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Die
vorliegende Erfindung betrifft ein neuartiges, auf lambdoiden Promotoren
basierendes Regulationssystem für
die induzierbare Expression von Genen. Weiterhin betrifft die vorliegende
Erfindung ein regulatorisches Replikon und ein Verfahren für die Herstellung
heterologer Proteine.
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Um
die Herstellung von humanen oder tierischen Proteinen in genügenden Mengen
zu ermöglichen,
wird das Gen, das für
das Protein kodiert, üblicherweise
in das Bakterium Escherichia coli kloniert. Dieses Bakterium besitzt
eine hohe Syntheserate und ist auf molekularer Ebene gut charakterisiert. Bakterielle
Regulationssignale sind für
die Expression des klonierten Gens im bakteriellen Wirt ebenfalls von
Nöten.
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Es
wurde herausgefunden, dass die stärksten Regulationssignale für E. coli
nicht vom Bakterium selbst herstammen, sondern von Bakteriophagen,
welche die Bakterien angreifen. Es existieren so genannte nicht-temperente
und temperente Phagen.
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Der
erste Typ sind Phagen mit unregulierten Promotoren. Gene, die unter
der Kontrolle solcher Promotoren stehen, werden kontinuierlich exprimiert. Dies
resultiert in einer hohen Proteinherstellung, die für die Wirtsbakterien
schädlich
oder sogar letal sein kann.
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Der
andere Typ, die so genannten temperenten Phagen, können ihre
DNA in einer nicht-aktiven Form
in das Wirtsgenom inserieren und co-replizieren daher passiv mit
diesem Wirtsgenom. Durch die Induktion bestimmter Promotoren wird
der Wirt zur Herstellung von Phagenprotein oder, im Fall von Expressionsvektoren,
die auf Phagenpromotoren basieren, zur Herstellung des heterologen
Proteins stimuliert. Solange keine Induktion stattfindet, wird die
vom Promotor ausgehende Expression durch Repressormoleküle unterbunden,
die kooperativ an den Promotor binden. Die Promotoren der temperenten
Phagen gehören
zu den stärksten,
aber auch zu den am besten exprimierten und kontrollierbaren Promotoren von
E. coli, die bekannt sind (Lanzer & Bujard (1988); Knaus & Bujard (1988)).
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Die
Kombination der innewohnenden Stärke und überlegenen
Regulation lässt
diese Promotoren anderen regulierbaren oder nicht-regulierbaren
E. coli-Promotoren vorziehen, um eine heterologe Expression in einem
industriellen Maßstab
zu erreichen.
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Der
am besten bekannte und Prototypphage der Gruppe der temperenten
Phagen ist der E. coli-Phage λ.
Es gibt viele λ-verwandte
oder lambdoide Phagen wie 21, ϕ80, ϕ81, 82, 424,
434, P22, etc. Diese Phagen besitzen üblicherweise eine unterschiedliche
Immunität,
unter anderem wegen des Gebrauchs unterschiedlicher Promotorsequenzen, Repressormoleküle und Operatorsequenzen.
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Viele
Expressionsplasmide für
die heterologe Proteinherstellung, die in E. coli verwendet werden,
basieren auf dem λPL-Promotor. Der λPL-Promotor
ist sehr stark und kann gut reguliert werden. Der am besten bekannte
und am meisten kontrollierbare Regulationsmechanismus verwendet
eine thermosensitive Mutante des ursprünglichen Repressormoleküls. In diesem
Fall kann die von diesem Promotor ausgehende Induktion der Proteinsynthese
durch ein Anheben der Temperatur von 28°C bis 42°C initiiert werden. Das Repressormolekül wird durch
diesen Temperaturanstieg deaktiviert. Allerdings kann diese höhere Temperatur
für die
Herstellung vieler Proteine auch nachteilig sein, weil das Protein,
anstatt löslich
zu bleiben, dann zum größeren Teil
in Form so genannter Einschlusskörper
ausfällt,
wobei es seine Aktivität
verliert.
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Tatsächlich stellen
Einschlusskörper
ein Aggregat falsch gefalteter Polypeptidketten dar. Es handelt
sich um ein Phänomen,
das sich sowohl im Labormaßstab,
als auch im industriellen Maßstab
beobachtet werden kann, wenn versucht wird, große Mengen eines spezifischen
Proteins in E. coli herzustellen. Einschlusskörper können per se sehr einfach von
den anderen zellulären
Proteinen in einem Schritt abgetrennt werden. Allerdings muss nach
der Isolation der Einschlusskörper
das Protein zuerst durch Mittel wie zum Beispiel Harnstoff oder
Guanidinhydrochlorid denaturiert werden und anschließend langsam
in die natürliche,
räumliche
Struktur zurückgefaltet
werden. Dieses Zurückfalten
des Proteins aus den Einschlusskörpern
ist nicht immer erfolgreich und resultiert im Allgemeinen in einem
beträchtlichen
Verlust von Material und führt
auf Grund des Anstiegs der Anzahl der Schritte in der Endprozessierung
zu Extrakosten im maßstäblich vergrößerten Verfahren.
Das häufige
Auftreten von Einschlusskörpern
hat dazu geführt,
dass es nicht immer möglich
ist, das Potential eines wirtschaftlich vorteilhaften Expressionswirts
für die
heterologe Proteinherstellung vollständig auszunutzen.
