ES2231867T3 - Alfa-2-3-sialiltransferasas recombinantes y sus usos. - Google Patents
Alfa-2-3-sialiltransferasas recombinantes y sus usos.Info
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Abstract
SE PRESENTAN LA ESTRUCTURA Y LA ESPECIFICIDAD DE LAS AL 2,3 - SIALILTRANSFERASAS RECOMBINANTES DE NEISSERIA SPP. TAMBIEN SE PRESENTA SU USO EN LA PRODUCCION DE ESTRUCTURAS DESEADAS DE HIDRATOS DE CARBONO.
Description
\alpha-2,3-sialiltransferasas
recombinantes y sus usos.
Las sialiltransferasas son un grupo de
glucosiltransferasas que transfieren ácido siálico de un nucleótido
con azúcar activado hasta los oligosacáridos aceptores encontrados
en glucoproteínas, glucolípidos o polisacáridos. Los oligosacáridos
sializados (modificados con ácido siálico) desempeñan papeles
importantes en el reconocimiento célula - célula, en la
diferenciación celular y en diversas interacciones receptor -
ligando en sistemas de mamíferos. El gran número de estructuras de
oligosacárido sializado ha conducido a la caracterización de muchas
sialiltransferasas diferentes que participan en la síntesis de
estas estructuras. Basándose en la especificidad de la unión y del
aceptor de las sialiltransferasas estudiadas hasta ahora, se ha
determinado que al menos 13 genes distintos de la sialiltransferasa
están presentes en los sistemas de mamífero (Tsuji, S., et
al. (1996) Glycobiology 6:v-vii).
Los conjugados sializados también se encuentran
en bacterias (Preston, A. et al. (1996) Crit. Rev.
Microbiol. 22:139-180; Reuter, G. et al.
(1996) Biol. Chem. Hoppe-Seyler
377:325-342) y se cree que imitan a los
oligosacáricos encontrados en los glucolípidos de mamífero para
escapar a la respuesta inmunológica del huésped (Moran, A.P. et
al. (1996) FEMS Immunol. Med. Microbiol.
16:105-115). Se ha establecido la importancia del
lipooligosacárido (LOS) sializado en la patogenia de Neisseria
gonorrhoeae (Smith et al., (1992) FEMS Microbiol
Lett. 100:287-292), mientras que para N.
meningitidis se encontró que tanto la cápsula de ácido
polisiálico como el LOS sializado son importantes en la patogenia
(Vogel, U. et al. (1996) Med. Microbiol. Immunol.
186:81-87).
Pese a su importancia como factores de virulencia
demostrada o potencial, pocas sialiltransferasas bacterianas se han
clonado (Weisgerber, C. et al. (1991) Glycobiol.
1:357-365; Frosch, M. et al. (1991) Mol.
Microbiol. 5:1251-1263; Gilbert, M. et
al. (1996) J. Biol. Chem.
271:28271-28276) o purificado (Yamamoto, T. et
al. (1996) J. Biochem. 120:104-110). Las
\alpha-2,8-sialiltransferasas que
participan en la síntesis de las cápsulas de ácido polisiálico se
han clonado y expresado tanto de Escherichia coli
(Weisgerber, C. et al. (1991) Glycobiol.
1:357-365) como de N. meningitidis (Frosch,
M. et al. (1991) Mol. Microbiol.
5:1251-1263). Las glucosiltransferasas de N.
gonorrhoeae que participan en la síntesis del lipooligosacárido
(LOS) se han clonado (patente de los EE.UU. número 5.545.553).
Debido a la actividad biológica de sus productos,
las sialiltransferasas de mamífero generalmente actúan en tejidos,
compartimentos celulares y/o fases del desarrollo específicos para
crear los sialiloglucanos precisos. Las sialiltransferasas
bacterianas no se someten a las mismas limitaciones y pueden
utilizar una variedad más amplia de aceptores que las
sialiltransferasas de mamífero. Por ejemplo, se ha demostrado que
la \alpha-2,6-sialiltransferasa de
Photobacterium damsela transfiere ácido siálico a residuos
de galactosa terminales que están fucosilados o sializados en la
posición 2 ó 3, respectivamente (Kajihara, Y. et al. (1996)
J. Org. Chem. 61:8632-8635). Tal
especificidad por el aceptor no se ha notificado hasta ahora para
las sialiltransferasas de mamífero.
Las glucosiltransferasas bacterianas son útiles
en varias aplicaciones, tal como la síntesis de oligosacáridos
deseados con actividad biológica. Por tanto, la identificación y
caracterización de nuevas glucosiltransferasas bacterianas es útil
en el desarrollo de estas tecnologías. La presente invención
proporciona éstas y otras ventajas.
La presente invención proporciona moléculas
aisladas de ácido nucleico que comprenden una secuencia
polinucleotídica que codifica para un polipéptido
\alpha-2,3-sialiltransferasa y que
hibrida con las SEQ. ID. números 1 ó 3 en una disolución que
contiene ion Na^{+} 1,0 M, pH 7,0 - 8,3, a una temperatura de
60ºC. Normalmente, la secuencia polinucleotídica codifica para un
polipéptido
\alpha-2,3-sialiltransferasa que
tiene un peso molecular de aproximadamente 40 kD, por ejemplo, tal
como se muestra en las SEQ. ID. números 2 ó 4. Ejemplos de
secuencias polinucleotídicas se muestran en las SEQ. ID. números 1 y
3. La molécula de ácido nucleico puede aislarse de Neisseria
meningitidis o N. gonorrhoeae.
Si se desea la expresión de la enzima, las
moléculas de ácido nucleico de la invención pueden comprender
además una expresión que contenga una secuencia de promotor unida
funcionalmente a la secuencia polinucleotídica. En algunas
realizaciones, el promotor es activo en las células procariotas, tal
como E. coli. También se proporcionan las células (por
ejemplo, E. coli) que comprenden el "cassette de
expresión" recombinante de la invención.
La invención comprende además métodos para añadir
un residuo de ácido siálico a una molécula aceptora que comprende
un residuo de galactosa terminal. Los métodos comprenden poner en
contacto la molécula aceptora con una molécula de ácido siálico
activado y una
\alpha-2,3-sialiltransferasa de la
invención. El residuo de galactosa terminal puede unirse mediante
un enlace \alpha o \beta a un segundo residuo en la molécula
aceptora. Ejemplos de enlaces incluyen enlaces \beta1,4 y
\beta1,3. El ácido siálico activado normalmente es
CMP-Neu5Ac.
Las sialiltransferasas de la invención son útiles
para transferir un monosacárido de un sustrato donante a una
molécula aceptora. La adición generalmente tiene lugar en el
extremo no reductor de un resto de hidrato de carbono u
oligosacárido en una biomolécula. Las biomoléculas tal como se
definen en el presente documento incluyen, pero no se limitan a
moléculas biológicamente significativas, tales como hidratos de
carbono, proteínas (por ejemplo, glucoproteínas), y lípidos (por
ejemplo, glucolípidos, fosfolípidos, esfingolípidos y
gangliósidos).
En el presente documento se usan las siguientes
abreviaturas:
- Ara = arabinosil;
- Fru = fructosil;
- Fruc = fucosil;
- Gal = galactosil;
- GalNAc = N-acetil galacto;
- Glc = glucosil;
- GlcNAc = N-acetil gluco;
- Man = manosil; y
- NeuAc = sialil (N-acetil neuraminil).
Las sialiltransferasas de la invención pueden
usarse para añadir residuos de ácido siálico de diferentes formas a
las moléculas aceptoras. Normalmente, el ácido siálico es ácido
5-N-acetil neuramínico, (NeuAc) o
ácido 5-N-glicolilneuramínico
(NeuGc). Sin embargo, pueden usarse otros ácidos siálicos en su
lugar. Para una revisión de las diferentes formas de ácido siálico
adecuadas en la presente invención, véase Schauer, Methods in
Enzymology, 50:64-89 (1987), y Schaur,
Advances in Carbohydrate Chemistry and Biochemistry,
40:131-234.
Los sustratos donantes para las
glucosiltransferasas son azúcares activados de nucleótidos. Tales
azúcares activados generalmente consisten en derivados difosfato de
la uridina, guanosina y citidina de los azúcares en los que el
nucleósido difosfato sirve como grupo saliente. El sustrato donante
para las sialiltransferasas de la invención son nucleótidos con
azúcares activados que comprenden el ácido siálico deseado. Por
ejemplo, en el caso de NeuAc, el azúcar activado es
CMP-NeuAc.
Se considera que los oligosacáridos tienen un
extremo reductor y un extremo no reductor, sea o no el sacárido en
el extremo reductor, de hecho, un azúcar reductor. Según la
nomenclatura aceptada, los oligosacáridos se representan en el
presente documento con el extremo no reductor a la izquierda y el
extremo reductor a la derecha.
Todos los oligosacáridos descritos en el presente
documento se describen con el nombre o la abreviatura del sacárido
no reductor (por ejemplo, Gal), seguido por la configuración del
enlace glucosídico (\alpha o \beta), el enlace en anillo, la
posición en el anillo del sacárido reductor que participa en el
enlace y después el nombre o abreviatura del sacárido reductor (por
ejemplo, GlcNAc). La unión entre los dos azúcares puede expresarse,
por ejemplo, como 2,3, 2-3, o (2,3). Cada sacárido
es una piranosa o furanosa.
Gran parte de la nomenclatura y de los
procedimientos de laboratorio requeridos en esta solicitud pueden
encontrarse en Sambrook, et al., Molecular Cloning: A Laboratory
Manual (2ª Ed.), Vol. 1-3, Cold Spring Harbor
Laboratory, Cold Spring Harbor, Nueva York, 1989. El manual se
denomina en lo sucesivo "Sambrook et al."
El término "ácido nucleico" se refiere a un
polímero de desoxirribonucleótido o de ribonucleótido, tanto en la
forma de cadena simple como doble y, a menos que se limite de otro
modo, engloba a análogos conocidos de nucleótidos naturales que
hibridan con ácidos nucleicos de manera similar a los nucleótidos
que se producen en la naturaleza. A menos que se indique lo
contrario, una secuencia de ácido nucleico particular incluye la
secuencia complementaria de la misma.
Un "polipéptido sialiltransferasa" de la
invención es una proteína sialiltransferasa o fragmento de la misma
que puede catalizar la transferencia de un ácido siálico desde un
sustrato donante (por ejemplo, CMP-NeuAc) a una
molécula aceptora. Normalmente, tales polipéptidos serán
sustancialmente similares a las proteínas dadas como ejemplo
descritas en el presente documento.
El término "funcionalmente unido" se refiere
a una unión funcional entre una secuencia de control de la
expresión del ácido nucleico (tal como un promotor, una secuencia
señal o una serie de sitios de unión al factor de transcripción) y
una segunda secuencia de ácido nucleico, en la que la secuencia de
control de la expresión afecta a la transcripción y/o a la
traducción del ácido nucleico correspondiente a la segunda
secuencia.
El término "recombinante", cuando se usa con
referencia a una célula, indica que la célula replica un ácido
nucleico heterólogo, o expresa un péptido o proteína codificada por
un ácido nucleico heterólogo. Las células recombinantes pueden
contener genes que no se encuentran dentro de la forma nativa (no
recombinante) de la célula. Las células recombinantes también
pueden contener genes encontrados en la forma nativa de la célula
en la que los genes se modifican y se reintroducen en la célula por
medios artificiales. El término también engloba células que
contienen un ácido nucleico endógeno a la célula que se ha
modificado sin suprimir el ácido nucleico de la célula; tales
modificaciones incluyen las obtenidas por sustitución génica,
mutación específica de sitio y técnicas relacionadas.
Una "secuencia heteróloga" o un "ácido
nucleico heterólogo", tal como se usa en el presente documento,
es una o uno que se origina de una fuente externa a la célula
huésped particular o, si es de la misma fuente, que está modificada
con respecto a su forma original. Por tanto, un gen de
glucosiltransferasa heterólogo en una célula huésped procariota
incluye un gen de glucosiltransferasa que es endógeno para la
célula huésped particular que se ha modificado. La modificación de
la secuencia heteróloga puede producirse, por ejemplo, tratando el
ADN con una enzima de restricción para generar un fragmento de ADN
que puede unirse funcionalmente al promotor. Técnicas tales como la
mutagénesis dirigida al sitio también son útiles para modificar una
secuencia heteróloga.
Una "subsecuencia" se refiere a una
secuencia de ácidos nucleicos o aminoácidos que comprende una parte
de una secuencia más larga de ácidos nucleicos o aminoácidos (por
ejemplo, polipéptido), respectivamente.
Un "cassette de expresión recombinante" o
simplemente un "cassette de expresión" es un constructo de
ácido nucleico, generado recombinante o sintéticamente, con
elementos de ácido nucleico que pueden afectar a la expresión de un
gen estructural en los huéspedes compatibles con tales secuencias.
Los cassettes de expresión incluyen al menos promotores y,
opcionalmente, señales de terminación de la transcripción.
Normalmente, el cassette de expresión recombinante incluye un ácido
nucleico que ha de transcribirse (por ejemplo, un ácido nucleico que
codifica para un polipéptido deseado) y un promotor. También pueden
utilizarse factores adicionales necesarios o útiles para llevar a
cabo la expresión, tal como se describe en el presente documento.
Por ejemplo, un cassette de expresión también puede incluir
secuencias de nucleótidos que codifican para una secuencia señal
que dirige la secreción de una proteína expresada desde la célula
huésped. Las señales de terminación de la transcripción, los
enhancers (potenciadores) y otras secuencias de ácidos nucleicos
que influyen en la expresión génica, también pueden incluirse en un
cassette de expresión.
El término "aislado" se refiere a material
que está sustancial o esencialmente libre de los componentes que
normalmente acompañan a la enzima tal como se encuentra en su
estado natural. Por tanto, las enzimas de la invención no incluyen
materiales normalmente asociados con su entorno in situ.
