ES2243461T3 - Compuestos de 3-(pirolillactona) -2-indolinona como inhibidores quinasa. - Google Patents

Compuestos de 3-(pirolillactona) -2-indolinona como inhibidores quinasa.

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ES2243461T3
ES2243461T3 ES01913094T ES01913094T ES2243461T3 ES 2243461 T3 ES2243461 T3 ES 2243461T3 ES 01913094 T ES01913094 T ES 01913094T ES 01913094 T ES01913094 T ES 01913094T ES 2243461 T3 ES2243461 T3 ES 2243461T3
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Peng Cho Tang
Todd A. Miller
Xiaoyuan Li
Ruofei Zhang
Jingrong Cui
Ping Huang
Chung Chen Wei
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Abstract

Un compuesto de **fórmula**, donde cada R1 es independientemente y opcionalmente seleccionado del grupo formado por: (i) hidrógeno; (ii)alquilo saturado formado por una cadena ramificada o simple de uno a cinco átomos de carbono; (iii) un anillo aromático mono o bicíclico C6-C12, o un anillo heteroaromático que contiene de 5 a 10 átomos en el anillo, donde uno, dos o tres átomos del anillo son seleccionados del grupo formado por nitrógeno, oxígeno o azufre. Los átomos del anillo restante son carbono, opcionalmente sustituidos con uno, dos o tres sustituyentes independientemente seleccionados del grupo formado por alquilo C1-C18, alcoxi C1-C4, halógeno, trihalometilo, -NH2, -NO2, -(R)n-COOH y -(R)n-COOR'', donde R y R'' son independientemente seleccionados del grupo formado por alquilo saturado o insaturado C1-C10 y un anillo aromático de cinco o seis miembros o anillo heteroaromático, y donde n es 0 ó 1; (iv)un alcohol de fórmula -(X1)n1-OH ó un alcoxialquilo de fórmula -(X2)n2-O-X3, donde X1, X2, y X3 son independientemente seleccionados del grupo formado por un alquilo que comprende una cadena ramificada o simple de uno a cinco átomos de carbono y un anillo aromático de seis miembros; y nl y n2 son independientemente 0 ó 1; (v) un halógeno; (vi) un ácido carboxílico de fórmula -(X4)n4-COOH ó éster de fórmula -(X5)n5-COO-X6, donde X4, X5, y X6 son independientemente seleccionados del grupo formado por un alquilo que comprenda una cadena ramificada o simple de uno a cinco átomos de carbono, y n4 y n5 son independientemente 0 ó 1; (vii) una amida de fórmula -(X7)n7-NHCOX8, o de fórmula -(X9)n9-CONX10X11, donde X7 y X9 son cada uno independientemente un alquilo que comprenda una cadena ramificada o simple de uno a cinco átomos de carbono, n7 y n9 son independientemente 0 ó 1.

Description

Compuestos de 3-(pirolillactona)-2-indolinona como inhibidores quinasa.
Referencia cruzada
Esta solicitud reivindica prioridad bajo 35 U.S.C. 119(e) a la Solicitud Provisional con nº de serie 60/185.536, archivada el 28 de Febrero del 2000.
Campo de la invención
La invención se refiere a ciertos compuestos de indolinona, su método de síntesis, y al uso de dichos compuestos en la elaboración de un medicamento para el tratamiento de una enfermedad mediada por una protein quinasa.
Estado de la materia
La descripción siguiente del antecedente de la invención se proporciona para ayudar a comprender la invención, pero no se admite que describa o constituya la materia previa de la invención.
La transducción de señal celular es un mecanismo fundamental por el que se transmite la estimulación extracelular al interior de las células y subsiguientemente regula diversos procesos celulares. Uno de los mecanismos bioquímicos claves de la transducción de señal implica la fosforilación reversible de proteínas. La fosforilación de polipéptidos regula la actividad de proteínas maduras alterando su estructura y función. El fosfato generalmente se encuentra en la fracción del hidroxilo de la serina, treonina, o aminoácidos de tirosina en las proteínas.
Los enzimas que median en la fosforilación de los efectores celulares normalmente se clasifican en dos clases. La primera clase consta de protein quinasas que transfieren un fosfato de la adenosina trifosfato a sustratos proteicos. La segunda clase consta de protein fosfatasas que hidrolizan fosfatos de sustratos proteicos fosforilo. Las funciones de conversión de protein quinasas y protein fosfatasas equilibran y regulan el flujo de señales en los procesos de transducción de señal.
Las protein quinasas y protein fosfatasas generalmente se dividen en dos grupos -proteínas tipo receptor y tipo no receptor. La mayoría de protein fosfatasas tipo receptor contiene dos dominios catalíticos conservados, cada uno de los cuales abarca un segmento de 240 residuos aminoacídicos (Saito et al., 1991, Cell Growth and Diff. 2:59-65). Las protein fosfatasas receptoras pueden además subclasificarse en base a la diversidad de secuencias aminoacídicas de sus dominios extracelulares (Saito et al., supra; Krueger et al., 1992, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89:7417-7421).
Las protein quinasas y protein fosfatasas generalmente también se dividen en tres clases dependiendo de los aminoácidos sobre los que actúan. Algunas catalizan la adición o hidrólisis de fosfato sobre la serina o treonina solamente, algunas catalizan la adición o hidrólisis de fosfato en la tirosina solamente, y algunas catalizan la adición o hidrólisis de fosfato sobre serina, treonina, y tirosina.
Las quinasas pueden regular la actividad catalítica de otras protein quinasas implicadas en la proliferación celular. Las protein quinasas con actividad inapropiada también están implicadas en algunos tipos de cáncer. Los niveles anormalmente elevados de proliferación celular están asociados a las protein quinasas receptoras y no receptoras con actividad no regulada.
Además de su papel en la proliferación celular, se cree que las protein quinasas están implicadas en los procesos de diferenciación celular. La diferenciación celular tiene lugar en algunas células sobre la estimulación del factor de crecimiento nervioso (NGF) o del factor de crecimiento epidermal (EGF). La diferenciación celular se caracteriza por un encrespamiento rápido de la membrana, un aplanamiento celular, y un incremento en la adhesión celular (Chao, 1992, Cell 68:995-997).
En un esfuerzo por descubrir los tratamientos nuevos del cáncer y otras enfermedades, investigadores biomédicos y químicos han diseñado, sintetizado, y probado moléculas que inhiben la función de las protein quinasas. Algunas moléculas orgánicas pequeñas forman una clase de compuestos que modula la función de las protein quinasas. Ejemplos de moléculas que se ha descubierto que inhiben la función de las protein quinasas son compuestos arilo bis-monocíclicos, bicíclicos o heterocíclicos (PCT WO 92/20642), derivados vinileno-azaindole (PCT WO 94/14808), 1-ciclopropil-4-piridil-quinolonas (Patente Estadounidense nº 5.217.999, y titulada ``Styryl Compounds which Inhibit EGF Receptor Protein Tyrosine Kinase), compuestos piridilo estiril sustituidos (Patente Estadounidense nº 5.302.606), ciertos derivados quinazolina (Solicitud PE nº 0 566 266 A1), seleoindoles y selenidas (PCT WO 94/03427), compuestos tricíclicos polihidroxiílicos (PCT WO 92/21660), y compuestos de ácido benzilfosfónico (PCT WO 91/15495).
Los compuestos que pueden atravesar membranas celulares y son resistentes a la hidrólisis ácida son potencialmente terapéuticos ventajosos ya que pueden llegar a ser altamente biodisponibles tras ser administrados oralmente a pacientes. Sin embargo, muchos de los inhibidores de protein quinasa sólo inhiben débilmente la función de las protein quinasas. Además, muchos inhiben varias protein quinasas, y por lo tanto, causarán múltiples efectos adversos como terapéuticos para enfermedades.
A pesar del progreso significativo que se ha hecho en el desarrollo de compuestos para el tratamiento del cáncer,todavía existe en la materia la necesidad de identificar las estructuras particulares y los patrones de sustitución que forman los compuestos capaces de modular la función de las protein quinasas concretas. La presente invención satisface esta necesidad.
Resumen de la invención
La presente invención está dirigida a ciertos compuestos de indolinona y al uso de dichos compuestos en la elaboración de un medicamento para el tratamiento de una enfermedad mediada por una protein quinasa.
Así, en un primer aspecto, la invención proporciona un compuesto de Fórmula (I):
1
donde:
(a)
cada R_{1} es independiente y opcionalmente seleccionado del grupo compuesto por:
(i)
hidrógeno;
(ii)
alquilo saturado que comprende una cadena simple o ramificada de uno a cinco átomos de carbono;
(iii)
un anillo aromático C_{6}-C_{12}, mono o bicíclico, o anillo heteroaromático que contiene de 5 a 10 átomos en el anillo, donde uno, dos o tres átomos del anillo son seleccionados del grupo compuesto por nitrógeno, oxígeno o azufre, siendo los restantes átomos del anillo átomos de carbono, opcionalmente sustituidos con uno, dos o tres sustituyentes independientemente seleccionados del grupo compuesto por un alquilo C_{1}-C_{10}, alcoxi C_{1}-C_{4}, halógeno, trihalometilo, -NH2, -NO2, -(R)_{n}-COOH y -(R)_{n}-COOR', donde R y R' son independientemente seleccionados del grupo compuesto por alquilo C_{1}-C_{10} insaturado y un anillo aromático o heteroaromático de cinco-seis miembros, y donde n es 0 ó 1;
(iv)
un alcohol de fórmula -(X_{1})n_{1}-OH ó un alcoxialquilo de fórmula -(X_{2})n_{2}-O-X_{3}, donde X_{1}, X_{2}, y X_{3} son independientemente seleccionados del grupo compuesto por un alquilo que comprende una cadena simple o ramificada de uno a cinco átomos de carbono y un anillo aromático de 6 miembros; y n_{1} y n_{2} son independientemente 0 ó 1;
(v)
un halógeno;
(vi)
un ácido carboxílico de fórmula -(X_{4})n_{4}-COOH o un éster de fórmula -(X_{5})n_{5}-COO-X_{6}, donde X_{4}, X_{5}, y X_{6} son independientemente seleccionados del grupo compuesto por un alquilo que comprenda una cadena simple o ramificada de uno a cinco átomos de carbono, y n_{4} y n_{5} son independientemente 0 ó 1;
(vii)
una amida de fórmula -(X_{7})n_{7}-NHCOX_{8}, o de fórmula -(X_{9})n_{9}-CONX_{10}X_{11}, donde X_{7} y X_{9} son cada uno, independientemente, un alquilo que comprende una cadena simple o ramificada de uno a cinco átomos de carbono, y n_{7} y n_{9} son independientemente 0 ó 1; y donde X_{8}, X_{10} y X_{11} son cada uno independientemente hidrógeno o un alquilo que comprende una cadena simple o ramificada de uno a cinco átomos de carbono; o donde X_{10} y X_{11} forman juntos un anillo alifático o heteroalifático de cinco o seis miembros o un anillo bicíclico fusionado;
(viii)
una sulfonamida de fórmula -(X_{12})n_{12}-SO_{2}NX_{13}X_{14}, donde X_{12} es un alquilo que comprende una cadena simple o ramificada de uno a cinco átomos de carbono; n_{12} es 0 ó 1; y X_{13} y X_{14} son independientemente seleccionados del grupo compuesto por hidrógeno, alquilo C_{1}-C_{10}, y un anillo de cinco o seis miembros, aromático, heteroaromático, alifático, o heteroalifático, donde el alquilo y cada anillo es opcionalmente sustituido con uno, dos o tres sustituyentes independientemente seleccionados del grupo compuesto por un alquilo C_{1}-C_{10}, hidroxi, halógeno, trihalometilo, -NH_{2}, -NO_{2}, -(R)n-COOH y -(R)n-COOR', donde R y R' son independientemente seleccionados del grupo compuesto por alquilo C_{1}-C_{10} saturado o insaturado y un anillo aromático o heteroaromático de cinco o seis miembros, y donde n es 0 ó 1; o donde X_{13} y X_{14} forman un anillo de cinco o seis miembros, alifático o heteroalifático, o un anillo bicíclico fusionado, opcionalmente sustituido con uno, dos o tres sustituyentes independientemente seleccionados del grupo compuesto por un alquilo C_{1}-C_{10}, halógeno, trihalometilo, -NH_{2}, -NO_{2}, -(R)n-COOH y -(R)n-COOR', donde R y R' son independientemente seleccionados del grupo compuesto por un alquilo saturado o insaturado C_{1}-C_{10} y un anillo de cinco o seis miembros, aromático o heteroaromático, y donde n es 0 ó 1;
(ix)
una amina de fórmula -(X_{16})n_{16}-NX_{17}X_{18}, donde X_{16} es un alquilo que comprende una cadena simple o ramificada de uno a cinco átomos de carbono; n_{16} es 0 ó 1; y X_{17} y X_{18} son independientemente seleccionados del grupo compuesto por hidrógeno, alquilo C_{1}-C_{10} saturado o insaturado, y un anillo de cinco o seis miembros, heteroaromático, o alifático donde cada anillo es opcionalmente sustituido con uno, dos o tres sustituyentes independientemente seleccionados del grupo compuesto por un alquilo C_{1}-C_{10}, halógeno, trihalometilo, -NH_{2}, -NO_{2}, -(R)n-COOH y -(R)n-COOR', donde R y R' son independientemente seleccionados del grupo compuesto por un alquilo saturado o insaturado C_{1}-C_{10} y un anillo de cinco o seis miembros aromático o heteroaromático, y donde n es 0 ó 1;
(x)
dos grupos R1 adyacentes junto con dos A, B, D, o E adyacentes forman un anillo de cinco o seis miembros alifático o heteroalifático.
(b)
R_{2}, R_{3} y R_{4} son hidrógeno.
(c)
R_{5} es seleccionado del grupo compuesto por hidrógeno y alquilo C_{1}-C_{10} saturado o insaturado.
(d)
A, B, D y E son cada uno independientemente carbono o nitrógeno; a condición de que ninguno, uno o dos del grupo A, B, D, y E sea nitrógeno; y a condición de que cuando cualquiera de A, B, D o E sea nitrógeno, R_{1} no se una a dichos A, B, D o E;
(e)
G es nitrógeno u oxígeno, con la condición de que cuando G sea oxígeno, R_{5} esté ausente.
(f)
m es 2, 3, ó 4; y
(g)
q es 1 ó 2 o una sal farmacéuticamente aceptable.
En un segundo aspecto está invención esta dirigida a una composición farmacéutica que comprende uno o más compuesto(s) de fórmula (I) o una sal farmacéuticamente aceptable de los mismos y un excipiente farmacéuticamente aceptable.
En un tercer aspecto, esta invención esta dirigida al uso de dichos compuestos en la elaboración de un medicamento para el tratamiento de una enfermedad mediada por una protein quinasa. Tales enfermedades incluyen a forma de ejemplo, pero no exclusivamente, cáncer, diabetes, cirrosis hepática, enfermedades cardiovasculares tales como arteriosclerosis, angiogénesis, enfermedades inmunológicas tales como enfermedad autoinmune y enfermedad renal. Aunque no se limite a una protein quinasa en particular, se cree que los compuestos de la invención son selectivos para protein quinasas CDK2 sobre otras quinasas tales como FLK, FGFR, EGFR, PDGFR, y SRC.
En un cuarto aspecto, esta invención está dirigida a un método para modular la actividad catalítica de los PK, en particular, tirosin quinasas receptoras (RTK), protein tirosin quinasas no receptoras (CTK) y serina/treonina protein quinasas (STK), usando un compuesto de esta invención que se puede llevar a cabo in vitro. En particular, la protein quinasa receptora cuya actividad catalítica se modula por un compuesto de esta invención se selecciona del grupo que incluye EGF, HER2, HER3, HER4, IR, IGF-1R, IRR, PDGFR\alpha, PDGFR\beta, CSFIR, C-Kit, C-fms, Flk-1R, Flk4, KDR/FLk-1, Flt-1, FGFR-1R, FGFR-2R, FGFR-3R y FGFR-4R. La tirosin quinasa celular, cuya actividad catalítica se modula por un compuesto de esta invención, se selecciona del grupo compuesto por Src, Frk, Btk, Csk, Abl, ZAP70, Fes/Fps, Fak, Jak, Ack, Yes, Fyn, Lyn, Lck, Blk, Hck, Fgr y Yrk. La serina-treonina protein quinasa, cuya actividad catalítica se modula por un compuesto de esta invención, se selecciona del grupo compuesto por CDK2 y Raf.
En un quinto aspecto, esta invención está dirigida al uso de un compuesto de Fórmula (I) en la preparación de un medicamento útil en el tratamiento de una enfermedad mediada por una actividad protein quinasa anormal.
Descripción detallada de la invención Definiciones
A menos que se indique lo contrario, los siguientes términos utilizados en la especificación y las reivindicaciones tienen los significados descritos seguidamente:
Tal como se usa aquí, el término "alquilo" se refiere a un grupo hidrocarburo alifático. La fracción alquilo puede ser un grupo "alquilo saturado", lo que significa que no contiene ninguna fracción de alqueno o alquino. La fracción alquilo puede ser también una fracción de "alquilo insaturado", lo que significa que contiene como mínimo una fracción de alqueno o alquino. Una fracción "alqueno" se refiere a un grupo compuesto por al menos dos átomos de carbono y al menos un doble enlace carbono-carbono, y una fracción "alquino" se refiere a un grupo compuesto por al menos dos átomos de carbono y al menos un triple enlace carbono-carbono. La fracción alquilo, sea saturada o insaturada, puede ser ramificada, no ramificada o cíclica.
El grupo alquilo tiene de 1 a 10 átomos de carbono (cuando aparezca en adelante un rango numérico como "1 a 10" se refiere a cada número entero en ese rango; por ejemplo "1 a 10 átomos de carbono" significa que el grupo alquilo puede contener 1 átomo de carbono, 2 átomos de carbono, 3 átomos de carbono, etc., hasta los 10 átomos de carbono incluidos). Preferentemente se trata de un alquilo "inferior" con de 1 a 4 átomos de carbono, por ejemplo, metilo, etilo, propilo, isopropilo, n-butilo, terc-butilo, iso-butilo. El grupo alquilo puede estar sustituido o no sustituido. Cuando es sustituido, los grupos sustituyentes son preferiblemente uno o más grupos seleccionados individual e independientemente de hidroxi, alcoxi, mercapto, alquiltio, ciano, halo, carbonil, nitro y amino.
El término "aromático" se refiere a un grupo aromático mono o bicíclico de 6 a 12 átomos de carbono que tiene al menos un anillo con un sistema de electrones pi conjugado, por ejemplo, los grupos antraceno, fenil o naftil.
El término "heteroaromático" se refiere a un grupo aromático mono o bicíclico de 5 a 10 átomos en el anillo donde uno, dos o tres átomos del anillo pertenecen al grupo formado por nitrógeno, oxígeno o azufre, siendo de carbono el resto de átomos del anillo, por ejemplo, piridina, pirrol, tiofeno, indol, imidazol, quinolina, isoquinolina, pirazina, furano, pirimidina, oxazol, triazol, pirazol y similares.
El término "anillo alifático" se refiere al grupo cíclico saturado de 3 a 10 átomos de carbono, por ejemplo ciclopropano, ciclobutano, ciclopentano, ciclohexano y similares.
El término "anillo heteroalifático" se refiere a un grupo cíclico saturado de 5 a 10 átomos en el anillo donde uno, dos o tres átomos pertenecen al grupo compuesto por nitrógeno, azufre, sulfóxido, sulfona, grupo -SO_{2}O u oxígeno, siendo carbono el resto de átomos del anillo, por ejemplo, tetrahidropirano, piperidina, pirrolidina, piperazina, morfolina y similares.
El término "amina" se refiere a una fracción química de fórmula -NR_{a}R_{b}, donde R_{a} y R_{b} son seleccionados independientemente del grupo compuesto por hidrógeno, alquilo saturado o instaurado, y anillos aromáticos de cinco o seis miembros, así como anillos heteroaromáticos, donde el anillo puede ser sustituido con uno, dos o tres sustituyentes de forma independiente seleccionados del grupo compuesto por fracciones alquilo, halógeno, trihalometilo, carboxilato, nitro y éster.
El término "halógeno" se refiere a un átomo del grupo compuesto por flúor, cloro, bromo y yodo.
El término "trihalometil" se refiere al grupo -CX_{3}, donde X es un halógeno, por ejemplo el trifluorometilo.
El término "ácido carboxílico" o "carboxilato" se refiere a una fracción química de fórmula -(R)_{n}-COOH, donde R forma parte del grupo compuesto por alquilos saturados e instaurados y los anillos aromáticos de cinco o seis miembros, así como los anillos heteroaromáticos, y donde n es 0 ó 1.
El término "éster" se refiere a una fracción química de fórmula -(R)_{n}-COOR', donde R y R' son seleccionados independientemente del grupo compuesto por alquilos saturados o insaturados y anillos aromáticos o anillos heteroaromáticos de cinco o seis miembros y donde n es 0 ó 1.
El término "aldehído" se refiere a una fracción química con fórmula -(R)_{n}-CHO, donde R es seleccionada de un grupo compuesto por alquilo saturado o insaturado y anillos aromáticos de cinco o seis miembros o anillosheteroaromáticos y donde n es 0 ó 1.
El término "alcoxi" se refiere al grupo -OR_{c}, donde R_{c} es un alquilo inferior sin sustituir, por ejemplo metoxi, etoxi, propoxi, butoxi y similares.
El término "anillo bicíclico fusionado" se refiere al anillo heteroalifático de cinco o seis miembros fusionado con un anillo aromático o heteroaromático. Un ejemplo no limitante de un anillo bicíclico fusionado es:
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"opcional" u "opcionalmente" significa que el hecho o circunstancia descritos posteriormente pueden, pero no necesariamente, ocurrir y que la descripción incluye ejemplos donde la situación o circunstancia ocurre y ejemplos donde no ocurre. En el caso "grupo alquilo opcionalmente sustituido con halógeno", eso significa que el halógeno puede estar presente o no, y la descripción incluye situaciones donde el grupo alquilo está sustituido con un grupo halógeno y situaciones donde el grupo alquilo no está sustituido con el grupo halógeno.
Los compuestos que tienen la misma fórmula molecular pero difieren en la naturaleza o secuencia de la unión de sus átomos o la organización de sus átomos en el espacio son llamados "isómeros". Los isómeros que se diferencian por la organización de sus átomos en el espacio se llaman "estereoisómeros". Los estereoisómeros que no son imágenes especulares entre ellos se llaman "diastereómeros" y aquéllos que no son imágenes superponibles entre sí se llaman "enantiómeros". Cuando un compuesto tiene un centro asimétrico, por ejemplo, está unido a cuatro grupos diferentes, se hace posible la existencia de un par de enantiómeros. Un enantiómero puede caracterizarse por la configuración absoluta de su centro asimétrico y viene descrito por las leyes de secuenciación R- y S- de Cahn y Prelog, o por la manera en la que la molécula rota el plano de la luz polarizada y es designada como dextrógira o levógira (p.ej., como isómeros (+) o (-) respectivamente). Un compuesto quiral puede existir como enantiómero individual o como una mezcla. Una mezcla que contenga proporciones iguales de enatiómeros recibe el nombre de "mezcla racémica".
Los compuestos de esta invención pueden contener uno o más centros asimétricos. Estos compuestos pueden, por tanto, producirse como estereoisómeros (R)- o (S)- individuales o como mezclas de los mismos. Por ejemplo, si el sustituyente R^{1} en un compuesto de Fórmula (I) es 2-metoxietilo, entonces el carbono al que se une el grupo metoxi es un centro asimétrico y, por lo tanto, el compuesto de Fórmula (I) puede existir como estereoisómero (R)- o (S)-. A menos que se indique lo contrario, la descripción y nomenclatura de compuestos particulares en las especificaciones y reivindicaciones pretende incluir tanto los enantiómeros individuales como las mezclas, ya sean racémicas o no, de los mismos. Los métodos para la determinación de estereoquímica y la separación de estereoisómeros son conocidas en la materia (ver discussion en el capítulo 4 de "Advanced Organic Chemistry", 4ª edición J. March, John Wiley e hijos, Nueva York, 1992).
Los compuestos de Fórmula (I) pueden mostrar los fenómenos de tautomerismo y de isomerismo estructural. Por ejemplo, los compuestos que aquí se describen pueden adoptar la configuración E o la Z en el enlace doble entre la fracción 2-indolinona y la fracción pirrol, o pueden ser una mezcla de E y Z. Esta invención incluye cualquier forma isomérica estructural o tautomérica, y las mezclas de los mismos, que tienen la capacidad de modular la actividad RTK, CTK y/o STK, y no está limitada a una sola forma isomérica estructural o tautomérica.
Una "composición farmacéutica" se refiere a la mezcla de uno o más compuestos aquí descritos, o sales fisiológicamente/farmacéuticamente aceptables o las profármacos de las mismas, con otros compuestos químicos, tales como excipientes y portadores fisiológicamente/farmacéuticamente aceptables. El propósito de una composición farmacéutica es facilitar la administración de un compuesto a un organismo.
Tal como se usa aquí, un "vehículo farmacéuticamente aceptable" se refiere a un vehículo o diluyente que no provoca irritación significativa en un organismo y no anula la actividad y las propiedades biológicas del compuesto administrado.
Un "excipiente farmacéuticamente aceptable" se refiere a una sustancia inerte añadida a una composición farmacéutica para facilitar la administración de un compuesto. Ejemplos, sin limitación, de excipientes pueden ser el carbonato de calcio, el fosfato de calcio, varios azúcares y tipos de almidón, derivados de la celulosa, gelatina, aceites vegetales y glicoles polietilenos.
Tal como se usa aquí, el término "sal farmacéuticamente aceptable" se refiere a aquellas sales que retienen la efectividad y las propiedades biológicas del compuesto del que proceden. Estas sales incluyen:
(i) sal de adición ácida, que se obtiene por reacción de la base libre del compuesto padre con ácidos inorgánicos como el ácido clorhídrico, ácido bromhídrico, ácido nítrico, ácido fosfórico, ácido sulfúrico, ácido perclórico y similares, o con ácidos orgánicos como el ácido acético, ácido oxálico, ácido málico (D) o (L), ácido maleico, ácido metanosulfónico, ácido etanosulfónico, ácido p-toluenosulfónico, ácido salicílico, ácido tartárico, ácido cítrico, ácido succínico, ácido masónico y similares, preferiblemente ácido clorhídrico o ácido (L)-málico como la sal L-malato del ácido 5-(5-fluoro-2-oxo-1,2-dihidroindol-3-ilidenometil)-2,4-dimetil-1H-pirrol-3-carboxilico y la (2-dietilaminoetil)amida; o
(ii) sales formadas cuando un protón acídico presente en el compuesto padre es o bien reemplazado por un ión metálico (p.ej. un ión álcali metálico, un ión alcalinotérreo, o un ión de aluminio) o se coordina con una base orgánica como la etanolamina, dietanolamina, trietanolamina, trometamina, N-metilglucamina, y similares.
"PK" se refiere al receptor tirosin quinasa (RTK), tirosin quinasa no receptor o "celular" (CTK) y serina-treonin quinasa (STK).
"Modulación" o "modulante" se refiere a la alteración de la actividad catalítica de las protein quinasas, en particular la quinasa CDK2. Concretamente, modulante se refiere a la activación de la actividad catalítica, preferiblemente la activación o inhibición de la actividad catalítica de protein quinasas, en particular CDK2, dependiendo de la concentración del compuesto o sal a la que se expone la protein quinasa, en particular la quinasa CDK2, o preferiblemente, la inhibición de la actividad catalítica de las protein quinasas, en particular la quinasa CDK2.
"Cantidad terapéuticamente efectiva" se refiere a la cantidad de compuesto administrado que mitigará, en parte, uno o más de los síntomas de la enfermedad tratada. Con referencia al tratamiento contra el cáncer, una cantidad terapéuticamente efectiva se refiere a la cantidad que tiene el efecto de:
(1) reducir el tamaño del tumor;
(2) inhibir (esto es, ralentizar hasta cierto punto, preferiblemente parar) la metástasis del tumor;
(3) inhibir (esto es, ralentizar hasta cierto punto, preferiblemente parar) el crecimiento del tumor; y/o
(4) mitigar, hasta cierto punto (preferiblemente eliminar) uno o más síntomas asociados con el cáncer.
El término "función" se refiere al papel celular de la protein quinasa. La familia protein quinasa incluye miembros que regulan muchos pasos de las cascadas de señalización, incluyendo cascadas del control del crecimiento celular, migración, diferenciación, expresión genética, contracción muscular, metabolismo de la glucosa, síntesis proteica celular y regulación del ciclo celular.
El término "actividad catalítica", en el contexto de la invención, define el ritmo al que la protein quinasa fosforila un sustrato. La actividad catalítica puede medirse, por ejemplo, determinando la cantidad de sustrato convertido en producto en función del tiempo. La fosforilación de un sustrato ocurre en el centro activo de la protein quinasa. El centro activo es normalmente una cavidad en la que el sustrato se une a la protein quinasa y es fosforilado.
El término "sustrato", tal como se usa aquí, se refiere a una molécula fosforilada por una protein quinasa. El sustrato es preferiblemente un péptido y preferentemente una proteína.
El término "activar" se refiere a incrementar la función celular de una protein quinasa. La función de la protein quinasa es preferiblemente la interacción con una pareja de unión natural y preferentemente la actividad catalítica.
El término "inhibir" se refiere a disminuir la función celular de una protein quinasa. La función de la protein quinasa es preferiblemente la interacción con una pareja de unión natural y preferentemente la actividad catalíti-
ca.
El término "modular" se refiere a alterar la función de una protein quinasa incrementando o disminuyendo la probabilidad de que se forme un complejo entre una protein quinasa y una pareja de unión. Un modulador preferiblemente aumenta la probabilidad de que esos complejos se formen entre las protein quinasas y las parejas de unión, y preferentemente aumentan o disminuyen la probabilidad de que un complejo se forme entre la protein quinasa y la pareja de unión en función de la concentración del compuesto expuesto a la protein quinasa. Idóneamente disminuye la probabilidad de que un complejo se forme entre la protein quinasa y su pareja de unión. Un modulador preferiblemente activa la actividad catalítica de una protein quinasa, pero preferentemente activa o inhibe la actividad catalítica de una protein quinasa en función de la concentración del compuesto expuesto a la protein quinasa, e idóneamente inhibe la actividad catalítica de la protein quinasa.
El término "complejo" se refiere a la unión de por lo menos dos moléculas ligadas entre si. Los complejos de transducción de la señal a menudo contienen por lo menos dos moléculas proteicas ligadas entre si.
El término "pareja de unión" se refiere al compuesto que se une a la protein quinasa en las células. Las parejas de unión pueden jugar un papel importante en la propagación de la señal en el proceso de transducción de señal de la protein quinasa. Un cambio en la interacción entre la protein quinasa y su pareja de unión puede manifestarse como un aumento o disminución en la probabilidad de que se cree una interacción, o un aumento o descenso de la concentración de los complejos de protein quinasa/pareja de unión. Una pareja de unión puede ser una pareja de unión natural, en cuyo caso la pareja de unión es la que se une a la protein quinasa durante la función celular normal. Sin embargo, otras moléculas que se unen a la protein quinasa son también parejas de unión de la protein quinasa.
Una pareja de unión de la protein quinasa puede unirse a la región intracelular de la protein quinasa con una gran afinidad. La alta afinidad representa una constante de unión en equilibrio del orden de 10^{-6}M o menos. Además, una pareja de unión natural puede también interactuar de forma transitoria con la región intracelular de la protein quinasa y modificarla químicamente. Las parejas de unión naturales de la protein quinasa pertenecen a un grupo que incluye, pero no exclusivamente, los dominios SH2 y SH3 (de homología al dominio 2 y 3 de la proteína SRC), otros dominios de unión a fosforiltirosina (PTB), factores de cambio de nucleótidos de guanina, fosfatasas proteicas, y otras protein quinasas. Existen métodos para determinar los cambios en las interacciones entre las protein quinasas y sus parejas de unión natural.
El término "contactar", tal como se usa aquí, se refiere a mezclar una solución que contiene un compuesto de la invención con un medio líquido bañando las células del método. La solución que contiene el compuesto puede contener también otro componente, como el dimetilsulfóxido (DMSO), que facilita la absorción del compuesto o compuestos a dentro de la célula del método. La solución que contiene el compuesto de la invención puede añadirse al medio que baña las células utilizando un dispositivo de dispensación, basado en pipetas o en jeringas.
Los compuestos de la invención modulan preferiblemente la actividad de la protein quinasa in vitro. Estos componentes preferiblemente muestran resultados positivos en uno o más ensayos in vitro para una actividad correspondiente al tratamiento de la enfermedad o trastorno en cuestión (como los ensayos descritos en los ejemplos posteriores).
La invención también pone de relieve un método para identificar compuestos que modulan la función de la protein quinasa, cuyos pasos son: (a) contactar células que expresan la protein quinasa con el compuesto; y (b) monitorizar el efecto sobre las células. El efecto sobre las células es preferiblemente un cambio o ausencia de cambio en el fenotipo de la célula, preferentemente es un cambio o ausencia de cambio en la proliferación celular, de forma aún más preferente es un cambio o ausencia de cambio en la actividad catalítica de la protein quinasa, e idóneamente es un cambio o ausencia de cambio en la interacción entre la protein quinasa con una pareja de unión natural, como aquí se describe.
El término "monitorizar" se refiere a observar el efecto de la adición de compuestos a las células del método. El efecto puede manifestarse en un cambio en el fenotipo celular, proliferación celular, actividad catalítica de la protein quinasa, o en la interacción entre la protein quinasa y su pareja de unión natural.
El término "efecto" describe un cambio o ausencia de cambio en el fenotipo celular o proliferación celular. "Efecto" también puede describir un cambio o ausencia de cambio en la actividad catalítica de la protein quinasa. "Efecto" también puede describir un cambio o ausencia de cambio en la interacción entre la protein quinasa y su pareja de unión natural.
El término "fenotipo celular" se refiere a la apariencia exterior de una célula o tejido, o la función de la célula o tejido. Ejemplos de fenotipos celulares son el tamaño celular (reducción o aumento), proliferación celular (aumento o disminución en el número de células), diferenciación celular (cambio o ausencia de cambio en la forma celular), supervivencia celular, apoptosis (muerte celular) o la utilización de un nutriente metabólico (p.ej. absorción de glucosa). Actualmente es posible medir los cambios o la ausencia de cambios en el fenotipo celular mediante técnicas conocidas en este campo.
En una realización preferida, la invención pone de relieve un método para identificar los compuestos de la invención, siguiendo los siguientes pasos: (a) lisar las células para verter un lisado compuesto por protein quinasa; (b) adsorber la protein quinasa a un anticuerpo; (c) incubar la protein quinasa adsorbida con un sustrato o sustratos; y (d) adsorber el sustrato o sustratos a un soporte sólido o anticuerpo.
En otras realizaciones preferidas, el paso de monitorizar el efecto sobre las células incluye medir la concentración de fosfato del sustrato o sustratos.
El término "anticuerpo" se refiere a un anticuerpo (p.ej., un anticuerpo monoclonal o policlonal), o fragmento de anticuerpo, con afinidad de unión específica para protein quinasa o su fragmento.
