ES2846747T3 - Procedimientos para seleccionar la línea de células T y su donante para terapia celular adoptiva - Google Patents

Procedimientos para seleccionar la línea de células T y su donante para terapia celular adoptiva Download PDF

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ES2846747T3 ES15802230T ES15802230T ES2846747T3 ES 2846747 T3 ES2846747 T3 ES 2846747T3 ES 15802230 T ES15802230 T ES 15802230T ES 15802230 T ES15802230 T ES 15802230T ES 2846747 T3 ES2846747 T3 ES 2846747T3
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Ekaterina Doubrovina
Guenther Koehne
Aisha Hasan
Susan Prockop
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Abstract

Un procedimiento implementado por ordenador para seleccionar una línea de células T alogénicas para la administración terapéutica a un paciente humano que tiene o se sospecha que tiene un patógeno o cáncer, comprendiendo: seleccionar una línea de células T alogénica para el paciente que reconozca al menos un epítopo de un antígeno del patógeno o el cáncer, utilizando una representación que (i) identifica una pluralidad de alelos HLA y, opcionalmente, combinaciones de alelos HLA, y (ii) describe indicaciones de actividades relativas de líneas de células T, cada una de las cuales reconoce al menos un epítopo de un antígeno del patógeno o cáncer, y restringido a alelos diferentes de los alelos HLA o combinaciones de alelos HLA en la pluralidad; donde en la representación cada alelo HLA identificado o combinación de alelos HLA está asociado con la indicación respectiva de actividad relativa de la línea de células T restringida al alelo HLA o combinación de alelos HLA, siendo las actividades relativas medidas relativas de actividad conocida contra el patógeno o contra el cáncer exhibido por las líneas de células T; donde (A) la línea de células T seleccionada tiene en común con el paciente o con las células enfermas del paciente el alelo HLA o la combinación de alelos HLA identificada por la representación a la que se restringe el reconocimiento de la línea de células T; y (B) el alelo HLA o la combinación de alelos HLA, a los que se restringe la línea de células T seleccionada, se asocia en la representación con una indicación de la actividad relativa más alta entre los alelos HLA y las combinaciones de alelos HLA en la representación que se sabe que son comunes con el paciente o las células enfermas en el paciente y no están descalificados de otro modo.

Description

DESCRIPCIÓN
Procedimientos para seleccionar la línea de células T y su donante para terapia celular adoptiva
1. campo
En esta invención se describen procedimientos para seleccionar una línea de células T alogénicas para la administración terapéutica a un paciente que tiene o se sospecha que tiene un patógeno o cáncer. También se describen procedimientos para seleccionar un donante del cual derivar una línea de células T alogénicas para la administración terapéutica a un paciente que tiene o se sospecha que tiene un patógeno o cáncer.
2. Antecedentes
Células T CD8+ antivirales responden a una fracción diminuta de los determinantes peptídicos potenciales codificados por genomas virales. Células T citotóxicas reconocen las células infectadas mediante la interacción del receptor de células T (TCR) con péptidos antigénicos de 8-11 aminoácidos compuestos con moléculas de clase 1 de histocompatibilidad principal (MHC). Estos complejos MHC-péptido surgen del procesamiento intracelular de proteínas virales sintetizadas endógenamente (Saveanu, L., y col., Immunol Rev, 2005. 207: 42-59; Strehl, B., y col, Immunol Rev, 2005. 207: 19-30).
Los determinantes peptídicos se ajustan a los motivos de unión previstos dentro de moléculas específicas de HLA. Aunque se puede generar un gran número de epítopos peptídicos, las respuestas de las células T se centran en un número seleccionado de epítopos, un fenómeno conocido como inmunodominancia (Sercarz, E.E., y col., Annu Rev Immunol, 1993. 11: 729-66; Yewdell, J.W. y J.R. Bcnnink, Annu Rev Immunol, 1999. 17: 51-88). La naturaleza altamente enfocada de las respuestas de las células T CD8 a los patógenos indica que los epítopos individuales difieren en su capacidad para inducir respuestas de las células T (Yewdell, J.W. y J.R. Bennink, Annu Rev Immunol, 1999. 17: 51-88).
Epítopos de péptidos que inducen las respuestas de células T más prominentes en cualquier individuo dado pueden clasificarse adicionalmente basándose en la contribución proporcional del epítopo a la respuesta general de las células T a cualquier péptido viral particular. Epítopos "inmunodominantes" son reconocidos por las poblaciones de células T afines más abundantes, mientras que los epítopos "subdominantes" son reconocidos por poblaciones de células T menos abundantes. Por lo tanto, dependiendo de sus contribuciones relativas a la respuesta total de las células T, los epítopos individuales se pueden clasificar como dominantes, codominantes o subdominantes, estableciendo así una jerarquía de inmunodominancia.
En el caso de la infección de ratones por el virus de la influenza, las respuestas de las células T CD8 se dirigen típicamente a solo un puñado de epítopos específicos (La Grata, N.L., y col., Proc Natl Acad Sci USA, 2006, 103: 994­ 999). Y en un ejemplo particularmente extremo, toda la respuesta de las células T CD8 a un virus de la parainfluenza de ratón (virus Sendai) se dirige a un solo epítopo (Cole, G.A. Y col., Int Immunol, 1994. 6: 1767-1775; Kast, W.M., y col., Proc Natl Acad Sci USA, 1991.88: 2283- 2287).
Las respuestas de las células T humanas se han caracterizado a varias infecciones virales.
Los estudios de las respuestas de las células T contra el virus de la inmunodeficiencia humana (VIH) han llevado a la identificación de varios epítopos en las diversas proteínas de este virus, y estos estudios también han demostrado que los epítopos inmunodominantes pueden ser presentados por alelos del antígeno leucocitario humano (HLA) prevalentes tales como HLA A0301, B0702 o A0201 dentro de individuos que co-heredan estos alelos HLA (Day, C.L., y col., J Virol, 2001.75: 6279-6291). Además, estos mismos alelos HLA pueden presentar múltiples epítopos durante diferentes fases de la infección (Yu, X.G., y col., J Virol, 2002. 76: 8690-8701). La evaluación de las respuestas de las células T contra el citomegalovirus humano (CMV) ha conducido a la identificación de varios epítopos inmunodominantes dentro de las proteínas más inmunogénicas de este virus, a saber, CMVpp65 e IE 1, y sus alelos HLA de presentación. Esto a continuación condujo al reconocimiento de que entre los individuos que heredan alelos HLA específicos, tales como HLA B0702 y HLA A0201, los epítopos presentados por estos alelos constituyen los epítopos inmunodominantes. Cuando estos alelos se heredan conjuntamente, los epítopos presentados por HLA B0702 constituyen la respuesta de células T inmunodominantes mientras que los epítopos presentados por HLA A0201 son subdominantes (Lacey, S.F., y col., Hum Immunol, 2003. 64: 440-452).
La inmunodominancia refleja el producto final de una multitud de factores positivos y negativos que gobiernan el procesamiento y la presentación del antígeno, así como la activación de las células T y la avidez del receptor de las células T (Yewdell, J.W. y J.R. Bennink, Annu Rev Immunol, 1999. 17: 51-88). Entre estos, los principales factores evaluados hasta ahora en la mayoría de los estudios han incluido los antecedentes genéticos de HLA clase I de los individuos infectados, la secuencia de proteínas virales y la cinética de infecciones virales, así como las afinidades de unión de los epítopos peptídicos en los surcos de HLA, así como la afinidad de TCR por el complejo péptido-MHC.
La inmunoterapia adoptiva que utiliza células T específicas de virus derivadas de un donante puede ser eficaz para erradicar infecciones virales como el virus de Epstein-Barr (VEB) y el CMV después del trasplante alogénico de células madre hematopoyéticas (TCMH). La falta de disponibilidad oportuna de células T específicas de virus derivadas del donante ha sido una limitación importante para la aplicación exitosa de este enfoque de tratamiento. Además, dichas células no se pueden generar a partir de donantes seronegativos y de sangre de cordón. En tales casos, las células T específicas de virus derivadas de donantes terceros generadas previamente podrían estar fácilmente disponibles para el tratamiento de infecciones virales graves en tales pacientes. Varios grupos han demostrado la seguridad y la eficacia potencial de las líneas de linfocitos T citotóxicos (CTL) específicos de virus derivados de terceros para el tratamiento de infecciones por EBV, CMV y adenovirus (ADV), utilizando líneas de CTL que se infundieron empíricamente basándose en el emparejamiento de 2 o más alelos HLA (Haque, T., y col., Lancet, 2002. 360: 436-442; Barker, J.N., y col., Blood, 2010. 116: 5045-5049; Doubrovina, E., y col., Blood, 2012. 119: 2644-2656; Uhtin, M., y col., Clinical Infectious Diseases, 2012. 55: 1064-1073; Leen, A.M., y col., Blood, 2013. 121: 5113-5123). Existe la necesidad de un procedimiento para seleccionar líneas de CTL para asegurar una eficacia alta y constante del tratamiento con CTL.
La citación de una referencia en esta invención no debe interpretarse como una admisión de que la misma sea una técnica anterior a la presente descripción.
Trivedi y col. (2005) se refiere a la generación de linfocitos T específicos de CMV utilizando grupos de pentadecapéptidos superpuestos derivados de pp65 que abarcan proteínas para inmunoterapia adoptiva.
3. Compendio
La presente invención proporciona un procedimiento implementado por ordenador para seleccionar una línea de células T alogénicas para la administración terapéutica a un paciente humano que tiene o se sospecha que tiene un patógeno o cáncer, que comprende: seleccionar una línea de células T alogénica para el paciente que reconoce al menos un epítopo de un antígeno del patógeno o del cáncer, utilizando una representación que (i) identifica una pluralidad de alelos HLA y opcionalmente combinaciones de alelos HLA, y (ii) describe indicaciones de actividades relativas de líneas de células T, cada una de las cuales reconoce al menos un epítopo de un antígeno del patógeno o cáncer, y restringido a alelos diferentes de los alelos HLA o combinaciones de alelos HLA en la pluralidad; donde en la representación cada alelo HLA identificado o combinación de alelos HLA está asociado con la indicación respectiva de actividad relativa de la línea de células T restringida al alelo HLA o combinación de alelos HLA, donde las actividades relativas de las líneas de células T son medidas relativas de actividad conocida contra el patógeno o contra el cáncer exhibido por las líneas de células T, y donde la línea de células T seleccionada tiene en común con el paciente o las células enfermas en el paciente el alelo HLA o combinación de alelos HLA identificada por la representación a la que está restringido el reconocimiento de la línea de células T; y el alelo HLA o la combinación de alelos HLA, a los que se restringe la línea de células T seleccionada, se asocia en la representación con una indicación de la actividad relativa más alta entre los alelos HLA y las combinaciones de alelos HLA en la representación que se sabe que son comunes con el paciente o las células enfermas en el paciente y no están descalificados de otra manera.
La presente invención también proporciona un procedimiento implementado por ordenador para seleccionar un donante de células T alogénicas del cual derivar una línea de células T alogénicas para la administración terapéutica a un paciente humano que tiene o se sospecha que tiene un patógeno o cáncer, que comprende: seleccionar un donante de células T alogénico para el paciente, usando una representación que (i) identifica una pluralidad de alelos HLA y opcionalmente combinaciones de alelos HLA, y (ii) describe indicaciones de actividades relativas de líneas de células T, cada una de las cuales reconoce al menos un epítopo de un antígeno del patógeno o cáncer, y restringido a diferentes alelos HLA o combinaciones de alelos HLA en la pluralidad; donde en la representación cada alelo HLA identificado o combinación de alelos HLA está asociado con la indicación respectiva de actividad relativa de la línea de células T restringida al alelo HLA o combinación de alelos HLA, donde las actividades relativas de las líneas de células T son medidas relativas de actividad conocida contra el patógeno o contra el cáncer exhibido por las líneas de células T, y donde el donante de células T seleccionado tiene al menos un alelo HLA o una combinación de alelos HLA en común con el paciente o células enfermas en el paciente; y uno de al menos un alelo HLA o combinación de alelos HLA en común con el paciente o las células enfermas en el paciente se asocia en la representación con una indicación de la actividad relativa más alta entre los alelos HLA y las combinaciones de alelos HLA en la representación que se sabe que son comunes con el paciente o con las células enfermas del paciente y no están descalificadas de otro modo.
En una realización, el procedimiento implementado por ordenador comprende además, antes de la etapa de selección, una etapa de generar la representación.
En una realización, el procedimiento implementado por ordenador comprende además, antes de la etapa de selección, una etapa de determinar la asignación de HLA del paciente o las células enfermas en el paciente y la asignación de HLA para el donante de células T.
En una realización, la representación es una lista de la pluralidad de alelos HLA y opcionalmente combinaciones de alelos HLA clasificados por las actividades relativas.
En una realización, las actividades relativas son la eficacia clínica in vivo de las líneas de células T en el tratamiento de pacientes que tienen el patógeno o el cáncer.
En una realización, el paciente tiene o se sospecha que tiene un patógeno, donde las líneas de células T reconocen al menos un epítopo de un antígeno del patógeno, y donde las actividades relativas son medidas relativas de actividad conocida contra el patógeno.
En una realización, el patógeno es un virus.
En una realización, el virus es CMV o EBV.
En una realización, el paciente tiene o se sospecha que tiene un cáncer, donde la línea de células T reconoce al menos un epítopo de un antígeno del cáncer, y donde las actividades relativas son medidas relativas de actividad conocida contra el cáncer.
En una realización, el antígeno es WT1.
En una realización, el cáncer es un trastorno linfoproliferativo postrasplante positivo para EBV.
También se proporciona en esta invención un sistema informático para seleccionar una línea de células T alogénicas o un donante de células T alogénicas de quien derivar una línea de células T alogénicas para la administración terapéutica a un paciente humano que tiene o se sospecha que tiene un patógeno o cáncer, que comprende: una unidad central de procesamiento; una memoria, acoplada a la unidad central de procesamiento, la memoria almacena las instrucciones para realizar las etapas del procedimiento de la invención implementado por ordenador.
También se proporciona en esta invención un medio legible por ordenador que tiene instrucciones ejecutables por ordenador para realizar las etapas del procediniento de la invención implementado por ordenador.
En el contexto de la invención, el término "procedimiento para seleccionar una línea de células T alogénicas" y "procedimiento para seleccionar un donante de células T alogénicas" se refiere a un procedimiento implementado por ordenador.
