ES2797679T3 - Compuestos antisentido y usos de los mismos - Google Patents

Abstract

Un compuesto que comprende un oligonucleótido modificado que consta de 8 a 30 nucleósidos unidos y que tiene una secuencia de nucleobase que comprende una región complementaria, en donde la región complementaria comprende al menos 8 nucleobases contiguas y es 100% complementaria a una porción de igual longitud de una región diana de una transcripción CLN3, en la que: (i) la secuencia de nucleobase del oligonucleótido es al menos 90% complementaria a una región de igual longitud del transcrito de CLN3, medida a lo largo de toda la longitud del oligonucleótido; y (ii) el oligonucleótido modificado no comprende más de 4 2'-desoxinucleósidos contiguos no modificados; y en donde el compuesto es capaz de inducir la omisión de uno o más exones de la transcripción de CLN3, para uso en el tratamiento de la enfermedad de Batten o para retrasar o prevenir la aparición de la enfermedad de Batten.

Description

DESCRIPCIÓN

Compuestos antisentido y usos de los mismos

ANTECEDENTES

La lipofuscinosis ceroide neuronal juvenil (JNCL), también conocida como enfermedad de Batten, es el trastorno más común de NCL, un grupo de enfermedades neurodegenerativas infantiles. El JNCL ocurre en aproximadamente 1 de cada 25.000 nacimientos en los Estados Unidos y Europa y se ha informado en muchos otros países del mundo. El inicio ocurre entre los cinco y los ocho años y los síntomas incluyen pérdida progresiva de la función motora, convulsiones, pérdida de visión y pérdida de la función cognitiva, lo que resulta en la muerte antes de los 30 años. El JNCL es un trastorno autosómico recesivo causado por mutaciones del gen CLN3. Hay cuarenta y nueve mutaciones conocidas de CLN3, pero aproximadamente el 80% de los casos de JNCL resultan de una eliminación particular del gen CLN3 que abarca los exones 7 y 8 (CLN3A78). La eliminación de CLN3Ú78provoca un desplazamiento de marco que da como resultado un codón de parada prematuro en el exón 9. El producto proteico truncado de CLN3Ú78 es el 33% de la longitud del tipo salvaje. La función de la proteína CLN3 no se comprende bien, pero está implicada en muchos procesos importantes, p. ej., el tráfico de membranas, la distribución de fosfolípidos y la respuesta al estrés oxidativo. Actualmente, no hay tratamientos para ninguno de los trastornos de NCL, y las opciones de los pacientes se limitan al tratamiento correctivo de los síntomas (ver Bennett y Rakheja, Dev. Disabil. Res. Rev. 2013, 17, 254­ 259).

Los compuestos antisentido se han utilizado para modular los ácidos nucleicos diana. Se han informado compuestos antisentido que comprenden una variedad de modificaciones químicas y motivos. En ciertos casos, dichos compuestos son útiles como herramientas de investigación, reactivos de diagnóstico y como agentes terapéuticos. En ciertos casos, se ha demostrado que los compuestos antisentido modulan la expresión de proteínas al unirse a un ARN mensajero diana (ARNm) que codifica la proteína. En ciertos casos, dicha unión de un compuesto antisentido a su ARNm diana da como resultado la escisión del ARNm. También se han informado compuestos antisentido que modulan el procesamiento de un pre-ARNm. Tales compuestos antisentido alteran el empalme, interfieren con la poliadenilación o evitan la formación de la tapa 5’ de un pre-ARNm.

Ciertos compuestos antisentido se han descrito previamente. Véase, p. ej., la Patente de EE.UU. N° 7,399,845 y la Solicitud de Patente Internacional publicada N° WO 2008/049085.

El documento WO 2013/066438 describe la evaluación y la mejora de la especificidad de escisión de nucleasa de nucleasas modificadas (p. ej., nucleasas de dedo de zinc, nucleasas efectoras de tipo activador transcripcional, etc.

Svetlana N. Rylova et al. (2002) describe los efectos de bloquear la expresión de la proteína CLN3 en el crecimiento de células cancerosas, supervivencia, producción de ceramida y apoptosis mediante el uso de una construcción CLN3 antisentido portadora de adenovirus.

RESUMEN

La invención proporciona un compuesto que comprende un oligonucleótido modificado que consta de 8 a 30 nucleósidos unidos y que tiene una secuencia de nucleobase que comprende una región complementaria, en la que la región complementaria comprende al menos 8 nucleobases contiguas y es 100% complementario a una porción de igual longitud de una región diana de una transcripción CLN3, en la que:

(i) la secuencia de nucleobase del oligonucleótido es al menos 90% complementaria a una región de igual longitud de la transcripción de CLN3, medida a lo largo de toda la longitud del oligonucleótido; y

(ii) el oligonucleótido modificado no comprende más de 42 'desoxinucleósidos contiguos no modificados; y

en donde el compuesto es capaz de inducir la omisión de uno o más exones de la transcripción de CLN3, para usar en el tratamiento de la enfermedad de Batten o para retrasar o prevenir la aparición de la enfermedad de Batten.

La invención también proporciona una composición farmacéutica que comprende un compuesto que comprende un oligonucleótido modificado que consta de 8 a 30 nucleósidos unidos y que tiene una secuencia de nucleobase que comprende una región complementaria, en la que la región complementaria comprende al menos 8 nucleobases contiguas y es 100% complementaria a una porción de igual longitud de una región diana de una transcripción CLN3, en donde:

(i) la secuencia de nucleobase del oligonucleótido es al menos 90% complementaria a una región de igual longitud de la transcripción de CLN3, medida a lo largo de toda la longitud del oligonucleótido; y

(ii) el oligonucleótido modificado no comprende más de 42'-desoxinucleósidos contiguos no modificados; y

en donde el compuesto es capaz de inducir la omisión de uno o más exones de la transcripción de CLN3, y un vehículo o diluyente farmacéuticamente aceptable, para usar en el tratamiento de la enfermedad de Batten o para retrasar o prevenir la aparición de enfermedades de Batten

Muchos casos de JNCL resultan de una supresión particular del gen CLN3 que abarca los exones 7 y 8 (CLN3A78). La eliminación de CLN3Ú78 provoca un desplazamiento de marco que da como resultado un codón de parada prematuro en el exón 9. El producto proteico truncado de CLN3Ú78 es el 33% de la longitud del tipo salvaje. En ciertas realizaciones, la proteína CLN3Ú78 truncada causa una variedad de defectos celulares, incluyendo disfunción lisosómica y transportadora. En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos modificados dirigidos al pre-ARNm de CLN3 pueden inducir la omisión de uno o más exones y, por lo tanto, evitan el desplazamiento del marco que da como resultado un codón de parada prematuro en el exón 9.

P. ej., en ciertas realizaciones, los oligonucleótidos modificados dirigidos al premARN CLN3 del exón 6 pueden inducir la omisión en el exón 6 y evitar el reconocimiento del codón de parada prematuro en el exón 9, produciendo así una proteína CLN3 truncada que tiene una funcionalidad restaurada en comparación con la isoforma CLN3A78. En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos modificados dirigidos al pre-ARNm de CLN3 del exón 9 pueden inducir la omisión en el exón 9 y evitar el reconocimiento del codón de detención prematuro en el exón 9, produciendo así una proteína CLN3 truncada que tiene una funcionalidad restaurada en comparación con la isoforma CLN3A 78.

En ciertas realizaciones, la presente divulgación proporciona compuestos que comprenden oligonucleótidos. En ciertas realizaciones, dichos oligonucleótidos son complementarios a una lipofuscinosis ceroide, transcripción neuronal 3 ("CLN3"). En ciertas realizaciones de este tipo, los oligonucleótidos son complementarios a una región diana de la transcripción de CLN3 que comprende el exón 6. En ciertas de tales realizaciones, los oligonucleótidos son complementarios a una región diana de la transcripción de CLN3 que comprende un intrón adyacente al exón 6.

En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos son complementarios a una región diana del transcrito CLN3 que comprende un intrón adyacente al exón 6 y corriente abajo del exón 6. En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos son complementarios a una región diana del transcrito CLN3 que comprende un intrón adyacente al exón 6 y corriente arriba del exón 6.

En ciertas realizaciones de este tipo, los oligonucleótidos son complementarios a una región diana de la transcripción de CLN3 que comprende el exón 9. En ciertas de tales realizaciones, los oligonucleótidos son complementarios a una región diana de la transcripción de CLN3 que comprende un intrón adyacente al exón 9. En ciertas de tales realizaciones, oligonucleótidos son complementarios a una región diana de la transcripción CLN3 que comprende un intrón adyacente al exón 9 y corriente abajo del exón 9. En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos son complementarios a una región diana de la transcripción CLN3 que comprende un intrón adyacente al exón 9 y corriente arriba del exón 9.

En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos promueven la omisión del exón 6. En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos promueven la omisión del exón 6 de un transcrito CLN3A78. En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos promueven la omisión del exón 9. En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos promueven la omisión del exón 9 de un transcrito CLN3A78.

En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos promueven la omisión de los exones 6, 7 y 8. En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos promueven la omisión de los exones 7, 8 y 9. En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos promueven la omisión del exón 6. En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos promueven la omisión del exón 9.

En ciertas realizaciones, la transcripción de CLN3 está en un ser humano. En ciertas realizaciones, la transcripción de CLN3 está en un ratón.

BREVE DESCRIPCIÓN DE LAS FIGURAS

La Figura 1 es un esquema del ARN WT CLN3 humano y el ARN y proteínas de CLN3A78 mutante. Los productos de empalme, CLN3A678 y CLN3A789, también se representan. Los exones se representan como cuadros, los intrones se representan como líneas. En ciertas realizaciones, los ASO se usan para alterar el empalme del pre-ARNm de CLN3A78.

La Figura 2 muestra los productos de empalme producidos después del tratamiento de fibroblastos CLT3A78 mutantes heterocigotos y homocigotos WT, con un ASO dirigido al exón 6 de CLN3 y análisis por RT-PCR.

La Figura 3 muestra productos de empalme producidos después del tratamiento de fibroblastos CLN3A78 mutantes homocigotos con concentraciones variables de un ASO dirigido al exón 6 de CLN3 y análisis por RT-PCR.

La Figura 4 muestra una transferencia Western que ilustra los productos proteicos producidos después del tratamiento de fibroblastos CLN3A78 mutantes homocigotos WT, con un ASO dirigido al exón 6 y un ASO de control.

La Figura 5 muestra los resultados de RT-PCR de un cribado de ASO dirigidos al exón 6 del ratón CLN3.

La Figura 6 muestra los resultados de RT-PCR de un cribado de ASO dirigidos al exón 9 de CLN3 de ratón.

La Figura 7 muestra los productos de empalme producidos después del tratamiento de los ratones Batten de CLN3A78 mutante homocigoto con un ASO dirigido al exón 6 de CLN3 (616709) o un ASO de control y análisis por RT-PCR.

La Figura 8 muestra los resultados de RT-PCR de un cribado de ASO dirigidos al exón 6 de CLN3 humano.

La Figura 9 muestra los resultados de RT-PCR de un cribado de ASO dirigidos al exón 9 de CLN3 humano.

La Figura 10 muestra los productos de empalme producidos después del tratamiento de fibroblastos CLN3A78 mutantes homocigotos con ASO dirigidos al exón 6 o al exón 9 de CLN3 humano.

DESCRIPCIÓN DETALLADA

A menos que se proporcionen definiciones específicas, la nomenclatura utilizada en relación con, y los procedimientos y técnicas de química analítica, química orgánica sintética y química medicinal y farmacéutica descritas en el presente documento son los bien conocidos y comúnmente utilizados en la técnica. Se pueden usar técnicas estándar para la síntesis química y el análisis químico. Ciertas técnicas y procedimientos de este tipo pueden encontrarse, p. ej., en "Carbohydrate Modifications in Antisense Research" Editado por Sangvi y Cook, American Chemical Society, Washington DC, 1994; "Remington's Pharmaceutical Sciences", Mack Publishing Co., Easton, Pa., 21a edición, 2005; y "Antisense Drug Technology, Principles, Strategies and Applications" Editado por Stanley T. Crooke, CRC Press, Boca Raton, Florida; y Sambrook et al., "Molecular Cloning, A Laboratory Manual," 2a Edición, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989.

A menos que se indique lo contrario, los siguientes términos tienen los siguientes significados:

Como se usa en el presente documento, "nucleósido" significa un compuesto que comprende un resto nucleobase y un resto azúcar. Los nucleósidos incluyen, pero no se limitan a, nucleósidos naturales (como se encuentran en el ADN y el ARN) y nucleósidos modificados. Los nucleósidos pueden estar unidos a un resto fosfato.

Como se usa en el presente documento, "modificación química" significa una diferencia química en un compuesto en comparación con una contraparte natural. En referencia a un oligonucleótido, la modificación química no incluye diferencias solo en la secuencia de nucleobase. Las modificaciones químicas de los oligonucleótidos incluyen modificaciones de nucleósidos (incluidas modificaciones de restos de azúcar y modificaciones de nucleobases) y modificaciones de enlaces internucleosídicos.

Como se usa en el presente documento, "furanosilo" significa una estructura que comprende un anillo de 5 miembros que comprende cuatro átomos de carbono y un átomo de oxígeno.

Como se usa en el presente documento, "resto de azúcar natural" significa un ribofuranosilo como se encuentra en el ARN natural o un desoxirribofuranosilo como se encuentra en el ADN natural.

Como se usa en el presente documento, "resto de azúcar" significa un resto de azúcar natural o un resto de azúcar modificado de un nucleósido.

Como se usa en el presente documento, "resto de azúcar modificado" significa un resto de azúcar sustituido, un resto de azúcar bicíclico o tricíclico, o un sustituto de azúcar.

Como se usa en el presente documento, "resto de azúcar sustituido" significa un furanosilo que comprende al menos un grupo sustituyente que difiere de un resto de azúcar natural. Los restos de azúcar sustituidos incluyen, pero no se limitan a furanosilos que comprenden sustituyentes en la posición 2’, la posición 3', la posición 5’ y/o la posición 4’.

Como se usa en el presente documento, "resto de azúcar sustituido en 2'" significa un furanosilo que comprende un sustituyente en la posición 2' distinto de H u OH. A menos que se indique lo contrario, un resto de azúcar sustituido en 2’ no es un resto de azúcar bicíclico (es decir, el sustituyente 2' de un resto de azúcar sustituido en 2’ no forma un puente hacia otro átomo del anillo de furanosilo.

Como se usa en este documento, "MOE" significa -OCH²CH²OCH³.

Como se usa en el presente documento, "resto de azúcar bicíclico" significa un resto de azúcar modificado que comprende un anillo de 4 a 7 miembros (que incluye pero no se limita a un furanosilo) que comprende un puente que conecta dos átomos del anillo de 4 a 7 miembros para formar un segundo anillo, dando como resultado en una estructura bicíclica. En ciertas realizaciones, el anillo de 4 a 7 miembros es un anillo de azúcar. En ciertas realizaciones, el anillo de 4 a 7 miembros es un furanosilo. En ciertas realizaciones de este tipo, el puente conecta el carbono 2’ y el carbono 4’ del furanosilo.

Como se usa en el presente documento, el término "sustituto del azúcar" significa una estructura que no comprende un furanosilo y que es capaz de reemplazar el resto de azúcar natural de un nucleósido, de modo que el nucleósido resultante es capaz de (1) incorporación en un oligonucleótido y (2) hibridación a un nucleósido complementario. Dichas estructuras incluyen anillos que comprenden un número diferente de átomos que el furanosilo (p. ej., anillos de 4, 6 o 7 miembros); reemplazo del oxígeno de un furanosilo con un átomo que no es de oxígeno (p. ej., carbono, azufre o nitrógeno); o tanto un cambio en el número de átomos como un reemplazo del oxígeno. Dichas estructuras también pueden comprender sustituciones correspondientes a las descritas para restos de azúcar sustituidos (p. ej., sustitutos de azúcar carbocíclico bicíclico de 6 miembros que opcionalmente comprenden sustituyentes adicionales). Los sustitutos del azúcar también incluyen reemplazos de azúcar más complejos (p. ej., los sistemas sin anillo del ácido nucleico peptídico). Los sustitutos del azúcar incluyen, sin limitación, morfolino, morfolinos modificados, ciclohexenilos y ciclohexitoles.

Como se usa en el presente documento, "nucleótido" significa un nucleósido que comprende además un grupo de enlace fosfato. Como se usa en el presente documento, los "nucleósidos unidos" pueden o no estar unidos por enlaces fosfato y, por lo tanto, incluyen, pero no se limitan a, "nucleótidos unidos". Como se usa en el presente documento, "nucleósidos unidos" son nucleósidos que están conectados en una secuencia continua (es decir, no hay nucleósidos adicionales presentes entre los que están unidos).

Como se usa en el presente documento, "nucleobase" significa un grupo de átomos que pueden unirse a un resto de azúcar para crear un nucleósido que sea capaz de incorporarse a un oligonucleótido, y en donde el grupo de átomos sea capaz de unirse con una nucleobase complementaria de origen natural de otro oligonucleótido o ácido nucleico. Las nucleobases pueden ser de origen natural o pueden modificarse.

Como se usa en el presente documento, "base heterocíclica" o "nucleobase heterocíclica" significa una nucleobase que comprende una estructura heterocíclica.

Como se usa en el presente documento, los términos "nucleobase no modificada" o "nucleobase natural" significan las nucleobases heterocíclicas naturales de ARN o ADN: las bases de purina adenina (A) y guanina (G), y las bases de pirimidina timina (T), citosina (C) (incluyendo 5-metilo C) y uracilo (U).

Como se usa en el presente documento, "nucleobase modificada" significa cualquier nucleobase que no es una nucleobase natural.

Como se usa en el presente documento, "nucleósido modificado" significa un nucleósido que comprende al menos una modificación química en comparación con los nucleósidos de ARN o ADN de origen natural. Los nucleósidos modificados comprenden un resto de azúcar modificado y/o una nucleobase modificada.

Como se usa en el presente documento, "nucleósido bicíclico" o "BNA" significa un nucleósido que comprende un resto de azúcar bicíclico.

Como se usa en este documento, "nucleósido de etilo restringido" o "cEt" significa un nucleósido que comprende un resto de azúcar bicíclico que comprende un puente 4’-CH(CH3)-O-2'.

Como se usa en el presente documento, "nucleósido de ácido nucleico bloqueado" o "LNA" significa un nucleósido que comprende un resto de azúcar bicíclico que comprende un puente 4’-CH2-O-2’.

Como se usa en el presente documento, "nucleósido sustituido en 2’" significa un nucleósido que comprende un sustituyente en la posición 2' distinta de H u OH. A menos que se indique lo contrario, un nucleósido sustituido en 2’ no es un nucleósido bicíclico.

Como se usa en el presente documento, "2'-desoxinucleósido" significa un nucleósido que comprende un resto de azúcar furanosilo 2'-H, como se encuentra en los desoxirribonucleósidos (ADN) de origen natural. En ciertas realizaciones, un 2'-desoxinucleósido puede comprender una nucleobase modificada o puede comprender una nucleobase de ARN (p. ej., uracilo).

Como se usa en el presente documento, "oligonucleótido" significa un compuesto que comprende una pluralidad de nucleósidos unidos. En ciertas realizaciones, un oligonucleótido comprende uno o más ribonucleósidos no modificados (ARN) y/o desoxirribonucleósidos no modificados (ADN) y/o uno o más nucleósidos modificados.

Como se usa en el presente documento "oligonucleósido" significa un oligonucleótido en donde ninguno de los enlaces internucleosídicos contiene un átomo de fósforo. Como se usa en el presente documento, los oligonucleótidos incluyen oligonucleósidos.

Como se usa en el presente documento, "oligonucleótido modificado" significa un oligonucleótido que comprende al menos un nucleósido modificado y/o al menos un enlace internucleósido modificado.

