DE10027119A1 - Vorrichtung und Verfahren zur photolithographischen Belichtung von biologischen Stoffen - Google Patents
Vorrichtung und Verfahren zur photolithographischen Belichtung von biologischen StoffenInfo
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Abstract
Es wird eine Vorrichtung und ein Verfahren zur photolithographischen Belichtung von biologischen Stoffen beschrieben, umfassend mindestens eine hochfokussierte Lichtquelle und eine Umlenk- oder Positioniereinheit, die es erlaubt, den Lichtpunkt auf jede Stelle in einem gewissen Bereich gezielt auszurichten. DOLLAR A Die Vorrichtung ist insbesondere zur Belichtung von DNA-PNA- oder Peptid-Chips geeignet.
Description
Die Erfindung betrifft eine Vorrichtung und ein Verfahren
zur photolithographischen Belichtung von biologischen
Stoffen.
DNA-Chips sind kleinste, meist planare Oberflächen, auf
welchen räumlich geordnet eine große Anzahl verschiedener
Oligomere (kurze, einsträngige DNA-Moleküle) angebracht
sind. Solche Chips werden beispielsweise zur parallelen
Erkennung zahlreicher DNA-Sequenzen in einer präparierten
Gewebeprobe Verwendet. Dazu benetzt man die Chipoberflä
che mit einer Lösung von einsträngigen DNA-Stücken aus
der Gewebeprobe, worauf sich komplementär passende DNA-
Stücke aus der Lösung an die entsprechenden, an die Chip
oberfläche angebrachten Oligomere anlagern (Hybridisie
rung). Danach bestimmt man mit einer geeigneten Methode
wie z. B. Fluoreszenzmarkierung, an welchen Stellen auf
dem Chip eine Hybridisierung stattgefunden hat. Wenn man
weiß, wo auf dem Chip welche Oligomere angebracht sind,
kann man somit Rückschlüsse auf DNA-Sequenzen in der Ge
webeprobe machen. Dazu definiert man in der Regel auf der
Chip-Trägerfläche ein dichtes rechtwinkliges Raster. Auf
jedem Rasterpunkt ist in Form eines kleinen Flecks genau
eine Sorte von Oligomer angebracht. Die maximal mögliche
Anzahl von verschiedenen DNA-Sequenzen auf dem Chip ist
demzufolge gleich der Anzahl der Rasterpunkte. Da man
möglichst viele Sorten von Oligomeren auf einen Chip auf
bringen will, die Chips aber gleichzeitig so klein wie
möglich sein sollten, um effektiv hybridisiert werden zu
können, ist es ein wichtiges Ziel bei der Herstellung von
DNA-Chips, eine möglichst hohe Rasterdichte zu erreichen.
Im Stand der Technik sind verschiedene Verfahren zur DNA-
Chip Herstellung bekannt.
1) Alle Oligomere werden auf herkömmliche Weise einzeln
im Reagenzglas synthetisiert und danach an den vorgesehe
nen Rasterpunkten auf den Träger aufpipettiert, typi
scherweise von einer automatischen Mikropipettieranlage.
Diese Methode ist sehr aufwendig und teuer, da jedes Oli
gomer einzeln hergestellt bzw. gekauft und von Hand der
Pipettieranlage zugeführt werden muss. Die Rasterdichte
ist durch die hohe Winkelungenauigkeit der heute verfüg
baren, typischerweise piezoelektrischen Mikropipetten
stark limitiert.
2) Die Oligomere werden mit Hilfe einer automatischen
Mikropipettieranlage direkt auf dem Chip synthetisiert.
