JP2001178500A - 多様なdna重合酵素を用いるdna塩基配列決定及び、これに使用されるキット - Google Patents
多様なdna重合酵素を用いるdna塩基配列決定及び、これに使用されるキットInfo
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Abstract
(57)【要約】
【課題】 従来のサンガー法によるDNA配列決定方法
を改良して、DNA両末端部位の塩基配列を容易に決定
できるようにして、1回の塩基配列決定で従来の方法よ
り、もっと長鎖のDNA序列が決定できる方法及び、こ
れに使用されるキットを提供すること。 【解決手段】 サンガー法によるDNA塩基配列決定に
おいて、dNTPに対する親和度に比して、ddNTP
に対する親和度がもっと高い重合酵素と、dNTPに対
する親和度に比して、ddNTPに対する親和度がもっ
と低い重合酵素を混合使用することを特徴とする。
を改良して、DNA両末端部位の塩基配列を容易に決定
できるようにして、1回の塩基配列決定で従来の方法よ
り、もっと長鎖のDNA序列が決定できる方法及び、こ
れに使用されるキットを提供すること。 【解決手段】 サンガー法によるDNA塩基配列決定に
おいて、dNTPに対する親和度に比して、ddNTP
に対する親和度がもっと高い重合酵素と、dNTPに対
する親和度に比して、ddNTPに対する親和度がもっ
と低い重合酵素を混合使用することを特徴とする。
Description
【0001】
【発明の属する技術分野】本発明は、DNA配列決定方
法及びこれに使用されるキットに関するものであり、1
回のDNA配列決定を通じて、DNA全部分の塩基配列
をより正確に決定できるDNA配列決定方法及び、これ
に使用されるキットに関するものである。
法及びこれに使用されるキットに関するものであり、1
回のDNA配列決定を通じて、DNA全部分の塩基配列
をより正確に決定できるDNA配列決定方法及び、これ
に使用されるキットに関するものである。
【0002】
【従来の技術】現在まで知られたDNA配列決定のため
の一般の方法は、サンガーのジデオキシヌクレオチド鎖
終結法である。サンガーの方法は、DNA重合酵素を用
いることにより、3'位置の炭素に水酸基(−OH)が結
合されたデオキシヌクレオチド(dNTP)を基質とし
て鎖を伸長させ、3'位置の炭素に水酸基(−OH)が結
合されないジデオキシヌクレオチド(ddNTP)を基
質として鎖伸長反応を終結させる。
の一般の方法は、サンガーのジデオキシヌクレオチド鎖
終結法である。サンガーの方法は、DNA重合酵素を用
いることにより、3'位置の炭素に水酸基(−OH)が結
合されたデオキシヌクレオチド(dNTP)を基質とし
て鎖を伸長させ、3'位置の炭素に水酸基(−OH)が結
合されないジデオキシヌクレオチド(ddNTP)を基
質として鎖伸長反応を終結させる。
【0003】かかるサンガー法によるDNA配列決定方
法においては、主形DNAに相補的であるDNA断片を
構成する基質として、4種類のdNTP即ち、デオキシ
グアノシン−3'−リンサン(dGTP),デオキシア
デノシン−3'−リンサン(dATP)、デオキシチミ
ジン−3'−リンサン(dTTP)及び、デオキシシチ
ジン−3'−リンサン(dCTP)が使用され、相補D
NA断片の重合反応を終結させる基質として、4種類の
ddNTP即ち、ジデオキシグアノシン−3'−リンサ
ン(ddGTP),ジデオキシアデノシン−3'−リン
サン(ddATP)、ジデオキシチミジン−3'−リン
サン(ddTTP)及び、ジデオキシシチジン−3'−
リンサン(ddCTP)が使用される。ddNTPはd
NTPと相違して、3'位置炭素に結合された水酸基の
不存在により、ddNTPが生成中のDNA断片の末端
に結合される場合には、これ以上のDNA鎖伸長は起き
ない。
法においては、主形DNAに相補的であるDNA断片を
構成する基質として、4種類のdNTP即ち、デオキシ
グアノシン−3'−リンサン(dGTP),デオキシア
デノシン−3'−リンサン(dATP)、デオキシチミ
ジン−3'−リンサン(dTTP)及び、デオキシシチ
ジン−3'−リンサン(dCTP)が使用され、相補D
NA断片の重合反応を終結させる基質として、4種類の
ddNTP即ち、ジデオキシグアノシン−3'−リンサ
ン(ddGTP),ジデオキシアデノシン−3'−リン
サン(ddATP)、ジデオキシチミジン−3'−リン
サン(ddTTP)及び、ジデオキシシチジン−3'−
リンサン(ddCTP)が使用される。ddNTPはd
NTPと相違して、3'位置炭素に結合された水酸基の
不存在により、ddNTPが生成中のDNA断片の末端
に結合される場合には、これ以上のDNA鎖伸長は起き
ない。
【0004】従って、サンガー法によるDNA配列決定
方法においては、末端にddNTPが結合された多様な
長さのDNA断片が生成される。サンガー法において
は、主形DNAを構成するヌクレオチド数に相当する数
字の多様な種類の相補DNA断片が生成され、これらを
電気泳動法を通じて、分子量順に従って分離した後、各
DNA断片の末端塩基を決定することにより、主形DN
