ES2541054T3

ES2541054T3 - Firmas del resultado clínico en tumores estromales gastrointestinales y método de tratamiento de tumores estromales gastrointestinales

Info

Publication number: ES2541054T3
Application number: ES11785107.1T
Authority: ES
Inventors: Frédéric Chibon; Jean-Michel Coindre; Alain Aurias
Original assignee: INST BERGONIE; Institut National de la Sante et de la Recherche Medicale INSERM; Institut Curie; Institut Bergonie; Universite de Bordeaux
Current assignee: INST BERGONIE; Institut National de la Sante et de la Recherche Medicale INSERM; Institut Curie; Institut Bergonie; Universite de Bordeaux
Priority date: 2010-10-20
Filing date: 2011-10-20
Publication date: 2015-07-15
Anticipated expiration: 2031-10-20
Also published as: WO2012052954A1; JP2014501496A; DK2630259T3; EP2630259B1; EP2630259A1; CA2811744A1; EP2630259B8; US20130288250A1

Abstract

Método para la predicción in vitro de la supervivencia y/o el pronóstico metastásico de tumores estromales gastrointestinales (GIST), caracterizado por que comprende la medición del nivel, en una muestra biológica obtenida de un paciente de GIST, de un agrupamiento de polipéptidos o polinucleótidos que consiste en Aurora cinasa A (AURKA), en el que GIST se clasifica en un grupo con alto riesgo de desarrollar metástasis en 5 años, es decir, con un riesgo de desarrollar metástasis en 5 años de más del 80 %, cuando AURKA se regula por aumento en comparación con un grupo sin ningún riesgo de desarrollar metástasis en 5 años, en el que AURKA se regula por disminución e inferior a 9,13, donde 9,13 se calcula a partir de la expresión media de AURKA de muestras tumorales estratificadas.

Description

DESCRIPCIÓN

Firmas del resultado clínico en tumores estromales gastrointestinales y método de tratamiento de tumores estromales gastrointestinales.

5

Campo técnico

La presente invención se refiere a un método para la predicción in vitro de la supervivencia y/o el pronóstico metastásico de tumores estromales gastrointestinales (GIST). Describe un kit para (i) la predicción in vitro del resultado de supervivencia de un paciente que padece GIST, (ii) y/o el desarrollo de metástasis en un paciente 10 tratado para o que padece GIST, (ii) y/o la predicción de la eficacia de un tratamiento para GIST. La presente invención también describe un método para buscar compuestos para el uso en el tratamiento de GIST, y un compuesto para su uso en el tratamiento de GIST.

Por lo tanto, la presente invención tiene utilidad en los campos médico y farmacéutico, especialmente en el campo 15 de diagnóstico.

En la descripción a continuación las referencias en entre corchetes se refieren al listado de referencias situado al final del texto.

20

Antecedentes de la Invención

Los tumores estromales gastrointestinales (GIST) son los tumores mesenquimales más frecuentes del tracto gastrointestinal y suponen aproximadamente el 25 % de los sarcomas de tejidos blandos. Se cree los GIST surgen de células intestinales de Cajal (1), o de una célula progenitora común (2). 25

La tirosina cinasa KIT o el receptor del factor derivado de plaquetas a (PDGFRA) que activa las mutaciones son eventos oncogénicos tempranos en los GIST. La mayor parte de los GIST (80 %) se caracterizan por la activación de mutaciones del receptor de tirosina cinasa KIT, mientras que un subconjunto (8 %) alberga el receptor del factor derivado de plaquetas  (mutaciones PDGFRA (3,4). Además de estas mutaciones, se producen otros cambios 30 genéticos, siendo las alteraciones más frecuencias indicadas las deleciones 14q, 22q y 1p (5). En líneas generales, la citogenética de GIST es bastante sencilla y los desequilibrios principalmente implican cromosomas completos o brazos de cromosomas. Particularmente, los perfiles moleculares y citogenéticos de GIST se correlacionan con el avance de la enfermedad. No obstante, se ha observado que los cambios son más frecuentes y más complejos en los tumores avanzados (6). Además, la base genética del pronóstico metastásico de los GIST es aún ampliamente 35 desconocida.

La gestión clínica de los GIST consiste principalmente en la resección quirúrgica con terapia dirigida de adyuvante o neo-adyuvante con mesilato de Imatinib (Gleevec, anteriormente STI571, Novartis Pharma AG) que se ha demostrado que se dirige a la señalización aberrante de KIT o PDGFRA por la activación de mutaciones (7). La 40 mayoría de los casos puede curarse únicamente mediante resección quirúrgica, pero el 20-40 % de los pacientes recaen, siendo la metástasis hepática distante la manifestación más común de la enfermedad recurrente.

Se han propuestos muchos criterios patológicos en base al sitio de tumor, el tamaño, el tipo de células, el grado de necrosis y la velocidad mitótica para predecir el pronóstico de pacientes con GIST. Se logró un consenso por el 45 National Institute of Health (NIH) en 2001 para calcular el riesgo relativo de GIST en base al tamaño del tumor y el recuento mitótico (8) y en 2006, el Armed Forces Institute of Pathology (AFIP) propuso un sistema actualizado que tiene en cuenta también una ubicación tumoral (9). Incluso si estos dos sistemas son particularmente eficientes en la determinación del riesgo metastásico de los GIST, se basan en un reflujo histopatológicco indirecto de la agresividad tumoral. Además, los valores límite para estos criterios se han determinado empíricamente conduciendo a una 50 subjetividad que es inevitable en las evaluaciones de los patólogos especializados. Por lo tanto, existe la necesidad de comprender más profundamente la biología que subyace de la agresividad de los GIST con el fin de identificar biomarcadores objetivos que mejoren la especificidad y la reproducibilidad de la predicción del pronóstico.

El desarrollo de un método independiente del investigador valido y fiable de pronóstico de GIST es esencial para la 55 adecuada gestión clínica de pacientes con GIST, especialmente en el contexto de un tratamiento adyuvante, donde muchos pacientes se exponen a imatinib mientras que únicamente una pequeña proporción se beneficiará probablemente de dicho tratamiento (19).

Para conseguir este fin, ya se ha usado el perfil genómico y de expresión pero únicamente se han notificado 60 resultados parciales y heterogéneos. A nivel genómico, se ha mostrado que el nivel de complejidad del genoma aumenta con la estadio del tumor (6, 10), pero no se ha definido ningún umbral y no se ha propuesto ninguna alteración específica excepto para las alteraciones p16INK4A cuya función en el desarrollo de la metástasis es aún controvertido (11-16). A nivel de expresión, Yamaguchi y col. han propuesto una firma de expresión génica: identificaron CD26 como un marcador de pronóstico pero únicamente en los GIST de origen gástrico. No obstante, 65 los autores concluyeron que CD26 puede no ser la causa de la progresión maligna de los GIST gástricos. Además,

esta firma se limita como se ha establecido únicamente en algunos casos (32 GIST), predice el resultado únicamente en GIST gástricos (pero no en GIST del intestino delgado) y no se ha comparado con métodos de clasificación histopatológica considerados como la "regla de oro" (17).

En los pocos análisis del perfil genómico o de expresión que usan un número más reducido de GIST que se han 5 realizado antes de este estudio, únicamente uno (35) presenta un análisis integrativo que recopila el perfil geonómico y de transcripción como se presenta aquí. Este estudio se basó en 25 pacientes y tenía el objetivo de identificar genes diana situados en las regiones alteradas descritas en los últimos 15 años. Básicamente, muchos estudios han descrito el genoma de los GIST y han demostrado que la citogenética de los GIST es bastante sencilla, que se refleja únicamente por algunas aberraciones, siendo las deleciones más frecuentes que las ganancias (6, 10, 10 11, 12, 36, 37). Todos estos estudios concluyeron que las deleciones cromosómicas 14, 22 y 1p son las aberraciones más frecuentes. También se ha mostrado que los cambios son más frecuentes en los GIST de alto riesgo y demasiado malignos GIST que en los GIST de riesgo bajo/intermedio (6, 10), pero aún no se ha identificado una fuerte asociación entre una alteración y el pronóstico, excepto las alteraciones CDKN2A como se ha analizado anteriormente. Al nivel de expresión, la mayor parte de los estudios se han establecido para mejorar la delineación 15 del diagnóstico (38, 39) o para identificar diferencias de expresión de acuerdo con un estado de mutación de KIT o PDGFRA (40-42).

La AURKA, codificada por un gen que mapea el cromosoma 20q13, es una proteína cinasa centrosomal mitótica (20). Es un oncogén bien conocido, cuya función principal en el desarrollo tumoral es el control de la segregación 20 cromosómica durante la mitosis (21). La amplificación génica y la sobreexpresión de AURKA se han descrito ampliamente en muchos tipos de cáncer (22). En particular, conforme se ha demostrado claramente que la sobreexpresión de AURKA induce anormalidades de duplicación centrosomal-distribución y aneuploidía que conducen a la transformación en células de cáncer de mama (23). Realmente, los centrosomas mantienen la estabilidad genómica a través del establecimiento del cuerpo del huso bipolar durante la división celular, asegurando 25 una segregación equivalente de cromosomas replicados a dos células hijas. La expresión de AURKA también se ha asociado a un mal diagnóstico principalmente en carcinoma mamario (24), carcinoma de colon (25, 26), neuroblastoma (27) y carcinoma de células escamosas de cabeza y cuello (28). Tomados juntos, estos datos indican que la regulación por aumento de la expresión de AURKA puede ser un evento impulsor principal en el establecimiento de la complejidad genómica que conduce a una reprogramación de la expresión génica salvaje, 30 creando las condiciones óptimas para el desarrollo de metástasis. Los inhibidores de AURKA se encuentran actualmente bajo estudio clínico (29-33).

Yamashita y col. ("Chromosomal numerical abnormality profiles of gastrointestinal stromal tumors", Japanese Journal of clinical oncology, vol. 36, N 2, 2006-02, páginas 85-92) describen el examen por medio de FISH de la anormalidad 35 cromosómica en GIST, con el fin de probar una anormalidad numérica cromosómica (CNA) como un posible predictor biológico del comportamiento biológico de los GIST. Yamashita y col. también describen que la CNA en los sitios primarios fue más extensa en los GIST con recurrencia y metástasis que en aquellos sin, especialmente en cuanto a la pérdida del cromosoma 20 y el desequilibrio genómico de la sonda BAC que contiene AURKA en 20q en los casos con metástasis. 40

El documento WO2010/068951 describe el uso de un inhibidor de AURKA y un inhibidor de Src en los ensayos sinérgicos in vitro para probar si C1368 (un inhibidor selectivo de AURKA) y dasatinib (inhibidor de Src cinasa) sinergizan para inducir la muerte celular en la línea celular de cáncer humana HCT116, que es una línea celular de cáncer colorectal (véase la pág. 3, 1. 27-28). GIST no es un cáncer en el que se pruebe la asociación entre el 45 inhibidor de AURKA y Src.

El documento WO2006/129064 indica que los inhibidores de AURKA pueden ser útiles para el tratamiento de tumores. Sin embargo, este documento no describe ningún resultado de dichos inhibidores sobre las líneas celulares de cáncer o en el paciente; D3 es únicamente putativo. 50

En vista de todos estos elementos, aún existe claramente la necesidad de nuevas herramientas que permitan predecir el pronóstico de los GIST, paliando particularmente los fallos, inconvenientes y obstáculos del estado de la técnica.

55

Descripción de la invención

Después de importantes investigaciones, el Solicitante descubrió sorprendentemente una firma de expresión génica pronóstica para el resultado clínico de GIST primarios.

60

Sorprendentemente, se ha demostrado por el Solicitante que la firma CINSARC (CINSARC para índice de complejidad en sarcoma (Complexity INdex in SARComa), una firma de pronóstico de la expresión de 67 genes relacionada con la complejidad genómica en los sarcomas, documento PCT/FR2010/000323, [55]) y/o una nueva firma de expresión de un gen predicen el pronóstico metastásico en GIST y que la combinación de cada una de estas firmas con los desequilibrios genómicos supera el método de clasificación histopatológica actual al determinar 65 el pronóstico de los pacientes. Más específicamente, estas firmas moleculares identifican "pacientes de riesgo" en

casos estratificados como de riesgo intermedio de acuerdo con la clasificación del Armed Forces Institut of Pathology.

El Solicitante logra demostrar que existe una relación positiva entre el IG (Índice Genómico) y la expresión de AURKA. 5

El Solicitante sorprendentemente consigue construir un algoritmo de decisión en base al IG y la expresión de AURKA.

Ventajosamente, la aplicación de la firma permite una terapia con imatinib más selectiva, lo que conduce a un 10 descenso de la morbilidad iantrogénica y mejores resultados para pacientes individuales.

Por consiguiente, en un primer aspecto, la invención describe un método para la predicción in vitro de la supervivencia y/o el pronóstico metastásico de tumores estromales gastrointestinales (GIST), comprendiendo el método la medición del nivel, en una muestra biológica obtenida de un paciente de GIST, de un agrupamiento de 15 polipéptidos o polinucleótidos que consiste en Aurora cinasa A (AURKA).

Método para la predicción in vitro de la supervivencia y/o el pronóstico metastásico de tumores estromales gastrointestinales (GIST), caracterizado por que comprende la medición del nivel, en una muestra biológica obtenida de un paciente de GIST, de un agrupamiento de polipéptidos o polinucleótidos que consiste en Aurora cinasa A 20 (AURKA), en el que GIST se clasifica en un grupo con alto riesgo de desarrollar metástasis en 5 años, es decir, con un riesgo de desarrollar metástasis en 5 años de más del 80 %, cuando AURKA se regula por aumento en comparación con un grupo sin ningún riesgo de desarrollar metástasis en 5 años, en el que AURKA se regula por disminución e inferior a 9,13, donde 9,13 se calcula a partir de la expresión media de AURKA de muestras tumorales estratificadas. 25

"Predicción de la supervivencia y/o pronóstico metastásico" se refiere en el presente documento a la predicción de si un paciente tiene una oportunidad de sobrevivir, o un riesgo de desarrollar metástasis tras el resultado de un GIST. La supervivencia o el desarrollo de metástasis puede calcularse a partir de la invención, GIST puede clasificarse en un grupo con alto riesgo de desarrollar metástasis en 5 años de un resultado de GIST, o en un grupo con ningún 30 riesgo de desarrollar metástasis en 5 años, o en un grupo intermedio. Más particularmente, el grupo de pacientes con alto riesgo de desarrollar metástasis en 5 años se caracteriza por un riesgo de desarrollar metástasis en 5 años de más del 80 %, cuando AURKA se regula por aumento, en comparación con un grupo sin ningún riesgo de desarrollar metástasis en 5 años cuando AURKA se regula por disminución.

35

"Muestra biológica obtenida de un paciente de GIST" se refiere en el presente documento a cualquier muestra biológica que contiene células de GIST y obtenida a partir de un paciente tratado para o que padece GIST. Por ejemplo, GIST puede ser tumores no tratados primarios.

"Polipéptido" se refiere en el presente documento a la proteína AURKA (Número de Acceso de Genbank 40 NM_198433; SEQ ID NO: 1), un fragmento de la proteína AURKA, una región de la proteína AURKA o un derivado de la proteína AURKA. Por ejemplo, el polipéptido puede ser un polipéptido que tiene al menos el 70 % de identidad de secuencia con la secuencia peptídica de la proteína AURKA, o un polipéptido que tiene al menos el 80 % de identidad de secuencia con la secuencia peptídica de la proteína AURKA, o un polipéptido que tiene al menos el 90 % de identidad de secuencia con la secuencia peptídica de la proteína AURKA. 45

"Polinucleótido" se refiere en el presente documento a cualquier polinucleótido que codifica el polipéptido como se ha definido anteriormente, o a cualquier polinucleótido que hibrida en condiciones rigurosas en un polipéptido que codifica el polipéptido como se ha definido anteriormente. El polinucleótido de la invención puede ser cualquiera de ADN o ARN, por ejemplo, la secuencia SEQ ID NO: 2. El ADN puede estar en cualquier forma de ADN genómico, un 50 biblioteca de ADN genómico, ADNc o un ADN sintético. Además, el polinucleótido de la presente invención puede ser cualquier de los amplificados directamente por un método por RT-PCR usando ARN total o una fracción de ARNm preparada a partir de un GIST. El polinucleótido de la presente invención incluye un polinucleótido que hibrida en condiciones rigurosas en un polinucleótido.

55

La medición del nivel de polipéptidos puede realizarse por cualquier técnica apropiada conocida por el experto en la técnica. Puede ser, por ejemplo, una técnica de inmunohistoquímica, en la que la expresión de la proteína se mide después de la hibridación de un anticuerpo que reconoce específicamente la proteína AURKA.

La medición del nivel de polinucleótidos puede realizarse por cualquier técnica apropiada conocida por el experto en 60 la técnica. Puede ser, por ejemplo, un método de qPCR genómica (reacción en cadena de polimerización cuantitativa), array CGH (Hibridación Genómica Comparativa) o RT-qPCR (qPCR en tiempo real) para comprobar el número de copias de ADN genómico o cuantificar la expresión del ADN genómico.

Ventajosamente, la expresión de AURKA permite predecir la supervivencia y/o el pronóstico metastásico de los 65 GIST, y no ha de medirse ninguna otra expresión génica o de proteínas. El método de la invención puede

comprender el cálculo del Índice Genómico (IG), es decir, el número y tipo de alteraciones del genoma de GIST, de acuerdo con la fórmula como se indica a continuación:

IG = A2 x C,

5

en la que A es el número de alteraciones en el genoma de GIST y C es el número de cromosomas implicados en el GIST.

"Número de alteraciones en el genoma de GIST" se refiere en el presente documento a diferentes ganancias y pérdidas numéricas y segmentarias. Por ejemplo, las alteraciones pueden implicar todos los brazos del cromosoma 10 o un cromosoma sin reordenación, o ganancias o pérdidas intra-cromosomales. Puede medirse mediante técnicas conocidas en la técnica, tal como array CGH.

"Número de cromosomas implicados en GIST" se refiere en el presente documento al número de cromosomas de células de GIST que tienen una alteración. El número de cromosomas puede medirse mediante array CGH. 15

Ventajosamente, GIST se clasifica en un grupo de supervivencia sin metástasis ni enfermedad cuando AURKA se regula por disminución y el IG es igual o inferior a 10. En este caso, la expresión de AURKA puede ser inferior a 9,13, o inferior a 9, o inferior a 8, o inferior a 7, o inferior a 6, o inferior a 5. En este caso, hay una supervivencia de 5 años, es decir, no hay metástasis o enfermedad durante 5 años después del resultado de GIST o después del fin de 20 un tratamiento. En una realización particular, GIST puede clasificarse en un grupo con bajo riesgo de desarrollar metástasis en 5 años, es decir, con un riesgo de desarrollar metástasis en 5 años comprendido entre el 0 % y el 10 %, cuando la expresión de AURKA es igual o inferior a la media de la expresión de AURKA, y el IG es igual o inferior a 10, siendo dicha media la media de la expresión/nivel de AURKA en varios GIST, por ejemplo, una serie de 50 a 70 GIST, por ejemplo 60 GIST. En este caso, no hay metástasis ni enfermedad durante 5 años. 25

Como alternativa, GIST puede clasificarse en un grupo con alto riesgo de desarrollar metástasis en 5 años, es decir, con un riesgo de desarrollar metástasis en 5 años de más del 75 %, cuando la expresión de AURKA es más de la media de la expresión de AURKA y el IG es más de 10, siendo dicha media la media de la expresión de AURKA en varios GIST, por ejemplo, en una serie de 50 a 70 GIST, por ejemplo 60 GIST. En este caso, se dan el 75 % de los 30 casos de metástasis o enfermedad durante 5 años después del resultado de GIST o después del fin de un tratamiento.

Se describe un kit para la predicción in vitro del resultado de supervivencia de un paciente que padece GIST, y/o el desarrollo de metástasis en un paciente tratado para o que padece GIST, y/o la predicción de la eficacia de un 35 tratamiento para GIST, caracterizado por que comprende medios para detectar y/o cuantificar, en una muestra, la expresión/nivel de AURKA, y medios para el cálculo del IG.

"Medios para detectar y/o la expresión/nivel de AURKA" pueden ser cualquier medio para detectar niveles de proteínas o de polinucleótidos conocidos por el experto en la técnica. Los medios pueden ser, por ejemplo, los 40 medios para realizar un análisis de inmunohistoquímica, una transferencia de western o una q-PCR.

"Medios para el cálculo del IG" se refiere en el presente documento a cualquier medio que permita el cálculo del número de alteraciones en el genoma de GIST y del número de cromosomas implicados en el GIST.