Normalmente, las proteínas aisladas de la invención al menos son
puras en un 80%, normalmente al menos en aproximadamente el 90% y,
preferiblemente, al menos puras en aproximadamente el 95%, medido
mediante intensidad de banda sobre un gel teñido con plata u otro
método para determinar la pureza. La pureza u homogeneidad de la
proteína puede indicarse mediante varios medios bien conocidos en
la técnica, tal como electroforesis en gel de poliacrilamida de una
muestra de proteínas, seguido por visualización tras la tinción.
Para ciertos propósitos se necesitará alta resolución y se
utilizará HPLC o un medio similar para la purificación.
El término "idéntico" en el contexto de dos
secuencias polipeptídicas o de ácidos nucleicos se refiere a los
residuos en las dos secuencias que son iguales cuando se alinean
para lograr la máxima correspondencia. El alineamiento óptimo de
las secuencias para su comparación puede llevarse a cabo, por
ejemplo, mediante el algoritmo de homología local de Smith y
Waterman (1981) Adv. Appl. Math. 2:482, mediante el
algoritmo de alineamiento por homología de Needleman y Wunsch
(1970) J. Mol. Biol. 48:443, mediante la búsqueda por el
método de similitud de Pearson y Lipman (1988) Proc. Natl. Acad.
Sci. USA 85:2444, mediante la puesta en práctica informatizada
de estos algoritmos (GAP, BESTFIT, FASTA y TFASTA en el Wisconsin
Genetics Software Package, Genetics Computer Group, 575 Science
Dr., Madison, WI) o mediante inspección.
Un algoritmo adicional que es adecuado para
determinar la similitud de secuencia es el algoritmo BLAST, que se
describe en Altschul et al. (1990) J. Mol. Biol.
215:403-410. El software para realizar análisis
BLAST está públicamente disponible a través del National Center for
Biotechnology Information (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/).
Este algoritmo supone identificar primero pares de secuencias con
puntuación alta (HSP) mediante la identificación de palabras cortas
de longitud W en la secuencia problema que, o bien corresponden, o
bien satisfacen cierta puntuación T con umbral de valor positivo
cuando se alinean con una palabra de la misma longitud en una
secuencia de la base de datos. T se refiere al umbral de puntuación
de la palabra contigua (Altschui et al, citado
anteriormente). Estas coincidencias iniciales de palabra contigua
actúan como iniciador para comenzar búsquedas para encontrar HSP más
largos que las contengan. Las coincidencias de palabra se extienden
en ambas direcciones a lo largo de cada secuencia mientras que la
puntuación de alineamiento acumulativa puede aumentarse. La
extensión de la coincidencia de palabra en cada dirección se
detiene cuando: la puntuación de alineamiento acumulativa cae en la
cantidad X desde su máximo valor obtenido; la puntuación
acumulativa se hace cero o menos, debido a la acumulación de una o
más alineaciones de residuos con puntuación negativa; o cuando se
alcanza el final de cualquier secuencia. Los parámetros del
algoritmo BLAST, W, T y X determinan la sensibilidad y la velocidad
del alineamiento. El programa BLAST utiliza por defecto una
longitud de palabra (W) de 11, la matriz de puntuación BLOSUM62
(véase Henikoff y Henikoff (1992) Proc. Natl. Acad. Sci. USA
89:10915-10919), los alineamientos (B) de 50, la
expectativa (E) de 10, M = 5, N = 4 y una comparación de ambas
cadenas.
El algoritmo BLAST realiza un análisis
estadístico de la similitud entre dos secuencias; véase, por
ejemplo, Karlin y Altschul (1993) Proc. Natl. Acad. Sci. USA
90:5873-5787. Una medida de la similitud
proporcionada por el algoritmo BLAST es la menor probabilidad de
suma (P(N)), que proporciona una indicación de la
probabilidad con la que puede producirse por casualidad una
coincidencia entre dos secuencias de nucleótidos o aminoácidos. Por
ejemplo, un ácido nucleico se considera similar al ADNc o gen de la
glucosiltransferasa si la menor probabilidad de suma en una
comparación del ácido nucleico de prueba con un ácido nucleico de
glucosiltransferasa es inferior a aproximadamente 1,
preferiblemente inferior a aproximadamente 0,1, más preferiblemente
inferior a aproximadamente 0,01, y más preferiblemente inferior a
aproximadamente 0,001.
El término "identidad sustancial" o
"similitud sustancial" en el contexto de un polipéptido indica
que un polipéptido comprende una secuencia con una identidad (o
similitud) de secuencia de al menos el 70% con respecto a una
secuencia de referencia, o preferiblemente del 80%, o más
preferiblemente una identidad (o similitud) de secuencia del 85%
con respecto a la secuencia de referencia, o más preferiblemente
una identidad (o similitud) del 90% con respecto a una ventana de
comparación de aproximadamente 10-20 residuos de
aminoácidos. Una indicación de que dos secuencias polipeptídicas
son sustancialmente idénticas o similares es que un péptido sea
inmunológicamente reactivo con anticuerpos generados frente al
segundo péptido.
Una indicación de que dos secuencias de ácidos
nucleicos son sustancialmente idénticas es que el polipéptido para
el que codifica el primer ácido nucleico tenga reactividad cruzada
inmunológica con el polipéptido para el que codifica el segundo
ácido nucleico.
Otra indicación de que dos secuencias de ácidos
nucleicos son sustancialmente idénticas es que las dos moléculas
hibridan entre sí en condiciones restrictivas.
Se "une(n) sustancialmente" se
refiere a la hibridación complementaria entre un ácido nucleico
sonda y un ácido nucleico diana y comprende incompatibilidad menor
que puede adaptarse reduciendo la restricción de los medios de
hibridación para lograr la detección deseada de la secuencia
polinucleotídica diana.
La locución "que hibrida específicamente
con", se refiere a la unión, duplicidad o hibridación de una
molécula sólo con una secuencia nucleotídica particular en
condiciones restrictivas cuando esa secuencia está presente en un
ADN o ARN de mezcla compleja (por ejemplo, celular total).
El término "condiciones restrictivas" se
refiere a las condiciones bajo las que una sonda hibridará con su
subsecuencia diana, pero no con otras secuencias. Las condiciones
restrictivas son dependientes de la secuencia y serán diferentes en
circunstancias diferentes. Las secuencias más largas hibridan
específicamente a temperaturas más altas. Generalmente, las
condiciones restrictivas se seleccionan para que sean de
aproximadamente 50ºC menos que el punto de fusión térmico (Tm) para
la secuencia específica a una fuerza iónica y pH definidos. La Tm
es la temperatura (bajo la fuerza iónica, el pH y la concentración
de ácido nucleico definidos) a la que el 50% de las sondas
complementarias a la secuencia diana hibridan con la secuencia
diana en equilibrio. (Dado que las secuencias diana están presentes
generalmente en exceso, a Tm, el 50% de las sondas están ocupadas
en el equilibrio). Normalmente, las condiciones restrictivas serán
aquellas en las que la concentración de sal es inferior a
aproximadamente ion Na^{+} 1,0 M, normalmente de aproximadamente
una concentración de ion Na^{+} (u otras sales) de 0,01 a 1,0 M,
a pH de 7,0 a 8,3 y la temperatura es de al menos aproximadamente
30ºC para las sondas cortas (por ejemplo, de 10 a 50 nucleótidos) y
de al menos aproximadamente 60ºC para las sondas largas (por
ejemplo, mayores de 50 nucleótidos). Las condiciones restrictivas
también pueden lograrse con la adición de agentes
desestabilizantes, tales como
formamida.
formamida.
Las locuciones "se une específicamente a una
proteína" o "es específicamente inmunorreactivo con",
cuando se refieren a un anticuerpo, se refieren a una reacción de
unión que es determinante de la presencia de la proteína en
presencia de una población heterogénea de proteínas y otros
compuestos biológicos. Por tanto, en las condiciones de
inmunoanálisis indicadas, los anticuerpos especificados se unen
preferiblemente a una proteína particular y no se unen en una
cantidad significativa a otras proteínas presentes en la muestra.
La unión específica a una proteína en tales condiciones requiere que
se seleccione un anticuerpo por su especificidad para una proteína
particular. Puede usarse una variedad de formatos de inmunoanálisis
para seleccionar anticuerpos específicamente inmunorreactivos con
una proteína particular. Por ejemplo, los inmunoanálisis ELISA en
fase sólida se usan habitualmente para seleccionar anticuerpos
monoclonales específicamente inmunorreactivos con una proteína.
Véase Harlow y Lane (1988) Antibodies, A Laboratory Manual,
Cold Spring Harbor Publications, Nueva York, para una descripción
de los formatos y condiciones de inmunoanálisis que pueden usarse
para determinar la inmunorreactividad
específica.
específica.
Una "sustitución conservadora", cuando se
describe una proteína, se refiere a un cambio en la composición de
aminoácidos de la proteína que no altera sustancialmente la
actividad de la proteína. Por tanto, las "variaciones modificadas
de manera conservadora" de una secuencia de aminoácidos
particular se refiere a sustituciones de aminoácidos de aquellos
aminoácidos que no son críticos para la actividad de la proteína o
a la sustitución de aminoácidos por otros aminoácidos que tienen
propiedades similares (por ejemplo, ácido, básico, cargado positiva
o negativamente, polar o no polar, etc.) de manera que las
sustituciones de incluso los aminoácidos críticos no alteren
sustancialmente la actividad. En la técnica son bien conocidas las
tablas de sustitución conservadora que proporcionan aminoácidos de
función similar. A continuación se enumeran seis grupos que
contienen aminoácidos que son ejemplos de sustituciones
conservadoras entre sí:
- 1)
- Alanina (A), Serina (S), Treonina (T);
- 2)
- Ácido aspártico (D), Ácido glutámico (E);
- 3)
- Asparagina (N), Glutamina (Q);
- 4)
- Arginina (R), Lisina (K);
- 5)
- Isoleucina (I), Leucina (L), Metionina (M), Valina (V); y
- 6)
- Fenilalanina (F), Tirosina (Y), Triptófano (W).
- Véase también Creighton (1984) Proteins, W.H. Freeman y Company.
Además, las sustituciones, deleciones o adiciones
individuales que alteran, añaden o suprimen un aminoácido
individual o un pequeño porcentaje de aminoácidos en una secuencia
codificada también son "variaciones modificadas de manera
conservadora".
La figura 1 muestra dos electroferogramas
superpuestos para ilustrar el nivel de actividad de
sialiltransferasa encontrada en un cultivo de 1,5 mL de E.
coli infectado con 100 ufp del banco genómico de ADN de N.
meningitidis en \lambdaZAPH. La línea delgada es de una serie
en la que la reacción no contenía el donante
CMP-Neu5Ac y la línea gruesa es de una serie de
contenía el donante CMP-Neu5Ac. En el pico a 6,6
minutos se demostró una migración conjunta de
FCHASE-\alpha-2,3-sialil-N-acetil-lactosamina.
La figura 2 muestra las estructuras de los
fluoróforos usados en el ensayo de electroforesis capilar de
\alpha-2,3-sialiltransferasa.
Figura 2A: cuando el ácido
8-aminopireno-1,4,6-trisulfónico
sufre una aminación reductiva en disacáridos reductores, el extremo
reductor es el de anillo abierto. R1 = OH (NAc cuando R2 = LacNAc);
R2 = Gal-\alpha,
Gal-\beta-1
N-acetil-lactosamina;
Lacto-N-neotetraosa;
Lacto-N-tetraosa;
Gal-\alpha-(1\rightarrow4)-Gal-\beta(1\rightarrow4).
Figura 2B: R = Gal-\alpha;
Gal-\beta; Lactosa;
N-acetil-lactosamina;
Gal-\alpha-(1\rightarrow4)-Gal-\beta(1\rightarrow4).
La práctica de esta invención supone la
construcción de ácidos nucleicos recombinantes y la expresión de
genes en células huésped transfectadas. Las técnicas de clonación
molecular para lograr estos fines son conocidas en la técnica. Una
amplia variedad métodos de clonación y de amplificación in
vitro adecuados para la construcción de ácidos nucleicos
recombinantes, tales como los vectores de expresión, es bien
conocida por las personas expertas. Ejemplos de estas técnicas e
instrucciones suficientes para dirigir a personas expertas a través
de muchos ejercicios de clonación se encuentran en Sambrook et
al. (1989) Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2ª
Ed., Vols. 1-3, Cold Spring Harbor Laboratory;
Berger y Kimmel, Guide to Molecular Cloning Techniques, Methods
in Enzymology, volumen 152, Academic Press, Inc., San Diego,
CA; y Current Protocols in Molecular Biology, F.M. Ausubel
et al., eds., Current Protocols, una empresa conjunta entre
Green Publising Associates, Inc. y John Wiley & Sons, Inc.,
(1994 Apéndice).
Los ácidos nucleicos que codifican para los
polipéptidos sialiltransferasas de esta invención pueden prepararse
mediante cualquier método adecuado conocido en la técnica
incluyendo, por ejemplo, la clonación y la restricción de las
secuencias apropiadas o la síntesis química directa mediante métodos
tales como el método del fosfotriéster de Narang et al.
(1979) Meth. Enzymol. 68:90-99; El método del
fosfodiéster de Brown et al. (1979) Meth. Enzymol.
68: 109-151; el método de la dietilfosforamidita de
Beaucage et al. (1981) Tetra. Lett.,
22:1859-1862; y el método de soporte sólido de la
patente de los EE.UU. número 4.458.066.
En una realización preferida, un ácido nucleico
que codifica para una sialiltransferasa se aísla mediante los
métodos de clonación habituales. Una secuencia nucleotídica de una
sialiltransferasa como la proporcionada en el presente documento,
se usa para proporcionar sondas que hibriden específicamente con un
gen de sialiltransferasa en una muestra de ADN genómico o con un
ARNm de sialiltransferasa en una muestra de ARN total (por ejemplo,
en un Southern o Northern blot). Una vez identificado el ácido
nucleico diana de sialiltransferasa, puede aislarse según los
métodos habituales conocidos por los expertos en la técnica.