Como se usa en el presente documento, "enlace internucleosídico" significa un enlace covalente entre nucleósidos adyacentes en un oligonucleótido.

Como se usa en el presente documento, "enlace internucleosídico natural" significa un enlace fosfodiéster 3’ a 5'. Como se usa en el presente documento, "enlace internucleosídico modificado" significa cualquier enlace internucleósido distinto de un enlace internucleósido natural.

Como se usa en el presente documento, "compuesto oligomérico" significa una estructura polimérica que comprende dos o más subestructuras. En ciertas realizaciones, un compuesto oligomérico comprende un oligonucleótido. En ciertas realizaciones, un compuesto oligomérico comprende uno o más grupos conjugados y/o grupos terminales. En ciertas realizaciones, un compuesto oligomérico consiste en un oligonucleótido.

Como se usa en el presente documento, "grupo terminal" significa uno o más átomos unidos a uno o ambos extremos, el extremo 3’ o el extremo 5' de un oligonucleótido. En ciertas realizaciones, un grupo terminal es un grupo conjugado. En ciertas realizaciones, un grupo terminal comprende uno o más nucleósidos del grupo terminal.

Como se usa en el presente documento, "conjugado" significa un átomo o grupo de átomos unidos a un oligonucleótido o compuesto oligomérico. En general, los grupos conjugados modifican una o más propiedades del compuesto al que están unidos, incluidas, entre otras, propiedades farmacodinámicas, farmacocinéticas, de unión, absorción, distribución celular, absorción celular, carga y/o eliminación.

Como se usa en el presente documento, "grupo de enlace conjugado" significa cualquier átomo o grupo de átomos usado para unir un conjugado a un oligonucleótido o compuesto oligomérico.

Como se usa en el presente documento, "compuesto antisentido" significa un compuesto que comprende o que consiste en un oligonucleótido al menos una porción del cual es complementario a un ácido nucleico diana al que es capaz de hibridarse, dando como resultado al menos una actividad antisentido.

Como se usa en el presente documento, "actividad antisentido" significa cualquier cambio detectable y/o medible atribuible a la hibridación de un compuesto antisentido a su ácido nucleico diana. Como se usa en el presente documento, "detectar" o "medir" significa que se realiza una prueba o ensayo para detectar o medir. Dicha detección y/o medición puede dar como resultado un valor de cero. Por lo tanto, si una prueba de detección o medición resulta en un hallazgo de ausencia de actividad (actividad de cero), no obstante, se ha realizado el paso de detectar o medir la actividad.

Como se usa en el presente documento, "actividad detectable y/o medible" significa una actividad estadísticamente significativa que no es cero.

Como se usa en el presente documento, "esencialmente sin cambios" significa poco o ningún cambio en un parámetro particular, particularmente en relación con otro parámetro que cambia mucho más. En ciertas realizaciones, un parámetro esencialmente no cambia cuando cambia menos del 5%. En ciertas realizaciones, un parámetro esencialmente no cambia si cambia menos de dos veces mientras que otro parámetro cambia al menos diez veces. Por ejemplo, en ciertas realizaciones, una actividad antisentido es un cambio en la cantidad de un ácido nucleico diana. En ciertas de tales realizaciones, la cantidad de un ácido nucleico no diana esencialmente no cambia si cambia mucho menos que el ácido nucleico diana, pero el cambio no necesita ser cero.

Como se usa en el presente documento, "expresión" significa el proceso por el cual un gen finalmente da como resultado una proteína. La expresión incluye, pero no se limita a, transcripción, modificación postranscripcional (p. ej., empalme, poliadenilación, adición de 5’-tapa) y traducción.

Como se usa en el presente documento, "ácido nucleico diana" significa una molécula de ácido nucleico con la que se hibrida un compuesto antisentido.

Como se usa en el presente documento, "ARNm" significa una molécula de ARN que codifica una proteína.

Como se usa en el presente documento, "pre-ARNm" significa una transcripción de ARN que no se ha procesado completamente en ARNm. Pre-ARN incluye uno o más intrones.

Como se usa en el presente documento, "transcripción" significa una molécula de ARN transcrita a partir de ADN. Las transcripciones incluyen, pero no están limitadas a ARNm, pre-ARNm y ARN parcialmente procesado.

Como se usa en este documento, "CLN3" significa lipofuscinosis ceroide, neuronal 3.

Como se usa en el presente documento, "transcripción de CLN3" significa una transcripción transcrita a partir de un gen CLN3. En ciertas realizaciones, una transcripción de CLN3 comprende la SEQ ID NO:1: el complemento del número de acceso GENBANK NT_010393,16 truncado de los nucleótidos 28427600 a 28444620. En ciertas realizaciones, una transcripción de CLN3 comprende la SEQ ID NO: 2: el complemento del número de acceso GENBANK NT 039433,8, truncada de los nucleótidos 44319075 a 44333955.

Como se usa en el presente documento, "gen CLN3" significa un gen que codifica una lipofuscinosis ceroide, proteína 3 neuronal y cualquier lipofuscinosis ceroide, isoformas de proteína 3 neuronal. En ciertas realizaciones, un gen CLN3 está representado por el número de acceso GENBANK NT_010393,16 truncado de los nucleótidos 28427600 a 28444620, o una variante del mismo. En ciertas realizaciones, un gen CLN3 es al menos 95% idéntico a número de acceso g En BANK NT_010393,16 truncado de los nucleótidos 28427600 a 28444620. En ciertas realizaciones, un gen CLN3 es al menos 90% idéntico al número de acceso GENBANK NT 010393,16 truncado de los nucleótidos 28427600 a 28444620. En ciertas realizaciones, un gen CLN3 está representado por GENBANK número NT_039433,8, truncado de los nucleótidos 44319075 a 44333955, o una variante de los mismos. En ciertas realizaciones, un gen CLN3 es al menos 95% idéntico al número de acceso GENBANK NT 039433,8, truncado de los nucleótidos 44319075 a 44333955. En ciertas realizaciones, un gen CLN3 es al menos 90% idéntico al número de acceso GENBANK NT 039433,8, truncado de nucleótidos 44319075 a 44333955. En ciertas realizaciones, un gen CLN3 codifica una proteína CLN3 de tipo salvaje. En ciertas realizaciones, un gen CLN3 codifica una proteína CLN3Ú78.

Como se usa en el presente documento, "CLV3A7S' significa un gen CLN3 que tiene una deleción que abarca la totalidad o parte de los exones 7 y 8. En ciertas realizaciones, la deleción CLN3A78 provoca un desplazamiento de trama que da como resultado un codón de parada prematuro en el exón 9. En ciertas realizaciones, el producto proteico truncado de CLN3A78 es 33% de la longitud del tipo salvaje.

Como se usa en el presente documento, "direccionamiento" o "dirigido a" significa la asociación de un compuesto antisentido a una molécula de ácido nucleico diana particular o una región particular de una molécula de ácido nucleico diana. Un compuesto antisentido se dirige a un ácido nucleico diana si es suficientemente complementario al ácido nucleico diana para permitir la hibridación en condiciones fisiológicas.

Como se usa en el presente documento, "complementariedad de nucleobase" o "complementariedad" cuando se refiere a nucleobases significa una nucleobase que es capaz de emparejarse con otra nucleobase. Por ejemplo, en el ADN, la adenina (A) es complementaria a la timina (T). Por ejemplo, en el ARN, la adenina (A) es complementaria al uracilo (U). En ciertas realizaciones, nucleobase complementaria significa una nucleobase de un compuesto antisentido que es capaz de emparejarse con una nucleobase de su ácido nucleico diana. Por ejemplo, si una nucleobase en una determinada posición de un compuesto antisentido es capaz de unirse por hidrógeno con una nucleobase en una determinada posición de un ácido nucleico diana, entonces la posición de enlace de hidrógeno entre el oligonucleótido y el ácido nucleico diana se considera complementaria en ese par de nucleobases. Las nucleobases que comprenden ciertas modificaciones pueden mantener la capacidad de emparejarse con una nucleobase homóloga y, por lo tanto, todavía son capaces de complementariedad de nucleobase.

Como se usa en el presente documento, "no complementario" en referencia a las nucleobases significa un par de nucleobases que no forman enlaces de hidrógeno entre sí.

Como se usa en el presente documento, "complementario" en referencia a compuestos oligoméricos (p. ej., nucleósidos unidos, oligonucleótidos o ácidos nucleicos) significa la capacidad de dichos compuestos oligoméricos o regiones de los mismos para hibridarse con otro compuesto oligomérico o región de los mismos a través de la complementariedad de las bases nucleares en condiciones estrictas. Los compuestos oligoméricos complementarios no necesitan tener complementariedad de nucleobase en cada nucleósido. Por el contrario, se toleran algunos desajustes. En ciertas realizaciones, los compuestos o regiones oligoméricas complementarias son complementarias al 70% de las nucleobases (70% complementarias). En ciertas realizaciones, los compuestos o regiones oligoméricas complementarias son 80% complementarias. En ciertas realizaciones, los compuestos o regiones oligoméricas complementarias son 90% complementarias. En ciertas realizaciones, los compuestos o regiones oligoméricas complementarias son 95% complementarios. En ciertas realizaciones, los compuestos o regiones oligoméricas complementarias son 100% complementarias.

Como se usa en el presente documento, "hibridación" significa el emparejamiento de compuestos oligoméricos complementarios (p. ej., un compuesto antisentido y su ácido nucleico diana). Si bien no se limita a un mecanismo particular, el mecanismo más común de emparejamiento involucra enlaces de hidrógeno, que pueden ser enlaces de hidrógeno de Watson-Crick, Hoogsteen o Hoogsteen invertido, entre nucleobases complementarias.

Como se usa en el presente documento, "hibrida específicamente" significa la capacidad de un compuesto oligomérico de hibridarse con un sitio de ácido nucleico con mayor afinidad que la que hibrida con otro sitio de ácido nucleico. En ciertas realizaciones, un oligonucleótido antisentido hibrida específicamente con más de un sitio diana.

Como se usa en el presente documento, "porcentaje de complementariedad" significa el porcentaje de nucleobases de un compuesto oligomérico que son complementarias a una porción de igual longitud de un ácido nucleico diana. Porcentaje de complementariedad se calcula dividiendo el número de nucleobases del compuesto oligomérico que son complementarias a las nucleobases en las posiciones correspondientes en el ácido nucleico diana por la longitud total del compuesto oligomérico.

Como se usa en este documento, "porcentaje de identidad" significa el número de nucleobases en un primer ácido nucleico que son del mismo tipo (independientemente de la modificación química) que las nucleobases en las posiciones correspondientes en un segundo ácido nucleico, dividido por el número total de nucleobases en el primer ácido nucleico.

Como se usa en el presente documento, "modulación" significa un cambio de cantidad o calidad de una molécula, función o actividad cuando se compara con la cantidad o calidad de una molécula, función o actividad antes de la modulación. Por ejemplo, la modulación incluye el cambio, ya sea un aumento (estimulación o inducción) o una disminución (inhibición o reducción) en la expresión génica. Como otro ejemplo, la modulación de la expresión puede incluir un cambio en la selección del sitio de empalme del procesamiento previo al ARNm, lo que da como resultado un cambio en la cantidad absoluta o relativa de una variante de empalme particular en comparación con la cantidad en ausencia de modulación.

Como se usa en el presente documento, "motivo" significa un patrón de modificaciones químicas en un compuesto oligomérico o una región del mismo. Los motivos pueden definirse mediante modificaciones en ciertos nucleósidos y/o en ciertos grupos de enlace de un compuesto oligomérico.

Tal como se usa en el presente documento, "motivo de nucleósidos" significa un patrón de modificaciones de nucleósidos en un compuesto oligomérico o una región del mismo. Los enlaces de dicho compuesto oligomérico pueden modificarse o no modificarse. A menos que se indique lo contrario, los motivos que describen en este documento solo nucleósidos están destinados a ser motivos de nucleósidos Por lo tanto, en tales casos, los enlaces no están limitados.

Como se usa en el presente documento, "motivo de azúcar" significa un patrón de modificaciones de azúcar en un compuesto oligomérico o una región del mismo.

Como se usa en el presente documento, "motivo de enlace" significa un patrón de modificaciones de enlace en un compuesto oligomérico o región del mismo. Los nucleósidos de dicho compuesto oligomérico pueden modificarse o no modificarse. A menos que se indique lo contrario, los motivos en el presente documento que describen solo enlaces están destinados a ser motivos de enlace. Por lo tanto, en tales casos, los nucleósidos no están limitados.

Como se usa en el presente documento, "motivo de modificación de nucleobase" significa un patrón de modificaciones a nucleobases a lo largo de un oligonucleótido. A menos que se indique lo contrario, un motivo de modificación de nucleobase es independiente de la secuencia de nucleobase.

Como se usa en el presente documento, "motivo de secuencia" significa un patrón de nucleobases dispuestas a lo largo de un oligonucleótido o una porción del mismo. A menos que se indique lo contrario, un motivo de secuencia es independiente de las modificaciones químicas y, por lo tanto, puede tener cualquier combinación de modificaciones químicas, incluidas las modificaciones químicas.

Como se usa en el presente documento, "tipo de modificación" en referencia a un nucleósido o un nucleósido de un "tipo" significa la modificación química de un nucleósido e incluye nucleósidos modificados y no modificados. Por consiguiente, a menos que se indique lo contrario, un "nucleósido que tiene una modificación de un primer tipo" puede ser un nucleósido no modificado.

Como se usa en el presente documento, "modificado de manera diferente" significa modificaciones químicas o sustituyentes químicos que son diferentes entre sí, incluida la ausencia de modificaciones. Así, p. ej., un nucleósido MOE y un nucleósido de ADN no modificado están "modificados de manera diferente", aunque el nucleósido de ADN no esté modificado. Del mismo modo, el ADN y el ARN están "modificados de manera diferente", aunque ambos son nucleósidos no modificados de origen natural. Los nucleósidos que son iguales pero que comprenden nucleobases diferentes no se modifican de manera diferente. Por ejemplo, un nucleósido que comprende un azúcar modificado 2'-OMe y una nucleobase de adenina no modificada y un nucleósido que comprende un azúcar modificado 2'-OMe y una nucleobase de timina no modificada no se modifican de manera diferente.

Como se usa en el presente documento, "el mismo tipo de modificaciones" se refiere a modificaciones que son iguales entre sí, incluida la ausencia de modificaciones. Así, p. ej., dos nucleósidos de ADN no modificados tienen "el mismo tipo de modificación", aunque el nucleósido de ADN no esté modificado. Dichos nucleósidos que tienen la misma modificación de tipo pueden comprender diferentes nucleobases.

Como se usa en el presente documento, "vehículo o diluyente farmacéuticamente aceptable" significa cualquier sustancia adecuada para su uso en la administración a un animal. En ciertas realizaciones, un vehículo o diluyente farmacéuticamente aceptable es solución salina estéril. En ciertas realizaciones, dicha solución salina estéril es solución salina de grado farmacéutico.

Como se usa en el presente documento, "sustituyente" y "grupo sustituyente" significa un átomo o grupo que reemplaza el átomo o grupo de un compuesto original nombrado. Por ejemplo, un sustituyente de un nucleósido modificado es cualquier átomo o grupo que difiere del átomo o grupo que se encuentra en un nucleósido natural (p. ej., un sustituyente 2’ modificado es cualquier átomo o grupo en la posición 2' de un nucleósido otro que H o OH). Los grupos sustituyentes pueden estar protegidos o no protegidos. En ciertas realizaciones, los compuestos de la presente invención tienen sustituyentes en una o en más de una posición del compuesto original. Los sustituyentes también pueden estar sustituidos adicionalmente con otros grupos sustituyentes y pueden estar unidos directamente o mediante un grupo de enlace tal como un grupo alquilo o hidrocarbilo a un compuesto original.

Del mismo modo, como se usa en el presente documento, "sustituyente" en referencia a un grupo funcional químico significa que un átomo o grupo de átomos difiere del átomo o un grupo de átomos normalmente presente en el grupo funcional nombrado. En ciertas realizaciones, un sustituyente reemplaza un átomo de hidrógeno del grupo funcional (p. ej., en ciertas realizaciones, el sustituyente de un grupo metilo sustituido es un átomo o grupo distinto del hidrógeno que reemplaza uno de los átomos de hidrógeno de un grupo metilo no sustituido). A menos que se indique lo contrario, los grupos susceptibles de uso como sustituyentes incluyen, sin limitación, halógeno, hidroxilo, alquilo, alquenilo, alquinilo, acilo (-C(O)Raa), carboxilo (-C(O)O-Raa), grupos alifáticos, grupos alicíclicos, alcoxi, oxi sustituido (-O-Raa), arilo, aralquilo, radical heterocíclico, heteroarilo, heteroarilalquilo, amino (-N(Rbb)(Rcc)), imino (=NRbb), amido (-C(O)N(Rbb)(Rcc) o -N(Rbb)C(O)Raa), azido (-N³), nitro (-NO²), ciano (-CN), carbamido (-OC(O)N(Rbb)(Rcc) o -N(Rbb)C(o)ORaa), ureido (-N(Rbb)C(O)N(Rbb)(Rcc)), tioureido (-N(Rbb)C(S)N(Rbb)-(Rcc)), guanidinilo (-N(Rbb)C(=NRbb)N(Rbb)(Rcc)), amidinilo (-C(=NRbb)N(Rbb)(Rcc) o -N(Rbb)C(=NRbb)(Raa)), tiol (-SRbb), sulfmilo (-S(O)Rbb), sulfonilo (-S(O^Rbb) y sulfonamidilo (-S(O)²N(Rbb)(Rcc) o -N(Rbb) S-(O)² Rbb). Donde cada Raa, Rbb y Rcc es, independientemente, H, un grupo funcional químico opcionalmente unido o un grupo sustituyente adicional con una lista preferida que incluye, sin limitación, alquilo, alquenilo, alquinilo, alifático, alcoxi, acilo, arilo, aralquilo, heteroarilo, alicíclico, heterocíclico y heteroarilalquilo. Los sustituyentes seleccionados dentro de los compuestos descritos en el presente documento están presentes en un grado recursivo.

Como se usa en el presente documento, "alquilo", como se usa en el presente documento, significa un radical hidrocarbonado saturado lineal o ramificado que contiene hasta veinticuatro átomos de carbono. Los ejemplos de grupos alquilo incluyen, sin limitación, metilo, etilo, propilo, butilo, isopropilo, n-hexilo, octilo, decilo, dodecilo y similares. Los grupos alquilo incluyen típicamente de 1 a aproximadamente 24 átomos de carbono, más típicamente de 1 a aproximadamente 12 átomos de carbono (C¹-C¹² alquilo) con de 1 a aproximadamente 6 átomos de carbono siendo más preferido.

Como se usa en el presente documento, "alquenilo" significa un radical de cadena de hidrocarburo lineal o ramificado que contiene hasta veinticuatro átomos de carbono y que tiene al menos un doble enlace carbono-carbono. Los ejemplos de grupos alquenilo incluyen, sin limitación, etenilo, propenilo, butenilo, 1-metilo-2-buten-1-ilo, dienos tales como 1,3-butadieno y similares. Los grupos alquenilo incluyen típicamente de 2 a aproximadamente 24 átomos de carbono, más típicamente de 2 a aproximadamente 12 átomos de carbono, siendo más preferidos de 2 a aproximadamente 6 átomos de carbono. Los grupos alquenilo como se usan en el presente documento pueden incluir opcionalmente uno o más grupos sustituyentes adicionales.

