ES2817050T3

ES2817050T3 - Compuestos antisentido selectivos y usos de los mismos

Info

Publication number: ES2817050T3
Application number: ES14746305T
Authority: ES
Inventors: Michael Oestergaard; Punit Seth; Eric Swayze
Original assignee: Ionis Pharmaceuticals Inc
Current assignee: Ionis Pharmaceuticals Inc
Priority date: 2013-02-04
Filing date: 2014-02-04
Publication date: 2021-04-06
Anticipated expiration: 2034-02-04
Also published as: IL240275B; EP2951304B1; WO2014121287A2; CA2899924A1; EP3778618A1; WO2014121287A3; US10260069B2; EP2951304A2; US20150376625A1; EP2951304A4; US20200056187A1; IL240275A0

Abstract

Un compuesto oligomérico que comprende un oligonucleótido modificado que consiste de 13 a 30 nucleósidos enlazados, en donde el oligonucleótido modificado tiene un motivo de modificación que comprende: una región 5' que consiste de 1-9 nucleósidos de la región 5' enlazados, cada uno seleccionado independientemente de entre un nucleósido modificado y un desoxinucleósido no modificado, siempre que por lo menos un nucleósido de la región 5' sea un nucleósido modificado y en donde el nucleósido de la región 5' más 3' sea un nucleósido modificado; una región 3' que consiste de 6-10 nucleósidos de la región 3' enlazados, en donde cada nucleósido de la región 3' comprende un nucleósido modificado; y una región central entre la región 5' y la región 3' que consiste de 6-10 nucleósidos de la región central enlazados, cada un seleccionado independientemente entre: un nucleósido modificado y un desoxinucelósido no modificado, en donde el nucleósido de la región central más 5' es un desoxinucleósido no modificado y el nucleósido de la región central más 3' es un desoxinucleósido no modificado; en donde la región 3' tiene un motivo seleccionado de eeeekeke, eeekek, y keeekee, en donde cada "e" es un nucleósido modificado con 2'MOE y cada "k" es un nucleósido modificado con cEt; en donde el oligonucleótido modificado tiene una secuencia de nucleobases complementaria con la secuencia de nucleobases de un región objetivo de un ácido nucleico asociado con un transcrito de huntingtina, en donde la secuencia de nucleobases de la región objetivo del ácido nucleico objetivo difiere de la secuencia de nucleobases de por lo menos un ácido nucleico no objetivo en una única nucleobase diferenciadora, y en donde la única nucleobase diferenciadora es el polimorfismo de un solo nucleótido rs7685686.

Description

DESCRIPCIÓN

Compuestos antisentido selectivos y usos de los mismos

ANTECEDENTES DE LA INVENCIÓN

Los compuestos antisentido se han usado para modular ácidos nucleicos objetivo. Se ha informado de compuestos antisentido que comprenden una variedad de modificaciones químicas y motivos. En ciertos casos, tales compuestos son útiles como herramientas de investigación, reactivos de diagnóstico y como agentes terapéuticos. En ciertos casos, se ha demostrado que los compuestos antisentido modulan la expresión de proteínas al unirse a un ARN mensajero (ARNm) objetivo que codifica la proteína. En ciertos casos, dicha unión de un compuesto antisentido a su ARNm objetivo da como resultado la escisión del ARNm. También se ha informado de compuestos antisentido que modulan el procesamiento de un pre-ARNm. Tales compuestos antisentido alteran el corte y empalme, interfieren con la poliadenilación o evitan la formación de la tapa 5' de un pre-ARNm.

WO 2011/097643 describe compuestos y métodos para reducir selectivamente la expresión de un alelo variante del gen de la huntingtina que contiene un polimorfismo de un solo nucleótido.

SUMARIO DE LA INVENCIÓN

La invención proporciona un compuesto oligomérico que comprende un oligonucleótido modificado que consiste de 13 a 30 nucleósidos enlazados, en donde el oligonucleótido modificado tiene un motivo de modificación que comprende:

una región 5' que consiste de 1-9 nucleósidos de la región 5' enlazados, cada uno seleccionado independientemente de entre un nucleósido modificado y un desoxinucleósido no modificado, siempre que por lo menos un nucleósido de la región 5' sea un nucleósido modificado y en donde el nucleósido de la región 5' más 3' sea un nucleósido modificado;

una región 3' que consiste de 6-10 nucleósidos de la región 3' enlazados, en donde cada nucleósido de la región 3' comprende un nucleósido modificado; y

una región central entre la región 5' y la región 3' que consiste de 6-10 nucleósidos de la región central enlazados, cada un seleccionado independientemente entre: un nucleósido modificado y un desoxinucelósido no modificado, en donde el nucleósidos de la región central más 5' es un desoxinucleósido no modificado y el nucleósido de la región central más 3' es un desoxinucleósido no modificado;

en donde la región 3' tiene un motivo seleccionado de eeeekeke, eeekek, y keeekee, en donde cada “e” es un nucleósido modificado con 2'MOE y cada “k” es un nucleósido modificado con cEt;

en donde el oligonucleótido modificado tiene una secuencia de nucleobases complementaria con la secuencia de nucleobases de un región objetivo de un ácido nucleico asociado con un transcrito de huntingtina, en donde la secuencia de nucleobases de la región objetivo del ácido nucleico objetivo difiere de la secuencia de nucleobases de por lo menos un ácido nucleico no objetivo en una única nucleobase diferenciadora, y en donde la única nucleobase diferenciadora es el polimorfismo de un solo nucleótido rs7685686.

SUMARIO DE LA DIVULGACIÓN

La presente invención proporciona compuestos oligoméricos que comprenden oligonucleótidos, en donde los oligonucleótidos comprenden una región que tiene un motivo gapmer. En ciertas realizaciones, tales oligonucleótidos consisten de una región que tiene un motivo gapmer.

En la presente se divulgan:

Realización 1. Un compuesto oligomérico que comprende un oligonucleótido modificado que consiste de 10 a 30 nucleósidos enlazados, en donde el oligonucleótido modificado tiene un motivo de modificación que comprende: una región 5' que consiste de 1-9 nucleósidos de la región 5'enlazados, cada uno seleccionado independientemente entre un nucleósido modificado y un desoxinucleósido no modificado, siempre que por lo menos un nucleósido de la región 5' sea un nucleósido modificado y en donde el nucleósido más 5' de la región 3' sea un nucleósido modificado;

una región 3' que consiste de 2-10 nucleósidos de la región 3' enlazados, en donde cada nucleósido de la región 3' comprende un nucleósido modificado; y

una región central entre la región 5' y la región 3' que consiste de 6-10 nucleósidos de la región central enlazados, cada uno independientemente seleccionado entre: un nucleósido modificado y un desoxinucleósido no modificado, en donde el nucleósido de la región central más 5' es un desoxinucleósido no modificado y el nucleósido de la región central más 3' es un desoxinucleósido no modificado; y en donde el oligonucleótido modificado tiene una secuencia de nucleobases complementaria con la secuencia de nucleobases de una región objetivo de un ácido nucleico asociado con un transcrito de huntingtina.

Realización 2. El compuesto oligomérico de la realización 1, en el que la secuencia de nucleobases de la región objetivo del ácido nucleico objetivo difiere de la secuencia de nucleobases de por lo menos un ácido nucleico no objetivo en 1-3 nucleobases diferenciadoras.

Realización 3. El compuesto oligomérico de la realización 1, en el que la secuencia de nucleobases de la región objetivo del ácido nucleico objetivo difiere de la secuencia de nucleobases de por lo menos un ácido nucleico no objetivo por una única nucleobase diferenciadora.

Realización 4. El compuesto oligomérico de la realización 2 o 3, en el que el ácido nucleico objetivo y el ácido nucleico no objetivo son transcritos de genes diferentes.

Realización 5. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 2 a 4, en el que el ácido nucleico no objetivo es un receptor de proteína morfogenética ósea, tipo IA.

Realización 6. El compuesto oligomérico de la realización 2 o 3, en el que el ácido nucleico objetivo y el ácido nucleico no objetivo son alelos del mismo gen.

Realización 7. El compuesto oligomérico de la realización 6, en el que la nucleobase diferenciadora individual es un polimorfismo de un solo nucleótido.

Realización 8. El compuesto oligomérico de la realización 7, en el que el polimorfismo de un solo nucleótido está asociado con una enfermedad.

Realización 9. El compuesto oligomérico de la realización 8, en el que la enfermedad es la enfermedad de Huntington.

Realización 10. El compuesto oligomérico de la realización 7, en el que el polimorfismo de un solo nucleótido se selecciona entre: rs6446723, rs3856973, rs2285086, rs363092, rs916171, rs6844859, rs7691627, rs4690073, rs2024115, rs11731237, rs362296, rs10015979, rs7659144, rs363096, rs362273, rs16843804, rs362271, rs362275, rs3121419, rs362272, rs3775061, rs34315806, rs363099, rs2298967, rs363088, rs363064, rs363102, rs2798235, rs363080, rs363072, rs363125, rs362303, rs362310, rs10488840, rs362325, rs35892913, rs363102, rs363096, rs11731237, rs10015979, rs363080, rs2798235, rs1936032, rs2276881, rs363070, rs35892913, rs12502045, rs6446723, rs7685686, rs3733217, rs6844859, y rs362331.

Realización 11. El compuesto oligomérico de la realización 8, en el que el polimorfismo de un solo nucleótido se selecciona entre: rs7685686, rs362303 rs4690072, rs362273, rs2024115, rs6446723, rs363064 y rs363088.

Realización 12. El compuesto oligomérico de la realización 8, en el que el polimorfismo de un solo nucleótido se selecciona entre: rs7685686, rs363088, rs362303, rs362273, rs2024115, rs6446723 y rs363064.

Realización 13. El compuesto oligomérico de la realización 8, en el que el polimorfismo de un solo nucleótido es rs7685686.

Realización 14. El compuesto oligomérico de la realización 8, en el que el polimorfismo de un solo nucleótido es rs363088.

Realización 15. El compuesto oligomérico de la realización 8, en el que el polimorfismo de un solo nucleótido es rs362303.

Realización 16. El compuesto oligomérico de la realización 8, en el que el polimorfismo de un solo nucleótido es rs362273.

Realización 17. El compuesto oligomérico de la realización 8, en el que el polimorfismo de un solo nucleótido es rs2024115.

Realización 18. El compuesto oligomérico de la realización 8, en el que el polimorfismo de un solo nucleótido es rs6446723.

Realización 19. El compuesto oligomérico de la realización 8, en el que el polimorfismo de un solo nucleótido es rs363064.

Realización 20. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-19, en el que el nucleósido de la región 5' más 3' comprende una fracción de azúcar bicíclico.

Realización 21. El compuesto oligomérico de la realización 20, en el que el nucleósido de la región 5'-más 3' comprende una fracción de azúcar cEt.

Realización 22. El compuesto oligomérico de la realización 20, en el que el nucleósido de la región 5' más 3' comprende una fracción de azúcar LNA.

Realización 23. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-22, en el que la región central consiste de 6-10 nucleósidos enlazados.

Realización 24. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-23, en el que la región central consiste de 6-9 nucleósidos enlazados.

Realización 25. El compuesto oligomérico de la realización 24; en el que la región central consiste de 6 nucleósidos enlazados.

Realización 26. El compuesto oligomérico de la realización 24; en el que la región central consiste de 7 nucleósidos enlazados.

Realización 27. El compuesto oligomérico de la realización 24; en el que la región central consiste de 8 nucleósidos enlazados.

Realización 28. El compuesto oligomérico de la realización 24; en el que la región central consiste de 9 nucleósidos enlazados.

Realización 29. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-28, en el que cada nucleósido de la región central es un desoxinucleósido no modificado.

Realización 30. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-28, en el que por lo menos un nucleósido de la región central es un nucleósido modificado.

Realización 31. El compuesto oligomérico de la realización 30, en el que un nucleósido de la región central es un nucleósido modificado y cada uno de los otros nucleósidos de la región central es un desoxinucleósido no modificado.

Realización 32. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 30-31, en el que el nucleósido de la región central modificado comprende una nucleobase modificada.

Realización 33. El compuesto oligomérico de la realización 32, en el que la nucleobase modificada se selecciona entre una 2-tio pirimidina y una 5-propino pirimidina.

Realización 34. El compuesto oligomérico de la realización 32, en el que la nucleobase modificada es 2-tiotinamina.

Realización 35. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 30-34, en el que el 2° nucleósido desde l extremo 5' de la región central es un nucleósido modificado.

Realización 36. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 30-34, en el que el 8° nucleósido desde el extremo 3' de la región central es un nucleósido modificado.

Realización 37. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 30-34, en el que el 7° nucleósido desde el extremo 3' de la región central es un nucleósido modificado.

Realización 38. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 30-34, en el que el nucleósido modificado es una 2-tio pirimidina.

Realización 39. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 30-34, en el que la nucleobase modificada es 2-tiotinamina.

Realización 40. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-39, en el que la región central tiene un motivo de nucleósido seleccionado entre: DDDDDDD, DDDDDDDD, DDDDDDDDD, DXDDDDD, DXDDDDDD y DXDDDDDDD; en donde cada D es un desoxinucleósido no modificado; y cada X es un nucleósido modificado.

Realización 41. El compuesto oligomérico de la realización 40, en el que cada X comprende una nucleobase modificada.

Realización 42. El compuesto oligomérico de la realización 40, en el que cada X comprende 2-tio timidina. Realización 43. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-42, en el que la región 5' consiste de 1 nucleósido.

Realización 44. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-42, en el que la región 5' consiste de 2 nucleósidos de la región 5' enlazados.

Realización 45. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-42, en el que la región 5' consiste de 3 nucleósidos de la región 5' enlazados.

Realización 46. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-42, en el que la región 5' consiste de 4 nucleósidos de la región 5' enlazados.

Realización 47. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-42, en el que la región 5' consiste de 5 nucleósidos de la región 5' enlazados.

Realización 48. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-42, en el que la región 5' consiste de 6 nucleósidos de la región 5' enlazados.

Realización 49. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-42, en el que la región 5' consiste de 7 nucleósidos enlazados a la región 5'.

Realización 50. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-42, en el que la región 5' consiste de 8 nucleósidos de la región 5' enlazados.

Realización 51. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-42, en el que la región 5' consiste de 9 nucleósidos de la región 5' enlazados.

Realización 52. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-51 en el que por lo menos un nucleósido de la región 5' es un nucleósido de tipo ARN.

Realización 53. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-51 en el que cada nucleósido de la región 5' es un nucleósido tipo ARN.

Realización 54. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-53 que comprende por lo menos un nucleósido de la región 5' modificado que comprende un azúcar modificado.

Realización 55. El compuesto oligomérico de la realización 54 que comprende por lo menos un nucleósido de la región 5' modificado que comprende una fracción de azúcar bicíclico.

Realización 56. El compuesto oligomérico de la realización 55 que comprende por lo menos un nucleósido de la región 5' modificado que comprende una fracción de azúcar cEt.

Realización 57. El compuesto oligomérico de la realización 55 que comprende por lo menos un nucleósido de la región 5' modificado que comprende una fracción de azúcar LNA.

Realización 58. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 54-57 que comprende por lo menos un nucleósido de región 5' modificado que comprende una fracción de azúcar 2'-sustituido.

Realización 59. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 54-58 que comprende por lo menos un nucleósido de la región 5' modificado que comprende una fracción de azúcar 2'-MOE.

Realización 60. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-59, en el que la región 5' tiene un motivo seleccionado entre: eeeedk, eeeee, eeeeedk, eeeeeeeek, eeeeeeek, eeeeek, eeeek, eeeekk, eeek, eeek, eeekk, eek, eekk, ek, ekek, ekek, ekk, ekkdk, ekkkk, y k, en donde cada "e" es un nucleósido modificado 2'MOE, cada "k" es un nucleósido modificado cEt, y cada "d" es un desoxinucleósido no modificado.

Realización 61. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-60, en el que la región 3' consiste de 2 nucleósidos de la región 3' enlazados.

Realización 62. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-60, en donde la región 3' consiste de 3 nucleósidos de la región 3' enlazados.

Realización 63. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-60, en el que la región 3' consiste de 4 nucleósidos de la región 3' enlazados.

Realización 64. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-60, en el que la región 3' consiste de 5 nucleósidos de la región 3' enlazados.

Realización 65. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-60, en el que la región 3' consiste de 6 nucleósidos de la región 3' enlazados.

Realización 66. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-60, en el que la región 3' consiste de 7 nucleósidos de la región 3' enlazados.

Realización 67. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-60, en el que la región 3' consiste de 8 nucleósidos de la región 3' enlazados.

Realización 68. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-60, en el que la región 3' consiste de 9 nucleósidos de la región 3' enlazados.

Realización 69. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-60, en el que la región 3' consiste de 10 nucleósidos de la región 3' enlazados.

Realización 70. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-69, en el que cada nucleósido de la región 3' es un nucleósido modificado.

Realización 71. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-69, en el que por lo menos un nucleósido de la región 3' es un nucleósido de tipo ARN.

Realización 72. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-69, en el que cada nucleósido de la región 3' es un nucleósido de tipo ARN.

Realización 73. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-72, que comprende por lo menos un nucleósido de región 3' modificado que comprende un azúcar modificado.

Realización 74. El compuesto oligomérico de la realización 73, que comprende por lo menos un nucleósido de la región 3' modificado que comprende una fracción de azúcar bicíclico.

Realización 75. El compuesto oligomérico de la realización 74, que comprende por lo menos un nucleósido de la región 3' modificado que comprende una fracción de azúcar cEt.

Realización 76. El compuesto oligomérico de la realización 74, que comprende por lo menos un nucleósido de la región 3' modificado que comprende una fracción de azúcar LNA.

Realización 77. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-73 en el que cada nucleósido de la región 3' modificado comprende una fracción de azúcar 2'-sustituido.

Realización 78. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-73 en el que por lo menos un nucleósido de la región 3' modificado comprende una fracción de azúcar 2'-sustituido.

Realización 79. El compuesto oligomérico de la realización 77 o 78, en el que el nucleósido de la región 3' modificado es una fracción de azúcar 2'-MOE.

Realización 80. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-73, en el que la región 3' tiene un motivo seleccionado entre: eee, eeee, eeeee, eeeeee, eeeeeee, eeeeeeee, eeeeeeeee, eeeeeeeeee, eeeekek, eeeekeke, eeek, eeeke, eeekek, eeekeke, eeekekee, eeekk, eeke, eekek, eekeke, eekekee, eekk, kee, keee, keeee, keeeke, keeekee, keek, keeke, keekee, keekeee, keekk, keke, kekee, kke, kkeee, kkeek, y kkke, en donde cada "e" es un nucleósido modificado 2'MOE y cada "k" es un nucleósido modificado cEt. Realización 81. El compuesto oligomérico de las realizaciones 1-80, en el que la región 5' tiene un motivo seleccionado entre: eeeedk, eeeee, eeeeedk, eeeeeeeek, eeeeeeek, eeeeek, eeeek, eeeekk, eeek, eeek, eeekk, eek, eekk, ek, ekek, ekek, ekk, ekkdk, ekkkk, y k;

en donde la región 3' tiene un motivo seleccionado entre: eee, eeee, eeeee, eeeeee, eeeeeee, eeeeeeee, eeeeeeeee, eeeeeeeeee, eeeekek, eeeekeke, eeek, eeeke, eeekek, eeekeke, eeekekee, eeekk, eeke, eekek, eekeke, eekekee, eekk, kee, keee, keeee, keeeke, keeekee, keek, keeke, keekee, keekeee, keekk, keke, kekee, kke, kkeee, kkeek, y kkke;

en donde la región central tiene un motivo de nucleósido seleccionado entre: DDDDDDD, DDDDDDDD, DDDDDDDDD, DXDDDDD, DXDDDDDD y DXDDDDDDD; y

en donde cada "e" es un nucleósido modificado 2'MOE, cada "k" es un nucleósido modificado cEt, cada "d" es un desoxinucleósido no modificado, y cada "X" es un nucleósido modificado o una nucleobase modificada. Realización 82. El compuesto oligomérico de la realización 81, en el que cada X comprende una 2-tiotimidina.

Realización 83. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-82 que comprende por lo menos un enlace internucleosídico modificado.

Realización 84. El compuesto oligomérico de la realización 83, en el que cada enlace internucleosídico es un enlace internucleosídico modificado.

Realización 85. El compuesto oligomérico de la realización 83 u 84 que comprende por lo menos un enlace internucleosídico de fosforotioato.

Realización 86. El compuesto oligomérico de la realización 84, en el que cada enlace internucleosídico es un enlace internucleosídico de fosforotioato.

Realización 87. El compuesto oligomérico de la realización 83, en el que el enlace internucleosídico más 5' de la región 5' es un enlace internucleosídico de fosforotioato, en el que el enlace internucleosídico más 3' de la región 3' es un enlace internucleosídico de fosforotioato, y en el que cada enlace internucleosídico de la región central es un enlace internucleosídico de fosforotioato.

Realización 88. El compuesto oligomérico de la realización 83, en el que el enlace internucleosídico más 5' de la región 5' es un enlace internucleosídico de fosforotioato, en el que el enlace internucleosídico más 3' de la región 3' es un enlace internucleosídico de fosforotioato, en donde cada enlace internucleosídico de la región central es un enlace internucleosídico de fosforotioato, y en donde cada enlace internucleosídico restante es un enlace internucleosídico de fosfodiéster.

Realización 89. El compuesto oligomérico de la realización 87, en el que el compuesto oligomérico contiene 2 enlaces internucleosídicos de fosfodiéster.

Realización 90. El compuesto oligomérico de la realización 87, en el que el compuesto oligomérico contiene 3 enlaces internucleosídicos de fosfodiéster.

Realización 91. El compuesto oligomérico de la realización 87, en el que el compuesto oligomérico contiene 4 enlaces internucleosídicos de fosfodiéster.

Realización 92. El compuesto oligomérico de la realización 87, en el que el compuesto oligomérico contiene 5 enlaces internucleosídicos de fosfodiéster.

Realización 93. El compuesto oligomérico de la realización 87, en el que el compuesto oligomérico contiene 6 enlaces internucleosídicos de fosfodiéster.

Realización 94. El compuesto oligomérico de la realización 87, en el que la región 5' del compuesto oligomérico contiene 1 enlace internucleosídico de fosfodiéster.

Realización 95. El compuesto oligomérico de la realización 87, en el que la región 5' del compuesto oligomérico contiene 2 enlaces internucleosídicos de fosfodiéster.

Realización 96. El compuesto oligomérico de la realización 87, en el que la región 5' del compuesto oligomérico contiene 3 enlaces internucleosídicos de fosfodiéster.

Realización 97. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 87 o 94 a 96, en el que la región 3' del compuesto oligomérico contiene 1 enlace internucleosídico de fosfodiéster.

Realización 98. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 87 o 94 a 96, en el que la región 3' del compuesto oligomérico contiene 2 enlaces internucleosídicos de fosfodiéster.

Realización 99. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 87 o 94 a 96, en el que la región 3' del compuesto oligomérico contiene 3 enlaces internucleosídicos de fosfodiéster.

Realización 100. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 87 o 94 a 96, en el que la región 3' del compuesto oligomérico contiene 4 enlaces internucleosídicos de fosfodiéster.

Realización 101. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 87 o 94 a 96, en el que la región 3' del compuesto oligomérico contiene 5 enlaces internucleosídicos de fosfodiéster.

Realización 102. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 87 o 94 a 96, en el que la región 3' del compuesto oligomérico contiene 6 enlaces internucleosídicos de fosfodiéster.

Realización 103. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 87 o 94 a 96, en el que el segundo enlace internucleosídico del extremo 3' del compuesto oligomérico es un enlace internucleosídico de fosfodiéster.

Realización 104. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 87 o 94 a 96, en el que el tercer enlace internucleosídico del extremo 3' del compuesto oligomérico es un enlace internucleosídico de fosfodiéster.

Realización 105. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 87 o 94 a 96, en el que el segundo, el tercer y el cuarto enlaces internucleosídicos del extremo 3' del compuesto oligomérico son enlaces internucleosídicos fosfodiéster.

Realización 106. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 87 o 94 a 96, en el que el tercer y el cuarto enlaces internucleosídicos del extremo 3' del compuesto oligomérico son enlaces internucleosídicos de fosfodiéster.

Realización 107. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 87 o 94 a 96, en el que el tercer, el cuarto y el quinto enlaces internucleosídicos del extremo 3' del compuesto oligomérico son enlaces internucleosídicos de fosfodiéster.

Realización 108. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 87 o 94 a 96, en el que el cuarto y el quinto enlaces internucleosídicos del extremo 3' del compuesto oligomérico son enlaces internucleosídicos de fosfodiéster.

Realización 109. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 87 o 94 a 96, en el que el tercer, el cuarto, el quinto y el sexto enlaces internucleosídicos del extremo 3' del compuesto oligomérico son enlaces internucleosídicos de fosfodiéster.

Realización 110. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 87 o 94 a 96, en el que el segundo, el tercero, el cuarto, el quinto y el sexto enlaces internucleosídicos de extremo 3' del compuesto oligomérico son enlaces internucleosídicos de fosfodiéster.

Realización 111. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 87 o 97 a 110, en el que el segundo enlace internucleosídico del extremo 5' del compuesto oligomérico es un enlace internucleosídico de fosfodiéster.

Realización 112. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 87 o 97 a 110, en el que el tercer enlace internucleosídico de extremo 5' del compuesto oligomérico es un enlace internucleosídico de fosfodiéster.

Realización 113. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 87 o 97 a 110, en el que el segundo y el tercer enlaces internucleosídicos de extremo 5' del compuesto oligomérico son enlaces internucleosídicos de fosfodiéster.

Realización 114. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 87 o 97 a 110, en el que el segundo, el tercer y el cuarto enlaces internucleosídicos del extremo 5' del compuesto oligomérico son enlaces internucleosídicos de fosfodiéster.

Realización 115. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 87 o 97 a 110, en el que el tercer y el cuarto enlaces internucleosídicos de extremo 5' del compuesto oligomérico son enlaces internucleosídicos de fosfodiéster.

Realización 116. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 87 o 97 a 110, en el que el segundo, el tercer, el cuarto y el quinto enlaces internucleosídicos de extremo 5' del compuesto oligomérico son enlaces internucleosídicos de fosfodiéster.

Realización 117. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 87 o 97 a 110, en el que el tercer, el cuarto y el quinto enlaces internucleosídicos de extremo 5' del compuesto oligomérico son enlaces internucleosídicos de fosfodiéster.

Realización 118. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 87 o 97 a 110, en el que el tercer, el cuarto, el quinto y el sexto enlaces internucleosídicos de extremo 5' del compuesto oligomérico son enlaces internucleosídicos de fosfodiéster.

Realización 119. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 87 o 97 a 110, en el que el tercer, el cuarto, el quinto, el sexto y el séptimo enlaces internucleosídicos de extremo 5' del compuesto oligomérico son enlaces internucleosídicos de fosfodiéster.

Realización 120. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-119 que comprende por lo menos un grupo conjugado.

Realización 121. El compuesto oligomérico de la realización 1-120, en el que el grupo conjugado consiste de un conjugado

Realización 122. El compuesto oligomérico de la realización 120, en el que el grupo conjugado consiste de un conjugado y un conector conjugado.

Realización 123. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-122, en el que la secuencia de nucleobases del oligonucleótido modificado es 100% complementaria con la secuencia de nucleobases de la región objetivo del ácido nucleico objetivo.

Realización 124. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-122, en el que la secuencia de nucleobases del oligonucleótido modificado contiene un malapareamiento con respecto a la secuencia de nucleobases de la región objetivo del ácido nucleico objetivo.

Realización 125. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-122, en el que la secuencia de nucleobases del oligonucleótido modificado contiene dos malapareamientos con respecto a la secuencia de nucleobases de la región objetivo del ácido nucleico objetivo.

Realización 126. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-122, en el que la secuencia de nucleobases del oligonucleótido modificado comprende una región de hibridación y por lo menos una región no objetivo, en donde la secuencia de nucleobases de la región de hibridación es complementaria con la secuencia de nucleobases de la región objetivo del ácido nucleico objetivo.

Realización 127. El compuesto oligomérico de la realización 126, en el que la secuencia de nucleobases de la región de hibridación es un 90% complementaria con la secuencia de nucleobases de la región objetivo del ácido nucleico objetivo.

Realización 128. El compuesto oligomérico de la realización 126, en donde la secuencia de nucleobases de la región de hibridación es un 95% complementaria con la secuencia de nucleobases de la región objetivo del ácido nucleico objetivo.

Realización 129. El compuesto oligomérico de la realización 126, en el que la secuencia de nucleobases de la región de hibridación es un 100% complementaria con la secuencia de nucleobases de la región objetivo del ácido nucleico objetivo.

Realización 130. El compuesto oligomérico de la realización 126, en el que la secuencia de nucleobases de la región de hibridación contiene un malapareamiento con respecto a la secuencia de nucleobases de la región objetivo del ácido nucleico objetivo.

Realización 131. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 126-129, en el que la secuencia de nucleobases de por lo menos una región no objetivo es complementaria con una porción de la región de hibridación del oligonucleótido modificado.

Realización 132. El compuesto oligomérico de la realización 126, en el que la secuencia de nucleobases de por lo menos una región no objetivo es un 100% complementaria con una porción de la región de hibridación del oligonucleótido modificado.

Realización 133. El compuesto oligomérico de la realización 126 en el que la secuencia de nucleobases del oligonucleótido modificado comprende dos regiones no objetivo que flanquean una región de hibridación central.

Realización 134. El compuesto oligomérico de la realización 133, en el que las dos regiones no objetivo son complementarias entre sí.

Realización 135. El compuesto oligomérico de la realización 134, en el que las dos regiones no objetivo son 100% complementarias entre sí.

Realización 136. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 2-135, en el que la secuencia de nucleobases del oligonucleótido modificado se alinea con la secuencia de nucleobases de la región objetivo del ácido nucleico objetivo de tal manera que una nucleobase distintiva de la región objetivo del ácido nucleico objetivo se alinea con un nucleósido selectivo de objetivo dentro de la región central del oligonucleótido modificado.

Realización 137. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 3-135, en el que la secuencia de nucleobases del oligonucleótido modificado se alinea con la nucleobase de la región objetivo del ácido nucleico objetivo de tal manera que la única nucleobase distintiva de la región objetivo del ácido nucleico objetivo se alinea con un nucleósido selectivo de objetivo dentro de la región central del oligonucleótido modificado.

Realización 138. El compuesto oligomérico de la realización 136 o 137, en el que el nucleósido selectivo de objetivo es el nucleósido más 5' de la región central.

Realización 139. El compuesto oligomérico de la realización 136 o 137, en el que el nucleósido selectivo de objetivo es el segundo nucleósido desde el extremo 5' de la región central.

Realización 140. El compuesto oligomérico de la realización 136 o 137, en el que el nucleósido selectivo de objetivo es el tercer nucleósido desde el extremo 5' de la región central.

Realización 141. El compuesto oligomérico de la realización 136 o 137, en el que el nucleósido selectivo de objetivo es el cuarto nucleósido desde el extremo 5'de la región central.

Realización 142. El compuesto oligomérico de la realización 136 o 137, en el que el nucleósido selectivo de objetivo es el quinto nucleósido desde el extremo 5' de la región central.

