ES2318106T3 - Oligonucleotidos que comprenden segmentos alternos y usos de los mismos. - Google Patents
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Abstract
Un oligonucleósido que comprende primero y segundo segmentos alternos, en el que dicho primer segmento comprende al menos un arabinonucleósido, en el que dicho segundo segmento comprende al menos un 2''-desoxirribonucleósido, en el que dicho oligonucleósido comprende al menos 2 de cada uno de dichos primero y segundo segmentos, comprendiendo por ello al menos 4 segmentos alternos, en el que el número de residuos dentro de cada primeros segmentos y cada segundos segmentos puede ser el mismo o variable de un segmento a otro y dicho oligonucleósido no es S-ATATCCTTg TCgTATCCC, en el que N = 2''-desoxi-2''-fluoro-beta-D-arabinonucleótido (nucleótido FANA); n = nucleótido ADN; S = que contiene enlaces fósforotioato.
Description
Oligonucleótidos que comprenden segmentos
alternos y usos de los mismos.
La invención se refiere a oligonucleósidos y
oligonucleótidos y a los usos de ellos, y se refiere en particular a
oligonucleósidos y oligonucleótidos modificados y a los usos de
ellos.
Los oligonucleótidos se utilizan para una
variedad de aplicaciones biotecnológicas, en base a su capacidad
para conferir especificidad en virtud de su composición de
secuencia. Dada, por ejemplo, su capacidad para diseñarse para
fijar como objetivo una molécula que codifica proteína, tal como
ARN, un uso particular de oligonucleótidos es en tecnología
antisentido.
Los oligonucleótidos antisentido (AONs) han
atraído un interés considerable en el sector de la biotecnología, y
tienen un potencial excepcional para su uso en estrategias
terapéuticas contra un intervalo de enfermedades humanas. La
formación de un dúplex entre el AON y su secuencia complementaria en
su objetivo (usualmente ARN mensajero [mARN]) impide la traducción
de tal ARN, en parte por "detención de la traducción" (mediante
formación de dúplex entre el AON y el ARN objetivo,
inhibiendo/impidiendo así la traducción completa por bloqueo físico
o estérico de la maquinaria de traducción) pero, más
importantemente, obteniendo degradación del ARN fijado como
objetivo mediante la acción de ribonucleasa H (RNasa H), una enzima
celular ubicua y endógena que degrada específicamente la cadena de
ARN en el dúplex AON/ARN.
Puesto que el sustrato natural de RNasa H es un
heterodúplex de ADN/ARN, se ha utilizado ADN para tecnología
antisentido. Sin embargo, como el suero y las necleasas
intracelulares degradan rápidamente AONs con enlaces fosfodiéster
(PDE), el AON consistente en PDE-ADN ha tenido
utilidad limitada en tales sistemas. El ADN con enlaces
fósforotioato (PS-ADN) puede inducir degradación con
RNasa H del ARN fijado como objetivo, y es resistente a degradación
por suero y nucleasas celulares, pero no obstante forma dúplex más
débiles con el ARN objetivo en comparación con
PDE-ADN.
RNasa H degrada selectivamente la cadena de ARN
de un heterodúplex de ADN/ARN (Hausen, P.; Stein, H. Eur. J.
Biochem., 1970, 14, 279). Estudios con extractos de células
eucariotas que contienen RNasa H sugieren que ambas enzimas
procariotas y eucariotas presentan propiedades similares de división
de ARN (Monia et al., J. Biol. Chem. 1993, 268, 14514;
Crooke et al. Biochem. J. 1995, 312, 599; Lima, W.F.; Crooke,
S.T. Biochemistry 1997, 36, 390). Se piensa que RNasa H1 de E.
coli se une a la ranura pequeña de la doble hélice de ADN/ARN y
divide el ARN por actividades de endonucleasa y exonucleasa 3' a 5'
elaboradora (Nakamura, H. et al. Proc. Natl. Acad. Sci. USA
1991, 88, 11535; Fedoroff, O.Y. et al., J. Mol. Biol. 1993,
233, 509). La eficacia de la degradación por RNasa H presenta una
dependencia de la secuencia mínima y, como se ha mencionado antes,
es bastante sensible a cambios químicos en el oligonucleótido
antisentido.
Hay por tanto necesidad de un oligonucleótido
mejorado, para aplicarse a una o más de las limitaciomes indicadas
antes.
El documento WO 9967378 describe
oligonucleótidos de azúcar modificado uniformemente construidos a
partir de residuos de arabinonucleótido o arabinonucleótido
modificado.
Según un primer aspecto, la invención
proporciona un oligonucleósido que comprende primero y segundo
segmentos alternos, en el que el primer segmento comprende al menos
un arabino nucleósido, y en el que el segundo segmento comprende al
menos un 2'-desoxirribonucleósido. El
oligonucleósido comprende al menos 2 de cada uno de los primero y
segundo segmentos, comprendiendo por ello al menos 4 segmentos
alternos.
En una realización, el oligonucleósido comprende
un enlace internucleósido que comprende un fosfato, siendo por ello
un oligonucleótido. En algunas realizaciones, los arabino
nucleósidos y/o 2'-desoxirribonucleósidos comprenden
un fosfato, siendo por ello nucleótidos de azúcar modificado y/o
2'-desoxirribonucleótidos.
En una realización, la invención proporciona un
oligonucleótido que comprende segmentos o unidades alternadas de
arabinonucleótidos y 2'-desoxirribonucleótidos, en
los que dichos segmentos o unidades comprenden cada uno
independientemente al menos un arabinonucleótido o
2'-desoxirribonucleótido, respectivamente. En una
realización, el oligonucleótido comprende al menos 2 segmentos de
arabinonucleótido y al menos 2 segmentos de
2'-desoxirribonucleótido, teniendo por ello al menos
4 de las unidades alternadas.
\global\parskip0.930000\baselineskip
En una realización, el arabino oligonucleótido
es capaz de adoptar una conformación de tipo ADN.
En una realización, los segmentos comprenden
cada uno independientemente de alrededor de 1 a aproximadamente 6
arabinonucleótidos o 2'-desoxirribonucleótidos. En
realizaciones adicionales, los segmentos comprenden cada uno
independientemente de alrededor de 2 a aproximadamente 5 o de
alrededor de 3 a aproximadamente 4 arabinonucleótidos o
2'-desoxirribonucleótidos. En una realización
adicional, los segmentos comprenden cada uno independientemente
aproximadamente 3 arabinonucleótidos o
2'-desoxirribonucleótidos.
En una realización, el oligonucleótido
mencionado antes tiene una estructura seleccionada del grupo
constituido por:
a)
- (A_{x}-D_{y})_{n}
- I
b)
- (D_{y}-A_{x})_{n}
- II
c)
- (A_{x}-D_{y})_{m}-A_{x}-D_{y}-A_{x}
- III
d)
- (D_{y}-A_{x})_{m}-D_{y}-A_{x}-D_{y}
- IV
en las que cada m, x e y son cada
uno independientemente un número entero mayor que, o igual a, 1, n
es un número entero mayor que, o igual a, 2, A es un arabino
nucleótido y D es un
2'-desoxirribonucleótido.
En una realización, el arabino nucleótido
mencionado antes comprende un sustituyente 2' seleccionado del grupo
constituido por grupos flúor, hidroxilo, amino, ciano, azido,
-CH=CH_{2}, -C\equivCH, alquilo, alquilo funcionalizado, alcoxi
y alcoxi funcionalizado. En una realización, el grupo alquilo es un
grupo alquilo inferior. En una realización, el grupo alquilo
inferior se selecciona del grupo constituido por grupos metilo,
etilo y propilo. En una realización, el grupo alquilo
funcionalizado se selecciona del grupo constituido por grupos
metilamino, etilamino y propilamino. En una realización, el grupo
alcoxi se selecciona del grupo constituido por grupos metoxi, etoxi
y propoxi. En una realización, el grupo alcoxi funcionalizado es
-O(CH_{2})_{q}-R, en el que q =
2, 3 o 4 y -R se selecciona del grupo constituido por grupos
-NH_{2}, -OCH_{3} y -OCH_{2}CH_{3}.
En una realización, el sustituyente 2' es flúor
y el arabinonucleótido es un
2'-fluoroarabinonucleótido (2'F-ANA;
también abreviado "FANA").
En una realización, el oligonucleótido
mencionado antes comprende uno o más enlaces internucleótido
seleccionados del grupo constituido por:
- a)
- fosfodiéster;
- b)
- fosfotriéster;
- c)
- fósforotioato;
- d)
- fósforoditioato;
- e)
- Rp-fósforotioato;
- f)
- Sp-fósfototioato;
- g)
- boranofosfato;
- h)
- metileno (metilimino) (3'CH_{2}-N(CH_{3})-O5');
- i)
- 3'-tioformacetal (3'S-CH_{2}-O5');
- j)
- amida (3'CH_{2}-C(O)NH-5');
- k)
- metilfosfonato;
- l)
- fósforoamidato (3'-OP(O_{2})-N5'); y
- m)
- cualquier combinación de (a) a (l).
\global\parskip1.000000\baselineskip
En una realización, el oligonucleótido
mencionado antes consiste en aproximadamente 30 nucleótidos o menos,
en una realización adicional, de alrededor de 8 a aproximadamente 25
nucleótidos, en una realización adicional todavía aproximadamente 18
nucleótidos.
En una realización, el oligonucleótido
mencionado antes tiene la estructura I en la que x = 1, y = 1 y n =
9, teniendo por ello una estructura:
- A-D-A-D-A-D-A-D-A-D-A-D-A-D-A-D-A-D.
En una realización, el oligonucleótido
mencionado antes tiene la estructura II en la que x = 1, y = 1 y n =
9, teniendo por ello una estructura:
- D-A-D-A-D-A-D-A-D-A-D-A-D-A-D-A-D-A.
En una realización, el oligonucleótido
mencionado antes tiene la estructura III en la que x = 2, y = 2 y m
= 3, teniendo por ello una estructura:
- A-A-D-D-A-A-D-D-A-A-D-D-A-A-D-D-A-A.
En una realización, el oligonucleótido
mencionado antes tiene la estructura IV en la que x = 2, y = 2 y m =
3, teniendo por ello una estructura:
- D-D-A-A-D-D-A-A-D-D-A-A-D-D-A-A-D-D.
En una realización, el oligonucleótido
mencionado antes tiene la estructura I en la que x =3, y = 3 y n =
3, teniendo por ello una estructura:
- A-A-A-D-D-D-A-A-A-D-D-D-A-A-A-D-D-D.
En una realización, el oligonucleótido
mencionado antes tiene la estructura II en la que x = 3, y = 3 y n =
3, teniendo por ello una estructura:
- D-D-D-A-A-A-D-D-D-A-A-A-D-D-D-A-A-A.
En una realización, el oligonucleótido
mencionado antes tiene la estructura III en la que x = 4, y = 3 y m
= 1, teniendo por ello una estructura:
- A-A-A-A-D-D-D-A-A-A-A-D-D-D-A-A-A-A.
En una realización, el oligonucleótido
mencionado antes tiene la estructura IV en la que x = 4, y = 3 y m =
1, teniendo por ello una estructura:
- D-D-D-D-A-A-A-D-D-D-D-A-A-A-D-D-D-D.
En una realización, el oligonucleósido
mencionado antes comprende además un tercer segmento que comprende
un nucleósido modificado, en el que dicho tercer segmento es
adyacente a (a) el extremo 5' de dichos primero y segundo segmentos
alternos, (b) el extremo 3' de dichos primero y segundo segmentos
alternos o (c) ambos (a) y (b).
En una realización, el oligonucleótido
mencionado antes comprende además un tercer segmento que comprende
un nucleótido modificado, en el que dicho tercer segmento es
adyacente a (a) el extremo 5' de dichos primero y segundos
segmentos alternos, (b) el extremo 3' de dichos primero y segundo
segmentos alternos o (c) ambos (a) y (b). En una realización, el
ribonucleótido modificado comprende una modificación en su posición
2'. En una realización, la modificación 2' se selecciona del grupo
constituido por grupos metoxi, metoxietilo, fluoro y
propilamino.
En una realización, el oligonucleótido
mencionado antes es antisentido para un ARN objetivo.
La invención proporciona además un método para
impedir o disminuir la traducción, la transcripción inversa y/o la
replicación de un ARN objetivo en un sistema, comprendiendo dicho
método poner en contacto dicho ARN objetivo con el oligonucleótido
mencionado antes. En una realización, el sistema se elige del grupo
constituido por una célula, tejido o sujeto. En una realización, la
célula, tejido o sujeto es una célula, tejido o sujeto de mamífero.
En una realización adicional, una célula, tejido o sujeto
humanos.
La invención proporciona además un método para
inducir división mediada por RNasa H de un ARN objetivo en un
sistema, comprendiendo el método poner en contacto el ARN objetivo
con el oligonucleótido mencionado antes. En una realización, la
división mediada por RNasa H se efectúa por actividad de RNasa H
asociada con una transcriptasa inversa de un virus. En una
realización, el virus es un virus patógeno humano, en una
realización adicional, el virus se selecciona del grupo constituido
por HIV (por ejemplo, HIV-1 y HIV-2)
y hepadnavirus (por ejemplo, virus de la hepatitis B). En una
realización, la división mediada por RNasa H se efectúa por
actividad de RNasa H asociada con una enzima RNasa H de origen
procariota o eucariota. En una realización, la RNasa H eucariota es
una RNasa H de mamífero, en una realización adicional, una RNasa H
humana (por ejemplo, RNasa H1 y RNasa H2).
\global\parskip0.900000\baselineskip
La invención proporciona además un método para
impedir o disminuir la traducción, transcripción inversa y/o
replicación de un ARN objetivo en un sistema, y/o para detectar la
presencia de un ARN objetivo en un sistema y/o validar un objetivo
génico en un sistema, cuyo método comprende:
- a)
- poner en contacto el ARN objetivo con el oligonucleótido mencionado antes; y
- b)
- permitir la división por RNasa H del ARN objetivo.
