腺癌、肺癌においてダウンレギュレートされる。（
Girard及びSpringer (1996) J Biol Chem 271:4511-7; Bendikら Cancer Res 58
:232-6）｝ ＜IGF 1＞ ｛インスリン様成長因子であり、基質のホメオスタシス及び再構築
を調節し、癌細胞の凝集、成長、及び生存を調節する。（Astonら (1995) Am J
Respir Crit Care Med 151:1597-603; Bitar及びLabbad (1996) J Surg Res 61:
113-9; Guvakova及びSurmacz (1997) Exp Cell Res 231:149-62; Sunicら (1998
) Endocrinology 139:2356-62）｝ ＜IGFBP＞ ｛インスリン様成長因子結合タンパク質であり、IGF-1の生物学的利
用能を調節（IGF-1にその受容体より強く結合する）し、基質金属プロテアーゼ
によって分解される。（Kieferら (1991 ) Blochem Biophys Res Commun 176:21
9-25; Fowikesら (1995) Prog Growth Factor Res 6:255-63; Parkerら (1996)
J Biol Chem 271:13523-9）｝ ＜ラミニン（laminin）＞ ｛基底層における主要タンパク質で、コラーゲン、H
SPG、及びエンタクチンと共に、コラーゲン、HSGP、及びへパリンに結合するこ
とによって細胞を基質に固定し、ラミニン及びコラーゲンは、MMPの主要な標的
であり、細胞の接着、遊走、成長、及び分化を調節する。（Extracellular Matr
ix, pp. 49-66に記載のYamadaら (1993) ; Giannelliら (1997) Science 277:22
5-8; Quaranta及びPlopper (1997) Kidney Int 51: 1441-6; Soiniら (1997) Hu
m Pathol 28:220-6）｝ ＜ルミカン（lumican）＞ ｛細胞外プロテオグリカンで、細胞外基質において
膠原細線維を編成する。（Douradoら (1996) Osteoarthritis Cartilage 4:187-
96; Scott (1996) Bio-chemistry 35:8795-9; Cs-Szaboら (1997) Arthritis Rh
eum 40:1037-45）｝ ＜MGP＞ ｛基質Glaタンパク質：軟骨の石灰化を調節し、骨芽細胞活性のマーカ
ーとなる。（Shanabanら (1994) J Clin Invest 93:2393-402; Luoら (1997) Na
ture 386:78-81; Martinettiら (1997) Turnour Biol 18:197-205）｝ ＜MMP＞ ｛基質金属プロテアーゼ（コラゲナーゼを含む）のファミリーであり
、プロコラーゲンを切断してコラーゲンを作り出す。（Cell Biology of Extrac
ellular Matrix, pp. 255-302に記載のAlexander及びWerb (1991 ) ; Extracell
ular Matrix, pp. 91-119に記載のAdams (1993); Extracellular Matrix pp. 20
1-254に記載のSchuppanら(1993)）｝ ＜TIMP 1, 2, 3＞ ｛組織の基質金属タンパク分解酵素のインヒビターで、基質
プロテアーゼに結合し、失活させる。（Extracellular Matrix, pp. 201-254に
記載のSchuppanら (1993) ; Extracellular Matrix, pp. 559-580に記載のZvibe
l及びKraft (1993)）｝
【００８６】 ２１種類の既知の遺伝子相互の同時発現は、表４に示されている。表４の数値
は、２種類の遺伝子の相互発現に対するｐ値の負の対数（−ｌｏｇｐ）である。
表に示すように、この方法で、既知の遺伝子間での強い関連性が特定されており
、このことは、本発明の同時発現解析方法が、基質再構築と強い関連性を有する
遺伝子の特定において有効であることを示している。
は、２種類の遺伝子の相互発現に対するｐ値の負の対数（−ｌｏｇｐ）である。
表に示すように、この方法で、既知の遺伝子間での強い関連性が特定されており
、このことは、本発明の同時発現解析方法が、基質再構築と強い関連性を有する
遺伝子の特定において有効であることを示している。
【００８７】
【表４】
【００８８】 ５ 基質再構築に関連する新規な遺伝子 同時発現解析を用いて、総数４１４１９種の組み立てられた遺伝子配列のなか
から、既知の基質再構築遺伝子と強い関連性を有する２０種類の新規な遺伝子を
特定した。関連性の程度は確率値（ｐ値）によって測定し、0.00001未満のｐ値
は切り捨てた。次に、確率試験を通った遺伝子が既知の基質再構築遺伝子と強い
関連性を有することを確実にするために、注釈及び文献検索を行った。このプロ
セスは、初めの４１４１９種類の遺伝子が最終的に２０種類の基質再構築遺伝子
となるまで反復した。２０種の新規な基質再構築遺伝子の同時発現パターンの詳
細は、表５に示されている。
から、既知の基質再構築遺伝子と強い関連性を有する２０種類の新規な遺伝子を
特定した。関連性の程度は確率値（ｐ値）によって測定し、0.00001未満のｐ値
は切り捨てた。次に、確率試験を通った遺伝子が既知の基質再構築遺伝子と強い
関連性を有することを確実にするために、注釈及び文献検索を行った。このプロ
セスは、初めの４１４１９種類の遺伝子が最終的に２０種類の基質再構築遺伝子
となるまで反復した。２０種の新規な基質再構築遺伝子の同時発現パターンの詳
細は、表５に示されている。
【００８９】 ２０種の新規な遺伝子のそれぞれは、２１種の既知の遺伝子の少なくとも２種
類と１０-7未満のｐ値で同時発現した。この同時発現の結果を表５に示す。特定
