ES2781195T3 - Método para el diagnóstico de artrosis - Google Patents

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Abstract

La presente invención se relaciona con un patrón peptídico característico de sujetos que padecen artrosis y el uso de dicho patrón peptídico en el diagnóstico de dicha enfermedad.Por lo tanto, la presente invención también se relaciona con un método in vitrode diagnóstico y un kit para la puesta en práctica de dicho método.

Description

DESCRIPCIÓN
Método para el diagnóstico de artrosis
La presente invención se relaciona con un patrón de péptidos característico de sujetos que padecen artrosis para su uso en el diagnóstico de dicha enfermedad. Por lo tanto, la presente invención también se relaciona con un método in vitro de diagnóstico y el uso de un kit para la puesta en práctica de dicho método de diagnóstico. Por tanto, la invención pertenece al campo técnico del diagnóstico de enfermedades, en particular, el diagnóstico de artrosis. ESTADO DE LA TÉCNICA
La artrosis es una patología reumática que lesiona el cartílago articular. Las articulaciones son los componentes del esqueleto que nos permiten el movimiento y, por tanto, nuestra autonomía funcional, y están formadas por la unión de dos huesos a través de la cápsula articular. En el interior de las mismas existe, generalmente, un fluido llamado líquido sinovial que es producido por la membrana sinovial. Los extremos óseos que se unen para formar la articulación están recubiertos por el cartílago articular.
Cuando este cartílago articular se lesiona, se produce dolor, rigidez e incapacidad funcional. Normalmente la artrosis se localiza en la columna cervical y lumbar, y en algunas articulaciones del hombro y de los dedos de las manos, la cadera, la rodilla y la articulación del comienzo del dedo gordo del pie.
Esta enfermedad reumática no es hereditaria en el sentido de que no hay un patrón de herencia fijo como puede ser el caso de la hemofilia, pero sí tiene un componente de riesgo genético que, junto con otros factores, puede hacer que aparezca con más facilidad en los sujetos que tienen una historia familiar. En España, la artrosis afecta al 10% de la población general, representando casi la cuarta parte del total de pacientes atendidos en las consultas de los reumatólogos.
Actualmente, el diagnóstico de la artrosis se basa en la evaluación de los síntomas y en la exploración física que realiza el médico al paciente. El médico valora qué síntomas tiene el enfermo, dónde se localizan, cómo es el dolor, en qué circunstancias mejora (con el reposo) o empeora (al subir o bajar escaleras, al abrir o cerrar grifos...), etc. También interroga sobre qué otras enfermedades padece el enfermo, qué tratamientos está recibiendo, y si él o algún familiar padecen o han padecido algún tipo de enfermedad reumática, traumatismo o lesión articular previos. Las radiografías permiten confirmar el diagnóstico de artrosis, al poderse constatar en las articulaciones los cambios radiológicos típicos de los procesos artrósicos. Mediante los estudios radiológicos se puede determinar de una forma mucho más precisa la severidad de la artrosis.
Los análisis de sangre no tienen ninguna utilidad para diagnosticar la artrosis. Todos los resultados que se determinan son siempre normales, incluyendo las denominadas “pruebas reumáticas”, es decir, no llevan a pensar que dichos sujetos padecen la enfermedad. La única ventaja para llevar a cabo dichos análisis es para confirmar, con su normalidad, el diagnóstico de artrosis, descartando otras enfermedades reumáticas que sí producen algunas alteraciones en los análisis de laboratorio. Por ejemplo, en las artritis están alteradas la velocidad de sedimentación de la sangre, el factor reumatoide y otras pruebas reumáticas; en la gota, el ácido úrico está alto, etc. Hasta la actualidad, no se ha identificado ningún marcador diagnóstico en el suero o en el líquido sinovial de los pacientes que permita hacer un diagnóstico o un seguimiento de la enfermedad.
En este sentido, el documento WO2010141469A2 se refiere a un método para caracterizar el riesgo de que un sujeto desarrolle una enfermedad autoinmune y/o aloinmune, preferiblemente una neumonía idiopática (IPS) después del trasplante de tejido, y para predecir la respuesta del paciente a un tratamiento anti-TNF, mediante el uso de niveles de expresión de marcadores que incluyen apolipoproteína A-IV, Zn-alfa-2-glicoproteína, apolipoproteína A-1 y alfa-2-antiplasmina.
Además, el documento WO2008021290A2 se refiere a proteínas específicas de órganos y los polinucleótidos que las codifican, juntos los paneles de diagnóstico y pronóstico, conjuntos y agentes individuales que comprenden reactivos o sondas para detectar las proteínas o polinucleótidos específicos de órganos mencionados y métodos para identificar y usar proteínas específicas de órganos . En particular, este documento describe paneles de proteínas que se han identificado como relacionadas con órganos específicos y, además, también relacionan estos órganos con enfermedades asociadas a órganos específicos, como las proteínas relacionadas con la vejiga que podrían estar supuestamente relacionadas con el cáncer de vejiga.
Además, el documento WO2011144934A1 describe el uso de un conjunto específico de biomarcadores, tales como el factor de complemento H, ApoAI, A2AP, ApoA4, ZA2G, etc., para el diagnóstico, el seguimiento terapéutico o la predisposición a la esquizofrenia y otros trastornos psicóticos.
Además, Nishioka T. et al. (Nishioka t. et al. Proteomics Clin Appl. 2008 Jan; 2 (1): 46-54) se refiere a un análisis proteómico para la identificación de biomarcadores de proteínas (APOA1, APOA4, ZA2G y A2AP) implicados en la exacerbación del asma.
Adicionalmente, Chen YT. et al. (Chen YT. et al. J Proteomics. 2012 Jun 27; 75 (12): 3529-45) se refiere a la identificación de 63 proteínas tales como, APOA1, APOA4, ZA2G y A2AP, entre otras, en una muestra de orina aislada de un sujeto, los cuales pueden ser útil como biomarcadores de diagnóstico para el cáncer de vejiga.
Estos documentos se refieren al uso de los niveles de expresión de biomarcadores en el diagnóstico de diferentes enfermedades, pero ninguno de ellos se refiere al diagnóstico de artrosis.
No obstante, se están realizando importantes avances en el estudio de los denominados marcadores biológicos de la artrosis. Son productos que se liberan desde el cartílago articular al líquido sinovial, orina o sangre durante la síntesis y destrucción del cartílago. Algunos de ellos son productos derivados del queratán-sulfato, del condroitín sulfato, del ácido hialurónico o la proteína oligomérica de la matriz cartilaginosa (COMP). El aumento de los conocimientos sobre los marcadores bioquímicos de la artrosis permitiría un mejor diagnóstico y una intervención más temprana en el tratamiento de la enfermedad, además de facilitar el desarrollo de fármacos, iniciar las terapias mejoradas, permitir mejores opciones de medicamentos, ofrecer opciones de dosificación seguras y finalmente disminuir los costos de atención de salud. Por lo tanto, existe en el estado de la técnica la necesidad de identificar marcadores de artrosis que permitan un diagnóstico temprano de la enfermedad de una forma más sencilla, fiable y segura.
DESCRIPCIÓN DE LA INVENCIÓN
Los autores de la presente invención han descubierto que los sujetos que padecen artrosis presentan un patrón peptídico no presente en sujetos sanos, ni en sujetos que padecen otro tipo de enfermedades reumáticas, como la artritis psoriásica (APS) y la artritis reumatoide ( A r ) , lo que convierte a dicho patrón peptídico en una herramienta útil para el diagnóstico específico de la artrosis. Para obtener el mencionado patrón, los autores partieron de muestras de suero procedentes de pacientes diagnosticados con artrosis y sobre el mismo llevaron a cabo una depleción química con ditiotrietol (DTT) y acetonitrilo (ACN), para después digerir las proteínas con tripsina acelerada con ultrasonidos. A continuación, los péptidos resultantes fueron retenidos en una punta comercial C18 y eluídos con diferentes cantidades de ACN. Finalmente, cada fracción de elución se analizó por quintuplicado mediante espectrometría de masas MALDI-TOF/TOF (Ejemplo 1), obteniendo las masas de los péptidos característicos del patrón peptídico presentes en sujetos que padecen artrosis. La posterior validación del patrón peptídico obtenido (Ejemplo 2), confirmó la utilidad de este patrón en el diagnóstico de la artrosis.
A continuación, se describen los diferentes aspectos inventivos desarrollados por los inventores.
En un primer aspecto, la presente invención se refiere al uso simultáneo in vitro del nivel y/o cantidad de expresión de los péptidos con las secuencias SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10 y SEQ ID NO: 11, como un marcador para el diagnóstico de artrosis en una muestra biológica aislada de un sujeto.
En una realización preferida, el uso in vitro simultáneo además comprende el nivel de expresión y/o cantidad de al menos uno de los péptidos seleccionados de la lista que consiste en: SEQ ID NO: 12; SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO 17, SEQ ID NO 18 SEQ ID NO 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO 41, SEQ ID NO 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 64, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 68, SEQ ID NO: 70, SEQ ID NO: 74, SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 78, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 48, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO 61, SEQ ID NO: 63, SEQ ID NO: 66, SEQ ID NO: 69, SEQ ID NO: 71, SEQ ID NO: 72, SEQ ID NO: 73, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 49, SEQ ID NO: 79, o combinaciones de los mismos.