Auf jedem Rasterpunkt wird die dort vorgesehene Oligomer
kette Baustein für Baustein (Nukleobasen) aufgebaut. Das
chemische Verfahren ist grundsätzlich das selbe wie bei
der herkömmlichen Oligomer-Synthese im Reagenzglas. Der
Unterschied ist, dass alle Oligomere gleichzeitig, von
einer einzigen automatischen Anlage direkt am vorgesehe
nen Bestimmungsort hergestellt werden. Die bei Methode 1)
separaten Arbeitsschritte Oligomer-Synthese und Mikropi
pettierung werden somit zu einem einheitlichen Arbeits
schritt zusammengefasst. Diese in situ Synthese läuft
normalerweise wie folgt ab: Auf einem vorpräparierten
Substrat tropft der Pipettierautomat sequentiell auf je
dem Rasterpunkt die dort vorgesehene erste Nukleobase
auf. Dies ist mechanisch nicht sehr aufwendig, da es nur
4 verschiedene Nukleobasen (C, T, G, A) gibt. Man kann
dafür z. B. 4 aneinandergekoppelte Mikropipetten verwen
den. Nach dem Auftragen des ersten Nukleosidbausteins auf
jedem Rasterpunkt wird das Substrat gewaschen und nach
einem "Capping Schritt" die Schutzgruppen an den 5'-OH
Funktionen entfernt, um die Reaktion mit dem jeweils
nachfolgenden Nukleosidbaustein zu ermöglichen. Danach
wird an jedem Rasterpunkt die zweite Nukleobase aufpipet
tiert. Das Substrat wird dann wieder gewaschen und ent
schützt. Auf diese Weise baut man Schritt für Schritt auf
jedem Rasterpunkt die jeweils erforderlichen Oligomerket
ten auf. Diese Methode ist nicht besonders schnell, da
nacheinander auf jedem Rasterpunkt für jede Nukleobase
neu pipettiert werden muss. Wie bei Methode 1) ist die
Rasterdichte durch die Ungenauigkeit der Mikropipetten
beschränkt. Die Ungenauigkeit wirkt sich hier noch
schlimmer aus, da jeder Rasterpunkt mehrmals nacheinander
auf möglichst identische Weise getroffen werden muss.
3) Die Oligomere werden wie bei 2) direkt auf Träger syn
thetisiert, die gezielte Anbindung der richtigen Nukleo
basen an den richtigen Rasterpunkten geschieht jedoch
durch eine vollkommen parallele, photolithographische
Technik anstelle von sequenziellen, zielgenauen Pipet
tierschritten. Das Verfahren basiert darauf, dass man mit
Licht einer bestimmten Wellenlänge gezielt die 5'-OH
Schutzgruppen von Oligonukleotiden entfernen kann. Durch
geeignete örtliche Bestrahlungsmuster kann man somit Oli
gonukleotid-Enden an genau jenen Rasterpunkten reaktions
fähig machen, an denen man im nächsten Schritt eine neues
Nukleosid anbringen will. Bei vollständiger Benetzung der
Chipoberfläche mit einer Nukleotidbaustein-Lösung wird
somit nur an den vorher belichteten Stellen ein Nukleo
tidbaustein angebunden, alle unbelichteten Stellen blei
ben unverändert. Die örtlichen Belichtungsmuster werden
erzeugt, indem man eine mikrophotographische schwarz
weiss Maske zwischen dem Substrat und der Lichtquelle po
sitioniert, die alle Rasterstellen abdeckt, die nicht re
aktionsfähig gemacht werden sollen. Die Verlängerung der
Oligomer-Ketten auf allen Rasterpunkten um eine Nukleoba
se geschieht demnach wie folgt: Mit Hilfe einer ersten
Maske werden genau jene Rasterpunkte belichtet, welche um
die erste der 4 möglichen Sorten von Nukleobasen (z. B. C)
erweitert werden müssen. Danach wird der Chip mit einer
Lösung des entsprechenden Nukleotidbausteins benetzt,
worauf nur die belichteten Punkte um diese Base verlän
gert werden. Da die neu angebundenen Basen noch alle über
eine Schutzgruppe verfügen, werden sie in den folgenden
Schritten nicht weiter reagieren, bis ihre Schutzgruppen
durch eine weitere Belichtung abgespaltet werden. Nach
diesem Reaktionsschritt wird der Chip gewaschen. Nun wer
den mit Hilfe einer zweiten Maske genau jene Rasterstel
len belichtet, welche um die zweite der 4 möglichen Sor
ten von Nukleobasen (z. B. T) erweitert werden müssen.
Darauf wird der Chip wiederum mit einer Lösung des ent
sprechenden Nukleotidbausteins benetzt und die belichte
ten Stellen dadurch um diese Base verlängert. Genauso
verfährt man für die verbleibenden zwei Basen (z. B. G und
A). Für die Verlängerung aller Oligomere um eine Nukleo
base benötigt man demzufolge vier Belichtungsschritte
bzw. 4 Photomasken. Diese Methode ist wegen der hohen
Parallelität sehr effizient, zudem ist sie wegen der ho
hen Präzision, die mit Photolithographie erreicht werden
kann, geeignet, um sehr hohe Rasterdichten zu erzielen.