された新規な遺伝子を、実施例６に示すインサイト社クローン番号（Clone）、
及び既知の遺伝子の略称（Gene）によって表に示してある。
類と１０-7未満のｐ値で同時発現した。この同時発現の結果を表５に示す。特定
された新規な遺伝子を、実施例６に示すインサイト社クローン番号（Clone）、
及び既知の遺伝子の略称（Gene）によって表に示してある。
【００９０】
【表５】
【００９１】 ６ 基質再構築に関連する新規な遺伝子 この２０種の新規な遺伝子は、表５に示すデータから、基質再構築と関連を有
するものとして特定された。
するものとして特定された。
【００９２】 本発明の配列番号：１〜配列番号：２０のコンセンサス配列を有するヌクレオ
チド配列は、それぞれインサイト社クローンNo. 606132、627722、639644、1362
659、1446685、1556751、1656953、1662318、1996726、2137155、2268890、2305
981、2457612、2814981、3089150、3206667、3284695、3481610、3722004、及び
3948614から初めに特定され、実施例３に従って組み立てられたものである。実
施例７に従って配列番号：１〜配列番号：２０についてBLAST及び他のモチーフ
検索を行った。配列番号：１〜配列番号：２０の配列を翻訳し、既知の配列との
配列同一性を調べた。本発明の配列番号：２１、配列番号：２２、及び配列番号
：２３のコンセンサス配列を有するポリペプチド配列は、それぞれ配列番号：２
、配列番号：６、及び配列番号：１１によってコードされたものである。配列番
号：２１〜配列番号：２３は、実施例７に記載のようにBLAST及び他のモチーフ
検索ツールを用いて解析した。
チド配列は、それぞれインサイト社クローンNo. 606132、627722、639644、1362
659、1446685、1556751、1656953、1662318、1996726、2137155、2268890、2305
981、2457612、2814981、3089150、3206667、3284695、3481610、3722004、及び
3948614から初めに特定され、実施例３に従って組み立てられたものである。実
施例７に従って配列番号：１〜配列番号：２０についてBLAST及び他のモチーフ
検索を行った。配列番号：１〜配列番号：２０の配列を翻訳し、既知の配列との
配列同一性を調べた。本発明の配列番号：２１、配列番号：２２、及び配列番号
：２３のコンセンサス配列を有するポリペプチド配列は、それぞれ配列番号：２
、配列番号：６、及び配列番号：１１によってコードされたものである。配列番
号：２１〜配列番号：２３は、実施例７に記載のようにBLAST及び他のモチーフ
検索ツールを用いて解析した。
【００９３】 配列番号：３は２９８７個の残基からなる長さを有し、概ねヌクレオチド（２
１１７番）〜ヌクレオチド（２９１４番）にわたって、ヒトｃＡＭＰ依存性プロ
テインキナーゼ、RIIβ（WO 88/03164）の調節性サブユニットをコードするｃＤ
ＮＡと約５９％の配列同一性を示す。配列番号：８は３０１７個のヌクレオチド
からなる長さを有し、概ねヌクレオチド（１番）〜ヌクレオチド（１２６０番）
及びヌクレオチド（１９２５番）〜ヌクレオチド（１９８５番）にわたって、ヒ
トHpast ｍＲＮＡ（g2529706）、即ち多発性内分泌新生物１型と関連する遺伝子
と約７４％の配列同一性を示す。配列番号：９は１７３５個のヌクレオチドから
なる長さを有し、概ねヌクレオチド（５番）〜概ねヌクレオチド（１５３４番）
にわたって、細胞間接着を促進することによって神経系の発達において重要な役
割を果たすヒト神経細胞接着分子（WO 96/04396）と約２５％の配列同一性を示
す。配列番号：１４は２０４０個のヌクレオチドからなる長さを有し、概ねヌク
レオチド（１番）〜ヌクレオチド（１０２３番）にわたって、インスリン様成長
因子結合タンパク質に特異的なセリンプロテアーゼのヒトｍＲＮＡ（g1621243）
と約６０％〜７０％の配列同一性を示す。配列番号：１４の概ねヌクレオチド（
３番）〜ヌクレオチド（１０４３番）によってコードされるアミノ酸配列は、様
々な疾病の処置及び予防のため及び避妊薬として有用な骨芽細胞様細胞由来タン
パク質（J09107980）と約６１％の配列同一性を示す。配列番号：１５は２１２
１個のヌクレオチドからなる長さを有し、ADAM（ディスインテグリン及び金属タ
ンパク質分解酵素）ファミリーのメンバーである、マウス遺伝子のADAMT-1（g28
09056）と６０〜８０％の配列同一性を示す。ADAMT-1は、トロンボスポンジン（
ＴＳＰ）１型モチーフを含むことが分かっており、ADAMT-1の発現は炎症プロセ
スと強い関連性を有する（Kunoら (1997) Genomics 46:466-471）。配列番号：
１６は、２９００個のヌクレオチドからなる長さを有し、マウスホメオボックス
（Pmx）ｍＲＮＡ（g460124）と約７０％の配列同一性を示す。ホメオボックス遺
伝子は非常に特異的な一時的及び空間的パターンで発現され、発達プロセスの転
写調節因子としての役目を果たす（Kernら (1994) Genomics 19:334-340）。
１１７番）〜ヌクレオチド（２９１４番）にわたって、ヒトｃＡＭＰ依存性プロ
テインキナーゼ、RIIβ（WO 88/03164）の調節性サブユニットをコードするｃＤ
ＮＡと約５９％の配列同一性を示す。配列番号：８は３０１７個のヌクレオチド
からなる長さを有し、概ねヌクレオチド（１番）〜ヌクレオチド（１２６０番）
及びヌクレオチド（１９２５番）〜ヌクレオチド（１９８５番）にわたって、ヒ
トHpast ｍＲＮＡ（g2529706）、即ち多発性内分泌新生物１型と関連する遺伝子
と約７４％の配列同一性を示す。配列番号：９は１７３５個のヌクレオチドから
なる長さを有し、概ねヌクレオチド（５番）〜概ねヌクレオチド（１５３４番）