Los ácidos nucleicos deseados también pueden
clonarse usando técnicas de amplificación bien conocidas. Ejemplos
de protocolos suficientes para dirigir personas expertas a través
de métodos de amplificación in vitro, que incluyen la
reacción en cadena de la polimerasa (PCR), la reacción en cadena de
la ligasa (LCR), la amplificación por la replicasa Q\beta y otras
técnicas mediadas por la ARN polimerasa se encuentran en Berger,
Sambrook y Ausubel, así como Mullis et al. (1987), patente
de los EE.UU. número 4.683.202; PCR Protocols A Guide to Methods
and Applications (Innis et al. eds) Academic Press Inc.,
San Diego, CA (1990) (Innis); Arnheim y Levinson (1 de octubre de
1990) C&EN 36-47; The Journal Of NIH
Research (1991) 3:81-94; (Kwoh et al.
(1989) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86:1173; Guatelli et
al. (1990) Proc. Natl. Sci. USA 87:1874; Lomell et
al. (1989) J. Clin. Chem. 35:1826; Landegren et
al. (1988) Science 241:1077-1080; Van
Brunt (1990) Biotechnology 8:291-294; Wu y
Wallace (1989) Gene 4:560; y Barringer et al. (1990)
Gene 89:117. Métodos mejorados de clonación in vitro
de ácidos nucleicos amplificados se describen en Wallace et
al., patente de los EE.UU. número 5.426.039. Cebadores
adecuados para su uso en la amplificación de los ácidos nucleicos
de la invención se describen en la sección de los ejemplos, más
adelante.
El ácido nucleico de sialiltransferasa también
puede clonarse detectando su producto expresado mediante ensayos
basados en las propiedades físicas, químicas o inmunológicas de la
proteína expresada. Por ejemplo, se puede identificar un ácido
nucleico de sialiltransferasa clonado mediante la capacidad de un
polipéptido codificado por el ácido nucleico para catalizar la
transferencia de un ácido siálico desde un donante hasta un resto
aceptor. En un método preferido, se emplea electroforesis capilar
para detectar los productos de reacción. Este ensayo sumamente
sensible supone el uso de derivados fenilamino de monosacáridos o
disacáridos que se marcan con fluoresceína, tal como se describe
más adelante y en Wakarchuk et al. (1996) J. Biol.
Chem. 271 (45):28271-276.
En algunas realizaciones, puede ser deseable
modificar los ácidos nucleicos de sialiltransferasa de la
invención. Un experto reconocerá muchas formas de generar
alteraciones en un constructo de ácido nucleico dado. Tales métodos
bien conocidos incluyen mutagénesis dirigida al sitio,
amplificación por PCR usando oligonucleótidos degenerados,
exposición de células que contienen el ácido nucleico a agentes
mutagénicos o radiación, síntesis química de un oligonucleótido
deseado (por ejemplo, junto con ligamiento y/o clonación para
generar ácidos nucleicos grandes) y otras técnicas bien conocidas.
Véase, por ejemplo, Gilimann y Smith (1979) Gene
8:81-97, Roberts et al. (1987) Nature
328:731-734.
Las secuencias de sialiltransferasas de la
invención se incorporan en cassettes de expresión para una
expresión de alto nivel en una célula huésped deseada. Un cassette
de expresión habitual contiene un promotor unido funcionalmente a la
secuencia de ADN deseada. Puede expresarse más de un polipéptido
sialiltransferasa en una única célula procariota colocando múltiples
cassettes de transcripción en un único vector de expresión o
utilizando marcadores diferentes que pueden seleccionarse para cada
uno de los vectores de expresión que se emplean en la estrategia de
clonación.
Secuencias de control procariotas comúnmente
usadas, que se definen en el presente documento que incluyen
promotores para la iniciación de la transcripción, opcionalmente
con un operador, junto con secuencias de sitio de unión al
ribosoma, incluyen promotores comúnmente usados tales como los
sistemas promotores de la beta-lactamasa
(penicilinasa) y la lactosa (lac) (Change et al.,
Nature (1977) 198:1056), el sistema promotor del triptófano
(trp) (Goeddel et al., Nucleic Acids Res. (1980)
8:4057), el promotor tac (DeBoer, et al., Proc. Natl. Acad. Sci.
U.S.A. (1983) 80:21-25); y el promotor P_{L}
derivado de lambda y el sitio de unión al ribosoma del gen N
(Shimatake et al., Nature (1981) 292:128). El sistema
promotor particular no es crítico para la invención y puede usarse
cualquier promotor disponible que funcione en procariotas.
En la presente invención pueden usarse promotores
constitutivos o regulados. Los promotores regulados pueden ser
ventajosos porque las células huésped pueden hacerse crecer en
grandes densidades antes de inducir la expresión de los
polipéptidos sialiltransferasa. La expresión de alto nivel de las
proteínas heterólogas ralentiza el crecimiento celular en algunas
situaciones. Los promotores regulados especialmente adecuados para
su uso en E. coli incluyen el promotor P_{L} del
bacteriofago lambda, el promotor híbrido
trp-lac (Amann et al. Gene (1983)
25:167; de Boer et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA (1983)
80:21, y el promotor del bacteriofago T7 (Studier et al., J. Mol.
Biol. (1986); Tabor et al., (1985)). Estos promotores y
su uso se tratan en Sambrook et al., citado
anteriormente.
Para la expresión de los polipéptidos
sialiltransferasa en células procariotas distintas a E.
coli, se requiere un promotor que funcione en la especie
procariota particular. Tales promotores pueden obtenerse de genes
que se han clonado de la especie o pueden usarse promotores
heterólogos. Por ejemplo, el promotor híbrido
trp-lac funciona en Bacillus además de
en E. coli.
Un sitio de unión al ribosoma (RBS) se incluye
convenientemente en los cassettes de expresión de la invención. Por
ejemplo, un RBS en E. coli, consiste en una secuencia
nucleotídica de 3-9 nucleótidos de longitud
localizada en los nucleótidos 3-11 aguas arriba del
codón de iniciación (Shine y Dalgarno, Nature (1975) 254:34;
Steitz, en Biological regulation and development: Gene
expression (ed. R.F. Goldberger). Vol. 1, pág. 349, 1979, Plenum
Publishing, NY).
Puede usarse acoplamiento de traducción para
potenciar la expresión. La estrategia utiliza un corto marco de
lectura abierto aguas arriba derivado de un gen altamente expresado
natural para el sistema de traducción, que se coloca aguas abajo
del promotor, y un sitio de unión al ribosoma seguido tras algunos
codones de aminoácidos por un codón de terminación. Justo antes del
codón de terminación hay un segundo sitio de unión al ribosoma y
tras el codón de terminación hay un codón de iniciación para la
iniciación de la traducción. El sistema disuelve la estructura
secundaria en el ARN, permitiendo la iniciación eficaz de la
traducción. Véase Squires, et al., (1988). J. Biol.
Chem. 263:16297-16302.
Los polipéptidos sialiltransferasa pueden
expresarse intracelularmente o pueden secretarse de la célula. La
expresión intracelular a menudo da como resultado altos
rendimientos. Si es necesario, puede aumentarse la cantidad de
polipéptido sialiltransferasa activo y soluble realizando
procedimientos de replegamiento (véase, por ejemplo, Sambrook et
al., citado anteriormente; Marston et al., Biol
Technology (1984) 2:800; Schoner et al., Biol Technology
(1985) 3:151). En las realizaciones en las que los polipéptidos
sialiltransferasa se secretan de la célula, ya sea en el periplasma
o en el medio extracelular, la secuencia de ADN se une a una
secuencia peptídica señal de escisión. La secuencia señal dirige la
translocación del polipéptido sialiltransferasa a través de la
membrana celular. Un ejemplo de un vector adecuado para su uso en
E. coli que contiene una unidad de secuencia señal del
promotor es pTA1529, que tiene la secuencia señal y el promotor
phoA de E. coli (véase, por ejemplo, Sambrook et
al., citado anteriormente; Oka et al., Proc. Natl. Acad.
Sci. USA (1985) 82:7212; Talmadge et al., Proc. Natl. Acad.
Sci. USA (1980) 77:3988; Takahara et al., J. Biol. Chem.
(1985) 260:2670).
Los polipéptidos sialiltransferasa de la
invención también pueden producirse como proteínas de fusión. Este
enfoque a menudo da como resultado altos rendimientos, porque las
secuencias control procariotas normales dirigen la transcripción y
la traducción. En E. coli, a menudo se usan fusiones
locZ para expresar proteínas heterólogas. Vectores adecuados
están fácilmente disponibles, tales como las series pUR, pEX y
PMR100 (véase, por ejemplo Sambrook et al., citado
anteriormente). Para ciertas aplicaciones, puede ser deseable
escindir los aminoácidos que no son de sialiltransferasa de la
proteína de fusión tras la purificación. Esto puede llevarse a cabo
mediante cualquiera de varios métodos conocidos en la técnica,
incluyendo la escisión mediante bromuro de cianógeno, una proteasa
o mediante el Factor X_{a} (véase, por ejemplo, Sambrook et
al., citado anteriormente; Itakura et al., Science
(1977) 198;1056; Goeddel et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA
(1979) 76:106; Nagai et al., Nature (1984) 309:810; Sung
et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA (1986) 83:561). Los
sitios de escisión pueden obtenerse por ingeniería genética en el
gen para la proteína de fusión en el punto de escisión deseado.
Miller et al., Biotechnology
7:698-704 (1989) ha descrito un sistema adecuado
para obtener proteínas recombinantes a partir de E. coli que
mantengan la integridad de sus extremos N-terminal.
En este sistema, el gen de interés se produce como una fusión
C-terminal de los primeros 76 residuos del gen de
la ubiquitina de levadura que contiene un sitio de escisión de
peptidasa. La escisión en la unión de los restos da como resultado
la producción de una proteína que tiene un residuo
N-terminal auténtico intacto.
Las sialiltransferasas de la invención pueden
expresarse en una variedad de células huésped, incluyendo E.
coli, otros huéspedes bacterianos, levaduras y varias células
eucariotas superiores, tales como las líneas celulares COS, CHO y
HeLa y líneas celulares de mieloma. Ejemplos de bacterias útiles
incluyen, pero no se limitan a, Escherichia, Enterobacter,
Azotobacter, Erwinia, Bacillus, Pseudomonas, Klebsiella, Proteus,
Salmonella, Serratia, Shigella, Rhizobia, Vitreoscilla y
Paracoccus. El gen de proteína recombinante se unirá
funcionalmente a las secuencias de control de la expresión
apropiadas para cada huésped. Para E. coli esto incluye un
promotor tal como los promotores de T7, trp o lambda, un sitio de
unión al ribosoma y, preferiblemente, una señal de terminación de
la transcripción. Para las células eucariotas, las secuencias
control incluirán un promotor y, preferiblemente, un enhancer
derivado de los genes de inmunoglobulina, SV40, citomegalovirus,
etc., y una secuencia de poliadenilación y pueden incluir
secuencias de corte y empalme (splice) del donante y el
aceptor.
Los vectores de expresión de la invención pueden
transferirse en la célula huésped elegida mediante métodos bien
conocidos, tal como transformación con cloruro de calcio para E.
coli y tratamiento con fosfato de calcio o electroporación para
células de mamífero. Las células transformadas por los plásmidos
pueden seleccionarse por la resistencia a antibióticos conferida por
los genes contenidos en los plásmidos, tales como los genes amp,
gpt, neo y hyg.
Una vez expresados, los polipéptidos
sialiltransferasa recombinantes pueden purificarse según
procedimientos habituales de la técnica, incluyendo precipitación
con sulfato de amonio, columnas de afinidad, cromatografía en
columna, electroforesis en gel y similares (véase, generalmente, R.
Scopes, Protein Purification,
Springer-Verlag, N.Y. (1982), Deutscher, Methods
in Enzymology Vol. 182: Guide to Protein Purification.,
Academic Press, Inc. N.Y. (1990)). Se prefieren composiciones
sustancialmente puras de al menos aproximadamente del 90 al 95% de
homogeneidad, y son más preferidas del 98 al 99% o más de
homogeneidad. Una vez purificados, parcialmente o hasta la
homogeneidad según se desee, los polipéptidos pueden utilizarse
entonces (por ejemplo, como inmunogenes para la producción de
anticuerpos).
Un experto reconocería que pueden hacerse
modificaciones a las proteínas glucosiltransferasas sin perder su
actividad biológica. Algunas modificaciones pueden hacerse para
facilitar la clonación, la expresión o la incorporación de la
molécula objetivo en una proteína de fusión. Tales modificaciones
son bien conocidas por los expertos en la técnica e incluyen, por
ejemplo, una metionina añadida en el extremo amino terminal para
proporcionar un sitio de iniciación, o aminoácidos adicionales (por
ejemplo, poli His) situados sobre cualquier terminal para crear
sitios de restricción o codones de terminación o secuencias de
purificación convenientemente situados.
La invención proporciona métodos de utilización
de sialiltransferasas producidas usando los métodos descritos en el
presente documento para preparar oligosacáridos deseados (que están
compuestos por dos o más sacáridos). Las reacciones
glucosiltransferasa de la invención tienen lugar en un medio de
reacción que comprende al menos una glucosiltransferasa, un sustrato
donante, un azúcar aceptor y normalmente un catión metálico
divalente soluble. Los métodos se basan en el uso de una
glucosiltransferasa para catalizar la adición de un sacárido a un
sacárido sustrato. Por ejemplo, la invención proporciona métodos
para añadir ácido siálico a un residuo de galactosa en una unión
\alpha2,3, poniendo en contacto una mezcla de reacción que
comprende un ácido siálico activado (por ejemplo,
CMP-NeuAc) con un resto aceptor que comprende un
residuo de Gal en presencia de una sialiltransferasa que se ha
preparado según los métodos descritos en el presente documento.
Se conocen varios métodos de utilización de las
glucosiltransferasas para sintetizar las estructuras de
oligosacárido deseadas. Ejemplos de métodos se describen, por
ejemplo, en el documento WO 96/32491, Ito et al., Pure Appl.