Allerdings ist die Methode sehr aufwendig und somit teu
er, da man für die Herstellung einer bestimmten Sorte von
Chip zuerst eine große Anzahl von Photomasken erzeugen
muss. Bei hohen Rasterdichten werden zudem hohe Anforde
rungen an die Positionierungsgenauigkeit der Masken wäh
rend der Belichtung gestellt, die effizient nur durch
Verwendung von teuren Apparaturen erfüllt werden können.
4) Es wird dasselbe Verfahren angewandt wie bei 3), nur
verwendet man anstelle der großen Zahl von photographi
schen Masken eine einzige, transmissive Flüssigkristall
anzeige, die elektronisch angesteuert wird und als dyna
mische Maske dient. Diese Methode ist einfach und billig,
da keine photographischen Masken erzeugt werden müssen
und das Positionierungsproblem entfällt. Ein mögliches
Problem dieser Methode ist der limitierte optische Kon
trast der heute verfügbaren Flüssigkristallanzeigen. Das
Lichtintensitätsverhältnis zwischen belichteten und abge
deckten Punkten wird dadurch reduziert, was eine Ausbeu
teverminderung bei der Oligomersynthese zur Folge haben
kann. Außerdem liegt bei den meisten heute verfügbaren
LCDs die Lichtausbeute unter 50% und ist zudem meistens
auf das sichtbare Licht optimiert. Viele LCDs absorbieren
z. B. im für die Synthese besonders interessanten UV-
Bereich deutlich stärker als im sichtbaren Bereich.
5) Man synthetisiert die Chips wie bei 3) und 4) nach dem
photolithographischen Verfahren, erzeugt ein bestimmtes
Belichtungsmuster auf dem Substrat jedoch nicht durch ge
zielte Abdeckung von Rasterpunkten mit Hilfe einer stati
schen oder dynamischen Maske, sondern indem man individu
ell jedem zu belichtenden Rasterpunkt das Licht direkt
über einen optischen Lichtleiter zuführt. Über jedem Ras
terpunkt wird das Ende einer optischen Lichtleiterfaser
so angebracht, dass bei Lichteinkopplung in die Faser das
am Ende austretendes Licht genau den entsprechenden Ras
terpunkt beleuchtet. Es wird also ein Faserbündel verwen
det, das aus genau so vielen Lichtleiterfasern besteht
wie Rasterpunkte vorgesehen sind. Beliebige Belichtungs
muster werden erzeugt, indem man jeder einzelnen Faser
gezielt Licht einkoppelt oder nicht. Diese gezielte und
unabhängige Lichteinkopplung in die einzelnen Lichtlei
terfasern kann z. B. durch Leuchtdioden oder durch kommer
ziell erhältliche, elektrisch gesteuerte optische Schal
ter und einer Lichtquelle bewerkstelligt werden. Für jede
Lichtleiterfaser wird dabei eine eigene, individuell an
steuerbare Leuchtdiode bzw. Schalter benötigt.
Der große Vorteil dieser Methode gegenüber Methode 4) ist
der sehr hohe, (theoretisch unendliche) Kontrast, der er
zielt werden kann, was eine deutliche Verbesserung der
Syntheseausbeute ermöglicht. Es ist zudem eine sehr hohe
Lichtausbeute möglich, da es heute zu allen wichtigen
Wellenlängenbereichen Lichtleiterfasern gibt, welche im
entsprechenden Wellenlängenbereich nur sehr schwach ab
sorbieren. Der Nachteil der Methode ist, dass es sich so
wohl bei den Leuchtdioden wie auch bei den optischen
Schaltern um diskrete Bauteile einer gewissen Größe han
delt. Da für die Synthese von Chips hoher Dichte eine
große Zahl solcher Bauteile benötigt wird (für jeden Ras
terpunkt ein Bauteil), kann in solchen Fällen die Steuer
einheit eines solchen Systems sehr groß werden, was dazu
führt, dass das System wegen seiner Größe in typischen
Biochemielabors nicht problemlos eingesetzt werden kann.