にわたって、細胞間接着を促進することによって神経系の発達において重要な役
割を果たすヒト神経細胞接着分子（WO 96/04396）と約２５％の配列同一性を示
す。配列番号：１４は２０４０個のヌクレオチドからなる長さを有し、概ねヌク
レオチド（１番）〜ヌクレオチド（１０２３番）にわたって、インスリン様成長
因子結合タンパク質に特異的なセリンプロテアーゼのヒトｍＲＮＡ（g1621243）
と約６０％〜７０％の配列同一性を示す。配列番号：１４の概ねヌクレオチド（
３番）〜ヌクレオチド（１０４３番）によってコードされるアミノ酸配列は、様
々な疾病の処置及び予防のため及び避妊薬として有用な骨芽細胞様細胞由来タン
パク質（J09107980）と約６１％の配列同一性を示す。配列番号：１５は２１２
１個のヌクレオチドからなる長さを有し、ADAM（ディスインテグリン及び金属タ
ンパク質分解酵素）ファミリーのメンバーである、マウス遺伝子のADAMT-1（g28
09056）と６０〜８０％の配列同一性を示す。ADAMT-1は、トロンボスポンジン（
ＴＳＰ）１型モチーフを含むことが分かっており、ADAMT-1の発現は炎症プロセ
スと強い関連性を有する（Kunoら (1997) Genomics 46:466-471）。配列番号：
１６は、２９００個のヌクレオチドからなる長さを有し、マウスホメオボックス
（Pmx）ｍＲＮＡ（g460124）と約７０％の配列同一性を示す。ホメオボックス遺
伝子は非常に特異的な一時的及び空間的パターンで発現され、発達プロセスの転
写調節因子としての役目を果たす（Kernら (1994) Genomics 19:334-340）。
【００９４】 配列番号：２１は、５５１個のアミノ酸からなる長さを有し、概ねアミノ酸残
基（１０番）〜アミノ酸残基（２７８番）に渡って、PALM（g3219602）、即ちヒ
トパラレミンと約３７％の配列同一性を示す。パラレミンは、膜結合型で、脳に
おいて豊富に発現され、腎臓及び内分泌細胞において中程度に発現される。加え
て、配列番号：２１の残基（４１８番）〜残基（４３４番）を含む配列は、ヒト
の脳から単離された７回膜貫通型受容体LCR1の構造的フィンガープリント領域の
１つに類似している（Rimlandら (1991) Mol Pharmacoi 40:869-875）。また配
列番号：２１は、Ｌ（５４６番）に１箇所のアミド化可能部位を、Ｎ（２２３番
）、Ｎ（２２９番）、及びＮ（４０８番）に３箇所のＮグリコシル化可能部位を
、Ｓ（４８６番）に１箇所のｃＡＭＰ及びｃＧＭＰ依存性プロテインキナーゼリ
ン酸化可能部位を、Ｓ（５７番）、Ｓ（１００番）、Ｔ（１０１番）、Ｔ（１１
６番）、Ｓ（１３５番）、Ｓ（２５３番）、Ｔ（３４９番）、Ｓ（３７０番）、
Ｔ（３８７番）、Ｓ（４２６番）、Ｔ（４３４番）、Ｓ（４８９番）、Ｓ（５０
５番）、Ｓ（５２０番）、及びＴ（５２６番）に１５箇所のカゼインキナーゼＩ
Ｉリン酸化可能部位を、Ｇ（５４番）に１箇所のＮミリストイル化可能部位を、
及びＴ（１５番）、Ｓ（２５番）、Ｓ（５７番）、Ｓ（１００番）、Ｓ（１２３
番）、Ｓ（２４７番）、Ｓ（３６４番）、Ｓ（３７０番）、及びＳ（５０５番）
に９箇所のプロテインキナーゼＣリン酸化可能部位を有する。配列番号：２２は
９９個のアミノ酸残基からなる長さを有する。配列番号：２２の概ねアミノ酸残
基（７１番）〜アミノ酸残基（８１番）の配列は、視覚を媒介するＧタンパク質
共役受容体のファミリーであるRH1及びRH2オプシンのフィンガープリント領域の
１つに類似している（Zukerら (1985) Cell 40:851-858; Cowmanら (1986) Cell
44:705-710）。また、配列番号：２２は、Ｇ（２４番）に１箇所のＮミリスト
イル化可能部位を、Ｓ（１３番）及びＳ（８９番）に２箇所のプロテインキナー
ゼＣリン酸化可能部位を有する。配列番号：２３は４９３個のアミノ酸残基から
なる長さを有し、概ねアミノ酸残基（２７７番）〜アミノ酸残基（４８７番）に
わたって、ヒト角膜由来のアンギオポイエチン様因子、CDT6（g2765527）と約４
４％の配列同一性を示す。アンギオポイエチン１及びアンギオポイエチン２は、
それぞれ、胎仔の発達、腫瘍の成長、及び腫瘍の転移の時の血管形成において重
要な受容体であるTIE2に対する天然のリガンド及び天然のインヒビターとしての
役目を果たす。配列番号：２３のアミノ酸残基（１０５番）〜アミノ酸残基（３
４３番）、（３４６番）〜（３５５番）、（３６５番）〜（４０２番）、（４１
１番）〜（４２４番）、及び（４２８番）〜（４５８番）を含む配列は、BLOCKS
解析によれば、フィブリノーゲンβ及びγ鎖のカルボキシ末端ドメインシグネチ
ャ（signature）に類似している。また配列番号：２３は、HMMをベースにしたシ
グナルペプチド解析ツールを用いて解析すると、アミノ酸残基Ｍ（１番）〜Ｇ（
２２番）を含む１個のシグナルペプチド可能領域を示す。加えて、配列番号：２
３は、Ｎ（１６４番）及びＮ（１９２番）に２箇所のＮグリコシル化可能部位を
、Ｓ（１２７番）に１箇所のｃＡＭＰ及びｃＧＭＰ依存性プロテインキナーゼリ
ン酸化可能部位を、Ｓ（３４番）、Ｓ（２０９番）、Ｔ（２３８番）、Ｔ（２６
６番）、Ｔ（３６８番）、及びＴ（４１７番）に６箇所のカゼインキナーゼＩＩ
リン酸化可能部位を、Ｇ（１２番）、Ｇ（１８番）、Ｇ（２２番）、及びＧ（２
９番）に４箇所のＮミリストイル化可能部位を、Ｓ（３４番）、Ｓ（２０９番）
、Ｔ（２６８番）、Ｔ（２９９番）、Ｔ（３３５番）、Ｓ（３７３番）、Ｓ（３
８３番）、及びＳ（４７７番）に８箇所のプロテインキナーゼＣリン酸化可能部
位を、Ｙ（１８３番）、Ｙ（３９２番）、及びＹ（４６７番）に３箇所のチロシ
ンキナーゼリン酸化可能部位を有する。
基（１０番）〜アミノ酸残基（２７８番）に渡って、PALM（g3219602）、即ちヒ
トパラレミンと約３７％の配列同一性を示す。パラレミンは、膜結合型で、脳に
おいて豊富に発現され、腎臓及び内分泌細胞において中程度に発現される。加え