Por "afinidad de unión específica" se entiende que el anticuerpo se une a polipéptidos diana (protein quinasa) con mayor afinidad que con la que se une a otros polipéptidos bajo las condiciones especificadas. Los anticuerpos con afinidad de unión específica a una protein quinasa pueden usarse en métodos para detectar la presencia y/o cantidad de protein quinasa en una muestra al poner en contacto la muestra con el anticuerpo bajo condiciones tales que se forma un inmunocomplejo y detectar la presencia y/o cantidad de conjugado de anticuerpos para la protein quinasa. Los equipos de diagnóstico para llevar a cabo estos métodos pueden construirse para incluir un primer contenedor con anticuerpo y un segundo contenedor con conjugado de una pareja de unión del anticuerpo y una señal, como por ejemplo, un radioisótopo. El equipo de diagnóstico puede incluir también notificación de las instrucciones y el uso aceptado por la FDA.
El término "policlonal" se refiere a los anticuerpos que son poblaciones heterogéneas de moléculas de anticuerpo derivadas de los sueros de animales inmunizados con un antígeno o derivado funcional de un antígeno. Para la producción de anticuerpos policlonales, se puede inmunizar varios animales huésped mediante inyección con antígeno. Se puede utilizar varios adyuvantes para aumentar la respuesta inmunológica, en función de la especie del
huésped.
Los "anticuerpos monoclonales" son poblaciones sustancialmente homogéneas de anticuerpos para un antígeno concreto. Pueden obtenerse mediante cualquier técnica que provoque la producción de moléculas de anticuerpo mediante líneas celulares continuas en cultivo. Los anticuerpos monoclonales pueden obtenerse mediante métodos conocidos por aquéllos expertos en la materia. Ver, por ejemplo, Kohler, et al., Nature 256:495-497 (1975), y la Patente Estadounidense nº 4.376.110.
El término "fragmento de anticuerpo" se refiere a una porción de un anticuerpo, normalmente la región y las porciones de las cadenas pesadas y ligeras circundantes, que manifiesta una afinidad de unión específica para una molécula concreta. Una región hipervariable es una porción de un anticuerpo que se une físicamente al polipéptido diana.
El término "aberración", en conjunción con un proceso de transducción de señal, se refiere a una protein quinasa que está sub- o sobreexpresada en un organismo, mutada de tal forma que su actividad catalítica es menor o mayor que la de la protein quinasa salvaje, mutada de tal forma que no puede seguir interactuando con una pareja de unión natural, no puede seguir siendo modificada por otra protein quinasa o protein fosfatasa, o no puede seguir interactuando con una pareja de unión natural.
Los términos "fomentar o interrumpir la interacción anormal" se refieren a un método que puede llevarse a cabo mediante la administración de un compuesto de la invención a las células o tejidos en un organismo. Un compuesto puede fomentar la interacción entre una protein quinasa y su pareja de unión natural formando interacciones favorables con múltiples átomos en la interfaz del complejo. Como alternativa, un compuesto puede inhibir una interacción entre una protein quinasa y sus parejas de unión naturales comprometiendo las interacciones favorables entre átomos en la interfaz del complejo.
El término "indolinona" se usa tal y como se entiende comúnmente en la materia e incluye una gran subclase de compuestos sustituidos o no sustituidos que pueden ser sintetizados a partir de una fracción de aldehído y una fracción oxindol.
El término "oxindol" se refiere a un compuesto de oxindol sustituido con sustityentes químicos. Los compuestos de oxindol tienen la estructura general siguiente:
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Realizaciones preferidas
En realizaciones preferidas, la invención se refiere a un compuesto de Fórmula (I) donde
(a) cada R1 es opcional e independientemente seleccionado del grupo compuesto por (i) hidrógeno; (ii) metilo, etilo, propilo, etileno, propileno, o butileno; (iii) un alcohol de fórmula -(X_{1})n_{1}-OH o un alcoxialquilo de fórmula (X_{2})_{n2}-O-X_{3}, donde X_{1}, X_{2}, y X_{3} son independientemente seleccionados del grupo compuesto por metileno, etileno, o propileno, y n1 y n2 son independientemente 0 ó 1; (iv) flúor, cloro, o bromo; (v) un ácido carboxílico de fórmula
-(X_{4})_{n4}-COOH, donde X_{4} se selecciona del grupo compuesto por metileno, etileno, o propileno, y n4 es 0 ó 1; (vi) una amida de fórmula -(X_{7})n_{7}-NHCOX_{8}, o de fórmula -(X_{9})n_{9}-CONX_{l0}X_{11}, donde X_{7} y X_{9} son cada uno independientemente seleccionados del grupo compuesto por metileno, etileno, y propileno, y n_{7} y n_{9} son independientemente 0 ó 1, X_{8}, X_{10}, y X_{11} son cada uno independientemente seleccionados del grupo compuesto por hidrógeno, metilo, etilo, propilo, o donde X_{10} y X_{11} juntos forman un anillo de cinco o seis miembros heteroalifático; (vii) una sulfonamida de fórmula -(X_{12})n_{12}-SO_{2}NX_{13}X_{14}, donde X_{12} se selecciona del grupo compuesto por metileno, etileno, o propileno, y n_{12} es 0 ó 1, X_{13}, y X_{14} son independientemente seleccionados del grupo compuesto por hidrógeno, metilo, etilo, propilo, y fenilo, el metilo, etilo, propilo, y fenilo están opcionalmente sustituidos con uno, dos o tres sustituyentes independientemente seleccionados del grupo compuesto por halógeno, hidroxi, -NH_{2},-NO_{2}, -(R)_{n}-COOH y -(R)-COOR', donde R y R' son independientemente seleccionados del grupo compuesto por alquilo saturado o insaturado C_{1}-C_{10} y un anillo de cinco o seis miembros aromático o heteroaromático: y donde n es 0 ó 1; o donde X_{13} y X_{14} juntos forman un anillo fusionado bicíclico; o (viii) dos grupos R_{1} adyacentes junto con dos A, B, D, o E adyacentes forman un anillo heteroalifático de seis miembros; (b) A, B, D, y E son carbonos (c) G es nitrógeno u oxígeno; (d) m es 1 ó 2; y (e) q es 2.
Aún más preferiblemente, R_{1} en la Fórmula I es independientemente seleccionado del grupo compuesto por metilo, metoxi, 2-hidroxietilo, fenilo, 2-metoxifenilo, 3-metoxifenilo, 4-metoxifenilo, 4-fluorofenilo, 4-clorofenilo, 4-bromofenilo, 4-yodofenilo, 3-carboxifenilo, piridilo, -NHC(O)CH3, -C(O)N(CH_{3}), -COOH, -SO_{2}NH(CH_{3}), -SO_{2}NH_{2}, -SO_{2}N(CH_{3})_{2}, -SO_{2}NH(CH(CH_{3})_{2}), -SO_{2}NH(C_{6}H_{5}), -SO_{2}NH(3-clorofenilo), y -SO_{2}N(CH_{3})(3-clorofenilo), y m es 1 ó 2.
Los compuestos de indolinona preferidos de la invención se enumeran en la Tabla 1.
TABLA 1
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8
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Alguno de los compuestos anteriores tiene la estructura de Fórmula II, con los sustituyentes que se definen en la Tabla 2.
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TABLA 2
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Dos de los compuestos de la Tabla 1 tienen la estructura de la Fórmula III, con los sustituyentes como se define en la Tabla 3
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TABLA 3
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Síntesis general
En general, los compuestos de la Fórmula I se pueden preparar por reacción de un oxindol que tiene la siguiente estructura
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Con un aldehído o cetona que tiene la siguiente estructura
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Donde R_{1}, R_{3}, R_{4}, R_{5}, A, B, D, E, G, m, y q son como se describe en el Resumen de la Invención.
El oxindol seleccionado del grupo compuesto por 4-metil-2-oxo-2,3-dihidro-1H-indol-5-metilsulfonamida, 2-oxo-2,3-dihidro-1H-indol-5-metilsulfonamida, 4-metil-2-oxo-1,2-dihidro-indol, 5-metoxi-2-oxo-1,2-dihidro-indol, 6-metoxi-2-oxo-1,2-dihidro-indol, 5-bromo-2-oxo-1,2-dihidro-indol, 5-cloro-2-oxo-1,2-dihidro-indol, 4-(2-hidroxi-etil)-2-oxo-1,2-dihidro-indol, 2-oxo-5-fenil-1,2-dihidro-indol, 2-oxo-2,3-dihidro-1H-indol-5-sulfonamida, 2-oxo-2,3-dihidro-1H-indol-5-dimetilsulfonamida, 2-oxo-2,3-dihidro-1H-indol-5-isopropilsulfonamida, 2-oxo-2,3-dihidro-1H-indol-5-fenilsulfonamida, N-(2-oxo-2,3-dihidro-1H-indol-6-il)-acetamida, 2-oxo-6-fenil-1,2-dihidro-indol, 5-fluoro-2-oxo-1,2-dihidro-indol, ácido 2-oxo-2,3-dihidro-1H-indol-5-carboxílico, ácido 2-oxo-2,3-dihidro-1H-indol-6-carboxílico, 6-cloro-2-oxo-1,2-dihidro-indol, 6-bromo-2-oxo-1,2-dihidro-indol, 6-(2-metoxi-fenil)-2-oxo-1,2-dihidro-indol, 6-(3-metoxi-fenil)-2-oxo-1,2-dihidro-indol, 6-(4-metoxi-fenil)-2-oxo-1,2-dihidro-indol, 6-(4-fluoro-fenil)-2-oxo-1,2-dihidro-indol, 2-oxo-6-piridin-3-il-1,2-dihidro-indol, 5-(2,3-dihidro-indol-1-sulfonil)-2-oxo-1,2-dihidro-indol, 5-(3,4-dihidro-2H-quinolin-1-sulfonil)-2-oxo-1,2-dihidro-indol, 5-(3,4-dihidro-1H-isoquinolin-2-sulfonil)-2-oxo-1,2-dihi-
dro-indol, 5-(5-bromo-2,3-dihidro-indol-1-sulfonil)-2-oxo-1,2-dihidro-indol, 2-oxo-2,3-dihidro-1H-indol-5-(3-cloro-fenil)metilsulfonamida, 6-fluoro-2-oxo-1,2-dihidro-indol, 5-cloro-4-metil-2-oxo-1,2-dihidro-indol, 7-cloro-2-oxo-1,2-dihidro-indol, ácido 3-(2-oxo-2,3-dihidro-1H-indol-5-il)-benzoico, ácido 3-(2-oxo-2,3-dihidro-1H-indol-6-il)-benzoico, 2-oxo-2,3-dihidro-1H-indol-5-(3-cloro-fenil)-sulfonamida, 5-bromo-4-metil-2-oxo-1,2-dihidro-indol, 2-oxo-2,3-dihidro-1H-indol-5-dimetilcarboxamida, 2-oxo-5-(pirrolidina-1-carbonil)-1,2-dihidro-indol, 5-(morfolin-4-carbonil)-2-oxo-1,2-dihidro-indol, y
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El aldehído se selecciona del grupo compuesto por 4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-2-formilpirano[3,4-c]pirrol y 4-oxo-4,5,6,7-tetrahidro-(1H-2-formil-pirrol)[3,4-c]piridina.
La reacción se lleva a cabo en presencia de una base. La base es preferiblemente una base nitrogenada o una base inorgánica. Las "Bases nitrogenadas" son comúnmente usadas en la materia y son seleccionadas de aminas acíclicas y cíclicas. Entre los ejemplos de bases nitrogenadas se incluye, pero no exclusivamente, amoníaco, metilamina, trimetilamina, trietilamina, anilina, 1,8-diazabiciclo-[5.4.0]undec-7-eno, diisopropiletilamina, pirrolidina, piperidina, y piridina o piridina sustituida (p.ej., 2,6-di-terc-butilpiridina). Las "Bases inorgánicas" son bases que no contienen ningún átomo de carbono. Entre los ejemplos de bases inorgánicas se incluye, pero no exclusivamente, hidróxido, fosfato, bisulfato, hidrosulfuro (SH^{-}), y aniones amida. Aquéllos que sean expertos en la materia sabrán que la base nitrogenada o inorgánica satisfaría los requisitos de las condiciones de reacción. En ciertas realizaciones de la invención, la base usada puede ser pirrolidina o piperidina. En otras realizaciones la base puede ser el anión hidróxido, preferiblemente usado como su sal de sodio o potasio.
La síntesis de los compuestos de la invención generalmente tiene lugar en un solvente. El solvente de la invención es preferiblemente un solvente prótico o un solvente aprótico. Los "Solventes próticos" son aquéllos que son capaces de dar un protón a un soluto. Ejemplos de solventes próticos se incluye, pero no exclusivamente, alcoholes y agua. Los "Solventes apróticos" son aquéllos que, bajo condiciones de reacción normales, no dan un protón a un soluto. Los solventes orgánicos típicos, tales como hexano, tolueno, benceno, cloruro de metileno, dimetilformamida, cloroformo, tetrahidrofurano, son algunos de los ejemplos de solventes orgánicos. Otros solventes apróticos también están incluidos en el alcance de la presente invención. En algunas realizaciones preferidas, el solvente de la reacción es un alcohol, que puede ser preferiblemente isopropanol o preferentemente etanol. El agua es otro solvente prótico preferido. La dimetilformamida, conocida en el campo de la química como DMF, es un solvente aprótico preferido.
El método sintético de la invención exige que la reacción tenga lugar a elevadas temperaturas, que son mayores que la temperatura ambiente. Preferiblemente, la temperatura elevada es de alrededor de 30-150ºC, más preferentemente oscila entre alrededor de 80-100ºC, e idóneamente oscila entre alrededor de 80-90ºC, que es aproximadamente la temperatura a la que hierve el etanol (es decir, el punto de ebullición del etanol). Por "alrededor" de una temperatura concreta se entiende que el rango de temperatura está preferiblemente dentro de 10ºC respecto a la temperatura nombrada, preferentemente dentro de 5ºC respecto a la temperatura nombrada, e idóneamente de 2ºC respecto a la temperatura nombrada. Por lo tanto, a modo de ejemplo, por "alrededor de 80ºC" se entiende que el rango de temperatura es preferiblemente de 80\pm10ºC, preferentemente de 80\pm5ºC, e idóneamente de 80\pm2ºC.
El oxindol en la biblioteca combinatoria es preferiblemente seleccionado del grupo compuesto por ácido 4-metil-2-oxo-2,3-dihidro-4-indol-5-sulfónico, metilamida, 2-oxo-2,3-dihidro-1H-indol-5-metilsulfonamida, 4-metil-2-oxo-1,2-dihidro-indol, 5-metoxi-2-oxo-1,2-dihidro-indol, 6-metoxi-2-oxo-1,2-dihidro-indol, 5-bromo-2-oxo-1,2-dihidro-indol, 5-cloro-2-oxo-1,2-dihidro-indol, 4-(2-hidroxi-etil)-2-oxo-1,2-dihidro-indol, 2-oxo-5-fenil-1,2-dihidro-indol, 2-oxo-2,3-dihidro-1H-indol-5-sulfonamida, 2-oxo-2,3-dihidro-1H-indol-5-dimetilsulfonamida, 2-oxo-2,3-dihidro-1H-indol-5-isopropilsulfonamida, 2-oxo-2,3-dihidro-1H-indol-5-fenilsulfonamida, N-(2-oxo-2,3-dihidro-1H-indol-6-il)-acetamida, 2-oxo-6-fenil-1,2-dihidro-indol, 5-fluoro-2-oxo-1,2-dihidro-indol, ácido 2-oxo-2,3-dihidro-1H-indol-5-carboxílico, ácido 2-oxo-2,3-dihidro-1H-indol-6-carboxílico, 6-cloro-2-oxo-1,2-dihidro-indol, 6-bromo-2-oxo-1,2-dihidro-indol, 6-(2-metoxi-fenil)-2-oxo-1,2-dihidro-indol, 6-(3-metoxi-fenil)-2-oxo-1,2-dihidro-indol, 6-(4-metoxi-fenil)-2-oxo-1,2-dihidro-indol, 6-(4-fluoro-fenil)-2-oxo-1,2-dihidro-indol, 2-oxo-6-piridin-3-il-1,2-dihidro-indol, 5-(2,3-dihidro-indol-1-sulfonil)-2-oxo-1,2-dihidro-indol, 5-(3,4-dihidro-2H-quinolin-1-sulfonil)-2-oxo-1,2-dihidro-indol, 5-(3,4-dihidro-1H-isoquinolin-2-sulfonil)-2-oxo-1,2-dihidro-indol, 5-(5-bromo-2,3-dihidro-indol-1-sulfonil)-2-oxo-1,2-dihidro-indol, 2-oxo-2,3-dihidro-1H-indol-5-(clorofenil)-metilsulfonamida, 6-fluoro-2-oxo-1,2-dihidro-indol, 5-cloro-4-metil-2-oxo-1,2-dihidro-indol, 7-cloro-2-oxo-1,2-dihidro-indol, ácido 3-(2-oxo-2,3-dihidro-1H-indo-5-il)-benzoico, 3-(2-oxo-2,3-dihidro-1H-indol-6-il)-benzoico, ácido 2-oxo-2,3-dihidro-1H-indol-5-(3-cloro-fenil)sulfonamida, 5-bromo-4-metil-2-oxo-1,2-dihidro-indol, 2-oxo-2,3-dihidro-1H-indol-5-dimetilcarboxamida, 2-oxo-5-(pirroli-
din-1-carbonil)-1,2-dihidroindol, 5-(morfolin-4-carbonil)-2-oxo-1,2-dihidro-indol, y
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El aldehído es preferiblemente seleccionado del grupo compuesto por 4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-2-formilpirano[3,4-c]pirrol, 4-oxo-4,5,6,7-tetrahidro-(1H-2-formil-pirrolo)[3,4-c]piridina, y
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El método sintético de la invención puede estar acompañado por un cribado de una biblioteca para buscar un compuesto con la actividad y estructura deseadas -proporcionando así un método de síntesis de un compuesto mediante, un cribado inicial en busca de un compuesto con las propiedades deseadas y la posterior síntesis química de este compuesto.
Utilidad
La presente invención está relacionada con compuestos capaces de regular y/o modular la transducción de señal celular y, en realizaciones preferidas, la transducción de señal de trirosin quinasa receptora y no receptora.
La transducción de señal mediada por la quinasa receptora se inicia por interacción extracelular con un factor de crecimiento específico (ligando), seguida por la dimerización del receptor, una estimulación transitoria de la actividad intrínseca de la protein quinasa y una fosforilación. Los sitios de unión son, de esta manera, creados por moléculas de transducción de señal y van dirigidos a la formación de complejos con un espectro de moléculas de señalización citoplasmática que facilitan la respuesta celular apropiada (p.ej., división celular, efectos metabólicos al microambiente extracelular). Ver, Schlessinger y Ullrich, 1992, Neuron 9:303-391.
Se ha observado que los sitios de fosforilación de la tirosina en los receptores de factor de crecimiento funcionan como sitios de unión de alta afinidad para los dominios SH2 (homología src) de moléculas de señalización. Fantl et al., 1992, Cell 69:413-423; Songyang et al., 1994, Mol. Cell. Biol. 14:2777-2785); Songyang et al., 1993, Cell 72:767-778; y Koch et al., 1991, Science 252:668-678. Muchas de las proteínas del sustrato intracelular que se asocian con las quinasas receptoras han sido identificadas. Pueden ser divididas en dos grupos principales: (1) sustratos que tienen un dominio catalítico; y (2) sustratos que carecen de tal dominio pero sirven como adaptadores y se asocian con moléculas activas catalíticamente (Songyang et al., 1993, Cell 72:767-778). La especificidad de las interacciones entre receptores y dominios SH2 de sus sustratos se determina por los residuos aminoacídicos inmediatamente contiguos al residuo tirosina fosforilado. Las diferencias en las afinidades de unión entre los dominios SH2 y las secuencias aminoacídicas contiguas a los residuos fosfotirosina en receptores concretos son consecuentes con las diferencias observadas en sus perfiles de fosforilación de sustrato. Songyang et al., 1993, Cell 72:767-778. Estas observaciones sugieren que la función de cada receptor quinasa viene dada no sólo por su patrón de expresión y disponibilidad de ligando, sino también por la selección de las vías de transducción de señal corriente abajo que se activan con un receptor concreto. Así la fosforilación proporciona un paso regulador importante que determina la selectividad de las vías de señalización empleadas por receptores de factor de crecimiento específico, así como los receptores del factor de diferenciación.
La transducción de la señal quinasa da como resultado, entre otras respuestas, la proliferación, la diferenciación y el metabolismo celular. La proliferación de células anormales puede ocasionar un gran número de enfermedades y trastornos, incluyendo el desarrollo de neoplasia como el carcinoma, sarcoma, leucemia, glioblastoma, hemangioma, soriasis, arteriosclerosis, artritis y retinopatía diabética (u otros trastornos relacionados con angiogénesis y/o vasculogénesis incontroladas)
Enfermedades diana a tratar con los compuestos de la invención
Esta invención está por tanto dirigida a compuestos que regulan, modulan y/o inhiben la transducción de la señal quinasa afectando la actividad enzimática de los RK y/o las quinasas no receptoras, o interfiriendo la señal transducida mediante dichas proteínas. Más concretamente, la presente invención está dirigida a compuestos que regulan, modulan y/o inhiben el receptor tirosin quinasa (RTK) y/o las vías de transducción de señal mediadas por las quinasas no receptoras como enfoque terapéutico para curar varios tipos de tumores, incluyendo, pero no exclusivamente, el carcinoma, sarcoma, eritroblastoma, glioblastoma, meningioma, astrocitoma, melanoma y miobalastoma. Las indicaciones pueden incluir, pero no exclusivamente, cánceres cerebrales, cánceres de vejiga, cánceres de ovario, cánceres gástricos, cánceres de páncreas, cánceres de colon, cánceres de sangre, cánceres de pulmón y cánceres de huesos.
Los compuestos descritos aquí son útiles para el tratamiento de trastornos relacionados con la transducción de señal quinasa no reguladas, incluyendo los trastornos de proliferación celular, los trastornos fibróticos y los metabólicos.
Los trastornos de proliferación celular, que pueden tratarse o estudiarse mediante la presente invención, incluyen cánceres, trastornos de proliferación de células vasculares y trastornos de proliferación de células mesangiales.
Los trastornos de células vasculares se refieren a trastornos angiogénicos y vasculogénicos que generalmente tienen como resultado la proliferación anormal de los vasos sanguíneos. La formación y propagación de los vasos sanguíneos, vasculogénesis y angiogénesis respectivamente, juegan papeles importantes en varios procesos fisiológicos como el desarrollo embrionario, la formación del cuerpo lúteo, regeneración de cicatrices y órganos dañados. También tienen un papel importante en el desarrollo del cáncer. Otros ejemplos de trastornos de proliferación vascular incluyen artritis, donde los nuevos vasos sanguíneos capilares invaden las articulaciones y destruyen el cartílago, y enfermedades oculares, como la retinopatía diabética, donde los capilares de la retina invaden el vítreo, sangran y causan ceguera. En cambio, los trastornos relacionados con la retracción, contracción oclusión de los vasos sanguíneos, como restenosis, también están implicados.
Los trastornos fibróticos se refieren a la formación anormal de matriz extracelular. Entre los ejemplos de trastornos fibróticos se encuentra la cirrosis hepática y los trastornos de proliferación de células mesangiales. La cirrosis hepática se caracteriza por un aumento en los constituyentes de la matriz extracelular que provoca la formación de una cicatriz hepática. La cirrosis hepática puede causar enfermedades como la cirrosis del hígado. Una matriz extracelular aumentada que provoca una cicatriz hepática también puede estar causada por una infección viral como la hepatitis. Los lipocitos parecen jugar un papel básico en la cirrosis hepática. Otros trastornos fibróticos implicados incluyen la arteriosclerosis (ver abajo).
Los trastornos proliferativos de células mesangiales se refieren a trastornos ocasionados por proliferación anormal de las células mesangiales. Los trastornos proliferativos mesangiales incluyen varias enfermedades renales humanas, como la glomerulonefritis, la nefropatía diabética, la nefrosclerosis maligna, los síndromes microangiopáticos trombóticos, el rechazo a transplantes y las glomerulopatías. Se ha visto que el PDGF-R está implicado en el mantenimiento de la proliferación de células mesangiales. Floege et al., 1993, Kidney International 43:47S-54S.
Se ha asociado los PTK con los trastornos proliferativos de esas células. Por ejemplo, algunos miembros de la familia de los RTK se han asociado con el desarrollo del cáncer. Algunos de estos receptores, como el EGFR (Tuzi et al., 1991, Br. J. Cancer 63:227-223; Torp et al., 1992, APMIS 100:713-719), el HER2/neu (Slamon et al., 1989, Science 244:707-712) y el PDGF-R (Kumabe et al., 1992, Oncogene 7:627-633), están sobreexpresados en muchos tumores y/o activadospersistentemente por bucles autocrinos. De hecho, se ha demostrado que en los cánceres más comunes y graves, existe una sobreexpresión de este receptor (Akbasak y Suner-Akbasak et al., 1992, J. Neurol. Sci. 111:119-133; Dickinson et al., 1992, Cancer Treatment Res. 61:249-273; Corp. et al., 1992, J. Clin. Invest. 90:1352-1360) y bucles autocrinos (Lee y Donoghue, 1992, J. Cell. Biol. 118:1057-1070; Corp. et al., supra; Akbasak y Suner-Akbasak et al., supra). Por ejemplo, el receptor EGFR ha sido relacionado con el carcinoma celular escamoso, el astrocitoma, el glioblastoma, el cáncer de cuello y cabeza, el cáncer de pulmón y de vejiga. El PDGF-R se ha asociado con el glioblastoma, cáncer de pulmón, ovario, próstata y el melanoma. El RTK c-met se ha asociado generalmente con la hepatocarcinogénesis, y por lo tanto, con el carcinoma hepatocelular. Asimismo, se ha relacionado el c-met con la formación de tumores malignos. Más concretamente, el RTK c-met se ha relacionado con, entre otros cánceres, el colorectal, tiroideo, carcinoma pancreático y gástrico, leucemia y linfoma. Además, se ha detectado una sobreexpresión del gen de c-met en pacientes con la enfermedad de Hodgkin, la enfermedad de Burkitt y la línea celular del linfoma.
El IGF-IR, además de estar implicado en el soporte nutricional y en la diabetes de tipo-II, también se le ha relacionado con varios tipos de cánceres. Por ejemplo, se ha relacionado el IGF-I como un estimulador del crecimiento autocrino para varios tipos de tumores, p.ej. de las células del carcinoma en el cáncer de mama humano (Arteaga et al., 1989, J. Clin. Invest. 84:1418-1423) y las células pequeñas de tumores pulmonares (Macauley et al., 1990, Cancer Res. 50:2511-2517). Además, el IGF-I, involucrado integralmente en el crecimiento normal y la diferenciación del sistema nervioso, parece ser un estimulador autocrino de los gliomas humanos (Sandberg-Nordqvist et al., 1993, Cancer Res. 53:2475-2478). La importancia del IGR-IR y sus ligandos en la proliferación celular se apoya en el hecho de que muchos tipos de células en cultivos (fibroblastos, células epiteliales, células de músculo liso, linfocitos T, células mieloides, condrocitos, osteoblastos, células madre de la médula ósea) están estimuladas para crecer por el IGF-I (Goldring y Goldring, 1991, Eukaryotic Gene Expression 1:301-326. En varias publicaciones, Baserga incluso sugiere que el IGF-I-R juega un papel central en los mecanismos de transformación y consecuentemente, podría ser una diana preferente para intervenciones terapéuticas para un espectro más amplio de enfermedades (Baserga, 1995, Cancer Res. 55:249-252; Baserga, 1994, Cell 79:927-930; Coppola et al., 1994, Mol. Cell. Biol. 14:4588-4595).
La asociación entre anormalidades en los RTK y algunas enfermedades no están restringidas al cáncer. Por ejemplo, los RTK están asociados a enfermedades metabólicas como la soriasis, la diabetes mellitus, la cicatrización de heridas, inflamaciones y enfermedades neurodegenerativas. Estas enfermedades incluyen, pero no exclusivamente, hipertensión, depresión, trastorno de ansiedad generalizada, fobias, síndrome de estrés post-traumático, síndrome de personalidad por evitación, disfunción sexual, trastornos alimenticios, obesidad, dependencia de fármacos, cefalea tipo cluster, migraña, dolor, enfermedad de Alzheimer, trastorno compulsivo-obsesivo, trastorno de pánico, trastornos de la memoria, enfermedad de Parkinson, trastornos endocrinos, vasoespasmos, ataxia cerebelar y trastornos del tracto intestinal. Por ejemplo, el EGF-R está indicado en la cicatrización de heridas dérmicas y de la córnea. Defectos en la Insulina R y en el IGF-1R están indicados en la diabetes mellitus. En Plowman et al., 1994, DN&P 7:334-339 puede encontrarse una correlación más completa entre los RTK específicos y sus indicaciones terapéuticas.
No sólo los receptores del tipo quinasa, sino también muchas quinasas celulares (CK), incluidas las src, abl, fps, yes, fyn, lyn, lck, blk, hck, fgr, yrk (estudiados por Bolen et al., 1992, FASEB J. 6:3403-3409) están involucradas en la vía de transducción de la señal metabólica y proliferativa, y por lo tanto en las indicaciones para la presente invención. Por ejemplo, se ha demostrado que el src mutado (v-src) es una oncoproteína (pp60^{v-src}) en el pollo. Además, su homólogo celular, el proto-oncógeno pp60^{s-src} transmite señales oncogénicas de muchos receptores. Por ejemplo, la sobreexpresión de EGR-R o HER2/neu en tumores lleva a la activación constitutiva de pp60^{c-src}, que es característico de la célula maligna pero ausente en la célula normal. Por otro lado, los ratones con deficiencia de la expresión c-src muestran un fenotipo osteopetrótico, lo que indica una participación clave de c-src en la función de los osteoclastos y una posible participación en trastornos relacionados. De forma similar, el Zap 70 está implicado en la señalización de las células T.
Además, la identificación de compuestos moduladores de CTK para aumentar o incluso sinergizar con bloqueadores de RTK es un aspecto de la presente invención.
Finalmente, tanto las RTK como las quinasas del tipo no receptor tienen conexión con los trastornos hiperinmunes.
Los compuestos de la presente invención también son efectivos para el tratamiento de enfermedades relacionadas con la proteína PYK-2. Esta proteína, su función celular y enfermedades relacionadas, están explicadas con detalle en la Patente Estadounidense nº 5.837.524, publicada el 17 de Noviembre de 1998 y titulada "PYK2 RELATED PRODUCTS AND METHODS", y la Patente Estadounidense nº 5.837.814, publicada el 17 de noviembre de 1998 y titulada "PYK2 RELATED PRODUCTS AND METHODS". Ambas están incorporadas aquí por esta referencia en su totalidad, incluyendo cualquier figura.
Además, los compuestos de la presente invención sonefectivos contra la artritis reumática. La artritis reumática (AR) es una enfermedad inflamatoria crónica mediada por múltiples tipos de células y de procesos celulares. Ahí se incluye la infiltración de macrófagos y células T, y la participación de la angiogénesis. Para investigar la utilidad de los inhibidores de moléculas pequeñas para el tratamiento de AR, algunos de los compuestos de la invención, que son inhibidores tirosin quinasa, se caracterizaron en un modelo de artritis inducida en colágeno de rata. Estos compuestos inhiben las tirosin quinasas FLK-1/KDR, PYK2 y ZAP-70 en varios grados en ensayos bioquímicos de quinasa. (Ver los ejemplos abajo). Los compuestos son activos en ensayos celulares con diana en las células implicadas en la patogénesis de la AR: inhibición de la proliferación de células T mediada por la actividad del ZAP-70, inhibición de la proliferación de HUVEC estimulada por BEGF mediada por la activación de FLK-1/KDR, y la inhibición de la producción de TNF-\alpha a partir de macrófagos derivados de la médula ósea murina mediados por la activación PYK2. Finalmente en un modelo de artritis inducida en colágeno de roedor, que simula los cambios histológicos y patológicos asociados con la AR humana, estos compuestos son eficaces para inhibir la tumefacción de las articulaciones cuando se dosifica a diario a partir de la inmunización del colágeno.
El receptor KDR-FLK-1 y el VEGF
La vasculogénesis y angiogénesis normales tienen papeles importantes en varios procesos fisiológicos como el desarrollo embrionario, la cicatrización de heridas, la regeneración de órganos y los procesos reproductores femeninos, como el desarrollo folicular en el cuerpo lúteo durante la ovulación y el crecimiento placental tras el embarazo. Folkman y Shin g, 1992, J. Biological Chem. 267:10931-34. Sin embargo, muchas enfermedades están impulsadas por una persistente angiogénsis inapropiada o irregulada. Por ejemplo, en la artritis, los nuevos vasos sanguíneos capilares invaden la articulación y destruyen el cartílago. En la diabetes los nuevos capilares de la retina invaden el vítreo, sangran y causan ceguera (Forman, 1987, en: Congreso of Thrombosis and Haemostasis (Verstraete, et. al, eds.), Leuven University Press, Leuven, p. 583-596). La neovascularización ocular es la causa más común de ceguera y domina aproximadamente veinte (20) enfermedades oculares.
Además, la vasculogénesis y/o angiogénesis se han asociado con el crecimiento de tumores malignos sólidos y metástasis. Un tumor debe estimular continuamente el crecimiento de vasos sanguíneos capilares para que el propio tumor crezca. Los nuevos vasos sanguíneos incrustados en un tumor proporcionan la entrada a células tumorales para entrar a la circulación y provocar metástasis en zonas lejanas del cuerpo (Forman, 1990, J. Natl. Cancer Inst. 82:4-6; Klagsbrunn y Soker, 1993, Current Biology 3:699-702; Folkman, 1991, J. Natl. Cancer Inst. 82:4-6; Weidner et al., 1991, New Engl. J. Med. 324:1-5).
Se ha identificado varios polipéptidos con actividad in vitro promotora de crecimiento celular endotelial. Entre los ejemplos se encuentra el factor de crecimiento fibroblástico ácido y básico (aFGF, bFGF), el factor de crecimiento endotelial vascular (VEGF) y el factor de crecimiento placental. Al contrario que para el aFGF y el bFGF, se ha informado recientemente de que el VEGF es un mitógeno específico celular endotelial (Ferrara y Henzel, 1989, Biochem. Biophys. Res. ComM. 161:851-858; Abisman et al., 1990, J. Biol. Chem. 265:19461-19566).
De esta forma, la identificación de los receptores específicos a los que se une el VEGF es un avance importante en la comprensión de la regulación de la proliferación de células endoteliales. Se ha identificado dos RTK muy relacionados que se unen al VEGF con una gran afinidad: el receptor flt-1 (Shibuya et al., 1990, Oncogene 5:519-524; De Vries et al., 1992, Science 255:989-991) y el receptor KDR/FLK-1, explicado en la solicitud de Patente Estadounidense nº 08/193.829. Consecuentemente se ha supuesto que estos RTK pueden tener un rol en la modulación y regulación de la proliferación celular endotelial.
Las pruebas, como la revelación expuesta en la solicitud con número de serie 08/193.829, sugieren firmemente que el VEGF no es sólo responsable de la proliferación celular endotelial, sino que también es un regulador primordial de la angiogénesis normal y patológica. Ver Klagsburn y Soker, 1993, Current Biology 3:699-702; Houck et al., 1992, J. Biol. Chem. 267:26031-26037. Se ha demostrado que el KDR/FLK-1 y flt-1 se expresan abundantemente en las células endoteliales proliferándose en un tumor creciente, pero no en las células endoteliales quiescentes circundantes. Plate et al., 1992, Nature 359:845-848; Shweiki et al., 1992, Nature 359:843-845.
