ES2344007T3 - Inhibidores proteina quinasa. - Google Patents

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Laurence H. Hurley
Daruka Mahadevan
Haiyong Han
David J. Bearss
Hariprasad Vankayalapati
Sridevi Bashyam
Ruben M. Munoz
Steven L. Warner
Kimiko Della Croce
Daniel D. Von Hoff
Cory L. Grand
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Arizona's Public Universities
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Abstract

Un compuesto que tiene una estructura seleccionados de (II) o (III): **(Ver fórmula)** o un esteroisomero o de sus sales farmacéuticamente aceptables, donde X es NH, S o O; Z es CH o N; R1 y R2 son iguales o diferentes y son independientemente hidrógeno, hidroxilo Halo, -CN, -NO2, -NH2, -R, -OR, -SCH3, -CF3, -C(=O)OR o -OC(=O)R, donde R es C1-6 alquilo; R3 es hidrógeno o -NH2; L1 es un enlace directo; Cycl1 es: **(Ver fórmula)** L2 es -C(=S)NH- o -C(=S)NH(CH2)-; y Cycl2 es seleccionado de: **(Ver fórmula)** donde W es **(Ver fórmula)**

Description

Inhibidores proteína quinasa.
Antecedentes de la invención Campo de la invención
La presente invención se refiere, en general, a componentes que inhiben la actividad de la proteína quinasa, y a composiciones y métodos correspondientes.
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Descripción de la materia correspondiente
El cáncer (y otras enfermedades hiperproliferativas) se caracteriza por proliferación celular no controlada. Esta pérdida normal de control de proliferación celular a menudo parece ocurrir como el resultado del daño genético a senderos de la célula que controlan el progreso a través del ciclo celular. El ciclo celular consiste de la síntesis del ADN (fase S), división celular o mitosis (fase M), y periodos no sintéticos referidos como brechas 1 (G1) y brecha 2(G2). La fase M esta compuesta de mitosis y citocinesis (separación en dos células). Todos los pasos en el ciclo celular son controlados por una cascada ordenada de la fosforilación de la proteína y varias familias de la proteína quinasa están involucradas en llevar estos pasos de fosforilación. En adición, la actividad de muchas proteínas quinasas se eleva en tumores humanos comparados a tejidos normales y esta actividad de crecimiento puede ser debido a muchos factores, incluyendo los elevados niveles de una quinasa o cambios en la expresión de proteínas coactivadoras o inhibidoras.
Las células tienen proteínas que gobiernan la transición de una fase del ciclo celular a otra. Por ejemplo, las ciclinas son una familia de proteínas de las cuales su concentración aumenta y disminuye por todo el ciclo celular. Las ciclinas se encienden, en el tiempo apropiado, diferentes proteínas quinasas ciclina dependiente (QCD) que fosforilan sustratos esenciales por progresión a través del ciclo celular. La actividad del específico QCD en momentos específicos es esencial para ambas iniciaciones y un progreso coordinado a través del ciclo celular. Por ejemplo, QCD1 es el regulador del ciclo celular más prominente que instrumenta las actividades de la fase M. sin embargo, un numero de de otras proteínas quinasas mitóticas que participan en la fase M han sido identificadas, el cual incluye miembros del polo, aurora, y NEMA (Nunca-En-Mitosis-A) familias y quinasas implicadas en controles mitóticas, salida mitótica y citocinesis.
Las quinasas Aurora son una familia de las quinasas oncogeno serina/treonina que se encuentran en el aparato mitótico (centrosoma, polos del huso bipolar, o medio cuerpo) y regula la realización de la separación del centrosoma, formación del huso bipolar y segregación cromosomita. Tres homólogos humanos de las quinasas Aurora han sido identificados (aurora-1, aurora-2 y aurora-3). Todos comparten un elevado dominio catalítico conservado situado en el extremo carboxilo, pero sus extensiones amino terminales son de una longitud variable sin similitud de secuencia. Las quinasas humanas aurora son expresadas en células proliferadas y son también sobre expresadas en líneas celulares de numerosos tumores incluidos el cáncer de mama, ovario, próstata, páncreas y colon. La quinasa Aurora-2 actúa como un oncogén y transforma ambas células rata1 fibroblástico y ratón NIH3T3 in Vitro, y aurora-2 transforma células de crecimiento NIH 3T3 como tumores en ratones desnudos. El exceso de aurora-2 puede conducir a las células a aneuploidia (un numero anormal de cromosomas) acelerando la perdida de genes supresores de tumores y/o amplificando oncogenes, evento conocido a la contribución de la transformación celular. Células con exceso de aurora-2 pueden escapar del control mitótico, que a su vez puede activar proto-oncogenes inapropiadamente. La regulación de Aurora-2 ha sido demostrada en una serie de líneas celulares de cáncer de páncreas. Adicionalmente, el tratamiento aurora-2 quinasa de oligonucleotidos antisentido ha sido mostrado para causar la detención del ciclo celular y el aumento de la apoptosis. Por tanto, la aurora-2 quinasa es un objetivo atractivo para un diseño racional de la pequeña molécula novel inhibidora para el tratamiento del cáncer y otras condiciones.
El kit-C es una transmembrana receptora perteneciente al subgrupo de tipo 3 de tirosina quinasas receptoras que también incluye receptor de derivado de las plaquetas del factor de crecimiento (RDPFC), receptor del factor 1 estimulante de colonias (F-1EC), y FMS como quinasa tirosina (Flt-3). Tumores del estroma gastrointestinal (TEGI), los cuales son los tumores mesenquimales más comunes del tracto gastrointestinal, ha sido demostrado que con frecuencia sobre expresan el kit-C. TEGIs se cree que se originan en las células intersticiales de Cajal (ClCs) que juegan un rol en el control de la motilidad intestinal. ClCs expresa el kit-c proto oncogén. Cuando el kit-c se une a su ligando factor de célula madre (FCM) y dimeriza con otro receptor kit-c, trans-autofosforilación en tirosinas y se activa un número de vías de señalización posteriores que conduzcan a una respuesta proliferativa. Se cree que estos eventos contribuyen a la inducción de TEGI.
Otros TEGIs están asociados con actividad excesiva del receptor A del derivado de las plaquetas del factor de crecimiento (R-ADPFC), el cual es considerado un jugador clave en la formación del nuevo vaso sanguíneo necesaria para tumores que crecen mas allá de mas de unos milímetros. R-ADPFC es encontrado en estroma y pericitos (células de apoyo para vasos sanguíneos). Los niveles R-ADPFC fueron encontrados para ser aumentado en un número de otros tipos de tumores.
Los investigadores han estudiado los métodos de tratamiento del cáncer que inhibe la tirosina quinasas y otras proteínas implicadas en la transducción de señales no controladas. Por ejemplo, los inhibidores de transducción de señales STI571, SU5614, CT52923 (aquí HPK15) y PD1739 son conocidos por inhibir la actividad de tirosina quinasas Bcr-Abl, kit-c y RDPFC. STI571 (Gleevec; fenilaminopirimidina) es una pequeña molécula inhibidora actualmente usado en la clínica, que bloquea selectivamente el dímero tiroxina quinaza BCR-ABL en leucemia mieloide crónica. Sin embargo, Gleevec también ha sido mostrado para inhibir el kit-c y la tirosina quinasas RDPFC y por tanto puede también ser útil en tumores que sobre expresan estos receptores. Estudios recientes en pacientes con Regis metastático tratados con STI571 han mostrado disminución en el tamaño del tumor en tomografía computarizada y MRI y la respuesta metabólica medida con 19-fluoro-desoxiglucosa tomografía de emisión de positrones (FDG-PET). Sin embargo, Sin embargo, dos ensayos de fase I con STI571 a dosis de 400 mg o 600 mg al día mostró una respuesta parcial en el 54%, enfermedad estable en 34% y progresión de la enfermedad en el 12% de los pacientes evaluados en 1-3 meses. Estas pruebas iniciales indican que aunque una buena parte de respuesta fue inicialmente obtenida, una respuesta completa era muy rara, y pacientes eventualmente desarrollaron enfermedad progresiva. Estudios recientes mostraron que un determinado mutante (V560G) de kit-c es mas sensible a STI571, y un mutante en el dominio kit-c quinasa (D816V) fue resistente. Por lo tanto, el diseño y desarrollo de nuevos inhibidores de mutantes kit-c y/o de RDPFC son necesarios para el tratamiento de TEGI y otras condiciones asociadas con exceso de kit-c y/o actividad RDPFC.
Derivados de quinazolina se han propuesto para la inhibición de la actividad de la proteína quinasa. Por ejemplo, WO 96/09294, WO 96/33981 y EP 0837 063 describe el uso de ciertos componentes de quinazolina como receptores inhibidores tirosina quinasa. En adición, WO 01/21596 propone el uso de derivados de quinazolina para inhibir la quinasa aurora-2.
Lo que sigue siendo necesario, sin embargo, son adicionales y improvistos inhibidores de la actividad de proteínas quinasa, particularmente inhibidores de quinasa aurora-2, kit-c y/o actividad quinasa R-ADPFC. La presente invención rellena estas necesidades y ofrece otras ventajas relacionadas.
Breve resumen de la invención
La invención provee un componente según cualquiera de las reivindicaciones del 1 al 15, una composición según la reivindicación 16, y un uso o componente para el uso según en cualquiera de las reivindicaciones del 17 al 20.
Los componentes revelados en este documento tiene la siguiente estructura (I):
1
incluyendo esteroisómeros, profármacos y sus sales farmacéuticamente aceptables, en donde A es una fracción de anillo seleccionado de:
2
y donde R_{1}, R_{2}, R_{3}, X, Z, L_{1}, Cycl_{1}, L_{2} y Cycl_{2} son definidos aquí.
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Estos componentes tienen utilidad sobre un amplio rango de aplicaciones terapéuticas, y pueden ser usados para tratar enfermedades, como el cáncer, que son mediados al menos en parte por la actividad de la proteína quinasa. En consecuencia, en un aspecto de la invención, los componentes descritos aquí son formulados como composiciones farmacéuticamente aceptables para la administración a un sujeto en necesidad de la misma.
Los métodos son descritos para tratar o prevenir una enfermedad de proteína quinasa mediada, como el cáncer, el método que comprende administrar a un paciente en necesidad de dicho tratamiento una cantidad terapéuticamente efectiva de un compuesto que se describe en este documento o de una composición aceptable farmacéutica que comprende dicho compuesto. En ciertas alternativas la enfermedad de la proteína quinasa mediada es una enfermedad quinasa mediada aurora-2 o una enfermedad mediada kit-c.
Un método para la inhibición de actividad de la proteína quinasa en una muestra biológica es descrito, el método comprende el contacto de la muestra biológica con un componente descrito en este documento, o una composición farmacéuticamente aceptable comprendiendo dicho documento. En algunas alternativas la proteína quinasa es quinasa aurora-2, R-aDPFC o quinasa kit-c.
Un método de inhibición de la actividad de la proteína quinasa en un paciente descrito, el método comprende el administrar al paciente un componente descrito en este documento o una composición farmacéuticamente aceptable comprendiendo dicho componente. En algunas alternativas la proteína quinasa es quinasa aurora-2 o quinasa kit-c.
La invención será evidente en referencia a la siguiente descripción detallada y figuras adjuntas. Hasta el final, ciertas patentes y otros documentos son citados en este documento más específicamente diversos aspectos establecidos en esta invención. Cada uno de estos documentos se incorpora por referencia en su totalidad.
Breve descripción de los dibujos
La Fig. 1 muestra las estructuras generales de componentes ilustrativos alternativos de fórmula (I).
La Fig. 2 muestra la secuencia de la estructura base alineado en el programa Clustal X (programa múltiple de alineamiento, EMBL-EBI, UK) de la proteína catalítica quinasa dominio de aurora-2 (ARK1), aurora-1 (ARK2), bovino cAMP-dependiente PK (1QCD), murino cAMP-dependiente PK (1APM), y C. elegans quinasa twitchin (1KOA). Barras de negro: \alpha-hélices (\alpha1-\alpha11); barras de gris: \beta-hojas (\beta1-\beta11); sombreado y *: residuos idénticos; residuos altamente conservados; y \bullet: residuos similares.
La Fig. 3 muestra el modelo homologico de aurora-2 quinasa. Elementos estructurales secundarios incluyen \alpha-hélice, \beta-hoja, bobina y turnos.
La Fig. 4 muestra las estructuras de la ATP analógica (AMP-PNP) y inhibidores quinasa S/T (estaurosporina, H-89, H-8, H-7, KN-93, ML-7, y 6,7-dimetoxiquinazolina) evaluado por actividades inhibidoras contra aurora-2 quinasa.
La Fig. 5 muestra las estructuras superpuestas de estaurosporina, 6,7-dimetoxiquinazolina, H89, y AMP-PNP acoplado en los bolsillos de unión ATP de aurora-2. El sitio activo de la enzima se recorta.
La Fig. 6 muestra la purina, quinazolina, isoquinazolina y plantillas de anillo indolusado en la búsqueda de LUDI.
La Fig. 7A, muestra estructuras de pirimido ilustrativos [4,5-b]indoles. La Fig. 7B muestra estructuras de benzofuranopirimidinos. La Fig. 7C muestra estructuras de benzotieno ilustrativos [3,2-d]pirimidona. La Fig. 7D muestra estructuras de 6,7-dimetoxiquinazolinas ilustrativas.
La Fig. 8 muestra métodos esquemáticos sintéticos para la fabricación de componentes de fórmula ilustrativos (I).
La Fig. 9 muestra la síntesis esquemática de los componentes HPK 16 y HPK 62.
La Fig. 10 es una barra gráfica mostrando la inhibición de aurora-2 quinasa por componentes ilustrativos (20 \muM) en un ensayo in vitro.
La Fig. 11 gráfica la inhibición de aurora-2 quinasa por cinco componentes en concentraciones diferentes para determinar la concentración proporcionando 50% de inhibición (IC_{50}).
La Fig. 12 muestra las estructuras generales de los compuestos mas ilustrativos de la fórmula (I).
La Fig. 13 muestra la secuencia de la estructura basada en alineaciones en el programa Clustal X (programa múltiple de alineamiento, EMBL-EBI, UK) de la proteína catalítica quinasa dominio de kit-c, PDGDR-\alpha,
PDGFR-\beta, FGFr1, VEGFR2 y BCR-ABL sombreado y * son residuos idénticos; "::" son residuos altamente conservados; y \bullet son residuos similares. La extensiones terminal-N y terminal-C de kit-c no están incluidos en el modelo.
La Fig. 14 muestra el modelo homologico de kit-c ligado al compuesto 1 en el sitio de unión de ATP.
La Fig. 15A, y 15B son modelos de moléculas del sitio de unión de kit-c con dos diferentes compuestos de la técnica, CT52923 ySTI571, respectivamente.
La Fig. 16 muestra la purina, quinazolina, isoquinazolina, pirimido [4,5-b]indoles, benzotieno [3,2-d], benzofuranopirimidinos y estructuras de anillos indol usados en la búsqueda LUDI.
La Fig. 17 muestra las estructuras de nuevos inhibidores 4-pipazinilpirimido [4,5-b]indoles, benzotieno [3,2-d], benzofuranopirimidinos y quinazolina diseñados como los inhibidores kit-c tirosina quinasa.
La Fig. 18A y 18B muestran modelos moleculares del lado activo del foco del kit-c quinasa conteniendo componentes 3 y 1, respectivamente.
La Fig. 19 muestra un modelo molecular desarrollado con un software FlexX. Muestra el acoplamiento y recubrimiento del compuesto 3 y STI571 dentro del lado activo del foco del kit-c quinasa.
La Fig. 20 representa la síntesis de siete compuestos ilustrativos.
La Fig. 21 resume la preparación de los intermediarios 1c y 1d.
Las Figs. 22A, 22B, y 22C muestra gráficamente los resultados in Vitro de la prueba citotoxicidad de TEGI882, MIAPaCa-2 y líneas celulares PANC-1, respectivamente.
La Fig. 23 muestra los efectos del compuesto (II-2-6) en la distribución de ciclo celular de la línea celular del cáncer de páncreas MIA PaCa-2.
La Fig. 24 muestra los efectos del compuesto (II-2-6) en la proliferación de la célula de la línea celular del cáncer de páncreas MIA PaCa-2.
Las Figs. 25A y 25B muestran los efectos del compuesto (II-2-6) en líneas celulares in Vitro citotoxiciti del cáncer de colon, mama, ovario y páncreas.
La Fig. 27 muestra la actividad inhibidora quinasa del compuesto (II-2-6) contra proteínas múltiple quinasas.
Las Figs. 28A y 28B muestran el resultado de las pruebas fosforilato para kit-c y RDPFC-a, respectivamente.
La Fig. 29 muestra la actividad inhibidora de los compuestos ilustrados en la línea celular TEGI, TEGI882.
Descripción detallada de la invención
La presente invención es dirigido generalmente a compuestos útiles como a inhibidores de proteína quinasa y a composiciones y métodos relacionados a estos. Los compuestos de la presente invención son aquellos definidos en cualquiera de las reivindicaciones del 1 al 15. Sin embargo, los compuestos mostrados en este documento tienen la siguiente estructura (I):
3
Incluyendo esteroisómeros, pro fármacos y sus sales farmacéuticamente aceptables, en donde A es una 30 fracción de anillo seleccionado de:
4
y donde:
X es NH, S o O;
Z es CH o N;
R_{1} y R_{2} son lo mismo o diferentes y son independientemente hidrógeno, hidroxilo, halo, -CN, -NO_{2}, -NH_{2}, -R, -OR, SCH_{3}, -CF_{3}, -C(=O)OR O -OC(=O)R, donde R es alquilo o alquilo sustituto;
R_{3} es hidrógeno, -NH_{2}, alquilo, -CN, o -NO_{2}, o R_{3} es -L_{3}-Cycl_{3}
Donde L_{3} es un enlace directo, -S- o -NH-, y Cycl_{3} es un carbociclo, carbociclo sustituido, heterociclo o heterociclo sustituido;
L_{1} es un enlace directo, -NR'-, -OC(=S)NH- o -NHC(=S)O-; donde R' es Ho alquilo;
Cycl_{1} es opcional y, cuando esta presente, es un carbociclo, carbociclo sustituido, heterociclo o heterociclo sustituido;
L_{2} es un enlace directo o -C(=S)NH-, -NHC(=S)-, -NHC(=S)NH-, C(=O)NH-, -NHC(=O)-, -NHC(=O)NH-,
-(CH_{2})n-, NH(CH_{2})n-, -(CH_{2})nNH-, -NHC(CH_{2})nNH-, -C(=S)NH(CH_{2})n-, NHC(=S)(CH_{2})n-, -(CH_{2})nC(=S)
NH(CH_{2})n-, (CH_{2})nNHC(=S)(CH_{2})n-, -NHC(=O)-, -S(=O)_{2}-, -S(=O)_{2}NH-, NHS(=O)_{2}-,
donde n es, en cada caso lo mismo o diferente y independientemente 1, 2, 3 o 4; y
Cycl_{2} es un carbociclo, carbociclo sustituido, heterociclo o heterociclo sustituido.
\vskip1.000000\baselineskip
Salvo indicación contraria en los siguientes términos utilizados en la descripción y las reivindicaciones tienen el significado discutido a Continuación:
"Alquilo" se refiere a un saturado lineal o ramificada de hidrocarburos radicales de uno a seis átomos de carbono, preferentemente de uno a cuatro átomos de carbono, ej., metilo, etilo, propilo, 2-propilo, n-butilo, iso-butilo, ventilo, hexilo, y similares, de preferencia metilo, etilo, propilo, o 2-propilo. Representante de alquilos saturados de cadena incluyen el metilo, etilo, n-propilo, n-butilo, n-pentilo, n-hexilo, y similares; mientras saturados alquilos ramificados incluyen isopropílico, sec-butilo, isobutilo, tert-butilo, isopentilo, y similares. Representante de alquilos cíclicos saturados incluyen ciclopropilo, ciclobutilo, ciclopentilo, ciclohexilo, -CH2-ciclohexilo, y similares mientras que alquilos cíclicos insaturados incluyen ciclopentenilo, ciclohexenilo, -CH2-cy-dohexenilo, y similares. Alquilos cíclicos son también referidos aquí en este documento como un "cicloalquilo". Alquilos insaturados contienen al menos un enlace doble o triple entre átomos de carbono adyacentes (denominado "alquenilo" o "alquinilo", respectivamente). Representante de alquenilos rectos de cadena y ramificados incluyen etilenilo, propilenilo, 1-butenilo, 2-butenilo, isobutilenilo, 1-pentenilo, 2-pentenilo, 3-metilo-1-butenilo, 2-metilo-2-butenilo, 2,3-dimetilo-2-butenilo, y similares; mientras representante de alquinilos rectos de cadena y ramificados incluyen acetilenilo, propinilo, 1-butinilo, 2-butinilo, 1-pentinilo, 2-pentinilo, 3-metilo-1-butinilo, y similares.
"Alquileno" un lineal de hidrocarburos saturados divalente radical de uno a seis átomos de carbono o un hidrocarburo saturado de ramas divalente radical de cinco y cincuenta y siete átomos de carbono, ej., metileno, etileno, 2,2-dimetiletileno, propileno, 2-metilpropileno, butileno, pentileno, y similares, preferible metileno, etileno, o
propileno.
"Cicloalquilo" se refiere a un hidrocarburo cíclico saturado radical de tres a ocho átomos de carbono, ej., ciclopropilo, ciclobutilo, ciclopentilo o ciclohexilo.
"Alcoxil" se refiere a un radical -ORa donde Ra es un alquilo como se define arriba, ej., metoxi, etoxi, propoxi, butoxi y similares.
"Halo" significa fluoro, cloro, bromo, o yodo, preferible fluoro y cloro.
"Haloalquilo" significa alquilo sustituido con uno o mas, preferible uno, dos o tres, lo miso o diferentes átomos de halo, ej., -CH2Cl, -CF3, -CH2CF3, -CH2CCl3, y similares.
"Haloalcoxi" se refiere a un radical -ORb donde Rb es un haloalcoxil como se menciona arriba, ej., trifluorometoxi, tricloroetoxi, 2,2-dicloropropoxi, y similares.
"Acil" se refiere a un radical -C(O)Rc donde Rc es hidrógeno, alquilo, o haloalquilo como se define en este documento, ej., formal, acetilo, trifluoroacetil, butanoil, y similares.
\newpage
"Aril" se refiere a un carbono total monociclico o un anillo fusionado policiclico (i.e., anillos los cuales comparten pares adyacentes de átomos de carbono) grupos de 6 o 12 átomos de carbono que tienen un sistema pi-electono completamente conjugado. Ejemplos, sin limitación, de los grupos aril son fenilo, naftilo y antracenilo. El grupo aril puede ser sustituido o insustituido. Cuando se sustituye, el grupo aril es sustituido con uno o mas, de preferencia uno, dos o tres, incluso mas de preferencia uno o dos sustituyentes independientemente seleccionado del grupo consistente de alquilo, haloaquilo, halo, hidroxi, alcoxi, mercapto, alquiltio, ciano, acil, nitro, fenoxi, heteroaril, heteroariloxi, haloalquilo, haloalcoxi, carboxi, alcoxicarbonilo, amino, alquiloamino y dialquiloamino.
"Heteroaril" se refiere a un anillo monociclico o fusionado (i.e., anillos que comparten un par de átomos adyacentes) grupo de 5 a 12 átomos de anillos conteniendo uno, dos, tres o cuatro heteroátomos de anillo seleccionado de N, O, o S, los átomos de anillo restantes siendo C, y, en adición, que tiene un sistema pi-electron completamente conjugado. Ejemplos, sin limitación, de grupos heteroaril insustituibles son pirrol, furano, tiofeno, imidazol, oxazol, tiazol, pirazol, piridina, pirimidina, quinolina, isoquinolina, purina, triazol, tetrazole, triazina, y carbazol. El grupo heteroaril puede ser sustituido o insustituido. Cuando sustituido, el grupo heteroaril es sustituido con uno o mas, de preferencia uno, dos o tres, incluso mas de preferencia uno o dos sustituyentes independientemente seleccionado del grupo consistente de alquilo, haloalquilo, halo, hidroxi, alcoxi, mercapto, alquiltio, ciano, acil, nitro, haloalquilo, haloalcoxi, carboxi, alcoxicarbonilo, amino, alquiloamino o dialquiloamino.