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Es
wurde herausgefunden, dass die Bildung von Einschlusskörpern manchmal
durch die Reduzierung der Fermentationstemperatur vermieden werden
kann. Der Grund hierfür
könnte
entweder darin liegen, dass die niedrigere Temperatur einen unterschiedlichen
Effekt auf die Faltung des überproduzierten
Proteins besitzt, oder dass weniger neu synthetisierte Proteinmoleküle pro Zeit-
und Volumeneinheit vorliegen.
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Wenn
eine Proteinsynthese bei einer niedrigeren Temperatur erwünscht ist,
ist es nicht mehr möglich,
die zur Zeit vorhandene und viel gebrauchte Temperaturinduktion
in Verbindung mit den starken und gut regulierten Promotoren zu
verwenden, die vom Phagen Lambda und verwandten Promotoren abstammen.
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Es
ist daher eine Aufgabe der vorliegenden Erfindung, ein einfaches,
gut kontrollierbares Regulationssystem für starke und hoch reprimierbare
Promotoren bereitzustellen, die von lambdoiden Phagen abstammen,
mit denen eine Induktion bei einer niedrigeren Temperatur möglich wird.
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Dies
wird durch die Erfindung mit einem Regulationssystem für Expressionsvektoren
erreicht, die einen lambdoiden Promotor, ein Gen, das für einen
Repressor des lambdoiden Promotors kodiert, und ein Gen umfasst,
das für
einen Anti-Repressor des Repressors kodiert, wobei das Gen des Anti-Repressors
unter der Kontrolle eines induzierbaren Promotors steht. Dieser
Promotor kann von einem Gen abstammen, welches ein anderes ist als
das Gen des Anti-Repressors
selbst, und ist vorzugsweise bei niedrigeren Temperaturen induzierbar.
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Die
Regulation der heterologen Proteinexpression kann jetzt durch die
Expression des Anti-Repressors kontrolliert werden. Die Abwesenheit oder
Anwesenheit des Anti-Repressors bestimmt die Suppression bzw. Aktivierung
des Promotors des Proteins, das hergestellt werden soll. Die Anwesenheit
oder Abwesenheit des Anti-Repressors ist im Gegenzug dadurch reguliert,
ob der Promotor des Anti-Repressors induziert ist oder nicht.
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Die
Regulation des Gens des Anti-Repressors kann auf unterschiedliche
Weise stattfinden. Beispielsweise kann daher von einem Promotor
Gebrauch gemacht werden, der durch Laktose, Arabinose oder die Abwesenheit
von Aminosäuren
regulierbar ist, oder von jedem anderen regulierbaren Promotor.
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Die
unterschiedlichen Bestandteile des Regulationssystems gemäß der vorliegenden
Erfindung können
auf einem Chromosom des Wirts positioniert werden, sowie auf einem
oder mehreren individuellen Replikons, beispielsweise Plasmiden.
In einer besonderen Ausführungsform
kann das Gen des Anti-Repressors zusammen mit dem Gen, das für den Repressor
des Promotors des Gens für
den Anti-Repressor kodiert, auf einem regulatorischen Plasmid liegen.
Solch ein regulatorisches Plasmid kann dann mit jedem beliebigen
Expressionsvehikel kombiniert werden, welches das heterologe Gen
und seinen Promotor und das Repressionssystem enthält. Gegebenenfalls
kann sich das Repressionssystem des Promotors des heterologen Gens
auch auf dem regulatorischen Vehikel befinden. Alle Bestandteile
können
auch auf unterschiedlichen Replikons liegen.
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In
einer bevorzugten Ausführungsform
der vorliegenden Erfindung ist der Anti-Repressor das ant des lambdoiden
Phagen P22. Ant wird in der immI-Region des Phagen P22 von Salmonella
typhimurium kodiert und beteiligt sich an einer nicht-kovalenten
Interaktion mit dem C-terminalen Teil des P22c2-Repressors und verhindert
dadurch die Dimerisierung des c2-Repressors,
die für
die Repressoraktivität
benötigt
wird, und bindet dadurch an den Operator.
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In
einer bevorzugten Ausführungsform
des Regulationssystems gemäß der vorliegenden
Erfindung, steht die Expression dieses Anti-Repressors unter der
Kontrolle eines induzierbaren Promotors wie PN25/O2 Die
Repression des PN25/O2-Promotors findet
beispielsweise mittels des lacI-Repressors von E. coli statt. Die
Induktion diese Promotors basiert auf einer Derepression und findet
vorzugsweise mittels Applikation von IPTG statt.
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Das
Regulationssystem gemäß der vorliegenden
Erfindung, ist ein flexibles System, wobei gemäß einer bevorzugten Ausführungsform
die Induktion der erwünschten
heterologen Proteinsynthese auf zwei Weisen stattfinden kann. Einerseits
kann die Herstellung des Anti-Repressors
bereits bei niedriger Temperatur durch die Zugabe von IPTG initiiert
werden, was zu einer Derepression des lambdoiden Promotors führt. Es
ist auch möglich,
die selbe bakterielle Kultur zu verwenden, wobei die konventionelle temperaturabhängige Induktion
immer noch angewendet werden kann.
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Das
Regulationssystem kann mit jedem Expressionsvektor angewendet werden,
der von Lambda abgeleitet ist. Als regulierbarer Promoter des heterologen
Gens wird der λPL-Promotor besonders empfohlen, aber die
Erfindung ist bestimmt nicht darauf beschränkt. Der λPR-Promotor oder jeder
beliebige lambdoide Promotor, der durch einen Repressor mit genügend hoher
Homologie in der C-terminalen Region zu dem durch ant zu erkennenden
P22c2 reprimiert werden kann, kann ebenfalls verwendet werden.