Chem., 65:753 (1993) y en las patentes de los EE.UU.
5.352.670, 5.374.541 y 5.545.553.
La sialiltransferasa preparada tal como se
describe en el presente documento puede usarse en combinación con
glucosiltransferasas adicionales. Por ejemplo, puede usarse una
combinación de sialiltransferasa y galactosiltransferasas. En este
grupo de realizaciones, las enzimas y los sustratos pueden
combinarse en una mezcla de reacción inicial o preferiblemente
pueden añadirse enzimas y reactivos para un segundo ciclo de
glucosiltransferasa al medio de reacción una vez que el primer
ciclo de la glucosiltransferasa se ha acercado a la finalización.
Al realizar dos ciclos de glucosiltransferasa en secuencia en un
único recipiente, se mejoran los rendimientos globales con respecto
a los procedimientos en los que se aísla una especie intermedia.
Además, se reduce la limpieza y la supresión de los subproductos y
disolventes de más.
Los productos producidos mediante los procesos
anteriores pueden utilizarse sin purificación. Sin embargo,
normalmente se prefiere recubrir el producto. Pueden usarse
técnicas habituales, bien conocidas, para la recuperación de los
sacáridos glucosilados, tal como cromatografía en capa fina o capa
gruesa, cromatografía de intercambio iónico o filtración de
membrana. Se prefiere usar filtración de membrana, más
preferiblemente utilizando una membrana de ósmosis inversa o una o
más técnicas de cromatografía en columna para la recuperación tal
como se trata más adelante en el presente documento y en la
bibliografía citada en el presente documento. Por ejemplo, puede
usarse filtración de membrana en la que las membranas tienen un
punto de corte de peso molecular de aproximadamente 3000 hasta
aproximadamente 10.000 para eliminar proteínas. La nanofiltración u
ósmosis inversa puede usarse entonces para eliminar sales. Las
membranas de nanofiltro son una clase de membranas de ósmosis
inversa que pasan sales monovalentes pero que retienen sales
polivalentes y solutos no cargados mayores a aproximadamente 100
hasta aproximadamente 700 Daltons, dependiendo de la membrana
usada. Por tanto, en una aplicación habitual, los sacáridos
preparados mediante los métodos de la presente invención se
retendrán en la membrana y las sales contaminantes pasarán a su
través. Usando tales técnicas, los sacáridos (por ejemplo,
sialil-lactosa) pueden producirse con una pureza de
esencialmente el 100%, tal como se determina por RMN protónica y CCF
(cromatografía en capa fina).
Este ejemplo describe la clonación y la
caracterización inicial de genes de N. meningitidis y N.
gonorrhoeae que codifican para sialiltransferasas. La clonación
puede lograrse mediante el uso de un procedimiento de selección
sumamente sensible basado en la expresión de la actividad
enzimática.
Cepas bacterianas - En este estudio se
utilizaron las siguientes cepas de N. meningitidis:
inmunotipo L3 MC58 (NRCC 4728); inmunotipo L3 406Y (NRCC 4030);
inmunotipo L7 M982B (NRCC 4725). El ADN de N. gonorrhoeae
F62 (ATCC 33084) fue un amable obsequio de la Dra. Wendy Johnson
(Health Canada, Ottawa).
Métodos básicos de ADN recombinante - El
aislamiento del ADN del plásmido, las digestiones con enzimas de
restricción, la purificación de fragmentos de ADN para clonación,
los ligamientos, las transformaciones y la secuenciación del ADN se
realizaron según lo recomendado por el proveedor de la enzima o por
el fabricante del kit usado para el procedimiento particular. Se
realizó PCR con polimerasa Pwo tal como describe el
fabricante (Boehringer Mannheim, Laval, PQ). Las enzimas de
restricción y de modificación del ADN se compraron de New England
Biolabs LTD., Mississauga, Ont. Las columnas Qiaprep procedían de
Qiagen Inc., Chatsworth CA, EE.UU. La secuenciación del ADN se
realizó con un secuenciador de ADN automatizado modelo 370A de
Applied Biosystems (Montreal PQ) usando el kit de secuenciación de
ciclo (cycle sequencing) del fabricante.
Clonación y secuenciación de sialiltransferasa
de N. meningitidis - La librería genómica se preparó usando
fragmentos de 3 - 5 kb de un digesto parcial de HaeIII del
ADN cromosómico de N. meningitidis MC58 en \lambdaZAPII
(Stratagene, La Jolla, CA) como el vector (Jennings, M.P., et
al. (1995) Mol Microbial. 18, 729-740).
La librería de \lambdaZAPII se sembró en placa a baja densidad y
3600 placas bien aisladas se recogieron en grupos de 100. Se
realizaron las suspensiones del fago tal como se describió
anteriormente (Sambrook, J., et al. (1989) Molecular Cloning:
A Laboratory Manual (2ª ed) Cold Spring Harbour Laboratory, Cold
Spring Harbour, N.Y.) y se usaron para infectar cultivos de 1,5 mL
de E. coli XL1-Blue (en medio LB con maltosa
0,2, MgSO_{4} 10 mM e IPTG
(isopropil-\beta-D-tiogalactopiranósido)
2 mM) que se hicieron crecer durante 4,5 h. Se añadió tolueno al 1%
y las células se sometieron entonces a ensayo para determinar la
actividad sialiltransferasa tal como se describe más adelante. Los
grupos positivos se sembraron en placa, después se recogieron las
placas en grupos de 5 y se analizaron de nuevo para determinar la
actividad. Después se utilizaron grupos positivos de 5 para aislar
clones individuales que expresaban actividad sialiltransferasa.
Fagémidos que llevaban el gen de sialiltransferasa se suprimieron
de los clones \lambdaZAPII positivos usando el fago helper
ExAssist y la cepa de E. coli SOLR, tal como se describe por
el proveedor Stratagene. Se determinó la secuencia de ADN para el
inserto de 2,1 kb de pNST-01 y se usaron cebadores
de PCR basados en esta secuencia para amplificar los genes de ADN
preparados de N. meningitidis 406Y, M982B y N.
gonorrhoeae F62. Las secuencias del cebador fueron 5' cebador
SIALM-5F, (nucleótidos 540-569 en
la secuencia inserto de NST-01, sitio Ndel mostrado
en cursiva) 43 monómeros 5' C TTA GGA GGT CAT ATG TTC AAT
TTG TCG GAA TGG AGT TTT AGG 3' y 3' cebador
SIALM-16R, (nucleótidos 1685-1658 de
la secuencia inserto de NST-01, sitio SalI mostrado
en cursiva) 42 monómeros: 5'CC TAG GTC GAC TCA TTA ATT TTT
ATC GTC AAA TGT CAA AAT C 3'.
Detección de la sialiltransferasa por Western
Blotting - El producto génico se detectó en E. coli
construyendo primero un plásmido que consistía en el 1^{er} ORF
(marco de lectura abierto) de pNST-01, y el péptido
marcador para la inmunodetección con el anticuerpo
anti-c-myc, tal como se describió
anteriormente (MacKenzie, R.C., et al. (1994) Biol.
Technology 12, 390-395). Este constructo se
realizó utilizando los siguientes cebadores para amplificación por
PCR: el cebador del extremo 5' fue el cebador "inverso" M13
habitual, y el cebador del extremo 3' fue SIALM-18R:
(sitio SalI en cursiva y marcador c-myc en negrita)
5' CC TAG GTC GAC TCA TTA GTT CAG GCT TTC TTC GCT GAT CAG
TTT TTG TTC ATT TTT ATC GTC AAA TGT CAA AAT CGG G3' 78 monómeros. El
producto de PCR se clonó en el vector pT7-7 (Tabor,
S., et al. (1985) Proc. Natl. Acad. Sci. 82,
1074-1078) y la expresión de la proteína se indujo
entonces con IPTG. Se realizó Western blotting tal como se describió
anteriormente (MacKenzie, R.C., et al. (1994) Biol.
Technology 12, 390-395).
Medición de la actividad sialiltransferasa
- La actividad sialiltransferasa de N. meningitidis MC58L3,
406Y L3 y M982B L7, y E. coli que lleva los plásmidos pNST
se midió en células tratadas con tolueno o en extractos libres de
células preparados tal como se describió anteriormente (Wakarchuk,
et al. (1996) J. Biol. Chem en Press). Los aceptores
se derivaron de fenilaminoglucósidos que se habían hecho reaccionar
con el éster succimidílico del ácido
6(5-fluoresceín-carboxamido)-hexanoico
(FCHASE) y se prepararon tal como se describió anteriormente
(Wakarchuk, et al. (1996) J. Biol. Chem en Press).
Las reacciones para la enzima se realizaron a 37ºC en 20 \mul de
tampón MES, 50 mM, pH 6,0, MnCl_{2} 10 mM con aceptor marcado 0,2
o 1,0 mM, donante CMP-Neu5Ac 0,2mM y diversas
cantidades de enzima, o bien a partir de extractos bacterianos
brutos o de extractos de E. coli recombinante con el gen
clonado. Las enzimas recombinantes se sometieron a ensayo durante
10 - 120 minutos, mientras que los extractos de N.
meningitidis se incubaron 1 - 15 h. Las reacciones se terminaron
diluyendo la reacción 1:100 con NaOH 10 mM. Estas muestras se
diluyeron entonces apropiadamente en agua antes del análisis
mediante electroforesis capilar.
La electroforesis capilar (EC) se llevó a cabo
con un modelo P/ACE 5510 de Beckman (Fullerton, CA) equipado con un
detector de fluorescencia inducido por láser de ión argón de 3 mW,
\lambda de excitación = 488 nm, \lambda de emisión = 520 nm. El
capilar fue sílice sin recubrir de 75 \mu x 47 cm, con el
detector a 40 cm. El capilar se acondicionó antes de cada serie
lavando con NaOH 0,2 M durante 2 minutos, agua durante 2 min, y
tetraborato de sodio 25 mM, pH 9,4 durante 2 min. Las muestras se
introdujeron mediante inyección a presión durante 2 - 5 segundos y
la separación se realizó a 15 kV, 75 \muA. La integración de los
picos se realizó con el software Beckman System Gold (versión
8.1).
Para la detección rápida de la actividad
enzimática, las muestras de la reacción transferasa se examinaron
mediante cromatografía en capa fina sobre placas de CCF de sílice
60 (E. Merck). Una mancha de 0,5 - 1,0 \mul de la reacción se
secó al aire y la placa se reveló con acetato de etilo / metanol /
agua / ácido acético 7:2:1:0,1. Tras el secado, las manchas del
aceptor y del producto pudieron observarse mediante la iluminación
de la placa con una lámpara UV de 365 nm. El Rf (coeficiente de
reparto) del producto en estas condiciones fue de 0,05.
Reacciones de sialiltransferasa
preparativas - Las reacciones enzimáticas preparativas se
realizaron como reacciones enzimáticas acopladas con la
CMP-Neu5Ac sintetasa clonada de N.
meningitidis. Las reacciones contenían HEPES 25 mM pH 7,5,
ditiotreitol 0,2 mM y MgCl_{2} 10 mM, 400 mU/mL de
CMP-Neu5Ac sintetasa, 300 mU/mL de pirofosfatasa
inorgánica (Sigma), CTP 1,5 mM, Neu5Ac 1,5 mM y 50 mU de
sialiltransferasa (basado en
FCHASE-fenilamino-LacNAc como el
aceptor). El aceptor,
FCHASE-fenilamino-Lac o
FCHASE-fenilamino-LacNAc, se secó
en el tubo a vacío y los reactivos se añadieron entonces al tubo; la
concentración de FCHASE-fenilaminoglucósido en
estas reacciones fue de 1 mM. Estas reacciones se llevaron a cabo a
30ºC durante 3 - 5 h. Tras la reacción, el
FCHASE-fenilaminoglucósido se unió a un cartucho de
fase inversa Sep-Pak C18 (Waters), se desaló
lavando con agua y después se eluyó en acetonitrilo al 50%.
Determinación de la especificidad de unión de
la sialiltransferasa - El producto de una reacción de
sialiltransferasa preparativa se examinó por RMN. Las muestras para
RMN se prepararon mediante el método de CCF y después de
liofilizaron a partir de D_{2}O 3 veces antes de la recogida de
los espectros. La recogida de los datos de RMN se realizó con un
espectrómetro Bruker AMX 500. Los espectros se registraron a 540 K
en tubos de 5 mm a una concentración de 0,5 - 1,0 mg de
FCHASE-fenilaminoglucósido en 0,5 mL de D_{2}O.
Los desplazamientos químicos de protones en D_{2}O se expresan en
relación con la señal de HOD
(hidrógeno-oxígeno-deuterio) (4,348
a 340 K).
Detección y caracterización de una actividad
2,3-sialiltransferasa de N. meningitidis - La
parte inicial de este trabajo se llevó a cabo con la cepa 406Y L3 de
N. meningitidis, que posee un LOS idéntico al de la cepa
MC58, pero tiene un tipo de cápsula diferente. Ambas cepas elaboran
el LOS del inmunotipo L3 que consiste en una ramificación de
lacto-N-neotetraosa con un ácido
\alpha-2,3-siálico en el residuo
de galactosa terminal (Pavliak, V., et al. (1993) J. Biol.
Chem. 268, 14146-14152). Ambas cepas produjeron
niveles fácilmente detectables de
\alpha-2,3-sialiltransferasa
cuando se usa sólo una colonia individual (10^{7} células) con el
ensayo basado en EC. El extracto bruto de N. meningitidis
406Y L3 se usó para preparar el material para la determinación de
la unión del sialósido que se está sintetizando y la enzima se
verificó por RMN de su producto que es una
\beta-galactósido
\alpha-2,3-sialiltransferasa. A
la finalización, se realizó la asignación de ^{1}H de los
compuestos. Se encontró que los desplazamientos químicos de ^{1}H
eran similares a los de las estructuras notificadas que contienen
estructuras de
\alpha-2,3-Sialil-Gal
(Pavliak, V., et al. (1993) J. Biol. Chem. 268,
14146-14152). Además, se observó un NOE (efecto
nuclear Overhauser) a través del enlace glucosídico H_{3} - ácido
siálico con H_{3} Gal, así como un acoplamiento de gran intervalo
desde C_{2}-ácido siálico hasta H_{3} de Gal confirmó que estaba
presente la unión
\alpha-2,3-Sialil-Gal.
