EA037050B1 - Новые пептиды и комбинации пептидов и каркасы для применения в иммунотерапии почечноклеточной карциномы (пкк) и других видов рака - Google Patents
Новые пептиды и комбинации пептидов и каркасы для применения в иммунотерапии почечноклеточной карциномы (пкк) и других видов рака Download PDFInfo
- Publication number
- EA037050B1 EA037050B1 EA201791950A EA201791950A EA037050B1 EA 037050 B1 EA037050 B1 EA 037050B1 EA 201791950 A EA201791950 A EA 201791950A EA 201791950 A EA201791950 A EA 201791950A EA 037050 B1 EA037050 B1 EA 037050B1
- Authority
- EA
- Eurasian Patent Office
- Prior art keywords
- cancer
- peptide
- cell
- cells
- peptides
- Prior art date
Links
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 title claims abstract description 529
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 title claims abstract description 280
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 title claims abstract description 227
- 238000009169 immunotherapy Methods 0.000 title abstract description 11
- 208000006265 Renal cell carcinoma Diseases 0.000 title description 74
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 claims abstract description 203
- 102000016266 T-Cell Antigen Receptors Human genes 0.000 claims abstract description 129
- 108091008874 T cell receptors Proteins 0.000 claims abstract description 128
- 210000001744 T-lymphocyte Anatomy 0.000 claims abstract description 118
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims abstract description 101
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 96
- 108700018351 Major Histocompatibility Complex Proteins 0.000 claims abstract description 80
- 230000020382 suppression by virus of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I Effects 0.000 claims abstract description 79
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 claims abstract description 59
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims abstract description 59
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims abstract description 51
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims abstract description 46
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims abstract description 46
- 229960005486 vaccine Drugs 0.000 claims abstract description 35
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims abstract description 30
- 230000005975 antitumor immune response Effects 0.000 claims abstract description 6
- 239000000427 antigen Substances 0.000 claims description 82
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 claims description 82
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 claims description 82
- 201000001441 melanoma Diseases 0.000 claims description 81
- 206010006187 Breast cancer Diseases 0.000 claims description 58
- 208000026310 Breast neoplasm Diseases 0.000 claims description 57
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 claims description 55
- 206010009944 Colon cancer Diseases 0.000 claims description 53
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 claims description 51
- 238000011282 treatment Methods 0.000 claims description 49
- 206010060862 Prostate cancer Diseases 0.000 claims description 36
- 208000000236 Prostatic Neoplasms Diseases 0.000 claims description 35
- 125000003275 alpha amino acid group Chemical group 0.000 claims description 35
- 206010017758 gastric cancer Diseases 0.000 claims description 32
- 210000000612 antigen-presenting cell Anatomy 0.000 claims description 30
- 208000005718 Stomach Neoplasms Diseases 0.000 claims description 28
- 201000011549 stomach cancer Diseases 0.000 claims description 28
- 208000001333 Colorectal Neoplasms Diseases 0.000 claims description 27
- 206010033128 Ovarian cancer Diseases 0.000 claims description 27
- 208000000461 Esophageal Neoplasms Diseases 0.000 claims description 26
- 206010030155 Oesophageal carcinoma Diseases 0.000 claims description 26
- 201000004101 esophageal cancer Diseases 0.000 claims description 26
- 206010061535 Ovarian neoplasm Diseases 0.000 claims description 25
- 206010061902 Pancreatic neoplasm Diseases 0.000 claims description 24
- 208000020816 lung neoplasm Diseases 0.000 claims description 24
- 201000002528 pancreatic cancer Diseases 0.000 claims description 24
- 208000015486 malignant pancreatic neoplasm Diseases 0.000 claims description 23
- 208000008443 pancreatic carcinoma Diseases 0.000 claims description 23
- 206010058467 Lung neoplasm malignant Diseases 0.000 claims description 22
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 claims description 22
- 201000005202 lung cancer Diseases 0.000 claims description 22
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 claims description 21
- 239000008194 pharmaceutical composition Substances 0.000 claims description 20
- 239000003446 ligand Substances 0.000 claims description 18
- 208000003174 Brain Neoplasms Diseases 0.000 claims description 17
- 210000004443 dendritic cell Anatomy 0.000 claims description 15
- 208000014018 liver neoplasm Diseases 0.000 claims description 14
- 201000007270 liver cancer Diseases 0.000 claims description 13
- 230000002018 overexpression Effects 0.000 claims description 13
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 claims description 12
- 208000032839 leukemia Diseases 0.000 claims description 12
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 claims description 11
- 238000002955 isolation Methods 0.000 claims description 8
- 102000006354 HLA-DR Antigens Human genes 0.000 claims description 7
- 108010058597 HLA-DR Antigens Proteins 0.000 claims description 7
- 238000012258 culturing Methods 0.000 claims description 7
- 239000003085 diluting agent Substances 0.000 claims description 7
- 239000001963 growth medium Substances 0.000 claims description 7
- 239000012931 lyophilized formulation Substances 0.000 claims description 6
- 125000001429 N-terminal alpha-amino-acid group Chemical group 0.000 claims description 5
- 108010028930 invariant chain Proteins 0.000 claims description 5
- 239000004480 active ingredient Substances 0.000 claims description 3
- 239000003937 drug carrier Substances 0.000 claims description 3
- 210000000822 natural killer cell Anatomy 0.000 claims description 2
- 239000012528 membrane Substances 0.000 claims 2
- 230000027455 binding Effects 0.000 abstract description 44
- 230000001024 immunotherapeutic effect Effects 0.000 abstract description 6
- 238000012546 transfer Methods 0.000 abstract description 6
- 239000008186 active pharmaceutical agent Substances 0.000 abstract description 3
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 93
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 description 83
- 241000282414 Homo sapiens Species 0.000 description 65
- 210000004185 liver Anatomy 0.000 description 56
- 235000018102 proteins Nutrition 0.000 description 53
- 210000004072 lung Anatomy 0.000 description 52
- 235000001014 amino acid Nutrition 0.000 description 51
- 229940024606 amino acid Drugs 0.000 description 49
- 210000001672 ovary Anatomy 0.000 description 47
- 210000000496 pancreas Anatomy 0.000 description 46
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 39
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 36
- 208000002495 Uterine Neoplasms Diseases 0.000 description 35
- 206010046766 uterine cancer Diseases 0.000 description 35
- 208000015914 Non-Hodgkin lymphomas Diseases 0.000 description 33
- 206010073071 hepatocellular carcinoma Diseases 0.000 description 32
- 239000013598 vector Substances 0.000 description 32
- 210000003238 esophagus Anatomy 0.000 description 30
- 231100000844 hepatocellular carcinoma Toxicity 0.000 description 30
- 210000000664 rectum Anatomy 0.000 description 30
- 206010005003 Bladder cancer Diseases 0.000 description 29
- 208000007097 Urinary Bladder Neoplasms Diseases 0.000 description 29
- 201000005112 urinary bladder cancer Diseases 0.000 description 29
- 208000022072 Gallbladder Neoplasms Diseases 0.000 description 28
- 108091054437 MHC class I family Proteins 0.000 description 28
- 208000006990 cholangiocarcinoma Diseases 0.000 description 28
- 201000010175 gallbladder cancer Diseases 0.000 description 28
- 206010004593 Bile duct cancer Diseases 0.000 description 27
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 27
- 208000026900 bile duct neoplasm Diseases 0.000 description 26
- 210000001072 colon Anatomy 0.000 description 26
- 230000001965 increasing effect Effects 0.000 description 26
- 210000004881 tumor cell Anatomy 0.000 description 26
- 208000031261 Acute myeloid leukaemia Diseases 0.000 description 25
- 210000004556 brain Anatomy 0.000 description 25
- 230000000875 corresponding effect Effects 0.000 description 25
- 108091054438 MHC class II family Proteins 0.000 description 23
- 239000013604 expression vector Substances 0.000 description 23
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 23
- 239000002671 adjuvant Substances 0.000 description 22
- 230000028993 immune response Effects 0.000 description 21
- 125000000539 amino acid group Chemical group 0.000 description 20
- 210000002307 prostate Anatomy 0.000 description 20
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 20
- 210000000265 leukocyte Anatomy 0.000 description 19
- 206010041067 Small cell lung cancer Diseases 0.000 description 18
- 238000011161 development Methods 0.000 description 18
- 230000018109 developmental process Effects 0.000 description 18
- 210000005075 mammary gland Anatomy 0.000 description 18
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 description 18
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 description 18
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 description 18
- 102000008949 Histocompatibility Antigens Class I Human genes 0.000 description 17
- 102000018713 Histocompatibility Antigens Class II Human genes 0.000 description 17
- 102000043129 MHC class I family Human genes 0.000 description 17
- 108091023037 Aptamer Proteins 0.000 description 16
- 208000010839 B-cell chronic lymphocytic leukemia Diseases 0.000 description 16
- 208000029742 colonic neoplasm Diseases 0.000 description 16
- 210000002784 stomach Anatomy 0.000 description 16
- IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N Dimethylsulphoxide Chemical compound CS(C)=O IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 15
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 15
- 230000005847 immunogenicity Effects 0.000 description 15
- 230000004044 response Effects 0.000 description 15
- 102100028972 HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain Human genes 0.000 description 14
- 108010075704 HLA-A Antigens Proteins 0.000 description 14
- 208000008839 Kidney Neoplasms Diseases 0.000 description 14
- 208000031422 Lymphocytic Chronic B-Cell Leukemia Diseases 0.000 description 14
- 230000005867 T cell response Effects 0.000 description 14
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 14
- 208000032852 chronic lymphocytic leukemia Diseases 0.000 description 14
- 230000003247 decreasing effect Effects 0.000 description 14
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 13
- -1 IGLJ3 Proteins 0.000 description 13
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 13
- 210000002429 large intestine Anatomy 0.000 description 13
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 13
- 208000002154 non-small cell lung carcinoma Diseases 0.000 description 13
- 239000000047 product Substances 0.000 description 13
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 13
- 230000004083 survival effect Effects 0.000 description 13
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 description 12
- 239000000090 biomarker Substances 0.000 description 12
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 12
- 230000006870 function Effects 0.000 description 12
- 208000005017 glioblastoma Diseases 0.000 description 12
- 238000001727 in vivo Methods 0.000 description 12
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 12
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 12
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 12
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 description 12
- 208000030808 Clear cell renal carcinoma Diseases 0.000 description 11
- 102000004127 Cytokines Human genes 0.000 description 11
- 108090000695 Cytokines Proteins 0.000 description 11
- 102100039620 Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor Human genes 0.000 description 11
- 240000004808 Saccharomyces cerevisiae Species 0.000 description 11
- 235000014680 Saccharomyces cerevisiae Nutrition 0.000 description 11
- 239000002585 base Substances 0.000 description 11
- 210000000481 breast Anatomy 0.000 description 11
- 206010073251 clear cell renal cell carcinoma Diseases 0.000 description 11
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 11
- 210000004698 lymphocyte Anatomy 0.000 description 11
- 108060003951 Immunoglobulin Proteins 0.000 description 10
- 102000043131 MHC class II family Human genes 0.000 description 10
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 10
- 108010038807 Oligopeptides Proteins 0.000 description 10
- 102000015636 Oligopeptides Human genes 0.000 description 10
- 206010038389 Renal cancer Diseases 0.000 description 10
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 10
- 210000001151 cytotoxic T lymphocyte Anatomy 0.000 description 10
- 239000012636 effector Substances 0.000 description 10
- 210000000987 immune system Anatomy 0.000 description 10
- 102000018358 immunoglobulin Human genes 0.000 description 10
- 230000001939 inductive effect Effects 0.000 description 10
- 201000010982 kidney cancer Diseases 0.000 description 10
- 239000000463 material Substances 0.000 description 10
- 201000011330 nonpapillary renal cell carcinoma Diseases 0.000 description 10
- 108010017213 Granulocyte-Macrophage Colony-Stimulating Factor Proteins 0.000 description 9
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 9
- 210000004899 c-terminal region Anatomy 0.000 description 9
- 230000002163 immunogen Effects 0.000 description 9
- 230000002611 ovarian Effects 0.000 description 9
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 9
- 208000029729 tumor suppressor gene on chromosome 11 Diseases 0.000 description 9
- 206010027476 Metastases Diseases 0.000 description 8
- 230000004913 activation Effects 0.000 description 8
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 8
- 238000009472 formulation Methods 0.000 description 8
- 210000002443 helper t lymphocyte Anatomy 0.000 description 8
- 238000004949 mass spectrometry Methods 0.000 description 8
- 201000008129 pancreatic ductal adenocarcinoma Diseases 0.000 description 8
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 description 8
- 206010008342 Cervix carcinoma Diseases 0.000 description 7
- 108010047041 Complementarity Determining Regions Proteins 0.000 description 7
- 108010007712 Hepatitis A Virus Cellular Receptor 1 Proteins 0.000 description 7
- 102100034459 Hepatitis A virus cellular receptor 1 Human genes 0.000 description 7
- 241000238631 Hexapoda Species 0.000 description 7
- 241000699670 Mus sp. Species 0.000 description 7
- 206010029260 Neuroblastoma Diseases 0.000 description 7
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 7
- 102000017794 Perilipin-2 Human genes 0.000 description 7
- 108010067163 Perilipin-2 Proteins 0.000 description 7
- 208000006105 Uterine Cervical Neoplasms Diseases 0.000 description 7
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 7
- 201000010881 cervical cancer Diseases 0.000 description 7
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 7
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 7
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 7
- 108020001507 fusion proteins Proteins 0.000 description 7
- 102000037865 fusion proteins Human genes 0.000 description 7
- 230000003308 immunostimulating effect Effects 0.000 description 7
- 230000002147 killing effect Effects 0.000 description 7
- 206010061289 metastatic neoplasm Diseases 0.000 description 7
- 102000005962 receptors Human genes 0.000 description 7
- 108020003175 receptors Proteins 0.000 description 7
- 230000002829 reductive effect Effects 0.000 description 7
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 7
- 108091026890 Coding region Proteins 0.000 description 6
- 241000701022 Cytomegalovirus Species 0.000 description 6
- 206010014733 Endometrial cancer Diseases 0.000 description 6
- 206010014759 Endometrial neoplasm Diseases 0.000 description 6
- 108010088652 Histocompatibility Antigens Class I Proteins 0.000 description 6
- 101000662909 Homo sapiens T cell receptor beta constant 1 Proteins 0.000 description 6
- 101000662902 Homo sapiens T cell receptor beta constant 2 Proteins 0.000 description 6
- 241000699666 Mus <mouse, genus> Species 0.000 description 6
- 208000008589 Obesity Diseases 0.000 description 6
- 208000006664 Precursor Cell Lymphoblastic Leukemia-Lymphoma Diseases 0.000 description 6
- 208000015634 Rectal Neoplasms Diseases 0.000 description 6
- 108091006735 SLC22A2 Proteins 0.000 description 6
- 102100032417 Solute carrier family 22 member 2 Human genes 0.000 description 6
- 208000036765 Squamous cell carcinoma of the esophagus Diseases 0.000 description 6
- 102100037272 T cell receptor beta constant 1 Human genes 0.000 description 6
- 102100037298 T cell receptor beta constant 2 Human genes 0.000 description 6
- 102000002689 Toll-like receptor Human genes 0.000 description 6
- 108020000411 Toll-like receptor Proteins 0.000 description 6
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 230000000890 antigenic effect Effects 0.000 description 6
- 229940022399 cancer vaccine Drugs 0.000 description 6
- 231100000504 carcinogenesis Toxicity 0.000 description 6
- KRKNYBCHXYNGOX-UHFFFAOYSA-N citric acid Chemical compound OC(=O)CC(O)(C(O)=O)CC(O)=O KRKNYBCHXYNGOX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 208000007276 esophageal squamous cell carcinoma Diseases 0.000 description 6
- 230000004927 fusion Effects 0.000 description 6
- DOUYETYNHWVLEO-UHFFFAOYSA-N imiquimod Chemical compound C1=CC=CC2=C3N(CC(C)C)C=NC3=C(N)N=C21 DOUYETYNHWVLEO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 230000003211 malignant effect Effects 0.000 description 6
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 6
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 6
- 235000020824 obesity Nutrition 0.000 description 6
- 238000002823 phage display Methods 0.000 description 6
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 description 6
- 230000002062 proliferating effect Effects 0.000 description 6
- 206010038038 rectal cancer Diseases 0.000 description 6
- 201000001275 rectum cancer Diseases 0.000 description 6
- 230000019491 signal transduction Effects 0.000 description 6
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 6
- CMSMOCZEIVJLDB-UHFFFAOYSA-N Cyclophosphamide Chemical compound ClCCN(CCCl)P1(=O)NCCCO1 CMSMOCZEIVJLDB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- WSFSSNUMVMOOMR-UHFFFAOYSA-N Formaldehyde Chemical compound O=C WSFSSNUMVMOOMR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 102100027421 Heat shock cognate 71 kDa protein Human genes 0.000 description 5
- 102100034047 Heat shock factor protein 4 Human genes 0.000 description 5
- 101001080568 Homo sapiens Heat shock cognate 71 kDa protein Proteins 0.000 description 5
- 101000599782 Homo sapiens Insulin-like growth factor 2 mRNA-binding protein 3 Proteins 0.000 description 5
- 101001015006 Homo sapiens Integrin beta-4 Proteins 0.000 description 5
- 108010021625 Immunoglobulin Fragments Proteins 0.000 description 5
- 102000008394 Immunoglobulin Fragments Human genes 0.000 description 5
- 102100037920 Insulin-like growth factor 2 mRNA-binding protein 3 Human genes 0.000 description 5
- XUJNEKJLAYXESH-REOHCLBHSA-N L-Cysteine Chemical compound SC[C@H](N)C(O)=O XUJNEKJLAYXESH-REOHCLBHSA-N 0.000 description 5
- 239000002147 L01XE04 - Sunitinib Substances 0.000 description 5
- KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N Lysine Natural products NCCCCC(N)C(O)=O KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 5
- 208000034578 Multiple myelomas Diseases 0.000 description 5
- 208000002454 Nasopharyngeal Carcinoma Diseases 0.000 description 5
- 206010061306 Nasopharyngeal cancer Diseases 0.000 description 5
- 108700026244 Open Reading Frames Proteins 0.000 description 5
- 101710140403 Regulator of G-protein signaling 5 Proteins 0.000 description 5
- 102100037421 Regulator of G-protein signaling 5 Human genes 0.000 description 5
- 208000000102 Squamous Cell Carcinoma of Head and Neck Diseases 0.000 description 5
- DTQVDTLACAAQTR-UHFFFAOYSA-N Trifluoroacetic acid Chemical compound OC(=O)C(F)(F)F DTQVDTLACAAQTR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 230000006907 apoptotic process Effects 0.000 description 5
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 5
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 5
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 5
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 5
- 229960004397 cyclophosphamide Drugs 0.000 description 5
- 230000034994 death Effects 0.000 description 5
- 231100000517 death Toxicity 0.000 description 5
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 5
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 5
- 102000052116 epidermal growth factor receptor activity proteins Human genes 0.000 description 5
- 108700015053 epidermal growth factor receptor activity proteins Proteins 0.000 description 5
- 210000004602 germ cell Anatomy 0.000 description 5
- 229960002751 imiquimod Drugs 0.000 description 5
- 210000003734 kidney Anatomy 0.000 description 5
- 230000001394 metastastic effect Effects 0.000 description 5
- YOHYSYJDKVYCJI-UHFFFAOYSA-N n-[3-[[6-[3-(trifluoromethyl)anilino]pyrimidin-4-yl]amino]phenyl]cyclopropanecarboxamide Chemical compound FC(F)(F)C1=CC=CC(NC=2N=CN=C(NC=3C=C(NC(=O)C4CC4)C=CC=3)C=2)=C1 YOHYSYJDKVYCJI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 201000011216 nasopharynx carcinoma Diseases 0.000 description 5
- 210000000056 organ Anatomy 0.000 description 5
- 210000003819 peripheral blood mononuclear cell Anatomy 0.000 description 5
- 102000054765 polymorphisms of proteins Human genes 0.000 description 5
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 5
- 230000035755 proliferation Effects 0.000 description 5
- 229950010550 resiquimod Drugs 0.000 description 5
- BXNMTOQRYBFHNZ-UHFFFAOYSA-N resiquimod Chemical compound C1=CC=CC2=C(N(C(COCC)=N3)CC(C)(C)O)C3=C(N)N=C21 BXNMTOQRYBFHNZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 206010041823 squamous cell carcinoma Diseases 0.000 description 5
- 230000004936 stimulating effect Effects 0.000 description 5
- 238000007920 subcutaneous administration Methods 0.000 description 5
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 5
- 239000003053 toxin Substances 0.000 description 5
- 231100000765 toxin Toxicity 0.000 description 5
- 108700012359 toxins Proteins 0.000 description 5
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 5
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 5
- 230000009466 transformation Effects 0.000 description 5
- 238000002255 vaccination Methods 0.000 description 5
- YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N (+)-Biotin Chemical compound N1C(=O)N[C@@H]2[C@H](CCCCC(=O)O)SC[C@@H]21 YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 4
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 4
- 208000005623 Carcinogenesis Diseases 0.000 description 4
- 108020004705 Codon Proteins 0.000 description 4
- 102000036364 Cullin Ring E3 Ligases Human genes 0.000 description 4
- 108091007045 Cullin Ring E3 Ligases Proteins 0.000 description 4
- 102100031655 Cytochrome b5 Human genes 0.000 description 4
- 102100038418 Cytoplasmic FMR1-interacting protein 2 Human genes 0.000 description 4
- 102100027043 Discoidin, CUB and LCCL domain-containing protein 2 Human genes 0.000 description 4
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 4
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 4
- 108010027412 Histocompatibility Antigens Class II Proteins 0.000 description 4
- 101000922386 Homo sapiens Cytochrome b5 Proteins 0.000 description 4
- 101000956870 Homo sapiens Cytoplasmic FMR1-interacting protein 2 Proteins 0.000 description 4
- 101000911787 Homo sapiens Discoidin, CUB and LCCL domain-containing protein 2 Proteins 0.000 description 4
- 101001016879 Homo sapiens Heat shock factor protein 4 Proteins 0.000 description 4
- 101000669513 Homo sapiens Metalloproteinase inhibitor 1 Proteins 0.000 description 4
- 101000891031 Homo sapiens Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP10 Proteins 0.000 description 4
- 101000894525 Homo sapiens Transforming growth factor-beta-induced protein ig-h3 Proteins 0.000 description 4
- VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-N Hydrochloric acid Chemical compound Cl VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 102100033000 Integrin beta-4 Human genes 0.000 description 4
- 108010047761 Interferon-alpha Proteins 0.000 description 4
- 102000006992 Interferon-alpha Human genes 0.000 description 4
- 108010002350 Interleukin-2 Proteins 0.000 description 4
- 102000000588 Interleukin-2 Human genes 0.000 description 4
- 239000003798 L01XE11 - Pazopanib Substances 0.000 description 4
- 108010020246 Leucine-Rich Repeat Serine-Threonine Protein Kinase-2 Proteins 0.000 description 4
- 102100032693 Leucine-rich repeat serine/threonine-protein kinase 2 Human genes 0.000 description 4
- 239000004472 Lysine Substances 0.000 description 4
- 241000829100 Macaca mulatta polyomavirus 1 Species 0.000 description 4
- 102100039364 Metalloproteinase inhibitor 1 Human genes 0.000 description 4
- 102100040349 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP10 Human genes 0.000 description 4
- 206010035226 Plasma cell myeloma Diseases 0.000 description 4
- 239000002202 Polyethylene glycol Substances 0.000 description 4
- 108020004511 Recombinant DNA Proteins 0.000 description 4
- 108010060818 Toll-Like Receptor 9 Proteins 0.000 description 4
- 102100033117 Toll-like receptor 9 Human genes 0.000 description 4
- 102100021398 Transforming growth factor-beta-induced protein ig-h3 Human genes 0.000 description 4
- 230000000735 allogeneic effect Effects 0.000 description 4
- 230000001093 anti-cancer Effects 0.000 description 4
- 239000002246 antineoplastic agent Substances 0.000 description 4
- 230000001580 bacterial effect Effects 0.000 description 4
- 230000036952 cancer formation Effects 0.000 description 4
- 238000002619 cancer immunotherapy Methods 0.000 description 4
- 125000002915 carbonyl group Chemical group [*:2]C([*:1])=O 0.000 description 4
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 4
- 238000010367 cloning Methods 0.000 description 4
- 201000010989 colorectal carcinoma Diseases 0.000 description 4
- 235000018417 cysteine Nutrition 0.000 description 4
- XUJNEKJLAYXESH-UHFFFAOYSA-N cysteine Natural products SCC(N)C(O)=O XUJNEKJLAYXESH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 230000002950 deficient Effects 0.000 description 4
- 230000004069 differentiation Effects 0.000 description 4
- 229940088598 enzyme Drugs 0.000 description 4
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 4
- 238000001943 fluorescence-activated cell sorting Methods 0.000 description 4
- 208000010749 gastric carcinoma Diseases 0.000 description 4
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 4
- 230000006607 hypermethylation Effects 0.000 description 4
- 238000007918 intramuscular administration Methods 0.000 description 4
- 238000001990 intravenous administration Methods 0.000 description 4
- 125000005647 linker group Chemical group 0.000 description 4
- 210000001165 lymph node Anatomy 0.000 description 4
- 210000004962 mammalian cell Anatomy 0.000 description 4
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 4
- 238000013508 migration Methods 0.000 description 4
- 239000000178 monomer Substances 0.000 description 4
- 208000010655 oral cavity squamous cell carcinoma Diseases 0.000 description 4
- 201000008968 osteosarcoma Diseases 0.000 description 4
- CUIHSIWYWATEQL-UHFFFAOYSA-N pazopanib Chemical compound C1=CC2=C(C)N(C)N=C2C=C1N(C)C(N=1)=CC=NC=1NC1=CC=C(C)C(S(N)(=O)=O)=C1 CUIHSIWYWATEQL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 229920001223 polyethylene glycol Polymers 0.000 description 4
- 230000008569 process Effects 0.000 description 4
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 4
- 238000011002 quantification Methods 0.000 description 4
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 description 4
- 238000012552 review Methods 0.000 description 4
- 230000007017 scission Effects 0.000 description 4
- 230000028327 secretion Effects 0.000 description 4
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 4
- 241000894007 species Species 0.000 description 4
- 201000000498 stomach carcinoma Diseases 0.000 description 4
- WINHZLLDWRZWRT-ATVHPVEESA-N sunitinib Chemical compound CCN(CC)CCNC(=O)C1=C(C)NC(\C=C/2C3=CC(F)=CC=C3NC\2=O)=C1C WINHZLLDWRZWRT-ATVHPVEESA-N 0.000 description 4
- 229960001796 sunitinib Drugs 0.000 description 4
- 230000008685 targeting Effects 0.000 description 4
- 230000002381 testicular Effects 0.000 description 4
- 230000004614 tumor growth Effects 0.000 description 4
- 229940121358 tyrosine kinase inhibitor Drugs 0.000 description 4
- 239000005483 tyrosine kinase inhibitor Substances 0.000 description 4
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- MTCFGRXMJLQNBG-REOHCLBHSA-N (2S)-2-Amino-3-hydroxypropansäure Chemical compound OC[C@H](N)C(O)=O MTCFGRXMJLQNBG-REOHCLBHSA-N 0.000 description 3
- 102000040650 (ribonucleotides)n+m Human genes 0.000 description 3
- NHJVRSWLHSJWIN-UHFFFAOYSA-N 2,4,6-trinitrobenzenesulfonic acid Chemical compound OS(=O)(=O)C1=C([N+]([O-])=O)C=C([N+]([O-])=O)C=C1[N+]([O-])=O NHJVRSWLHSJWIN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 102100035623 ATP-citrate synthase Human genes 0.000 description 3
- QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N Acetic acid Chemical compound CC(O)=O QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- WEVYAHXRMPXWCK-UHFFFAOYSA-N Acetonitrile Chemical compound CC#N WEVYAHXRMPXWCK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 208000024893 Acute lymphoblastic leukemia Diseases 0.000 description 3
- 208000014697 Acute lymphocytic leukaemia Diseases 0.000 description 3
- 208000010507 Adenocarcinoma of Lung Diseases 0.000 description 3
- 102100038910 Alpha-enolase Human genes 0.000 description 3
- 102100033804 Alpha-protein kinase 2 Human genes 0.000 description 3
- 208000032791 BCR-ABL1 positive chronic myelogenous leukemia Diseases 0.000 description 3
- 108060000903 Beta-catenin Proteins 0.000 description 3
- 102000015735 Beta-catenin Human genes 0.000 description 3
- 210000003359 CD4-positive helper T lymphocyte Anatomy 0.000 description 3
- 102100024937 Caveolae-associated protein 3 Human genes 0.000 description 3
- 208000010833 Chronic myeloid leukaemia Diseases 0.000 description 3
- 102100031162 Collagen alpha-1(XVIII) chain Human genes 0.000 description 3
- 102100025522 Cullin-7 Human genes 0.000 description 3
- 102100031461 Cytochrome P450 2J2 Human genes 0.000 description 3
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 3
- RTZKZFJDLAIYFH-UHFFFAOYSA-N Diethyl ether Chemical compound CCOCC RTZKZFJDLAIYFH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 102100024364 Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 8 Human genes 0.000 description 3
- 241000255581 Drosophila <fruit fly, genus> Species 0.000 description 3
- 102100032300 Dynein axonemal heavy chain 11 Human genes 0.000 description 3
- 238000002965 ELISA Methods 0.000 description 3
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 description 3
- 102100021056 Ferroptosis suppressor protein 1 Human genes 0.000 description 3
- 102100040583 Galactosylceramide sulfotransferase Human genes 0.000 description 3
- 201000010915 Glioblastoma multiforme Diseases 0.000 description 3
- 102100034049 Heat shock factor protein 2 Human genes 0.000 description 3
- 101000782969 Homo sapiens ATP-citrate synthase Proteins 0.000 description 3
- 101000882335 Homo sapiens Alpha-enolase Proteins 0.000 description 3
- 101000779565 Homo sapiens Alpha-protein kinase 2 Proteins 0.000 description 3
- 101000761506 Homo sapiens Caveolae-associated protein 3 Proteins 0.000 description 3
- 101000940068 Homo sapiens Collagen alpha-1(XVIII) chain Proteins 0.000 description 3
- 101000856425 Homo sapiens Cullin-7 Proteins 0.000 description 3
- 101000941723 Homo sapiens Cytochrome P450 2J2 Proteins 0.000 description 3
- 101000832767 Homo sapiens Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 8 Proteins 0.000 description 3
- 101001016208 Homo sapiens Dynein axonemal heavy chain 11 Proteins 0.000 description 3
- 101000818014 Homo sapiens Ferroptosis suppressor protein 1 Proteins 0.000 description 3
- 101000893879 Homo sapiens Galactosylceramide sulfotransferase Proteins 0.000 description 3
- 101001016883 Homo sapiens Heat shock factor protein 2 Proteins 0.000 description 3
- 101000994378 Homo sapiens Integrin alpha-3 Proteins 0.000 description 3
- 101000897042 Homo sapiens Nucleotide pyrophosphatase Proteins 0.000 description 3
- 101001002235 Homo sapiens Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2 Proteins 0.000 description 3
- 101000874165 Homo sapiens Probable ATP-dependent RNA helicase DDX41 Proteins 0.000 description 3
- 101000881678 Homo sapiens Prolyl hydroxylase EGLN3 Proteins 0.000 description 3
- 101001078093 Homo sapiens Reticulocalbin-1 Proteins 0.000 description 3
- 108010054477 Immunoglobulin Fab Fragments Proteins 0.000 description 3
- 102000001706 Immunoglobulin Fab Fragments Human genes 0.000 description 3
- 102100032819 Integrin alpha-3 Human genes 0.000 description 3
- 108010074328 Interferon-gamma Proteins 0.000 description 3
- 102000008070 Interferon-gamma Human genes 0.000 description 3
- DCXYFEDJOCDNAF-REOHCLBHSA-N L-asparagine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC(N)=O DCXYFEDJOCDNAF-REOHCLBHSA-N 0.000 description 3
- ZDXPYRJPNDTMRX-VKHMYHEASA-N L-glutamine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CCC(N)=O ZDXPYRJPNDTMRX-VKHMYHEASA-N 0.000 description 3
- AYFVYJQAPQTCCC-GBXIJSLDSA-N L-threonine Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(O)=O AYFVYJQAPQTCCC-GBXIJSLDSA-N 0.000 description 3
- OFOBLEOULBTSOW-UHFFFAOYSA-N Malonic acid Chemical compound OC(=O)CC(O)=O OFOBLEOULBTSOW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 102100025276 Monocarboxylate transporter 4 Human genes 0.000 description 3
- 241001529936 Murinae Species 0.000 description 3
- 208000033761 Myelogenous Chronic BCR-ABL Positive Leukemia Diseases 0.000 description 3
- 208000033776 Myeloid Acute Leukemia Diseases 0.000 description 3
- 102100021969 Nucleotide pyrophosphatase Human genes 0.000 description 3
- MUBZPKHOEPUJKR-UHFFFAOYSA-N Oxalic acid Chemical compound OC(=O)C(O)=O MUBZPKHOEPUJKR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 108090000526 Papain Proteins 0.000 description 3
- 102100020950 Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2 Human genes 0.000 description 3
- KWYUFKZDYYNOTN-UHFFFAOYSA-M Potassium hydroxide Chemical compound [OH-].[K+] KWYUFKZDYYNOTN-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 3
- 102100035727 Probable ATP-dependent RNA helicase DDX41 Human genes 0.000 description 3
- 102100037247 Prolyl hydroxylase EGLN3 Human genes 0.000 description 3
- 239000004365 Protease Substances 0.000 description 3
- 108010008281 Recombinant Fusion Proteins Proteins 0.000 description 3
- 102000007056 Recombinant Fusion Proteins Human genes 0.000 description 3
- 102100025335 Reticulocalbin-1 Human genes 0.000 description 3
- 108091006601 SLC16A3 Proteins 0.000 description 3
- HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M Sodium hydroxide Chemical compound [OH-].[Na+] HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 3
- CBPNZQVSJQDFBE-FUXHJELOSA-N Temsirolimus Chemical compound C1C[C@@H](OC(=O)C(C)(CO)CO)[C@H](OC)C[C@@H]1C[C@@H](C)[C@H]1OC(=O)[C@@H]2CCCCN2C(=O)C(=O)[C@](O)(O2)[C@H](C)CC[C@H]2C[C@H](OC)/C(C)=C/C=C/C=C/[C@@H](C)C[C@@H](C)C(=O)[C@H](OC)[C@H](O)/C(C)=C/[C@@H](C)C(=O)C1 CBPNZQVSJQDFBE-FUXHJELOSA-N 0.000 description 3
- 208000024770 Thyroid neoplasm Diseases 0.000 description 3
- 241000251539 Vertebrata <Metazoa> Species 0.000 description 3
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 3
- 150000008043 acidic salts Chemical class 0.000 description 3
- 230000002378 acidificating effect Effects 0.000 description 3
- 230000009471 action Effects 0.000 description 3
- 150000001412 amines Chemical class 0.000 description 3
- 239000004037 angiogenesis inhibitor Substances 0.000 description 3
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 3
- 229960000397 bevacizumab Drugs 0.000 description 3
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 3
- 238000004422 calculation algorithm Methods 0.000 description 3
- 238000009566 cancer vaccine Methods 0.000 description 3
- 125000003178 carboxy group Chemical group [H]OC(*)=O 0.000 description 3
- 239000000969 carrier Substances 0.000 description 3
- 230000001413 cellular effect Effects 0.000 description 3
- 230000036755 cellular response Effects 0.000 description 3
- 238000012512 characterization method Methods 0.000 description 3
- 238000002512 chemotherapy Methods 0.000 description 3
- DQLATGHUWYMOKM-UHFFFAOYSA-L cisplatin Chemical compound N[Pt](N)(Cl)Cl DQLATGHUWYMOKM-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 3
- 229960004316 cisplatin Drugs 0.000 description 3
- 230000000052 comparative effect Effects 0.000 description 3
- 238000004132 cross linking Methods 0.000 description 3
- 230000037029 cross reaction Effects 0.000 description 3
- 125000000151 cysteine group Chemical group N[C@@H](CS)C(=O)* 0.000 description 3
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 3
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 3
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 3
- 230000002349 favourable effect Effects 0.000 description 3
- VLMZMRDOMOGGFA-WDBKCZKBSA-N festuclavine Chemical compound C1=CC([C@H]2C[C@H](CN(C)[C@@H]2C2)C)=C3C2=CNC3=C1 VLMZMRDOMOGGFA-WDBKCZKBSA-N 0.000 description 3
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 description 3
- 230000013595 glycosylation Effects 0.000 description 3
- 201000010536 head and neck cancer Diseases 0.000 description 3
- 208000014829 head and neck neoplasm Diseases 0.000 description 3
- HNDVDQJCIGZPNO-UHFFFAOYSA-N histidine Natural products OC(=O)C(N)CC1=CN=CN1 HNDVDQJCIGZPNO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 230000002209 hydrophobic effect Effects 0.000 description 3
- 238000003384 imaging method Methods 0.000 description 3
- 230000003053 immunization Effects 0.000 description 3
- 238000001802 infusion Methods 0.000 description 3
- 230000002401 inhibitory effect Effects 0.000 description 3
- 230000000977 initiatory effect Effects 0.000 description 3
- 238000002347 injection Methods 0.000 description 3
- 239000007924 injection Substances 0.000 description 3
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 3
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 3
- 229960003130 interferon gamma Drugs 0.000 description 3
- 210000003292 kidney cell Anatomy 0.000 description 3
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 3
- 201000005249 lung adenocarcinoma Diseases 0.000 description 3
- 201000005243 lung squamous cell carcinoma Diseases 0.000 description 3
- 208000003747 lymphoid leukemia Diseases 0.000 description 3
- 210000002540 macrophage Anatomy 0.000 description 3
- 238000012423 maintenance Methods 0.000 description 3
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 3
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 3
- 239000011859 microparticle Substances 0.000 description 3
- 230000005012 migration Effects 0.000 description 3
- 229940055729 papain Drugs 0.000 description 3
- 235000019834 papain Nutrition 0.000 description 3
- 239000002245 particle Substances 0.000 description 3
- 229960000639 pazopanib Drugs 0.000 description 3
- 238000010647 peptide synthesis reaction Methods 0.000 description 3
- 108700002563 poly ICLC Proteins 0.000 description 3
- 238000010837 poor prognosis Methods 0.000 description 3
- 238000002600 positron emission tomography Methods 0.000 description 3
- 239000011347 resin Substances 0.000 description 3
- 229920005989 resin Polymers 0.000 description 3
- 230000003248 secreting effect Effects 0.000 description 3
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 3
- 210000000813 small intestine Anatomy 0.000 description 3
- 230000000391 smoking effect Effects 0.000 description 3
- 239000007790 solid phase Substances 0.000 description 3
- 238000010561 standard procedure Methods 0.000 description 3
- 230000000638 stimulation Effects 0.000 description 3
- 238000003860 storage Methods 0.000 description 3
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 3
- 210000001541 thymus gland Anatomy 0.000 description 3
- 201000002510 thyroid cancer Diseases 0.000 description 3
- 230000002103 transcriptional effect Effects 0.000 description 3
- 230000003612 virological effect Effects 0.000 description 3
- 102100030390 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase beta-1 Human genes 0.000 description 2
- 101150054149 ANGPTL4 gene Proteins 0.000 description 2
- 102100028162 ATP-binding cassette sub-family C member 3 Human genes 0.000 description 2
- 208000003200 Adenoma Diseases 0.000 description 2
- 102100026448 Aldo-keto reductase family 1 member A1 Human genes 0.000 description 2
- 102100035991 Alpha-2-antiplasmin Human genes 0.000 description 2
- 102000045205 Angiopoietin-Like Protein 4 Human genes 0.000 description 2
- 108700042530 Angiopoietin-Like Protein 4 Proteins 0.000 description 2
- 102100030762 Apolipoprotein L1 Human genes 0.000 description 2
- 102100026424 Arrestin domain-containing protein 3 Human genes 0.000 description 2
- DCXYFEDJOCDNAF-UHFFFAOYSA-N Asparagine Natural products OC(=O)C(N)CC(N)=O DCXYFEDJOCDNAF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102100023610 Autophagy-related protein 2 homolog B Human genes 0.000 description 2
- MLDQJTXFUGDVEO-UHFFFAOYSA-N BAY-43-9006 Chemical compound C1=NC(C(=O)NC)=CC(OC=2C=CC(NC(=O)NC=3C=C(C(Cl)=CC=3)C(F)(F)F)=CC=2)=C1 MLDQJTXFUGDVEO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102100036597 Basement membrane-specific heparan sulfate proteoglycan core protein Human genes 0.000 description 2
- 102100027314 Beta-2-microglobulin Human genes 0.000 description 2
- 102100035388 Beta-enolase Human genes 0.000 description 2
- 102000014835 CACNA1H Human genes 0.000 description 2
- 102000014836 CACNA1I Human genes 0.000 description 2
- 201000009030 Carcinoma Diseases 0.000 description 2
- 108010078791 Carrier Proteins Proteins 0.000 description 2
- 102100024974 Caspase recruitment domain-containing protein 8 Human genes 0.000 description 2
- 241000282693 Cercopithecidae Species 0.000 description 2
- 102100023508 Chloride intracellular channel protein 4 Human genes 0.000 description 2
- 102100031518 Collagen alpha-2(VI) chain Human genes 0.000 description 2
- 102000007644 Colony-Stimulating Factors Human genes 0.000 description 2
- 108010071942 Colony-Stimulating Factors Proteins 0.000 description 2
- 241000699802 Cricetulus griseus Species 0.000 description 2
- 229920002307 Dextran Polymers 0.000 description 2
- QSJXEFYPDANLFS-UHFFFAOYSA-N Diacetyl Chemical compound CC(=O)C(C)=O QSJXEFYPDANLFS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- AOJJSUZBOXZQNB-TZSSRYMLSA-N Doxorubicin Chemical compound O([C@H]1C[C@@](O)(CC=2C(O)=C3C(=O)C=4C=CC=C(C=4C(=O)C3=C(O)C=21)OC)C(=O)CO)[C@H]1C[C@H](N)[C@H](O)[C@H](C)O1 AOJJSUZBOXZQNB-TZSSRYMLSA-N 0.000 description 2
- 102100037567 Dual specificity protein phosphatase 14 Human genes 0.000 description 2
- 241000196324 Embryophyta Species 0.000 description 2
- 102100021598 Endoplasmic reticulum aminopeptidase 1 Human genes 0.000 description 2
- 102100021860 Endothelial cell-specific molecule 1 Human genes 0.000 description 2
- 208000006168 Ewing Sarcoma Diseases 0.000 description 2
- 108090000386 Fibroblast Growth Factor 1 Proteins 0.000 description 2
- 102100031706 Fibroblast growth factor 1 Human genes 0.000 description 2
- 108010040721 Flagellin Proteins 0.000 description 2
- GHASVSINZRGABV-UHFFFAOYSA-N Fluorouracil Chemical compound FC1=CNC(=O)NC1=O GHASVSINZRGABV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102100021259 Frizzled-1 Human genes 0.000 description 2
- 102100021265 Frizzled-2 Human genes 0.000 description 2
- 102100039676 Frizzled-7 Human genes 0.000 description 2
- 102100022629 Fructose-2,6-bisphosphatase Human genes 0.000 description 2
- VZCYOOQTPOCHFL-OWOJBTEDSA-N Fumaric acid Chemical compound OC(=O)\C=C\C(O)=O VZCYOOQTPOCHFL-OWOJBTEDSA-N 0.000 description 2
- 102100024165 G1/S-specific cyclin-D1 Human genes 0.000 description 2
- 102100038392 GRAM domain-containing protein 4 Human genes 0.000 description 2
- 102100033962 GTP-binding protein RAD Human genes 0.000 description 2
- 102100028652 Gamma-enolase Human genes 0.000 description 2
- WHUUTDBJXJRKMK-UHFFFAOYSA-N Glutamic acid Natural products OC(=O)C(N)CCC(O)=O WHUUTDBJXJRKMK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- AEMRFAOFKBGASW-UHFFFAOYSA-N Glycolic acid Chemical compound OCC(O)=O AEMRFAOFKBGASW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102100028976 HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain Human genes 0.000 description 2
- 102100028971 HLA class I histocompatibility antigen, C alpha chain Human genes 0.000 description 2
- 108010058607 HLA-B Antigens Proteins 0.000 description 2
- 108010052199 HLA-C Antigens Proteins 0.000 description 2
- 102100034048 Heat shock factor 2-binding protein Human genes 0.000 description 2
- 102100028515 Heat shock-related 70 kDa protein 2 Human genes 0.000 description 2
- 241000282412 Homo Species 0.000 description 2
- 101000583063 Homo sapiens 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase beta-1 Proteins 0.000 description 2
- 101100323521 Homo sapiens APOL1 gene Proteins 0.000 description 2
- 101000986633 Homo sapiens ATP-binding cassette sub-family C member 3 Proteins 0.000 description 2
- 101000718007 Homo sapiens Aldo-keto reductase family 1 member A1 Proteins 0.000 description 2
- 101000785775 Homo sapiens Arrestin domain-containing protein 3 Proteins 0.000 description 2
- 101000905703 Homo sapiens Autophagy-related protein 2 homolog B Proteins 0.000 description 2
- 101001000001 Homo sapiens Basement membrane-specific heparan sulfate proteoglycan core protein Proteins 0.000 description 2
- 101000877537 Homo sapiens Beta-enolase Proteins 0.000 description 2
- 101000793666 Homo sapiens Calpain-5 Proteins 0.000 description 2
- 101000761247 Homo sapiens Caspase recruitment domain-containing protein 8 Proteins 0.000 description 2
- 101000906636 Homo sapiens Chloride intracellular channel protein 4 Proteins 0.000 description 2
- 101000941585 Homo sapiens Collagen alpha-2(VI) chain Proteins 0.000 description 2
- 101000881116 Homo sapiens Dual specificity protein phosphatase 14 Proteins 0.000 description 2
- 101000898750 Homo sapiens Endoplasmic reticulum aminopeptidase 1 Proteins 0.000 description 2
- 101000897959 Homo sapiens Endothelial cell-specific molecule 1 Proteins 0.000 description 2
- 101000819438 Homo sapiens Frizzled-1 Proteins 0.000 description 2
- 101000819477 Homo sapiens Frizzled-2 Proteins 0.000 description 2
- 101000885797 Homo sapiens Frizzled-7 Proteins 0.000 description 2
- 101000823463 Homo sapiens Fructose-2,6-bisphosphatase Proteins 0.000 description 2
- 101001033004 Homo sapiens GRAM domain-containing protein 4 Proteins 0.000 description 2
- 101001132495 Homo sapiens GTP-binding protein RAD Proteins 0.000 description 2
- 101001058231 Homo sapiens Gamma-enolase Proteins 0.000 description 2
- 101001016882 Homo sapiens Heat shock factor 2-binding protein Proteins 0.000 description 2
- 101000985806 Homo sapiens Heat shock-related 70 kDa protein 2 Proteins 0.000 description 2
- 101000840273 Homo sapiens Immunoglobulin lambda constant 1 Proteins 0.000 description 2
- 101000840271 Homo sapiens Immunoglobulin lambda constant 2 Proteins 0.000 description 2
- 101000956885 Homo sapiens Immunoglobulin lambda variable 2-14 Proteins 0.000 description 2
- 101001005365 Homo sapiens Immunoglobulin lambda variable 3-21 Proteins 0.000 description 2
- 101000599573 Homo sapiens InaD-like protein Proteins 0.000 description 2
- 101000633984 Homo sapiens Influenza virus NS1A-binding protein Proteins 0.000 description 2
- 101000599951 Homo sapiens Insulin-like growth factor I Proteins 0.000 description 2
- 101001027143 Homo sapiens Kelch domain-containing protein 7B Proteins 0.000 description 2
- 101001047043 Homo sapiens Kelch repeat and BTB domain-containing protein 11 Proteins 0.000 description 2
- 101001008946 Homo sapiens Kinesin-like protein KIF12 Proteins 0.000 description 2
- 101001043562 Homo sapiens Low-density lipoprotein receptor-related protein 2 Proteins 0.000 description 2
- 101001057154 Homo sapiens Melanoma-associated antigen D2 Proteins 0.000 description 2
- 101001055106 Homo sapiens Metastasis-associated in colon cancer protein 1 Proteins 0.000 description 2
- 101001013999 Homo sapiens Microtubule cross-linking factor 1 Proteins 0.000 description 2
- 101000589519 Homo sapiens N-acetyltransferase 8 Proteins 0.000 description 2
- 101000708645 Homo sapiens N-lysine methyltransferase SMYD2 Proteins 0.000 description 2
- 101001125417 Homo sapiens Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF3 Proteins 0.000 description 2
- 101001108246 Homo sapiens Neuronal pentraxin-2 Proteins 0.000 description 2
- 101000720966 Homo sapiens Opsin-3 Proteins 0.000 description 2
- 101000693238 Homo sapiens PDZ domain-containing protein 2 Proteins 0.000 description 2
- 101000775052 Homo sapiens Protein AHNAK2 Proteins 0.000 description 2
- 101000979748 Homo sapiens Protein NDRG1 Proteins 0.000 description 2
- 101000979565 Homo sapiens Protein NLRC5 Proteins 0.000 description 2
- 101000893100 Homo sapiens Protein fantom Proteins 0.000 description 2
- 101000994434 Homo sapiens Protein jagged-2 Proteins 0.000 description 2
- 101000693228 Homo sapiens Putative PDZ domain-containing protein PDZK1P1 Proteins 0.000 description 2
- 101000870945 Homo sapiens Ras guanyl-releasing protein 3 Proteins 0.000 description 2
- 101000654679 Homo sapiens Semaphorin-5B Proteins 0.000 description 2
- 101001041393 Homo sapiens Serine protease HTRA1 Proteins 0.000 description 2
- 101000998897 Homo sapiens Serine protease HTRA3 Proteins 0.000 description 2
- 101000839335 Homo sapiens Synaptotagmin-9 Proteins 0.000 description 2
- 101000914514 Homo sapiens T-cell-specific surface glycoprotein CD28 Proteins 0.000 description 2
- 101000800116 Homo sapiens Thy-1 membrane glycoprotein Proteins 0.000 description 2
- 101000649020 Homo sapiens Thyroid receptor-interacting protein 6 Proteins 0.000 description 2
- 101000939529 Homo sapiens UDP-glucose 6-dehydrogenase Proteins 0.000 description 2
- 101000844418 Homo sapiens Ubiquitin-conjugating enzyme E2Q-like protein 1 Proteins 0.000 description 2
- 101000851018 Homo sapiens Vascular endothelial growth factor receptor 1 Proteins 0.000 description 2
- 101000621945 Homo sapiens Vitamin K epoxide reductase complex subunit 1 Proteins 0.000 description 2
- 101000932804 Homo sapiens Voltage-dependent T-type calcium channel subunit alpha-1H Proteins 0.000 description 2
- 101000932785 Homo sapiens Voltage-dependent T-type calcium channel subunit alpha-1I Proteins 0.000 description 2
- 206010062904 Hormone-refractory prostate cancer Diseases 0.000 description 2
- MHAJPDPJQMAIIY-UHFFFAOYSA-N Hydrogen peroxide Chemical compound OO MHAJPDPJQMAIIY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 206010062767 Hypophysitis Diseases 0.000 description 2
- 102000018071 Immunoglobulin Fc Fragments Human genes 0.000 description 2
- 108010091135 Immunoglobulin Fc Fragments Proteins 0.000 description 2
- 102100029610 Immunoglobulin lambda constant 1 Human genes 0.000 description 2
- 102100029620 Immunoglobulin lambda constant 2 Human genes 0.000 description 2
- 102100038429 Immunoglobulin lambda variable 2-14 Human genes 0.000 description 2
- 102100025934 Immunoglobulin lambda variable 3-21 Human genes 0.000 description 2
- 102100037978 InaD-like protein Human genes 0.000 description 2
- 102100029241 Influenza virus NS1A-binding protein Human genes 0.000 description 2
- 108090001117 Insulin-Like Growth Factor II Proteins 0.000 description 2
- 102100037852 Insulin-like growth factor I Human genes 0.000 description 2
- 102100025947 Insulin-like growth factor II Human genes 0.000 description 2
- 108010065805 Interleukin-12 Proteins 0.000 description 2
- 102000013462 Interleukin-12 Human genes 0.000 description 2
- 108091092195 Intron Proteins 0.000 description 2
- XEEYBQQBJWHFJM-UHFFFAOYSA-N Iron Chemical compound [Fe] XEEYBQQBJWHFJM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102100037648 Kelch domain-containing protein 7B Human genes 0.000 description 2
- 102100022827 Kelch repeat and BTB domain-containing protein 11 Human genes 0.000 description 2
- 102100027616 Kinesin-like protein KIF12 Human genes 0.000 description 2
- 150000008575 L-amino acids Chemical class 0.000 description 2
- CKLJMWTZIZZHCS-REOHCLBHSA-N L-aspartic acid Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC(O)=O CKLJMWTZIZZHCS-REOHCLBHSA-N 0.000 description 2
- WHUUTDBJXJRKMK-VKHMYHEASA-N L-glutamic acid Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O WHUUTDBJXJRKMK-VKHMYHEASA-N 0.000 description 2
- OUYCCCASQSFEME-QMMMGPOBSA-N L-tyrosine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=C(O)C=C1 OUYCCCASQSFEME-QMMMGPOBSA-N 0.000 description 2
- 239000005511 L01XE05 - Sorafenib Substances 0.000 description 2
- 102100021922 Low-density lipoprotein receptor-related protein 2 Human genes 0.000 description 2
- 206010025323 Lymphomas Diseases 0.000 description 2
- 102100028389 Melanoma antigen recognized by T-cells 1 Human genes 0.000 description 2
- 102100027251 Melanoma-associated antigen D2 Human genes 0.000 description 2
- 102100026892 Metastasis-associated in colon cancer protein 1 Human genes 0.000 description 2
- AFVFQIVMOAPDHO-UHFFFAOYSA-N Methanesulfonic acid Chemical compound CS(O)(=O)=O AFVFQIVMOAPDHO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- AIJULSRZWUXGPQ-UHFFFAOYSA-N Methylglyoxal Chemical compound CC(=O)C=O AIJULSRZWUXGPQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102100031339 Microtubule cross-linking factor 1 Human genes 0.000 description 2
- 102100025273 Monocarboxylate transporter 5 Human genes 0.000 description 2
- 208000003445 Mouth Neoplasms Diseases 0.000 description 2
- 102100032877 Multidrug and toxin extrusion protein 1 Human genes 0.000 description 2
- 102100038895 Myc proto-oncogene protein Human genes 0.000 description 2
- 101710135898 Myc proto-oncogene protein Proteins 0.000 description 2
- 102100032394 N-acetyltransferase 8 Human genes 0.000 description 2
- PCLIMKBDDGJMGD-UHFFFAOYSA-N N-bromosuccinimide Chemical compound BrN1C(=O)CCC1=O PCLIMKBDDGJMGD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102100032806 N-lysine methyltransferase SMYD2 Human genes 0.000 description 2
- 108010017405 NRH - quinone oxidoreductase2 Proteins 0.000 description 2
- 102100029467 Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF3 Human genes 0.000 description 2
- 102100021878 Neuronal pentraxin-2 Human genes 0.000 description 2
- 244000061176 Nicotiana tabacum Species 0.000 description 2
- 235000002637 Nicotiana tabacum Nutrition 0.000 description 2
- 206010061534 Oesophageal squamous cell carcinoma Diseases 0.000 description 2
- 102100025909 Opsin-3 Human genes 0.000 description 2
- 241000283973 Oryctolagus cuniculus Species 0.000 description 2
- 208000007571 Ovarian Epithelial Carcinoma Diseases 0.000 description 2
- 206010033307 Overweight Diseases 0.000 description 2
- 102100025646 PDZ domain-containing protein 2 Human genes 0.000 description 2
- 108091007960 PI3Ks Proteins 0.000 description 2
- 102000038030 PI3Ks Human genes 0.000 description 2
- 208000018737 Parkinson disease Diseases 0.000 description 2
- 102000002508 Peptide Elongation Factors Human genes 0.000 description 2
- 108010068204 Peptide Elongation Factors Proteins 0.000 description 2
- ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N Phenol Chemical compound OC1=CC=CC=C1 ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-N Phosphoric acid Chemical compound OP(O)(O)=O NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- RJKFOVLPORLFTN-LEKSSAKUSA-N Progesterone Chemical compound C1CC2=CC(=O)CC[C@]2(C)[C@@H]2[C@@H]1[C@@H]1CC[C@H](C(=O)C)[C@@]1(C)CC2 RJKFOVLPORLFTN-LEKSSAKUSA-N 0.000 description 2
- 102100035703 Prostatic acid phosphatase Human genes 0.000 description 2
- 102100031838 Protein AHNAK2 Human genes 0.000 description 2
- 102100024980 Protein NDRG1 Human genes 0.000 description 2
- 102100023432 Protein NLRC5 Human genes 0.000 description 2
- 102100040970 Protein fantom Human genes 0.000 description 2
- 102100032733 Protein jagged-2 Human genes 0.000 description 2
- 102100025650 Putative PDZ domain-containing protein PDZK1P1 Human genes 0.000 description 2
- LCTONWCANYUPML-UHFFFAOYSA-N Pyruvic acid Chemical compound CC(=O)C(O)=O LCTONWCANYUPML-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000004570 RNA-binding Effects 0.000 description 2
- 102100033450 Ras guanyl-releasing protein 3 Human genes 0.000 description 2
- 241000700159 Rattus Species 0.000 description 2
- 102100022353 Ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase [quinone] Human genes 0.000 description 2
- 241000283984 Rodentia Species 0.000 description 2
- 108091006600 SLC16A4 Proteins 0.000 description 2
- 108091006157 SLC17A3 Proteins 0.000 description 2
- 108091007574 SLC47A1 Proteins 0.000 description 2
- 102000005021 SLC6A13 Human genes 0.000 description 2
- 108060007752 SLC6A13 Proteins 0.000 description 2
- 102100032780 Semaphorin-5B Human genes 0.000 description 2
- 102100021119 Serine protease HTRA1 Human genes 0.000 description 2
- 102100033197 Serine protease HTRA3 Human genes 0.000 description 2
- 208000000453 Skin Neoplasms Diseases 0.000 description 2
- UIIMBOGNXHQVGW-UHFFFAOYSA-M Sodium bicarbonate Chemical compound [Na+].OC([O-])=O UIIMBOGNXHQVGW-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 102100038439 Sodium-dependent phosphate transport protein 4 Human genes 0.000 description 2
- 206010041848 Squamous cell carcinoma of the cervix Diseases 0.000 description 2
- QAOWNCQODCNURD-UHFFFAOYSA-N Sulfuric acid Chemical compound OS(O)(=O)=O QAOWNCQODCNURD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102100028189 Synaptotagmin-9 Human genes 0.000 description 2
- 230000024932 T cell mediated immunity Effects 0.000 description 2
- 108700042076 T-Cell Receptor alpha Genes Proteins 0.000 description 2
- 108700042077 T-Cell Receptor beta Genes Proteins 0.000 description 2
- 102100027213 T-cell-specific surface glycoprotein CD28 Human genes 0.000 description 2
- 210000000173 T-lymphoid precursor cell Anatomy 0.000 description 2
- 102100033523 Thy-1 membrane glycoprotein Human genes 0.000 description 2
- 208000033781 Thyroid carcinoma Diseases 0.000 description 2
- 102100028099 Thyroid receptor-interacting protein 6 Human genes 0.000 description 2
- 101710150448 Transcriptional regulator Myc Proteins 0.000 description 2
- 108700019146 Transgenes Proteins 0.000 description 2
- 108060008682 Tumor Necrosis Factor Proteins 0.000 description 2
- 102000000852 Tumor Necrosis Factor-alpha Human genes 0.000 description 2
- 108700025716 Tumor Suppressor Genes Proteins 0.000 description 2
- 102000044209 Tumor Suppressor Genes Human genes 0.000 description 2
- 102100029640 UDP-glucose 6-dehydrogenase Human genes 0.000 description 2
- 102100032056 Ubiquitin-conjugating enzyme E2Q-like protein 1 Human genes 0.000 description 2
- 102000005789 Vascular Endothelial Growth Factors Human genes 0.000 description 2
- 108010019530 Vascular Endothelial Growth Factors Proteins 0.000 description 2
- 102100033178 Vascular endothelial growth factor receptor 1 Human genes 0.000 description 2
- 108010067390 Viral Proteins Proteins 0.000 description 2
- 102100023485 Vitamin K epoxide reductase complex subunit 1 Human genes 0.000 description 2
- 230000001594 aberrant effect Effects 0.000 description 2
- 150000001242 acetic acid derivatives Chemical class 0.000 description 2
- 150000007513 acids Chemical class 0.000 description 2
- 230000002730 additional effect Effects 0.000 description 2
- 210000000577 adipose tissue Anatomy 0.000 description 2
- 230000002411 adverse Effects 0.000 description 2
- 125000001931 aliphatic group Chemical group 0.000 description 2
- 125000003368 amide group Chemical group 0.000 description 2
- 150000001408 amides Chemical class 0.000 description 2
- RDOXTESZEPMUJZ-UHFFFAOYSA-N anisole Chemical compound COC1=CC=CC=C1 RDOXTESZEPMUJZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000005557 antagonist Substances 0.000 description 2
- 230000000259 anti-tumor effect Effects 0.000 description 2
- 238000011319 anticancer therapy Methods 0.000 description 2
- 239000007864 aqueous solution Substances 0.000 description 2
- 125000000637 arginyl group Chemical group N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)* 0.000 description 2
- 235000009582 asparagine Nutrition 0.000 description 2
- 229960001230 asparagine Drugs 0.000 description 2
- 229960003005 axitinib Drugs 0.000 description 2
- RITAVMQDGBJQJZ-FMIVXFBMSA-N axitinib Chemical compound CNC(=O)C1=CC=CC=C1SC1=CC=C(C(\C=C\C=2N=CC=CC=2)=NN2)C2=C1 RITAVMQDGBJQJZ-FMIVXFBMSA-N 0.000 description 2
- 230000009286 beneficial effect Effects 0.000 description 2
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 2
- WPYMKLBDIGXBTP-UHFFFAOYSA-N benzoic acid Chemical compound OC(=O)C1=CC=CC=C1 WPYMKLBDIGXBTP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108010081355 beta 2-Microglobulin Proteins 0.000 description 2
- 238000002306 biochemical method Methods 0.000 description 2
- 230000004071 biological effect Effects 0.000 description 2
- 238000001574 biopsy Methods 0.000 description 2
- 229960002685 biotin Drugs 0.000 description 2
- 235000020958 biotin Nutrition 0.000 description 2
- 239000011616 biotin Substances 0.000 description 2
- 210000001185 bone marrow Anatomy 0.000 description 2
- 239000008364 bulk solution Substances 0.000 description 2
- 125000000484 butyl group Chemical group [H]C([*])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])[H] 0.000 description 2
- 230000021235 carbamoylation Effects 0.000 description 2
- 230000022131 cell cycle Effects 0.000 description 2
- 230000004709 cell invasion Effects 0.000 description 2
- 210000000170 cell membrane Anatomy 0.000 description 2
- 230000012292 cell migration Effects 0.000 description 2
- 208000019065 cervical carcinoma Diseases 0.000 description 2
- 201000006612 cervical squamous cell carcinoma Diseases 0.000 description 2
- 239000002738 chelating agent Substances 0.000 description 2
- 238000007385 chemical modification Methods 0.000 description 2
- 229940047120 colony stimulating factors Drugs 0.000 description 2
- 230000002596 correlated effect Effects 0.000 description 2
- 208000035250 cutaneous malignant susceptibility to 1 melanoma Diseases 0.000 description 2
- 208000017763 cutaneous neuroendocrine carcinoma Diseases 0.000 description 2
- XVOYSCVBGLVSOL-UHFFFAOYSA-N cysteic acid Chemical compound OC(=O)C(N)CS(O)(=O)=O XVOYSCVBGLVSOL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000009089 cytolysis Effects 0.000 description 2
- 229940127089 cytotoxic agent Drugs 0.000 description 2
- 238000007405 data analysis Methods 0.000 description 2
- 230000007423 decrease Effects 0.000 description 2
- 239000005547 deoxyribonucleotide Substances 0.000 description 2