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Das
Prinzip der Erfindung, d. h. die Regulation eines Promotors, welcher
durch ein Repressionssystem mittels eines Anti-Repressors induzierbar
ist, der auf eine regulierte Art und Weise exprimiert wird, kann
natürlich
auch innerhalb des Umfangs der vorliegenden Erfindung in Konfigurationen
angewendet werden, welche anders sind, als die hierin spezifisch beschriebenen.
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Die
Erfindung betrifft weiterhin ein regulatorisches Replikon, das ein
Gen umfasst, welches für
einen Anti-Repressor kodiert, wobei das Gen des Anti-Repressors
unter der Kontrolle eines induzierbaren Promotors steht. Das Replikon
kann weiterhin ein Gen umfassen, welches für einen Repressor des induzierbaren
Promotors des Anti-Repressor-Gens kodiert. Ferner kann ein Gen,
das für
einen Repressor eines lambdoiden Promotors kodiert, ebenfalls im Replikon
anwesend sein.
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In
einer bevorzugten Ausführungsform
umfasst ein Replikon gemäß der vorliegenden
Erfindung das unter der Kontrolle des PN25/O2-Promotors
stehende Gen, welches für
das P22ant-Protein
von S typhimurium kodiert, das lacIq-Gen,
das unter der Kontrolle des pLacIq-Promotor
steht und das Gen, welches für
den cI857-Repressor kodiert.
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Eine
bevorzugte Ausführungsform
eines regulatorischen Replikons gemäß der vorliegenden Erfindung
ist in den 1 und 3 gezeigt. Beide Figuren zeigen
das Plasmid, das hierin als pICA2 bezeichnet ist. 3 zeigt die allgemeine Struktur und 1 die Restriktionskarte.
Die Konstruktion dieses Plasmids ist in den Beispielen beschrieben.
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In
einer alternativen Ausführungsform
des Replikons gemäß der vorliegenden
Erfindung kann das Replikon weiterhin die Regulationssignale umfassen,
einschließlich
des lambdoiden Promotors, welche für die Expression eines heterologen
Gens benötigt
werden.
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In
einer solchen Ausführungsform
gibt es daher keine zwei separaten Vektoren für Expression und Regulation,
sondern nur einen.
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Die
Erfindung betrifft ferner ein Expressionssystem, welches ein regulatorisches
Replikon und einen Expressionsvektor umfasst, der vom Phagen Lambda
abgeleitet ist. Beispiele von Expressionsvektoren, die vom Phagen
Lambda abgeleitet sind, sind pLT10T oder pLR10T.
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Letztendlich
betrifft die Erfindung ein Verfahren für die Herstellung eines Genprodukts
in einem heterologen Wirt, umfassend die Bereitstellung einer Kultur
eines Wirts, welcher die heterologe Sequenz umfasst, die für das Genprodukt
kodiert, wobei die Expression der heterologen Sequenz unter der
Kontrolle eines Regulationssystems steht, das wenigstens aus einem
lambdoiden Promotor, der operativ mit der heterologen Sequenz verbunden
ist, aus einem Gen, das für
einen Repressor des lambdoiden Promotors kodiert und aus einem Gen,
welches für einen
Anti-Repressor kodiert, besteht, wobei das Gen des Anti-Repressors
operativ mit einem induzierbaren Promotor verbunden ist, und wobei
die Methode die Induktion des Promotors des Gens des Anti-Repressors
umfasst. Falls der induzierbare Promotor des Gens des Anti-Repressors der PN25/O2-Promotor ist, kann er durch die Zugabe
von IPTG zur Kultur induziert werden.
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Unten
nachfolgend ist eine Zusammenfassung der Definitionen, die in dieser
Anmeldung verwendet werden.
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Anti-Repressor:
Protein, das einen Repressor neutralisieren kann und daher den reprimierten Promotor
aktiviert.
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Phage:
(Bakteriophage) Ein Virus, dessen Wirt ein Bakterium ist.
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Phage λ: (Bakteriophage
Lambda) Temperenter Bakteriophage, der Escherichia coli infiziert, gehört zur Familie
der Styloviridae.
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Phage
P22: (Bakteriophage P22) Temperenter Phage, der Salmonella typhimurium
infiziert, gehört
zur Familie der Podoviridae.
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Gen
Expression: Expression eines Gens durch Transkription und Translation
zu einem Polypeptid oder einem Protein (funktionales Protein).
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Temperenter
Phage: Phage, der seine genetische Information durch Infektion,
sowie mittels der Zellteilung des Wirts nach Insertion in das Genom weitergeben
kann.
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Immunität: (Phagen-Immunität) Resistenz gegenüber einer
Superinfektion mit Phagen, welche die selben oder homologe regulatorische
Elemente besitzen.
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Einschlusskörper: Diskrete
Strukturen, die aus nicht-nativ gefaltetem, coaguliertem Protein
bestehen.
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LMBP:
Laboratory of Molecular Biology Plasmid Collection, anerkannte Körperschaft
für die
Hinterlegung von Plasmiden, Teil der Belgian Coordinated Collection
of Microorganisms (BCCM).
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Plasmid:
Extra-genomische Replikationseinheit.
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Promotor:
DNA-Sequenz, welche die Initiierung der Transkription ermöglicht.
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Replikon:
Eine Einheit DNA-Replikation.
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Repressor:
Protein, das die Transkriptioninitiation auf einem oder mehreren
bestimmten Promotoren verhindert.
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Vektor:
Eine biologische Einheit, welche die Vervielfältigung der genetischen Information
sicherstellen kann.