て、配列番号：２１の残基（４１８番）〜残基（４３４番）を含む配列は、ヒト
の脳から単離された７回膜貫通型受容体LCR1の構造的フィンガープリント領域の
１つに類似している（Rimlandら (1991) Mol Pharmacoi 40:869-875）。また配
列番号：２１は、Ｌ（５４６番）に１箇所のアミド化可能部位を、Ｎ（２２３番
）、Ｎ（２２９番）、及びＮ（４０８番）に３箇所のＮグリコシル化可能部位を
、Ｓ（４８６番）に１箇所のｃＡＭＰ及びｃＧＭＰ依存性プロテインキナーゼリ
ン酸化可能部位を、Ｓ（５７番）、Ｓ（１００番）、Ｔ（１０１番）、Ｔ（１１
６番）、Ｓ（１３５番）、Ｓ（２５３番）、Ｔ（３４９番）、Ｓ（３７０番）、
Ｔ（３８７番）、Ｓ（４２６番）、Ｔ（４３４番）、Ｓ（４８９番）、Ｓ（５０
５番）、Ｓ（５２０番）、及びＴ（５２６番）に１５箇所のカゼインキナーゼＩ
Ｉリン酸化可能部位を、Ｇ（５４番）に１箇所のＮミリストイル化可能部位を、
及びＴ（１５番）、Ｓ（２５番）、Ｓ（５７番）、Ｓ（１００番）、Ｓ（１２３
番）、Ｓ（２４７番）、Ｓ（３６４番）、Ｓ（３７０番）、及びＳ（５０５番）
に９箇所のプロテインキナーゼＣリン酸化可能部位を有する。配列番号：２２は
９９個のアミノ酸残基からなる長さを有する。配列番号：２２の概ねアミノ酸残
基（７１番）〜アミノ酸残基（８１番）の配列は、視覚を媒介するＧタンパク質
共役受容体のファミリーであるRH1及びRH2オプシンのフィンガープリント領域の
１つに類似している（Zukerら (1985) Cell 40:851-858; Cowmanら (1986) Cell
44:705-710）。また、配列番号：２２は、Ｇ（２４番）に１箇所のＮミリスト
イル化可能部位を、Ｓ（１３番）及びＳ（８９番）に２箇所のプロテインキナー
ゼＣリン酸化可能部位を有する。配列番号：２３は４９３個のアミノ酸残基から
なる長さを有し、概ねアミノ酸残基（２７７番）〜アミノ酸残基（４８７番）に
わたって、ヒト角膜由来のアンギオポイエチン様因子、CDT6（g2765527）と約４
４％の配列同一性を示す。アンギオポイエチン１及びアンギオポイエチン２は、
それぞれ、胎仔の発達、腫瘍の成長、及び腫瘍の転移の時の血管形成において重
要な受容体であるTIE2に対する天然のリガンド及び天然のインヒビターとしての
役目を果たす。配列番号：２３のアミノ酸残基（１０５番）〜アミノ酸残基（３
４３番）、（３４６番）〜（３５５番）、（３６５番）〜（４０２番）、（４１
１番）〜（４２４番）、及び（４２８番）〜（４５８番）を含む配列は、BLOCKS
解析によれば、フィブリノーゲンβ及びγ鎖のカルボキシ末端ドメインシグネチ
ャ（signature）に類似している。また配列番号：２３は、HMMをベースにしたシ
グナルペプチド解析ツールを用いて解析すると、アミノ酸残基Ｍ（１番）〜Ｇ（
２２番）を含む１個のシグナルペプチド可能領域を示す。加えて、配列番号：２
３は、Ｎ（１６４番）及びＮ（１９２番）に２箇所のＮグリコシル化可能部位を
、Ｓ（１２７番）に１箇所のｃＡＭＰ及びｃＧＭＰ依存性プロテインキナーゼリ
ン酸化可能部位を、Ｓ（３４番）、Ｓ（２０９番）、Ｔ（２３８番）、Ｔ（２６
６番）、Ｔ（３６８番）、及びＴ（４１７番）に６箇所のカゼインキナーゼＩＩ
リン酸化可能部位を、Ｇ（１２番）、Ｇ（１８番）、Ｇ（２２番）、及びＧ（２
９番）に４箇所のＮミリストイル化可能部位を、Ｓ（３４番）、Ｓ（２０９番）
、Ｔ（２６８番）、Ｔ（２９９番）、Ｔ（３３５番）、Ｓ（３７３番）、Ｓ（３
８３番）、及びＳ（４７７番）に８箇所のプロテインキナーゼＣリン酸化可能部
位を、Ｙ（１８３番）、Ｙ（３９２番）、及びＹ（４６７番）に３箇所のチロシ
ンキナーゼリン酸化可能部位を有する。
【００９５】 ７ 基質再構築遺伝子及び該遺伝子によってコードされるタンパク質の相同性
検索 ポリヌクレオチド配列の配列番号：１〜配列番号：２０、及びポリペプチド配
列の配列番号：２１〜配列番号：２３を、GenBank及びSwissProtのようなソース
に由来するデータベースに照会した。以前に特定された配列が注釈付きで含めら
れているこれらのデータベースを、Basic Local Alignment Search Tool（BLAST
; Altschui (1990) 前出）及びSmith-Waterman alignment（Smithら (1992) Pro
tein Engineering 5:35-51） を用いて類似な領域を検索した。BLASTは一致を検索し、ヌクレオチド配列につ
いては１０-25未満の確率閾値を満たし、ポリヌクレオチド配列については１０- 8 未満の確率閾値を満たすもののみを報告した。
検索 ポリヌクレオチド配列の配列番号：１〜配列番号：２０、及びポリペプチド配
列の配列番号：２１〜配列番号：２３を、GenBank及びSwissProtのようなソース
に由来するデータベースに照会した。以前に特定された配列が注釈付きで含めら
れているこれらのデータベースを、Basic Local Alignment Search Tool（BLAST
; Altschui (1990) 前出）及びSmith-Waterman alignment（Smithら (1992) Pro
tein Engineering 5:35-51） を用いて類似な領域を検索した。BLASTは一致を検索し、ヌクレオチド配列につ
いては１０-25未満の確率閾値を満たし、ポリヌクレオチド配列については１０- 8 未満の確率閾値を満たすもののみを報告した。
【００９６】 またMOTIFS、SPSCAN、BLIMPS、及び隠れマルコフモデル（HMM）をベースにし
たプロトコルを用いて前記ポリヌクレオチド配列を既知のモチーフパターンにつ
いて解析した。MOTIFS（Genetics Computer Group, Madison WI）は、Prosite D
ictionary of Protein Sites and Patterns（Bairochら, 前出）にクレームされ
ている配列と一致するポリペプチド配列のパターンを検索し、見出されたパター
