JP2001197886A - 多様なヌクレオチド混合物を用いるdna塩基配列決定方法及び、これに使用されるキット - Google Patents
多様なヌクレオチド混合物を用いるdna塩基配列決定方法及び、これに使用されるキットInfo
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Abstract
(57)【要約】
【課題】 従来のサンガー法によるDNA配列決定方法
を改良して、DNA両末端部位の塩基配列を容易に決定
できるようにして、1回の塩基配列決定で従来の方法よ
り、もっと長鎖のDNA配列が決定できる方法及び、こ
れに使用されるキットを提供すること。 【解決手段】 従来のジデオキシヌクレオチド鎖終結法
を用いるDNA配列決定方法においては、dNTPに対
するddNTPのモル比率が約0.02のヌクレオチド
混合物が使用される。しかし、本発明の方法において
は、ddNTPの量を従来技術の場合より増加させたヌ
クレオチド混合物を用いるにより、比較的短鎖の相補D
NA断片を生成させ、これと別にddNTPの量を従来
の場合より減少させたヌクレオチド混合物を用いるによ
り、比較的長鎖の相補DNA断片を生成させた後、この
ように製造された相補DNA断片を混合して1回の分離
過程を通じて相補DNA断片を分子量順に従って分離し
た後、相補DNA断片各々の末端の塩基を決定すること
を特徴とする。
を改良して、DNA両末端部位の塩基配列を容易に決定
できるようにして、1回の塩基配列決定で従来の方法よ
り、もっと長鎖のDNA配列が決定できる方法及び、こ
れに使用されるキットを提供すること。 【解決手段】 従来のジデオキシヌクレオチド鎖終結法
を用いるDNA配列決定方法においては、dNTPに対
するddNTPのモル比率が約0.02のヌクレオチド
混合物が使用される。しかし、本発明の方法において
は、ddNTPの量を従来技術の場合より増加させたヌ
クレオチド混合物を用いるにより、比較的短鎖の相補D
NA断片を生成させ、これと別にddNTPの量を従来
の場合より減少させたヌクレオチド混合物を用いるによ
り、比較的長鎖の相補DNA断片を生成させた後、この
ように製造された相補DNA断片を混合して1回の分離
過程を通じて相補DNA断片を分子量順に従って分離し
た後、相補DNA断片各々の末端の塩基を決定すること
を特徴とする。
Description
【0001】
【発明の属する技術分野】本発明は、ddNTP鎖終結
法を用いるDNA配列決定方法及び、これに使用される
キットに関するものである。より詳細には、鎖終結法を
用いるDNA塩基配列決定方法において、デオキシヌク
レオチドとジデオキシヌクレオチドのモル比率が互い異
なる2種以上のヌクレオチド混合物を各々用いることに
より、相補DNA断片を生成させた後、これらを混合し
て1回の分離過程を通じて分子量順に従って分離して末
端の塩基を決定することにより、もっと長鎖のDNA塩
基配列をより正確に決定する方法と、これに使用される
キットに関するものである。
法を用いるDNA配列決定方法及び、これに使用される
キットに関するものである。より詳細には、鎖終結法を
用いるDNA塩基配列決定方法において、デオキシヌク
レオチドとジデオキシヌクレオチドのモル比率が互い異
なる2種以上のヌクレオチド混合物を各々用いることに
より、相補DNA断片を生成させた後、これらを混合し
て1回の分離過程を通じて分子量順に従って分離して末
端の塩基を決定することにより、もっと長鎖のDNA塩
基配列をより正確に決定する方法と、これに使用される
キットに関するものである。
【0002】
【従来の技術】現在まで知られたDNA配列決定のため
の一般の方法は、サンガーのジデオキシヌクレオチド鎖
終結法である。サンガーの方法は、DNA重合酵素を用
いることにより、3'位置の炭素に水酸基(−OH)が結
合されたデオキシヌクレオチド(dNTP)を基質とし
て鎖を伸長させ、3'位置の炭素に水酸基(−OH)が結
合されないジデオキシヌクレオチド(ddNTP)を基
質として鎖伸長反応を終結させる。
の一般の方法は、サンガーのジデオキシヌクレオチド鎖
終結法である。サンガーの方法は、DNA重合酵素を用
いることにより、3'位置の炭素に水酸基(−OH)が結
合されたデオキシヌクレオチド(dNTP)を基質とし
て鎖を伸長させ、3'位置の炭素に水酸基(−OH)が結
合されないジデオキシヌクレオチド(ddNTP)を基
質として鎖伸長反応を終結させる。
【0003】かかるサンガー法によるDNA配列決定方
法においては、主形DNAに相補的であるDNA断片を
構成する基質として、4種類のdNTP即ち、デオキシ
グアノシン−3'−リンサン(dGTP),デオキシア
デノシン−3'−リンサン(dATP)、デオキシチミ
ジン−3'−リンサン(dTTP)及び、デオキシシチ
ジン−3'−リンサン(dCTP)が使用され、相補D
NA断片の重合反応を終結させる基質として、4種類の
ddNTP即ち、ジデオキシグアノシン−3'−リンサ
ン(ddGTP),ジデオキシアデノシン−3'−リン
サン(ddATP)、ジデオキシチミジン−3'−リン
サン(ddTTP)及び、ジデオキシシチジン−3'−
リンサン(ddCTP)が使用される。ddNTPはd
NTPと相違して、3'位置炭素に結合された水酸基の
不存在により、生成中のDNA断片の末端にddNTP
が結合される場合には、これ以上のDNA鎖伸長は起き
ない。
法においては、主形DNAに相補的であるDNA断片を
構成する基質として、4種類のdNTP即ち、デオキシ
グアノシン−3'−リンサン(dGTP),デオキシア
デノシン−3'−リンサン(dATP)、デオキシチミ
ジン−3'−リンサン(dTTP)及び、デオキシシチ
ジン−3'−リンサン(dCTP)が使用され、相補D
NA断片の重合反応を終結させる基質として、4種類の
ddNTP即ち、ジデオキシグアノシン−3'−リンサ
ン(ddGTP),ジデオキシアデノシン−3'−リン
サン(ddATP)、ジデオキシチミジン−3'−リン
サン(ddTTP)及び、ジデオキシシチジン−3'−
リンサン(ddCTP)が使用される。ddNTPはd
NTPと相違して、3'位置炭素に結合された水酸基の
不存在により、生成中のDNA断片の末端にddNTP
が結合される場合には、これ以上のDNA鎖伸長は起き
ない。
【0004】従って、サンガー法によるDNA配列決定
方法においては、末端にddNTPが結合された多様な
長さのDNA断片が生成される。サンガー法において
は、主形DNAを構成するヌクレオチド数に相当する数
字の多様な種類の相補DNA断片が生成され、これらを
電気泳動法を通じて、分子量順に従って分離した後、各
DNA断片の末端塩基を決定することにより、主形DN
A全体の塩基配列を決定する。
方法においては、末端にddNTPが結合された多様な
長さのDNA断片が生成される。サンガー法において
は、主形DNAを構成するヌクレオチド数に相当する数
字の多様な種類の相補DNA断片が生成され、これらを
電気泳動法を通じて、分子量順に従って分離した後、各
DNA断片の末端塩基を決定することにより、主形DN
A全体の塩基配列を決定する。
【0005】しかし、かかるサンガーの方法が便利であ
るにもかかわらず、これまでは、相補DNA断片生成反
応の反応進行度の限界に因って、通常500〜700塩
基対のDNAしか正確に決定できないという問題があ
る。例えば、人間の相補DNAは平均2Kb程度なのに、
これを完全に決定するためには、分割して、3回以上の
塩基配列決定過程を通さなければならないので、多くの
時間と努力及び、費用が必要とされる。
るにもかかわらず、これまでは、相補DNA断片生成反
応の反応進行度の限界に因って、通常500〜700塩
基対のDNAしか正確に決定できないという問題があ
る。例えば、人間の相補DNAは平均2Kb程度なのに、
これを完全に決定するためには、分割して、3回以上の
塩基配列決定過程を通さなければならないので、多くの
時間と努力及び、費用が必要とされる。
【0006】また、大規模遺伝体の塩基配列決定の方法
として知られているショッドガン(Shotgun)法
即ち、長鎖のDNAを多数のDNA断片に分割して塩基
配列を決定した後、これらをコンピューター上で重複部
位を対比して、全体遺伝子の塩基配列を決定する方法に
おいても、1回の配列決定過程で決定できるDNA断片
の長さをもっと長くさせたら全体DNA塩基配列の決定
する時間を短縮することができる。
として知られているショッドガン(Shotgun)法
即ち、長鎖のDNAを多数のDNA断片に分割して塩基
配列を決定した後、これらをコンピューター上で重複部
位を対比して、全体遺伝子の塩基配列を決定する方法に
おいても、1回の配列決定過程で決定できるDNA断片
の長さをもっと長くさせたら全体DNA塩基配列の決定
する時間を短縮することができる。
【0007】通常的なサンガーの鎖終結法においては、
dNTPに対するddNTPのモル比率が単一なヌクレ
オチド混合物が使用されるため、主形DNAの20〜3
0番目の塩基対に対応される比較的短鎖の相補DNA断
片と、主形DNAの600〜00番目の塩基対に対応さ
れる比較的長鎖の相補DNA断片は少なく生成され、主
に主形DNAの40〜500番目の塩基対に対応するD
NA断片が多く生成される。
dNTPに対するddNTPのモル比率が単一なヌクレ
オチド混合物が使用されるため、主形DNAの20〜3
0番目の塩基対に対応される比較的短鎖の相補DNA断
片と、主形DNAの600〜00番目の塩基対に対応さ
れる比較的長鎖の相補DNA断片は少なく生成され、主
に主形DNAの40〜500番目の塩基対に対応するD