Como se usa en el presente documento, "alquinilo" significa un radical hidrocarbonado lineal o ramificado que contiene hasta veinticuatro átomos de carbono y que tiene al menos un triple enlace carbono-carbono. Los ejemplos de grupos alquinilo incluyen, sin limitación, etinilo, 1 -propinilo, 1 -butinilo y similares. Los grupos alquinilo típicamente incluyen de 2 a aproximadamente 24 átomos de carbono, más típicamente de 2 a aproximadamente 12 átomos de carbono, siendo más preferidos de 2 a aproximadamente 6 átomos de carbono. Los grupos alquinilo como se usan en el presente documento pueden incluir opcionalmente uno o más grupos sustituyentes adicionales.

Como se usa en el presente documento, "acilo" significa un radical formado por la eliminación de un grupo hidroxilo de un ácido orgánico y tiene la fórmula general -C(O)-X donde X es típicamente alifático, alicíclico o aromático. Los ejemplos incluyen carbonilos alifáticos, carbonilos aromáticos, sulfonilos alifáticos, sulfinilos aromáticos, sulfinilos alifáticos, fosfatos aromáticos, fosfatos alifáticos y similares. Los grupos acilo como se usan en el presente documento pueden incluir opcionalmente grupos sustituyentes adicionales.

Como se usa en el presente documento, "alicíclico" significa un sistema de anillo cíclico en donde el anillo es alifático. El sistema de anillos puede comprender uno o más anillos en los que al menos un anillo es alifático. Los alicíclicos preferidos incluyen anillos que tienen de aproximadamente 5 a aproximadamente 9 átomos de carbono en el anillo. Alicíclico, como se usa en el presente documento, puede incluir opcionalmente grupos sustituyentes adicionales.

Como se usa en el presente documento, "alifático" significa un radical hidrocarbonado lineal o ramificado que contiene hasta veinticuatro átomos de carbono en donde la saturación entre dos átomos de carbono es un enlace simple, doble o triple. Un grupo alifático contiene preferiblemente de 1 a aproximadamente 24 átomos de carbono, más típicamente de 1 a aproximadamente 12 átomos de carbono, siendo más preferidos de 1 a aproximadamente 6 átomos de carbono. La cadena lineal o ramificada de un grupo alifático puede interrumpirse con uno o más heteroátomos que incluyen nitrógeno, oxígeno, azufre y fósforo. Dichos grupos alifáticos interrumpidos por heteroátomos incluyen, sin limitación, polialcoxis, tales como polialquilenglicoles, poliaminas y poliiminas. Los grupos alifáticos como se usan en el presente documento pueden incluir opcionalmente grupos sustituyentes adicionales.

Como se usa en el presente documento, "alcoxi" significa un radical formado entre un grupo alquilo y un átomo de oxígeno en donde el átomo de oxígeno se usa para unir el grupo alcoxi a una molécula original. Los ejemplos de grupos alcoxi incluyen, sin limitación, metoxi, etoxi, propoxi, isopropoxi, n-butoxi, sec-butoxi, terc-butoxi, n-pentoxi, neopentoxi, n-hexoxi y similares. Los grupos alcoxi como se usan en el presente documento pueden incluir opcionalmente grupos sustituyentes adicionales.

Como se usa en el presente documento, "aminoalquilo" significa un radical C¹-C¹² alquilo sustituido con amino. La porción alquilo del radical forma un enlace covalente con una molécula original. El grupo amino se puede ubicar en cualquier posición y el grupo aminoalquilo se puede sustituir con un grupo sustituyente adicional en las porciones alquilo y/o amino.

Como se usa en el presente documento, "aralquilo" y "arilalquilo" significan un grupo aromático que está unido covalentemente a un radical C¹-C¹² alquilo. La porción radical alquilo del grupo aralquilo (o arilalquilo) resultante forma un enlace covalente con una molécula parental. Los ejemplos incluyen, sin limitación, bencilo, fenetilo y similares. Los grupos aralquilo como se usan en el presente documento pueden incluir opcionalmente grupos sustituyentes adicionales unidos al alquilo, al arilo o a ambos grupos que forman el grupo radical.

Como se usa en el presente documento, "arilo" y "aromático" significan un radical de sistema de anillo carbocíclico mono o policíclico que tiene uno o más anillos aromáticos. Los ejemplos de grupos arilo incluyen, sin limitación, fenilo, naftilo, tetrahidronaftilo, indanilo, idenilo y similares. Los sistemas de anillo de arilo preferidos tienen de aproximadamente 5 a aproximadamente 20 átomos de carbono en uno o más anillos. Los grupos arilo como se usan en el presente documento pueden incluir opcionalmente grupos sustituyentes adicionales.

Como se usa en el presente documento, "halo" y "halógeno" significan un átomo seleccionado de flúor, cloro, bromo y yodo.

Como se usa en el presente documento, "heteroarilo" y "heteroaromático" significan un radical que comprende un anillo aromático mono o policíclico, un sistema de anillo o un sistema de anillo condensado en donde al menos uno de los anillos es aromático e incluye uno o más heteroátomos. Heteroarilo también está destinado a incluir sistemas de anillos fusionados que incluyen sistemas en los que uno o más de los anillos fusionados no contienen heteroátomos. Los grupos heteroarilo incluyen típicamente un átomo de anillo seleccionado de azufre, nitrógeno u oxígeno. Ejemplos de grupos heteroarilo incluyen, sin limitación, piridinilo, pirazinilo, pirimidinilo, pirrolilo, pirazolilo, imidazolilo, tiazolilo, oxazolilo, isoxazolilo, tiadiazolilo, oxadiazolilo, tiofenilo, furanilo, quinolinilo, isoquinolinilo, bencimidazolilo, benzoxazolilo, quinoxalinilo y similares. Los radicales heteroarilo se pueden unir a una molécula original directamente o mediante un resto de enlace, como un grupo alifático o un heteroátomo. Los grupos heteroarilo como se usan en el presente documento pueden incluir opcionalmente grupos sustituyentes adicionales.

Compuestos oligoméricos

En ciertas realizaciones, la presente invención proporciona compuestos oligoméricos. En ciertas realizaciones, tales compuestos oligoméricos comprenden oligonucleótidos que opcionalmente comprenden uno o más grupos conjugados y/o terminales. En ciertas realizaciones, un compuesto oligomérico consiste en un oligonucleótido. En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos comprenden una o más modificaciones químicas. Dichas modificaciones químicas incluyen modificaciones de uno o más nucleósidos (incluidas modificaciones en el resto de azúcar y/o la nucleobase) y/o modificaciones en uno o más enlaces internucleosídicos.

Ciertos restos de azúcar

En ciertas realizaciones, los compuestos oligoméricos de la invención comprenden uno o más nucleósidos modificados que comprenden un resto de azúcar modificado. Dichos compuestos oligoméricos que comprenden uno o más nucleósidos modificados con azúcar pueden tener propiedades deseables, tales como mayor estabilidad de la nucleasa o mayor afinidad de unión con un ácido nucleico diana en relación con compuestos oligoméricos que comprenden solo nucleósidos que comprenden restos de azúcar naturales. En ciertas realizaciones, los restos de azúcar modificados son restos de azúcar sustituidos. En ciertas realizaciones, los restos de azúcar modificados son restos de azúcar bicíclicos o tricíclicos. En ciertas realizaciones, los restos de azúcar modificados son sustitutos de azúcar. Dichos sustitutos de azúcar pueden comprender una o más sustituciones correspondientes a las de restos de azúcar sustituidos.

En ciertas realizaciones, los restos de azúcar modificados son restos de azúcar sustituidos que comprenden uno o más sustituyentes, que incluyen pero no se limitan a sustituyentes en las posiciones 2’ y/o 5'. Los ejemplos de sustituyentes de azúcar adecuados para la posición 2’ incluyen, pero no se limitan a: 2'-F, 2'-OCH3 ("OMe" u "O-metilo") y 2’-O(CH2)2OCH3 ("MOE"). En ciertas realizaciones, los sustituyentes de azúcar en la posición 2’ se seleccionan de alilo, amino, azido, tio, O-alilo, O-C¹-C¹⁰ alquilo, O-C¹-C¹⁰ alquilo sustituido; O-C¹-C¹⁰ alcoxi; O-C¹-C¹⁰ alcoxi sustituido, OCF3, O(CH2)2SCH3, O(CH²)²-O-N(Rm)(Rn) y O-CH²-C(=O)-N(Rm)(Rn), donde cada Rm y Rn es, independientemente, H o C¹-C¹⁰ alquilo sustituido o no sustituido. Los ejemplos de sustituyentes de azúcar en la posición 5’ incluyen, pero no se limitan a:, 5' -metilo (R o S); 5'-vinilo y 5'-metoxi. En ciertas realizaciones, los azúcares sustituidos comprenden más de un sustituyente de azúcar no puente, p. ej., restos de azúcar metílico 2'-F-5’ (véase, p. ej., Solicitud Internacional PCT WO 2008/101157, para 5', 2'-bis restos de azúcares sustituidos y nucleósidos adicionales).

Los nucleósidos que comprenden restos de azúcar sustituidos en 2’ se denominan nucleósidos sustituidos en 2'. En ciertas realizaciones, un nucleósido sustituido en 2’ comprende un grupo sustituyente en 2' seleccionado de halo, alilo, amino, azido, O-C¹-C¹⁰ alcoxi; O-C¹-C¹⁰ alcoxi sustituido, SH, CN, OCN, CF³ , OCF³ , O-alquilo, S-alquilo, N(Rm)-alquilo; O-alquenilo, S-alquenilo, o N(Rm)-alquenilo; O-alquinilo, S-alquinilo, N(Rm)-alquinilo; O-alquilenilo-O-alquilo, alquinilo, alcarilo, aralquilo, O-alcarilo, O-aralquilo, O(CH2)2Sc H3, O-(CH²)²-O-N(Rm)(Rn) o O-CH²-C(=O)-N(Rm)(Rn), donde cada Rm y Rn es, independientemente, H, un grupo protector de amino o C¹-C¹⁰ alquilo sustituido o no sustituido. Estos grupos sustituyentes en 2’ pueden sustituirse adicionalmente con uno o más grupos sustituyentes seleccionados independientemente de hidroxilo, amino, alcoxi, carboxilo, bencilo, fenilo, nitro (NO²), tiol, tioalcoxi (S-alquilo), halógeno, alquilo, arilo, alquenilo y alquinilo.

En ciertas realizaciones, un 2'-nucleósido sustituido comprende un grupo de sustituyente 2' seleccionado de F, NH², N³ , OCF³ ; O-CH³ , O(CH2)3NH2, CH²-CH=CH² , O-CH²-CH=CH² , OCH²CH²OCH³ , O(CH2)2SCH3, O-(CH²)²-O-N(Rm)(Rn), O(CH²)²O(CH²)²N(CH³)² y acetamida N-sustituida (O-CH²-C(=O)-N(Rm)(Rn), donde cada Rm y Rn es, independientemente, H, un grupo protector de amino o C¹-C¹⁰ alquilo sustituido o no sustituido.

En ciertas realizaciones, un nucleósido sustituido en 2’ comprende un resto de azúcar que comprende un grupo sustituyente en 2' seleccionado de F, OCF³ ; O-CH³ , OCH²CH²OCH³, O(CH2)2SCH3, O-(CH²)²-O- N(CH3)2, -O(CH2)2O(CH2)2N(CH3)2 y O-CH2-C(=O)-N(H)CH3.

En ciertas realizaciones, un nucleósido sustituido en 2’ comprende un resto de azúcar que comprende un grupo sustituyente en 2’ seleccionado de F, O-CH³ , y OCH²CH²OCH³.

Ciertos restos de azúcar modificados comprenden un sustituyente de azúcar puente que forma un segundo anillo que da como resultado un resto de azúcar bicíclico. En ciertas de tales realizaciones, el resto de azúcar bicíclico comprende un puente entre los átomos del anillo 4’ y 2' furanosa. Los ejemplos de dichos sustituyentes de azúcar de 4’ a 2' incluyen, entre otros: -[C(Ra)(Rb)]n-, -[C(Ra)(Rb)]n-O-, -C(RaRb)-N(R)-O- o, -C(RaRb)-O-N(R)-; 4’-CH2-2’, 4’-(CH2)2-2’, 4’-(CH2)3-2’, 4’-(CH2)-O-2’ (LNA); 4’-(CH2)-S-2'; 4’-(CH2)2-O-2’ (ENA); 4’-CH(CH3)-O-2’(cEt) y 4’-CH(CH2OCH3)-O-2’, y análogos de los mismos (véase, p. ej., la Patente de Estados Unidos 7,399,845, emitida el 15 de julio, 2008); 4’-C(CH3)(CH3)-O-2' y análogos de los mismos, (véase, p. ej., WO2009/006478, publicada el 8 de enero de, 2009); 4’-CH²-N (OCH3)-2’ y análogos de los mismos (véase, p. ej., WO2008/150729, publicado el 1 de diciembre de 2008); 4’-CH2-O-N(CH3)-2' (véase, p. ej., US2004/0171570, publicada el 2 de septiembre del 2004); 4’-CH2-O-N(R)-2’ y 4’-CH2-N(R)-O-2’-, en donde cada R es, independientemente, H, un grupo protector, o C¹-C¹² alquilo; 4’-CH2-N(R)-O-2’, en donde R es H, C¹-C¹² alquilo, o un grupo protector (véase, Patente de Estados Unidos 7,427,672, expedida el 23 de septiembre de 2008); 4’-CH2-C(H)(CH3)-2' (véase, p. ej., Chattopadhyaya, et al, J. Org Chem, 2009, 74, 118-134); y 4’-CH2-C(=CH2)-2' y análogos de los mismos (véase, publicada Solicitud Internacional PCT WO 2008/154401, publicada el 8 de diciembre, 2008).

En ciertas realizaciones, tales puentes de 4’ a 2' comprenden independientemente de 1 a 4 grupos unidos seleccionados independientemente de -[C(Ra)(Rb)]n-, -C(Ra)=C(Rb)-, -C(Ra)=N-, -C(=NRa)-, -C(=O)-, -C(=S)-, -O-, -Si(Ra)²-, -S(=O)x-, y -N(Ra)-; en donde:

x es 0, 1 o 2;

n es 1, 2, 3 o 4;

cada Ra y Rb es, independientemente, H, un grupo protector, hidroxilo, C¹-C¹² alquilo, C¹-C¹² alquilo sustituido, C²-C¹² alquenilo, C²-C¹² alquenilo sustituido, C²-C¹² alquinilo, C²-C¹² alquinilo sustituido, C⁵-C²⁰ arilo, C⁵-C²⁰ arilo sustituido, radical heterociclo, heterociclo radical sustituido, heteroarilo, heteroarilo sustituido, radical C⁵-C⁷ alicíclico, radical C⁵-C⁷ alicíclico sustituido, halógeno, OJ¹, NJ¹J², SJ¹, N³ , COOJ¹, acilo (C(=O)-H), acilo sustituido, CN, sulfonilo (S(=O)²-J¹) o sulfoxilo (S(=O)-J¹); y

cada J¹ y J² es, independientemente, H, C¹-C¹² alquilo, C¹-C¹² alquilo sustituido, C²-C¹² alquenilo, C²-C¹² alquenilo sustituido, C²-C¹² alquinilo, C²-C¹² alquinilo sustituido, C⁵-C²⁰ arilo, C⁵-C²⁰ arilo sustituido, (C(=O)-H) acilo, acilo sustituido, un radical heterociclo, un radical heterociclo sustituido, C¹-C¹² aminoalquilo, C¹-C¹² aminoalquilo sustituido, o un grupo protector.

Los nucleósidos que comprenden restos de azúcar bicíclicos se denominan nucleósidos bicíclicos o BNA. Los nucleósidos bicíclicos incluyen, pero no se limitan a, (A) a-L-Metileneoxi (4'-CH2-O-2’) BNA, (B) p-D-Metileneoxi (4'-CH²-O-² ’) BNA (también denominado ácido nucleico bloqueado o LNA), (C) Etileneoxi (4'-(CH2)2-O-2’) BNA, (D) Aminooxi (4'-CH2-O-N(R)-2’) BNA, (E) Oxiamino (4'-CH2-N(R)-O-2’) BNA, (F) Metilo (metileneoxi) (4'-CH(CH3)-O-2’) BNA (también denominado como acetato de constreñido o cEt), (G) metileno-tio (4'-CH2-S-2') BNA, (H) metilen-amino (4'-CH2-N(R)-2’) BNA, (I) metilo carbocíclico (4'-CH2-CH(CH3)-2') BNA y (J) propileno carbocíclico (4’-(CH2)3-2') BNA como representado a continuación.

en donde Bx es un resto nucleobase y R es, independientemente, H, un grupo protector, o C¹-C¹² alquilo.

Se conocen en la técnica restos de azúcar bicíclico adicionales, por ejemplo: Singh et al., Chem. Commun, 1998, 4, 455-456; Koshkin et al., Tetrahedron, 1998, 54, 3607-3630; Wahlestedt y col., Proc. Natl. Acad. Sci. EE.UU., 2000, 97, 5633-5638; Kumar y col., Bioorg. Med. Chem Lett., 1998, 8, 2219-2222; Singh y col., J. Org. Chem., 1998, 63, 10035­ 10039; Srivastava y col., J. Am. Chem Soc. 129 (26) 8362-8379 (4 de julio de 2007); Elayadi y col., Curr. Opinión Invens. Drugs, 2001,2, 558-561; Braasch y col., Chem. Biol., 2001,8, 1-7; Orum y col., Curr. Opinion Mol. Ther., 2001, 3, 239-243; Patentes de los EE.UU. Nos 7,053,207, 6,268,490, 6,770,748, 6,794,499, 7,034,133, 6,525,191,6,670,461 y 7,399,845; WO 2004/106356, WO 1994/14226, WO 2005/021570 y WO 2007/134181; Publicaciones de Patentes de los Estados Unidos Nos US2004/0171570, US2007/0287831 y US2008/0039618; Patentes de Estados Unidos números de serie 12/129,154, 60/989,574, 61/026,995, 61/026,998, 61/056,564, 61/086,231,61/097,787 y 61/099,844; y las solicitudes internacionales PCT Nos PCT/US2008/064591, PCT/US2008/066154 y PCT/US2008/068922.

En ciertas realizaciones, los restos de azúcar bicíclicos y los nucleósidos que incorporan dichos restos de azúcar bicíclicos se definen adicionalmente por la configuración isomérica. Por ejemplo, un nucleósido que comprende un puente 4’-2’-metileno-oxi, puede estar en la configuración a-L o en la configuración p-D. Anteriormente, los nucleósidos bicíclicos a-L-metileneoxi (4'-CH2-O-2’) se han incorporado en oligonucleótidos antisentido que mostraron actividad antisentido (Frieden et al., Nucleic Acids Research, 2003, 21,6365-6372).

En ciertas realizaciones, los restos de azúcar sustituidos comprenden uno o más sustituyentes de azúcar no puente y uno o más sustituyentes de azúcar puente (p. ej., azúcares puenteados 5’-sustituidos y 4’-2'), (ver, Solicitud Internacional PCT Wo 2007/134181, publicada el 11/22/07, en donde LNA está sustituido con, p. ej., un grupo 5'-metilo o 5'-vinilo).

En ciertas realizaciones, los restos de azúcar modificados son sustitutos de azúcar. En ciertas realizaciones de este tipo, el átomo de oxígeno del azúcar natural se sustituye, p. ej., con un átomo de azufre, carbono o nitrógeno. En ciertas de tales realizaciones, dicho resto de azúcar modificado también comprende sustituyentes puenteantes y/o no puenteantes como se describió anteriormente. Por ejemplo, ciertos sustitutos de azúcar comprenden un átomo de azufre 4’ y una sustitución en la posición 2' (véase, p. ej., la solicitud de patente de EE.UU. publicada US2005/0130923, publicada el 16 de junio de 2005) y/o la posición 5’. A modo de ejemplo adicional, se han descrito nucleósidos carbocíclicos bicíclicos que tienen un puente 4’-2’ (ver, p. ej., Freier et al, Nucleic Acids Research, 1997, 25 (22), 4429­ 4443 y Albaek et al., J. Org. Chem, 2006, 71,7731-7740).