ンを、その対応する文献の要約と共に表示する。SPSCAN（Genetics Computer Gr
ou）は、加重行列法（weighted matrix method）を用いてシグナルペプチド配列
である可能性のあるものを検索する（Nielsenら (1997) Prot Eng 10:1-6）。５
以上のスコアを有するヒットを考慮した。BLIMPSは加重行列解析アルゴリズムを
用いて、ポリペプチド配列と、PROSITEデータベースからコンパイルされた３〜
６０アミノ酸からなる長さの短いアミノ酸セグメント又はブロックからなるデー
タベースであるBLOCKS（Henikoffら 前出; Bairochら 前出）に含められた配列
及びSwissProt、GenBank、PIR、及びNRL-3Dのようなソースから得られた非冗長
配列に基づくタンパク質フィンガープリントデータベースであるPRINTS（Artwoo
dら(1997) J Chem Inf Cornput Sci 37:417-424）における配列との配列類似性
を検索する。本発明の目的のため、BLIMPS検索では、カットオフスコアが１００
０以上で、且つカットオフ確率値が１．０×１０-3である一致を報告した。HMM
をベースにしたプロトコルは、確率法に基づいており、タンパク質配列における
遺伝子ファミリーの共通一次構造を検索した（Eddy, 前出; Sonnhammer, 前出）
。本発明において使用するため、カットオフスコアが１０〜５００ビットである
５００以上の既知のタンパク質ファミリーを選択した。
たプロトコルを用いて前記ポリヌクレオチド配列を既知のモチーフパターンにつ
いて解析した。MOTIFS（Genetics Computer Group, Madison WI）は、Prosite D
ictionary of Protein Sites and Patterns（Bairochら, 前出）にクレームされ
ている配列と一致するポリペプチド配列のパターンを検索し、見出されたパター
ンを、その対応する文献の要約と共に表示する。SPSCAN（Genetics Computer Gr
ou）は、加重行列法（weighted matrix method）を用いてシグナルペプチド配列
である可能性のあるものを検索する（Nielsenら (1997) Prot Eng 10:1-6）。５
以上のスコアを有するヒットを考慮した。BLIMPSは加重行列解析アルゴリズムを
用いて、ポリペプチド配列と、PROSITEデータベースからコンパイルされた３〜
６０アミノ酸からなる長さの短いアミノ酸セグメント又はブロックからなるデー
タベースであるBLOCKS（Henikoffら 前出; Bairochら 前出）に含められた配列
及びSwissProt、GenBank、PIR、及びNRL-3Dのようなソースから得られた非冗長
配列に基づくタンパク質フィンガープリントデータベースであるPRINTS（Artwoo
dら(1997) J Chem Inf Cornput Sci 37:417-424）における配列との配列類似性
を検索する。本発明の目的のため、BLIMPS検索では、カットオフスコアが１００
０以上で、且つカットオフ確率値が１．０×１０-3である一致を報告した。HMM
をベースにしたプロトコルは、確率法に基づいており、タンパク質配列における
遺伝子ファミリーの共通一次構造を検索した（Eddy, 前出; Sonnhammer, 前出）
。本発明において使用するため、カットオフスコアが１０〜５００ビットである
５００以上の既知のタンパク質ファミリーを選択した。
【００９７】 ８ 各ハイブリダイゼーションプローブの標識及び使用 オリゴヌクレオチドを、例えばOLIGO 4.06ソフトウェア（National Bioscienc
es）のような最新式のソフトウェアを用いて設計し、各オリゴマーの50pmolを、
250μCiの[γ-32p]アデノシン三リン酸（Amersham Pharmacia Biotech）、及びT
4ポリヌクレオチドキナーゼ（NEN Life Science Products, Boston MA）と結合
することによって標識する。標識したオリゴヌクレオチドは、SEPHADEX G-25超
精細樹脂カラム（Amersham Pharmacia Biotech）を用いて実質的に精製する。１
分当たり１０7カウントの標識したプローブを含むアリコットを、エンドヌクレ
アーゼ：Ase I、Bgl II、Eco RI、Pst I、Xba 1、又はPvu II（NEN Life Scienc
e Products）の１つで消化したヒトゲノムＤＮＡの膜をベースにした通常のハイ
ブリダイゼーション解析において用いる。
es）のような最新式のソフトウェアを用いて設計し、各オリゴマーの50pmolを、
250μCiの[γ-32p]アデノシン三リン酸（Amersham Pharmacia Biotech）、及びT
4ポリヌクレオチドキナーゼ（NEN Life Science Products, Boston MA）と結合
することによって標識する。標識したオリゴヌクレオチドは、SEPHADEX G-25超
精細樹脂カラム（Amersham Pharmacia Biotech）を用いて実質的に精製する。１
分当たり１０7カウントの標識したプローブを含むアリコットを、エンドヌクレ
アーゼ：Ase I、Bgl II、Eco RI、Pst I、Xba 1、又はPvu II（NEN Life Scienc
e Products）の１つで消化したヒトゲノムＤＮＡの膜をベースにした通常のハイ
ブリダイゼーション解析において用いる。
【００９８】 各消化物からのＤＮＡを、0.7％アガロースゲル上で分画化し、ナイロン製の
メンブラン（NYTRAN PLUS, Schleicher & Schuell, Durham NH）にトランスファ
ーする。ハイブリダイゼーションは、以下のような条件、即ち60℃の5x SCC/0.1