45

Se describe un método para buscar compuestos para el uso en el tratamiento de GIST, que comprende las etapas de:

a. Poner en contacto un compuesto de ensayo con una muestra biológica obtenida de un paciente que contiene células de GIST, 50

b. Medir la expresión o el nivel de AURKA,

c. Comparar dicha expresión o nivel de AURKA con la expresión de AURKA antes del contacto entre dicho compuesto de ensayo y dicha muestra,

d. Seleccionar dicho compuesto de ensayo que permita una regulación por disminución de la expresión/nivel de AURKA. 55

"Regulación por disminución" se refiere en el presente documento a cualquier disminución de la expresión o el nivel de la proteína o el polinucleótido AURKA.

El método también comprende las etapas de: 60

e. Calcular el IG,

f. Comparar dicho IG con el IG antes del contacto entre dicho compuesto de ensayo y dicha muestra,

g. Seleccionar dicho compuesto de ensayo que permita una regulación por disminución del IG a 10 o menos. 65

Se describe un inhibidor de AURKA para su uso en el tratamiento de GIST.

"Inhibidor" se refiere en el presente documento a cualquier compuesto que permita un descenso de la expresión/nivel de la proteína AURKA, o en un descenso de un efecto biológico de AURKA, cuando el inhibidor se pone en contacto con GIST. El inhibidor de AURKA puede ser PHA-739358 (29, 54), MLN8237 (30), MK-5108 (33). 5

Otro objeto de la invención es un método de tratamiento de GIST, en un sujeto que necesita el mismo, que comprende la etapa de administrar al paciente una dosis farmacéuticamente eficaz de un inhibidor como se ha definido anteriormente.

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Breve descripción de las figuras

- Figura 1: Análisis Kaplan-Meyer de la supervivencia libre de metástasis (MFS) y libre de enfermedad (DFS) de acuerdo con la estratificación CINSARC. Los centroides se han vuelto a indicar en una serie publicada previamente (Yamaguchi y col., 2008) de 32 GIST (a) y después se aplican a la presente serie de 15 60 GIST (b).

- Figura 2: Análisis Kaplan-Meyer de la supervivencia libre de metástasis (MFS) y libre de enfermedad (DFS) de acuerdo con la expresión de AURKA. AURKA se ha identificado en la presente serie de 60 GIST, esta serie se considera como (a) el "conjunto de formación" y la serie de Yamaguchi como (b) el "conjunto de validación". A1 corresponde a tumores con expresión de AURKA por debajo de la media. 20

- Figura 3: Perfiles CGH de cuatro casos que representan GIST con muy pocos reordenaciones (GIST Nº 8), GIST moderadamente reordenados (GIST Nº 49 y Nº 11) y GIST altamente reordenados (GIST Nº 38). Las alteraciones genómicas se presentan y se organizan del cromosoma 1 a 22 sobre el eje X y los valores de relación logarítmica se indican sobre el eje Y. Se indican ganancias o pérdidas significativas mediante líneas de color azul y áreas de color azul por encima o por debajo de cada perfil, respectivamente. 25

- Figura 4: Análisis Kaplan-Meyer de la supervivencia libre de metástasis (MFS) y libre de enfermedad (DFS) de acuerdo con (a) IG, (b) clasificación del AFIP, y (c) IG en el subgrupo de casos intermedios del AFIP.

- Figura 5: Análisis Kaplan-Meyer de la supervivencia libre de metástasis (MFS) y libre de enfermedad (DFS) de acuerdo tanto con el IG como la expresión de AURKA. AG1 corresponde a tumores con IG por 30 debajo de 10 y expresión de AURKA por debajo de la media. AG2 corresponde a tumores con IG sobre 10 y expresión de AURKA por encima de la media.

- Figura 6: Representación de gráfico volcán de la prueba t que compara los perfiles de expresión de GIST con o sin metástasis. El diagrama de Venn en la parte inferior indica el número de genes solapantes con la firma CINSARC. 35

- Figura 7: Gráfico de dispersión que presenta la asociación entre el Índice Genómico (IG, eje Y) y la expresión de AURKA (log2, eje X). Las líneas horizontales y verticales de color negro corresponden a un umbral del IG de 10 y a una expresión media de AURKA, respectivamente. r = Coeficiente de correlación de Pearson. Los círculos de color negro indican casos metastásicos.

- Figura 8: Histograma que presenta las 4000 sondas eliminadas con más frecuencia en casos metastásicos 40 (M) (azul). Las frecuencias correspondientes para casos no metastásicos (NM) están en rojo. Los ejes Y representan la frecuencia de deleción. Los paneles inferiores son vistas detalladas de las sondas con las mayores diferencias entre los casos M y NM.

- Figura 9: Perfil genómico del cromosoma 9 de los 18 GIST metastásicos (panel superior). Las deleciones y ganancias se indican en color verde y rojo, respectivamente; y la intensidad del color es proporcional a los 45 cambios en el número de copias. Se proporciona una vista detallada (panel inferior) para los 6 casos que presentan un locus CDKN2A dirigido a la deleción homocigótica 9p21 (verde oscuro).

- Figura 10: Valores pronósticos de la expresión de proteína del gen AURKA. Análisis Kaplan-Meyer de la supervivencia libre de metástasis (MFS) de acuerdo con la expresión de AURKA. La expresión de la proteína AURKA se ha medido después de la hibridación específica con un anticuerpo que reconoce 50 específicamente la proteína AURKA. Después, la hibridación del anticuerpo se reveló mediante un proceso cromogénico.

Ejemplos

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Ejemplo 1: Material y métodos

Muestras tumorales

Se seleccionaron sesenta y siete tumores GIST recién congelados de la base de datos de GIST Europea 60 CONTICAGIST (www.conticagist.org) que contiene datos de tejidos de GIST, incluyendo información relativa a pacientes, el tumor primario, el tratamiento, el seguimiento y la disponibilidad de muestras tumorales. Todos los GIST seleccionados eran tumores no tratados. Sus características se presentan en la tabla complementaria 1. La mayor parte de los GIST (59/67) se estudiaron tanto mediante array CGH como mediante perfil de expresión génica (una combinación de 66 mediante array CGH y 60 mediante perfil de expresión génica). 65

Aislamiento de ADN y array CGH

(Arrays Agilent (G4450A). En resumen, para cada muestra, se fragmentaron 350 ng de ADN mediante una digestión enzimática doble (AluI + RsaI) y se comprobaron con LabOnChip (Sistema Bioanalizador 2100, Agilent Technologies) antes del marcado y la hibridación. Los ADN de tumor y de control se marcaron por cebado aleatorio 5 con CY5-dUTP y CY3-dUTP, respectivamente, hibridados a 65 ºC durante 24 h y rotación a 20 rpm. Las matrices se exploraron usando un lector de micromatrices de ADN Agilent G2585CA y el análisis de imagen se hicieron usando el software Feature-Extraction V 10.1.1.1 (Agilent Technologies). La normalización se hizo usando el método modo de clasificación disponible en el software Feature-Extraction V 10.1.1, con un valor por defecto para cualquier parámetro. Los datos de proporción del número de copias brutos se transfirieron al software CGH Analytics v 4.0.76. 10 Se usó el algoritmo ADM-2 del software CGH Analytics v 4.0.76 (Agilent) para identificar anomalías en el número de copias de ADN al nivel de la sonda. Se definió una ganancia en el número de copias de bajo nivel como una relación log 2 >0,25 y se definió una pérdida en el número de copias como una relación log 2 <-0,25. Se definió una ganancia o amplificación de alto nivel como una relación log 2 >1,5 y se sospecha una deleción homocigótica cuando la relación está por debajo de -1. Para establecer los criterios de decisión para el pronóstico, las alteraciones que 15 implican más de 100 sondas se han computerizado automáticamente usando un filtro de aberración.

PCR cuantitativa genómica en tiempo real y secuenciación

Para determinar el estado del número de copias de p16, p15 y p14, se realizó PCR en tiempo real en el ADN 20 genómico usando TaqMan® Universal Master Mix (Applied Biosystems). Para normalizar los resultados, se usaron tres genes de referencia: GAPDH, ALB y RPLP0, con el fin de tener, para cada tumor, al menos dos de estos genes de referencia en un número normal de copias (array CGH). Los cebadores y la sonda usados para RPLP0 son como se indica a continuación: (F) 5'-TGGATCTGCTGGTTGTCCAA-3' (SEQ ID NO: 3); (R) 5'-CCAGTCTTGATCAGCTGCACAT-3' (SEQ ID NO: 4); (sonda) 5'-25 AGGTGTTTACTGCCCCACTATTATCTGGTTCAGA-3' (SEQ ID NO: 5). Se han descrito previamente otros cebadores y sondas usados (52). Los datos tumorales se normalizaron frente a los datos obtenidos para el ADN normal. Después, los resultados se calcularon como se ha descrito previamente (52). Un estado normal corresponde a 0,8  relación  1,2, 0,1 < relación < 0,8 se considera como una deleción hemicigótica. Cuando la relación es inferior a 0,1, la deleción se considera como homocigótica. El locus CDKN2A se ha sometido a secuenciación como 30 se ha descrito previamente ([52]) y el gen RB1 se secuenció usando ADN genómico de acuerdo con Houdayer y col. (53) o ADNc con los siguientes cebadores: (F1) 5'-TCATGTCAGAGAGAGAGCTTGG-3' (SEQ ID NO: 6), (R1) 5'-CGTGCACTCCTGTTCTGACC-3' (SEQ ID NO: 7); (F2) 5'-AATGGTTCACCTCGAACACC -3' (SEQ ID NO: 8), (R2) 5'-CTCGGTAATACAAGCGAACTCC-3' (SEQ ID NO: 9); (F3) 5'-CCTCCACACACTCCAGTTAGG-3' (SEQ ID NO: 10), (R3) 5'-TGATCAGTTGGTCCTTCTCG-3' (SEQ ID NO: 11); (F4) 5'-GCATGGCTCTCAGATTCACC-3' (SEQ ID 35 NO: 12), (R4) 5'-TCGAGGAATGTGAGGTATTGG-3' (SEQ ID NO: 13); (F5) 5'-TCTTCCTCATGCTGTTCAGG-3' (SEQ ID NO: 14), (R5) 5'-TGTACACAGTGTCCACCAAGG-3' (SEQ ID NO: 15).

Aislamiento de ARN y perfil de expresión génica mediante un ensayo de color

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Se extrajeron los ARN totales de muestras tumorales congeladas con reactivo TRIzol (Life Technologies, Inc.) y se purificaron usando el kit RNeasy® Min Elute TM Cleanup (Qiagen) de acuerdo con los procedimientos del fabricante. La calidad del ARN se comprobó en un bioanalizador Agilent 2100 (Agilent Technologies). Se usaron ARN con un número de integridad del ARN (RIN) > 6,5 para micromatriz.

45

El análisis de expresión génica s realizó usando array de oligo genoma humano 44K completo Agilent (Agilent Technologies). Esta matriz representa más de 41.000 genes humanos y transcripciones, con anotaciones de dominio público. El ARN total (500 ng) se transcribió de forma inversa en ARNc incorporando un cebador promotor T7 oligo-dT antes de la generación de ARNc fluorescente usando un kit Agilent Quick Amp Labelling (Agilent Technologies). El ARNc marcado se purificó usando un kit Qiagen RNeasy Mini (Qiagen) y se cuantificó usando un 50 instrumento NanoDrop ND-1000. En estos experimentos, los ARNc (muestra) marcado con Cy3 se hibridaron en la matriz usando un kit de hibridación de expresión génica (Agilent Technologies). La hibridación se incubó en cámaras Agilent SureHyb durante 17 horas en un horno de hibridación ajustado a 65 ºC y rotación a 10 rpm. Los portaobjetos de micromatrices se lavaron de acuerdo con las instrucciones del fabricante y después se exploraron en un lector de micromatrices de ADN Agilent G2565BA DNA y se hizo un análisis de imagen usando el software Feature-Extraction 55 V 10.1.1.1 (Agilent Technologies).

Todos los datos de micromatrices se normalizaron simultáneamente usando el algoritmo centil. La prueba t se realizó usando Genespring (Agilent Technologies) y los P-valores se ajustaron usando el procedimiento de Benjamini-Hochberg. El P-valor y el límite de cambio para la selección génica fueron 0,001 y 3, respectivamente. El 60 análisis de ontología génica se realizó para establecer el enriquecimiento estadístico en el término de GO usando Genespring (Agilent Technologies).

PCR en Tiempo Real

65

La transcripción inversa y el PCR en tiempo real se realizaron como se ha descrito anteriormente (52). Se usaron

ensayos de expresión génica TaqMan® (Applied Biosystems): Hs01582072_m1 para AURKA; Hs01078066_m1 para RB1; Hs99999905_m1 para GAPDH; Hs99999903_m1 para ACTB y Hs99999902_m1 para RPLP0. El nivel de expresión de p14 y p16 se evaluó como se ha descrito previamente (52). Con el fin de normalizar los resultados, se usaron los genes GAPDH, ACTB y RPLP0 como genes de referencia. Se realizaron triplicados para cada muestra para cada gen. Se definió un CT de referencia (ciclo umbral, Threshold Cycle) para cada muestra como el CT 5 medido medio de los tres genes de referencia. El nivel de ARNm relativo de AURKA en una muestra se definió como: CT = CT (gen de interés) -CT (media de los tres genes de referencia).

Análisis estadístico.

10

Para asignar el pronóstico, se aplicó el método centroide más cercano. Los centroides representan una media centrada de expresión para la firma de genes para cada resultado de paciente (metastásico y no metastásico). Por lo tanto, los centroides se calcularon a partir de las muestras de la cohorte 1 (17) y después cada muestra de esta serie (considerada así como un conjunto de validación) se asignó a la clase de pronóstico (centroide) con la mayor correlación de Spearman. 15

La supervivencia libre de metástasis y de enfermedad se calculó mediante el método Kaplan-Meier desde la fecha del diagnóstico inicial a la fecha de la primera metástasis, recaída, último seguimiento o muerte para pacientes con diagnóstico de metástasis. Las curvas de supervivencia se compararon con la prueba del rango logarítmico. Se realizaron cocientes de riesgo con el modelo de riesgo proporcional de Cox. Todos los análisis estadísticos se 20 realizaron usando el software R versión 2.11.11 y el paquete "supervivencia".

Ejemplo 2: Resultados

CINSARC es un factor de pronóstico significativo en GIST 25

Para evaluar el problema de si la firma publicada previamente puede tener un valor de pronóstico en los GIST, se realizó un perfil de expresión en una serie de 67 GIST (Tabla 1).

Tabla 1: Descripción de los pacientes. 30

Los porcentajes se indican entre paréntesis. nd = no determinado

Sexo

Hombre: 27 (40)

Mujer: 40 (60)

Ubicación

Estómago: 43 (64)

Intestino delgado: 12 (18)

Otro: 12 (18)

Subtipo histológico

Huso: 52 (77.5)

Epitelioide: 5 (7,5)

Mixto: 10(15)

Tamaño del tumor

2: 5 (7,5)

2-5: 25 (37)

5-10: 21 (31,5)

>10: 15 (22,5)

nd: 1 (1,5)

Índice mitótico

5: 42 (63)

>5: 25 (37)

Riesgo según el AFIP

Muy bajo: 15 (22)

Bajo: 16 (24)

Intermedio: 16 (24)

Alto: 19 (28,5)

nd: 1 (1,5)

Margen quirúrgico

R0: 46 (69)

R1: 4 (6)

nd: 17 (25)

Mutaciones

KIT: 52 (77,5)

Ex 9: 2 (3)

Ex 11: 48 (71,5)

Ex 13: 1 (1,5)

EX 17: 1 (1,5)

PDGFRA: 12 (18)

Ex 12: 2 (3)

Ex 14: 1 (1,5)

Ex 18: 9(13,5)

WT: 3 (4,5)

Eventos de recaída

Local: 7(10)

Distancia: 18 (27)

Entre ellos, se obtuvo una cantidad suficiente de ARNm para 60 casos (89,5 %). Se aplicó la firma centroide más cercana CINSARC (18) a los GIST, usando una serie publicada (17) como un conjunto de formación para reconvertir los centroides y la presente serie como el conjunto de validación. El análisis Kaplan-Meier (figura 1) reveló que en ambas series la firma CINSARC dividió los tumores en dos grupos con supervivencias libre de metástasis (MFS) y 5 libre de enfermedad (DFS) muy distintas (conjunto de validación: MFS: HR = 18,3, CI al 95 % = [2,4 - 140], P = 0,005 y DFS: HR = 19,6, CI al 95 % = [2,6 - 149,5], P = 0,004).

Cambios en la expresión génica asociados al pronóstico metastásico

10

Los resultados que se han presentado anteriormente indican que la expresión de los genes implicados en el control de la mitosis y la integridad cromosómica (CINSARC) se asocia a resultados de supervivencia en los GIST. Por lo tanto, Se cuestionó si el fenómeno recíproco era verdadero, es decir, si la expresión diferencial entre los casos metastásicos y no metastásicos puede identificar dichos genes. Para evaluar esta cuestión, se realizó una prueba t supervisada que comparaba los perfiles de expresión tumoral estratificados de acuerdo con los resultados (figura 6). 15 Entre los 297 genes diferencialmente expresados (338 sondas) (Tabla 2), 70 (86 sondas) se regularon por disminución en los casos metastásicos y 227 (252 sondas) se regularon por aumento en los casos metastásicos (FC > 3 y P < 0,001).

Tabla 2: 297 genes expresados diferencialmente entre GIST con o sin metástasis (prueba t).

Genes regulados por aumento en GIST metastásicos

Nombre de la Sonda: P-valor corregido Cambio en veces Acceso a Genbank Símbolo del gen Descripción

A_23_P71558: 9,44E-08 4,4 NM_004260 RECQL4 Proteína 4 RecQ de Homo sapiens (RECQL4), ARNm [NM_004260]

A_23_P104651: 3,83E-07 4,6 NM_080668 CDCA5 5 asociado al ciclo de división celular de Homo sapiens (CDCA5), ARNm [NM_080668]

A_23_P131866: 5,70E-07 5,2 NM_198433 AURKA Aurora cinasa A de Homo sapiens (AURKA), variante transcripcional 1, ARNm [NM_198433]

A_23_P168747: 5,91E-07 3,3 NM_017760 NCAPG2 Complejo II de condensina no SMC de Homo sapiens, subunidad G2 (NCAPG2), ARNm [NM_017760]

A_23_P333998: 5,91E-07 5,5 AF090919 POLQ ARNm PRO0327 del clon HQ0327 de Homo sapiens, cds completa. [AF090919]

A_23_P32707: 5,95E-07 5,1 M_012291 ESPL1 Cuerpos polares del huso extra de Homo sapiens, homólogo 1 (S. cerevisiae) (ESPL1), ARNm [NM_012291]

A_32_P103633: 5,95E-07 3,2 NM_004526 MCM2 2 de mantenimiento de microcromosomas MCM2 de Homo sapiens deficiente, mitotina (S. cerevisiae) (MCM2), ARNm [NM_004526]

A_23_P29330: 7,06E-07 10,5 NM_148674 SMC1 B Mantenimiento estructural de cromosomas 1 B de Homo sapiens (SMC1 B), ARNm [NM_148674]

A_24_P277576: 7,78E-07 6,5 NM_004237 TRIP13 Interactor del receptor de hormona tiroidea 13 de Homo sapiens (TRIP13), ARNm [NM_004237]

A_23_P385861: 7,78E-07 5,7 NM_152562 CDCA2 2 asociado al ciclo de división celular de Homo sapiens (CDCA2), ARNm [NM_152562]

A_23_P145657: 7,78E-07 6,8 M_012447 STAG3 Antígeno estromal 3 de Homo sapiens (STAG3), ARNm [NM_012447]

A_23_P7636: 7,78E-07 5,3 NM_004219 PTTG1 1 transformante de tumor pituitario de Homo sapiens (PTTG1), ARNm [NM_004219]

A_24_P195454: 7,78E-07 3,8 A_24_P195454 A_24_P195454

A_23_P212844: 7,78E-07 3,0 NM_006342 TACC3 Proteína 3 que contiene súper hélice ácida transformante de Homo sapiens (TACC3), ARNm [NM_006342]

A_23_P18579: 9,70E-07 5,2 NM_006607 PTTG2 2 transformarte de tumor pituitario de Homo sapiens (PTTG2), ARNm [NM_006607]

A_23_P68610: 9,70E-07 6,3 NM_012112 TPX2 Asociado a microtúbulos TPX2 de Homo sapiens, homólogo (Xenopus laevis) (TPX2), ARNm [NM_012112]