En general, en esta invención se describen procedimientos para seleccionar una línea de células T alogénicas para la administración terapéutica a un paciente humano que tiene o se sospecha que tiene un patógeno o cáncer, y procedimientos para seleccionar un donante de células T alogénicas del cual derivar dicha línea de células T alogénicas.
Según la invención, los procedimientos de selección de una línea de células T alogénicas para la administración terapéutica a un paciente humano que tiene o se sospecha que tiene un patógeno o cáncer comprenden: seleccionar una línea de células T alogénica para el paciente que reconoce al menos un epítopo de un antígeno del patógeno o el cáncer, utilizando una representación (en adelante "Representación de Actividad") que (i) identifica una pluralidad de alelos HLA y, opcionalmente, combinaciones de alelos HLA, y (ii) describe indicaciones de actividades relativas de líneas de células T, cada una de las cuales reconoce al menos un epítopo de un antígeno del patógeno o cáncer, y restringido a alelos diferentes de los alelos HLA o combinaciones de alelos HLA en la pluralidad; donde en la representación cada alelo HLA identificado o combinación de alelos HLA está asociado con la indicación respectiva de actividad relativa de la línea de células T restringida al alelo HLA o combinación de alelos HLA, siendo las actividades relativas medidas relativas de actividad conocida contra el patógeno o contra el cáncer exhibido por las líneas de células T; donde (A) la línea de células T seleccionada tiene en común con el paciente o las células enfermas (por ejemplo, del cáncer o asociadas con la presencia del patógeno) en el paciente, el alelo HLA o la combinación de alelos HLA identificada por la representación a la que el reconocimiento de la línea de células T está restringido; y (B) el alelo HLA o la combinación de alelos HLA, a los que se restringe la línea de células T seleccionada, se asocia en la representación con una indicación de la actividad relativa más alta entre los alelos HLA y las combinaciones de alelos HLA en la representación que se sabe que es en común con el paciente o las células enfermas en el paciente (basado en la asignación de HLA del paciente o las células enfermas en el paciente) y no están descalificados de otra manera.
En determinadas realizaciones, los procedimientos de selección de una línea de células T alogénicas comprenden además, antes de la etapa de selección, una etapa de generar la Representación de Actividad. En ciertos aspectos, los procedimientos para seleccionar una línea de células T alogénicas comprenden además, antes de la etapa de generación, una etapa de medición de las actividades relativas. En determinadas realizaciones, los procedimientos de selección de una línea de células T alogénicas comprenden además, antes de la etapa de selección, una etapa de determinar la asignación de HLA del paciente o de las células enfermas en el paciente. En realizaciones específicas, la etapa de determinar comprende tipificar al menos 4 loci de HLA.
De acuerdo con la invención, los procedimientos para seleccionar un donante de células T alogénicas del que derivar una línea de células T alogénicas para la administración terapéutica a un paciente humano que tiene o se sospecha que tiene un patógeno o cáncer comprenden: seleccionar un donante de células T alogénico para el paciente, usando una Representación de Actividad que (i) identifica una pluralidad de alelos HLA y opcionalmente combinaciones de alelos HLA, y (ii) describe indicaciones de actividades relativas de líneas de células T, cada una de las cuales reconoce al menos un epítopo de un antígeno del patógeno o cáncer, y restringido a alelos diferentes de los alelos HLA o combinaciones de alelos HLA en la pluralidad; donde en la representación cada alelo HLA identificado o combinación de alelos HLA está asociado con la indicación respectiva de actividad relativa de la línea de células T restringida al alelo HLA o combinación de alelos HLA, siendo las actividades relativas medidas relativas de actividad conocida contra el patógeno o contra el cáncer exhibido por las líneas de células T; donde (A) el donante de células T seleccionado tiene al menos un alelo HLA o una combinación de alelos HLA en común con el paciente o células enfermas (por ejemplo, de cáncer o asociadas con la presencia del patógeno) en el paciente; y (B) uno de al menos un alelo HLA o combinación de alelos HLA en común con el paciente o las células enfermas en el paciente está asociado en la representación con una indicación de la actividad relativa más alta entre los alelos HLA y las combinaciones de alelos HLA en la Representación de Actividad que se sabe que es común con el paciente o las células enfermas del paciente y que no están descalificadas de otra manera.
En determinadas realizaciones, los procedimientos de selección de un donante de células T alogénicas comprenden además, antes de la etapa de selección, una etapa de generar la Representación de Actividad.
En determinados aspectos, los procedimientos de selección de un donante de células T alogénicas comprenden además, antes de la etapa de generación, una etapa de medición de actividades relativas En determinadas realizaciones, los procedimientos de selección de un donador de células T alogénicas comprenden además, antes de la etapa de selección, una etapa de determinar la asignación de HLA del paciente o de las células enfermas en el paciente. En determinadas realizaciones, los procedimientos para seleccionar un donante de células T alogénicas comprenden además, antes de la etapa de selección, una etapa para determinar la asignación de HLA para el donante de células T. En ciertas realizaciones, los procedimientos de selección de un donante de células T alogénicas comprenden además antes de la etapa de selección, una etapa de determinar la asignación de HLA para el paciente o las células enfermas en el paciente y la asignación de HLA para el donante de células T. En realizaciones específicas, la etapa de determinar comprende tipificar al menos 4 loci de HLA.
En algunas realizaciones, la Representación de Actividad es una lista de la pluralidad de alelos HLA y opcionalmente combinaciones de alelos HLA clasificados por las actividades relativas. En algunas realizaciones, la Representación de Actividad es una base de datos que enumera la pluralidad de alelos HLA y opcionalmente combinaciones de alelos HLA, cada uno asociado con una puntuación indicativa de actividad relativa. En algunas realizaciones, la Representación de Actividad es un gráfico de dispersión. En un aspecto específico de tales realizaciones, un primer eje del gráfico de dispersión representa diferentes alelos de HLA y, opcionalmente, combinaciones de alelos HLA en la pluralidad, y un segundo eje del gráfico de dispersión representa el porcentaje de células CD3+ secretoras de interferón y derivadas de cada línea de células T para la cual se describe una indicación de actividad relativa en la representación, tras la estimulación con células presentadoras de antígeno que son autólogas a la línea de células T respectiva y están cargadas con uno o más péptidos que muestran la antigenicidad del patógeno o cáncer, como indicación de dicha actividad relativa.. En realizaciones preferidas, las actividades relativas son la eficacia clínica in vivo de las líneas de células T en el tratamiento de pacientes que tienen el patógeno o el cáncer. En algunas realizaciones, la Representación de Actividad se almacena en una base de datos.
En varios ejemplos, los procedimientos para seleccionar un donante de células T alogénicas del cual derivar una línea de células T alogénicas para la administración terapéutica a un paciente humano que tiene o se sospecha que tiene un patógeno o cáncer comprenden: seleccionar un donante de células T alogénico para el paciente que tiene en común uno o más alelos HLA con el paciente o células enfermas (por ejemplo, de cáncer o asociadas con la presencia del patógeno) en el paciente, usando una representación (en adelante "Representación de Frecuencia") que (i) identifica una pluralidad de alelos HLA, y (ii) describe indicaciones de frecuencias relativas de generación de líneas de células T, cada una de las cuales reconoce al menos un epítopo de un antígeno del patógeno o del cáncer, y se restringe a diferentes de dichos alelos HLA en la pluralidad; donde en la representación cada alelo HLA identificado está asociado con la indicación respectiva de la frecuencia relativa de generación de dichas líneas de células T restringidas al alelo HLA, donde: el donante de células T seleccionado tiene al menos un alelo HLA en común con el paciente o las células enfermas en el paciente que están asociadas en la representación con una indicación de mayor frecuencia de generación que los alelos HLA del donante que no son en común con el paciente o las células enfermas en el paciente.
En determinados ejemplos, los procedimientos de selección de un donante de células T alogénicas comprenden además, antes de la etapa de selección, una etapa de generar la Representación de Frecuencia.
En determinado ejemplo, los procedimientos de selección de un donante de células T alogénicas comprenden además, antes de la etapa de generación, una etapa de medición de frecuencias relativas. En determinados ejemplos, los procedimientos de selección de un donador de células T alogénicas comprenden además, antes de la etapa de selección, una etapa de determinar la asignación de HLA para el paciente o las células enfermas en el paciente. En determinados ejemplos, los procedimientos para seleccionar un donante de células T alogénicas comprenden además, antes de la etapa de selección, una etapa para determinar la asignación de HLA para el donante de células T. En ciertos ejemplos, los procedimientos de selección de un donante de células T alogénicas comprenden además antes de la etapa de selección, una etapa de determinar la asignación de HLA para el paciente o las células enfermas en el paciente y la asignación de HLA para el donante de células T. En ejemplos específicos, la etapa de determinar comprende tipificar al menos 4 loci de HLA.
En algunos ejemplos, la Representación de Frecuencia es una lista de la pluralidad de alelos HLA clasificados por las frecuencias relativas. En algunos ejemplos, la Representación de Frecuencia es una base de datos que enumera la pluralidad de alelos HLA, cada uno asociado con una puntuación indicativa de frecuencia relativa. En algunos ejemplos, la Representación de Frecuencia se almacena en una base de datos.
También se describen en esta invención procedimientos para tratar a un paciente humano que tiene o se sospecha que tiene un patógeno o cáncer, que comprenden: (a) seleccionar una línea de células T alogénicas para la administración terapéutica al paciente en función de un procedimiento descrito en esta descripción; y (b) administrar al paciente una población de células T derivadas de la línea de células T alogénicas seleccionada.
En esta invención también se describen procedimientos para obtener una línea de células T alogénicas para la administración terapéutica a un paciente humano que tiene o se sospecha que tiene un patógeno o cáncer, comprendiendo: (a) seleccionar un donante de células T alogénicas en función de un procedimiento de selección de un donante de células T alogénicas como se describe en esta descripción; y (b) derivar una línea de células T alogénicas del donante de células T alogénicas seleccionado, cuya línea de células T alogénicas reconoce al menos un epítopo de un antígeno o el patógeno o cáncer.
En un aspecto de la invención, el paciente tiene o se sospecha que tiene un patógeno, donde las líneas de células T reconocen al menos un epítopo de un antígeno del patógeno. En varias realizaciones, el patógeno es un virus, bacteria, hongo, helminto o protista. En ciertas realizaciones, el patógeno es un virus.
En algunas realizaciones, el virus es citomegalovirus (CMV). En realizaciones específicas, el paciente tiene o se sospecha que tiene una infección por CMV después de que el paciente se haya sometido a un HSCT (Haematopoietic Stem Cell Transplantation - Trasplante de Células Madre Hematopoyéticas). En realizaciones específicas, el antígeno es CMV pp65. En realizaciones específicas, el antígeno es CMV IE1.
En algunas realizaciones, el virus es el virus de Epstein-Barr (EBV). En realizaciones específicas, el antígeno es EBNA1, EBNA2, EBNA3A, EBNA3B, EBNA3C, LMP1 o LMP2.
En algunas realizaciones, el virus es BKV, JCV, herpesvirus, adenovirus, virus de inmunodeficiencia humana, virus de la influenza, virus de ebola, poxvirus, rabdovirus o paramixovirus.
En algunas realizaciones, el virus es el herpesvirus-6 humano (HHV-6) o el herpesvirus-8 humano (HHV-8).
En otro aspecto de la invención, el paciente tiene o se sospecha que tiene un cáncer, donde la línea de células T reconoce al menos un epítopo de un antígeno del cáncer. En algunas realizaciones, el cáncer es un cáncer de mama, pulmón, ovario, estómago, páncreas, laringe, esófago, testículos, hígado, parótida, tracto biliar, colon, recto, cuello uterino, útero, endometrio, riñón, vejiga, próstata, tiroides, cerebro o piel. En algunas realizaciones, el cáncer es un cáncer de la sangre. En realizaciones específicas, el cáncer es un trastorno linfoproliferativo.
En algunas realizaciones, el cáncer es un cáncer positivo para WT1. En algunas realizaciones, el antígeno es WT1.
En algunas realizaciones, el cáncer es un trastorno linfoproliferativo postrasplante positivo para EBV (EBV-PTLD). En realizaciones específicas, el antígeno es EBNA1, EBNA2, EBNA3A, EBNa 3b o EBNA3C. En realizaciones específicas, el antígeno es LMP1 o LMP2.
En algunas realizaciones, el cáncer es un carcinoma nasofaríngeo positivo para EBV. En realizaciones específicas, el antígeno es EBNA1, LMP1 o LMP2.
En función de la invención, el procedimiento de selección de una línea de células T alogénicas como se describe en esta descripción se implementa por ordenador. En función de la invención, el procedimiento de selección de un donante de células T alogénicas proporcionado en esta descripción se implementa por ordenador.
También se proporciona en esta invención un sistema informático para seleccionar una línea de células T alogénicas para administración terapéutica a un paciente humano que tiene o se sospecha que tiene un patógeno o cáncer, que comprende: una unidad central de procesamiento; una memoria, acoplada a la unidad central de procesamiento, la memoria que almacena las instrucciones para realizar las etapas de cualquier procedimiento de selección de una línea de células T alogénicas en función de la invención o cualquier procedimiento de selección de un donante de células T alogénicas en función de la invención .
También se proporciona en esta invención un medio legible por ordenador que tiene instrucciones ejecutables por ordenador para realizar las etapas de cualquier procedimiento de selección de una línea de células T alogénicas o cualquier procedimiento en función de la invención para seleccionar un donante de células T alogénicas en función de la invención.
En varias realizaciones, el paciente ha sido receptor de un trasplante de células madre hematopoyéticas (HSCT). En realizaciones específicas, el HSCT es un trasplante de médula ósea, un trasplante de células madre de sangre periférica o un trasplante de sangre de cordón. En varias realizaciones, el paciente ha sido receptor de un trasplante de órgano sólido (SOT).
El paciente al que se hace referencia en esta descripción es un paciente humano.
. Breve descripción de las figuras
La Figura 1 es una representación que muestra el porcentaje de células CD3+ secretoras de interferón-Y para cada línea de células T en un banco de 119 líneas CTL específicas de CMV que están restringidas a alelos HLA o combinaciones de alelos HLA que presentan epítopos inmunodominantes, agrupados por sus respectivos alelos HLA o combinaciones de alelos HLA, como se describe en el Ejemplo, Sección 6.2.3.
