JP2002523102A - プロテアーゼ活性を測定するために有用な融合タンパク質、dna分子、ベクター、および宿主細胞 - Google Patents

プロテアーゼ活性を測定するために有用な融合タンパク質、dna分子、ベクター、および宿主細胞

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Abstract

(57)【要約】 本発明は、新規な転写アッセイを使用してプロテアーゼ活性を測定する際の使用のための、新規な融合タンパク質、その融合タンパク質をコードするDNA分子、そのDNA分子を含むベクター、およびそのベクターを含む宿主細胞に関する。本発明はまた、プロテアーゼに対する化合物の阻害活性を測定するための方法、および同じ切断部位を認識する2つのプロテアーゼの活性を比較するための方法に関する。本発明の融合タンパク質基質をコードするDNA分子を含む、プロテアーゼ活性をアッセイするためのキットもまた、意図される。

Description

【発明の詳細な説明】
【0001】 (発明の分野) 本発明は、融合タンパク質、その融合タンパク質をコードするDNA分子、そ
のDNA分子を含むベクター、そのベクターで形質転換された宿主細胞、ならび
にプロテアーゼ活性を測定するためにそれらを使用するための方法およびキット
に関する。詳細には、本発明は、プロテアーゼ切断部位、リガンド結合ドメイン
、およびDNA結合ドメインを有する融合タンパク質に関し、ここで、(1)こ
の融合タンパク質のリガンド結合ドメインとのリガンドの結合は、この融合タン
パク質のDNA結合ドメインの、レポーター遺伝子に作動可能に連結されるリガ
ンド応答エレメント(「LRE」)への結合を媒介し;そしてここで、(2)こ
の融合タンパク質は、発現モジュレータードメインを含むか、発現モジュレータ
ードメインを有する第2のタンパク質と結合し、ここで、この発現モジュレータ
ードメインは、レポーター遺伝子の転写を調節する。本発明はまた、この融合タ
ンパク質をコードするDNA分子、適切なリガンド、ならびにプロモーター−レ
ポーター遺伝子構築物およびこの融合タンパク質のDNA結合ドメインによって
認識される少なくとも1つのLREを含むDNA分子を含む、プロテアーゼ活性
をアッセイするためのキットに関する。これらのキット中のDNA分枝は、単離
されうるか、または宿主細胞中に存在し得る。
【0002】 (発明の背景) プロテアーゼは、細菌からウイルスそして哺乳動物までのほとんど全ての生存
形態における生物学的プロセスの調節において、重要な役割を果たす。プロテア
ーゼは、例えば、消化、血液凝固、アポトーシス、免疫応答の活性化、酵素原活
性化、ウイルス成熟、タンパク質分泌およびタンパク質輸送において、重要な機
能を果たす。
【0003】 プロテアーゼは、アルツハイマー病、嚢胞性線維症、気腫、高血圧、腫瘍の浸
潤および転移、ならびにウイルス関連疾患のような、いくつかの疾患の要因また
は原因として関連付けられている[例えば、Kim,T.W.ら、(1997)
「Altternative Cleavage of Alzheimer−
associated Presinilins During Apotos
is by a Caspase−3 Family Protease」、S
cience 277:373−6;Lacana,Eら、(1997)「Di
sassociation of Apoptosis and Activa
tion of IL−1 beta−converting Enzyme/
Ced−3 Proteases by ALG−2 and Truncat
ed Alzheimer’s gene ALG−3」、J.Immunol
.158;5129−35;Birrer、P.,(1995)「Protea
ses and Antiprotease in Cystic Fibro
sis:Pathogenic Considearations and T
herapeutic Strategies」、Respiration 6
2:25−8;Patel,T.ら、(1996)「The Role of
Proteases During Apoptosis」、FASEB J.
10:587−97]。
【0004】 いくつかのウイルスゲノムもまた、ウイルス成熟プロセスにおいて重要である
プロテアーゼをコードする。例えば、ヒト免疫不全ウイルス(HIV)のウイル
スアスパルチルプロテアーゼは、Gagポリタンパク質およびPolポリタンパ
ク質を含むHIVポリペプチドを切断する。
【0005】 別の例において、C型肝炎ウイルス(HCV)は、長いポリペプチド翻訳産物
である、NH2−C−E1−E2−p7−NS2−NS3−NS4A−NS4B
−NS5A−NS5B−COOHを生成し、これは、切断されて少なくとも10
タンパク質を生成する。C、E1およびE2は、推定構造タンパク質であり、そ
して残りは、非構造(NS)タンパク質として公知である。これらのタンパク質
のうちの1つは、セリンプロテアーゼ活性を有する70キロダルトンのタンパク
質である、NS3である。NS3のプロテアーゼ活性は、この酵素のN末端の1
80アミノ酸中に唯一存在することが示されている。NS3プロテアーゼは、H
CVポリペプチド(3/4A、4A/4B、4B/5A、および5A/5B)の
非構造領域における4つの部位で切断する。別のタンパク質であるNS4Aは、
54アミノ酸を有し、そしてNS3プロテアーゼの補因子として特徴付けられて
いる[C.Faillaら、(1994)J.Virology 68:375
3−3760]。NS4AのC末端の33アミノ酸は、3/4A部位および4B
/5A部位での切断に必要であり、そして5A/5B部位での切断速度を加速す
る。いくつかの他のNS3セリンプロテアーゼ依存性切断部位配列は、HCVの
種々の株において同定されている[A.Grakouiら、(1993)J.V
irology 67:2832−2843(本明細書中に参考として援用され
る)]。
【0006】 ウイルスプロテアーゼ、細胞性プロテアーゼ、または微生物プロテアーゼの活
性を、迅速かつ簡単なアッセイにおいて検出するための能力は、これらのプロテ
アーゼの生化学的特徴付け、ウイルス感染の検出、ならびに潜在的なインヒビタ
ーのスクリーニングおよび同定において重要である。
【0007】 いくつかのプロテアーゼアッセイは、当該分野で公知である。T.A.Smi
thら、Proc.Natl.Acad.Sci.USA,88,5159−6
2頁(1991);B.Dasmahapatraら、Proc.Natl.A
cad.Sci.USA,89,4159−62(1992);およびM.G.
Murrayら、Gene、134、123−128頁(1993)の各々は、
酵母GAL4タンパク質を利用するプロテアーゼアッセイ系を記載する。これら
の文献の各々は、GAL4のDNA結合ドメインと転写活性化ドメインとの間に
プロテアーゼ切断部位を挿入することを記載する。共発現されたプロテアーゼに
よるこの部異の切断は、GAL4を転写不活性化にし、これは、この形質転換さ
れた酵母がガラクトースを代謝することを不可能にさせる。
【0008】 Y.Hirowatariら、Anal.Biochem.,225,113
−120頁(1995)は、HCVプロテアーゼ活性を検出するためのアッセイ
を記載する。このアッセイにおいて、基質、HCVプロテアーゼおよびレポータ
ー遺伝子が、COS細胞に同時トランスフェクトされる。この基質は、(HCV
NS2)−(DHFR)−(HCV NS3切断部位)−Tax1からなる融
合タンパク質である。このレポーター遺伝子は、HTLV−1長末端反復配列(
LTR)の制御下のクロラムフェニコールトランスフェラーゼ(CAT)であり
、発現後にその細胞核に存在する。未切断の基質は、HCV NS2部分に起因
する小胞体の表面上の膜結合タンパク質として発現される。切断の際に、放出さ
れるTax1タンパク質は、核に移行し、そしてHTLC−1 LTRに結合す
ることによってCAT発現を活性化する。プロテアーゼ活性は、細胞溶解物中の
CAT活性を測定することによって決定される。
【0009】 上記のアッセイの各々は、(1)活性プロテアーゼおよび基質の発現、ならび
に(2)レポーター遺伝子構築物の転写を、同時に必要とする。これらのアッセ
イの構成的性質はしばしば、制御不可能な、所望しない効果を生じ得る。これら
の効果は、このプロテアーゼの活性に関わる、誤誘導されたか、または不適切な
結論を生じ得る。従って、誘導性であるか、または使用者によって容易に制御さ
れ得る、高感度かつ定量的なプロテアーゼアッセイの必要性が存在する。
【0010】 (発明の要旨) 本発明は、プロテアーゼの活性を測定するための融合タンパク質リガンド依存
性転写アッセイにおいて有用な、新規な融合タンパク質、その融合タンパク質を
コードするDNA分子、そのDNA分子を含むベクター、およびそのベクターを
含む宿主細胞を提供することによって、この必要性を満たす。
【0011】 この新規な融合タンパク質は、プロテアーゼ切断部位、リガンド結合ドメイン
、およびDNA結合ドメインをを含み、ここで、(1)リガンドの、この融合タ
ンパク質のリガンド結合ドメインとの結合は、この融合タンパク質のDNA結合
ドメインの、レポーター遺伝子に作動可能に連結されるLREへの結合を媒介し
;そしてここで、(2)この融合タンパク質は、発現モジュレータードメインを
含むか、発現モジュレータードメインを有する第2のタンパク質と結合し、ここ
で、この発現モジュレータードメインは、このレポーター遺伝子の転写を調節す
る。
【0012】 本発明の方法に従って、未切断の融合タンパク質のリガンド結合ドメインへの
リガンドの結合は、別々の時点で、このレポーター遺伝子の転写活性化または抑
制を開始する。この誘導可能性は、このアッセイをより良好に制御されるものに
し、従って、より正確な結果を生じる。
【0013】 プロテアーゼ切断部位でのこの融合タンパク質の切断は、この発現モジュレー
タードメインが転写をポジティブまたはネガティブに調節することを妨げること
によって、このレポーター遺伝子に転写を調節解除する。切断された融合タンパ
ク質の量は、レポーター遺伝子のトランス活性化における増加または減少をアッ
セイすることによって定量され、このレポーター遺伝子の発現は、この融合タン
パク質の発現調節ドメインによって調節されるプロモーターによって駆動される
【0014】 本発明はまた、プロテアーゼに対する化合物の阻害活性を測定するための方法
に関し、この方法は、その活性が試験される化合物の存在下または非存在下で融
合タンパク質をプロテアーゼとともにインキュベートする工程、そのインキュベ
ーションにリガンドを添加する工程、およびレポーター遺伝子から生成された遺
伝子産物を定量する工程を包含する。
【0015】 本発明のなお別の実施態様は、2つのプロテアーゼまたは同じ切断部位を認識
するプロテアーゼの変異体の活性を比較するための方法に関する。
【0016】 本発明はまた、プロテアーゼ活性をアッセイするためのキットに関し、このキ
ットは、融合タンパク質をコードするDNA分子、そのDNA分子を含む融合タ
ンパク質または宿主細胞を含み、ここでこのキットは、必要に応じて、プロテア
ーゼをコードするDNA分子、その発現がその融合タンパク質によって調節され
るレポーター遺伝子を含むDNA分子、その融合タンパク質に会合し、その活性
を調節するリガンド、およびこのキットを使用するための説明書を備える。好ま
しくは、キット中のDNA分子は、その発現を可能にするベクターに操作されて
いる。本発明に従うキットは、以下からなる群から選択される、単一宿主細胞に
形質転換される以下のDNA分子のいずれか1つまたは全てを含み得る:本発明
の融合タンパク質をコードするDNA分子、プロテアーゼをコードするDNA分
子、融合タンパク質についてのタンパク質結合パートナーをコードするDNA分
子、およびプロモーター−レポーター遺伝子構築物を含むDNA分子。
【0017】 (発明の詳細な説明) 本発明は、プロテアーゼ活性を測定するための新規なツールおよび方法を提供
する。プロテアーゼの活性は、転写アッセイにおいて、基質として新規な融合タ
ンパク質を使用することによって測定され、ここで転写は、プロテアーゼおよび
本発明の融合タンパク質がともにインキュベートされた後に、リガンドの添加に
より、不連続の時点にて活性化または抑制される。
【0018】 本発明は、以下を含む融合タンパク質を提供する:プロテアーゼ切断部位、リ
ガンド結合ドメイン、およびDNA結合ドメイン、ここで(1)リガンドとこの
融合タンパク質のリガンド結合ドメインとの会合は、この融合タンパク質のDN
A結合ドメインの、レポーター遺伝子に作動可能に連結されたリガンド応答エレ
メント(「LRE」)への結合を媒介する;そしてここで、この融合タンパク質
は、発現モジュレータードメインを含むか、または発現モジュレータードメイン
を有する第2のタンパク質と会合し、ここでこの発現モジュレータードメインは
、レポーター遺伝子の転写を調節する。