Identificación de agonistas y antagonistas para el receptor KDR/FLK-1
En vista de la importancia que se deduce de las RTK en el control, la regulación y la modulación de la proliferación de las células epiteliales y potencialmente la vasculogénesis y/o angiogénesis, se ha hecho varios intentos de identificar los "inhibidores" de RTK utilizando varios enfoques. Entre ellos, la utilización de ligandos mutantes (Patente Estadounidense nº 4.966.849); anticuerpos y receptores solubles (Solicitud nº WO 94/10202; Kendall y Thomas, 1994, Proc. Natl. Acad. Sci. EEUU 90:10705-10709; Kim et al., 1993, Nature 362:841-844); y ligandos de RNA (Jellinek et al., 1994, Biochemistry 33:10450-10456).
Además, los inhibidores de quinasa (WO 94/03427; WO 92/21660; WO 91/15495; WO 94/14808; Patente Estadounidense nº 5.330.992; Mariano et al., 1994, Proc. Am. Assoc. Cancer Res. 35:2268), y los inhibidores que actúan sobre las vías de transducción de la señal del receptor quinasa, tales como los inhibidores de la protein quinasa C, ya han sido identificados (Schuchter et al., 1991, Cancer Res. 51:682-687; Takano et al., 1993, Mol. Bio. Cell 4:358A; Kinsella et al., 1992, Exp. Cell Res. 199:56-62; Wright et al., 1992, J. Cellular Phys. 152:448-57).
Más recientemente se han realizado intentos para identificar pequeñas moléculas que actúan como inhibidores de quinasa para ser usadas en el tratamiento del cáncer. Por consiguiente, existe una necesidad no satisfecha de identificación y generación de pequeños compuestos efectivos que inhiban de forma selectiva la transducción de señal del receptor KDR/FLK-1 para suprimir la vasculogénesis de forma efectiva y específica.
Algunos de los compuestos de la presente invención demuestran una excelente actividad en ensayos biológicos y, así, se espera que estos compuestos, y sus derivados, sean efectivos en el tratamiento de trastornos relacionados con Flk, como aquéllos impulsados por angiogénesis persistentemente inapropiada o no regulada.
Administración y formulaciones farmacéuticas
Los compuestos descritos aquí pueden administrarse a un paciente humano per se, o en composiciones farmacéuticas, donde se mezclan con otros ingredientes activos, como en una terapia de combinación, o un portador o excipien-
te(s). En la última edición de "Remington's Pharmaceutical Sciences", Mack Publishing Co., Easton, PA, se puede encontrar las técnicas para la administración de los compuestos de aplicación instantánea.
a) Rutas de administración
Las rutas de administración apropiadas pueden incluir, por ejemplo, la administración oral, rectal, transmucosal o intestinal, liberación parenteral, incluyendo intramuscular, subcutánea, intravenosa, inyecciones intramedulares, así como inyecciones intratecales, intraventriculares directas, intraperitoneales, intranasales o intraoculares.
Por otra parte, uno puede administrar el compuesto de forma local en vez de sistémica, por ejemplo, mediante una inyección del compuesto directamente en el tumor sólido, normalmente en una formulación de liberación sostenida o retardada.
Uno puede administrar el fármaco mediante un sistema de liberación de la fármaco con un objetivo concreto, por ejemplo, en un liposoma recubierto de anticuerpos específicos de tumores. Los liposomas tendrán como diana los tumores, y éstos los escogerán de forma selectiva.
b) Composición/Formulación
Las composiciones farmacéuticas de la presente invención pueden fabricarse de maneras distintas, por ejemplo, mediante un proceso de mezcla convencional, disolviendo, granulando, haciendo grageas, levigando, emulsionando, encapsulando, entrapando o liofilizando.
Las composiciones farmacéuticas, de acuerdo con lapresente invención pueden formularse de forma convencional utilizando uno o más portadores fisiológicamente aceptables, incluyendo excipientes y auxiliares que facilitan el trocamiento de los compuestos activos en preparaciones que pueden usarse farmacéuticamente. Una formulación correcta depende de la ruta de administración escogida.
Para inyecciones, los agentes de la invención pueden formularse en soluciones acuosas, preferiblemente en tampones compatibles fisiológicamente, como la solución de Hank, solución de Ringer, o un tampón salino fisiológico. Para administración transmucosal, los penetrantes apropiados para hacer permeable la barrera se usan en la formulación. Estos penetrantes son generalmente conocidos por los entendidos en la materia.
Para administración oral, los compuestos pueden ser fácilmente formulados combinando los compuestos activos con portadores aceptables farmacéuticamente, ya conocidos por los entendidos. Estos portadores permiten a los compuestos de la invención ser formulados como comprimidos, pastillas, grageas, cápsulas, líquidos, geles, siropes, leches, suspensiones y similares, para su ingestión por parte del paciente a tratar. Las preparaciones farmacéuticas para uso oral pueden obtenerse mezclando uno o más excipientes sólidos con uno o más compuestos de la invención, opcionalmente moliendo la mezcla resultante, y procesando la mezcla de gránulos, tras añadir, si se desea, auxiliares apropiados para obtener núcleos de grageas y comprimido. Los excipientes apropiados son, concretamente, rellenos tales como azúcares, incluyendo la lactosa, sacarosa, manitol o sorbitol; preparaciones de celulosa tales como, por ejemplo, almidón de maíz, almidón de trigo, almidón de arroz, almidón de patata, gelatina, goma tragacanto, metil celulosa, hidroxipropilmetil celulosa, carboximetilcelulosa de sodio y/o polivinilpirrolidona (PVP). Si se desea, se puede añadir agentes desintegrantes, tales como la pirrolidina polivinilo de ligamento cruzado, agar, o ácido algínico, o una sal de dichos compuestos, como el alginato de sodio.
Los núcleos de grageas deben llevar las cubiertas apropiadas. Para este propósito puede utilizarse disoluciones de azúcar concentrado, que pueden contener opcionalmente goma arábica, talco, pirrolidona polivinol, gel carbopol, glicol polietileno, y/o dióxido de titanio, soluciones lacquer, y los solventes orgánicos apropiados, así como las mezclas de solventes. También se puede añadir tintes o pigmentos a las cubiertas de los comprimidos o grageas para la identificación o para caracterizar diferentes combinaciones de dosis de los compuestos activos.
Entre las preparaciones farmacéuticas que pueden usarse oralmente se encuentran las cápsulas push-fit hechas de gelatina, así como las cápsulas blandas hechas de gelatina y un plastificador como el glicerol o el sorbitol. Las cápsulas push-fit pueden contener los ingredientes activos mezclados junto con un relleno como la lactosa, aglutinantes como los almidones, y/o lubricantes como el esterato de magnesio o talco y, opcionalmente, estabilizadores. En cápsulas blandas, los compuestos activos pueden disolverse o suspenderse en los líquidos apropiados, como aceites grasos, parafina líquida, o glicoles de polietileno líquido. También se puede añadir estabilizadores. Todas las formulaciones para administración oral deben estar en las dosis adecuadas para dicha administración.
Para administración bucal, las composiciones deben tomar forma de comprimidos o grageas formuladas de manera convencional.
Para la administración por inhalación, los compuestos, de acuerdo con la presente invención, son liberados convenientemente en la forma de una presentación en spray aerosol, ya sea envases presurizados o un nebulizador, con el uso de un propergol, por ejemplo, el diclorodifluorometano, el triclorofluorometano, el diclorotetrafluoroetano, el dióxido de carbono u otro gas adecuado. En caso de un aerosol presurizado, la unidad de dosis puede estar determinada por la provisión de una válvula para liberar una cantidad medida. Las cápsulas y cartuchos de, por ejemplo, gelatina, para su uso en un inhalador o insuflador pueden formularse conteniendo una mezcla de polvo del compuesto y una base de polvo aceptable, como la lactosa o el almidón.
Los compuestos pueden formularse para administración parenteral con inyección, p.ej. con una inyección en bolo o una infusión continua. Las formulaciones para inyección pueden presentarse en dosis de unidades de, por ejemplo, ampollas o en contenedores multi-dosis con un conservante añadido. Las composiciones pueden tomar varias formas como suspensiones, soluciones o emulsiones en aceite o medio acuoso, y pueden contener agentes formulatorios, tales como agentes suspensores, estabilizantes y/o dispersantes.
Entre las formulaciones farmacéuticas para administración parenteral se encuentran las soluciones acuosas de compuestos activos en forma hidrosoluble. Las suspensiones de compuestos activos pueden prepararse como suspensiones de inyección aceitosa adecuadas. Los solventes lipofílicos o vehículos apropiados incluyen aceites grasos, como el aceite de sésamo o los ésteres de ácidos grasos sintéticos, como el oleato de etilo o triglicéridos, o liposomas. Las suspensiones de inyecciones acuosas pueden contener sustancias que aumentan la viscosidad de la suspensión, como la celulosa de carboximetil de sodio, el sorbitol o el dextrano. Opcionalmente, la suspensión puede contener también los estabilizadores o agentes apropiados que aumenten la solubilidad de los compuestos y así obtener soluciones altamente concentradas.
Por otro lado, el ingrediente activo puede estar en forma de polvo para una constitución con un vehículo apropiado, p.ej., agua libre de pirógeno estéril, antes de su uso.
Los compuestos también pueden estar formulados en composiciones rectales, tales como supositorios o enemas de retención, que contengan bases de supositorio convencionales, como manteca de cacao u otros glicéridos.
Además de las formulaciones descritas anteriormente, los compuestos también pueden formularse como preparaciones retardadas. Formulaciones con una acción tan duradera pueden ser administradas mediante la implantación (por ejemplo de forma subcutánea o intramuscular) o por inyección intramuscular. Así, los compuestos pueden formularse con los materiales poliméricos o hidrofóbicos apropiados (por ejemplo como una emulsión en un aceite aceptable) o resinas de intercambio de iones, o como derivados poco solubles, por ejemplo, como una sal poco soluble.
Un vehículo farmacéutico para los compuestos hidrofóbicos de la invención es un sistema co-solvente compuesto por alcohol bencilo, un surfactante no polar, un polímero orgánico miscible en agua y una fase acuosa. El sistema co-solvente puede ser el sistema co-solvente VPD. El VPD es una solución de 3% p/v de alcohol bencilo, 8% p/v del surfactante no polar Polisorbato 80, y 65% p/v de glicol polietileno, hecha para volúmenes en etanol absoluto. El sistema co-solvente VPD (VDP:D5W) consta de VPD diluido 1:1 con dextrosa 5% en solución acuosa. Este sistema co-solvente disuelve bien compuestos hidrofóbicos, y por sí mismo produce baja toxicidad en administración sistémica. Naturalmente, las proporciones de un sistema co-solvente pueden variarse considerablemente sin destruir sus características de solubilidad y toxicidad. La identidad de los componentes del co-solvente pueden variarse: por ejemplo, se puede utilizar otros surfactantes no polares de baja toxicidad en lugar del Polisorbato 80; el tamaño de la fracción de glicol polietileno puede variarse; otros polímeros biocompatibles pueden reemplazar el glicol polietileno, p.ej. la pirrolidona polivinilo; y otros azúcares o polisacáridos pueden sustituir a la dextrosa.
Se puede usar otros sistemas de liberación para compuestos farmacéuticos hidrofóbicos. Los liposomas y las emulsiones son ejemplos conocidos de tansportadores o vehículos de liberación para fármacos hidrofóbicas. También puede usarse algunos solventes orgánicos como el dimetilsulfóxido, aunque normalmente a costa de una toxicidad mayor. Los compuestos pueden liberarse utilizando un sistema de liberación sostenida, como las matrices semipermeables de polímeros hidrofóbicos sólidos que contengan el agente terapéutico. Se ha establecido varios materiales de liberación sostenida y son conocidos por aquéllos expertos en la materia. Las cápsulas de liberación sostenida pueden liberar los compuestos, según su naturaleza química, durante un periodo de pocas semanas o incluso más de 100 días. Según la naturaleza química y la estabilidad biológica del reactivo terapéutico, se puede utilizar estrategias adicionales para la estabilización de proteínas.
Muchos de los compuestos moduladores de PTK de la invención pueden encontrarse como sales con contraiones compatibles farmacéuticamente. Se puede formar sales farmacéuticamente compatibles con muchos ácidos, entre los que se encuentran, pero no exclusivamente, el sulfúrico, acético, láctico, tartárico, maleico, succínico, etc. Las sales tienden a ser más solubles en solventes acuosos u otros solventes próticos que en las formas básicas libres correspondientes.
c) Dosis efectiva
Las composiciones farmacéuticas apropiadas para utilizar en la presente invención incluyen composiciones donde los ingredientes activos están contenidos en una cantidad efectiva para conseguir su objetivo. Más concretamente, una cantidad terapéuticamente efectiva significa una cantidad de compuesto efectiva para impedir, aliviar o mejorar los síntomas de la enfermedad o prolongar la supervivencia del sujeto en tratamiento. La determinación de la cantidad terapéuticamente efectiva está totalmente dentro de la capacidad de aquéllos expertos en la materia, especialmente a la luz de los descubrimientos detallados aquí.
Para cualquier compuesto usado en los métodos de la invención, la dosis terapéuticamente efectiva puede estimarse inicialmente a partir de ensayos de cultivos celulares. Por ejemplo, una dosis puede formularse en modelos de animales para conseguir un rango de concentración circulante que incluye el IC_{50}, tal y como se determinó en cultivo celular (es decir, la concentración del compuesto examinado que consigue una inhibición de la actividad PTK equivalente a la mitad del máximo). Esta información puede usarse para determinar más precisamente las dosis útiles en humanos.
La eficacia tóxica y terapéutica de los compuestos descritos aquí puede determinarse mediante procedimientos farmacéuticos estándar en cultivos celulares o animales experimentales para determinar el DL_{50} (la dosis letal para el 50% de la población) y el DE_{50} (la dosis terapéuticamente efectiva en el 50% de la población). La proporción de dosis entre tóxico y con efectos terapéuticos es el índice terapéutico y puede expresarse como la proporción entre DL_{50} y ED_{50}. Se prefiere los compuestos con índices terapéuticos elevados. Los datos obtenidos de esos ensayos con cultivos celulares y con estudios animales pueden usarse para formular una escala de dosis para el uso en humanos. La dosificación de tales compuestos se encuentra preferiblemente en un rango de concentraciones en circulación que incluyen el DE_{50} con baja o nula toxicidad. La dosificación puede variar dentro de este rango en función de la forma de dosificación y la ruta de administración empleadas. La formulación exacta, la ruta de administración y la dosificación pueden escogerse por el médico individualmente en vista de las condiciones del paciente (ver Fingl et al., 1975, en "The Pharmacological Basis of Therapeutics", Ch. 1, p.1).
La cantidad de dosis y el intervalo puede ajustarse deforma individual para proporcionar niveles de plasma de la fracción activa que sean suficientes para mantener los efectos modulantes de la quinasa, o una concentración efectiva mínima (CEM). La CEM varia para cada compuesto pero puede estimarse a partir de los datos in vitro, como la concentración necesaria para conseguir una inhibición del 50-90% de la quinasa utilizando los ensayos descritos aquí. Las dosis necesarias para conseguir la CEM dependen de las características individuales y de la ruta de administración. Sin embargo, se puede utilizar ensayos HPLC o bioensayos para determinar las concentraciones de plasma.
Los intervalos de dosificación pueden determinarse también utilizando el valor CEM. Los compuestos deben administrarse usando un régimen que mantiene los niveles de plasma por encima de la CEM para 10-90% del tiempo, preferiblemente entre 30-90% y preferentemente entre 50-90%.
En casos de administración local o ingestión selectiva, la concentración local efectiva de la fármaco no está necesariamente relacionada con la concentración de plasma.
La cantidad de composición administrada dependerá, obviamente, del sujeto a tratar, del peso del mismo, de la gravedad de su aflicción, la forma de administración y el juicio del médico que prescribe.
Los métodos para preparar formulaciones farmacéuticas de los compuestos, los métodos para determinar las cantidades de compuestos que hay que administrar a un paciente, y las formas de administrar compuestos a un organismo están también descritas en las Patentes Estadounidenses nº 5.792.783, 5.88.141, 5.786.488, 5.834.504, 5.880.141, 5.883.133, 5.883.116, 5.886.020, así como en los números de la publicación de patentes internacionales WO 96/22976 y WO 98/50356. Todos ellos están incorporados por referencia en su totalidad, incluyendo cualquier figura. Aquéllos expertos en la materia apreciaran que tales descripciones son aplicables a la presente invención y pueden adaptarse fácilmente a la misma.
d) Envasado
Las composiciones pueden presentarse en un envase o en un dispensador que contenga una o más formas de dosis unitarias que contengan el ingrediente activo. El envase puede estar compuesto por una lámina de metal o de plástico, como un envase de blíster. El envase o dispensador puede ir acompañado de instrucciones de administración. El envase o dispensador también puede ir acompañado con una nota asociada al contenedor en la forma prescrita por la agencia gubernamental reguladora de la fabricación, el uso, o la venta de productos farmacéuticos. La nota refleja la aprobación por parte de la agencia de la forma de polinucleótido para administración humana o veterinaria. Dicha nota puede ser la etiqueta, aprobada por la Administración de Alimentos y Medicamentos (FDA) americana, para fármacos con prescripción, o la impresión del producto aprobado. Las composiciones que contienen un compuesto de la invención formulado en un vehículo farmacéutico compatible pueden también ser preparadas, dispuestas en un contenedor apropiado, y etiquetadas para el tratamiento en una condición indicada. Las condiciones apropiadas indicadas en la etiqueta pueden incluir el tratamiento de un tumor, la inhibición de la angiogénesis, el tratamiento de fibrosis, diabetes y similares.
Análisis
Se analizó la capacidad de inhibición de la actividad de la mayoría de proteínas quinasa que demostraban los compuestos de la presente invención. Los ensayos biológicos y los resultados de estos estudios de inhibición se pueden encontrar aquí. Algunos de los métodos utilizados para medir la modulación de la función de la proteína quinasa son similares a los descritos en la Publicación Internacional nº WO 98/07695, publicada el 26 de Marzo de 1998, por Tang et al., y titulada "Indolinone Combinatorial Libraries and Related Products and Methods for the Treatment of Disease" (Lyon & Lyon Docket nº 221/187-PCT) y la Solicitud Estadounidense con número de serie 08/702.232, por Tang et al., y titulada "Indoline Combinatorial Libraries and Related Products and Methods for the Treatment of Disease", archivada el 23 de agosto de 1996, respecto al elevado rendimiento del método. Tanto la solicitud 08/702.232 como la Publicación Internacional nº WO 98/07695 se incorporan aquí por referencia en su totalidad, incluyendo cualquier figura.
Ejemplos
Los ejemplos siguientes no son limitantes y son meramente representativos de varios aspectos y características de la presente invención. Los ejemplos describen métodos para sintetizar compuestos de la invención y métodos para medir un efecto de un compuesto sobre la función de la protein quinasa.
Las células usadas en los métodos están disponibles a nivel comercial. Los vectores de ácido nucleico hospedados por las células también están disponibles a nivel comercial, y las secuencias de genes para las diferentes protein quinasas están fácilmente disponibles en bancos de datos de secuencias. Así, una persona de experticia ordinaria en la materia puede fácilmente recrear las líneas celulares de forma oportuna combinando las células comercialmente disponibles, los vectores de ácido nucleico comercialmente disponibles, y los genes de protein quinasa, utilizando técnicas fácilmente accesibles a personas con conocimientos ordinarios sobre la materia.
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Procedimientos sintéticos Ejemplo I Procedimiento para sintetizar los compuestos de la invención
Los compuestos de la presente invención pueden ser sintetizados usando el siguiente procedimiento general:
Procedimiento General para la condensación de oxindol y aldehído
A una mezcla de oxindol (1 eq.) y aldehído (1-1,2 eq.) en etanol (0,1 M) se añadió piperidina (1 eq.). La mezcla se calentó en un baño de aceite a 90ºC durante 1-3 h. El precipitado se recogió por filtración al vacío, se lavó con etanol y se secó para dar (28-97% de rendimiento) del producto deseado.
Preparación de 4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]pirrol-l-carbaldehído
1,8-Diazabiciclo[5.4.0]undec-7-eno (DBU, 8,39 ml, 56,1 mmol) se añadió a una mezcla agitada de tosilmetil isocianida (10,95 g, 56,1 mmol) en tetrahidrofurano (THF, 56 ml) a 0ºC. Después de 15 minutos, a la mezcla se añadió 5,6-dihidro-2H-piran-2-ona (5 g, 51 mmol). La mezcla luego se agitó a temperatura ambiente durante dos horas. La reacción se paró con salmuera y se extrajo con THF varias veces. Los extractos combinados se secaron (sulfato sódico), se filtraron y se concentraron para dar 6,7-dihidro-2H-pirano[3,4-c]pirrol-4-ona.
RMN^{1}H (300 MHz, DMSO-d_{6}) \delta 11,49 (br s, 1H, NH), 7,41 (m, 1H), 6,67 (m, 1H), 4,32 (t, J = 5,9Hz, 2H, CH_{2}), 2,73 (t, J = 5,9Hz, 2H, CH_{2}). MS 138 [M^{+}+1]
6,7-Dihidro-2H-pirano[3,4-c]pirrol-4-ona (5 g, 36 mmol) se formuló bajo la reacción estándar de Vilsmeier usando N,N-dimetilformamida (DMF, 1,2 eq.) y oxicloruro de fósforo (POCl_{3}, 1,1 eq.) en diclorometano. La mezcla anterior se agitó a temperatura ambiente durante 1 hora. El precipitado salino se filtró, se lavó con diclorometano, se suspendió en agua y se basificó con hidróxido de sodio 6N hasta pH = 12. La mezcla se agitó durante 5 minutos y se filtró. El sólido se lavó con una mezcla de etanol/agua (1:1) para dar 3,5 g (58%) de 4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]pirrol-1-carbaldehído.
RMN^{1}H (300 MHz, DMSO-d_{6}) \delta 12,73 (br s, 1H, NH), 9,63 (s, 1H, CHO), 7,78 (s, 1H), 4,44 (t, J = 6,08Hz, 2H, CH_{2}CH_{2}O), 3,10 (t, J = 6,08Hz, 2H, CH_{2}CH_{2}O). MS 166 [M^{+}+1].
Preparación de 4-oxo-4,5,6,7-tetrahidro-2H-pirrolo[3,4-c]piridina-1-carbaldehído
2-Oxo-piperidin-1-carboxilato de terc-butilo (3,8 g, 19 mmol) en THF (12 ml) se añadió gota a gota a una diisopropilamida de litio (LDA, 19 ml, solución 2,0 M en heptano/THF/etilbenceno) a -78ºC. Después de agitar durante 35 minutos a -78ºC, a la mezcla se añadió gota a gota una solución de disulfuro de fenilo (4,15 g, 19 mmol) y hexametilfosforamida (HMPA, 3,3 ml, 19 mmol) en THF (10 ml). La mezcla se agitó a -78ºC y luego se calentó gradualmente a temperatura ambiente. La reacción se purificó en agua (200 ml) y se extrajo con éter (3x). Los extractos de éter combinados se lavaron consecutivamente con 10% NaOH y agua, y luego se secaron y se concentraron para dar 2-oxo-3-fenilsulfanil-piperidin-1-carboxilato de terc-butilo como un aceite. El aceite se usó en el siguiente paso sin más purificación.
Se añadió ácido 3-Cloroperoxibenzoico (mCPBA, 4,7 g, 70%, 1 equivalente) gota a gota a una solución fría (0ºC) del 2-oxo-3-fenilsulfanil-piperidina-1-carboxilato de terc-butilo en diclorometano (100 ml) y bicarbonato sódico saturado (NaHCO, 20 ml). La mezcla se dejó calentar lentamente a temperatura ambiente hasta que la reacción se completó por TLC.
La mezcla de reacción luego se extrajo con diclorometano, se lavó con NaHCO_{3} (sat.) y se secó para dar 3-bencenosulfonil-2-oxo-piperidin-l-carboxilato de terc-butilo como un aceite. Se usó directamente en el siguiente paso.
3-Bencenosulfonil-2-oxo-piperidina-1-carboxilato de terc-butilo del anterior en tolueno (50 ml) se calentó a 80ºC durante una hora. La mezcla de reacción se concentró y el aceite resultante se purificó por cromatografía en columnas (20-30% EtOAc en Hexano) para dar 2 g de 6-oxo-3,6-dihidro-2H-piridina-1-carboxilato de terc-butilo como un aceite.
RMN^{1}H (360 MHz, DMSO-d_{6}) \delta 6,91 (dt, 1H, COCH=CHCH_{2}), 5,81 (dt, J = 1,8 & 9,3Hz, 1H, COCH=CHCH_{2}), 3,72 (t, J = 6,4Hz, 2H, CONCH_{2}, 2,38 (m, 2H, CONCH_{2}CH_{2}), 1,44 (s, 9H, 3xCH_{3}).
DBU (1,65 ml, 11 mmol) se añadió a una solución agitada de isocianuro de tosilmetilo (2,18 g, 11 mmol) en THF (11 ml) a 0ºC. Después de agitar durante 15 minutos; 6-oxo-3,6-dihidro-2H-piridin-1-carboxilato de terc-butilo (2 g, 10 mmol) anterior se añadió y la mezcla se agitó a temperatura ambiente durante 4 horas. La mezcla de reacción se paró con NaCl saturado y se extrajo con THF.
Los extractos combinados se secaron y se concentraron para dar 2 g (85%) de 4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirrolo[3,4-c]piridina-5-carboxilato de terc-butilo en forma de sólido amarillo.
RMN^{1}H (300 MHz, DMSO-d_{6}) \delta 11,38 (br s, 1H, NH), 7,34 (m, 1H), 6,61 (s, 1H), 3,81 (t, J = 6,0Hz, 2H, CH_{Z}), 2,67 (t, J = 6,0Hz, 2H CH_{2}), 1,44 (s, 9H, 3xCH_{3}).
MS APCI neg. 235 [M^{+}-1].
Se añadió POCl_{3} (0,646 ml, 6,93 mmol) gota a gota al DMF helado (1,5 ml, 18,9 mmol). Después de agitar a temperatura ambiente durante 30 minutos, la mezcla se re-enfrió hasta -5ºC y a esto se añadió una solución del anterior 4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirrolo[3,4-c]piridina-5-carboxilato de terc-butilo (1,5 g, 6,3mol) en DMF (3 ml). La mezcla se agitó a temperatura ambiente durante 6 horas. La mezcla de reacción se enfrió con cubitos de hielo seguido por la adición de hidróxido potásico 10N, ajustando el pH hasta 11-12. Después de agitar durante 30 minutos, la mezcla se extrajo con acetato de etilo. Los extractos combinados se lavaron con salmuera, se secaron y se concentraron para dar 1,2 g de 1-formil-4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirrolo[3,4-c]piridina-5-carboxilato de terc-butilo.
Una mezcla de 1-formil-4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirrolo[3,4-c]piridina-5-carboxilato de terc-butilo (1,2 g, 4,54 mmol) en 50% de ácido trifluoroacético en diclorometano se agitó a temperatura ambiente durante 30 minutos. La reacción se concentró y el residuo se recristalizó a partir de diclorometano para dar 400 mg (75%) de 4-oxo-4,5,6,7-tetrahidro-2H-pirrolo[3,4-c]piridina-1-carbaldehído.
RMN^{1}H (360 MHz, DMSO-d_{6}) \delta 12,30 (br s, 1H, NH), 9,60 (s, 1H, CHO), 7,46 (s, 1H), 7,34 (br s, 1H, NH); 3,36 (t, J = 6,5Hz, 2H, CH_{2}), 2,95 (t, J = 6.5Hz, 2H, CH_{2}).
MS 165 [M^{+}+ 1].
Preparación de 5-Metil-4-oxo-4,5,6,7-tetrahidro-2H-pirrolo[3 4-c]piridina-1-carbaldehído
Se añadió 1-Metil-2-piperidona (4,54 ml, 40 mmol) en THF (25 ml) gota a gota a la diisopropilamida de litio fría (LDA, 40 ml, solución 2,0 M en heptano/THF/etilbenceno) a -78ºC. Después de agitar durante 35 minutos a -78ºC, a la mezcla se añadió gota a gota una solución de disulfuro de fenilo (8,8 g, 40 mmol) y hexametilfosforamida (HMPA, 7 ml, 40 mmol) en THF (20 ml). La mezcla se agitó a -78ºC y luego se calentó gradualmente a temperatura ambiente. La reacción se vertió en agua (400 ml) y se extrajo con éter(3x1 50 ml). Los extractos de éter se lavaron consecutivamente con 10% NaOH, agua, 10% HCl y luego agua, se secaron y se concentraron para dar 10 g (>100% rendimiento bruto) de 3-bencenosulfonil-1-metil-piperidin-2-ona como un aceite. El aceite se usó en el siguiente paso sin más purificación.
MS APCI +ve 222 [M^{+}+1].
Se añadió gota a gota ácido 3-Cloroperoxibenzoico (mCPBA, 4,9 g, 70%, 1 equivalente) a una solución fría (0ºC) de 1-metil-3-fenilsulfanil-piperidin-2-ona (5 g, 22,6 mmol) en diclorometano (100 ml) y NaHCO_{3} saturado(aq) (20 ml). La mezcla se dejó calentar lentamente a temperatura ambiente y se agitó hasta que la reacción se completó por TLC. La mezcla de reacción luego se extrajo con diclorometano, se lavó con bicarbonato sódico saturado y se secó para dar 4,7 g (82% rendimiento bruto) de 3-bencenosulfonil-1-metil-piperidin-2-ona como un aceite.
Una mezcla de 3-bencenosulfonil-1-metil-piperidin-2-ona, a partir del paso previo, en tolueno (50 ml) se calentó hasta 80ºC durante una hora. La mezcla de reacción se concentró y el residuo se purificó por cromatografía en columna (80% EtOAc en Hex) para dar 1,1 g (53% rendimiento bruto) de 1-metil-5,6-dihidro-1H-piridin-2-ona en forma líquida.
RMN ^{1}H (360 MHz, DMSO-d6) \delta 6,60 (dt, 1H, COCH=CHCH_{2}), 5,72 (dt, J = 1,8 & 9,7Hz, 1H, COCH=CHCH_{2}), 3,35 (t, J = 7,2Hz, 2H, CONCH_{2}), 2,82 (s, 3H, CH_{3}), 2,33 (m, 2H, CONCH_{2}CH_{2}), 1,44 (s, 9H, 3xCH_{3}).
MS APCI +ve 112 [M^{+}+1].
Se enfrió hasta -78ºC bajo nitrógeno una solución agitada de litiobis (trimetilsilil)amida (11 ml de solución 1M en THF) y se añadió gota a gota una solución de tosilmetil isocianuro (1,9 g, 10 mmol) en THF (45 ml). Después de la agitación durante 40 minutos a -78ºC, se añadió una solución de 1-metil-5,6-dihidro-1H-piridin-2-ona (1,1 g, 10 mmol) en THF (10 ml) y la mezcla se agitó a temperatura ambiente durante la noche. La reacción se concentró y el residuo se dividió entre agua (150 ml) y diclorometano (150 ml). La fase acuosa se extrajo con diclorometano (3x). Las capas orgánicas combinadas se concentraron y se secaron sometidas al vacío. La espuma resultante se recristalizó a partir de diclorometano para dar 633 mg (42%) de 5-metil-2,5,6,7-tetrahidro-pirrolo[3,4-c]piridin-4-ona en forma de sólido amarillo claro.
RMN ^{1}H (360 MHz, DMSO-d6) \delta 11,0 (br s, 1H, NH), 7,08 (s,1 H), 6,53 (s, 1H), 3,42 (t, J = 6,6Hz, 2H, CH_{2}), 2,89 (s, 3H, CH_{3}), 2,70 (t, J = 6,6Hz, 2H CH_{2}).
5-Metil-2,5,6,7-tetrahidro-pirrolo[3,4-c]piridin-4-ona se formuló bajo condiciones estándar Vilsmeier usando DMF (3 eq.) y POCl_{3} (1,1 eq.) para dar 250 mg (33%) de 5-metil-4-oxo-4,5,6,7-tetrahidro-2H-pirrolo[3,4-c]piridina-1-carbaldehído.
RMN^{1}H (360 MHz, DMSO-d_{6}) 612,37 (br s, 1H, NH), 9,60 (s, 1H, CHO), 7,45 (s, 1H), 3,52 (t, J= 6,6Hz, 211, CH_{2}), 3,04 (t, J = 6,6Hz, 2H, CH_{2}), 2,92 (s, 3H, CH_{3}).
MS m/z 179 [M^{+}+1].
Compuesto NI-001
4-Metil-2-oxo-3-(4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]pirrol-1-ilmetileno)-2,3-dihidro-1H-indol-5-metilsulfonami-da
4-Metil-2-oxo-2,3-dihidro-1H-indol-5-metilsulfonamida (0,2 g, 0,83 mmol) se condensó con 4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]pirrol-1-carbaldehído (1,2 eq., 0,17 g) para dar 0,31 g (97%) del compuesto del título en forma de sólido amarillo.
RMN^{1}H (300 MHz, DMSO-d_{6}) \delta 13,77 (s, 1H, NH), 11,42 (s, 1H, NH-CO), 7,92 (d, J = 3,3Hz, 1H), 7,72 (d, J = 8,1Hz, ArH), 7,69 (s, 1H), 7,42 (q, J = 4,5Hz, 1H, SO_{2}NH), 6,89 (d, J = 8,5Hz, 1H), 4,49 (t, J = 5,8Hz, 2H, CO_{2}CH_{2}CH_{2}), 3,08 (t, J = 5,8Hz, 2H, CO_{2}CH_{2}CH_{2}), 2,84 (s, 3H, CH_{3}), 2,42 (d, J = 4,7Hz, 3H; SO_{2}NHCH_{3}). MS 388 [M^{+}+1].
Compuesto NI-002
2-oxo-3-(4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]pirrol-1-ilmetileno)-2,3-dihidro-1H-indol-5-metilsulfonamida
2-Oxo-2,3-dihidro-1H-indol-5-metilsulfonamida (0,2 g, 0,88 mmol) se condensó con 4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]pirrolo-1-carbaldehído (1,2 eq., 0,18 g) para dar 0,26 g (79%) del compuesto del título en forma de sólido amarillo.
RMN^{1}H (300 MHz, DMSO-d_{6}) \delta 13,74 (s, 1H, NH), 11,45 (s, 1H, NH-CO), 8,28 (d, J = 1,9Hz, 1H), 8,0 (s, 1H, C=CH), 7,95 (d, J = 3,2Hz,1 H), 7,60 (dd, J = 1,9 y 8,3Hz, 1H), 7,21 (m, 1H, SO_{2}NH), 7,05 (d, J = 8,2Hz, 1H), 4,50 (t, J = 5,8Hz, 2H, CO_{2}CH_{2}CH_{2}), 3,18 (t, J = 5,8Hz, 2H, CO_{2}CH_{2}CH_{2}), 2,41 (d, J = 5,2Hz, 3H, SO_{2}NHCH_{3}). MS 374 [M^{+}+l].
Compuesto NI-003
1-(4-Metil-2-oxo-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil)-6,7-dihidro-2H-pirano[3,4-c]pirrol-4-ona
4-Metil-1,3-dihidro-indol-2-ona se condensó con 4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]pirol-1-carbaldehído para dar el compuesto del título.