A全体の塩基配列を決定する。
方法においては、末端にddNTPが結合された多様な
長さのDNA断片が生成される。サンガー法において
は、主形DNAを構成するヌクレオチド数に相当する数
字の多様な種類の相補DNA断片が生成され、これらを
電気泳動法を通じて、分子量順に従って分離した後、各
DNA断片の末端塩基を決定することにより、主形DN
A全体の塩基配列を決定する。
【0005】しかし、かかるサンガーの方法が便利であ
るにもかかわらず、これまでは、相補DNA断片生成反
応の反応進行度の限界によって、通常500〜700の
塩基対のDNAしか正確に決定できないという問題があ
る。例えば、人間の相補DNAは平均2Kb程度なのに、
これを完全に決定するためには、分割して、3回以上の
塩基配列決定過程を通さなければならないので、多くの
時間と努力及び、費用が必要とされる。
るにもかかわらず、これまでは、相補DNA断片生成反
応の反応進行度の限界によって、通常500〜700の
塩基対のDNAしか正確に決定できないという問題があ
る。例えば、人間の相補DNAは平均2Kb程度なのに、
これを完全に決定するためには、分割して、3回以上の
塩基配列決定過程を通さなければならないので、多くの
時間と努力及び、費用が必要とされる。
【0006】また、大規模遺伝体の塩基配列決定の方法
として知られているショッドガン法即ち、長鎖のDNA
を多数のDNA断片に分割して塩基配列を決定した後、
これらをコンピューター上で重複部位を対比して、全体
遺伝子の塩基配列を決定する方法においても、1回の配
列決定過程で決定できるDNA断片の長さをもっと長く
させたら全体DNA塩基配列の決定する時間を短縮する
ことができる。
として知られているショッドガン法即ち、長鎖のDNA
を多数のDNA断片に分割して塩基配列を決定した後、
これらをコンピューター上で重複部位を対比して、全体
遺伝子の塩基配列を決定する方法においても、1回の配
列決定過程で決定できるDNA断片の長さをもっと長く
させたら全体DNA塩基配列の決定する時間を短縮する
ことができる。
【0007】通常的なサンガーの終結法においては、単
一のDNA重合酵素が使用されるため、主形DNAの2
0〜30番目の塩基対に対応される比較的短鎖の相補D
NA断片と、主形DNAの600〜700番目の塩基対
に対応される比較的長鎖の相補DNA断片は少なく生成
され、通常40〜500番目の塩基対に対応する相補D
NA断片が多く生成される。
一のDNA重合酵素が使用されるため、主形DNAの2
0〜30番目の塩基対に対応される比較的短鎖の相補D
NA断片と、主形DNAの600〜700番目の塩基対
に対応される比較的長鎖の相補DNA断片は少なく生成
され、通常40〜500番目の塩基対に対応する相補D
NA断片が多く生成される。
【0008】従って、比較的短鎖のDNA断片と、比較
的長鎖のDNA断片の濃度が低いから、DNAの中間部
位の塩基配列に比して両末端部位の塩基配列は決定しが
たいので、サンガー法によって1回の塩基配列決定を通
じて決定できるDNAの長さの制限がある。だから、主
形DNAの両末端部位塩基配列をより正確に決定できる
ようにして、1回の配列決定を通じて完全に決定できる
DNAの長さをより長くできる方法の開発が必要であ
る。
的長鎖のDNA断片の濃度が低いから、DNAの中間部
位の塩基配列に比して両末端部位の塩基配列は決定しが
たいので、サンガー法によって1回の塩基配列決定を通
じて決定できるDNAの長さの制限がある。だから、主
形DNAの両末端部位塩基配列をより正確に決定できる
ようにして、1回の配列決定を通じて完全に決定できる
DNAの長さをより長くできる方法の開発が必要であ
る。
【0009】
【発明が解決しようとする課題】本発明は、かかる従来
の問題点を解決するためのもので、その目的は、従来の
サンガー法によるDNA配列決定方法を改良し、DNA
両末端部位の塩基配列を容易に決定できるようにして、
1回の塩基配列決定で従来の方法より、もっと長鎖のD
NA序列が決定できる方法及び、これに使用されるキッ
トを提供するものである。従って、前記の本発明の目的
は、従来のジデオキシヌクレオチド鎖終結法を用いるD
NA配列決定方法において、通常的なDNA重合酵素よ
り、ddNTPに対する親和度が高いDNA重合酵素
と、通常的なDNA重合酵素より、ddNTPに対する
親和度が低いDNA重合酵素からなる2種以上のDNA
重合酵素を混合使用するDNA配列決定方法を提供する
ことにより果たされる。
の問題点を解決するためのもので、その目的は、従来の
サンガー法によるDNA配列決定方法を改良し、DNA
両末端部位の塩基配列を容易に決定できるようにして、
1回の塩基配列決定で従来の方法より、もっと長鎖のD
NA序列が決定できる方法及び、これに使用されるキッ
トを提供するものである。従って、前記の本発明の目的
は、従来のジデオキシヌクレオチド鎖終結法を用いるD
NA配列決定方法において、通常的なDNA重合酵素よ
り、ddNTPに対する親和度が高いDNA重合酵素
と、通常的なDNA重合酵素より、ddNTPに対する
親和度が低いDNA重合酵素からなる2種以上のDNA