A_24_P507383: 9,70E-07 10,6 THC2705254 THC2705254 ALU2_HUMAN (P39189) Entrada de advertencia de contaminación de la secuencia de la subfamilia SB de Alu, parcial (13 %) [THC2705254]

A_23_P74349: 1,09E-06 4,7 NM_145697 NUF2 Homo sapiens NUF2, componente del complejo de cinetocoro NDC80, homólogo (S. cerevisiae) (NUF2), variante transcripcional 1, ARNm [NM_145697]

A_23_P218827: 1,15E-06 4,5 NM_199420 POLQ Polimerasa de Homo sapiens (ADN dirigido), theta (POLQ), ARNm [NM_199420]

A_23_P302654: 1,16E-06 3,2 NM_018140 CEP72 Proteína centrosomal de Homo sapiens 72 kDa (CEP72), ARNm [NM_018140]

A_24_P942335: 1,40E-06 6,0 BC002881 C15orf42 Marco de lectura abierta 42 del cromosoma 15 de Homo sapiens, ARNm (clon ADNc IMAGE: 3940845), cds. parcial [BC002881]

Genes regulados por aumento en GIST metastásicos

Genes regulados por aumento en GIST metastásicos

Genes regulados por aumento en GIST metastásicos

Genes regulados por aumento en GIST metastásicos

Genes regulados por aumento en GIST metastásicos

Genes regulados por aumento en GIST metastásicos

Genes regulados por aumento en GIST metastásicos

Genes regulados por aumento en GIST metastásicos

Genes regulados por aumento en GIST metastásicos

Genes regulados por aumento en GIST metastásicos

Genes regulados por aumento en GIST metastásicos

Genes regulados por aumento en GIST metastásicos

A_23_P253661: 1,48E-06 13,7 NM_024902 FLJ13236 Proteína hipotética de Homo sapiens FLJ13236 (FLJ13236), ARNm [NM_024902]

A_23_P122197: 1,52E-06 3,4 NM_031966 CCNB1 Ciclina B1 de Homo sapiens (CCNB1), ARNm [NM_031966]

A_32_P188921: 1,58E-06 4,2 BC007606 BC007606 Clon ADNc de Homo sapiens IMAGE: 3351130, cds completa. [BC007606]

A_23_P429491: 1,58E-06 3,9 NM_145018 FLJ25416 Proteína hipotética de Homo sapiens FLJ25416 (FLJ25416), ARNm [NM_145018]

A_23_P340909: 1,58E-06 5,1 BC013418 C13orf3 Marco de lectura abierto 3 del cromosoma 13 de Homo sapiens, ARNm (clon ADNc MGC: 4832 IMAGE: 3604003), cds completa. [BC013418]

A_23_P375: 1,58E-06 4,7 NM_018101 CDCA8 8 asociado a ciclo de división celular (CDCA8) de Homo sapiens, ARNm [NM_018101]

A_24_P105102: 1,58E-06 3,5 NM_182687 PKMYT1 Proteína cinasa de Homo sapiens, tirosina/treonina 1 asociada a membrana (PKMYT1), variante transcripcional 2, ARNm [NM_182687]

A_23_P361419: 1,58E-06 5,6 NM_018369 DEPDC1B 1 B que contiene el dominio DEP de Homo sapiens (DEPDC1 B), ARNm [NM_018369]

A_23_P133956: 1,58E-06 4,8 NM_002263 KIFC1 Cinesina miembro de la familia C1 de Homo sapiens (KIFC1), ARNm [NM_002263]

A_23_P124417: 1,93E-06 5,4 NM_004336 BUB1 BUB1 Ciernes desinhibida por benzimidazoles homólogo 1 de Homo sapiens (levadura) (BUB1), ARNm [NM_004336]

A_24_P306704: 2,01E-06 10,1 XR_016161 KRT18P23 PREDICHO: Homo sapiens similar a Queratina, citoesqueleto 18 tipo I (Citoqueratina 18) (CK-18) (Queratina-18) (K18) (LOC642448), ARNm [XR_016161]

A_24_P113144: 2,01E-06 3,1 NM_024857 ATAD5 Familia de ATPasa de Homo sapiens, 5 que contiene el dominio (ATAD5), ARNm [NM_024857]

A_24_P297539: 2,06E-06 6,4 NM_181803 UBE2C Enzima de conjugación de ubiquitina E2C de Homo sapiens (UBE2C), variante transcripcional 6, ARNm [NM_181803]

A_24_P413884: 2,08E-06 5,8 NM_001809 CENPA Proteína del centrómero A de Homo sapiens (CENPA), variante transcripcional 1, ARNm [NM_001809]

A_23_P401: 2,15E-06 4,3 NM_016343 CENPF Proteína del centrómero F de Homo sapiens, 350/400 ka (mitosina) (CENPF), ARNm [NM_016343]

A_24_P76521: 2,17E-06 4,9 AK056691 GSG2 ADNc FLJ32129 fis de Homo sapiens, clon PEBLM2000213, débilmente similar a genes Mus musculus para integrina aM290, hapsin. [AK056691]

A_32_P151800: 2,36E-06 3,5 NM_207418 FAM72A Familia con similitud de secuencia 72 de Homo sapiens, miembro A (FAM72A), ARNm [NM 207418]

A_23_P150935: 2,44E-06 5,4 NM_005480 TROAP Proteína asociada a trofinina de Homo sapiens (tastina) (TROAP), ARNm [NM_005480]

A_24_P354300: 2,96E-06 3,3 NM_015.426 WDR51A Dominio de repetición WD 51 A de Homo sapiens (WDR51A), ARNm [NM_0.15426]

A_32_P217911: 2,96E-06 3,8 BG951379 BG951379 MR1-CT0735-120101-003-h03 CT0735 ADNc de Homo sapiens, secuencia de ARNm [BG951379]

A_24_P319613: 3,11E-06 8,2 NM_002497 NEK2 Cinasa 2 relacionada con NIMA (nunca en mitosis de genes a) de Homo sapiens (NEK2), ARNm [NM_002497]

A_24_P313504: 3,16E-06 3,2 NM_005030 PLK1 Cinasa 1 de tipo Polo de Homo sapiens (Drosophila) (PLK1), ARNm [NM_005036]

A_23_P1.43190: 3,30E-06 4,0 NM_002466 MYBL2 2 tipo homólogo oncogénico viral (aviar) de mielobastosis v-myb de Homo sapiens 2 (MYBL2), ARNm [NM_002466]

A _23_P6001.6: 3,43E-06 5,7 NR_002734 PTTG3 3 transformante de tumor pituitario de Homo sapiens (PTTG3) en cromosoma 8 [NR_002734]

A_32_P96719: 3,61E-06 4,3 NM_024745 SHCBP1 Proteína del dominio de unión a SHCSH2 1 de Homo sapiens (SHCBP1), ARNm [NM_024745]

A_23_P133123: 3,63E-06 3,1 NM_032117 MND1 Homólogo 1 divisiones nucleares meióticas de Homo sapiens (S. cerevisiae) (MND1), ARNm [NM_032117]

A_23_P118815: 3,63E-06 6,1 NM_001012271 BIRC5 5 que contiene repetición IAP baculoviral de Homo sapiens (survivina) (BIRC5), variante transcripcional 3, ARNm [NM_001012271]

A_24_P323598: 3,63E-06 4,8 NM_001017420 ESCO2 Establecimiento de cohesión 1 homólogo 2 de Homo sapiens (S. cerevisiae) (ESCO2), ARNm [NM_001017420]

A_24_P227091: 3,63E-06 3,7 NM_004523 KIF11 Miembro de la familia de cinesina 11 de Homo sapiens (KIF11), ARNm [NM_004523]

A_24_P322354: 3,63E-06 6,3 NM_145060 C18orf24 Marco de lectura abierta 24 del cromosoma 18 de Homo sapiens (C18orf24), variante transcripcional 2, ARNm [NM_145060]

A_23_P96325: 3,63E-06 6,5 NM_001009954 FLJ20105 Proteína FLJ20105 de Homo sapiens (FLJ20105), variante transcripcional 2, ARNm [NM_001009954]

A_23_P253752: 3,86E-06 3,5 NM_138419 FAM54A Familia con similitud de secuencia 54 de Homo sapiens, miembro A (FAM54A), ARNm [NM_138419]

A_23_P80902: 4,16E-06 4,5 NM_020242 KIF15 Miembro de la familia de cinesina 15 de Homo sapiens (KIF15), ARNm [NM_020242]

A_23_P118174: 4,45E-06 3,5 NM_005030 PLK1 Cinasa 1 tipo Polo de Homo sapiens (Drosophila) (PLK1), ARNm [NM_005030]

A_23_P415443: 4,45E-06 3,5 NM_015341 NCAPH Complejo I de condensina no SMC de Homo sapiens, subunidad H (NCAPH), ARNm [NM_015341]

A_24_P323434: 4,47E-06 7,1 NM_152562 CDCA2 2 asociado al ciclo de división celular de Homo sapiens (CDCA2), ARNm [NM_152562]

A_24_P466231: 4,91E-06 3,6 THC2515749 THC2515749 proteína Q6NWY8_HUMAN (Q6NWY8) LOC146909 (Fragmento), parcial (29%) [THC2515749]

A_23_P51085: 5,23E-06 6,0 NM_020675 SPC25 Homo sapiens SPC25, componente del complejo de cinetocoro NDC80, homólogo (S. cerevisiae) (SPC25), ARNm [NM_020675]

A_32_P407245: 5,31E-06 4,0 NM_024902 FLJ13236 Proteína hipotética de Homo sapiens FLJ13236 (FLJ13236), ARNm [NM_024902]

A_23_P138507: 5,32E-06 5,5 NM_001786 CDC2 2 de ciclo de división celular de Homo sapiens, G1 a S y G2 a M (CDC2), variante transcripcional 1, ARNm [NM_001786]

A_23_P49878: 5,32E-06 7,2 NM_019013 FAM64A Familia con similitud de secuencia 64 de Homo sapiens, miembro A (FAM64A), ARNm [NM_019013]

A_23_P345707: 5,58E-06 5,6 NM_152259 C15orf42 Marco de lectura abierto 42 del cromosoma 15 de Homo sapiens (C15orf42), ARNm [NM_152259]

A_23_P52017: 5,62E-06 7,4 NM_018136 ASPM Homólogo asp (huso anormal) de Homo sapiens, microcefalia asociada (Drosophila) (ASPM), ARNm [NM_018136]

A_23_P88630: 5,62E-06 3,3 NM_000057 BLM Síndrome de Bloom de Homo sapiens (BLM), ARNm [NM_000057]

A_24_P680947: 5,62E-06 9,1 ENST00000335534 LOC146909 Proteína hipotética de Homo sapiens LOC146909, ARNm (clon ADNc IMAGE: 4418755), cds. parcial [BC048263]

A_32_P109296: 5,67E-06 5,8 NM_152259 C15orf42 Marco de lectura abierta 42 del cromosoma 15 de Homo sapiens (C15orf42), ARNm [NM_152259]

A_24_P914479: 5,84E-06 3,4 BC002724 SNX5 Nexina 5 de clasificación de Homo sapiens, ARNm (clon ADNc IMAGE: 3629947), cds completa. [BC002724]

A_24_P84970: 5,88E-06 3,0 XR_016386 KRT18P42 PREDICHO: Homo sapiens similar a Queratina, citoesqueleto 18 tipo I (Citoqueratina 18) (CK-18) (Queratina-18) (K18) (LOC391819), ARNm [XR_016386]

A_24_P161827: 6,30E-06 5,1 XR_018749 LOC442405 PREDICHO: Homo sapiens similar a Queratina, citoesqueleto 18 tipo I (Citoqueratina 18) (CK-18) (Queratina-18) (K18) (LOC442405), ARNm [XR_018749]

A_23_P388812: 6,70E-06 5,7 NM_152515 CKAP2L 2 tipo proteína asociada al citoesqueleto de Homo sapiens (CKAP2L), ARNm [NM_152515]

A_23_P48669: 6,84E-06 4,4 NM_005192 CDKN3 Inhibidor de cinasa 3 dependiente de ciclina de Homo sapiens (fosfatasa de especificidad dual asociada a CDK2) (CDKN3), ARNm [NM_005192]

A_23_P151150: 7,46E-06 4,9 NM_202002 FOXM1 Caja cabeza horquilla M1 de Homo sapiens (FOXM1), variante transcripcional 1, ARNm [NM_202002]

A_23_P52278: 7,65E-06 4,0 NM_004523 KIF11 Miembro de la familia de cinesina 11 de Homo sapiens (KIF11), ARNm [NM_004523]

A_23_P34788: 7,84E-06 4,7 NM_006845 KIF2C Miembro de la familia de cinesina 2C de Homo sapiens (KIF2C), ARNm [NM_006845]

A_23_P70007: 7,84E-06 5,3 NM_012484 HMMR Receptor de movilidad mediada por hialuronano de Homo sapiens (RHAMM) (HMMR), variante transcripcional 1, ARNm [NM_012484]

A_23_P161474: 7,95E-06 4,5 NM_182751 MCM10 10 de mantenimiento de minicromosomas MCM10 de Homo sapiens deficiente (S. cerevisiae) (MCM10), variante transcripcional 1, ARNm [NM_182751]

A_24_P48248: 7,95E-06 3,1 NM_024032 C17orf53 Marco de lectura abierta 53 del cromosoma 17 de Homo sapiens (C17orf53), ARNm [NM_024032]

A_23_P252292: 8,09E-06 4,5 NM_006733 CENPI Proteína del centrómero I de Homo sapiens (CENPI), ARNm [NM_006733]

A_24_P14156: 8,62E-06 5,3 NM_006101 NDC80 Homólogo NDC80 de Homo sapiens, componente del complejo de cinetocoro (S. cerevisiae) (NDC80), ARNm [NM_006101]

A_23_P356684: 8,95E-06 5,9 NM_018685 ANLN Anilina de Homo sapiens, proteína de unión a actina (ANLN), ARNm [NM_018685]

A_23_P57588: 9,10E-06 4,7 NM_016426 GTSE1 1 expresado de fase G-2 y S de Homo sapiens (GTSE1), ARNm [NM_016426]

A_24_P375360: 9,10E-06 4,3 XR_019146 LOC651439 PREDICHO: Homo sapiens similar a Queratina, citoesqueleto 18 tipo I (Citoqueratina 18) (CK-18) (Queratina-18) (K18) (LOC651439), ARNm [XR_019146]

A_24_P257099: 9,31E-06 7,1 NM_018410 DKFZp762E1312 Proteína hipotética de Homo sapiens DKFZp762E1312 (DKFZp762E1312), ARNm [NM_018410]

A_24_P247233: 9,39E-06 4,9 XR_018420 KRT18P16 PREDICHO: Homo sapiens similar a Queratina, citoesqueleto 18 tipo I (Citoqueratina 18) (CK-18) (Queratina-18) (K18) (LOC391827), ARNm [XR_018420]

A_23_P37704: 9,39E-06 4,4 NM_030928 CDT1 Licencia de cromatina de Homo sapiens y factor de replicación de ADN 1 (CDT1), ARNm [NM_030928]

A_23_P164814: 9,69E-06 3,3 NM_024323 C19orf57 Marco de lectura abierta 57 del cromosoma 19 de Homo sapiens (C19orf57), ARNm [NM_024323]

A_23_P88331: 9,69E-06 6,2 NM_014750 DLG7 Discos de Homo sapiens, gran homólogo 7 (Drosophila) (DLG7), ARNm [NM_014750]

A_23_P57379: 9,69E-06 4,1 NM_003504 CDC45L Tipo ciclo división celular 45 CDC45 de Homo sapiens (S. cerevisiae) (CDC45L), ARNm [NM_003504]

A_23_P259586: 9,69E-06 6,7 NM_003318 TTK Proteína cinasa TTK de Homo sapiens (TTK), ARNm [NM_003318]

A_23_P210853: 9,69E-06 5,6 NM_021067 GINS1 Subunidad 1 del complejo GINS de Homo sapiens (homólogo Psf1) (GINS1), ARNm [NM_021067]

A_24_P916195: 9,69E-06 4,5 NM_016426 GTSE1 1 expresado de G-2 y fase S de Homo sapiens (GTSE1), ARNm [NM_016426]

A_24_P332595: 9,69E-06 4,2 XR_018618 KRT18P47 PREDICHO: Homo sapiens similar a Queratina, citoesqueleto 18 tipo I (Citoqueratina 18) (CK-18) (Queratina-18) (K18) (LOC390634), ARNm [XR_018618]

A_23_P94422: 9,90E-06 5,2 NM_014791 MELK Cinasa cremallera de leucina embrionaria material de Homo sapiens (MELK), ARNm [NM_014791]

A_23_P206441: 9,94E-06 4,2 NM_000135 FANCA Anemia de Fanconi de Homo sapiens, grupo de complementación A (FANCA), variante transcripcional 1, ARNm [NM_000135]

A_32_P62997: 1,00E-05 7,4 NM_018492 PBK Cinasa de unión a PDZ de Homo sapiens (PBK), ARNm [NM_018492]

A_24_P728920: 1,05E-05 6,6 BC131554 BC 131554 Clon ADNc de Homo sapiens IMAGE: 40108029. [BC131554]

A_24_P218979: 1,18E-05 3,3 NM_031299 CDCA3 3 asociado al ciclo de división celular de Homo sapiens (CDCA3), ARNm [M_031299]

A_24_P378331: 1,22E-05 3,1 NM_144508 CASC5 Candidato 5 de susceptibilidad de cáncer de Homo sapiens (CASC5), variante transcripcional 2, ARNm [NM_144508]

A_24_P96780: 1,22E-05 4,6 NM_016343 CENPF Proteína del centrómero F de Homo sapiens, 350/400 ka (mitosina) (CENPF), ARNm [NM_016343]

A_23_P256956: 1,23E-05 6,9 NM_005733 KIF20A Miembro de la familia de cinesina 20A de Homo sapiens (KIF20A), ARNm [NM_005733]

A_24_P195164: 1,23E-05 4,3 THC2524582 THC2524582 Q5U0N8_HUMAN (Q5U0N8) Queratina 18 (Proteína de inducción de la proliferación celular 46), parcial (46%) [THC2524582]

A_23_P65757: 1,23E-05 5,1 NM_004701 CCNB2 Ciclina B2 de Homo sapiens (CCNB2), ARNm [NM_004701]

A_23_P122650: 1,23E-05 4,5 XR_018843 LOC649233 PREDICHO: Homo sapiens similar a Queratina, citoesqueleto 18 tipo I (Citoqueratina 18) (CK-18) (Queratina-18) (K18) (LOC649233), ARNm [XR_018843]





: similar a enzima E2C de conjugación de ubiquitina (ligasa C de proteína ubiquitina) (Proteína C vehículo de ubiquitina) (UbcH10) (LOC648937), ARNm [Fuente: RefSeq_dna;Acc:XR_018466]

A_24_P306896: 1,27E-05 5,9 ENST00000323198 ENST00000323198 [ENST00000323198]

A_23_P35219: 1,27E-05 8,7 NM_002497 NEK2 Cinasa 2 relacionada con NIMA (nunca en la mitosis de genes a) de Homo sapiens (NEK2), ARNm [NM_002497]

A_32_P151544: 1,27E-05 5,1 NM_000224 KRT18 Queratina 18 de Homo sapiens (KRT18), variante transcripcional 1, ARNm [NM_000224]

A_24_P176374: 1,30E-05 3,9 NM_030928 CDT1 Licencia de cromatina de Homo sapiens y factor de replicación de ADN 1 (CDT1), ARNm [NM_030928]

A_24_P153003: 1,41E-05 3,2 XR_019238 LOC652192 PREDICHO: Homo sapiens similar a Queratina, citoesqueleto 18 tipo I (Citoqueratina 18) (CK-18) (Queratina-18) (K18) (LOC652192), ARNm [XR_019238]

A_23_P119254: 1,44E-05 3,4 NM_018154 ASF1 B Función anti-silenciamiento ASF1 de Homo sapiens 1 homólogo B (S. cerevisiae) (ASF1 B), ARNm [NM_018154]

A_24_P230486: 1,44E-05 4,1 A_24_P230486 A_24_P230486

A_23_P118834: 1,46E-05 5,2 NM_001067 TOP2A Topoisomerasa (ADN) II alfa de Homo sapiens 170 kDa (TOP2A), ARNm [NM_001067]

A_23_P155815: 1,53E-05 5,2 NM_022346 NCAPG Complejo I de condensina no SMC de Homo sapiens, subunidad G (NCAPG), ARNm [NM_022346]