MS m/z 295,2 [M^{+}+1].
Compuesto NI-004
1-(5-Metoxi-2-oxo-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil)-6,7-dihidro-2H-pirano[3,4-c]pirrol-4-ona
5-Metoxi-l,3-dihidro-indol-2-ona se condensó con 4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]pirrol-1-carbaldehído para dar el compuesto del título. MS m/z 311,2 [M^{+}+1].
Compuesto NI-005
1-(6-Metoxi-2-oxo-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil)-6,7-dihidro-2H-pirano[3,4-c]pirrol-4-ona
6-Metoxi-1,3-dihidro-indol-2-ona se condensó con 4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]pirrol-1-carbaldehído para dar el compuesto del título.
MS m/z 311.2 [M^{+}+1].
Compuesto NI-006
1-(S-Bromo-2-oxo-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil}-6,7-dihidro-2H-pirano[3,4-c]pirrol-4-ona
5-Bromo-1,3-dihidro-indol-2-ona se condensó con 4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]pirrol-1-carbaldehído para dar el compuesto del título. MS m/z 359,2 & 361,1 [M^{+}+1].
\newpage
Compuesto NI-007
1-(5-Cloro-2-oxo-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil)-6,7-dihidro-2H-pirano[3,4-c]pirrol-4-ona
5-Cloro-1,3-dihidro-indol-2-ona se condensó con 4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]pirrol-1-carbaldehído para dar el compuesto del título. MS m/z 315,2 [M^{+}+1].
Compuesto NI-008
1-[4-(2-Hidroxi-etil)-2-oxo-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil]-6,7-dihidro-2H-pirano[3,4-c]pirrol-4-ona
4-(2-Hidroxi-etil)-1,3-dihidro-indol-2-ona (0,1 g, 0,6 mmol) se condensó con 4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]pirrol-1-carbaldehído (1,2 eq., 0,06 g) para dar 0,5 g (28%) del compuesto del título como un sólido amarillo.
RMN^{1}H (300 MHz, DMSO-d_{6}) \delta 13,87 (s, 1H, NH), 11,07 (s, 1H, NH-CO), 7,90 (d, J = 3,0Hz, 1H), 7,55 (s, 1H, C=CH), 7,09 (m, 1H), 6,84 (d, J = 7,6Hz, 1H), 6,76 (d, J = 7,7Hz, 1H), 4,89 (t, J = 4,8Hz, 1H, CH_{2}CH_{2}OH), 4,49 (t, J = 6,0Hz, 2H, CO_{2}CH_{2}CH_{2}pirrol), 3,70 (m, 2H, HOCH_{2}CH_{2}Ar y CO_{2}CH_{2}CH_{2}pirrol). MS m/z 325,2 [M^{+}+1].
Compuesto NI-009
1-(2-Oxo-5-fenil-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil)-6,7-dihidro-2H-pirano[3,4-c]pirrol-4-ona
5-Fenil-l,3-dihidro-indol-2-ona se condensó con 4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]pirrol-1-carbaldehído para dar el compuesto del título. MS m/z 357,2 [M^{+}+1].
Compuesto NI-010
2-Oxo-3-(4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]pirrol-1-ilmetileno)-2,3-dihidro-1H-indol-5-sulfonamida
2-Oxo-2,3-dihidro-1H-indol-5-sulfonamida se condensó con 4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]pirrol-1-carbaldehído para dar el compuesto del título. MS m/z 360,2 [M^{+}+1].
Compuesto NI-011
2-oxo-3-(4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]pirrol-1-ilmetileno)-2,3-dihidro-1H-indol-5-dimetilsulfonamida
2-Oxo-2,3-dihidro-4H-indol-5-dimetilsulfonamida se condensó con 4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]pirrol-1-carbaldehído para dar el compuesto del título. MS m/z 388,2 [M^{+}+1].
Compuesto NI-012
2-Oxo-3-(4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]pirrol-1-ilmetileno)-2,3-dihidro-1H-indol-5-isopropilsulfonamida
2-Oxo-2,3-dihidro-1H-indol-5-isopropilsulfonamida se condensó con 4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]pirrol-1-carbaldehído para dar el compuesto del título. MS m/z 402.2 [M\pm1].
Compuesto NI-013
2-Oxo-3-(4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]pirrol-1-ilmetileno)-2,3-dihidro-1H-indol-5-fenilsulfonamida
2-Oxo-2,3-dihidro-1H-indol-5-fenilsulfonamida se condensó con 4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]pirrol-1-carbaldehído para dar el compuesto del título. MS m/z 436.2 [M^{+}+l].
Compuesto NI-014
N-[2-oxo-3-(4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]pirrol-1-ilmetileno)-2,3-dihidro-1H-indol-6-il]-acetamida
N-(2-Oxo-2,3-dihidro-1H-indol-6-il)-acetamida se condensó con 4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]pirrol-1-carbaldehído para dar el compuesto del título. MS m/z 338,2 [M^{+}+1].
Compuesto NI-015
1-(2-Oxo-6-Fenil-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil)-6,7-dihidro-2H-pirano[3,4-c]pirrol-4-ona
6-Fenil-1,3-dihidro-indol-2-ona se condensó con 4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]pirrol-1-carbaldehído para dar el compuesto del título. MS m/z 357,2 [M^{+}+1].
\newpage
Compuesto NI-016
1-(5-Fluoro-2-oxo-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil)-6,7-dihidro-2H-pirano[3,4-c]pirrol-4-ona
5-Fluoro-1,3-dihidro-indol-2-ona se condensó con 4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]pirrol-1-carbaldehído para dar el compuesto del título. MS m/z 299,2 [M+1].
Compuesto NI-017
Ácido 2-Oxo-3-(4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]pirrol-1-ilmetileno)-2,3-dihidro-1H-indol-5-carboxílico
Ácido 2-Oxo-2,3-dihidro-1H-indol-5-carboxílico se condensó con 4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]pirrol-1-carbaldehído para dar el compuesto del título. MS m/z 325,2 [M^{+}+1].
Compuesto NI-018
Ácido 2-Oxo-3-(4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]pirrol-1-ilmetileno)-2,3-dihidro-1H-indol-6-carboxílico
Ácido Oxo-2,3-dihidro-1H-indol-6-carboxílico se condensó con 4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]pirrol-1-carbaldehído para dar el compuesto del título. MS m/z 325,2 [M+1].
Compuesto NI-019
1-(6-Cloro-2-oxo-1,2-dihidro-indol-3-ilidenemetil)-6,7-dihidro-2H-pirano[3,4-c]pirrol-4-ona
6-Cloro-1,3-dihidro-indol-2-ona se condensó con 4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]pirrol-1-carbaldehído para dar el compuesto del título. MS m/z 315,2 [M^{+}+1].
Compuesto NI-020
1-(6-Bromo-2-oxo-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil)-6,7-dihidro-2H-pirano[3,4-c]pirrol-4-ona
6-Bromo-1,3-dihidro-indol-2-ona se condensó con 4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]pirrol-1-carbaldehído para dar el compuesto del título. MS m/z 359,2 & 361 [M^{+}+1].
Compuesto NI-021
1-[6-(2-metoxi-Fenil)-2-oxo-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil]-6,7-dihidro-2H-pirano[3,4-c]pirrol-4-ona
6-(2-Metoxi-Fenil)-1,3-dihidro-indol-2-ona se condensó con 4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]pirrol-1-carbaldehído para dar el compuesto del título. MS m/z 387,2 [M^{+}+1].
Compuesto NI-022
1-[6-(3-Metoxi-Fenil)-2-oxo-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil]-6,7-dihidro-2H-pirano[3,4-c]pirrol-4-ona
6-(3-Metoxi-Fenil)-1,3-dihidro-indol-2-ona se condensó con 4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]pirrol-1-carbal-dehído para dar el compuesto del título. MS m/z 387,2 [M^{+}+1].
Compuesto NI-023
1-[6-(4-Metoxi-Fenil)-2-oxo-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil]-6,7-dihidro-2H-pirano[3,4-c]pirrol-4-ona
6-(4-Metoxi-Fenil)-1,3-dihidro-indol-2-ona se condensó con 4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]pirrol-1-carbal-dehído para dar el compuesto del título. MS m/z 387,2 [M^{+}+1].
Compuesto NI-024
1-[6-(4-Fluoro-Fenil)-2-oxo-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil]-6,7-dihidro-2H-pirano[3,4-c]pirrol-4-ona
6-(4-Fluoro-Fenil)-1,3-dihidro-indol-2-ona se condensó con 4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]pirrol-1-carbaldehído para dar el compuesto del título. MS m/z 375,2 [M^{+}+1].
\newpage
Compuesto NI-025
1-(2-oxo-6-piridin-3-il-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil)-6,7-dihidro-2H-pirano[3,4-c]pirrol-4-ona
6-Piridin-3-il-1,3-dihidro-indol-2-ona se condensó con 4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]pirrol-1-carbaldehído para dar el compuesto del título. MS m/z 358,4 [M^{+}+1].
Compuesto IN-026
1-[5-(2,3-Dihidro-indol-1-sulfonil)-2-oxo-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil]-6,7-dihidro-2H-pirano[3,4-c]pirrol-4-ona
A una mezcla de 5-clorosulfonil-2-oxindol (5 g, 21,6 mmol) e indolina (2,9 ml, 26 mmol) en THF (20 ml) se añadió piridina (3,4 g, 43 mmol). Tras agitar a temperatura ambiente durante un día, el precipitado se recogió por filtración, se lavó con agua en etanol (20%), se secó, se lavó con 60 ml de etanol caliente y se secó al vacío para dar 7,5 g (sobre 100%) de 5-(2,3-dihidro-indol-1-sulfonil)-1,3-dihidro-indol-2-ona en forma de sólido rosa.
RMN^{1}H (360 MHz, DMSO-d_{6}) \delta 10,76 (br s, 1H, NH), 7,62 (m, 2H), 7,43 (d, J = 8,0Hz, I H), 7,13-1,18 (m, 2H), 6,95 (dt, J = 0,9 & 7,5Hz, 1H), 6,90 (d, J = 8,0Hz,1H), 3,87 (t, J = 8,5Hz, 2H, CH_{2}CH_{2}), 3,51 (s, 2H, CH), 2,91 (t, J = 8,5Hz, 2H, CH_{2}CH_{2}). MS-EI 314 [M^{+}].
5-(2,3-Dihidro-indol-1-sulfonil)-1,3-dihidro-indol-2-ona se condensó con 4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]
pirrol-1-carbaldehído para dar el compuesto del título. MS m/z 462,3 [M^{+}+1].
Compuesto NI-027
1-[5-(3,4-Dihidro-2H-quinolin-1-sulfonil)-2-oxo-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil]-6,7-dihidro-2H-pirano[3,4-c]pi-rrol-4-ona
5-(3,4-Dihidro-2H-quinolin-1-sulfonil)-1,3-dihidro-indol-2-ona se condensó con 4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]pirrol-1-carbaldehído para dar el compuesto del título. MS m/z 476,2 [M+1].
Compuesto NI-028
1-[5-(3,4-Dihidro-1H-isoquinolin-2-sulfonil)-2-oxo-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil]-6,7-dihidro-2H-pirano[3,4-c]pi-rrol-4-ona
5-(3,4-Dihidro-1H-isoquinolin-2-sulfonil)-1,3-dihidro-indol-2-ona se condensó con 4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]pirrol-1-carbaldehído para dar el compuesto del título. MS m/z 476,3 [M^{+}+1].
Compuesto NI-029
1-[5-(5-Bromo-2,3-dihidro-indol-1-sulfonil)-2-oxo-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil]-6,7-dihidro-2H-pirano [3,4-c]pi-rrol-4-ona
5-(5-Bromo-2,3-dihidro-indol-1-sulfonil)-1,3-dihidro-indol-2-ona se condensó con 4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]pirrol-1-carbaldehído para dar el compuesto del título. MS m/z 540,3 & 542 [M^{+}+1].
Compuesto IN-030
2-Oxo-3-(4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]pirrol-1-ilmetileno)-2,3-dihidro-1H-indol-5-(3-clorofenil)metilsulfonamida
2-Oxo-2,3-dihidro-1H-indol-5-(3-cloro-fenil)-metil-sulfonamida se condensó con 4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]pirrol-1-carbaldehído para dar el compuesto del título. MS m/z 484,2 [M^{+}+1].
Compuesto IN-031
1-(6-Fluoro-2-oxo-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil)-6,7-dihidro-2H-pirano[3,4-c]pirrol-4-ona
6-Fluoro-l,3-dihidro-indol-2-ona se condensó con 4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]pirrol-l-carbaldehído para dar compuesto del título m/z 299,2 [M^{+}+1].
Compuesto NI-032
1-(5-Cloro-4-metil-2-oxo-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil)-6,7-dihidro-2H-pirano[3,4-c]pirrol-4-ona
5-Cloro-4-metil-1,3-dihidro-indol-2-ona se condensó con 4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]pirrol-1-carbalde-hído para dar el compuesto del título m/z 329,2 [M^{+}+1].
Compuesto NI-033
1-(7-Cloro-2-oxo-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil)-6,7-dihidro-2H-pirano[3,4-c]pirrol-4-ona
7-Cloro-1,3-dihidro-indol-2-ona se condensó con 4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]pirrol-1-carbaldehído para dar el compuesto del título. MS m/z 315,2 [M+1].
Compuesto NI-034
Ácido 3-[2-Oxo-3-(4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]pirrol-1-ilmetileno)-2,3-dihidro-1H-indol-5-il]-benzoico
Ácido 3-(2-Oxo-2,3-dihidro-1H-indol-5-il)-benzoico se condensó con 4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]pirrol-1-carbaldehído para dar el compuesto del título.
MS m/z 401,2 [M^{+}+1].
Compuesto NI-035
Ácido 3-[2-Oxo-3-(4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]pirrol-1-ilmetileno)-2,3-dihidro-1H-indol-6-il]-benzoico
Ácido 3-(2-Oxo-2,3-dihidro-1H-indol-6-il)-benzoico se condensó con 4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]pirrol-1-carbaldehído para dar el compuesto del título.
MS m/z 401,2 [M^{+}+I].
Compuesto NI-036
2-Oxo-3-(4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]pirrol-1-ilmetileno)-2,3-dihidro-1H-indol-5-(3-cloro-fenil)-sulfona-mida
2-Oxo-2,3-dihidro-1H-indol-5-(3-clorofenil)sulfotamida se condensó con 4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]
pirrol-1-carbaldehído para dar el compuesto del título. MS m/z 470,2 [M^{+}+1].
Compuesto NI-037
1-(5-Bromo-4-metil-2-oxo-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil)-6,7-dihidro-2H-pirano[3,4-c]pirrol-4-ona
5-Bromo-4-metil-1,3-dihidro-indol-2-ona se condensó con 4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]pirrol-1-carbal-dehído para dar el compuesto del título. MS m/z 373,2 & 375 [M^{+}+1].
Compuesto NI-038
1-(2-Oxo-5-Fenil-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil)-2,5,6,7-tetrahidro-pirrolo[3,4-c-piridin-4-ona
Una mezcla de 5-Fenil-1,3-dihidro-indol-2-ona (41,8 mg, 0,2 mmol), 4-oxo-4,5,6,7-tetrahidro-2H-pirrolo[3,4-c]
piridina-1-carbaldehído (1 equivalente) y 0,1 ml de piperidina en etanol (1 ml) se calentó en un tubo sellado a 80ºC durante 3 horas. El precipitado se recogió por filtración al vacío, se lavó con etanol y se secó para dar el compuesto del título en forma de sólido amarillo.
RMN ^{1}H (300 MHz, DMSO-d_{6}) \delta 13,58 (s, 1H, NH), 11,06 (br s, 1H, NH), 8,16 (d, J = 1.3Hz, 1H), 7,86 (s, 1H, H-vinilo), 7,68-7,71 (m, 3H), 7,40-7,48 (m, 4H), 7,31(m, 1H), 6,95 (d, J = 8,1Hz, 1H), 3,41 (m, 2H, CH_{Z}), 3,02 (t, J = 6,4Hz, 2H, CH_{2}). MS m/z 356 [M^{+}+1].
Compuesto NI-039
1-(2-Oxo-Fenil-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil)-2,5,6,7-tetrahidro-pirrolo[3,4-c]piridin-4-ona
Una mezcla de 6-Fenil-1,3-dihidro-indol-2-ona (41,8 mg, 0,2 mmol), 4-oxo-4,5,6,7-tetrahidro-2H-pirrolo[3,4-c]piridina-1-carbaldehído (1 equivalente) y 0,1 ml de piperidina en etanol (1 ml) se calentó en un tubo sellado a 80ºC durante 3 horas. El precipitado se recogió por filtración al vacío, se lavó con etanol y se secó para dar el compuesto del título en forma de sólido amarillo.
RMN^{1}H (300 MHz, DMSO-d_{6}) \delta 13,55 (s, 1H, NH), 11,09 (br s, 1H, NH), 7,86 (d, J = 7,7Hz, l H), 7,72 (s, l H, H-vinilo), 7,68 (d, J = 3,4Hz, l H), 7,64 (m, 2H), 7,45 (t, J = 7,5Hz, 2H), 7,30-7,40 (m, 3H), 7,10 (d, J = 1,2Hz,1H), 3,41 (m, 2H, CH_{2}), 2,99 (t, J = 6,7Hz, 2H, CH,). MS m/z 356 [M^{+}+1].
\newpage
Compuesto NI-040
1-(6-Bromo-2-oxo-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil)-2,5,6,7-tetrahidro-pirrolo[3,4-c]piridin-4-ona
Una mezcla de 6-bromo-1,3-dihidro-indol-2-ona (42,4 mg, 0,2 mmol), 4-oxo-4,5,6,7-tetrahidro-2H-pirrolo[3,4-c]piridi-na-1-carbaldehído (1 equivalente) y 0,1 ml de piperidina en etanol (1 ml) se calentó en un tubo sellado a 80ºC durante 3 horas. El precipitado se recogió por filtración al vacío, se lavó con etanol y se secó para dar el compuesto del título en forma de sólido amarillo.
RMN^{1}H (300 MHz, DMSO-d_{6}) \delta 13,45 (s, 1H, NH), 11,09 (br s, 1H, NH), 7,74 (d, J = 8,4Hz, 1H), 7,74 (s, 1H, H-vinilo), 7,70 (d, J = 3,3Hz, 1H), 7,41 (br s, 1H, NH), 7,19 (dd, J = 1,4 & 8,4Hz, 1H), 7,01 (d, J = 1, 4Hz, 1H), 3,39 (m, 2H, CH_{2}), 2,96 (t, J = 6,4Hz, 2H, CH_{2}). MS m/z 358 & 360 [M^{+}+1].
Compuesto NI-041
1-(6-Cloro-2-oxo-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil)-2,5,6,7-tetrahidro-pirrolo[3,4-c]piridin-4-ona
Una mezcla de 6-cloro-1,3-dihidro-indol-2-ona (33,5 mg, 0,2 mmol), 4-oxo-4,5,6,7-tetrahidro-2H-pirrolo[3,4-c]piridin-1-carbaldehído (1 equivalente) y 0,1 ml de piperidina en etanol (1 ml) se calentó en un tubo sellado a 80ºC durante 3 horas. El precipitado se recogió por filtración al vacío, se lavó con etanol y se secó para dar el compuesto del título en forma de sólido amarillo.
RMN^{1}H (300 MHz, DMSO-d_{6}) \delta 13,45 (s, 1H, NH), 11,10 (br s, 1H, NH), 7,80 (d, J = 8,1Hz, 1H), 7,73 (s, 1H, H-vinilo), 7,68 (d, J = 3,2Hz, 1H), 7,40 (br s, 1H, NH), 7,05 (dd, J = 1,8 & 8,1Hz, 1H), 6,88 (d, J = 1,8Hz, 1H), 3,40 (m, 2H, CH_{2}), 2,97 (t, J = 6,5Hz, 2H, CH_{2}). MS m/z 314 [M^{+}+1].
Compuesto NI-042
2-Oxo-3-(4-oxo-4,5,6,7-tetrahidro-2H-pirrolo[3,4-c]piridin-1-ilmetileno)-2,3-dihidro-1H-indol-5-dimetilsulfonamida
Una mezcla de 2-oxo-2,3-dihidro-1H-indol-5-dimetil-sulfonamida (48 mg, 0,2 mmol), 4-oxo-4,5,6,7-tetrahidro-2H-pirrolo[3,4-c]piridin-1-carbaldehído (1 equivalente) y 0,1 ml de piperidina en etanol (1 ml) se calentó en un tubo sellado a 80ºC durante 3 horas. El precipitado se recogió por filtración al vacío, se lavó con etanol y se secó para dar el compuesto del título en forma de sólido amarillo.
RMN^{1}H (300 MHz, DMSO-d_{6}) \delta 13,51 (s, 1H, NH), 11,25 (br s, 1H, NH), 8,29 (d, J = 1,6Hz, 1H), 8,03 (s, 1H, H-vinilo), 7,73 (d, J = 3,2Hz, 1H), 7,53 (dd, J = 1,6 & 8,2Hz, 1H), 7,43 (br s, 1H, NH), 7,07 (d, J = 8,2Hz, 1H), 3,43 (m, 2H, CH_{2}), 3,06 (t, J = 6,6Hz, 2H, CH_{2}), 2,60 (s, 6H, 2xCH_{3}). MS m/z 387 [M^{+}+1].
Compuesto NI-043
2-oxo-3-(4-oxo-4,5,6,7-tetrahidro-2H-pirrolo[3,4-c]piridin-1-ilmetileno)-2,3-dihidro-1H-indol-5-dimetilcarboxamida
Se añadió benzotriazol-1-iloxitripirrolidinofosfonio hexafluorofosfato (PyBOP, 3,5 g, 6,72 mmol) a una mezcla de 5-carboxi-2-oxindol (1 g, 5,6 mmol), dimetilamina (5,6 ml de THF 2,0 M, 11,2 mmol) y trietilamina (2,0 ml, 14 mmol) endiclorometano. Tras agitar a temperatura ambiente durante 3 horas, la reacción se diluyó con más diclorometano, se lavó con agua, bicarbonato sódico concentrado y salmuera, se secó y se concentró. El residuo se purificó por cromatografía de columna para obtener 480 mg (42%) de 2-oxo-2,3-dihidro-1H-indol-5-dimetilcarboxamida.
RMN^{1}H (300 MHz, DMSO-d_{6}) \delta 10,50 (br s, 1H, NH), 7,23 (m, 2H), 6,81 (d, J = 6.9Hz, 1H), 3,49 (s, 2H, CH_{2}), 2,93 (s, 6H, 2xCH_{3}). MS-EI m/z 204 [M+].
Una mezcla de 2-oxo-2,3-dihidro-1H-indol-5-dimetilcarboxamida (40,8 mg, 0,2 mmol), 4-oxo-4,5,6,7-tetra-hidro-2H-pirrolo[3,4-c]piridina-1-carbaldehído (1 eq.) y 0,1 ml de piperidina en etanol (1 ml) se calentó en un tubo sellado a 80ºC durante 3 horas. Se recogió el precipitado mediante una filtración al vacío, se lavó con etanol y se secó para obtener el compuesto del título en forma de sólido amarillo.
RMN^{1}H (300 MHz, DMSO-d_{6}) \delta 13,53 (br s, 1H, NH), 11,14 (br s, 1H, NH), 7,92 (d, J = 1,3Hz, 1H), 7,82 (s, 1H, H-vinilo), 7,68 (d, J = 2,7Hz, 1H), 7,40 (br s, 1H, NH), 7,20 (dd, J = 1,3 & 8,0Hz, 1H), 6,89 (d, J = 8,0Hz, 1H), 3,40 (m, 2H, CH_{2}), 2,99 (m, 2H, CH_{2}), 2,97 (s, 6H, 2xCH_{3}). MS 351 m/z [M^{+}+1].
Compuesto NI-044
1-[2-oxo-5-(pirrolidina-1-carbonil)-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil]-2,5,6,7-tetrahidro-pirrolo[3,4-c]piridin-4-ona
Se añadió PyBOP (3,5 g, 6,72 mmol) a una mezcla de 5-carboxi-2-oxindol (1 g, 5,6 mmol), pirrolidina (0,5 ml, 6,2 mmol) y trietilamina (2,0 ml, 14 mmol) en diclorometano. Tras agitar a temperatura ambiente durante 4 horas, la reacción fue diluida con más diclorometano, se lavó con bicarbonato sódico saturado y salmuera, se secó y se concentró. El residuo se purificó por cromatografía de columna para obtener 5-pirrolidina-1-carbonil)-1,3-dihidro-indol-2-ona.
RMN^{1}H (300 MHz, DMSO-d_{6}) \delta 10,52 (br s, 1H, NH), 7.37 (m, 2H), 6,80 (d, J = 8,5Hz, 1H), 3,49 (s, 2H, CH_{2}), 3,42 (m, 4H, 2xCH_{2}), 1,81 (m, 4H, 2xCH_{2}). MS-EI m/z 230 [M+].
Una mezcla de 5-pirrolidina-1-carbonil)4,3-dihidro-indol-2-ona (46 mg, 0,2 mmol), 4-oxo-4,5,6,7-tetrahidro-2H-pirrolo[3,4-c]piridina-1-carbaldehído (1 equivalente) y 0,1 ml de piperidina en etanol (1 ml), se calentó en un tubo sellado a 80ºC durante 3 horas. Se recogió el precipitado por filtración al vacío, se lavó con etanol y se secó para obtener el compuesto del título en forma de sólido amarillo.
RMN^{1}H (300 MHz, DMSO-d_{6}) \delta 13,52 (s, 1H, NH), 11,14 (br s, 1H, NH), 8,02 (d, J = 1,3Hz, 1H), 7,83 (s, 1H, H-vinilo), 7,69 (d, J = 2,9Hz, 1H), 7,40 (br s, 1H, NH), 7,32 (dd, J = 1,3 & 7,7Hz, 1H), 6,89 (d, J = 7,7Hz, 1H), 3,39-3,48 (m, 6H), 3,0 (t, J = 6,4Hz, 2H, CH,),1,84 (m, 4H, 2xCH,). MS m/z 377 [M^{+}+1].
Compuesto NI-045
1-[5-(morfolina-4-carbonilo)-2-oxo-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil]-2,5,6,7-tetrahidro-pirrolo[3,4-c]piridin-4-ona
Se añadió PyBOP (3,5 g, 6,72 mmol) a una mezcla de 5-carboxi-2-oxindol (1 g, 5,6 mmol), morfolina (0,5 ml, 6,2 mmol) y trietilamina (2,0 ml, 14 mmol) en diclorometano. Tras agitar a temperatura ambiente durante 4 horas, la reacción se diluyó con más diclorometano, se lavó con bicarbonato sódico saturado y salmuera, se secó y se concentró. El residuo se purificó por cromatografía de columna para obtener 5-morfolina-4-carbonil-1,3-dihidro-indol-2-ona.
RMN^{1}H (300 MHz, DMSO-d_{6}) \delta 10,54 (br s, 1H, NH), 7,24 (m, 2H), 6,83 (d, J = 7.6Hz, 1H), 3,56 (m, 4H, 2xCH_{2}), 3,49 (s, 2H, CH_{2}), 3,47 (m, 4H, 2xCH_{2}). MS APCI neg. m/z 245 [M^{+}-1].
Una mezcla de 5-(morfolina-4-carbonil)-1,3-dihidro-indol-2-ona (49,2 mg, 0,2 mmol), 4-oxo-4,5,6,7-tetrahidro-2H-pirrolo[3,4-c]piridina-1-carbaldehído (1 eq.) y 0,1 ml de piperidina en etanol (1 ml) se calentó en un tubo sellado a 80ºC durante 3 horas. Se recogió el precipitado por filtración al vacío, se lavó con etanol y se secó para obtener el compuesto del título en forma de sólido amarillo.
RMN^{1}H (300 MHz, DMSO-d_{6}) \delta 13,52 (s, 1H, NH), 11,16 (br s, 1H, NH), 7,92 (d, J = 1,4Hz, 1H), 7,83 (s, 1H, H-vinilo), 7,69 (d, J = 3,0Hz, 1H), 7,41(br s, 1H, NH), 7,21(dd, J = 1,4 & 7,9Hz, 1H), 6,91 (d, J = 7,9Hz, 1H), 3.59 (m, 4H, 2xCH_{2}), 3,52 (m, 4H, 2xCH_{2}), 3,41 (m, 2H, CH_{2}), 3,0 (t, J = 6,6Hz, 2H, CH_{2}. MS m/z 393 [M^{+}+l].
Compuesto NI-046
1-[4-(2-hidroxi-etil)-2-oxo-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil]-2,5,6,7-tetrahidro-pirrolo[3,4-c]piridin-4-ona
Una mezcla de 4-(2-hidroxi-etil)-1,3-dihidro-indol-2-ona (35,4 mg, 0,2 mmol), 4-oxo4,5,6,7-tetrahidro-2H-pirrolo-[3,4-c]piridina-1-carbaldehído (32,8 mg, 0,2 mmol) y 0,1 ml de piperidina en etanol (1 ml) se calentó en un tubo sellado a 80ºC durante 4 horas. Se recogió el precipitado por filtración al vació, se lavó con etanol frío y se secó para obtener el compuesto del título.
RMN^{1}H (300 MHz, DMSO-d_{6}) \delta 13,62 (br s, 1H, NH), 11,0 (s, 1H, NH), 7,66 (d, J = 3,0Hz, 1H), 7,55 (s, 1H, H-vinilo), 7,38 (br s, 1H, NH), 7,07 (t, J = 7,6Hz, 1H), 6,83 (d, J = 7,6Hz, 1H), 6,76 (d, J = 7,6Hz, 1H), 4,89 (t, J = 4,7Hz, 1H, 0H), 3,70 (m, 2H, CH_{2}), 3,41 (m, 2H, CH_{2}), 3,06 (t, J = 7,2Hz, 2H, CH_{2}), 2,89 (t, J = 6,4Hz, 2H, CH_{2}). MS m/z 324 [M^{+}+1].
Compuesto NI-047
1-(5-metoxi-2-oxo-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil)-2,5,6,7-tetrahidro-pirrolo[3,4-c]piridin-4-ona
Una mezcla de 5-metoxi-1,3-dihidro-indol-2-ona (32,6 mg, 0,2 mmol), 4-oxo-4,5,6,7-tetrahidro-2H-pirrolo-[3,4-c]piridina-1-carbaldehído (32,6 mg, 0,2 mmol) y 0,1 ml de piperidina en etanol (1 ml) se calentó en un tubo sellado a 80ºC durante 4 horas. Se recogió el precipitado por filtración al vació, se lavó con etanol frío y se secó para obtener el compuesto del título.
RMN^{1}H (300 MHz, DMSO-d_{6}) \delta 13,65 (br s, 1H, NH), 10,79 (s, 1H, NH), 7,70 (s, 1H, H-vinilo), 7,66 (d, J = 2,8Hz, 1H), 7,47 (d, J = 2,4Hz, 1H), 7,38 (br s, 1H, NH), 6,75 (m, 2H), 3,41 (m, 2H, CH_{2}), 3,32 (s, 3H, OCH_{3}, 2,99 (t, J = 6,5Hz, 2H, CH_{2}). MS m/z 310 [M^{+}+1].
\newpage
Compuesto NI-048
1-(5-fluoro-2-oxo-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil)-2,5,6,7-tetrahidro-pirrolo[3,4-c]piridin-4-ona
Una Mezcla de 5-fluoro-1,3-dihidro-indol-2-ona (30,2 mg, 0,2 mmol), 4-oxo-4,5,6,7-tetrahidro-2H-pirrolo[3,4-c]piridina-1-carbaldehído (32,8 mg, 0,2 mmol) y 0,1 ml de piperidina en etanol (1 ml) se calentó en un tubo sellado a 80ºC durante 4 horas. Se recogió el precipitado por filtración al vacío, se lavó con etanol frío y se secó para obtener el compuesto del título.
RMN^{1}H (300 MHz, DMSO-d_{6}) \delta 13,57 (br s, 1H, NH), 10,98 (s, 1H, NH), 7,77 (s, 1H, H-vinilo), 7,73 (dd, J = 2,6 & 9,3Hz, 1H), 7,70 (d, J = 2,7Hz, 1H), 7,40 (br s, 1H, NH), 6,96 (m,1 H), 6,84 (dd, 1H), 3,41 (m, 2H, CH_{2}), 2,98 (t, J = 6,5Hz, 2H, CH,). MS m/z 298 [M^{+}+1].
Compuesto NI-049
1-(5-bromo-2-oxo-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil)-2,5,6,7-tetrahidro-pirrolo[3,4-c]piridin-4-ona
Una mezcla de 5-bromo-1,3-dihidro-indol-2-ona (23 mg, 0,11 mmol), 4-oxo-4,5,6,7-tetrahidro-2H-pirrolo[3,4-c]piri-dina-1-carbaldehído (29,7 mg, 0,18 mmol) y 0,1 ml de piperidina en etanol (1 ml) se calentó en un tubo sellado a 80ºC durante 4 horas. Se recogió el precipitado por filtración al vacío, se lavó con etanol frío y se secó para obtener 26mg (67%) del compuesto del título.
RMN^{1}H (300 MHz, DMSO-d_{6}) \delta 13,52 (br s, 1H, NH), 11,09 (br s, 1H, NH), 8,08 (d, J = 2,3Hz, 1H), 7,83 (s, 1H, H-vinilo), 7,70 (d, J = 3,0Hz, 1H), 7,41 (br s, 1H, NH), 7,29 (dd, J = 2,3 & 8,3Hz, 1H), 6,82 (d, J = 8,3Hz, 1H), 3,40 (m, 2H, CH_{2}), 2,99 (t, J = 6,5Hz, 2H, CH_{2}). MS m/z 358/360
Compuesto NI-050
Ácido 2-oxo-3-(4-oxo-4,5,6,7-tetrahidro-2H-pirrolo-[3,4-c]piridin-1-ilmetileno)-2,3-dihidro-1H-indol-5-carboxílico
Una mezcla de ácido 2-oxo-2,3-dihidro-1H-indol-5-carboxílico (44,5 mg, 0,25 mmol), 4-oxo-4,5,6,7-tetrahidro-2H-pirrolo[3,4-c]piridina-1-carbaldehído (41 mg, 0,25 mmol) y 0,1 ml de piperidina en etanol (1 ml) se calentó en un tubo sellado a 80ºC durante 6 horas. Se recogió el precipitado por filtración al vacío y se lavó con etanol frío. Luego se disolvió el sólido en metanol, los insolubles se eliminaron, y el filtrado se concentró para obtener 20 mg (25%) del compuesto del título en forma de sólido amarillo.
RMN^{1}H (300 MHz, DMSO-d_{6}) \delta 13,59 (s, 1H, NH), 11,10 (br s, 1H, NH), 8,24 (s, 1H), 7,76 (d, J = 7,8Hz, 1H), 7,65 (m, 2H), 7,37 (br s, 1H, NH), 6,78 (d, J = 8,1Hz, 1H), 3.38 (m, CH_{2}), 3,0 (t, 2H, CH_{2}). MS m/z 324 [M^{+}+1].
