CZ300145B6 - Zpusob regulace tvorby biomasy v rostlinách - Google Patents
Zpusob regulace tvorby biomasy v rostlinách Download PDFInfo
- Publication number
- CZ300145B6 CZ300145B6 CZ20070454A CZ2007454A CZ300145B6 CZ 300145 B6 CZ300145 B6 CZ 300145B6 CZ 20070454 A CZ20070454 A CZ 20070454A CZ 2007454 A CZ2007454 A CZ 2007454A CZ 300145 B6 CZ300145 B6 CZ 300145B6
- Authority
- CZ
- Czechia
- Prior art keywords
- gene
- sequence
- ser
- ortholog
- leu
- Prior art date
Links
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 58
- 239000002028 Biomass Substances 0.000 title claims abstract description 24
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 title abstract description 14
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims abstract description 100
- 241000196324 Embryophyta Species 0.000 claims abstract description 91
- 230000000694 effects Effects 0.000 claims abstract description 41
- 230000002792 vascular Effects 0.000 claims abstract description 37
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 claims abstract description 35
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 claims abstract description 21
- 101150064755 CKI1 gene Proteins 0.000 claims abstract description 20
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims abstract description 17
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims abstract description 17
- 108010072039 Histidine kinase Proteins 0.000 claims abstract description 10
- 238000003780 insertion Methods 0.000 claims abstract description 7
- 230000037431 insertion Effects 0.000 claims abstract description 7
- 238000002703 mutagenesis Methods 0.000 claims abstract description 5
- 231100000350 mutagenesis Toxicity 0.000 claims abstract description 5
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 claims description 25
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 claims description 21
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 claims description 19
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 claims description 17
- 230000009368 gene silencing by RNA Effects 0.000 claims description 16
- 101100274514 Arabidopsis thaliana CKL11 gene Proteins 0.000 claims description 15
- 101100397775 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) YCK2 gene Proteins 0.000 claims description 15
- 235000001014 amino acid Nutrition 0.000 claims description 14
- 108091026890 Coding region Proteins 0.000 claims description 12
- 108020004511 Recombinant DNA Proteins 0.000 claims description 11
- HSXUHWZMNJHFRV-UHFFFAOYSA-L disodium;6-oxido-5-phenyldiazenyl-4-sulfonaphthalene-2-sulfonate Chemical compound [Na+].[Na+].OC1=CC=C2C=C(S([O-])(=O)=O)C=C(S([O-])(=O)=O)C2=C1N=NC1=CC=CC=C1 HSXUHWZMNJHFRV-UHFFFAOYSA-L 0.000 claims description 11
- 238000010186 staining Methods 0.000 claims description 11
- 238000012228 RNA interference-mediated gene silencing Methods 0.000 claims description 10
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims description 10
- 241000894007 species Species 0.000 claims description 10
- XOSXWYQMOYSSKB-LDKJGXKFSA-L water blue Chemical compound CC1=CC(/C(\C(C=C2)=CC=C2NC(C=C2)=CC=C2S([O-])(=O)=O)=C(\C=C2)/C=C/C\2=N\C(C=C2)=CC=C2S([O-])(=O)=O)=CC(S(O)(=O)=O)=C1N.[Na+].[Na+] XOSXWYQMOYSSKB-LDKJGXKFSA-L 0.000 claims description 10
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims description 8
- 101100437498 Escherichia coli (strain K12) uidA gene Proteins 0.000 claims description 7
- 108091030071 RNAI Proteins 0.000 claims description 7
- 238000012546 transfer Methods 0.000 claims description 7
- 101100269448 Arabidopsis thaliana AHK3 gene Proteins 0.000 claims description 6
- 102000001253 Protein Kinase Human genes 0.000 claims description 6
- 210000001938 protoplast Anatomy 0.000 claims description 6
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 claims description 5
- 230000001580 bacterial effect Effects 0.000 claims description 5
- 230000035772 mutation Effects 0.000 claims description 5
- 230000030040 phloem or xylem histogenesis Effects 0.000 claims description 5
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 claims description 5
- 238000002741 site-directed mutagenesis Methods 0.000 claims description 5
- 101150101900 uidA gene Proteins 0.000 claims description 5
- 229910019142 PO4 Inorganic materials 0.000 claims description 4
- 230000029087 digestion Effects 0.000 claims description 4
- 239000010452 phosphate Substances 0.000 claims description 4
- NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K phosphate Chemical compound [O-]P([O-])([O-])=O NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K 0.000 claims description 4
- 230000003993 interaction Effects 0.000 claims description 3
- 230000009711 regulatory function Effects 0.000 claims description 3
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 claims description 3
- 238000013518 transcription Methods 0.000 claims description 3
- 230000035897 transcription Effects 0.000 claims description 3
- 240000004808 Saccharomyces cerevisiae Species 0.000 claims description 2
- 230000005540 biological transmission Effects 0.000 claims description 2
- 230000001276 controlling effect Effects 0.000 claims description 2
- 102000034356 gene-regulatory proteins Human genes 0.000 claims description 2
- 108091006104 gene-regulatory proteins Proteins 0.000 claims description 2
- HNDVDQJCIGZPNO-UHFFFAOYSA-N histidine Natural products OC(=O)C(N)CC1=CN=CN1 HNDVDQJCIGZPNO-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims description 2
- 108060006633 protein kinase Proteins 0.000 claims 2
- 235000003704 aspartic acid Nutrition 0.000 claims 1
- CKLJMWTZIZZHCS-REOHCLBHSA-N aspartic acid group Chemical group N[C@@H](CC(=O)O)C(=O)O CKLJMWTZIZZHCS-REOHCLBHSA-N 0.000 claims 1
- OQFSQFPPLPISGP-UHFFFAOYSA-N beta-carboxyaspartic acid Natural products OC(=O)C(N)C(C(O)=O)C(O)=O OQFSQFPPLPISGP-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- 238000001152 differential interference contrast microscopy Methods 0.000 claims 1
- 238000000799 fluorescence microscopy Methods 0.000 claims 1
- 238000012216 screening Methods 0.000 claims 1
- 230000004048 modification Effects 0.000 abstract description 4
- 238000012986 modification Methods 0.000 abstract description 4
- 238000011835 investigation Methods 0.000 abstract 1
- 230000009261 transgenic effect Effects 0.000 description 47
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 24
- 230000001965 increasing effect Effects 0.000 description 22
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 21
- 239000004062 cytokinin Substances 0.000 description 16
- UQHKFADEQIVWID-UHFFFAOYSA-N cytokinin Natural products C1=NC=2C(NCC=C(CO)C)=NC=NC=2N1C1CC(O)C(CO)O1 UQHKFADEQIVWID-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 16
- 238000011161 development Methods 0.000 description 14
- 230000018109 developmental process Effects 0.000 description 14
- IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N Dimethylsulphoxide Chemical compound CS(C)=O IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 11
- 239000000835 fiber Substances 0.000 description 10
- 230000002018 overexpression Effects 0.000 description 10
- 235000018102 proteins Nutrition 0.000 description 10
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 10
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 description 9
- 101100274507 Caenorhabditis elegans cki-1 gene Proteins 0.000 description 9
- 229940024606 amino acid Drugs 0.000 description 9
- 239000001913 cellulose Substances 0.000 description 9
- 229920002678 cellulose Polymers 0.000 description 9
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 9
- 210000002421 cell wall Anatomy 0.000 description 8
- 230000019491 signal transduction Effects 0.000 description 8
- 101100269447 Arabidopsis thaliana AHK2 gene Proteins 0.000 description 7
- 101100269449 Arabidopsis thaliana AHK4 gene Proteins 0.000 description 7
- 230000008021 deposition Effects 0.000 description 7
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 6
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 6
- 230000007423 decrease Effects 0.000 description 6
- 230000006870 function Effects 0.000 description 6
- 239000011707 mineral Substances 0.000 description 6
- 235000010755 mineral Nutrition 0.000 description 6
- 102000005962 receptors Human genes 0.000 description 6
- 239000002689 soil Substances 0.000 description 6
- 241000589158 Agrobacterium Species 0.000 description 5
- 241000219194 Arabidopsis Species 0.000 description 5
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 5
- 239000003337 fertilizer Substances 0.000 description 5
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 5
- 108091008146 restriction endonucleases Proteins 0.000 description 5
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 4
- 108010013835 arginine glutamate Proteins 0.000 description 4
- 108010047857 aspartylglycine Proteins 0.000 description 4
- 230000008859 change Effects 0.000 description 4
- 230000004069 differentiation Effects 0.000 description 4
- 230000005014 ectopic expression Effects 0.000 description 4
- 230000030279 gene silencing Effects 0.000 description 4
- 239000001963 growth medium Substances 0.000 description 4
- 229910052500 inorganic mineral Inorganic materials 0.000 description 4
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 4
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 4
- 230000008719 thickening Effects 0.000 description 4
- 239000002023 wood Substances 0.000 description 4
- QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N Acetic acid Chemical compound CC(O)=O QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 102000007469 Actins Human genes 0.000 description 3
- 108010085238 Actins Proteins 0.000 description 3
- 101000942308 Arabidopsis thaliana Cytokinin dehydrogenase 3 Proteins 0.000 description 3
- PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N Glycerine Chemical compound OCC(O)CO PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- HVLSXIKZNLPZJJ-TXZCQADKSA-N HA peptide Chemical compound C([C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N1[C@@H](CCC1)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O)NC(=O)[C@H]1N(CCC1)C(=O)[C@@H](N)CC=1C=CC(O)=CC=1)C1=CC=C(O)C=C1 HVLSXIKZNLPZJJ-TXZCQADKSA-N 0.000 description 3
- HGCNKOLVKRAVHD-UHFFFAOYSA-N L-Met-L-Phe Natural products CSCCC(N)C(=O)NC(C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 HGCNKOLVKRAVHD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 241000219000 Populus Species 0.000 description 3
- KOSRFJWDECSPRO-UHFFFAOYSA-N alpha-L-glutamyl-L-glutamic acid Natural products OC(=O)CCC(N)C(=O)NC(CCC(O)=O)C(O)=O KOSRFJWDECSPRO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 108010072041 arginyl-glycyl-aspartic acid Proteins 0.000 description 3
- 108010062796 arginyllysine Proteins 0.000 description 3
- 230000033228 biological regulation Effects 0.000 description 3
- 230000003247 decreasing effect Effects 0.000 description 3
- 238000012239 gene modification Methods 0.000 description 3
- 230000005017 genetic modification Effects 0.000 description 3
- 235000013617 genetically modified food Nutrition 0.000 description 3
- 108010049041 glutamylalanine Proteins 0.000 description 3
- 230000036512 infertility Effects 0.000 description 3
- 230000008595 infiltration Effects 0.000 description 3
- 238000001764 infiltration Methods 0.000 description 3
- 230000008569 process Effects 0.000 description 3
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 3
- 230000009772 tissue formation Effects 0.000 description 3
- 238000001262 western blot Methods 0.000 description 3
- FWBHETKCLVMNFS-UHFFFAOYSA-N 4',6-Diamino-2-phenylindol Chemical compound C1=CC(C(=N)N)=CC=C1C1=CC2=CC=C(C(N)=N)C=C2N1 FWBHETKCLVMNFS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- NXDXECQFKHXHAM-HJGDQZAQSA-N Arg-Glu-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O NXDXECQFKHXHAM-HJGDQZAQSA-N 0.000 description 2
- XNSKSTRGQIPTSE-ACZMJKKPSA-N Arg-Thr Chemical compound C[C@@H]([C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCCN=C(N)N)N)O XNSKSTRGQIPTSE-ACZMJKKPSA-N 0.000 description 2
- WIDVAWAQBRAKTI-YUMQZZPRSA-N Asn-Leu-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)NCC(O)=O WIDVAWAQBRAKTI-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 2
- 208000016216 Choristoma Diseases 0.000 description 2
- 108020004635 Complementary DNA Proteins 0.000 description 2
- 102000012410 DNA Ligases Human genes 0.000 description 2
- 108010061982 DNA Ligases Proteins 0.000 description 2
- 108010042407 Endonucleases Proteins 0.000 description 2
- 102000004533 Endonucleases Human genes 0.000 description 2
- BUZMZDDKFCSKOT-CIUDSAMLSA-N Glu-Glu-Glu Chemical compound OC(=O)CC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O BUZMZDDKFCSKOT-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 2
- YOBGUCWZPXJHTN-BQBZGAKWSA-N Gly-Ser-Arg Chemical compound NCC(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCN=C(N)N YOBGUCWZPXJHTN-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 2
- UVTSZKIATYSKIR-RYUDHWBXSA-N Gly-Tyr-Glu Chemical compound [H]NCC(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O UVTSZKIATYSKIR-RYUDHWBXSA-N 0.000 description 2
- 244000068988 Glycine max Species 0.000 description 2
- 235000010469 Glycine max Nutrition 0.000 description 2
- JODPUDMBQBIWCK-GHCJXIJMSA-N Ile-Ser-Asn Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O JODPUDMBQBIWCK-GHCJXIJMSA-N 0.000 description 2
- 206010061217 Infestation Diseases 0.000 description 2
- DCXYFEDJOCDNAF-REOHCLBHSA-N L-asparagine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC(N)=O DCXYFEDJOCDNAF-REOHCLBHSA-N 0.000 description 2
- DYJOORGDQIGZAS-DCAQKATOSA-N Lys-Ser-Met Chemical compound CSCC[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](CCCCN)N DYJOORGDQIGZAS-DCAQKATOSA-N 0.000 description 2
- HYVABZIGRDEKCD-UHFFFAOYSA-N N(6)-dimethylallyladenine Chemical compound CC(C)=CCNC1=NC=NC2=C1N=CN2 HYVABZIGRDEKCD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- NSTPXGARCQOSAU-VIFPVBQESA-N N-formyl-L-phenylalanine Chemical compound O=CN[C@H](C(=O)O)CC1=CC=CC=C1 NSTPXGARCQOSAU-VIFPVBQESA-N 0.000 description 2
- 102000007056 Recombinant Fusion Proteins Human genes 0.000 description 2
- 108010008281 Recombinant Fusion Proteins Proteins 0.000 description 2
- WOUIMBGNEUWXQG-VKHMYHEASA-N Ser-Gly Chemical compound OC[C@H](N)C(=O)NCC(O)=O WOUIMBGNEUWXQG-VKHMYHEASA-N 0.000 description 2
- XNCUYZKGQOCOQH-YUMQZZPRSA-N Ser-Leu-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)NCC(O)=O XNCUYZKGQOCOQH-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 2
- KQNDIKOYWZTZIX-FXQIFTODSA-N Ser-Ser-Arg Chemical compound OC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCNC(N)=N KQNDIKOYWZTZIX-FXQIFTODSA-N 0.000 description 2
- AABIBDJHSKIMJK-FXQIFTODSA-N Ser-Ser-Met Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CCSC)C(O)=O AABIBDJHSKIMJK-FXQIFTODSA-N 0.000 description 2
- UBTNVMGPMYDYIU-HJPIBITLSA-N Ser-Tyr-Ile Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(O)=O UBTNVMGPMYDYIU-HJPIBITLSA-N 0.000 description 2
- FLPZMPOZGYPBEN-PPCPHDFISA-N Thr-Leu-Ile Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(O)=O FLPZMPOZGYPBEN-PPCPHDFISA-N 0.000 description 2
- COYHRQWNJDJCNA-NUJDXYNKSA-N Thr-Thr-Thr Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O COYHRQWNJDJCNA-NUJDXYNKSA-N 0.000 description 2
- 241000607479 Yersinia pestis Species 0.000 description 2
- 238000009395 breeding Methods 0.000 description 2
- 230000001488 breeding effect Effects 0.000 description 2
- 230000001413 cellular effect Effects 0.000 description 2
- 108010088245 cytokinin oxidase Proteins 0.000 description 2
- 210000000805 cytoplasm Anatomy 0.000 description 2
- 238000005202 decontamination Methods 0.000 description 2
- 230000003588 decontaminative effect Effects 0.000 description 2
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 2
- 230000005611 electricity Effects 0.000 description 2
- 238000010195 expression analysis Methods 0.000 description 2
- MHMNJMPURVTYEJ-UHFFFAOYSA-N fluorescein-5-isothiocyanate Chemical compound O1C(=O)C2=CC(N=C=S)=CC=C2C21C1=CC=C(O)C=C1OC1=CC(O)=CC=C21 MHMNJMPURVTYEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000012226 gene silencing method Methods 0.000 description 2
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 2
- 238000010353 genetic engineering Methods 0.000 description 2
- 108010055341 glutamyl-glutamic acid Proteins 0.000 description 2
- 108010050848 glycylleucine Proteins 0.000 description 2
- 239000004009 herbicide Substances 0.000 description 2
- 238000003384 imaging method Methods 0.000 description 2
- 238000003119 immunoblot Methods 0.000 description 2
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 description 2
- 230000001939 inductive effect Effects 0.000 description 2
- 108010044311 leucyl-glycyl-glycine Proteins 0.000 description 2
- 108010051673 leucyl-glycyl-phenylalanine Proteins 0.000 description 2
- 108010034529 leucyl-lysine Proteins 0.000 description 2
- 108010054155 lysyllysine Proteins 0.000 description 2
- 239000002609 medium Substances 0.000 description 2
- 108010085203 methionylmethionine Proteins 0.000 description 2
- 230000000877 morphologic effect Effects 0.000 description 2
- 239000006870 ms-medium Substances 0.000 description 2
- 210000002568 pbsc Anatomy 0.000 description 2
- 230000008635 plant growth Effects 0.000 description 2
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 description 2
- 229910052700 potassium Inorganic materials 0.000 description 2
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 2
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 2
- 230000004044 response Effects 0.000 description 2
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 2
- 239000012192 staining solution Substances 0.000 description 2
- 108010061238 threonyl-glycine Proteins 0.000 description 2
- 239000002699 waste material Substances 0.000 description 2
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- CUVSTAMIHSSVKL-UWVGGRQHSA-N (4s)-4-[(2-aminoacetyl)amino]-5-[[(2s)-6-amino-1-(carboxymethylamino)-1-oxohexan-2-yl]amino]-5-oxopentanoic acid Chemical compound NCCCC[C@@H](C(=O)NCC(O)=O)NC(=O)[C@H](CCC(O)=O)NC(=O)CN CUVSTAMIHSSVKL-UWVGGRQHSA-N 0.000 description 1
- ZHSKUOZOLHMKEA-UHFFFAOYSA-N 4-[5-[bis(2-chloroethyl)amino]-1-methylbenzimidazol-2-yl]butanoic acid;hydron;chloride Chemical compound Cl.ClCCN(CCCl)C1=CC=C2N(C)C(CCCC(O)=O)=NC2=C1 ZHSKUOZOLHMKEA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101150052384 50 gene Proteins 0.000 description 1
- 101150077524 ARR6 gene Proteins 0.000 description 1
- 241000299862 Actinote thalia Species 0.000 description 1
- 241000589155 Agrobacterium tumefaciens Species 0.000 description 1
- YAXNATKKPOWVCP-ZLUOBGJFSA-N Ala-Asn-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O YAXNATKKPOWVCP-ZLUOBGJFSA-N 0.000 description 1
- NWVVKQZOVSTDBQ-CIUDSAMLSA-N Ala-Glu-Arg Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O NWVVKQZOVSTDBQ-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- HMRWQTHUDVXMGH-GUBZILKMSA-N Ala-Glu-Lys Chemical compound C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCCN HMRWQTHUDVXMGH-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- KQESEZXHYOUIIM-CQDKDKBSSA-N Ala-Lys-Tyr Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(O)=O KQESEZXHYOUIIM-CQDKDKBSSA-N 0.000 description 1
- GKAZXNDATBWNBI-DCAQKATOSA-N Ala-Met-Lys Chemical compound C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)N GKAZXNDATBWNBI-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- BDQNLQSWRAPHGU-DLOVCJGASA-N Ala-Phe-Cys Chemical compound C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)O)N BDQNLQSWRAPHGU-DLOVCJGASA-N 0.000 description 1
- IPWKGIFRRBGCJO-IMJSIDKUSA-N Ala-Ser Chemical compound C[C@H]([NH3+])C(=O)N[C@@H](CO)C([O-])=O IPWKGIFRRBGCJO-IMJSIDKUSA-N 0.000 description 1
- WQKAQKZRDIZYNV-VZFHVOOUSA-N Ala-Ser-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O WQKAQKZRDIZYNV-VZFHVOOUSA-N 0.000 description 1
- BUQICHWNXBIBOG-LMVFSUKVSA-N Ala-Thr Chemical compound C[C@@H](O)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](C)N BUQICHWNXBIBOG-LMVFSUKVSA-N 0.000 description 1
- VRTOMXFZHGWHIJ-KZVJFYERSA-N Ala-Thr-Arg Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O VRTOMXFZHGWHIJ-KZVJFYERSA-N 0.000 description 1
- QRIYOHQJRDHFKF-UWJYBYFXSA-N Ala-Tyr-Ser Chemical compound OC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@@H](N)C)CC1=CC=C(O)C=C1 QRIYOHQJRDHFKF-UWJYBYFXSA-N 0.000 description 1
- 102000002260 Alkaline Phosphatase Human genes 0.000 description 1
- 108020004774 Alkaline Phosphatase Proteins 0.000 description 1
- 241000219195 Arabidopsis thaliana Species 0.000 description 1
- 101000942306 Arabidopsis thaliana Cytokinin dehydrogenase 2 Proteins 0.000 description 1
- VKKYFICVTYKFIO-CIUDSAMLSA-N Arg-Ala-Glu Chemical compound OC(=O)CC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H](N)CCCN=C(N)N VKKYFICVTYKFIO-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- XPSGESXVBSQZPL-SRVKXCTJSA-N Arg-Arg-Arg Chemical compound NC(N)=NCCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(O)=O XPSGESXVBSQZPL-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- PNQWAUXQDBIJDY-GUBZILKMSA-N Arg-Glu-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O PNQWAUXQDBIJDY-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- UFBURHXMKFQVLM-CIUDSAMLSA-N Arg-Glu-Ser Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O UFBURHXMKFQVLM-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- IYMAXBFPHPZYIK-BQBZGAKWSA-N Arg-Gly-Asp Chemical compound NC(N)=NCCC[C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O IYMAXBFPHPZYIK-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- PHHRSPBBQUFULD-UWVGGRQHSA-N Arg-Gly-Lys Chemical compound C(CCN)C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)CNC(=O)[C@H](CCCN=C(N)N)N PHHRSPBBQUFULD-UWVGGRQHSA-N 0.000 description 1
- LKDHUGLXOHYINY-XUXIUFHCSA-N Arg-Ile-Lys Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCCN=C(N)N)N LKDHUGLXOHYINY-XUXIUFHCSA-N 0.000 description 1
- HJDNZFIYILEIKR-OSUNSFLBSA-N Arg-Ile-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O HJDNZFIYILEIKR-OSUNSFLBSA-N 0.000 description 1
- UHFUZWSZQKMDSX-DCAQKATOSA-N Arg-Leu-Asn Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCCN=C(N)N)N UHFUZWSZQKMDSX-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- YTMKMRSYXHBGER-IHRRRGAJSA-N Arg-Phe-Asn Chemical compound C1=CC=C(C=C1)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCCN=C(N)N)N YTMKMRSYXHBGER-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 1
- ZPWMEWYQBWSGAO-ZJDVBMNYSA-N Arg-Thr-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O ZPWMEWYQBWSGAO-ZJDVBMNYSA-N 0.000 description 1
- XTWSWDJMIKUJDQ-RYUDHWBXSA-N Arg-Tyr Chemical compound NC(N)=NCCC[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=C(O)C=C1 XTWSWDJMIKUJDQ-RYUDHWBXSA-N 0.000 description 1
- UVTGNSWSRSCPLP-UHFFFAOYSA-N Arg-Tyr Natural products NC(CCNC(=N)N)C(=O)NC(Cc1ccc(O)cc1)C(=O)O UVTGNSWSRSCPLP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- IZSMEUDYADKZTJ-KJEVXHAQSA-N Arg-Tyr-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O IZSMEUDYADKZTJ-KJEVXHAQSA-N 0.000 description 1
- ZZXMOQIUIJJOKZ-ZLUOBGJFSA-N Asn-Asn-Ala Chemical compound OC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](CC(N)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC(N)=O ZZXMOQIUIJJOKZ-ZLUOBGJFSA-N 0.000 description 1
- KSBHCUSPLWRVEK-ZLUOBGJFSA-N Asn-Asn-Asp Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O KSBHCUSPLWRVEK-ZLUOBGJFSA-N 0.000 description 1