Realización 143. El compuesto oligomérico de la realización 136 o 137, en el que el nucleósido selectivo de objetivo es el sexto nucleósido desde el extremo 5' de la región central.

Realización 144. El compuesto oligomérico de la realización 136 o 137, en el que el nucleósido selectivo de objetivo es el séptimo nucleósido desde el extremo 5' de la región central.

Realización 145. El compuesto oligomérico de la realización 136 o 137, en el que el nucleósido selectivo de objetivo es el octavo nucleósido desde el extremo 5' de la región central.

Realización 146. El compuesto oligomérico de la realización 136 o 137, en el que el nucleósido selectivo de objetivo es el noveno nucleósido desde el extremo 5 'de la región central.

Realización 147. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 136 o 137, en el que el nucleósido selectivo de objetivo es el segundo nucleósido desde el extremo 3' de la región central.

Realización 148. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 136 o 137, en el que el nucleósido selectivo de objetivo es el tercer nucleósido desde el extremo 3' de la región central.

Realización 149. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 136 o 137, en el que el nucleósido selectivo de objetivo es el cuarto nucleósido desde el extremo 3' de la región central.

Realización 150. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 136 o 137, en el que el nucleósido selectivo de objetivo es el quinto nucleósido desde el extremo 3' de la región central.

Realización 151. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 136 o 137, en el que el nucleósido selectivo de objetivo es el sexto nucleósido desde el extremo 3' de la región central.

Realización 152. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 136 o 137, en el que el nucleósido selectivo de objetivo es el séptimo nucleósido desde el extremo 3' de la región central.

Realización 153. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 136 o 137, en el que el nucleósido selectivo de objetivo es el octavo nucleósido desde el extremo 3' de la región central.

Realización 154. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 136 o 137, en el que el nucleósido selectivo de objetivo es el noveno nucleósido desde el extremo 3' de la región central.

Realización 155. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-154, en el que el compuesto oligomérico tiene una secuencia de nucleobases que comprende una secuencia de nucleobases seleccionada entre las SEQ ID NO. 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38 o 39.

Realización 156. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-154, en el que el compuesto oligomérico tiene una secuencia de nucleobases seleccionada entre las SEQ ID NO. 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38 o 39. Realización 157. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-156, en el que el nucleósido selectivo de objetivo es un desoxinucleósido no modificado.

Realización 158. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-156, en el que el nucleósido selectivo de objetivo es un nucleósido modificado.

Realización 159. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-156, en el que el nucleósido selectivo de objetivo es un nucleósido modificado con azúcar.

Realización 160. El compuesto oligomérico de la realización 159, en el que el nucleósido selectivo de objetivo comprende una modificación de azúcar seleccionada entre: 2'-MOE y cEt.

Realización 161. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-160, en el que el nucleósido selectivo de objetivo comprende una modificación de nucleobases.

Realización 162. El compuesto oligomérico de la realización 161, en el que la nucleobase modificada se selecciona entre: una 2-tio pirimidina y una 5-propino pirimidina.

Realización 163. El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-162, en el que el compuesto oligomérico es un compuesto antisentido.

Realización 164. El compuesto oligomérico de la realización 163, en el que el compuesto oligomérico reduce selectivamente la expresión del objetivo con respecto al no objetivo.

Realización 165. El compuesto oligomérico de la realización 164, en el que el compuesto oligomérico reduce la expresión del objetivo por lo menos dos veces más de lo que reduce la expresión del no objetivo.

Realización 166. El compuesto oligomérico de la realización 165, que tiene una EC⁵⁰para la reducción de la expresión del objetivo que es por lo menos dos veces menor que su EC⁵⁰para la reducción de la expresión del no objetivo, cuando se mide en células.

Realización 167. El compuesto oligomérico de la reivindicación 165, que tiene un ED⁵⁰para la reducción de la expresión del objetivo que es por lo menos dos veces menor que su ED⁵⁰para la reducción de la expresión del no objetivo, cuando se mide en un animal.

Realización 168. Un método que comprende poner en contacto una célula con un compuesto oligomérico de cualquiera de las reivindicaciones 1-167.

Realización 169. El método de la reivindicación 168, en el que la célula está in vitro.

Realización 170. El método de la reivindicación 168, en el que la célula está en un animal. Realización 171. El método de la reivindicación

170, en el que el animal es un humano. Realización 172. El método de la reivindicación 170, en el que el animal es un ratón.

Realización 173. Una composición farmacéutica que comprende un compuesto oligomérico de cualquiera de las reivindicaciones 1-167 y un portador o diluyente farmacéuticamente aceptable.

Realización 174. Un método para administrar una composición farmacéutica de la reivindicación 173 a un animal.

Realización 175. El método de la reivindicación 174, en el que el animal es un humano.

Realización 176. El método de la reivindicación 174, en el que el animal es un ratón.

Realización 177. El uso de un compuesto oligomérico de cualquiera de las reivindicaciones 1-167 para la preparación de un medicamento para el tratamiento o mejora de la enfermedad de Huntington.

Realización 178. Un método para mejorar un síntoma de la enfermedad de Huntington, que comprende administrar un compuesto oligomérico de cualquiera de las reivindicaciones 1-167 a un animal con necesidad de ello.

Realización 179. El método de la reivindicación 178, en el que el animal es un humano.

Realización 180. El método de la reivindicación 178, en el que el animal es un ratón.

En la presente se divulgan compuestos oligoméricos que incluyen oligonucleótidos descritos en la presente que son capaces de modular la expresión de un ARN objetivo. En la presente se divulga que el ARN objetivo está asociado con una enfermedad o trastorno, o codifica una proteína que está asociada con una enfermedad o trastorno. En la presente se divulgan compuestos oligoméricos u oligonucleótidos que modulan la expresión de la función de dicho ARN para aliviar uno o más síntomas de la enfermedad o trastorno.

En la presente se divulgan compuestos oligoméricos que incluyen oligonucleótidos descritos en la presente que son útiles in vitro. Como se divulga en la presente tales compuestos oligoméricos se usan en diagnóstico y/o para experimentos de validación de objetivos.

DESCRIPCIÓN DETALLADA

Debe entenderse que tanto la descripción general anterior como la siguiente descripción detallada son ejemplares y explicativas únicamente y no son restrictivas de la invención, como se reivindica. En la presente, el uso del singular incluye el plural a menos que se indique específicamente lo contrario. Como se usa en la presente, el uso de "o" significa "y/o" a menos que se indique lo contrario. Además, el uso del término "incluyendo", así como otras formas, como "incluye" e "incluido", no es limitativa. Además, términos como "elemento" o "componente" abarcan tanto elementos como componentes que comprenden una unidad y elementos y componentes que comprenden más de una subunidad, a menos que se indique específicamente lo contrario.

Los encabezados de sección usados en la presente son solo con propósitos organizativos y no deben interpretarse como limitativos de la materia descrita.

A. Definiciones

A menos que se proporcionen definiciones específicas, la nomenclatura usada en relación con, y los procedimientos y técnicas de química analítica, química orgánica sintética y química medicinal y farmacéutica descritas en la presente son los bien conocidos y comúnmente usados en la técnica. Pueden usarse técnicas estándar para la síntesis química y el análisis químico. Ciertas de tales técnicas y procedimientos pueden encontrarse, por ejemplo, en "Carbohydrate Modifications in Antisense Research" editado por Sangvi y Cook, American Chemical Society, Washington D.C., 1994; "Remington's Pharmaceutical Sciences", Mack Publishing Co., Easton, Pa., 21a edición, 2005; y "Antisense Drug Technology, Principles, Strategies, and Applications" editado por Stanley T. Crooke, CRC Press, Boca Raton, Florida; y Sambrook et al., "Molecular Cloning, A Laboratory Manual", 2a edición, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989.

A menos que se indique lo contrario, los siguientes términos tienen los siguientes significados:

Como se usa en la presente, "nucleósido" significa un compuesto que comprende una fracción de nucleobase y una fracción de azúcar. Los nucleósidos incluyen, pero no están limitados a, nucleósidos de origen natural (como se encuentran en el ADN y el ARN) y nucleósidos modificados. Los nucleósidos pueden estar enlazados a una fracción de fosfato.

Como se usa en la presente, "modificación química" significa una diferencia química en un compuesto en comparación con una contrapartida natural. Las modificaciones químicas de los oligonucleótidos incluyen modificaciones de nucleósidos (incluyendo modificaciones de fracciones de azúcar y modificaciones de nucleobases) y modificaciones de enlaces internucleosídicos. En referencia a un oligonucleótido, la modificación química no incluye diferencias solo en la secuencia de nucleobase.

Como se usa en la presente, "furanosilo" significa una estructura que comprende un anillo de 5 miembros que comprende cuatro átomos de carbono y un átomo de oxígeno.

Como se usa en la presente, "fracción de azúcar natural" significa un ribofuranosilo como se encuentra en el ARN de origen natural o un desoxirribofuranosilo como se encuentra en el ADN de origen natural.

Como se usa en la presente, "fracción de azúcar" significa una fracción de azúcar natural o una fracción de azúcar modificado de un nucleósido.

Como se usa en la presente, "fracción de azúcar modificado" significa una fracción de azúcar sustituido o un sustituto de azúcar.

Como se usa en la presente, "fracción de azúcar sustituido" significa un furanosilo que no es una fracción de azúcar de origen natural. Las fracciones de azúcar sustituido incluyen, pero no están limitadas a furanosilos que comprenden sustituyentes en la posición 2', la posición 3', la posición 5' y/o la posición 4'. Ciertas fracciones de azúcar sustituido son fracciones de azúcar bicíclico.

Como se usa en la presente, "fracción de azúcar 2’-sustituido" significa un furanosilo que comprende un sustituyente en la posición 2’ distinto de H u OH. A menos que se indique lo contrario, una fracción de azúcar 2’-sustituido no es una fracción de azúcar bicíclico (es decir, el sustituyente 2’ de una fracción de azúcar 2’-sustituido no forma un puente hacia otro átomo del anillo de furanosilo.

Como se usa en la presente, "MOE" significa -OCH²CH²OCH³.

Como se usa en la presente, "nucleósido 2’-F" se refiere a un nucleósido que comprende un azúcar que comprende fluoroína en la posición 2’. A menos que se indique lo contrario, el flúor en un nucleósido 2’-F está en la posición ribo (reemplazando el OH de una ribosa natural).

Como se usa en la presente, "2’-(ara)-F" se refiere a un nucleósido sustituido con 2’-F, en el que el grupo flúor está en la posición arabino

Como se usa en la presente, el término "sustituto del azúcar" significa una estructura que no comprende un furanosilo y que es capaz de reemplazar el fracción de azúcar de origen natural de un nucleósido, de tal manera que las subunidades de nucleósido resultantes son capaces de enlazarse entre sí y/o enlazarse a otros nucleósidos para formar un compuesto oligomérico que es capaz de hibridar con un compuesto oligomérico complementario. Tales estructuras incluyen anillos que comprenden un número diferente de átomos que el furanosilo (por ejemplo, anillos de 4, 6 o 7 miembros); reemplazar el oxígeno de un furanosilo con un átomo que no es de oxígeno (por ejemplo, carbono, azufre o nitrógeno); o tanto un cambio en el número de átomos como un reemplazo del oxígeno. Tales estructuras también pueden comprender sustituciones correspondientes a las descritas para fracciones de azúcar sustituido (por ejemplo, sustitutos de azúcar carbocíclico bicíclico de 6 miembros que opcionalmente comprenden sustituyentes adicionales). Los sustitutos del azúcar también incluyen reemplazos de azúcar más complejos (por ejemplo, sistemas no del anillo del ácido nucleico peptídico). Los sustitutos del azúcar incluyen, sin limitación, morfolinos, ciclohexenilos y ciclohexitoles.

Como se usa en la presente, "fracción de azúcar bicíclico" significa una fracción de azúcar modificado que comprende un anillo de 4 a 7 miembros (que incluye pero no se limita a un furanosilo) que comprende un puente que conecta dos átomos del anillo de 4 a 7 miembros para formar un segundo anillo, dando como resultado una estructura bicíclica. En ciertas realizaciones, el anillo de 4 a 7 miembros es un anillo de azúcar. En ciertas realizaciones, el anillo de 4 a 7 miembros es un furanosilo. En ciertas de tales realizaciones, el puente conecta el carbono 2’ y el carbono 4’ del furanosilo.

Como se usa en la presente, "nucleótido" significa un nucleósido que comprende además un grupo de enlace de fosfato. Como se usa en la presente, los "nucleósidos enlazados" pueden o no estar enlazados por enlaces de fosfato y, por lo tanto, incluyen, pero no se limitan a, "nucleótidos enlazados". Como se usa en la presente, "nucleósidos enlazados" son nucleósidos que están conectados en una secuencia continua (es decir, no hay nucleósidos adicionales presentes entre los que están enlazados).

Como se usa en la presente, "nucleobase" significa un grupo de átomos que pueden enlazarse a una fracción de azúcar para crear un nucleósido que sea capaz de incorporarse a un oligonucleótido, y en donde el grupo de átomos sea capaz de unirse con una nucleobase complementaria de origen natural de otro oligonucleótido o ácido nucleico. Las nucleobases pueden ser de origen natural o pueden modificarse.

Como se usa en la presente, los términos "nucleobase no modificada" o "nucleobase de origen natural" significan las nucleobases heterocíclicas de origen natural de ARN o ADN: las bases de purina adenina (A) y guanina (G), y las bases de pirimidina timina (T), citosina (C) (incluyendo 5-metil C) y uracilo (U).

Como se usa en la presente, "nucleobase modificada" significa cualquier nucleobase que no es una nucleobase de origen natural.

Como se usa en la presente, "nucleósido modificado" significa un nucleósido que comprende por lo menos una modificación química en comparación con los nucleósidos de ARN o ADN de origen natural. Los nucleósidos modificados comprenden una fracción de azúcar modificado y/o una nucleobase modificada.

Como se usa en la presente, "nucleósido bicíclico" o "BNA" significa un nucleósido que comprende una fracción de azúcar bicíclico.

Como se usa en la presente, "nucleósido de etilo restringido" o "cEt" significa un nucleósido que comprende una fracción de azúcar bicíclico que comprende un puente 4'-CH(CH3)-O-2'.

Como se usa en la presente, "nucleósido de ácido nucleico bloqueado" o "LNA" significa un nucleósido que comprende una fracción de azúcar bicíclico que comprende un puente 4-CH2-O-2'.

Como se usa en la presente, "nucleósido 2'-sustituido" significa un nucleósido que comprende un sustituyente en la posición 2' distinto de H u OH. A menos que se indique lo contrario, un nucleósido 2'-sustituido no es un nucleósido bicíclico.

Como se usa en la presente, "2'-desoxinucleósido" significa un nucleósido que comprende una fracción de azúcar de furanosilo 2'-H, como se encuentra en los desoxirribonucleósidos (ADN) de origen natural. En ciertas realizaciones, un 2'-desoxinucleósido puede comprender una nucleobase modificada o puede comprender una nucleobase de ARN (por ejemplo, uracilo).

Como se usa en la presente, "nucleósido tipo ARN" significa un nucleósido modificado que adopta una configuración northern y funciona como ARN cuando se incorpora en un oligonucleótido. Los nucleósidos de tipo ARN incluyen, pero no están limitados a, nucleósidos de 3'-endo furanosilo y sustitutos de ARN.

Como se usa en la presente, "nucleósido de 3'-endo-furanosilo" significa un nucleósido de tipo ARN que comprende una fracción de azúcar sustituido que tiene una conformación 3'-endo. Los nucleósidos de 3'-endofuranosilo incluyen, pero no están limitados a: nucleósidos 2'-MOE, 2'-F, 2'-OMe, LNA, ENA y cEt.

Como se usa en la presente, "nucleósido sustituto de ARN" significa un nucleósido de tipo ARN que no comprende un furanosilo. Los nucleósidos sustitutos de ARN incluyen, entre otros, hexitoles y ciclopentanos.

Como se usa en la presente, "oligonucleótido" significa un compuesto que comprende una pluralidad de nucleósidos enlazados. En ciertas realizaciones, un oligonucleótido comprende uno o más ribonucleósidos (ARN) no modificados y/o desoxirribonucleósidos (ADN) no modificados y/o uno o más nucleósidos modificados.

Como se usa en la presente, "oligonucleósido" significa un oligonucleótido en el que ninguno de los enlaces internucleosídicos contiene un átomo de fósforo. Como se usa en la presente, los oligonucleótidos incluyen oligonucleósidos.

Como se usa en la presente, "oligonucleótido modificado" significa un oligonucleótido que comprende por lo menos un nucleósido modificado y/o por lo menos un enlace internucleosídico modificado.

Como se usa en la presente, "enlace internucleosídico" significa un enlace covalente entre nucleósidos adyacentes en un oligonucleótido.

Como se usa en la presente, "enlace internucleosídico de origen natural" significa un enlace fosfodiéster de 3' a 5'.

Como se usa en la presente, "enlace internucleosídico modificado" significa cualquier enlace internucleosídico distinto de un enlace internucleosídico de origen natural.

Como se usa en la presente, "compuesto oligomérico" significa una estructura polimérica que comprende dos o más subestructuras. En ciertas realizaciones, un compuesto oligomérico comprende un oligonucleótido. En ciertas realizaciones, un compuesto oligomérico comprende uno o más grupos conjugados y/o grupos terminales. En ciertas realizaciones, un compuesto oligomérico consiste de un oligonucleótido.

Como se usa en la presente, "grupo terminal" significa uno o más átomos unidos a cualquiera, o ambos, del extremo 3' o el extremo 5' de un oligonucleótido. En ciertas realizaciones, un grupo terminal es un grupo conjugado. En ciertas realizaciones, un grupo terminal comprende uno o más nucleósidos del grupo terminal.

Como se usa en la presente, "conjugado" significa un átomo o grupo de átomos unidos a un oligonucleótido o compuesto oligomérico. En general, los grupos conjugados modifican una o más propiedades del compuesto al que están unidos incluyendo, pero no limitadas a, propiedades farmacodinámicas, farmacocinéticas, de unión, absorción, distribución celular, captación celular, carga y/o depuración.

Como se usa en la presente, "grupo de enlace conjugado" significa cualquier átomo o grupo de átomos usado para unir un conjugado a un oligonucleótido o compuesto oligomérico.

Como se usa en la presente, "compuesto antisentido" significa un compuesto que comprende o que consiste de un oligonucleótido, por lo menos una porción del cual es complementario a un ácido nucleico objetivo con el que es capaz de hibridar, dando como resultado por lo menos una actividad antisentido.

Como se usa en la presente, "actividad antisentido" significa cualquier cambio detectable y/o medible atribuible a la hibridación de un compuesto antisentido con su ácido nucleico objetivo.

Como se usa en la presente, "detectar" o "medir" significa que se realiza una prueba o ensayo para detectar o medir. Tal detección y/o medición puede resultar en un valor de cero. Por tanto, si una prueba de detección o medición resulta en un hallazgo de ausencia de actividad (actividad de cero), no obstante, se ha realizado el paso de detectar o medir la actividad.

Como se usa en la presente, "actividad detectable y/o medible" significa una actividad medible que no es cero.

Como se usa en la presente, "esencialmente sin cambios" significa poco o ningún cambio en un parámetro particular, particularmente con respecto a otro parámetro que cambia mucho más. En ciertas realizaciones, un parámetro esencialmente no cambia cuando cambia menos de un 5%. En ciertas realizaciones, un parámetro esencialmente no cambia si cambia menos de dos veces mientras que otro parámetro cambia por lo menos diez veces. Por ejemplo, en ciertas realizaciones, una actividad antisentido es un cambio en la cantidad de un ácido nucleico objetivo. En ciertas de tales realizaciones, la cantidad de un ácido nucleico no objetivo esencialmente no cambia si cambia mucho menos que lo que lo hace el ácido nucleico objetivo, pero el cambio no necesita ser cero.

Como se usa en la presente, "expresión" significa el proceso por el cual un gen finalmente da como resultado una proteína. La expresión incluye, pero no se limita a, transcripción, modificación postranscripcional (por ejemplo, corte y empalme, poliadenilación, adición de tapa 5') y traducción.

Como se usa en la presente, "ácido nucleico objetivo" significa una molécula de ácido nucleico con la que pretende hibridar un compuesto antisentido.

Como se usa en la presente, "ácido nucleico no objetivo" significa una molécula de ácido nucleico con la que no se pretende o desea la hibridación de un compuesto antisentido. En ciertas realizaciones, los compuestos antisentido hibridan con un no objetivo, debido a la homología entre el objetivo (previsto) y el no objetivo (no previsto).

Como se usa en la presente, "ARNm" significa una molécula de ARN que codifica una proteína.

Como se usa en la presente, "pre-ARNm" significa un transcrito de ARN que no se ha procesado completamente en ARNm. Pre-ARN incluye uno o más intrones.

Como se usa en la presente, "ARN objeto" significa una molécula de ARN distinta de un ARN objetivo, cuya cantidad, actividad, corte y empalme y/o función está modulada, directa o indirectamente, por un ácido nucleico objetivo. En ciertas realizaciones, un ácido nucleico objetivo modula el corte y empalme de un ARN objeto. En ciertas de tales realizaciones, un compuesto antisentido modula la cantidad o actividad del ácido nucleico objetivo, dando como resultado un cambio en el corte y empalme de un ARN objeto y, en última instancia, dando como resultado un cambio en la actividad o función del ARN objeto.

Como se usa en la presente, "microARN" significa un ARN pequeño no codificante de origen natural y que reprime la expresión génica de por lo menos un ARNm. En ciertas realizaciones, un microARN reprime la expresión génica uniéndose a un sitio objetivo dentro de una región 3' no traducida de un ARNm. En ciertas realizaciones, un microARN tiene una secuencia de nucleobases como se establece en miRBase, una base de datos de secuencias de microARN publicadas que se encuentra en http://microrna.sanger.ac.uk/sequences/. En ciertas realizaciones, un microARN tiene una secuencia de nucleobases como se expone en miRBase versión 12.0 lanzada en septiembre de 2008.

Como se usa en la presente, "imitador de microARN" significa un compuesto oligomérico que tiene una secuencia que es por lo menos parcialmente idéntica a la de un microARN. En ciertas realizaciones, un imitador de microARN comprende la región semilla de microARN de un microARN. En ciertas realizaciones, un imitador de microARN modula la traducción de más de un ácido nucleico objetivo. En ciertas realizaciones, un imitador de microARN es de cadena doble.

Como se usa en la presente, "nucleobase diferenciadora" significa una nucleobase que difiere entre dos ácidos nucleicos. En ciertos casos, una región objetivo de un ácido nucleico objetivo difiere en 1-4 nucleobases de un ácido nucleico no objetivo. Cada una de esas diferencias se conoce como una nucleobase diferenciadora. En ciertos casos, una nucleobase diferenciadora es un polimorfismo de un solo nucleótido.

Como se usa en la presente, "nucleósido selectivo de objetivo" significa un nucleósido de un compuesto antisentido que corresponde a una nucleobase diferenciadora de un ácido nucleico objetivo.

Como se usa en la presente, "alelo" significa una de un par de copias de un gen que existe en un locus o marcador particular en un cromosoma específico, o un miembro de un par de nucleobases existentes en un locus o marcador particular en un cromosoma específico, o un miembro de un par de secuencias de nucleobases existentes en un locus o marcador particular en un cromosoma específico. Para un organismo o célula diploide o para cromosomas autosómicos, cada par alélico ocupará normalmente las posiciones correspondientes (loci) en un par de cromosomas homólogos, uno heredado de la madre y otro heredado del padre. Si estos alelos son idénticos, se dice que el organismo o la célula son "homocigotos" para ese alelo; si difieren, se dice que el organismo o la célula son "heterocigotos" para ese alelo. "Alelo de tipo salvaje" se refiere al genotipo típicamente no asociado con enfermedad o disfunción del producto génico. "Alelo mutante" se refiere al genotipo asociado con la enfermedad o disfunción del producto génico.

Como se usa en la presente, "variante alélica" significa una identidad particular de un alelo, donde se produce más de una identidad. Por ejemplo, una variante alélica puede referirse o al alelo mutante o al alelo de tipo salvaje.

Como se usa en la presente, "polimorfismo de un solo nucleótido" o "SNP" significa una variación de un solo nucleótido entre los genomas de individuos de la misma especie. En algunos casos, un SNP puede ser una deleción o inserción de un solo nucleótido. En general, los SNP se producen con relativa frecuencia en los genomas y, por tanto, contribuyen a la diversidad genética. La localización de un SNP generalmente está flanqueada por secuencias altamente conservadas. Un individuo puede ser homocigoto o heterocigoto para un alelo en cada sitio SNP.

Como se usa en la presente, "sitio de polimorfismo de un solo nucleótido" o "sitio SNP" se refiere a los nucleótidos que rodean un SNP contenido en un ácido nucleico objetivo al que se dirige un compuesto antisentido.

Como se usa en la presente, "direccionamiento" o "dirigido a" significa la asociación de un compuesto antisentido a una molécula de ácido nucleico objetivo particular o una región particular de una molécula de ácido nucleico objetivo. Un compuesto antisentido se dirige a un ácido nucleico objetivo si es suficientemente complementario al ácido nucleico objetivo para permitir la hibridación en condiciones fisiológicas.

Como se usa en la presente, "complementariedad de nucleobases" o "complementariedad" cuando se refiere a nucleobases significa una nucleobase que es capaz de apareamiento de bases con otra nucleobase. Por ejemplo, en el ADN, la adenina (A) es complementaria con la timina (T). Por ejemplo, en el ARN, la adenina (A) es complementaria con el uracilo (U). En ciertas realizaciones, nucleobase complementaria significa una nucleobase de un compuesto antisentido que es capaz de apareamiento de bases con una nucleobase de su ácido nucleico objetivo. Por ejemplo, si una nucleobase en una determinada posición de un compuesto antisentido es capaz de unirse por hidrógeno con una nucleobase en una determinada posición de un ácido nucleico objetivo, entonces la posición de enlace de hidrógeno entre el oligonucleótido y el ácido nucleico objetivo se consideran complementarios en ese par de nucleobases. Las nucleobases que comprenden ciertas modificaciones pueden mantener la capacidad de aparearse con una nucleobase homóloga y, por tanto, todavía son capaces de complementariedad de nucleobases.

Como se usa en la presente, "no complementario" en referencia a las nucleobases significa un par de nucleobases que no forman enlaces de hidrógeno entre sí.

Como se usa en la presente, "complementario" en referencia a compuestos oligoméricos (por ejemplo, nucleósidos, oligonucleótidos o ácidos nucleicos enlazados) significa la capacidad de tales compuestos oligoméricos o regiones de los mismos para hibridar con otro compuesto oligomérico o región del mismo a través de complementariedad nucleobases en condiciones rigurosas. Los compuestos oligoméricos complementarios no necesitan tener complementariedad de nucleobases en cada nucleósido. Por el contrario, se toleran algunos malapareamientos. En ciertas realizaciones, los compuestos o regiones oligoméricas complementarias son complementarias en el 70% de las nucleobases (70% complementarias). En ciertas realizaciones, los compuestos o regiones oligoméricas complementarias son 80% complementarios. En ciertas realizaciones, los compuestos o regiones oligoméricas complementarias son 90% complementarias. En ciertas realizaciones, Los compuestos o regiones oligoméricas complementarias son 95% complementarias. En ciertas realizaciones, los compuestos o regiones oligoméricas complementarias son 100% complementarias.

Como se usa en la presente, "malapareamiento" significa una nucleobase de un primer compuesto oligomérico que no es capaz de aparearse con una nucleobase en una posición correspondiente de un segundo compuesto oligomérico, cuando el primer y el segundo compuesto oligomérico están alineados. Cualquiera o ambos del primer y el segundo compuestos oligoméricos pueden ser oligonucleótidos.

Como se usa en la presente, "hibridación" significa el apareamiento de compuestos oligoméricos complementarios (por ejemplo, un compuesto antisentido y su ácido nucleico objetivo). Aunque no se limita a un mecanismo en particular, el mecanismo más común de apareamiento implica enlaces de hidrógeno, que pueden ser enlaces de hidrógeno de Watson-Crick, Hoogsteen o Hoogsteen invertidos, entre nucleobases complementarias.

Como se usa en la presente, "hibrida específicamente" significa la capacidad de un compuesto oligomérico de hibridar con un sitio de ácido nucleico con mayor afinidad que con la que hibrida con otro sitio de ácido nucleico. En ciertas realizaciones, un oligonucleótido antisentido hibrida específicamente con más de un sitio objetivo.

Como se usa en la presente, "completamente complementario" en referencia a un oligonucleótido o porción del mismo significa que cada nucleobase del oligonucleótido o porción del mismo es capaz de aparearse con una nucleobase de un ácido nucleico complementario o porción contigua del mismo. Por tanto, una región completamente complementaria no comprende malapareamientos o nucleobases no hibridadas en cualquiera de las cadenas.

Como se usa en la presente, "porcentaje de complementariedad" significa el porcentaje de nucleobases de un compuesto oligomérico que son complementarias a una porción de igual longitud de un ácido nucleico objetivo. El porcentaje de complementariedad se calcula dividiendo el número de nucleobases del compuesto oligomérico que son complementarias con las nucleobases en las posiciones correspondientes en el ácido nucleico objetivo por la longitud total del compuesto oligomérico.

Como se usa en la presente, "porcentaje de identidad" significa el número de nucleobases en un primer ácido nucleico que son del mismo tipo (independientemente de la modificación química) que las nucleobases en las posiciones correspondientes en un segundo ácido nucleico, dividido por el número total de nucleobases en el primer ácido nucleico.

Como se usa en la presente, "modulación" significa un cambio de cantidad o calidad de una molécula, función o actividad cuando se compara con la cantidad o calidad de una molécula, función o actividad antes de la modulación. Por ejemplo, la modulación incluye el cambio, ya sea un aumento (estimulación o inducción) o una disminución (inhibición o reducción) en la expresión génica. Como un ejemplo adicional, la modulación de la expresión puede incluir un cambio en la selección del sitio de corte y empalme del procesamiento del pre-ARNm, lo que da como resultado un cambio en la cantidad absoluta o relativa de una variante de corte y empalme particular en comparación con la cantidad en ausencia de modulación.

Como se usa en la presente, "motivo de modificación” significa un patrón de modificaciones químicas en un compuesto oligomérico o una región del mismo. Los motivos pueden definirse mediante modificaciones en ciertos nucleósidos y/o en ciertos grupos de enlace de un compuesto oligomérico.

Tal como se usa en la presente, "motivo de nucleósidos” significa un patrón de modificaciones de nucleósidos en un compuesto oligomérico o una región del mismo. Los enlaces de dicho compuesto oligomérico pueden estar modificados o no modificados. A menos que se indique lo contrario, se pretende que los motivos que describen en la presente como solo nucleósidos sean motivos de nucleósidos. Por tanto, en tales casos, los enlaces no están limitados.

Como se usa en la presente, "motivo de azúcar” significa un patrón de modificaciones de azúcar en un compuesto oligomérico o una región del mismo.