\vskip1.000000\baselineskip
La invención proporciona además un método para
efectuar un procedimiento seleccionado del grupo constituido
por:
- (a)
- inducir división mediada por RNasa H de un ARN objetivo en un sistema;
- (b)
- impedir o disminuir la traducción de un ARN objetivo en un sistema;
- (c)
- impedir o disminuir la transcripción inversa de un ARN objetivo en un sistema;
- (d)
- impedir o disminuir la replicación de un ARN objetivo en un sistema;
- (e)
- detectar la presencia de un ARN objetivo en un sistema;
- (f)
- validar un objetivo génico correspondiente a un ARN objetivo en un sistema; y
- (g)
- cualquier combinación de (a) a (f);
cuyo método comprende poner en contacto dicho
ARN objetivo con el oligonucleótido mencionado antes.
\vskip1.000000\baselineskip
La invención proporciona además un método para
efectuar un procedimiento seleccionado del grupo constituido
por:
- (a)
- inducir división mediada por RNasa H de un ARN objetivo en un sistema;
- (b)
- impedir o disminuir la traducción de un ARN objetivo en un sistema;
- (c)
- impedir o disminuir la transcripción inversa de un ARN objetivo en un sistema;
- (d)
- impedir o disminuir la replicación de un ARN objetivo en un sistema;
- (e)
- detectar la presencia de un ARN objetivo en un sistema;
- (f)
- validar un objetivo génico correspondiente a un ARN objetivo en un sistema; y
- (g)
- cualquier combinación de (a) a (f);
cuyo método comprende introducir el
oligonucleótido mencionado antes en dicho sistema.
\vskip1.000000\baselineskip
La invención se refiere además a un uso del
oligonucleótido mencionado antes para uso médico o de investigación.
En algunas realizaciones, el uso médico o de investigación se
selecciona del grupo constituido por:
- (a)
- inducir división mediada por RNasa H de un ARN objetivo en un sistema;
- (b)
- impedir o disminuir la traducción de un ARN objetivo en un sistema;
- (c)
- impedir o disminuir la transcripción inversa de un ARN objetivo en un sistema;
- (d)
- impedir o disminuir la replicación de un ARN objetivo en un sistema;
- (e)
- detectar la presencia de un ARN objetivo en un sistema;
- (f)
- validar un objetivo génico en un sistema;
- (g)
- prevenir o tratar una enfermedad relacionada con un ARN objetivo en un sistema; y
- (h)
- cualquier combinación de (a) a (g).
\global\parskip1.000000\baselineskip
La invención proporciona además un uso del
oligonucleótido mencionado antes para la preparación de un
medicamento. En una realización, el medicamento es para un uso
seleccionado del grupo constituido por:
- (a)
- inducir división mediada por RNasa H de un ARN objetivo en un sistema;
- (b)
- impedir o disminuir la traducción de un ARN objetivo en un sistema;
- (c)
- impedir o disminuir la transcripción inversa de un ARN objetivo en un sistema;
- (d)
- impedir o disminuir la replicación de un ARN objetivo en un sistema;
- (e)
- detectar la presencia de un ARN objetivo en un sistema;
- (f)
- validar un objetivo génico en un sistema;
- (g)
- prevenir o tratar una enfermedad relacionada con un ARN objetivo en un sistema; y
- (h)
- cualquier combinación de (a) a (g).
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La invención proporciona además una composición
que comprende el oligonucleótido mencionado antes mezclado con un
vehículo aceptable farmacéuticamente. En una realización, la
composición es para un uso seleccionado del grupo constituido
por:
- (a)
- inducir división mediada por RNasa H de un ARN objetivo en un sistema;
- (b)
- impedir o disminuir la traducción de un ARN objetivo en un sistema;
- (c)
- impedir o disminuir la transcripción inversa de un ARN objetivo en un sistema;
- (d)
- impedir o disminuir la replicación de un ARN objetivo en un sistema;
- (e)
- detectar la presencia de un ARN objetivo en un sistema;
- (f)
- validar un objetivo génico en un sistema;
- (g)
- prevenir o tratar una enfermedad relacionada con un ARN objetivo en un sistema; y
- (h)
- cualquier combinación de (a) a (g).
\vskip1.000000\baselineskip
La invención proporciona además un paquete
comercial que comprende el oligonucleótido mencionado antes junto
con instrucciones para su uso. En una realización, las instrucciones
son para un uso seleccionado del grupo constituido por:
- (a)
- inducir división mediada por RNasa H de un ARN objetivo en un sistema;
- (b)
- impedir o disminuir la traducción de un ARN objetivo en un sistema;
- (c)
- impedir o disminuir la transcripción inversa de un ARN objetivo en un sistema;
- (d)
- impedir o disminuir la replicación de un ARN objetivo en un sistema;
- (e)
- detectar la presencia de un ARN objetivo en un sistema;
- (f)
- validar un objetivo génico en un sistema;
- (g)
- prevenir o tratar una enfermedad relacionada con un ARN objetivo en un sistema; y
- (h)
- cualquier combinación de (a) a (g).
\vskip1.000000\baselineskip
Figura 1. Estructuras de ejemplos de ciertos
componentes nucleótidos utilizados en oligonucleótidos antisentido
(AONs).
\newpage
Figura 2. División mediada por RNasa HII humana
de ARN formando dúplex con diversos oligonucleótidos antisentido
según ciertas realizaciones de la invención. (A). Análisis
electroforético de productos de degradación de ARN objetivo marcado
con ^{32}P. Se incubaron dúplex
AON/5'-[^{32}P]-ARN con RNasa HII humana a
temperatura ambiente, y se tomaron partes alícuotas a los 0, 5, 10 y
20 min, se sometieron a electroforesis y se visualizaron los
productos de reacción por autorradiografía. (B).
5'-[^{32}P]-objetivo de longitud completa residual
en función del tiempo de reacción. Se obtuvieron datos por análisis
densitométrico del autorradiograma mostrado en A.
Figura 3. Capacidad de los diversos AONs
listados en la Tabla 1, según ciertas realizaciones de la invención,
para obtener degradación por RNasa H de ARN objetivo. Se incubaron
dúplex AON/5'-[^{32}P]-ARN con RNasa HII humana
(barras negras) o RNasa HI de E. coli (barras sombreadas)
durante 10 minutos a temperatura ambiente, y se resolvieron después
las mezclas de reacción por electroforesis, se visualizaron por
autorradiografía y se cuantificó por densitometría la pérdida de ARN
intacto. Los valores se normalizan a los encontrados para todos los
AON 2 de 2'F-ANa como 100%.
La invención se refiere a oligonucleósidos que
comprenden segmentos alternos ("altímeros") de arabino
nucleósidos y 2'-desoxirribonucleósidos. En una
realización, el oligonucleósido o nucleósidos comprenden un fosfato,
siendo por ello oligonucleótido u oligonucleótidos,
respectivamente.
En una realización, tales "altímeros"
comprenden segmentos alternos de arabinonucleótido (ANA) tales como
2'F-ANA (o FANA) y ADN. "Arabinonucleótido"
según se usa aquí se refiere a un nucleótido que comprende un azúcar
arabinofuranosa.
Los resultados presentados aquí incluyen
estudios de (1) afinidad de unión de oligonucleótido a ARN objetivo
y (2) capacidad de oligonucleótido para obtener división por RNasa H
de un ARN objetivo. Se evaluaron ambos "altímeros" enlazados
por fosfodiéster y fósforotioato en los resultados descritos
aquí.
Por consiguiente, la invención se refiere a
oligonucleótidos modificados que se usan en realizaciones para
impedir selectivamente la expresión génica de manera específica de
la secuencia. En una realización, la invención se refiere a la
inhibición selectiva de biosíntesis de proteínas mediante una
estrategia antisentido, usando cadenas cortas que comprenden
segmentos o unidades alternadas de ácidos nucleicos de azúcar
modificado (por ejemplo, ácidos arabinonucleicos [por ejemplo,
FANA]) y ADN. Cada segmento o unidad puede contener uno o más
nucleótidos. En algunas realizaciones, la invención se refiere al
uso de oligonucleótidos modificados que comprenden unidades
alternadas de ácidos nucleicos de azúcar modificado y ADN, para
hibridarse con ARN complementario (en una realización, exactamente
complementario) tales como ARN mensajero celular, ARN vírico, etc.
En una realización adicional, la invención se refiere al uso de
tales oligonucleótidos modificados para hibridarse con, e inducir
división de, ARN complementario mediante activación/inducción por
RNasa H de actividad de RNasa H.
En una realización, la invención se refiere a
quimeras de oligonucleótido antisentido (AON) construidas a partir
de arabino nucleótidos y 2'-desoxirribonucleótidos,
que en ciertas realizaciones están modificados, que son capaces de
formar un dúplex con una secuencia de ARN objetivo. En una
realización, los dúplex AON/ARN resultantes son sustratos para
RNasa H, una enzima que reconoce tal dúplex y degrada la porción
objetivo de ARN. La división mediada por RNasa H de objetivos de
ARN se considera un mecanismo principal de acción de olinucleótidos
antisentido.
La presente invención se refiere al
descubrimiento inesperado y sorprendente de que quimeras antisentido
construidas a partir de unidades o segmentos alternos de arabino
nucleótidos tales como ANA modificado (tales como
2'-desoxi-2'-fluoro-p-D-arabinonucleótidos
[FANA]), y 2'-desoxirribonucleótidos (ADN),
conteniendo cada unidad uno o más de tales residuos, son superiores
para obtener actividad de RNasa H (por ejemplo, RNasa H eucariota)
in vitro en comparación con (a) la estructura de ADN nativa
y (b) oligómeros de FANA modificados uniformemente. De modo similar,
la presente invención muestra que la competencia de RNasa H de
oligodesoxinucleótidos (tales como ADN) puede mejorarse insertando
tales nucleótidos de azúcar modificado (por ejemplo, residuos de
arabinonucleótido [por ejemplo, FANA]) dentro de la cadena de
oligonucleótido. Por consiguiente, los oligonucleótidos de la
invención que comprenden unidades o segmentos alternos de arabino
nucleótido y desoxirribonucleótido, son útiles como agentes
terapéuticos y/o herramientas para el estudio y control de la
expresión génica específica en células y organismos, por ejemplo,
para una variedad de usos médicos y de investigación. Los
oligonucleótidos de la invención también son útiles para métodos de
diagnóstico y detección para identificar la presencia de un ácido
nucleico particular, en base a su capacidad para fijar como objetivo
el ácido nucleico.
"Nucleósido de azúcar modificado" o
"nucleótido de azúcar modificado" según se usan aquí, se
refieren a un nucleósido o nucleótido, respectivamente, que tiene
una estructura de azúcar diferente o modificada en comparación con
el resto de azúcar de un desoxirribonucleósido o
desoxirribonucleótido, respectivamente, o ribonucleósido o
ribonucleótido, respectivamente, nativo. Tales modificaciones
incluyen, aunque sin limitarse a ellas, cambios en la conformación
del anillo de azúcar, sustitución o adición de diferentes
estructuras de anillo y modificación (sustitución, supresión o
adición) de cualesquiera sustituyentes del anillo. En una
realización adicional, tal nucleósido o nucleótido de azúcar
modificado, es capaz de adoptar una conformación de tipo ADN. Una
"conformación de tipo ADN" según se usa aquí se refiere a la
estructura de azúcar del nucleósido o nucleótido, y se refiere a
una conformación que recuerda la conformación de un residuo
2'-desoxirribonucleósido o
2'-dsoxirribonucleótido nativo, es decir, una cuyo
residuo de azúcar es capaz de adoptar una conformación
C2'-endo (frunce sur) y/o O4'-endo
(frunce este). Como los arabinonucleótidos pueden adoptar tal
conformación C2'-endo (frunce sur) y/o
O4'-endo (frunce este), los ácidos arabinonucleicos
y el ADN presentan preferencias de conformación similares
(Venkateswarlu, D. et al., J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 5609;
Trempe, J-F. et al., J. Am. Chem. Soc. 2001,
123, 4896; Denison, A.Y. et al., Nucleic Acids Res. 2001, 29,
4284), y así, en realizaciones ANA y sus derivados (por ejemplo,
FANA) son un tipo de nucleótido tipo ADN como se define aquí. Otros
nucleótidos de tipo ADN incluyen, aunque sin limitarse a ellos,
alfa-L-LNA (Petersen, M. et
al., J. Am. Chem. Soc. 2001; 123; 7431) y ácidos ciclohexeno
nucleicos (Wang, J. et al., J. Am. Chem. Soc., 2000, 122,
8595).