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In
den unten stehenden Beispielen wird die Erfindung auf der Basis
des prokaryotischen lacZ-Gens und der eukaryotischen Gene, welche
für humanes
Interferon-γ (hIFNγ),
murines Interleukin 2 (mIL2) und humanes Interleukin 2 (hIL2) kodieren, als
Modellsysteme für
Proteinsynthese erläutert.
Für den
Fachmann wird es offensichtlich sein, dass mit dem hier beschriebenen
System auf eine analoge Art und Weise andere Gene in einer regulierten
Weise exprimiert werden können,
ohne dass zu diesem Zweck irgendeine erfinderische Tätigkeit
ausgeführt werden
muss.
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Beispiele
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Zunächst sind
im Folgenden die verwendeten Materialien und Methoden erläutert. Danach
ist die Erfindung in den Beispielen erläutert. Für die Stützung der meisten Methoden
ist ferner ein Hinweis auf Sambrook et al. (1989) Molecular cloning:
a Laboratory Manual, 2. Ausg. Cold Spring Harbor Laboratory Press,
Cold Spring Harbor, USA, und Miller, J. (1972) Experiments in Molecular
Genetics, Cold Spring Harbor Laboratory, NY, gegeben.
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Materialien und Methoden
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1. Bakterienstämme, Phasen
und Plasmide
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Alle
Klonierungsexperimente wurden in E. coli MC1061 (hsdR mcrB araD139 Δ(araABC-leu)7697ΔlacX74 galU
galK rpsL thi) (Casadaban und Cohen, 1980) ausgeführt, der
mit δ lysogenisiert
wurde, als δPL-enthaltende Plasmide vermehrt wurden. Expressionsexperimente
wurden in MCI061 ausgeführt,
der mit einem regulatorischen Plasmid (zum Beispiel pcI857 oder
pICA2) transformiert wurde.
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Der
Repressor stammte von pcI857 (LMBP537), einem Vektor mit einer hohen
Kopienzahl (P15A Replikon), welcher ein autogen reguliertes cI857
Gen trägt,
das für
eine temperatursensitive cI-Mutante kodiert (Remaut et al., 1983).
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S.
typhimurium L72 (ATCC 19 585) wurde in Nutrient Broth (Difco 0001)
angezogen, das mit 0,5% NaCl supplementiert war. Stocks des Phagen
P22 (ATCC 19 585-B1) wurden von Platten konfluenter Lysis gewonnen,
die hergestellt wurden, indem auf frisch zubereiteten Nährstoff-Agarplatten
ein Überschuss
von Plaque-bildenden Einheiten verwendet wurde. Der mazerierte Softagar,
wurde durch Zentrifugation geklärt,
um die Phagenpartikel zu isolieren. P22-DNA wurde mittels Phenolextraktion
aufgereinigter Phagenpartikel präpariert.
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pLR10T
ist ein von pLT10T abgeleiteter Vektor (Mertens et al., 1995b),
in welchem der eigentlichen Translationsinitationsstelle ein kleines,
gut translatiertes Cistron vorausgeht, welches aus einer Fusion
der N-terminalen Region von T7g10 und dem C-terminalen Anteil des
E. coli trpB-Gens resultiert (1).
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pDMI,1
(LMBP1594) wurde von Dr. Dietrich Stüber (Hoffmann-La Roche, Basel,
Schweiz) erhalten (siehe 2).
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2. Plasmidkonstruktion
(3)
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Plasmid-DNA-Aufreinigung
wurde ausgeführt
wie in Sambrook et al., 1989, beschrieben. Alle Enzyme, die für die Plasmidklonierung
verwendet wurden, wurden von New England Biolabs oder Boehringer
Mannheim bezogen und gemäß der Empfehlungen
der Anbieter verwendet.
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Die
P22 ant-Region wurde mittels einer PCR mit der Vent-DNA-Polymerase
(New England Biolabs) ausgeführt,
wobei 5'-ATCAGAATTCGCGGTAACAGTCAGGGCTTCGG-3' Vorwärtsprimer und
5'-TTAAGGATCCGAAGCTGGGTCGTTGCGTTGG-3' als Rückwärtsprimer
verwendet wurden. Diese amplifiziert eine 1054 bp lange DNA-Region, welche
die Koordinaten 498–1531
der POP22IMM Genbank Sequenz umspannt (Sauer et al., 1983). Diese
beinhaltet die ant-kodierende Region mit ihrer eigenen Ribosomen-Bindestelle
und fügt
eine BamHI-Restriktionsstelle an das 3'-Ende an.
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Das
amplifizierte Fragment wurde mit BamHI geschnitten und in einen
mit SmaI und BamHI geöffneten
pDS12-Vektor legiert (Stueber et al., 1984). Ein XhoI-BamHI-Fragment
aus pDS12ant (mit der PN25/O2-ant-Kombination)
wurde mit dem cI857-Gen auf einem EcoRI-BamHI-Fragment kombiniert, das von pAT153cI857
stammt (Mertens et al., 1995a), (LMBP1065), ein lacIq-enthaltendes
Fragment aus pUC18lacIq (LMBP3259), das
mit AatII und EcoRI geschnitten wurde und ein AatII-SalI-pBR322 (LMBP140)-Vektoranteil.