NA断片が多く生成される。
【0008】従って、比較的短鎖のDNA断片と、比較
的長鎖のDNA断片の濃度が低いから、DNAの中間部
位塩基配列に比して両末端部位の塩基配列は決定しがた
いので、サンガー法によって1回の塩基配列決定を通じ
て決定できるDNAの長さの制限がある。だから、主形
DNAの両末端部位塩基配列をより正確に決定できるよ
うにして、1回の配列決定を通じて完全に決定できるD
NAの長さをより長くできる方法の開発が必要である。
的長鎖のDNA断片の濃度が低いから、DNAの中間部
位塩基配列に比して両末端部位の塩基配列は決定しがた
いので、サンガー法によって1回の塩基配列決定を通じ
て決定できるDNAの長さの制限がある。だから、主形
DNAの両末端部位塩基配列をより正確に決定できるよ
うにして、1回の配列決定を通じて完全に決定できるD
NAの長さをより長くできる方法の開発が必要である。
【0009】
【発明が解決しようとする課題】本発明は、かかる従来
の問題点を解決するためのもので、その目的は、従来の
サンガー法によるDNA配列決定方法を改良し、DNA
両末端部位の塩基配列を容易に決定できるようにして、
1回の塩基配列決定で、従来の方法より、もっと長鎖の
DNA配列が決定できる方法及び、これに使用されるキ
ットを提供するものである。
の問題点を解決するためのもので、その目的は、従来の
サンガー法によるDNA配列決定方法を改良し、DNA
両末端部位の塩基配列を容易に決定できるようにして、
1回の塩基配列決定で、従来の方法より、もっと長鎖の
DNA配列が決定できる方法及び、これに使用されるキ
ットを提供するものである。
【0010】
【課題を解決するための手段】従来のジデオキシヌクレ
オチド鎖終結法を用いるDNA配列決定方法において
は、dNTPに対するddNTPのモル比率が約0.0
2のヌクレオチド混合物が使用される。従って、従来の
鎖終結法によるDNA決定にはddGTP/dGTPモ
ル比率が0.02〜0.05であり、ddATP/dA
TPモル比率が0.02〜0.058であり、ddTT
P/dTTPモル比率が0.02〜0.1であり、dd
CTP/dCTPモル比率が0.02〜0.033であ
るヌクレオチド混合物が使用されている。
オチド鎖終結法を用いるDNA配列決定方法において
は、dNTPに対するddNTPのモル比率が約0.0
2のヌクレオチド混合物が使用される。従って、従来の
鎖終結法によるDNA決定にはddGTP/dGTPモ
ル比率が0.02〜0.05であり、ddATP/dA
TPモル比率が0.02〜0.058であり、ddTT
P/dTTPモル比率が0.02〜0.1であり、dd
CTP/dCTPモル比率が0.02〜0.033であ
るヌクレオチド混合物が使用されている。
【0011】本発明の方法においては、ddNTPの量
を従来技術の場合より増加させ、dNTPに対するdd
NTPのモル比率即ち、ddGTP/dGTPのモル比
率が0.05を超過し、好ましくは0.1以上、より好
ましくは0.15以上であり、ddATP/dATPの
モル比率が0.058を超過し、好ましくは0.116
以上、より好ましくは0.174以上であり、ddTT
P/dTTPのモル比率が0.1を超過し、好ましくは
0.2以上、より好ましくは0.3以上であり、ddC
TP/dCTPのモル比率が0.033を超過し、好ま
しくは0.066以上、より好ましくは0.099以上
であるヌクレオチド混合物を用いるにより、比較的短鎖
の相補DNA断片を生成させ、これと別にddNTPの
量を従来の場合より減少させたヌクレオチド混合物即
ち、dNTPに対するddNTPのモル比率即ち、dd
GTP/dGTPのモル比率が0.02を未満、 好まし
くは0.01以下、より好ましくは0.005以下であ
り、ddATP/dATPのモル比率が0.02を未
満、好ましくは0.0116以下、より好ましくは0.
0058以下であり、ddTTP/dTTPのモル比率
が0.02を未満、好ましくは0.015以下、より好
ましくは0.01以下であり、ddCTP/dCTPの
モル比率が0.02を未満、好ましくは0.0066以
下、より好ましくは0.0033以下であるヌクレオチ
ド混合物を用いるにより、比較的長鎖の相補DNA断片
を生成させた後、このように製造された相補DNA断片
を混合して1回の分離過程を通じて相補DNA断片を分
子量順に従って分離した後、相補DNA断片各々の末端
の塩基を決定する。
を従来技術の場合より増加させ、dNTPに対するdd
NTPのモル比率即ち、ddGTP/dGTPのモル比
率が0.05を超過し、好ましくは0.1以上、より好
ましくは0.15以上であり、ddATP/dATPの
モル比率が0.058を超過し、好ましくは0.116
以上、より好ましくは0.174以上であり、ddTT
P/dTTPのモル比率が0.1を超過し、好ましくは
0.2以上、より好ましくは0.3以上であり、ddC
TP/dCTPのモル比率が0.033を超過し、好ま
しくは0.066以上、より好ましくは0.099以上
であるヌクレオチド混合物を用いるにより、比較的短鎖
の相補DNA断片を生成させ、これと別にddNTPの
量を従来の場合より減少させたヌクレオチド混合物即
ち、dNTPに対するddNTPのモル比率即ち、dd
GTP/dGTPのモル比率が0.02を未満、 好まし
くは0.01以下、より好ましくは0.005以下であ
り、ddATP/dATPのモル比率が0.02を未
満、好ましくは0.0116以下、より好ましくは0.
0058以下であり、ddTTP/dTTPのモル比率
が0.02を未満、好ましくは0.015以下、より好
ましくは0.01以下であり、ddCTP/dCTPの
モル比率が0.02を未満、好ましくは0.0066以
下、より好ましくは0.0033以下であるヌクレオチ
ド混合物を用いるにより、比較的長鎖の相補DNA断片
を生成させた後、このように製造された相補DNA断片
を混合して1回の分離過程を通じて相補DNA断片を分
子量順に従って分離した後、相補DNA断片各々の末端
の塩基を決定する。
【0012】かかる本発明の方法を通じて主形DNA両
末端部位の塩基配列をより正確に決定することにより、
従来のサンガー法で配列決定が可能な範囲の40〜50
0塩基対範囲より、もっと長鎖DNAの塩基配列決定が
可能になる。
末端部位の塩基配列をより正確に決定することにより、
従来のサンガー法で配列決定が可能な範囲の40〜50
0塩基対範囲より、もっと長鎖DNAの塩基配列決定が
可能になる。
【0013】本発明においては、dNTPに対するdd
NTPのモル比率が高いヌクレオチド混合物は、比較的
短鎖のDNA断片を多く生成させ、dNTPに対するd
dNTPのモル比率が低いヌクレオチド混合物は、比較
的長鎖のDNA断片を多く生成させるようになり、主形
DNAの10〜1、000塩基対に対応する多様な長さ
の相補DNA断片を得ることができる。このように製造
された多様な長さの相補DNA断片を混合して、1回の
分離過程を通じて分子量順に従って分離させて相補DN
A断片の末端塩基を決定する。かかる本発明の方法を通
じて主形DNAの10〜1000塩基対以上まで、より
正確に決定できることによって、もっと長鎖のDNA配
列決定が可能になる。
NTPのモル比率が高いヌクレオチド混合物は、比較的
短鎖のDNA断片を多く生成させ、dNTPに対するd
dNTPのモル比率が低いヌクレオチド混合物は、比較
的長鎖のDNA断片を多く生成させるようになり、主形
DNAの10〜1、000塩基対に対応する多様な長さ
の相補DNA断片を得ることができる。このように製造
された多様な長さの相補DNA断片を混合して、1回の
分離過程を通じて分子量順に従って分離させて相補DN
A断片の末端塩基を決定する。かかる本発明の方法を通
じて主形DNAの10〜1000塩基対以上まで、より
正確に決定できることによって、もっと長鎖のDNA配
列決定が可能になる。
【0014】従って、本発明の方法は、サンガー法によ
るDNA塩基配列決定方法において、dGTPに対する
ddGTPのモル比率が0.05超過、好ましくは0.
01以上、より好ましくは0.15以上であり、dAT
Pに対するddATPのモル比率が0.058超過、好
ましくは0.116以上、より好ましくは0.174以
上であり、dTTPに対するddTTPのモル比率が
0.1超過、好ましくは0.2以上、より好ましくは
0.3以上であり、dCTPに対するddCTPのモル
比率が0.033超過、好ましくは0.066以上、よ
り好ましくは0.099以上であるヌクレオチド混合物
を製造する段階;dGTPに対するddGTPのモル比
率が0.02未満、好ましくは0.01以下、より好ま
しくは0.005以下であり、dATPに対するddA
TPのモル比率が0.02未満、好ましくは0.116
以下、より好ましくは0.0058以下であり、dTT
Pに対するddTTPのモル比率が0.02未満、好ま
しくは0.015以下、より好ましくは0.01以下で
あり、dCTPに対するddCTPのモル比率が0.0
2未満、好ましくは0.0066以下、より好ましくは
0.0033以下であるヌクレオチド混合物を製造する
段階;前記ヌクレオチド混合物の各々に塩基配列を決定
しようとするDNAとプライマーを添加して相補DNA
断片を生成させる段階;前記で生成された相補DNA断
片を混合し、分子量順に従って分離させる段階;また、
前記の分子量順に従って分離させた相補DNA断片の末
端に結合された塩基を決定してDNAの塩基配列を認識
する段階を含むことを特徴とする。
るDNA塩基配列決定方法において、dGTPに対する
ddGTPのモル比率が0.05超過、好ましくは0.