- IIFDPDVJAHQFSR-WHFBIAKZSA-N Asn-Glu Chemical compound NC(=O)C[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCC(O)=O IIFDPDVJAHQFSR-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 1
- BZMWJLLUAKSIMH-FXQIFTODSA-N Asn-Glu-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O BZMWJLLUAKSIMH-FXQIFTODSA-N 0.000 description 1
- OLISTMZJGQUOGS-GMOBBJLQSA-N Asn-Ile-Arg Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)N)N OLISTMZJGQUOGS-GMOBBJLQSA-N 0.000 description 1
- HXWUJJADFMXNKA-BQBZGAKWSA-N Asn-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC(N)=O HXWUJJADFMXNKA-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- MYCSPQIARXTUTP-SRVKXCTJSA-N Asn-Leu-His Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC1=CN=CN1)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)N)N MYCSPQIARXTUTP-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- DJIMLSXHXKWADV-CIUDSAMLSA-N Asn-Leu-Ser Chemical compound OC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@@H](N)CC(N)=O DJIMLSXHXKWADV-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- FBODFHMLALOPHP-GUBZILKMSA-N Asn-Lys-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O FBODFHMLALOPHP-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- NYGILGUOUOXGMJ-YUMQZZPRSA-N Asn-Lys-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)NCC(O)=O NYGILGUOUOXGMJ-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 1
- COWITDLVHMZSIW-CIUDSAMLSA-N Asn-Lys-Ser Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O COWITDLVHMZSIW-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- SONUFGRSSMFHFN-IMJSIDKUSA-N Asn-Ser Chemical compound NC(=O)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O SONUFGRSSMFHFN-IMJSIDKUSA-N 0.000 description 1
- HOQGTAIGQSDCHR-SRVKXCTJSA-N Asp-Asn-Phe Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(O)=O HOQGTAIGQSDCHR-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- BFOYULZBKYOKAN-OLHMAJIHSA-N Asp-Asp-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O BFOYULZBKYOKAN-OLHMAJIHSA-N 0.000 description 1
- JHFNSBBHKSZXKB-VKHMYHEASA-N Asp-Gly Chemical compound OC(=O)C[C@H](N)C(=O)NCC(O)=O JHFNSBBHKSZXKB-VKHMYHEASA-N 0.000 description 1
- PSLSTUMPZILTAH-BYULHYEWSA-N Asp-Gly-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)CNC(=O)[C@@H](N)CC(O)=O PSLSTUMPZILTAH-BYULHYEWSA-N 0.000 description 1
- SVABRQFIHCSNCI-FOHZUACHSA-N Asp-Gly-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)NCC(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O SVABRQFIHCSNCI-FOHZUACHSA-N 0.000 description 1
- LIVXPXUVXFRWNY-CIUDSAMLSA-N Asp-Lys-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O LIVXPXUVXFRWNY-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- IOXWDLNHXZOXQP-FXQIFTODSA-N Asp-Met-Ser Chemical compound CSCC[C@@H](C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)O)N IOXWDLNHXZOXQP-FXQIFTODSA-N 0.000 description 1
- NONWUQAWAANERO-BZSNNMDCSA-N Asp-Phe-Tyr Chemical compound C([C@H](NC(=O)[C@H](CC(O)=O)N)C(=O)N[C@@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)C(O)=O)C1=CC=CC=C1 NONWUQAWAANERO-BZSNNMDCSA-N 0.000 description 1
- ZBYLEBZCVKLPCY-FXQIFTODSA-N Asp-Ser-Arg Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O ZBYLEBZCVKLPCY-FXQIFTODSA-N 0.000 description 1
- CXEFNHOVIIDHFU-IHPCNDPISA-N Asp-Trp-Phe Chemical compound C1=CC=C(C=C1)C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC2=CNC3=CC=CC=C32)NC(=O)[C@H](CC(=O)O)N CXEFNHOVIIDHFU-IHPCNDPISA-N 0.000 description 1
- DCXYFEDJOCDNAF-UHFFFAOYSA-N Asparagine Natural products OC(=O)C(N)CC(N)=O DCXYFEDJOCDNAF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 235000018185 Betula X alpestris Nutrition 0.000 description 1
- 235000018212 Betula X uliginosa Nutrition 0.000 description 1
- 240000002791 Brassica napus Species 0.000 description 1
- 235000006008 Brassica napus var napus Nutrition 0.000 description 1
- 101150045023 CKX2 gene Proteins 0.000 description 1
- 102100034356 Casein kinase I isoform alpha-like Human genes 0.000 description 1
- 241000238366 Cephalopoda Species 0.000 description 1
- 101150007483 Cklf gene Proteins 0.000 description 1
- DCJNIJAWIRPPBB-CIUDSAMLSA-N Cys-Ala-Lys Chemical compound C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CS)N DCJNIJAWIRPPBB-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- YZFCGHIBLBDZDA-ZLUOBGJFSA-N Cys-Asp-Ser Chemical compound [H]N[C@@H](CS)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O YZFCGHIBLBDZDA-ZLUOBGJFSA-N 0.000 description 1
- VBIIZCXWOZDIHS-ACZMJKKPSA-N Cys-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CS VBIIZCXWOZDIHS-ACZMJKKPSA-N 0.000 description 1
- SRIRHERUAMYIOQ-CIUDSAMLSA-N Cys-Leu-Ser Chemical compound [H]N[C@@H](CS)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O SRIRHERUAMYIOQ-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- GGRDJANMZPGMNS-CIUDSAMLSA-N Cys-Ser-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CS)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O GGRDJANMZPGMNS-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- 102000004127 Cytokines Human genes 0.000 description 1
- 108090000695 Cytokines Proteins 0.000 description 1
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 description 1
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- 241000238557 Decapoda Species 0.000 description 1
- YQYJSBFKSSDGFO-UHFFFAOYSA-N Epihygromycin Natural products OC1C(O)C(C(=O)C)OC1OC(C(=C1)O)=CC=C1C=C(C)C(=O)NC1C(O)C(O)C2OCOC2C1O YQYJSBFKSSDGFO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 description 1
- 108010072062 GEKG peptide Proteins 0.000 description 1
- 229920002148 Gellan gum Polymers 0.000 description 1
- CEAZRRDELHUEMR-URQXQFDESA-N Gentamicin Chemical compound O1[C@H](C(C)NC)CC[C@@H](N)[C@H]1O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](O[C@@H]2[C@@H]([C@@H](NC)[C@@](C)(O)CO2)O)[C@H](N)C[C@@H]1N CEAZRRDELHUEMR-URQXQFDESA-N 0.000 description 1
- 229930182566 Gentamicin Natural products 0.000 description 1
- WOSRKEJQESVHGA-CIUDSAMLSA-N Glu-Arg-Ser Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O WOSRKEJQESVHGA-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- NKSGKPWXSWBRRX-ACZMJKKPSA-N Glu-Asn-Cys Chemical compound C(CC(=O)O)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)O)N NKSGKPWXSWBRRX-ACZMJKKPSA-N 0.000 description 1
- AFODTOLGSZQDSL-PEFMBERDSA-N Glu-Asn-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)N)NC(=O)[C@H](CCC(=O)O)N AFODTOLGSZQDSL-PEFMBERDSA-N 0.000 description 1
- XXCDTYBVGMPIOA-FXQIFTODSA-N Glu-Asp-Glu Chemical compound OC(=O)CC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O XXCDTYBVGMPIOA-FXQIFTODSA-N 0.000 description 1
- LSPKYLAFTPBWIL-BYPYZUCNSA-N Glu-Gly Chemical compound OC(=O)CC[C@H](N)C(=O)NCC(O)=O LSPKYLAFTPBWIL-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 1
- RAUDKMVXNOWDLS-WDSKDSINSA-N Glu-Gly-Ser Chemical compound OC(=O)CC[C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O RAUDKMVXNOWDLS-WDSKDSINSA-N 0.000 description 1
- QIQABBIDHGQXGA-ZPFDUUQYSA-N Glu-Ile-Arg Chemical compound OC(=O)CC[C@H](N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(O)=O QIQABBIDHGQXGA-ZPFDUUQYSA-N 0.000 description 1
- VGUYMZGLJUJRBV-YVNDNENWSA-N Glu-Ile-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O VGUYMZGLJUJRBV-YVNDNENWSA-N 0.000 description 1
- XTZDZAXYPDISRR-MNXVOIDGSA-N Glu-Ile-Lys Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCC(=O)O)N XTZDZAXYPDISRR-MNXVOIDGSA-N 0.000 description 1
- IOUQWHIEQYQVFD-JYJNAYRXSA-N Glu-Leu-Tyr Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(O)=O IOUQWHIEQYQVFD-JYJNAYRXSA-N 0.000 description 1
- RBXSZQRSEGYDFG-GUBZILKMSA-N Glu-Lys-Ser Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O RBXSZQRSEGYDFG-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- OFIHURVSQXAZIR-SZMVWBNQSA-N Glu-Lys-Trp Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC1=CNC2=C1C=CC=C2)C(O)=O OFIHURVSQXAZIR-SZMVWBNQSA-N 0.000 description 1
- AOCARQDSFTWWFT-DCAQKATOSA-N Glu-Met-Arg Chemical compound OC(=O)CC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(O)=O AOCARQDSFTWWFT-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- ZWMYUDZLXAQHCK-CIUDSAMLSA-N Glu-Met-Asp Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O ZWMYUDZLXAQHCK-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- BHXSLRDWXIFKTP-SRVKXCTJSA-N Glu-Met-His Chemical compound CSCC[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC1=CN=CN1)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCC(=O)O)N BHXSLRDWXIFKTP-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- YRMZCZIRHYCNHX-RYUDHWBXSA-N Glu-Phe-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)NCC(O)=O YRMZCZIRHYCNHX-RYUDHWBXSA-N 0.000 description 1
- QNJNPKSWAHPYGI-JYJNAYRXSA-N Glu-Phe-Leu Chemical compound OC(=O)CC[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 QNJNPKSWAHPYGI-JYJNAYRXSA-N 0.000 description 1
- ALMBZBOCGSVSAI-ACZMJKKPSA-N Glu-Ser-Asn Chemical compound C(CC(=O)O)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)O)N ALMBZBOCGSVSAI-ACZMJKKPSA-N 0.000 description 1
- VNCNWQPIQYAMAK-ACZMJKKPSA-N Glu-Ser-Ser Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O VNCNWQPIQYAMAK-ACZMJKKPSA-N 0.000 description 1
- LZEUDRYSAZAJIO-AUTRQRHGSA-N Glu-Val-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O LZEUDRYSAZAJIO-AUTRQRHGSA-N 0.000 description 1
- QSDKBRMVXSWAQE-BFHQHQDPSA-N Gly-Ala-Thr Chemical compound C[C@@H](O)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)CN QSDKBRMVXSWAQE-BFHQHQDPSA-N 0.000 description 1
- KFMBRBPXHVMDFN-UWVGGRQHSA-N Gly-Arg-Lys Chemical compound NCCCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](NC(=O)CN)CCCNC(N)=N KFMBRBPXHVMDFN-UWVGGRQHSA-N 0.000 description 1
- XCLCVBYNGXEVDU-WHFBIAKZSA-N Gly-Asn-Ser Chemical compound NCC(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O XCLCVBYNGXEVDU-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 1
- XBWMTPAIUQIWKA-BYULHYEWSA-N Gly-Asp-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)CN XBWMTPAIUQIWKA-BYULHYEWSA-N 0.000 description 1
- QGZSAHIZRQHCEQ-QWRGUYRKSA-N Gly-Asp-Tyr Chemical compound NCC(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=C(O)C=C1 QGZSAHIZRQHCEQ-QWRGUYRKSA-N 0.000 description 1
- STVHDEHTKFXBJQ-LAEOZQHASA-N Gly-Glu-Ile Chemical compound [H]NCC(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(O)=O STVHDEHTKFXBJQ-LAEOZQHASA-N 0.000 description 1
- UFPXDFOYHVEIPI-BYPYZUCNSA-N Gly-Gly-Asp Chemical compound NCC(=O)NCC(=O)N[C@H](C(O)=O)CC(O)=O UFPXDFOYHVEIPI-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 1
- YSDLIYZLOTZZNP-UWVGGRQHSA-N Gly-Leu-Met Chemical compound CSCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)CN YSDLIYZLOTZZNP-UWVGGRQHSA-N 0.000 description 1
- GMTXWRIDLGTVFC-IUCAKERBSA-N Gly-Lys-Glu Chemical compound [H]NCC(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O GMTXWRIDLGTVFC-IUCAKERBSA-N 0.000 description 1
- PDUHNKAFQXQNLH-ZETCQYMHSA-N Gly-Lys-Gly Chemical compound NCCCC[C@H](NC(=O)CN)C(=O)NCC(O)=O PDUHNKAFQXQNLH-ZETCQYMHSA-N 0.000 description 1
- MHXKHKWHPNETGG-QWRGUYRKSA-N Gly-Lys-Leu Chemical compound [H]NCC(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O MHXKHKWHPNETGG-QWRGUYRKSA-N 0.000 description 1
- MHZXESQPPXOING-KBPBESRZSA-N Gly-Lys-Phe Chemical compound [H]NCC(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(O)=O MHZXESQPPXOING-KBPBESRZSA-N 0.000 description 1
- IALQAMYQJBZNSK-WHFBIAKZSA-N Gly-Ser-Asn Chemical compound [H]NCC(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O IALQAMYQJBZNSK-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 1
- OHUKZZYSJBKFRR-WHFBIAKZSA-N Gly-Ser-Asp Chemical compound [H]NCC(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O OHUKZZYSJBKFRR-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 1
- FGPLUIQCSKGLTI-WDSKDSINSA-N Gly-Ser-Glu Chemical compound NCC(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCC(O)=O FGPLUIQCSKGLTI-WDSKDSINSA-N 0.000 description 1
- YABRDIBSPZONIY-BQBZGAKWSA-N Gly-Ser-Met Chemical compound [H]NCC(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CCSC)C(O)=O YABRDIBSPZONIY-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- OLIFSFOFKGKIRH-WUJLRWPWSA-N Gly-Thr Chemical compound C[C@@H](O)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)CN OLIFSFOFKGKIRH-WUJLRWPWSA-N 0.000 description 1
- FFALDIDGPLUDKV-ZDLURKLDSA-N Gly-Thr-Ser Chemical compound [H]NCC(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O FFALDIDGPLUDKV-ZDLURKLDSA-N 0.000 description 1
- SBVMXEZQJVUARN-XPUUQOCRSA-N Gly-Val-Ser Chemical compound NCC(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O SBVMXEZQJVUARN-XPUUQOCRSA-N 0.000 description 1
- JBCLFWXMTIKCCB-UHFFFAOYSA-N H-Gly-Phe-OH Natural products NCC(=O)NC(C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 JBCLFWXMTIKCCB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101710154606 Hemagglutinin Proteins 0.000 description 1
- 241000238631 Hexapoda Species 0.000 description 1
- 235000001018 Hibiscus sabdariffa Nutrition 0.000 description 1
- MDCTVRUPVLZSPG-BQBZGAKWSA-N His-Asp Chemical compound OC(=O)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CNC=N1 MDCTVRUPVLZSPG-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- LSQHWKPPOFDHHZ-YUMQZZPRSA-N His-Asp-Gly Chemical compound C1=C(NC=N1)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)O)C(=O)NCC(=O)O)N LSQHWKPPOFDHHZ-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 1
- PGTISAJTWZPFGN-PEXQALLHSA-N His-Gly-Ile Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CNC=N1)C(=O)NCC(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(O)=O PGTISAJTWZPFGN-PEXQALLHSA-N 0.000 description 1
- RCFDOSNHHZGBOY-ACZMJKKPSA-N Ile-Ala Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O RCFDOSNHHZGBOY-ACZMJKKPSA-N 0.000 description 1
- FVEWRQXNISSYFO-ZPFDUUQYSA-N Ile-Arg-Glu Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(=O)N[C@@H](CCC(=O)O)C(=O)O)N FVEWRQXNISSYFO-ZPFDUUQYSA-N 0.000 description 1
- QLRMMMQNCWBNPQ-QXEWZRGKSA-N Ile-Arg-Gly Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(=O)NCC(=O)O)N QLRMMMQNCWBNPQ-QXEWZRGKSA-N 0.000 description 1
- YOTNPRLPIPHQSB-XUXIUFHCSA-N Ile-Arg-Lys Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)N YOTNPRLPIPHQSB-XUXIUFHCSA-N 0.000 description 1
- RPZFUIQVAPZLRH-GHCJXIJMSA-N Ile-Asp-Ala Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)O)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)O)N RPZFUIQVAPZLRH-GHCJXIJMSA-N 0.000 description 1
- DCQMJRSOGCYKTR-GHCJXIJMSA-N Ile-Asp-Ser Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O DCQMJRSOGCYKTR-GHCJXIJMSA-N 0.000 description 1
- SJIGTGZVQGLMGG-NAKRPEOUSA-N Ile-Cys-Arg Chemical compound N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)O SJIGTGZVQGLMGG-NAKRPEOUSA-N 0.000 description 1
- KTGFOCFYOZQVRJ-ZKWXMUAHSA-N Ile-Glu Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCC(O)=O KTGFOCFYOZQVRJ-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 1
- SPQWWEZBHXHUJN-KBIXCLLPSA-N Ile-Glu-Ser Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O SPQWWEZBHXHUJN-KBIXCLLPSA-N 0.000 description 1
- SLQVFYWBGNNOTK-BYULHYEWSA-N Ile-Gly-Asn Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)O)N SLQVFYWBGNNOTK-BYULHYEWSA-N 0.000 description 1
- NYEYYMLUABXDMC-NHCYSSNCSA-N Ile-Gly-Leu Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)O)N NYEYYMLUABXDMC-NHCYSSNCSA-N 0.000 description 1
- LWWILHPVAKKLQS-QXEWZRGKSA-N Ile-Gly-Met Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)O)N LWWILHPVAKKLQS-QXEWZRGKSA-N 0.000 description 1
- BCVIOZZGJNOEQS-XKNYDFJKSA-N Ile-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)[C@@H](C)CC BCVIOZZGJNOEQS-XKNYDFJKSA-N 0.000 description 1
- TWYOYAKMLHWMOJ-ZPFDUUQYSA-N Ile-Leu-Asn Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O TWYOYAKMLHWMOJ-ZPFDUUQYSA-N 0.000 description 1
- RCFDOSNHHZGBOY-UHFFFAOYSA-N L-isoleucyl-L-alanine Natural products CCC(C)C(N)C(=O)NC(C)C(O)=O RCFDOSNHHZGBOY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- CZCSUZMIRKFFFA-CIUDSAMLSA-N Leu-Ala-Asn Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O CZCSUZMIRKFFFA-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- WNGVUZWBXZKQES-YUMQZZPRSA-N Leu-Ala-Gly Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)NCC(O)=O WNGVUZWBXZKQES-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 1
- XIRYQRLFHWWWTC-QEJZJMRPSA-N Leu-Ala-Phe Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 XIRYQRLFHWWWTC-QEJZJMRPSA-N 0.000 description 1
- BQSLGJHIAGOZCD-CIUDSAMLSA-N Leu-Ala-Ser Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O BQSLGJHIAGOZCD-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- VCSBGUACOYUIGD-CIUDSAMLSA-N Leu-Asn-Asp Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O VCSBGUACOYUIGD-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- KKXDHFKZWKLYGB-GUBZILKMSA-N Leu-Asn-Glu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)N[C@@H](CCC(=O)O)C(=O)O)N KKXDHFKZWKLYGB-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- OGCQGUIWMSBHRZ-CIUDSAMLSA-N Leu-Asn-Ser Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O OGCQGUIWMSBHRZ-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- RRSLQOLASISYTB-CIUDSAMLSA-N Leu-Cys-Asp Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O RRSLQOLASISYTB-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- HFBCHNRFRYLZNV-GUBZILKMSA-N Leu-Glu-Asp Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O HFBCHNRFRYLZNV-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- VWHGTYCRDRBSFI-ZETCQYMHSA-N Leu-Gly-Gly Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)NCC(=O)NCC(O)=O VWHGTYCRDRBSFI-ZETCQYMHSA-N 0.000 description 1
- HYIFFZAQXPUEAU-QWRGUYRKSA-N Leu-Gly-Leu Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@H](C(O)=O)CC(C)C HYIFFZAQXPUEAU-QWRGUYRKSA-N 0.000 description 1
- KEVYYIMVELOXCT-KBPBESRZSA-N Leu-Gly-Phe Chemical compound CC(C)C[C@H]([NH3+])C(=O)NCC(=O)N[C@H](C([O-])=O)CC1=CC=CC=C1 KEVYYIMVELOXCT-KBPBESRZSA-N 0.000 description 1
- XWOBNBRUDDUEEY-UWVGGRQHSA-N Leu-His Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CNC=N1 XWOBNBRUDDUEEY-UWVGGRQHSA-N 0.000 description 1
- KOSWSHVQIVTVQF-ZPFDUUQYSA-N Leu-Ile-Asp Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O KOSWSHVQIVTVQF-ZPFDUUQYSA-N 0.000 description 1
- LXKNSJLSGPNHSK-KKUMJFAQSA-N Leu-Leu-Lys Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)N LXKNSJLSGPNHSK-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 1
- IEWBEPKLKUXQBU-VOAKCMCISA-N Leu-Leu-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O IEWBEPKLKUXQBU-VOAKCMCISA-N 0.000 description 1
- HVHRPWQEQHIQJF-AVGNSLFASA-N Leu-Lys-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O HVHRPWQEQHIQJF-AVGNSLFASA-N 0.000 description 1
- VVQJGYPTIYOFBR-IHRRRGAJSA-N Leu-Lys-Met Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)O)N VVQJGYPTIYOFBR-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 1
- BJWKOATWNQJPSK-SRVKXCTJSA-N Leu-Met-Glu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)N[C@@H](CCC(=O)O)C(=O)O)N BJWKOATWNQJPSK-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- FLNPJLDPGMLWAU-UWVGGRQHSA-N Leu-Met-Gly Chemical compound OC(=O)CNC(=O)[C@H](CCSC)NC(=O)[C@@H](N)CC(C)C FLNPJLDPGMLWAU-UWVGGRQHSA-N 0.000 description 1
- MJTOYIHCKVQICL-ULQDDVLXSA-N Leu-Met-Phe Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)O)N MJTOYIHCKVQICL-ULQDDVLXSA-N 0.000 description 1
- INCJJHQRZGQLFC-KBPBESRZSA-N Leu-Phe-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)NCC(O)=O INCJJHQRZGQLFC-KBPBESRZSA-N 0.000 description 1
- YRRCOJOXAJNSAX-IHRRRGAJSA-N Leu-Pro-Lys Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)N YRRCOJOXAJNSAX-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 1
- XGDCYUQSFDQISZ-BQBZGAKWSA-N Leu-Ser Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O XGDCYUQSFDQISZ-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- PPGBXYKMUMHFBF-KATARQTJSA-N Leu-Ser-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O PPGBXYKMUMHFBF-KATARQTJSA-N 0.000 description 1
- VDIARPPNADFEAV-WEDXCCLWSA-N Leu-Thr-Gly Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)NCC(O)=O VDIARPPNADFEAV-WEDXCCLWSA-N 0.000 description 1
- LJBVRCDPWOJOEK-PPCPHDFISA-N Leu-Thr-Ile Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(O)=O LJBVRCDPWOJOEK-PPCPHDFISA-N 0.000 description 1
- FBNPMTNBFFAMMH-AVGNSLFASA-N Leu-Val-Arg Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCN=C(N)N FBNPMTNBFFAMMH-AVGNSLFASA-N 0.000 description 1
- FBNPMTNBFFAMMH-UHFFFAOYSA-N Leu-Val-Arg Natural products CC(C)CC(N)C(=O)NC(C(C)C)C(=O)NC(C(O)=O)CCCN=C(N)N FBNPMTNBFFAMMH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- BRSGXFITDXFMFF-IHRRRGAJSA-N Lys-Arg-His Chemical compound C1=C(NC=N1)C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCCN=C(N)N)NC(=O)[C@H](CCCCN)N BRSGXFITDXFMFF-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 1
- VHNOAIFVYUQOOY-XUXIUFHCSA-N Lys-Arg-Ile Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(O)=O VHNOAIFVYUQOOY-XUXIUFHCSA-N 0.000 description 1
- UGTZHPSKYRIGRJ-YUMQZZPRSA-N Lys-Glu Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCC(O)=O UGTZHPSKYRIGRJ-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 1
- HGNRJCINZYHNOU-LURJTMIESA-N Lys-Gly Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(=O)NCC(O)=O HGNRJCINZYHNOU-LURJTMIESA-N 0.000 description 1
- FGMHXLULNHTPID-KKUMJFAQSA-N Lys-His-Lys Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(O)=O)CC1=CN=CN1 FGMHXLULNHTPID-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 1
- QBEPTBMRQALPEV-MNXVOIDGSA-N Lys-Ile-Glu Chemical compound OC(=O)CC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H]([C@@H](C)CC)NC(=O)[C@@H](N)CCCCN QBEPTBMRQALPEV-MNXVOIDGSA-N 0.000 description 1
- VMTYLUGCXIEDMV-QWRGUYRKSA-N Lys-Leu-Gly Chemical compound OC(=O)CNC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@@H](N)CCCCN VMTYLUGCXIEDMV-QWRGUYRKSA-N 0.000 description 1
- KJIXWRWPOCKYLD-IHRRRGAJSA-N Lys-Lys-Met Chemical compound CSCC[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCCCN)NC(=O)[C@H](CCCCN)N KJIXWRWPOCKYLD-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 1
- UDXSLGLHFUBRRM-OEAJRASXSA-N Lys-Phe-Thr Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC1=CC=CC=C1)NC(=O)[C@H](CCCCN)N)O UDXSLGLHFUBRRM-OEAJRASXSA-N 0.000 description 1
- YSZNURNVYFUEHC-BQBZGAKWSA-N Lys-Ser Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O YSZNURNVYFUEHC-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- IOQWIOPSKJOEKI-SRVKXCTJSA-N Lys-Ser-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O IOQWIOPSKJOEKI-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- CUHGAUZONORRIC-HJGDQZAQSA-N Lys-Thr-Asn Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCCCN)N)O CUHGAUZONORRIC-HJGDQZAQSA-N 0.000 description 1
- RPWTZTBIFGENIA-VOAKCMCISA-N Lys-Thr-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O RPWTZTBIFGENIA-VOAKCMCISA-N 0.000 description 1
- 240000000982 Malva neglecta Species 0.000 description 1
- 235000000060 Malva neglecta Nutrition 0.000 description 1
- DLAFCQWUMFMZSN-GUBZILKMSA-N Met-Arg-Ala Chemical compound CSCC[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O)CCCN=C(N)N DLAFCQWUMFMZSN-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- UZVWDRPUTHXQAM-FXQIFTODSA-N Met-Asp-Ala Chemical compound CSCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O UZVWDRPUTHXQAM-FXQIFTODSA-N 0.000 description 1
- ADHNYKZHPOEULM-BQBZGAKWSA-N Met-Glu Chemical compound CSCC[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCC(O)=O ADHNYKZHPOEULM-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- RNAGAJXCSPDPRK-KKUMJFAQSA-N Met-Glu-Phe Chemical compound CSCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 RNAGAJXCSPDPRK-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 1