En algunas realizaciones, los enlaces
internucleótidos de los oligonucleótidos de la invención incluyen,
aunque sin limitarse a ellos, grupos fosfodiéster, fosfotriéster,
fósforotioato
(5'O-P(S)O-3'O-,
5'O-P(O)O-3'O- y
5'O-P(O)O-3'S-),
fósforoditioato, Rp-fósforotioato,
Sp-fósforotioato, boranofosfato, metileno
(metilimino), amida
(3'-CH_{2}-CO-NH-5'
y
3'-CH_{2}-NH-CO-5'),
metilfosfonato, 3'-tioformacetal,
(3'S-CH_{2}-O5'), amida
(3'-CH_{2}-C(O)NH-5');
fósforoamidato (por ejemplo, 5'N-3'P) o cualesquiera
combinaciones de ellos. El sustituyente 2', por ejemplo, del azúcar
arabinosa en residuos de ANA, incluye, aunque sin limitarse a
ellos, grupos flúor, hidroxilo, amino, ciano, azido, -CH=CH_{2},
-C\equivCH, alquilo (por ejemplo, alquilo inferior [por ejemplo,
alquilo C_{1}-C_{9}], por ejemplo, metilo,
etilo, propilo, etc.), alcoxi ([por ejemplo, alcoxi inferior, por
ejemplo, alcoxi C_{1}-C_{9}], por ejemplo,
metoxi, etoxi, propoxi, etc.) y alquilo funcionalizado (por
ejemplo, alquilo inferior funcionalizado [por ejemplo,
2'-CF_{3}]) y alcoxi (por ejemplo, grupos
etilamino, propilamino y butilamino), y alcoxialquilo (por ejemplo,
metoxietilo, etoxietilo, etc.). En una realización, el sustituyente
2' del azúcar arabinosa es flúor y el derivado de arabinonucleótido
es 2'F-ANA (o FANA). Además de los descritos antes,
el azúcar arabinosa incluye también el derivado carbocíclico
(4'-CH_{2}) (por ejemplo, FANA carbocíclico). En
algunas realizaciones, el nucleótido de azúcar modficado comprende
otras cadenas principales que obtienen actividad de RNasa H (por
ejemplo, ácidos nucleicos cerrados con alfa-L,
ácidos ciclohexeno nucleicos) o por ribosas que carecen del átomo de
oxígeno 2' electronegativo (por ejemplo,
2'-alquil-D-ribosa,
2'-SCH_{3}-D-ribosa).
Los solicitantes demuestran aquí que AON de
cadena principal mezclada que comprenden segmentos alternos de un
nucleótido de azúcar modificado (por ejemplo, ANA [por ejemplo,
FANA]) y ADN ("altímeros") son capaces de obtener degradación
por RNasa H (por ejemplo, RNasa HII humana) de ARN objetivo. Ciertos
AON "altímeros", a saber, los que poseen segmentos de
trinucleótidos alternos, son particularmente mejores a este
respecto.
Por tanto, un oligonucleótido de la invención
comprende segmentos o unidades alternos de arabino nucleótidos (por
ejemplo, análogos de arabinonucleótidos [por ejemplo, FANA]) y
2'-desoxirribonucleótidos (ADN). El oligonucleótido
comprende al menos 2 de cada uno de los segmentos de nucleótidos de
azúcar modificado y 2'-desoxinucleótidos, teniendo
por ello al menos 4 segmentos alternos en conjunto. Cada segmento o
unidad alterna puede contener 1 o una pluralidad de nucleótidos. En
algunas realizaciones, la pluralidad de nucleótidos puede consistir
en 2, 3, 4, 5 o 6 nucleótidos. El oligonucleótido puede contener en
algunas realizaciones un número par o impar de segmentos o unidades
alternos. El oligonucleótido puede comenzar y/o terminar con un
segmento que contenga residuos de nucleótidos de azúcar modificado
o residuos de ADN. Por consiguientes, en algunas realizaciones, los
oligonucleótidos de la invención pueden representarse como
sigue:
A_{1}-D_{1}-A_{2}-D_{2}-A_{3}-D_{3}...A_{z}-D_{z}
en los que cada uno de los A_{1},
A_{2}, etc. representa una unidad de uno más residuos de
nucleótidos de azúcar modificado y cada uno de los D_{1},
D_{2}, etc. representa una unidad de uno o más residuos de ADN.
El número de residuos dentro de cada unidad puede ser el mismo o
variable de una unidad a otra. El oligonucleótido puede tener un
número par o impar de unidades. El oligonucleótido puede empezar (es
decir, en su extremo 5') con una unidad que contenga ANA o una
unidad que contenga ADN. El oligonucleótido puede terminar (es
decir, en su extremo 3') con una unidad que contenga nucleótido de
azúcar modificado o una unidad que contenga ADN. El número total de
unidades puede ser tan poco como 4 (es decir, al menos 2 de cada
tipo).
En algunas realizaciones, la porción
"altímero" de un oligonucleósido u oligonucleótido de la
invención puede comprender adicionalmente uno o más nucleósidos o
nucleótidos modificados en (es decir, adyacentes a) sus extremos 5'
y/o 3', incluyendo, aunque sin limitarse a ellos, ribonucleósidos o
ribonucleótidos modificados, tales como ribonucleósidos o
ribonucleótidos 2'-modificados, tales como
2'-metoxi ARN
(2'-O-Me-ARN) o
2'-metoxietil ARN
(2'-MOE-ARN). Tal oligonucleótido
basado en altímero
2'-O-Me-ARN
-2'-Ome-ARN es capaz de obtener
actividad de RNasa H de un objetivo de ARN adecuado, como se
describe en los presentes Ejemplos.
En algunas realizaciones, la longitud total de
un oligonucleótido de la invención es aproximadamente 30 o menos
residuos de nucleótidos, en una realización adicional de alrededor
de 8 a aproximadamente 25 residuos de nucleótidos. En realizaciones
adicionales, la longitud es de alrededor de 9 a aproximadamente 24,
de alrededor de 10 a aproximadamente 23, de alrededor de 11 a
aproximadamente 22, de alrededor de 12 a aproximadamente 21, de
alrededor de 13 a aproximadamente 20, de alrededor de 14 a
aproximadamente 19, de alrededor de 15 a aproximadamente 18 o de
alrededor de 16 a aproximadamente 17 residuos de nucleótidos. En una
realización, la longitud de un oligonucleótido de la invención es 18
residuos de nucleótidos.
\newpage
En algunas realizaciones, los residuos de ADN
pueden contener cualquiera de las bases seleccionadas entre adenina
(A), citosina (C), guanina (G) o timina (T) o versiones que
comprenden modificaciones de la base de nucleótidos o estructuras
de la cadena principal. En algunas realizaciones, los residuos de
ANA pueden contener cualquiera de las bases seleccionadas entre
adenina (A), inosina (I), 2,6-diaminopurina
(2,6-DAP), citosina (C),
5-metilcitosina (5meC), guanina (G) o timina (T) o
uracilo (U).
Los AONs de esta invención contienen una
secuencia que es complementaria (en ciertas realizaciones
parcialmente complementaria y en otras realizaciones exactamente
complementaria) con un "ARN objetivo". "Hibridación" según
se usa aquí se refiere a unión con hidrógeno entre nucleótidos
complementarios. El grado de complementariedad entre un AON y su
secuencia objetivo puede ser variable, y en algunas realizaciones el
AON es exactamente complementario con su secuencia objetivo como se
ha indicado antes. Se entiende que no es esencial que un AON sea
exactamente complementario con su secuencia objetivo para conseguir
suficiente especificidad, es decir, para minimizar la unión no
específica del oligonucleótido a secuencias no objetivo en las
condiciones de unión particulares usadas (por ejemplo, condiciones
fisiológicas in vivo o condiciones de ensayo in
vitro). "ARN objetivo" se refiere a una molécula de ARN de
interés que es el objetivo para hibridarse con/unirse a un
oligonucleótido de la invención para impedir o disminuir por ejemplo
la traducción, la transcripción inversa y/o la replicación del ARN.
En algunas realizaciones, tal impedimento e inhibición es mediante
una inducción de la división mediada por RNasa H del ARN objetivo,
y por tanto, en una realización, la invención proporciona un método
para dividir un ARN objetivo, cuyo método comprende poner en
contacto el ARN con un oligonucleótido de la invención. En algunas
realizaciones, tal división puede facilitarse adicionalmente
proporcionando adicionalmente condiciones que conduzcan a actividad
de RNasa H, tales como medios de tampón (por ejemplo, para controlar
el pH y la fuerza iónica), medios de control de la temperatura y
cualesquiera otros componentes que puedan contribuir a una
inducción de actividad de RNasa H. En ciertas realizaciones, la
actividad de RNasa H es de una enzima RNasa H o de una enzima
multifuncional que posea actividad de RNasa H (por ejemplo,
transcriptasa inversa de HIV). En ciertas realizaciones, tal
actividad de RNasa H incluye, aunque sin limitarse a ella,
actividad de RNasa H asociada con las transcriptasas inversas de
virus patógenos humanos tales como HIV (por ejemplo, los retroviris
HIV-1 y HIV-2) y hepadnavirus, por
ejemplo, virus de la hepatitis B. En realizaciones adicionales, tal
actividad de RNasa H incluye, aunque sin limitarse a ella, actividad
de RNasa H asociada con una enzima RNasa H de origen procariota o
eucariota, en una realización, de origen en mamíferos, en una
realización, de origen humano. En realizaciones adicionales, tal
actividad de RNasa H incluye, aunque sin limitarse a ella,
actividad de RNasa H asociada con RNasa H1 y RNasa H2 (a las que se
hace referencia a veces como RNasa HII) de origen eucariota o
procariota. En una realización, tal actividad de RNasa H está
asociada con RNasa H2 humana.
En algunas realizaciones, el ARN señalado antes
incluye ARN mensajero, o ARN genómico vírico, de tal modo que el
oligonucleótido pueda inhibir específicamente la biosíntesis de
proteínas codificadas por el mARN, o inhibir la replicación del
virus, respectivamente. Están dentro del alcance de la invención
modificaciones parciales del oligonucleótido dirigidas al término
5' y/o 3', o a la cadena principal de fosfato o residuos de azúcar
para aumentar sus propiedades antisentido (por ejemplo, resistencia
a nucleasa). Como se demuestra en esta invención (véase después),
estos oligonucleótidos cumplen uno de los requisitos para agentes
terapéuticos antisentido, es decir, son capaces de unirse a ARN
objetivo formando un dúplex AON/ARN, que en una realización es
reconocido y degradado por RNasa H. Además, como se muestra en los
Ejemplos posteriores, la eficacia mediante la cual los
oligonucleótidos de "altímeros" de la invención promueven
división de ARN es superior a la vista con AON que contiene sólo
FANA y en algunos casos superior a la vista con AON que contiene
sólo residuos de ADN. Esto sigue siendo cierto si los enlaces
internucleótidos del "altímero" son enlaces fosfodiéster o
fósforotioato.
Por tanto, los resultados presentados aquí
establecen que los oligonucleósidos u oligonucleótidos que
comprenden "altímeros" de la invención pueden usarse en
realizaciones como agentes antisentido, y deben servir como agentes
terapéuticos y/o herramientas valiosas para estudiar y controlar la
expresión génica en células y organismos.
Como tales, en realizaciones alternativas, la
invención proporciona moléculas antisentido que se unen a, inducen
degradación de, y/o inhiben la traducción de (por ejemplo,
induciendo actividad de RNasa H y/o efectuando "detención de la
traducción" o bloqueo) un ARN objetivo (por ejemplo, mARN). Los
ejemplos de aplicaciones de oligonucleótidos antisentido
terapéuticos, incorporados aquí como referencia, incluyen: Patente
de los EE.UU. Nº 5.135.917, otorgada el 4 de Agosto de 1992;
Patente de los EE.UU. Nº 5.098.890, otorgada el 24 de Marzo de
1992; Patente de los EE.UU. Nº 5.087.617, otorgada el 11 de Febrero
de 1992; Patente de los EE.UU. Nº 5.166.195, otorgada el 24 de
Noviembre de 1992; Patente de los EE.UU. Nº 5.004.810, otorgada el 2
de Abril de 1991; Patente de los EE.UU. Nº 5.194.428, otorgada el
16 de Marzo de 1993; Patente de los EE.UU. Nº 4.806.463, otorgada
el 21 de Febrero de 1989; Patente de los EE.UU. Nº 5.286.717,
otorgada el 15 de Febrero de 1994; Patente de los EE.UU. Nº
5.276.019 y Patente de los EE.UU. Nº 5.269.423; Bioworld Today, 29
de Abril de 1994, pág. 3.
Preferiblemente, en moléculas antisentido, hay
un grado suficiente de complementariedad con el ARN objetivo para
evitar unión no específica de la molécula antisentido a secuencias
no objetivo en condiciones en las que se desea unión específica,
tales como condiciones fisiológicas en el caso de ensayos in
vivo o tratamiento terapéutico o, en el caso de ensayos in
vitro, en condiciones en las que se realizan los ensayos. El ARN
objetivo para unión antisentido puede incluir no sólo la
información para codificar una proteína, sino también
ribonucleótidos asociados, los cuales nucleótidos por ejemplo de la
región 5'-no traducida, la región
3'-no traducida, la región 5'de remate y de unión
intrón/exón. Un método de examen para ácidos nucleicos antisentido
y de ribozimas que puede usarse para proporcionar tales moléculas
como inhibidores de PLA_{2} de la invención se describe en la
Patente de los EE.UU. Nº 5.932.435.
Las moléculas antisentido (oligonucleósidos u
oligonucleótidos) de la invención pueden incluir las que contienen
enlaces de la cadena principal interazúcar tales como
fosfotriésteres, fosfonatos de metilo,
3'-tioformacetal, amida, enlace interazúcar alquilo
o cicloalquilo de cadena corta o enlaces interazúcar heteroatómicos
o heterocíclicos de cadena corta, fósforotioatos y aquellos con
cadenas principales
CH_{2}-NH-O-CH_{2},
CH_{2}-N(CH_{3})-O-CH_{2}
(conocida como cadena principal metilen(metilimino) o MMI),
CH_{2}-O-N(CH_{3})-CH_{2},
CH_{2}-N(CH_{3})-N(CH_{3})-CH_{2}
y
O-N(CH_{3})-CH_{2}-CH_{2}
(en las que fosfodiéster es
O-P(O)_{2}-O-CH_{2}).