【0019】 本発明に従うプロテアーゼ切断部位(本明細書中以後、「PCS」)は、本発
明の融合タンパク質の一次配列に組み込まれたペプチドである。この部位は、タ
ンパク質の任意のDNA結合ドメイン、リガンド結合ドメイン、または必要に応
じて、発現モジュレータードメイン(存在する場合)に、そして任意の2つのこ
れらのドメインの間に位置し得る。
【0020】 タンパク質における切断部位の存在は、融合タンパク質のDNA結合ドメイン
、リガンド結合ドメイン、または発現モジュレータードメイン(存在する場合)
の活性を実質的に妨害しないべきである。
【0021】 プロテアーゼ切断部位が、融合タンパク質の上記のドメインの活性を実質的に
妨害しないことを確実にするために、PCSを有する融合タンパク質の活性を、
PCSを有しない同じ融合タンパク質の活性と、DNA結合を評価するためのゲ
ルシフトアッセイまたは転写アッセイによって比較し得る(例えば、D.Lat
chman,(1995)Eukaryotic Transcription
Factors,第2版、Academic Press:London)。
【0022】 また、プロテアーゼ切断部位は、切断した場合に、得られる融合タンパク質フ
ラグメントは標的遺伝子の発現もレポーター遺伝子の発現も調節し得ないように
、融合タンパク質に操作されるべきである。
【0023】 好ましくは、融合タンパク質基質内に位置する標的プロテアーゼ切断部位が1
つのみ存在する。
【0024】 好ましい実施態様に従って、プロテアーゼ切断部位は、DNA結合ドメインと
、融合タンパク質のエフェクターモジュレータードメインとの間に位置する。
【0025】 本発明の好ましい実施態様において、PCSは、HIV gagおよびgag
/polポリタンパク質またはHCVタンパク質タンパク質においてプロセシン
グ/プロテアーゼ切断部位を含むアミノ酸配列を有する。本発明のより好ましい
実施態様において、HIV PCS部位は、配列番号1〜10からなる群より選
択される(S.Pichuantesら、(1989)「Recombinan
t HIV1 Protease Secreted by Saccharo
myces cerevisiae Correctly Processes
Myristylated gag polyprotein」,Prote
ins: Structure,Function,and Genetics
6:324−337を参考として援用する)。本発明のより好ましい実施態様
において、PCSは、HCV NS3セリンプロテアーゼまたはHIVアスパル
チルプロテアーゼについての切断部位のアミノ酸配列を有する。本発明のなおよ
り好ましい実施態様において、PCSは、HCV 5A/5Bプロテアーゼ切断
部位のアミノ酸配列を有する。本発明のなおより好ましい実施態様において、5
A/5Bプロテアーゼ切断部位は、配列番号10である。
【0026】 本発明の融合タンパク質の次の部分は、リガンド結合ドメイン(本明細書中以
後、「LBD」)である。LBDは、リガンドに結合するペプチドドメインであ
り、ここでこのリガンド結合は、この融合タンパク質が、(1)LREに結合す
る(ここで、このエレメントは、レポーター遺伝子に作動可能に連結される);
および/または(2)LREに対する得られる融合タンパク質−タンパク質結合
パートナー複合体の結合の前の中間工程として、タンパク質結合パートナーに結
合するために必要とされる。従って、融合タンパク質リガンド結合ドメインへの
リガンド結合は、このレポーター遺伝子の発現の転写調節に必須である。
【0027】 本発明における使用に適切なリガンド結合ドメインは、リガンド結合の際に転
写を開始または抑制する転写因子のリガンド結合ドメインに由来し得る。このよ
うな転写因子としては、以下が挙げられる:ホルモンレセプター(Freedm
an,L.P.,1998、「Molecular Biology of S
teroid and Nuclear Hormone Receptors
」,Progress in Gene Expression,Boston
:Birkhauser;Tsai,M−J.,1994、「Mechanis
m of Steroid Hormone Regulation of G
ene Transcription」,Molecular Biology
Intelligence Unit,Austin:R.G.Landes
Co.;Eggert,M.ら、「The Glucocorticoid
Hormone Receptor」,Inducible Gene Exp
ression,第2巻(1995)Birkhauser:Boston,M
assachusetts,P.A.Baeuerle編、131−156頁;
Piedrafita,F.J.およびM.Pfahl,「The Thyro
id Hormone Receptors」,Inducible Gene
Expression、第2巻(1995)Birkhauser:Bost
on,Massachusetts,P.A.Baeuerle編、157−1
85頁;Keaveney M.およびH.G.Stunneberg,「Re
tinoic Acid Receptors」,Inducible Gen
e Expression、第2巻(1995)Birkhauser:Bos
ton,Massachusetts,P.A.Baeuerle編、187−
242頁(これらの各々を、本明細書中で参考として援用する);炭水化物応答
性転写因子;メタロチオネイン(MT)遺伝子;オーファンレセプター;テトラ
サイクリン誘導性転写因子;IPTG誘導性転写因子;ダイオキシンレセプター
;およびアリール炭水化物レセプター。
【0028】 本発明の好ましい実施態様において、リガンド結合ドメインは、ステロイド/
甲状腺ホルモンレセプタースーパーファミリーのリガンド結合ドメインに由来す
る。ステロイドおよび核レセプターリガンド結合ドメインをコードするアミノ酸
配列は、当該分野で周知である(例えば、S.Simons,(1998)「S
tructure and Function of the Steroid
and Nuclear Receptor Ligand Binding
Domain」,Molecular Biology of Steroi
d and Nuclear Hormone Receptors:Prog
ress in Gene Expression,Birkhauser:B
oston,MA.(この開示を本明細書中で参考として援用する)を参照のこ
と)。より好ましい実施態様において、リガンド結合ドメインは、エクジソンレ
セプターに由来する。
【0029】 本発明のさらなる実施態様において、転写因子由来のリガンド結合ドメインは
、異なるリガンドに結合するように、本発明の融合タンパク質において改変され
得る。例えば、ヒトプロゲステロンレセプターリガンド結合ドメインは、抗プロ
ゲステロン化合物RU486(Wang,Y.ら、(1997)「Positi
ve and Negative Regulation of Gene E
xpression in Eukaryotic Cells with a
n Inducible Transcriptional Regulato
r」,Gene Ther. 4:432−41(その開示を、本明細書中で参
考として援用する))を結合し得るように変異され得る。このようなRU486
誘導性GAL4 DNA結合ドメイン融合タンパク質は、本発明における使用が
意図される。
【0030】 DNA結合ドメイン(本明細書中以後、「DBD」)とは、特定のヌクレオチ
ド配列(例えば、DNAエレメントまたはLRE)を認識し、かつそれに結合す
る、本発明に従う融合タンパク質におけるペプチド配列をいう。本発明に従って
有用なDNA結合ドメインは、DNA結合タンパク質(例えば、転写因子)のD
NA結合ドメインに由来し得る。
【0031】 好ましい実施態様において、これらのDNA結合タンパク質は、DNAを直接
結合しかつ転写を開始または抑制する転写因子である。このような転写因子は、
当該分野で周知である(McKnight,S.L.およびK.R.Yamam
oto,1992、「Transcriptional Regulation
」、Cold Spring Harbor Monograph Serie
s,Plainview,New York:Cold Spring Har
bor Laboratory Press;Latchman,D.S.,1
995、Eukaryotic Transcription Factors
,San Diego:Academic Press,第2版;Latchm
an,D.S.,1993,「Transcription Factors:
A Practical Approach」、The Practical
Approach Series,New York:IRL Press a
t Oxford University Press;Papavassil
iou,A.,(1997)「Transcription Factors
in Eukaryotes」、Molecular Biology Int
elligence Unit,New York:Chapman&Hall
;Eckstein,F.およびD.M.J.Lilley,1997,「Me
chanisms of Transcription」、Nucleic A
cids and Molecular Biology,第11巻、New
York:Springer−Verlag(これらの開示を、本明細書中で参
考として援用する)。
【0032】 本発明における使用が意図される好ましいDNA結合ドメインとしては、以下
の転写因子のDNA結合ドメインが挙げられる:ホメオボックスタンパク質、ジ
ンクフィンガータンパク質(Sluyser,M.,1993,Zinc Fi
nger Proteins in Oncogenesis:DNA Bin
ding and Gene Regulation,New York:Ne
w York Academy of Science)、ヘリックス−ターン
−ヘリックスタンパク質、ヘリックス−ループ−ヘリックスタンパク質(例えば
、Littlewood,Trevor D.,1998、Helix−Loo
p−Helix Transcription Factors,第3版、Ne
w York:Oxford University Press)、ロイシン
ジッパータンパク質(例えば、Hurst、H.C.,1996,Leucin
e Zippers:Transcription Factors,第3版、
San Diego:Academic Press)、GAL4タンパク質、
ホルモンレセプター、オーファンレセプター、およびE.coli転写因子(例
えば、ラクトースオペロンリプレッサー)、テトラサイクリン制御トランスアク
チベーター、およびFadR。
【0033】 本発明はまた、メタロチオネイン(MT)遺伝子の転写を調節する金属結合D
NA結合タンパク質のDBDの使用を意図する。このような金属結合DNA結合
タンパク質としては、MTF−1、ACE1、およびAMT1が挙げられる(H
euchel,R.ら、「Transcriptional Regulati
on by Heavy Metals,Exemplified at th
e Metallothionein Genes」、Inducible G
ene Expression,第1巻(1995)Brikhauser:B
oston,Massachusetts.P.A.Baeuerle編、20
6−240頁)。
【0034】 本発明の好ましいより実施態様において、DNA結合ドメインは、レセプター
のステロイド/甲状腺スーパーファミリーのメンバーから得られる。レセプター
のステロイド/甲状腺スーパーファミリーのメンバーは、リガンド依存性転写因
子として機能するホルモン結合タンパク質として当該分野で公知である。そのメ
ンバーとしては、特異的天然のリガンドがまだ同定されていないレセプターのス
テロイド/甲状腺スーパーファミリーの同定されたメンバーが挙げられる(本明
細書中で「オーファンレセプター」といわれる)(B.M.Forman,(1
998)「Orphan Nuclear Receptors and Th
eir Ligands」、Molecular Biology of St
eroid and Nuclear Hormone Receptors,
L.P.Freedman編、Birhauser:Boston,281−3
05頁)。
【0035】 本発明における使用に有用なオーファンレセプターのメンバーとしては、HN
F4、COUPファミリーのレセプターおよびCOUP様レセプター、ペルオキ
シソーム増殖因子活性化レセプター(PRAR)、昆虫に由来するKnirps
およびKnirps関連レセプター、ならびにそれらの様々なアイソフォームが
挙げられる。
【0036】 このようなDBDをコードするアミノ酸配列は、当該分野で周知である(F.