- ORRNBLTZBBESPN-HJWJTTGWSA-N Met-Ile-Phe Chemical compound CSCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 ORRNBLTZBBESPN-HJWJTTGWSA-N 0.000 description 1
- AXHNAGAYRGCDLG-UWVGGRQHSA-N Met-Lys-Gly Chemical compound CSCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)NCC(O)=O AXHNAGAYRGCDLG-UWVGGRQHSA-N 0.000 description 1
- ZYTPOUNUXRBYGW-YUMQZZPRSA-N Met-Met Chemical compound CSCC[C@H]([NH3+])C(=O)N[C@H](C([O-])=O)CCSC ZYTPOUNUXRBYGW-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 1
- VVWQHJUYBPJCNS-UMPQAUOISA-N Met-Trp-Thr Chemical compound C1=CC=C2C(C[C@H](NC(=O)[C@@H](N)CCSC)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O)=CNC2=C1 VVWQHJUYBPJCNS-UMPQAUOISA-N 0.000 description 1
- 101100342330 Mus musculus Klf15 gene Proteins 0.000 description 1
- YBAFDPFAUTYYRW-UHFFFAOYSA-N N-L-alpha-glutamyl-L-leucine Natural products CC(C)CC(C(O)=O)NC(=O)C(N)CCC(O)=O YBAFDPFAUTYYRW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- XZFYRXDAULDNFX-UHFFFAOYSA-N N-L-cysteinyl-L-phenylalanine Natural products SCC(N)C(=O)NC(C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 XZFYRXDAULDNFX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- AJHCSUXXECOXOY-UHFFFAOYSA-N N-glycyl-L-tryptophan Natural products C1=CC=C2C(CC(NC(=O)CN)C(O)=O)=CNC2=C1 AJHCSUXXECOXOY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000008896 Opium Substances 0.000 description 1
- 240000007594 Oryza sativa Species 0.000 description 1
- 235000007164 Oryza sativa Nutrition 0.000 description 1
- 102000016979 Other receptors Human genes 0.000 description 1
- 101710093908 Outer capsid protein VP4 Proteins 0.000 description 1
- 101710135467 Outer capsid protein sigma-1 Proteins 0.000 description 1
- LZDIENNKWVXJMX-JYJNAYRXSA-N Phe-Arg-Arg Chemical compound NC(N)=NCCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CCCN=C(N)N)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 LZDIENNKWVXJMX-JYJNAYRXSA-N 0.000 description 1
- BXNGIHFNNNSEOS-UWVGGRQHSA-N Phe-Asn Chemical compound NC(=O)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 BXNGIHFNNNSEOS-UWVGGRQHSA-N 0.000 description 1
- MECSIDWUTYRHRJ-KKUMJFAQSA-N Phe-Asn-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O MECSIDWUTYRHRJ-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 1
- KAHUBGWSIQNZQQ-KKUMJFAQSA-N Phe-Asn-Lys Chemical compound NCCCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(N)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 KAHUBGWSIQNZQQ-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 1
- KNPVDQMEHSCAGX-UWVGGRQHSA-N Phe-Cys Chemical compound SC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 KNPVDQMEHSCAGX-UWVGGRQHSA-N 0.000 description 1
- FGXIJNMDRCZVDE-KKUMJFAQSA-N Phe-Cys-Lys Chemical compound C1=CC=C(C=C1)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)N FGXIJNMDRCZVDE-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 1
- JXWLMUIXUXLIJR-QWRGUYRKSA-N Phe-Glu Chemical compound OC(=O)CC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 JXWLMUIXUXLIJR-QWRGUYRKSA-N 0.000 description 1
- FMMIYCMOVGXZIP-AVGNSLFASA-N Phe-Glu-Asn Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O FMMIYCMOVGXZIP-AVGNSLFASA-N 0.000 description 1
- UEADQPLTYBWWTG-AVGNSLFASA-N Phe-Glu-Cys Chemical compound SC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CCC(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 UEADQPLTYBWWTG-AVGNSLFASA-N 0.000 description 1
- RFEXGCASCQGGHZ-STQMWFEESA-N Phe-Gly-Arg Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O RFEXGCASCQGGHZ-STQMWFEESA-N 0.000 description 1
- YKUGPVXSDOOANW-KKUMJFAQSA-N Phe-Leu-Asp Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O YKUGPVXSDOOANW-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 1
- KLXQWABNAWDRAY-ACRUOGEOSA-N Phe-Lys-Phe Chemical compound C([C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC=1C=CC=CC=1)C(O)=O)C1=CC=CC=C1 KLXQWABNAWDRAY-ACRUOGEOSA-N 0.000 description 1
- AFNJAQVMTIQTCB-DLOVCJGASA-N Phe-Ser-Ala Chemical compound OC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 AFNJAQVMTIQTCB-DLOVCJGASA-N 0.000 description 1
- XNQMZHLAYFWSGJ-HTUGSXCWSA-N Phe-Thr-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O XNQMZHLAYFWSGJ-HTUGSXCWSA-N 0.000 description 1
- 101100523938 Phytophthora infestans (strain T30-4) PexRD21 gene Proteins 0.000 description 1
- 241000209504 Poaceae Species 0.000 description 1
- ZLMJMSJWJFRBEC-UHFFFAOYSA-N Potassium Chemical compound [K] ZLMJMSJWJFRBEC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101710176177 Protein A56 Proteins 0.000 description 1
- 235000005291 Rumex acetosa Nutrition 0.000 description 1
- 240000007001 Rumex acetosella Species 0.000 description 1
- 101100478266 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) SPT10 gene Proteins 0.000 description 1
- RZEQTVHJZCIUBT-WDSKDSINSA-N Ser-Arg Chemical compound OC[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCNC(N)=N RZEQTVHJZCIUBT-WDSKDSINSA-N 0.000 description 1
- QEDMOZUJTGEIBF-FXQIFTODSA-N Ser-Arg-Asp Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O QEDMOZUJTGEIBF-FXQIFTODSA-N 0.000 description 1
- XVAUJOAYHWWNQF-ZLUOBGJFSA-N Ser-Asn-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O XVAUJOAYHWWNQF-ZLUOBGJFSA-N 0.000 description 1
- OOKCGAYXSNJBGQ-ZLUOBGJFSA-N Ser-Asn-Asn Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O OOKCGAYXSNJBGQ-ZLUOBGJFSA-N 0.000 description 1
- UGJRQLURDVGULT-LKXGYXEUSA-N Ser-Asn-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O UGJRQLURDVGULT-LKXGYXEUSA-N 0.000 description 1
- CTLVSHXLRVEILB-UBHSHLNASA-N Ser-Asn-Trp Chemical compound C1=CC=C2C(=C1)C(=CN2)C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)N)NC(=O)[C@H](CO)N CTLVSHXLRVEILB-UBHSHLNASA-N 0.000 description 1
- MESDJCNHLZBMEP-ZLUOBGJFSA-N Ser-Asp-Asp Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O MESDJCNHLZBMEP-ZLUOBGJFSA-N 0.000 description 1
- DBIDZNUXSLXVRG-FXQIFTODSA-N Ser-Asp-Met Chemical compound CSCC[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)O)NC(=O)[C@H](CO)N DBIDZNUXSLXVRG-FXQIFTODSA-N 0.000 description 1
- KMWFXJCGRXBQAC-CIUDSAMLSA-N Ser-Cys-Lys Chemical compound C(CCN)C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CS)NC(=O)[C@H](CO)N KMWFXJCGRXBQAC-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- MOVJSUIKUNCVMG-ZLUOBGJFSA-N Ser-Cys-Ser Chemical compound C([C@@H](C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)O)N)O MOVJSUIKUNCVMG-ZLUOBGJFSA-N 0.000 description 1
- PVDTYLHUWAEYGY-CIUDSAMLSA-N Ser-Glu-Arg Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O PVDTYLHUWAEYGY-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- UOLGINIHBRIECN-FXQIFTODSA-N Ser-Glu-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O UOLGINIHBRIECN-FXQIFTODSA-N 0.000 description 1
- BRGQQXQKPUCUJQ-KBIXCLLPSA-N Ser-Glu-Ile Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(O)=O BRGQQXQKPUCUJQ-KBIXCLLPSA-N 0.000 description 1
- GZBKRJVCRMZAST-XKBZYTNZSA-N Ser-Glu-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O GZBKRJVCRMZAST-XKBZYTNZSA-N 0.000 description 1
- AEGUWTFAQQWVLC-BQBZGAKWSA-N Ser-Gly-Arg Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O AEGUWTFAQQWVLC-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- WSTIOCFMWXNOCX-YUMQZZPRSA-N Ser-Gly-Lys Chemical compound C(CCN)C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)CNC(=O)[C@H](CO)N WSTIOCFMWXNOCX-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 1
- XERQKTRGJIKTRB-CIUDSAMLSA-N Ser-His-Asp Chemical compound OC(=O)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@H](CO)N)CC1=CN=CN1 XERQKTRGJIKTRB-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- YIUWWXVTYLANCJ-NAKRPEOUSA-N Ser-Ile-Arg Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O YIUWWXVTYLANCJ-NAKRPEOUSA-N 0.000 description 1
- DLPXTCTVNDTYGJ-JBDRJPRFSA-N Ser-Ile-Cys Chemical compound OC[C@H](N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](CS)C(O)=O DLPXTCTVNDTYGJ-JBDRJPRFSA-N 0.000 description 1
- UIPXCLNLUUAMJU-JBDRJPRFSA-N Ser-Ile-Ser Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O UIPXCLNLUUAMJU-JBDRJPRFSA-N 0.000 description 1
- NFDYGNFETJVMSE-BQBZGAKWSA-N Ser-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CO NFDYGNFETJVMSE-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- GVIGVIOEYBOTCB-XIRDDKMYSA-N Ser-Leu-Trp Chemical compound C1=CC=C2C(C[C@H](NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@@H](N)CO)CC(C)C)C(O)=O)=CNC2=C1 GVIGVIOEYBOTCB-XIRDDKMYSA-N 0.000 description 1
- JWOBLHJRDADHLN-KKUMJFAQSA-N Ser-Leu-Tyr Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(O)=O JWOBLHJRDADHLN-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 1
- XUDRHBPSPAPDJP-SRVKXCTJSA-N Ser-Lys-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CCCCN)NC(=O)[C@@H](N)CO XUDRHBPSPAPDJP-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- CRJZZXMAADSBBQ-SRVKXCTJSA-N Ser-Lys-Lys Chemical compound NCCCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CCCCN)NC(=O)[C@@H](N)CO CRJZZXMAADSBBQ-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- WGDYNRCOQRERLZ-KKUMJFAQSA-N Ser-Lys-Phe Chemical compound C1=CC=C(C=C1)C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCCCN)NC(=O)[C@H](CO)N WGDYNRCOQRERLZ-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 1
- PPQRSMGDOHLTBE-UWVGGRQHSA-N Ser-Phe Chemical compound OC[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 PPQRSMGDOHLTBE-UWVGGRQHSA-N 0.000 description 1
- RRVFEDGUXSYWOW-BZSNNMDCSA-N Ser-Phe-Phe Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(O)=O RRVFEDGUXSYWOW-BZSNNMDCSA-N 0.000 description 1
- WLJPJRGQRNCIQS-ZLUOBGJFSA-N Ser-Ser-Asn Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O WLJPJRGQRNCIQS-ZLUOBGJFSA-N 0.000 description 1
- XQJCEKXQUJQNNK-ZLUOBGJFSA-N Ser-Ser-Ser Chemical compound OC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O XQJCEKXQUJQNNK-ZLUOBGJFSA-N 0.000 description 1
- LDEBVRIURYMKQS-WISUUJSJSA-N Ser-Thr Chemical compound C[C@@H](O)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CO LDEBVRIURYMKQS-WISUUJSJSA-N 0.000 description 1
- 229930006000 Sucrose Natural products 0.000 description 1
- CZMRCDWAGMRECN-UGDNZRGBSA-N Sucrose Chemical compound O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@]1(CO)O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 CZMRCDWAGMRECN-UGDNZRGBSA-N 0.000 description 1
- HYLXOQURIOCKIH-VQVTYTSYSA-N Thr-Arg Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCNC(N)=N HYLXOQURIOCKIH-VQVTYTSYSA-N 0.000 description 1
- XYEXCEPTALHNEV-RCWTZXSCSA-N Thr-Arg-Arg Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O XYEXCEPTALHNEV-RCWTZXSCSA-N 0.000 description 1
- LOHBIDZYHQQTDM-IXOXFDKPSA-N Thr-Cys-Phe Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(O)=O LOHBIDZYHQQTDM-IXOXFDKPSA-N 0.000 description 1
- LHEZGZQRLDBSRR-WDCWCFNPSA-N Thr-Glu-Leu Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O LHEZGZQRLDBSRR-WDCWCFNPSA-N 0.000 description 1
- HJOSVGCWOTYJFG-WDCWCFNPSA-N Thr-Glu-Lys Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N[C@@H](CCC(=O)O)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)N)O HJOSVGCWOTYJFG-WDCWCFNPSA-N 0.000 description 1
- ZTPXSEUVYNNZRB-CDMKHQONSA-N Thr-Gly-Phe Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(O)=O ZTPXSEUVYNNZRB-CDMKHQONSA-N 0.000 description 1
- SXAGUVRFGJSFKC-ZEILLAHLSA-N Thr-His-Thr Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC1=CNC=N1)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O SXAGUVRFGJSFKC-ZEILLAHLSA-N 0.000 description 1
- SPVHQURZJCUDQC-VOAKCMCISA-N Thr-Lys-Leu Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O SPVHQURZJCUDQC-VOAKCMCISA-N 0.000 description 1
- XSEPSRUDSPHMPX-KATARQTJSA-N Thr-Lys-Ser Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O XSEPSRUDSPHMPX-KATARQTJSA-N 0.000 description 1
- AHERARIZBPOMNU-KATARQTJSA-N Thr-Ser-Leu Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O AHERARIZBPOMNU-KATARQTJSA-N 0.000 description 1
- IQPWNQRRAJHOKV-KATARQTJSA-N Thr-Ser-Lys Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCCN IQPWNQRRAJHOKV-KATARQTJSA-N 0.000 description 1
- BBPCSGKKPJUYRB-UVOCVTCTSA-N Thr-Thr-Leu Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O BBPCSGKKPJUYRB-UVOCVTCTSA-N 0.000 description 1
- NDLHSJWPCXKOGG-VLCNGCBASA-N Thr-Trp-Tyr Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N[C@@H](CC1=CNC2=CC=CC=C21)C(=O)N[C@@H](CC3=CC=C(C=C3)O)C(=O)O)N)O NDLHSJWPCXKOGG-VLCNGCBASA-N 0.000 description 1
- LXXCHJKHJYRMIY-FQPOAREZSA-N Thr-Tyr-Ala Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O LXXCHJKHJYRMIY-FQPOAREZSA-N 0.000 description 1
- REJRKTOJTCPDPO-IRIUXVKKSA-N Thr-Tyr-Glu Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O REJRKTOJTCPDPO-IRIUXVKKSA-N 0.000 description 1
- 241000723873 Tobacco mosaic virus Species 0.000 description 1
- 108700019146 Transgenes Proteins 0.000 description 1
- 235000021307 Triticum Nutrition 0.000 description 1
- 244000098338 Triticum aestivum Species 0.000 description 1
- OHGNSVACHBZKSS-KWQFWETISA-N Trp-Ala Chemical compound C1=CC=C2C(C[C@H]([NH3+])C(=O)N[C@@H](C)C([O-])=O)=CNC2=C1 OHGNSVACHBZKSS-KWQFWETISA-N 0.000 description 1
- JDWUNEPOEZAZGD-BVSLBCMMSA-N Trp-Phe-Met Chemical compound C([C@@H](C(=O)N[C@@H](CCSC)C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC=1C2=CC=CC=C2NC=1)C1=CC=CC=C1 JDWUNEPOEZAZGD-BVSLBCMMSA-N 0.000 description 1
- TVOGEPLDNYTAHD-CQDKDKBSSA-N Tyr-Ala-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=C(O)C=C1 TVOGEPLDNYTAHD-CQDKDKBSSA-N 0.000 description 1
- QJKMCQRFHJRIPU-XDTLVQLUSA-N Tyr-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=C(O)C=C1 QJKMCQRFHJRIPU-XDTLVQLUSA-N 0.000 description 1
- WSFXJLFSJSXGMQ-MGHWNKPDSA-N Tyr-Ile-Lys Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC1=CC=C(C=C1)O)N WSFXJLFSJSXGMQ-MGHWNKPDSA-N 0.000 description 1
- BXPOOVDVGWEXDU-WZLNRYEVSA-N Tyr-Ile-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O BXPOOVDVGWEXDU-WZLNRYEVSA-N 0.000 description 1
- KLQPIEVIKOQRAW-IZPVPAKOSA-N Tyr-Thr-Thr Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC1=CC=C(C=C1)O)N)O KLQPIEVIKOQRAW-IZPVPAKOSA-N 0.000 description 1
- SLLKXDSRVAOREO-KZVJFYERSA-N Val-Ala-Thr Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](C(C)C)N)O SLLKXDSRVAOREO-KZVJFYERSA-N 0.000 description 1
- 240000008042 Zea mays Species 0.000 description 1
- 235000016383 Zea mays subsp huehuetenangensis Nutrition 0.000 description 1
- 235000002017 Zea mays subsp mays Nutrition 0.000 description 1
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 1
- 230000003213 activating effect Effects 0.000 description 1
- 230000004913 activation Effects 0.000 description 1
- 230000002411 adverse Effects 0.000 description 1
- 238000012271 agricultural production Methods 0.000 description 1
- 108010011559 alanylphenylalanine Proteins 0.000 description 1
- 229960000723 ampicillin Drugs 0.000 description 1
- AVKUERGKIZMTKX-NJBDSQKTSA-N ampicillin Chemical compound C1([C@@H](N)C(=O)N[C@H]2[C@H]3SC([C@@H](N3C2=O)C(O)=O)(C)C)=CC=CC=C1 AVKUERGKIZMTKX-NJBDSQKTSA-N 0.000 description 1
- 230000000692 anti-sense effect Effects 0.000 description 1
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 1
- 101150010487 are gene Proteins 0.000 description 1
- 108010052670 arginyl-glutamyl-glutamic acid Proteins 0.000 description 1
- 108010068380 arginylarginine Proteins 0.000 description 1
- 229960001230 asparagine Drugs 0.000 description 1
- 235000009582 asparagine Nutrition 0.000 description 1
- 229940009098 aspartate Drugs 0.000 description 1
- CKLJMWTZIZZHCS-REOHCLBHSA-L aspartate group Chemical group N[C@@H](CC(=O)[O-])C(=O)[O-] CKLJMWTZIZZHCS-REOHCLBHSA-L 0.000 description 1
- 108010092854 aspartyllysine Proteins 0.000 description 1
- 108010068265 aspartyltyrosine Proteins 0.000 description 1
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 1
- 238000000339 bright-field microscopy Methods 0.000 description 1
- 230000015556 catabolic process Effects 0.000 description 1
- 235000013339 cereals Nutrition 0.000 description 1
- 238000010367 cloning Methods 0.000 description 1
- 238000004590 computer program Methods 0.000 description 1
- 238000001816 cooling Methods 0.000 description 1
- 230000010250 cytokine signaling pathway Effects 0.000 description 1
- 238000000354 decomposition reaction Methods 0.000 description 1
- 238000006731 degradation reaction Methods 0.000 description 1
- 230000003111 delayed effect Effects 0.000 description 1
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 1
- 238000013461 design Methods 0.000 description 1
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 1
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 1
- 235000021186 dishes Nutrition 0.000 description 1
- 238000004520 electroporation Methods 0.000 description 1
- 238000005265 energy consumption Methods 0.000 description 1
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 1
- 239000003623 enhancer Substances 0.000 description 1
- 230000007613 environmental effect Effects 0.000 description 1
- 239000003344 environmental pollutant Substances 0.000 description 1
- 238000001976 enzyme digestion Methods 0.000 description 1
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 1
- 230000004720 fertilization Effects 0.000 description 1
- 238000002073 fluorescence micrograph Methods 0.000 description 1
- 235000013305 food Nutrition 0.000 description 1
- 108020001507 fusion proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000037865 fusion proteins Human genes 0.000 description 1
- 108010063718 gamma-glutamylaspartic acid Proteins 0.000 description 1
- 229960002518 gentamicin Drugs 0.000 description 1
- ZDXPYRJPNDTMRX-UHFFFAOYSA-N glutamine Natural products OC(=O)C(N)CCC(N)=O ZDXPYRJPNDTMRX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010057083 glutamyl-aspartyl-leucine Proteins 0.000 description 1
- 108010000434 glycyl-alanyl-leucine Proteins 0.000 description 1
- 108010089804 glycyl-threonine Proteins 0.000 description 1
- 108010081551 glycylphenylalanine Proteins 0.000 description 1
- 108010084389 glycyltryptophan Proteins 0.000 description 1
- XDDAORKBJWWYJS-UHFFFAOYSA-N glyphosate Chemical class OC(=O)CNCP(O)(O)=O XDDAORKBJWWYJS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- PCHJSUWPFVWCPO-UHFFFAOYSA-N gold Chemical compound [Au] PCHJSUWPFVWCPO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000010931 gold Substances 0.000 description 1
- 229910052737 gold Inorganic materials 0.000 description 1
- 230000012010 growth Effects 0.000 description 1
- 238000003306 harvesting Methods 0.000 description 1
- 239000000185 hemagglutinin Substances 0.000 description 1
- 230000002363 herbicidal effect Effects 0.000 description 1
- 108010036413 histidylglycine Proteins 0.000 description 1
- 239000003864 humus Substances 0.000 description 1
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 1
- 238000011065 in-situ storage Methods 0.000 description 1
- 230000006698 induction Effects 0.000 description 1
- 238000002347 injection Methods 0.000 description 1
- 239000007924 injection Substances 0.000 description 1
- 230000001788 irregular Effects 0.000 description 1
- 239000004922 lacquer Substances 0.000 description 1
- 108010076756 leucyl-alanyl-phenylalanine Proteins 0.000 description 1
- 108010003700 lysyl aspartic acid Proteins 0.000 description 1
- 108010009298 lysylglutamic acid Proteins 0.000 description 1
- 108010064235 lysylglycine Proteins 0.000 description 1
- 235000009973 maize Nutrition 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 1
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 1
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 1
- 108010063431 methionyl-aspartyl-glycine Proteins 0.000 description 1
- 108010056582 methionylglutamic acid Proteins 0.000 description 1
- 238000001000 micrograph Methods 0.000 description 1
- 238000000386 microscopy Methods 0.000 description 1
- 235000015097 nutrients Nutrition 0.000 description 1
- 229960001027 opium Drugs 0.000 description 1
- 239000002245 particle Substances 0.000 description 1
- 230000008447 perception Effects 0.000 description 1
- 239000003209 petroleum derivative Substances 0.000 description 1
- 150000002989 phenols Chemical class 0.000 description 1
- 108010082795 phenylalanyl-arginyl-arginine Proteins 0.000 description 1
- 108010070409 phenylalanyl-glycyl-glycine Proteins 0.000 description 1
- 108010012581 phenylalanylglutamate Proteins 0.000 description 1
- 108010073025 phenylalanylphenylalanine Proteins 0.000 description 1
- 238000003976 plant breeding Methods 0.000 description 1
- 231100000719 pollutant Toxicity 0.000 description 1
- 239000011591 potassium Substances 0.000 description 1
- 101150059999 pro gene Proteins 0.000 description 1
- 238000011002 quantification Methods 0.000 description 1
- 238000011084 recovery Methods 0.000 description 1
- 230000009467 reduction Effects 0.000 description 1
- 230000008929 regeneration Effects 0.000 description 1
- 238000011069 regeneration method Methods 0.000 description 1
- 238000011160 research Methods 0.000 description 1
- 235000009566 rice Nutrition 0.000 description 1
- JQXXHWHPUNPDRT-WLSIYKJHSA-N rifampicin Chemical compound O([C@](C1=O)(C)O/C=C/[C@@H]([C@H]([C@@H](OC(C)=O)[C@H](C)[C@H](O)[C@H](C)[C@@H](O)[C@@H](C)\C=C\C=C(C)/C(=O)NC=2C(O)=C3C([O-])=C4C)C)OC)C4=C1C3=C(O)C=2\C=N\N1CC[NH+](C)CC1 JQXXHWHPUNPDRT-WLSIYKJHSA-N 0.000 description 1
- 229960001225 rifampicin Drugs 0.000 description 1
- 230000002786 root growth Effects 0.000 description 1
- 238000005204 segregation Methods 0.000 description 1
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 1
- 108010048397 seryl-lysyl-leucine Proteins 0.000 description 1
- 235000003513 sheep sorrel Nutrition 0.000 description 1
- 238000004904 shortening Methods 0.000 description 1
- 230000008054 signal transmission Effects 0.000 description 1
- OUFRIWNNMFWZTM-UHFFFAOYSA-M sodium arsanilate Chemical group [Na+].NC1=CC=C([As](O)([O-])=O)C=C1 OUFRIWNNMFWZTM-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 1
- 239000010902 straw Substances 0.000 description 1
- 239000005720 sucrose Substances 0.000 description 1
- JGVWCANSWKRBCS-UHFFFAOYSA-N tetramethylrhodamine thiocyanate Chemical compound [Cl-].C=12C=CC(N(C)C)=CC2=[O+]C2=CC(N(C)C)=CC=C2C=1C1=CC=C(SC#N)C=C1C(O)=O JGVWCANSWKRBCS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010072986 threonyl-seryl-lysine Proteins 0.000 description 1
- 230000009466 transformation Effects 0.000 description 1
- WFKWXMTUELFFGS-UHFFFAOYSA-N tungsten Chemical compound [W] WFKWXMTUELFFGS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229910052721 tungsten Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000010937 tungsten Substances 0.000 description 1
- 230000017260 vegetative to reproductive phase transition of meristem Effects 0.000 description 1
- 230000003612 virological effect Effects 0.000 description 1
- 230000007279 water homeostasis Effects 0.000 description 1
- 238000005303 weighing Methods 0.000 description 1
- 108010000998 wheylin-2 peptide Proteins 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
- C12N15/79—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
- C12N15/82—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for plant cells, e.g. plant artificial chromosomes (PACs)
- C12N15/8241—Phenotypically and genetically modified plants via recombinant DNA technology
- C12N15/8261—Phenotypically and genetically modified plants via recombinant DNA technology with agronomic (input) traits, e.g. crop yield
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/415—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from plants
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
- C12N9/10—Transferases (2.)