5. Descripción detallada
En general, en esta invención se describen procedimientos para seleccionar una línea de células T alogénicas para la administración terapéutica a un paciente humano que tiene o se sospecha que tiene un patógeno o cáncer, y procedimientos para seleccionar un donante de células T alogénicas del cual derivar dicha línea de células T alogénicas. En función de la invención, existe una jerarquía de alelos HLA que presentan epítopos inmunodominantes que conduce a una expansión preferencial de células T específicas de epítopo restringidas a alelos HLA específicos sobre otros heredados y expresados. La presente invención hace uso de una representación que refleja esta jerarquía de expansión (reflejada por la actividad antipatógena o anticancerígena) para seleccionar líneas de células T alogénicas para terapia y seleccionar los donantes de los cuales derivar las líneas de células T alogénicas.
También existe una jerarquía de alelos HLA que presentan epítopos inmunodominantes que conduce a la generación preferencial de células T específicas de epítopo restringidas a alelos HLA específicos sobre otros heredados y expresados. La presente invención hace uso de una representación que refleja esta jerarquía de generación (reflejada por la frecuencia de generación) con el fin de seleccionar donantes de los cuales derivar líneas de células T.
5.1. Selección de Línea de Células T para Terapia Celular Adoptiva
En esta invención se describen procedimientos para seleccionar una línea de células T alogénicas para administración terapéutica a un paciente humano que tiene o se sospecha que tiene un patógeno o cáncer.
En función de la invención, los procedimientos de selección de una línea de células T alogénicas para la administración terapéutica a un paciente humano que tiene o se sospecha que tiene un patógeno o cáncer comprenden: seleccionar una línea de células T alogénica para el paciente que reconozca al menos un epítopo de un antígeno del patógeno o el cáncer, utilizando una representación (en adelante "Representación de Actividad") que (i) identifica una pluralidad de alelos HLA y, opcionalmente, combinaciones de alelos HLA, y (ii) describe indicaciones de actividades relativas de líneas de células T, cada una de las cuales reconoce al menos un epítopo de un antígeno del patógeno o cáncer, y restringido a alelos diferentes de los alelos HLA o combinaciones de alelos HLA en la pluralidad; donde en la representación cada alelo HLA identificado o combinación de alelos HLA está asociado con la indicación respectiva de actividad relativa de la línea de células T restringida al alelo HLA o combinación de alelos HLA, siendo las actividades relativas medidas relativas de actividad conocida contra el patógeno o contra el cáncer exhibido por las líneas de células T ; donde (A) la línea de células T seleccionada tiene en común con el paciente o las células enfermas (por ejemplo, del cáncer o asociadas con la presencia del patógeno) en el paciente, el alelo HLA o la combinación de alelos HLA identificada por la representación a la que el reconocimiento de la línea de células T está restringido; y (B) el alelo HLA o la combinación de alelos HLA, a los que se restringe la línea de células T seleccionada, se asocia en la representación con una indicación de la actividad relativa más alta entre los alelos HLA y las combinaciones de alelos HLA en la representación que se sabe que es en común con el paciente o las células enfermas en el paciente (basado en la asignación de HLA del paciente o las células enfermas en el paciente) y no están descalificados de otra manera. Un alelo HLA o una combinación de alelos HLA se considera "de otro modo descalificado" si se sabe que la línea de células T restringida a ese alelo HLA o combinación de alelos HLA no es adecuada para la administración terapéutica por cualquier motivo. Por ejemplo, si se observa que una línea de células T seleccionada tentativamente no tiene o tiene muy pocas células viables en la muestra de la línea celular, el alelo HLA o la combinación de alelos HLA (a la que está restringida dicha línea de células T) puede considerarse descalificado. Como otro ejemplo, si las actividades relativas en la Representación de Actividad se basan en ensayos de actividad in vitro o ex vivo y se sabe que la actividad relativa in vivo de una línea de células T restringida a un alelo HLA particular o una combinación de alelos HLA no se correlaciona con el ensayo relativo in vitro o ex vivo utilizado para generar la Representación de Actividad, de modo que la actividad relativa más alta en la Representación de Actividad no es la actividad in vivo relativa más alta, el alelo HLA particular o la combinación de alelos HLA (para cuya línea de células T está restringida) se puede considerar descalificada. Por ejemplo, se ha observado que la actividad in vivo contra la infección por CMV en pacientes humanos para líneas de células T restringidas a HLA-B35 es clínicamente ineficaz (por lo tanto, actividad in vivo relativa insignificante), aunque el porcentaje de células T CD3+ que secreta interferón-Y derivadas de líneas de células T restringidas a HLA-B35 indica una actividad relativa mucho mayor; por tanto, en el contexto del tratamiento de infecciones por CMV, si se selecciona tentativamente una línea de células T restringida a HLA-B35, preferiblemente HLA-B35, estaría "de otro modo descalificada". Mediante el uso del procedimiento reivindicado, la línea de células T que se selecciona es específica para un epítopo del patógeno o cáncer, presentado por un alelo HLA o una combinación de alelos HLA compartida con el paciente, que está asociada con la actividad más alta entre los alelos HLA o combinaciones de alelos HLA en el paciente. En una realización específica relacionada, un alelo HLA o una combinación de alelos HLA se considera descalificado si se sabe que las líneas de células T restringidas al alelo HLA o la combinación de alelos HLA son clínicamente ineficaces en el tratamiento de pacientes que tienen el patógeno o el cáncer.
En otro ejemplo, el procedimiento proporcionado por la invención es un procedimiento para seleccionar una línea de células T alogénicas candidatas para la administración terapéutica a un paciente humano que tiene o se sospecha que tiene un patógeno o cáncer que comprende: seleccionar una línea de células T alogénica para el paciente que reconoce al menos un epítopo de un antígeno del patógeno o del cáncer, usando una Representación de Actividad que (i) identifica una pluralidad de alelos HLA y opcionalmente combinaciones de alelos HLA, y (ii) describe indicaciones de actividades relativas de líneas de células T, cada una reconociendo al menos un epítopo de un antígeno del patógeno o cáncer, y restringido a alelos diferentes de los alelos HLA o combinaciones de alelos HLA en la pluralidad; donde en la representación cada alelo HLA identificado o combinación de alelos HLA está asociado con la indicación respectiva de actividad relativa de la línea de células T restringida al alelo HLA o combinación de alelos HLA, siendo las actividades relativas medidas relativas de actividad conocida contra el patógeno o contra el cáncer exhibido por las líneas de células T ; donde (A) la línea de células T seleccionada tiene en común con el paciente o las células enfermas (por ejemplo, del cáncer o asociadas con la presencia del patógeno) en el paciente, el alelo HLA o la combinación de alelos HLA identificada por la representación a la que el reconocimiento de la línea de células T está restringido; y (B) el alelo HLA o la combinación de alelos HLA, a los que se restringe la línea de células T seleccionada, se asocia en la representación con una indicación de la actividad relativa más alta entre los alelos HLA y las combinaciones de alelos HLA en la representación que se sabe que están en común con el paciente o las células enfermas en el paciente (basado en la asignación de HLA del paciente o las células enfermas en el paciente).
En determinadas realizaciones, los procedimientos comprenden además, antes de la etapa de selección, una etapa de generar la Representación de Actividad. Los procedimientos que se pueden utilizar para generar la Representación de Actividad se describen a continuación. En determinados aspectos, los procedimientos comprenden además, antes de la etapa de generación, una etapa de medición de actividades relativas En determinadas realizaciones, los procedimientos comprenden además, antes de la etapa de selección, una etapa de determinar la asignación de HLA para el paciente o de las células enfermas en el paciente.
En función de la invención, la línea de células T seleccionada reconoce al menos un epítopo de un antígeno del patógeno o del cáncer, dicho al menos un epítopo presentado por un alelo HLA o una combinación de alelos HLA que es común con el paciente o las células enfermas en el paciente, donde el alelo HLA o la combinación de alelos HLA se asocia con una indicación de la actividad relativa más alta entre los alelos HLA y las combinaciones de alelos HLA en el paciente o las células enfermas en el paciente (y no están descalificadas de otro modo). En un aspecto preferido de tales realizaciones, las actividades relativas son las eficacias clínicas in vivo de las líneas de células T en el tratamiento de pacientes que tienen el patógeno o el cáncer.
En realizaciones específicas, el al menos un epítopo es al menos un epítopo inmunodominante.
En los procedimientos de la invención, la línea de células T seleccionada tiene en común con el paciente o las células enfermas (por ejemplo, del cáncer o asociadas con la presencia del patógeno) en el paciente, el alelo HLA o la combinación de alelos HLA identificada por la Representación. de Actividad a la que se restringe el reconocimiento de la línea de células T. En algunas realizaciones, el paciente es un receptor de trasplante. En una realización específica en la que el paciente es un receptor de trasplante, el o los alelos de HLA o las combinaciones de alelos de HLA que son comunes con el paciente o las células enfermas (p. ej., cancerosas o infectadas con un patógeno) en el paciente se refieren a alelo o alelos HLA. o combinación o combinaciones de alelos HLA que son comunes con el paciente antes y/o después del trasplante. En algunas realizaciones, las células enfermas del paciente se derivan del trasplante administrado al paciente y por tanto expresan los alelos HLA del trasplante; en tal realización, la determinación de la asignación de HLA de las células enfermas en el paciente puede realizarse tipificando los alelos HLA en el trasplante administrado al paciente. En otras realizaciones, las células enfermas del paciente no se derivan del trasplante administrado al paciente y, por tanto, tienen la asignación de HLA del paciente antes del trasplante. En realizaciones específicas, el trasplante es un HSCT o un trasplante de órgano sólido.
5.1.1. Generación de líneas de células T
Las líneas de células T, a partir de las cuales se selecciona para la administración terapéutica y/o uso en función de la invención, y se obtiene información para la generación de una representación para usar en función de la invención, se pueden preparar como se describe en la presente memoria. Las líneas de células T que reconocen al menos un epítopo de un antígeno de un patógeno o cáncer pueden generarse mediante cualquier procedimiento conocido en la técnica o como se describe en la presente memoria. Se pueden encontrar procedimientos ejemplares no limitantes para generar líneas de células T que reconocen al menos un epítopo de un antígeno de un patógeno o cáncer en Trivedi, D., y col., Blood, 2005. 105: 2793-2801; Koehnc, G. y col., Blood, 2000. 96: 109-117; Koehne, G. y col., Blood, 2002. 99: 1730-1740; Doubrovina, E., y col., Blood, 2012. 119: 2644-2656; Barker, J. N. y col., Blood, 2010. 116: 5045­ 5049; O'Reilly, R. J. y col., Immunol Res, 2007. 38: 237-250; y O'Reilly, R. J., y col., Best Practice & Research Clinical Hematology, 2011.24: 381 -391.
Se puede generar una línea de células T estimulando las células T de un donante seropositivo con células presentadoras de antígeno que presentan uno o más péptidos de antígeno o antígenos que muestran la antigenicidad del patógeno o cáncer (del paciente). Preferiblemente, las células presentadoras de antígeno son autólogas de las células T (y, por tanto, se derivan del donante de las células T).
En ejemplos específicos, las células T se estimulan con células dendríticas cargadas con un conjunto de péptidos de uno o más antígenos del patógeno o cáncer. En algunos ejemplos, las células dendríticas se derivan del donante de las células T. En ejemplos específicos, las células T se estimulan con monocitos activados por citocinas (CAMS) cargados con un conjunto de péptidos de uno o más antígenos del patógeno o cáncer. En algunos ejemplos, los CAMS se derivan del donante de las células T. En ejemplos específicos, las células T se estimulan con células mononucleares de sangre periférica (PBMC) cargadas con un conjunto de péptidos de uno o más antígenos del patógeno o cáncer. En algunos ejemplos, las PBMC se derivan del donante de las células T. En determinados ejemplos, las líneas de células T se generan estimulando las células T con líneas de células de linfocitos B (BLCL) cargadas con un conjunto de péptidos de uno o más antígenos del patógeno o cáncer. En algunos ejemplos, las BLCL se derivan del donante de las células T.
En ejemplos específicos, las BLCL son BLCL transformadas con EBV derivado del donante de las células T. En ciertos ejemplos, las líneas de células T se generan estimulando las células T con células presentadoras de antígenos artificiales (AAPC) cargadas con un conjunto de péptidos de uno o más antígenos del patógeno o cáncer.
En varios ejemplos, el conjunto de péptidos es un conjunto de péptidos superpuestos que abarcan un antígeno del patógeno o cáncer. En varios ejemplos, el conjunto de péptidos es un conjunto de péptidos superpuestos que abarcan más de un antígeno del patógeno o cáncer. En un ejemplo específico, el grupo de péptidos superpuestos es un grupo de pentadecapéptidos superpuestos.
En ciertos ejemplos, las líneas de células T se generan estimulando las células T con AAPC modificadas genéticamente para expresar al menos un péptido o proteína inmunogénica del patógeno.
En ciertos ejemplos, las líneas de células T se generan estimulando las células T con BLCL que se transforman con un virus, donde el virus es el patógeno,
En algunos ejemplos, las células T se estimulan durante un período de 28 a 40 días en cultivo. En ejemplos particulares, las células T se estimulan en presencia de IL-2. En varias realizaciones, después de la estimulación, las líneas de células T se crioconservan para su almacenamiento. En un ejemplo específico en el que se selecciona una línea de células T en función del procedimiento reivindicado que se criopreserva, la línea de células T se descongela antes de la administración terapéutica. En un ejemplo específico adicional, la línea de células T descongeladas opcionalmente se expande en cultivo antes de la administración terapéutica.
Las células T que se utilizan para generar las líneas de células T pueden purificarse mediante procedimientos conocidos en la técnica. En ciertos ejemplos, las células T pueden enriquecerse a partir de linfocitos de sangre periférica separados de las PBMC. En algunos ejemplos, las células se enriquecen a partir de linfocitos de sangre periférica separados de las PBMC por reducción de los monocitos adherentes seguido por reducción de las células citolíticas naturales.
Las células dendríticas que se pueden usar para estimular las células T para generar líneas de células T que reconocen al menos un epítopo de un antígeno de un patógeno o cáncer pueden derivarse de ejemplos de monocitos activados por citocinas (CAMS). En algunos ejemplos, los CAMS se generan incubando PBMC con citocinas, tales como GM-CSF, IL-4, TNF-a, IL-1 p, IL-6 y/o prostaglandina-E2.
Las BLCL que pueden usarse para estimular las células T para generar líneas de células T que reconocen al menos un epítopo de un antígeno de un patógeno o cáncer pueden generarse a partir de PBMC usando cualquier procedimiento conocido en la técnica, por ejemplo, como se describe en Koehne, G. , y col., Blood, 2000. 96: 109-117 o Koehne, G., y col., Blood, 2002. 99: 1730-1740.