01以上、より好ましくは0.15以上であり、dAT
Pに対するddATPのモル比率が0.058超過、好
ましくは0.116以上、より好ましくは0.174以
上であり、dTTPに対するddTTPのモル比率が
0.1超過、好ましくは0.2以上、より好ましくは
0.3以上であり、dCTPに対するddCTPのモル
比率が0.033超過、好ましくは0.066以上、よ
り好ましくは0.099以上であるヌクレオチド混合物
を製造する段階;dGTPに対するddGTPのモル比
率が0.02未満、好ましくは0.01以下、より好ま
しくは0.005以下であり、dATPに対するddA
TPのモル比率が0.02未満、好ましくは0.116
以下、より好ましくは0.0058以下であり、dTT
Pに対するddTTPのモル比率が0.02未満、好ま
しくは0.015以下、より好ましくは0.01以下で
あり、dCTPに対するddCTPのモル比率が0.0
2未満、好ましくは0.0066以下、より好ましくは
0.0033以下であるヌクレオチド混合物を製造する
段階;前記ヌクレオチド混合物の各々に塩基配列を決定
しようとするDNAとプライマーを添加して相補DNA
断片を生成させる段階;前記で生成された相補DNA断
片を混合し、分子量順に従って分離させる段階;また、
前記の分子量順に従って分離させた相補DNA断片の末
端に結合された塩基を決定してDNAの塩基配列を認識
する段階を含むことを特徴とする。
【0015】本発明のまた他の目的のDNA配列決定用
キットは、dGTPに対する、ddGTPのモル比率が
0.05超過、好ましくは0.1以上、より好ましくは
0.15以上であるヌクレオチド混合物を含む溶液が満
たされた密閉容器;dATPに対する、ddATPのモ
ル比率が0.058超過、好ましくは0.116以上、
より好ましくは0.174以上であるヌクレオチド混合
物を含む溶液が満たされた密閉容器;dTTPに対す
る、ddTTPのモル比率が0.1超過、好ましくは
0.2以上、より好ましくは0.3以上のヌクレオチド
混合物を含む溶液が満たされた密閉容器;dCTPに対
する、ddCTPのモル比率が0.033超過、好まし
くは0.066以上、より好ましくは0.099以上の
ヌクレオチド混合物を含む溶液が満たされた密閉容器;
また、dGTPに対する、ddGTPのモル比率が0.
02未満、好ましくは0.01以下、より好ましくは
0.005以下であるヌクレオチド混合物を含む溶液が
満たされた密閉容器;dATPに対する、ddATPの
モル比率が0.02未満、好ましくは0.0116以
下、より好ましくは0.0058以下であるヌクレオチ
ド混合物を含む溶液が満たされた密閉容器;dTTPに
対する、ddTTPのモル比率が0.02未満、好まし
くは0.015以下、より好ましくは0.01以下であ
るヌクレオチド混合物を含む溶液が満たされた密閉容
器;dCTPに対する、ddCTPのモル比率が0.0
2未満、好ましくは0.0066以下、より好ましくは
0.0033以下であるヌクレオチド混合物を含む溶液
が満たされた8種類の密閉容器で構成される。
キットは、dGTPに対する、ddGTPのモル比率が
0.05超過、好ましくは0.1以上、より好ましくは
0.15以上であるヌクレオチド混合物を含む溶液が満
たされた密閉容器;dATPに対する、ddATPのモ
ル比率が0.058超過、好ましくは0.116以上、
より好ましくは0.174以上であるヌクレオチド混合
物を含む溶液が満たされた密閉容器;dTTPに対す
る、ddTTPのモル比率が0.1超過、好ましくは
0.2以上、より好ましくは0.3以上のヌクレオチド
混合物を含む溶液が満たされた密閉容器;dCTPに対
する、ddCTPのモル比率が0.033超過、好まし
くは0.066以上、より好ましくは0.099以上の
ヌクレオチド混合物を含む溶液が満たされた密閉容器;
また、dGTPに対する、ddGTPのモル比率が0.
02未満、好ましくは0.01以下、より好ましくは
0.005以下であるヌクレオチド混合物を含む溶液が
満たされた密閉容器;dATPに対する、ddATPの
モル比率が0.02未満、好ましくは0.0116以
下、より好ましくは0.0058以下であるヌクレオチ
ド混合物を含む溶液が満たされた密閉容器;dTTPに
対する、ddTTPのモル比率が0.02未満、好まし
くは0.015以下、より好ましくは0.01以下であ
るヌクレオチド混合物を含む溶液が満たされた密閉容
器;dCTPに対する、ddCTPのモル比率が0.0
2未満、好ましくは0.0066以下、より好ましくは
0.0033以下であるヌクレオチド混合物を含む溶液
が満たされた8種類の密閉容器で構成される。
【0016】即ち、本発明のDNA塩基配列決定用キッ
トは緩衝溶液、安定化剤、DNA重合酵素とdGTP、
dATP、dTTP、dCTP及び、dGTPのモル数
に比して0.05倍超過し、好ましくは0.1倍以上、よ
り好ましくは0.15倍以上の量のddGTPからなる
ヌクレオチド混合物が満たされた密閉容器;緩衝溶液、
安定化剤、DNA重合酵素とdGTP、dATP、dT
TP、dCTP及び、dATPのモル数に比して0.0
58倍超過し、好ましくは0.116倍以上、より好ま
しくは0.174倍以上の量のddATPからなるヌク
レオチド混合物が満たされた密閉容器;緩衝溶液、安定
化剤、DNA重合酵素とdGTP、dATP、dTT
P、dCTP及び、dTTPのモル数に比して0.1倍
超過し、好ましくは0.2倍以上、より好ましくは0.3
倍以上の量のddTTPからなるヌクレオチド混合物が
満たされた密閉容器;緩衝溶液、安定化剤、DNA重合
酵素とdGTP、dATP、dTTP、dCTP及び、
dCTPのモル数に比して0.033倍超過し、好まし
くは0.066倍以上、より好ましくは0.099倍以上
の量のddCTPからなるヌクレオチド混合物が満たさ
れた密閉容器と緩衝溶液、安定化剤、DNA重合酵素と
dGTP、dATP、dTTP、dCTP及び、dGT
Pのモル数に比して0.02倍未満、好ましくは0.01
倍以下、より好ましくは0.005倍以下の量のddG
TPからなるヌクレオチド混合物が満たされた密閉容
器;緩衝溶液、安定化剤、DNA重合酵素とdGTP、
dATP、dTTP、dCTP及び、dATPのモル数
に比して0.02倍未満、好ましくは0.0116倍以
下、より好ましくは0.0058倍以下の量のddAT
Pからなるヌクレオチド混合物が満たされた密閉容器;
緩衝溶液、安定化剤、DNA重合酵素とdGTP、dA
TP、dTTP、dCTP及び、dTTPのモル数に比
して0.02倍未満、好ましくは0.015倍以下、より
好ましくは0.01倍以下の量のddTTPからなるヌ
クレオチド混合物が満たされた密閉容器;また、緩衝溶
液、安定化剤、DNA重合酵素とdGTP、dATP、
dTTP、dCTP及び、dCTPのモル数に比して
0.02倍未満、好ましくは0.0066倍以下、より好
ましくは0.0033倍以下の量のddCTPからなる
ヌクレオチド混合物が満たされた密閉容器で構成され、
混合比率が相違なヌクレオチド混合物が満たされた8種
類の密閉容器で製造される。
トは緩衝溶液、安定化剤、DNA重合酵素とdGTP、
dATP、dTTP、dCTP及び、dGTPのモル数
に比して0.05倍超過し、好ましくは0.1倍以上、よ
り好ましくは0.15倍以上の量のddGTPからなる
ヌクレオチド混合物が満たされた密閉容器;緩衝溶液、
安定化剤、DNA重合酵素とdGTP、dATP、dT
TP、dCTP及び、dATPのモル数に比して0.0
58倍超過し、好ましくは0.116倍以上、より好ま
しくは0.174倍以上の量のddATPからなるヌク
レオチド混合物が満たされた密閉容器;緩衝溶液、安定
化剤、DNA重合酵素とdGTP、dATP、dTT
P、dCTP及び、dTTPのモル数に比して0.1倍
超過し、好ましくは0.2倍以上、より好ましくは0.3
倍以上の量のddTTPからなるヌクレオチド混合物が
満たされた密閉容器;緩衝溶液、安定化剤、DNA重合
酵素とdGTP、dATP、dTTP、dCTP及び、
dCTPのモル数に比して0.033倍超過し、好まし
くは0.066倍以上、より好ましくは0.099倍以上
の量のddCTPからなるヌクレオチド混合物が満たさ
れた密閉容器と緩衝溶液、安定化剤、DNA重合酵素と
dGTP、dATP、dTTP、dCTP及び、dGT
Pのモル数に比して0.02倍未満、好ましくは0.01
倍以下、より好ましくは0.005倍以下の量のddG
TPからなるヌクレオチド混合物が満たされた密閉容
器;緩衝溶液、安定化剤、DNA重合酵素とdGTP、
dATP、dTTP、dCTP及び、dATPのモル数
に比して0.02倍未満、好ましくは0.0116倍以
下、より好ましくは0.0058倍以下の量のddAT
Pからなるヌクレオチド混合物が満たされた密閉容器;
緩衝溶液、安定化剤、DNA重合酵素とdGTP、dA
TP、dTTP、dCTP及び、dTTPのモル数に比
して0.02倍未満、好ましくは0.015倍以下、より
好ましくは0.01倍以下の量のddTTPからなるヌ
クレオチド混合物が満たされた密閉容器;また、緩衝溶
液、安定化剤、DNA重合酵素とdGTP、dATP、
dTTP、dCTP及び、dCTPのモル数に比して
0.02倍未満、好ましくは0.0066倍以下、より好
ましくは0.0033倍以下の量のddCTPからなる
ヌクレオチド混合物が満たされた密閉容器で構成され、
混合比率が相違なヌクレオチド混合物が満たされた8種
類の密閉容器で製造される。
【0017】
【発明の実施の形態】以下、実施例に基づいて本発明の
構成をより具体的に説明するが、本発明の普通の範囲が
下記実施例の内容に限定されるものではない。
構成をより具体的に説明するが、本発明の普通の範囲が
下記実施例の内容に限定されるものではない。
【0018】実施例1 3μMのdGTP,30μMのdATP、30μMのd
TTP、30μMのdCTPと、450nMのddGT
Pを混合してdGTPに対するddGTPのモル比率が
0.15であるヌクレオチド混合物を製造し、3μMの
dGTP,30μMのdATP、30μMのdTTP、
30μMのdCTPと、5.262μMのddATPを
混合してdATPに対するddATPのモル比率が0.