En ciertas realizaciones, los sustitutos del azúcar comprenden anillos que tienen otros átomos que no son 5. Por ejemplo, en ciertas realizaciones, un sustituto de azúcar comprende un tetrahidropirano de seis miembros. Tales tetrahidropiranos pueden modificarse o sustituirse adicionalmente. Los nucleósidos que comprenden dichos tetrahidropiranos modificados incluyen, pero no se limitan a, ácido nucleico de hexitol (HNA), ácido nucleico de anitol (ANA), ácido nucleico de manitol (Mn A) (ver Leumann, CJ. Bioorg. y Med. Chem. (2002) 10:841-854), fluoro HNA (F-HNA) y aquellos compuestos que tienen Fórmula VII:

en donde independientemente para cada uno de dichos al menos un análogo de nucleósido de tetrahidropirano de Fórmula VII:

Bx es un resto nucleobase;

T³ y T⁴ son cada uno, independientemente, un grupo de enlace internucleosídico que une el análogo de nucleósido de tetrahidropirano al compuesto antisentido o uno de T³ y T⁴ es un grupo de enlace internucleósido que une el análogo de nucleósido de tetrahidropirano al compuesto antisentido y el otro de T³ y T⁴ es H, un grupo protector de hidroxilo, un grupo conjugado unido o un grupo terminal 5’ o 3'; q¹, q² , q3, q4, q5, q6 y q⁷ son cada uno, independientemente, H, C¹-C⁶ alquilo, C¹-C⁶ alquilo sustituido, C²-C⁶ alquenilo, C²-C6 alquenilo sustituido, C²-C⁶ alquinilo, o C²-C⁶ alquinilo sustituido; y cada uno de R¹ y R² se selecciona independientemente entre: hidrógeno, halógeno, alcoxi sustituido o no sustituido, NJ¹J² , SJ¹, N³ , OC(=X)J¹, OC(=X)NJ¹J², NJ3C(=X)NJJ2 y CN, en donde X es O, S o NJ¹, y cada J¹, J² y J³ es, independientemente, H o C¹-C⁶ alquilo.

En ciertas realizaciones, se proporcionan los nucleósidos de THP modificados de Fórmula VII en donde q¹, q² , q³ , q⁴ , q⁵, q6 y q⁷ son cada uno H. En ciertas realizaciones, al menos uno de q¹, q² , q³ , q⁴ , q⁵, q6 y q⁷ son distintos de H. En ciertas realizaciones, al menos uno de q¹, q² , q3, q4, q5, q6 y q7 es metilo. En ciertas realizaciones, se proporcionan nucleósidos de THP de Fórmula VII en donde uno de R¹ y R² es F. En ciertas realizaciones, R¹ es flúor y R² es H, R¹ es metoxi y R² es H, y R¹ es metoxietoxi y R² es H.

En la técnica se conocen muchos otros sistemas de anillos bicíclicos y tricíclicos de azúcar y sustitutos del azúcar que pueden usarse para modificar nucleósidos (véase, p. ej., el artículo de revisión: Leumann, J. C, Bioorganic & Medicinal Chemistry, 2002, 10, 841-854).

En ciertas realizaciones, los sustitutos del azúcar comprenden anillos que tienen más de 5 átomos y más de un heteroátomo. Por ejemplo, se han informado nucleósidos que comprenden restos de azúcar morfolino y su uso en compuestos oligoméricos (véase, por ejemplo: Braasch et al., Biochemistry, 2002, 41,4503-4510; y las patentes de los Estados Unidos 5,698,685; 5,166,315; 5,185,444; y 5,034,506). Como se usa aquí, el término "morfolino" significa una estructura azucarada:

En ciertas realizaciones, los morfolinos pueden modificarse, p. ej., añadiendo o alterando varios grupos sustituyentes de la estructura morfolino anterior. Tales sustitutos del azúcar se denominan en la presente memoria como "morfolinos modificados".

También se proporcionan combinaciones de modificaciones sin limitación, tales como nucleósidos sustituidos con 2'-F-5’-metilo (véase la solicitud internacional PCT WO 2008/101157 publicada el 8/21/08 para otros nucleósidos sustituidos 5', 2'-bis divulgados) y el reemplazo del átomo de oxígeno del anillo de ribosilo con S y la sustitución adicional en la posición 2’ (véase la solicitud de patente estadounidense publicada US2005-0130923, publicada el 16 de junio de 2005) o alternativamente la sustitución 5' de un ácido nucleico bicíclico (véase la solicitud internacional PCT WO 2007/134181, publicada el 11/22/07 en donde un nucleósido bicíclico 4’-CH2-O-2’ se sustituye adicionalmente en la posición 5' con un grupo de 5'-metilo o un 5'-vinilo). También se ha descrito la síntesis y preparación de nucleósidos bicíclicos carbocíclicos junto con su oligomerización y estudios bioquímicos (véase, p. ej., Srivastava et al, J. Am. Chem. Soc. 2007, 129 (26), 8362-8379).

Ciertas nucleobases

En ciertas realizaciones, los nucleósidos de la presente invención comprenden una o más nucleobases no modificadas. En ciertas realizaciones, los nucleósidos de la presente invención comprenden una o más nucleobases modificadas.

En ciertas realizaciones, las nucleobases modificadas se seleccionan de: bases universales, bases hidrófobas, bases promiscuas, bases expandidas por tamaño y bases fluoradas como se define en el presente documento. Pirimidinas 5-sustituidas, 6-azapirimidinas y purinas sustituidas N-2, N-6 y O-6, que incluyen 2-aminopropiladenina, 5-propiniluracilo; 5-propinilcitosina; 5-hidroximetilo citosina, xantina, hipoxantina, 2-aminoadenina, 6-metilo y otros derivados de alquilo de adenina y guanina, 2-propilo y otros derivados de alquilo de adenina y guanina, 2-tiouracilo, 2-tiotimina y 2-tiocitosina, 5 -halouracilo y citosina, 5-propinilo (-CEC-CH³) uracilo y citosina y otros derivados alquinílicos de bases de pirimidina, 6-azo uracilo, citosina y timina, 5-uracilo (pseudouracilo), 4-tiouracilo, 8-halo, 8-amino, 8-tiol, 8-tioalquilo, 8-hidroxilo y otras adeninas y guaninas 8-sustituidas, 5-halo particularmente 5-bromo, 5-trifluorometilo y otros uracilos y citosinas 5-sustituidos, 7-metilguanina y 7-metiladenina, 2-F-adenina, 2-amino-adenina, 8-azaguanina y 8-azaadenina, 7-deazaguanina y 7-deazaadenina, 3-deazaguanina y 3-deazaadenina, bases universales, bases hidrofóbicas, bases promiscuas, bases de tamaño expandido y bases fluoradas como se define en el presente documento. Nucleobases modificadas adicionales incluyen pirimidinas tricíclicas tales como fenoxazina citidina ([5,4-b][1,4]benzoxazina-2(3H)-ona), fenotiazina citidina (1H-pirimido[5,4-b][1,4]benzotiazina-2(3H)-ona), abrazaderas G tales como una citidina de fenoxazina sustituida (p. ej. 9-(2-aminoetoxi)-H-pirimido[5,4-b][1,4]benzoxazina-2(3H)-ona), carbazol citidina (2H-pirimido[4,5-b]indol-2-ona), piridoindol citidina (H-pirido[3’,2’:4,5]pirrolo[2,3-d]pirimidina-2-ona). Las nucleobases modificadas también pueden incluir aquellas en las que la base de purina o pirimidina se reemplaza con otros heterociclos, por ejemplo 7-deaza-adenina, 7-deazaguanosina, 2-aminopiridina y 2-piridona. Nucleobases adicionales incluyen las descritas en la Patente de Estados Unidos N° 3,687,808, las descritas en The Concise Encyclopedia Of Polymer Science and Engineering, Kroschwitz, J.I., Ed., John Wiley & Sons, 1990, 858-859; las descritas por Englisch et al. Angewandte Chemie, Edición Internacional, 1991, 30, 613; y las descritas por Sanghvi, Y.S., Capítulo 15, Antisense Research and Applications, Crooke, S.T. y Lebleu, B., Eds., CRC Press, 1993, 273-288.

Las patentes representativas de los Estados Unidos que enseñan la preparación de ciertas de las nucleobases modificadas mencionadas anteriormente, así como otras nucleobases modificadas incluyen, entre otros, los documentos US 3,687,808; 4,845,205; 5,130,302; 5,134,066; 5,175,273; 5,367,066; 5,432,272; 5,457,187; 5,459,255; 5,484,908; 5,502,177; 5,525,711; 5,552,540; 5,587,469; 5,594,121; 5,596,091; 5,614,617; 5,645,985; 5,681,941; 5,750,692; 5,763,588; 5,830,653 y 6,005,096, algunos de los cuales son de propiedad común con la solicitud instantánea.

Ciertos enlaces internucleosídicos

La presente invención proporciona compuestos oligoméricos que comprenden nucleósidos unidos. En tales realizaciones, los nucleósidos pueden unirse entre sí usando cualquier enlace internucleosídico. Las dos clases principales de grupos de enlace internucleosídicos se definen por la presencia o ausencia de un átomo de fósforo. Los enlaces internucleosídicos que contienen fósforoS representativos incluyen, entre otros, fosfodiésteres (P=O), fosfotriésteres, metilfosfonatos, fosforamidato y fosforotioatos (P=S). Los grupos de unión internucleósidos representativos que no contienen fósforo incluyen, pero no se limitan a, metilen-metilimino (-CH2-N(CH3)-O-CH2-), tiodiester (-O-C(O)-S-), tionocarbamato (-O-C(O)(NH)-S-); siloxano (-O-Si(H)²-O-); y N,N’-dimetilhidrazina (-CH²-N(CH3)-N(CH3)-). Los enlaces modificados, en comparación con los enlaces fosfodiéster naturales, pueden usarse para alterar, típicamente aumentar, la resistencia a nucleasas del compuesto oligomérico. En ciertas realizaciones, los enlaces internucleosídicos que tienen un átomo quiral se pueden preparar como una mezcla racémica, o como enantiómeros separados. Los enlaces quirales representativos incluyen, pero sin limitación, alquilfosfonatos y fosforotioatos. Los expertos en la técnica conocen bien los métodos de preparación de enlaces internucleósidos que contienen fósforo y no fósforo.

Los oligonucleótidos descritos en este documento contienen uno o más centros asimétricos y dan lugar a enantiómeros, diastereómeros y otras configuraciones estereoisoméricas que pueden definirse, en términos de estereoquímica absoluta, como (R) o (S), a o p como para los anómeros de azúcar, o como (D) o (L) tal como para aminoácidos, etc. Incluidos en los compuestos antisentido proporcionados en el presente documento están todos los isómeros posibles, así como sus formas racémicas y ópticamente puras.

Enlaces de internucleósidos neutros incluyen, sin limitación, fosfotriésteres, metilfosfonatos, MMI (3’-CH2-N(CH3)-O-5'), amida-3 (3'-CH2-C(=O)-N(H)-5’), amida-4 (3'-CH2-N(H)-C(=O)-5'), formacetal (3'-O-CH2-O-5’) y tioformacetal (3’-S-CH²-O-⁵ ’). Otros enlaces internucleosídicos neutros incluyen enlaces no iónicos que comprenden siloxano (dialquilsiloxano), éster carboxilato, carboxamida, sulfuro, éster sulfonato y amidas (ver, por ejemplo: Carbohydrate Modifications in Antisense Research; Y.S. Sanghvi y P.D. Cook, Eds., ACS Symposium Series 580; Capítulos 3 y 4, 40-65). Otros enlaces de internucleósidos neutros incluyen enlaces no iónicos que comprenden componentes N, O, S y CH² mixtos.

Ciertos motivos

En ciertas realizaciones, la presente invención proporciona compuestos oligoméricos que comprenden oligonucleótidos. En ciertas realizaciones, dichos oligonucleótidos comprenden una o más modificaciones químicas. En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos modificados químicamente comprenden uno o más nucleósidos modificados. En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos modificados químicamente comprenden uno o más nucleósidos modificados que comprenden azúcares modificados. En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos modificados químicamente comprenden uno o más nucleósidos modificados que comprenden una o más nucleobases modificadas. En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos modificados químicamente comprenden uno o más enlaces internucleosídicos modificados. En ciertas realizaciones, las modificaciones químicas (modificaciones de azúcar, modificaciones de nucleobase y/o modificaciones de enlace) definen un patrón o motivo. En ciertas realizaciones, los patrones de modificaciones químicas de restos de azúcar, enlaces internucleosídicos y nucleobases son independientes entre sí. Por lo tanto, un oligonucleótido puede describirse por su motivo de modificación de azúcar, motivo de enlace internucleosídico y/o motivo de modificación de nucleobase (como se usa en el presente documento, el motivo de modificación de nucleobase describe las modificaciones químicas de las nucleobases independientemente de la secuencia de nucleobases).

Ciertos motivos de azucar

En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos comprenden uno o más tipos de restos de azúcar modificados y/o restos de azúcar de origen natural dispuestos a lo largo de un oligonucleótido o región del mismo en un patrón definido o motivo de modificación de azúcar. Dichos motivos pueden incluir cualquiera de las modificaciones de azúcar discutidas aquí y/u otras modificaciones de azúcar conocidas.

En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos comprenden o consisten en una región que tiene un motivo de modificación de azúcar gápmero, que comprende dos regiones externas o "alas" y una región interna o "espacio". Las tres regiones de un motivo gápmero (el ala 5’, el hueco y el ala 3') forman una secuencia contigua de nucleósidos en donde al menos algunos de los restos de azúcar de los nucleósidos de cada una de las alas difieren de al menos algunos de los restos de azúcar de los nucleósidos de la brecha. Específicamente, al menos los restos de azúcar de los nucleósidos de cada ala que están más cerca de la brecha (el nucleósido más 3’ del ala 5' y el nucleósido más 5’ del ala 3') difieren del resto de azúcar de los nucleósidos de la brecha vecina, definiendo así el límite entre las alas y la brecha. En ciertas realizaciones, los restos de azúcar dentro del espacio son iguales entre sí. En ciertas realizaciones, el espacio incluye uno o más nucleósidos que tienen un resto de azúcar que difiere del resto de azúcar de uno o más nucleósidos del espacio. En ciertas realizaciones, los motivos de modificación de azúcar de las dos alas son iguales entre sí (gápmero simétrico). En ciertas realizaciones, los motivos de modificación de azúcar del ala 5’ difieren del motivo de modificación de azúcar del ala 3' (gápmero asimétrico). En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos comprenden nucleósidos modificados con 2'-MOE en las alas y nucleósidos modificados con 2'-F en el espacio.

En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos están completamente modificados. En ciertas de tales realizaciones, los oligonucleótidos se modifican uniformemente. En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos son 2'-MOE uniformes. En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos son uniformes 2'-F. En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos son morfolino uniforme. En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos son BNA uniformes. En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos son LNA uniformes. En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos son cEt uniformes.

En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos comprenden una región modificada uniformemente y nucleósidos adicionales que no se modifican o se modifican de manera diferente. En ciertas realizaciones, la región uniformemente modificada tiene al menos 5, 10, 15 o 20 nucleósidos de longitud. En ciertas realizaciones, la región uniforme es una región 2'-MOE. En ciertas realizaciones, la región uniforme es una región 2'-F. En ciertas realizaciones, la región uniforme es una región de morfolino. En ciertas realizaciones, la región uniforme es una región BNA. En ciertas realizaciones, la región uniforme es una región LNA. En ciertas realizaciones, la región uniforme es una región cEt.

En ciertas realizaciones, el oligonucleótido no comprende más de 42'-desoxinucleósidos contiguos sin modificar. En determinadas circunstancias, los oligonucleótidos antisentido que comprenden más de 4 2'-desoxinucleósidos contiguos activan la RNasa H, lo que da como resultado la escisión del ARN diana. En ciertas realizaciones, dicha escisión se evita al no tener más de 42'-desoxinucleósidos contiguos, p. ej., donde se desea la alteración del empalme y no la escisión de un ARN diana.

Ciertos motivos de enlace de internucleósidos

En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos comprenden enlaces internucleósidos modificados dispuestos a lo largo del oligonucleótido o región del mismo en un patrón definido o motivo de enlace internucleósido modificado. En ciertas realizaciones, los enlaces de internucleósidos están dispuestos en un motivo vacío, como se describió anteriormente para el motivo de modificación de azúcar. En tales realizaciones, los enlaces internucleósidos en cada una de las dos regiones del ala son diferentes de los enlaces internucleósidos en la región de separación. En ciertas realizaciones, los enlaces internucleósidos en las alas son fosfodiéster y los enlaces internucleósidos en el espacio son fosforotioato. El motivo de modificación del azúcar se selecciona independientemente, de modo que tales oligonucleótidos que tienen un motivo de enlace de internucleósidos con espacio pueden o no tener un motivo de modificación de azúcar con espacio y si tiene un motivo de azúcar con espacio, las longitudes de ala y espacio pueden ser o no iguales.

En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos comprenden una región que tiene un motivo de enlace de internucleósidos alternativo. En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos de la presente invención comprenden una región de enlaces internucleósidos modificados uniformemente. En ciertas realizaciones de este tipo, el oligonucleótido comprende una región que está unida uniformemente por enlaces internucleósidos de fosforotioato. En ciertas realizaciones, el oligonucleótido está unido de manera uniforme por fosforotioato. En ciertas realizaciones, cada enlace internucleósido del oligonucleótido se selecciona de fosfodiéster y fosforotioato. En ciertas realizaciones, cada enlace de internucleósidos del oligonucleótido se selecciona de fosfodiéster y fosforotioato y al menos un enlace de internucleósidos es fosforotioato.

En ciertas realizaciones, el oligonucleótido comprende al menos 6 enlaces internucleósidos de fosforotioato. En ciertas realizaciones, el oligonucleótido comprende al menos 8 enlaces internucleósidos de fosforotioato. En ciertas realizaciones, el oligonucleótido comprende al menos 10 enlaces internucleósidos de fosforotioato. En ciertas realizaciones, el oligonucleótido comprende al menos un bloque de al menos 6 enlaces de internucleósidos de fosforotioato consecutivos. En ciertas realizaciones, el oligonucleótido comprende al menos un bloque de al menos 8 enlaces de internucleósidos de fosforotioato consecutivos. En ciertas realizaciones, el oligonucleótido comprende al menos un bloque de al menos 10 enlaces consecutivos de fosforotioato internucleósido. En ciertas realizaciones, el oligonucleótido comprende al menos un bloque de al menos 12 enlaces internucleósidos de fosforotioato consecutivos. En ciertas realizaciones de este tipo, al menos uno de dichos bloques está ubicado en el extremo 3’ del oligonucleótido. En ciertas realizaciones de este tipo, al menos uno de tales bloques está ubicado dentro de 3 nucleósidos del extremo 3’ del oligonucleótido.

Ciertos motivos de modificación de nucleobase

En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos comprenden modificaciones químicas a nucleobases dispuestas a lo largo del oligonucleótido o región del mismo en un patrón definido o motivo de modificación de nucleobases. En ciertas realizaciones de este tipo, las modificaciones de nucleobase están dispuestas en un motivo vacío. En ciertas realizaciones, las modificaciones de nucleobase están dispuestas en un motivo alternativo. En ciertas realizaciones, cada nucleobase se modifica. En ciertas realizaciones, ninguna de las nucleobases se modifica químicamente.