Tal como se usa en la presente, "motivo de enlace” significa un patrón de modificaciones de enlaces en un compuesto oligomérico o región del mismo. Los nucleósidos de dicho compuesto oligomérico pueden estar modificados o no modificados. A menos que se indique lo contrario, se pretende que los motivos en la presente que describen solo enlaces sean motivos de enlace. Por tanto, en tales casos, los nucleósidos no están limitados.

Como se usa en la presente, "motivo de modificación de nucleobases” significa un patrón de modificaciones a nucleobases a lo largo de un oligonucleótido. A menos que se indique lo contrario, un motivo de modificación de nucleobases es independiente de la secuencia de nucleobases.

Como se usa en la presente, “motivo de secuencia” significa un patrón de nucleobases dispuestas a lo largo de un oligonucleótido o una porción del mismo. A menos que se indique lo contrario, un motivo de secuencia es independiente de las modificaciones químicas y, por tanto, puede tener cualquier combinación de modificaciones químicas, incluyendo ninguna modificación química.

Como se usa en la presente, "tipo de modificación" en referencia a un nucleósido o un nucleósido de un "tipo" significa la modificación química de un nucleósido e incluye nucleósidos modificados y no modificados. Por consiguiente, a menos que se indique lo contrario, un "nucleósido que tiene una modificación de un primer tipo" puede ser un nucleósido no modificado.

Como se usa en la presente, "modificado de manera diferente" significa modificaciones químicas o sustituyentes químicos que son diferentes entre sí, incluida la ausencia de modificaciones. Así, por ejemplo, un nucleósido MOE y un nucleósido de ADN no modificado están "modificados de manera diferente", incluso aunque el nucleósido de ADN no esté modificado. De igual manera, el ADN y el ARN están "modificados de manera diferente", incluso aunque ambos sean nucleósidos no modificados de origen natural. Los nucleósidos que son iguales pero que comprenden diferentes nucleobases no están modificados de manera diferente. Por ejemplo, un nucleósido que comprende un azúcar modificado 2'-OMe y una nucleobase de adenina no modificada y un nucleósido que comprende un azúcar modificado 2'-OMe y una nucleobase de timina no modificada no están modificados de manera diferente.

Como se usa en la presente, "el mismo tipo de modificaciones" se refiere a modificaciones que son iguales entre sí, incluyendo la ausencia de modificaciones. Así, por ejemplo, dos nucleósidos de ADN no modificados tienen "el mismo tipo de modificación", incluso aunque el nucleósido de ADN no esté modificado. Tales nucleósidos que tienen el mismo tipo de modificación pueden comprender diferentes nucleobases.

Como se usa en la presente, "portador o diluyente farmacéuticamente aceptable" significa cualquier sustancia adecuada para su uso en la administración a un animal. En ciertas realizaciones, un portador o diluyente farmacéuticamente aceptable es solución salina estéril. En ciertas realizaciones, dicha solución salina estéril es solución salina de grado farmacéutico.

Como se usa en la presente, "sustituyente" y "grupo sustituyente" significa un átomo o grupo que reemplaza el átomo o grupo de un compuesto original nombrado. Por ejemplo, un sustituyente de un nucleósido modificado es cualquier átomo o grupo que difiere del átomo o grupo que se encuentra en un nucleósido de origen natural (por ejemplo, un sustituyente 2' modificado es cualquier átomo o grupo en la posición 2' de un nucleósido distinto de H u OH). Los grupos sustituyentes pueden estar protegidos o no protegidos. En ciertas realizaciones, los compuestos de la presente invención tienen sustituyentes en una o en más de una posición del compuesto original. Los sustituyentes también pueden estar sustituidos adicionalmente con otros grupos sustituyentes y pueden estar unidos directamente o mediante un grupo de enlace como un grupo alquilo o hidrocarbilo a un compuesto original.

De igual manera, como se usa en la presente, "sustituyente" en referencia a un grupo funcional químico significa que un átomo o grupo de átomos difiere del átomo o un grupo de átomos normalmente presentes en el grupo funcional nombrado. En ciertas realizaciones, un sustituyente reemplaza un átomo de hidrógeno del grupo funcional (por ejemplo, en ciertas realizaciones, el sustituyente de un grupo metilo sustituido es un átomo o grupo distinto del hidrógeno que reemplaza uno de los átomos de hidrógeno de un grupo metilo no sustituido). A menos que se indique lo contrario, los grupos susceptibles de uso como sustituyentes incluyen, sin limitación, halógeno, hidroxilo, alquilo, alquenilo, alquinilo, acilo (-C(O)Raa), carboxilo (-C(O)O-Raa), grupos alifáticos, grupos alicíclicos, alcoxi, oxi sustituido (-O-Raa), arilo, aralquilo, radical heterocíclico, heteroarilo, heteroarilalquilo, amino (-N(Rbb)(Rcc)), imino(=NRbb), amido (-C(O)N(Rbb)(Rcc) o -N(Rbb)C(O)Raa), azido (-N³), nitro (-NO²), ciano (-CN), carbamido (-OC(O)N(Rbb)(Rcc) o -N(Rbb)C(O)ORaa), ureido (-N(Rbb)C(O)N(Rbb)(Rcc)), tioureido (-N(Rbb)C(S)N(Rbb)-(Rcc)), guanidinilo (-N(Rbb)C(=NRbb)N(Rbb)(Rcc)), amidinilo (-C(=NRbb)N(Rbb)(Rcc) o -N(Rbb)C(=NRbb)(Raa)), tiol (-SRbb), sulfinilo (-S(O)Rbb), sulfonilo (-S(O)²Rbb) y sulfonamidilo (-S(O)²N(Rbb)(Rcc) o -N(Rbb)S-(O)²Rbb). En donde cada Raa, Rbb y Rcc es, independientemente, H, un grupo químico funcional opcionalmente enlazado o un grupo sustituyente adicional con una lista preferida que incluye, sin limitación, alquilo, alquenilo, alquinilo, alifático, alcoxi, acilo, arilo, aralquilo, heteroarilo, alicíclico, heterocíclico y heteroarilalquilo. Los sustituyentes seleccionados dentro de los compuestos descritos en la presente están presentes en un grado recursivo.

Como se usa en la presente, "alquilo", como se usa en la presente, significa un radical hidrocarbonado lineal o ramificado saturado que contiene hasta veinticuatro átomos de carbono. Los ejemplos de grupos alquilo incluyen, sin limitación, metilo, etilo, propilo, butilo, isopropilo, n-hexilo, octilo, decilo, dodecilo y similares. Los grupos alquilo incluyen típicamente de 1 a aproximadamente 24 átomos de carbono, más típicamente de 1 a aproximadamente 12 átomos de carbono (alquilo C¹-C¹²) siendo lo más preferido de 1 a aproximadamente 6 átomos de carbono.

Como se usa en la presente, "alquenilo" significa un radical de cadena de hidrocarburo lineal o ramificado que contiene hasta veinticuatro átomos de carbono y que tiene por lo menos un doble enlace carbono-carbono. Los ejemplos de grupos alquenilo incluyen, sin limitación, etenilo, propenilo, butenilo, 1-metil-2-buten-1-ilo, dienos como 1,3-butadieno y similares. Los grupos alquenilo incluyen típicamente de 2 a aproximadamente 24 átomos de carbono, más típicamente de 2 a aproximadamente 12 átomos de carbono, siendo más preferido de 2 a aproximadamente 6 átomos de carbono. Los grupos alquenilo como se usan en la presente pueden incluir opcionalmente uno o más grupos sustituyentes adicionales.

Como se usa en la presente, "alquinilo" significa un radical hidrocarbonado lineal o ramificado que contiene hasta veinticuatro átomos de carbono y que tiene por lo menos un triple enlace carbono-carbono. Los ejemplos de grupos alquinilo incluyen, sin limitación, etinilo, 1 -propinilo, 1 -butinilo y similares. Los grupos alquinilo típicamente incluyen de 2 a aproximadamente 24 átomos de carbono, más típicamente de 2 a aproximadamente 12 átomos de carbono, siendo lo más preferido de 2 a aproximadamente 6 átomos de carbono. Los grupos alquinilo como se usan en la presente pueden incluir opcionalmente uno o más grupos sustituyentes adicionales.

Como se usa en la presente, "acilo" significa un radical formado por la eliminación de un grupo hidroxilo de un ácido orgánico y tiene la fórmula general -C(O)-X donde X es típicamente alifático, alicíclico o aromático. Los ejemplos incluyen carbonilos alifáticos, carbonilos aromáticos, sulfonilos alifáticos, sulfinilos aromáticos, sulfinilos alifáticos, fosfatos aromáticos, fosfatos alifáticos y similares. Los grupos acilo como se usan en la presente pueden incluir opcionalmente grupos sustituyentes adicionales.

Como se usa en la presente, "alicíclico" significa un sistema de anillo cíclico en el que el anillo es alifático. El sistema de anillos puede comprender uno o más anillos en los que por lo menos un anillo es alifático. Los alicíclicos preferidos incluyen anillos que tienen de aproximadamente 5 a aproximadamente 9 átomos de carbono en el anillo. Alicíclico, como se usa en la presente, puede incluir opcionalmente grupos sustituyentes adicionales.

Como se usa en la presente, "alifático" significa un radical hidrocarbonado lineal o ramificado que contiene hasta veinticuatro átomos de carbono en el que la saturación entre dos átomos de carbono cualquiera es un enlace simple, doble o triple. Un grupo alifático contiene preferiblemente de 1 a aproximadamente 24 átomos de carbono, más típicamente de 1 a aproximadamente 12 átomos de carbono, siendo lo más preferido de 1 a aproximadamente 6 átomos de carbono. La cadena lineal o ramificada de un grupo alifático puede estar interrumpida con uno o más heteroátomos que incluyen nitrógeno, oxígeno, azufre y fósforo. Tales grupos alifáticos interrumpidos por heteroátomos incluyen, sin limitación, polialcoxis como polialquilenglicoles, poliaminas y poliiminas. Los grupos alifáticos como se usan en la presente pueden incluir opcionalmente grupos sustituyentes adicionales.

Como se usa en la presente, "alcoxi" significa un radical formado entre un grupo alquilo y un átomo de oxígeno en donde el átomo de oxígeno se usa para unir el grupo alcoxi a una molécula original. Los ejemplos de grupos alcoxi incluyen, sin limitación, metoxi, etoxi, propoxi, isopropoxi, n-butoxi, sec-butoxi, terc-butoxi, n-pentoxi, neopentoxi, n-hexoxi y similares. Los grupos alcoxi como se usan en la presente pueden incluir opcionalmente grupos sustituyentes adicionales.

Como se usa en la presente, "aminoalquilo" significa un radical alquilo C¹-C¹²sustituido con amino. La porción alquilo del radical forma un enlace covalente con una molécula original. El grupo amino puede estar localizado en cualquier posición y el grupo aminoalquilo puede sustituirse con un grupo sustituyente adicional en las porciones alquilo y/o amino.

Como se usa en la presente, "aralquilo" y "arilalquilo" significan un grupo aromático que está enlazado covalentemente a un radical alquilo C¹-C¹². La porción radical alquilo del grupo aralquilo (o arilalquilo) resultante forma un enlace covalente con una molécula parental. Los ejemplos incluyen, sin limitación, bencilo, fenetilo y similares. Los grupos aralquilo como se usan en la presente pueden incluir opcionalmente grupos sustituyentes adicionales unidos al alquilo, el arilo o ambos grupos que forman el grupo radical.

Como se usa en la presente, "arilo" y "aromático" significan radicales de un sistema de anillo carbocíclico mono- o policíclico que tienen uno o más anillos aromáticos. Los ejemplos de grupos arilo incluyen, sin limitación, fenilo, naftilo, tetrahidronaftilo, indanilo, idenilo y similares. Los sistemas de anillo de arilo preferidos tienen de aproximadamente 5 a aproximadamente 20 átomos de carbono en uno o más anillos. Los grupos arilo como se usan en la presente pueden incluir opcionalmente grupos sustituyentes adicionales.

Como se usa en la presente, "halo" y "halógeno" significan un átomo seleccionado de flúor, cloro, bromo y yodo.

Como se usa en la presente, "heteroarilo" y "heteroaromático" significan un radical que comprende un anillo aromático mono- o policíclico, un sistema de anillo o un sistema de anillo fusionado en el que por lo menos uno de los anillos es aromático e incluye uno o más heteroátomos. También se pretende que heteroarilo incluya sistemas de anillos fusionados incluyendo sistemas en los que uno o más de los anillos fusionados no contienen heteroátomos. Los grupos heteroarilo típicamente incluyen un átomo del anillo seleccionado de azufre, nitrógeno u oxígeno. Ejemplos de grupos heteroarilo incluyen, sin limitación, piridinilo, pirazinilo, pirimidinilo, pirrolilo, pirazolilo, imidazolilo, tiazolilo, oxazolilo, isoxazolilo, tiadiazolilo, oxadiazolilo, tiofenilo, furanilo, quinolinilo, isoquinolinilo, bencimidazolilo, benzoxazolilo, quinoxalinilo y similares. Los radicales heteroarilo pueden unirse a una molécula original directamente o mediante una fracción de enlace, como un grupo alifático o un heteroátomo. Los grupos heteroarilo como se usan en la presente pueden incluir opcionalmente grupos sustituyentes adicionales.

Como se usa en la presente, "transcrito de huntingtina" significa un transcrito que se ha transcrito a partir de un gen de huntingtina.

B. Compuestos oligoméricos

La presente invención proporciona compuestos oligoméricos. En ciertas realizaciones, dichos compuestos oligoméricos comprenden oligonucleótidos que comprenden opcionalmente uno o más grupos conjugados y/o terminales. En ciertas realizaciones, un compuesto oligomérico consiste de un oligonucleótido. En la presente se divulgan oligonucleótidos que comprenden una o más modificaciones químicas. Dichas modificaciones químicas incluyen modificaciones de uno o más nucleósidos (incluyendo modificaciones en el fracción de azúcar y/o la nucleobase) y/o modificaciones en uno o más enlaces internucleosídicos. Específicamente, los oligonucleótidos de los compuestos oligoméricos de la invención comprenden una región 3' que tiene un motivo seleccionado de eeekeke, eeekek y keeekee, en donde cade “e- es un nucleósido modificado con 2'MOE y cada “k” es un nucleósido modificado con cEt.

a. Ciertos nucleósidos modificados

En la presente se divulgan compuestos oligoméricos que comprenden o que consisten de oligonucleótidos que comprenden por lo menos un nucleósido modificado. Dichos nucleósidos modificados comprenden una fracción de azúcar modificado, una nucleobase modificada, o tanto una fracción de azúcar modificado como una nucleobase modificada.

i. Ciertas fracciones de azúcar modificado

En la presente se divulgan compuestos que comprenden uno o más nucleósidos modificados que comprenden una fracción de azúcar modificado. Dichos compuestos que comprenden uno o más nucleósidos modificados con azúcar pueden tener propiedades deseables, como una estabilidad de nucleasas aumentada o una afinidad de unión aumentada con un ácido nucleico objetivo con respecto a un oligonucleótido que comprende solo nucleósidos que comprenden fracciones de azúcar de origen natural. En ciertas realizaciones, las fracciones de azúcar modificado son fracciones de azúcar sustituido. En ciertas realizaciones, las fracciones de azúcar modificado son sustitutos de azúcar. Dichos sustitutos de azúcar pueden comprender una o más sustituciones correspondientes a las de fracciones de azúcar sustituido.

En ciertas realizaciones, las fracciones de azúcar modificado son fracciones de azúcar sustituido que comprenden uno o más sustituyentes de azúcar no puente, que incluyen pero no están limitados a sustituyentes en las posiciones 2' y/o 5'. Los ejemplos de sustituyentes de azúcar adecuados para la posición 2' incluyen, pero no están limitados a: 2'-F, 2'-OCH3 ("OMe" u "O-metilo") y 2'-O(CH2)2OCH3 ^{( " M o E " ) .}En ciertas realizaciones, los sustituyentes de azúcar en la posición 2' se seleccionan de alilo, amino, azido, tio, O-alilo, alquilo O-C¹C¹⁰, alquilo O-C¹-C¹⁰sustituido; OCF³, O(CH2)2SCH3, O(CH²)²-O-N(Rm)(Rn), y O-CH²-C(=O)-N(Rm)(Rn), donde cada Rm y Rn es, independientemente, H o alquilo C¹-C¹⁰sustituido o no sustituido. Los ejemplos de sustituyentes de azúcar en la posición 5' incluyen, pero no están limitados a:, 5'-metilo (R o S); 5'-vinilo y 5'-metoxi. En ciertas realizaciones, los azúcares sustituidos comprenden más de un sustituyente de azúcar no puente, por ejemplo, fracciones de azúcar 2'-F-5'-metilo (ver, por ejemplo, Solicitud Internacional de PCT WO 2008/101157, para fracciones de azúcares y nucleósidos 5',2'-bis sustituidos adicionales).

Los nucleósidos que comprenden fracciones de azúcar 2'-sustituidos son referidos como nucleósidos 2'-sustituidos. En ciertas realizaciones, un nucleósido 2'-sustituido comprende un grupo sustituyente 2' seleccionado de halo, alilo, amino, azido, SH, CN, OCN, CF3, OCF3, O, S o N(Rm)-alquilo; O, S, o N (Rm)-alquenilo; O, S o N(Rm)-alquinilo; O-alquilenilo-O-alquilo, alquinilo, alcarilo, aralquilo, O-alcarilo, O-aralquilo, O(CH2)2SCH3, O-(CH²)²-O-N(Rm)(Rn) or O-CH²-C(=O)-N(Rm)(Rn) donde cada Rm y Rn es, independientemente, H, un grupo protector de amino o alquilo C¹-C¹⁰sustituido o no sustituido. Estos grupos sustituyentes 2' pueden sustituirse adicionalmente con uno o más grupos sustituyentes seleccionados independientemente de hidroxilo, amino, alcoxi, carboxilo, bencilo, fenilo, nitro (NO²), tiol, tioalcoxi (S-alquilo), halógeno, alquilo, arilo, alquenilo y alquinilo.

En ciertas realizaciones, un nucleósido 2’-sustituido comprende un grupo sustituyente 2’ seleccionado de F, NH², N³, OCF³, O-CH³, O(CH2)3NH2, CH²-CH=CH², O-CH²-CH=CH², OCH²CH²OCH³, O(CH2)2SCH3, O-(CH²)²-O-N(Rm)(Rn), O(CH2)2O(CH2)2N(CH3)2, y acetamida N-sustituida (O-CH²-C(=O)-N (Rm)(Rn) donde cada Rm y Rn es, independientemente, H, un grupo protector amino o alquilo C1-C10 sustituido o no sustituido.

En ciertas realizaciones, un nucleósido 2’-sustituido comprende una fracción de azúcar que comprende un grupo sustituyente 2’ seleccionado de F, OCF³, O-CH³, OCH²CH²OCH³, O(CH2)2SCH3, O-(CH2)2-O-N(CH3)2, -O(CH²)²O(CH²)²N(CH³)², and O-CH²-C(=O)-N(H)CH³.

En ciertas realizaciones, un nucleósido 2-sustituido comprende una fracción de azúcar que comprende un grupo sustituyente 2’ seleccionado de F, O-CH³, y OCH²CH²OCH³.

Ciertas fracciones de azúcar modificado comprenden un sustituyente de azúcar puente que forma un segundo anillo que da como resultado una fracción de azúcar bicíclico. En ciertas de tales realizaciones, la fracción de azúcar bicíclico comprende un puente entre los átomos del anillo de furanosa 4’ y 2’. Los ejemplos de dichos sustituyentes de azúcar 4’ a 2’ incluyen, pero no están limitados a -[C(Ra)(Rb)]n-, -[C(Ra)(Rb)]n-O-, -C(RaRb)-N(R)-O-o, -C(RaRb)-O-N(R)-; 4'-CH2-2', 4'-(CH2)2-2', 4'-(CH2)3-2'; 4'-(CH2)-O-2' (LNA); 4'-(CH2)-S-2; 4'-(CH2)2-O-2' (ENA); 4'-CH(CH3)-O-2' (cEt) y 4'-CH(CH2OCH3)-O-2', y análogos de los mismos (ver, por ejemplo, la Patente de Estados Unidos 7.399.845, concedida el 15 de julio, 2008); 4’-C(CH3)(CH3)-O-2’ y análogos del mismo, (ver, por ejemplo, la WO2009/006478, publicada el 8 de enero de, 2009); 4’-CH2-N(OCH3) 2’ y análogos del mismo (ver, por ejemplo, WO2008/150729, publicada el 11 de diciembre de 2008); 4’-CH2-O-N(CH3)-2’ (ver, por ejemplo, US2004/0171570, publicada el 2 de septiembre del 2004); 4’-CH2-O-N(R)-2’, y 4’CH2-N(R)-O-2’-, en donde cada R es, independientemente, H, un grupo protector, o alquilo C¹-C¹²; 4’-CH2-N(R)-O-2’, en donde R es H, alquilo C¹-C¹², o un grupo protector (ver, Patente de Estados Unidos 7.427.672, concedida el 23 de septiembre de 2008); 4’-CH2-C(H)(CH3)-2’ (ver, por ejemplo, Chattopadhyaya, et al, J. Org Chem, 2009, 74, 118-134); y 4’-CH2-C(=CH2)-2’ y análogos del mismo (ver, Solicitud Internacional de PCT publicada WO 2008/154401, publicada el 8 de diciembre, 2008).

En ciertas realizaciones, tales puentes 4’ a 2’ comprenden independientemente de 1 a 4 grupos enlazados seleccionados independientemente de -[C(Ra)(Rb)]n-, -C(Ra)=C(Rb)-, -C(Ra)=N-, -C(=NRa)-, -C(=O)-, -C(=S)-, -O-, -Si(Ra)²-, -S(=O)x-, and -N(Ra)-;

en donde:

x es 0, 1 o 2;

n es 1, 2, 3 o 4;

cada Ra y Rb es, independientemente, H, un grupo protector, hidroxilo, alquilo C¹-C¹², alquilo C¹-C¹²sustituido, alquenilo C²-C¹², alquenilo C²-C¹²sustituido, alquinilo C²-C¹², alquinilo C²-C¹²sustituido arilo, C5-C²⁰, arilo C⁵-C²⁰sustituido, radical heterociclo, radical heterociclo sustituido, heteroarilo, heteroarilo sustituido, radical alicíclico C⁵-C⁷, radical alicíclico C⁵-C⁷sustituido, halógeno, OJ¹, NJ¹J², SJ¹, N³, COOJ¹, acilo (C(=O)-H), acilo sustituido, CN, sulfonilo (S (=O)²-J¹), o sulfoxilo (S=(O)-J¹); y

cada J¹y J²es, independientemente, H, alquilo C¹-C¹², alquilo C¹-C¹²sustituido, alquenilo C²-C¹², alquenilo C²-C¹²sustituido, alquinilo C²-C¹², alquinilo C²-C¹²sustituido, arilo C5-C20, arilo C5-C20 sustituido, acilo (C(=O)-H), acilo sustituido, un radical heterociclo, un radical heterociclo sustituido, aminoalquilo C¹-C¹², aminoalquilo C¹-C¹²sustituido, o un grupo protector.

Los nucleósidos que comprenden fracciones de azúcar bicíclico son referidos como nucleósidos bicíclicos o BNA. Los nucleósidos bicíclicos incluyen, pero no están limitados a, (A) a-L-Metileneoxi (4’-CH2-O-2 ’) BNA, (B) p-D-Metileneoxi (4’-CH2 -O-2’) BNA (también referido como ácido nucleico bloqueado o LNA), (C) Etileneoxi (4’-(CH2)2-O-2’) BNA, (D) Aminooxi (4’-CH2-O-N(R) -2’) BNA, (E) Oxiamino (4’-CH2-N(R)-O-2’) BNA, (F) Metil(metileneoxi) (4’-CH(CH3)-O-2’) BNA (también referido como etilo restringido o cEt), (G) metilen-tio (4’-CH2-S-2’) BNA, (H) metilenamino (4’-CH2-N(R)-2’) BNA, (I) metil carbocíclico (4’-CH2-CH(CH3) -2’) BNA, (J) propileno carbocíclico (4’-(CH2)3-2’) BNA y (K) Etileno(metoxi) (4’-(CH(CH2OMe)-O-2’) ^{B n A}(también referido como ^{M o E}restringido o cMOE) como se muestra a continuación.

en donde Bx es una fracción de nucleobase y R es, independientemente, H, un grupo protector, o alquilo C¹-C¹².

En la técnica se conocen fracciones de azúcar bicíclico adicionales, por ejemplo: Singh et al., Chem. Commun., 1998, 4, 455-456; Koshkin et al., Tetrahedron, 1998, 54, 3607-3630; Wahlestedt et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2000, 97, 5633-5638; Kumar et al., Bioorg. Med. Chem Lett., 1998, 8, 2219-2222; Singh et al., J. Org. Chem., 1998, 63, 10035-10039; Srivastava et al., J. Am. Chem Soc., 129(26) 8362-8379 (4 de julio de 2007); Elayadi et al., Curr. Opinión Invens. Drugs, 2001, 2, 558-561; Braasch et al., Chem. Biol., 2001, 8, 1-7; Orum et al., Curr. Opinion Mol. Ther., 2001, 3, 239-243; Patentes de los Estados Unidos N° 7.053.207, 6.268.490, 6.770.748, 6.794.499, 7.034.133, 6.525.191, 6.670.461 y 7.399.845; WO 2004/106356, WO 1994/14226, WO 2005/021570 y WO 2007/134181; Publicaciones de Patente de Estados Unidos N° US2004/0171570, US2007/0287831 y US2008/0039618; Patentes de Estados Unidos N° de serie 12/129.154, 60/989.574, 61/026.995, 61/026.998, 61/056.564, 61/086.231, 61/097.787 y 61/099.844; y Solicitudes Internacionales de PCT N° PCT/US2008/064591, PCT/US2008/066154 y PCT/US2008/068922.

En ciertas realizaciones, las fracciones de azúcar bicíclico y los nucleósidos que incorporan dichas fracciones de azúcar bicíclico se definen adicionalmente por la configuración isomérica. Por ejemplo, un nucleósido que comprende un puente 4-2' metileno-oxi, puede estar en la configuración a-L o en la configuración p-D. Anteriormente, los nucleósidos bicíclicos a-L-metileneoxi (4-CH2-O-21) se han incorporado a oligonucleótidos antisentido que mostraron actividad antisentido (Frieden et al., Nucleic Acids Research, 2003, 21,6365-6372).

En ciertas realizaciones, las fracciones de azúcar sustituido comprenden uno o más sustituyentes de azúcar no puente y uno o más sustituyentes de azúcar puente (por ejemplo, azúcares puentes 5-sustituidos y 4’-2’), (ver, Solicitud Internacional de PCT WO 2007/134181, publicada el 22/11/07, en donde el LNA está sustituido con, por ejemplo, un grupo 5-metilo o 5-vinilo).

En ciertas realizaciones, las fracciones de azúcar modificado son sustitutos de azúcar. En ciertas de tales realizaciones, el átomo de oxígeno del azúcar de origen natural está sustituido, por ejemplo, con un átomo de azufre, carbono o nitrógeno. En ciertas de tales realizaciones, dicha fracción de azúcar modificado también comprende sustituyentes puente y/o no puente como se ha descrito anteriormente. Por ejemplo, ciertos sustitutos de azúcar comprenden un átomo de 4-azufre y una sustitución en la posición 2’ (ver, por ejemplo, la Solicitud de Patente de Estados Unidos publicada US2005/0130923, publicada el 16 de junio de 2005) y/o la posición 5'. A modo de ejemplo adicional, se han descrito nucleósidos carbocíclicos bicíclicos que tienen un puente 4'-2 '(ver, por ejemplo, Freier et al, Nucleic Acids Research, 1997, 25 (22), 4429-4443 y Albaek et al., J Org. Chem., 2006, 71,7731-7740).

En ciertas realizaciones, los sustitutos del azúcar comprenden anillos que tienen átomos distintos de 5. Por ejemplo, en ciertas realizaciones, un sustituto de azúcar comprende un tetrahidropirano de seis miembros. Tales tetrahidropiranos pueden modificarse o sustituirse adicionalmente. Los nucleósidos que comprenden tales tetrahidropiranos modificados incluyen, pero no están limitados a, ácido nucleico de hexitol (HNA), ácido nucleico de anitol (ANA), ácido nucleico de manitol (MNA) (ver Leumann, CJ. Bioorg. & Med. Chem. (2002) 10: 841-854), fluoro HNA (F-HNA) y aquellos compuestos que tienen Fórmula VII

en donde independientemente para cada uno de dichos por lo menos un análogo de nucleósido de tetrahidropirano de Fórmula VII:

Bx es una fracción de nucleobase;

T3 y T4 son cada uno, independientemente, un grupo de enlace internucleosídico que enlaza el análogo de nucleósido de tetrahidropirano con el compuesto antisentido o uno de T3 y T4 es un grupo de enlace internucleosídico que enlaza el análogo de nucleósido de tetrahidropirano con el compuesto antisentido y el otro de T³y T⁴es H, un grupo protector de hidroxilo, un grupo conjugado enlazado o un grupo terminal 5' o 3'; q1, q12 q3, q4, q5, q6 y q7 son cada uno, independientemente, H, alquilo C1-C6, alquilo C1-C6 sustituido, alquenilo C2-C6, alquenilo C2-C6 sustituido, alquinilo C2-C6, o alquinilo C2-C6 sustituido; y

cada uno de R1 y R2 se selecciona independientemente entre: hidrógeno, halógeno, alcoxi sustituido o no sustituido, NJ¹J², SJ¹, N³, OC(=X)J¹, OC(=X)NJ¹J², NJ3C(=X)NJJ y CN, en donde X es O, S o NJ¹, y cada J1, J2, y J3 es, independientemente, H o alquilo C1-C6.

En ciertas realizaciones, se divulgan nucleósidos de THP modificados de Fórmula VII en donde q¹, q², q3, q4, q5, q6 y q7 son cada uno H. En ciertas realizaciones, por lo menos uno de q¹, q², q3, q4, q5, q6 y q7 es diferente de H. En ciertas realizaciones, por lo menos uno de q¹, q², q3, q4, q5, q6 y q7 es metilo. En ciertas realizaciones, se divulgan nucleósidos de THP de Fórmula VII en donde uno de R¹y R²es F. En ciertas realizaciones, R¹es flúor y R²es H, R¹es metoxi y R²es H, y R¹es metoxietoxi y R²es H.

También se conocen muchos otros sistemas de anillos sustitutos de azúcar biciclo y triciclo en la técnica que pueden usarse para modificar nucleósidos para su incorporación en compuestos antisentido (ver, por ejemplo, artículo de revisión: Leumann, J. C, Bioorganic & Medicinal Chemistry, 2002, 10, 841-854).

También se divulgan combinaciones de modificaciones, sin limitación, como nucleósidos sustituidos con metilo 2'-F-5 '(ver la Solicitud Internacional de PCT WO 2008/101157 publicada el 21/08/08 para otros nucleósidos sustituidos 5',2'-bis divulgados) y la sustitución del átomo de oxígeno del anillo de ribosilo con S y la sustitución adicional en la posición 2' (ver la Solicitud de Patente de Estados Unidos publicada US2005-0130923, publicada el 16 de junio de 2005) o alternativamente la sustitución 5' de un ácido nucleico bicíclico (ver Solicitud internacional de PCT WO 2007/134181, publicada el 22/11/07 en donde un nucleósido bicíclico 4'-CH2-O-2' se sustituye adicionalmente en la posición 5' con un grupo 5'-metilo o 5'-vinilo). También se ha descrito la síntesis y preparación de nucleósidos bicíclicos carbocíclicos junto con su oligomerización y estudios bioquímicos (ver, por ejemplo, Srivastava et al, J. Am. Chem. Soc. 2007, 129 (26), 8362-8379).