- C12N9/12—Transferases (2.) transferring phosphorus containing groups, e.g. kinases (2.7)
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Y—ENZYMES
- C12Y207/00—Transferases transferring phosphorus-containing groups (2.7)
- C12Y207/13—Protein-histidine kinases (2.7.13)
- C12Y207/13003—Histidine kinase (2.7.13.3)
-
- Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
- Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
- Y02A—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
- Y02A40/00—Adaptation technologies in agriculture, forestry, livestock or agroalimentary production
- Y02A40/10—Adaptation technologies in agriculture, forestry, livestock or agroalimentary production in agriculture
- Y02A40/146—Genetically Modified [GMO] plants, e.g. transgenic plants
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Plant Pathology (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Botany (AREA)
- Gastroenterology & Hepatology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Breeding Of Plants And Reproduction By Means Of Culturing (AREA)
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
Abstract
Rešení se týká zpusobu regulace tvorby biomasy v rostline, jehož podstata spocívá v tom, že se v rostline identifikuje gen CKI1 nebo jeho homolog nebo ortolog a sníží nebo zcela eliminuje se exprese genu CKI1 nebo jeho homologu nebo ortologu nebo aktivita genového produktu. Identifiace homologu nebo ortologu genu CKI1 v rostlinném druhu zahrnuje následující kroky: i) zjištení sekvencní homologie na úrovni nukleotidu nebo aminokyselin, ii) prokázání histidinkinázové aktivity genového produktu zkoumaného genu, iii) zjištení exprese ve vaskulárních pletivech daného rostlinného druhu. Modifikaci exprese genu lze provést pomocí RNA interference, modifikaci aktivity genového produktu inzercní mutagenezí nebo místne rízenou mutagenezí.
Description
Způsob regulace tvorby biomasy v rostlinách
Oblast techniky s
Vynález se týká způsobu regulace tvorby biomasy v rostlinách pomocí úpravy aktivity genu nebo produktu genu.
i o Dosavadní stav techniky
V současné ekonomice EU i jiných zemí existuje značná závislost na ropných produktech. Tato závislost jc negativní svým časovým omezením a nutností hledat další, alternativní zdroje energie a materiálové zdroje pro chemický průmysl. Další nevýhoda spočívá v negativní bilanci CCT, která zásadním způsobem přispívá ke zhoršování životního prostředí díky tzv. skleníkovému efektu. Zásadním zájmem nejen pro ekonomiku CR a dalších států EU je tedy využití biotechnologií s vyrovnanou bilancí CO2 jako zdroje biomasy v konceptu ekonomik s trvale udržitelným rozvojem.
2() Evropská unie si stanovila cíle ve zvyšování užití obnovitelných zdrojů energie (OZE) ve dvou základních dokumentech: „White páper stanovil základní cíl ve zvýšení podílu OZE na spotřebě primárních energetických zdrojů za Evropskou unii jako celek z cca 6 % v roce 1995 na 12 % v roce 2010 a Direktiva 2001/77/EC určuje cíl EU ve zvýšení OZE pro výrobu elektrické energie, a to ze 13,9 % v roce 1997 na 22,1 % v roce 2010, Ke splnění výše uvedených cílů má zásadně přispět biomasa, a to jak odpadní, tak cíleně pěstovaná. Bilancováním celkového potenciálu energetické biomasy v ČR bylo navíc zjištěno, že téměř celá jedna polovina polřebná pro zajištěni stanovených cílů (8 % elektřiny a 6% tepelné energie z celkové potřeby ČR do r. 2010) se musí získat přímým pěstováním energetických plodin - tzv. zbytková biomasa (dřevní a lesní odpady, sláma apod.) nestačí pokrýt tento naléhavý požadavek.
?()
Nejběžnějším způsobem pro zajišťování větší tvorby biomasy je pěstování plodin doporučených pro energetické využití (např, kotnonice bílá, krmný sléz, různé druhy vysokých trav), přičemž nejvíce propracovanou energetickou plodinou je krmný šťovík. Pěstování však vyžaduje patřičnou péči, aby např. nedocházelo k zaplevelování a napadání škůdci, a nejde o způsob zvětšování biomasy rostliny jako takové (Petříková V.: Energetické plodiny nová šance pro zemědělce. Biom. cz [oniine]. 2004 04 21).
Pro samotné zvětšování tvorby biomasy u rostlin se používají různá hnojivá, která mají nahradit odčerpané živiny z půdy, Minerální hnojení se ale ve výsledku na ekonomické efektivnosti
4« zemědělské výroby projeví negativně, současně může ohrozit životní prostředí a vysoká koncentrace minerálních živin v půdním roztoku neodpovídá ani ekologickým požadavkům rostlin. Výnosy hnojených plodin neodpovídají ani vynaloženým prostředkům a postupně klesá i kvalita skiizne. A přestože bylo zjištěno, že důvodem poklesu účinnosti minerálních hnojiv nejsou prvky samotné, ale narušení poměru mezi minerálními živinami a organickými látkami, snaha o eo nej45 optimálnější zvýšení účinnosti minerálních hnojiv neřeší rizika související s používáním hnojiv (Vrba V., Huleš L.: Humus - půda rostlina (15) Minerální hnojivá. Biom.cz [oniine], 2007-0406).
Nejrychlejší cestou přípravy nových výkonných a energetických rostlin je bezpochyby genetická so modifikace rostlin (Váňa I: Nové cíle v energetickém využití biomasy a příprava high-teehnologií kjejich zabezpečování. Biom.cz [oniine]. 2001 11-29). Metod pro cílený zásah do dědičné informace rostlin existuje celá řada. K nej používanějším patří metody založené na přirozené schopnosti bakterie Agrobacterium tumcfaciens vnášet část vlastní dědičné informace (tzv. TDNA) do genomu rostlin, přičemž je lze upravit tak, že si plně uchovají schopnost přenosu genů do rostlinného genomu, ale přenášejí i další vložené geny. 7 dalších metod lze zmínit přímé
CZ 3UU145 B6 „nastrčíování“ genu do rostlinných buněk pomocí zařízení označovaného jako „gene gun, tj.
nastřelení mikroskopické částečky zlata nebo wolframu potažené genem, jenž má být vnesen do genomu rostliny. V současné době převažují mezi geny používanými pro genetické modifikace rostlin geny zajištující rezistenci rostlin k herbicidům, rezistenci ke hmyzím škůdcům a rezistenci k virovým chorobám (Miloš Ondřej, Jaroslav Drobník; Transgenoze rostlin, Academia. Praha, 2002) první geneticky modifikovaná rostlina vstoupila do České republiky oficiálně 14, května roku 2001, kdy byla povolena ke zpracování (nikoli pro pěstování) geneticky modifikovaná sója odolná vůči herbicidu Roundup (sója linie GTS 40-3-2 a veškeré potomstvo odvozené od této linie tradičními šlechtitelskými postupy). Genetických postupů vedoucích čistě ke zvětšování io objemu biomasy je málo, některé byly prováděny pouze u podzemních částí rostlin.
Vodivá pletiva jsou místem produkce buněk xylému, neboli dřeva, kde dochází k lignifikaci buněčných stěn a ukládání celulózy. Tyto procesy jsou kritické pro tvorbu využitelné biomasy a mohou mít tedy ekonomický dopad.
Gen CYTOK1N1N INDEPENDENT 1 (CKH) byl identifikován v roce 1996 pomocí aktivační mutageneze jako dominantní regulátor cytokininové odpovědi u Arabidopsis thaliana (Kakimoto T., Science 274, 982-985 (1996)). Zvýšená exprese genu CKH (CK11 pod kontrolou silného konstitutivního promotoru, tetrameru zesilovačů pro motoru viru tabákové mozaiky pro 35S
RNA [CaMV 35S RNA pro motoru]) vedla na růstovém médiu bez cytokininů k fenotypovým projevům, které jsou závislé na přítomnosti cytokininů v kultivačním mediu (zelenání a tvorba prýtů). Na základě podobnosti aminokyselinové sekvence CKI1 s receptorovými histidinkinázami bakterií byla předpovězena funkce CKI1 jako reeeptoru cytokininů. Nicméně další experimenty neprokázaly vazbu cytokininů na CKI1. Později byly identifikovány homology CKH, geny
AHK2, AHK3 a AHK4ICRE1IWOL, u kterých byla zjištěna jejich funkce ve vnímání cytokininů u rostlin jako pravých receptorů (Inoue et al., Nátuře 409, 1060-1063 (2001); Yamada ct al., Plant Cell Physiol 42, 1017-1023 (2001)). V případě CKI1 byla zjištěna jeho konstitutivní aktivita, nezávislá na přítomnosti nebo absenci cytokininů, a proto byl vysloven předpoklad, že se nejedná o pravý eytokininový receptor (Yamada etal., Plant Cell Physiol 42, 1017-1023 (2001)). Byla prokázána role genu CKH ve vývoji samičího gametoťytu (Hejátko et al.. Mol Genet Genomics 269, 443-453 (2003); Pisehke etal., Proč Nati Acad Sci USA 99, 15 800-15 805 (2002)) a také bylo zjištěno, že CK11 jc exprimován nejen během celého vývoje samičího gametofytu, ale je aktivní také později ve sporo fytu.
Exprese hornologů CKH, genů AHK2, AHK3 a ΑΠΚ4, byla identifikována ve vaskulámích pletivech A. thalia na a byla prokázána jejich funkce v odpovědi na ex o gen ní cytokin iny, růstu kořene, prodlužování hypokotylu, počtu buněk v listu a velikosti listové čepele u A. thaliana (Higuchi etal., Proč Nati Acad Sci USA HH, 8 821-8 826 (2004); Nishímura etal., Plant Cell 16, 13651377 (2004)). Vliv AHK2, AHK3 a AHK4 na tvorbu vaskulámích pletiv v nadzemní části není
-tu znám, byly publikovány pouze výsledky fenotypu ve vaskulámích pletivech kořene (Mahonen et al., Genes Dev 14, 2938-2943 (2000); Seheres et al., Development 121, 53-62 (1995)).
Podstata vynálezu
Předmětem předloženého vynálezu je způsob regulace tvorby biomasy v rostlině, vyznačený tím, žc se v rostlině identifikuje gen CKH (sekvence 1) nebo jeho homolog nebo ortolog a sníží nebo zcela eliminuje se exprese genu CKH nebo jeho bomologu nebo ortologu nebo aktivita genového produktu (kódovaného proteinu). Homologem je míněn gen podobný svou sekvencí genu CKH 50 podobnost na úrovni sekvence nukleotidů nebo gen. jehož produkt je podobný proteinu CKI1 podobnost na úrovni sekvence aminokyselin -, který se v minulosti vyvinul ze stejné sekvence.
Ortologem je míněn gen, který plní stejnou nebo podobnou funkci v jiném druhu, tj. v tomto případě gen svou funkcí v jiném rostlinném druhu odpovídající funkci genu ('Kil v A. thaliana.
CZ 300145 R6
Identifikace homologu nebo ortologú se provádí na základě následujících kriterií:
/) sekvenční homologie na úrovni nukleotidů nebo aminokyselin, obsahující zejména konzervované oblasti receptorových histidinkináz. Pokud se jedná o druh, jehož genom je již znám. lze identifikovat homologní geny pomocí srovnávání těchto sekvencí s genomovou databází tohoto druhu a identifikací homologní sekvence pomocí vhodných počítačových programů, např, RI.AST. Pokud se jedná o druh, jehož genom ještě není znám, pak lze postupovat např. tak, že sc provede identifikace konzervovaných oblastí srovnáváním sekvencí dosud identifikovaných homologůCKll (nejlépe pomocí srovnávání identifikovaných nebo předpokládaných aminoio kyselinových sekvencí), navrhnou se degenerované primery, pokrývající tyto konzervované nebo částečně konzervované oblasti a provede se identifikace sekvence hledaného genu amplifikací konzervované oblasti s využitím genomové DNA nebo cDNA knihovny příslušného druhu jako tcmplátu a následnou izolací jeho cDNA nebo genomové DNA pomocí polymerázové řetězové reakce (PCR) nebo podobnými metodami. Konzervované oblasti receptorových histidinkináz je is možno také vyhledat vc veřejně přístupných databázích (např. databáze PRINTS, http://www.bio i nf.manchester.ae.uk/dbbrowser/PRlNTS/). Alternativně je možné identifikovat cDNA homologních genů např. pomocí hybridizace scDNA knihovnou nebo genomovou knihovnou daného druhu s využitím sondy získané z genomové DNA nebo cDNA CKll nebo některého z jeho již identifikovaných homologu, např. genů AHK2, ΑΠΚ3 nebo AHK4/CRE1/WOL nebo podobnými metodami.
ii) prokázání a analýza histidinkinázové aktivity genového produktu příslušného homologu, např. pomocí exprese genu v heterologním nebo homologním expresním systému, nejlépe jako rekombinantního proteinu a následné analýzy jeho aktivity (Mahonen et al., Curr Biol 16, 1116-1122 (2006)) nebo pomocí komplementace bakteriálních, kvasinkových nebo rostlinných mutantů v genech pro receptorové histidinkinázy (např M2, ahk3, ahk4 nebo ckil) pomocí kódující sekvence homologu, vložené pod kontrolu pro motoru příslušného genu a v příslušném mutantní rn pozadí pomocí všeobecně známých metod nebo prostřednictvím analýzy aktivity genového produktu v přenosu cytokininovčho signálu pomocí analýzy v rostlinných protop lastech jak bylo popsáno (Hwang a Sheen, Nátuře 413, 383-389 (2001)) a iii) exprese homologu nebo ortologú ve vaskulámích pletivech nebo pletivech sousedících s vaskulámí mi pletivy daného rostlinného druhu.
Význakern vynálezu je, že se exprese genu gen CKíl nebo jeho homologu nebo ortologú změní tak, že se buď sníží, nebo úplně eliminuje, např. pomocí RNA interference, inzerční mutagenezí nebo podobnými metodami. Alternativně lze měnit aktivitu genového produktu homologu nebo ortologú pomocí metod místně řízené mutageneze ve vybraných aminokyselinách, s výhodou v aminokyselinách podílejících se na přenosu fosfátu příslušnou receptorovou histidinkinázou, na
4D potenciálních interakcích s dalšími, např. regulačními, proteiny nebo aminokyselinách s regulační funkcí. Takto upravená DNA pod kontrolou konstitutivně nebo kondicionálně aktivního promotoru se pak použije pro přípravu stabilních transformantů příslušného rostlinného druhu pomocí obecně známých přístupů a metod.
V případě použití RNA interference ke snížení aktivity homologu nebo ortologú je nutně připravit obecně známými metodami molekulární biologie rekombinantní DNA, obsahující části sekvence cDNA homologu nebo ortologú v obrácené repetici, oddělené sekvencí jiné DNA, např. částí kódující sekvence uidA (sekvence 5; ěást (HJSp, sekvence 6) nebo přirozeného íntronu homologu nebo ortologú Pro snížení aktivity homologu nebo ortologú je možné zvolit různé
5(i oblasti jeho cDNA a to pravděpodobné s ilizným výsledkem na pokles exprese homologu nebo ortologú: toto je nutno testoval metodami průměrnému odborníkovi v dané oblasti známými (např. analýza množství proteinu kódovaného homologem nebo ort o logem pomocí westernového přenosu nebo in šitu imunolokalízací na řezech stonku květenství nebo jiných pletiv). Vhodnou částí sekvence cDNA je sekvence nukleotidů, jejichž pořadí odpovídá nejméně z 20 % sekvenci nukleotidů CKlp2, sekvence 4. Tento konstrukt jc pak vložen pod kontrolu konstitutivně aktiv- 3 CZ 30(1145 B6 ního pro motoru (např. CaMV 35S RNA pro motoru) nebo kondieionálně aktivního promotoru (např. dexametbasonem indukovatelného pro motoru) a ukončen terminátorem transkripce. Výsledný konstrukt je pak klonován do binárního vektoru, který je použit pro transformaci vhodného kmene Agrobacterium tumcfaciens (např. GV3013::pMP90; kmen s rezistencí k rifampicinu, nesoucí pomocný plasmid pMP90 s rezistencí ke gentamícinu jako selekčním markérem [Koncz and Schell, Mol Gen Genet 204, 383-396 (1986)] nebo podobný). Následuje příprava transgenních rostlin daného druhu obecně známými metodami, buď infiltrací květenství pomocí transgenního Agrobacterium, nesoucím binární vektor, jehož součástí je zmíněný genový konstrukt, nebo jinou metodou, vhodnou pro daný rostlinný druh, např. prostřednictvím infiltrace tkáňových io explantátů bakteriemi Agrobacterium, nesoucím binární vektor, jehož součástí je zmíněný genový konstrukt, a in vitro regenerací transgenníeh rostlin nebo podobnými metodami. Po selekci několika nezávislých linií primárních tran sfo rmantů na základě přítomnosti selekčního markéru, který je součástí vloženého konstruktu, je nutné identifikovat v jejich potomstvu homozygotní linie a analyzovat jejich fenotyp, vše pomocí obecně známých metod molekulární biologie rost15 lín. Pro analýzu fenotypu vývoje vaskulárních pletiv je možno použít specifického barvení, např. směsí oranže GG a anilinové modři na ručně připravených řezech nebo morfologické a histologické analýzy na tenkých řezech připravených pomocí obecně známých metod.
Význakem vynálezu je také to, že dále zahrnuje histologické barvení řezů živých rostlin směsí oranže GG a anilinové modří, vhodné pro analýzu fenotypu vývoje vaskulárních pletiv v rostlinách s modifikovanou expresí genu CKli nebo jeho homologu nebo ortologu nebo s modifikovanou aktivitou jeho genového produktu. Barvení touto metodou umožňuje rozlišit mezi zdřevnatělými buněčnými stěnami, které se bani spolu s cytoplazmou žlutě až oranžově, a živými, tedy ještě ne zcela zdřevnatělými buněčnými stěnami, které se barví modře. Při použití fluorescence je pak možno identifikovat zdřevnatělé a ligniOkované buňky. Tato metoda takc umožňuje barevně odlišit jednotlivé buněčné složky vaskulárních pletiv u rostlin při použití mikroskopického pozorování v procházejícím světle, zejména diferenčního interferenčního kontrastu (D1C mikroskopie): Floém se barví modře, metaxylém oranžově a protoxylém tmavě modře až fialově.
au Předmětem vynálezu je také způsob přípravy rekombinantní DNA pro regulaci exprese genu prostřednictvím RNA interference, jehož podstata spočívá v tom, že se ampl i fíku je specifická část cDNA nebo kódující oblasti daného genu pomocí přímení, obsahujících kromě sekvence 1821 nukleotidů specifických pro cDNA nebo kódující sekvenci daného genu i oblasti vložené na 5' konec těchto primeru, označené RNAi up a RNAi down,
RNAi up:
BamHI Hinclttl
5' - TAT AGG ATC CAA GCT T - 3'
RNAi_down:
\h;il
5' - CAC TTC TAG A - 3' dále se ampli Ukuje spojovací sekvence, s výhodou část kódující sekvence genu uidA (sekvence 5; část GUSp, sekvence 6), která se ampl i fi kuje pomocí primeru Bgus a Hgus,
Bgus:
BamHI
5' - CAG CGG ATC CCT CTA CAC CAC GCC GAA CAC C - 3' roopjip Hgus:
líinillll
5' - TTC CAA GCT TTT CTC TGC CGT TTC CAA ATG G - 3'
LUUP doMti- 4 C’Z 300145 B6 a prostřednictvím štěpení restríkčním i endonukleázami BamHi. Hindlll, Xbal a Sáli a spojením výsledných fragmentů ligázou se tyto tří části spojí do jednoho výsledného konstruktu, který se pak vloží pod kontrolu vhodného promotoru. Takto připravená sekvence se pak použije pro pří5 právu transgenního organismu daného druhu.
Jako spojovací sekvenci lze v případě nutnosti použít i jiné sekvence než uidA, a v tom případě se amplitlkují pomocí primerů sestávajících z 1 S -21 nukleotidů specifických pro danou sekvenci a dále sekvencí, vložených na 5' konec těchto primerů, označených jako LOOP up a LOOP down.
io LOOP up:
5f — CAG Cuu v_, — 3f
LOOPdown:
5' - TTC C - 3'
Sekvence 4 nukleotidů na 5' konci sekvencí RNAiup, RNAi_down, LOOP up a LOOP_down byla optimalizována pro amplifikaee sekvencí CKIp2, resp. GUSp. Tyto sekvence 4 nukleotidů mohou býl případně modifikovány tak, aby docházelo ke zlepšení amplifikaee dané sekvence (zlepšení termodynamických vlastností daného primerů po vložení 18 21 nukleotidu specifických pro sekvenci homo logu nebo ort o logu, resp. dané spojovací sekvence, zamezení tvorby sekundárních struktur a vzájemných podobností atd.), případně mohou být tyto 4 nukleotidy zcela vypuštěny.
2(1
Regulovat aktivitu genového produktu (kódovaného proteinu) homologu nebo ortologu je možno pomocí přípravy rekombinantní DNA, která sestává z modifikované cDNA nebo genomové DNA homologu nebo ortologu pod kontrolou vhodného promotoru (konstitutivně nebo kondicionálně aktivního pro motoru). Modifikace cDNA nebo kódující oblasti genomové DNA spočívá ve výměně části nukleotidové sekvence obecně známými technikami (místně řízená mutageneze) a to tak, aby při překladu mRNA do proteinu došlo k záměně vybraných aminokyselin homologu nebo ortologu na jiné, zvolené aminokyseliny. Lze modifikovat aminokyseliny podílející se na přenosu fosfátu příslušnou reeeptorovou histidinkinázou, kódovanou homo logem nebo orto logem, resp. je možno modifikovat další aminokyseliny, které se mohou podílet jak na vlastním ?o přenosu fosfátu, tak na potenciálních interakcích s dalšími, např. regulačními proteiny nebo aminokyseliny s regulační funkcí. Tyto aminokyseliny je nutno identifikovat obecně známými metodami, zejména srovnáváním aminokyselinové sekvence homologu nebo ortologu s aminokyselinovými sekvencemi podobných proteinů a experimentálně. Výsledný konstrukt je vložen do binárního vektoru a výše popsanými a obecně známými metodami jsou připraveny stabilní transformantní linie příslušného rostlinného druhu, exprimující modifikovanou alelu homologu nebo ortologu. Následuje selekce několika nezávislých linií primárních transformantu na základě přítomnosti selekčního markéru, který je součástí vloženého konstruktu, identifikace homozygolní linie v jejich potomstvu a analýza jejich fenotypu, vše pomocí obecně známých metod molekulární biologie rostlin. Pro analýzu fenotypu vývoje vaskulárních pletiv je možno použít specifického barvení, např. směsí oranže GG a anilinové modři na ručně připravených řezech nebo morťologieké a histologické analýzy na tenkých řezech připravených pomocí obecně známých metod.
Cytokininové signální dráhy j sou mezi rostlinami poměrně konzervované a lze předpokládat, že
4^ tvorbu cévních svazků u ostatních rostlinných druhů budou řídit podobné (homologní) geny jako v případě modelové rostliny A. thaliana. Jako modelové rostliny se v případě výzkumu hospodářské využitelnosti v produkci dřeva používají zejména topol (Popidas trichocarpa) a bříza (Benda sp.}. V případě topolu, jehož genom je v současnosti již. znám, byly identifikovány homo- 5 CZ 300145 Bft logy genu CKII, podílející se na osmoregulaci (Chefdor etal., FEBS Lett 580, 77-81 (2006)).
Naše výsledky vyhledávání homologní ch sekvencí ukazují, žc se v genomu topolu vyskytují geny homologní genu CKH (vlastní nepublikované výsledky). Ilomology genu CKÍI a dalších rcccptorových histidinkináz byly identifikovány již v celé řadě dalších, hospodářsky velice význam5 ných druhů (např, rýže, kukuřice, pšenice).