Rastinejad,(1998)「Structure and Func
tion of the Steroid and Nuclear Rece
ptor DNA Binding Domains」、Molecular
Biology of Steroid and Nuclear Hormo
ne Receptors:Progress in Gene Expres
sion Birkhauser:Boston,MA.(この開示を本明細書
中で参考として援用する)。
【0037】 本発明の融合タンパク質において使用されるLBDと同様に、本発明のDNA
結合ドメインは、ソース転写因子に存在する配列から、異なるLREを認識する
ように改変され得る。例えば、ステロイド/甲状腺ファミリーメンバーのDNA
結合ドメインのアミノ酸配列は、DNA結合ドメインが別のステロイド/甲状腺
ファミリーのメンバーによって認識されるLREに結合するように改変され得る
。例えば、ステロイド/甲状腺ファミリーのメンバーの「Pボックス」アミノ酸
配列(すなわち、代表的には、第1のジンクフィンガーとリンカー領域との接合
部に位置するDNA結合ドメインにおける領域)の改変が、本発明によって意図
される(Umesonoら、(1989)Cell 57:1139−1146
、特に図2および表1;この開示を本明細書中で参考として援用する)。
【0038】 好ましい実施態様において、DNA結合ドメインは、Drosophilaエ
クジソンレセプターに由来し、ここでアミノ酸配列EGCKG(配列番号23)
を有するエクジソンレセプターのPボックスは、アミノ酸配列GSCKV(配列
番号24)と置換される。新たなPボックス配列GSCKVは、エクジソンレセ
プターにLRE−AGGTCA−の代わりにLRE−AGAACAを認識させる
【0039】 本発明の融合タンパク質のLBDおよび/またはDBDを提供するに特に有用
なレセプターのステロイド/甲状腺スーパーファミリーのメンバーとしては、以
下のようなステロイドレセプターが挙げられる:グルココルチロイドレセプター
(GR)、ミネラルコルチコイドレセプター(MR);エストロゲンレセプター
(ER);hPR−AまたはhPR−Bのようなプロゲステロンレセプター(P
R);アンドロゲンレセプター(AR);ビタミンD3レセプター(VDR);
レチノイン酸レセプター(例えば、RARα、RARβ、またはRARγ)およ
びレチノイドXレセプター(例えば、RXRα、RXRβ、またはRXRγ)の
ようなレチノイドレセプター;TRαおよびTRβのような甲状腺レセプター(
TR);エクジソンレセプターのような昆虫に由来するレセプター;ならびにそ
れらのアイソフォーム。
【0040】 1つの好ましい実施態様に従って、本発明の融合タンパク質は、リガンド結合
ドメインの付近もしくは隣に操作されるDNA結合ドメインを含み、そしてこの
2つのドメインはいずれもPCSを含まず、この2つのドメイン間に位置するP
CSでもない。
【0041】 本発明の融合タンパク質の任意成分は、発現モジュレータードメインである。
上記のように、発現モジュレータードメインが融合タンパク質上に存在しない場
合、発現モジュレータードメインは、融合タンパク質と会合するタンパク質上に
存在しなければならない。
【0042】 本発明における使用が意図される発現モジュレータードメイン(融合タンパク
質の一部または融合タンパク質と会合する別のタンパク質のいずれかとして)は
、代表的には、DNA結合タンパク質(例えば、転写因子)に由来する。これら
の配列は、転写に必要な他の転写因子との相互作用を介して、転写を活性化また
は抑制することが、当該分野で公知である。
【0043】 発現モジュレータードメインが融合タンパク質に結合する第2のタンパク質内
に存在する実施態様において、その第2のタンパク質は、本発明の融合タンパク
質およびそのリガンドの非存在下で転写を増加または減少させるべきである。発
現モジュレータードメインが融合タンパク質内に存在する実施態様において、発
現モジュレータードメインは、好ましくは、DNA結合ドメインの位置と反対の
末端に配置される。
【0044】 本発明の好ましい実施態様において、発現モジュレータードメインは、その活
性を抑制するのとは反対に、転写を活性化する。このような活性化ドメインとし
ては、以下が挙げられる:ステロイド/甲状腺スーパーファミリーのレセプター
において活性化ドメインをコードするN末端領域、ウイルス転写因子の活性化ド
メイン、酵母GCN4活性化ドメインまたはGAL4活性化ドメイン(K.St
ruhl,「Yeast GCN4 Transcriptional Act
ivator Protein」、Transcriptional Regu
lation,S.L.McKnightおよびK.R.Yamamoto編、
Cold Spring Harbor Laboratory Press(
1992)、833−859頁;A.A.F.Gannら、「GAL11,GA
L11P,and the Action of GAL4」、Transcr
iptional Regulation,S.L.McKnightおよびK
.R.Yamamoto編、Cold Spring Harbor Labo
ratory Press(1992)、931−946頁;K.J.Mart
inおよびM.R.Green,「Transcriptional Acti
vation by Viral Immediate−Early Prot
eins:Variations on a Common Theme」、T
ranscriptional Regulation,S.L.McKnig
htおよびK.R.Yamamoto編、Cold Spring Harbo
r Laboratory Press(1992)、695−725頁;これ
らの開示を本明細書中で参考として援用する)。
【0045】 別の好ましい実施態様では、この発現調節ドメインは、融合タンパク質の一部
である。ましてなおさら好ましいのは、発現調節ドメインが、VP16タンパク
質のN末端活性化ドメインである場合である。
【0046】 リガンド結合ドメイン、DNA結合ドメインおよび発現モジュレータードメイ
ンが、同じ転写因子に由来する必要がないことが理解されるべきである。
【0047】 例えば、レチノイン酸レセプターのDNA結合ドメイン、およびビタミンDレ
セプター(VDR)のリガンド結合ドメインを含むキメラが、作製され得る(P
emrick,S.,ら、(1998)「Characterization
of the Chimeric Retinoic Acid Recept
or RARα/VDR」、Leukemia 12:554−562)か、ま
たはJun DNA結合ドメインを含むキメラは、エストロゲンレセプターリガ
ンド結合ドメインおよび発現モジュレーター活性化ドメインに融合され得る(K
ruse,U.ら、(1997)「Hormone−regulatable
Neoplastic Transformation Induced by
a Jun−Estrogen Receptor Chimera」、PN
AS USA 94:12396−12400)。
【0048】 他の例は、lacR DNA結合ドメインとVP16活性化ドメインとの融合
を含む。これは、LRE、lacOに結合するためにIPTGを必要とする融合
タンパク質を作製する[Labow,M.ら、(1990)Mol.Cell.
Biol.10:3343−3356]。別の例では、tetRタンパク質とV
P16活性化ドメインとの融合は、細胞中およびトランスジェニック動物中にお
いてテトラサイクリンの存在下で、LRE、tetOから放出する融合タンパク
質を作製する[Gossen,M.およびH.Bujard,(1992)[T
ight Control of Gene Expression in M
ammalian Cells by Tetracycline−Respo
nsive Promoters」、PNAS USA 89:5547−55
51;Furth,P.A.ら、(1994)「Temporal Contr
ol of Gene Expression in Transgenic
Mice by a Tetracycline−Responsive Pr
omoter」PNAS USA 89:9302−9306]。本発明に従う
tetR−VP16融合タンパク質は、そのDNA結合ドメイン中にプロテアー
ゼ切断部位を含み得る。その結果、PCSが切断される場合に、DNA結合が排
除される。従って、テトラサイクリンの添加の際に、未切断融合タンパク質は、
tetOからトランス活性化し続け、一方切断された融合タンパク質は、不活化
する。
【0049】 本発明の好ましい実施態様は、単純ヘルペスウイルスのVP16活性化ドメイ
ンと、ステロイド/甲状腺レセプタースーパーファミリーのメンバーのリガンド
結合ドメインと、ステロイド/甲状腺レセプタースーパーファミリーのメンバー
のDBDとの融合である。より好ましい実施態様では、ステロイド/甲状腺レセ
プタースーパーファミリーのメンバーは、エクジソンレセプターである。
【0050】 上記のように、本発明はまた、DNAを結合するために、あるいはそのLRE
への融合タンパク質の結合の特異性または結合の親和性を増加させるために、タ
ンパク質結合パートナー(「PBP」)との接触を必要とする融合タンパク質を
意図する。従って、本発明に従うタンパク質結合パートナーは、本発明の融合タ
ンパク質に結合し、そして融合タンパク質のDNA結合ドメインの結合の特定の
LREへの親和性または特異性を増加させるタンパク質である。タンパク質結合
パートナーは、レポーター遺伝子に作動可能に連結される特定のDNAエレメン
トにもまた結合するタンパク質である。本発明の融合タンパク質が、DNA結合
の親和性または特異性を増加させるためにタンパク質結合パートナーを必要とす
る場合、それは、融合タンパク質がPBPと相互作用するために二量体化ドメイ
ンを含むことを保証することが望ましい。
【0051】 本発明の融合タンパク質の二量体化ドメインと相互作用するために適切であり
得るタンパク質結合パートナーは、当該分野で公知である。「例えば、T.D.
LittlewoodおよびG.I.Evan(1998)「Structur
e/Function Relationships of HLH Prot
eins」、Helix−Loop−Helix Transcription
Factors、第3版、New York:Oxford Univers
ity Press,27−41頁;Hurst,H.C.,1996,Leu
cine Zippers:Transcription Factors、第
3版、San Diego:Academic Press、27−29頁;お
よびL.P.Freedman編、(1998)Molecular Biol
ogy of Steroid an Nuclear Hormon Rec
eptors:Progress in Gene Expression,B
irkhauser:Boston,MA.]。
【0052】 例えば、いくつかの塩基性(basic)−へリックス−ループ−へリックス
(bHLH)転写因子のヘテロ二量体パートナーは、当該分野で公知である。[
Littlewood,Trevor D.,1998,Helix−Loop
−Helix Transcription Factors、第3版、New
York:Oxford University Press)37−41頁
]。より詳細な例では、bHLH転写因子(例えば、リガンド依存性ダイオキシ
ンレセプターおよびアリール炭化水素レセプター(AHR))は、AHR核トラ
ンスロケータータンパク質(ARNT)とへテロ二量体化する。[Whitel
aw,M.L.ら、(1994)「Identification of Tr
ansactivation and Repression Functio
n of the Dioxin Receptor and Its Bas
ic Helix−Loop−Helix/PAS Partner Fact
or Arnt:Inducible Versus Constitutiv
e Modes of Regulation」、Mol.Cell.Bio.