"Carbociclo" se refiere a un sistema de anillo alifático que tiene de 3 a 14 átomos de anillos. El termino "carbociclo", si saturados o parcialmente saturados, también se refiere a anillos que son opcionalmente sustituidos. El termino "carbociclo" también incluye anillos alifáticos que están fusionados a uno o mas anillos aromáticos o no aromáticos, tal como es un decahidronaftilo o tetrahidronaftilo, donde el radical o punto de adjunción es en el anillo alifático.
"Heterociclo" se refiere a un sistema de anillo cíclico saturado que tiene de 3 a 14 átomos de anillo en el cual uno, dos o tres átomos de anillo son heteroátomos seleccionados de N, O, o S(O)m (donde m es un numero entero de 0 a 2), los átomos de anillo restantes siendo C, donde uno o dos átomos de C pueden opcionalmente ser reemplazados por un grupo carbonilo. El anillo heterociclilo puede ser opcionalmente sustituido independientemente con uno o mas, preferible uno, dos, o tres sustituyentes seleccionados de alquilo (donde el alquilo puede ser opcionalmente sustituido con uno o dos sustituyentes independientemente seleccionados del grupo carboxi o ester), haloalquilo, cicloalquilamino, cicloalquiloalquilo, cicloalquiloaminoalquilo, cicloalquiloalquiloaminoalquilo, cianoalquilo, nitro, ciano, hidroxi, alcoxi, amino, alquilamino, dialquilamino, hidroxialquilo, carboxialquilo, aminoalquilo, alquiloaminoalquilo, dialquiloaminoalquilo, aralquilo, heteroaralquilo, arilo, heteroarilo, aralquilo, heteroaralquilo, saturados o insaturados heterocicloamino, saturados o insaturados heterocicloaminoalquilo, y-CORd (donde Rd es alquilo). En especial el termino heterociclilo incluye, pero no es limitado a, tetrahidropiranilo, 2,2-dimetil-1,3-dioxolano, piperidino, N-metilopiperidinpiperazino-3-il, N-metilopirrolidino-3-il pirrolidino, morfolino, 4 ciclopropilmetilpiperazino, tiomorfolino, tiomorfolino-1-óxido, tiomorfolino-1,1-dióxido de carbono, 4-etiloxicarbonilopiperazino, 3-oxopiperazino, 2-imidazolidona, 2-pirrolidinona, 2-oxohomopiperazino, tetrahidropirimidino-2-, y la de sus derivados. En ciertas reivindicaciones, el grupo heterociclo es opcionalmente sustituido con uno o dos sustituyentes independientemente seleccionado de halo, alquilo, alquilo sustituido con carboxi, ester, hidroxi, alquiloamino, heterocicloamino, saturado o insaturado, heterocicloaminoalquilo, o dialquiloamino saturado o insaturado.
"Opcional" o "opcionalmente" significa que el evento o circunstancia descrita posteriormente puede pero no es necesario que ocurra, y que la descripción incluye instancias donde el evento o circunstancia ocurre e instancias en la cual no. Por ejemplo, "el grupo heterociclico opcionalmente sustituido con un grupo alquilo" significa que el alquilo puede pero no necesita estar presente, y la descripción incluye situaciones donde el grupo heterociclo es sustituido con un grupo alquilo y situaciones donde el grupo heterociclo no es sustituido con el grupo alquilo.
Por último, el término "sustitución", como aquí se utiliza se refiere a cualquiera de los grupos anteriores (por ejemplo, alquilo, arilo, heteroarilo, carbociclo, heterociclo, etc).
donde al menos un átomo de hidrógeno es reemplazado con un sustituyente. En el caso de un sustituyente oxo ("=O") dos átomos de hidrógeno son reemplazados. "Sustituyentes" dentro del contexto de esta invención incluye halogeno, hidroxi, oxo, ciano, nitro, amino, alquiloamino, dialquiloamino, alquilo, alcoxi, tioalquilo, haloalquilo, hidroxialquilo, aril, arilalquilo, arilalquilo sustituido, heteroaril, heteroaril sustituido, heteroarilalquilo, heteroarilalquilo sustituido, heterociclo, heterociclo sustituido, heterocicloalquilo, heterocicloalquilo sustituido, -NReRf, -NReC(=O)Rf, -NReC(=O)NReRf, -NReC(=O)ORf -NReSO_{2}Rf, -ORe, -C(=O)Re-C(=O)ORe, C(=O)NReRf, -OC(=O)NReRf, -SH, -SRa, -SORe, -S(=O)_{2}Re, -OS(=O)_{2}Re, -S(=O)_{2}ORe, donde Re y Rf son iguales o diferentes, y de forma independiente hidrógeno, alquilo, haloalquilo, alquilo sustituido, arilo, arilo sustituido, arilalquilo, arilalquilo sustituido, heteroarilo, heteroarilo sustituido, heteroarilalquilo, sustituido heteroarilalquilo, heterociclo, heterociclo sustituido, heterocicloalquilo o sustituido heterocicloalquilo.
\newpage
En una alternativa, la fracción del anillo A de la estructura (I) es como se muestra arriba en (IA), y los compuestos tienen la siguiente estructura (II):
5
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En otra alternativa, los compuestos más específicos de la estructura (II) son aquellos en que L1 es un enlace directo, y los compuestos tienen la siguiente estructura (II-1);
6
\vskip1.000000\baselineskip
En una alternativa mas específica de la estructura II-1arriba, Cycl_{1} es un heterociclo o un sustituido heterociclo.
En una alternativa mas específica de la estructura II-1arriba, Cycl_{1} es un heterociclo o un sustituido heterociclo, y los compuestos tienen las siguientes estructuras (II-2) a (II-5);
7
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En una alternativa más específica de la estructura (II-2), L2 es también -C(=S) NH-o-C(=S) NHCH2-, y los compuestos tienen las estructuras (II-2-1) y (II -2-2), respectivamente:
8
En alternativas más específicas de la estructura (II-2-1) y (II-2-2) arriba, X es NH y Z es CH.
En alternativas más específicas de la estructura (II-2-1) y (II-2-2) arriba, L_{2} es también -C(=S)NH- o -C(=S)NHCH_{2}.
En alternativas más específicas de la estructura (II-2-1) y (II-2-2) arriba, X es NH, Z es CH, L2 es también -C(=S)NH- o -C(=S)NHCH2-, y los compuestos tienen las siguientes estructuras (II-2-3) y (II-2-4), respectivamente:
9
En alternativas más específicas de la estructura (II-2-3) y (II-2-4) arriba, Cycl_{2} es seleccionado de:
10
donde w es
1000
En alternativas más específicas de la estructura (II-2-3) y (II-2-4), R_{1} y R_{2} son seleccionados de -OCH_{3}, -OH, -Cl, -CF_{3}, o -OC(=O)_{3}, y R_{3} es seleccionado de hidrógeno o -NH_{2}.
En una alternativa mas específica de la estructura (II-2-3), Cycl_{2} es un carbociclo sustituido.
En una alternativa más específica de la estructura (II-2-3), Cycl_{2} es un carbociclo sustituido, y los compuestos tienen la siguiente estructura (II-2-5) abajo:
11
En una alternativa más específica de la estructura (II-2-5), R_{1} y R_{2} son metoxi, R_{3} es H, y el compuesto tiene la siguiente estructura (II-2-6):
12
\vskip1.000000\baselineskip
En una alternativa mas específica de la estructura (II-2-4) arriba, R_{1} y R_{2} son metoxi y R_{3} es hidrógeno.
En una alternativa mas específica de la estructura (II-2-4) arriba, R_{1} y R_{2} son metoxi, R_{3} es hidrógeno, y Cycl_{2} es:
13
\vskip1.000000\baselineskip
y el compuesto tiene la siguiente estructura (II-2-7):
14
\vskip1.000000\baselineskip
En alternativas más específicas de la estructura (II-3), Z es CH y X es NH, y los compuestos tienen la siguiente estructura (II-3-1):
15
\newpage
En alternativas mas específicas de la estructura (II-3-1), R_{1} y R_{2} son metoxi y R_{3} es hidrógeno, y los compuestos tienen la siguiente estructura (II-3-2):
16
\vskip1.000000\baselineskip
En una alternativa más específica de la estructura (II-3-2) arriba, L_{2} es -NHC(=S)NH- o -NHC(=O)- y Cycl_{2} es:
17
En una alternativa mas específica de la estructura (II-1) arriba, Cycl_{1} no esta presente L_{2} es un enlace directo, y Cycl_{2} es un heterociclo o heterociclo sustituido.
En una alternativa mas específica de la estructura (II-1) arriba, Cycl_{1} no esta presente, L_{2} e un enlace directo, Cycl_{2} es un heterociclo sustituido, y los compuestos tienen la siguiente estructura (II-3-3) abajo:
18
En una alternativa más específica de la estructura (II-4) arriba, Z e CH y X es NH, y los compuestos tienen la siguiente estructura (II-4-1):
19
En una alternativa mas específica de la estructura (II-4-1) arriba, R_{1} y R_{2} son metoxi y R_{3} es hidrógeno, y los compuestos tienen la siguiente estructura (II-4-2):
20
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En alternativas mas específicas de la estructura (II-4-2) arriba, L_{2} es -NHC(=O)NH-, NHC(=O)-o -HNC(=S)NH-, y Cycl_{2} es seleccionado de:
21
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donde w es
22
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En una alternativa mas específica de la estructura (II-1) arriba, Cycl_{1} no esta presente, L_{2} es un enlace directo, y Cycl_{2} es un heterociclo o heterociclo sustituido.
En una alternativa mas específica de la estructura (II-1) arriba, Z es CH, X es NH, Cycl_{1} no esta presente, L_{2} es un enlace directo y Cycl_{2} es un heterociclo o heterociclo sustituido.
En una alternativa mas específica de la estructura (II-1) arriba, Z es CH, X es NH, Cycl_{1} no esta presente, L_{2} es un enlace directo y Cycl_{2} es un heterociclo o heterociclo sustituido, y los compuestos tienen la siguiente estructura (II-4-3) abajo:
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23
\vskip1.000000\baselineskip
En una alternativa mas específica de la estructura (II-4-3) arriba, w es -NO_{2}.
En una alternativa más específica de la estructura (II-5) arriba, Z es CH y X es NH, y los compuestos tienen la siguiente estructura (II-5-1):
\vskip1.000000\baselineskip
24
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En una alternativa mas específica de la estructura (II-5-1) arriba, R_{1} y R_{2} son metoxi y R_{3} es hidrógeno, y los compuestos tienen la siguiente estructura (II-5-2):
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25
\vskip1.000000\baselineskip
En una alternativa mas específica de la estructura (II-5-2) arriba, L_{2} es -NHC(=O)- y Cycl_{2} es un carbociclo.
En una alternativa mas específica de la estructura (II-5-2) arriba, L_{2} es -NHC(=O)- y Cycl_{2} es fenilo.
En otra alternativa hay compuestos descritos de la estructura (II) arriba donde L_{1} es -NH- o -OC(=S)NH-, y los compuestos tienen las siguientes estructuras (II-6) y (II-7), respectivamente:
\vskip1.000000\baselineskip
26
\newpage
En una adaptación más específica de la estructura (II-6), Cycl_{1} es un carbociclo o heterociclo, y los compuestos tienen las siguientes estructuras (II-6-1) a (II-6-6):
\vskip1.000000\baselineskip
27
\vskip1.000000\baselineskip
En alternativas más específicas de la estructura (II-6-1) a (II-6-6), Z es CH, X es NH y los compuestos tienen las siguientes estructuras (II-6-7) a (II-6-12):
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28
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En una alternativa mas específica de la estructura (II-6-7) arriba, R_{1} y R_{2} son ambos metoxi, y R_{3} es hidrógeno.
En una adaptación específica de la estructura (II-6-7) arriba, R_{1} y R_{2} son ambos metoxi, R_{3} es hidrógeno, y L_{2} es -NHCH_{2}-, -NHC(=O)- o -NH-.
\newpage
En una adaptación específica de la estructura (II-6-7) arriba, R_{1} y R_{2} son ambos metoxi, R_{3} es hidrógeno, L_{2} es -NHCH_{2}-, -NHC(=O)- o -NH-, y Cycl_{2} es
29
donde w es
30
En una adaptación específica de la estructura (II-6-8) arriba, R_{1} y R_{2} son ambas metoxi, y R_{3} es hidrógeno.
En una alternativa mas específica de la estructura (II-6-8) arriba, R_{1} y R_{2} son ambas mitoxi, R_{3} es hidrógeno, y L_{2} es -NHCH_{2}-, -NHC(=O)- o -NH-.
En una adaptación específica de la estructura (II-6-8) arriba, R_{1} y R_{2} son ambas metoxi, y R_{3} es hidrógeno, L_{2} es -NHCH_{2}-, -NHC(=S)NH-, -NHC(=O)- o -NH-, y Cycl_{2} es:
31
donde w es
32
En una alternativa mas específica de la estructura (II-6-9) arriba, R_{1} y R_{2} son ambos metoxi, y R_{3} es hidrógeno.
En una alternativa mas específica de la estructura (II-6-9) arriba, L_{2} es -NHC(=O)-.
En una alternativa mas específica de las estructuras (II-6-9) arriba, R_{1} y R_{2} son ambos metoxi, y R_{3} es hidrógeno, y L_{2} es -NHC(=O)-.
En una alternativa mas específica de la estructura (II-6-9) arriba, Cycl_{2} es fenilo.
En un compuesto masa especifico de la estructura (II-6-9) arriba, R_{1} y R_{2} son ambos metoxi, R_{3} es hidrógeno. L_{2} es -NHC(=O)-, y Cycl_{2} es fenilo.
En adaptaciones mas específicas de las estructuras (II-6-10), (II-6-11) y (II-6-12) arriba, R_{1} y R_{2} son ambos metoxi, y R_{3} es hidrógeno o -NH_{2}-.
En adaptaciones mas específicas de las estructuras (II-6-10), (II-6-11) y (II-6-12) arriba, L_{2} es -NHC(=S)NH-, -NHC(=S)- o -S(=O)_{2}-.
En adaptaciones mas específicas de las estructuras (II-6-10), (II-6-11) y (II-6-12) arriba, Cycl_{2} es:
33
donde w es -NH_{2}-NO_{2} o.
34
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En alternativas mas específicas de las estructuras (II-6-10), (II-6-11) y (II-6-12) arriba, R_{1} y R_{2} son ambos metoxi, R_{3} es hidrógeno o -NH_{2}, y L_{2} es -NHC(=S)NH-, -NHC(=S)- o -S(=O)_{2}-.
En alternativas mas específicas de las estructuras (II-6-10), (II-6-11) y (II-6-12) arriba, R_{1} y R_{2} son ambos metoxi, R_{3} es hidrógeno o -NH_{2}, L_{2} es -NHC(=S)NH-, -NHC(=S)- o -S(=O)_{2}-, y Cycl_{2} es:
35
\vskip1.000000\baselineskip
donde w es -NH_{2}, -NO_{2} o:
36
En otra alternativa la fracción de anillo A es como se muestra arriba en (I-B), y los compuestos tienen la siguiente estructura (III):
37
En otra alternativa los compuestos de la estructura (III) son aquellas en la cual L_{1} es un enlace directo, teniendo la estructura (III-1) abajo:
38
En una alternativa mas específica de la estructura (III-1) arriba, Cycl_{1} es un heterociclo.
\newpage
En una alternativa más específica de la estructura (III-1) arriba, Cycl_{1} es un heterociclo, y los compuestos tienen la estructura (III-1-1) abajo:
39
En una alternativa más específica de la estructura (III-1-1), R_{1} y R_{2} son seleccionados de hidrógeno, metoxi o hidroxilo, y R_{3} es seleccionado de hidrógeno o -NH_{2}, y los compuestos tienen la siguiente estructura (III-1-2) abajo:
40
En una alternativa más específica de la estructura (III-1-2) arriba, X es S, O o NH, Z es CH o N.
En una alternativa más específica de la estructura (III-1-2) arriba, R_{1}, R_{2} y R_{3} son hidrógeno.
En una alternativa más específica de la estructura (III-1-2) arriba, X es S, O o NH, Z es CH o N, y R_{1}, R_{2} y R_{3} son hidrógeno.
En una alternativa más específica de la estructura (III-1-2) arriba, L_{2} es seleccionado d -C(=S)NH-, -C(=S)-, -C(=S)NHCH_{2}- o -CH_{2}-.
En una alternativa más específica de la estructura (III-1-2) Cycl_{2} es seleccionado de:
41
donde w es
42
En una alternativa más específica de la estructura (III-1-2), X es S, O o NH, Z es CH o N, R_{1}, R_{2} y R_{3} son hidrógeno, y L_{2} es seleccionado de -C(=S)NH-, -C(=S)-, -C(=S)NHCH_{2}- o -CH_{2}-.
En una alternativa más específica de la estructura (III-1-2), X es S, O o NH, Z es CH o N, R_{1}, R_{2} y R_{3} son hidrógeno, L_{2} es seleccionado de -C(=S)NH-, -C(=S)-, -C(=S)NHCH_{2}- o -CH_{2}-, y Cycl_{2} es seleccionado de:
43
\vskip1.000000\baselineskip
donde w es
44
\vskip1.000000\baselineskip
En una alternativa más específica de la estructura (III-1-2) arriba, Z es CH y X es O.
En una alternativa más específica de la estructura (III-1-2) arriba, Z es CH y X es O, y L_{2} es -C(=S)NHCH_{2}-.
En una alternativa más específica de la estructura (III-1-2) arriba, Z es CH y X es O, L_{2} es -C(=S)NHCH_{2}, Cycl_{2} es:
45
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y el compuesto tiene la siguiente estructura (III-1-3):
46
\vskip1.000000\baselineskip
En una alternativa mas específica de la estructura (III-1-2) arriba, Z es N y X es S.
En una alternativa mas específica de la estructura (III-1-2) arriba, Z es N, X es S y R_{1}, R_{2} y R_{3} son hidrógeno.
En una alternativa mas específica de la estructura (III-1-2) arriba, Z es N, X es S y R_{1}, R_{2} y R_{3} son hidrógeno, y L_{2} es -C(=S)NHCH_{2}-.
\newpage
En una alternativa mas específica de la estructura (III-1-2) arriba, Z es N, X es S y R_{1}, R_{2} y R_{3} son hidrógeno, L_{2} es -C(=S)NHCH_{2}-, y Cycl_{2} es:
47
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y el compuesto tiene la siguiente estructura (III-1-4):
48
En una alternativa mas específica de la estructura (III-1-2) arriba, Z es CH y X es O.
En una alternativa mas específica de la estructura (III-1-2) arriba, Z es CH y X es O, R_{1}, R_{2} y R_{3} son hidrógeno.
En una alternativa mas específica de la estructura (III-1-2) arriba, Z es CH y X es O, R_{1}, R_{2} y R_{3} son hidrógeno, y L_{2} es -C(=S)NH-.
En una alternativa más específica de la estructura (III-1-2) arriba, Z es CH y X es O, R_{1}, R_{2} y R_{3} son hidrógeno, y L_{2} es -C(=S)NH-, y Cycl_{2} es:
49
donde w es
50
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y el compuesto tiene la siguiente estructura (III-1-5):
51
En otra adaptación relacionado con el compuesto de la estructura (III) arriba, L_{1} es -NH- o -OC(=S)NH-, y los compuestos tienen estructuras (III-2) y (III-3) abajo.
52
En una alternativa mas específica de la estructura (III-2), R_{1}, R_{2} y R_{3} son hidrógeno, y los compuestos tienen estructuras (III-2-1) y (III-2-2) abajo:
53
En adaptaciones más específicas de las estructuras y (III-2-2) arriba, Cycl_{1} es seleccionado de:
54
En alternativas mas específicas de las estructuras (III-2-1) y (III-2-2) arriba, L_{2} es seleccionado de -NHC(=S)NH-, -NHC(=O)-, -NH-, o -NHCH_{2}-.
En alternativas mas específicas de las estructuras (III-2-1) y (III-2-2) arriba, L_{2} es seleccionado de -NHC(=S)NH-, -NHC(=O)-, -NH-, o -NHCH_{2}-, y Cycl_{2} es seleccionado de un carbociclo o un carbociclo sustituido.
En alternativas más específicas de las estructuras (III-2-1) y (III-2-2) arriba, L_{2} es seleccionado de -NHC(=S)NH-, -NHC(=O)-, -NH-, o -NHCH_{2}-, y Cycl_{2} es seleccionado de:
55
\vskip1.000000\baselineskip
donde w es
56
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En otra adaptación relacionada a la estructura (I), la fracción de anillo A es como se muestra arriba en (I-C), y los compuestos tienen la siguiente estructura (IV):
57
\vskip1.000000\baselineskip
En otra alternativa, estos son compuesto descritos de la estructura (IV) donde L_{1} es un enlace directo, y los compuestos tienen la siguiente estructura (IV-1):
58
En otra alternativa relacionado a la estructura (IV-1), Cycl_{1} es un heterociclo o heterociclo sustituido.
En otra alternativa relacionada a la estructura (IV -1), Cycl_{1} es un heterociclo, y los compuestos tienen la estructura (IV-1-1) abajo:
59
\vskip1.000000\baselineskip
En una adaptación mas específica de la estructura (IV-1-1), R_{1} y R_{2} son ambos metoxi, y R_{3} es hidrógeno.
En una adaptación mas específica de la estructura (IV-1-1), R_{1} y R_{2} son ambos metoxi, y R_{3} es hidrógeno, y los compuestos tienen la estructura (IV-1-2) abajo:
60
En una alternativa mas específica de las estructuras (IV-1-2), L_{2} es -C(=S)NH-.
En una alternativa mas específica de las estructuras (IV-1-2), L_{2} es -C(=S)NH- y Cycl_{2} es:
61
donde w es
62
y el compuesto tiene tiene la siguiente estructura (IV-1-3):
63
En otra adaptación relacionada a los compuestos de la estructura (IV) arriba, L_{1} es -NH-, y estos compuestos de la invención tienen las estructuras IV-2 abajo:
64
En una alternativa más específica de la estructura (IV-2), R_{1} y R_{2} son ambos de metoxi y R_{3} es hidrógeno.
En una alternativa mas específica de la estructura (IV-2), R_{1} y R_{2} son ambos metoxi, R_{3} es hidrógeno, y Cycl_{1} es un heterociclo o heterociclo sustituido.
En una alternativa más específica de la estructura (IV-2), R_{1} y R_{2} son ambos metoxi, R_{3} es hidrógeno, y Cycl_{1} es un heterociclo, y los compuestos tienen la estructura (IV-2-1) abajo:
65
En una adaptación mas específica de las estructuras (IV-2-1), L_{2} es seleccionado de -NHC(=S)NH-, -NH- o
-NHCH_{2}-.
En una adaptación mas específica de las estructuras (IV-2-1), L_{2} no es -NHC(=O)-.