6) Man synthetisiert die Chips wie bei 3), 4) und 5) nach
dem photolithographischen Verfahren, belichtet hier aber
die einzelnen Rasterpunkte mit Hilfe von Reflexion an
kleinen Spiegeln.
Dafür wird ein spezieller Typ von Siliziumchip verwendet,
der kommerziell für die Verwendung in Videoprojektoren
hergestellt wird. Es handelt sich bei diesem Chip um eine
kleine (einige Quadratzentimeter große) Siliziumoberflä
che, auf dem in einem rechtwinklige Raster eine große
Zahl (z. B. 800 × 600) mikroskopisch kleiner, rechteckiger
(z. B. 16 um × 16 um) Aluminiumspiegel angebracht sind. Je
der der Spiegel ist bezüglich seiner Diagonalachse beweg
lich gelagert und kann in zwei stabile Positionen A und B
gekippt werden, die sich um einige Winkelgrade unter
scheiden. Welcher der Spiegel sich in welcher der beiden
Positionen befindet, kann durch elektronische Signale an
den Chipeingängen beliebig eingestellt werden. So ein
Mikrospiegel-Chip ("micromirror device") wird zusammen
mit einer Lichtquelle, einer Optik und der zu belichten
den Array-Oberfläche so angeordnet, dass jeder der Spie
gel das reflektierte Licht in der Position A auf das Ar
ray wirft und in der Position B auf eine Lichtschluckende
Fläche neben dem Array. Dabei gehört zu jeder Rasterposi
tion auf dem zu belichtenden Array genau ein Spiegel,
welcher Licht genau auf diese Rasterposition reflektiert,
falls er sich in Position A befindet.
Diese Methode ist vergleichbar mit der Methode 4), nur
dass für die Lichtmustererzeugung statt einer transmissi
ven dynamischen Maske ein reflektives dynamisches Licht
ablenkungsbauteil verwendet wird. Das System ist ähnlich
einfach und klein wie jenes mit LCDs, kann aber einen hö
heren Kontrast und eine höhere Lichtausbeute über einen
größeren Wellenlängenbereich erreichen. Dies kann sich
auf die Qualität des synthetisierten DNA-Arrays sehr vor
teilhaft auswirken. Allerdings kommt auch diese Methode
in Sachen Kontrast und Lichtausbeute beiweitem nicht an
Methode 5) heran. Der Kontrast wird durch die nicht völ
lig unterdrückbaren parasitären Streulichteffekte vermin
dert. Die Lichtausbeute ist nicht maximal, weil die Spie
gel einen gewissen Teil des Lichts absorbieren und weil
der Füllfaktor der heute verfügbaren Mikrospiegelchips
unter 90% liegt. Das kommt daher, dass sich aus herstel
lungstechnischen Gründen zwischen den einzelnen Spiegeln
recht große Lücken befinden (gesamthaft über 10% der
Chipfläche), wo kein Licht reflektiert wird.
Diese Methoden nach dem Stand der Technik weisen eine
Reihe von Nachteilen auf. Die beiden attraktivsten Metho
den, um günstig und flexibel DNA-Arrays hoher Rasterdich
te herzustellen, sind die Methode mit den Lichtleitern
und die Methode mit dem Mikrospiegel-Chip. Die Methode
mit den Lichtleitern erlaubt einen extrem hohen Kontrast
in einem weiten Wellenlängenbereich und somit eine hohe
Qualität des DNA-Arrays. Die Methode mit den Mirkospie
geln ist sehr einfach und mit einer kleinen Apparatur re
alisierbar und erlaubt einen recht hohen Kontrast in ei
nem weiten Wellenlängenbereich. Allerdings erreicht sie
nicht den Kontrast, der mit Lichtleitern möglich ist und
die Leistung der Lichtquelle wird auf die ganze Array
Fläche verteilt. Die maximale Lichtleistung mit der heute
erhältliche Mikrospiegel belichtet werden dürfen ist au
ßerdem beschränkt. Die Methode mit den Lichtleitern wie
derum benötigt eine aufwendige und für viele Labors unter
Umständen zu große Apparatur.