En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos comprenden un bloque de nucleobases modificadas. En ciertas de tales realizaciones, el bloque está en el extremo 3’ del oligonucleótido. En ciertas realizaciones, el bloque está dentro de 3 nucleótidos del extremo 3’ del oligonucleótido. En ciertas de tales realizaciones, el bloque está en el extremo 5’ del oligonucleótido. En ciertas realizaciones, el bloque está dentro de 3 nucleótidos del extremo 5’ del oligonucleótido.

En ciertas realizaciones, las modificaciones de nucleobase son una función de la base natural en una posición particular de un oligonucleótido. Por ejemplo, en ciertas realizaciones, cada purina o cada pirimidina se modifica en un oligonucleótido. En ciertas realizaciones, se modifica cada adenina. En ciertas realizaciones, se modifica cada guanina. En ciertas realizaciones, se modifica cada timina. En ciertas realizaciones, se modifica cada citosina. En ciertas realizaciones, se modifica cada uracilo.

En ciertas realizaciones, algunos, todos o ninguno de los restos de citosina en un oligonucleótido son restos de 5-metilo citosina. Aquí, 5-metilo citosina no es una "nucleobase modificada". Por consiguiente, a menos que se indique lo contrario, las nucleobases no modificadas incluyen tanto residuos de citosina que tienen un 5-metilo como aquellos que carecen de un 5 metilo. En ciertas realizaciones, se especifica el estado de metilación de todas o algunas nucleobases de citosina.

Ciertas longitudes totales

En ciertas realizaciones, la presente invención proporciona compuestos oligoméricos que incluyen oligonucleótidos de cualquiera de una variedad de rangos de longitudes. En ciertas realizaciones, la invención proporciona compuestos oligoméricos u oligonucleótidos que consisten en nucleósidos unidos de X a Y, donde X representa el menor número de nucleósidos en el intervalo e Y representa el mayor número de nucleósidos en el rango. En ciertas realizaciones de este tipo, X e Y se seleccionan cada uno independientemente de 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31,32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41,42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49 y 50; siempre que X<Y. Por ejemplo, en ciertas realizaciones, la invención proporciona compuestos oligoméricos que comprenden oligonucleótidos que consisten en 8 a 9, 8 a 10, 8 a 11,8 a 12, 8 a 13, 8 a 14, 8 a 15, 8 a 16, 8 a 17, 8 a 18, 8 a 19, 8 a 20, 8 a 21,8 a 22, 8 a 23, 8 a 24, 8 a 25, 8 a 26, 8 a 27, 8 a 28, 8 a 29, 8 a 30, 9 a 10, 9 a 11,9 a 12, 9 a 13, 9 a 14, 9 a 15, 9 a 16, 9 a 17, 9 a 18, 9 a 19, 9 a 20, 9 a 21,9 a 22, 9 a 23, 9 a 24, 9 a 25, 9 a 26, 9 a 27, 9 a 28, 9 a 29, 9 a 30, 10 a 11, 10 a 12, 10 a 13, 10 a 14, 10 a 15, 10 a 16, 10 a 17, 10 a 18, 10 a 19, 10 a 20, 10 a 21, 10 a 22, 10 a 23, 10 a 24, 10 a 25, 10 a 26, 10 a 27, 10 a 28, 10 a 29, 10 a 30, 11 a 12, 11 a 13, 11 a 14, 11 a 15, 11 a 16, 11 a 17, 11 a 18, 11 a 19, 11 a 20, 11 a 21, 11 a 22, 11 a 23, 11 a 24, 11 a 25, 11 a 26, 11 a 27, 11 a 28, 11 a 29, 11 a 30, 12 a 13, 12 a 14, 12 a 15, 12 a 16, 12 a 17, 12 a 18, 12 a 19, 12 a 20, 12 a 21, 12 a 22, 12 a 23, 12 a 24, 12 a 25, 12 a 26, 12 a 27, 12 a 28, 12 a 29, 12 a 30, 13 a 14, 13 a 15, 13 a 16, 13 a 17, 13 a 18, 13 a 19, 13 a 20, 13 a 21, 13 a 22, 13 a 23, 13 a 24, 13 a 25, 13 a 26, 13 a 27, 13 a 28, 13 a 29, 13 a 30, 14 a 15, 14 a 16, 14 a 17, 14 a 18, 14 a 19, 14 a 20, 14 a 21, 14 a 22, 14 a 23, 14 a 24, 14 a 25, 14 a 26, 14 a 27, 14 a 28, 14 a 29, 14 a 30, 15 a 16, 15 a 17, 15 a 18, 15 a 19, 15 a 20, 15 a 21, 15 a 22, 15 a 23, 15 a 24, 15 a 25, 15 a 26, 15 a 27, 15 a 28, 15 a 29, 15 a 30, 16 a 17, 16 a 18, 16 a 19, 16 a 20, 16 a 21, 16 a 22, 16 a 23, 16 a 24, 16 a 25, 16 a 26, 16 a 27, 16 a 28, 16 a 29, 16 a 30, 17 a 18, 17 a 19, 17 a 20, 17 a 21, 17 a 22, 17 a 23, 17 a 24, 17 a 25, 17 a 26, 17 a 27, 17 a 28, 17 a 29, 17 a 30, 18 a 19, 18 a 20, 18 a 21, 18 a 22, 18 a 23, 18 a 24, 18 a 25, 18 a 26, 18 a 27, 18 a 28, 18 a 29, 18 a 30, 19 a 20, 19 a 21, 19 a 22, 19 a 23, 19 a 24, 19 a 25, 19 a 26, 19 a 29, 19 a 28, 19 a 29, 19 a 30, 20 a 21,20 a 22, 20 a 23, 20 a 24, 20 a 25, 20 a 26, 20 a 27, 20 a 28, 20 a 29, 20 a 30, 21 a 22, 21 a 23, 21 a 24, 21 a 25, 21 a 26, 21 a 27, 21 a 28, 21 a 29, 21 a 30, 22 a 23, 22 a 24, 22 a 25, 22 a 26, 22 a 27, 22 a 28, 22 a 29, 22 a 30, 23 a 24, 23 a 25, 23 a 26, 23 a 27, 23 a 28, 23 a 29, 23 a 30, 24 a 25, 24 a 26, 24 a 27, 24 a 28, 24 a 29, 24 a 30, 25 a 26, 25 a 27, 25 a 28, 25 a 29, 25 a 30, 26 a 27, 26 a 28, 26 a 29, 26 a 30, 27 a 28, 27 a 29, 27 a 30, 28 a 29, 28 a 30 o 29 a 30 nucleósidos unidos. En realizaciones en las que el número de nucleósidos de un compuesto oligomérico u oligonucleótido está limitado, ya sea a un intervalo o a un número específico, el compuesto oligomérico u oligonucleótido puede, sin embargo, comprender además otros sustituyentes adicionales. Por ejemplo, un oligonucleótido que comprende 8-30 nucleósidos excluye los oligonucleótidos que tienen 31 nucleósidos, pero, a menos que se indique lo contrario, dicho oligonucleótido puede comprender además, p. ej., uno o más conjugados, grupos terminales u otros sustituyentes. En ciertas realizaciones, un oligonucleótido gápmero tiene cualquiera de las longitudes anteriores.

Un experto en la materia apreciará que ciertas longitudes pueden no ser posibles para ciertos motivos. Por ejemplo: un gápmero que tiene una región de ala 5’ que consta de cuatro nucleótidos, un espacio que consiste de al menos seis nucleótidos y una región de ala 3' que consta de tres nucleótidos no puede tener una longitud total inferior a 13 nucleótidos. Por lo tanto, se entendería que el límite de longitud inferior es 13 y que el límite de 10 en "10-20" no tiene ningún efecto en esa realización.

Además, cuando un oligonucleótido se describe por un rango de longitud total y por regiones que tienen longitudes especificadas, y donde la suma de las longitudes especificadas de las regiones es menor que el límite superior del rango de longitud total, el oligonucleótido puede tener nucleósidos adicionales, más allá de esos de las regiones especificadas, siempre que el número total de nucleósidos no exceda el límite superior del rango de longitud total. Por ejemplo, un oligonucleótido que consiste en 20-25 nucleósidos unidos que comprende un ala 5’ que consiste en 5 nucleósidos unidos; un ala 3’ que consta de 5 nucleósidos unidos y un espacio central que consta de 10 nucleósidos unidos (5 5 10 = 20) puede tener hasta 5 nucleósidos que no son parte del ala 5', el ala 3’, o la brecha (antes de alcanzar la limitación de longitud total de 25). Dichos nucleósidos adicionales pueden ser 5’ del ala 5' y/o 3’ del ala 3'.

Ciertos oligonucleótidos

En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos de la presente invención se caracterizan por su motivo de azúcar, motivo de enlace internucleosídico, motivo de modificación de nucleobase y longitud total. En ciertas realizaciones, tales parámetros son independientes entre sí. Por lo tanto, cada enlace internucleosídico de un oligonucleótido que tiene un motivo de azúcar gápmero puede modificarse o no modificarse y puede seguir o no el patrón de modificación gápmero de las modificaciones de azúcar. Por lo tanto, los enlaces internucleosídicos dentro de las regiones del ala de un gápmero de azúcar pueden ser iguales o diferentes entre sí y pueden ser iguales o diferentes de los enlaces internucleosídicos de la región hueco. Del mismo modo, dichos oligonucleótidos de gápmero de azúcar pueden comprender una o más nucleobases modificadas independientemente del patrón de gápmero de las modificaciones de azúcar. Aquí, si una descripción de un oligonucleótido o compuesto oligomérico es silenciosa con respecto a uno o más parámetros, dicho parámetro no está limitado. Por lo tanto, un compuesto oligomérico descrito solo como que tiene un motivo de azúcar gápmero sin una descripción adicional puede tener cualquier longitud, motivo de enlace internucleosídico y motivo de modificación de nucleobase. A menos que se indique lo contrario, todas las modificaciones químicas son independientes de la secuencia de nucleobase.

Ciertos grupos conjugados

En ciertas realizaciones, los compuestos oligoméricos se modifican mediante la unión de uno o más grupos conjugados. En general, los grupos conjugados modifican una o más propiedades del compuesto oligomérico unido, que incluyen, pero no se limitan a, farmacodinámica, farmacocinética, estabilidad, unión, absorción, distribución celular, absorción celular, carga y aclaramiento. Los grupos conjugados se usan rutinariamente en las técnicas químicas y se unen directamente o mediante un resto de unión conjugado opcional o un grupo de unión conjugado a un compuesto original tal como un compuesto oligomérico, tal como un oligonucleótido. Los grupos conjugados incluyen, entre otros, intercaladores, moléculas indicadoras, poliaminas, poliamidas, polietilenglicoles, tioéteres, poliéteres, colesteroles, tiocolesteroles, restos de ácido cólico, ácido fólico, lípidos, fosfolípidos, biotina, fenazina, fenantridina, antraquinona, adamantano, acuamantano, acuamantano, acuamantano, acuamantano, acuamantano Rodaminas, cumarinas y colorantes. Ciertos grupos conjugados se han descrito previamente, por ejemplo: resto de colesterol (Letsinger et al., Proc. Natl. Acad. Sci. Ee .UU., 1989, 86, 6553-6556), ácido cólico (Manoharan et al., Bioorg.

Med. Chem. Let., 1994, 4, 1053-1060), un tioéter, p. ej., hexilo-S-tritiltiol (Manoharan et al., Ann. NY Acad. Sci., 1992, 660, 306-309; Manoharan et al., Bioorg. Med. Chem. Let., 1993, 3, 2765-2770), un tiocolesterol (Oberhauser et al., Nucl. Acids Res., 1992, 20, 533-538), una cadena alifática, p. ej., do-decan-diol o residuos undecilo (Saison-Behmoaras et al., EMBO J., 1991, 10, 1111-1118; Kabanov et al., f EBs Lett, 1990, 259, 327-330; Svinarchuk et al., Biochimie, 1993, 75, 49-54), un fosfolípido, p. ej., di-hexadecilo-rac-glicerol o trietilo-amonio 1,2-di-O-hexadecilo-racglicero-3-H-fosfonato (Manoharan et al., Tetrahedron Lett., 1995, 36, 3651 -3654; Shea et al., Nucl. Acids Res., 1990, 18, 3777-3783), una cadena de poliamina o polietilenglicol (Manoharan et al., Nucleosides & Nucleotides, 1995, 14, 969-973), o ácido acético adamantano (Manoharan et al., Tetrahedron Lett., 1995, 36, 3651-3654), un resto palmitilo (Mishra et al., Biochim. Biophys Acta, 1995, 1264, 229-237), o una fracción de octadecilamina o hexilamino-carbonilooxicocolesterol (Crooke et al., J. Pharmacol. Exp. Ther., 1996, 277, 923-937).

En ciertas realizaciones, un grupo conjugado comprende una sustancia farmacológica activa, p. ej., aspirina, warfarina, fenilbutazona, ibuprofeno, suprofeno, fen-bufen, ketoprofeno,(s)-(+)-pranoprofeno, carprofeno, dansilsarcosina, ácido 2,3,5-triiodobenzoico, ácido flufenámico, ácido folínico, una benzotiadiazida, clorotiazida, una diazepina, indo-meticina, un barbitúrico, una cefalosporina, un fármaco sulfa, un antidiabético, un antibacteriano o un antibiótico.

En ciertas realizaciones, los grupos conjugados están unidos directamente a oligonucleótidos en compuestos oligoméricos. En ciertas realizaciones, los grupos conjugados están unidos a oligonucleótidos mediante un grupo de unión conjugado. En ciertas de tales realizaciones, los grupos de unión conjugados, que incluyen, pero no se limitan a, restos de unión bifuncionales tales como los conocidos en la técnica son susceptibles a los compuestos proporcionados aquí. Los grupos de enlace conjugados son útiles para la unión de grupos conjugados, tales como grupos estabilizadores químicos, grupos funcionales, grupos informadores y otros grupos a sitios selectivos en un compuesto original tal como, p. ej., un compuesto oligomérico. En general, un resto de unión bifuncional comprende un resto hidrocarbilo que tiene dos grupos funcionales. Uno de los grupos funcionales se selecciona para unirse a una molécula madre o compuesto de interés y el otro se selecciona para unirse esencialmente a cualquier grupo seleccionado, como un grupo funcional químico o un grupo conjugado. En algunas realizaciones, el conector conjugado comprende una estructura de cadena o un oligómero de unidades repetitivas tales como unidades de etilenglicol o aminoácidos. Los ejemplos de grupos funcionales que se usan rutinariamente en un resto de enlace bifuncional incluyen, entre otros, electrófilos para reaccionar con grupos nucleófilos y nucleófilos para reaccionar con grupos electrófilos. En algunas realizaciones, los restos de unión bifuncionales incluyen amino, hidroxilo, ácido carboxílico, tiol, insaturaciones (p. ej., enlaces dobles o triples) y similares.

Algunos ejemplos no limitantes de restos de unión conjugada incluyen pirrolidina, 8-amino-3,6-ácido dioxaoctanoico (ADO), succinimidilo 4-(N-maleimidometilo)ciclohexano-1-carboxilato (SMCC) y ácido 6-aminohexanoico (AHEX o AHA). Otros grupos de unión incluyen, pero no se limitan a, C² -C¹⁰ alquilo sustituido, C² -C¹⁰ alquenilo sustituido o no sustituido o C² -C¹⁰ alquinilo sustituido o no sustituido, en donde una lista no limitante de grupos sustituyentes preferidos incluye hidroxilo, amino, alcoxi, carboxi, bencilo, fenilo, nitro, tiol, tioalcoxi, halógeno, alquilo, arilo, alquenilo y alquinilo.

Los grupos conjugados pueden estar unidos a uno o ambos extremos de un oligonucleótido (grupos conjugados terminales) y/o en cualquier posición interna.

En ciertas realizaciones, los grupos conjugados están en el extremo 3’ de un oligonucleótido de un compuesto oligomérico. En ciertas realizaciones, los grupos conjugados están cerca del extremo 3’. En ciertas realizaciones, los conjugados están unidos en el extremo 3’ de un compuesto oligomérico, pero antes de uno o más nucleósidos del grupo terminal. En ciertas realizaciones, los grupos conjugados se colocan dentro de un grupo terminal.

En ciertas realizaciones, la presente invención proporciona compuestos oligoméricos. En ciertas realizaciones, los compuestos oligoméricos comprenden un oligonucleótido. En ciertas realizaciones, un compuesto oligomérico comprende un oligonucleótido y uno o más grupos conjugados y/o terminales. Dichos grupos conjugados y/o terminales pueden agregarse a oligonucleótidos que tengan cualquiera de los motivos químicos discutidos anteriormente. Así, p. ej., un compuesto oligomérico que comprende un oligonucleótido que tiene una región de nucleósidos alternos puede comprender un grupo terminal.

Compuestos antisentido

En ciertas realizaciones, los compuestos oligoméricos de la presente invención son compuestos antisentido. Dichos compuestos antisentido son capaces de hibridarse con un ácido nucleico diana, dando como resultado al menos una actividad antisentido. En ciertas realizaciones, los compuestos antisentido hibridan específicamente con uno o más ácidos nucleicos diana. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido que hibrida específicamente tiene una secuencia de nucleobase que comprende una región que tiene suficiente complementariedad con un ácido nucleico diana para permitir hibridación y dar como resultado una actividad antisentido y una complementariedad insuficiente con cualquier no objetivo para evitar la hibridación no específica con cualquier secuencia de ácido nucleico no diana en condiciones en las que se desea la hibridación específica (p. ej., en condiciones fisiológicas para usos in vivo o terapéuticos, y en condiciones en las que se realizan ensayos en el caso de ensayos in vitro).

Los oligonucleótidos para uso en la invención son al menos 90% complementarios al ácido nucleido diana. En ciertas realizaciones, la presente invención se refiere a compuestos antisentido que comprenden oligonucleótidos que son completamente complementarios al ácido nucleico diana en toda la longitud del oligonucleótido. En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos son 99% complementarios al ácido nucleico diana. En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos son 95% complementarios al ácido nucleico diana.

En ciertas realizaciones, dichos oligonucleótidos son 85% complementarios al ácido nucleico diana. En ciertas realizaciones, dichos oligonucleótidos son 80% complementarios al ácido nucleico diana. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido comprende una región que es completamente complementaria a un ácido nucleico diana y es al menos 80% complementaria al ácido nucleico diana en toda la longitud del oligonucleótido. En ciertas realizaciones de este tipo, la región de completa complementariedad tiene una longitud de 6 a 14 nucleobases.

En ciertas realizaciones, los compuestos antisentido y los oligonucleótidos antisentido comprenden compuestos monocatenarios. En ciertas realizaciones, los compuestos antisentido y los oligonucleótidos antisentido comprenden compuestos de doble cadena.

Ciertas vías y mecanismos asociados con las lipofuscinosis ceroides neuronales

Las lipofuscinosis neuronales ceroides (NCL) es el nombre general de una familia de trastornos neurodegenerativos que resultan de la acumulación excesiva de lipopigmentos, p. ej., lipofuscina, en los tejidos del cuerpo. La lipofuscinosis ceroide neuronal juvenil (JNCL), también conocida como enfermedad de Batten, es el más común de los trastornos de NCL. En ciertas realizaciones, el inicio de JNCL ocurre entre los cinco y ocho años de edad y los síntomas incluyen pérdida progresiva de la función motora, convulsiones, pérdida de la visión y pérdida de la función cognitiva, lo que resulta en la muerte antes de los 30 años.

JNCL es un trastorno autosómico recesivo causado por mutaciones del gen CLN3. Aproximadamente el 80% de los casos de JNCL son el resultado de una eliminación particular del gen CLN3 que abarca los exones 7 y 8 (CLN3A78). En ciertas realizaciones, la deleción de CLN3Ú78 provoca un desplazamiento del marco que da como resultado un codón de parada prematuro en el exón 9. En ciertas realizaciones, el producto proteico truncado de CLN3Ú78 es el 33% de la longitud de la proteína CLN3 de tipo salvaje. En ciertas realizaciones, el producto proteico truncado de CLN3Ú78 no es funcional. En ciertas realizaciones, el producto proteico truncado de CLN3A78 es parcialmente funcional.