- 125000002637 deoxyribonucleotide group Chemical group 0.000 description 2
- 239000000032 diagnostic agent Substances 0.000 description 2
- 229940039227 diagnostic agent Drugs 0.000 description 2
- XBDQKXXYIPTUBI-UHFFFAOYSA-N dimethylselenoniopropionate Natural products CCC(O)=O XBDQKXXYIPTUBI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000009826 distribution Methods 0.000 description 2
- OQALFHMKVSJFRR-UHFFFAOYSA-N dityrosine Chemical compound OC(=O)C(N)CC1=CC=C(O)C(C=2C(=CC=C(CC(N)C(O)=O)C=2)O)=C1 OQALFHMKVSJFRR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000002708 enhancing effect Effects 0.000 description 2
- 238000010265 fast atom bombardment Methods 0.000 description 2
- 229940029303 fibroblast growth factor-1 Drugs 0.000 description 2
- 238000009093 first-line therapy Methods 0.000 description 2
- 238000000684 flow cytometry Methods 0.000 description 2
- 229960002949 fluorouracil Drugs 0.000 description 2
- 238000013467 fragmentation Methods 0.000 description 2
- 238000006062 fragmentation reaction Methods 0.000 description 2
- 210000000232 gallbladder Anatomy 0.000 description 2
- 210000001035 gastrointestinal tract Anatomy 0.000 description 2
- 210000004907 gland Anatomy 0.000 description 2
- 125000000291 glutamic acid group Chemical group N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)* 0.000 description 2
- ZDXPYRJPNDTMRX-UHFFFAOYSA-N glutamine Natural products OC(=O)C(N)CCC(N)=O ZDXPYRJPNDTMRX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000006206 glycosylation reaction Methods 0.000 description 2
- 208000027124 goblet cell carcinoma Diseases 0.000 description 2
- 238000011194 good manufacturing practice Methods 0.000 description 2
- 230000012010 growth Effects 0.000 description 2
- 201000000459 head and neck squamous cell carcinoma Diseases 0.000 description 2
- 230000036541 health Effects 0.000 description 2
- 210000002216 heart Anatomy 0.000 description 2
- 229920001519 homopolymer Polymers 0.000 description 2
- 239000005556 hormone Substances 0.000 description 2
- 229940088597 hormone Drugs 0.000 description 2
- 210000005260 human cell Anatomy 0.000 description 2
- 210000004408 hybridoma Anatomy 0.000 description 2
- 125000001165 hydrophobic group Chemical group 0.000 description 2
- 210000002865 immune cell Anatomy 0.000 description 2
- 230000001900 immune effect Effects 0.000 description 2
- 238000002649 immunization Methods 0.000 description 2
- 229940124452 immunizing agent Drugs 0.000 description 2
- 230000016784 immunoglobulin production Effects 0.000 description 2
- 229940072221 immunoglobulins Drugs 0.000 description 2
- 238000003364 immunohistochemistry Methods 0.000 description 2
- 239000000568 immunological adjuvant Substances 0.000 description 2
- 230000001976 improved effect Effects 0.000 description 2
- 230000006698 induction Effects 0.000 description 2
- 230000005764 inhibitory process Effects 0.000 description 2
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 2
- 108010074108 interleukin-21 Proteins 0.000 description 2
- 238000007912 intraperitoneal administration Methods 0.000 description 2
- PGLTVOMIXTUURA-UHFFFAOYSA-N iodoacetamide Chemical compound NC(=O)CI PGLTVOMIXTUURA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 150000002500 ions Chemical class 0.000 description 2
- 239000002502 liposome Substances 0.000 description 2
- 230000004807 localization Effects 0.000 description 2
- 239000006166 lysate Substances 0.000 description 2
- 125000003588 lysine group Chemical group [H]N([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])(N([H])[H])C(*)=O 0.000 description 2
- 230000014759 maintenance of location Effects 0.000 description 2
- 230000035800 maturation Effects 0.000 description 2
- 230000010534 mechanism of action Effects 0.000 description 2
- 210000002752 melanocyte Anatomy 0.000 description 2
- 210000001616 monocyte Anatomy 0.000 description 2
- 238000002703 mutagenesis Methods 0.000 description 2
- 231100000350 mutagenesis Toxicity 0.000 description 2
- 210000005170 neoplastic cell Anatomy 0.000 description 2
- 230000001613 neoplastic effect Effects 0.000 description 2
- 230000007935 neutral effect Effects 0.000 description 2
- 238000007481 next generation sequencing Methods 0.000 description 2
- 238000002414 normal-phase solid-phase extraction Methods 0.000 description 2
- 238000010606 normalization Methods 0.000 description 2
- 210000004923 pancreatic tissue Anatomy 0.000 description 2
- 229940023041 peptide vaccine Drugs 0.000 description 2
- 210000005259 peripheral blood Anatomy 0.000 description 2
- 239000011886 peripheral blood Substances 0.000 description 2
- 210000005105 peripheral blood lymphocyte Anatomy 0.000 description 2
- 210000004303 peritoneum Anatomy 0.000 description 2
- 239000000546 pharmaceutical excipient Substances 0.000 description 2
- 239000000825 pharmaceutical preparation Substances 0.000 description 2
- OJUGVDODNPJEEC-UHFFFAOYSA-N phenylglyoxal Chemical compound O=CC(=O)C1=CC=CC=C1 OJUGVDODNPJEEC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 210000003635 pituitary gland Anatomy 0.000 description 2
- 210000004224 pleura Anatomy 0.000 description 2
- 229920000642 polymer Polymers 0.000 description 2
- 230000004481 post-translational protein modification Effects 0.000 description 2
- 230000037452 priming Effects 0.000 description 2
- 238000004393 prognosis Methods 0.000 description 2
- 201000001514 prostate carcinoma Diseases 0.000 description 2
- 108010043671 prostatic acid phosphatase Proteins 0.000 description 2
- 125000006239 protecting group Chemical group 0.000 description 2
- 230000009145 protein modification Effects 0.000 description 2
- 230000006337 proteolytic cleavage Effects 0.000 description 2
- 238000007347 radical substitution reaction Methods 0.000 description 2
- 238000011084 recovery Methods 0.000 description 2
- 230000010076 replication Effects 0.000 description 2
- 230000000717 retained effect Effects 0.000 description 2
- 230000001177 retroviral effect Effects 0.000 description 2
- 238000004007 reversed phase HPLC Methods 0.000 description 2
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 description 2
- 210000003705 ribosome Anatomy 0.000 description 2
- YGSDEFSMJLZEOE-UHFFFAOYSA-N salicylic acid Chemical compound OC(=O)C1=CC=CC=C1O YGSDEFSMJLZEOE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 210000003079 salivary gland Anatomy 0.000 description 2
- 108010038379 sargramostim Proteins 0.000 description 2
- 229960002530 sargramostim Drugs 0.000 description 2
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 2
- 238000009094 second-line therapy Methods 0.000 description 2
- BNRNXUUZRGQAQC-UHFFFAOYSA-N sildenafil Chemical compound CCCC1=NN(C)C(C(N2)=O)=C1N=C2C(C(=CC=1)OCC)=CC=1S(=O)(=O)N1CCN(C)CC1 BNRNXUUZRGQAQC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 210000002027 skeletal muscle Anatomy 0.000 description 2
- 210000003491 skin Anatomy 0.000 description 2
- 229960003787 sorafenib Drugs 0.000 description 2
- 230000009870 specific binding Effects 0.000 description 2
- 230000003595 spectral effect Effects 0.000 description 2
- 238000001228 spectrum Methods 0.000 description 2
- 210000000952 spleen Anatomy 0.000 description 2
- 238000001356 surgical procedure Methods 0.000 description 2
- 230000009897 systematic effect Effects 0.000 description 2
- 230000009885 systemic effect Effects 0.000 description 2
- 238000002626 targeted therapy Methods 0.000 description 2
- 229960000235 temsirolimus Drugs 0.000 description 2
- QFJCIRLUMZQUOT-UHFFFAOYSA-N temsirolimus Natural products C1CC(O)C(OC)CC1CC(C)C1OC(=O)C2CCCCN2C(=O)C(=O)C(O)(O2)C(C)CCC2CC(OC)C(C)=CC=CC=CC(C)CC(C)C(=O)C(OC)C(O)C(C)=CC(C)C(=O)C1 QFJCIRLUMZQUOT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 125000005931 tert-butyloxycarbonyl group Chemical group [H]C([H])([H])C(OC(*)=O)(C([H])([H])[H])C([H])([H])[H] 0.000 description 2
- 229940124597 therapeutic agent Drugs 0.000 description 2
- 210000001685 thyroid gland Anatomy 0.000 description 2
- 208000013077 thyroid gland carcinoma Diseases 0.000 description 2
- JOXIMZWYDAKGHI-UHFFFAOYSA-N toluene-4-sulfonic acid Chemical compound CC1=CC=C(S(O)(=O)=O)C=C1 JOXIMZWYDAKGHI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- VZCYOOQTPOCHFL-UHFFFAOYSA-N trans-butenedioic acid Natural products OC(=O)C=CC(O)=O VZCYOOQTPOCHFL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000001890 transfection Methods 0.000 description 2
- 238000011830 transgenic mouse model Methods 0.000 description 2
- 238000013519 translation Methods 0.000 description 2
- GETQZCLCWQTVFV-UHFFFAOYSA-N trimethylamine Chemical compound CN(C)C GETQZCLCWQTVFV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 241001430294 unidentified retrovirus Species 0.000 description 2
- 210000003932 urinary bladder Anatomy 0.000 description 2
- 239000012646 vaccine adjuvant Substances 0.000 description 2
- 229940124931 vaccine adjuvant Drugs 0.000 description 2
- 239000000277 virosome Substances 0.000 description 2
- 210000005253 yeast cell Anatomy 0.000 description 2
- QBYIENPQHBMVBV-HFEGYEGKSA-N (2R)-2-hydroxy-2-phenylacetic acid Chemical compound O[C@@H](C(O)=O)c1ccccc1.O[C@@H](C(O)=O)c1ccccc1 QBYIENPQHBMVBV-HFEGYEGKSA-N 0.000 description 1
- YXTKHLHCVFUPPT-YYFJYKOTSA-N (2s)-2-[[4-[(2-amino-5-formyl-4-oxo-1,6,7,8-tetrahydropteridin-6-yl)methylamino]benzoyl]amino]pentanedioic acid;(1r,2r)-1,2-dimethanidylcyclohexane;5-fluoro-1h-pyrimidine-2,4-dione;oxalic acid;platinum(2+) Chemical compound [Pt+2].OC(=O)C(O)=O.[CH2-][C@@H]1CCCC[C@H]1[CH2-].FC1=CNC(=O)NC1=O.C1NC=2NC(N)=NC(=O)C=2N(C=O)C1CNC1=CC=C(C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O)C=C1 YXTKHLHCVFUPPT-YYFJYKOTSA-N 0.000 description 1
- FYGDTMLNYKFZSV-URKRLVJHSA-N (2s,3r,4s,5s,6r)-2-[(2r,4r,5r,6s)-4,5-dihydroxy-2-(hydroxymethyl)-6-[(2r,4r,5r,6s)-4,5,6-trihydroxy-2-(hydroxymethyl)oxan-3-yl]oxyoxan-3-yl]oxy-6-(hydroxymethyl)oxane-3,4,5-triol Chemical compound O[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1OC1[C@@H](CO)O[C@@H](OC2[C@H](O[C@H](O)[C@H](O)[C@H]2O)CO)[C@H](O)[C@H]1O FYGDTMLNYKFZSV-URKRLVJHSA-N 0.000 description 1
- VEEGZPWAAPPXRB-BJMVGYQFSA-N (3e)-3-(1h-imidazol-5-ylmethylidene)-1h-indol-2-one Chemical compound O=C1NC2=CC=CC=C2\C1=C/C1=CN=CN1 VEEGZPWAAPPXRB-BJMVGYQFSA-N 0.000 description 1
- MZOFCQQQCNRIBI-VMXHOPILSA-N (3s)-4-[[(2s)-1-[[(2s)-1-[[(1s)-1-carboxy-2-hydroxyethyl]amino]-4-methyl-1-oxopentan-2-yl]amino]-5-(diaminomethylideneamino)-1-oxopentan-2-yl]amino]-3-[[2-[[(2s)-2,6-diaminohexanoyl]amino]acetyl]amino]-4-oxobutanoic acid Chemical compound OC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](CCCN=C(N)N)NC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)CNC(=O)[C@@H](N)CCCCN MZOFCQQQCNRIBI-VMXHOPILSA-N 0.000 description 1
- DMQYDVBIPXAAJA-VHXPQNKSSA-N (3z)-5-[(1-ethylpiperidin-4-yl)amino]-3-[(3-fluorophenyl)-(5-methyl-1h-imidazol-2-yl)methylidene]-1h-indol-2-one Chemical compound C1CN(CC)CCC1NC1=CC=C(NC(=O)\C2=C(/C=3NC=C(C)N=3)C=3C=C(F)C=CC=3)C2=C1 DMQYDVBIPXAAJA-VHXPQNKSSA-N 0.000 description 1
- BJEPYKJPYRNKOW-REOHCLBHSA-N (S)-malic acid Chemical compound OC(=O)[C@@H](O)CC(O)=O BJEPYKJPYRNKOW-REOHCLBHSA-N 0.000 description 1
- WBYWAXJHAXSJNI-VOTSOKGWSA-M .beta-Phenylacrylic acid Natural products [O-]C(=O)\C=C\C1=CC=CC=C1 WBYWAXJHAXSJNI-VOTSOKGWSA-M 0.000 description 1
- DHBXNPKRAUYBTH-UHFFFAOYSA-N 1,1-ethanedithiol Chemical compound CC(S)S DHBXNPKRAUYBTH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ASOKPJOREAFHNY-UHFFFAOYSA-N 1-Hydroxybenzotriazole Chemical compound C1=CC=C2N(O)N=NC2=C1 ASOKPJOREAFHNY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- KFDPCYZHENQOBV-UHFFFAOYSA-N 2-(bromomethyl)-4-nitrophenol Chemical compound OC1=CC=C([N+]([O-])=O)C=C1CBr KFDPCYZHENQOBV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- VUCNQOPCYRJCGQ-UHFFFAOYSA-N 2-[4-(hydroxymethyl)phenoxy]acetic acid Chemical class OCC1=CC=C(OCC(O)=O)C=C1 VUCNQOPCYRJCGQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- IOJUJUOXKXMJNF-UHFFFAOYSA-N 2-acetyloxybenzoic acid [3-(nitrooxymethyl)phenyl] ester Chemical compound CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)OC1=CC=CC(CO[N+]([O-])=O)=C1 IOJUJUOXKXMJNF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- IZQAUUVBKYXMET-UHFFFAOYSA-N 2-bromoethanamine Chemical compound NCCBr IZQAUUVBKYXMET-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- JQPFYXFVUKHERX-UHFFFAOYSA-N 2-hydroxy-2-cyclohexen-1-one Natural products OC1=CCCCC1=O JQPFYXFVUKHERX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102100035352 2-oxoisovalerate dehydrogenase subunit alpha, mitochondrial Human genes 0.000 description 1
- 102100024824 3 beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 7 Human genes 0.000 description 1
- HXHAJRMTJXHJJZ-UHFFFAOYSA-N 3-[(4-bromo-2,6-difluorophenyl)methoxy]-5-(4-pyrrolidin-1-ylbutylcarbamoylamino)-1,2-thiazole-4-carboxamide Chemical compound S1N=C(OCC=2C(=CC(Br)=CC=2F)F)C(C(=O)N)=C1NC(=O)NCCCCN1CCCC1 HXHAJRMTJXHJJZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- BMYNFMYTOJXKLE-UHFFFAOYSA-N 3-azaniumyl-2-hydroxypropanoate Chemical compound NCC(O)C(O)=O BMYNFMYTOJXKLE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- WHNPOQXWAMXPTA-UHFFFAOYSA-N 3-methylbut-2-enamide Chemical compound CC(C)=CC(N)=O WHNPOQXWAMXPTA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- XXJWYDDUDKYVKI-UHFFFAOYSA-N 4-[(4-fluoro-2-methyl-1H-indol-5-yl)oxy]-6-methoxy-7-[3-(1-pyrrolidinyl)propoxy]quinazoline Chemical compound COC1=CC2=C(OC=3C(=C4C=C(C)NC4=CC=3)F)N=CN=C2C=C1OCCCN1CCCC1 XXJWYDDUDKYVKI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 description 1
- 102100026802 72 kDa type IV collagenase Human genes 0.000 description 1
- 101710151806 72 kDa type IV collagenase Proteins 0.000 description 1
- QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-M Acetate Chemical compound CC([O-])=O QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 206010069754 Acquired gene mutation Diseases 0.000 description 1
- 102100022900 Actin, cytoplasmic 1 Human genes 0.000 description 1
- 108010085238 Actins Proteins 0.000 description 1
- 208000016557 Acute basophilic leukemia Diseases 0.000 description 1
- 101150061984 Adcy5 gene Proteins 0.000 description 1
- 208000036832 Adenocarcinoma of ovary Diseases 0.000 description 1
- 206010001197 Adenocarcinoma of the cervix Diseases 0.000 description 1
- 208000034246 Adenocarcinoma of the cervix uteri Diseases 0.000 description 1
- 241000321096 Adenoides Species 0.000 description 1
- 206010001233 Adenoma benign Diseases 0.000 description 1
- 102100032161 Adenylate cyclase type 5 Human genes 0.000 description 1
- 102100036799 Adhesion G-protein coupled receptor V1 Human genes 0.000 description 1
- 101710096099 Adhesion G-protein coupled receptor V1 Proteins 0.000 description 1
- 102100024092 Aldo-keto reductase family 1 member C4 Human genes 0.000 description 1
- 101710117290 Aldo-keto reductase family 1 member C4 Proteins 0.000 description 1
- PQSUYGKTWSAVDQ-UHFFFAOYSA-N Aldosterone Natural products C1CC2C3CCC(C(=O)CO)C3(C=O)CC(O)C2C2(C)C1=CC(=O)CC2 PQSUYGKTWSAVDQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- PQSUYGKTWSAVDQ-ZVIOFETBSA-N Aldosterone Chemical compound C([C@@]1([C@@H](C(=O)CO)CC[C@H]1[C@@H]1CC2)C=O)[C@H](O)[C@@H]1[C@]1(C)C2=CC(=O)CC1 PQSUYGKTWSAVDQ-ZVIOFETBSA-N 0.000 description 1
- 208000037540 Alveolar soft tissue sarcoma Diseases 0.000 description 1
- VHUUQVKOLVNVRT-UHFFFAOYSA-N Ammonium hydroxide Chemical compound [NH4+].[OH-] VHUUQVKOLVNVRT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010049777 Ankyrins Proteins 0.000 description 1
- 102000008102 Ankyrins Human genes 0.000 description 1
- 241000272478 Aquila Species 0.000 description 1
- 239000004475 Arginine Substances 0.000 description 1
- 102100020998 Aspartate beta-hydroxylase domain-containing protein 1 Human genes 0.000 description 1
- 241000228212 Aspergillus Species 0.000 description 1
- 244000186140 Asperula odorata Species 0.000 description 1
- 208000003950 B-cell lymphoma Diseases 0.000 description 1
- 108010074708 B7-H1 Antigen Proteins 0.000 description 1
- BXTVQNYQYUTQAZ-UHFFFAOYSA-N BNPS-skatole Chemical compound N=1C2=CC=CC=C2C(C)(Br)C=1SC1=CC=CC=C1[N+]([O-])=O BXTVQNYQYUTQAZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 244000063299 Bacillus subtilis Species 0.000 description 1
- 235000014469 Bacillus subtilis Nutrition 0.000 description 1
- 108020000946 Bacterial DNA Proteins 0.000 description 1
- 108020004513 Bacterial RNA Proteins 0.000 description 1
- 102100021663 Baculoviral IAP repeat-containing protein 5 Human genes 0.000 description 1
- 208000033775 Basophilic Acute Leukemia Diseases 0.000 description 1
- 239000005711 Benzoic acid Substances 0.000 description 1
- 229920002498 Beta-glucan Polymers 0.000 description 1
- 125000001433 C-terminal amino-acid group Chemical group 0.000 description 1
- 210000001266 CD8-positive T-lymphocyte Anatomy 0.000 description 1
- 210000001239 CD8-positive, alpha-beta cytotoxic T lymphocyte Anatomy 0.000 description 1
- 206010006895 Cachexia Diseases 0.000 description 1
- 101100314454 Caenorhabditis elegans tra-1 gene Proteins 0.000 description 1
- OYPRJOBELJOOCE-UHFFFAOYSA-N Calcium Chemical compound [Ca] OYPRJOBELJOOCE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102100025570 Cancer/testis antigen 1 Human genes 0.000 description 1
- 208000010667 Carcinoma of liver and intrahepatic biliary tract Diseases 0.000 description 1
- 102000014914 Carrier Proteins Human genes 0.000 description 1
- 102100026550 Caspase-9 Human genes 0.000 description 1
- 108090000566 Caspase-9 Proteins 0.000 description 1
- 206010007953 Central nervous system lymphoma Diseases 0.000 description 1
- 102100031220 Centrosomal protein of 44 kDa Human genes 0.000 description 1
- 101710118432 Centrosomal protein of 44 kDa Proteins 0.000 description 1
- VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-M Chloride anion Chemical compound [Cl-] VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 102100029319 Chondroitin sulfate synthase 2 Human genes 0.000 description 1
- 108090000317 Chymotrypsin Proteins 0.000 description 1
- 102100026328 Ciliogenesis and planar polarity effector 1 Human genes 0.000 description 1
- WBYWAXJHAXSJNI-SREVYHEPSA-N Cinnamic acid Chemical compound OC(=O)\C=C/C1=CC=CC=C1 WBYWAXJHAXSJNI-SREVYHEPSA-N 0.000 description 1
- 101100007328 Cocos nucifera COS-1 gene Proteins 0.000 description 1
- 102100024079 Coiled-coil and C2 domain-containing protein 2A Human genes 0.000 description 1
- 206010052358 Colorectal cancer metastatic Diseases 0.000 description 1
- 102100037299 Conserved oligomeric Golgi complex subunit 7 Human genes 0.000 description 1
- 241000723655 Cowpea mosaic virus Species 0.000 description 1
- 239000004971 Cross linker Substances 0.000 description 1
- JPVYNHNXODAKFH-UHFFFAOYSA-N Cu2+ Chemical compound [Cu+2] JPVYNHNXODAKFH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010058546 Cyclin D1 Proteins 0.000 description 1
- 108010025464 Cyclin-Dependent Kinase 4 Proteins 0.000 description 1
- 102100036252 Cyclin-dependent kinase 4 Human genes 0.000 description 1
- 150000008574 D-amino acids Chemical class 0.000 description 1
- YVGGHNCTFXOJCH-UHFFFAOYSA-N DDT Chemical compound C1=CC(Cl)=CC=C1C(C(Cl)(Cl)Cl)C1=CC=C(Cl)C=C1 YVGGHNCTFXOJCH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108091008102 DNA aptamers Proteins 0.000 description 1
- 230000004536 DNA copy number loss Effects 0.000 description 1
- 230000007067 DNA methylation Effects 0.000 description 1
- 238000000018 DNA microarray Methods 0.000 description 1
- 230000004543 DNA replication Effects 0.000 description 1
- 230000006820 DNA synthesis Effects 0.000 description 1
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 description 1
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- 102000004163 DNA-directed RNA polymerases Human genes 0.000 description 1
- 108090000626 DNA-directed RNA polymerases Proteins 0.000 description 1
- 206010073135 Dedifferentiated liposarcoma Diseases 0.000 description 1
- 102100037699 Dehydrogenase/reductase SDR family member 7B Human genes 0.000 description 1
- 241000702421 Dependoparvovirus Species 0.000 description 1
- 208000008743 Desmoplastic Small Round Cell Tumor Diseases 0.000 description 1
- 206010064581 Desmoplastic small round cell tumour Diseases 0.000 description 1
- FEWJPZIEWOKRBE-JCYAYHJZSA-N Dextrotartaric acid Chemical compound OC(=O)[C@H](O)[C@@H](O)C(O)=O FEWJPZIEWOKRBE-JCYAYHJZSA-N 0.000 description 1
- QOSSAOTZNIDXMA-UHFFFAOYSA-N Dicylcohexylcarbodiimide Chemical compound C1CCCCC1N=C=NC1CCCCC1 QOSSAOTZNIDXMA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 208000002699 Digestive System Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- BWGNESOTFCXPMA-UHFFFAOYSA-N Dihydrogen disulfide Chemical compound SS BWGNESOTFCXPMA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108090000204 Dipeptidase 1 Proteins 0.000 description 1
- 206010059866 Drug resistance Diseases 0.000 description 1
- 101150082224 Dusp14 gene Proteins 0.000 description 1
- 102100023149 E3 ubiquitin-protein ligase MARCHF6 Human genes 0.000 description 1
- 102000001301 EGF receptor Human genes 0.000 description 1
- 108060006698 EGF receptor Proteins 0.000 description 1
- 208000017701 Endocrine disease Diseases 0.000 description 1
- 108010042407 Endonucleases Proteins 0.000 description 1
- 102000004533 Endonucleases Human genes 0.000 description 1
- 108010059378 Endopeptidases Proteins 0.000 description 1
- 102000005593 Endopeptidases Human genes 0.000 description 1
- 102100021469 Equilibrative nucleoside transporter 1 Human genes 0.000 description 1
- HKVAMNSJSFKALM-GKUWKFKPSA-N Everolimus Chemical compound C1C[C@@H](OCCO)[C@H](OC)C[C@@H]1C[C@@H](C)[C@H]1OC(=O)[C@@H]2CCCCN2C(=O)C(=O)[C@](O)(O2)[C@H](C)CC[C@H]2C[C@H](OC)/C(C)=C/C=C/C=C/[C@@H](C)C[C@@H](C)C(=O)[C@H](OC)[C@H](O)/C(C)=C/[C@@H](C)C(=O)C1 HKVAMNSJSFKALM-GKUWKFKPSA-N 0.000 description 1
- 240000008168 Ficus benjamina Species 0.000 description 1
- 241001290006 Fissurella Species 0.000 description 1
- 241000233866 Fungi Species 0.000 description 1
- 229910052688 Gadolinium Inorganic materials 0.000 description 1
- 235000008526 Galium odoratum Nutrition 0.000 description 1
- 241001663880 Gammaretrovirus Species 0.000 description 1
- 206010061968 Gastric neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 206010051066 Gastrointestinal stromal tumour Diseases 0.000 description 1
- WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N Glucose Natural products OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N 0.000 description 1
- 102100041003 Glutamate carboxypeptidase 2 Human genes 0.000 description 1
- SXRSQZLOMIGNAQ-UHFFFAOYSA-N Glutaraldehyde Chemical compound O=CCCCC=O SXRSQZLOMIGNAQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108060005986 Granzyme Proteins 0.000 description 1
- 102000001398 Granzyme Human genes 0.000 description 1
- 101150009006 HIS3 gene Proteins 0.000 description 1
- 102100031628 Heat shock 70 kDa protein 12A Human genes 0.000 description 1
- 101710190267 Heat shock factor protein 4 Proteins 0.000 description 1
- 102000001554 Hemoglobins Human genes 0.000 description 1
- 108010054147 Hemoglobins Proteins 0.000 description 1
- 206010073069 Hepatic cancer Diseases 0.000 description 1
- 101000597665 Homo sapiens 2-oxoisovalerate dehydrogenase subunit alpha, mitochondrial Proteins 0.000 description 1
- 101000761592 Homo sapiens 3 beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 7 Proteins 0.000 description 1
- 101000775478 Homo sapiens Adenylate cyclase type 5 Proteins 0.000 description 1
- 101000783712 Homo sapiens Alpha-2-antiplasmin Proteins 0.000 description 1
- 101000783987 Homo sapiens Aspartate beta-hydroxylase domain-containing protein 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000856237 Homo sapiens Cancer/testis antigen 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000855375 Homo sapiens Ciliogenesis and planar polarity effector 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000910414 Homo sapiens Coiled-coil and C2 domain-containing protein 2A Proteins 0.000 description 1
- 101000953009 Homo sapiens Conserved oligomeric Golgi complex subunit 7 Proteins 0.000 description 1
- 101000880879 Homo sapiens Dehydrogenase/reductase SDR family member 7B Proteins 0.000 description 1
- 101000978676 Homo sapiens E3 ubiquitin-protein ligase MARCHF6 Proteins 0.000 description 1
- 101000980756 Homo sapiens G1/S-specific cyclin-D1 Proteins 0.000 description 1
- 101000892862 Homo sapiens Glutamate carboxypeptidase 2 Proteins 0.000 description 1
- 101000866485 Homo sapiens Heat shock 70 kDa protein 12A Proteins 0.000 description 1
- 101000852543 Homo sapiens Importin-4 Proteins 0.000 description 1
- 101100126930 Homo sapiens KCNK15 gene Proteins 0.000 description 1
- 101001047014 Homo sapiens Kelch repeat and BTB domain-containing protein 3 Proteins 0.000 description 1
- 101000608935 Homo sapiens Leukosialin Proteins 0.000 description 1
- 101000990902 Homo sapiens Matrix metalloproteinase-9 Proteins 0.000 description 1
- 101000578784 Homo sapiens Melanoma antigen recognized by T-cells 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000636558 Homo sapiens Mitotic-spindle organizing protein 2A Proteins 0.000 description 1
- 101000636555 Homo sapiens Mitotic-spindle organizing protein 2B Proteins 0.000 description 1
- 101001133056 Homo sapiens Mucin-1 Proteins 0.000 description 1
- 101001111250 Homo sapiens NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial Proteins 0.000 description 1
- 101000996109 Homo sapiens Neuroligin-4, Y-linked Proteins 0.000 description 1
- 101001064774 Homo sapiens Peroxidasin-like protein Proteins 0.000 description 1
- 101000923322 Homo sapiens Phospholipid-transporting ATPase IH Proteins 0.000 description 1
- 101000974737 Homo sapiens Potassium channel subfamily K member 15 Proteins 0.000 description 1
- 101001049835 Homo sapiens Potassium channel subfamily K member 3 Proteins 0.000 description 1
- 101001052471 Homo sapiens Probable ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase MINDY-4 Proteins 0.000 description 1
- 101000595904 Homo sapiens Procollagen-lysine,2-oxoglutarate 5-dioxygenase 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000844010 Homo sapiens Protein tweety homolog 3 Proteins 0.000 description 1
- 101000703439 Homo sapiens Rho GTPase-activating protein 42 Proteins 0.000 description 1
- 101000936731 Homo sapiens Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000936922 Homo sapiens Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 2 Proteins 0.000 description 1
- 101000889460 Homo sapiens Serine/threonine-protein phosphatase 6 regulatory ankyrin repeat subunit C Proteins 0.000 description 1
- 101000633153 Homo sapiens Sorting nexin-13 Proteins 0.000 description 1
- 101000876149 Homo sapiens Synapse differentiation-inducing gene protein 1-like Proteins 0.000 description 1
- 101000798076 Homo sapiens T cell receptor delta constant Proteins 0.000 description 1
- 101000653469 Homo sapiens T-complex protein 1 subunit zeta Proteins 0.000 description 1
- 101000670226 Homo sapiens Threonine synthase-like 2 Proteins 0.000 description 1
- 101000669460 Homo sapiens Toll-like receptor 5 Proteins 0.000 description 1
- 101000649115 Homo sapiens Translocating chain-associated membrane protein 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000662967 Homo sapiens Transmembrane protein 91 Proteins 0.000 description 1
- 101000801742 Homo sapiens Triosephosphate isomerase Proteins 0.000 description 1
- 101000806601 Homo sapiens V-type proton ATPase catalytic subunit A Proteins 0.000 description 1
- 101000818706 Homo sapiens Zinc finger protein 618 Proteins 0.000 description 1
- 101000991054 Homo sapiens [F-actin]-monooxygenase MICAL3 Proteins 0.000 description 1
- 102000002265 Human Growth Hormone Human genes 0.000 description 1
- 108010000521 Human Growth Hormone Proteins 0.000 description 1
- 239000000854 Human Growth Hormone Substances 0.000 description 1
- 108090000144 Human Proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000003839 Human Proteins Human genes 0.000 description 1
- 241000701024 Human betaherpesvirus 5 Species 0.000 description 1
- 102000009786 Immunoglobulin Constant Regions Human genes 0.000 description 1
- 108010009817 Immunoglobulin Constant Regions Proteins 0.000 description 1
- 108700005091 Immunoglobulin Genes Proteins 0.000 description 1
- 108010079585 Immunoglobulin Subunits Proteins 0.000 description 1
- 102000012745 Immunoglobulin Subunits Human genes 0.000 description 1
- 108010067060 Immunoglobulin Variable Region Proteins 0.000 description 1
- 102000017727 Immunoglobulin Variable Region Human genes 0.000 description 1
- 108010004020 Immunoglobulin lambda-Chains Proteins 0.000 description 1
- 102100036341 Importin-4 Human genes 0.000 description 1
- 206010061218 Inflammation Diseases 0.000 description 1
- 206010022489 Insulin Resistance Diseases 0.000 description 1
- 108010064593 Intercellular Adhesion Molecule-1 Proteins 0.000 description 1
- 102100037877 Intercellular adhesion molecule 1 Human genes 0.000 description 1
- 108090000467 Interferon-beta Proteins 0.000 description 1
- 102000003996 Interferon-beta Human genes 0.000 description 1
- 108010002352 Interleukin-1 Proteins 0.000 description 1
- 102000000589 Interleukin-1 Human genes 0.000 description 1
- 102000003816 Interleukin-13 Human genes 0.000 description 1
- 108090000176 Interleukin-13 Proteins 0.000 description 1
- 108090000172 Interleukin-15 Proteins 0.000 description 1
- 102100030703 Interleukin-22 Human genes 0.000 description 1
- 108010065637 Interleukin-23 Proteins 0.000 description 1
- 108090000978 Interleukin-4 Proteins 0.000 description 1
- 102000004388 Interleukin-4 Human genes 0.000 description 1
- 108090001005 Interleukin-6 Proteins 0.000 description 1
- 108010002586 Interleukin-7 Proteins 0.000 description 1
- 102000015696 Interleukins Human genes 0.000 description 1
- 108010063738 Interleukins Proteins 0.000 description 1
- 101150043513 KCNK15 gene Proteins 0.000 description 1
- 102100022837 Kelch repeat and BTB domain-containing protein 3 Human genes 0.000 description 1
- QNAYBMKLOCPYGJ-REOHCLBHSA-N L-alanine Chemical compound C[C@H](N)C(O)=O QNAYBMKLOCPYGJ-REOHCLBHSA-N 0.000 description 1
- AGPKZVBTJJNPAG-WHFBIAKZSA-N L-isoleucine Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(O)=O AGPKZVBTJJNPAG-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 1
- 102000003855 L-lactate dehydrogenase Human genes 0.000 description 1
- 108700023483 L-lactate dehydrogenases Proteins 0.000 description 1
- ROHFNLRQFUQHCH-YFKPBYRVSA-N L-leucine Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(O)=O ROHFNLRQFUQHCH-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 1
- QIVBCDIJIAJPQS-VIFPVBQESA-N L-tryptophane Chemical compound C1=CC=C2C(C[C@H](N)C(O)=O)=CNC2=C1 QIVBCDIJIAJPQS-VIFPVBQESA-N 0.000 description 1
- 241000134253 Lanka Species 0.000 description 1
- 206010023825 Laryngeal cancer Diseases 0.000 description 1
- ROHFNLRQFUQHCH-UHFFFAOYSA-N Leucine Natural products CC(C)CC(N)C(O)=O ROHFNLRQFUQHCH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102100039564 Leukosialin Human genes 0.000 description 1
- 206010050017 Lung cancer metastatic Diseases 0.000 description 1
- 102000004083 Lymphotoxin-alpha Human genes 0.000 description 1
- 108090000542 Lymphotoxin-alpha Proteins 0.000 description 1
- 102000043136 MAP kinase family Human genes 0.000 description 1
- 108091054455 MAP kinase family Proteins 0.000 description 1
- 108010010995 MART-1 Antigen Proteins 0.000 description 1
- 102000044235 MICAL3 Human genes 0.000 description 1
- PEEHTFAAVSWFBL-UHFFFAOYSA-N Maleimide Chemical compound O=C1NC(=O)C=C1 PEEHTFAAVSWFBL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 description 1
- 229920000057 Mannan Polymers 0.000 description 1
- 102100030412 Matrix metalloproteinase-9 Human genes 0.000 description 1
- 102000000440 Melanoma-associated antigen Human genes 0.000 description 1
- 108050008953 Melanoma-associated antigen Proteins 0.000 description 1
- 208000002030 Merkel cell carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 206010059282 Metastases to central nervous system Diseases 0.000 description 1
- 206010027458 Metastases to lung Diseases 0.000 description 1
- 108700011259 MicroRNAs Proteins 0.000 description 1
- 208000032818 Microsatellite Instability Diseases 0.000 description 1
- 102100031965 Mitotic-spindle organizing protein 2A Human genes 0.000 description 1
- 102100031966 Mitotic-spindle organizing protein 2B Human genes 0.000 description 1
- 102100034256 Mucin-1 Human genes 0.000 description 1
- 241000699660 Mus musculus Species 0.000 description 1
- 108010021466 Mutant Proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000008300 Mutant Proteins Human genes 0.000 description 1
- GUVMFDICMFQHSZ-UHFFFAOYSA-N N-(1-aminoethenyl)-1-[4-[[5-(4-amino-5-methyl-2-oxopyrimidin-1-yl)-3-[[5-(4-amino-5-methyl-2-oxopyrimidin-1-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(4-amino-5-methyl-2-oxopyrimidin-1-yl)-3-[[5-(4-amino-5-methyl-2-oxopyrimidin-1-yl)-3-[[5-(4-amino-5-methyl-2-oxopyrimidin-1-yl)-3-[[5-(4-amino-5-methyl-2-oxopyrimidin-1-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[hydroxy-[[3-[hydroxy-[[3-hydroxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy]phosphinothioyl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy]phosphinothioyl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphinothioyl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphinothioyl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphinothioyl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphinothioyl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphinothioyl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphinothioyl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphinothioyl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphinothioyl]oxy-5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphinothioyl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphinothioyl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphinothioyl]oxy-5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphinothioyl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphinothioyl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphinothioyl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphinothioyl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphinothioyl]oxy-5-[[[2-[[[2-[[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-2-[[[5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)-2-[[hydroxy-[2-(hydroxymethyl)-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-3-yl]oxyphosphinothioyl]oxymethyl]oxolan-3-yl]oxy-hydroxyphosphinothioyl]oxymethyl]oxolan-3-yl]oxy-hydroxyphosphinothioyl]oxymethyl]-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-3-yl]oxy-hydroxyphosphinothioyl]oxymethyl]-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-3-yl]oxy-hydroxyphosphinothioyl]oxymethyl]oxolan-2-yl]-5-methylimidazole-4-carboxamide Chemical compound CC1=C(C(=O)NC(N)=C)N=CN1C1OC(COP(O)(=S)OC2C(OC(C2)N2C(N=C(N)C=C2)=O)COP(O)(=S)OC2C(OC(C2)N2C(NC(=O)C(C)=C2)=O)COP(O)(=S)OC2C(OC(C2)N2C3=C(C(NC(N)=N3)=O)N=C2)COP(O)(=S)OC2C(OC(C2)N2C(N=C(N)C=C2)=O)COP(O)(=S)OC2C(OC(C2)N2C(NC(=O)C(C)=C2)=O)CO)C(OP(O)(=S)OCC2C(CC(O2)N2C(N=C(N)C(C)=C2)=O)OP(O)(=S)OCC2C(CC(O2)N2C(N=C(N)C(C)=C2)=O)OP(O)(=S)OCC2C(CC(O2)N2C(NC(=O)C(C)=C2)=O)OP(O)(=S)OCC2C(CC(O2)N2C(NC(=O)C(C)=C2)=O)OP(O)(=S)OCC2C(CC(O2)N2C3=C(C(NC(N)=N3)=O)N=C2)OP(O)(=S)OCC2C(CC(O2)N2C(NC(=O)C(C)=C2)=O)OP(O)(=S)OCC2C(CC(O2)N2C(N=C(N)C=C2)=O)OP(O)(=S)OCC2C(CC(O2)N2C3=C(C(NC(N)=N3)=O)N=C2)OP(O)(=S)OCC2C(CC(O2)N2C(N=C(N)C(C)=C2)=O)OP(O)(=S)OCC2C(CC(O2)N2C(N=C(N)C(C)=C2)=O)OP(O)(=S)OCC2C(CC(O2)N2C(N=C(N)C(C)=C2)=O)OP(O)(=S)OCC2C(CC(O2)N2C(N=C(N)C(C)=C2)=O)OP(O)(=S)OCC2C(CC(O2)N2C3=C(C(NC(N)=N3)=O)N=C2)OP(O)(=S)OCC2C(CC(O2)N2C(NC(=O)C(C)=C2)=O)OP(O)(=S)OCC2C(CC(O2)N2C(N=C(N)C=C2)=O)OP(O)(=S)OCC2C(CC(O2)N2C3=C(C(NC(N)=N3)=O)N=C2)OP(O)(=S)OCC2C(CC(O2)N2C(NC(=O)C(C)=C2)=O)OP(O)(=S)OCC2C(CC(O2)N2C(NC(=O)C(C)=C2)=O)O)C1 GUVMFDICMFQHSZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- VIHYIVKEECZGOU-UHFFFAOYSA-N N-acetylimidazole Chemical compound CC(=O)N1C=CN=C1 VIHYIVKEECZGOU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010084333 N-palmitoyl-S-(2,3-bis(palmitoyloxy)propyl)cysteinyl-seryl-lysyl-lysyl-lysyl-lysine Proteins 0.000 description 1
- 102100023953 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial Human genes 0.000 description 1
- 229930193140 Neomycin Natural products 0.000 description 1
- 206010061309 Neoplasm progression Diseases 0.000 description 1
- 208000034176 Neoplasms, Germ Cell and Embryonal Diseases 0.000 description 1
- 208000008846 Neurocytoma Diseases 0.000 description 1
- 206010029266 Neuroendocrine carcinoma of the skin Diseases 0.000 description 1
- 102100034448 Neuroligin-4, Y-linked Human genes 0.000 description 1
- GRYLNZFGIOXLOG-UHFFFAOYSA-N Nitric acid Chemical compound O[N+]([O-])=O GRYLNZFGIOXLOG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102100022883 Nuclear receptor coactivator 3 Human genes 0.000 description 1
- 108700001237 Nucleic Acid-Based Vaccines Proteins 0.000 description 1
- 230000004989 O-glycosylation Effects 0.000 description 1
- 108700006640 OspA Proteins 0.000 description 1
- 206010061328 Ovarian epithelial cancer Diseases 0.000 description 1
- 239000012648 POLY-ICLC Substances 0.000 description 1
- 208000000821 Parathyroid Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 206010033964 Parathyroid tumour benign Diseases 0.000 description 1
- 102000057297 Pepsin A Human genes 0.000 description 1
- 108090000284 Pepsin A Proteins 0.000 description 1
- 101800001442 Peptide pr Proteins 0.000 description 1
- 102100031894 Peroxidasin-like protein Human genes 0.000 description 1
- 102000011755 Phosphoglycerate Kinase Human genes 0.000 description 1
- 102100032688 Phospholipid-transporting ATPase IH Human genes 0.000 description 1
- 239000004952 Polyamide Substances 0.000 description 1
- 239000004793 Polystyrene Substances 0.000 description 1
- 102100022797 Potassium channel subfamily K member 15 Human genes 0.000 description 1
- 102100023207 Potassium channel subfamily K member 3 Human genes 0.000 description 1
- 101710093543 Probable non-specific lipid-transfer protein Proteins 0.000 description 1
- 102100024191 Probable ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase MINDY-4 Human genes 0.000 description 1
- 102100035202 Procollagen-lysine,2-oxoglutarate 5-dioxygenase 1 Human genes 0.000 description 1
- 102100024216 Programmed cell death 1 ligand 1 Human genes 0.000 description 1
- 108010029485 Protein Isoforms Proteins 0.000 description 1
- 102000001708 Protein Isoforms Human genes 0.000 description 1
- 102100032186 Protein tweety homolog 3 Human genes 0.000 description 1
- 108090000412 Protein-Tyrosine Kinases Proteins 0.000 description 1
- 102000004022 Protein-Tyrosine Kinases Human genes 0.000 description 1
- IWYDHOAUDWTVEP-UHFFFAOYSA-N R-2-phenyl-2-hydroxyacetic acid Natural products OC(=O)C(O)C1=CC=CC=C1 IWYDHOAUDWTVEP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108020005067 RNA Splice Sites Proteins 0.000 description 1
- 238000012228 RNA interference-mediated gene silencing Methods 0.000 description 1
- 229940127361 Receptor Tyrosine Kinase Inhibitors Drugs 0.000 description 1
- 108020005091 Replication Origin Proteins 0.000 description 1
- 201000000582 Retinoblastoma Diseases 0.000 description 1
- 208000008938 Rhabdoid tumor Diseases 0.000 description 1
- 102100030757 Rho GTPase-activating protein 42 Human genes 0.000 description 1
- 101100394989 Rhodopseudomonas palustris (strain ATCC BAA-98 / CGA009) hisI gene Proteins 0.000 description 1
- 108091006754 SLC22A11 Proteins 0.000 description 1
- 108091006530 SLC28A1 Proteins 0.000 description 1
- 108091006531 SLC28A3 Proteins 0.000 description 1
- 108091006551 SLC29A1 Proteins 0.000 description 1
- 102100027697 Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 1 Human genes 0.000 description 1
- 102100027732 Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 2 Human genes 0.000 description 1
- 108020004487 Satellite DNA Proteins 0.000 description 1
- 241000555745 Sciuridae Species 0.000 description 1
- MTCFGRXMJLQNBG-UHFFFAOYSA-N Serine Natural products OCC(N)C(O)=O MTCFGRXMJLQNBG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102100039149 Serine/threonine-protein phosphatase 6 regulatory ankyrin repeat subunit C Human genes 0.000 description 1
- 108010089417 Sex Hormone-Binding Globulin Proteins 0.000 description 1
- 102100030758 Sex hormone-binding globulin Human genes 0.000 description 1
- 108020004682 Single-Stranded DNA Proteins 0.000 description 1
- 108020004459 Small interfering RNA Proteins 0.000 description 1
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 102100023116 Sodium/nucleoside cotransporter 1 Human genes 0.000 description 1
- 102100021493 Solute carrier family 22 member 11 Human genes 0.000 description 1
- 102100035270 Solute carrier family 22 member 7 Human genes 0.000 description 1
- 101710102689 Solute carrier family 22 member 7 Proteins 0.000 description 1
- 102100021470 Solute carrier family 28 member 3 Human genes 0.000 description 1
- 102100029606 Sorting nexin-13 Human genes 0.000 description 1
- 241000713880 Spleen focus-forming virus Species 0.000 description 1
- 241000713896 Spleen necrosis virus Species 0.000 description 1
- 208000013128 Squamous cell carcinoma of pancreas Diseases 0.000 description 1
- 206010041857 Squamous cell carcinoma of the oral cavity Diseases 0.000 description 1
- 108010090804 Streptavidin Proteins 0.000 description 1
- KDYFGRWQOYBRFD-UHFFFAOYSA-N Succinic acid Natural products OC(=O)CCC(O)=O KDYFGRWQOYBRFD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010002687 Survivin Proteins 0.000 description 1
- 102100036043 Synapse differentiation-inducing gene protein 1-like Human genes 0.000 description 1
- 108700005078 Synthetic Genes Proteins 0.000 description 1
- 102100032272 T cell receptor delta constant Human genes 0.000 description 1
- 208000000389 T-cell leukemia Diseases 0.000 description 1
- 208000028530 T-cell lymphoblastic leukemia/lymphoma Diseases 0.000 description 1
- 102100030664 T-complex protein 1 subunit zeta Human genes 0.000 description 1
- 102000003714 TNF receptor-associated factor 6 Human genes 0.000 description 1
- 108090000009 TNF receptor-associated factor 6 Proteins 0.000 description 1
- FEWJPZIEWOKRBE-UHFFFAOYSA-N Tartaric acid Natural products [H+].[H+].[O-]C(=O)C(O)C(O)C([O-])=O FEWJPZIEWOKRBE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010017842 Telomerase Proteins 0.000 description 1
- BPEGJWRSRHCHSN-UHFFFAOYSA-N Temozolomide Chemical compound O=C1N(C)N=NC2=C(C(N)=O)N=CN21 BPEGJWRSRHCHSN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- NYTOUQBROMCLBJ-UHFFFAOYSA-N Tetranitromethane Chemical compound [O-][N+](=O)C([N+]([O-])=O)([N+]([O-])=O)[N+]([O-])=O NYTOUQBROMCLBJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101001099217 Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / DSM 3109 / JCM 10099 / NBRC 100826 / MSB8) Triosephosphate isomerase Proteins 0.000 description 1
- RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-N Thiophosphoric acid Chemical group OP(O)(S)=O RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- AYFVYJQAPQTCCC-UHFFFAOYSA-N Threonine Natural products CC(O)C(N)C(O)=O AYFVYJQAPQTCCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000004473 Threonine Substances 0.000 description 1
- 102100039276 Threonine synthase-like 2 Human genes 0.000 description 1
- 102100039357 Toll-like receptor 5 Human genes 0.000 description 1
- 102000040945 Transcription factor Human genes 0.000 description 1
- 108091023040 Transcription factor Proteins 0.000 description 1
- 108020004566 Transfer RNA Proteins 0.000 description 1
- 102100037638 Transmembrane protein 91 Human genes 0.000 description 1
- DTQVDTLACAAQTR-UHFFFAOYSA-M Trifluoroacetate Chemical compound [O-]C(=O)C(F)(F)F DTQVDTLACAAQTR-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 102100033598 Triosephosphate isomerase Human genes 0.000 description 1
- 108090000631 Trypsin Proteins 0.000 description 1
- 102000004142 Trypsin Human genes 0.000 description 1
- QIVBCDIJIAJPQS-UHFFFAOYSA-N Tryptophan Natural products C1=CC=C2C(CC(N)C(O)=O)=CNC2=C1 QIVBCDIJIAJPQS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102100039094 Tyrosinase Human genes 0.000 description 1
- 108060008724 Tyrosinase Proteins 0.000 description 1
- 108090000848 Ubiquitin Proteins 0.000 description 1
- 102000044159 Ubiquitin Human genes 0.000 description 1
- 102100037466 V-type proton ATPase catalytic subunit A Human genes 0.000 description 1
- 101150025072 VKORC1 gene Proteins 0.000 description 1
- 241000700618 Vaccinia virus Species 0.000 description 1
- 206010046865 Vaccinia virus infection Diseases 0.000 description 1
- SECKRCOLJRRGGV-UHFFFAOYSA-N Vardenafil Chemical compound CCCC1=NC(C)=C(C(N=2)=O)N1NC=2C(C(=CC=1)OCC)=CC=1S(=O)(=O)N1CCN(CC)CC1 SECKRCOLJRRGGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108020005202 Viral DNA Proteins 0.000 description 1
- 108020000999 Viral RNA Proteins 0.000 description 1
- 229930003448 Vitamin K Natural products 0.000 description 1
- 108091093126 WHP Posttrascriptional Response Element Proteins 0.000 description 1
- 108700020467 WT1 Proteins 0.000 description 1
- 101150084041 WT1 gene Proteins 0.000 description 1
- 102100021103 Zinc finger protein 618 Human genes 0.000 description 1
- 230000002159 abnormal effect Effects 0.000 description 1
- KRHYYFGTRYWZRS-BJUDXGSMSA-N ac1l2y5h Chemical compound [18FH] KRHYYFGTRYWZRS-BJUDXGSMSA-N 0.000 description 1
- 125000002777 acetyl group Chemical group [H]C([H])([H])C(*)=O 0.000 description 1
- 238000005903 acid hydrolysis reaction Methods 0.000 description 1
- 230000003213 activating effect Effects 0.000 description 1
- 230000010933 acylation Effects 0.000 description 1
- 238000005917 acylation reaction Methods 0.000 description 1
- 239000000654 additive Substances 0.000 description 1
- 208000009956 adenocarcinoma Diseases 0.000 description 1
- 210000002534 adenoid Anatomy 0.000 description 1
- 208000002517 adenoid cystic carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 201000011091 adenosquamous gallbladder carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 238000011467 adoptive cell therapy Methods 0.000 description 1
- 230000001919 adrenal effect Effects 0.000 description 1
- 210000004100 adrenal gland Anatomy 0.000 description 1
- 201000003352 adrenal gland pheochromocytoma Diseases 0.000 description 1
- 229940009456 adriamycin Drugs 0.000 description 1
- 235000004279 alanine Nutrition 0.000 description 1
- 229940060265 aldara Drugs 0.000 description 1
- 229960002478 aldosterone Drugs 0.000 description 1
- 150000001447 alkali salts Chemical class 0.000 description 1
- 239000013566 allergen Substances 0.000 description 1
- 108090000183 alpha-2-Antiplasmin Proteins 0.000 description 1
- BJEPYKJPYRNKOW-UHFFFAOYSA-N alpha-hydroxysuccinic acid Natural products OC(=O)C(O)CC(O)=O BJEPYKJPYRNKOW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940037003 alum Drugs 0.000 description 1
- AZDRQVAHHNSJOQ-UHFFFAOYSA-N alumane Chemical class [AlH3] AZDRQVAHHNSJOQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229910000147 aluminium phosphate Inorganic materials 0.000 description 1
- 206010065867 alveolar rhabdomyosarcoma Diseases 0.000 description 1
- 150000003862 amino acid derivatives Chemical class 0.000 description 1
- 125000003277 amino group Chemical group 0.000 description 1
- 239000000908 ammonium hydroxide Substances 0.000 description 1
- AVKUERGKIZMTKX-NJBDSQKTSA-N ampicillin Chemical compound C1([C@@H](N)C(=O)N[C@H]2[C@H]3SC([C@@H](N3C2=O)C(O)=O)(C)C)=CC=CC=C1 AVKUERGKIZMTKX-NJBDSQKTSA-N 0.000 description 1
- 229960000723 ampicillin Drugs 0.000 description 1
- 230000033115 angiogenesis Effects 0.000 description 1
- 229940121369 angiogenesis inhibitor Drugs 0.000 description 1
- 150000008064 anhydrides Chemical class 0.000 description 1
- 238000010171 animal model Methods 0.000 description 1
- 230000003042 antagnostic effect Effects 0.000 description 1
- 230000001740 anti-invasion Effects 0.000 description 1
- 230000002001 anti-metastasis Effects 0.000 description 1
- 230000001028 anti-proliverative effect Effects 0.000 description 1
- 230000005809 anti-tumor immunity Effects 0.000 description 1
- 230000006023 anti-tumor response Effects 0.000 description 1
- 230000005875 antibody response Effects 0.000 description 1
- 210000000628 antibody-producing cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000030741 antigen processing and presentation Effects 0.000 description 1
- 230000014102 antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I Effects 0.000 description 1
- 230000008349 antigen-specific humoral response Effects 0.000 description 1
- 230000007503 antigenic stimulation Effects 0.000 description 1
- 229940041181 antineoplastic drug Drugs 0.000 description 1
- 239000008346 aqueous phase Substances 0.000 description 1
- ODKSFYDXXFIFQN-UHFFFAOYSA-N arginine Natural products OC(=O)C(N)CCCNC(N)=N ODKSFYDXXFIFQN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 210000001367 artery Anatomy 0.000 description 1
- 125000003118 aryl group Chemical group 0.000 description 1
- 235000003704 aspartic acid Nutrition 0.000 description 1
- 230000001363 autoimmune Effects 0.000 description 1
- 230000006472 autoimmune response Effects 0.000 description 1
- 230000005784 autoimmunity Effects 0.000 description 1
- 230000004900 autophagic degradation Effects 0.000 description 1
- 229940120638 avastin Drugs 0.000 description 1
- 210000003719 b-lymphocyte Anatomy 0.000 description 1
- 210000000227 basophil cell of anterior lobe of hypophysis Anatomy 0.000 description 1
- 230000006399 behavior Effects 0.000 description 1
- 235000010233 benzoic acid Nutrition 0.000 description 1
- OQFSQFPPLPISGP-UHFFFAOYSA-N beta-carboxyaspartic acid Natural products OC(=O)C(N)C(C(O)=O)C(O)=O OQFSQFPPLPISGP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 210000000013 bile duct Anatomy 0.000 description 1
- 201000007180 bile duct carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 239000011230 binding agent Substances 0.000 description 1
- 108091008324 binding proteins Proteins 0.000 description 1
- 230000003115 biocidal effect Effects 0.000 description 1
- 230000008827 biological function Effects 0.000 description 1
- 230000007321 biological mechanism Effects 0.000 description 1
- 229960000074 biopharmaceutical Drugs 0.000 description 1
- 201000006598 bladder squamous cell carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 206010005084 bladder transitional cell carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 201000001528 bladder urothelial carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 210000000601 blood cell Anatomy 0.000 description 1
- 210000004204 blood vessel Anatomy 0.000 description 1
- 230000037396 body weight Effects 0.000 description 1
- 210000000988 bone and bone Anatomy 0.000 description 1
- 210000005013 brain tissue Anatomy 0.000 description 1
- 201000008275 breast carcinoma Diseases 0.000 description 1
- KDYFGRWQOYBRFD-NUQCWPJISA-N butanedioic acid Chemical compound O[14C](=O)CC[14C](O)=O KDYFGRWQOYBRFD-NUQCWPJISA-N 0.000 description 1
- 125000004744 butyloxycarbonyl group Chemical group 0.000 description 1
- 239000011575 calcium Substances 0.000 description 1
- 229910052791 calcium Inorganic materials 0.000 description 1
- AXCZMVOFGPJBDE-UHFFFAOYSA-L calcium dihydroxide Chemical compound [OH-].[OH-].[Ca+2] AXCZMVOFGPJBDE-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 239000000920 calcium hydroxide Substances 0.000 description 1
- 229910001861 calcium hydroxide Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000001506 calcium phosphate Substances 0.000 description 1
- 229910000389 calcium phosphate Inorganic materials 0.000 description 1
- 235000011010 calcium phosphates Nutrition 0.000 description 1
- 238000004364 calculation method Methods 0.000 description 1
- 230000009400 cancer invasion Effects 0.000 description 1
- 230000000711 cancerogenic effect Effects 0.000 description 1
- 238000005251 capillar electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 231100000315 carcinogenic Toxicity 0.000 description 1
- 210000000845 cartilage Anatomy 0.000 description 1
- 230000015556 catabolic process Effects 0.000 description 1
- 125000002091 cationic group Chemical group 0.000 description 1
- 229920006317 cationic polymer Polymers 0.000 description 1
- 229960002412 cediranib Drugs 0.000 description 1
- 229940047495 celebrex Drugs 0.000 description 1
- RZEKVGVHFLEQIL-UHFFFAOYSA-N celecoxib Chemical compound C1=CC(C)=CC=C1C1=CC(C(F)(F)F)=NN1C1=CC=C(S(N)(=O)=O)C=C1 RZEKVGVHFLEQIL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000002771 cell marker Substances 0.000 description 1
- 230000004663 cell proliferation Effects 0.000 description 1
- 238000002659 cell therapy Methods 0.000 description 1
- 230000010307 cell transformation Effects 0.000 description 1
- 229940030156 cell vaccine Drugs 0.000 description 1
- 201000010702 central neurocytoma Diseases 0.000 description 1
- 210000002230 centromere Anatomy 0.000 description 1
- 201000006662 cervical adenocarcinoma Diseases 0.000 description 1
- 230000008859 change Effects 0.000 description 1
- 230000002925 chemical effect Effects 0.000 description 1
- 125000003636 chemical group Chemical group 0.000 description 1
- 230000006328 chemical modification of amino acids Effects 0.000 description 1
- 210000004978 chinese hamster ovary cell Anatomy 0.000 description 1
- VDQQXEISLMTGAB-UHFFFAOYSA-N chloramine T Chemical compound [Na+].CC1=CC=C(S(=O)(=O)[N-]Cl)C=C1 VDQQXEISLMTGAB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 150000001805 chlorine compounds Chemical class 0.000 description 1
- 108010026522 chondroitin sulfate synthase-2 Proteins 0.000 description 1
- 229960002376 chymotrypsin Drugs 0.000 description 1
- 235000019504 cigarettes Nutrition 0.000 description 1
- 235000013985 cinnamic acid Nutrition 0.000 description 1
- 229930016911 cinnamic acid Natural products 0.000 description 1
- 235000015165 citric acid Nutrition 0.000 description 1
- 208000009060 clear cell adenocarcinoma Diseases 0.000 description 1
- 239000013599 cloning vector Substances 0.000 description 1
- 238000011260 co-administration Methods 0.000 description 1
- 201000010276 collecting duct carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 230000005757 colony formation Effects 0.000 description 1
- 201000002758 colorectal adenoma Diseases 0.000 description 1
- 239000002131 composite material Substances 0.000 description 1
- 238000002591 computed tomography Methods 0.000 description 1
- 238000004624 confocal microscopy Methods 0.000 description 1
- 239000000470 constituent Substances 0.000 description 1
- 230000001276 controlling effect Effects 0.000 description 1
- 229910001431 copper ion Inorganic materials 0.000 description 1
- 230000008878 coupling Effects 0.000 description 1
- 238000005859 coupling reaction Methods 0.000 description 1
- XLJMAIOERFSOGZ-UHFFFAOYSA-M cyanate Chemical compound [O-]C#N XLJMAIOERFSOGZ-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- OILAIQUEIWYQPH-UHFFFAOYSA-N cyclohexane-1,2-dione Chemical compound O=C1CCCCC1=O OILAIQUEIWYQPH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 210000000172 cytosol Anatomy 0.000 description 1
- 230000001086 cytosolic effect Effects 0.000 description 1
- 231100000433 cytotoxic Toxicity 0.000 description 1
- 230000001472 cytotoxic effect Effects 0.000 description 1
- 230000006378 damage Effects 0.000 description 1
- 230000007850 degeneration Effects 0.000 description 1
- 238000006731 degradation reaction Methods 0.000 description 1
- 239000003405 delayed action preparation Substances 0.000 description 1
- 229940029030 dendritic cell vaccine Drugs 0.000 description 1
- 108010017271 denileukin diftitox Proteins 0.000 description 1
- 238000010511 deprotection reaction Methods 0.000 description 1
- 125000004386 diacrylate group Chemical group 0.000 description 1
- 239000000104 diagnostic biomarker Substances 0.000 description 1
- 125000004989 dicarbonyl group Chemical group 0.000 description 1
- FFYPMLJYZAEMQB-UHFFFAOYSA-N diethyl pyrocarbonate Chemical compound CCOC(=O)OC(=O)OCC FFYPMLJYZAEMQB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000000539 dimer Substances 0.000 description 1
- 238000006471 dimerization reaction Methods 0.000 description 1
- 208000035475 disorder Diseases 0.000 description 1
- 150000002019 disulfides Chemical class 0.000 description 1
- 239000002552 dosage form Substances 0.000 description 1
- 231100000673 dose–response relationship Toxicity 0.000 description 1
- 239000013583 drug formulation Substances 0.000 description 1
- 210000001198 duodenum Anatomy 0.000 description 1
- 210000003162 effector t lymphocyte Anatomy 0.000 description 1
- 229940056913 eftilagimod alfa Drugs 0.000 description 1
- 238000001493 electron microscopy Methods 0.000 description 1
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 238000004520 electroporation Methods 0.000 description 1
- 238000000132 electrospray ionisation Methods 0.000 description 1
- 238000001437 electrospray ionisation time-of-flight quadrupole detection Methods 0.000 description 1
- 238000010828 elution Methods 0.000 description 1
- 210000002308 embryonic cell Anatomy 0.000 description 1
- 239000000839 emulsion Substances 0.000 description 1
- 230000002124 endocrine Effects 0.000 description 1
- 230000012202 endocytosis Effects 0.000 description 1
- 201000003914 endometrial carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 229940066758 endopeptidases Drugs 0.000 description 1
- 230000003511 endothelial effect Effects 0.000 description 1
- YQGOJNYOYNNSMM-UHFFFAOYSA-N eosin Chemical compound [Na+].OC(=O)C1=CC=CC=C1C1=C2C=C(Br)C(=O)C(Br)=C2OC2=C(Br)C(O)=C(Br)C=C21 YQGOJNYOYNNSMM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 210000002919 epithelial cell Anatomy 0.000 description 1
- CCIVGXIOQKPBKL-UHFFFAOYSA-M ethanesulfonate Chemical compound CCS([O-])(=O)=O CCIVGXIOQKPBKL-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 210000003527 eukaryotic cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000001704 evaporation Methods 0.000 description 1
- 230000008020 evaporation Effects 0.000 description 1
- 229960005167 everolimus Drugs 0.000 description 1
- 230000001747 exhibiting effect Effects 0.000 description 1
- 238000010195 expression analysis Methods 0.000 description 1
- 238000001400 expression cloning Methods 0.000 description 1
- 239000000284 extract Substances 0.000 description 1
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 1
- 229950008454 favipiravir Drugs 0.000 description 1
- 210000002950 fibroblast Anatomy 0.000 description 1
- 239000010408 film Substances 0.000 description 1
- 239000012467 final product Substances 0.000 description 1
- 108700014844 flt3 ligand Proteins 0.000 description 1
- GNBHRKFJIUUOQI-UHFFFAOYSA-N fluorescein Chemical compound O1C(=O)C2=CC=CC=C2C21C1=CC=C(O)C=C1OC1=CC(O)=CC=C21 GNBHRKFJIUUOQI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000001215 fluorescent labelling Methods 0.000 description 1
- 238000002594 fluoroscopy Methods 0.000 description 1
- 239000003205 fragrance Substances 0.000 description 1
- 230000037433 frameshift Effects 0.000 description 1
- 239000012458 free base Substances 0.000 description 1
- 238000004108 freeze drying Methods 0.000 description 1
- 239000001530 fumaric acid Substances 0.000 description 1
- 235000011087 fumaric acid Nutrition 0.000 description 1
- 230000005714 functional activity Effects 0.000 description 1
- 125000000524 functional group Chemical group 0.000 description 1
- UIWYJDYFSGRHKR-UHFFFAOYSA-N gadolinium atom Chemical compound [Gd] UIWYJDYFSGRHKR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 201000008396 gallbladder adenocarcinoma Diseases 0.000 description 1
- 206010073067 gallbladder adenosquamous carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 201000006585 gastric adenocarcinoma Diseases 0.000 description 1
- 230000002496 gastric effect Effects 0.000 description 1
- 201000011243 gastrointestinal stromal tumor Diseases 0.000 description 1
- SDUQYLNIPVEERB-QPPQHZFASA-N gemcitabine Chemical compound O=C1N=C(N)C=CN1[C@H]1C(F)(F)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 SDUQYLNIPVEERB-QPPQHZFASA-N 0.000 description 1
- 229960005277 gemcitabine Drugs 0.000 description 1
- 230000009368 gene silencing by RNA Effects 0.000 description 1
- 238000001415 gene therapy Methods 0.000 description 1
- 102000054766 genetic haplotypes Human genes 0.000 description 1
- 230000000762 glandular Effects 0.000 description 1
- 239000011521 glass Substances 0.000 description 1
- 239000008103 glucose Substances 0.000 description 1
- 235000013922 glutamic acid Nutrition 0.000 description 1
- 239000004220 glutamic acid Substances 0.000 description 1
- 150000004676 glycans Chemical class 0.000 description 1
- PCHJSUWPFVWCPO-UHFFFAOYSA-N gold Chemical compound [Au] PCHJSUWPFVWCPO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229910052737 gold Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000010931 gold Substances 0.000 description 1
- 239000003163 gonadal steroid hormone Substances 0.000 description 1
- 208000024908 graft versus host disease Diseases 0.000 description 1
- 201000006604 granular cell tumor Diseases 0.000 description 1
- 210000003714 granulocyte Anatomy 0.000 description 1
- 239000003102 growth factor Substances 0.000 description 1
- 201000009277 hairy cell leukemia Diseases 0.000 description 1
- 238000010438 heat treatment Methods 0.000 description 1
- 201000005787 hematologic cancer Diseases 0.000 description 1
- 230000002489 hematologic effect Effects 0.000 description 1
- 208000024200 hematopoietic and lymphoid system neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 108060003552 hemocyanin Proteins 0.000 description 1
- 208000006454 hepatitis Diseases 0.000 description 1
- 231100000283 hepatitis Toxicity 0.000 description 1
- 208000006359 hepatoblastoma Diseases 0.000 description 1
- 229920000140 heteropolymer Polymers 0.000 description 1
- 125000000487 histidyl group Chemical group [H]N([H])C(C(=O)O*)C([H])([H])C1=C([H])N([H])C([H])=N1 0.000 description 1
- 239000000017 hydrogel Substances 0.000 description 1
- 238000004191 hydrophobic interaction chromatography Methods 0.000 description 1
- 229920001600 hydrophobic polymer Polymers 0.000 description 1
- 230000007124 immune defense Effects 0.000 description 1
- 230000001571 immunoadjuvant effect Effects 0.000 description 1
- 230000002055 immunohistochemical effect Effects 0.000 description 1
- 238000011532 immunohistochemical staining Methods 0.000 description 1
- 239000002955 immunomodulating agent Substances 0.000 description 1
- 229940121354 immunomodulator Drugs 0.000 description 1
- 230000002584 immunomodulator Effects 0.000 description 1
- 229940032219 immunotherapy vaccine Drugs 0.000 description 1
- 230000002637 immunotoxin Effects 0.000 description 1
- 239000002596 immunotoxin Substances 0.000 description 1
- 229940051026 immunotoxin Drugs 0.000 description 1
- 231100000608 immunotoxin Toxicity 0.000 description 1
- 239000012535 impurity Substances 0.000 description 1
- 238000011503 in vivo imaging Methods 0.000 description 1
- 238000011065 in-situ storage Methods 0.000 description 1
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 1
- 231100000268 induced nephrotoxicity Toxicity 0.000 description 1
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 1
- 230000004054 inflammatory process Effects 0.000 description 1
- 239000003112 inhibitor Substances 0.000 description 1
- 238000011221 initial treatment Methods 0.000 description 1
- 229940117681 interleukin-12 Drugs 0.000 description 1
- 229940047122 interleukins Drugs 0.000 description 1
- 210000000936 intestine Anatomy 0.000 description 1