Vynález je dále osvětlen na následujících příkladech, aniž je jimi jakkoliv omezen.
Přehled obrázků na výkresech io Obr. 1 znázorňuje analýzu produkce biomasy v transgenních liniích nesoucích konstrukt pro snížení exprese CKI! podle příkladu 3. DM SOI 0,0001 %; DMS02=0,001 % a DMS03=0,01 % (vždy v/v) odpovídá rostoucí koncentraci DMSO (dimethylsulfoxid) v kultivačním médiu.
Obr. 2 ukazuje porovnání několika nezávislých transgenních linií se sníženou expresí CK11 (linie
CJH4T3) s mutanty v genech homologních kCA7/ a rostlin s nadměrnou expresí genu pro CYTOKININOXIDAZUIDEEIYDROGENAZU3, vedoucí ke snížené hladině endogenních cytokininu (35S::AtCKX3) s rostlinami standardního typu (wt Col-0). Jsou uvedeny průměry rozet a počet listů v rozetě během růstu rostlin (A, 8 týdnů; B, 10 týdnů; C, 12 týdnů a D, 14 týdnů staré rostliny kultivované za podmínek krátkého dne).
Obr. 3 ukazuje lěnotypovou analýzu podle příkladu 3: Rychlejší vývoj cévních svazků a zvýšené ukládání celulózy během sekundárního tloustnutí u A. thaliana následkem represe genové aktivity CKIL Cévní svazky v bočních větvích květenství standardního typu (a-d), 35S::CK/i rostlin (transgenní rostliny nesoucí konstrukt 35S::CKli2::pA, způsobující umlčení genu CA//, linie
CJH4 I 3, 5-3, [e—h]), u dvojnásobných mutantů v genech homologních genu CKII, ahk2 ahk3, (i-I) a ahk2 ahk4 (q-t) a u transgenní linie s nadměrnou expresí genu pro CYTOKININOXIDÁZCIDEHYDROGENÁZU3 (35S::AtCKX3) vedoucí ke snížené hladině endogenních eytokininů (m-p). Ruční řezy byly barveny směsí anilinové modři a oranže GG a pozorovány pomocí DIC optiky (a, c, e, g, i, k, m, o, q, s) nebo fluorescence (b, d, f, h, j, 1, n, p, r, t), s použitím triple filtru (U-M61000, DAPI/FITC/TRIIC triple filter block, Olympus), if, vlákna interfaseikulámích oblouků; mx, metaxylém; p, floém; px, protoxylém. Měřítko 100 pm (a, b, e, f, i, j, m, n, q, r) a 50 pm (c, d, g, h, k, I, o, p, s, t). Šipkami jsou označené oblasti vláken interfasckulárních oblouků, kótovaeími šipkami pak oblast metaxylému.
Obr. 4 znázorňuje kvantifikaci a porovnání tloušťky vrstvy lign i Okovaných buněk vláken interfaseikulámích oblouku u dvou nezávislých transgenních linií se sníženou expresí CKÍI, 35S::CKlli. 15a 5-3 (zkrácené označení linií CJH4T3. 1 5 a CJH4T3, 5-3), u dvojnásobných mutantů atik2 ahk4, ahk3 M4 a ahk2 ahk3 a v transgenní linii s nadměrnou expresí genu AtCKX3 (35S::AtCKX3) pro CYTOKININOXIDÁZU/DFI IYDROGF.NÁZU3 se sníženou to endogenní hladinou eytokininů v porovnání slinil standardního typu wt <?ol—0. Uvedeny jsou rozměry v pm.
Obr. 5 znázorňuje analýzu vlivu CKII na přenos eytokininového signálu v protoplasteeh A. thaliana podle příkladu 5.
Obr. 6 ukazuje lěnotypovou analýzu transgenních linií se zvýšenou expresí standardní formy genu CKÍI a dominantně negativního mutanta CKIIH4(hQ, A. B. Ektopieká exprese CKÍI vede ke sterilitě, zvýšené tvorbě trichornů (A) a ztloustlého stonku květenství (B). C. Změny v architektuře cévních svazků v rostlinách se zvýšenou expresí CKII (transgenní linie 35S::CKII). Příčné so řezy (a, b, d a e) a podélné řezy (c a f) stonku květenství u rostlin standardního typu (a-c) a transgenních linií 35S/CKH (d 1). Šipky ukazují tvorbu ektopických pletiv, které se podobají cévním svazkům. D, E. Ektopieká a nadměrná exprese CA// vede k tvorbě nadbytečných vegetativních pletiv z laterálních meristémů. Nodální struktura standardního typu a transgenních
- 6 CZ 300145 B6 linií 35S::CKH (D), příčné a podélné řezy z rostlin standardního typu (E.a) a transgenních linií
35S::CKI1 (E.b). Šipka ukazuje na ektopický úžlabní pupen vytvořený u transgenních linií
35S::CKH. Měřítko 100 μηι. F. Ektopická nadměrná exprese CKll vede k poruchám normálního vývoje cévních svazku u A. thalianu. Příčné řezy stonku květenství transgenních linií s nad5 měrnou expresí čvč//114^ (35S::CK.I1H40?0, a, b a c), standardního typu (d) a dvojitého mutanta ahk2 ahk3 (e). Měřítko 100 pm, (f) Expresní analýza transgenních linií 35S\:CKIIlW'. Celkový protein z 6 týdnů starých transgenních rostlin byl analyzován pomocí imunoblotování (westernového přenosu) s použitím protilátek proti HA epitopu a aktinu.
Obr. 7 znázorňuje sekvenci rekombinantní DNA 35S::CKIi2::pA (sekvence 7). i o Přehled sekvencí
Sekvence 1 - genomová sekvence CKH Sekvence 2 ~ aminokyselinová sekvence CKll Sekvence 3 - sekvence cDNA CKll
Sekvence 4 - sekvence CKlp2 (ěást sekvence cDNA CKH)
Sekvence 5 - sekvence uidA Sekvence 6 sekvence GUSp (část uidA)
Sekvence 7 - sekvence rekombinantní DNA 35S::CK/i2::pA
Příklady provedení vynálezu
2o Připravili jsme několik nezávislých transgenních linií A. lhaliana, Col-0, nesoucích rekombinantní DNA pro represi genové aktivity genu CKH mechanismem RNA interference.
Příklad 1
Příprava konstruktu pro RNA interferenci
Pomocí PCR jsme ampliťikovali oblast cDNA genu CKH ohraničenou sekvencemi primerů
CKIp2_up a CKlp2 down, kterou jsme nazvali CKlp2. Obdobně pomocí primerů Bgus a Hgus jsme ampliťikovali část kódující sekvence genu uidA (sekvence 5), kterou jsme označili jako GUSp (sekvence 6). Použité primery mají kromě nukleotidů odvozených od sekvence CKH, resp, uidA, vložená místa, rozpoznávaná specifickými restrikčními endonukleázami, viz sekvence jednotlivých primerů, podtržená jsou vložená místa (nespecifická k sekvenci templátu, použitého ?o pro amplifikaci) a barevně jsou označená místa rozpoznávaná restrikčními endonukleázami. V případě primerů CKlp2 up jsou to BamHI a HindlII, v případě příměru CKip2 down místa pro Xbal a Sall, primer Hgus obsahuje místo pro 1 lindlll, primer Bgus obsahuje rozpoznávací sekvenci pro BamHI.
Sekvence použitých primerů:
CKIp2 up;
5' - TAT Aw GC AGT TGT GCT TTT GGT GAT T - 3'
CKlp2jJown:
5' - CAC ,T _ ' TG ATG CGA TTA TCC TCT TAC C - 3'
Bgus.
5' - CAG CCG ATC GCT CTA CAC CAC GCC GAA CAC C - 3'
Hgus b' - TTC C TT CTC TGC CGT TTC CAA ATC G - 3' ΐΛ/vr oown
- 7 (/. 300145 B6
Amplifikace pomocí takto upravených primerů a cDNA genu CK11, resp, DNA genu uidA jako teniplátu vedla k produkci DNA, která obsahovala zmíněná restrikční místa. Pomocí vnesených míst pro restrikční endonukleázy jsme klonovali všechny tyto fragmenty najednou, a to následujícím způsobem: DNA fragment CKIp2 (sekvence 4) jsme rozdělili na poloviny, jednu polovinu jsme štěpili pomocí BamHI a Xbal (tedy enzymu, rozpoznávajících vnější restrikční místa), druhou pak pomocí Hindlll a Sáli (tedy enzymů, rozpoznávajících vnitřní restrikční místa). DNA získanou amplifikaci pomocí primerů Hgus a Bgus jsme štěpili pomocí Hindlll a BamHI. Po purifikaci pomocí QlAquick PCR Purification Kit (Qiagen) jsme smíchali všechny tři různé fragmenty v ekvimolámím množství a přidali vektor pBluescript (Stratagene), štěpený enzymy io Xbal a Sáli a defosfo rylo váný pomocí teplem inaktivovatelné alkalické fosfatázy (Alkaline Phosphatasc, shrimp, Roche, dle přiloženého návodu) tak, aby výsledný molární poměr mezi vkládanými fragmenty a plazmidovou DNA byl mezi 1:1 až 3:1. Následovala ligace pomocí T4 DNA ligázy (T4 DNA Ligase, Roche), 12 h při 16 °C, transformace do Escherichia coli, kmen DHlOp, a kontrolní štěpení DNA (pomocí Sáli), vyizolované z pozitivně selektovaných bakteriálních kolonií na selekčním médiu (ampicilin). Všechny uvedené postupy byly provedeny buď podle návodů udaných dodavatelem jednotlivých chemikálií a enzymu, nebo podle obecně známých metod molekulární biologie (Ausubel el al., Current protocois in molecular biology. John Wiley and Sons, New York (2003)). Výsledný konstrukt byl pak označen jako pBsc::CKlp2i. V našem případě jsme dosáhli více než 50% efektivnosti (13 pozitivních vzorků
2o z celkových 20 testovaných DNA izolátú z pozitivně selektovaných bakteriálních klonů), což je nadprůměrná hodnota a ukazuje na relativně vysokou efektivitu tohoto způsobu přípravy rekombinantní DNA. S podobným výsledkem byly klonovány i jiné úseky genu CK11 pro účely jeho umlčení pomocí RNA interference, což ukazuje na univerzalitu tohoto postupu i pro jiné sekvence. Následovala kontrola vybraných klonů sekvencováním, která prokázala úspěšné naklono25 vání všech tří fragmentů (CKIp2 v proti směrné (antisense) orientaci, uidA fragment a CKlp2 v po směrné (sense) orientaci), které jsme dohromady označili jako CKIp2i. Výše popsaný postup je možno použít univerzálně pro přípravu konstruktů pro umlčování genů pomocí RNA interference s tím, Že je třeba zvolit takové úseky cDNA umlčovaného genu, které neobsahují rozpoznávací místo pro restrikční enzymy BamHI, Hindlll, Xbal a Sall. Dále je třeba navrhnout prime3o ry obsahující cca 18 21 nukleotidů specifických pro vybraný úsek cDNA a na jejich 5'konec přidat sekvenci RNAiup na „leťt (forward) primer, resp. RNAidown na „right (reverse)“ primer (viz část sekvence primerů CKlp2 up a CKIp2_down zvýrazněná podtržením). V případě, že se jako spojovací sekvence nedá použít sekvence genu uidA, je možno obdobným způsobem (vložením sekvencí LOOP up a LOOP_down, obsahujícím místa rozpoznávaná restrikčními enzymy BamHI a Hindlll) modifikovat primery, obsahující specifickou sekvenci vybrané DNA, která ovšem nesmí obsahovat rozpoznávací místa pro restrikční enzymy BamHI a Hindlll.
Příklad 2
Příprava transgenních linií
Pomocí štěpení restrikčními enzymy BamHI a Hindlll. zatupením konců pomocí Klenowova enzymu (Roche) a následnou religací pomocí T4 DNA polymerázy (všechny enzymy Roche) jsme upravili binární vektor pVKHJáXf/CŠS/xJ (Reintantz etal.. Plant Cell /3. 351-367 (2001)). Výsledný vektor, který jsme označili pVKH-.-.(35S-.:pA), obsahoval 35S expresní kazetu (CaMV 35S RNA promotor a terminátor transkripce). Následně jsme z vektoru pBsc:;CKIp2i vyštěpili konstrukt CKlp2i pomocí Sáli a klonovali jej do binárního vektoru plrKH\:(355::pA), štěpeného Sall. Výsledný konstrukt jsme pak označili jako ρΙ'ΚΠ;Α355:Ε’ΚΙΐ2'.:ρΑ) (sekvence 7), zkráceně pJH_006. Konstrukt jsme ověřili sekvencováním (viz sekvence 7) a transformovali jsme jej elektroporací do Agrobacterium tumefíwiens, kmen GV3013:.pMP90 (Koncz and Schell. Mol Gen
Genet 204, 383-396 (1986)). Pomocí infiltrace květenství standardního typu A. thaliana, Col fi (Clough a Bent, Plant J /6, 735- 743 (1998)) a následnou selekcí na médiu s hygromyeinem (iti vitro na MS médiu, bez saeharózy, 15 mg/l hygromyein. 400 mg/I tiearciIlin/klax ulanát draselný,
15:1) jsme získali primární transformanty (TI generace, linie označené jako CJH4T1, 1 až
- 8 CZ 31)0145 B6
CJH4TI, 58), / jejichž potomstva jsme pak za základě segregačních poměru (frekvence rezistence, resp. citlivosti k selekčnímu markéru hygromycinu) vybrali předpokládané jednozásahové linie. V potomstvu předpokládaných jednozásahových linií jsme identifikovali linie homozygotní pro daný trans gen (T2 generace, linie označené jako CJH4T2). Semena z těchto linií pak byla sebrána a použita pro další analýzy (T3 generace, linie označené jako CJH4T3, 1 až CJH4T3, 16).
Příklad 3
IU
Fenotypová analýza linií se sníženou expresí CK11
U několika nezávislých homozygotních linií jsme zjistili přítomnost zajímavého ťenotypového projevu. Vybrané transgenní linie (viz Obr. 1 a Obr. 2) jsme kultivovali in vitro ve čtvercových
Petriho miskách (12x12 cm) 21 dní na MS médiu obohaceném 1 % sacharózou a zpevněném 1,5% fytagelem, obsahujícím různou koncentraci dimethylsulfoxidu (DMSO), ve vertikální poloze v kultivačních komorách s regulovatelnými růstovými podmínkami (Pere i val Scientific, Ltd., relativní vzdušná vlhkost 70%, podmínky krátkého dne [světlo 8 hodin, tma 16 hodin], teplota při světle fázi 21 °C, teplota při temné fázi 19 °C). DMS01“0,0001%; DMS02-0,001% a
DMSO3-0,O1% (vždy v/v) odpovídá rostoucí koncentraci DMSO v kultivačním médiu. Po sklizni byly odděleny kořeny a nadzemní část. Hmotnost vytvořené biomasy kořenů a nadzemní části byla změřena vážením. Zjistili jsme, že nejméně u 4 zc 6 testovaných linií dochází ve srovnání s liniemi standardního typu ke zvýšené tvorbě biomasy a to jak v kořeni, tak v nadzemní části rostliny (prýtu, Obr. 1). Při kultivaci v půdě za podmínek krátkého dne rostly transgenní linie v porovnání s rostlinami standardního typu rychleji a tvořily větší vegetativní část rostliny (tzv. listovou rozetu, Obr. 2).
Dále jsme provedli podrobnější analýzu fenotypu ve vývoji vaskulámích pletiv. Ručně jsme připravili řezy z živých rostlin (bez fixace) a provedli barvení pomocí směsi anilinové modři a
5o oranže GG. Řezy byly připraveny žiletkou z bazálních nodů latcrálních větví květenství, vyrůstajících z bazálního nodu hlavního stonku květenství A. thalianu a okamžitě byly 15 minut barveny v barvícím roztoku, který obsahoval 0,25% anilinovou modř a 1 % oranž GG, 10 až 15 min. odbarveny ve vodě a montovány do 50% glycerolu. Barvicí roztok byl připraven následujícím způsobem: Ve 100 ml vody bylo rozpuštěno 0,25 g ve vodě rozpustné anilinové modři a 1 g oranži GG. Tato směs byla uvedena do varu a po vychlazení bylo přidáno 5 ml kyseliny octové a směs byla přefiltrována (Braune, Leman, faubert, Pílanzenanatoniisches Praktikum 11, str. 401, VLB Gustav Fischer Verlag, Jena (1982)). Barvení touto metodou umožňuje rozlišil mezi zdřevnatčlými buněčnými stěnami, které se barví spolu s cytoplazmou žlutě až oranžově, a živými, tedy ještě ne zcela zdřevnatělými buněčnými stěnami, které se barví modře. Při použití tluores4u cenee je pak možno identifikovat zdřevnatělé a ligni 1 ikované buňky. Fato metoda také umožňuje barevně odlišit jednotlivé buněčné a funkční složky vaskulámích pletiv u rostlin: Floém se barví modře, inctaxylém oranžově a protoxylém tmavě modře až fialově (viz Obr. 3). Řezy byly ještě týž den pozorovány a dokumentace byla provedena pomocí motorizovaného mikroskopu (BX 61, Olympus) vybaveného digitální kamerou (DP50. Olympus) a řízeného speciálním programem (AnalySIS, Soft Imaging System, GmbH). Na řezech jsme zjistili, že u transgenních linií dochází k odchylkám ve vývoji vaskulámích (vodivých, cévních) pletiv stonku květenství. Zjistili jsme, žc u transgenních linií s předpokládanou sníženou expresí genu CKU dochází k tvorbě širších vláken interfascikulárních oblouků mezi cévními svazky (Obr. 3). Šířka oblouků byla měřena a vyhodnocena pomocí speciálního programu (AnalySIS, Soft Imaging System, GmbH) na inikro50 fotografiích získaných pomocí pozorování fluorescence u výše zmíněných řezů živých rostlin, barvených směsí oranže GG a anilinové modře, viz Obr. 3. Na Obr. 3 je viděl fenotyp cévních svazků v bočních větvích květenství standardního typu (a d), 35S..CKH rostlin (transgenní rostliny nesoucí konstrukt způsobující umlčení genu CKU 35S-.:CKfi2::pA, linie CJI14T3. 5-3 [e-h]) a u mutanta v genech homologních genu CKH. genech AHK2, ΑΠΚ3 a AHK4\ ahk2 ahk3, (i 4) a ahk2 ohk4 (q t). Na obrázcích (m-p) je fenotyp transgenní linie s nadměrnou expresí genu pro
- 9CZ 300145 B6
CYTOK1NINOXIDÁZU/DEHYDROGENÁZU3 (35S::AtCKX3) vedoucí ke snížené hladině endogenních eytokininú. Ruční řezy byly barveny směsí anilinové modři a oranže GG a pozorovány pomocí DIC1 optiky (a, c, e, g, i. k, rn. o, q, s). Eloém se barví modře, metaxylém oranžově a protoxylém tmavě modře až fialově. Buňky vláken interfascikulárních oblouku {if) byly pozoro5 vany na týchž řezech s použitím fluorescence a s pomocí triple filtru (U M61000, DAPI/FITC/TRITC triple filter block, Olympus; [b, d, f, h, j, 1, n, p, r, t]). Preparáty byly získány z rostlin starých cca 16 týdnů, 7 týdnů po přenesení do podmínek dlouhého dne a cca 5 týdnů po indukci kvetení. Při porovnání obrázků a-d s obrázky e—h je vidět u linií se sníženou expresí CKH zvýšené ukládání celulózy zejména v oblasti metaxylému (intenzivnější zbarvení oranží κι GG a ztloustlé buněčné stěny, kóto vací šipka). V liniích se sníženou aktivitou CK11 a v dvojnásobném mutantovi M2 ahk4 je znatelná radiální expanze vrstvy buněk interfascikulárních oblouků (ilj. Tento rozdíl je statisticky významný (P<0.05, viz Obr.4). Částečně ligni fikované buňky na vnějším okraji centrálního jádra dřeně, kótovací šipky na obrázcích d, h, 1 a t) nebyly do měření zahrnuty. U linií 35S::CKÍi a ahk2 ahk4 mutantů bylo pozorováno zvýšené ukládání celulózy během sekundárního tloustnutí v podobě intenzivního barvení oranží GG (porovnej obrázky c, g a s, kótovací šipka ukazuje na stěny buněk v xylému, šipka pak na stěny buněk v interfascikulárních obloucích; šipky ukazující na tyto rozdíly v obrazcích a, e, i, m a q jsou ve stejných pozicích jako v odpovídajících obrázcích z fluorescenčního mikroskopu b, f, j, n a r). Zvýšená intenzita barvení pomocí oranže GG v if oblasti u 35S::CKHi linií (e a g) ukazuje na
2(i zvýšenou depozici celulózy a dřevnatění oproti liniím standardního typu, které jsou v těchto oblastech zbarvené modře (a a c). if, vlákna interfascikulárních oblouků; mx, metaxylém; p, tloém; px, protoxylém. Měřítko 100 pm (a, b, e, f, i, j, m, n, q, r) a 50 pm (e, d, g, h, k, I, o, p, s, t).
Výsledky hislochcmického barvení ukazují, že u těchto linií dochází v důsledku snížené exprese genu CKH ke zvýšenému ukládání celulózy a dřevnatění během tzv. sekundárního tloustnutí stonku, a to jak v xylému, tak v interfascikulárních obloucích. Znamená to tedy, žc CKI 1 je negativním regulátorem uvedených procesů (tedy především vývoje a diferenciace cévních svazků, tvorby (lignifikaee) vláken interfascikulárních oblouků a sekundárního tloustnutí). Tohoto faktu je možno potenciálně využít v biotechnologických aplikacích spojených s produkcí biomasy.
Příklad 4
Fenotypu vá analýza mutantů v genech homologních s CKI 1
Podobným způsobem jako v případě linií se sníženou expresí CKll jsme provedli analýzu fenotypu vaskulárních pletiv u linií s inzerčními mutacemi v genech homologních genu CKll, AHK2, AHK3 a AHK4. Výsledky fenotypových analýz u dvojnásobných mutantů v genech homologních genu CKll, genech AHK2, AHK3 a AHK4, potvrdily účast homologů genu CKll vc vývoji vas40 kulárních pletiv u A. ihaliana. V případě dvojnásobných mutantů ahk2, uhk3 (dvojnásobných homozygotů pro danou mutaci, Nishimura et al., Plant Cell 16, 1365 1377 (2004)) jsme pomocí analýzy fenotypu vaskulárních pletiv stonku květenství (viz výše) identifikovali fenotyp ve vaskulárních pletivech opačný než v případě linií se sníženou expresí CKH, tedy v porovnání se standardním typem opožděnou a neúplnou diferenciaci proloxylému i metaxylému, tvorbu užších vláken interfascikulárních oblouků mezí cévními svazky a menší ukládání celulózy jak v xylému, tak v oblasti vláken interfascikulárních oblouků; porovnej intenzitu barvení oranží GG v oblasti interfascikulárních oblouků na Obr. 3: U dvojnásobných mutantů M2 M3 (i a k) sc oblast vláken interíáseikulárníeh oblouků (šipky) v porovnání s linií standardního typu (a a c) a zejména 35S::CK/i linií (e a g) barví více modře. Podobný fenotyp jsme také zaznamenali v případě trans5(i geimich linií s nadměrnou expresí genu pro CYTOKININOXIDÁZU/DEHYDROGENÁZU3 AtCKX3 (Obr. 3. in o). Jak jsme zjistili, dochází v květenství těchto linií kc snížení endogenní hladiny eytokininú zeatínového typu až na úroveň cca 1 % hladiny v liniích standardního typu (vlastní nepublikované výsledky). Naopak v případě dvojnásobných mutantů v genech ahk3, M4 (Nishimura cl al.. Plant Cell /6, 1365 -1377 (2004)) a zejména M2, uhk4 (Higuchi etal.,
Proč Nati Acad Sci USA /0/, 8 821-8 826 (2004)) jsme identifikovali fenotyp podobný fenotypu
- 10CZ 3(Η)Ϊ45 B6 u transgenních linií se sníženou expresí CKÍ1, kdy v porovnání s liniemi standardního typu dochází k tvorbě širších vláken interfascikulámíeh oblouků mezi cévními svazky (Obr. 3 a 4) a zvýšenému ukládání celulózy jak v oblasti vláken interfascikulámíeh oblouků, lak v případě xylému (porovnej Obr. 3, a, c vs. q, s). Tyto výsledky tedy ukázaly, že pozorované efekty jsou genově specifické pro danou cytokininovou signální dráhu a že je možno pro účel modulace vývoje vaskulárníeh pletiv nadzemních částí u rostlin využít i regulace exprese genů, resp. modifikace aktivity genových produktů genů homologních nebo ortologních genu CKIl.
io Příklad 5
Příprava rekombinantní DNA kódující ('ΚΙ 1 se změněnou aktivitou pomocí metod místně řízené mutageneze i? Připravili jsme rekombinantní DNA, kódující ('Kil se změněnou aktivitou. Změna aktivity CKI 1 byla testována pomocí exprese v rostlinných protoplastech a pomocí genetických a biochemických analýz. Následně jsme připravili transgenní linie, exprimující CKI! se změněnou aktivitou. Fcnotypová analýza těchto transgenních linií prokázala změny v tvorbě vaskulárníeh pletiv. Tyto výsledky ukázaly, že pomocí modulace aktivity CKI 1 a pravděpodobně i jeho ortologů lze ovliv2o nit tvorbu vaskulárníeh pletiv u rostlin.