Aufgabe der vorliegenden Erfindung ist es daher, eine
Vorrichtung zu schaffen, welche die Nachteile des Standes
der Technik überwindet, d. h. den hohen Kontrast der
Lichtleiter-Methode mit der Einfachheit und Kompaktheit
der Mikrospiegel-Methode kombiniert. Eine weitere Aufgabe
der Erfindung ist die Schaffung eines weiteren Verfahrens
zur photolithographischen Belichtung biologischer Stoffe.
Die Aufgabe wird durch die gekennzeichneten Merkmale des
Hauptanspruchs gelöst. Vorteilhafte Ausgestaltungen der
Erfindung sind in den abhängigen Unteransprüchen gekenn
zeichnet.
Gegenstand der vorliegenden Erfindung ist somit eine Vor
richtung zur photolithographischen Belichtung von biolo
gischen Stoffen umfassend mindestens eine hochfokussierte
Lichtquelle und eine Umlenk- oder Positioniereinheit, wo
bei diese den Lichtpunkt auf jede Stelle in einem defi
nierten Bereich gezielt ausrichtet.
Erfindungsgemäß bevorzugt ist dabei, dass die Lichtquelle
ein Laser, eine Leuchtdiode, eine Metalldampflampe, eine
Gasentladungslampe, eine Gasanregungslampe, eine Glühfa
denlampe oder eine Lichtbogenlampe ist und wobei gegebe
nenfalls eine Fokussiereinrichtung vorgesehen ist.
Weiterhin ist bevorzugt, dass die Lichtquelle ein solches
Spektrum von Wellenlängen zwischen 280 nm und 400 nm emit
tiert, welches die Entschützung von Nukleotiden, Nukleo
tidanaloga und Peptid-Nukleinsäure Bausteinen zur Ketten
verlängerung und zum Aufbau von Oligomeren bewirkt.
Erfindungsgemäß bevorzugt ist ferner, dass die Lichtquel
le elektronisch an- und ausschaltbar ist und/oder der
Lichtpunkt mittels einer elektronisch ansteuerbaren Blen
de zurückhaltbar ist.
Bevorzugt ist ferner, dass zur Ausrichtung des Lichtpunk
tes ein elektronisch ansteuerbares Spiegelsystem vorgese
hen ist.
Außerdem ist erfindungsgemäß bevorzugt, dass zur Ausrich
tung des Lichtpunktes ein elektronisches x-y-
Positioniersystem vorgesehen ist, mittels dessen die
Lichtquelle und/oder der Lichtpunkt gegenüber den zu be
lichtenden Stoffen bewegbar ist.
Bevorzugt ist erfindungsgemäß auch, dass zur Ausrichtung
des Lichtpunktes ein elektronisches x-y-Positioniersystem
vorgesehen ist, mit dessen die zu belichtenden Stoffe ge
genüber der Lichtquelle und/oder des Lichtpunktes beweg
bar sind.
Besonders bevorzugt ist es, dass die zu belichtenden
Stoffe auf einem Träger angeordnet sind.
Insbesondere ist es erfindungsgemäß bevorzugt, dass der
Träger ein DNA-Chip, ein PNA-Chip oder ein Peptid-Chip
ist.
Weiterhin ist bevorzugt, dass die zu belichtenden Stoffe
in einer Kammer angeordnet sind, in die durch weitere
Vorrichtungen die zur DNA oder PNA Synthese notwendigen
Lösungen und/oder Reagenzien heranführbar sind.
Ein weiterer Gegenstand der vorliegenden Erfindung ist
ein Verfahren zur photolithographischen Belichtung von
biologischen Proben, wobei man diese Stoffe auf einer
Oberfläche anordnet und mittels Licht belichtet, welches
aus einer hochfokussierte Lichtquelle stammt und welches
man mittels einer Umlenk- oder Positioniereinheit gezielt
auf jede beliebige Stelle in einem definierten Bereich
der biologischen Probe ausrichtet.