Das resultierende pICA1 ist ein in hoher Kopienzahl vorliegendes
Plasmid, welches eine Kombination von lacIq,
cI857 und PN25/O2 ant enthält, welches
gemäß der Erfindung
nützlich
ist. Aus diesem Plasmid wurde ein EagI-PstI-Fragment mit einem mit
PstI und XhoI geschnittenen pUC18Kan (Pharmacia, Schweden) kombiniert
und enthält
ein npt-Gen (KmR (Kanamycin-Resistenz)) und mit
einem XhoI-EagI-Vektorfragment aus pLG339 (Stoker et al., 1982),
um das Plasmid pICA2 gemäß der Erfindung
zu erhalten. pICA2 (1)
ist ein Plasmid, das in geringer Kopienzahl vorliegt, und das im
Hinblick auf den Replikationsursprung (pSC101) und die Antibiotikaselektion
mit allen geläufigen
Expressionsvektoren kompatibel ist.
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3. Geninduktion und Proteinanalyse
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Die
pCI857, pICA1 oder pICA2 enthaltenden Stämme wurden während der
Manipulationen vor der Induktion bei nicht-permissiver Temperatur
(28°C) gehalten.
Die λPL-abhängige Temperaturinduktion wurde
in MC1061 mit entweder pICA2 gemäß der Erfindung,
oder mit dem bekannten pcI857 ausgeführt, indem die Temperatur der
Kultur von 28°C
auf 42°C angehoben
wurde. MC1061 (pICA1) und MC1061 (pICA2) wurden bei Temperaturen
von 28°C
oder geringer durch das Hinzufügen
von IPTG bis zu einer Endkonzentration von 1 mM induziert. Die Zellen wurden
geerntet, in Ultraschallpuffer resuspendiert (SB, 10 mM Tris-Cl
pH 7,5; 0,1 M NaCl; 5 mM DTT; 10% Glyzerin) und bei –20°C eingefroren.
Aliquots (üblicherweise
200 μl)
wurden bei 37°C
aufgetaut und auf Eis gekühlt.
Die Zellen wurden anschließend durch
Ultraschallbehandlung auf Eis aufgebrochen, wobei ein Sonicator
von Sonics & Materials
(Danbury CT, USA) mit einer Mikrospitze verwendet wurde. Anschließend wurden
die Lysate mittels einer Zentrifugation bei 15000 g für 15 Minuten
geklärt.
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Vor
dem Cytokin-Assay wurden die Lysate in SB verdünnt und mit einem Zelluloseacetatfilter
mit einer Porengröße von 0,22 μm filtriert.
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β-Galaktosidase
wurde bestimmt, indem ONPG als Substrat verwendet wurde (Miller,
1972).
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Die
mIL2-Titer wurden durch einen Proliferations-Assay bestimmt, wobei
die IL2-abhängige zytotoxische
T-Zelllinie CTLL-2 verwendet wurde (Guisez et al., 1993).
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Die
humane Interferon-γ-Aktivität wurde
auf humanen FS4-Zellen durch einen Assay auf Reduktion des zytophatischen
Effekts bestimmt, wobei der Encephalomyocarditisvirus als Angriffsvirus
verwendet wurde (Devos et al., 1982).
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Beispiel 1
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Konstruktion eines regulatorischen
Plasmids für
die IPTG-Induktion von λPL
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Das
ant-Gen des Phagen P22 von S. typhimurium wurde aus gereinigter
P22-DNA amplifiziert und in den pDS12 Expressionsvektor kloniert,
wie in Material und Methoden beschrieben ist. Auf diese Weise war
das Gen unter der Kontrolle des PN25/O2-Promotors
(Stueber et al., 1984) und mit IPTG induzierbar. Die Induktion des
resultierenden Expressionsplasmids pDS12ant resultierte in einer
hohen Herstellung des Repressors P22 ant (4B).
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Das
ant-Gen wurde anschließend
mit lacIq und λcI857 auf eine Weise kombiniert,
so dass die unterschiedlichen Promotoren die Expression jedes einzelnen
Gens nicht störten.
Die resultierende Kombination (pICA1) wurde in ein Replikon mit
geringer Kopienzahl transferiert, das ColE1-kompatibel ist und von
pSC101 stammt und ebenso einen Kanamycin-Resistenz Selektionsmarker
trägt (Stoker
et al., 1982). Das resultierende Plasmid pICA2 enthält alle notwendigen
Informationen für
die Repression von λPL oder λPR (mittels cI857) und für die Repression (mittels lacIq) und die Induktion (vom PN25/O2-ant
Promotor aus) des Anti-Repressors und kann daher als ein geeignetes
expressionsregulatorisches Plasmid für die IPTG-induzierte λPL oder λPR Expression verwendet werden, wenn es mit
einem Expressionsplasmid kombiniert wird, das ein Gen unter der
transkriptionellen Kontrolle des λPL oder λPR-Promotors enthält.
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Beispiel 2
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Enge (tight) Regulation
und Expression bei niedrigen Temperaturen mit dem P22 ant-basierten
Expressionssystem
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Um
die Eigenschaften des neuen Expressionssystems zu quantifizieren,
wurde ein Expressionsvektor verwendet, der als Modellgen ein λPL-angetriebenes lacZ-Gen für die Proteinsysthese
beinhaltet. Dieser Vektor ist in der Lage, mittels der Translations-gekoppelten
Translationsinitiation hohe Mengen von funktionaler β-Galaktosidase
zu induzieren (Mertens et al., 1995a; Mertens et al., 1997).
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Die
nicht-induzierte Menge von β-Galaktosidase,
die durch eine mögliche
kontinuierliche Anwesenheit von niedrigen Konzentrationen nicht-induziertem
Anti-Repressorprotein beinflusst werden könnten, waren vergleichsweise
gering, als die pICA2 oder pcI857-Plasmide (ohne Anti-Repressor) verwendet
wurden. Dies bedeutet daher, dass geringe, nicht-induzierte Mengen
von Anti-Repressorproteinen wahrscheinlich nicht anwesend sind,
da, wenn dies in der Tat der Fall wäre, eine höhere Expression von lacZ zu
erwarten gewesen wäre.