Cíenomová DNA pro CKI1 byla atnplifikována pomocí primerů CKI 1 gen fwd a CKI 1 gen re v.
CKIlgen_fwd:
ICC ATG ATG GTG AAA GTT ACA AAG C-3'
CKIlgenrev:
’í!: 1
5'-AGC CCC GTG ACG TTT GCT TTC GAT TTC-3'
Výsledná DNA (CKI/gen) byla štěpena pomocí BamHI a Stul a klonována do vektoru pCB302ES, který byl získán úpravou vektoru pCB3O2 2 (Xiang etal., Plant Mol Biol 40, 711 717 (1999)) a to tak. že kódující oblast CK11 se dostala pod kontrolu promotoru 35SC4PPDK (Hwang a Shecn, Nátuře 413, 383 389 (2001)). Výsledný vektor byl označen jako
2o pCB302ES::(35S::C'KI 1 gen). Pomocí soupravy pro místně řízenou mutagenezi (QuiekChange site directed mutagenesis, Stratagene) a primerů His405_CAA byla sekvence CKI 1 gen modifikována tak, že vzniklá DNA kódovala mutantu CKllH4tbQ se záměnou histidinu v poloze 405 (nukleotidová sekvence ('AC) na glutamin (CAA). Vzniklý konstrukt byl označen jako pCB302ES::(35S::CKHgenH405Q).
His405_CAA:
5'-GCA AAT GCT AGC GAT ATT AGA GGT GCC-3'
Podobně byla s využitím primerů Asp 1050 AAC připravena genomové DNA kódující mutanta ^^jlDio.Mix se 7áni£nou kyseiiny asparagové v poloze 1050 (CAC) na asparagin (AAC) a výs40 ledný konstrukt byl označen jako pCB302ES::(35S::CKf/genD1050Q).
A$pl050_AAC
5'-GAC TAC ATA TTC ATG
TGC CAA ATG CCA G-3'
CY JUUI45 B6
Tato DNA pak byla použita pro transformaci protoplastů A. thaliana a byla analyzována aktivita kódovaných proteinů ve smyslu jejich vlivu na přenos signálu v cytokinovc signální dráze popsanými metodami (Hwang a Sheen, Nátuře 413, 383-389 (2001)). Přenos signálu v cytokininové signální dráze je v protoplastech A. thaliana kvantifikován pomocí měření aktivity lueiferázy, jejíž exprese je kontrolována cytokininem indukovatclným pro motorem genu ARR6. Jako kontrola konstitutivní (na cytokininu nezávislé) aktivity CKI1 byly pro transformaci kromě protoplastů izolovaných ze standardní linie A. thaliana, Col-0 (wl) použity i protoplasty izolované z transgenní linie A. thaliana s nadměrnou expresí genu AtCKX2, kódujícího CYTOKININOXIDÁZU/DRHYDROGENÁZU2 (35S;:CKX2 9). U těchto transgenních linií io došlo v důsledku nadměrné exprese AK3KX2 ke snížení endogenní hladiny aktivních forem cytokininu (isopentenyladeninu a zealinu) na přibližně 45 % oproti standardnímu typu (Werner et al., Plant Gel 1 /5, 2532 -2550 (2003)). Touto analýzou bylo zjištěno, že v případě nadměrné exprese standardní alely CKll dochází ke konstitutivní, tedy na přítomnosti cytokininu nezávislé, aktivaci cytokininové signální dráhy A. thaliana. Naopak v případě nadměrné exprese genů pro mutantní i? formy CKll, CKIlll4tbQ a CKI]I),050\ dochází k dominantně negativnímu efektu na přenos signálu v cytokininové signální dráze A. thaliana (viz Obr. 5).
DNA pCB302ES::CKIIgen a pCB3B2ES.:CKllgenH405Q byla transformována do Agrobacterium tumefaciens, kmen GV3101, a pomocí infiltrace květenství (Clough a Bent, Plant J 16, 7352i) 743 (1998)) byly získány transgenní rostliny, produkující ve zvýšeném množství CKll, resp.
CKI l1 N,,5Q ve formě rekombinantních proteinů (luzní protein, obsahující kromě aminokyselinové sekvence CKll. resp. CKIl4(btJ také sekvenci dvou kopií tzv. epitopu HA (hemaglutininu), umožňující detekci fúzního proteinu pomocí protilátek proti epitopu HA, viz Obr. 6Flj. Byly analyzovány tři nezávislé transgenní linie nesoucí konstrukt 35S::CKf Igen, označené jako 2-2,
2-13, 1-13 a čtyři nezávislé transgenní linie, nesoucí konstrukt 35S::CKllgenll405Q, označené jako 2, 6, 7 a 9.
Analýzou fenotypu výše uvedených transgenních linii bylo zjištěno, že došlo ke změnám vývoje vaskulárních pletiv u transgenních linií, a to jak u linií s nadměrnou (zvýšenou) expresí stan?o dardní alely CKll (linie 2-2. 2-13, 1 13 a 4), tak v případě linií s nadměrnou expresí mutantní alely CKri,wfí> (linie 2, 6. 7 a 9).
V případě linií se zvýšenou expresí standardní alely CKll došlo (kromě dalších fcnolypových projevů, jako např. různé míry sterility transgenních rostlin nebo zkrácení šešulí, zobrazených na
Obr. 6), také k tvorbě ektopiekýeh cévních svazků a poruchám v jejich diferenciaci. V případě linií se zvýšenou expresí CKll jsme identifikovali oproti liniím standardního typu absenci nebo podstatné snížení lignifikace. Na příčných řezech stonků transgenních linií byly identifikovatelné depozity celulózy v rozích buněk, což je stadium, které předchází ligniílkaci těchto pletiv u A. thaliana (Altamura et al., New Phytologist 151, 381-389 (2001)). Stonky květenství transgen40 nich linií se zvýšenou expresí CKll také obsahovaly oproti standardnímu typu zvýšené množství buněk (Obr. 6).
Obr, 6 ukazuje výsledky fenoly po vé analýzy transgenních linií se zvýšenou expresí standardní formy genu CKll a dominantně negativního mutanta CKI l11411'^, A, B. Ektopická exprese CKll vede ke sterilitě, zvýšené tvorbě trichomů (A) a ztloustlého stonku květenství (B). C. Změny v architektuře cévních svazků v rostlinách se zvýšenou expresí CKll (transgenní linie 35S::CKll). Příčné řezy (a, b, d a e) a podélné řezy (c a tj stonku květenství u rostlin standardního typu (a-c) a transgenních linií 35S::CKll (d-tj. Šipky ukazují tvorbu ektopiekýeh pletiv, které se podobají cévním svazkům. D, E. Ektopická a nadměrná exprese CKll vede k tvorbě nad byso tečných vegetativních pletiv z laterálních meristémú. Nodální struktura standardního typu a transgenních linií 35S::CK11 (D), příčné a podélné řezy z rostlin standardního typu (E.a) a transgenníeh linií 35S::CKI1 (E.b). Šipka ukazuje na ektopieký úžiabní pupen vytvořený u transgennich linií 35S::CKll. Měřítko 100 pm. F. Ektopická nadměrná exprese CKlf44^ vede k poruchám normálního vývoje cévních svazků li A. thaliana. Příčné řezy stonku květenství
5^ transgenních linií 35S..CKI(ll4l>X (a-cy standardního typu (d) a dvojitého mutanta ahk2 ahk3 (e).
Měřítko 100 pm. (f) Expresní analýza transgenních linií 35S::CKI1IÍ411^. Celkový protein z 6 týdnu starých transgenních rostlin byl analyzován pomocí imunobl oto ván i (westernového přenosu) s použitím protilátek proti HA epitopu a aktinu. Aktin sloužil jako vnitřní kontrola.
V případě linií s nadměrnou expresí mutantní alelv CKIl jsme identifikovali ve vaskulámích pletivech fenotyp do značné míry opačný než v případě nadměrné exprese standardní aíely CKIl. Ve stoncích květenství jsme oproti liniím standardního typu identifikovali menší množství buněčných vrstev, zejména v případě buněk kambia a nepravidelnou velikost buněk jak v xylému, tak ve flocmu (viz Obr. 6). Podobný fenotyp byl také identifikován u dvojnásobných io mutantů M2 ahk3.
Tyto výsledky tedy ukazují, že jak kvantitativní změna exprese standardní alely CKIl (tedy jak snížení tak zvýšení), tak exprese mutantní alely, kódující CKIl se změnou aktivity, vedou ke změně fenotypu vaskulárních pletiv. Tohoto faktu je možno potenciálně využít k regulaci pro15 dukěních vlastností rostlin s ekonomickým efektem. Zároveň výsledky analýzy linií s mutacemi v genech homologních genu CKIl ukázaly, že je možné využít metod genového inženýrství k regulaci vývoje vodivých pletiv u rostlin prostřednictvím genových manipulací u genů z rodiny reeeptorových histidinkináz, tedy homologů a ortologů CKIL
21)
Průmyslová využitelnost
Předkládaný vynález, genetické manipulace aktivity CKli a jeho homologů nebo ortologů, umožňuje cílené získání rostlin se zvýšenou produkcí biomasy. Další využití je možné např. v bio25 technologických aplikacích umožňujících dekontaminaci zasažených půd prostřednictvím tzv. iytoremediací. Při vývoji těchto technologií se uvažuje o využití transgenních rostlin produkujících enzymy, které umožňují dekontaminaci rozkladem polutantů, např. ropných produktů u jimi zasažených pud a zvýšená produkce biomasy u takových rostlin může zvýšit efektivitu jejich využití, Zvýšené ukládání celulózy, pozorované u transgenních linií, je vhodné pro využití v papírenském a dřevozpracujícím průmyslu, kde by mohlo usnadnit a především zlevnit časově náročné získávání dřevní hmoty. Zvýšení biomasy v některých druzích rostlin bude výhodné i pro potravinářský a farmaceutický průmysl. Důležitou oblastí využitelnosti je produkce tzv. energetických plodin, např. šfovíku Uteuša, kde může podobná genetická modifikace zlepšit energetickou bilanci těchto rostlin. Potenciálně možné je také využití ve šlechtění rostlin, kdy regulace tvorby ligniUkovaných pletiva dřevnatění ve vaskulárních pletivech a vláknech interfascikulárníeh oblouků muže být potenciálně využito při šlechtění odrůd se s níženou poléhavostí (např. o obilovin nebo řepky olejky).
sekvencePatentln 03072007.ST25 SEQUENCE LISTINO < 11 ()> Masarykova univerzita v Brně <120> Způsob regulace tvorby biomasy v rostlinách, sekvence DNA a způsob jejich přípravy <13()> plOS3cz()O <16O>7 < 170> Patentin version 3.3 <2I()> 1
i) <211> 9490 <212> DNA <213> Arabidopsis <400> 1
gaggaggcac | aaaatgacga | atatacaaaa | tgatcttaaa | cagctaaact | atattggaca | 60 |
ttttttcgat | ctcagatata | aaagatttca | ttcaatataa | tacttggata | aatactctta | 120 |
ttatttttct | ttagtttatt | aaaaaaaacc | tctaataaat | acgagtttaa | gtccacaaaa | 180 |
tcgcttagac | taaaatacac | catataattt | caaacgataa | agtttacaaa | agtaatatcc | 240 |
aagtatctca | tagtcaacat | atatatagta | ataattagtt | gacgtataag | aaaataaaaa | 300 |
taaataaatt | agtatcttat | tttgggtggt | gctgactggt | gactggtgac | tgcagaatgc | 360 |
tcggcaaatg | gaaccatatc | ccaagacatg | ggttttagat | agaacaaaat | aagtgtccga | 420 |
aggaatgata | ttaaaagtca | aatagaataa | ttataaatat | tgtaattagc | aaataaaaac | 480 |
gtcatgattt | tgttgtttag | tcgaaaccaa | aaaaatatta | acgttgggca | tcaaaacaag | 540 |
catcgagcta | gttgctcaaa | ttcacacaat | ttagacctct | ttgaattttg | aaattgctgg | 600 |
aacttgaaac | taatcaaaaa | aagtcagaga | gacctctgcg | gaaaggcacg | tgttctcgga | 660 |
ttagatttca | cgtgggaatg | agttatccat | gtgctattcc | acacaaaaaa | aatccctaat | 720 |
ttttcaaaca | ctaataatat | taaattctca | gtttcttctt | tttactctgt | tattgtatag | 780 |
ctttttgatc | catacgttaa | gcaatatatg | ccttgtttta | ttcgttttta | ttttattttt | 840 |
tgaaatagat | agttgttgct | tatgaaaacg | aggtagttag | atttgattta | gaattattat | 900 |
aaaaaaatac | attcggactc | tgacgttgaa | tgattatatt | agaatgaaga | catgaattca | 960 |
ccaaacctca | ttcaaaaaaa | gaaaaaaaat | cttaaaccga | atgataattt | gtttcgtcgt | 1020 |
catttaaaat | cgtcatcaat | ttatttttaa | gaaaagaaat | taaaagaaag | catcggaaaa | 1080 |
agagggccag | acaccagctt | ggcaatgctt | tgctgaaaag | ttgtgaataa | tgcaattaaa | 1140 |
aacgaacgaa | aataaataaa | caaatattaa | agaaattcga | atgggaatat | caacaaaatt | 1200 |
atttattttt | tagttatgga | gacaagaatc | gatccaaagg | ttgtactctg | gacttgaaag | 1260 |
taaaaataaa | aagggaatga | caataattgg | gaaaacatgt | gataaaagtc | tgaattcaca | 1320 |
gactttgaca | gtagtttata | gtttcatggg | cttttttttt | tcctctctca | caggacacag | 1380 |
aatcttatct | aataggagca | gccgctaata | tgcactgtgt | ttggcatgtt | acgattagcg | 1440 |
ttttagagaa | ttagagtttg | attgaagtgt | gttttatata | ttgatagtgg | gacattactt | 1500 |
. u CZ 300145 Β6 sekvencePatentin 03072^.,
ataaaaagca | caaggataca | acaatagaga | cagtcacatg | tatatcacat | aagtggatgg | 1560 |
tcctcaatgt | gttgcttgta | ggacatttgt | gagtatgtca | aaaacttatt | tcacatggta | 1620 |
cactcataga | ttagccccac | ttaggagtgt | ctagaaaaag | attgggacta | aagtcttgtt | 1680 |
ggatcgaata | tgattccaaa | cacgttaata | tttccctaaa | acccatttcg | aaaagtatgg | 1740 |
aatgatgaac | acattataaa | tattttggtt | gtgcgaaata | ggggtcaaat | gtaaaggtta | 1800 |
actttgtatt | agttgatgga | tagtaaaagg | tcaaatttag | aagtattggg | ccaaatagaa | 1860 |
aacataatgg | gccaaacaga | ccaaaagaaa | gacaacggtg | aacgggtcag | aacattaaaa | 1920 |
catacatttt | ctcgctacaa | ttaacgctat | caatatattt | ataaaaccat | ttgtcatttc | 1980 |
acttccttaa | etaatcacat | aaatgatttt | tttttgtgtg | tccctacttt | ttttatataa | 2040 |
aatttaaacc | ggaaagttac | attggataaa | gctttaacaa | tcaaaaacgt | gttggatata | 2100 |
tatataagta | acaaatttac | ttcttttaat | aattataata | atattacatt | aaaatataat | 2160 |
aaagcatatg | ttacttttga | agaaaactaa | ttttggatta | aaaatttcac | ttttattata | 2220 |
tttaatatgt | gatctcaaaa | tttataaaag | attatcgtca | aacaagttta | tatcataatt | 2280 |
ttatggtata | tatatttatc | gtgtgaccat | tataatctaa | tctatggtgt | atatggtata | 2340 |
tatgactaaa | ttaccgtatt | tggagaagtg | aaaatgttgc | atcgtcccac | gactcttaga | 2400 |
aaatttgtta | gtcaaatcat | tcttttaatt | aaaaatttag | atgtaagttt | aagtcgtgaa | 2460 |
tttacatcta | aaattttaga | tttaagtggc | gaatttcgca | gccaaactat | tattttacca | 2520 |
cagacatgca | gtgttgaaat | ctaaggtagt | atgtggattt | tttttttggc | agcaaaacgt | 2580 |
aaagttaatt | tatctttata | tatattaaaa | tgtaatttat | ctttttatac | atatatattt | 2640 |
atacacatca | tatcataaga | catacataca | taaatctcta | aatatgtaag | gggtgtcatc | 2700 |
agttttgcct | tctgtttatg | gttcactcga | tttcacatta | attattcact | caaattcaca | 2760 |
aaggttattt | cgttttcatt | agcgcccttt | ctctcgactt | tcttgatgaa | tctttatttc | 2820 |
ttctatgtga | aatctaatta | agactatttt | cgtgttatat | tgatgtttaa | aaatgaaaat | 2880 |
cttttggttt | ttatgtttaa | tcattttcat | gagtattaaa | tgtaatagat | ttaagttaaa | 2940 |
actaatatcc | gaatgcctga | gatattgttt | cctaaaatga | gatgattgtt | tttatttatt | 3000 |
accatgattt | gtttgtacta | agcttccttt | cccctttgca | atacatagga | tataaattca | 3060 |
tacatgttcc | taattttatt | tttgcacttg | agtttatggt | tttctttggt | ggaagatcta | 3120 |
tatgtatcta | tatctatatt | attttactct | tttcttcgtc | gtcatttata | gtatattata | 3180 |
tatatgcaca | cacacacaca | cctatatgta | tagctcaatt | ctagataaaa | tatatagaaa | 3240 |
tggatcttga | gaatcatttt | ttttgtattc | ttttgttatc | aaagggtttc | gactttgctc | 3300 |
cgaggaagaa | gataatatga | aaagagcttt | ttagggttta | tcattctcct | tgactttgca | 3360 |
aaacgtgaaa | tgtaaggcac | tttgatcgtt | gtactttgtt | gctttttata | cgtatcgctt | 3420 |
cctacaataa | gttaacaatg | cttcctcgta | gaattgcaaa | acatttgtgg | accgtgattt | 3480 |
acatgactga | gctcttttca | gtggcttctt | tgcagcagct | tcttccttgg | aggactaatc | 3540 |
= 15.