El alelo HLA o la combinación de alelos HLA a la que se restringe cada una de las líneas de células T generadas que reconocen al menos un epítopo de un antígeno de un patógeno o cáncer puede determinarse mediante cualquier procedimiento conocido en la técnica, por ejemplo, como se describe en Trivedi. , D. y col., Blood, 2005. 105: 2793­ 2801; Barker, J. N. y col., Blood, 2010. 116: 5045-5049; Hasan, A.N. y col., J Immunol, 2009. 183: 2837-2850; o Doubrovina, E. y col., Blood, 2012. 120: 1633-1646.
5.1.2. Determinación de la Asignación de HLA
La etapa de determinar la asignación de HLA (es decir, tipificar los loci de HLA) se puede realizar mediante cualquier procedimiento conocido en la técnica. Se pueden encontrar procedimientos ejemplares no limitantes para determinar la asignación de HLA en Lange, V., y col., BMC Genomics, 2014. 15: 63; Erlich, H., Tissue Antigens, 2012. 80: 1-11; Bontadini, A., Methods, 2012. 56: 471-476; Dunn, P.P., lnt J Immunogenet, 2011 38: 463-473; y Hurley, C.K., "“DNA-based typing of HLA for transplantation". en Leffell, M.S., y col., eds., Handbook of Human Immunology, 1997. Boca Raton: CRC Press. En algunas realizaciones, la etapa de determinar la asignación de HLA comprende tipificar al menos 4 loci de HLA, preferiblemente HLA-A, HLA-B, HLA-C y HLA-DRB1. En algunas realizaciones, la etapa de determinar la asignación de HLA comprende tipificar 4 loci de HLA, preferiblemente HLA-A, HLA-B, HLA-C y HLA-DRB1. En algunas realizaciones, la etapa de determinar HLA comprende tipificar al menos 6 loci de HLA. En algunas realizaciones, la etapa de determinar HLA comprende tipificar 6 loci de HLA. En algunas realizaciones, la etapa de determinar HLA comprende tipificar al menos 8 loci de HLA. En algunas realizaciones, la etapa de determinar HLA comprende tipificar 8 loci de HLA. En algunas realizaciones, la etapa de determinar HLA comprende tipificar todos los loci conocidos de HLA. En algunas realizaciones, la etapa de determinar HLA comprende tipificar menos que todos los loci conocidos de HLA.
En general, es preferible tipificar más loci de HLA para practicar la invención, ya que cuantos más loci de HLA se tipifiquen, es más probable que la línea de células T alogénicas seleccionada tenga la mayor actividad en relación con otras líneas de células T alogénicas que tienen alelos HLA o combinaciones de alelos HLA en común con el paciente o con las células enfermas del paciente.
5.1.3. Generación de Representación de Actividad para Seleccionar Líneas de Células T
La Representación de Actividad identifica una pluralidad de alelos HLA y opcionalmente combinaciones de alelos HLA, y describe indicaciones de actividades relativas de líneas de células T (i) cada una de las cuales reconoce al menos un epítopo de un antígeno del patógeno o cáncer (del paciente), y (ii) restringido a alelos diferentes de los alelos HLA o combinaciones de alelos HLA en la pluralidad. En la Representación de Actividad, cada alelo o combinación de alelos HLA identificados se asocia con la indicación respectiva de la actividad relativa de la línea de células T restringida al alelo HLA o la combinación de alelos HLA, siendo las actividades relativas medidas relativas de actividad conocida contra patógeno o contra el cáncer exhibido por las líneas de células T.
Las actividades relativas de las líneas de células T pueden obtenerse mediante cualquier procedimiento in vitro, ex vivo o in vivo conocido en la técnica.
En realizaciones preferidas de la invención las actividades relativas son medidas como las eficacias clínicas in vivo de las líneas de células T en el tratamiento de pacientes que tienen el patógeno o el cáncer. En aspectos específicos de tales realizaciones, las actividades relativas pueden medirse como el porcentaje de pacientes que tienen o se sospecha que tienen el patógeno o cáncer que logran una remisión completa (RC) después del tratamiento con las líneas de células T. En realizaciones específicas, las actividades relativas se miden como el porcentaje de pacientes que tienen o se sospecha que tienen el patógeno o cáncer que logran una RC o remisión parcial (RP) después del tratamiento con las líneas de células T.
En algunas realizaciones, las actividades relativas se miden como el porcentaje de células CD3+ productoras de interferón y derivadas de cada una de las líneas de células T tras la estimulación con células presentadoras de antígeno que presentan uno o más péptidos que muestran la antigenicidad del patógeno o cáncer. En realizaciones específicas, donde el antígeno es de CMV o EBV, las actividades relativas se miden mediante procedimientos modificados de o como se describen en Koehne, G., y col., Blood, 2002. 99: 1730-1740 o Waldrop, S.L., y col. en., J Clin Invest, 1997. 99: 1739-1750.
En algunas realizaciones, las actividades relativas se miden como el porcentaje de células que expresan un antígeno del patógeno o cáncer que se lisan tras la exposición a cada una de las líneas de células T en un ensayo de citotoxicidad realizado en función de procedimientos conocidos en la técnica.
Según la presente invención, las actividades relativas no se miden como las afinidades de unión del epítopo reconocidas por la línea de células T respectiva al alelo HLA que presenta el epítopo.
En algunas realizaciones, la Representación de Actividad es una lista de la pluralidad de alelos HLA y opcionalmente combinaciones de alelos HLA clasificados por las actividades relativas. En algunas realizaciones, la etapa de seleccionar una línea de células T alogénicas se realiza bajando la lista de la pluralidad de alelos HLA y, opcionalmente, las combinaciones de alelos HLA clasificadas por las actividades relativas, siendo el rango más alto en la lista una indicación de la actividad relativa más alta y determinar el alelo HLA o combinación de alelos HLA de mayor rango que se sabe que son comunes con el paciente o las células enfermas del paciente, y la elección de una línea de células T alogénicas restringida a ese alelo HLA o combinación de alelos HLA. A modo de ejemplo, en una realización específica, la Representación de Actividad es una lista como se muestra en la Tabla 6.
En algunos aspectos, la Representación de Actividad es una base de datos (por ejemplo, una tabla) que enumera la pluralidad de alelos HLA y, opcionalmente, las combinaciones de alelos HLA, cada una asociada con una puntuación indicativa de actividad relativa. En algunas realizaciones, la etapa de seleccionar una línea de células T alogénicas se realiza revisando la lista de la base de datos de la pluralidad de alelos HLA y, opcionalmente, combinaciones de alelos HLA, cada una asociada con una puntuación indicativa de actividad relativa, con la puntuación más alta en la base de datos siendo una indicación de la actividad relativa más alta y determinar el alelo de HLA o la combinación de alelos de HLA con la puntuación más alta que se sabe que es común con el paciente o las células enfermas del paciente, y elegir una línea de células T alogénicas restringida a ese alelo de HLA o combinación de alelos HLA. En una realización específica, la etapa de seleccionar una línea de células T alogénicas usando una Representación de Actividad, es decir, una base de datos de este tipo, se puede llevar a cabo filtrando primero (excluyendo) todos los alelos HLA y las combinaciones de alelos HLA en la base de datos que no son en común con el paciente o las células enfermas en el paciente, y luego determinar entre las restantes, el alelo HLA o la combinación de alelos HLA asociada con la indicación de actividad relativa más alta, y luego elegir una línea de células T alogénicas restringida a ese alelo HLA o combinación de alelos HLA.
En algunos aspectos, la Representación de Actividad es un gráfico de dispersión. En determinadas realizaciones, un primer eje del gráfico de dispersión representa diferentes alelos HLA y opcionalmente combinaciones de alelos HLA en la pluralidad de alelos HLA y opcionalmente combinaciones de alelos HLA. En determinadas realizaciones, un segundo eje del gráfico de dispersión representa actividades relativas. En una realización específica, el segundo eje del gráfico de dispersión representa el porcentaje de células CD3+ secretoras de interferón-Y derivadas de cada línea de células T para las cuales se describe una indicación de actividad relativa en la Representación de Actividad, tras la estimulación con células presentadoras de antígenos que presentan uno o más péptidos de uno o más antígenos que presentan la antigenicidad del patógeno o cáncer. En una realización particular, la estimulación es con células presentadoras de antígeno que son autólogas a la línea de células T respectiva y están cargadas con uno o más péptidos que muestran la antigenicidad del patógeno o cáncer, como indicación de dicha actividad relativa.
A modo de ejemplo, en una realización específica, la Representación de Actividad es gráfico de dispersión como se muestra en la figura 1.
En algunas realizaciones, la Representación de Actividad se almacena en una base de datos.
En función de la invención el procedimiento de selección de una línea de células T alogénicas se implementa por ordenador. En algunas realizaciones, el procedimiento de selección de una línea de células T alogénicas se implementa por ordenador usando un sistema informático como se describe en la Sección 5.6. En algunas realizaciones, los procedimientos de selección de una línea de células T alogénicas se implementa por ordenador usando un medio legible por ordenador como se describe en la Sección 5.6.
Se pueden usar datos adicionales para actualizar una Representación de Actividad una vez que los datos adicionales estén disponibles.
5.2. Usos Terapéuticos de Líneas de Células T Seleccionadas
También se describen en esta invención procedimientos para tratar a un paciente humano que tiene o se sospecha que tiene un patógeno o cáncer, que comprenden: (a) seleccionar una línea de células T alogénicas para la administración terapéutica al paciente en función de cualquiera de los procedimientos de selección de una línea de células T alogénicas como se describe en la Sección 5.1; y (b) administrar al paciente una población de células T derivadas de la línea de células T alogénicas seleccionada. Por tanto, en un paciente que tiene cáncer, la invención describe un procedimiento para tratar el cáncer; en un paciente que tiene un patógeno, la invención describe un procedimiento para tratar una enfermedad, trastorno o afección asociada con la presencia del patógeno,
En ciertos ejemplos, la administración es por infusión de una población de células T derivadas de la línea de células T alogénicas seleccionada. En algunos ejemplos, la administración se realiza mediante infusión intravenosa en bolo de una población de células T derivadas de la línea de células T alogénicas seleccionada. La cantidad a administrar se puede determinar basándose en el estado del paciente y el conocimiento del médico. En ciertos ejemplos, la administración comprende administrar al menos aproximadamente 1 x 105 células T/kg/dosis/semana al paciente, donde los ejemplos de población de células T se deriva de la línea de células T alogénicas seleccionada. En algunos ejemplos, la administración comprende administrar aproximadamente 1 x 106 a 2 x 106 células T/kg/dosis/semana al paciente, donde la población de células T se deriva de la línea de células T alogénicas seleccionada. En ciertos ejemplos, la administración comprende administrar al menos aproximadamente 1 x 106 células T/kg/dosis/semana al paciente, donde la población de células T se deriva de la línea de células T alogénicas seleccionada. En algunos ejemplos, la administración comprende administrar aproximadamente 2 x 106 células T/kg/dosis/semana al paciente, donde la población de células T se deriva de la línea de células T alogénicas seleccionada. En ciertos ejemplos, los regímenes de dosificación descritos anteriormente se llevan a cabo durante al menos 3 semanas, de modo que se administran al menos 3 dosis. En ciertos ejemplos, los regímenes de dosificación descritos anteriormente se llevan a cabo durante 3 semanas, de modo que se administran 3 dosis. En ciertos ejemplos, los regímenes de dosificación descritos anteriormente se llevan a cabo durante 6 semanas, de modo que se administran 6 dosis. En ciertos ejemplos, los regímenes de dosificación descritos anteriormente se llevan a cabo durante 3 semanas, de modo que se administran 3 dosis, seguidas de la administración de una población de células T derivadas de la línea de células T alogénicas seleccionada mediante otro régimen de dosificación durante al menos una semana, donde el segundo régimen de dosificación es de aproximadamente 1 x 107 células T/kg/dosis/semana.
En ciertos ejemplos, los regímenes de dosificación descritos anteriormente se llevan a cabo durante 3 semanas, de modo que se administran 3 dosis, seguidas de la administración de una población de células T derivadas de la línea de células T alogénicas seleccionada mediante otro régimen de dosificación durante tres semanas, donde el segundo régimen de dosificación es de aproximadamente 1 x 107 células T/kg/dosis/semana. En ciertos ejemplos donde el paciente tiene cáncer, 5 infusiones repetidas de dosis de aproximadamente 1x108 a 1 x 109 células T/kg/dosis/semana son administradas.
5.3. Selección de Donante de Células T para Terapia Celular Adoptiva
También se describen en esta invención procedimientos para seleccionar un donante de células T alogénicas del cual derivar una línea de células T alogénicas para administración terapéutica a un paciente humano que tiene o se sospecha que tiene un patógeno o cáncer.