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Untersuchungen über die
Induktionskinetik des lacZ-Gens wurden in MC1061[pICA2] bei 18°C, 24°C, 28°C, 37°C oder 42°C nach Zugabe
von 1 mM IPTG ausgeführt
(4A). Temperaturen über 28°C denaturieren
gleichfalls den temperatursensitiven cI857 λ-Repressor und geben einen Hinweis
auf die Höhe
der mit diesem Vektor durch Thermoinduktion erreichbaren Expression.
Aus der 4A kann geschlossen
werden, dass maximale β-Galaktosidasemengen
durch die Zugabe von IPGT bei niedrigeren Temperaturen erreicht
werden können.
Wie erwartet, war die Induktionskinetik bei Temperaturen von unter 28°C langsamer,
weil unter diesen sub-optimalen Wachstumsbedingungen eine geringere
Wachstumsrate und ein geringerer Stoffwechsel erreicht werden.
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4B vergleicht die Menge
des induzierten Proteins in MC1061[pICA2][pLRI0βgal] und MC1061[pDMI,1][pDS12ant],
und zeigt, dass die hohe Expressionsmenge von P22 ant, die mit der Verwendung
des Expressionsvektors pDS12ant mit hoher Kopienzahl erreicht wurde,
nach der Übertragung
der PN25/O2-ant Kombination auf ein Plasmid
mit geringer Kopienzahl (6–10
Kopien/Zelle) verschwindet, während
die Fähigkeit,
den lambdoiden Promotor durch Induktion von ant zu induzieren, erhalten bleibt.
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Die
Verminderung der Synthese des Repressor-Antagonisten auf weniger
als 1% der Gesamtproteinsynthese ist vorteilhaft, weil das Hauptanliegen darin
liegt, eine große
Menge eines bestimmten Proteins zu erhalten – von dem Gen, welches hinter
den starken lambdoiden Promotor inseriert wurde – und die ultimative Ausbeute
dieses Zielproteins kann nachteilig beeinflusst werden, wenn der
Repressor-Antagonist in großen
Mengen hergestellt werden muss.
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Beispiel 3
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Die Induktion bei niedriger
Temperatur kann die Herstellung von löslichen, heterologen Proteinen
verbessern
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Die
zu einer hohen Expressionsmenge führende Induktion, besonders
bei erhöhten
Temperaturen, bei denen der Stoffwechsel von E. coli hoch ist, resultiert
häufig,
wie oben bereits angedeutet, in der Herstellung von Einschlusskörpern, während zur
selben Zeit das weitere Zellwachstum oft inhibiert ist. Aus Gründen, die
bislang noch nicht vollständig
geklärt
sind, ist die Induktion bei niedrigen Temperaturen vorteilhafter,
wenn die Herstellung von korrekt gefaltetem, löslichem Protein, erforderlich
ist (Lin et al., 1990; Shirano & Shibata,
1990; Schein und Noteborn, 1988; Bishia et al., 1987; Mizukami et
al., 1986).
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Dieses
Beispiel untersucht daher, ob verschiedene Verfahren der Induktion
(Anhebung der Temperatur oder IPTG), in unterschiedlichen Mengen des
löslichen
Proteins, resultieren.
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Zu
diesem Zweck wurden Expressionsvektoren verwendet, die von pLT10T
(Mertens et al., 1995) abstammen, und eines der folgenden Gene beinhalten:
das prokaryotische T7g10 oder Thioredoxin, zwei Proteine, die leicht
in E. coli exprimiert werden können;
humanes Interferon-γ (hIFNγ) und murines Interleukin-2
(mIL2).
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5 vergleicht die Herstellungsmengen, die
entweder nach Thermoinduktion oder nach einer IPTG-Induktion bei
niedriger Temperatur erreicht wurden. Von den prokaryotischen Beispielen,
T7g10 und Thioredoxin, kann leicht abgeleitet werden, dass in der
selben Zeitspanne die selbe Menge an heterologem Protein induziert
werden kann. Die Stämme, die
mittels IPTG induziert wurden, wuchsen weiter und synthetisierten
schließlich
eine größere Menge des
Wirtsproteins (5B, Spur
B). Dies resultierte in einer geringeren Ausbeute im Vergleich mit
dem Gesamtproteingehalt (% des Gesamtproteins), ergab aber praktisch
die selbe absolute Ausbeute (mg Protein pro Liter Kultur). In der
Figur werden äquivalente Mengen
von bakteriellen Kulturen miteinander verglichen.
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6 zeigt die Aktivitäten von
mIL2 und hIFNγ,
die nach der Induktion durch Temperaturerhöhung oder mittels IPTG-Induktion
erhalten wurden.
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In
diesen Experimenten mit den eukaryotischen Proteinen humanes Interferon-γ und murines Interleukin-2,
zwei Proteine, die leicht in E. coli aggregieren, wird nach der
IPTG-Induktion bei
geringerer Temperatur weniger heterologes Protein gebildet (5A). Allerdings resultiert
die hohe Expression bei 42°C
ausschließlich
in der Bildung von Einschlusskörpern,
während
nach der IPTG-Induktion bei 28°C
eine beachtliche Menge an löslichem
Protein hergestellt wird (6A und 6B). Die auf dem Gel sichtbare
lösliche
Proteinfraktion entspricht der erhaltenen Menge an Aktivität nach einer
biologischen Titration.