En realizaciones alternativas, los oligonucleótidos antisentido
pueden tener una cadena principal ácido nucleico péptido (PNA, al
que se hace referencia a veces como ácido nucleico "proteína"
o "péptido"), en los que la cadena principal fosfodiéster del
oligonucleótido puede sustituirse con una cadena principal poliamida
en la que las bases nucleósidas se unen directa o indirectamente a
átomos de nitrógeno de aza o grupos metileno en la cadena principal
poliamida (Nielsen et al., Science, 1991, 254, 1497 y
Patente de los EE.UU. Nº 5.539.082). Los enlaces fosfodiéster pueden
sustituirse con estructuras que son quirales y específicas
enantiómeramente.
Como se ha indicado antes, los oligonucleótidos
pueden incluir también especies que incluyen al menos una base de
nucleótido modificado. Así, pueden usarse purinas y pirimidinas
distintas de las encontradas normalmente en la naturaleza. Como se
ha indicado antes, un nucleótido del segmento de nucleótidos de
azúcar modificado (por ejemplo, el segmento ANA) puede comprender
modificaciones en su porción pentofuranosilo. Son ejemplos de tales
modificaciones nucleótidos sustituidos con
2'-O-alquilo- y
2'-halógeno. Algunos ejemplos específicos de
modificaciones en posición 2' de restos de azúcar que son útiles en
la presente invención son OH, SH, SCH_{3}, F, OCN,
O(CH_{2})_{n} NH_{2} o
O(CH_{2})_{n} CH_{3} en los que n es de 1 a
aproximadamente 10; alquilo inferior C_{1} a C_{10}, alquilo
inferior sustituido, alcarilo o aralquilo; Cl; Br; CN; CF_{3};
OCF_{3}; O-, S- o N-alquilo; O-, S- o
N-alquenilo; SOCH_{3}; SO_{2} CH_{3};
ONO_{2}; NO_{2}; N_{3}; NH_{2}; heterocicloalquilo;
heterocicloalcarilo; aminoalquilamino; polialquilamino; sililo
sustituido; un grupo de división de ARN; un grupo informador; un
intercalador; un grupo para mejorar las propiedades farmacocinéticas
de un oligonucleótido; o un grupo para mejorar las propiedades
farmacodinámicas de un oligonucleótido y otros sustituyentes que
tengan propiedades similares. Uno o más grupos pentofuranosilo del
nucleótido del segmento de nucleótidos de azúcar modificado puede
sustituirse por otro azúcar, por un azúcar mímico tal como
ciclobutilo o por otro resto que tome el lugar del azúcar.
"Nucleósido" se refiere a una base (por
ejemplo, una purina [por ejemplo, A y G] o pirimidina [por ejemplo,
C, 5-metil-C, T y U]) combinada con
un azúcar (por ejemplo, [desoxi]ribosa, arabinosa y
derivados). "Nucleótido" se refiere a un nucleósido que tiene
un grupo fosfato incorporado a su resto de azúcar. En algunas
realizaciones estas estructuras pueden incluir diversas
modificaciones, por ejemplo, en los restos de base, azúcar y/o
fosfato. "Nucleótido/nucleósido modificado" según se usa aquí
se refiere a un nucleótido/nucleósido que difiere de, y excluye
así, la forma nativa definida. "Oligonucleótido" según se usa
aquí se refiere a una secuencia que comprende una pluralidad de
nucleótidos unidos entre sí. Un oligonucleótido puede comprender
estructuras modificadas en su estructura de cadena principal y/o en
uno o más de sus componentes nucleótidos. En algunas realizaciones,
los oligonucleótidos de la invención tienen una longitud de
aproximadamente 1 a 200 bases, en realizaciones adicionales de
alrededor de 5 a aproximadamente 50 bases, de alrededor de 8 a
aproximadamente 40 bases, y en realizaciones adicionales todavía,
de alrededor de 12 a aproximadamente 25 bases de longitud.
"Alquilo" se refiere a grupos
hidrocarbonados saturados de cadena recta y ramificada (por ejemplo,
metilo, etilo, propilo, butilo, isopropilo, etc.). "Alquenilo"
y "alquinilo" se refieren a grupos hidrocarbonados que tienen
al menos un doble enlace C-C y un triple enlace
C-C, respectivamente. "Alcoxi" se refiere a una
estructura -O-alquilo. "Alquilamino" se
refiere a estructuras -NH(alquilo) o
-N(alquilo)_{2}. "Arilo" se refiere a
estructuras cíclicas aromáticas sustituidas y no sustituidas (por
ejemplo, grupos fenilo, naftilo, antracilo, fenantrilo, pirenilo y
xililo). "Hetero" se refiere a un átomo distinto de C,
incluyendo, aunque sin limitarse a ellos, N, O o S. En algunas
realizaciones, los grupos mencionados antes pueden estar
sustituidos.
Por consiguiente, en diversas realizaciones,
puede usarse terapéuticamente un oligonucleótido modificado de la
invención en formulaciones o medicamentos para prevenir o tratar una
enfermedad caracterizada por la expresión de un ARN objetivo
particular. En ciertas realizaciones, tal ácido nucleico objetivo
está contenido en, o se deriva de, un agente infeccioso y/o se
requiere para la función y/o viabilidad y/o replicación/propagación
del agente infeccioso. En ciertas realizaciones, tal agente
infeccioso es un virus, en ciertas realizaciones, un retrovirus, en
una realización adicional, HIV. En realizaciones adicionales, la
expresión de tal ácido nucleico objetivo está asociada con
enfermedades que incluyen, aunque sin limitarse a ellas,
enfermedades inflamatorias, diabetes, enfermedades cardiovasculares
(por ejemplo, restinosis) y cáncer. La invención se refiere a
métodos correspondientes de tratamiento médico, en el que se
administra una dosis terapéutica de un oligonucleótido modificado
de la invención en una formulación aceptable farmacológicamente. Por
consiguiente, la invención proporciona también composiciones
terapéuticas que comprenden un oligonucleótiedo modificado de la
invención y un excipiente o vehículo aceptable farmacológicamente.
La composición terapéutica puede ser soluble en una solución acuosa
a un pH aceptable fisiológicamente.
En una realización, tales composiciones incluyen
un oligonucleótido de la invención en una cantidad eficaz
terapéutica o profilácticamente suficiente para tratar o prevenir
una enfermedad caracterizada por la expresión de un ácido nucleico
objetivo particular, y un vehículo aceptable farmacéuticamente.
Una "cantidad eficaz terapéuticanente" se
refiere a una cantidad eficaz, en dosificaciones y durantes períodos
de tiempo necesarios, para conseguir el resultado terapéutico
deseado, tal como una disminución en, o una prevención de, la
expresión de un ácido nucleico objetivo particular. Una cantidad
eficaz terapéuticamente de un ácido nucleico modificado de la
invención puede variar según factores tales como el estado de
enfermedad, la edad, el sexo y el peso del individuo, y la
capacidad del ácido nucleico modificado para obtener en el
individuo una respuesta deseada. Pueden ajustarse los regímenes de
dosificación para proporcionar la respuesta terapéutica óptima. Una
cantidad eficaz terapéuticamente es también una en la que
cualesquiera efectos tóxicos o perjudiciales del compuesto son
superados por los efectos beneficiosos terapéuticamente. Una
"cantidad eficaz profilácticamente" se refiere a una cantidad
eficaz, en las dosificaciones y durante los períodos de tiempo
necesarios, para conseguir el resultado profiláctico deseado, tal
como prevenir o tratar una enfermedad caracterizada por la
expresión de un ácido nucleico objetivo particular. Una cantidad
eficaz profilácticamente puede determinarse como se ha descrito
antes para la cantidad eficaz terapéuticamente. Para cualquier
sujeto particular, pueden ajustarse con el tiempo regímenes de
dosificación específicos según la necesidad individual y el juicio
profesional de la persona que administra o supervisa la
administración de las composiciones.
Según se usa aquí "vehículo aceptable
farmacéuticamente" o "excipiente" incluye cualquiera y todos
los disolventes, medios de dispersión, revestimientos, agentes
antibacterianos y antifúngicos, agentes isotónicos y de retraso de
la absorción y similares, que sean compatibles fisiológicamente. En
una realización, el vehículo es adecuado para administración
parenteral. Alternativamente, el vehículo es adecuado para
administración intravenosa, intraperitoneal, intramuscular,
sublingual u oral. Los vehículos aceptables farmacéuticamente
incluyen soluciones o dispersiones acuosas estériles y polvos
estériles para preparación extemporánea de soluciones o dispersiones
inyectables estériles. El uso de tales medios y agentes para
sustancias activas farmacéuticamente es muy conocido en la técnica.
Excepto que cualquier medio o agente convencional sea incompatible
con el compuesto activo, se considera su uso en las composiciones
farmacéuticas de la invención. Pueden incorporarse también en las
composiciones compuestos activos suplementarios.
Las composiciones terapéuticas deben ser
típicamente estériles y estables en las condiciones de fabricación
y almacenamiento. La composición puede formularse como una solución,
microemulsión, liposoma u otra estructura ordenada adecuada para
alta concentración de fármaco. El vehículo puede ser un disolvente o
medio de dispersión que contenga, por ejemplo, agua, etanol, un
poliol (por ejemplo, glicerol, propilenglicol y polietilenglicol
líquido, y similares), y mezclas adecuadas de ellos. La fluidez
apropiada puede mantenerse, por ejemplo, mediante el uso de un
revestimiento tal como una lecitina, por el mantenimiento del tamaño
de partículas requerido en el caso de dispersión y mediante el uso
de tensioactivos. En muchos casos, será preferible incluir agentes
isotónicos, por ejemplo, azúcares, polialcoholes tales como manitol,
sorbitol, o cloruro sódico en la composición. La absorción
prolongada de las composiciones inyectables puede realizarse
incluyendo en la composición un agente que retrase la absorción,
por ejemplo, sales monoestearatos y gelatina. Además, un
oligonucleótido de la invención puede administrarse en una
formulación de liberación con el tiempo, por ejemplo en una
composición que incluya un polímero de liberación lenta. El
oligonucleótido modificado puede prepararse con vehículos que
protegerán al oligonucleótido modificado contra liberación rápida,
tal como una formulación de liberación controlada, incluyendo
implantes y sistemas de suministro microencapsulados. Pueden usarse
polímeros biodegradables biocompatibles, tales como vinilacetato de
etileno, polianhídridos, poli(ácido glicólico), colágeno,
poliortoésteres, poli(ácido láctico) y copolímeros polilácticos
poliglicólicos (PLG). Muchos métodos para la preparación de tales
formulaciones están patentados o se conocen generalmente por los
expertos en la técnica.
Pueden prepararse soluciones inyectables
estériles incorporando un compuesto ativo, tal como un
oligonucleótido de la invención, en la cantidad requerida en un
disolvente apropiado con uno o una combinación de los ingredientes
enumerados antes, según se requiera, seguido por esterilización
filtrada. Generalmente, se preparan dispersiones incorporando el
compuesto activo a un vehículo estéril que contenga un medio de
dispersión básico y los otros ingredientes requeridos de los
enumerados antes. En el caso de polvos estériles para preparación de
soluciones inyectables estériles, los métodos de preparación
preferidos son secado bajo vacío y liofilización, que produce un
polvo del ingrediente activo más cualquier ingrediente deseado
adicional de una solución filtrada estéril previamente del mismo.
Según un aspecto alternativo de la invención, puede formularse un
oligonucleótido de la invención con uno o más compuestos adicionales
que aumenten su solubilidad.
Puesto que los oligonucleótidos de la invención
son capaces de inducir la división mediada por RNasa H de un ARN
objetivo, disminuyendo así la producción de la proteína codificada
por el ARN objetivo, los oligonucleótidos modificados de la
invención pueden usarse en cualquier sistema en el que sea deseable
la inactivación o inhibición selectiva de un ARN objetivo
particular. Como se ha indicado antes, los ejemplos de tales usos
incluyen agentes terapéuticos antisentido, en los que la expresión
del ARN objetivo está asociada con mal o enfermedad.
Un ejemplo adicional de tal uso es el
agotamiento selectivo de un producto génico objetivo particular en
un sistema para estudiar el(los) efecto(s)
fenotípico(s) de tal supresión en el sistema. Observaciones
hechas mediante tales estudios de agotamiento pueden permitir así
la determinación de la función del producto génico objetivo. En
ciertas realizaciones, tales usos incluyen "validación del
objetivo", en la que la estrategia descrita antes permite la
confirmación de si un ácido nucleico objetivo particular está
asociado con un fenotipo o actividad particular, y permite así la
"validación" del objetivo. El sistema indicado antes puede ser
célula o exento de célula; in vitro o in vivo;
procariota o eucariota.
La invención proporciona además paquetes
comerciales que comprenden un oligonucleótido de la invención. En
una realización, el paquete comercial comprende además instrucciones
de uso del oligonucleótido. En ciertas realizaciones, tales
instrucciones de uso incluyen al menos una de las siguientes: uso
del oligonucleótido para (a) disminuir la expresión de una
secuencia de ARN objetivo; (b) inducir la división por RNasa H de
una secuencia de ARN objetivo; (c) prevenir o tratar una enfermedad
caracterizada por la expresión de un objetivo de ARN particular;
(d) impedir o disminuir la transcripción inversa de un ARN objetivo
en un sistema; (e) impedir o disminuir la replicación de un ARN
objetivo en un sistema; (f) detectar la presencia de un ARN objetivo
en un sistema; (g) validar un objetivo génico en un sistema; y (h)
cualquier combinación de (a) a (g).
La invención se refiere además a un uso de un
oligonucleótido de la invención, tal como para (a) disminuir la
expresión de una secuencia de ARN objetivo; (b) inducir la división
por RNasa H de una secuencia de ARN objetivo; (c) prevenir o tratar
una enfermedad caracterizada por la expresión de un objetivo de ARN
particular; (d) impedir o disminuir la transcripción inversa de un
ARN objetivo en un sistema; (e) impedir o disminuir la replicación
de un ARN objetivo en un sistema; (f) detectar la presencia de un
ARN objetivo en un sistema; (g) validar un objetivo génico en un
sistema; y (h) cualquier combinación de (a) a (g).