Compuesto NI-051
2-oxo-3-(4-oxo-4,5,6,7-tetrahidro-2H-pirrolo[3,4-c]piridin-1-ilmetileno)-2,3-dihidro-1H-indol-5-sulfonamida
Una mezcla de 2-oxo-2,3-dihidro-1H-indol-5-sulfonamida (63 mg, 0,3 mmol), 4-oxo-4,5,6,7-tetrahidro-2H-pirrolo[3,4-c]piridina-1-carbaldehído (50 mg, 0,3 mmol) y 0,1 ml de piperidina en etanol (1 ml) se calentó en un tubo sellado a 80ºC durante 4 horas. Se recogió el precipitado por filtración al vacío, se lavó con etanol frío y se secó para obtener 89 mg (82%) del compuesto del título.
RMN^{1}H (300 MHz, DMSO-d_{6}) \delta 13,50 (s, 1H, NH), 11,22 (br s, 1H, NH), 8,27 (d, J = 1,5Hz, 1H), 7,88 (s, 1H, H-vinilo), 7,72 (d, J = 3,0Hz, 1H), 7,64 (dd, J = 1,5 & 8,0Hz, 1H), 7,42 (br s, 1H, NH), 7,17 (br s, 2H, NH_{2}), 7,01(d, J = 8,0Hz, 1H), 3,40 (m, 2H, CH_{2}), 3,02 (t, J = 6,6Hz, 2H, CH_{2}). MS m/z 359 [M^{+}+ 1].
Compuesto NI-052
2-oxo-3-(4-oxo-4,5,6,7-tetrahidro-2H-pirrolo[3,4-c]piridin-1-ilmetileno)-2,3-dihidro-1H-indol-5-sulfonamida
Una mezcla de 2-oxo-2,3-dihidro-1H-indol-5-sulfonamida (66 mg, 0,3 mmol), 4-oxo-4,5,6,7-tetrahidro-2H-pirrolo[3,4-c]piridina-1-carbaldehído (50 mg, 0,3 mmol) y 0,1 ml de piperidina en etanol (1 ml) se calentó en un tubo sellado a 80ºC durante 4 horas. Se recogió el precipitado por filtración al vacío, se lavó con etanol frío y se secó para obtener 50 mg (45%) del compuesto del título.
RMN^{1}H (300 MHz, DMSO-d_{6}) \delta 13,51 (br s, 1H, NH), 11,2 (br s, 1H, NH), 8,26 (d, J = 1,3Hz, 1H), 7,94 (s, 1H, H-vinilo), 7,73 (d, J = 3,1Hz, 1H), 7,58 (dd, J = 1,3 & 8,0Hz, 1H), 7,42 (br s, 1H, NH), 7,20 (m, 1H, CH_{3}NH), 7,05 (d, J = 8,0Hz, 1H), 3,40 (m, 2H, CH_{2}), 3,04 (t, J = 6,5Hz, 2H, CH_{2}), 2,40 (br s, 3H, CH_{3}). MS m/z 373 [M^{+}+1].
\newpage
Compuesto NI-053
Se disolvió 4-hidroxietil-2-oxindol (5 g, 28,2 mmol) en 20 ml de ácido clorosulfónico con agitador a temperatura ambiente. Tras 30 Min, la mezcla de reacción se añadió lentamente a agua helada (300 ml) con un agitador. Se filtró el sólido y se secó para conseguir 1,9 g (28%) de 6,6-dioxo-3,6,8,9-tetrahidro-1H-7-oxa-6\lambda^{6}-tia-3-aza-ciclopenta[\alpha]naftalen-2-ona en forma de polvo blanco.
RMN^{1}H (300 MHz, DMSO-d_{6}) \delta 10,79 (s, 1H, NH), 7,65 (d, J = 8,2Hz, 1H, Ar-H), 6,90 (d, J = 8,2Hz, 1H, Ar-H), 4,87 (t, J = 5,7Hz, 2H, CH_{2}OSO_{2}), 3,51 (s, 2H, CH_{2}CO), 3,04 (t, J = 5,9Hz, 2H, CH_{2}Ar). MS m/z 239 [M^{+}].
Se condensó 6,6-dioxo-3,6,8,9-tetrahidro-1H-7-oxa-6\lambda^{6}-tia-3-aza-ciclopenta[\alpha]naftalen-2-ona (0,1 g, 0,4 mmol) con 4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]pirrolo-1-carbaldehído (1,2 eq., 0,08 g) para obtener 0,08 g (50%) del producto deseado.
RMN^{1}H (300 MHz, DMSO-d_{6}) \delta 13,75 (s, 1H, NH), 11,55 (s, 1H, NH-CO), 7,95 (d, J = 2,9Hz, 1H), 7,69 (d, J = 8,0Hz, 1H), 7,55 (s, 1H, C=CH), 7,04 (d, J = 8,2Hz), 4,95 (t, J = 5,3Hz, 2H, SO_{3}CH_{2}CH_{2}Ar), 4,5 (t, J = 5,8Hz, 2H, CO_{2}CH_{2}CH_{2}pirrol), 3,55 (t, J = 5,0Hz, 2H, SO_{3}CH_{2}CH_{2}Ar), 3,09 (t, J = 5,7Hz, 2H, CO_{2}CH_{2}CH_{2}pirrol).
Compuesto NI-054
Una mezcla de 4-(2-hidroxi-etil)4,3-dihidro-indol-2-ona (35,4 mg, 0,2 mmol), 5-metil-4-oxo-4,5,6,7-tetrahidro-2H-pirrolo[3,4-c]piridina-1-carbaldehído (35,6 mg, 0,2 mmol) y piperidina (0,1 ml) en etanol (1 ml) se calentó a 80ºC durante 4 horas. Se recogió el precipitado por filtración al vacío, se lavó con etanol y se secó para obtener el compuesto del título.
RMN^{1}H (360 MHz, DMSO-d_{6}) \delta 13,59 (br s, 1H, NH), 10,96 (br s, 1H, NH), 7,64 (d, J = 2,9Hz, 1H), 7,54 (s, 1H, H-vinilo), 7,07 (t, J = 7,7Hz, 1H), 6,83 (d, J = 7,7Hz, 1H), 6,76 (d, J = 7,7Hz, 1H), 4,86 (m, 1H, OH), 3,71 (m, 2H, CH_{2}OH), 3,57 (t, J = 6,9Hz, 2H, CH_{2}), 3,07 (t, J = 6,9Hz, 2H, CH_{2}), 2,98 (t, J = 6,6Hz 2H, CH_{2}), 2,95 (s, 3H, CH_{3}).
MS m/z 338 [M^{+}+1].
Compuesto NI-055
Una mezcla de 5-bromo-1,3-dihidro-indol-2-ona (42,4 mg, 0,2 mmol), 5-metil-4-oxo-4,5,6,7-tetrahidro-2H-pirrolo[3,4-c]piridina-1-carbaldehído (35,6 mg, 0,2 mmol) y piperidina (0,1 ml) en etanol (1 ml) se calentó a 80ºC durante 4 horas. Se recogió el precipitado por filtración al vacío, se lavó con etanol y se secó para obtener el compuesto del título.
RMN^{1}H (360 MHz, DMSO-d_{6}) \delta 13,47 (br s, 1H, NH), 11,04 (br s, 1H, NH), 8,06 (d, J = 1,9Hz, 1H), 7,81 (s, 1H, H-vinilo), 7,68 (t, J = 3,3Hz, 1H), 7,29 (dd, J = 1,9 & 8,5Hz, 1H), 6,82 (d, J = 8,5Hz ,1H), 3,58 (t, J = 6,7Hz, 2H, CH_{2}), 3,08 (t, J = 6,7Hz, 2H, CH_{2}), 2,95 (s, 3H, CH_{3}).
MS m/z 372/374 [M^{+}+1].
Compuesto NI-056
Una mezcla de ácido 2-oxo-2,3-dihidro-1H-indol-5-carboxílico (35,4 mg, 0,2 mmol), 5-metil-4-oxo-4,5,6,7-tetrahidro-2H-pirrolo[3,4-c]piridina-1-carbaldehído (35,6 mg, 0,2 mmol) y piperidina (0,1 ml) en etanol (1 ml) se calentó a 80ºC durante 4 horas. La reacción se trató con HCl 1N y el precipitado se recogió por filtración al vacío, se lavó con etanol y se secó para obtener el compuesto del título.
RMN^{1}H (360 MHz, DMSO-d_{6}) \delta 13,46 (br s, 1H, NH), 12,6 (v br S, 1H, COOH), 11,26 (s, 1H, NH), 8,40 (s, 1H), 7,87 (s, 1H, H-vinilo), 7,80 (t, J = 8Hz, 1H), 7,68 (dd, J = 3,1Hz, 1H), 6,95 (d, J = 8Hz, 1H), 3,57 (t, J = 6,6Hz, 2H, CH_{2}), 3,13 (t, J = 6,6Hz, 2H, CH_{2}), 2,95 (s, 3H, CH_{3}).
MS m/z 338 [M^{+}+1].
Compuesto NI-057
Una mezcla de 2-oxo-2,3-dihidro-1H-indol-5-metilsul-fonamida (45,2 mg, 0,2 mmol), 5-metil-4-oxo-4,5,6,7-tetra-hidro-2H-pirrolo[3,4-c]piridina-1-carbaldehído (35,6 mg, 0,2 mmol) y piperidina (0,1 ml) en etanol (1 ml) se calentó a 80ºC durante 4 horas. Se recogió el precipitado por filtración al vacío, se lavó con etanol y se secó para obtener el compuesto del título.
RMN^{1}H (360 MHz, DMSO-d_{6}) \delta 13,47 (br s, 1H, NH), 11,28 (v br s, 1H, NH), 8,24 (d, J = 1,5Hz, 1H), 7,91 (s, 1H, H-vinilo), 7,71 (t, J = 3,2Hz, 1H), 7,58 (dd, J = 1,5 & 8,2Hz, 1H), 7,15 (m, 1H, CH_{3}NH), 7,05 (d, J = 8,2Hz, 1H), 3,58 (t, J = 6,6Hz, 2H, CH_{2}), 3,13 (t, J = 6,6Hz, 2H, CH_{2}), 2,95 (s, 3H, CH_{3}), 2,42 (s, 3H, CH_{3}).
MS m/z 387 [M^{+}+1].
Compuesto NI-058
Una mezcla de 2-oxo-2,3-dihidro-1H-indol-5-dimetilsulfonamida (48 mg, 0,02 mmol), 5-metil-4-oxo-4,5,6,-tetra-
hidro-2H-pirrolo[3,4-c]piridina-1-carbaldehído (35,6 mg, 0,2 mmol) y piperidina (0,1 ml) en etanol (1 ml) se calentó a 80ºC durante 4 horas. Se recogió el precipitado por filtración al vacío, se lavó con etanol y se secó para obtener el compuesto del título.
RMN^{1}H (360 MHz, DMSO-d_{6}) \delta 13,48 (br s, 1H, NH), 11,35 (v br s, 1H, NH), 8,26 (d, J = 1,5Hz, 1H), 8,0 (s, 1H, H-vinilo), 7,72 (t, J = 2,8Hz, 1H), 7,54 (dd, J = 1,5 & 8,2Hz, 1H), 7,08 (d, J = 8,2Hz, 1H), 3,58 (t, J = 6,6Hz, 2H, CH_{2}), 3,15 (t, J = 6,6Hz, 2H, CH_{2}), 2,96 (s, 3H, CH_{3}), 2,61 (s, 6H, 2xCH_{3}).
MS m/z 401 [M^{+}+1].
Compuesto NI-059
Se condensó 1,3-dihidro-pirrolo[2,3-b]piridin-2-ona con 4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]pirrolo-1-carbaldehído para obtener el compuesto del título.
MS m/z 282 [M^{+}+1].
Compuesto NI-060
Se condensó 4-(3-Cloro-4-fluoro-fenilamino)-5,7-dihidro-pirrolo[2,3-d]pirimidin-6-ona con 4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]pirrolo-1-carbaldehído para obtener el compuesto del título.
MS m/z 426 [M^{+}+1].
Procedimientos del ensayo
Los siguientes ensayos in vitro pueden usarse para determinar el nivel de actividad y el efecto de los diferentes compuestos sobre la presente invención en una o más PK. Ensayos similares pueden diseñarse usando las mismas directrices para cualquier PK usando técnicas conocidas por los expertos en la materia.
Hay tres tipos de ensayos útiles para evaluar compuestos: celular/catalítico, celular/biológico y el in Vitro. El objetivo del ensayo celular/catalítico es el de determinar el efecto de un compuesto sobre la capacidad de una TK para fosforilar tirosinas en un sustrato conocido de la célula. El objetivo del ensayo celular/biológico es el de determinar el efecto de un compuesto sobre la respuesta biológica estimulada por una TK en una célula. El objetivo de un ensayo in vitro es el de determinar el efecto de un compuesto en un modelo animal de un trastorno concreto, como por ejemplo el cáncer.
Los análisis celulares/catalíticos descritos aquí se realizan en un formato ELISA. El procedimiento general es el que sigue: un compuesto se introduce en células que expresan la quinasa del test, de forma natural o recombinante, durante un periodo de tiempo, tras el cual, si la quinasa del test es un receptor, se añade un ligando cuya función de activación del receptor sea conocida. Las células se lisan y el lisado se transfiere a los pocillos de una placa ELISA previamente recubierta con un anticuerpo específico que reconoce el sustrato de la reacción de fosforilación enzimática. Los componentes de la parte que no es sustrato de la célula lisada se eliminan y se detecta la cantidad de fosforilación en el sustrato con un anticuerpo que reconoce específicamente la fosfotirosina comparada con células de control que no están en contacto con un compuesto del test.
Los ensayos celulares/biológicos que se describen aquí miden la cantidad de DNA fabricada como respuesta a la activación de la quinasa del test, que es una medida general de la respuesta proliferativa. El procedimiento general para este ensayo es el siguiente: se introduce un compuesto en células que expresan la quinasa del test, ya sea de forma natural o recombinante, durante un periodo de tiempo, tras el cual, si la quinasa del test es un receptor, se añade un ligando cuya función de activación del receptor es conocida. Tras una incubación que dura como mínimo una noche, se añade un reactivo que marque el DNA, como la Bromodeoxi-uridina (BrdU) o la 3H-timidina. La cantidad de DNA marcado se detecta con un anticuerpo anti-BrdU o midiendo la radiactividad, para luego comparar los resultados con los de las células de control que no están en contacto con un compuesto del test.
Ensayos celulares/catalíticos
Los ensayos inmunosorbentes ligados a enzimas (ELISA) pueden usarse para detectar y medir la presencia de actividad PK. El ELISA puede llevarse a cabo de acuerdo con los protocolos descritos en, por ejemplo, Soller, et al., 1980, "Enzyme Linked I mMunosorbent Assay", en: Manual of Clinical Inmunology, 2ª edición por Rose y Friedman, p. 359-371 Am. Soc. Of Microbiology, Washington, D.C.
El protocolo que se revela puede adaptarse para determinar la actividad respecto a una PK concreta. Por ejemplo, los protocolos preferidos para realizar experimentos ELISA para PK concretas se muestran seguidamente. La adaptación de estos protocolos para determinar la actividad de un compuesto para otros miembros de la familia RTK, así como para CTK y STK, se encuentra dentro del campo de conocimiento de aquéllos expertos en medir la presencia de actividad PK. El ELISA puede realizarse de acuerdo con los protocolos conocidos que se describen en, por ejemplo, Soller, et al., 1980, "Enzime Linked I mMunosorbent Assay", en Manual of Clinical Inmunology, 2ª ed., editado por Rose y Friedman, p. 359-371 Am. Soc. Of Microbiology, Washington, D.C.
El protocolo que se revela puede adaptarse para determinar la actividad respecto a una PK específica. Por ejemplo, los protocolos preferidos para realizar experimentos ELISA para PK concretas se proporcionan seguidamente. La adaptación de estos protocolos para determinar la actividad de un compuesto para otros miembros de la familia RTK, así como para CTK y STK, está dentro del campo de conocimiento de aquéllos expertos en la materia.
Ejemplo 2 FLK-1
Se realizó un ensayo ELISA para medir la actividad quinasa del receptor FLK-1, y más específicamente, la inhibición o activación de la actividad TK sobre el receptor FLK-1. Concretamente, el siguiente ensayo se llevó a cabo para medir la actividad del receptor FLK-1 en células creadas genéticamente para expresar FLK-1.
Materiales y métodos Materiales
Se usaron los siguientes reactivos y proveedores:
a. Placas ELISA de 96 pocillos Corning (catálogo de Corning nº 25805-96);
b. IgG anti-conejo de cabra de Laboratorios Cappel (catálogo nº 55641);
c. PBS (catálogo de Gibco nº 450-1300EB);
d. Tampón TBSW (Tris 50 mM (pH 7,2), NaCl 150 mM y 0,1% de Tween-20);
e. Disolución stock de etanolamina (10% etanolamina (pH 7,0) guardado a 4ºC);
f. Tampón HNT G (tampón HEPES 20 mM (pH 7,5), NaCl 150 mM, 0,2 de Triton X-100, y 10% de glicerol);
g. EDTA (0,5 M (pH 7,0) en una disolución stock 100X);
h. Ortovanadato de sodio (0,5 M en una disolución 100X);
i. Pirofosfato de sodio (0,2 M en una disolución stock 100X);
j. Placas NUNC de polipropileno de 96 pocillos con fondo en V (catálogo de Applied Scientific nº AS-72092);
k. Células NIH3T3 C7#3 (células que expresan FLK-1);
l. DMEM con L-Glutamina a 1X de glucosa (catálogo nº 11965-050);
m. FBS, Gibco (catálogo nº 16000-028);
n. L-Glutamina, Gibco (catálogo nº 25030-016);
o. VEGF, PeptroTech, Inc. (catálogo nº 100-20)(guardado como 1 \mug/100 \mul stock en Milli-Q dH_{2}O y guardado a -20ºC);
p. Antisuero de afinidad con anti-FLK-1 purificado;
q. Anticuerpos monoclonales UB40 específicos para fosfotirosina (ver, Fendley et al., 1990, Cancer Research 50:1550-1558);
r. IgG-POD anti-ratón de cabra grado EIA (catálogo de BioRad nº 172-1011);
s. Solución de ácido 2-2-azino-bis(3-etilbenz-tiazolina-6-sulfónico (ABTS) (ácido cítrico (anhídrido) 100 mM, Na_{2}HPO_{4} 250 mM (pH 4,0), 0,5 mg/ml ABTS (catálogo Sigma nº A-1888)). La solución debe guardarse en la oscuridad a 4ºC hasta que se vaya a usar;
t. H_{2}O_{2} (30% solución) (catálogo de Fisher nº H325);
u. ABTS/H_{2}O_{2} (15 ml de solución ABTS, 2 \mul de H_{2}O_{2}) preparada 5 minutos antes de usar y mantenida luego a temperatura ambiente;
v. HCl stock 0,2 M en H_{2}O
w. Dimetilsulfóxido (100%)(catálogo de Sigma nº D-8418); y
x. Tripsina-EDTA (catálogo de Gibco BRL nº 25200-049).
Protocolo
El ensayo se realizó siguiendo el protocolo que se detalla a continuación:
1. cubrir las placas Corning ELISA de 96 pocillos con 1,0 \mul por pocillo con anticuerpo anti de conejo Cappel en 0,1 M de Na_{2}CO_{3} pH 9,6. Se lleva a un volumen final de 150 \mul por pocillo. Las placas se cubren durante la noche a 4ºC. Se puede guardar las placas hasta dos semanas a una temperatura de 4ºC.
2. hacer crecer las células en medios de crecimiento (DMEM, complementado con 2,0 mM de L-Glutamina, 10% FBS) en discos de cultivo adecuados hasta confluencia a 37ºC, 5% CO_{2}.
3. recuperar las células de cultivo por tripsinización y sembrar en placas Corning 25850 de poliestireno de 96 pocillos con fondo redondeado, 25.000 células/pocillo en 200 \mul de medio de crecimiento.
4. hacer crecer las células durante un día a 37ºC, 5% CO_{2}.
5. lavar las células con D-PBS 1X
6. añadir 200 \mul/pocillo de medio libre de suero (DNEM, 1-Glutamina 2,0 mM, 0,1% FBS). Incubar durante la noche a 37ºC, 5% CO_{2}.
7. diluir los compuestos 1:20 en placas de polipropileno de 96 pocillos utilizando medio libre de suero. Diluir dimetilsulfóxido 1:20 para su uso en pocillos de control.
8. eliminar el medio libre de suero de las placas de cultivo celular de 96 pocillos y añadir 162 \mul de medio libre de suero fresco a cada pocillo.
9. añadir 18 \mul de 1:20 de disolución de compuesto (del paso 7) a cada pocillo más una dilución 1:20 de dimetilsulfóxido a los pocillos de control (+/- VEGF), para una dilución final de 1:200 tras la estimulación celular. El dimetilsulfóxido está a 0,5%. Incubar la placa a 37ºC, 5% CO_{2} durante dos horas.
10. eliminar de las placas ELISA los anticuerpos no unidos mediante la inversión de la placa para eliminar el líquido. Lavar 3 veces con TBSW + 0,5% etanolamina, pH 7,0. Golpear suavemente la placa sobre una servilleta de papel para eliminar el exceso de líquido y burbujas.
11. bloquear las placas con TBSW + 0,5% etanolamina, pH 7,0, 150 \mul por pocillo. Incubar la placa durante 30 minutos mientras se agita en un agitador para placas microtituladas.
12. lavar la placa 3 veces tal y como se describe en el paso 10.
13. añadir 0,5 \mug/pocillo de antisuero de conejo policlonal anti-FLU-1 de afinidad purificada. Llevar a un volumen final de 150 \mul/pocillo con TBSW + 0,5% etanolamina pH 7,0. Incubar la placa durante 30 minutos mientras se agita.
14. añadir 180 \mul de medio libre de suero a las células y estimular las células con 20 \mul/pocillo de ortovanadato de sodio 10,0 mM y 500 ng/ml de VEGF (cuyo resultado es una concentración final de 1,0 mM de ortovanadato de sodio y 50 ng/ml de VEGF por pocillo) durante ocho minutos a 37ºC, 5% CO_{2}. Los pocillos de control negativos únicamente reciben medio libre de suero.
15. tras ocho minutos, los medios deberán eliminarse de las células y lavarse una vez con 200 \mul/pocillo de PBS.
16. lisar las células en 150 \mul/pocillo de HNTG mientras se agita a temperatura ambiente durante cinco minutos. La formulación del HNT G incluye ortovanadato de sodio, pirofosfato de sodio y EDTA.
17. lavar la placa de ELISA tres veces tal y como se describe en el paso 10.
18. transferir el lisado de células de la placa celular a la placa ELISA e incubar mientras se agita durante 2 horas. Para transferir el lisado celular hay que pipetear mientras se desecha los pocillos.
19. lavar la placa tres veces tal y como se describe en el paso 10.
20. incubar la placa ELISA con 0,02 \mug/pocillo de UB40 en TBSW + 0,5% de etanolamina. Llevar a un volumen final de 150 \mul/pocillo. Incubar mientras se agita durante treinta minutos.
21. lavar la placa tres veces tal y como se describe en el paso 10.
22. incubar la placa ELISA con peroxidasa de rábano picante conjugada de IgG anti-ratón de cabra de grado EIA diluida 1:10.000, en TBSW + 0,5% de etanolamina, pH 7,0. Llevar a un volumen final de 150 \mul/pocillo. Incubar mientras se agita durante treinta minutos.
23. lavar la placa tal y como se describe en el paso 10.
24. añadir 100 \mul de solución ABTS/H_{2}O_{2} a los pocillos. Incubar diez minutos mientras se agita.
25. añadir 100 \mul de HCl a 0,2 M para una solución final de HCl 0,1 M para parar el desarrollo del color de la reacción. Agitar durante un minuto a temperatura ambiente. Eliminar las burbujas con un chorro de aire lento y leer la placa ELISA en un lector de placas ELISA a 410nm.
Ejemplo 3 Bioensayo GST-FLK-1
Este ensayo analiza la actividad tirosin quinasa del GST-Flk-1 sobre los péptidos poly glu tyr.
Materiales y reactivos
1. placas ELISA de 96 pocillos Corning (catálogo de Corning nº 25805-96).
2. poly glu tyr 4:1, liofilizado (catálogo de Sigma # P0275). Preparar 1 mg/ml de poly glu tyr en PBS estéril y guardar alícuotas de 1 ml a -20ºC.
3. preparación de placas de ensayo cubiertas con poly glu tyr (pEY): cubrir 2 \mug/pocillo de poly glu tyr (pEY) en 100 \mul de PBS a temperatura ambiente durante 2 horas o a +4ºC durante la noche. Cubrir los pocillos de la placa para evitar la evaporación.
4. tampón PBS: para elaborar 1 litro de una solución con utilización a 1x, mezclar 0,02 g de KH_{2}PO_{4}, 1,15 g de Na_{2}HPO_{4}, 0,2 g de KCl y 8 g de NaCl en aproximadamente 900 ml de dH_{2}O. Cuando todos los reactivos se hayan disuelto, ajustar el pH a 7,2 con HCl. Llevar el volumen total a 1 litro con dH_{2}O.
5. tampón PBS-Tw: para 1 litro de tampón PBS, añadir 1,0 ml de Tween-20. Remover hasta que esté totalmente disuelto.
6. tampón de bloqueo TBB: para elaborar un litro de una solución a 1x, mezclar 1,21 g TRIS, 8,77 g de NaCl, y 1 ml de Tween-20 en aproximadamente 900 ml dH_{2}O. Ajustar el pH a 7,2 con HCl. Añadir 10 g de BSA y remover hasta disolver. Llevar a un volumen total de 1 litro con dH_{2}O. Filtrar para eliminar la materia particulada.
7. 1% de BSA en PBS: para hacer una solución de rendimiento 1x, añadir 10 g de BSA a aproximadamente 990 ml de tampón PBS, remover hasta su disolución. Ajustar el volumen total a 1 litro con tampón PBS, filtrar para eliminar la materia particulada.
8. Hepes 50 mM a pH 7,5.
9. GST-FLK-1 cd purificado a partir de la transformación de baculovirus recombinante sf9
10. 4% DMSO en dH_{2}O.
11. 10 mM de ATP en dH_{2}O.
12. MnCl_{2} 40 mM.
13. tampón de dilución quinasa (KDB): Mezclar 10 ml de Hepes (pH 7,5), 1 ml de NaCl a 5 M, 40 \mul de NaVO_{4} 100 mM y 0,4 ml de BSA 5% en dH_{2}O con 88,56 ml de dH_{2}O.
14. placas NUNC de polipropileno de 96 pocillos con fondo en V de Applied Scientific (catálogo #AS-72092).
15. EDTA: mezclar 14,12 g de ácido etilendiaminotetracético (EDTA) con aproximadamente 70 ml dH_{2}O. Añadir 10N de NaOH hasta que se disuelva el EDTA. Ajustar el pH a 8,0. Ajustar el volumen total a 100 ml con dH_{2}O.
16. 1 tampón de dilución de anticuerpos: mezclar 10 ml de 5% BSA en tampón PBS con 89,5 ml de TBSTw.
17. anti-fosfotirosina monoclonal conjugada a peroxidasa de rábano picante (PY99 HRP, Santa Cruz Biotech).
18. ácido 2,2'-Azino-bis(3-etilbenztiazolina-6-sulfónico (ABTS, Moss, Cat. nº ABST).
19. 10% SDS.
Procedimiento
1. cubrir las placas ELISA Corning de 96 pocillos con 2 \mug de péptido poliEY en PBS estéril tal y como se describe en el paso 3 de Materiales y Reactivos.
2. eliminar el líquido no ligado de los pocillosmediante una inversión de la placa. Lavar una vez con TBSTw. Golpear suavemente la placa sobre una servilleta de papel para eliminar el exceso de líquido.
3. añadir 100 \mul de BSA 1% en PBS a cada pocillo. Incubar, con agitación, durante 1h a temperatura ambiente.
4. repetir el paso 2.
5. remojar los pocillos con Hepes 50 mM a pH 7,5 (150 \mul/pocillo).
6. diluir el compuesto del test con dH_{2}O/4% DMSO hasta 4 veces la concentración del ensayo final deseada en placas de polipropileno de 96 pocillos.
7. añadir 25 \mul del compuesto del test a la placa ELISA. Para los pocillos de control (pocillos que no reciben ningún compuesto del test), añadir 25 \mul de dH_{2}O/4% DMSO.
8. añadir 25 \mul de MnCl_{2} 40 mM con ATP 4x (2 \muM) a todos los pocillos.
9. añadir 25 \mul de EDTA a 0,5 M a los pocillos de control negativo.
10. diluir GST-FLK-1 0,005 \mug (5ng)/pocillo en KDB. Para 50 ml de KDB añadir 100 \mul de enzima GST-FLK-1 a 0,50 mg/ml.
11. añadir 50 \mul de enzima diluido a cada pocillo.
12. incubar, con agitación, durante 15 minutos a temperatura ambiente.
13. parar la reacción mediante la adición de 50 \mul de EDTA 250 mM (pH 8,0).
14. Lavar 3 veces con TBSTw y golpear suavemente la placa sobre una servilleta de papel para eliminar el exceso de líquido.
15. añadir 100 \mul por pocillo de conjugado anti-fosfotirosina HRP, dilución 1:5.000 en tampón de dilución de anticuerpo. Incubar con agitación durante 90 minutos a temperatura ambiente.
16. lavar tal y como se describe anteriormente en el apartado 14.
17. añadir a cada pocillo 100 \mul de solución ABTS a temperatura ambiente
18. incubar, con agitación, durante 10-15 minutos. Eliminar cualquier burbuja.
19. Parar la reacción añadiendo 20 \mul de SDS 10%.
20. Leer el ensayo con el lector de ELISA Dynatech MR7000: filtro del test a 410 nM; filtro de referencia a 630 nM.
Ejemplo 4 Bioensayo PYK2
Este ensayo se utiliza para medir la actividad quinasa in Vitro del epítopo HA marcado de longitud completa pyk2 (FL pyk2-HA) en un ensayo ELISA.
Materiales y reactivos
1. placas ELISA Corning de 96 pocillos (catálogo de Corning #25805-96).
2. anticuerpos anti-HA monoclonales 12CA5.
3. PBS (solución salina tamponada con fosfatos Dulbecco, catálogo de Gibco #450-1300EB)
4. tampón TBST: mezclar 8,766 g de NaCl, 6,057 g de TRIS y 1 ml de Triton X-100 a 0,1% en aproximadamente 900 ml dH_{2}O. Ajustar el pH a 7,2, y llevar el volumen a 1 litro.
5. tampón de bloqueo: mezclar 100 g de BSA 10%, 12,1 g de TRIS a 100 mM, 58,44 g de NaCl a 1 My 10 ml de Tween-10 a 1%.
6. FL.pyk2-HA de lisados de células sf9.
7. 4% DMSO en MilliQ H_{2}O.
8. ATP 10 mM en dH_{2}O.
9. MnCl_{2} 1M
10. MgCl_{2} 1M
11. Ditiotreitol (DTT) 1M
12. mezcla de fosforilación del tampón quinasa 10X: mezclar 5,0 ml de Hepes 1 M(pH 7,5), 0,2 ml de MnCl_{2} 1 M, 1,0 ml de MgCl_{2}, 1,0 ml de Triton X-100 al 10% con 2,8 ml dH_{2}O. Justo antes de usar, añadir 0,1 ml de DTT 1M.
13. placas de polipropileno NUNC de 96 pocillos con fondo en forma de V (catálogo de Applied Scientific # AS-72092).
14. EDTA
15. mab anti-fosfotirosina conjugado de biotina (Upstate Biotechnology In., clon 4G10 catálogo # 16-103, ser. # 14495).
16. reactivo Vectastain Elite ABC (conjugado peroxidasa de avidina, Vector Laboratories (PK-6100)).
17. solución ABTS: mezclar 19,21 g de ácido cítrico con 35,49 g de Na_{2}HPO_{4} en aproximadamente 900 ml dH_{2}O. Ajustar el pH a 4,0 con ácido fosfórico. Añadir de 5 a 10 g de ABST. Cuando esté todo disuelto, filtrar.
18. solución de peróxido de hidrógeno al 30%.
19. ABTS/H_{2}O: mezclar 10 ml de solución ABTS con 3 \mul de H_{2}O_{2} al 30% cinco minutos antes de usar.
20. HCl 0,2M
Procedimiento
1. Cubrir las placas ELISA Corning de 96 pocillos con0,5 \mul por pocillo de anticuerpo anti-HA 12CA5 en 100 \mul de PBS. Guardar toda la noche a 4ºC.
2. Eliminar los anticuerpos HA no ligados de los pocillos mediante la inversión de la placa. Golpear suavemente la placa sobre una servilleta de papel para eliminar el exceso de líquido.
3. añadir 150 \mul de tampón de bloqueo a cada pocillo. Incubar, con agitación, durante una hora a temperatura ambiente.
4. lavar las placas con TBS-T.
5. diluir el lisado en PBS (1,5 \mug de lisado/100 \mul de PBS).
6. añadir 100 \mul de lisado diluido a cada pocillo. Agitar a temperatura ambiente durante una hora.
7. lavar como se indica en el paso 4.
8. añadir 50 \mul de tampón quinasa 2X a la placa ELISA que contiene pyk2-HA capturado.
9. añadir 25 \mul de compuesto del test a 40 \muM en DMSO 4% o DMSO solo (control) a la placa.
10. añadir 25 \mul de EDTA 0,5 M a los pocillos de control negativo.
11. añadir 25 \mul de ATP 20 \muM a todos los pocillos. Incubar, con agitación, durante 10 minutos.
12. parar la reacción añadiendo 25 \mul de EDTA 500 mM (pH 8,0) a todos los pocillos.
13. lavar como se indica en el paso 4.
14. añadir 100 \mul de mab anti-fosfotirosina conjugado a la biotina (dilución 1:5000 en tampón de bloqueo) a cada pocillo. Incubar, con agitación, durante 30 minutos a temperatura ambiente.
15. preparar el reactivo Vectastain ABC. Dejar reposar 30 minutos para un aparejamiento completo entre la avidina y la HRP biotinilada. Añadir 1 gota (ó 50 \mul) del reactivo A a 15 ml de tampón de bloqueo. Mezclar mediante la inversión del tubo varias veces. Añadir 1 gota (ó 50 \mul) de reactivo B y mezclar de nuevo. Permitir que el reactivo ABC se mezcle a temperatura ambiente mientras la anti-fosfotirosina biotin-4G10 se incuba en la placa de ensayo.
16. lavar como se indica en el paso 4.
17. añadir 100 \mul por pocillo de conjugado de peroxidasa Vectastain preparado. Incubar, con agitación, durante 30 minutos a temperatura ambiente.
18. lavar como se indica en el paso 4, y luego lavar una vez con PBS.
19. añadir 100 \mul de la solución ABTS/H_{2}O_{2} a cada pocillo.
20. incubar, con agitación, durante 10-15 minutos. Eliminar cualquier burbuja.
21. en caso de ser necesario, parar la reacción añadiendo 100 \mul de HCl 0,2 Mpor pocillo.
22. leer el ensayo en el lector ELISA Dynatech MR7000 con el filtro de test a 410 nM y el filtro de referencia a 630 nM.
Ejemplo 5 Bioensayo FGFR1
Este ensayo se usa para medir la actividad quinasa in vitro del FGF-1-R en un ensayo ELISA.
Materiales y Reactivos
1. placas ELISA Costar de 96 pocillos (catálogo de Corning # 3369).
2. Poly(Glu,Tyr) (catálogo de Sigma # PO275).
3. PBS (catálogo de Gibco # 450-1300EB).
4. solución de tampón Hepes 50 mM
5. tampón de bloqueo (BSA/PBS 5%).