En otra realización preferida, el uso in vitro simultáneo se caracteriza porque la muestra biológica aislada es un fluido biológico, preferiblemente seleccionado del grupo que consiste en sangre, suero, plasma, líquido sinovial y orina.
En otro aspecto, la presente invención se refiere a un método in vitro para el diagnóstico de artrosis en una muestra aislada de un sujeto, que comprende:
(a) detectar simultáneamente, en la muestra biológica aislada del sujeto, el nivel de expresión y/o la cantidad de los péptidos con las secuencias SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10 y SEQ ID NO: 11, y (b) comparar el nivel de expresión y/o la cantidad obtenida en la etapa (a) con una cantidad de referencia de una muestra biológica aislada obtenida de un sujeto control sano,
en donde un nivel de expresión y/o cantidad de los péptidos significativamente mayor en la muestra biológica aislada del sujeto de la etapa (a) con respecto al nivel de expresión y/o cantidad de los péptidos en la muestra biológica aislada del sujeto control sano, es indicativo de artrosis.
En una realización preferida, el método in vitro de la invención, además comprende determinar, en la etapa (a), el nivel de expresión y/o la cantidad de al menos uno de los péptidos que se seleccionan de la lista que consiste en:
18, 25, 32, 39, 47, 54, 61, 68,
Figure imgf000004_0001
75, SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 78, SEQ ID NO: 79, o combinaciones de los mismos,
en donde un nivel de expresión y/o cantidad significativamente mayor de al menos uno de los péptidos
ID ID ID
Figure imgf000004_0002
ID
significativamente menor de al menos uno de los péptidos seleccionados de la lista que consisten en: SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 64, SEQ ID NO: 74 , o cualquier combinación de los mismos, en la muestra biológica aislada del sujeto de la etapa (a) con respecto al nivel de expresión y/o cantidad de los péptidos en la muestra biológica aislada del sujeto control sano, es indicativo de artrosis.
En otra realización preferida, el método in vitro de la invención se caracteriza porque la muestra biológica aislada es un fluido biológico, preferiblemente seleccionado del grupo que consiste en sangre, suero, plasma, líquido sinovial y orina.
En otra realización preferida del método in vitro de la invención, se caracteriza porque la detección de los niveles de expresión y/o la cantidad de los péptidos se realiza mediante espectrometría de masas, ELISA, array, microarrays, citometría de flujo, espectrometría de masas, cromatografía de gases-espectrometría de masas o cromatografía de líquidos-espectrometría de masas.
En otro aspecto, la presente invención también se refiere al uso de un kit para el diagnóstico in vitro de artrosis en una muestra biológica aislada de un sujeto, en el que el kit comprende anticuerpos específicos contra los péptidos con las secuencias SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10 y SEQ ID NO: 11, u oligonucleótidos específicos capaces de hibridarse con la secuencia de nucleótidos que codifica los péptidos con las secuencias SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10 y SEQ ID NO: 11.
En una realización preferida, el uso del kit de la invención además comprende al menos un anticuerpo especifico contra al menos uno de los péptidos con las secuencias SEQ ID NO: 12; SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 64, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 68, SEQ ID NO: 70, SEQ ID NO: 74, SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 78, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 48, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO: 61, SEQ ID NO: 63, SEQ ID NO: 66, SEQ ID NO: 69, SEQ ID NO: 71, SEQ ID NO: 72, SEQ ID NO: 73, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 49, SEQ ID NO: 79, o combinaciones de los mismos, o al menos un oligonucleótido específico capaz de hibridarse con la secuencia de nucleótidos que codifica al menos uno de los péptidos con las secuencias SEQ ID NO: 12; SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 64, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 68, SEQ ID NO: 70, SEQ ID NO: 74, SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 78, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO 31, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 48, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO 61, SEQ ID NO: 63, SEQ ID NO: 66, SEQ ID NO: 69, SEQ ID NO 71, SEQ ID NO: 72, SEQ ID NO: 73, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 49, SEQ ID NO: 79, o combinaciones de los mismos.
En otra realización preferida, el uso del kit de la invención se caracteriza porque la muestra biológica aislada es un fluido biológico, preferiblemente seleccionado del grupo que consiste en sangre, suero, plasma, fluido sinovial y orina.
Resumen de otros aspectos de la invención.
Los autores de la presente invención han descubierto que pacientes con artrosis presentan un patrón peptídico característico el cuál no está presente ni en sujetos con enfermedades reumatoides distintas de la artrosis (como artritis psoriásica o artritis reumatoide) ni en sujetos sanos.
Por lo tanto, en un aspecto, la invención se relaciona con un patrón peptídico, de aquí en adelante, patrón peptídico de la invención, que comprende los siguientes péptidos: SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10 y SEQ ID NO: 11. En la presente invención se entiende por “patrón peptídico”, al conjunto o grupo de péptidos que están presentes en una muestra biológica de un sujeto y que es característico de su estado fisiológico. En el contexto de la presente invención, el patrón peptídico aquí descrito es característico de sujetos que padecen artrosis.
En la presente invención se entiende por “péptido” a la molécula formada por la unión de varios aminoácidos mediante enlaces peptídicos y que presentan, aproximadamente, entre 2 y 100 aminoácidos. Orientativamente, si el péptido comprende entre aproximadamente 2 y 15 aminoácidos se denomina oligopéptido, y si comprende entre aproximadamente 16 y 100 aminoácidos se denomina polipéptido.
Tal como se muestra en los ejemplos incluidos en la presente descripción, el patrón peptídico de la invención ha sido obtenido mediante espectrometría de masas MALDI-TOF/TOF, por lo que los péptidos de la invención, además de estar caracterizados por su secuencia específica de aminoácidos, también están caracterizados por su valor masa/carga y su peso molecular [ver Tabla 1], los cuáles son parámetros estándar de este tipo de técnica.
Tabla 1. Valores masa/carga y peso molecular obtenidos por espectrometría de masas para cada péptido comprendido dentro del patrón peptídico de la invención. En la Tabla 1 se muestra también la secuencia peptídica de los péptidos que comprenden el patrón de la invención.
Figure imgf000005_0001
En un aspecto particular, el patrón peptídico de la invención comprende, además, al menos un péptido seleccionado del grupo que consiste en los péptidos que se muestran en la Tabla 2, que están caracterizados tanto por su secuencia específica de aminoácidos, como por su valor masa/carga y su peso molecular.
Tabla 2. Secuencias y valores masa/carga y peso molecular obtenidos por espectrometría de masas para cada péptido adicional que puede usarse en combinación con el patrón peptídico de la invención.
Figure imgf000006_0001
Figure imgf000007_0002
En otro aspecto más particular, el patrón peptídico de la invención comprende, además, al menos un péptido seleccionado del grupo que consiste en los péptidos que se muestran en la Tabla 3, que están caracterizados tanto por su secuencia específica de aminoácidos, como por su valor masa/carga y su peso molecular. Los péptidos mostrados en la Tabla 3 pueden usarse en combinación con el patrón peptídico de la invención para diferenciar entre sujetos artrósicos y sujetos normales. En otro aspecto más preferido, los sujetos artrósicos muestran una presencia incrementada de los péptidos mostrados en la Tabla 3 respecto a los sujetos control sanos.
Tabla 3. Secuencias y valores masa/carga y peso molecular obtenidos por espectrometría de masas para cada péptido adicional que puede usarse en combinación con el patrón peptídico de la invención para diferenciar entre sujetos artrósicos y sujetos normales.
Figure imgf000007_0001
Figure imgf000008_0001
En otro aspecto más preferido, el patrón peptídico de la invención comprende, además, al menos un péptido seleccionado del grupo que consiste en los péptidos que se muestran en la Tabla 4, que están caracterizados tanto por su secuencia específica de aminoácidos, como por su valor masa/carga y su peso molecular. Los péptidos mostrados en la Tabla 4 pueden usarse en combinación con el patrón peptídico de la invención para diferenciar entre sujetos artrósicos y sujetos normales. En otro aspecto preferido, los sujetos artrósicos muestran una presencia disminuida de los péptidos mostrados en la Tabla 4 respecto a los sujetos control sanos.
Tabla 4. Secuencias y valores masa/carga y peso molecular obtenidos por espectrometría de masas para cada péptido adicional que puede usarse en combinación con el patrón peptídico de la invención para diferenciar entre sujetos artrósicos y sujetos normales.
Figure imgf000008_0002
Figure imgf000009_0001
En otro aspecto particular, el patrón peptídico de la invención comprende, además, al menos un péptido seleccionado del grupo que consiste en los péptidos que se muestran en la Tabla 5, que están caracterizados tanto por su secuencia específica de aminoácidos, como por su valor masa/carga y su peso molecular. Los péptidos mostrados en la Tabla 5 pueden usarse en combinación con el patrón peptídico de la invención para diferenciar entre sujetos artrósicos de sujetos que padecen artritis reumatoide.
Tabla 5. Secuencias y valores masa/carga y peso molecular obtenidos por espectrometría de masas para cada péptido adicional que puede usarse en combinación con el patrón peptídico de la invención para diferenciar entre sujetos artrósicos de sujetos que padecen artritis reumatoide.
