FR3099182B1 - Procédé de détection et de quantification d'une espèce biologique d'intérêt par analyse métagénomique - Google Patents

Procédé de détection et de quantification d'une espèce biologique d'intérêt par analyse métagénomique Download PDF

Info

Publication number
FR3099182B1
FR3099182B1 FR1908363A FR1908363A FR3099182B1 FR 3099182 B1 FR3099182 B1 FR 3099182B1 FR 1908363 A FR1908363 A FR 1908363A FR 1908363 A FR1908363 A FR 1908363A FR 3099182 B1 FR3099182 B1 FR 3099182B1
Authority
FR
France
Prior art keywords
interest
biological species
species
detecting
quantifying
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Active
Application number
FR1908363A
Other languages
English (en)
Other versions
FR3099182A1 (fr
Inventor
Vladimir Lazarevic
Sébastien Hauser
Maud Tournoud
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Biomerieux SA
Original Assignee
Biomerieux SA
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Biomerieux SA filed Critical Biomerieux SA
Priority to FR1908363A priority Critical patent/FR3099182B1/fr
Priority to US17/629,055 priority patent/US20220275429A1/en
Priority to EP20742277.5A priority patent/EP4004233A1/fr
Priority to CN202080053378.1A priority patent/CN114555835A/zh
Priority to PCT/EP2020/070715 priority patent/WO2021013900A1/fr
Priority to JP2022504011A priority patent/JP2022541596A/ja
Publication of FR3099182A1 publication Critical patent/FR3099182A1/fr
Application granted granted Critical
Publication of FR3099182B1 publication Critical patent/FR3099182B1/fr
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • C12Q1/689—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for bacteria
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6806—Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/6851—Quantitative amplification
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6869—Methods for sequencing
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B20/00—ICT specially adapted for functional genomics or proteomics, e.g. genotype-phenotype associations
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B30/00—ICT specially adapted for sequence analysis involving nucleotides or amino acids

Abstract

Procédé de détection d'une espèce biologique d'intérêt (SOI) présente dans un échantillon d'analyse, l'espèce biologique d'intérêt présentant un génome connu, l'échantillon d'analyse comportant un mélange de différentes espèces biologiques, le procédé comportant les étapes suivantes : extraction de séquences de nucléotides de l'échantillon d'analyse ; séquençage des séquences de nucléotides extraites lors de l'étape a) ; à partir du séquençage, obtention de séquences normalisées assignées à l'espèce biologique d'intérêt et à l'espèce de contrôle ; comparaison des séquences normalisées respectivement assignées à l'espèce biologique d'intérêt et à l'espèce de contrôle à des seuils de détection respectivement associés à l'espèce biologique d'intérêt et à l'espèce de contrôle.
FR1908363A 2019-07-23 2019-07-23 Procédé de détection et de quantification d'une espèce biologique d'intérêt par analyse métagénomique Active FR3099182B1 (fr)

Priority Applications (6)

Application Number Priority Date Filing Date Title
FR1908363A FR3099182B1 (fr) 2019-07-23 2019-07-23 Procédé de détection et de quantification d'une espèce biologique d'intérêt par analyse métagénomique
US17/629,055 US20220275429A1 (en) 2019-07-23 2020-07-22 Method for detecting and quantifying a biological species of interest by metagenomic analysis
EP20742277.5A EP4004233A1 (fr) 2019-07-23 2020-07-22 Procédé de détection et de quantification d'une espèce biologique d'intérêt par analyse métagénomique
CN202080053378.1A CN114555835A (zh) 2019-07-23 2020-07-22 通过宏基因组分析检测和定量感兴趣的生物物种的方法
PCT/EP2020/070715 WO2021013900A1 (fr) 2019-07-23 2020-07-22 Procédé de détection et de quantification d'une espèce biologique d'intérêt par analyse métagénomique
JP2022504011A JP2022541596A (ja) 2019-07-23 2020-07-22 メタゲノミクス分析による標的生物種の検出および定量方法

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
FR1908363 2019-07-23
FR1908363A FR3099182B1 (fr) 2019-07-23 2019-07-23 Procédé de détection et de quantification d'une espèce biologique d'intérêt par analyse métagénomique

Publications (2)

Publication Number Publication Date
FR3099182A1 FR3099182A1 (fr) 2021-01-29
FR3099182B1 true FR3099182B1 (fr) 2022-11-25

Family

ID=69190848

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
FR1908363A Active FR3099182B1 (fr) 2019-07-23 2019-07-23 Procédé de détection et de quantification d'une espèce biologique d'intérêt par analyse métagénomique

Country Status (6)

Country Link
US (1) US20220275429A1 (fr)
EP (1) EP4004233A1 (fr)
JP (1) JP2022541596A (fr)
CN (1) CN114555835A (fr)
FR (1) FR3099182B1 (fr)
WO (1) WO2021013900A1 (fr)