En una adaptación más específica de las estructuras (IV-2-1), L_{2} es seleccionado de -NHC(=S)NH-, -NH- o
-NHCH_{2}- y Cycl_{2} seleccionado de:
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donde w es L_{4}-Cycl_{4}, donde se decide L_{4} es seleccionado de -S(=O)_{2}NH-, -NH-, -NHC(=S)NHCH_{2}-, -NHCH_{2}- o
-NHC(=S)NH-, y donde Cycl_{4} es:
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Los compuestos que tienen la misma fórmula molecular pero difieren en su naturaleza o secuencia de enlace de sus átomos o la adaptación de sus átomos en espacio son denominados "isómeros". Los isómeros que difieren en la adaptación de sus átomos en espacio son denominados "estéreo isómeros". Los estéreo isómeros los cuales no son imágenes especulares uno del otro se denominan "diaesteroisomeros" y estos que no son imágenes especulares superponibles el uno del otro son denominados "enantiómeros". Cuando un compuesto tiene un centro asimétrico, por ejemplo, esta enlazado con cuatro grupos diferentes, un par de enantiómeros es posible. Un enantiómero puede ser caracterizado por la configuración absoluta de su centro asimétrico y es descrito por las reglas de secuencia R y S de Cahn y Prelog (Cahn, R., Ingold, C., y Prelog, V. Angew. Chem. 78: 413-47, 1966; Angew. Chem. Intemat. Ed. Eng.: 5385-415, 511, 1966), o por la manera en la cual la molécula rota el plano de luz polarizada y designada como dextrorotatorio o levorotatorio (i.e., como (+) o (-) isómeros respectivamente). Un compuesto quiral puede existir, ya sea como enantiómero individual o como una mezcla de los mismos. Una mezcla que contenga proporciones iguales de los enantiómeros se llama una "mezcla racémica".
Los compuestos de esta invención puede tener uno o mas centros asimétricos; por tanto estos compuestos pueden ser producidos como estéreo isómeros individuales (R)- o (S)-o como una mezcla de los mismos. A menos que se indique lo contrario, la descripción o el nombramiento de un compuesto particular en la especificación y reivindicaciones se destinan a incluir ambos enantiómeros individuales y sus mezclas, racemico o de lo contrario, en esto. Los métodos para al determinación de estereoquimica y la separación de estéreo isómeros como se conoce en la materia (ver discusión (véase el debate en el cap. 4 de QUIMICA ORGANICA AVANZADA, 4ª edición, marzo, J., John Wiley and Sons, New York, 1992).
Los compuestos de la presente invención puede mostrar el fenómeno de tautomeria e isomerismo estructural. Por ejemplo, los compuestos descritos aquí pueden adoptar una configuración E o Z sobre el doble enlace conectando la fracción 2-indolinone a la fracción pirrole o pueden ser mezcladas de E y Z. esta invención abarca cualquier forma tautimerico o isomerico estructural y sus mezclas el cual posee la habilidad de modelar la actividad de aurora-2 quinasa y no se limita a, ninguna forma tautomerico isomerico estructural.
Se contempla que un compuesto de la presente invención puede ser metabolizada por enzimas en el cuerpo del organismo tal como un ser humano para generar un metabolito que pueda modular la actividad del las proteínas quinasa.
Los compuestos descritos en este documento pueden ser hechos por un experto en este campo de acuerdo con los siguientes esquemas de reacción general, así como por los procedimientos más detallados establecidos en los ejemplos.
Compuestos indol triciclo dirimido sustituido [5,4-b] (de una estructura (I) anterior donde la fracción de anillo A es (I-A)), benzotieno [3,2-d, benzofurano- compuestos pirimidino (de una estructura (I) anterior donde la fracción de anillo A es (I-B)) y compuestos quinazolina (de una estructura (I) anterior donde la fracción de anillo A es (I-C)) puede ser preparado como se indica en general en el esquema 1 a Continuación.
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Esquema 1
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La cloración de fracciones aromáticas de 6-miembros (in) sustituidos pueden ser llevados a cabo en presencia de cloruro de sulfurilo en alrededor de 0ºC. El 4-cloro-benzeno (in)sustituido (2) puede ser nitrados para obtener 1-cloro-(in)sustituido-2-nitrobenzeno (3) con ácido nítrico fumante, preferible que la temperatura no exceda unos 25ºC. Etilo 2-ciano-2-(in)sustituido-2-acetato nitrofenil (4) puede ser preparado por reacción de compuestos 3 con etilocianoacetato en presencia de potasio-tert-butoxido en THF (compuesto producido 4 a 23%). Además los productos pueden ser optimizados en esta fase por reacción de compuestos 3 con presencia de k_{2}CO_{3} en DMF a temperatura de unos 155ºC por 6 horas para dar al etilociano ester alto rendimiento. La reducción del ester 4, puede ser llevado a cabo con exceso de polvo de Zn (4-6 eq) usando condiciones conocidas para dar u etilo 2-amino-5,6-dimetoxi-1H-indol-3-carboxilato (5) sin una parte del producto N-hidroxido.
Ambos el benzofuranopirimidino y el benzotienol[3,2-d]pirimidonas (I-B) pueden ser preparados por alquilación de (in)sustituido-2-cianofenol (11) con bromoacetato de metilo seguido por ciclacion en presencia de NaH y DMSO, para dar el benzofurano (13) en rendimientos cuantitativos. Del mismo modo, el tratamiento de 2-cloronicotinonitrilo (14) con tioglicolato de etilo en presencia de NaH/DMSO da el ester metilo cíclico (15) en buenos rendimientos. La ciclización a conocer dihidro-4h-pirimido[4,5-b]indoles o los congéneres; 3H-benzofurano[3,2-d]pirimido-4-uno y 3H-tieno[3,2-d]dirimido-4-uno al dirimido correspondiente [4,5-b]indol-4-unos respectivamente, pueden realizarse por calentamiento a unos 155 a 220ºC en formamida y metoxico catalítico.
El dihidro-pirimidinas se puede convertir en 4-cloruros (7) en un buen rendimiento con el reactivo de Vilsmeier's (cloruro de oxalil/DMF) o cloruro de tionilo y/o POCl_{3} en solventes dioxanos. Los 4-cloruros pueden ser utilizados en la preparación o bien de 4-amino o 4-piprazino de triciclos sustituidos análogos como se indica en el esquema 1. La condensación de 4-cloruros pueden luego ser llevados a cabo con aminos aromáticos sustituidos para proveer varios compuestos descritos en este documento. La reacción puede ser llevada a cabo en el reflujo de alcohol inferior o de DMA con una cantidad catalítica de gas HCl seco. De igual modo los 4-cloruros pueden reaccionar con piprazina en presencia de piridina a temperatura de reflujo para dar el compuesto 8 en buenos rendimientos. Las quinazolinas de la fórmula de IC se pueden preparar por reacción de (in) sustituido ácido antranílico y formamida a 190ºC para dar los dihidro-quinazolinas. Bajo condiciones similares a la de los triciclitosdihidropirimido-indoles, el 4-cloruro análogo de quinazolinas pueden ser preparados. El sustituyente en la posición R3 se puede obtener por reacción o bien cíclico etilo o esteres de metilo en presencia de cianoacetamida y gas HCl seco para dar a los análogos de guanadina 16 y 17. Estos compuestos pueden ser ciclizado a 3-sustituido triciclico pirimidina en presencia de acuosa NaOH.
Algunos intermediarios que pueden ser utilizados en la preparación de los compuestos de interés se resumen en el esquema 2. Las aminas aromáticas variadas sustituidas pueden ser tratadas con tiofosgeno en CH2Cl2/TEA para dar analógica tiourea 20 en rendimientos moderados. Los compuestos de la fórmula I que tienen 4-análogos piprazina sustituidos pueden prepararse por compuesto de reacción 20 con presencia de TEA o piridina. De igual modo, 4-análogos arilo sustituido puede prepararse utilizando los materiales de partida como se indica en el esquema 1. Los cloruros de arilo diversos sustituidos pueden reaccionar con 1,4-diamino o 1-amino-4-nitrobenzeno bloques de construcción (con, 1,2-heteroatomos en el anillo) en presencia de TEA para dar el compuesto 22.
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Esquema 2
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Un compuesto de la presente invención o una sal farmacéuticamente aceptable de la misma, puede ser administrado como a un paciente humano o puede ser administrado en composiciones farmacéuticas en las cuales los materiales anteriores son mezclados con portadores o excipiente(s) adecuados. Técnicas para la formulación y administración de droga pueden encontrarse, por ejemplo, en CIENCIAS FARMACOLOGICAS DE REMINGTON, Mack Publishing Co. Easton, PA, ultima edición.
Una "composición farmacéutica" se refiere a la mezcla de uno o más de los compuestos descritos aquí en este documento, o sales o profármacos farmacéuticamente aceptables de la misma, con otros componentes químicos, tales como excipientes farmacéuticamente aceptables. El propósito de una composición farmacéutica es facilitar la administración de un compuesto a un organismo.
"Excipiente farmacéuticamente aceptable" se refiere a una sustancia inerte agregado a una composición farmacéutica para facilitar mas la administración de un compuesto. Ejemplos, sin limitación, de excipientes incluido carbonato de calcio, fosfato de calcio, varios azucares y tipos de almidón, derivados de la celulosa, gelatina, aceites vegetales y glicoles de polietileno.
"Sal farmacéuticamente aceptable" se refiere a aquellas sales que retienen las propiedades y efectividad biológica del compuesto de origen. Tales sales pueden incluir: (1) sal de adición de ácido que se obtiene por la reacción de la base libre del compuesto de origen con ácidos inorgánicos como el ácido hidroclórico, ácido hidrobrómico, ácido nítrico, ácido fosforito, ácido sulfúrico, y ácido perclórico y similares, o con ácidos orgánicos tales como el ácido acético, ácido oxálico, ácido málico -(D) o -(L), ácido maleico, metanosulfónico, ácido etanosulfonico, ácido p-toluenosulfonico, ácido salicílico, ácido tartárico, ácido cítrico, ácido succínico o ácido malonico y similares, de preferencia ácido hidroclórico o ácido málico-(L); o (2) sales formadas cuando un protón ácido presente en el compuesto de origen o bien es sustituido por un ion metálico, ej., un ion de metal alcalino, un ion alcalino, o un ión de aluminio; o coordinado con una base orgánica como la etanolamina, dietanolamina, trietanolamina, trometamina, N-metilglucamina, y similares.
El compuesto de la presente invención puede también actuar, o ser diseñado para actuar, como profármacos. Un "profármaco" se refiere a una agente, el cual es convertido en un fármaco de origen in vivo. Los profármacos son algunas veces útiles porque, en algunas situaciones, estos pueden ser más fáciles de administrar que el fármaco de origen. Pueden, por ejemplo, ser biodisponible por vía oral mientras que el fármaco de origen no. El profármaco puede también tener solubilidad mejorada en composiciones farmacéuticas sobre el fármaco de origen. Un ejemplo, sin limitación, de un profármaco puede ser un compuesto de la presente invención, el cual es, administrado como un ester (el "profármaco"), fosfato, amida, carabamate o urea.
"Cantidad terapéuticamente efectiva" se refiere a esa cantidad del compuesto siendo administrado que aliviara en cierta manera uno o mas de los síntomas de la enfermedad en tratamiento. En referencia al tratamiento del cáncer, una cantidad terapéuticamente efectiva se refiere a esa cantidad el cual tiene el efecto de: (1) reducción del tamaño del tumor, (2) inhibición de metástasis del tumor; (3) inhibición del crecimiento del tumor; y/o (4) el alivio de uno o mas síntomas asociados con el cáncer.
El termino "estado mediada por la proteína quinasa" o "enfermedad", como se utiliza aquí en este documento, significa cualquier enfermedad o otra condición perjudicial en la cual una proteína quinasa es conocido por un jugar un papel. El termino "estado mediada por la proteína quinasa" o "enfermedad" también se refiere a aquellas enfermedades o condiciones que son aliviados por tratamiento con un inhibidor de la proteína quinasa. Tales condiciones incluyen, sin limitación, cáncer y otros desordenes hiperproliferativas. En algunas realizaciones, el cáncer es un cáncer de colon, de mama, estomago, próstata, páncreas, o de tejido ovárico.
El termino "condición mediada de aurora-2 quinasa" o "enfermedad", como se usa aquí en este documento, se refiere a cualquier enfermedad u otra condición perjudicial en la cual Aurora es conocida por jugar un papel. El termino "condición mediada de aurora-2 quinasa" o "enfermedad" también se refiere aquellas enfermedades o condiciones que son aliviados por tratamiento con un inhibidor Aurora-2.
El termino "condición mediada de c-kit" o "enfermedad" como se utiliza en este documento, se refiere a cualquier enfermedad o otra condición perjudicial en la cual c-kit es conocido por jugar un papel. El termino "condición mediada de c-kit" o "enfermedad" también se refiere a aquellas enfermedades o condiciones que son aliviados por tratamiento con un inhibidor c-kit. Tales condiciones incluyen, sin limitación, cáncer.
El termino "condición mediada PDGFR-a" o "enfermedad", como se utiliza en este documento, se refiere a cualquier enfermedad o condición perjudicial en la cual PDGFR-a es conocido por jugar un papel. El termino "condición mediada PDGFR-a" o "enfermedad" también se refiere a aquellas enfermedades o condiciones que son aliviados por tratamiento con un inhibidor PDGFR-a. Tales condiciones incluyen, sin limitación, cáncer.
Como se utiliza aquí en este documento, "administrar" o "administración" se refiere a la entrega de un compuesto inventivo o de una sal farmacéuticamente aceptable de las mismas o de una composición farmacéutica conteniendo un compuesto inventivo o una sal farmacéuticamente aceptable de las mismas de esta invención a un organismo con el propósito de prevención o tratamiento de un trastorno relacionado con la proteína quinasa.
Rutas adecuadas de administración pueden incluir, sin limitación, oral, rectal, transmucosa o administración intestinal o intramuscular, subcutánea, intramedular, intratecal, intraventricular directa, por vía intravenosa, inyección intravítrea, intraperitoneal, intranasal o intraocular. En algunas realizaciones, las rutas preferidas de administración son orales e intravenosas.
Alternativamente, uno puede administrar el compuesto en un local en vez quede manera sistemática, por ejemplo, vía inyección del compuesto directamente dentro de un tumor sólido, a menudo en un deposito o una formulación de liberación prolongada.
Además, se puede administrar el fármaco en un objetivo del sistema de suministro de fármaco, por ejemplo, en un liposoma recubiertas con anticuerpos específicos contra el tumor. De esta manera, los liposomas pueden ser blancos y recogidos de forma selectiva por el tumor.
Las composiciones farmacéuticas de la presente invención pueden ser fabricados por procesos muy bien conocidos en la materia, ej., por medio de las mezclas convencionales de los procesos de, disolcion, granulación, formación de gragea, levigar, emulsionantes, encapsulamiento, atrapar o liofilizacion.
Composiciones farmacéuticas para el uso de acuerdo con la siguiente invención deben ser formuladas de cualquier manera convencional usando uno o más portadores fisiológicamente aceptables que comprenden excipientes y auxiliares el cual facilita el proceso de los compuestos activos en preparaciones que pueden ser usados farmacéuticamente. Una formulación adecuada depende sobre la ruta de administración elegida.
Por inyección, los compuestos de la invención puede ser formulado en soluciones acuosas, preferiblemente en buffers fisiológicamente compatibles tales como la solución Hank, solución Ringer, o buffer fisiológicamente salina. Por administración transmucosa, penetrantes adecuados a la barrera para ser penetrado son usados en la formulación. Tales penetrantes son generalmente conocidos en la materia.
Por administración oral, los compuestos pueden ser formulados por combinación de los compuestos activos con transportadores farmacéuticamente aceptables muy bien conocidos en la materia. Tales transportadores habilitan los compuestos de la invención para ser formulados como tabletas, pastillas, comprimidos, grageas, capsulas, líquidos, geles, jarabes, lechadas, suspensiones y similares, para la ingestión oral por un paciente. Preparaciones farmacéuticas para el uso oral se pueden hacer usando un excipiente sólido, opcionalmente moliendo la mezcla resultante, y procesando la mezcla de gránulos, después de agregar otros auxiliares adecuados si se desea, para obtener tabletas o núcleos gragea. Los excipientes útiles son, en particular, rellenos tales como azucares, incluyendo lactosa, sacarosa, manitol o sorbitol, preparaciones de celulosa tales como, por ejemplo, almidón de maíz, almidón de arroz, almidón de trigo y de patata y otros materiales tales como la gelatina, la goma tragacanto, metilcelulosa, hidroxipropilmetilcelulosa, carboximetilcelulosa de sodio, y/o polivinilpirrolidona (PVP). Si se desea, agentes desintegrantes pueden ser agregados, tales como reticulado polivinilpirrolidona, agar, o ácido algenico. Una sal como el sodio alginado puede ser usado.
Núcleos grageas son proporcionados con recubiertas adecuadas. Para este propósito, soluciones de azucares concentrados pueden ser usados los cuales contienen opcionalmente goma arábiga, talco, pirrolidona de vinilo, el gel de Carbopol, glicol de polietileno, y/o dióxido de titanio, las soluciones de laca, y disolventes orgánicos adecuados o mezclas de disolventes. Colorantes o pigmentos pueden añadirse a los comprimidos o revestimientos gragea para la identificación o para caracterizar las diferentes combinaciones de dosis de compuestos activos.
Composiciones farmacéuticas los cuales pueden ser usados oralmente incluye capsulas de push-fit hechos de gelatina, tan bien como suave, capsulas selladas hechas de gelatina y un plastificante, como el sorbitol o glicerol. Las capsulas push-fit pueden contener los ingredientes activos en mezcla con un relleno como la lactosa, una aglutinante como un almidón, y/o un lubricante como un talco o estearato de magnesio y, opcionalmente, estabilizadores. En capsulas suaves, los compuestos activos pueden ser disueltos o suspendido en líquidos adecuados, tales como aceites grasos, parafina liquido, polientiglicoles líquidos. Estabilizadores pueden ser agregados en estas formulaciones, también. Composiciones farmacéuticas que también pueden ser usadas son capsulas de gelatina dura. Las capsulas o pastillas pueden ser envasados en botellas de vidrio marrón o plástico para proteger el compuesto activo de la luz. Los recipientes que contienen el compuesto activo de la formulación de la capsula son almacenados de preferencia en un cuarto de temperatura controlada (15-30ºC).
Para la administración por inhalación, los compuestos para el uso de acuerdo a la presente invención debe ser convenientemente entregado en la forma de un aerosol usando un paquete de presión o un nebulizador y un propulsor adecuado, ej., sin limitación, diclorodifluorometano, Triclorofluorometano, dichlorotetrafluoroetano o dióxido de carbono. En el caso de un aerosol presurizado, la unidad de dosis puede ser controlada proporcionando una válvula para la entrega de una cantidad medida. Capsulas y cartuchos de, por ejemplo, gelatina para el uso en inhaladores o insuflador puede ser formulado conteniendo una mezcla de polvo del compuesto y una base de polvo adecuado tal como lactosa o almidón.
Los compuestos pueden ser también formulados por administración parenteral, ej., por inyección en bolo o infusión Continúa. Formulaciones por inyección puede ser presentada en forma de unidad de dosis, ej., en ampollas o en envases multidosis, con un preservativo agregado. Las composiciones pueden tomar formas como suspensiones, soluciones o emulsiones en vehículos aceitosos o acuosos, y pueden contener materiales formulados como la suspensión, estabilización y/o agentes de dispersión.
Composiciones farmacéuticas para la administración parenteral incluyen soluciones acuosas de una forma soluble en agua, tal como, sin limitación, una sal, del compuesto activo. Adicionalmente, suspensiones de los compuestos activos pueden ser preparados en un vehículo lipofilico. Vehículos lipofilicos adecuados incluyen aceites grasos tales como el aceite de sésamo, esteres sintéticos de ácidos grasos tales como el oleato de etilo y triglicéridos, o materiales tales como los liposomas. Suspensiones de inyección acuosa pueden contener sustancias que incrementan la viscosidad de la suspensión, tales como carboximetilcelulosa de sodio, sorbitol, o dextrano. Opcionalmente, la suspensión puede también contener estabilizadores adecuados y/o gentes que incrementen la solubilidad de los compuestos a permitir para la preparación de soluciones altamente concentradas.
Alternativamente, el ingrediente activo puede ser en forma de polvo para la constitución de un vehículo adecuado, ej., estéril, agua libre de pirógenos, antes de su uso.
Los compuestos pueden también ser formulados en composiciones rectas tales como supositorios o enemas de retención, usando, ej., bases de supositorios convencionales tales como la mantequilla de cacao o otros glicéridos.
En adición a las formulaciones descritas anteriormente, los compuestos pueden también ser formulados como preparaciones de depósito. Tales formulaciones que actúan prolongadamente pueden ser administrados por implantación (por ejemplo, subcutáneamente o intramuscularmente) o por inyección intramuscular. Un compuesto de esta invención puede ser formulado para esta vía de administración con materiales poliméricos o hidrofobitos adecuados (por ejemplo, en una emulsión con aceite farmacológicamente aceptable), con resinas de intercambio ionico, o como un derivado muy poco soluble tal como, sin limitación, una sal muy poco soluble.
Un ejemplo sin limitación de un transportador farmacéutico para los compuestos hidrofobitos de la invención es un sistema cosolvente que comprende alcohol bencílico, un surfactante no polar, un polímero orgánico miscible en agua y una fase acuosa tales como el sistema cosolvente VPD. VPD es una solución de 3% w/V de alcohol bencílico, 8% w/v de el polisorbato 80 surfactante no polar, y 65% w/v polietileno glicol 300, compuesto hasta el volumen en etanol absoluto. El sistema cosolvente VPD (VPD:D5W) consiste de VPD diluido 1:1 con un 5% de dextrosa en solución en agua. Este sistema cosolvente disuelve los compuestos hidrofobitos bien, y el mismo produce baja toxicidad sobre la administración sistemática. Naturalmente, las proporciones de tal sistema cosolvente pueden ser variadas considerablemente sin destruir sus características de solubilidad y toxicidad. Además, la identidad de los componentes cosolventes pueden ser variados: por ejemplo, otros surfactantes de baja toxicidad no polares pueden ser usados en vez del ploisorbato 80, la fracción de tamaño del polietileno glicol puede ser variado, otros polímeros biocompatibles puede reemplazar el polietileno glicol, ej., polivinilpirrolidona, y otros azucares o polisacáridos pueden sustituirse por dextrosa.
Alternativamente, otros sistemas de entrega para los compuestos hidrofobitos farmacéuticos pueden ser empleados. Los liposomas y emulsiones son ejemplos muy bien conocidos de entrega de vehículo o transportadores para fármacos hidrofobitos. En adición, algunos solventes orgánicos tales como dimetilsulfoxido también pueden ser empleados. Aunque a menudo a costas de una gran toxicidad.
Adicionalmente, los compuestos pueden ser entregados usando un sistema de liberación sostenida, tales como matrices semipermeables de primeros hidrofobitos sólidos conteniendo un agente terapéutico. Varios materiales de liberación sostenida han sido establecidos y son bien conocidos por aquellos expertos en la materia. Capsulas de liberación sostenida pueden, dependiendo en su naturaleza química, liberan los compuestos durante unas semanas hasta mas de 100 días. Dependiendo en la naturaleza química y la estabilidad biológica del reactivo terapéutico. Estrategias adicionales para la estabilización de proteínas pueden ser empleados.
Las composiciones farmacéuticas aquí en este documento pueden también comprender sólidos adecuados o una fase de transportadores de gel o excipientes. Ejemplos de tales transportadores o excipientes incluyen, pero no están limitados a, carbonato de calcio, fosfato de calcio, azucares variados, almidones, derivados de celulosa, gelatina, y polímeros tales como polietileno glicoles.
