DE10222632A1 - Mikrosatellitenmarker für genetische Analysen und zur Unterscheidung von Rosen - Google Patents

Mikrosatellitenmarker für genetische Analysen und zur Unterscheidung von Rosen

Info

Publication number
DE10222632A1
DE10222632A1 DE10222632A DE10222632A DE10222632A1 DE 10222632 A1 DE10222632 A1 DE 10222632A1 DE 10222632 A DE10222632 A DE 10222632A DE 10222632 A DE10222632 A DE 10222632A DE 10222632 A1 DE10222632 A1 DE 10222632A1
Authority
DE
Germany
Prior art keywords
microsatellite
sequence
primer
pcr
primers
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Granted
Application number
DE10222632A
Other languages
English (en)
Other versions
DE10222632B4 (de
Inventor
Karl-Heinz Sues
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
CON CIPIO GmbH
Original Assignee
CON CIPIO GmbH
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by CON CIPIO GmbH filed Critical CON CIPIO GmbH
Priority to DE10222632A priority Critical patent/DE10222632B4/de
Priority to AU2003245833A priority patent/AU2003245833A1/en
Priority to PCT/DE2003/001572 priority patent/WO2003097869A2/de
Publication of DE10222632A1 publication Critical patent/DE10222632A1/de
Application granted granted Critical
Publication of DE10222632B4 publication Critical patent/DE10222632B4/de
Anticipated expiration legal-status Critical
Expired - Fee Related legal-status Critical Current

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6881—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for tissue or cell typing, e.g. human leukocyte antigen [HLA] probes
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/13—Plant traits
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers

Landscapes

  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

Mikrosatelliten aus Pflanzen der Gattung Rosa, einschließlich den isolierten Mikrosatelliten, Primern aus flankierenden Regionen der Mikrosatelliten, ein Verfahren zur Herstellung der Mikrosatelliten und deren Verwendung zur Genothypisierung von Pflanzen der Gattung Rosa.