La presente invención proporciona compuestos oligoméricos que comprenden oligonucleótidos que comprenden nucleósidos modificados. Esos nucleótidos modificados pueden incluir azúcares modificados, nucleobases modificadas y/o enlaces modificados. Las modificaciones específicas se seleccionan de tal manera que los oligonucleótidos resultantes posean características deseables. En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos comprenden uno o más nucleósidos de tipo ARN. En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos comprenden uno o más nucleótidos de tipo ADN.

ii) Ciertas nucleobases modificadas

En ciertas realizaciones, los nucleósidos de la presente invención comprenden una o más nucleobases no modificadas. En ciertas realizaciones, los nucleósidos de la presente invención comprenden una o más nucleobases modificadas.

En ciertas realizaciones, las nucleobases modificadas se seleccionan de: bases universales, bases hidrófobas, bases promiscuas, bases expandidas en tamaño y bases fluoradas como se define en la presente. En ciertas realizaciones, las nucleobases modificadas se seleccionan de: pirimidinas 5-sustituidas, 6-azapirimidinas y purinas sustituidas N-2, N-6 y 0-6, que incluyen 2-aminopropiladenina, 5-propiniluracilo; 5-propinilcitosina; 5-hidroximetil citosina, xantina, hipoxantina, 2-aminoadenina, 6-metil y otros derivados de alquilo de adenina y guanina, 2-propilo y otros derivados de alquilo de adenina y guanina, 2-tiouracilo, 2-tiotimina y 2-tiocitosina, 5 -halouracilo y citosina, 5-propinilo (-CEC-CH³) uracilo y citosina y otros derivados de alquinilo de bases de pirimidina, 6-azo uracilo, citosina y timina, 5-uracilo (pseudouracilo), 4-tiouracilo, 8-halo, 8-amino, 8-tiol, 8-tioalquilo, 8- hidroxilo y otras adeninas y guaninas 8-sustituidas, 5-halo particularmente 5-bromo, 5-trifluorometilo y otros uracilos y citosinas 5-sustituidos, 7-metilguanina y 7-metiladenina, 2-F-adenina, 2-amino-adenina, 8-azaguanina y 8-azaadenina, 7-deazaguanina y 7- deazaadenina, 3-deazaguanina y 3-deazaadenina, bases universales, bases hidrófobas, bases promiscuas, bases expandidas en tamaño y bases fluoradas como se define en la presente. Nucleobases modificadas adicionales incluyen pirimidinas tricíclicas como fenoxazina citidina([5,4-b][1,4]benzoxazin-2(3H)-ona), fenotiazina citidina (1H-pirimido[5,4-b][1,4]benzotiazin-2(3H)-ona), Pinzas G como una citidina de fenoxazina sustituida (por ejemplo 9-(2-aminoetoxi)-H-pirimido [5,4-b][1,4]benzoxazin-2(3H)-ona), carbazol citidina (2H-pirimido[4,5-b]indol-2-ona), piridoindol citidina (H-pirido[3',2':4,5] pirrolo[2,3-d]pirimidin-2-ona). Las nucleobases modificadas también pueden incluir aquellas en las que la base de purina o pirimidina se reemplaza con otros heterociclos, por ejemplo 7-deaza-adenina, 7-deazaguanosina, 2-aminopiridina y 2-piridona. Nucleobases adicionales incluyen las divulgadas en la Patente de Estados Unidos N° 3.687.808, las divulgadas en ^{The C o nc ise E n c y c lo p e d ia O f P o ly m e r S c ie n ce A n d E ng in ee ring ,} Kroschwitz, J. I., Ed., John Wiley & Sons, 1990, 858-859; las divulgadas por Englisch et al., ^{A n g e w a n d te C hem ie ,} Edición internacional, 1991, 30, 613; y las divulgadas por Sanghvi, Y.S., Capítulo 15, ^{A n tis e n s e R e sea rch a n d A pp lica tion s ,} Crooke, S. T. and Lebleu, B., Eds., CRC Press, 1993, 273-288.

Las Patentes representativas de los Estados Unidos que enseñan la preparación de ciertas de las nucleobases modificadas mencionadas anteriormente, así como otras nucleobases modificadas incluyen, sin limitación las U.S. 3.687.808; 4.845.205; 5.130.302; 5.134.066; 5.175.273; 5.367.066; 5.432.272; 5.457.187; 5.459.255; 5.484.908; 5.502.177; 5.525.711; 5.552.540; 5.587.469; 5.594.121; 5.596.091; 5.614.617; 5.645.985; 5.681.941; 5.750.692; 5.763.588; 5.830.653 y 6.005.096, algunas de las cuales tienen titularidad compartida con la presente solicitud.

b. Ciertos enlaces internucleosídicos

En ciertas realizaciones, los nucleósidos pueden enlazarse entre sí usando cualquier enlace internucleosídico para formar oligonucleótidos. Las dos clases principales de grupos de enlace internucleosídico se definen por la presencia o ausencia de un átomo de fósforo. Los enlaces internucleosídicos que contienen fósforo representativos incluyen, pero no están limitados a, fosfodiésteres (P=O), fosfotriésteres, metilfosfonatos, fosforamidato y fosforotioatos (P=S). Los grupos de enlace internucleosídico representativos que no contienen fósforo incluyen, pero no están limitados a, metilenometilimino (-CH2-N(CH3)-O-CH2-), tiodiester (-OC(O)-S-), tionocarbamato (-O-C(O)(NH)-S-); siloxano (-O-Si(H)²-O-); y N,N'-dimetilhidrazina (-CH²-N(CHa)-N(CHa)-). Los enlaces modificados, en comparación con los enlaces fosfodiéster de origen natural, pueden usarse para alterar, típicamente aumentar, la resistencia a nucleasas del oligonucleótido. En ciertas realizaciones, los enlaces internucleosídicos que tienen un átomo quiral pueden prepararse como una mezcla racémica, o como enantiómeros separados. Los enlaces quirales representativos incluyen, pero no están limitados a, alquilfosfonatos y fosforotioatos. Los métodos de preparación de enlaces internucleosídicos que contienen fósforo y que no contienen fósforo son bien conocidos por los expertos en la técnica.

Los oligonucleótidos descritos en la presente contienen uno o más centros asimétricos y, por tanto, dan lugar a enantiómeros, diastereómeros y otras configuraciones estereoisoméricas que pueden definirse, en términos de estereoquímica absoluta, como (R) o (S), a o p como para anómeros de azúcar, o como (D) o (L) como para aminoácidos, etc. Incluidos en los compuestos antisentido divulgados en la presente están todos los isómeros posibles, así como sus formas racémicas y ópticamente puras.

Los enlaces internucleosídicos neutros incluyen, sin limitación, fosfotriésteres, metilfosfonatos, MMI (3'-CH2-N(CHa)-O-5'), amida-3 (3'-CH2-C(=O)-N(H)-5'), amida-4 (3'-CH2-N(H)-C (=O)-5), formacetal (3'-O-CH2-O-5') y tioformacetal (3'-S-CH2 -O-5'). Enlaces internucleosídicos neutros adicionales incluyen enlaces no iónicos que comprenden siloxano (dialquilsiloxano), éster de carboxilato, carboxamida, sulfuro, éster sulfonato y amidas (ver, por ejemplo: ^{C a rb o h yd ra te M o d ifica tio n s in A n tis e n s e R e sea rch ;} Y. S. Sanghvi y P. D. Cook, Eds., ACS Symposium Series 580; Capítulos 3 y 4, 40-65). Enlaces internucleosídicos neutros adicionales incluyen enlaces no iónicos que comprenden partes de componentes de N, O, S y CH²mixtos.

i. Modificaciones 3'-endo

En un aspecto de la presente divulgación, los compuestos oligoméricos incluyen nucleósidos modificados sintéticamente para inducir una conformación de azúcar 3'-endo. Un nucleósido puede incorporar modificaciones sintéticas de la fracción de base heterocíclica, la fracción de azúcar o ambas para inducir una conformación de azúcar 3'-endo deseada. Estos nucleósidos modificados se usan para imitar nucleósidos tipo ARN de modo que las propiedades particulares de un compuesto oligomérico pueden mejorarse a la vez que se mantiene la geometría conformacional 3'-endo deseable. Hay una aparente preferencia por un dúplex de tipo ARN (una forma de hélice, predominantemente 3'-endo) como un requisito de interferencia de ARN que se apoya en parte por el hecho de que los dúplex compuestos de nucleósidos 2'-desoxi-2'-F- parece eficiente en la activación de la respuesta de ARNi en el sistema C. elegans. Las propiedades que se mejoran mediante el uso de nucleósidos 3'-endo más estables incluyen, pero no se limitan a, la modulación de las propiedades farmacocinéticas a través de la modificación de la unión a proteínas, la constante de disociación, la absorción y la depuración de proteínas; la modulación de la estabilidad de nucleasas así como la estabilidad química; la modulación de la afinidad de unión y la especificidad del oligómero (afinidad y especificidad por enzimas así como por secuencias complementarias); y aumentar la eficacia de la escisión de ARN. En la presente se divulgan compuestos oligoméricos que tienen uno o más nucleósidos modificados de tal manera que favorecen una conformación de tipo C3'-endo.

La conformación de nucleósidos está influenciada por varios factores, incluida la sustitución en las posiciones 2', 3' o 4' del azúcar pentofuranosilo. Los sustituyentes electronegativos generalmente prefieren las posiciones axiales, mientras que los sustituyentes estéricamente exigentes generalmente prefieren las posiciones ecuatoriales (Principles of Nucleic Acid Structure, Wolfgang Sanger, 1984, Springer-Verlag). La modificación de la posición 2' para favorecer la conformación 3'-endo puede lograrse a la vez que se mantiene el 2'-OH como un elemento de reconocimiento, como se ejemplifica en el Ejemplo 35, a continuación (Gallo et al., Tetrahedron (2001), 57, 5707-5713. Harry-O'kuru et al., J. Org. Chem. (1997), 62(6), 1754-1759 y Tang et al., J. Org. Chem (1999), 64, 747-754.) Alternativamente, la preferencia por la conformación 3'-endo puede lograrse mediante la deleción del 2'-OH como se ejemplifica en los nucleósidos 2'desoxi-2'F (Kawasaki et al., J. Med. Chem. (1993), 36, 831-841), que adopta la conformación 3'-endo colocando el átomo de flúor electronegativo en la posición axial. Otras modificaciones del anillo de ribosa, por ejemplo, sustitución en la posición 4' para dar nucleósidos modificados con 4'-F (Guillerm et al., Bioorganic and Medicinal Chemistry Letters (1995), 5, 1455-1460 y Owen et al., J. Org. Chem. (1976), 41, 3010-3017), o por ejemplo modificación para producir análogos de nucleósidos de metanocarba (Jacobson et al., J. Med. Chem. Lett. (2000), 43, 2196-2203 y Lee et al., Bioorganic and Medicinal Chemistry Letters (2001), 11, 1333-1337) también inducen preferencia por la conformación 3'-endo. Algunas modificaciones en realidad bloquean la geometría conformacional mediante la formación de una fracción de azúcar bicíclico, por ejemplo, ácido nucleico bloqueado (LNA, Singh et al, Chem. Commun. (1998), 4, 455-456) y ácidos nucleicos con puentes de etileno (ENA, Morita et al, Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters (2002), 12, 73-76).

c. Ciertos motivos

La invención proporciona compuestos oligoméricos que comprenden o consisten de oligonucleótidos. Tales oligonucleótidos comprenden una o más modificaciones químicas. Los oligonucleótidos químicamente modificados comprenden uno o más azúcares modificados. En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos químicamente modificados comprenden una o más nucleobases modificadas. En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos químicamente modificados comprenden uno o más enlaces internucleosídicos modificados. Como se divulga en la presente, las modificaciones químicas (modificaciones de azúcar, modificaciones de nucleobases y/o modificaciones de enlaces) definen un patrón o motivo. En ciertas realizaciones, los patrones de modificaciones químicas de fracciones de azúcar, enlaces internucleosídicos y nucleobases son independientes entre sí. Por tanto, un oligonucleótido pude describirse por su motivo de modificación de azúcar, motivo de enlace internucleosídico y/o motivo de modificación de nucleobases (como se usa en la presente, motivo de modificación de nucleobases describe las modificaciones químicas a las nucleobases independientes de la secuencia de nucleobases).

i. Ciertos motivos de azúcar

Los oligonucleótidos de los compuestos oligoméricos de la invención comprenden uno o más tipos de fracciones de azúcar modificado y/o fracciones de azúcar de origen natural dispuestos a lo largo de un oligonucleótido o región del mismo en un patrón definido o motivo de azúcar. Tales motivos de azúcar incluyen, pero no están limitados a, cualquiera de las modificaciones de azúcar analizadas en la presente.

Los oligonucleótidos comprenden o consisten de una región que tiene un motivo de azúcar gapmer, que comprende dos regiones externas o "alas" y una región central o interna o "hueco". Las tres regiones de un motivo de azúcar gapmer (el ala 5', el hueco y el ala 3') forman una secuencia contigua de nucleósidos en la que por lo menos algunas de las fracciones de azúcar de los nucleósidos de cada una de las alas difieren de por lo menos algunas de las fracciones de azúcar de los nucleósidos del hueco. Específicamente, por lo menos las fracciones de azúcar de los nucleósidos de cada ala que están más cerca del hueco (el nucleósido más 3' del ala 5' y el nucleósido más 5' del ala 3') difieren de la fracción de azúcar de los nucleósidos del hueco colindante, definiendo así el límite entre las alas y el hueco. En ciertas realizaciones, las fracciones de azúcar dentro del hueco son iguales entre sí. En ciertas realizaciones, el hueco incluye uno o más nucleósidos que tienen una fracción de azúcar que difiere de la fracción de azúcar de uno o más nucleósidos del hueco. En ciertas realizaciones, los motivos de azúcar de las dos alas son iguales entre sí (gapmer de azúcar simétrico). En ciertas realizaciones, los motivos de azúcar del ala 5' difieren del motivo de azúcar del ala 3' (gapmer de azúcar asimétrico).

ii. Ciertos motivos de modificación de nucleobases

En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos comprenden modificaciones químicas a nucleobases dispuestas a lo largo del oligonucleótido o región del mismo en un patrón definido o motivo de modificación de nucleobases. En ciertas realizaciones, se modifica cada nucleobase. En ciertas realizaciones, ninguna de las nucleobases se modifica químicamente.

En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos comprenden un bloque de nucleobases modificadas. En ciertas de tales realizaciones, el bloque está en el extremo 3' del oligonucleótido. En ciertas realizaciones, el bloque está dentro de 3 nucleótidos del extremo 3' del oligonucleótido. En ciertas de tales realizaciones, el bloque está en el extremo 5' del oligonucleótido. En ciertas realizaciones, el bloque está dentro de 3 nucleótidos del extremo 5' del oligonucleótido.

En ciertas realizaciones, las modificaciones de nucleobases son una función de la base natural en una posición particular de un oligonucleótido. Por ejemplo, en ciertas realizaciones se modifica cada purina o cada pirimidina en un oligonucleótido. En ciertas realizaciones, se modifica cada adenina. En ciertas realizaciones, se modifica cada guanina. En ciertas realizaciones, se modifica cada timina. En ciertas realizaciones, se modifica cada citosina. En ciertas realizaciones, se modifica cada uracilo.

En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos comprenden uno o más nucleósidos que comprenden una nucleobase modificada. En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos que tienen un motivo de azúcar gapmer comprenden un nucleósido que comprende una nucleobase modificada. En ciertas de tales realizaciones, un nucleósido que comprende nucleobases modificadas está en el hueco central de un oligonucleótido que tiene un motivo de azúcar gapmer. En ciertas realizaciones, el azúcar es un 2'desoxinucleósido no modificado. En ciertas realizaciones, la nucleobase modificada se selecciona de: una 2-tio pirimidina y una 5-propino pirimidina. En ciertas realizaciones, un nucleósido que comprende una nucleobase modificada es la 5a nucleobase desde el extremo 5' del oligonucleótido. En ciertas realizaciones, la 5a nucleobase desde el extremo 5' del oligonucleótido es 2-tiotimina.

En ciertas realizaciones, algunas, todas o ninguna de los fracciones de citosina en un oligonucleótido son fracciones de 5-metil citosina. En la presente, la 5-metil citosina no es una "nucleobase modificada". Por consiguiente, a menos que se indique lo contrario, las nucleobases no modificadas incluyen tanto residuos de citosina que tienen un 5-metilo como aquellos que carecen de un 5 metilo. En ciertas realizaciones, se especifica el estado de metilación de todas o algunas nucleobases de citosina.

iii. Ciertos motivos de nucleósidos

En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos comprenden nucleósidos que comprenden fracciones de azúcar modificado que pueden comprender además nucleósidos que comprenden nucleobases modificadas. Tales motivos pueden describirse por su motivo de azúcar y su motivo de nucleobases por separado o por su motivo de nucleósidos, que proporciona posiciones o patrones de nucleósidos modificados (ya sea azúcar modificado, nucleobase o tanto azúcar como nucleobase) en un oligonucleótido.

Los oligonucleótidos de los compuestos oligoméricos de la invención comprenden o consisten de una región que tiene un motivo de nucleósido gapmer, que comprende dos regiones externas o "alas" y una región central o interna o "hueco". Las tres regiones de un motivo de nucleósido gapmer (el ala 5', el hueco y el ala 3') forman una secuencia contigua de nucleósidos en la que por lo menos algunas de las fracciones de azúcar y/o nucleobases de los nucleósidos de cada una de las alas difieren de por lo menos algunas de las fracciones de azúcar y/o nucleobase de los nucleósidos del hueco. Específicamente, por lo menos los nucleósidos de cada ala que están más cerca del hueco (el nucleósido más 3' del ala 5' y el nucleósido más 5' del ala 3') difieren de los nucleósidos de hueco colindantes, definiendo así el límite entre las alas y el hueco. En ciertas realizaciones, los nucleósidos dentro del hueco son iguales entre sí. En ciertas realizaciones, el hueco incluye uno o más nucleósidos que difieren de uno o más de otros nucleósidos del hueco. En ciertas realizaciones, los motivos de nucleósidos de las dos alas son iguales entre sí (gapmer simétrico). En ciertas realizaciones, los motivos de nucleósidos del ala 5' difieren del motivo de nucleósidos del ala 3' (gapmer asimétrico).

iv. Ciertas alas 5'

En ciertas realizaciones, el ala 5' de un gapmer consiste de 1 a 9 nucleósidos enlazados. En ciertas realizaciones, el ala 5' de un gapmer consiste de 1 a 8 nucleósidos enlazados. En ciertas realizaciones, el ala 5' de un gapmer consiste de 1 a 7 nucleósidos enlazados. En ciertas realizaciones, el ala 5' de un gapmer consiste de 1 a 6 nucleósidos enlazados. En ciertas realizaciones, el ala 5' de un gapmer consiste de 1 a 5 nucleósidos enlazados. En ciertas realizaciones, el ala 5' de un gapmer consiste de 2 a 5 nucleósidos enlazados. En ciertas realizaciones, el ala 5' de un gapmer consiste de 3 a 5 nucleósidos enlazados. En ciertas realizaciones, el ala 5' de un gapmer consiste de 4 o 5 nucleósidos enlazados. En ciertas realizaciones, el ala 5' de un gapmer consiste de 1 a 4 nucleósidos enlazados. En ciertas realizaciones, El ala 5' de un gapmer consiste de 1 a 3 nucleósidos enlazados. En ciertas realizaciones, el ala 5' de un gapmer consiste de 1 o 2 nucleósidos enlazados. En ciertas realizaciones, el ala 5' de un gapmer consiste de 2 a 4 nucleósidos enlazados. En ciertas realizaciones, el ala 5' de un gapmer consiste de 2 o 3 nucleósidos enlazados. En ciertas realizaciones, el ala 5' de un gapmer consiste de 3 o 4 nucleósidos enlazados. En ciertas realizaciones, el ala 5' de un gapmer consiste de 1 nucleósido. En ciertas realizaciones, el ala 5' de un gapmer consiste de 2 nucleósidos enlazados. En ciertas realizaciones, el ala 5' de un gapmer consiste de 3 nucleósidos enlazados. En ciertas realizaciones, el ala 5' de un gapmer consiste de 4 nucleósidos enlazados. En ciertas realizaciones, el ala 5' de un gapmer consiste de 5 nucleósidos enlazados. En ciertas realizaciones, el ala 5' de un gapmer consiste de 6 nucleósidos enlazados. En ciertas realizaciones, el ala 5' de un gapmer consiste de 7 nucleósidos enlazados. En ciertas realizaciones, el ala 5' de un gapmer consiste de 8 nucleósidos enlazados. En ciertas realizaciones, el ala 5' de un gapmer consiste de 9 nucleósidos enlazados.

En ciertas realizaciones, el ala 5' de un gapmer comprende por lo menos un nucleósido bicíclico. En ciertas realizaciones, el ala 5' de un gapmer comprende por lo menos dos nucleósidos bicíclicos. En ciertas realizaciones, el ala 5' de un gapmer comprende por lo menos tres nucleósidos bicíclicos. En ciertas realizaciones, el ala 5' de un gapmer comprende por lo menos cuatro nucleósidos bicíclicos. En ciertas realizaciones, el ala 5' de un gapmer comprende por lo menos un nucleósido de etilo restringido. En ciertas realizaciones, el ala 5' de un gapmer comprende por lo menos un nucleósido de LNA. En ciertas realizaciones, cada nucleósido del ala 5' de un gapmer es un nucleósido bicíclico. En ciertas realizaciones, cada nucleósido del ala 5' de un gapmer es un nucleósido de etilo restringido. En ciertas realizaciones, cada nucleósido del ala 5' de un gapmer es un nucleósido de LNA.

En ciertas realizaciones, el ala 5' de un gapmer comprende por lo menos un nucleósido modificado no bicíclico. En ciertas realizaciones, el ala 5' de un gapmer comprende por lo menos un nucleósido 2'-sustituido. En ciertas realizaciones, el ala 5' de un gapmer comprende por lo menos un nucleósido 2'-MOE. En ciertas realizaciones, el ala 5' de un gapmer comprende por lo menos un nucleósido 2'-OMe. En ciertas realizaciones, cada nucleósido del ala 5' de un gapmer es un nucleósido modificado no bicíclico. En ciertas realizaciones, cada nucleósido del ala 5' de un gapmer es un nucleósido 2'-sustituido. En ciertas realizaciones, cada nucleósido del ala 5' de un gapmer es un nucleósido 2'-MOE. En ciertas realizaciones, cada nucleósido del ala 5' de un gapmer es un nucleósido 2'-OMe.

En ciertas realizaciones, el ala 5' de un gapmer comprende por lo menos un 2'-desoxinucleósido. En ciertas realizaciones, cada nucleósido del ala 5' de un gapmer es un 2'-desoxinucleósido. En ciertas realizaciones, el ala 5' de un gapmer comprende por lo menos un ribonucleósido. En ciertas realizaciones, cada nucleósido del ala 5' de un gapmer es un ribonucleósido. En ciertas realizaciones, uno, más de uno, o cada uno de los nucleósidos del ala 5 'es un nucleósido de tipo ARN.

En ciertas realizaciones, el ala 5' de un gapmer comprende por lo menos un nucleósido bicíclico y por lo menos un nucleósido modificado no bicíclico. En ciertas realizaciones, el ala 5' de un gapmer comprende por lo menos un nucleósido bicíclico y por lo menos un nucleósido 2'-sustituido. En ciertas realizaciones, el ala 5' de un gapmer comprende por lo menos un nucleósido bicíclico y por lo menos un nucleósido 2'-MOE. En ciertas realizaciones, el ala 5' de un gapmer comprende por lo menos un nucleósido bicíclico y por lo menos un nucleósido 2'-OMe. En ciertas realizaciones, el ala 5' de un gapmer comprende por lo menos un nucleósido bicíclico y por lo menos un 2'-desoxinucleósido.

En ciertas realizaciones, el ala 5' de un gapmer comprende por lo menos un nucleósido de etilo restringido y por lo menos un nucleósido modificado no bicíclico. En ciertas realizaciones, el ala 5' de un gapmer comprende por lo menos un nucleósido de etilo restringido y por lo menos un nucleósido 2'-sustituido. En ciertas realizaciones, el ala 5' de un gapmer comprende por lo menos un nucleósido de etilo restringido y por lo menos un nucleósido 2'-MOE.

En ciertas realizaciones, el ala 5' de un gapmer comprende por lo menos un nucleósido de etilo restringido y por lo menos un nucleósido 2'-OMe. En ciertas realizaciones, el ala 5' de un gapmer comprende por lo menos un nucleósido de etilo restringido y por lo menos un 2'-desoxinucleósido.

En ciertas realizaciones, el ala 5' de un gapmer tiene un motivo de nucleósido seleccionado entre los siguientes: eeeedk, eeeee, eeeeedk, eeeeeeeek, eeeeeeek, eeeeek, eeeek, eeeekk, eeek, eeekdx, eeekk, eek, eekk, ek, ekek, ekekdx, ekk, ekkdk, ekkkk, y k, en donde cada "e" es un nucleósido modificado 2'MOE, cada "k" es un nucleósido modificado cEt, cada "dx" es una 2-tiotimidina, y cada "d "es un desoxinucleosido no modificado.

En ciertas realizaciones, un oligonucleótido comprende cualquier motivo de ala 5' divulgado en la presente. En ciertas de tales realizaciones, el oligonucleótido es un hemímero 5' (no comprende un ala 3'). En ciertas realizaciones, dicho oligonucleótido es un gapmer. En ciertas de tales realizaciones, el ala 3' del gapmer puede comprender cualquier motivo de nucleósido.

v. Ciertas alas 3'

El ala 3' de un gapmer consiste de 6 a 10 nucleósidos enlazados que tienen un motivo seleccionado de: eeeekeke, eeekek y keeekee, en donde cada "e" es un nucleósido modificado con 2'MOE y cada" k "es un nucleósido modificado con cEt. En ciertas realizaciones, el ala 3' de un gapmer consiste de 6 nucleósidos enlazados. En ciertas realizaciones, el ala 3' de un gapmer consiste de 7 nucleósidos enlazados. En ciertas realizaciones, el ala 3' de un gapmer consiste de 8 nucleósidos enlazados. En ciertas realizaciones, el ala 3' de un gapmer consiste de 9 nucleósidos enlazados. En ciertas realizaciones, el ala 3' de un gapmer consiste de 10 nucleósidos enlazados.

vi. Ciertas regiones centrales (huecos)

En ciertas realizaciones, el hueco de un gapmer consiste de 6 a 20 nucleósidos enlazados. En ciertas realizaciones, el hueco de un gapmer consiste de 6 a 15 nucleósidos enlazados. En ciertas realizaciones, el hueco de un gapmer consiste de 6 a 12 nucleósidos enlazados. En ciertas realizaciones, el hueco de un gapmer consiste de 6 a 10 nucleósidos enlazados. En ciertas realizaciones, el hueco de un gapmer consiste de 6 a 9 nucleósidos enlazados. En ciertas realizaciones, el hueco de un gapmer consiste de 6 a 8 nucleósidos enlazados. En ciertas realizaciones, el hueco de un gapmer consiste de 6 o 7 nucleósidos enlazados. En ciertas realizaciones, el hueco de un gapmer consiste de 7 a 10 nucleósidos enlazados. En ciertas realizaciones, el hueco de un gapmer consiste de 7 a 9 nucleósidos enlazados. En ciertas realizaciones, el hueco de un gapmer consiste de 7 u 8 nucleósidos enlazados. En ciertas realizaciones, El hueco de un gapmer consiste de 8 a 10 nucleósidos enlazados. En ciertas realizaciones, el hueco de un gapmer consiste de 8 o 9 nucleósidos enlazados. En ciertas realizaciones, el hueco de un gapmer consiste de 6 nucleósidos enlazados. En ciertas realizaciones, el hueco de un gapmer consiste de 7 nucleósidos enlazados. En ciertas realizaciones, el hueco de un gapmer consiste de 8 nucleósidos enlazados. En ciertas realizaciones, el hueco de un gapmer consiste de 9 nucleósidos enlazados. En ciertas realizaciones, el hueco de un gapmer consiste de 10 nucleósidos enlazados. En ciertas realizaciones, el hueco de un gapmer consiste de 11 nucleósidos enlazados. En ciertas realizaciones, el hueco de un gapmer consiste de 12 nucleósidos enlazados.

En ciertas realizaciones, cada nucleósido del hueco de un gapmer es un 2'-desoxinucleósido. En ciertas realizaciones, el hueco comprende uno o más nucleósidos modificados. En ciertas realizaciones, cada nucleósido del hueco de un gapmer es un 2'-desoxinucleósido o es un nucleósido modificado que es "de tipo ADN". En tales realizaciones, "de tipo ADN" significa que el nucleósido tiene características similares al ADN, de tal manera que un dúplex que comprende el gapmer y una molécula de ARN es capaz de activar la ARNasa H. Por ejemplo, bajo ciertas condiciones, 2'-(ara)-F ha mostrado que apoya la activación de RNasa H y, por lo tanto, es de tipo ADN. En ciertas realizaciones, uno o más nucleósidos del hueco de un gapmer no es un 2'-desoxinucleósido y no es de tipo ADN. En ciertas de tales realizaciones, el gapmer no obstante admite la activación de RNasa H (por ejemplo, en virtud del número o colocación de los nucleósidos no ADN).

En ciertas realizaciones, los huecos comprenden un tramo de 2'-desoxinucleósido no modificado interrumpido por uno o más nucleósidos modificados, lo que da como resultado tres subregiones (dos tramos de uno o más 2'-desoxinucleósidos y un tramo de uno o más nucleósidos modificados de interrupción) En ciertas realizaciones, ningún tramo de 2'-desoxinucleósidos no modificados es más largo que 5, 6 o 7 nucleósidos. En ciertas realizaciones, tales tramos cortos se logran usando regiones de hueco cortas. En ciertas realizaciones, se logran tramos cortos interrumpiendo una región de hueco más larga.

En ciertas realizaciones, el hueco comprende uno o más nucleósidos modificados. En ciertas realizaciones, el hueco comprende uno o más nucleósidos modificados seleccionados entre cEt, FHNA, LNA y 2-tio-timidina. En ciertas realizaciones, el hueco comprende un nucleósido modificado. En ciertas realizaciones, el hueco comprende una fracción de azúcar 5'-sustituido seleccionada entre 5'-Me y 5'-(R)-Me. En ciertas realizaciones, el hueco comprende dos nucleósidos modificados. En ciertas realizaciones, el hueco comprende tres nucleósidos modificados. En ciertas realizaciones, el hueco comprende cuatro nucleósidos modificados. En ciertas realizaciones, el hueco comprende dos o más nucleósidos modificados y cada nucleósido modificado es igual. En ciertas realizaciones, el hueco comprende dos o más nucleósidos modificados y cada nucleósido modificado es diferente.