Figure imgf000009_0002
En otro aspecto particular, el patrón peptídico de la invención comprende, además, al menos un péptido seleccionado del grupo que consiste en los péptidos que se muestran en la Tabla 6, que están caracterizados tanto por su secuencia específica de aminoácidos, como por su valor masa/carga y su peso molecular. Los péptidos mostrados en la Tabla 6 pueden usarse en combinación con el patrón peptídico de la invención para diferenciar entre sujetos artrósicos de sujetos que padecen artritis psoriásica.
Tabla 6. Secuencias y valores masa/carga y peso molecular obtenidos por espectrometría de masas para cada péptido adicional que puede usarse en combinación con el patrón peptídico de la invención para diferenciar entre sujetos artrósicos de sujetos que padecen artritis psoriásica.
Figure imgf000010_0001
Los métodos y técnicas para obtener patrones peptídicos a partir de una muestra son ampliamente conocidos en el estado de la técnica, y serán explicados en detalle en la descripción del método de diagnóstico de la invención. En otro aspecto, la invención también se relaciona con el uso del patrón peptídico de la invención como marcador de diagnóstico de artrosis en un sujeto.
Así, otro de los objetos descritos en la presente invención se refiere al uso in vitro simultáneo del nivel de expresión de los péptidos de SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6 SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10 y SEQ ID NO: 11, como marcador para la obtención de datos útiles para el diagnóstico y clasificación de enfermedades reumáticas en un individuo.
En un aspecto preferido, el uso in vitro del patrón peptídico de la invención se caracteriza por que comprende además la determinación del nivel de expresión de al menos uno de los péptidos seleccionados de la lista que consiste en: SEQ ID NO: 12; SEQ ID NO:13 , SEQ ID NO:14 SEQ ID NO 15 SEQ ID NO 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19 SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO 21 SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO 38, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 51 SEQ ID NO 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO 62, SEQ ID NO: 64, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 68, SEQ ID NO: 70, SEQ ID NO: 74, SEQ ID NO 75, SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 78, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO 48, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO: 61, SEQ ID NO: 63, SEQ ID NO: 66, SEQ ID NO: 69, SEQ ID NO 71 SEQ ID NO: 72, SEQ ID NO: 73, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 49, SEQ ID NO: 79, o combinaciones de los mismos.
En otro aspecto preferido, el uso in vitro del patrón peptídico de la invención se caracteriza por que las enfermedades reumáticas se seleccionan de entre cualquiera de las siguientes: artrosis, artritis reumatoide y artritis psoriásica.
Otro de los aspectos descritos en la presente invención se refiere a un método de obtención de datos útiles, de ahora en adelante lo denominaremos primer método de la invención, para el diagnóstico y clasificación de enfermedades reumáticas que comprende:
(a) obtener una muestra biológica aislada de un individuo,
(b) detectar simultáneamente, en la muestra biológica aislada de (a), el nivel de expresión de los péptidos de SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6 SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10 y SEQ ID NO: 11.
En un aspecto preferido, el primer método de la invención, comprende además determinar en la etapa (b) el nivel de expresión y/o la cantidad de al menos uno de los péptidos seleccionados de la lista que consiste en: SEQ ID NO: 12; SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19 SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21 SEQ ID NO 24, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 34 SEQ ID NO: 36 SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO 40, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 50 SEQ ID NO: 51 SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57 SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO 64, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 68, SEQ ID NO: 70 SEQ ID NO: 74 SEQ ID NO: 75 SEQ ID NO: 76 SEQ ID NO: 77 SEQ ID NO: 78 SEQ ID NO: 22 SEQ ID NO:23 SEQ ID NO:26, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46 SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 48, SEQ ID NO 58, SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO: 61, SEQ ID NO: 63, SEQ ID NO: 66 SEQ ID NO: 69, SEQ ID NO: 71 SEQ ID NO 72, SEQ ID NO: 73, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 29 SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 49, SEQ ID NO: 79, o combinaciones de los mismos.
En otro aspecto preferido, el primer método de la invención se caracteriza porque las enfermedades reumáticas se seleccionan de entre cualquiera de las siguientes: artrosis, artritis reumatoide y artritis psoriásica.
Otro aspecto descrito en la presente invención se refiere a un método de diagnóstico y clasificación de enfermedades artrósicas, a partir de aquí se le denominará segundo método de la invención, que comprende las etapas (a) y (b) según el primer método de la invención, y que además comprende:
(c) comparar las cantidades obtenidas en la etapa (b) para los péptidos de SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6 SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 64, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 68, SEQ ID NO: 70, SEQ ID NO: 74, SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 77 y SEQ ID NO: 78, con una cantidad de referencia procedente de una muestra obtenida de un individuo control sano, y
(d) asignar al individuo de la etapa (a) al grupo de individuos que padece artrosis cuando presenta:
(i) un nivel de expresión y/o una cantidad significativamente superior de los péptidos de SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6 SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 68, SEQ ID NO: 70, SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 77 y SEQ ID NO: 78, detectados en (b), o (ii) un nivel de expresión y/o una cantidad significativamente superior de los péptidos de SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6 SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, y un nivel de expresión y/o una cantidad significativamente inferior de los péptidos de SEQ ID NO: 12, s Eq ID NO: 34, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 64 y SEQ ID NO: 74, detectados en (b); o
(iii) un nivel de expresión y/o una cantidad significativamente superior de los péptidos de SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6 SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 68, SEQ ID NO: 70, SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 78, y un nivel de expresión y/o una cantidad significativamente inferior de los péptidos de SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 64 y SEQ ID NO: 74, detectados en (b),
en relación al nivel de expresión y/o a la cantidad de los mismos péptidos detectados en una muestra de referencia obtenida de un individuo control sano.
Otro objeto de la presente invención se refiere a un método de diagnóstico y clasificación de enfermedades artrósicas, a partir de aquí tercer método de la invención, que comprende las etapas (a) y (b) según el primer método de la invención y que además comprende:
(c) comparar las cantidades obtenidas en la etapa (b) para los péptidos de SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6 SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 64 y SEQ ID NO: 74, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48, SEQ ID NO:58, SEQ ID NO:61, SEQ ID NO: 63, SEQ ID NO:66, SEQ ID NO:71, SEQ ID NO:72 y SEQ ID NO:73, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 59 y SEQ ID NO: 69, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 68, SEQ ID NO: 70, SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 77 y SEQ ID NO: 78, con una cantidad de referencia procedente de una muestra obtenida de un individuo que padece artrosis, y
(d) asignar al individuo de la etapa (a) al grupo de individuos que padece artritis reumatoide cuando presentan:
(i) un nivel de expresión y/o una cantidad significativamente superior de los péptidos de SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6 SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48, SEQ ID NO:58, SEQ ID NO:61, SEQ ID NO: 63, SEQ ID NO:66, SEQ ID NO:71, SEQ ID NO:72 y SEQ ID NO:73, , detectados en (b); o
(ii) un nivel de expresión y/o una cantidad significativamente superior de los péptidos de SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6 SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, y un nivel de expresión y/o una cantidad significativamente disminuida de los péptidos de SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 59 y SEQ ID NO: 69, , detectados en (b); o
(iii) un nivel de expresión y/o una cantidad significativamente superior de los péptidos de la etapa (i), y de los péptidos de SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 68, SEQ ID NO: 70, SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 77 y SEQ ID NO: 78, detectados en (b); o
(iv) un nivel de expresión y/o una cantidad significativamente superior de los péptidos de la etapa (i), y un nivel de expresión y/o una cantidad significativamente disminuida de los péptidos de SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 64 y SEQ ID NO: 74, detectados en (b); o
(v) un nivel de expresión y/o una cantidad significativamente superior de los péptidos de la etapa (iii), y un nivel de expresión y/o una cantidad significativamente disminuida de los péptidos de SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 64 y SEQ ID NO: 74, detectados en (b); o
(vi) un nivel de expresión y/o una cantidad significativamente superior de los péptidos de SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6 SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 68, SEQ ID NO: 70, SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 77 y SEQ ID NO: 78, y un nivel de expresión y/o una cantidad significativamente disminuida de los péptidos de SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 59 y SEQ ID NO: 69, detectados en (b); o
(vii) un nivel de expresión y/o una cantidad significativamente superior de los péptidos de SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6 SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, y un nivel de expresión y/o una cantidad significativamente disminuida de los péptidos de SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 64 y SEQ ID NO: 74,SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 59 y SEQ ID NO:
69, detectados en (b); o
(viii) un nivel de expresión y/o una cantidad significativamente superior de los péptidos de SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6 SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 68, SEQ ID NO: 70, SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 77 y SEQ ID NO: 78, y un nivel de expresión y/o una cantidad significativamente disminuida de los péptidos de SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 64 y SEQ ID NO: 74,SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 59 y SEQ ID NO: 69,
en relación al nivel de expresión y/o a la cantidad de los mismos péptidos detectados en una muestra de referencia obtenida de un individuo que padece artrosis.