Description

  • Der Erfindung betrifft neuartige genetische Marker für genetische Analysen und zur Unterscheidung von Rosen.
  • Mögliche Anwendungsgebiete sind marker-gestützte Selektion und Herkunfts- und Variationsanalysen in Pflanzenzüchtung, Gartenbau und Landwirtschaft.
    • Stand der Technik
  • Rosa ist eine Gattung mit über 20 Arten allein in Deutschland, deren taxonomische Einteilung sich noch weitgehend in der Diskussion befindet (Haeupler H., Muer T., Bildatlas der Farn- und Blütenpflanzen Deutschlands). Die Gattung umfasst Arten unterschiedlicher Ploidiestufen und unterschiedlichster geographischer Herkunft. Eine Vielzahl von Wildrosenarten kommt auf allen Kontinenten der Nordhalbkugel vor. Zudem sind natürliche Hybriden von im selben Habitat vorkommenden Rosenarten häufig, wodurch die Definition klar differenzierter Arten zusätzlich erschwert wird.
  • Andererseits ist die leichte Kreuzbarkeit von verschiedenen Rosenarten die Grundlage der großen Vielfalt von durch Züchtung entstandenen Sorten. Diese Vielfalt umfasst Sorten mit unterschiedlicher Blütenfarbe und -form, unterschiedlicher Blühdauer (jährlich nur einmal blühend oder remontierend), Pflanzengröße und Wuchsform (Strauch-, Hecken-, Beet-, Kletter-, Bodendeckerrosen usw.), Art der Belaubung und Bestachelung, Aussehen der Früchte (Hagebutten), Winterhärte, Krankheitsresistenz und Ansprüchen an die Bodenqualität.
  • Für eine sichere Bestimmung von Arten und Sorten (die meist Ergebnisse komplexer Kreuzungen sind) ist in den meisten Fällen Blüte, Frucht, Bestachelung, Belaubung und Wuchsform mit einzubeziehen. Somit ist im Allgemeinen auch für den Fachmann kurzfristig lediglich eine Zuordnung zu einer Gruppe von Arten und Sorten möglich, nicht aber eine eindeutige Bestimmung.
    • Aufgabe-Lösungszusammenhang
  • Die Aufgabe der Erfindung besteht darin, neue Mikrosatellitenmarker zur genetischen Analyse von Pflanzen der Gattung Rosa bereitzustellen.
  • Die Aufgabe der Erfindung gemäß den Ansprüchen 1 bis 15 realisiert.
    • Wesen der Erfindung
  • Die erfindungsgemäßen Marker basieren auf der Amplifikation bestimmter hypervariabler Genomabschnitte, den sogenannten Mikrosatelliten, mit Hilfe der Polymerasekettenreaktion (PCR). Zur spezifischen Amplifikation werden für jeden Mikrosatelliten-Locus zwei Primer, jeweils links und rechts in den flankierenden Sequenzen benötigt. Diese Primer sind im Durchschnitt 23 +/- 5 Basen lang und durch ihre Sequenzen definiert. Ein Mikrosatellitenmarker ist im Prinzip eine sequence tagged site (STS), welche durch zwei spezifische Primer definiert ist. Diese Primer flankieren, jeweils links und rechts eine sogenannte Mikrosatellitensequenz. Eine Mikrosatellitensequenz ist definiert als tandemrepetitive Wiederholung einer Di-, Tri- oder Tetranukleotidsequenz, beispielsweise (GA)n, wobei n 8 ist. Es treten auch zusammengesetzte Mikrosatellitensequenezn auf, beispielsweise (GT)n(AT)n, sowie imperfekte Sequenzen, bei welchen einzelne Basen mutiert sind, beispielswise (GT)nCA(AT)n. Zwischen verschiedenen Linien und Sorten kommt es zu Variationen der Anzahl der Repeats an einem bestimmten Locus. Dies führt nach Amplifikation des Mikrosatelliten mittels der spezifischen Primer in den flankierenden Sequenzen zu PCR-Produkten verschiedener Länge und damit zu Polymorphismus. Diese Polymorphismen werden stabil vererbt und können daher als genetische Marker verwendet werden. In manchen Fällen treten auch Nullallele (kein sichtbares Fragment) auf, wenn Mutationen innerhalb der Bindungsstelle für die Primer vorhanden sind.