La invención proporciona además un uso de un
oligonucleótido de la invención para la preparación de un
medicamento, tal como para (a) disminuir la expresión de una
secuencia de ARN objetivo; (b) inducir la división por RNasa H de
una secuencia de ARN objetivo; (c) prevenir o tratar una enfermedad
caracterizada por la expresión de un objetivo de ARN particular;
(d) impedir o disminuir la transcripción inversa de un ARN objetivo
en un sistema; (e) impedir o disminuir la replicación de un ARN
objetivo en un sistema; (f) detectar la presencia de un ARN
objetivo en un sistema; (g) validar un objetivo génico en un
sistema; y (h) cualquier combinación de (a) a (g).
Aunque se han descrito aquí diversas
realizaciones de la invención, pueden hacerse muchas adaptaciones y
modificaciones dentro del alcance de la invención según el
conocimiento general común de los expertos en esta técnica. Tales
modificaciones incluyen la sustitución de equivalentes conocidos
para cualquier aspecto de la invención con el fin de conseguir el
mismo resultado de sustancialmente igual manera. Los intervalos
numéricos incluyen los números que definen el intervalo. En las
reivindicaciones, la expresión "que comprende" se usa como una
expresión de extremo abierto, sustancialmente equivalente a la frase
"que incluye, pero no se limita a". Los siguientes ejemplos
son ilustrativos
de diversos aspectos de la invención, y no limitan los amplios aspectos de la invención como se describe aquí.
de diversos aspectos de la invención, y no limitan los amplios aspectos de la invención como se describe aquí.
Síntesis de AONs. Se sintetizaron
monómeros
2'-desoxi-2'-fluoroarabinonucleósido
3'-O-cianoetilfósforoamidita
5'-monometoxitritilados como se ha descrito
previamente [Wilds, C.J. & Damha, M.J. Nucleic Acids Res. 2000,
28, 3625; Elzagheid, M.I. et al., en Current Protocols in
Nucleic Acid Chemistry, Unidad 1.7, Beaucage, S.L., Bergstrom,
D.E., Gli, G.D., reds., 2002]. Los oligonucleótidos mostrados en las
Tablas 1 y 2 se sintetizaron a escala de 1 micromol usando un
sintetizador de ADN Expedite 8909. Se usó como soporte sólido vidrio
de poros controlados de alquilamina de cadena larga
(LCAA-CPG). El ciclo de síntesis consistió en las
siguientes etapas: (a) destritilación de nucleósido/flujo unido a
CPG (3% de ácido tricloroacético/diclorometano): 150 s; (b)
acoplamiento de monómeros
2'-F-arabinonucleósido (15 min) o
2'-desoxirribonucleósido
3'-fósforoamidita (2 min). La concentración de
monómeros usados fue 50 mg/ml para monómeros de
araF-T, araF-C y ADN, y 60 mg/ml
para araA y araF-G (acetonitrilo como disolvente):
(c) acetilación usando la etapa de remate estándar: 20 s. La
solución de remate consistía en 1:1 (v/v) de reactivos "cap A"
y "cap B". (Cap A: anhídrido acético/colidina/THF, 1:1:8; cap
B: N-metilimidazol/THF, 4:21); (d) lavado extenso
con acetonitrilo (50 impulsos); (e) oxidación con yodo/agua de 20
segundos (en el caso de oligómeros enlazados con fosfodiéster) o
sulfuración de 10 min (en el caso de PS-oligómeros)
con una solución reciente de
3-amino-1,2,4-ditiazolina-5-tiona
(ADTT) 0,1 M en piridina/acetonitrilo (1/1, v/v); (f) lavado con
acetonitrilo: 20 impulsos; (g) secado del soporte sólido por adición
del reactivo de remate (véase etapa c anterior): 5 s; (h) lavado con
acetonitrilo (20 impulsos).
Tras el montaje de la cadena, se dividieron del
soporte sólido oligonucleótidos y se desprotegieron como se ha
descrito previamente [Wilds, C.J. & Damha, M.J. Nucleic Acids
Res. 2000, 28, 3625; Viazovkina, E. et al., en Current
Protocols in Nucleic Acid Chemistry, Unidad 4.15, Beaucage, S.L.,
Bergstrom, D.E., Gli, G.D., reds., 2002]. Los oligómeros crudos se
purificaron por HPLC de intercambio aniónico seguida por desalación
(cartuchos SepPak). Rendimientos: 50-100 unidades
A_{260}. Condiciones para la purificación por HPLC: Columna
Protein Pak DEAE-5PW (7,5 mm x 7,5 cm, Waters),
Disolventes: Tampón A: H_{2}O; Tampón B: LiClO_{4} 1 M (o
NaClO_{4} 1 M), Gradiente: 100% de tampón A isocrático durante 12
min, 100% de A-15% de B, lineal (durante 5 min), 15%
de B- 55% de B, lineal (durante 60 min); el caudal se fijó en 1
ml/min, la temperatura se ajustó en 50ºC. El detector se fijó en
260 nm para cromatografía analítica y 290 nm para cromatografía
preparativa. En estas condiciones, el oligómero de longitud
completa deseado eluyó el último. Los oligonucleótidos se
caracterizaron por electroforesis en gel y espectrometría de masas.
Las secuencias de los oligonucleótidos usados se proporcionan en las
Tablas 1 y 2.
Mediciones de T_{m}. AON y
oligonucleótidos de ARN objetivo complementarios se mezclaron en
relaciones equimolares en tampón de KCl 140 mM, MgCl_{2} 1 mM y
Na_{2}HPO_{4} 5 mM, pH 7,2, para proporcionar una concentración
de dúplex total de aprox. 5 \muM. Se calentaron muestras a 90ºC
durante 15 min, y se enfriaron después lentamente a temperatura
ambiente. La solución de dúplex AON/ARN se expuso después a
temperatura creciente (0,5ºC/medición) y se determinó la
absorbancia UV a 260 nm después de equilibrio de temperatura. Los
valores de T_{m} proporcionados en las Tablas 1 y 2 se calcularon
usando el método de línea de base y tienen una incertidumbre de
\pm 0,5ºC.
Purificación de RNasa H. Se purificó
RNasa HI de E. coli como se ha descrito previamente (7). Se
sobreexpresó y purificó RNasa HII humana siguiendo procedimientos
publicados (Wu, H. et al., J. Biol. Chem., 1999, 274,
28270).
Ensayo de RNasa H. Los ensayos de RNasa H
se realizaron a temperatura ambiente (\sim20ºC) (oligonucleótidos
homopolímeros mostrados en la Tabla 1) o 37ºC (oligonucleótidos de
base mezclada mostrados en la Tabla 2). Los sustratos de dúplex de
ácido nucleico homopolímero se prepararon mezclando el AON enlazado
con fosfodiéster (2 pmoles) con ARN oligo-rA_{18}
objetivo complementario 5'-marcado con ^{32}P (0,5
pmoles; SEQ ID NO: 21) en 10 \mul de Tris-HCl 60
mM (pH 7,8) que contenía KCl 60 mM y MgCl_{2} 2,5 mM, seguido por
calentamiento a 90ºC durante 2 minutos y enfriamiento lento a
temperatura ambiente. Las soluciones de sustrato de dúplex se
dejaron permanecer a temperatura ambiente durante al menos 1 h antes
de usar. Las reacciones se iniciaron por adición de RNasa H (7 ng
de enzima en 2 \mul de tampón) y se separaron en diversos momentos
partes alícuotas y se apagaron por adición de un volumen igual de
formamida desionizada del 98% que contenía EDTA 10 mM, 1 mg/ml de
azul de bromofenol y 1 mg/ml de xileno cianol. Después de calentar a
100ºC durante 5 min, los productos de reacción se resolvieron por
electroforesis en geles de determinación de secuencia de
poliacrilamida del 16% que contenían urea 7 M, se visualizaron por
autorradiografía y se cuantificó la formación de producto por
densitometría.
Se prepararon híbridos de AON/ARN de composición
de base mezclada mezclando la cadena de AON con fósforotioato
(véanse oligómeros listados en la Tabla 2) con el correspondiente
ARN objetivo radiomarcado 5' (AAG GGA UAC GAC AAG GAU AUA A [SEQ ID
NO: 22]). Este ARN se marcó en el extremo 5' con ^{32}P usando
[\gamma-^{32}P]-ATP usando
quinasa de polinucleótido T4. Veinte pmoles (20 pmoles) de
oligonucleótidos antisentido y 10 pmoles de ARN marcado 5' con
^{32}P se mezclaron en un tampón (100 \mul final) que contenía
Tris.HCl 60 mM (pH 7,8), KCl 60 mM, MgCl_{2} 2,5 mM, se calentó a
90ºC durante 5 minutos y se enfrió lentamente a temperatura
ambiente. Para iniciar las reacciones, se añadió RNasa H humana (5
ng en 2 \mul de tampón) a 8 \mul de la solución de sustrato
anterior. Después de incubar a 37ºC, se terminaron las reacciones
añadiendo un volumen igual de tampón de carga desnaturalizante
(formamida desionizada del 98%, EDTA 10 mM, 1 g/ml de azul de
bromofenol y 1 mg/ml de xileno cianol). Los productos se separaron
en un gel del 16% (p/v) de poliacrilamida desnaturalizante/gel de
urea 7 M en tampón Tris-borato/EDTA a 2000 v durante
aproximadamente 2 h. Después de electroforesis, se expuso el gel a
una película de rayos X y los autorradiogramas resultantes se
escanearon y cuantificaron.
Ensayo de luciferasa. Se cultivaron
células HeLa X1/5 (transfectadas establemente con el gen de
luciferasa y que expresan una enzima luciferasa funcional) en medio
de Eagle modificado por Dulbecco (DMEM) suplementado con 10% de
suero de bovino fetal (FBS). Se sembraron células en placas de 96
pocillos a razón de 2 x 10^{4} células/pocillo. Se realizaron
experimentos antisentido 24 h después de sembrar, en cuyo momento
las células eran 80% confluentes. Se usó lipofectina para
suministrar a las células oligonucleótidos antisentido. Brevemente,
se diluyeron oligonucleótidos antisentido y lipofectina con DMEM sin
suero para proporcionar una concentración final 10x de antisentido
y 50 \mug/ml de lipofectina. Se mezclaron en tubos de plástico
volúmenes iguales de soluciones de oligonucleótido y lipofectina y
se incubaron durante 15 min a temperatura ambiente para permitir la
formación de complejo. Este complejo se diluyó 5 veces con DMEM que
contenía 10% de FBS, y se sustituyó después el medio de cultivo de
células con esta mezcla y se incubaron las células durante 4 horas a
37ºC. Se separó de las células la mezcla antisentido/lipofectina y
se sustituyó con DMEM que contenía 10% de FBS, y se incubaron
después las células durante 16 horas más a 37ºC. Después de esta
incubación de 16 horas adicional, se valoró la actividad celular de
luciferasa usando el sistema de ensayo de luciferasa (Promega,
Madison, WI, EE.UU.) según el protocolo del fabricante. Brevemente,
se separó el medio de cultivo, se lavaron las células con solución
salina tamponada con fosfato y se lisaron después las células. Se
transfirieron partes alícuotas de los lisados de células a
microplacas de ensayo, se añadió solución de sustrato de luciferina
y se midió inmediatamente la luminiscencia resultante usando un
espectrofluorómetro de microplacas SPECTRAmax GEMINI XS (Molecular
Devices, Sunnyvale, CA, EE.UU.) fijado en modo de lectura de
luminiscencia.
\vskip1.000000\baselineskip
Los solicitantes demuestran aquí que
oligonucleótidos de "altímeros" de ANA/ADN (por ejemplo,
FANA/ADN) forman dúplex con ARN objetivo (Tablas 1 & 2), y que
la temperatura de fusión para estas quimeras de AON se correlaciona
directamente con el contenido de FANA. Estudios previos han mostrado
que 2'-OMe ARN AON se une también a ARN objetivo
con mayor afinidad que el correspondiente ADN AON. Sin embargo, la
cadena principal mezclada 2'-OMe ARN/ADN AON (SEQ
ID NOs: 8-10) sólo mostró afinidad de unión térmica
similar o más baja para ARN objetivo en comparación todos los ADN
AON (SEQ ID NO: 1).
\vskip1.000000\baselineskip
Estudios con AON de cadena principal mezclada
sugieren que la capacidad de estos AON para obtener degradación por
RNasa H del ARN objetivo in vitro predice la capacidad de
estos AON para inhibir la expresión génica intracelular (Monia,
B.P. et al. J. Biol. Chem. 1993, 268, 14514; Gutierrez, A.J.
et al., Biochemistry 1997, 36, 743; Flanagan, W.M. et
al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1999, 96, 3513). Los
solicitantes evaluaron por tanto dúplex de los diversos AON
listados en la Tabla 1 unidos a ARN complementario como sustratos
para RNasa HI de El coli y RNasa HII humana. La Figura 2
muestra que todas las quimeras de FANA/ADN indujeron división de
ARN objetivo por RNasa HII humana. La eficacia de división por RNasa
H aumentó a medida que aumentaba el tamaño de los segmentos de ADN
alternos dentro del fondo de FANA. Se notó una actividad óptima con
SEQ ID NO: 5, que comprende segmentos de trinucleótidos alternos de
FANA y ADN. La capacidad de este AON de "altímeros" para
obtener degradación por RNasa HII humana de ARN objetivo era
significativamente mejor que la del equivalente de todo ADN SEQ ID
NO: 1. Además,
esta característica de SEQ ID NO: 5 se mejoró con relación a la SEQ ID NO: 7 de FANA/ADN/FANA (Figura 3).
esta característica de SEQ ID NO: 5 se mejoró con relación a la SEQ ID NO: 7 de FANA/ADN/FANA (Figura 3).