A_24_P911179: 1,53E-05 8,0 NM_018136 ASPM Homólogo asp de Homo sapiens (huso anormal), microcefalia asociada (Drosophila) (ASPM), ARNm [NM_018136]

A_23_P160537: 1,57E-05 3,8 NM_024037 C1orf135 Marco de lectura abierta 135 del cromosoma 1 de Homo sapiens (C1orf135), ARNm [NM_024037]

A_23_P66732: 1,58E-05 3,5 NM_031965 GSG2 2 asociado a célula germinal de Homo sapiens (haspin) (GSG2), ARNm [NM_031965]

A_24_P418687: 1,62E-05 5,6 XR_015605 LOC731794 PREDICHO: Homo sapiens similar a Queratina, citoesqueleto 18 tipo I (Citoqueratina 18) (CK-18) (Queratina-18) (K18) (LOC731794), ARNm [XR_015605]

A_23_P70249: 1,68E-05 7,4 NM_001790 CDC25C Homólogo C del ciclo de división celular 25 de Homo sapiens (S. pombe) (CDC25C), variante transcripcional 1, ARNm [NM_001790]

A_23_P258493: 1,68E-05 3,5 NM_005573 LMNB1 Lámina B1 de Homo sapiens (LMNB1), ARNm [NM_005573]

A_23_P115872: 1,69E-05 5,9 NM_018131 CEP55 Proteína centrosomal de Homo sapiens 55 kDa (CEP55), ARNm [NM_018131]

A_24_P50328: 1,72E-05 4,8 A_24_P50328 A_24_P50328

A_24_P471242: 1,84E-05 4,9 A_24_P471242 A_24_P471242

A_24_P383660: 1,84E-05 6,1 XR_018670 KRT18P12 PREDICHO: Homo sapiens similar a Queratina, citoesqueleto 18 tipo I (Citoqueratina 18) (CK-18) (Queratina-18) (K18) (LOC643471), ARNm [XR_018670]

A_23_P99292: 1,97E-05 3,2 NM_006479 RAD51AP1 Proteína 1 asociada a RAD51 de Homo sapiens (RAD51AP1), ARNm [NM_006479]

A_23_P25069: 2,13E-05 3,7 BC039117 OVOS2 Ovostatina 2 de Homo sapiens, ARNm (clon ADNc IMAGE: 4827636). [BC039117]

A_24_P161809: 2,22E-05 5,2 ENST00000333983 ENST00000333983 PREDICHO: Homo sapiens similar a Queratina, citoesqueleto 18 tipo I (Citoqueratina 18) (CK-18) (Queratina-18) (K18) (LOC391179), ARNm [XR_018953]

A_23_P259641: 2,22E-05 3,1 NM_004456 EZH2 Potenciador de homólogo zeste 2 de Homo sapiens (Drosophila) (EZH2), variante transcripcional 1, ARNm [NM_004456]

A_24_P255954: 2,23E-05 5,5 XR_019330 LOC652370 PREDICHO: Homo sapiens similar a Queratina, citoesqueleto 18 tipo I (Citoqueratina 18) (CK-18) (Queratina-18) (K18) (LOC652370), ARNm [XR_019330]

A_23_P206059: 2,25E-05 3,5 NM_003981 PRC1 Regulador de proteína de cicocinesis 1 de Homo sapiens (PRC1), variante transcripcional 1, ARNm [NM_003981]

A_23_P35871: 2,26E-05 5,3 NM_024680 E2F8 Factor de transcripción 8 E2F de Homo sapiens (E2F8), ARNm [NM_024680]

A_24_P416079: 2,33E-05 4,4 NM_016359 NUSAP1 Proteína 1 asociada a nucleolar y huso de Homo sapiens (NUSAP1), variante transcripcional 1, ARNm [NM_016359]

A_24_P161733: 2,43E-05 5,9 A_24_P161733 A_24_P161733

A_24_P350060: 2,47E-05 5,6 XR_016386 KRT18P42 PREDICHO: Homo sapiens similar a Queratina, citoesqueleto 18 tipo I (Citoqueratina 18) (CK-18) (Queratina-18) (K18) (LOC391819), ARNm [XR_016386]

A_23_P63789: 2,52E-05 3,0 NM_001005414 ZWINT Interactor ZW10 de Homo sapiens (ZWINT), variante transcripcional 4, ARNm [NM_001005414]

A_24_P412088: 2,52E-05 5,0 NM_182751 MCM10 10 de mantenimiento de minicromosomas MCM10 deficiente de Homo sapiens (S. cerevisiae) (MCM10), variante transcripcional 1, ARNm [NM_182751]

A_32_P108748: 2,62E-05 3,5 THC2534530 THC2534530 Proteína G de condensación de cromosoma AF235023 {Homo sapiens} (exp = 0; wgp = 1; cg = 0), parcial (3 %) [THC2534530]

A_24_P16230: 2,66E-05 6,6 XR_019037 LOC391271 PREDICHO: LOC391271 hipotético de Homo sapiens (LOC391271), ARNm [XR_019037]

A_23_P355075: 2,80E-05 3,0 AK023669 CENPN fis FLJ13607 ADNC de Homo sapiens, clon PLACE1010624. [AK023669]

A_24_P25872: 3,08E-05 5,4 NM_017779 DEPDC1 1 que contiene dominio DEP de Homo sapiens (DEPDC1), ARNm [NM_017779]

A_24_P792988: 3,09E-05 6,0 A_24_P792988 A_24_P792988

A_24_P419132: 3,09E-05 3,5 NM_006733 CENPI Proteína del centrómero I de Homo sapiens (CENPI), ARNm [NM_006733]

A_23_P254733: 3,21E-05 3,3 NM_024629 MLF1IP Proteína de interacción MLF1 de Homo sapiens (MLF1IP), ARNm [NM_024629]

A_24_P281374: 321E-05 5,2 XR_018462 KRT18P45 PREDICHO: Homo sapiens similar a Queratina, citoesqueleto 18 tipo I (Citoqueratina 18) (CK-18) (Queratina-18) (K18) (LOC391803), ARNm [XR_018462]

A_23_P134910: 3,27E-05 3,9 NM_003878 GGH Gamma-glutamil hidrolasa de Homo sapiens (conjugasa, folilpoligammaglutamil hidrolasa) (GGH), ARNm [NM_003878]

A_23_P148475: 3,48E-05 4,5 NM_012310 KIF4A Miembro de la familia de cinesina 4A de Homo sapiens (KIF4A), ARNm [M_012310]

A_24_P358406: 3,54E-05 6,2 A_24_P358406 A_24_P358406

A_24_P169843: 3,63E-05 4,8 XR_019568 KRT18P28 PREDICHO: Homo sapiens similar a Queratina, citoesqueleto 18 tipo I (Citoqueratina 18) (CK-18) (Queratina-18) (K18) (LOC343326), ARNm [XR_019568]

A_23_P150667: 3,63E-05 4,4 NM_031217 KIF18A Miembro de la familia de cinesina 18A de Homo sapiens (KIF18A), ARNm [NM_031217]

A_24_P780319: 3,69E-05 4,1 A_24_P780319 A_24_P780319

A_23_P116123: 3,69E-05 3,5 NM_001274 CHEK1 Homólogo punto de control CHK1 de Homo sapiens (S. pombe) (CHEK1), ARNm [NM_001274]

A_24_P584463: 3,72E-05 5,4 XR_018311 LOC139060 PREDICHO: Homo sapiens similar a Queratina, citoesqueleto 18 tipo I (Citoqueratina 18) (CK-18) (Queratina-18) (K18) (LOC139060), ARNm [XR_018311]

A_23_P323751: 3,80E-05 6,8 NM 030919 FAM83D Familia con similitud de secuencia 83 de Homo sapiens, miembro D (FAM83D), ARNm [NM_030919]

A_24_P186746: 3,92E-05 6,6 XR_019198 KRT18P34 PREDICHO: Homo sapiens similar a Queratina, citoesqueleto 18 tipo I (Citoqueratina 18) (CK-18) (Queratina-18) (K18) (LOC391589), ARNm [XR_019198]

A_24_P84711: 4,01E-05 4,8 A_24_P84711 A_24_P84711

A_24_P230466: 4,03E-05 6,2 XR_018953 KRT18P32 PREDICHO: Homo sapiens similar a Queratina, citoesqueleto 18 tipo I (Citoqueratina 18) (CK-18) (Queratina-18) (K18) (LOC391179), ARNm [XR_018953]

A_32_P9924: 4,09E-05 3,5 THC2525505 THC2525505

A_23_P149668: 4,16E-05 5,8 NM_014875 KIF14 Homo sapiens miembro de la familia de cinesina 14 (KIF14), ARNm [NM_014875]

A_23_P25150: 4,39E-05 21,2 NM_006897 HOXC9 Homeobox C9 de Homo sapiens (HOXC9), ARNm [NM_006897]

A_23_P58321: 4,53E-05 3,4 NM_001237 CCNA2 Ciclina A2 de Homo sapiens (CCNA2), ARNm [NM_001237]

A_23_P99320: 4,57E-05 6,6 NM_000224 KRT18 Queratina 18 de Homo sapiens (KRT18),

A_23_P373708: 4,60E-05 5,8 NM_173624 FLJ40504 Variante de transcripción 1, ARNm [NM_000224] Proteína hipotética de Homo sapiens FLJ40504 (FLJ40504), ARNm [NM_173624]

A_24_P358131: 4,85E-05 6,0 XR_019148 LOC651696 PREDICHO: Homo sapiens similar a Queratina, citoesqueleto 18 tipo I (Citoqueratina 18) (CK-18) (Queratina-18) (K18) (LOC651696), ARNm [XR_019148]

A_24_P256063: 5,02E-05 6,7 XR_019231 LOC442249 PREDICHO: Homo sapiens hipotética LOC442249 (LOC442249), ARNm [XR_019231]

A_24_P24645: 5,30E-05 5,7 XR_018938 KRT18P21 PREDICHO: Homo sapiens similar a Queratina, citoesqueleto 18 tipo I (Citoqueratina 18) (CK-18) (Queratina-18) (K18) (LOC132391), ARNm [XR_018938]

A_32_P154726: 5,37E-05 6,8 THC2603239 THC2603239 Q9NJB6_TRYBR (Q9NJB6) Fibrilarina, parcial (10 %) [THC2603239]

A_23_P216517: 5,67E-05 4,0 NM_032818 C9orf100 Marco de lectura abierta 100 del cromosoma 9 de Homo sapiens (C9orf100), ARNm [NM_032818]

A_24_P281443: 5,82E-05 7,2 XR_018559 LOC649375 PREDICHO: Homo sapiens similar a Queratina, citoesqueleto 18 tipo I (Citoqueratina 18) (CK-18) (Queratina-18) (K18) (LOC649375), ARNm [XR_018559]

A_23_P134584: 5,83E-05 3,0 NM_005431 XRCC2 Reparación de rayos X que complementa una reparación defectuosa en células de hámster Chino 2 de Homo sapiens (XRCC2), ARNm [NM_005431]

A_24_P6850: 5,92E-05 4,7 A_24_P6850 A_24 P6850

A_24_P264644: 5,92E-05 5,6 XR_016695 KRT18P41 PREDICHO: Homo sapiens similar a Queratina, citoesqueleto 18 tipo I (Citoqueratina 18) (CK-18) (Queratina-18) (K18) (LOC345430), ARNm [XR_016695]

A_23_P368909: 6,02E-05 4,4 ENST00000328711 ENST00000328711 Proteína no caracterizada C13orf29. [Fuente: Uniprot/SWISSPROT; Acc: Q8IVM7] [ENST00000328711]

A_24_P42136: 6,22E-05 7,7 NM_000224 KRT18 Queratina 18 de Homo sapiens (KRT18), variante transcripcional 1, ARNm [NM_000224]

A_24_P230057: 6,74E-05 7,2 XR_018216 LOC647913 PREDICHO: Homo sapiens similar a Queratina, citoesqueleto 18 tipo I (Citoqueratina 18) (CK-18) (Queratina-18) (K18) (LOC647913), ARNm [XR_018216]

A_24_P314571: 7,33E-05 3,5 NM_182513 SPC24 Homo sapiens SPC24, componente del complejo de cinetocoro NDC80, homólogo (S. cerevisiae) (SPC24), ARNm [NM_182513]

A_23_P29723: 7,60E-05 4,4 NM_001012410 SGOL1 1 tipo shugoshin de Homo sapiens (S. pombe) (SGOL1), variante transcripcional A2, ARNm [M_001012410]

A_23_P120863: 8,27E-05 5,8 NM_004861 GAL3ST1 galactosa-3-O-sulfotransferasa 1 de Homo sapiens (GAL3ST1), ARNm [NM_004861]

A_24_P225970: 8,78E-05 5,9 NM_001012409 SGOL1 1 tipo shugoshin de Homo sapiens (S. pombe) (SGOL1), variante transcripcional A1, ARNm [NM_001012409]

A_23_P130182: 1,01E-04 5,2 NM_004217 AURKB Aurora cinasa B de Homo sapiens (AURKB), ARNm [NM_004217]

A_23_P10385: 1,05E-04 4,1 NM_016448 DTL homólogo denticleless de Homo sapiens (Drosophila) (DTL), ARNm [NM_016448]

A_23_P92093: 1,16E-04 3,5 NM_001407 CELSR3 Cadherina de Homo sapiens, receptor 3 de tipo G de siete pasos EGF LAG (homólogo flamingo, Drosophila) (CELSR3), ARNm [NM_001407]

A_24_P940678: 1,22E-04 4,4 NM_170589 CASC5 Candidato de susceptibilidad de cáncer 5 de Homo sapiens (CASC5), variante transcripcional 1, ARNm [NM_170589]

A_24_P401601: 1,27E-04 5,9 XR_017288 KRT18P40 PREDICHO: Homo sapiens similar a Queratina, citoesqueleto 18 tipo I (Citoqueratina 18) (CK-18) (Queratina-18) (K18) (LOC390904), ARNm [XR_017288]

A_23_P500464: 1,31E-04 7,8 NM_001844 COL2A1 Colágeno, tipo II, alfa 1 de Homo sapiens (osteoartritis primaria, displasia espondiloepifisaria, congénito) (COL2A1), variante transcripcional 1, ARNm [NM_001844]

A_23_P373119: 1,35E-04 3,2 NR_002165 HMG4L Grupo de alta movilidad de Homo sapiens (cromosoma no histona) tipo proteína 4 (HMG4L) en cromosoma 20 [NR_002165]

A_24_P384369: 1,36E-04 3,7 XR_018339 LOC648448 PREDICHO: Homo sapiens similar a Queratina, citoesqueleto 18 tipo I (Citoqueratina 18) (CK-18) (Queratina-18) (K18) (LOC648448), ARNm [XR_018339]

A_23_P200310: 1,46E-04 3,1 NM_017779 DEPDC1 1 que contiene del dominio DEP de Homo sapiens (DEPDC1), ARNm [NM_017779]

A_24_P247454: 1,46E-04 7,6 XR_019026 KRT18P19 PREDICHO: Homo sapiens similar a Queratina, citoesqueleto 18 tipo I (Citoqueratina 18) (CK-18) (Queratina-18) (K18) (LOC339781), ARNm [XR_019026]

A_23_P85441: 1,51E-04 3,3 NM_020789 IGSF9 Superfamilia de inmunoglobulina de Homo sapiens, miembro 9 (IGSF9), ARNm [NM_020789]

A_24_P144625: 1,59E-04 7,3 A_24_P144625 A_24_P144625

A_23_P431776: 1,60E-04 8,6 NM_001986 ETV4 Gen 4 variante ets de Homo sapiens (proteína de unión poteciadora de E1A, E1AF) (ETV4), variante transcripcional 1, ARNm [NM_001986]

A_24_P416346: 1,61E-04 8,1 NM_001986 ETV4 Gen 4 variante ets de Homo sapiens (proteína de unión poteciadora de E1A, E1AF) (ETV4), variante transcripcional 1, ARNm [NM_001986]

A_23_P408955: 1,68E-04 4,2 NM_004091 E2F2 Factor de transcripción 2 E2F de Homo sapiens (E2F2), ARNm [NM_004091]

A_23_P48835: 1,71E-04 3,7 NM_138555 KIF23 Miembro de la familia de cinesina 23 de Homo sapiens (KIF23), variante transcripcional 1, ARNm [NM_138555]

A_23_P379614: 1,73E-04 3,0 NM_007280 OIP5 Proteína 5 de interacción Opa de Homo sapiens (OIP5), ARNm [NM_007280]

A_32_P119154: 1,78E-04 4,5 BE138567 BE138567 xr77d10.x2 NCI_CGAP_Ov26 clon ADNc de Homo sapiens IMAGE: 2766163 3', secuencia de ARNm [BE138567]

A_23_P310: 1,89E-04 4,0 NM_023009 MARCKSL1 1 tipo MARCKS de Homo sapiens (MARCKSL1), ARNm [NM_023009]

A_32_P76720: 1,89E-04 3,6 NM_016575 NT5DC3 3 que contiene el dominio de 5'-nucleotidasa de Homo sapiens (NT5DC3), variante transcripcional 2, ARNm [NM_016575]

A_23_P50250: 1,90E-04 3,0 NM_001824 CKM Creatina cinasa de Homo sapiens, músculo (CKM), ARNm [NM_001824]

A_23_P217236: 1,99E-04 3,1 NM_005342 HMGB3 Grupo box 3 de alta movilidad de Homo sapiens (HMGB3), ARNm [NM_005342]

A_24_P346855: 2,00E-04 4,9 NM_002417 MKI67 Antígeno de Homo sapiens identificado por anticuerpo monoclonal Ki-67 (MKI67), ARNm [NM_002417]

A_24_P68088: 2,04E-04 10,8 NR_002947 TCAM1 Homólogo 1 molécula de adhesión celular testicular de Homo sapiens (ratón) (TCAM1) en cromosoma 17 [NR_002947]

A_24_P399888: 2,10E-04 4,2 NM_001002876 CENPM Proteína del centrómero M de Homo sapiens (CENPM), variante transcripcional 2, ARNm [NM_001002876]

A_23_P88731: 2,13E-04 3,4 NM_002875 RAD51 Homólogo RAD51 de Homo sapiens (homólogo RecA, E. coli) (S. cerevisiae) (RAD51), variante transcripcional 1, ARNm [NM_002875]

A_23_P350754: 2,14E-04 3,5 AF238487 OR7E13P Receptor tipo olfativo PJCG2 de Homo sapiens (PJCG2) mRNA, cds. parcial [AF238487]

A_23_P117852: 2,21E-04 3,9 NM_014736 KIAA0101 KIAA0101 de Homo sapiens (KIAA0101), variante transcripcional 1, ARNm [NM_014736]

A_23_P100127: 2,25E-04 4,8 NM_170589 CASC5 Candidato de susceptibilidad de cáncer 5 de Homo sapiens (CASC5), variante transcripcional 1, ARNm [NM_170589]

A_23_P155989: 2,30E-04 3,0 NM_022145 CENPK Proteína del centrómero K de Homo sapiens (CENPK), ARNm [NM_022145]

A_24_P109661: 2,33E-04 7,5 XR_019191 KRT18P20 PREDICHO: Homo sapiens similar a Queratina, citoesqueleto 18 tipo I (Citoqueratina 18) (CK-18) (Queratina-18) (K18) (LOC121054), ARNm [XR_019191]

A_24_P686014: 2,48E-04 6,3 XR_019186 LOC651929 PREDICHO: Homo sapiens similar a Queratina, citoesqueleto 18 tipo I (Citoqueratina 18) (CK-18) (Queratina-18) (K18) (LOC651929), ARNm [XR_019186]

A_23_P50108: 2,48E-04 3,7 NM_006101 NDC80 Homólogo NDC80 de Homo sapiens, componente del complejo de cinetocoro(S. cerevisiae) (NDC80), ARNm [NM_006101]

A_23_P108294: 2,53E-04 3,6 NM_177543 PPAP2C Fosfatasa de ácido fosfatídico tipo 2C de Homo sapiens (PPAP2C), variante transcripcional 3, ARNm [NM_177543]

A_23_P110851: 2,95E-04 6,4 NM_198253 TERT Transcriptasa inversa de telomerasa de Homo sapiens (TERT), variante transcripcional 1, ARNm [NM_198253]

A_24_P264293: 3,03E-04 9,4 XR_019060 LOC644030 PREDICHO: Homo sapiens similar a Queratina, citoesqueleto 18 tipo I (Citoqueratina 18) (CK-18) (Queratina-18) (K18) (LOC644030), ARNm [XR_019060]

A_24_P247303: 3,33E-04 8,7 A_24_P247303 A_24_P247303

A_32_P311737: 3,42E-04 3,2 AB011171 PLEKHG3 ARNm para proteína KIAA0599 de Homo sapiens, cds. parcial [AB011171]