  • Über die biologische Funktion dieser der repetitiven Fraktion des Genoms zugeordneten Motive gibt es bisher keine gesicherten Erkenntnisse. Es wurde jedoch festgestellt, daß die Anzahl der Wiederholungen eines Mikrosatellitenmotivs zwischen nah verwandten Arten, Sorten und Linien variabler ist als der übrige (insbesondere codierende) Teil des Genoms. So könnten z. B. drei Rosensorten einen Mikrosatelliten tragen, der in der Länge variiert (12, 14 und 17 Wiederholungen des Motivs GT), dessen flankierende Sequenzen aber in allen drei Sorten identisch sind. Somit kann durch PCR relativ leicht ein Längenunterschied nachgewiesen werden: ein Primerpaar bestehend aus je einem Primer links und rechts von der Mikrosatellitensequenz wird zur Amplifikation eines DNA- Fragments aus jeder der drei Linien verwendet.
  • Diese Fragmente unterscheiden sich dann in ihrer Länge: das Produkt der zweiten Sorte ist um 4 bp grösser als das der ersten Sorte, das Produkt der dritten Sorte um 10 bp. Dieser Längenunterschied (Längenpolymorphismus) kann z. B. durch verschiedene Techniken der hochauflösenden Elektrophorese (z. B. Kapillarelektrophorese) nachgewiesen werden. Damit sind diese drei Rosensorten eindeutig unterscheidbar, und zwar in jeder Entwicklungs- und Verarbeitungsstufe, aus der DNA gewonnen werden kann (Blatt, Blüte, Frucht, Same, Keimling, evtl. auch Rosenöl, Hagebuttenmarmelade, Tee, Trockensträuße usw.).
  • Die Auftrennung und Detektion der erhaltenen PCR-Produkte kann mit verschiedenen technischen Varianten durchgeführt werden. Für die Auftrennung der Fragmente können hochauflösende Agarosegele, native Polyacrylamidgle oder denaturierende Polyacrylamidgele (= Sequenziergele) verwendet werden. Die Auftrennung kann auch auf massenspektrometrischem Wege durchgeführt werden. Die Detektion der Fragmente kann je nach Trennungssystem über Ethidiumbromidfärbung, Silberfärbung oder bei radioaktiver Markierung der PCR-Fragmente über Autoradiographie erfolgen. Eine weitere sehr effektive Variante der Auftrennung und Detektion besteht im Einsatz eines automatischen Sequenziergerätes mit farbstoff- bzw. fluoreszenzmarkierten Primern. Hierzu ist erforderlich, einen Primer aus jedem Mikrosatelliten-Primerpaar farbstoff- bzw. fluoreszenzmarkiert zu synthetisieren. Aus der PCR- Amplifikation resultiert ein markiertes Produkt, welches von dem Sequenziergerät detektiert werden kann. Dabei werden für jede Probe farbstoff- bzw. fluoreszenzmarkierte Größenstandards in derselben Spur mit aufgetrennt. Eine spezielle Software erlaubt es danach, die absolute Größe jedes aufgetrennten Fragmentes zu berechnen und somit auch Fragmente zwischen verschiedenen Gelläufen zu vergleichen. Mit dieser Methode können pro Tag mehrere hundert Proben weitgehend automatisch analysiert werden.
  • Untersucht man eine größere Zahl von Sorten, so geht diese Eindeutigkeit verloren: Bei 100 Sorten werden mehrere Sorten dieselbe PCR-Produktgrösse zeigen und durch einen einzigen Mikrosatellitenmarker nicht voneinander unterscheidbar sein. Deshalb müssen mehrere Mikrosatellitenmarker, die unabhängig voneinander in ihrer Länge variieren, parallel untersucht werden. Daraus ergibt sich für jede untersuchte Rosensorte eine eindeutige Kombination von Mikrosatelliten- Fragmentlängen, die als der "Fingerprint" dieser Sorte bezeichnet werden kann.
  • Für Rose wird eine Anzahl von 25 Mikrosatellitenmarkern ausreichen, um über 90% der im Handel befindlichen Sorten voneinander zu unterscheiden. Bei Weizen liegt die Zahl z. B. bei 21 Markern für eine Unterscheidung von 95% aller Sorten. Mit diesem Ansatz nicht unterscheidbar bleiben sogennante "Sports", also neue Rosensorten, die durch Spontanmutation aus einer bereits existierenden Sorte hervorgegangen sind und sich in nur einer Eigenschaft (z. B. Blütenfarbe oder Wuchsform) von dieser unterscheiden. Die beiden Genome sind in diesem Fall, abgesehen von der Mutation, identisch und mit dem beschriebenen Markerset wahrscheinlich nicht zu differenzieren.
  • Erfindungsgemäß werden Mikrosatellitenmarker bereitgestellt, die folgende Primerpaare mit zugeordneten Mikrosatellitensequenzen bzw. eine Anzahl davon enthalten und die Loci verschiedener Chromosomen des Genoms von Pflanzen der Gattung Rosa amplifizieren und daher zur Genmarkierung Verwendung finden.