La variación de las condiciones de reacción
demostró que la enzima tenía un pH óptimo de 6,0 y que la actividad
se estimulaba el doble por la adición de MgCl_{2} 10 mM o el
triple por MnCl_{2} 10 mM. Sin embargo, no hay requisitos
estrictos con respecto al metal, puesto que fue activa en presencia
de EDTA 5 mM. Estas mismas condiciones también fueron óptimas para
la enzima procedente los extractos brutos de MC58, 406Y y para las
enzimas recombinantes de MC58. La enzima natural estuvo en su mayor
parte asociada con la fracción de membrana celular (el 86% en el
sedimento de membrana celular tras la centrifugación a 100.000 x
g). Sin embargo, no se requirió detergente para determinar la
actividad y, de hecho, muchos detergentes comunes probados
inhibieron a la enzima, con la excepción de Triton
X-100 hasta el 0,2%. Usando este método no pudo
detectarse la actividad en las células M982B
L7.
L7.
Clonación y secuenciación del gen de
sialiltransferasa de N meningitidis MC58 - Usando el ensayo
EC-FIL (electroforesis capilar - fluorescencia
inducida por láser) se observó actividad sialiltransferasa una vez
de cinco cuando se infectó un cultivo de E. coli
XL1-Blue inducido por 2 mL de IPTG con 1000 ufp de
la librería genómica de N. meningitidis en \lambdaZAPII
(figura 1). La formación del pico de producto en el
electroferograma requirió la adición de CMP-Neu5Ac
y migró lo mismo que el pico de producto sensible a sialidasa
formado por la enzima natural. El pico en el electroferograma de la
EC corresponde a 20 atomoles (2 x 10^{-17} moles) de producto.
Los clones individuales que expresaban la sialiltransferasa se
obtuvieron mediante una estrategia de "divide y vencerás" que
selecciona secuencialmente grupos de 100 ufp de la librería
\lambdaZAPII de MC58, grupos de 5 ufp derivados del primer grupo
positivo y, finalmente, placas individuales sembradas a baja
densidad. La selección inicial dio 2 grupos positivos de 100 ufp de
36. A partir de uno de esos grupos se seleccionaron 60 grupos de 5
ufp y se obtuvieron 3 grupos positivos. De los grupos positivos de
5 ufp se obtuvieron muchos clones positivos individuales y se
encontró que los fagémidos pBluescript SK separados de ellos
llevaban un inserto de 2,1 kb.
El inserto de 2,0 kb se secuenció en ambas cepas
(número de acceso de GenBank U60660) y se llevó a cabo una búsqueda
BLASTX en GENEBANK con el fin de identificar cualquier homología
con los genes secuenciados anteriormente. Este análisis reveló dos
ORF parciales (nucleótidos 1-141 y nucleótidos
1825-2039) situados en extremos opuestos del
inserto de 2,1 kb que eran claramente homólogos con varias
isocitrato deshidrogenasas bacterianas (identidad del
60-85%) y varias proteínas citocromo c' bacterianas
(identidad del 43-63%), respectivamente. Un tercer
ORF (nucleótidos 573-1685) se denominó lst
(lipooligosacárido sialiltransferasa) y reveló homología
significativa con un gen de Haemophilus influenzae
denominado lsg-ORF2 (número de acceso de
GenBank M94855). La alineación por parejas entre los productos de la
traducción de lst y lsg-ORF2 indicó
que sus secuencias aa comparten el 29,3% de identidad y el 56,3% de
similitud.
El producto génico lst tiene dos codones
de iniciación potenciales. Es más probable que se use el segundo de
ellos, ya que la secuencia que sigue inmediatamente a este codón de
iniciación parece ser una secuencia líder no escindible (Nakai, K.,
et al. (1991) Proteins: Structure, function and
genetics 11, 95-110) y un sitio de unión a
ribosomas potencialmente muy bueno (AG-GGA) se
produce justo aguas arriba.
Comparación de genes de sialiltransferasa de
diferentes aislados de N. meningitidis y N. gonorrhoeae
- El aislamiento de los genes de N. meningitidis 406Y L3
(GenBank U60661, SEQ. ID. números 1 y 2), M982B L7 (GenBank U60663)
y N. gonorrhoeae F62 (GenBank U60664, SEQ. ID. números 3 y
4) se llevó a cabo con cebadores de PCR basados en el gen de MC58
L3 (GenBank U60660). Se encontraron 12 bases de diferencia, lo que
dio como resultado 5 diferencias de aminoácidos entre los 2 genes de
las cepas de inmunotipo L3 y 19 diferencias en el gen de M982B L7,
en comparación con MC58 y 12 diferencias en la secuencia de M982B
L7, en comparación con la de 406Y L3. El gen de M982B L7 contiene
una mutación de desplazamiento del marco de lectura en el
nucleótido 454 y, en consecuencia, codificaría para una proteína
truncada de sólo 151 aminoácidos.
El gen de N. gonorrhoeae F62 (SEQ. ID.
número 3) muestra diferencias en 63 nucleótidos en comparación con
N. meningitidis MC58, diferencias en 62 nucleótidos en
comparación con el gen 406Y L3 y 66 en comparación con el gen M982B
L7. Estas diferencias en la secuencia de ADN del gen de N.
gonorrhoeae F62 da como resultado diferencias en 16 ó 17
aminoácidos en la proteína, cuando se compara con MC58 L3 Y 406Y
L3, respectivamente.
Expresión del gen de sialiltransferasa -
La actividad enzimática en E. coli que lleva plásmidos pNST
pudo detectarse fácilmente y esta expresión del gen lst
dependía del vector derivado del promotor lac, puesto que no
hubo actividad enzimática detectable cuando se invirtió la
orientación del gen. Al menos hubo una actividad enzimática 30 veces
mayor en pNST0-01 que contenía clones en
comparación con las cepas L3 de N. meningitidis. Sin
embargo, la expresión del gen lst no fue lo suficientemente
elevada como para permitir la detección simple de una proteína
sobreexpresada por análisis SDS-PAGE. Por tanto, se
construyó un plásmido para introducir un péptido marcador de
inmunodetección c-myc en el extremo
C-terminal de la proteína. Cuando se usó este
plásmido para expresar el gen lst, se pudo detectar una
proteína inmunorreactiva con un M_{r} de 41.000, que es
ligeramente inferior al tamaño predicho del producto del gen
lst. También se observó que la enzima recombinante estaba
principalmente (en el 76%) en la fracción soluble de los extractos
celulares, a diferencia de la situación observada con los extractos
de N. meningitidis.
Especificidad por el aceptor de
sialiltransferasa de lst - El aceptor natural para esta enzima
es una secuencia terminal de
N-acetil-lactosamina en la rama de
lacto-N-neotetraosa del LOS de los inmunotipos L3. Se
encontró que la enzima usaría como aceptores los sacáridos
sintéticos:
FCHASE-fenilamino-LacNAc,
FCHASE-fenilamino-Lac y
FCHASE-fenilamino-Gal, a razones de
actividad de 1:0,29:0,03.
La disponibilidad de un ensayo enzimático
sumamente sensible jugó un papel decisivo en la posibilidad de
seleccionar clones que expresaran la
\alpha-2,3-sialiltransferasa de
N. meningitidis. El ensayo utiliza un aceptor de
glucosiltransferasa que es fácil de sintetizar y no requiere un
equipo de EC especialmente construido como se ha descrito
anteriormente para la detección ultrasensible de las reacciones de
glucosiltransferasa (Zhao, J.Y., et al. (1994)
Glycobiol., 4, 239-242). Los aceptores usados
en este estudio se obtuvieron a partir de glucósidos ampliamente
disponibles, y los fluoróforos y el equipo de EC utilizado estaban
comercialmente disponibles. Se pudieron detectar de manera
fidedigna cantidades en atomoles (10^{-18} moles) de productos de
reacción, lo que resultó más que adecuado para la selección de la
expresión de
\alpha-2,3-sialiltransferasa.
El gen lst de MC58 L3 se produce entre dos
genes no relacionados con la síntesis de LOS, la isocitrato
deshidrogenasa y el citocromo c', y no forma parte de un operón de
síntesis de LOS, a diferencia de otras glucosiltransferasas de LOS
procedentes de N. meningitidis (Jennings, M.P., et
al. (1995) Mol. Microbial. 18, 729-740).
Esto es similar a la situación con la
\alpha-2,8-polisialiltransferasa
de E. coli y N. meningitidis que participa en la
biosíntesis de la cápsula, aunque estos genes son adyacentes a
CMP-Neu5Ac sintetasa (Ganguli, S., et al.
(1994) J. Bacteriol. 176, 4583-9). Es
interesante especular que el gen lst se encuentra por sí
mismo como resultado de cierto tipo de acontecimiento de
transposición, aunque no se tienen pruebas de elementos de inserción
o secuencias similares a transposones que flanqueen el gen. El
análisis de la secuencia y las comparaciones de bases de datos
demostraron que este gen es distinto tanto a la familia de
\alpha-2,3-sialiltransferasa de
mamíferos como a la familia de
\alpha-2,3-sialiltransferasa
bacteriana, y las ácido
3-desoxi-\alpha-mano-octulosónico
transferasas bacterianas que transfieren un azúcar relacionado
también desde un donante de CMP. Sin embargo, se demostró que el
producto del gen lst era similar al producto del gen
lsg-02 de H. influenzae. Aunque se ha
demostrado que lsy-ORF2 participa en la
biosíntesis de LOS, puede no codificar para una
\alpha-2,3-sialiltransferasa, ya
que se notificó que participaba en la expresión de un epítopo de
Gal-GlcNAc LOS (McLaughlin, R., et al.,
(1992) J. Bacteriol. 174, 6455-6459). Para
la clonación del gen de N. gonorrhoeae se usó la cepa F62, ya
que se ha demostrado que es común a ambas especies (Jennings, M.P.,
et al. (1995) Mol. Microbial. 18,
729-740). Un examen del gen derivado de N.
gonorrhoeae F62 sólo muestra un pequeño número de diferencias,
lo que es similar a otras comparaciones de genes de biosíntesis de
LOS procedentes de N. meningitidis y N. gonorrhoeae
(Jennings, M.P., et al. (1995) Mol. Microbial. 18,
729-740).
La proteína codificada por el gen lst
parece tener un péptido señal no escindible y programas de
predicción asistidos por ordenador indican que la sialiltransferasa
es una proteína integral de la membrana interna. Los artículos
originales que describen la actividad sialiltransferasa tanto de
N. meningitidis como de N. gonorrhoeae indican que ST
podría ser una proteína externa de membrana, partiendo de la base
de que la actividad enzimática se extrae de las células completas
mediante una extracción con Triton X-100 (Mandrell,
R.E., et al. (1993) Microb. Pathog. 14,
315-327; Mandrell, R.E. et al. (1993)
Microb. Pathog. 14, 315-327). Se ha observado
que la actividad de los extractos de N. meningitidis
muestran asociación de la actividad con la fracción de membrana,
pero que en E. coli, la actividad parece ser en su mayoría
soluble.
El hecho de que este gen funcione en la
sialización de LOS se deduce de un examen de N. meningitidis
M982B L7, que parece ser un mutante de sialiltransferasa natural.
El gen de la sialiltransferasa derivado de esta cepa L7 contiene
una mutación de desplazamiento del marco de lectura en el nucleótido
454, lo que la hace inactiva en el plásmido recombinante que lo
lleva, lo que está de acuerdo con la observación de que la
actividad sialiltransferasa no puede detectarse en las células
M982b. Esta cepa produce la misma lacto-N-neotetraosa que
las cepas L3, pero no sializa su LOS. La especificidad por el
aceptor para la enzima L3 con aceptores sintéticos muestra una
fuerte preferencia por la
N-acetil-lactosamina sobre la
lactosa o la galactosa. Además, el producto de la reacción que usa
enzima de N. meningitidis y aceptor
FCHASE-LacNAc se determinó inequívocamente por RMN
que era
FCHASE-\alpha-2,3-sialil-acetil-lactosamina.
El nivel de expresión del gen recombinante es 50
- 100 U por litro de cultivo, basándose en ensayos con el aceptor
FCHASE-LacNac.
Este ejemplo describe experimentos que
investigaron adicionalmente la estructura y la especificidad de
\alpha-2,3-sialiltransferasa
recombinante de Neisseria meningitidis.
Métodos básicos de ADN recombinante - El
aislamiento del ADN del plásmido, las digestiones con enzimas de
restricción, la purificación de fragmentos de ADN para clonación,
los ligamientos y las transformaciones se realizaron según lo
recomendado por el proveedor de la enzima o por el fabricante del
kit usado para el procedimiento particular. Se realizó PCR con
polimerasa Pwo tal como describe el fabricante (Boehringer
Mannheim, Laval, Que.). Las enzimas de restricción y de modificación
del ADN se compraron de New England Biolabs LTD., Mississauga,
Ont.
Análisis de proteínas - La concentración
de proteínas se determinó usando el kit de ensayo de proteínas del
ácido bicinconínico de Pierce (Rockford, IL). Los análisis de
SDS-PAGE y Western blotting de las proteínas
transferidas a membranas de PVDF (fluoruro de polivinilideno) se
realizaron tal como se describió anteriormente, excepto en que el
anticuerpo primario fue un anticuerpo anti-His_{6}
de Invitrogen (San Diego, CA).