A_23_P166306: 3,44E-04 6,9 NM_000071 CBS Cistationina-beta-sintasa de Homo sapiens (CBS), ARNm [NM_000071]

A_23_P23303: 3,48E-04 3,3 NM_003686 EXO1 Exonucleasa 1 de Homo sapiens (EXO1), variante transcripcional 3, ARNm [NM_003686]

A_24_P255836: 3,52E-04 3,5 A_24_P255836 A_24_P255836

A_32_P168561: 3,61E-04 3,1 THC2634862 THC2634862 Miembro de la familia TAF NM_063888 (factor de transcripción asociada a TBP) (taf-13) {Caenorhabditis elegans} (exp = -1; wgp = 0; cg = 0), parcial (15 %) [THC2634862]

A_24_P254705: 3,62E-04 3,7 NM_020394 ZNF695 Proteína finger cinc 695 de Homo sapiens (ZNF695), ARNm [NM_020394]

A_24_P234196: 3,63E-04 3,8 NM_001034 RRM2 Polipéptido ribonucleótido reductasa M2 de Homo sapiens (RRM2), ARNm [NM_001034]

A_32_P188127: 3,68E-04 6,8 A_32_P188127 A_32_P188127

A_23_P155711: 3,77E-04 5,3 NM_018248 NEIL3 3 tipo VIII nei endonucleasa de Homo sapiens (E. coli) (NEIL3), ARNm [NM_018248]

A_24_P85498: 3,84E-04 11,6 AL117481 DKFZP434B061 ARNm de Homo sapiens; ADNc DKFZp434B061 (del clon DKFZp434B061); cds. parcial [AL117481]

A_23_P115444: 3,97E-04 4,2 NM_005092 TNFSF18 Superfamilia (ligando) del factor de necrosis tumoral de Homo sapiens, miembro 18 (TNFSF18), ARNm [NM_005092]

A_32_P108938: 4,05E-04 5,7 THC2536711 THC2536711

A_23_P143512: 4,08E-04 3,1 NM_007031 HSF2BP Proteína de unión del factor de transcripción 2 de choque térmico de Homo sapiens (HSF2BP), ARNm [NM_007031]

A_23_P252928: 4,12E-04 11,3 NM_005367 MAGEA12 Familia antígeno melanoma A de Homo sapiens, 12 (MAGEA12), ARNm [NM_005367]

A_32_P147090: 4,70E-04 3,3 NM_199357 ARHGAP11A Proteína de activación Rho GTPasa 11A de Homo sapiens (ARHGAP11A), variante transcripcional 2, ARNm [NM_199357]

A_23_P102058: 4,89E-04 3,1 NM_002381 MATN3 Matrilina 3 de Homo sapiens (MATN3), ARNm [NM_002381]

A_32_P169500: 4,92E-04 3,2 THC2537856 THC2537856 Entrada de advertencia de contaminación de secuencia de la subfamilia J Alu ALU1_HUMAN (P39188) de Homo sapiens, parcial (14 %) [THC2537856]

A_23_P163099: 5,02E-04 3,2 NM_002692 POLE2 Polimerasa de Homo sapiens (ADN dirigido), epsilon 2 (subunidad p59) (POLE2), ARNm [NM_002692]

A_23_P405267: 5,04E-04 3,2 AK057922 CDH24 fis FLJ25193 ADNc de Homo sapiens, clon JTH00761. [AK057922]

A_23_P74115: 5,23E-04 3,1 NM_003579 RAD54L Tipo RAD54 de Homo sapiens (S. cerevisiae) (RAD54L), ARNm [NM_003579]

A_24_P409420: 5,78E-04 5,6 A_24_P409420 A_24_P409420

A_24_P384018: 5,78E-04 3,7 NR_002171 OR7E156P Receptor olfativo de Homo sapiens, familia 7, subfamilia E, miembro 156 pseudogen (OR7E156P) en cromosoma 13 [NR_002171]

A_24_P192727: 5,85E-04 6,5 ENST00000224809 KAZALD1 Precursor de proteína 1 que contiene el dominio del inhibidor de serina proteasa de tipo Kazal. [Fuente: Uniprot/SWISSPROT; Acc: Q96I82] [ENST00000224809]

A_32_P210202: 5,99E-04 3,2 NM_203394 E2F7 Factor de transcripción 7 E2F de Homo sapiens (E2F7), ARNm [NM_203394]

A_23_P58557: 6,09E-04 3:4 NM_173800 FLJ90650 laeverin de Homo sapiens (FLJ90650), ARNm [NM_173800]

A_32_P43084: 6,45E-04 3,3 BM980974 BM980974 BM980974 UI-CF-EN1-ade-p-19-0-UI.s1 UI-CF-EN1 Homo sapiens ADNc clon UI-CF-EN1-ade-p-19-0-UI 3', secuencia de ARNm [BM980974]

A_23_P135061: 6,68E-04 3,0 NM_003389 CORO2A Coronina de Homo sapiens, proteína de unión a actina, 2A (CORO2A), variante transcripcional 1, ARNm [NM_003389]

A_32_P32391: 6,76E-04 3,7 NR_002171 OR7E156P Receptor olfativo de Homo sapiens, familia 7, subfamilia E, miembro 156 pseudogen (OR7E156P) en cromosoma 13 [NR_002171]

A_23_P7412: 7,04E-04 4,2 NM_024850 BTNL8 8 tipo butirofilina de Homo sapiens (BTNL8), variante transcripcional 1, ARNm [NM_024850]

A_32_P46544: 7,04E-04 3,0 A_32_P46544 A_32_P46544

A_23_P113034: 7,23E-04 3,5 NM_032024 C10orf11 Marco de lectura abierta 11 del cromosoma 10 de Homo sapiens (C10orf11), ARNm [NM_032024]

A_23_P50517: 7,29E-04 3,9 ENST00000314121 ENST00000314121 Proteína de cinc finger 541. [Fuente: Uniprot/SWISSPROT; Acc: Q9H0D2] [ENST00000314121]

A_23_P96291: 7,47E-04 5,3 NM_004988 MAGEA1 Familia del antígeno de melanoma A de Homo sapiens, 1 (dirige la expresión del antígeno MZ2-E) (MAGEA1), ARNm [NM_004988]

A_23_P16110: 7,63E-04 3,5 NM_001079935 OR7E24 Receptor olfativo de Homo sapiens, familia 7, subfamilia E, miembro 24 (OR7E24), ARNm [NM_001079935]

A_32_P150891: 8,60E-04 4,4 NM_001042517 DIAPH3 Homólogo 3 diáfano de Homo sapiens (Drosophila) (DIAPH3), variante transcripcional 1, ARNm [NM_001042517]

A_23_P207154: 8,75E-04 5,2 NM_022644 CSH2 Hormona 2 de somatomamotropina coriónica de Homo sapiens (CSH2), variante transcripcional 2, ARNm [NM_022644]

A_23_P250164: 9,04E-04 4,3 NM_000187 HGD Homogentisato 1,2-dioxigenasa de Homo sapiens (homogentisato oxidasa) (HGD), ARNm [NM_000187]





: Clon ADNc de Homo sapiens

A_24_P820087: 9.47E-04 3.3 BC053669 BC053669 IMAGE:6146402, cds. parcial [BC053669]

Genes regulados por disminución en GIST metastásicos

Nombre de la Sonda: P-valor corregido Cambio en veces Acceso de Genbank Símbolo del gen Descripción

A_23_P167159: 1,32E-06 28,6 NM_007281 SCRG1 Proteína responsable de tembladera 1 de Homo sapiens (SCRG1), ARNm [NM_007281]

A_24_P198044: 5,02E-06 3,5 NM_133464 ZNF483 Proteína de cinc finger 483 de Homo sapiens (ZNF483), variante transcripcional 1, ARNm [NM_133464]

A_23_P45536: 6,65E-06 13,6 NM_005369 MCF2 Secuencia de transformación derivada de la línea celular MCF.2 de Homo sapiens (MCF2), ARNm [NM_005369]

A_23_P79978: 7,08E-06 12,7 NM_020689 SLC24A3 Familia de vehículo de soluto 24 de Homo sapiens (intercambiador de sodio/potasio/calcio), miembro 3 (SLC24A3), ARNm [NM_020689]

A_23_P62881: 7,46E-06 7,3 NM_032291 SGIP1 Proteína de interacción 1 (endofilina) tipo GRB2 del dominio de SH3 (SGIP1) de Homo sapiens, ARNm [NM_032291]

A_23_P73117: 1,07E-05 8,9 NM_013266 CTNNA3 Catenina de Homo sapiens (proteína asociada a cadherina), alfa 3 (CTNNA3), ARNm [NM_013266]





: BX106262

A_32_P65700: 1,14E-05 6,0 BX106262 BX106262 Soares_multiple_sclerosis_2NbHMSP clon ADNc de Homo sapiens IMAGp998O20625, secuencia de ARNm [BX106262]

A_23_P394567: 1,41E-05 3,1 NM_020853 KIAA1467 Homo sapiens KIAA1467 (KIAA1467),





: ARNm [NM_020853]

A_23_P259442: 1,53E-05 4,4 NM_001873 CPE Carboxipeptidasa E de Homo sapiens (CPE), mRNA[NM_001873]

A_24P56363: 1,58E-05 3,6 NM_030925 CAB39L Tipo proteína de unión a calcio 39 de Homo sapiens (CAB39L), variante de transcripción 1, ARNm [NM_030925]

A_24_P333857: 2,15E-05 7,1 NM_032291 SGIP1 Proteína de interacción 1 (endofilina) tipo GRB2 del dominio SH3 de Homo sapiens (SGIP1), mRNA_[NM_032291]

A_24_P153831: 2,22E-05 5,6 BC022004 CTNNA3 Catenina de Homo sapiens (proteína asociada a cadherina), alfa 3, ARNm (clon ADNc IMAGE: 4823848), cds. completo [BC022004]

A_23_P344194: 2,40E-05 5,2 NM_001013635 LOC387856 Homo sapiens similar a la secuencia expresada AI836003 (LOC387856), ARNm [NM_001013635]

A_23_P92903: 2,45E-05 7,4 NM_031908 C1QTNF2 Proteína 2 relacionada con C1q de Homo sapiens y el factor de necrosis tumoral (C1QTNF2), ARNm [NM_031908]

A_32_P213861: 2,52E-05 3,3 AK124663 C4orf12 fis FLJ42672 ADNc de Homo sapiens, clon BRAMY2026533. [AK124663]

A_23_P213810: 2,66E-05 3,2 NM_015621 CCDC69 69 que contiene el dominio de súper hélice de Homo sapiens (CCDC69), ARNm [NM_015621]

A_23_P92899: 2,70E-05 7,0 NM_031908 C1QTNF2 Proteína 2 relacionada con C1q de Homo sapiens y el factor de necrosis tumoral (C1 QTNF2), ARNm [NM_031908]

Genes regulados por disminución en GIST metastásicos

Genes regulados por disminución en GIST metastásicos

Genes regulados por disminución en GIST metastásicos

A_23_P95634: 2,73E-05 7,7 NM_016599 MYOZ2 Miozenina 2 de Homo sapiens (MYOZ2), ARNm [NM_016599]

A_24_P45481: 2,76E-05 5,2 NM_005465 AKT3 Homólogo 3 del oncogén viral de timoma murino v-akt de Homo sapiens (proteína cinasa B, gamma) (AKT3), variante transcripcional 1, mRNA





: [NM_005465]

A_23_P139891: 3,33E-05 4,8 NM_012306 FAIM2 Molécula 2 inhibidora apoptótica de Fas de Homo sapiens (FAIM2), ARNm [NM_012306]

A_23_P325690: 3,73E-05 7,3 NM_144698 ANKRD35 Dominio de repetición de anquirina 35 de Homo sapiens (ANKRD35), ARNm [NM_144698]

A_23_P43810: 4,79E-05 8,1 NM_206943 LTBP1 Proteína de unión 1 beta del factor de crecimiento transformante latente de Homo sapiens (LTBP1), variante transcripcional 1, ARNm [NM_206943]

A_24_P37300: 5,14E-05 9,3 AF052115 AF052115 Secuencia de ARNm clon 23688 de Homo sapiens. [AF052115]

A_24_P381499: 7,11E-05 4,3 NM_152436 GLIPR1L2 2 tipo 1 relacionado con patogénesis GLI de Homo sapiens (GLIPR1L2), ARNm [NM_1152436]

A_23_P96285: 7,67E-05 7,0 NM_022912 REEP1 Proteína 1 accesoria del receptor de Homo sapiens (REEP1), ARNm [NM_022912]

A_23_P64510: 8,17E-05 3,8 NM_024557 RIC3 Resistencia a inhibidores del homólogo 3 de colinesterasa de Homo sapiens (C. elegans) (RIC3), ARNm [NM_024557]

A_23_P364024: 8,78E-05 3,2 NM_006851 GLIPR1 1 relacionado con la patogénesis GLI de Homo sapiens (glioma) (GLIPR1), ARNm [NM_006851]

A_32_P73991: 9,58E-05 7,1 THC2667995 THC2667995

A_24_P390096: 9,75E-05 3,5 NM_006851 GLIPR1 1 relacionado con la patogénesis GLI de Homo sapiens (glioma) (GLIPR1), ARNm [NM_006851]

A_32_P440667: 1,00E-04 5,6 AK000774 AK000774 fis FLJ20767 de ADNc de Homo sapiens, clon COL06986. [AK000774]

A_24_P278747: 1,05E-04 7,8 NM_001759 CCND2 Ciclina D2 de Homo sapiens (CCND2), ARNm [NM_001759]

A_23_P213288: 1,11E-04 3,1 NM_001037582 SCD5 Desaturasa 5 de estearoil-CoA desaturasa de Homo sapiens (SCD5), variante transcripcional 1, ARNm [NM_001037582]

A_23_P150394: 1,21E-04 3,5 NM_022003 FXYD6 Regulador de transporte iónico 6 que contiene el dominio FXYD de Homo sapiens (FXYD6), ARNm [NM_022003]

A_23_P47728: 1,22E-04 5,2 NM_033063 MAP6 Proteína 6 asociada a microtúbulos de Homo sapiens (MAP6), variante transcripcional 1, ARNm [NM_033063]

A_23_P254165: 1,28E-04 9,3 NM_021785 RAI2 2 inducido por ácido retinoico de Homo sapiens (RAI2), ARNm [NM_021785]

A_24_P67350: 1,30E-04 7,0 NM_020689 SLC24A3 Familia del vehículo de soluto 24 de Homo sapiens (intercambiador de sodio/potasio/calcio), miembro 3 (SLC24A3), ARNm [NM_020689]

A_24_P943781: 1,30E-04 3,9 NM_024913 FLJ21986 Proteína hipotética de Homo sapiens FLJ21986 (FLJ21986), ARNm [NM_024913]

A_24_P381505: 1,31E-04 3,5 NM_152436 GLIPR1L2 2 tipo 1 relacionado con patogénesis GLI de Homo sapiens (GLIPR1L2), ARNm [NM_152436]

A_32_P795513: 1,86E-04 11,5 NM_198271 LMOD3 Leiomodina 3 de Homo sapiens (fetal) (LMOD3), ARNm [NM_198271]

A_24_P76821: 1,93E-04 8,4 NM_198271 LMOD3 Leiomodina 3 de Homo sapiens (fetal) (LMOD3), ARNm [NM_198271]

A_23_P75915: 1,99E-04 3,9 AY326436 RIC3 ARNm de isoforma de RIC3 de Homo sapiens (RIC3), cds completa. [AY326436]

A_32_P91005: 2,13E-04 4,4 BM697215 BM697215 UI-E-DX0-ago-c-07-0-UI.r1 UI-E-DX0 clon ADNc UI-E-DX0-ago-c-07-0-UI 5' de Homo sapiens, secuencia de ARNm [BM697215]

A_32_P222695: 2,13E-04 3,2 NM_001001669 FLJ41603 Proteína FLJ41603 de Homo sapiens (FLJ41603), ARNm [NM_001001669]

A_24_P35537: 2,13E-04 4,7 NM_024557 RIC3 Resistencia a inhibidores del homólogo 3 de colinesterasa de Homo sapiens (C. elegans) (RIC3), ARNm [NM_024557]

A_24_P141520: 2,18E-04 3,4 AK022297 AK022297 fis FLJ12235 ADNc de Homo sapiens, clon MAMMA 1001243. [AK022297]

A_32_P174040: 2,20E-04 14,5 THC2675966 THC2675966 Q9F8M7_CARHY (Q9F8M7) DTDP-glucosa 4,6-deshidratasa (Fragmento), parcial (11 %) [THC2697639]

A_23_P5342: 2,23E-04 16,2 NM_018557 LRP1B Proteína 1 B relacionada con lipoproteína de baja densidad de Homo sapiens (eliminada en tumores) (LRP1 B), ARNm [NM_018557]

A_32_P172803: 2,28E-04 3,0 NM_001039580 MAP9 Proteína 9 asociada a microtúbulos de Homo sapiens (MAP9), ARNm [NM_001039580]

A_23_P94840: 2,41E-04 5,2 NM_130897 DYNLRB2 2 tipo roadblock dineína de Homo sapiens, cadena ligera (DYNLRB2), ARNm [NM_130897]

A_23_P19182: 2,61E-04 4,4 NM_016606 REEP2 Proteína 2 accesoria receptor de Homo sapiens (REEP2), ARNm [NM_016606]

A_23_P77304: 2,77E-04 4,2 NM_004644 AP3B2 Complejo de proteína 3 relacionada con el adaptador de Homo sapiens, beta 2 subunidad (AP3B2), ARNm [NM_004644]

A_32_P179998: 2,80E-04 9,5 NM_033053 DMRTC1 Familia C1 tipo DMRT de Homo sapiens (DMRTC1), ARNm [NM_033053]

A_24_P32085: 2,82E-04 3,4 NM_024761 MOBKL2B MOB1 de Homo sapiens, 2B tipo activador de cinasa Mps One Binder (levadura) (MOBKL2B), ARNm [NM_024761]

A_24_P110983: 2,95E-04 4,8 ENST00000366539 AKT3 RAC-gamma serina/treonina-proteína cinasa (EC 2.7.11.1) (RAC-PK-gamma) (Proteína cinasa Akt-3) (Proteína cinasa B, gamma) (PKB gamma) (STK-2). [Fuente: Uniprot/SWISSPROT; Acc: Q9Y243] [ENST00000366539]

A_23_P500892: 3,06E-04 3,7 NM_003320 TUB Homólogo tubby de Homo sapiens (ratón) (TUB), variante transcripcional 1, ARNm [NM_003320]

A_24_P191781: 3,10E-04 4,5 NM_015393 DKFZP564O0823 Proteína DKFZP564O0823 de Homo sapiens (DKFZP564O0823), ARNm [M_015393]

A_24_P97825: 3,61E-04 3,0 NM_015621 CCDC69 69 que contiene el dominio de súper hélice de Homo sapiens (CCDC69), ARNm [NM_015621]

A_32_P50943: 3,76E-04 5,3 THC2734830 THC2734830

A_24_P769588: 3,76E-04 4,2 BQ428696 BQ428696 AGENCOURT_7904751 NIH_MGC_82 Homo sapiens clon ADNc IMAGE: 6105895 5', secuencia de ARNm [BQ428696]

A_24_P810104: 3,79E-04 3,0 AF052141 AF052141 Homo sapiens clon 24626 secuencia de ARNm. [AF052141]

A_24_P942385: 4,28E-04 5,1 AK023797 KIAA0672 fis FLJ13735 ADNc de Homo sapiens, clon PLACE3000155, débilmente similar a ARNm de Homo sapiens para proteína KIAA0672. [AK023797]

A_23_P123848: 4,32E-04 3,2 NM_032552 DAB2IP Proteína de interacción DAB2 de Homo sapiens (DAB2IP), variante transcripcional 1, ARNm [NM_032552]

A_24_P270235: 4,37E-04 5,1 NM_001759 CCND2 Ciclina D2 de Homo sapiens (CCND2), ARNm [NM_001759]

A_24_P149704: 4,62E-04 3,1 NM_138709 DAB2IP Proteína de interacción DAB2 de Homo sapiens (DAB2IP), variante transcripcional 2, ARNm [NM_138709]

A_23_P121665: 4,70E-04 6,6 NM_020777 SORCS2 Receptor 2 que contiene el dominio VPS10 relacionado con sortilina de Homo sapiens (SORCS2), ARNm [NM_020777]

A_23_P133068: 4,72E-04 3,6 NM_001148 ANK2 Anquirina 2 de Homo sapiens, neuronal (ANK2), variante transcripcional 1, ARNm [NM_001148]