En ciertas realizaciones, el hueco comprende uno o más enlaces modificados. En ciertas realizaciones, el hueco comprende uno o más enlaces de metil fosfonato. En ciertas realizaciones, el hueco comprende dos o más enlaces modificados. En ciertas realizaciones, el hueco comprende uno o más enlaces modificados y uno o más nucleósidos modificados. En ciertas realizaciones, el hueco comprende un enlace modificado y un nucleósido modificado. En ciertas realizaciones, el hueco comprende dos enlaces modificados y dos o más nucleósidos modificados.

En ciertas realizaciones, el hueco comprende un motivo de nucleósido seleccionado entre los siguientes: DDDDDDD, DDDDDDDD, DDDDDDDDD, DXDDDDD, DXDDDDDD y DXDDDDDDD, en donde cada D es un desoxinucleósido no modificado y cada X es un nucleósido modificado.

En ciertas realizaciones, cada X comprende una fracción de azúcar 2'-desoxifuranosa no modificado. En ciertas realizaciones, cada X comprende una fracción de azúcar modificado. En ciertas realizaciones, cada X comprende una fracción de azúcar 2'-sustituido. En ciertas realizaciones, cada X comprende una fracción de azúcar 2'-sustituido seleccionada entre F, (ara)-F, OCH³y O(CH2)2-OCH3. En ciertas realizaciones, cada X comprende una fracción de azúcar 5'-sustituido. En ciertas realizaciones, cada X comprende un nucleósido de 2-tio-timidina. En ciertas realizaciones, cada X comprende una fracción de azúcar 5'-sustituido seleccionado entre 5'-Me y 5'-(R)-Me. En ciertas realizaciones, cada X comprende una fracción de azúcar bicíclico. En ciertas realizaciones, cada X comprende una fracción de azúcar bicíclico seleccionado entre cEt, cMOE, LNA, a-L-LNA, ENA y 2'-tio LNA. En ciertas realizaciones, cada X comprende una nucleobase modificada. En ciertas realizaciones, cada X comprende una nucleobase modificada seleccionada entre 2-tio-timidina y 5-propino-uridina. En ciertas realizaciones, cada X comprende un HNA. En ciertas realizaciones, cada C comprende un F-HNA. En ciertas realizaciones, X representa la localización de una única nucleobase diferenciadora.

vii. Ciertos motivos de gapmer

En ciertas realizaciones, un gapmer comprende un ala 5', un hueco y un ala 3', en donde el ala 5', el hueco y el ala 3' se seleccionan independientemente entre los analizados anteriormente. Por ejemplo, en ciertas realizaciones, un gapmer tiene un ala 5', y un hueco que tienen características seleccionadas entre cualquiera de las enumeradas en las tablas anteriores y cualquier ala 5' aparearse con cualquier hueco y cualquier ala 3' que tenga un motivo seleccionado de eeeekeke, eeekek y keeekee, en donde cada "e" es un nucleósido modificado con 2'MOE y cada "k" es un nucleósido modificado con cEt.

En ciertas realizaciones, un gapmer tiene un motivo de azúcar distinto de: -K-K-(D)9-K-K-E; E-E-E-E-K-(D)9-E-E-E-E-E; E-K-K-K-(D)9-K-K-K-E; K-E-E-K-(D)9-K-E-E-K; K-D-D-K-(D)9-K-D-D-K; K-E-K-E-K-(D)9-K-E-K-E-K; K-D-K-D-K-(D)9-K-D-K-D-K; E-K-E-K-(D)9-K-E-K-E; E-E-E-E-E-K-(D)8-E-E-E-E-E; or E-K-E-K-E-(D)9-E-K-E-K-E, E-E-E-K-K-(D)7-E-E-K, E-K-E-K-K-K-(D)7-K-E-K-E, E-K-E-K-E-K-(D)7-K-E-K-E, , en donde K es un nucleósido que comprende una fracción de azúcar cEt y E es un nucleósido que comprende una fracción de azúcar 2'-MOE.

viii. Ciertos motivos de enlace internucleosídico

En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos comprenden enlaces internucleosídicos modificados dispuestos a lo largo del oligonucleótido o región del mismo en un patrón definido o motivo de enlace internucleosídico modificado. En ciertas realizaciones, los enlaces internucleosídicos están dispuestos en un motivo con huecos, como se ha descrito anteriormente para el motivo de nucleósido. En tales realizaciones, los enlaces internucleosídicos en cada una de las dos regiones de ala son diferentes de los enlaces internucleosídicos en la región de hueco. En ciertas realizaciones, los enlaces internucleosídicos en las alas son fosfodiéster y los enlaces internucleosídicos en el hueco son fosforotioato. El motivo de nucleósido se selecciona independientemente, de modo que tales oligonucleótidos que tienen un motivo de enlace internucleosídico con huecos pueden tener o no un motivo de nucleósido con huecos y si tiene un motivo de nucleósido con huecos, las longitudes de ala y el hueco pueden ser o no iguales.

En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos comprenden una región que tiene un motivo de enlace internucleosídico alterno. En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos de la presente invención comprenden una región de enlaces internucleosídicos modificados uniformemente. En ciertas de tales realizaciones, el oligonucleótido comprende una región que está enlazada uniformemente por enlaces internucleosídicos de fosforotioato. En ciertas realizaciones, el oligonucleótido está enlazado de manera uniforme por fosforotioato. En ciertas realizaciones, cada enlace internucleosídico del oligonucleótido se selecciona de fosfodiéster y fosforotioato. En ciertas realizaciones cada enlace internucleosídico del oligonucleótido se selecciona de fosfodiéster y fosforotioato y por lo menos un enlace internucleosídico es fosforotioato.

En ciertas realizaciones, el oligonucleótido comprende por lo menos 6 enlaces internucleosídicos de fosforotioato. En ciertas realizaciones, el oligonucleótido comprende por lo menos 8 enlaces internucleosídicos de fosforotioato. En ciertas realizaciones, el oligonucleótido comprende por lo menos 10 enlaces internucleosídicos de fosforotioato. En ciertas realizaciones, el oligonucleótido comprende por lo menos un bloque de por lo menos 6 enlaces internucleosídicos de fosforotioato consecutivos. En ciertas realizaciones, el oligonucleótido comprende por lo menos un bloque de por lo menos 8 enlaces internucleosídicos de fosforotioato consecutivos. En ciertas realizaciones, el oligonucleótido comprende por lo menos un bloque de por lo menos 10 enlaces internucleosídicos de fosforotioato consecutivos. En ciertas realizaciones, el oligonucleótido comprende por lo menos un bloque de por lo menos 12 enlaces internucleosídicos de fosforotioato consecutivos. En ciertas de tales realizaciones, por lo menos uno de dichos bloques está localizado en el extremo 3' del oligonucleótido. En ciertas de tales realizaciones, por lo menos uno de tales bloques está localizado dentro de 3 nucleósidos del extremo 3' del oligonucleótido.

En ciertas realizaciones, el oligonucleótido comprende una mezcla de enlaces internucleosídicos de fosforotioato y enlaces internucleosídicos de fosfodiéster. En ciertas realizaciones, un oligonucleótido modificado tiene uno o más enlaces internucleosídicos de fosfodiéster en la región del ala 5' o en la región del ala 3'. En ciertas realizaciones, un oligonucleótido modificado tiene uno o más enlaces internucleosídicos de fosfodiéster en la región del ala 5' y cada uno de los enlaces internucleosídicos restantes comprende enlaces internucleosídicos de fosforotioato. En ciertas realizaciones, un oligonucleótido modificado tiene uno o más enlaces internucleosídicos de fosfodiéster en la región de ala 3' y cada uno de los enlaces internucleosídicos restantes comprenden enlaces internucleosídicos de fosforotioato. En ciertas realizaciones, un oligonucleótido modificado tiene uno o más enlaces internucleosídicos de fosfodiéster en la región de ala 5' y la región de ala 3' y cada uno de los enlaces internucleosídicos restantes comprende enlaces internucleosídicos de fosforotioato.

La siguiente tabla no limitativa ilustra adicionalmente ciertos motivos de enlace internucleosídico:

Tabla 1

continuación

en donde cada "E" es un nucleósido modificado con 2'MOE, cada "K" es un nucleósido modificado con cEt, cada "D" es un desoxinucleosido no modificado, cada "X" comprende una 2-tiotimidina, cada "s" es un enlace internucleosídico de fosforotioato y cada "o" es un enlace internucleosídico de fosfodiéster.

En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos comprenden uno o más enlaces de metilfosfonato. En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos que tienen un motivo de nucleósido gapmer comprenden un motivo de enlace que comprende todos los enlaces de fosforotioato excepto uno o dos enlaces de metilfosponato. En ciertas realizaciones, un enlace de metilfosponato está en el hueco central de un oligonucleótido que tiene un motivo de nucleósido gapmer.

i. Ciertos motivos de modificación

Los motivos de modificación definen oligonucleótidos por motivo de nucleósidos (motivo de azúcar y motivo de nucleobase) y motivo de enlace. Por ejemplo, ciertos oligonucleótidos tienen el siguiente motivo de modificación: A^sA^sA^sD^sD^sD^sD^s(ⁿD)^sD^sD^sD^sD^sB^sB^sB;

en donde cada A es un nucleósido modificado que comprende una fracción de azúcar 2'-sustituido; cada D es un 2'-desoxinucleósido no modificado; cada B es un nucleósido modificado que comprende una fracción de azúcar bicíclico; ND es un nucleósido modificado que comprende una nucleobase modificada; y s es un enlace internucleosídico de fosforotioato. Por tanto, el motivo del azúcar es un motivo gapmer. El motivo de modificación de nucleobase es una única nucleobase modificada en el 8° nucleósido desde el extremo 5'. Combinando el motivo de azúcar y el motivo de modificación de nucleobase, el motivo de nucleósido es un gapmer interrumpido donde el hueco del gapmer modificado con azúcar está interrumpido por un nucleósido que comprende una nucleobase modificada. El motivo de enlace es el fosforotioato uniforme.

La siguiente tabla no limitativa ilustra adicionalmente ciertos motivos de modificación:

Tabla 2

continuación

continuación

En ciertos casos, cada A comprende una fracción de azúcar modificado. En ciertos casos, cada A comprende una fracción de azúcar 2'-sustituido. En ciertos casos, cada A comprende una fracción de azúcar 2'-sustituido seleccionado entre F, (ara)-F, OCH3 y O(CH2)2-OCH3. En ciertos casos, cada A comprende una fracción de azúcar bicíclico. En ciertos casos, cada A comprende una fracción de azúcar bicíclico seleccionado entre cEt, cMOE, LNA, a-L-LNA, ENA y 2'-tio LNA. En ciertos casos, cada A comprende una nucleobase modificada. En ciertos casos, cada A comprende una nucleobase modificada seleccionada entre nucleósido de 2-tio-timidina y nucleósido de 5-propino-uridina. En ciertos casos, cada B comprende una fracción de azúcar modificado. En ciertos casos, cada B comprende una fracción de azúcar 2'-sustituido. En ciertos casos, cada B comprende una fracción de azúcar 2'-sustituido seleccionado entre F, (ara)-F, OCH³y O(CH2)2-OCH3. En ciertos casos, cada B comprende una fracción de azúcar bicíclico. En ciertos casos, cada B comprende una fracción de azúcar bicíclico seleccionado entre cEt, cMOE, LNA, a-L-LNA, ENA y 2'-tio LNA. En ciertos casos, cada B comprende una nucleobase modificada. En ciertos casos, cada B comprende una nucleobase modificada seleccionada entre nucleósido de 2-tio-timidina y nucleósido de 5-propino-urindina. En ciertos casos, cada A comprende un HNA. En ciertos casos, cada A comprende un F-HNA. En ciertos casos, cada "X" comprende una 2-tiotimidina, cada "s" comprende un enlace internucleosídico de fosforotioato, y cada "o" comprende un enlace internucleosídico de fosfodiéster.

En ciertos casos, B comprende una fracción de azúcar bicíclico, y A comprende una fracción de azúcar 2'-MOE. En ciertos casos, B es un nucleósido de LNA y A comprende una fracción de azúcar 2'-MOE. En ciertos casos, B es un nucleósido cEt y A comprende una fracción de azúcar 2'-MOE. En ciertos casos, B es un nucleósido de a-L-LNA y A comprende una fracción de azúcar 2 '-MOE. En ciertos casos, B es un nucleósido de LNA y A comprende una fracción de azúcar 2'-OMe. En ciertos casos, B es un nucleósido cEt y A comprende una fracción de azúcar con 2'-OMe. En ciertos casos, B es un nucleósido de a-L-LNA y A comprende una fracción de azúcar 2'-OMe.

En ciertos casos, A comprende una fracción de azúcar bicíclico, y B comprende una fracción de azúcar 2'-sustituido. En ciertos casos, A es un nucleósido de LNA y B comprende una fracción de azúcar 2'-sustituido. En ciertos casos, A es un nucleósido cEt y B comprende una fracción de azúcar 2'-sustituido. En ciertos casos, A es un nucleósido de a-L-LNA y B comprende una fracción de azúcar 2'-sustituido. En ciertos casos, A es un nucleósido cEt y B comprende una fracción de azúcar 2'-MOE.

Tabla 3

continuación

en donde cada "E" es un nucleósido modificado con 2'MOE, cada "K" es un nucleósido modificado con cEt, cada "D" es un desoxinucleósido no modificado, cada "X" comprende una 2-tiotimidina, cada "s" es un enlace internucleosídico de fosforotioato y cada "o" es un enlace internucleosídico de fosfodiéster.

d. Ciertas longitudes totales

La presente invención proporciona compuestos oligoméricos que incluyen oligonucleótidos de cualquiera de una variedad de intervalos de longitudes. La invención proporciona compuestos oligoméricos u oligonucleótidos que consisten de X a Y nucleósidos enlazados, donde X representa el menor número de nucleósidos en el intervalo e Y representa el mayor número de nucleósidos en el intervalo. En ciertas de tales realizaciones, X e Y se seleccionan cada uno independientemente de 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30; siempre que X<Y. Por ejemplo, en ciertas realizaciones, la invención proporciona compuestos oligoméricos que comprenden oligonucleótidos que consisten de 13 a 14, de 13 a 15, de 13 a 16, de 13 a 17, de 13 a 18, de 13 a 19, de 13 a 20, de 13 a 21, de 13 a 22, de 13 a 23, de 13 a 24, de 13 a 25, de 13 a 26, de 13 a 27, de 13 a 28, de 13 a 29, de 13 a 30, de 14 a 15, de 14 a 16, de 14 a 17, de 14 a 18, de 14 a 19, de 14 a 20, de 14 a 21, de 14 a 22, de 14 a 23, de 14 a 24, de 14 a 25, de 14 a 26, de 14 a 27, de 14 a 28, de 14 a 29, de 14 a 30, de 15 a 16, de 15 a 17, de 15 a 18, de 15 a 19, de 15 a 20, de 15 a 21, de 15 a 22, de 15 a 23, de 15 a 24, de 15 a 25, de 15 a 26, de 15 a 27, de 15 a 28, de 15 a 29, de 15 a 30, de 16 a 17, de 16 a 18, de 16 a 19, de 16 a 20, de 16 a 21, de 16 a 22, de 16 a 23, de 16 a 24, de 16 a 25, de 16 a 26, de 16 a 27, de 16 a 28, de 16 a 29, de 16 a 30, de 17 a 18, de 17 a 19, de 17 a 20, de 17 a 21, de 17 a 22, de 17 a 23, de 17 a 24, de 17 a 25, de 17 a 26, de 17 a 27, de 17 a 28, de 17 a 29, de 17 a 30, de 18 a 19, de 18 a 20, de 18 a 21, de 18 a 22, de 18 a 23, de 18 a 24, de 18 a 25, de 18 a 26, de 18 a 27, de 18 a 28, de 18 a 29, de 18 a 30, de 19 a 20, de 19 a 21, de 19 a 22, de 19 a 23, de 19 a 24, de 19 a 25, de 19 a 26, de 19 a 29, de 19 a 28, de 19 a 29, de 19 a 30, de 20 a 21, de 20 a 22, de 20 a 23, de 20 a 24, de 20 a 25, de 20 a 26, de 20 a 27, de 20 a 28, de 20 a 29, de 20 a 30, de 21 a 22, de 21 a 23, de 21 a 24, de 21 a 25, de 21 a 26, de 21 a 27, de 21 a 28, de 21 a 29, de 21 a 30, de 22 a 23, de 22 a 24, de 22 a 25, de 22 a 26, de 22 a 27, de 22 a 28, de 22 a 29, de 22 a 30, de 23 a 24, de 23 a 25, de 23 a 26, de 23 a 27, de 23 a 28, de 23 a 29, de 23 a 30, de 24 a 25, de 24 a 26, de 24 a 27, de 24 a 28, de 24 a 29, de 24 a 30, de 25 a 26, de 25 a 27, de 25 a 28, de 25 a 29, de 25 a 30, de 26 a 27, de 26 a 28, de 26 a 29, de 26 a 30, de 27 a 28, de 27 a 29, de 27 a 30, de 28 a 29, de 28 a 30, o de 29 a 30 nucleósidos enlazados. En realizaciones donde el número de nucleósidos de un compuesto oligomérico u oligonucleótido está limitado, ya sea a un intervalo a un número específico, el compuesto oligomérico u oligonucleótido puede comprender además sin embargo otros sustituyentes adicionales. Por ejemplo, un oligonucleótido que comprende 8-30 nucleósidos excluye los oligonucleótidos que tienen 31 nucleósidos, pero, a menos que se indique lo contrario, dicho oligonucleótido puede comprender además, por ejemplo, uno o más conjugados, grupos terminales, u otros sustituyentes. En ciertas realizaciones, un oligonucleótido gapmer tiene cualquiera de las longitudes anteriores.

Además, cuando un oligonucleótido se describe por un intervalo de longitud total y por regiones que tienen longitudes específicas, y donde la suma de las longitudes especificadas de las regiones es menor que el límite superior del intervalo de longitud total, el oligonucleótido puede tener nucleósidos adicionales, más allá de esos de las regiones especificadas, siempre que el número total de nucleósidos no exceda el límite superior del intervalo de longitud total.

e. Ciertos oligonucleótidos

En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos de los compuestos oligoméricos de la presente invención se caracterizan por su motivo de modificación y su longitud total. En ciertas realizaciones, tales parámetros son independientes entre sí. Por tanto, a menos que se indique lo contrario, cada enlace internucleosídico de un oligonucleótido que tiene un motivo de azúcar gapmer puede modificarse o no modificarse y puede seguir o no el patrón de modificación de gapmer de las modificaciones de azúcar. Por ejemplo, los enlaces internucleosídicos dentro de las regiones de ala de un gapmer de azúcar pueden ser iguales o diferentes entre sí y pueden ser iguales o diferentes de los enlaces internucleosídicos de la región de hueco. De igual manera, dichos oligonucleótidos de gapmer de azúcar pueden comprender una o más nucleobases modificadas independientemente del patrón de gapmer de las modificaciones de azúcar. Un experto en la técnica apreciará que tales motivos pueden combinarse para crear una variedad de oligonucleótidos. En la presente, si una descripción de un oligonucleótido o compuesto oligomérico es silenciosa con respecto a uno o más parámetros, dicho parámetro no está limitado. Por tanto, un compuesto oligomérico descrito como que solo tiene un motivo de azúcar de gapmer sin una descripción adicional puede tener cualquier longitud, motivo de enlace internucleosídico y motivo de modificación de nucleobase. A menos que se indique lo contrario, todas las modificaciones químicas son independientes de la secuencia de nucleobases.

f. Ciertos grupos conjugados

En ciertas realizaciones, los compuestos oligoméricos se modifican mediante la unión de uno o más grupos conjugados. En general, los grupos conjugados modifican una o más propiedades del compuesto oligomérico unido incluyendo, pero no limitadas a, farmacodinámica, farmacocinética, estabilidad, unión, absorción, distribución celular, absorción celular, carga y depuración. Los grupos conjugados se usan rutinariamente en las técnicas químicas y se enlazan directamente o mediante una fracción de enlace conjugado opcional o un grupo de enlace conjugado a un compuesto original como un compuesto oligomérico, como un oligonucleótido. Los grupos conjugados incluyen, sin limitación, intercaladores, moléculas informadoras, poliaminas, poliamidas, polietilenglicoles, tioéteres, poliéteres, colesteroles, tiocolesteroles, fracciones de ácido cólico, folato, lípidos, fosfolípidos, biotina, fenazina, fenantridina, antraquinona, adamantano, acridina, fluoresceínas, rodaminas, cumarinas y colorantes. Ciertos grupos conjugados se han descrito anteriormente, por ejemplo: fracción de colesterol (Letsinger et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1989, 86, 6553-6556), ácido cólico (Manoharan et al., Bioorg. Med. Chem. Let., 1994, 4, 1053-1060), un tioéter, por ejemplo, hexil-S-tritiltiol (Manoharan et al., Ann. N.Y. Acad. Sci., 1992, 660, 306-309; Manoharan et al., Bioorg. Med. Chem. Let., 1993, 3, 2765-2770), un tiocolesterol (Oberhauser et al., Nucl. Acids Res., 1992, 20, 533-538), una cadena alifática, por ejemplo, do-decan-diol o residuos undecilo (Saison-Behmoaras et al., EMBO J., 1991, 10, 1111 -1118; Kabanov et al., FEBS Lett, 1990, 259, 327-330; Svinarchuk et al., Biochimie, 1993, 75, 49-54), un fosfolípido, por ejemplo, di-hexadecilo -rac-glicerol o trietil-amonio 1, 2-di-O-hexadecil-rac-glicero-3-H-fosfonato (Manoharan et al., Tetrahedron Lett., 1995, 36, 3651-3654; Shea et al., Nucl. Acids Res., 1990, 18, 3777-3783), una cadena de poliamina o polietilenglicol (Manoharan et al., Nucleosides & Nucleotides, 1995, 14, 969-973), o ácido acético de adamantano (Manoharan et al., Tetrahedron Lett., 1995, 36, 3651 -3654), una fracción de palmitilo (Mishra et al., Biochim. Biophys Acta, 1995, 1264, 229-237), o una fracción de octadecilamina o hexilamino-carbonil-oxicocolesterol (Crooke et al., J. Pharmacol. Exp. Ther., 1996, 277, 923-937).

En ciertas realizaciones, un grupo conjugado comprende una sustancia farmacológica activa, por ejemplo, aspirina, warfarina, fenilbutazona, ibuprofeno, suprofeno, fen-bufeno, ketoprofeno, (S)-(+)-pranoprofeno, carprofeno, dansilsarcosina, ácido 2,3,5-triiodobenzoico, ácido flufenámico, ácido folínico, una benzotiadiazida, clorotiazida, una diazepina, indo-meticina, un barbitúrico, una cefalosporina, una sulfamida, un antidiabético, un antibacteriano o un antibiótico.

En ciertas realizaciones, los grupos conjugados están unidos directamente a oligonucleótidos en compuestos oligoméricos. En ciertas realizaciones, los grupos conjugados están unidos a oligonucleótidos mediante un grupo de enlace conjugado. En ciertas de tales realizaciones, los grupos de enlace conjugados, que incluyen, pero no están limitados a, fracciones de enlace bifuncionales como los conocidos en la técnica son susceptibles a los compuestos divulgados en la presente. Los grupos de enlace conjugados son útiles para la unión de grupos conjugados, como grupos estabilizadores químicos, grupos funcionales, grupos informadores y otros grupos a sitios selectivos en un compuesto original como, por ejemplo, un compuesto oligomérico. En general, una fracción de enlace bifuncional comprende una fracción de hidrocarbilo que tiene dos grupos funcionales. Uno de los grupos funcionales se selecciona para unirse a una molécula original o compuesto de interés y el otro se selecciona para unirse esencialmente a cualquier grupo seleccionado, como un grupo funcional químico o un grupo conjugado. En algunas realizaciones, el conector conjugado comprende una estructura de cadena o un oligómero de unidades de repetición como unidades de etilenglicol o de aminoácidos. Los ejemplos de grupos funcionales que se usan rutinariamente en una fracción de enlace bifuncional incluyen, pero no están limitados a, electrófilos para reaccionar con grupos nucleófilos y nucleófilos para reaccionar con grupos electrófilos. En algunas realizaciones, las fracciones de enlace bifuncionales incluyen amino, hidroxilo, ácido carboxílico, tiol, insaturaciones (por ejemplo, enlaces dobles o triples) y similares.

Algunos ejemplos no limitativos de fracciones de enlace conjugadas incluyen pirrolidina, ácido 8-amino-3,6-dioxaoctanoico (ADO), succinimidil 4-(N-maleimidometil) ciclohexano-1-carboxilato (SMCC) y ácido 6-aminohexanoico (AHEX o AHA). Otros grupos de enlace incluyen, pero no están limitados a, alquilo C¹-C¹⁰sustituido, alquenilo C²-C¹⁰sustituido o no sustituido o alquinilo C²-C¹⁰sustituido o no sustituido, en donde una lista no limitativa de grupos sustituyentes preferidos incluyen hidroxilo, amino, alcoxi, carboxi, bencilo, fenilo, nitro, tiol, tioalcoxi, halógeno, alquilo, arilo, alquenilo y alquinilo.

Los grupos conjugados pueden estar unidos a uno o ambos extremos de un oligonucleótido (grupos conjugados terminales) y/o en cualquier posición interna.

En ciertas realizaciones, los grupos conjugados están en el extremo 3' de un oligonucleótido de un compuesto oligomérico. En ciertas realizaciones, los grupos conjugados están cerca del extremo 3'. En ciertas realizaciones, los conjugados están unidos al extremo 3' de un compuesto oligomérico, pero antes de uno o más nucleósidos del grupo terminal. En ciertas realizaciones, los grupos conjugados se colocan dentro de un grupo terminal.

La presente invención proporciona compuestos oligoméricos. En ciertas realizaciones, un compuesto oligomérico comprende un oligonucleótido y uno o más grupos conjugados y/o terminales. Dichos grupos conjugados y/o terminales pueden añadirse a oligonucleótidos que tengan cualquiera de los motivos analizados anteriormente. Así, por ejemplo, un compuesto oligomérico que comprende un oligonucleótido que tiene una región de nucleósidos alternos puede comprender un grupo terminal.

C. Compuestos antisentido

En ciertas realizaciones, los compuestos oligoméricos divulgados en la presente son compuestos antisentido. Tales compuestos antisentido son capaces de hibridar con un ácido nucleico objetivo, dando como resultado por lo menos una actividad antisentido. En ciertas realizaciones, los compuestos antisentido hibridan específicamente con uno o más ácidos nucleicos objetivo. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido que hibrida específicamente tiene una secuencia de nucleobases que comprende una región que tiene suficiente complementariedad con un ácido nucleico objetivo para permitir la hibridación y dar como resultado una actividad antisentido e insuficiente complementariedad con cualquier no objetivo para evitar la hibridación no específica con cualquier secuencias de ácido nucleico no objetivo en condiciones en las que se desea la hibridación específica (por ejemplo, en condiciones fisiológicas para usos in vivo o terapéuticos, y en condiciones en las que se realizan ensayos en el caso de ensayos in vitro).

En ciertas realizaciones, los compuestos antisentido que comprenden oligonucleótidos que son completamente complementarios con el ácido nucleico objetivo en toda la longitud del oligonucleótido. En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos son 99% complementarios con el ácido nucleico objetivo. En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos son 95% complementarios con el ácido nucleico objetivo. En ciertas realizaciones, dichos oligonucleótidos son 90% complementarios con el ácido nucleico objetivo.

En ciertas realizaciones, dichos oligonucleótidos son 85% complementarios con el ácido nucleico objetivo. En ciertas realizaciones, dichos oligonucleótidos son 80% complementarios con el ácido nucleico objetivo. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido comprende una región que es completamente complementaria con un ácido nucleico objetivo y es por lo menos 80% complementaria con el ácido nucleico objetivo en toda la longitud del oligonucleótido. En ciertas de tales realizaciones, la región de complementariedad completa tiene de 6 a 14 nucleobases de longitud.

a. Ciertas actividades y mecanismos antisentido

En ciertas actividades antisentido, la hibridación de un compuesto antisentido da como resultado el reclutamiento de una proteína que escinde el ácido nucleico objetivo. Por ejemplo, ciertos compuestos antisentido dan como resultado la escisión mediada por RNasa H del ácido nucleico objetivo. RNasa H es una endonucleasa celular que escinde la cadena de ARN de un dúplex ARN:ADN. El "ADN" en tal dúplex ARN:ADN, no necesita ser ADN no modificado. En ciertas realizaciones, los compuestos antisentido que son suficientemente "de tipo ADN" para provocar la actividad de RNasa H. Dichos compuestos antisentido de tipo ADN incluyen, pero no están limitados a, gapmers que tienen fracciones de azúcar desoxifuronosa no modificado en los nucleósidos del hueco y fracciones de azúcar modificado en los nucleósidos de las alas.

Las actividades antisentido pueden observarse directa o indirectamente. En ciertas realizaciones, la observación o detección de una actividad antisentido implica la observación o detección de un cambio en una cantidad de un ácido nucleico o proteína objetivo codificada por dicho ácido nucleico objetivo; un cambio en la proporción de variantes de corte y empalme de un ácido nucleico o proteína; y/o un cambio fenotípico en una célula o animal.

En ciertas realizaciones, los compuestos que comprenden oligonucleótidos que tienen un motivo de nucleósido gapmer descrito en la presente tienen propiedades deseables en comparación con oligonucleótidos no gapmer o con gapmers que tienen otros motivos. En ciertas circunstancias, es deseable identificar motivos que den como resultado una combinación favorable de actividad antisentido potente y toxicidad relativamente baja. En ciertas realizaciones, los compuestos de la presente invención tienen un índice terapéutico favorable (medida de actividad dividida por la medida de toxicidad).

b. Ciertos compuestos antisentido selectivos

En ciertas realizaciones, los compuestos antisentido divulgados en la presente son selectivos para un objetivo en relación con un ácido nucleico no objetivo. En ciertas realizaciones, los compuestos antisentido divulgados en la presente son selectivos para un objetivo en relación con uno o más ácidos nucleicos no objetivo. En ciertas realizaciones, las secuencias de nucleobases de los ácidos nucleicos objetivo y no objetivo difieren en no más de 4 nucleobases diferenciadoras en la región objetivo. En ciertas realizaciones, las secuencias de nucleobases de los ácidos nucleicos objetivo y no objetivo difieren en no más de 3 nucleobases diferenciadoras en la región objetivo. En ciertas realizaciones, las secuencias de nucleobases de los ácidos nucleicos objetivo y no objetivo difieren en no más de 2 nucleobases diferenciadoras en la región objetivo. En ciertas realizaciones, las secuencias de nucleobases de los ácidos nucleicos objetivo y no objetivo difieren en una sola nucleobase diferenciadora en la región objetivo. En ciertas realizaciones, las secuencias de nucleobase de los ácidos nucleicos objetivo y no objetivo son idénticas en la región objetivo.