Construcción de expresión en plásmidos -
El gen completo de
\alpha-2,3-sialiltransferasa
procedente de N. meningitidis, así como 0,57 kb de la
secuencia aguas arriba, se amplificaron usando el cebador
"inverso" M13 habitual como el cebador en 3' y
SIALM-17R como el cebador en 5' (63 monómeros:
5'-CCTAG- GTCGAC TCATTAGTGGT
GATGGTGGTGATGATTTTTATCGTCAAATGTCAAAATCGGG-3'; el sitio SalI se muestra en cursiva y negrita; la secuencia que codifica para la cola de His_{6} está subrayada) y pNST-01 como la plantilla. El plásmido pNST-18 se construyó mediante la digestión del producto de la PCR con EcoRI y SalI y clonándolo en una versión modificada de pCWori+ (16), en el que se había eliminado el fragmento génico lacZ\alpha.
GATGGTGGTGATGATTTTTATCGTCAAATGTCAAAATCGGG-3'; el sitio SalI se muestra en cursiva y negrita; la secuencia que codifica para la cola de His_{6} está subrayada) y pNST-01 como la plantilla. El plásmido pNST-18 se construyó mediante la digestión del producto de la PCR con EcoRI y SalI y clonándolo en una versión modificada de pCWori+ (16), en el que se había eliminado el fragmento génico lacZ\alpha.
Producción y purificación de la
\alpha-2,3-sialiltransferasa -
Se utilizó un cultivo de E. coli BMH71-18
/pNST-18 para inocular un cultivo de 1 L que
contenía medio de cultivo Luria broth (10 g de triptona, 5 g de NaCl
y 10 g de extracto de levadura por litro) con 150 mg/L de
ampicilina. El cultivo de 1 L se dejó crecer durante la noche a
37ºC y se utilizó para inocular 20 L de medio de cultivo Terrific
broth (16 g de triptona, 24 g de extracto de levadura, 5 g de NaCl,
fosfato potásico 10 mM pH 7,4 y 0,8% de glicerol por litro) que
contenía 150 mg/L de ampicilina. El cultivo de 21 L se dejó crecer a
30ºC en un fermentador de 28 L New Brunswick Scientific (Edison,
NJ) hasta que A_{500} = 0,55 y después se indujo con IPTG 0,5 mM.
Las células se recogieron tras 17 horas, se concentraron por
ultrafiltración, se lavaron con NaCl al 0,85% y se centrifugaron.
La pasta de células (12 g en peso húmedo) se resuspendieron en 60
mL de Tris 20 mM pH 8 y los extractos celulares se prepararon usando
un disruptor celular Avestin C5 Emulsiflex (Avestin, Ottawa, Ont.)
Se añadió un cóctel inhibidor de proteasa (Complete^{MR} de
Boehringer Mannheim) al extracto, que se centrifugó dos veces a
20.000 x g (r_{max}) durante 30 min. El sobrenadante se
centrifugó 1 h a 205.800 x g (r_{max}) y el sedimento se
resuspendió en HEPES 10 mM pH 7, NaCl 0,5 M y Triton
X-100 al 0,2%. El sedimento resuspendido se agitó
durante 2 h a 4ºC y se volvió a centrifugar 1 h a 205.800 x g. El
sobrenadante se aplicó a dos columnas de 5 mL HiTrap Chelating
(Pharmacia Biotech) cargadas con Ni^{2+}, siendo la carga máxima
25 mg de proteína total en cada serie. Las columnas se revelaron
con gradiente de imidazol 60 - 800 mM en HEPES 10 mM (pH 7) que
contenía NaCl 0,5 M y Triton X-100 al 0,2%.
Análisis de la secuencia primaria de la
\alpha-2,3-sialiltransferasa -
La \alpha-2,3-sialiltransferasa
purificada, 500 Lg, se disolvió en guanidinio-HCl 6
M, Tris 100 mM pH 8,3, se redujo con DTT (ditiotreitol) (5
equiv./mol de tiol proteico) y se S-carboximetiló
con ácido yodoacético (10 equiv./mol de tiol proteico). La mezcla
de reacción se dializó entonces extensamente frente a agua. La
secuenciación automatizada de aminoácidos en fase gaseosa se
realizó en un sistema de secuenciación de proteínas de Applied
Biosystems (Foster City, CA) que incorporaba un secuenciador en fase
gaseosa modelo 470A equipado con un analizador on line modelo 120A
PTH bajo el control de un módulo de análisis de los datos y de
control modelo 900A. Para la escisión mediante CNBr, se disolvieron
100 \mug de
\alpha-2,3-sialiltransferasa
S-carboximetilada en 500 \muL de ácido fórmico al
88% (v/v) seguido por la adición de 50 \mug de CNBr. El vial de
reacción se purgó con argón, se selló y se incubó en la oscuridad
durante 24 h. Para la digestión con tripsina, se disolvieron 100
\mug de
\alpha-2,3-sialiltransferasa
S-carboximetilada en bicarbonato amónico 50 mM, pH
8,0. Se añadió tripsina de calidad de secuenciación (Boerhringer
Mannheim) en una razón 1 : 100 (p/p), y la mezcla se incubó durante
3 h a 37ºC, tras lo que se repitió la adición de tripsina y la
incubación. Los productos de escisión de CNBr y tripsínicos
liofilizados se disolvieron en 50 \muL de ácido trifluoroacético
al 0,1% y se fraccionaron en una columna de HPLC Synchropak de 1 mm
x 10 cm RP-8 (Keystone Scientific Inc., Bellefonte,
PA) usando un gradiente de acetonitrilo del 0 - 90% en ácido
trifluoroacético al 0,05% (v/v). El análisis de las masas se realizó
por infusión directa del efluente de HPLC en un espectrómetro de
masas cuadrupolar triple mediante electronebulización VG Quattro de
Fisons Instruments (Manchester, R.U.) con un intervalo de masas de
3500 uma/e.
Medición de la actividad sialiltransferasa y
estudio de los aceptores oligosacáridos - Se prepararon
oligosacáridos marcados con FCHASE tal como se describió
anteriormente, mientras que los oligosacáridos marcados con APTS se
prepararon mediante aminación reductiva de sacáridos reductores
según el método descrito por Guttman et al. (Anal.
Biochem 233:234 (1996)). El aceptor
Gal-\beta-APTS se derivó del
marcado de lactosa; el aceptor
Gal-\alpha-APTS se derivó del
marcado de melibiosa; el aceptor
N-acetil-lactosamina (LacNAc) se
sintetizó mediante marcado con APTS de quitobiosa, seguido por
modificación enzimática con \beta-galactosil
transferasa bovina para producir el resto de LacNAc; el aceptor
Gal-\alpha-1,4-Gal-\beta
se sintetizó enzimáticamente a partir de
\beta-Gal-APTS con la
\alpha-1,4-galactosiltransferasa
de N. meningitidis. Todos los productos de la aminación
reductiva se purificaron por cromatografía de permeación en gel en
columna Toyopearl HW4OF (Sigma-Aldrich) de 1,5 cm x
15 cm, usando agua como eluyente. Debe mencionarse que todas estas
moléculas tienen el anillo del azúcar reductor terminal abierto en
el proceso de marcado. Los APTS-sacáridos se
cuantificaron midiendo la A_{455}, y usando un coeficiente de
extinción de 17160 M^{-1}.cm^{-1}. Los oligosacáridos marcados
con TMR se prepararon tal como describe Zhao et al. (1994)
Glycobiology 4:239-242. Para los aceptores
marcados con TMR se usó un coeficiente de extinción de 80.000
M^{-1}.cm^{-1} para la cuantificación. La actividad
sialiltransferasa se midió rutinariamente usando
FCHASE-N-acetil-lactosamina
0,5 mM como aceptor y las condiciones del ensayo tal como se
describió anteriormente. Para la medición de los valores de K_{m},
y k_{cat}, los ensayos se realizaron con sacáridos marcados con
APTS a temperatura ambiente. Los ensayos se monitorizaron de manera
que para todas las concentraciones de aceptor, no se produjera más
de un 10% de conversión a producto. Los intervalos de
concentraciones de aceptor y donante se determinaron empíricamente,
después se utilizó un intervalo que abarcara de 0,2K_{m} hasta
5K_{m}, para obtener los valores. Los datos se examinaron usando
el paquete de software Grafit^{MR} 3.0 (Erithacus Software,
Londres, R.U.).
Las mezclas de reacción de los aceptores marcados
con FCHASE y APTS se analizaron mediante electroforesis capilar
realizada con un modelo P/ACE 5510 de Beckman Instruments
(Fullerton, CA) equipado con un detector de fluorescencia inducido
por láser de ión argón de 3 mW, \lambda de excitación = 488 nm,
\lambda de emisión = 520 nm. El capilar fue sílice sin recubrir de
75 \mu x 57 cm, con el detector a 50 cm. El capilar se
acondicionó antes de cada serie lavando con NaOH 0,2 M durante 2
minutos, agua durante 2 min y, o bien tampón fosfato de sodio 20 mM
pH 7,4 o bien tetraborato de sodio pH 9,3 durante 2 min. Las
muestras se introdujeron mediante inyección a presión durante 2 - 5
segundos y la separación se realizó a 18 kV, 75 \muA. La
integración de los picos se realizó con el software Beckman
PACE-Station (versión 1).
Las mezclas de reacción de los aceptores marcados
con TMR se analizaron mediante cromatografía en capa fina sobre
placas de CCF de sílice 60 (Merck) usando isopropanol /
1-butanol / HCl 0,1 M (2:1:1) como disolvente para
el revelado y una lámpara UV de 365 nm para la detección de los
productos.
Sialización de
FCHASE-tio-N-acetil-lactosamina
con ácido N-acetil-, N-propionil- y
N-glucolil-neuramínico - Las
mezclas de reacción de 50 \muL incluyeron 0,8 mM de aceptor, y 2
mM de Neu5Ac, Neu5Gc o Neu5Pr, en Tris 100 mM pH 7,5, DTT 0,2 mM,
MgCl_{2} 10 mM, CTP mM con 50 mU de pirofosfatasa inorgánica
(Sigma), 47 mU de CMP-Neu5Ac sintetasa y 5 mU de
\alpha-2,3-sialiltransferasa
purificada. Las mezclas de reacción se incubaron a 32ºC durante 90
min y la formación del producto fue seguida por análisis de CCF.
Las masas de los productos sializados se midieron en el modo de ion
negativo de un espectrómetro de masas cuadrupolar triple VG Quattro
(Fisons Instruments).
Síntesis preparativa de
Neu5Ac-\alpha-(2\rightarrow3)-Gal-\alpha-(1\rightarrow4)-Gal-\beta-FCHASE
- Una mezcla de reacción de 1,2 mL compuesta de
FCHASE-Lac 1,48 mM, UDP-Gal 2,0 mM,
en HEPES 50 mM pH 7,4, MnCl_{2} 10 mM, DTT 5 mM y 3 U (1 mg) de
\alpha-1,4-galactosiltransferasa
de N. meningitidis se incubó a temperatura ambiente durante
80 min, momento en el que la reacción apareció completa mediante
CCF (Wakarchuk, et al. (1996) J. Biol. Chem.
271:19166-19173). La mezcla de reacción se diluyó
entonces con agua hasta 20 ml y se desaló con cromatografía en fase
inversa SepPak C-18. El producto se eluyó en
acetonitrilo al 50% y se evaporó hasta la sequedad. La reacción de
\alpha-2,3-sialiltransferasa se
llevó a cabo en 1 ml de
FCHASE-Lac-Gal 2,4 mM, CTP 5 mM,
Neu5Ac 5 mM, en Tris-HCl 100 mM pH 7,5, MgCl_{2}
10 mM, MnCl_{2} 10 mM, DTT 0,2 mM y Triton X-100
al 0,1%, con 0,5 U de
\alpha-2,3-sialiltransferasa
(extracto Triton X-100 de preparación de membrana
de E. coli) y 2,5 U de CMP-Neu5Ac sintetasa.
Esta reacción se realizó a temperatura ambiente y se dejó continuar
durante 2 h, momento en el que la reacción se centrifugó para
eliminar un precipitado, y se añadieron otros 0,5 U de
\alpha-2,3-sialiltransferasa y la
reacción se dejó durante la noche. El producto se aisló de nuevo
mediante cromatografía SepPak y se purificó mediante CCF
preparativa, tal como se describió anteriormente (Wakarchuck, W.W.
et al. (1996) J. Biol. Chem.
271:19166-19173). El material se intercambió en
D_{2}O y se examinó mediante espectroscopia de RMN para el
análisis estructural.
Los datos de RMN se recogieron en un
espectrómetro Bruker AMX 500 usando software Bruker habitual, tal
como se describió anteriormente (Wakarchuk, W.W. et al.
(1996) J. Biol. Chem. 271:19166-19173). Una
parte de la muestra de RMN se usó para análisis de metilación. El
material liofilizado se metiló con yodometano en dimetilsulfóxido
que contenía una exceso de metilsuccinil-metanuro
de potasio, tal como se describió anteriormente (20), mientras que
la etapa de hidrólisis empleó ácido trifuoroacético 2 M.
Producción y purificación de la
\alpha-2,3-sialiltransferasa -
La \alpha-2,3-sialiltransferasa
de N. meningitidis se sobreexpresó en E. coli usando
un constructo (pNST-18) que incluía 0,57 kb de la
secuencia aguas arriba original, el gen estructural completo de una
secuencia en 5' que codifica para una cola de His_{6}. La
eliminación de la secuencia aguas arriba de 0,57 kb redujo la
producción de la
\alpha-2,3-sialiltransferasa en al
menos el 90% (datos no mostrados) y, en consecuencia, esta
secuencia se incluyó para la sobreexpresión, aunque los motivos de
este efecto no se han investigado. Un cultivo de 21 L de E.
coli BMH71-18 dio una producción de 750 U/L tras
17 h de inducción con IPTG. Cuando los homogenizados celulares se
fraccionaron en una secuencia de centrifugaciones de 20.000 x g y
205.800 x g, el 45% de la actividad
\alpha-2,3-sialiltransferasa se
encontró en el sedimento de 20.000 x g, el 50% de la actividad se
encontró en el sedimento de 205.800 x g y menos del 5% de la
actividad se encontró en el sobrenadante de 205.800 x g. El análisis
mediante SDS-PAGE (figura 1) seguido por detección
con un anticuerpo anti-His_{6}, confirmaron que
la \alpha-2,3-sialiltransferasa
estaba asociada con las membranas (sedimento de 205.800 x g) en
lugar de con la fracción soluble del extracto (sobrenadante de
205.800 x g).