5.3.1. Selección de Donante de Células T basado en Representación de Actividad
En función de la invención, los procedimientos para seleccionar un donante de células T alogénicas del cual derivar una línea de células T alogénicas para la administración terapéutica a un paciente humano que tiene o se sospecha que tiene un patógeno o cáncer comprenden: seleccionar un donante de células T alogénicas para el paciente, usando una Representación de Actividad que (i) identifica una pluralidad de alelos HLA y opcionalmente combinaciones de alelos HLA, y (ii) describe indicaciones de actividades relativas de líneas de células T, cada una de las cuales reconoce al menos un epítopo de un antígeno del patógeno o cáncer, y restringido a alelos diferentes de los alelos HLA o combinaciones de alelos HLA en la pluralidad; donde en la representación cada alelo HLA identificado o combinación de alelos HLA está asociado con la indicación respectiva de actividad relativa de la línea de células T restringida al alelo HLA o combinación de alelos HLA, siendo las actividades relativas medidas relativas de actividad conocida contra el patógeno o contra el cáncer exhibido por las líneas de células T; donde (A) el donante de células T seleccionado tiene al menos un alelo HLA o una combinación de alelos HLA en común con el paciente o células enfermas (por ejemplo, de cáncer o asociadas con la presencia del patógeno) en el paciente; y (B) uno de al menos un alelo HLA o combinación de alelos HLA en común con el paciente o las células enfermas en el paciente está asociado en la representación con una indicación de la actividad relativa más alta entre los alelos HLA y las combinaciones de alelos HLA en la Representación de Actividad que se sabe que es común con el paciente o las células enfermas del paciente y que no están descalificadas de otra manera. Un alelo HLA o una combinación de alelos HLA se considera "de otro modo descalificado" si se sabe que la línea de células T restringida a ese alelo HLA o combinación de alelos HLA no es adecuada para la administración terapéutica por cualquier motivo. Por ejemplo, si las actividades relativas en la Representación de Actividad se basan en ensayos de actividad in vitro o ex vivo y se sabe que la actividad relativa in vivo de una línea de células T restringida a un alelo HLA particular o una combinación de alelos HLA no se correlaciona con el ensayo relativo in vitro o ex vivo utilizado para generar la Representación de Actividad, de modo que la actividad relativa más alta en la Representación de Actividad no es la actividad in vivo relativa más alta, el alelo HLA particular o la combinación de alelos HLA (para cuya línea de células T está restringida) se puede considerar descalificada. Por ejemplo, se ha observado que la actividad in vivo contra la infección por CMV en pacientes humanos para líneas de células T restringidas a HLA-B35 es clínicamente ineficaz (por lo tanto, actividad in vivo relativa insignificante), aunque el porcentaje de células T CD3+ que secreta interferón-Y derivadas de líneas de células T restringidas a HLA-B35 indica una actividad relativa mucho mayor; por tanto, en el contexto del tratamiento de infecciones por CMV, si se selecciona tentativamente una línea de células T restringida a HLA-B35, preferiblemente HLA-B35, estaría "de otro modo descalificada". En una realización específica relacionada, el alelo HLA o una combinación de alelos HLA se considera descalificado si se sabe que la línea o líneas de células T restringidas al alelo HLA o la combinación de alelos HLA son clínicamente ineficaces en el tratamiento de pacientes que tienen el patógeno o el cáncer.
En un ejemplo, el procedimiento proporcionado por la invención es un procedimiento para seleccionar un donante de células T alogénicas candidato del cual derivar una línea de células T alogénicas para administración terapéutica a un paciente humano que tiene o se sospecha que tiene un patógeno o cáncer que comprende: seleccionar un donante de células T alogénico para el paciente, utilizando una Representación de Actividad que (i) identifica una pluralidad de alelos HLA y opcionalmente combinaciones de alelos HLA, y (ii) describe indicaciones de actividades relativas de líneas de células T, cada una de las cuales reconoce al menos un epítopo de un antígeno del patógeno o cáncer, y restringido a diferentes alelos de los alelos HLA o combinaciones de alelos HLA en la pluralidad; donde en la representación cada alelo HLA identificado o combinación de alelos HLA está asociado con la indicación respectiva de actividad relativa de la línea de células T restringida al alelo HLA o combinación de alelos HLA, siendo las actividades relativas medidas relativas de actividad conocida contra el patógeno o contra el cáncer exhibido por las líneas de células T ; donde (A) el donante de células T seleccionado tiene al menos un alelo HLA o una combinación de alelos HLA en común con el paciente o células enfermas (por ejemplo, de cáncer o asociadas con la presencia del patógeno) en el paciente; y (B) uno de al menos un alelo HLA o combinación de alelos HLA en común con el paciente o las células enfermas en el paciente se asocia en la representación con una indicación de la actividad relativa más alta entre los alelos HLA y las combinaciones de alelos HLA en la Representación de Actividad que se sabe que son comunes con el paciente o con las células enfermas del paciente.
En determinadas realizaciones, los procedimientos comprenden además, antes de la etapa de selección, una etapa de generar la Representación de Actividad. Los procedimientos que se pueden utilizar para generar la Representación de Actividad se describen en la Sección 5.1.3. En determinados aspectos, los procedimientos comprenden además, antes de la etapa de generación, una etapa de medición de actividades relativas En determinadas realizaciones, los procedimientos comprenden además, antes de la etapa de selección, una etapa de determinar la asignación de HLA del paciente o las células enfermas en el paciente. En determinadas realizaciones, los procedimientos comprenden además, antes de la etapa de selección, una etapa de determinar la asignación de HLA para el donante de células T. En determinadas realizaciones, el procedimiento comprende además, antes de la etapa de selección, una etapa de determinar la asignación de HLA del paciente o las células enfermas en el paciente y la asignación de HLA para el donante de células T.
En función de la invención, el donante de células T seleccionado tiene al menos un alelo HLA o una combinación de alelos HLA que es común con el paciente o las células enfermas del paciente, donde uno del al menos un alelo HLA o combinación de alelos HLA está asociado con una indicación de la actividad relativa más alta entre los alelos HLA y las combinaciones de alelos HLA en el paciente (y no están descalificados de otra manera). En un aspecto preferido de invención, las actividades relativas son las eficacias clínicas in vivo de las líneas de células T en el tratamiento de pacientes que tienen el patógeno o el cáncer.
En realizaciones específicas de los procedimientos de la invención, el al menos un epítopo es al menos un epítopo inmunodominante.
En determinadas realizaciones de los procedimientos de la invención, el donante de células T seleccionado tiene al menos un alelo HLA o una combinación de alelos HLA en común con el paciente o con células enfermas (por ejemplo, de cáncer o asociadas con la presencia del patógeno) en el paciente. . En algunas realizaciones, el paciente es un receptor de trasplante. En una realización específica en la que el paciente es un receptor de trasplante, el o los alelos de HLA o las combinaciones de alelos de HLA que son comunes con el paciente o las células enfermas (p. ej., cancerosas o infectadas con un patógeno) en el paciente se refieren a alelo o alelos HLA. o combinación o combinaciones de alelos HLA que son comunes con el paciente antes y/o después del trasplante. En algunas realizaciones, las células enfermas del paciente se derivan del trasplante administrado al paciente y por tanto expresan los alelos HLA del trasplante; en tal realización, la determinación de la asignación de HLA de las células enfermas en el paciente puede realizarse tipificando los alelos HLA en el trasplante administrado al paciente. En otras realizaciones, las células enfermas del paciente no se derivan del trasplante administrado al paciente y, por tanto, tienen la asignación de HLA del paciente antes del trasplante. En realizaciones específicas, el trasplante es un HSCT o un trasplante de órgano sólido.
Las líneas de células T para la generación de una Representación de Actividad se pueden hacer como se describe en la Sección 5.1.1.
La etapa de determinar la asignación de HLA se puede realizar como se describe en la Sección 5.1.2. En general, es preferible tipificar más loci de HLA para poner en práctica la invención, ya que cuantos más loci de HLA se tipifiquen, es más probable que del donante de células T seleccionado se derive una línea de células T alogénicas que tenga la mayor actividad en relación con otras líneas de células T alogénicas derivadas de otros donantes de células T que tienen al menos un alelo HLA o una combinación de alelos HLA en común con el paciente o con las células enfermas del paciente.
5.3.1.1. Generación de Representación de Actividad para Selección de Donantes
La Representación de Actividad puede ser la misma que se discutió en la Sección 5.1.3, y se puede realizar como se describe allí.
En algunas realizaciones, la Representación de Actividad es una lista de la pluralidad de alelos HLA y opcionalmente combinaciones de alelos HLA clasificados por las actividades relativas. En algunas realizaciones, la etapa de seleccionar una línea de células T alogénicas se realiza bajando la lista de la pluralidad de alelos HLA y, opcionalmente, las combinaciones de alelos HLA clasificadas por las actividades relativas, siendo el rango más alto en la lista una indicación de la actividad relativa más alta y determinar el alelo HLA o combinación de alelos HLA de mayor rango que se sabe que son comunes con el paciente o las células enfermas del paciente, y la elección de una línea de células T alogénicas restringida a ese alelo HLA o combinación de alelos HLA. A modo de ejemplo, en una realización específica, la Representación de Actividad es una lista como se muestra en la Tabla 6.
En algunos aspectos, la Representación de Actividad es una base de datos (por ejemplo, una tabla) que enumera la pluralidad de alelos HLA y, opcionalmente, las combinaciones de alelos HLA, cada una asociada con una puntuación indicativa de actividad relativa. En algunas realizaciones, la etapa de seleccionar una línea de células T alogénicas se realiza revisando la lista de la base de datos de la pluralidad de alelos HLA y, opcionalmente, combinaciones de alelos HLA, cada una asociada con una puntuación indicativa de actividad relativa, con la puntuación más alta en la base de datos siendo una indicación de la actividad relativa más alta y determinar el alelo de HLA o la combinación de alelos de HLA con la puntuación más alta que se sabe que es común con el paciente o las células enfermas del paciente, y elegir una línea de células T alogénicas restringida a ese alelo de HLA o combinación de alelos HLA. En una realización específica, la etapa de seleccionar una línea de células T alogénicas usando una Representación de Actividad, es decir, una base de datos de este tipo, se puede llevar a cabo filtrando primero (excluyendo) todos los alelos HLA y las combinaciones de alelos HLA en la base de datos que no son en común con el paciente o las células enfermas en el paciente, y luego determinar entre las restantes, el alelo HLA o la combinación de alelos HLA asociada con la indicación de actividad relativa más alta, y luego elegir una línea de células T alogénicas restringida a ese alelo HLA o combinación de alelos HLA.
En algunos aspectos, la Representación de Actividad es un gráfico de dispersión. En determinadas realizaciones, un primer eje del gráfico de dispersión representa diferentes alelos HLA y opcionalmente combinaciones de alelos HLA en la pluralidad de alelos HLA y opcionalmente combinaciones de alelos HLA. En determinadas realizaciones, un segundo eje del gráfico de dispersión representa actividades relativas. En una realización específica, el segundo eje del gráfico de dispersión representa el porcentaje de células CD3+ secretoras de interferón y derivadas de cada línea de células T para las cuales se describe una indicación de actividad relativa en la Representación de Actividad, tras la estimulación con células presentadoras de antígenos que presentan uno o más péptidos de uno o más antígenos que presentan la antigenicidad del patógeno o cáncer. En una realización particular, la estimulación es con células presentadoras de antígeno que son autólogas a la línea de células T respectiva y están cargadas con uno o más péptidos que muestran la antigenicidad del patógeno o cáncer, como indicación de dicha actividad relativa.
A modo de ejemplo, en una realización específica, la Representación de Actividad es un gráfico de dispersión como se muestra en la Figura 1.
En algunas realizaciones, la Representación de Actividad se almacena en una base de datos.
En función de la invención, el procedimiento de selección de un donante de células T alogénicas como se describe en la presente memoria se implementa por ordenador. En algunas realizaciones, el procedimiento para seleccionar un donante de células T alogénicas como se describe en la presente memoria se implementa por ordenador usando un sistema informático como se describe en la Sección 5.6. En algunas realizaciones, los procedimientos para seleccionar un donante de células T alogénicas como se describen en la Sección 5.3.1 son implementados por ordenador utilizando un medio legible por ordenador como se describe en la Sección 5.6.
Se pueden utilizar datos adicionales para generar una Representación de actividad una vez que
datos adicionales estén disponibles.
5.3.2. Selección de Donante de Células T basado en Representación de Frecuencia
En varios ejemplos, los procedimientos para seleccionar un donante de células T alogénicas del cual derivar una línea de células T alogénicas para la administración terapéutica a un paciente humano que tiene o se sospecha que tiene un patógeno o cáncer comprenden: seleccionar un donante de células T alogénico para el paciente que tiene en común uno o más alelos HLA con el paciente o células enfermas (por ejemplo, del cáncer o asociadas con la presencia del patógeno) en el paciente, usando una representación (en adelante "Representación de Frecuencia") que (i) identifica una pluralidad de alelos HLA, y (ii) describe indicaciones de frecuencias relativas de generación de líneas de células T, cada una de las cuales reconoce al menos un epítopo de un antígeno del patógeno o del cáncer, y se restringe a diferentes de dichos alelos HLA en la pluralidad; donde en la representación cada alelo HLA identificado está asociado con la indicación respectiva de la frecuencia relativa de generación de dichas líneas de células T restringidas al alelo HLA: el donante de células T seleccionado tiene al menos un alelo HLA en común con el paciente o las células enfermas en el paciente que están asociadas en la representación con una indicación de mayor frecuencia de generación que los alelos HLA del donante que no son en común con el paciente o las células enfermas en el paciente.
En otros ejemplos, el procedimiento es un procedimiento para seleccionar un donante de células T alogénicas del cual derivar una línea de células T alogénicas para administración terapéutica a un paciente humano que tiene o se sospecha que tiene un patógeno o cáncer, comprendiendo: seleccionar un donante de células T alogénico para el paciente que tiene en común uno o más alelos HLA con el paciente o células enfermas (por ejemplo, del cáncer o asociadas con la presencia del patógeno) en el paciente, usando una representación (en adelante "Representación de Frecuencia") que (i) identifica una pluralidad de alelos HLA, y (ii) describe indicaciones de frecuencias relativas de generación de líneas de células T, cada una de las cuales reconoce al menos un epítopo de un antígeno del patógeno o del cáncer, y se restringe a diferentes de dichos alelos HLA en la pluralidad; donde en la representación cada alelo HLA identificado está asociado con la indicación respectiva de la frecuencia relativa de generación de dichas líneas de células T restringidas al alelo HLA: el donante de células T seleccionado tiene al menos un alelo HLA en común con el paciente o las células enfermas en el paciente que están asociadas en la representación con una indicación de mayor frecuencia de generación que los alelos HLA del donante que no son en común con el paciente o las células enfermas en el paciente..
En determinados ejemplos, los procedimientos comprenden además, antes de la etapa de selección, una etapa de generar la Representación de Frecuencia. Los procedimientos que se pueden utilizar para generar la Representación de Frecuencia se describen a continuación. En determinados ejemplos, los procedimientos comprenden además, antes de la etapa de generación, una etapa de medición de frecuencias relativas En determinados ejemplos, los procedimientos comprenden además, antes de la etapa de selección, una etapa de determinar la asignación de HLA para el paciente o de las células enfermas en el paciente. En determinados ejemplos, los procedimientos comprenden además, antes de la etapa de selección, una etapa de determinar la asignación de HLA para el donante de células T. En determinados ejemplos, el procedimiento comprende además, antes de la etapa de selección, una etapa de determinar la asignación de HLA para el paciente o las células enfermas en el paciente y la asignación de HLA para el donante de células T.
En ejemplos específicos de los procedimientos descritos en esta invención, el al menos un epítopo es al menos un epítopo inmunodominante.
En ciertos ejemplos, el donante de células T seleccionado tiene al menos un alelo HLA en común con el paciente o células enfermas (por ejemplo, del cáncer o asociadas con la presencia del patógeno) en el paciente que está asociado en la Representación de frecuencia con una indicación de mayor frecuencia de generación que los alelos HLA del donante que no son comunes con el paciente o con las células enfermas del paciente.