- 201000007450 intrahepatic cholangiocarcinoma Diseases 0.000 description 1
- 230000002601 intratumoral effect Effects 0.000 description 1
- 230000009545 invasion Effects 0.000 description 1
- 208000024312 invasive carcinoma Diseases 0.000 description 1
- JDNTWHVOXJZDSN-UHFFFAOYSA-N iodoacetic acid Chemical compound OC(=O)CI JDNTWHVOXJZDSN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000004255 ion exchange chromatography Methods 0.000 description 1
- 229910052742 iron Inorganic materials 0.000 description 1
- JXDYKVIHCLTXOP-UHFFFAOYSA-N isatin Chemical compound C1=CC=C2C(=O)C(=O)NC2=C1 JXDYKVIHCLTXOP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960000310 isoleucine Drugs 0.000 description 1
- AGPKZVBTJJNPAG-UHFFFAOYSA-N isoleucine Natural products CCC(C)C(N)C(O)=O AGPKZVBTJJNPAG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000000741 isoleucyl group Chemical group [H]N([H])C(C(C([H])([H])[H])C([H])([H])C([H])([H])[H])C(=O)O* 0.000 description 1
- 238000005304 joining Methods 0.000 description 1
- 238000002372 labelling Methods 0.000 description 1
- 229910052747 lanthanoid Inorganic materials 0.000 description 1
- 150000002602 lanthanoids Chemical class 0.000 description 1
- 206010023841 laryngeal neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 230000000670 limiting effect Effects 0.000 description 1
- 208000012987 lip and oral cavity carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 230000006372 lipid accumulation Effects 0.000 description 1
- 239000002960 lipid emulsion Substances 0.000 description 1
- 206010024627 liposarcoma Diseases 0.000 description 1
- 238000004811 liquid chromatography Methods 0.000 description 1
- 239000008297 liquid dosage form Substances 0.000 description 1
- 239000007791 liquid phase Substances 0.000 description 1
- 239000006193 liquid solution Substances 0.000 description 1
- 201000002250 liver carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 208000019423 liver disease Diseases 0.000 description 1
- 238000011068 loading method Methods 0.000 description 1
- 239000000314 lubricant Substances 0.000 description 1
- 210000003563 lymphoid tissue Anatomy 0.000 description 1
- 102000033952 mRNA binding proteins Human genes 0.000 description 1
- 108091000373 mRNA binding proteins Proteins 0.000 description 1
- 229940123729 mTOR kinase inhibitor Drugs 0.000 description 1
- 108010051618 macrophage stimulatory lipopeptide 2 Proteins 0.000 description 1
- 238000002595 magnetic resonance imaging Methods 0.000 description 1
- 210000003794 male germ cell Anatomy 0.000 description 1
- VZCYOOQTPOCHFL-UPHRSURJSA-N maleic acid Chemical compound OC(=O)\C=C/C(O)=O VZCYOOQTPOCHFL-UPHRSURJSA-N 0.000 description 1
- 239000011976 maleic acid Substances 0.000 description 1
- 239000001630 malic acid Substances 0.000 description 1
- 235000011090 malic acid Nutrition 0.000 description 1
- 230000036210 malignancy Effects 0.000 description 1
- 239000003628 mammalian target of rapamycin inhibitor Substances 0.000 description 1
- 229960002510 mandelic acid Drugs 0.000 description 1
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 description 1
- 238000001840 matrix-assisted laser desorption--ionisation time-of-flight mass spectrometry Methods 0.000 description 1
- 230000008099 melanin synthesis Effects 0.000 description 1
- 206010027191 meningioma Diseases 0.000 description 1
- 150000002730 mercury Chemical class 0.000 description 1
- 230000004060 metabolic process Effects 0.000 description 1
- 229940098779 methanesulfonic acid Drugs 0.000 description 1
- 125000001360 methionine group Chemical group N[C@@H](CCSC)C(=O)* 0.000 description 1
- UZKWTJUDCOPSNM-UHFFFAOYSA-N methoxybenzene Substances CCCCOC=C UZKWTJUDCOPSNM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ZCQGVFNHUATAJY-UHFFFAOYSA-N methyl 2-[methyl(prop-2-enoyl)amino]acetate Chemical compound COC(=O)CN(C)C(=O)C=C ZCQGVFNHUATAJY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- WBYWAXJHAXSJNI-UHFFFAOYSA-N methyl p-hydroxycinnamate Natural products OC(=O)C=CC1=CC=CC=C1 WBYWAXJHAXSJNI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000002679 microRNA Substances 0.000 description 1
- 230000000813 microbial effect Effects 0.000 description 1
- 239000004005 microsphere Substances 0.000 description 1
- 150000007522 mineralic acids Chemical class 0.000 description 1
- 230000017205 mitotic cell cycle checkpoint Effects 0.000 description 1
- 239000011259 mixed solution Substances 0.000 description 1
- 238000002156 mixing Methods 0.000 description 1
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 description 1
- 210000005087 mononuclear cell Anatomy 0.000 description 1
- 229940035032 monophosphoryl lipid a Drugs 0.000 description 1
- 229940035036 multi-peptide vaccine Drugs 0.000 description 1
- 208000025113 myeloid leukemia Diseases 0.000 description 1
- CMWYAOXYQATXSI-UHFFFAOYSA-N n,n-dimethylformamide;piperidine Chemical compound CN(C)C=O.C1CCNCC1 CMWYAOXYQATXSI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- LBWFXVZLPYTWQI-IPOVEDGCSA-N n-[2-(diethylamino)ethyl]-5-[(z)-(5-fluoro-2-oxo-1h-indol-3-ylidene)methyl]-2,4-dimethyl-1h-pyrrole-3-carboxamide;(2s)-2-hydroxybutanedioic acid Chemical compound OC(=O)[C@@H](O)CC(O)=O.CCN(CC)CCNC(=O)C1=C(C)NC(\C=C/2C3=CC(F)=CC=C3NC\2=O)=C1C LBWFXVZLPYTWQI-IPOVEDGCSA-N 0.000 description 1
- 239000002105 nanoparticle Substances 0.000 description 1
- 239000005445 natural material Substances 0.000 description 1
- 229930014626 natural product Natural products 0.000 description 1
- 229960004927 neomycin Drugs 0.000 description 1
- 230000010309 neoplastic transformation Effects 0.000 description 1
- 201000002120 neuroendocrine carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 201000011519 neuroendocrine tumor Diseases 0.000 description 1
- FEMOMIGRRWSMCU-UHFFFAOYSA-N ninhydrin Chemical compound C1=CC=C2C(=O)C(O)(O)C(=O)C2=C1 FEMOMIGRRWSMCU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229910017604 nitric acid Inorganic materials 0.000 description 1
- 231100001221 nontumorigenic Toxicity 0.000 description 1
- 230000005937 nuclear translocation Effects 0.000 description 1
- 230000000269 nucleophilic effect Effects 0.000 description 1
- 210000004940 nucleus Anatomy 0.000 description 1
- 231100000590 oncogenic Toxicity 0.000 description 1
- 230000002246 oncogenic effect Effects 0.000 description 1
- 238000011275 oncology therapy Methods 0.000 description 1
- 229940100027 ontak Drugs 0.000 description 1
- 238000005457 optimization Methods 0.000 description 1
- 150000007524 organic acids Chemical class 0.000 description 1
- 235000005985 organic acids Nutrition 0.000 description 1
- 230000008520 organization Effects 0.000 description 1
- 208000013371 ovarian adenocarcinoma Diseases 0.000 description 1
- 208000016632 ovarian clear cell cancer Diseases 0.000 description 1
- 201000003707 ovarian clear cell carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 201000006588 ovary adenocarcinoma Diseases 0.000 description 1
- 235000006408 oxalic acid Nutrition 0.000 description 1
- 230000003647 oxidation Effects 0.000 description 1
- 238000007254 oxidation reaction Methods 0.000 description 1
- 230000036542 oxidative stress Effects 0.000 description 1
- 201000006691 pancreatic squamous cell carcinoma Diseases 0.000 description 1
- FJKROLUGYXJWQN-UHFFFAOYSA-N papa-hydroxy-benzoic acid Natural products OC(=O)C1=CC=C(O)C=C1 FJKROLUGYXJWQN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 201000010279 papillary renal cell carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 208000000309 papillary thyroid Microcarcinoma Diseases 0.000 description 1
- 230000002023 papillomaviral effect Effects 0.000 description 1
- 239000012188 paraffin wax Substances 0.000 description 1
- 230000005298 paramagnetic effect Effects 0.000 description 1
- 201000003686 parathyroid adenoma Diseases 0.000 description 1
- 210000002990 parathyroid gland Anatomy 0.000 description 1
- 208000014643 parathyroid gland adenoma Diseases 0.000 description 1
- 238000007911 parenteral administration Methods 0.000 description 1
- 230000036961 partial effect Effects 0.000 description 1
- 244000052769 pathogen Species 0.000 description 1
- 230000001575 pathological effect Effects 0.000 description 1
- 230000037361 pathway Effects 0.000 description 1
- 229940111202 pepsin Drugs 0.000 description 1
- 108010082406 peptide permease Proteins 0.000 description 1
- 108010011903 peptide receptors Proteins 0.000 description 1
- 239000000816 peptidomimetic Substances 0.000 description 1
- 229930192851 perforin Natural products 0.000 description 1
- 210000000578 peripheral nerve Anatomy 0.000 description 1
- 230000002085 persistent effect Effects 0.000 description 1
- 229940124531 pharmaceutical excipient Drugs 0.000 description 1
- 229940127557 pharmaceutical product Drugs 0.000 description 1
- 239000012071 phase Substances 0.000 description 1
- 230000026731 phosphorylation Effects 0.000 description 1
- 238000006366 phosphorylation reaction Methods 0.000 description 1
- SHUZOJHMOBOZST-UHFFFAOYSA-N phylloquinone Natural products CC(C)CCCCC(C)CCC(C)CCCC(=CCC1=C(C)C(=O)c2ccccc2C1=O)C SHUZOJHMOBOZST-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 210000002826 placenta Anatomy 0.000 description 1
- 230000036470 plasma concentration Effects 0.000 description 1
- 239000013600 plasmid vector Substances 0.000 description 1
- 229940012957 plasmin Drugs 0.000 description 1
- 239000004033 plastic Substances 0.000 description 1
- 229920003023 plastic Polymers 0.000 description 1
- 229940115270 poly iclc Drugs 0.000 description 1
- 229920002647 polyamide Polymers 0.000 description 1
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 1
- 229920001282 polysaccharide Polymers 0.000 description 1
- 239000005017 polysaccharide Substances 0.000 description 1
- 229920002223 polystyrene Polymers 0.000 description 1
- 239000013641 positive control Substances 0.000 description 1
- 230000027317 positive regulation of immune response Effects 0.000 description 1
- 230000001124 posttranscriptional effect Effects 0.000 description 1
- GKKCIDNWFBPDBW-UHFFFAOYSA-M potassium cyanate Chemical compound [K]OC#N GKKCIDNWFBPDBW-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 230000003389 potentiating effect Effects 0.000 description 1
- 239000002243 precursor Substances 0.000 description 1
- 239000003755 preservative agent Substances 0.000 description 1
- 230000002335 preservative effect Effects 0.000 description 1
- 230000002265 prevention Effects 0.000 description 1
- 208000016800 primary central nervous system lymphoma Diseases 0.000 description 1
- 210000001948 pro-b lymphocyte Anatomy 0.000 description 1
- 239000000186 progesterone Substances 0.000 description 1
- 229960003387 progesterone Drugs 0.000 description 1
- 239000000092 prognostic biomarker Substances 0.000 description 1
- 210000001236 prokaryotic cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000002035 prolonged effect Effects 0.000 description 1
- 230000000069 prophylactic effect Effects 0.000 description 1
- 229940021993 prophylactic vaccine Drugs 0.000 description 1
- 238000011321 prophylaxis Methods 0.000 description 1
- 235000019260 propionic acid Nutrition 0.000 description 1
- 208000023958 prostate neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 201000009474 prostate rhabdomyosarcoma Diseases 0.000 description 1
- 238000000159 protein binding assay Methods 0.000 description 1
- 230000016434 protein splicing Effects 0.000 description 1
- 230000017854 proteolysis Effects 0.000 description 1
- 210000000512 proximal kidney tubule Anatomy 0.000 description 1
- 229940107700 pyruvic acid Drugs 0.000 description 1
- 239000001397 quillaja saponaria molina bark Substances 0.000 description 1
- IUVKMZGDUIUOCP-BTNSXGMBSA-N quinbolone Chemical compound O([C@H]1CC[C@H]2[C@H]3[C@@H]([C@]4(C=CC(=O)C=C4CC3)C)CC[C@@]21C)C1=CCCC1 IUVKMZGDUIUOCP-BTNSXGMBSA-N 0.000 description 1
- 239000002516 radical scavenger Substances 0.000 description 1
- 150000003254 radicals Chemical class 0.000 description 1
- 239000000941 radioactive substance Substances 0.000 description 1
- 238000001959 radiotherapy Methods 0.000 description 1
- 230000009257 reactivity Effects 0.000 description 1
- 238000012950 reanalysis Methods 0.000 description 1
- 102000027426 receptor tyrosine kinases Human genes 0.000 description 1
- 108091008598 receptor tyrosine kinases Proteins 0.000 description 1
- 230000029610 recognition of host Effects 0.000 description 1
- 238000001953 recrystallisation Methods 0.000 description 1
- 230000000306 recurrent effect Effects 0.000 description 1
- 230000009467 reduction Effects 0.000 description 1
- 238000006722 reduction reaction Methods 0.000 description 1
- 238000005932 reductive alkylation reaction Methods 0.000 description 1
- 230000012385 regulation of binding Effects 0.000 description 1
- 210000005084 renal tissue Anatomy 0.000 description 1
- 238000011160 research Methods 0.000 description 1
- 108091008146 restriction endonucleases Proteins 0.000 description 1
- PYWVYCXTNDRMGF-UHFFFAOYSA-N rhodamine B Chemical compound [Cl-].C=12C=CC(=[N+](CC)CC)C=C2OC2=CC(N(CC)CC)=CC=C2C=1C1=CC=CC=C1C(O)=O PYWVYCXTNDRMGF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229920002477 rna polymer Polymers 0.000 description 1
- 229960004889 salicylic acid Drugs 0.000 description 1
- 229930182490 saponin Natural products 0.000 description 1
- 150000007949 saponins Chemical class 0.000 description 1
- 238000004621 scanning probe microscopy Methods 0.000 description 1
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 1
- 230000000405 serological effect Effects 0.000 description 1
- 230000035939 shock Effects 0.000 description 1
- 229960003310 sildenafil Drugs 0.000 description 1
- 229960000714 sipuleucel-t Drugs 0.000 description 1
- 238000002741 site-directed mutagenesis Methods 0.000 description 1
- 238000001542 size-exclusion chromatography Methods 0.000 description 1
- ZFRKQXVRDFCRJG-UHFFFAOYSA-N skatole Natural products C1=CC=C2C(C)=CNC2=C1 ZFRKQXVRDFCRJG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 201000000849 skin cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000000587 small cell lung carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 201000002314 small intestine cancer Diseases 0.000 description 1
- 150000003384 small molecules Chemical class 0.000 description 1
- 235000017557 sodium bicarbonate Nutrition 0.000 description 1
- 229910000030 sodium bicarbonate Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 1
- 210000004872 soft tissue Anatomy 0.000 description 1
- 238000010532 solid phase synthesis reaction Methods 0.000 description 1
- 239000002904 solvent Substances 0.000 description 1
- 230000037439 somatic mutation Effects 0.000 description 1
- 201000010700 sporadic breast cancer Diseases 0.000 description 1
- 239000007858 starting material Substances 0.000 description 1
- 210000000130 stem cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000035882 stress Effects 0.000 description 1
- 210000002536 stromal cell Anatomy 0.000 description 1
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 1
- 239000013589 supplement Substances 0.000 description 1
- 230000008093 supporting effect Effects 0.000 description 1
- 230000001629 suppression Effects 0.000 description 1
- 229940034785 sutent Drugs 0.000 description 1
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 description 1
- 230000002195 synergetic effect Effects 0.000 description 1
- 229960000835 tadalafil Drugs 0.000 description 1
- IEHKWSGCTWLXFU-IIBYNOLFSA-N tadalafil Chemical compound C1=C2OCOC2=CC([C@@H]2C3=C([C]4C=CC=CC4=N3)C[C@H]3N2C(=O)CN(C3=O)C)=C1 IEHKWSGCTWLXFU-IIBYNOLFSA-N 0.000 description 1
- 108010010186 talactoferrin alfa Proteins 0.000 description 1
- 239000011975 tartaric acid Substances 0.000 description 1
- 235000002906 tartaric acid Nutrition 0.000 description 1
- 229960004964 temozolomide Drugs 0.000 description 1
- 210000001550 testis Anatomy 0.000 description 1
- 229940021747 therapeutic vaccine Drugs 0.000 description 1
- 238000004809 thin layer chromatography Methods 0.000 description 1
- 125000003396 thiol group Chemical group [H]S* 0.000 description 1
- 229940100411 torisel Drugs 0.000 description 1
- 230000001988 toxicity Effects 0.000 description 1
- 231100000419 toxicity Toxicity 0.000 description 1
- 210000003437 trachea Anatomy 0.000 description 1
- 230000001131 transforming effect Effects 0.000 description 1
- 230000009261 transgenic effect Effects 0.000 description 1
- 230000001052 transient effect Effects 0.000 description 1
- 230000007704 transition Effects 0.000 description 1
- 102000035160 transmembrane proteins Human genes 0.000 description 1
- 108091005703 transmembrane proteins Proteins 0.000 description 1
- 238000002054 transplantation Methods 0.000 description 1
- QORWJWZARLRLPR-UHFFFAOYSA-H tricalcium bis(phosphate) Chemical compound [Ca+2].[Ca+2].[Ca+2].[O-]P([O-])([O-])=O.[O-]P([O-])([O-])=O QORWJWZARLRLPR-UHFFFAOYSA-H 0.000 description 1
- 238000001665 trituration Methods 0.000 description 1
- 125000002221 trityl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C([H])C([H])=C1C([*])(C1=C(C(=C(C(=C1[H])[H])[H])[H])[H])C1=C([H])C([H])=C([H])C([H])=C1[H] 0.000 description 1
- 239000012588 trypsin Substances 0.000 description 1
- 108010060175 trypsinogen activation peptide Proteins 0.000 description 1
- 230000005748 tumor development Effects 0.000 description 1
- 239000000439 tumor marker Substances 0.000 description 1
- 230000005751 tumor progression Effects 0.000 description 1
- 210000003171 tumor-infiltrating lymphocyte Anatomy 0.000 description 1
- 230000005760 tumorsuppression Effects 0.000 description 1
- 208000001072 type 2 diabetes mellitus Diseases 0.000 description 1
- OUYCCCASQSFEME-UHFFFAOYSA-N tyrosine Natural products OC(=O)C(N)CC1=CC=C(O)C=C1 OUYCCCASQSFEME-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000001493 tyrosinyl group Chemical group [H]OC1=C([H])C([H])=C(C([H])=C1[H])C([H])([H])C([H])(N([H])[H])C(*)=O 0.000 description 1
- 230000009452 underexpressoin Effects 0.000 description 1
- 241000701161 unidentified adenovirus Species 0.000 description 1
- 241000701447 unidentified baculovirus Species 0.000 description 1
- 241001529453 unidentified herpesvirus Species 0.000 description 1
- 210000000626 ureter Anatomy 0.000 description 1
- 210000002700 urine Anatomy 0.000 description 1
- 208000037965 uterine sarcoma Diseases 0.000 description 1
- 210000004291 uterus Anatomy 0.000 description 1
- 208000007089 vaccinia Diseases 0.000 description 1
- 229960002381 vardenafil Drugs 0.000 description 1
- 239000002966 varnish Substances 0.000 description 1
- 210000003462 vein Anatomy 0.000 description 1
- 239000013603 viral vector Substances 0.000 description 1
- 235000019168 vitamin K Nutrition 0.000 description 1
- 239000011712 vitamin K Substances 0.000 description 1
- 150000003721 vitamin K derivatives Chemical class 0.000 description 1
- 229940046010 vitamin k Drugs 0.000 description 1
- 229940069559 votrient Drugs 0.000 description 1
- 239000008215 water for injection Substances 0.000 description 1
- 238000001262 western blot Methods 0.000 description 1
- 238000012070 whole genome sequencing analysis Methods 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K7/00—Peptides having 5 to 20 amino acids in a fully defined sequence; Derivatives thereof
- C07K7/04—Linear peptides containing only normal peptide links
- C07K7/06—Linear peptides containing only normal peptide links having 5 to 11 amino acids
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K35/00—Medicinal preparations containing materials or reaction products thereof with undetermined constitution
- A61K35/12—Materials from mammals; Compositions comprising non-specified tissues or cells; Compositions comprising non-embryonic stem cells; Genetically modified cells
- A61K35/14—Blood; Artificial blood
- A61K35/17—Lymphocytes; B-cells; T-cells; Natural killer cells; Interferon-activated or cytokine-activated lymphocytes
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
- A61K39/0005—Vertebrate antigens
- A61K39/0011—Cancer antigens
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
- A61K39/0005—Vertebrate antigens
- A61K39/0011—Cancer antigens
- A61K39/001102—Receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
- A61K39/0005—Vertebrate antigens
- A61K39/0011—Cancer antigens
- A61K39/001102—Receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
- A61K39/001111—Immunoglobulin superfamily
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
- A61K39/46—Cellular immunotherapy
- A61K39/461—Cellular immunotherapy characterised by the cell type used
- A61K39/4611—T-cells, e.g. tumor infiltrating lymphocytes [TIL], lymphokine-activated killer cells [LAK] or regulatory T cells [Treg]
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
- A61K39/46—Cellular immunotherapy
- A61K39/463—Cellular immunotherapy characterised by recombinant expression
- A61K39/4634—Antigenic peptides; polypeptides
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
- A61K39/46—Cellular immunotherapy
- A61K39/464—Cellular immunotherapy characterised by the antigen targeted or presented
- A61K39/4643—Vertebrate antigens
- A61K39/4644—Cancer antigens
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P35/00—Antineoplastic agents
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P35/00—Antineoplastic agents
- A61P35/02—Antineoplastic agents specific for leukemia
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
- C07K14/44—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from protozoa
- C07K14/445—Plasmodium
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
- C07K14/46—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates
- C07K14/47—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates from mammals
- C07K14/4701—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates from mammals not used
- C07K14/4748—Tumour specific antigens; Tumour rejection antigen precursors [TRAP], e.g. MAGE
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
- C07K14/705—Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
- C07K14/705—Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants
- C07K14/70503—Immunoglobulin superfamily
- C07K14/7051—T-cell receptor (TcR)-CD3 complex
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
- C07K14/705—Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants
- C07K14/70503—Immunoglobulin superfamily
- C07K14/70539—MHC-molecules, e.g. HLA-molecules
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
- C07K16/18—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
- C07K16/18—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
- C07K16/28—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
- C07K16/2803—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants against the immunoglobulin superfamily
- C07K16/2833—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants against the immunoglobulin superfamily against MHC-molecules, e.g. HLA-molecules
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
- C07K16/18—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
- C07K16/28—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
- C07K16/30—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants from tumour cells
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
- C07K16/18—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
- C07K16/28—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
- C07K16/30—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants from tumour cells
- C07K16/3038—Kidney, bladder
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K7/00—Peptides having 5 to 20 amino acids in a fully defined sequence; Derivatives thereof
- C07K7/04—Linear peptides containing only normal peptide links
- C07K7/08—Linear peptides containing only normal peptide links having 12 to 20 amino acids
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
- C12N15/115—Aptamers, i.e. nucleic acids binding a target molecule specifically and with high affinity without hybridising therewith ; Nucleic acids binding to non-nucleic acids, e.g. aptamers
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N5/00—Undifferentiated human, animal or plant cells, e.g. cell lines; Tissues; Cultivation or maintenance thereof; Culture media therefor
- C12N5/06—Animal cells or tissues; Human cells or tissues
- C12N5/0602—Vertebrate cells
- C12N5/0634—Cells from the blood or the immune system
- C12N5/0636—T lymphocytes
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N5/00—Undifferentiated human, animal or plant cells, e.g. cell lines; Tissues; Cultivation or maintenance thereof; Culture media therefor
- C12N5/06—Animal cells or tissues; Human cells or tissues
- C12N5/0602—Vertebrate cells
- C12N5/0634—Cells from the blood or the immune system
- C12N5/0636—T lymphocytes
- C12N5/0638—Cytotoxic T lymphocytes [CTL] or lymphokine activated killer cells [LAK]
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B25/00—ICT specially adapted for hybridisation; ICT specially adapted for gene or protein expression
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B25/00—ICT specially adapted for hybridisation; ICT specially adapted for gene or protein expression
- G16B25/10—Gene or protein expression profiling; Expression-ratio estimation or normalisation
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B30/00—ICT specially adapted for sequence analysis involving nucleotides or amino acids
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16C—COMPUTATIONAL CHEMISTRY; CHEMOINFORMATICS; COMPUTATIONAL MATERIALS SCIENCE
- G16C20/00—Chemoinformatics, i.e. ICT specially adapted for the handling of physicochemical or structural data of chemical particles, elements, compounds or mixtures
- G16C20/50—Molecular design, e.g. of drugs
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K35/00—Medicinal preparations containing materials or reaction products thereof with undetermined constitution
- A61K35/12—Materials from mammals; Compositions comprising non-specified tissues or cells; Compositions comprising non-embryonic stem cells; Genetically modified cells
- A61K2035/124—Materials from mammals; Compositions comprising non-specified tissues or cells; Compositions comprising non-embryonic stem cells; Genetically modified cells the cells being hematopoietic, bone marrow derived or blood cells
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
- A61K2039/505—Medicinal preparations containing antigens or antibodies comprising antibodies
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
- A61K2039/51—Medicinal preparations containing antigens or antibodies comprising whole cells, viruses or DNA/RNA
- A61K2039/53—DNA (RNA) vaccination
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
- A61K2039/57—Medicinal preparations containing antigens or antibodies characterised by the type of response, e.g. Th1, Th2
- A61K2039/572—Medicinal preparations containing antigens or antibodies characterised by the type of response, e.g. Th1, Th2 cytotoxic response
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K2121/00—Preparations for use in therapy
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K2300/00—Mixtures or combinations of active ingredients, wherein at least one active ingredient is fully defined in groups A61K31/00 - A61K41/00
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
- C07K2317/70—Immunoglobulins specific features characterized by effect upon binding to a cell or to an antigen
- C07K2317/73—Inducing cell death, e.g. apoptosis, necrosis or inhibition of cell proliferation
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
- C07K2317/70—Immunoglobulins specific features characterized by effect upon binding to a cell or to an antigen
- C07K2317/76—Antagonist effect on antigen, e.g. neutralization or inhibition of binding
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2319/00—Fusion polypeptide
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2319/00—Fusion polypeptide
- C07K2319/33—Fusion polypeptide fusions for targeting to specific cell types, e.g. tissue specific targeting, targeting of a bacterial subspecies
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2319/00—Fusion polypeptide
- C07K2319/55—Fusion polypeptide containing a fusion with a toxin, e.g. diphteria toxin
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
- C12N2310/10—Type of nucleic acid
- C12N2310/16—Aptamers
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2501/00—Active agents used in cell culture processes, e.g. differentation
- C12N2501/50—Cell markers; Cell surface determinants
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/158—Expression markers
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Immunology (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- Public Health (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Epidemiology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Mycology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Oncology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Toxicology (AREA)
- Hematology (AREA)
- Gastroenterology & Hepatology (AREA)
- Theoretical Computer Science (AREA)
- Spectroscopy & Molecular Physics (AREA)
- Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
- Evolutionary Biology (AREA)
- Medical Informatics (AREA)
- Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
Abstract
Изобретение относится к пептидам, белкам, нуклеиновым кислотам и клеткам для применения в иммунотерапевтических методах. В частности, изобретение относится к иммунотерапии рака. Изобретение относится далее к опухолеассоциированным пептидным эпитопам Т-клеток, в отдельности или в комбинации с другими опухолеассоциированными пептидами, которые могут, например, служить в качестве активных фармацевтических ингредиентов вакцинных композиций, стимулирующих противоопухолевые иммунные ответы, или стимулировать Т-клетки ex vivo с их перенесением в организм пациента. Пептиды, связанные с молекулами главного комплекса гистосовместимости (МНС), или пептиды в отдельности могут быть также мишенями антител, растворимых Т-клеточных рецепторов и других связывающих молекул.
Description
Настоящее изобретение относится к пептидам, белкам, нуклеиновым кислотам и клеткам для применения в иммунотерапевтических методах. В частности, настоящее изобретение относится к иммунотерапии рака. Настоящее изобретение относится далее к опухолеассоциированным пептидным эпитопам Т-клеток, в отдельности или в комбинации с другими опухолеассоциированными пептидами, которые могут, например, служить в качестве активных фармацевтических ингредиентов вакцинных композиций, стимулирующих противоопухолевые иммунные ответы, или стимулировать Т-клетки ex vivo с их перенесением в организм пациента. Пептиды, связанные с молекулами главного комплекса гистосовместимости (МНС), или пептиды в отдельности могут быть также мишенями антител, растворимых Т-клеточных рецепторов и других связывающих молекул.
Настоящее изобретение относится к нескольким новым пептидным последовательностям и их вариантам, образованным из молекул HLA I класса человеческих опухолевых клеток, которые могут быть использованы в вакцинных композициях для вызывания противоопухолевых иммунных ответов или в качестве мишеней для разработки фармацевтически/иммунологически активных соединений и клеток.
Уровень техники
Рак почек более распространен среди мужчин, чем среди женщин, и в 2012 году занимал 9-е место в мире среди наиболее распространенных раковых заболеваний у мужчин (214000 случаев) и 14-е место у женщин (124000 случаев). 70% новых случаев заболевания было выявлено в странах с высоким и очень высоким уровнем развития, при этом, по приблизительным оценкам, 34% новых случаев приходится на Европу и 19% - на Северную Америку. Число смертей от рака почек в 2012 году, по приблизительным оценкам, составило 143000 (91000 у мужчин, 52000 у женщин); рак почек занимает 16-е место среди наиболее частых причин летального исхода от рака в мире.
Самая высокая частота заболеваемости была обнаружена в Чехии. Повышенный уровень был также обнаружен в северной и Восточной Европе, Северной Америке и Австралии. Низкий уровень заболеваемости наблюдается в большинстве стран Африки и Восточной Азии. Частота смертельных исходов ниже в высокоразвитых странах (соотношение общей смертности к частоте возникновения составляет 0,4), чем в странах с низким или средним уровнем развития (0,5). Лишь 3,1% случаев был диагностирован в Африке, но 5,7% смертей были зарегистрированы в этом регионе. Частота возникновения и уровень смертности растут во многих странах с разным уровнем развития человеческого потенциала (World Cancer Report, 2014).
Большинство раковых заболеваний почек - это почечноклеточные карциномы (ПКК), гетерогенный класс опухолей, возникающих из различных видов клеток в паренхиме почек. Большинство является почечноклеточными карциномами светлоклеточного типа (около 70% случаев заболевания раком почек), за ними следуют папиллярная (10-15%), хромофобная (около 5%) почечноклеточные карциномы и карциномы собирающего протока (<1%). Каждый из этих подтипов почечноклеточных опухолей имеет различные генетические характеристики (Moch, 2013; World Health Organization Classification of Tumours, 2004).
Почечноклеточная карцинома (ПКК) характеризуется отсутствием ранних предупредительных признаков, различными клиническими проявлениями и резистентностью к лучевой терапии и химиотерапии. В целом, при первом обследовании у 25-30% пациентов с ПКК имеются метастазы (Hofmann et al., 2005). В течение времени у трети пациентов с ПКК развивается метастатическая болезнь. Таким образом, у приблизительно 50-60% всех пациентов с ПКК, в конечном итоге, появляется метастатическая болезнь (Bleumer et al., 2003; Hofmann et al., 2005). Среди тех, у кого имеются метастазы, приблизительно у 75% встречаются метастазы в легких, у 36% поражены лимфатические узлы и/или мягкие ткани, у 20% - кости и у 18% - печень (Sachdeva et al., 2010).
Пациенты с ПКК, у которых имеются метастазы и получающие системную терапию первой линии с использованием цитокинов, могут быть распределены в группы риска по выживаемости на основе пяти прогностических факторов (Motzer et al., 2004). Наблюдавшимися до лечения характеристиками, ассоциированными с более короткой выживаемостью, были низкий показатель общего статуса по шкале Карновского (<80%), высокий уровень лактатдегидрогеназы в сыворотке крови (>1,5 верхней границы нормы), низкий уровень гемоглобина (<нижней границы нормы), высокий уровень скорректированного кальция сыворотки крови (>10 мг/дл) и время с момента постановки диагноза до начала лечения <1 года. На основании данных факторов риска пациенты были распределены в три группы. Медианное значение времени до смерти у 18% пациентов с фактором риска ноль (благоприятная группа риска) составило 30 месяцев. 62% пациентов имели один или два фактора риска (промежуточная группа риска), и медианный показатель времени выживаемости в этой группе составил 14 месяцев. У пациентов с тремя или более факторами риска (неблагоприятная группа риска), куда входило 20% пациентов, медианный показатель времени выживаемости составил 5 месяцев. Применение категоризации с распределением в группы риска согласно MSKCC (Мемориального онкологического центра им. Слоуна-Кеттеринга) широко использовалось в клинических исследованиях для распространенной ПКК. Распределение на категории риска может применяться для планирования и интерпретации результатов клинических исследований и выбора направления терапии.
- 1 037050
Факторами риска для ПКК являются табакокурение и ожирение. Различные мета-анализы подтвердили, что табакокурение в любой период жизни повышает риск возникновения рака почек по сравнению с никогда не курившими пациентами (Cho et al., 2011; Hunt et al., 2005). Также имеется дозозависимое увеличение риска относительно количества сигарет, выкуренных в день. Риск снижается в течение 5 лет после отказа от курения. Избыточный вес, в особенности ожирение, является фактором риска заболевания раком почек как для женщин, так и для мужчин (Ljungberg et al., 2011). Доля всех случаев рака почек, связанных с избыточным весом и ожирением, по оценкам составляет около 40% в США и вплоть до 40% в Европейских странах (Renehan et al., 2008; Renehan et al., 2010). Механизмы, с помощью которых ожирение влияет на канцерогенез рака почки, неясны. Половые стероидные гормоны могут оказывать влияние на пролиферацию клеток почек за счет непосредственного воздействия, опосредованного эндокринным рецептором. Ожирение в комбинации с эндокринными нарушениями, такими как пониженный уровень глобулина и прогестерона, связывающих половые гормоны, резистентность к инсулину и повышенные уровни факторов роста, таких как инсулиноподобный фактор роста 1 (IGF-1), может способствовать развитию рака почек. Недавно в исследовании методом случай-контроль сообщалось о тесной взаимосвязи светлоклеточной карциномы с ожирением (World Cancer Report, 2014).
Первичное лечение наиболее часто представляет собой частичное или полное удаление пораженной(ых) почки(ек) и остается основным элементом радикального лечения (Rini et al., 2008). В качестве терапии первой линии пациентов с неблагоприятным прогностическим баллом согласно руководству, разработанному несколькими организациями и обществами по борьбе с раковыми заболеваниями, рекомендуются ингибиторы рецепторной тирозинкиназы (ИТК) сунитиниб (Sutent®) и пазопаниб (Votrient®), моноклональное антитело бевацизумаб (Avastin®) в комбинации с интерфероном-α (ИНФ-альфа) и ингибитором mTOR-киназы темсиролимус (Torisel®). На основании руководств, разработанных Национальной комплексной онкологической сетью США (NCCN), а также Европейской ассоциацией урологов (EAU) и Европейским обществом медицинской Онкологии (ESMO), в качестве терапии второй линии для пациентов с ПКК, для которых лечение цитокинами (ИНФ-альфа, ИЛ-2) оказалось неэффективным, рекомендуются ИТК сорафениб, пазопаниб или в последнее время акситиниб. В руководстве NCCN в этих условиях рекомендуется также применение сунитиниба (высокий уровень очевидности согласно категории I NCCN).
Эверолимус и акситиниб рекомендуются в качестве терапии второй линии для пациентов, которые не получили пользы от терапии ингибиторами рецепторной тирозинкиназы (ИТК), мишенью которой является VEGF, в соответствии с установленными руководствами.
Известная иммуногенность ПКК обусловливает применение иммунотерапии и противораковых вакцин при распространенной ПКК.
Интересная корреляция между экспрессией лимфоцитов PD-1 и распространенной ПКК, степенью злокачественности и прогнозом течения, а также селективной экспрессией PD-L1 опухолевыми клетками ПКК и ее потенциальной ассоциацией с худшими клиническими исходами привела к разработке новых средств на основе антител к PD-1/PD-L1 в отдельности или в комбинации с антиангиогенными лекарственными средствами или другими иммунотерапевтическими подходами для лечения ПКК (Massari et al., 2015).
Для ПКК поздних стадий в рамках клинического исследования противораковой вакцины III фазы TRIST проводится оценка того, продлевается ли выживаемость пациентов с ПКК локальнораспространенной или метастатической стадии при лечении TroVax (вакциной с применением опухолеассоциированного антигена, 5Т4, с поксвирусным вектором) в дополнение к стандартной терапии первой линии. Медиана выживаемости не была достигнута ни в одной из групп с 399 пациентами (54%), продолжающих исследование, тем не менее анализ данных подтверждает полученные ранее клинические результаты, демонстрируя, что вакцина TroVax является иммунологически активной и что существует корреляция между интенсивностью ответа на 5Т4-специфические антитела и улучшением выживаемости. Далее проводятся несколько исследований пептидных вакцин с применением эпитопов, избыточно экспрессируемых клетками ПКК.
Исследовались различные подходы по использованию противоопухолевых вакцин. Клинические исследования применения подходов на основе цельных опухолевых клеток, включая лизаты из опухолевых клеток, гибриды дендритных опухолевых клеток и цельных опухолевых РНК, были проведены для пациентов с ПКК. В некоторых из этих исследований сообщалось о ремиссии опухолевых очагов (Avigan et al., 2004; Holtl et al., 2002; Marten et al., 2002; Su et al., 2003; Wittig et al.,2001).
В последние годы было определено и охарактеризовано несколько ТАА, экспрессируемых клетками ПКК и распознаваемых антигенспецифическими ЦТЛ, с помощью метода экспрессионного клонирования, подхода обратной иммунологии или с применением технологии микрочипов ДНК (Dannenmann et al., 2013; Michael and Pandha, 2003; Minami et al., 2014; Renkvist et al., 2001; Wierecky et al., 2006).
Принимая во внимание серьезные побочные эффекты и высокие расходы, связанные с лечением рака, существует необходимость идентифицировать факторы, которые могут быть использованы для лечения рака вообще и рака ПКК в частности. Также существует необходимость идентифицировать факторы,
- 2 037050 представляющие собой биомаркеры рака в целом и ПКК в частности, что позволит лучше ставить диагноз, составлять прогноз и предсказывать успех лечения.
Иммунотерапия рака представляет собой вариант специфического воздействия на раковые клетки при снижении до минимума побочных эффектов. В иммунотерапии рака находит применение существование опухолеассоциированных антигенов.
Актуальная классификация опухолеассоциированных антигенов (ТАА) включает следующие основные группы:
а) Раково-тестикулярные антигены: первые в истории идентифицированные ТАА, которые могут распознаваться Т-клетками, принадлежат к этому классу, называвшемуся первоначально раковотестикулярные антигены (СТ), так как его члены экспрессируются в отличных по гистологической структуре опухолях человека, а среди нормальных тканей - только в сперматоцитах/сперматогониях семенника и изредка в плаценте. Так как клетки семенника не экспрессируют молекулы HLA I и II класса, то эти антигены не могут быть распознаны Т-клетками в нормальных тканях и поэтому могут рассматриваться как иммунологически опухолеспецифические. Хорошо известными примерами антигенов СТ являются члены семейства MAGE и NY-ESO-1.
б) Антигены дифференциации: Данные ТАА встречаются в опухолевых и нормальных тканях, из которых образуется опухоль. Большинство из известных антигенов дифференциации обнаружено в меланомах и нормальных меланоцитах. Многие из этих линиеспецифических белков меланоцитов участвуют в биосинтезе меланина и поэтому не являются опухолеспецифическими, однако, несмотря на это, они широко применяются в противораковой терапии. Примеры включают, но не ограничиваются, тирозиназой и Melan-A/MART-1 для меланомы или ПСА для рака предстательной железы.
в) Избыточно экспрессируемые ТАА: гены, кодирующие широко экспрессированные ТАА, были обнаружены в различных по гистологической структуре опухолях, а также во многих нормальных тканях, в основном, с более низким уровнем экспрессии. Возможно, что многие эпитопы, процессируемые и потенциально презентируемые нормальными тканями, находятся ниже порогового уровня для распознавания Т-клетками, в то время как их избыточная экспрессия в опухолевых клетках может инициировать противораковый ответ, нарушая установившуюся ранее толерантность. Известными примерами ТАА этого класса являются Her-2/neu, сурвивин, теломераза или WT1.
г) Опухолеспецифические антигены: данные уникальные ТАА образуются в результате мутаций нормальных генов (таких как β-катенин, CDK4 и т.д.). Некоторые из этих молекулярных изменений ассоциированы с неопластической трансформацией и/или прогрессией. Опухолеспецифические антигены в основном способны индуцировать сильные иммунные ответы, не заключая в себе риска аутоиммунных реакций по отношению к нормальным тканям. С другой стороны, данные ТАА в большинстве случаев релевантны только для определенной опухоли, на которой они были идентифицированы, и обычно не являются общими для многих отдельных опухолей. Опухолевая специфичность (или ассоциация) пептида может также возникнуть, если пептид образован из опухолевого (опухольассоциированного) экзона в случае белков с опухольспецифическими (-ассоциированными) изоформами.
д) ТАА, образующиеся в результате аномальных посттрансляционных модификаций: такие ТАА могут образоваться из белков, которые не являются ни специфическими, ни избыточно экспрессируемыми в опухолях, однако, несмотря на это, становятся опухолеассоциированными в ходе посттрансляционных процессов, происходящих преимущественно в опухолях. Примеры для этого класса возникают в результате изменения характера гликозилирования, приводящему к появлению новых эпитопов в опухолях, как в случае MUC1, или при таких событиях, как белковый сплайсинг во время деградации, которые могут быть опухолеспецифическими или могут не быть ими.
е) Онковирусные белки: данные ТАА являются вирусными белками и могут играть ведущую роль в онкогенном процессе, и, так как они являются чужеродными (не человеческого происхождения), они могут провоцировать Т-клеточный ответ. Примерами таких белков являются вирусные белки человеческой папилломы типа 16, Е6 и Е7, которые экспрессированы в карциноме шейки матки.
Мишенями иммунотерапии, основанной на Т-клетках, являются пептидные эпитопы, полученные из опухолеассоциированных или опухолеспецифических белков, которые презентируются молекулами главного комплекса гистосовместимости человека (МНС). Антигены, которые распознаются опухолеспецифическими Т-лимфоцитами, т.е. их эпитопами, могут быть молекулами, образованными из любого класса белков, таких как ферменты, рецепторы, факторы транскрипции и т.д., которые экспрессируются и по сравнению с не измененными клетками того же происхождения обычно имеют повышенный уровень в клетках соответствующей опухоли.
Существуют два класса молекул МНС, МНС I класса и МНС II класса. Молекулы МНС I класса состоят из альфа-тяжелой цепи и бета-2-микроглобулина, молекулы МНС II класса - из альфа- и бета-цепи. Их трехмерная форма образует связывающую бороздку, которая используется для нековалентного взаимодействия с пептидами.
Молекулы МНС I класса встречаются на большинстве клеток, имеющих ядро. Они презентируют пептиды, образующиеся при протеолитическом расщеплении преимущественно эндогенных белков, дефектных рибосомных продуктов (DRIP) и более крупных пептидов. Однако пептиды, образованные из
- 3 037050 эндосомальных компартментов или экзогенных источников, также часто встречаются на молекулах МНС I класса. Этот неклассический способ презентации I классом в литературе называется кросспрезентацией. (Brossart and Bevan, 1997; Rock et al., 1990). Молекулы МНС II класса могут встречаться преимущественно на профессиональных антигенпрезентирующих клетках (АПК) и в первую очередь презентировать пептиды экзогенных или трансмембранных белков, которые поглощаются АПК, например, во время эндоцитоза и впоследствии процессируются.
Комплексы пептида и молекул МНС I класса распознаются CD8-положuтельными Т-клетками, несущими подходящий Т-клеточный рецептор (ТКР), тогда как комплексы пептида и молекул МНС II класса распознаются CD4-положuтельными хелперными Т-клетками, несущими подходящий ТКР. Хорошо известно, что ТКР, пептид и МНС встречаются в стехиометрическом соотношении 1:1:1.
CD4-положuтельные хелперные Т-клетки играют важную роль в индуцировании и поддержании эффективных ответов CD8-положuтельных цитотоксических Т-клеток. Идентификация CD4-положuтельных Т-клеточных эпитопов, образованных из опухолеассоциированных антигенов (ТАА), может быть чрезвычайно важна для разработки фармацевтических препаратов для инициации противоопухолевых иммунных ответов (Gnjatic et al., 2003). В месте локализации опухоли Т-хелперные клетки поддерживают благоприятное для ЦТЛ цитокиновое окружение (Mortara et al., 2006) и привлекают эффекторные клетки, к примеру ЦТЛ, естественные киллерные клетки (NK), макрофаги, гранулоциты (Hwang et al., 2007).
При отсутствии воспаления экспрессия молекул МНС II класса преимущественно ограничена клетками иммунной системы, в особенности профессиональными антигенпрезентирующими клетками (АПК), например моноцитами, образованными из моноцитов клетками, макрофагами, дендритными клетками. Было обнаружено, что опухолевые клетки больных раком пациентов экспрессируют молекулы МНС II класса (Dengjel et al., 2006).
Удлиненные (более длинные) пептиды по изобретению могут выступать в качестве активных эпитопов МНС II класса.
Т-хелперные клетки, активированные эпитопами МНС II класса, играют важную роль в управлении эффекторной функцией ЦТЛ в противоопухолевом иммунитете. Эпитопы Т-хелперных клеток, инициирующие ответы Т-хелперных клеток типа ТН1, поддерживают эффекторные функции CD8-положuтельных киллерных Т-клеток, которые включают цитотоксические функции, направленные против опухолевых клеток, проявляющих комплексы опухолеассоциированный пептид/МНС на их клеточной поверхности. Таким образом, опухолеассоциированные пептидные эпитопы Т-хелперных клеток, одни или в комбинации с другими опухолеассоциированными пептидами, могут служить в качестве активных фармацевтических ингредиентов вакцинных композиций, которые стимулируют противоопухолевые иммунные ответы.
На моделях млекопитающих животных, например мышах, было показано, что даже при отсутствии CD8-положительных Т-лимфоцитов CD4-положительных Т-клеток достаточно для ослабления клинических проявлений опухолей посредством ингибирования ангиогенеза при секреции интерферон-гамма (ИНФ-гамма). (Beatty and Paterson, 2001; Mumberg et al., 1999). Существуют доказательства того, что CD4 Т-клетки являются эффекторными клетками прямого противоопухолевого действия (Braumuller et al., 2013; Tran et al., 2014a).
Так как конститутивная экспрессия молекул HLA II класса обычно ограничена иммунными клетками, то выделение пептидов II класса непосредственно из первичных опухолей ранее считалось невозможным. Тем не менее, Dengjel et al. удалось идентифицировать ряд эпитопов МНС II класса непосредственно из опухолей (WO 2007/028574, ЕР 1760088 В1).
Так как оба вида ответов, зависящие от CD8 и от CD4, вносят свой вклад в противоопухолевый эффект сообща и синергически, то идентификация и характеристика опухолеассоциированных антигенов, распознаваемых как CD8+ Т-клетками (лиганд: молекула МНС I класса + пептидный эпитоп), так и CD4-положительными хелперными Т-клетками (лиганд: молекула МНС II класса + пептидный эпитоп)? являются важными при разработке противоопухолевых вакцин.
Для того чтобы пептид МНС I класса инициировал (вызывал) клеточный иммунный ответ, он также должен связываться с молекулой МНС. Этот процесс зависит от аллеля молекулы МНС и специфических полиморфизмов аминокислотной последовательности пептида. Пептиды, связывающиеся с МНС I класса, как правило, имеют 8-12 аминокислотных остатков в длину и обычно содержат два консервативных остатка (якори) в их последовательности, которые взаимодействуют с соответствующей связывающей бороздкой молекулы МНС. Таким образом, каждый аллель МНС имеет связывающий мотив, определяющий, какие пептиды могут специфически связываться со связывающей бороздкой.
В зависящей от МНС I класса иммунной реакции пептиды не только должны быть в состоянии связываться с конкретными молекулами МНС I класса, экспрессируемыми опухолевыми клетками, но они также должны затем распознаваться Т-клетками, несущими специфические Т-клеточные рецепторы (ТКР).
Для того чтобы белки были распознаны Т-лимфоцитами в качестве опухолеспецифических или -ассоциированных антигенов и чтобы они могли использоваться в терапии, должны выполняться особые
- 4 037050 предварительные требования. Антиген должен экспрессироваться преимущественно опухолевыми клетками и не экспрессироваться или экспрессироваться в сравнительно малом количестве здоровыми тканями. В предпочтительном варианте осуществления пептид должен избыточно презентироваться опухолевыми клетками по сравнению с нормальными здоровыми тканями. Кроме того, желательно, чтобы соответствующий антиген не только присутствовал в каком-либо виде опухоли, но и также имел высокую концентрацию (т.е. несколько копий соответствующего пептида на клетку). Опухолеспецифические и опухолеассоциированные антигены часто образованы из белков, напрямую задействованных в трансформации нормальной клетки в опухолевую, в связи с их функцией, например при контроле клеточного цикла или подавлении апоптоза. Кроме того, нисходящие мишени белков, напрямую являющихся причиной трансформации, могут быть представлены в повышенном количестве и, таким образом, быть косвенно опухолеассоциированными. Такие косвенно опухолеассоциированные антигены могут также быть мишенями вакцинационного подхода (Singh-Jasuja et al., 2004). Необходимо, чтобы эпитопы присутствовали в аминокислотной последовательности антигена, чтобы гарантировать, что такой пептид (иммуногенный пептид), образованный из опухолеассоциированного антигена, ведет in vitro или in vivo к Т-клеточному ответу.
В сущности, любой пептид, способный связываться с молекулой МНС, может выполнять функцию Т-клеточного эпитопа. Предварительным условием для индукции Т-клеточного ответа in vitro или in vivo является присутствие Т-клетки с соответствующим ТКР и отсутствие иммунологической толерантности к данному конкретному эпитопу.
Поэтому антигены ТАА являются отправной точкой для разработки терапии на основе Т-клеток, включающей противоопухолевые вакцины, но не ограничивающейся ими. Методы идентификации и определения характеристики ТАА обычно основаны на использовании Т-клеток, которые могут быть выделены из организма пациентов или здоровых субъектов, или же они могут быть основаны на генерировании различающихся транскрипционных профилей или различающихся паттернов экспрессии пептидов между опухолевыми и нормальными тканями. Однако идентификация генов, избыточно экспрессированных в опухолевых тканях или человеческих опухолевых клеточных линиях или же селективно экспрессированных в таких тканях или клеточных линиях, не дает точной информации об использовании антигенов, транскрибированных с данных генов, в иммунотерапии. Это обусловлено тем, что только отдельная субпопуляция эпитопов этих антигенов подходит для такого применения, так как Т-клетка с соответствующим ТКР должна быть в наличии, и необходимо, чтобы отсутствовала или была минимальной иммунологическая толерантность к этому конкретному эпитопу. Поэтому в наиболее предпочтительном варианте осуществления изобретения важно выбрать только те пептиды, презентируемые в избытке или селективно, против которых может быть обнаружена функциональная и/или пролиферирующая Т-клетка. Такая функциональная Т-клетка определяется как Т-клетка, которая при стимуляции специфическим антигеном может быть распространена посредством клонирования и способна к выполнению эффекторных функций (эффекторная Т-клетка).
В случае нацеливания на комплексы пептида с МНС специфических ТКР (например, растворимых ТКР) и антител или других связывающихся с ними молекул (каркасов) в соответствии с изобретением иммуногенность лежащих в основе пептидов является второстепенной. В таких случаях презентация является определяющим фактором.
Краткое изложение сущности изобретения
В первом аспекте настоящее изобретение относится к пептиду, включающему аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из последовательностей с SEQ ID NO: 1 по SEQ ID NO: 114, или его варианту, который по меньшей мере на 77%, предпочтительно по меньшей мере на 88% гомологичен (предпочтительно по меньшей мере на 77% или по меньшей мере на 88% идентичен) последовательности с SEQ ID NO: 1 по SEQ ID NO: 114, где указанный вариант связывается с МНС и/или индуцирует Т-клеточную перекрестную реакцию с указанным пептидом, или его фармацевтически приемлемой соли, где указанный пептид не является базовым полипептидом полной длины.
Настоящее изобретение относится далее к пептиду по настоящему изобретению, включающему последовательность, которая выбрана из группы, состоящей из последовательностей с SEQ ID NO: 1 по SEQ ID NO: 114, или его варианту, который по меньшей мере на 77%, предпочтительно по меньшей мере на 88% гомологичен (предпочтительно по меньшей мере на 77% или по меньшей мере на 88% идентичен) последовательности с SEQ ID NO: 1 по SEQ ID NO: 114, где указанный пептид или его вариант обладает общей длиной, составляющей 8-100, предпочтительно 8-30 и наиболее предпочтительно 8-14 аминокислот.
В последующих таблицах представлены пептиды в соответствии с настоящим изобретением, соответствующие им SEQ ID NO и потенциальные исходные (лежащие в основе) гены для данных пептидов. Все пептиды табл. 1 и 2 связываются с HLA-A*02. Пептиды из табл. 2 были раскрыты ранее в виде обширных списков в качестве результатов скринингов с высокой пропускной способностью с высокой долей ошибок или были вычислены с помощью алгоритмов, однако ранее ни в коей мере не были ассоциированы с раковыми заболеваниями. Пептиды из табл. 3 являются дополнительными пептидами, которые могут быть полезны в комбинации с другими пептидами по изобретению. Пептиды табл. 4А и 4В полез- 5 037050 ны также для диагностики и/или лечения различных других злокачественных заболеваний, которые включают избыточную экспрессию или избыточную презентацию соответствующего базового полипептида.
Таблица 1
Пептиды в соответствии с настоящим изобретением
SEQ ID No | Последовательность | Ид. № гена | Официальный(ые) символ(ы) гена |
1 | ALIVSLPYL | 10786 | SLC17A3 |
2 | ILWREVVTL | 3299 | HSF4 |
3 | RLLGEVQAL | 3299 | HSF4 |
4 | FLSQDIITV | 5972 | REN |
5 | YLYPNLTRL | 6540 | SLC6A13 |
6 | VLFELSKTV | 23250 | АТР11А |
7 | FLLSLIDRL | 112399 | EGLN3 |
8 | GLASFKSFL | 8490 | RGS5 |
9 | ILLQKPDSV | 8490 | RGS5 |
10 | KLLQNNYGL | 8490 | RGS5 |
11 | F ЮТЕ АР KEV | 8490 | RGS5 |
12 | ALDPSGNQLI | 54437 | SEMA5B |
13 | KIMAQILTV | 120892 | LRRK2 |
14 | ALLTETIFL | 120892 | LRRK2 |
15 | ILIKHLVKV | 143872 | ARHGAP42 |
16 | FMPEELPQL | 55258 | THNSL2 |
17 | ILAQQVHAL | 113220 | KIF12 |
18 | YVLDLAAKV | 47 | ACLY |
19 | LLDPGSLQL | 646658 | SYNDIG1L |
20 | AVANTTFTV | 80270 | HSD3B7 |
21 | RLIQGDQILSV | 10207 | INADL |
22 | FLSPPLPSV | 593, 641649 | BCKDHA, ТМЕМ91 |
23 | YIQEVVQYI | 23236 | PLCB1 |
24 | FTLGTTVFL | 4717 | NDUFC1 |
25 | LLVPAHLVAA | 11082 | ESM1 |
26 | SLMEILYTL | 91949 | COG7 |
27 | SLSDLLVSL | 23596 | OPN3 |
28 | FIADLVVGL | 2023, 2026, 2027 | ENO1, ENO2, ENO3 |
29 | ILLDLEQAL | 9820 | CUL7 |
30 | QLFYTKIFL | 5351 | PL0D1 |
31 | VLFGLDPAVIKV | 259217 | HSPA12A |
32 | FLAGGIRGSGA | 113730 | KLHDC7B |
- 6 037050
33 | FIADVVEKI | 5654, 94031 | HTRA1, HTRA3 |
34 | ELNNQNFYL | 11113 | CIT |
35 | VLHSLQTQL | 51129 | ANGPTL4 |
36 | SLFGKKYIL | 2274 | FHL2 |
37 | VLAPVILML | 8714 | ABCC3 |
38 | VLLDTILQL | 11077 | HSF2BP |
39 | YLLNLNHLGL | 23471 | TRAM1 |
40 | YIQEHLLQI | 10625 | IVNS1ABP |
41 | GLLKTLQKL | 25932 | CLIC4 |
42 | VILDTGTIQL | 9027 | NAT8 |
43 | YLKDELDEL | 23255 | SOGA2 |
44 | ALFSFVTAL | 80727 | TTYH3 |
45 | ALLGIPLTL | 3777, 60598 | KCNK3, KCNK15 |
46 | GLSEVLVQI | 57553 | MICAL3 |
47 | TLAEVRAVQEI | 56950 | SMYD2 |
48 | VVASNIMEV | 5209 | PFKFB3 |
49 | VLIVEVPGV | 111 | ADCY5 |
50 | SLSDHIVLL | 3675 | ITGA3 |
51 | NLWPMILTL | 3675 | ITGA3 |
52 | SILDAVQRV | 137902 | PXDNL |
53 | FLLEIRQTL | 23161 | SNX13 |
54 | ALVAKGLVQA | 10327 | AKR1A1 |
55 | YLALILPVL | 9122 | SLC16A4 |
56 | ILMDFSNSM | 3691 | ITGB4 |
57 | SLQKEILYL | 55102 | ATG2B |
58 | FLVDFEQSHL | 1573 | CYP2J2 |
59 | SLKNNVVSV | 7045 | TGFBI |
60 | ILWKDIEYV | 143425 | SYT9 |
61 | SLMGILLRI | 22900 | CARD8 |
- 7 037050
62 | VLAGPAFLVQL | 55244 | SLC47A1 |
63 | GLIEDHFDVTV | 51752 | ERAP1 |
64 | LLAASVALA | 4885 | NPTX2 |
65 | IIYGGSVTGA | 7167, 729708 | ТРИ, TPI1P1 |
66 | TLLKTIIKV | 57545 | CC2D2A |
67 | LLDVLAPLV | 80781 | COL18A1 |
68 | YVLTQPPSV | 28796, 28815, 28831, 3537, 3538 | IGLV3-21, IGLV2-14, IGLJ3, IGLC1, IGLC2 |
69 | ILADLLPSL | 25979 | DHRS7B |
70 | SLTALRLLL | 9920 | KBTBD11 |
71 | ALDGHLYAV | 9920 | KBTBD11 |
72 | YSLEKVFGI | 10916 | MAGED2 |
73 | GLDGIPFTV | 7205 | TRIP6 |
74 | GLFHKQVTV | 23037 | PDZD2 |
75 | FLIKSINLV | 143879 | KBTBD3 |
76 | VLADDHLIEV | 100034743, 5174, 728939 | PDZK1P2, PDZK1, PDZK1P1 |
77 | SLIKHKIML | 523 | ATP6V1A |
78 | ALLDTVVQA | 8911, 8912 | CACNA1I, CACNA1H |
79 | ALADIVWRA | 84182 | FAM188B |
80 | KLASMLETL | 112464 | PRKCDBP |
81 | SLLPALPKL | 4036 | LRP2 |
82 | SLLQATDFMSL | 7070 | THY1 |
83 | IQWSIVPEV | 23151 | GRAMD4 |
84 | YLMDEGAHL | 7358 | UGDH |
85 | FVMSEIRTV | 114991 | ZNF618 |
86 | GLLQGKLALL | 4835 | NQO2 |
87 | LADGVQKV | 8542 | APOL1 |
88 | TLAELHISL | 84166 | NLRC5 |
89 | SLLLAVTEV | 3714 | JAG2 |
90 | FTLEKNFVI | 1292 | COL6A2 |
91 | MLLSSLVSL | 79001 | VKORC1 |
92 | FLFRDILEL | 29102 | DROSHA |
- 8 037050
Таблица 2
Дополнительные пептиды в соответствии с настоящим изобретением, ассоциация которых с раком не была известна ранее
SEQ ID No | Последовательность | Ид. № гена | Официальный(ые) символ(ы) гена |
93 | GVMAGDIYSV | 123 | PLIN2 |
94 | ILHHKVYDL | 1528 | CYB5A |
95 | KLTDVGIATL | 115701 | ALPK2 |
96 | TLAETLVNL | 283372, 283373 | ANKRD52 |
97 | TLISELVQA | 9820 | CUL7 |
98 | KIPPVSPSI | 57561 | ARRDC3 |
99 | GLAPHLEQI | 79711 | IPO4 |
100 | KLNVAPLAV | 653784, 80097 | MZT2A, MZT2B |
101 | HIYDKAFITV | 2321 | FLT1 |
102 | LLFDVHTTL | 65250 | C5orf42 |
103 | KLQDGLLHI | 7076 | TIMP1 |
104 | ALFEGVVRQI | 6236 | RRAD |
105 | ALADLDELLIRA | 3339 | HSPG2 |
106 | VLMDLKALL | 51428 | DDX41 |
107 | VLMDLKALLL | 51428 | DDX41 |
108 | VLISVLQAI | 26999 | CYFIP2 |
109 | YLWSRVEKL | 120892 | LRRK2 |
110 | LLDLHSYLL | 10299 | MARCH6 |
111 | TLLETEMLL | 80817 | СЕР44 |
112 | LLFDHLEPIEL | 25780 | RASGRP3 |
113 | SLFDWNVKL | 134111 | UBE2QL1 |
114 | ALAVNISAA | 908 | ССТ6А |
Таблица 3
Пептиды, полезные, например, для персонализированной противораковой терапии
SEQ ID No | Последовательность | Ид. № гена | Официальный(ые) символ(ы) гена |
115 | LLDPKTIFL | 26762 | HAVCR1 |
116 | GLVDIMVHL | 8701 | DNAH11 |
117 | VLFGELPAL | 8701 | DNAH11 |
118 | FLNAIETAL | 8701 | DNAH11 |
119 | RLHDENILL | 23322 | RPGRIP1L |
120 | GLAGDNIYL | 6582 | SLC22A2 |
121 | ALLRTVVSV | 2590 | GALNT2 |
122 | SLDPSSPQV | 9514 | GAL3ST1 |
123 | YVDPVITSI | 4233 | МЕТ |
124 | ILSPLSVAL | 5345 | SERPINF2 |
125 | KLDPTKTTL | 10397 | NDRG1 |
126 | KIQEILTQV | 10643 | IGF2BP3 |
127 | VLAPLFVYL | 2535, 8321, 8324 | FZD2, FZD1, FZD7 |
128 | YLEEDVYQL | 23255 | SOGA2 |
129 | VLAPRVLRA | 5954 | RCN1 |
130 | ALPTVLVGV | 5351 | PL0D1 |
131 | VMAGDIYSV | 123 | PLIN2 |
132 | SVASTITGV | 123 | PLIN2 |
133 | QLIDYERQL | 11072 | DUSP14 |
134 | VADKIHSV | 11072 | DUSP14 |
- 9 037050
135 | VVDEGPTGV | 9123 | SLC16A3 |
136 | YQDPHSTAV | 1956 | EGFR |
137 | TLVAIVVGV | 60681 | FKBP10 |
138 | SLDTLMTYV | 22829 | NLGN4Y |
139 | ILNVDGLIGV | 47 | ACLY |
140 | SLANNVTSV | 131566 | DCBLD2 |
141 | LLVDDSFLHTV | 253982 | ASPHD1 |
142 | SVDVSPPKV | 113146 | AHNAK2 |
143 | ALFVRLLALA | 7045 | TGFBI |
144 | RLLDVLAPLV | 80781 | COL18A1 |
145 | SLHFLILYV | 487, 488 | АТР2А1, АТР2А2 |
146 | KLIDLSQVMYL | 346389 | МАСС1 |
147 | ALADKELLPSV | 84883 | AIFM2 |
148 | KLLTEVHAA | 101 | ADAM8 |
149 | SILTIEDGIFEV | 100287551, 3306, 3312 | HSPA8P8, HSPA2, HSPA8 |
150 | TLMPNINKL | 5169 | ENPP3 |
151 | YMYEGPAPRI | 5169 | ENPP3 |
Настоящее изобретение далее в основном относится к пептидам в соответствии с настоящим изобретением для применения в лечении пролиферативных заболеваний, таких как, например, рак легких, рак головного мозга, рак желудка, рак толстой кишки или прямой кишки, рак печени, рак поджелудочной железы, рак предстательной железы, лейкоза, рак молочной железы, меланома, рак яичника и рак пищевода
Особенно предпочтительными являются пептиды - в отдельности или в комбинации - в соответствии с настоящим изобретением, выбранные из группы, состоящей из последовательностей с SEQ ID NO: 1 по SEQ ID NO: 114 Особенно предпочтительными являются пептиды - в отдельности или в комбинации, выбранные из группы, состоящей из последовательностей с SEQ ID NO: 1 по SEQ ID NO: 63 (см. табл. 1) и их применение в иммунотерапии рака ПКК, рака легких, рака головного мозга, рака желудка, рака толстой кишки или прямой кишки, рака печени, рака поджелудочной железы, рака предстательной железы, лейкозов, рака молочной железы, меланомы, рака яичника и рака пищевода и предпочтительно ПКК.