Muchos de los compuestos de modulación de la proteína quinasa de la invención pueden ser proporcionadas como sales fisiológicamente aceptables donde el compuesto reivindicado puede formar las especies cargadas negativamente o positivamente. Ejemplos de sales en la cual el compuesto forma la fracción de carga positiva incluye, sin limitación, amonio cuaternario (definidos en otros lugares aquí), sales tales como el hidrocloruro, sulfato, carbonato, lactato, tartrato, malato, maleato, succinato donde el átomo de nitrógeno del grupo de amonio cuaternario es un nitrógeno del compuesto seleccionado de esta invención el cual ha reaccionado con el ácido apropiado. Sales en la cual un compuesto de esta invención forma las especies de carga negativa incluye, sin limitación, el sodio, potasio, sales de calcio y magnesio formados por reacción de un grupo de ácido carboxílico en el compuesto con una base apropiada (ej., hidróxido de sodio (NaOH), hidróxido de potasio (KOH), hidróxido de calcio (Ca(OH)_{2}), etc).
Composiciones farmacéuticamente adecuadas para uso en la presente invención incluye composiciones donde los ingredientes activos están contenidos en una cantidad suficiente para conseguir el objetivo pretendido, ej., la modulación de la proteína quinasa activa y/o el tratamiento o prevención del trastorno relacionado con la proteína quinasa.
Más específicamente, una cantidad terapéuticamente efectiva se refiere a una cantidad de compuesto efectivo para prevenir, aliviar o mejorar síntomas de enfermedad o prolongar la supervivencia del paciente tratado.
La determinación de una cantidad terapéuticamente efectiva es buena dentro de la capacidad de aquellos expertos en la materia, especialmente en luz de la divulgación detallada proporcionada en este documento.
Para cualquier compuesto usado en los métodos de la invención, la cantidad o dosis terapéuticamente efectiva puede ser estimado inicialmente de los ensayos de cultivo celular. Después, la dosis puede ser formulada para uso en modelos animales a fin de lograr un rango de concentración circular que incluye el IC_{50} como se determina en el cultivo de células (i.e., la concentración del compuesto de prueba el cual logra una inhibición media máxima de la actividad de la proteína quinasa). Tal información puede entonces ser usada para determinar con mayor exactitud las dosis de utilidad en los seres humanos.
Toxicidad y eficacia terapéutica de los compuestos descritos aquí en este documento pueden ser determinados por procedimientos farmacéuticos estándares en cultivos de células o animales experimentales, ej., mediante la determinación de el IC_{50} y el LD_{50} (ambos de los cuales se discuten en otros lugares aquí) para un compuesto de materia. La data obtenida de estos ensayos de cultivos de células y estudios de animales pueden ser usados para formular un rango o dosis para la utilización en seres humanos. La dosis puede variar dependiendo sobre la forma de dosis empleada y la ruta de administración utilizada. La formulación exacta, ruta de administración y dosis pueden ser escogidas por el medico a cargo de la condición de los pacientes. (Ver, ej. GOODMAN & GILMAN'S THE PHARMACOLOGICAL BASIS OF THERAPEUTICS, Ch. 3, 9th ed., Ed. By Hardman, J., y Limbard, L., Mc Graw-Hill, New York City, 1996, p.46).
La cantidad y el intervalo de la dosis puede ser ajustado individualmente para proveer niveles de plasma de las especies activas los cuales son suficientes para mantener los efectos de la quinasa modular. Estos niveles de plasma son referidos como concentraciones efectivas mínimas (CEMs). Las CEM pueden variar por cada compuesto pero puede estar estimado a partir de la data in vitro, ej., la concentración necesaria para lograr 50-90% de inhibición de una quinasa puede ser comprobada usando los ensayos descritos aquí en este documento. Las dosis necesarias para lograr las CEM dependerán en características individuales y rutas de administración. Ensayos HPLC o bioensayos pueden ser utilizados para determinar las concentraciones de plasma.
Los intervalos de dosis pueden también ser determinados usando el valor CEM. Los compuestos deben ser administrados usando un régimen que mantenga los niveles de plasma por encima de CEM para le 10-90% del tiempo, preferible entre 30-90% y mas de preferencia entre 50-90%.
En la actualidad, las cantidades terapéuticamente efectivas de los compuestos de la presente invención puede varar de aproximadamente 2.5 mg/m^{2} a 1500 mg/m^{2} por día. Cantidades adicionales ilustrativas varían de 0.2-1000 mg/qid, 2-500 mg/qid, y 20-250 mg/qid.
En casos de administración local o aceptación selectiva, la efectiva concentración local del fármaco puede ser estar relacionada con la concentración de plasma, y otros procedimientos conocidos en la materia pueden ser empleados para determinar la cantidad de dosis correcta e intervalo.
La cantidad de una composición administrada podrá, por supuesto, ser dependiente en el paciente tratado, la severidad de la aflicción, el modo de administración, el criterio del medico prescriptor, etc.
Las composiciones pueden, si se desea, ser presentados en un paquete o un dispositivo dispensador, tal como un kit FDA aprobado, el cual puede contener uno o mas formas de unidades de dosis conteniendo el ingrediente activo. El paquete puede por ejemplo comprender una hojuela de metal o de plástico, tales como un paquete de blister. El paquete o el dispositivo dispensador pueden estar acompañados de instrucciones para la administración. El paquete o dispensador pueden también estar acompañados por una nota asociada con el envase en una forma prescrita por una agencia gubernamental reguladora de la fabricación, uso o venta de farmacéuticos, el cual se da cuenta que es reflejo de la aprobación por la agencia de la forma de las composiciones o de administración en humanos o veterinaria. Dicho aviso, por ejemplo, puede ser del etiquetado aprobado por la Administración de Alimentos y Fármacos de los EE. UU. Para medicamentos con receta o de un prospecto del producto aprobado. Las composiciones que comprenden un compuesto de la invención formulada en un transportador farmacéutico compatible pueden también ser preparados, colocadas en un envase adecuado, y etiquetados para el tratamiento de una condición indicada. Condiciones adecuadas indicadas en la etiqueta puede incluir tratamiento de un tumor, inhibición de la angiogénesis, tratamiento de fibrosis, diabetes, y similares.
Como se menciona arriba, los compuestos y composiciones de la invención encontrara utilidad en una amplia gama de enfermedades y condiciones mediada por proteínas quinasas, incluyendo enfermedades y condiciones mediada por aurora-2 quinasa, c-kit y/o PDGFR-a. Tales enfermedades pueden incluir a modo de ejemplo y sin limitación, canceres tales como el cáncer de pulmón, NCPC (no cáncer de pulmón de células), cáncer de células de avena, cáncer de huesos, cáncer pancreático, cáncer de piel, dermatofibrosarcoma protuberante, cáncer de la cabeza y cuello, melanoma cutáneo o intraocular, cáncer de útero, cáncer de ovario, cáncer colorrectal, cáncer de la zona anal, cáncer de estomago, cáncer de colon, cáncer de mama, tumores ginecológicos (ej., sarcomas merinas, carcinoma de las trompas de Falopio, carcinoma de endometrio, carcinoma de la cerviz, carcinoma de la vagina o carcinoma de la vulva), enfermedad de Hodgkin, el cáncer hepatocelular, cáncer de esófago, cáncer del intestino delgado, el cáncer del sistema endocrino (ej., de cáncer de la tiroides, páncreas, paratiroides y glándulas suprarrenales), Los sarcomas de tejidos blandos, cáncer de la uretra, cáncer de pene, cáncer de la próstata (en particular la hormona-refractario), leucemia crónica o aguda, tumores sólidos de la infancia, hipereosinofilia, linfoma linfocítico, el cáncer de la vejiga, el cáncer del riñón o el uréter (por ejemplo, el carcinoma de células renales, el carcinoma de pelvis renal), neoplasia pediátrica, los tumores del sistema nervioso central (por ejemplo, linfoma primario del SNC, tumores del eje de la columna vertebral, meduloblastoma, los gliomas de tronco cerebral o adenomas hipofisarios), el esófago Barreyy (síndrome pre-maligno), enfermedad neoplásica cutánea, psoriasis, micosis fungoide y la hipertrofia benigna de próstata, enfermedades relacionadas con la diabetes tales como la diabetes retinopatía, la retina isquemia y neovascularización retiniana, la cirrosis hepática, la angiogénesis, las enfermedades cardiovasculares como la aterosclerosis, las enfermedades inmunológicas tales como la enfermedad autoinmune y enfermedad renal.
El compuesto de la invención puede ser usado en combinación con uno o más agentes quimioterápicos. Las dosis de los compuestos de la invención pueden ser ajustadas por cualquier reacción de fármacos a los fármacos. En una realización, el agente quimioterapeutico es seleccionado del grupo consistente de inhibidores mitoticos, agentes alquilantes, anti-metabolitos, inhibidores del ciclo celular, las enzimas, inhibidores de la topoisomerasa como CAMPTOSAR (irinotecan), modificadores de la respuesta biológica, antihormonas, los agentes antiangiogénicos como la MMP-2, MMP-9 y los inhibidores COX-2, anti-andrógenos, los complejos de coordinación de platino (cisplatino, etc), ureas sustituidas como la hidroxiurea, metilhidracina derivados, por ejemplo, procarbazina; supresores de la corteza suprarrenal, por ejemplo, el mitotano, aminoglutetimida, las hormonas y los antagonistas de la hormona, como la adrenocorticosteriods (por ejemplo, prednisona), progestágenos (por ejemplo, caproato hidroxiprogesterona), estrógenos (por ejemplo, dietilestilbestrol), antiestrógenos como el tamoxifeno, los andrógenos, por ejemplo, propionato de testosterona, y los inhibidores de la aromatasa, como anastrozol, y AROMASIN (exemestano).
Ejemplos de agentes alquilantes que de los métodos anteriores pueden ser llevados a cabo en combinación con inclusión, sin limitación, fluorouracilo (5-FU) solo o en combinación adicional con leukovorin; otros análogos de la pirimidina como UFT, capecitabina, gemcitabina y citarabina, los sulfonatos de alquilo, por ejemplo, el busulfano (utilizado en el tratamiento de la leucemia granulocítica crónica), improsulfan y piposulfan; aziridinas, por ejemplo, benzodepa, carboquone, meturedepa y uredepa; etileneiminas y metilmelaminas, por ejemplo, altretamina, trietilenomelamina, trietilenofosforamida, trietilenetiofosforamida y trimetilolmelamina y la mostaza nitrogenada, por ejemplo, el clorambucil (utilizado en el tratamiento de la leucemia linfocítica crónica, macroglobulinemia de primaria y el linfoma no de Hodgkin), ciclofosfamida (utilizado en el tratamiento de la enfermedad de Hodgkin, mieloma múltiple, neuroblastoma, cáncer de mama, cáncer de ovario, cáncer de pulmón, el tumor de Wilms y el rabdomiosarcoma), estramustina, ifosfamida, novembrichin, prednimustina y mostaza uracilo (utilizado en el tratamiento de de la trombocitosis primaria, linfoma no Hodgkin, enfermedad de Hodgkin y cáncer de ovario) y triazinas, por ejemplo, dacarbazina (utilizado en el tratamiento del sarcoma de tejidos blandos).
Ejemplos de agentes antimetabolitos quimioterapéuticos que el método anterior pueden ser llevados a cabo en combinación con inclusión, sin limitación, análogos del ácido fólico, por ejemplo, metotrexato (utilizado en el tratamiento de la leucemia linfocítica aguda, coriocarcinoma, fungiodes micosis, cáncer de mama, cáncer de cabeza y cuello y sarcoma osteogénico) y pteropterin, y los análogos de purina como mercaptopurina y tioguanina que encuentran uso en el tratamiento de granulocítica aguda leucemias agudas y granulocítica linfocítica crónica.
Ejemplos de agentes quimioterapeuticos basados en productos naturales que el método anterior puede llevarse a cabo en combinación con inclusión, sin limitación, los alcaloides de la vinca, por ejemplo, vinblastina (utilizado en el tratamiento del cáncer de mama y testicular), vincristina y vindesina; la epipodofilotoxinas, por ejemplo, etopósido y tenipósido, los cuales son útiles en el tratamiento del cáncer testicular y el sarcoma de Kaposi, la quimioterapia a los agentes antibióticos, por ejemplo, daunorubicina, doxorrubicina, epirubicina, mitomicina (utilizados para tratar el cáncer de estómago, cuello uterino, colon, mama, vejiga y el de páncreas), dactinomicina temozolomida, plicamicina, bleomicina (utilizado en el tratamiento de cáncer de la piel, el esófago y el del tracto genitourinario), y los agentes quimioterapéuticos enzimáticos como la L-asparaginasa.
Ejemplos de los inhibidores COX-II útiles incluyen Vioxx, CELEBREX (celecoxib), valdecoxib, rofecoxib, y cox 189.
Ejemplos de los inhibidores útiles de la matriz metaloproteinasa son descritos en WO 96/33172 (publicado el 24 Oct. 1996), WO 96/ 27583 (publicado el 7 Mar. 1996), aplicación de patente europea No. 97304971.1 (presentada 8 de julio 1997), Solicitud de Patente Europea nº 99308617.2 (presentada 29 de octubre 1999), WO 98/07697 (publicado 26 de febrero 1998), WO 98/03516 (publicado 29 de enero 1998), WO 98/34918 (publicado 13 de agosto 1998), WO 98/34915 (publicado 13 de agosto 1998), WO 98/33768 (publicado 6 de agosto 1998), WO 98/30566 (publicado 16 de julio 1998), sobre la Patente Europea de publicación 606.046 (publicado 13 de julio 1994), sobre la Patente Europea de publicación 931.788 (publicado 28 de julio 1999), WO 90/05719 (publicado el 31 de mayo 1990), WO 99/52910 (publicado 21 de octubre 1999), WO 99/52889 (publicado 21 de octubre 1999), WO 99/29667 (publicado 17 de junio 1999), Solicitud internacional PCT No PCT/IB98/01113 (presentado 21 de julio 1998), Solicitud de Patente Europea No 99302232.1 (presentada 25 de marzo 1999), Gran Bretaña solicitud de patente número 9.912.961,1 (presentada 3 de junio 1999), U.S. Pat. Nº 5863949 (expedido 26 de enero 1999), U.S. Pat. Nº 5861510 (expedido 19 de enero 1999), y la Patente Europea de publicación 780.386 (publicado 25 de junio 1997), todos de los cuales están incorporados aquí en este documento en su totalidad por referencia. Inhibidores preferidos MMP-2 y MMP-9 son aquellos que tienen pequeña o no actividad inhibidora de MMP-1.mas preferidas son aquellos que selectivamente inhiben MMP-2 y/o MMP-9 relativo a la otra matriz metaloproteinasas (i.e., MMP-1, MMP-3, MMP-4, MMP-5, MMP-6, MMP-7, MMP-8, MMP-10, MMP-11, MMP-12, y MMP-13).
Algunos ejemplos específicos de inhibidores MMP útiles en la presente invención son AG-3340, RO 32-3555, RS 13-0830, y compuestos seleccionados de: 3-[[4-(4-fluoro-Fenoso)-bencenosulfonilo-(1-hidroxicarbamoil-ciclopentil)-amino]-propiónico, 3-exo-3-[4-(4-fluoro-fenoxi)-bencenosulfonilamino]-8-oxa-biciclo[3.2.1]octano-3-carboxílico hidroxiamida ácido; (2R,3R)1-[4-(2-cloro-4-fluoro-benciloxi)-bencenosulfonilo]-3-hidroxi-3-metil-piperidina-2-carboxílico hidroxiamida ácido; 4-[4-(4-fluoro-fenoxi)-bencenosulfonilamino]-tetrahidro-piran-4-hidroxiamida carboxílico; 3-[[4-(4-fluoro-fenoxi)-bencenosulfonilo]-(1-hidroxicarbamoil-ciclobutilo)-amino]-propiónico, 4-[4-(4-cloro-fenoxi)-bencenosulfonilamino]-tetrahidro-piran-4-carboxílico hidroxiamida; (R) 3-[4-(4)clorofenoxi-bencenosulfonilamino]-tetrahidro-piran-3-carboxílico hidroxiamida; (2R,3R) 1-[4-(4-fluoro-2-metilbenciloxi)-bencenosulfonilo]-3-hidroxi-3-metil-piperidina-2-hidroxiamida carboxílico; 3-[[(4-(4-fluoro-fenoxi)bencenosulfonilo]-(1-hidroxicarbamoil-1-metil-)-amino]etil-ácido propiónico, 3-[[4-(4-fluoro-fenoxi)bencenosulfonilo]-(4-hidroxicarbamoil-tetrahidro-piran-4-il)-amino]-propiónico, 3-exo-3-[4-(4-cloro-fenoxi)bencenosulfonilamino]-8-oxa-biciclo[3.2.1]octano-3-carboxílico hidroxiamida; 3-endo-3-[4-(4-fluoro-fenoxi)-bencenosulfonilamino]-8-oxa-biciclo[3.2.1]octano-3-hidroxiamida carboxílico, y (R) 3-[4-(4-fluoro-fenoxi)bencenosulfonilamino]-tetrahidro-furano-3-carboxílico hidroxiamida; y sales y solvatos farmacéuticamente aceptables de estos compuestos.
Otros agentes anti-angiogénesis, otros inhibidores COX-II y otros inhibidores MMP, pueden ser usados en la presente invención.
Un compuesto de la invención puede también ser usado con otros inhibidores de transducción de señales, tales como agentes que pueden inhibir FRCE ( factor receptor de crecimiento epidérmico) responde, así como los anticuerpos FRCE, anticuerpos FCE, y moléculas que son inhibidores FRCE; inhibidores FCVE (factor de crecimiento vascular endoletial); y inhibidores receptores erbB2, tales como moléculas orgánicas o anticuerpos que se unen al receptor del erbB2, como HERCEPTIN (Genentech, Inc., South San Francisco, CA). Inhibidores FRCE se describen, por ejemplo en WO 95/19970 (publicado 27 de julio 1995), WO 98/14451 (publicado 9 de abril 1998), WO 98/02434 (publicado 22 de enero 1998), y la Pat. U.S. Nº 5747498 (expedido 5 de mayo 1998), y tales sustancias se pueden utilizar en la presente invención, tal como se describe en este documento.
Agentes inhibidores FRCE incluidos, pero no están limitados a, los anticuerpos monoclonales C225 y anti-FRCE 22mab (ImClone Systems, Inc., Nueva York, NY), los compuestos ZD-1839 (AstraZeneca), BIBX-1382 (BoehringerIngelheim), MDX-447 (Medarex Inc., Annandale, NJ), y de OLX-103 (Merck & Co., Whitehouse Station, NJ), y la toxina de fusión EGF (Seragen Inc., Hopkinton, MA).
Estos y otros agentes inhibidores FRCE pueden ser usados en la presente invención. Inhibidores FCVE, por ejemplo SU-5416 y SU-6668 (Sugen Inc., South San Francisco, CA), pueden también ser combinado con un compuesto de la invención. Los inhibidores FCVE son descritos en, por ejemplo, WO 01/60814 A3 (publicado 23 de agosto 2001), WO 99/24440 (publicado 20 de mayo 1999), Solicitud internacional PCT PCT/IB99/00797 (presentada 3 de mayo 1999), WO 95/21613 (publicado el 17 de agosto 1995), WO 99/61422 (publicado 2 de diciembre 1999), U.S. Pat. Nº 5834504 (expedido 10 de noviembre 1998), WO 01/60814, WO 98/50356 (publicado 12 de noviembre 1998), U.S. Pat. Nº 5883113 (expedido 16 de marzo 1999), U. S. Pat. Nº 5886020 (expedido 23 de marzo 1999), U. S. Pat. Nº 5792783 (expedido 11 de agosto 1998), WO 99/10349 (publicado 4 de marzo 1999), WO 97/32856 (publicado 12 de septiembre 1997), WO 97/22596 (publicado 26 de junio 1997), WO 98/54093 (publicado 3 de diciembre 1998), WO 98/02438 (publicado 22 de enero 1998), WO 99/16755 (publicado el día 8, 1999), y WO 98/02437 (publicado 22 de enero 1998), todos de los cuales están incorporados en este documento en su totalidad por referencia. Otros ejemplos de algunos inhibidores FCVE específicos útiles en la presente invención son IM862 (Cytran Inc., Kirkland, WA); anti-FCVE anticuerpo monoclonal de Genetech, Inc; y angiozima, un ribozima sintético de Ribozima (Boulder, CO) y Chiron (Emeryville, CA). Estos y otros inhibidores FCVE pueden ser usados en la presente invención como se describe en este documento. Inhibidores receptores pErbB2, tales como GW -282974 (Glaxo Wellcome plc), y los anticuerpos monoclonales AR-209 (Aronex Pharmaceuticals Inc., The Woodlands, TX) y 2B-1 (Chiron), pueden además ser combinados con un compuesto de la invención, por ejemplo, aquellos indicados en WO 98/02434(publicado 22 de enero 1998), WO 99/35146 (publicado 15 de julio 1999), WO 99/35132 (publicado 15 de julio 1999), WO98/02437 (publicado 22 de enero 1998), WO97/13760 (publicado 17 de abril 1997), WO95/19970 (publicado 27 de julio 1995), U. S. Pat. Nº 5587458 (expedido 24 de diciembre 1996), y EE.UU. Pat. Nº 5877305 (publicado 2 de marzo 1999), que están todos incorporados en este documento en sus totalidades por referencia. Inhibidores receptores ErB2 útiles en la presente invención están también descritos en U.S. Pat. No. 6,248,764 (emitido el 4 septiembre 2001), incorporado en su totalidad en este documento por referencia. Los compuestos y sustancia de inhibidores receptores erbB2 descritos en las solicitudes PCT antes mencionados, U.S. patentes, y U.S. solicitudes provisionales, también como otros compuestos y sustancias que inhibe el receptor erbB2, puede ser usado con un compuesto de la invención, en conformidad con la presente invención.
Un compuesto de la invención puede también ser usado con otros agentes útiles en el tratamiento del cáncer, incluyendo, pero no limitado a, agentes capaces de mejorar la respuesta inmune antitumoral, tales como anticuerpos ALCT4(antígeno linfocito citotóxicos 4), y otros agentes capaces de bloquear ALCT4; y agentes antiproliferativos tales como otros inhibidores de la proteína farnesil transferasa, por ejemplo los inhibidores de la proteína farnesil transferasa descritos en las referencias citadas en la sección "antecedentes" de U.S. Pat. No. 6,258,824 B1.
El método anterior puede ser también llevado a cabo en combinación con terapia de radiación, donde la cantidad de un compuesto de la invención en combinación con la terapia de radiación es efectiva en el tratamiento de las enfermedades mencionadas anteriormente.
Técnicas de administración de la terapia de radiación son conocidas en la materia, y estas técnicas pueden ser usadas en la terapia de combinación descritas en este documento. La administración del compuesto de la invención en esta terapia de combinación puede ser determinada como se describe en este documento.
La invención seria mejor entendido sobre consideración de los siguientes ejemplos no limitados. Donde cualquiera de los siguientes ejemplos, tablas y/o esquemas quedan fuera del alcance de las reivindicaciones se entiende que los ejemplos son para proveer propósitos ilustrativos solamente.
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Ejemplos
Una estructura basada en enfoque de diseño fue usada empleando tres modelados estructurales dimensionales de sitios catalíticos de proteína quinasa y su relación de unión con compuestos inhibidores para diseñar los compuestos de la invención descrita en este documento. Modelado homologico de las proteínas quinasas ha sido utilizado para predecir y analizar las estructuras tridimensionales de estas proteínas. Una serie de programas que emplea PSI-BLAST (NCBI), THREADER (HGMP Resource Center, Hinxton, Cambs, CB10 1SA, UK), 3D-PSSM (posición de matriz de puntuación tridimensional) (HGMP) y programas SAP fue usado para determinar la plantilla optima para el modelado de homología de aurora-1 y aurora-2 quinasas, c-kit receptor de la tirosina quinasa y PDGFR-A. la estructura de cristal de la forma activada de bovino cAMP-dependiente de proteína quinasa fue identificado como la mejor plantilla y subsecuentemente usado para el modelado de homología de aurora quinasa usando dinámica molecular (DM) simulaciones en INSIGHT II (versión 2000, Accelrys Inc.) se ejecuta en una estación de trabajo Indigo2 (Silicon Graphics, Inc.).la estructura modelada aurora-2 fue acoplado con conocidos inhibidores S/T quinasa y aurora-2 quinasa usando el complejo binario de cAMP-dependiente PK-Mn^{2+}-imidodiphosphate ciclasa (AMP-PNP). La energía a calcular vinculante de los análisis de acoplamiento están de acuerdo con los valores IC_{50} experimentales obtenidos de un ensayo quinasa in vitro, el cual utiliza histona H1 o la proteína básica mielina (PBM) de fosforilación para evaluar la actividad inhibitoria. El modelo estructural de aurora-2 proporciona una base racional para el sitio dirigido por estudios de mutagénesis del sitio activo y de la selección in silico de bases de datos, permitiendo así que el diseño de nuevos inhibidores aurora-2 quianasa descritos en este documento, ej., pirimido[4,5-b]indoles, benzotieno[3,2-d]pirimidones, benzofuranopirimidinas y 6,7-quinazolinas.