174であるヌクレオチド混合物を製造し、3μMのd
GTP,30μMのdATP、30μMのdTTP、3
0μMのdCTPと、9.06μMのddTTPを混合
してdTTPに対するddTTPのモル比率が0.3で
あるヌクレオチド混合物を製造し、3μMのdGTP,
30μMのdATP、30μMのdTTP、30μMの
dCTPと、3μMのddCTPを混合してdCTPに
対するddCTPのモル比率が0.099であるヌクレ
オチド混合物を製造した。
TTP、30μMのdCTPと、450nMのddGT
Pを混合してdGTPに対するddGTPのモル比率が
0.15であるヌクレオチド混合物を製造し、3μMの
dGTP,30μMのdATP、30μMのdTTP、
30μMのdCTPと、5.262μMのddATPを
混合してdATPに対するddATPのモル比率が0.
174であるヌクレオチド混合物を製造し、3μMのd
GTP,30μMのdATP、30μMのdTTP、3
0μMのdCTPと、9.06μMのddTTPを混合
してdTTPに対するddTTPのモル比率が0.3で
あるヌクレオチド混合物を製造し、3μMのdGTP,
30μMのdATP、30μMのdTTP、30μMの
dCTPと、3μMのddCTPを混合してdCTPに
対するddCTPのモル比率が0.099であるヌクレ
オチド混合物を製造した。
【0019】3μMのdGTP,30μMのdATP、
30μMのdTTP、30μMのdCTPと、15nM
のddGTPを混合してdGTPに対するddGTPの
モル比率が0.005であるヌクレオチド混合物を製造
し、3μMのdGTP,30μMのdATP、30μM
のdTTP、30μMのdCTPと、175.4nMの
ddATPを混合してdATPに対するddATPのモ
ル比率が0.0058であるヌクレオチド混合物を製造
し、3μMのdGTP,30μMのdATP、30μM
のdTTP、30μMのdCTPと、0.302μMの
ddTTPを混合してdTTPに対するddTTPのモ
ル比率が0.01であるヌクレオチド混合物を製造し、
3μMのdGTP,30μMのdATP、30μMのd
TTP、30μMのdCTPと、0.1μMのddCT
Pを混合してdCTPに対するddCTPのモル比率が
0.0033であるヌクレオチド混合物を製造した。
30μMのdTTP、30μMのdCTPと、15nM
のddGTPを混合してdGTPに対するddGTPの
モル比率が0.005であるヌクレオチド混合物を製造
し、3μMのdGTP,30μMのdATP、30μM
のdTTP、30μMのdCTPと、175.4nMの
ddATPを混合してdATPに対するddATPのモ
ル比率が0.0058であるヌクレオチド混合物を製造
し、3μMのdGTP,30μMのdATP、30μM
のdTTP、30μMのdCTPと、0.302μMの
ddTTPを混合してdTTPに対するddTTPのモ
ル比率が0.01であるヌクレオチド混合物を製造し、
3μMのdGTP,30μMのdATP、30μMのd
TTP、30μMのdCTPと、0.1μMのddCT
Pを混合してdCTPに対するddCTPのモル比率が
0.0033であるヌクレオチド混合物を製造した。
【0020】このように製造された混合物に、10倍に
希釈させた緩衝溶液(500mM トリス-HCl, 20m
M MgCl2)、 5Mべタイン(Betain)安定化剤、To
pTMDNA重合酵素、プライマー及び、主形DNAを
添加して、相補DNA断片生成反応を進行させた後、生
成された相補DNA断片を分子量順に従って分離して、
末端塩基を決定した。主形DNAとしてはM13 Un
iversial Forward 17mer(5’-
gtaaaacgacggccagt、30pmole
s)、及び、蒸留水を加えて相補DNA断片生成反応混
合物の総量を40μgで製造した。相補DNA断片の生
成反応を順次的に94℃で240秒、94℃で30秒、
50℃で30秒、72℃で60秒を30回繰り返してか
ら、最後に72℃で300秒間もう1回反応を進行させ
た。終結溶液(2.5%、ブロムフェノブール、2.5
%キシレンシアノ-ル、10mM NaOH)を40μl
加えて相補DNA断片の生成反応を終結させた。このよ
うに製造された相補DNA断片を8Mの尿素(Urea)、6
%アクリルアミドゲルを使用して電気泳動法で分子量順
に従って分離させた後、銀染色法(silverstar
staining)で塩基配列を決定した。
希釈させた緩衝溶液(500mM トリス-HCl, 20m
M MgCl2)、 5Mべタイン(Betain)安定化剤、To
pTMDNA重合酵素、プライマー及び、主形DNAを
添加して、相補DNA断片生成反応を進行させた後、生
成された相補DNA断片を分子量順に従って分離して、
末端塩基を決定した。主形DNAとしてはM13 Un
iversial Forward 17mer(5’-
gtaaaacgacggccagt、30pmole
s)、及び、蒸留水を加えて相補DNA断片生成反応混
合物の総量を40μgで製造した。相補DNA断片の生
成反応を順次的に94℃で240秒、94℃で30秒、
50℃で30秒、72℃で60秒を30回繰り返してか
ら、最後に72℃で300秒間もう1回反応を進行させ
た。終結溶液(2.5%、ブロムフェノブール、2.5
%キシレンシアノ-ル、10mM NaOH)を40μl
加えて相補DNA断片の生成反応を終結させた。このよ
うに製造された相補DNA断片を8Mの尿素(Urea)、6
%アクリルアミドゲルを使用して電気泳動法で分子量順
に従って分離させた後、銀染色法(silverstar
staining)で塩基配列を決定した。
【0021】実施例2 10倍に希釈させた緩衝溶液(500mM トリス-HC
l, 20mM MgCl2)、5Mべタイン(Betain)安定化
剤、TopTMDNA重合酵素、3μMのdGTP、3
0μMのdATP、30μMのdTTP、30μMのd
CTPと、450nMのddGTPを混合して製造した
dGTPに対するddGTPのモル比率が0.15であ
るヌクレオチド混合物を密閉容器に満たして;10倍に
希釈させた緩衝溶液(500mM トリス-HCl, 20m
M MgCl2)、 5Mべタイン(Betain)安定化剤、To
pTMDNA重合酵素、3μMのdGTP、30μMの
dATP、30μMのdTTP、30μMのdCTP
と、5.262nMのddATPを混合して製造したd
ATPに対するddATPのモル比率が0.174であ
るヌクレオチド混合物を密閉容器に満たして;10倍に
希釈させた緩衝溶液(500mM トリス-HCl, 20m
M MgCl2)、 5Mべタイン(Betain)安定化剤、To
pTMDNA重合酵素、3μMのdGTP、30μMの
dATP、30μMのdTTP、30μMのdCTP
と、9.06μMのddTTPを混合して製造したdT
TPに対するddTTPのモル比率が0.3であるヌク
レオチド混合物を密閉容器に満たして;10倍に希釈さ
せた緩衝溶液(500mM トリス-HCl, 20mM Mg
Cl2)、 5Mべタイン(Betain)安定化剤、TopTMD
NA重合酵素、3μMのdGTP、30μMのdAT
P、30μMのdTTP、30μMのdCTPと、3μ
MddCTPを混合して製造したdCTPに対するdd
CTPのモル比率が0.1であるヌクレオチド混合物を
密閉容器に満たして;10倍に希釈させた緩衝溶液(5
00mM トリス-HCl, 20mM MgCl2)、 5Mべ
タイン(Betain)安定化剤、TopTMDNA重合酵素、
3μMのdGTP、30μMのdATP、30μMのd
TTP、30μMのdCTPと、15nMのddGTP
を混合して製造したdGTPに対するddGTPのモル
比率が0.005であるヌクレオチド混合物を密閉容器
に満たして;10倍に希釈させた緩衝溶液(500mM
トリス-HCl, 20mM MgCl2)、 5Mべタイン(Bet
ain)安定化剤、TopTMDNA重合酵素、3μMのd
GTP、30μMのdATP、30μMのdTTP、3
0μMのdCTPと、175.4nMのddATPを混
合して製造したdATPに対するddATPのモル比率
が0.0058であるヌクレオチド混合物を密閉容器に
満たして;10倍に希釈させた緩衝溶液(500mM ト
リス-HCl, 20mM MgCl2)、 5Mべタイン(Betai
n)安定化剤、TopTMDNA重合酵素、3μMのdG
TP、30μMのdATP、30μMのdTTP、30
μMのdCTPと、0.302μMddTTPを混合し
て製造したdTTPに対するddTTPのモル比率が
0.01であるヌクレオチド混合物を密閉容器に満たし
て;また、10倍に希釈させた緩衝溶液(500mM ト
リス-HCl, 20mM MgCl2)、 5Mべタイン(Betai
n)安定化剤、TopTMDNA重合酵素、3μMのdG
TP、30μMのdATP、30μMのdTTP、30
μMのdCTPと、0.1μMddCTPを混合して製