Как показано в табл. 4А, многие из пептидов в соответствии с настоящим изобретением присутствуют в других видах опухолей и могут, таким образом, применяться в иммунотерапии при других показаниях. См. также фиг. 1Е и пример 1.
Для выбранных пептидов таблица демонстрирует, на каких дополнительных видах опухолей они были обнаружены и имели либо избыточную презентацию на более чем 5% исследованных опухолевых образцов, либо презентацию на более чем 5% исследованных опухолевых образцов с соотношением среднего геометрического для опухоли и для нормальных тканей, составляющим более 3. Избыточная презентация определяется как более высокая представленность на опухолевом образце по сравнению с образцом нормальной ткани с наивысшей презентацией.
Таблица 4А
Пептиды в соответствии с настоящим изобретением и их конкретное применение при других пролиферативных заболеваниях, в особенности при других раковых заболеваниях
SEQ ID No | Последовательность | Другие релевантные органы / заболевания |
1 | ALIVSLPYL | Печень |
2 | ILWREVVTL | Яичник |
5 | YLYPNLTRL | Печень |
8 | GLASFKSFL | Поджелудочная железа |
12 | ALDPSGNQLI | Яичник |
14 | ALLTETIFL | Лейкоциты |
15 | ILIKHLVKV | Печень |
- 10 037050
16 | FMPEELPQL | Поджелудочная железа, молочная железа, яичник |
21 | RLIQGDQILSV | Легкие, толстая кишка, прямая кишка, печень, яичник |
23 | YIQEVVQYI | Печень |
24 | FTLGTTVFL | Печень, предстательная железа, лейкоциты, пищевод |
26 | SLMEILYTL | Толстая кишка, прямая кишка, поджелудочная железа, предстательная железа, яичник |
27 | SLSDLLVSL | Легкие, печень, поджелудочная железа, лейкоциты |
28 | FIADLVVGL | Меланома |
29 | ILLDLEQAL | Легкие, поджелудочная железа, предстательная железа, молочная железа, яичник |
30 | QLFYTKIFL | Легкие, толстая кишка, прямая кишка, яичник |
31 | VLFGLDPAVIKV | Головной мозг, яичник |
32 | FLAGGIRGSGA | Желудок |
33 | FIADVVEKI | Легкие, лейкоциты, яичник |
34 | ELNNQNFYL | Меланома, пищевод |
36 | SLFGKKYIL | Толстая кишка, прямая кишка |
37 | VLAPVILML | Легкие, толстая кишка, прямая кишка, поджелудочная железа, яичник |
38 | VLLDTILQL | Головной мозг, печень, поджелудочная железа, меланома, яичник |
39 | YLLNLNHLGL | Легкие, печень, лейкоциты |
44 | ALFSFVTAL | Легкие, меланома, яичник |
45 | ALLGIPLTL | Предстательная железа, яичник, пищевод |
46 | GLSEVLVQI | Толстая кишка, прямая кишка |
- 11 037050
47 | TLAEVRAVQEI | Печень, меланома |
49 | VLIVEVPGV | Яичник |
50 | SLSDHIVLL | Легкие |
51 | NLWPMILTL | Легкие, поджелудочная железа, пищевод |
52 | SILDAVQRV | Легкие, головной мозг, поджелудочная железа, яичник |
54 | ALVAKGLVQA | Меланома, яичник |
55 | YLALILPVL | Меланома |
56 | ILMDFSNSM | Поджелудочная железа |
59 | SLKNNVVSV | Поджелудочная железа, яичник, пищевод |
61 | SLMGILLRI | Лейкоциты |
63 | GLIEDHFDVTV | Легкие, толстая кишка, прямая кишка, предстательная железа, лейкоциты, меланома, яиник |
65 | IIYGGSVTGA | Молочная железа |
66 | TLLKTIIKV | Головной мозг |
67 | LLDVLAPLV | Легкие, желудок, печень, поджелудочная железа, молочная железа, пищевод |
68 | YVLTQPPSV | Легкие, поджелудочная железа, лейкоциты, пищевод |
69 | ILADLLPSL | Легкие, головной мозг, поджелудочная железа, молочная железа, яичник |
72 | YSLEKVFGI | Печень |
73 | GLDGIPFTV | Головной мозг, поджелудочная железа, молочная железа, меланома |
78 | ALLDTVVQA | Печень, предстательная железа |
79 | ALADIVWRA | Легкие, головной мозг, толстая кишка, прямая кишка, печень, поджелудочная железа, предстательная железа, яичник, пищевод |
- 12 037050
82 | SLLQATDFMSL | Толстая кишка, прямая кишка, поджелудочная железа, пищевод |
84 | YLMDEGAHL | Печень |
85 | FVMSEIRTV | Печень |
86 | GLLQGKLALL | Печень, меланома |
87 | LADGVQKV | Молочная железа, меланома |
88 | TLAELHISL | Яичник |
90 | FTLEKNFVI | Предстательная железа |
91 | MLLSSLVSL | Легкие, печень |
93 | GVMAGDIYSV | Легкие, толстая кишка, прямая кишка, печень, пищевод |
94 | ILHHKVYDL | Печень |
96 | TLAETLVNL | Легкие, желудок, толстая кишка, прямая кишка, поджелудочная железа, предстательная железа, молочная железа, яичник, пищевод |
97 | TLISELVQA | Легкие, толстая кишка, прямая кишка, поджелудочная железа, предстательная железа, молочная железа, меланома, яичник, пищевод |
98 | KIPPVSPSI | Легкие, печень, молочная железа |
99 | GLAPHLEQI | Печень, яичник |
100 | KLNVAPLAV | Легкие, головной мозг, толстая кишка, прямая кишка, печень, поджелудочная железа, меланома, яичник |
101 | HIYDKAFITV | Печень, яичник |
102 | LLFDVHTTL | Легкие, желудок |
103 | KLQDGLLHI | Головной мозг, толстая кишка, прямая кишка, печень |
104 | ALFEGVVRQI | Печень, меланома, пищевод |
- 13 037050
105 | ALADLDELLIRA | Поджелудочная железа, меланома |
107 | VLMDLKALLL | Предстательная железа, лейкоциты, яичник |
108 | VLISVLQAI | Лейкоциты |
109 | YLWSRVEKL | Поджелудочная железа, яичник |
110 | LLDLHSYLL | Желудок, лейкоциты |
111 | TLLETEMLL | Поджелудочная железа, молочная железа |
112 | LLFDHLEPIEL | Лейкоциты |
113 | SLFDWNVKL | Печень, предстательная железа |
114 | ALAVNISAA | Легкие, головной мозг, печень, поджелудочная железа, пищевод |
115 | LLDPKTIFL | Толстая кишка, прямая кишка, печень |
116 | GLVDIMVHL | Яичник |
117 | VLFGELPAL | Легкие, поджелудочная железа, молочная железа, яичник |
119 | RLHDENILL | Легкие, головной мозг, толстая кишка, прямая кишка, печень, поджелудочная железа, предстательная железа, яичник, пищевод |
121 | ALLRTVVSV | Легкие, печень, поджелудочная железа, молочная железа, яичник |
122 | SLDPSSPQV | Печень |
123 | YVDPVITSI | Легкие |
124 | ILSPLSVAL | Печень, поджелудочная железа |
125 | KLDPTKTTL | Предстательная железа |
126 | KIQEILTQV | Легкие, головной мозг, желудок, толстая кишка, прямая кишка, печень, поджелудочная железа, лейкоциты, яичник, пищевод |
127 | VLAPLFVYL | Легкие, поджелудочная железа, молочная железа, меланома |
- 14 037050
128 | YLEEDVYQL | Легкие, поджелудочная железа |
129 | VLAPRVLRA | Легкие, головной мозг, толстая кишка, прямая кишка, печень, поджелудочная железа, яичник |
130 | ALPTVLVGV | Легкие, головной мозг, желудок, толстая кишка, прямая кишка, печень, меланома, пищевод |
131 | VMAGDIYSV | Легкие, печень, поджелудочная железа, пищевод |
132 | SVASTITGV | Печень, молочная железа |
133 | QLIDYERQL | Легкие, толстая кишка, прямая кишка, печень, поджелудочная железа, пищевод |
134 | VADKIHSV | Желудок, поджелудочная железа, пищевод |
135 | VVDEGPTGV | Легкие, головной мозг, желудок, печень, поджелудочная железа, лейкоциты, молочная железа, яичник, пищевод |
136 | YQDPHSTAV | Головной мозг, печень |
137 | TLVAIVVGV | Легкие, головной мозг, желудок, толстая кишка, прямая кишка, печень, поджелудочная железа, предстательная железа, молочная железа, яичник |
138 | SLDTLMTYV | Легкие, головной мозг, толстая кишка, прямая кишка, поджелудочная железа, предстательная железа, лейкоциты, пищевод |
139 | ILNVDGLIGV | Головной мозг, толстая кишка, прямая кишка, печень, предстательная железа |
140 | SLANNVTSV | Легкие, головной мозг, поджелудочная железа, меланома, яичник, пищевод |
- 15 037050
141 | LLVDDSFLHTV | Головной мозг, печень, поджелудочная железа, меланома, яичник, пищевод |
142 | SVDVSPPKV | Легкие, поджелудочная железа, меланома, пищевод |
143 | ALFVRLLALA | Легкие, головной мозг, желудок, толстая кишка, прямая кишка, печень, меланома, пищевод |
144 | RLLDVLAPLV | Печень |
145 | SLHFLILYV | Легкие, головной мозг, толстая кишка, прямая кишка, печень, меланома, яичник |
146 | KLIDLSQVMYL | Легкие, толстая кишка, прямая кишка, поджелудочная железа, яичник |
147 | ALADKELLPSV | Легкие, толстая кишка, прямая кишка, печень, поджелудочная железа, меланома, яичник |
148 | KLLTEVHAA | Легкие, желудок, толстая кишка, прямая кишка, печень, поджелудочная железа, молочная железа, яичник, пищевод |
149 | SILTIEDGIFEV | Легкие, головной мозг, толстая кишка, прямая кишка, печень, поджелудочная железа, предстательная железа, лейкоциты, молочная железа, меланома, яичник |
150 | TLMPNINKL | Печень |
Для выбранных пептидов табл. 4Б демонстрирует, как и табл. 4А, на каких дополнительных видах опухолей они были обнаружены с избыточной презентацией (включая специфическую презентацию) на более чем 5% исследованных опухолевых образцов или презентацией на более чем 5% исследованных опухолевых образцов с соотношением среднего геометрического для опухоли и для нормальных тканей, составляющим более 3. Избыточная презентация определяется как более высокая представленность на опухолевом образце по сравнению с образцом нормальной ткани с наивысшей презентацией. Нормальными тканями, на основе которых проводили испытание на избыточную презентацию, были жировая ткань, ткань надпочечной железы, клетки крови, кровеносные сосуды, ткань костного мозга, головного мозга, хрящевая ткань, ткань пищевода, глаз, ткань желчного пузыря, сердца, почек, толстой кишки, печени, легких, лимфатических узлов, нервная ткань, ткань поджелудочной железы, паращитовидной железы, брюшины, гипофиза, плевры, слюнной железы, скелетных мышц, кожа, ткань тонкого кишечника, селезенки, желудка, вилочковой железы, щитовидной железы, трахеи, мочеточника, мочевого пузыря.
- 16 037050
Таблица 4Б
Пептиды в соответствии с настоящим изобретением и их конкретное применение при других пролиферативных заболеваниях, в особенности при других раковых заболеваниях
SEQ ID No | Последовательность | Дополнительные виды |
2 | ILWREVVTL | Меланома, НХЛ |
4 | FLSQDIITV | Рак матки |
6 | VLFELSKTV | ОМЛ |
8 | GLASFKSFL | Меланома, рак мочевого пузыря, рак матки, рак желчного пузыря, рак желчных протоков |
10 | KLLQNNYGL | РМЖ, рак желчного пузыря, рак желчных протоков |
12 | ALDPSGNQLI | Рак головного мозга |
13 | KIMAQILTV | ХЛЛ, НХЛ |
14 | ALLTETIFL | НХЛ |
15 | ILIKHLVKV | Рак матки, НХЛ |
17 | ILAQQVHAL | Рак матки |
18 | YVLDLAAKV | МРЛ, ХЛЛ, РМЖ, меланома, рак матки, НХЛ |
20 | AVANTTFTV | Рак пищевода, рак мочевого пузыря, рак матки |
21 | RLIQGDQILSV | МРЛ, РМЖ, рак пищевода, рак мочевого пузыря, рак матки, рак желчного пузыря, рак желчных протоков, РЯ |
24 | FTLGTTVFL | Меланома, рак матки, НХЛ |
- 17 037050
26 | SLMEILYTL | Меланома, рак желчного пузыря, рак желчных протоков, ОМЛ, РЯ, МРЛ |
27 | SLSDLLVSL | КРК, меланома, рак матки, ОМЛ, НХЛ |
28 | FIADLVVGL | МРЛ, ХЛЛ, ОМЛ, НХЛ |
29 | ILLDLEQAL | Меланома, рак мочевого пузыря, рак матки, рак желчного пузыря, рак желчных протоков, ОМЛ, НХЛ, РЯ |
30 | QLFYTKIFL | Меланома, рак пищевода, рак мочевого пузыря, рак матки, рак желчного пузыря, рак желчных протоков |
33 | FIADVVEKI | МРЛ, РМЖ, рак пищевода |
34 | ELNNQNFYL | КРК, рак мочевого пузыря, ОМЛ, НХЛ |
36 | SLFGKKYIL | Рак мочевого пузыря, рак матки, рак желчного пузыря, рак желчных протоков |
38 | VLLDTILQL | НМРЛ, МРЛ, ХЛЛ, РМЖ, рак пищевода, рак мочевого пузыря, рак матки, рак желчного пузыря, рак желчных протоков, ОМЛ, НХЛ, РЯ |
39 | YLLNLNHLGL | НХЛ |
40 | YIQEHLLQI | Меланома |
43 | YLKDELDEL | Рак пищевода, рак желчного пузыря, рак желчных протоков, НХЛ |
45 | ALLGIPLTL | РМЖ, меланома, рак мочевого пузыря, рак матки, РЯ |
46 | GLSEVLVQI | МРЛ, ГКК, меланома, рак мочевого пузыря, рак желчного пузыря, рак желчных протоков, НХЛ |
48 | VVASNIMEV | РМЖ, меланома |
49 | VLIVEVPGV | Рак желчного пузыря, рак желчных протоков, РЯ |
50 | SLSDHIVLL | РПЖ, меланома, рак пищевода, рак мочевого пузыря, рак желчного пузыря, рак желчных протоков |
51 | NLWPMILTL | Меланома, рак матки, рак желчного пузыря, рак |
- 18 037050
желчных протоков, рак пищевода | ||
52 | SILDAVQRV | МРЛ, РМЖ, меланома, рак матки |
54 | ALVAKGLVQA | НХЛ |
55 | YLALILPVL | ХЛЛ |
56 | ILMDFSNSM | Рак мочевого пузыря, рак желчного пузыря, рак желчных протоков |
57 | SLQKEILYL | Меланома |
59 | SLKNNVVSV | Меланома, рак матки, рак желчного пузыря, рак желчных протоков |
61 | SLMGILLRI | РМЖ |
62 | VLAGPAFLVQL | Рак матки |
63 | GLIEDHFDVTV | МРЛ |
64 | LLAASVALA | Рак головного мозга, ОМЛ |
65 | IIYGGSVTGA | ХЛЛ, меланома, рак мочевого пузыря, рак матки |
66 | TLLKTIIKV | Меланома, рак мочевого пузыря |
67 | LLDVLAPLV | КРК, меланома, рак мочевого пузыря, рак матки, рак желчного пузыря, рак желчных протоков |
68 | YVLTQPPSV | РМЖ |
69 | ILADLLPSL | МРЛ, меланома, рак пищевода, рак матки, ОМЛ, НХЛ |
72 | YSLEKVFGI | Рак головного мозга, РЖ, КРК, РПрЖ, РМЖ, меланома, РЯ, рак мочевого пузыря, ОМЛ, РПЖ |
73 | GLDGIPFTV | РЖ, рак мочевого пузыря, рак матки, ОМЛ |
75 | FLIKSINLV | ХЛЛ, меланома, ОМЛ |
76 | VLADDHLIEV | ГКК, рак желчного пузыря, рак желчных протоков |
77 | SLIKHKIML | КРК, меланома, рак матки |
78 | ALLDTVVQA | РМЖ |
79 | ALADIVWRA | МРЛ, РМЖ, рак мочевого пузыря, рак матки, рак желчного пузыря, рак желчных протоков, рак пищевода, РЯ |
80 | KLASMLETL | Меланома |
- 19 037050
81 | SLLPALPKL | РМЖ |
82 | SLLQATDFMSL | НМРЛ, рак головного мозга, РМЖ, меланома, рак матки, НХЛ, РПЖ |
83 | IQWSIVPEV | ХЛЛ, меланома, рак желчного пузыря, рак желчных протоков, ОМЛ, НХЛ |
84 | YLMDEGAHL | Рак желчного пузыря, рак желчных протоков |
85 | FVMSEIRTV | Рак матки, рак желчного пузыря, рак желчных протоков |
86 | GLLQGKLALL | Рак матки, НХЛ |
88 | TLAELHISL | ХЛЛ, рак пищевода |
89 | SLLLAVTEV | МРЛ, РМЖ, меланома, рак мочевого пузыря |
90 | FTLEKNFVI | КРК, РМЖ, РПЖ |
91 | MLLSSLVSL | МРЛ, меланома, рак мочевого пузыря, рак желчного пузыря, рак желчных протоков |
92 | FLFRDILEL | Меланома, ОМЛ |
93 | GVMAGDIYSV | Рак желчного пузыря, рак желчных протоков, РРЖ |
95 | KLTDVGIATL | Меланома, НХЛ |
96 | TLAETLVNL | МРЛ, ГКК, ХЛЛ, меланома, рак мочевого пузыря, рак матки, рак желчного пузыря, рак желчных протоков, ОМЛ, НХЛ |
97 | TLISELVQA | МРЛ, РЖ, ГКК, ХЛЛ, рак мочевого пузыря, рак матки, рак желчного пузыря, рак желчных протоков, НХЛ |
98 | KIPPVSPSI | Рак матки, НХЛ |
99 | GLAPHLEQI | РМЖ, меланома, ОМЛ, НХЛ |
100 | KLNVAPLAV | ХЛЛ, РМЖ, рак матки, ОМЛ, НХЛ, РЯ |
101 | HIYDKAFITV | МРЛ, РМЖ |
102 | LLFDVHTTL | МРЛ, меланома, рак мочевого пузыря, рак матки, ОМЛ |
103 | KLQDGLLHI | МРЛ, РПЖ, меланома, РЯ, НХЛ |
104 | ALFEGVVRQI | Рак мочевого пузыря |
105 | ALADLDELLIRA | РМЖ |
106 | VLMDLKALL | ОМЛ |
107 | VLMDLKALLL | ОМЛ |
108 | VLISVLQAI | РМЖ, ОМЛ, НХЛ |
109 | YLWSRVEKL | ХЛЛ, НХЛ |
110 | LLDLHSYLL | Рак матки |
111 | TLLETEMLL | Рак мочевого пузыря |
112 | LLFDHLEPIEL | РМЖ, НХЛ |
113 | SLFDWNVKL | МРЛ, РМЖ, рак пищевода, рак желчного пузыря, рак желчных протоков, ОМЛ, НХЛ |
114 | ALAVNISAA | РЖ, КРК, ХЛЛ, РМЖ, меланома, рак мочевого пузыря, рак матки, рак желчного пузыря, рак желчных протоков, ОМЛ, НХЛ, РПЖ |
НМРЛ = немелкоклеточный рак легких, МРЛ = мелкоклеточный рак легких, ПКК = рак почки, КРК = рак толстого или прямого кишечника, РЖ = рак желудка, ГКК = рак печени, РПЖ = рак поджелудочной железы, РПрЖ = рак предстательной железы, РМЖ = рак молочной железы,
- 20 037050
ККМ = карцинома клеток Меркеля,
РЯ = рак яичника,
НХЛ = неходжкинская лимфома,
ОМЛ = острый миелоидный лейкоз,
ХЛЛ = хронический лимфоцитарный лейкоз.
Таким образом, другой аспект настоящего изобретения относится к применению по меньшей мере одного пептида по настоящему изобретению в соответствии с любой из последовательностей с SEQ ID NO: 21, 27, 29, 30, 33, 37, 39, 44, 50, 51, 52, 63, 67, 68, 69, 79, 91, 93, 96, 97, 98, 100, 102, 114, 117, 119, 123, 126, 127, 128, 129, 130, 131, 165, 137, 138, 140, 142, 143, 145, 146, 147, 148 и 149 - в одном предпочтительном варианте осуществления в комбинации - для лечения рака легких.
Таким образом, другой аспект настоящего изобретения относится к применению по меньшей мере одного пептида по настоящему изобретению в соответствии с любой из последовательностей с SEQ ID NO: 31, 38, 52, 66, 69, 73, 79, 100, 102, 103, 114, 119, 126, 129, 130, 135, 136, 137, 138, 139, 140, 141, 143, 145 и 149 - в одном предпочтительном варианте осуществления в комбинации - для лечения рака головного мозга.
Таким образом, другой аспект настоящего изобретения относится к применению по меньшей мере одного пептида по настоящему изобретению в соответствии с любой из последовательностей с SEQ ID NO: 32, 67, 96, 110, 126, 130, 134, 135, 137, 143 и 148 - в одном предпочтительном варианте осуществления в комбинации - для лечения рака желудка.
Таким образом, другой аспект настоящего изобретения относится к применению по меньшей мере одного пептида по настоящему изобретению в соответствии с любой из последовательностей с SEQ ID NO: 21, 26, 30, 36, 37, 46, 63, 79, 82, 93, 96, 97, 100, 103, 115, 119, 126, 129, 130, 133, 137, 138, 139, 143, 145, 146 147, 148 и 149 - в одном предпочтительном варианте осуществления в комбинации - для лечения колоректального рака.
Таким образом, другой аспект настоящего изобретения относится к применению по меньшей мере одного пептида по настоящему изобретению в соответствии с любой из последовательностей с SEQ ID NO: 1, 5, 15, 21, 23, 24, 27, 38, 39, 47, 67, 72, 78, 79, 84, 85, 86, 91, 93, 94, 98, 99, 100, 101, 103, 104, 113, 114, 115, 119, 121, 122, 124, 126, 129, 130, 131, 132, 133, 135, 136, 137, 139, 141, 143, 144, 145, 147, 148, 149 и 150 - в одном предпочтительном варианте осуществления в комбинации - для лечения рака печени.
Таким образом, другой аспект настоящего изобретения относится к применению по меньшей мере одного пептида по настоящему изобретению в соответствии с любой из последовательностей с SEQ ID NO: 8, 16, 26, 27, 29, 37, 38, 51, 52, 56, 59, 67, 68, 69, 73, 79, 82, 96, 97, 100, 105, 109, 111, 114, 117, 119, 121, 124, 126, 127, 128, 129, 131, 133, 134, 135, 137, 138, 140, 141, 142, 146, 147, 148 и 149 - в одном предпочтительном варианте осуществления в комбинации - для лечения рака поджелудочной железы.
Таким образом, другой аспект настоящего изобретения относится к применению по меньшей мере одного пептида по настоящему изобретению в соответствии с любой из последовательностей с SEQ ID NO: 24, 26, 29, 45, 63, 78, 79, 90, 96, 97, 107, 113, 119, 125, 137, 138, 139 и 149 - в одном предпочтительном варианте осуществления в комбинации - для лечения рака предстательной железы.
Таким образом, другой аспект настоящего изобретения относится к применению по меньшей мере одного пептида по настоящему изобретению в соответствии с любой из последовательностей с SEQ ID NO: 14, 24, 27, 33, 39, 61, 63, 68, 107, 108, 110, 112, 126, 135, 138 и 149 - в одном предпочтительном варианте осуществления в комбинации - для лечения лейкозов.
Таким образом, другой аспект настоящего изобретения относится к применению по меньшей мере одного пептида по настоящему изобретению в соответствии с любой из последовательностей с SEQ ID NO: 16, 29, 65, 67, 69, 73, 87, 96, 97, 98, 111, 117, 121, 127, 132, 135, 137, 148 и 149 - в одном предпочтительном варианте осуществления в комбинации - для лечения рака молочной железы.
Таким образом, другой аспект настоящего изобретения относится к применению по меньшей мере одного пептида по настоящему изобретению в соответствии с любой из последовательностей с SEQ ID NO: 28, 34, 38, 44, 47, 54, 55, 63, 73, 86, 87, 97, 100, 104, 105, 127, 130, 140, 141, 142, 143, 145, 147 и 149 - в одном предпочтительном варианте осуществления в комбинации - для лечения меланомы.
Таким образом, другой аспект настоящего изобретения относится к применению по меньшей мере одного пептида по настоящему изобретению в соответствии с любой из последовательностей с SEQ ID NO: 2, 12, 16, 21, 26, 29, 30, 31, 33, 37, 38, 44, 45, 49, 52, 54, 59, 63, 69, 79, 88, 96, 97, 99, 100, 101, 107, 109, 116, 117, 119, 121, 126, 129, 135, 137, 140, 141, 145, 146, 147, 148 и 149 - в одном предпочтительном варианте осуществления в комбинации - для лечения рака яичника.
Таким образом, другой аспект настоящего изобретения относится к применению по меньшей мере одного пептида по настоящему изобретению в соответствии с любой из последовательностей с SEQ ID NO: 24, 34, 45, 51, 59, 67, 68, 79, 93, 96, 97, 104, 114, 119, 126, 130, 131, 133, 134, 135, 138, 140, 141, 142, 143 и 148 - в одном предпочтительном варианте осуществления в комбинации - для лечения рака пищевода.
- 21 037050
Таким образом, другой аспект настоящего изобретения относится к применению пептидов в соответствии с настоящим изобретением для - предпочтительно комбинированного - лечения пролиферативного заболевания, выбранного из группы: ПКК, рак легкого, рак головного мозга, рак желудка, колоректальный рак, рак печени, рак поджелудочной железы, рак предстательной железы, лейкозы, рак молочной железы, меланома, рак яичника и рак пищевода и предпочтительно ПКК.
Предпочтительно настоящее изобретение относится к применению пептидов в соответствии с настоящим изобретением в соответствии с последовательностями с SEQ ID NO: 1 и/или 15 для - предпочтительно комбинированного - лечения пролиферативного заболевания, выбранного из группы: ПКК, рак легкого, рак головного мозга, рак желудка, колоректальный рак, рак печени, рак поджелудочной железы, рак предстательной железы, лейкозы, рак молочной железы, меланома, рак яичника и рак пищевода и предпочтительно ПКК.
Настоящее изобретение, более того, относится к пептидам в соответствии с настоящим изобретением, имеющим способность связываться с молекулой главного комплекса гистосовместимости человека (МНС) I класса или - в удлиненной форме, такой как вариант по длине - МНС II класса.
Настоящее изобретение далее относится к пептидам в соответствии с настоящим изобретением, где указанные пептиды (каждый из них) состоят или состоят по существу из аминокислотной последовательности в соответствии с SEQ ID NO: 1 по SEQ ID NO: 114.
Настоящее изобретение далее относится к пептидам в соответствии с настоящим изобретением, где указанный пептид модифицирован и/или включает непептидные связи.
Настоящее изобретение далее относится к пептидам в соответствии с настоящим изобретением, где указанный пептид является частью слитого белка, в частности слитого с N-терминальными аминокислотами HLA-DR антиген-ассоциированной инвариантной цепи (Ii), или слитого с антителом (или встроенный в последовательность), таким как, например, антителом, специфичным для дендритных клеток.
Настоящее изобретение далее относится к нуклеиновой кислоте, кодирующей пептиды в соответствии с настоящим изобретением. Настоящее изобретение далее относится к нуклеиновой кислоте в соответствии с настоящим изобретением, которая является ДНК, кДНК, ПНК, РНК или их комбинациями.
Настоящее изобретение далее относится к вектору экспрессии, способному к экспрессии и/или экспрессирующему нуклеиновую кислоту в соответствии с настоящим изобретением.
Настоящее изобретение далее относится к пептиду в соответствии с настоящим изобретением, к нуклеиновой кислоте в соответствии с настоящим изобретением или к вектору экспрессии в соответствии с настоящим изобретением для применения в лечении заболеваний и в медицине, в частности, в лечении рака.
Настоящее изобретение далее относится к антителам, которые является специфическими по отношению к пептидам в соответствии с настоящим изобретением или комплексам указанных пептидов в соответствии с настоящим изобретением и МНС и способам их получения.
Настоящее изобретение далее относится к Т-клеточным рецепторам (ТКР), в частности к растворимым ТКР и клонированным ТКР, встроенным в аутологичные или аллогенные Т-клетки, и способам их получения, а также к естественным киллерным клеткам (NK) или другим клеткам, несущим указанный ТКР или вступающим в перекрестную реакцию с указанными ТКР.
Антитела и ТКР являются дополнительными вариантами осуществления иммунотерапевтического применения пептидов в соответствии с последовательностями с SEQ ID 1 по SEQ ID 151 в соответствии с настоящим изобретением.
Настоящее изобретение далее относится к клетке-хозяину, включающей нуклеиновую кислоту в соответствии с настоящим изобретением или вектор экспрессии, описанный ранее. Настоящее изобретение далее относится к клетке-хозяину в соответствии с настоящим изобретением, которая является антигенпрезентирующей клеткой, предпочтительно дендритной клеткой.
Настоящее изобретение далее относится к способу получения пептида в соответствии с настоящим изобретением, причем указанный способ включает культивацию клетки-хозяина в соответствии с настоящим изобретением и выделение пептида из указанной клетки-хозяина или его культуральной среды.
Настоящее изобретение далее относится к указанному способу в соответствии с настоящим изобретением, где антиген нагружен на молекулы МНС I или II класса, экспрессированные на поверхности подходящей антигенпрезентирующей клетки или искусственной антигенпрезентирующей клетки, при контактировании достаточного количества антигена с антигенпрезентирующей клеткой.
Настоящее изобретение далее относится к способу в соответствии с настоящим изобретением, где антигенпрезентирующая клетка включает вектор экспрессии, способный экспрессировать или экспрессирующий указанный пептид, содержащий последовательность с SEQ ID NO: 1 по SEQ ID NO: 114, предпочтительно содержащий последовательность с SEQ ID NO: 1 по SEQ ID NO: 63, или вариантную аминокислотную последовательность.
Настоящее изобретение далее относится к активированным Т-клеткам, полученным способом в соответствии с настоящим изобретением, где указанная Т-клетка селективно распознают клетку, которая экспрессирует полипептид, включающий аминокислотную последовательность в соответствии с настоящим изобретением.
- 22 037050
Настоящее изобретение далее относится к способу уничтожения клеток-мишеней у пациента, чьи клетки-мишени аберрантно экспрессируют полипептид, включающий любую аминокислотную последовательность в соответствии с настоящим изобретением, причем способ включает введение пациенту эффективного числа Т-клеток, полученных в соответствии с настоящим изобретением.
Настоящее изобретение далее относится к применению любого описанного пептида, нуклеиновой кислоты в соответствии с настоящим изобретением, вектора экспрессии в соответствии с настоящим изобретением, клетки в соответствии с настоящим изобретением, активированного Т-лимфоцита, Т-клеточного рецептора или антитела или других молекул, связывающихся с пептидом и/или комплексом пептид-МНС в соответствии с настоящим изобретением в качестве медикамента или в производстве медикамента. Предпочтительно, если указанный медикамент обладает активным противораковым действием.
Предпочтительно, если указанный медикамент предназначен для клеточной терапии, является вакциной или белком на основе растворимого ТКР или антителом.
Настоящее изобретение далее относится к применению в соответствии с изобретением, где указанные раковые клетки являются клетками ПКК, рака легких, рака головного мозга, рака желудка, рака толстой кишки или прямой кишки, рака печени, рака поджелудочной железы, рака предстательной железы, лейкозов, рака молочной железы, меланомы, рака яичника и рака пищевода и предпочтительно клетками ПКК.
Настоящее изобретение далее относится к биомаркерам, основанным на пептидах в соответствии с настоящим изобретением, в контексте изобретения называемых мишенями, которые могут быть использованы при постановке диагноза рака, предпочтительно ПКК. В роли маркера может выступать избыточная презентация самого(их) пептида(ов) или избыточная экспрессия соответствующего(их) гена(ов). Эти маркеры могут также использоваться для предсказания вероятности успеха лечения, предпочтительно иммунотерапии и наиболее предпочтительно иммунотерапии, направленной на ту же мишень, которая была идентифицирована биомаркером. Например, для окрашивания срезов опухоли для выявления присутствия интересующего пептида в комплексе с МНС может использоваться антитело или растворимый ТКР.
Факультативно, антитело обладает дополнительной эффекторной функцией, например несет иммуностимулирующий домен или токсин.
Настоящее изобретение относится также к применению этих новых мишеней в контексте лечения рака.
АВСС3 ассоциирован с гепатоклеточной карциномой, раком яичника, раком прямой кишки, остеосаркомой, раком молочной железы, немелкоклеточным раком легких, мультиформной глиобластомой и протоковой аденокарциномой поджелудочной железы (Mohelnikova-Duchonova et al., 2013; Molina-Pinelo et al., 2014; Goode et al., 2014; Liu et al., 2014c; Yu et al., 2014; Sedlakova et al., 2015; Zuniga-Garcia et al., 2015; Wang et al., 2014c).
ACLY аберрантно экспрессируется клетками различных опухолей, таких как рак молочной железы, печени, толстой кишки, легких и предстательной железы, и обратно коррелирует со стадией и дифференциацией опухоли (Zu et al., 2012).
Избыточная экспрессия ADAM8 при раке поджелудочной железы ассоциируется с усилением миграции и инвазивности клеток протоковой аденокарциномы поджелудочной железы (Schlomann et al., 2015). ADAM8 задействован в процессах клеточной миграции и инвазии при раке легких, почечноклеточной карциноме и раковых опухолях головного мозга (Mochizuki and Okada, 2007).
Гиперметилирование гена ADCY5 и снижение экспрессии мРНК возникают при остром лимфобластном лейкозе, хроническом лимфоцитарном лейкозе и аденокарциноме легких (Kuang et al., 2008; Tong et al., 2010; Sato et al., 2013a).
AHNAK2 является важным элементом неклассического пути секреции фактора роста фибробластов 1 (FGF1), фактора, который задействован в росте и инвазии опухоли (Kirov et al., 2015).
Как было продемонстрировано, экспрессия AIFM2 понижена в большинстве опухолей человека (Wu et al., 2004; Mei et al., 2006). AIFM2 был идентифицирован как один из девяти генов, которые были ассоциированы с функциональной супрессией онкогенности в клеточных линиях рака яичника (Notaridou et al., 2011).
Как было показано, уровень AKR1A1 повышен при раке молочной железы и ассоциируется с раком легких и рака гортани (Penning, 2014; Hlavac et al., 2014; Kim et al., 2012).
Экспрессия ALPK2 понижена при колоректальной аденоме и, возможно, играет роль в переходе ткани нормальных крипт толстой кишки в аденому (Yoshida et al., 2012). ALPK2 демонстрирует тесную взаимосвязь между потерей числа копий и недостаточной экспрессией при раке желудка (Junnila et al., 2010).
Как было продемонстрировано, уровень ANGPTL4 повышен при раке молочной железы, серозном раке яичника и ассоциируется с глиобластомой, гепатоклеточной карциномой, плоскоклеточной карциномой полости рта и раком легких (Ferguson et al., 2013; Tanaka et al., 2015; Ng et al., 2014; Garner et al., 2015; Schumann et al., 2015; Johnson et al., 2015).
- 23 037050
Уровень экспрессии APOL1 понижен в тканях и клеточных линиях почечноклеточной карциномы (Hu et al., 2012).
ARRDC3 ассоциируется с раком молочной железы и раком предстательной железы (Wang et al.,
2014a; Huang et al., 2012a).
Мутации сдвига рамки считывания ATG2B распространены при карциномах желудка и толстой кишки с высокой микросателлитной нестабильностью (Kang et al., 2009).
Как было показано, экспрессия АТР11А повышена при колоректальном раке и ассоциируется с лимфобластным лейкозом, и этот белок предложен в качестве биомаркера распространения метастазов при колоректальном раке (Miyoshi et al., 2010; Zhang et al., 2005).
Уровень АТР2А1, как было продемонстрировано, повышен при раковой кахексии (Fontes-Oliveira et al., 2013).
АТР2А2 ассоциируется с раком кожи, раком толстой кишки и раком легких (Korosec et al., 2006; Hovnanian, 2007).
CACNA1H ассоциируется с аденомами, вырабатывающими альдостерон, раком предстательной железы и раком молочной железы (Felizola et al., 2014; Asaga et al., 2006; Gackiere et al., 2013).
CACNA1I ассоциируется с раком толстой кишки, раком молочной железы и раком предстательной железы (Basson et al., 2015).
CARD8 экспрессируется в высокой степени в нескольких клеточных линиях рака, в том числе рака яичника, молочной железы и легких, а также в тканях, полученных от пациентов с колоректальной карциномой, раком желудка или молочной железы (Pathan et al., 2001; Yamamoto et al., 2005).
CCT6A ассоциируется с опухолями мужских половых клеток и злокачественными меланомами (Tanic et al., 2006; Alagaratnam et al., 2011).
Уровень CIT часто повышен в клетках гепатоклеточной карциномы (ГКК) по сравнению с прилегающими неопухолевыми тканями. Нокдаун CIT с помощью РНК-интерференции подавляет онкогенность клеток ГКК in vivo (Fu et al., 2011).
Снижение уровня CLIC4 в опухолевых клетках и его повышение в строме опухоли распространено при многих видах рака человека, в том числе при раке почек, яичника, молочной железы, легких и раковых заболеваниях кожи, и является признаком злокачественного прогрессирования (Suh et al., 2007a; Okudela et al., 2014; Suh et al., 2007b).
О дифференцированной экспрессии COL18A1 сообщалось для рака мочевого пузыря, рабдоидных опухолей и карциномы яичника, и, как было показано, специфические полиморфизмы гена увеличивают риск развития спорадического рака молочной железы (Fang et al., 2013; Gadd et al., 2010; Lourenco et al., 2006; Peters et al., 2005).
COL6A2 ассоциируется с раком шейки матки, плохой общей выживаемостью при серозном раке яичника высокой степени злокачественности, лимфобластном лейкозе из предшественников Влимфоцитов, гепатоклеточной карциноме, первичных и метастатических опухолях головного мозга, плоскоклеточной карциноме легких, плоскоклеточной карциноме головы и шеи, и он был описан в качестве потенциального инструмента анализа ДНК-метилирования при раке шейки матки (Cheon et al., 2014; Chen et al., 2014c; Vachani et al., 2007; Liu et al., 2010b; Seong et al., 2012; Hogan et al., 2011).
CUL7 ассоциируется с раком предстательной железы и гепатоклеточной карциномой (Wang et al., 2014b; Paradis et al., 2013).
Уровень экспрессии CYB5A понижен при гепатоклеточной карциноме (Khan et al., 2013а). CYB5A является прогностическим фактором для протоковой аденокарциномы поджелудочной железы, который проявляет свою функцию подавления опухоли за счет инициации аутофагии и модулирования TRAF6 (Giovannetti et al., 2014). CYB5A кодирует фермент, который детоксифицирует канцерогенные молекулы и является прогностическим фактором для рака поджелудочной железы (Blanke et al., 2014; Giovannetti et al., 2014).
Экспрессия CYFIP2 повышена во вновь возникших лимфатических узлах при раке молочной железы (Gantsev et al., 2013). Экспрессия CYFIP2 понижена в образцах опухолей желудка человека по сравнению с контрольными тканями (Cheng et al., 2013). CYFIP2 является одним из нескольких генов, связанных с апоптозом, метилированных при хроническом лимфоцитарном лейкозе (Halldorsdottir et al., 2012).
CYP2J2 является ферментом, который, как было продемонстрировано, экспрессируется в избытке в различных видах опухолей человека, включая рак пищевода, легких, молочной железы, желудка, печени и толстой кишки. CYP2J2 повышает пролиферацию и ингибирует апоптоз клеток карциномы, стимулируя фосфорилирование EGFR и активацию сигнальных путей PI3K и MAPK, и далее участвует в метаболизме ингибиторов тирозинкиназы, тем самым вызывая устойчивость к противораковым лекарственным средствам (Jiang et al., 2005; Narjoz et al., 2014).
Уровень DCBLD2 повышен при глиобластоме и раковых опухолях головы и шеи (РГШ) и необходим для стимулируемого EGFR онкогенеза (Feng et al., 2014). Кроме того, уровень DCBLD2 повышен в сублиниях и образцах ткани высоко метастатического рака легких (Koshikawa et al., 2002). Напротив, экспрессия DCBLD2 подавлена при гиперметилировании его промотора при раке желудка (Kim et al., 2008).
- 24 037050
DDX41 ассоциируется с острым миелоидным лейкозом (Antony-Debre and Steidl, 2015).
DROSHA, один из двух важнейших ферментов для синтеза микроРНК, избыточно экспрессируется в клетках нескольких видов рака, в том числе гастроинтестинальных опухолей, рака молочной железы и рака шейки матки и, по-видимому, усиливает пролиферацию, образование колоний и миграцию опухолевых клеток (Avery-Kiejda et al., 2014; Havens et al., 2014; Zhou et al., 2013).
Однонуклеотидные полиморфизмы в гене DUSP14 ассоциируются с изменением риска возникновения меланомы (Yang et al., 2014a; Liu et al., 2013).
Уровень EGFR, как было продемонстрировано, повышен при раке молочной железы и аденоидной карциноме слюнных желез и ассоциируется с немелкоклеточным раком легких, гепатоклеточной карциномой и колоректальным раком (Dienstmann et al., 2015; Wang et al., 2015b; Steinway et al., 2015; Xiao et al., 2015; Inoue et al., 2015).
Экспрессия EGLN3, как было показано, повышена при немелкоклеточном раке легких и почечноклеточных карциномах. Более того, EGLN3 ассоциируется со светлоклеточной почечноклеточной карциномой и колоректалыным раком (Tanaka et al., 2014; Yang et al., 2014d; Toth et al., 2014; Chu et al., 2014).
Экспрессия ENO1, как было показано, повышена при немелкоклеточном раке легких. Кроме того, ENO1 ассоциируется с карциномой эндометрия, протоковой аденокарциномой поджелудочной железы, глиобластомой и назофарингеальной карциномой (Yang et al., 2014b; Naryzhnyi et al., 2014; Principe et al., 2015; Fu et al., 2015; Zhao et al., 2015a).
ENO2 ассоциируется с раком легких, солидной нейроэндокринной карциномой, гранулярноклеточными опухолями и раком поджелудочной железы (Sigari et al., 2014; Zizi-Sermpetzoglou et al., 2014; Liu et al., 2014a; Bedir et al., 2015; Wang et al., 2013b).
ENO3 ассоциируется с В-клеточной лимфомой, альвеолярной мягкотканной саркомой, рабдомиосаркомой и нейробластомой и нейробластомой (Oka et al., 1989; Mukai et al., 1986; Royds et al., 1985; Ishiguro et al., 1984).
ENPP3 ассоциируется с нейробластомой, колоректальным раком II стадии, плоскоклеточной карциномой головы и шеи, острым базофильным лейкозом и карциномой желчных протоков (Agesen et al., 2012; Staal-Viliare et al., 2007; Gomez-Villafuertes et al., 2014; Yano et al., 2004; Thiel et al., 2011).
ERAP1 ассоциируется с карциномой шейки матки, почечноклеточной карциномой, плоскоклеточной карциномой пищевода, меланомой, карциномой яичника и нейробластомой (Mehta et al., 2015; Forloni et al., 2010; Liu et al., 2010a; Kamphausen etal., 2010; Ayshamgul etal., 2011; Stoehr et al., 2013).
Как было показано, уровень экспрессии ESM1 повышен при раке желудка и ассоциируется с гепатобластомой, назофарингеальной карциномой и раком яичника и может быть потенциальным биомаркером рака желудка (Yu et al., 2013; Dong et al., 2014; Lv et al., 2014; EI Behery et al., 2013).
Как было показано, уровень FHL2 повышен при остром миелоидном лейкозе, раке яичника, раке легких, карциноме толстой кишки, раке молочной железы, протоковой аденокарциноме поджелудочной железы и злокачественной меланоме человека и понижен при раке предстательной железы и рабдомиосаркоме (Kleiber et al., 2007; Westphal et al., 2015; Qian et al., 2010; Zienert et al., 2015).
FKBP10 был идентифицирован в качестве нового гена, который участвует в приобретении и сохранении клетками лейкоза фенотипа, резистентного к действию адриамицина (Sun et al., 2014b). FKBP10 ассоциировался с колоректальным раком за счет повышения его уровня (Olesen et al., 2005). Напротив, недостаточная экспрессия FKBP10 была характерна для эпителиальных карцином яичника (Quinn et al., 2013).
FLT1 ассоциируется с раком толстой кишки, раком предстательной железы, немелкоклеточным раком легких и раком поджелудочной железы (Awasthi et al., 2015; Heist et al., 2015; Tsourlakis et al., 2015; Zhang et al., 2015).
FZD1 ассоциируется с раком пищевода, карциномой щитовидной железы, саркомой матки, раком предстательной железы, плоскоклеточной/аденосквамозной карциномой и аденокарциномой желчного пузыря, раком толстой кишки и раком молочной железы (Goksel et al., 2014; Hung et al., 2014; Davidov et al., 2014; Su et al., 2015; Zhang et al., 2012a; Planutis et al., 2013; Devaney et al., 2013; Li et al., 2014a).
Как было продемонстрировано, уровень FZD2 повышен при раке пищевода и ассоциируется с гастроинтестинальной стромальной опухолью, аденокистозной карциномой слюнных желез и колоректальным раком (Wang and Zheng, 2014; Ding et al., 2015; Prakash et al., 2005; Liu et al., 2014b).
Как было продемонстрировано, уровень FZD7 повышен при раке яичника и ассоциируется с раком шейки матки, гепатоклеточной карциномой, колоректальным раком, меланомой, раком молочной железы, раком желудка и центральной нейроцитомой (Anastas et al., 2014; Li et al., 2014c; Gonzalez et al., 2014; Song et al., 2014; Deng et al., 2015; Asad et al., 2014; Vasiljevic et al., 2013; Rocken and Warneke, 2012; Dey et al., 2013).
Активность GAL3ST1 повышена в ткани почечноклеточной карциномы (ПКК) и клеточной линии SMKT-R3 ПКК (Honke et al., 1996). Уровень экспрессии GAL3ST1 повышен в клетках эпителиальной карциномы яичника по сравнению с нормальной тканью стромы яичника и нормальными эпителиальными клетками на поверхности яичника (Liu et al., 2010c).
- 25 037050
GALNT2, N-ацетилгалактозаминилтрансфераза 2, как было показано, проявляет антипролиферативную и антиметастатическую активность за счет снижения уровня ММР-2 и TGF-βΙ в клетках рака желудка и за счет ингибирования активности рецептора EGF при гепатоклеточной карциноме, где его уровень часто понижен. Напротив, сообщалось, что избыточная экспрессия GALNT2 клетками плоскоклеточной карциномы усиливает инвазивный потенциал опухолевых клеток за счет модификации Огликозилирования и активности EGFR (Hua et al., 2012; Lin et al., 2014; Wu et al., 2011).
Уровень GRAMD4 повышен в клеточных линиях гепатоклеточной карциномы (ГКК) и тканях ГКК, и повышенный уровень экспрессии коррелирует с клиникопатологическими характеристиками ГКК (Zhang et al., 2013).
HAVCR1 был описан в качестве кандидата в новые биомаркеры, ассоциированного со светлоклеточной карциномой яичника и почечноклеточной карциномой (Bonventre, 2014; Kobayashi et al., 2015). HAVCR1, как было показано, активирует ось IL-6/STAT-3/HIF-1A в клеточных линиях светлоклеточной почечноклеточной карциномы и определяет прогрессирование опухоли и исход для пациента (Cuadros et al., 2014). Конститутивную экспрессию HAVCR1 в почках описывали в качестве потенциального признака предрасположенности к развитию светлоклеточной почечноклеточной карциномы (Cuadros et al., 2013). Повышение уровня HAVCR1 было описано для почечноклеточных карцином и светлоклеточных карцином яичника и колоректальной карциномы (Wang et al., 2013с). Повышенный уровень HAVCR1 был описан в качестве потенциального диагностического биомаркера для колоректального рака и прогностического маркера для более долгого срока выживаемости без признаков заболевания после хирургической операции, который может быть также задействован в метастатическом каскаде при колоректальном раке (Wang et al., 2013c). Как было показано, HAVCR1 ассоциируется с Т-клеточным лейкозом из больших гранулярных лимфоцитов (Wlodarski et al., 2008).
HSF2BP кодирует HSF2-связывающий белок, который ассоциируется с HSF2, и может быть задействован в модулировании активации HSF2 (RefSeq, 2002).
HSF4 кодирует транскрипционный фактор теплового шока 4, который активирует гены реакции на тепловой шок в условиях теплового или иного стресса (RefSeq, 2002). Уровень HSF4, как было продемонстрировано, понижен при глиобластоме (Mustafa et al., 2010).
Различные исследования позволяют предположить, что HSPA2 играет важную роль в прогрессии рака шейки матки, почечноклеточной карциномы и рака мочевого пузыря. Полиморфизмы этого гена ассоциируются с развитием рака желудка (Ferrer-Ferrer et al., 2013; Garg et al., 2010a; Garg et al., 2010b; Singh and Suri, 2014).
Как было продемонстрировано, HSPA8 избыточно экспрессируется клетками плоскоклеточной карциномы пищевода, и высокие уровни экспрессии HSPA8 в клетках рака пищевода in vitro противодействовали апоптозу этих клеток, индуцируемому окислительным стрессом. Кроме того, HSPA8 экспрессируется в избытке при множественной миеломе и карциноме толстой кишки, и индуцированная BCR-ABL1 экспрессия HSPA8 способствует выживаемости клеток при хроническом миелоидном лейкозе (Chatterjee et al., 2013; Dadkhah et al., 2013; Jose-Eneriz et al., 2008; Kubota et al., 2010; Wang et al., 2013a).
HSPG2 ассоциируется с меланомой, плоскоклеточной карциномой полости рта, светлоклеточной почечноклеточной карциномой и опухолью предстательной железы, и его пониженный уровень был продемонстрирован для гепатоклеточной карциномы и опухоли толстой кишки (Nikitovic et al., 2014; Warren et al., 2014; Gbormittah et al., 2014; Zaghloul et al., 2015; Kawahara et al., 2014; Suhovskih et al., 2015; 2015; Elewa et al., 2015; Lai et al., 2011).
HTRA1 ассоциируется с гепатоклеточной карциномой, лимфой маргинальной зоны селезенки, плоскоклеточной карциномой и нейробластомой и, как было показано, его уровень понижен при раке желудка, раке молочной железы, раке желчного пузыря и аденокарциноме легких (Xu et al., 2014; D'Angelo et al., 2014; Fujinaga et al., 2014; Sahasrabuddhe et al., 2014; Franco et al., 2015; Arribas et al., 2015; Zhao et al.,2015b; Bao et al., 2015).
Как было продемонстрировано, уровень HTRA3 повышен при плоскоклеточной карциноме полости рта и карциноме щитовидной железы и понижен при раке яичника, раке молочной железы, раке эндометрия и раке легких и ассоциируется с колоректальным раком и может быть потенциальным прогностическим биомаркером рака полости рта (Karagiannis et al., 2014; Zhao et al., 2014; Moriya et al., 2015; Narkiewicz et al., 2009; Beleford et al., 2010; Zurawa-Janicka et al., 2012; Yin et al., 2013).
IGF2BP3 кодирует инсулиноподобный фактор роста II мРНК-связывающий белок 3, онкофетальный белок, который подавляет трансляцию инсулиноподобного фактора роста II (RefSeq, 2002). Исследования in vitro показали, что IGF2BP3 способствует пролиферации, адгезии и инвазии опухолевых клеток. Кроме того, было продемонстрировано, что IGF2BP3 ассоциируется с агрессивными видами рака и поздними стадиями (Bell et al., 2013; Gong et al., 2014). Избыточную экспрессию IGF2BP3 описывали при многочисленных видах раковых опухолей, и она коррелировала с неблагоприятным прогнозом, поздней стадией опухолей и метастазами, как, например, при нейробластоме, колоректальной карциноме, внутрипеченочной холангиокарциноме, гепатоклеточной карциноме, раке предстательной железы и почечноклеточной карциноме (Bell et al., 2013; Findeis-Hosey and Xu, 2012; Hu et al., 2014; Szarvas et al., 2014;
- 26 037050
Jeng et al., 2009; Chen et al., 2011; Chen et al., 2013; Hoffmann et al., 2008; Lin et al., 2013; Yuan et al., 2009).
Недавно приобретенные и рекуррентные делеции IGLC1 были обнаружены у 3 из 45 пациентов, которые проявляли устойчивость к ингибиторам тирозинкиназы (ИТК) при хроническом миелоидном лейкозе (ХМЛ) (Nowak et al., 2010).
Потеря гетерозиготности в IGLC2 была продемонстрирована у 50% информативных случаев внутричерепных менингиом (Kim et al., 1993).
IGLJ3 является соединительным геном, используемым универсально для синтеза предпочтительной легкой цепи лямбда-иммуноглобулина при волосатоклеточном лейкозе (Forconi et al., 2008).
IGLV2-14 является третьим из наиболее распространенных генов IGLV при хроническом лимфоцитарном лейкозе (ХЛЛ) по сравнению с соответствующими репертуарами из нормальных, аутореактивных клеток и клеток новообразований (Stamatopoulos et al., 2005).
IGLV3-21 является наиболее часто встречающимся геном IGLV при хроническом лимфоцитарном лейкозе (ХЛЛ) по сравнению с соответствующими репертуарами из нормальных, аутореактивных и клеток новообразований (Stamatopoulos et al., 2005).
Уровень INADL понижен при немелкоклеточном раке легких в ответ на химиотерапию на основе комбинации препаратов цисплатина и гемцитабина (Ма et al., 2015).
Как было продемонстрировано, уровень ITGA3 повышен при колоректальной карциноме, и он ассоциируется с раком предстательной железы, эпидермоидной карциномой, карциномой желудка ранних стадий и остеосаркомой (Yang et al., 2014с; Chong et al., 2014; Lustosa et al., 2014; Ren et al., 2014; Bauer et al., 2014; Mertens-Walker et al., 2015).
ITGB4 ассоциируется с раком предстательной железы, раком желудка, раком молочной железы, плоскоклеточной карциномой полости рта и раком яичника, и, как было показано, его уровень повышен при протоковой аденокарциноме поджелудочной железы (Chen et al., 2014b; Xin et al., 2014; Zubor et al., 2015; Masugi et al., 2015; Gao et al., 2015b; Kawakami et al., 2015). ITGB4 (также называемый CD104) склонен к ассоциации с субъединицей альфа-6, и, скорее всего, он играет ведущую роль в биологических механизмах нескольких инвазивных карцином, таких как плоскоклеточная карцинома пищевода, карцинома мочевого пузыря и яичника (Kwon et al., 2013; Pereira et al., 2014; Chen et al., 2014b). Однонуклеотидный полиморфизм гена ITGB4, вероятно, влияет на степень агрессивности опухоли и выживаемость и может иметь прогностическую ценность для пациентов с раком молочной железы (Brendle et al., 2008).
IVNS1ABP ассоциируется с BCL1/JH-положительными множественными миеломами и, возможно, является потенциальным прогностическим маркером множественной миеломы (Ni et al., 2012).
Как было продемонстрировано, уровень JAG2 повышен при протоковой аденокарциноме поджелудочной железы, гепатоклеточной карциноме и ретинобластоме, и он ассоциируется с множественной миеломой, раком эндометрия, раком предстательной железы, остеосаркомой, раковыми опухолями головы и шеи и уротелиальной карциномой мочевого пузыря (Sun et al., 2014a; Li et al., 2014b; Carvalho et al., 2014; Xiao et al., 2014; Zhang et al., 2014a; Sasnauskiene et al., 2014; Lu et al., 2014; Hu et al., 2015; Li et al., 2013).
Гиперметилирование гена KCNK15 было обнаружено в нескольких клеточных линиях, включая рак толстой кишки, лейкоз и рак мочевого пузыря (Shu et al., 2006).
Как было продемонстрировано, KIF12 избыточно экспрессируется при раке молочной железы и ассоциируется с опухолями почек, раком матки и раком поджелудочной железы (Katoh and Katoh, 2005; Tan et al., 2012).
KLHDC7B ассоциируется с плоскоклеточной карциномой шейки матки и является потенциальным биомаркером плоскоклеточной карциномы шейки матки (Guo et al., 2015).
LRP2 ассоциируется с гепатоклеточной карциномой, раком поджелудочной железы, злокачественной меланомой, первичной лимфомой центральной нервной системы и светлоклеточной почечноклеточной карциномой (Fernandez-Banet et al., 2014; Andersen et al., 2015; Pedersen et al., 2010; Schuetz et al., 2005; Anderson et al., 2013).
LRRK2 ассоциируется с гормонально зависимым раком, раком молочной железы и сопутствующими некожными раковыми заболеваниями у пациентов с болезнью Паркинсона и может ассоциироваться с гематологическими раковыми образованиями у пациентов с болезнью Паркинсона (Ruiz-Martinez et al., 2014; Agalliu et al., 2015; Inzelberg et al., 2012).
MACC1 избыточно экспрессируется при многих видах рака, включая рак желудка, колоректальный рак и рак молочной железы и ассоциируется с прогрессированием ракового заболевания, метастазами и плохой выживаемостью пациентов (Huang et al., 2013; Ma et al., 2013; Stein, 2013; Wang et al., 2015a; Wang et al., 2015c; IIm et al., 2015). MACC1 способствует онкогенезу за счет воздействия на сигнальные пути бета-катенина и PI3K/AKT, что приводит к повышению уровня c-Met и бета-катенина, и на их генымишени, регулирующие последующие звенья сигнальных каскадов, включая с-Мус, циклин D1, caspase9, BAD и ММР9 (Zhen et al., 2014; Yao et al., 2015).
Избыточная экспрессия MAGED2 ассоциируется с меланомой, раком молочной железы и раком толстой кишки (Li et al., 2004; Strekalova et al., 2015).
- 27 037050
Как было показано, уровень МЕТ повышен при дедифференцированной липосаркоме и ассоциируется с меланоцитарными опухолями, гепатоклеточной карциномой, немелкоклеточным раком легких, наследственными формами папиллярного рака почек и аденокарциномами желудка (Petrini, 2015; Finocchiaro et al., 2015; Steinway et al., 2015; Bill et al., 2015; Yeh et al., 2015).
NAT8 ассоциируется с лимфобластным лейкозом (Mak et al., 2014).
NDRG1 является супрессором метастазов при раковых заболеваниях, таких как рак поджелудочной железы, и, как было показано, его уровень понижен при раке предстательной железы и раке толстой кишки, тогда как его уровень повышен при гепатоклеточной карциноме и аденокарциноме шейки матки (Nishio et al., 2008; Cheng et al., 2011; Bae et al., 2013; Richardson et al., 2013).
Как было продемонстрировано, уровень NLRC5 понижен в клеточных линиях опухоли, образованных из лимфоидных клеток (Staehli et al., 2012).
Уровень NPTX2 снижается за счет гиперметилирования промоторов при раке поджелудочной железы, саркоме Юинга и глиобластоме (Zhang et al., 2012b; Alholle et al., 2013; Shukla et al., 2013).
NQO2 ассоциируется с раком эндометрия, папиллярной микрокарциномой щитовидной железы и раком пищевода (Hevir-Kene and Rizner, 2015; Malik et al., 2012; Lee et al., 2013).
Уровень экспрессии OPN3 понижен в 5-фтороурацил-резистентных клеточных линиях гепатоклеточной карциномы BeI7402 и HepG2 по сравнению с 5-фтороурацил-чувствительными клетками BeI7402 и HepG2 (Jiao et al., 2012).
PDZD2 ассоциируется с нейроэндокринными опухолями тонкого кишечника и раком предстательной железы (Tam et al., 2006; Rehfeld et al., 2014).
Избыточная экспрессия PDZK1 может играть роль в развитии резистентности к лекарственным препаратам при множественной миеломе (RefSeq, 2002).
Как было продемонстрировано, уровень PFKFB3 повышен при раке желудка, раке толстой кишки, раке легких, раке молочной железы и ассоциируется с раком поджелудочной железы, раком предстательной железы и глиобластомой (Minchenko et al., 2014; Fleischer et al., 2011; Ragnum et al., 2013).
PLCB1 ассоциируется с первичной плоскоклеточной карциномой головы и шеи, миелоидным лейкозом и мультиформной глиобластомой (Guerrero-Preston et al., 2014; Waugh, 2014; Ramazzotti et al., 2011).
PLIN2 задействован в накоплении липидов и является плазменным биомаркером для выявления колоректального рака на ранних стадиях (Matsubara et al., 2011). Уровень PLIN2 значительно повышен у пациентов со светлоклеточной и папиллярной почечноклеточной карциномой в сравнении с пациентами контрольной группы. Концентрация PLIN2 в моче до операции отражает размер и стадию опухоли (Morrissey et al., 2014). Экспрессия PLIN2 значительно выше в образцах аденокарциномы легких, чем в нормальных тканях и тканях плоскоклеточных карцином легких (Zhang et al., 2014b).
Экспрессия PLOD1 ассоциируется с прогрессией рака молочной железы человека (Gilkes et al., 2013).
Уровень PRKCDBP, как было показано, понижен при развитии метастазов в головной мозг вследствие рака молочной железы и при первичном раке молочной железы. Кроме того, PRKCDBP ассоциируется с раком молочной железы, колоректальным раком, раком эндометрия, раком легких и раком желудка (Bai et al., 2012; Moutinho et al., 2014; Li et al., 2015; Tong et al., 2012; Wikman et al., 2012).
Как было показано, уровень RASGRP3 повышен при глиобластоме, раке молочной железы и меланоме человека и ассоциируется с раком предстательной железы, гепатоклеточной карциномой и раковыми опухолями полости рта (Nagy et al., 2014; Sowalsky et al., 2015; Lee et al., 2015; Yang et al., 2011; Bhatnagar et al., 2012; Martinez-Lopez et al., 2012).
RCN1 локализован в плазматической мембране в клеточных линиях рака эндотелия и рака предстательной железы человека (RefSeq, 2002). RCN1 экспрессируется в избытке при раке молочной железы (Amatschek et al., 2004).
REN ассоциируется с почечноклеточной карциномой, раком поджелудочной железы, десмопластической мелко-круглоклеточной опухолью и юкстагломерулярно-клеточной опухолью (Elouazzani et al., 2014; Lee et al., 2014; Nakai et al., 2015; Araujo et al., 2015).
Уровень RGS5, как было продемонстрировано, понижен при раке легких, повышен - при светлоклеточной почечноклеточной карциноме, гепатоклеточной карциноме, нескольких подтипах лимфомы и аденоме паращитовидной железы и ассоциируется с колоректальным раком, нейробластомой, раком яичника, немелкоклеточным раком легких и раком желудка (Volz et al., 2015; Xu et al., 2015; Wang et al., 2010a; Dannenmann et al., 2013; Koh et al., 2011; Huang et al., 2012b; Altman et al., 2012; Kumps et al., 2013; Sethakorn and Dulin, 2013; Hu et al., 2013).
RPGRIP1L подавляет свободный [безъякорный] рост отчасти за счет белка митотической контрольной точки Mad2 и является кандидатом в гены-супрессоры опухоли при гепатоклеточной карциноме человека (Lin et al., 2009).
Уровень RRAD, как было показано, понижен при раке легких, раке яичника и назофарингеальной карциноме и ассоциируется с мультиформной глиобластомой, плоскоклеточной карциномой пищевода и гепатоклеточной карциномой (Wang et al., 2014d; Yeom et al., 2014; Liu et al., 2015; Mo et al., 2012; Lin and
- 28 037050
Chuang, 2012; Jin et al., 2013).
Как было продемонстрировано, уровень SEMA5B повышен при почечноклеточной карциноме, однако до сих пор его экспрессия не была обнаружена в других видах рака или нормальных тканях (Hirota et al., 2006).
Уровень в плазме ингибиторного комплекса плазмин-альфа 2-плазмин, как было показано, является прогностическим фактором выживаемости при немелкоклеточной карциноме легких, а низкая активность альфа-2-антиплазмина наблюдалась в крови пациентов с карциномой предстательной железы (Taguchi et al., 1996; Zietek et al., 1996).
Экспрессия SLC16A3 ассоциировалась с неблагоприятным прогнозом у пациентов с гепатоклеточным раком и повышением клеточной пролиферации, миграции и инвазии в экспериментах с клеточными линиями (Gao et al., 2015a). Функциональное участие SLC16A3 в онкогенезе было продемонстрировано в подгруппе рака поджелудочной железы (Baek et al., 2014).