En ciertas realizaciones, los ácidos nucleicos objetivo y no objetivo son transcritos de diferentes genes. En ciertas realizaciones, el ácido nucleico objetivo es un transcrito del gen de huntingtina y el ácido nucleico no objetivo es un transcrito de un gen diferente. En ciertas realizaciones, el ácido nucleico no objetivo es un transcrito de un gen que codifica el receptor de proteína morfogenética ósea, tipo IA y el ácido nucleico objetivo es un transcrito de un gen diferente. En ciertas realizaciones, el ácido nucleico objetivo es un transcrito del gen huntingtina y el ácido nucleico no objetivo es un transcrito de un gen que codifica el receptor de proteína morfogenética ósea, tipo IA. En ciertas realizaciones, los ácidos nucleicos objetivo y no objetivo son alelos diferentes para el mismo gen. En ciertas realizaciones, la introducción de un malapareamiento entre un compuesto antisentido y un ácido nucleico no objetivo puede alterar el sitio de escisión de la RNasa H de un ácido nucleico objetivo en comparación con un ácido nucleico no objetivo. En ciertas realizaciones, los ácidos nucleicos objetivo y no objetivo no están funcionalmente relacionados entre sí (por ejemplo, son transcritos de genes diferentes). En ciertas realizaciones, los ácidos nucleicos objetivo y no objetivo son variantes alélicas entre sí. En ciertas realizaciones, la variante alélica contiene un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP). En ciertas realizaciones, un SNP está asociado con un alelo mutante. En ciertas realizaciones, un SNP mutante está asociado con una enfermedad. En ciertas realizaciones, un SNP mutante está asociado con una enfermedad, pero no es causante de la enfermedad. En ciertas realizaciones, la expresión de ARNm y proteína de un alelo mutante está asociado con una enfermedad.

La selectividad de los compuestos antisentido se logra, principalmente, por la complementariedad de nucleobases. Por ejemplo, si un compuesto antisentido no tiene malapareamientos para un ácido nucleico objetivo y uno o más malapareamientos para un ácido nucleico no objetivo, resultará en cierta cantidad de selectividad para el ácido nucleico objetivo. En ciertas realizaciones, en la presente se divulgan compuestos antisentido con selectividad mejorada (por ejemplo, la proporción de actividad para el objetivo con la actividad para el no objetivo es mayor). Por ejemplo, en ciertas realizaciones, un nucleósido selectivo comprende una característica particular o combinación de características (por ejemplo, modificación química, motivo, colocación de nucleósido selectivo y/o región autocomplementaria) que aumenta la selectividad de un compuesto antisentido en comparación con un compuesto antisentido que no tiene esa característica o combinación de características. En ciertas realizaciones, dicha característica o combinación de características aumenta la actividad antisentido para el objetivo. En ciertas realizaciones, dicha característica o combinación de características disminuye la actividad para el objetivo, pero disminuye la actividad para el no objetivo en una cantidad mayor, dando como resultado por tanto un aumento en la selectividad.

Sin estar limitado por el mecanismo, la selectividad mejorada puede ser el resultado de una mayor diferencia en la afinidad de un compuesto antisentido por su objetivo en comparación con su afinidad por el no objetivo y/o una diferencia mayor en la actividad de la RNasa H por los dúplex resultantes. Por ejemplo, en ciertas realizaciones, un compuesto antisentido selectivo comprende un nucleósido modificado en la misma posición que una nucleobase diferenciadora (es decir, el nucleósido selectivo está modificado). Esa modificación puede aumentar la diferencia en la afinidad de unión del compuesto antisentido para el objetivo con respecto al no objetivo. Además o alternativamente, la modificación química puede aumentar la diferencia en la actividad de ARNasa H para el dúplex formado por el compuesto antisentido y su objetivo en comparación con la actividad de RNasa para el dúplex formado por el compuesto antisentido y el no objetivo. Por ejemplo, la modificación puede exagerar una estructura que es menos compatible para que la RNasa H se una, escinda y/o libere el no objetivo.

En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido se une a su objetivo pretendido para formar un dúplex objetivo. En ciertas realizaciones, la RNasa H escinde el ácido nucleico objetivo del dúplex objetivo. En ciertas de tales realizaciones, hay un sitio de escisión primario entre dos nucleósidos particulares del ácido nucleico objetivo (el sitio de escisión objetivo primario), que representa la mayor cantidad de escisión del ácido nucleico objetivo. En ciertas realizaciones, hay uno o más sitios secundarios de escisión objetivo. En ciertas realizaciones, el mismo compuesto antisentido hibrida con un no objetivo para formar un dúplex no objetivo. En ciertas de tales realizaciones, el no objetivo difiere del objetivo en una sola nucleobase dentro de la región objetivo, por lo que el compuesto antisentido hibrida con un único malapareamiento. Debido al malapareamiento, en ciertas realizaciones, la escisión de RNasa H del no objetivo puede reducirse en comparación con la escisión del objetivo, pero todavía se produce. Sin embargo, en ciertas realizaciones, el sitio primario de esa escisión del ácido nucleico no objetivo (sitio de escisión primario no objetivo) es diferente del del objetivo. Es decir, el sitio primario se desplaza debido al malapareamiento. En tal circunstancia, puede usarse una modificación colocada en el compuesto antisentido para interrumpir la escisión de RNasa H en el sitio de escisión primario no objetivo. Dicha modificación dará como resultado una escisión reducida del no objetivo, pero dará como resultado poca o ninguna disminución en la escisión del objetivo. En ciertas realizaciones, la modificación es un azúcar, nucleobase y/o enlace modificado.

En ciertas realizaciones, el sitio de escisión primario no objetivo es hacia el extremo 5'del compuesto antisentido, y el extremo 5' de un compuesto antisentido puede modificarse para evitar la escisión de RNasaH. De esta manera, se cree que un experto en la técnica puede modificar el extremo 5' de un compuesto antisentido, o modificar los nucleósidos en la región de hueco del extremo 5' del compuesto antisentido, o modificar los nucleósidos de la región 5' más 3' del compuesto antisentido para inhibir selectivamente la escisión de RNasa H del dúplex de ácido nucleico no objetivo mientras se retiene la escisión de RNasa H del dúplex de ácido nucleico objetivo. En ciertas realizaciones, 1-3 de los nucleósidos de la región 5' más 3' del compuesto antisentido comprende una fracción de azúcar bicíclico.

Por ejemplo, en ciertas realizaciones, el ácido nucleico objetivo puede tener una variante alélica, por ejemplo, un ácido nucleico no objetivo, que contiene un polimorfismo de un solo nucleótido. Puede diseñarse un compuesto antisentido que tiene un único malapareamiento de nucleobases del ácido nucleico no objetivo, pero que tiene complementariedad completa con el ácido nucleico objetivo. El malapareamiento entre el compuesto antisentido y el ácido nucleico no objetivo puede desestabilizar el dúplex de ácido nucleico no objetivo compuesto antisentido y, en consecuencia, el sitio de escisión de RNasaH puede desplazarse en sentido ascendente hacia el extremo 5' del compuesto antisentido. La modificación del extremo 5' del compuesto antisentido o la región de hueco cerca del extremo 5' del compuesto antisentido, o uno o más de los nucleósidos más 3' de la región del ala 5', evitará entonces la escisión de RNasaH del ácido nucleico no objetivo. Como el ácido nucleico objetivo es completamente complementario con el compuesto antisentido, el compuesto antisentido y el ácido nucleico objetivo formarán un dúplex de ácido nucleico objetivo-compuesto antisentido más estabilizado y el sitio de escisión de RnasaH estará más en sentido descendente, hacia el extremo 3' del compuesto antisentido. Por consiguiente, las modificaciones en el extremo 5' del compuesto antisentido evitarán la escisión de RNasaH del ácido nucleico no objetivo, pero no afectarán sustancialmente a la escisión de RNasaH del ácido nucleico objetivo, y puede lograrse la selectividad entre un ácido nucleico objetivo y su variante alélica. En ciertas realizaciones, uno o más de los nucleósidos más 3' de la región de ala 5' comprende una fracción de azúcar bicíclico. En ciertas realizaciones, uno o más de los nucleósidos más 3' de la región de ala 5' comprende una fracción de azúcar bicíclico seleccionado de cEt y LNA. En ciertas realizaciones, uno o más de los nucleósidos más 3' de la región de ala 5' comprende cEt. En ciertas realizaciones, uno o más de los nucleósidos más 3' de la región del ala 5' comprende LNA.

En ciertas realizaciones, la introducción de un malapareamiento entre un compuesto antisentido y un ácido nucleico objetivo puede alterar el sitio de escisión de RNasa H de un ácido nucleico objetivo en comparación con un ácido nucleico no objetivo desplazando el sitio de escisión de RNasaH en sentido descendente del sitio de malapareamiento y hacia el extremo 3' del compuesto antisentido. En ciertas realizaciones donde el sitio de escisión de un ácido nucleico objetivo en comparación con un ácido nucleico no objetivo se ha desplazado en sentido descendente hacia el extremo 3' del compuesto antisentido, el extremo 3' de un compuesto antisentido puede modificarse para evitar la escisión de RNasaH. De esta manera, se piensa que un experto en la técnica puede modificar el extremo 3' de un compuesto antisentido, o modificar los nucleósidos en la región de hueco cerca del extremo 3' del compuesto antisentido, para inhibir selectivamente la escisión de RNasa H del ácido nucleico no objetivo a la vez que se retiene la escisión de RNasa H del ácido nucleico objetivo.

Por ejemplo, en ciertas realizaciones, el ácido nucleico objetivo puede tener una variante alélica, por ejemplo, un ácido nucleico no objetivo, que contiene un polimorfismo de un solo nucleótido. Puede diseñarse un compuesto antisentido que tenga un solo malapareamiento de nucleobases del ácido nucleico no objetivo, pero que tenga complementariedad completa con el ácido nucleico objetivo. El malapareamiento entre el compuesto antisentido y el ácido nucleico no objetivo puede desestabilizar el dúplex de ácido nucleico no objetivo-compuesto antisentido y, en consecuencia, el sitio de escisión de RNasaH puede desplazarse en sentido descendente hacia el extremo 3' del compuesto antisentido. La modificación del extremo 3' del compuesto antisentido, o uno o más de los nucleósidos más 5' de la región de ala 3', o la región de hueco del compuesto antisentido cerca del extremo 3' entonces evitará la escisión de RNasaH del ácido nucleico no objetivo. Como el ácido nucleico objetivo es completamente complementario con el compuesto antisentido, el compuesto antisentido y el ácido nucleico objetivo formarán un dúplex de ácido nucleico objetivo-compuesto antisentido más estabilizado y el sitio de escisión de RnasaH estará más arriba, hacia el extremo 5' del compuesto antisentido. En consecuencia, las modificaciones en el extremo 3' del compuesto antisentido evitarán la escisión de RNasaH del ácido nucleico no objetivo, pero no afectarán sustancialmente a la escisión de RNasaH del ácido nucleico objetivo, y se logrará la selectividad entre un ácido nucleico objetivo y su variante alélica. En ciertas realizaciones, uno o más de los nucleósidos más 5' de la región del ala 3' comprende una fracción de azúcar bicíclico. En ciertas realizaciones, uno o más de los nucleósidos más 5' del ala 3' comprende una fracción de azúcar bicíclico seleccionado de cEt y LNA. En ciertas realizaciones, uno o más de los nucleósidos más 5' de la región del ala 3' comprende cEt. En ciertas realizaciones, uno o más de los nucleósidos más 5' de la región del ala 3' comprenden LNA.

En ciertas realizaciones, la selectividad de los compuestos antisentido que tienen ciertos huecos, por ejemplo huecos de 7 nucleósidos o más largos, puede mejorarse mediante la adición de uno o más nucleósidos bicíclicos en el nucleósido del ala 5' más 3'. En ciertas realizaciones, la selectividad de los compuestos antisentido que tienen ciertos huecos, por ejemplo huecos de 7 nucleósidos o más largos, puede mejorarse mediante la adición de dos o más nucleósidos bicíclicos en el nucleósido del ala 5' más 3'. En ciertas realizaciones, la selectividad de los compuestos antisentido que tienen ciertos huecos, por ejemplo huecos de 7 nucleósidos o más largos, puede mejorarse mediante la adición de un nucleósido bicíclico en el nucleósido 5' más 3'. En ciertas realizaciones, la selectividad de compuestos antisentido que tienen ciertos huecos, por ejemplo huecos de 7 nucleósidos o más largos, puede mejorarse mediante la adición de dos nucleósidos bicíclicos en el nucleósido del ala 5' más 3'. En ciertas realizaciones, la selectividad de los compuestos antisentido que tienen ciertos huecos, por ejemplo, huecos de 7 nucleósidos o más largos, puede mejorarse mediante la adición de tres nucleósidos bicíclicos en el nucleósido del ala 5' más 3'. En ciertas realizaciones, la selectividad de los compuestos antisentido que tienen ciertos huecos, por ejemplo huecos de 7 nucleósidos o más, puede mejorarse mediante la adición de cuatro nucleósidos bicíclicos en el nucleósido de ala 5' más 3'. En ciertas realizaciones, la selectividad de los compuestos antisentido que tienen ciertos huecos, por ejemplo huecos de 7 nucleósidos o más largos , puede mejorarse mediante la adición de cinco nucleósidos bicíclicos en el nucleósido de ala 5' más 3'. En ciertas realizaciones analizadas anteriormente, los nucleósidos bicíclicos en el nucleósido del ala 5' más 3' se seleccionan entre cEt, cMOE, LNA, a-LNA, ENA y 2'-tio

LNA. En ciertas realizaciones analizadas anteriormente, los nucleósidos bicíclicos en el nucleósido de ala 5' más 3' comprenden cEt. En ciertas realizaciones analizadas anteriormente, los nucleósidos bicíclicos en el nucleósido del ala 5' más 3' comprenden LNA.

En ciertas realizaciones, la selectividad de los compuestos antisentido que tienen ciertos huecos, por ejemplo huecos de 7 nucleósidos o más largos, puede mejorarse mediante la adición de uno o más nucleósidos bicíclicos en el nucleósido del ala 5' más 3' y la adición de uno o más más nucleósidos bicíclicos en el nucleósido del ala 3' más 5'. En ciertas realizaciones, la selectividad de los compuestos antisentido que tienen ciertos huecos, por ejemplo, huecos de 7 nucleósidos o más, puede mejorarse mediante la adición de dos o más nucleósidos bicíclicos en el nucleósido del ala 5' más 3' y la adición de uno o más nucleósidos bicíclicos en el nucleósido del ala 5' más 3'.

En ciertas realizaciones, la selectividad de compuestos antisentido que tienen ciertos huecos, por ejemplo huecos de

7 nucleósidos o más largos, puede mejorarse mediante la adición de un nucleósido bicíclico en el nucleósido del ala

5' más 3' y la adición de uno o más nucleósidos bicíclicos en el nucleósido del ala 3' más 5'. En ciertas realizaciones, la selectividad de los compuestos antisentido que tienen ciertos huecos, por ejemplo huecos de 7 nucleósidos o más largos, puede mejorarse mediante la adición de dos nucleósidos bicíclicos en el nucleósido del ala 5' más 3' y la adición de uno o más bicíclicos nucleósidos en el nucleósido del ala 3' más 5'. En ciertas realizaciones, la selectividad de los compuestos antisentido que tienen ciertos huecos, por ejemplo huecos de 7 nucleósidos o má largos, puede mejorarse mediante la adición de tres nucleósidos bicíclicos en el nucleósido del ala 5' más 3' y la adición de uno o más nucleósidos bicíclicos en el nucleósido del ala 3' más 5'. En ciertas realizaciones, la selectividad de compuestos antisentido que tienen ciertos huecos, por ejemplo, huecos de 7 nucleósidos o más largos, pueden mejorarse mediante la adición de cuatro nucleósidos bicíclicos en el nucleósido del ala 5' más 3' y la adición de uno o más nucleósidos bicíclicos en el nucleósido del ala 3' más 5'. En ciertas realizaciones, la selectividad de los compuestos antisentido que tienen ciertos huecos, por ejemplo huecos de 7 nucleósidos o má largos, puede mejorarse mediante la adición de cuatro nucleósidos bicíclicos en el nucleósido del ala 5' más 3' y la adición de uno o más nucleósidos bicíclicos en el nucleósido del ala 3' más 5'.

En ciertas realizaciones, la selectividad de los compuestos antisentido que tienen ciertos huecos, por ejemplo, huecos de 7 nucleósidos o más cortos, puede mejorarse mediante la adición de uno o más nucleósidos bicíclicos en el nucleósido del ala 5' más 3'. En ciertas realizaciones, la selectividad de los compuestos antisentido que tienen ciertos huecos, por ejemplo, huecos de 7 nucleósidos o más cortos, puede mejorarse mediante la adición de dos o más nucleósidos bicíclicos en el nucleósido del ala 5' más 3'. En ciertas realizaciones, la selectividad de compuestos antisentido que tienen ciertos huecos, por ejemplo huecos de 7 nucleósidos o más cortos, puede mejorarse mediante la adición de un nucleósido bicíclico en el nucleósido del ala 5' más 3'. En ciertas realizaciones, la selectividad de compuestos antisentido que tienen ciertos huecos, por ejemplo huecos de 7 nucleósidos o más cortos, puede mejorarse mediante la adición de dos nucleósidos bicíclicos en el nucleósido del ala 5' más 3'. En ciertas realizaciones, la selectividad de los compuestos antisentido que tienen ciertos huecos, por ejemplo, huecos de 7 nucleósidos o más cortos, puede mejorarse mediante la adición de tres nucleósidos bicíclicos en el nucleósido de ala 5' más 3'. En ciertas realizaciones, la selectividad de los compuestos antisentido que tienen ciertos huecos, por ejemplo, huecos de 7 nucleósidos o más cortos, puede mejorarse mediante la adición de cuatro nucleósidos bicíclicos en el nucleósido de ala 5' más 3'. En ciertas realizaciones, la selectividad de los compuestos antisentido que tienen ciertos huecos, por ejemplo, huecos de 7 nucleósidos o más cortos, puede mejorarse mediante la adición de cinco nucleósidos bicíclicos en el nucleósido de ala 5' más 3'. En ciertas realizaciones analizadas anteriormente, los nucleósidos bicíclicos en el nucleósido del ala 5' más 3' se seleccionan entre cEt, cMOE, LNA, a-LNA, ENA y 2'-tio LNA. En ciertas realizaciones analizadas anteriormente, los nucleósidos bicíclicos en el nucleósido del ala 5' más

3' comprenden cEt. En ciertas realizaciones analizadas anteriormente, los nucleósidos bicíclicos en el nucleósido del ala 5' más 3' comprenden LNA.

En ciertas realizaciones, por ejemplo, en ciertas realizaciones descritas anteriormente, el ácido nucleico objetivo puede tener una variante alélica, por ejemplo, un ácido nucleico no objetivo, que contiene un polimorfismo de un solo nucleótido. Puede diseñarse un compuesto antisentido que tenga un único malapareamiento de nucleobases a partir del ácido nucleico no objetivo, pero que tenga complementariedad completa con el ácido nucleico objetivo, y que también tenga uno o más malapareamientos hacia cualquier otro ácido nucleico no objetivo.

De esta manera, un experto en la técnica puede diseñar un compuesto antisentido selectivo que tenga una complementariedad completa con el ácido nucleico objetivo, un único malapareamiento con su variante alélica, y uno o más malapareamientos con cualquier otro ácido nucleico no objetivo.

En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido selectivo que tiene un solo malapareamiento de nucleobases con respecto a su variante alélica (por ejemplo, un nucleico no objetivo que tiene un único malapareamiento de nucleobases del ácido nucleico objetivo) puede, en base a su secuencia de nucleobases, tener complementariedad completa con uno o más de otros ácidos nucleicos no objetivo. En tales ciertas realizaciones, la secuencia del compuesto antisentido selectivo puede moverse hacia en sentido ascendente o descendente, siempre que el compuesto antisentido selectivo tenga un único malapareamiento de nucleobases con respecto a su variante alélica. Por ejemplo, en ciertas realizaciones, la 6a nucleobase del extremo 5 'del compuesto antisentido selectivo representa el único malapareamiento de nucleobases con respecto a su variante alélica. Puede diseñarse entonces

un nuevo compuesto antisentido selectivo en el que la secuencia del compuesto antisentido selectivo se desplaza más cerca del extremo 5', y en el que la 3a nucleobase del extremo 5' del compuesto antisentido selectivo de nuevo diseño representa el único malapareamiento de nucleobases con respecto a su variante alélica. De esta manera, el compuesto antisentido selectivo de nuevo diseño continuará teniendo un único malapareamiento de nucleobases con respecto a su variante alélica, pero ahora el compuesto antisentido selectivo de nuevo diseño puede tener 1 o más malapareamientos con otros ácidos nucleicos no objetivo. Como el ácido nucleico objetivo difiere de su variante alélica solo por un único malapareamiento de nucleobases, puede mantenerse la complementariedad completa entre el compuesto antisentido selectivo y el ácido nucleico objetivo, a la vez que se reduce la complementariedad entre el compuesto antisentido selectivo y otros ácidos nucleicos no objetivo. En ciertas realizaciones, tales modificaciones no tendrán un impacto o solo tendrán un pequeño impacto sobre la selectividad del compuesto antisentido selectivo con respecto a su variante alélica, pero reducirán la selectividad del compuesto antisentido selectivo con respecto a otros ácidos nucleicos no objetivo.

Cualquiera de las modificaciones analizadas en la presente puede usarse para diseñar un compuesto antisentido selectivo que reduzca la cantidad o actividad de un ácido nucleico objetivo, a la vez que tenga poca o ninguna selectividad hacia la variante alélica del ácido nucleico objetivo o cualquier otro ácido nucleico no objetivo. En ciertas realizaciones, el ácido nucleico objetivo es un transcrito del gen de huntingtina y el ácido nucleico no objetivo es un transcrito de un gen que codifica el receptor de proteína morfogenética ósea, tipo IA. En ciertas realizaciones, el ácido nucleico objetivo es un transcrito de un gen de huntingtina mutante y el ácido nucleico no objetivo es un transcrito de un gen de hungtintina normal. En ciertas realizaciones, el ácido nucleico objetivo es un transcrito de un gen de hungtintina mutante y un ácido nucleico no objetivo es un transcrito de un gen de hungtintina normal y otro ácido nucleico no objetivo es un ácido nucleico que codifica el receptor de proteína morfogénica ósea, tipo IA.

En ciertas realizaciones, es deseable tener un compuesto antisentido selectivo que reduzca selectivamente la cantidad o actividad de un ácido nucleico objetivo y que no reduzca significativamente la cantidad o actividad de ningún otro ácido nucleico no objetivo. En ciertas realizaciones, es deseable tener un compuesto antisentido selectivo que reduzca selectivamente la cantidad o actividad de un ácido nucleico objetivo asociada con la enfermedad de Huntington y que no reduzca significativamente la cantidad o actividad de cualquier otro ácido nucleico no objetivo, por ejemplo BMPR1A.

En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido selectivo que reduce selectivamente la cantidad o actividad de alelo de huntingtina mutante asociado con un SNP puede alinearse estrechamente con la secuencia de nucleobases de otro ácido nucleico no objetivo. Por ejemplo, en ciertas realizaciones, un compuesto antisentido puede ser complementario a un ácido nucleico objetivo que corresponde a un alelo de huntingtina mutante asociado con un SNP, y este alelo de huntingtina mutante asociado con un SNP puede tener un alto grado de homología con otro ácido nucleico no objetivo. Por ejemplo, en ciertas realizaciones, un compuesto antisentido puede ser complementario con un ácido nucleico objetivo que corresponde a un alelo de huntingtina mutante asociado con un SNP, y también complementario con un ácido nucleico no objetivo que codifica el receptor de proteína morfogenética ósea, tipo IA. Por ejemplo, en ciertas realizaciones, un compuesto antisentido puede ser complementario con un ácido nucleico objetivo que corresponde a un alelo de huntingtina mutante asociado con un SNP, por ejemplo rs7685686, y también complementario con un receptor de proteína morfogenética ósea que codifica ácido nucleico no objetivo, tipo IA. En ciertas de tales realizaciones, es deseable diseñar un compuesto antisentido que reduzca selectivamente el ácido nucleico objetivo asociado con SNP rs7685686 y el alelo mutante asociado con la enfermedad de Huntington, pero que al mismo tiempo minimice la reducción entre ácidos nucleicos no objetivo que tengan un alto grado de homología de secuencia con la secuencia de nucleobases del ácido nucleico objetivo que rodean el SNP rs7685686.

En ciertas realizaciones, la secuencia de nucleobases que rodea el SNP rs7685686 tiene un alto grado de homología entre porciones del ácido nucleico no objetivo que codifica el receptor de proteína morfogenética ósea, tipo IA. En ciertas realizaciones, la presente divulgación proporciona compuestos que tienen motivos de modificación específicos y secuencias de nucleobases dirigidas a SⁿP rs7685686 que reducen selectivamente la cantidad o actividad de un alelo de hungtintina mutante de un transcrito de huntingtina pero no reducen significativamente la cantidad o actividad de un alelo de hungtintina de tipo salvaje y no reducen significativamente la cantidad o actividad de un ácido nucleico que codifica el receptor de proteína morfogenética ósea, tipo IA.

Los compuestos antisentido que tienen ciertos motivos especificados tienen una selectividad mejorada, incluyendo, pero no limitados a, los motivos descritos anteriormente. En ciertas realizaciones, la selectividad mejorada se logra mediante oligonucleótidos que comprenden uno cualquiera o más de:

un motivo de modificación que comprende un ala 5' larga (más larga de 5, 6 o 7 nucleósidos);

un motivo de modificación que comprende un ala 3' larga (más larga de 5, 6 o 7 nucleósidos);

un motivo de modificación que comprende una región de hueco corta (más corta de 8, 7 o 6 nucleósidos); y un motivo de modificación que comprende una región de hueco interrumpida (que no tiene un tramo ininterrumpido de 2'-desoxinucleósidos no modificados más largos de 7, 6 o 5).

En ciertas realizaciones, es deseable tener un compuesto antisentido selectivo que reduzca selectivamente la cantidad o actividad de un ácido nucleico objetivo asociado con la enfermedad de Huntington y que no reduzca significativamente la cantidad o actividad de cualquier otro ácido nucleico no objetivo, por ejemplo BMPR1 A.

En ciertos casos, un compuesto consiste de ISIS 606561. En ciertos casos, un compuesto consiste de ISIS 606562. En ciertos casos, un compuesto consiste de ISIS 611714. En ciertos casos, un compuesto consiste de ISIS 611715. En ciertos casos, un compuesto consiste de ISIS 611717. En ciertos casos, un compuesto consiste de ISIS 611718. En ciertos casos, un compuesto consiste de ISIS 611719. En ciertos casos, un compuesto consiste de ISIS 611720. En ciertos casos, un compuesto consiste de ISIS 611721. En ciertos casos, un compuesto consiste de ISIS 611722. En ciertos casos, un compuesto consiste de ISIS 611723. En ciertos casos, un compuesto consiste de ISIS 613581. En ciertos casos, un compuesto consiste de ISIS 613582. En ciertos casos, un compuesto consiste de ISIS 613583 En ciertos casos, un compuesto consiste de ISIS 613584. En ciertos casos, un compuesto consiste de ISIS 613585. En ciertos casos, un compuesto consiste de ISIS 613586. En ciertos casos, un compuesto consiste de ISIS 613588.

En ciertos casos un compuesto consiste de ISIS 613589. En ciertos casos, un compuesto consiste de ISIS 617104. En ciertos casos, un compuesto consiste de ISIS 617105. En ciertos casos, un compuesto consiste de ISIS 617106. En ciertos casos, un compuesto consiste de ISIS 617107. En ciertos casos, un compuesto consiste de ISIS 617108. En ciertos casos, un compuesto consiste de ISIS 617109. En ciertos casos, un compuesto consiste de ISIS 617110. En ciertos casos, un compuesto consiste de ISIS 617111. En ciertos casos, un compuesto consiste de ISIS 617115. En ciertos casos, un compuesto consiste de ISIS 617116. En ciertos casos, un compuesto consiste de ISIS 617117. En ciertos casos, un compuesto consiste de ISIS 617118. En ciertos casos, un compuesto consiste de ISIS 617119 En ciertos casos, un compuesto consiste de ISIS 617425. En ciertos casos, un compuesto consiste de ISIS 623181. En ciertos casos, un compuesto consiste de ISIS 623182. En ciertos casos, un compuesto consiste de ISIS 623198. En ciertos casos, un compuesto consiste de ISIS 623199.

En ciertos casos un compuesto consiste de ISIS 623202. En ciertos casos, un compuesto consiste de ISIS 623203. En ciertos casos, un compuesto consiste de ISIS 623205. En ciertos casos, un compuesto consiste de ISIS 623206. En ciertos casos, un compuesto consiste de ISIS 623208. En ciertos casos, un compuesto consiste de ISIS 623212. En ciertos casos, un compuesto consiste de ISIS 623214. En ciertos casos, un compuesto consiste de ISIS 623218. En ciertos casos, un compuesto consiste de ISIS 623220. En ciertos casos, un compuesto consiste de ISIS 623221. En ciertos casos, un compuesto consiste de ISIS 623224. En ciertos casos, un compuesto consiste de ISIS 623227. En ciertos casos, un compuesto consiste de ISIS 623230.

En ciertos casos un compuesto consiste de ISIS 623232. En ciertos casos, un compuesto consiste de ISIS 623233. En ciertos casos, un compuesto consiste de ISIS 623235. En ciertos casos, un compuesto consiste de ISIS 623236. En ciertos casos, un compuesto consiste de ISIS 623237. En ciertos casos, un compuesto consiste de ISIS 623238. En ciertos casos, un compuesto consiste de ISIS 623239. En ciertos casos, un compuesto consiste de ISIS 623241. En ciertos casos, un compuesto consiste de ISIS 623242. En ciertos casos, un compuesto consiste de ISIS 623243. En ciertos casos, un compuesto consiste de ISIS 623254. En ciertos casos, un compuesto consiste de ISIS 623262. En ciertos casos, un compuesto consiste de ISIS 623490. En ciertos casos, un compuesto consiste de ISIS 623493. En ciertos casos, un compuesto consiste de ISIS 623494.

i. Ciertos elementos de secuencias de nucleobases selectivos

En ciertas realizaciones, los compuestos antisentido selectivos comprenden elementos de secuencias de nucleobases. Tales elementos de secuencias de nucleobases son independientes de los motivos de modificación. Por consiguiente, los oligonucleótidos que tienen cualquiera de los motivos (motivos de modificación, motivos de nucleósidos, motivos de azúcar, motivos de modificación de nucleobases y/o motivos de enlace) también pueden comprender uno o más de los siguientes elementos de secuencias de nucleobases.

ii. Alineación de nucleobases de diferenciación/nucleósidos selectivos de objetivo

En ciertas realizaciones, una región objetivo y una región de un ácido nucleico no objetivo difieren en 1-4 nucleobases diferenciadoras. En tales realizaciones, los compuestos antisentido selectivos tienen una secuencia de nucleobases que se alinea con el ácido nucleico no objetivo con 1-4 malapareamientos. Un nucleósido del compuesto antisentido que corresponde a una nucleobase diferenciadora del ácido nucleico objetivo es referida en la presente como un nucleósido selectivo de objetivo. En ciertas realizaciones, los compuestos antisentido selectivos que tienen un motivo gapmer se alinean con un ácido nucleico no objetivo, de tal manera que un nucleósido selectivo de objetivo se posiciona en el hueco. En ciertas realizaciones, un nucleósido selectivo de objetivo es el 1° nucleósido del hueco desde el extremo 5'. En ciertas realizaciones, un nucleósido selectivo de objetivo es el 2° nucleósido del hueco desde el extremo 5 '. En ciertas realizaciones, un nucleósido selectivo de objetivo es el 3° nucleósido del hueco desde el extremo 5'. En ciertas realizaciones, un nucleósido selectivo de objetivo es el 4° nucleósido del hueco desde el extremo 5'. En ciertas realizaciones, un nucleósido selectivo de objetivo es el 5° nucleósido del hueco desde el extremo 5'. En ciertas realizaciones, un nucleósido selectivo de objetivo es el 6° nucleósido del hueco desde el extremo 5'. En ciertas realizaciones, un nucleósido selectivo de objetivo es el 8° nucleósido del hueco desde el extremo 3'. En ciertas realizaciones, un nucleósido selectivo de objetivo es el 7° nucleósido del hueco desde el extremo 3'. En ciertas realizaciones, un nucleósido selectivo de objetivo es el 6° nucleósido del hueco desde el extremo 3'. En ciertas realizaciones, un nucleósido selectivo de objetivo es el 5° nucleósido del hueco desde el extremo 3'. En ciertas realizaciones, un nucleósido selectivo de objetivo es el 4° nucleósido del hueco desde el extremo 3'. En ciertas realizaciones, un nucleósido selectivo de objetivo es el 3° nucleósido del hueco desde el extremo 3'. En ciertas realizaciones, un nucleósido selectivo de objetivo es el 2° nucleósido del hueco desde el extremo 3'.