Gegenstand der vorliegenden Erfindung ist auch ein Ver
fahren, nämlich zur Belichtung von DNA- oder PNA-Chips,
wobei man Licht der Wellenlängen verwendet, welches die
Entschützung von Nukleotiden, Nukleotidanaloga und Pep
tid-Nukleinsäurebausteinen zur Kettenverlängerung und zum
Aufbau von Oligomeren bewirkt und dass man mittels einer
Umlenk- oder Positioniereinheit gezielt Licht, welches
aus einer hochfokussierte Lichtquelle stammt, auf eine
beliebige Stelle des DNA- oder PNA-Chips ausrichtet und
dass man die Festphase, auf welcher die Oligomersynthese
stattfindet, in einer Kammer anordnet, in die man durch
weitere Vorrichtungen die zur DNA oder PNA Synthese not
wendigen Lösungen und/oder Reagenzien an diese Festphase
heranführt.
Erfindungsgemäß bevorzugt ist es, dass man nach erfolgter
Oligomerisierung auf den DNA- oder PNA-Chips weiterhin
die nachfolgenden Hybridisierungen mit einer Ziel-DNA
durchführt.
Weiterhin ist bevorzugt, dass man zur Durchführung des
erfindungsgemäßen Verfahrens eine oben beschriebene er
findungsgemäße Vorrichtung verwendet.
Die erfindungsgemäße Vorrichtung ermöglicht eine einfa
che, platzsparende und preiswerte photolithographische
Herstellung von DNA-Chips hoher Rasterdichte in einer
viel besseren Qualität, als bisher mit bekannten Vorrich
tungen möglich war. Der Grund dafür ist, dass die völlig
neuartige Verwendung eines scharf gebündelten Lichtpunk
tes höhere Intensitäten und damit höhere Ausbeuten ermög
licht, als dies mit den bisher verwendeten, ähnlich
platzsparenden und preiswerten Systemen möglich war.
Die erfindungsgemäße Vorrichtung und das Verfahren lösen
die gestellte Aufgabe auf völlig neuartige Art und Weise
durch Kombination kommerziell erhältlicher Komponenten.
Es ermöglicht die billige Herstellung von DNA-Chips in
einer Qualität, wie sie vorher nicht möglich war.
Die Aufgabe wird erfindungsgemäß dadurch gelöst, dass ei
ne Vorrichtung zur photolithographischen Belichtung von
biologischen Stoffen geschaffen wird, umfassend mindes
tens einer hochfokussierten Lichtquelle und einer Umlenk-
oder Positioniereinheit, die es erlaubt, den Lichtpunkt
auf jede Stelle des Arrays gezielt auszurichten. Damit
ist es möglich jede Stelle des Arrays unabhängig von den
anderen Stellen intensiv zu belichten.
Bevorzugt ist es, dass die Lichtquelle ein Laser, eine
Leuchtdiode, eine Metalldampflampe, eine Gasentladungs
lampe, eine Gasanregungslampe, eine Glühfadenlampe oder
eine Lichtbogenlampe ist, die jeweils mit einer geeigne
ten Fokussierungsoptik versehen ist.
Besonders bevorzugt ist es dabei, dass die Lichtquelle
Licht in einem Wellenlängenbereich aussendet, das geeig
net zur Entschützung von Nukleotiden, Nukleotidanaloga
und Peptid-Nukleinsäurebausteinen zur Kettenverlängerung
und zum Aufbau von Oligomeren ist.
Bevorzugt ist auch die Möglichkeit die Lichtquelle elekt
ronisch an und aus zu schalten oder das Lichtbündel mit
einer elektronisch ansteuerbaren Blende zurückzuhalten.
Bevorzugt für die Ausrichtung des Lichtbündels auf dem
Array ist ein Spiegelsystem, welches elektronisch ansteu
erbar ist, oder ein elektronisches x-y-Positioniersystem
mit dem die Lichtquelle gegenüber dem Array oder das Ar
ray gegenüber der Lichtquelle bewegt werden kann, oder
eine Kombination des genannten.
Bevorzugt ist es auch, dass zu belichtende biologischen
Stoffe auf einem Träger angeordnet sind, wobei dieser
Träger ein DNA-Chip, ein PNA-Chip oder ein Peptid-Chip
ist.
Besonders bevorzugt ist es, dass der Träger, auf welchem
die Oligomersynthese stattfindet, in einer Kammer ange
ordnet ist, in die durch weitere Vorrichtungen die zur
DNA oder PNA Synthese notwendigen Lösungen und/oder Rea
genzien heranführbar sind.