Usando tampones que contenían Triton
X-100 al 0,2%, se pudo extraer el 60 - 70% de la
actividad asociada con las membranas. El análisis mediante
SDS-PAGE seguido por densitometría de barrido del
gel teñido con Coomassie indicó que la
\alpha-2,3-sialiltransferasa
representaba el 35% de la proteína total presente en el extracto de
Triton X-100 (figura 1). A partir de esto, se
calculó que la cantidad total de
\alpha-2,3-sialiltransferasa en el
extracto de un cultivo de 1 L era de \sim 250 mg. El extracto de
Triton X-100 se aplicó a una columna de IMAC
(cromatografía de afinidad por metales inmovilizados) y la
\alpha-2,3-sialiltransferasa se
eluyó en las fracciones que contenían imidazol entre 400 y 550 mM.
La \alpha-2,3-sialiltransferasa
purificada tenía una actividad específica de 1,44 U/mg y el
rendimiento en la purificación fue del 1,1% (tabla 1).
El análisis mediante SDS-PAGE de
la \alpha-2,3-sialiltransferasa
purificada mostró dos bandas con masa molecular aparente de 41 kDa
y 83 kDa, respectivamente. Dado que la secuencia de aminoácidos
deducida predice una masa de 43,4 kDa, se supone que la banda de 41
kDa es una forma monomérica de la
\alpha-2,3-sialiltransferasa,
mientras que la forma de 83 kDa sería una forma dimérica. La
densitometría de barrido del gel indicó que la forma monomérica y
la forma dimérica representaban el 90% y el 10%, respectivamente, de
la proteína purificada total. Ambas bandas se detectaron mediante
el anticuerpo anti-His_{6} y ambas fueron activas
cuando se cortaron partes no teñidas correspondientes del gel y se
renaturalizaron en tampón que contenía Triton X-100
al 0,2% y DTT 0,2 mM. En algunas de las preparaciones también hubo
una banda delgada de material de alto peso molecular que apenas
entró en el gel y que también reaccionó con el anticuerpo
anti-His_{6}.
Análisis de la secuencia primaria de la
\alpha-2,3-sialiltransferasa
purificada - La secuencia observada estaba de acuerdo con la
secuencia de aminoácidos deducida (SEQ. ID. Número 2, GenBank
U60660). La secuenciación de aminoácidos también indicó que la
mayor parte de la
\alpha-2,3-sialiltransferasa
recombinante tenía un extremo N-terminal procesado
como la secuencia principal que comenzaba con el segundo residuo
(Gly), mientras que una secuencia menos abundante (pero definida)
comenzaba con el residuo Met en el extremo
N-terminal.
La
\alpha-2,3-sialiltransferasa
reducida y S-carboximetilada también se escindió
usando CNBr (escisión de enlaces peptídicos adyacentes a Met) y
tripsina (escisión de enlaces peptídicos adyacentes a Lys y Arg).
Los péptidos se analizaron mediante
CL-ESI-EM (cromatografía de líquidos
- electronebulización - espectroscopia de masas) y las masas
observadas se compararon con las masas de una lista generada por
ordenador de todos los péptidos posibles obtenidos mediante
escisión con CNBr o tripsina. Los péptidos observados suponían el
95% de la secuencia de aminoácidos deducida e incluían los péptidos
N-terminal y C-terminal (CB3 y
CB14).
Propiedades enzimáticas - Mediante el uso
de aceptores marcados con APTS o FCHASE-LacNAc
(figura 2) se observó un pH óptimo de 6 para la
\alpha-2,3-sialiltransferasa
purificada. La actividad se estimulaba el triple por la presencia
de MgCl_{2} 20 mM y el cuádruple por la presencia de MnCl_{2}
20 mM, aunque estos metales no fueron factores esenciales, puesto
que la enzima todavía era activa en presencia de EDTA 5 mM. Aunque
MnCl_{2} proporcionó el mejor efecto estimulador en un ensayo a
corto plazo (5 min), la
\alpha-2,3-sialiltransferasa
precipitó en su presencia durante incubaciones a largo plazo (>
30 min). En consecuencia, se prefirió MgCl_{2} para la síntesis
preparativa. El DTT no tuvo efecto sobre la actividad cuando se
ensayó en el intervalo de 1 - 20 mM. Los nucleótidos CMP y CDP
fueron inhibitorios; una concentración de 1 mM de CMP produjo una
inhibición del 80% en un ensayo habitual, y la CDP produjo una
inhibición del 40% a la misma concentración.
Sialización de
FCHASE-N-acetil-lactosamina
con ácido N-acetil-, N-propionil- y
N-glucolil-neuramínico - La
capacidad de la
\alpha-2,3-sialiltransferasa para
usar donantes distintos a CMP-Neu5Ac se probó
usando reacciones acopladas con CMP-Neu5Ac sintetasa
de N. meningitidis para activar Neu5Gc o Neu5Pr en presencia
de CTP. Una reacción control con Neu5Ac dio la conversión completa
del aceptor (FCHASE-LacNAc) en 60 min, mientras que
la reacción con Neu5Pr tardó 90 min en alcanzar la finalización. La
reacción con Neu5Gc alcanzó una conversión superior al 90% tras 120
min de incubación. Los productos se analizaron mediante
espectrometría de masas y las masas observadas estuvieron dentro
del 0,1% de las masas esperadas, lo que confirma que en cada caso,
el aceptor se ha sializado con el análogo de ácido siálico esperado
(Neu5Ac, Neu5Gc o Neu5Pr).
Estudio de los aceptores oligosacáridos para
la
\alpha-2,3-sialiltransferasa -
La especificidad por el aceptor de la
\alpha-2,3-sialiltransferasa se
estudió primero cualitativamente usando varios oligosacáridos
marcados con fluoróforo que contenían un residuo de Gal terminal
(tabla II). El estudio de oligosacáridos marcados con FCHASE indicó
que la
\alpha-2,3-sialiltransferasa
puede usar Gal unido tanto en \alpha como en \beta como aceptor.
El Gal podía ser un glucoconjugado monosacárido, pero la enzima
también usará el Gal-\alpha cuando se una a
Gal-\beta(1\rightarrow4)-Glc-\beta
como en el antígeno P^{K} y el Gal-\beta cuando
se una a Glc o GlcNAc.
El hecho de que el ácido siálico fuera
\alpha-(2\rightarrow3) para el Gal-\alpha
cuando se usó FCHASE-P^{K} como el aceptor se
confirmó mediante análisis de metilación y a partir de una
asignación detallada de los espectros de RMN del producto de una
síntesis preparativa de este compuesto. La hidrólisis ácida de una
muestra permetilada de producto sializado dio aproximadamente una
cantidad molar igual de
2,4,6-tri-O-metil-Gal:2,3,6-tri-O-metil-Gal
y
2,3,6-tri-O-metil-Glc.
Esto indicó que el resto de oligosacárido contenía residuos de Gal
unidos en 3, de Gal unidos en 4 y de Glc unidos en 4. La asignación
completa de los espectros de RMN del producto sializado se logró
mediante experimentos de correlación de desplazamiento químico
^{1}H-^{1}H y ^{1}H-^{13}C
(tabla III). Los datos de desplazamiento químico concuerdan con la
estructura propuesta (Masoud, H. et al. (1997)
Biochemistry 36:2091-2103; los valores de
desplazamiento a campo bajo para las resonancias de
C-3 y H-3 de
Gal-\alpha en comparación con los análogos no
sustituidos [^{1}H: aproximadamente 0,2 ppm, ^{13}C:
aproximadamente 2,8 ppm, (Masoud, H. et al. (1997)
Biochemistry 36:2091-2103)] que son
indicativos de la unión
Neu5Ac-\alpha-(2-3)-Gal-\alpha,
fueron indicativos además de la aparición de un NOE entre los
protones H-3 de Neu5Ac y los residuos
Gal-\alpha.
El estudio de los oligosacáridos marcados con TMR
demostró que la
\alpha-2,3-sialiltransferasa puede
usar un Gal terminal que se une, o bien mediante
\beta-(1\rightarrow3) o \beta-(1\rightarrow4) a GlcNAc,
siempre que GlcNAc no esté sustituido con fucosa (por ejemplo,
Lewis X). La
\alpha-2,3-sialiltransferasa
también toleró azufre como átomo de unión, ya que se observó
formación de producto con
Gal-\beta-tio-FCHASE
y
Gal-\beta-(1\rightarrow4)-GlcNAc-\beta-tio-FCHASE.
Determinación de las constantes cinéticas
- Se encontró una K_{m} aparente de 20 \muM para el donante
CMP-Neu5Ac usando como aceptor, o bien
LacNAc-APTS (a 0,8 mM) o
lacto-N-neotetraosa-APTS (a 0,2 mM). No se
observó inhibición de sustrato significativa cuando la enzima se
ensayó con hasta CMP-Neu5Ac 1 mM. Mediante el uso de
una concentración de CMP-Neu5Ac de 200 \muM, se
determinaron las constantes cinéticas para varios oligosacáridos
marcados con APTS (tabla IV). La
\alpha-2,3-sialiltransferasa
mostró actividad comparable hacia los dos aceptores monosacáridos
(Gal unido en \alpha y en \beta). Se observó una disminución de
5,5 veces en la K_{cat}/K_{m} aparente cuando el Gal terminal
estaba unido en \alpha-(1\rightarrow4) a
Gal-\beta-(1\rightarrow4)-Glc-\beta.
Por otra parte, la K_{cat}/K_{m} aparente hacia el
Gal-\beta terminal aumentó 5 veces cuando se unió
en \beta-(1\rightarrow4) a GlcNAc(LacNAc) y en 10 veces
cuando el aceptor fue
lacto-N-neotetraosa. Sin embargo, la
K_{cat}/K_{m} aparente con Gal unido en
\beta-(1\rightarrow3) en la lacto-N-tetraosa fue
comparable a los aceptores monosacáridos y, en consecuencia, fue 10
veces inferior que el Gal unido en \beta-(1\rightarrow4) en la
lacto-N-neotetraosa.
Los exámenes de la especificidad por el aceptor
de varias
\alpha-2,3-sialiltransferasas de
mamífero han demostrado que son específicas para el azúcar
terminal, el azúcar contiguo al Gal terminal y la unión entre estos
dos azúcares (Kitagawa, H. et al. (1993) Biochem. Biophys.
Res. Commun. 194:375-382). Se determinó la
afinidad de la enzima bacteriana por varios aceptores para comparar
sus propiedades con las de sus equivalentes en mamíferos, y para
evaluar su idoneidad para su uso en la síntesis
quimio-enzimática. Los parámetros cinéticos
enzimáticos se midieron con sacáridos marcados con APTS que tenían
la ventaja de ser más solubles que los sacáridos marcados con
FCHASE y que todavía eran adecuados para el ensayo ultrasensible
que usa electroforesis capilar y detección de fluorescencia
inducida por láser. Se observó que la enzima bacteriana estaba
influida por las uniones al penúltimo azúcar, pero que modificaría
un Gal terminal que estuviera unido en \alpha, o bien a Gal o a
aglucona. El número de recambio y la constante de especificidad de
tales aceptores (tabla IV) demuestran que se usan razonablemente
bien.
Los valores de K_{m} y k_{cat} aparentes para
los otros aceptores indicaron que la
\alpha-2,3-sialiltransferasa tenía
actividad que concordaba con qué oligosacáridos están presentes
como aceptores en el LOS original de inmunotipo L3. Por tanto, tal
como podría predecirse, la lacto-N-neotetraosa mostró la
k_{cat}/K_{m} más alta, mientras que el disacárido LacNAc fue
casi tan específico. La
\alpha-2,3-sialiltransferasa
también puede unirse a lacto-N-tetraosa, pero como el Gal
terminal se une en \beta-(1\rightarrow3), la actividad es 10
veces inferior que con la lacto-N-neotetraosa. Las
\alpha-2,3-sialiltransferasas de
mamífero también pueden usar Gal unido en \beta-(1\rightarrow3)
y \beta-(1\rightarrow4), pero algunas tienen preferencia por
Gal-\beta-(1\rightarrow3), mientras que otras
tienen preferencia por Gal-\beta-(1\rightarrow4)
y una razón de actividades similar a la observada con la enzima
bacteriana (Kitagawa, H. et al. (1994) J. Biol. Chem.
269:1394-1401).
Se ha demostrado que algunas
sialil-transferasas de mamífero pueden usar
análogos diferentes de los donantes de ácido siálico y esta
propiedad puede usarse para sintetizar oligosacáridos sializados
con actividad biológica modificada (Higa, H.H. et al. (1985)
J. Biol. Chem. 260:8838-8849; Zou, W. et
al. (1996) Carbohydr. Res. 296:209-228).
Usando reacciones acopladas con CMP-Neu5Ac
sintetasa de N. meningitidis, se encontró que la
\alpha-2,3-sialiltransferasa de
N. meningitidis podía usar donantes alternativos, tales como
Neu5Pr y Neu5Gc, aunque a tasas inferiores que con Neu5Ac.
El estudio cualitativo de los oligosacáridos
aceptores demostró que la
\alpha-2,3-sialiltransferasa de
N. meningitidis tolerará azufre como átomo de unión, tanto
en el caso de un aceptor monosacárido
(\beta-Gal-tio-FCHASE)
como en el caso de un disacárido
(Gal-\beta-(1\rightarrow4)-GlcNAc-\beta-tio-FCHASE).
Esta propiedad será útil para sintetizar oligosacáridos activados
para usarse como donantes en las síntesis químicas (Rademann, J.
et al. (1996), Tetrahedron Lett.
37:3989-3990).