6. GST-FGFR1 purificado
7. tampón de dilución quinasa: mezclar 500 \mul de Hepes 1 M(Gibco), 20 \mul de BSA/PBS 5%, 10 \mul de ortovanadato de sodio 100 mM y 50 \mul de NaCl 5 M.
8. ATP 10 mM
9. MnCl2 1 M
10. mezcla de fosforilación ATP/MnCl_{2}: mezclar 20 \mul de ATP, 100 \mul de MnCl_{2} y 9,56 ml dH_{2}O.
11. placas de polipropileno NUNC de 96 pocillos con fondo en forma de V (catálogo de Applied Scientific # AS-72092).
12. EDTA 0,5 M.
13. TBST 0,05%: añadir 500 \mul de Tween a 1 litro de TBS.
14. suero anti-fosfotirosina policlonal de conejo.
15. conjugado peroxidasa IgG anti-conejo de cabra (catálogo de Biosource # ALI0404).
16. solución ABTS
17. peróxido de hidrógeno 30%.
18. ABTS/H_{2}O_{2}
Procedimiento
1. cubrir placas ELISA Costar de 96 pocillos con 1 \mug por pocillo de Poly(Glu,Tyr) en 100 \mul PBS. Guardar toda la noche a 4ºC.
2. lavar las placas cubiertas una vez con PBS.
3. añadir 150 \mul de 5% BSA/PBS de tampón de bloqueo a cada pocillo. Incubar, con agitación, durante 1 hora a temperatura ambiente.
4. lavar la placa 2 veces con PBS, luego una vez con Hepes 50 mM. Golpear suavemente las placas sobre una servilleta de papel para eliminar el exceso de líquido y burbujas.
5. añadir 25 \mul del compuesto del test a 0,4 mM en DMSO 4% o DMSO 4% solo (control) a las placas.
6. diluir GST-FGFR1 en tampón de dilución quinasa (5 ng quinasa/50 \mul KDB/pocillo).
7. añadir 50 \mul de quinasa diluida a cada pocillo.
8. iniciar la reacción quinasa añadiendo 25 \mul/pocillo de ATP/Mn^{++} recién preparada (0,4 ml de MnCl_{2} 1 M, 40 \mul de ATP 10 mM, 9,56 ml dH_{2}O) recién preparado).
9. esta es una reacción de quinasa rápida y debe pararse con 25 \mul de EDTA 0,5 M de forma similar a la adición de ATP.
10. lavar la placa 4 veces con TBST fresco.
11. elaborar un tampón de dilución de anticuerpo: por 50 ml: mezclar 5 ml de BSA 5%, 250 \mul de leche 5% y 50 \mul de vanadato de sodio 100 mM. Llevar al volumen final con TBST 0,05%.
12. añadir 100 \mul por pocillo de anti-fosfotirosina (dilución 1:10000 en ADB). Incubar, con agitación, durante una hora a temperatura ambiente.
13. lavar tal como se indica en el paso 10.
14. añadir 100 \mul por pocillo de conjugado de peroxidasa IgG anti-conejo de cabra BioSource (dilución 1:6000 en ADB). Incubar, con agitación, durante 1 hora a temperatura ambiente.
15. lavar tal como se indica en el paso 10 y luego con PBS para eliminar las burbujas y el exceso de Tween.
16. añadir 100 \mul de solución ABTS/H_{2}O_{2} a cada pocillo.
17. incubar, con agitación, durante 10-20 minutos. Eliminar cualquier burbuja.
18. leer el ensayo en el lector ELISA Dynatech MR7000: filtro del test a 410 nM, filtro de referencia a 630 nM.
Ejemplo 6 Ensayo de HER-2 quinasa celular
Este ensayo se usó para medir la actividad quinasa HER-2 en células completas en un formato ELISA.
Materiales y reactivos
1. DNEM (catálogo de Gibco #11965-092).
2. suero bovino fetal (GBS, catálogo de Gibco #16000-044), calentar inactivado en un baño de agua durante 30 minutos a 56ºC.
3. tripsina (catálogo de Gibco # 25200-056).
4. L-Glutamina (catálogo de Gibco # 25030-081).
5. Hepes (catálogo de Gibco #15630-080).
6. medios de crecimiento: mezclar 500 ml DNEM, 55 ml de FBS inactivado por calor, 10 ml de Hepes y 5,5 ml de L-Glutamina.
7. medios libres de suero: mezclar 500 ml de DNEM, 2,5 ml de FBS inactivado por calor, 10 ml de Hepes y 5,5 ml de L-Glutamina.
8. PBS.
9. placas microtituladas de cultivo tisular de 96 pocillos con fondo plano (catálogo de Corning # 25860).
10. 15 cm de discos de cultivo tisular (catálogo de Corning # 08757148).
11. placas ELISA Corning de 96 pocillos.
12. placas de polipropileno NUNC de 96 pocillos con fondo en forma de V.
13. cartuchos Transfer Costar para el Transtar 96 (catálogo de Costar # 7610).
14. SUMO 1: anticuerpo anti-EGFR monoclonal.
15. tampón TBST.
16. tampón de bloqueo: 5% de Leche instantánea Carnation en PBS.
17. ligando EGF: EGF-201, Shinko American, Japan. Suspender el polvo en 100 \mul de HCl 10 mM. Añadir 100 \mul de NaOH 10 mM. Añadir 800 \mul de PBS y transferirlo a un tubo Eppendorf para su almacenaje a -20ºC.
18. tampón de lisis HNTG:
Para HNT G 5X stock: mezclar 23,83 g de Hepes, 43,83 g de NaCl, 500 ml de glicerol y 100 ml de Triton X-100 y dH_{2}O suficiente para hacer una solución total de 1 litro.
Para HNTG* 1X: mezclar 2ml de HNT G, 100 \mul de Na_{3}VO_{4} 0,1 M, 250 \mul de Na_{4}P_{2}O_{7} y 100 \mul de EDTA.
19. EDTA.
20. Na_{3}VO_{4}.
Para hacer una solución stock: mezclar 1,84 g de Na_{3}VO_{4} con 90 ml de dH_{2}O. Ajustar el pH a 10. Hervir en el microondas durante un minuto (la solución se vuelve más clara). Enfriar hasta temperatura ambiente. Ajustar pH a 10. Repetir el ciclo de calentar/enfriar hasta que el pH se mantenga en 10.
21. Na_{4}P_{2}O_{7} 200 mM.
22. antisuero policlonal de conejo específico para fosfotirosina (anticuerpo anti-Ptyr).
23. antisuero de afinidad purificada, anticuerpo de cabra anti IgG de conejo, conjugado de peroxidasa (catálogo de Biosource # ALI0404).
24. solución ABTS.
25. solución de peróxido de hidrógeno al 30%.
26. ABTS/H_{2}O_{2}.
27. HCl 0,2 M.
Procedimiento
1. cubrir las placas ELISA Corning de 96 pocillos con SUMO1 a 1,0 \mug por pocillo en PBS, 100 \mul de volumen final/pocillo. Almacenar durante la noche a 4ºC.
2. en el día de su utilización, eliminar el tampón de recubrimiento y lavar la placa 3 veces con dH_{2}O y una vez con tampón TBST. Todos los lavados en este ensayo deben hacerse de esta manera, a menos que se especifique lo contrario.
3. añadir 100 \mul de tampón de bloqueo a cada pocillo. Incubar la placa, con agitación, durante 30 minutos a temperatura ambiente. Justo antes de su uso, lavar la placa como se ha descrito anteriormente.
4. utilizar la línea celular EGFr/HER-2 quimera/3T3-C7 para este ensayo.
5. escoger los discos con 80-90% de confluencia. Recoger las células por tripsinización y centrifugar a 1000 rpm a temperatura ambiente durante 5 minutos.
6. resuspender las células en medio libre de suero y contar con azul de tripano. Es necesaria una viabilidad por encima del 90%. Sembrar las células en medio libre de suero a una densidad de 2.500 células por pocillo, 90 \mul por pocillo en una placa microtitulada de 96 pocillos. Incubar las células sembradas toda la noche a 37ºC bajo CO_{2} al 5%.
7. empezar el ensayo dos días después del sembrado.
8. dilución del compuesto del test:
Cribado primario
Se diluye las muestras directamente en una placa de polipropileno que contiene medio libre de suero -DNEM. Esta dilución será de 1:10 o mayor, dependiendo de las muestras estudiadas. Se pone la misma cantidad de DMSO en los pocillos de control. Todos los pocillos se transfieren luego a la placa celular a una dilución de 1:10 (10 \mul de muestra y medio en 10 \mul de medio libre de suero). La concentración final de MSO será de 1% o menor.
Cribado secundario
Se pone diez muestras en los pocillos 2 al 11 de la fila A de una placa de polipropileno. Estos pocillos contienen DMEM totalmente libre de suero. Para una dilución 1:10, hay que usar 10 \mul de solución del compuesto del test en 90 \mul de medio. El resto de los pocillos (incluyendo los de control) tendrán una mezcla de DMSO/medio. El porcentaje de DMSO en la mezcla viene determinado por el primer factor de dilución, esto es, en este ejemplo, 1:10. La concentración de DMSO es, por lo tanto, del 10%. Se pone una cantidad equivalente de fármaco y medio de la fila A en la fila B, que contiene DMSO y medio. La misma cantidad se aparta luego y se pone en la fila C, etc. Hay diluciones 1:2. Todos los pocillos se transfieren luego a la placa celular a una dilución de 1:10 (10 \mul de muestra y medio en 90 \mul de medio libre de suero). La concentración final de DMSO será de 1% o menor.
9. incubar bajo CO_{2} al 5% a 37ºC durante 2 horas.
10. preparar el ligando EGF mediante la dilución de EGF stock (16,5 \muM) en DNEM templado a 150 nM.
11. preparar suficiente HNTG* fresco para administrar 100 \mul por pocillo. Ponerlo en hielo.
12. tras 2 horas de incubación con el compuesto del test, añadir el ligando EGF preparado a las células, 50 \mul por pocillo, para una concentración final de 50 nM. Los pocillos de control positivo reciben la misma cantidad de EGF. Los de control negativo no reciben EGF. Incubar a 37ºC durante 10 minutos.
13. eliminar el compuesto del test, EGF, y DNEM. Lavar las células una vez con PGS.
14. transferir HNTG* a las células, 100 \mul por pocillo. Ponerlo en hielo durante 5 minutos. Mientras tanto eliminar el tampón de bloqueo de la placa ELISA y lavar.
15. con una punta de pipeta bien sujeta a la micropipeta, raspar las células de la placa y homogeneizar el material celular mediante una repetida aspiración y administración de tampón de lisis HNTG*. Transferir el lisado a una placa de ELISA lavada, recubierta y bloqueada. Alternativamente, uno puede utilizar un cartucho de transferencia Costar para transferir el lisado a la placa ELISA.
16. incubar, con agitación, a temperatura ambiente durante una hora.
17. eliminar el lisado, lavar. Transferir el anticuerpo anti-Ptyr recién diluido (1:3000 en TBST) a la placa ELISA, 100 \mul por pocillo.
18. incubar, con agitación, a temperatura ambiente durante 30 minutos.
19. eliminar el anticuerpo anti-Ptyr, lavar. Transferir el anticuerpo Biosource recién diluido a la placa ELISA (1:8000 en TBST, 100 \mul por pocillo).
20. incubar, con agitación, a temperatura ambiente durante 30 minutos.
21. eliminar el anticuerpo biosource, lavar. Transferir la solución ABTS/H_{2}O_{2} recién preparada a la placa ELISA, 100 \mul por pocillo.
22. incubar, con agitación, durante 5-10 minutos. Eliminar cualquier burbuja.
23. en caso necesario, parar la reacción con la adición de \mul de HCl a 0,2 M por pocillo.
24. leer el ensayo en el lector ELISA Dynatech MR7000: filtro del test a 410 nM, filtro de referencia a 630 nM.
Ejemplo 7 Ensayo DE cdk2/ciclina A
El siguiente protocolo describe los procedimientos utilizados para analizar la actividad protein serina/treonina quinasa de la cdk2/ciclina A en un SPA. El procedimiento también describe el protocolo para el estudio inicial de fármacos para la inhibición o activación de la actividad quinasa.
Materiales y reactivos
1. placas de polietileno teraftalato de 96 pocillos (flexi) Wallac (catálogo de Wallac # 1450-401).
2. Redivue Amersham [\gamma^{33}P] ATP (catálogo de Amersham # AH 9968).
3. perlas SPA de poliviniltolueno recubiertas con estreptavidina (catálogo de Amersham # RPNQ0007). Reconstituir las perlas en PBS sin magnesio ni calcio, a 20 mg/ml. Guardar las perlas reconstituidas a 4ºC.
4. complejo del enzima cdk2/ciclina A activado purificado de células Sf9, a -80ºC, alícuotas de 200 \mul.
5. sustrato peptídico biotinilado (debtide). Biotina-X-PKTPKKAKKL peptídica disuelta en dH_{2}O a concentración de 5 mg/ml. Guardada en alícuotas de 100 \mul a -80ºC.
6. mezcla péptido/ATP:
Reactivo Concentración Concentración Cantidad Concentración
stock útil 2,5X por 10 ml final del pocillo
dH_{2}O 10 ml 9,979 ml - - -
ATP frío 10 mM 1,25 \muM 0,00125 ml 0,5 \muM
Debtide 5 mg/ml 0,005 mg/ml 0,010 ml 0,1 \mug/pocillo
ATP \gamma^{33} P 10 \muCi/\mul 10 \muCi/ml 0,010 ml 0,2 \muCi/pocillo
7. tampón quinasa 2,5X
Reactivo Solución Cantidad Concentración Concentración
stock por 10 ml activa final del pocillo
dH_{2}O 55,5 M 8,85 ml - - -
Tris pH 7,4 1 M 0,65 ml 62,5 mM Tris 25 mM
MgCl_{2} 1 M 0,25 ml 25 mM MgCl_{2} 10 mM
NP40 10% 0,25 ml 0,25% NP40 0,1%
*DTT (añadir 1 M 0,025 ml 2,5 mM DTT 1 mM
fresco)
8. ATP 10 mM (catálogo de Sigma # A-5394).
9. Tris 1 M, pH 7,4.
10. MgCl_{2} 1 M
11. DTT 1 M
12. PBS (solución salina tamponada con fosfatos Dulbecco) sin magnesio ni calcio (catálogo de Gibco # 14190-144).
13. EDTA (14,12 g por 100 ml)
14. solución de parada (STOP):
Reactivo Solución stock Cantidad por 10 ml Concentración activa
PBS 9,25 ml
ATP 100 mM 0,005 ml 50 \muM
EDTA 0,5 M 0,1 ml 5 mM
Triton 100X 10% 0,1 ml 0,1%
Perlas SPA 20 mg/ml 1,25 ml 0,5 mg/pocillo (200 \mul)
Procedimiento
1. preparar soluciones de inhibidores a 5x de la concentración final deseada en 5% de DMSO. Añadir 10 \mul a cada pocillo. Para los controles negativos añadir 10 \mul de DMSO al 5%.
2. diluir 5 \mul de solución de cdk2/ciclina A en 2,1 ml de tampón quinasa 2x (por placa)
3. añadir 20 ml de enzima por pocillo. Se puede añadir utilizando una pipeta manual o con la Titertek Multidrop.
4. añadir 10 \mul de EDTA 0,5 M a los pocillos de control negativos.
5. para iniciar la reacción quinasa, añadir 20 \mul de mezcla péptido/ATP utilizando o bien una pipeta manual o la Titertek Multidrop. Dejar reposar en la poyata detrás del escudo reactivo durante 1 hora.
6. añadir 200 \mul de solución de parada por pocillo usando o bien la Titertek Multidrop o una pipeta manual.
7. dejar reposar por lo menos 10 minutos.
8. centrifugar la placa a aproximadamente 2300 rpm durante 3-5 minutos.
9. contar la placa en el lector Trilux utilizando el protocolo # 28 (ensayo de SPA de Brian).
Ejemplo 8 Elisa PDGF-R
Todos los medios de cultivo celulares, glutamina, y suero bovino fetal, fueron adquiridos de Gibco Life Technologies (Grand Island, NY) a menos que se especifique lo contrario. Todas las células crecieron en una atmósfera húmeda de 90-95% de aire y 5-10% CO_{2} a 37ºC. Todas las líneas celulares fueron subcultivadas rutinariamente dos veces a la semana y resultaron negativas para micoplasma, según se determinó por el método Mycotect (Gibco).
Para los ensayos ELISA, las células (U1242, obtenidas de Joseph Schlessinger, NYU) crecieron hasta una confluencia de 80-90% en medio de crecimiento (MEM con FBS al 10%, NEAA, NaPyr 1 mM y GLN 2 mM) y se sembraron en placas de cultivo tisular de 96 pocillos con suero al 0,5% y 25.000-30.000 células por pocillo. Tras una incubación durante la noche en medio con suero al 0,5%, se puso las células en medio libre de suero y se trataron con el compuesto del test durante 2 horas en un incubador con CO_{2} al 5% y a 37ºC. Las células fueron luego estimuladas con ligandos durante 5-10 minutos seguido de una lisis con HNT G (Hepes 20 mM, NaCl 150 mM, glicerol al 10%, EDTA 5 mM, Na_{3}VO_{4} 5 mM, Triton X-100 al 0,2%, y NaPyr 2 mM). Los lisados celulares (0,5 Mg/pocillo en PBS) se transfirieron a placas ELISA previamente recubiertas con anticuerpos de receptores específicos, y que habían sido bloqueadas con leche al 5% en TBST (Tris-HCl 50 mM pH 7,2, NaCl 150 mM y Triton X-100 al 0,1%) a temperatura ambiente durante 30 minutos. Los lisados se incubaron con agitador durante una hora a temperatura ambiente. Las placas se lavaron con TBST cuatro veces y luego se incubaron con anticuerpo anti-fosfotirosina policlonal a temperatura ambiente durante 30 minutos. El exceso de anticuerpos anti-fosfotirosina se eliminó aclarando la placa con TBST cuatro veces. Se añadió anticuerpo IgG anti-conejo de cabra a la placa ELISA durante 30 minutos a temperatura ambiente, seguido de un aclarado con TBST cuatro veces más. Se añadió a las placas ELISA ABTS (ácido cítrico 100 mM, Na_{2}HPO_{4} 250 mM y ácido 2,2'-azino-bis(3-etilbenztiazolina-6-sulfónico a 0,5 mg/ml)), junto con H_{2}O_{2} (1,2ml de H_{2}O_{2} a 30% a 10 ml de ABTS) para iniciar el desarrollo del color. Se grabó la absorbancia a 410 nm con una longitud de onda de referencia de 630 nm durante de 15 a 30 minutos tras la adición de ABTS.
Ejemplo 9 Receptor Elisa IGF-I
El siguiente protocolo puede usarse para medir los niveles de fosfotirosina en los receptores IGF-I, lo que indica la actividad tirosin quinasa de los receptores IGF-I.
Materiales y reactivos
Se utilizó los siguientes materiales y reactivos:
a. la línea celular utilizada en este ensayo es 3T3/IGF-1R, una línea celular diseñada genéticamente para sobreexpresar receptores de IGF-1.
b. se hace crecer NIH3T3/IGF-1R en una incubadora con CO_{2} 5% a 37ºC. El medio de crecimiento es DMEM + FBS 10% (inactivado por calor) + L-glutamina 2 mM.
c. anticuerpo 17-69 anti-IGF-1R de afinidad purificada.
d. D-PBS:
KH_{2}PO_{4} 0,20 g/l
K_{2}HPO_{4} 2,16 g/l
KCl 0,20 g/l
NaCl 8,00 g/l (pH 7,2)
e. tampón de bloqueo: TBST con Leche 5% (Leche en polvo desnatada instantánea de la marca Carnation).
f. tampón TBST:
Tris-HCl 50 mM
NaCl 150 mM (pH 7,2/HCl 1N)
Triton X-100 0,1%
Se prepara una solución stock de TBS (10X), y se añade Triton X-100 al tampón durante la dilución.
g. tampón HNTG:
HEPES 2 mM
NaCl 150 mM (pH 7,2/HCl 1N)
Glicerol 10%
Triton X-100 0,2%
Se prepara una solución stock (5X) y se guarda a 4ºC.
h. EDTA/HCl: NaOH 0,5 M pH 7,0 como stock 100X.
i. Na_{3}VO_{4}: 0,5 M como stock 100X y se guardan alícuotas a -80ºC.
j. Na_{4}P_{2}O_{7}: 0,2 M como stock 100X.
k. factor-1 de crecimiento similar al de la insulina de Promega (catálogo # G5111).
l. antisuero anti-fosfotirosina policlonal de conejo.
m. conjugado POD (anticuerpo de detección) de cabra anti IgG de conejo, Tago (catálogo # 4520, Lote nº 1802); Tago, Inc., Burlingame, CA.
n. solución ABTS (ácido 2,2'-azino-bis(3-etilbenz-tiazolin-6-sulfónico):
ácido cítrico 100 mM
Na_{2}HPO_{4} 250 mM (pH 4,0/1N HCl)
ABTS 0,5 mg/ml
La solución ABTS debe guardarse en la oscuridad a 4ºC. La solución debe eliminarse cuando se vuelve verde.
o. peróxido de hidrógeno: solución al 30% guardada en la oscuridad a 4ºC.
Procedimiento
Todos los pasos siguientes se llevan a cabo a temperatura ambiente a menos que se indique lo contrario. Todas los lavados de las placas ELISA se realizan enjuagando la placa con agua del grifo tres veces, seguido de un aclarado con enjuague TBST. Golpear suavemente las placas para secarlas con servilletas de papel
A. Sembrado de las células
1. se añade a las células, que han crecido en una placa de cultivo tisular (Corning 25020-100), con una confluencia de 80-90%, Tripsina-EDTA (0,25%, 0,5 ml/D-100, Gibco).
2. se resuspende las células en DMEM fresco + FBS 10% + L-Glutamina 2 mM, y se transfiere a una placa de cultivo tisular de 96 pocillos (Corning, 25806-96) a 20.000 células/pocillo (100 \mul/pocillo). Se incuba durante un día y luego se reemplaza el medio por un medio libre de suero (90 \mul) y se incuba en CO_{2} 5% a 37ºC toda la noche.
B. Bloqueo y recubrimiento de la placa ELISA
1. cubrir la placa ELISA (Corning 25805-96) con anticuerpo anti-IGF-1R a 0,5 \mug/pocillo en 100 \mul de PBS durante por lo menos 2 horas.
2. eliminar la solución de cubierta y reemplazarla con 100 \mul de tampón de bloqueo. Agitar durante 30 minutos. Eliminar el tampón de bloqueo y lavar la placa justo antes de añadir el lisado.
C. Procedimientos del ensayo
1. se prueban los fármacos en condiciones libres de suero.
2. se diluye el fármaco stock (en DMSO 100%) 1:10 con DMEM en una placa de polipropileno de 96 pocillos, y se transfiere 10 \mul/pocillo de esta solución a las células para conseguir una dilución final de fármaco de 1:100, y una concentración final de DMSO de 1,0%. Se incuban las células en CO_{2} al 5% a 37ºC durante 2 horas.
3. se prepara un tampón de lisis celular fresco (HNTG*)
HNT G 2 ml
EDTA 0,1 ml
Na_{3}VO_{4} 0,1 ml
Na_{4}(P_{2}O_{7}) 0,1 ml
H_{2}O 7,3 ml
4. tras la incubación de la fármaco durante dos horas, se transfiere 10 \mul/pocillo de ligando IGF-1 200 nM en PBS a las células (concentración final = 20 nM), y se incuba a 5% de CO_{2} a 37ºC durante 10 minutos.
5. eliminar el medio, añadir 100 \mul/pocillo de HNTG* y agitar durante 10 minutos. Observar las células en el microscopio para ver si se han lisado adecuadamente.
6. utilizar una pipeta de 12 canales para raspar las células de la placa y homogeneizar el lisado por aspiraciones y liberaciones repetidas. Transferir todo el lisado a la placa ELISA recubierta de anticuerpo y agitar durante 1 hora.
7. eliminar el lisado, lavar la placa, transferir 100 \mul/pocillo de anti-pTyr (1:3.000 con TBST), y agitar durante 30 Minutos.
8. eliminar el anti-pTyr, lavar la placa, transferir 100 \mul/pocillo de TAGO (1:3.000 con TBST), y agitar durante 30 minutos.
\newpage
9. eliminar el anticuerpo de detección, lavar la placa, y transferir 100 \mul/pocillo de ABTS/H_{2}O_{2} fresco (1,2 \mul H_{2}O_{2} a 10 ml de ABTS) a la placa para iniciar el desarrollo del color.
10. medir la DO a 410 nm con una longitud de onda de referencia de 630 nm en el Dynatec MR5000.
Ejemplo 10 ELISA del receptor EGF
Se mide la actividad quinasa del receptor EGF en células genéticamente diseñadas para expresar EGF-R humano de la siguiente manera:
Materiales y reactivos
Se utilizó los siguientes materiales y reactivos:
a. ligando EGF: concentración stock = 16,5 \mul, EGF 201, TOYOBO, Co., LTD. Japón.
b. 05-101 (UBI) (un anticuerpo monoclonal que reconoce un dominio extracelular de EGFR).
c. anticuerpo anti-fosfotirosina (anti-Ptyr)(policlonal).
d. anticuerpo de detección: cabra anti IgG de conejo conjugado con peroxidasa de rábano picante, TAGO, Inc., Burlingame, CA.
e. tampón TBST:
Tris-HCl, pH 7 50 mM
NaCl 150 mM
Triton X-100 0,1
f. HNT G 5X stock:
HEPES 0,1 M
NaCl 0,75 M
Glicerol 50
Triton X-100 1,0%
g. ABTS stock:
Ácido cítrico 100 mM
Na_{2}HPO_{4} 250 mM
HCl, conc. 4,0 pH
ABTS 0,5 mg/ml
Guardar la solución en la oscuridad a 4ºC hasta que se use.
h. reactivos stock de:
EDTA 100 mM pH 7,0
Na_{3}VO_{4} 0,5 M
Na_{4}(P_{2}O_{7}) 0,2 M
Procedimiento
Se utilizó el siguiente protocolo:
A. Placa de ELISA pre-cubierta
1. cubrir las placas ELISA (Corning de 96 pocillos, catálogo # 25805-96) con anticuerpos 05-101 a 0,5 \mug/pocillo en PBS, siendo 150 \mul el volumen final/pocillo. Guardar toda la noche a 4ºC. Las placas cubiertas se pueden usar hasta 10 días cuando se guardan a 4ºC.
2. en el día de uso, eliminar el tampón de cubierta y reemplazar con tampón de bloqueo (5% de leche en polvo desnatada instantánea de la marca Carnation en PBS). Incubar la placa, con agitación, a temperatura ambiente (entre 23 y 25ºC) durante 30 minutos. Justo antes de usar, eliminar el tampón de bloqueo y lavar la placa 4 veces con tampón TBST.
B. Sembrado de las células
1. se puede usar la línea celular NIH 3T3/C7 (Honegger, et al., Cell 51:199-209, 1987) para este ensayo.
2. escoger las placas con un 80-90% de confluencia para el experimento. Tripsinizar las células y parar la reacción añadiendo medio CS DMEM al 10%. Suspender las células en medio DMEM (medio CS DMEM al 10%) y centrifugar una vez a 1000 rpm a temperatura ambiente durante 5 minutos.
3. resuspender las células en medio de sembrado (DMEM, suero bovino 0,5%) y contar las células usando azul de tripano. Se considera aceptable una viabilidad por encima del 90%. Se siembra las células en medio DMEM (suero bovino al 0,5%) a una densidad de 10.000 células por pocillo, 100 \mul por pocillo, en una placa microtituladas de 96 pocillos. Incubar las células sembradas en CO_{2} al 5% a 37ºC durante 40 horas.
C. Procedimientos de ensayo
1. estudiar la posible contaminación en las células sembradas utilizando un microscopio invertido. Diluir la fármaco stock (10 mg/ml en DMSO) 1:10 en medio DMEM, luego transferir 5 \mul a un pocillo de test hasta una dilución final de fármaco de 1:2000 y una concentración final de DMSO de 1%. Se administra en los pocillos de control DMSO solo. Se incuba en CO_{2} 5% a 37ºC durante una hora.
2. preparar ligando EGF: diluir EGF stock en DMEM para después transferir 10 \mul de EGF diluido (dilución 1:12). Se obtiene una concentración final 25 nM.
3. preparar 10 ml de HNTG* fresco suficiente para 100 \mul por pocillo. El HNTG* está compuesto por: HNT G stock (2,0 ml), H_{2}O Milli-Q (7,3 ml), EDTA 100 mM, pH 7,0 (0,5 ml), Na_{3}VO_{4} 0,5 M (0,1 ml) y Na_{4}(P_{2}O_{7}), 0,2 M(0,1 ml).
4. poner en hielo.
5. tras dos horas de incubación con el fármaco, añadir ligando EGF preparado a las células, 10 \mul por pocillo, para alcanzar una concentración final de 25 mM. A los pocillos de control sólo se les añade DMEM. Incubar, con agitación, a temperatura ambiente, durante 5 minutos.
6. eliminar el fármaco, EGF y DMEM. Lavar las células dos veces con PBS, transferir HNTG* a las células, 100 \mul por pocillo. Poner en hielo durante 5 minutos. Mientras tanto, eliminar el tampón de bloqueo de otra placa ELISA y lavar con TBST como se ha descrito anteriormente.
7. con una punta de pipeta bien fijada a la micropipeta, raspar las células de la placa y homogeneizar el material celular mediante aspiraciones y liberaciones repetidas y añadiendo tampón de lisado HNTG*. Transferir el lisado a una placa ELISA recubierta, bloqueada y lavada. Incubar, con agitación, a temperatura ambiente durante una hora.
8. eliminar el lisado y lavar 4 veces con TBST. Transferir el anticuerpo anti Ptyr recién diluido a la placa ELISA (100 \mul por pocillo). Incubar con agitación a temperatura ambiente durante 30 minutos en presencia del antisuero anti-Ptyr (dilución en TBST 1:3000).
9. eliminar el anticuerpo anti-Ptyr y lavar 4 veces con TBST. Transferir el anticuerpo IgG anti-conejo TAGO 30 recién diluido a la placa ELISA (100 \mul por pocillo). Incubar, con agitación, a temperatura ambiente durante 30 minutos (anticuerpo anti IgG de conejo: dilución en TBST 1:3000).
10. eliminar el anticuerpo de detección y lavar 4 veces con TBST. Transferir la solución de ABTS/H_{2}O_{2} recién preparada a la placa ELISA (100 \mul por pocillo). Incubar a temperatura ambiente durante 20 minutos. Solución ABTS/H2O2: 1,2 \mul 30% H_{2}O_{2} en 10 ml de ABTS stock.
11. parar la reacción añadiendo 50 \mul 5N de H_{2}SO_{4} (opcional) y determinar la DO a 410 nm.
12. la señal de fosfotirosina máxima se determina restando el valor de los controles negativos a los controles positivos. Se calcula la inhibición porcentual del contenido de fosfotirosina en los pocillos que contienen extracto, tras la sustracción de los controles negativos.
Ejemplo 11 Ensayo ELISA de Met autofosforilación
Este ensayo determina la actividad Met tirosin quinasa analizando los niveles de Met protein tirosin quinasa en el receptor Met.
Materiales y reactivos
Se usó los siguientes materiales y reactivos:
a. HNT G (solución stock 5X): Disolver 23,83 g de HEPES y 43,83 g de NaCl en aproximadamente 350 ml de dH_{2}O. Ajustar el pH a 7,2 con HCl o NaOH, añadir 500 ml de glicerol y 10 ml de Triton X-100, mezclar, y añadir dH_{2}O hasta un volumen total de 1 litro. Para fabricar 1 litro de solución efectiva 1X, añadir 200 ml de solución stock 5X a una solución de 800 ml de dH_{2}O. Comprobar y ajustar el pH para conseguir el necesario. Guardar a 4ºC.
b. PBS (Solución salina tamponada con fosfato Dulbecco), catálogo de Gibco # 450-1300EB (solución 1X).
c. tampón de bloqueo: poner 100 g de BSA y 12,1 g de Tris pH 7,5, 58,44 g de NaCl y 10 ml de Tween-20 en 500 ml de dH_{2}O. Diluir hasta un volumen total de 1 litro.
d. tampón quinasa: añadir 12,1 g TRIS pH 7,2, 58,4 g de NaCl, 40,7 g de MgCl_{2} y 1,9 g de EGTA a 500 ml de dH_{2}O.
e. PMSF (fenilmetilsulfonil fluoruro), catálogo de Sigma # P-7626, a 435,5 Mg. Añadir etanol 100% a 25 ml de volumen total. Pasar por el vórtex.
f. ATP (fuente bacteriana), catálogo de Sigma # A-7699. Guardar los polvos a -20ºC. Para fabricar la solución, disolver 3,31 mg en 1 ml de dH_{2}O.
g. anti-fosfotirosina conjugada RC-20H HRPO, catálogo de Transduction Laboratories # E120H.
h. Pierce 1-Step® Turbo TMB-ELISA (3,3',5,5'-tetrametilbenzidina, catálogo de Pierce # 34022).
i. añadir 1 ml de H_{2}SO_{4} concentrado (18N) a 35 ml de dH_{2}O.
j. TRIS HCl, catálogo de Fischer # BP152-5; para 121,14 g de material, añadir 600 ml de H_{2}O MilliQ, ajustar el pH a 7,5 (ó 7,2) con HCl. Llevar el volumen a un litro con H_{2}O MilliQ.
k. NaCl, catálogo de Fischer # S271-10. Fabricar una solución 5 M.
l. Tween-20, catálogo de Fischer # S337-500.
m. Na_{3}VO_{4}, catálogo de Fischer # S454-50, a 1,8 g de material, añadir 80 ml de H_{2}O MilliQ, ajustar el pH a 10,0 con HCl o NaOH, hervir en el microondas, enfriar, comprobar el pH, repetir el procedimiento hasta que el pH se estabilice a 10,0. Añadir H_{2}O MilliQ para un volumen total de 100 ml. Hacer alícuotas de 1 ml y guardar a
-80ºC.
n. MgCl_{2}, catálogo de Fischer # M33-550. Fabricar una solución 1 M.
o. HEPES, catálogo de Fischer #BP310-500. Añadir 59,6 g de material a 200 ml de H_{2}O MilliQ, ajustar el pH a 7,5, y llevar hasta un volumen final de 250 ml. Esterilizar el filtro.
p. albúmina bovina (BSA), catálogo de Sigma # A-4503. Añadir agua destilada estéril a 30 g de material para hacer un volumen total de 300 ml. Guardar a 4ºC.
q. tampón TBST: añadir 6,057 g de TRIS y 8,766 g de NaCl a aproximadamente 900 ml de dH_{2}O en un cilindro de un litro graduado. Cuando esté disuelto, ajustar el pH a 7,2 con HCl, añadir 1,0 ml de Triton X-100, y llevar el volumen total a 1 litro con dH_{2}O.
r. anticuerpo IgG de conejo de afinidad purificada de cabra (molécula entera), catálogo de Cappel # 55641.
s. anticuerpo IgG policlonal de conejo anti h-Met (C-28), catálogo de Santa Cruz Chemical # SC-161.
t. células quiméricas EGFR/Met transfectadas transitoriamente (EMR) (Komada et al., Oncogene, 8:2381-2390 (1993).
u. tampón de carbonato de sodio (Na_{2}CO_{4}, catálogo de Fischer # S495): añadir 200 ml de H_{2}O MilliQ a 10,6 g de material. Cuando esté disuelto, ajustar el pH a 9,6 con NaOH. Llevar hasta un volumen total de 1 litro con H_{2}O MilliQ, filtrar y guardar a 4ºC.