重合酵素を混合使用するDNA配列決定方法を提供する
ことにより果たされる。
【0010】即ち、ddNTPに対する親和度が高い重
合酵素は、比較的短鎖のDNA断片を多く生成させ、d
dNTPに対する親和度が低い重合酵素は、比較的長鎖
のDNA断片を多く生成させる。だから、ddNTPに
対する親和度が相違な重合酵素を混合使用してDNA塩
基配列を決定すると、主形DNAの10〜1000塩基
対以上までに対応する多様な長さの相補DNA断片がほ
ぼ均等に生成され、より長鎖のDNA配列決定が可能に
なる。
合酵素は、比較的短鎖のDNA断片を多く生成させ、d
dNTPに対する親和度が低い重合酵素は、比較的長鎖
のDNA断片を多く生成させる。だから、ddNTPに
対する親和度が相違な重合酵素を混合使用してDNA塩
基配列を決定すると、主形DNAの10〜1000塩基
対以上までに対応する多様な長さの相補DNA断片がほ
ぼ均等に生成され、より長鎖のDNA配列決定が可能に
なる。
【0011】
【課題を解決するための手段】本発明の方法は、サンガ
ー法によるDNA塩基配列決定において、dNTPに対
する親和度に比して、ddNTPに対する親和度がもっ
と高い重合酵素と、dNTPに対する親和度に比して、
ddNTPに対する親和度がもっと低い重合酵素を混合
使用することを特徴とするものである。従来のサンガー
法によるDNA塩基配列決定に使用される重合酵素のd
NTPに対する親和度と、ddNTPに対する親和度間
の比率は約3000であり、dNTPが重合酵素によっ
て鎖伸長反応が進行中の相補DNA断片の末端に反応す
る頻度が、ddNTPが重合酵素によって鎖伸長反応が
進行中の相補DNA断片の末端に反応して鎖伸長を終結
させる頻度の3000倍に相当される。
ー法によるDNA塩基配列決定において、dNTPに対
する親和度に比して、ddNTPに対する親和度がもっ
と高い重合酵素と、dNTPに対する親和度に比して、
ddNTPに対する親和度がもっと低い重合酵素を混合
使用することを特徴とするものである。従来のサンガー
法によるDNA塩基配列決定に使用される重合酵素のd
NTPに対する親和度と、ddNTPに対する親和度間
の比率は約3000であり、dNTPが重合酵素によっ
て鎖伸長反応が進行中の相補DNA断片の末端に反応す
る頻度が、ddNTPが重合酵素によって鎖伸長反応が
進行中の相補DNA断片の末端に反応して鎖伸長を終結
させる頻度の3000倍に相当される。
【0012】本発明においての「酵素親和度」は特定重
合酵素が、鎖伸長反応が進行中のDNA断片末端にdd
NTPまたは、dNTPが結合する反応頻度に寄与する
程度を相対的数値で現れたことを意味とする。本発明で
は、(株)バイオにアで生産するTopTMDNA重合
酵素のddNTP及びdNTPに対する酵素親和度を基
準ですることにより、使用される酵素のddNTPとd
NTPに対する親和度を説明することである。
合酵素が、鎖伸長反応が進行中のDNA断片末端にdd
NTPまたは、dNTPが結合する反応頻度に寄与する
程度を相対的数値で現れたことを意味とする。本発明で
は、(株)バイオにアで生産するTopTMDNA重合
酵素のddNTP及びdNTPに対する酵素親和度を基
準ですることにより、使用される酵素のddNTPとd
NTPに対する親和度を説明することである。
【0013】本発明の方法においては、鎖伸長反応に寄
与するdNTPの反応結合頻度が鎖伸長反応の終結に寄
与するddNTPの反応結合頻度に比して、3000倍
未満、好ましくは1000倍以下、より好ましくは0.5
倍以下の重合酵素と、鎖伸長反応に寄与するdNTPの
反応結合頻度が鎖伸長反応の終結に寄与するddNTP
の反応結合頻度に比して、3000倍超過し、好ましく
は5000倍以上、より好ましくは8000倍以上であ
る重合酵素を用いる。
与するdNTPの反応結合頻度が鎖伸長反応の終結に寄
与するddNTPの反応結合頻度に比して、3000倍
未満、好ましくは1000倍以下、より好ましくは0.5
倍以下の重合酵素と、鎖伸長反応に寄与するdNTPの
反応結合頻度が鎖伸長反応の終結に寄与するddNTP
の反応結合頻度に比して、3000倍超過し、好ましく
は5000倍以上、より好ましくは8000倍以上であ
る重合酵素を用いる。
【0014】従って、本発明の方法は、サンガー法によ
るDNA塩基配列決定方法において、dNTPに対する
親和度がddNTPに対する親和度に比して3000倍
未満、好ましくは1000倍以下、より好ましくは0.
5倍以下の重合酵素とdNTPに対する親和度がddN
TPに対する親和度に比して3000倍超過し、好まし
くは5000倍以上、より好ましくは8000倍以上の
重合酵素を共に含むヌクレオチド混合物を製造する段
階;前記ヌクレオチド混合物の各々に塩基配列を決定し
ようとするDNAを添加して相補DNA断片を生成させ
る段階;また、前記相補DNA断片を分子量順に従って
分離し、末端に結合された塩基を決定して前記DNAの
塩基配列を認識する段階を含むことを特徴とする。
るDNA塩基配列決定方法において、dNTPに対する
親和度がddNTPに対する親和度に比して3000倍
未満、好ましくは1000倍以下、より好ましくは0.