14:8343−8355]。
【0053】 別の例は、ステロイド/甲状腺ファミリーのレセプターをお互いに、または他
の非ステロイド/甲状腺ファミリーのメンバーと、二量体化する能力を有するス
テロイド/甲状腺ファミリーのレセプターである(例えば、Rheeら、(19
95)「Retinoid X−Receptor−alpha and Ap
olipoprotein AI Regulatory Protein 1
Differentially Modulate 3,5,3’−Trii
odothyronine−Induced Transcription」,
Endocrinology 136:2697−704;Liら、(1997
)「Coexpression of Nuclear Receptors
Partners Increases Their Solubility
and Biological Activities」,PNAS USA
94:2278−83)」。
【0054】 なお別の例は、いくつかの他のタンパク質と二量体化するbZIP因子である
。[例えば、H.C.Hurst,Leucine Zippers:Tran
scription Factors、第3版、London:Academi
c Press,(1996),28頁]。
【0055】 本発明のタンパク質を含むこのようなヘテロ二量体およびホモ二量体が意図さ
れる。
【0056】 本発明の好ましい実施態様では、P−ボックス修飾エクジソンレセプターは、
哺乳動物RXRとヘテロ二量体化する。
【0057】 細胞転写アッセイにおける使用のための本発明の融合タンパク質は、宿主細胞
の核に局在するべきである。本発明の融合タンパク質のドメイン内に既に存在す
る核局在化シグナルは、核局在化シグナルを提供し得る。あるいは、当該分野で
公知の核局在化シグナルは、核局在化を保証するように融合タンパク質へと操作
され得る。[例えば、D.B.DeFranco,(1998)「Subcel
lular and Subnuclear Trafficking of
Steroid Receptors」,Molecular Biology
of Steroid and Nuclear Hormone Rece
ptors:Progress in Gene Expression,Bi
rkhauser:Boston,MA;Guiochon−Mantel A
ら、(1996)、「The Ernst Schering Poster
Award.Intracellular Traffic of Stero
id Hormone Receptors」,J.Steroid Bioc
hem.Mol.Biol.56:3−9,これらの開示は、本明細書中で参考
として援用される]。
【0058】 本発明の方法の代替的実施態様では、融合タンパク質は、リガンド結合ドメイ
ンを欠く。詳細には、この実施態様では、融合タンパク質は、(1)DNA結合
ドメインおよび(2)プロテアーゼ切断部位を含む。これらの方法では、融合タ
ンパク質の転写活性は、転写環境の温度を変化させることか、または転写事象が
生じる細胞にストレスを引き起こすことによって誘導し得る。例えば、熱ショッ
ク因子(「HSF」)の、その応答エレメントであるHSEに対する高親和性結
合は、熱ショック刺激に依存する。[例えば、J.LisおよびC.Wu、「H
eat Shock Factor」,Transcriptional Re
gulation,S.L.McKnightおよびK.R.Yamamoto
編、Cold Spring Harbor Laboratory Pres
s(1992)、907−930頁;D.S.Latchman,「Trans
cription Factors and Inducible Gene
Expression」,Eukaryotic Transcription
Factors、第2版、London:Academic Press L
imited,(1995)71−78頁]。
【0059】 目的のプロテアーゼ切断部位は、HSFタンパク質へと操作され得、その結果
切断されたHSF融合タンパク質の転写活性は、熱による刺激後の切断されない
HSF融合タンパク質と比べてより低いかまたは無視できる。
【0060】 本発明の方法によって意図される本発明の融合タンパク質の使用、DNA分子
およびベクターは、細胞性転写反応およびインビトロ転写反応を含む。
【0061】 細胞において転写アッセイを行うための方法は公知である[例えば、R.Wh
iteおよびM.Parker,「Analysis of Cloned F
actors」、Transcription Factors:A Prac
tical Approach,D.S.Latchman編、IRL Pre
ss:Oxford(1993)145−152頁;F.M.Ausbelら編
、Current Protocols in Molecular Biol
ogy,Greene Publishing Associates & W
iley−Interscience:New York(1991);Sam
brookら、Molecular Cloning:A Laborator
y Manual 第2版、Cold Spring Harbor Labo
ratory Press(1989)]。簡単には、本発明の融合タンパク質
をコードするDNA、レポータープラスミド、プロテアーゼ、および、必要に応
じて、発現モジュレータードメインを有する第2のタンパク質が細胞へと導入さ
れる。次いで、融合タンパク質の転写活性は、リガンドを添加することによって
か、または細胞の環境を変化させる(例えば、細胞の環境の温度を変化させる)
ことによって誘導される。mRNAの量、レポータータンパク質の量、またはレ
ポータータンパク質の活性は、当該分野で公知の標準的な技術を用いて測定され
る。プロテアーゼの非存在下での転写は、プロテアーゼの存在下での転写と比較
され得る。
【0062】 インビトロでの転写反応を行うための方法もまた公知である[Sierra,
F.ら、「In vitro Transcription with Nuc
lear Extracts from Differentiated Ti
ssues,「Gene Transcription:A Practica
l Approach(1993),Oxford University P
ress:Walton Street,Oxford,D.Hamesおよび
S.Higgins編、125−152頁;Snoek,R.ら、(1996)
「Induction of Cell−Free,In Vitro Tra
nscription by Recombinant Androgen R
eceptor Peptides」,J.Steroid Biochem.
Molec.Biol.59:243−250;Dignam,J.D.ら、(
1992)「Preparation of Nuclear and Cyt
oplasmic Extracts from Mammalian Cel
ls」、Current Protocols in Molecular B
iology(F.A.Ausubelら編)Jhon Wiley and
Sons:New York 12.1.1−12.1.9頁;Klein−H
itpass,L.ら、(1990)「The Progesterone R
eceptor Stimulates Cell−Free Transcr
iption by Enhancing the Formation of
a Stable Preinitiation Complex」,Cel
l 60:247−257]。
【0063】 簡単には、インビトロでの転写反応を補助することが示されているプロトコル
により調製された細胞抽出物が調製される。精製タンパク質または部分的精製タ
ンパク質は、レポータープラスミドと共に細胞抽出物に添加される。このような
精製タンパク質または部分的精製タンパク質(例えば、本発明の融合タンパク質
)は、融合タンパク質をコードするDNAを導入された細胞(例えば、バキュロ
ウイルス感染によるSF9細胞、植物細胞、酵母細胞、哺乳動物細胞、および細
菌細胞)中での過剰発現によって産生され得る。タンパク質(例えば、プロテア
ーゼ)および、必要に応じて、発現調節ドメインおよび/またはタンパク質結合
パートナーを有する第2のタンパク質はまた、これらを精製する当該分野で公知
の方法を用いてこれらの本来の供給源から調製され得る。
【0064】 次いで、融合タンパク質の転写活性は、リガンドを添加することによって誘導
される。産生されたmRNAの量、産生されたレポータータンパク質の量、また
はレポータータンパク質の活性は、当該分野で公知の標準的な技術を用いて測定
される。プロテアーゼの存在下での転写は、プロテアーゼの非存在下での転写と
比較され得る。
【0065】 本発明はまた、阻害性のプロテアーゼ活性について化合物をスクリーニングす
るための方法を提供する。スクリーニングされるべき化合物は、リガンドが添加
されるのと同時に添加され得るか、または融合タンパク質とプロテアーゼの最初
の発現/インキュベーションの間に添加され得る。このプロテアーゼの最高の阻
害を達成するために必要な化合物の最適なレベルは、化合物の滴定によって決定
され得る。
【0066】 本発明はまた、同一のプロテアーゼ切断部位を認識する2つのプロテアーゼの
活性を比較するための方法を提供する。この方法は、変異体プロテアーゼの活性
と非変異体プロテアーゼ(例えば、患者由来のHIVアスパルチルプロテアーゼ
)の活性を比較するために有用である。
【0067】 本発明はまた、異なるプロテアーゼ切断部位に対するプロテアーゼの活性を比
較するための方法を提供する。この方法は、所定のプロテアーゼの基質特異性を
決定するために有用である。
【0068】 本発明はまた、プロテアーゼ活性をアッセイするためのキットを提供する。こ
のキットが、レポーター遺伝子のインビトロでの転写アッセイに用いられる場合
、このキットは、インビトロでの転写抽出物、レポーター遺伝子を含む上記のよ
うなベクター、リガンドの供給、および使用説明書を含み得る。必要に応じて、
これは本発明の融合タンパク質、発現モジュレータードメインを含む第2のタン
パク質、および/または細菌、昆虫細胞、哺乳動物細胞、および酵母を含む供給
源から発現されるプロテアーゼの供給を提供し得る。
【0069】 このキットが、細胞転写アッセイに用いられる場合、このキットは、本発明の
融合タンパク質をコードするDNA配列および上記のようなレポータープラスミ
ドをコードするベクター、そのタンパク質のDNA配列によりコードされる上記
融合タンパク質と会合しかつその活性を調節するリガンド;ならびにプロテアー
ゼ活性をアッセイするために上記キットを使用するための使用説明書を含み得る
【0070】 本発明の方法において特に有用であるプロテアーゼは、症状または疾患の発症
に寄与するプロテアーゼである。例えば、消化、血液凝固、アポトーシス、免疫
応答の活性化、チモーゲン活性、ウイルス成熟、タンパク質分泌およびタンパク
質輸送に関与するプロテアーゼ。本発明の1つの実施態様では、目的のプロテア
ーゼは、アルツハイマー病、嚢胞性線維症、気腫、高血圧症、腫瘍の侵襲および
転移ならびにウイルス関連疾患に関与するものである。本発明の好ましい実施態
様に従って、このプロテアーゼは、HIVアスパルチルプロテアーゼおよびHC
V NS3プロテアーゼ、ならびにそれらの活性フラグメントまたは融合タンパ
ク質である。
【0071】 本発明の1つの実施態様では、融合タンパク質をコードするDNA分子、PB
P、プロテアーゼ、および発現モジュレータードメインを含む第2のタンパク質
のいずれか1つまたは全ては、タンパク質の精製またはその発現の同定を容易に
するための、さらなるポリペプチド配列を提供するように、さらに改変され得る
。例えば、このようなポリペプチド配列は、抗体を結合するためのエピトープ、
タンパク質Aビーズを結合するための抗体のFc部分、グルタチオンSトランス
フェラーゼ、マルトース結合タンパク質、His(n)、FLAG、およびSt
rep−タグを含み得る。これらのスクリーニング可能なタグは、当該分野で全
て周知であり、そして当業者に完全に利用可能である。
【0072】 本発明のタンパク質の過剰発現に有用ないくつかのベクターは、酵母、昆虫細
胞、細菌、酵母、植物細胞、および哺乳動物細胞における発現について市販され
ているか、または公知である。
【0073】 本発明の方法に従って有用な宿主細胞は、当該分野で周知である。外来のプロ
テアーゼの活性が研究される場合、宿主細胞は、標的とされるプロテアーゼ切断
部位を認識する高レベルの内在性のプロテアーゼを発現しないことが望ましい。
適切な宿主細胞としては、CHO細胞;HeLa細胞;肝臓細胞;CV−1細胞
;P19細胞;NT2/D1細胞;マウスL細胞;アフリカミドリザル(Afr
ican Green monkey)腎臓細胞(例えば、COS−7細胞また
は他のCOS細胞);ヒト胎児性腎臓細胞(例えば、HEK 293);DG4
4細胞、ltk細胞、マウスNIH 3T3細胞および酵母細胞が挙げられ得る
。この宿主細胞は、一過性のトランスフェクト細胞株または安定な形質転換細胞
株であり得る。本発明の好ましい実施態様では、この宿主細胞は、肝臓細胞株由
来のCOS細胞である。
【0074】 本発明の方法における使用のために適切なリガンドは、当該分野で周知である
。このリガンドは、融合タンパク質のリガンド結合ドメインが由来する転写因子
のリガンド結合ドメイン、または改変されたそれらのリガンド結合ドメイン(上
記を参照のこと)に結合すべきである。好ましくは、このリガンドは、融合タン
パク質についてのLREが、プロモーターおよびレポーター遺伝子を含むベクタ
ーに、スプライスまたは挿入されない(ここで、LREは、プロモーターに、リ
ガンドに機能的に応答するようにプロモーターからの転写活性を作る様式で、連
結される)限り、プロモーターからの転写を実質的に増強しないか、または抑制
しない。
【0075】 使用するリガンドの選択は、使用される融合タンパク質のリガンド結合ドメイ
ンに必然的に依存する。例えば、金属結合DNA融合タンパク質と共に使用する
ために適切なリガンドとしては、亜鉛、カドミウム、および銅が挙げられ得る。
【0076】 例えば、ステロイド結合融合タンパク質、または改変されたステロイド結合融
合タンパク質と共に使用するために適切なリガンドは、アンドロゲン、糖質コル
チコイド、鉱質コルチコイド、甲状腺ホルモン、エストロゲン、プロゲステロン
、プロゲストゲン、レチノイン酸、ビタミンD3、20−ヒドロキシ−エクジソ
ン、ポナステロン(ponasterone)A、26−ヨードポナステロンA