En ciertas realizaciones, un nucleósido selectivo de objetivo comprende un nucleósido modificado. En ciertas realizaciones, un nucleósido selectivo de objetivo comprende un azúcar modificado. En ciertas realizaciones, un nucleósido selectivo de objetivo comprende un sustituto de azúcar. En ciertas realizaciones, un nucleósido selectivo de objetivo comprende un sustituto de azúcar seleccionado entre HNA y F-HNA. En ciertas realizaciones, un nucleósido selectivo de objetivo comprende una fracción de azúcar 2'-sustituido. En ciertas realizaciones, un nucleósido selectivo de objetivo comprende una fracción de azúcar 2'-sustituido seleccionado entre MOE, F y (ara)-F. En ciertas realizaciones, un nucleósido selectivo de objetivo comprende una fracción de azúcar 5'-sustituido'. En ciertas realizaciones, un nucleósido selectivo de objetivo comprende una fracción de azúcar 5'-sustituido seleccionado de 5'-(R)-me ADN. En ciertas realizaciones, un nucleósido selectivo de objetivo comprende una fracción de azúcar bicíclico. En ciertas realizaciones, un nucleósido selectivo de objetivo comprende una fracción de azúcar bicíclico seleccionado entre cEt y a-L-LNA. En ciertas realizaciones, un nucleósido selectivo de objetivo comprende una nucleobase modificada. En ciertas realizaciones, un nucleósido selectivo de objetivo comprende una nucleobase modificada seleccionada entre 2-tio-timidina y 5-propino-uridina.

i. Alineación de nucleobases diferenciadoras/selectividad contra uno o más transcritos de ácidos nucleicos no objetivo

En ciertas realizaciones, una región objetivo y una región de uno o más ácidos nucleicos no objetivo difieren en 0-4 nucleobases diferenciadoras. En tales realizaciones, los compuestos antisentido selectivos tienen una secuencia de nucleobases que se alinea con uno o más ácidos nucleicos no objetivo con 0-4 malapareamientos. En ciertas de tales realizaciones, los compuestos antisentido selectivos tienen una secuencia de nucleobases que se alinea con un primer ácido nucleico no objetivo con 1-4 malapareamientos y un segundo ácido nucleico no objetivo con 0-4malapareamientos. En ciertas realizaciones, los compuestos antisentido selectivos tienen una secuencia de nucleobases que se alinea con un primer ácido nucleico no objetivo con 1 malapareamiento y un segundo ácido nucleico no objetivo con 0 malapareamientos. En ciertas realizaciones, los compuestos antisentido selectivos tienen una secuencia de nucleobases que se alinea con un primer ácido nucleico no objetivo con 1 malapareamiento y un segundo ácido nucleico no objetivo con 1 malapareamiento.

En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido selectivo puede ser selectivo contra un transcrito de ácido nucleico no objetivo, pero no ser selectivo contra otro transcrito de ácido nucleico no objetivo. Por ejemplo, en ciertas realizaciones, un compuesto antisentido selectivo puede ser selectivo para un objetivo con respecto a un primer ácido nucleico no objetivo, pero también puede ser selectivo hacia un segundo ácido nucleico no objetivo con respecto al primer ácido nucleico no objetivo, en donde el primer y el segundo ácidos nucleicos no objetivo difieren en 0-4 nucleobases diferenciadoras. Por ejemplo, en ciertas realizaciones, un compuesto antisentido selectivo puede ser selectivo para un objetivo con respecto a un primer ácido nucleico no objetivo en base a un malapareamiento de una única nucleobase diferenciadora, pero también puede ser selectivo para un segundo ácido nucleico no objetivo con respecto al primer ácido nucleico no objetivo. En ciertas realizaciones, se prefiere tener un compuesto antisentido selectivo que sea selectivo para un objetivo con respecto a un primer ácido nucleico no objetivo y también sea selectivo para un objetivo con respecto a un segundo ácido nucleico no objetivo. En ciertas realizaciones, se prefiere tener un compuesto antisentido selectivo que sea selectivo para un alelo de huntingtina mutante asociado con la enfermedad de Huntington, y no sea selectivo con respecto a ningún otro ácido nucleico no objetivo.

En ciertas realizaciones donde un compuesto antisentido selectivo es selectivo para un objetivo con respecto a un primer ácido nucleico no objetivo en base a una única nucleobase diferenciadora, pero en el que el compuesto antisentido selectivo también es selectivo con respecto a un segundo ácido nucleico no objetivo, es posible alterar la posición del nucleósido selectivo de objetivo dentro de la región de hueco del compuesto antisentido selectivo para mantener la selectividad con respecto al primer ácido nucleico no objetivo y aumentar la selectividad con respecto al segundo ácido nucleico no objetivo. Por ejemplo, en ciertas realizaciones, un nucleósido selectivo de objetivo es el 3° nucleósido del hueco del extremo 5' del compuesto antisentido selectivo, en donde el ala 5' del compuesto antisentido selectivo consiste de 4 nucleósidos.

En ciertas realizaciones, puede rediseñarse un compuesto antisentido selectivo en donde la longitud total del compuesto antisentido selectivo permanece igual, pero en el que la longitud del ala 5' se acorta a 1-4 nucleósidos y/o la posición del nucleósido selectivo de objetivo se mueve más cerca del extremo 5' del hueco, por ejemplo, el 1° o 2° nucleósido del hueco desde el extremo 5'. En ciertas realizaciones, puede rediseñarse un compuesto antisentido selectivo en el que la longitud total del compuesto antisentido selectivo sigue siendo la misma, pero en el que la longitud del ala 5' se incrementa a 1-9 nucleósidos y/o la posición del nucleósido selectiva de objetivo se mueve más cerca del extremo 5' del hueco, por ejemplo el 1° o 2° nucleósido del hueco del extremo 5'. En ciertas realizaciones, puede rediseñarse un compuesto antisentido selectivo en el que la longitud total del compuesto antisentido selectivo sigue siendo la misma, pero en el que la longitud del ala 5' se incrementa a 1-9 nucleósidos y/o la posición del nucleósido selectivo de objetivo se acerca al extremo 3' del hueco, por ejemplo el 1° o 2° nucleósido del hueco desde el extremo 3'. En ciertas realizaciones, puede rediseñarse un compuesto antisentido selectivo en el que la longitud total del compuesto antisentido selectivo permanece igual, pero en el que la longitud del ala 5' se acorta a 1-4 nucleósidos y/o la posición del nucleósido selectivo de objetivo se mueve más cerca del extremo 3' del hueco, por ejemplo, el 1° o 2° nucleósido del hueco desde el extremo 3 '. De esta manera, puede retenerse la selectividad del compuesto antisentido selectivo con respecto al primer ácido nucleico no objetivo, a la vez que se logra la selectividad del compuesto antisentido selectivo con respecto al segundo ácido nucleico no objetivo. En ciertas realizaciones, el rediseño del compuesto antisentido selectivo retendrá una única nucleobase diferenciadora con respecto al primer ácido nucleico no objetivo y aumentará el número de nucleobases diferenciadoras entre el compuesto antisentido selectivo y el segundo ácido nucleico no objetivo. En ciertas realizaciones, el primer ácido nucleico no objetivo es huntingtina de tipo salvaje y el segundo ácido nucleico no objetivo es el receptor de proteína morfogenética ósea, tipo IA.

En ciertas realizaciones, puede rediseñarse un compuesto antisentido selectivo en el que la longitud total del compuesto antisentido selectivo permanece igual, pero en el que la longitud del ala 3' se aumenta a 1-10 nucleósidos y/o la posición del nucleósido selectivo de objetivo se mueve más cerca del extremo 5' del hueco, por ejemplo el 1° o 2° nucleósido del hueco del extremo 5'. En ciertas realizaciones, puede rediseñarse un compuesto antisentido selectivo en el que la longitud total del compuesto antisentido selectivo permanece igual, pero en el que la longitud del ala 3' se aumenta a 1-10 nucleósidos y/o la posición del nucleósido selectivo de objetivo se mueve más cerca del extremo 3' del hueco, por ejemplo, el 1° o 2° nucleósido del hueco desde el extremo 3'. En ciertas realizaciones, puede rediseñarse un compuesto antisentido selectivo en el que la longitud total del compuesto antisentido selectivo permanece igual, pero en el que la longitud del ala 3' se aumenta a 1-10 nucleósidos y/o la posición del nucleósido selectivo de objetivo se mueve más cerca del extremo 3' desde el hueco, por ejemplo el 1° o 2° nucleósido del hueco desde el extremo 3'. En ciertas realizaciones, puede rediseñarse un compuesto antisentido selectivo en el que la longitud total del compuesto antisentido selectivo permanece igual, pero en el que la longitud del ala 3' se aumenta a 1-10 nucleósidos y/o la posición del nucleósido selectivo de objetivo se acerca al extremo 5' del hueco, por ejemplo el 1° o 2° nucleósido del hueco desde el extremo 5'. De esta manera, puede retenerse la selectividad del compuesto antisentido selectivo con respecto al primer ácido nucleico no objetivo, a la vez que se aumenta la selectividad del compuesto antisentido selectivo con respecto al segundo ácido nucleico no objetivo. En ciertas realizaciones, el rediseño del compuesto antisentido selectivo retendrá una nucleobase diferenciadora única con respecto al primer ácido nucleico no objetivo y aumentará el número de nucleobases diferenciadoras entre el compuesto antisentido selectivo y el segundo ácido nucleico no objetivo. En ciertas realizaciones, el primer ácido nucleico no objetivo es la huntingtina de tipo salvaje y el segundo ácido nucleico no objetivo es el receptor de proteína morfogenética ósea, tipo IA.

ii. Malapareamientos con el ácido nucleico objetivo

En ciertas realizaciones, los compuestos antisentido selectivos comprenden una o más nucleobases malapareadas con respecto al ácido nucleico objetivo. En ciertas de tales realizaciones, la actividad antisentido contra el objetivo se reduce por dicho malapareamiento, pero la actividad contra el objetivo no se reduce en una cantidad mayor. Por tanto, en ciertas realizaciones se mejora la selectividad. Cualquier nucleobase distinta de la nucleobase diferenciadora es adecuada para un malapareamiento. Sin embargo, en ciertas realizaciones, el malapareamiento se coloca específicamente dentro del hueco de un oligonucleótido que tiene un motivo gapmer. En ciertas realizaciones, un malapareamiento con respecto al ácido nucleico objetivo está en las posiciones 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 u 8 desde el extremo 5' de la región de hueco. En ciertas realizaciones, un malapareamiento con respecto al ácido nucleico objetivo está en las posiciones 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2, 1 de los compuestos antisentido desde el extremo 3' de la región de hueco. En ciertas realizaciones, un malapareamiento con respecto al ácido nucleido objetivo está en las posiciones 1, 2, 3 o 4 de los compuestos antisentido desde el extremo 5' de la región del ala. En ciertas realizaciones, un malapareamiento con respecto al ácido nucleido objetivo está en las posiciones 4, 3, 2 o 1 de los compuestos antisentido desde el extremo 3' de la región del ala.

iii. Regiones autocomplementarias

En ciertas realizaciones, los compuestos antisentido selectivos comprenden una región que no es complementaria con el objetivo. En ciertas realizaciones, dicha región es complementaria con otra región del compuesto antisentido. Tales regiones son referidas en la presente como regiones autocomplementarias. Por ejemplo, en ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una primera región en un extremo que es complementaria con una segunda región en el otro extremo. En ciertas realizaciones, una de la primera y la segunda regiones es complementaria con el ácido nucleico objetivo. A menos que el ácido nucleico objetivo también incluya una región autocomplementaria, la otra de la primera y la segunda región del compuesto antisentido no será complementaria con el ácido nucleico objetivo. Con propósitos ilustrativos, ciertos compuestos antisentido tienen el siguiente motivo de nucleobases:

ABCXXXXXXXXXC'B'A';

ABCXXXXXXX(X/C')(X/B')(X/A');

(X/A)(X/B)(X/C)XXXXXXXXXC'B,A'

donde cada uno de A, B y C son cualquier nucleobase; A', B' y C' son las bases complementarias de A, B y C, respectivamente; cada X es una nucleobase complementaria con el ácido nucleico objetivo; y dos letras entre paréntesis (por ejemplo, (X/C')) indican que la nucleobase es complementaria con el ácido nucleico objetivo y con el nucleósido designado dentro del oligonucleótido antisentido.

Sin querer estar limitado a ningún mecanismo, en ciertas realizaciones, se espera que tales compuestos antisentido formen una autoestructura, que se altera tras el contacto con un ácido nucleico objetivo. Se espera que el contacto con un ácido nucleico no objetivo altere la autoestructura en menor grado, aumentando de este modo la selectividad en comparación con el mismo compuesto antisentido que carece de las regiones autocomplementarias.

iv. Combinaciones de características

Aunque está claro para un experto en la técnica, los motivos anteriores y otros elementos para aumentar la selectividad pueden usarse solos o en combinación. Por ejemplo, un único compuesto antisentido puede incluir uno cualquiera, dos, tres o más de: regiones autocomplementarias, un malapareamiento con respecto al ácido nucleico objetivo, un hueco de nucleósidos corto, un hueco interrumpido y la colocación específica del nucleósido selectivo.

D. Ciertos ácidos nucleicos objetivo

En ciertas realizaciones, los compuestos antisentido comprenden o consisten de un oligonucleótido que comprende una región que es complementaria con un ácido nucleico objetivo. En ciertas realizaciones, el ácido nucleico objetivo es una molécula de ARN endógeno. En ciertas realizaciones, el ácido nucleico objetivo es un ARN no codificante. En ciertas de tales realizaciones, el ARN no codificante objetivo se selecciona de: un ARN no codificante largo, un ARN no codificante corto, una molécula de ARN intrónica, un ARNsno, un ARNsca, un microARN (incluyendo pre-microARN y microARN maduro), un ARN ribosómico y un ARN dirigido promotor. En ciertas realizaciones, el ácido nucleico objetivo codifica una proteína. En ciertas de tales realizaciones, el ácido nucleico objetivo se selecciona de: un ARNm y un pre-ARNm, que incluyen regiones intrónicas, exónicas y no traducidas. En ciertas realizaciones, los compuestos oligoméricos son por lo menos parcialmente complementarios con más de un ácido nucleico objetivo. Por ejemplo, los compuestos antisentido de la presente invención pueden imitar microARN, que típicamente se unen a múltiples objetivos.

En ciertas realizaciones, el ácido nucleico objetivo es un ácido nucleico distinto de un ARNm maduro. En ciertas realizaciones, el ácido nucleico objetivo es un ácido nucleico distinto de un ARNm maduro o un microARN. En ciertas realizaciones, el ácido nucleico objetivo es un ARN no codificante distinto de un microARN. En ciertas realizaciones, el ácido nucleico objetivo es un ARN no codificante distinto de un microARN o una región intrónica de un pre-ARNm. En ciertas realizaciones, el ácido nucleico objetivo es un ARN no codificante largo. En ciertas realizaciones, el ARN objetivo es un ARNm. En ciertas realizaciones, el ácido nucleico objetivo es un pre-ARNm. En ciertas de tales realizaciones, la región objetivo está completamente dentro de un intrón. En ciertas realizaciones, la región objetivo abarca una unión intrón/exón. En ciertas realizaciones, la región objetivo está por lo menos el 50% dentro de un intrón. En ciertas realizaciones, el ácido nucleico objetivo se selecciona entre ARN no codificante, incluyendo regiones exónicas de pre-ARNm. En ciertas realizaciones, el ácido nucleico objetivo es un ARN ribosómico (ARNr). En ciertas realizaciones, el ácido nucleico objetivo es un ARN no codificante asociado con el corte y empalme de otros pre-ARNm. En ciertas realizaciones, el ácido nucleico objetivo es un ARN no codificante retenido nuclearmente.

En ciertas realizaciones, los compuestos antisentido descritos en la presente son complementarios con un ácido nucleico objetivo que comprende un polimorfismo de un solo nucleótido. En ciertas de tales realizaciones, el compuesto antisentido es capaz de modular la expresión de un alelo del ácido nucleico objetivo que contiene un polimorfismo de un solo nucleótido en mayor o menor medida que lo que modula otro alelo. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido hibrida con un ácido nucleico objetivo que contiene un polimorfismo de un solo nucleótido en el sitio de polimorfismo de un solo nucleótido. En ciertas realizaciones, el ácido nucleico objetivo es un transcrito del gen de Huntingtina. En ciertas realizaciones, el ácido nucleico objetivo es un ácido nucleico objetivo que contiene un polimorfismo de un solo nucleótido de un transcrito del gen de Huntingtina. En ciertas realizaciones, el ácido nucleico objetivo no es un transcrito del gen de Huntingtina. En ciertas realizaciones, el ácido nucleico objetivo es un ácido nucleico objetivo que contiene un polimorfismo de un solo nucleótido de un transcrito génico distinto de la Huntingtina. En ciertas realizaciones, el ácido nucleico objetivo es cualquier ácido nucleico distinto de un transcrito del gen de Huntingtina.

a. Polimorfismo de un solo nucleótido

La invención proporciona compuestos antisentido selectivos que tienen mayor actividad para un ácido nucleico objetivo que para un ácido nucleico no objetivo homólogo o parcialmente homólogo. En ciertas de tales realizaciones, los ácidos nucleicos objetivo y no objetivo no están funcionalmente relacionados entre sí (por ejemplo, son transcritos de genes diferentes). En ciertas realizaciones, los ácidos nucleicos objetivo y no objetivo son variantes alélicas entre sí. En la presente se divulgan métodos, compuestos y composiciones para inhibir selectivamente la expresión de ARNm y proteína de una variante alélica de un gen particular o secuencia de ADN. En ciertas realizaciones, la variante alélica contiene un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP). En ciertas realizaciones, un SNP está asociado con un alelo mutante. En ciertas realizaciones, un SNP mutante está asociado con una enfermedad. En ciertas realizaciones, un SNP mutante está asociado con una enfermedad, pero no es causante de la enfermedad. En ciertas realizaciones, la expresión de ARNm y proteína de un alelo mutante está asociada con la enfermedad.

En ciertas realizaciones, el producto génico expresado de un alelo mutante da como resultado la agregación de las proteínas mutantes que provocan la enfermedad. En ciertas realizaciones, el producto génico expresado de un alelo mutante da como resultado una ganancia de la función que provoca la enfermedad. Por ejemplo, la proteína de huntingtina que codifica el gen de HTT está implicado en la enfermedad de Huntington (Neurobiol Dis. 1996, 3:183).

En ciertas realizaciones, el alelo mutante está asociado con la enfermedad de Huntington.

i. Ciertos objetivos de la Huntingtina

En ciertas realizaciones, una variante alélica de huntingtina se reduce selectivamente. Las secuencias de nucleótidos que codifican la huntingtina incluyen, sin limitación, las siguiente: N° de registro GENBANK NT_006081.18, truncado de los nucleótidos 1566000 a 1768000 incorporada en la presente como SEQ ID NO: 1, y NM_002111.6, incorporada en la presente como SEQ ID NO: 2.

La Tabla 4 proporciona los SNP que se encuentran en las líneas celulares GM04022, GM04281, GM02171 y GM02173B. También se proporcionan las variantes alélicas encontradas en cada posición de SNP, el genotipo para cada una de las líneas celulares y el porcentaje de pacientes con HD que tienen una variante alélica particular. Por ejemplo, las dos variantes alélicas para s Np rs6446723 son T y C. La línea celular GM04022 es TC heterocigótica, la línea celular GM02171 es CC homocigótica, la línea celular GM02173 es TC heterocigótica y la línea celular GM04281 es TT homocigótica. El cincuenta por ciento de los pacientes con HD tienen una T en la posición SNP rs6446723.

Tabla 4

continuación

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E. Ciertas indicaciones

En ciertas realizaciones, en la presente se divulgan métodos para tratar un animal o individuo que comprende administrar una o más composiciones farmacéuticas como se describe en la presente. En ciertas realizaciones, el individuo o animal tiene la enfermedad de Huntington.

En ciertas realizaciones, los compuestos dirigidos a la huntingtina como se describe en la presente pueden administrarse para reducir la gravedad de los síntomas fisiológicos de la enfermedad de Huntington. En ciertas realizaciones, los compuestos dirigidos a la huntingtina como se describe en la presente pueden administrarse para reducir la tasa de degeneración en un individuo o un animal que tiene la enfermedad de Huntington. En ciertas realizaciones, los compuestos dirigidos a la huntingtina como se describe en la presente pueden administrarse con función de regeneración en un individuo o un animal que tiene la enfermedad de Huntington. En ciertas realizaciones, los síntomas de la enfermedad de Huntington pueden revertirse mediante el tratamiento con un compuesto como se describe en la presente.

En ciertas realizaciones, los compuestos dirigidos a la huntingtina como se describe en la presente pueden administrarse para mejorar uno o más síntomas de la enfermedad de Huntington. En ciertas realizaciones, la administración de compuestos dirigidos a la huntingtina como se describe en la presente puede mejorar los síntomas de la enfermedad de Huntington como se mide por cualquier métrica conocida por los expertos en la técnica. En ciertas realizaciones, la administración de compuestos dirigidos a la huntingtina como se describe en la presente puede mejorar el rendimiento del ensayo de rotaraod de un roedor. En ciertas realizaciones, la administración de compuestos dirigidos a la huntingtina como se describe en la presente puede mejorar un ensayo de laberinto en cruz de roedor. En ciertas realizaciones, la administración de compuestos dirigidos a la huntingtina como se describe en la presente puede mejorar el rendimiento del ensayo de campo abierto de un roedor.

Por consiguiente, en la presente se divulgan métodos para mejorar un síntoma asociado con la enfermedad de Huntington en un sujeto con necesidad de ello. En ciertas realizaciones, en la presente se divulga un método para reducir la tasa de aparición de un síntoma asociado con la enfermedad de Huntington. En ciertas realizaciones, en la presente se divulga un método para reducir la gravedad de un síntoma asociado con la enfermedad de Huntington. En ciertas realizaciones, en la presente se divulga un método para regenerar la función neurológica como se muestra por una mejora de un síntoma asociado con la enfermedad de Huntington. En tales realizaciones, los métodos comprenden administrar a un individuo o animal con necesidad de ello una cantidad terapéuticamente eficaz de un compuesto dirigido a un ácido nucleico de huntingtina.

La enfermedad de Huntington se caracteriza por numerosos síntomas físicos, neurológicos, psiquiátricos y/o periféricos. Cualquier síntoma conocido por un experto en la técnica que esté asociado con la enfermedad de Huntington puede mejorarse o modularse de otra manera como se ha expuesto anteriormente en los métodos descritos anteriormente. En ciertas realizaciones, el síntoma es un síntoma físico seleccionado del grupo que consiste de inquietud, falta de coordinación, movimientos iniciados involuntariamente, movimientos incompletos involuntarios, marcha inestable, corea, rigidez, movimientos de retorcimiento, postura anormal, inestabilidad, expresiones faciales anormales, dificultad para masticar, dificultad para tragar, dificultad para hablar, convulsiones y trastornos del sueño. En ciertas realizaciones, el síntoma es un síntoma cognitivo seleccionado del grupo que consiste de una planificación alterada, flexibilidad alterada, pensamiento abstracto alterado, adquisición de reglas alterada, inicio de acciones apropiadas alterado, inhibición alterada de las acciones inapropiadas, memoria a corto plazo alterada, memoria a largo plazo alterada, paranoia, desorientación, confusión, alucinación y demencia. En ciertas realizaciones, el síntoma es un síntoma psiquiátrico seleccionado del grupo que consiste de ansiedad, depresión, afecto embotado, egocentrismo, agresión, comportamiento compulsivo, irritabilidad e ideación suicida. En ciertas realizaciones, el síntoma es un síntoma periférico seleccionado del grupo que consiste de una masa cerebral reducida, atrofia muscular, insuficiencia cardíaca, tolerancia a la glucosa alterada, pérdida de peso, osteoporosis y atrofia testicular.

En ciertas realizaciones, el síntoma es inquietud. En ciertas realizaciones, el síntoma es falta de coordinación. En ciertas realizaciones, el síntoma son movimientos iniciados involuntariamente. En ciertas realizaciones, el síntoma son movimientos incompletos involuntariamente. En ciertas realizaciones, el síntoma es marcha inestable. En ciertas realizaciones, el síntoma es corea. En ciertas realizaciones, el síntoma es rigidez. En ciertas realizaciones, el síntoma son movimientos de retorcimiento. En ciertas realizaciones, el síntoma es postura anormal. En ciertas realizaciones, el síntoma es inestabilidad. En ciertas realizaciones, el síntoma es expresiones faciales anormales. En ciertas realizaciones, el síntoma es dificultad para masticar. En ciertas realizaciones, el síntoma es dificultad para tragar. En ciertas realizaciones, el síntoma es dificultad para hablar. En ciertas realizaciones, el síntoma son las convulsiones. En ciertas realizaciones, el síntoma son trastornos del sueño.

En ciertas realizaciones, el síntoma es una planificación alterada. En ciertas realizaciones, el síntoma es la flexibilidad alterada. En ciertas realizaciones, el síntoma es pensamiento abstracto alterado. En ciertas realizaciones, el síntoma es la adquisición de reglas alterada. En ciertas realizaciones, el síntoma es el inicio alterado de acciones apropiadas. En ciertas realizaciones, el síntoma es inhibición alterada de acciones inapropiadas. En ciertas realizaciones, el síntoma es memoria a corto plazo alterada. En ciertas realizaciones, el síntoma es memoria a largo plazo alterada. En ciertas realizaciones, el síntoma es paranoia. En ciertas realizaciones, el síntoma es desorientación. En ciertas realizaciones, el síntoma es confusión. En ciertas realizaciones, el síntoma es alucinación. En ciertas realizaciones, el síntoma es demencia.

En ciertas realizaciones, el síntoma es ansiedad. En ciertas realizaciones, el síntoma es depresión. En ciertas realizaciones, el síntoma es afecto embotado. En ciertas realizaciones, el síntoma esvegocentrismo. En ciertas realizaciones, el síntoma es agresión. En ciertas realizaciones, el síntoma es comportamiento compulsivo. En ciertas realizaciones, el síntoma es irritabilidad. En ciertas realizaciones, el síntoma es ideación suicida.

En ciertas realizaciones, el síntoma es reducción de la masa cerebral. En ciertas realizaciones, el síntoma es atrofia muscular. En ciertas realizaciones, el síntoma es insuficiencia cardíaca. En ciertas realizaciones, el síntoma es tolerancia alterada a la glucosa. En ciertas realizaciones, el síntoma es pérdida de peso. En ciertas realizaciones, el síntoma es osteoporosis. En ciertas realizaciones, el síntoma es atrofia testicular.

En ciertas realizaciones, los síntomas de la enfermedad de Huntington pueden ser cuantificables. Por ejemplo, la osteoporosis puede medirse y cuantificarse mediante, por ejemplo, exploraciones de densidad ósea. Para tales síntomas, en ciertas realizaciones, el síntoma puede reducirse en aproximadamente un 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95 o 99 %, o un intervalo definido por dos cualquiera de estos valores.

En ciertas realizaciones, en la presente se divulgan métodos para tratar a un individuo que comprenden administrar una o más composiciones farmacéuticas como se describe en la presente. En ciertas realizaciones, el individuo tiene la enfermedad de Huntington.

En ciertas realizaciones, la administración de un compuesto antisentido dirigido a un ácido nucleico de huntingtina da como resultado la reducción de la expresión de huntingtina en por lo menos aproximadamente un 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, ^{8 5}, 90, 95 o 99%, o un intervalo definido por dos cualquiera de estos valores.

En ciertas realizaciones, las composiciones farmacéuticas que comprenden un compuesto antisentido dirigido a la huntingtina se usan para la preparación de un medicamento para tratar a un paciente que padece o es susceptible a la enfermedad de Huntington.

F. Ciertas composiciones farmacéuticas

En la presente se divulgan composiciones farmacéuticas que comprenden uno o más compuestos antisentido. En ciertas realizaciones, dicha composición farmacéutica comprende un diluyente o portador farmacéuticamente aceptable adecuado. En ciertas realizaciones, una composición farmacéutica comprende una solución salina estéril y uno o más compuestos antisentido. En ciertas realizaciones, dicha composición farmacéutica consiste de una solución salina estéril y uno o más compuestos antisentido. En ciertas realizaciones, la solución salina estéril es solución salina de grado farmacéutico. En ciertas realizaciones, una composición farmacéutica comprende uno o más compuestos antisentido y agua estéril. En ciertas realizaciones, una composición farmacéutica consiste de uno o más compuestos antisentido y agua estéril. En ciertas realizaciones, la solución salina estéril es agua de grado farmacéutico. En ciertas realizaciones, una composición farmacéutica comprende uno o más compuestos antisentido y solución salina tamponada con fosfato (PBS). En ciertas realizaciones, una composición farmacéutica consiste de uno o más compuestos antisentido y solución salina tamponada con fosfato estéril (PBS). En ciertas realizaciones, la solución salina estéril es PBS de grado farmacéutico.

En ciertas realizaciones, los compuestos antisentido pueden mezclarse con sustancias activas y/o inertes farmacéuticamente aceptables para la preparación de composiciones o formulaciones farmacéuticas. Las composiciones y métodos para la formulación de composiciones farmacéuticas dependen de una serie de criterios, que incluyen, pero no están limitados a, la vía de administración, la extensión de la enfermedad o la dosis a administrar.