5倍以下の重合酵素とdNTPに対する親和度がddN
TPに対する親和度に比して3000倍超過し、好まし
くは5000倍以上、より好ましくは8000倍以上の
重合酵素を共に含むヌクレオチド混合物を製造する段
階;前記ヌクレオチド混合物の各々に塩基配列を決定し
ようとするDNAを添加して相補DNA断片を生成させ
る段階;また、前記相補DNA断片を分子量順に従って
分離し、末端に結合された塩基を決定して前記DNAの
塩基配列を認識する段階を含むことを特徴とする。
【0015】本発明のまた他の目的のDNA配列決定用
キットは、dNTPに対する親和度が、ddNTPに対
する親和度に比して3000倍未満、好ましくは100
0倍以下、より好ましくは0.5倍以下の重合酵素と、
dNTPに対する親和度がddNTPに対する親和度に
比して3000倍超過し、好ましくは5000倍以上、
より好ましくは8000倍以上の重合酵素を共に含むヌ
クレオチド混合物が満たされた4種の密閉容器で構成さ
れる。即ち、ddATP、dATP、dGTP、dCT
P、dTTP、緩衝溶液、安定化剤、ddNTPに対す
る親和度が、dNTPに対する親和度に比して3000
倍未満、好ましくは1000倍以下、より好ましくは
0.5倍以下の重合酵素及び、ddNTPに対する親和
度が、dNTPに対する親和度に比して3000倍超過
し、好ましくは5000倍以上、より好ましくは800
0倍以上の重合酵素で満たされた密閉容器;ddGT
P、dATP、dGTP、dCTP、dTTP、緩衝溶
液、安定化剤、ddNTPに対する親和度が、dNTP
に対する親和度に比して3000倍未満、好ましくは1
000倍以下、より好ましくは0.5倍以下の重合酵素
及び、ddNTPに対する親和度がdNTPに対する親
和度に比して3000倍超過し、好ましくは5000倍
以上、より好ましくは8000倍以上の重合酵素で満た
された密閉容器;ddCTP、dATP、dGTP、d
CTP、dTTP、緩衝溶液、安定化剤とddNTPに
対する親和度がdNTPに対する親和度に比して3、0
00倍未満、好ましくは1000倍以下、より好ましく
は0.5倍以下の重合酵素及びddNTPに対する親和
度がdNTPに対する親和度に比して3000倍超過
し、好ましくは5000倍以上、より好ましくは800
0倍以上の重合酵素で満たされた密閉容器で構成され
る。
キットは、dNTPに対する親和度が、ddNTPに対
する親和度に比して3000倍未満、好ましくは100
0倍以下、より好ましくは0.5倍以下の重合酵素と、
dNTPに対する親和度がddNTPに対する親和度に
比して3000倍超過し、好ましくは5000倍以上、
より好ましくは8000倍以上の重合酵素を共に含むヌ
クレオチド混合物が満たされた4種の密閉容器で構成さ
れる。即ち、ddATP、dATP、dGTP、dCT
P、dTTP、緩衝溶液、安定化剤、ddNTPに対す
る親和度が、dNTPに対する親和度に比して3000
倍未満、好ましくは1000倍以下、より好ましくは
0.5倍以下の重合酵素及び、ddNTPに対する親和
度が、dNTPに対する親和度に比して3000倍超過
し、好ましくは5000倍以上、より好ましくは800
0倍以上の重合酵素で満たされた密閉容器;ddGT
P、dATP、dGTP、dCTP、dTTP、緩衝溶
液、安定化剤、ddNTPに対する親和度が、dNTP
に対する親和度に比して3000倍未満、好ましくは1
000倍以下、より好ましくは0.5倍以下の重合酵素
及び、ddNTPに対する親和度がdNTPに対する親
和度に比して3000倍超過し、好ましくは5000倍
以上、より好ましくは8000倍以上の重合酵素で満た
された密閉容器;ddCTP、dATP、dGTP、d
CTP、dTTP、緩衝溶液、安定化剤とddNTPに
対する親和度がdNTPに対する親和度に比して3、0
00倍未満、好ましくは1000倍以下、より好ましく
は0.5倍以下の重合酵素及びddNTPに対する親和
度がdNTPに対する親和度に比して3000倍超過
し、好ましくは5000倍以上、より好ましくは800
0倍以上の重合酵素で満たされた密閉容器で構成され
る。
【0016】ddTTP、dATP、dGTP、dCT
P、dTTP、緩衝溶液、安定化剤と、ddNTPに対
する親和度がdNTPに対する親和度に比して3000
倍未満、好ましくは1000倍以下、より好ましくは
0.5倍以下の重合酵素及び、ddNTPに対する親和
度がdNTPに対する親和度に比して3000倍超過
し、好ましくは5000倍以上、より好ましくは800
0倍以上の重合酵素で満たされた密閉容器で構成され
る。
P、dTTP、緩衝溶液、安定化剤と、ddNTPに対
する親和度がdNTPに対する親和度に比して3000
倍未満、好ましくは1000倍以下、より好ましくは
0.5倍以下の重合酵素及び、ddNTPに対する親和
度がdNTPに対する親和度に比して3000倍超過
し、好ましくは5000倍以上、より好ましくは800
0倍以上の重合酵素で満たされた密閉容器で構成され
る。
【0017】
【発明の実施の形態】以下、実施例に基づいて本発明の
構成をより具体的に説明するが、本発明の普通の範囲が
下記実施例の内容に限定されるものではない。
構成をより具体的に説明するが、本発明の普通の範囲が
下記実施例の内容に限定されるものではない。
【0018】実施例1 3μMのdGTP,30μMのdATP、30μMのd
TTP、30μMのdCTPと150nMのddGTP
を含むヌクレオチド混合物と、3μMのdGTP,30