造したdCTPに対するddCTPのモル比率が0.0
033であるヌクレオチド混合物を密閉容器に満たして
8種類の密閉容器で構成された本発明のDNA塩基配列
決定キットを製作した。
l, 20mM MgCl2)、5Mべタイン(Betain)安定化
剤、TopTMDNA重合酵素、3μMのdGTP、3
0μMのdATP、30μMのdTTP、30μMのd
CTPと、450nMのddGTPを混合して製造した
dGTPに対するddGTPのモル比率が0.15であ
るヌクレオチド混合物を密閉容器に満たして;10倍に
希釈させた緩衝溶液(500mM トリス-HCl, 20m
M MgCl2)、 5Mべタイン(Betain)安定化剤、To
pTMDNA重合酵素、3μMのdGTP、30μMの
dATP、30μMのdTTP、30μMのdCTP
と、5.262nMのddATPを混合して製造したd
ATPに対するddATPのモル比率が0.174であ
るヌクレオチド混合物を密閉容器に満たして;10倍に
希釈させた緩衝溶液(500mM トリス-HCl, 20m
M MgCl2)、 5Mべタイン(Betain)安定化剤、To
pTMDNA重合酵素、3μMのdGTP、30μMの
dATP、30μMのdTTP、30μMのdCTP
と、9.06μMのddTTPを混合して製造したdT
TPに対するddTTPのモル比率が0.3であるヌク
レオチド混合物を密閉容器に満たして;10倍に希釈さ
せた緩衝溶液(500mM トリス-HCl, 20mM Mg
Cl2)、 5Mべタイン(Betain)安定化剤、TopTMD
NA重合酵素、3μMのdGTP、30μMのdAT
P、30μMのdTTP、30μMのdCTPと、3μ
MddCTPを混合して製造したdCTPに対するdd
CTPのモル比率が0.1であるヌクレオチド混合物を
密閉容器に満たして;10倍に希釈させた緩衝溶液(5
00mM トリス-HCl, 20mM MgCl2)、 5Mべ
タイン(Betain)安定化剤、TopTMDNA重合酵素、
3μMのdGTP、30μMのdATP、30μMのd
TTP、30μMのdCTPと、15nMのddGTP
を混合して製造したdGTPに対するddGTPのモル
比率が0.005であるヌクレオチド混合物を密閉容器
に満たして;10倍に希釈させた緩衝溶液(500mM
トリス-HCl, 20mM MgCl2)、 5Mべタイン(Bet
ain)安定化剤、TopTMDNA重合酵素、3μMのd
GTP、30μMのdATP、30μMのdTTP、3
0μMのdCTPと、175.4nMのddATPを混
合して製造したdATPに対するddATPのモル比率
が0.0058であるヌクレオチド混合物を密閉容器に
満たして;10倍に希釈させた緩衝溶液(500mM ト
リス-HCl, 20mM MgCl2)、 5Mべタイン(Betai
n)安定化剤、TopTMDNA重合酵素、3μMのdG
TP、30μMのdATP、30μMのdTTP、30
μMのdCTPと、0.302μMddTTPを混合し
て製造したdTTPに対するddTTPのモル比率が
0.01であるヌクレオチド混合物を密閉容器に満たし
て;また、10倍に希釈させた緩衝溶液(500mM ト
リス-HCl, 20mM MgCl2)、 5Mべタイン(Betai
n)安定化剤、TopTMDNA重合酵素、3μMのdG
TP、30μMのdATP、30μMのdTTP、30
μMのdCTPと、0.1μMddCTPを混合して製
造したdCTPに対するddCTPのモル比率が0.0
033であるヌクレオチド混合物を密閉容器に満たして
8種類の密閉容器で構成された本発明のDNA塩基配列
決定キットを製作した。
【0022】このように製造されたDNA決定キット各
々の密閉容器に主形DNAとしてはpUC19プラスミ
ドDNA1.5μg、プライマーとしてはM13 Un
iversial Forward 17mer(5’-
gtaaaacgacggccagt、30pmole
s)、及び蒸留水を加えて40μgの相補DNA断片生
成反応用混合物を製造した。このように製造された混合
物を実施例1の方法に従って反応させ、相補DNA断片
を生成させ、これらを混合して塩基配列を決定した。
々の密閉容器に主形DNAとしてはpUC19プラスミ
ドDNA1.5μg、プライマーとしてはM13 Un
iversial Forward 17mer(5’-
gtaaaacgacggccagt、30pmole
s)、及び蒸留水を加えて40μgの相補DNA断片生
成反応用混合物を製造した。このように製造された混合
物を実施例1の方法に従って反応させ、相補DNA断片
を生成させ、これらを混合して塩基配列を決定した。
【0023】実施例3 10倍に希釈させた緩衝溶液(500mM トリス-HC
l, 20mM MgCl2)、 5Mべタイン(Betain)安定化
剤、TopTMDNA重合酵素、3μMのdGTP、3
0μMのdATP、30μMのdTTP、30μMのd
CTPと、450nMのddGTPを混合して製造した
dGTPに対するddGTPのモル比率が0.15であ
るヌクレオチド混合物を密閉容器に満たして;10倍に
希釈させた緩衝溶液(500mM トリス-HCl, 20m
M MgCl2)、 5Mべタイン(Betain)安定化剤、To
pTMDNA重合酵素、3μMのdGTP、30μMの
dATP、30μMのdTTP、30μMのdCTP
と、5.262nMのddATPを混合して製造したd
ATPに対するddATPのモル比率が0.174であ
るヌクレオチド混合物を密閉容器に満たして;10倍に
希釈させた緩衝溶液(500mM トリス-HCl, 20m
M MgCl2)、 5Mべタイン(Betain)安定化剤、To
pTMDNA重合酵素、3μMのdGTP、30μMの
dATP、30μMのdTTP、30μMのdCTP
と、9.06μMのddTTPを混合して製造したdT
TPに対するddTTPのモル比率が0.3であるヌク
レオチド混合物を密閉容器に満たして;10倍に希釈さ
せた緩衝溶液(500mM トリス-HCl, 20mM Mg
Cl2)、 5Mべタイン(Betain)安定化剤、TopTMD
NA重合酵素、3μMのdGTP、30μMのdAT
P、30μMのdTTP、30μMのdCTPと、3μ
MddCTPを混合して製造したdCTPに対するdd
CTPのモル比率が0.1であるヌクレオチド混合物を
密閉容器に満たして;10倍に希釈させた緩衝溶液(5
00mM トリス-HCl, 20mM MgCl2)、 5Mべ
タイン(Betain)安定化剤、TopTMDNA重合酵素、
3μMのdGTP、30μMのdATP、30μMのd
TTP、30μMのdCTPと、15nMのddGTP
がを混合して製造したdGTPに対するddGTPのモ
ル比率が0.005であるヌクレオチド混合物を密閉容
器に満たして;10倍に希釈させた緩衝溶液(500m
M トリス-HCl, 20mM MgCl2)、 5Mべタイン
(Betain)安定化剤、TopTMDNA重合酵素、3μM
のdGTP、30μMのdATP、30μMのdTT
P、30μMのdCTPと、175.4nMのddAT
Pを混合して製造したdATPに対するddATPのモ
ル比率が0.0058であるヌクレオチド混合物を密閉
容器に満たして;10倍に希釈させた緩衝溶液(500
mM トリス-HCl, 20mM MgCl2)、 5Mべタイ
ン(Betain)安定化剤、TopTMDNA重合酵素、3μ
MのdGTP、30μMのdATP、30μMのdTT
P、30μMのdCTPと、0.302μMddTTP
を混合して製造したdTTPに対するddTTPのモル
比率が0.01であるヌクレオチド混合物を密閉容器に
満たして;10倍に希釈させた緩衝溶液(500mM ト
リス-HCl, 20mM MgCl2)、 5Mべタイン(Betai
n)安定化剤、TopTMDNA重合酵素、3μMのdG
TP、30μMのdATP、30μMのdTTP、30
μMのdCTPと、0.1μMddCTPを混合して製
造したdCTPに対するddCTPのモル比率が0.0
033であるヌクレオチド混合物を密閉容器に満たし
て;10倍に希釈させた緩衝溶液(500mM トリス-
HCl, 20mM MgCl2)、 5Mべタイン(Betain)安
定化剤、TopTMDNA重合酵素、3μMのdGT
P、30μMのdATP、30μMのdTTP、30μ
MのdCTPと、150nMのddGTPを混合して製
造したdGTPに対するddGTPのモル比率が0.0
5であるヌクレオチド混合物を密閉容器に満たして;1
0倍に希釈させた緩衝溶液(500mM トリス-HCl,
20mM MgCl2)、 5Mべタイン(Betain)安定化剤、
TopTMDNA重合酵素、3μMのdGTP、30μ
MのdATP、30μMのdTTP、30μMのdCT
Pと、1.754μMのddATPを混合して製造した
dATPに対するddATPのモル比率が0.058で
あるヌクレオチド混合物を密閉容器に満たして;10倍
に希釈させた緩衝溶液(500mM トリス-HCl, 20