  • Erklärung zur obenstehenden Tabelle:
    Spalte A: Name Name des Mikrosatellitenmarkers; RMS für RosenMikroSatellit; fortlaufende Nummern von 001 bis 150
    Spalte B: Motiv Mikrosatellitenmotiv in der DNA- Sequenz, fuer das ein Primerpaar gesetzt wurde
    Spalte C: Produktgroesse (bp) anhand der DNA-Sequenz ermittelte theoretische Groesse des PCR-Produkts in der Rosensorte Lichtblick
    Spalte D: Tm theoretische optimale Annealingtemperatur des F-Primers
    Spalte E: Primer F* 5'-> 3' Sequenz des F-Primers
    Spalte F: Tm theoretische optimale Annealingtemperatur des R-Primers
    Spalte G: Primer R 5'-> 3' Sequenz des R-Primers
  • Diese Marker zeichnen sich durch einen hohen Grad an Polymorphismus zwischen verschiedenen Rosensorten bzw. -linien aus und detektieren in der Regel in verschiedenen Rosenlinien mehrere Allele pro genetischem Locus.
  • Sie sind daher für "DNA fingerprinting", Sortenidentifikation, Verwandschaft- bzw. Ähnlichkeitsstudien und alle Formen von genetischen Kartierungen, einschließlich der Kartierung von Einzelgenen und quantitativen Merkmalen (QTLs) verwendbar. Außerdem ist ihr Ensatz sehr gut für eine Automatisierung geeignet und es ist möglich, die Detektion der Produkte mit nichtradioaktiven Methoden durchzuführen. Mit Hilfe dieser erfindungsgemäßen Marker ist z. B. die Möglichkeit einer Unterschiedung nahezu aller im Handel erhältlichen Rosensorten gegeben.
  • Damit wird es möglich, Rosensorten und -arten, die sich bereits in der Datenbank befinden, im vegetativen Zustand zu bestimmen. Ein weiterer Vorteil der Erfindung liegt in der Identifikation oder Zuordnung anonymer Rosenherkünfte zu einer Verwandtschaftsgruppe. Ferner wird es möglich, Linien, welche unter verschiedenen Sortennamen gehandelt werden, zu identifizieren. Auch kann die genetische Vielfalt einer Gruppe von Linien festgestellt werden (z. B. die genetische Vielfalt im Zuchtmaterial eines einzelnen Züchters). Es wird auch möglich, die genetische Distanz von Eltern einer geplanten Kreuzung und damit möglicherweise auch die Erfolgsaussichten der Kreuzung abzuschätzen.
  • Das folgende Ausführungsbeispiel dient der Erläuterung der Erfindung und schränkt die Erfindung in keinem Falle ein.
    • Ausführungsbeispiel Erstellen einer genomischen Plasmidbibliothek
  • DNA der Rosensorte "Lichtblick" wurde aus Laubblättern isoliert. Diese DNA wurde einem Verdau mit dem Restriktionsenzym PstI unterzogen. Über ein präparatives Agarosegel wurde die Fraktion der Restriktionsfragmente von ca. 5 bis 30 kb isoliert und einem weiteren Restriktionsverdau mit dem Enzym MboI unterzogen. Über ein zweites präparatives Gel wurden die Fragmente im Bereich von 500-1500 bp isoliert und in den Plasmidvektor pUC18 kloniert. Die so entstandene genomische Plasmidbibliothek von Rose wurde transformiert (E. coli XL2-Blue MRF') und auf Petrischalen plattiert.
    • Entwicklung der Mikrosatelliten
  • Durch einen Pipettierroboter wurden die Bakterienkolonien als Referenzbibliothek (ein Klon pro Vertiefung) in Mikrotiterplatten überführt. Die Klone wurden dann in hochdichter Anordnung ("High-density-array") auf Nylonmembranen überführt (spotting). Durch radioaktive Hybridisierung mit einem synthetischen Mikrosatelliten- Oligonukleotid (GAn oder GTn) wurden die Plasmidklone identifiziert, die einen entsprechenden Mikrosatelliten enthalten. Diese Plasmide wurden für die Sequenzierung im µg- Maßstab präpariert und sequenziert. Durch spezielle Software (Primer 3.0 bzw. DNAStar/PrimerSelect von Lasergene) wurde Primerpaare abgeleitet, die das Mikrosatellitenmotiv einschließen und ein theoretisches Produkt von 80-250 bp erzeugen.
    • Auswahlkriterien
  • Durch PCR wurden Funktionalität (es entsteht ein Fragment im erwarteten Größenbereich) und Spezifität (es entstehen ein oder wenige klar ansprechbare Fragmente) der PCR mit den Primerpaaren überprüft und bei Bedarf optimiert. Zuverlässig funktionierende, polymorphe Mikrosatelliten, die eine klare Differenzierung der 30 für einen Vortest verwendeten Rosensorten erlauben, werden als Markerset für weitere Genotypisierungen ausgewählt. Die Ergebnisse aus der Untersuchung der verschiedenen Sorten werden in einer Datenbank archiviert, die es erlaubt, hinzukommende Sorten als identisch oder nicht identisch mit bereits untersuchten Sorten oder Linien zu identifizieren oder alternativ Verwandtschaft zu den bereits untersuchten Sorten zu bestimmen.

Claims (13)

1. Mikrosatellitenmarker auf der Basis hypervariabler Genomabschnitte für Pflanzen der Gattung Rosa unter Verwendung der Polymerasekettenreaktion (PCR), die
eine sequence tagged site (STS) umfassen, die durch zwei spezifische Primer definiert ist, welche im Durchschnitt 23 +/- 5 Basen lang sind und links und rechts eine Mikrosatellitensequenz flankieren und
durch Amplifikation hypervariabler Genomabschnitte mit Hilfe der Polymerasekettenreaktion (PCR) in Gegenwart der zwei spezifischen Primer zu polymorphen Fragmenten erhältlich sind.
2. Mikrosatellitenmarker nach Anspruch 1, dadurch gekennzeichnet, daß die Mikrosatellitensequenz eine tandemrepetitive n-fache Wiederholung einer Di-, Tri- oder Tetranukleotidsequenz ist, wobei n 8 ist.
3. Mikrosatellitenmarker nach Anspruch 1, dadurch gekennzeichnet, daß die Mikrosatellitensequenz eine zusammengesetzte Mikrosatellitensequenz ist.
4. Mikrosatellitensequenz nach Anspruch 1, dadurch gekennzeichnet, daß die Mikrosatellitensequenz eine imperfekte Sequenz ist, bei welcher einzelne Basen mutiert sind.
5. Mikrosatellitenmarker nach Anspruch 1, dadurch gekennzeichnet, daß die folgenden Primerpaare mit zugeordneten Mikrosatellitensequenzen bzw. eine Anzahl davon enthalten sind,










6. Primer, dadurch gekennzeichnet, daß sie mit den Mikrosatelliten nach Anspruch 1 bis 5 unter milden Bedingungen hybridisieren (ANNEALING).
7. Primer, dadurch gekennzeichnet, daß sie aus einem der Primer aus Anspruch 5 ausgewählt sind.
8. Diagnosekit, umfassend ein oder mehrere Primerpaare nach Anspruch 1 bis 5.
9. Verfahren zur Herstellung eines Mikrosatellitenmarkers gem. Anspruch 1 bis 5 für Pflanzen der Gattung Rosa, dadurch gekennzeichnet, daß hypervariable Genomabschnitte (sogenannte Mikrosatelliten) mit Hilfe der Polymerasekettenreaktion (PCR) zu polymorphen Fragmenten in Gegenwart zweier spezifischer Primer, die links und rechts für jeden Mikrosatelliten-Locus eine Mikrosatellitensequenz flankieren, amplifiziert, anschließend aufgetrennt und detektiert werden.
10. Verfahren nach Anspruch 9, dadurch gekennzeichnet, daß die Auftrennung der Mikrosatellitenmarker gelelektrophoretisch, insbesondere durch hochauflösende Agarosegele, native Polyacrylamidgele, denaturierende Polyacrylamidgele oder massenspektrometrisch erfolgt.
11. Verfahren nach Anspruch 9, dadurch gekennzeichnet, daß die Detektion je nach Trennungssystem über Ethidiumbromidfärbung, Silberfärbung, bei radioaktiver Markierung über Autoradiographie oder mittels automatischem Sequenziergerät unter Verwendung farbstoff- bzw. fluoreszenzmarkierter Primer oder massenspektrometrisch erfolgt.
12. Verwendung der Mikrosatellitenmarker nach Anspruch 1-5 zur genetischen Analyse von Kultur- und Wildformen der Gattung Rosa.
13. Verwendung nach dem Anspruch 12 zur genetischen Kartierung und Markierung von monogenen und polygenen Eigenschaften und deren Selektion, zur Verwandtschaftsanalyse und Sortenidentifikation sowie zur Evaluierung von Sortenreinheit, Hybrididentifikation und Pflanzenzüchtung.
DE10222632A 2002-05-17 2002-05-17 Mikrosatellitenmarker für genetische Analysen und zur Unterscheidung von Rosen Expired - Fee Related DE10222632B4 (de)