μMのdATP、30μMのdTTP、30μMのdC
TPと1.754μMのddATPを含むヌクレオチド
混合物と3μMのdGTP,30μMのdATP、30
μMのdTTP、30μMのdCTPと3.02μMの
ddTTPを含むヌクレオチド混合物と、3μMのdG
TP,30μMのdATP、30μMのdTTP、30
μMのdCTPと1μMのddCTPを含むヌクレオチ
ド混合各々に、ddNTPに対する親和度が高い重合酵
素として、Therm o Sequenase(USB社
製、dNTPに対する酵素親和度がddNTPに対する
酵素親和度に比して0.5倍の重合酵素)、ddNTP
に対する酵素親和度が低い重合酵素として、Tfi mu
tantDNA重合酵素(韓国特許出願第98−1340
8号、dNTPに対する酵素親和度がddNTPに対す
る酵素親和度に比して8000倍の重合酵素)を添加し
た。また、対照用として、前記ヌクレオチド混合物の各
々にddNTPに対する通常の親和度を有する重合酵素
として、トップDNA重合酵素(TOP DNA pol
ymerase;(株)バイオにア製、dNTPに対す
る酵素親和度がddNTPに対する酵素親和度に比して
3000倍の重合酵素)を添加した。
TTP、30μMのdCTPと150nMのddGTP
を含むヌクレオチド混合物と、3μMのdGTP,30
μMのdATP、30μMのdTTP、30μMのdC
TPと1.754μMのddATPを含むヌクレオチド
混合物と3μMのdGTP,30μMのdATP、30
μMのdTTP、30μMのdCTPと3.02μMの
ddTTPを含むヌクレオチド混合物と、3μMのdG
TP,30μMのdATP、30μMのdTTP、30
μMのdCTPと1μMのddCTPを含むヌクレオチ
ド混合各々に、ddNTPに対する親和度が高い重合酵
素として、Therm o Sequenase(USB社
製、dNTPに対する酵素親和度がddNTPに対する
酵素親和度に比して0.5倍の重合酵素)、ddNTP
に対する酵素親和度が低い重合酵素として、Tfi mu
tantDNA重合酵素(韓国特許出願第98−1340
8号、dNTPに対する酵素親和度がddNTPに対す
る酵素親和度に比して8000倍の重合酵素)を添加し
た。また、対照用として、前記ヌクレオチド混合物の各
々にddNTPに対する通常の親和度を有する重合酵素
として、トップDNA重合酵素(TOP DNA pol
ymerase;(株)バイオにア製、dNTPに対す
る酵素親和度がddNTPに対する酵素親和度に比して
3000倍の重合酵素)を添加した。
【0019】このように製造された混合物に主形DNA
とプライマーを添加して相補DNA断片生成反応を進行
させてから、生成された相補DNA断片を分子量順に従
って分離して末端塩基を決定した。主形DNAとしては
1.5μgのpUC19プラスミドDNA、プライマーと
してはM13 Universial Forward 1
7mer(5'-gtaaaacgacggccagt、3
0pmoles)、及び、蒸留水を加えて40μgの相補
DNA断片生成反応用混合物を製造した。相補DNA断
片の生成反応を順次に94℃で240秒、94℃で30
秒、50℃で30秒、72℃で60秒を30回繰り返して、
最後に72℃で300秒間、もう1回進行させた。終結
溶液(2.5%ブロムフェノールブ−ル、2.5%キシ
レンシアノール、10mM NaOH)を40μl加えて
相補DNA断片の生成反応を終結させた。このように製
造された相補DNA断片を8Mの尿素(Urea)、6%アク
リルアミドゲルを使用して電気泳動法で分子量順に従っ
て分離させた後、銀染色法(silverstar st
aining kit;(株)バイオニア製)で塩基配列を
決定した。
とプライマーを添加して相補DNA断片生成反応を進行
させてから、生成された相補DNA断片を分子量順に従
って分離して末端塩基を決定した。主形DNAとしては
1.5μgのpUC19プラスミドDNA、プライマーと
してはM13 Universial Forward 1
7mer(5'-gtaaaacgacggccagt、3
0pmoles)、及び、蒸留水を加えて40μgの相補
DNA断片生成反応用混合物を製造した。相補DNA断
片の生成反応を順次に94℃で240秒、94℃で30
秒、50℃で30秒、72℃で60秒を30回繰り返して、
最後に72℃で300秒間、もう1回進行させた。終結
溶液(2.5%ブロムフェノールブ−ル、2.5%キシ
レンシアノール、10mM NaOH)を40μl加えて
相補DNA断片の生成反応を終結させた。このように製
造された相補DNA断片を8Mの尿素(Urea)、6%アク
リルアミドゲルを使用して電気泳動法で分子量順に従っ
て分離させた後、銀染色法(silverstar st
aining kit;(株)バイオニア製)で塩基配列を
決定した。
【0020】実施例2 10倍に希釈させた緩衝溶液(500mM トリス-HC
l, 20mM MgCl2),5Mべタイン(Betain)安定化
剤、Therm o Sequenase2.5ユニット
と、Tfi mutantDNA重合酵素2.5ユニット
の混合物5ユニット(1ユニットは37℃、1時間でD
NA1μgを反応させられる量を意味とする。)、3μ
MのdGTP、30μMのdATP、30μMのdTT
P、30μMのdCTPからなるdNTPの混合物と、
150nMのddGTPを密閉容器に満たして;10倍