A_32_P372337: 4,98E-04 8,3 ENST00000333010 ENST00000333010 Cinasa de Janus y proteína 2 de interacción con microtubulos. [Fuente: Uniprot/SWISSPROT; Acc: Q96AA8] [ENST00000333010]

A_23_P351667: 5,16E-04 10,2 NM_003812 ADAM23 Metalopeptidasa ADAM de Homo sapiens Dominio 23 (ADAM23), ARNm [NM_003812]

A_24_P334300: 5,22E-04 8,5 NM_004113 FGF12 Factor de crecimiento de fibroblasto 12 de Homo sapiens (FGF12), variante transcripcional 2, ARNm [NM_004113]

A_32_P229618: 5,40E-04 4,9 NM_001364 DLG2 Discos de Homo sapiens, homología grande 2, capsina-110 (Drosophila) (DLG2), ARNm [NM_001364]

A_32_P228206: 5,45E-04 3,1 THC2463424 THC2463424 AA348270 EST54713 Hipocampo I Homo sapiens extremo 3' ADNc similar a EST que contiene repetición Alu, secuencia de ARNm [AA348270]

A_32_P21354: 5,47E-04 6,9 THC2688038 THC2688038

A_23_P368154: 5,50E-04 9,4 NM_153703 PODN Podocano de Homo sapiens (PODN), ARNm [NM_153703]

A_24_P84668: 5,85E-04 3,8 NM_015687 FILIP1 Proteína 1 de interacción filamina A de Homo sapiens (FILIP1), ARNm [NM_015687]

A_23_P97990: 7,14E-04 5,3 NM_002775 HTRA1 Serina peptidasa 1 HtrA de Homo sapiens (HTRA1), ARNm [NM_002775]

A_24_P192627: 7,15E-04 3,4 NM_004529 MLLT3 Leucemia mieloide/linfoide o de linaje mixto de Homo sapiens (homólogo trithorax, Drosophila); translocado a 3 (MLLT3), ARNm [NM_004529]

A_23_P110151: 7,49E-04 4,0 NM_031305 ARHGAP24 Proteína de activación de Rho GTPasa de Homo sapiens (ARHGAP24); variante de transcripción 2, ARNm [NM_031305]

A_24_P187799: 7,72E-04 3,4 NM_024913 FLJ21986 Proteína hipotética de Homo sapiens FLJ21986 (FLJ21986), ARNm [NM_024913]

A_32_P60065: 8,02E-04 14,2 NM_004101 F2RL2 2 tipo del receptor del factor de coagulación II (trombina) de Homo sapiens (F2RL2), ARNm [M_004101]

A_23_P127915: 8,60E-04 4,3 NM_030906 STK33 Serina/treonina cinasa 33 de Homo sapiens (STK33), ARNm [NM_030906]

A_23_P54469: 8,63E-04 4,3 NM_45805 ISL2 Factor de transcripción de ISL2 de Homo sapiens, LIM/homeodomaina, (islote 2) (ISL2), ARNm [NM_145805]

A_24_P100996: 8,75E-04 3,6 ENST00000324559 TMEM16E Proteína transmembrana 16E (Proteína de displasia gnatodiafiseal 1). [Fuente: Uniprot/SWtSSPROT; Acc: Q75V66] [ENST00000324559]

A_23_P57155: 8,86E-04 6,6 NM_001819 CHGB Cromogranina B (secretogranina 1) (CHGB) de Homo sapiens, ARNm [NM_001819]

A_24_P380061: 9,14E-04 3,9 NM_031305 ARHGAP24 Proteína de activación de Rho GTPasa 24 (ARHGAP24) de Homo sapiens, variante transcripcional 2, ARNm [NM_031305]

A_23_P382584: 9,27E-04 7,3 NM_001819 CHGB Cromagranina B (secretogranina 1) (CHGB) de Homo sapiens, ARNm [M_001819]

A_32_P310335: 9,32E-04 4,6 AK056079 AK056079 fis FLJ31517 ADNc de Homo sapiens, clon NT2RI2000007. [AK056079]

Con respecto a los 70 genes regulados por disminución, no se identificó ninguna ruta enriquecida significativa. Por el contrario, se observó que 45 de los 227 genes regulados por aumento pertenecían a la firma CINSARC (Figura 6). Además, el análisis de Ontología Génica reveló que las rutas enriquecidas en esta selección de genes (227 genes regulados por aumento metastásicos) eran casi las mismas que las enriquecidas en la firma CINSARC. Realmente, 63 de las 77 (82 %) rutas enriquecidas eran comunes con los genes CINSARC (Tabla 3). 5

Tabla 3: Comparación de rutas enriquecidas (análisis de Ontología Génica) en genes CINSARC y en prueba t comparando tumores de acuerdo con el resultado y con la inactivación de la ruta p16/Rb1.


: CINSARC GIST metastásicos GIST con altercado de la ruta p16/R81 Matriz

Acceso Go: Término GO p-valor corregido Recuento en Selección % en Selección p-valor corregido Recuento en Selección % en Selección p-valor corregido Recuento en Selección % en Selección Recuento en Matriz % en Matriz

GO:00002 79: Fase M 0 39 59,09 0 46 42,20 4,41 E-38 42 36,84 219 1,42

GO:00224 02: proceso del ciclo celular 0 42 63,64 0 46 42,20 4,65E-32 42 36,84 343 2,22

GO:00224 03: fase del ciclo celular 0 41 62,12 0 46 42,20 5,14E-37 42 36,84 267 1,73

GO:00002 78: ciclo celular mitótico 0 38 57,58 9,03E-41 39 35,78 1,08E-32 36 31,58 221 1,43

GO:00070 49: ciclo celular 0 47 71,21 1,44E-40 57 52,29 4,90E-31 54 47,37 584 3,78

GO:00000 87: Fase M del ciclo celular mitótico 0 34 51,52 5,12E-39 38 34,86 3,26E-31 35 30,70 163 1,06

GO:0007 67: mitosis 0 34 51,52 9,10E-38 36 33,03 3,32E-30 33 28,95 160 1,04

GO:00513 01: división celular 0 36 54,55 2,45E-27 32 29,36 1,16E-24 33 28,95 209 1,35

GO:00444 27: parte cromosómica 9,22E-16 14 21,21 7,80E-20 16 14,68 2,36E-11 15 13,16 270 1,75

GO:00007 75: cromosoma, región centromérica 1,53E-16 14 21,21 1,57E-19 16 14,68 3,65E-14 15 13,16 66 0,43

GO:00056 94: cromosoma 9,22E-16 17 25,76 5,47E-19 20 18,35 1,49E-11 20 17,54 318 2,06

GO:00070 59: segregación del cromosoma 1,90E-08 6 9,09 2,43E-17 13 11,93 2,91E-12 7 6,14 58 0,38

GO:00432 28: organelo no unido a membrana 1,83E-23 37 56,06 1,76E-15 35 32,11 1,47E-13 41 35,96 1509 9,77

GO:00432 32: organelo no unido a membrana intracelular 1,83E-23 37 56,06 1,76E-15 35 32,11 1,47E-13 41 35,96 1509 9,77

GO:00073 46: regulación del ciclo celular mitótico 2,43E-17 9 13,64 4,17E-15 8 7,34 1,12E-11 4 3,51 77 0,50

GO:00517 26: regulación del ciclo celular 3,31E-14 19 28,79 4,10E-15 22 20,18 8,55E-11 21 18,42 437 2,83

GO:00056 34: núcleo 2,84E-08 44 66,67 1,39E-12 80 73,39 2,44E-05 82 71,93 3992 25,84

GO:00156 30: citoesqueleto de microtúbulo 2,33E-24 23 34,85 1,33E-11 18 16,51 8,53E-11 18 15,79 314 2,03

GO:00069 96: organización del organelo y biogénesis 6,03E-14 23 34,85 2,30E-11 27 24,77 4,50E-08 25 21,93 979 6,34

GO:00070 17: proceso basado en microtúbulos 2,92E-19 18 27,27 3,38E-11 16 14,68 4,07E-10 17 14,91 178 1,15

GO:00444 46: parte de organelo intracelular 9,22E-16 33 50,00 1,15E-10 31 28,44 1,05E-04 30 26,32 2239 14,49

GO:00444 22: parte de organelo 9,22E-16 33 50,00 1,22E-10 31 28,44 1,12E-04 30 26,32 2244 14,53

GO:00000 70: segregación cromátida hermana mitótica 5,21E-04 2 3,03 3,72E-10 9 8,26 7,51E-06 3 2,63 28 0,18

GO:00008 19: segregación cromátida hermana 6,05E-04 2 3,03 5,39E-10 9 8,26 9,60E-06 3 2,63 29 0,19

GO:00512 76: organización cromosomal y biogénesis 9,76E-04 6 8,55E-10 14 12,84 4,19E-05 9 7,89 347 2,25

GO:00070 51: organización del huso y biogénesis 2,11E-17 10 15,15 9,02E-10 6 5,50 6,38E-07 5 4,39 21 0,14

GO:00062 59: proceso metabólico de ADN 6,01 E-05 10 15,15 1,91E-09 22 20,18 1,74E-05 12 10,53 400 2,59

GO:00058 19: huso 2,37E-22 13 19,70 7,92E-09 10 9,17 1,85E-07 8 7,02 51 0,33

GO:00444 30: parte del cicloesqueleto 4,65E-18 22 33,33 3,50E-08 17 15,60 1,49E-07 17 14,91 548 3,55

GO:00105 64: regulación del proceso del ciclo celular 0,00474 2 3,03 6,07E-08 4 3,67 9,40E-07 4 3,51 45 0,29

GO:0007 88: regulación de la mitosis 0,00152 2 3,03 1,63E-07 4 3,67 1,88E-06 4 3,51 35 0,23

GO:00160 43: organización del componente celular y biogénesis 1,46E-09 23 34,85 1,89E-07 28 25,69 7,19E-05 26 22,81 1450 9,39

GO:00002 26: organización del citoesqueleto de microtúbulo y biogénesis 3,57E-16 12 18,18 2,64E-07 6 5,50 6,19E-05 5 4,39 70 0,45

GO:00071 26: meiosis 0,01027 2 3,03 2,99E-07 7 6,42 6,88E-05 6 5,26 53 0,34

GO:00513 27: Fase M del ciclo celular meiótico 0,01027 2 3,03 2,99E-07 7 6,42 6,88E-05 6 5,26 53 0,34

GO:00513 21: ciclo celular meiótico 0,01113 2 3,03 3,54E-07 7 6,42 7,78E-05 6 5,26 54 0,35

GO:00000 75: punto de control del ciclo celular 7,52E-10 3 4,55 6,47E-07 4 3,67 3,89E-07 1 0,88 41 0,27

GO:00070 10: organización del cicloesqueleto y biogénesis 2,67E-13 18 27,27 1,72E-06 16 14,68 1,88E-06 18 15,79 423 2,74

GO:00062 60: replicación de ADN 0,00227 8 12,12 2,94E-06 11 10,09 2,30E-02 8 7,02 169 1,09

GO:00055 24: unión de ATP 4,57E-10 28 42,42 3,20E-016 36 33,03 8,83E-03 35 30,70 1268 8,21

GO:00325 59: adenil ribonucleótido 5,80E-10 28 42,42 4,22E-06 36 33,03 1,09E-02 35 30,70 1282 8,30

GO:00037 77: actividad del motor de microtúbulos de unión 2,08E-07 9 13,64 1,02E-05 10 9,17 8,79E-07 12 10,53 76 0,49

GO:00305 54: unión de adenil nucleótido 1,80E-09 28 42,42 1,60E-05 36 33,03 3,12E-02 35 30,70 1349 8,73

GO:00432 26: organelo 9,92E-07 54 81,82 1,61E-05 88 80,73 5,91E-02 97 85,09 6717 43,48

GO:00432 29: organelo intracelular 9,92E-07 54 81,82 1,61E-05 88 80,73 5,91 E-02 97 85,09 6715 43,47

GO:00069 74: respuesta al estímulo de daño a ADN 1,86E-05 13 11,93 1,81 E-02 1 0,88 270 1,75

GO:00458 40: regulación positiva de la mitosis 3,96E-05 1 0,92 1,53E-04 1 0,88 9 0,06

GO:00070 18: movimiento basado en microtúbulos 4,49E-08 9 13,64 6,25E-05 10 9,17 8,26E-06 12 10,53 93 0,60

GO:00432 27: organelo unido a membrana 0,002856 44 66,67 6,25E-05 80 73,39 5904 38,22

GO:00432 31: organelo intracelular unido a membrana 0,002850 44 66,67 6,25E-05 80 73,39 5901 38,20

GO:00302 61: condensación de cromosoma 8,82E-05 5 4,59 20 0,13

GO:00058 74: microtúbulo 7,54E-10 14 21,21 1,53E-04 12 11,01 5,35E-04 13 11,40 198 1,28

GO:00070 93: punto de control del ciclo celular mitótico 1,95E-06 3 4,55 1,61E-04 4 3,67 22 0,14

GO:00058 56: citoesqueleto 7,31E-14 23 34,85 1,65E-04 18 16,51 2,41E-07 23 20,18 899 5,82

GO:00058 75: complejo asociado a microtúbulos 4,99E-06 9 13,64 2,84E-04 10 9,17 5,02E-05 8 7,02 110 0,71

GO:00307 05: transporte intracelular dependiente de citoesqueleto 2,58E-07 9 13,64 3,32E-04 10 9,17 6,01 E-05 12 10,53 112 0,73

GO-00444 24: parte intracelular 6,64E-05 55 83,33 3,79E-04 88 80,73 7677 49,70

GO:00500 00: localización de cromosoma 4,16E-04 . 1 0,92 1,42E-03 1 0,88 6 0,04

GO:00513 03: establecimiento de localización del cromosoma 4,16E-04 1 0,92 1,42E-03 1 0,88 6 0,04

GO:00516 56: establecimiento de localización de organelo 5,46E-04 1 0,92 3,04E-03 1 0,88 27 0,17

GO:00062 81: reparación del ADN 5,57E-04 12 11,01 224 1,45

GO:00516 40: localización del organelo 6,68E-04 1 0,92 3,76E-03 1 0,88 28 0,18

GO:00325 53: unión a ribonucleótido 1,01E-07 28 42,42 8,49E-04 36 33,03 1600 10,36

GO:00325 55: unión a purina ribonucleótido 1,01E-07 28 42,42 8,49E-04 36 33,03 1600 10,36

GO:00070 76: condensación de cromosoma mitótica 9,01E-04 5 4,59 16 0,10

GO:00457 87: regulación positiva del ciclo celular 9,01E-04 1 0,92 4,14E-03 1 0,88 16 0,10

GO:00056 22: intracelular 3,09E-04 56 84,85 0,00174 91 83,49 8242 53,35

GO:00037 74: actividad del motor 3,37E-05 9 13,64 0,00183 10 9,17 6,12E-05 13 11,40 137 0,89

GO:00058 76: microtúbulo del huso 7,68E-07 6 9,09 0,00219 5 4,59 1,03E-02 5 4,39 19 0,12

GO:00170 76: unión a purina nucleótido 2,58E-07 28 42,42 0,00219 36 33,03 1669 10,80

GO:00070 52: organización mitótica del huso y biogénesis 6,52E-04 4 6,06 0,01084 2 1,83 3,58E-02 2 1,75 12 0,08

GO:00009 110: citocinesis 0,016369 4 6,06 0,01393 4 3,67 5,72E-02 4 3,51 27 0,17

GO:00063 10: recombinación de ADN 0,01520 4 3,67 73 0,47

GO:00063 23: paquete de ADN 0,02611 5 4,59 111 0,72

GO:00001 66: unión a nucleótido 5,35E-06 28 42,42 0,04644 36 33,03 1913 12,38

GO:00070 94: punto de control del huso del ciclo celular mitótico 0,04644 3 2,75 6 0,04

GO:00315 77: punto de control del huso 0,04644 3 2,75 6 0,04

GO:00007 76: cinetocoro 0,00036 4 6,06 26 0,17

GO:00046 72: actividad de proteína cinasa 0,01408 11 16,67 566 3,66

GO:00046 74: actividad de proteína serina/treonina cinasa 0,00054 11 16,67 403 2,61

GO:00055 15: unión a proteína 0,00105 40 60,61 6165 39,91

GO:00058 13: centrosoma 0,00175 4 6,06 68 0,44

GO:00058 15: centro de organización de microtúbulo 0,00022 4 6,06 79 0,51

GO:00062 70: inicio de replicación de ADN 0,00741 4 6,06 22 0,14

GO:00064 68: aminoácido de proteína 0,01889 12 18,18 584 3,78

GO:00070 89: punto de control de inicio transversal de fosforilación del ciclo celular mitótico 0,00529 3 4,55 6 0,04

GO:00070 96: regulación de salida de mitosis 0,03771 1 1,52 11 0,07

GO:00099 87: proceso celular 0,00000 60 90,91 9867 63,87

GO:00199 32: señalización mediada por el segundo mensajero 0,03778 7 10,61 182 1,18

GO:00329 91: complejo macromolecular 0,04542 15 22,73 1992 12,89

GO:00432 34: completo de proteína 0,03040 15 22,73 1493 9,66

GO:00480 15: señalización mediada por fosfoinositida 0,00030 7 10,61 83 0,54

GO:00513 25: interfase 0,00202 6 9,09 70 0,45

GO:00513 29: interfase del ciclo celular mitótico 0,00163 6 9,09 67 0,43

Además, el análisis de enriquecimiento génico de los 182 genes no incluido en CINSARC mostró que este conjunto de genes también se enriqueció por los genes implicados en las mismas rutas que los genes CINSARC, es decir, control de la mitosis e integridad cromosómica (Tabla 4).

Tabla 4: Análisis de Ontología Génica de los 182 genes expresados diferencialmente entre GIST con o sin metástasis y no incluidos en la firma CINSARC

ACCESO GO: Término GO p-valor p-valor corregido Recuento en Selección % en Selección Recuento en Matriz % en Matriz

GO:0022403: fase del ciclo celular 5,72E-21 1,48E-15 22 36,07 267 1,73

GO:0000279: Fase M 2,61E-20 3,37E-15 22 36,07 219 1,42

GO:0007049: ciclo celular 3,45E-19 2,97E-14 29 47,54 584 3,78

GO:0022402: proceso del ciclo celular 2,05E-18 1,32E-13 22 36,07 343 2,22

GO:0044427: parte cromosómica 9,72E-15 5,01E-10 9 14,75 270 1,75

GO:0000278: ciclo celular mitótico 6,57E-14 2,82E-09 15 24,59 221 1,43

GO:0007059: segregación del cromosoma 9,42E-14 3,47E-09 7 11,48 58 0,38

GO:0000087: Fase M del ciclo celular mitótico 1,59E-13 5,11E-09 15 24,59 163 1,06

GO:0005694: cromosoma 1,88E-13 5,39E-09 12 19,67 318 2,06

GO:0007067: mitosis 2,17E-12 5,59E-08 13 21,31 160 1,04

GO:0000775: cromosoma, región centromérica 1,41E-11 3,31 E-07 9 14,75 66 0,43

GO:0006259: proceso metabólico de ADN 9,77E-11 2,10E-06 16 26,23 400 2,59

GO:0051726 GO:0000074: regulación del ciclo celular 4,09E-10 8,06E-06 12 19,67 437 2,83

GO:0000070| GO:0016359: segregación cromátida hermana mitótica 4,38E-10 8,06E-06 6 9,84 28 0,18

GO:0000819: segregación cromátida hermana 5,74E-10 9,86E-06 6 9,84 29 0,19

GO:0051276| GO:0007001| GO:0051277: organización cromosomal y biogénesis 8,43E-10 1,28E-05 9 14,75 347 2,25

GO:0005634: núcleo 8,28E-10 1,28E-05 52 85,25 3992 25,84

GO:0051301: división celular 1,00E-09 1,44E-05 12 19,67 209 1,35

GO:0051327: Fase M del ciclo celular meiótico 1,75E-09 2,26E-05 7 11,48 53 0,34

GO:0007126: meiosis 1,75E-09 2,26E-05 7 11,48 53 0,34

GO:0051321: ciclo celular meiótico 2,05E-09 2,51E-05 7 11,48 54 0,35

GO:0007346: regulación del ciclo celular mitótico 3,66E-08 4,29E-04 3 4,92 77 0,50

GO:0006260: replicación de ADN 1,53E-07 1,72E-03 7 11,48 169 1,09

GO:0006974: respuesta al estímulo de daño a ADN 1,91E-07 2,05E-03 10 16,39 270 1,75

GO:0043232: organelo no unido a membrana intracelular 2,40E-07 2,38E-03 12 19,67 1509 9,77

GO:0043228: organelo no unido a membrana 2,40E-07 2,38E-03 12 19,67 1509 9,77

GO:0010564: regulación del proceso del ciclo celular 4,46E-07 4,25E-03 3 4,92 45 0,29

GO:0006281: reparación del ADN 2,04E-06 1,88E-02 9 14,75 224 1,45

GO:0007076: condensación de cromosoma mitótica 2,95E-06 2,50E-02 4 6,56 16 0,10

GO:0007088: regulación de la mitosis 3,00E-06 2,50E-02 3 4,92 35 0,23

GO:0044446: parte de organelo intracelular 2,98E-06 2,50 E-02 9 14,75 2239 14,49

GO:0044422: parte de organelo 3,13E-06 2,52E-02 9 14,75 2244 14,53

GO:0006996: organización del organelo y biogénesis 4,43E-06 3,46E-02 9 14,75 979 6,34

GO:0030261|GO:0000068: condensación de cromosoma 7,69E-06 5,51 E-02 4 6,56 20 0,13

GO:0006310: recombinación de ADN 8,03E-06 5,60E-02 5 8,20 73 0,47

AURKA es un marcador significativo de pronóstico de metástasis

Se aprovecharon los resultados del análisis supervisado para ensayar la posibilidad de reducir la firma CINSARC. Entre los genes significantes de clasificación superior clasificados en la prueba t supervisada, AURKA (Aurora cinasa A, denominada previamente STK6 o STK15) fue el mejor gen clasificado que también pertenecía a la firma 5 CINSARC (Tabla 1). Se ensayó así si AURKA en solitario podría predecir resultados, así como CINSARC y se estratificaron muestras de acuerdo con su expresión de AURKA (con la expresión media de 9,13 como límite, tabla 5).