Как было показано, уровень SLC16A4 повышен при немелкоклеточном раке легких, аденокарциноме желез, протоковой аденокарциноме поджелудочной железы, плоскоклеточной карциноме и раке желудка и ассоциируется с раком молочной железы и гепатоклеточной карциномой (Baek et al., 2014; Gao et al., 2015a; Yan et al., 2014; Jensen et al., 2014; Koo and Yoon, 2015; Granja et al., 2015; Baenke et al., 2015).
Высокий уровень экспрессии транспортера 2 органических анионов и транспортера 2 органических катионов является независимым прогностическим фактором благоприятного исхода у пациентов с метастатическим колоректальным раком, прошедших курс химиотерапии на основе препаратов FOLFOX (Tashiro et al., 2014). Уровень экспрессии мРНК SLC22A2, SLC22A11, SLC28A1, SLC28A3 и SLC29A1 был понижен в клетках опухолей поджелудочной железы при сравнении с ненеопластическими тканями поджелудочной железы (Mohelnikova-Duchonova et al., 2013a). SLC22A2 (также известный как ОСТ2) регулирует поглощение цисплатина в проксимальных трубочках, и ингибирование ОСТ2 защищает от серьезной нефротоксичности, вызванной цисплатином (Sprowl et al., 2013).
SLC47A1 ассоциируется с раком предстательной железы (Joerger et al., 2015).
Уровень экспрессии SLC6A13, как было показано, повышен при раке толстой кишки (Tran et al., 2014b).
Уровень SMYD2, как было продемонстрировано, повышен при плоскоклеточной первичной карциноме пищевода, раке молочной железы, раке печени, раке желудка и остром лимфобластном лейкозе (Sakamoto et al., 2014; Komatsu et al., 2015; Nguyen et al., 2015).
SYT9 ассоциируется с раком шейки матки и раком предстательной железы и может представлять собой потенциальный биомаркер рака шейки матки (Chen et al.,2014c; Bao et al., 2011).
Экспрессия TGFBI, как было показано, повышена при холангиокарциноме, карциноме печени, карциноме желудка, плоскоклеточной карциноме пищевода и светлоклеточной почечноклеточной карциноме. Кроме того, как было показано,
TGFBI ассоциируется с колоректальным раком (Lebdai et al., 2015; Ozawa et al., 2014; Zhu et al., 2015; Han et al., 2015).
THY1 является кандидатом в гены-супрессоры опухоли для носоглоточной карциномы, обладая антиинвазивной активностью (Lung et al., 2010).
Экспрессия белка TIMP1 ассоциируется с неблагоприятным прогнозом у пациентов с метастатической болезнью печени, остром лимфобластном лейкозе у детей и раке молочной железы (Bunatova et al., 2012; Scrideli et al., 2010; Sieuwerts et al., 2007). TIMP1 является потенциальным сывороточным маркером выявления рака поджелудочной железы (Slater et al., 2013). TIMP1 является хорошо известным маркером рака щитовидной железы (Griffith et al., 2006).
Как было показано, уровень TPI1 понижен при остеосаркоме и ассоциируется с раком молочной железы, плоскоклеточной карциномой пищевода, глиобластомой, раком эндометрия и раком яичника (Zamani-Ahmadmahmudi et al., 2014; Chen et al., 2014a; Yoshida et al., 2013; Khan et al., 2013b; Gao et al., 2014).
Как было показано, уровень TRIP6 повышен при саркоме Юинга, назофарингеальной карциноме и глиобластоме и ассоциируется с раком молочной железы (Pavlikova et al., 2015; Lai et al., 2010; Fei et al., 2013; Grunewald et al., 2013).
Транскрипция UBE2QL1, как было показано, понижена при почечноклеточной карциноме (Wake et al., 2013).
UGDH ассоциируется с колоректальным раком, раком предстательной железы, серозной аденокарциномой яичника, раком молочной железы и гепатоклеточной карциномой (Lapointe and Labrie, 1999; Konno, 2001; Fan et al., 2009; Wei et al., 2009; Wang et al., 2010b).
Полиморфизмы гена VKORC1 могут ассоциироваться с риском развития рака предстательной железы (Nimptsch et al., 2009). VKORC1 влияет на концентрацию PIVKAII (белок, индуцируемый отсутствием витамина K), который используется для скрининга на гепатоклеточную карциному (Wang et al., 2010c).
- 29 037050
Подробное описание изобретения
Стимуляция иммунных ответов зависит от присутствия антигенов, распознаваемых иммунной системой хозяина как чужеродные. Открытие существования опухолеассоциированных антигенов повысило возможность использования иммунной системы хозяина для вмешательства в рост опухоли. Различные механизмы управления обеими ветвями иммунной системы, как гуморальной, так и клеточной, исследуются в настоящее время для иммунотерапии рака.
Специфические элементы клеточных иммунных ответов способны к специфическому распознаванию и уничтожению опухолевых клеток. Выделение Т-клеток из популяций опухоль-инфильтрирующих клеток или из периферической крови предполагает, что такие клетки играют важную роль в естественной иммунной защите против рака. В частности, ОО8-положительные Т-клетки, которые распознают пептиды, связанные с молекулами I класса главного комплекса гистосовместимости (МНС), играют важную роль в этом ответе. Эти пептиды обычно состоят из 8-10 аминокислотных остатков, полученных из белков или дефектных рибосомных продуктов (DRIP), находящихся в цитозоле. Молекулы МНС человека называются также человеческими лейкоцитарными антигенами (HLA).
Понятие Т-клеточный ответ означает специфическую пролиферацию и активацию эффекторных функций, индуцированных пептидом in vitro или in vivo. Для цитотоксических Т-клеток, рестриктированных по МНС I класса, эффекторными функциями может быть лизис клеток-мишеней, нагруженных пептидом, нагруженных предшественником пептида, или клеток-мишеней, естественно презентирующих пептид; секреция цитокинов, предпочтительно интерферона-гамма, TNF-альфа или ИЛ-2, индуцированная пептидом; секреция эффекторных молекул, предпочтительно гранзимов или перфоринов, индуцированная пептидом, или дегрануляция.
Понятие пептид в контексте настоящего описания обозначает серии аминокислотных остатков, связанных друг с другом обычно пептидными связями между альфа-аминными и карбонильными группами смежных аминокислот. Пептиды предпочтительно имеют длину в 9 аминокислот, но могут быть короче - 8 аминокислот в длину и длиннее, 10, 11 или 12 или длиннее, и в случае пептидов, связанных с молекулами МНС II класса (удлиненные варианты пептидов по изобретению), они могут иметь длину в 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 или 20 или более аминокислот.
Кроме того, понятие пептид включает в себя соли серий аминокислотных остатков, связанных друг с другом обычно пептидными связями между альфа-аминными и карбонильными группами смежных аминокислот. Предпочтительно, если соли являются фармацевтически приемлемыми солями пептидов, такими как, например, хлорид или ацетат (трифторацетат). Было замечено, что соли пептидов в соответствии с настоящим изобретением существенно отличаются от пептидов в их состоянии(ях) in vivo, так как пептиды не являются солями in vivo.
Понятие пептид включает также понятие олигопептид. Понятие олигопептид в контексте настоящего описания обозначает серии аминокислотных остатков, связанных друг с другом обычно пептидными связями между альфа-аминными и карбонильными группами смежных аминокислот. Длина олигопептида не особенно важна для изобретения до тех пор, пока в нем сохраняются надлежащие эпитоп или эпитопы. Олигопептиды типично бывают менее чем около 30 аминокислотных остатков в длину и более чем около 15 аминокислот в длину.
Понятие полипептид обозначает серии аминокислотных остатков, связанных один с другим типично пептидными связями между альфа-аминными и карбонильными группами смежных аминокислот. Длина полипептида не особенно важна для изобретения до тех пор, пока сохраняются надлежащие эпитопы. В отличие от терминов пептид или олигопептид, термин полипептид введен для обозначения молекул, содержащих более приблизительно 30 аминокислотных остатков.
Пептид, олигопептид, белок или полинуклеотид, кодирующий такую молекулу, является иммуногенным (и, таким образом, иммуногеном в рамках настоящего изобретения), если он способен индуцировать иммунный ответ. В случае настоящего изобретения иммуногенность получает более специфическое определение как способность индуцировать Т-клеточный ответ. Таким образом, иммуноген будет представлять собой молекулу, которая способна индуцировать иммунный ответ, и, в случае настоящего изобретения, молекулу, способную индуцировать Т-клеточный ответ. В другом аспекте иммуноген может быть пептидом, комплексом пептида и МНС, олигопептидом и/или белком, используемым для получения специфических антител или ТКР против него.
Для Т-клеточного эпитопа I класса необходим короткий пептид, который связан с рецептором МНС I класса, образующим трехчленный комплекс (альфа-цепь МНС I класса, бета-2-микроглобулин и пептид), который может быть распознан Т-клеткой, несущей подходящий Т-клеточный рецептор, связывающийся с комплексом МНС/пептид с подходящей аффинностью. Пептиды, связывающиеся с молекулами МНС I класса, типично имеют длину в 8-14 аминокислот и особенно типично длину в 9 аминокислот.
У человека имеется три различных генетических локуса, которые кодируют молекулы МНС I класса (молекулы МНС человека называются также человеческими лейкоцитарными антигенами (HLA)): HLA-A, HLA-B и HLA-C. HLA-А*01, HLA-A*02 и HLA-A*07 являются примерами различных аллелей МНС I класса, которые могут экспрессироваться из этих локусов.
- 30 037050
Частоты экспрессии (табл. 5)выведены из частот гаплотипа Gf среди американцев, приводимых в работе Mori et al. (Mori et al., 1997), с использованием формулы Харди-Вейнберга F=1-(1-Gf)2. Комбинации А*02 или А*24 с определенными аллелями HLA-DR вследствие неравномерного распределения связей могут быть обогащенными или менее частыми, чем ожидается от их индивидуальных частот выявления. Более подробная информация представлена в работе Chanock et al. (Chanock et al., 2004).
Таблица 5
Частоты экспрессии F HLA-A*02 и HLA-A*24 и наиболее частых серологических видов HLA-DR
Аллель | Популяция | Рассчитанный фенотип по частоте аллеля |
А*02 | Европеоидная раса (Северная Америка) | 49,1% |
А*02 | Афроамериканцы (Северная Америка) | 34,1% |
А*02 | Монголоиды (Северная Америка) | 43,2% |
А*02 | Латиноамериканцы (Северная Америка) | 48,3% |
DR1 | Европеоидная раса (Северная Америка) | 19,4% |
DR2 | Европеоидная раса (Северная Америка) | 28,2% |
DR3 | Европеоидная раса (Северная Америка) | 20,6% |
DR4 | Европеоидная раса (Северная Америка) | 30,7% |
DR5 | Европеоидная раса (Северная Америка) | 23,3% |
DR6 | Европеоидная раса (Северная Америка) | 26,7% |
DR7 | Европеоидная раса (Северная Америка) | 24,8% |
DR8 | Европеоидная раса (Северная Америка) | 5,7% |
DR9 | Европеоидная раса (Северная Америка) | 2,1% |
DR1 | Афроамериканцы (Северная Америка) | 13,20% |
DR2 | Афроамериканцы (Северная Америка) | 29,80% |
DR3 | Афроамериканцы (Северная Америка) | 24,80% |
DR4 | Афроамериканцы (Северная Америка) | 11,10% |
DR5 | Афроамериканцы (Северная Америка) | 31,10% |
DR6 | Афроамериканцы (Северная Америка) | 33,70% |
- 31 037050
DR7 | Афроамериканцы (Северная Америка) | 19,20% |
DR8 | Афроамериканцы (Северная Америка) | 12,10% |
DR9 | Афроамериканцы (Северная Америка) | 5,80% |
DR1 | Монголоиды (Северная Америка) | 6,80% |
DR2 | Монголоиды (Северная Америка) | 33,80% |
DR3 | Монголоиды (Северная Америка) | 9,20% |
DR4 | Монголоиды (Северная Америка) | 28,60% |
DR5 | Монголоиды (Северная Америка) | 30,00% |
DR6 | Монголоиды (Северная Америка) | 25,10% |
DR7 | Монголоиды (Северная Америка) | 13,40% |
DR8 | Монголоиды (Северная Америка) | 12,70% |
DR9 | Монголоиды (Северная Америка) | 18,60% |
DR1 | Латиноамериканцы (Северная Америка) | 15,30% |
DR2 | Латиноамериканцы (Северная Америка) | 21,20% |
DR3 | Латиноамериканцы (Северная Америка) | 15,20% |
DR4 | Латиноамериканцы (Северная Америка) | 36,80% |
DR5 | Латиноамериканцы (Северная Америка) | 20,00% |
DR6 | Латиноамериканцы (Северная Америка) | 31,10% |
DR7 | Латиноамериканцы (Северная Америка) | 20,20% |
DR8 | Латиноамериканцы (Северная Америка) | 18,60% |
DR9 | Латиноамериканцы (Северная Америка) | 2,10% |
А*24 | Филиппины | 65% |
А*24 | Русские ненцы | 61% |
А*24:02 | Япония | 59% |
А*24 | Малайзия | 58% |
А*24:02 | Филиппины | 54% |
А*24 | Индия | 47% |
А*24 | Южная Корея | 40% |
А*24 | Шри-Ланка | 37% |
А*24 | Китай | 32% |
А*24:02 | Индия | 29% |
А*24 | Западная Австралия | 22% |
А*24 | США | 22% |
А*24 | Россия, Самара | 20% |
А*24 | Южная Америка | 20% |
А*24 | Европа | 18% |
Пептиды по изобретению, предпочтительно когда они включены в состав вакцины по изобретению согласно описанию в настоящем документе, связываются с аллелью А*02. Вакцина также может включать универсальные пептиды, связывающиеся с МНС II класса. Поэтому вакцина по изобретению может применяться для лечения рака у пациентов, которые являются А*02-положительными, причем в связи с универсальной по связыванию природе данных пептидов не нужен подбор аллотипов МНС II класса.
Если пептиды А*02 по изобретению скомбинировать с пептидами, связывающимися с другим аллелем, например А*24, лечение может пройти более высокий процент любой популяции пациентов по сравнению с вакцинацией для каждого аллеля МНС I класса в отдельности. Тогда как в большинстве популяций любым одним аллелем могут быть охвачены менее чем 50% пациентов, вакциной, включающей эпитопы HLA-A*24 и HLA-A*02, можно лечить не менее 60% пациентов любой соответствующей популяции. Говоря конкретно, следующие процентные доли пациентов будут положительными по меньшей мере для одного из этих аллелей в различных регионах: США - 61%, Западная Европа - 62%, Китай - 75%, Южная Корея - 77%, Япония - 86% (рассчитано по данным www.allelefrequencies.net).
В предпочтительном варианте осуществления понятие нуклеотидная последовательность относится к гетерополимеру дезоксирибонуклеотидов.
Нуклеотидная последовательность, кодирующая конкретный пептид, олигопептид или полипептид, может быть встречающейся в природе или может быть синтезирована. В целом сегменты ДНК, кодирующие пептиды, полипептиды и белки данного изобретения, собраны из фрагментов кДНК и коротких олигонуклеотидных линкеров или же из серий олигонуклеотидов для получения синтетического гена,
- 32 037050 который способен экспрессироваться в рекомбинантной транскрипционной единице, включающей регуляторные элементы, образованные из микробного или вирусного оперона.
В контексте настоящего описания понятие нуклеотид, кодирующий пептид относится к нуклеотидной последовательности, кодирующей пептид, включая искусственные (сделанные человеком) старти стоп-кодоны, совместимые с биологической системой, которой должна экспрессироваться последовательность, например дендритная клетка или другая клеточная система, пригодная для получения ТКР.
Используемая в контексте данного описания ссылка на последовательность нуклеиновой кислоты включает как однонитевую, так и двунитевую нуклеиновую кислоту. Таким образом, например, для ДНК специфическая последовательность, если в контексте не указано иное, относится к однонитевой ДНК такой последовательности, дуплексу такой последовательности с его комплементом (двунитевая ДНК) и комплементу такой последовательности.
Понятие кодирующая область относится к тому участку гена, который в естественных или обычных условиях кодирует продукт экспрессии того гена в его естественном геномном окружении, т.е. участку, кодирующему in vivo нативный продукт экспрессии гена.
Кодирующая область может быть получена из не мутировавшего (нормального), мутировавшего или измененного гена или может даже быть получена из последовательности ДНК или же гена, целиком синтезированного в лаборатории с использованием методов, хорошо известных специалистам области синтеза ДНК.
Понятие продукт экспрессии означает полипептид или белок, являющийся природным продуктом трансляции гена и любой последовательности нуклеиновой кислоты, которая кодирует эквиваленты, образующиеся в результате вырождения генетического кода и, таким образом, кодирует ту/те же самую(ые) аминокислоту(ы).
Понятие фрагмент, если относится к кодирующей последовательности, означает участок ДНК, включающий меньше, чем полную кодирующую область, продукт экспрессии которого по существу сохраняет ту же самую биологическую функцию или активность, что и продукт экспрессии полной кодирующей области.
Понятие сегмент ДНК относится к полимеру ДНК в виде отдельного фрагмента или в качестве компонента более крупной конструкции ДНК, которая была образована из ДНК, выделенной по меньшей мере один раз по существу в чистой форме, т.е. без контаминирующих эндогенных материалов и в количестве или с концентрацией, позволяющей идентификацию, манипуляцию и восстановление сегмента и его составных нуклеотидных последовательностей стандартными биохимическими методами, например, с использованием вектора для клонирования. Такие фрагменты предлагаются в форме открытой рамки считывания, не прерываемой внутренними нетранслированными последовательностями или интронами, которые обычно присутствуют в эукариотических генах. Последовательности нетранслированной ДНК могут присутствовать за открытой рамкой считывания, где она не интерферирует с манипуляцией или экспрессией кодирующих областей.
Понятие праймер означает короткую последовательность нуклеиновой кислоты, которая может быть спарена с одной нитью ДНК с получением свободного конца 3'ОН, на котором ДНК-полимераза начинает синтезировать дезоксирибонуклеотидную цепь.
Понятие промотор означает участок ДНК, задействованный в связывании РНК-полимеразы для инициации транскрипции.
Понятие выделенный означает, что материал удален из его исходного окружения (к примеру, естественного окружения, если он встречается в природе). Например, встречающийся в природе полинуклеотид или полипептид, представленный в живых организмах, не является выделенным, но тот же самый полинуклеотид или полипептид, отделенный от некоторых или всех сосуществующих материалов природной системы, является выделенным. Такие полинуклеотиды могли быть частью вектора и/или такие полинуклеотиды или полипептиды могли быть частью композиции и все-таки могли быть выделены, так что такой вектор или композиция не является частью своего естественного окружения.
Полинуклеотиды и рекомбинантные или иммуногенные полипептиды, раскрытые в соответствии с настоящим изобретением, могут также быть в очищенной форме. Понятие очищенный не требует абсолютной чистоты; скорее оно предназначено для дачи относительного определения и может включать препараты с высокой очисткой или препараты только с частичной очисткой, в соответствии с тем, как эти термины понимаются специалистами соответствующей области. Например, отдельные клоны, выделенные из библиотеки кДНК, как обычно очищались до электрофоретической гомогенности. Очистка исходного материала или природного материала от примесей по меньшей мере на один порядок величины, предпочтительно два или три порядка и более предпочтительно четыре или пять порядков величины определенно рассматривается в изобретении. Более того, определенно включен заявленный полипептид, чистота которого составляет предпочтительно 99,999%, или по меньшей мере 99,99%, или 99,9% и даже желательно 99% по массе или более.
Нуклеиновые кислоты и полипептиды как продукты экспрессии, раскрываемые в соответствии с настоящим изобретением, в равной степени, как и векторы экспрессии, содержащие такие нуклеиновые кислоты и/или такие полипептиды, могут быть в обогащенной форме. Используемый здесь термин
- 33 037050 обогащенный означает, что концентрация материала по меньшей мере приблизительно в 2, 5, 10, 100 или 1000 раз выше его естественной концентрации (например), преимущественно 0,01% по массе, предпочтительно по меньшей мере около 0,1% по массе. Рассматриваются также обогащенные препараты с концентрацией примерно 0,5, 1, 5, 10 и 20% по массе. Последовательности, конструкции, векторы, клоны и другие материалы, включенные в настоящее изобретение, могут быть предпочтительно в обогащенной форме или выделенными. Понятие активный фрагмент означает фрагмент - обычно пептида, полипептида или последовательности нуклеиновой кислоты, который дает иммунный ответ (т.е. обладает иммуногенной активностью), если он введен отдельно или факультативно с подходящим адъювантом или в векторе животному, такому как млекопитающее, например кролику или мыши, также включая человека; причем такой иммунный ответ принимает форму стимуляции Т-клеточного ответа у животногореципиента, такого как человек. Альтернативно, активный фрагмент может также быть использован для инициации ответа Т-клетки in vitro.
В контексте настоящего описания понятия участок, сегмент и фрагмент, если они использованы по отношению к полипептидам, относятся к непрерывной последовательности остатков, таких как аминокислотные остатки, последовательность которых формирует подкласс более крупной последовательности. Например, если полипептид был подвергнут обработке любой из известных эндопептидаз, таких как трипсин или химотрипсин, то полученные в результате такой обработки олигопептиды будут представлять участки, сегменты или фрагменты исходного полипептида. При использовании по отношению к полинуклеотидам эти понятия относятся к продуктам, полученным при обработке указанных полинуклеотидов любой из эндонуклеаз.
В соответствии с настоящим изобретением понятие процентная доля идентичности или идентичный с процентной долей, если оно относится к последовательности, означает, что последовательность сравнивается с заявленной или описанной последовательностью после выравнивания сравниваемой последовательности (Сравниваемая последовательность) с описанной или заявленной последовательностью (Контрольная последовательность). Процентная доля идентичности определяется затем по следующей формуле:
процентная доля идентичности = 100 [1 - (C/R)], где С является числом различий между Контрольной последовательностью и Сравниваемой последовательностью по длине выравнивания между Контрольной последовательностью и Сравниваемой последовательностью, где:
(i) каждое основание или аминокислота в Контрольной последовательности, которые не имеют соответствующего выравненного основания или аминокислоты в Сравниваемой последовательности; и (ii) каждая брешь в Контрольной последовательности; и (iii) каждое выравненное основание или аминокислота в Контрольной последовательности, которые отличаются от выравненного основания или аминокислоты в Сравниваемой последовательности, представляют собой различие; и (iv) выравнивание должно начинаться с позиции 1 выравненных последовательностей;
R - это число оснований или аминокислот в Контрольной последовательности по длине выравнивания со Сравниваемой последовательностью с любой брешью, образующейся в Контрольной последовательности, считающейся также за основание или аминокислоту.
Если существует противопоставление между Сравниваемой последовательностью и Контрольной последовательностью, для которых процентная доля идентичности, по расчетам выше, приблизительно равна или выше установленной минимальной Процентной доли идентичности, тогда Сравниваемая последовательность имеет установленную минимальную процентную долю идентичности с Контрольной последовательностью, если даже могут существовать выравнивания, в которых подсчитанная здесь выше процентная доля идентичности меньше, чем установленная процентная доля идентичности.
Как было упомянуто выше, в настоящем изобретении, таким образом, предложен пептид, включающий последовательность, которая выбрана из группы, состоящей из последовательностей с SEQ ID NO: 1 по SEQ ID NO: 114 или ее вариант, который на 88% гомологичен последовательностям с SEQ ID NO: 1 по SEQ ID NO: 114, или их варианту, который индуцирует Т-клеточную перекрестную реакцию с указанным пептидом. Пептиды по изобретению обладают способностью связываться с молекулой главного комплекса гистосовместимости человека (МНС) I класса или удлиненные версии упомянутых пептидов - с МНС II класса.
В настоящем изобретении термин гомологичный относится к степени идентичности (см. выше, Процентная доля идентичности) между последовательностями двух аминокислотных последовательностей, т.е. пептидных или полипептидных последовательностей. Упомянутая ранее гомология определяется при сравнении двух последовательностей, сопоставляемых в оптимальных условиях для сравниваемых последовательностей. Такая гомология последовательностей может быть подсчитана с помощью создания выравнивания, например, по алгоритму ClustalW. Широко распространено программное обеспечение для анализа последовательностей, в частности Vector NTI, GENETYX или другие инструменты, предоставляемые банками данных свободного доступа.
- 34 037050
Специалист данной области будет в состоянии оценить, будут ли Т-клетки, индуцированные вариантом конкретного пептида, способны к перекрестной реакции с самим пептидом (Аррау et al., 2006;
Colombetti et al., 2006; Fong et al., 2001; Zaremba et al., 1997).
Под вариантом данной аминокислотной последовательности авторы изобретения имеют в виду, что боковые цепи, например, одного или двух аминокислотных остатков изменены (например, путем их замещения боковой цепью остатка другой встречающейся в природе аминокислоты или какой-либо другой боковой цепью) так, что пептид по-прежнему способен связываться с молекулой HLA по существу таким же путем, как и пептид, состоящий из данной аминокислотной последовательности с SEQ ID NO: 1 по SEQ ID NO: 114. Например, пептид может быть модифицирован таким образом, что он по меньшей мере сохранит, если не улучшит, способность взаимодействовать и связываться со связывающей бороздкой подходящей молекулы МНС, такой как HLA-A*02 или -DR, и, таким образом, он по меньшей мере сохранит, если не улучшит, способность связываться с ТКР активированных Т-клеток.
Данные Т-клетки могут затем вступать в перекрестную реакцию с клетками и уничтожать клетки, которые экспрессируют полипептид, который содержит природную аминокислотную последовательность родственного пептида, как определено в аспектах этого изобретения. По информации из научной литературы и банков данных (Rammensee et al., 1999; Godkin et al., 1997), конкретные позиции связывающихся с HLA пептидов являются типичными якорными остатками, формирующими центральную последовательность, подходящую к соединительному элементу рецептора HLA, который определяется полярными, электрофизическими, гидрофобными и пространственными свойствами полипептидных цепей, образующих связывающую бороздку. Так, специалист данной области будет в состоянии модифицировать аминокислотные последовательности с SEQ ID NO: 1 по SEQ ID NO: 114, сохраняя известные якорные остатки, и будет в состоянии определить, сохранят ли такие варианты способность связываться с молекулами МНС I или II класса. Варианты по настоящему изобретению сохраняют способность связываться с ТКР активированных Т-клеток, которые могут впоследствии вступать в перекрестную реакцию и уничтожать клетки, экспрессирующие полипептид, который содержит природную аминокислотную последовательность родственного пептида, как определено в аспектах настоящего изобретения.
Исходные (немодифицированные) пептиды, раскрываемые в данном описании, могут быть модифицированы путем замены одного или нескольких остатков в различных, возможно отобранных, участках по длине пептидной цепи, если не заявлено иное. Предпочтительно, если такие замены расположены на конце аминокислотной цепи. Такие замены могут носить консервативный характер, например, когда одна аминокислота заменяется аминокислотой с похожей структурой и характеристиками, так же как при замене гидрофобной аминокислоты на другую гидрофобную аминокислоту. Еще более консервативной будет замена аминокислот одинакового или похожего размера и химического характера, как, например, при замене лейцина на изолейцин. В исследованиях вариаций последовательностей внутри семейств встречающихся в природе гомологичных белков определенные замены аминокислот допускаются чаще, чем другие, и они часто связаны со сходствами по размеру, заряду, полярности и гидрофобности между исходной аминокислотой и ее заменой; и таковой является основа определения консервативных замен.
Консервативные замены определены в контексте настоящего описания как обмены внутри одной из последующих пяти групп:
группа 1 - малые, алифатические, неполярные или слабополярные остатки (Ala, Ser, Thr, Pro, Gly);
группа 2 - полярные, отрицательно заряженные остатки и их амиды (Asp, Asn, Glu, Gln);
группа 3 - полярные, положительно заряженные остатки (His, Arg, Lys);
группа 4 - крупные, алифатические, неполярные остатки (Met, Leu, Ile, Val, Cys);
группа 5 - крупные, ароматические остатки (Phe, Tyr, Trp).
Менее консервативные замены могут охватывать замену одной аминокислоты другой, имеющей похожие характеристики, но отличающейся в какой-то степени по размеру, как в случае замены аланина остатком изолейцина. Высоконеконсервативные замены могут охватывать замену кислой аминокислоты полярной или даже такой, которая имеет основный характер. Такие радикальные замены не могут, однако, быть отвергнуты как потенциально неэффективные из-за того, что химические эффекты не полностью предсказуемы, и радикальные замены могут неожиданно привести к благоприятным эффектам, не предсказуемым исходя из обычных химических принципов.
Разумеется, в таких заменах могут участвовать другие структуры, отличающиеся от обычных L-аминокислот. Таким образом, D-аминокислоты могут быть заменены L-аминокислотами, обычно встречающимися в антигенных пептидах по изобретению и также охватываемыми настоящим раскрытием сущности изобретения. Кроме того, нестандартные аминокислоты (т.е. отличающиеся от повсеместно встречающихся протеиногенных аминокислот) могут быть также использованы в целях замены для получения иммуногенов и иммуногенных полипептидов в соответствии с настоящим изобретением.
Если были произведены замены более чем в одной позиции с получением пептида по существу с эквивалентной или большей антигенной активностью, как определено ниже, то комбинации таких замен будут проанализированы для определения того, приведут ли эти комбинации замен к дополнительным или синергическим эффектам по отношению к антигенности пептида. По большей части не более 4 позиций внутри пептида должны замещаться одновременно.
- 35 037050
Пептид, состоящий по существу из аминокислотной последовательности, как указано в настоящем документе, может иметь замену одной или двух неякорных аминокислот (см. ниже относительно якорного мотива), так что способность связываться с молекулой главного комплекса гистосовместимости человека (МНС) I или II класса не будет существенно изменена или подвергнута негативному влиянию по сравнению с немодифицированным пептидом. В другом варианте осуществления в пептиде, состоящем, по существу, из аминокислотной последовательности, как указано в настоящей заявке, одна или две аминокислоты могут быть заменены партнерами по консервативной замене (см. информацию ниже), так что способность связываться с молекулой главного комплекса гистосовместимости человека (МНС) I или II класса не будет существенно изменена или подвергнута негативному влиянию по сравнению с немодифицированным пептидом.
Аминокислотные остатки, которые не вносят существенный вклад во взаимодействие с Т-клеточным рецептором, могут быть модифицированы заменой на другие аминокислоты, включение которых существенно не влияет на реактивность Т-клетки и не устраняет связывание с соответствующим МНС. Таким образом, помимо данного условия, пептид по изобретению может быть любым пептидом (в этот термин авторы изобретения включают олигопептиды или полипептиды), который включает аминокислотные последовательности, или их участок, или их вариант, как дано.
Таблица 6
Варианты и мотив пептида в соответствии
- 36 037050
Более длинные (удлиненные) пептиды также могут быть пригодными. Возможно, чтобы эпитопы, связывающиеся с молекулами МНС I класса, хотя они обычно имеют длину между 8 и 11 аминокислотами, были получены при процессинге пептидов из более длинных пептидов или белков, включающих истинный эпитоп. Предпочтительно, чтобы остатки, которые примыкают к истинному эпитопу, существенно не влияли на протеолитическое расщепление, необходимое для презентации истинного эпитопа во время процессинга.
Пептиды по изобретению могут быть удлинены с помощью вплоть до четырех аминокислот, это значит, что 1, 2, 3 или 4 аминокислоты могут быть добавлены к одному из концов в любой комбинации, представленной между 4:0 и 0:4. Комбинации элонгаций в соответствии с изобретением могут быть взяты из табл. 7.
- 37 037050
Таблица 7
Комбинации элонгаций пептидов по изобретению
С-конец | N-конец |
4 | 0 |
3 | 0 или 1 |
2 | 0 или 1 или 2 |
1 | 0 или 1 или 2 или 3 |
0 | 0 или 1 или 2 или 3 или 4 |
N-конец | С-конец |
4 | 0 |
3 | 0 или 1 |
2 | 0 или 1 или 2 |
1 | 0 или 1 или 2 или 3 |
0 | 0 или 1 или 2 или 3 или 4 |
Аминокислотами для элонгации/удлинения могут быть пептиды исходной последовательности белка или любая(ые) другая(ие) аминокислота(ы). Элонгация может быть использована для повышения стабильности или растворимости пептидов.
Таким образом, эпитопы настоящего изобретения могут быть идентичны встречающимся в природе опухолеассоциированным или опухолеспецифическим эпитопам или могут включать эпитопы, отличающиеся не более чем четырьмя остатками от контрольного пептида, при условии, что они имеют, по существу, идентичную антигенную активность.
В альтернативном варианте осуществления пептид удлинен с одной или с другой стороны или с двух сторон одновременно добавлением более 4 аминокислот, предпочтительно до общей длины вплоть до 30 аминокислот. Это может привести к образованию пептидов, связывающихся с МНС II класса. Связывание с МНС II класса может быть проверено известными из уровня техники способами.
Соответственно, в настоящем изобретении предлагаются пептидные эпитопы и эпитопы пептидных вариантов, связывающихся с молекулами МНС I класса, в которых указанный пептид или вариант имеет общую длину между 8 и 100, предпочтительно между 8 и 30, и наиболее предпочтительно между 8 и 14, а именно 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14 аминокислот, в случае удлиненных пептидов, связывающихся с молекулами МНС II класса, длина может также быть 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21 или 22 аминокислоты.
Разумеется, пептид или вариант в соответствии с настоящим изобретением будет обладать способностью связываться с молекулой главного комплекса гистосовместимости человека (МНС) I или II класса. Связывание пептида или варианта с комплексом МНС может быть проверено способами, известными из уровня техники.
Предпочтительно, чтобы Т-клетки, специфичные для пептида в соответствии с настоящим изобретением, были испытаны относительно замещенных пептидов; концентрация пептида, при которой замещенные пептиды достигают половины максимального роста лизиса относительно фона, составляет не более чем около 1 мМ, предпочтительно не более чем около 1 мкМ, более предпочтительно не более чем около 1 нМ, еще более предпочтительно не более чем около 100 пМ и наиболее предпочтительно не более чем около 10 пМ. Также предпочтительно, чтобы замещенный пептид распознавался Т-клетками более чем одного индивида, по меньшей мере двух и более предпочтительно трех индивидов.
В особенно предпочтительном варианте осуществления изобретения пептид состоит или по существу состоит из аминокислотной последовательности с SEQ ID NO: 1 по SEQ ID NO: 114.
Состоящий по существу из подразумевает, что пептид в соответствии с настоящим изобретением, помимо последовательности в соответствии с любой из SEQ ID NO: 1 по SEQ ID NO: 114 или одним из их вариантов, содержит дополнительные находящиеся на N- и/или С-конце фрагменты аминокислот, которые не являются по существу формирующими часть пептида, которая функционирует как эпитоп для эпитопа молекул МНС.
Тем не менее, эти фрагменты могут быть важны для обеспечения эффективного введения пептида в соответствии с настоящим изобретением в клетки. В одном варианте осуществления настоящего изобретения пептид является частью слитого белка, которая включает, например, 80 N-терминальных аминокислот антиген-ассоциированной инвариантной цепи (р33, в дальнейшем Ii) HLA-DR, как взятый из банка данных NCBI, инвентарный номер - GenBank Accession-number Х00497. В других видах слияния пептиды по настоящему изобретению могут быть слиты с антителом, описанным в настоящем документе, или его функциональной частью, в частности встроены в последовательность антитела, так чтобы быть специфической мишенью указанного антитела, или, например, слиты или встроены в антитело, являющееся специфичным для дендритных клеток, описанных в настоящем документе.
Кроме того, пептид или вариант может быть дополнительно модифицирован для улучшения стабильности и/или связывания с молекулами МНС в целях получения более сильного иммунного ответа. Методы такой оптимизации пептидной последовательности хорошо известны из уровня техники и включают, например, введение реверсированных пептидных или непептидных связей.
В реверсированной пептидной связи аминокислотные остатки присоединены не пептидными связями (-CO-NH-), а пептидная связь реверсируется. Такие ретрообратные пептидомиметики могут быть по
- 38 037050 лучены методами, известными из уровня техники, например, такими, как описано в работе Meziere et al. (1997) (Meziere et al., 1997), включенной в настоящее описание по ссылке. Этот подход охватывает получение псевдопептидов, которые содержат изменения, охватывающие остов, но не ориентацию боковых цепей. Meziere et al. (Meziere et al., 1997) показывают, что эти псевдопептиды пригодны для связывания с МНС и индукции ответов Т-хелперных клеток. Ретрообратные пептиды, которые содержат связи NH-CO вместо пептидных связей CO-NH, намного более устойчивы к протеолизу.
Непептидной связью является, например, -CH2-NH, -CH2S-, -CH2CH2-, -CH=CH-, -COCH2-, -CH(OH)CH2- и -CH2SO-. В патенте США № 4897445 предлагается метод твердофазного синтеза непептидных связей (-СН2-NH) в полипептидных цепях, который включает полипептиды, синтезированные с использованием стандартной методики, и непептидную связь, синтезированную при реакции аминоальдегида и аминокислоты в присутствии NaCNBH3.
Пептиды, включающие последовательности, описанные выше, могут быть синтезированы с дополнительными химическими группами, находящимися на их аминном и/или карбоксильном концах, для увеличения стабильности, биологической доступности и/или аффинности пептидов. Например, гидрофобные группы, такие как карбобензоксилыные, данзильные или трет-бутилоксикарбонильные группы, могут быть добавлены к аминным концам пептидов. Подобным образом, ацетильная группа или 9-флуоренилметокси-карбонильная группа может быть размещена на аминных концах пептидов. Кроме того, гидрофобная группа, трет-бутилоксикарбонильная или амидная группа могут быть добавлены к карбоксильным концам пептидов.
Кроме того, все пептиды по изобретению могут быть синтезированы в целях изменения их пространственной конфигурации. Например, может быть использован D-изомер одного или нескольких аминокислотных остатков пептида, а не обычный L-изомер. Более того, по меньшей мере один из аминокислотных остатков пептидов по изобретению может быть замещен одним из хорошо известных не встречающихся в природе аминокислотных остатков. Изменения, такие как данные, могут служить для повышения стабильности, биологической доступности и/или связывающих свойств пептидов по изобретению.
Подобным образом, пептид или вариант по изобретению может быть модифицирован химическим способом посредством реакции отдельных аминокислот как до, так и после синтеза пептида. Примеры таких модификаций хорошо известны из уровня техники и обобщаются, например, в работе R. Lundblad, Chemical Reagents for Protein Modification, 3rd ed. CRC Press, 2004 (Lundblad, 2004), которая включена в описание по ссылке. Химическая модификация аминокислот включает, но без ограничения, модификацию с помощью ацилирования, амидинирования, пиридоксилирования лизина, восстановительного алкилирования, тринитробензилирования аминных групп 2,4,6-тринитробензолсульфоновой кислотой (TNBS), амидную модификацию карбоксильных групп и сульфгидрильную модификацию с помощью окисления надмуравьиной кислотой цистеина до цистеиновой кислоты, образование производных ртути, образование смешанных дисульфидов с другими тиоловыми соединениями, реакцию с малеимидом, карбоксиметилирование йодоуксусной кислотой или йодацетамидом и карбамоилирование цианатом при щелочном уровне рН, хотя не ограничиваясь ими. В этой связи специалист данной области может проконсультироваться с главой 15 в работе Current Protocols In Protein Science, Eds. Hassan et al. (John Wiley and Sons NY 1995-2000) (Coligan et al., 1995) для получения более обширной информации о методах, связанных с химической модификацией белков.
Вкратце, модификация, например, аргинильных остатков в белках часто основана на реакции вицинальных дикарбонильных соединений, таких как фенилглиоксаль, 2,3-бутандион и 1,2-циклогександион, с образованием аддукта. Другим примером является реакция метилглиоксаля с остатками аргинина. Цистеин может быть модифицирован без сопутствующей модификации других нуклеофильных сайтов, таких как лизин и гистидин. В результате для модификации цистеина доступно большое число реагентов. Веб-сайты компаний, таких как Sigma-Aldrich (http://www.sigma-aldrich.com), предоставляют информацию по конкретным реагентам.
Распространено также избирательное восстановление дисульфидных связей в белках. Дисульфидные связи могут быть образованы и окислены во время тепловой обработки биофармацевтических средств. K-реагент Вудворда может использоваться для модификации определенных остатков глютаминовой кислоты. N-(3-(Диметиламинопропил)-N'-этилкарбодиимид может использоваться для образования внутримолекулярных поперечных связей между остатком лизина и остатком глютаминовой кислоты. Например, диэтилпирокарбонат является реагентом для модификации гистидильных остатков в белках. Гистидин может также быть модифицирован при использовании 4-гидрокси-2-ноненаля. Реакция остатков лизина и других α-аминных групп полезна, например, при связывании пептидов с поверхностями или поперечной сшивке белков/пептидов. Лизин является сайтом присоединения полиэтиленгликоля и основным сайтом модификации при гликозилировании белков. Остатки метионина в белках могут быть модифицированы, например, с помощью йодацетамида, бромэтиламина и хлорамина Т.
Тетранитрометан и N-ацетилимидазол могут быть использованы для модификации тирозильных остатков. Поперечная сшивка посредством образования дитирозина может быть произведена с помощью перекиси водорода/ионов меди.
- 39 037050
В последних исследованиях по модификации триптофана использовались N-бромсукцинимид,
2-гидрокси-5-нитробензилбромид или 3-бром-3-метил-2-(2-нитрофенилмеркапто)-3Н-индол (BPNSскатол).
Успешная модификация терапевтических белков и пептидов ПЭГ (полиэтиленгликолем) часто связана с увеличением полупериода циркуляции, тогда как поперечная сшивка белков глутаральдегидом, полиэтиленгликоль-диакрилатом и формальдегидом используется для получения гидрогелей. Химическая модификация аллергенов для иммунотерапии часто достигается при карбамоилировании цианатом калия.
Пептид или вариант, в котором пептид модифицирован или включает непептидные связи, является предпочтительным вариантом осуществления изобретения. Как правило, пептиды и варианты (по меньшей мере те, что содержат пептидные связи между аминокислотными остатками) могут быть синтезированы Fmoc-полиамидным способом твердофазного синтеза пептидов, как раскрыто у Lukas et al. (Lukas et al., 1981) и в прилагающихся ссылках. Временная защита N-аминогруппы производится 9-флуоренилметилоксикарбонильной (Fmoc) группой. Повторное расщепление этой высокощелочелабильной защитной группы осуществляется при использовании 20% пиперидина в N,N-диметилформамиде. Функциональные группы боковой цепи могут быть защищены получением таких соединений, как их бутиловые эфиры (в случае серина, треонина и тирозина), бутиловые сложные эфиры (в случае глютаминовой кислоты и аспарагиновой кислоты), бутилоксикарбонильное производное (в случае лизина и гистидина), тритильное производное (в случае цистеина) и производное 4-метокси2,3,6-триметилбензолсульфонила (в случае аргинина). Если глютамин или аспарагин являются С-терминальными остатками, для защиты амидогруппы боковой цепи используется 4,4'-диметоксибензгидрильная группа. Твердофазный носитель основан на полимере полидиметилакриламиде, состоящем из трех мономеров: диметилакриламида (каркасный мономер), бисакрилоилэтилендиамина (компонент для перекрестной сшивки, линкер) и метилового эфира акрилоилсаркозина (функционализирующий агент). Для образования легкорасщепляемой связи пептида и смолы используется нестойкое к действию кислот производное 4-гидроксиметилфеноксиуксусной кислоты. Все аминокислотные производные добавляются в виде предварительно синтезированных симметричных ангидридных производных за исключением аспарагина и глютамина, которые добавляются с применением обратной реакции соединения, опосредованной N,N-дициклогексилкарбодиимид/1-гидроксибензотриазолом. Все реакции сочетания и снятия защитных групп отслеживались с помощью методов контроля с применением нингидрина, тринитробензолсульфоновой кислоты или изотина. После завершения синтеза пептиды отщепляются от смолы-носителя с сопутствующим удалением защитных групп боковой цепи при обработке 95% трифторуксусной кислотой, содержащей 50% смеси поглотителей. Обычно используемые поглотители включают этандитиол, фенол, анизол и воду, окончательный выбор зависит от составляющих аминокислот синтезируемого пептида. Также возможна комбинация твердофазных и жидкофазных методов синтеза пептидов (см., например, (Bruckdorfer et al., 2004), и прилагаемые ссылки).
Трифторуксусную кислоту удаляют выпариванием в вакууме с последующим измельчением с диэтиловым эфиром для получения сырого пептида. Любые присутствующие поглотители удаляются простой технологией экстракции, которая позволяет получить сырой пептид без поглотителей после лиофилизации водной фазы. Реагенты для синтеза пептидов, как правило, имеются в наличии, например, в Calbiochem-Novabiochem (Ноттингем, Великобритания).
Очистка может быть произведена любой методикой или комбинацией таких методик, как перекристаллизация, эксклюзионная хроматография, ионообменная хроматография, хроматография гидрофобного взаимодействия и (обычно) обращенно-фазовая высокоэффективная жидкостная хроматография с использованием, к примеру, градиентного разделения в системе ацетонитрил/вода.
Анализ пептидов может быть произведен при помощи тонкослойной хроматографии, электрофореза, в частности капиллярного электрофореза, твердофазной экстракции (ТФЭ), обращенно-фазовой высокоэффективной жидкостной хроматографии, аминокислотного анализа после кислотного гидролиза и масс-спектрометрического анализа при бомбардировке быстрыми атомами (FAB), а также массспектрометрического анализа MALDI и ESI-Q-TOF.
В целях выбора презентируемых в избытке пептидов был рассчитан профиль презентации, позволяющий оценить медианное значение презентации образца, а также вариации повторных измерений. В профиле сравниваются образцы опухолевой формы, представляющей интерес, с фоновым уровнем образцов нормальной ткани. Каждый из этих профилей может быть затем консолидирован в показатель избыточной презентации путем расчета значения р по линейной модели со смешанными эффектами (Pinheiro et al., 2015), скорректировав ее для повторных анализов на уровень ложноположительных результатов (Benjamini and Hochberg, 1995).
Для идентификации и относительной количественной оценки лигандов HLA с помощью массспектрометрического анализа молекулы HLA из подвергнутых шоковой заморозке образцов тканей были очищены и из них выделены HLA-ассоциированные пептиды. Выделенные пептиды были разделены и последовательности были идентифицированы с помощью методов жидкостной хроматографии и масс- 40 037050 спектрометрии (LC-MS) с ионизацией электрораспылением (nanoESI) в режиме реального времени. Полученные пептидные последовательности подтверждали сравнением картины фрагментации природных пептидов TUMAP, записанной на образцах ПКК (N=18 *02-положительные образцы), с картинами фрагментации соответствующих синтетических контрольных пептидов с идентичными последовательностями.
Поскольку пептиды были идентифицированы непосредственно в качестве лигандов молекул HLA первичных опухолей, то эти результаты дают прямое доказательство естественного процессирования и презентации идентифицированных пептидов на ткани первичной раковой опухоли, полученной от 18 пациентов с ПКК.
Технологическая платформа лекарственных средств, находящихся в разработке, XPRESIDENT® v2.1 (см., например, патентную заявку США 2013-0096016, включенную в настоящее описание в своей полноте путем ссылки) позволяет произвести идентификацию и выбор соответствующих избыточно презентируемых пептидов в качестве кандидатов для вакцины, основываясь на прямом относительном количественном определении уровней HLA-рестриктированных пептидов на раковой ткани в сравнении с несколькими различными нераковыми тканями и органами. Это было осуществлено путем разработки дифференциального количественного определения на основе данных ЖХ-МС без использования изотопной метки (label-free), обработанных запатентованной технологической платформой для анализа данных, объединяющей алгоритмы для идентификации последовательности, спектральной кластеризации, подсчета ионов, выравнивания времени удерживания, деконволюции по состояниям заряда и нормализации.
Для каждого пептида и образца были подсчитаны уровни презентации, включающие оценки погрешности. Были идентифицированы пептиды, презентируемые исключительно на опухолевой ткани, и пептиды, избыточно презентируемые на опухолевых тканях в сравнении с не пораженными раком тканями и органами.
Комплексы HLA-пептид из образцов ткани ПКК были очищены, и HLA-ассоциированные пептиды были выделены и проанализированы методом ЖХ-МС (см. примеры). Все TUMAP, содержащиеся в настоящем документе, были идентифицированы с помощью этого подхода на образцах первичных опухолей ПКК, что подтверждает их презентацию на клетках первичных ПКК.
Пептиды TUMAP, идентифицированные на многочисленных образцах ПКК и нормальных тканей, были подвергнуты количественному анализу с помощью ЖХ/МС без изотопной метки, с использованием подсчета ионов. Метод основан на предположении, что площади пика пептида при анализе методом ЖХ/МС коррелируют с его содержанием в образце. Все количественные сигналы пептида в различных экспериментах с использованием ЖХ/МС были нормализованы, исходя из основной тенденции, было вычислено их среднее значение на образец и сведены в гистограмму в т. н. профиль презентации. В профиле презентации консолидированы различные методы анализа, такие как поиск в банке данных белков, спектральная кластеризация, деконволюция состояния заряда (разряд) и выравнивание времени удерживания и нормализация.
Кроме того, технологическая платформа XPRESIDENT® v2. позволяет проведение прямого абсолютного количественного определения уровня МНС-, предпочтительно HLA-рестриктированного, пептида на раковых или других пораженных заболеванием тканях. Вкратце, общее число клеток было подсчитано из общего содержания ДНК проанализированного образца ткани. Общее количество пептида TUMAP в образце ткани измеряли с помощью наноЖХ-МС/МС в виде соотношения природного пептида TUMAP и известного количества версии пептида TUMAP с изотопной меткой, так называемого внутреннего стандарта. Эффективность выделения пептида TUMAP определяли методом введения стандартной добавки комплекса пептид-МНС всех выбранных пептидов TUMAP в лизат ткани в самый ранний возможный момент процесса выделения пептида TUMAP и их обнаружением с помощью наноЖХ-МС/МС, за чем следовало завершение процедуры выделения пептида. Общее число клеток и общее количество пептида были подсчитаны по трем повторным измерениям на образец ткани. Пептид-специфическую эффективность выделения подсчитывали как средний показатель из 10 экспериментов с введением стандартных добавок с тремя повторными измерениями для каждого (см. пример 6 и табл. 12).
В настоящем изобретении предложены пептиды, которые пригодны для лечения раковых заболеваний/опухолей, предпочтительно ПКК, клетки которых презентируют в избытке или исключительно пептиды по изобретению. Как показал масс-спектрометрический анализ, эти пептиды естественно презентировались молекулами HLA на образцах первичной ПКК человека.
Многие из исходных генов/белков (называемых также белками полной длины или базовыми белками), из которых были получены пептиды, были в высокой степени избыточно экспрессированы в клетках рака по сравнению с нормальными тканями - понятие нормальные ткани в связи с настоящим изобретением подразумевает здоровые клетки почек или другие нормальные клетки ткани, демонстрирующие высокую степень ассоциации исходных генов с опухолью (см. пример 2). Более того, сами пептиды в высшей степени избыточно презентируются на опухолевой ткани - понятие опухолевая ткань в связи с настоящим изобретением подразумевает образец ткани пациента, страдающего ПКК, но не на нормальных тканях (см. пример 1).
- 41 037050
Связанные с HLA пептиды могут распознаваться иммунной системой, конкретно Т-лимфоцитами.
Т-клетки могут разрушать клетки, презентирующие распознанный комплекс HLA/пептид; к примеру, клетки ПКК, презентирующие полученные пептиды.
Было показано, что пептиды по настоящему изобретению способны стимулировать Т-клеточные ответы и/или избыточно презентируются и поэтому могут использоваться для получения антител и/или ТКР, такие как растворимые ТКР, в соответствии с настоящим изобретением (см. примеры 3, 4). Кроме того, пептиды, если находятся в комплексе с соответствующей молекулой МНС, могут быть использованы для получения антител и/или ТКР, в частности растворимых ТКР, в соответствии с настоящим изобретением. Соответствующие способы хорошо известны специалисту данной области, а также могут быть найдены в соответствующих литературных источниках. Таким образом, пептиды по настоящему изобретению пригодны для генерирования иммунного ответа в организме пациента для уничтожения опухолевых клеток. Иммунный ответ у пациента может быть индуцирован при непосредственном введении описанных пептидов или подходящих веществ-предшественников (к примеру, удлиненных пептидов, белков или нуклеиновых кислот, кодирующих эти пептиды) пациенту, в идеальном случае в комбинации с веществом, усиливающим иммуногенность (т.е. адъювантом). Можно ожидать, что иммунный ответ, вызванный такой терапевтической вакцинацией, будет высокоспецифично направлен против опухолевых клеток, так как целевые пептиды по настоящему изобретению не презентируются на нормальных тканях в сравнимом количестве копий, предотвращая, тем самым, риск нежелательных аутоиммунных реакций против нормальных клеток у пациента.
Настоящее описание далее относится к Т-клеточным рецепторам (ТКР), включающим альфа-цепь и бета-цепь (альфа/бета-ТКР). Также предложены пептиды, способные связываться с ТКР и антителами, если они презентируются молекулой МНС. Настоящее описание также относится к нуклеиновым кислотам, векторам и клеткам-хозяевам для экспрессии ТКР и пептидам по настоящему изобретению и методам их применения.
Понятие Т-клеточный рецептор (аббревиатура ТКР) относится к гетеродимерной молекуле, включающей альфа-полипептидную цепь (альфа-цепь) и бета-полипептидную цепь (бета-цепь), где гетеродимерный рецептор способен связываться с пептидным антигеном, презентируемым молекулой HLA. Это понятие включает также так называемые гамма/дельта-ТКР.
В одном варианте осуществления согласно описанию предложен способ получения ТКР, причем способ включает культивацию клетки-хозяина, способной экспрессировать ТКР в условиях, подходящих для стимуляции экспрессии ТКР.
Настоящее описание в другом аспекте далее относится к способам в соответствии с настоящим описанием, где антиген нагружен на молекулы МНС I или II класса, экспрессированные на поверхности подходящей антигенпрезентирующей клетки или искусственной антигенпрезентирующей клетки, при контактировании достаточного количества антигена с антигенпрезентирующей клеткой, или же антиген нагружен на тетрамеры МНС I или II класса путем тетрамеризации комплексов антиген-мономер МНС I или II класса.
Альфа- и бета-цепи альфа-/бета-ТКР и гамма- и дельта-цепи гамма-/дельта-ТКР, как правило, считаются такими, что каждая из них имеет два домена, а именно вариабельные и константные домены. Вариабельный домен состоит из последовательно расположенных вариабельного сегмента (V) и соединительного сегмента (J). Вариабельный домен может также включать лидерный сегмент (L). Бета- и дельта-цепи могут также включать сегменты разнообразия (D). Константные домены альфа и бета могут также включать С-терминальные трансмембранные (ТМ) домены, которые заякоривают альфа- и бетацепи на клеточной мембране.
В отношении гамма-/дельта-ТКР, понятие гамма вариабельный домен ТКР, используемый в контексте данного изобретения, относится к соединению сегмента гамма V ТКР (TRGV) без лидерного сегмента (L) и сегмента ТКР гамма J (TRGJ), а понятие константный домен ТКР гамма относится к внеклеточному сегменту TRGC или С-терминальной усеченной последовательности TRGC. В равной степени понятие дельта вариабельный домен ТКР относится к соединению сегмента ТКР дельта V (TRDV) без лидерного сегмента (L) и сегмента ТКР дельта D/J (TRDD/TRDJ), а понятие константный домен ТКР-дельта относится к внеклеточному сегменту TRDC или С-терминальной усеченной последовательности.
ТКР по настоящему изобретению предпочтительно связываются с комплексом пептида и молекулы HLA с аффинностью связывания (KD) около 100 мкМ или ниже, около 50 мкМ или ниже, около 25 мкМ или ниже или около 10 мкМ или ниже. Более предпочтительными являются высокоаффинные ТКР с аффинностью связывания, составляющей около 1 мкМ или ниже, около 100 нМ или ниже, около 50 нМ или ниже, около 25 нМ или ниже. Неограничивающие примеры диапазонов предпочтительной аффинности связывания для ТКР по настоящему изобретению включают значения от около 1 до около 10 нМ; от около 10 до около 20 нМ; от около 20 до около 30 нМ; от около 30 до около 40 нМ; от около 40 до около 50 нМ; от около 50 до около 60 нМ; от около 60 до около 70 нМ; от около 70 до около 80 нМ; от около 80 до около 90 нМ и от около 90 до около 100 нМ.
- 42 037050
Понятие специфическое связывание, используемое в связи с понятием ТКР по настоящему изобретению, и его грамматические варианты используются для обозначения ТКР с аффинностью связывания (KD) для комплекса пептида и молекулы HLA 100 мкМ или ниже.
Альфа/бета гетеродимерные ТКР согласно настоящему описанию могут иметь введенную дисульфидную связь между их константными доменами. Предпочтительные ТКР этого вида включают те, что имеют последовательность константного домена TRAC и последовательность константного домена TRBC1 или TRBC2, кроме тех случаев, когда Thr 48 домена TRAC и Ser 57 доменов TRBC1 или TRBC2 замещены остатками цистеина, причем указанные остатки цистеина формируют дисульфидную связь между последовательностью константного домена TRAC и последовательностью константного домена TRBC1 или TRBC2 ТКР.
С введением межцепочечной связи, упомянутой выше, или без нее альфа/бета гетеродимерные ТКР по настоящему изобретению могут иметь последовательность константного домена TRAC и последовательность константного домена TRBC1 или TRBC2, и последовательность константного домена TRAC и последовательность константного домена TRBC1 или TRBC2 ТКР могут быть связаны встречающейся в природе дисульфидной связью между Cys4 экзона 2 домена TRAC и Cys2 экзона 2 домена TRBC1 или TRBC2.
ТКР по настоящему изобретению могут включать поддающуюся обнаружению метку, выбранную из группы, состоящей из радионуклида, флуорофора и биотина. ТКР по настоящему изобретению могут быть конъюгированы с терапевтически активным ингредиентом, таким как радионуклид, химиотерапевтическим средством или токсином.
В одном варианте осуществления ТКР по настоящему изобретению, имеющий по меньшей мере одну мутацию альфа-цепи и/или имеющий по меньшей мере одну мутацию бета-цепи, обладает модифицированным гликозилированием в сравнении с ТКР без мутаций.
В одном варианте осуществления ТКР, содержащий по меньшей мере одну мутацию в альфа-цепи ТКР и/или бета-цепи ТКР, имеет аффинность связывания по отношению к и/или полупериод связывания по отношению к комплексу пептида и молекулы HLA, которые по меньшей мере вдвое выше, чем у ТКР, содержащего альфа-цепь ТКР без мутаций и/или бета-цепь ТКР без мутаций. Усиление аффинности опухолеспецифических ТКР, а также ее использование, опирается на существование окна с оптимальными показателями аффинности для ТКР. Существование такого окна основано на наблюдениях, что ТКР, специфические для HLA-А2-рестриктированных патогенов, обладают показателями KD, которые в основном примерно в 10 раз ниже по сравнению с ТКР, специфическими для HLA-A2-рестриктированных опухолеассоциированных аутоантигенгов. Сейчас известно, хотя опухолевые антигены имеют иммуногенный потенциал, поскольку опухоли возникают из собственных клеток индивида, только мутантные белки или белки с изменениями в трансляционном процессинге будут восприниматься иммунной системой как чужеродные. Антигены, уровень которых повышен или которые экспрессируются в избытке (так называемые аутоантигены), не будут в обязательном порядке вызывать функциональный иммунный ответ против опухоли: Т-клетки, экспрессирующие ТКР, которые являются высокоактивными по отношению к данным антигенам, будут подвергаться отрицательному отбору внутри вилочковой железы в процессе, известном как центральная толерантность, это означает, что останутся лишь Т-клетки с низкоаффинными ТКР к аутоантигенам. Поэтому аффинность ТКР или вариантов согласно настоящему описанию по отношению к пептидам в соответствии с настоящим изобретением может быть усилена способами, хорошо известными из уровня техники.
Настоящее описание относится далее к способу идентификации и выделения ТКР в соответствии с настоящим описанием, причем указанный способ включает инкубацию МКПК HLA-A*02отрицательных здоровых доноров с А2/пептидными мономерами, инкубацию МКПК с тетрамерфикоэритрином (РЕ) и выделение Т-клеток с высокой авидностью с помощью сортировки клеток с активированной флуоресценцией (FACS)-Calibur.
Настоящее описание относится далее к способу идентификации и выделения ТКР в соответствии с настоящим описанием, причем указанный способ включает получение трансгенной мыши с целыми человеческими локусами гена TCRae (1,1 и 0,7 млн. п. н.), Т-клетки которой экспрессируют различные ТКР человека, компенсируя недостаток ТКР у мыши, иммунизацию мыши пептидом, представляющим интерес, инкубацию МКПК, полученных у трансгенной мыши, тетрамер-фикоэритрином (РЕ) и выделение Т-клеток с высокой авидностью с помощью сортировки клеток с активированной флуоресценцией (FACS)-Calibur.
В одном аспекте для получения Т-клеток, экспрессирующих ТКР согласно настоящему описанию, нуклеиновые кислоты, кодирующие цепи ТКР-альфа и/или ТКР-бета согласно настоящему описанию, клонируют в векторы экспрессии, такие как гамма-ретровирус или -лентивирус. Рекомбинантные вирусы получают и проводят испытание их функциональности, такой как антигенная специфичность и функциональная авидность. Аликвота конечного продукта затем используется для трансдукции целевой популяции Т-клеток (как правило, очищенных от МКПК пациента), которую культивируют перед инфузией пациенту. В другом аспекте для получения Т-клеток, экспрессирующих ТКР согласно настоящему описанию, РНК ТКР синтезируют с помощью методик, известных из уровня техники, например транскрип- 43 037050 ционные системы in vitro. Синтезированные in vitro РНК ТКР затем вводят с помощью электропорации в первичные CD8+ Т-клетки, полученные у здоровых доноров, в целях повторной экспрессии альфа- и/или бета-цепей опухолеспецифических ТКР.
Для увеличения уровня экспрессии нуклеиновые кислоты, кодирующие ТКР согласно настоящему описанию, могут быть функционально связаны с сильными промоторами, такими как длинные терминальные повторы ретровируса (LTR), цитомегаловируса (CMV), вируса стволовых клеток мыши (MSCV) U3, фосфоглицерат-киназой (PGK), β-актином, убиквитином и комбинированным промотором вируса обезьян 40 (SV40)/CD43, фактором элонгации (EF)-1a и промотором вируса некроза селезёнки (SFFV). В предпочтительном варианте осуществления промотор является гетерологичным по отношению к экспрессируемой нуклеиновой кислоте. В дополнение к сильным промоторам экспрессионные кассеты ТКР согласно настоящему описанию могут содержать дополнительные элементы, которые могут усиливать экспрессию трансгена, включая центральный полипуриновый тракт (сРРТ), который способствует ядерной транслокации лентивирусных конструкций (Follenzi et al., 2000), и посттранскрипционный регуляторный элемент вируса гепатита сурков (wPRE), который повышает уровень экспрессии трансгена за счет увеличения стабильности РНК (Zufferey et al., 1999).
Альфа- и бета-цепи ТКР по настоящему изобретению могут кодироваться нуклеиновыми кислотами, локализованными в отдельных векторах, или могут кодироваться полинуклеотидами, локализованными в одном и том же векторе.
Для достижения высоких уровней экспрессии ТКР на поверхности требуется транскрипция высоких уровней как цепей ТКР-альфа, так и ТКР-бета, введенного ТКР. Для этого цепи ТКР-альфа и ТКР-бета согласно настоящему описанию могут быть клонированы в бицистронные конструкции в одном векторе, который, как было показано, способен преодолеть данное препятствие. Использование участка внутренней посадки рибосомы вируса (IRES) между цепями ТКР-альфа и ТКР-бета приводит к скоординированной экспрессии обеих цепей, поскольку цепи ТКР-альфа и ТКР-бета образуются из одного транскрипта, который разделяется на два белка во время транскрипции, обеспечивая получение равного молярного соотношения цепей ТКР-альфа и ТКР-бета. (Schmitt et al. 2009).
Нуклеиновые кислоты, кодирующие ТКР согласно настоящему описанию, могут быть кодоноптимизированы для увеличения экспрессии клеткой-хозяином. Избыточность генетического кода позволяет кодирование некоторых аминокислот более чем одним кодоном, однако некоторые конкретные кодоны менее оптимальны, чем другие, по причине относительной доступности подходящих тРНК, а также других факторов (Gustafsson et al., 2004). Как было показано, модификации последовательностей генов ТКР-альфа и ТКР-бета, так чтобы каждая аминокислота кодировалась оптимальным кодоном для экспрессии генов млекопитающих, а также удаление нестабильных мотивов мРНК или криптических сайтов сплайсинга существенно усиливали экспрессию генов ТКР-альфа и ТКР-бета (Scholten et al., 2006).
Кроме того, нарушение комплементарности между введенными и эндогенными цепями ТКР может привести к приобретению специфичности, которая будет представлять значительный риск для аутоиммунности. Например, формирование смешанных димеров ТКР может уменьшить число молекул CD3, имеющихся в наличии для формирования правильно спаренных комплексов ТКР и, таким образом, может существенно снизить функциональную авидность клеток, экспрессирующих введенный ТКР (Kuball et al., 2007).
Для снижения ошибочного спаривания С-концевой домен введенных цепей ТКР согласно настоящему описанию может быть модифицирован в целях стимуляции межцепочечной аффинности, при этом снижая способность введенных цепей спариваться с эндогенным ТКР. Данные стратегии могут включать замещение С-концевых доменов ТКР-альфа и ТКР-бета-цепей человека их мышиными эквивалентами (С-концевой муринизированный домен); получение второй межцепочечной дисульфидной связи в С-концевом домене за счет введения второго остатка цистеина в обе цепи: ТКР-альфа и ТКР-бета введенного ТКР (модификация цистеином); обмен взаимодействующими остатками в С-концевом домене ТКР-альфа и ТКР-бета-цепей (выступ-во-впадину) и слияние вариабельных доменов цепей ТКР-альфа и ТКР-бета непосредственно в CD3ς (слияние CD3ς). (Schmitt et al. 2009).
В одном варианте осуществления клетка-хозяин генетически модифицирована, чтобы экспрессировать ТКР согласно настоящему описанию. В предпочтительных вариантах осуществления клетка-хозяин является человеческой Т-клеткой или предшественником Т-клетки. В одних вариантах осуществления Т-клетка или предшественник Т-клетки получены у пациента, больного раком. В других вариантах осуществления Т-клетка или предшественник Т-клетки получены у здорового донора. Клетки-хозяева согласно настоящему описанию могут быть аллогенными или аутологичными в отношении пациента, подлежащего лечению. В одном варианте осуществления клетка-хозяин является гамма/дельта Т-клеткой, трансформированной для экспрессии альфа-/бета-ТКР.