Otro aspecto descrito en la presente invención se refiere a un método de diagnóstico y clasificación de enfermedades artrósicas, a partir de aquí lo denominaremos cuarto método de la invención, que comprende las etapas (a) y (b) según el primer método de la invención, y que además comprende:
(c) comparar las cantidades obtenidas en la etapa (b) para los péptidos de SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6 SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 48, SEQ ID NO: 49, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO: 66 y SEQ ID NO: 79, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 59 y SEQ
ID NO: 69, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO:
18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 68, SEQ ID NO: 70, SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 77 y SEQ ID NO: 78, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO:
60, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 64 y SEQ ID NO: 74, con una cantidad de referencia procedente de una muestra obtenida de un individuo que padece artrosis, y
d) asignar al individuo de la etapa (a) al grupo de individuos que padece artritis psoriásica cuando presenta:
(i) un nivel de expresión y/o una cantidad significativamente superior de los péptidos de SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6 SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 48, SEQ ID NO: 49, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO: 66 y SEQ ID NO: 79, detectados en (b); o
(ii) un nivel de expresión y/o una cantidad significativamente superior de los péptidos de SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6 SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, y un nivel de expresión y/o una cantidad significativamente disminuida de los péptidos de SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 59 y SEQ ID NO: 69, detectados en (b); o
(iii) un nivel de expresión y/o una cantidad significativamente superior de los péptidos de la etapa
(i) y de los péptidos de SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 68, SEQ ID NO: 70, SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 77 y SEQ ID NO: 78, detectados en (b); o
(iv) un nivel de expresión y/o una cantidad significativamente superior de los péptidos de la etapa
(i), y un nivel de expresión y/o una cantidad significativamente disminuida de los péptidos de SEQ ID NO:
12, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 64 y SEQ ID NO: 74, detectados en (b); o
(v) un nivel de expresión y/o una cantidad significativamente superior de los péptidos de la etapa
(iii), y un nivel de expresión y/o una cantidad significativamente disminuida de los péptidos de SEQ ID NO:
12, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 64 y SEQ ID NO: 74, detectados en (b); o
(vi) un nivel de expresión y/o una cantidad significativamente superior de los péptidos de SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6 SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 68, SEQ ID NO: 70, SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 77 y SEQ ID NO: 78, y un nivel de expresión y/o una cantidad significativamente disminuida de los péptidos de SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 29, S e Q ID NO: 30, SEQ ID NO: 59 y SEQ ID NO: 69, detectados en (b); o
(vii) un nivel de expresión y/o una cantidad significativamente superior de los péptidos de SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6 SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, y un nivel de expresión y/o una cantidad significativamente disminuida de los péptidos de SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 64 y SEQ ID NO: 74, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 59 y SEQ ID NO: 69, detectados en (b); o
(viii) un nivel de expresión y/o una cantidad significativamente superior de los péptidos de SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6 SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 68, SEQ ID NO: 70, SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 77 y SEQ ID NO: 78, y un nivel de expresión y/o una cantidad significativamente disminuida de los péptidos de SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 64 y SEQ ID NO: 74, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 59 y SEQ ID NO: 69, detectados en (b);
en relación al nivel de expresión y/o a la cantidad de los mismos péptidos detectados en una muestra de referencia procedente de un grupo de individuos que padecen artrosis.
La cantidad de referencia se obtiene a partir de los valores de expresión y/o cantidad constitutiva del/los péptidos descritos en la presente invención, en un grupo de sujetos o individuos sanos o, preferentemente, que no presentan enfermedad artrósica, o en un grupo de individuos que presentan enfermedad artrósica, según se describa para cada uno de los métodos descritos previamente, y a lo largo del presente documento. La muestra de referencia puede ser analizada, por ejemplo, simultánea o consecutivamente, junto con la muestra biológica problema. La comparación descrita en los métodos de la presente invención o de la presente descripción puede ser realizada manualmente o asistida por ordenador.
En un aspecto más preferido de todos los métodos descritos en el presente documento, estos se caracterizan por que las etapas (b) y/o (c), pueden ser total o parcialmente automatizadas, por ejemplo, por medio de un equipo robótico sensor para la detección de la cantidad en el paso (b) o la comparación computerizada en el paso (c).
En otro aspecto más preferido de todos los métodos descritos en el presente documento, estos se caracterizan por que la muestra es un fluido biológico.
En la presente invención se entiende por “diagnóstico” al procedimiento por el cual se identifica una determinada enfermedad, entidad nosológica, síndrome, o cualquier condición de salud-enfermedad, mediante el análisis de una serie de parámetros clínicos o síntomas característicos de dicha enfermedad, y que la distinguen de otras enfermedades con cuadros clínicos semejantes. En la presente invención la enfermedad, entidad nosológica o síndrome a detectar es la artrosis, y los parámetros clínicos es el patrón peptídico de la invención.
En la presente invención, se entiende por enfermedad reumática a aquellos trastornos que por lo general afectan al aparato locomotor y musculo-esquelético, preferentemente a las articulaciones, los tendones, los ligamentos, los huesos y los músculos. A efectos de la presente invención las enfermedades reumáticas se seleccionan de entre cualquiera de las siguientes: artrosis, artritis reumatoide y artritis psoriásica.
A efectos de la presente invención el término “artrosis” o “osteoartritis” se refiere a una enfermedad articular crónica ocasionada por el deterioro del cartílago hialino e hiperreactividad osteoblástica del hueso subcondral. En la presente invención los términos “artrosis” y “osteoartritis” son equivalentes y pueden emplearse indistintamente a lo largo de la misma. Como sabe el experto en la materia, la artrosis puede clasificarse en artrosis idiopática y en artrosis secundaria (Modificada de Altman RC, Semin Arthritis Rheum 1991; 20:40-47). La artrosis idiopática (se desconoce el origen de la enfermedad) puede ser, localizada, por ejemplo, en manos, pies, caderas, columna, etc., o generalizada, en la que están afectadas tres o más áreas articulares, tales como las articulaciones pequeñas y la columna, las articulaciones grandes y columna, o mixta, que es una combinación de las anteriores. La artrosis secundaria se clasifica en enfermedades congénitas o del desarrollo (entre las que se incluyen, sin limitar a, la enfermedad de Gaucher, la enfermedad de legg-calve, displasias óseas, etc.), enfermedades por depósito de calcio (entre las que se incluyen sin limitar artropatía por hidroxiapatita, artropatía destructiva y depósito de pirofosfato cálcico), en enfermedades postraumáticas, en enfermedades del hueso y articulares (entre las que se incluyen, sin limitar a necrosis avascular, artritis reumatoide, artritis gotosa, artritis séptica, enfermedad de Paget, osteopetrosis, osteocondritis), y enfermedades varias que tienen su origen en la artritis (entre las que se incluyen, sin limitar a, articulación de Charcot, diabetes mellitus, acromegalia, hipotiroidismo, hiperparatiroidismo, enfermedad de Kashin-Beck, enfermedad de Caisson, etc.). Por otro lado, la artrosis también puede clasificarse utilizando la escala KELLGREN Y LAWRENCE (K/L) radiológica, que clasifica a la artrosis en 5 grados radiológicos: Grado 0, I, II, III, y IV.
Cualquiera de las enfermedades incluidas dentro de la clasificación de enfermedadesartrósicas, incluyendo la artrosis, artritis reumatoide y artritis psoriásica, puede ser diagnosticada y clasificada mediante el empleo del patrón peptídico de la invención.
A efectos de la presente invención, el término “artritis reumatoide (AR)” se refiere a una enfermedad inflamatoria de etiología desconocida que se caracteriza por la afectación de las articulaciones diartrodiales y por el desarrollo de una sinovitis crónica que va a conducir de forma progresiva a la destrucción articular, a la incapacidad funcional y a un importante deterioro de la calidad de vida de los pacientes. Además de la afectación articular, la AR se va a caracterizar también por un proceso inflamatorio sistémico mantenido y por la posibilidad de desarrollar manifestaciones extra-articulares graves que a menudo van a condicionar el pronóstico de la enfermedad.
A efectos de la presente invención, el término “artritis psoriásica (APS)” se refiere a una enfermedad de las articulaciones que se presenta en algunos enfermos (aproximadamente un 10%) que padecen psoriasis en la piel, lo que le confiere unas características peculiares en cuanto a evolución y pronóstico. La lesión articular es inflamatoria, es decir, con dolor, hinchazón, calor, dificultad de movimiento de la articulación inflamada y a la larga posibilidad de deformación. Es una enfermedad crónica, que evoluciona irregularmente a lo largo de la vida, con épocas de inactividad y épocas de inflamación y dolor.
En la presente invención se entiende por “sujeto” o “individuo” a cualquier animal, preferiblemente un mamífero, más preferiblemente un primate, en particular, un ser humano, de cualquier raza, sexo, edad o condición física. No obstante, en un aspecto particular, el sujeto es una mujer, más en particular, es una mujer con una edad superior a 50 años.
La puesta en práctica de los métodos de la invención aquí descritos comprende determinar el nivel de expresión y/o la concentración o cantidad de los péptidos de la invención, preferentemente, comprende determinar la presencia o ausencia de los péptidos que comprenden el patrón peptídico de la invención en una muestra biológica procedente de dicho sujeto o individuo.