En algunos ejemplos, el paciente es un receptor de trasplante. En un ejemplo específico en el que el paciente es un receptor de trasplante, el o los alelos HLA que son comunes con el paciente o las células enfermas (p. ej., cancerosas o infectadas con un patógeno) en el paciente se refieren a alelo o alelos HLA que son comunes con el paciente antes y/o después del trasplante. En algunos ejemplos, las células enfermas del paciente se derivan del trasplante administrado al paciente y por tanto expresan los alelos HLA del trasplante; en tales ejemplos, la determinación de la asignación de HLA de las células enfermas en el paciente puede realizarse tipificando los alelos HLA en el trasplante administrado al paciente. En otros ejemplos, las células enfermas del paciente no se derivan del trasplante administrado al paciente y, por tanto, tienen la asignación de HLA del paciente antes del trasplante. En ejemplos específicos, el trasplante es un HSCT o un trasplante de órgano sólido.
Las líneas de células T para la generación de una Representación de Frecuencia se pueden hacer como se describe en la Sección 5.1.1.
La etapa de determinar la asignación de HLA se puede realizar como se describe en la Sección 5.1.2. En general, es preferible tipificar más loci de HLA para poner en práctica la invención.
La etapa de determinar la asignación de HLA se puede realizar como se describe en la Sección 5.1.2.
5.3.2.1. Generación de Representación de Frecuencia para Selección de Donantes
La Representación de Frecuencia identifica una pluralidad de alelos HLA y opcionalmente combinaciones de alelos HLA, y describe indicaciones de frecuencias relativas de generación de líneas de células T (i) cada una de las cuales reconoce al menos un epítopo de un antígeno del patógeno o cáncer (del paciente), y (ii) restringido a alelos diferentes de los alelos HLA. En la Representación de Frecuencia, cada alelo HLA identificado se asocia con la indicación respectiva de la frecuencia relativa de generación de las líneas de células T restringidas a los alelos HLA.
En algunos aspectos, la Representación de Frecuencia es una lista de la pluralidad de alelos HLA clasificados por las frecuencias relativas. En algunos ejemplos, la etapa de seleccionar un donante de células T alogénicas se realiza bajando la lista de la pluralidad de alelos HLA clasificados por las frecuencias relativas, siendo el rango más alto en la lista una indicación de la frecuencia relativa más alta, y eligiendo un donante alogénico de células T que tiene al menos un alelo HLA en común con el paciente o las células enfermas en el paciente que está asociado en la lista con un rango más alto que los alelos HLA del donante que no son comunes con el paciente o las células enfermas en el paciente.
En algunos aspectos, la Representación de Frecuencia es una base de datos (por ejemplo, una tabla) que enumera la pluralidad de alelos HLA, cada uno asociado con una puntuación indicativa de frecuencia relativa. En algunos ejemplos, la etapa de seleccionar un donante alogénico de células T se realiza revisando la base de datos que enumera los alelos HLA, cada uno asociado con una puntuación indicativa de frecuencia relativa, siendo la puntuación más alta en la base de datos una indicación de la frecuencia relativa más alta, y eligiendo un donante alogénico de células T que tenga al menos un alelo HLA en común con el paciente o las células enfermas del paciente que esté asociado en la base de datos con una puntuación más alta que los alelos HLA del donante que no sean comunes con el paciente o las células enfermas en el paciente.
En algunos ejemplos, la Representación de Frecuencia se almacena en una base de datos.
Se pueden usar datos adicionales para actualizar una Representación de Frecuencia una vez que los datos adicionales estén disponibles.
5.4. Obtención de Línea de Células T
En esta invención también se describen procedimientos para obtener una línea de células T alogénicas para la administración terapéutica a un paciente humano que tiene o se sospecha que tiene un patógeno o cáncer, comprendiendo: (a) seleccionar un donante de células T alogénicas en función de un procedimiento como se describe en la Sección 5,3; y (b) derivar una línea de células T alogénicas del donante de células T alogénicas seleccionado, cuya línea de células T alogénicas reconoce al menos un epítopo de un antígeno o el patógeno o cáncer.
5.5. Pacientes
El paciente al que se hace referencia en esta descripción es un paciente humano.
En varias realizaciones, el paciente ha sido receptor de un trasplante. En una realización específica, el trasplante es un HSCT. En determinadas realizaciones, el HSCT es un trasplante de médula ósea (BMT). En determinadas realizaciones, el HSCT es un trasplante de células madre de sangre periférica (PBSCT). En determinadas realizaciones, el HSCT es un trasplante de sangre del cordón(CBT). En una realización específica, el trasplante es un trasplante de órgano sólido.
En varias realizaciones, el paciente no ha sido receptor de ningún trasplante. En una realización específica, el paciente no ha sido receptor de HSCT. En una realización específica, el paciente no ha sido receptor de un trasplante de órgano sólido.
En varios aspectos de la invención, el paciente tiene o se sospecha que tiene un patógeno. En una realización específica, el paciente tiene el patógeno. En una realización específica, el paciente es seropositivo para el patógeno y tiene síntomas de una infección por el patógeno. El patógeno puede ser un virus, una bacteria, un hongo, un helminto o un protista. En ciertas realizaciones, el patógeno es un virus.
En algunas realizaciones, el virus es citomegalovirus (CMV). En realizaciones específicas, el paciente tiene o se sospecha que tiene una infección por CMV después de que el paciente se haya sometido a un HSCT. En realizaciones particulares, el antígeno de CMV es CMV pp65. En realizaciones particulares, el antígeno de CMV es CMV IE1.
En algunas realizaciones, el virus es el virus de Epstein-Barr (EBV). En realizaciones particulares, el antígeno de EBV es EBNA1, EBNA2, EBNA3A, EBNA3B, EBNA3C, LMP1 o LMP2.
En algunas realizaciones, el virus es el virus del polioma BK (BKV), el virus de John Cunningham (JCV), el virus del herpes, el adenovirus (ADV), el virus de la inmunodeficiencia humana (VIH), el virus de la influenza, el virus del ébola, el poxvirus, el rabdovirus o el paramixovirus. En realizaciones particulares, el virus es BKV En realizaciones particulares, el virus es JCV En realizaciones particulares, el virus es ADV En realizaciones particulares, el virus es el herpesvirus-6 humano (HHV-6) o el herpesvirus-8 humano (HHV-8).
En una realización, el paciente tiene una infección viral que no responde a la farmacoterapia antiviral (molécula pequeña) de la invención.
En varios aspectos, el paciente tiene o se sospecha que tiene un cáncer. En una realización específica, el paciente tiene un cáncer. El cáncer puede incluir un cáncer de mama, pulmón, ovario, estómago, páncreas, laringe, esófago, testículos, hígado, parótida, tracto biliar, colon, recto, cuello uterino, útero, endometrio, riñón, vejiga, próstata, tiroides, cerebro o piel. En algunas realizaciones, el cáncer es un cáncer de la sangre. En realizaciones específicas, el cáncer es un trastorno linfoproliferativo. En otras realizaciones, el cáncer es un cáncer del cerebro.
En algunas realizaciones, el cáncer es un cáncer positivo para WT1. En realizaciones específicas, el antígeno del cáncer es WT1.
En algunas realizaciones, el cáncer es un trastorno linfoproliferativo postrasplante positivo para EBV (EBV-PTLD). En realizaciones específicas, el antígeno de un EBV- PTLD es EBNA1, Eb Na 2, EBNA3A, EBNA3B o EBNA3C. En realizaciones específicas adicionales, el antígeno es LMP1 o LMP2.
En algunas realizaciones, el cáncer es un carcinoma nasofaríngeo positivo para EBV. En realizaciones específicas, el antígeno del carcinoma nasofaríngeo positivo para EBV es EBNA1, LMP1 o LMP2.
Un antígeno de un cáncer, como se describe en la presente memoria, puede ser un antígeno específico del cáncer o asociado al cáncer y, por lo tanto, puede ser un péptido o proteína cuya expresión es mayor en el tejido canceroso o las células cancerosas que en los tejidos no cancerosos o células no cancerosas, o un péptido o proteína que se expresa de forma única en el tejido canceroso o las células cancerosas en relación con tejidos no cancerosos o células no cancerosas.
5.6. Sistemas Informáticos y Medios Legibles por Ordenador
En función de la invención, se configura un sistema informático o medio legible por ordenador para llevar a cabo cualquiera de los procedimientos de selección de una línea de células T alogénicas en función de la invención y cualquiera de los procedimientos de selección de un donante de células T alogénicas en función de la invención.
También se proporcionan en esta invención sistemas informáticos para seleccionar una línea de células T alogénicas para la administración terapéutica a un paciente humano que tiene o se sospecha que tiene un patógeno o cáncer que comprende una unidad central de procesamiento; una memoria, acoplada a la unidad central de procesamiento, la memoria almacena instrucciones para realizar la etapa o etapas de cualquiera de los procedimientos de selección de un donante de línea de células T alogénicas en función de la invención. En algunas realizaciones, el sistema informático comprende además un dispositivo de visualización en comunicación operativa con la unidad central de procesamiento.
También se proporciona en esta invención un medio legible por ordenador que tiene instrucciones ejecutables por ordenador para realizar la etapa o etapas de cualquier procedimiento de selección de una línea de células T alogénicas en función de la invención o cualquier procedimiento para seleccionar un donante de células T alogénicas en función de la invención.
En algunas realizaciones, se cargan en un sistema informático o en un medio legible por ordenador los componentes de software que son estándar en la técnica. El sistema de componentes de software hace que el sistema informático funcione colectivamente en función de un procedimiento de selección de una línea de células T alogénicas en función de la invención o un procedimiento de selección de un donante de células T alogénicas en función de la invención. En algunas realizaciones, se cargan en el sistema informático o en el medio legible por ordenador los componentes de software que son estándar en la técnica y uno o más productos de programas informáticos que son especiales para la presente invención.
En realizaciones específicas, el uno o más productos de programas informáticos hacen que un sistema informático funcione en función de un procedimiento de selección de líneas de células T alogénicas en función de la invención o un procedimiento de selección de un donante de células T alogénicas en función de la invención. En realizaciones específicas, el uno o más productos de programas informáticos que son especiales para la presente invención y los componentes de software que son estándar en la técnica hacen que el sistema informático funcione colectivamente en función de un procedimiento de selección de una línea de células T alogénicas en función de la invención o un procedimiento de selección de un donante alogénico de células T en función de la invención.
En determinadas realizaciones, el sistema informático o el medio legible por ordenador está configurado para seleccionar una línea de células T alogénicas para la administración terapéutica al paciente para una eficacia alta y constante. En determinadas realizaciones, el sistema informático o medio legible por ordenador está configurado para seleccionar un donante de células T alogénicas del cual derivar una línea de células T alogénicas para administración terapéutica al paciente para una eficacia alta y constante.
6. EJEMPLO
Ciertas realizaciones proporcionadas en esta invención se ilustran mediante el siguiente ejemplo no limitante, que demuestra una tecnología que permite la selección optimizada de células T específicas de CMVpp65 terapéuticamente activas a partir de líneas de células T derivadas de donantes terceros parcialmente compatibles con HLA en bancos para el tratamiento de infecciones por CMV basado en la jerarquía de alelos HLA compartidos por donante y receptor que presentan péptidos virales inmunodominantes.
6.1. Procedimientos:
6.1.1. Establecimiento de Banco de CMV CTL:
Todos los productos celulares se procesaron en las instalaciones de GMP en Memorial Sloan Kettering Cancer Center (MSKCC) bajo procedimientos operativos estándar (SOP) y protocolos que cumplen con la FDA.
6.1.1.1. Generación de Monocitos Activados por Citocinas Autólogas (CAMS):
Se aislaron células mononucleares de sangre periférica (PBMC) de la sangre de donantes seropositivos mediante centrifugación en gradiente de densidad utilizando ficoll hypaque.
Se dejó que las PBMC a una concentración de 107/gl suspendidas en RPM-1640 con suero autólogo al 1% se adhirieran en placas de cultivo tisular de 6 pocillos a 37°C durante 2 horas, después de lo cual se eliminaron suavemente las células mononucleares no adherentes. Los monocitos adherentes cultivados con 2 ml de IMDM sin suero por pocillo y suplementados con GM-CSF 2000 UI (50 gl) e IL-4 1000 U (25 gl) de IL-4 en días alternos hasta el día 5. El día 5, se añadió factor de necrosis tumoral a (SIGMa , St. Louis) para lograr una concentración final de 10 ng/ml, interleucina-1 p a 400 TU/ml, interlcukin-6 (R&D systems, Inc, Minneapolis, MN EE. UU.) a 1000 UI/ml y prostaglandina-E2 (Calbiochem, La Jolla, CA EE.UU.) a 25 mm/ml para inducir la maduración final de los CAMS. El día 7 se recogieron los CAMS maduros, caracterizados en cuanto a su expresión de HLA Clase II, CD 14 y moléculas coestimuladoras por FACS contadas, divididas en alícuotas y utilizadas para la sensibilización de líneas de células T como se detalla a continuación.
6.1.1.2. Generación de Líneas Celulares de Linfocitos B Autólogas Transformadas (BLCL):
Los EBV-BLCL de cada donante se generaron mediante infecciones de PBMC con la cepa B95.8 de EBV como se describió anteriormente (Koehne, G., y col., Blood, 2000. 96: 109-117; Koehne, G., y col., Blood, 2002, 99: 1730-1740). Las células se mantuvieron en RPMI 1640 (Invitrogen, Inc, Carlsbad, CA EE.UU.) suplementadas con suero de ternero fetal (FCS) al 10% y aciclovir.
6.1.1.3. Generación de Células T Específicas de CMVpp65:
Las células T se enriquecieron a partir de linfocitos de sangre periférica separados de las PBMC mediante reducción de los monocitos adherentes seguido de reducción de células citolíticas naturales mediante el uso de separación inmunomagnética de células CD56+ con microperlas inmunomagnéticas prerrevestidas de CD56 (Miltenyi Biotech Inc.). A continuación, se cultivaron conjuntamente células T purificadas con CAMS autólogas irradiadas cargadas con un conjunto de pentadecapéptidos superpuestos (PL CAM) de grado GMP como se describió previamente (Trivedi, D., y col., Blood, 2005. 105: 2793-2801). Las células T se cultivaron durante un período de 28-40 días en presencia de IL-2 (5-40U/ml) y se reestimularon semanalmente con CAMS cargados con péptidos autólogos irradiados, en una proporción de efector a estimulador de 20:1 como se describió previamente (Trivedi, D., y col., Blood, 2005. 105: 2793­ 2801).