、ミュリステロン(muristeron)A、イノステロン、26−メシリノ
コステロン、ミフェプリストン(RU 486)およびそれらのアナログを含み
得る。
【0077】 本明細書中で用いられる場合、アンドロゲンは、ジヒドロキシテストステロン
およびメチルトリエノロンを含むそれらのアナログを含む。
【0078】 本明細書中で用いられる場合、糖質コルチコイドホルモンは、コルチゾール、
ヒドロコルチゾン、およびコルチコステロン、ならびにデキサメタゾン、デオキ
シコルチコステロン、およびトリアムシノロンアセトニドを含むそれらのアナロ
グを含む。
【0079】 本明細書中で用いられる場合、鉱質コルチコイドは、アルドステロン、コリコ
ステロン(coricosterone)およびデオキシコルチコステロンを含
む。
【0080】 本明細書中で用いられる場合、甲状腺ホルモンは、サイロキシン(T4)およ
びトリヨードサイロニン(triodothyronine)(T3)を含む。
【0081】 本明細書中で用いられる場合、エストロゲンは、エストラジオール−17β、
およびジエチルスチルベストロールを含むそれらのアナログを含む。
【0082】 本明細書中で用いられる場合、プロゲストゲンは、プロメゲストロン(pro
megestrone)を含むプロゲステロンのアナログを含む。
【0083】 テトラサイクリン誘導性融合タンパク質に適切なリガンドは、テトラサイクリ
ンおよびそれらのアナログを含む。
【0084】 糖質誘導性融合タンパク質に適切なリガンドは、アラビノース、ラクトース、
およびイソプロピルβ−D−チオガラクトシド(IPTG)を含む。
【0085】 アリール炭化水素誘導性融合タンパク質に適切なリガンドは、ダイオキシンを
含む。
【0086】 オーファンレセプターに適切なリガンドは、以下を含む:RXRレセプターに
ついてフィチン酸、9−シスレチノイン酸、およびLG100268;PPAR
αレセプターについて8S−HETEおよびWy14,643;PPARγレセ
プターについて15−デオキシ−Δ12,14−PGJ2およびBRL 49653
;PPARδレセプターについてリノール酸およびカルバ−プロスタサイクリン
(carba−prostacyclin);FXRレセプターについてファル
ネソール;ならびにLXRレセプターについて24(S),25−エポキシコレ
ステロール。[B.M.Forman,(1998)「OrphanNucle
ar Receptors and Ligands」,Molecular
Biology of Steroid and Nuclear Hormo
ne Receptors」,L.P.Freedman編、Birhause
r:Boston,281−305頁]。
【0087】 本発明におけるLREおよびPBP−DNAエレメントは、それぞれ、融合タ
ンパク質およびタンパク質結合パートナーについてのDNA結合部位を提供する
核酸分子である。両方のエレメントは、レポーター遺伝子の転写の活性化または
抑制を制御するために、プロモーターに作動可能に連結されるべきである。句「
作動可能に結合される」とは、核酸分子が、宿主細胞へと導入される(例えば、
トランスフェクトされるか、形質転換されるか、形質導入されるか、結合体化さ
れるか、または組換えによってか、もしくは感染によって)場合に、発現される
得るような様式で、核酸分子(例えば、レポータータンパク質をコードするレポ
ーター遺伝子)を、LREエレメントおよびPBP−DNAエレメント(PBP
結合が転写に必要な場合)に、ならびに転写制御配列に連結することをいう。
【0088】 転写制御配列は、転写の開始、伸長、そして停止を制御する配列である。特に
重要な転写制御配列は、プロモーターのような転写の開始を制御するものである
。好ましくは、このプロモーターは、最小プロモーターである。用語「最小プロ
モーター」は、転写されるべき結合配列についての転写開始部位を定義するが、
それ自身では、特定の細胞環境において、あったとしても効率的には転写を開始
し得ない、部分的プロモーター配列を記載することを意図する。従って、このよ
うな最小プロモーターの活性は、本発明の融合タンパク質の結合に依存する。
【0089】 好ましい実施態様では、最小プロモーターは、ショウジョウバエの熱ショック
プロモーター由来であり、そして融合タンパク質に対する標的LREは、PCT
/US97/05330(本明細書中で参考として援用される)に記載されるよ
うに生成されるAGAACAである。
【0090】 本発明に従うLREは、リガンドに応答性を与えるように作動すべきである。
さらなる実施態様では、本発明のPBPに結合するDNAエレメントはまた、用
いられるPBPが、リガンド結合タンパク質である場合に、リガンド応答性であ
り得る。LREエレメントおよびDNAエレメント(必要な場合)の選択、なら
びにお互いについてのこれらのエレメントの配置は、用いられる融合タンパク質
またはPBPに依存する。例えば、融合タンパク質のDNA結合ドメインが、塩
基性へリックス−ループ−へリックスタンパク質に由来する場合、LREは、コ
ンセンサスDNAヘキサマーCANNTG(「Eボックス」としてもまた公知で
ある)を含むようである(例えば、Littlewoodら、前出、31頁)。
【0091】 多くの転写因子についての好ましいDNA結合部位(すなわち、LREおよび
DNAエレメント)は公知である。[D.J.MangelsdorfおよびR
.M.Evans,(1992)「Retinoid Receptors a
s Transcription Factors」,Transcripti
onal Regulation,S.L.McKnightおよびK.R.Y
amamoto編、1137−1167頁、;L.P.Freedman編、(
1998)Molecular Biology of Steroid an
d Nuclear Hormone Receptors:Progress
in Gene Expression,Birkhauser:Bosto
n,MA.,111−113頁;およびPCT/US97/05330(本明細
書中で参考として援用される)]。
【0092】 哺乳動物細胞中で融合タンパク質、PBP、およびプロテアーゼの発現を制御
するプロモーターは、サイトメガロウイルス(CMV)プロモーター、SV40
初期プロモーター、およびラウス肉腫ウイルス(RSV)プロモーターのように
構成的であり得る。添加されるコントロールについて、融合タンパク質、PBP
、およびプロテアーゼは、誘導性プロモーターの制御化にあり得る。誘導性プロ
モーターは、レポーター遺伝子の転写を駆動するプロモーターと同じではないこ
とが望ましい。
【0093】 本発明の方法に従って有用であるレポーター遺伝子は、当該分野で周知である
。このようなレポーター遺伝子は、ルシフェラーゼ遺伝子、グリーン蛍光タンパ
ク質遺伝子(US 5,491,084)、β−ガラクトシダーゼ、分泌アルカ
リホスファターゼ遺伝子、およびクロラムフェニコールアセチルトランスフェラ
ーゼ遺伝子を含む。また、本発明は、細胞外の分泌のためのシグナル配列を有す
るマーカータンパク質をコードするレポーター遺伝子(例えば、IL−1β遺伝
子)を意図する。
【0094】 LREエレメントおよびDNAエレメントに作動可能に連結されるレポーター
遺伝子を含むベクター(すなわち、レポータープラスミド)は、当該分野で利用
可能な材料から調製され得る。このようなレポータープラスミドはまた、好まし
くは、例えば、以下を含む:複製起点および選択マーカー。このレポータープラ
スミドはまた、必要に応じて、細胞株のゲノムへのベクターの挿入を生じるため
に、長末端反復配列(「LTR」)のような他のDNA配列を含み得る。
【0095】 細菌または哺乳動物細胞中で融合タンパク質、PBP発現モジュレータードメ
インを有するタンパク質もしくはプロテアーゼの発現のために適切なベクターは
、当該分野で周知である。このようなベクターは、例えば、以下を含み得る:複
製起点、選択マーカーおよび転写制御配列(例えば、プロモーターおよびポリア
デニル化配列)。従って、融合タンパク質、PBP、発現モジュレータードメイ
ンを有するタンパク質およびプロテアーゼは、上記のように、構成性または誘導
性プロモーターと作動可能に連結されているはずである。このベクターは、以下
のタンパク質の2つ以上が同じベクター中に存在するように構築され得る:融合
タンパク質、プロテアーゼ、ならびに必要に応じて、PBPおよび/または発現
モジュレーターを有するタンパク質(融合タンパク質の機能にとって必要であれ
ば)。これらの遺伝子の転写は、同じプロモーターまたは異なるプロモーターに
よって制御され得る。例えば、各遺伝子は、異なる誘導性プロモーターによって
制御されてもよいし、各遺伝子は、同じ構成性プロモーターによって制御されて
もよい。
【0096】 融合タンパク質、PBP、プロテアーゼおよび発現モジュレータードメインを
含む第2のタンパク質を発現するためのレポータープラスミドおよびベクターは
、選択マーカーを含み得る−一方は、原核生物細胞(例えば、細菌)における増
殖を付与し、そしてもう一方は、特定の化合物の存在下で真核生物細胞(例えば
、酵母、哺乳動物細胞または植物細胞)における増殖を付与する。本発明におい
て有用な選択マーカーは、薬物(例えば、アンピシリン、カナマイシン、ハイグ
ロマイシン、ネオマイシンまたはG418)に対する耐性を付与しうる。
【0097】 本発明の好ましい実施態様において、このベクターは、DNA配列である配列
番号19を有する融合タンパク質をコードする。本発明のさらに好ましい実施態
様において、DNA配列である配列番号21を有する融合タンパク質をコードす
るベクターは、コントロールとして使用される。本発明の好ましい実施態様にお
いて、レポータープラスミドは、InvitrogenのpINDに由来する。
【0098】 このベクターおよびレポータープラスミドが細胞における転写アッセイにおい
て使用されるべき場合、それらは、当該分野で公知の技術(例えば、トランスフ
ェクション、リポフェクチン、サイトフェクチン、粒子ビーズボンバードメント
、エレクトロポレーション、マイクロインジェクションまたはウイルス感染)に
より宿主細胞へ導入され得る(例えば、F.M.Ausubelら編、Curr
ent Protocols in Molecular Biology,G
reene Publishing Associates & Wiley−
Interscience:New York(1991);Sambrook
ら、Molecular Cloning:A Laboratory Man
ual第2版,Cold Spring Harbor Laboratory
Press(1989))。
【0099】 ウイルス感染の場合において、目的のDNAは、レトロウイルスを生成するた
めに使用される2つのレトロウイルスLTRの間のウイルスベクターへクローニ
ングされ得、そしてウイルスで細胞を感染させ得る。本発明に従う有用な他のウ
イルスとしては、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、およびワクシニアウイ
ルスが挙げられる。
【0100】 レポーター遺伝子産物の存在をアッセイするための方法は、当該分野で周知で
ある。例えば、レポーター遺伝子の転写から得られるmRNAをアッセイするた
めの方法は公知である(Sambrookら,(1989) Molecula
r Cloning:A Laboratory Manual(Cold S
pring Harbor Lab.Press:Plainview,N.Y
.),第2版;F.M.Ausubelら編,(1991)Current Protocols in Molecular Biology(John
Wiley&Sons:New York,第5版)。レポーター遺伝子により
コードされるタンパク質をアッセイするための方法もまた公知であり、そしてこ
のタンパク質を測定するためのキットが会社から市販される(例えば、Prom
ega)。
【0101】 本明細書および特許請求の範囲全体を通して、語句「含む(comprise
)」またはそのバリエーション「含む(comprise)」もしくは「含む(
含んでいる)(comprising)」は、述べられた完全なもの(inte
ger)または完全なものの群の包含を暗に含むが、任意の他の完全なものまた
は完全なものの群の排除が暗示されないことが理解される。
【0102】 本明細書中に記載される本発明は、より十分に理解され得るために、以下の実
施例が記載される。これらの実施例は、例示目的にすぎず、そしていずれの様式
においても本発明を制限すると見なされるべきではない。
【0103】 (実施例1:DNAベクターの構築) (A.材料) (1)ベクター プラスミドpVgRXRは、Invitrogenから得た。pVgRXRは
、改変エクジソンレセプター(VgEcR)およびレチノイドXレセプター(R
XR)の両方を発現して、ヘテロダイマー核レセプターを形成する、8728k
bのベクターである(図1)。VgEcR遺伝子の転写は、サイトメガロウイル
ス(CMV)前初期プロモーターにより駆動される。RXR遺伝子の転写は、ラ
ウス肉腫ウイルス(RSV)プロモーターにより駆動される。これらの遺伝子を
発現する安定な細胞株は抗生物質ZeocinTMでの選択により作製され得る。
pVgRXRベクターおよびエクジソンシステムキットの特徴および維持管理に
関する製品情報は、Invitrogen技術マニュアルからの参考として援用
される。
【0104】 プラスミドpINDは、Invitrogenから得た(図3)。プラスミド
pINDは、pcDNA3.1ベクターに基づいた5024bpのベクターであ
る。このベクターは、5つのハイブリッドLRE(すなわち、5つのエクジソン
/グルココルチコイド応答エレメント(E/GRE))および熱ショック最小プ
ロモーターを有する。このE/GREは、pVgRXRから発現される改変エク
ジソンレセプターにより認識され得る。プラスミドpIND−Lucを、別のプ
ラスミドからのルシフェラーゼ遺伝子(コザック配列およびメチオニン開始部位
を含む)を消化し、そしてpINDのポリリンカー(すなわち、最小熱ショック
プロモーターの下流)にこれをクローニングすることにより作製した(図3)。
両方のプラスミドは、選択目的でネオマイシンおよびアンピシリンの耐性遺伝子
を有する。pINDおよびpIND−Lucベクターの特徴および維持管理に関
する製品情報は、Invitrogen技術マニュアルからの参考として援用さ
れる。
【0105】 哺乳動物発現プラスミドpSRαは、当該分野で記載されている(本明細書中
に参考として援用される、Y.Takebeら,Mol.Cell.Biol.