En la presente invención se entiende por “muestra biológica” a cualquier material de origen animal, en particular, humano, que incluye excretas (heces y orina), secreciones (genitales, respiratorias,...), sangre o sus componentes, tejidos y fluidos orgánicos (biopsias, líquidos: cefalorraquídeo, sinovial, articular, ascítico,...), etc. En un aspecto particular de los métodos de la invención, la muestra procedente del sujeto es un fluido biológico que, en otro aspecto todavía más particular, se selecciona del grupo que consiste en sangre, suero, plasma, líquido sinovial y orina, más preferentemente, suero, plasma y líquido sinovial.
Una vez que se ha obtenido la muestra biológica del sujeto, ésta debe ser procesada para obtener los péptidos descritos en la presente invención. Así, la muestra biológica se puede tratar para disgregar de forma física o mecánica la estructura del tejido o la célula, liberando los componentes intracelulares en una solución acuosa u orgánica. Una vez hecho esto, las proteínas son aisladas de la muestra. Cualquiera de las técnicas que existen en el estado de la técnica para aislar proteínas puede ser empleada en la presente invención como por ejemplo, centrifugación, depleción, etc. Una vez aisladas las proteínas, se procede a la digestión de las mismas para obtener el perfil péptido de la invención.
Una vez obtenida la fracción peptídica, dependiendo de la técnica utilizada para el análisis de su expresión, se puede o no digerir la fracción proteica obtenida con tripsina, llevando a cabo la digestión enzimática de las proteínas y obteniendo péptidos. La tripsina es una enzima peptidasa, que rompe los enlaces peptídicos de las proteínas mediante hidrólisis para formar péptidos de menor tamaño y aminoácidos. La tripsina es producida en el páncreas y secretada en el duodeno (parte del intestino), donde es esencial para la digestión. El pH óptimo es 8 y la temperatura óptima es 37 °C. A efectos de la presente invención, cualquier técnica conocida y utilizada en el estado de la técnica para aislar la fracción peptídica a partir de una muestra biológica, puede ser utilizada en la presente invención.
En otro aspecto más preferido de la invención, los métodos aquí descritos se caracterizan por que la detección de los niveles de expresión y/o cantidad o concentración de los péptidos se realiza mediante técnicas ampliamente conocidas en el estado de técnica. Ejemplos de dichas técnicas incluyen, sin limitar a, espectrometría de masas, cromatografía de gases-espectrometría de masas o cromatografía líquida-espectrometría de masas, citometría de flujo, Western-blot o transferencia Western, ELISA (ensayo inmunoabsorbente ligado a enzima), RIA (radioinmunoensayo), EIA competitivo (inmunoensayo enzimático competitivo), DAS-ELISA (ELISA sandwich con doble anticuerpo) y técnicas inmunocitoquímicas e inmunohistoquímicas.
La espectrometría de masas es una técnica analítica que permite elucidar estructuras químicas, basada en la medición de la relación masa/carga de especies moleculares. Las determinaciones requieren de la generación de especies cargadas eléctricamente, lo cual se logra por diferentes metodologías como pueden ser el impacto electrónico, el bombardeo de átomos rápidos (FAB), y la generación de iones enlazados. La medición de la relación masa/carga permite conocer el peso molecular exacto de la molécula. Técnicas derivadas de la espectrometría de masas que también pueden emplearse en el contexto de la presente invención incluyen, sin limitarse a, la cromatografía de gases-espectrometría de masas (GC-MS) y cromatografía líquida-espectrometría de masas (LC-MS).
La técnica ELISA (acrónimo del inglés Enzyme-Linked ImmunoSorbent Assay, Ensayo por inmunoabsorción ligado a enzimas) es una técnica de inmunoensayo en la cual un antígeno inmovilizado se detecta mediante un anticuerpo enlazado a una enzima capaz de generar un producto detectable como cambio de color o algún otro tipo.
En la presente invención, el término “anticuerpo” es interpretado de forma amplia e incluye anticuerpos policlonales, monoclonales, multiespecíficos y fragmentos de los mismos [F(ab')2, Fab, scFv, etc.], siempre que sean capaces de reconocer al antígeno de interés, es decir, que sean capaces de unirse a los péptidos comprendidos dentro del patrón peptídico de la invención. Ejemplos de anticuerpos que pueden emplearse en el contexto de la presente invención incluyen, sin limitarse a, anticuerpos policlonales, anticuerpos monoclonales, anticuerpos recombinantes, anticuerpos quiméricos, anticuerpos humanizados, anticuerpos totalmente humanos, etc. Los anticuerpos que se emplean en estos ensayos pueden estar marcados o no. Ejemplos ilustrativos de marcadores que se pueden utilizar incluyen isótopos radiactivos, enzimas, fluoróforos, reactivos quimioluminiscentes, sustratos enzimáticos o cofactores, inhibidores enzimáticos, partículas, colorantes, etc.
La citometría de flujo es una tecnología biofísica basada en la utilización de luz láser, en la que las proteínas unidas a un anticuerpo marcado y suspendidas en un fluido, atraviesan un finísimo tubo transparente sobre el que incide un delgado rayo de luz láser, la luz transmitida y dispersada por el paso de las proteínas a través del tubo se recoge por medio de unos dispositivos de detección, permitiendo detectar y separar las proteínas unidas a los anticuerpos marcados.
La detección de la cantidad de los péptidos descritos a lo largo del presente documento puede realizarse por cualquier medio conocido en el estado de la técnica. Así, la detección de los niveles o cantidad de dichos péptidos puede llevarse a cabo de manera semi-cuantitativa o cuantitativa, permitiendo así diferenciar entre los diferentes tipos de individuos, sanos o sujetos que padecen artrosis, artritis reumatoide o astritis psoriásica. De esta manera, se puede establecer un diagnóstico diferencial en individuos afectados por las enfermedades mencionadas, que permite subclasificarlos.
La medida de la cantidad o la concentración de estos péptidos, preferiblemente de manera semi-cuantitativa o cuantitativa, puede ser llevada a cabo de manera directa o indirecta. La medida directa se refiere a la medida de la cantidad o la concentración del producto de expresión de los mismos, basada en una señal que se obtiene directamente de la expresión de dichos péptidos, y que está correlacionada directamente con el número de proteínas presentes en las muestras analizadas. Dicha señal - a la que también podemos referirnos como señal de intensidad - puede obtenerse, por ejemplo, midiendo un valor de intensidad de una propiedad química o física de dichos productos. La medida indirecta incluye la medida obtenida de un componente secundario o un sistema de medida biológica (por ejemplo la medida de respuestas celulares, ligandos, "etiquetas" o productos de reacción enzimática).
El término "cantidad", tal y como se utiliza en la descripción, se refiere pero no se limita, a la cantidad absoluta o relativa de los péptidos o de las moléculas capaces de detectarlos, así como a cualquier otro valor o parámetro relacionado con los mismos o que pueda derivarse de éstos. Dichos valores o parámetros comprenden valores de intensidad de la señal obtenidos a partir de cualquiera de las propiedades físicas o químicas de dichos productos de expresión obtenidos mediante medida directa. Adicionalmente, dichos valores o parámetros incluyen todos aquellos obtenidos mediante medida indirecta, por ejemplo, cualquiera de los sistemas de medida descritos en otra parte del presente documento.
En otro aspecto, la invención se relaciona con un kit o dispositivo, de aquí en adelante “kit de la invención”, que comprende las herramientas moleculares necesarias para detectar el nivel de expresión y/o cuantificación de los péptidos descritos en la presente invención, o cualquiera de sus combinaciones, para el diagnóstico y clasificación de enfermedades reumáticas.
En un aspecto realización más preferido, el kit de la invención comprende las herramientas moleculares necesarias para detectar el nivel de expresión y/o cuantificación de los péptidos de SEQ ID NO: 1 a 11.
En otro aspecto más preferido aún, el kit de la invención comprende además, las herramientas moleculares
necesarias para detectar el nivel de expresión y/o cuantificación de al menos uno de los péptidos de secuencias:
SEQ ID NO: 12; SEQ ID NO:14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18,
SEQ ID NO: 19, S : 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 34, : 36, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 50, : 51, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, : 60, SEQ ID NO: 61, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 64, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 66, SEQ ID NO: 67,
Figure imgf000017_0001
: 68, SEQ ID NO: 70, SEQ ID NO: 74, SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 78, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 39,
SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 48, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO: 61, SEQ ID NO: 63, SEQ ID NO: 66, SEQ ID NO: 69, SEQ ID NO: 71, SEQ ID NO: 72, SEQ ID NO: 73, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 49, SEQ ID NO: 69, SEQ ID NO: 79, o combinaciones
de los mismos.
En un aspecto más preferido del kit, dichas moléculas capaces de detectar los niveles de expresión y/o
cuantificación de los péptidos descritos en la presente invención, se seleccionan preferentemente de entre
cualquiera de los siguientes: anticuerpos específicos contra los péptidos que comprenden el patrón peptídico de la
invención o fragmentos de los mismos y oligonucleótidos capaces de hibridar con la secuencia nucleotídica que
codifica para los péptidos descritos en la presente invención.
En un aspecto preferido, dichos oligonucleótidos están diseñados a partir de una secuencia nucleotídica que codifica
para los péptidos descritos en el presente documento.