6.1.2. Caracterización de Células T Específicas de CMVpp65:
6.1.2.1. Análisis de Tetrámeros:
La proporción de células T específicas del epítopo CMVpp65 se cuantificó usando tetrámeros de péptido HLA usando tetrámeros de péptido MHC CMVpp65 disponibles comercialmente para HLA A0201, A2402 y B0702 que llevan secuencias peptídicas NLVPMVATV, Qy DpVAALF y TPRVTGGg Am , respectivamente (Beckman Coulter, Inc. Fullerton). Las células T se incubaron con CD3 FITC, CD8 PE, CD4 PerCP (BD Bioscience, San José, CA) y complejo tetramérico conjugado con APC durante 20 minutos en hielo, se lavaron y posteriormente se analizaron mediante FACS (BD LSRII). Los datos se analizaron utilizando el software Flowjo (Tree Star Inc, Ashland, OR). Se determinó la proporción de células T CD4 y CD8+ dentro de los cultivos, así como la proporción de células T CD3+ y CD8+ que se unen a los tetrámeros del péptido HLA.
6.1.2.2. Repertorio TCR Vp
Células T del tetrámetro+ péptido-HLA de CVM se analizaron para determinar el repertorio de TCRVp mediante citometría de flujo utilizando un kit disponible comercialmente que contenía anticuerpos contra 24 subfamilias de la región Vp del TCR humano (IO TcsKk) Beta Mark, Beckman Coulter, Inc, Francia) en función de los procedimientos. proporcionado por el fabricante (Wei, S., y col., Immunogenetics, 1994. 40: 27-36).
6.1.2.3. Cuantificación de células T productoras de IFN-y específicas para CMV y alorreactivas
Al inicio y en varios puntos del desarrollo de cada línea de células T específicas de CMV, los linfocitos T del donante a una concentración de 1 x 106/mL se mezclaron con CAMS autólogos que se cargaron con el conjunto de péptidos CMVpp65 (20ug/ml) en una proporción de células efectoras-estimulantes de 5:1. Tubos de control conteniendo células efectoras y PBMC no cargadas con ningún péptido se instalaron en paralelo. Se añadió brefeldina A a muestras no estimuladas y estimuladas con péptidos a una concentración de células de 10 pg/mL. Los tubos se incubaron durante la noche durante 16 horas en una incubadora humidificada con CO2 al 5% a 37°C.
Se transfirieron alícuotas del grueso de los cultivos no estimulados y estimulados a tubos para tinción con anticuerpos monoclonales. Las células se tiñeron con 5 pL de anti-CD3 monoclonal marcado con aloficocianina (APC) y 10 pL de proteína de clorofila de peridina anti-CD8 (PerCP) o PerCP anti-CD4 (BD Biosciences, San José, CA) y se incubaron durante 20 minutos a temperatura ambiente en la oscuridad. Las células se lavaron con 2 mL de solución salina tamponada con fosfato (PBS)-albúmina de suero bovino (BSA)-azida (AZ) (PBS BSA al 0,5% AZ al 0,1%). Las células se centrifugaron, se descartó el sobrenadante y se añadieron 100 pL de reactivo A (Fix & Perm Cell Permeabilization Reagents A & B; Cal tag Laboratories, Burlingame, CA) a cada tubo para oxigenar las células. A continuación, estas células se incubaron durante 15 minutos. Las células se lavaron con PBS BSA AZ y se añadieron 100 pL de reactivo B (Caltag Laboratories) para permeabilización. La tinción intracelular se realizó mediante la adición de 10 pL de anticuerpo monoclonal de isotiocianato de fluoresceína de control de isotipo IgG1 de ratón (FITC) o TFN-y FTTC (BD PharMingen, San Diego, CA). Las células se incubaron durante 20 minutos a temperatura ambiente, en la oscuridad, se lavaron dos veces y se fijaron adicionalmente en formalina al 1%.
Las células teñidas y fijadas se adquirieron posteriormente utilizando un citómetro de flujo LSR II con tres láseres para capacidad de 10 colores (BD Biosciences) y se analizaron utilizando el software flowjo. Las células se identificaron en primer lugar mediante la dispersión de luz frontal y lateral y a continuación mediante la activación de las células CD3+ en un gráfico de puntos de CD3 APC vs. dispersión lateral. De veinte a cincuenta mil eventos se adquirieron en la puerta combinada. Para una identificación adicional de las células, se realizó la activación de las células CD3+ CD8+ o CD3+ CD4+. Los marcadores de cuadrante se establecieron basándose en el análisis de los tubos de control no estimulados y de control de isotipo.
6.1.3. Establecimiento de Jerarquía: Cuantificación de las respuestas de células T antivirales CD8+ a diferentes epítopos de CMVpp65
6.1.3.1. Mapeo de epítopos usando una biblioteca de 15 péptidos aa superpuestos
Las respuestas de las células T a péptidos específicos dentro de CMV pp65 se identificaron y cuantificaron midiendo el número de células T positivas a IFNy generadas tras la estimulación secundaria con APC autólogas cargadas con los péptidos o conjunto de péptidos (CP) de interés, en función de la técnica de Waldrop. Y col. (Waldrop, SL, y col., J Clin Invest, 1997. 99: 1739-1750) modificado por Kochne col. (Koehne, G., y col., Blood, 2002. 99: 1730-1740). Una cuadrícula de conjuntos de péptidos superpuestos permitió la identificación de epítopos específicos que inducen respuestas de células T. Se utilizaron PBMC cargadas con péptidos que eran autólogas del donante de células T, CAMS que eran autólogos del donante de células T o BLCL que eran autólogas del donante de células T como APC para estimular las células T que respondían para el mapeo de epítopos.
6.1.3.2. Actividad Citotóxica In-vitro
Se evaluó la capacidad de todas las líneas de células T para lisar dianas cargadas con CMVpp65 usando un ensayo estándar de liberación de 51cromo como se describió previamente (Koehne, G., y col., Blood, 2002. 99: 1730-1740; Trivedi, D. , y col., Blood, 2005. 105: 2793-2801). Las dianas utilizadas en todos los experimentos consistieron en un panel de EBV-BLCL, cada uno compartiendo con las células T de un donante determinado un solo alelo HLA. Estas células se cargaron, según lo especificado para un experimento dado, con el grupo completo de péptidos CMVpp65, o subgrupos específicos de los mismos, pentadecapéptidos únicos o un nonámero CMV pp65 que se sabe que se presenta por ese alelo (p.ej. NLVPMVATV para HLA A0201, QYDPVAALF para HLA A2402 y TPRVTGGGAM y RPHERNGFTV para HlA B0702) (Trivedi, D., y col., Blood, 2005. 105: 2793-2801; Hasan, AN, y col., J Immunol, 2009.
183: 2837-2850) . Las dianas cargadas con péptidos no presentados por el alelo HLA compartido se usaron como controles. La restricción de HLA se identificó por reactividad contra dianas pulsadas con un epítopo peptídico identificado presentado en un alelo HLA compartido específico y ausencia de reactividad contra el péptido cargado en EBV BLCL que lleva otros alelos compartidos o EBV BLCL totalmente no compatible.
6.2. Datos:
6.2.1. Banco CTL CMV de grado GMP generado a partir de una población de donantes genotípicamente
heterogénea que hereda una matriz diversa de alelos HLA
Se han generado un total de 119 líneas CTL específicas de CMVpp65 en un lapso de 7 años desde el inicio del ensayo clínico utilizando células T específicas de CMVpp65 derivadas de donantes para el tratamiento de la viremia por CMV en receptores de TCMH alogénico.
El grupo de donantes utilizado para la generación de las líneas CTL heredó 180 alelos HLA diferentes que eran representativos de los alelos HLA comunes prevalentes en la población multiétnica de Nueva York. La distribución de los alelos HLA en el conjunto de CTL de donantes también se correlacionó estrechamente con las frecuencias alélicas HLA representadas en cada una de las poblaciones étnicas, incluidas caucásicas, asiáticas y negras, excepto para HLA A0201 y B0702, que estaban sobrerrepresentadas; 33% vs 25% y 21% vs 8.7% respectivamente (Tabla 1). El orden de frecuencia de los alelos HLA clase I heredados entre los 119 donantes fue el siguiente: A0201 (n=39), A0301 (n= 28), B0702 (n=25), B 44 (n=24), HLA B 0801 (n=22), B 3501-11 (n=19), Al 101 (n=16), A2402 (n=14), B 1501-17 (n=14), B 1801 -07 (n=12), A 3201-03 (n = 11), A3301 -04 (n=10), B 4001 -06 (n=9), y A2601 (n=9), B 5701 (n=9). Otros alelos HLA de clase I se representaron en frecuencias más bajas, como HLA B 5201 (n=8), B 3801 (n=6), A6801-09 (n=5), B 5801 (n=5). Para los alelos HLA de clase II, hubo 6 alelos HLA DRB1 que estaban altamente representados, como se esperaba de sus frecuencias más altas en la población general (Tabla 1). En orden de frecuencia, estos incluyeron DRB1 1501-08, 0401-32,0301-13,0701-04, 1101-20, 1301-34.
Tabla 1. Frecuencias de alelos HLA en población general y caracterización de 119 líneas CTL específicas de CMVpp65.
Figure imgf000019_0001
Figure imgf000020_0001
6.2.2. Respuestas específicas de células T de CMVpp65 están dominadas por epítopos presentados por un número limitado de alelos HLA de clase I y clase II
En 103 de las 119 (87%) líneas de CTL, las respuestas inmunodominantes de células T estaban restringidas por alelos HLA de clase I, y en 16 líneas de CTL, por alelos de HLA de clase II. En el 54% de las líneas de CTL, las respuestas de células T inmunodominantes estaban restringidas por 3 alelos HLA Clase-I; A0201 (25%), B 0702 (21%) y B3501 -11 (8%). Otros alelos que presentan epítopos inmunodominantes incluyen HLA A 2402, B 4001, B 4006, B 4202, B 4204, B 4402, B 4403, DRB1 0401 y 0404, DRB1 1101, DRB1 1202. Por tanto, a pesar de la amplia gama de alelos HLA de clase I y clase II representados en este banco, sólo 19 de estos alelos presentaron epítopos que provocan respuestas de células T inmunodominantes. Además, las respuestas de células T de cualquier nivel detectable fueron específicas para los epítopos presentados por solo 49 de los 180 alelos HLA heredados por donantes en el banco.
6.2.3. Los alelos HLA que presentan epítopos inmunodominantes existen en un orden jerárquico dentro de los individuos que heredan conjuntamente haplotipos específicos
La evaluación de las líneas de células T en el banco también demostró que los epítopos presentados por alelos de HLA específicos eran consistentemente dominantes, según se midió mediante cuantificaciones de células T específicas de epítopo (células T FNy+ y determinación de su restricción de HLA). Estudios previos han proporcionado evidencia de que los epítopos de CMVpp65 presentados por HLA B0702 son dominantes en pacientes que heredan conjuntamente HLA A0201 y B0702 (Lacey, S.F., y col., Hum Immunol, 2003. 64: 440-452). En la serie de este ejemplo, HLA B0702 fue consistentemente el alelo que restringe las respuestas de células T inmunodominantes en los 25 donantes en el banco que heredan este alelo (100%), incluidos 9 que co-heredaron HLA A0201. Por tanto, las respuestas restringidas por HLA B0702 fueron dominantes independientemente de los otros alelos HLA de clase I y II heredados.
Por otro lado, en 30 de los 39 donantes (77%) que heredaron HLA A0201, la respuesta de células T inmunodominante fue restringida por HLA A0201. Los 9 donantes restantes fueron los que co-heredaron HLA A0201 y B0702, y en cada uno de estos 9 donantes, la respuesta de células T inmunodominantes fue restringida por HLA B 0702. Por tanto, HLA A0201 era el alelo que restringía la respuesta de células T inmunodominantes cuando se heredaba conjuntamente con cualquier otro alelo HLA de clase I o clase II, excepto cuando se heredaba conjuntamente con HLA B0702. Por ejemplo, entre 22 donantes que heredan los alelos HLA B44, solo 4 obtuvieron respuestas dominantes restringidas por este alelo. Cuando estos alelos (B4401, B4402, B4403) fueron co-heredados con HLA A0201, en 11 de estos 12 donantes (91,6%) las respuestas CTL inmunodominantes fueron restringidas por HLA A0201; el otro donante también co-heredó HLA B0702 y provocó una respuesta restringida de HLA B0702.
Otra característica sorprendente de las respuestas de células T en donantes que heredaban HLA B 0702 o A0201 era el hecho de que las respuestas observadas estaban dirigidas exclusivamente contra epítopos presentados por estos alelos. Por el contrario, en las líneas de células T en las que las respuestas a los epítopos inmunodominantes estaban restringidas por otros alelos HLA, se observaron comúnmente poblaciones dominantes de células T específicas para otros epítopos y restringidas por otros alelos HLA. Este análisis permitió el reconocimiento de una agrupación jerárquica de alelos HLA que presentan los epítopos inmunodominantes como se muestra en la Figura 1.
La jerarquía de los alelos HLA que presentan epítopos inmunodominantes se basó exclusivamente en su nivel de actividad funcional en respuesta a la estimulación peptídica. No hubo correlación entre la afinidad del péptido por la unión de HLA y su capacidad para provocar respuestas de células T inmunodominantes (Tabla 2).
Tabla 2. Caracterización de alelos HLA que presentan epítopos inmunodominantes.
Figure imgf000021_0001
N2 Epítopo Presenta Alelo HLA Líneas CTL que CTL Epítopo Puntuación de R n n Inm n min n unión prevista
Figure imgf000021_0002
(SYFPEITHI)
Figure imgf000021_0003
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6.2.4. El repertorio de epítopos y alelos HLA que constituyen el banco CMV CTL se pueden utilizar para el tratamiento de una población diversa de pacientes
Se descubrió un repertorio muy limitado de epítopos de CMVpp65 inmunodominantes que provocan respuestas de células T dentro de las 119 líneas CTL que constituyen el banco GMP, que fue presentado por un número limitado de alelos HLA. Dado que las respuestas de las células T se definen por una especificidad tan fina; para que las células T específicas de antígeno sean clínicamente efectivas en el entorno de terceros, las células T seleccionadas tendrían que responder a los epítopos presentados por un alelo HLA compartido por el paciente. Dentro de estos parámetros, se analizó la proporción de pacientes étnicamente diversos que potencialmente podrían ser tratados con CTL de este banco.