En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos antisentido complementarios al transcrito mutante CLN3Ú78 eliminan el desplazamiento de trama que da como resultado un codón de parada prematuro en el exón 9. En ciertas realizaciones, p. ej., los oligonucleótidos antisentido complementarios al transcrito mutante CLN3A78 producen ARNm CLN3A78 que tiene exones corrientes abajo del exón 9. Por ejemplo, en ciertas realizaciones, los oligonucleótidos antisentido complementarios al transcrito mutante CLN3Ú78 producen ARNm de CLN3Ú78 que tiene exones 10 y/u 11. En ciertas realizaciones, p. ej., los oligonucleótidos antisentido complementarios al transcrito mutante CLN3A78 producen un borrado parcialmente, pero sigue siendo funcional la proteína CLN3A78.

En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos antisentido complementarios al exón 6 de una transcripción de CLN3A78 inducen la omisión del exón 6 y eliminan el desplazamiento del marco en el pre-ARNm de CLN3A78 que da como resultado un codón de parada prematuro en el exón 9. En tales realizaciones, los oligonucleótidos complementarios al exón 6 de una transcripción de CLN3A78 producen ARNm de CLN3A78 sin el exón 6, pero con los exones restantes (p. ej., exones 1,2, 3, 4, 5, 9, 10, 11). En ciertas realizaciones, el ARNm de CLN3A78 que tiene los exones restantes se traduce en una proteína CLN3A78 que es parcialmente funcional. En ciertas realizaciones, el ARNm de CLN3A78 que tiene los exones restantes se traduce en una proteína CLN3A78 que funciona de manera similar a la proteína CLN3 de tipo salvaje. En ciertas realizaciones, el ARNm de CLN3A78 que tiene los exones restantes se traduce en una proteína CLN3A78 que funciona mejor que el producto proteico truncado de CLN3A78 que contiene el codón de parada prematuro. En ciertas realizaciones, el ARNm de CLN3A78 que tiene los exones restantes se traduce en una proteína CLN3A78 que no produce la acumulación excesiva de lipopigmentos en el tejido corporal.

En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos antisentido complementarios al exón 9 de una transcripción de CLN3A78 inducen la omisión del exón 9 y eliminan el desplazamiento del marco en el pre-ARNm de CLN3A78 que da como resultado un codón de parada prematuro en el exón 9. En tales realizaciones, los oligonucleótidos complementarios al exón 9 de una transcripción de CLN3A78 producen ARNm de CLN3A78 sin el exón 9, pero con los exones restantes (p. ej., exones 1,2, 3, 4, 5, 6, 10, 11...). En ciertas realizaciones, el ARNm de CLN3A78 que tiene los exones restantes, p. ej., los exones 1, 2, 3, 4, 5, 6, 10, 11..., se traduce en una proteína CLN3A78 que es parcialmente funcional. En ciertas realizaciones, el ARNm de CLN3A78 que falta en los exones 7, 8 y 9 se traduce en una proteína CLN3A78 que funciona de manera similar a la proteína CLN3 de tipo salvaje. En ciertas realizaciones, el ARNm de CLN3A78 que falta en los exones 7, 8 y 9 se traduce en una proteína CLN3A78 que funciona mejor que el producto proteico truncado de CLNA78 que contiene el codón de parada prematuro. En ciertas realizaciones, el ARNm de CLN3A78 que falta en los exones 7, 8 y 9 se traduce en una proteína CLN3A78 que no produce la acumulación excesiva de lipopigmentos en el tejido corporal.

Ciertos ácidos nucleicos diana y mecanismos

En ciertas realizaciones, los compuestos antisentido comprenden o consisten en un oligonucleótido que comprende

una región que es complementaria a un ácido nucleico diana. En ciertas realizaciones, el ácido nucleico diana es una

molécula de ARN endógeno. En ciertas realizaciones, el ácido nucleico diana es un pre-ARNm. En ciertas

realizaciones, el ácido nucleico diana es un transcrito de CLN3. En ciertas realizaciones, el ARN diana es un pre-ARNm de CLN3.

En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido es complementario a una región de pre-ARNm de CLN3. En ciertas

realizaciones, un compuesto antisentido es complementario a una región de pre-ARNm de CLN3 que comprende una

unión de empalme intrón-exón. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido es complementario a una región

de pre-ARNm de CLN3 que comprende la unión de empalme intrón-exón adyacente al exón 6. En ciertas realizaciones,

un compuesto antisentido es complementario dentro de una región de pre-ARNm de CLN3 que consiste en el exón 6.

En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido es complementario dentro de una región de pre-ARNm de CLN3

que comprende un silenciador de empalme exónico dentro de un exón 6. En ciertas realizaciones, un compuesto

antisentido es complementario a una región de pre-ARNm de CLN3 que comprende la unión de empalme intrón-exón

adyacente al exón 9. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido es complementario dentro de una región de

pre-ARNm de CLN3 que consiste en el exón 9. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido es complementario

dentro de una región de pre-ARNm de CLN3 que comprende un silenciador de empalme exónico dentro de un exón

9.

En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido comprende un oligonucleótido modificado que consta de 8 a 30

nucleósidos unidos y que tiene una secuencia de nucleobase que comprende una región complementaria que

comprende al menos 8 nucleobases contiguas complementarias a una región diana de igual longitud de un transcrito

CLN3. En ciertas realizaciones, la región diana está dentro de la nucleobase 5082 y la nucleobase 5119 de SEQ ID

de S de S de S

de S

de S NO.: 2. En cierto realizaciones, la región diana es w en la nucleobase 5134 y la nucleobase 5155 de SEQ ID NO.: 2.

En ciertas realizaciones, la región diana está dentro de la nucleobase 5134 y la nucleobase 5151 de SEQ ID NO.: 2.

En ciertas realizaciones, la región diana está dentro de la nucleobase 5138 y la nucleobase 5155 de SEQ ID NO.: 2.

En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido comprende un oligonucleótido modificado que consta de 8 a 30

nucleósidos unidos y que tiene una secuencia de nucleobase que comprende una región complementaria que

comprende al menos 8 nucleobases contiguas complementarias a una región diana de igual longitud de un transcrito

CLN3. En ciertas realizaciones, la región diana está dentro de la nucleobase 7366 y la nucleobase 7411 de SEQ ID

de S de S

de S

NO.: 2. En cierto realizaciones, la región diana es w en la nucleobase 7466 y la nucleobase 7483 de SEQ ID NO.: 2.

En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que comprende la SEQ ID NO.

3. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que comprende la SEQ ID

NO. 4. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que comprende la SEQ

ID NO. 5. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que comprende la

SEQ ID NO. 6. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que comprende

la SEQ ID NO. 7. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que

comprende la SEQ ID NO. 8. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase

que comprende la SEQ ID NO. 9. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de

nucleobase que comprende la SEQ ID NO. 10. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia

de nucleobase que comprende la SEQ ID NO. 11. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una

secuencia de nucleobase que comprende la SEQ ID NO. 12. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene

una secuencia de nucleobase que comprende la SEQ ID NO. 13. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido

tiene una secuencia de nucleobase que comprende la SEQ ID NO. 14. En ciertas realizaciones, un compuesto

antisentido tiene una secuencia de nucleobase que comprende la SEQ ID NO. 15. En ciertas realizaciones, un

compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que comprende la SEQ ID NO. 16. En ciertas realizaciones,

un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que comprende SEQ ID NO. 17.

En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que comprende la SEQ ID NO.

18. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que comprende la SEQ ID NO. 19. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que comprende la SEQ ID NO. 20. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que comprende la SEQ ID NO. 21. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que comprende la SEQ ID NO. 22. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que comprende la SEQ ID NO. 23. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que comprende la SEQ ID NO. 24. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que comprende la SEQ ID NO. 25. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que comprende la SEQ ID NO. 26. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que comprende la SEQ ID NO. 27. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que comprende la SEQ ID NO. 28. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que comprende la SEQ ID NO. 29. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que comprende la SEQ ID NO. 30. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que comprende la SEQ ID NO. 31. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que comprende la SEQ ID NO 32.

En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que comprende la SEQ ID NO.

33. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que comprende la SEQ ID NO. 34. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que comprende la SEQ ID NO. 35. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que comprende la SEQ ID NO. 36. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que comprende la SEQ ID NO. 37. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que comprende la SEQ ID NO. 38. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que comprende la SEQ ID NO. 39. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que comprende la SEQ ID NO. 40. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que comprende la SEQ ID NO. 41. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que comprende la SEQ ID NO. 42. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que comprende la SEQ ID NO. 43. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que comprende la SEQ ID NO. 44. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que comprende la SEQ ID NO. 45. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que comprende la SEQ ID NO. 46. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que comprende la SEQ ID NO.

47.

En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que comprende la SEQ ID NO.

48. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que comprende SEQ ID NO. 49. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que comprende SEQ ID NO. 50. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que comprende SEQ ID NO. 51. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que comprende SEQ ID NO. 52. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que comprende SEQ ID NO. 53. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que comprende SEQ ID NO. 54. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que comprende SEQ ID NO. 55. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que comprende SEQ ID NO. 56. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que comprende SEQ ID NO. 57. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que comprende SEQ ID NO. 58. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que comprende SEQ ID NO. 59. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que comprende SEQ ID NO. 60.

En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO.

3. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO.

4. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO.

5. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consta de SEQ ID NO.

6. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO.

7. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO.

8. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO.

9. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consta de SEQ ID NO.

10. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 11. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consta de SEQ ID NO. 12. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 13. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 14. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 15. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 16. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consta de SEQ ID NO. 17.

En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO.

18. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 19. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 20. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 21. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 22. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 23. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 24. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 25. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 26. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 27. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 28. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 29. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 30. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consta de SEQ ID NO. 31. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 32.

En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO.

33. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 3. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 35. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 36. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 37. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 38. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 39. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO.40. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO.41. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO.42. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO.43. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO.44. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO.45. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO.46. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 47.

En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO.

48. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consta de SEQ ID NO.

49. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 50. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 51. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 52. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 53. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 54. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consta de SEQ ID NO. 55. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 56. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 57. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 58. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 59. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 60.

En ciertas realizaciones, un oligonucleótido antisentido modula el empalme de un pre-ARNm. En ciertas realizaciones, un oligonucleótido antisentido modula el empalme de un pre-ARNm de CLN3. En ciertas realizaciones, un oligonucleótido antisentido aumenta la cantidad de ARNm de CLN3. En ciertas realizaciones, un oligonucleótido antisentido aumenta la exclusión del exón 6 en el ARNm de CLN3. En ciertas realizaciones, un oligonucleótido antisentido disminuye la inclusión del exón 6 en el ARNm de CLN3. En ciertas realizaciones, un oligonucleótido antisentido aumenta la exclusión del exón 9 en el ARNm de CLN3. En ciertas realizaciones, un oligonucleótido antisentido disminuye la inclusión del exón 9 en el ARNm de CLN3.

En ciertas realizaciones, un oligonucleótido antisentido comprende Isis N° 616709 (SEQ ID NO: 20). En ciertas realizaciones, un oligonucleótido antisentido consiste en Isis N° 616709.

En ciertas realizaciones, un oligonucleótido antisentido promueve la omisión del exón 6. En ciertas realizaciones, un oligonucleótido antisentido promueve la omisión del exón 6 de un transcrito CLN3A78. En ciertas realizaciones, un oligonucleótido antisentido promueve la omisión del exón 9. En ciertas realizaciones, un oligonucleótido antisentido promueve la omisión del exón 9 de un transcrito CLN3A78.

En ciertas realizaciones, un oligonucleótido antisentido comprende la secuencia de nucleobase y el motivo de modificación de Isis N° 688555. En ciertas realizaciones, un oligonucleótido antisentido consiste en la secuencia de nucleobase y el motivo de modificación de Isis N° 688555. En ciertas realizaciones, un oligonucleótido antisentido comprende la secuencia de nucleobase y el motivo de modificación de Isis N° 688559. En ciertas realizaciones, un oligonucleótido antisentido consiste en la secuencia de nucleobase y el motivo de modificación de Isis N° 688559. En ciertas realizaciones, un oligonucleótido antisentido comprende la secuencia de nucleobase y el motivo de modificación de Isis N° 688595. En ciertas realizaciones, un oligonucleótido antisentido consiste en la secuencia de nucleobase y el motivo de modificación de Isis N° 688595.

En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO.

63. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 64. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 65. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consta de SEQ ID NO. 66. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 67. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 68. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consta de SEQ ID NO. 69. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 70. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 71. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 72. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en la SEQ ID NO. 73. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 74. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 75. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 76. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 77. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 78. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 79. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 80. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 81. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 82. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 83 En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 84. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 85. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 86. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 87. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 88. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consta de SEQ ID NO. 89. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 90.

En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO.

91. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 92. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 93. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 94. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 95. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 96. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 97. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 98. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 99. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 100. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 101.

En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO.

102. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 103. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consta de SEQ ID NO. 104. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 105. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 106. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 107. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 108. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 109. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 110.

En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO.

111. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 112. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 113. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 114. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 115. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 116. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 117. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 118. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 119. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 120. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 121. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en la SEQ ID NO. 122. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 123. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 124. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 125. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 126. En ciertas realizaciones, un compuesto antisentido tiene una secuencia de nucleobase que consiste en SEQ ID NO. 127.

Ciertas composiciones farmacéuticas

La presente invención proporciona composiciones farmacéuticas que comprenden uno o más compuestos antisentido. En ciertas realizaciones, dicha composición farmacéutica comprende un diluyente o vehículo farmacéuticamente aceptable adecuado. En ciertas realizaciones, una composición farmacéutica comprende una solución salina estéril y uno o más compuestos antisentido. En ciertas realizaciones, dicha composición farmacéutica consiste en una solución salina estéril y uno o más compuestos antisentido. En ciertas realizaciones, la solución salina estéril es solución salina de grado farmacéutico. En ciertas realizaciones, una composición farmacéutica comprende uno o más compuestos antisentido y agua estéril. En ciertas realizaciones, una composición farmacéutica consiste en uno o más compuestos antisentido y agua estéril. En ciertas realizaciones, la solución salina estéril es agua de grado farmacéutico. En ciertas realizaciones, una composición farmacéutica comprende uno o más compuestos antisentido y solución salina tamponada con fosfato (PBS). En ciertas realizaciones, una composición farmacéutica consiste en uno o más compuestos antisentido y solución salina tamponada con fosfato estéril (PBS). En ciertas realizaciones, la solución salina estéril es PBS de grado farmacéutico.

En ciertas realizaciones, los compuestos antisentido pueden mezclarse con sustancias activas y/o inertes farmacéuticamente aceptables para la preparación de composiciones o formulaciones farmacéuticas. Las composiciones y los métodos para la formulación de composiciones farmacéuticas dependen de varios criterios, que incluyen, entre otros, la vía de administración, el alcance de la enfermedad o la dosis a administrar.

Las composiciones farmacéuticas que comprenden compuestos antisentido abarcan cualquier sal, éster o sal farmacéuticamente aceptable de tales ésteres. En ciertas realizaciones, las composiciones farmacéuticas que comprenden compuestos antisentido comprenden uno o más oligonucleótidos que, tras la administración a un animal, incluido un humano, sean capaces de proporcionar (directa o indirectamente) el metabolito o residuo biológicamente activo del mismo. Por consiguiente, p. ej., la divulgación también se refiere a sales farmacéuticamente aceptables de compuestos antisentido, profármacos, sales farmacéuticamente aceptables de dichos profármacos y otros bioequivalentes. Las sales farmacéuticamente aceptables adecuadas incluyen, pero no se limitan a, sales de sodio y potasio.

Un profármaco puede incluir la incorporación de nucleósidos adicionales en uno o ambos extremos de un compuesto oligomérico que se escinden por nucleasas endógenas dentro del cuerpo, para formar el compuesto oligomérico antisentido activo.

Los restos lipídicos se han usado en terapias de ácido nucleico en una variedad de métodos. En ciertos métodos de este tipo, el ácido nucleico se introduce en liposomas o lipoplejos preformados hechos de mezclas de lípidos catiónicos y lípidos neutros. En ciertos métodos, los complejos de a Dn con lípidos mono o policationicos se forman sin la presencia de un lípido neutro. En ciertas realizaciones, se selecciona un resto lipídi

de un agente farmacéutico a una célula o tejido particular. En ciertas realizaciones, se selecciona un resto lipídico para aumentar la distribución de un agente farmacéutico al tejido graso. En ciertas realizaciones, se selecciona un resto lipídi

En ciertas realizaciones, las composiciones farmacéuticas proporcionadas en el presente documento comprenden uno o más oligonucleótidos modificados y uno o más excipientes. En ciertas realizaciones, los excipientes se seleccionan de agua, soluciones salinas, alcohol, polietilenglicoles, gelatina, lactosa, amilasa, estearato de magnesio, talco, ácido silícico, parafina viscosa, hidroximetilcelulosa y polivinilpirrolidona.

En ciertas realizaciones, una composición farmacéutica proporcionada en este documento comprende un sistema de administración. Los ejemplos de sistemas de administración incluyen, entre otros, liposomas y emulsiones. Ciertos sistemas de administración son útiles para preparar ciertas composiciones farmacéuticas que incluyen aquellas que comprenden compuestos hidrofóbicos. En ciertas realizaciones, se usan ciertos disolventes orgánicos tales como dimetilsulfóxido.

En ciertas realizaciones, una composición farmacéutica proporcionada en el presente documento comprende una o más moléculas de administración específicas de tejido diseñadas para administrar el uno o más agentes farmacéuticos de la presente invención a tejidos o tipos de células específicos. Por ejemplo, en ciertas realizaciones, las composiciones farmacéuticas incluyen liposomas recubiertos con un anticuerpo específico de tejido.

En ciertas realizaciones, una composición farmacéutica proporcionada en este documento comprende un sistema codisolvente. Ciertos de dichos sistemas codisolventes comprenden, p. ej., alcohol bencílico, un tensioactivo no polar, un polímero orgánico miscible en agua y una fase acuosa. En ciertas realizaciones, tales sistemas de codisolventes se usan para compuestos hidrófobos. Un ejemplo no limitativo de dicho sistema codisolvente es el sistema codisolvente VPD, que es una solución de etanol absoluto que comprende 3% p/v de alcohol bencílico, 8% p/v del tensioactivo no polar Polysorbate 80™ y 65% p/v de polietilenglicol 300. Las proporciones de dichos sistemas codisolventes pueden variar considerablemente sin alterar significativamente sus características de solubilidad y toxicidad. Además, la identidad de los componentes codisolventes puede variar: p. ej., se pueden usar otros tensioactivos en lugar de Polysorbate 80™; el tamaño de la fracción de polietilenglicol puede variar; otros polímeros biocompatibles pueden reemplazar al polietilenglicol, p. ej., polivinilpirrolidona; y otros azúcares o polisacáridos pueden sustituir a la dextrosa.

En ciertas realizaciones, una composición farmacéutica proporcionada en este documento se prepara para administración oral. En ciertas realizaciones, las composiciones farmacéuticas se preparan para administración bucal.