Las estructuras de cristal de las formas activadas de VEGFR2 y FGFR1 receptores de la proteína quinasa fueron identificados como las mejores plantillas y subsecuentemente usado por el c-kit de modelado de homología usando simulaciones de dinámica molecular (DM) en INSIGHT II (versión 2000, Accelrys Inc.) se ejecuta en una estación de trabajo Indigo2 (Silicon Graphics, Inc.). Luego el modelo c-kit de la estructura del sitio de unión fue acoplado con conocidos inhibidores c-kit. (ST1571, CT52923, PD173955 y SU5614).
El modelo estructural c-kit proporciono una base para que electrónicamente mutar el sitio activo y usando otra programa de computadora para proyectar base de datos químicos, de este modo permitir el diseño de inhibidores nuevos de c-kit quinasa. Por ejemplo, en la base de acoplamiento químicos en el sitio activo, se determino que algunas clases de compuestos (4-piprazinilpirimido[4,5-b]indoles, benzotieno [3,2-d], y benzofuranopirimidinas quinazolinas contienen análogos, ver fig. 12) podría sustituir a la 6,7-dimetoxi quinazolina y la base de adenina de ATP, lo que permite el enlace de hidrógeno y nuevas interacciones hidrofóbicas en el bolsillo de unión ATP.
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Ejemplo 1 Análisis de Secuencia y Estructura de Aurora
Una búsqueda PSI-BLAST (NCBI) fue realizada con la secuencia de la porción quinasa de aurora-1 humana y aurora-2 quinasas y altas similaridades de secuencia se encontraron en el corazón de porcino bovino quinasa cAMP-dependiente (código PDB 1CDK), murino quinasa cAMP-dependiente (1APM), y C. elegans quinasa twitchin (1KOA), cuyas estructuras tridimensionales han sido resueltos. Las tres manualmente alineadas S/T quinasa dominan secuencias con sus respectivas estructuras secundarias vistas en Clustal X (Fig. 2).
Las secuencias de aurora-1 y aurora-2 se introducen en los programas de predicción de estructura terciaria THREADER y 3D-PSSM, el cual compara secuencias primarias con todas las conocidas estructuras tridimensionales en el Brookhaven Protein Data Bank. La salida esta compuesta de los alineados de forma óptica, baja energía, estructuras tridimensionales que son similares a la aurora quinasa. Los emparejamientos estructurales superiores fueron bovino 1CDK, murino 1KOA, confirmando que las proteínas aurora quinasas están conservadas estructuralmente.
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Ejemplo 2 Homología de Modelado de Aurora
Las estructuras terciarias 1CDK, 1APM y 1KOA proporciona las plantillas tridimensionales para el modelado de homología de aurora-1 y aurora-2 quinasas. La estructura de cristal coordina para los dominios anteriores de serina/tirosina quinasa fueron obtenidas del banco de datos de proteínas. Estos dominios fueron por pares superpuestas una sobre otra usando el programa SAP. Las alineaciones estructurales producidas por el programa SAP fueron ajustados manualmente para mejor emparejamiento de residuos dentro de los regulares elementos estructurales secundarios.
Modelos estructurales se construyeron de aurora-1 y aurora-2 usando 1CDK como la plantilla de la estructura. El modelo final de aurora-2 (fig. 3) fue analizado usando Profile-3D. Los tramos de puntuación del modelo Profile-3D y 3D-1 D fueron positivos sobre toda la longitud de la proteína en un escaneo de una ventana móvil a la estructura de la plantilla. Adicionalmente, el programa PROCHECK fue usado para verificar la geometría correcta de los ángulos diedros y la imparcialidad del modelo aurora-2.
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Ejemplo 3 Análisis de Dinámica Molecular (DM) y Acoplamiento
Simulaciones DM fueron realizados en el conjunto canónico (NVT) a 300ºK usando la fuerza de campo CFF implementando en el programa Discover_3 (versión 2.9.5). Las dinámicas fueron equilibradas durante 10 picosegundos con pasos de tiempo de un femtosegundo y continúo durante 10 simulaciones de picosegundos. A una distancia de corte no aglutinados de 8A y una distancia que dependen de la constante dieléctrica (\varepsilon = 5rij) para el agua fueron usados para simular los medios acuosos. Todos los enlaces del hidrógeno se vieron colapsados. Las trayectorias dinámicas fueron grabadas cada 0.5 picosegundos por análisis. La estructura baja en energía resultante fue extraído y la energía minimizada a 0.001 kcal/mol/\ring{A}. Para examinar los cambios conformacionales que ocurren durante la DM, las desviaciones de la raíz cuadrada media (rcm) se calcularon de trayectorias a intervalos de 0.5-picosegundos y comparado al eje central Ca de cAMP-dependiente PK. La desviación rcm para las dos estructuras superimpuestas fue 0.42 \ring{A}. Además, las desviaciones fueron calculadas por el eje central de la proteína (0.37 A) y el foco del sitio activo (0.41 A) y fueron comparados con la estructura de cristal antes de los experimentos de acoplamiento. La estructura resultante de aurora-2 sirvió como el modelo de partida para estudios de acoplamiento. Para análisis de acoplamiento, las estructuras ligando se obtuvieron a partir de cinco complejos de la estructura cristalina de cAMP-dependiente PK ligado con AMP-PNP, estaurosporina, H-89, H-7, o H-8 y de estructuras que fueron construidas empíricamente y minimizados enérgicamente (KN-93, ML-7, y 6,7-dimetoxiquinazolina) (fig. 4) en el programa INSIGHT II. Los átomos pesados de AMP-PNP fueron utilizados como centros de esferas para los procedimientos de acoplamiento. Las simulaciones de acoplamiento fueron realizados a 500ºK con 100 etapas de femtosegundos (total de 50 etapas), enfriando el sistema a una temperatura final de 300ºK. la estructura compleja en su totalidad fue minimizado de energía usando 1000 pasos. Esto provee 10 estructuras del acoplamiento del recocido simultáneo (RS), y sus conformadores generados se agruparon de acuerdo a la desviación rcm. Las estructuras complejas globales mas bajas fueron usadas para calcular uniones de energía intermoleculares.
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Ejemplo 4 Estrategia de Diseño para Inhibidores Aurora-2 Quinasa
Basado en el modo de unión de muchos inhibidores competitivos de aurora-2 quinasa representado en la fig. 5, exploramos las fracciones estructurales requeridas para la inhibición de aurora-2 quinasa. Las estructuras se muestran superpuestas. El sitio de la enzima activa ha sido recortado. Evaluamos la relación funcional entre los conocidos inhibidores serina/treonina quinasa por diseño de estructura basada y acercamientos de modelaje molecular. En aurora-2 quinasa, los grupos NH y C=O en Glu211 y Ala213 y el foco de residuos Gly-rich parecen ser mas importantes en la unión inhibidora. Estas estructuras son donantes y aceptantes de enlace de hidrógeno y están en todas lasa estructuras reportadas S/T quinasa. Los residuos Asp274 y Lys141 son también muy importantes en la unión de hidrógeno. Adicionalmente, nuestro modelo indica que los anillos aromáticos planos de los inhibidores de aurora-2 ocupan el foco de unión de ATP alrededor de Glu211 y están rodeados por residuos Veal147 y Ala213. También, los alineamientos estructurales de de conocidos inhibidores S/T quinasa muestran dos motivos de estructuras compartidas con nitrógenos posicionados similarmente y seis miembros de los anillos aromáticos, sugiriendo que estos compuestos tienen patrones similares de unión.
Para identificar nuevos químicos que satisfagan los requerimientos estructurales, un enfoque de novo fue empleado usando el programa gráfico de modelado químico LUDI (Accerlrys). Inicialmente, estructuras líderes (base purina, quinazolina, isoquinazolina y anillos indole) fueron disecados en las plantillas principales y dos fragmentos adicionales (fig. 6), las cuales formaron la base de una biblioteca de compuestos integrados. Luego las estructuras de plantilla se obtuvieron del Directorio de Químicos Disponibles (DQD). Los compuestos con peso molecular >350 fueron seleccionados, y esqueletos químicos o grupos funcionales que fueron inaceptables para el desarrollo de compuestos lideres fueron omitidos de la biblioteca. Una biblioteca de compuesto interno conteniendo las plantillas identificadas fue construida y utilizada en procedimientos de búsqueda LUDI. Adicionalmente, tres tipos de plantillas quinazolina triciclitos fueron identificados aparte de los isoquinolinas y quinazolinas. Del fragmento LUDI de la biblioteca, fragmentos estructurales similares fueron adquiridas para los fragmentos 1 y 2 (fig. 6). La selección de fragmento estuvo basado en el siguiente criterio: (1) peso molecular <350, (2) al menos dos de los grupos de donante/receptor de enlace de hidrógeno, (3) al menos tres anillos, y (4) posición y orientación correcta con respecto a los compuestos lideres dentro del foco de unión ATP. Las plantillas y fragmentos fueron estaban vinculados en modo de enlace LUDI para confirmar sus modo de unión para las estructuras de nueva construcción. Varias combinaciones de estructuras fueron diseñadas para el mantenimiento de farmacoforos necesarios identificados de ACD y búsqueda de fragmento LUDI. Más de 90 compuestos fueron construidos usando esta estructura basada en búsqueda de andamio. Además, estos compuestos fueron filtrados para excluir moléculas que no eran complementarias al foco de unión ATP por el método de acoplamiento FlexX (Tripos, St. Louis, MO). Cuarenta y dos compuestos (figs. 7A-7D) fueron encontrados que tiene el numero optimo de enlaces-H, posición y orientación dentro del foco de unión ATP y la puntuación FlexX.
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Ejemplo 5 Síntesis Química de Inhibidores Quinasa
Métodos generales. 1H RMN se ha ejecutado en una Unidad 300-MHz RMN Espectrofotómetro (Varian, Palo Alto, CA). Los cambios químicos son relativos al trazado de las señales de protones del disolvente deuterado. Constantes de acoplamiento, J, son reportadas en Hz y se refiere a la aparente multiplicidad de pico más que las constantes de acoplamiento. Las mediciones de bombardeo de átomos rápidos (BAR) han sido llevadas a cabo en un instrumento de masas espectrómetro HX-110 (JEOL, Akishima, Japan) equipada con una pistola convencional Xe. Una mezcla de la matriz de glicerol:tioglicerol:mNBA (meta-alcohol nitrobencil) 50:25:25 conteniendo 0.1% de ácido trifluoroacetico (ATF) fue usado como la matriz para el bombardeo de átomos rápidos (BAR). Para las mediciones de masa exacta, polietileno glicol (PEG) fue usado como el patrón interno. Cromatografía en columna flash se realizo en gel de sílice 60, comprada de Spectrum. Análisis de combustión (CHNS) fue realizado por Desert Analytics Laboratory, Tucson, AZ. Síntesis de 4-cloro-6,7-dimetoxiquinazolina, 4-cloro-benzotieno[3,2-d]pirimidona, 4-cloro-benzofuranopirimidona y 4-cloropirimido[4,5-b]indole es llevada a cabo por reacción con varios dihidro-quinazolinas usando formamida HCl/formamida a 180-190ºC seguido por la adición del reactivo Vilsmeier's para obtener 4-cloro-quinazolinas. Métodos generales para la síntesis de estas unidades estructurales son ilustrados en la fig. 8.
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Los unidades estructurales 4-cloro-quinazolina reaccionan con 2-amino-5-nitropirimidinas, y varios insustituidos o-, m- o p-6-miembros de anillos aromáticos, o conteniendo un enlace directo, NHCO, NHCSNH, SO2NH, NHSO2, NHCH2Ph, aminopirazolas, amino-sustituido oxadiazolas, tiadiazolas o triazolas, para dar las series de compuestos 4-sustituido triciclito y quiazolina (ej., fig. 8).
La síntesis de los compuestos conteniendo tiourea fue llevado a cabo usando el siguiente procedimiento general. Piprenolamina, sulfadiazina y/o la adición de trietilamina en un baño de hielo. Después de la mezcla de reacción fue agitado por 4 horas, 4-cloro-quinazolinas o unidades estructurales triciclitos fueron agregados y el resultado de la mezcla agitada a lo largo de la noche a temperatura ambiente. Metanol fue añadido para apagar el exceso de tiofosgeno, y el residuo fue purificado por el gel de sílice y la cromatografía de columna después retirada del solvente.
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Ejemplo 6 Unidades Estructurales de 4-cloro-triciclito y quinazolina
Las unidades estructurales 4-cloro-triciclito y quinazolina fueron sintetizados usando métodos literarios (Pandey, A., et al., J. Med. Chem. 2002, 45: 3772-93; Matsuno, K., et al., J. Med. Chem. 2002, 45: 3057-66; Matsuno, K., et al., J. Med. Chem. 2002, 45: 4513-23; y Venugopalan, B., et al., J. Heterocycl. Chem. 1988, 25: 1633-39). Como se muestra en la Fig. 9, estos son convertidos a los derivados correspondientes 4-piperazina por reflujo con piperazino en piridino o dioxanos.
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Ejemplo 7 N-pirimidina-2-il-4-tioformilamino-cloruro de bencenosulfonamida (1d)
A una disolución agitada de sulfadiazina (192 mg, 0.77 mmol) en diclorometano (20 ml.) fueron añadidos lentamente tiofosgeno (0.06 ml., mmol) y trietilamina (0.05 ml., 0.32 mmol) baja refrigeración con un baño de hielo. Después la mezcla de reacción fue agitada por 5 horas a temperatura ambiente, fue lavado con agua y salmuera, secado sobre anhidro de sulfato de sodio, filtrado, evaporado y secado al vacío; y el producto fue usado inmediatamente para la próxima reacción.
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Ejemplo 8 4-(6,7-dimetoxi-guinazolin-4-il)-piperazina-1-ácido carbotioico [4-(pirimidin-2-ilsulfamoil)-fenil]-amida (HPK16)
A una solución de 4-(1-piperazinilo)-6,7-dimetoxi quinazolina (200 mg, 0.73 mmol) y piradita (0.5 ml., 6.4 mmol) en diclorometano (20 mL) fue añadido a la solución del producto 1d en diclorometano (20 mL) y agitado durante la noche. Metanol fue añadido para el exceso de enfriamiento de tiofosgeno, y el residuo después de la eliminación del solvente fue purificado por la cromatografía de la columna del gel sílice eludido con 5% de metanol/diclorometano y recristalizado adicional de diclorometano/hexano para dar 80 mg (20%).
1H NMR (CDCl3, 300MHZ) \delta 3.85(s, 4H), 3.98(s, 3H), 4.02(s, 3H), 4.11 (s, 4H), 6.98(m, 1H), 7.08(s, 1 H), 7.32 (d, 2H), 7.88(s, 1H), 8.00(d, J = 6.7 Hz, 2H), 8.62(d, 2H), 8.66(s, 1H).
FAB HRMS [M+H]+ calcd para C_{25}H_{26}N_{8}O_{4}S_{2}: 566.1518; encontrado 567.1597.
Análisis de combustión: C_{25}H_{26}N_{8}O_{4}S_{2} Requiere C 52,99%, 4,62% H, N 19,77%, 11,29% O, S 11,32%; encontrado C 53,27%, 4,94% H, N 19,99%, O 11,57%, S11,64%.
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Ejemplo 9 4-(6,7-dimetoxi-9H-1,3,9-triaza-fluoren-4-il)-uiperazine-1-ácido carbotioico [4-(pirimidin-2-ilsulfamoil)-fenil]-amida HPK62/MP-235
A una solución de 6,7-dimetoxi-4-piperazino-9H-pirimido[4,5-b]indole (200 mg, 0.64 mmol) y piridina (0.5 mL. 6.4 mmol) en diclorometano (20 mL) fue añadido una solución del producto 1d en diclorometano (20 mL) y la mezcla fue agitada durante la noche. Metanol fue añadido para el exceso de enfriamiento de tiofosgeno, y el residuo después de la eliminación del solvente fue purificado por la cromatografía de columna del gel sílice, eludido con 5% de metanol/diclorometano y fue adicionalmente recristalizado de diclorometano/hexano para dar 50 mg (16%).
1HNMR (DMSO-d6, 300MHZ) \delta 3.75(s, 4H), 3.87(s, 3H), 3.88(s, 3H), 4.19(s, 4H), 7.04-7.06 (m, 1H), 7.07(s, 1H), 7.24(s, 1H), 7.53(d, J = 8.4 Hz, 2H), 7.90(d, J = 8.4Hz, 2H), 8.44(s, 1H), 8.51 (d, J = 4.8HZ, 2H), 9.72(s, 1 H, -NH), 12.01 (s, 1 H, -NH).
FAB HRMS [M+H]+ calcd para C_{27}H_{27}N_{9}O_{4}S_{2}: 605.1627; encontró 606.1699.
Análisis de combustión: Requiere C_{27}H_{27}N_{9}O_{4}S_{2} Requiere C 53.54%, H 4.49%, N 20.81%, O 10.57%, S 10.59%; encontró C 53.84%, H 4.91%, N 21.21%, O 11.87%, S 8.17%.
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Ejemplo 10 Ensayo de Inhibición de Aurora-2 Quinasa
En este ensayo la actividad quinasa es determinada mediante la cuantificación de la cantidad de ATP sobrantes en la solución siguiendo la reacción quinasa mediante la medición de unidades de luz (UL) producido por la luciferasa usando un luminómetro. Un porcentaje de inhibición fue determinado por compuestos individuales comparando lecturas de luminómetros de las reacciones de fármacos tratados para controles que no contienen fármacos (control DMSO) y sin la enzima Aurora-2 (control ATP) en la siguiente ecuación:
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En una reacción 50 \mul, aurora-2 quinasa recombinante producida en células sf9 (Imgenex, San Diego, CA) fue incubado a 30ºC por dos horas con 62.5 \muM Kemptide (Calbiochem, San Diego, CA), 3 \muM ATP (Invitrogen, Carisbad, CA) y regulador de reacción quinasa (40 mM Tris-HCl, 10 mM MgCl_{2} y 0.1 \mug/\mul bovina serum albúmina (BSA)). Esta reacción fue llevada a cabo en presencia de sustancias de fármacos, los cuales han sido previamente diluidos a concentraciones deseadas en DMSO. Después de la incubación, 50 \mul de solución Kinase-Glo® (Promega, Inc., Madison, WI) fue añadido a cada mezcla de reacción y permitido a equilibrarse por 10 minutos a temperatura ambiente. La solución Kinase-glo contiene enzima luciferasa y luciferina, los cuales reaccionan con ATP para producir luz. La actividad quinasa es determinado por la cuantificación de la cantidad de ATP restantes en la solución siguiendo la reacción quinasa por la medición de unidades de luz (UL) producidas por luciferase usando un luminómetro (PerkinElmer, Boston, MA). Fig. 10 muestra el grado de inhibición de la actividad aurora-2 quinasa mediante compuestos ilustrativos, incluyendo HPK56 (Estructura III-1-3), PK61 (Estructura II-2-7), HPK60 (Tabla 4, Estructura 34-4), HPK59 (Estructura III-1-5), AKS301 (Tabla 6; Estructura 38-16), AKS110. (Tabla 6, Estructura 38-14), AKS300 (Tabla 6, Estructura 38-15), AKS302 (Tabla 6, Estructura 38-17), HPK16 (Estructura IV-1-3) y HPK62 (Estructura II-2-6), en adición a varios precursores y conocidos inhibidores quinasa (ej., HMN-176, Quincl, trioxd, tritiad, aspirad, Quinam, Suldz, Gmocnhcl y trinhcl). El compuesto sintetizado HPK62 tuvo la más alta inhibición, y el compuesto HPK16 tuvo la segunda más alta inhibición de los compuestos probados.
La concentración de fármaco en la que el 50% de la actividad aurora-2 quinasa se inhibió (lC50) fue determinado por compuestos ilustrativos y los resultados mostrados en la fig. 11. HPK16 (Estructura IV-1-3) y HPK62 (Estructura II-2-6) fueron inhibidores particularmente efectivos. Un rango de dosis químicas fue probado, y graficado, como se muestra en la fig. 11. los valores IC50 para los compuestos son mostrados abajo en la tabla 1.
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Ejemplo 11 Análisis de Secuencia y Estructura de c-kit
La conocida secuencia del dominio activo de c-kit tirosina quinasa fue usado en una búsqueda PSI-BLAST (NCBI) de una base de datos de secuencia no redundante. Las primeras secuencias clasificadas para los cuales estructuras tridimensionales de los dominios de tirosina quinasa (TQ) también estaban disponibles el receptor de factor de crecimiento vascular endoletial (VEGFR2, o 1VR2) y el receptor 1 de factor de crecimiento de fibroblasto (FGFr1, o 1FGI). Estas secuencias, junto con aquellos de PDGFRE-\alpha, PDFGR-\beta y c-Abl, fueron alineados manualmente por el dominio de secuencias de sus quinasas y sus respectivas estructuras secundarias y vistas en Clustal X (fig. 13).
El dominio de secuencia de c-kit TQ fue introducido en la estructura terciaria de programas de predicción THREADER y 3D-PSSM, el cual compara secuencias primarias con todos las estructuras tridimensionales conocidos en la Brookhaven Protein Data Bank. La salida estaba compuesta de las estructuras tridimensionales óptimamente alineadas, de bajo consumo, que eran similares a c-kit. Los primeros encuentros estructurales fueron VEGFR2 y FGFr1, confirmando que estas proteínas son estructuralmente conservadas.
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Ejemplo 12 Modelado de Homología c-kit
Estructuras VEGFR2 y FGFr1 provistas de plantillas tridimensionales para el modelado de homología de c-kit. La estructura de cristal coordina para los dominios TK anteriores fueron obtenidos del Protein Data Bank. Estos dominios fueron por pares superimpuestas en cada uno usando el programa SAP. Los alineamientos estructurales de SAP fueron afinados manualmente para mejor encuentro de residuos dentro de los regulares elementos estructurales secundarios. El software de modelaje usado fue Insight II (versión 2000, Accelrys Inc.), ejecutándose en una estación de trabajo Silicon Graphics Indigo2 bajo el sistema de operación Unix. Después que el proceso de construcción del modelo fuera completado, una serie de minimizaciones se realizaron para relajar la estructura. El modelo c-kit final (fig. 14) fue examinado usando un perfil en 3D. Adicionalmente, PROCHECK fue usado para verificar la geometría correcta de los ángulos diedros y la imparcialidad del modelo de la estructura construido.