Priority Applications (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
DE10222632A DE10222632B4 (de) 2002-05-17 2002-05-17 Mikrosatellitenmarker für genetische Analysen und zur Unterscheidung von Rosen
AU2003245833A AU2003245833A1 (en) 2002-05-17 2003-05-16 Microsatellite markers for genetic analyses and the differentiation of roses
PCT/DE2003/001572 WO2003097869A2 (de) 2002-05-17 2003-05-16 Mikrosatellitenmarker für genetische analysen und zur unterscheidung von rosen

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
DE10222632A DE10222632B4 (de) 2002-05-17 2002-05-17 Mikrosatellitenmarker für genetische Analysen und zur Unterscheidung von Rosen

Publications (2)

Publication Number Publication Date
DE10222632A1 true DE10222632A1 (de) 2003-12-11
DE10222632B4 DE10222632B4 (de) 2006-03-09

Family

ID=29432206

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
DE10222632A Expired - Fee Related DE10222632B4 (de) 2002-05-17 2002-05-17 Mikrosatellitenmarker für genetische Analysen und zur Unterscheidung von Rosen

Country Status (3)

Country Link
AU (1) AU2003245833A1 (de)
DE (1) DE10222632B4 (de)
WO (1) WO2003097869A2 (de)

Families Citing this family (37)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20040121311A1 (en) 2002-12-06 2004-06-24 Ecker David J. Methods for rapid detection and identification of bioagents in livestock
US7666588B2 (en) 2001-03-02 2010-02-23 Ibis Biosciences, Inc. Methods for rapid forensic analysis of mitochondrial DNA and characterization of mitochondrial DNA heteroplasmy
US20030027135A1 (en) 2001-03-02 2003-02-06 Ecker David J. Method for rapid detection and identification of bioagents
US7226739B2 (en) 2001-03-02 2007-06-05 Isis Pharmaceuticals, Inc Methods for rapid detection and identification of bioagents in epidemiological and forensic investigations
US7217510B2 (en) 2001-06-26 2007-05-15 Isis Pharmaceuticals, Inc. Methods for providing bacterial bioagent characterizing information
CA2508726A1 (en) 2002-12-06 2004-07-22 Isis Pharmaceuticals, Inc. Methods for rapid identification of pathogens in humans and animals
US8158354B2 (en) 2003-05-13 2012-04-17 Ibis Biosciences, Inc. Methods for rapid purification of nucleic acids for subsequent analysis by mass spectrometry by solution capture
US7964343B2 (en) 2003-05-13 2011-06-21 Ibis Biosciences, Inc. Method for rapid purification of nucleic acids for subsequent analysis by mass spectrometry by solution capture
US8546082B2 (en) 2003-09-11 2013-10-01 Ibis Biosciences, Inc. Methods for identification of sepsis-causing bacteria
US8097416B2 (en) 2003-09-11 2012-01-17 Ibis Biosciences, Inc. Methods for identification of sepsis-causing bacteria
US20120122102A1 (en) 2003-09-11 2012-05-17 Rangarajan Sampath Compositions for use in identification of bacteria
US7666592B2 (en) 2004-02-18 2010-02-23 Ibis Biosciences, Inc. Methods for concurrent identification and quantification of an unknown bioagent