Se revisó una serie de trasplantes consecutivos con reducción de células T realizados en el centro oncológico Memorial Sloan-Kattering durante los últimos 3 a 5 años de donantes que eran HLA compatibles o HLA no compatibles relacionados o no, así como donantes de sangre de cordón. En una serie de 239 trasplantes relacionados o no relacionados con HLA en el centro, en el 86% de estos casos se encontró una línea CTL con una respuesta de células T CMV restringida por un alelo HLA compartido con el paciente y que coincidió con 1 -2 alelos HLA adicionales posibles de identificar. De manera similar, en una serie de 137 trasplantes de HLA incompatible y 70 trasplantes de sangre de cordón, se pudo identificar una línea de CTL adecuadamente restringida en el 93% y el 81% de los casos, respectivamente. Por tanto, a pesar de la amplia representación de los alelos HLA en este banco de CTL, las células T restringidas por un repertorio limitado de alelos HLA podrían identificarse y usarse para el tratamiento de la mayoría de los pacientes de este grupo étnicamente diverso.
6.2.5. Actividad clínica de los CTL de CMV seleccionados para tratamiento del donante de trasplante o de un donante tercero utilizando el epítopo recién definido y los criterios de restricción de HLA
Un total de 54 pacientes evaluables recibieron CTL de CMV como tratamiento de la infección clínica o la viremia persistente que no habían respondido a fármacos antivirales. De estos, 19 recibieron células T específicas de CMVpp65 de su donante HCT (NCTO1646645) y 35 de células T de un donante tercero compatible con > 2 alelos HLA. Los resultados se resumen en la Tabla 3 y Tabla 4. En este análisis, RC se define como la eliminación de la infección clínica y/o la eliminación del CMV detectable de la sangre. RP se define como una reducción de CMV en sangre > 2 log 10. SD se define como pacientes con un status clínico estable y una reducción del CMV de < 2 log 10. POD se define como la progresión continua de la viremia y la enfermedad clínica.
Tabla 3. Respuestas por restricción de HLA de células T específicas de CMVpp65 administradas.
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Tabla 4. Alelos HLA inmunodominantes detectados en otras células T específicas de CMVpp65 administradas
Figure imgf000023_0002
Como se puede observar, de 19 pacientes que recibieron células T específicas para un epítopo CMVpp65 presentado por HLA A201, 14 lograron una RC o una RP. De 9 tratados con células T específicas para un epítopo inmunodominante presentado por HLA B0702, 8 lograron una RC. De manera similar, las células T inmunodominantes restringidas por h La A2402 (N = 2) y B0801 (N = 3) indujeron RC en cada uno de los 5 casos tratados.
Por el contrario, 7/7 receptores de células T específicas de CMVpp65 específicas para un epítopo inmunodominante presentado por una variante alélica de HLA B35 no respondieron. De manera similar, las células T inmunodominantes específicas para los epítopos de A2601 (N = 3), A2407 (N = 1) y B5001 (N = 1) no lograron eliminar la infección o reducir la viremia.
Estos resultados prospectivos proporcionan evidencia de que los epítopos inmunodominantes presentados por alelos HLA específicos inducen células T que tenían una mejor actividad terapéutica in vivo.
También se examinaron retrospectivamente los pacientes que recibieron trasplantes de los donantes que también aceptaron que se incluyeran en el banco sus células T específicas de CMVpp 65 para su uso en personas distintas de las que también donaron un HCT compatible con HLA. La razón fue que los trasplantes con reducción de células T de dichos donantes, que normalmente contienen 2-8 x103 células T/kg de peso del receptor, también proporcionarían un pequeño número de células T inmunodominantes específicas de CMV, ya que la frecuencia de células T específicas de TFNy CMV en la sangre en donantes seropositivos se encontraban en el intervalo de 0,1-1% de las células T circulantes. Los resultados de este análisis inicial se presentan en la Tabla 5.
Tabla 5. Análisis de la reactivación del CMV, la enfermedad y la respuesta final a la terapia dirigida al CMV en pacientes que recibieron trasplantes de donantes compatibles con HLA que también aportaron células al banco como donantes externos.
Figure imgf000024_0001
Nuevamente, como se observó en los pacientes tratados con células T específicas de CMVpp65, los receptores de trasplantes de donantes que compartían alelos HLA B0702 y A0201 tenían un riesgo bajo de desarrollar la enfermedad por CMV y la viremia respondía constantemente al tratamiento, mientras que los que recibieron injertos de donantes que carecían de estos alelos tenían una incidencia significativa de infección manifiesta. Esto se observó de nuevo en particular en pacientes con variantes de HLA B35 que carecían de HLA B0702 o A0201.
Los datos clínicos nos permitieron determinar una jerarquía de ciertos alelos HLA que presentan epítopos inmunodominantes de CMVpp65 que provocan respuestas de células T específicas de péptido (ver Tabla 6), un ejemplo de una Representación de Actividad.
Tabla 6. Jerarquía de alelos HLA que presentan epítopos inmunodominantes de CMVpp65 que provocan respuestas de células T específicas de péptidos.
Figure imgf000025_0001
a Un rango más alto corresponde a una mayor efectividad clínica de la línea de células T restringida por el alelo HLA en el tratamiento de pacientes con infección por CMV o viremia persistente que no respondieron a los medicamentos antivirales.
Nuestros datos indicaron que las variantes HLA-B35 no deberían usarse (y por lo tanto se considerarían "descalificadas" de entre los alelos HLA en la representación).
6.3. Los Datos Sugieren que:
1. Un repertorio limitado de epítopos de CMVpp65 provocan respuestas de células T citotóxicas específicas de CMV funcionales y un total de 49 alelos HLA de los 181 alelos representados dentro de este banco de CTL presentan estos epítopos inmunodominantes de CMVpp65.
2. Los epítopos de péptidos identificados podrían usarse para el desarrollo de una vacuna polipeptídica eficaz, o usarse como un conjunto de péptidos limitado para la generación de CTL de CMV altamente funcionales en el futuro para inmunoterapia adoptiva.
3. La incorporación del análisis de la jerarquía HLA en la selección de líneas de CTL para el tratamiento debería promover una eficacia mayor y más consistente del tratamiento con CTL de terceros.
6.4. Resumen de los resultados clínicos y experimentales
Las células T específicas de virus transferidas de manera adoptiva, para ser eficaces, deben ser específicas para un epítopo de péptido viral que se expresa tanto en las células huésped infectadas por el virus como en un alelo HLA expresado por las células huésped infectadas y las células T del donante a través del cual las células T del donante con restricción de HLA reconocen el epítopo viral.
Después de la resolución de la infección primaria con CMV, el repertorio inicialmente amplio de células T que responden se contrae, de modo que se mantienen las células T específicas para un número limitado de epítopos inmunodominantes. Como resultado, las líneas de células T específicas de CMVpp65 expandidas a partir de donantes normales seropositivos para CMV infectados de forma latente suelen ser específicas para solo 1 -2 péptidos CMVpp65 inmunodominantes presentados por solo 1 -2 alelos HLA expresados por el donante.
Se ha encontrado que existe una jerarquía de alelos HLA que presentan epítopos inmunodominantes de CMVpp65 que provocan respuestas de células T específicas de péptido, que conduce a una expansión preferencial de células T específicas de CMVpp65 presentadas por alelos HLA específicos sobre todos los demás heredados y expresados. Esta jerarquía no se basa en la afinidad de unión del péptido al alelo de presentación. Como resultado de esta jerarquía de restricción de HLA:
1. Los epítopos inmunodominantes que provocan células T específicas de CMVpp65 detectadas in vitro en líneas de células T expandidas se presentan sólo por un número limitado de alelos HLA.
2. Además, entre los individuos que heredan dos o más alelos HLA de este repertorio limitado de alelos HLA que presentan epítopos peptídicos inmunodominantes, ciertos alelos HLA (por ejemplo, HLA B0702 o HLA A0201) presentan consistentemente los epítopos que provocan respuestas a la exclusión de los demás.
Los primeros resultados de los ensayos de fase II indican además que, para los pacientes con infección por CMV o viremia persistente que han fracasado en la terapia con medicamentos antivirales y que luego son tratados con células T CMVpp65 específicas derivadas de donantes de terceros que están restringidas por un alelo HLA expresado por células infectadas en el huésped, los pacientes que reciben células T específicas de CMVpp65 que están restringidas por los mismos alelos HLA superiores en la jerarquía (p. ej. HLA B0702 o HLA A0201) responden consistentemente mientras que el tratamiento con células T específicas de CMVpp65 restringidas por alelos HLA más bajos en la jerarquía puede eliminar la infección, las respuestas son menos consistentes.

Claims (14)

REIVINDICACIONES
1. Un procedimiento implementado por ordenador para seleccionar una línea de células T alogénicas para la administración terapéutica a un paciente humano que tiene o se sospecha que tiene un patógeno o cáncer, comprendiendo:
seleccionar una línea de células T alogénica para el paciente que reconozca al menos un epítopo de un antígeno del patógeno o el cáncer, utilizando una representación que (i) identifica una pluralidad de alelos HLA y, opcionalmente, combinaciones de alelos HLA, y (ii) describe indicaciones de actividades relativas de líneas de células T, cada una de las cuales reconoce al menos un epítopo de un antígeno del patógeno o cáncer, y restringido a alelos diferentes de los alelos HLA o combinaciones de alelos HLA en la pluralidad; donde en la representación cada alelo HLA identificado o combinación de alelos HLA está asociado con la indicación respectiva de actividad relativa de la línea de células T restringida al alelo HLA o combinación de alelos HLA, siendo las actividades relativas medidas relativas de actividad conocida contra el patógeno o contra el cáncer exhibido por las líneas de células T ; donde
(A) la línea de células T seleccionada tiene en común con el paciente o con las células enfermas del paciente el alelo HLA o la combinación de alelos HLA identificada por la representación a la que se restringe el reconocimiento de la línea de células T; y
(B) el alelo HLA o la combinación de alelos HLA, a los que se restringe la línea de células T seleccionada, se asocia en la representación con una indicación de la actividad relativa más alta entre los alelos HLA y las combinaciones de alelos HLA en la representación que se sabe que son comunes con el paciente o las células enfermas en el paciente y no están descalificados de otro modo.
2. Un procedimiento implementado por ordenador para seleccionar un donante de células T alogénicas del cual derivar una línea de células T alogénicas para administración terapéutica a un paciente humano que tiene o se sospecha que tiene un patógeno o cáncer, comprendiendo:
seleccionar un donante de células T alogénico para el paciente, utilizando una representación que (i) identifica una pluralidad de alelos HLA y, opcionalmente, combinaciones de alelos HLA, y (ii)
describe indicaciones de actividades relativas de líneas de células T, cada una de las cuales reconoce al menos un epítopo de un antígeno del patógeno o cáncer, y restringido a alelos diferentes de los alelos HLA o combinaciones de alelos HLA en la pluralidad; donde en la representación cada alelo HLA identificado o combinación de alelos HLA está asociado con la indicación respectiva de actividad relativa de la línea de células T restringida al alelo HLA o combinación de alelos HLA, siendo las actividades relativas medidas relativas de actividad conocida contra el patógeno o contra el cáncer exhibido por las líneas de células T, y donde
(A) el donante de células T seleccionado tiene al menos un alelo HLA o una combinación de alelos HLA en común con el paciente o con las células enfermas del paciente; y
(B) uno de al menos un alelo HLA o combinación de alelos HLA en común con el paciente o las células enfermas en el paciente está asociado en la representación con una indicación de la actividad relativa más alta entre los alelos HLA y las combinaciones de alelos HLA en la representación que se sabe que son comunes con el paciente o las células enfermas en el paciente y no están descalificados de otro modo.
3. El procedimiento implementado por ordenador de la reivindicación 1 o 2, que comprende además, antes de la etapa de selección, una etapa de generación de la representación.
4. El procedimiento implementado por ordenador de cualquiera de las reivindicaciones 1-3, que comprende además, antes de la etapa de selección, una etapa de determinar la asignación de HLA del paciente o las células enfermas en el paciente y la asignación de HLA para el donante de células T.
5. El procedimiento implementado por ordenador de cualquiera de las reivindicaciones 1 a 4, donde la representación es una lista de la pluralidad de alelos HLA y, opcionalmente, combinaciones de alelos HLA clasificados por las actividades relativas.
6. El procedimiento implementado por ordenador de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 5, donde las actividades relativas son la eficacia clínica in vivo de las líneas de células T en el tratamiento de pacientes que tienen el patógeno o cáncer.
7. El procedimiento implementado por ordenador de cualquiera de las reivindicaciones 1-6, donde el paciente tiene o se sospecha que tiene un patógeno, donde las líneas de células T reconocen al menos un epítopo de un antígeno del patógeno, y donde las actividades relativas son medidas relativas de actividad conocida contra el patógeno.
8. El procedimiento implementado por ordenador de la reivindicación 7, donde el patógeno es un virus.
9. El procedimiento implementado por ordenador de la reivindicación 8, donde el virus es CMV o EBV.
10. El procedimiento implementado por ordenador de cualquiera de las reivindicaciones 1 -6, donde el paciente tiene o se sospecha que tiene un cáncer, donde las líneas de células T reconocen al menos un epítopo de un antígeno del cáncer, y donde las actividades relativas son medidas relativas de actividad conocida contra el cáncer.
11. El procedimiento implementado por ordenador de la reivindicación 10, donde el antígeno es un WT1.
12. El procedimiento implementado por ordenador de la reivindicación 10, donde el cáncer es un trastorno linfoproliferativo postrasplante positivo para EBV.
13. Un sistema informático para seleccionar una línea de células T alogénicas o un donante de células T alogénicas del cual derivar una línea de células T alogénicas para la administración terapéutica a un paciente humano que tiene o se sospecha que tiene un patógeno o cáncer, comprendiendo:
una unidad central de procesamiento;
una memoria, acoplada a la unidad central de procesamiento, almacenando la memoria instrucciones para realizar las etapas del procedimiento implementado por ordenador de cualquiera de las reivindicaciones 1 -12.
14. Un medio legible por ordenador que tiene instrucciones ejecutables por ordenador para realizar las etapas del procedimiento implementado por ordenador de cualquiera de las reivindicaciones 1-12.
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