mM MgCl2)、 5Mべタイン(Betain)安定化剤、T
opTMDNA重合酵素、3μMのdGTP、30μM
のdATP、30μMのdTTP、30μMのdCTP
と、3.02μMのddTTPを混合して製造したdT
TPに対するddTTPのモル比率が0.1であるヌク
レオチド混合物を密閉容器に満たして;10倍に希釈さ
せた緩衝溶液(500mM トリス-HCl, 20mM Mg
Cl2)、 5Mべタイン(Betain)安定化剤、TopTMD
NA重合酵素、3μMのdGTP、30μMのdAT
P、30μMのdTTP、30μMのdCTPと、1μ
MのddCTPを混合して製造したdCTPに対するd
dCTPのモル比率が0.033であるヌクレオチド混
合物を密閉容器に満たして12種類の密閉容器で構成さ
れる本発明のDNA塩基配列決定キットを製作した。
l, 20mM MgCl2)、 5Mべタイン(Betain)安定化
剤、TopTMDNA重合酵素、3μMのdGTP、3
0μMのdATP、30μMのdTTP、30μMのd
CTPと、450nMのddGTPを混合して製造した
dGTPに対するddGTPのモル比率が0.15であ
るヌクレオチド混合物を密閉容器に満たして;10倍に
希釈させた緩衝溶液(500mM トリス-HCl, 20m
M MgCl2)、 5Mべタイン(Betain)安定化剤、To
pTMDNA重合酵素、3μMのdGTP、30μMの
dATP、30μMのdTTP、30μMのdCTP
と、5.262nMのddATPを混合して製造したd
ATPに対するddATPのモル比率が0.174であ
るヌクレオチド混合物を密閉容器に満たして;10倍に
希釈させた緩衝溶液(500mM トリス-HCl, 20m
M MgCl2)、 5Mべタイン(Betain)安定化剤、To
pTMDNA重合酵素、3μMのdGTP、30μMの
dATP、30μMのdTTP、30μMのdCTP
と、9.06μMのddTTPを混合して製造したdT
TPに対するddTTPのモル比率が0.3であるヌク
レオチド混合物を密閉容器に満たして;10倍に希釈さ
せた緩衝溶液(500mM トリス-HCl, 20mM Mg
Cl2)、 5Mべタイン(Betain)安定化剤、TopTMD
NA重合酵素、3μMのdGTP、30μMのdAT
P、30μMのdTTP、30μMのdCTPと、3μ
MddCTPを混合して製造したdCTPに対するdd
CTPのモル比率が0.1であるヌクレオチド混合物を
密閉容器に満たして;10倍に希釈させた緩衝溶液(5
00mM トリス-HCl, 20mM MgCl2)、 5Mべ
タイン(Betain)安定化剤、TopTMDNA重合酵素、
3μMのdGTP、30μMのdATP、30μMのd
TTP、30μMのdCTPと、15nMのddGTP
がを混合して製造したdGTPに対するddGTPのモ
ル比率が0.005であるヌクレオチド混合物を密閉容
器に満たして;10倍に希釈させた緩衝溶液(500m
M トリス-HCl, 20mM MgCl2)、 5Mべタイン
(Betain)安定化剤、TopTMDNA重合酵素、3μM
のdGTP、30μMのdATP、30μMのdTT
P、30μMのdCTPと、175.4nMのddAT
Pを混合して製造したdATPに対するddATPのモ
ル比率が0.0058であるヌクレオチド混合物を密閉
容器に満たして;10倍に希釈させた緩衝溶液(500
mM トリス-HCl, 20mM MgCl2)、 5Mべタイ
ン(Betain)安定化剤、TopTMDNA重合酵素、3μ
MのdGTP、30μMのdATP、30μMのdTT
P、30μMのdCTPと、0.302μMddTTP
を混合して製造したdTTPに対するddTTPのモル
比率が0.01であるヌクレオチド混合物を密閉容器に
満たして;10倍に希釈させた緩衝溶液(500mM ト
リス-HCl, 20mM MgCl2)、 5Mべタイン(Betai
n)安定化剤、TopTMDNA重合酵素、3μMのdG
TP、30μMのdATP、30μMのdTTP、30
μMのdCTPと、0.1μMddCTPを混合して製
造したdCTPに対するddCTPのモル比率が0.0
033であるヌクレオチド混合物を密閉容器に満たし
て;10倍に希釈させた緩衝溶液(500mM トリス-
HCl, 20mM MgCl2)、 5Mべタイン(Betain)安
定化剤、TopTMDNA重合酵素、3μMのdGT
P、30μMのdATP、30μMのdTTP、30μ
MのdCTPと、150nMのddGTPを混合して製
造したdGTPに対するddGTPのモル比率が0.0
5であるヌクレオチド混合物を密閉容器に満たして;1
0倍に希釈させた緩衝溶液(500mM トリス-HCl,
20mM MgCl2)、 5Mべタイン(Betain)安定化剤、
TopTMDNA重合酵素、3μMのdGTP、30μ
MのdATP、30μMのdTTP、30μMのdCT
Pと、1.754μMのddATPを混合して製造した
dATPに対するddATPのモル比率が0.058で
あるヌクレオチド混合物を密閉容器に満たして;10倍
に希釈させた緩衝溶液(500mM トリス-HCl, 20
mM MgCl2)、 5Mべタイン(Betain)安定化剤、T
opTMDNA重合酵素、3μMのdGTP、30μM
のdATP、30μMのdTTP、30μMのdCTP
と、3.02μMのddTTPを混合して製造したdT
TPに対するddTTPのモル比率が0.1であるヌク
レオチド混合物を密閉容器に満たして;10倍に希釈さ
せた緩衝溶液(500mM トリス-HCl, 20mM Mg
Cl2)、 5Mべタイン(Betain)安定化剤、TopTMD
NA重合酵素、3μMのdGTP、30μMのdAT
P、30μMのdTTP、30μMのdCTPと、1μ
MのddCTPを混合して製造したdCTPに対するd
dCTPのモル比率が0.033であるヌクレオチド混
合物を密閉容器に満たして12種類の密閉容器で構成さ
れる本発明のDNA塩基配列決定キットを製作した。
【0024】このように製造されたDNA決定キット各
々の密閉容器に主形DNAとしてはpUC19プラスミ
ドDNA1.5μg、プライマーとしてはM13 Un
iversial Forward 17mer(5’-
gtaaaacgacggccagt、30pmole
s)、及び蒸留水を加えて40μgの相補DNA断片生
成反応用混合物を製造した。このように製造された混合
物を実施例1の方法に従って反応させて相補DNA断片
を生成させ、これらを混合して塩基配列を決定した。
々の密閉容器に主形DNAとしてはpUC19プラスミ
ドDNA1.5μg、プライマーとしてはM13 Un
iversial Forward 17mer(5’-
gtaaaacgacggccagt、30pmole
s)、及び蒸留水を加えて40μgの相補DNA断片生
成反応用混合物を製造した。このように製造された混合
物を実施例1の方法に従って反応させて相補DNA断片
を生成させ、これらを混合して塩基配列を決定した。
【0025】図1はdGTPに対するddGTPのモル
比率が0.05であり、dATPに対するddATPの
モル比率が0.058であり、 dTTPに対するdd
TTPのモル比率が0.1であり、dCTPに対するd
dCTPのモル比率が0.033のヌクレオチド混合物
で製造された配列決定キットを使用して生成させた相補
DNA断片を電気泳動法で分離させた結果として、40
~500塩基対に対応するDNA断片を見ることができ
る。
比率が0.05であり、dATPに対するddATPの
モル比率が0.058であり、 dTTPに対するdd
TTPのモル比率が0.1であり、dCTPに対するd
dCTPのモル比率が0.033のヌクレオチド混合物
で製造された配列決定キットを使用して生成させた相補
DNA断片を電気泳動法で分離させた結果として、40
~500塩基対に対応するDNA断片を見ることができ
る。
【0026】図2はdGTPに対するddGTPのモル
比率が0.15であり、dATPに対するddATPの
モル比率が0.174であり、dTTPに対するddT
TPのモル比率が0.3であり、dCTPに対するdd
CTPのモル比率が0.1であるヌクレオチド混合物で
製造された配列決定キットを使用して生成させた相補D
NA断片を電気泳動法で分離させた結果として、20~
300塩基対に対応するDNA断片を見ることができ
る。
比率が0.15であり、dATPに対するddATPの
モル比率が0.174であり、dTTPに対するddT
TPのモル比率が0.3であり、dCTPに対するdd
CTPのモル比率が0.1であるヌクレオチド混合物で
製造された配列決定キットを使用して生成させた相補D
NA断片を電気泳動法で分離させた結果として、20~
300塩基対に対応するDNA断片を見ることができ
る。
【0027】図3はdGTPに対するddGTPのモル
比率が0.005であり、dATPに対するddATP
のモル比率が0.0058であり、dTTPに対するd