,8,466−72頁(1988))。このプラスミドは、シミアンウイルス4
0(SV40)初期プロモーターならびにヒトT細胞白血病ウイルス1型(HT
LV−1)のRセグメントおよび長末端反復のU5配列(R−U5’)の一部か
ら構成されるプロモーター系を含む。プラスミドはまた、16S スプライス接
合部、SV40ポリアデニル化シグナルおよびアンピシリン耐性遺伝子を含む。
HTLV LTRエンハンサー/プロモーター配列は、下流にクローニングされ
た遺伝子の高レベル発現を駆動する。目的の遺伝子を、16S スプライス接合
部に対して3’に位置づけされるPstIおよびEcoRI部位にクローニング
し得る。
【0106】 (2)プライマー VP16/5A5BFプライマー(配列番号12)は、pVgRXRプラスミ
ドのVP16コード領域の上流にあるXbaI部位にハイブリダイズするように
設計された28マーである。
【0107】 VP16/5A5BRプライマー(配列番号13)は、pVgRXRプラスミ
ドのVP16活性化ドメインをコードするDNAの3’領域中のアンチセンス鎖
に一部ハイブリダイズするように設計された86マーである。 このプライマーはまた、HCV NS3−4Aプロテアーゼの5A/5B切断部
位およびXbaI部位についてのコード配列に相補的なヌクレオチドを含む。
【0108】 VP16/5A**5BRプライマー(配列番号14)はpVgRXRプラスミ
ドのVP16活性化ドメインをコードするDNAの3’領域中のアンチセンス鎖
に一部ハイブリダイズするように設計された92マーである。このプライマーは
また、HCV NS3−4Aプロテアーゼの5A/5B切断部位についてのコー
ド配列に相補的なヌクレオチド配列を有する。しかし、5A/5B切断部位をコ
ードするDNAはさらに、システインおよびセリンコドンをコードするDNA配
列の間に6つのヌクレオチド挿入を有する。この6つのヌクレオチド挿入は、2
つの停止コドンをコードする。
【0109】 NS3−4AFプライマー(配列番号15)は、NS3コード領域(HCVポ
リペプチドにおけるアミノ酸番号1027〜1032に対応する)の開始部位に
一部結合するように設計された47マーである。このオリゴヌクレオチドの残余
部分は、クローニングを容易にするための複数の制限部位を含む。
【0110】 NS3−4ABプライマー(配列番号16)は、NS4Aコード領域(HCV
ポリペプチドにおけるアミノ酸番号1705〜1711に対応する)の3’末端
に一部結合するように設計された44マーである。このオリゴヌクレオチドの残
余部分は、クローニングを容易にするための複数の制限部位を含む。
【0111】 各プライマーを、オリゴヌクレオチド合成機を用いて、当該分野で公知の標準
的条件下で合成した。
【0112】 B.ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)およびクローニングストラテジー PCR反応を、標準の条件下(Sambrook,J.,Fritsch,E
.F.,およびManiatis,T.(1989).Molecular C
loning:A Laboratory Manual.第2版、Plain
view,New.York.:Cold Spring Harbor La
boratory Press)で行った。
【0113】 (1)pVgRXR−5A/5BベクターおよびpVgRXR−5A**5Aベ
クター VgRXR−5A/5B(配列番号19)をコードする発現ベクターを調製す
ることに関する最初の工程は、VP16/5A5BFプライマー(配列番号12
)、VP16/5A5BRプライマー(配列番号13)およびpVgRXRプラ
スミドをテンプレートとして用いるPCR反応を包含した。次いで、このPCR
産物を、XbaIで消化した。pVgRXRベクターをXbaIで消化して、V
P16活性化ドメインをコードするDNAを除去することにより、このPCR産
物と連結するためのベクターを調製した。このベクター骨格を単離し、そして消
化したPCR挿入物を、この骨格のXbaI部位に連結した。この連結物を、こ
の挿入物の適切な配向およびそのヌクレオチド配列の正確さを確実にするために
配列決定することによりスクリーニングした。
【0114】 VgRXR−5A**5B(配列番号21)をコードする発現ベクターを調製す
ることに関する最初の工程は、VP16/5A5BFプライマー(配列番号12
)、VP16/5A**5BRプライマー(配列番号14)およびpVgRXRプ
ラスミドをテンプレートとして用いるPCR反応を包含した。次いで、このPC
R産物をXbaIで消化した。pVgRXRベクターをXbaIで消化して、V
P16活性化ドメインをコードするDNAを除去することにより、このPCR産
物と連結するためのベクターを調製した。このベクター骨格を単離し、そして消
化したPCR挿入物をこの骨格のXbaI部位に連結した。この連結物を、この
挿入物の適切な配向およびそのヌクレオチド配列の正確さを確実にするために配
列決定することによりスクリーニングした。
【0115】 (2)pSRα−NS3−4AおよびpSRα−NS3−4A(S1165A
) NS3−4A切断部位をコードするpSRα−NS3−4Aベクター(配列番
号10)を調製することに関する最初の工程は、NS3−4AFプライマー(配
列番号15)、NS3−4ABプライマー(配列番号16)および全長HCV
H株cDNAをテンプレートとして使用するPCR反応を包含した(本明細書中
に参考として援用されるInchauspeら,(1991),PNAS US
A 88:10292−10296)。次いで、このPCR産物をPstIおよ
びEcoRIで消化した。pSRαベクターをPstIおよびEcoR1で消化
することにより、このPCR産物と連結するためのベクターを調製した。このベ
クター骨格を単離し、そしてこのPCR挿入物をこの骨格のPstI−EcoR
I部位に連結した。
【0116】 NS3−4A変異プロテアーゼをコードするpSRα−NS3−4A(S11
65A)(S1165A)ベクターを調製することに関する最初の工程は、NS
3−4AFプライマー(配列番号15)、NS3−4ABプライマー(配列番号
16)およびNS3活性部位変異S1165AのcDNAを用いるPCR反応を
包含した(本明細書中に参考として援用されるA.Grakouiら,(199
3)J.Virology 67:2832−43)。次いで、このPCR産物
をPstIおよびEcoRIで消化した。pSRαベクターをPstIおよびE
coRIで消化することにより、PCR産物と連結するためのベクターを調製し
た。このベクター骨格を単離し、そしてPCR挿入物をこの骨格のPstI−E
coRI部位に連結した。NS3−4A(S1165A)は、アミノ酸番号11
65でセリンからアラニンへの置換(これは、このプロテアーゼを不活性にする
)を有する。配列番号10と配列番号11とを比較のこと。
【0117】 (実施例2:NS3−4Aプロテアーゼ エクジソン−誘導性ルシフェラーゼ
アッセイ) HCV NS3−4Aプロテアーゼ エクジソン−誘導性ルシフェラーゼアッ
セイを、一般に、以下に記載の通り行った。
【0118】 COSアフリカミドリザル腎臓細胞を、約150,000細胞/ウェルで、6
ウェルプレート中にプレートした。翌日、約3.6μgのプラスミドDNAを、
29μlのSuperfect試薬(Qiagen)と合わせたダルベッコ改変
イーグル培地−Gibco BRL(DMEM)100μl中に溶解し、次いで
、ピペッティングして混合した。この混合物を、室温で10分間インキュベート
した。
【0119】 各実験で代表的に使用されたDNAの量は、以下のとおりである:0.6μg
のpIND−Luc、0.6μgのpVgRXR−5A/5BもしくはpVgR
XR−5A**5B、および0〜2.4μgのpSRα−NS3−4Aもしくはp
SRα−NS3−4A(S1165A)もしくはpSRα。
【0120】 次いで、v/v 10% ウシ胎仔血清を含むDMEM(10% FBS−D
MEM)600μlを、DNA混合物に添加し、そしてピペッティングして混合
した。6ウェルプレート中の細胞を、2.5mlのリン酸緩衝化生理食塩水(P
BS)で洗浄した。このPBSを細胞から取り除き、そしてDNA混合物と置き
換えた。この細胞を、5% CO2インキュベーターの中で、DNA混合物中、
37℃で3時間インキュベートした。
【0121】 インキュベーション後、この細胞をPBSで洗浄した。PBSを取り除き、そ
して細胞に10% FBS−DMEMを添加した。この細胞を、5% CO2
ンキュベーターの中で、10% FBS−DMEM中、37℃で一晩インキュベ
ートした。
【0122】 その翌日、外因性リガンドをこの細胞に添加して、レポーター遺伝子の転写を
誘導した。具体的には、10% FBS−DMEMを細胞から吸引し、そして1
〜10μM ムリステロン(muristeron)Aまたは1〜10μM ポ
ナステロン(ponasterone)A(Invitrogen,Unite
d Kingdom)の濃度を含む10% FBS−DMEM溶液と置き換えた
。いくつかの場合には、ジメチルスルホキシド(DMSO)中に溶解したプロテ
アーゼインヒビターもまた1〜40μMの終濃度で細胞に添加した。細胞をムリ
ステロンAまたはポナステロンAとともに、5% CO2インキュベーターの中
で、37℃で24時間インキュベートした。
【0123】 翌日、細胞をPBSで洗浄した。ルシフェラーゼタンパク質の活性を、ルシフ
ェラーゼアッセイキット(Promega)を用いて測定した。具体的には、細
胞を250μlの細胞培養物溶解試薬で溶解した。これらの細胞をプレートから
掻き取り、そして微量遠心チューブに移した。抽出物を、12,000×gで5
秒間遠心分離した。20μlの各サンプルを、100μlのルシフェラーゼアッ
セイ試薬に添加した。ルシフェラーゼと試薬との反応によって生じた光を、ルミ
ノメーターで測定し、そして相対的光単位(relative light u
nits;RLU)として報告した。
【0124】 実験のほとんどを、三連で数回行った。データ点の標準偏差を反映するエラー
バーは、図面に中に含まれている。
【0125】 (実施例3:活性化ドメインとDNA結合ドメインとの間の5A/5B接合部
の挿入は、ムリステロンA誘導トランス活性化を妨げない) 融合タンパク質(VgRXR、VgRXR−5A/5BまたはVgRXR−5
A(Stop)5B)ならびにpIND−Lucをコードするベクターを、上記
(実施例2)に記載されるように、COS細胞にトランスフェクトした。翌日に
、これらの細胞のいくつかを、1μMのムリステロンとともに24時間インキュ
ベートした。この細胞を溶解し、そして以前に記載されたようにルシフェラーゼ
活性をアッセイした。結果を図4に示す。
【0126】 pVgRXR−5A(Stop)5B(これは、エクジソンDNA結合ドメイ
ンを欠く)によって発現されたコントロール融合タンパク質は、ごくわずかな活
性を示す。VgRXRおよびVgRXR−5A/5B発現融合タンパク質の活性
の間には、ほとんどまたは全く差異がなかった。これらの結果は、VgRXR発
現タンパク質における5A/5B接合部の挿入が、ムリステロンAが誘導した活
性を妨げないことを示す。
【0127】 (実施例4:漸増量のpSRαNS3−4AとpVgRXR−5A/5Bとの
同時トランスフェクションは、ムリステロンA誘導性トランス活性化の用量依存
減少を導く) レポータープラスミドpIND−Lucを、図5に示されるように、pVgR
XR−5A/5BまたはpVgRXRのいずれかと、プロテアーゼNS3−4A
をコードするDNAの漸増量(μg)とともに同時トランスフェクトした。翌日
に、細胞を、1μM ムリステロンAとともにインキュベートした。次いで、細
胞を溶解し、以前に記載したように、ルシフェラーゼ活性をアッセイした。結果
を図5に示す。
【0128】 哺乳動物RXRおよびエクジソンレセプター/VP16融合タンパク質をコー
ドするVgRXR構築物で同時トランスフェクトした場合のルシフェラーゼレポ
ーター構築物の転写は、プロテアーゼNS3−4Aで同時発現させた場合と、ほ
とんどまたは全く変化しないことを示した。対照的に、VgRXR−5A/5B
コードタンパク質は、NS3−4Aタンパク質で同時発現させた場合、ルシフェ
ラーゼ活性の用量依存的減少を生じた。これらの結果は、プロテアーゼNS3−