Фармацевтическая композиция является композицией, подходящей для введения человеку в рамках лечения. Предпочтительно, если фармацевтическая композиция является стерильной и произведена в соответствии с правилами GMP (надлежащей производственной практики).
- 44 037050
Фармацевтические композиции включают пептиды как в свободной форме, так и в форме фармацевтически приемлемой соли (см. также выше). Используемое в контексте данного изобретения понятие фармацевтически приемлемая соль относится к производным раскрытых пептидов, причем пептид модифицирован путем получения кислых или основных солей вещества. Например, кислые соли получают из свободного основания (как правило, где нейтральная форма лекарственного средства имеет нейтральную группу -NH2) с применением реакции с подходящей кислотой. Подходящие кислоты для получения кислых солей включают как органические кислоты, например уксусную кислоту, пропионовую кислоту, гликолевую кислоту, пировиноградную кислоту, щавелевую кислоту, яблочную кислоту, малоновую кислоту, янтарную кислоту, малеиновую кислоту, фумаровую кислоту, винную кислоту, лимонную кислоту, бензойную кислоту, коричную кислоту, миндальную кислоту, метансульфоновую кислоту, этансульфоновую кислоту, п-толуолсульфокислоту, салициловую кислоту и т.п., так и неорганические кислоты, например соляную кислоту, бромистоводородную кислоту, серную кислоту, азотную кислоту, фосфорную кислоту и т.п. И наоборот, приготовление основных солей кислотных компонентов, которые могут присутствовать на пептиде, производится при использовании фармацевтически приемлемого основания, такого как гидроксид натрия, гидроксид калия, гидроксид аммония, гидроксид кальция, триметиламин и тому подобных.
В одном особенно предпочтительном варианте осуществления фармацевтические композиции включают пептиды в виде солей уксусной кислоты (ацетаты), трифторацетатов или соляной кислоты (хлориды).
Предпочтительно, если медикамент по настоящему изобретению является иммунотерапевтическим препаратом, таким как вакцина. Она может вводиться непосредственно пациенту, в пораженный орган или системно в/к, в/м, п/к, в/б и в/в или вноситься ex vivo в клетки, полученные от пациента, или в человеческую клеточную линию, которые затем могут вводиться пациенту или использоваться in vitro для селекции субпопуляции из иммунных клеток, полученных от пациента, которые после этого вновь вводятся пациенту. Если нуклеиновая кислота введена в клетки in vitro, то может быть полезно, чтобы клетки были трансфицированными, чтобы совместно экспрессировать иммуностимулирующие цитокины, такие как интерлейкин-2. Пептид может быть по существу чистым или в комбинации с иммуностимулирующим адъювантом (см. ниже), или использоваться в комбинации с иммуностимулирующими цитокинами, или же вводиться с подходящей системой доставки, например, липосомами. Пептид может быть также конъюгирован с подходящим носителем, таким как гемоцианин фиссуреллы (KLH) или маннан (см. WO 95/18145 и (Longenecker et al., 1993)). Пептид может быть также меченым или может быть слитым белком или гибридной молекулой. Пептиды, последовательность которых дана в настоящем изобретении, как ожидается, стимулируют CD4+ или CD8+ Т-клетки. Тем не менее стимуляция CD8 Т-клеток более эффективна в присутствии поддержки, предоставляемой CD4 хелперными Т-клетками. Таким образом, для эпитопов МНС I класса, которые стимулируют CD8 Т-клетки, партнеры в слиянии или участки гибридной молекулы надлежащим образом предоставляют эпитопы, которые стимулируют CD4-положительные Т-клетки. CD4- и CD8-стимулирующие эпитопы хорошо известны из уровня техники и включают те, что были идентифицированы в настоящем изобретении.
В одном аспекте вакцина включает по меньшей мере один пептид, имеющий аминокислотную последовательность с SEQ ID NO: 1 по SEQ ID NO: 114, и по меньшей мере один дополнительный пептид, предпочтительно от 2 до 50, более предпочтительно от 2 до 25, еще более предпочтительно от 2 до 20 и наиболее предпочтительно 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17 или 18 пептидов. Пептид(ы) может(гут) быть получен(ы) из одного или более специфических ТАА и может(гут) связываться с молекулами МНС I класса.
В еще одном аспекте изобретения предлагается нуклеиновая кислота (например, полинуклеотид), кодирующая пептид или вариант пептида по изобретению. Полинуклеотид может быть, например, ДНК, кДНК, ПНК, РНК или их комбинациями, как одно-, так и/или двунитевыми; природными или стабилизированными формами полинуклеотидов, такими как, например, полинуклеотиды с фосфоротиоатным остовом, и может содержать или не содержать интроны при условии, что полинуклеотид кодирует пептид. Разумеется, только пептиды, которые содержат встречающиеся в природе аминокислотные остатки, присоединенные встречающимися в природе пептидными связями, могут кодироваться полинуклеотидом. В другом аспекте изобретения предложен вектор экспрессии, способный экспрессировать полипептид в соответствии с изобретением.
Был разработан ряд способов связывания полинуклеотидов, в особенности ДНК, с векторами, например, с помощью комплементарных липких концов. К примеру, к сегменту ДНК могут быть добавлены комплементарные гомополимерные хвосты для встраивания в векторную ДНК. Этот вектор и сегмент ДНК в таком случае соединены водородной связью между комплементарными гомополимерными хвостами, образуя молекулы рекомбинантной ДНК.
Синтетические линкеры, содержащие один или несколько сайтов рестрикции, обеспечивают альтернативный способ присоединения сегмента ДНК к векторам. Синтетические линкеры, содержащие ряд сайтов распознавания рестрикционной эндонуклеазы, имеются в продаже в различных источниках, включая International Biotechnologies Inc, Нью-Хейвен, Коннектикут, США.
- 45 037050
В желаемом способе модификации ДНК, кодирующей полипептид по изобретению, используется полимеразная цепная реакция, как раскрыто в работе Saiki R.K. et al. (Saiki et al., 1988).Этот способ может быть использован для введения ДНК в подходящий вектор, например, при создании подходящих сайтов рестрикции или же он может быть использован для модификации ДНК другими пригодными путями, известными из уровня техники. Если используются вирусные векторы, то предпочтительными являются поксвирусные или аденовирусные векторы.
Затем ДНК (или в случае ретровирусных векторов РНК) может экспрессироваться в подходящем хозяине для получения полипептида, включающего пептид или вариант по изобретению. Таким образом, ДНК, кодирующая пептид или вариант по изобретению, может быть использована в соответствии с известными методиками, модифицированными соответствующим образом с учетом раскрытых в данном описании идей, для конструирования вектора экспрессии, который затем используется для трансформации подходящей клетки-хозяина для экспрессии и получения полипептида по изобретению. Такие методики включают те, что раскрыты, например, в патентах США № 4440859, 4530901, 4582800, 4677063, 4678751, 4704362, 4710463, 4757006, 4766075 и 4810648
ДНК (или в случае ретровирусных векторов - РНК), кодирующая полипептид, представляющий собой соединение по изобретению, может быть присоединена к обширному ряду других последовательностей ДНК для введения в соответствующего хозяина. ДНК-спутник будет зависеть от природы хозяина, способа введения ДНК хозяину и от того, желательно ли поддержание в эписомальной или интеграционной форме.
Как правило, ДНК вводится в вектор экспрессии, такой как плазмида, с соответствующей ориентацией и правильной рамкой считывания для экспрессии. Если необходимо, то ДНК может быть соединена с соответствующими нуклеотидными последовательностями, обеспечивающими координацию транскрипции и трансляции, распознаваемыми желательным хозяином, хотя такие контрольные элементы обычно имеются в векторе экспрессии. Вектор вводится затем хозяину стандартными способами. Как правило, не все хозяева трансформируются вектором. Поэтому будет необходимо выделить трансформированные клетки-хозяева. Одна из методик отбора включает введение в вектор экспрессии последовательности ДНК с любыми необходимыми элементами контроля, которая кодирует выбранный признак в трансформированной клетке, такой как устойчивость к антибиотикам.
В качестве альтернативы ген для такого выбираемого признака может быть на другом векторе, который используется для совместной трансформации желаемой клетки-хозяина.
Клетки-хозяева, которые были трансформированы рекомбинантной ДНК по изобретению, культивируют затем в течение достаточного времени и при соответствующих условиях, известных специалистам данной области, с учетом раскрытых в данном описании идей, что ведет к экспрессии полипептида, который после этого может быть выделен.
Известно множество систем экспрессии, включающих бактерии (например, Е.coli и Bacillus subtilis), дрожжи (например, Saccharomyces cerevisiae), мицелиальные грибы (например, Aspergillus spec), растительные клетки, клетки животных и насекомых. Предпочтительно, чтобы система была клетками млекопитающих, такими как клетки СНО, имеющимися в наличии в Американской коллекции типовых культур АТСС.
Типичная клеточная векторная плазмида млекопитающих для конститутивной экспрессии включает промотор CMV или SV40 с подходящим концевым участком поли-А и маркером устойчивости, таким как неомицин. Одним примером является pSVL, имеющимся в наличии в компании Pharmacia, Пискатеуэй, Нью-Джерси, США. Примером индуцируемого вектора экспрессии млекопитающих является pMSG, также имеющийся в наличии в Pharmacia. Пригодными плазмидными векторами дрожжей являются pRS403-406 и pRS413-416, и они, как правило, имеются в наличии у компании Stratagene Cloning Systems, Ла Джолла, Калифорния 92037, США. Плазмиды pRS403, pRS404, pRS405 и pRS406 являются дрожжевыми интегрирующими плазмидами (YIps) и включают дрожжевые селектируемые маркеры HIS3, TRP1, LEU2 и URA3. Плазмиды pRS413-416 являются дрожжевыми плазмидами с центромерами (Ycp). Основанные на промоторе CMV векторы (например, компании Sigma-Aldrich) обеспечивают кратковременную или устойчивую экспрессию, цитоплазмическую экспрессию или секрецию и N-терминальную или С-терминальную маркировку в различных комбинациях FLAG, 3xFLAG, c-myc или МАТ. Данные слитые белки позволяют проводить выявление, очистку и анализ рекомбинантного белка. Слияния с двойной меткой обеспечивают гибкость при выявлении.
Сильный регуляторный участок промотора цитомегаловируса человека (CMV) повышает уровни конститутивной экспрессии белка, достигающие 1 мг/л в клетках COS. Для менее активных клеточных линий белковые уровни обычно составляют ~0,1 мг/л. Присутствие точки начала репликации SV40 будет приводить к высоким уровням репликации ДНК в пермиссивных клетках COS. Векторы CMV, например, могут содержать точку начала репликации рМВ1 (производное pBR322) в бактериальных клетках, ген бета-лактамазы для отбора устойчивости к ампициллину у бактерий, polyA гормона роста человека и точку начала репликации f1. Векторы, содержащие лидерную последовательность препротрипсина (РРТ), могут направлять секрецию слитых белков FLAG в культуральной среде для очистки с использованием антител к FLAG, смол и планшетов. Другие векторы и системы экспрессии для применения с
- 46 037050 различными клетками-хозяевами хорошо известны из уровня техники.
В другом предпочтительном варианте осуществления кодируются два или более пептида или варианта пептидов по изобретению, и, таким образом, они экспрессируются последовательно (как в случае структуры типа бусины на нити). В этих целях пептиды или варианты пептидов могут быть соединены или слиты воедино с помощью фрагментов линкерных аминокислот, таких как, например, LLLLLL, или же могут быть соединены без какого(их)-либо дополнительного(ых) пептида(ов) между ними. Эти структуры могут быть также использованы в противораковой терапии и, возможно, индуцировать иммунные ответы с участием как молекул МНС I, так и МНС II класса.
Настоящее изобретение относится также к клетке-хозяину, трансформированной с помощью полинуклеотидной векторной конструкции по настоящему изобретению. Клетка-хозяин может быть как прокариотической, так и эукариотической. Бактериальные клетки могут быть предпочтительно прокариотическими клетками-хозяевами при некоторых условиях и обычно являются штаммом Е.coli, таким как, например, Е.coli штамма DH5, имеющимся в наличии в Bethesda Research Laboratories Inc., Бетесда, Мэриленд, США, и RR1, имеющимся в наличии в Американской коллекции типовых культур (American Type Culture Collection (АТСС), Роквил, Мэриленд, США (№ АТСС 31343). Предпочтительные эукариотические клетки-хозяева включают дрожжи, клетки насекомых и млекопитающих, предпочтительно клетки позвоночных, таких как линии фибробластных клеток и клеток толстой кишки таких видов, как мышь, крыса, обезьяна или человек. Дрожжевые клетки-хозяева включают YPH499, YPH500 и YPH501, которые, как правило, имеются в наличии в Stratagene Cloning Systems, Ла Джола, Калифорния 92037, США. Предпочтительные клетки-хозяева млекопитающих включают клетки яичника китайского хомяка (СНО), имеющиеся в наличии в АТСС как CCL61, эмбриональные клетки швейцарской мыши линии NIH/3T3, имеющиеся в наличии в АТСС как CRL 1658, клетки COS-1 из почек обезьяны, имеющиеся в наличии в АТСС как CRL 1650, и клетки 293, являющиеся эмбриональными клетками почек эмбрионов человека. Предпочтительными клетками насекомых являются клетки Sf9, которые могут трансфицироваться с помощью бакуловирусных векторов экспрессии. Обзор в отношении выбора подходящих клеток-хозяев для экспрессии представлен, например, в учебном пособии авторов Paulina Balbas и Argelia Lorence Methods in Molecular Biology Recombinant Gene Expression, Reviews and Protocols, часть первая, второе издание, ISBN 978-1-58829-262-9, и другой литературе, известной специалисту данной области.
Трансформация соответствующих клеток-хозяев с помощью ДНК-конструкции по настоящему изобретению производится при помощи хорошо известных способов, которые обычно зависят от типа используемого вектора. Относительно трансформации прокариотических клеток-хозяев см., например, работу Cohen et al. (Cohen et al., 1972) и (Green and Sambrook, 2012). Трансформация дрожжевых клеток описывается в работе Sherman et al. (Sherman et al., 1986). Также подходит метод Бигса (Beggs) (Beggs, 1978). Что касается клеток позвоночных, то подходящие для трансфекции таких клеток реагенты, например фосфат кальция и DEAE-декстран или липосомальные составы, имеются в наличии в Stratagene Cloning Systems или Life Technologies Inc., Гейтерсберг, Мэриленд 20877, США. Электропорация также подходит для трансформации и/или трансфекции клеток и хорошо известна из уровня техники для трансформации дрожжевых клеток, бактериальных клеток, клеток насекомых и клеток позвоночных.
Успешно трансформированные клетки, т.е. клетки, которые содержат конструкцию ДНК по настоящему изобретению, могут быть идентифицированы хорошо известными способами, такими как ПЦР. Альтернативно, наличие белка в супернатанте может быть выявлено с применением антител.
Следует понимать, что некоторые клетки-хозяева по изобретению подходят для получения пептидов по изобретению, например бактериальные, дрожжевые клетки и клетки насекомых. Тем не менее в конкретных терапевтических методах могут использоваться другие клетки-хозяева. Например, антигенпрезентирующие клетки, такие как дендритные клетки, могут с пользой быть использованы для экспрессии пептидов по изобретению так, что их можно будет нагружать на подходящие молекулы МНС. Таким образом, в настоящем изобретении предложена клетка-хозяин, включающая нуклеиновую кислоту или вектор экспрессии в соответствии с изобретением.
В предпочтительном варианте осуществления клетка-хозяин является антигенпрезентирующей клеткой, в частности дендритной клеткой или антигенпрезентирующей клеткой. АПК, нагруженные рекомбинантным слитым белком, содержащим простатическую кислую фосфатазу (РАР), были одобрены Управлением по контролю за продуктами питания и лекарственными средствам США (FDA) 29 апреля 2010 г. для применения при лечении метастатического HRPC (гормон-рефрактерного рака предстательной железы), протекающего бессимптомно или с минимально выраженными симптомами (сипулейцел-Т) (Rini et al., 2006; Small et al., 2006).
В другом аспекте изобретения предложен способ получения пептида или его варианта, причем способ включает культивацию клетки-хозяина и выделение пептида из клетки-хозяина или его культуральной среды.
В другом варианте осуществления пептид, нуклеиновая кислота или вектор экспрессии по изобретению применяются в медицине. Например, пептид или его вариант может приготавливаться для внутривенного (в/в) введения, подкожного (п/к) введения, внутрикожного (в/к) введения, внутрибрюшинного (в/б) введения, внутримышечного (в/м) введения. Предпочтительные способы введения пептидов вклю- 47 037050 чают п/к, в/к, в/б, в/м и в/в. Предпочтительные способы введения ДНК включают в/к, в/м, п/к, в/б и в/в.
Вводиться могут, к примеру, дозы от 50 мкг до 1,5 мг, предпочтительно от 125 до 500 мкг пептида или
ДНК, в зависимости от соответствующего пептида или ДНК. Дозировка в данном диапазоне успешно использовалась в предыдущих клинических исследованиях (Walter et al., 2012).
Полинуклеотид, применяемый в активной вакцинации, может быть по существу чистым или содержаться в подходящем векторе или системе доставки. Нуклеиновая кислота может быть ДНК, кДНК, ПНК, РНК или их комбинацией. Методы конструирования и введения такой нуклеиновой кислоты хорошо известны из уровня техники. Обзор представлен, например, в работе Teufel et al. (Teufel et al., 2005). Полинуклеотидные вакцины просто получить, однако механизм действия этих векторов по индуцированию иммунного ответа понятен не полностью. Подходящие векторы и системы доставки включают вирусные ДНК и/или РНК, такие как системы, которые основаны на аденовирусе, вирусе осповакцины, ретровирусах, вирусе герпеса, аденоассоциированном вирусе или гибридах, содержащих элементы более чем одного вируса. Невирусные системы доставки включают катионные липиды и катионные полимеры и хорошо известны из уровня техники в области доставки ДНК. Также может быть использована физическая доставка, такая как посредством генного пистолета. Пептид или пептиды, кодируемые нуклеиновой кислотой, могут быть слитым белком, например, с эпитопом, который стимулирует Т-клетки против соответствующего противоположного определяющего комплементарность участка CDR, как описывается выше.
Медикамент по изобретению может также включать один или более адъювантов. Адъюванты - это вещества, которые неспецифически усиливают или потенцируют иммунный ответ (например, иммунные ответы, опосредованные CD8-положuтельными Т-клетками или хелперными Т-клетками (ТН) на антиген, и могут, таким образом, рассматриваться как полезные в медикаменте по настоящему изобретению. Подходящие адъюванты включают, но без ограничения, 1018 ISS, соли алюминия, AMPLIVAX®, AS15, BCG, CP-870,893, CpG7909, CyaA, dSLIM, флагеллин или лиганды TLR5, полученные из флагеллина, лиганд FLT3, ГМ-КСФ, IC30, IC31, имиквимод (ALDARA®), резимиквимод, ImuFact IMP321, интерлейкины, такие как ИЛ-2, ИЛ-13, ИЛ-21, интерферон-альфа или бета или их пегилированные производные, IS Patch, ISS, ISCOMATRIX, иммуностимулирующие комплексы ISCOM, Juvlmmune®, LipoVac, MALP2, MF59, монофосфорил липид А, Монтанид IMS 1312, Монтанид ISA 206, Монтанид ISA 50V, Монтанид ISA-51, эмульсии вода в масле и масло в воде, OK-432, OM-174, OM-197-MP-EC, ONTAK, OspA, векторную систему PepTel®, основанные на поли-(лактид когликолиде) [PLG] и декстране микрочастицы, талактоферрин SRL172, виросомы и другие вирусоподобные частицы, YF-17D, VEGF trap, R848, бета-глюкан, Pam3Cys, стимулон Aquila QS21, который получают из сапонина, микобактериальные экстракты и синтетические имитаторы бактериальных клеточных стенок и другие запатентованные адъюванты, такие как Detox компании Ribi, Quil или Superfos. Предпочтительными адъювантами являются такие, как адъювант Фрейнда или ГМ-КСФ. Несколько иммунологических адъювантов (например, MF59), специфических для дендритных клеток, и их получение были описаны ранее (Allison and Krummel, 1995). Также могут использоваться цитокины. Несколько цитокинов были непосредственно соотнесены с влиянием на миграцию дендритных клеток к лимфоидным тканям (например, TNF-β), ускоряя созревание дендритных клеток до эффективных, презентирующих антиген Т-лимфоцитам, клеток (например, ГМ-КСФ, ИЛ-1 и ИЛ-4) (патент США № 5849589, специально включенный в описание в полном объеме путем ссылки) и действуя как иммуноадъюванты (например, ИЛ-12, ИЛ-15, ИЛ-23, ИЛ-7, ИНФальфа, ИНФ-бета) (Gabrilovich et al., 1996).
Об иммуностимулирующих олигонуклеотидах CpG также сообщалось, что они усиливают эффекты адъювантов в составе вакцин. Не желая быть связанными соответствием какой-либо конкретной теории, авторы полагают, что CpG-олигонуклеотиды при активации врожденной (не приобретенной) иммунной системы действуют с помощью Toll-подобных рецепторов (TLR), в основном TLR9. Вызванная CpG активация TLR9 усиливает антигенспецифичные гуморальные и клеточные ответы на широкий спектр антигенов, включая пептидные или белковые антигены, живые или убитые вирусы, вакцины из дендритных клеток, аутологичные клеточные вакцины и полисахаридные конъюгаты как в профилактических, так и терапевтических вакцинах. Более важно то, что улучшается созревание и дифференциация дендритных клеток, приводя к повышенной активации клеток типа ТН1 и интенсивной выработке цитотоксических Т-лимфоцитов (ЦТЛ) даже при отсутствии помощи со стороны CD4 Т-клеток. Активация ТН1, вызванная стимуляцией TLR9, сохраняется даже в присутствии вакцинных адъювантов, таких как квасцы или неполный адъювант Фрейнда (IFA), которые обычно способствуют активации ТН2. CpG-олигонуклеотиды проявляют даже большую адъювантную активность, если они входят в состав или вводятся в организм вместе с другими адъювантами или в таких составах, как микрочастицы, наночастицы, липидные эмульсии, или в подобных составах, которые в особенности необходимы для инициации сильного ответа, если антиген относительно слаб. Они также ускоряют иммунную реакцию и позволяют снизить дозы антигена приблизительно на два порядка в сравнении с ответами антитела на полную дозу вакцины без CpG, что наблюдалось в некоторых экспериментах (Krieg, 2006). В патенте США № 6406705 В1 описывается комбинированное применение CpG-олигонуклеотидов, адъювантов, не включающих нуклеиновые кислоты,
- 48 037050 и антигена для вызывания антигенспецифического иммунного ответа. Антагонистом CpG TLR9 является dSLIM (иммуномодулятор со структурой типа двхуцепочечный стебель-петля) компании Mologen (Берлин, Германия), который является предпочтительным компонентом фармацевтической композиции по настоящему изобретению. Также могут быть использованы другие молекулы, связывающиеся с TLR, такие как TLR 7, TLR 8 и/или TLR 9, связывающиеся с РНК.
Другие примеры пригодных к использованию адъювантов включают, но без ограничения, химически модифицированные CpG (например, CpR, Idera), аналоги dsPHK, такие как поли-(1:С) и их производные (например, AmpliGen®, Hiltonol®, поли-(ICLC), nолu-(IC-R). поли-(I:С12U)), бактериальные ДНК или РНК, отличные от CpG, а также иммуноактивные малые молекулы и антитела, такие как циклофосфамид, сунитиниб, бевацизумаб®, целебрекс, NCX-4016, силденафил, тадалафил, варденафил, сорафениб, темозоломид, темсиролимус, XL-999, СР-547632, пазопаниб, VEGF Trap, ZD2171, AZD2171, антиCTLA4, другие антитела, нацеленные на основные структуры иммунной системы (например, антитела к CD40, TGF-бета, рецептору TNF-альфа) и SC58175, которые могут действовать терапевтически и/или как адъюванты. Количества и концентрации адъювантов и добавок, пригодных для использования в контексте настоящего изобретения, могут быть легко определены опытным специалистом без проведения излишних экспериментов.
Предпочтительными адъювантами являются анти-CD40, имиквимод, резиквимод, ГМ-КСФ, циклофосфамид, сунитиниб, бевацизумаб, интерферон-альфа, CpG олигонуклеотиды и их производные, поли(Т:С) и ее производные, РНК, силденафил и составы из твердых микрочастиц с PLG или виросомы.
В предпочтительном варианте осуществления фармацевтической композиции в соответствии с изобретением адъювант выбран из группы, состоящей из колониестимулирующих факторов, таких как гранулоцитарно-макрофагальный колониестимулирующий фактор (ГМ-КСФ, сарграмостим), циклофосфамид, имиквимод, резиквимод и интерферон-альфа.
В предпочтительном варианте осуществления фармацевтической композиции в соответствии с изобретением адъювант выбран из группы, состоящей из колониестимулирующих факторов, таких как гранулоцитарно-макрофагальный колониестимулирующий фактор (ГМ-КСФ, сарграмостим), циклофосфамид, имиквимод и резиквимод. В предпочтительном варианте осуществления фармацевтической композиции в соответствии с изобретением адъювантом является циклофосфамид, имиквимод или резиквимод. Еще более предпочтительными адъювантами являются монтанид IMS 1312, монтанид ISA 206, монтанид ISA 50 V, монтанид ISA-51, поли-ICLC (Hiltonol®) и моноклональные антитела к CD40 или их комбинации.
Эта композиция используется для парентерального введения, такого как подкожное, внутрикожное, внутримышечное или для перорального введения. Для этого пептиды и, факультативно, другие молекулы растворяют или суспендируют в фармацевтически приемлемом, предпочтительно водном, носителе. Помимо того, композиция может содержать вспомогательные вещества, такие как буферы, связующие агенты, балластные вещества, разбавители, ароматизаторы, смазочные вещества и т.д. Пептиды могут быть также введены вместе с иммуностимулирующими агентами, такими как цитокины. Обширный список вспомогательных веществ, которые могут быть использованы в такой композиции, может быть взят, например, из работы A. Kibbe, Handbook of Pharmaceutical Excipients (Kibbe, 2000). Композиция может использоваться для предупреждения, профилактики и/или лечения аденоматозных или раковых заболеваний. Примеры фармацевтических композиций могут быть взяты, например, из ЕР 2112253.
Важно понимать, что иммунный ответ, вызванный вакциной в соответствии с изобретением, направлен на раковые клетки на различных стадиях клеточного цикла и различных стадиях развития опухоли. Кроме того, атака направлена на различные сигнальные пути, ассоциированные с раковым заболеванием. Это является преимуществом в сравнении с вакцинами, направленными только на одну или немногие мишени, что может привести к тому, что опухоль легко приспособится к такой атаке (ускользание опухоли). Кроме того, не все отдельные опухоли имеют одинаковые паттерны экспрессии антигенов. Поэтому комбинация нескольких опухолеассоциированных пептидов гарантирует, что на каждой отдельной опухоли имеются по меньшей мере некоторые из этих мишеней. Композиция разработана исходя из того, что, как ожидается, каждая опухоль экспрессирует несколько антигенов и охватывает несколько независимых сигнальных путей, необходимых для роста и сохранения опухоли. Таким образом, вакцина в виде готовой к применению может быть легко использована для более крупной популяции пациентов. Это означает, что предварительный отбор пациентов для лечения вакциной может быть ограничен HLA-типированием, не требуя никакого дополнительного анализа биомаркеров экспрессии антигена, однако при этом остается гарантия одновременного воздействия на несколько мишеней в виде индуцированного иммунного ответа, что важно для эффективности (Banchereau et al., 2001; Walter et al., 2012).
В контексте настоящего описания понятие каркас относится к молекуле, которая специфически связывается с (например, антигенной) детерминантой. В одном варианте осуществления каркас способен направлять единицу, к которой он прикреплен (например, (второй) антигенсвязывающий элемент) к сайту-мишени, например, к конкретному виду опухолевых клеток или стромы опухоли, несущих антиген- 49 037050 ную детерминанту (например, комплекс пептида с МНС в соответствии с настоящей патентной заявкой). В другом варианте осуществления каркас способен активировать пути передачи сигналов за счет его антигена-мишени, например антигена комплекса Т-клеточного рецептора. Каркасы включают, но без ограничения, антитела и их фрагменты, антигенсвязывающие домены антитела, включающие вариабельный участок тяжелой цепи антитела и вариабельный участок легкой цепи антитела, связывающие белки, включающие по меньшей мере один мотив анкиринового повтора и однодоменные антигенсвязывающие (SDAB) молекулы, аптамеры, (растворимые) ТКР и (модифицированные) клетки, такие как аллогенные или аутологичные Т-клетки. Чтобы оценить, является ли молекула каркасом, связывающимся с мишенью, может быть проведен анализ связывания.
Специфическое связывание обозначает, что каркас связывается с представляющим интерес комплексом пептида с МНС лучше, чем с другими встречающимися в природе комплексами пептида с МНС, в такой степени, что каркас, снабженный активной молекулой, способной уничтожать клетку, несущую специфическую мишень, не способен уничтожить другую клетку без специфической мишени, но презентирующую другой(ие) комплекс(ы) пептида с МНС. Связывание с другими комплексами пептида с МНС не играет роли, если пептид перекрестно реагирующего комплекса пептида с МНС не является встречающимся в природе, т. е. не образован из человеческого HLA-пептидома. Испытания для оценки потенциала уничтожения клетки-мишени хорошо известны из уровня техники. Они должны проводиться с использованием клеток-мишеней (первичные клетки или клеточные линии) с неизмененной презентацией комплексов пептида с МНС или клеток, нагруженных пептидами, таким образом, что будет достигаться уровень встречающихся в природе комплексов пептида с МНС.
Каждый каркас может включать метку, которая обеспечивает возможность обнаружения связанного каркаса за счет определения наличия или отсутствия сигнала, подаваемого меткой. Например, каркас может быть помечен флуоресцентным красителем или любой другой применимой маркерной молекулой клетки. Такие маркерные молекулы хорошо известны из области техники. Например, флуоресцентное мечение, например, с помощью флуоресцентного красителя может обеспечивать визуализацию связанного аптамера посредством флуоресцентной или лазерной сканирующей микроскопии или проточной цитометрии.
Каждый каркас может быть конъюгирован со второй активной молекулой, такой как, например, ИЛ-21, антитело к CD3 и антитело к CD28.
Для получения дальнейшей информации о полипептидных каркасах см., например, раздел уровня техники патентной заявки WO 2014/071978А1 и цитируемую в ней литературу.
Настоящее изобретение далее относится к аптамерам. Аптамеры (см., например, заявку WO 2014/191359 и цитируемую в ней литературу) - это короткие одноцепочечные молекулы нуклеиновых кислот, которые могут сворачиваться в определенные трехмерные структуры и распознавать специфические структуры-мишени. Оказалось, что они представляют собой подходящую альтернативу для разработки таргетной терапии. Как было продемонстрировано, аптамеры селективно связываются с различными сложными мишенями с высокой аффинностью и специфичностью.
Аптамеры, распознающие молекулы, которые находятся на поверхности клеток, были идентифицированы в последнее десятилетие и предоставляют возможность для разработки диагностических и терапевтических подходов. Так как было продемонстрировано, что аптамеры практически не обладают токсичностью и иммуногенностью, они являются многообещающими кандидатами для биомедицинского применения. Действительно, аптамеры, например аптамеры, распознающие простатический специфический мембранный антиген, были успешно задействованы в таргетной терапии и продемонстрировали функциональность в моделях с ксенотрансплантатами in vivo. Кроме того, были идентифицированы аптамеры, распознающие конкретные опухолевые линии.
Могут быть отобраны ДНК-аптамеры, проявляющие широкий спектр свойств по распознаванию различных раковых клеток и, в частности, клеток, образованных из солидных опухолей, тогда как неопухолегенные и первичные здоровые клетки не распознаются. Если идентифицированные аптамеры распознают не только конкретный опухолевый подтип, но и взаимодействуют с различными опухолями, это делает возможным применение аптамеров в качестве так называемых диагностических и терапевтических средств широкого спектра действия.
Более того, исследование поведения по связыванию с клетками с помощью проточной цитометрии показало, что аптамеры проявляли очень хорошую кажущуюся аффинность, которая выражалась на наномолярном уровне.
Аптамеры пригодны для диагностических и терапевтических целей. Кроме того, как могло быть продемонстрировано, некоторые аптамеры захватываются опухолевыми клетками и, таким образом, могут действовать в качестве молекулярных носителей для направленной доставки противораковых средств, таких как миРНК, в опухолевые клетки.
Могут быть отобраны аптамеры к сложным мишеням, таким как клетки и ткани и комплексы пептидов, включающих, предпочтительно состоящих из последовательности в соответствии с любой из последовательностей с SEQ ID NO: 1 по SEQ ID NO: 114, в соответствии с представленным изобретением с молекулой МНС, используя метод cell-SELEX (Systematic Evolution of Ligands by Exponential enrichment
- 50 037050 систематическая эволюция лигандов при экспоненциальном обогащении).
Пептиды по настоящему изобретению могут использоваться для получения и разработки специфических антител к комплексам МНС/пептид. Они могут быть использованы в терапии, нацеливающей токсины или радиоактивные вещества на пораженную ткань. Другим видом использования данных антител может быть нацеливание радионуклидов на пораженную ткань в целях визуализации, такой как ПЭТ (позитронно-эмиссионная томография). Это может помочь в обнаружении небольших метастазов или в определении размера и точной локализации пораженных тканей.
Таким образом, в другом аспекте изобретения предложен способ получения рекомбинантного антитела, специфически связывающегося с главным комплексом гистосовместимости человека (МНС) I или II класса в комплексе с рестриктированным по HLA антигеном, причем способ включает иммунизацию генетически модифицированного, не являющегося человеком млекопитающего, содержащего клетки, экспрессирующие молекулы указанного главного комплекса гистосовместимости человека (МНС) I или II класса с растворимой формой молекулы МНС I или II класса в комплексе с указанным рестриктированным по HLA антигеном; выделение молекул мРНК из продуцирующих антитела клеток указанного не являющегося человеком млекопитающего; создание библиотеки фагового отображения, содержащей фаги, экспонирующие белковые молекулы, закодированные указанными молекулами мРНК; и выделение, по меньшей мере, одного фага из указанной библиотеки фагового отображения, причем указанный, по меньшей мере, один фаг, экспонирует на поверхности указанное антитело, специфически связывающееся с указанным главным комплексом гистосовместимости человека (МНС) I или II класса в комплексе с указанным рестриктированным по HLA антигеном.
В другом аспекте изобретения предложено антитело, которое специфически связывается с главным комплексом гистосовместимости человека (МНС) I или II класса в комплексе с рестриктированным по HLA антигеном, где антитело предпочтительно является поликлональным антителом, моноклональным антителом, биспецифичным антителом и/или химерным антителом.
Соответствующие способы получения таких антител и одноцепочечных главных комплексов гистосовместимости I класса, в равной степени как и другие инструменты для получения данных антител, раскрыты в патентных заявках WO 03/068201, WO 2004/084798, WO 01/72768, WO 03/070752 и в опубликованных работах (Cohen et al., 2003a; Cohen et al., 2003b; Denkberg et al., 2003), которые все в целях настоящего изобретения в явном виде включены во всей полноте путем ссылки.
Предпочтительно, если антитело связывается с аффинностью связывания ниже 20 наномолей, предпочтительно ниже 10 нМ, с комплексом, который также называется специфическим в контексте настоящего изобретения.
Настоящее изобретение относится к пептиду, включающему последовательность, которая выбирается из группы, состоящей из последовательностей с SEQ ID NO: 1 по SEQ ID NO: 114 или их варианта, который по меньшей мере на 88% гомологичен (предпочтительно, если он идентичен) последовательности с SEQ ID NO 1 по SEQ ID NO: 114 или их варианту, который индуцирует Т-клеточную перекрестную реакцию с указанным пептидом, где указанный пептид не является базовым полипептидом полной длины.
Настоящее изобретение далее относится к пептиду, включающему последовательность, которая выбирается из группы, состоящей из последовательностей с SEQ ID NO: 1 по SEQ ID NO: 114 или их варианта, который по меньшей мере на 88% гомологичен (предпочтительно, если он идентичен) SEQ ID NO: 1 по SEQ ID NO: 114, где указанный пептид или его вариант имеет общую длину от 8 до 100, предпочтительно от 8 до 30 и наиболее предпочтительно от 8 до 14 аминокислот.
Настоящее изобретение далее относится к пептидам в соответствии с изобретением, способным связываться с молекулой главного комплекса гистосовместимости человека (МНС) I или II класса.
Настоящее изобретение далее относится к пептидам в соответствии с изобретением, где пептид состоит или состоит по существу из аминокислотной последовательности в соответствии с SEQ ID NO: 1 по SEQ ID NO: 114.
Настоящее изобретение далее относится к пептидам в соответствии с изобретением, где пептид модифицирован (химическим способом) и/или включает непептидные связи.
Настоящее изобретение далее относится к пептидам в соответствии с изобретением, где пептид является частью слитого белка, в частности, включающим N-терминальные аминокислоты HLA-DR антиген-ассоциированной инвариантной цепи (N), или где пептид слит с антителом (или слит с последовательностью антитела), например, таким антителом, которое является специфичным для дендритных клеток.
Настоящее изобретение далее относится к нуклеиновой кислоте, кодирующей пептиды в соответствии с изобретением, при условии, что пептид не является полностью (целиком) человеческим белком.
Настоящее изобретение далее относится к нуклеиновой кислоте в соответствии с изобретением, которая является ДНК, кДНК, ПНК, РНК или их комбинациями.
Настоящее изобретение далее относится к вектору экспрессии, способному экспрессировать нуклеиновую кислоту в соответствии с настоящим изобретением.
- 51 037050
Настоящее изобретение далее относится к пептиду в соответствии с настоящим изобретением, к нуклеиновой кислоте в соответствии с настоящим изобретением или к вектору экспрессии в соответствии с настоящим изобретением для применения в медицине, в частности в лечении ПКК.
Настоящее изобретение далее относится к клетке-хозяину, включающей нуклеиновую кислоту в соответствии с изобретением или вектор экспрессии в соответствии с изобретением.
Настоящее изобретение далее относится к клетке-хозяину в соответствии с настоящим изобретением, которая является антигенпрезентирующей клеткой, предпочтительно - дендритной клеткой.
Настоящее изобретение далее относится к способу получения пептида в соответствии с настоящим изобретением, причем указанный способ включает культивацию клетки-хозяина в соответствии с настоящим изобретением и выделение пептида из указанной клетки-хозяина или его культуральной среды.
Настоящее изобретение далее относится к способу в соответствии с настоящим изобретением, где антиген нагружен на молекулы МНС I или II класса, экспрессированные на поверхности подходящей антигенпрезентирующей клетки, при контактировании достаточного количества антигена с антигенпрезентирующей клеткой.
Настоящее изобретение далее относится к способу в соответствии с изобретением, где антигенпрезентирующая клетка включает вектор экспрессии, способный экспрессировать указанный пептид, содержащий последовательность с SEQ ID NO: 1 по SEQ ID NO: 114 или указанную вариантную аминокислотную последовательность.
Настоящее изобретение далее относится к активированным Т-клеткам, полученным способом в соответствии с настоящим изобретением, где указанные Т-клетки селективно распознают клетку, которая аберрантно экспрессирует полипептид, включающий аминокислотную последовательность в соответствии с настоящим изобретением.
Настоящее изобретение далее относится к способу уничтожения клеток-мишеней у пациента, чьи клетки-мишени аберрантно экспрессируют полипептид, включающий любую аминокислотную последовательность в соответствии с настоящим изобретением, причем способ включает введение пациенту эффективного числа Т-клеток в соответствии с настоящим изобретением.
Настоящее изобретение далее относится к применению любого описанного пептида, нуклеиновой кислоты в соответствии с настоящим изобретением, вектора экспрессии в соответствии с настоящим изобретением, клетки в соответствии с настоящим изобретением или активированного цитотоксического Т-лимфоцита в соответствии с настоящим изобретением в качестве медикамента или в производстве медикамента. Настоящее изобретение далее относится к способу применения в соответствии с настоящим изобретением, где медикамент проявляет противораковую активность.
Настоящее изобретение далее относится к способу применения в соответствии с изобретением, где медикамент является вакциной. Настоящее изобретение далее относится к способу применения в соответствии с изобретением, где медикамент проявляет противораковую активность.
Настоящее изобретение далее относится к применению в соответствии с изобретением, где указанные раковые клетки являются клетками ПКК или других солидных или гематологических опухолей, такими как клетки рака легких, рака головного мозга, рака желудка, рака толстой кишки или прямой кишки, рака печени, рака поджелудочной железы, рака предстательной железы, лейкозов, рака молочной железы, меланомы, рака яичника и рака пищевода.
Настоящее изобретение далее относится к конкретным белкам-маркерам и биомаркерам, основанным на пептидах в соответствии с настоящим изобретением, в контексте изобретения называемые мишенями, которые могут быть использованы при постановке диагноза и/или составлении прогноза течения ПКК. Настоящее изобретение относится также к применению этих новых мишеней для лечения рака.
Понятие антитело или антитела используется в контексте данного изобретения в широком смысле и включает как поликлональные, так и моноклональные антитела. В дополнение к интактным или полным молекулам иммуноглобулина в понятие антитела включены также фрагменты (например, участки CDR, фрагменты Fv, Fab и Fc) или полимеры таких молекул иммуноглобулина и гуманизированные версии молекул иммуноглобулина при условии, что они проявляют любое из желаемых свойств (например, специфически связываются с (поли)пептидным маркером ПКК, доставляют токсин к клетке ПКК, экспрессирующей раковый ген-маркер на повышенном уровне и/или ингибируют активность полипептидного маркера ПКК) в соответствии с настоящим изобретением.
Если возможно, антитела по изобретению могут быть куплены в коммерческих источниках. Антитела по изобретению могут быть также получены при использовании хорошо известных способов. Специалисту будет понятно, что для генерирования антител по изобретению могут использоваться либо полипептидные-маркеры ПКК полной длины, либо их фрагменты. Полипептид, необходимый для получения антитела по изобретению, может быть частично или полностью очищенным из природного источника или же может быть получен с использованием методики рекомбинантной ДНК.
Например, кДНК, кодирующая пептид в соответствии с настоящим изобретением, такой как пептид с последовательностью с SEQ ID NO: 1 по SEQ ID NO: 114, полипептид или вариант или его фрагмент может быть экспрессирована в прокариотических клетках (например, бактерий) или эукариотических клетках (например, дрожжей, насекомых или клетках млекопитающих), после чего рекомбинантный бе- 52 037050 лок может быть очищен и использован в получении препарата из моноклональных или поликлональных антител, которые специфически связываются с полипептидным маркером ПКК, использованным для получения антитела по изобретению.
Специалисту данной области будет понятно, что получение двух или более различных наборов моноклональных или поликлональных антител увеличивает вероятность получения антитела со специфичностью и аффинностью, необходимыми для предназначенного для него использования (например, для ELISA, иммуногистохимии, визуализации in vivo, терапии на основе иммунотоксина). Антитела испытывают на желаемую для них активность с помощью известных методов в соответствии с целью применения антител (например, ELISA, иммуногистохимия, иммунотерапия и т.д.; для получения дальнейшей информации по генерированию и испытанию антител см., например, Greenfield, 2014 (Greenfield, 2014)). Например, антитела могут быть исследованы с помощью ELISA или метода иммунного блоттинга (Western-blot), иммуногистохимического окрашивания зафиксированных формалином образцов раковых тканей или замороженных тканевых срезов. После первоначального определения их характеристик in vitro антитела, предназначаемые для терапевтического или диагностического применения in vivo, исследуют в соответствии с известными клиническими методами анализа.
Понятие моноклональное антитело в контексте настоящего изобретения обозначает антитело, полученное, по существу, из гомогенной популяции антител, т.е. отдельные антитела внутри популяции идентичны, за исключением возможных естественных мутаций, которые могут быть представлены в небольших количествах. Моноклональные антитела в контексте настоящего изобретения специфически включают химерные антитела, в которых участок тяжелой и/или легкой цепи идентичен или гомологичен соответствующим последовательностям антител, полученных из конкретного вида или относящихся к конкретному классу или подклассу антител, в то время как остальная(ые) часть(и) цепи идентична(ы) или гомологична(ы) соответствующим последовательностям антител, полученных из другого вида или относящихся к другому классу или подклассу антител, в равной степени как и фрагментов таких антител, пока они проявляют желаемую антагонистическую активность (патент США № 4816567, который включен в настоящее описание в полном объеме).
Моноклональные антитела по изобретению могут быть получены при использовании гибридомного метода. В рамках гибридомного метода мышь или другое подходящее животное-хозяин обычно иммунизируется иммунизирующим веществом, чтобы инициировать лимфоциты, которые вырабатывают или способны вырабатывать антитела, которые будут специфически связываться с иммунизирующим веществом. Альтернативно лимфоциты могут быть иммунизированы in vitro.
Моноклональные антитела могут быть также получены с помощью технологий рекомбинантных ДНК, таких как описываемые в патенте США № 4816567. ДНК, кодирующая моноклональные антитела по изобретению, может быть легко выделена и секвенирована с помощью стандартных методик (например, при использовании олигонуклеотидных зондов, которые способны специфически связываться с генами, кодирующими тяжелые и легкие цепи мышиных антител).
In vitro-методы также подходят для получения моновалентных антител. Расщепление антител для получения их фрагментов, в особенности Fab-фрагментов, может быть произведено при использовании стандартных методик, известных из уровня техники. К примеру, расщепление может производиться при использовании папаина. Примеры расщепления под воздействием папаина описываются в заявке WO 94/29348 и в патенте США № 4342566. Расщепление антител под воздействием папаина обычно приводит к двум идентичным фрагментам, связывающимся с антигеном и называемым Fab-фрагментами, каждый из которых имеет отдельный антигенсвязывающий сайт и остаточный Fc-фрагмент. В результате обработки пепсином получается фрагмент F(ab')2 и фрагмент pFc'.
Фрагменты антител, как связанные с другими последовательностями, так и не связанные, могут также включать вставки, делеции, замещения или другие выбранные модификации конкретных участков или аминокислотных остатков при условии, что активность фрагмента незначительно изменена или повреждена по сравнению с немодифицированным антителом или фрагментом антитела. Данные модификации могут внести некоторые дополнительные свойства, такие как добавление/удаление аминокислот, способных к дисульфидному связыванию, увеличение их биологической стойкости, изменение их секреторных характеристик и т.д. В любом случае фрагмент антитела должен обладать свойством биологической активности, таким как активностью связывания, регуляцией связывания на связывающем домене и т.д. Функциональные или активные участки антитела могут быть идентифицированы при мутагенезе конкретного участка белка с последующей экспрессией и исследованием экспрессированного полипептида. Такие способы полностью очевидны для опытного специалиста данной области и могут включать сайт-специфический мутагенез нуклеиновой кислоты, кодирующей фрагмент антитела.
Антитела по изобретению могут далее включать гуманизированные антитела или человеческие антитела. Гуманизированные формы нечеловеческих (например, мышиных) антител - это химерные иммуноглобулины, иммуноглобулиновые цепи или их фрагменты (такие как Fv, Fab, Fab' или другие антигенсвязывающие субпоследовательности антител), которые содержат минимальную последовательность, полученную из нечеловеческого иммуноглобулина. Гуманизированные антитела включают человеческие иммуноглобулины (антитело-реципиент), в которых остатки из определяющего комплементарность уча- 53 037050 стка (CDR) реципиента замещены остатками из CDR биологических видов, не являющихся человеком (донорское антитело), таких как мыши, крысы или кролики, имеющими желаемую специфичность, аффинность и связывающая способность. В некоторых случаях остатки Fv-каркаса (FR) человеческого иммуноглобулина замещены соответствующими остатками нечеловеческого происхождения. Гуманизированные антитела могут также включать остатки, которые не встречаются ни в антителе-реципиенте, ни в импортированном CDR или каркасных последовательностях. Как правило, гуманизированное антитело будет включать по сути все из по меньшей мере одного и, как правило, двух вариабельных доменов, в которых все или по существу все участки CDR соответствуют таковым нечеловеческого иммуноглобулина, и все или по сути все из участков FR являются таковыми консенсусной последовательности иммуноглобулина человека. Оптимально, чтобы гуманизированное антитело содержало также по меньшей мере часть константного участка иммуноглобулина (Fc), как правило, человеческого иммуноглобулина.
Способы гуманизации нечеловеческих антител хорошо известны из уровня техники. В целом, гуманизированное антитело имеет один или более аминокислотный остаток, введенный в него из источника, не являющегося человеческим. Такие аминокислотные остатки нечеловеческого происхождения часто называются импортированными остатками, которые обычно берутся из импортированного вариабельного домена. Гуманизация может быть по существу произведена посредством замены участков CDR или последовательностей CDR грызунов на соответствующие последовательности человеческого антитела. Соответственно, такие гуманизированные антитела являются химерными антителами (патент США № 4816567), где существенно меньшая часть, чем один интактный человеческий вариабельный домен, была заменена соответствующей последовательностью нечеловеческого вида. На практике гуманизированные антитела являются обычно человеческими антителами, в которых некоторые остатки CDR и, возможно, остатки FR заменены на остатки аналогичных сайтов антител грызунов.
Использоваться могут трансгенные животные (например, мыши), которые способны при иммунизации вырабатывать полный спектр человеческих антител при отсутствии выработки эндогенного иммуноглобулина. Например, было описано, что гомозиготная делеция гена, кодирующего участок присоединения тяжелой цепи антитела у химерных и мутантных мышей зародышевой линии, приводит к полному ингибированию выработки эндогенных антител. Перенос генной матрицы иммуноглобулина клеток зародышевой линии человека в таких мутантных мышей зародышевой линии будет приводить к выработке человеческих антител после антигенной стимуляции. Человеческие антитела могут быть также получены в библиотеках фагового отображения.
Антитела по изобретению предпочтительно вводятся субъекту в фармацевтически приемлемом носителе. Подходящее количество фармацевтически приемлемой соли обычно используется в составе для придания композиции изотоничности. Примеры фармацевтически приемлемых носителей включают физиологический раствор, раствор Рингера и раствор глюкозы. Уровень рН раствора составляет предпочтительно от около 5 до около 8 и более предпочтительно от около 7 до около 7,5. Кроме того, предлагаются носители, включающие препараты пролонгированного высвобождения, такие как полупроницаемые матрицы твердых гидрофобных полимеров, содержащие антитело, матрицы которых имеют вид профилированных объектов, к примеру, пленки, липосомы или микрочастицы. Для специалиста данной области будет очевидно, что определенные носители могут быть более предпочтительными в зависимости от, например, способа введения и концентрации вводимого антитела.
Антитела могут вводиться субъекту, пациенту или в клетку посредством инъекции (например, внутривенно, внутрибрюшинно, подкожно, внутримышечно) или другими способами, такими как вливание, которое гарантирует доставку к кровотоку эффективным образом. Антитела также могут вводиться внутритуморальными или перитуморальными способами, чтобы вызвать местные, а также и системные терапевтические эффекты. Предпочтительными являются местное или внутривенное введение.
Эффективная дозировка и режим введения антител могут быть определены эмпирически, а принятие таковых решений под силу специалисту данной области. Специалистам данной области будет понятно, что дозировка антител, которые должны быть введены, будет варьироваться в зависимости от, например, субъекта, которому будет вводиться антитело, способа введения, конкретного типа используемого антитела и других вводимых медикаментов. Типичная дневная дозировка антитела, используемого отдельно, может варьироваться от около 1 вплоть до 100 мг/кг массы тела или более в день, в зависимости от факторов, упоминаемых выше. После введения антитела, предпочтительно для лечения ПКК, эффективность терапевтического антитела может быть оценена различными способами, хорошо известными опытному специалисту. Например, размер, количество и/или распределение рака у субъекта, проходящего лечение, может контролироваться с помощью стандартных методов визуализации опухоли. Введенное в терапевтических целях антитело, которое блокирует рост опухоли, приводит к уменьшению размера и/или предотвращает развитие новых опухолей в сравнении с течением болезни, которое бы имело место без введения антитела, и является эффективным антителом для лечения рака.
В другом аспекте изобретения предложен способ получения растворимого Т-клеточного рецептора (ТКР), распознающего конкретный комплекс пептида и МНС. Такие растворимые Т-клеточные рецепторы могут быть получены из специфических Т-клеточных клонов, и их аффинность может быть повышена
- 54 037050 за счет мутагенеза, направленного на определяющие комплементарность участки. Для выбора Т-клеточного рецептора может использоваться фаговое отображение (заявка США 2010/0113300, (Liddy et al., 2012)). В целях стабилизации Т-клеточных рецепторов в процессе фагового отображения и в случае практического применения в качестве лекарственного средства альфа- и бета-цепи могут быть связаны, например, посредством не встречающихся в природе дисульфидных связей, других ковалентных связей (одноцепочечный Т-клеточный рецептор) или с помощью доменов димеризации (Boulter et al., 2003; Card et al., 2004; Willcox et al., 1999). В целях выполнения определенных функций на клетках-мишенях Т-клеточный рецептор может быть связан с токсинами, лекарственными средствами, цитокинами (см., например, заявку США 2013/0115191) и доменами, рекрутирующими эффекторные клетки, такими как анти-CD3 домен, и т.д. Более того, он может быть экспрессирован на Т-клетках, используемых для адоптивного переноса. Дополнительную информацию можно найти в патентных заявках WO 2004/033685А1 и WO 2004/074322A1. Комбинация растворимых ТКР описывается в патентной заявке WO 2012/056407A1. Дополнительные способы получения описаны в патентной заявке WO 2013/057586A1.
В другом аспекте изобретения предложен ТКР, например, растворимый Т-клеточный рецептор (рТКР), распознающий конкретный комплекс пептида и МНС, раскрытый в контексте настоящего изобретения.
Помимо того, пептиды и/или ТКР или антитела или другие связывающиеся молекулы настоящего изобретения могут быть использованы для подтверждения диагноза рака, поставленного патоморфологом на основании исследования биоптата.
Антитела или ТКР могут также применяться для диагностики in vivo. Как правило, антитело помечают радионуклеотидом (таким как n1In, 99Тс, 14С, 131I, 3Н, 32Р или 35S), так что опухоль может быть локализована с помощью иммуносцинтиграфии. В одном варианте осуществления антитела или их фрагменты связываются с внеклеточными доменами двух или более мишеней белка, выбранного из группы, состоящей из указанных выше белков, при показателе аффинности (Kd) ниже чем 1x10 мкМ.
Антитела для диагностических целей могут помечаться зондами, подходящими для обнаружения различными способами визуализации. Способы обнаружения зондов включают, но без ограничения, флуоресценцию, световую, конфокальную и электронную микроскопию; магнитно-резонансную томографию и спректроскопию; флуороскопию, компьютерную томографию и позитронно-эмиссионную томографию. Подходящие зонды включают, но без ограничения, флуоресцеин, родамин, эозин и другие флуорофоры, радиоизотопы, золото, гадолиний и другие лантаноиды, парамагнитное железо, фтор-18 и другие позитронно-активные радионуклиды. Более того, зонды могут быть би- или мультифункциональными и обнаруживаться более чем одним из приведенных способов. Данные антитела могут быть помечены напрямую или опосредованно указанными зондами. Присоединение зондов к антителам включает ковалентное присоединение зонда, внедрение зонда в антитело и ковалентное присоединение хелатирующего соединения для присоединения зонда, среди других широко признанных методов в данной области. Для иммуногистохимических исследований образец пораженной ткани может быть свежим или замороженным или может быть залит парафином и зафиксирован таким консервантом как формалин. Зафиксированный или залитый срез приводят в контакт с помеченным первичным антителом и вторичным антителом, где антитело используется для обнаружения экспрессии белков in situ.
Другой аспект настоящего изобретения включает способ получения активированных Т-клеток in vitro, причем способ включает контактирование Т-клеток in vitro с нагруженными антигеном молекулами МНС человека, экспрессированными на поверхности подходящей антигенпрезентирующей клетки на период времени, достаточного для активации антигенспецифическим образом Т-клетки, где антиген является пептидом в соответствии с изобретением. Предпочтительно, если с антигенпрезентирующей клеткой применяется достаточное количество антигена.
Предпочтительно, если в клетке млекопитающих не имеется пептидного транспортера ТАР или имеется его пониженный уровень или пониженная функциональная активность. Подходящие клетки с дефицитом пептидного транспортера ТАР включают Т2, RMA-S и клетки дрозофилы. ТАР - это транспортер, связанный с процессингом антигена.
Линия человеческих клеток с недостаточностью Т2, на которые загружаются пептиды, имеется в наличии в Американской коллекции типовых культур, 12301 Parklawn Drive, Rockville, Maryland 20852, США под каталожным номером CRL 1992; клеточная линия дрозофилы, линия Schneider 2 имеется в наличии в АТСС под каталожным номером CRL 19863; клеточная линия мыши RMA-S описывается в работе Ljunggren et al. (Ljunggren and Karre, 1985).
Предпочтительно, если до трансфекции указанная клетка-хозяин, по существу, не экспрессирует молекулы МНС I класса. Также предпочтительно, если клетка-стимулятор экспрессирует молекулу, важную для обеспечения сигнала костимуляции для Т-клеток, такую как любая из В7.1, В7.2, ICAM-1 и LFA 3. Последовательности нуклеиновых кислот многочисленных молекул МНС I класса и костимуляторных молекул общедоступны в банках данных GenBank и EMBL.
В случае использования эпитопа МНС I класса в качестве антигена Т-клетки являются CD8положительными Т-клетками.
- 55 037050
Если антигенпрезентирующая клетка трансфецирована для экспрессии такого эпитопа, то предпочтительно, чтобы клетка включала вектор экспрессии, способный экспрессировать пептид, содержащий
SEQ ID NO: 1 по SEQ ID NO: 114 и/или SEQ ID NO: 115 по SEQ ID NO: 151 или вариант такой аминокислотной последовательности.
Для получения Т-клеток in vitro могут быть использованы многие другие способы. Например, для получения ЦТЛ используются аутологичные опухоль-инфильтрующие лимфоциты. Plebanski et al. (Plebanski et al., 1995) для получения Т-клеток использовали аутологичные лимфоциты периферической крови (ЛПК). Кроме того, возможно получение аутологичных Т-клеток посредством нагрузки дендритных клеток пептидом или полипептидом или посредством инфицирования рекомбинантным вирусом. Для получения аутологичных Т-клеток также можно использовать В-клетки. Кроме того, для получения аутологичных Т-клеток могут быть использованы макрофаги, нагруженные пептидом или полипептидом или инфицированные рекомбинантным вирусом. S. Walter et al. (Walter et al., 2003) описывают прайминг Т-клеток in vitro с использованием искусственных антигенпрезентирующих клеток (иАПК), что является также подходящим способом получения Т-клеток против выбранного пептида. В настоящем изобретении иАПК были получены прикреплением предварительно образованных комплексов МНС-пептид к поверхности полистироловых частиц (микросфер) с помощью биохимического способа с биотиномстрептавидином.
Данная система допускает точный контроль плотности МНС на иАПК, который позволяет селективно вызвать высоко- или низкоавидные антигенспецифические Т-клеточные ответы с высокой эффективностью в образцах крови. Кроме комплексов МНС-пептид, иАПК должны нести другие белки с костимуляторной активностью, такие как антитела к CD28, прикрепленные к их поверхности. Кроме того, такая основанная на иАПК система часто требует добавления соответствующих растворимых факторов, к примеру, цитокинов, таких как интерлейкин-12.
При получении Т-клеток могут быть также использованы аллогенные клетки, и этот способ подробно описывается в патентной заявке WO 97/26328, включенной в описание путем ссылки. Например, кроме клеток дрозофилы и Т2-клеток, для презентации антигенов могут использоваться другие клетки, такие как клетки яичника китайского хомяка (СНО), бакуловирус-инфицированные клетки насекомых, бактерии, дрожжи и инфицированные осповакциной клетки-мишени. Кроме того, могут быть использованы растительные вирусы (см., например, работу Porta et al. (Porta et al., 1994), в которой описывается разработка мозаичного вируса китайской вигны как высокопродуктивной системы презентации чужеродных пептидов).
Активированные Т-клетки, которые направлены против пептидов по изобретению, пригодны для терапии. Таким образом, в другом аспекте изобретения предложены активированные Т-клетки, получаемые вышеупомянутыми способами по изобретению.
Активированные Т-клетки, полученные с помощью приведенного выше способа, будут селективно распознавать клетку, которая аберрантно экспрессирует полипептид, включающий аминокислотную последовательность c SEQ ID NO: 1 по SEQ ID NO: 114.
Предпочтительно, чтобы Т-клетка распознавала клетку при взаимодействии посредством ее ТКР с комплексом HLA/пептид (например, при связывании). Т-клетки пригодны для способа уничтожения клеток-мишеней у пациента, клетки-мишени которого аберрантно экспрессируют полипептид, включающий аминокислотную последовательность по изобретению, где пациенту вводится эффективное число активированных Т-клеток. Т-клетки, которые введены пациенту, могут быть получены от пациента и активироваться, как описывалось выше (т.е. они являются аутологичными Т-клетками). Альтернативно, Т-клетки получают не от пациента, а от другого индивида. Разумеется, предпочтительно, если индивид является здоровым индивидом. Под здоровым индивидом авторы изобретения имеют в виду, что индивид имеет хорошее общее состояние здоровья, предпочтительно, чтобы он имел компетентную иммунную систему и более предпочтительно не страдал ни одним заболеванием, которое можно легко проконтролировать и выявить.
Клетками-мишенями in vivo для CD8-положительных Т-клеток в соответствии с настоящим изобретением могут быть клетки опухоли (которые иногда экспрессируют молекулы МНС II класса) и/или стромальные клетки, окружающие опухоль (опухолевые клетки) (которые иногда также экспрессируют молекулы МНС II класса (Dengjel et al., 2006)).
Т-клетки по настоящему изобретению могут быть использованы в качестве активных ингредиентов в терапевтической композиции. Таким образом, в изобретении предложен также способ уничтожения клеток-мишеней у пациента, чьи клетки-мишени аберрантно экспрессируют полипептид, включающий аминокислотную последовательность по изобретению, причем способ включает введение пациенту эффективного числа Т-клеток, как определено выше.
Под понятием аберрантно экспрессированный авторы изобретения подразумевают также, что полипептид экспрессирован в избытке по сравнению с нормальными уровнями экспрессии или что ген является молчащим в ткани, из которой образовалась опухоль, однако он экспрессирован в опухоли. Под понятием экспрессирован в избытке авторы изобретения понимают, что полипептид представлен на уровне, который по меньшей мере в 1,2 раза выше уровня, представленного в нормальной ткани; пред- 56 037050 почтительно по меньшей мере в 2 раза и более предпочтительно по меньшей мере в 5 или 10 раз выше уровня, представленного в нормальной ткани.
Т-клетки могут быть получены способами, известными из уровня техники, к примеру, теми, что описаны выше. Протоколы для этого так называемого адоптивного переноса Т-клеток также хорошо известны из уровня техники. С обзорами можно ознакомиться в работах Gattioni et al. и Morgan et al. (Gattinoni et al., 2006; Morgan et al., 2006).
Другой аспект настоящего изобретения включает применение пептидов в комплексе с МНС для получения Т-клеточного рецептора, нуклеиновая кислота которого клонирована и введена в клетку-хозяин, предпочтительно Т-клетку. Данная сконструированная Т-клетка может быть затем введена пациенту для лечения рака.
Любая молекула по изобретению, т.е. пептид, нуклеиновая кислота, антитело, вектор экспрессии, клетка, активированная Т-клетка, Т-клеточный рецептор или нуклеиновая кислота, кодирующая его, пригодна для лечения нарушений, характеризующихся клетками, ускользающими от иммунного ответа. Поэтому любая молекула по настоящему изобретению может применяться в качестве медикамента или в производстве медикамента. Молекула может быть использована сама по себе или в комбинации с другой(ими) молекулой(ами) по изобретению или известной(ыми) молекулой(ами).
В настоящем изобретении также предложен комплект, включающий:
(а) контейнер, который содержит фармацевтическую композицию, которая описана выше, в виде раствора или в лиофилизированной форме;
(б) факультативно, второй контейнер, содержащий разбавитель или восстанавливающий раствор для лиофилизированного состава; и (в) факультативно, инструкции по (i) применению раствора или (ii) восстановлению раствора и/или по применению лиофилизированного состава.
Кроме того, комплект может также включать один или более (iii) буферов, (iv) разбавителей, (v) фильтров, (vi) игл или (vii) шприцев. Контейнер является предпочтительно бутылью, флаконом, шприцем или пробиркой; и он может быть контейнером многоразового применения. Фармацевтическая композиция предпочтительно является лиофилизированной.
Комплект согласно настоящему изобретению предпочтительно включает лиофилизированный состав по настоящему изобретению в подходящем контейнере и инструкции для его восстановления и/или по его применению. Подходящие контейнеры включают, например, бутыли, флаконы, (например, двухкамерные флаконы), шприцы (такие как двухкамерные шприцы) и пробирки. Контейнер может быть изготовлен из разных материалов, таких как стекло или пластмасса. Предпочтительно, если комплект и/или контейнер содержит(ат) инструкции по применению контейнера или связанные с ним инструкции, которые дают указания по восстановлению и/или применению. Например, на этикетке может быть указано, что лиофилизированный состав должен быть восстановлен до таких концентраций пептидов, как описано выше. На этикетке далее может быть указано, что состав применяется или предназначается для подкожного введения.
Контейнер с составом может быть флаконом многоразового использования, который позволяет повторное введение (например, от 2 до 6 введений) восстановленного состава. Комплект может дополнительно включать второй контейнер, включающий подходящий разбавитель (например, раствор бикарбоната натрия).
После смешивания разбавителя и лиофилизированного состава окончательная концентрация пептида в восстановленном составе составляет предпочтительно по меньшей мере 0,15 мг/мл/пептида (=75 мкг) и предпочтительно не более чем 3 мг/мл/пептида (=1500 мкг). Комплект может дополнительно включать другие материалы, желательные с коммерческой и с точки зрения пользователя, включая другие буферы, разбавители, фильтры, иглы, шприцы и вкладыши в упаковку с инструкциями по применению.