En un aspecto preferido, el kit de la invención es útil para el diagnóstico y clasificación de enfermedades reumáticas
en un sujeto o individuo, donde dichas enfermedades reumáticas se seleccionan de entre cualquiera de las
siguientes: artrosis, artritis reumatoide y artritis psoriásica.
Los términos “patrón peptídico”, “péptidos” y “anticuerpo” ya han sido descritos y explicados en la sección anterior y
son aplicables al presente aspecto inventivo.
En otro aspecto preferido, el kit de la invención comprende anticuerpos secundarios o controles positivos y/o
negativos. El kit además puede incluir, sin ningún tipo de limitación, tampones, soluciones de extracción de
proteínas, agentes para prevenir la contaminación, inhibidores de la degradación de las proteínas, etc. Por otro lado
el kit puede incluir todos los soportes y recipientes necesarios para su puesta en marcha y optimización.
Preferiblemente, el kit comprende además las instrucciones para llevar a cabo los métodos de la invención.
Por “kit” se entiende, en el contexto de la presente invención, un producto que contiene los diferentes reactivos para
poner en práctica el método de la invención, empaquetados para permitir su transporte y almacenamiento.
Materiales adecuados para el empaquetamiento de los componentes del kit incluyen, sin limitar a, cristal, plástico
(polietileno, polipropileno, policarbonato y similares), botellas, viales, papel, sobres y similares.
Adicionalmente, los kits pueden contener instrucciones para el empleo de los distintos componentes que se
encuentran en el kit. Dichas instrucciones pueden encontrarse en forma de material impreso o en forma de un
soporte electrónico capaz de almacenar instrucciones de forma que puedan ser leídas por un sujeto, tales como
medios de almacenamientos electrónicos (discos magnéticos, cintas y similares), medios ópticos (CD-ROM, DVD) y
similares. Adicional o alternativamente, los medios pueden contener direcciones de internet que proporcionen dichas
instrucciones.
Otro aspecto descrito en la presente invención se refiere al uso del kit de la invención para la obtención de datos
útiles en el diagnóstico y clasificación de enfermedades reumáticas, preferentemente, artrosis, artritis reumatoide y
artritis psoriásica, en una muestra biológica. En un aspecto más preferido, la muestra biológica es un fluido biológico,
preferentemente que se selecciona del grupo que consiste en sangre, suero, plasma, líquido sinovial y orina.
A lo largo de la descripción y las reivindicaciones la palabra "comprende" y sus variantes no pretenden excluir otras
características técnicas, aditivos, componentes o pasos. Para los expertos en la materia, otros objetos, ventajas y
características de la invención se desprenderán en parte de la descripción y en parte de la práctica de la invención.
BREVE DESCRIPCIÓN DE LAS FIGURAS
Figura 1: Diagramas de los análisis de componentes principales (PCA) realizados con los péptidos de la invención
obtenidos mediante la técnica de MALDI-TOF, para el grupo de pacientes artrósicos (gris) y para el grupo de
pacientes control (negro), en cada porcentaje de elución. Los PCAs muestran que en todas las condiciones de
extracción la clasificación de las muestras se consigue en al menos dos planos.
EJEMPLOS
Los siguientes ejemplos y figuras se proporcionan a modo de ilustración, y no se pretende que sean limitativos de la presente invención.
Ejemplo 1. MATERIAL Y MÉTODOS
1.1 Reactivos
DL-ditiotreitol (DTT >99%)
lodoacetamida (IAA >99%)
Ácido trifluoroacético (TFA >99%, para LC-MS)
Acetonitrilo (ACN, LC-MS CHROMASOLV)
Agua (LC-MS CHROMASOLV)
Bicarbonato amónico (>99 %)
Tripsina (grado de secuenciación, Roche)
NuTips large 10-200 |il, C-18 (Glygen, Columbia, EE.UU.)
a-Cyano-4-hydroxycinnamic acid puriss., para MALDI-MS (Fluka, Alemania)
Mezcla de calibración 1, 4700 Proteomics Analyzer (ABSciex, Framingham, MA, EE.UU.)
1.2. Muestras de suero
Las muestras de suero humano se obtuvieron de donantes anónimos en el Complejo Hospitalario Universitario de A Coruña, España. Todos los pacientes firmaron el consentimiento informado. El estudio fue aprobado por el comité de ética local en Galicia (España). Se escogieron 40 muestras de suero de donantes artrósicos (OA), 40 muestras de suero de donantes diagnosticados con artritis reumatoide (AR), 40 muestras de donantes diagnosticados con artritis psoriásica (APS) y 40 muestras de suero de donantes sin ninguna de las anteriores patologías, es decir, son sujetos que no presentan ningún tipo de patología reumática. Este último grupo es el grupo control (N). Se emplearon 20 sueros de cada grupo de pacientes para la búsqueda del patrón peptídico característico de cada patología. Posteriormente, se emplean los otros 20 sueros restantes de cada grupo de pacientes como muestras ciegas para comprobar la validez del patrón peptídico de la invención. Las muestras de suero se almacenaron a -80 °C hasta su procesamiento.
1.3. Depleción secuencial de proteínas en suero
La depleción de proteínas se realizó de acuerdo con el protocolo desarrollado previamente en nuestro laboratorio (Fernández-Costa et al., Proteome Sci 2012; 55). Cada uno de los sueros fueron sometidos a un protocolo de depleción secuencial que implica dos etapas de precipitación: primero con DTT y a continuación con ACN, de acuerdo con el protocolo descrito por Kay et al. (Rapid Commun Mass Spectrom, 2008, 22: 3255-60), con pequeñas modificaciones. Brevemente, 2,2 |il de DTT 500 mM se añadieron a 20 |il de suero y se agitaron en vórtex. A continuación, la muestra se incubó 1 hora hasta la formación de un precipitado blanco viscoso persistente, que se sedimentó por centrifugación a 14,000 xg durante 2 x 20 minutos. El sobrenadante se transfirió a un tubo limpio (LoBind, Eppendorf) y se deplecionó de nuevo mediante la adición de 57 % (v/v) acetonitrilo, seguido de dos ciclos de vórtex breve y 10 minutos de ultrasonidos en un baño de ultrasonidos (SONOREX, Bandelin). El precipitado de proteína formado se sedimentó por centrifugación a 14,000 xg durante 10 minutos, y el sobrenadante se transfirió a un tubo limpio LoBind y se evaporó a sequedad empleando una centrífuga de vacío.
1.4. Digestión en solución
La digestión ultrasónica en solución se realizó de acuerdo con el protocolo de digestión proteolítica ultrarrápida desarrollado previamente (HM Santos et al. J Proteome Res 2007,6:3393-9). La muestra evaporada se resuspendió en 20 |il de bicarbonato amónico 25mM (AmBi), se añadieron 10 |il de acetonitrilo y se mezcló mediante vórtex y sonicación durante 1 minuto (50% de amplitud) en baño de ultrasonidos (SONOPULS HD 2200 con accesorio BB6, Bandelin). Los residuos de cisteína de las proteínas se redujeron con 2 |il de DTT 110 mM seguido de vórtex y 1 minuto de sonicación, y a continuación se bloqueó con 2 |il de IAA 600 mM, vórtex y 1 minuto sonicación. Para inactivar la IAA se añadieron a la muestra 10 |il de DTT 110 mM. Después, la muestra se diluyó hasta un volumen final de 200 |il con AmBi 12,5 mM, y se añadió tripsina de acuerdo con un ratio 1:20 (p/p) de tripsina:proteína. La digestión se llevó a cabo en el aparato de ultrasonidos durante 5 minutos a un 50% amplitud. Finalmente, se añadieron 2 |il de ácido fórmico al 50% (v/v) para parar la reacción enzimática. El suero digerido se evaporó a sequedad en una centrífuga de vacío.
1.5. Elución secuencial mediante NuTips (separación de péptidos)
Las muestras digeridas se reconstituyeron en 30 |il de TFA al 0,1 % (v/v), y 20 |ig de digerido se cargaron en una punta de tipo NuTip C18 (large). La separación de los péptidos se realizó de acuerdo con el siguiente protocolo: Acondicionado: se aspiró y expulsó 5 veces 30 |il de una solución de ACN al 60-80% (v/v) y TFA al 0,1% (v/v), y se lavó 3 veces con TFA al 0,1%.
Unión: se aspiró y expulsó la muestra 50 veces, para permitir que los péptidos se adsorbieran al material de fase reversa empaquetado en la punta.
Elución secuencial: se aspiró y expulsó (20 veces cada uno) 30 |il de diferentes porcentajes de ACN, de baja a alta concentración de ACN. La elución secuencial se realizó con 4, 7, 10 y 14% (v/v) de ACN. Los eluidos se evaporaron a sequedad.
1.6. Análisis mediante espectrometría de masas
Las muestras evaporadas se resuspendieron en 6 |il de TFA al 0,1 % (v/v), y 1 |il de cada muestra se depositó por quintuplicado en una placa para MALDI (placa de 384 puntos recubierta de Teflón®), y se dejó secar al aire a temperatura ambiente, Posteriormente, se añadieron a las muestras secas de péptidos 1 |il de una solución de 3 mg/ml de ácido a-ciano-4-hidroxicinámico en TFA al 0,1% (v/v) y 50% (v/v) ACN, y se dejó secar de nuevo.