Procedimiento
Los siguientes pasos se realizan a temperatura ambiente, a menos que se especifique lo contrario. Todas las veces que se lavan las placas ELISA se hace enjuagando con TBST 4X.
A. Lisis EMR
Este procedimiento puede realizarse la noche antes o justo antes de iniciar la captura del receptor.
1. descongelar los lisados rápidamente en un baño de agua a 37ºC con movimiento en espiral hasta que desaparezcan los últimos cristales.
2. lisar el pellet celular con HNT G 1X que contenga PMSF 1 mM. Usar 3 ml de HNT G para 15 cm de placas con células. Añadir ½ del volumen calculado de HNTG. Poner el tubo en el vórtex durante un minuto y añadir el resto de HNTG. Poner en el vórtex otro minuto.
3. equilibrar los tubos, centrifugar a 10.000x g durante 10 minutos a 4ºC.
4. juntar los sobrenadantes, extraer una alícuota para la determinación proteica.
5. congelar rápidamente la muestra unida en un baño de hielo seco/etanol. Este paso se lleva a cabo independientemente de si el lisado se guarda durante la noche o si se usa justo después de la determinación proteica.
6. llevar a cabo la determinación proteica utilizando el método del ácido bicinconínico estándar (BCA). Juego de reactivos de ensayo BCA del catálogo de Pierce Chemical # 23225.
B. Procedimiento ELISA
1. cubrir las placas ELISA de 96 pocillos Corning con 5 \mug por pocillo de anticuerpo de cabra anti-conejo en tampón carbonado para conseguir un volumen total en cada pocillo de 50 \mu. Guardar durante la noche a 4ºC.
2. eliminar el anticuerpo anti-conejo de cabra no ligado mediante la inversión de las placas para eliminar el líquido.
3. añadir 150 \mul de tampón de bloqueo a cada pocillo. Incubar durante 30 minutos a temperatura ambiente con agitación.
4. lavar cuatro veces con TBST. Golpear suavemente la placa sobre una servilleta de papel para eliminar las burbujas y el exceso de líquido.
5. añadir 1 \mul por pocillo de anticuerpo de conejo anti-Met en TBST para alcanzar un volumen total por pocillo de 100 \mul.
6. diluir el lisado en HNT G (90 \mug lisado/100 \mul)
7. añadir 100 \mul de lisado diluido a cada pocillo. Agitar a temperatura ambiente durante 60 minutos.
8. lavar cuatro veces con TBST. Golpear suavemente sobre una servilleta de papel para eliminar las burbujas y el exceso de líquido.
9. añadir 50 \mul de tampón de lisado 1X por pocillo.
10. diluir los compuestos/extractos 1:10 en tampón quinasa 1X en una placa de 96 pocillos de polipropileno.
11. transferir 5,5 \mul de fármaco diluida a los pocillos de la placa ELISA. Incubar a temperatura ambiente, con agitación, durante 20 minutos.
12. añadir 5,5 \mul/pocillo de solución ATP 60 \muM. A los controles negativos no se les añade ATP. Incubar a temperatura ambiente durante 90 minutos, con agitación.
13. lavar cuatro veces con TBST. Golpear suavemente la placa sobre una servilleta de papel para eliminar las burbujas y el exceso de líquido.
14. añadir 100 \mul por pocillo de RC20 (dilución 1:3000 en tampón de bloqueo). Incubar durante 30 minutos a temperatura ambiente con agitación.
15. lavar cuatro veces con TBST. Golpear suavemente la placa sobre una servilleta de papel para eliminar las burbujas y el exceso de líquido.
16. añadir 100 \mul por pocillo de Turbo-TMB. Incubar con agitación durante 30-60 minutos.
17. añadir 100 \mul por pocillo de H_{2}SO_{4} 1 M para parar la reacción.
18. leer el ensayo en un lector de ELISA Dynatech MR7000. Filtro del test = 450 nm; filtro de referencia =
\hbox{410 nm.}
Ejemplo 12 ELISA de un ensayo bioquímico src
Este ensayo se usa para determinar la actividad protein quinasa midiendo la fosforilación de un péptido biotinilado.
Materiales y reactivos
Se utilizó los siguientes materiales y reactivos:
a. levadura transformada con
b. lisados celulares: se pelletea células de levadura que expresan src, se lava una vez con agua, se re-pelletea, y se guarda a -80ºC hasta su uso.
c. el EEEYEEYEEEYEEEYEEEY biotinilado del extremo N terminal se prepara para procedimientos estándar conocidos por los expertos en la materia.
d. DMSO: Sigma, St. Louis, MO.
e. placa ELISA de 96 pocillos: placa Corning de 96 pocillos de fácil lavado, con el fondo plano modificado, catálogo de Corning # 25805-96.
f. placas de polipropileno NUNC de 96 pocillos con fondo en forma de V para la dilución de compuestos: catálogo de Applied Scientific # A-72092.
g. Reactivo Vecastain ELITE ABC: Vector, Burlingame, CA.
h. mab anti-src (327): se usó Schizosaccharomyces Pombe para expresar el Src recombinante (Superti-Furga et al., EMBO J., 12:2625-2634; Superti-Furga et al., Nature Biochem., 14:600-605). La cepa de S. Pombe SP200 (h-s leal.32 ura4 ade210)se cultivó como se ha descrito y con el método del acetato de litio (Superti-Furga, supra), se llevó a cabo las transformaciones con plásmidos de expresión de pRSP. Las células crecieron en presencia de tiamina 1 \muM para reprimir la expresión del promotor nmtl o en ausencia de tiamina para inducir a la expresión.
i. anti-fosfotirosina monoclonal, UBI 05-321 (puede sustituirse por UB40).
j. sustrato peroxidasa Turbo TMB-ELISA: Pierce Chemical.
Soluciones tampón
a. PBS (Solución salina tamponada con fosfato Dulbecco): Gibco PBS, catálogo de Gibco # 450-1300EB.
b. tampón de bloqueo: 5% leche desnatada (Carnation) en PBS.
c. tampón carbonado: Na_{2}CO_{4} de Fischer, catálogo # S495. Fabricar una solución stock 100 mM.
d. tampón quinasa: 1,0 ml (de una solución stock 1M) de MgCl_{2}; 0,2 ml (de una solución stock 1M) de MnCl_{2}; 0,2 ml (de una solución stock 1 M) de DTT; 5,0 ml (de una solución stock 1 M) de HEPES; 0,1 ml de TX-100. Se lleva a un volumen total de 10 ml con H_{2}O MilliQ.
e. tampón de lisado: 5,0 ml de HEPES (de una solución stock 1 M); 2,74 ml de NaCl (de una solución stock 5 M); 10 ml de glicerol; 1,0 ml de TX-100; 0,4ml de EDTA (de una solución stock 100 mM); 1,0 ml de PMSF (de una solución stock 100 mM); 0,1 ml de Na_{3}VO_{4} (de una solución stock 0,1 M). Llevar a un volumen total de 100 ml con H_{2}O MilliQ.
f. ATP (catálogo de Sigma # A-7699). Fabricar una solución stock 10 mM (5,51 mg/ ml).
g. TRIS-HCl: catálogo de Fischer # BP152-5. Añadir 121,14 g de material a 600 ml de H_{2}O MilliQ, ajustar el pH a 7,5 con HCl, y llevar a un volumen total de 1 litro con H_{2}O MilliQ.
h. NaCl (catálogo de Fischer # S271-10). Fabricar una solución stock 5 M con H_{2}O MilliQ.
i. Na_{3}VO_{4} (catálogo de Fischer # S454-50). Añadir 1,8 g de material a 80 ml de H_{2}O MilliQ. Ajustar el pH a 10,0 con HCl o NaOH. Hervir en el microondas, enfriar, comprobar el pH y repetir el ajuste de pH hasta que permanezca estable tras el ciclo de calentar/enfriar. Llevar a un volumen total de 100 ml con H_{2}O MilliQ. Hacer alícuotas de 1 ml y guardar a -80ºC.
j. MgCl_{2} (catálogo de Fischer # M33-500). Fabricar una solución stock 1 M con H_{2}O MilliQ.
k. HEPES (catálogo de Fischer # BP 310-500). Añadir 59,6 g de material a 200 ml de H_{2}O MilliQ, ajustar el pH a 7,5 y llevar a un volumen total de 250 ml con H_{2}O MilliQ filtrada estéril con dH_{2}O (solución stock 1 M).
l. tampón TBST: añadir 6,057 g de Tris y 8,766 g de NaCl a 900 ml de dH_{2}O. Ajustar el pH a 7,2 con HCl, añadir 1,0 ml de Triton-X100. Llevar a un volumen total de 1 litro con dH_{2}O.
m. MnCl_{2} (catálogo de Fischer # M87-100). Fabricar una solución stock 1 M con H_{2}O MilliQ.
n. DTT (catálogo de Fischer # BP 172-5).
o. TBS (solución salina tamponada TRIS). Añadir 6,057 g de TRIS y 8,777 g de NaCl a 900 ml de H_{2}O MilliQ. Llevar a un volumen total de 1 litro con H_{2}O MilliQ.
p. Mezcla de reacción quinasa. Cantidad por placa de ensayo (100 pocillos): 1,0 ml de tampón quinasa, 200 \mug de GST-\zeta. Llevar a un volumen final de 8,0 ml con H_{2}O MilliQ.
q. EEEYEEYEEEYEEEYEEEY marcado con biotina. Fabricar solución stock de péptidos (2,98 mg/ ml, 1 mM) en agua justo antes de usar.
r. Reactivo Vectastain ELITE ABC. Para preparar 10 ml del reactivo activo, añadir una gota de reactivo A a 15 ml de TBST e invertir el tubo varias veces para mezclarlo. Luego añadir una gota de reactivo B. Poner el tubo en un agitador orbital a temperatura ambiente y mezclar durante 30 minutos.
Procedimientos a. Preparación de la placa de ELISA recubierta con src
1. Cubrir la placa de ELISA con 0,5 \mug/pocillo con mab anti src en 100 \mul de tampón de carbonato de sodio a pH 9,6. incubar toda la noche a 4ºC.
2. lavar los pocillos una vez con PBS.
3. bloquear la placa con 0,15 ml de leche 5% en PBS durante 30 minutos a temperatura ambiente.
4. lavar la placa cinco veces con PBS.
5. añadir 10 \mug/pocillo de lisados de levadura con el src transformado diluida en tampón de lisado (0,1 ml de volumen total por pocillo). La cantidad de lisado puede variar entre los lotes. Agitar la placa durante 20 minutos a temperatura ambiente.
b. Preparación de la placa ELISA recubierta de anticuerpo fosfotirosina
1. placa 4G10: cubrir 0,5 \mug/pocillo 4G10 en 100 \mul de PBS durante la noche a 4ºC y bloquear con 150 \mul de leche al 5% en PBS durante 20 minutos a temperatura ambiente.
c. Procedimiento del ensayo de quinasa
1. eliminar las proteínas no ligadas en los pasos 1-7 anteriores, y lavar las placas cinco veces con PBS.
2. añadir 0,08 ml de mezcla de reacción quinasa por pocillo (compuesta por 10 \mul de tampón quinasa 10X y biotina-EEEYEEYEEEYEEEYEEEY 10 \muM por pocillo diluida en agua).
3. añadir 10 \mul de compuesto diluido en agua compuesto por DMSO 10%, y preincubar durante 10 minutos a temperatura ambiente.
4. iniciar la reacción quinasa añadiendo 10 \mul/pocillo de ATP 0,05 mM en agua (ATP final 5 \muM).
5. agitar la placa ELISA durante 15 minutos a temperatura ambiente.
6. parar la reacción quinasa añadiendo 10 \mul de EDTA 0,5 M por pocillo.
7. transferir 90 \mul de sobrenadante a una placa ELISA recubierta con 4G10 bloqueado en la sección B, arriba.
8. incubar durante 30 minutos, mientras se agita, a temperatura ambiente.
9. lavar la placa cinco veces con TBST.
10. incubar con reactor Vectastain ELITE ABC (100 \mul/pocillo) durante 30 minutos a temperatura ambiente.
11. lavar las placas cinco veces con TBST.
12. desarrollar con Turbo TMB.
Ejemplo 13 ELISA de un ensayo bioquímico lck
Este ensayo se usa para determinar la actividad de la protein quinasa lck midiendo la fosforilación de GST-\zeta.
Materiales y reactivos
Se usó los siguientes materiales y reactivos:
a. levadura con lck transformado. Se usó Schizosaccharomyces Pombe para expresar Lck recombinante (Superti-Furga, et al., EMBO J., 12:2625-2634; Superti-Furga, et al., Nature Biotech., 14:600-605). Se cultivó la cepa SP200 de S. Pombe (h-s leal.32 ura4 ade210) como se ha descrito y las transformaciones se realizaron con plásmidos de expresión de pRSP mediante el método de acetato de litio (Superti-Furga, supra). Las células crecieron en presencia de tiamina 1 \muM para inducir a la expresión.
b. lisados celulares: pelletear las células de levadura que expresan lck. Lavar una vez con agua, re-pelletear y guardar congelado a -80ºC hasta su uso.
c. GST-\zeta: el DNA que codifica para la proteína de fusión GST-\zeta para la expresión en bacterias obtenidas gracias a Arthur Weiss del instituto médico Howard Hughes en la universidad de California, San Francisco. Las bacterias transformadas crecieron durante la noche, con agitación, a 25ºC. Se purificó el GST-\zeta por cromatografía de afinidad a la glutationa, Pharmacia, Alameda, CA.
d. DMSO. Sigma, St Louis, MO.
e. placas ELISA de 96 pocillos: placas Corning de 96 pocillos, fáciles de lavar, con el fondo plano modificado (catálogo de Corning # 25805-96).
f. placas de polipropileno NUNC de 96 pocillos con fondo en forma de V para la dilución de compuestos (catálogo de Applied Scientific # AS-72092).
g. antisuero anti-GST de conejo purificado (catálogo de Amrad Corporation (Australia) # 90001605).
h. IgG-HRP anti-conejo de cabra (catálogo de Amersham # V010301).
i. IgG (H+L) anti-ratón de oveja (catálogo de Amersham # 5215-005-003).
j. Mab anti-Lck (3A5) (catálogo de Santa Cruz Biotechnology # sc-433).
k. UBI 05-321 anti-fosfotirosina monoclonal (puede sustituirse por UB40).
Soluciones tampón
a. solución PBS 1X (solución salina tamponada con fosfato Dulbecco): Gibco PBS, catálogo de Gibco # 450-1300EB.
b. tampón de bloqueo: 100 g de BSA, 12,1 g de TRIS-pH 7,5, 58,44 g de NaCl, 10 ml de Tween-20. Llevar a un volumen total de 1 litro con H_{2}O MilliQ.
c. tampón carbonado: Na_{2}CO_{4} de Fischer (catálogo de Fischer # S495). Fabricar una solución 100 mM con H_{2}O MilliQ.
d. tampón quinasa: 1,0 ml de MgCl_{2} (de una solución stock 1 M); 0,2 ml de MnCl_{2} (de una solución stock 1 M); 0,2 ml de DTT (de una solución 1M); 0,5 ml de HEPES (de una solución stock 1 M); 0,1 ml de TX-100. Llevar a un volumen total de 10 ml con H_{2}O MilliQ.
e. tampón de lisado: 5,0 ml de HEPES (de una solución stock 1 M); 2,74 ml de NaCl (de una solución stock 5 M); 10 ml de glicerol, 1,0 ml de TX-100; 0,4 ml de EDTA (de una solución stock 100 mM); 1,0 ml de PMSF (de una solución stock 100 mM); 0,1 ml de Na_{3}VO_{4} (de una solución stock 0,1 M). Llevar a un volumen total de 100 ml con H_{2}O MilliQ.
f. ATP (catálogo de Sigma # A-7699). Fabricar una solución stock 10 mM (5,51 mg/ml).
g. TRIS-HCl (catálogo de Fischer # BP 152-5). Añadir 121,14 g de material a 600 ml de H_{2}O MilliQ y ajustar el pH a 7,5 con HCl. Llevar a un volumen total de 1 litro con H_{2}O MilliQ.
h. NaCl (catálogo de Fischer # S271-10). Fabricar una solución stock 5 M con H_{2}O MilliQ.
i. Na_{3}VO_{4} (catálogo de Fischer # S454-50). Añadir 1,8 g de material a 80 ml de H_{2}O MilliQ y ajustar el pH a 10,0 con HCl o NaOH. Hervir en el microondas, enfriar, comprobar el pH, repetir el ajuste de pH hasta que permanezca estable tras el ciclo de calentar/enfriar. Llevar a un volumen total de 100 ml con H_{2}O MilliQ; hacer alícuotas de 1 ml y guardar a -80ºC.
j. MgCl_{2} (catálogo de Fischer # M33-500). Fabricar una solución stock con H_{2}O MilliQ.
k. HEPES (catálogo de Fischer # BP 310-500). Añadir 59,6 g de material a 200 ml de H_{2}O MilliQ, ajustar el pH a 7,5 y llevar a un volumen total de 250 ml con H_{2}O MilliQ. Filtrar para esterilizar (solución stock 1M).
l. albúmina bobina (BSA) (catálogo de Sigma # A 4503). Añadir 30 g de material a 150 ml de H_{2}O MilliQ. Llevar a un volumen total de 300 ml con H_{2}O MilliQ. Filtrar a través de un filtro de 0,22 \mum. Guardar a 4ºC.
m. tampón TBST. Añadir 6,057 g de TRIS y 8,766 g de NaCl a 900 ml de dH_{2}O. Ajustar el pH a 7,2 con HCl, y añadir 1,0 ml de Triton-X100. Llevar a un volumen total de 1 litro con dH_{2}O.
n. MnCl_{2} (catálogo de Fischer # M87-100). Fabricar una solución stock 1 M con H_{2}O MilliQ.
o. DTT (catálogo de Fischer # BP 172-5).
p. TBS (solución salina tamponada de Tris). Añadir 6,057 g de Tris y 8,777 g de NaCl a 900 ml de H_{2}O MilliQ. Llevar a un volumen total de 1 litro con H_{2}O MilliQ.
q. Mezcla de reacción quinasa: cantidad por placa de ensayo (100 pocillos): 1,0 ml de tampón quinasa, 200 \mug de GST-\zeta. Llevar a un volumen final de 8,0 ml con H_{2}O MilliQ.
Procedimientos a. Preparación de una placa de ELISA recubierta de Lck
1. cubrir 2,0 \mug/pocillo de IgG anti-ratón de oveja en 100 \mul de tampón carbonado de sodio a pH 9,6 durante la noche a 4ºC.
2. lavar bien una vez con PBS.
3. bloquear la placa con 0,15 ml de tampón de bloqueo durante 30 minutos a temperatura ambiente.
4. lavar la placa cinco veces con PBS.
5. añadir 0,5 \mug/pocillo de anti lck (mab 3A5) en 0,1 ml de PBS a temperatura ambiente durante 1-2 horas.
6. lavar la placa cinco veces con PBS.
7. añadir 20 \mug/pocillo de lisados de levadura transformada con lck diluido en tampón de lisado (0,1 ml de volumen total por pocillo). (La cantidad de lisado puede variar según los lotes). Agitar la placa a 4ºC durante la noche para evitar la pérdida de actividad.
b. Preparación de la placa ELISA recubierta de anticuerpo fosfotirosina
1. placa UB40: 1 \mug/pocillo de UB40 en 100 \mul de PBS durante la noche a 4ºC y bloquear con 150 \mul de tampón de bloqueo durante una hora como mínimo.
c. Procedimiento de ensayo de quinasa
1. eliminar las proteínas no ligadas en los pasos 1-7 de arriba, y lavar las placas cinco veces con PBS.
2. añadir 0,08 ml de mezcla de reacción quinasa por pocillo (contiene 10 \mul de tampón quinasa 10X y 2 \mug de GST-\zeta por pocillo diluido en agua).
3. añadir 10 \mul de compuesto diluido en agua, compuesto por DMSO 10% y preincubar durante 15 minutos a temperatura ambiente.
4. iniciar la reacción quinasa añadiendo 10 \mul/pocillo de ATP 0,1 mM en agua (ATP final 10 \muM).
5. agitar la placa ELISA durante 60 minutos a temperatura ambiente.
6. parar la reacción quinasa añadiendo 10 \mul de EDTA 0,5 M por pocillo.
7. transferir 90 \mul de sobrenadante a una placa ELISA cubierta con 4G10 bloqueado en la sección B, arriba.
8. incubar mientras se agita durante 30 minutos a temperatura ambiente.
9. lavar la placa cinco veces con TBST.
10. incubar con anticuerpo anti-GST de conejo a una dilución 1:5000 en 100 \mul de TBST durante 30 minutos a temperatura ambiente.
11. lavar los pocillos cinco veces con TBST.
12. incubar con cabra anti IgG de conejo-HRP en dilución 1:20.000 en 100 \mul de TBST durante 30 minutos a temperatura ambiente.
13. lavar los pocillos cinco veces con TBST.
14. desarrollar con Turbo TMB.
Ejemplo 14 Ensayo para medir la función fosforiladora del RAF
El siguiente ensayo estudia la cantidad de fosforilación catalizada por el RAF de su proteína diana MEK, así como la diana del MEK, el MAPK. La secuencia génica del RAF se describe en Bonner et al., 1985, Molec. Cell. Biol. 5:1400-1407, y está fácilmente accesible en múltiples bancos de datos de secuencias génicas. La construcción del vector del ácido nucleico y las líneas celulares utilizadas para esta porción de la invención se describen en Morrison et al., 1988, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:8855-8859.
Materiales y reactivos
1. células Sf9 (Spodoptera frugiperda); Gibco-BRL, Gaitherburg, MD.
2. tampón RIPA: Tris/HCl 20 mM pH 7,4, NaCl 137 mM, glicerol 10%, PMSF 1 mM, Aprotinina 5 Mg/l, Triton X-100 0,5%;
3. proteína de fusión tioredoxin-MEK (T-MEK): se realizó la expresión T-MEK y una purificación por cromatografía de afinidad de acuerdo con los procedimientos del fabricante. (catálogo # K 350-01 y R 350-40, Invitrogen Coral, San Diego, CA).
4. His-MAPK (ERK 2): se expresó en células azules XL1 transformadas con el vector pUC18 que codifica para His-MAPFK. Se purificó el His-MAPK por cromatografía de afinidad al Níquel (catálogo # 27-4949-01, Pharmacia, Alameda, CA), tal y como se describe aquí.
5. Oveja anti IgG de ratón (catálogo de Jackson laboratories, West Grove, PA, # 515-006-008, Lote # 28563).
6. anticuerpo específico para protein quinasa RAF-1: URP2653 de UBI.
7. tampón de cubrimiento: PBS (solución salina tamponada con fosfato), Gibco-BRL, Gaitherburg, MD.
8. tampón de lavado: TBST-Tris/HCl pH 7,2 50 mM, NaCl 150 mM, Triton X-100 al 0,1%.
9. tampón de bloqueo: TBST, etanolamina al 0,1%, pH 7,4.
10. DMSO, Sigma, St. Louis, MO.
11. tampón quinasa (TQ): HEPES/HCl 20 mM a pH 7,2, NaCl a 150 mM, Triton X-100 a 0,1%, PMSF a 1 mM, 5 Mg/l aprotinina, ortovanadato de sodio 75 mM, DTT a 0,5 mM y MgCl_{2} al 10 mM.
12. mezcla ATP: MgCl_{2} 100 mM, ATP 300 mM, ^{33}P ATP 10 MCi(Dupont-NEN)/ml.
13. solución de parada: ácido fosfórico al 1%; Fisher, Pittsburg, PA.
14. esponjas de filtro de fosfocelulosa de Wallac; Wallac, Turku, Finlandia.
15. solución para lavar el filtro: ácido fosfórico 1%, Fisher, Pittsburg, PA.
16. recogedor de placa Tomtec (Tomtec plate harvester), Wallac, Turku, Finlandia.
17. lector de placas beta Wallac # 1205, Wallac, Turku, Finlandia.
18. placas de polipropileno NUNC de 96 pocillos con fondo en forma de V para compuestos (catálogo de Applied Scientific # AS-72092).
Procedimiento
Todos los pasos siguientes se llevaron a cabo a temperatura ambiente a menos que se especifique lo contrario.
1. recubrimiento de las placas ELISA: los pocillos ELISA se cubren con 200 ml de antisuero purificado de afinidad de oveja anti-ratón (1 mg/100 ml de tampón de cubrimiento) toda la noche a 4ºC. Las placas ELISA pueden usarse durante dos semanas cuando se guardan a 4ºC.
2. invertir la placa y eliminar el líquido. Añadir 100 ml de solución de bloqueo e incubar durante 30 minutos.
3. eliminar la solución de bloqueo y lavar cuatro veces con tampón de lavado. Golpear suavemente la placa sobre una servilleta de papel para eliminar el exceso de líquido.
4. añadir 1 mg de anticuerpo específico para RAF-1 a cada pocillo e incubar durante 1 hora. Lavar como se describe en el paso 3.
5. descongelar los lisados de células Sf9 infectadas con RAS/RAF y diluir con TBST a 10 mg/100 ml. Añadir 10 mg de lisado diluido a los pocillos e incubar durante 1 hora. Agitar la placa durante la incubación. Los controles negativos no reciben lisado. Los lisados de células de insecto Sf9 infectadas con RAS/RAF se preparan tras ser infectadas con baculovirus recombinantes a un MOI de 5 para cada virus, y se cultivan durante 48 horas. Posteriormente, las células se lavan una vez con PBS y se lisan en tampón RIPA. El material no soluble se elimina por centrifugación (5 minutos a 10.000 x g). Se congela alícuotas de lisados en hielo seco/etanol y se guarda a -80ºC hasta su uso.
6. eliminar el material no ligado y lavar como se ha descrito anteriormente (paso 3).
7. añadir 2 mg de T-MEK y 2 mg de His-MAEPK por pocillo y ajustar el volumen a 40 ml con tampón quinasa. Los métodos para purificar T-MEK y MAPK a partir de extractos celulares pueden encontrase aquí en los ejemplos.
8. pre-diluir los compuestos (solución stock de 10 mg/ml de DMSO) o los extractos (20 veces en exceso) en TBST más DMSO 1%. Añadir 5 ml de los compuestos/extractos pre-diluidos a los pocillos descritos en el paso 6. incubar durante 20 minutos. Los controles no reciben fármaco.
9. iniciar la reacción quinasa añadiendo 5 ml de mezcla ATP. Agitar las placas en un agitador de placas ELISA durante la incubación.
10. parar la reacción quinasa tras 60 minutos añadiendo 30 ml de solución de parado a cada pocillo.
11. poner la esponja de fosfocelulosa y la placa ELISA en el recogedor de placa Tomtec. Recoger y lavar el filtro con la solución de lavado de filtro, de acuerdo con las recomendaciones del fabricante. Secar las esponjas del filtro. Sellar las esponjas del filtro y colocarlas en su soporte. Insertar el soporte en un aparato de detección de radiactividad y cuantificar el fósforo radiactivo en las esponjas del filtro.
De forma alternativa, se puede transferir alícuotas de40 ml de pocillos individuales del ensayo en las posiciones correspondientes en la esponja del filtro de fosfocelulosa. Tras secar los filtros al aire, hay que poner los filtros en una bandeja. Hay que balancear suavemente la bandeja, cambiando la solución de lavado en intervalos de 15 minutos durante 1 hora. Secar al aire las esponjas del filtro. Sellar las esponjas del filtro y colocarlas en un soporte adecuado para medir el fósforo radiactivo en las muestras. Insertar el soporte en un aparato de detección y cuantificar el fósforo radiactivo en las esponjas del filtro.
Ensayos biológicos/celulares Ejemplo 15 Procedimiento general para ensayos de incorporación BrdU
Los siguientes ensayos usan células diseñadas para expresar un receptor de interés y evaluar el efecto de un compuesto de interés en la actividad de síntesis de DNA inducida por un ligando determinando la incorporación BrdU en el DNA.
Los siguientes materiales, reactivos, y el procedimiento son generales para cada uno de los siguientes ensayos de incorporación BrdU. Se anotan las variaciones en ensayos específicos.
Materiales y Reactivos
1. El ligando apropiado.
2. Las células diseñadas apropiadas.
3. Reactivo marcador de BrdU: 10 mM, en PBS (pH 7,4) (Boehringer Mannheim, Germany).
4. FixDenat: solución de fijación (preparado para usar) (Boehringer Mannheim, Germany).
5. Anta-BrdU-POD: conjugado de anticuerpo de ratón monoclonal con peroxidasa (Boehringer Mannheim, Germany).
6. Solución de sustrato TMB: tetrametilbencidina (TMB, Boehringer Mannheim, Germany).
7. Solución de lavado PBS: IX PBS, pH 7,4.
8. Albúmina Bovina (BSA), polvos de la fracción V (Sigma Chemical Co., USA).
Procedimiento general
1. Las células se siembran a 8000 células/pocillo en 10% CS, 2 mM Gln en DMEM, en una placa de 96 pocillos. Las células se incuban durante toda la noche a 37ºC en CO_{2} 5%.
2. Tras 24 horas, las células se lavan con PBS, y entonces se elimina su suero en medio libre de suero (0% CS DMEM con 0,1% BSA) durante 24 horas.
3. El día 3, el ligando apropiado y el compuesto de prueba se añaden a las células simultáneamente. Los pocillos de control negativo reciben DMEM libre de suero con 0,1% BSA solamente; las células de control positivo reciben el ligando pero no el compuesto de prueba. Los compuestos de prueba se preparan en DMEM libre de suero con el ligando en una placa de 96 pocillos, y se diluyen en serie para 7 concentraciones de prueba.
4. Después de 18 horas de la activación del ligando, se añade el reactivo marcador BrdU diluido (1:100 en DMEM, 0,1% BSA) y las células se incuban con BrdU (concentración final-l0 \muM) durante 1,5 horas.
5. Tras la incubación con el reactivo marcador, el medio se extrae por decantación y se golpea ligeramente la placa invertida en una toalla de papel. Se añade solución de FixDenat (50 \mul/pocillo) y las placas se incuban a temperatura ambiente durante 45 minutos en un agitador de placas.
6. La solución FixDenat se extrae completamente por decantación y con golpes ligeros de la placa invertida en una toalla de papel. Se añade leche (leche deshidratada 5% en PBS, 200 \mul/pocillo) como una solución bloqueante y la placa se incuba durante 30 minutos a temperatura ambiente en un agitador de placas.
7. La solución bloqueante se extrae por decantación y los pocillos se lavan una vez con PBS. Se añade solución de Anti-BrdU-POD (dilución 1:200 en PBS, 1% BSA) (50 \mul/pocillo) y la placa se incuba durante 90 minutos a temperatura ambiente en un agitador de placas.
8. El conjugado de anticuerpos se extrae completamente por decantación y enjuagando los pocillos 5 veces con PBS, y la placa se seca invirtiéndola y golpeándola ligeramente en una toalla de papel.
9. Se añade la solución del sustrato TMB (100 \mul/pocillo) y se incuba durante 20 minutos a temperatura ambiente en un agitador de placas hasta que el cambio de color sea suficiente para la detección fotométrica.
10. La absorbancia de las muestras se mide a 410 nm (en modo de "longitud de onda dual" con un filtro de lectura a 490 nm, como una longitud de onda referente) en un lector de placas Dynatech ELISA.
Ejemplo 16 Ensayo de incorporación de BrdU inducida por EGF
El procedimiento es el mismo que el procedimiento general, esquematizado anteriormente, excepto por los siguientes cambios:
Materiales y reactivos
1. EGF de ratón, 201 (Toyobo Co., Ltd., Japan).
2. 3T3/EGFRc7.
Ejemplo 17 Ensayo de incorporación de BrdU Her-2-driven inducido por EGF
El procedimiento es el mismo que el procedimiento general, esquematizado anteriormente, excepto por los cambios siguientes:
Materiales y reactivos
1. EGF de ratón, 201 (Toyobo Co., Ltd., Japan).
2. 3T3IEGFr/Her2/EGFr (EGFr con un dominio quinasa Her-2).
Ejemplo 18 Ensayo de incorporación de BrdU Her-4-driven inducida por EGF
El procedimiento es el mismo que el procedimiento general, esquematizado anteriormente, excepto por los cambios siguientes:
Materiales y reactivos
1. EGF de ratón, 201 (Toyobo Co., Ltd., Japan).
2. 3T3/EGFr/Her4/EGFr (EGFr con un dominio quinasa Her-4).
Ejemplo 19 Ensayo de incorporación de BrdU inducido por PDGF
El procedimiento es el mismo que el procedimiento general, esquematizado anteriormente, excepto por los cambios siguientes:
Materiales y Reactivos
1. PDGF Humano B/13 (Boehringer Mannheim, Germany).
2. 3T3/EGFRc7.
Ejemplo 20 Ensayo de incorporación de BrdU inducida por FGF
El procedimiento es el mismo que el procedimiento general, esquematizado anteriormente, excepto por los cambios siguientes:
Materiales y reactivos
1. FGF2 humano/bFGF (Gibco BRL, USA).
2. 3T3c7/EGFr
Ejemplo 21 Ensayo de incorporación de BrdU inducida por IGF1
El procedimiento es el mismo que el procedimiento general, esquematizado anteriormente, excepto por los siguientes cambios:
Materiales y Reactivos
1. Humano, recombinante (G511, Promega Corp., USA)
2. 3T3/IGF1r.
Ejemplo 22 Ensayo de incorporación BrdU inducida por insulina
El procedimiento es el mismo que el procedimiento general, esquematizado anteriormente, excepto por el uso de los cambios siguientes:
Materiales y Reactivos
1. Insulina, cristalino, bovino, Zinc (13007, Gibco BRL, USA).
Ejemplo 23 Ensayo de incorporación de BrdU inducida por HGF
El procedimiento es el mismo que el procedimiento general, esquematizado anteriormente, excepto por el uso de los cambios siguientes:
Materiales y Reactivos
1. HGF humano recombinante (Cat. No. 249-H G, R&D Systems, Inc. USA).
2. Células BxPC-3-células (ATCC CRL-1687).
Procedimiento
1. Las células se siembran a 9000 células/pocillo en RPMI 10% FBS en una placa de 96 pocillos. Las células se incuban toda la noche a 37ºC en 5% CO_{2}.
2. Tras 24 horas, las células se lavan con PBS, y luego se elimina su suero en 100 \mul de medio libre de suero (RPMJ con 0.1% BSA) durante 24 horas.
3. El día 3, 25 \mul que contienen ligando (preparado a 1 \mug/ml en RPMI con 0,1% BSA; conc final HGF = 200 ng/ ml) y los compuestos de prueba se añaden a las células. Los pocillos de control negativo reciben 25 \mul de RPMI libre de suero con 0,1% BSA solamente; las células de control positivo reciben el ligando (HGF) pero no los compuestos de prueba. Los compuestos de prueba se preparan a 5 veces su concentración final en RPMI libre de suero con un ligando en una placa de 96 pocillos, y se diluyen en serie para 7 concentraciones de prueba.