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Beispiel 4
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Verwendung des ant-basierten
Induktionssystems von unterschiedlichen Replikons
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In
einer bevorzugten Ausführungsform
der Erfindung, findet die Synthese des Repressors, des Anti-Repressors
und des Repressors des Promotors, der das Gen des Anti-Repressors kontrolliert,
von einem Plasmid mit geringer Kopienzahl aus, statt. Dieses Beispiel
erläutert
die Verwendung des ant-Systems von anderen Replikons.
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Von
Fall zu Fall wurden die regulatorischen Gene (der durch den auto-regulatorischen
Promotor PM kontrollierter Repressor cI857,
der durch den PN25/O2-kontrollierte Anti-Repressor
ant und der durch den konstitutiven PlacI q-Promotor kontrollierte Gen lacI) von einem
Plasmid hoher Kopienzahl und einem ColE1/pMB1-Replikationsursprung
aus induziert (7A).
Das Gen für
die Expression (humanes Interleukin 2, hIL2) wurde auf einem Plasmid
mit hoher Kopienzahl und einem breiten Wirtsspektrum mit dem λPL-Promotor und einer prokaryotischen Ribosomen-Bindestelle
(die aus dem ner-Gen des Phagen Mu stammt) verbunden. Dieses Plasmid
beinhaltet auch eine extra Kopie des λPL Repressor-Gens cI857.
Das pPLGNIhIL2-Plasmid
beinhaltet ebenfalls die benötigten
Funktionen, die für
die Replikation in anderen Bakterien nötig sind (7B).
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Die
Induktion wurde nach der Zugabe von 0, 0,1 oder 1 mM des Induktors
IPTG untersucht, der eine Induktion von ant vom PN25/O2-Promotor
aus ermöglicht,
was wiederum zu einer Inhibierung des λPL-Repressors
cI857 führt
und daher den λPL aktiviert, was in einer Überexpression
von, in diesem Fall, hIL2 resultiert (7C).
Diese Induktionen wurden bei 28°C
ausgeführt
und mit der klassischen Temperaturdeaktivierung von cI857 verglichen,
indem die Bakterien weiter bei 42°C
kultiviert wurden.
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In
diesem Beispiel sind die relative Produktion von hIL2 bei der Verwendung
des ant-Systems, und
bei der Temperatur-Induktion, ungefähr gleich. Die Temperatur-Induktion
bei 42°C
wies allerdings einen größeren wachstumsinhibierenden
Effekt auf (das Gel zeigt äquivalente
Proben von Kulturmedium).
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Beispiel 5
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Ein ant-basiertes Expressionssystem
für die
lambdoiden Pomotoren P22PL und P22PR
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Die
Induktion eines Repressor-Antagonisten, um einen Promotor zu induzieren,
kann prinzipiell auf andere Promotoren als den λPL angewendet
werden. In diesem Beispiel wird ein Vektorsystem beschrieben, das
vom P22 ant-Gen Gebrauch macht, um den homologen P22c2-Repressor zu deaktivieren
und daher zu einer Induktion von P22PL oder
P22PR führt.
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Zu
diesem Zweck wurde zunächst
das Plasmid pICA3 konstruiert, das von pICA2 abstammt, aber das
statt des λcI857-Repressor-Gens
das P22c2-Repressor-Gen beinhaltet. Der λPL-Promotor in
pLT1OT3 wurde ferner durch, sowohl den P22PL (pLT22T3),
als auch den P22PR (pRT22T3), ersetzt. Sowohl
pICA3, als auch pLT22T3 und pRT22T3, sind in 8 gezeigt.
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Beispiel 6
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Ein ant-basiertes regulatorisches
System für λPL und λPR, das mit L-Arabinose induzierbar ist
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Im
regulatorischen Plasmid pICA2 wird die ant-Induktion durch den IPTG-induzierbaren
PT5N25/O2 kontrolliert. Die Kontrolle der
ant-Genexpression kann prinzipiell von jedem beliebigen induzierbaren Promotor
stammen. Vorzugsweise ist der Promotor der Wahl auch bei niedrigeren
Temperaturen induzierbar (28°C
oder niedriger). Vorzugsweise wird der Promotor der Wahl auch gut
reguliert. Wenn dies nicht der Fall wäre, kann die Expressionsstärke der nicht-induzierten
Kultur ausreichen, um eine kontinuierliche Expression zu initiieren.
Eine unkontrollierte Expression resultiert wahrscheinlich in einem
letztendlichen Verlust des funktionellen Expressionsstamms.
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In
diesem Beispiel wurde ein regulatorisches Plasmid konstruiert, das
die Promotorregion des E. coli Arabinose Operons (ParaBAO)
und das Gen, welches den araC-Repressor dieses Promotors kodiert, enthält. Das
ant-Gen wird auf diese Weise durch einen Promotor kontrolliert,
der durch die Zugabe von L-Arabinose induzierbar ist.
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Der
ParaBAD-Promotor und das araC-Repressor-Gen, das den Repressor für diesen
Promotor kodiert, wurden aus einem Wildtyp E. coli-K12-Bakterienstamm
amplifiziert, wobei die PCR-Primer NM73 (ATATATCCAAGGTTAT-GCAATCGCCATCGTTTCACTCC)
und NM72 (ATATCGGCCGTTATGACAACTTGACGGCTACATC) verwendet wurden. Die
PCR-Amplifikation
wurde mit der Vent-DNA-Polymerase (New England Biolabs) ausgeführt, und
das resultierende Fragment wurde zwischen die XmaIII und StyI Restriktionsstellen
kloniert, die in pICA2 vorhanden sind. Das resultierende Plasmid
pICA5 wurde mit einer Restriktionskartierung und einer PCR-Analyse
charakterisiert, und das PCR-amplifizierte Insert wurde sequenziert. 9 zeigt das Plasmid pICA5.