A diferencia de AON de "altímeros"
constituido por FANA y ADN, un AON similar (SEQ ID NOs: 8 y 9)
constituido por 2'-O-metil ARN y ADN
mostró sólo mala capacidad para obtener degradación por RNasa H de
ARN objetivo (Figura 3).
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Se prepararon diversos oligonucleótidos y se
caracterizaron por unión a un ARN objetivo que codifica luciferasa,
y se ensayó su efecto en la expresión de luciferasa, como se ha
descrito antes. Los resultados se presentan en la Tabla 2. Con la
excepción de los testigos "arrebatados" y "desadaptados"
mostrados después, todos los oligonucleótidos que comprendían
segmentos alternos de FANA/ADN presentaban inhibición significativa
de la actividad de luciferasa. Aunque tal inhibición era mayor con
un oligonucleótido de 3 segmentos alternos de nucleótido (SEQ ID
NO: 12), se observó también en los que se añadieron nucleótidos de
2'-metoxi ARN flanqueantes a un oligonucleótido
alterno de FANA/ADN (por ejemplo, SEQ ID NOs. 15 y 16). Los
oligonucleótidos que comprendían segmentos alternos de FANA/ADN
eran superiores a este respecto en comparación con un
oligonucleótido de ADN puro (SEQ ID NO: 11) o un oligonucletido
"de huecos" 2'-metoxi
ARN-ADN-2'-metoxi
ARN (SEQ ID NO: 20) que sólo presentaba niveles muy marginales de
inhibición en comparación con testigos no oligonucleótidos.
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<110> MCGILL UNIVERSITY ET AL.
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<120> OLIGONUCLEÓTIDOS QUE COMPRENDEN
SEGMENTOS ALTERNOS Y USOS DE LOS MISMOS
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<130> 85827-63
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<150> US 60/352,873
\vskip0.400000\baselineskip
<151>
2002-02-01
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<160> 22
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<170> PatentIn versión 3.1
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\vskip0.400000\baselineskip
<210> 1
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<211> 18
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<212> ADN
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<213> Artificial
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<220>
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<223> Oligonucleótido
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<400> 1
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\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskiptttttttttt ttttttt
\hfill18
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<210> 2
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<211> 18
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<212> ADN
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<213> Artificial
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<220>
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<223> Oligonucleótido
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<220>
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<221> característica variada
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (1)..(18)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Restos 1 a 18, son
2'-deoxi-2'-fluoroarabinotimidina
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\vskip0.400000\baselineskip
<400> 2
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\hskip-.1em\dddseqskipnnnnnnnnnn nnnnnnnn
\hfill18
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<210> 3
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<211> 18
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<212> ADN
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<213> Artificial
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<220>
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<223> Oligonucleótido
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<220>
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<221> característica variada
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<222> (1)..(17)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Restos 1, 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17
son
2'-deoxi-2'-fluoroarabinotimidina
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\vskip0.400000\baselineskip
<220>
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<221> característica variada
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<222> (1)..(17)
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<223> Restos 1, 3, 5, 7; 9, 11, 13, 15 y
17 son
2'-deoxi-2'-fluoroarabinotimidina
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 3
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipntntntntnt ntntntnt
\hfill18
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 4
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 18
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Oligonucleótido
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> característica variada
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (1)..(18)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Restos 1, 2, 5, 6, 9, 10, 13, 14, 17
y 18 son
2'-deoxi-2'-fluoroarabinotimidina
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 4
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipnnttnnttnn ttnnttnn
\hfill18
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 5
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 18
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Oligonucleótido
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> característica variada
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (1)..(15)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Restos 1-3,
7-9 y 13-15 son
2'-deoxi-2'-fluoroarabinotimidina
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 5
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipnnntttnnnt ttnnnttt
\hfill18
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 6
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 18
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Oligonucleótido
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> característica variada
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (1)..(18)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Restos 1-4,
8-11 y 15-18 son
2'-deoxi-2'-fluoroarabinotimidina
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 6
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipnnnntttnnn ntttnnnn
\hfill18
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 7
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 18
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Oligonucleótido
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> característica variada
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (1)..(18)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Restos 1-6 y
13-18 son
2'-deoxi-2'-fluoroarabinotimidina
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 7
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipnnnnnntttt ttnnnnnn
\hfill18
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 8
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 18
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Oligonucleótido
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> característica variada
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (1)..(17)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Restos 1, 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15 y
17 son
2'-O-metil-D-uridina
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 8
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipututututut utututut
\hfill18
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 9
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 18
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Oligonucleótido
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> característica variada
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (1)..(15)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Restos 1-3,
7-9, y 13-15 son
2'-O-metil-D-uridina.
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 9
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipuuutttuuut ttuuuttt
\hfill18
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 10
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 18
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Oligonucleótido
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> característica variada
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (1)..(18)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Restos 1-6 y
13-18 son
2'-O-metil-D-uridina
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 10
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipuuuuuutttt ttuuuuuu
\hfill18
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 11
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 18
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Oligonucleótido
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> característica variada
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (1)..(18)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Restos 1-18 están
unidos por enlaces fosforotioato
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 11
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipatatccttgt cgtatccc
\hfill18
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 12
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 18
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Oligonucleótido
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> característica variada
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (1)..(15)
\newpage
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Restos 2,7,8,13 y 15 son
2'-deoxi-2'-fluoroaminotimidina;
restos 1,3 y 14 son
2'-deoxi-2'-fluoroarabinoadenosina;
resto 9 es
2'-deoxi-2'-fluoroarabinoguanosina
14 son
2'-deoxi-2'-fluoroarabinoadenosina;
resto 9 es
2'-deoxi-2'-fluoroarabinoguanosina
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> característica variada
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (1)..(18)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Restos 1-18 están
unidos por enlaces fosforotioato
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 12
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipnnntccnnnt cgnnnccc
\hfill18
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 13
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 18
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Oligonucleótido
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> característica variada
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (1)..(8)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Restos 1 y 3 son
2'-deoxi-2'-fluoroarabinotimidina;
restos 2, 4, 7 y 8 son
2'-deoxi-2'-fluoroarabinoadenosina;
restos 5 y 6 son
2'-deoxi-2'-fluoroarabinocitidina
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> característica variada
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (1)..(18)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Restos 1-18 están
unidos por enlaces fosforotioato
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 13
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipnnnnnnnngt cgtatccc
\hfill18
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 14
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 17
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Oligonucleótido
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> característica variada
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (1)..(17)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Restos 2, 8 y 13 son
2'-deoxi-2'-fluoroarabinotimidina;
restos 3 y 5 son
2'-deoxi-2'-fluoroarabinoadenosina;
restos 12 y 16-18 son
2'-deoxi-2'-fluoroarabinocitidina
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> característica variada
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (1)..(17)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Restos 1-17 están
unidos por enlaces fosforotioato
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 14
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipnngctnnnca nnngann
\hfill17
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 15
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 18
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Oligonucleótido
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> característica variada
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (1)..(18)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Restos 1 y 3 son
2'-O-metil-D-adenosina;
restos 2, 4 y 15 son
2'-O-metil-D-uridina;
restos 16-18 son
2'-O-metil-D-citidina;
restos 7 y 8 son
2'-deoxi-2'-fluoroarabinotimidina;
resto 11 es
2'-deoxi-2'-fluoroarabinocitidina;
resto 12 es
2'-deoxi-2'-fluoroarabinoguanosina
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> característica variada <222>
(1)..(18)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Restos 1-18 están
unidos por enlaces fosforotioato
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 15
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipauauccnngt nntauccc
\hfill18
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 16
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 18
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Oligonucleótido
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> característica variada
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (1)..(18)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Restos 1 y 3 son
2'-O-metil-D-adenosina;
restos 2, 4 y 15 son
2'-O-metil-D-uridina;
restos 16-18 son
2'-O-metil-D-citidina;
resto 7 es
2'-deoxi-2'-fluoroarabinotimidina;
restos 5, 6 y 11 son
2'-deoxi-2'-fluoroarabinocitidina;
resto 12 es
2'-deoxi-2'-fluoroarabinoguanosina
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> característica variada <222>
(1)..(18)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Restos 1-18 están
unidos por enlaces fosforotioato
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 16
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipauaunnntgt nntauccc
\hfill18
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 17
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 18
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Oligonucleótido
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> característica variada
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (1)..(18)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Restos 1 y 3 son
2'-O-metil-D-adenosina;
restos 2, 4 y 15 son
2'-O-metil-D-uridina;
restos 16-18 son
2'-O-metil-D-citidina;
restos 7 y 8 son
2'-deoxi-2'-fluoroarabinotimidina;
restos 5 y 6 son
2'-deoxi-2'-fluoroarabinocitidina;
resto 9 es
2'-deoxi-2'-fluoroarabinoguanosina
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> característica variada
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (1)..(18)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Restos 1-18 están
unidos por enlaces fosforotioato
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 17
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipauaunnnnnt cgtauccc
\hfill18
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 18
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 18
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Oligonucleótido
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> característica variada
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (1)..(18)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Restos 1 y 3 son
2'-O-metil-D-adenosina;
restos 2, 4 y 15 son
2'-O-metil-D-uridina;
restos 16-18 son
2'-O-metil-D-cytidine;
restos 7, 8, 10 y 13 son
2'-deoxi-2'-fluoroarabinotimidina;
resto 14 es
2'-deoxi-2'-fluoroarabinoadenosina;
restos 5, 6 y 11 son
2'-deoxi-2'-fluoroarabinocitidina;
restos 9 y 12 son
2'-deoxi-2'-fluoroarabinoguanosina
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> característica variada
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (1)..(18)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Restos 1-18 están
unidos por enlaces fosforotioato
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 18
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipauaunnnnnn nnnnuccc
\hfill18
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 19
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 18
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Oligonucleótido
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> característica variada
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (1)..(18)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Restos 1, 3, 4 y 16 son
2'-O-metil-D-adenosina;
resto 2 es
2'-O-metil-D-uridina;
restos 17-19 son
2'-O-metil-D-citidina;
restos 9 y 12 son
2'-deoxi-2'-fluoroarabinotimidina;
resto 14 es
2'-deoxi-2'-fluoroarabinoadenosina
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> característica variada
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (1)..(18)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Restos 1-18 están
unidos por enlaces fosforotioato
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 19
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipauaaccttnt cntnaccc
\hfill18
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 20
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 18
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Oligonucleótido
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> característica variada
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (1)..(18)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Restos 1 y 3 son
2'-O-metil-D-adenosina;
restos 2, 4 y 15 son
2'-O-metil-D-uridina;
restos 16-18 son
2'-O-metil-D-citidina
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> característica variada
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (1)..(18)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Restos 1-18 están
unidos por enlaces fosforotioato
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 20
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipauauccttgt cgtauccc
\hfill18
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 21
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 18
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ARN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> ARN de oligonucleótido diana
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 21
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipaaaaaaaaaa aaaaaaaa
\hfill18
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 22
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 22
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ARN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Artificial
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> ARN de oligonucleótido diana
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 22
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipaagggauacg acaaggauau aa
\hfill22
Claims (68)
1. Un oligonucleósido que comprende primero y
segundo segmentos alternos, en el que dicho primer segmento
comprende al menos un arabinonucleósido, en el que dicho segundo
segmento comprende al menos un
2'-desoxirribonucleósido, en el que dicho
oligonucleósido comprende al menos 2 de cada uno de dichos primero y
segundo segmentos, comprendiendo por ello al menos 4 segmentos
alternos, en el que el número de residuos dentro de cada primeros
segmentos y cada segundos segmentos puede ser el mismo o variable de
un segmento a otro y dicho oligonucleósido no es
S-ATATCCTTg TCgTATCCC, en el que N =
2'-desoxi-2'-fluoro-beta-D-arabinonucleótido
(nucleótido FANA); n = nucleótido ADN; S = que contiene enlaces
fósforotioato.
2. El oligonucleósido de la reivindicación 1, en
el que (a) dicho oligonucleósido comprende además un enlace
internucleósidos que comprende un fosfato, siendo por ello un
oligonucleótido, (b) en el que dicho arabinonucleósido comprende un
fosfato incorporado, siendo por ello un arabinonucleótido, (c) en el
que dicho 2'-desoxirribonucleósido comprende un
fosfato incorporado, siendo por ello un
2'-desoxirribonucleótido o (d) cualquier combinación
de (a) a (c).
3. El oligonucleótido de la reivindicación 2, en
el que dicho arabinonucleótido es capaz de adoptar una conformación
de tipo ADN.
4. El oligonucleótido de la reivindicación 2, en
el que dichos segmentos comprenden cada uno independientemente de 1
a 6 arabinonucleótidos o
2'-desoxirribonucleótidos.
5. El oligonucleótido de la reivindicación 4, en
el que dichos segmentos comprenden cada uno independientemente de 2
a 5 arabinonucleótidos o
2'-desoxirribonucleótidos.
6. El oligonucleótido de la reivindicación 5, en
el que dichos segmentos comprenden cada uno independientemente de 3
a 4 arabinonucleótidos o
2'-desoxirribonucleótidos.
7. El oligonucleótido de la reivindicación 6, en
el que dichos segmentos comprenden cada uno independientemente 3
arabinonucleótidos o 2'-desoxirribonucleótidos.
8. El oligonucleótido de la reivindicación 2, en
el que dicho oligonucleótido tiene una estructura seleccionada del
grupo constituido por:
a)
- (A_{x}-D_{y})_{n}
- I
b)
- (D_{y}-A_{x})_{n}
- II
c)
- (A_{x}-D_{y})_{m}-A_{x}-D_{y}-A_{x}
- III
d)
- (D_{y}-A_{x})_{m}-D_{y}-A_{x}-D_{y}
- IV
en las que cada m, x e y son cada
uno independientemente un número entero mayor que, o igual a, 1, n
es un número entero mayor que, o igual a, 2, A es un
arabinonucleótido y D es un
2'-desoxirribonucleótido.