Das grundlegende Konzept der erfindungsgemäßen Vorrich
tung und des Verfahrens besteht darin, dass man für die
Erzeugung bestimmter Belichtungsmuster auf der Träger
oberfläche ein hochfokussiertes Lichtbündel und eine ge
eignete Umlenk- oder Positioniereinrichtung benutzt, die
es erlaubt jeden Punkt des Arrays gezielt zu belichten.
Typischerweise wird das Lichtbündel mit kleinen Schritten
in Zeilen über das Array geführt und durch Ein- und Aus
schalten der Lichtquelle oder durch abblenden oder durch
Steuern der Verweildauer ein Belichtungsmuster erzeugt,
welches die Herstellung der üblichen, rasterförmigen DNA-
Chips ermöglicht.
In der Fig. 1 ist das Blockschaltbild einer ersten Aus
führungsform der erfindungsgemäßen Vorrichtung darge
stellt. Das Licht wird in der Lichtquelle 1 erzeugt, wel
che über eine Fokussiereinrichtung verfügt. Über den
Shutter 2 kann die Lichtquelle ein- und ausgeblendet wer
den, um die einzelnen Belichtungsvorgänge nach vorheriger
Positionierung mittels des Spiegels 3 und/oder der Posi
tioniereinheit 5 gezielt auf bestimmten Punkten der in
der Reaktionskammer 4 angeordneten biologischen Probe
durchzuführen. Die Probe in der Reaktionskammer kann mit
tels des DNA Synthesizers mit Reagenzlösungen und der
gleichen beschickt werden. Die gesamte Vorrichtung und
der Verfahrensablauf werden mittels eines Computers 7 ge
regelt und überwacht.
Dem Fachmann ist klar, wie die einzelnen Bauteile in ei
ner erfindungsgemäßen Vorrichtung anzuordnen sind. Auch
die entsprechende Programmierung der Steuerung mittels
Computerprogrammen ist den Fachmann an sich bekannt.
1
Laser mit Fokussieroptik
2
Computer gesteuerter Shutter
3
Umlenkspiegel mit Computer gesteuerter Positionierein
heit
4
Reaktionskammer
5
Computer gesteuerte Positioniereinheit
6
DNA Synthesizer zur Reagenzienhandhabung
7
Steuercomputer
Claims (14)
1. Vorrichtung zur photolithographischen Belichtung von
biologischen Stoffen umfassend mindestens eine hoch
fokussierte Lichtquelle und eine Umlenk- oder Positi
oniereinheit, wobei diese den Lichtpunkt auf jede
Stelle in einem definierten Bereich gezielt ausrich
tet.
2. Vorrichtung gemäß Anspruch 1, dadurch gekennzeichnet,
dass die Lichtquelle ein Laser, eine Leuchtdiode, ei
ne Metalldampflampe, eine Gasentladungslampe, eine
Gasanregungslampe, eine Glühfadenlampe oder eine
Lichtbogenlampe ist und wobei gegebenenfalls eine Fo
kussiereinrichtung vorgesehen ist.
3. Vorrichtung gemäß einem der voranstehenden Ansprüche,
dadurch gekennzeichnet, dass die Lichtquelle ein sol
ches Spektrum von Wellenlängen zwischen 280 nm und
400 nm emittiert, welches die Entschützung von Nukleo
tiden, Nukleotidanaloga und Peptid-Nukleinsäure Bau
steinen zur Kettenverlängerung und zum Aufbau von
Oligomeren bewirkt.
4. Vorrichtung gemäß einem der voranstehenden Ansprüche,
dadurch gekennzeichnet, dass die Lichtquelle elektro
nisch an- und ausschaltbar ist und/oder der Licht
punkt mittels einer elektronisch ansteuerbaren Blende
zurückhaltbar ist.
5. Vorrichtung gemäß einem der voranstehenden Ansprüche,
dadurch gekennzeichnet, dass zur Ausrichtung des
Lichtpunktes ein elektronisch ansteuerbares Spiegel
system vorgesehen ist.
6. Vorrichtung gemäß einem der voranstehenden Ansprüche,
dadurch gekennzeichnet, dass zur Ausrichtung des
Lichtpunktes ein elektronisches x-y-Positioniersystem
vorgesehen ist, mittels dessen die Lichtquelle
und/oder der Lichtpunkt gegenüber den zu belichtenden
Stoffen bewegbar ist.