La
\alpha-2,3-sialiltransferasa
purificada requirió la presencia de Triton X-100
para mantenerse en disolución y tenía una tendencia a precipitar
cuando se concentraba por encima de 1 mg/mL (de 1 a 2 U/mL) por
ultrafiltración. Los intentos para separar la forma dimérica de la
forma monomérica mediante filtración en gel fracasaron, puesto que
ambas formas eluían en un único pico muy ancho, mientras que el
rendimiento general fue muy bajo. Se sabe que la
\alpha-2,3-sialiltransferasa
purificada tiende a formar agregados y pueden perderse fácilmente
mediante absorción no específica, incluso en presencia de
detergente. De hecho, la
\alpha-2,3-sialiltransferasa de
Neisseria nunca se ha purificado de una fuente natural y el
bajo rendimiento de purificación obtenido a partir de un sistema de
sobreexpresión sugiere por qué la purificación de esta enzima a
partir de una fuente natural es muy difícil. La localización exacta
(membrana interna o externa) no se ha determinado
experimentalmente, pero no hay duda de que la
\alpha-2,3-sialiltransferasa está
asociada a las membranas, tanto en Neisseria como cuando se
sobreexpresa en E. coli.
Los ejemplos anteriores se proporcionan para
ilustrar la invención, pero no para limitar su alcance. Otras
variantes de la invención serán fácilmente evidentes para un
experto habitual en la técnica y están englobadas por las
reivindicaciones adjuntas. Todas las publicaciones, patentes y
solicitudes de patente citadas en el presente documento se
incorporan aquí como referencia para todos los efectos.
a = unión de aminohexiltio a FCHASE | |
b = unión de fenilamino a FCHASE | |
c = unión de hidracinocarboniloctil (Lemieux) a TMR |
\dotable{\tabskip\tabcolsep#\hfil\tabskip0ptplus1fil\dddarstrut\cr}{ \begin{minipage}[t]{140mm} ^{a} Los desplazamientos químicos de primer orden medidos a 37ºC en D _{2} O tienen como referencia la resonancia de metilo de la acetona (2,225 ppm para ^{1} H y 31,07 ppm para ^{13} C). Para cada residuo de azúcar se registran los datos de ^{1} H en la columna de la izquierda y los datos de ^{13} C en la columna de la derecha. Dentro del error experimental, los datos de desplazamiento químico para el resto de amida del ácido fenilamino-(6-5-(fluoresceín-carboxamido)-hexanoico son los mismos que los notificados anteriormente (9). \end{minipage} \cr}
- \text{*}Este azúcar es el sitio de aminación reductiva con APTS y, por tanto, el anillo está abierto.
SEQ. ID. números 1 y 2 | |
LOCUS | NMU60661 1116 pb ADN BCT 15-SEP-1996 |
DEFINICIÓN | Gen de la \alpha-2,3-sialiltransferasa de Neisseria meningitidis, completo |
cds. | |
ACCESO | U60661 |
PALABRAS CLAVE | |
FUENTE | Neisseria meningitidis |
\hskip0,2cm ORGANISMO | Neisseria meningitidis |
Eubacteria; Proteobacteria; subdivisión beta; Neisseriaceae; Neisseria | |
REFERENCIA | 1 (bases 1 a 1116) |
\hskip0,2cm AUTORES | Gilbert, M., Watson, D.C., Cunningham, A. -M., Jennings, M.P., Young, N.M. y Wakarchuck, |
W.W. | |
\hskip0,2cm TÍTULO | Cloning of the lipooligosaccharide \alpha-2,3-sialyltransferase from the bacterial pathogens Neisseria |
meningitidis and Neisseria gonorrhoeae | |
\hskip0,2cm REVISTA | No publicado |
REFERENCIA | 2 (bases 1 a 1116) |
\hskip0,2cm AUTORES | Gilbert, M., Michniewicz, J.J., Watson, D.C. y Wakarchuck, W.W. |
\hskip0,2cm TÍTULO | Presentación directa |
\hskip0,2cm REVISTA | Presentado (13-JUN-1996) Institute for Biological Sciences, National Research Council of Cana- |
da, 100 Sussex Drive, Ottawa, Ontario K1A OR6, Canadá | |
CARACTERÍSTICAS | \hskip1cm Localización / Clasificadores |
\hskip1,4cm fuente | \hskip1cm 1..1116 |
\hskip1cm /organismo = "Neisseria meningitidis" | |
\hskip1cm /cepa = "406Y, NRCC 4030" | |
\hskip1cm /nota = "Tipo de cápsula: Y; tipo de lipooligosacárido: L3" | |
\hskip1,4cm CDS | \hskip1cm 1..1116 |
\hskip1cm /nota = "La actividad del producto génico se determinó experimentalmente" | |
\hskip1cm /codón_inicio = 1 | |
\hskip1cm /traduc_tabla = 11 | |
\hskip1cm /producto = "alfa-2,3-sialiltransferasa" | |
SEQ. ID. número 1 | |
RECUENTO DE BASES | 306 a \hskip1cm 231 c \hskip1cm 292 g \hskip1cm 287 t |
ORIGEN | |
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
SEQ. ID. número 2
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
SEQ. ID. números 3 y 4 | |
LOCUS | NGU60664 1116 pb ADN BCT 15-SEP-1996 |
DEFINICIÓN | Gen de la alfa-2,3-sialiltransferasa de Neisseria gonorrhoeae, completo |
cds. | |
ACCESO | U60664 |
PALABRAS CLAVE | |
FUENTE | Neisseria gonorrhoeae |
\hskip0,2cm ORGANISMO | Neisseria gonorrhoeae |
Eubacteria; Proteobacteria; subdivisión beta; Neisseriaceae; Neisseria | |
REFERENCIA | 1 (bases 1 a 1116) |
\hskip0,2cm AUTORES | Gilbert, M., Watson, D.C., Cunningham, A. -M., Jennings, M.P., Young, N.M. y Wakarchuck, |
W.W. | |
\hskip0,2cm TÍTULO | Cloning of the lipooligosaccharide alpha-2,3-sialyltransferase from the bacterial pathogens |
Neisseria meningitidis and Neisseria gonorrhoeae | |
\hskip0,2cm REVISTA | No publicado |
REFERENCIA | 2 (bases 1 a 1116) |
\hskip0,2cm AUTORES | Gilbert, M., Michniewicz, J.J., Watson, D.C. y Wakarchuck, W.W. |
\hskip0,2cm TÍTULO | Presentación directa |
\hskip0,2cm REVISTA | Presentado (13-JUN-1996) Institute for Biological Sciences, National Research Council of |
Canada, 100 Sussex Drive, Ottawa, Ontario K1A OR6, Canadá |
CARACTERÍSTICAS | \hskip1cm Localización / Clasificadores |
\hskip1,4cm fuente | \hskip1cm 1..1116 |
\hskip1cm /organismo = "Neisseria gonorrhoeae" | |
\hskip1cm /cepa = "F62" | |
\hskip1,4cm CDS | \hskip1cm 1..1116 |
\hskip1cm /nota = "La actividad del producto génico se determinó experimentalmente" | |
\hskip1cm /codón_inicio = 1 | |
\hskip1cm /traduc_tabla = 11 | |
\hskip1cm /producto = "alfa-2,3-sialiltransferasa" | |
SEQ. ID. número 3 | |
RECUENTO DE BASES | 299a \hskip1cm 232c \hskip1cm 301g \hskip1cm 284t |
ORIGEN |
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
\newpage
SEQ. ID. número 4
\vskip1.000000\baselineskip
Claims (40)
1. Molécula aislada de ácido nucleico que
comprende una secuencia polinucleotídica que codifica para un
polipéptido \alpha2,3-sialiltransferasa y que
hibrida con el ácido nucleico de la SEQ. ID. número 1 en una
disolución que contiene ion Na^{+} 1,0 M, pH 7,0 - 8,3, a una
temperatura de 60ºC.
2. Ácido nucleico según la reivindicación 1, en
el que la secuencia polinucleotídica codifica para un polipéptido
\alpha2,3-sialiltransferasa que tiene un peso
molecular de aproximadamente 40 kD.
3. Molécula de ácido nucleico según la
reivindicación 1, en la que la secuencia polinucleotídica codifica
para una \alpha2,3-sialiltransferasa, tal como se
muestra en la SEQ. ID. número 2.
4. Molécula de ácido nucleico según la
reivindicación 1, en la que la secuencia polinucleotídica es tal
como se muestra en la SEQ. ID. número 1.
5. Molécula de ácido nucleico según la
reivindicación 1, en la que la molécula de ácido nucleico se aísla
de Neisseria meningitidis.
6. Molécula de ácido nucleico según la
reivindicación 1, que comprende además una secuencia de promotor
unida funcionalmente a la secuencia polinucleotídica.
7. Molécula de ácido nucleico según la
reivindicación 6, en la que la secuencia polinucleotídica está
unida además a una segunda secuencia polinucleotídica que codifica
para un segundo polipéptido.
8. Molécula de ácido nucleico según la
reivindicación 6, en la que el promotor es activo en células
eucariotas.
9. Molécula de ácido nucleico según la
reivindicación 6, en la que el promotor es activo en células
procariotas.
10. Molécula de ácido nucleico según la
reivindicación 9, en la que el promotor es activo en E.
coli.
11. Molécula aislada de ácido nucleico que
codifica para un polipéptido
\alpha2,3-sialiltransferasa que tiene una
secuencia tal como se muestra en la SEQ. ID. número 2.
12. Molécula aislada de ácido nucleico que
comprende una secuencia polinucleotídica que codifica para un
polipéptido \alpha2,3-sialiltransferasa y que
hibrida con el ácido nucleico de la SEQ. ID. número 3 en una
disolución que contiene ion Na^{+} 1,0 M, pH 7,0 - 8,3, a una
temperatura de 60ºC.
13. Ácido nucleico según la reivindicación 12, en
el que la secuencia polinucleotídica codifica para un polipéptido
\alpha2,3-sialiltransferasa que tiene un peso
molecular de aproximadamente 40 kD.
14. Molécula de ácido nucleico según la
reivindicación 12, en la que la secuencia polinucleotídica codifica
para una \alpha2,3-sialiltransferasa, tal como se
muestra en la SEQ. ID. número 4.
15. Molécula de ácido nucleico según la
reivindicación 12, en la que la secuencia polinucleotídica es tal
como se muestra en la SEQ. ID. número 3.
16. Molécula de ácido nucleico según la
reivindicación 12, en la que la molécula de ácido nucleico se aísla
de Neisseria gonorrhoeae.
17. Molécula de ácido nucleico según la
reivindicación 12, que comprende además una secuencia de promotor
unida funcionalmente a la secuencia polinucleotídica.
18. Molécula de ácido nucleico según la
reivindicación 12, en la que la secuencia polinucleotídica está
unida además a una segunda secuencia polinucleotídica que codifica
para un segundo polipéptido.
19. Molécula de ácido nucleico según la
reivindicación 17, en la que el promotor es activo en células
eucariotas.
20. Molécula de ácido nucleico según la
reivindicación 17, en la que el promotor es activo en células
procariotas.
21. Molécula de ácido nucleico según la
reivindicación 20, en la que el promotor es activo en E.
coli.
22. Molécula aislada de ácido nucleico que
codifica para un polipéptido
\alpha2,3-sialiltransferasa que tiene una
secuencia tal como se muestra en la SEQ. ID. número 4.
23. Célula que comprende un cassette de expresión
recombinante que contiene un promotor funcionalmente unido a una
secuencia polinucleotídica que codifica para un polipéptido
\alpha2,3-sialiltransferasa y que hibrida con el
ácido nucleico de la SEQ. ID. número 1 o la SEQ. ID. número 3 en
una disolución que contiene ion Na^{+} 1,0 M, pH 7,0 - 8,3, a una
temperatura de 60ºC.
24. Célula según la reivindicación 23, en la que
la célula es una célula procariota.
25. Célula según la reivindicación 23, en la que
la célula es E. coli.
26. Célula según la reivindicación 23, en la que
la célula es una célula eucariota.
27. Célula según la reivindicación 23, en la que
la secuencia polinucleotídica es la SEQ. ID. número 1.
28. Célula según la reivindicación 23, en la que
la secuencia polinucleotídica es la SEQ. ID. número 3.
29. Polipéptido
\alpha2,3-sialiltransferasa aislado que tiene una
secuencia idéntica en al menos el 80% a la SEQ. ID. número 2.
30. Polipéptido
\alpha2,3-sialiltransferasa según la
reivindicación 29 que tiene un peso molecular de aproximadamente 40
kD.
31. Polipéptido
\alpha2,3-sialiltransferasa según la
reivindicación 29 que tiene una secuencia tal como se muestra en la
SEQ. ID. número 2.
32. Polipéptido
\alpha2,3-sialiltransferasa aislado que tiene una
secuencia idéntica en al menos el 80% a la SEQ. ID. número 4.
33. Polipéptido
\alpha2,3-sialiltransferasa según la
reivindicación 32 que tiene un peso molecular de aproximadamente 40
kD.
34. Polipéptido
\alpha2,3-sialiltransferasa según la
reivindicación 32 que tiene una secuencia tal como se muestra en la
SEQ. ID. número 4.
35. Método de añadir un residuo de ácido siálico
a una molécula aceptora que comprende un residuo de galactosa
terminal, comprendiendo el método poner en contacto la molécula
aceptora con una molécula de ácido siálico activado y una
\alpha2,3-sialiltransferasa que tiene una
secuencia idéntica en al menos el 80% a la SEQ. ID. número 2 o a la
SEQ. ID. número 4.
36. Método según la reivindicación 35, en el que
el residuo de galactosa terminal está unido a través de una unión
\alpha a un segundo residuo en la molécula aceptora.
37. Método según la reivindicación 35, en el que
el residuo de galactosa terminal está unido a través de una unión
\beta a un segundo residuo en la molécula aceptora.
38. Método según la reivindicación 37, en la que
la unión es una unión \beta1,4.
39. Método según la reivindicación 37, en la que
la unión es una unión \beta1,3.
40. Método según la reivindicación 35, en la que
el ácido siálico activado es CMP-Neu5Ac.
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