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Ejemplo 13 Dinámica Molecular (DM) y Análisis de Acoplamiento de c-kit
El modelo 3D c-kit sirvió como el punto de parida para estudios de acoplamiento de CT662923 y STI571 (Gleevec). Simulaciones DM fueron realizadas en el conjunto canónico (NVT) a 300ºK usando el campo de fuerza CFF implementado en Discover_3 (versión 2.9.5; Accelrys). Dinámicas fueron equilibradas por 10 picosegundos con intervalos de tiempo de 1 femtosegundo y Continuadas por simulaciones de 10 picosegundos. La distancia de corte no aglutinado de 8\ring{A} y a una distancia dependiente dieléctrica constante (\varepsilon = 5rij) para agua fue usado para estimular la acuosa media. Todos los enlaces con el hidrógeno se vieron limitados. Las trayectorias dinámicas fueron grabados cada 0.5 picosegundos por análisis. La estructura de baja energía resultante fue extraída y la energía minimizada a 0.001 kcal/mol/\ring{A}. Para examinar los cambios conformacionales que ocurren durante DM, las desviaciones de la raíz cuadrada (RC) fueron calculadas de trayectorias a intervalos de 0.5 picosegundos y comparado a los trocales C\alpha de VDGFR y FDFr TQ. El resultado de la estructura c-kit sirvió como el modelo de partida para lo estudios de acoplamiento.
Para los estudios de acoplamiento, las estructuras del modelo de partida de los ligandos fueron de los conocidos inhibidores c-kit tirosina quinasa de CT52923 (fig. 15A) y STI571 (Gleevec) (fig. 15B) y fueron construidos empíricamente y con energía minimizada. Los átomos fuertes del dominio de quinasa FGFr fue usado como centros de esfera para lo procedimientos de acoplamiento. Las simulaciones de acoplamiento fueron realizadas a 500ºK con 100 etapa/femtosegundos (un total de 50 etapas), enfriando el sistema a una temperatura final de 300ºK. toda la estructura de complejo fue minimizado en energía usando 1000 pasos. Esto provee 10 estructuras de acoplamiento de recocido simulado (RS), y sus confórmeros generados se agruparon de acuerdo a la desviación rc. Los complejos de estructura globales mas bajos en energía fueron usados para calcular las uniones de energías intermoleculares.
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Ejemplo 14 Acoplamiento c-kit FlexX
El acoplamiento FlexX fue realizado en el programa Sybyl 6.8 (Tripos, St Louis, MO). Las estructuras de ligandos usado para el acoplamiento fueron la estructura de cristal de STI571 con la Abl tirosina quinasa y el CT52923 la cual fue construida empíricamente y minimizada en energía en Insight II. Búsquedas sistemáticas conformacionales fueron realizadas en cada una de los ligandos minimizados usando 10 picosegundos en simulaciones DM a 300ºK. para el acoplamiento con CT52923 y STI571, la posición de SU5402, un análogo indolinona fue retenida de su estructura de cristal de 1FGI en la cual la indolita sirvió como una plantilla para el ajuste del campo de alineamientos con los compuestos conteniendo quinazolina y pirimidoindole. El análogo indolinona fue luego eliminada del alineamiento del campo ajustado, y cada una de los otros ligandos fue acoplado en el sitio del foco activo con una posición similar y orientación a eso de CT52923 (fig. 15.A) y STI571 (fig. 15B) usando la metodología de acoplamiento múltiple de molécula FlexX.
Basado en nuestro análisis del modo de unión de CT52923 y STI571 mostrada en las figs. 15A y 15B, respectivamente, la presencia de dos estructuras compartidas comunes de aceptores de enlaces de hidrógeno ubicados similarmente y anillos aromáticos de seis miembros sugirió que estos compuestos pueden estar exhibiendo algunas regiones de unión comunes. Basado en estas dos series de alineamientos, una fracción fenilamina-pirimidina fue introducida a la posición 4 de CT52923 y la posición de esta sustitución fue mas racionalizada por el acoplamiento FlexX y la simulación de dinámica molecular.
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Ejemplo 15 Estrategia de Diseño
Para identificar nuevos químicos que satisfagan los requerimientos estructurales identificados anteriormente, un diseño de aproximación de novo fue empleado usando el programa de modelado de gráficos químicos LUDI (Accelrys). Inicialmente, las estructuras ideales (de base de purinas, pirimidinas fenilamino, pirimido[4,5-b]indoles, benzofurano y benzotieno[3,2-d]pirimidinas, pirido[3,2-d]pirimidinas, quinazolinas, y anillos de indol) fueron disecadas en las plantillas principales y dos fragmentos adicionales (fig. 16), la cual forma la base de nuestra biblioteca de compuesto incorporado. Esta biblioteca incorporada, conteniendo las plantillas identificadas, junto con la base de datos LUDI/ACD, fue usada en la búsqueda de procedimientos dentro del programa Insight II (Accelrys). En adición a las conocidas fracciones quinazolina y fenilaminopirimidina, las cuales son el triciclito dirimido[4,5-b]indoles, benzofuranopirimidinos, y benzotieno[3,2-d]pirimidinas (Esquema 1), tres nuevos aciertos fueron identificados de la búsqueda LUDI. Además, búsquedas de fragmentos fueron realizados para el reemplazamiento del azúcar y las regiones de unión de los fosfatos \alpha-, \beta-, y- (ej., Mohammedi, M., et al., Science, 1997, 276:955-960). Los fragmentos piperazina, tiourea, y piperomilamina de CT52923 fueron enlazados en el modo de enlace LUDI en la posición 4 de las nuevas fracciones triciclicos. La posición y orientación de esta sustitución fueron además nacionalizadas por el acoplamiento LUDI FlexX. (Tripos, St. Louis, MO) dentro del software Sybyl, y simulaciones de dinámica molecular. Finalmente, los fragmentos 4-amino-N-(2-pirimidinil) benceno sulfonamida (sulfadiazina) fueron identificados de la base de datos LUDI/ACD. Estos fragmentos fueron también enlazados a la posición 4 de las fracciones estructurales triciclicos. La selección de fragmento estaba basado en grupos de enlace donante/receptor de hidrógeno y una posición y orientación correcta con respecto a los compuestos de dirección (fig. 12) con el foco de unión ATP.
Varias selecciones de estructuras fueron diseñados manteniendo el centro requerido de estructuras identificadas de búsquedas de fragmentos ACD y LUDI. Más de 60 compuestos fueron construidos usando esta estructura basada en el enfoque de andamio. Además, estos compuestos fueron filtrados para excluir las moléculas que no fueran complementarias al foco de unión de ATP (leu595, Phe600, Val603, Ala621, Val654, Thr670, Glu671, Tyr672, Cys673, Gly676, Asp677, Asn739, Leu741, y Asp752) por el método de acople FlexX. Compuestos 1-7 de la fig. 17 (HPK61 (II-2-7), HPK62 (II-2-6), HPK56 (III-1-3), HPK59 (III-1-5), HPK57 (III-1-4), HPK60 (34-4) y HPK16 (IV-1-3), respectivamente) fueron encontrados por tener el numero optimo de enlaces de hidrógeno, posiciones y orientaciones dentro del foco de unión ATP y el resultado optima FlexX (kJ/mol). Estos siete compuestos fueron sintetizados y evaluados por la actividad inhibidora c-kit y PDGFR tirosina quinasa.
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Ejemplo 16 Síntesis Química
Métodos generales. 1HNMR fue ejecutado en una Unidad 300-MHz NMR Espectrofotómetro (Varian, Palo Alto, CA). Los cambios químicos son relativos a la traza de señales de protones del solvente deuterado. Constantes de acoplamiento, J, son reportados en Hz y referente a la aparente multiplicidad del pico en lugar de las constantes de acoplamiento. Las mediciones de bombardeo rápido de átomos (BRA) han sido llevados a cabo en un instrumento de masa espectrómetro HX-110 (JEOL, Akishima, Japón) equipado con una pistola convencional Xe. Una mezcla de la matriz de glicerol:tioglicerol:mNBA (alcohol meta-nitrobencilo) 50:25:25 conteniendo 0.1% de ácido trifluoroacetico (ATF) fue usado como la matriz de bombardeo rápido de átomos (BRA). Para medidas precisas de masas, polietileno glicol (PEG) fue usado como patrón interno. La cromatografía de columna Flash fue realizado en gel de silice 60, comprado a Spectrum. Análisis de combustión (CHNS) fue realizado por Desert Analytics Laboratory, Tucson, AZ.
La síntesis de 4-piperazinilpirimido[4,5-b]indoles (1b), benzofuranopirimidinas (2b), benzotieno[3,2-d]pirimidinas (3b), y quinazolina (4b) derivados esta representado en la fig. 20. Unidades estructurales de 4-Clorotriciclico y quinazolina (1a-4a) fueron sintetizados usando métodos de literatura. (Pandey, A., et al., J. Med. Chem. 2002, 45: 3772-93; Matsuno,K., et al., J. Med. Chem. 2002, 45: 3057-66; Matsuno, K., et al., J. Med. Chem. 2002, 45: 4513-23; y Venugopalan,B., et al., J. Heterocycl. Chem. 1988, 25:1633-39.). Estos fueron convertidos a los correspondientes derivados 4-piperazina por el reflujo con piperazina en piridina o dioxina. Piperonilamina o sulfadiazina fueron lentamente agregados a la solución de tiofosgeno en diclorometano mientras se enfría con un baño de hielo. La mezcla resultante fue agitada por cuatro horas a una temperatura ambiente, que dio 1c o 1d, como se muestra en la fig. 21. Los compuestos 1c o 1d fueron además reaccionados con 4-piperazina-triciclico sustituto o derivados de quinazolina en diclorometano y agitado durante la noche a temperatura ambiente. Para enfriar el exceso de isotiocianato, se agrego metanol, y después se elimino el solvente, el residuo fue purificado por la cromatografía del gel silice para dar compuestos 1-7 de la fig. 17 en campos aproximadamente de 20-40%.
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Ejemplo 17 N-Benzo[1,3]dioxol-5-ilmetil-cloruro de tioformamida (1c)
A una solución agitada de piperonilamina (0.1 mL, 0.77 mmol) en diclorometano (20 mL) fue lentamente añadido tiofosgeno (0.06 mL, 0.83 mmol) bajo enfriamiento con un baño de hielo. Después de la reacción de la mezcla fue agitada por cuatro horas a temperatura ambiente, lavado con agua y salmuera, secado sobre anhidros de sulfato de sodio, filtrado, evaporado y secado al vacío, y el producto fue usado inmediatamente para la siguiente reacción.
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Ejemplo 18 N-Pirimidina-2-il-4-tiioformilamino-cloruro de bencenosulfonamida (1d)
A una agitada solución de sulfadiazina (192 mg, 0.77 mmol) en diclorometano (20 mL) fueron lentamente añadidos tiofosgeno (0.06 mL, 0.83 mmol) y trietilamina (0.05 mL, 0.32 mmol) bajo enfriamiento con un baño de hielo. Después la mezcla de la reacción fue agitada durante 5 horas a temperatura ambiente, fue lavado con agua y salmuera, secado sobre anhidro de sulfonato de sodio, filtrado, evaporado y secado al vacío. El producto fue utilizado de inmediato por la siguiente reacción.
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Ejemplo 19 4-(6,7-dimetoxi-9H-1,3,9-triaza-fluoren-4-il)-piperazina-1-ácido carbotioico(benzo[1,3]dioxol-5-ilmetil)-amida (1)
A una solución de 6,7 -dimetoxi-4-piperazino-9H-pirimido[4,5-b]indole (200 mg, 0.64 mmol) y piridina (0.5 mL, 6.4 mmol) en diclorometano (20 mL) fue añadida la solución del producto 1c en diclorometano (20 mL) y la mezcla fue agitada durante la noche. Se añadió metanol para enfriar el exceso de tiofosgeno, y el residuo antes de ser eliminado del solvente fue purificado por cromatografía de columna de gel silice con elusión del 5% metanol/clorometano y además recristalizado de diclorometano/hexano para dar 130 mg (40%).
^{1}HNMR (CDl_{3}, 300MHZ) \delta 3.79(s, 4H), 3.96(s,3H), 3.97(s,3H), 4.07(s, 4H), 4.79(s, 2H), 5.92(s, 2H), 6.75(d, J = 7.9 Hz, 1H), 6.81 (d, J = 7.9Hz, 1H), 6.87(s, 1H), 7.04(s, 1H), 7.18(s, 1H), 8.40(s, 1H).
FAB HRMS [M+H]+ clcd para C_{25}H_{26}N_{6}O_{4}S: 506.1736; encontrado 507.1820.
Análisis de combustión: C_{25}H_{26}N_{6}O_{4}S Requiere C 59.27%, H 5.17%, N 16.59%, O 12.63%, S 6.33%; encontrado C59.89%, H 5.65%, N 16.99%, O 12.83%, S 6.83%.
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Ejemplo 20 4-(6,7-dimetoxi-9H-1,3,9-triaza-fluoren-4-il)-piperazina-1-ácido carbotioico [4–(pirimidin-2-ilsulfamoil)-fenil]-amida (2)
A una solución de 6,7-dimetoxi-4-piperazino-9H-pirimido[4,5-b]indole (200 mg, 0.64 mmol y piridina (0.5 mL, 6.4 mmol) en diclorometano (20 mL) fue añadido a la solución del producto1d en diclorometano (20 mL) y este fue agitado durante la noche. Se agrego metanol para apaciguar el exceso de tiofosgeno, y el residuo después de la eliminación del solvente fue purificado por la cromatografía de columna de gel silice y eluido con 5% metanol/diclorometano y además recristalizado de diclorometano/hexano para dar 50 mg (16%).
^{1}HNMR (DMSO-d_{6}, 300MHZ) \delta 3.75(s, 4H), 3.87(s, 3H), 3.88(s, 3H), 4.19(s, 4H), 7.04-7.06 (m, 1H), 7.07(s, 1H), 7.24(s, 1 H), 7.53(d, J = 8.4 Hz, 2H), 7.90(d, J = 8.4Hz, 2H), 8.44(s, 1H), 8.51 (d, J = 4.8HZ, 2H), 9.72(s, 1H, -NH), 12.01 (s, 1H, -NH).
FAB HRMS [M+H]^{+} calcd para C_{27}H_{27}N_{9}O_{4}S_{2}: 605.1627; encontrado 606.1699.
Análisis de combustión: Requiere C_{27}H_{27}N_{9}O_{4}S_{2} Requiere C 53.54%, H 4.49%, N 20.81%, O 10.57%, S 10.59%; encontrado C 53,84%, H 4,91%, N 21,21%, O 11,87%, S 8,17%.
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Ejemplo 21 4-Benzo[4,5]furo[3,2-d]pirimidina-4-il-piperazina-1-ácido carbotioico(benzo[1,3]dioxol-5-ilmetil)-amida (3)
A una solución de 4-piperazinobenzofurano[3,2-d]pirimidina (200 mg, 0.79 mmol) y piridina (0.5 mL, 7.9 mmol) en diclorometano (20 mL) fue añadido una solución del producto 1c en diclorometano (20 mL) y este fue agitado durante la noche. se agrego metanol para templar el exceso de tiofosgeno, y el residuo después de ser eliminado del solvente fue purificado por cromatografía de columna del gel silice eluido con 5% metanol/diclorometano y además recristalizado de diclorometano/hexano para dar 150 mg (37%).
^{1}HNMR (CDCl_{3}, 300MHZ) \delta 4.09(s, 4H), 4.27(s, 4H), 4.82(d, J = 4.7Hz, 2H), 5.99(s, 2H), 6.77-6.79(m, 1H),6.80-6.83(m, 1 H), 6.89(s, 1 H), 7.47-7.52(m, 1 H), 7.61-7.65(m, 1 H), 7.66-7.70(m, 1 H), 8.33(d, J = 7.0Hz, 1H).
FAB HRMS [M+H]^{+} calcd para C_{23}H_{21}N_{5}O_{3}S: 447.1365; encontrado 448.1443.
Análisis de combustión: C23H21N5O3S Requiere C 61.73%, H 4.73%, N 15.65%, O 10.73%, S 7.17%; Encontrado C61.95%, H 4.99%, N 15.93%, O 11.13%, S 7.55%.
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Ejemplo 22 4-Benzo[4,5]furo[3,2-d]pirimidin-4-il-piperazine-1-ácido carbotiioico [4-(pirimidin-2-ilsulfamoil)-fenil]-amida (4)
A una solución de 4-piperazinobenzofurano[3,2-d]pirimidina (200 mg, 0.79 mmol) y piridina (0.5 mL, 7.9 mmol) en diclorometano (20 mL) fue añadido una solución del producto 1d en diclorometano (20 mL) y este fue agitado durante la noche. Se agrego metanol para templar el exceso de tiofosgeno, y el residuo después de ser eliminado del solvente fue purificado por cromatografía de columna del gel silice eluido con 5% metanol/diclorometano y además recristalizado de diclorometano/hexano para dar 150 mg (37%).
^{1}HNMR (DMSO-d_{6}, 300MHZ) \delta 4.17(s, 8H), 7.04-7.08(m, 1H), 7.49-7.52(m, 1 H), 7.56-7.59(m, 1 H), 7.707.75(m, 1 H), 7.84(d, J = 8.2Hz, 1H), 7.91(d, J = 8.6Hz, 2H), 8.12 (d, J = 7.6Hz, 2H), 8.52(d, J = 4.8Hz, 2H), 8.58(s, 1 H),9.82(s, 1H, NH).
FAB HRMS [M+H]^{+} calcd para C_{25}H_{22}N_{8}O_{3}S_{2}: 546.1256; encontrado 547.1325.
Análisis de combustión: C25H22N8O3S2 Requiere C 54.93%, H 4.06%, N 20.50%, O 8.78%, S11.73%; Encontrado 55.35%, H 4.44%, N 20.83%, O 8.96%, S 11.89%.
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Ejemplo 23 4-(9-Tía-1,5,7-triaza-fluoren-8-il)-piperazine-1-ácido carbotioico (benzo[1,3]dioxol-5-ilmetil)-amida (5)
A una solución de 4-perazinopirido[3',2';4,5]tieno[3,2-d]pirimidina (200 mg, 0.74 mmol) y piridina (0.5 mL, 7.9 mmol) en diclorometano (20 mL) fue añadido una solución del producto 1c en diclorometano (20 mL) y este fue agitado durante la noche. Se agrego metanol para templar el exceso de tiofosgeno, y el residuo después de ser eliminado del solvente fue purificado por cromatografía de columna del gel silice eluido con 5% metanol/diclorometano y además recristalizado de diclorometano/hexano para dar 110 mg (32%).
^{1}HNMR (CDCl_{3}, 300MHZ) \delta 4.07(s, 4H), 4.17(s, 4H), 4.72(d, J = 4.5Hz, 2H), 5.88(s, 2H), 6.69(d, 1H), 6.75(d,1H), 6.80(s, 1H), 7.43-7.47(m, 1H), 8.65(s, 1H), 8.75(d, J = 3.8Hz, 2H).
FAB HRMS [M+H]^{+} calcd para C_{22}H_{20}N_{6}O_{2}S_{2}: 464.1089; encontrado 465.1167.
Análisis de Combustión: C_{22}H_{20}N_{6}O_{2}S_{2} Requiere C 56.88%, H 4.34%, N 18.09%, O 6.80%, S 13.80%; encontrado C 57.16%, H 4.94%, N 18.53%, O 6.97%, S 14.30%.
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Ejemplo 24 4-(9-Tía-1,5,7-triaza-fluoren-8-il)-piperazine-1-ácido carbotioico [4-(pirimidin-2-ilsulfamoil)-fenil]-amida (6)
A una solución de 4-piperazinopirido[3',2';4,5]tieno[3,2-d]pirimidina (200 mg, 0.74 mmol) y piridina (0.5 mL, 7.9 mmol) en diclorometano (20 mL) fue añadido una solución del producto 1d en diclorometano (20 mL) y este fue agitado durante la noche. Se agrego metanol para templar el exceso de tiofosgeno, y el residuo después de ser eliminado del solvente fue purificado por cromatografía de columna del gel silice eluido con 5% metanol/diclorometano y además recristalizado de diclorometano/hexano para dar 60 mg (15%).
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^{1}HNMR (DMSO-d_{6}, 300MHZ) \delta 4.07(s, 8H), 6.96-6.99(m, 1H), 7.47-7.50(m, 1H), 7.58-7.62(m, 1 H), 7.82(d, J = 8.6Hz, 2H), 8.43(d, J = 4.9Hz, 2H), 8.63 (d, J = 8.02Hz, 2H), 8.70(s, 1H), 8.80(d, J = 4.OHz, 1 H).
FAB HRMS [M+H]^{+} calcd para C_{24}H_{21}N_{9}O_{2}S_{3}: 563.0980; encontrado 564.1059.
Análisis de Combustión: C_{24}H_{21}N_{9}O_{2}S_{3} Requiere C 51.14%, H 3.76%, N 22.36%, O 5.68%, S17-07%; Encontrado 51.44%, H 3.98%, N 22.84%, O 5.96, S 17.45.
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Ejemplo 25 4-(6,7-Dimetoxi-guinazolin-4-il)-piperazine-1-ácido carbotioico [4-(pirimidin-2-ilsulfamoil)-fenil]-amida (7)
A una solución de 4-(1-piperazinil)-6,7-dimetoxi quinazolina (200 mg, 0.73 mmol) y piridina (0.5 mL, 6.4 mmol) en diclorometano (20 mL) fue añadido una solución del producto 1d en diclorometano (20 mL) y este fue agitado durante la noche. Se agrego metanol para templar el exceso de tiofosgeno, y el residuo después de ser eliminado del solvente fue purificado por cromatografía de columna del gel silice eluido con 5% metanol/diclorometano y además recristalizado de diclorometano/hexano para dar 80 mg (20%).
^{1}HNMR (CDCl_{3}, 300MHZ) \delta 3.85(s, 4H), 3.98(s,3H), 4.02(s,3H), 4.11 (s, 4H), 6.98(m, 1 H), 7.08(s, 1 H), 7.32(d, 2H), 7.88(s, 1H), 8.00(d, J = 6.7 Hz, 2H), 8.62(d, 2H), 8.66(s, 1H).
FAB HRMS [M+H]^{+} calcd para C_{25}H_{26}N_{8}O_{4}S_{2}: 566.1518; encontrado 567.1597.
Análisis de Combustión: C_{25}H_{26}N_{8}O_{4}S_{2} Requiere C 52.99%, H 4.62%, N 19.77%, O 11.29%, S11.32%; encontrado C 53.27%, H 4.94%, N 19.99%, O 11.57%, S11.64%.
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Ejemplo 26 Ensayo de Citotoxicidad del Cáncer Celular
Para validar la hipótesis que los diseñados inhibidores c-kit/PDGFR tirosina quinasa mediar la muerte celular GIST882 y PDGFR mediada por la muerte de células por líneas celulares de cáncer de páncreas (CFPAC-1, PANC-1 y MIA PaCa-2), fue realizado un ensayo de citotoxicidad in vitro. La línea celular GIST882 usado en este estudio tiene una mutación c-kit de aumento de función (K642E). El ensayo utilizo la célula Titer 965 No Radioactiva al Ensayo de Proliferación Celular (Promega Corp., Madison, WI). Primero las células fueron cultivadas. Las células GIST882 fueron proporcionadas por el Dr. Jonathan A. Fletcher (Dana-Farber Cáncer Institute, Boston, MA). Las células PANC-1 y MIAPaCa-2 fueron proporcionadas por el Dr. Daniel Von Hoff (Arizona Cáncer Center, Tucson, AZ).las células GIST882 fueron cultivadas en RPMI 1640 medio (Cat# 21870-076, Invitrogen Corporation) complementada con 300 mg/L L-glutamina, 100 unid/ml penicilina, 100 \mug/ml estreptomicina y el 15% de suero fetal bovina. Las células PANC-1 y MIAPaCa-2 se mantuvieron en RPMI 1640 medio (Cat# 10-040, Mediatech, Inc.) complementado con 100 unid/ml penicilina, 100 \mug/ml estreptomicina y el 10% de suero fetal bovina. Todas las líneas celulares fueron incubadas en un incubador humidificado a 37ºC con 5% de atmósfera CO_{2}.