EP1730281A2 (de) * 2004-04-02 2006-12-13 Coley Pharmaceutical Group, Inc. Immunstimulierende nukleinsäuren zur induzierung von il-10-antworten
US7714275B2 (en) 2004-05-24 2010-05-11 Ibis Biosciences, Inc. Mass spectrometry with selective ion filtration by digital thresholding
US20050266411A1 (en) 2004-05-25 2005-12-01 Hofstadler Steven A Methods for rapid forensic analysis of mitochondrial DNA
US7811753B2 (en) 2004-07-14 2010-10-12 Ibis Biosciences, Inc. Methods for repairing degraded DNA
WO2006135400A2 (en) 2004-08-24 2006-12-21 Isis Pharmaceuticals, Inc. Methods for rapid identification of recombinant organisms
US8084207B2 (en) 2005-03-03 2011-12-27 Ibis Bioscience, Inc. Compositions for use in identification of papillomavirus
EP1869180B1 (de) 2005-03-03 2013-02-20 Ibis Biosciences, Inc. Zusammensetzung zur Verwendung bei der Identifikation von Polyomaviren
JP2009502137A (ja) 2005-07-21 2009-01-29 アイシス ファーマシューティカルズ インコーポレイティッド 核酸変種の迅速な同定および定量のための方法
WO2007118222A2 (en) 2006-04-06 2007-10-18 Ibis Biosciences, INC Compositions for the use in identification of fungi
US9149473B2 (en) 2006-09-14 2015-10-06 Ibis Biosciences, Inc. Targeted whole genome amplification method for identification of pathogens
WO2008104002A2 (en) 2007-02-23 2008-08-28 Ibis Biosciences, Inc. Methods for rapid forensic dna analysis
AU2008230321B2 (en) * 2007-03-23 2013-04-04 Suntory Holdings Limited Method for determination of presence of crossing with garden-species rose plant in wild-species rose plant
US9598724B2 (en) 2007-06-01 2017-03-21 Ibis Biosciences, Inc. Methods and compositions for multiple displacement amplification of nucleic acids
WO2010033627A2 (en) 2008-09-16 2010-03-25 Ibis Biosciences, Inc. Sample processing units, systems, and related methods
WO2010033625A1 (en) 2008-09-16 2010-03-25 Ibis Biosciences, Inc. Microplate handling systems and related computer program products and methods
US8550694B2 (en) 2008-09-16 2013-10-08 Ibis Biosciences, Inc. Mixing cartridges, mixing stations, and related kits, systems, and methods
EP2396803A4 (de) 2009-02-12 2016-10-26 Ibis Biosciences Inc Ionisationssondenanordnungen
US9719083B2 (en) 2009-03-08 2017-08-01 Ibis Biosciences, Inc. Bioagent detection methods
US9393564B2 (en) 2009-03-30 2016-07-19 Ibis Biosciences, Inc. Bioagent detection systems, devices, and methods
US8950604B2 (en) 2009-07-17 2015-02-10 Ibis Biosciences, Inc. Lift and mount apparatus
WO2011008972A1 (en) 2009-07-17 2011-01-20 Ibis Biosciences, Inc. Systems for bioagent identification
WO2011014811A1 (en) 2009-07-31 2011-02-03 Ibis Biosciences, Inc. Capture primers and capture sequence linked solid supports for molecular diagnostic tests
EP3098325A1 (de) 2009-08-06 2016-11-30 Ibis Biosciences, Inc. Basenzusammensetzungen ohne massenbestimmung zur nukleinsäureerkennung
ES2628739T3 (es) 2009-10-15 2017-08-03 Ibis Biosciences, Inc. Amplificación por desplazamiento múltiple
WO2011115840A2 (en) 2010-03-14 2011-09-22 Ibis Biosciences, Inc. Parasite detection via endosymbiont detection

Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
DE19811506A1 (de) * 1998-03-17 1999-10-21 Gvs Ges Fuer Erwerb Und Verwer Mikrosatellitenmarker für Secale cereale, Triticale und verwandte Spezies

Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
DE19811506A1 (de) * 1998-03-17 1999-10-21 Gvs Ges Fuer Erwerb Und Verwer Mikrosatellitenmarker für Secale cereale, Triticale und verwandte Spezies

Non-Patent Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
CA Abstract AN 120:290882 *
CA Abstract AN 126:55455 *
CA Abstract AN 131:140227 *
CA Abstract AN 132:246958 *
CA Abstract AN 132:261240 *

Also Published As

Publication number Publication date
AU2003245833A1 (en) 2003-12-02
WO2003097869A3 (de) 2004-08-12
WO2003097869A2 (de) 2003-11-27
DE10222632B4 (de) 2006-03-09

Similar Documents

Publication Publication Date Title
DE10222632B4 (de) Mikrosatellitenmarker für genetische Analysen und zur Unterscheidung von Rosen
DE60028760T2 (de) Verfahren zur gewinnung einer pflanze mit andauernder resistenz gegen ein pathogen
Mulcahy et al. DNA probes for the Y-chromosome of Silene latifolia, a dioecious angiosperm
EP0835324B1 (de) Mikrosatellitenmarker für pflanzen der spezies triticum aestivum sowie des tribus triticeae und ihre verwendung
Pirkhezri et al. Genetic diversity in different populations of Matricaria chamomilla l. Growing in southwest of Iran, based on morphological
CN108660239B (zh) 新疆野苹果和栽培苹果的特异性ssr引物及其应用
DE19543065C2 (de) Verfahren zur Genomanalyse und Mittel zur Durchführung des Verfahrens
Tancred et al. The use of the PCR-RAPD technique in improving the plant variety rights description of a new Queensland apple (Malus domestica) cultivar
Auvira et al. Genetic variability analysis of terrestrial Spathoglottis plicata orchid variants based on RAPD marker
Al-Shaal et al. Molecular characterization of some tomato genotypes using inter simple sequence repeats (ISSR) technique
DE69937299T2 (de) Neuartige, genetische materialien zur übertragung in den mais
Hedenäs et al. Identifying sex in non-fertile individuals of the moss Drepanocladus turgescens (Bryophyta: Amblystegiaceae) using a novel molecular approach
Haider Identification of plant species using traditional and molecular-based methods
Ahmed et al. Evaluation of genetic diversity in Pyrus germplasm native to Azad Jammu and Kashmir (Northern Pakistan) revealed by microsatellite markers
Schnieder et al. The application of molecular markers for genetic characterization of Septoria tritici populations/Die Nutzung molekularer Markertechniken zur genetischen Charakterisierung von Septoria tritici Populationen
Yazbeck et al. Molecular characterization of ancient olive trees in Bshaaleh Lebanon
EP0879300B1 (de) Verwendung von primern für universelle fingerprint-analysen
AT410674B (de) Süsskartoffel-klassifizierung
Rebecca et al. Evaluation of genetic diversity among Ocimum sanctum
Sathya et al. Cross species amplification of Adzukibean derived Microsatellite Loci and Diversity analysis in Greengram and related Vigna species
CN113215297B (zh) 一个与芝麻含油量主效qtl位点紧密连锁的分子标记id0159及其应用
EP3575417A1 (de) Verwendung von cms marker zur zytoplasmabestimmung
KR102526682B1 (ko) 고추 착과 방향성 예측용 분자마커 및 이의 용도
Grattapaglia Genetic mapping of quantitatively inherited economically important traits in Eucalyptus
Alrasheed et al. Genetic and molecular analysis of seed coats and pollen grains of Phaseolus vulgaris L. during their developmental stages

Legal Events

Date Code Title Description
OP8 Request for examination as to paragraph 44 patent law
8364 No opposition during term of opposition
R119 Application deemed withdrawn, or ip right lapsed, due to non-payment of renewal fee

Effective date: 20111201