% SDSで約6時間かけて行い、次に洗浄を行うが、この洗浄は初めに45℃の1x SCC
/0.1% SDSで、次に0.1 x SCCのバッファーを用いてより高いレベルのストリンジ
ェントな条件で行う。ブロットをXOMAT ARフィルム（Eastman Kodak, Rochester NY）に数時間露光した後、ハイブリダイゼーションパターンを比較する。
メンブラン（NYTRAN PLUS, Schleicher & Schuell, Durham NH）にトランスファ
ーする。ハイブリダイゼーションは、以下のような条件、即ち60℃の5x SCC/0.1
% SDSで約6時間かけて行い、次に洗浄を行うが、この洗浄は初めに45℃の1x SCC
/0.1% SDSで、次に0.1 x SCCのバッファーを用いてより高いレベルのストリンジ
ェントな条件で行う。ブロットをXOMAT ARフィルム（Eastman Kodak, Rochester NY）に数時間露光した後、ハイブリダイゼーションパターンを比較する。
【００９９】 ９ 特異的抗体の産生 ポリアクリルアミドゲル電気泳動法（Harrington (1990) Methods Enzymol 18
2:488-495）又は他の精製技術を用いて実質的に精製した配列番号：２０、配列
番号：２１、又は配列番号：２３を用いて、ウサギを免疫化し、標準的なプロト
コルを用いて抗体を作り出す。
2:488-495）又は他の精製技術を用いて実質的に精製した配列番号：２０、配列
番号：２１、又は配列番号：２３を用いて、ウサギを免疫化し、標準的なプロト
コルを用いて抗体を作り出す。
【０１００】 或いは、LASERGENE（DNASTAR, Madison WI）を用いてアミノ酸配列を解析して
免疫原性の高い領域を決定し、且つ対応するオリゴペプチドを合成し、それを用
いて当業者に周知の方法により抗体を作り出す。例えばＣ末端近傍のものや疎水
性領域におけるもののような適切なエピトープの選択のための方法は、当分野に
おいて周知である。一般的には、長さが１５残基のオリゴペプチドを、ABI 431A
ペプチド合成機（PE Biosystems）を用いてFmoc法のケミストリにより合成し、
Ｎ−マレイミドベンゾイル−Ｎ−ヒドロキシスクシンイミドエステルと反応させ
ることによりキーホールリンペットヘモシアニン（ＫＬＨ）（Sigma-Aldrich, S
t. Louis MO）と結合して免疫原性を高める。フロイントの完全アジュバント中
のオリゴペプチド−ＫＬＨ複合体を用いてウサギを免疫化する。得られた抗血清
の抗ペプチド活性を試験するには、例えばペプチドをプラスチックに結合し、１
％ＢＳＡでブロックし、ウサギ抗血清と反応させて洗浄し、更に放射性ヨウ素で
標識したヤギ抗ウサギＩｇＧと反応させる。
免疫原性の高い領域を決定し、且つ対応するオリゴペプチドを合成し、それを用
いて当業者に周知の方法により抗体を作り出す。例えばＣ末端近傍のものや疎水
性領域におけるもののような適切なエピトープの選択のための方法は、当分野に
おいて周知である。一般的には、長さが１５残基のオリゴペプチドを、ABI 431A
ペプチド合成機（PE Biosystems）を用いてFmoc法のケミストリにより合成し、
Ｎ−マレイミドベンゾイル−Ｎ−ヒドロキシスクシンイミドエステルと反応させ
ることによりキーホールリンペットヘモシアニン（ＫＬＨ）（Sigma-Aldrich, S
t. Louis MO）と結合して免疫原性を高める。フロイントの完全アジュバント中
のオリゴペプチド−ＫＬＨ複合体を用いてウサギを免疫化する。得られた抗血清
の抗ペプチド活性を試験するには、例えばペプチドをプラスチックに結合し、１
％ＢＳＡでブロックし、ウサギ抗血清と反応させて洗浄し、更に放射性ヨウ素で
標識したヤギ抗ウサギＩｇＧと反応させる。
【０１０１】 （配列表の簡単な説明） 添付の配列表には、ポリヌクレオチド配列の配列番号：１〜配列番号：２０、
及びポリペプチド配列の配列番号：２１〜配列番号：２３を含む基質再構築関連
配列の例が示されている。各配列は、配列番号、及びその配列が初めに特定され
たインサイト社クローンの番号によって特定される。
及びポリペプチド配列の配列番号：２１〜配列番号：２３を含む基質再構築関連
配列の例が示されている。各配列は、配列番号、及びその配列が初めに特定され
たインサイト社クローンの番号によって特定される。
【配列表】
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.7 識別記号 ＦＩ テーマコート゛(参考） Ａ６１Ｐ 1/04 Ａ６１Ｐ 19/02 ４Ｃ０８６ 3/10 35/00 ４Ｃ０８７ 9/10 Ｃ０７Ｋ 14/47 ４Ｈ０４５ 17/02 16/18 19/02 Ｃ１２Ｎ 1/15 35/00 1/19 Ｃ０７Ｋ 14/47 1/21 16/18 Ｃ１２Ｑ 1/68 Ａ Ｃ１２Ｎ 1/15 Ｇ０１Ｎ 33/15 Ｚ 1/19 33/50 Ｚ 1/21 33/53 Ｄ 5/10 Ｍ Ｃ１２Ｑ 1/68 Ａ６１Ｋ 31/711 Ｇ０１Ｎ 33/15 35/76 33/50 Ｃ１２Ｎ 15/00 ＺＮＡＡ 33/53 5/00 Ａ Ａ６１Ｋ 37/02 // Ａ６１Ｋ 31/711 37/26 35/76 37/54 (81)指定国 ＥＰ(ＡＴ，ＢＥ，ＣＨ，ＣＹ， ＤＥ，ＤＫ，ＥＳ，ＦＩ，ＦＲ，ＧＢ，ＧＲ，ＩＥ，Ｉ Ｔ，ＬＵ，ＭＣ，ＮＬ，ＰＴ，ＳＥ)，ＯＡ(ＢＦ，ＢＪ ，ＣＦ，ＣＧ，ＣＩ，ＣＭ，ＧＡ，ＧＮ，ＧＷ，ＭＬ， ＭＲ，ＮＥ，ＳＮ，ＴＤ，ＴＧ)，ＡＰ(ＧＨ，ＧＭ，Ｋ Ｅ，ＬＳ，ＭＷ，ＳＤ，ＳＬ，ＳＺ，ＴＺ，ＵＧ，ＺＷ )，ＥＡ(ＡＭ，ＡＺ，ＢＹ，ＫＧ，ＫＺ，ＭＤ，ＲＵ， ＴＪ，ＴＭ)，ＡＬ，ＡＭ，ＡＴ，ＡＵ，ＡＺ，ＢＡ， ＢＢ，ＢＧ，ＢＲ，ＢＹ，ＣＡ，ＣＨ，ＣＮ，ＣＵ，Ｃ Ｚ，ＤＥ，ＤＫ，ＥＥ，ＥＳ，ＦＩ，ＧＢ，ＧＤ，ＧＥ ，ＧＨ，ＧＭ，ＨＲ，ＨＵ，ＩＤ，ＩＬ，ＩＮ，ＩＳ， ＪＰ，ＫＥ，ＫＧ，ＫＰ，ＫＲ，ＫＺ，ＬＣ，ＬＫ，Ｌ Ｒ，ＬＳ，ＬＴ，ＬＵ，ＬＶ，ＭＤ，ＭＧ，ＭＫ，ＭＮ ，ＭＷ，ＭＸ，ＮＯ，ＮＺ，ＰＬ，ＰＴ，ＲＯ，ＲＵ， ＳＤ，ＳＥ，ＳＧ，ＳＩ，ＳＫ，ＳＬ，ＴＪ，ＴＭ，Ｔ Ｒ，ＴＴ，ＵＡ，ＵＧ，ＵＳ，ＵＺ，ＶＮ，ＹＵ，ＺＷ (72)発明者 フォルクマス、ウェイン アメリカ合衆国カリフォルニア州94025・ メンロパーク・＃１・ローブルアベニュー 783 (72)発明者 クリングラー、トッド・エム アメリカ合衆国カリフォルニア州94070・ サンカルロス・ドーバーコート 28 Ｆターム(参考） 2G045 AA25 AA40 CB01 DA12 DA13 DA14 DA36 DA77 FB02 FB03 4B024 AA01 AA11 BA02 BA03 BA14 BA63 BA80 EA04 GA04 GA07 GA11 HA12 4B063 QA01 QA19 QQ08 QQ43 QR08 QR33 QR42 QR56 QS25 QS34 QX02 QX07 4B065 AA90X AB01 BA01 CA24 CA44 CA46 4C084 AA02 AA13 DB52 DB54 DB58 DB60 DC09 NA14 ZA37 ZA38 ZA45 ZA68 ZA89 ZA96 ZB26 ZC35 4C086 AA02 EA16 NA14 ZA38 ZA45 ZA68 ZA96 ZB26 ZC35 4C087 AA02 BC83 NA14 ZA36 ZA38 ZA45 ZA68 ZA96 ZB26 4H045 AA10 AA11 AA30 CA40 DA75 EA20 EA28 EA50 EA51 FA72 FA74
Claims (12)
- 【請求項１】 複数の生物学的サンプルにおいて１種類又は複数の種類の
既知の基質再構築遺伝子と同時発現される遺伝子を含む、実質的に精製されたポ
リヌクレオチドであって、 前記既知の基質再構築遺伝子のそれぞれが、オステオネクチン（BM-40）、コ
ンドロイチン／デルマタン硫酸プロテオグリカン（C/DSPG）、I型・II型・III型
・IV型コラーゲン、結合組織成長因子（CTGF）、フィブリリン、フィブロネクチ
ン、フィブロネクチン受容体（fibr-r）、フィブリン１、ヘパラン硫酸プロテオ
グリカン（HSPG）、細胞外基質タンパク質（ヘビン（hevin））、インスリン様
成長因子１（IGF1）、インスリン様成長因子結合タンパク質（IGFBP）、ラミニ
ン、ルミカン（lumican）、基質Glaタンパク質（MGP）、基質金属プロテアーゼ
（MMP）、基質金属プロテアーゼの組織インヒビター１、２、及び３（TIMP1、2
、及び3）からなる群から選択されることを特徴とするポリヌクレオチド。 - 【請求項２】 （ａ）配列番号：１〜配列番号：２０からなる群から選択
されたポリヌクレオチド配列； （ｂ）配列番号：２１、配列番号：２２、及び配列番号：２３のポリペプチド
配列をコードするポリヌクレオチド配列； （ｃ）（ａ）又は（ｂ）のポリヌクレオチド配列と少なくとも７０％の同一性
を有するポリヌクレオチド配列； （ｄ）（ａ）、（ｂ）、又は（ｃ）のポリヌクレオチド配列の少なくとも１８
個の連続したヌクレオチドを含むポリヌクレオチド配列； （ｅ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、又は（ｄ）のポリヌクレオチドとストリンジ
ェントな条件の下でハイブリダイズするポリヌクレオチド；及び （ｆ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、又は（ｅ）のポリヌクレオチド配列
に相補的なポリヌクレオチド配列からなる群から選択されたポリヌクレオチド配
列を含むことを特徴とする請求項１に記載のポリヌクレオチド。 - 【請求項３】 複数の生物学的サンプルにおいて１種類又は複数の種類の
既知の基質再構築遺伝子と同時発現される遺伝子の遺伝子産物を含む、実質的に
精製されたポリペプチドであって、 前記既知の基質再構築遺伝子のそれぞれが、オステオネクチン（BM-40）、コ
ンドロイチン／デルマタン硫酸プロテオグリカン（C/DSPG）、I型・II型・III型
・IV型コラーゲン、結合組織成長因子（CTGF）、フィブリリン、フィブロネクチ
ン、フィブロネクチン受容体（fibr-r）、フィブリン１、ヘパラン硫酸プロテオ
グリカン（HSPG）、細胞外基質タンパク質（ヘビン（hevin））、インスリン様
成長因子１（IGF1）、インスリン様成長因子結合タンパク質（IGFBP）、ラミニ
ン、ルミカン（lumican）、基質Glaタンパク質（MGP）、基質金属プロテアーゼ
（MMP）、基質金属プロテアーゼの組織インヒビター１、２、及び３（TIMP1、2
、及び3）からなる群から選択されることを特徴とするポリペプチド。 - 【請求項４】 （ａ）配列番号：２１、配列番号：２２、又は配列番号：
２３のポリペプチド配列； （ｂ）（ａ）のポリペプチド配列と少なくとも８５％の同一性を有するポリペ
プチド配列；及び （ｃ）（ａ）又は（ｂ）のポリペプチド配列の少なくとも６個の連続したアミ
ノ酸を含むポリペプチドからなる群から選択されたポリペプチド配列を含むこと
を特徴とする請求項３に記載のポリペプチド。 - 【請求項５】 請求項２に記載のポリヌクレオチドを含む発現ベクター。
- 【請求項６】 請求項５の発現ベクターを含む宿主細胞。
- 【請求項７】 請求項２のポリヌクレオチド又は請求項３のポリペプチド
を、適切な医薬用担体と共に含む医薬品組成物。 - 【請求項８】 請求項４のポリペプチドに特異的に結合する抗体。
- 【請求項９】 １種類又は複数の種類の既知の基質再構築遺伝子と同時発
現される遺伝子の発現の変化に関連する疾病又は状態の診断方法であって、 前記既知の基質再構築遺伝子のそれぞれが、オステオネクチン（BM-40）、コ
ンドロイチン／デルマタン硫酸プロテオグリカン（C/DSPG）、I型・II型・III型
・IV型コラーゲン、結合組織成長因子（CTGF）、フィブリリン、フィブロネクチ
ン、フィブロネクチン受容体（fibr-r）、フィブリン１、ヘパラン硫酸プロテオ