Las células se depositaron en una densidad de 2000 a 10000 células por pocillo, dependiendo en sus rangos de crecimiento, en 0.1 mL medio en el día 0 en placas de microtitulación Falcon de 96 pocillos (#3072, Becton-Dickinson Labware, Lincoln Park, NJ). En el día 1, 10 \muL de diluciones seriadas de los compuestos individuales fueron añadidos a las placas en replicas de 4. Después de la incubación por 4 días a 37ºC en un incubador humidificado, las células fueron fijadas con el 10% de solución de ácido Tricloroacetico (Catalogo No. 490-10, Sigma). Posteriormente, fueron etiquetados con 0.04%de Sulforodamina B (S9012, Sigma) en 1% de ácido acético. Después de múltiples lavados para eliminar el exceso de tinte, 100 \mul de solución 50 mM Tris fue agregado a cada pocillo con el fin de disolver el tinte. La absorción de cada pocillo fue leído en una placa lectora (Wallac Vector^{2}, Perkin Elmer) en la longitud de onda de 570 nm. Los datos fueron expresados como el porcentaje de supervivencia de control a partir de la densidad óptica corregida de la absorbancia de fondo. El porcentaje de células supervivientes fue determinado por la división promedio de los valores de absorbancia del anticuerpo monoclonal por el promedio de valores de absorbancia del control y multiplicándose por 100.
La puntuación calculada FlexX y los valores IC50 para estos nuevos y anteriores inhibidores de la técnica c-kit son mostrados en la Tabla 2 abajo. No todos de los compuestos nuevos evaluados mostraron citotoxicidad contra las células GIST882. Además, en un ensayo in vitro de aurora-2 quinasa, un serina/teorina quinasa, estos compuestos no mostraron actividad (datos sin mostrar). Tomados juntos, estos resultados validan los compuestos como revela aquí en este documento como HPK61 (II-2-7) y HPK56 (III-1-3), más potentes, inhibidores específicos c-kit y PDGFR tirosina quinasa.
Una comparación de los perfiles de la citotoxicidad de los compuestos diseñados y sintetizados 1-7 (fig. 17), tan bien como los conocidos inhibidores quinasa ST1571 y CT52923, es mostrado en las figs. 22A, 22B y 22C, y los valores calculados IC50 son mostrados abajo en la Tabla 2. Para la línea celular, HPK61 (II-2-7), HPK56 (III-1-3), STI571, y CT52923 fueron igualmente potentes, con valores IC50 que van desde 0,1 hasta 1,8 \muM y con una orden de potencia de ST1571 (0,1 \muM)> PK61 (II-2-7) (0,45 \muM)> HPK56 (III-1-3) (1,60 \muM)> CT52923 (1,80 \muM). Aunque STI571 mato células a principios, 25% de células expuestas a STI571 estuvieron vivas al día 4. En contraste, HPK61 (II-2-7) y HPK56 (III-1-3) tuvieron un efecto mas prolongado, con 5% de células vivas al día 4. Para las líneas celulares del cáncer de páncreas MIAPaCa-2, y PANC-1. HPK56 (III-1-3) fue el más potente, con valores IC_{50} de 2.10 a 3.00 \muM, respectivamente, y a una orden de potencia de HPK56 (III-1-3) (2.1-3.0 \muM) >PK61 (II-2-7) (15.5-16.0 \muM) > STI571 (20.0-24.0 \muM) > (25.0-2B.6 \muM).
TABLA 2 Actividad (IC50 \muM) y FlexX (kJ/mol) resultados de compuestos lideres y triciclicos y inhibidores quinazolina contra c-kit y PDGFR tirosina quinasa
72
Además, un estudio reciente reporto que aproximadamente un 35% de muestras GIST carecen de mutaciones c-kit y tenían mutaciones de activación en PDGFR-A (Heinrich, M., et al., Science 299(5607):708-10, 2003). Estudios de acoplamiento demostraron que HPK61 (II-2-7) y HPK56 (III-1-3) interactúan en igualdad con los dominios tirosina quinasa de c-kit y PDGFR. Los ensayos de citotoxicidad celular demostraron que HPK61 (II-2-7) y HPK56 (III-1-3) son altamente selectivo para c-kit y PDGFR tirosina quinasa y son superiores a ST1571 y CT52923 en líneas celulares de cáncer de páncreas. Por tanto, se espera que HPK81 (II-2-7) y HPK56 (III-1-3), tanto como otros compuestos relacionados revelados en este documento vayan a ser efectivos en el tratamiento de c-kit y mediada PDGFR GIST.
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Ejemplo 27 Ensayo de Inhibición Quinasa
Este ejemplo describe la actividad inhibidora del compuesto (II-2-6), también mencionado en este documento como HPK62, contra varias proteínas quinasa, incluyendo Aurora-A, cAMP-PK, MKK6 y CDK1.
73
Ensayos enzimáticos in vitro fueron realizados usando el ensayo luminiscente quinasa Kinase-Glo^{TM} de Promega Corporation (Madison, WI). Fueron usadas las siguientes condiciones:
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74
Reacciones enzimáticas fueron permitidos a los avances durante dos horas a 30ºC, luego ensayado por la actividad quinasa de acuerdo al protocolo de fabricación. Los siguientes valores IC50 fueron determinados por el compuesto, usando las quinasas de abajo:
75
Ejemplo 28 Efectos del Compuesto (II-2-6) en la Distribución del Ciclo Celular
Los efectos de la estructura (II-2-6) en la distribución del ciclo celular fueron ensayados usando citometría de flujo, usando el siguiente procedimiento: células MIA PaCa-2 (American Type Culture Collection, Manassas, VA) fueron cultivadas a -40% confluencia. A este punto, MP-235 en diferentes concentraciones, o un volumen similar de DMSO (diluyente de fármaco) fue añadido. Las células fueron cultivadas en presencia de la droga durante 48 horas, y cosechada usando tripsina. 1 millón de células fueron lavadas en 1 mL del Regulador Modificado de Krishan (0.1% citrato de sodio, 0.3% NP-40, 0.05 mg/ml yoduro de propidio, 0.02 mg/ml RNase A), y resuspendido en 1 mL del Regulador Modificado de Krishan fresco. Los gránulos de células se mantuvieron a 4ºC por no más de 24 horas antes que el análisis de flujo citometrico fuera realizado por las Instalaciones Centrales de Flujo Citometrico de la Universidad de Arizona. El perfil del ciclo celular que se obtuvo en este análisis se ilustra en la fig. 23.
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Ejemplo 29 Efectos del Compuesto (II-2-6) en la Proliferación Celular
La capacidad de compuesto (II-2-6) a diferentes concentraciones de inhibir proliferación celular fue también probado, usando la línea celular MIA PaCa-2. 200,000 células MIA PaCa-2 fueron depositados en cada pocillo de los seis pocillos y incubado durante la noche. En este punto, MP-235 a diferentes concentraciones, o un volumen similar de DMSO (diluyente de fármaco) fue añadido. Las células fueron cultivadas en presencia del fármaco durante 48 horas, y cosechada usando tripsina. El número de células en cada pocillo fue determinado por un ensayo de contante usando un hematocitometro. Cada concentración de fármaco fue probado por triplicado y cada pocillo se contó por triplicado. La reducción en la proliferación celular se determino por la división del número de células en pocillos de fármacos tratados
por el número en equivalente pocillos DMSO tratados. Los resultados de este análisis están ilustrados en la fig. 24.
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Ejemplo 30 Efectos de la Estructura (II-2-6) en la Citotoxicidad de las Líneas Celulares del Cáncer Pancreático
Para determinar si la reducción en numero de célula fue debido a la lentitud del cultivo de célula o la muerte celular abierta, la citotoxicidad de la estructura (II-2-6) se determino, usando un ensayo basado en MTS en el cultivo de células del cáncer de páncreas MIA PaCa-2 y Panc-1. Ensayos de citotoxicidad in vitro se realizo usando el Ensayo de Proliferación Celular No Radioactiva CellTiter 96 (Promega Corp., Madison, WI). Las células fueron depositadas en 0.1 ml medio en el día 0 en 96 depósitos de micro titulación (Falcon, #3072). El día 1, 10 \mul de diluciones de la sustancia de ensayo se agregaron en réplicas de 4 a los platos. Después de la incubación durante 4 días a 37ºC en un incubador humidificado, 20 \mul de una mezcla 20:1 de [3-(4,5-dimetil-2-il)-5-(3-carboximetoxifenil)-2-(4-sulfofenil)-2H-tetrazolium, sal interior; MTS], 2 mg/ml, y un reactivo de acoplamiento de electrones, metosulfato fenazina (PMS, 0.92 mg/ml en DPBS), fue añadido a cada pocillo y incubado durante 1 o 2 horas a 37ºC. la absorción fue medido usando el lector de microplacas Model 7520 (Cmabridge Technology, Inc.) a 490 nm. Los datos se expresaron como el porcentaje de supervivencia de control calculado de la absorción corregida por la absorción de fondo. La fracción superviviente de células fue determinada por la división de los valores promedio de absorción de los agentes de prueba por los valores promedio de absorción del control sin tratar. Lecturas de gérmenes a 490 nm fueron tomadas después de 60 y 120 minutos de incubación con el substrato MTS, y los resultados están ilustrados en las figs. 25A-B, respectivamente.
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Ejemplo 31 Efectos del compuesto (II-2-6) en la Citotoxicidad de las Líneas Celulares del Cáncer de Colon, Mama, Ovario y de Páncreas
Estos datos de citotoxicidad fueron además complementados con la realización del mismo ensayo MTS descrito arriba en un número de líneas celulares diferentes de varias fuentes. Los resultados obtenidos de estos experimentos son ilustrados en las figs. 26A-C.
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Ejemplo 32 Compuestos Inhibitorios Ilustrativos Adicionales
El compuesto (II-2-6) es un compuesto inhibitoria quinasa ilustrativa de la invención perteneciente a una clase de 4-piprazinilpirimido[4,5-b]indoles. Estas series de compuestos fueron diseñados como inhibidores de ambas aurora-2 quinasa y c-kit quinasa y estructura (II-2-6) fue confirmado por tener baja actividad inhibitoria nanomolar contra aurora-2 quinasa y por tener baja actividad inhibidora \muM contra c-kit quinasa.
76
Los compuestos análogos (II-2-6) fueron diseñados y sintetizados de acuerdo a los esquemas 3-5 abajo con el fin de evaluar y optimizar la actividad aurora-2, solubilidad acuosa y perfiles farmacoquinetica/farmacodinámica. Los compuestos pertenecen a la clase de pirimido[4,5-b]indoles (Ia a Id) y quinazolinas (IIa a IId abajo). Información estructural detallada de compuestos ilustrativos es provista en la Tabla 3 abajo. Los análogos fueron hechas en las cuales R1, R2, R3 y R4 (1)-4-piprazinilpirimido[4,5-b]indoles, pirimido[4,5-b]indoles de fórmula Ia-Id y R1, R2, R3 y R4 (1)-4-piperazin-1-il-quinazolinas y compuestos quinazolina sustitutos de IIa-IId fueron sintetizados.
77
Basado en los resultados de acoplamiento, (II-2-6) se une al foco de unión de ATP y participa en varios contactos Van der Waals y interacciones de enlace de hidrógeno con el foco del sitio activo. La fracción 6,7-dimetoxi pirimido[4,5-b]indole posicionada en el foco de unión adenina, 6,7-sustituyentes del pirimido[4,5-b]indoles orienta desde la región rotular en el foco del solvente y el grupo bencenosulfonamida esta involucrado en las interacciones con la \beta y regiones del fosfato y, mientras que el grupo piperazine ocupa el foco de unión del azúcar. La estructura (II-2-6) tuvo interacciones de unión de hidrógenos fuertes con Pro214, Arg220 y esta en contacto con residuos Glu211 y Ala213. El grupo de sulfonamidas -S=O forma uniones de hidrógeno con Lys258. En términos de hidrofobicito, áreas profundas en el foco de ATP alrededor de Phe144 son ocupados por el anillo aromático llano y el anillo pirimido de (II-2-6).
Varios análogos de (II-2-6) fueron estudiados usando acoplamiento virtual para predecir su modo de unión. Los compuestos desarrollados basados en el modo de unión de (II-2-6) se llevaron a cabo para la síntesis. 25 Enfoques sintéticos para la generación de las sustituciones en R1, R2, R3, R4, R5, R6 y X se establecen en los siguientes planes de 3 a 7, y los compuestos ilustrativos se muestran en la Tabla 3.
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Esquema 6
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Esquema 7
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TABLA 3
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TABLA 3 (continuación)
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TABLA 3 (continuación)
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TABLA 3 (continuación)
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TABLA 3 (continuación)
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TABLA 3 (continuación)
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TABLA 3 (continuación)
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TABLA 3 (continuación)
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TABLA 3 (continuación)
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TABLA 3 (continuación)
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TABLA 3 (continuación)
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TABLA 3 (continuación)
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TABLA 3 (continuación)
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TABLA 3 (continuación)
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TABLA 3 (continuación)
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TABLA 3 (continuación)
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TABLA 3 (continuación)
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TABLA 3 (continuación)
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TABLA 3 (continuación)
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TABLA 3 (continuación)
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TABLA 3 (continuación)
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TABLA 3 (continuación)
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TABLA 3 (continuación)
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TABLA 3 (continuación)
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TABLA 3 (continuación)
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Ejemplo 33 Compuesto (II-2-6) de la Actividad Inhibidora de la Proteína Quinasa
La proteína serina-treonina quinasa cAMP PK, MKK6 y Cdk1 fueron probados junto a aurora-2 quinasa para evaluar la actividad del compuesto (II-2-6) contra estas proteínas quinasas. En pocas palabras, en este ensayo la actividad quinasa es determinado por la cuantificación de la cantidad de ATP sobrante en la solución siguiendo la reacción quinasa midiendo las unidades relativas de luz (URL) producido por la luciferasa usando un luminometro. Un porcentaje de la actividad fue determinado por compuestos individuales comparando lecturas de luminometro de reacciones de fármacos tratados a controles que no contienen fármacos (URL sin inhib.) y sin la enzima aurora-2 (URL sin quinasa) en la siguiente ecuación:
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108
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En una reacción de 50 \mul, 20 ng de recombinante aurora-2 quinasa (Upstate, Lake Placid, NY) fue incubado a 30ºC durante 2 horas con agitación (360 rpm) con 62.5 \muM Kemptide (Calbiochem, San Diego, CA), 3 \muM ATP (Invitrogen, Carisbad, CA) y regulador de reacción quinasa (40 mM Tris-HCl, 20 mM MgCl2 y 0.1 \mug/\mul bovina serum albúmina). El valor de 3 \muM ATP fue determinado para ser el Km (concentración en la cual la enzima trabaja al 50% de velocidad máxima) para la cantidad de enzima usadas en este ensayo. Esta reacción fue llevada a cabo en presencia de sustancias de fármacos, los cuales han sido previamente diluidos a las concentraciones deseadas en DMSO. Después de la incubación, 50 \mul de solución Kinase-Glo® (Promega, Inc., Madison, WI) fue añadido a cada mezcla de reacción y permitió que se equilibre durante 10 minutos a temperatura ambiente. La solución Kinase-Glo contiene enzima luciferasa y luciferina, las cuales reaccionan con ATP para producir luz. La actividad quinasa es determinada cuantificando la cantidad de ATP restante en la solución siguiendo la reacción quinasa midiendo las unidades relativas de luz (URL) producidas por luciferasa usando un luminometro (Thermo Electron Corporation, Vantaa, Finland).
Los resultados de estos experimentos están mostrados en la fig. 27. el compuesto (II-2-6) tuvo actividad inhibidora contra cada una de las quinasas probadas, con alta actividad contra Aurora-2 quinasa.
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Ejemplo 34 Síntesis y análisis de Compuestos Ilustrativos Adicionales
El compuesto (III-1-3), también referido en este documento como HPK56/MP-470, es un compuesto ilustrativo de la presente invención teniendo la siguiente estructura:
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Los análogos de (III-1-3) fueron diseñados y sintetizados con el fin de evaluar y optimizar la selectividad quinasa, solubilidad acuosa, y para mejorar los perfiles farmacocineticos y farmacodinámicos. Enfoques de síntesis ilustrativas para la generación de análogos (III-1-3) se muestran en los esquemas de síntesis a Continuación. Síntesis de R1 benzofuranopirimidinas sustituido fue tomadas. El metil-3-guanidinobenzofuran-2-carboxilato es preparado a partir de 3-metil-aminobenzofuran-2-carboxilato de reaccionar con cianoacetamida en presencia dioxano y de gas HCl seco. La guanidina obtenida es ciclizado en presencia de NaOH acuoso. Procedimientos similares fueron utilizados para la preparación de 2-sustituto (III-1-3) y sus análogos como se muestran en los esquemas 8-10 que se establecen a Continuación. La introducción de -NH2 a la posición 2 fue utilizado por varias sales sulfonicas, inorgánicas y hidroxiacidas. Compuestos ilustrativos son mostrados en la Tabla 4 a Continuación.
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Ejemplo 35 Análisis del Compuesto de Unión y la Actividad Inhibitoria contra Mutantes c-kit
La estructura de cristal publicada de c-kit quinasa (código pdb: 1 PKG) y su estructura mutada fueron usados para el estudio del modo de unión del compuesto (III-1-3) (HPK56/MP-470), un compuesto benzofuranopirimidina, su análogos 2-sustituidos, y derivados de quinazolina.
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Todos los estudios de modelado molecular incluyendo el de acoplamiento fueron llevados a cabo usando un software SCHRÖDINGER (SCHRÖDINGER LLC, New York) ejecutado en RedHat Linux. La estructura de cristal publicada de c-kit quinasa (1) fue usada para la preparación de proteína, generación de redes y acoplamiento usando un programa, Glide, el cual es implantado en el software SCHRÖDINGER.
Las mutaciones de c-kit en tumores GIST y sus interacciones con (III-1-3) y sus análogos fueron estudiados en el tipo silvestre de c-kit, K642E (un exon 13 mutante) y D816V (un exon 17 mutante). Los resultados dinámicas fueron generados por cada compuesto para ambos mutantes tipo silvestre y c-kit. Una dinámica de resultado más negativa es un factor predictivo más fuerte de unión. Los determinados resultados de dinámica son mostrados a Continuación en la Tabla 5. El modo de unión de (III-1-3) con estas proteínas mutadas c-kit predicen que (III-1-3) es mas efectivo en la unión de ambas mutaciones K642E y D816V relativo al tipo silvestre c-kit.
La Tabla 5 también muestra valores IC_{50} en la línea celular GIST882 determinado por los mismos compuestos. En pocas palabras, las células están sembradas en 96 pocillos, cultivos de tejidos tratados, placas blancas opacas (Thermo Electron, Vantaa, Finland), entre 5000 y 7500 células por pocillo, dependiendo en la velocidad de la proliferación de la célula, en 100 \mul de un medio de cultivo apropiado (determinado por el ATCC). Las células son luego expuestas a la concentración apropiada de fármaco o una cantidad igual de DMSO (diluyente de fármaco) y le permite crecer en su presencia durante 96 horas. Siguiendo esto, 100 \mul del reactivo Cell-Titer-Glo (Promega, Inc., Madison, WI)es agregado a cada pocillo. Las placas son luego agitadas durante 2 minutos a temperatura ambiente para permitir la lisis celular e incubada durante 10 minutos para estabilizar la señal luminescente. Similar al ensayo del reactivo Kinase-Glo, este reactivo contiene enzima luciferasa y su substrato luciferino. La luciferasa, activada por ATP en el lisado de células, cataliza la conversión de luciferina a oxiluciferina, una reacción la cual produce luz. La cantidad de luz producida es proporcionada a la cantidad de ATP en el lisado de células, la cual es ella misma proporcional al número celular y da un índice de proliferación celular. El IC50 es definido como la concentración de fármaco que rinde un 50% de inhibición de crecimiento celular, comparado a los pocillos conteniendo células no tratadas.
TABLA 5 Actividad (IC_{50} \muM) y resultados de dinámica de planeo de inhibidores contra WT y c-kit tirosina quinasa mutadas
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Ejemplo 36 Actividad Inhibidora Quinasa de los Compuestos (III-1-3) y (II-2-7)
Los compuestos (III-1-43) y (II-2-7) son compuestos ilustrativos de la presente invención teniendo las estructuras mostradas a Continuación:
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Estos compuestos fueron probados por su actividad inhibidora contra c-Kit y el receptor relacionado a la tirosina quinasa, PDGFRa. Las enzimas fueron incubadas con la concentración apropiada de inhibidor y radiomarcado y-^{32}P-ATP. Después de 30 minutos, las mezclas de reacción fueron sometidas a electroforesis en un gel de acrilamida y autofosforilación, cuantificados por la cantidad de radioactividad incorporado en la enzima, fue ensayado. Los resultados de estos experimentos son mostrados en las figs. 28A y 28B ambas (III-1-3)y (II-2-7) demostradas dosis-dependiente de c-kit de la actividad inhibitoria contra el c-Kit y PDGRFa.
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Ejemplo 37 Actividad Inhibidora de Compuestos Ilustrativos Adicionales
Varios compuestos nombrados en este documento, incluyendo (IV -1-3) (también referidos como HPK16), (III-1-3) (también referido como HPK56), (III-1-4) (también referido como HPK57), (III-1-5) (también referido como HPK59), y (II-2-7) (también referido como PK61) fueron probados para la actividad contra las células del tumor GIST usando la línea celular GIST882. En pocas palabras, las células son sembradas en los 96 pocillos, cultivo de tejidos tratados, placas blancas opacas (Thermo Electron, Vantaa, Finland), entre 5000 y 7500 células por pocillo, dependiendo en la velocidad de proliferación celular. En 100 \mul de medio de crecimiento apropiado (determinado por el ATCC). Las células son luego expuestas a la concentración adecuada de fármaco o una cantidad igual de DMSO (diluyente de fármaco) y se permite el crecimiento en su presencia durante 96 horas. A raíz de esto, 100 \mul de reactivo Cell-Titer-Glo (Promega, Inc., Madison, WI) es añadido a cada pocillo. Las placas son luego agitadas durante 2 minutos a temperatura ambiente para permitir la lisis celular y incubado durante 10 minutos para estabilizar la señal luminescente. Semejante al ensayo del reactivo Kinase-Glo, este reactivo contiene enzima luciferasa y su sustrato luciferino. Luciferasa, activada por ATP en el lisado celular, cataliza la conversión de luciferino a oxiluciferino, una reacción que produce luz. La cantidad de luz producida es proporcionada a la cantidad de ATP en el lisado celular, que en si es proporcional al número de célula y da un índice de proliferación celular. El IC50 es definido como la concentración de fármaco que produce un 50% de inhibición del crecimiento celular, como se compara con los pocillos conteniendo células no tratadas. Los resultados de estos experimentos son mostrados en la fig. 29, demostrando que todos los compuestos probados tuvieron actividad inhibitoria de dosis dependientes, mientras que HPK56 (III-1-3) y HPK61 (II-1-7) tuvieron la más alta actividad inhibitoria de los compuestos de la invención probados.
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Ejemplo 38 Síntesis de Inhibidores Ilustrativos Adicionales de la Proteína Quinasa
El siguiente ejemplo describe la síntesis de los compuestos ilustrativos que figuran a Continuación en la Tabla 6, usando los Esquemas de síntesis general del 11-15 también mostrados a Continuación. Los métodos de síntesis de abajo son ilustrativos de la naturaleza y pueden ser fácilmente modificados usando principios de rutina y establecidos de la química orgánica sintética para producir los compuesto de la invención descrita en este documento.