4Aが、5A/5B接合部を切断するが、活性に必要な融合タンパク質の他の領
域を切断しないことを示唆する。
【0129】 (実施例5:漸増量のpSRαNS3−4A(S1165A)とpVgRXR
−5A/5Bとの同時トランスフェクションは、ムリステロンA誘導性トランス
活性化に影響を及ぼさない) 本発明者らは、図6に示すように、0.6μgのpVgRXR−5A/5Bお
よび0.6μgのpIND−Lucを用いて、NS3プロテアーゼまたはそれら
の不活性変異体をコードする可変量(μg)のベクターで同時トランスフェクト
した。各トランスフェクションに使用したDNAの総量は、pSRαと足して3
.6μgであった。翌日に、細胞を1μMのムリステロンA中でインキュベート
した。細胞を溶解し、そして以前に記載したように、ルシフェラーゼ活性をアッ
セイした。結果を図6に示す。
【0130】 前の結果においてみられるように(実施例4)、VgRXR−5A/5Bによ
ってコードされるこの融合タンパク質は、NS3−4Aプロテアーゼの非存在下
で高レベルの活性を示した。VgRXR−5A/5B媒介ルシフェラーゼ活性の
活性は、変異型プロテアーゼNS3−4A(S1165A)をコードするDNA
ではなく、NS3−4AプロテアーゼをコードするDNAでの同時トランスフェ
クションに伴う用量依存性様式で減少した。これは、おそらく、変異体NS3−
4Aプロテアーゼがエクジソン/VP16融合タンパク質を切断できないことに
起因する。
【0131】 実施例4および5のような用量依存研究は、融合タンパク質をコードするDN
Aと、将来のアッセイにおいて使用するためのプロテアーゼをコードするDNA
との最適比を決定するために有用であった。
【0132】 (実施例6:ポナステロンA用量応答) プラスミドpIND−Luc(0.6μg)を、1.8μgのpSRαNS3
−4Aの非存在下または存在下でpVgRXR−5A/5B(0.6μg)とと
もに同時トランスフェクトした。翌日に、細胞を可変量のポナステロンA、エク
ジソンレセプターと哺乳動物レチノイン酸レセプター(RXR)とのヘテロダイ
マー化を誘導するリガンドとともにインキュベートした。細胞を溶解し、そして
以前に記載したように、ルシフェラーゼ活性をアッセイした。結果を図7に示す
【0133】 この結果は、ポナステロンAが、プロテアーゼNS3−4Aの非存在下で融合
タンパク質EdR5A/5B(すなわち、VgRXR−5A/5Bによってコー
ドされるタンパク質)を活性化するにおいて有効であることを示す。これらの実
験の目的については、ポナステロンAが3.3〜10μMの間の濃度で存在した
場合に、融合タンパク質の最も大きな活性化が生じた。一般には、ポナステロン
Aは、これらのアッセイにおいて転写を誘導するにおいてムリステロンAと等し
く有効であることが分かった。
【0134】 (実施例7:ポナステロンA誘導および%DMSO制御) プラスミドpIND−Luc(0.6μg)を、1.8μgのpSRαNS3
−4Aの存在下または非存在下で、pVgRXR−5A/5B(0.6μg)と
同時トランスフェクトした。翌日、細胞を5μM ポナステロンAとともにイン
キュベートした。ジメチルスルホキシド(DMSO)を、0〜1% DMSOの
終濃度(v/v)まで細胞に添加した。細胞を溶解し、そして以前に記載したよ
うに、ルシフェラーゼ活性をアッセイした。結果を図8に示す。
【0135】 このコントロール実験において、DMSOを細胞に加えて、その存在が、ポナ
ステロンAによる融合タンパク質の活性化を妨げるか否かを決定した。DMSO
は、これらのアッセイに添加する前に、プロテアーゼインヒビター化合物を溶解
するためにときおり使用された溶媒である。大部分の実験で、細胞培養物中のD
MSO濃度は、0.1%を超えなかった。これらの結果は、1%までのDMSO
濃度が、このアッセイにおいてポナステロンA誘導ルシフェラーゼ活性に対する
影響をほとんどまたは全く有さないことを示す。
【0136】 以下の実施例は、プロテアーゼのインヒビターとして潜在的に有用な化合物を
スクリーニングするために、このアッセイがどの程度有用であり得るかを示す。
【0137】 (実施例8:VRT−25,531によるNS3−4A活性の用量依存的阻害
) プラスミドpIND−Luc(0.6μg)を、1.8μgのpSRαNS3
−4A(1:3の比)の存在下でpVgRXR−5A/5B(0.6μg)と同
時トランスフェクトした。翌日に、細胞を、図9に記載されるように、5μM
ポナステロンAおよび可変量の化合物VH−25531とともにインキュベート
した。細胞を溶解し、そして以前に記載したように、ルシフェラーゼ活性をアッ
セイした。結果を図9に示す。
【0138】 この結果は、NS3−4Aプロテアーゼの非存在下でのVH−25531が融
合タンパク質の活性を有意には増加も減少もさせないことを示す(図9のレーン
1および3を比較のこと)。しかし、VH−25531は、特に20μMでNS
3−4Aプロテアーゼの活性を阻害しない。(請求項2に伴うレーン4〜11(
図9)を比較のこと)。事実、これらの結果は、VH−25531が、20μM
濃度で、NS3−4Aプロテアーゼを55.5%ほど阻害し得ることを示す。2
0μM VH−25531でのプロテアーゼ活性の阻害%を、レーン3の値から
レーン2の値を差し引くこと(19900−5177=14732)、レーン4
の値からレーン2の値を差し引くこと(13356−5177=8179)、次
いで、2つの値を用いて除算すること(8179/14723=0.555)に
より概算した。
【0139】 本発明者らは、本明細書中前記に本発明の多くの実施態様を提示したが、本発
明者らの基本的な構築物が、本発明の方法を利用する他の実施態様を提供するよ
うに改変され得ることは明らかである。従って、本発明の範囲が、本明細書中で
例示される特定の実施態様ではなく、むしろ特許請求の範囲および明細書により
規定されるべきことが理解される。
【配列表】
【図面の簡単な説明】
【図1】 図1は、ベクターpVgRXR、pVgRXR−5A/5B、およびpVgR
XR−5A(停止)5Bの構造を示す。pVgRXR−5A/5Bにコードされ
るタンパク質のシステインとセリンとの間に位置するバックスラッシュは、切断
が生じる場所を示す。pVgRXR−5A(停止)5Bにコードされるタンパク
質の切断部位付近の2つのアスタリスクは、2つの停止コドンの位置を示す。
【図2】 図2は、HCV NS3−4AプロテアーゼをコードするDNAベクターであ
るpSRα−NS3−4Aの構造を示す。
【図3】 図3は、コントロールベクターpINDおよびエクジソン誘導性ルシフェラー
ゼ発現のためのレポーターベクターであるpIND−lucの構造を示す。用語
「5XE/GRE」とは、エクジソン/グルココルチコイド応答エレメントをい
う。用語「PΔHSP」とは、熱ショック最小プロモーターをいう。用語「BG
H pA」とは、ウシ成長ホルモンポリアデニル化シグナルをいう。
【図4】 図4は、以下のいずれか1つを用いるCOS細胞へのトランスフェクション実
験の結果をグラフで示す:(1)哺乳動物RXRレセプタータンパク質、および
単純ヘルペスウイルスVP16タンパク質(pVgRXR)の活性化ドメインに
融合されたDrosophilaエクジソンレセプターのDNA結合ドメインを
含む融合タンパク質をコードするDNAベクター;(2)RXRレセプタータン
パク質、およびVP16タンパク質(pVgRXR−5A/5B)の活性化ドメ
インに融合されたHCVの5A/5Bタンパク質分解性切断部位に融合されたD
rosophilaエクジソンレセプターのDNA結合ドメインを含む融合タン
パク質をコードするDNAベクター;ならびに(3)RXRレセプタータンパク
質、および上記の融合タンパク質(5A/5B切断部位をコードするDNAが、
その切断部位におけるタンデム停止コドンを含むように改変されていることを除
く)をコードするDNAベクター(pVgRXR−5A(停止)5B)。ルシフ
ェラーゼレセプター遺伝子を含むプラスミドを、各トランスフェクションにおい
て含ませた(pIND−luc)。トランスフェクション後、レポーター遺伝子
の転写を、1μMのミュリステロン(muristerone)A(エクジソン
アナログ)をトランスフェクトした細胞に投与することによって誘導した。この
データを、実施例1に記載のように、トランスフェクトした細胞からの溶解物に
存在するルシフェラーゼ活性を測定することによって得た。
【図5】 図5は、HCV NS3−4Aプロテアーゼをコードする漸増量のプラスミド
(pSRαNs3−4A)または漸増量のコントロールプラスミド(pSRα)
を用いた、COS細胞へのプラスミドpVgRXR−5A/5BおよびpIND
−lucの同時トランスフェクトの結果を示す。トランスフェクション後、レポ
ータープラスミドの転写を、1μMのミュリステロンAをトランスフェクトした
細胞に投与することによって誘導した。
【図6】 図6は、HCV NS3−4Aプロテアーゼをコードする漸増量のプラスミド
または漸増量のその不活性変異体(それぞれ、pSRαNs3−4AまたはpS
Rα3−4A(S1165A))を用いた、COS細胞へのプラスミドpVgR
XR−5A/5BおよびpIND−lucの同時トランスフェクトの結果をグラ
フで示す。トランスフェクション後、レポーター遺伝子の転写を、1μMのミュ
リステロンAをトランスフェクトした細胞に投与することによって誘導した。
【図7】 図7は、1、3.3、10、33または100μMのいずれかのポナステロン
A(エクジソンアナログ)を、HCV−NS3−4Aプロテアーゼをコードする
プラスミド(pSRαNs3−4A)の存在下または非存在下でプラスミドpV
gRXR−5A/5BおよびpIND−Lucで同時トランスフェクトした後の
COS細胞に投与した結果をグラフで示す。
【図8】 図8は、DMSO寛容性を実証するコントロール実験の結果をグラフで示す。
プラスミドpVgRXR−5A/5BおよびpIND−Lucを、HCV−NS
3−4Aプロテアーゼをコードするプラスミド(pSRαNs3−4A)ありま
たはなしで、COS細胞に同時トランスフェクトした。トランスフェクション後
、レポータープラスミドの転写を、漸増濃度のジメチルスルホキシド(DMSO
)の存在下で5μMのポナステロンAを投与することによって誘導した。
【図9】 図9は、プラスミドpVgRXR−5A/5B、pIND−LucおよびpS
RαNS3−4AをCOS細胞に同時トランスフェクトし、次いで5μMのポナ
ステロンAおよび変動量のプロテアーゼインヒビター(VH−25531)を投
与した結果をグラフで示す。
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.7 識別記号 FI テーマコート゛(参考) C12N 1/19 C12N 1/21 1/21 9/99 5/10 C12P 21/02 C 9/99 C12Q 1/02 C12P 21/02 1/37 C12Q 1/02 1/68 A 1/37 C12N 15/00 ZNAA 1/68 5/00 A (81)指定国 EP(AT,BE,CH,CY, DE,DK,ES,FI,FR,GB,GR,IE,I T,LU,MC,NL,PT,SE),OA(BF,BJ ,CF,CG,CI,CM,GA,GN,GW,ML, MR,NE,SN,TD,TG),AP(GH,GM,K E,LS,MW,SD,SL,SZ,UG,ZW),E A(AM,AZ,BY,KG,KZ,MD,RU,TJ ,TM),AE,AL,AM,AT,AU,AZ,BA ,BB,BG,BR,BY,CA,CH,CN,CR, CU,CZ,DE,DK,DM,EE,ES,FI,G B,GD,GE,GH,GM,HR,HU,ID,IL ,IN,IS,JP,KE,KG,KP,KR,KZ, LC,LK,LR,LS,LT,LU,LV,MD,M G,MK,MN,MW,MX,NO,NZ,PL,PT ,RO,RU,SD,SE,SG,SI,SK,SL, TJ,TM,TR,TT,UA,UG,UZ,VN,Y U,ZA,ZW (71)出願人 130 Waverly Street, Camridge, Massachus etts 02139−4242, U.S.A. (72)発明者 フック, トーマス アメリカ合衆国 マサチューセッツ 02144, ソマービル, ナンバー2, リバティ アベニュー 36 (72)発明者 クウォン, アン アメリカ合衆国 マサチューセッツ 02138, ケンブリッジ, サンセット ロード 45 Fターム(参考) 4B024 AA11 BA63 BA80 CA04 DA02 DA06 EA04 FA02 GA11 HA01 HA12 4B063 QA01 QQ42 QQ79 QR16 QR32 QR55 QR62 QS05 QS34 QS36 4B064 AG01 AG20 AG21 CA10 CA19 CC24 DA13 4B065 AA26X AA90X AA99Y AB01 AC14 BA02 CA24 CA46 4H045 AA10 BA10 BA41 CA40 DA51 DA56 EA55 FA74