Комплекты по настоящему изобретению могут включать один контейнер, который содержит лекарственную форму фармацевтических композиций в соответствии с настоящим изобретением с другими компонентами или без них (например, другие соединения или фармацевтические композиции этих других соединений) или может иметь отдельные контейнеры для каждого компонента.
Комплект по изобретению предпочтительно включает состав по изобретению, упакованный для применения в комбинации с совместным введением второго соединения (такого как адъюванты (например, ГМ-КСФ), химиотерапевтического средства, природного продукта, гормона или антагониста, средства против ангиогенеза или ингибитора ангиогенеза; апоптоз-индуцирующего средства или хелатора) или их фармацевтической композиции. Компоненты комплекта до введения пациенту могут быть предварительно смешаны, или же каждый компонент может находиться в отдельном контейнере. Компоненты комплекта могут быть предоставлены в виде одного или нескольких жидких растворов, предпочтительно водного раствора, более предпочтительно стерильного водного раствора. Компоненты комплекта также могут быть предоставлены в виде твердой формы, которая может быть превращена в жидкость при добавлении подходящих растворителей, которые предпочтительно предоставляются в другом, отдельном, контейнере.
- 57 037050
Контейнер терапевтического комплекта может быть флаконом, пробиркой, колбой, бутылью, шприцем или любыми другими средствами, заключающими в себе твердое вещество или жидкость. Обычно, если имеется более одного компонента, комплект содержит второй флакон или другой контейнер, что позволяет произвести отдельное введение. Комплект может также содержать другой контейнер для фармацевтически приемлемой жидкости. Лечебный комплект будет предпочтительно содержать аппарат (например, одну или более игл, шприцы, глазные пипетки, пипетки и т.д.), который обеспечивает введение веществ по изобретению, которые являются компонентами настоящего комплекта.
Настоящий состав подходит для введения пептидов любым приемлемым способом, таким как оральный (энтеральный), назальный, глазной, подкожный, внутрикожный, внутримышечный, внутривенный или чрескожный способ. Предпочтительно, чтобы введение было п/к и наиболее предпочтительно введение в/к с помощью инфузионного насоса.
Так как пептиды по изобретению были выделены из клеток ПКК, медикамент по изобретению предпочтительно используется для лечения ПКК.
Кроме того, настоящее изобретение далее относится к способу получения персонализированного фармацевтического препарата для отдельного пациента, включающий производство фармацевтической композиции, включающей по меньшей мере один пептид, выбранный из хранилища предварительно прошедших скрининг пептидов TUMAP, где по меньшей мере один пептид, используемый в фармацевтической композиции, выбран по его пригодности для отдельного пациента. В одном варианте осуществления фармацевтическая композиция является вакциной. Способ может быть адаптирован для получения Т-клеточных клонов для дальнейшего применения, например, при выделении ТКР или растворимых антител или других методов лечения.
Персонализированный фармацевтический препарат подразумевает разработанные специально для отдельного пациента терапевтические средства, которые будут применяться исключительно для лечения такого пациента, включая активно персонализированные противораковые вакцины и средства адоптивной клеточной терапии с использованием аутологичной ткани пациента.
В контексте настоящего изобретения термин хранилище относится к группе или набору пептидов, которые предварительно прошли скрининг на иммуногенность и/или избыточную презентацию в конкретном виде опухоли. Понятие хранилище не подразумевает, что конкретные пептиды, включенные в вакцину, были изготовлены заблаговременно и хранились в реальном помещении, хотя эта возможность также принимается во внимание. Во внимание определенно принимается тот факт, что пептиды могут быть изготовлены de novo для каждой производимой индивидуализированной вакцины, или могут быть получены заранее и находиться на хранении. Хранилище (например, в форме банка данных) состоит из опухолеассоциированных пептидов, которые в высокой степени избыточно экспрессировались в опухолевой ткани пациентов с ПКК с различными HLA-A, HLA-B и HLA-C-аллелями. Оно может содержать пептиды, связанные с молекулами МНС I класса и МНС II класса, или удлиненные пептиды, связанные с молекулами МНС I класса. Помимо опухолеассоциированных пептидов, собранных из нескольких тканей ПКК, хранилище может содержать маркерные пептиды, связанные с HLA-A*02 и HLA-A*24. Эти пептиды позволяют произвести количественное сравнение интенсивности Т-клеточного иммунного ответа, индуцированного пептидами TUMAP, и, следовательно, позволяют сделать важный вывод о способности вакцины вызывать противоопухолевые ответы. Во-вторых, они выполняют функцию важных пептидов положительного контроля, полученных не из собственного антигена в случае, если у пациента не наблюдаются вызванные вакциной Т-клеточные ответы на пептиды TUMAP, полученные из собственных антигенов. И в-третьих, оно может позволить сделать заключение относительно статуса иммунокомпетентности пациента.
Пептиды TUMAP для хранилища были идентифицированы с помощью интегрированного подхода функциональной геномики, комбинирующего анализ экспрессии генов, масс-спектрометрию и Т-клеточную иммунологию (XPresident ®). Этот подход гарантирует, что только те пептиды TUMAP, которые действительно присутствуют в большом проценте опухолей, но не экспрессируются или экспрессируются лишь минимально на нормальной ткани, были выбраны для последующего анализа. В целях первоначального отбора пептидов образцы ПКК пациентов и кровь здоровых доноров были проанализированы поэтапно.
1. HLA-лиганды из злокачественного материала идентифицировали с помощью массспектрометрии.
2. Для идентификации экспрессированных в избытке генов в злокачественной ткани (ПКК) по сравнению с рядом нормальных органов и тканей применяли анализ экспрессии информационной рибонуклеиновой кислоты (мРНК) всего генома.
3. Идентифицированные HLA-лиганды сравнивали с данными по экспрессии генов. Пептиды, презентируемые в избытке или селективно презентируемые на опухолевой ткани, предпочтительно кодируемые селективно экспрессированными или экспрессированными в избытке генами, выявленными на этапе 2, считали подходящими TUMAP-кандидатами для мультипептидной вакцины.
4. Было произведено изучение литературы для выявления дополнительных свидетельств, подтверждающих релевантность идентифицированных в качестве TUMAP пептидов.
- 58 037050
5. Релевантность избыточной экспрессии на уровне мРНК подтверждали повторным обнаружением выбранных на этапе 3 пептидов TUMAP на опухолевой ткани и отсутствием (или нечастым обнаружением) на здоровых тканях.
6. В целях оценки того, может ли быть осуществима индукция in vivo Т-клеточных ответов выбранными пептидами, были проведены анализы иммуногенности in vitro при использовании человеческих Т-клеток здоровых доноров, а также пациентов, больных ПКК.
В одном из аспектов пептиды предварительно прошли скрининг на иммуногенность до их включения в хранилище. В качестве примера, но не для ограничения изобретения, иммуногенность пептидов, включенных в хранилище, определяется способом, включающим прайминг Т-клеток in vitro посредством повторных стимуляций CD8+ Т-клеток здоровых доноров клетками, презентирующими искусственный антиген, нагруженными комплексами пептид-МНС и антителами к CD28.
Этот способ является предпочтительным для редких видов рака и пациентов с редким профилем экспрессии. В отличие от мультипептидных коктейлей с постоянным составом, уже разработанных на данное время, хранилище позволяет достигнуть существенно более высокого соответствия фактической экспрессии антигенов в опухоли составу вакцины. Выбранные отдельные пептиды или комбинации из нескольких готовых к применению пептидов будут использоваться для каждого пациента в рамках мультитаргетного подхода. Теоретически, подход, основанный на выборе, например, 5 различных антигенных пептидов из библиотеки из 50 экземпляров, уже приведет приблизительно к 17 миллионам возможных составов лекарственного препарата (ЛП).
В одном аспекте для включения в вакцину пептиды выбирают по их пригодности для отдельного пациента на основе способа в соответствии с настоящим изобретением, как описано в настоящем документе или как изложено ниже.
Фенотип HLA, данные транскриптомики и протеомики собирают с опухолевого материала и образцов крови пациентов для идентификации наиболее подходящих пептидов для каждого пациента, в состав которых входят пептиды TUMAP как из хранилища, так и уникальные для пациента (т.е. мутированные). Выбирать будут те пептиды, которые селективно или избыточно экспрессируются в опухолях пациентов и, где это возможно, проявляют сильную иммуногенность in vitro при анализе с индивидуальными МКПК пациента.
Предпочтительно, чтобы пептиды, включенные в вакцину, были идентифицированы способом, включающим (а) идентификацию опухолеассоциированных пептидов (TUMAP), презентируемых опухолевым образцом отдельного пациента; (б) сравнение идентифицированных на этапе (а) пептидов с хранилищем (банком данных) пептидов, как описано выше; и (в) выбор по меньшей мере одного пептида из хранилища (банка данных), который коррелирует с опухолеассоциированным пептидом, идентифицированным у пациента. Например, пептиды TUMAP, презентируемые опухолевым образцом, идентифицируют с помощью (а1) сравнения данных по экспрессии в опухолевом образце с данными нормальной ткани, соответствующей типу ткани опухолевого образца, для идентификации белков, которые в опухолевом образце экспрессируются в избытке или аберрантно; и (а2) установления корреляции между данными экспрессии и последовательностями лигандов МНС, связанных с молекулами МНС I и/или II класса в опухолевом образце, в целях идентификации лигандов МНС, которые получены из белков, избыточно или аберрантно экспрессируемых опухолью. Предпочтительно, если последовательности лигандов МНС идентифицируются с помощью элюирования связанных пептидов из молекул МНС, выделенных из опухолевого образца, и секвенирования элюированных лигандов. Предпочтительно, если опухолевый образец и нормальная ткань получены от одного и того же пациента.
Помимо этого или в качестве альтернативы этому, при выборе пептидов с использованием модели хранилища (банка данных) пептиды TUMAP могут быть идентифицированы у пациента de novo и затем быть включены в вакцину. В качестве одного примера: пептиды-кандидаты TUMAP могут быть идентифицированы у пациента с помощью (а1) сравнения данных по экспрессии в опухолевом образце с данными нормальной ткани, соответствующей типу ткани опухолевого образца, для идентификации белков, которые в опухолевом образце экспрессируются в избытке или аберрантно; и (а2) установления корреляции между данными экспрессии и последовательностями лигандов МНС, связанных с молекулами МНС I и/или II класса в опухолевом образце, в целях идентификации лигандов МНС, которые получены из белков, избыточно или аберрантно экспрессируемых опухолью. В качестве другого примера могут быть идентифицированы белки, имеющие мутации, являющиеся уникальными для опухолевого образца, соотносимого с соответствующей нормальной тканью отдельного пациента, и могут быть идентифицированы пептиды TUMAP, специфической мишенью которых является мутация. Например, геном опухоли и соответствующей нормальной ткани могут быть секвенированы методом полногеномного секвенирования: для обнаружения несинонимичных мутаций на кодирующих белок участках генов геномную ДНК и РНК экстрагируют из опухолевых тканей, а нормальную, не имеющую мутаций геномную ДНК зародышевой линии экстрагируют из мононуклеарных клеток периферической крови (МПК). Применяемый подход секвенирования нового поколения (NGS) заключается в повторном секвенировании кодирующих белок участков (повторное секвенирование экзома). В этих целях экзонную ДНК из человеческих образцов фиксируют с помощью поставляемых изготовителем наборов для обогащения целевыми фрагментами,
- 59 037050 затем следует секвенирование, например, с помощью системы HiSeq2000 (Illumina). В дополнение к этому, опухолевую мРНК секвенируют для прямого количественного определения генной экспрессии и подтверждения того, что мутировавшие гены экспрессированы в опухолях пациентов. Считывание полученных в результате миллионов последовательностей осуществляется алгоритмами программного обеспечения. Получаемый список содержит мутации и экспрессию генов. Опухолеспецифические соматические мутации определяют сравнением с вариантами зародышевой линии из МПК и устанавливают приоритетность. Идентифицированные de novo пептиды могут быть затем испытаны на иммуногенность, как описывается выше в случае хранилища, и пептиды-кандидаты TUMAP, обладающие подходящей иммуногенностью, выбирают для включения в вакцину.
В отдельном варианте осуществления изобретения пептиды, включенные в вакцину, идентифицируют с помощью (а) идентификации опухолеассоциированных пептидов (TUMAP), презентируемых опухолевым образцом отдельного пациента способами, описанными выше; (б) сравнения пептидов, идентифицированных на этапе (а) с хранилищем пептидов, как описано выше, которые предварительно прошли скрининг на иммуногенность и избыточную презентацию в опухолях по сравнению с соответствующими нормальными тканями; (в) выбора по меньшей мере одного пептида из хранилища, который коррелирует с опухолеассоциированным пептидом, идентифицированным у пациента; и (г) факультативно, выбора по меньшей мере одного пептида, идентифицированного de novo на этапе (а) с подтверждением его иммуногенности.
В отдельном варианте осуществления изобретения пептиды, включенные в вакцину, идентифицируют с помощью (а) идентификации опухолеассоциированных пептидов (TUMAP), презентируемых опухолевым образцом отдельного пациента; и (б) выбора по меньшей мере одного пептида, идентифицированного de novo на этапе (а) и подтверждения его иммуногенности.
После того как отобраны пептиды для персонализированной вакцины на основе пептидов, изготавливают вакцину. Вакцина - это предпочтительно жидкая лекарственная форма, состоящая из отдельных пептидов, растворенных в ДМСО в концентрации 20-40%, предпочтительно около 30-35%, такой как около 33% ДМСО.
Каждый пептид, включаемый в продукт, растворяют в ДМСО. Концентрация отдельных пептидных растворов должна выбираться в зависимости от числа пептидов, предназначенных для включения в продукт. Растворы отдельных пептидов в ДМСО смешивают в равном соотношении для получения раствора, содержащего все пептиды, предназначенные для включения в продукт, с концентрацией ~2,5 мг/мл на пептид. Смешанный раствор затем разбавляют водой для инъекций в соотношении 1:3 для достижения концентрации 0,826 мг/мл на пептид в 33% ДМСО. Разбавленный раствор фильтруют через стерильный фильтр с размером пор 0,22 мкм. Получают конечный нерасфасованный раствор.
Конечный нерасфасованный раствор разливают во флаконы и хранят при -20°С до использования. Один флакон содержит 700 мкл раствора, содержащего 0,578 мг каждого пептида. Из них 500 мкл (приблизительно 400 мкг на пептид) будут вводить с помощью внутрикожной инъекции.
Кроме того, пептиды по настоящему изобретению пригодны не только для лечения рака, но и также в качестве диагностических средств. Так как пептиды были получены из клеток ПКК и так как было определено, что данные пептиды не присутствуют или присутствуют в небольшом количестве в нормальных тканях, то эти пептиды могут быть использованы для диагностики наличия рака.
Присутствие заявленных пептидов на тканевых биоптатах и в образцах крови может помочь патоморфологу в постановке диагноза рака. Выявление конкретных пептидов с помощью антител, массспектрометрии или других методов, известных из уровня техники, может дать патоморфологу свидетельства того, что образец ткани является злокачественной, или воспаленной, или пораженной заболеванием вообще, или же может использоваться в качестве биомаркера ПКК. Присутствие групп пептидов может позволить классифицировать или выделить подклассы пораженных тканей.
Обнаружение пептидов на образцах пораженной заболеванием ткани может позволить принять решение о пользе от терапии, воздействующей на иммунную систему, в особенности, если Т-лимфоциты, как известно или ожидается, задействованы в механизме действия. Отсутствие экспрессии МНС является хорошо описанным механизмом, при котором инфицированные или злокачественные клетки уклоняются от иммунного контроля. Таким образом, присутствие пептидов показывает, что этот механизм не используется проанализированными клетками.
Пептиды по настоящему изобретению могут использоваться в анализе ответов лимфоцитов на действие этих пептидов, таких как Т-клеточные ответы или ответы в виде антител к пептиду или пептиду в комплексе с молекулами МНС. Данные ответы лимфоцитов могут использоваться в качестве прогностических маркеров для принятия решения о дальнейших этапах терапии. Данные ответы могут также использоваться в качестве суррогатных маркеров ответов в иммунотерапевтических подходах, направленных на индуцирование ответов лимфоцитов с помощью различных средств, например вакцинации белком, нуклеиновыми кислотами, аутологичными материалами, адоптивным переносом лимфоцитов. В условиях, когда проводится генная терапия, в целях оценки побочных эффектов могут быть проанализированы ответы лимфоцитов на пептиды. Мониторинг реакций лимфоцитов может также быть ценным инструментом для обследований в рамках последующего наблюдения после трансплантации, к примеру,
- 60 037050 для выявления реакций хозяин против трансплантата и трансплантат против хозяина.
Настоящее изобретение будет описано ниже с помощью примеров, которые описывают его предпочтительные варианты осуществления, со ссылкой на сопровождающие фигуры, тем не менее, не ограничивая объема изобретения. В соответствии с целями настоящего изобретения все цитируемые источники включены в данное описание во всей полноте путем ссылки.
Фигуры
На фиг. 1A-1N представлена избыточная презентация различных пептидов на нормальных тканях и на образцах ПКК.
Фиг. 1А - ген: SLC17A3, пептид: ALIVSLPYL (SEQ ID NO: 1) - ткани слева направо: 1 жировая ткань, 3 надпочечные железы, 2 артерии, 3 костных мозга, 7 головных мозгов, 3 молочной железы, 13 толстых кишок, 1 яичник, 1 двенадцатиперстная кишка, 4 пищевода, 2 желчных пузыря, 3 сердца, 4 образца лейкоцитов, 19 печеней, 43 легких, 1 лимфатический узел, 1 яичник, 6 поджелудочных желез, 2 периферических нерва, 1 брюшина, 1 гипофиз, 3 плевры, 1 предстательная железа, 6 прямых кишок, 3 скелетные мышцы, 3 образца кожи, 2 тонких кишки, 4 селезенки, 5 желудков, 1 семенник, 2 вилочковые железы, 3 щитовидные железы, 2 матки, 2 вены, 12 почек, 18 ПКК. Пептид также был обнаружен на клетках рака печени (не показано).
Фиг. 1B - ген: SOGA2, пептид: YLEEDVYQL (SEQ ID NO: 128) - ткани слева направо: 1 жировая ткань, 3 надпочечные железы, 2 артерии, 3 костных мозга, 7 головных мозгов, 3 молочной железы, 13 толстых кишок, 1 яичник, 1 двенадцатиперстная кишка, 4 пищевода, 2 желчных пузыря, 3 сердца, 4 образца лейкоцитов, 19 печеней, 43 легких, 1 лимфатический узел, 1 яичник, 6 поджелудочных желез, 2 периферических нерва, 1 брюшина, 1 гипофиз, 3 плевры, 1 предстательная железа, 6 прямых кишок, 3 скелетные мышцы, 3 образца кожи, 2 тонких кишки, 4 селезенки, 5 желудков, 1 семенник, 2 вилочковые железы, 3 щитовидные железы, 2 матки, 2 вены, 12 почек, 18 ПКК. Этот пептид также был обнаружен на клетках рака поджелудочной железы, рака яичника, рака желудка и рака легких (не показано).
Фиг. 1C - ген: SEMA5B, пептид: ALDPSGNQLI (SEQ ID NO: 12) - ткани слева направо: 1 жировая ткань, 3 надпочечные железы, 2 артерии, 3 костных мозга, 7 головных мозгов, 3 молочной железы, 13 толстых кишок, 1 яичник, 1 двенадцатиперстная кишка, 4 пищевода, 2 желчных пузыря, 3 сердца, 4 образца лейкоцитов, 19 печеней, 43 легких, 1 лимфатический узел, 1 яичник, 6 поджелудочных желез, 2 периферических нерва, 1 брюшина, 1 гипофиз, 3 плевры, 1 предстательная железа, 6 прямых кишок, 3 скелетные мышцы, 3 образца кожи, 2 тонких кишки, 4 селезенки, 5 желудков, 1 семенник, 2 вилочковые железы, 3 щитовидные железы, 2 матки, 2 вены, 12 почек, 18 ПКК. Этот пептид также был обнаружен на клетках рака яичника, рака головного мозга и рака легких (не показано).
Фиг. 1D - ген: RGS5, пептид: GLASFKSFL (SEQ ID NO: 8) - ткани слева направо: 1 жировая ткань, 3 надпочечные железы, 2 артерии, 3 костных мозга, 7 головных мозгов, 3 молочной железы, 13 толстых кишок, 1 яичник, 1 двенадцатиперстная кишка, 4 пищевода, 2 желчных пузыря, 3 сердца, 4 образца лейкоцитов, 19 печеней, 43 легких, 1 лимфатический узел, 1 яичник, 6 поджелудочных желез, 2 периферических нерва, 1 брюшина, 1 гипофиз, 3 плевры, 1 предстательная железа, 6 прямых кишок, 3 скелетные мышцы, 3 образца кожи, 2 тонких кишки, 4 селезенки, 5 желудков, 1 семенник, 2 вилочковые железы, 3 щитовидные железы, 2 матки, 2 вены, 12 почек, 18 ПКК. Этот пептид также был обнаружен на клетках рака предстательной железы, молочной железы, рака толстой кишки, рака печени, меланомы, рака яичника, пищевода, поджелудочной железы, головного мозга, желудка и легких (не показано).
Фиг. 1Е - ген: SLC16A3, пептид: VVDEGPTGV (SEQ ID NO: 135) - ткани слева направо: 1 клеточная линия лейкоцитов, 5 нормальных тканей (3 легких, 1 лимфатический узел, 1 селезенка), 77 раковых тканей (2 рака головного мозга, 1 рак молочной железы, 1 рак толстой кишки, 1 рак пищевода, 10 раков почек, 1 лейкоз, 1 рак печени, 35 раков легких, 12 раков яичника, 8 раков поджелудочной железы, 5 раков желудка). Образцы без презентации пептида не показаны. Панель исследованных нормальных (здоровых) тканей была такой же как и для фиг. 1А-О.
Фиг. 1F - ген: ESM1, пептид: LLVPAHLVAA (SEQ ID NO: 25) - ткани слева направо: 1 жировая ткань, 3 адпочечные железы, 2 артерии, 3 костных мозга, 7 головных мозгов, 3 молочных железы, 13 толстых кишок, 1 двенадцатиперстная кишка, 4 пищевода, 2 желчных пузыря, 3 сердца, 4 образца лейкоцитов, 19 печеней, 43 легких, 1 лимфатический узел, 1 яичник, 6 поджелудочных желез, 2 периферических нерва, 1 брюшина, 1 гипофиз, 3 плевры, 1 предстательная железа, 6 прямых кишок, 3 скелетные мышцы, 3 образца кожи, 2 тонких кишки, 4 селезенки, 5 желудков, 1 семенник, 2 вилочковые железы, 3 щитовидные железы, 2 матки, 2 вены, 12 почек, 18 ПКК. Этот пептид также был обнаружен на клетках рака поджелудочной железы, рака пищевода, рака головного мозга, рака легких и рака матки (не показано).
Фиг. 1G - ген: ARHGAP42, пептид: ILIKHLVKV (SEQ ID NO: 15) - ткани слева направо: 1 клеточная линия (1 меланома), 17 раковых тканей (1 рак толстой кишки, 5 раков почек, 1 рак печени, 3 рака легких, 4 рака лимфатических узлов, 1 рак яичка, 2 рака матки).
Фиг. 1Н - ген: HTR, пептид: FIADVVEKI (SEQ ID NO: 33) - ткани слева направо: 16 раковых тканей (1 рак головного мозга, 1 рак молочной железы, 1 рак пищевода, 3 рака почек, 1 лейкоцитарный лейкоз, 5 раков легких, 1 рак лимфатических узлов, 2 рака яичника, 1 рак поджелудочной железы).
Фиг. 1I - ген: HSF2B, пептид: VLLDTILQL (SEQ ID NO: 38) - ткани слева направо: 1 доброкачест
- 61 037050 венная ткань (рак почек), 3 клеточные линии (1 поджелудочная железа, 1 плевра, 1 предстательная железа), 1 другое заболевания (1 кожа), 9 нормальных тканей (1 легкое, 1 лимфатический узел, 2 плаценты, 1 тонкая кишка, 3 селезенки, 1 щитовидная железа), 67 раковых тканей (1 рак желчных протоков, 5 раков головного мозга, 2 рака молочной железы, 2 рака пищевода, 2 рака желчного пузыря, 4 рака почек, 7 лейкоцитарных лейкозов, 3 рака печени, 16 раков легких, 5 раков лимфатических узлов, 1 рак миелоидных клеток, 9 раков яичника, 1 рак поджелудочной железы, 1 рак прямой кишки, 5 раков кожи, 2 рака мочевого пузыря, 1 рак матки).
Фиг. 1J - ген: TRAM1, пептид: YLLNLNHLGL (SEQ ID NO: 39) - ткани слева направо: 2 клеточные линии (1 почка, 1 поджелудочная железа), 1 нормальная ткань (1 легкое), 19 раковых тканей (1 рак молочной железы, 2 рака почек, 3 лейкоцитарных лейкоза, 2 рака печени, 7 раков легких, 1 рак лимфатических узлов, 1 рак яичника, 1 рак прямой кишки, 1 рак мочевого пузыря).
Фиг. 1K - ген: PXDNL, пептид: SILDAVQRV (SEQ ID NO: 52) - ткани слева направо: 23 раковые ткани (3 рака головного мозга, 4 рака молочной железы, 3 рака почек, 8 раков легких, 2 рака яичника, 1 рак поджелудочной железы, 1 рак кожи, 1 рак матки).
Фиг. 1L - ген: THY1, пептид: SLLQATDFMSL (SEQ ID NO: 82) - ткани слева направо: 11 клеточных линий (11 клеточных линий поджелудочной железы), 4 нормальные ткани (1 почка, 1 лимфатический узел, 1 плацента, 1 трахея), 36 раковых тканей (1 рак желчных протоков, 5 раков головного мозга, 3 рака молочной железы, 4 рака толстой кишки, 1 рак пищевода, 3 рака почек, 1 рак печени, 9 раков легких, 1 рак лимфатических узлов, 1 рак яичника, 2 рака поджелудочной железы, 1 рак прямой кишки, 2 рака кожи, 1 рак мочевого пузыря, 1 рак матки).
Фиг. 1М - ген: ARRDC3, пептид: KIPPVSPSI (SEQ ID NO: 98) - ткани слева направо: 2 клеточные линии (2 почки), 4 нормальные ткани (1 надпочечная железа, 1 легкое, 1 лимфатический узел, 1 плацента), 47 раковых тканей (4 рака головного мозга, 1 рак молочной железы, 1 рак пищевода, 1 рак желчного пузыря, 5 раков почек, 1 лейкоцитарный лейкоз, 5 раков печени, 12 раков легких, 2 рака лимфатических узлов, 4 рака яичника, 3 рака предстательной железы, 2 рака кожи, 6 раков матки).
Фиг. 1N - ген: TIMP1, пептид: KLQDGLLHI (SEQ ID NO: 103) - ткани слева направо: 1 клеточная линия (1 линия клеток крови), 29 раковых тканей (2 рака головного мозга, 5 раков толстой кишки, 3 рака почек, 1 рак печени, 4 рака легких, 2 рака лимфатических узлов, 3 рака яичника, 1 рак поджелудочной железы, 1 рак прямой кишки, 6 раков кожи, 1 рак яичка).
На фиг. 2А-2D представлены примеры профилей экспрессии (относительная экспрессия в сравнении с нормальной почкой) исходных генов настоящего изобретения, которые в высокой степени экспрессированы в избытке или исключительно экспрессированы в ПКК в панели образцов нормальных тканей и 35 образцах ПКК. Ткани слева направо: надпочечная железа, артерия, костный мозг, головной мозг (целиком), молочная железа, толстая кишка, пищевод, сердце, почка (три повторных измерения), лейкоциты, печень, легкие, лимфатический узел, яичник, поджелудочная железа, плацента, предстательная железа, слюнная железа, скелетная мышца, кожа, тонкая кишка, селезенка, желудок, семенник, вилочковая железа, щитовидная железа, мочевой пузырь, шейка матки, матка, вена, 23 образца нормальных почек, 35 образцов ПКК.
Фиг. 2А - GAL3ST1.
Фиг. 2В - EGLN3.
Фиг. 2С - APOL1.
Фиг. 2D - МЕТ.
На фиг. 3A-F показаны типичные данные по иммуногенности: результаты проточного цитометрического анализа после пептид-специфического окрашивания мультимеров в качестве результатов CD8+ Т-клеточных ответов in vitro здорового HLA-A*02+ донора. CD8+ Т-клетки примировали с помощью искусственных АПК, стимулированных моноклинальными антителами к CD28 и HLA-A*02 в комплексе с пептидом с последовательностью SEQ ID NO: 20 (С, левая секция), пептидом с последовательностью SEQ ID NO: 34 (D, левая панель), пептидом с последовательностью SEQ ID NO: 1 (Е, левая панель) или пептидом с последовательностью SEQ ID NO: 15 (F, левая панель), соответственно. После трех циклов стимуляции обнаружение клеток, реагирующих с пептидом, производилось с помощью двойного окрашивания мультимеров, используя A*02/SEQ ID NO: 20 (С), A*02/SEQ ID NO: 34 (D), A*02/SEQ ID NO: 1 (E) или A*02/SEQ ID NO: 15 (F). Правые секции (С, D, E и F) представляют собой контрольное окрашивание клеток, простимулированных нерелевантными комплексами пептида и А*02. Из числа отдельных жизнеспособных клеток путем гейтирования выделяли CD8+ лимфоциты. Гейты Буля помогали исключить ложно-положительные ответы, обнаруженные с помощью мультимеров, специфических в отношении различных пептидов. Указывается частота выявления специфических мультимер + клеток среди CD8+ лимфоцитов.
- 62 037050
Примеры
Пример 1.
Идентификация и количественное определение опухолеассоциированных пептидов, презентируемых на поверхности клетки.
Образцы тканей.
Опухолевые ткани пациентов были получены из компании BioServe (Белтсвиль, Мэриленд, США); Университетской клиники г. Мюнхена; Медицинского университета префектуры Киото (KPUM); Университетской клиники г. Тюбинген.
Нормальные (здоровые) ткани были получены из компаний Bio-Options Inc., Калифорния, США; BioServe, Белтсвиль, Мэриленд, США; Capital BioScience Inc., Роквиль, Мэриленд, США; Geneticist Inc., Глендейл, Калифорния, США; Университетской клиники г. Женевы; Университетской клиники г. Гейдельберг; Медицинского университета префектуры Киото (KPUM); Университетской клиники г. Мюнхена; компании ProteoGenex Inc., Кальвер-Сити, Калифорния, США; Университетской клиники г. Тюбинген.
Перед проведением хирургической операции или аутопсии было получено информированное согласие всех пациентов в письменной форме. Сразу же после удаления ткани были подвергнуты шоковой заморозке и хранились до выделения TUMAP-пептидов при температуре -70°С или ниже.
Выделение пептидов HLA из образцов тканей.
Пулы пептидов HLA из подвергнутых шоковой заморозке образцов тканей были получены методом иммунопреципитации из плотных тканей в соответствии с незначительно измененным протоколом (Falk et al., 1991; Seeger et al., 1999) при использовании HLA-A*02-специфического антитела ВВ7.2 или HLA-A, -В, -С-специфического антитела W6/32, CNBr-активированной сефарозы, кислотной обработки и ультрафильтрации.
Масс-спектрометрический анализ.
Полученные пулы комплексов пептид-HLA были разделены в соответствии с их гидрофобностью обратнофазовой хроматографией (nanoAcquity UPLC system, Waters), и элюированные пептиды анализировали на гибридных масс-спектрометрах LTQ-velos и -fusion (ThermoElectron), снабженном источником ESI. Пулы пептидов наносили непосредственно на аналитическую микрокапиллярную колонку из плавленого кварца (75 мкм в/д х 250 мм) с обращенно-фазовым сорбентом 1,7 мкм С18 (Waters) с применением скорости потока в 400 нл/мин. Затем пептиды разделяли с использованием двухэтапного 180-минутного бинарного градиента от 10 до 33% растворителя В при скорости потока 300 нл/мин. Для создания градиента использовали растворитель А (0,1% муравьиной кислоты в воде) и растворитель В (0,1% муравьиной кислоты в ацетонитриле). Позолоченный стеклянный капилляр (PicoTip, New Objective) использовали для введения в источник нано-ESI. Масс-спектрометры LTQ-Orbitrap работали в информационно-зависимом режиме с применением стратегии ТОР5. Вкратце, цикл сканирования начинался с полного сканирования с высокой точностью масс на спектрометре Orbitrap (R=30000), затем следовало сканирование МС/МС также на Orbitrap (R=7500) на пяти особенно многочисленных ионахпредшественниках с динамическим исключением отобранных ранее ионов. Тандемные масс-спектры интерпретировали при помощи программы SEQUEST с дополнительным контролем вручную. Идентифицированную пептидную последовательность подтверждали сравнением полученной картины фрагментации природного пептида с картиной фрагментации синтетического контрольного пептида с идентичной последовательностью.
Относительное количественное определение методом ЖХ/МС без изотопных меток проводили путем подсчета ионов, т.е. с помощью экстракции и анализа результатов ЖХ/МС (Mueller et al., 2007). Этот метод основан на предположении, что площадь пика ЖХ/МС сигнала пептида коррелирует с его концентрацией в образце. Извлеченные характеристики обрабатывали с помощью деконволюционного анализа состояния заряда и путем выравнивания времени удерживания (Mueller et al., 2008; Sturm et al., 2008). Наконец, все результаты спектров ЖХ/МС были сопоставлены методом перекрестных ссылок с результатами по идентификации последовательности, чтобы объединить количественные данные различных образцов и тканей в профили презентации пептидов. Количественные данные были нормализованы с применением двухуровневой системы в соответствии с центральной тенденцией с целью учета вариабельности внутри технических и биологических повторных измерений. Таким образом, каждый идентифицированный пептид может быть ассоциирован с количественными данными, позволяющими провести относительную количественную оценку образцов и тканей. Кроме того, все количественные данные, полученные для пептидов-кандидатов, были проконтролированы вручную в целях обеспечения взаимосогласованности данных и для проверки точности автоматического метода анализа. Для каждого пептида был рассчитан профиль презентации, показывающий средний уровень презентации в образце, а также вариабельность репликатов. В профиле сравниваются образцы ПКК с фоновым уровнем образцов нормальной ткани. Профили презентации типичных пептидов, презентируемых в избытке, показаны на фиг. 1. Показатели презентации отдельных пептидов показаны в табл. 8.
Показатели презентации. В табл. 8 представлены пептиды, которые в очень высокой степени избыточно презентируются на опухолях в сравнении с панелью нормальных тканей (+++), в высокой степени
- 63 037050 избыточно презентируются на опухолях в сравнении с панелью нормальных тканей (++) или избыточно презентируются на опухолях в сравнении с панелью нормальных тканей (+).
Таблица 8
SEQ ID No. | Последовательность | Презентация пептида |
1 | ALIVSLPYL | +++ |
2 | ILWREVVTL | +++ |
3 | RLLGEVQAL | +++ |
4 | FLSQDIITV | +++ |
5 | YLYPNLTRL | +++ |
6 | VLFELSKTV | +++ |
Ί | FLLSLIDRL | +++ |
8 | GLASFKSFL | +++ |
9 | ILLQKPDSV | +++ |
10 | KLLQNNYGL | + |
11 | FIQTEAPKEV | +++ |
12 | ALDPSGNQLI | +++ |
13 | KIMAQILTV | + |
14 | ALLTETIFL | ++ |
15 | ILIKHLVKV | +++ |
16 | FMPEELPQL | +++ |
- 64 037050
- 65 037050
- 66 037050
- 67 037050
Пример 2.
Определение профиля экспрессии генов, кодирующих пептиды по изобретению.
Избыточной презентации или специфической презентации пептида на опухолевых клетках по сравнению с нормальными клетками достаточно для его пригодности в иммунотерапии, и некоторые пептиды являются опухолеспецифическими, несмотря на присутствие их исходных белков также и в нормальных тканях. Тем не менее выявление профилей экспрессии мРНК привносит дополнительный уровень безопасности при отборе пептидных мишеней для иммунотерапии. В особенности, в случае терапевтических методов с высокой степенью риска для безопасности, таких как ТКР с созревшей аффинностью, идеальный целевой пептид будет получен из белка, являющегося уникальным для опухоли и не встречающегося на нормальных тканях.
Источники и приготовление РНК.
Хирургически удаленные тканевые препараты были предоставлены различными организациями, которые перечислены выше (см. пример 1) после получения письменной формы информированного согласия от каждого пациента. Препараты опухолевой ткани были мгновенно заморожены после операции и впоследствии гомогенизированы с помощью ступки и пестика в жидком азоте. Суммарная РНК была приготовлена из данных образцов с использованием реагента TRI (Ambion, Дармштадт, Г ермания) с последующей очисткой на RNeasy (QIAGEN, Хильден, Германия); оба метода осуществлялись в соответствии с указаниями производителей.
Суммарная РНК здоровых человеческих тканей была куплена (Ambion, Хантингтон, Великобритания; Clontech, Гейдельберг, Германия; Stratagene, Амстердам, Нидерланды; BioChain, Хейард, Калифорния, США). РНК нескольких индивидов (от 2 до 123 индивидов) была смешана таким образом, что РНК каждого индивида имела равный вес.
Качество и количество всех образцов РНК оценивали на биоанализаторе Agilent 2100 (Agilent, Вальдбронн, Германия) с использованием набора RNA 6000 Pico LabChip Kit (Agilent).
Эксперименты с микрочипами.
Анализ экспрессии генов всех образцов РНК из опухолевой и нормальной ткани был произведен с помощью олигонуклеотидных микрочипов Affymetrix Human Genome (HG) U133A или HG-U133 Plus 2.0 (Affymetrix, Санта Клара, Калифорния, США). Все этапы были выполнены в соответствии с руководством Affymetrix. Вкратце, двухнитевую кДНК синтезировали из 5-8 мкг суммарной РНК с использованием Superscript RTII (Invitrogen) и олиго-dT-Т7 праймера (MWG Biotech, Эберсберг, Германия), как описывается в руководстве. Транскрипцию in vitro производили с использованием набора для мечения РНК-транскриптов BioArray High Yield RNA Transcript Labelling Kit (ENZO Diagnostics, Inc., Фармингейл, Нью-Йорк, США) для чипов U133A или набора GeneChip IVT Labelling Kit (Affymetrix) для чипов U133 Plus 2.0 с последующей фрагментацией, гибридизацией кРНК и окрашиванием стрептавидинфикоэритрином и биотинилированным антистрептавидиновым антителом (Molecular Probes, Лейден, Нидерланды). Изображения сканировали на Agilent 2500A GeneArray Scanner (U133A) или Affymetrix Gene-Chip Scanner 3000 (U133 Plus 2.0), а данные анализировали в программе GCOS (Affymetrix) с использованием настроек по умолчанию для всех параметров. Для нормализации использовались 100 слу
- 68 037050 жебных генов, предоставленных Affymetrix. Относительные значения экспрессии были подсчитаны из отношений логарифмов зарегистрированных сигналов, полученных компьютерной программой, а значение для образца нормальной почки было произвольно задано значением 1,0. Типичные профили экспрессии исходных генов, предложенных в настоящем изобретении, которые в высокой степени экспрессированы в избытке или исключительно экспрессированы в клетках ПКК, представлены на фиг. 2. Показатели экспрессии других отдельных генов показаны в табл. 9.
Показатели экспрессии. В табл. 9 представлены пептиды, полученные из генов, которые в очень высокой степени избыточно экспрессируется в опухолях в сравнении с панелью нормальных тканей (+++), в высокой степени избыточно экспрессируется в опухолях в сравнении с панелью нормальных тканей (++) или избыточно экспрессируется в опухолях в сравнении с панелью нормальных тканей (+).
Таблица 9
Seq ID No | Название гена | последовательность | Экспрессия гена |
1 | SLC17A3 | ALIVSLPYL | ++ |
2 | HSF4 | ILWREVVTL | ++ |
3 | HSF4 | RLLGEVQAL | ++ |
6 | АТР11А | VLFELSKTV | + |
7 | EGLN3 | FLLSLIDRL | ++ |
18 | ACLY | YVLDLAAKV | + |
28 | ENO1,ENO2,ENO3 | FIADLVVGL | + |
35 | ANGPTL4 | VLHSLQTQL | ++ |
37 | АВССЗ | VLAPVILML | + |
40 | IVNS1ABP | YIQEHLLQI | + |
50 | ITGA3 | SLSDHIVLL | + |
51 | ITGA3 | NLWPMILTL | + |
55 | SLC16A4 | YLALILPVL | + |
59 | TGFBI | SLKNNVVSV | + |
62 | SLC47A1 | VLAGPAFLVQL | + |
63 | ERAP1 | GLIEDHFDVTV | + |
65 | ТРИ ,ТРИ Р1 | IIYGGSVTGA | + |
76 | PDZK1 P2,PDZK1 ,PDZK1 P1 | VLADDHLIEV | ++ |
81 | LRP2 | SLLPALPKL | + |
87 | AP0L1 | LADGVQKV | ++ |
93 | PLIN2 | GVMAGDIYSV | + |
94 | CYB5A | ILHHKVYDL | + |
101 | FLT1 | HIYDKAFITV | ++ |
105 | HSPG2 | ALADLDELLIRA | + |
115 | HAVCR1 | LLDPKTIFL | + |
120 | SLC22A2 | GLAGDNIYL | + |
122 | GAL3ST1 | SLDPSSPQV | +++ |
123 | MET | YVDPVITSI | ++ |
125 | NDRG1 | KLDPTKTTL | + |
127 | FZD2,FZD1,FZD7 | VLAPLFVYL | + |
131 | PLIN2 | VMAGDIYSV | + |
132 | PLIN2 | SVASTITGV | + |
137 | FKBP10 | TLVAIVVGV | + |
139 | ACLY | ILNVDGLIGV | + |
143 | TGFBI | ALFVRLLALA | + |
Пример 3.
Иммуногенность in vitro для пептидов, презентируемых МНС I класса.
Для получения информации об иммуногенности пептидов TUMAP по настоящему изобретению заявители провели исследования с использованием прайминга Т-клеток in vitro на основе повторных сти- 69 037050 муляций CD8+ Т-клеток искусственными антигенпрезентирующими клетками (иАПК), нагруженными комплексами пептид-МНС и антителом к CD28. Таким образом, заявители могли показать иммуногенность для пока что 22 рестриктированных по HLA-A*0201 пептидов TUMAP по изобретению, демонстрируя, что эти пептиды являются Т-клеточными эпитопами, против которых у человека имеются CD8+ Тклетки-предшественники (табл. 10).
Прайминг CD8+ Т-клеток in vitro.
В целях проведения стимуляций in vitro искусственными антигенпрезентирующими клетками, нагруженными комплексом пептид-МНС (рМНС) и антителом к CD28, заявители сначала выделили CD8+ Т-клетки из свежего продукта лейкафереза HLA-A*02 методом позитивной селекции с помощью микросфер CD8 (Miltenyi Biotec, Бергиш-Гладбах, Германия). Кровь была получена от здоровых доноров (после подписания формы информированного согласия) из Университетской клиники г. Мангейм, Германия.
МКПК и выделенные CD8+ лимфоциты инкубировали до использования в Т-клеточной среде (ТСМ), состоящей из RPMI-Glutamax (Invitrogen, Карлсруэ, Германия) с добавлением 10% инактивированной нагреванием человеческой сыворотки АВ (PAN-Biotech, Эйденбах, Германия), 100 Ед/мл пенициллина / 100 мкг/мл стрептомицина (Cambrex, Кёльн, Германия), 1 мМ пирувата натрия (СС Pro, Обердорла, Германия) и 20 мкг/мл гентамицина (Cambrex). 2,5 нг/мл ИЛ-7 (PromoCell, Гейдельберг, Германия) и 10 Ед/мл ИЛ-2 (Novartis Pharma, Нюрнберг, Германия) также добавляли на этом этапе в среду ТСМ.
Получение микросфер, покрытых рМНС и антителами к CD28, стимуляции Т-клеток и считывание производили на хорошо исследованной системе in vitro, используя четыре различные молекулы рМНС для каждого цикла стимуляций и восемь различных молекул рМНС для каждого цикла считывания.
Очищенный костимуляторный IgG2a мыши к антителам человека CD28 Ab 9.3 (Jung et al., 1987) был химически биотинилирован с использованием сульфо-N-гидроксисукцинимидобиотина, как рекомендуется изготовителем (Perbio, Бонн, Германия). Использованные микросферы представляли собой полистирольные частицы размером 5,6 мкм, покрытые стрептавидином (Bangs Laboratories, Иллинойс, США).
рМНС, использованными в качестве положительного и отрицательного контроля, были A*0201/MLA-001 (пептид ELAGIGILTV (SEQ ID NO: 152) из модифицированного Melan-A/MART-1) и A*0201/DDX5-001 (YLLPAIVHI из DDX5, SEQ ID NO: 153)) соответственно.
800000 микросфер/200 мкл вносили в лунки 96-луночного планшета в присутствии 4x12,5 нг другого биотинилированного комплекса рМНС, промывали и затем добавляли 600 нг биотинилированных антител к CD28 в объеме 200 мкл. Стимуляцию проводили в 96-луночных планшетах путем совместной инкубации 1x106 CD8+ Т-клеток с 2x105 промытых покрытых микросфер в 200 мкл среды ТСМ с добавлением 5 нг/мл ИЛ-12 (PromoCell) в течение 3 дней при 37°С. Половина среды была затем заменена на свежую среду ТСМ с добавлением 80 Ед/мл ИЛ-2, и инкубация была продолжена в течение 4 дней при 37°С. Данный цикл стимуляций производили в общей сложности три раза. Для считывания с рМНСмультимеров использовали восемь различных молекул рМНС на цикл. Использовался двумерный комбинаторный подход к кодировке, как было описано ранее (Andersen et al., 2012) с незначительными изменениями, относящимися к мечению с 5 различными флуорохромами. Наконец, проводили анализ мультимеров посредством окрашивания клеток набором для определения жизнеспособности клеток при воздействии ближнего ИК-излучения с красителем Live/dead (Invitrogen, Карлсруэ, Германия), клоном SK1 антител CD8-FITC (BD, Гейдельберг, Германия) и мультимерами рМНС с флуоресцентными метками. Для анализа использовали цитометр BD LSRII SORP, снабженный подходящими лазерами и фильтрами. Пептид-специфические клетки были подсчитаны как процентная доля от всех CD8+ клеток. Оценку результатов анализа мультимеров проводили с помощью программы FlowJo (Tree Star, Орегон, США). Прайминг in vitro специфических мультимер-положительных CD8+ лимфоцитов оценивали сравнением со стимуляциями отрицательного контроля. Иммуногенность для заданного антигена была определена, если было обнаружено, что по меньшей мере в одной подлежащей оценке простимулированной in vitro лунке одного здорового донора содержалась специфическая CD8+ Т-клеточная линия после стимуляции in vitro (т.е. когда данная лунка содержала по меньшей мере 1% специфичных мультимерположительных среди CD8-положительных Т-клеток и процентная доля специфичных мультимерположительных клеток была по меньшей мере в 10 раз выше медианного значения стимуляций отрицательного контроля).
Иммуногенность in vitro для пептидов ПКК.
Для проанализированных пептидов, связанных с молекулами HLA I класса, иммуногенность in vitro могла быть продемонстрирована генерированием пептид-специфических Т-клеточных линий. Типичные результаты проточного цитометрического анализа после TUMAP-специфического окрашивания мультимеров для двух пептидов по изобретению показаны на фиг. 3 вместе с соответствующими отрицательными контролями. Результаты для 3 пептидов по изобретению сведены в табл. 10А и 10Б.
- 70 037050
В табл. 10А показана иммуногенность in vitro пептидов HLA I класса по изобретению Отдельные результаты экспериментов по иммуногенности in vitro, проведенных заявителем для пептидов по изобретению. <20% = +; 20-49% = ++; 50-69% = +++; >70% = ++++.
Таблица 10А
Seq ID | Ид. № пептида | лунки | доноры |
123 | YVDPVITSI | + | ++++ |
127 | VLAPLFVYL | ++ | ++++ |
143 | ALFVRLLALA | + | +++ |
В табл. 10Б показана иммуногенность пептидов по изобретению HLA I класса in vitro. Отдельные результаты экспериментов по иммуногенности in vitro, проведенных заявителем для пептидов по изобретению. Указаны результаты экспериментов по иммуногенности in vitro. Процентные доли положительных лунок и доноров (среди подлежащих оценке) обобщены согласно следующему критерию: <20% = +; 20-49% = ++; 50-69% = +++; >70% = ++++.
Пример 4. Синтез пептидов.
Все пептиды были синтезированы стандартным и общепринятым методом твердофазного синтеза пептидов с использованием Fmoc-методики. Идентичность и чистоту каждого отдельного пептида определяли с помощью масс-спектрометрии и аналитической ОФ ВЭЖХ. Были получены пептиды в виде белого или грязно-белого лиофилизата (соль трифторацетата) со степенью чистоты >50%. Все пептиды TUMAP предпочтительно вводят в виде солей трифторацетатов или ацетатов, возможны также другие солевые формы.
Пример 5.
Анализ связывания МНС.
Пептиды-кандидаты для Т-клеточной терапии в соответствии с настоящим изобретением далее были испытаны на их способность связываться с МНС (аффинность). Отдельные комплексы пептида и молекулы МНС были получены с помощью реакции обмена лигандами под воздействием УФ-излучения, при которой УФ-чувствительный пептид расщепляется под воздействием УФ-излучения, и получается продукт обмена с исследуемым пептидом. Только пептиды-кандидаты, которые могут эффективно связываться и стабилизировать восприимчивые к пептиду молекулы МНС, предотвращают диссоциацию комплексов с МНС. Для определения выхода продукта реакции обмена проводили анализ методом ELISA на основе обнаружения легкой цепи (e2m) стабилизированных комплексов с МНС. Этот анализ производили в основном, как описано у Rodenko et al. (Rodenko et al., 2006).
- 71 037050
В 96-луночные планшеты MAXISorp (NUNC) на ночь вносили 2 мкг/мл стрептавидина в PBS при комнатной температуре, промывали 4 раза и блокировали в течение 1 ч при 37°С в 2% БСА, содержащем блокирующий буфер. Полученные в результате рефолдинга мономеры HLA-A*02:01/MLA-001 служили в качестве стандарта, покрывающего диапазон 15-500 нг/мл. Мономерные комплексы пептид-МНС после реакции обмена под воздействием УФ-излучения 100-кратно разводили в блокирующем буфере. Образцы инкубировали в течение 1 ч при 37°С, промывали четыре раза, инкубировали в течение 1 ч при 37°С с 2 мкг/мл пероксидазы хрена, конъюгированной с антителом к e2m, снова промывали и проводили обнаружение с помощью раствора ТМБ; реакцию останавливали NH2SO4. Величину поглощения измеряли при длине волны 450 нм. Пептиды-кандидаты, которые демонстрировали высокий выход реакции обмена (предпочтительно более 50%, наиболее предпочтительно более 75%) обычно являются предпочтительными для генерирования и получения антител или их фрагментов и/или Т-клеточных рецепторов или их фрагментов, поскольку они проявляют достаточную авидность по отношению к молекулам МНС и предотвращают диссоциацию комплексов МНС.
В табл. 11 приведены показатели связывания с молекулами МНС I класса. Связывание рестриктированных по молекулам HLA I класса пептидов с HLA-А*02:01 классифицировали по выходу пептидного обмена: >10% = +; >20% = ++; >50 = +++; >75% = ++++.
Таблица 11
Seq ID | Последовательность | Пептидный обмен |
1 | ALIVSLPYL | +++ |
2 | ILWREVVTL | +++ |
3 | RLLGEVQAL | ++ |
4 | FLSQDIITV | +++ |
5 | YLYPNLTRL | ++ |
6 | VLFELSKTV | +++ |
Ί | FLLSLIDRL | +++ |
8 | GLASFKSFL | ++ |
9 | ILLQKPDSV | ++ |
10 | KLLQNNYGL | ++ |
11 | FIQTEAPKEV | ++ |
- 72 037050
- 73 037050
- 74 037050
Пример 6.
Абсолютное количественное определение опухолеассоциированных пептидов, презентируемых на поверхности клетки.
Получение связывающих компонентов, таких как антитела и/или ТКР, является лабораторным процессом, который может проводиться лишь для ряда выбранных мишеней. В случае опухолеассоциированных и -специфических пептидов критерии отбора включали, но не были ограничены, исключительность презентации и плотность пептида, презентируемого на поверхности клеток. Количественное определение копий TUMAP на клетку в образцах солидных опухолей требует абсолютного количественного определения выделенного пептида TUMAP, эффективности выделения TUMAP и числа клеток проанализированного образца ткани.
- 75 037050
Количественное определение пептида с помощью нано-ЖХ-МС/МС.
Для точного количественного определения пептидов методом масс-спектрометрии проводили построение калибровочной кривой для каждого пептида при использовании метода внутреннего стандарта. Внутренний стандарт является вариантом каждого пептида с двойными изотопными метками, т.е. во время синтеза TUMAP были введены две аминокислоты с изотопными метками. От опухолеассоциированного пептида он отличается лишь по своей массе, но не имеет различий по другим физикохимическим свойствам (Anderson et al., 2012). Внутренний стандарт добавляли в известном количестве в каждый МС-образец, и все МС-сигналы были нормализованы относительно МС-сигнала внутреннего стандарта, чтобы сгладить потенциальные технические вариации МС-экспериментов.
Калибровочные кривые были построены по меньшей мере в трех разных матрицах, т.е. элюатах пептида HLA из природных образцов, подобных обычным образцам для МС, и каждый препарат прошел два цикла измерений на МС. В целях оценки проводили нормализацию МС-сигналов относительно сигнала внутреннего стандарта и расчет калибровочной кривой методом логистической регрессии.
Для количественного определения опухолеассоциированных пептидов из образцов тканей в соответствующие образцы также добавляли известное количество внутреннего стандарта; проводили нормализацию МС-сигналов относительно внутреннего стандарта и проводили количественное определение с помощью калибровочной кривой пептида.
Эффективность выделения комплексов пептид/МНС.
Как в случае любого процесса очистки белков, выделение белков из образцов ткани связано с определенными потерями исследуемого белка. Для определения эффективности выделения пептида TUMAP для всех пептидов TUMAP, выбранных для абсолютного количественного определения, были получены комплексы пептид-МНС. Чтобы отличить комплексы пептид-МНС со стандартными добавками от комплексов с природным пептидом, использовали версии пептидов TUMAP с одной изотопной меткой, т.е. во время синтеза TUMAP вводили одну аминокислоту с изотопной меткой. Данные комплексы добавляли в качестве стандартной добавки в свежеприготовленные лизаты тканей, т.е. в самый ранний возможный момент процесса выделения пептида TUMAP, а затем проводили улавливание, как природных комплексов пептид-МНС в процессе последующей аффинной очистки. Таким образом, измерение степени извлечения однократно меченых пептидов TUMAP позволяет сделать заключение относительно эффективности выделения отдельных природных пептидов TUMAP.
Эффективность выделения анализировали на небольшом числе образцов, и она была сопоставимой среди этих образцов тканей. Напротив, эффективность выделения отдельных пептидов различна. Поэтому можно предположить, что эффективность выделения, хотя она определялась только для ограниченного числа образцов тканей, может быть экстраполирована на любой другой препарат ткани. Тем не менее, необходимо проанализировать каждый пептид TUMAP в отдельности, поскольку эффективность выделения не может быть экстраполирована с одного пептида на другие.
Определение числа клеток в твердой замороженной ткани.
В целях определения числа клеток образцов тканей, подлежащих абсолютному количественному определению пептида, авторы изобретения применяли анализ содержания ДНК. Этот метод применим к широкому диапазону образцов различного происхождения и, что наиболее важно, к замороженным образцам (Alcoser et al., 2011; Forsey and Chaudhuri, 2009; Silva et al., 2013). Во время выполнения протокола выделения образец ткани обрабатывают до получения гомогенного лизата, из которого берут небольшую аликвоту лизата. Аликвоту делят на три части, из которых выделяют ДНК (набор QiaAmp DNA Mini Kit, Qiagen, Хильден, Германия). Общее содержание ДНК из каждой процедуры выделения ДНК подвергается количественному определению с помощью количественного анализа ДНК на основе флуоресценции (набор для количественного анализа Qubit dsDNA HS, Life Technologies, Дармштадт, Германия) по меньшей мере на двух повторных циклах.
В целях расчета числа клеток по аликвотам отдельных здоровых клеток крови строят стандартную кривую для ДНК с диапазоном заданных количеств клеток. Стандартная кривая используется для расчета общего содержания клеток из общего содержания ДНК для каждой процедуры выделения ДНК. Среднее общее число клеток образца ткани, используемого для выделения пептида, экстраполируют с учетом известного объема аликвот лизата и общего объема лизата.
Число копий пептида на одну клетку.
С помощью данных перечисленных ранее экспериментов авторы изобретения рассчитали число копий пептидов TUMAP на клетку, разделив общее количество пептида на общее число клеток в образце, а затем поделив на эффективность выделения. Число копий клеток для выбранных пептидов показано в табл. 12.
В табл. 12 указаны результаты абсолютного количественного определения пептидов в опухолевых образцах НМРЛ. Медианное число копий на клетку указано для каждого пептида: <100 = +; >100 = ++; >1,000 +++; >10,000 = ++++. Указано число образцов, для которых имеются поддающиеся оценке, высококачественные данные МС.