Todos los experimentos fueron llevados a cabo bajo una atmósfera inerte y en reflujo y/o temperatura ambiente a menos que se indique lo contrario. La pureza de los compuestos fueron evaluados por analítica de rutina HPLC. TLCs fueron realizados en placas de gel de sílice precubiertos (Merck), y los cromatogramas resultantes fueron visualizados bajo luz UV a 254 nm. Los puntos de fusión fueron determinados en aparatos de punto de fusión Kofler Block o Büchi en compuestos asolados descritos en los procedimientos experimentales y están sin corregir. Los espectros de NMR se determinaron en solución DMSO-d6 (al menos que se indique lo contrario) en un espectrómetro Bruker AM 300 (300 Mhz) o en un Varian 400 (400 Mhz). Cambios químicos están expresados en unidad de s (ppm), y multiplicidad de pico son expresadas como sigue: s, singlete; d, doblete; dd, doblete de doblete; t, triplete, br s, singlete amplia; m, multiplote. Las mediciones FAB han sido llevadas a cabo en un espectrómetro de masa HX-110 (JEOL, Akishima, Japón) equipado con una pistola convencional Xe. Una matriz de mezcla de glicerol:tioglicerol:mNBA (meta-alcohol nitrobencil) 50:25:25 conteniendo 0.1% de ácido trifluoroacetico (ATF) fue usado. Para las mediciones de la masa exacta, polietileno glicol (PEG) se uso como el estándar interno. Análisis de combustión (CHNS) fue realizado por Desert Analytics Laboratory, Tucson, AZ.
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(Tabla pasa a página siguiente)
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Esquema 11
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Esquema 12
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Esquema 13
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Esquema 14
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Esquema 15
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A. 4-(6,7-dimetoxi-9H-1,3,9-triaza-fluoren-4-il)-piperazina-1-ácido carbothioic [4–(pirimidin-2-ilsulfamoil)-fenil]-amida (1). (Ver Esquema 11)
7-dimetoxi-4-(piperazin-1-il)-9H-pirimido[4,5-b]indol 8 en DCM fue añadido de gota en gota al compuesto 10 en DCM por un periodo de 15 minutos seguido por l adición de exceso de piridina. La mezcla de reacción fue agitada a RT durante 24 horas. Después de la finalización de la reacción, MeOH fue añadido para templar el exceso de compuesto 10 y los solventes fueron evaporados. El producto crudo fue purificado por cromatografía de columna usando un DCM/5% del sistema solvente MeOH. El producto 1 obtenido (Tabla 6) (compuesto 9 en el Esquema 11) es la mitad de sólido blanco con una producción del 37.6%.
^{1}HNMR (DMSO-d_{6}, 300MHz): \delta 3.75(s, 4H), 3.87(s,3H), 3.88(s,3H), 4.19(s, 4H), 7.04-7.06 (m, 1H), 7.07(s, 1H), 7.24(s, 1H), 7.53(d, J = 8.4 Hz, 2H), 7.90(d, J = 8.4Hz, 2H), 8.44(s, 1H), 8.51 (d, J = 4.8HZ, 2H), 9.72(s, 1H, -NH), 12.01(s, 1 H, -NH).
FAB HRMS [M+H]^{+} Calc. para C_{27}H_{27}N_{9}O_{4}S_{2}: 605.1627; encontró 606.1699.
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B. 7-dimetoxi-4-(piperazin-1-il)-9H-pirimido[4,5-b]indol
4-cloro-6,7-dimetoxi-9,9a-dihidro-4aH-pirimido[4,5-b]indole 7 se disolvió en p-dioxano (50 mL), y piprazina (3.9 g) se añadió siguiendo la adición de piridina (5 mL) bajo argón a RT. La mezcla de reacción se calentó a reflujo durante 16 horas y se enfrió. Los solventes se eliminaron al vacío y el producto crudo obtenido se purifico por cromatografía flash de columna usando un sistema de solvente DCM/10% MeOH. El compuesto 8 obtenido después de la producción de purificación a 66% (3.9 g) como un medio sólido blanco.
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C. 4-Cloro-6,7-dimetoxi-9,9a-dihidro-4aH-pirimido[4,5-b]indole
La suspensión de 6,7-dimetoxi-3H-pirimido[4,5-b]indol-4(9H)-uno 6 (2.8 g), POCl_{3} (20 mL) y p-dioxano 65 mL se calentó a reflujo durante 6 horas, luego agitado a 250ºC durante 36 horas. La mezcla obtenida fue filtrada y concentrada. El producto crudo fue purificado por cromatografía de columna usando 1% de MeOH/DCM para dar un pequeño compuesto 7 73.3% (2.2 g) como sólido amarillo pálido.
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D. [4-(Pirimidina-2-ylsulfamoil)-fenil]-cloruro de tiofosgeno
Tiofosgeno (0.78 mL) fue añadido lentamente ala solución agitada de sulfadiazina (1.71 g) en DCM (50 mL) siguiendo la adición de trietilamina (0.47 mL) a 0ºC. Después de las adiciones, la mezcla de reacción fue agitada a RT durante 5 horas. La mezcla de reacción es diluida con más DCM y es limpiado con agua y salmuela y el solvente obtenido se seca sobre Na_{2}SO_{4}. El solvente es evaporado y secado al vacío para dar el compuesto 15 (Esquema 12) como de color amarillento sólido en 64.5% de rendimiento y se utiliza directamente en el siguiente paso.
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E. N-(4-{[4-(6,7-Dimetoxi-9H-1,3,9-triaza-fluoren-4-yl)-piperazine-1-carbo-thioyl]amino]-fenyl)-benzamida (2)
^{1}HNMR (DMSO d_{6}, 300MHZ) 3.73(s,4H), 3.87(d, 6H, J = 5.6Hz), 4.17 (s, 4H), 7.06(s, 1 H), 7.25(d, 2H, J = 6.4 Hz), 7.29(s, 1 H), 7.55(m, 3H), 7.70(d, 2H, J = 8.8 Hz), 7.94(d, 2H, J = 8.0 Hz), 8.42(s, 1 H), 9.44 (s, 1 H, br), 10.24 (s, 1 H, br), 11.98 (s, 1 H, br).
FAB HRMS [M+H]^{+} calcd para C_{30}H_{30}N_{7}O_{3}S: 568.6793; encontró 568.213.
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F. N-(5-{[4-(6,7-Dimetoxi-9H-1,3,9-triaza-fluoren-4-il)-piperazina-1-carbo-thioyl]-amino]-piridin-2yl)-benzamida (3)
^{1}HNMR (DMSO d_{6}, 300MHZ) 3.72(s,4H), 3.84(d, 6H, J = 7.0Hz), 4.04 (s, 4H), 7.05( s, 1H), 7.16(s, 1 H), 7.54 (m, 3H), 8.03(d, 2H, J = 7.4 Hz), 8.15(s, 1 H), 8.19(d, 2H, J = 8.0 Hz), 8.41 (s, 1 H), 10.94 (s, 1 H, br), 11.99 (s, 1H, br).
FAB HRMS [M+H]^{+} calcd para C_{29}H_{29}N_{8}O_{3}S: 569.2135; encontrado 569.0235.
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G. (5-{[4-(6,7-Dimetoxi-9H-1,3,9-triaza-fluoren-4-yl)-piperazina-1-carbo-thioyl]-amino] -pirimidina-2yl)-benzamida (4)
^{1}HNMR (DMSO d_{6}, 300MHZ) 3.80(s,4H), 3.86(d, 6H, J = 7.0Hz), 4.25 (s, 4H), 7.08(s, 1H), 7.27(s, 1H), 7.59(m, 3H), 7.97(d, 2H, J = 7.4 Hz), 8.46(s, 1H), 8.67(s, 2H), 9.67 (s, 1 H, br), 11.01 (s, 1 H, br), 12.01 (s, 1 H, br).
FAB HRMS [M+H]^{+} calcd para C_{28}H_{28}N_{9}O_{3}S: 570.6548; encontrado 570.2027.
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H. Ácido acético 7-metoxi-4-{4-[4-(pirimidina-2-ylsulfamoil)-feniltiocarbamoil]-piperazin-1-yl}-9H-pirimido[4,5-b]indol-6-il ester (5)
^{1}HNMR (DMSO-d6, 400MHz).
MS [+ve ESI] para C_{28}H_{27}N_{9}O_{5}S_{2}: encontrado 634.7012 (M+H)^{+}.
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I. 4-benzo[4,5]furo[3,2-d]pirimidina-4-il-piperazina-1-ácido carbotioico [4-(pirimidin-2-ylsulfamoil)-fenil]-amida (6)
^{1}HNMR (DMSO-d_{6}, 300MHZ) \delta 4.17(s, 8H), 7.04-7.08(m, 1H), 7.49-7.52(m, 1H), 7.56-7.59(m, 1H), 7.70 7.75 (m, 1H), 7.84(d, J = 8.2Hz, 1H), 7.91 (d, J = 8.6Hz, 2H), 8.12 (d, J = 7.6Hz, 2H), 8.52(d, J = 4.8Hz, 2H), 8.58(s,1H), 9.82(s, 1H, NH).
FAB HRMS [M+H]^{+} calcd para C_{25}H_{22}N_{8}O_{3}S_{2}: 546.1256; encontrado 547.1325.
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J. 4-(9-tia-1,5,7-triaza-fluoren-8-il)-pierazine-1-ácido carbotioico [4-(primidin-2-ylsulfamoil)-fenil]-amida (7)
1HNMR (DMSO-d6, 300MHZ) \delta 4.07(s, 8H), 6.96-6.99(m, 1H), 7.47-7.50(m, 1 H), 7.58-7.62(m, 1 H), 7.82(d,
J = 8.6Hz, 2H), 8.43(d, J = 4.9Hz, 2H), 8.63 (d, J = 8.02Hz, 2H), 8.70(s, H), 8.80(d, J = 4.0Hz, 1 H).
FAB HRMS [M+H]+ calcd para C_{24}H_{21}N_{9}O_{2}S_{3}: 563.0980; encontrado 564.1059.
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K. 4-benzo[4,5]furo[3,2-d]pirimidina-4-il-piperazina-1-ácido carbotioico (benzo[1,3]dioxol-5-ylmetil)-amida (8)
^{1}HNMR (CDCl_{3}, 300MHZ) \delta 4.09(s, 4H), 4.27(s, 4H), 4.82(d, J = 4.7Hz, 2H), 5.99(s, 2H), 6.77-6.79(m, 1 H), 6.80-6.83(m, 1 H), 6.89(s, 1 H), 7.47-7.52(m, 1H), 7.61-7.65(m, 1H), 7.66-7.70(m, 1H), 8.33(d, J = 7.0Hz, 1 H).
FAB HRMS [M+H]^{+} calcd para C_{23}H_{21}N_{5}O_{3}S: 447.1365; encontrado 448.1443.
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L. 4-(6,7-dimetoxi-9H-1,3,9-triaza-fluoren-4-il)-piperazina-1-ácido carbotioico benzo[1,3]dioxol-5-ylmetil-amida (9)
^{1}HNMR (CDCl_{3}, 300MHZ) \delta 3.79(s, 4H), 3.96(s,3H), 3.97(s,3H), 4.07(s, 4H), 4.79(s, 2H), 5.92(s, 2H), 6.75(d,
J = 7.9 Hz, 1H), 6.81 (d, J = 7.9Hz, 1 H), 6.87(s, 1 H), 7.04(s, 1 H), 7.18(s, 1H), 8.40(s, 1 H).
FAB HRMS [M+H]^{+} calcd para C_{25}H_{26}N_{6}O_{4}S: 506.1736; encontrado 507.1820.
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M. 4-(9-tia-1,5,7-triaza-fluoren-8-il)-piperazina-1-ácido carbotioico (benzo[1,3]dioxol-5-ilmetil)-amida (10)
^{1}HNMR (CDCl_{3}, 300MHZ) \delta 4.07(s, 4H), 4.17(s, 4H), 4.72(d, J = 4.5Hz, 2H), 5.88(s, 2H), 6.69(d, 1H), 6.75(d,1H), 6.80(s, 1H), 7.43-7.47(m, 1H), 8.65(s, 1H), 8.75(d, J = 3.8Hz, 2H).
FAB HRMS [M+H]^{+} calcd para C_{22}H_{20}N_{6}O_{2}S_{2}: 464.1089; encontrado 465.1167.
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N. 4-(6,7-Dimetoxi-quinazolin-4-il)-pierazine-1-ácido carbotioico [4-(pirimidin-2-ylsulfamoil)-fenil]-amida (11). (Esquema 15)
A una solución de 4-(1-piperazinil)-6,7-dimetoxiquinazolina (200 mg, 0,73 mmol) y piridina (0,5 ml, 6,4 mmol) en diclorometano (20 mL) se añadió una solución del compuesto 15 (Esquema 12) en diclorometano (20 mL) y esta se agito durante la noche. Se añadió metanol para aplacar el exceso de tiofosgeno, y el residuo después de la eliminación del disolvente se purificó mediante cromatografía de columna de gel de sílice eluido con 5% de metanol/diclorometano y además recristalizado de diclorometano/hexano para dar 80 mg (20%) de compuesto 11.
^{1}HNMR (CDCl_{3}, 300MHZ) \delta 3.85(s, 4H), 3.98(s,3H), 4.02(s,3H), 4.11(s, 4H), 6.98(m, 1 H), 7.08(s, 1 H), 7.32 (d, 2H), 7.88(s, 1 H), 8.00(d, J = 6.7 Hz, 2H), 8.62(d, 2H), 8.66(s, 1 H).
FAB HRMS [M+H]^{+} calcd para C_{25}H_{26}N_{8}O_{4}S_{2}: 566.1518; encontrado 567.1597.
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O. 6,7-dimetoxi-4-piperazin-1-il-quinazolina
Una reacción análoga es descrita en el ejemplo 1, empezando con 4-Cloro-6,7-dimetoxi-quinazolina (32) en presencia de piprazina y piridina a una temperatura de reflujo dio el titulo al compuesto 33 como sólido blanco.
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P. 4-Cloro-6,7-dimetoxi-quinazolina
Una reacción análoga es descrita en el ejemplo 1, empezando con 6,7-dimetoxi-3H-quinazolina-4-uno (31) reacciono con cloruro de tionilo en presencia de DMF da el compuesto 32.
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Q. 7,8-dimetoxi-4-[4-(3-trifluorometil-fenil)-piperazin-1-il]-5H-pirimido[5,4-b]indol (12)
^{1}HNMR (DMSO-d6, 400MHz).
MS [+ve ESI] para C_{21}H_{16}N_{6}O_{6}S_{2}: encontró 613.0572 (M+H)^{+}.
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R. 1-benzo[1,3]dioxol-5-ilmetil-3-[2-(6,7-dimetoxi-quinazolin-4ylamino)-primidin-5yl]-tiourea (14)
^{1}HNMR (DMSO d6, 300MHZ) \delta 3.93(s, 3H), 3.96(s,3H), 4.56(s,2H), 6.00( s, 2H), 6.84(d, 1 H, J = 7.9 Hz), 6.89 (d, 1 H, J = 7.9 Hz), 6.95(s, 1 H), 7.25(s, 1 H), 7.73(s, 1 H), 8.45(s, 1 H, br), 8.62(s, 2H), 9.5(s, 1 H, br), 10.59(s, 1 H, br).
FAB HRMS [M+H]^{+} calcd para C_{23}H_{21}N_{7}O_{4}S: 491.1376; encontró 492.1454.
\vskip1.000000\baselineskip
S. 4-(6,7-dimetoxi-quinazolin-4-amino-N-il)-pirimidina-2-il-benceno sulfonamida (15)
^{1}HNMR (DMSO d6, 300MHZ) \delta 4.00(s, 6H), 7.08( m; 1H), 7.30(s, 1H,), 7.96(d, 2H, J = 8.7 Hz), 8.08((d, 2H, J = 8.7 Hz), 8.15 (s, 1 H), 8.53(d, 2H), 8.85(s, 1 H).
FAB HRMS [M+H]^{+} calcd para C_{20}H_{19}N_{6}O_{4}S: 439.1178; encontró 440.1180.
\vskip1.000000\baselineskip
T. 4-(benzo[4,5]furo[3,2-d] pirimidina-4-il amino-N-pirimidina-2-il-benceno sulfonamida (16)
^{1}HNMR (DMSO d6, 300MHZ) 7.06( t, 1H), 7.58(t, 1H,), 7.79(t, 1H), 7.90(d, 1H, J = 8.4 Hz), 7.99(d, 2H, J = 8.4 Hz), 8.16(d, 2H, J = 8.9 Hz), 8.21 (d, 1H, J = 7.2 Hz), 8.53(d, 2H, J = 4.9 Hz), 8.80 (s, 1H).
FAB HRMS [M+H]^{+} calcd para C_{20}H_{15}N_{6}O_{3}S: 419.4435; encontró 419.0935.
\vskip1.000000\baselineskip
U. N-pirimidina-2-il-4 (9-tia-1,5,7-triaza-fluoren-8ylamino)-bencenosulfonamida (17)
^{1}HNMR (DMSO d6, 300MHZ) 7.01 (t, 1 H), 7.71(t, 1H,), 8.00(d, 2H, J = 8.9 Hz), 8.09(d, 2H, J = 8.9 Hz), 8.48 (d, 2H, J = 5.2 Hz), 8.73(dd, 2H, J = 6.8 Hz), 8.88(m, 2H), 10.23 (s, 1 H).
FAB HRMS [M+H]+ calcd para C_{19}H_{14}N_{7}O_{2}S_{2}: 436.4979; encontrado 436.0669.

Claims (26)

1. Un compuesto que tiene una estructura seleccionados de (II) o (III):
126
o un esteroisomero o de sus sales farmacéuticamente aceptables,
donde
X es NH, S o O;
Z es CH o N;
R_{1} y R_{2} son iguales o diferentes y son independientemente hidrógeno, hidroxilo Halo, -CN, -NO_{2}, -NH_{2}, -R, -OR, -SCH_{3}, -CF_{3}, -C(=O)OR o -OC(=O)R, donde R es C_{1-6} alquilo; R_{3} es hidrógeno o -NH_{2};
L_{1} es un enlace directo;
Cycl_{1} es:
127
L_{2} es -C(=S)NH- o -C(=S)NH(CH_{2})-; y
Cycl_{2} es seleccionado de:
128
\vskip1.000000\baselineskip
donde W es
\vskip1.000000\baselineskip
129
\vskip1.000000\baselineskip
2. El compuesto de la reivindicación 1, donde el compuesto tiene la estructura (II).
3. El compuesto de la reivindicación 2 donde X es NH y Z es CH.
4. El compuesto de la reivindicación 3 donde R_{1} y R_{2} son seleccionados de -OCH_{3}, -OH, -Cl, -CF_{3}OR-OC(=O)CH_{3}.
5. Un compuesto que tiene una estructura seleccionada de:
130
\newpage
6. El compuesto de la reivindicación 5 que tiene la siguiente estructura (II-2-7):
131
\vskip1.000000\baselineskip
7. El compuesto de la reivindicación 1, donde el compuesto tiene la estructura (III).
8. El compuesto de la reivindicación 7 donde R_{1} y R_{2} son seleccionados de hidrógeno, -OH o -OCH_{3}.
9. El compuesto de la reivindicación 7 o 8, donde Z es N y X es S.
10. El compuesto de la reivindicación 7 o 8 donde Z es CH y X es O.
11. El compuesto de la reivindicación 5 o 7 que tiene la siguiente estructura (III-1-3):
132
\vskip1.000000\baselineskip
12. El compuesto de la reivindicación 7 que tiene la siguiente estructura (III-1-4):
133
\vskip1.000000\baselineskip
13. El compuesto de la reivindicación 7 que tiene la siguiente estructura (III-1-5):
\vskip1.000000\baselineskip
134
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
14. Un compuesto que tiene una estructura seleccionada de:
\vskip1.000000\baselineskip
135
136
137
\newpage
15. Un compuesto que tiene una estructura seleccionada de:
138
139
140
141
\vskip1.000000\baselineskip
16. Una composición farmacéutica comprendiendo un compuesto como se afirma en cualquiera de las reivindicaciones de 1 a 15 en combinación con un excipiente farmacéuticamente aceptable.
17. Una composición farmacéutica de la reivindicación 16, donde la composición esta formulada para la administración oral en forma de tableta, píldora, pastilla, gragea, capsula, liquido, gel, jarabe, purina o suspensión.
18. El uso de un compuesto como se afirma por cualquiera de las reivindicaciones de 1 a 15, o de una composición como se afirma por la reivindicación 16 o 17, en la fabricación de un medicamento para el tratamiento de una enfermedad mediada de la proteína quinasa, donde la enfermedad mediada de la proteína quinasa es el cáncer.
19. Un compuesto como se afirma por cualquiera de las reivindicaciones de 1 a 15, o una composición como se afirma por la reivindicación 16 o 17, para el uso en el tratamiento de la enfermedad mediada de la proteína quinasa, donde la enfermedad mediada de la proteína quinasa es el cáncer.
20. El uso de la reivindicación 18, o el compuesto o composición para el uso de la reivindicación 19, donde el cáncer es cáncer de páncreas, cáncer de mama, cáncer de ovario o de colon.
21. El uso de la reivindicación 18, o el compuesto o composición para el uso de la reivindicación 19, donde el cáncer es seleccionado del cáncer de pulmón, cáncer de pulmón de células no pequeñas, cáncer de células de avena, cáncer de hueso, cáncer de páncreas, cáncer de piel, protuberancias dermatofibrosarcoma, cáncer de la cabeza y del cuello, melanoma cutánea o intraocular, cáncer de útero, cáncer de ovario, cáncer colorrectal, cáncer de la zona anal, cáncer de estomago, cáncer de colon, cáncer de mama, tumores ginecológicos, enfermedad de Hodgkin's, cáncer hepatocelular, cáncer de esófago, cáncer del intestino delgado, cáncer del sistema endocrino, sarcomas de tejidos blandos, cáncer de la uretra, cáncer de pene, cáncer de próstata, leucemia crónica o aguda, tumores sólidos de la infancia, hipereosinofilia, linfomas linfociticas, cáncer de vejiga, cáncer de riñón o uréter, malignidad pediátrica, neoplasias del sistema nervioso central, el esófago de Barret's (síndrome pre-maligno), y enfermedad neoplásica cutánea.
22. La utilización, compuesto o composición para el uso de cualquiera de las reivindicaciones 18 a 21, donde el compuesto es utilizado en combinación con un agente quimioterapeutico adicional.
23. La utilización, compuesto o composición de la reivindicación 22, donde el agente quimioterapeutico adicional es seleccionado del grupo consistente de inhibidores mitóticos, agentes alquilantes, antimetabolitos, inhibidores del ciclo celular, enzimas, inhibidores de la topoisomerasa tales como CAMPTOSAR (irinotecan), modificadores de la respuesta biológica, anti-hormonas, agentes antiangiogenicos tales como inhibidores MMP-2, MMP-9 y COX-2, anti-andrógenos, complejos de coordinación de platino, ureas sustitutas tales como hidroxiurea; derivados metilhidracina, supresores de la corteza suprarrenal, hormonas y antagonistas de las hormonas tales como los adrenocorticosteriodos, progestinas, estrógenos, antiestrógenos tales como tamoxifeno, andrógenos, y inhibidores de la aromatasa, tales como anestrozole, y AROMASIN (exemestano).
24. La utilización, compuesto o composición de la reivindicación 23, donde el complejo de coordinación de platino es cisplatino.
25. Una sal farmacéuticamente aceptable de un compuesto de la reivindicación 1, tal sal es una sal de adición de ácido el cual se obtiene por reacción de la base libre del compuesto de la reivindicación 1 con un ácido inorgánico tal como el ácido hidroclórico, ácido hidrobromico, ácido nítrico, ácido fosforito, ácido sulfúrico, ácido perclórico y similares, o con un ácido orgánico tal como el ácido acético, ácido oxálico, ácido málico-(D)- o (L), ácido maleico, ácido metanosulfonico, ácido etanosulfonico, el ácido p-toluenesulionic, ácido salicílico, ácido tartárico, ácido cítrico, ácido succínico o el ácido masónico.
26. La sal de la reivindicación 25, el cual es una sal de adición el cual se obtiene por reacción de la base libre del compuesto de la reivindicación 1 con ácido hidroclórico.
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