dTTPのモル比率が0.01であり、dCTPに対す
るddCTPのモル比率が0.0033であるヌクレオ
チド混合物で製造された配列決定キットを使用して生成
させた相補DNA断片を電気泳動法で分離させた結果と
して、100~1、000塩基対に対応するDNA断片
を見ることができる。
比率が0.005であり、dATPに対するddATP
のモル比率が0.0058であり、dTTPに対するd
dTTPのモル比率が0.01であり、dCTPに対す
るddCTPのモル比率が0.0033であるヌクレオ
チド混合物で製造された配列決定キットを使用して生成
させた相補DNA断片を電気泳動法で分離させた結果と
して、100~1、000塩基対に対応するDNA断片
を見ることができる。
【0028】図4は図1~図3の反応物を混合して生成
させた相補DNA断片を電気泳動で分離させた結果とし
て20~1、000塩基対に対応するDNA断片を見る
ことができる。
させた相補DNA断片を電気泳動で分離させた結果とし
て20~1、000塩基対に対応するDNA断片を見る
ことができる。
【0029】図5は図2と図3の反応物を混合して生成
させた相補DNA断片を電気泳動で分離させた結果とし
て、20~1、000塩基対に対応するDNA断片を見
ることができる。
させた相補DNA断片を電気泳動で分離させた結果とし
て、20~1、000塩基対に対応するDNA断片を見
ることができる。
【0030】
【発明の効果】以上説明したように、本発明の方法及び
キットを使用すると、10~1、000塩基対を有する
DNAの塩基配列を容易に決定できるので、1回の塩基
配列決定を通じて従来の方法に比して、もっと長鎖のD
NA塩基配列の決定ができ得る。
キットを使用すると、10~1、000塩基対を有する
DNAの塩基配列を容易に決定できるので、1回の塩基
配列決定を通じて従来の方法に比して、もっと長鎖のD
NA塩基配列の決定ができ得る。
【図1】 dNTPに対するddNTPのモル比率即
ち、ddGTP/dGTPが0.05であり、ddAT
P/dATPが0.058であり、ddTTP/dTTP
が0.1であり、ddCTP/dCTPが0.033で
あるヌクレオチド混合物を使用して生成させた相補DN
A断片を電気泳動法で分離した結果である。
ち、ddGTP/dGTPが0.05であり、ddAT
P/dATPが0.058であり、ddTTP/dTTP
が0.1であり、ddCTP/dCTPが0.033で
あるヌクレオチド混合物を使用して生成させた相補DN
A断片を電気泳動法で分離した結果である。
【図2】 dNTPに対するddNTPのモル比率即
ち、ddGTP/dGTPが0.15であり、ddAT
P/dATPが0.174であり、ddTTP/dTTP
が0.3であり、ddCTP/dCTPが0.099で
あるヌクレオチド混合物を使用して生成させた相補DN
A断片を電気泳動法で分離した結果である。
ち、ddGTP/dGTPが0.15であり、ddAT
P/dATPが0.174であり、ddTTP/dTTP
が0.3であり、ddCTP/dCTPが0.099で
あるヌクレオチド混合物を使用して生成させた相補DN
A断片を電気泳動法で分離した結果である。
【図3】 dNTPに対するddNTPのモル比率即
ち、ddGTP/dGTPが0.005であり、ddA
TP/dATPが0.0058であり、ddTTP/dT
TPが0.01であり、ddCTP/dCTPが0.0
033であるヌクレオチド混合物を使用して生成させた
相補DNA断片を電気泳動法で分離した結果である。
ち、ddGTP/dGTPが0.005であり、ddA
TP/dATPが0.0058であり、ddTTP/dT
TPが0.01であり、ddCTP/dCTPが0.0
033であるヌクレオチド混合物を使用して生成させた
相補DNA断片を電気泳動法で分離した結果である。
【図4】 前記図1~図3の場合で生成された相補DN
A断片を混合して電気泳動法で分離させた結果である。
A断片を混合して電気泳動法で分離させた結果である。
【図5】 前記図2、図3の場合で生成された相補DN
A断片を混合して電気泳動法で分離させた結果である。
A断片を混合して電気泳動法で分離させた結果である。
Claims (24)
- 【請求項1】 ジデオキシヌクレオチド鎖終結法を用い
るDNA塩基配列決定方法において、dGTPに対する
ddGTPのモル比率が0.05を超過するヌクレオチ
ド混合物 、dATPに対するddATPのモル比率が
0.058を超過するヌクレオチド混合物、 dTTP
に対するddTTPのモル比率が0.1を超過するヌク
レオチド混合物、 dCTPに対するddCTPのモル
比率が0.033を超過するヌクレオチド混合物と、d
GTPに対するddGTPのモル比率が0.02未満の
ヌクレオチド混合物、dATPに対するddATPのモ
ル比率が0.02未満のヌクレオチド混合物、dTTP
に対するddTTPのモル比率が0.02未満のヌクレ
オチド混合物、dCTPに対するddCTPのモル比率
が0.02未満のヌクレオチド混合物を含むDNA断片
生成反応溶液を製造する段階;前記相補DNA断片生成
反応溶液の各々に塩基配列を決定しようとするDNA
と、プライマーを各々添加して、相補DNA断片を生成
させる段階;前記で生成された相補DNA断片を各ヌク
レオチド種類別に混合して、分子量順に従って分離させ
る段階;また、前記の分子量順に従って分離された相補
DNA断片の末端に結合された塩基を決定して、核酸の
塩基配列を認識する段階を含むことを特徴とする、DN
A塩基配列決定方法。 - 【請求項2】 前記ヌクレオチド混合物が、各々dGT
Pに対するddGTPのモル比率が0.1以上のヌクレ
オチド混合物、dATPに対するddATPのモル比率
が0.116以上のヌクレオチド混合物 、dTTPに
対するddTTPのモル比率が0.2以上のヌクレオチ
ド混合物、dCTPに対するddCTPのモル比率が
0.066以上のヌクレオチド混合物と、dGTPに対
するddGTPのモル比率が0.01以下のヌクレオチ
ド混合物、dATPに対するddATPのモル比率が
0.0116以下のヌクレオチド混合物、dTTPに対
するddTTPのモル比率が0.015以下のヌクレオ
チド混合物、dCTPに対するddCTPのモル比率が
0.0066以下のヌクレオチド混合物であることを特
徴とする、請求項1記載のDNA塩基配列決定方法。 - 【請求項3】 前記ヌクレオチド混合物が、各々dGT
Pに対するddGTPのモル比率が0.15以上のヌク
レオチド混合物、dATPに対するddATPのモル比
率が0.174以上のヌクレオチド混合物 、dTTP
に対するddTTPのモル比率が0.3以上のヌクレオ
チド混合物、dCTPに対するddCTPのモル比率が
0.099以上のヌクレオチド混合物と、dGTPに対
するddGTPのモル比率が0.005以下のヌクレオ
チド混合物、dATPに対するddATPのモル比率が
0.0058以下のヌクレオチド混合物、 dTTPに
対するddTTPのモル比率が0.01以下のヌクレオ
チド混合物、dCTPに対するddCTPのモル比率が
0.0033以下のヌクレオチド混合物であることを特
徴とする、請求項1記載のDNA塩基配列決定方法。 - 【請求項4】 前記相補DNA断片生成反応溶液が、各
々dGTPに対するddGTPのモル比率が0.02〜
0.05のヌクレオチド混合物と、dATPに対するd
dATPのモル比率が0.02〜0.058のヌクレオ
チド混合物と 、dTTPに対するddTTPのモル比
率が0.02〜0.1のヌクレオチド混合物と、dCT
Pに対するddCTPのモル比率が0.02〜0.03
3のヌクレオチド混合物を含む相補DNA断片生成反応
混合物を追加で、もっと含むことを特徴とする、請求項
1記載のDNA塩基配列決定方法。 - 【請求項5】 前記相補DNA断片生成反応溶液が、各
々dGTPに対するddGTPのモル比率が0.02〜
0.05のヌクレオチド混合物と、dATPに対するd
dATPのモル比率が0.02〜0.058のヌクレオ
チド混合物と 、dTTPに対するddTTPのモル比
率が0.02〜0.1のヌクレオチド混合物と、dCT
Pに対するddCTPのモル比率が0.02〜0.03
3のヌクレオチド混合物を含む相補DNA断片生成反応
混合物を追加で、もっと含むことを特徴とする、請求項
2記載のDNA塩基配列決定方法。 - 【請求項6】 前記相補DNA断片生成反応溶液が、各
々dGTPに対するddGTPのモル比率が0.02〜
0.05のヌクレオチド混合物と、dATPに対するd
dATPのモル比率が0.02〜0.058のヌクレオ
チド混合物と、dTTPに対するddTTPのモル比率
が0.02〜0.1のヌクレオチド混合物と、dCTP
に対するddCTPのモル比率が0.02〜0.033
のヌクレオチド混合物を含む相補DNA断片生成反応混
合物を追加で、もっと含むことを特徴とする、請求項3
記載のDNA塩基配列決定方法。 - 【請求項7】 前記相補DNA断片混合物を分子量順に