グリカン（HSPG）、細胞外基質タンパク質（ヘビン（hevin））、インスリン様
成長因子１（IGF1）、インスリン様成長因子結合タンパク質（IGFBP）、ラミニ
ン、ルミカン（lumican）、基質Glaタンパク質（MGP）、基質金属プロテアーゼ
（MMP）、基質金属プロテアーゼの組織インヒビター１、２、及び３（TIMP1、2
、及び3）からなる群から選択されることを特徴とし、 （ａ）前記同時発現される遺伝子の１又は複数含むサンプルを準備する過程と
、 （ｂ）１又は複数のハイブリダイゼーション複合体の形成に効果的な条件の下
で、前記同時発現される遺伝子のポリヌクレオチド同士をハイブリダイズさせる
過程と、 （ｃ）前記ハイブリダイゼーション複合体を検出する過程であって、非疾病サ
ンプル内でのハイブリダイゼーション複合体レベルと比較したときの疾病サンプ
ル内での１又は複数のハイブリダイゼーション複合体のレベルの変化が、前記サ
ンプル内での疾病又は状態の存在と相互関係を有する、該過程とを有することを
特徴とする疾病又は状態の診断方法。 - 【請求項１０】 処置又は予防が必要な患者における１種類又は複数の種
類の既知の基質再構築遺伝子と同時発現される遺伝子の発現の変化に関連する疾
病又は状態を処置又は予防するための方法であって、 前記既知の基質再構築遺伝子のそれぞれが、オステオネクチン（BM-40）、コ
ンドロイチン／デルマタン硫酸プロテオグリカン（C/DSPG）、I型・II型・III型
・IV型コラーゲン、結合組織成長因子（CTGF）、フィブリリン、フィブロネクチ
ン、フィブロネクチン受容体（fibr-r）、フィブリン１、ヘパラン硫酸プロテオ
グリカン（HSPG）、細胞外基質タンパク質（ヘビン（hevin））、インスリン様
成長因子１（IGF1）、インスリン様成長因子結合タンパク質（IGFBP）、ラミニ
ン、ルミカン（lumican）、基質Glaタンパク質（MGP）、基質金属プロテアーゼ
（MMP）、基質金属プロテアーゼの組織インヒビター１、２、及び３（TIMP1、2
、及び3）からなる群から選択されることを特徴とし、 それが必要な患者に、請求項７の医薬品組成物を前記疾病の処置又は予防のた
めに有効な量投与する過程を有することを特徴とする疾病又は状態を処置又は予
防するための方法。 - 【請求項１１】 処置又は予防が必要な患者における１種類又は複数の種
類の既知の基質再構築遺伝子と同時発現される遺伝子の発現の変化に関連する疾
病又は状態を処置又は予防するための方法であって、 前記既知の基質再構築遺伝子のそれぞれが、オステオネクチン（BM-40）、コ
ンドロイチン／デルマタン硫酸プロテオグリカン（C/DSPG）、I型・II型・III型
・IV型コラーゲン、結合組織成長因子（CTGF）、フィブリリン、フィブロネクチ
ン、フィブロネクチン受容体（fibr-r）、フィブリン１、ヘパラン硫酸プロテオ
グリカン（HSPG）、細胞外基質タンパク質（ヘビン（hevin））、インスリン様
成長因子１（IGF1）、インスリン様成長因子結合タンパク質（IGFBP）、ラミニ
ン、ルミカン（lumican）、基質Glaタンパク質（MGP）、基質金属プロテアーゼ
（MMP）、基質金属プロテアーゼの組織インヒビター１、２、及び３（TIMP1、2
、及び3）からなる群から選択されることを特徴とし、 それが必要な患者に、請求項８の抗体を前記疾病の処置又は予防のために有効
な量投与する過程を有することを特徴とする疾病又は状態を処置又は予防するた
めの方法。 - 【請求項１２】 処置又は予防が必要な患者における１種類又は複数の種
類の既知の基質再構築遺伝子と同時発現される遺伝子の発現の変化に関連する疾
病又は状態を処置又は予防するための方法であって、 前記既知の基質再構築遺伝子のそれぞれが、オステオネクチン（BM-40）、コ
ンドロイチン／デルマタン硫酸プロテオグリカン（C/DSPG）、I型・II型・III型
・IV型コラーゲン、結合組織成長因子（CTGF）、フィブリリン、フィブロネクチ
ン、フィブロネクチン受容体（fibr-r）、フィブリン１、ヘパラン硫酸プロテオ
グリカン（HSPG）、細胞外基質タンパク質（ヘビン（hevin））、インスリン様
成長因子１（IGF1）、インスリン様成長因子結合タンパク質（IGFBP）、ラミニ
ン、ルミカン（lumican）、基質Glaタンパク質（MGP）、基質金属プロテアーゼ
（MMP）、基質金属プロテアーゼの組織インヒビター１、２、及び３（TIMP1、2
、及び3）からなる群から選択されることを特徴とし、 それが必要な患者に、請求項２（ｆ）に記載のポリヌクレオチド配列を前記疾
病の処置又は予防のために有効な量投与する過程を有することを特徴とする疾病
又は状態を処置又は予防するための方法。
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|---|---|---|---|
| US16928998A | 1998-10-09 | 1998-10-09 | |
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| PCT/US1999/023315 WO2000021986A2 (en) | 1998-10-09 | 1999-10-06 | Matrix-remodeling genes |
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- 1999-10-06 EP EP99951818A patent/EP1037915A1/en not_active Withdrawn
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- 2001-03-26 US US09/818,143 patent/US20020019000A1/en not_active Abandoned
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