sekvencepatentln 03072007,ST25
aagacagaaa | tctgttcctc | taaaaacgat | cgccgttcta | ggtaatcttg | ccattcttga | 3600 |
cgagtcttga | tctttagaat | caaatttata | agggatcacg | agatacacgt | attaattatt | 3660 |
attttttttt | tttttgcttt | ttgtggttat | acaagttcac | tcaaatgatg | gtgaaagtta | 3720 |
caaagcttgt | ggcttcacgt | ccaattgtgg | tcttttgcgt | cctggtaatt | ctgctttctt | 3780 |
tcttctaaat | tatacgatga | ttctacattt | ctactcatct | cgttcttgtt | tttcaaatga | 3840 |
tataattatt | gtgtgtatat | cacccattca | tgtatattta | ttgaaaaata | taggcattcc | 3900 |
tggtggttgt | tttcgagtgc | atttggatct | caaattggcg | aacaacaacg | gagaacctag | 3960 |
tcaaagaggt | cgcttcattt | accgaagatc | tccggacaag | tctagtttcg | gagattgaaa | 4020 |
acatcggaaa | atttacatat | gccaagacaa | acttatctac | gatcggttta | gcgagagtta | 4080 |
tagattctta | tatcaccaac | aacgacactg | gttttacaga | gattcaaaca | caggttgtta | 4140 |
aaactaatta | cataaattca | attattctta | gttattatct | taggattagt | ttgagttata | 4200 |
taacattaac | tataatttta | tgttgttgtt | gttgttgtta | ttattgttct | tcagatcgca | 4260 |
ccattgttgt | ttgtagctta | ttcaacgatc | cttcaagtct | cacaagtttc | gtacatcagt | 4320 |
agggacggtc | tcatgttttc | ttacattgca | gaatcaaaca | caagtgtcgc | tgtttttgcc | 4380 |
aattcctcgt | cgaattcaag | tcgtggagac | tacacttggt | acactcaaac | cgtggatcag | 4440 |
ttaactggtc | gtcttaacgg | gaactcaacg | aaatctcagt | cgttagatgt | aacccataca | 4500 |
gattggttcc | aagcagcaca | gagtaataac | tacactacag | cctttgtagg | aacgagcttg | 4560 |
ggaggagaag | ataacgagac | tctaatacag | agcgtggtta | gcttgtacag | caagaaaggt | 4620 |
cttgtttctt | tagggtttcc | ggttaagact | ttaaccgaag | ttttgaacag | tttgaatcta | 4680 |
cacggcgaag | agctttacat | gtggacaaag | gacgggacgg | tgcttgttcg | tgaaggttca | 4740 |
ctgaatgatt | etttcttcat | ctccaatggc | tcgatttgct | tcggtagaga | atcgaactcc | 4800 |
ctctggtctc | aatgcatccc | tgaaaattgc | agttccagtg | gctacgaggt | ggagatcaaa | 4860 |
agattaagat | accaagcttt | ttgctctgtt | attgaagttt | cgggcgttcc | tctggtaaat | 4920 |
actgaaacat | atttcacttt | gatgcagtaa | aaatgcatcg | acttgttgtt | tctcagcttc | 4980 |
ttccaatggt | tttttttttg | ccagagatac | acactcatgt | ttcccaacaa | aggaggagca | 5040 |
acacgcatca | agcaccaagc | ggaaaaggca | aaatatcaac | ttattgtggt | tatgatattt | 5100 |
cttggcttcg | gttggcctgt | atggtttgtg | tggtttatga | tgcaagcaac | aaggagagag | 5160 |
atgcatatgc | gtgcaacgct | gataaaccaa | atggaagcga | cacaacaagc | tgagagaaag | 5220 |
agcatgaaea | agagtcaagc | atttgcaaat | gctagccacg | atattagagg | tgcccttgca | 5280 |
gggatgaaag | gtctgattga | tatatgtcgt | gatggagtta | aacctggctc | cgacgtagac | 5340 |
accactctca | accaagtgaa | tgtttgcgcc | aaggatttgg | ttggtaagac | tctgtttctt | 5400 |
tagctttctc | ttatgcgttt | tcttcacttt | ctctctaaca | gaaaattctt | cctcatgttg | 5460 |
ttaaaattac | agctctgctc | aactctgttt | tggacatgag | caaaatcgaa | agcgggaaga | 5520 |
tgcagttagt | ggaagaagat | ttcaacttgt | cgaaacttct | tgaagacgtc | atcgattttt | 5580 |
sekvencePatentin 03072007.ST25
accatcccgt | tgcgatgaag | aaaggggttg | atgtagtttt | ggatccgcac | gatggctcgg | 5640 |
ttttcaaatt | ctcgaatgta | cgaggggata | gtggcagact | gaagcagatt | ctgaacaatc | 5700 |
ttgttagcaa | tgctgtcaag | ttcaccgtcg | acgggcacat | tgcggtaaga | gcttgggctc | 5760 |
agaggccagg | ttccaatagc | tctgtggtcc | ttgcatcata | tcctaaaggt | gtgtccaagt | 5820 |
ttgtaaagag | tatgttctgc | aagaataaag | aagagtcatc | aacctacgag | acagaaatat | 5880 |
cgaattccat | aagaaacaat | gcaaacacga | tggagtttgt | gtttgaagtg | gatgatactg | 5940 |
gtaaagggat | acctatggag | atgcgtaagt | cggtatttga | aaactatgtt | caagtaagag | 6000 |
aaacagctca | aggacaccaa | ggaactggtt | tagggctcgg | gattgtgcag | tctttggtaa | 6060 |
gctactaaaa | cagaacacgt | tctttctctt | cacaagtaaa | tctagatggt | tttcatttgt | 6120 |
ggtctattat | tataggtaag | attaatggga | ggggagataa | gaatcaccga | caaggccatg | 6180 |
ggagagaaag | gaacatgttt | ccaattcaat | gttttattga | caacattaga | gtctcctcca | 6240 |
gtgagtgaca | tgaaagtgag | acaggagatc | gaagcaggag | gcgattatgt | atccacgcca | 6300 |
aacctcgggc | tgactataaa | cacttcactt | ggaggtagca | tgaatatacg | taacctgagt | 6360 |
cctagattca | acaactgtct | cagctcaagt | ccaaagcaag | aaggttctag | agtggttctt | 6420 |
ctattgaaaa | atgaagaacg | cagaagagtt | acagagaaat | acataaagaa | tcttgggatt | 6480 |
aaagttacag | tggtggagaa | atgggagcat | ttgagttatg | ctttggagag | actttttgga | 6540 |
ttttcacctc | agagttccat | gggaagagca | gagtgtagtt | tgtcatgtcc | gagctcaagg | 6600 |
gagttacctt | tcattggcat | ggacggtatt | gattcaagaa | gccaacttcc | taaaaggaga | 6660 |
agcatcagtt | tctctgcagt | tgtccttttg | gtgattgatg | caaaaactgg | accatttttt | 6720 |
gagctgtgcg | atattgtcaa | acagtttcgt | agaggcttgc | cccatggaat | atcctgtaaa | 6780 |
gttgtttggc | ttaacgaatc | gagcaetcgt | gtaagtgaga | gaggggacat | tagttgttcg | 6840 |
agacctttgc | acggatcgcg | tcttatggaa | gtcttgaaga | tgttgcctga | atttggagga | 6900 |
actgtgctaa | aagaaccacc | tactgagctg | caaagggaat | cattgctgag | acattctttt | 6960 |
gttgcagaga | gatcaccaaa | acataaagtc | caagaagagg | ggccaagctc | aatgtttaac | 7020 |
aaaaaattag | gtaagaggat | aatggcatca | acagattcag | agagtgagac | tagggtcaag | 7080 |
tcagtgcgta | ccggtcgaaa | gcctattggg | aacccagagg | acgagcaaga | gacttccaag | 7140 |
ccgagtgacg | atgaattctt | aagaggaaag | agagttcttg | tggtcgatga | taactttata | 7200 |
tcacgtaaag | ttgcaacagg | aaagctgaag | aagatgggag | tctcagaggt | cgaacaatgc | 7260 |
gacagtggga | aagaagcttt | gagattagtc | actgaagggc | ttacacaaag | agaagaacaa | 7320 |
ggttcagtag | ataaacttcc | gtttgactac | atattcatgg | actgccaagt | aagtttaatt | 7380 |
gattaacaac | ctttcataac | acaaaaacaa | atagttgagt | cctaataagt | attaatgttc | 7440 |
tgcacagatg | ccagaaatgg | atggctatga | agcaactaga | gagattagga | aagtggagaa | 7500 |
aagttatggg | gtgcgtacac | caattatagc | tgtatctggt | catgatcctg | gttcagagga | 7560 |
agcaagagaa | accattcaag | ctggaatgga | cgccttctta | gataaaagct | tgaatcaact | 7620 |
- 17 CZ 300145 Β6 sekvencePatentin 03072007,ST25
tgcaaacgtc | attagagaaa | tcgaaagcaa | acgtcactag | tattgtataa | gtagacagca | 7680 |
cgcagctttg | tgctactacc | attagtgttt | tagacaatac | ttttttagta | tgacgatgtc | 7740 |
atagcagttt | tcttctaagt | ttatttaaag | tccatttcag | atacagaaca | catgcactag | 7800 |
tcttaagtcc | caaaagatgt | aggcaaatga | aaccagtgca | tcttttatgg | gcaacgacac | 7860 |
tgcattgagc | taagagaaca | aaatggttag | atgaactcaa | acttcacaga | aaaaactgat | 7920 |
tcattatagt | tatgagcaga | agaaagggtt | gcgtcagtaa | ctcaaagact | ttgattgatt | 7980 |
ttcacttcca | aatgttaaaa | cttgaacaat | agtaataagt | aaggacaaaa | ctttcacacc | 8040 |
acaaaacgat | tatgtgaagt | gaataccaga | cttgttgaac | aaggaaagaa | gatacaaaaa | 8100 |
ctcttgttgt | gatagctttg | aagatctctt | ctcctcgaaa | ccaccttcct | tcaagacatt | 8160 |
cataactttc | tccttgaact | ctgatgtttc | tcctccgtct | ccttctccct | catccatctc | 8220 |
catatcatcg | tcatccattt | cgttgtcgtc | atcttccatt | cccatgctct | ggtcaccaag | 8280 |
atccatggag | gtggtgttca | aagcaggttc | tccattgttc | tgcaacgaag | ctagtacggc | 8340 |
ctgaagagtc | ttgaagttct | tctccagcat | ggaaagaaca | gacttttgct | tgaaaatgga | 8400 |
tcccaaggtt | ttgttctttc | tgatgaaaca | gactcttaag | aacccatccc | actccttctt | 8460 |
gttaacctga | gggccaggcc | tccttggttc | gatcctgaca | acggaagaat | ccacctttgg | 8520 |
aggagggcgg | aaattgttct | tgccgacttt | gaggaggtgg | gagactctgg | cataaagctg | 8580 |
agtgttgaca | gagagacggc | agtagagatt | gtcaccaggc | tgggcaacga | gtctcatggc | 8640 |
gaattccctc | tggtacatga | tgacagcaca | tctgaagctt | gttggatgga | agagaagttt | 8700 |
gaatgtgaga | ggagatgata | tctgatacgg | aatgtttgcc | acacatatgt | caaacctggg | 8760 |
aagctccgtc | ttgagcacat | ccccttgaat | tacctttaaa | agagacaaag | tagaacagtc | 8820 |
agcatatgtt | ccagtaacca | agacacaaga | atctatattc | caagacaaag | ataaatgaat | 8880 |
catcacaatg | aatagataga | tgctcgaatt | caataacaat | cgagcagtag | agtaccttca | 8940 |
agcggttaga | gaagggagtt | ccttgaaaac | ggcgctgaag | ctcgagaacc | atacgagagt | 9000 |
caagttcgac | ggcgataact | tctttgccag | cttctagaag | cttcttggtc | aagtttccag | 9060 |
taccgggacc | gatctcgaga | atcacatcgg | tactcttgat | accagctttc | tgaacgatcg | 9120 |
aatccacaag | cagagggttc | ttaaggatat | gttgcccttt | cgatttgtgg | aacgatattc | 9180 |
ctccttggta | atggttcgat | ggtgctctat | tcgaagcctt | gggcttctcc | ttcctgatct | 9240 |
tgcctcccgc | cattgttgct | cactttgctt | cttcgaaacc | tcttacggcc | gacggcggga | 9300 |
gaagatgaag | atgaagatta | gggtttttct | ctttactttc | tctcagccgt | gttttctatt | 9360 |
caacctactc | tgtttttatt | ttattctttt | ctctggtcgg | ttttcattta | atttaatttt | 9420 |
attacatttc | atctcaagta | atgtttgttt | tcgatttcac | aaacctttta | aacgaaaata | 9480 |
aaatgttaat | 9490 |
- 18 C/. Jínili ttt) <210> 2 <211> 1122 <212> PRT <213> Arabidopsts ? <400> 2
Met Met 1 | Val | Lys | val 5 | Thr Lys | Leu | Val | Ala 10 | Ser Arg | Pro | lle | val 15 | val | |||
Phe | Cys | val | Leu | Ala | Phe | Leu | val | Val | Val | Phe | Glu | Cys | lle | Trp | Ile |
20 | 25 | 30 | |||||||||||||
Ser | Asn | Trp | Arg | Thr | Thr | Thr | Gl u | Asn | Leu | Val | Lys | Glu | Val | Ala | Ser |
35 | 40 | 45 | |||||||||||||
Phe | Thr | Glu | Asp | Leu | Arg | Thr | Ser | Leu | Val | Ser | Glu | Ile | Glu | Asn | Ile |
50 | 55 | 60 | |||||||||||||
Gly | Lys | Phe | Thr | Tyr | Ala | Lys | Thr | Asn | Leu | Ser | Thr | Ile | Gly | Leu | Ala |
65 | 70 | 75 | 80 | ||||||||||||
Arg | val | ile | Asp | Ser | Tyr | ile | Thr | Asn | Asn | Asp | Thr | Gly | Phe | Thr | Glu |
85 | 90 | 95 | |||||||||||||
ile | Gin | Thr | Gin | Ile | Ala | Pro | Leu | Leu | Phe | val | Ala | Tyr | Ser | Thr | Ile |
100 | 105 | 110 | |||||||||||||
Leu | Gin | Val | Ser | Gin | Val | Ser | Tyr | Ile | Ser | Arg | Asp | Gly | Leu | Met | Phe |
115 | 120 | 125 | |||||||||||||
Ser | Tyr | Ile | Ala | Gl u | Ser | Asn | Thr | Ser | val | Ala | Val | Phe | Al a | Asn | Ser |
130 | 135 | 140 | |||||||||||||
Ser | Ser | Asn | Ser | Ser | Arg | Gly | Asp | Tyr | Thr | Trp | Tyr | Thr | Gl n | Thr | val |
145 | 150 | 155 | 160 | ||||||||||||
ASp | Gin | Leu | Thr | Gly | Arg | Leu | Asn | Gly | Asn | Ser | Thr | Lys | Ser | Gin | Ser |
165 | 170 | 175 | |||||||||||||
Leu | Asp | val | Thr | His | Thr | Asp | Trp | Phe | Gin | Ala | Ala | Gin | Ser | Asn | Asn |
180 | 185 | 190 | |||||||||||||
Tyr | Thr | Thr | Ala | Phe | val | Gly | Thr | Ser | Leu | Gly | Gly | Glu | Asp | Asn | Glu |
195 | 200 | 205 | |||||||||||||
Thr | Leu | Ile | Gin | Ser | Val | Val | Ser | Leu | Tyr | Ser | Lys | Lys | Gly | Leu | val |
210 | 215 | 220 | |||||||||||||
Ser | Leu | Gly | Phe | Pro | val | Lys | Thr | Leu | Thr | Glu | Val | Leu | Α5Π | Ser | Leu |
225 | 230 | 235 | 240 | ||||||||||||
Asn | Leu | His | Gly | Gl u | Glu | Leu | Tyr | Met | Trp | Thr | Lys | Asp | Gly | Thr | val |
245 250 255 y ν/ >υυι<4> Hh sekvencePatentln 03072007.ST25
Leu Val Arg Glu | Gly Ser | Leu | Asn | Asp Ser Phe Phe ile Ser Asn | Gly | ||||||||||
260 | 265 | 270 | |||||||||||||
Ser | Ile | cys | Phe | Gly | Arg | Glu | Ser | Asn | Ser | Leu | Trp | Ser | Gin | cys | Ile |
275 | 280 | 285 | |||||||||||||
Pro | Glu | Asn | cys | ser | ser | Ser | Gly | Tyr | Glu | val | Glu | ile | Lys | Arg | Leu |
290 | 295 | 300 | |||||||||||||
Arg | Tyr | Gin | Ala | Phe | Cys | ser | Val | Ile | Glu | Val | Ser | Gly | val | Pro | Leu |
305 | 310 | 315 | 320 | ||||||||||||
Arg | Tyr | Thr | Leu | Met | phe | Pro | Asn | Lys | Gly Gly | Ala | Thr | Arg | ile | Lys | |
325 | 330 | 335 | |||||||||||||
His | Gin | Ala | Glu | Lys | Ala | Lys | Tyr | Gin | Leu | Tle | val | val | Met | Ile | Phe |
340 | 345 | 350 | |||||||||||||
Leu | Gly | phe | Gly | Trp | pro | val | Trp | Phe | val | Trp | Phe | Met | Met | Gin | Ala |
355 | 360 | 365 | |||||||||||||
Thr | Arg | Arg | Glu | Met | His | Met | Arg | Ala | Thr | Leu | Ile | Asn | Gin | Met | Glu |
370 | 375 | 380 | |||||||||||||
Ala | Thr | Gin | Gin | Ala | Glu | Arg | Lys | Ser | Met | Asn | Lys | Ser | Gin | Ala | Phe |
385 | 390 | 395 | 400 | ||||||||||||
Ala | Asn | Ala | Ser | His | Asp | ile | Arg | Gly | Ala | Leu | Ala | Gly | Met | Lys | Gly |
405 | 410 | 415 | |||||||||||||
Leu | Ile | Asp | Ile | cys | Arg | Asp | Gly | val | Lys | Pro | Gly | ser | Asp | Val | Asp |
420 | 425 | 430 | |||||||||||||
Thr | Thr | Leu | Asn | Gin | val | Asn | val | Cys | Ala | Lys | Asp | Leu | Val | Ala | Leu |
435 | 440 | 445 | |||||||||||||
Leu | Asn | Ser | val | Leu | ASp | Met | Ser | Lys | Ile | Glu | Ser | Gly | Lys | Met | Gin |
450 | 455 | 460 | |||||||||||||
Leu | Val | Glu | Gl u | A$p | Phe | Asn | Leu | ser | Lys | Leu | Leu | Glu | ASP | Val | Ile |
465 | 470 | 475 | 480 | ||||||||||||
ASp | Phe | Tyr | HiS | Pro | Val | Ala | Met | Lys | Lys | Gly | val | Asp | val | Val | Leu |
485 | 490 | 495 | |||||||||||||
ASP | Pro | HIS | ASp | Gly | ser | val | Phe | Lys | Phe | Ser | Asn | Val | Arg | Gly | Asp |
500 | 505 | 510 | |||||||||||||
Ser | Gly | Arg | Leu | Lys | Gin | ile | Leu | Asn | Asn | Leu | val | Ser | Asn | Ala | val |
515 520 525
- 20 CZ J(IU145> B6
Lys Phe Thr Val 530 | Asp Gly | sekvencePatentln 03072007.ST25 | |||||||||||||
His 535 | ile | Ala | val | Arg | Ala 540 | Trp | Ala | Gin | Arg | ||||||
Pro | Gly | Ser | Asn | ser | Ser | val | val | Leu | Ala | Ser | Tyr | pro | Lys | Gly | Val |
545 | 550 | 555 | 560 | ||||||||||||
Ser | Lys | phe | val | Lys | Ser | Met | Phe | cys | Lys | Asn | Lys | Glu | Glu | ser | Ser |
565 | 570 | 575 | |||||||||||||
Thr | Tyr | Glu | Thr | Glu | Ile | Ser | Asn | Ser | Ile | Arg | Asn | Asn | Ala | Asn | Thr |
580 | 585 | 590 | |||||||||||||
Met | Glu | phe | val | Phe | Glu | val | Asp | Asp | Thr | Gly | Lys | Gly | Ile | Pro | Met |
595 | 600 | 605 | |||||||||||||
Glu | Met | Arg | Lys | Ser | val | Phe | Glu | Asn | Tyr | val | Gin | Val | Arg | Glu | Thr |
610 | 615 | 620 | |||||||||||||
Ala | Gin | Gly | Hi 5 | Gin | Gly | Thr | Gl y | Leu | Gly | Leu | Gly | Ile | Val | Gl n | ser |
625 | 630 | 635 | 640 | ||||||||||||
Leu | val | Arg | Leu | Met | Gly Gly | Glu | Ile | Arg | Ile | Thr | Asp | Lys | Ala | Met | |
645 | 650 | 655 | |||||||||||||
Gly | Glu | Lys | Gly | Thr | cys | Phe | Gin | Phe | Asn | Val | Leu | Leu | Thr | Thr | Leu |
660 | 665 | 670 | |||||||||||||
Glu | Ser | Pro | pro | val | Ser | ASp | Met | Lys | Val | Arg | Gin | Glu | Ile | Glu | Ala |
675 | 680 | 685 | |||||||||||||
Gly Gly | ASp | Tyr | Val | Ser | Thr | Pro | Asn | Leu | Gly | Leu | Thr | Ile | Asn | Thr | |
690 | 695 | 700 | |||||||||||||
Ser | Leu | Gly | Gly | Ser | Met | Asn | Ile | Arg | Asn | Leu | Ser | Pro | Arg | Phe | Asn |
705 | 710 | 715 | 720 | ||||||||||||
Α5Π | cys | Leu | Ser | Ser | Ser | Pro | Lys | Gin | Gl u | Gly | ser | Arg | val | val | Leu |
725 | 730 | 735 | |||||||||||||
Leu | Leu | Lys | Asn | Glu | Glu | Arg | Arg | Arg | val | Thr | Glu | Lys | Tyr | ile | Lys |
740 | 745 | 750 | |||||||||||||
Asn | Leu | Gly | Ile | Lys | val | Thr | Val | val | Glu | Lys | Trp | Glu | Hl S | Leu | Ser |
755 | 760 | 765 | |||||||||||||
Tyr | Ala | Leu | Gl u | Arg | Leu | Phe | Gly | Phe | Ser | pro | Gin | Ser | Ser | Met | Gly |
770 | 775 | 780 | |||||||||||||
Arg | Ala | Glu | cys | Ser | Leu | Ser | Cys | pro | Ser | Ser | Arg | Glu | Leu | Pro | Phe |
785 | 790 | 795 | 800 |
-21 (’Ζ 300145 Β6 sekvencePatentln 03072007.ST25
ile Gly Met Asp Gly | Ile | Asp | Ser Arg Ser Gin Leu Pro Lys Arg | Arg | |||||||||||
805 | 810 | 815 | |||||||||||||
ser | ile | ser | Phe | Ser | Ala | val | val | Leu | Leu | val | Ile | ASp | Ala | Lys | Thr |
820 | 825 | 830 | |||||||||||||
Gly | pro | phe | Phe | Gl u | Leu | Cys | Asp | He | val | Lys | Gin | Phe | Arg | Arg | Gly |
835 | 840 | 845 | |||||||||||||
Leu | Pro | His | Gly | Ile | Ser | Cys | Lys | val | Val | Trp | Leu | Asn | Glu | Ser | Ser |
850 | 855 | 860 | |||||||||||||
Thr | Arg | Val | Ser | Glu | Arg | Gly | Asp | Ile | Ser | cys | ser | Arg | Pro | Leu | His |
865 | 870 | 875 | 880 | ||||||||||||
Gly | ser | Arg | Leu | Met | Glu | val | Leu | Lys | Met | Leu | pro | Glu | Phe | Gly Gly | |
885 | 890 | 895 | |||||||||||||
Thr | val | Leu | Lys | Glu | Pro | Pro | Thr | Glu | Leu | Gl n | Arg | Glu | Ser | Leu | Leu |
900 | 905 | 910 | |||||||||||||
Arg | Hl S | Ser | Phe | Val | Al a | Glu | Arg | Ser | Pro | Lys | His | Lys | val | Gin | Glu |
915 | 920 | 925 | |||||||||||||
Glu | Gly | Pro | Ser | Ser | Met | phe | Asn | Lys | Lys | Leu | Gly | Lys | Arg | ile | Met |
930 | 935 | 940 | |||||||||||||
Ala | Ser | Thr | ASp | Ser | Gl u | Ser | Glu | Thr | Arg | val | Lys | ser | val | Arg | Thr |
945 | 950 | 955 | 960 | ||||||||||||
Gly | Arg | Lys | pro | Ile | Gly | Asn | Pro | Glu | ASp | Glu | Gl n | Gl u | Thr | Ser | Lys |
965 | 970 | 975 | |||||||||||||
Pro | ser | ASp | Asp | Glu | Phe | Leu | Arg | Gly | Lys | Arg | val | Leu | Val | val | Asp |
980 | 985 | 990 |
Asp Asn Phe Ile Ser Arg Lys Val Ala Thr Gly Lys Leu Lys Lys Met 995 1000 1005
Gly Val Ser Glu Val Glu Gin Cys Asp Ser Gly Lys Glu Ala Leu 1010 1015 1020
Arg Leu val Thr Glu Gly Leu Thr Gin Arg Glu Glu Gin Gly Ser 1025 1030 1035 val Asp Lys Leu Pro Phe Asp Tyr Ile Phe Met Asp Cys Gin Met 1040 1045 1050
Pro Glu Met Asp Gly Tyr Glu Ala Thr Arg Glu ile Arg Lys Val 1055 1060 1065
sekvencePatentm | 03072007 | . ST25 | ||||||||||||
Glu | Lys | Ser | Tyr | Gly | val | Arg | Thr | Pro | ile | Ile | Al a | Val | ser | Gly |
1070 | 1075 | 1080 | ||||||||||||
HIS | ASp | pro | Gly | Ser | Glu | Glu | Al a | Arg | Glu | Thr | Ile | Gin | Al a | Gly |
1085 | 1090 | 1095 | ||||||||||||
Met | Asp | Ala | Phe | Leu | Asp | Lys | Ser | Leu | Asn | Gin | Leu | Ala | Asn | val |
1100 | 1105 | 1110 | ||||||||||||
Ile | Arg | Glu | Ile | Glu | Ser | Lys | Arg | His | ||||||
1115 | 1120 |
<210>3 <211> 3677 <212>DNA <213> Arabidopsis <400>3
aattattcac | tcaaattcac | aaagggtttc | gactttgctc | cgaggaagaa | gataatatga | 60 |
aaagagcttt | ttagggttta | tcattctcct | tgactttgca | aaacgtgaaa | taagcttctt | 120 |
ccttggagga | ctaatcaaga | cagaaatctg | ttcctctaaa | aacgatcgcc | gttctagttc | 180 |
actcaaatga | tggtgaaagt | tacaaagctt | gtggcttcac | gtccaattgt | ggtcttttgc | 240 |
gtcctggcat | tcctggtggt | tgttttcgag | tgcatttgga | tctcaaattg | gcgaacaaca | 300 |
acggagaacc | tagtcaaaga | ggtcgcttca | tttaccgaag | atctccggac | aagtctagtt | 360 |
tcggagattg | aaaacatcgg | aaaatttaca | tatgctaaga | caaacttatc | tacgatcggt | 420 |
ttagcgagag | ttatagattc | ttatatcacc | aacaacgaca | ctggttttac | agagattcaa | 480 |
acacagatcg | caccattgtt | gtttgtagct | tattcaacga | tccttcaagt | ctcaeaagtt | 540 |
tcgtacatca | gtagggacgg | tctcatgttt | tcttacattg | cagaatcaaa | cacaagtgtc | 600 |
gctgtttttg | ccaattcctc | gtcgaattca | agtcgtggag | actacacttg | gtacactcaa | 660 |
accgtggatc | agttaactgg | tcgtcttaac | gggaactcaa | cgaaatctca | gtcgttagat | 720 |
gtaacccata | cagattggtt | ccaagcagca | cagagtaata | actacactac | agcctttgta | 780 |
ggaacgagct | tgggaggaga | agataacgag | actctaatac | agagcgtggt | tagcttgtac | 840 |
agcaagaaag | gtcttgtttc | tttagggttt | ccggttaaga | ctttaaccga | agttttgaac | 900 |
agtttgaatc | tacacggcga | agagctttac | atgtggacaa | aggacgggac | ggtgcttgtt | 960 |
cgtgaaggtt | cactgaatga | ttctttcttc | atctccaatg | gctcgatttg | cttcggtaga | 1020 |
gaatcgaact | ccctctggtc | tcaatgcatc | cctgaaaatt | gcagttccag | tggctacgag | 1080 |
gtggagatca | aaagattaag | ataccaagct | ttttgctctg | ttattgaagt | ttcgggcgtt | 1140 |
cctctgagat | acacactcat | gtttcccaac | aaaggaggag | caacacgcat | caagcaccaa | 1200 |
gcggaaaagg | caaaatatca | acttattgtg | gttatgatat | ttcttggctt | cggttggcct | 1260 |
gtatggtttg | tgtggtttat | gatgcaagca | acaaggagag | agatgcatat | gcgtgcaacg | 1320 |
ctgataaacc | aaatggaagc | gacacaacaa | gctgagagaa | agagcatgaa | caagagtcaa | 1380 |
- 73 CZ 300145 B6 sekvencePatentln 03072007.ST25
gcatttgcaa | atgctagcca | cgatattaga | ggtgcccttg | cagggatgaa | aggtctgatt | 1440 |
gatatatgtc | gtgatggagt | taaacctggc | tccgacgtag | acaccactct | caaccaagtg | 1500 |
aatgtttgcg | ccaaggattt | ggttgctctg | ctcaactctg | ttttggacat | gagcaaaatc | 1560 |
gaaagcggga | agatgcagtt | agtggaagaa | gatttcaact | tgtcgaaact | tcttgaagac | 1620 |
gtcatcgatt | tttaccatcc | cgttgcgatg | aagaaagggg | ttgatgtagt | tttggatccg | 1680 |