Las composiciones farmacéuticas que comprenden compuestos antisentido abarcan cualquier sal, éster o sal de tales ésteres farmacéuticamente aceptable. En ciertas realizaciones, las composiciones farmacéuticas que comprenden compuestos antisentido comprenden uno o más oligonucleótidos que, tras la administración a un animal, incluyendo un humano, es capaz de proporcionar (directa o indirectamente) el metabolito biológicamente activo o residuo del mismo. Por consiguiente, por ejemplo, la divulgación también se refiere a sales farmacéuticamente aceptables de compuestos antisentido, profármacos, sales farmacéuticamente aceptables de dichos profármacos y otros bioequivalentes. Las sales aceptables farmacéuticamente adecuadas incluyen, pero no están limitadas a, sales de sodio y potasio.

Un profármaco puede incluir la incorporación de nucleósidos adicionales en uno o ambos extremos de un compuesto oligomérico que se escinden por nucleasas endógenas dentro del cuerpo, para formar el compuesto oligomérico antisentido activo.

Las fracciones lipídicas se han usado en terapias de ácidos nucleicos en una variedad de métodos. En ciertos de tales métodos, el ácido nucleico se introduce en liposomas o lipoplejos preformados hechos de mezclas de lípidos catiónicos y lípidos neutros. En ciertos métodos, los complejos de ADN con lípidos mono- o policationicos se forman sin la presencia de un lípido neutro. En ciertas realizaciones, se selecciona una fracción lipídica para aumentar la distribución de un agente farmacéutico a una célula o tejido particular. En ciertas realizaciones, se selecciona una fracción lipídica para aumentar la distribución de un agente farmacéutico al tejido graso. En ciertas realizaciones, se selecciona una fracción lipídica para aumentar la distribución de un agente farmacéutico al tejido muscular.

En ciertas realizaciones, las composiciones farmacéuticas divulgadas en la presente comprenden uno o más oligonucleótidos modificados y uno o más excipientes. En ciertas de tales realizaciones, los excipientes se seleccionan de agua, soluciones salinas, alcohol, polietilenglicoles, gelatina, lactosa, amilasa, estearato de magnesio, talco, ácido silícico, parafina viscosa, hidroximetilcelulosa y polivinilpirrolidona.

En ciertas realizaciones, una composición farmacéutica divulgada en la presente comprende un sistema de administración. Los ejemplos de sistemas de administración incluyen, pero no están limitados a, liposomas y emulsiones. Ciertos sistemas de administración son útiles para preparar ciertas composiciones farmacéuticas que comprenden compuestos hidrófobos. En ciertas realizaciones, se usan ciertos solventes orgánicos como dimetilsulfóxido.

En ciertas realizaciones, una composición farmacéutica divulgada en la presente comprende una o más moléculas de administración específicas de tejido diseñadas para administrar el uno o más agentes farmacéuticos de la presente invención a tejidos o tipos de células específicos. Por ejemplo, en ciertas realizaciones, las composiciones farmacéuticas incluyen liposomas recubiertos con un anticuerpo específico de tejido.

En ciertas realizaciones, una composición farmacéutica divulgada en la presente comprende un sistema cosolvente. Algunos de tales sistemas cosolventes comprenden, por ejemplo, alcohol bencínlico, un surfactante no polar, un polímero orgánico miscible en agua y una fase acuosa. En ciertas realizaciones, tales sistemas de cosolventes se usan para compuestos hidrófobos. Un ejemplo no limitativo de dicho sistema cosolvente es el sistema cosolvente VPD, que es una solución de etanol absoluto que comprende un 3% p/v de alcohol bencílico, 8% p/v del surfactante no polar Polisorbato 80™ y 65 % p/v de polietilenglicol 300. Las proporciones de tales sistemas cosolventes pueden variarse considerablemente sin alterar significativamente sus características de solubilidad y toxicidad. Además, la identidad de los componentes cosolventes puede variar: por ejemplo, pueden usarse otros surfactantes en lugar de Polisorbato 80™; el tamaño de la fracción de polietilenglicol puede variarse; otros polímeros biocompatibles pueden reemplazar al polietilenglicol, por ejemplo, polivinilpirrolidona; y otros azúcares o polisacáridos pueden sustituir a la dextrosa.

En ciertas realizaciones, una composición farmacéutica divulgada en la presente se prepara para administración oral. En ciertas realizaciones, las composiciones farmacéuticas se preparan para administración bucal.

En ciertas realizaciones, se prepara una composición farmacéutica para administración por inyección (por ejemplo, intravenosa, subcutánea, intramuscular, etc.). En ciertas de tales realizaciones, una composición farmacéutica comprende un portador y se formula en solución acuosa, como agua o tampones fisiológicamente compatibles como solución de Hanks, solución de Ringer o tampón salino fisiológico. En ciertas realizaciones, se incluyen otros ingredientes (por ejemplo, ingredientes que ayudan en la solubilidad o sirven como conservantes). En ciertas realizaciones, las suspensiones inyectables se preparan usando portadores líquidos apropiados, agentes de suspensión y similares. Ciertas composiciones farmacéuticas para inyección se presentan en forma de dosificación unitaria, por ejemplo, en ampollas o en recipientes multidosis. Ciertas composiciones farmacéuticas para inyección son suspensiones, soluciones o emulsiones en vehículos oleosos o acuosos, y pueden contener agentes de formulación como agentes de suspensión, estabilizantes y/o dispersantes. Ciertos solventes adecuados para usar en composiciones farmacéuticas para inyección incluyen, pero no están limitadas a, solventes lipofílicos y aceites grasos como aceite de sésamo, ésteres de ácidos grasos sintéticos como oleato o triglicéridos de etilo, y liposomas. Las suspensiones de inyección acuosa pueden contener.

G. Administración

En ciertas realizaciones, los compuestos y composiciones como se describen en la presente se administran parenteralmente.

En ciertas realizaciones, la administración parenteral es por infusión. La infusión puede ser crónica o continua o corta o intermitente. En ciertas realizaciones, los agentes farmacéuticos infundidos se administran con una bomba. En ciertas realizaciones, la administración parenteral es por inyección.

En ciertas realizaciones, los compuestos y composiciones se administran al SNC. En ciertas realizaciones, los compuestos y composiciones se administran al líquido cerebroespinal. En ciertas realizaciones, los compuestos y composiciones se administran al parénquima cerebral. En ciertas realizaciones, los compuestos y composiciones se administran a un animal mediante administración intratecal o administración intracerebroventricular. La amplia distribución de compuestos y composiciones, descrita en la presente, dentro del sistema nervioso central puede lograrse con administración intraparenquimatosa, administración intratecal o administración intracerebroventricular.

En ciertas realizaciones, la administración parenteral es por inyección. La inyección puede administrarse con una jeringuilla o una bomba. En ciertas realizaciones, la inyección es una inyección en bolo. En ciertas realizaciones, la inyección se administra directamente a un tejido, como el cuerpo estriado, caudado, corteza, hipocampo y cerebelo.

Por lo tanto, en ciertas realizaciones, la administración de un compuesto o composición descrito en la presente puede afectar el perfil farmacocinético del compuesto o composición. En ciertas realizaciones, la inyección de un compuesto o composición descritos en la presente, a un tejido dirigido mejora el perfil farmacocinético del compuesto o composición en comparación con la infusión del compuesto o composición. En ciertas realizaciones, la inyección de un compuesto o composición mejora la potencia en comparación con la difusión amplia, requiriendo menos del compuesto o composición para lograr una farmacología similar. En ciertas realizaciones, una farmacología similar se refiere a la cantidad de tiempo que un ARNm objetivo y/o proteína objetivo está regulado por disminución (por ejemplo, duración de la acción). En ciertas realizaciones, los métodos para localizar específicamente un agente farmacéutico, como por inyección en bolo, disminuye la concentración efectiva mediana (EC50) en un factor de aproximadamente 50 (por ejemplo, se requiere una concentración 50 veces menor en el tejido para lograr el mismo efecto farmacodinámico o similar). En ciertas realizaciones, los métodos para localizar específicamente un agente farmacéutico, como por inyección en bolo, disminuye la concentración efectiva mediana (EC50) en un factor de 20, 25, 30, 35, 40, 45 o 50. En ciertas realizaciones, el agente farmacéutico en un compuesto antisentido como se describe adicionalmente en la presente. En ciertas realizaciones, el tejido objetivo es el tejido cerebral. En ciertas realizaciones, el tejido objetivo es el tejido estriatal. En ciertas realizaciones, es deseable disminuir la EC50 ya que reduce la dosis requerida para lograr un resultado farmacológico en un paciente con necesidad de ello.

En ciertas realizaciones, un oligonucleótido antisentido se administra mediante inyección o infusión una vez al mes, cada dos meses, cada 90 días, cada 3 meses, cada 6 meses, dos veces al año o una vez al año.

H. Ciertas terapias de combinación

En ciertas realizaciones, una o más composiciones farmacéuticas se coadministran con uno o más de otros agentes farmacéuticos. En ciertas realizaciones, uno o más de tales otros agentes farmacéuticos están diseñados para tratar la misma enfermedad, trastorno o afección que la una o más composiciones farmacéuticas descritas en la presente. En ciertas realizaciones, uno o más de tales otros agentes farmacéuticos están diseñados para tratar una enfermedad, trastorno o afección diferente a la una o más composiciones farmacéuticas descritas en la presente. En ciertas realizaciones, uno o más de tales otros agentes farmacéuticos están diseñados para tratar un efecto secundario no deseado de una o más composiciones farmacéuticas como se describe en la presente. En ciertas realizaciones, una o más composiciones farmacéuticas se coadministran con otro agente farmacéutico para tratar un efecto no deseado de ese otro agente farmacéutico. En ciertas realizaciones, una o más composiciones farmacéuticas se coadministran con otro agente farmacéutico para producir un efecto combinacional. En ciertas realizaciones, una o más composiciones farmacéuticas se coadministran con otro agente farmacéutico para producir un efecto sinérgico.

En ciertas realizaciones, se administran una o más composiciones farmacéuticas y uno o más de otros agentes farmacéuticos al mismo tiempo. En ciertas realizaciones, una o más composiciones farmacéuticas y uno o más de otros agentes farmacéuticos se administran en diferentes momentos. En ciertas realizaciones, una o más composiciones farmacéuticas y uno o más de otros agentes farmacéuticos se preparan juntos en una única formulación. En ciertas realizaciones, una o más composiciones farmacéuticas y uno o más de otros agentes farmacéuticos se preparan por separado.

En ciertas realizaciones, los agentes farmacéuticos que pueden coadministrarse con una composición farmacéutica incluyen agentes antipsicóticos como, por ejemplo, haloperidol, clorpromazina, clozapina, quetapina y olanzapina; agentes antidepresivos como, por ejemplo, fluoxetina, clorhidrato de sertralina, venlafaxina y nortriptilina; agentes tranquilizantes como, por ejemplo, benzodiacepinas, clonazepam, paroxetina, venlafaxina y betabloqueantes; agentes estabilizadores del estado de ánimo como, por ejemplo, litio, valproato, lamotrigina y carbamazepina; agentes paralíticos como, por ejemplo, toxina botulínica; y/u otros agentes experimentales que incluyen, pero no limitados a, tetrabenazina (Xenazina), creatina, conezima Q10, trehalosa, ácidos docosahexanoicos, ACR16, etil-EPA, atomoxetina, citalopram, dimebon, memantina, fenilbutirato de sodio, ramelteon, ursodiol, ziprexa, xenasina, tiaprida, riluzol, amantadina, [123I]MNI-420, atomoxetina, tetrabenazina, digoxina, detrometorfano, warfarina, alprozam, ketoconazol, omeprazol y minociclina.

Divulgación adicional

Aunque ciertos compuestos, composiciones y métodos descritos en la presente se han descrito con especificidad de acuerdo con ciertas realizaciones, los siguientes ejemplos sirven solo para ilustrar los compuestos descritos en la presente y no se pretende que los limiten.

Aunque la lista de secuencias que acompaña a esta presentación identifica cada secuencia como "ARN" o "ADN" según se requiera, en realidad, esas secuencias pueden modificarse con cualquier combinación de modificaciones químicas. Un experto en la técnica apreciará fácilmente que dicha designación como "ARN" o "ADN" para describir oligonucleótidos modificados es, en ciertos casos, arbitraria. Por ejemplo, un oligonucleótido que comprende un nucleósido que comprende una fracción de azúcar 2'-OH y una base de timina podría describirse como un ADN que tiene un azúcar modificado (2'-OH para el 2'-H natural de ADN) o como un ARN que tiene una base modificada (timina (uracilo metilado) para uracilo natural de ARN).

Por consiguiente, las secuencias de ácidos nucleicos divulgadas en la presente, que incluyen, pero no se limitan a las del listado de secuencias, se pretende que abarquen ácidos nucleicos que contienen cualquier combinación de ARN y/o ADN natural o modificado incluyendo, pero no limitado a dichos ácidos nucleicos que tienen nucleobases modificadas. A modo de ejemplo adicional y sin limitación, un compuesto oligomérico que tiene la secuencia de nucleobases "ATCGATCG" abarca cualquier compuesto oligomérico que tenga dicha secuencia de nucleobases, ya sea modificada o no modificada, incluyendo, pero no limitado a, tales compuestos que comprenden bases de ARN, como los que tienen la secuencia "AUCGAUCG" y aquellos que tienen algunas bases de ADN y algunas bases de ARN como "AUCGATCG" y compuestos oligoméricos que tienen otras bases modificadas o de origen natural, como "ATmeCGAUCG", en donde meC indica una base de citosina que comprende un grupo metilo en la posición 5.

EJEMPLOS

Los siguientes ejemplos ilustran ciertas realizaciones de la presente invención y no son limitativos. Además, cuando se divulgan realizaciones específicas, los inventores han contemplado la aplicación genérica de esas realizaciones específicas. Por ejemplo, la divulgación de un oligonucleótido que tiene un motivo particular proporciona un soporte razonable para oligonucleótidos adicionales que tienen el mismo motivo o uno similar. Y, por ejemplo, cuando una modificación de alta afinidad particular aparece en una posición particular, otras modificaciones de alta afinidad en la misma posición se consideran adecuadas, a menos que se indique lo contrario.

Para permitir la evaluación de los efectos relativos de la secuencia de nucleobases y la modificación química, a lo largo de los ejemplos, a los compuestos oligoméricos se les asigna un "Código de secuencia". Los compuestos oligoméricos que tienen el mismo Código de Secuencia tienen la misma secuencia de nucleobases. Los compuestos oligoméricos que tienen diferentes Códigos de Secuencia tienen diferentes secuencias de nucleobase.

Ejemplo 1: Polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) en la secuencia del gen de huntingtina (HTT)

Las posiciones de SNP (identificadas por Hayden et al, WO/2009/135322) asociadas con el gen ^{H T T} se mapearon en la secuencia genómica de ^HTT, designada en la presente como SEQ ID NO: 1 (NT_006081.18 truncada de los nucleótidos 1566000 a 1768000). La Tabla 5 proporciona posiciones de SNP asociadas con el gen HTT. La Tabla 5 proporciona un número de identificación de SNP de referencia de la base de datos SNP de Entrez en el National Center of Biotechnology Information (NCBI, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=snp). La Tabla 5 proporciona detalles adicionales sobre cada SNP. El “número de identificación de SNP de referencia' o 'número de RS' es el número designado para cada SNP de la base de datos de SNP de Entrez en NCBI. La 'posición de SNP' se refiere a la posición de nucleótidos del SNP en la SEQ ID NO: 1. 'Polimorfismo' indica las variantes de nucleótidos en esa posición de SNP. 'Alelo principal' indica el nucleótido asociado con el alelo principal, o el nucleótido presente en una proporción estadísticamente significativa de individuos en la población humana. 'Alelo menor' indica el nucleótido asociado con el alelo menor, o el nucleótido presente en una proporción relativamente pequeña de individuos en la población humana.

T l : P lim rfi m n l r in ivi l NP i i n n l E ID N : 1

continuación

Se diseñaron una serie de oligonucleótidos modificados para apuntar a posiciones de SNP asociadas con el gen ^HTT. Se evaluó la capacidad de estos oligonucleótidos modificados para inhibir selectivamente ^{H T T} mutante (mut) mientras dejaba intacta la expresión de ^{H T T} de tipo salvaje (wt) y BMPR1A. En las tablas, el subíndice 'k' indica una modificación (S)-cEt; el subíndice 'e' indica una modificación de MOE; 'm' antes del residuo de citosina indica una 5-metil citosina; 'x' antes del residuo de timina indica una 2-tiotimina; el número junto con 'd' indica el número de nucleósidos de desoxirribosa; el subíndice 'o' después de los subíndices de modificación de azúcar indica un enlace internucleosídico de fosfodiéster; el subíndice 's' después del nucleósido indica un enlace internucleosídico de fosforotioato.

Como se ha descrito anteriormente en el Ejemplo 1, ciertos SNP pueden tener dos o más variantes alélicas. Por ejemplo, las dos variantes alélicas para SNP rs7685686 son A y G. En ciertas realizaciones, pueden diseñarse oligonucleótidos antisentido que se dirigen a cualquiera de las variantes alélicas. En ciertas realizaciones, un porcentaje mayor de la población puede tener una variante alélica particular. Los oligonucleótidos modificados se diseñaron para apuntar a la variante alélica G de rs7685686. Estos oligonucleótidos modificados se describen adicionalmente en la Tabla 6.

Los oligonucleótidos modificados se probaron in vitro. Se evaluó la inhibición selectiva de los oligonucleótidos modificados dirigidos a BMPR1A y ^{H T T} SNP rs7685686 o rs7685686 (G). También se evaluó la inhibición selectiva de oligonucleótidos modificados dirigidos a SNP rs6446723 con 4 malapareamientos para BMPR1A y a SNP rs363064 con 3 o 4 malapareamientos para BMPR1A. Se usó la línea celular GM04022 de fibroblastos de pacientes humanos. Las células GM04022 cultivadas a una densidad de 35.000 células por pocillo se transfectaron usando electroporación a 130V con concentraciones de oligonucleótidos modificados de 0,0, 0,37, 1,1, 3,3 y 10 pM. Después de un período de tratamiento de aproximadamente 24 horas, se aisló el ARN de las células. El mensaje objetivo para HTT y BMPR1A se midió por PCR cuantitativa en tiempo real usando el ensayo ABI C_2229297_10 y RTS2623, respectivamente. Los niveles de ARNm objetivo se ajustaron de acuerdo con el contenido total de ARN, como se mide por RIBOGREEN y los resultados se presentan en la Tabla 7.

El IC⁵⁰de cada oligonucleótido modificado presentado en la Tabla 7 se calculó trazando las concentraciones de oligonucleótidos usados frente al porcentaje de inhibición de la expresión de ARNm de ^{H T T} o BMPR1A lograda a cada concentración, y anotando la concentración de oligonucleótido a la que se logró el 50% de inhibición de expresión de ARNm de HTT o BMPRIAen comparación con el control. La selectividad para ^{H T T} se calculó dividiendo la IC⁵⁰para la inhibición de la ^{H T T} de tipo salvaje frente a la IC⁵⁰para inhibir la expresión del ARNm de ^{H T T} mutante. La selectividad para BMPR1A se calculó dividiendo la IC⁵⁰para la inhibición de BMPR1A frente a la IC⁵⁰para inhibir la expresión del ARNm de ^{H T T} mutante.

En el estudio se incluyeron ISIS 141923 y 387916 como controles negativos y positivos. ISIS 460209 o 572772 también se incluyó en el estudio para comparación.

^{T l : l i n l i m i f i i r i i P H n i n i n} HTT ^{B M P R 1 A}

(continuación)

(continuación)

(continuación)

Tabla 7: Selectividad de oli onucleótidos modificados diri idos a SNPs de Huntin tina HTT /o BMPR1A

continuación

continuación

continuación

Ejemplo 3: Oligonucleótidos modificados dirigidos a SNP de HTT rs7685686 y BMPR1A

Se diseñaron una serie de oligonucleótidos modificados para apuntar a las posiciones de SNP objetivo asociadas con el gen ^{H T T} y BMPR1A. Se evaluó la capacidad de estos oligonucleótidos modificados para inhibir selectivamente ^{H T T} mutante (mut) mientras dejaba la expresión del HTT de tipo salvaje (wt) y BMPR1A intacta. En las tablas, el subíndice 'k' indica una modificación (S)-cEt; el subíndice 'e' indica modificación de MOE; 'm' antes del residuo de citosina indica una 5-metil citosina; 'x' antes del residuo de timina indica una 2-tiotimina; el número junto con 'd' indica el número de nucleósidos de desoxirribosa; el subíndice 'o' después de los subíndices de modificación de azúcar indica un enlace internucleosídico de fosfodiéster; el subíndice 's' después del nucleósido indica un enlace internucleosídico de fosforotioato.

Los oligonucleótidos modificados presentados en la Tabla 8 se probaron in vitro. Se evaluó la inhibición selectiva de los oligonucleótidos modificados dirigidos a ^{H T T} SNP rs7685686 y BMPR1A. Se usó la línea celular GM04022 de fibroblastos de pacientes humanos. Las células GM04022 cultivadas a una densidad de 35.000 células por pocillo se transfectaron usando electroporación a 130V con concentraciones de oligonucleótidos modificados de 0,0, 0,12, 0,37, 1,1, 3,3 y 10 pM. Después de un período de tratamiento de aproximadamente 24 horas, se aisló el ARN de las células. El mensaje objetivo para ^{H T T} y BMPR1 A se midió por PCR cuantitativa en tiempo real usando el ensayo ABI C_2229297_10 y RTS2623, respectivamente. Los niveles de ARNm objetivo se ajustaron de acuerdo con el contenido de ARN total, medido por RIBOGREEN y los resultados se presentan en la Tabla 9.

La IC⁵⁰de cada oligonucleótido modificado junto con la selectividad de ^{H T T} y BMPR1A se calcularon de la misma manera que se describe en el Ejemplo 2. Los resultados son la media de 2 ensayos independientes y se presentan en la Tabla 9.

En el estudio se incluyeron ISIS 141923 y 387916 como control negativo y positivo. ISIS 460209 o 572772 también se incluyó en el estudio para comparación.

Tabla 8: oli onucleótidos modificados diri idos a SNP de Huntin tina HTT rs7685686 BMPR1A

(continuación)

^{T l : l i v i l i n l i m i f i i r i i N P} HTT ^{r 7 B M P R 1 A}

^{E j e m p l o 4 : T o l e r a b i l i d a d d e o l i g o n u c l e ó t i d o s m o d i f i c a d o s d i r i g i d o s a S N P s d e} HTT ^{y B M P R 1 A}

Se separaron ratones de tipo salvaje BALB/c en grupos de 4 ratones. A cada ratón se le administró una única dosis de 300 pg de ICV de un oligonucleótido modificado o una dosis única de ICV de PBS. A las 3 horas después de la inyección, cada ratón se evaluó de acuerdo con 7 criterios diferentes. Los 7 criterios son (1) el ratón estaba animado, alerta y receptivo; (2) el ratón estaba parado o encorvado sin estímulos; (3) el ratón muestra cualquier movimiento sin estímulos; (4) el ratón muestra el movimiento hacia adelante después de levantarlo; (5) el ratón muestra cualquier movimiento después de levantarlo; (6) el ratón responde a un pellizco de la cola; (7) el ratón tiene una frecuencia respiratoria regular. Para cada uno de los 7 criterios diferentes, a cada ratón se le asignó una subpuntuación de 0 si cumplía con los criterios o 1 si no lo hacía. Después de evaluar cada uno de los 7 criterios, las subpuntuaciones se sumaron para cada ratón y luego se promediaron para cada grupo. Por ejemplo, si un ratón estaba animado, alerta y respondía 3 horas después de la dosis de 300 pg de ICV, y cumplía con todos los demás criterios, obtendría una puntuación sumada de 0. Si otro mouse no estaba animado, alerta y receptivo 3 horas después de la dosis de 300 pg de ICV pero cumplía con todos los demás criterios, recibiría una puntuación de 1. Los ratones tratados con PBS generalmente reciben una puntuación de 0. Una puntuación en el extremo superior del intervalo sugeriría toxicidad aguda.

Cada ratón fue luego evaluado semanalmente por un observador entrenado durante 8 semanas y examinado para eventos adversos (EA). Los eventos adversos se definen como cualquier comportamiento no típico en un animal de control emparejado sin tratar. Los animales fueron evaluados para eventos adversos que incluyen, pero no se limitan a: apriete de extremidades, separación anormal de las extremidades, marcha anormal, temblores, respiración anormal, parálisis, espasticidad, reflejo de enderezamiento alterado, hiperactividad y letargo. Para cada grupo, se calculó el número de animales que mostraron eventos adversos durante cualquiera de las 8 observaciones semanales. Por ejemplo, un grupo de animales en el que ningún animal mostró ningún evento adverso recibe una puntuación de 0.

También se midieron los pesos corporales durante todo el estudio. Los resultados se presentan como el cambio de peso porcentual medio para cada grupo, con respecto al peso medio previo al tratamiento para el grupo.

Los animales se sacrificaron a las 8 semanas. Se recogieron secciones cerebrales y lumbares de las médulas espinales de cada animal, y se realizó RT-PCR. Se determinaron los niveles de expresión del factor inflamatorio de aloinjerto (AIF1) como una medida de inflamación. También se determinaron los niveles de expresión de la proteína ácida fibrilar glial (GFAP) para algunas muestras como una medida de la activación de las células gliales. Los niveles de ciclofilina se determinaron como control. Después de la normalización de todas las muestras a ciclofilina, los valores de AIF1 y/o GFAP para cada grupo de tratamiento se dividieron por el valor normalizado para el grupo de control de PBS con el propósito de determinar el porcentaje de expresión de AIF1 o GFAP con respecto a los animales tratados con PBS. Los datos que se muestran a continuación representan la media de cada grupo.

Los resultados de los estudios de tolerabilidad se presentan en las Tablas 10, 11 y 12.

^{T a b l a 1 0 : T o l e r a b i l i d a d d e o l i g o n u c l e ó t i d o s m o d i f i c a d o s d i r i g i d o s a S N P d e} HTT ^{r s 6 4 4 6 7 2 3 , S N P d e} HTT ^{r 4 N P} HTT ^{r 7 B M P R 1 A}

continuación

^{T l 1 1 : T l r i l i l i n l i m i f i i r i i N P} HTT ^{r 7 B M P R 1 A}

Claims

REIVINDICACIONES

1. Un compuesto oligomérico que comprende un oligonucleótido modificado que consiste de 13 a 30 nucleósidos enlazados, en donde el oligonucleótido modificado tiene un motivo de modificación que comprende:

una región central entre la región 5' y la región 3' que consiste de 6-10 nucleósidos de la región central enlazados, cada un seleccionado independientemente entre: un nucleósido modificado y un desoxinucelósido no modificado, en donde el nucleósido de la región central más 5' es un desoxinucleósido no modificado y el nucleósido de la región central más 3' es un desoxinucleósido no modificado;

en donde el oligonucleótido modificado tiene una secuencia de nucleobases complementaria con la secuencia de nucleobases de un región objetivo de un ácido nucleico asociado con un transcrito de huntingtina,

en donde la secuencia de nucleobases de la región objetivo del ácido nucleico objetivo difiere de la secuencia de nucleobases de por lo menos un ácido nucleico no objetivo en una única nucleobase diferenciadora, y

en donde la única nucleobase diferenciadora es el polimorfismo de un solo nucleótido rs7685686.

2. El compuesto oligomérico de la reivindicación 1, en el que la secuencia de nucleobases de la región objetivo del ácido nucleico objetivo difiere de la secuencia de nucleobases de un ácido nucleico no objetivo adicional en 1-3 nucleobases diferenciadoras.

3. El compuesto oligomérico de la reivindicación 2, en el que el ácido nucleico no objetivo es el receptor de la proteína morfogenética ósea, tipo 1A.

4. El compuesto oligomérico de cualquiera de las reivindicaciones 1-3 en el que la región 5' tiene un motivo seleccionado entre: ek, k, eeeedk, eeeee, eeeeedk, eeeeeeeek, eeeeeeek, eeeek, eeeek, eeeekk, eeek, eeekk, eek, eekk, ekek, ekek, ekk, ekkdk, y ekkkk, en onde cada 'e' es un nucleósido modificado con 2'MOE, cada 'k' es un nucleósido modificado con cEt, y cada 'd' es un desoxinucleósido no modificado.

5. El compuesto oligomérico de cualquiera de las reivindicaciones 1-4, en donde la región 3' consiste de 6, 7, 8, 9 o 10 nucleósidos de la región 3' enlazados.

6. El compuesto oligomérico de cualquiera de las reivindicaciones 1-5, en el que la región central consiste de 6-9 nucleósidos enlazados.

7. El compuesto oligomérico de cualquiera de las reivindicaciones 1-6, en el que cada nucleósido de la región central es un desoxinucleósido no modificado.

8. El compuesto oligomérico de cualquiera de las reivindicaciones 1-7, en el que por lo menos un nucleósido de la región central es nucleósido modificado seleccionado entre una 2-tio pirimidina y una 5-propino pirimidina.

9. El compuesto oligomérico de cualquiera de las reivindicaciones 1-8, en el que cada enlace internucleosídico es un enlace internucleosídico modificado.

10. El compuesto oligomérico de la reivindicación 9, en el que cada enlace internucleosídico es un enlace internucleosídico de fosforotioato.

11. El compuesto oligomérico de cualquiera de las reivindicaciones 1-9, en el que el enlace internucleosídico más 5' de la región 5' es un enlace internucleosídico de fosforotioato, en el que el enlace internucleosídico más 3' de la región 3' es un enlace internucleosídico de fosforotioato, y en el que cada enlace internucleosídico de la región central es un enlace internucleosídico de fosforotioato.

12. El compuesto oligomérico de cualquiera de las reivindicaciones 1-9, en el que el enlace internucleosídico más 5' de la región 5' es un enlace internucleosídico de fosforotioato, en el que el enlace internucleosídico más 3' de la región 3' es un enlace internucleosídico de fosforotioato, en el que cada enlace internucleosídico de la región central es un enlace internucleosídico de fosforotioato, y en el que cada enlace internucleosídico restante es un enlace internucleosídico de fosfodiéster.

13. El compuesto oligomérico de cualquiera de las reivindicaciones 1-12 que comprende por lo menos un grupo conjugado.

14. El compuesto oligomérico de cualquiera de las reivindicaciones 1-13, en el que la secuencia de nucleobases del oligonucleótido modificado es 100% complementario con la secuencia de nucleobases de la región objetivo del ácido nucleico objetivo.

15. El compuesto oligomérico de la reivindicación 1, en el que el compuesto u oligonucleótido modificado se selecciona del grupo que consiste de ISIS 623212, ISIS 623224, ISIS 623237, ISIS 623239 o ISIS 623242, como se muestra en la tabla siguiente:

en donde el subíndice 'k' indica una modificación (S)-cEt; el subíndice 'e' indica una modificación MOE; 'm' antes del residuo de citosina indica una 5-metil citosina; el número junto con 'd' indica el número de nucleósidos de desoxirribosa; el subíndice 'o' después de los subíndices de modificación de azúcar indica un enlace internucleosídico de fosfodiéster; el subíndice 's' después del nucleósido indica un enlace internucleosídico de fosforotioato.