に希釈させた緩衝溶液(500mM トリス-HCl, 20
mM MgCl2),5Mべタイン(Betain)安定化剤、Th
erm o Sequenase2.5ユニットと、Tfi
mutantDNA重合酵素2.5ユニットの混合物5ユ
ニット、3μMのdGTP、30μMのdATP、30
μMのdTTP、30μMのdCTPからなるdNTP
の混合物と1.754μMのddATPを密閉容器に満
たして;10倍に希釈させた緩衝溶液(500mM トリ
ス-HCl, 20mM MgCl2)、 5Mべタイン(Betain)
安定化剤、Therm o Sequenase2.5ユニ
ットと、Tfi mutantDNA重合酵素2.5ユニ
ットの混合物5ユニット、3μMのdGTP、30μM
のdATP、30μMのdTTP、30μMのdCTP
からなるdNTPの混合物と3.02μMのddTTP
を密閉容器に満たして;また、10倍に希釈させた緩衝
溶液(500mM トリス- HCl, 20mM MgCl 2)、5
Mベタイン安定化剤、Therm o Sequenase
2.5ユニットと、Tfi mutantDNA重合酵素
2.5ユニットの混合物5ユニット、3μMのdGT
P、30μMのdATP、30μMのdTTP、30μ
MのdCTPからなるdNTPの混合物と、1μMのd
dCTPを密閉容器に満たして、4種類の密閉容器で構
成された本発明のDNA塩基配列決定キットを製作し
た。
l, 20mM MgCl2),5Mべタイン(Betain)安定化
剤、Therm o Sequenase2.5ユニット
と、Tfi mutantDNA重合酵素2.5ユニット
の混合物5ユニット(1ユニットは37℃、1時間でD
NA1μgを反応させられる量を意味とする。)、3μ
MのdGTP、30μMのdATP、30μMのdTT
P、30μMのdCTPからなるdNTPの混合物と、
150nMのddGTPを密閉容器に満たして;10倍
に希釈させた緩衝溶液(500mM トリス-HCl, 20
mM MgCl2),5Mべタイン(Betain)安定化剤、Th
erm o Sequenase2.5ユニットと、Tfi
mutantDNA重合酵素2.5ユニットの混合物5ユ
ニット、3μMのdGTP、30μMのdATP、30
μMのdTTP、30μMのdCTPからなるdNTP
の混合物と1.754μMのddATPを密閉容器に満
たして;10倍に希釈させた緩衝溶液(500mM トリ
ス-HCl, 20mM MgCl2)、 5Mべタイン(Betain)
安定化剤、Therm o Sequenase2.5ユニ
ットと、Tfi mutantDNA重合酵素2.5ユニ
ットの混合物5ユニット、3μMのdGTP、30μM
のdATP、30μMのdTTP、30μMのdCTP
からなるdNTPの混合物と3.02μMのddTTP
を密閉容器に満たして;また、10倍に希釈させた緩衝
溶液(500mM トリス- HCl, 20mM MgCl 2)、5
Mベタイン安定化剤、Therm o Sequenase
2.5ユニットと、Tfi mutantDNA重合酵素
2.5ユニットの混合物5ユニット、3μMのdGT
P、30μMのdATP、30μMのdTTP、30μ
MのdCTPからなるdNTPの混合物と、1μMのd
dCTPを密閉容器に満たして、4種類の密閉容器で構
成された本発明のDNA塩基配列決定キットを製作し
た。
【0021】このように製造されたDNA配列決定キッ
ト各々の密閉容器に主形DNAとしてはpUC 19 プラ
スミドDNA、1.5μg, プライマーとしてはM13 U
niversial Forward 17mer(5'-g
taaaacgacggccagt、30pmole
s)、及び、蒸留水を加えて40μgの相補DNA断片生
成反応用混合物を製造した。このように製造された混合
物を実施例1の方法によって相補DNA断片を生成さ
せ、塩基配列を決定した。
ト各々の密閉容器に主形DNAとしてはpUC 19 プラ
スミドDNA、1.5μg, プライマーとしてはM13 U
niversial Forward 17mer(5'-g
taaaacgacggccagt、30pmole
s)、及び、蒸留水を加えて40μgの相補DNA断片生
成反応用混合物を製造した。このように製造された混合
物を実施例1の方法によって相補DNA断片を生成さ
せ、塩基配列を決定した。
【0022】図1は、ddNTPに対する通常的な親和
度を有する従来のDNA重合酵素(Top DNA polymeras
e, 5ユニット)を含む混合物を使用して生成させた相補
DNA断片を電気で分離させた結果である。
度を有する従来のDNA重合酵素(Top DNA polymeras
e, 5ユニット)を含む混合物を使用して生成させた相補
DNA断片を電気で分離させた結果である。
【0023】図2は、ddNTPに対する親和度が高い
DNA重合酵素(Tfi mutant, 5ユニット)を含む混合
物を使用して生成させた相補DNA断片を電気泳動で分
離させた結果である。
DNA重合酵素(Tfi mutant, 5ユニット)を含む混合
物を使用して生成させた相補DNA断片を電気泳動で分
離させた結果である。
【0024】図3は、ddNTPに対する親和度が低い
DNA重合酵素(Theremo Sequnase, 5 ユニット)を含
む混合物を使用して生成させた相補DNA断片を電気泳
動で分離させた結果である。
DNA重合酵素(Theremo Sequnase, 5 ユニット)を含