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Beispiel 7
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Vergleich des λPL-ant Induktionssystems mit anderen IPTG-induzierbaren
Expressionssystemen
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Obwohl
der λPL-Promotor zu den stärksten Promotoren gehört, die
von der E. coli-Transkriptionsmaschinerie
erkannt werden, ermöglicht
der T7-Promotor, der durch eine extrem aktive T7 RNA-Polymerase
(T7RNAP) erkannt wird, die Bildung einer weitaus größeren Menge
von mRNA (Studier und Moffatt, 1986). Ein gut kontrolliertes IPTG-basiertes
Induktionssystem für
die T7RNAP, das ebenfalls auf einem von pSC101 abgeleiteten Plasmidsystem
niedriger Kopienzahl beruht, wurde bereits vorhergehend beschrieben
(Mertens et al., 1995b). Die Expressionsplasmide pLT10mIL2T und pLT10hIFNγT, die beide
die λPL und PT7-Promotoren beinhalten
(Mertens et al., 1995a), wurden verwendet, um die Expression zu
vergleichen, die entweder vom PT7 oder dem λPL-Induktionssystem nach Zugabe von IPTG erhalten
wurden (10A).
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Auffallender
Weise hörten
die Zellen, die das T7-basierte Induktionssystem beinhalteten, beinahe sofort
nach der Induktion auf zu wachsen, während diese Zellen, die mit
dem λPL-ant-System
induziert wurden, weiter proliferierten. Dies resultierte in einer beinahe
10-fachen höheren
Biomasse nach 4 h der Induktion bei 28°C. Beachtenswerter Weise befanden
sich nach der Induktion des PT7T7RNAP-Systems
das gesamte mIL2 und fast das gesamte hIFNγ in der unlöslichen Phase, während bei
Verwendung des λPL-ant-Systems ungefähr 50% des heterologen Proteins
in der löslichen
Phase gefunden werden konnte.
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Die
Kombination der kodierenden Sequenz von hIFNγ mit dem starken RBST7g10 führte zu
einer vorteilhaften Translationsinitiationsregion (Mertens et al.,
1995a). Bei Kombinationen mit einem starken Promotor auf einem Plasmid
hoher Kopienzahl, wurde eine reichliche Expression nach der Induktion
erreicht. Um den Unterschied der Promotorstärke zwischen verschiedenen
IPTG-induzierbaren Promotoren wie Ptrc (Amann
et al., 1988), PT5N25/O2 (Stueber et al.,
1984) und PT7 (Mertens et al., 1995b; Studier
et al., 1990) und dem λPL-ant-System zu betonen, wurde die RBS-Gen-Terminator-Kombination,
die mit den vorhergehend genannten Promotoren kombiniert ist, auf
ein RK2-Replikon transferiert (Blatny et al., 1997). Dies resultierte
in Expressionsplasmiden mit einer viel geringeren Kopienzahl, als
die der üblicherweise
verwendeten ColE1-abgeleiteten Vektoren. Anschließend wurde
dann die Induktion von hIFNγ bei
der Verwendung dieser Vektoren verglichen. Die Verwendung des stärkeren PT7 resultierte in einer höheren Herstellungsmenge, aber
das gesamte hergestellte hIFNγ war
unlöslich.
Die Verwendung des Ptrc- und PT5N25/O2-Promotoren
resultierte nicht in einer visuell nachweisbaren Menge von induziertem
Protein ausgehend von diesem Vektor niedriger Kopienzahl nach der
Färbung
einer SDS-PAGE mit Coomassie Brilliant Blue. Wenn allerdings das λPL-ant-System verwendet wurde, wurde eine
deutlich nachweisbare Menge von hIFNγ synthetisiert, während das
Protein vollständig
löslich
blieb (10B).
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10 zeigt, dass bei der Verwendung
des λPL-ant-Systems die Induktion bei 28°C zu einer
effizienteren Herstellung von funktionalem Protein führt als
andere IPTG-induzierbare Expressionssysteme. 10A stellt die SDS-PAGE-Analyse von löslichen (S)
und pelletierten (P) Proteinen nach Induktion von pLT10mIL2T oder
pLT10hIFNγT
in entweder MC1061[pT7POL26] (Induktion des T7 Promotors) oder in
MC1061[pICA2] (Induktion des λPL-Promotors) dar. Induktion wurde erreicht
durch Kultivierung für
5 h bei 28°C
in der Gegenwart von IPTG. Mit der Verwendung des λPL-ant-Induktionssystems wurde deutlich mehr
lösliches
mIL2 erzielt. Im Gegensatz zum T7-System erlaubt es das letztere
System den Kulturen auch, ihr Wachstum fortzusetzen, was daher in
einer höheren
Akkumulation von Biomasse resultierte.
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10B stellt einen Vergleich
der Expression des RBST7g10-hIFNγ-T7Tϕ-Moduls
dar, das mit einigen verschiedenen IPTG-induzierbaren Promotoren
auf einem RK2-abgeleiteten Plasmid geringer Kopienzahl kombiniert
wurde, (S=lösliche,
P=pelletierte Fraktion). Pfeilspitzen markieren die Position des
induzierten Proteins. Die Proteinmarker (M) sind 94, 67, 43, 30,
21 und 14 kDa.
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