cacgatggct | cggttttcaa | attctcgaat | gtacgagggg | atagtggcag | actgaagcag | 1740 |
attctgaaca | atcttgttag | caatgctgtc | aagttcaccg | tcgacgggca | cattgcggta | 1800 |
agagcttggg | ctcagaggcc | aggttccaat | agctctgtgg | tccttgcatc | atatcctaaa | 1860 |
ggtgtgtcca | agtttgtaaa | gagtatgttc | tgcaagaata | aagaagagtc | atcaacctac | 1920 |
gagacagaaa | tatcgaattc | cataagaaac | aatgcaaaca | cgatggagtt | tgtgtttgaa | 1980 |
grggatgata | ctggtaaagg | gatacctatg | gagatgcgta | agtcggtatt | tgaaaactat | 2040 |
gttcaagtaa | gagaaacagc | tcaaggacac | caaggaactg | gtttagggct | cgggattgtg | 2100 |
cagtctttgg | taagattaat | gggaggggag | ataagaatca | ccgacaaggc | catgggagag | 2160 |
aaaggaacat | gtttccaatt | caatgtttta | ttgacaacat | tagagtctcc | tccagtgagt | 2220 |
gacatgaaag | tgagacagga | gatcgaagca | ggaggcgatt | atgtatccac | gccaaacctc | 2280 |
gggctgacta | taaacacttc | acttggaggt | agcatgaata | tacgtaacct | gagtcctaga | 2340 |
ttcaacaact | gtctcagctc | aagtccaaag | caagaaggtt | ctagagtggt | tcttctattg | 2400 |
aaaaatgaag | aacgcagaag | agttacagag | aaatacataa | agaatcttgg | gattaaagtt | 2460 |
acagtggtgg | agaaatggga | gcatttgagt | tatgctttgg | agagactttt | tggattttca | 2520 |
cctcagagtt | ccatgggaag | agcagagtgt | agtttgtcat | gtccgagctc | aagggagtta | 2580 |
cctttcattg | gcatggacgg | tattgattca | agaagccaac | ttcctaaaag | gagaagcatc | 2640 |
agtttctctg | cagttgtcct | tttggtgatt | gatgcaaaaa | ctggaccatt | ttttgagctg | 2700 |
tgcgatattg | tcaaacagtt | tcgtagaggc | ttgccccatg | gaatatcctg | taaagttgtt | 2760 |
tggcttaacg | aatcgagcac | tcgtgtaagt | gagagagggg | acattagttg | ttcgagacct | 2820 |
ttgcacggat | cgcgtcttat | ggaagtcttg | aagatgttgc | ctgaatttgg | aggaactgtg | 2880 |
ctaaaagaac | cacctactga | gctgcaaagg | gaatcattgc | tgagacattc | ttttgttgca | 2940 |
gagagatcac | caaaacataa | agtccaagaa | gaggggccaa | gctcaatgtt | taacaaaaaa | 3000 |
ttaggtaaga | ggataatggc | atcaacagat | tcagagagtg | agactagggt | caagtcagtg | 3060 |
cgtaccggtc | gaaagcctat | tgggaaccca | gaggacgagc | aagagacttc | caagccgagt | 3120 |
gacgatgaat | tcttaagagg | aaagagagtt | cttgtggtcg | atgataactt | tatatcacgt | 3180 |
aaagttgcaa | caggaaagct | gaagaagatg | ggagtctcag | aggtcgaaca | atgcgacagt | 3240 |
gggaaagaag | ctttgagatt | agtcactgaa | gggcttacac | aaagagaaga | acaaggttca | 3300 |
gtagataaac | ttccgtttga | ctacatattc | atggactgcc | aaatgccaga | aatggatggc | 3360 |
tatgaagcaa | ctagagagat | taggaaagtg | gagaaaagtt | atggggtgcg | tacaccaatt | 3420 |
- 24 CZ 41MH4S BC sekvencePatentln 03072007.ST25 atagctgtat ctggtcatga tcctggttca gaggaagcaa gagaaaccat tcaagctgga 3480 atggacgcct tcttagataa aagcttgaat caacttgcaa acgtcattag agaaatcgaa 3540 agcaaacgtc actagtattg tataagtaga cagcacgcag ctttgtgcta ctaccattag 3600 tgttttagac aatacttttt tagtatgacg atgtcatagc agttttcttc taagtttatt 3660
taaagtccat | ttcagat | 3677 |
<210> 4 <211> 375 <212> DNA <213> Arabidopsis <400> 4 gcagttgtcc ttttggtgat tgatgcaaaa actggaccat tttttgagct gtgcgatatt | 60 | |
gtcaaacagt | ttcgtagagg cttgccccat ggaatatcct gtaaagttgt ttggcttaac | 120 |
gaatcgagca | ctcgtgtaag tgagagaggg gacattagtt gttcgagacc tttgcacgga | 180 |
tcgcgtctta | tggaagtctt gaagatgttg cctgaatttg gaggaactgt gctaaaagaa | 240 |
ccacctactg | agctgcaaag ggaatcattg ctgagacatt cttttgttgc agagagatca | 300 |
ccaaaacata | aagtccaaga agaggggcca agctcaatgt ttaacaaaaa attaggtaag | 360 |
aggataatgg | catca | 375 |
io <2lO>5 <211> 1809 <212> DNA <213> Arabidopsis <400>5
atgttacgtc | ctgtagaaac | cccaacccgt | gaaatcaaaa | aactcgacgg | cctgtgggca | 60 |
ttcagtctgg | atcgcgaaaa | ctgtggaatt | gatcagcgtt | ggtgggaaag | cgcgttacaa | 120 |
gaaagccggg | caattgctgt | gccaggcagt | tttaacgatc | agttcgccga | tgcagatatt | 180 |
cgtaattatg | cgggcaacgt | ctggtatcag | cgcgaagtct | ttataccgaa | aggttgggca | 240 |
ggccagcgta | tcgtgctgcg | tttcgatgcg | gtcactcatt | acggcaaagt | gtgggtcaat | 300 |
aatcaggaag | tgatggagca | tcagggcggc | tatacgccat | ttgaagccga | tgtcacgccg | 360 |
tatgttattg | ccgggaaaag | tgtacgtatc | accgtttgtg | tgaacaacga | actgaactgg | 420 |
cagactatcc | cgccgggaat | ggtgattacc | gacgaaaacg | gcaagaaaaa | gcagtcttac | 480 |
ttccatgatt | tctttaacta | tgccgggatc | catcgcagcg | taatgctcta | caccacgccg | 540 |
aacacctggg | tggacgatat | caccgtggtg | acgcatgtcg | cgcaagactg | taaccacgcg | 600 |
tctgttgact | ggcaggtggt | ggccaatggt | gatgtcagcg | ttgaactgcg | tgatgcggat | 660 |
caacaggtgg | ttgcaactgg | acaaggcact | agcgggactt | tgcaagtggt | gaatccgcac | 720 |
ctctggcaac | cgggtgaagg | ttatctctat | gaactgtgcg | tcacagccaa | aagccagaca | 780 |
gagtgtgata | tctacccgct | tcgcgtcggc | atccggtcag | tggcagtgaa | gggcgaacag | 840 |
ttcctgatta | accacaaacc | gttctacttt | actggctttg | gtcgtcatga | agatgcggac | 900 |
CZ 5»υΐ4ϊ» B6 sekvencePatentln 03072007.ST25
ttacgtggca | aaggattcga | taacgtgctg | atggtgcacg | accacgcatt | aatggactgg | 960 |
atrggggcca | actcctaccg | tacctcgcat | tacccttacg | ctgaagagat | gctcgactgg | 1020 |
gcagatgaac | atggcatcgt | ggtgattgat | gaaactgctg | ctgtcggctt | taacctctct | 1080 |
ttaggcattg | gtttcgaagc | gggcaacaag | ccgaaagaac | tgtacagcga | agaggcagtc | 1140 |
aacggggaaa | ctcagcaagc | gcacttacag | gcgattaaag | agctgatagc | gcgtgacaaa | 1200 |
aaccacccaa | gcgtggtgat | gtggagtatt | gccaacgaac | cggatacccg | tccgcaagtg | 1260 |
cacgggaata | tttcgccact | ggcggaagca | acgcgtaaac | tcgacccgac | gcgtccgatc | 1320 |
acctgcgtca | atgtaatgtt | ctgcgacgct | cacaccgata | ccatcagcga | tctctttgat | 1380 |
gtgctgtgcc | tgaaccgtta | ttacggatgg | tatgtccaaa | gcggcgattt | ggaaacggca | 1440 |
gagaaggtac | tggaaaaaga | acttctggcc | tggcaggaga | aactgcatca | gccgattatc | 1500 |
atcaccgaat | acggcgtgga | tacgttagcc | gggctgcact | caatgtacac | cgacatgtgg | 1560 |
agtgaagagt | atcagtgtgc | atggctggat | atgtatcacc | gcgtctttga | tcgcgtcagc | 1620 |
gccgtcgtcg | gtgaacaggt | atggaatttc | gccgattttg | cgacctcgca | aggcatattg | 1680 |
cgcgttggcg | gtaacaagaa | agggatcttc | actcgcgacc | gcaaaccgaa | gtcggcggct | 1740 |
tttctgctgc | aaaaacgctg | gactggcatg | aacttcggtg | aaaaaccgca | gcagggaggc | 1800 |
aaacaatga | 1809 |
<210> 6 <211> 920 <212> DNA <213> Arabidopsis <400>6
ctctacacca cgccgaacac ctgggtggac gatatcaccg tggtgacgca tgtcgcgcaa | 60 |
gactgtaacc acgcgtctgt tgactggcag gtggtggcca atggtgatgt cagcgttgaa | 120 |
ctgcgtgatg cggatcaaca ggtggttgca actggacaag gcactagcgg gactttgcaa | 180 |
gtggtgaatc cgcacctctg gcaaccgggt gaaggttatc tctatgaact gtgcgtcaca | 240 |
gccaaaagcc agacagagtg tgatatctac ccgcttcgcg tcggcatccg gtcagtggca | 300 |
gtgaagggcg aacagttcct gattaaccac aaaccgttct actttactgg ctttggtcgt | 360 |
catgaagatg cggacttacg tggcaaagga ttcgataacg tgctgatggt gcacgaccac | 420 |
gcattaatgg actggattgg ggccaactcc taccgtacct cgcattaccc ttacgctgaa | 480 |
gagatgctcg actgggcaga tgaacatggc atcgtggtga ttgatgaaac tgctgctgtc | 540 |
ggctttaacc tctctttagg cattggtttc gaagcgggca acaagccgaa agaactgtac | 600 |
agcgaagagg cagtcaaegg ggaaactcag caagcgcact tacaggcgat taaagagctg | 660 |
atagcgcgtg acaaaaacca cccaagcgtg gtgatgtgga gtattgccaa cgaaccggat | 720 |
acccgtccgc aagtgcacgg gaatatttcg ccactggcgg aagcaacgcg taaactcgac | 780 |
ccgacgcgtc cgatcacctg cgtcaatgta atgttctgcg acgctcacac cgataccatc | 840 |
-26CZ 300145 B6 sekvencePatentln 03072007.ST25 agcgatctct ttgatgtgct gtgcctgaac cgttattacg gatggtatgt ccaaagcggc 900 gatttggaaa cggcagagaa 920 <210> 7 <211> 2636 <212> DNA <213> modified <400>7
gcgggcctct | tcgctattac | gccagctggc | gaaaggggga | tgtgctgcaa | ggcgattaag | 60 |
ttgggtaacg | ccagggtttt | cccagtcacg | acgttgtaaa | acgacggcca | gtgaattcga | 120 |
gctcggtacc | caacatggtg | gagcacgaca | ctctcgtcta | ctccaagaat | atcaaagata | 180 |
cagtctcaga | agaccagagg | gctattgaga | cttttcaaca | aagggtaata | tcgggaaacc | 240 |
tcctcggatt | ccattgccca | gctatctgtc | acttcatcga | aaggacagta | gaaaaggaag | 300 |
atggcttcta | caaatgccat | cattgcgata | aaggaaaggc | tatcgttcaa | gatgcctcta | 360 |
ccgacagtgg | tcccaaagat | ggacccccac | ccacgaggaa | catcgtggaa | aaagaagacg | 420 |
ttccaaccac | gtcttcaaag | caagtggatt | gatgtgatat | ctccactgac | gtaagggatg | 480 |
acgcacaatc | ccactatcct | tcgcaagacc | cttcctctat | ataaggaagt | tcatttcatt | 540 |
tggagaggac | ctcgagggga | tcagcttatc | gataccgtcg | actgatgcca | ttatcctctt | 600 |
acctaatttt | ttgttaaaca | ttgagcttgg | cccctcttct | tggactttat | gttttggtga | 660 |
tctctctgca | acaaaagaat | gtctcagcaa | tgattccctt | tgcagctcag | taggtggttc | 720 |
ttttagcaca | gttcctccaa | attcaggcaa | catcttcaag | acttccataa | gacgcgatcc | 780 |
gtgcaaaggt | ctcgaacaac | taatgtcccc | tctctcactt | acacgagtgc | tcgattcgtt | 840 |
aagccaaaca | actttacagg | atattccatg | gggcaagcct | ctacgaaact | gtttgacaat | 900 |
atcgcacagc | tcaaaaaatg | gtccagtttt | tgcatcaatc | accaaaagga | caactgcaag | 960 |
cttggatccc | tctacaccac | gccgaacacc | tgggtggacg | atatcaccgt | ggtgacgcat | 1020 |
gtcgcgcaag | actgtaacca | cgcgtctgtt | gactggcagg | tggtggccaa | tggtgatgtc | 1080 |
agcgttgaac | tgcgtgatgc | ggatcaacag | gtggttgcaa | ctggacaagg | cactagcggg | 1140 |
actttgcaag | tggtgaatcc | gcacctctgg | caaccgggtg | aaggttatct | ctatgaactg | 1200 |
tgcgtcacag | ccaaaagcca | gacagagtgt | gatatctacc | cgcttcgcgt | cggcatccgg | 1260 |
tcagtggcag | tgaagggcga | acagttcctg | attaaccaca | aaccgttcta | ctttactggc | 1320 |
tttggtcgtc | atgaagatgc | ggacttacgt | ggcaaaggat | tcgataacgt | gctgatggtg | 1380 |
cacgaccacg | cattaatgga | ctggattggg | gccaactcct | accgtacctc | gcattaccct | 1440 |
tacgctgaag | agatgctcga | ctgggcagat | gaacatggca | tcgtggtgat | tgatgaaact | 1500 |
gctgctgtcg | gctttaacct | ctctttaggc | attggtttcg | aagcgggcaa | caagccgaaa | 1560 |
gaactgtaca | gcgaagaggc | agtcaacggg | gaaactcagc | aagcgcactt | acaggcgatt | 1620 |
aaagagctga | tagcgcgtga | caaaaaccac | ccaagcgtgg | tgatgtggag | tattgccaac | 1680 |
gaaccggata | cccgtccgca | agtgcacggg | aatatttcgc | cactggcgga | agcaacgcgt | 1740 |
-27CZ 51HJI45 Bft sekvencePatentln 03072007.ST25
aaactcgacc | cgacgcgtcc | gatcacctgc | gtcaatgtaa | tgttctgcga | cgctcacacc | 1800 |
gataccatca | gegatetett | tgatgtgctg | tgcctgaacc | gttattacgg | atggtatgtc | 1860 |
caaagcggcg | atttggaaac | ggcagagaaa | agettgeagt | tgtccttttg | gtgattgatg | 1920 |
caaaaactgg | accatttttt | gagctgtgcg | atattgtcaa | acagtttcgt | agaggcttgc | 1980 |
cccatggaat | atcctgtaaa | gttgtttggc | ttaacgaatc | gagcactcgt | gtaagtgaga | 2040 |
gaggggacat | tagttgttcg | agacctttgc | acggatcgcg | tcttatggaa | gtcttgaaga | 2100 |
tgttgcctga | atttggagga | actgtgctaa | aagaaccacc | tactgagctg | caaagggaat | 2160 |
cattgctgag | acattctttt | gttgeagaga | gatcaccaaa | acataaagtc | caagaagagg | 2220 |
ggccaagctc | aatgtttaac | aaaaaattag | gtaagaggat | aatggcatca | gtcgactaga | 2280 |
gtccgcaaaa | atcaccagtc | tctctctaca | aatetatete | tctctatttt | tctccagaat | 2340 |
aatgtgtgag | tagttcccag | ataagggaat | tagggttctt | atagggtttc | gctcatgtgt | 2400 |
tgageatata | agaaaccctt | agtatgtatt | tgtatttgta | aaatacttct | atcaataaaa | 2460 |
tttctaattc | ctaaaaccaa | aatccagtga | cctcgacctc | gagggggggc | cccgagcttg | 2520 |
gatcagattg | tccgtttccc | gccttcggtt | taaactatca | gtggtttgac | aggatatatt | 2580 |
ggccgggtaa | acctaaaaga | aagagcgttt | attagaataa | tccggatatt | ttaaaa | 2636 |
S
Claims (15)
1. Způsob regulace tvorby biomasy v rostlině, vyznačený t í m . že se v rostlině identilili) kuje gen CKíl nebo jeho homolog nebo ortolog a sníží nebo zcela eliminuje se exprese genu
CKli nebo jeho homologu nebo ortologu nebo aktivita genového produktu.
2. Způsob podle nároku 1, vyznačený t í ni. že identifikace homologu nebo ortologu genu CKli v rostlinném druhu zahrnuje následující kroky:
iš i) zjištění sekvenční homologie na úrovni nukleotidu nebo aminokyselin, ii) prokázání histidinkinázové aktivity genového produktu zkoumaného genu, iii) zjištění exprese homologu nebo ortologu ve vaskulámích pletivech nebo pletivech sousedících s vaskulárními pletivy daného rostlinného druhu,
20
3. Způsob podle nároku 2, vyznačený t í m , že krok i) se provádí vyhledáváním v genomovýeh databázích sekvencí podobných konzervovaným oblastem reeeptorových hislidinkináz, získaných srovnáváním dosud identifikovaných homologu CKli nebo experimentálně pomocí hybridizace genomové knihovny nebo cDNA knihovny příslušného druhu se sondou získanou z genomové DNA nebo cDNA CKli nebo některého z jeho již identifikovaných homologu, např.
25 genů AllK2, AHK3 nebozíΗK4C'KK//íVOL.
4. Způsob podle nároku 2, vyznačeny tím, že krok ii) se provádí prostřednictvím exprese genu v heterologním nebo homologním expresním systému a následnou analýzou jeho aktivity.
V)
- 28 CZ 300145 B6
5 pak vloží pod kontrolu vhodného promotoru.
5' - TTC CAA GCT T - 3' a prostřednictvím štěpení restrikčními cndonuklázami BamHI, H indií I, Xbal a Sall a spojením výsledných fragmentů ligázou se tyto tři části spojí do jednoho výsledného konstruktu, který se
5' “ CAG CGG ATC C - 3'
LOOPdown:
IlindlH
5' konec těchto primerů.
- CZ 300145 B6
LOOPup:
BamHI
5' ~ CAC TTC TAG A - 3' dále se amplifikuje spojovací sekvence pomocí primeru sestávajících z 18 21 nukleotidu specifických pro danou spojovací sekvenci a sekvencí LOOPup a LOOP down, vložených na
5' - TAT AGG ATC CAA GCT T - 3'
RNAi down:
\lml
5, Způsob podle nároku 2, vyznačený t í m , že krok ii) se provádí prostřednictvím komplementace bakteriálních, kvasinkových nebo rostlinných mutantú v genech pro receptorové histidinkinázy pomocí kódující sekvence homo logu nebo ortologu, vložené pod kontrolu promotoru příslušného genu a v příslušném mutantním pozadí.
6. Způsob podle nároku 2, vyznačený t í m , že krok ii) se provádí prostřednictvím analýzy aktivity genového produktu v přenosu eytokininového signálu v rostlinných protoplastech.
7* Způsob podle nároku 1, vyznačený t í m , že se exprese genu CKH nebo jeho homoio logu nebo ortologu sníží RNA interferencí.
8. Způsob podle nároku 7, vyznačený t í m , že se konstrukt pro RNA interferenci připraví vložením rekombinantní DNA, obsahující části sekvence cDNA homologu nebo ortologu v obrácené repetici, oddělené sekvencí jiné DNA, s výhodou částí kódující sekvence uidA nebo
15 přirozeného inlronu homologu nebo ortologu CKfl, pod kontrolu konstitutivně aktivního promotoru nebo kondicionálně aktivního promotoru a ukončí terminátorem transkripce.
9. Způsob podle nároku 1, vyznačený t í m , že se exprese genu CKl 1 nebo jeho homologu nebo ortologu sníží inzerční mutagenezí.
10. Způsob podle nároku 1, vyznačený tím, že se aktivita genového produktu změní místně řízenou mutagenezí.
11. Způsob podle nároku 10, vyznačený t í ni, že se mutace provede v tripletu kódujícím
25 vybranou aminokyselinu, s výhodou aminokyselinu podílející se na přenosu fosfátu příslušnou receptorovou hislidinkinázou, na potenciálních interakcích s regulačními proteiny nebo aminokyselinu s regulační funkcí.
12. Způsob podle nároku 11, vyznačený t í m , že se mutací provede záměna v tripletu
3o kódujícím aminokyselinu histidin v poloze odpovídající poloze 405 vCKIl (H405) nebo kyselinu asparagovou v poloze odpovídající poloze 1050 (Dl050) v CKI1.
13. Způsob podle nároku 1, vy zna éený t í m , že navíc zahrnuje krok analýzy fenotypu vývoje vaskulámích pletiv, zahrnující histologieké barvení řezů živých rostlin směsí oranže GG a
35 anilinové modři a analýzu barvených řezů DIC nebo fluorescenční mikroskopií.
14. Způsob přípravy rekombinantní DNA pro regulaci exprese genu prostřednictvím RNA interference, vyznačený t í ni, že se amplifikuje specifická část cDNA nebo kódující oblasti daného umlčovaného genu pomocí primeru, obsahujících kromě sekvence 18 až 21 nukleotidů
4o specifických pro cDNA nebo kódující sekvenci daného genu i oblasti vložené na 5' konec těchto primerů, označené RNA i up a RNAi down,
RNAi up:
BamHl Ihndlll
15. Způsob podle nároku 14. kde spojovací sekvencí je část GUSp (sekvence 6) kódující sekvence genu uidA (sekvence 5), která se amplitlkuje pomocí primerň Bgus a Hgus.
Priority Applications (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CZ20070454A CZ300145B6 (cs) | 2007-07-04 | 2007-07-04 | Zpusob regulace tvorby biomasy v rostlinách |
KR1020080038610A KR20090004459A (ko) | 2007-07-04 | 2008-04-25 | 식물에서의 바이오매스 생산 조절 방법 |
PCT/CZ2008/000075 WO2009003429A2 (en) | 2007-07-04 | 2008-07-02 | Method of regulation of biomass production in plants, dna sequences and method of preparation thereof |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CZ20070454A CZ300145B6 (cs) | 2007-07-04 | 2007-07-04 | Zpusob regulace tvorby biomasy v rostlinách |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
CZ2007454A3 CZ2007454A3 (cs) | 2009-01-14 |
CZ300145B6 true CZ300145B6 (cs) | 2009-02-25 |
Family
ID=40227451
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
CZ20070454A CZ300145B6 (cs) | 2007-07-04 | 2007-07-04 | Zpusob regulace tvorby biomasy v rostlinách |
Country Status (2)
Country | Link |
---|---|
KR (1) | KR20090004459A (cs) |
CZ (1) | CZ300145B6 (cs) |
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CZ306073B6 (cs) * | 2013-12-27 | 2016-07-27 | Masarykova Univerzita | Způsob ovlivnění lignifikace v rostlinách |
Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2002099079A2 (en) * | 2001-06-06 | 2002-12-12 | The General Hospital Corporation | Cytokinin response regulators and uses thereof |
WO2007003317A2 (en) * | 2005-07-06 | 2007-01-11 | Freie Universität Berlin | Transgenic plant with tissue-selectively reduced cytokinin-receptor activity |
-
2007
- 2007-07-04 CZ CZ20070454A patent/CZ300145B6/cs not_active IP Right Cessation
-
2008
- 2008-04-25 KR KR1020080038610A patent/KR20090004459A/ko not_active Application Discontinuation
Patent Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2002099079A2 (en) * | 2001-06-06 | 2002-12-12 | The General Hospital Corporation | Cytokinin response regulators and uses thereof |
WO2007003317A2 (en) * | 2005-07-06 | 2007-01-11 | Freie Universität Berlin | Transgenic plant with tissue-selectively reduced cytokinin-receptor activity |
Non-Patent Citations (2)
Title |
---|
Higuchi M. et al.: "In planta functions of the Arabidopsis cytokinin receptor family", Proc. Natl. Acad. Sci. USA, Vol. 101(23), 8821û8826, 2004 * |
Nishimura C. et al.: "Histidine Kinase Homologs That Act as Cytokinin Receptors Possess Overlapping Functions in the Regulation of Shoot and Root Growth in Arabidopsis", The Plant Cell Vol. 16, 1365-1377, 2004 * |
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CZ306073B6 (cs) * | 2013-12-27 | 2016-07-27 | Masarykova Univerzita | Způsob ovlivnění lignifikace v rostlinách |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
CZ2007454A3 (cs) | 2009-01-14 |
KR20090004459A (ko) | 2009-01-12 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
CN107827964B (zh) | 一种与植物耐逆性相关的转录因子PwNAC2及其编码基因与应用 | |
CN110904071B (zh) | Raf49蛋白及其编码基因在调控植物抗旱性中的应用 | |
CN111206041A (zh) | OsBAK1P基因在控制水稻抗旱性中的应用 | |
CN102485897A (zh) | 利用棉花基因GbF3H改变花瓣颜色 | |
CN112779234B (zh) | 毛竹PeAPX5基因及应用 | |
EP2044201B1 (en) | A mutant histidine kinase that confers spontaneous nodulation in plants | |
CN114231539B (zh) | 柳枝稷SBP-box类转录因子PvSPL6的应用及其重组载体 | |
CN114214358B (zh) | 一种诱导型表达载体及其在培育哨兵作物上的应用 | |
CN108795943A (zh) | 一种植物特异表达启动子POssalt2及其应用 | |
KR20130141261A (ko) | 유전자를 이용하여 벼의 분얼과 뿌리생장을 조절하는 방법 | |
CN114085854B (zh) | 一种水稻抗旱、耐盐基因OsSKL2及其应用 | |
CN109748960A (zh) | 调控抗铝毒转录因子stop1蛋白的基因及其应用 | |
CN111499712B (zh) | 烟草NtDREB-1BL2转录因子及其应用 | |
CN114292862A (zh) | OsCEN2基因在调控水稻种子萌发速率中的应用 | |
CZ300145B6 (cs) | Zpusob regulace tvorby biomasy v rostlinách | |
WO2009003429A2 (en) | Method of regulation of biomass production in plants, dna sequences and method of preparation thereof | |
CN107384953B (zh) | 拟南芥糖基转移酶ugt84a2在调节植物开花时间中的应用 | |
CN112813097A (zh) | 一种调控水稻耐盐性的方法 | |
CN109750008B (zh) | 陆地棉光信号途径调节因子GhCOP1及其应用 | |
CN113416747B (zh) | 一种创建温度敏感型雄性不育植物的方法 | |
CN114015666B (zh) | OsPARP3基因在调控植物耐旱性中的应用 | |
CN112501147B (zh) | 一种普通野生稻粒型相关编码基因及其应用 | |
CN116536286B (zh) | 水稻OsCTK1蛋白及其编码基因的应用 | |
CN113005106B (zh) | 玉米耐低温基因ZmCIPK10.1在提高植物抗寒性中的应用 | |
WO2004092372A1 (ja) | 塩ストレス耐性を付与する遺伝子 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
MM4A | Patent lapsed due to non-payment of fee |
Effective date: 20150704 |