む混合物を使用して生成させた相補DNA断片を電気泳
動で分離させた結果である。
【0025】図4は、ddNTPに対する親和度が相違
な3種のDNA重合酵素(図1〜図3で使用された酵
素)を各々2ユニット,2ユニット,1ユニットずつ同時に
含む混合物を使用して生成させた相補DNA断片を電気
泳動で分離した結果である。
な3種のDNA重合酵素(図1〜図3で使用された酵
素)を各々2ユニット,2ユニット,1ユニットずつ同時に
含む混合物を使用して生成させた相補DNA断片を電気
泳動で分離した結果である。
【0026】図5は、ddNTPに対する親和度が相違
する2種のDNA重合酵素(図2、図3で使用された酵
素)を各々2.5ユニットずつ同時に含む混合物を使用
して生成させた相補DNA断片を電気泳動で分離した結
果である。
する2種のDNA重合酵素(図2、図3で使用された酵
素)を各々2.5ユニットずつ同時に含む混合物を使用
して生成させた相補DNA断片を電気泳動で分離した結
果である。
【0027】
【発明の効果】以上説明したように、本発明の方法及び
キットを使用したら、10〜1000塩基対を有するD
NAの塩基配列を容易に決定でき、1回の塩基配列決定
を通じて従来の方法に比して、もっと長鎖のDNA塩基
配列の決定ができ得る。
キットを使用したら、10〜1000塩基対を有するD
NAの塩基配列を容易に決定でき、1回の塩基配列決定
を通じて従来の方法に比して、もっと長鎖のDNA塩基
配列の決定ができ得る。
【図面の簡単な説明】
【図1】 ddNTPに対する通常的な酵素親和度を有
する従来のDNA重合酵素(dNTPに対する親和度が
ddNTPに対する親和度に比して3000倍の重合酵
素)を使用して生成させた相補DNA断片を電気泳動で
分離させた結果である。
する従来のDNA重合酵素(dNTPに対する親和度が
ddNTPに対する親和度に比して3000倍の重合酵
素)を使用して生成させた相補DNA断片を電気泳動で
分離させた結果である。
【図2】 ddNTPに対する酵素親和度が高いDNA
重合酵素(dNTPに対する親和度がddNTPに対す
る親和度の0.5倍の重合酵素)を使用して生成させた
相補DNA断片を電気泳動で分離させた結果である。
重合酵素(dNTPに対する親和度がddNTPに対す
る親和度の0.5倍の重合酵素)を使用して生成させた
相補DNA断片を電気泳動で分離させた結果である。
【図3】 ddNTPに対する酵素親和度が低いDNA
重合酵素(dNTPに対する親和度がddNTPに対す
る親和度の8000倍の重合酵素)を使用して生成させ
た相補DNA断片を電気泳動で分離させた結果である。
重合酵素(dNTPに対する親和度がddNTPに対す
る親和度の8000倍の重合酵素)を使用して生成させ
た相補DNA断片を電気泳動で分離させた結果である。
【図4】 前記図1~図3のddNTPに対する酵素親
和度が互いに異なる3種のDNA重合酵素を同時に含む
DNA重合酵素混合物を使用して生成させた相補DNA
断片を電気泳動で分離した結果である。
和度が互いに異なる3種のDNA重合酵素を同時に含む
DNA重合酵素混合物を使用して生成させた相補DNA
断片を電気泳動で分離した結果である。
【図5】 前記図2、図3のddNTPに対する酵素親
和度が互いに異なる2種のDNA重合酵素を同時に含む
DNA重合酵素混合物を使用して生成させた相補DNA
断片を電気泳動で分離した結果である。
和度が互いに異なる2種のDNA重合酵素を同時に含む
DNA重合酵素混合物を使用して生成させた相補DNA
断片を電気泳動で分離した結果である。
Claims (24)
- 【請求項1】 ジデオキシヌクレオチド鎖終結法を用い
るDNA配列決定方法において、dNTPに対する親和
度が、ddNTPに対する親和度に比して、3000倍
未満の重合酵素と、dNTPに対する親和度が、ddN
TPに対する親和度に比して、3000倍超過する重合
酵素を含むヌクレオチド混合物を製造する段階;前記混
合物に、塩基配列を決定しようとするDNAとプライマ
ーを添加するにより、相補DNA断片を生成させる段
階;また、前記相補DNA断片を分子量順に従って分離
して、末端に結合された塩基を決定し、前記DNAの塩
基配列を認識する段階を含むことを特徴とする、DNA
塩基配列決定方法。 - 【請求項2】 前記ヌクレオチド混合物が、dNTPに
対する親和度がddNTPに対する親和度に比して10
00以下の重合酵素と、dNTPに対する親和度がdd
NTPに対する親和度に比して5000倍以上の重合酵
素を含むことを特徴とする、請求項1記載のDNA塩基
配列決定方法。 - 【請求項3】 前記ヌクレオチド混合物が、dNTPに
対する親和度がddNTPに対する親和度に比して0.
5倍以下の重合酵素と、dNTPに対する親和度がdd
NTPに対する親和度に比して8000倍以上の重合酵
素を含むことを特徴とする、請求項1記載のDNA塩基
配列決定方法。 - 【請求項4】 前記ヌクレオチド混合物がdNTPに対
する親和度がddNTPに対する親和度に比して300
0倍の重合酵素を追加でもっと含むことを特徴とする、
請求項1記載のDNA塩基配列決定方法。 - 【請求項5】 前記ヌクレオチド混合物が、dNTPに
対する親和度がddNTPに対する親和度に比して10
00倍〜5000倍の重合酵素を追加で、もっと含むこ
とを特徴とする、請求項2記載のDNA塩基配列決定方
法。 - 【請求項6】 前記ヌクレオチド混合物が、dNTPに
対する親和度がddNTPに対する親和度に比して0.