En ciertas realizaciones, se prepara una composición farmacéutica para administración por inyección (p. ej., intravenosa, subcutánea, intramuscular, etc.). En ciertas de tales realizaciones, una composición farmacéutica comprende un vehículo y se formula en solución acuosa, tal como agua o tampones fisiológicamente compatibles tales como la solución de Hanks, la solución de Ringer o el tampón salino fisiológico. En ciertas realizaciones, se incluyen otros ingredientes (p. ej., ingredientes que ayudan en la solubilidad o sirven como conservantes). En ciertas realizaciones, las suspensiones inyectables se preparan usando vehículos líquidos apropiados, agentes de suspensión y similares. Ciertas composiciones farmacéuticas para inyección se presentan en forma de dosificación unitaria, p. ej., en ampollas o en envases multidosis. Ciertas composiciones farmacéuticas para inyección son suspensiones, soluciones o emulsiones en vehículos aceitosos o acuosos, y pueden contener agentes de formulación tales como agentes de suspensión, estabilizantes y/o dispersantes. Ciertos disolventes adecuados para su uso en composiciones farmacéuticas para inyección incluyen, pero no se limitan a, disolventes lipofílicos y aceites grasos, tales como aceite de sésamo, ésteres de ácidos grasos sintéticos, tales como oleato o triglicéridos de etilo, y liposomas. Las suspensiones de inyección acuosa pueden contener sustancias que aumentan la viscosidad de la suspensión, como carboximetilcelulosa de sodio, sorbitol o dextrano. Opcionalmente, tales suspensiones también pueden contener estabilizadores o agentes adecuados que aumentan la solubilidad de los agentes farmacéuticos para permitir la preparación de soluciones altamente concentradas.

En ciertas realizaciones, se prepara una composición farmacéutica para administración transmucosa. En ciertas de tales realizaciones, se usan penetrantes apropiados para la barrera a ser permeada en la formulación. Tales penetrantes son generalmente conocidos en la técnica.

En ciertas realizaciones, una composición farmacéutica proporcionada en este documento comprende un oligonucleótido en una cantidad terapéuticamente efectiva. En ciertas realizaciones, la cantidad terapéuticamente efectiva es suficiente para prevenir, aliviar o mejorar los síntomas de una enfermedad o para prolongar la supervivencia del sujeto que está siendo tratado. La determinación de una cantidad terapéuticamente efectiva está dentro de la capacidad de los expertos en la materia.

En ciertas realizaciones, uno o más oligonucleótidos modificados proporcionados aquí se formulan como un profármaco. En ciertas realizaciones, tras la administración in vivo, un profármaco se convierte químicamente en la forma biológicamente, farmacéutica o terapéuticamente más activa de un oligonucleótido. En ciertas realizaciones, los profármacos son útiles porque son más fáciles de administrar que la forma activa correspondiente. Por ejemplo, en ciertos casos, un profármaco puede estar más biodisponible (p. ej., a través de la administración oral) que la forma activa correspondiente. En ciertos casos, un profármaco puede tener una solubilidad mejorada en comparación con la forma activa correspondiente. En ciertas realizaciones, los profármacos son menos solubles en agua que la forma activa correspondiente. En ciertos casos, tales profármacos poseen una transmisión superior a través de las membranas celulares, donde la solubilidad en agua es perjudicial para la movilidad. En ciertas realizaciones, un profármaco es un éster. En ciertas de tales realizaciones, el éster se hidroliza metabólicamente a ácido carboxílico tras la administración. En ciertos casos, el compuesto que contiene ácido carboxílico es la forma activa correspondiente. En ciertas realizaciones, un profármaco comprende un péptido corto (poliaminoácido) unido a un grupo ácido. En ciertas de tales realizaciones, el péptido se escinde tras la administración para formar la forma activa correspondiente.

En ciertas realizaciones, la presente descripción se refiere a composiciones y métodos para reducir la cantidad o actividad de un ácido nucleico diana en una célula. En ciertas realizaciones, la célula está en un animal. En ciertas realizaciones, el animal es un mamífero. En ciertas realizaciones, el animal es un roedor. En ciertas realizaciones, el animal es un primate. En ciertas realizaciones, el animal es un primate no humano. En ciertas realizaciones, el animal es un humano.

En ciertas realizaciones, la presente invención proporciona métodos para administrar una composición farmacéutica que comprende un compuesto oligomérico de la presente invención a un animal. Las vías de administración adecuadas incluyen, pero no se limitan a, oral, rectal, transmucosal, intestinal, enteral, tópica, supositorios, por inhalación, intratecal, intracerebroventricular, intraperitoneal, intranasal, intratumoral y parenteral (p. ej., intravenoso, intramuscular, intramedular, y subcutáneo). En ciertas realizaciones, los intratecales farmacéuticos se administran para lograr exposiciones locales en lugar de sistémicas. Por ejemplo, las composiciones farmacéuticas pueden inyectarse directamente en el área del efecto deseado (p. ej., en los oídos).

En ciertas realizaciones, se administra una composición farmacéutica a un animal que tiene al menos un síntoma asociado con la enfermedad de Batten. En ciertas realizaciones, dicha administración da como resultado la mejora de al menos un síntoma. En ciertas realizaciones, la administración de una composición farmacéutica a un animal da como resultado un aumento de la proteína CLN3 funcional en una célula. En ciertas realizaciones, la administración de ciertos oligonucleótidos antisentido retrasa el inicio de la enfermedad de Batten. En ciertas realizaciones, la administración de ciertos oligonucleótidos antisentido previene la aparición de la enfermedad de Batten. En ciertas realizaciones, la administración de ciertos oligonucleótidos antisentido rescata el fenotipo celular.

Divulgación no limitativa

Si bien ciertos compuestos, composiciones y métodos descritos en el presente documento se han descrito con especificidad de acuerdo con ciertas realizaciones, los siguientes ejemplos sirven solo para ilustrar los compuestos descritos en el presente documento y no pretenden limitarlos. Cada una de las referencias, números de acceso de GenBank y similares enumerados en la presente solicitud se incorpora aquí como referencia en su totalidad. Aunque la lista de secuencias que acompaña a esta presentación identifica cada secuencia como "ARN" o "ADN" según se requiera, en realidad, esas secuencias pueden modificarse con cualquier combinación de modificaciones químicas. Un experto en la materia apreciará fácilmente que dicha designación como "ARN" o "ADN" para describir oligonucleótidos modificados es, en ciertos casos, arbitraria. Por ejemplo, un oligonucleótido que comprende un nucleósido que comprende un resto de azúcar 2’-OH y una base de timina podría describirse como un ADN que tiene un azúcar modificado (2’-OH para el 2’-H natural de ADN) o como un ARN que tiene una base modificada (timina (uracilo metilado) para uracilo natural de ARN).

Por consiguiente, las secuencias de ácido nucleico proporcionadas en el presente documento, que incluyen, pero no se limitan a las de la lista de secuencias, pretenden abarcar ácidos nucleicos que contienen cualquier combinación de ARN y/o ADN natural o modificado, que incluye, pero no se limita a dichos ácidos nucleicos que tienen nucleobases modificadas. A modo de ejemplo adicional y sin limitación, un compuesto oligomérico que tiene la secuencia de nucleobase "ATCGATCG" abarca cualquier compuesto oligomérico que tenga dicha secuencia de nucleobase, ya sea modificada o no modificada, incluidos, entre otros, tales compuestos que comprenden bases de ARN, como los que tienen la secuencia "AUCGAUCG" y aquellos que tienen algunas bases de ADN y algunas bases de ARN como "AUCGATCG" y compuestos oligoméricos que tienen otras bases modificadas o de origen natural, tales como "ATmeCGAUCG", en donde meC indica una base de citosina que comprende un grupo metilo en la posición 5.

Ejemplos

Los siguientes ejemplos ilustran ciertas realizaciones de la presente invención y no son limitantes. Además, cuando se proporcionan realizaciones específicas, los inventores han contemplado la aplicación genérica de esas realizaciones específicas. Por ejemplo, la divulgación de un oligonucleótido que tiene un motivo particular proporciona un soporte razonable para oligonucleótidos adicionales que tienen el mismo motivo o un motivo similar. Y, p. ej., cuando una modificación particular de alta afinidad aparece en una posición particular, otras modificaciones de alta afinidad en la misma posición se consideran adecuadas, a menos que se indique lo contrario.

Ejemplo 1: Síntesis de oligonucleótidos antisentido

La preparación de fosforamiditas de nucleósidos se realiza siguiendo procedimientos que se ilustran ampliamente en la técnica, tales como, entre otros, la Patente de Estados Unidos 6,426,220 y la solicitud PCT publicada WO 02/36743.

Síntesis de oligonucleótidos y oligonucleósidos

Los compuestos oligoméricos utilizados de acuerdo con esta invención pueden prepararse de manera conveniente y rutinaria a través de la técnica bien conocida de síntesis en fase sólida. El equipo para tal síntesis es vendido por varios proveedores, incluidos, p. ej., Applied Biosystems (Foster City, CA). Cualquier otro medio para tal síntesis conocido en la técnica puede emplearse adicional o alternativamente. Es bien sabido usar técnicas similares para preparar oligonucleótidos tales como los fosforotioatos y derivados alquilados.

Oligonucleótidos: los oligonucleótidos de fosfodiéster sustituido y no sustituido (P=O) se sintetizan en un sintetizador de ADN automatizado (modelo 394 de Applied Biosystems) utilizando química estándar de fosforamidita con oxidación con yodo.

Los fosforotioatos (P=S) se sintetizan de manera similar a los oligonucleótidos de fosfodiéster con las siguientes excepciones: la tiación se realizó utilizando una solución al 10% p/v de 3,H-1,2-benzoditiol-3-ona 1, 1 -dióxido en acetonitrilo para la oxidación de los enlaces de fosfito. El tiempo del paso de reacción de tiación se incrementó a 180 segundos y fue precedido por el paso de tapado normal. Después de la escisión de la columna de CPG y el desbloqueo en hidróxido de amonio concentrado a 55°C (12-16 h), los oligonucleótidos se recuperaron precipitando con >3 volúmenes de etanol de una solución 1 M NH4OAc. Los oligonucleótidos de fosfinato se preparan como se describe en la Patente de EE.UU. 5,508,270.

Los oligonucleótidos de alquilfosfonato se preparan como se describe en la Patente de EE.UU. 4,469,863.

Los oligonucleótidos de 3’-desoxi-3’-metilenfosfonato se preparan como se describe en las patentes de los Estados Unidos 5,610,289 o 5,625,050.

Los oligonucleótidos de fosforamidita se preparan como se describe en la Patente de EE.UU. 5,256,775 o la Patente de EE.UU. 5,366,878.

Los oligonucleótidos de alquilfosfonotioato se preparan como se describe en las solicitudes PCT publicadas PCT/US94/00902 y PCT/US93/06976 (publicadas como WO 94/17093 y WO 94/02499, respectivamente).

Los oligonucleótidos de 3’-desoxi-3’-amino fosforamidato se preparan como se describe en la Patente de EE.UU.

5,476,925.

Los oligonucleótidos de fosfotriéster se preparan como se describe en la Patente de Estados Unidos 5.023,243.

Los oligonucleótidos de fosfato de borano se preparan como se describe en las patentes de EE.UU. 5,130,302 y 5,177,198.

Oligonucleósidos: oligonucleósidos unidos a metilenometilimino, también identificados como oligonucleósidos unidos a MMI, oligonucleósidos unidos a metilendimetilhidrazo, también identificados como oligonucleósidos unidos a MDH y oligonucleósidos unidos a metilenocarbonilamo, también identificados como oligonucleósidos unidos a amida-3, y oligonucleósidos unidos a metilenoaminocarbonilo, también identificados como oligonucleósidos unidos a amida-4, también identificados como oligonucleósidos unidos a metilenoaminocarbonilo. Los oligonucleósidos, así como los compuestos oligoméricos de cadena principal mixtos que tienen, p. ej., enlaces MMI alternos y P=O o P=S se preparan como se describe en las patentes de los Estados Unidos 5,378,825, 5,386,023, 5,489,677, 5,602,240 y 5,610,289.

Los oligonucleósidos unidos a formacetal y tioformacetal se preparan como se describe en las patentes de los Estados Unidos 5,264,562 y 5,264,564.

Los oligonucleósidos unidos a óxido de etileno se preparan como se describe en la Patente de Estados Unidos 5,223,618.

Aislamiento de oligonucleótidos

Después de la escisión del soporte sólido de vidrio de poro controlado y el desbloqueo en hidróxido de amonio concentrado a 55°C durante 12-16 horas, los oligonucleótidos u oligonucleósidos se recuperan por precipitación de 1 M NH4OAc con >3 volúmenes de etanol. Los oligonucleótidos sintetizados se analizaron mediante espectroscopía de masas con electrospray (determinación de peso molecular) y por electroforesis en gel capilar y se juzga que es al menos 70% de material de longitud completa. Las cantidades relativas de enlaces de fosforotioato y fosfodiéster obtenidos en la síntesis se determinaron por la relación del peso molecular correcto con respecto al producto -16 amu (+/- 32 /- 48). Para algunos estudios, los oligonucleótidos se purificaron por HPLC, como describen Chiang et al., J. Biol. Chem 1991,266, 18162-18171. Los resultados obtenidos con material purificado por HPLC fueron similares a los obtenidos con material no purificado por HPLC.

Síntesis de oligonucleótidos - formato de placa de 96 pocilios

Los oligonucleótidos pueden sintetizarse a través de la química de fosforamidita en fase sólida P(III) en un sintetizador automático capaz de ensamblar 96 secuencias simultáneamente en un formato de 96 pocillos. Los enlaces internucleotídicos de fosfodiéster se obtienen por oxidación con yodo acuoso.

Los enlaces internucleotídicos de fosforotioato se generan por sulfuración utilizando 3,H-1,2 benzoditiol-3-ona 1,1 dióxido (reactivo de Beaucage) en acetonitrilo anhidro. Los beta-cianoetilo-diiso-propilo fosforamiditos estándar protegidos con base se adquieren de proveedores comerciales (p. ej., PE-Applied Biosystems, Foster City, CA, o Pharmacia, Piscataway, NJ). Los nucleósidos no estándar se sintetizan según métodos estándar o patentados. Se utilizan como bases protegidas con beta-cianoetildiisopropilo fosforamiditas.

Los oligonucleótidos se escinden del soporte y se desprotegen con NH⁴OH concentrado a temperatura elevada (55-60°C) durante 12-16 horas y el producto liberado se seca al vacío. El producto seco se resuspende luego en agua estéril para proporcionar una placa maestra a partir de la cual se diluyen todas las muestras analíticas y de placa de prueba utilizando pipetas robóticas.

Análisis de oligonucleótidos con formato de placa de 96 pocilios

La concentración de oligonucleótidos en cada pocillo se evalúa mediante dilución de muestras y espectroscopía de absorción UV. La integridad total de los productos individuales se evalúa mediante electroforesis capilar (EC) en el formato de 96 pocillos (Beckman P/ACE™ MDQ) o, para muestras preparadas individualmente, en un aparato comercial EC (p. ej., Beckman P/ACE™ 5000, ABI 270). La composición de la base y el esqueleto se confirma mediante análisis de masa de los compuestos oligoméricos utilizando espectroscopía de masa con electrospray. Todas las placas de prueba de ensayo se diluyen de la placa maestra utilizando pipetas robóticas de uno o varios canales. Se considera que las placas son aceptables si al menos el 85% de los compuestos oligoméricos en la placa tienen al menos el 85% de longitud completa.

Ejemplo 2: Expresión de CLN3A678 y CLN3A78 in vitro

Los plásmidos que comprenden un gen CLN3 WT o mutante C-terminal marcado con FLAG se prepararon usando técnicas estándar de biología molecular. Los genes mutantes CLN3 contenían una deleción de los exones 6, 7 y 8 (CLN3A678) o una deleción de los exones 7, 8 y 9 (CLN3A789). Los genes WT y CLN3 mutantes estaban bajo control del promotor CMV. Las células HeLa se transfectaron con plásmidos que contenían WT CLN3, CLN3A78, (XN3A678 o plásmidos vacíos (simulacro) utilizando métodos estándar. 48 horas después de la transfección, las células se fijaron y se tiñeron con anticuerpo anti-FLAG M2 FITC (F4049, Sigma), montado con Prolong antifade con DAPI (Invitrogen) y visualizado bajo un microscopio confocal Olympus FV10i.

Si bien ninguna de las células transfectadas simuladas o CLN3Ú78 exhibieron fluorescencia FITC, muchas de las células transfectadas WT CLN3 y CLN3A678 eran fluorescentes en el canal FITC. Estos resultados indican que la proteína CLN3A78 no se expresó visiblemente, pero las proteínas CLN3 y CLN3A678 de tipo salvaje se expresaron visiblemente.

Ejemplo 3: Modulación antisentido de empalme de transcripción de CLN3

Gene Tools, LLC sintetizó un oligonucleótido antisentido dirigido a la unión del exón 6/intrón 6 del pre-ARNm de CLN3 humano (MO-ASO ACACAGAACCACACACTCACCACAC, SEQ ID NO: 3) y probó su capacidad para modular el empalme de CLN3. El ASO se dirige a la unión del exón 6/intrón 6 del complemento del número de acceso GENBANK NT_010393.16 truncado de los nucleótidos 28427600 a 28444620 (SeQ ID NO: 1). El ASO es un ASO morfolino uniforme.

Se agregaron 0 pM, 7,5 pM, 15 pM del ASO morfolino dirigido a la unión del exón 6/intrón 6 (MO-ASO) y el reactivo de transfección de portador Endo (Gene Tools, LLC) a las células de fibroblastos de un paciente JNCL homocigoto para la mutación CLN3A78, un portador heterocigoto de la mutación CLN3A78, y un miembro de la familia del paciente JNCL que es homocigoto para WT CLN3. Después de 48 horas, se aisló el ARN total de las células y se detectó el ARNm de CLN3 mediante RT-PCR radiactiva y PAGE. El gel se muestra en la Figura 2. Las bandas se cuantificaron mediante análisis de densitometría usando el software Image J, y los resultados se muestran en la Tabla 1 a continuación. En la Tabla 1, 'Ht' significa heterocigoto y 'Hm' significa homocigoto.

En un experimento similar, se incubaron concentraciones crecientes de MO-ASO con fibroblastos homocigotos de pacientes CLN3A78/A78. La dosis más baja de 25 nM indujo % de omisión del exón 6, y las dosis más altas probadas indujeron % de omisión del exón 6. Los resultados se muestran en Tabla 2 a continuación, y el gel se muestra en la Figura 3.

Tabla 1: Modulación del empalme de pre-ARNm de CLN3 por MO-ASO según lo analizado por RT-PCR

(Continuación)

Tabla 2: Análisis de respuesta a la dosis de MO-ASO del empalme pre-ARNm de CLN3 en células

CLN3A78/A78

Los niveles de proteína CLN3 se midieron en un experimento similar en donde se usó una concentración única (7,5 pM) de MO-ASO o un oligonucleótido morfolino de control (MO-C, AGCTGATCATATTCTACCTGGTGCT SEQ ID NO: 62) y niveles de proteína en células CLN3A78 mutantes homocigóticas se analizaron a las siguientes 0, 56, 144 o 192 horas después de la incubación. Los niveles de proteína se analizaron mediante transferencia Western utilizando un anticuerpo policlonal de conejo anti-CLN3 (Proteintech) y anti-actina como control de carga. La mancha se muestra en la Figura 4.

Ejemplo 4: Diseño de oligonucleótidos antisentido para la inducción de la omisión del exón 6 de CLN3

Los oligonucleótidos antisentido complementarios al exón 6 y/o los intrones que flanquean al exón 6 de la transcripción de ARNm pre-ARNm de CLN3 se sintetizaron y probaron su capacidad para modular el empalme de CLN3 saltando exón 6. Los oligonucleótidos en la Tabla 3 a continuación están modificados uniformemente en 2'-MOE, y todos los enlaces internucleosídicos son enlaces de fosforotioato. Las bases de citosina son 5-metilcitosina. Los ASO se dirigen al complemento del número de acceso GENBANK NT 039433,8, truncado de los nucleótidos 44319075 a 44333955 (SEQ ID NO: 2), y las secuencias de ASO se enumeran en la Tabla 3 a continuación. Los sitios de inicio y finalización asociados con cada oligonucleótido son las posiciones 5’ y 3', respectivamente, de la porción de SEQ ID NO: 2 que es complementaria al ASO.