9. El oligonucleótido de la reivindicación 2, en
el que el arabinonucleótido comprende un sustituyente 2'
seleccionado del grupo constituido por grupos flúor, hidroxilo,
amino, ciano, azido, -CH=CH_{2}, -C\equivCH, alquilo, alquilo
funcionalizado, alcoxi y alcoxi funcionalizado.
10. El oligonucleótido de la reivindicación 9,
en el que dicho grupo alquilo es un grupo alquilo
C_{1}-C_{9}.
11. El oligonucleótido de la reivindicación 10,
en el que dicho grupo alquilo C_{1}-C_{9} se
selecciona del grupo constituido por grupos metilo, etilo y
propilo.
12. El oligonucleótido de la reivindicación 9,
en el que dicho grupo alquilo funcionalizado se selecciona del grupo
constituido por grupos metilamino, etilamino y propilamino.
13. El oligonucleótido de la reivindicación 9,
en el que dicho grupo alcoxi se selecciona del grupo constituido por
grupos metoxi, etoxi y propoxi.
14. El oligonucleótido de la reivindicación 9,
en el que dicho grupo alcoxi funcionalizado es
-O(CH_{2})_{q}-R, en el que q = 2,
3 o 4 y -R se selecciona del grupo constituido por grupos -NH_{2},
-OCH_{3} y -OCH_{2}CH_{3}.
15. El oligonucleótido de la reivindicación 9,
en el que el sustituyente 2' es flúor.
16. El oligonucleósido de la reivindicación 1,
en el que dicho oligonucleósido comprende uno o más enlaces
internucleósido seleccionados del grupo constituido por:
- a)
- fosfodiéster;
- b)
- fosfotriéster;
- c)
- fósforotioato;
- d)
- fósforoditioato;
- e)
- Rp-fósforotioato;
- f)
- Sp-fósfototioato;
- g)
- boranofosfato;
- h)
- 3'-tioformacetal
- i)
- metileno (metlimino)
- j)
- amida;
- k)
- metilfosfonato;
- l)
- fósforoamidato (5'P-N3'); y
- m)
- cualquier combinación de (a) a (l).
\vskip1.000000\baselineskip
17. El oligonucleótido de una cualquiera de las
reivindicaciones 2-15, en el que dicho
oligonucleótido consiste en 30 o menos nucleótidos.
18. El oligonucleótido de la reivindicación 17,
en el que dicho oligonucleótido consiste en 8 a 25 nucleótidos.
19. El oligonucleótido de la reivindicación 18,
en el que dicho oligonucleótido consiste en 18 nucleótidos.
20. El oligonucleótido de la reivindicación 8,
en el que dicho oligonucleótido tiene la estructura I en la que x =
1, y = 1 y n = 9, teniendo por ello una estructura:
- A-D-A-D-A-D-A-D-A-D-A-D-A-D-A-D-A-D.
21. El oligonucleótido de la reivindicación 8,
en el que dicho oligonucleótido tiene la estructura II en la que x =
1, y = 1 y n = 9, teniendo por ello una estructura:
- D-A-D-A-D-A-D-A-D-A-D-A-D-A-D-A-D-A.
22. El oligonucleótido de la reivindicación 8ª,
en el que dicho oligonucleótido tiene la estructura III en la que x
= 2, y = 2 y m = 3, teniendo por ello una estructura:
- A-A-D-D-A-A-D-D-A-A-D-D-A-A-D-D-A-A.
23. El oligonucleótido de la reivindicación 8,
en el que dicho oligonucleótido tiene la estructura IV en la que x =
2, y = 2 y m = 3, teniendo por ello una estructura:
- D-D-A-A-D-D-A-A-D-D-A-A-D-D-A-A-D-D.
24. El oligonucleótido de la reivindicación 8,
en el que dicho oligonucleótido tiene la estructura I en la que x
=3, y = 3 y n = 3, teniendo por ello una estructura:
- A-A-A-D-D-D-A-A-A-D-D-D-A-A-A-D-D-D.
\newpage
25. El oligonucleótido de la reivindicación 8,
en el que dicho oligonucleótido tiene la estructura II en la que x =
3, y = 3 y n = 3, teniendo por ello una estructura:
- D-D-D-A-A-A-D-D-D-A-A-A-D-D-D-A-A-A.
26. El oligonucleótido de la reivindicación 8,
en el que dicho oligonucleótido tiene la estructura III en la que x
= 4, y = 3 y m = 1, teniendo por ello una estructura:
- A-A-A-A-D-D-D-A-A-A-A-D-D-D-A-A-A-A.
27. El oligonucleótido de la reivindicación 8,
en el que dicho oligonucleótido tiene la estructura IV en la que x =
4, y = 3 y m = 1, teniendo por ello una estructura:
- D-D-D-D-A-A-A-D-D-D-D-A-A-A-D-D-D-D.
28. El oligonucleósido de la reivindicación 1,
que comprende además un tercer segmento que comprende un nucleósido
modificado, en el que dicho tercer segmento es adyacente a (a) el
extremo 5' de dichos primero y segundo segmentos alternos, (b) el
extremo 3' de dichos primero y segundo segmentos alternos o (c)
ambos (a) y (b).
29. El oligonucleótido de la reivindicación 2,
que comprende además un tercer segmento que comprende un nucleótido
modificado, en el que dicho tercer segmento es adyacente a (a) el
extremo 5' de dichos primero y segundo segmentos alternos, (b) el
extremo 3' de dichos primero y segundo segmentos alternos o (c)
ambos (a) y (b).
30. El oligonucleótido de la reivindicación 29,
en el que dicho nucleótido modificado es un ribonucleótido
modificado.
31. El oligonucleótido de la reivindicación 30,
en el que dicho ribonucleótido modificado comprende una modificación
en su posición 2'.
32. El oligonucleótido de la reivindicación 30,
en el que dicha modificación 2' se selecciona del grupo constituido
por grupos metoxi, metoxietilo, fluoro y propilamino.
33. El oligonucleótido de una cualquiera de las
reivindicaciones 2-15, 17-27 y
29-32, en el que dicho oligonucleótido es
antisentido para un ARN objetivo.
34. Un método para impedir o disminuir la
traducción, transcripción inversa y/o replicación de un ARN
objetivo, cuyo método comprende poner en contacto dicho ARN objetivo
con el oligonucleótido de una cualquiera de las reivindicaciones
2-15, 17-27 y 29-33,
en el que dicho método no es un método terapéutico practicado en el
cuerpo humano o de animal.
35. Un método para inducir división mediada por
RNasa H de un ARN objetivo, cuyo método comprende poner en contacto
dicho ARN objetivo con el oligonucleótido de una cualquiera de las
reivindicaciones 2-15, 17-27 y
29-33, en el que dicho método no es un método
terapéutico practicado en el cuerpo humano o de animal.
36. El método de la reivindicación 35, en el que
dicha división mediada por RNasa H se efectúa por actividad de RNasa
H asociada con una transcriptasa inversa de un virus.
37. El método de la reivindicación 36, en el que
el virus es un virus patógeno humano.
38. El método de la reivindicación 37, en el que
el virus patógeno humano se selecciona del grupo constituido por HIV
y hepadnavirus.
39. El método de la reivindicación 38, en el que
el HIV se selecciona del grupo constituido por HIV-1
y HIV-2.
40. El método de la reivindicación 38, en el que
el hepadnavirus es virus de la hepatitis B.
41. El método de la reivindicación 38, en el que
dicha división mediada por RNasa H se efectúa por actividad de RNasa
H asociada con una enzima RNasa H de origen procariota o
eucariota.
42. El método de la reivindicación 41, en el que
la RNasa H eucariota es una RNasa H de mamífero.
43. El método de la reivindicación 42, en el que
la RNasa H eucariota es una RNasa H humana.
44. El método de la reivindicación 43, en el que
la RNasa H humana se selecciona del grupo constituido por RNasa H1 y
RNasa H2.
\newpage
45. Un método para impedir o disminuir la
traducción, transcripción inversa y/o replicación de un ARN
objetivo, cuyo método comprende:
- a)
- poner en contacto dicho ARN objetivo con el oligonucleótido de una cualquiera de las reivindicaciones 2-15, 17-27 y 29-33; y
- b)
- permitir la división por RNasa H de dicho ARN objetivo,
en el que dicho método no es un método
terapéutico practicado en el cuerpo humano o de animal.
\vskip1.000000\baselineskip
46. Un método para efectuar un procedimiento, en
el que dicho procedimiento se selecciona del grupo constituido
por:
- (a)
- inducir división mediada por RNasa H de un ARN objetivo;
- (b)
- impedir o disminuir la traducción de un ARN objetivo;
- (c)
- impedir o disminuir la transcripción inversa de un ARN objetivo;
- (d)
- impedir o disminuir la replicación de un ARN objetivo;
- (e)
- detectar la presencia de un ARN objetivo;
- (f)
- validar un objetivo génico correspondiente a un ARN objetivo; y
- (g)
- cualquier combinación de (a) a (f);
comprendiendo dicho método poner en contacto
dicho ARN objetivo con el oligonucleótido de una cualquiera de las
reivindicaciones 2-15, 17-27 y
29-33, en el que dicho método no es un método
terapéutico practicado en el cuerpo humano o de animal.
\vskip1.000000\baselineskip
47. Un método para efectuar un procedimiento, en
el que dicho procedimiento se selecciona del grupo constituido
por:
- (a)
- inducir división mediada por RNasa H de un ARN objetivo;
- (b)
- impedir o disminuir la traducción de un ARN objetivo;
- (c)
- impedir o disminuir la transcripción inversa de un ARN objetivo;
- (d)
- impedir o disminuir la replicación de un ARN objetivo;
- (e)
- detectar la presencia de un ARN objetivo;
- (f)
- validar un objetivo génico correspondiente a un ARN objetivo; y
- (g)
- cualquier combinación de (a) a (f);
comprendiendo dicho método introducir el
oligonucleótido de una cualquiera de las reivindicaciones
2-15, 17-27 y 29-33,
en el que dicho método no es un método terapéutico practicado en el
cuerpo humano o de animal.
\vskip1.000000\baselineskip
48. Una composición que comprende el
oligonucleótido según una cualquiera de las reivindicaciones
2-15, 17-27 y 29-33,
mezclado con un vehículo aceptable farmacéuticamente.
49. La composición de la reivindicación 48, en
la que dicha composición es para un uso seleccionado del grupo
constituido por:
- (a)
- inducir división mediada por RNasa H de un ARN objetivo en un sistema;
- (b)
- impedir o disminuir la traducción de un ARN objetivo en un sistema;
- (c)
- impedir o disminuir la transcripción inversa de un ARN objetivo en un sistema;
- (d)
- impedir o disminuir la replicación de un ARN objetivo en un sistema;
- (e)
- detectar la presencia de un ARN objetivo en un sistema;
- (f)
- validar un objetivo génico en un sistema;
- (g)
- prevenir o tratar una enfermedad relacionada con un ARN objetivo en un sistema; y
- (h)
- cualquier combinación de (a) a (g).
\vskip1.000000\baselineskip
50. Un paquete comercial que comprende el
oligonucleótido según una cualquiera de las reivindicaciones
2-15, 17-27 y 29-33,
junto con instrucciones para su uso.
51. El paquete comercial de la reivindicación
50, en el que dichas instrucciones son para un uso seleccionado del
grupo constituido por:
- (a)
- inducir división mediada por RNasa H de un ARN objetivo en un sistema;
- (b)
- impedir o disminuir la traducción de un ARN objetivo en un sistema;
- (c)
- impedir o disminuir la transcripción inversa de un ARN objetivo en un sistema;
- (d)
- impedir o disminuir la replicación de un ARN objetivo en un sistema;
- (e)
- detectar la presencia de un ARN objetivo en un sistema;
- (f)
- validar un objetivo génico en un sistema;
- (g)
- prevenir o tratar una enfermedad relacionada con un ARN objetivo en un sistema; y
- (h)
- cualquier combinación de (a) a (g).
\vskip1.000000\baselineskip
52. El uso del oligonucleótido de una cualquiera
de las reivindicaciones 2-15, 17-27
y 29-33, en la preparación de un medicamento para
impedir o disminuir tradución, transcripción inversa y/o replicación
de un ARN objetivo en un sistema, en el que dicho oligonucleótido
toma contacto con dicho ARN objetivo.
53. El uso de la reivindicación 52, en el que
dicho sistema se selecciona del grupo constituido por una célula, un
tejido o un sujeto.
54. El uso de la reivindicación 53, en el que
dicha célula, tejido o sujeto es una célula, tejido o sujeto de
mamífero.
55. El uso de la reivindicación 53, en el que
dicha célula, tejido o sujeto es una célula, tejido o sujeto
humano.
56. El uso del oligonucleótido de una cualquiera
de las reivindicaciones 2-15, 17-27
y 29-33, en la preparación de un medicamento para
inducir división mediada por RNasa H de un ARN objetivo en un
sistema, en el que dicho oligonucleótido toma contacto con dicho ARN
objetivo.
57. El uso de la reivindicación 56, en el que
dicha división mediada por RNasa H se efectúa por actividad de RNasa
H asociada con una transcriptasa inversa de un virus.
58. El uso de la reivindicación 57, en el que el
virus es un virus patógeno humano.
59. El uso de la reivindicación 58, en el que el
virus patógeno humano se selecciona del grupo constituido por HIV y
hepadnavirus.
60. El uso de la reivindicación 59, en el que el
HIV se selecciona del grupo constituido por HIV-1 y
HIV-2.