5倍〜8000倍の重合酵素を追加で、もっと含むこと
を特徴とする、請求項3記載のDNA塩基配列決定方
法。 - 【請求項7】 前記相補DNA断片を分子量順に従って
分離することにおいて、電気泳動法を用いることを特徴
とする、請求項1記載のDNA塩基配列決定方法。 - 【請求項8】 前記相補DNA断片の末端に結合された
塩基を決定することにおいて、銀染色法を用いることを
特徴とする、請求項1記載のDNA塩基配列決定方法。 - 【請求項9】 前記相補DNA断片を分子量順に従って
分離することにおいて、電気泳動法を用いることを特徴
とする、請求項2記載のDNA塩基配列決定方法。 - 【請求項10】 前記相補DNA断片の末端に結合され
た塩基を決定することにおいて、銀染色法を用いること
を特徴とする、請求項2記載のDNA塩基配列決定方
法。 - 【請求項11】 前記相補DNA断片を分子量順に従っ
て分離することにおいて、電気泳動法を用いることを特
徴とする、請求項3記載のDNA塩基配列決定方法。 - 【請求項12】 前記相補DNA断片の末端に結合され
た塩基を決定することにおいて、銀染色法を用いること
を特徴とする、請求項3記載のDNA塩基配列決定方
法。 - 【請求項13】 前記相補DNA断片を分子量順に従っ
て分離することにおいて、電気泳動法を用いることを特
徴とする、請求項4記載のDNA塩基配列決定方法。 - 【請求項14】 前記相補DNA断片の末端に結合され
た塩基を決定することにおいて、銀染色法を用いること
を特徴とする、請求項4記載のDNA塩基配列決定方
法。 - 【請求項15】 前記相補DNA断片を分子量順に従っ
て分離することにおいて、電気泳動法を用いることを特
徴とする、請求項5記載のDNA塩基配列決定方法。 - 【請求項16】 前記相補DNA断片の末端に結合され
た塩基を決定することにおいて、銀染色法を用いること
を特徴とする、請求項5記載のDNA塩基配列決定方
法。 - 【請求項17】 前記相補DNA断片を分子量順に従っ
て分離することにおいて、電気泳動法を用いることを特
徴とする、請求項6記載のDNA塩基配列決定方法。 - 【請求項18】 前記相補DNA断片の末端に結合され
た塩基を決定することにおいて、銀染色法を用いること
を特徴とする、請求項6記載のDNA塩基配列決定方
法。 - 【請求項19】 緩衝溶液、安定化剤、dATP、dG
TP、dCTP、dTTPと、ddATP及び重合酵素
が満たされた密閉容器;緩衝溶液、安定化剤、dAT
P、dGTP、dCTP、dTTPと、ddGPTび重
合酵素が満たされた密閉容器;緩衝溶液、安定化剤、d
ATP、dGTP、dCTP、dTTPと、ddCTP
及び重合酵素が満たされた密閉容器、緩衝溶液、安定化
剤、dATP、dGTP、dCTP、dTTPと、dd
TTP及び重合酵素が満たされた密閉容器からなるDN
A配列決定キットにおいて、前記重合酵素が、dNTP
に対する親和度がddNTPに対する親和度に比して3
000倍未満の重合酵素と、dNTPに対する親和度が
ddNTPに対する親和度に比して3000倍超過する
重合酵素混合物からなることを特徴とする、DNA配列
決定キット。 - 【請求項20】 前記重合酵素が、dNTPに対する親
和度がddNTPに対する親和度に比して1000倍以
下の重合酵素と、5000倍以上の重合酵素 の混合物
からなることを特徴とする、請求項19記載のDNA配
列決定キット。 - 【請求項21】 前記重合酵素が、dNTPに対する親
和度がddNTPに対する親和度に比して0.5倍以下
の重合酵素と、8000倍以上の重合酵素混合物からな
ることを特徴とする、請求項19記載のDNA配列決定
キット。 - 【請求項22】 前記重合酵素混合物が、dNTPに対
する親和度がddNTPに対する親和度に比して300
0倍の重合酵素を追加で、もっと含むことを特徴とす
る、請求項19記載のDNA配列決定キット。 - 【請求項23】 前記重合酵素混合物が、dNTPに対
する親和度がddNTPに対する親和度に比して100
0倍〜5000倍の重合酵素を追加で、もっと含むこと
を特徴とする、請求項20記載のDNA配列決定キッ
ト。 - 【請求項24】 前記重合酵素混合物が、dNTPに対
する親和度がddNTPに対する親和度に比して0.5
倍〜8000倍の重合酵素を追加でもっと含むことを特
徴とする請求項21記載のDNA配列決定キット。
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KR2000-69269 | 2000-11-21 | ||
KR10-2000-0069269A KR100430310B1 (ko) | 1999-11-26 | 2000-11-21 | 다양한 핵산 중합효소를 사용하는 핵산 염기 서열분석방법 및 이에 사용되는 키트 |
KR1999-52889 | 2000-11-22 |
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Publication Number | Publication Date |
---|---|
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Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
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---|---|
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JP (1) | JP2001178500A (ja) |
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US7875440B2 (en) | 1998-05-01 | 2011-01-25 | Arizona Board Of Regents | Method of determining the nucleotide sequence of oligonucleotides and DNA molecules |
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US7981604B2 (en) | 2004-02-19 | 2011-07-19 | California Institute Of Technology | Methods and kits for analyzing polynucleotide sequences |
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DE19653494A1 (de) * | 1996-12-20 | 1998-06-25 | Svante Dr Paeaebo | Verfahren zur entkoppelten, direkten, exponentiellen Amplifikation und Sequenzierung von DNA Molekülen unter Zugabe einer zweiten thermostabilen DNA Polymerase und dessen Anwendung |
-
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