Las muestras se analizaron en modo de ion positivo usando un espectrómetro de masas MALDI-TOF/TOF 4800 Proteomics Analyzer (ABSciex, Framingham, MA, EE.UU.), equipado con un láser Nd:YAG (X=355 nm) y el programa 4000 Series Explorer™ (ABSciex). La calibración interna, adquisición de datos, procesamiento e interpretación se llevaron a cabo según lo recomendado por el fabricante. Todos los espectros de masas deben ser calibrados externamente empleando una mezcla de péptidos estándar (ABSciex). Los datos de masas se exportaron de acuerdo con las siguientes características: a) rango de masas: 500 - 4000 (Da); b) densidad de picos: máximo 50 picos por 200 Da; c) relación señal/ruido: mínimo 20; d) área mínima: 100; e) picos máximos/spot: 500.
El análisis del espectro de masas para cada muestra corresponde a un promedio de 1.500 disparos de láser. Los espectros de fragmentación se adquieren mediante la selección de los precursores de interés en cada mapa de masas MALDI-TOF, con un promedio de 2.000 disparos de láser por espectro. Para la fragmentación (MS/MS), todos los picos con un ratio señal/ruido (S/N)>10 se incluyeron en la búsqueda en bases de datos.
La secuenciación de péptidos se realizó mediante el software ProteinPilot™ (ABSciex), con los siguientes parámetros: (i) Versión UniProt: 2013_09, que contiene 540,958 entradas de secuencia, (ii) Taxonomía: Homo sapiens, (iii) Enzima: tripsina o sin enzima; (v) Modificaciones fijas: iodoacetamida. Sólo se informó de los péptidos identificados con al menos un 70 % de confianza.
1.7. Análisis bioinformático
Cada espectro se pre-procesó empleando los siguientes parámetros: rango de masas de 500 a 4000 Da, densidad de picos máxima: 10 picos por 200 Da, relación señal/ruido mínimo (S/N) de 10, área mínima de 100, número máximo de picos por espectro: 120. Los picos se alinearon con una tolerancia de la masa del péptido de 150 ppm y, finalmente, se creó un espectro representativo para cada muestra con aquellos picos presentes en al menos 4 de las 5 réplicas espectrales de la muestra. De cada pico sólo se tuvo en cuenta su presencia o ausencia en cada espectro, descartándose el uso de su intensidad más allá del pre-procesamiento.
Con el objetivo de identificar picos diferencialmente expresados en los distintos grupos se aplicó el test de independencia de Fisher para comparaciones entre dos grupos y el test de independencia X2 para comparaciones entre los cuatro grupos analizados. Dado que estos tests se realizaron sobre todos los picos detectados, se aplicó posteriormente la corrección False Discovery Rate (FDR) de Benjamini-Hochberg con el fin de reducir el número de falsos positivos.
Mediante el uso de Análisis de Componentes Principales (Principal Component Analysis, PCA) se analizó gráficamente la separación entre las muestras de distintas condiciones.
Por último, con el objetivo de comprobar la utilidad de los péptidos que comprenden el patrón peptídico descrito en la presente invención para su uso en el diagnóstico de artritis, se evaluó el rendimiento de clasificadores automáticos entrenados únicamente con la información de estos péptidos sobre un conjunto de muestras ciegas.
Ejemplo 2. RESULTADOS
2.1. Obtención del patrón peptídico característico de la artrosis
Para la obtención del patrón peptídico descrito en la presente invención se utilizaron 20 muestras de suero de cada uno de los grupos de pacientes incluidos en el presente estudio (OA: artrosis, AR: artritis reumatoide, APS: artritis psoriásica y N; control) y mediante las técnicas descritas en el Ejemplo 1 se detectaron los péptidos característicos de cada uno de los grupos de estudio analizados. Brevemente, primero se seleccionaron los péptidos que se detectan de forma significativa en una patología con respecto a las otras en base al valor q < 0,05 del test de Fisher corregido aplicado por parejas. Y después se seleccionaron los péptidos que se detectan de forma significativa en dos o más condiciones de acuerdo con un valor q < 0,05 del test de independencia X2 corregido, como se ha indicado anteriormente.
Mediante dicha metodología se identificaron un total de 11 péptidos que se expresaban de forma significativa en el grupo de pacientes artrósicos respecto al resto de grupos incluidos en el estudio. Este patrón peptídico específico permite distinguir las muestras de los sujetos con artrosis (OA) de las muestras de sujetos control (N), e incluso de las muestras de los sujetos que padecen otras enfermedades reumáticas, como la artritis psoriásica (APS) y la artritis reumatoide (AR).
Dicho conjunto de 11 péptidos que forman el patrón peptídico de la invención, se muestran en la Tabla 7.
Tabla 7: Masas de los péptidos característicos que comprenden el patrón peptídico para el diagnóstico de pacientes que padecen artrosis (OA). Los porcentajes indican la presencia de cada péptido en el total de las muestras analizadas para cada grupo de pacientes, APS: grupo de pacientes que padecen artritis psoriásica; AR: grupo de pacientes que padecen artritis reumatoide; N: grupo de sujetos control.
Figure imgf000020_0001
Los péptidos escogidos como característicos de artrosis aparecen significativamente más en los sueros de donantes artrósicos que en los sueros de los pacientes control o de los pacientes que padecen APS o AR.
2.2. Péptidos adicionales específicos para el diagnóstico de otras patologías como AR y APS
Además de la detección del patrón peptídico descrito en la invención, mediante los métodos descritos previamente se seleccionaron un conjunto de péptidos adicionales a los 11 péptidos que comprenden el patrón peptídico de la invención para su uso en el diagnóstico de la artrosis, para mejorar la clasificación de las muestras, preferentemente muestras de suero, de donantes artrósicos. Dichos péptidos adicionales se seleccionaron de los datos procedentes del análisis de las 80 muestras de suero analizadas. En este caso, al tratarse de comparaciones entre parejas de condiciones, los péptidos seleccionados fueron aquellos para los que se obtuvo un valor q < 0,05 para el test de Fisher corregido.
En la Tabla 8 se muestran los péptidos adicionales que pueden utilizarse junto con el patrón peptídico de la invención y que son capaces de diferenciar entre sujetos artrósicos y sujetos normales, que no padecen ninguna patología artrósica.
Tabla 8. Masas de los péptidos adicionales al patrón peptídico de la invención, útiles para clasificar y diagnosticar a pacientes que padecen artrosis (OA) de sujetos que no padecen ninguna patología artrósica. Los porcentajes indican la presencia de cada péptido en el total de las muestras analizadas para cada grupo de pacientes.
Figure imgf000020_0002
Figure imgf000021_0001
Alternativamente, en la Tabla 9 se muestran los péptidos adicionales que pueden utilizarse junto con el patrón peptídico de la invención y que también, son capaces de diferenciar entre sujetos artrósicos y sujetos normales, que no padecen ninguna patología artrósica. La diferencia entre los datos mostrados en la Tabla 8 y la Tabla 9 radica en que en la Tabla 8 los sujetos artrósicos muestran una mayor presencia de dichos péptidos, mientras que los datos mostrados en la Tabla 9 ponen de manifiesto que los sujetos artrósicos muestran una menor presencia de dichos péptidos respecto a los sujetos control, sanos.
Tabla 9. Masas de los péptidos adicionales al patrón peptídico de la invención, útiles para clasificar y diagnosticar a pacientes que padecen artrosis (OA) de sujetos que no padecen ninguna patología artrósica. Los porcentajes indican la presencia de cada péptido en el total de las muestras analizadas para cada grupo de pacientes,
Figure imgf000022_0001
En la Tabla 10 se muestran los péptidos adicionales que pueden utilizarse junto con el patrón peptídico de la invención y que son capaces de diferenciar entre sujetos artrósicos de sujetos que padecen artritis reumatoide. Es interesante destacar que, como se puede apreciar en dicha Tabla 10, los sujetos que padecen OA presentan una mayor presencia de los péptidos SEQ ID NO: 30, 59 y 69, respecto a los pacientes que padecen AR. En cambio, los sujetos artrósicos presentan una menor presencia de los péptidos SEQ iD NO: 22, 23, 26, 31, 35, 39, 45, 46, 47, 48, 58, 61,63, 66, 71, 72 y 73, respecto a los sujetos que padecen AR.
Tabla 10. Masas de los péptidos adicionales al patrón peptídico de la invención, útiles para clasificar y diagnosticar a pacientes que padecen artrosis (OA) de sujetos que padecen artritis reumatoide (AR). Los porcentajes indican la presencia de cada péptido en el total de las muestras analizadas para cada grupo de pacientes.
Figure imgf000022_0002
En la Tabla 11 se muestran los péptidos adicionales que pueden utilizarse junto con el patrón peptídico de la invención y que son capaces de diferenciar entre sujetos artrósicos de sujetos que padecen artritis psoriásica. Es interesante destacar que, como se puede apreciar en dicha Tabla 11, los sujetos que padecen OA presentan una mayor presencia de los péptidos s Eq ID NO: 25, 29, 30, 59 y 69, respecto a los pacientes que padecen APS. En cambio, los sujetos artrósicos presentan una menor presencia de los péptidos SEQ ID NO: 22, 26, 27, 31, 37, 39, 46, 47, 48, 49, 58, 66 y 79 respecto a los sujetos que padecen APS.