従って分離することにおいて、電気泳動法を用いること
を特徴とする、請求項1記載のDNA塩基配列決定方
法。 - 【請求項8】前記相補DNA断片の末端に結合された塩
基を決定することにおいて、銀染色法を用いることを特
徴とする、請求項1記載のDNA塩基配列決定方法。 - 【請求項9】前記相補DNA断片混合物を分子量順に従
って分離することにおいて、電気泳動法を用いることを
特徴とする、請求項2記載のDNA塩基配列決定方法。 - 【請求項10】前記相補DNA断片の末端に結合された
塩基を決定することにおいて、 銀染色法を用いること
を特徴とする、請求項2記載のDNA塩基配列決定方
法。 - 【請求項11】前記相補DNA断片混合物を分子量順に
従って分離することにおいて、電気泳動法を用いること
を特徴とする、請求項3記載のDNA塩基配列決定方
法。 - 【請求項12】前記相補DNA断片の末端に結合された
塩基を決定することにおいて、 銀染色法を用いること
を特徴とする、請求項3記載のDNA塩基配列決定方
法。 - 【請求項13】前記相補DNA断片混合物を分子量順に
従って分離することにおいて、電気泳動法を用いること
を特徴とする、請求項4記載のDNA塩基配列決定方
法。 - 【請求項14】前記相補DNA断片の末端に結合された
塩基を決定することにおいて、銀染色法を用いることを
特徴とする、請求項4記載のDNA塩基配列決定方法。 - 【請求項15】前記相補DNA断片混合物を分子量順に
従って分離することにおいて、電気泳動法を用いること
を特徴とする、請求項5記載のDNA塩基配列決定方
法。 - 【請求項16】前記相補DNA断片の末端に結合された
塩基を決定することにおいて、銀染色法を用いることを
特徴とする、請求項5記載のDNA塩基配列決定方法。 - 【請求項17】前記相補DNA断片混合物を分子量順に
従って分離することにおいて、電気泳動法を用いること
を特徴とする、請求項6記載のDNA塩基配列決定方
法。 - 【請求項18】前記相補DNA断片の末端に結合された
塩基を決定することにおいて、銀染色法を用いることを
特徴とする、請求項6記載のDNA塩基配列決定方法。 - 【請求項19】 緩衝溶液、安定化剤、DNA重合酵素
と、dGTP、dATP、dTTP、dCTP及び、d
GPTのモル数に比して0.05倍を超過する量のdd
GTPからなるヌクレオチド混合物が満たされた密閉容
器;緩衝溶液、安定化剤、DNA重合酵素、dGTP、
dATP、dTTP、dCTP及び、dATPのモル数
に比して0.058倍を超過する量のddATPからな
るヌクレオチド混合物が満たされた密閉容器;緩衝溶
液、安定化剤、DNA重合酵素と、dGTP、dAT
P、dTTP、dCTP及び、dTTPのモル数に比し
て0.1倍を超過する量のddTTPからなるヌクレオ
チド混合物が満たされた密閉容器;緩衝溶液、安定化
剤、DNA重合酵素と、dGTP、dATP、dTT
P、dCTP及び、dCTPのモル数に比して0.03
3倍を超過する量のddCTPからなるヌクレオチド混
合物が満たされた密閉容器と、緩衝溶液、安定化剤、D
NA重合酵素と、dGTP、dATP、dTTP、dC
TP及び、dGTPのモル数に比して0.02倍未満の
量のddGTPからなるヌクレオチド混合物が満たされ
た密閉容器;緩衝溶液、安定化剤、DNA重合酵素と、
dGTP、dATP、dTTP、dCTP及び、dAT
Pのモル数に比して0.02倍未満の量のddATPか
らなるヌクレオチド混合物が満たされた密閉容器;緩衝
溶液、安定化剤、DNA重合酵素と、dGTP、dAT
P、dTTP、dCTP及び、dTTPのモル数に比し
て0.02倍未満の量のddTTPからなるヌクレオチ
ド混合物が満たされた密閉容器;また、緩衝溶液、安定
化剤、DNA重合酵素と、dGTP、dATP、dTT
P、dCTP及び、dCTPのモル数に比して、0.0
2倍未満の量のddCTPからなるヌクレオチド混合物
が満たされた密閉容器で構成された、混合比率が互いに
異なるヌクレオチド混合物で満たされた8種類の密閉容
器からなることを特徴とする、DNA塩基配列決定キッ
ト。 - 【請求項20】前記各々のヌクレオチド混合物がdGT
Pに対するddGTPのモル比率が0.1以上のヌクレ
オチド混合物、dATPに対するddATPのモル比率
が0.116以上のヌクレオチド混合物、dTTPに対
するddTTPのモル比率が0.02以上のヌクレオチ
ド混合物、dCTPに対するddCTPのモル比率が
0.066以上のヌクレオチド混合物とdGTPに対す
るddGTPのモル比率が0.01以下のヌクレオチド
混合物、dATPに対するddATPのモル比率が0.
0116以下のヌクレオチド混合物、dTTPに対する
ddTTPのモル比率が0.015以下のヌクレオチド
混合物、dCTPに対するddCTPのモル比率が0.
0066以下のヌクレオチド混合物であることを特徴と
する、請求項19記載のDNA塩基配列決定キット。 - 【請求項21】前記各々のヌクレオチド混合物がdGT
Pに対するddGTPのモル比率が0.15以上のヌク
レオチド混合物、dATPに対するddATPのモル比
率が0.174以上のヌクレオチド混合物、dTTPに対
するddTTPのモル比率が0.3以上のヌクレオチド
混合物、dCTPに対するddCTPのモル比率が0.
099以上のヌクレオチド混合物とdGTPに対するd
dGTPのモル比率が0.005以下のヌクレオチド混
合物、dATPに対するddATPのモル比率が0.0
058以下のヌクレオチド混合物、dTTPに対するd
dTTPのモル比率が0.01以下のヌクレオチド混合
物、dCTPに対するddCTPのモル比率が0.00
33以下のヌクレオチド混合物であることを特徴とす
る、請求項19記載のDNA塩基配列決定キット。 - 【請求項22】 緩衝溶液、安定化剤、DNA重合酵素
と、dGTP、dATP、dTTP、dCTP及び、d
GTPのモル数に比して0.02〜0.05倍の量のd
dGTPからなるヌクレオチド混合物が満たされた密閉
容器;緩衝溶液、安定化剤、DNA重合酵素と、dGT
P、dATP、dTTP、dCTP及び、dATPのモ
ル数に比して0.02〜0.058倍の量のddATP
からなるヌクレオチド混合物が満たされた密閉容器;緩
衝溶液、安定化剤、DNA重合酵素と、dGTP、dA
TP、dTTP、dCTP及び、dTTPのモル数に比
して0.02〜0.1倍の量のddTTPからなるヌク
レオチド混合物が満たされた密閉容器;また、緩衝溶
液、安定化剤、DNA重合酵素と、dGTP、dAT
P、dTTP、dCTP及び、dCTPのモル数に比し
て0.02〜0.033倍の量のddCTPからなるヌ
クレオチド混合物が満たされた4種類の密閉容器を追加
で、もっと含むことを特徴とする、請求項19記載のD
NA塩基配列決定キット。 - 【請求項23】 緩衝溶液、安定化剤、DNA重合酵素
と、dGTP、dATP、dTTP、dCTP及び、d
GTPのモル数に比して0.02〜0.05倍の量のd
dGTPからなるヌクレオチド混合物が満たされた密閉
容器;緩衝溶液、安定化剤、DNA重合酵素と、dGT
P、dATP、dTTP、dCTP及び、dATPのモ
ル数に比して0.02〜0.058倍の量のddATP
からなるヌクレオチド混合物が満たされた密閉容器;緩
衝溶液、安定化剤、DNA重合酵素と、dGTP、dA
TP、dTTP、dCTP及び、dTTPのモル数に比
して0.02〜0.1倍の量のddTTPからなるヌク
レオチド混合物が満たされた密閉容器;また、緩衝溶
液、安定化剤、DNA重合酵素と、dGTP、dAT
P、dTTP、dCTP及び、dCTPのモル数に比し
て0.02〜0.033倍の量のddCTPからなるヌ
クレオチド混合物が満たされた4種類の密閉容器を追加
で、もっと含むことを特徴とする請求項20記載のDN
A塩基配列決定キット。 - 【請求項24】 緩衝溶液、安定化剤、DNA重合酵素
と、dGTP、dATP、dTTP、dCTP及び、d
GTPのモル数に比して0.02〜0.05倍の量のd
dGTPからなるヌクレオチド混合物が満たされた密閉
容器;緩衝溶液、安定化剤、DNA重合酵素と、dGT
P、dATP、dTTP、dCTP及び、dATPのモ
ル数に比して0.02〜0.058倍の量のddATP
からなるヌクレオチド混合物が満たされた密閉容器;緩
衝溶液、安定化剤、DNA重合酵素と、dGTP、dA
TP、dTTP、dCTP及び、dTTPのモル数に比
して0.02〜0.1倍の量のddTTPからなるヌク
レオチド混合物が満たされた密閉容器;また、緩衝溶
液、安定化剤、DNA重合酵素と、dGTP、dAT
P、dTTP、dCTP及び、dCTPのモル数に比し
て0.02〜0.033倍の量のddCTPからなるヌ
クレオチド混合物が満たされた4種類の密閉容器を追加
で、もっと含むことを特徴とするDNA塩基配列決定キ
ット。
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