Families Citing this family (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN113403367B (zh) * 2021-07-01 2023-10-13 苏州赛福医学检验有限公司 一种宏基因组绝对定量的检测方法及其应用
CN113571128A (zh) * 2021-08-05 2021-10-29 深圳华大因源医药科技有限公司 一种用于宏基因组学病原体检测参考阈值建立的方法
FR3130291A1 (fr) 2021-12-15 2023-06-16 Biomerieux Procédé de détection d’une présence d’une espèce biologique d’intérêt par séquençage temps réel itératif.
CN114891868A (zh) * 2022-05-31 2022-08-12 广州市金圻睿生物科技有限责任公司 一种基于ngs平台的微生物定量方法及试剂盒
CN116312798B (zh) * 2023-02-22 2023-11-10 江苏先声医学诊断有限公司 一种宏基因组测序数据物种验证的方法及应用

Family Cites Families (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
FR3001464B1 (fr) 2013-01-25 2016-02-26 Biomerieux Sa Procede d'isolement specifique d'acides nucleiques d'interet
EP2985350B1 (fr) * 2014-08-14 2017-10-04 microBIOMix GmbH Procédé d'analyse de microbiome
CA2998381A1 (fr) * 2015-09-21 2017-03-30 The Regents Of The University Of California Detection d'agents pathogenes utilisant un sequencage de nouvelle generation
JP7068287B2 (ja) * 2016-10-13 2022-05-16 ビオメリュー メタゲノム試料中の病原体の同定と抗生物質の特徴づけ

Also Published As

Publication number Publication date
WO2021013900A1 (fr) 2021-01-28
CN114555835A (zh) 2022-05-27
FR3099182A1 (fr) 2021-01-29
EP4004233A1 (fr) 2022-06-01
US20220275429A1 (en) 2022-09-01
JP2022541596A (ja) 2022-09-26

Similar Documents

Publication Publication Date Title
FR3099182B1 (fr) Procédé de détection et de quantification d'une espèce biologique d'intérêt par analyse métagénomique
CN110211633B (zh) Mgmt基因启动子甲基化的检测方法、测序数据的处理方法及处理装置
FR3099181B1 (fr) Procédé de détection et de quantification d'une espèce biologique d'intérêt par analyse métagénomique, avec prise en compte d'un calibrateur.
ATE245278T1 (de) Verfahren zur automatischen analyse von mikroskopaufnahmen
CN105886616A (zh) 一种用于猪基因编辑的高效特异性sgRNA识别位点引导序列及其筛选方法
CN102433374B (zh) Y-str基因座荧光标记复合扩增体系及应用
RU2014137129A (ru) Иммунофлуоресцентный анализ и флуоресцентный анализ нуклеиновых кислот в одном и том же образце
CN113160882B (zh) 一种基于三代测序的病原微生物宏基因组检测方法
EP2327987A3 (fr) Procédé de prétraitement d'échantillon pour la détection de la protéine centrale HCV, kit de réactif pour la détection de la protéine centrale HCV, procédé permettant de déterminer la présence ou l'absence du virus de l'hépatite C dans un échantillon et procédé de dosage immunologique du HCV
CN113584226B (zh) 鉴别诊断非洲猪瘟病毒P72/MGF/CD2v的多重荧光定量引物、探针及其应用
CN111307926B (zh) 基于血清的布鲁氏菌疫苗株感染快速检测方法
Seijo et al. Metabolomics as a diagnostic tool for idiopathic non‐cirrhotic portal hypertension
FR3099180B1 (fr) Procédé de détection et de quantification d'une espèce biologique d'intérêt par analyse métagénomique, comportant l'utilisation d'une espèce de contrôle.
CN103740864A (zh) 一种高致病性猪蓝耳病毒荧光定量qRT-PCR检测方法及检测试剂盒
FR3099183B1 (fr) Procédé de détection et de quantification d'une espèce biologique d'intérêt par analyse métagénomique, et détermination d'un niveau de confiance associé
CN106244717B (zh) 一种对未知猪检材进行个体识别和亲权鉴定的方法和系统
CN108531660A (zh) 一种检测猪圆环病毒3型实时定量lamp引物、试剂盒及应用
Dimitrova et al. Evaluation of viral heterogeneity using next-generation sequencing, end-point limiting-dilution and mass spectrometry
Hagen et al. Comparison of two real-time PCR assays for the detection of malaria parasites from hemolytic blood samples
JPWO2021229668A5 (fr)
US20170046480A1 (en) Device and method for detecting the presence or absence of nucleic acid amplification
CN110551837A (zh) 一种马梨形虫病巢式pcr检测方法
ATE324466T1 (de) Methode zur analyse von oligonukleotidanaloga
Penny et al. A gas phase fractionation acquisition scheme integrating ion mobility for rapid diaPASEF library generation
CN109946462B (zh) 4210Da多肽作为标志物在诊断肝癌、肝硬化、慢乙肝中的应用

Legal Events

Date Code Title Description
PLFP Fee payment

Year of fee payment: 2

PLSC Publication of the preliminary search report

Effective date: 20210129

PLFP Fee payment

Year of fee payment: 3

PLFP Fee payment

Year of fee payment: 4

PLFP Fee payment

Year of fee payment: 5