7. Vorrichtung gemäß einem der voranstehenden Ansprüche,
dadurch gekennzeichnet, dass zur Ausrichtung des
Lichtpunktes ein elektronisches x-y-Positioniersystem
vorgesehen ist, mit dessen die zu belichtenden Stoffe
gegenüber der Lichtquelle und/oder des Lichtpunktes
bewegbar sind.
8. Vorrichtung gemäß einem der voranstehenden Ansprüche,
dadurch gekennzeichnet, dass die zu belichtenden
Stoffe auf einem Träger angeordnet sind.
9. Vorrichtung gemäß Anspruch 8, dadurch gekennzeichnet,
dass der Träger ein DNA-Chip, ein PNA-Chip oder ein
Peptid-Chip ist.
10. Vorrichtung gemäß einem der voranstehenden Ansprüche,
dadurch gekennzeichnet, dass die zu belichtenden
Stoffe in einer Kammer angeordnet sind, in die durch
weitere Vorrichtungen die zur DNA oder PNA Synthese
notwendigen Lösungen und/oder Reagenzien heranführbar
sind.
11. Verfahren zur photolithographischen Belichtung von
biologischen Proben, wobei man diese Stoffe auf einer
Oberfläche anordnet und mittels Licht belichtet, wel
ches aus einer hochfokussierte Lichtquelle stammt und
welches man mittels einer Umlenk- oder Positionier
einheit gezielt auf jede beliebige Stelle in einem
definierten Bereich der biologischen Probe ausrich
tet.
12. Verfahren gemäß Anspruch 11, nämlich zur Belichtung
von DNA- oder PNA-Chips, dadurch gekennzeichnet, dass
man Licht der Wellenlängen verwendet, welches die
Entschützung von Nukleotiden, Nukleotidanaloga und
Peptid-Nukleinsäurebausteinen zur Kettenverlängerung
und zum Aufbau von Oligomeren bewirkt und dass man
mittels einer Umlenk- oder Positioniereinheit gezielt
Licht, welches aus einer hochfokussierte Lichtquelle
stammt, auf eine beliebige Stelle des DNA- oder PNA =
Chips ausrichtet und dass man die Festphase, auf wel
cher die Oligomersynthese stattfindet, in einer Kam
mer anordnet, in die man durch weitere Vorrichtungen
die zur DNA oder PNA Synthese notwendigen Lösungen
und/oder Reagenzien an diese Festphase heranführt.
13. Verfahren gemäß Anspruch 11, dadurch gekennzeichnet,
dass man nach erfolgter Oligomerisierung auf den DNA-
oder PNA-Chips weiterhin die nachfolgenden Hybridi
sierungen mit einer Ziel-DNA durchführt.
14. Verfahren gemäß Anspruch 11, dadurch gekennzeichnet,
dass man zur Durchführung des Verfahrens eine Vor
richtung gemäß Anspruch 1 bis 10 verwendet.
Priority Applications (2)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
DE10027119A DE10027119A1 (de) | 2000-05-23 | 2000-05-23 | Vorrichtung und Verfahren zur photolithographischen Belichtung von biologischen Stoffen |
DE20023055U DE20023055U1 (de) | 2000-05-23 | 2000-05-23 | Vorrichtung zur photolitographischen Belichtung von biologischen Stoffen |
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Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
DE10027119A DE10027119A1 (de) | 2000-05-23 | 2000-05-23 | Vorrichtung und Verfahren zur photolithographischen Belichtung von biologischen Stoffen |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
DE10027119A1 true DE10027119A1 (de) | 2001-12-06 |
Family
ID=7644307
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
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DE10027119A Ceased DE10027119A1 (de) | 2000-05-23 | 2000-05-23 | Vorrichtung und Verfahren zur photolithographischen Belichtung von biologischen Stoffen |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
DE (1) | DE10027119A1 (de) |
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---|---|---|---|---|
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WO1999042813A1 (en) * | 1998-02-23 | 1999-08-26 | Wisconsin Alumni Research Foundation | Method and apparatus for synthesis of arrays of dna probes |
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2000
- 2000-05-23 DE DE10027119A patent/DE10027119A1/de not_active Ceased
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