Tabla 5. Expresión de p16 y RBI medida por matriz de expresión y por RT-qPCR. Los datos de la matriz de expresión se transforman en log2 y los datos de RT-qPCR son la diferencia entre los CT del gen ensayado y los genes de referencia, lo que significa cuando mayor es el valor, menor es la expresión. Las expresiones elevadas se indican en color rojo y las expresiones bajas en color verde. Los datos clínicos principales y los resultados se indican a partir de la tabla 1. Número de copias de p16 y RBI: 2 = sin deleción detectable; 1 = deleción hemicigótica, * = indica mutación de truncamiento; 0 = sin copia, nd = no realizado

: Expresión (Agilent) CGH Número de copias de CDKN2A/2B y RJB Histología Anotación Mutación KIT y PDGFRA

GIST: CINSARC Clasificación CINSARC AURKA Estratificación AURKA número de Alt Nbr Cht Alt2-mbre cht Índice Genómico IG>10 o A>9,13 p14 p16 p25 RB1 AFIP Sitio primario de tumor Recurrencia local Metástasis Gen mutado Mutación

GIST1: 8,68 C1 8,12 A1 3 3 3 GI1 AG1 2 2 2 1 alto riesgo estómago No No P18 p.D842V

GIST10: 7,95 C1 8,56 A1 5 4 6,25 GI1 AG1 2 2 2 2 bajo riesgo intestino delgado No No K11 p.V560D

GIST13: 8,84 C1 8,05 A1 2 2 2 GI1 AG1 2 2 2 2 intermedio estómago No No K11 p.W557R

GIST15: 9,37 C1 7,89 A1 4 3 5,33 GI1 AG1 2 2 2 2 bajo riesgo estómago No No K11 p.V559D

GIST18: 8,93 C1 9,05 A1 6 4 9 GI1 AG1 2 2 2 2 intermedio duodeno No No K11 p.L576P

GIST21: 9,41 C1 8,66 A1 2 2 2 GI1 AG1 2 2 2 2 intermedio estómago No No K11 p.L576P

GIST23: 8,42 C1 8,39 A1 0 0 0 GI1 AG1 nd nd nd 2 bajo riesgo intestino delgado No No P12 p.Y555C

GIST24: 9,04 C1 8,23 A1 4 4 4 GI1 AG1 2 2 2 2 bajo riesgo peritoneo No No K11 p.T574_R586insK

GIST27: 8,67 C1 7,75 A1 1 1 1 GI1 AG1 2 2 2 2 alto riesgo estómago No No K11 p.K581_S590dup

GIST30: 8,31 C1 7,62 A1 2 2 2 GI1 AG1 2 2 2 2 intermedio estómago No No K11 p.L576_R588dup

GIST32: 9,15 C1 8,09 A1 1 1 1 GI1 AG1 2 2 2 2 intermedio estómago No No K11 p.W557R

GIST33: 9,02 C1 8,55 A1 3 3 3 GI1 AG1 2 2 2 2 muy bajo estómago No No P18 p.D842V

GIST36: 8,34 C1 7,61 A1 1 1 1 GI1 AG1 2 2 2 2 muy bajo estómago No No K11 p.V559D

GIST40: 8,52 C1 7,80 A1 1 1 1 GI1 AG1 2 2 2 2 bajo riesgo estómago No No K11 p.P573_T574dup; T574dup; Q575_R586dup

GIST43: 9,12 C1 8,01 A1 1 1 1 GI1 AG1 2 2 2 2 muy bajo estómago No No K11 p.T574_R586dup

GIST44: 9,37 C1 8,41 A1 5 3 8,33 GI1 AG1 2 2 2 2 bajo riesgo estómago No No K11 p.Q556_V559del

GIST46: 9,20 C1 8,60 A1 5 3 8,33 GI1 AG1 2 2 2 2 muy bajo intestino delgado No No K11 p.Q556_V559del

GIST48: 8,17 C1 8,14 A1 8 7 9,14 GI1 AG1 2 2 2 2 bajo riesgo intestino delgado No No K11 p.M552_E561del

GIST49: 9,35 C1 8,93 A1 7 5 9,8 GI1 AG1 2 2 2 2 muy bajo estómago No No K11 p.E554_K558del

GIST50: 7,67 C1 8,36 A1 7 6 8,17 GI1 AG1 1 1 1 2 alto riesgo intestino delgado No No K11 p.M552_E554delinsK

GIST51: 9,31 C1 8,33 A1 0 0 0 GI1 AG1 2 2 2 2 muy bajo estómago No No K11 p.W557R

GIST55: 8,70 C1 7,72 A1 5 4 6,25 GI1 AG1 2 2 2 2 muy bajo estómago No No K11 p.D572_D579dupinsL

GIST60: 9,21 C1 8,77 A1 1 1 1 GI1 AG1 2 2 2 2 muy bajo estómago No No P18 p.D842V

GIST62: 9,47 C1 8,30 A1 1 1 1 GI1 AG1 2 2 2 2 muy bajo estómago No No K11 p.N566_P573del

GIST64: 9,31 C1 8,60 A1 5 5 5 Gil AG1 2 2 2 2 bajo riesgo intestino delgado No No K11 p.V560D

GIST66: 8,47 C1 8,82 A1 7 6 8,17 Gil AG1 1 1 1 2 bajo riesgo duodeno No No K11 p.V559G

GIST8: 8,90 C1 7,71 A1 1 1 1 Gil AG1 2 2 2 2 bajo riesgo estómago No No K11 p.W557_K558del

GIST59: 7,93 C1 7,31 A1 8 6 10,7 GI2 AG2 2 2 2 2 muy bajo estómago No No K11 p.N567_L576delinsKE homo

GIST65: 8,30 C1 8,69 A1 20 11 36,36 GI2 AG2 1 1 1 2 intermedio intestino delgado No No K13 p.K642E

GIST67: 7,99 C1 7,35 A1 11 6 20,17 GI2 AG2 2 2 2 2 bajo riesgo estómago No No K11 p.V560d

GIST39: 8,80 C1 8,88 A1 12 11 13,09 GI2 AG2 1 1 1 2 intermedio estómago No Sí K11 p.W557_V559delins F

GIST25: nd nd nd nd 0 0 0 Gil nd 2 2 2 2 muy bajo estómago No No P18 p.D842V

GIST7: nd nd nd nd 1 1 1 Gil nd 2 2 2 2 intermedio estómago No No K11 p.W557_E561del

GIST52: 9,50 C2 8,32 A1 nd nd nd nd nd 2 2 2 nd muy bajo estómago No No K11 p.P573_H580ins

GIST12: 9,00 C2 8,66 A1 0 0 0 Gil AG1 2 2 2 2 alto riesgo retroperitoneo No No WT WT

GIST29: 9,65 C2 8,48 A1 2 2 2 Gil AG1 2 2 2 2 intermedio estómago No No K11 p.D572_T574dup

GIST31: 9,07 C2 8,51 A1 3 3 3 Gil AG1 2 2 2 2 bajo riesgo estómago No No P18 p.I843_D846del

GIST4: 9,63 C2 9,06 A1 2 2 2 Gil AG1 2 2 2 2 bajo riesgo estómago No No K11 P.V559D

GIST41: 9,38 C2 8,97 A1 1 1 1 Gil AG1 2 2 2 2 bajo riesgo estómago No No P12 p.D561V

GIST45: 9,43 C2 8,84 A1 2 2 2 Gil AG1 2 2 2 2 muy bajo estómago No No P18 p.D842V

GIST35: 9,32 C2 8,85 A1 6 5 7,2 Gil AG1 2 2 2 1 intermedio estómago No No P14 p.N659K

GIST54: 9,50 C2 9,11 A1 2 2 2 Gil AG1 2 2 2 1 muy bajo estómago No No P18 p.D842V

GIST20: 9,60 C2 9,02 A1 9 5 16,2 GI2 AG2 2 2 2 2 alto riesgo pared abdominal No No K11 p.W557R

GIST22: 9,45 C2 9,71 A2 5 4 6,25 Gil AG2 2 2 2 2 intermedio estómago No No P18 p.D842V

GIST42: 9,89 C2 9,50 A2 2 2 2 Gil AG2 1 1 1 2 bajo riesgo estómago No No WT WT

GIST6: 11,51 C2 12,11 A2 13 11 15,36 GI2 AG2 2 2 2 0 alto riesgo intestino delgado Sí No K11 p.E554_K558del

GIST53: 11,01 C2 10,10 A2 4 4 4 Gil AG2 0 0 0 2 intermedio estómago No No K11 p.Q556_I563del

GIST11: 9,79 C2 9,73 A2 9 8 10,13 GI2 AG2 nd nd nd 2 bajo riesgo duodeno No No K11 p.V560A

GIST14: 11,59 C2 11,95 A2 11 8 15,13 GI2 AG2 2 2 2 1 intermedio mesenterio Sí Sí K17 p.N822K

GIST16: 9,60 C2 9,70 A2 8 6 10,67 GI2 AG2 2 2 2 1 alto riesgo yeyuno No Sí K9 p.A502_Y503dup

GIST19: 11,45 C2 12,01 A2 29 17 49,47 GI2 AG2 2 2 2 1 intermedio colon Sí Sí K9 p.A502_Y503dup

GIST2: 9,86 C2 10,22 A2 12 11 13,09 GI2 AG2 2 2 2 1 alto riesgo intestino delgado No Sí K11 p.Y553_Q556del

GIST37: 11,09 C2 11,20 A2 29 15 56,07 GI2 AG2 1 1 1 2 intermedio estómago Sí Sí K11 p.W557_K558del

GIST38: 11,23 C2 10,80 A2 31 17 56,53 GI2 AG2 1 1 1 1 alto riesgo estómago No Sí K11 p.W557_V560delinsF

GIST56: 11,97 C2 13,11 A2 21 13 33,92 GI2 AG2 1 1 1 2 alto riesgo intestino delgado Sí Sí WT WT

GIST61: 12,74 C2 12,89 A2 26 17 39,76 GI2 AG2 1 1 1 1 alto riesgo estómago No Sí P18 p.D842V

GIST63: 10,87 C2 10,70 A2 5 4 6,25 GI2 AG1 1 1 1 2 alto riesgo recto No Sí K11 p.V560D

GIST9: 11,36 C2 11,67 A2 16 10 25,6 GI2 AG2 1 1 1 1 alto riesgo estómago Sí Sí K11 p.V560D

GIST28: 10,73 C2 10,76 A2 14 9 21,78 GI2 AG2 0 0 0 2 alto riesgo estómago No Sí K11 p.W557_V559delinsF

GIST47: 10,32 C2 9,64 A2 22 12 40,33 GI2 AG2 0 0 0 2 alto riesgo estómago No Sí K11 p.E554_D572delinsF

GIST5: 10,45 C2 9,92 A2 5 4 6,25 Gil AG2 0 0 1 2 alto riesgo estómago No Sí K11 p.W557_K558 del

GIST58: 10,86 C2 10,19 A2 17 8 36,13 GI2 AG2 0 0 0 2 alto riesgo estómago No Sí K11 p.W557_K558delinsFP

GIST57: nd nd nd nd 13 10 16,9 GI2 AG1 0 0 0 2 alto riesgo intestino delgado No Sí K11 p.V559D

GIST17: nd nd nd nd 26 13 52 GI2 AG2 0 0 0 2 nd duodeno Sí Sí K11 p.V569_L576del

GIST3: nd nd nd nd 16 10 25,6 GI2 AG2 2 2 2 1 alto riesgo estómago No Sí K11 pV560D

GIST26: nd nd nd nd 11 7 17,29 GI2 AG2 2 2 2 1 intermedio mediastino No No K11 p.K558_V559delinsN homo

GIST34: nd nd nd nd 11 8 15,13 GI2 AG2 2 2 2 1 muy bajo intestino delgado No No K11 p.V560D

Para este fin, se consideró la presente serie de 67 GIST como el conjunto de formación y la de Yamaguchi como el conjunto de validación. Después, los datos de expresión se validaron mediante qRT-PCR y se descubrió una alta correlación entre ambas técnicas (coeficiente de correlación de Pearson = 0,94; P <1 x 10-15). Los análisis de supervivencia revelaron que los dos grupos obtenidos tenían resultados muy diferentes, tanto en el conjunto de formación (serie Presente, MFS: P = 5,31 x 10-11 y DFS: P = 3,61 x 10-12, figura 2a) y en el conjunto de validación 5 (serie de Yamaguchi, MFS: P = 9,5 x 10-4, figura 2b).

La complejidad cromosomal es un factor de pronóstico significativo de GIST

Se ha demostrado previamente que la firma CINSARC se asocia a la complejidad del genoma (18), por lo tanto la 10 pregunta es, si el nivel de alteración del genoma de los GIST se correlaciona con la firma CINSARC y con el pronóstico metastásico. El perfil genómico con matrices que contienen 60.000 oligonucleótidos (véase Material y métodos) se ha realizado en 66 GIST con suficiente calidad del ADN. Se obtuvieron diferentes perfiles, que variaban de sencillo, es decir, sin ningún cambio detectable, a complejos, con ganancias y pérdidas numéricas y segmentarias (figura 3). No se detectó ningún nivel de amplificación elevado en los 66 perfiles con la excepción de 15 un caso con amplificación 5p (GIST17). La mayor parte de las alteraciones implicaban brazos de cromosomas enteros o cromosomas sin reordenaciones. De hecho, cuando únicamente se detectaron unos pocos cambios (menos de ocho), estos siempre afectaron a todos los brazos o los cromosomas, mientras que cuando el perfil estaba compuesto por más de 10 cambios, pudieron observarse ganancias o pérdidas intra-cromosómicas. Para definir un método numérico teniendo en cuenta estos criterios, es decir, el número y tipo de alteraciones, se calculó 20 un Índice Genómico (IG) para cada perfil como se indica a continuación: IG = A2 x C (A = número de alteraciones y C = número de cromosomas implicados). Después, se asignaron los tumores a dos grupos, GI1 o GI2, dependiendo de si su IG era o no superior a 10, respectivamente (Tabla 5). Los análisis Kaplan-Meier de supervivencia libre de metástasis y enfermedad demostraron que esta estratificación dividió los tumores en dos grupos con un resultado muy distinto (figura 4a). Además, esta estratificación genómica puede identificar GIST con diferentes pronósticos 25 metastásicos en el grupo de riesgo intermedio de la clasificación AFIP (9) (figura 4b y c).

El análisis integrativo permite la identificación de un grupo de pacientes sin riesgo

Considerando estos resultados en su conjunto, se construye un algoritmo de decisión en base al IG y la expresión 30 de AURKA. Más específicamente, existe una correlación positiva entre el IG y la expresión de AURKA (correlación de Pearson r = 0,65, figura 7). Se observó que los tumores con expresión de AURKA por debajo de la media y con un IG inferior a 10 nunca desarrollaron metástasis ni recidiva (figura 7, Tabla 5). En este sentido, los análisis Kaplan-Meier MFS y DFS demostraron que los tumores con buenos factores de pronóstico (AG1: Expresión de AURKA <media e IG<10), tienen una MFS en 5 años del 100 %, mientras que los tumores con malos factores de pronóstico 35 (AG2: Expresión de AURKA > media o IG>10) tienen una MFS en 5 años del 23 %, P = 2,61 x 10-8, figura 5). Por lo tanto, este algoritmo conduce a la individualización de un grupo de pacientes sin riesgo (AG1: Expresión de AURKA < 9,13 y IG<10).

La ruta P16/RB1 está relacionada con el pronóstico metastásico. 40

Como resultado de estos hallazgos, se reconsideraron los datos de array CGH para examinar si alguna alteración específica estaba relacionada con el pronóstico de los pacientes. Se comparó la frecuencia de alteración de cada sonda entre los GIST con o sin pronóstico metastásico (figura 8). No se observó ninguna diferencia significativa en las frecuencias de ganancia entre los dos grupos (datos no mostrados). Sin embargo, entre las frecuencias de 45 deleción de alta clasificación en los casos metastásicos, se observó la mayor diferencia para ocho sondas eliminadas en el 78,9 % y el 9,6 % de los casos metastásicos y no metastásicos, respectivamente (figura 8). Todas las sondas se localizan en 9p21 y se dirigen a los loci CDKN2A (3 sondas), CDKN2B (3 sondas) o MTAP (2 sondas). Se observaron deleciones 9p21 en 18 casos (18/66 = 27 %) y entre estos tumores, 13 desarrollaron metástasis (13/18 = 72 %). Estas deleciones implicaban en su totalidad los brazos 9p o se restringían únicamente a los loci 50 CDKN2A/B y se asumió que eran homocigóticas para 7 casos (6/7 con pronóstico metastásico) como se indicó por las relaciones de CGH muy bajas (figura 9). La región eliminada con más frecuencia parecía implicar 3 loci (CDKN2A, CDKN2B y MTAP), pero las deleciones homocigóticas permitieron identificar con más precisión los genes de interés puesto que dos tumores con deleción homocigótica excluyeron MTAP (GIST Nº 5 y Nº 17). Por consiguiente, se comprobó el estado del número de copias de CDKN2A y CDKN2B mediante qPCR genómica y se 55 confirmaron completamente todos los resultados de CGH. En particular, se confirmaron y se refinaron deleciones homocigóticas sospechadas, y se observó que la deleción homocigótica en GIST Nº 5 implicaba únicamente CDKN2A pero no CDKN2B (cuya única copia se conservó) (Tabla 5). Posteriormente, todos los GIST sin deleción homocigótica y de los cuales estaba disponible el ADN (58 casos) se sometieron a secuenciación de CDKN2A. No se detectó ninguna mutación (datos no mostrado) y únicamente se identificaron tres SNP (RS3731249, RS11515 y 60 un SNP silencioso no referenciado: c.*56G>A) en 4, 14 y 20 casos respectivamente. Para cuantificar con precisión las expresiones de p14 y p16 (ambos ARNm hibridado en el mismo (sondas Agilent), se cuantificó la expresión usando sondas específicas para RT-qPCR p14 y p16 (Tabla 5). En todos los tumores sin copia alguna de p16 (7 casos) y en tres tumores con únicamente una copia, el ARNm p16 estaba casi ausente; y no se detectó ninguna proteína por IHC en los dos casos con deleción homocigótica y los tres casos con deleción hemicigótica para los 65 cuales están disponibles bloques histológicos (datos no mostrados). Por lo tanto, la falta de ARNm p16 y/o la

proteína se evidencia en 10 casos, perteneciendo nueva al grupo metastásico (18 casos).