61. El uso de la reivindicación 59, en el que el
hepadnavirus es virus de la hepatitis B.
62. El uso de la reivindicación 56, en el que
dicha división mediada por RNasa H se efectúa por actividad de RNasa
H asociada con una enzima RNasa H de origen procariota o
eucariota.
63. El uso de la reivindicación 62, en el que la
RNasa H eucariota es una RNasa H de mamífero.
64. El uso de la reivindicación 63, en el que la
RNasa H eucariota es una RNasa H humana.
65. El uso de la reivindicación 64, en el que la
RNasa H humana se selecciona del grupo constituido por RNasa H1 y
RNasa H2.
66. El uso del oligonucleótido de una cualquiera
de las reivindicaciones 2-15ª, 17-27
y 29-33, en la preparación de un medicamento para
impedir o disminuir la traducción, transcripción inversa y/o
replicación de un ARN objetivo en un sistema, en el que:
- a)
- dicho ARN objetivo toma contacto con dicho oligonucleótido; y
- b)
- una RNasa H divide dicho ARN objetivo.
\vskip1.000000\baselineskip
67. El uso del oligonucleótido de una cualquiera
de las reivindicaciones 2-15, 17-27
y 29-33, en la preparación de un medicamento para
efectuar un procedimiento seleccionado del grupo constituido
por:
- (a)
- inducir división mediada por RNasa H de un ARN objetivo en un sistema;
- (b)
- impedir o disminuir la traducción de un ARN objetivo en un sistema;
- (c)
- impedir o disminuir la transcripción inversa de un ARN objetivo en un sistema;
- (d)
- impedir o disminuir la replicación de un ARN objetivo en un sistema;
- (e)
- detectar la presencia de un ARN objetivo en un sistema;
- (f)
- validar un objetivo génico correspondiente a un ARN objetivo en un sistema;
- (g)
- prevenir o tratar una enfermedad relacionada con un ARN objetivo en un sistema; y
- (h)
- cualquier combinación de (a) a (g),
en el que dicho oligonucleótido toma contacto
con dicho ARN objetivo.
\vskip1.000000\baselineskip
68. El uso del oligonucleótido de una cualquiera
de las reivindicaciones 2-15, 17-27
y 29-33, en la preparación de un medicamento para
efectuar un procedimiento seleccionado del grupo constituido
por:
- (a)
- inducir división mediada por RNasa H de un ARN objetivo en un sistema;
- (b)
- impedir o disminuir la traducción de un ARN objetivo en un sistema;
- (c)
- impedir o disminuir la transcripción inversa de un ARN objetivo en un sistema;
- (d)
- impedir o disminuir la replicación de un ARN objetivo en un sistema;
- (e)
- detectar la presencia de un ARN objetivo en un sistema;
- (f)
- validar un objetivo génico correspondiente a un ARN objetivo en un sistema;
- (g)
- prevenir o tratar una enfermedad relacionada con un ARN objetivo en un sistema; y
- (h)
- cualquier combinación de (a) a (g);
en el que dicho oligonucleótido se introduce en
dicho sistema.
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---|---|---|---|---|
US5898031A (en) * | 1996-06-06 | 1999-04-27 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Oligoribonucleotides for cleaving RNA |
US9096636B2 (en) * | 1996-06-06 | 2015-08-04 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Chimeric oligomeric compounds and their use in gene modulation |
US20050042647A1 (en) * | 1996-06-06 | 2005-02-24 | Baker Brenda F. | Phosphorous-linked oligomeric compounds and their use in gene modulation |
US7812149B2 (en) | 1996-06-06 | 2010-10-12 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | 2′-Fluoro substituted oligomeric compounds and compositions for use in gene modulations |
WO1999067378A1 (en) * | 1998-06-19 | 1999-12-29 | Mcgill University | ANTISENSE OLIGONUCLEOTIDE CONSTRUCTS BASED ON β-ARABINOFURANOSE AND ITS ANALOGUES |
US20090137510A1 (en) * | 2002-02-20 | 2009-05-28 | Sirna Therapeutics, Inc. | RNA INTERFERENCE MEDIATED INHIBITION OF NF-KAPPA B/ REL-A GENE EXPRESSION USING SHORT INTERFERING NUCLEIC ACID (siNA) |
US8258288B2 (en) * | 2002-02-20 | 2012-09-04 | Sirna Therapeutics, Inc. | RNA interference mediated inhibition of respiratory syncytial virus (RSV) expression using short interfering nucleic acid (siNA) |
EP3222726A1 (en) | 2002-08-05 | 2017-09-27 | Silence Therapeutics GmbH | Further novel forms of interfering rna molecules |
WO2004027030A2 (en) * | 2002-09-18 | 2004-04-01 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Efficient reduction of target rna’s by single- and double-stranded oligomeric compounds |
US9150606B2 (en) * | 2002-11-05 | 2015-10-06 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Compositions comprising alternating 2'-modified nucleosides for use in gene modulation |
AU2003290597A1 (en) * | 2002-11-05 | 2004-06-03 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Modified oligonucleotides for use in rna interference |
US9150605B2 (en) * | 2002-11-05 | 2015-10-06 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Compositions comprising alternating 2′-modified nucleosides for use in gene modulation |
US8569474B2 (en) | 2004-03-09 | 2013-10-29 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Double stranded constructs comprising one or more short strands hybridized to a longer strand |
US8394947B2 (en) | 2004-06-03 | 2013-03-12 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Positionally modified siRNA constructs |
EP1765416A4 (en) * | 2004-06-03 | 2010-03-24 | Isis Pharmaceuticals Inc | DOUBLE-STRANDED COMPOSITIONS COMPRISING DIFFERENTIALLY MODIFIED STRANDS FOR USE IN GENETIC MODULATION |
US7884086B2 (en) | 2004-09-08 | 2011-02-08 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Conjugates for use in hepatocyte free uptake assays |
BRPI0517387A8 (pt) | 2004-10-29 | 2017-07-11 | Topigen Pharmaceuticals Inc | Oligonucleotídeos anti-senso para o tratamento de alergia e proliferação de células neoplásicas |
WO2007028065A2 (en) | 2005-08-30 | 2007-03-08 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Chimeric oligomeric compounds for modulation of splicing |
EP2392645A1 (en) * | 2005-10-14 | 2011-12-07 | MUSC Foundation For Research Development | Targeting PAX2 for the induction of DEFB1-mediated tumor immunity and cancer therapy |
RU2008150373A (ru) | 2006-05-19 | 2010-06-27 | Топиджен Фармасьютикалз Инк. (Ca) | Олигонуклеотиды, влияющие на экспрессию фосфодиэстераз |
WO2009102427A2 (en) * | 2008-02-11 | 2009-08-20 | Rxi Pharmaceuticals Corp. | Modified rnai polynucleotides and uses thereof |
CA2724179A1 (en) | 2008-05-15 | 2009-11-19 | Topigen Pharmaceuticals Inc. | Oligonucleotides for treating inflammation and neoplastic cell proliferation |
WO2010008582A2 (en) | 2008-07-18 | 2010-01-21 | Rxi Pharmaceuticals Corporation | Phagocytic cell drug delivery system |
WO2010033247A2 (en) | 2008-09-22 | 2010-03-25 | Rxi Pharmaceuticals Corporation | Reduced size self-delivering rnai compounds |
WO2010059226A2 (en) | 2008-11-19 | 2010-05-27 | Rxi Pharmaceuticals Corporation | Inhibition of map4k4 through rnai |
US9493774B2 (en) | 2009-01-05 | 2016-11-15 | Rxi Pharmaceuticals Corporation | Inhibition of PCSK9 through RNAi |
US9745574B2 (en) | 2009-02-04 | 2017-08-29 | Rxi Pharmaceuticals Corporation | RNA duplexes with single stranded phosphorothioate nucleotide regions for additional functionality |
JP6060071B2 (ja) | 2010-03-24 | 2017-01-11 | アールエックスアイ ファーマシューティカルズ コーポレーション | 皮膚および線維症適用におけるrna干渉 |
US9080171B2 (en) | 2010-03-24 | 2015-07-14 | RXi Parmaceuticals Corporation | Reduced size self-delivering RNAi compounds |
EP2550001B1 (en) | 2010-03-24 | 2019-05-22 | Phio Pharmaceuticals Corp. | Rna interference in ocular indications |
EP4269584A3 (en) * | 2011-08-11 | 2024-03-27 | Ionis Pharmaceuticals, Inc. | Selective antisense compounds and uses thereof |
JP6772062B2 (ja) | 2013-12-02 | 2020-10-21 | フィオ ファーマシューティカルズ コーポレーションPhio Pharmaceuticals Corp. | 癌の免疫療法 |
US11279934B2 (en) | 2014-04-28 | 2022-03-22 | Phio Pharmaceuticals Corp. | Methods for treating cancer using nucleic acids targeting MDM2 or MYCN |
EP3188799B1 (en) | 2014-09-05 | 2022-07-06 | Phio Pharmaceuticals Corp. | Methods for treating aging and skin disorders using nucleic acids targeting tyr or mmp1 |
US11001845B2 (en) | 2015-07-06 | 2021-05-11 | Phio Pharmaceuticals Corp. | Nucleic acid molecules targeting superoxide dismutase 1 (SOD1) |
US10808247B2 (en) | 2015-07-06 | 2020-10-20 | Phio Pharmaceuticals Corp. | Methods for treating neurological disorders using a synergistic small molecule and nucleic acids therapeutic approach |
WO2017070151A1 (en) | 2015-10-19 | 2017-04-27 | Rxi Pharmaceuticals Corporation | Reduced size self-delivering nucleic acid compounds targeting long non-coding rna |
WO2018058006A1 (en) * | 2016-09-23 | 2018-03-29 | City Of Hope | Oligonucleotides containing 2'-deoxy-2'fluoro-beta-d-arabinose nucleic acid (2'-fana) for treatment and diagnosis of retroviral diseases |
US20210040481A1 (en) * | 2018-03-19 | 2021-02-11 | The Trustees Of The University Of Pennsylvania | 2'f-ana-let7 mediated utrophin upregulation for dmd therapy |
US11254945B2 (en) | 2018-07-06 | 2022-02-22 | The United States Of America, As Represented By The Secretary Of Agriculture | Targeted control of pests and pathogens by plant delivery of 2'F-ANA-oligonucleotides |
EP3856919A4 (en) * | 2018-09-26 | 2023-08-02 | AUM LifeTech, Inc. | 2' FANA MODIFIED FOXP3 ANTISENSE OLIGONUCLEOTIDES AND METHODS OF USE THEREOF |
CN114507663A (zh) * | 2020-11-16 | 2022-05-17 | 浙江柏拉阿图医药科技有限公司 | 寡核苷酸及其在抗乙型肝炎和丁型肝炎病毒中的应用 |
Family Cites Families (18)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US4806463A (en) | 1986-05-23 | 1989-02-21 | Worcester Foundation For Experimental Biology | Inhibition of HTLV-III by exogenous oligonucleotides |
US5194428A (en) | 1986-05-23 | 1993-03-16 | Worcester Foundation For Experimental Biology | Inhibition of influenza virus replication by oligonucleotide phosphorothioates |
US5264423A (en) | 1987-03-25 | 1993-11-23 | The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services | Inhibitors for replication of retroviruses and for the expression of oncogene products |
US5276019A (en) | 1987-03-25 | 1994-01-04 | The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services | Inhibitors for replication of retroviruses and for the expression of oncogene products |
US5004810A (en) | 1988-09-30 | 1991-04-02 | Schering Corporation | Antiviral oligomers |
US5098890A (en) | 1988-11-07 | 1992-03-24 | Temple University-Of The Commonwealth System Of Higher Education | Antisence oligonucleotides to c-myb proto-oncogene and uses thereof |
US5087617A (en) | 1989-02-15 | 1992-02-11 | Board Of Regents, The University Of Texas System | Methods and compositions for treatment of cancer using oligonucleotides |
US5955589A (en) * | 1991-12-24 | 1999-09-21 | Isis Pharmaceuticals Inc. | Gapped 2' modified oligonucleotides |
US5166195A (en) | 1990-05-11 | 1992-11-24 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Antisense inhibitors of the human immunodeficiency virus phosphorothioate oligonucleotides |
US5135917A (en) | 1990-07-12 | 1992-08-04 | Nova Pharmaceutical Corporation | Interleukin receptor expression inhibiting antisense oligonucleotides |
WO1994008003A1 (en) * | 1991-06-14 | 1994-04-14 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | ANTISENSE OLIGONUCLEOTIDE INHIBITION OF THE ras GENE |
US5539082A (en) | 1993-04-26 | 1996-07-23 | Nielsen; Peter E. | Peptide nucleic acids |
US5985558A (en) * | 1997-04-14 | 1999-11-16 | Isis Pharmaceuticals Inc. | Antisense oligonucleotide compositions and methods for the inibition of c-Jun and c-Fos |
AUPM516994A0 (en) | 1994-04-20 | 1994-05-12 | Gene Shears Pty. Limited | An in vivo gene expression system |
WO1999050409A1 (en) | 1998-04-01 | 1999-10-07 | Hybridon, Inc. | Mixed-backbone oligonucleotides containing pops blocks to obtain reduced phosphorothioate content |
WO1999067378A1 (en) * | 1998-06-19 | 1999-12-29 | Mcgill University | ANTISENSE OLIGONUCLEOTIDE CONSTRUCTS BASED ON β-ARABINOFURANOSE AND ITS ANALOGUES |
US6277967B1 (en) * | 1998-07-14 | 2001-08-21 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Carbohydrate or 2′-modified oligonucleotides having alternating internucleoside linkages |
AU8944801A (en) * | 2000-09-06 | 2002-03-22 | Univ Mcgill | Chimeric antisense of arabinofuranose analogue and deoxyribose nucleotides |
-
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