- 76 037050
Таблица 12
Абсолютное число копий
SEQ ID No. | Код пептида | Число копий на клетку (медиана) | Количество образцов |
1 | SLC17A3-001 | ++ | 18 |
Список цитируемой литературы
PLoS.One. 10 (2015): е0119247
Agalliu, I. et al., JAMA Neurol. 72 (2015): 58-65
Agesen, T. H. et al., Gut 61 (2012): 1560-1567
Alagaratnam, S. et al., Int.J Androl 34 (2011): e133-e150
Alcoser, S. Y. etal., BMC.Biotechnol. 11 (2011): 124
Alholle, A etal., Epigenetics. 8 (2013): 1198-1204
Allison, J. P. et al., Science 270 (1995): 932-933
Altman, Μ. K. etal., Biochem.Res.lnt. 2012 (2012): 518437
Amatschek, S. et al., Cancer Res 64 (2004): 844-856
Anastas, J. N. et al., J Clin Invest 124 (2014): 2877-2890
Andersen, R. K. et al., Pigment Cell Melanoma Res. 28 (2015): 267-280
Andersen, R. S. etal., Nat.Protoc. 7 (2012): 891-902
Anderson, L. N. et al., PLoS.One. 8 (2013): e66768
Anderson, N. L. etal., J Proteome.Res 11 (2012): 1868-1878
Antony-Debre, I. et al., Cancer Cell 27 (2015): 609-611
Аррау, V. etal., Eur.J Immunol. 36 (2006): 1805-1814
Araujo, W. F. et al., Urol.Oncol (2015)
Arribas, A. J. et al., Blood 125 (2015): 1922-1931
Asad, M. et al., Cell Death.Dis. 5 (2014): e1346
Asaga, S. et al., Anticancer Res. 26 (2006): 35-42
Avery-Kiejda, K. A. et al., BMC.Cancer 14 (2014): 253
Avigan, D. et al., Clin Cancer Res. 10 (2004): 4699-4708
Awasthi, N. et al., Cancer Lett. 358 (2015): 59-66
Ayshamgul, H. et al., Chin Med.J (Engl.) 124 (2011): 341-346
Bae, D. H. et al., J Clin Pathol. 66 (2013): 911 -917
Baek, G. et al., Cell Rep. 9 (2014): 2233-2249
Baenke, F. et al., J Pathol. (2015)
Bai, L. et al., J Cell Biochem. 113 (2012): 322-328
Banchereau, J. etal., Cell 106 (2001): 271-274
Bao, Β. Y. etal., Clin Cancer Res. 17 (2011): 928-936
Bao, W. et al., Biomed.Pharmacother. 70 (2015): 97-102
Basson, M. D. et al., Mol.Oncol 9 (2015): 513-526
Bauer, К. M. et al., J Proteome.Res. 13 (2014): 4910-4918
Beatty, G. et al., J Immunol 166 (2001): 2276-2282
Bedir, R. et al., Iran J Otorhinolaryngol. 27 (2015): 69-74
- 77 037050
Beggs, J. D., Nature 275 (1978): 104-109
Beleford, D. et al., Clin Cancer Res. 16 (2010): 398-409
Bell, J. L. et al., Cell Mol Life Sci. 70 (2013): 2657-2675
Benjamini, Y. et al., Journal of the Royal Statistical Society.Series В (Methodological), Vol.57 (1995): 289-300
Bhatnagar, R. et al., Oral Oncol 48 (2012): 831-835
Bill, K. L. et al., Lab Invest (2015)
Blanke, K. L. et al., Cancer Causes Control 25 (2014): 1513-1521
Bleumer, I. et al., Eur.Urol. 44 (2003): 65-75
Bonventre, J. V., Trans.Am.Clin Climatol.Assoc. 125 (2014): 293-299
Boulter, J. M. et al., Protein Eng 16 (2003): 707-711
Braumuller, H. et al., Nature (2013)
Brendle, A. et al., Carcinogenesis 29 (2008): 1394-1399
Brossart, P. et al., Blood 90 (1997): 1594-1599
Bruckdorfer, T. et al., Curr.Pharm.Biotechnol. 5 (2004): 29-43
Bunatova, K. et al., Anticancer Res. 32 (2012): 4601-4606
Card, K. F. et al., Cancer Immunol Immunother. 53 (2004): 345-357
Carvalho, F. L. et al., Prostate 74 (2014): 933-945
Chanock, S. J. et al., Hum.Immunol. 65 (2004): 1211-1223
Chatterjee, M. et al., Haematologica 98 (2013): 1132-1141
Chen, K. et al., J Cancer Res.Clin Oncol 140 (2014a): 1715-1721
Chen, Q. et al., PLoS.One. 9 (2014b): e88386
Chen, S. T. et al., Cancer Sci. 102 (2011): 2191-2198
Chen, Y. C. et al., Int.J Cancer 135 (2014c): 117-127
Chen, Y. L. et al., Int J Surg. 11 (2013): 85-91
Cheng, A. S. et al., Gastroenterology 144 (2013): 122-133
- 78 037050
Cheng, J. et al., Cancer Lett. 310 (2011): 35-45
Cheon, D. J. et al., Clin Cancer Res 20 (2014): 711-723
Cho, E. et al., Hematol.Oncol.Clin.North Am. 25 (2011): 651-665
Chong, Y. et al., Oncol Rep. 31 (2014): 2535-2544
Chu, X. et al., Asian Pac.J Cancer Prev. 15 (2014): 5819-5823
Cohen, C. J. et al., J Mol Recognit. 16 (2003a): 324-332
Cohen, C. J. et al., J Immunol 170 (2003b): 4349-4361
Cohen, S. N. et al., Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A 69 (1972): 2110-2114
Coligan, J. E. et al., Current Protocols in Protein Science (1995)
Colombetti, S. et al., J Immunol. 176 (2006): 2730-2738
Cuadros, T. et al., Cancer Res 74 (2014): 1416-1428
Cuadros, T. et al., Eur.J Cancer 49 (2013): 2034-2047
D'Angelo, V. et al., J Neurooncol. 117 (2014): 287-294
Dadkhah, E. et al., Arch.Iran Med. 16 (2013): 463-470
Dannenmann, S. R. et al., Cancer Immunol.Res. 1 (2013): 288-295
Davidov, T. et al., J Surg.Res. 190 (2014): 565-574
Deng, B. et al., Tumour.Biol. (2015)
Dengjel, J. et al., Clin Cancer Res 12 (2006): 4163-4170
Denkberg, G. et al., J Immunol 171 (2003): 2197-2207
Devaney, J. M. et al., Prostate Cancer Prostatic.Dis. 16 (2013): 292-300
Dey, N. et al., PLoS.One. 8 (2013): e77425
Dienstmann, R. et al., Am.Soc.Clin Oncol Educ.Book. 35 (2015): e149-e156
Ding, L. C. et al., Oncol Rep. (2015)
Dong, R. et al., PLoS.One. 9 (2014): e85599
El Behery, Μ. M. et al., Arch.Gynecol.Obstet. 288 (2013): 1371-1376
Elewa, M. A. et al., Clin Exp.Metastasis (2015)
- 79 037050
Elouazzani, H. et al., J Clin Imaging Sci. 4 (2014): 33
Falk, K. et al., Nature 351 (1991): 290-296
Fan, Η. Z. et al., J Cancer Res.Clin Oncol 135 (2009): 591-602
Fang, Z. Q. et al., Genet.Mol Res 12 (2013): 1479-1489
Fei, J. et al., Tumour.Biol. 34 (2013): 2329-2335
Felizola, S. J. et al., J Steroid Biochem.Mol.Biol. 144 Pt В (2014): 410-416
Feng, H. et al., J Clin Invest 124 (2014): 3741-3756
Ferguson, B. W. et al., BMC.Cancer 13 (2013): 593
Fernandez-Banet, J. etal., Genomics 103 (2014): 189-203
Ferrer-Ferrer, M. et al., Arch.Med.Res 44 (2013): 467-474
Findeis-Hosey, J. J. etal., Biotech.Histochem. 87 (2012): 24-29
Finocchiaro, G. et al., Ann.Transl.Med. 3 (2015): 83
Fleischer, M. etal., Genes Chromosomes.Cancer50 (2011): 1010-1020
Fong, L. etal., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A 98 (2001): 8809-8814
Fontes-Oliveira, С. C. et al., Biochim.Biophys.Acta 1830 (2013): 2770-2778
Forconi, F. et al., Haematologica 93 (2008): 697-705
Forloni, M. et al., Cancer Res. 70 (2010): 916-924
Forsey, R. W. etal., Biotechnol.Lett. 31 (2009): 819-823
Franco, R. et al., Histol.Histopathol. 30 (2015): 707-714
Fu, Q. F. et al., J Hematol.Oncol 8 (2015): 22
Fu, Y. et al., Mol.Biol.Rep. 38 (2011): 693-702
Fujinaga, T. et al., Int.J Oncol 44 (2014): 1614-1624
Gabrilovich, D. I. etal., Nat Med. 2 (1996): 1096-1103
Gackiere, F. etal., Biol.Open. 2 (2013): 941-951
Gadd, S. et al., Lab Invest 90 (2010): 724-738
Gantsev, S. K. etal., Biomed.Pharmacother. 67 (2013): 363-366
- 80 037050
Gao, H. et al., Cancer Lett. 344 (2014): 54-61
Gao, H. J. et al., J Cancer Res.Clin Oncol 141 (2015a): 1151-1162
Gao, W. et al., BMC.Cancer 15 (2015b): 367
Garg, M. et al., Cancer 116 (2010a): 3785-3796
Garg, M. et al., Eur.J Cancer 46 (2010b): 207-215
Garner, J. M. et al., PLoS.One. 10 (2015): eO125838
Gattinoni, L. et al., Nat Rev.Immunol 6 (2006): 383-393
Gbormittah, F. 0. et al., J Proteome.Res. 13 (2014): 4889-4900
Gilkes, D. M. et al., Mol Cancer Res 11 (2013): 456-466
Giovannetti, E. et al., J Natl.Cancer Inst. 106 (2014): djt346
Gnjatic, S. et al., Proc Natl.Acad.Sci.U.S.A 100 (2003): 8862-8867
Godkin, A. et al., Int.lmmunol 9 (1997): 905-911
Goksel, G. et al., J BUON. 19 (2014): 207-214
Gomez-Villafuertes, R. etal., J Neurochem. 131 (2014): 290-302
Gong, Y. et al., Adv.Anat.Pathol. 21 (2014): 191-200
Gonzalez, J. E. et al., J Am.Acad.Audiol. 25 (2014): 253-260
Goode, G. et al., PLoS.One. 9 (2014): еЮОЮЗ
Granja, S. et al., Oncotarget. 6 (2015): 6708-6721
Green, M. R. et al., Molecular Cloning, A Laboratory Manual 4th (2012)
Greenfield, E. A., Antibodies: A Laboratory Manual 2nd (2014)
Griffith, 0. L. et al., J Clin.Oncol. 24 (2006): 5043-5051
Grunewald, T. G. et al., Biol.Cell 105 (2013): 535-547
Guerrero-Preston, R. etal., Epigenetics. 9 (2014): 1031-1046
Guo, P. et al., Onco.Targets.Ther. 8 (2015): 73-79
Halldorsdottir, A. M. et al., Am.J Hematol. 87 (2012): 361-367
Han, B. et al., Mol.Cancer 14 (2015): 64
- 81 037050
Havens, M. A. et al., PLoS.Genet. 10 (2014): e1004312
Heist, R. S. et al., Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A 112 (2015): 1547-1552
Hevir-Kene, N. et al., Chem Biol.Interact. 234 (2015): 309-319
Hirota, E. et al., Int.J Oncol. 29 (2006): 799-827
Hlavac, V. et al., Medicine (Baltimore) 93 (2014): e255
Hoffmann, Ν. E. et al., Cancer 112 (2008): 1471-1479
Hofmann, H. S. et al., Eur.Urol. 48 (2005): 77-81
Hogan, L. E. et al., Blood 118 (2011): 5218-5226
Holtl, L. et al., Clin.Cancer Res. 8 (2002): 3369-3376
Honke, K. et al., J Biochem. 119 (1996): 421-427
Hovnanian, A., Subcell.Biochem. 45 (2007): 337-363
Hu, C. A. et al., FEBS Lett. 586 (2012): 947-955
Hu, M. et al., J Surg.Oncol 108 (2013): 192-196
Hu, S. et al., J Cancer Res Clin Oncol 140 (2014): 883-893
Hu, Y. et al., Mol.Cancer Then 14 (2015): 289-297
Hua, D. et al., Int.J Mol Med. 30 (2012): 1267-1274
Huang, C. N. et al., Ann.Oncol 23 (2012a): 707-713
Huang, G. et al., J Surg.Oncol 105 (2012b): 420-424
Huang, Y. et al., Cell Biosci. 3 (2013): 16
Hung, T. H. et al., Int.J Biochem.Cell Biol. 53 (2014): 55-65
Hunt, J. D. et al., Int.J Cancer 114 (2005): 101-108
Hwang, M. L. et al., J Immunol. 179 (2007): 5829-5838 llm, K. et al., Mol.Cancer 14 (2015): 38
Inoue, Y. et al., Cancer Chemother.Pharmacol. (2015)
Inzelberg, R. et al., Neurology 78 (2012): 781-786
Ishiguro, Y. et al., Gan 75 (1984): 53-60
- 82 037050
Jeng, Y. M. et al., Br.J Surg. 96 (2009): 66-73
Jensen, D. H. et al., J Oral Pathol.Med. (2014)
Jiang, J. G. et al., Cancer Res 65 (2005): 4707-4715
Jiao, J. et al., Cancer Lett. 320 (2012): 96-103
Jin, Z. et al., Anticancer Res. 33 (2013): 5199-5203
Joerger, M. et al., Prostate Cancer Prostatic.Dis. 18(2015): 167-172
Johnson, R. H. et al., Oncotarget. (2015)
Jose-Eneriz, E. S. et al., Br.J Haematol. 142 (2008): 571-582
Jung, G. et al., Proc Natl Acad Sci U S A 84 (1987): 4611-4615
Junnila, S. et al., BMC.Cancer 10 (2010): 73
Kamphausen, E. et al., Cancer Immunol.Immunother. 59 (2010): 1273-12
Kang, M. R. et al., J Pathol. 217 (2009): 702-706
Karagiannis, G. S. et al., Mol.Oncol 8 (2014): 1240-1252
Katoh, M. et al., Oncol Rep. 13 (2005): 367-370
Kawahara, R. et al., PLoS.One. 9 (2014): e115004
Kawakami, K. et al., Int.J Oncol (2015)
Khan, R. et al., Clin.Proteomics. 10 (2013a): 6
Khan, Z. et al., Cancer Invest 31 (2013b): 404-411
Kibbe, A. H., Handbook of Pharmaceutical Excipients rd (2000)
Kim, J. H. et al., J Korean Med.Sci. 8 (1993): 68-72
Kim, J. S. et al., Cancer Biol.Ther. 13 (2012): 638-646
Kim, M. et al., Mol Cancer Res 6 (2008): 222-230
Kirov, A. et al., J Cell Biochem. (2015)
Kleiber, K. et al., Anticancer Res. 27 (2007): 55-61
Kobayashi, H. et al., Oncol Lett. 10 (2015): 612-618
Koh, J. et al., Mol.Endocrinol. 25 (2011): 867-876
- 83 037050
Komatsu, S. et al., Br.J Cancer 112 (2015): 357-364
Konno, R., Hum.Cell 14 (2001): 261-266
Koo, J. S. et al., Am.J Clin Pathol. 143 (2015): 584-592
Korosec, B. etal., Cancer Genet.Cytogenet. 171 (2006): 105-111
Koshikawa, K. et al., Oncogene 21 (2002): 2822-2828
Krieg, A. M., Nat Rev. Drug Discov. 5 (2006): 471-484
Kuang, S. Q. et al., Leukemia 22 (2008): 1529-1538
Kubota, H. etal., Cell Stress.Chaperones. 15 (2010): 1003-1011
Kumps, C. et al., PLoS.One. 8 (2013): e52321
Kwon, J. et al., Int J Oncol 43 (2013): 1523-1530
Lai, К. K. et al., PLoS.Genet. 7(2011): e1002147
Lai, Y. J. et al., Mol.Cell Biol. 30 (2010): 5582-5596
Lapointe, J. et al., Endocrinology 140 (1999): 4486-4493
Lebdai, S. et al., Urol.Oncol 33 (2015): 69-8
Lee, H. J. et al., Oncol Lett. 8 (2014): 1986-1992
Lee, Η. K. etal., Oncotarget. 6 (2015): 1850-1864
Lee, J. etal., Yonsei Med.J 54 (2013): 1158-1167
Li, J. et al., J MoLHistoL 45 (2014a): 47-57
Li, M. et al., Int.J Oncol. 24 (2004): 305-312
Li, R. et al., Curr.Cancer Drug Targets. 14 (2014b): 274-285
Li, W. et al., Int.J Clin Exp.Pathol. 6 (2013): 2430-2440
Li, X. X. et al., Int.J Clin Exp.Pathol. 7 (2014c): 2729-2736
Li, Y. et al., BMC.Cancer 15 (2015): 417
Liddy, N. et al., Nat Med. 18 (2012): 980-987
Lin, L. et al., Oncol Lett. 6 (2013): 740-744
Lin, M. C. et al., Oral Oncol 50 (2014): 478-484
- 84 037050
Lin, Y. W. et al., Eur.J Cancer 45 (2009): 2041-2049
Lin, Z. Y. et al., Biomed.Pharmacother. 66 (2012): 454-458
Liu, B. et al., Zhonghua Fu Chan Ke.Za Zhi. 45 (2010a): 41-44
Liu, F. et al., World J Surg.Oncol 12 (2014a): 333
Liu, H. et al., Carcinogenesis 34 (2013): 885-892
Liu, J. et al., Oncotarget. (2015)
Liu, K. et al., Tumour.Biol. 35 (2014b): 995-1002
Liu, S. et al., Tumour.Biol. 35 (2014c): 9897-9904
Liu, Y. et al., J Neurooncol. 99 (2010b): 13-24
Liu, Y. et al., Mol.Cancer 9 (2010c): 186
Ljungberg, B. et al., Eur.Urol. 60 (2011): 615-621
Ljunggren, H. G. et al., J Exp.Med. 162 (1985): 1745-1759
Longenecker, В. M. et al., Ann N.Y.Acad.Sci. 690 (1993): 276-291
Lourenco, G. J. et al., Breast Cancer Res Treat. 100 (2006): 335-338
Lu, Y. Y. et al., Zhongguo Shi Yan.Xue.Ye.Xue.Za Zhi. 22 (2014): 1336-1340
Lukas, T. J. et al., Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A 78 (1981): 2791-2795
Lundblad, R. L., Chemical Reagents for Protein Modification 3rd (2004)
Lung, H. L. et al., Int.J Cancer 127 (2010): 304-312
Lustosa, S. A. et al., ScientificWorldJournal. 2014 (2014): 102541
Lv, Z. et al., Tumour.Biol. 35 (2014): 10497-10502
Ma, G. F. et al., Eur.Rev.Med.Pharmacol.Sci. 19 (2015): 578-585
Ma, J. et al., Pathol.Oncol Res 19 (2013): 821-832
Mak, A. B. et al., J Mol.Biol. 426 (2014): 2175-2182
Malik, M. A. et al., Mol.Biol.Rep. 39 (2012): 9095-9104
Marten, A. et al., Cancer Immunol.Immunother. 51 (2002): 637-644
Martinez-Lopez, N. et al., Gastroenterology 143 (2012): 787-798
- 85 037050
Massari, F. et al., Cancer Treat.Rev. 41 (2015): 114-121
Masugi, Y. et al., Lab Invest 95 (2015): 308-319
Matsubara, J. et al., Cancer Epidemiol.Biomarkers Prev. 20 (2011): 2195-2203
Mehta, A. M. et al., Immunogenetics 67 (2015): 267-275
Mei, J. et al., Oncogene 25 (2006): 849-856
Mertens-Walker, I. et al., BMC.Cancer 15 (2015): 164
Meziere, C. et al., J Immunol 159 (1997): 3230-3237
Michael, A. et al., Lancet Oncol. 4 (2003): 215-223
Minami, T. et al., Int.lmmunopharmacol. 20 (2014): 59-65
Minchenko, О. H. et al., World J Gastroenterol. 20 (2014): 13705-13717
Miyoshi, N. et al., Oncol Rep. 23 (2010): 505-510
Mo, Y. et al., Cancer Lett. 323 (2012): 147-154
Moch, H., Semin.Cancer Biol. 23 (2013): 3-9
Mochizuki, S. et al., Cancer Sci. 98 (2007): 621-628
Mohelnikova-Duchonova, B. et al., Cancer Chemother.Pharmacol. 72 (2013a): 669-682
Mohelnikova-Duchonova, B. et al., Pancreas 42 (2013b): 707-716
Molina-Pinelo, S. et al., PLoS.One. 9 (2014): e90524
Morgan, R. A. et al., Science 314 (2006): 126-129
Mori, M. et al., Transplantation 64 (1997): 1017-1027
Moriya, Y. et al., Oral Oncol 51 (2015): 84-89
Morrissey, J. J. et al., Urology 83 (2014): 256-14
Mortara, L. et al., Clin Cancer Res. 12 (2006): 3435-3443
Motzer, R. J. et al., Clin.Cancer Res. 10 (2004): 6302S-6303S
Moutinho, C. et al., J Natl.Cancer Inst. 106 (2014): djt322
Mueller, L. N. et al., J Proteome.Res 7 (2008): 51-61
Mueller, L. N. et al., Proteomics. 7 (2007): 3470-3480
- 86 037050
Mukai, M. et al., Am.J Surg.Pathol. 10 (1986): 212-218
Mumberg, D. et al., Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A 96 (1999): 8633-8638
Mustafa, D. A. et al., Gene Regul.Syst.Bio 4 (2010): 103-107
Nagy, Z. et al., Mol.Cancer 13 (2014): 96
Nakai, Y. et al., J Cancer Res.Clin Oncol 141 (2015): 933-939
Narjoz, C. et al., PLoS.One. 9 (2014): e95532
Narkiewicz, J. et al., Oncol Rep. 21 (2009): 1529-1537
Naryzhnyi, S. N. et al., Biomed.Khim. 60 (2014): 308-321
Ng, К. T. et al., Mol.Cancer 13 (2014): 196
Nguyen, H. et al., J Biol.Chem 290 (2015): 13641-13653
Ni, I. B. et al., HematoI.Rep. 4 (2012): e19
Nikitovic, D. et al., Biochim.Biophys.Acta 1840 (2014): 2471-2481
Nimptsch, K. et al., Cancer Epidemiol.Biomarkers Prev. 18 (2009): 49-56
Nishio, S. et al., Cancer Lett. 264 (2008): 36-43
Notaridou, M. et al., Int.J Cancer 128 (2011): 2063-2074
Nowak, D. et al., Blood 115 (2010): 1049-1053
Oka, K. et al., Lab Invest 60 (1989): 38-44
Okudela, K. et al., PLoS.One. 9 (2014): e87193
Olesen, S. H. et al., Mol Cell Proteomics. 4 (2005): 534-544
Ozawa, D. et al., Ann.Surg.Oncol (2014)
Paradis, V. et al., Gut 62 (2013): 911-919
Pathan, N. et al., J Biol.Chem 276 (2001): 32220-32229
Pavlikova, N. et al., Exp.Cell Res. 333 (2015): 1-10
Pedersen, M. 0. et al., Leuk.Lymphoma 51 (2010): 314-328
Penning, Τ. M., Chem Res.Toxicol. 27 (2014): 1901-1917
Pereira, Ρ. M. et al., Org.Biomol.Chem. 12(2014): 1804-1811
- 87 037050
Peters, D. G. et al., Cancer Epidemiol.Biomarkers Prev. 14 (2005): 1717-1723
Petrini, I., Ann.Transl.Med. 3 (2015): 82
Pinheiro, J. et al., nlme: Linear and Nonlinear Mixed Effects Models (http://CRAN.Rproject.org/packe=nlme) (2015)
Planutis, K. et al., J Transl.Med. 11 (2013): 50
Piebanski, M. etal., Eur.J Immunol 25 (1995): 1783-1787
Porta, C. et al., Virology 202 (1994): 949-955
Prakash, S. etal., J Pediatr.Hematol.Oncol 27 (2005): 179-187
Principe, M. etal., Oncotarget. 6 (2015): 11098-11113
Qian, Z. etal., Chem Biol.Interact. 184 (2010): 50-57
Quinn, M. C. et al., Int J Oncol 42 (2013): 912-920
Ragnum, Η. B. etal., Int.J Radiat.Oncol Biol.Phys. 87 (2013): 753-760
Ramazzotti, G. et al., Crit Rev.Eukaryot.Gene Expr. 21 (2011): 291-301
Rammensee, H. G. et al., Immunogenetics 50 (1999): 213-219
RefSeq, The NCBI handbook [Internet], Chapter 18, (2002), http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK21091/
Rehfeld, A. et al., Front Endocrinol.(Lausanne) 5 (2014): 46
Ren, Y. et al., Mol.Cell Proteomics. 13 (2014): 3126-3137
Renehan, A. G. et al., Int.J Cancer 126 (2010): 692-702
Renehan, A. G. etal., Lancet 371 (2008): 569-578
Renkvist, N. et al., Cancer Immunol.Immunother. 50 (2001): 3-15
Richardson, A. et al., Crit Rev.Oncog. 18 (2013): 409-434
Rini, В. I. etal., Curr.Opin.Oncol. 20 (2008): 300-306
Rini, В. I. et al., Cancer 107 (2006): 67-74
Rock, K. L. et al., Science 249 (1990): 918-921
Rocken, C. et al., Pathologe 33 Suppl 2 (2012): 235-240
Rodenko, B. etal., Nat Protoc. 1 (2006): 1120-1132
- 88 037050
Royds, J. A. et al., J Clin Pathol. 38 (1985): 1258-1260
Ruiz-Martinez, J. et al., Mov Disord. 29 (2014): 750-755
Sachdeva К et al., http://emedicine.medscape.com/article/281340-overview (2010)
Sahasrabuddhe, N. A. etal., Biochem.Biophys.Res.Commun. 446 (2014): 863-869
Saiki, R. K. et al., Science 239 (1988): 487-491
Sakamoto, L. H. et al., Leuk.Res. 38 (2014): 496-502
Sasnauskiene, A. et al., Medicina (Kaunas.) 50 (2014): 14-18
Sato, T. et al., PLoS.One. 8 (2013): e59444
Schlomann, U. et al., Nat Commun. 6 (2015): 6175
Schuetz, A. N. et al., J MoLDiagn. 7 (2005): 206-218
Schumann, T. et al., Oncotarget. (2015)
Scrideli, C. A. et al., Leuk.Res. 34 (2010): 32-37
Sedlakova, I. et al., Int.J Gynecol.Cancer 25 (2015): 236-243
Seeger, F. H. et al., Immunogenetics 49 (1999): 571-576
Seong, J. et al., Mol.Biol.Rep. 39 (2012): 3597-3601
Sethakorn, N. etal., J Recept.Signal.Transduct.Res. 33 (2013): 166-171
Sherman, F. et al., Laboratory Course Manual for Methods in Yeast Genetics (1986)
Shu, J. et al., Cancer Res. 66 (2006): 5077-5084
Shukla, S. et al., Cancer Res. 73 (2013): 6563-6573
Sieuwerts, A. M. et al., Clin.Chem 53 (2007): 1280-1288
Sigari, N. et al., Clin Lab 60 (2014): 23-27
Silva, L. P. et al., Anal.Chem. 85 (2013): 9536-9542
Singh, S. et al., Tumour.Biol. (2014)
Singh-Jasuja, H. etal., Cancer Immunol.Immunother. 53 (2004): 187-195
Slater, E. P. et al., Transl.Oncol. 6 (2013): 99-103
Small, E. J. et al., J Clin Oncol. 24 (2006): 3089-3094
- 89 037050
Song, J. et al., PLoS.One. 9(2014): e110074
Sowalsky, A. G. et al., Mol.Cancer Res. 13 (2015): 98-106
Sprowl, J. A. et al., Clin Pharmacol.Ther. 94 (2013): 585-592
Staal-Viliare, A. et al., Leuk.Lymphoma 48 (2007): 439-441
Staehli, F. et al., J Immunol. 188 (2012): 3820-3828
Stamatopoulos, K. et al., Blood 106 (2005): 3575-3583
Stein, U., Expert.Opin.Ther.Targets. 17 (2013): 1039-1052
Steinway, S. N. et al., PLoS.One. 10 (2015): e0128159
Stoehr, C. G. et al., Int.J Clin Exp.Pathol. 6 (2013): 998-1008
Strekalova, E. et al., Clin.Cancer Res. (2015)
Sturm, M. et al., BMC.Bioinformatics. 9 (2008): 163
Su, H. et al., J Transl.Med. 13 (2015): 104
Su, Z. et al., Cancer Res. 63 (2003): 2127-2133
Suh, K. S. et al., Clin.Cancer Res. 13 (2007a): 121-131
Suh, K. S. et al., Mol.Carcinog. 46 (2007b): 599-604
Suhovskih, A. V. et al., Cell Tissue Res. (2015)
Sun, W. et al., Cancer Res. 74 (2014a): 1091-1104
Sun, Z. et al., J Proteome.Res 13 (2014b): 1593-1601
Szarvas, T. et al., Int J Cancer 135 (2014): 1596-1604
Taguchi, 0. et al., Clin Chim.Acta 244 (1996): 69-81
Tam, C. W. et al., Endocrinology 147 (2006): 5023-5033
Tan, Μ. H. et al., Breast Cancer Res.Treat. 131 (2012): 849-858
Tanaka, J. et al., J Oral Pathol.Med. 44 (2015): 126-133
Tanaka, T. et al., J Cancer Res.Clin Oncol 140 (2014): 503-513
Tanic, N. et al., Anticancer Res. 26 (2006): 2137-2142
Tashiro, A. et al., Am.J Cancer Res. 4 (2014): 528-536
- 90 037050
Teufel, R. et al., Cell Mol Life Sci. 62 (2005): 1755-1762
Thiel, A. et al., Oncol Rep. 26 (2011): 615-620
Tong, S. Y. et al., Cancer Invest 30 (2012): 642-645
Tong, W. G. et al., Epigenetics. 5 (2010): 499-508
Toth, K. et al., Appl.Immunohistochem.Mol.Morphol. 22 (2014): 642-647
Tran, E. et al., Science 344 (2014a): 641-645
Tran, T. T. et al., Photochem.Photobiol. 90 (2014b): 1136-1143
Tsourlakis, M. C. et al., Int.J Mol.Sci. 16 (2015): 8591-8606
Vachani, A. et al., Clin Cancer Res. 13 (2007): 2905-2915
Vasiljevic, A. etal., Neuropathology. 33 (2013): 149-161
Volz, Ν. B. etal., Pharmacogenomics.J 15 (2015): 69-76
Wake, N. C. etal., Hum.Mutat. 34 (2013): 1650-1661
Walter, S. et al., J Immunol 171 (2003): 4974-4978
Walter, S. et al., Nat Med. 18 (2012): 1254-1261
Wang, B. S. et al., Cell Stress.Chaperones. 18 (2013a): 359-366
Wang, D. et al., Mol.Cell Biochem. 396 (2014a): 67-77
Wang, G. et al., Tumour.Biol 36 (2015a): 1055-1065
Wang, H. et al., J Biol.Chem 289 (2014b): 4009-4017
Wang, J. H. et al., World J Gastroenterol. 16 (2010a): 5642-5646
Wang, L. H. et al., Tumour.Biol. 35 (2014c): 1157-1168
Wang, R. etal., Biomed.Res.lnt. 2013 (2013b): 195692
Wang, T. P. et al., Exp.Cell Res. 316 (2010b): 2893-2902
Wang, W. M. et al., Mol.Med.Rep. (2015b)
Wang, Y. et al., J Biol.Chem 289 (2014d): 14225-14238
Wang, Y. et al., Clin.Chem Lab Med. 48 (2010c): 1475-1479
Wang, Y. et al., Anticancer Res 33 (2013c): 207-214
- 91 037050
Wang, Y. et al., Pathol.Oncol Res. 20 (2014): 611-618
Wang, Z. et al., J Cancer Res Clin Oncol 141 (2015c): 1353-1361
Warren, C. R. etal., J Cell Biochem. 115 (2014): 1322-1333
Waugh, M. G., Mol.Neurobiol. (2014)
Wei, Q. et al., Cancer Res. 69 (2009): 2332-2339
Westphal, P. et al., Am.J Clin Pathol. 143 (2015): 248-256
Wierecky, J. et al., Cancer Res. 66 (2006): 5910-5918
Wikman, H. et al., PLoS.One. 7 (2012): e47537
Willcox, В. E. et al., Protein Sci. 8 (1999): 2418-2423
Wittig, B. et al., Hum.Gene Then 12 (2001): 267-278
Wlodarski, M. W. et al., J Leukoc.Biol 83 (2008): 589-601
World Cancer Report, (2014)
World Health Organization Classification of Tumours, (2004)
Wu, M. et al., Oncogene 23 (2004): 6815-6819
Wu, Y. M. et al., Cancer Res 71 (2011): 7270-7279
Xiao, L. et al., Biochim.Biophys.Acta (2015)
Xiao, W. et al., Mol.Med.Rep. 10 (2014): 453-458
Xin, Z. et al., Virchows Arch. 465 (2014): 35-47
Xu, Y. etal., J Cell Biochem. 115 (2014): 1112-1121
Xu, Z. et al., Oncol Rep. 33 (2015): 2899-2907
Yamamoto, M. et al., Cancer Res. 65 (2005): 8706-8714
Yan, P. et al., Asian Pac.J Cancer Prev. 15 (2014): 8923-8929
Yang, C. Y. et al., J Immunol 192 (2014a): 1547-1557
Yang, D. et al., Oncogene 30 (2011): 4590-4600
Yang, J. et al., J Proteomics. 109 (2014b): 162-175
Yang, W. et al., Med.Oncol 31 (2014c): 826
- 92 037050
Yang, W. et al., Tumour.Biol. 35 (2014d): 8267-8279
Yano, Y. et al., Cancer Lett. 207 (2004): 139-147
Yao, Y. et al., Cell Physiol Biochem. 35 (2015): 983-996
Yeh, I. et al., Nat.Commun. 6 (2015): 7174
Yeom, S. Y. et al., Mol.Cancer Then 13 (2014): 3049-3061
Yin, Y. et al., Tumour.Biol. 34 (2013): 3611-3617
Yoshida, A. et al., Hum.Cell 26 (2013): 56-66
Yoshida, Y. et al., Anticancer Res. 32 (2012): 2301-2308
Yu, Ρ. H. et al., PLoS.One. 8 (2013): e82254
Yu, Z. et al., Cancer Lett. 353 (2014): 182-193
Yuan, R. H. et al., Ann Surg.Oncol 16 (2009): 1711-1719
Zaghloul, R. A. et al., Eur.J Pharmacol. 746 (2015): 353-362
Zamani-Ahmadmahmudi, M. et al., Electrophoresis 35 (2014): 901-910
Zaremba, S. et al., Cancer Res. 57 (1997): 4570-4577
Zhang, B. et al., Blood 106 (2005): 1355-1361
Zhang, H. et al., Cancer Lett. 323 (2012a): 106-113
Zhang, J. et al., Mol.Med.Rep. 10 (2014a): 749-754
Zhang, J. et al., Xi.Bao.Yu Fen.Zi.Mian.Yi.Xue.Za Zhi. 29 (2013): 190-193
Zhang, L. et al., Dig.Dis.Sci. 57 (2012b): 2608-2614
Zhang, S. D. et al., Onco.Targets.Then 8 (2015): 835-843
Zhang, X. D. et al., Int.J Clin Exp.Med. 7 (2014b): 1190-1196
Zhao, M. et al., Cancer Invest 32 (2014): 464-469
Zhao, M. et al., Oncotarget. (2015a)
Zhao, Z. et al., Med.Oncol 32 (2015b): 112
Zhen, T. et al., Oncotarget. 5 (2014): 3756-3769
Zhou, J. et al., Oncol Rep. 30 (2013): 2229-2237
Zhu, J. et al., Int.J Clin Exp.Pathol. 8 (2015): 702-710
Zienert, E. et al., Cancer Lett. 364 (2015): 17-24
Zietek, Z. et al., Pol.Tyg.Lek. 51 (1996): 86-88
Zizi-Sermpetzoglou, A. et al., Eur.J Gynaecol.Oncol 35 (2014): 325-327
Zu, X. Y. et al., Recent Pat Anticancer Drug Discov. 7 (2012): 154-167
Zubor, P. et al., Mol.Biol.Rep. 42 (2015): 977-988
Zuniga-Garcia, V. et al., Dig.Dis.Sci. (2015)
Zurawa-Janicka, D. et al., Oncol Rep. 28 (2012): 1838-1844
Follenzi A,et al. Nat Genet. 2000 Jun;25(2):217-22.
Zufferey R, et al. J Virol. 1999 Apr;73(4):2886-92.
Scholten KB, et al. Clin Immunol. 2006 May; 119(2):135-45.
Gustafsson C, et al. Trends Biotechnol. 2004 Jul;22(7):346-53. Review.
Kuball, J., et al. (2007). Blood 109, 2331-2338.
Schmitt, T. M., et al. (2009). Hum. Gene Ther. 20, 1240-1248
Claims (28)
1. Пептид, который связывается с молекулой(ами) главного комплекса гистосовместимости (МНС), включающий аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 12, причем указанный пептид имеет общую длину от 8 до 30 аминокислот, или состоящий из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 12, или его фармацевтически приемлемая соль.
2. Пептид по п.1, где указанный пептид имеет общую длину до 14 аминокислот.
3. Пептид по п.1 или 2, где указанный пептид состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 12.
4. Пептид по любому из пп.1-3, где указанный пептид включает непептидные связи.
5. Пептид по любому из пп.1-4, где указанный пептид слит с N-терминальными аминокислотами антиген-ассоциированной инвариантной цепи (Ii) HLA-DR или где указанный пептид слит с антителом.
6. Т-клеточный рецептор, реагирующий с HLA-лигандом, состоящим из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 12.
7. Т-клеточный рецептор, реагирующий с HLA-лигандом, состоящим из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 12, где указанный лиганд является частью комплекса пептид-МНС.
8. Т-клеточный рецептор по п.6 или 7, являющийся рекомбинантным, растворимым или связанным с мембраной Т-клеточным рецептором.
9. Антитело, которое специфически распознает пептид по любому из пп.1-4;
пептид по любому из пп.1-4, слитый с N-терминальными аминокислотами антигенассоциированной инвариантной цепи (Ii) HLA-DR; или пептид по любому из пп.1-4, когда он связан с молекулой МНС.
10. Антитело по п.9, являющееся растворимым или связанным с мембраной антителом.
11. Нуклеиновая кислота, кодирующая пептид по любому из пп.1-5.
12. Нуклеиновая кислота по п.11, связанная с гетерологичной последовательностью промотора.
13. Рекомбинантная клетка-хозяин, включающая пептид по любому из пп.1-5 или нуклеиновую кислоту по п.11 или 12.
14. Рекомбинантная клетка-хозяин по п.13, где указанная клетка-хозяин является антигенпрезентирующей клеткой, такой как дендритная клетка, или где указанная клетка-хозяин является Т-клеткой или NK-клеткой.
15. Способ получения пептида по любому из пп.1-5, включающий культивирование клетки-хозяина по п.13 или 14, которая презентирует пептид по пп.1-5 или включает нуклеиновую кислоту по п.11 или 12, и выделение пептида из клетки-хозяина или его культуральной среды.
16. Способ получения Т-клеточного рецептора по любому из пп.6-8, включающий культивирование клетки-хозяина по п.13 или 14, которая презентирует пептид по пп.1-5 или включает нуклеиновую кислоту по п.11 или 12, и выделение указанного ТКР из клетки-хозяина или его культуральной среды.
17. Способ получения антитела по п.9 или 10, включающий культивирование клетки-хозяина по п.13 или 14, которая презентирует пептид по пп.1-5 или включает нуклеиновую кислоту по п.11 или 12, и выделение указанного антитела из клетки-хозяина или его культуральной среды.
18. Способ получения активированных Т-лимфоцитов in vitro, включающий контактирование Т-клеток in vitro с нагруженными антигеном молекулами МНС человека I класса, экспрессированными на поверхности подходящей антигенпрезентирующей клетки или искусственной антигенпрезентирующей клетки, в течение периода времени, достаточного для активации указанных Т-клеток антигенспецифическим образом, где указанный антиген является пептидом по любому из пп.1-4.
19. Активированный Т-лимфоцит, полученный способом по п.18, который селективно распознает клетку, которая презентирует полипептид, включающий аминокислотную последовательность, указанную в любом из пп.1-4.
20. Фармацевтическая композиция для лечения рака, включающая по меньшей мере один активный ингредиент, выбранный из группы, состоящей из пептида по любому из пп.1-5, Т-клеточного рецептора по любому из пп.6-8, антитела по п.9 или 10, нуклеиновой кислоты по п.11 или 12, клетки по п.13 или 14 или активированного Т-лимфоцита по п.19, и фармацевтически приемлемый носитель.
21. Фармацевтическая композиция по п.20, включающая пептид по любому из пп.1-5, являющаяся вакцинной композицией для вызывания противоопухолевых иммунных ответов.
22. Применение пептида по любому из пп.1-5 в диагностике и/или лечении рака.
23. Применение Т-клеточного рецептора по любому из пп.6-8 в диагностике и/или лечении рака.
24. Применение антитела по п.9 или 10 в диагностике и/или лечении рака.
25. Применение пептида по любому из пп.1-5 в диагностике и/или лечении рака, где указанный рак выбран из группы: рак легких, рак головного мозга, рак желудка, колоректальный рак, рак печени, рак поджелудочной железы, рак предстательной железы, лейкоз, рак молочной железы, меланома, рак яичника, рак пищевода и другие опухоли, которые демонстрируют избыточную экспрессию белка, из которого получен пептид с последовательностью SEQ ID NO: 12.
- 94 037050
26. Применение Т-клеточного рецептора по любому из пп.6-8 в диагностике и/или лечении рака, где указанный рак выбран из группы: рак легких, рак головного мозга, рак желудка, колоректальный рак, рак печени, рак поджелудочной железы, рак предстательной железы, лейкоз, рак молочной железы, меланома, рак яичника, рак пищевода и другие опухоли, которые демонстрируют избыточную экспрессию белка, из которого получен пептид с последовательностью SEQ ID NO: 12.
27. Применение антитела по п.9 или 10 в диагностике и/или лечении рака, где указанный рак выбран из группы: рак легких, рак головного мозга, рак желудка, колоректальный рак, рак печени, рак поджелудочной железы, рак предстательной железы, лейкоз, рак молочной железы, меланома, рак яичника, рак пищевода и другие опухоли, которые демонстрируют избыточную экспрессию белка, из которого получен пептид с последовательностью SEQ ID NO: 12.
28. Набор для лечения рака, включающий:
(а) контейнер, включающий фармацевтическую композицию, содержащую пептид по любому из пп.1-5, Т-клеточный рецептор по любому из пп.6-8, антитело по п.9 или 10, нуклеиновую кислоту по п.11 или 12, клетку по п.13 или 14 или активированный Т-лимфоцит по п.19 в виде раствора или в лиофилизированной форме; и (б) второй контейнер, содержащий разбавитель или восстанавливающий раствор для лиофилизированного состава.
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US201562140767P | 2015-03-31 | 2015-03-31 | |
GBGB1505585.8A GB201505585D0 (en) | 2015-03-31 | 2015-03-31 | Novel peptides and combination of peptides and scaffolds for use in immunotherapy against renal cell carinoma (RCC) and other cancers |
PCT/EP2016/056601 WO2016156230A1 (en) | 2015-03-31 | 2016-03-24 | Novel peptides and combination of peptides and scaffolds for use in immunotherapy against renal cell carcinoma (rcc) and other cancers |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
EA201791950A1 EA201791950A1 (ru) | 2018-02-28 |
EA037050B1 true EA037050B1 (ru) | 2021-01-29 |
Family
ID=53178474
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
EA201791950A EA037050B1 (ru) | 2015-03-31 | 2016-03-24 | Новые пептиды и комбинации пептидов и каркасы для применения в иммунотерапии почечноклеточной карциномы (пкк) и других видов рака |
Country Status (25)
Country | Link |
---|---|
US (16) | US9993536B2 (ru) |
EP (4) | EP3517127A1 (ru) |
JP (3) | JP7146399B2 (ru) |
KR (2) | KR20220070328A (ru) |
CN (2) | CN107438619B (ru) |
AR (3) | AR104114A1 (ru) |
AU (5) | AU2016240341B2 (ru) |
BR (1) | BR112017019804A2 (ru) |
CA (1) | CA2980814A1 (ru) |
CL (5) | CL2017002448A1 (ru) |
CO (1) | CO2017009616A2 (ru) |
CR (3) | CR20220164A (ru) |
EA (1) | EA037050B1 (ru) |
GB (1) | GB201505585D0 (ru) |
HK (1) | HK1247085A1 (ru) |
IL (3) | IL289444B (ru) |
MA (5) | MA41844A (ru) |
MX (2) | MX2017012504A (ru) |
MY (1) | MY181449A (ru) |
PE (2) | PE20231650A1 (ru) |
PH (1) | PH12017501651A1 (ru) |
SG (2) | SG10202001834UA (ru) |
TW (5) | TWI758912B (ru) |
UA (1) | UA124519C2 (ru) |
WO (1) | WO2016156230A1 (ru) |
Families Citing this family (38)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP6494233B2 (ja) | 2013-10-03 | 2019-04-03 | 日東電工株式会社 | 粘膜ワクチン組成物 |
US10092642B2 (en) | 2013-10-03 | 2018-10-09 | Nitto Denko Corporation | Mucosal vaccine composition |
GB201505585D0 (en) | 2015-03-31 | 2015-05-13 | Immatics Biotechnologies Gmbh | Novel peptides and combination of peptides and scaffolds for use in immunotherapy against renal cell carinoma (RCC) and other cancers |
BR112017020826A2 (pt) | 2015-03-31 | 2018-07-03 | Mutabilis | compostos, composição farmacêutica e kit |
RU2729116C2 (ru) | 2015-12-16 | 2020-08-04 | Гритстоун Онколоджи, Инк. | Идентификация, производство и применение неоантигенов |
GB201604490D0 (en) | 2016-03-16 | 2016-04-27 | Immatics Biotechnologies Gmbh | Peptides combination of peptides for use in immunotherapy against cancers |
GB201609193D0 (en) | 2016-05-25 | 2016-07-06 | Immatics Biotechnologies Gmbh | Novel peptides, combination of peptides as targets for use in immunotherapy against gallbladder cancer and cholangiocarcinoma and other cancers |
JP7075125B2 (ja) | 2016-05-25 | 2022-05-25 | イマティクス バイオテクノロジーズ ゲーエムベーハー | 標的としてのおよび胆嚢がんおよび胆管がんおよびその他のがんに対する免疫療法で使用するための新規ペプチド、ペプチド組み合わせ |
NZ754222A (en) | 2016-12-08 | 2022-02-25 | Immatics Biotechnologies Gmbh | T cell receptors with improved pairing |
DE102016123893A1 (de) | 2016-12-08 | 2018-06-14 | Immatics Biotechnologies Gmbh | T-Zellrezeptoren mit verbesserter Bindung |
JP7337695B2 (ja) * | 2017-01-27 | 2023-09-04 | イマティクス バイオテクノロジーズ ゲーエムベーハー | 卵巣がんおよびその他のがんに対する免疫療法において使用するための新規ペプチドおよびペプチド組み合わせ |
DE102017115966A1 (de) | 2017-07-14 | 2019-01-17 | Immatics Biotechnologies Gmbh | Polypeptidmolekül mit verbesserter zweifacher Spezifität |
CR20200014A (es) | 2017-07-14 | 2020-06-11 | Immatics Biotechnologies Gmbh | Molécula de polipéptido con especificidad dual mejorada |
CN111630183B (zh) * | 2017-09-05 | 2024-06-18 | 新加坡科技研究局 | 透明细胞肾细胞癌生物标志物 |
KR20200087143A (ko) | 2017-10-10 | 2020-07-20 | 그릿스톤 온콜로지, 인코포레이티드 | 핫스팟을 이용한 신생항원 동정 |
US11885815B2 (en) | 2017-11-22 | 2024-01-30 | Gritstone Bio, Inc. | Reducing junction epitope presentation for neoantigens |
DE102017127984B4 (de) | 2017-11-27 | 2019-12-05 | Immatics US, Inc. | Verfahren für die Vermehrung und Aktivierung von γδ-T-Zellen |
US11464800B2 (en) | 2018-02-09 | 2022-10-11 | Immatics US, Inc. | Methods for manufacturing T cells |
US20200297768A1 (en) | 2019-03-19 | 2020-09-24 | Immatics US, Inc. | Cd28 t cell cultures, compositions, and methods of using thereof |
CR20210669A (es) | 2019-05-27 | 2022-05-05 | Immatics Us Inc | Vectores víricos y uso de los mismos en terapias celulares adoptivas |
US20200384028A1 (en) | 2019-06-06 | 2020-12-10 | Immatics Biotechnologies Gmbh | Sorting with counter selection using sequence similar peptides |
US20210032370A1 (en) | 2019-08-02 | 2021-02-04 | Immatics Biotechnologies Gmbh | Recruiting agent further binding an mhc molecule |
AU2021225817A1 (en) | 2020-02-24 | 2022-10-20 | Immatics US, Inc. | Methods for expanding T cells for the treatment of cancer and related malignancies |
DE102020111571A1 (de) | 2020-03-11 | 2021-09-16 | Immatics US, Inc. | Wpre-mutantenkonstrukte, zusammensetzungen und zugehörige verfahren |
DE102020106710A1 (de) | 2020-03-11 | 2021-09-16 | Immatics US, Inc. | Wpre-mutantenkonstrukte, zusammensetzungen und zugehörige verfahren |
CN111413498B (zh) * | 2020-04-08 | 2023-08-04 | 复旦大学附属中山医院 | 一种肝细胞肝癌的自身抗体7-AAb检测panel及其应用 |
TW202227616A (zh) | 2020-08-21 | 2022-07-16 | 美商英麥提克斯股份有限公司 | 分離cd8+選擇t細胞的方法 |
TW202241938A (zh) | 2020-12-31 | 2022-11-01 | 美商英麥提克斯股份有限公司 | Cd8多肽、組合物及其使用方法 |
WO2022233957A1 (en) | 2021-05-05 | 2022-11-10 | Immatics Biotechnologies Gmbh | Bma031 antigen binding polypeptides |
EP4392441A1 (en) | 2021-08-24 | 2024-07-03 | Immatics US, Inc. | Selection of immune cells using peptide mhc complexes generated by conditional ligand exchange |
WO2023044488A1 (en) | 2021-09-20 | 2023-03-23 | Immatics US, Inc. | Monocyte depletion of t cells populations for t-cell therapy |
WO2023081925A1 (en) | 2021-11-08 | 2023-05-11 | Immatics Biotechnologies Gmbh | Adoptive cell therapy combination treatment and compositions thereof |
WO2023153763A1 (ko) * | 2022-02-08 | 2023-08-17 | 고려대학교 산학협력단 | C-met의 에피토프 및 hif1alpha의 에피토프를 포함하는 암 백신 및 이의 용도 |
WO2023212655A1 (en) | 2022-04-28 | 2023-11-02 | Immatics US, Inc. | Il-12 polypeptides, il-15 polypeptides, il-18 polypeptides, cd8 polypeptides, compositions, and methods of using thereof |
WO2023212691A1 (en) | 2022-04-28 | 2023-11-02 | Immatics US, Inc. | DOMINANT NEGATIVE TGFβ RECEPTOR POLYPEPTIDES, CD8 POLYPEPTIDES, CELLS, COMPOSITIONS, AND METHODS OF USING THEREOF |
WO2023212697A1 (en) | 2022-04-28 | 2023-11-02 | Immatics US, Inc. | Membrane-bound il-15, cd8 polypeptides, cells, compositions, and methods of using thereof |
US20230355678A1 (en) | 2022-05-05 | 2023-11-09 | Immatics US, Inc. | Methods for improving t cell efficacy |
CN115074445B (zh) * | 2022-08-09 | 2023-08-08 | 河北医科大学第二医院 | Eno3在肾癌诊断及治疗中的应用 |
Citations (8)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO1998014466A1 (en) * | 1996-10-01 | 1998-04-09 | Progentior, Inc. | Polymorphisms and new genes in the region of the human hemochromatosis gene |
WO2004048599A2 (en) * | 2002-11-22 | 2004-06-10 | Incyte Corporation | Transporters and ion channels |
WO2004085461A2 (de) * | 2003-03-24 | 2004-10-07 | Immatics Biotechnologies Gmbh | An mhc-moleküle bindende tumor-assoziierte peptide |
US20050106644A1 (en) * | 2001-06-20 | 2005-05-19 | Genentech, Inc. | Compositions and methods for the diagnosis and treatment of tumor |
EP1760089A1 (en) * | 2005-09-05 | 2007-03-07 | Immatics Biotechnologies GmbH | Tumor-associated peptides binding to human leukocyte antigen (HLA) class I or II molecules and related anti-cancer vaccine |
WO2007114954A2 (en) * | 2006-04-05 | 2007-10-11 | Corixa Corporation | Methods, compositions, and kits for the detection and monitoring of kidney cancer |
WO2009015842A2 (en) * | 2007-07-27 | 2009-02-05 | Immatics Biotechnologies Gmbh | Novel immunogenic epitopes for immunotherapy |
US20100029573A1 (en) * | 2004-05-25 | 2010-02-04 | Immatics Biotechnologies Gmbh | Tumor-associated peptides that bind to mhc-molecules |
Family Cites Families (70)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US4440859A (en) | 1977-05-27 | 1984-04-03 | The Regents Of The University Of California | Method for producing recombinant bacterial plasmids containing the coding sequences of higher organisms |
US4704362A (en) | 1977-11-08 | 1987-11-03 | Genentech, Inc. | Recombinant cloning vehicle microbial polypeptide expression |
DD147855A5 (de) | 1978-12-22 | 1981-04-22 | Biogen Nv | Verfahren zur erzeugung mindestens eines hbv-antigenwirkung aufweisenden polypeptids |
US4530901A (en) | 1980-01-08 | 1985-07-23 | Biogen N.V. | Recombinant DNA molecules and their use in producing human interferon-like polypeptides |
US4342566A (en) | 1980-02-22 | 1982-08-03 | Scripps Clinic & Research Foundation | Solid phase anti-C3 assay for detection of immune complexes |
US4678751A (en) | 1981-09-25 | 1987-07-07 | Genentech, Inc. | Hybrid human leukocyte interferons |
US4766075A (en) | 1982-07-14 | 1988-08-23 | Genentech, Inc. | Human tissue plasminogen activator |
US4582800A (en) | 1982-07-12 | 1986-04-15 | Hoffmann-La Roche Inc. | Novel vectors and method for controlling interferon expression |
US4816567A (en) | 1983-04-08 | 1989-03-28 | Genentech, Inc. | Recombinant immunoglobin preparations |
US4757006A (en) | 1983-10-28 | 1988-07-12 | Genetics Institute, Inc. | Human factor VIII:C gene and recombinant methods for production |
US4677063A (en) | 1985-05-02 | 1987-06-30 | Cetus Corporation | Human tumor necrosis factor |
US4810648A (en) | 1986-01-08 | 1989-03-07 | Rhone Poulenc Agrochimie | Haloarylnitrile degrading gene, its use, and cells containing the gene |
US4897445A (en) | 1986-06-27 | 1990-01-30 | The Administrators Of The Tulane Educational Fund | Method for synthesizing a peptide containing a non-peptide bond |
US6193969B1 (en) | 1993-06-03 | 2001-02-27 | Protherics Inc. | Antibody fragments in therapy |
AUPM322393A0 (en) | 1993-12-24 | 1994-01-27 | Austin Research Institute, The | Mucin carbohydrate compounds and their use in immunotherapy |
DK0879282T3 (da) | 1996-01-17 | 2003-10-20 | Imp College Innovations Ltd | Immunterapi ved anvendelse af cytotoksiske T-lymfocytter (CTL) |
US5849589A (en) | 1996-03-11 | 1998-12-15 | Duke University | Culturing monocytes with IL-4, TNF-α and GM-CSF TO induce differentiation to dendric cells |
US6406705B1 (en) | 1997-03-10 | 2002-06-18 | University Of Iowa Research Foundation | Use of nucleic acids containing unmethylated CpG dinucleotide as an adjuvant |
US6934639B1 (en) | 2000-02-25 | 2005-08-23 | Wyeth | Methods for designing agents that interact with MMP-13 |
US20040191260A1 (en) | 2003-03-26 | 2004-09-30 | Technion Research & Development Foundation Ltd. | Compositions capable of specifically binding particular human antigen presenting molecule/pathogen-derived antigen complexes and uses thereof |
CA2404489A1 (en) | 2000-03-27 | 2001-10-04 | Technion Research And Development Foundation Ltd. | Single chain class i major histo-compatibility complexes, constructs encoding same and methods of generating same |
ES2659376T3 (es) | 2000-06-05 | 2018-03-15 | Altor Bioscience Corporation | Proteínas de fusión del receptor de linfocitos T y conjugados y procedimientos de uso de las mismas |
US20070037165A1 (en) * | 2000-09-08 | 2007-02-15 | Applera Corporation | Polymorphisms in known genes associated with human disease, methods of detection and uses thereof |
FR2816214B1 (fr) | 2000-11-09 | 2005-10-21 | Pasteur Institut | Utilisation d'un compose antagoniste de la proteine esm-1 pour la fabrication d'un medicament pour la prevention et/ou le traitement d'un cancer |
US20030191073A1 (en) | 2001-11-07 | 2003-10-09 | Challita-Eid Pia M. | Nucleic acid and corresponding protein entitled 161P2F10B useful in treatment and detection of cancer |
EP1410013A4 (en) | 2001-06-21 | 2006-02-01 | Millennium Pharm Inc | COMPOSITIONS, NEEDS AND METHODS FOR THE IDENTIFICATION, EVALUATION, PREVENTION AND TREATMENT OF BREAST CANCERS AND OVARIA |
AU2002322280A1 (en) | 2001-06-21 | 2003-01-21 | Millennium Pharmaceuticals, Inc. | Compositions, kits, and methods for identification, assessment, prevention, and therapy of breast cancer |
WO2003040340A2 (en) * | 2001-11-07 | 2003-05-15 | Agensys, Inc. | Nucleic acid and corresponding protein entitled 161p2f10b useful in treatment and detection of cancer |
US6992176B2 (en) | 2002-02-13 | 2006-01-31 | Technion Research & Development Foundation Ltd. | Antibody having a T-cell receptor-like specificity, yet higher affinity, and the use of same in the detection and treatment of cancer, viral infection and autoimmune disease |
WO2003070752A2 (en) | 2002-02-20 | 2003-08-28 | Dyax Corporation | Mhc-peptide complex binding ligands |
EP1565552A4 (en) | 2002-07-01 | 2006-05-10 | Pharmacia Corp | ESM-1 GENE EXPRESSED DIFFERENTIALLY IN ANGIOGENESIS, LATERAL ANTAGONISTS AND CORRESPONDING METHODS OF USE |
WO2004033685A1 (en) | 2002-10-09 | 2004-04-22 | Avidex Ltd | Single chain recombinant t cell receptors |
CA2503517A1 (en) * | 2002-10-25 | 2004-05-06 | Oncotherapy Science, Inc. | Method for diagnosing diffuse-type gastric cancer |
DE60327795D1 (de) | 2002-11-09 | 2009-07-09 | Immunocore Ltd | T zell rezeptor "display" |
GB0304068D0 (en) | 2003-02-22 | 2003-03-26 | Avidex Ltd | Substances |
CA2528669A1 (en) | 2003-06-09 | 2005-01-20 | The Regents Of The University Of Michigan | Compositions and methods for treating and diagnosing cancer |
DK2489364T3 (en) * | 2003-11-06 | 2015-03-02 | Seattle Genetics Inc | Monomethylvaline compounds conjugated to antibodies |
US7569662B2 (en) | 2004-01-27 | 2009-08-04 | Compugen Ltd | Nucleotide and amino acid sequences, and assays and methods of use thereof for diagnosis of lung cancer |
US7368548B2 (en) | 2004-01-27 | 2008-05-06 | Compugen Ltd. | Nucleotide and amino acid sequences, and assays and methods of use thereof for diagnosis of prostate cancer |
US7667001B1 (en) | 2004-01-27 | 2010-02-23 | Compugen Ltd. | Nucleotide and amino acid sequences, and assays and methods of use thereof for diagnosis of lung cancer |
US20070026424A1 (en) | 2005-04-15 | 2007-02-01 | Powell Charles A | Gene profiles correlating with histology and prognosis |
DE602005020047D1 (de) | 2005-09-05 | 2010-04-29 | Immatics Biotechnologies Gmbh | Tumor-assoziierte Peptide, welche an unterschiedliche menschliche Leukozytenantigene der Klasse II binden |
WO2007119515A1 (ja) * | 2006-03-28 | 2007-10-25 | Dainippon Sumitomo Pharma Co., Ltd. | 新規腫瘍抗原ペプチド |
US8586006B2 (en) | 2006-08-09 | 2013-11-19 | Institute For Systems Biology | Organ-specific proteins and methods of their use |
WO2008053573A1 (fr) | 2006-10-30 | 2008-05-08 | National University Corporation Hokkaido University | Remède pour néoplasme malin |
US20090263574A1 (en) | 2008-04-21 | 2009-10-22 | Quinn Daniel E | Method of restoring an article |
FR2933304A1 (fr) * | 2008-07-07 | 2010-01-08 | Adocia | Composition synergique osteogenique |
EP2172211B1 (en) | 2008-10-01 | 2014-12-03 | Immatics Biotechnologies GmbH | Composition of tumor-associated peptides and related anti-cancer vaccine for the treatment of glioblastoma (GBM) and other cancers |
KR101192297B1 (ko) | 2008-12-10 | 2012-10-17 | 한국생명공학연구원 | 간암에 대한 신규 바이오마커 및 그의 용도 |
EP2403523A1 (en) | 2009-03-06 | 2012-01-11 | Halozyme, Inc. | Temperature sensitive mutants of matrix metalloprotease 1 und uses thereof |
JP2013501526A (ja) | 2009-08-14 | 2013-01-17 | ジェネンテック, インコーポレイテッド | Vegfアンタゴニストに対する患者の応答をモニターするための生物学的マーカー |
WO2011097221A2 (en) * | 2010-02-02 | 2011-08-11 | Children's Medical Center Corporation | Methods of promoting tissue growth and tissue regeneration |
US10706955B2 (en) * | 2010-03-23 | 2020-07-07 | Iogenetics, Llc | Bioinformatic processes for determination of peptide binding |
JP2011211970A (ja) | 2010-03-31 | 2011-10-27 | Toray Ind Inc | インターフェロンに対する感受性又は応答性を予測する方法、キット及びマーカー遺伝子 |
GB201006360D0 (en) | 2010-04-16 | 2010-06-02 | Immatics Biotechnologies Gmbh | Method for differentially quantifying naturally processed HLA-restricted peptides for cancer, autoimmune and infectious diseases immunotherapy development |
CA2816225A1 (en) | 2010-10-26 | 2012-05-03 | Technion Research & Development Foundation Ltd. | Antibodies which bind soluble t-cell receptor ligands |
GB201021289D0 (en) * | 2010-12-15 | 2011-01-26 | Immatics Biotechnologies Gmbh | Novel biomarkers for a prediction of the outcome of an immunotherapy against cancer |
US20120207743A1 (en) * | 2011-02-14 | 2012-08-16 | Allergan, Inc. | Inhibiting Aberrant Blood Vessel Formation Using Retargeted Endopeptidases |
WO2012162468A1 (en) | 2011-05-25 | 2012-11-29 | Janssen Pharmaceutica Nv | Thiazol derivatives as pro -matrix metalloproteinase inhibitors |
TW201302800A (zh) * | 2011-06-10 | 2013-01-16 | Oncotherapy Science Inc | Sema5b胜肽及含其之疫苗 |
WO2013057586A1 (en) | 2011-10-19 | 2013-04-25 | Oslo Universitetssykehus Hf | Compositions and methods for producing soluble t - cell receptors |
DE18200782T1 (de) | 2012-04-02 | 2021-10-21 | Modernatx, Inc. | Modifizierte polynukleotide zur herstellung von proteinen im zusammenhang mit erkrankungen beim menschen |
WO2013177533A1 (en) * | 2012-05-25 | 2013-11-28 | California Institute Of Technology | Expression of secreted and cell-surface polypeptides |
ES2603589T3 (es) | 2012-11-08 | 2017-02-28 | F. Hoffmann-La Roche Ag | Ácidos nucleicos que codifican polipéptidos quiméricos para la identificación sistemática de bibliotecas |
RU2015126849A (ru) * | 2012-12-04 | 2017-01-12 | Онкотерапи Сайенс, Инк. | Пептиды sema5в и вакцины, содержащие эти пептиды |
EP2808392A1 (en) | 2013-05-28 | 2014-12-03 | Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn | Aptamers and use of the aptamers in the diagnosis and treatment of cancer |
TWI777196B (zh) | 2013-08-05 | 2022-09-11 | 德商伊瑪提克斯生物科技有限公司 | 新穎肽類,細胞及其用於治療多種腫瘤的用途,其製造方法及包含其等之醫藥組成物(五) |
US10323063B2 (en) * | 2014-08-17 | 2019-06-18 | Cellivery Therapeutics, Inc. | Advanced macromolecule transduction domain (aMTD) sequences for improvement of cell-permeability, polynucleotides encoding the same, method to identify the unique features of aMTDs comprising the same, method to develop the aMTD sequences comprising the same |
FI3388075T3 (fi) | 2015-03-27 | 2023-08-18 | Immatics Biotechnologies Gmbh | Uusia peptidejä ja peptidien yhdistelmiä käytettäviksi immunoterapiaan erilaisia syöpiä vastaan |
GB201505585D0 (en) | 2015-03-31 | 2015-05-13 | Immatics Biotechnologies Gmbh | Novel peptides and combination of peptides and scaffolds for use in immunotherapy against renal cell carinoma (RCC) and other cancers |
-
2015
- 2015-03-31 GB GBGB1505585.8A patent/GB201505585D0/en not_active Ceased
-
2016
- 2016-03-23 MA MA041844A patent/MA41844A/fr unknown
- 2016-03-24 WO PCT/EP2016/056601 patent/WO2016156230A1/en active Application Filing
- 2016-03-24 EP EP19160322.4A patent/EP3517127A1/en active Pending
- 2016-03-24 MA MA046305A patent/MA46305A/fr unknown
- 2016-03-24 CR CR20220164A patent/CR20220164A/es unknown
- 2016-03-24 EA EA201791950A patent/EA037050B1/ru unknown
- 2016-03-24 KR KR1020227015914A patent/KR20220070328A/ko not_active Application Discontinuation
- 2016-03-24 EP EP16715808.8A patent/EP3277310A1/en not_active Withdrawn
- 2016-03-24 SG SG10202001834UA patent/SG10202001834UA/en unknown
- 2016-03-24 MA MA046303A patent/MA46303A/fr unknown
- 2016-03-24 MX MX2017012504A patent/MX2017012504A/es unknown
- 2016-03-24 UA UAA201708037A patent/UA124519C2/uk unknown
- 2016-03-24 CR CR20220163A patent/CR20220163A/es unknown
- 2016-03-24 KR KR1020177027590A patent/KR102451645B1/ko active IP Right Grant
- 2016-03-24 CA CA2980814A patent/CA2980814A1/en active Pending
- 2016-03-24 PE PE2022002819A patent/PE20231650A1/es unknown
- 2016-03-24 MA MA046304A patent/MA46304A/fr unknown
- 2016-03-24 CN CN201680020165.2A patent/CN107438619B/zh active Active
- 2016-03-24 CR CR20170440A patent/CR20170440A/es unknown
- 2016-03-24 PE PE2017001627A patent/PE20180505A1/es unknown
- 2016-03-24 SG SG11201707043WA patent/SG11201707043WA/en unknown
- 2016-03-24 MA MA40794A patent/MA40794A1/fr unknown
- 2016-03-24 IL IL289444A patent/IL289444B/en unknown
- 2016-03-24 JP JP2017550874A patent/JP7146399B2/ja active Active
- 2016-03-24 EP EP19160307.5A patent/EP3517126A1/en active Pending
- 2016-03-24 BR BR112017019804-5A patent/BR112017019804A2/pt active Search and Examination
- 2016-03-24 EP EP19160336.4A patent/EP3517128A1/en active Pending
- 2016-03-24 MY MYPI2017703153A patent/MY181449A/en unknown
- 2016-03-24 AU AU2016240341A patent/AU2016240341B2/en active Active
- 2016-03-24 CN CN202111198057.3A patent/CN113912702A/zh active Pending
- 2016-03-28 TW TW109136260A patent/TWI758912B/zh active
- 2016-03-28 US US15/082,876 patent/US9993536B2/en active Active
- 2016-03-28 TW TW109136263A patent/TWI756874B/zh active
- 2016-03-28 TW TW109136262A patent/TWI745127B/zh active
- 2016-03-28 TW TW111113655A patent/TW202231656A/zh unknown
- 2016-03-28 US US15/082,920 patent/US9931388B2/en active Active
- 2016-03-28 TW TW105109709A patent/TWI758243B/zh active
- 2016-03-28 AR ARP160100819A patent/AR104114A1/es unknown
-
2017
- 2017-08-29 IL IL254204A patent/IL254204B/en unknown
- 2017-09-11 PH PH12017501651A patent/PH12017501651A1/en unknown
- 2017-09-22 CO CONC2017/0009616A patent/CO2017009616A2/es unknown
- 2017-09-28 CL CL2017002448A patent/CL2017002448A1/es unknown
- 2017-09-28 MX MX2022000219A patent/MX2022000219A/es unknown
- 2017-10-31 US US15/799,495 patent/US10105428B2/en active Active
-
2018
- 2018-05-14 US US15/978,700 patent/US10213498B2/en active Active
- 2018-05-17 HK HK18106394.9A patent/HK1247085A1/zh unknown
- 2018-08-03 US US16/054,561 patent/US10357552B2/en active Active
- 2018-11-23 CL CL2018003348A patent/CL2018003348A1/es unknown
- 2018-12-07 US US16/212,787 patent/US10314899B2/en active Active
- 2018-12-07 US US16/212,783 patent/US10363296B2/en active Active
-
2019
- 2019-03-13 AU AU2019201714A patent/AU2019201714B2/en active Active
- 2019-03-13 AU AU2019201713A patent/AU2019201713B2/en active Active
- 2019-03-13 AU AU2019201708A patent/AU2019201708B2/en active Active
- 2019-03-28 US US16/367,790 patent/US10548958B2/en active Active
- 2019-05-17 US US16/415,686 patent/US10449240B2/en active Active
- 2019-05-17 US US16/415,753 patent/US10478481B2/en active Active
- 2019-09-17 CL CL2019002663A patent/CL2019002663A1/es unknown
- 2019-12-16 US US16/715,846 patent/US10835586B2/en active Active
-
2020
- 2020-06-11 AU AU2020203850A patent/AU2020203850B2/en active Active
- 2020-10-16 US US17/072,528 patent/US20210030854A1/en not_active Abandoned
-
2021
- 2021-02-19 AR ARP210100436A patent/AR121380A2/es unknown
- 2021-02-19 AR ARP210100439A patent/AR121383A2/es unknown
- 2021-05-07 US US17/314,492 patent/US11938176B2/en active Active
- 2021-07-05 CL CL2021001776A patent/CL2021001776A1/es unknown
- 2021-08-08 IL IL285434A patent/IL285434B/en unknown
- 2021-08-13 US US17/402,068 patent/US20210393756A1/en active Pending
- 2021-10-29 US US17/514,599 patent/US12059458B2/en active Active
- 2021-11-04 US US17/519,192 patent/US12005105B2/en active Active
-
2023
- 2023-01-27 JP JP2023010823A patent/JP2023061974A/ja active Pending
- 2023-03-21 CL CL2023000812A patent/CL2023000812A1/es unknown
- 2023-11-22 JP JP2023197848A patent/JP2024028730A/ja active Pending
Patent Citations (8)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO1998014466A1 (en) * | 1996-10-01 | 1998-04-09 | Progentior, Inc. | Polymorphisms and new genes in the region of the human hemochromatosis gene |
US20050106644A1 (en) * | 2001-06-20 | 2005-05-19 | Genentech, Inc. | Compositions and methods for the diagnosis and treatment of tumor |
WO2004048599A2 (en) * | 2002-11-22 | 2004-06-10 | Incyte Corporation | Transporters and ion channels |
WO2004085461A2 (de) * | 2003-03-24 | 2004-10-07 | Immatics Biotechnologies Gmbh | An mhc-moleküle bindende tumor-assoziierte peptide |
US20100029573A1 (en) * | 2004-05-25 | 2010-02-04 | Immatics Biotechnologies Gmbh | Tumor-associated peptides that bind to mhc-molecules |
EP1760089A1 (en) * | 2005-09-05 | 2007-03-07 | Immatics Biotechnologies GmbH | Tumor-associated peptides binding to human leukocyte antigen (HLA) class I or II molecules and related anti-cancer vaccine |
WO2007114954A2 (en) * | 2006-04-05 | 2007-10-11 | Corixa Corporation | Methods, compositions, and kits for the detection and monitoring of kidney cancer |
WO2009015842A2 (en) * | 2007-07-27 | 2009-02-05 | Immatics Biotechnologies Gmbh | Novel immunogenic epitopes for immunotherapy |
Non-Patent Citations (3)
Title |
---|
KRAMER B F; SCHOOR O; KRUGER T; REICHLE C; MULLER M; WEINSCHENK T; HENNENLOTTER J; STENZL A; RAMMENSEE H-G; STEVANOVIC S: "MAGED4-expression in renal cell carcinoma and identification of an HLA-A*25-restricted MHC class I ligand from solid tumor tissue", CANCER BIOLOGY & THERAPY, LANDES BIOSCIENCE, US, vol. 4, no. 9, 1 September 2005 (2005-09-01), US, pages 943 - 948, XP008115471, ISSN: 1538-4047 * |
TOBIAS KR�GER ; OLIVER SCHOOR ; CLAUDIA LEMMEL ; BJOERN KRAEMER ; CHRISTIAN REICHLE ; J�RN DENGJEL ; TONI WEINSCHENK ; MARGRET M�L: "Lessons to be learned from primary renal cell carcinomas: novel tumor antigens and HLA ligands for immunotherapy", CANCER IMMUNOLOGY, IMMUNOTHERAPY, SPRINGER, BERLIN, DE, vol. 54, no. 9, 1 September 2005 (2005-09-01), Berlin, DE, pages 826 - 836, XP019333162, ISSN: 1432-0851, DOI: 10.1007/s00262-004-0650-5 * |
WEINSCHENK T, ET AL: "Integrated functional genomics approach for the design of patient-individual antitumor vaccines", CANCER RESEARCH, AMERICAN ASSOCIATION FOR CANCER RESEARCH, US, vol. 62, no. 20, 15 October 2002 (2002-10-15), US, pages 5818 - 5827, XP002266492, ISSN: 0008-5472 * |
Also Published As
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
US12059458B2 (en) | Peptides and combination of peptides and scaffolds for use in immunotherapy against renal cell carcinoma (RCC) and other cancers | |
JP7272667B2 (ja) | 腎細胞がん(rcc)およびその他のがんに対する免疫療法において使用するための新規ペプチドおよびペプチドとスキャフォールドの組み合わせ |