Generalmente, la concentración final más alta del compuesto de prueba es 100 \muM, y se usan diluciones 1:3 (esdecir, el rango de concentración final del compuesto de prueba es 0,137-100 \muM).
4. Tras 18 horas de la activación del ligando, se añaden 12,5 \mul del reactivo marcador de BrdU diluido (1:100 en RPMI, 0,1% BSA) a cada pocillo y las células se incuban con BrdU (concentración final = 10 \muM) durante 1 hora.
5. Lo mismo que el Procedimiento General.
6. Lo mismo que el Procedimiento General.
7. La solución bloqueante se extrae por decantación y las células se lavan una vez con PBS. Se añade solución Anti-BrdU-POD (dilución 1:100 en PBS, 1% BSA) (100 \mul/pocillo) y la placa se incuba durante 90 minutos a temperatura ambiente en un agitador de placas.
8. Lo mismo que el Procedimiento General.
9. Lo mismo que el Procedimiento General.
10. Lo mismo que el Procedimiento General.
Ejemplo 24 Ensayo HUV-EC-C
El siguiente protocolo también se puede usar para medir la actividad de un compuesto frente a PDGF-R, FGF-R, VEGF, aFGF o Flk-11KDR, los cuales son todos naturalmente expresados por células HUV-EC.
Día 0
1. Lavar y tripsinizar células HUV-EC-C (células endoteliales de la vena umbilical), (American Type Culture Collection; catálogo nº 1730 CRL). Lavar con tampón salino fosfatado de Dulbecco (D-PBS; obtenido de Gibco BRL; catálogo nº 14190-029) dos veces a aproximadamente 1 ml/10 cm^{2} del frasco del cultivo del tejido. Tripsinizar con 0,05% tripsina-EDTA en una solución de disociación celular no-enzimática. (Sigma Chemical Company; catálogo nº C4544). La tripsina 0,05% se hizo por dilución 0.25% tripsina/1 mM EDTA (Gibco; catálogo nº 25200-049) en la solución de disociación celular. Tripsinizar aproximadamente 1 ml/25-30 cm^{2} del frasco del cultivo celular durante aproximadamente 5 minutos a 37ºC. Después de que las células se hayan soltado del frasco, añadir un volumen equivalente del medio de ensayo y transferir a un tubo de centrifugación de 50 ml estéril (Fisher Scientifc; catálogo nº 05-539.6).
2. Lavar las células con aproximadamente 35 ml de medio de ensayo en un tubo de centrifugación de 50 ml estéril añadiendo el medio de ensayo. Centrifugar durante 10 minutos a aproximadamente 200 g, aspirar el sobrenadante, y resuspender con 35 ml D-PBS. Repetir el lavado dos veces más con D-PBS, resuspender las células en aproximadamente 1 ml de medio de ensayo/15 cm^{2} del frasco del cultivo del tejido. El medio de ensayo está formado por medio F12K (Gibco BRL; catálogo nº 21127-014) + 0,5% de suero bovino fetal inactivado por calor. Contar las células con un Contador Coulter®, Coulter Electronics, Inc.) y añadir el medio de ensayo a las células para obtener una concentración de 0,8-1,0 x 10^{5} células/ml.
3. Añadir células a las placas de 96 pocillos de fondo plano a 100 ml/pocillo ó 0,8-1,0 x 10^{4} células/pocillo; incubar durante aproximadamente 24 horas a 37ºC, 5% CO_{2}.
Día 1
1. Componer diluciones seriadas del fármaco en placas separadas de 96 pocillos, en concentraciones generalmente de 50 mM hasta 0 \muM en una escala de dobles. Usar el mismo medio de ensayo que se menciona en el día 0, el paso 2 anterior. Las diluciones se hacen añadiendo 90 \mul/pocillo de fármaco hasta 200 \muM (4X la concentración final del pocillo) hasta la superficie de la placa de una columna concreta de la placa. Puesto que la concentración de fármaco en stock normalmente está en DMSO 20 mM, una concentración de fármaco 200 \muM contiene DMNSO 2%.
Por lo tanto, el diluyente compuesto por DMSO 2% en elmedio de ensayo (F12K + 0,5% de suero bovino fetal) se usa como diluyente para las diluciones del fármaco con el fin de diluirlo pero mantener constante la concentración de DMSO. Añadir este diluyente a los pocillos restantes en la columna a 60 \mul/pocillo. Coger 60 \mul de los 120 \mul de la dilución de fármaco 200 \muM en la superficie del pocillo de la columna y mezclar con los 60 \mul en el segundo pocillo de la columna. Coger 60 \mul de este pocillo y mezclar con los 60 \mul en el tercer pocillo de la columna, y seguir con el mismo mecanismo hasta completar la serie de diluciones. Cuando el pocillo siguiente se ha mezclado, hay que coger 60 \mul de los 120 \mul en este pocillo y descartarlo. Dejar el último pocillo con 60 \mul de DMSO/medio diluyente como un control que no contiene fármaco. Hacer 9 columnas de fármaco diluido, suficiente para triplicar los pocillos por 1) VEGF (obtenido de Pepro Tech Inc., catálogo nº 100.200); 2) factor de crecimiento de células endoteliales (ECGF) (también conocido como factor de crecimiento de fibroblasto acídico, o un FGF) (obtenido de Boehringer Mannheim Biochemical, catálogo nº 1439 600); y 3) PDGF B/B humano (1276-956, Boehringer Mannheim, Germany) y medio de ensayo de control. El ECGF se presenta como una preparación con heparina sódica.
2. Transferir 50 \mul/pocillo de las diluciones del fármaco en placas de ensayo de 96 pocillos que contienen las 0,8-1,0x10^{4} células/100 \mul/pocillo de las células del HUV-EC-C del día 0 e incubar durante aproximadamente 2 horas a 37ºC, CO_{2} 5%.
3. Por triplicado, añadir 50 \mul/pocillo de 80 \mug/ml VEGF, 10 ng/ml de ECGF, o medio de control para cada condición del fármaco. Como con los fármacos, las concentraciones del factor de crecimiento son cuatro veces la concentración final deseada. Utilizar el medio de ensayo del día 0, paso 2, para fabricar las concentraciones de los factores de crecimiento. Incubar durante aproximadamente 24 horas a 37ºC, CO_{2} 5%. Cada pocillo tendrá 50 \mul de dilución de la fármaco, 50 \mul de factor medio de crecimiento, y 100 \mul de células, un total de 200 \mul/pocillo total. Así, las concentraciones 4X de fármaco y factores de crecimiento pasan a ser 1X en cuanto se añade todo a los pocillos.
Día 2
1. añadir ^{3}H-timidina (catálogo de Amersham # TRK-686) a 1 \muCi/pocillo (10 \mul/pocillo de la solución de 100 \muCi/ml fabricada en medio RPMI + suero bovino fetal inactivado por calor al 10%) e incubar durante aproximadamente 24 horas a 37ºC, CO_{2} al 5%. Nota: la 3H-timidina se fabrica en medio RPMI porque todas las demás aplicaciones para las que se usa la ^{3}H-timidina implican experimentos realizados en RPMI. La diferencia de medios en este paso no es probablemente significativa. El RPMI se obtuvo de Gibco BRL, catálogo # 11875-051.
Día 3
1. congelar las placas durante la noche a -20ºC
Día 4
1. Descongelar las placas y recoger con un recogedor de placas de 96 pocillos (Recogedor Tomtec 96®) en esponjas de filtros (catálogo de Wallac # 1205-401). Leer los recuentos en un contador de centelleo líquido Wallac Betaplate®.
Modelos de animales In vivo Ejemplo 25 Modelos de Xenoinjertos de Animales
La capacidad de los tumores humanos para crecer como xenoinjertos en ratones atímicos (p.ej., Balb/c, nu/nu) proporciona un modo útil in vivo para estudiar la respuesta biológica a terapias para tumores humanos. Desde el primer xenotransplante de tumores humanos con éxito en ratones atímicos, (Rygaard y Povlsen, 1969, Acta Pathol. Microbial. Scand. 77:758-760), diferentes células tumorales humanas (p.ej., mamarias, de pulmón, genitales, gastrointestinales, de cerebro y cuello, glioblastoma, de hueso, y melanomas malignos) han sido trasplantadas y han crecido satisfactoriamente en ratones desnudos. Los siguientes ensayos se pueden usar para determinar el nivel de la actividad, especificidad y efecto de los diferentes compuestos de la presente invención.
Las líneas celulares adecuadas para experimentos de xenoinjertos subcutáneos incluyen células C6 (glioma, ATCC # CCL 107), células A375 (melanoma, ATCC # CRL 1619), células A431 (carcinoma epidermoide, ATCC # CRL 1555), células Calu 6 (pulmón, ATCC # HTB 56), células PC3 (próstata, ATCC # CRL 1435) y fibroblastos NIH 3T3 genéticamente diseñados para sobreexpresar EGFR, PDGFR, YGF-1R o cualquier otro test quinasa. El siguiente protocolo se puede usar para realizar experimentos con xenoinjertos:
Se obtiene de Simonsen Laboratories (Gilroy, CA) Hembras de ratones atímicos (BALE/c, nu/nu). Todos los animales se mantienen bajo condiciones de ambiente limpio en cabinas Micro-aislantes con recubrimiento Alpha-dry. Reciben comida estéril de roedor y agua a voluntad.
Las líneas celulares crecen en medios apropiados (por ejemplo, MEM, DMEM, Ham's F10, o Ham's F12 plus 5% -10% suero fetal bovino (FBS) y glutamina 2 mM (GLN)). Todos los medios de cultivo celular, glutamina, y suero fetal bovino se adquieren de Gibco Life Technologies (Grand Island, NY) a menos que se especifique lo contrario. Todas las células crecen en una atmósfera húmeda de 90-95% de aire y 5-10% de CO_{2} a 37ºC. Todas las líneas celulares rutinariamente se subcultivan dos veces a la semana y son negativas para el micoplasma como se ha determinado por el método Mycotect.
Las células se cultivan cerca de la confluencia, o en confluencia plena, con 0,05% Tripsina-EDTA y se aglomeran a 450 x g durante 10 min. Los pellets se resuspenden en PBS estéril o medio (sin FBS) a una concentración particular y las células se implantan en la ijada trasera del ratón (8-10 ratones por grupo, 2-10 x 10^{6} células animales). El crecimiento del tumor se mide sobre las 3 hasta las 6 semanas usando calibradores. Los volúmenes del tumor se calculan como un producto de longitud x anchura x peso a menos que se indique lo contrario. Los valores P se calculan usando la prueba T de Student. Los compuestos de prueba en 50-100 \muL de excipiente (p.ej., DMSO, o VPD:D5W) se administran por inyección IP a diferentes concentraciones generalmente empezando el día posterior a la implantación.
Ejemplo 26 Modelo de la invasión del tumor
El siguiente modelo de invasión del tumor se ha desarrollado y puede ser usado para la evaluación de los valores terapéuticos y la eficacia de los compuestos identificados para inhibir selectivamente el receptor KDR/FLK-1 o CDK2.
Procedimiento
Los ratones desnudos de 8 semanas (hembras) (Simonsen Inc.) se usaron como animales experimentales. La implantación de células tumorales se realizó en una campana de flujo laminar. Para anestesiar, se administraron Xylazina/Cóctel de Ketamina (100 mg/kg de ketamina y 5 mg/kg de Xylazina) intraperitonealmente. Se hizo una incisión en la línea media para exponer la cavidad abdominal (aproximadamente 1,5 cm de longitud) para inyectar 10^{7} células tumorales en un medio de volumen 100 \mul. Las células se inyectaron en cualquiera de los lóbulos del páncreas o bajo la membrana serosa del colon. El peritoneo y los músculos se cierran con una sutura continua de seda 6-0 y la piel se cierra usando grapas de sutura. Los animales se observaron diariamente.
Análisis
Tras 2-6 semanas, dependiendo de las observaciones ordinarias de los animales, los ratones se sacrifican, y las metástasis de los tumores locales, a varios órganos, (pulmón, hígado, cerebro, estómago, bazo, corazón, músculo) se escisan y se analizan (medidas del tamaño del tumor, grado de invasión, inmunoquímica, e hibridación in situ).
Ejemplo 27 Medida de la toxicidad celular
Los compuestos terapéuticos deberían ser más potentes en inhibir la actividad protein quinasa que en ejercer un efecto citotóxico. Una medida de la efectividad y toxicidad celular de un compuesto puede ser obtenida por determinación del índice terapéutico:
IC_{50}/LD_{50}. IC_{so}, la dosis requerida para conseguir una inhibición del 50%, puede ser medida usando técnicas estándar tales como aquellas descritas aquí. LD_{50} la dosis que resulta en una toxicidad del 50%, también puede ser medida por técnicas estándar (Mossman,1983, J. Inmunol. Methods, 65:55.63), midiendo la cantidad de LDH liberada (Korzeniewski y Callewaert, 1983, J. Inmunol. Methods, 64:313; Decker y Lohmann-Matches, 1988, J. Inmunol. Methods, 1:15:61), o midiendo la dosis letal en modelos de animales. Se prefieren compuestos con un índice terapéutico alto. El índice terapéutico debería ser mayor que 2, preferiblemente al menos 10, preferentemente al menos 50.
Ejemplo 28 La actividad de los compuestos de la invención
La actividad biológica o bioquímica de algunos de los compuestos de la invención se estudió usando los ensayos descritos anteriormente. Los valores de IC_{50} se midieron para muchos de los compuestos de la invención. Los resultados se muestran en la Tabla 4 siguiente.
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(Tabla pasa a página siguiente)
TABLA 4
22
23
24
Todas las patentes y publicaciones mencionadas en la especificación son indicativas de los niveles de aquéllosexpertos en este campo, al que pertenece la invención. Todas las patentes y publicaciones se incorporan aquí por referencia a la misma extensión que si cada publicación individual fuera específicamente e individualmente indicada para ser incorporada por referencia.
La invención descrita aquí ilustrativamente puede ser practicada de forma adecuada en ausencia de cualquier elemento o elementos, limitación o limitaciones que no se incluyen específicamente aquí. De este modo, por ejemplo, cada vez que aquí aparece alguno de los términos "comprender", "estar compuesto esencialmente por" y "estar compuesto por", los tres términos pueden ser indistintamente intercambiables. Los términos y expresiones que han sido empleados son usados como términos de descripción y no de limitación, y no hay intención de que en el uso de estos términos y expresiones se excluya ningún equivalente de las características mostradas o partes de las mismas, pero se reconoce que varias modificaciones son posibles en el alcance de esta invención reivindicada. De este modo, debería entenderse que aunque la presente invención ha sido específicamente revelada por realizaciones preferidas y características opcionales, la modificación y variación de los conceptos aquí revelados pueden ser recurridas por aquéllos expertos en el campo, y se considera que tales modificaciones y variaciones están al alcance de esta invención, tal y como se define en las reivindicaciones adjuntas.
Además, donde las características o aspectos de la invención se describen en términos de grupos Markush, aquéllos expertos en el campo reconocerán que la invención también es así descrita en términos de cualquier miembro individual o subgrupo de miembros del grupo Markush. Por ejemplo, si X se describe como seleccionado del grupo compuesto por bromo, cloro, y yodo, las reivindicaciones para X siendo bromo y reivindicaciones para X siendo bromo y cloro están descritas completamente.
La invención se ha descrito ampliamente y genéricamente aquí. Cada una de las especies y grupos de subgéneros más concretos están dentro de la divulgación también forman parte de la invención. Esto incluye la descripción genérica de la invención con una condición o limitación negativa eliminando cualquier cuestión de género, independientemente de si el material excisado es específicamente citado aquí.

Claims (10)

1. Un compuesto de fórmula I:
25
donde:
(a) cada R_{1} es independientemente y opcionalmente seleccionado del grupo formado por
(i)
hidrógeno;
(ii)
alquilo saturado formado por una cadena ramificada o simple de uno a cinco átomos de carbono;
(iii)
un anillo aromático mono o bicíclico C_{6}-C_{12}, o un anillo heteroaromático que contiene de 5 a 10 átomos en el anillo, donde uno, dos o tres átomos del anillo son seleccionados del grupo formado por nitrógeno, oxígeno o azufre. Los átomos del anillo restante son carbono, opcionalmente sustituidos con uno, dos o tres sustituyentes independientemente seleccionados del grupo formado por alquilo C_{1}-C_{10}, alcoxi C_{1}-C_{4}, halógeno, trihalometilo, -NH_{2}, -NO_{2}, -(R)_{n}-COOH y -(R)_{n}-COOR', donde R y R' son independientemente seleccionados del grupo formado por alquilo saturado o insaturado C_{1}-C_{10} y un anillo aromático de cinco o seis miembros o anillo heteroaromático, y donde n es 0 ó 1;
(iv)
un alcohol de fórmula -(X_{1})_{n1}-OH ó un alcoxialquilo de fórmula -(X_{2})_{n2}-O-X_{3}, donde X_{1}, X_{2}, y X_{3} son independientemente seleccionados del grupo formado por un alquilo que comprende una cadena ramificada o simple de uno a cinco átomos de carbono y un anillo aromático de seis miembros; y n_{l} y n_{2} son independientemente 0 ó 1;
(v)
un halógeno;
(vi)
un ácido carboxílico de fórmula -(X_{4})_{n4}-COOH ó éster de fórmula -(X_{5})_{n5}-COO-X_{6}, donde X_{4}, X_{5}, y X_{6} son independientemente seleccionados del grupo formado por un alquilo que comprenda una cadena ramificada o simple de uno a cinco átomos de carbono, y n_{4} y n_{5} son independientemente 0 ó 1;
(vii)
una amida de fórmula -(X_{7})_{n7}-NHCOX_{8}, o de fórmula -(X_{9})_{n9}-CONX_{10}X_{11}, donde X_{7} y X_{9} son cada uno independientemente un alquilo que comprenda una cadena ramificada o simple de uno a cinco átomos de carbono, n_{7} y n_{9} son independientemente 0 ó 1,
Y donde X_{9}, X_{10},y X_{11} son cada uno independientemente hidrógeno o alquilo que comprende una cadena ramificada o simple de uno a cinco átomos de carbono, o donde X_{10} y X_{11} tomados juntos forman un anillo alifático o heteroalifático de cinco o seis miembros o un anillo bicíclico fusionado;
(viii)
una sulfonamida de fórmula -(X_{12})n_{12}-SO_{2}NX_{13}X_{14}, donde X_{12} es un alquilo que comprende una cadena ramificada o simple de uno a cinco átomos de carbono; n_{12} es 0 ó 1; y X_{13} y X_{14} son independientemente seleccionados del grupo formado por hidrógeno, alquilo C_{1}-C_{10}, y un anillo aromático, heteroaromático, alifático, o heteroalifático de cinco o seis miembros, donde el alquilo y cada anillo es opcionalmente sustituido con uno, dos o tres sustituyentes independientemente seleccionados del grupo formado por alquilo C_{1}-C_{10}, hidroxi, halógeno, trihalometilo, -NH_{2}, -NO_{2}, -(R)_{n}-COOH y -(R)_{n}-COOR', donde R y R' son independientemente seleccionados del grupo formado por un anillo de cinco a seis miembros saturados o insaturados, un alquilo C_{1}-C_{10} y un anillo aromático o heteroaromático de cinco o seis miembros, y donde n es 0 ó 1;
o donde X_{13} y X_{14} juntos forman un anillo de cinco o seis miembros alifático o heteroalifático o un anillo bicíclico fusionado opcionalmente sustituido con uno, dos o tres sustituyentes independientemente seleccionados del grupo formado por alquilo C_{1}-C_{10}, halógeno, trihalometilo, -NH_{2}, -NO_{2}, -(R)_{n}-COOH y -(R)_{n}-COOR', donde R y R' son independientemente seleccionados del grupo formado por un alquilo saturado o insaturado C_{1}-C_{l0} y un anillo de cinco o seis miembros aromático o heteroaromático, y donde n es 0 ó 1;
(ix)
una amina de fórmula -(X_{16})_{n16}-NX_{17}X_{18}, donde X_{16} es un alquilo que comprende una cadena ramificada o simple de uno a cinco átomos de carbono; n_{16} es 0 ó 1; y
X_{17} y X_{18} son independientemente seleccionados del grupo formado por hidrógeno, alquilo saturado o insaturado C_{1}-C_{10}, y un anillo de cinco o seis miembros aromático, heteroaromático, o alifático, donde cada anillo es opcionalmente sustituido con uno, dos o tres sustituyentes independientemente seleccionados del grupo formado por alquilo C_{1}-C_{10}, halógeno, trihalometilo, -NH_{2}, -NO_{2}, -(R)_{n}-COOH y -(R)_{n}-COOR', donde R y R' son independientemente seleccionados del grupo formado por un alquilo saturado o insaturado C_{1}-C_{10} y un anillo de cinco o seis miembros aromático o heteroaromático, y donde n es 0 ó 1;
(x)
dos grupos R_{1} adyacentes junto con dos A, B, D, o E forman un anillo de cinco o seis miembros alifático o heteroalifático;
(b) R_{2}, R_{3}, y R_{4} son hidrógeno;
(c) R_{5} es seleccionado del grupo formado por hidrógeno y un alquilo saturado o insaturado C_{1}-C_{10};
(d) A, B, D, y E son cada uno independientemente carbono o nitrógeno; con la condición de que uno, o dos de A, B, D, y E sea nitrógeno; y con la condición de que cuando cualquiera de A, B, D, o E sea nitrógeno, R_{1} no se una a dichos A, B, D, o E;
(e) G es nitrógeno u oxígeno, con la condición de que cuando G es oxígeno, R_{5} esté ausente;
(f) m es 2, 3, ó 4; y
(g) q es l, ó 2.
2. El compuesto de la reivindicación 1, donde
(a) cada R_{1}, es independientemente y opcionalmente seleccionado del grupo formado por:
(i)
hidrógeno;
(ii)
metilo, etilo, propilo, etileno, propileno, o butileno;
(iii)
un alcohol de fórmula -(X_{1})_{n1}-OH o un alcoxialquilo de fórmula -(X_{2})_{n2}-O-X3, donde X_{1}, X_{2}, y X_{3} son independientemente seleccionados del grupo formado por metileno, etileno, o propileno, y n_{l} y n_{2} son independientemente 0 ó 1;
(iv)
flúor, cloro, o bromo;
(v)
un ácido carboxílico de fórmula -(X_{4})_{n4}-COOH, donde X es seleccionado del grupo formado por metileno, etileno, o propileno, y n_{4} es 0 ó 1;
(vi)
una amida de fórmula -(X_{7})_{n7}-NHCOX_{8}, o de fórmula -(X_{9})_{n9}-CONX_{10}X_{11}, donde X_{7} y X_{9} son cada uno independientemente seleccionados del grupo formado por metileno, etileno, y propileno, y n_{7} y n_{9} son independientemente 0 ó 1; X_{8}, X_{10}, y X_{11} son, cada uno independientemente seleccionado del grupo formado por hidrógeno, metilo, etilo, y propilo, o donde X_{10} y X_{11} juntos forman un anillo heteroalifático de cinco o seis miembros;
(vii)
una sulfonamida de fórmula -(X_{12})n_{12}-SO_{2}NX_{14}X_{13}, donde X_{12} es seleccionado del grupo formado por metileno, etileno, o propileno, y n_{12} es 0 ó 1; X_{13} y X_{14} son independientemente seleccionados del grupo formado por hidrógeno, metilo, etilo, propilo, y fenilo. Estos metilo, etilo, propilo, y fenilo son opcionalmente sustituidos con uno, dos o tres sustituyentes independientemente seleccionados del grupo formado por hidroxi, halógeno, -NH_{2}, -NO_{2}, -(R)_{n}-COOH y -(R)_{n}-COOR', donde R y R' son independientemente seleccionados del grupo formado por alquilo C_{1}-C_{10} y un anillo de cinco o seis miembros aromático o heteroaromático, y donde n es 0 ó 1; o donde X_{13} y X_{14} juntos forman un anillo bicíclico fusionado; o
(viii)
dos grupos R_{1} adyacentes junto con dos A, B, D, o E adyacentes forman un anillo heteroalifático de seis miembros;
(b) A, B, D, y E son carbonos
(c) G es nitrógeno u oxígeno;
(d) m es 1 ó 2; y
(e) q es 2.
3. El compuesto de la reivindicación 1, donde cada R_{1} es independientemente seleccionado del grupo formado por metilo, metoxi, 2-hidroxietilo, fenilo, 2-metoxifenilo, 3-metoxifenilo, 4-metoxifenilo, 4-fluorofenilo, 4-clorofenilo, 4-bromofenilo, 4-yodofenilo, 3-carboxifenilo, piridilo, -NHC(O)CH_{3}, -C(O)N(CH_{3})_{2}, -COOH, -SO_{2}NH(CH_{3}), -SO_{2}NH_{2}, -SO_{2}N(CH_{3})_{2}, -SO_{2}NH(CH(CH_{3})_{2}), -SO_{2}NH(C_{6}H_{5}), -SO_{2}NH(3-clorofenil), y -SO_{2}N(CH_{3}) (3-clorofenil), y m es 1 ó 2.
4. El compuesto de la reivindicación 1, donde dicho compuesto se selecciona del grupo formado por 4-metil-2-oxa-3-(4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]pirrol-1-ilmetileno)-2,3-dihidro-1H-indol-5-metilsulfonamida, 2-oxo-3-(4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]pirrol-1-ilmetileno)-2,3-dihidro-1H-indol-5-metilsulfonamida, 1-(4-metil-2-oxo-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil)-6,7^{-}dihidro-2H-pirano[3,4-c]pirrol-4-ona,1-(5-metoxi-2-oxo-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil)-6,7-dihidro-2H-pirano[3,4-c]pirrol-4-ona, 1-(6-metoxi-2-oxo-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil)-6,7-dihidro-2H-pirano[3,4-c]pirrol-4-ona, 1-(5-bromo-2-oxo-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil)-6,1-dihidro-2H-pirano[3,4-c]
pirrol-4-ona, 1-(5-cloro-2-oxo-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil)-6,7-dihidro-2H-pirano [3,4-c]pirrol-4-ona, 1-[4-(2-hidroxi-etil)-2-oxo-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil]-6,7-dihidro-2H-pirano[3,4-c]pirrol-4-ona, 1-(2-oxo-5-Fenil-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil)-6,7-dihidro-2H-pirano[3,4-c]pirrol-4-ona, 2-oxo-3-(4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]pirrol-1-ilmetileno)-2,3-dihidro-1H-indol-5-sulfonamida, 2-oxo-3-(4-oxo2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]pirrol-1-
ilmetileno)-2,3-dihidro-1H-indol-5-dimetilsulfonamida, 2-oxo-3-(4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4c]pirrol-1-ilmetileno)-2,3-dihidro-1H-indol-5-isopropilsulfonamida, 2-oxo-3-(4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]pirrol-1-ilmetileno)-2,3-dihidro-1H-indol-5-fenilsulfonamida, N-[2-oxo-3-(4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]pirrol-1-ilmetileno)-2,3-dihidro-1H-indol-6-il]-acetamida, 1-(2-oxo-6-Fenil-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil)-6,7-dihidro-2H-pirano
[3,4-c]pirrol-4-ona, 1-(5-fluoro-2-oxo-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil)-6,7-dihidro-2H-pirano[3,4-c]pirrol-4-ona, ácido 2-oxo-3-(4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]-pirrol-1-ilmetileno)-2,3-dihidro-1H-indol-5-carboxílico, ácido 2-oxo-3-(4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]-pirrol-1-ilmetileno)-2,3-dihidro-1H-indol-6-carboxí-lico, 1-(6-cloro-2-oxo-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil)-6,7-dihidro-2H-pirano[3,4-c]pirrol-4-ona, 1-(6-bromo-2-oxo-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil)-6,7-dihidro-2H-pirano[3,4-c]pirrol-4-ona, 1-[6-(2-metoxi-Fenil)-2-oxo-1,2-dihidro-indol-3-ilidenme-
til]-6,7-dihidro-2H-pirano[3,4c]pirrol-4-ona, 1-[6-(3-metoxi-Fenil)-2-oxo-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil]-6,7-dihi-
dro-2H-pirano[3,4-c]pirrol-4-ona, 1-[6-(4-metoxi-Fenil)-2-oxo-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil]-6,7-dihidro-2H-pirano[3,4-c]pirrol-4-ona, 1-[6-(4-fluoro-Fenil)-2-oxo-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil]-6,7-dihidro-2H-pirano[3,4-c]pi-
rrol-4-ona, 1-(2-oxo-6-piridin-3-il-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil)-6,7-dihidro-2H-pirano[3,4-c]pirrol-4-ona, 1-[5-
(2,3-dihidro-indol-1-sulfonil)-2-oxo-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil]-6,7-dihidro-2H-pirano[3,4-c]pirrol-4-
ona, 1-[5-(3,4-dihidro-2H-quinolina-1-sulfonil)-2-oxo-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil]-6,7-dihidro-2H-pirano[3,4-c]pirrol-4-ona, 1-[5-(3,4-dihidro-1H-isoquinolin-2-sulfonil)-2-oxo-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil]-6,7-dihidro-2H-pirano[3,4-c]pirrol-4-ona, 1-[5-(5-bromo-2,3-dihidro-indol-1-sulfonil)-2-oxo-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil]-6,7-dihidro-2H-pirano[3,4-c]pirrol-4-ona, 2-oxo-3-(4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]pirrol-1-ilmetileno)-2,3-dihidro-
1H-indol-5(3-cloro-Fenil)-metilsulfonamida, 1-(6-fluoro-2-oxo-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil)-6,7-dihidro-2H-pirano[3,4-c]pirrol-4-ona, 1-(5-cloro-4-metil-2-oxo-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil)-6,7-dihidro-2H-pirano[3,4-c]pirrol-4-ona, 1-(1-cloro-2-oxo-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil)-6,7-dihidro-2H-pirano[3,4-c]pirrol-4-ona, ácido 3-[2-oxo-3-(4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]pirrol-1-ilmetileno)-2,3-dihidro-1H-indol-5-il]-benzoico, ácido 3-[2-oxo-3-(4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]pirrol-1-ilmetileno)-2,3-dihidro-1H-indol-6-il]-benzoico, 2-oxo-3-(4-oxo-2,4,6,7-tetrahidro-pirano[3,4-c]pirrol-1-ilmetileno)-2,3-dihidro-1H-indol-5-(3-cloro-Fenil)sulfonamida, 1-(5-bromo-4-metil-2-oxo-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil)-6,7-dihidro-2H-pirano[3,4-c]pirrol-4-ona, 1-(2-oxo-5-Fenil-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil)-2,5,6,7-tetrahidro-pirrolo[3,4-c]piridin4-ona, 1-(2-oxo-6-Fenil-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil)-2,5,6,7-tetrahidro-pirrolo[3,4-c]piridin-4-ona, 1-(6-bromo-2-oxo-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil)-2,5,6,7-tetrahidro-pirrolo
[3,4-c]piridin-4-ona, 1-(6-cloro-2-oxo-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil)-2,5,6,7-tetrahidro-pirrolo[3,4-c]piridin-4-ona, 2-oxo-3-(4-oxo-4,5,6,7-tetrahidro-2H-pirrolo[3,4-c]piridin-1-ilmetileno}-2,3-dihidro-4H-indol-5-dimetilsulfonamida, 2-oxo-3-(4-oxo-4,5,6,7-tetrahidro-2H-pirrolo[3,4-c]piridin-1-ilmetileno)-2,3-dihidro-1H-indol-5-dimetilcarboxamida, 1-[2-oxo-5-(pirrolidin-1-carbonil)-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil]-2,5,6,7-tetrahidro-pirrolo[3,4-c]piridin-4-ona,
1-[5-(morfolin-4-carbonil)-2-oxo-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil]-2,5,6,7-tetrahidro-pirrolo[3,4-c]piridin-4-ona, 1-[4-(2-hidroxi-etil)-2-oxo-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil]-2,5,6,7-tetrahidro-pirrolo[3,4-c]piridin-4-ona, 1-(5-metoxi-2-oxo-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil)-2,5,6,7-tetrahidro-pirrolo[3,4-c]piridin-4-ona, 1-(5-fluoro-2-oxo-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil)-2,5,6,7-tetrahidro-pirrolo[3,4-c]-piridin-4-ona, 1-(5-bromo-2-oxo-1,2-dihidro-indol-3-iliden-
metil)-2,5,6,7-tetrahidro-pirrolo[3,4-c]piridin-4-ona, ácido 2-oxo-3-(4-oxo-4,5,6,7-tetrahidro-2H-pirrolo[3,4-c]piri-
din-1-ilmetileno)-2,3-dihidro-1H-indol-5-carboxílico, 2-oxo-3-(4-oxo-4,5,6,7-tetrahidro-2H-pirrolo[3,4-c]piridin-1-ilmetileno)-2,3-dihidro-1H-indol-5-sulfonamida, 2-oxo-3-{4-oxo-4,5,6,7-tetrahidro-2H-pirrolo[3,4-c]piridin-1-ilmetileno)-2,3-dihidro-1H-indol-5-metilsulfonamida,
26
1-[4-(2-hidroxietil)-2-oxo-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil]-5-metil-2,5,6,7-tetrahidro-pirrolo[3,4-c]piridin-4-ona,
1-(5-bromo-2-oxo-1,2-dihidro-indol-3-ilidenmetil]-5-metil-2,5,6,7-tetrahidro-pirrolo[3,4-c]piridin-4-ona, ácido 3-(5-metil-4-oxo-4,5,6,7-tetrahidro-2H-pirrolo[3,4-c]piridin-1-ilmetileno)-2-oxo-2,3-dihidro-1H-indol-5-carboxílico, 3-(5-metil-4-oxo-4,5,6,7-tetrahidro-2H-pirrolo[3,4-c]piridin-1-ilmetileno)-2-oxo-2,3-dihidro-1H-indol-5-metilsulfonamida, 3-(5-metil-4-oxo-4,5,6,7-tetrahidro-2H-pirrolo[3,4-c}piridin-1-ilmetileno)-2-oxo-2,3-dihidro-1H-indol-5-dimetilsulfonamida, 1-(2-oxo-1,2-dihidro-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilidenmetil)-6,7-dihidro-2H-pirano[3,4-c]pirrol-4-ona, y 4-(3-cloro-4-fluoro-Fenilamino)-5-(4-oxo-2,4,6,7-tetrahidropirano[3,4-c]-pirrol-1-ilmetileno)-5,7-dihidro-pirrolo[2,3-d]pirimidin-6-ona.
5. Un compuesto seleccionado del grupo formado por:
27
6. Un compuesto que tiene la fórmula:
28
7. Una composición farmacéutica que comprende un compuesto, de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 1 a 4, y un excipiente farmacéuticamente aceptable.
8. El uso de una composición farmacéutica que comprende un compuesto de cualquiera de las reivindicaciones 1 a 4 y un excipiente farmacéuticamente aceptable en la elaboración de un medicamento para el tratamiento de una enfermedad mediada por una protein quinasa.
9. El uso de la reivindicación 8, donde el organismo es un humano y dicha condición anormal es cáncer.
10. El uso de la reivindicación 9 donde dicho cáncer es seleccionado del grupo formado por carcinoma de células escamosas, astrocitoma, sarcoma de Kaposi, glioblastoma, cáncer de pulmón, cáncer de vejiga, cáncer de cerebro y cuello, melanoma, cáncer de ovario, cáncer de próstata, cáncer de mama, cáncer de células pequeñas de pulmón, glioma, cáncer colorectal, cáncer genitourinario y cáncer gastrointestinal.
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