Claims (27)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項1】 以下を含む、融合タンパク質であって: a.プロテアーゼ切断部位; b.リガンド結合ドメイン;および c.DNA結合ドメイン; ここで、該融合タンパク質とのリガンドの結合は、レポーター遺伝子に作動可
    能に連結されたリガンド応答性エレメント(「LRE」)への該融合タンパク質
    の結合を媒介し;そして ここで、該融合タンパク質はまた、発現モジュレータードメインを含むか、ま
    たは発現モジュレータードメインを有する第2のタンパク質と結合し、ここで、
    該発現モジュレータードメインは、該レポーター遺伝子の転写を調節する、 融合タンパク質。
  2. 【請求項2】 前記プロテアーゼ切断部位が、HCV NS3プロテアーゼ
    によって認識される、請求項1に記載の融合タンパク質。
  3. 【請求項3】 前記プロテアーゼ切断部位が、HIVアスパルチルプロテア
    ーゼによって認識される、請求項1に記載の融合タンパク質。
  4. 【請求項4】 前記DNA結合ドメインが、ステロイド/甲状腺スーパーフ
    ァミリーレセプターのDNA結合ドメインから選択される、請求項1に記載の融
    合タンパク質。
  5. 【請求項5】 前記DNA結合ドメインが、エクジソンレセプター由来であ
    り、そしてここで、該エクジソンレセプターは、DNAに結合し得るためにタン
    パク質結合パートナーとの結合を必要とする、請求項1に記載の融合タンパク質
  6. 【請求項6】 前記DNA結合ドメインが、そのP−box領域が、配列番
    号24のアミノ酸配列を有するように改変される、請求項5に記載の融合タンパ
    ク質。
  7. 【請求項7】 前記発現モジュレータードメインは、VP16タンパク質の
    活性化ドメインである、請求項1に記載の融合タンパク質。
  8. 【請求項8】 配列番号18の配列を有する、請求項1に記載の融合タンパ
    ク質。
  9. 【請求項9】 前記プロテアーゼ切断部位のアミノ酸配列が、配列番号1〜
    10からなる群より選択される、請求項1に記載の融合タンパク質。
  10. 【請求項10】 請求項1〜9のいずれか1項に記載の融合タンパク質をコ
    ードする、DNA分子。
  11. 【請求項11】 前記DNA配列が、配列番号17である、請求項10に記
    載のDNA分子。
  12. 【請求項12】 請求項10または11に記載のDNA分子を含む、ベクタ
    ー。
  13. 【請求項13】 請求項12に記載のベクターで形質転換された、宿主細胞
  14. 【請求項14】 請求項1〜9のいずれか1項に記載の融合タンパク質を生
    成する方法であって、請求項13に記載の宿主細胞を該融合タンパク質の発現を
    引き起こす条件下で培養する工程を包含する、方法。
  15. 【請求項15】 請求項13に記載の宿主細胞であって、該宿主細胞は、以
    下: a.前記融合タンパク質の前記DNA結合ドメインに結合するLREであって
    、ここで、該結合は、リガンドの存在によって調節され、そして該融合タンパク
    質のタンパク質結合パートナーの存在によって必要に応じて調節される、LRE
    ; b.該融合タンパク質の前記発現調節ドメインによって調節される、プロモー
    ター;および c.その発現が該プロモーターによって制御される、レポーター遺伝子 を含むDNA分子をさらに含む、宿主細胞。
  16. 【請求項16】 前記プロモーターが、哺乳動物熱ショックプロモーターで
    ある、請求項15に記載の宿主細胞。
  17. 【請求項17】 前記レポーター遺伝子が、ルシフェラーゼ遺伝子である、
    請求項15に記載の宿主細胞。
  18. 【請求項18】 請求項15に記載の宿主細胞であって、該宿主細胞は、前
    記融合タンパク質の前記DNA結合ドメインを活性化するために必要なタンパク
    質結合パートナーをコードするDNA分子をさらに含む、宿主細胞。
  19. 【請求項19】 インビトロでプロテアーゼ活性をアッセイするための方法
    であって、該方法は、以下の工程: a.インビトロ転写抽出物中の請求項1〜5のいずれか1項に記載の融合タン
    パク質を、該融合タンパク質を前記プロテアーゼ切断部位で切断し得るプロテア
    ーゼ、およびDNA分子と共にインキュベートする工程であって、ここで、該D
    NA分子は、(i)該融合タンパク質の前記DNA結合ドメインに結合するLR
    E;(ii)該融合タンパク質の前記発現調節ドメインによって調節されるプロ
    モーター;および(iii)その発現が該プロモーターによって制御される、レ
    ポーター遺伝子を含み、ここで、該融合タンパク質の該プロテアーゼ切断部位は
    、該プロテアーゼによって切断され得、該プロテアーゼの活性がアッセイされる
    、工程; b.該インキュベーションに該融合タンパク質と結合するリガンドを添加する
    工程であって、ここで、該リガンドは、(i)該LREに結合するか、またはタ
    ンパク質結合パートナーに結合して;そして(ii)該レポーター遺伝子の転写
    を調節するために、該融合タンパク質に必要とされる、工程;ならびに c.該レポーター遺伝子から生成される遺伝子産物を定量する工程、 を包含する、方法。
  20. 【請求項20】 細胞中のプロテアーゼ活性をアッセイするための方法であ
    って、該方法は、以下の工程: a.請求項15〜18のいずれか1項に記載の宿主細胞を、前記融合タンパク
    質、および存在する場合には、前記タンパク質結合パートナーの発現を引き起こ
    す条件下で培養する工程であって、ここで、該宿主細胞は、該アッセイされるプ
    ロテアーゼを発現し、そしてここで、該融合タンパク質の前記プロテアーゼ切断
    部位は、該プロテアーゼによって切断され得る、工程; b.該宿主細胞培養物に、該融合タンパク質に結合し、そして該融合タンパク
    質の活性を調節するリガンドを添加する工程であって、ここで、該リガンドは、
    (i)レポーター遺伝子に作動可能に連結される前記LREに結合するか、また
    はタンパク質結合パートナーに結合して;そして(ii)該レポーター遺伝子の
    転写を調節するために、該融合タンパク質に必要とされる、工程;ならびに c.該レポーター遺伝子から生成される遺伝子産物を定量する工程、 を包含する、方法。
  21. 【請求項21】 プロテアーゼに対する、化合物の阻害活性を測定するため
    の方法であって、該方法は、以下の工程: a.請求項15〜18のいずれか1項に記載の宿主細胞を、前記融合タンパク
    質の発現を引き起こす条件下で、該化合物の非存在下の第1の培養物中で培養す
    る工程であって、ここで、該宿主細胞は、該アッセイされるプロテアーゼを発現
    し、そしてここで、該融合タンパク質の前記プロテアーゼ切断部位は、該プロテ
    アーゼによって切断され得る、工程; b.工程aで用いた該宿主細胞を、前記融合タンパク質の発現を引き起こす条
    件下、該化合物の存在下の第2の培養物中で培養する工程; c.該第1および第2の宿主細胞培養物に、リガンドを添加する工程であって
    、ここで、該リガンドは、(i)レポーター遺伝子に作動可能に連結される前記
    LREに結合するか、またはタンパク質結合パートナーに結合して;そして(i
    i)該融合タンパク質に結合する該レポーター遺伝子の転写を調節するために、
    該融合タンパク質に必要とされる、工程;ならびに d.該第1の宿主細胞培養物および該第2の宿主細胞培養物中の該レポーター
    遺伝子から生成される遺伝子産物の量を比較する工程、 を包含する、方法。
  22. 【請求項22】 請求項21に記載の方法であって、該方法は、以下のさら
    なる工程: a.請求項15〜18のいずれか1項に記載の宿主細胞を、前記融合タンパク
    質の発現を引き起こす条件下で、第3の培養物中で培養する工程であって、そし
    てここで、該宿主細胞は、該融合タンパク質における前記プロテアーゼ切断部位
    を認識するプロテアーゼを発現しない、工程;および、工程dの一部として、 該宿主細胞培養物中の前記レポーター遺伝子から生成される遺伝子産物の量を
    、前記第1の宿主細胞培養物および前記第2の宿主細胞培養物中の前記レポータ
    ー遺伝子から生成される遺伝子産物の量と比較する工程、 を包含する、方法。
  23. 【請求項23】 同じ切断部位を認識する2つのプロテアーゼの活性を比較
    する方法であって、該方法は、以下の工程: a.請求項15〜18のいずれか1項に記載の第1の宿主細胞を、前記融合タ
    ンパク質、および存在する場合には、前記タンパク質結合パートナーの発現を引
    き起こす条件下で培養する工程であって、ここで、該第1の宿主細胞は、該融合
    タンパク質の該プロテアーゼ切断部位を切断し得る第1のプロテアーゼを発現す
    る、工程; b.請求項15〜18のいずれか1項に記載の第2の宿主細胞を、前記融合タ
    ンパク質、および存在する場合には、前記タンパク質結合パートナーの発現を引
    き起こす条件下で培養する工程であって、ここで、該第2の宿主細胞は、該融合
    タンパク質の該プロテアーゼ切断部位を切断し得る第2のプロテアーゼを発現す
    る、工程; c.該第1および第2の宿主細胞培養物に、リガンドを添加する工程であって
    、ここで、該リガンドは、(i)レポーター遺伝子に作動可能に連結される前記
    LREに結合するか、またはタンパク質結合パートナーに結合して;そして(i
    i)該レポーター遺伝子の転写を調節するために、該融合タンパク質に必要とさ
    れる、工程;ならびに d.該第1の宿主細胞培養物および該第2の宿主細胞培養物中の該レポーター
    遺伝子から生成される遺伝子産物の量を比較する工程、 を包含する、方法。
  24. 【請求項24】 前記第1のプロテアーゼおよび前記第2のプロテアーゼが
    、HIVプロテアーゼの形態である、請求項23に記載の方法。
  25. 【請求項25】 以下を含む、プロテアーゼ活性をアッセイするためのキッ
    ト: a.請求項10または11に記載のDNA分子、あるいは請求項12に記載の
    ベクター; b.以下を含む、DNA分子: i.aのDNA分子によってコードされる前記融合タンパク質の前記DNA
    結合ドメインに結合され得る、LRE; ii.aのDNA分子によってコードされる該融合タンパク質の前記発現調
    節ドメインによって調節され得る、プロモーター;および iii.その発現が該プロモーターによって制御される、レポーター遺伝子
    ; c.リガンドであって、ここで、該リガンドは、(i)レポーター遺伝子に作
    動可能に連結される該LREに結合するか、またはタンパク質結合パートナーに
    結合して;そして(ii)該レポーター遺伝子の転写を調節するために、該融合
    タンパク質に必要とされる、リガンド;ならびに d.プロテアーゼ活性をアッセイするための該キットを使用するための説明書
  26. 【請求項26】 前記a.のDNA分子および前記b.のDNA分子の両方
    が、宿主細胞中に存在する、請求項25に記載のキット。
  27. 【請求項27】 前記融合タンパク質のタンパク質結合パートナーをコード
    するDNA分子または該DNA分子を含むベクターをさらに含む、請求項26に
    記載のキット。
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