Tabla 3: O ligonucleótidos antisentido para la inducción de saltos de exón 6 de CLN3

(Continuación)

Ejemplo 5: Inducción de oligonucleótidos antisentido de omisión de CLN3 Exón 6 Salto in vitro

Para probar la capacidad de los oligonucleótidos antisentido para modular el empalme omitiendo el exón 6, la línea celular de ratón 208ee, derivada del riñón de ratón C57/B16, se transfectó con 50 nM de los ASO enumerados en la Tabla 3 usando Lipofectamine 2000 (Invitrogen). Las células de control no tratadas no recibieron ASO ni Lipofectamine, mientras que las células transfectadas simuladas recibieron solo Lipofectamine. Después de 48 horas, se recogió el ARN total de las células y se usó RT-PCR para identificar los transcritos de CLN3 de longitud completa y CLN3A6. Los productos de PCR se analizaron por PAGE y se cuantificaron por análisis de fosforimager (Typhoon 9400, GE Healthcare). El gel se muestra en la Figura 5, y los resultados se muestran en la Tabla 4 a continuación como el porcentaje de transcripción omitida del exón 6 (A6) del total de transcripciones omitidas de longitud completa (FL) más exón 6. Las intensidades de banda se informan en unidades de fluorescencia relativa (RFU). Este ejemplo ilustra que muchos ASO inducen la omisión del exón 6 de CLN3.

Tabla 4: Inducción de omisión de CLN3 Exón 6 in vitro

Ejemplo 6: Diseño de oligonucleótidos antisentido para la inducción de omisión de CLN3 exón 9

Los oligonucleótidos antisentido complementarios al exón 9 y/o los intrones que flanquean al exón 9 del transcrito de pre-ARNm CLN3 de ratón se sintetizaron y probaron su capacidad para modular el empalme de CLN3 omitiendo el exón 9. Los oligonucleótidos se modificaron uniformemente para contener 2'-MOE, y todos los enlaces internucleosídicos son enlaces de fosforotioato. Las bases de citosina son 5-metilcitosina. Los ASO se dirigen al complemento del número de acceso GENBANK NT_039433.8 truncado de los nucleótidos 44319075 a 44333955 (SEQ ID NO: 2) y las secuencias de ASO se enumeran en la Tabla 5 a continuación. Los sitios de inicio y finalización asociados con cada oligonucleótido son las posiciones 5’ y 3', respectivamente, de la porción de SEQ ID NO: 2 que es complementaria al ASO.

Tabla 5: O ligonucleótidos antisentido para la inducción de omisión de CLN3 Exón 9

Ejemplo 7: Inducción de oligonucleótidos antisentido de om isión de CLN3 Exón 9 in vitro

Para probar la capacidad de los oligonucleótidos antisentido para modular el empalme omitiendo el exón 9, la línea celular de ratón 208ee, derivada del riñón de ratón C57/B16, se transfectó con 50 nM de los ASO enumerados en la Tabla 5 usando Lipofectamine 2000 (Invitrogen). Las células de control no tratadas no recibieron ASO ni Lipofectamine, mientras que las células transfectadas simuladas recibieron solo Lipofectamine. Después de 48 horas, se recogió el ARN total de las células y se usó RT-PCR para identificar los transcritos de CLN3 de longitud completa y CLN3A9. Los productos de PCR se analizaron por PAGE y se cuantificaron por análisis de fosforimager (Typhoon 9400, GE Healthcare). El gel se muestra en la Figura 6, y los resultados se muestran en la Tabla 6 como el porcentaje de transcripción omitida del exón 9 (A9) de la transcripción total omitida de longitud completa (FL) más exón 9. Las intensidades de banda se informan en unidades de fluorescencia relativa (RFU). Este ejemplo ilustra que muchos ASO inducen la omisión del exón 9 de CLN3.

Tabla 6: Inducción de omisión de CLN3 Exon 9 in vitro

(Continuación)

Ejemplo 8: Inducción de oligonucleótidos antisentido de omisión de CLN3 exón 6 en ratones Batten in vivo

Se ha descrito un modelo de ratón de la enfermedad de Batten, en donde la deleción CLN3A78 se aplica a ratones C57/BL6J (Cotman et al., Hum. Molec. Genet. (2002) 11,2709-2721). Los ratones homocigotos CLN3A78/A78 exhiben gliosis en el SNC, rastros de marcha anormales, comportamiento de apriete que indica neurodegeneración y principios de PT-10.

20 pg de Isis N2616709 (ver Tabla 3) o un control ASO, Isis N2527134 (AGCTGATCATATTCTACC SEQ ID NO: 61) que es 2'-MOE uniforme y contiene enlaces internucleosídicos de fosforotioato uniformes, se administró a grupos de seis (ratones CLN3A78/A78 para probar la capacidad de Isis N° 616709 para inducir la omisión del exón 6 in vivo. Los ASO fueron administrados por inyección intracerebroventricular (inyección de ICV) en el día postnatal uno o dos. Cuatro meses después de la inyección de ICV, los ratones fueron sacrificados y el ARN fue aislado del tejido cerebral. Las transcripciones CLN3A78 y CLN3A678 se analizaron mediante RT-PCR radiomarcada. Los productos de PCR se separaron por PAGE y se cuantificaron por análisis de fosforimager (Typhoon 9400, GE Healthcare). Se muestra un gel en la Figura 7 y los resultados para cada grupo se presentan en la Tabla 7 a continuación. Como se indica por los resultados en la Tabla 7 a continuación, Isis N° 616709 indujo la omisión del exón 6 de CLN3 en un modelo de ratón de la enfermedad de Batten in vivo.

Tabla 7: Inducción de omisión de CLN3 Exon 6 en ratones CLN3A78/A78 in vivo

Ejemplo 9: Rescate de oligonucleótidos antisentido de coordinación motora en ratones CLN3A78/A78

Para evaluar si los ASO que inducen la omisión del exón 6 alivian los síntomas de la enfermedad de Batten, los ratones homocigotos CLN3A78/A78 y heterocigotos CLN3 /A78 se dividieron en grupos mixtos de género y machos y se trataron con 20 pg de Isis N° 616709 (SEQ ID NO. 20; ver Tabla 3), control ASO, Isis N° 527134 (SEQ ID NO: 61; ver Ejemplo 8), o ningún ASO (sin tratar). Los ASO se administraron mediante inyección intracerebroventricular en el día postnatal uno o dos. Dos o tres meses después de la inyección única, se midió la coordinación motora de cada ratón en función del tiempo que cada ratón pasó en un rotor rotativo acelerado. Los resultados se presentan en las Tablas 8-12 a continuación.

Tabla 8: Tiempo empleado en un Rotarod acelerado por género m ixto (ratones CLN3A78/A78, edad 2 meses

Tabla 9: Tiempo empleado en un Rotarod acelerado por ratones de género m ixto CLN3A78/A78, edad 3 meses

Tabla 10: Tiempo empleado en un Rotarod acelerado por ratones macho CLN3A78/A78, edad 2 meses)

Tabla 11: Tiempo invertido en un Rotarod acelerado por ratones macho CLN3A78/A78, edad 3 meses)

Los resultados en las Tablas 8-11 anteriores indican que el déficit de coordinación motora en los ratones Batten (CLN3A78/A78 empeora significativamente entre los dos y tres meses de edad y es más grave en los machos que en las hembras. Además, el tratamiento con Isis N° 616709, que induce la omisión del exón 6, aumenta la cantidad de tiempo que los ratones Batten CLN3A78/A78 pueden gastar en un rotor rotativo acelerado, mejorando así un déficit de coordinación motora que es sintomático de la enfermedad de Batten.

Ejemplo 10: Inducción de oligonucleótidos antisentido de omisión de CLN3 humano Exón 6 in vitro

Los oligonucleótidos antisentido complementarios al exón 6 y/o los intrones que flanquean al exón 6 del transcrito de pre-mPvNA de CLN3 humano se sintetizaron y probaron su capacidad para modular el empalme de CLN3 omitiendo el exón 6. Los oligonucleótidos en la Tabla 12 a continuación son uniformemente 2’-MOE modificado, y todos los enlaces internucleosídicos son enlaces de fosforotioato. Las bases de citosina son 5-metilcitosina. Los ASO se dirigen al complemento del número de acceso GENBANK NT_010393.16, truncado de los nucleótidos 28427600 a 28444620 (SEQ ID NO: 1), y las secuencias de ASO se enumeran en la Tabla 12 a continuación. Los sitios de inicio y finalización asociados con cada oligonucleótido son las posiciones 5’ y 3', respectivamente, de la porción de la SEQ ID NO:1 que es complementaria al ASO.

Para probar la capacidad de los oligonucleótidos antisentido para modular el empalme omitiendo el exón 6, los fibroblastos de pacientes humanos JNCL que son homocigotos para la deleción CLN3A78 se transfectaron con 50 nM de un ASO usando reactivo de transfección con citofectina. Después de 48 horas, se recogió el ARN total de las células y se usó RT-PCR para identificar los transcritos de ARNm CLN3A78 y CLN3A678. Los productos de PCR se analizaron por PAGE y se cuantificaron por análisis de fosforimager (Typhoon 9400, GE Healthcare). El gel se muestra en la Figura 8, y los resultados se muestran en la Tabla 12 a continuación como las proporciones de la transcripción omitida (A678) del exón 6 y la transcripción omitida (A78) del exón 6, 7 y 8. Los resultados a continuación ilustran que muchos ASO indujeron la omisión del exón 6 de CLN3.

Tabla 12: Omisión de CLN3 Exón 6 en fibroblastos de pacientes

Ejemplo 11: Inducción de oligonucleótidos antisentido de omisión de CLN3 humano Exón 9 in vitro

Los oligonucleótidos antisentido complementarios al exón 9 y/o los intrones que flanquean al exón 9 del transcrito de pre-ARNm de CLN3 humano se sintetizaron y probaron su capacidad para modular el empalme de CLN3 por omisión del exón 9. Los oligonucleótidos se modificaron uniformemente para contener 2'-MOE, y todos los enlaces internucleosídicos son enlaces de fosforotioato. Las bases de citosina son 5-metilcitosina. Los ASO se dirigen al complemento del número de acceso GENBANK NT_010393.16, truncado de los nucleótidos 28427600 a 28444620 (SEQ ID NO: 1), y las secuencias de ASO se enumeran en la Tabla 13 a continuación. Los sitios de inicio y finalización asociados con cada oligonucleótido son las posiciones 5’ y 3', respectivamente, de la porción de la SEQ ID NO:1 que es complementaria al ASO.

Para probar la capacidad de los oligonucleótidos antisentido para modular el empalme por omisión del exón 9, los fibroblastos de pacientes humanos JNCL que son homocigóticos para la deleción de CLN3A78 se transfectaron con 50 nM de un ASO usando reactivo de transfección de citofectina o se transfectaron de forma simulada. Después de 48 horas, se recogió el ARN total de las células y se usó RT-PCR para identificar los transcritos de ARNm CLN3A78 y CLN3A789. Los productos de PCR se analizaron por PAGE y se cuantificaron por análisis de fosforimager (Typhoon 9400, GE Healthcare). El gel se muestra en la Figura 9, y los resultados se muestran en la Tabla 13 a continuación como las proporciones de la transcripción omitida (A789) del exón 7, 8 y la transcripción omitida (A78) del exón 7 y 8. Los resultados a continuación ilustran que muchos ASO indujeron la omisión del exón 9 de CLN3 en mayor medida que la omisión del exón 9 observada en células simuladas transfectadas.

Tabla 13: Omisión de CLN3 Exón 9 en fibroblastos de pacientes

Ejemplo 12: Respuesta a la dosis de la inducción de oligonucleótidos antisentido de omisión de CLN3 exón humano

Los fibroblastos del paciente JNCL se transfectaron con Isis N° 688555, 688559 (ver Tabla 12), o Isis N° 688595 (ver Tabla 13) a una concentración listada en la Tabla 14 a continuación usando el reactivo de transfección de portador de Endo (Gene Tools, LLC). Después de 48 horas, se aisló el ARN total de las células y se detectó el ARNm de CLN3 como se describe en los Ejemplos 10 y 11. El gel se muestra en la Figura 10. Los resultados se muestran en la Tabla 14 a continuación y muestran que los tres ASO probados indujeron la omisión del exón de manera dependiente de la dosis, "n/a" indica que el ASO no se probó a la concentración indicada.

Tabla 14: Respuestas a la dosis de un ASO de omisión del exón 6 y un ASO de omisión del exón 9 las células del paciente

Ejemplo 13: Rendimiento en un laberinto de agua por ratones CLN3A78/A78 después del tratamiento ASO

Para probar si un ASO que induce la omisión del exón 6 alivia los síntomas de la enfermedad de Batten, CLN3A78/A78 homocigoto, CLN3 /A78 heterocigoto y ratones de tipo salvaje fueron tratados con 20 gg de Isis N° 616709 (ver Tabla 3), Isis No 527134 como control (véase el Ejemplo 8), o sin ASO (sin tratar). Los ASO se administraron mediante inyección intracerebroventricular en el día postnatal uno o dos. Dos o tres meses después de la inyección única, el rendimiento en el laberinto de agua de Morris se midió en función del tiempo que cada ratón tardó en nadar hasta una plataforma oculta. Los ratones se colocaron individualmente en una piscina circular, de 48 pulgadas de diámetro, llenada a una profundidad de 26 pulgadas con agua a 23°C. Las paredes de la piscina se hicieron opacas con pintura blanca y se colocaron en una habitación con señales prominentes de laberinto extra a 16 pulgadas del borde de la piscina. Se colocaron cuatro señales proximales únicas en la pared interior de la piscina de 8 cm de altura sobre el nivel del agua a 0, 90, 180 y 270 grados. Los ratones se colocaron en uno de los cuatro cuadrantes iniciales frente a la pared de la piscina y se les permitió nadar hasta descansar sobre una plataforma de plexiglás cuadrada de 4 pulgadas sumergida en 0,5 cm de agua, o hasta un máximo de 60 segundos. Al encontrar una plataforma, los ratones se quedaron allí durante 20 segundos antes de volver a ingresar en el siguiente punto de inicio o retirarlos de la jaula. Los ratones que no encontraron la plataforma en 60 segundos fueron guiados por el experimentador. Los ensayos se realizaron una vez en cada punto inicial del cuadrante por sesión. Los ratones se probaron durante cuatro días consecutivos con dos sesiones de cuatro ensayos cada uno por día, y se registró el tiempo para llegar a una plataforma oculta. Cada grupo de tratamiento consistió en 13-35 ratones. Los resultados para cada grupo de tratamiento se muestran en la Tabla 15 a continuación. Los resultados muestran que los ratones homocigotos CLN3A78/A78 que recibieron un oligonucleótido antisentido que induce la omisión del exón 6 se desempeñaron de manera similar a los ratones WT o heterocigotos y tuvieron un rendimiento significativamente mejor que los ratones homocigotos CLN3A78/A78 que no fueron tratados o recibieron el control ASO. En particular, las diferencias entre los ratones homocigotos CLN3A78/A78 de control y los ratones homocigotos CLN3A78/A78 tratados con ASO y los controles WT y heterocigotos fueron significativos, con valores de p <0,01 en los días 2 y 4.

Tabla 15: Tiempo para llegar a una plataforma oculta en un laberinto de agua de Morris

Claims (14)

REIVINDICACIONES

1. Un compuesto que comprende un oligonucleótido modificado que consta de 8 a 30 nucleósidos unidos y que tiene una secuencia de nucleobase que comprende una región complementaria, en donde la región complementaria comprende al menos 8 nucleobases contiguas y es 100% complementaria a una porción de igual longitud de una región diana de una transcripción CLN3, en la que:

(i) la secuencia de nucleobase del oligonucleótido es al menos 90% complementaria a una región de igual longitud del transcrito de CLN3, medida a lo largo de toda la longitud del oligonucleótido; y

(ii) el oligonucleótido modificado no comprende más de 42’-desoxinucleósidos contiguos no modificados; y

en donde el compuesto es capaz de inducir la omisión de uno o más exones de la transcripción de CLN3, para uso en el tratamiento de la enfermedad de Batten o para retrasar o prevenir la aparición de la enfermedad de Batten.

2. El compuesto para su uso de acuerdo con la reivindicación 1, en el que la región diana de la transcripción de CLN3 comprende al menos una porción del exón 6, exón 9, intrón 5, intrón 6, intrón 9 o intrón 10 de la transcripción de CLN3, y en donde opcionalmente, el compuesto es capaz de prevenir el desplazamiento del marco que da como resultado un codón de parada prematuro en el exón 9 de la transcripción de CLN3.

3. El compuesto para uso de acuerdo con la reivindicación 1 o la reivindicación 2, en el que la región complementaria del oligonucleótido modificado comprende al menos 10, al menos 12, al menos 14, al menos 15, al menos 16, al menos 17, al menos 18, al menos 19, o al menos 20 nucleobases contiguas.

4. El compuesto para uso de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 1 a 3, en el que la secuencia de nucleobase del oligonucleótido es 100% complementaria a una región de igual longitud del transcrito de CLN3, medida a lo largo de toda la longitud del oligonucleótido.

5. El compuesto para uso de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 1-4, en el que el oligonucleótido modificado comprende al menos un nucleósido modificado.

6. El compuesto para uso de acuerdo con la reivindicación 5, en el que al menos un nucleósido modificado comprende un resto de azúcar modificado.

7. El compuesto para uso de acuerdo con la reivindicación 6, en el que al menos un resto de azúcar modificado es un resto de azúcar sustituido en 2’.

8. El compuesto para uso de acuerdo con la reivindicación 7, en el que el sustituyente 2’ de al menos un resto de azúcar sustituido con 2' se selecciona entre: 2'-OMe, 2'-F y 2'-MOE.

9. El compuesto para uso de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 1 a 8, en el que el oligonucleótido modificado comprende al menos 5 nucleósidos modificados, al menos 10 nucleósidos modificados o al menos 15 nucleósidos modificados, cada uno de los cuales comprende independientemente un resto de azúcar modificado.

10. El compuesto para uso de acuerdo con la reivindicación 9, en el que cada nucleósido del oligonucleótido modificado es un nucleósido modificado, cada uno de los cuales comprende independientemente un resto de azúcar modificado.

11. El compuesto para uso de acuerdo con la reivindicación 9 o la reivindicación 10, en el que cada resto de azúcar modificado es un 2'-MOE.

12. Una composición farmacéutica que comprende un compuesto que comprende un oligonucleótido modificado que consta de 8 a 30 nucleósidos unidos y que tiene una secuencia de nucleobase que comprende una región complementaria, en donde la región complementaria comprende al menos 8 nucleobases contiguas y es 100% complementaria a una porción de igual longitud de una región diana de una transcripción CLN3, en la que:

(i) la secuencia de nucleobase del oligonucleótido es al menos 90% complementaria a una región de igual longitud del transcrito de CLN3, medida a lo largo de toda la longitud del oligonucleótido; y

(ii) el oligonucleótido modificado no comprende más de 42’ desoxinucleósidos contiguos no modificados; y

en donde el compuesto es capaz de inducir la omisión de uno o más exones de la transcripción de CLN3, y un vehículo o diluyente farmacéuticamente aceptable,

para uso en el tratamiento de la enfermedad de Batten o para retrasar o prevenir la aparición de la enfermedad de Batten.

13. La composición farmacéutica para uso de acuerdo con la reivindicación 12, en donde la composición comprende una sal farmacéuticamente aceptable del compuesto.

14. La composición farmacéutica para uso de acuerdo con la reivindicación 13, en donde la sal farmacéuticamente aceptable es una sal de sodio o potasio.