Por lo tanto, se especuló que otra alteración genómica podría conducir a la inactivación de la ruta p16 en los casos sin deleción homocigótica de p16. Se observó una deleción homocigótica y 13 deleciones hemicigóticas del locus RB1 (Tabla 6). 5

Tabla 6: Resultados del análisis CINSARC, expresión de AURKA (A = 9,13 como límite), análisis CGH (IG = 10 como límite) y número de copias de CDKN2A/2B y RBI determinado por qPCR genómica y array CGH, respectivamente (2 = sin deleción detectable; 1 = deleción homocigótica; 0 = sin copia). P = PDGFRA, K = KIT, WT = Tipo salvaje, nd = no realizado 10

: Matriz de Exp. CGH Expresión de p16 Expresión de RB1

GIST: Clasificación CINSARC Estratificación de AURKA Índice genómico AG2 = IG > 10 o A > 9,13 Número de copias de p16 Número de copias de RBI Recurrencia local Metástasis Matriz de ADNc qPCR Matriz de ADNc qPCR

GIST10: C1 A1 GI1 AG1 2 2 No No 10,67 10,13 6,82 6,13

GIST13: C1 A1 GI1 AG1 2 2 No No 8,66 10,21 7,94 4,98

GIST15: C1 A1 GI1 AG1 2 2 No No 8,36 11,80 8,46 4,68

GIST18: C1 A1 GI1 AG1 2 2 No No 11,86 6,89 6,96 5,58

GIST21: C1 A1 GI1 AG1 2 2 No No 12,43 6,81 8,19 4,39

GIST23: C1 A1 GI1 AG1 2 2 No No 8,75 nd 7,00 nd

GIST24: C1 A1 GI1 AG1 2 2 No No 9,26 11,06 8,17 4,91

GIST27: C1 A1 GI1 AG1 2 2 No No 9,57 12,03 7,62 5,32

GIST30: C1 A1 GI1 AG1 2 2 No No 8,68 14,01 7,81 5,20

GIST32: C1 A1 GI1 AG1 2 2 No No 10,90 8,96 8,02 4,45

GIST33: C1 A1 GI1 AG1 2 2 No No 9,31 12,47 7,11 5,53

GIST36: C1 A1 GI1 AG1 2 2 No No 10,39 10,01 7,53 5,08

GIST40: C1 A1 GI1 AG1 2 2 No No 10,02 9,15 8,67 4,35

GIST43: C1 A1 GI1 AG1 2 2 No No 10,75 8,98 7,73 4,84

GIST44: C1 A1 GI1 AG1 2 2 No No 11,23 8,88 7,50 5,52

GIST46: C1 A1 GI1 AG1 2 2 No No 11,06 9,08 7,29 5,68

GIST48: C1 A1 GI1 AG1 2 2 No No 10,08 10,23 8,12 5,16

GIST49: C1 A1 GI1 AG1 2 2 No No 12,40 6,38 8,91 5,08

GIST51: C1 A1 GI1 AG1 2 2 No No 12,80 5,89 7,65 4,94

GIST55: C1 A1 GI1 AG1 2 2 No No 9,44 11,19 7,92 5,10

GIST60: C1 A1 GI1 AG1 2 2 No No 9,53 11,57 7,89 4,98

GIST62: C1 A1 GI1 AG1 2 2 No No 8,32 13,57 8,29 4,35

GIST64: C1 A1 GI1 AG1 2 2 No No 9,10 11,98 8,71 4,41

GIST8: C1 A1 GI1 AG1 2 2 No No 8,78 15,46 7,95 5,15

GIST12: C2 A1 GI1 AG1 2 2 No No 13,31 8,47 8,73 4,21

GIST29: C2 A1 GI1 AG1 2 2 No No 10,65 9,89 8,20 5,16

GIST31: C2 A1 GI1 AG1 2 2 No No 9,03 11,57 7,99 4,79

GIST4: C2 A1 GI1 AG1 2 2 No No 10,27 12,02 7,89 5,10

GIST41: C2 A1 GI1 AG1 2 2 No No 10,04 10,03 7,29 5,46

GIST52: C2 A1 nd nd 2 nd No No 9,72 13,49 7,20 5,30

GIST45: C2 A1 GI1 AG1 2 2 No No 7,44 15,35 6,93 5,77

GIST50: C1 A1 GI1 AG1 1 2 No No 10,70 9,27 8,32 5,95

GIST66: C1 A1 GI1 AG1 1 2 No No 9,85 9,52 7,70 5,39

GIST59: C1 A1 GI2 AG2 2 2 No No 13,72 3,71 7,78 4,30

GIST67: C1 A1 GI2 AG2 2 2 No No 11,94 7,98 7,30 5,36

GIST20: C2 A1 GI2 AG2 2 2 No No 12,89 6,43 8,25 4,32

GIST22: C2 A2 GI1 AG2 2 2 No No 11,59 7,42 8,05 4,91

GIST11: C2 A2 GI2 AG2 nd 2 No No 10,76 9,47 6,87 5,78

GIST65: C1 A1 GI2 AG2 1 2 No No 9,22 9,23 8,06 5,20

GIST25: nd nd GI1 nd 2 2 No No nd nd nd nd

GIST7: nd nd GI1 nd 2 2 No No nd nd nd nd

GIST1: C1 A1 GI1 AG1 2 1 No No 9,96 10,33 6,06 6,93

GIST35: C2 A1 GI1 AG1 2 1 No No 10,42 10,39 6,28 6,75

GIST54: C2 A1 GI1 AG1 2 1 No No 9,39 11,79 6,61 6,02

GIST26: nd nd GI2 AG2 2 1 No No nd nd nd nd

GIST34: nd nd GI2 AG2 2 1 No No nd nd nd nd

GIST42: C2 A2 GI1 AG2 1 2 No No 12,27 12,51 9,02 5,32

GIST53: C2 A2 GI1 AG2 0 2 No No 5,64 14,20 8,40 4,96

GIST6: C2 A2 GI2 AG2 2 0 Sí No 15,17 3,38 4,32 9,01

GIST39: C1 A1 GI2 AG2 1 2 No Sí 11,60 7,25 7,96 5,56

GIST3: nd nd GI2 AG2 2 1 No Sí nd nd nd nd

GIST37: C2 A2 GI2 AG2 1 2 Sí Sí 12,33 7,14 8,68 4,99

GIST63: C2 A2 GI1 AG2 1 2 No Sí 9,38 nd 7,22 nd

GIST38: C2 A2 GI2 AG2 1 1 No Sí 11,89 6,59 7,02 6,42

GIST14: C2 A2 GI2 AG2 2 1 Sí Sí 14,13 3,91 8,91 7,19

GIST16: C2 A2 GI2 AG2 2 1 No Sí 11,73 9,67 7,22 5,47

GIST19: C2 A2 GI2 AG2 2 1 Sí Sí 12,64 8,02 7,22 5,96

GIST2: C2 A2 GI2 AG2 2 1 No Sí 13,77 4,95 7,17 6,76

GIST61: C2 A2 GI2 AG2 1 1* No Sí 14,80 5,18 7,63 7,58

GIST56: C2 A2 GI2 AG2 1 2 Sí Sí 11,96 14,13 8,89 5,05

GIST9: C2 A2 GI2 AG2 1 1 Sí Sí 6,51 12,92 6,97 4,06

GIST57: nd nd GI2 AG1 0 2 No Sí nd nd nd nd

GIST28: C2 A2 GI2 AG2 0 2 No Sí 5,69 15,29 8,01 4,82

GIST47: C2 A2 GI2 AG2 0 2 No Sí 6,08 13,37 7,48 4,80

GIST5: C2 A2 GI1 AG2 0 2 No Sí 3,80 18,20 8,96 5,09

GIST58: C2 A2 GI2 AG2 0 2 No Sí 6,17 14,57 7,89 5,22

GIST17: nd nd GI2 AG2 0 2 Sí Sí nd nd nd nd

Once tumores que albergan deleciones RB1 se clasifican AG2 y ocho desarrollaron metástasis. De forma interesante, los tumores con una deleción homocigótica p16 no tienen ninguna deleción RB1 aunque están muy reordenados. Mediante la secuenciación de PB1 en todos pacientes con ARN y ADN disponible (66 casos) se identificó una mutación (c.1959_1960del/p.Lys653AsnfsX14) en la copia conservada en GIST Nº 61. El análisis 5 qPCR confirmó que los tumores eliminados tenían una expresión significativamente regulada por disminución de RB1 (Tabla 6).

Conclusión:

10

Se demostró que CINSARC es una firma muy potente para predecir el pronóstico metastásico. CINSARC está compuesto por 67 genes que están implicados en la integridad cromosómica y las rutas de control de la mitosis, indicando que dichos mecanismos parecen impulsar el desarrollo de la metástasis en este tipo de tumor, como se demostró recientemente en los sarcomas (18). Esto concuerda con los resultados del enfoque recíproco, que es la identificación de genes expresados de forma diferente entre los GIST con o sin pronóstico metastásico. Realmente, 15 entre los 227 genes regulados por aumento en los 18 tumores metastatizantes, 45 eran habituales con la firma CINSARC y las rutas activadas eran casi todas esquiparables. Estos resultados indican que la integridad genómica y el control de la mitosis son los mecanismos de fijación eficaces subyacentes del desarrollo de la metástasis y, además, que estos mecanismos parecen ser suficientes, o al menos los más fuertes. En este sentido, se demuestra que la expresión del gen de clasificación superior en ambos enfoques, AURKA, es tan eficiente como CINSARC 20 para predecir el pronóstico metastásico en ambas series de GIST.

A raíz de los resultados que demuestran la función central del control de la integridad del genoma, se especuló que un defecto de dichos mecanismos debería conducir a desajustes cromosómicos y que la complejidad genómica resultante también debería predecir el resultado en los GIST. Esto es exactamente lo que se muestra aquí, ya que la 25 estratificación del tumor de acuerdo con un Índice Genómico (IG) de CGH que integra el número de alteraciones y de cromosomas alterados forma dos grupos de resultados claramente distintos. Esto está claramente de acuerdo con los resultados de expresión de AURKA, ya que las pérdidas del cromosoma completo son las alteraciones más frecuentes observadas en los GIST, y se asume que estas se originan de la deficiencia de segregación cromosómica inducida por defectos en los puntos de control de la mitosis, tal como la sobreexpresión de AURKA (34). 30

A diferencia de los resultados de Yamagushi y col., este estudio demuestra que CINSARC, la expresión de AURKA o los valores de pronóstico de CGH son independientes de la ubicación del tumor. Además, como se ha mencionado anteriormente, el significado biológico de CINSARC y su asociación a los cambios genómicos indica claramente que los genes CINSARC están implicados en el progreso maligno y no son sólo una consecuencia del proceso. Esta 35 hipótesis se sostiene por la asociación que se observa aquí entre las deleciones CDKN2A (deleciones homocigóticas en 6 casos y deleciones hemicigóticas en 9 casos entre 18 casos con pronóstico metastásico frente a 5 deleciones hemicigóticas en 48 pacientes no metastásicos), grupos de pronóstico de CINSARC y aparición metastásica. Los estudios previos ya han señalado la asociación potencial de alteraciones CDKN2A o la expresión de p16INK4a con respecto a la progresión tumoral (11-16, 43). No obstante, los datos siguen siendo controvertidos 40 debido principalmente a la falta de una distinción clara del gen dirigido en el locus 9p21. Aún no está claro qué gen de CDKN2A, CDKN2B o MTAP impulsa la asociación a un mal pronóstico. Al nivel genómico, incluso si CDKN2A y 2B parecen eliminarse sistémicamente (37, 44, 45), dos estudios indican que es probable que las deleciones 9p21 se dirijan a gen MTAP y no exclusivamente a CDKN2A y CDKN2B (35, 46). Aquí, los análisis CGH y qPCR genómica demostraron que las deleciones homocigóticas se dirigen específicamente a CDKN2A y que la región 45 común de la deleción excluye CDKN2B y MTAP. Sorprendentemente, no se descubrió ninguna mutación CDKN2A perjudicial en ningún caso de GIST ensayado. Schnieder-Stock y col. (14) informaron de 9 denominadas mutaciones en una serie de 43 GIST. Pero dos de ellas con idénticas y se han detectado en un tumor y su recurrencia, una se

referencia como SNP, dos son mutaciones silenciosas y en un caso no se obtuvo ninguna secuencia interpretable. Por todo ello, los autores evidenciaron únicamente cuatro mutaciones CDKN2A (4/43 = 9 %). De acuerdo con estos datos, se esperaban aproximadamente cinco mutaciones en el estudio y se han identificado tres cambios, dos SNP y un cambio silencioso no referenciado hasta ahora. Una explicación para esta discrepancia podría ser un sesgo muestral, pero es de destacar que se detectaron dos veces más deleciones CDKN2A homocigóticas que las 5 indicadas en el estudio de Schneider-Stock y col. (7/63 frente a 2/43). Siguiendo la idea de que otra alteración exclusiva podría explicar los tumores agresivos (CINSARC C2, AG2) sin la inactivación de p16 se identificaron dos tumores sin copia funcional de RB1 y 12 se regularon por disminución significativamente debido a la pérdida de una copia de RB1 (p-valor). No se detectó ninguna mutación de truncamiento en estos tumores pero se especula que las micro-deleciones, que no se identificaron debido a la resolución más baja de las matrices, podrían explicar esta 10 inactivación, como en los sarcomas (47). Se sostiene en gran medida una aparición exclusiva de alteraciones p16 y RB1 por la observación de que ningún de los tumores con deleción homocigótica CDKN2A alberga una deleción RB1, y entre los 29 GIST con una de estas deleciones, únicamente tres casos albergan ambas deleciones (Tabla 1). En total, la ruta p16/RB1 se inactiva o se regula por disminución en 14/18 (78 %) y en 3/48 (6 %) pacientes con y sin pronóstico metastásico, respectivamente, lo que significa claramente que la inactivación de la ruta p16/RB1 está 15 relacionada con el desarrollo metastásico.

CDKN2A codifica dos proteínas supresoras de tumor claves, p16INK4a y p14ARF, que están implicadas en la regulación de la transición G1 y G2/M del ciclo celular. Juntas, estas proteínas regulan dos puntos de control del ciclo celular importantes, p53 y las rutas RB1 para p14 y p16INK4a, respectivamente. La pérdida de estos genes 20 puede conducir a replicar la senescencia, la inmortalización celular y el crecimiento tumoral (48-51). La mayor parte de los genes CINSARC están bajo el control de transcripción de E2F, que se regula estrictamente por la interacción de RB1. Realmente, RB1 secuestra E2F que se administra tras la fosforilación RB1 por CDK4 (Cinasa dependiente de ciclina 4) y p16INK4a inhibe CDK4. Por lo tanto, estos resultados permiten especular que la inactivación de la ruta p16/RB1 en los GIST, principalmente por deleción, es probablemente la alteración causal que conduce a la 25 sobreexpresión de los genes implicados en el control de la mitosis. Esta desregulación dispara las reordenaciones genómicas celulares hasta que de forma natural se selecciona y se fija una combinación. Por lo tanto, la complejidad genómica resultante y su expresión relacionada confieren a la célula tumoral agresividad y potencial metastásico. Aunque esta hipótesis tiene que validarse experimentalmente en modelos celulares y de ratón, se sostiene por el análisis de expresión de los GIST con o sin ruta p16/RB1 funcional que muestra que 42/225 (19 %) genes regulados 30 por aumento en los GIST sin ruta p16/RB1 funcional son comunes con la firma CINSARC. Además, estos 225 genes están implicados en las mismas rutas que las enriquecidas en las firmas CINSARC y metastásicas (Tabla complementaria 3).

Se ha demostrado que el mesilato de imatinib se dirige a la señalización aberrante de KIT inhibiendo la proliferación 35 y la supervivencia en las células de GIST. Hasta el 2009, la terapia con imatinib estaba limitada a una enfermedad diseminada o avanzada en el momento del diagnóstico. Desde entonces, se ha aprobado un tratamiento adyuvante y ha surgido la necesidad de aplicar criterios de selección para identificar pacientes que puedan beneficiarse de dicha gestión. La selección de pacientes prevista por la FDA (Administración de Alimentos y Medicamentos, Food and Drug Administration) y en menor medida por la EMA (Agencia Europea de Medicamentos, European Medicines 40 Agency) se basa esencialmente en la evaluación del riesgo histológico. Los sistemas de estadificación con base histológica tanto del AFIP (9) como del NIH (8) se aceptan ampliamente como "reglas de oro" al determinar el riesgo metastásico tumoral y para determinar si un paciente con GIST es adecuado o no para la terapia adyuvante con imatinib. Aquí, se muestra que la firma CINSARC y la expresión de AURKA superan la clasificación AFIP (el análisis de supervivencia de acuerdo con la clasificación AFIP se presenta en la figura 4), particularmente cuando se 45 relacionan con el índice genómico de CGH. De particular interés, el Índice Genómico es capaz de distinguir pacientes con buen o mal pronóstico en GIST clasificados como de riesgo intermedio por estos sistemas histopatológicos (que representan aproximadamente el 25 % de los diagnósticos). Más específicamente, entre los 16 casos de riesgo intermedio del AFIP, cuatro desarrollaron metástasis. Estos casos se clasificaron como con mal pronóstico por el IG (figura 4 y Tabla 5). Por lo tanto, el IG establecido en este estudio es una herramienta muy 50 potente para gestionar un paciente con GIST que se beneficiará más probablemente de la terapia, ya que CGH es una técnica que ya se usa en la práctica diaria por un numero creciente de departamentos de patología y puede aplicarse a muestras fijadas en formalina embebidas en parafina (FFPE). Para validar la aplicación técnica del IG, se recoge una mayor cohorte de muestras de GIST FFPE para realizar CGH con ADN de bloques FFPE.

55

Por lo tanto, se proponen dos métodos de decisión posibles para mejorar los sistemas de clasificación del AFIP o del NIH o para reemplazar estos métodos histopatológicos. En primer lugar, al usar las clasificaciones AFIP o NIH, los casos de riesgo intermedio son problemáticos para la gestión terapéutica y los resultados demuestran que el uso del perfil CGH puede resolver fácil y rápidamente tal problema. En segundo lugar, los resultados sugieren que el uso combinado de IG y la expresión de AURKA ofrecen una mejor selección de pacientes para la terapia con imatinib 60 que la clasificación AFIP. Ambos métodos ofrecen tratamientos igualmente eficaces para pacientes con riesgo metastásico, pero la selección basada en CINSARC/AURKA, que es totalmente independiente del investigador, disminuirá uniformemente el número de pacientes, sin riesgo metastásico, que se declararán falsamente aptos para la terapia de imatinib.

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Claims

REIVINDICACIONES

1. Método para la predicción in vitro de la supervivencia y/o el pronóstico metastásico de tumores estromales gastrointestinales (GIST), caracterizado por que comprende la medición del nivel, en una muestra biológica obtenida de un paciente de GIST, de un agrupamiento de polipéptidos o polinucleótidos que consiste en 5 Aurora cinasa A (AURKA), en el que GIST se clasifica en un grupo con alto riesgo de desarrollar metástasis en 5 años, es decir, con un riesgo de desarrollar metástasis en 5 años de más del 80 %, cuando AURKA se regula por aumento en comparación con un grupo sin ningún riesgo de desarrollar metástasis en 5 años, en el que AURKA se regula por disminución e inferior a 9,13, donde 9,13 se calcula a partir de la expresión media de AURKA de muestras tumorales estratificadas. 10
2. Método de acuerdo con la reivindicación 1, en el que dicha medición del nivel del agrupamiento de polipéptidos es una medición del nivel de expresión de un agrupamiento de polinucleótidos que consiste en AURKA.
3. Método de acuerdo con una cualquiera de la reivindicación 1 a 2, que comprende el cálculo del Índice 15 Genómico (IG), es decir, el número y tipo de alteraciones del genoma de GIST, de acuerdo con la fórmula como se indica a continuación:

IG = A2 x C,

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en la que A es el número de alteraciones en el genoma de GIST y C es el número de cromosomas implicados en el GIST.
4. Método de acuerdo con la reivindicación 3, en el que GIST se clasifica en un grupo de supervivencia sin metástasis ni enfermedad cuando AURKA se regula por disminución y el IG es igual o inferior a 10. 25
5. Método de acuerdo con la reivindicación 3, en el que GIST se clasifica en un grupo con bajo riesgo de desarrollar metástasis en 5 años, es decir, con un riesgo de desarrollar metástasis en 5 años igual al 0 %, cuando la expresión de AURKA es igual o inferior a la media de expresión de AURKA y el IG es igual o inferior a 10, siendo dicha media la media de la expresión de AURKA en varios GIST. 30
6. Método de acuerdo con la reivindicación 3, en el que GIST se clasifica en un grupo con alto riesgo de desarrollar metástasis en 5 años, es decir, con un riesgo de desarrollar metástasis en 5 años de más del 75 %, cuando la expresión de AURKA es más de la media de la expresión de AURKA y el IG es más de 10, siendo dicha media la media de la expresión de AURKA en varios GIST. 35