Tabla 11. Masas de los péptidos adicionales al patrón peptídico de la invención útiles para clasificar y diagnosticar a pacientes que padecen artrosis (OA) de sujetos que padecen artritis psoriásica (APS). Los porcentajes indican la presencia de cada péptido en el total de las muestras analizadas para cada grupo de pacientes.
Figure imgf000023_0001
2.3. Análisis de componentes principales (PCA).
Con los péptidos seleccionados en el perfil peptídico descrito en la invención obtenidos de las muestras de sueros del grupo de pacientes artrósicos y de las muestras del grupo control se realizó un análisis de componentes principales (PCA), comprobando que las muestras se separan en al menos dos planos para todas las condiciones de elución, con lo que los péptidos son capaces de diferenciar entre muestras de donantes artrósicos y sujetos control. Antes de realizar el PCA, se creó un grupo de datos único para cada porcentaje de elución (4%, 7%, 10% y 14%), con el espectro representativo de cada muestra. Los espectros de cada grupo de datos se convirtieron en vectores 1s y 0s, donde 1 significa presencia de pico y 0 significa ausencia de pico.
El análisis PCA y su visualización se realizaron usando el programa RapidMiner v5,3 (http://rapidi,com/content/view/181/190/), que configura el algoritmo PCA para reducir la dimensionalidad de los grupos de datos hasta 3 componentes principales.
Estos resultados se muestran en la Figura 1.
2.4. Comprobación del clasificador con muestras ciegas
Se comprobó la utilidad de los péptidos que comprenden el patrón peptídico descrito en la presente invención para su uso en el diagnóstico de artrosis en un grupo de pacientes del que no se conocía la patología que padecían (muestras ciegas). Las muestras de dichos pacientes (n=79) se procesaron de la misma manera que se ha descrito anteriormente en materiales y métodos.
Utilizando el conjunto de datos descrito en la sección 2.1 se evaluaron una serie de clasificadores automáticos mediante la herramienta de aprendizaje automático Weka 3.7 (http://www.cs.waikato.ac.nz/ml/weka/). Estos clasificadores fueron entrenados con las distintas combinaciones posibles de los datos de cada elución. Esta

Claims (10)

REIVINDICACIONES
1. Uso in vitro simultáneo del nivel de expresión y/o de la cantidad de los péptidos de SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6 SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10 y SEQ ID NO: 11, como un marcador para el diagnóstico de artrosis en una muestra biológica aislada de un individuo.
2. Uso in vitro según la reivindicación 1 caracterizado por que comprende además el nivel de expresión y/o cantidad de al menos uno de los péptidos seleccionados de la lista que consiste en: SEQ ID NO: 12; SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 64, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 68, SEQ ID NO: 70, SEQ ID NO: 74, SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 78, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 48, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO: 61, SEQ ID NO: 63, SEQ ID NO: 66, SEQ ID NO: 69, SEQ ID NO: 71, SEQ ID NO: 72, SEQ ID NO: 73, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 49, SEQ ID NO: 79, o combinaciones de los mismos.
3. Uso in vitro según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 2, donde la muestra biológica aislada es un fluido biológico, preferiblemente seleccionado del grupo que consiste en sangre, suero, plasma, líquido sinovial y orina.
4. Método in vitro para el diagnóstico de artrosis en una muestra aislada de un individuo que comprende:
(a) detectar simultáneamente, en la muestra biológica aislada del individuo, el nivel de expresión y/o la cantidad de los péptidos de SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6 SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10 y SEQ ID NO: 11, y,
(b) comparar el nivel de expresión y/o la cantidad obtenida en la etapa (a) con una cantidad de referencia de una muestra biológica aislada obtenida de un sujeto control sano,
en donde un nivel de expresión y/o cantidad de los péptidos significativamente mayor en la muestra biológica aislada del sujeto de la etapa (a) con respecto al nivel de expresión y/o cantidad de los péptidos en la muestra biológica aislada del sujeto control sano, es indicativo de artrosis.
5. Método según la reivindicación 4, que además comprende determinar en la etapa (a) el nivel de expresión y/o la cantidad de al menos uno de los péptidos seleccionados de la lista que consiste en: SEQ ID NO: 12; SEQ ID NO 13, SEQ ID NO 14, SEQ ID NO 15, SEQ ID NO 16, SEQ ID NO 17 SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23 SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 29 SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO 31, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 35 SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41 SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 48 SEQ ID NO: 49, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO 51, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54 SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO: 60 SEQ ID NO: 61, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 63, SEQ ID NO: 64, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 66 SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 68, SEQ ID NO: 69, SEQ ID NO: 70, SEQ ID NO 71, SEQ ID NO: 72 SEQ ID NO: 73, SEQ ID NO: 74, SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 78 SEQ ID NO: 79, o combinaciones de los mismos,
en donde un nivel de expresión y/o cantidad significativamente mayor de al menos uno de los péptidos seleccionados de la lista que consiste en: SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 68, SEQ ID NO: 70, SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 78, o cualquier combinación de los mismos, y/o un nivel de expresión y/o cantidad significativamente menor de al menos uno de los péptidos seleccionados de la lista que consisten en: SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 64, SEQ ID NO: 74, o cualquier combinación de los mismos, en la muestra biológica aislada del sujeto de la etapa (a) con respecto al nivel de expresión y/o cantidad de los péptidos en la muestra biológica aislada del sujeto control sano, es indicativo de artrosis.
6. Método in vitro según cualquiera de las reivindicaciones 4 a 5, donde la muestra biológica aislada es un fluido biológico, preferiblemente seleccionado del grupo que consiste en sangre, suero, plasma, líquido sinovial y orina.
7. Método in vitro según cualquiera de las reivindicaciones 4 a 6 donde la detección de los niveles de expresión y/o cuantificación de los péptidos se realiza mediante espectrometría de masas, ELISA, array, microarray, citometría de flujo, espectrometría de masas, cromatografía de gasesespectrometría de masas o cromatografía líquida-espectrometría de masas.
8. Uso de un kit para el diagnóstico in vitro de artrosis en una muestra biológica aislada de un individuo, en donde el kit comprende anticuerpos específicos contra los péptidos con las secuencias SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10 y SEQ ID NO: 11, u oligonucleótidos específicos capaces de hibridarse con la secuencia de nucleótidos que codifica los péptidos con las secuencias SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10 y SEQ ID NO: 11.
9. Uso del kit según la reivindicación 8 donde además comprende al menos un anticuerpo especifico contra al menos uno de los péptidos con las secuencias SEQ ID NO: 12; SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO 16, SEQ ID NO 17, SEQ ID NO 18, SEQ ID NO 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO 51, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 64, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 68, SEQ ID NO: 70, SEQ ID NO: 74, SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 78, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 48, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO 61, SEQ ID NO: 63, SEQ ID NO: 66, SEQ ID NO: 69, SEQ ID NO 71, SEQ ID NO: 72, SEQ ID NO: 73, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 49 SEQ ID NO: 79 o combinaciones de los mismos, o al menos un oligonucleótido específico capaz de hibridarse con la secuencia de nucleótidos que codifica al menos uno de los péptidos con las secuencias SEQ ID NO: 12; SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 64, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 68, SEQ ID NO: 70, SEQ ID NO: 74, SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 78, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 48, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO: 61, SEQ ID NO: 63, SEQ ID NO: 66, SEQ ID NO: 69, SEQ ID NO: 71, SEQ ID NO: 72, SEQ ID NO: 73, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 49, SEQ ID NO: 79, o combinaciones de los mismos.
10. Uso del kit según cualquiera de las reivindicaciones 8 a 9 en donde la muestra biológica aislada es un fluido biológico, preferiblemente seleccionado del grupo que consiste en sangre, suero, plasma, líquido sinovial y orina.
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Families Citing this family (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US11588287B2 (en) 2018-10-12 2023-02-21 Rai Strategic Holdings, Inc. Aerosol delivery device with improved connectivity, airflow, and aerosol paths
US20220146527A1 (en) * 2019-09-17 2022-05-12 Chang Gung University Method of creating characteristic profiles of mass spectra and identification model for analyzing and identifying features of microorganisms

Family Cites Families (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
GB9805477D0 (en) * 1998-03-13 1998-05-13 Oxford Glycosciences Limited Methods and compositions for diagnosis of rheumatoid arthritis
US20050048574A1 (en) * 2003-03-14 2005-03-03 Kantor Aaron B. Biomarkers for diagnosing rheumatoid arthritis
WO2007022248A2 (en) * 2005-08-16 2007-02-22 Sloan Kettering Institute For Cancer Research Methods of detection of cancer using peptide profiles
WO2008021290A2 (en) * 2006-08-09 2008-02-21 Homestead Clinical Corporation Organ-specific proteins and methods of their use
WO2010141469A2 (en) * 2009-06-01 2010-12-09 Case Western Reserve University Protein biomarkers and therapeutic targets for autoimmune and alloimmune diseases
GB201008340D0 (en) * 2010-05-19 2010-07-07 Cambridge Entpr Ltd Biomarkers

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